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@@ -20,10 +20,10 @@ This dataset has been used as a pre-training corpus for the AgroNT model. Each s
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For each instance, there is a string representing the sequence, a string indicating the description of the sequence, two integers representing the index of the first and last nucleotide respectively. An instance is shown below:
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'description': '
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'end_pos':
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```
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@@ -36,9 +36,9 @@ For each instance, there is a string representing the sequence, a string indicat
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### Data Splits
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The Plant Multi Species Genomes dataset has 3 splits: train, validation, and test.
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```bibtex
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@article{mendoza2023foundational,
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title={A Foundational Large Language Model for Edible Plant Genomes},
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For each instance, there is a string representing the sequence, a string indicating the description of the sequence, two integers representing the index of the first and last nucleotide respectively. An instance is shown below:
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```python
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+
{'sequence': 'CCAAATAGTTGATACTACTTGCCCATGGGTTTCAAAGGTATTTGTTTCCCTTTTCTATCAGAGTAGAGAATAAGGTCTTGGATTTCCCTTGAATATCTTTTTCATAAATAATGTGTTAATTTCCACTAAAGGTCTGGAACTCTGTTGAGAAGCACAAGAAGGGTGATTACACTTCAATCATACATGGTAAATATTCACACGAAGAGACTATTGCAACAGCCTCATTTGCAGGAAGATATATTGTCGTAAAGAACATGACTGAGGTAACGATTTGTTAATTAATAATCAGTTTATTGTGAATCATATTTACAAATAAACGTTTTTTACTACCATTTTCTGTTAAAAAAACAGGCAATGTATGTATGCGATTACATTCTTGGTGGGGAATTAGATGGGTCTAGCTCTACAAGAGAAGCATTTCTTGAGGTATATTGATTCTTTTCTTCCATAATATTTGCACAAAAGAAAATAAGATTTAAAAATGTGTCCATGTGTTGCAGAAATTCAAAAACGCTATTTCTGCGGGATTTGATCCAGATGTTGACTTAGCTAAAGTTGGCATTGCAAATCAAACCACGATGCTCAAGGGTGAAACAGAGGAGATAGGTAAGTTTAATGTTTGCAATGCTTACTGTTTCTATCCAATTCTAAATATAGTGTTCAAGTAAACACTGAAATTTCAGGTAAATTGGTTGAGAAGACCATGATGCGCAAACACGGTGTAGAGAATGCCAATGATCATTTTGTCAGCTTCAACACCATATGTGATGCTACCCAGGTAGGCTTACTGATTTTTTTTTTTCCTTTTTTGTTTTTCTAATTGGAATATTCAATTCAAAATTTAAACTGCTAAGGTATTGTTTTTCTCCTTTACATTTTGTTAAATCCATGCAATTCACTCATTCCCACTTTTTCATAACCTTTTAAACCTCATTTATCATACCATCTACTTACTCTTTAGATTTGCAAATTAGAGCACTGCAATTTCTGTGGAAGTGAACCAAAAGCGAAAGGGGATAGAATACTTTCATGTGATTGAATTTTATAGTCCCTTTTGTATTAATCTATTCAATTGCTGGTTTAGTTTCCCCTTATCACATTCTCTTGCACAACTTCAGGAAAGGCAAGATGCTATGTTCAAGCTGGTGGAAGAGAAACTCGATCTTATTCTGGTCGTTGGTGGGTGGAACTCCAGTAATACTTCACATCTCCAAGAGATCGCAGAGCTCAAGGGAATCCCGTCCTACTGGATTGACAATGAACAGAGAATTGGACCAGGAAACAAGATCACCTATAAGTTAAATGTATGTTGTACACGCGCAGTTTGTATAATTATTTATATTGCGAACTTGATGATTTTAATTATCATCTTATCTGTTTGTACAAACGCAGCATGGAGAGCTGGTCGAGAAAGAAAATTGGCTTCCTGCTGGACCAATCACTATTGGTGTCACCTCAGGGGCTTCTACTCCTGACAAGGTATATATATTAATTCAAGAGTTGAAAAATCCCTTGGTTAAAGTATTAAGTCGCGGGATCTCCTTCATCTTATTAACAATTTCCACATGGCTTATGCAGGTCGTGGAGGAAGCATTGGGCAAGGTCTTTGACATTAAAAGCCAAGAAGCTCTGCAAGCGGCATAAATTGAGAGGACTTGAGCAGTGTTTTGAGCTGAAGTATCACTATCGCTTAACTTGTACGGTACTAGAAATGGGATTGCATAAGAGCACTCCCTTATCGACAGGAAATGCTGCAGTCCAAAATCTATCCTGCCATTATTATTTTATTTTATTTTATTTTGTTTTGTTTTATTTTTGTGTTGTGACATTAATTTATGCATGCTGGTCAAGGCCTGGTTGAGCCCAGCGAGTTCTCTCACCCAATCCATTTTACAAAATGGTCTGATAAAGTTATGATATTGTTTTGCGGTTTAATTATCCGGATTCCAGCAGCATCCTTGTTATGATATTATCATTTTAACAGTAAAAAAATAAAATAAAGTGTGTTATATTTAAAATAAAGAGATATTGCATTAAATACATTTTTTTTAAAAAAAACATTATGATAATTTGAATTATGCTAACTTAATTATAACGGGTGAAACTTAAGAATCACATATAATCAGTGGTGGATCTAGATAAAAAAAGAAGAGGGTATTAGAAGAAAAGAATTGAAGTTTGTCTTCCTTCACTATCCGACTGTAGCATATTAATAGAATTTTTTAAAAACAAGAGGTACTCAAGCACATCTCCGCGCTCCTAGATCCATCACTGCATATAACAACAATGAAATAAATCATTTTACTTTTTTTCATCAACTCTCCATTTGCTTAACGTTAGCCGTATAAGATAGCACGTGATGGAGAGCTTCTCGATTTTTTAAATTATTTTGTAAGAGCCATAAAATATTATTTAAATTAAATAATTATTTTATATTTAAAAATAATGATTTATTTTTTAAAAAAGAACTAGAGAGCGAGAGACAGCGTACAGGATTCTTTTTCTAATTATTCCGGCCCAGAAACCTGCTTCTTCGAGTTATTAGAGGGACCCTCAGCTTACCTTATACGGAGAGCAGCCTGGACGGTGTCTGAACGAGAACGGAGAAAGATGCAAAGCCAGCGAACAACACAAAACAAAGGCCGAGATCTCCAAACCCCATAACCCTACCTTAAACCCATGATCACAACTAGATTCTTCCCTCATTCGCGTTTCTTCCTCCCCTCGCACCTGCCCACTCTCTGCCGGCCCATCCACTCCGGCGCTGCCCACCCCCGCATCACCAGATCTGAGCTCGTCGACCGGATATGCCGCATCCTCACCCTCGAGCGCTTCCACGCCATTCCCAAGCTTCCCTTCCGCTTCTCCGACGATCTCCTCGACGCCGTCCTCGTCAGGCTGCGCCTCGACGCCGACGCCTGCCTGGGCTTCTTCCGGATCGCACTGAGGCAGCAGTACTTCAGGCCCAACGCGGAATCTTATTGCAGAATTGTCCACATTTTGTCTCGAGCACGCATGTTCGACGATGCGAGAGGGTTGTTGAGGGAATTGGTGGCGATGATGAGCTCGGCTAGCCCGGAGCCGTCTGTCTCTTTTGTTTTTGATCGGATGGTTAAGGTGTACAAGGAGTTCACTTTCTCTCCTACGGTGTTTGACATGCTCCTGAAGGCTTATGCTGAGGGTGGATTGCGAAAGGAGGCTCTTTTTGTGTTTGATAATATGGGGAAATGCGGATGTCAGCCTAGTTTGAAGTCCTGCAACAGCCTTTTGAGTAGTTTGGTTAAAGGAGGGGATATTAACGCGGCAATTCTAGTTTATGAACAGATGTGCAAAGCTGGGATATTACCTGATGTTTTCACAACGTCTATAATAGTTAATGCCTATTGTAAGGGTGGAAATCTAGAGAAAGCCTTGAGCTTTGTGGCAGAGATGGAAAGGAAGGGGTTTGATGTTAATATTGTGACTTTCCATTCTCTGATCAATGGGTACTGTAGTTTGGGCCAGACGGAAGCGGCACTCAAGGTGTTCGACATGATGACTAAAAGAGGGATTTTGCCAAATGTTGTCTCTTTTACTTTGTTGATTAAGGGTTACTGCAAAGAAGGCAAGGTTAAGGAAGCCGAGAAAGCCCTTGTTGACATGAAACAGCTCCATGGTTTGAGTCCTGACGAAGTTGCTTACGGTGTGCTAATTAACATTCATTGCCAAATGGGGGGAATGGATGATGCAATGAGAATCCGGGATAAAATGTTGAGTGAAGGGATGAAGGAAAACATATTTATTTGTAATGCAATGATCAATGGGTATTGCAAGTCCGGAAGAATTGAGGAAGCAGAGATTTTGCTTTTCGATATGGAGAAGGGTCATCTAAAACCAGACTCCTACAGTTACAATTCTCTATTAGATGGGTATTGCAAGAAGGGTCTTATGAGAGATGCTTTTGGAATATGTGACAGGATGATAAGGAATGGAGTCGAAGTTACAGTTATAACTTATAATGCACTATTTAAAGGCTTTTGTCTGTCAGGTGCAATAGATCATGCCCTGAACTTGTGGTTTTTGATGCTGAAAAGAGCTGTTGCTCCAAATGAGATTAGCTGTTCCACATTGTTGGATGGGTTCTTCAAATCAAGGAATTATGAACAAGCCTTGAAATTTTGGAATGAGATACTAGCTAGGGGATTCACAAAGAACCAAATAACATTCAATACAGTGATAAATGGTTTTTGTAAAGCAGGGAAAATATCTGAGGCGGTGAATATTATGGAAAAGATGAAGGCCTGGGGATGTCCTCCTGATAGCATTACTTACAGGACATTGATTGACGGTTATTGTAAACTTGGTGATGTGGAGCAAGCTCTTAAGTTATGGAATGAGATGGAACCTTCTGGGTTTTCTCCTTCAATCGAAATGTTCAATTCTCTTATTTCTGGGCACTTCATAGCTAATGGTTCTGATAGGATTGATGGCCTTCTAACTAATATGCACAAGAGTGGACTGACTCCCAACATAGTTACTTATGGAATTCTGATTGCTGGATGGTGCAGAGAAGGAATGTTGGATAGGGCTTTTGATATATATTTTGAAATGGTTGCCAAAGGCTTAACTCCAAATACATACATATGCAGTGCCCTTGTTAGTGGTCTTTATAGACAGGGTAAGATTGACGAGGCAAATGCTATATTGGCAAAAATTGTGGATGCTAGCATGCTTCCAAAGTATGAAAATTCTGATAAGTACCTTAAGTGTGTTACGAACAATATCTACCATCACGAAATCACAAATCTGCTCGCTCAGTCTAAAAATGAGAATCTCCTGCCTAACAACATTATCTATAATGTTATTATTTGCGGTCTTTGCAAATCTGGAAGGATTTTGGATGCAAAACAATTTTTTGCAGACTTGTTGCAGAGGGGTTTTGTTCCAGACAATTTTACTTACAGTAATCTTATTCATGGCTATTCAGCAGCTGGCAATATAGATCAGGCTTTTCAATTAA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24 |
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'description': 'NC_055986.1 Zingiber officinale cultivar Zhangliang chromosome 1B, Zo_v1.1, whole genome shotgun sequence',
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'start_pos': 0,
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'end_pos': 6200,
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}
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### Data Splits
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The Plant Multi Species Genomes dataset has 3 splits: train, validation, and test.
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+
### Citation
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```bibtex
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43 |
@article{mendoza2023foundational,
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44 |
title={A Foundational Large Language Model for Edible Plant Genomes},
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