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  1. MCData/124d_MC +0 -45
  2. MCData/157d_MC +0 -162
  3. MCData/165d_MC +0 -103
  4. MCData/176d_MC +0 -239
  5. MCData/17ra_MC +0 -571
  6. MCData/1a1t_MC +0 -2627
  7. MCData/1a34_MC +0 -365
  8. MCData/1a3m_MC +0 -1385
  9. MCData/1a4d_MC +0 -101
  10. MCData/1a4t_MC +0 -1186
  11. MCData/1a51_MC +0 -897
  12. MCData/1a60_MC +0 -2298
  13. MCData/1a9l_MC +0 -1086
  14. MCData/1a9n_MC +0 -621
  15. MCData/1ac3_MC +0 -497
  16. MCData/1afx_MC +0 -459
  17. MCData/1ajf_MC +0 -52
  18. MCData/1ajl_MC +0 -48
  19. MCData/1ajt_MC +0 -46
  20. MCData/1aju_MC +0 -1409
  21. MCData/1akx_MC +0 -68
  22. MCData/1al5_MC +0 -794
  23. MCData/1am0_MC +0 -384
  24. MCData/1anr_MC +0 -1200
  25. MCData/1aq3_MC +0 -663
  26. MCData/1aq4_MC +0 -667
  27. MCData/1aqo_MC +0 -1014
  28. MCData/1arj_MC +0 -1319
  29. MCData/1asy_MC +0 -1305
  30. MCData/1asz_MC +0 -1306
  31. MCData/1ato_MC +0 -457
  32. MCData/1atv_MC +0 -186
  33. MCData/1atw_MC +0 -114
  34. MCData/1aud_MC +0 -4858
  35. MCData/1av6_MC +0 -308
  36. MCData/1b23_MC +0 -836
  37. MCData/1b2m_MC +0 -313
  38. MCData/1b36_MC +0 -855
  39. MCData/1b7f_MC +0 -453
  40. MCData/1bau_MC +0 -108
  41. MCData/1bgz_MC +0 -325
  42. MCData/1biv_MC +0 -426
  43. MCData/1bj2_MC +0 -787
  44. MCData/1bmv_MC +0 -583
  45. MCData/1bn0_MC +0 -529
  46. MCData/1br3_MC +0 -85
  47. MCData/1bvj_MC +0 -1303
  48. MCData/1byj_MC +0 -2623
  49. MCData/1byx_MC +0 -832
  50. MCData/1bz2_MC +0 -43
MCData/124d_MC DELETED
@@ -1,45 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A1 : G C1p_exo anti
3
- A2 : T O4p_endo anti
4
- A3 : C O4p_endo anti
5
- A4 : A C1p_exo anti
6
- A5 : C O4p_endo anti
7
- A6 : A C1p_exo anti
8
- A7 : T C1p_exo anti
9
- A8 : G O4p_endo anti
10
- B9 : C C3p_endo anti
11
- B10 : A C3p_endo anti
12
- B11 : U C3p_endo anti
13
- B12 : G C3p_endo anti
14
- B13 : U C2p_exo anti
15
- B14 : G C3p_endo anti
16
- B15 : A C3p_endo anti
17
- B16 : C C3p_endo anti
18
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
19
- A1-A2 : adjacent_5p upward
20
- A2-A3 : adjacent_5p upward
21
- A4-A5 : adjacent_5p upward
22
- A5-A6 : adjacent_5p upward
23
- A6-A7 : adjacent_5p upward
24
- A7-A8 : adjacent_5p upward
25
- B9-B10 : adjacent_5p upward
26
- B10-B11 : adjacent_5p upward
27
- B12-B13 : adjacent_5p upward
28
- B14-B15 : adjacent_5p upward
29
- B15-B16 : adjacent_5p upward
30
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
31
- A4-B14 : outward
32
- A6-B12 : outward
33
- A8-B10 : outward
34
- Number of stackings = 14
35
- Number of adjacent stackings = 11
36
- Number of non adjacent stackings = 3
37
- Base-pairs ------------------------------------------------------
38
- A1-B16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
39
- A2-B15 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
40
- A3-B14 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
41
- A4-B13 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
42
- A5-B12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
43
- A6-B11 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
44
- A7-B10 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
45
- A8-B9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/157d_MC DELETED
@@ -1,162 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A1 : C C3p_endo anti
3
- A2 : G C3p_endo anti
4
- A3 : C C3p_endo anti
5
- A4 : G C3p_endo anti
6
- A5 : A C4p_exo anti
7
- A6 : A C3p_endo anti
8
- A7 : U C3p_endo anti
9
- A8 : U C2p_exo anti
10
- A9 : A C3p_endo anti
11
- A10 : G C3p_endo anti
12
- A11 : C C3p_endo anti
13
- A12 : G C3p_endo anti
14
- B13 : C C2p_exo anti
15
- B14 : G C3p_endo anti
16
- B15 : C C2p_exo anti
17
- B16 : G C3p_endo anti
18
- B17 : A C3p_endo anti
19
- B18 : A C2p_exo anti
20
- B19 : U C4p_exo anti
21
- B20 : U C3p_endo anti
22
- B21 : A C3p_endo anti
23
- B22 : G C3p_endo anti
24
- B23 : C C3p_endo anti
25
- B24 : G C3p_endo anti
26
- A25 : HOH
27
- A26 : HOH
28
- A31 : HOH
29
- A33 : HOH
30
- A42 : HOH
31
- A43 : HOH
32
- A44 : HOH
33
- A45 : HOH
34
- A46 : HOH
35
- A47 : HOH
36
- A48 : HOH
37
- A49 : HOH
38
- A50 : HOH
39
- A51 : HOH
40
- A52 : HOH
41
- A53 : HOH
42
- A56 : HOH
43
- A61 : HOH
44
- A62 : HOH
45
- A70 : HOH
46
- A75 : HOH
47
- A76 : HOH
48
- A77 : HOH
49
- A78 : HOH
50
- A80 : HOH
51
- A81 : HOH
52
- A82 : HOH
53
- A83 : HOH
54
- A84 : HOH
55
- A85 : HOH
56
- A86 : HOH
57
- A87 : HOH
58
- A88 : HOH
59
- A89 : HOH
60
- A91 : HOH
61
- A94 : HOH
62
- A96 : HOH
63
- A98 : HOH
64
- A99 : HOH
65
- A100 : HOH
66
- A103 : HOH
67
- A104 : HOH
68
- A105 : HOH
69
- A106 : HOH
70
- A107 : HOH
71
- A111 : HOH
72
- A112 : HOH
73
- A113 : HOH
74
- A114 : HOH
75
- A116 : HOH
76
- A117 : HOH
77
- A120 : HOH
78
- A121 : HOH
79
- B27 : HOH
80
- B28 : HOH
81
- B29 : HOH
82
- B30 : HOH
83
- B32 : HOH
84
- B34 : HOH
85
- B35 : HOH
86
- B36 : HOH
87
- B37 : HOH
88
- B38 : HOH
89
- B39 : HOH
90
- B40 : HOH
91
- B41 : HOH
92
- B54 : HOH
93
- B55 : HOH
94
- B57 : HOH
95
- B58 : HOH
96
- B59 : HOH
97
- B60 : HOH
98
- B63 : HOH
99
- B64 : HOH
100
- B65 : HOH
101
- B66 : HOH
102
- B67 : HOH
103
- B68 : HOH
104
- B69 : HOH
105
- B71 : HOH
106
- B72 : HOH
107
- B73 : HOH
108
- B74 : HOH
109
- B79 : HOH
110
- B90 : HOH
111
- B92 : HOH
112
- B93 : HOH
113
- B95 : HOH
114
- B97 : HOH
115
- B101 : HOH
116
- B102 : HOH
117
- B108 : HOH
118
- B109 : HOH
119
- B110 : HOH
120
- B115 : HOH
121
- B118 : HOH
122
- B119 : HOH
123
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
124
- A2-A3 : adjacent_5p upward
125
- A3-A4 : adjacent_5p upward
126
- A4-A5 : adjacent_5p upward
127
- A5-A6 : adjacent_5p upward
128
- A6-A7 : adjacent_5p upward
129
- A7-A8 : adjacent_5p upward
130
- A8-A9 : adjacent_5p upward
131
- A9-A10 : adjacent_5p upward
132
- A10-A11 : adjacent_5p upward
133
- A11-A12 : adjacent_5p upward
134
- B14-B15 : adjacent_5p upward
135
- B15-B16 : adjacent_5p upward
136
- B16-B17 : adjacent_5p upward
137
- B17-B18 : adjacent_5p upward
138
- B18-B19 : adjacent_5p upward
139
- B19-B20 : adjacent_5p upward
140
- B20-B21 : adjacent_5p upward
141
- B21-B22 : adjacent_5p upward
142
- B22-B23 : adjacent_5p upward
143
- B23-B24 : adjacent_5p upward
144
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
145
- A2-B24 : outward
146
- A12-B14 : outward
147
- Number of stackings = 22
148
- Number of adjacent stackings = 20
149
- Number of non adjacent stackings = 2
150
- Base-pairs ------------------------------------------------------
151
- A1-B24 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
152
- A2-B23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
153
- A3-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
154
- A4-B21 : G-A Ww/Ww pairing antiparallel cis VIII
155
- A5-B20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
156
- A6-B19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
157
- A7-B18 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
158
- A8-B17 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
159
- A9-B16 : A-G Ww/Ww pairing antiparallel cis VIII
160
- A10-B15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
161
- A11-B14 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
162
- A12-B13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/165d_MC DELETED
@@ -1,103 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A1 : G C3p_endo anti
3
- A2 : C C3p_endo anti
4
- A3 : U C3p_endo anti
5
- A4 : U C3p_endo anti
6
- A5 : C C3p_endo anti
7
- A6 : G C3p_endo anti
8
- A7 : G C3p_endo anti
9
- A8 : C C3p_endo anti
10
- A9 : BRU
11
- B10 : G C3p_endo anti
12
- B11 : C C3p_endo anti
13
- B12 : U C3p_endo anti
14
- B13 : U C2p_exo anti
15
- B14 : C C3p_endo anti
16
- B15 : G C3p_endo anti
17
- B16 : G C3p_endo anti
18
- B17 : C C3p_endo anti
19
- B18 : BRU
20
- A19 : RHD
21
- A20 : RHD
22
- A22 : RHD
23
- B21 : RHD
24
- A23 : HOH
25
- A25 : HOH
26
- A26 : HOH
27
- A27 : HOH
28
- A28 : HOH
29
- A29 : HOH
30
- A30 : HOH
31
- A31 : HOH
32
- A33 : HOH
33
- A35 : HOH
34
- A36 : HOH
35
- A37 : HOH
36
- A38 : HOH
37
- A41 : HOH
38
- A43 : HOH
39
- A47 : HOH
40
- A48 : HOH
41
- A51 : HOH
42
- A53 : HOH
43
- A54 : HOH
44
- A56 : HOH
45
- A57 : HOH
46
- A59 : HOH
47
- A60 : HOH
48
- A61 : HOH
49
- A63 : HOH
50
- A64 : HOH
51
- A65 : HOH
52
- A66 : HOH
53
- A73 : HOH
54
- A74 : HOH
55
- B24 : HOH
56
- B32 : HOH
57
- B34 : HOH
58
- B39 : HOH
59
- B40 : HOH
60
- B42 : HOH
61
- B44 : HOH
62
- B45 : HOH
63
- B46 : HOH
64
- B49 : HOH
65
- B50 : HOH
66
- B52 : HOH
67
- B55 : HOH
68
- B58 : HOH
69
- B62 : HOH
70
- B67 : HOH
71
- B68 : HOH
72
- B69 : HOH
73
- B70 : HOH
74
- B71 : HOH
75
- B72 : HOH
76
- B75 : HOH
77
- B76 : HOH
78
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
79
- A1-A2 : adjacent_5p upward
80
- A2-A3 : adjacent_5p upward
81
- A4-A5 : adjacent_5p upward
82
- A5-A6 : adjacent_5p upward
83
- A6-A7 : adjacent_5p upward
84
- A7-A8 : adjacent_5p upward
85
- B10-B11 : adjacent_5p upward
86
- B11-B12 : adjacent_5p upward
87
- B13-B14 : adjacent_5p upward
88
- B14-B15 : adjacent_5p upward
89
- B15-B16 : adjacent_5p upward
90
- B16-B17 : adjacent_5p upward
91
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
92
- Number of stackings = 12
93
- Number of adjacent stackings = 12
94
- Number of non adjacent stackings = 0
95
- Base-pairs ------------------------------------------------------
96
- A1-B17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
97
- A2-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
98
- A3-B15 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
99
- A4-B14 : U-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
100
- A5-B13 : C-U Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
101
- A6-B12 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
102
- A7-B11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
103
- A8-B10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/176d_MC DELETED
@@ -1,239 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A1 : GPN
3
- A2 : APN
4
- A3 : APN
5
- A4 : CPN
6
- A5 : TPN
7
- A6 : CPN
8
- B7 : G C2p_exo anti
9
- B8 : A C2p_exo anti
10
- B9 : G C3p_endo anti
11
- B10 : U C3p_endo anti
12
- B11 : U C3p_endo anti
13
- B12 : C C3p_endo anti
14
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
15
- B7-B8 : adjacent_5p upward
16
- B8-B9 : adjacent_5p upward
17
- B9-B10 : adjacent_5p upward
18
- B11-B12 : adjacent_5p upward
19
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
20
- Number of stackings = 4
21
- Number of adjacent stackings = 4
22
- Number of non adjacent stackings = 0
23
- Base-pairs ------------------------------------------------------
24
- A1-B12 : GPN-C pairing parallel one_hbond
25
- Residue conformations -------------------------------------------
26
- A1 : GPN
27
- A2 : APN
28
- A3 : APN
29
- A4 : CPN
30
- A5 : TPN
31
- A6 : CPN
32
- B7 : G C2p_exo anti
33
- B8 : A C3p_endo anti
34
- B9 : G C3p_endo anti
35
- B10 : U C3p_endo anti
36
- B11 : U C3p_endo anti
37
- B12 : C C3p_endo anti
38
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
39
- B7-B8 : adjacent_5p upward
40
- B8-B9 : adjacent_5p upward
41
- B9-B10 : adjacent_5p upward
42
- B11-B12 : adjacent_5p upward
43
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
44
- Number of stackings = 4
45
- Number of adjacent stackings = 4
46
- Number of non adjacent stackings = 0
47
- Base-pairs ------------------------------------------------------
48
- A1-B12 : GPN-C pairing parallel one_hbond
49
- Residue conformations -------------------------------------------
50
- A1 : GPN
51
- A2 : APN
52
- A3 : APN
53
- A4 : CPN
54
- A5 : TPN
55
- A6 : CPN
56
- B7 : G C2p_exo anti
57
- B8 : A C3p_endo anti
58
- B9 : G C3p_endo anti
59
- B10 : U C3p_endo anti
60
- B11 : U C3p_endo anti
61
- B12 : C C3p_endo anti
62
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
63
- B7-B8 : adjacent_5p upward
64
- B8-B9 : adjacent_5p upward
65
- B9-B10 : adjacent_5p upward
66
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
67
- Number of stackings = 3
68
- Number of adjacent stackings = 3
69
- Number of non adjacent stackings = 0
70
- Base-pairs ------------------------------------------------------
71
- A1-B12 : GPN-C pairing parallel one_hbond
72
- Residue conformations -------------------------------------------
73
- A1 : GPN
74
- A2 : APN
75
- A3 : APN
76
- A4 : CPN
77
- A5 : TPN
78
- A6 : CPN
79
- B7 : G C2p_exo anti
80
- B8 : A C3p_endo anti
81
- B9 : G C2p_exo anti
82
- B10 : U C3p_endo anti
83
- B11 : U C3p_endo anti
84
- B12 : C C3p_endo anti
85
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
86
- B7-B8 : adjacent_5p upward
87
- B8-B9 : adjacent_5p upward
88
- B9-B10 : adjacent_5p upward
89
- B11-B12 : adjacent_5p upward
90
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
91
- Number of stackings = 4
92
- Number of adjacent stackings = 4
93
- Number of non adjacent stackings = 0
94
- Base-pairs ------------------------------------------------------
95
- A1-B12 : GPN-C pairing parallel one_hbond
96
- Residue conformations -------------------------------------------
97
- A1 : GPN
98
- A2 : APN
99
- A3 : APN
100
- A4 : CPN
101
- A5 : TPN
102
- A6 : CPN
103
- B7 : G C2p_exo anti
104
- B8 : A C3p_endo anti
105
- B9 : G C2p_exo anti
106
- B10 : U C3p_endo anti
107
- B11 : U C3p_endo anti
108
- B12 : C C3p_endo anti
109
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
110
- B7-B8 : adjacent_5p upward
111
- B8-B9 : adjacent_5p upward
112
- B9-B10 : adjacent_5p upward
113
- B10-B11 : adjacent_5p upward
114
- B11-B12 : adjacent_5p upward
115
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
116
- Number of stackings = 5
117
- Number of adjacent stackings = 5
118
- Number of non adjacent stackings = 0
119
- Base-pairs ------------------------------------------------------
120
- A1-B12 : GPN-C pairing parallel one_hbond
121
- Residue conformations -------------------------------------------
122
- A1 : GPN
123
- A2 : APN
124
- A3 : APN
125
- A4 : CPN
126
- A5 : TPN
127
- A6 : CPN
128
- B7 : G C2p_exo anti
129
- B8 : A C3p_endo anti
130
- B9 : G C2p_exo anti
131
- B10 : U C3p_endo anti
132
- B11 : U C3p_endo anti
133
- B12 : C C3p_endo anti
134
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
135
- B7-B8 : adjacent_5p upward
136
- B8-B9 : adjacent_5p upward
137
- B9-B10 : adjacent_5p upward
138
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
139
- Number of stackings = 3
140
- Number of adjacent stackings = 3
141
- Number of non adjacent stackings = 0
142
- Base-pairs ------------------------------------------------------
143
- A1-B12 : GPN-C pairing parallel one_hbond
144
- Residue conformations -------------------------------------------
145
- A1 : GPN
146
- A2 : APN
147
- A3 : APN
148
- A4 : CPN
149
- A5 : TPN
150
- A6 : CPN
151
- B7 : G C2p_exo anti
152
- B8 : A C3p_endo anti
153
- B9 : G C3p_endo anti
154
- B10 : U C3p_endo anti
155
- B11 : U C3p_endo anti
156
- B12 : C C3p_endo anti
157
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
158
- B7-B8 : adjacent_5p upward
159
- B8-B9 : adjacent_5p upward
160
- B9-B10 : adjacent_5p upward
161
- B11-B12 : adjacent_5p upward
162
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
163
- Number of stackings = 4
164
- Number of adjacent stackings = 4
165
- Number of non adjacent stackings = 0
166
- Base-pairs ------------------------------------------------------
167
- A1-B12 : GPN-C pairing parallel one_hbond
168
- Residue conformations -------------------------------------------
169
- A1 : GPN
170
- A2 : APN
171
- A3 : APN
172
- A4 : CPN
173
- A5 : TPN
174
- A6 : CPN
175
- B7 : G C2p_exo anti
176
- B8 : A C3p_endo anti
177
- B9 : G C2p_exo anti
178
- B10 : U C3p_endo anti
179
- B11 : U C3p_endo anti
180
- B12 : C C3p_endo anti
181
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
182
- B7-B8 : adjacent_5p upward
183
- B8-B9 : adjacent_5p upward
184
- B9-B10 : adjacent_5p upward
185
- B10-B11 : adjacent_5p upward
186
- B11-B12 : adjacent_5p upward
187
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
188
- Number of stackings = 5
189
- Number of adjacent stackings = 5
190
- Number of non adjacent stackings = 0
191
- Base-pairs ------------------------------------------------------
192
- A1-B12 : GPN-C pairing parallel one_hbond
193
- Residue conformations -------------------------------------------
194
- A1 : GPN
195
- A2 : APN
196
- A3 : APN
197
- A4 : CPN
198
- A5 : TPN
199
- A6 : CPN
200
- B7 : G C2p_exo anti
201
- B8 : A C3p_endo anti
202
- B9 : G C3p_endo anti
203
- B10 : U C3p_endo anti
204
- B11 : U C3p_endo anti
205
- B12 : C C3p_endo anti
206
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
207
- B7-B8 : adjacent_5p upward
208
- B8-B9 : adjacent_5p upward
209
- B9-B10 : adjacent_5p upward
210
- B11-B12 : adjacent_5p upward
211
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
212
- Number of stackings = 4
213
- Number of adjacent stackings = 4
214
- Number of non adjacent stackings = 0
215
- Base-pairs ------------------------------------------------------
216
- A1-B12 : GPN-C pairing parallel one_hbond
217
- Residue conformations -------------------------------------------
218
- A1 : GPN
219
- A2 : APN
220
- A3 : APN
221
- A4 : CPN
222
- A5 : TPN
223
- A6 : CPN
224
- B7 : G C2p_exo anti
225
- B8 : A C2p_exo anti
226
- B9 : G C3p_endo anti
227
- B10 : U C3p_endo anti
228
- B11 : U C3p_endo anti
229
- B12 : C C3p_endo anti
230
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
231
- B7-B8 : adjacent_5p upward
232
- B8-B9 : adjacent_5p upward
233
- B9-B10 : adjacent_5p upward
234
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
235
- Number of stackings = 3
236
- Number of adjacent stackings = 3
237
- Number of non adjacent stackings = 0
238
- Base-pairs ------------------------------------------------------
239
- A1-B12 : GPN-C pairing parallel one_hbond
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/17ra_MC DELETED
@@ -1,571 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A1 : G C3p_endo anti
3
- A2 : G C3p_endo anti
4
- A3 : C C3p_endo anti
5
- A4 : G C3p_endo anti
6
- A5 : U C3p_endo anti
7
- A6 : A O4p_endo anti
8
- A7 : A C3p_endo anti
9
- A8 : G C3p_endo anti
10
- A9 : G C3p_endo anti
11
- A10 : A C3p_endo anti
12
- A11 : U C3p_exo anti
13
- A12 : U C3p_exo anti
14
- A13 : A C3p_exo anti
15
- A14 : C C3p_endo anti
16
- A15 : C C3p_endo anti
17
- A16 : U C3p_endo anti
18
- A17 : A C3p_endo anti
19
- A18 : U C3p_endo anti
20
- A19 : G C3p_endo anti
21
- A20 : C C3p_endo anti
22
- A21 : C C3p_endo anti
23
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
24
- A1-A2 : adjacent_5p upward
25
- A4-A5 : adjacent_5p upward
26
- A6-A7 : adjacent_5p upward
27
- A7-A8 : adjacent_5p upward
28
- A8-A9 : adjacent_5p upward
29
- A9-A10 : adjacent_5p upward
30
- A10-A11 : adjacent_5p upward
31
- A17-A18 : adjacent_5p upward
32
- A19-A20 : adjacent_5p upward
33
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
34
- A4-A19 : outward
35
- A6-A17 : outward
36
- A9-A15 : outward
37
- Number of stackings = 12
38
- Number of adjacent stackings = 9
39
- Number of non adjacent stackings = 3
40
- Base-pairs ------------------------------------------------------
41
- A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
42
- A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
43
- A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
44
- A4-A18 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
45
- A5-A17 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
46
- A8-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
47
- A9-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
48
- Residue conformations -------------------------------------------
49
- A1 : G C3p_endo anti
50
- A2 : G C3p_endo anti
51
- A3 : C C3p_endo anti
52
- A4 : G C3p_endo anti
53
- A5 : U C3p_endo anti
54
- A6 : A C4p_exo anti
55
- A7 : A C3p_endo anti
56
- A8 : G C3p_endo anti
57
- A9 : G C3p_endo anti
58
- A10 : A C3p_endo anti
59
- A11 : U C3p_exo anti
60
- A12 : U C3p_exo anti
61
- A13 : A C3p_exo anti
62
- A14 : C C3p_endo anti
63
- A15 : C C3p_endo anti
64
- A16 : U C3p_endo anti
65
- A17 : A C3p_endo anti
66
- A18 : U C3p_endo anti
67
- A19 : G C3p_endo anti
68
- A20 : C C3p_endo anti
69
- A21 : C C3p_endo anti
70
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
71
- A1-A2 : adjacent_5p upward
72
- A2-A3 : adjacent_5p upward
73
- A4-A5 : adjacent_5p upward
74
- A6-A7 : adjacent_5p upward
75
- A9-A10 : adjacent_5p upward
76
- A10-A11 : adjacent_5p upward
77
- A17-A18 : adjacent_5p upward
78
- A19-A20 : adjacent_5p upward
79
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
80
- A4-A19 : outward
81
- A6-A17 : outward
82
- A9-A15 : outward
83
- Number of stackings = 11
84
- Number of adjacent stackings = 8
85
- Number of non adjacent stackings = 3
86
- Base-pairs ------------------------------------------------------
87
- A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
88
- A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
89
- A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
90
- A4-A18 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
91
- A5-A17 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
92
- A8-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
93
- A9-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
94
- Residue conformations -------------------------------------------
95
- A1 : G C3p_endo anti
96
- A2 : G C3p_endo anti
97
- A3 : C C3p_endo anti
98
- A4 : G C3p_endo anti
99
- A5 : U C3p_endo anti
100
- A6 : A C4p_exo anti
101
- A7 : A C3p_endo anti
102
- A8 : G C3p_endo anti
103
- A9 : G C3p_endo anti
104
- A10 : A C3p_endo anti
105
- A11 : U C3p_exo anti
106
- A12 : U C3p_exo anti
107
- A13 : A C3p_exo anti
108
- A14 : C C3p_endo anti
109
- A15 : C C3p_endo anti
110
- A16 : U C3p_endo anti
111
- A17 : A C3p_endo anti
112
- A18 : U C3p_endo anti
113
- A19 : G C3p_endo anti
114
- A20 : C C3p_endo anti
115
- A21 : C C3p_endo anti
116
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
117
- A1-A2 : adjacent_5p upward
118
- A4-A5 : adjacent_5p upward
119
- A6-A7 : adjacent_5p upward
120
- A7-A8 : adjacent_5p upward
121
- A8-A9 : adjacent_5p upward
122
- A9-A10 : adjacent_5p upward
123
- A10-A11 : adjacent_5p upward
124
- A17-A18 : adjacent_5p upward
125
- A19-A20 : adjacent_5p upward
126
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
127
- A4-A19 : outward
128
- A6-A17 : outward
129
- A9-A15 : outward
130
- Number of stackings = 12
131
- Number of adjacent stackings = 9
132
- Number of non adjacent stackings = 3
133
- Base-pairs ------------------------------------------------------
134
- A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
135
- A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
136
- A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
137
- A4-A18 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
138
- A5-A17 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
139
- A8-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
140
- A9-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
141
- Residue conformations -------------------------------------------
142
- A1 : G C3p_endo anti
143
- A2 : G C3p_endo anti
144
- A3 : C C3p_endo anti
145
- A4 : G C3p_endo anti
146
- A5 : U C3p_endo anti
147
- A6 : A C4p_exo anti
148
- A7 : A C3p_endo anti
149
- A8 : G C3p_endo anti
150
- A9 : G C3p_endo anti
151
- A10 : A C3p_endo anti
152
- A11 : U C3p_exo anti
153
- A12 : U C3p_exo anti
154
- A13 : A C3p_exo anti
155
- A14 : C C3p_endo anti
156
- A15 : C C3p_endo anti
157
- A16 : U C3p_endo anti
158
- A17 : A C3p_endo anti
159
- A18 : U C3p_endo anti
160
- A19 : G C3p_endo anti
161
- A20 : C C3p_endo anti
162
- A21 : C C3p_endo anti
163
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
164
- A1-A2 : adjacent_5p upward
165
- A2-A3 : adjacent_5p upward
166
- A4-A5 : adjacent_5p upward
167
- A6-A7 : adjacent_5p upward
168
- A7-A8 : adjacent_5p upward
169
- A8-A9 : adjacent_5p upward
170
- A9-A10 : adjacent_5p upward
171
- A10-A11 : adjacent_5p upward
172
- A15-A16 : adjacent_5p upward
173
- A17-A18 : adjacent_5p upward
174
- A19-A20 : adjacent_5p upward
175
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
176
- A4-A19 : outward
177
- A6-A17 : outward
178
- Number of stackings = 13
179
- Number of adjacent stackings = 11
180
- Number of non adjacent stackings = 2
181
- Base-pairs ------------------------------------------------------
182
- A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
183
- A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
184
- A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
185
- A4-A18 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
186
- A5-A17 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
187
- A8-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
188
- A9-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
189
- Residue conformations -------------------------------------------
190
- A1 : G C3p_endo anti
191
- A2 : G C3p_endo anti
192
- A3 : C C3p_endo anti
193
- A4 : G C3p_endo anti
194
- A5 : U C3p_endo anti
195
- A6 : A O4p_endo anti
196
- A7 : A C3p_endo anti
197
- A8 : G C3p_endo anti
198
- A9 : G C3p_endo anti
199
- A10 : A C3p_endo anti
200
- A11 : U C3p_exo anti
201
- A12 : U C3p_exo anti
202
- A13 : A C3p_exo anti
203
- A14 : C C3p_endo anti
204
- A15 : C C3p_endo anti
205
- A16 : U C3p_endo anti
206
- A17 : A C3p_endo anti
207
- A18 : U C3p_endo anti
208
- A19 : G C3p_endo anti
209
- A20 : C C3p_endo anti
210
- A21 : C C3p_endo anti
211
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
212
- A1-A2 : adjacent_5p upward
213
- A2-A3 : adjacent_5p upward
214
- A4-A5 : adjacent_5p upward
215
- A6-A7 : adjacent_5p upward
216
- A7-A8 : adjacent_5p upward
217
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218
- A9-A10 : adjacent_5p upward
219
- A10-A11 : adjacent_5p upward
220
- A17-A18 : adjacent_5p upward
221
- A19-A20 : adjacent_5p upward
222
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
223
- A4-A19 : outward
224
- A6-A17 : outward
225
- A9-A15 : outward
226
- Number of stackings = 13
227
- Number of adjacent stackings = 10
228
- Number of non adjacent stackings = 3
229
- Base-pairs ------------------------------------------------------
230
- A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
231
- A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
232
- A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
233
- A4-A18 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
234
- A5-A17 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
235
- A8-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
236
- A9-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
237
- Residue conformations -------------------------------------------
238
- A1 : G C3p_endo anti
239
- A2 : G C3p_endo anti
240
- A3 : C C3p_endo anti
241
- A4 : G C3p_endo anti
242
- A5 : U C3p_endo anti
243
- A6 : A O4p_endo anti
244
- A7 : A C3p_endo anti
245
- A8 : G C3p_endo anti
246
- A9 : G C3p_endo anti
247
- A10 : A C3p_endo anti
248
- A11 : U C3p_exo anti
249
- A12 : U C3p_exo anti
250
- A13 : A C3p_exo anti
251
- A14 : C C3p_endo anti
252
- A15 : C C3p_endo anti
253
- A16 : U C3p_endo anti
254
- A17 : A C3p_endo anti
255
- A18 : U C3p_endo anti
256
- A19 : G C3p_endo anti
257
- A20 : C C3p_endo anti
258
- A21 : C C3p_endo anti
259
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
260
- A1-A2 : adjacent_5p upward
261
- A4-A5 : adjacent_5p upward
262
- A6-A7 : adjacent_5p upward
263
- A7-A8 : adjacent_5p upward
264
- A8-A9 : adjacent_5p upward
265
- A9-A10 : adjacent_5p upward
266
- A10-A11 : adjacent_5p upward
267
- A17-A18 : adjacent_5p upward
268
- A19-A20 : adjacent_5p upward
269
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
270
- A4-A19 : outward
271
- A6-A17 : outward
272
- Number of stackings = 11
273
- Number of adjacent stackings = 9
274
- Number of non adjacent stackings = 2
275
- Base-pairs ------------------------------------------------------
276
- A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
277
- A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
278
- A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
279
- A4-A18 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
280
- A5-A17 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
281
- A8-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
282
- A9-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
283
- Residue conformations -------------------------------------------
284
- A1 : G C3p_endo anti
285
- A2 : G C3p_endo anti
286
- A3 : C C3p_endo anti
287
- A4 : G C3p_endo anti
288
- A5 : U C3p_endo anti
289
- A6 : A C3p_endo anti
290
- A7 : A C3p_endo anti
291
- A8 : G C3p_endo anti
292
- A9 : G C3p_endo anti
293
- A10 : A C3p_endo anti
294
- A11 : U C3p_exo anti
295
- A12 : U C3p_exo anti
296
- A13 : A C3p_exo anti
297
- A14 : C C3p_endo anti
298
- A15 : C C3p_endo anti
299
- A16 : U C3p_endo anti
300
- A17 : A C3p_endo anti
301
- A18 : U C3p_endo anti
302
- A19 : G C3p_endo anti
303
- A20 : C C3p_endo anti
304
- A21 : C C3p_endo anti
305
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
306
- A1-A2 : adjacent_5p upward
307
- A4-A5 : adjacent_5p upward
308
- A6-A7 : adjacent_5p upward
309
- A7-A8 : adjacent_5p upward
310
- A8-A9 : adjacent_5p upward
311
- A9-A10 : adjacent_5p upward
312
- A10-A11 : adjacent_5p upward
313
- A16-A17 : adjacent_5p upward
314
- A17-A18 : adjacent_5p upward
315
- A19-A20 : adjacent_5p upward
316
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
317
- A4-A19 : outward
318
- A6-A17 : outward
319
- Number of stackings = 12
320
- Number of adjacent stackings = 10
321
- Number of non adjacent stackings = 2
322
- Base-pairs ------------------------------------------------------
323
- A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
324
- A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
325
- A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
326
- A4-A18 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
327
- A5-A17 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
328
- A6-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
329
- A8-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
330
- A9-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
331
- Residue conformations -------------------------------------------
332
- A1 : G C3p_endo anti
333
- A2 : G C3p_endo anti
334
- A3 : C C3p_endo anti
335
- A4 : G C3p_endo anti
336
- A5 : U C3p_endo anti
337
- A6 : A C3p_endo anti
338
- A7 : A C3p_endo anti
339
- A8 : G C3p_endo anti
340
- A9 : G C3p_endo anti
341
- A10 : A C3p_endo anti
342
- A11 : U C3p_exo anti
343
- A12 : U C3p_exo anti
344
- A13 : A C3p_exo anti
345
- A14 : C C3p_endo anti
346
- A15 : C C3p_endo anti
347
- A16 : U C3p_endo anti
348
- A17 : A C3p_endo anti
349
- A18 : U C3p_endo anti
350
- A19 : G C3p_endo anti
351
- A20 : C C3p_endo anti
352
- A21 : C C3p_endo anti
353
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
354
- A1-A2 : adjacent_5p upward
355
- A2-A3 : adjacent_5p upward
356
- A4-A5 : adjacent_5p upward
357
- A6-A7 : adjacent_5p upward
358
- A7-A8 : adjacent_5p upward
359
- A8-A9 : adjacent_5p upward
360
- A9-A10 : adjacent_5p upward
361
- A10-A11 : adjacent_5p upward
362
- A16-A17 : adjacent_5p upward
363
- A17-A18 : adjacent_5p upward
364
- A19-A20 : adjacent_5p upward
365
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
366
- A4-A19 : outward
367
- A6-A17 : outward
368
- Number of stackings = 13
369
- Number of adjacent stackings = 11
370
- Number of non adjacent stackings = 2
371
- Base-pairs ------------------------------------------------------
372
- A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
373
- A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
374
- A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
375
- A4-A18 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
376
- A5-A17 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
377
- A6-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
378
- A8-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
379
- A9-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
380
- Residue conformations -------------------------------------------
381
- A1 : G C3p_endo anti
382
- A2 : G C3p_endo anti
383
- A3 : C C3p_endo anti
384
- A4 : G C3p_endo anti
385
- A5 : U C3p_endo anti
386
- A6 : A C3p_endo anti
387
- A7 : A C3p_endo anti
388
- A8 : G C3p_endo anti
389
- A9 : G C3p_endo anti
390
- A10 : A C3p_endo anti
391
- A11 : U C3p_exo anti
392
- A12 : U C3p_exo anti
393
- A13 : A C3p_exo anti
394
- A14 : C C3p_endo anti
395
- A15 : C C3p_endo anti
396
- A16 : U C3p_endo anti
397
- A17 : A C3p_endo anti
398
- A18 : U C3p_endo anti
399
- A19 : G C3p_endo anti
400
- A20 : C C3p_endo anti
401
- A21 : C C3p_endo anti
402
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
403
- A1-A2 : adjacent_5p upward
404
- A2-A3 : adjacent_5p upward
405
- A4-A5 : adjacent_5p upward
406
- A6-A7 : adjacent_5p upward
407
- A7-A8 : adjacent_5p upward
408
- A9-A10 : adjacent_5p upward
409
- A10-A11 : adjacent_5p upward
410
- A16-A17 : adjacent_5p upward
411
- A17-A18 : adjacent_5p upward
412
- A19-A20 : adjacent_5p upward
413
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
414
- A4-A19 : outward
415
- A6-A17 : outward
416
- Number of stackings = 12
417
- Number of adjacent stackings = 10
418
- Number of non adjacent stackings = 2
419
- Base-pairs ------------------------------------------------------
420
- A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
421
- A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
422
- A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
423
- A4-A18 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
424
- A5-A17 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
425
- A6-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
426
- A8-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
427
- A9-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
428
- Residue conformations -------------------------------------------
429
- A1 : G C3p_endo anti
430
- A2 : G C3p_endo anti
431
- A3 : C C3p_endo anti
432
- A4 : G C3p_endo anti
433
- A5 : U C3p_endo anti
434
- A6 : A C3p_endo anti
435
- A7 : A C3p_endo anti
436
- A8 : G C3p_endo anti
437
- A9 : G C3p_endo anti
438
- A10 : A C3p_endo anti
439
- A11 : U C3p_exo anti
440
- A12 : U C3p_exo anti
441
- A13 : A C3p_exo anti
442
- A14 : C C3p_endo anti
443
- A15 : C C3p_endo anti
444
- A16 : U C3p_endo anti
445
- A17 : A C3p_endo anti
446
- A18 : U C3p_endo anti
447
- A19 : G C3p_endo anti
448
- A20 : C C3p_endo anti
449
- A21 : C C3p_endo anti
450
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
451
- A1-A2 : adjacent_5p upward
452
- A4-A5 : adjacent_5p upward
453
- A6-A7 : adjacent_5p upward
454
- A7-A8 : adjacent_5p upward
455
- A8-A9 : adjacent_5p upward
456
- A9-A10 : adjacent_5p upward
457
- A10-A11 : adjacent_5p upward
458
- A16-A17 : adjacent_5p upward
459
- A17-A18 : adjacent_5p upward
460
- A19-A20 : adjacent_5p upward
461
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
462
- A4-A19 : outward
463
- A6-A17 : outward
464
- Number of stackings = 12
465
- Number of adjacent stackings = 10
466
- Number of non adjacent stackings = 2
467
- Base-pairs ------------------------------------------------------
468
- A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
469
- A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
470
- A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
471
- A4-A18 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
472
- A5-A17 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
473
- A6-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
474
- A8-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
475
- A9-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
476
- Residue conformations -------------------------------------------
477
- A1 : G C3p_endo anti
478
- A2 : G C3p_endo anti
479
- A3 : C C3p_endo anti
480
- A4 : G C3p_endo anti
481
- A5 : U C3p_endo anti
482
- A6 : A C3p_endo anti
483
- A7 : A C3p_endo anti
484
- A8 : G C3p_endo anti
485
- A9 : G C3p_endo anti
486
- A10 : A C3p_endo anti
487
- A11 : U C3p_exo anti
488
- A12 : U C3p_exo anti
489
- A13 : A C3p_exo anti
490
- A14 : C C3p_endo anti
491
- A15 : C C3p_endo anti
492
- A16 : U C3p_endo anti
493
- A17 : A C3p_endo anti
494
- A18 : U C3p_endo anti
495
- A19 : G C3p_endo anti
496
- A20 : C C3p_endo anti
497
- A21 : C C3p_endo anti
498
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
499
- A1-A2 : adjacent_5p upward
500
- A4-A5 : adjacent_5p upward
501
- A6-A7 : adjacent_5p upward
502
- A7-A8 : adjacent_5p upward
503
- A8-A9 : adjacent_5p upward
504
- A9-A10 : adjacent_5p upward
505
- A10-A11 : adjacent_5p upward
506
- A16-A17 : adjacent_5p upward
507
- A17-A18 : adjacent_5p upward
508
- A19-A20 : adjacent_5p upward
509
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
510
- A4-A19 : outward
511
- A6-A17 : outward
512
- Number of stackings = 12
513
- Number of adjacent stackings = 10
514
- Number of non adjacent stackings = 2
515
- Base-pairs ------------------------------------------------------
516
- A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
517
- A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
518
- A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
519
- A4-A18 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
520
- A5-A17 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
521
- A6-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
522
- A8-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
523
- A9-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
524
- Residue conformations -------------------------------------------
525
- A1 : G C3p_endo anti
526
- A2 : G C3p_endo anti
527
- A3 : C C3p_endo anti
528
- A4 : G C3p_endo anti
529
- A5 : U C3p_endo anti
530
- A6 : A C3p_endo anti
531
- A7 : A C3p_endo anti
532
- A8 : G C3p_endo anti
533
- A9 : G C3p_endo anti
534
- A10 : A C3p_endo anti
535
- A11 : U C3p_exo anti
536
- A12 : U C3p_exo anti
537
- A13 : A C3p_exo anti
538
- A14 : C C3p_endo anti
539
- A15 : C C3p_endo anti
540
- A16 : U C3p_endo anti
541
- A17 : A C3p_endo anti
542
- A18 : U C3p_endo anti
543
- A19 : G C3p_endo anti
544
- A20 : C C3p_endo anti
545
- A21 : C C3p_endo anti
546
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
547
- A1-A2 : adjacent_5p upward
548
- A4-A5 : adjacent_5p upward
549
- A6-A7 : adjacent_5p upward
550
- A7-A8 : adjacent_5p upward
551
- A8-A9 : adjacent_5p upward
552
- A9-A10 : adjacent_5p upward
553
- A10-A11 : adjacent_5p upward
554
- A16-A17 : adjacent_5p upward
555
- A17-A18 : adjacent_5p upward
556
- A19-A20 : adjacent_5p upward
557
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
558
- A4-A19 : outward
559
- A6-A17 : outward
560
- Number of stackings = 12
561
- Number of adjacent stackings = 10
562
- Number of non adjacent stackings = 2
563
- Base-pairs ------------------------------------------------------
564
- A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
565
- A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
566
- A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
567
- A4-A18 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
568
- A5-A17 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
569
- A6-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
570
- A8-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
571
- A9-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1a1t_MC DELETED
@@ -1,2627 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- B201 : G C2p_exo anti
3
- B202 : G C2p_exo anti
4
- B203 : A C3p_endo anti
5
- B204 : C O4p_exo anti
6
- B205 : U C3p_endo anti
7
- B206 : A C3p_endo anti
8
- B207 : G C3p_endo anti
9
- B208 : C O4p_exo anti
10
- B209 : G O4p_exo anti
11
- B210 : G C4p_endo anti
12
- B211 : A C2p_endo anti
13
- B212 : G O4p_endo anti
14
- B213 : G C2p_exo anti
15
- B214 : C C2p_exo anti
16
- B215 : U C4p_exo anti
17
- B216 : A C4p_exo anti
18
- B217 : G C4p_exo anti
19
- B218 : U C3p_endo anti
20
- B219 : C C3p_endo anti
21
- B220 : C C3p_endo anti
22
- A1 : MET
23
- A2 : GLN
24
- A3 : LYS
25
- A4 : GLY
26
- A5 : ASN
27
- A6 : PHE
28
- A7 : ARG
29
- A8 : ASN
30
- A9 : GLN
31
- A10 : ARG
32
- A11 : LYS
33
- A12 : THR
34
- A13 : VAL
35
- A14 : LYS
36
- A15 : CYS
37
- A16 : PHE
38
- A17 : ASN
39
- A18 : CYS
40
- A19 : GLY
41
- A20 : LYS
42
- A21 : GLU
43
- A22 : GLY
44
- A23 : HIS
45
- A24 : ILE
46
- A25 : ALA
47
- A26 : LYS
48
- A27 : ASN
49
- A28 : CYS
50
- A29 : ARG
51
- A30 : ALA
52
- A31 : PRO
53
- A32 : ARG
54
- A33 : LYS
55
- A34 : LYS
56
- A35 : GLY
57
- A36 : CYS
58
- A37 : TRP
59
- A38 : LYS
60
- A39 : CYS
61
- A40 : GLY
62
- A41 : LYS
63
- A42 : GLU
64
- A43 : GLY
65
- A44 : HIS
66
- A45 : GLN
67
- A46 : MET
68
- A47 : LYS
69
- A48 : ASP
70
- A49 : CYS
71
- A50 : THR
72
- A51 : GLU
73
- A52 : ARG
74
- A53 : GLN
75
- A54 : ALA
76
- A55 : ASN
77
- A56 : ZN
78
- A57 : ZN
79
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
80
- B201-B202 : adjacent_5p upward
81
- B202-B203 : adjacent_5p upward
82
- B203-B204 : adjacent_5p upward
83
- B204-B205 : adjacent_5p upward
84
- B205-B206 : adjacent_5p upward
85
- B206-B207 : adjacent_5p upward
86
- B207-B208 : adjacent_5p upward
87
- B213-B214 : adjacent_5p upward
88
- B214-B215 : adjacent_5p upward
89
- B216-B217 : adjacent_5p upward
90
- B217-B218 : adjacent_5p upward
91
- B218-B219 : adjacent_5p upward
92
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
93
- Number of stackings = 12
94
- Number of adjacent stackings = 12
95
- Number of non adjacent stackings = 0
96
- Base-pairs ------------------------------------------------------
97
- A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
98
- A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
99
- B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
100
- B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
101
- B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
102
- B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
103
- B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
104
- B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
105
- B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
106
- B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
107
- Residue conformations -------------------------------------------
108
- B201 : G C3p_endo anti
109
- B202 : G C3p_endo anti
110
- B203 : A C3p_endo anti
111
- B204 : C C3p_endo anti
112
- B205 : U C4p_exo anti
113
- B206 : A C4p_exo anti
114
- B207 : G C4p_exo anti
115
- B208 : C C3p_endo anti
116
- B209 : G C3p_endo anti
117
- B210 : G C4p_endo anti
118
- B211 : A C2p_endo anti
119
- B212 : G C3p_endo anti
120
- B213 : G C2p_exo anti
121
- B214 : C C2p_exo anti
122
- B215 : U C4p_endo anti
123
- B216 : A C4p_exo anti
124
- B217 : G C4p_exo anti
125
- B218 : U C4p_exo anti
126
- B219 : C C3p_endo anti
127
- B220 : C C3p_endo anti
128
- A1 : MET
129
- A2 : GLN
130
- A3 : LYS
131
- A4 : GLY
132
- A5 : ASN
133
- A6 : PHE
134
- A7 : ARG
135
- A8 : ASN
136
- A9 : GLN
137
- A10 : ARG
138
- A11 : LYS
139
- A12 : THR
140
- A13 : VAL
141
- A14 : LYS
142
- A15 : CYS
143
- A16 : PHE
144
- A17 : ASN
145
- A18 : CYS
146
- A19 : GLY
147
- A20 : LYS
148
- A21 : GLU
149
- A22 : GLY
150
- A23 : HIS
151
- A24 : ILE
152
- A25 : ALA
153
- A26 : LYS
154
- A27 : ASN
155
- A28 : CYS
156
- A29 : ARG
157
- A30 : ALA
158
- A31 : PRO
159
- A32 : ARG
160
- A33 : LYS
161
- A34 : LYS
162
- A35 : GLY
163
- A36 : CYS
164
- A37 : TRP
165
- A38 : LYS
166
- A39 : CYS
167
- A40 : GLY
168
- A41 : LYS
169
- A42 : GLU
170
- A43 : GLY
171
- A44 : HIS
172
- A45 : GLN
173
- A46 : MET
174
- A47 : LYS
175
- A48 : ASP
176
- A49 : CYS
177
- A50 : THR
178
- A51 : GLU
179
- A52 : ARG
180
- A53 : GLN
181
- A54 : ALA
182
- A55 : ASN
183
- A56 : ZN
184
- A57 : ZN
185
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
186
- B202-B203 : adjacent_5p upward
187
- B203-B204 : adjacent_5p upward
188
- B204-B205 : adjacent_5p upward
189
- B206-B207 : adjacent_5p upward
190
- B207-B208 : adjacent_5p upward
191
- B208-B209 : adjacent_5p upward
192
- B213-B214 : adjacent_5p upward
193
- B214-B215 : adjacent_5p upward
194
- B216-B217 : adjacent_5p upward
195
- B217-B218 : adjacent_5p upward
196
- B218-B219 : adjacent_5p upward
197
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
198
- B209-B213 : outward
199
- Number of stackings = 12
200
- Number of adjacent stackings = 11
201
- Number of non adjacent stackings = 1
202
- Base-pairs ------------------------------------------------------
203
- A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
204
- B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
205
- B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
206
- B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
207
- B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
208
- B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
209
- B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
210
- B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
211
- B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
212
- B209-B212 : G-G Bs/O2P pairing
213
- Residue conformations -------------------------------------------
214
- B201 : G C3p_endo anti
215
- B202 : G C3p_endo anti
216
- B203 : A C4p_exo anti
217
- B204 : C C3p_endo anti
218
- B205 : U C4p_exo anti
219
- B206 : A C4p_exo anti
220
- B207 : G C4p_exo anti
221
- B208 : C C3p_endo anti
222
- B209 : G C2p_exo anti
223
- B210 : G C4p_endo anti
224
- B211 : A C2p_endo anti
225
- B212 : G C4p_exo anti
226
- B213 : G C1p_endo anti
227
- B214 : C C2p_exo anti
228
- B215 : U O4p_exo anti
229
- B216 : A C4p_exo anti
230
- B217 : G C3p_endo anti
231
- B218 : U C3p_endo anti
232
- B219 : C C3p_endo anti
233
- B220 : C C3p_endo anti
234
- A1 : MET
235
- A2 : GLN
236
- A3 : LYS
237
- A4 : GLY
238
- A5 : ASN
239
- A6 : PHE
240
- A7 : ARG
241
- A8 : ASN
242
- A9 : GLN
243
- A10 : ARG
244
- A11 : LYS
245
- A12 : THR
246
- A13 : VAL
247
- A14 : LYS
248
- A15 : CYS
249
- A16 : PHE
250
- A17 : ASN
251
- A18 : CYS
252
- A19 : GLY
253
- A20 : LYS
254
- A21 : GLU
255
- A22 : GLY
256
- A23 : HIS
257
- A24 : ILE
258
- A25 : ALA
259
- A26 : LYS
260
- A27 : ASN
261
- A28 : CYS
262
- A29 : ARG
263
- A30 : ALA
264
- A31 : PRO
265
- A32 : ARG
266
- A33 : LYS
267
- A34 : LYS
268
- A35 : GLY
269
- A36 : CYS
270
- A37 : TRP
271
- A38 : LYS
272
- A39 : CYS
273
- A40 : GLY
274
- A41 : LYS
275
- A42 : GLU
276
- A43 : GLY
277
- A44 : HIS
278
- A45 : GLN
279
- A46 : MET
280
- A47 : LYS
281
- A48 : ASP
282
- A49 : CYS
283
- A50 : THR
284
- A51 : GLU
285
- A52 : ARG
286
- A53 : GLN
287
- A54 : ALA
288
- A55 : ASN
289
- A56 : ZN
290
- A57 : ZN
291
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
292
- B203-B204 : adjacent_5p upward
293
- B204-B205 : adjacent_5p upward
294
- B205-B206 : adjacent_5p upward
295
- B206-B207 : adjacent_5p upward
296
- B207-B208 : adjacent_5p upward
297
- B213-B214 : adjacent_5p upward
298
- B214-B215 : adjacent_5p upward
299
- B216-B217 : adjacent_5p upward
300
- B217-B218 : adjacent_5p upward
301
- B218-B219 : adjacent_5p upward
302
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
303
- B209-B213 : outward
304
- Number of stackings = 11
305
- Number of adjacent stackings = 10
306
- Number of non adjacent stackings = 1
307
- Base-pairs ------------------------------------------------------
308
- A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
309
- B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
310
- B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
311
- B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
312
- B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
313
- B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
314
- B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
315
- B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
316
- B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
317
- Residue conformations -------------------------------------------
318
- B201 : G C3p_endo anti
319
- B202 : G C3p_endo anti
320
- B203 : A C3p_endo anti
321
- B204 : C O4p_exo anti
322
- B205 : U C2p_exo anti
323
- B206 : A C3p_endo anti
324
- B207 : G C4p_exo anti
325
- B208 : C C4p_exo anti
326
- B209 : G C3p_endo anti
327
- B210 : G C4p_endo anti
328
- B211 : A C2p_endo anti
329
- B212 : G C4p_exo anti
330
- B213 : G C1p_endo anti
331
- B214 : C C2p_exo anti
332
- B215 : U C4p_exo anti
333
- B216 : A C4p_exo anti
334
- B217 : G C4p_exo anti
335
- B218 : U C4p_exo anti
336
- B219 : C C3p_endo anti
337
- B220 : C C3p_endo anti
338
- A1 : MET
339
- A2 : GLN
340
- A3 : LYS
341
- A4 : GLY
342
- A5 : ASN
343
- A6 : PHE
344
- A7 : ARG
345
- A8 : ASN
346
- A9 : GLN
347
- A10 : ARG
348
- A11 : LYS
349
- A12 : THR
350
- A13 : VAL
351
- A14 : LYS
352
- A15 : CYS
353
- A16 : PHE
354
- A17 : ASN
355
- A18 : CYS
356
- A19 : GLY
357
- A20 : LYS
358
- A21 : GLU
359
- A22 : GLY
360
- A23 : HIS
361
- A24 : ILE
362
- A25 : ALA
363
- A26 : LYS
364
- A27 : ASN
365
- A28 : CYS
366
- A29 : ARG
367
- A30 : ALA
368
- A31 : PRO
369
- A32 : ARG
370
- A33 : LYS
371
- A34 : LYS
372
- A35 : GLY
373
- A36 : CYS
374
- A37 : TRP
375
- A38 : LYS
376
- A39 : CYS
377
- A40 : GLY
378
- A41 : LYS
379
- A42 : GLU
380
- A43 : GLY
381
- A44 : HIS
382
- A45 : GLN
383
- A46 : MET
384
- A47 : LYS
385
- A48 : ASP
386
- A49 : CYS
387
- A50 : THR
388
- A51 : GLU
389
- A52 : ARG
390
- A53 : GLN
391
- A54 : ALA
392
- A55 : ASN
393
- A56 : ZN
394
- A57 : ZN
395
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
396
- B201-B202 : adjacent_5p upward
397
- B203-B204 : adjacent_5p upward
398
- B204-B205 : adjacent_5p upward
399
- B206-B207 : adjacent_5p upward
400
- B208-B209 : adjacent_5p upward
401
- B213-B214 : adjacent_5p upward
402
- B214-B215 : adjacent_5p upward
403
- B216-B217 : adjacent_5p upward
404
- B217-B218 : adjacent_5p upward
405
- B218-B219 : adjacent_5p upward
406
- B219-B220 : adjacent_5p upward
407
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
408
- B206-B216 : outward
409
- Number of stackings = 12
410
- Number of adjacent stackings = 11
411
- Number of non adjacent stackings = 1
412
- Base-pairs ------------------------------------------------------
413
- A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
414
- B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
415
- B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
416
- B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
417
- B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
418
- B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
419
- B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
420
- B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
421
- B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
422
- Residue conformations -------------------------------------------
423
- B201 : G C3p_endo anti
424
- B202 : G C3p_endo anti
425
- B203 : A C4p_exo anti
426
- B204 : C C4p_exo anti
427
- B205 : U C4p_exo anti
428
- B206 : A C4p_exo anti
429
- B207 : G C4p_exo anti
430
- B208 : C C4p_exo anti
431
- B209 : G C4p_exo anti
432
- B210 : G C4p_endo anti
433
- B211 : A C3p_exo anti
434
- B212 : G C1p_exo anti
435
- B213 : G C2p_exo anti
436
- B214 : C C2p_exo anti
437
- B215 : U C2p_exo anti
438
- B216 : A C4p_exo anti
439
- B217 : G C4p_exo anti
440
- B218 : U C3p_endo anti
441
- B219 : C C3p_endo anti
442
- B220 : C C3p_endo anti
443
- A1 : MET
444
- A2 : GLN
445
- A3 : LYS
446
- A4 : GLY
447
- A5 : ASN
448
- A6 : PHE
449
- A7 : ARG
450
- A8 : ASN
451
- A9 : GLN
452
- A10 : ARG
453
- A11 : LYS
454
- A12 : THR
455
- A13 : VAL
456
- A14 : LYS
457
- A15 : CYS
458
- A16 : PHE
459
- A17 : ASN
460
- A18 : CYS
461
- A19 : GLY
462
- A20 : LYS
463
- A21 : GLU
464
- A22 : GLY
465
- A23 : HIS
466
- A24 : ILE
467
- A25 : ALA
468
- A26 : LYS
469
- A27 : ASN
470
- A28 : CYS
471
- A29 : ARG
472
- A30 : ALA
473
- A31 : PRO
474
- A32 : ARG
475
- A33 : LYS
476
- A34 : LYS
477
- A35 : GLY
478
- A36 : CYS
479
- A37 : TRP
480
- A38 : LYS
481
- A39 : CYS
482
- A40 : GLY
483
- A41 : LYS
484
- A42 : GLU
485
- A43 : GLY
486
- A44 : HIS
487
- A45 : GLN
488
- A46 : MET
489
- A47 : LYS
490
- A48 : ASP
491
- A49 : CYS
492
- A50 : THR
493
- A51 : GLU
494
- A52 : ARG
495
- A53 : GLN
496
- A54 : ALA
497
- A55 : ASN
498
- A56 : ZN
499
- A57 : ZN
500
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
501
- B201-B202 : adjacent_5p upward
502
- B202-B203 : adjacent_5p upward
503
- B203-B204 : adjacent_5p upward
504
- B204-B205 : adjacent_5p upward
505
- B205-B206 : adjacent_5p upward
506
- B206-B207 : adjacent_5p upward
507
- B207-B208 : adjacent_5p upward pairing
508
- B208-B209 : adjacent_5p upward
509
- B213-B214 : adjacent_5p upward
510
- B214-B215 : adjacent_5p upward
511
- B216-B217 : adjacent_5p upward
512
- B217-B218 : adjacent_5p upward
513
- B218-B219 : adjacent_5p upward
514
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
515
- Number of stackings = 13
516
- Number of adjacent stackings = 13
517
- Number of non adjacent stackings = 0
518
- Base-pairs ------------------------------------------------------
519
- A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
520
- A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
521
- B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
522
- B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
523
- B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
524
- B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
525
- B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
526
- B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
527
- B207-B208 : G-C O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
528
- B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
529
- B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
530
- Residue conformations -------------------------------------------
531
- B201 : G C3p_endo anti
532
- B202 : G C3p_endo anti
533
- B203 : A C3p_endo anti
534
- B204 : C C3p_endo anti
535
- B205 : U C4p_exo anti
536
- B206 : A C3p_endo anti
537
- B207 : G C4p_exo anti
538
- B208 : C C4p_exo anti
539
- B209 : G C3p_endo anti
540
- B210 : G C4p_endo anti
541
- B211 : A C2p_endo anti
542
- B212 : G O4p_endo anti
543
- B213 : G C2p_exo anti
544
- B214 : C C2p_exo anti
545
- B215 : U C4p_exo anti
546
- B216 : A C4p_exo anti
547
- B217 : G C4p_exo anti
548
- B218 : U C4p_exo anti
549
- B219 : C C3p_endo anti
550
- B220 : C C3p_endo anti
551
- A1 : MET
552
- A2 : GLN
553
- A3 : LYS
554
- A4 : GLY
555
- A5 : ASN
556
- A6 : PHE
557
- A7 : ARG
558
- A8 : ASN
559
- A9 : GLN
560
- A10 : ARG
561
- A11 : LYS
562
- A12 : THR
563
- A13 : VAL
564
- A14 : LYS
565
- A15 : CYS
566
- A16 : PHE
567
- A17 : ASN
568
- A18 : CYS
569
- A19 : GLY
570
- A20 : LYS
571
- A21 : GLU
572
- A22 : GLY
573
- A23 : HIS
574
- A24 : ILE
575
- A25 : ALA
576
- A26 : LYS
577
- A27 : ASN
578
- A28 : CYS
579
- A29 : ARG
580
- A30 : ALA
581
- A31 : PRO
582
- A32 : ARG
583
- A33 : LYS
584
- A34 : LYS
585
- A35 : GLY
586
- A36 : CYS
587
- A37 : TRP
588
- A38 : LYS
589
- A39 : CYS
590
- A40 : GLY
591
- A41 : LYS
592
- A42 : GLU
593
- A43 : GLY
594
- A44 : HIS
595
- A45 : GLN
596
- A46 : MET
597
- A47 : LYS
598
- A48 : ASP
599
- A49 : CYS
600
- A50 : THR
601
- A51 : GLU
602
- A52 : ARG
603
- A53 : GLN
604
- A54 : ALA
605
- A55 : ASN
606
- A56 : ZN
607
- A57 : ZN
608
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
609
- B203-B204 : adjacent_5p upward
610
- B204-B205 : adjacent_5p upward
611
- B205-B206 : adjacent_5p upward
612
- B206-B207 : adjacent_5p upward
613
- B207-B208 : adjacent_5p upward
614
- B208-B209 : adjacent_5p upward
615
- B213-B214 : adjacent_5p upward
616
- B214-B215 : adjacent_5p upward
617
- B216-B217 : adjacent_5p upward
618
- B217-B218 : adjacent_5p upward
619
- B218-B219 : adjacent_5p upward
620
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
621
- Number of stackings = 11
622
- Number of adjacent stackings = 11
623
- Number of non adjacent stackings = 0
624
- Base-pairs ------------------------------------------------------
625
- A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
626
- A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
627
- B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
628
- B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
629
- B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
630
- B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
631
- B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
632
- B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
633
- B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
634
- B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
635
- Residue conformations -------------------------------------------
636
- B201 : G C3p_endo anti
637
- B202 : G C3p_endo anti
638
- B203 : A C3p_endo anti
639
- B204 : C C3p_endo anti
640
- B205 : U C4p_exo anti
641
- B206 : A C3p_endo anti
642
- B207 : G C3p_endo anti
643
- B208 : C O4p_exo anti
644
- B209 : G C2p_exo anti
645
- B210 : G C4p_endo anti
646
- B211 : A C2p_endo anti
647
- B212 : G C4p_exo anti
648
- B213 : G C2p_exo anti
649
- B214 : C C3p_endo anti
650
- B215 : U C3p_endo anti
651
- B216 : A C4p_exo anti
652
- B217 : G C4p_exo anti
653
- B218 : U C4p_exo anti
654
- B219 : C C4p_exo anti
655
- B220 : C C3p_endo anti
656
- A1 : MET
657
- A2 : GLN
658
- A3 : LYS
659
- A4 : GLY
660
- A5 : ASN
661
- A6 : PHE
662
- A7 : ARG
663
- A8 : ASN
664
- A9 : GLN
665
- A10 : ARG
666
- A11 : LYS
667
- A12 : THR
668
- A13 : VAL
669
- A14 : LYS
670
- A15 : CYS
671
- A16 : PHE
672
- A17 : ASN
673
- A18 : CYS
674
- A19 : GLY
675
- A20 : LYS
676
- A21 : GLU
677
- A22 : GLY
678
- A23 : HIS
679
- A24 : ILE
680
- A25 : ALA
681
- A26 : LYS
682
- A27 : ASN
683
- A28 : CYS
684
- A29 : ARG
685
- A30 : ALA
686
- A31 : PRO
687
- A32 : ARG
688
- A33 : LYS
689
- A34 : LYS
690
- A35 : GLY
691
- A36 : CYS
692
- A37 : TRP
693
- A38 : LYS
694
- A39 : CYS
695
- A40 : GLY
696
- A41 : LYS
697
- A42 : GLU
698
- A43 : GLY
699
- A44 : HIS
700
- A45 : GLN
701
- A46 : MET
702
- A47 : LYS
703
- A48 : ASP
704
- A49 : CYS
705
- A50 : THR
706
- A51 : GLU
707
- A52 : ARG
708
- A53 : GLN
709
- A54 : ALA
710
- A55 : ASN
711
- A56 : ZN
712
- A57 : ZN
713
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
714
- B202-B203 : adjacent_5p upward
715
- B203-B204 : adjacent_5p upward
716
- B204-B205 : adjacent_5p upward
717
- B206-B207 : adjacent_5p upward
718
- B207-B208 : adjacent_5p upward
719
- B213-B214 : adjacent_5p upward
720
- B214-B215 : adjacent_5p upward
721
- B216-B217 : adjacent_5p upward
722
- B217-B218 : adjacent_5p upward
723
- B218-B219 : adjacent_5p upward
724
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
725
- Number of stackings = 10
726
- Number of adjacent stackings = 10
727
- Number of non adjacent stackings = 0
728
- Base-pairs ------------------------------------------------------
729
- A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
730
- A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
731
- B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
732
- B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
733
- B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
734
- B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
735
- B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
736
- B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
737
- B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
738
- B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
739
- Residue conformations -------------------------------------------
740
- B201 : G C3p_endo anti
741
- B202 : G C3p_endo anti
742
- B203 : A C3p_endo anti
743
- B204 : C C3p_endo anti
744
- B205 : U C4p_exo anti
745
- B206 : A C4p_exo anti
746
- B207 : G C4p_exo anti
747
- B208 : C C4p_exo anti
748
- B209 : G C2p_exo anti
749
- B210 : G O4p_exo anti
750
- B211 : A C2p_endo anti
751
- B212 : G C3p_endo anti
752
- B213 : G C2p_exo anti
753
- B214 : C C3p_endo anti
754
- B215 : U C4p_exo anti
755
- B216 : A C4p_exo anti
756
- B217 : G C4p_exo anti
757
- B218 : U C3p_endo anti
758
- B219 : C C3p_endo anti
759
- B220 : C C3p_endo anti
760
- A1 : MET
761
- A2 : GLN
762
- A3 : LYS
763
- A4 : GLY
764
- A5 : ASN
765
- A6 : PHE
766
- A7 : ARG
767
- A8 : ASN
768
- A9 : GLN
769
- A10 : ARG
770
- A11 : LYS
771
- A12 : THR
772
- A13 : VAL
773
- A14 : LYS
774
- A15 : CYS
775
- A16 : PHE
776
- A17 : ASN
777
- A18 : CYS
778
- A19 : GLY
779
- A20 : LYS
780
- A21 : GLU
781
- A22 : GLY
782
- A23 : HIS
783
- A24 : ILE
784
- A25 : ALA
785
- A26 : LYS
786
- A27 : ASN
787
- A28 : CYS
788
- A29 : ARG
789
- A30 : ALA
790
- A31 : PRO
791
- A32 : ARG
792
- A33 : LYS
793
- A34 : LYS
794
- A35 : GLY
795
- A36 : CYS
796
- A37 : TRP
797
- A38 : LYS
798
- A39 : CYS
799
- A40 : GLY
800
- A41 : LYS
801
- A42 : GLU
802
- A43 : GLY
803
- A44 : HIS
804
- A45 : GLN
805
- A46 : MET
806
- A47 : LYS
807
- A48 : ASP
808
- A49 : CYS
809
- A50 : THR
810
- A51 : GLU
811
- A52 : ARG
812
- A53 : GLN
813
- A54 : ALA
814
- A55 : ASN
815
- A56 : ZN
816
- A57 : ZN
817
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
818
- B201-B202 : adjacent_5p upward
819
- B203-B204 : adjacent_5p upward
820
- B204-B205 : adjacent_5p upward
821
- B206-B207 : adjacent_5p upward
822
- B207-B208 : adjacent_5p upward
823
- B208-B209 : adjacent_5p upward
824
- B213-B214 : adjacent_5p upward
825
- B214-B215 : adjacent_5p upward
826
- B216-B217 : adjacent_5p upward
827
- B217-B218 : adjacent_5p upward
828
- B218-B219 : adjacent_5p upward
829
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
830
- Number of stackings = 11
831
- Number of adjacent stackings = 11
832
- Number of non adjacent stackings = 0
833
- Base-pairs ------------------------------------------------------
834
- A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
835
- A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
836
- B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
837
- B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
838
- B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
839
- B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
840
- B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
841
- B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
842
- B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
843
- B208-B213 : C-G Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
844
- Residue conformations -------------------------------------------
845
- B201 : G C4p_exo syn
846
- B202 : G C2p_exo anti
847
- B203 : A C4p_exo anti
848
- B204 : C C4p_exo anti
849
- B205 : U C3p_endo anti
850
- B206 : A C4p_exo anti
851
- B207 : G C3p_endo anti
852
- B208 : C O4p_exo anti
853
- B209 : G C2p_exo anti
854
- B210 : G C4p_endo anti
855
- B211 : A C2p_endo anti
856
- B212 : G C4p_exo anti
857
- B213 : G O4p_exo anti
858
- B214 : C C2p_exo anti
859
- B215 : U C4p_exo anti
860
- B216 : A C4p_exo anti
861
- B217 : G C4p_exo anti
862
- B218 : U C4p_exo anti
863
- B219 : C C3p_endo anti
864
- B220 : C C1p_endo anti
865
- A1 : MET
866
- A2 : GLN
867
- A3 : LYS
868
- A4 : GLY
869
- A5 : ASN
870
- A6 : PHE
871
- A7 : ARG
872
- A8 : ASN
873
- A9 : GLN
874
- A10 : ARG
875
- A11 : LYS
876
- A12 : THR
877
- A13 : VAL
878
- A14 : LYS
879
- A15 : CYS
880
- A16 : PHE
881
- A17 : ASN
882
- A18 : CYS
883
- A19 : GLY
884
- A20 : LYS
885
- A21 : GLU
886
- A22 : GLY
887
- A23 : HIS
888
- A24 : ILE
889
- A25 : ALA
890
- A26 : LYS
891
- A27 : ASN
892
- A28 : CYS
893
- A29 : ARG
894
- A30 : ALA
895
- A31 : PRO
896
- A32 : ARG
897
- A33 : LYS
898
- A34 : LYS
899
- A35 : GLY
900
- A36 : CYS
901
- A37 : TRP
902
- A38 : LYS
903
- A39 : CYS
904
- A40 : GLY
905
- A41 : LYS
906
- A42 : GLU
907
- A43 : GLY
908
- A44 : HIS
909
- A45 : GLN
910
- A46 : MET
911
- A47 : LYS
912
- A48 : ASP
913
- A49 : CYS
914
- A50 : THR
915
- A51 : GLU
916
- A52 : ARG
917
- A53 : GLN
918
- A54 : ALA
919
- A55 : ASN
920
- A56 : ZN
921
- A57 : ZN
922
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
923
- B202-B203 : adjacent_5p upward
924
- B203-B204 : adjacent_5p upward
925
- B204-B205 : adjacent_5p upward
926
- B206-B207 : adjacent_5p upward
927
- B207-B208 : adjacent_5p upward
928
- B208-B209 : adjacent_5p upward
929
- B213-B214 : adjacent_5p upward
930
- B214-B215 : adjacent_5p upward
931
- B216-B217 : adjacent_5p upward
932
- B217-B218 : adjacent_5p upward
933
- B218-B219 : adjacent_5p upward
934
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
935
- Number of stackings = 11
936
- Number of adjacent stackings = 11
937
- Number of non adjacent stackings = 0
938
- Base-pairs ------------------------------------------------------
939
- A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
940
- A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
941
- B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
942
- B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
943
- B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
944
- B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
945
- B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
946
- B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
947
- B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
948
- B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
949
- Residue conformations -------------------------------------------
950
- B201 : G C3p_endo anti
951
- B202 : G C3p_endo anti
952
- B203 : A C3p_endo anti
953
- B204 : C C3p_endo anti
954
- B205 : U C3p_endo anti
955
- B206 : A C4p_exo anti
956
- B207 : G C4p_exo anti
957
- B208 : C O4p_exo anti
958
- B209 : G C1p_endo anti
959
- B210 : G C4p_endo anti
960
- B211 : A C2p_endo anti
961
- B212 : G C3p_endo anti
962
- B213 : G C2p_exo anti
963
- B214 : C C2p_exo anti
964
- B215 : U C3p_endo anti
965
- B216 : A C4p_exo anti
966
- B217 : G C4p_exo anti
967
- B218 : U C4p_exo anti
968
- B219 : C C4p_exo anti
969
- B220 : C C3p_endo anti
970
- A1 : MET
971
- A2 : GLN
972
- A3 : LYS
973
- A4 : GLY
974
- A5 : ASN
975
- A6 : PHE
976
- A7 : ARG
977
- A8 : ASN
978
- A9 : GLN
979
- A10 : ARG
980
- A11 : LYS
981
- A12 : THR
982
- A13 : VAL
983
- A14 : LYS
984
- A15 : CYS
985
- A16 : PHE
986
- A17 : ASN
987
- A18 : CYS
988
- A19 : GLY
989
- A20 : LYS
990
- A21 : GLU
991
- A22 : GLY
992
- A23 : HIS
993
- A24 : ILE
994
- A25 : ALA
995
- A26 : LYS
996
- A27 : ASN
997
- A28 : CYS
998
- A29 : ARG
999
- A30 : ALA
1000
- A31 : PRO
1001
- A32 : ARG
1002
- A33 : LYS
1003
- A34 : LYS
1004
- A35 : GLY
1005
- A36 : CYS
1006
- A37 : TRP
1007
- A38 : LYS
1008
- A39 : CYS
1009
- A40 : GLY
1010
- A41 : LYS
1011
- A42 : GLU
1012
- A43 : GLY
1013
- A44 : HIS
1014
- A45 : GLN
1015
- A46 : MET
1016
- A47 : LYS
1017
- A48 : ASP
1018
- A49 : CYS
1019
- A50 : THR
1020
- A51 : GLU
1021
- A52 : ARG
1022
- A53 : GLN
1023
- A54 : ALA
1024
- A55 : ASN
1025
- A56 : ZN
1026
- A57 : ZN
1027
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1028
- B201-B202 : adjacent_5p upward
1029
- B202-B203 : adjacent_5p upward
1030
- B203-B204 : adjacent_5p upward
1031
- B206-B207 : adjacent_5p upward
1032
- B207-B208 : adjacent_5p upward
1033
- B213-B214 : adjacent_5p upward
1034
- B214-B215 : adjacent_5p upward
1035
- B216-B217 : adjacent_5p upward
1036
- B217-B218 : adjacent_5p upward
1037
- B218-B219 : adjacent_5p upward
1038
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1039
- Number of stackings = 10
1040
- Number of adjacent stackings = 10
1041
- Number of non adjacent stackings = 0
1042
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1043
- A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
1044
- A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
1045
- B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1046
- B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1047
- B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1048
- B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1049
- B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1050
- B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1051
- B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1052
- B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1053
- B209-B212 : G-G Bs/O2P pairing
1054
- Residue conformations -------------------------------------------
1055
- B201 : G C3p_endo anti
1056
- B202 : G C3p_endo anti
1057
- B203 : A C3p_endo anti
1058
- B204 : C C3p_endo anti
1059
- B205 : U O4p_exo anti
1060
- B206 : A C4p_exo anti
1061
- B207 : G C3p_endo anti
1062
- B208 : C C4p_exo anti
1063
- B209 : G C2p_exo anti
1064
- B210 : G C4p_endo anti
1065
- B211 : A C3p_exo anti
1066
- B212 : G O4p_endo anti
1067
- B213 : G C2p_exo anti
1068
- B214 : C C3p_endo anti
1069
- B215 : U C3p_endo anti
1070
- B216 : A C4p_exo anti
1071
- B217 : G C4p_exo anti
1072
- B218 : U C4p_exo anti
1073
- B219 : C C4p_exo anti
1074
- B220 : C C3p_endo anti
1075
- A1 : MET
1076
- A2 : GLN
1077
- A3 : LYS
1078
- A4 : GLY
1079
- A5 : ASN
1080
- A6 : PHE
1081
- A7 : ARG
1082
- A8 : ASN
1083
- A9 : GLN
1084
- A10 : ARG
1085
- A11 : LYS
1086
- A12 : THR
1087
- A13 : VAL
1088
- A14 : LYS
1089
- A15 : CYS
1090
- A16 : PHE
1091
- A17 : ASN
1092
- A18 : CYS
1093
- A19 : GLY
1094
- A20 : LYS
1095
- A21 : GLU
1096
- A22 : GLY
1097
- A23 : HIS
1098
- A24 : ILE
1099
- A25 : ALA
1100
- A26 : LYS
1101
- A27 : ASN
1102
- A28 : CYS
1103
- A29 : ARG
1104
- A30 : ALA
1105
- A31 : PRO
1106
- A32 : ARG
1107
- A33 : LYS
1108
- A34 : LYS
1109
- A35 : GLY
1110
- A36 : CYS
1111
- A37 : TRP
1112
- A38 : LYS
1113
- A39 : CYS
1114
- A40 : GLY
1115
- A41 : LYS
1116
- A42 : GLU
1117
- A43 : GLY
1118
- A44 : HIS
1119
- A45 : GLN
1120
- A46 : MET
1121
- A47 : LYS
1122
- A48 : ASP
1123
- A49 : CYS
1124
- A50 : THR
1125
- A51 : GLU
1126
- A52 : ARG
1127
- A53 : GLN
1128
- A54 : ALA
1129
- A55 : ASN
1130
- A56 : ZN
1131
- A57 : ZN
1132
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1133
- B201-B202 : adjacent_5p upward
1134
- B202-B203 : adjacent_5p upward
1135
- B203-B204 : adjacent_5p upward
1136
- B204-B205 : adjacent_5p upward
1137
- B206-B207 : adjacent_5p upward
1138
- B207-B208 : adjacent_5p upward
1139
- B208-B209 : adjacent_5p upward
1140
- B213-B214 : adjacent_5p upward
1141
- B214-B215 : adjacent_5p upward
1142
- B216-B217 : adjacent_5p upward
1143
- B217-B218 : adjacent_5p upward
1144
- B218-B219 : adjacent_5p upward
1145
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1146
- Number of stackings = 12
1147
- Number of adjacent stackings = 12
1148
- Number of non adjacent stackings = 0
1149
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1150
- A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
1151
- B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1152
- B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1153
- B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1154
- B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1155
- B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1156
- B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1157
- B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1158
- B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1159
- Residue conformations -------------------------------------------
1160
- B201 : G C3p_endo anti
1161
- B202 : G C3p_endo anti
1162
- B203 : A C4p_exo anti
1163
- B204 : C C3p_endo anti
1164
- B205 : U C4p_exo anti
1165
- B206 : A C3p_endo anti
1166
- B207 : G C3p_endo anti
1167
- B208 : C C2p_exo anti
1168
- B209 : G O4p_exo anti
1169
- B210 : G C4p_endo anti
1170
- B211 : A C2p_endo anti
1171
- B212 : G C4p_exo anti
1172
- B213 : G C2p_exo anti
1173
- B214 : C C2p_exo anti
1174
- B215 : U C1p_endo anti
1175
- B216 : A C4p_exo anti
1176
- B217 : G C3p_endo anti
1177
- B218 : U C4p_exo anti
1178
- B219 : C C4p_exo anti
1179
- B220 : C C3p_endo anti
1180
- A1 : MET
1181
- A2 : GLN
1182
- A3 : LYS
1183
- A4 : GLY
1184
- A5 : ASN
1185
- A6 : PHE
1186
- A7 : ARG
1187
- A8 : ASN
1188
- A9 : GLN
1189
- A10 : ARG
1190
- A11 : LYS
1191
- A12 : THR
1192
- A13 : VAL
1193
- A14 : LYS
1194
- A15 : CYS
1195
- A16 : PHE
1196
- A17 : ASN
1197
- A18 : CYS
1198
- A19 : GLY
1199
- A20 : LYS
1200
- A21 : GLU
1201
- A22 : GLY
1202
- A23 : HIS
1203
- A24 : ILE
1204
- A25 : ALA
1205
- A26 : LYS
1206
- A27 : ASN
1207
- A28 : CYS
1208
- A29 : ARG
1209
- A30 : ALA
1210
- A31 : PRO
1211
- A32 : ARG
1212
- A33 : LYS
1213
- A34 : LYS
1214
- A35 : GLY
1215
- A36 : CYS
1216
- A37 : TRP
1217
- A38 : LYS
1218
- A39 : CYS
1219
- A40 : GLY
1220
- A41 : LYS
1221
- A42 : GLU
1222
- A43 : GLY
1223
- A44 : HIS
1224
- A45 : GLN
1225
- A46 : MET
1226
- A47 : LYS
1227
- A48 : ASP
1228
- A49 : CYS
1229
- A50 : THR
1230
- A51 : GLU
1231
- A52 : ARG
1232
- A53 : GLN
1233
- A54 : ALA
1234
- A55 : ASN
1235
- A56 : ZN
1236
- A57 : ZN
1237
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1238
- B201-B202 : adjacent_5p upward
1239
- B202-B203 : adjacent_5p upward
1240
- B203-B204 : adjacent_5p upward
1241
- B204-B205 : adjacent_5p upward
1242
- B206-B207 : adjacent_5p upward
1243
- B207-B208 : adjacent_5p upward
1244
- B208-B209 : adjacent_5p upward
1245
- B213-B214 : adjacent_5p upward
1246
- B214-B215 : adjacent_5p upward
1247
- B216-B217 : adjacent_5p upward
1248
- B217-B218 : adjacent_5p upward
1249
- B218-B219 : adjacent_5p upward
1250
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1251
- Number of stackings = 12
1252
- Number of adjacent stackings = 12
1253
- Number of non adjacent stackings = 0
1254
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1255
- A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
1256
- A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
1257
- B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1258
- B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1259
- B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1260
- B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1261
- B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1262
- B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1263
- B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1264
- B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1265
- B209-B212 : G-G Bs/O2P pairing
1266
- Residue conformations -------------------------------------------
1267
- B201 : G C3p_endo anti
1268
- B202 : G C3p_endo anti
1269
- B203 : A C3p_endo anti
1270
- B204 : C C3p_endo anti
1271
- B205 : U C3p_endo anti
1272
- B206 : A C3p_endo anti
1273
- B207 : G C3p_endo anti
1274
- B208 : C O4p_exo anti
1275
- B209 : G C1p_endo anti
1276
- B210 : G C4p_endo anti
1277
- B211 : A C2p_endo anti
1278
- B212 : G C4p_exo anti
1279
- B213 : G C2p_exo anti
1280
- B214 : C C3p_endo anti
1281
- B215 : U C4p_exo anti
1282
- B216 : A C4p_exo anti
1283
- B217 : G C4p_exo anti
1284
- B218 : U C3p_endo anti
1285
- B219 : C C2p_exo anti
1286
- B220 : C C3p_endo anti
1287
- A1 : MET
1288
- A2 : GLN
1289
- A3 : LYS
1290
- A4 : GLY
1291
- A5 : ASN
1292
- A6 : PHE
1293
- A7 : ARG
1294
- A8 : ASN
1295
- A9 : GLN
1296
- A10 : ARG
1297
- A11 : LYS
1298
- A12 : THR
1299
- A13 : VAL
1300
- A14 : LYS
1301
- A15 : CYS
1302
- A16 : PHE
1303
- A17 : ASN
1304
- A18 : CYS
1305
- A19 : GLY
1306
- A20 : LYS
1307
- A21 : GLU
1308
- A22 : GLY
1309
- A23 : HIS
1310
- A24 : ILE
1311
- A25 : ALA
1312
- A26 : LYS
1313
- A27 : ASN
1314
- A28 : CYS
1315
- A29 : ARG
1316
- A30 : ALA
1317
- A31 : PRO
1318
- A32 : ARG
1319
- A33 : LYS
1320
- A34 : LYS
1321
- A35 : GLY
1322
- A36 : CYS
1323
- A37 : TRP
1324
- A38 : LYS
1325
- A39 : CYS
1326
- A40 : GLY
1327
- A41 : LYS
1328
- A42 : GLU
1329
- A43 : GLY
1330
- A44 : HIS
1331
- A45 : GLN
1332
- A46 : MET
1333
- A47 : LYS
1334
- A48 : ASP
1335
- A49 : CYS
1336
- A50 : THR
1337
- A51 : GLU
1338
- A52 : ARG
1339
- A53 : GLN
1340
- A54 : ALA
1341
- A55 : ASN
1342
- A56 : ZN
1343
- A57 : ZN
1344
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1345
- B202-B203 : adjacent_5p upward
1346
- B203-B204 : adjacent_5p upward
1347
- B204-B205 : adjacent_5p upward
1348
- B206-B207 : adjacent_5p upward
1349
- B207-B208 : adjacent_5p upward
1350
- B208-B209 : adjacent_5p upward
1351
- B213-B214 : adjacent_5p upward
1352
- B214-B215 : adjacent_5p upward
1353
- B216-B217 : adjacent_5p upward
1354
- B217-B218 : adjacent_5p upward
1355
- B218-B219 : adjacent_5p upward
1356
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1357
- Number of stackings = 11
1358
- Number of adjacent stackings = 11
1359
- Number of non adjacent stackings = 0
1360
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1361
- A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
1362
- B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1363
- B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1364
- B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1365
- B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1366
- B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1367
- B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1368
- B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1369
- B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1370
- B209-B212 : G-G Wh/Sw pairing parallel cis one_hbond 114
1371
- Residue conformations -------------------------------------------
1372
- B201 : G C3p_endo anti
1373
- B202 : G C3p_endo anti
1374
- B203 : A C3p_endo anti
1375
- B204 : C O4p_exo anti
1376
- B205 : U C3p_endo anti
1377
- B206 : A C4p_exo anti
1378
- B207 : G C4p_exo anti
1379
- B208 : C C4p_exo anti
1380
- B209 : G C3p_endo anti
1381
- B210 : G C4p_endo anti
1382
- B211 : A C2p_endo anti
1383
- B212 : G C4p_exo anti
1384
- B213 : G C1p_endo anti
1385
- B214 : C C3p_endo anti
1386
- B215 : U C2p_exo anti
1387
- B216 : A C4p_exo anti
1388
- B217 : G C4p_exo anti
1389
- B218 : U C4p_exo anti
1390
- B219 : C C4p_exo anti
1391
- B220 : C C4p_exo anti
1392
- A1 : MET
1393
- A2 : GLN
1394
- A3 : LYS
1395
- A4 : GLY
1396
- A5 : ASN
1397
- A6 : PHE
1398
- A7 : ARG
1399
- A8 : ASN
1400
- A9 : GLN
1401
- A10 : ARG
1402
- A11 : LYS
1403
- A12 : THR
1404
- A13 : VAL
1405
- A14 : LYS
1406
- A15 : CYS
1407
- A16 : PHE
1408
- A17 : ASN
1409
- A18 : CYS
1410
- A19 : GLY
1411
- A20 : LYS
1412
- A21 : GLU
1413
- A22 : GLY
1414
- A23 : HIS
1415
- A24 : ILE
1416
- A25 : ALA
1417
- A26 : LYS
1418
- A27 : ASN
1419
- A28 : CYS
1420
- A29 : ARG
1421
- A30 : ALA
1422
- A31 : PRO
1423
- A32 : ARG
1424
- A33 : LYS
1425
- A34 : LYS
1426
- A35 : GLY
1427
- A36 : CYS
1428
- A37 : TRP
1429
- A38 : LYS
1430
- A39 : CYS
1431
- A40 : GLY
1432
- A41 : LYS
1433
- A42 : GLU
1434
- A43 : GLY
1435
- A44 : HIS
1436
- A45 : GLN
1437
- A46 : MET
1438
- A47 : LYS
1439
- A48 : ASP
1440
- A49 : CYS
1441
- A50 : THR
1442
- A51 : GLU
1443
- A52 : ARG
1444
- A53 : GLN
1445
- A54 : ALA
1446
- A55 : ASN
1447
- A56 : ZN
1448
- A57 : ZN
1449
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1450
- B202-B203 : adjacent_5p upward
1451
- B203-B204 : adjacent_5p upward
1452
- B205-B206 : adjacent_5p upward
1453
- B206-B207 : adjacent_5p upward
1454
- B207-B208 : adjacent_5p upward
1455
- B208-B209 : adjacent_5p upward
1456
- B213-B214 : adjacent_5p upward
1457
- B214-B215 : adjacent_5p upward
1458
- B216-B217 : adjacent_5p upward
1459
- B217-B218 : adjacent_5p upward
1460
- B218-B219 : adjacent_5p upward
1461
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1462
- Number of stackings = 11
1463
- Number of adjacent stackings = 11
1464
- Number of non adjacent stackings = 0
1465
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1466
- A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
1467
- A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
1468
- B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1469
- B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1470
- B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1471
- B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1472
- B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1473
- B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1474
- B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1475
- B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1476
- Residue conformations -------------------------------------------
1477
- B201 : G C3p_endo anti
1478
- B202 : G C3p_endo anti
1479
- B203 : A C3p_endo anti
1480
- B204 : C C4p_exo anti
1481
- B205 : U C4p_exo anti
1482
- B206 : A C3p_endo anti
1483
- B207 : G C3p_endo anti
1484
- B208 : C C1p_endo anti
1485
- B209 : G C4p_exo anti
1486
- B210 : G C4p_endo anti
1487
- B211 : A C3p_exo anti
1488
- B212 : G C4p_exo anti
1489
- B213 : G C2p_exo anti
1490
- B214 : C C2p_exo anti
1491
- B215 : U C4p_endo anti
1492
- B216 : A C4p_exo anti
1493
- B217 : G C3p_endo anti
1494
- B218 : U C3p_endo anti
1495
- B219 : C C4p_endo anti
1496
- B220 : C C4p_exo anti
1497
- A1 : MET
1498
- A2 : GLN
1499
- A3 : LYS
1500
- A4 : GLY
1501
- A5 : ASN
1502
- A6 : PHE
1503
- A7 : ARG
1504
- A8 : ASN
1505
- A9 : GLN
1506
- A10 : ARG
1507
- A11 : LYS
1508
- A12 : THR
1509
- A13 : VAL
1510
- A14 : LYS
1511
- A15 : CYS
1512
- A16 : PHE
1513
- A17 : ASN
1514
- A18 : CYS
1515
- A19 : GLY
1516
- A20 : LYS
1517
- A21 : GLU
1518
- A22 : GLY
1519
- A23 : HIS
1520
- A24 : ILE
1521
- A25 : ALA
1522
- A26 : LYS
1523
- A27 : ASN
1524
- A28 : CYS
1525
- A29 : ARG
1526
- A30 : ALA
1527
- A31 : PRO
1528
- A32 : ARG
1529
- A33 : LYS
1530
- A34 : LYS
1531
- A35 : GLY
1532
- A36 : CYS
1533
- A37 : TRP
1534
- A38 : LYS
1535
- A39 : CYS
1536
- A40 : GLY
1537
- A41 : LYS
1538
- A42 : GLU
1539
- A43 : GLY
1540
- A44 : HIS
1541
- A45 : GLN
1542
- A46 : MET
1543
- A47 : LYS
1544
- A48 : ASP
1545
- A49 : CYS
1546
- A50 : THR
1547
- A51 : GLU
1548
- A52 : ARG
1549
- A53 : GLN
1550
- A54 : ALA
1551
- A55 : ASN
1552
- A56 : ZN
1553
- A57 : ZN
1554
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1555
- B201-B202 : adjacent_5p upward
1556
- B202-B203 : adjacent_5p upward
1557
- B203-B204 : adjacent_5p upward
1558
- B204-B205 : adjacent_5p upward
1559
- B206-B207 : adjacent_5p upward
1560
- B207-B208 : adjacent_5p upward
1561
- B213-B214 : adjacent_5p upward
1562
- B214-B215 : adjacent_5p upward
1563
- B216-B217 : adjacent_5p upward
1564
- B217-B218 : adjacent_5p upward
1565
- B218-B219 : adjacent_5p upward
1566
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1567
- Number of stackings = 11
1568
- Number of adjacent stackings = 11
1569
- Number of non adjacent stackings = 0
1570
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1571
- A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
1572
- A46-B210 : MET-G pairing
1573
- B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1574
- B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1575
- B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1576
- B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1577
- B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1578
- B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1579
- B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1580
- B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1581
- B209-B212 : G-G Hw/Sw pairing antiparallel trans one_hbond 112
1582
- Residue conformations -------------------------------------------
1583
- B201 : G C3p_endo anti
1584
- B202 : G C3p_endo anti
1585
- B203 : A C2p_exo anti
1586
- B204 : C C3p_endo anti
1587
- B205 : U C3p_endo anti
1588
- B206 : A C4p_exo anti
1589
- B207 : G C4p_exo anti
1590
- B208 : C C4p_exo anti
1591
- B209 : G C3p_endo anti
1592
- B210 : G C4p_endo anti
1593
- B211 : A C1p_exo anti
1594
- B212 : G O4p_endo anti
1595
- B213 : G C2p_exo anti
1596
- B214 : C C3p_endo anti
1597
- B215 : U C4p_endo anti
1598
- B216 : A C4p_exo anti
1599
- B217 : G C4p_exo anti
1600
- B218 : U C3p_endo anti
1601
- B219 : C C2p_exo anti
1602
- B220 : C C4p_endo anti
1603
- A1 : MET
1604
- A2 : GLN
1605
- A3 : LYS
1606
- A4 : GLY
1607
- A5 : ASN
1608
- A6 : PHE
1609
- A7 : ARG
1610
- A8 : ASN
1611
- A9 : GLN
1612
- A10 : ARG
1613
- A11 : LYS
1614
- A12 : THR
1615
- A13 : VAL
1616
- A14 : LYS
1617
- A15 : CYS
1618
- A16 : PHE
1619
- A17 : ASN
1620
- A18 : CYS
1621
- A19 : GLY
1622
- A20 : LYS
1623
- A21 : GLU
1624
- A22 : GLY
1625
- A23 : HIS
1626
- A24 : ILE
1627
- A25 : ALA
1628
- A26 : LYS
1629
- A27 : ASN
1630
- A28 : CYS
1631
- A29 : ARG
1632
- A30 : ALA
1633
- A31 : PRO
1634
- A32 : ARG
1635
- A33 : LYS
1636
- A34 : LYS
1637
- A35 : GLY
1638
- A36 : CYS
1639
- A37 : TRP
1640
- A38 : LYS
1641
- A39 : CYS
1642
- A40 : GLY
1643
- A41 : LYS
1644
- A42 : GLU
1645
- A43 : GLY
1646
- A44 : HIS
1647
- A45 : GLN
1648
- A46 : MET
1649
- A47 : LYS
1650
- A48 : ASP
1651
- A49 : CYS
1652
- A50 : THR
1653
- A51 : GLU
1654
- A52 : ARG
1655
- A53 : GLN
1656
- A54 : ALA
1657
- A55 : ASN
1658
- A56 : ZN
1659
- A57 : ZN
1660
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1661
- B201-B202 : adjacent_5p upward
1662
- B202-B203 : adjacent_5p upward
1663
- B203-B204 : adjacent_5p upward
1664
- B204-B205 : adjacent_5p upward
1665
- B205-B206 : adjacent_5p upward
1666
- B206-B207 : adjacent_5p upward
1667
- B207-B208 : adjacent_5p upward
1668
- B208-B209 : adjacent_5p upward
1669
- B213-B214 : adjacent_5p upward
1670
- B214-B215 : adjacent_5p upward
1671
- B216-B217 : adjacent_5p upward
1672
- B217-B218 : adjacent_5p upward
1673
- B218-B219 : adjacent_5p upward
1674
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1675
- Number of stackings = 13
1676
- Number of adjacent stackings = 13
1677
- Number of non adjacent stackings = 0
1678
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1679
- A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
1680
- B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1681
- B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1682
- B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1683
- B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1684
- B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1685
- B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1686
- B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1687
- B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1688
- Residue conformations -------------------------------------------
1689
- B201 : G C3p_endo anti
1690
- B202 : G C3p_endo anti
1691
- B203 : A C3p_endo anti
1692
- B204 : C C3p_endo anti
1693
- B205 : U C4p_exo anti
1694
- B206 : A C4p_exo anti
1695
- B207 : G C4p_exo anti
1696
- B208 : C C4p_exo anti
1697
- B209 : G C4p_exo anti
1698
- B210 : G C4p_endo anti
1699
- B211 : A C2p_endo anti
1700
- B212 : G C4p_exo anti
1701
- B213 : G C2p_exo anti
1702
- B214 : C C2p_exo anti
1703
- B215 : U O4p_exo anti
1704
- B216 : A C4p_exo anti
1705
- B217 : G C4p_exo anti
1706
- B218 : U C4p_exo anti
1707
- B219 : C C4p_exo anti
1708
- B220 : C C3p_endo anti
1709
- A1 : MET
1710
- A2 : GLN
1711
- A3 : LYS
1712
- A4 : GLY
1713
- A5 : ASN
1714
- A6 : PHE
1715
- A7 : ARG
1716
- A8 : ASN
1717
- A9 : GLN
1718
- A10 : ARG
1719
- A11 : LYS
1720
- A12 : THR
1721
- A13 : VAL
1722
- A14 : LYS
1723
- A15 : CYS
1724
- A16 : PHE
1725
- A17 : ASN
1726
- A18 : CYS
1727
- A19 : GLY
1728
- A20 : LYS
1729
- A21 : GLU
1730
- A22 : GLY
1731
- A23 : HIS
1732
- A24 : ILE
1733
- A25 : ALA
1734
- A26 : LYS
1735
- A27 : ASN
1736
- A28 : CYS
1737
- A29 : ARG
1738
- A30 : ALA
1739
- A31 : PRO
1740
- A32 : ARG
1741
- A33 : LYS
1742
- A34 : LYS
1743
- A35 : GLY
1744
- A36 : CYS
1745
- A37 : TRP
1746
- A38 : LYS
1747
- A39 : CYS
1748
- A40 : GLY
1749
- A41 : LYS
1750
- A42 : GLU
1751
- A43 : GLY
1752
- A44 : HIS
1753
- A45 : GLN
1754
- A46 : MET
1755
- A47 : LYS
1756
- A48 : ASP
1757
- A49 : CYS
1758
- A50 : THR
1759
- A51 : GLU
1760
- A52 : ARG
1761
- A53 : GLN
1762
- A54 : ALA
1763
- A55 : ASN
1764
- A56 : ZN
1765
- A57 : ZN
1766
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1767
- B201-B202 : adjacent_5p upward
1768
- B202-B203 : adjacent_5p upward
1769
- B203-B204 : adjacent_5p upward
1770
- B204-B205 : adjacent_5p upward
1771
- B205-B206 : adjacent_5p upward
1772
- B206-B207 : adjacent_5p upward
1773
- B208-B209 : adjacent_5p upward
1774
- B213-B214 : adjacent_5p upward
1775
- B214-B215 : adjacent_5p upward
1776
- B216-B217 : adjacent_5p upward
1777
- B217-B218 : adjacent_5p upward
1778
- B218-B219 : adjacent_5p upward
1779
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1780
- Number of stackings = 12
1781
- Number of adjacent stackings = 12
1782
- Number of non adjacent stackings = 0
1783
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1784
- A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
1785
- A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
1786
- B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1787
- B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1788
- B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1789
- B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1790
- B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1791
- B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1792
- B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1793
- B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1794
- Residue conformations -------------------------------------------
1795
- B201 : G C3p_endo anti
1796
- B202 : G C3p_endo anti
1797
- B203 : A C3p_endo anti
1798
- B204 : C C3p_endo anti
1799
- B205 : U C4p_exo anti
1800
- B206 : A C3p_endo anti
1801
- B207 : G C3p_endo anti
1802
- B208 : C C1p_endo anti
1803
- B209 : G O4p_exo anti
1804
- B210 : G C4p_endo anti
1805
- B211 : A C2p_endo anti
1806
- B212 : G O4p_endo anti
1807
- B213 : G C2p_exo anti
1808
- B214 : C C3p_endo anti
1809
- B215 : U C4p_exo anti
1810
- B216 : A C4p_exo anti
1811
- B217 : G C4p_exo anti
1812
- B218 : U C3p_endo anti
1813
- B219 : C C4p_endo anti
1814
- B220 : C C4p_exo anti
1815
- A1 : MET
1816
- A2 : GLN
1817
- A3 : LYS
1818
- A4 : GLY
1819
- A5 : ASN
1820
- A6 : PHE
1821
- A7 : ARG
1822
- A8 : ASN
1823
- A9 : GLN
1824
- A10 : ARG
1825
- A11 : LYS
1826
- A12 : THR
1827
- A13 : VAL
1828
- A14 : LYS
1829
- A15 : CYS
1830
- A16 : PHE
1831
- A17 : ASN
1832
- A18 : CYS
1833
- A19 : GLY
1834
- A20 : LYS
1835
- A21 : GLU
1836
- A22 : GLY
1837
- A23 : HIS
1838
- A24 : ILE
1839
- A25 : ALA
1840
- A26 : LYS
1841
- A27 : ASN
1842
- A28 : CYS
1843
- A29 : ARG
1844
- A30 : ALA
1845
- A31 : PRO
1846
- A32 : ARG
1847
- A33 : LYS
1848
- A34 : LYS
1849
- A35 : GLY
1850
- A36 : CYS
1851
- A37 : TRP
1852
- A38 : LYS
1853
- A39 : CYS
1854
- A40 : GLY
1855
- A41 : LYS
1856
- A42 : GLU
1857
- A43 : GLY
1858
- A44 : HIS
1859
- A45 : GLN
1860
- A46 : MET
1861
- A47 : LYS
1862
- A48 : ASP
1863
- A49 : CYS
1864
- A50 : THR
1865
- A51 : GLU
1866
- A52 : ARG
1867
- A53 : GLN
1868
- A54 : ALA
1869
- A55 : ASN
1870
- A56 : ZN
1871
- A57 : ZN
1872
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1873
- B201-B202 : adjacent_5p upward
1874
- B202-B203 : adjacent_5p upward
1875
- B203-B204 : adjacent_5p upward
1876
- B205-B206 : adjacent_5p upward
1877
- B206-B207 : adjacent_5p upward
1878
- B207-B208 : adjacent_5p upward
1879
- B208-B209 : adjacent_5p upward
1880
- B213-B214 : adjacent_5p upward
1881
- B214-B215 : adjacent_5p upward
1882
- B216-B217 : adjacent_5p upward
1883
- B217-B218 : adjacent_5p upward
1884
- B218-B219 : adjacent_5p upward
1885
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1886
- Number of stackings = 12
1887
- Number of adjacent stackings = 12
1888
- Number of non adjacent stackings = 0
1889
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1890
- A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
1891
- B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1892
- B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1893
- B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1894
- B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1895
- B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1896
- B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1897
- B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1898
- B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1899
- B209-B212 : G-G Bs/O2P pairing
1900
- Residue conformations -------------------------------------------
1901
- B201 : G C3p_endo anti
1902
- B202 : G C3p_endo anti
1903
- B203 : A C3p_endo anti
1904
- B204 : C C3p_endo anti
1905
- B205 : U C3p_endo anti
1906
- B206 : A C3p_endo anti
1907
- B207 : G C4p_exo anti
1908
- B208 : C O4p_exo anti
1909
- B209 : G O4p_exo anti
1910
- B210 : G C4p_endo anti
1911
- B211 : A C2p_endo anti
1912
- B212 : G C3p_endo anti
1913
- B213 : G C2p_exo anti
1914
- B214 : C C3p_endo anti
1915
- B215 : U C3p_endo anti
1916
- B216 : A C4p_exo anti
1917
- B217 : G C4p_exo anti
1918
- B218 : U C4p_exo anti
1919
- B219 : C C3p_endo anti
1920
- B220 : C C4p_endo anti
1921
- A1 : MET
1922
- A2 : GLN
1923
- A3 : LYS
1924
- A4 : GLY
1925
- A5 : ASN
1926
- A6 : PHE
1927
- A7 : ARG
1928
- A8 : ASN
1929
- A9 : GLN
1930
- A10 : ARG
1931
- A11 : LYS
1932
- A12 : THR
1933
- A13 : VAL
1934
- A14 : LYS
1935
- A15 : CYS
1936
- A16 : PHE
1937
- A17 : ASN
1938
- A18 : CYS
1939
- A19 : GLY
1940
- A20 : LYS
1941
- A21 : GLU
1942
- A22 : GLY
1943
- A23 : HIS
1944
- A24 : ILE
1945
- A25 : ALA
1946
- A26 : LYS
1947
- A27 : ASN
1948
- A28 : CYS
1949
- A29 : ARG
1950
- A30 : ALA
1951
- A31 : PRO
1952
- A32 : ARG
1953
- A33 : LYS
1954
- A34 : LYS
1955
- A35 : GLY
1956
- A36 : CYS
1957
- A37 : TRP
1958
- A38 : LYS
1959
- A39 : CYS
1960
- A40 : GLY
1961
- A41 : LYS
1962
- A42 : GLU
1963
- A43 : GLY
1964
- A44 : HIS
1965
- A45 : GLN
1966
- A46 : MET
1967
- A47 : LYS
1968
- A48 : ASP
1969
- A49 : CYS
1970
- A50 : THR
1971
- A51 : GLU
1972
- A52 : ARG
1973
- A53 : GLN
1974
- A54 : ALA
1975
- A55 : ASN
1976
- A56 : ZN
1977
- A57 : ZN
1978
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1979
- B201-B202 : adjacent_5p upward
1980
- B202-B203 : adjacent_5p upward
1981
- B203-B204 : adjacent_5p upward
1982
- B204-B205 : adjacent_5p upward
1983
- B206-B207 : adjacent_5p upward
1984
- B207-B208 : adjacent_5p upward
1985
- B213-B214 : adjacent_5p upward
1986
- B214-B215 : adjacent_5p upward
1987
- B216-B217 : adjacent_5p upward
1988
- B217-B218 : adjacent_5p upward
1989
- B218-B219 : adjacent_5p upward
1990
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1991
- Number of stackings = 11
1992
- Number of adjacent stackings = 11
1993
- Number of non adjacent stackings = 0
1994
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1995
- A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
1996
- A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
1997
- B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1998
- B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1999
- B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2000
- B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2001
- B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2002
- B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2003
- B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2004
- B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
2005
- Residue conformations -------------------------------------------
2006
- B201 : G C3p_endo anti
2007
- B202 : G C3p_endo anti
2008
- B203 : A C3p_endo anti
2009
- B204 : C C3p_endo anti
2010
- B205 : U C4p_exo anti
2011
- B206 : A C4p_exo anti
2012
- B207 : G C4p_exo anti
2013
- B208 : C C3p_endo anti
2014
- B209 : G C3p_endo anti
2015
- B210 : G O4p_exo anti
2016
- B211 : A C2p_endo anti
2017
- B212 : G C4p_exo anti
2018
- B213 : G C1p_endo anti
2019
- B214 : C C3p_endo anti
2020
- B215 : U C4p_endo anti
2021
- B216 : A C4p_exo anti
2022
- B217 : G C3p_endo anti
2023
- B218 : U C3p_endo anti
2024
- B219 : C C3p_endo anti
2025
- B220 : C C3p_endo anti
2026
- A1 : MET
2027
- A2 : GLN
2028
- A3 : LYS
2029
- A4 : GLY
2030
- A5 : ASN
2031
- A6 : PHE
2032
- A7 : ARG
2033
- A8 : ASN
2034
- A9 : GLN
2035
- A10 : ARG
2036
- A11 : LYS
2037
- A12 : THR
2038
- A13 : VAL
2039
- A14 : LYS
2040
- A15 : CYS
2041
- A16 : PHE
2042
- A17 : ASN
2043
- A18 : CYS
2044
- A19 : GLY
2045
- A20 : LYS
2046
- A21 : GLU
2047
- A22 : GLY
2048
- A23 : HIS
2049
- A24 : ILE
2050
- A25 : ALA
2051
- A26 : LYS
2052
- A27 : ASN
2053
- A28 : CYS
2054
- A29 : ARG
2055
- A30 : ALA
2056
- A31 : PRO
2057
- A32 : ARG
2058
- A33 : LYS
2059
- A34 : LYS
2060
- A35 : GLY
2061
- A36 : CYS
2062
- A37 : TRP
2063
- A38 : LYS
2064
- A39 : CYS
2065
- A40 : GLY
2066
- A41 : LYS
2067
- A42 : GLU
2068
- A43 : GLY
2069
- A44 : HIS
2070
- A45 : GLN
2071
- A46 : MET
2072
- A47 : LYS
2073
- A48 : ASP
2074
- A49 : CYS
2075
- A50 : THR
2076
- A51 : GLU
2077
- A52 : ARG
2078
- A53 : GLN
2079
- A54 : ALA
2080
- A55 : ASN
2081
- A56 : ZN
2082
- A57 : ZN
2083
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
2084
- B203-B204 : adjacent_5p upward
2085
- B206-B207 : adjacent_5p upward
2086
- B207-B208 : adjacent_5p upward
2087
- B208-B209 : adjacent_5p upward
2088
- B213-B214 : adjacent_5p upward
2089
- B214-B215 : adjacent_5p upward
2090
- B216-B217 : adjacent_5p upward
2091
- B217-B218 : adjacent_5p upward
2092
- B218-B219 : adjacent_5p upward
2093
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2094
- B206-B216 : outward
2095
- Number of stackings = 10
2096
- Number of adjacent stackings = 9
2097
- Number of non adjacent stackings = 1
2098
- Base-pairs ------------------------------------------------------
2099
- A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
2100
- A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
2101
- B201-B219 : G-C Hw/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 122
2102
- B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2103
- B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2104
- B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2105
- B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
2106
- B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2107
- B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2108
- B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2109
- B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2110
- Residue conformations -------------------------------------------
2111
- B201 : G C3p_endo anti
2112
- B202 : G C3p_endo anti
2113
- B203 : A C3p_endo anti
2114
- B204 : C C3p_endo anti
2115
- B205 : U C3p_endo anti
2116
- B206 : A C4p_exo anti
2117
- B207 : G C3p_endo anti
2118
- B208 : C O4p_exo anti
2119
- B209 : G C3p_endo anti
2120
- B210 : G C4p_endo anti
2121
- B211 : A C2p_endo anti
2122
- B212 : G O4p_endo anti
2123
- B213 : G C2p_exo anti
2124
- B214 : C C2p_exo anti
2125
- B215 : U C2p_exo anti
2126
- B216 : A C4p_exo anti
2127
- B217 : G C4p_exo anti
2128
- B218 : U C4p_exo anti
2129
- B219 : C C4p_exo anti
2130
- B220 : C C4p_exo anti
2131
- A1 : MET
2132
- A2 : GLN
2133
- A3 : LYS
2134
- A4 : GLY
2135
- A5 : ASN
2136
- A6 : PHE
2137
- A7 : ARG
2138
- A8 : ASN
2139
- A9 : GLN
2140
- A10 : ARG
2141
- A11 : LYS
2142
- A12 : THR
2143
- A13 : VAL
2144
- A14 : LYS
2145
- A15 : CYS
2146
- A16 : PHE
2147
- A17 : ASN
2148
- A18 : CYS
2149
- A19 : GLY
2150
- A20 : LYS
2151
- A21 : GLU
2152
- A22 : GLY
2153
- A23 : HIS
2154
- A24 : ILE
2155
- A25 : ALA
2156
- A26 : LYS
2157
- A27 : ASN
2158
- A28 : CYS
2159
- A29 : ARG
2160
- A30 : ALA
2161
- A31 : PRO
2162
- A32 : ARG
2163
- A33 : LYS
2164
- A34 : LYS
2165
- A35 : GLY
2166
- A36 : CYS
2167
- A37 : TRP
2168
- A38 : LYS
2169
- A39 : CYS
2170
- A40 : GLY
2171
- A41 : LYS
2172
- A42 : GLU
2173
- A43 : GLY
2174
- A44 : HIS
2175
- A45 : GLN
2176
- A46 : MET
2177
- A47 : LYS
2178
- A48 : ASP
2179
- A49 : CYS
2180
- A50 : THR
2181
- A51 : GLU
2182
- A52 : ARG
2183
- A53 : GLN
2184
- A54 : ALA
2185
- A55 : ASN
2186
- A56 : ZN
2187
- A57 : ZN
2188
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
2189
- B202-B203 : adjacent_5p upward
2190
- B203-B204 : adjacent_5p upward
2191
- B204-B205 : adjacent_5p upward
2192
- B206-B207 : adjacent_5p upward
2193
- B207-B208 : adjacent_5p upward
2194
- B208-B209 : adjacent_5p upward
2195
- B213-B214 : adjacent_5p upward
2196
- B214-B215 : adjacent_5p upward
2197
- B216-B217 : adjacent_5p upward
2198
- B217-B218 : adjacent_5p upward
2199
- B218-B219 : adjacent_5p upward
2200
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2201
- Number of stackings = 11
2202
- Number of adjacent stackings = 11
2203
- Number of non adjacent stackings = 0
2204
- Base-pairs ------------------------------------------------------
2205
- A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
2206
- A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
2207
- B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2208
- B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2209
- B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2210
- B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2211
- B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2212
- B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2213
- B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2214
- B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2215
- Residue conformations -------------------------------------------
2216
- B201 : G C3p_endo anti
2217
- B202 : G C3p_endo anti
2218
- B203 : A C3p_endo anti
2219
- B204 : C C3p_endo anti
2220
- B205 : U C4p_exo anti
2221
- B206 : A C4p_exo anti
2222
- B207 : G C3p_endo anti
2223
- B208 : C C3p_endo anti
2224
- B209 : G C4p_exo anti
2225
- B210 : G C4p_endo anti
2226
- B211 : A C2p_endo anti
2227
- B212 : G O4p_endo anti
2228
- B213 : G O4p_exo anti
2229
- B214 : C C2p_exo anti
2230
- B215 : U O4p_exo anti
2231
- B216 : A C4p_exo anti
2232
- B217 : G C3p_endo anti
2233
- B218 : U C4p_exo anti
2234
- B219 : C C3p_endo anti
2235
- B220 : C C3p_endo anti
2236
- A1 : MET
2237
- A2 : GLN
2238
- A3 : LYS
2239
- A4 : GLY
2240
- A5 : ASN
2241
- A6 : PHE
2242
- A7 : ARG
2243
- A8 : ASN
2244
- A9 : GLN
2245
- A10 : ARG
2246
- A11 : LYS
2247
- A12 : THR
2248
- A13 : VAL
2249
- A14 : LYS
2250
- A15 : CYS
2251
- A16 : PHE
2252
- A17 : ASN
2253
- A18 : CYS
2254
- A19 : GLY
2255
- A20 : LYS
2256
- A21 : GLU
2257
- A22 : GLY
2258
- A23 : HIS
2259
- A24 : ILE
2260
- A25 : ALA
2261
- A26 : LYS
2262
- A27 : ASN
2263
- A28 : CYS
2264
- A29 : ARG
2265
- A30 : ALA
2266
- A31 : PRO
2267
- A32 : ARG
2268
- A33 : LYS
2269
- A34 : LYS
2270
- A35 : GLY
2271
- A36 : CYS
2272
- A37 : TRP
2273
- A38 : LYS
2274
- A39 : CYS
2275
- A40 : GLY
2276
- A41 : LYS
2277
- A42 : GLU
2278
- A43 : GLY
2279
- A44 : HIS
2280
- A45 : GLN
2281
- A46 : MET
2282
- A47 : LYS
2283
- A48 : ASP
2284
- A49 : CYS
2285
- A50 : THR
2286
- A51 : GLU
2287
- A52 : ARG
2288
- A53 : GLN
2289
- A54 : ALA
2290
- A55 : ASN
2291
- A56 : ZN
2292
- A57 : ZN
2293
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
2294
- B203-B204 : adjacent_5p upward
2295
- B206-B207 : adjacent_5p upward
2296
- B208-B209 : adjacent_5p upward
2297
- B213-B214 : adjacent_5p upward
2298
- B214-B215 : adjacent_5p upward
2299
- B216-B217 : adjacent_5p upward
2300
- B218-B219 : adjacent_5p upward
2301
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2302
- Number of stackings = 7
2303
- Number of adjacent stackings = 7
2304
- Number of non adjacent stackings = 0
2305
- Base-pairs ------------------------------------------------------
2306
- A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
2307
- A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
2308
- B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2309
- B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2310
- B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2311
- B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2312
- B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2313
- B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2314
- B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2315
- B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2316
- Residue conformations -------------------------------------------
2317
- B201 : G C3p_endo anti
2318
- B202 : G C3p_endo anti
2319
- B203 : A C3p_endo anti
2320
- B204 : C C3p_endo anti
2321
- B205 : U C4p_exo anti
2322
- B206 : A C3p_endo anti
2323
- B207 : G C4p_exo anti
2324
- B208 : C C4p_exo anti
2325
- B209 : G C4p_exo anti
2326
- B210 : G C4p_endo anti
2327
- B211 : A C3p_exo anti
2328
- B212 : G O4p_endo anti
2329
- B213 : G C2p_exo anti
2330
- B214 : C C3p_endo anti
2331
- B215 : U C3p_endo anti
2332
- B216 : A C4p_exo anti
2333
- B217 : G C3p_endo anti
2334
- B218 : U C4p_exo anti
2335
- B219 : C C4p_exo anti
2336
- B220 : C C3p_endo anti
2337
- A1 : MET
2338
- A2 : GLN
2339
- A3 : LYS
2340
- A4 : GLY
2341
- A5 : ASN
2342
- A6 : PHE
2343
- A7 : ARG
2344
- A8 : ASN
2345
- A9 : GLN
2346
- A10 : ARG
2347
- A11 : LYS
2348
- A12 : THR
2349
- A13 : VAL
2350
- A14 : LYS
2351
- A15 : CYS
2352
- A16 : PHE
2353
- A17 : ASN
2354
- A18 : CYS
2355
- A19 : GLY
2356
- A20 : LYS
2357
- A21 : GLU
2358
- A22 : GLY
2359
- A23 : HIS
2360
- A24 : ILE
2361
- A25 : ALA
2362
- A26 : LYS
2363
- A27 : ASN
2364
- A28 : CYS
2365
- A29 : ARG
2366
- A30 : ALA
2367
- A31 : PRO
2368
- A32 : ARG
2369
- A33 : LYS
2370
- A34 : LYS
2371
- A35 : GLY
2372
- A36 : CYS
2373
- A37 : TRP
2374
- A38 : LYS
2375
- A39 : CYS
2376
- A40 : GLY
2377
- A41 : LYS
2378
- A42 : GLU
2379
- A43 : GLY
2380
- A44 : HIS
2381
- A45 : GLN
2382
- A46 : MET
2383
- A47 : LYS
2384
- A48 : ASP
2385
- A49 : CYS
2386
- A50 : THR
2387
- A51 : GLU
2388
- A52 : ARG
2389
- A53 : GLN
2390
- A54 : ALA
2391
- A55 : ASN
2392
- A56 : ZN
2393
- A57 : ZN
2394
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
2395
- B202-B203 : adjacent_5p upward
2396
- B203-B204 : adjacent_5p upward
2397
- B206-B207 : adjacent_5p upward
2398
- B207-B208 : adjacent_5p upward
2399
- B213-B214 : adjacent_5p upward
2400
- B214-B215 : adjacent_5p upward
2401
- B216-B217 : adjacent_5p upward
2402
- B217-B218 : adjacent_5p upward
2403
- B218-B219 : adjacent_5p upward
2404
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2405
- Number of stackings = 9
2406
- Number of adjacent stackings = 9
2407
- Number of non adjacent stackings = 0
2408
- Base-pairs ------------------------------------------------------
2409
- A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
2410
- B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2411
- B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2412
- B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2413
- B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2414
- B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2415
- B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2416
- B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2417
- B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2418
- Residue conformations -------------------------------------------
2419
- B201 : G C3p_endo anti
2420
- B202 : G C3p_endo anti
2421
- B203 : A C3p_endo anti
2422
- B204 : C C3p_endo anti
2423
- B205 : U C4p_exo anti
2424
- B206 : A C4p_exo anti
2425
- B207 : G C4p_exo anti
2426
- B208 : C C4p_exo anti
2427
- B209 : G C2p_exo anti
2428
- B210 : G C4p_endo anti
2429
- B211 : A C2p_endo anti
2430
- B212 : G C3p_exo anti
2431
- B213 : G C2p_exo anti
2432
- B214 : C C3p_endo anti
2433
- B215 : U C4p_exo anti
2434
- B216 : A C4p_exo anti
2435
- B217 : G C4p_exo anti
2436
- B218 : U C4p_exo anti
2437
- B219 : C C3p_endo anti
2438
- B220 : C C3p_endo anti
2439
- A1 : MET
2440
- A2 : GLN
2441
- A3 : LYS
2442
- A4 : GLY
2443
- A5 : ASN
2444
- A6 : PHE
2445
- A7 : ARG
2446
- A8 : ASN
2447
- A9 : GLN
2448
- A10 : ARG
2449
- A11 : LYS
2450
- A12 : THR
2451
- A13 : VAL
2452
- A14 : LYS
2453
- A15 : CYS
2454
- A16 : PHE
2455
- A17 : ASN
2456
- A18 : CYS
2457
- A19 : GLY
2458
- A20 : LYS
2459
- A21 : GLU
2460
- A22 : GLY
2461
- A23 : HIS
2462
- A24 : ILE
2463
- A25 : ALA
2464
- A26 : LYS
2465
- A27 : ASN
2466
- A28 : CYS
2467
- A29 : ARG
2468
- A30 : ALA
2469
- A31 : PRO
2470
- A32 : ARG
2471
- A33 : LYS
2472
- A34 : LYS
2473
- A35 : GLY
2474
- A36 : CYS
2475
- A37 : TRP
2476
- A38 : LYS
2477
- A39 : CYS
2478
- A40 : GLY
2479
- A41 : LYS
2480
- A42 : GLU
2481
- A43 : GLY
2482
- A44 : HIS
2483
- A45 : GLN
2484
- A46 : MET
2485
- A47 : LYS
2486
- A48 : ASP
2487
- A49 : CYS
2488
- A50 : THR
2489
- A51 : GLU
2490
- A52 : ARG
2491
- A53 : GLN
2492
- A54 : ALA
2493
- A55 : ASN
2494
- A56 : ZN
2495
- A57 : ZN
2496
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
2497
- B202-B203 : adjacent_5p upward
2498
- B203-B204 : adjacent_5p upward
2499
- B204-B205 : adjacent_5p upward
2500
- B206-B207 : adjacent_5p upward
2501
- B207-B208 : adjacent_5p upward
2502
- B208-B209 : adjacent_5p upward
2503
- B213-B214 : adjacent_5p upward
2504
- B214-B215 : adjacent_5p upward
2505
- B216-B217 : adjacent_5p upward
2506
- B217-B218 : adjacent_5p upward
2507
- B218-B219 : adjacent_5p upward
2508
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2509
- Number of stackings = 11
2510
- Number of adjacent stackings = 11
2511
- Number of non adjacent stackings = 0
2512
- Base-pairs ------------------------------------------------------
2513
- A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
2514
- A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
2515
- B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2516
- B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2517
- B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2518
- B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2519
- B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2520
- B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2521
- B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2522
- B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2523
- Residue conformations -------------------------------------------
2524
- B201 : G C3p_endo anti
2525
- B202 : G C3p_endo anti
2526
- B203 : A C3p_endo anti
2527
- B204 : C C3p_endo anti
2528
- B205 : U C3p_endo anti
2529
- B206 : A C4p_exo anti
2530
- B207 : G C4p_exo anti
2531
- B208 : C C4p_exo anti
2532
- B209 : G C2p_exo anti
2533
- B210 : G O4p_exo anti
2534
- B211 : A C2p_endo anti
2535
- B212 : G O4p_endo anti
2536
- B213 : G C2p_exo anti
2537
- B214 : C C3p_endo anti
2538
- B215 : U C4p_exo anti
2539
- B216 : A C4p_exo anti
2540
- B217 : G C4p_exo anti
2541
- B218 : U C3p_endo anti
2542
- B219 : C C3p_endo anti
2543
- B220 : C C3p_endo anti
2544
- A1 : MET
2545
- A2 : GLN
2546
- A3 : LYS
2547
- A4 : GLY
2548
- A5 : ASN
2549
- A6 : PHE
2550
- A7 : ARG
2551
- A8 : ASN
2552
- A9 : GLN
2553
- A10 : ARG
2554
- A11 : LYS
2555
- A12 : THR
2556
- A13 : VAL
2557
- A14 : LYS
2558
- A15 : CYS
2559
- A16 : PHE
2560
- A17 : ASN
2561
- A18 : CYS
2562
- A19 : GLY
2563
- A20 : LYS
2564
- A21 : GLU
2565
- A22 : GLY
2566
- A23 : HIS
2567
- A24 : ILE
2568
- A25 : ALA
2569
- A26 : LYS
2570
- A27 : ASN
2571
- A28 : CYS
2572
- A29 : ARG
2573
- A30 : ALA
2574
- A31 : PRO
2575
- A32 : ARG
2576
- A33 : LYS
2577
- A34 : LYS
2578
- A35 : GLY
2579
- A36 : CYS
2580
- A37 : TRP
2581
- A38 : LYS
2582
- A39 : CYS
2583
- A40 : GLY
2584
- A41 : LYS
2585
- A42 : GLU
2586
- A43 : GLY
2587
- A44 : HIS
2588
- A45 : GLN
2589
- A46 : MET
2590
- A47 : LYS
2591
- A48 : ASP
2592
- A49 : CYS
2593
- A50 : THR
2594
- A51 : GLU
2595
- A52 : ARG
2596
- A53 : GLN
2597
- A54 : ALA
2598
- A55 : ASN
2599
- A56 : ZN
2600
- A57 : ZN
2601
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
2602
- B203-B204 : adjacent_5p upward
2603
- B204-B205 : adjacent_5p upward
2604
- B206-B207 : adjacent_5p upward
2605
- B207-B208 : adjacent_5p upward pairing
2606
- B208-B209 : adjacent_5p upward
2607
- B213-B214 : adjacent_5p upward
2608
- B214-B215 : adjacent_5p upward
2609
- B216-B217 : adjacent_5p upward
2610
- B217-B218 : adjacent_5p upward
2611
- B218-B219 : adjacent_5p upward
2612
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2613
- Number of stackings = 10
2614
- Number of adjacent stackings = 10
2615
- Number of non adjacent stackings = 0
2616
- Base-pairs ------------------------------------------------------
2617
- A32-B211 : ARG-A pairing one_hbond
2618
- A46-B210 : MET-G pairing one_hbond
2619
- B201-B220 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2620
- B202-B219 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2621
- B203-B218 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2622
- B204-B217 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2623
- B205-B216 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2624
- B206-B215 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2625
- B207-B208 : G-C O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
2626
- B207-B214 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2627
- B208-B213 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1a34_MC DELETED
@@ -1,365 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A13 : THR
3
- A14 : GLY
4
- A15 : ASP
5
- A16 : ASN
6
- A17 : SER
7
- A18 : ASN
8
- A19 : VAL
9
- A20 : VAL
10
- A21 : THR
11
- A22 : MET
12
- A23 : ILE
13
- A24 : ARG
14
- A25 : ALA
15
- A26 : GLY
16
- A27 : SER
17
- A28 : TYR
18
- A29 : PRO
19
- A30 : LYS
20
- A31 : VAL
21
- A32 : ASN
22
- A33 : PRO
23
- A34 : THR
24
- A35 : PRO
25
- A36 : THR
26
- A37 : TRP
27
- A38 : VAL
28
- A39 : ARG
29
- A40 : ALA
30
- A41 : ILE
31
- A42 : PRO
32
- A43 : PHE
33
- A44 : GLU
34
- A45 : VAL
35
- A46 : SER
36
- A47 : VAL
37
- A48 : GLN
38
- A49 : SER
39
- A50 : GLY
40
- A51 : ILE
41
- A52 : ALA
42
- A53 : PHE
43
- A54 : LYS
44
- A55 : VAL
45
- A56 : PRO
46
- A57 : VAL
47
- A58 : GLY
48
- A59 : SER
49
- A60 : LEU
50
- A61 : PHE
51
- A62 : SER
52
- A63 : ALA
53
- A64 : ASN
54
- A65 : PHE
55
- A66 : ARG
56
- A67 : THR
57
- A68 : ASP
58
- A69 : SER
59
- A70 : PHE
60
- A71 : THR
61
- A72 : SER
62
- A73 : VAL
63
- A74 : THR
64
- A75 : VAL
65
- A76 : MET
66
- A77 : SER
67
- A78 : VAL
68
- A79 : ARG
69
- A80 : ALA
70
- A81 : TRP
71
- A82 : THR
72
- A83 : GLN
73
- A84 : LEU
74
- A85 : THR
75
- A86 : PRO
76
- A87 : PRO
77
- A88 : VAL
78
- A89 : ASN
79
- A90 : GLU
80
- A91 : TYR
81
- A92 : SER
82
- A93 : PHE
83
- A94 : VAL
84
- A95 : ARG
85
- A96 : LEU
86
- A97 : LYS
87
- A98 : PRO
88
- A99 : LEU
89
- A100 : PHE
90
- A101 : LYS
91
- A102 : THR
92
- A103 : GLY
93
- A104 : ASP
94
- A105 : SER
95
- A106 : THR
96
- A107 : GLU
97
- A108 : GLU
98
- A109 : PHE
99
- A110 : GLU
100
- A111 : GLY
101
- A112 : ARG
102
- A113 : ALA
103
- A114 : SER
104
- A115 : ASN
105
- A116 : ILE
106
- A117 : ASN
107
- A118 : THR
108
- A119 : ARG
109
- A120 : ALA
110
- A121 : SER
111
- A122 : VAL
112
- A123 : GLY
113
- A124 : TYR
114
- A125 : ARG
115
- A126 : ILE
116
- A127 : PRO
117
- A128 : THR
118
- A129 : ASN
119
- A130 : LEU
120
- A131 : ARG
121
- A132 : GLN
122
- A133 : ASN
123
- A134 : THR
124
- A135 : VAL
125
- A136 : ALA
126
- A137 : ALA
127
- A138 : ASP
128
- A139 : ASN
129
- A140 : VAL
130
- A141 : CYS
131
- A142 : GLU
132
- A143 : VAL
133
- A144 : ARG
134
- A145 : SER
135
- A146 : ASN
136
- A147 : CYS
137
- A148 : ARG
138
- A149 : GLN
139
- A150 : VAL
140
- A151 : ALA
141
- A152 : LEU
142
- A153 : VAL
143
- A154 : ILE
144
- A155 : SER
145
- A156 : CYS
146
- A157 : CYS
147
- A158 : PHE
148
- A159 : ASN
149
- B1 : A C3p_endo anti
150
- B2 : A C3p_endo anti
151
- B3 : A C3p_endo anti
152
- B4 : A C3p_endo anti
153
- B5 : A C3p_endo anti
154
- B6 : A C3p_endo anti
155
- B7 : A C3p_endo anti
156
- B8 : A C3p_endo anti
157
- B9 : A C3p_endo anti
158
- B10 : A C3p_endo anti
159
- C1 : U C2p_exo anti
160
- C2 : U C3p_endo anti
161
- C3 : U C3p_endo anti
162
- C4 : U C3p_endo anti
163
- C5 : U C3p_endo anti
164
- C6 : U C3p_endo anti
165
- C7 : U C3p_endo anti
166
- C8 : U C3p_endo anti
167
- C9 : U C3p_endo anti
168
- C10 : U C3p_endo anti
169
- A3001 : SO4
170
- B11 : U C2p_endo unknown
171
- A2001 : HOH
172
- A2002 : HOH
173
- A2003 : HOH
174
- A2004 : HOH
175
- A2005 : HOH
176
- A2006 : HOH
177
- A2007 : HOH
178
- A2008 : HOH
179
- A2009 : HOH
180
- A2010 : HOH
181
- A2011 : HOH
182
- A2012 : HOH
183
- A2013 : HOH
184
- A2014 : HOH
185
- A2015 : HOH
186
- A2016 : HOH
187
- A2017 : HOH
188
- A2018 : HOH
189
- A2019 : HOH
190
- A2020 : HOH
191
- A2021 : HOH
192
- A2022 : HOH
193
- A2023 : HOH
194
- A2024 : HOH
195
- A2101 : HOH
196
- A2102 : HOH
197
- A2103 : HOH
198
- A2104 : HOH
199
- A2105 : HOH
200
- A2106 : HOH
201
- A2107 : HOH
202
- A2108 : HOH
203
- A2109 : HOH
204
- A2110 : HOH
205
- A2111 : HOH
206
- A2112 : HOH
207
- A2113 : HOH
208
- A2114 : HOH
209
- A2115 : HOH
210
- A2116 : HOH
211
- A2117 : HOH
212
- A2118 : HOH
213
- A2119 : HOH
214
- A2120 : HOH
215
- A2121 : HOH
216
- A2122 : HOH
217
- A2123 : HOH
218
- A2124 : HOH
219
- A2125 : HOH
220
- A2126 : HOH
221
- A2127 : HOH
222
- A2128 : HOH
223
- A2129 : HOH
224
- A2130 : HOH
225
- A2131 : HOH
226
- A2132 : HOH
227
- A2133 : HOH
228
- A2134 : HOH
229
- A2135 : HOH
230
- A2136 : HOH
231
- A2137 : HOH
232
- A2138 : HOH
233
- A2139 : HOH
234
- A2140 : HOH
235
- A2141 : HOH
236
- A2142 : HOH
237
- A2143 : HOH
238
- A2144 : HOH
239
- A2145 : HOH
240
- A2146 : HOH
241
- A2147 : HOH
242
- A2148 : HOH
243
- A2149 : HOH
244
- A2150 : HOH
245
- A2151 : HOH
246
- A2152 : HOH
247
- A2153 : HOH
248
- A2154 : HOH
249
- A2155 : HOH
250
- A2156 : HOH
251
- A2157 : HOH
252
- A2158 : HOH
253
- A2159 : HOH
254
- A2160 : HOH
255
- A2161 : HOH
256
- A2162 : HOH
257
- A2163 : HOH
258
- A2164 : HOH
259
- A2165 : HOH
260
- A2166 : HOH
261
- A2167 : HOH
262
- A2168 : HOH
263
- A2169 : HOH
264
- A2170 : HOH
265
- A2171 : HOH
266
- A2172 : HOH
267
- A2173 : HOH
268
- A2174 : HOH
269
- A2175 : HOH
270
- A2176 : HOH
271
- A2177 : HOH
272
- A2178 : HOH
273
- A2179 : HOH
274
- A2180 : HOH
275
- A2181 : HOH
276
- A2182 : HOH
277
- A2183 : HOH
278
- A2184 : HOH
279
- A2185 : HOH
280
- A2186 : HOH
281
- A2187 : HOH
282
- A2188 : HOH
283
- A2189 : HOH
284
- A2190 : HOH
285
- A2191 : HOH
286
- A2192 : HOH
287
- A2193 : HOH
288
- A2194 : HOH
289
- A2195 : HOH
290
- A2196 : HOH
291
- A2197 : HOH
292
- A2198 : HOH
293
- A2199 : HOH
294
- A2207 : HOH
295
- A2301 : HOH
296
- A2302 : HOH
297
- A2303 : HOH
298
- A2304 : HOH
299
- A2305 : HOH
300
- A2306 : HOH
301
- A2401 : HOH
302
- A2402 : HOH
303
- A2403 : HOH
304
- A2404 : HOH
305
- A2405 : HOH
306
- A2501 : HOH
307
- A2502 : HOH
308
- A2503 : HOH
309
- A2504 : HOH
310
- A2505 : HOH
311
- A2506 : HOH
312
- A2507 : HOH
313
- A2508 : HOH
314
- A2509 : HOH
315
- A2601 : HOH
316
- A2606 : HOH
317
- A2607 : HOH
318
- A2701 : HOH
319
- A2901 : HOH
320
- B2201 : HOH
321
- B2202 : HOH
322
- B2203 : HOH
323
- B2204 : HOH
324
- B2210 : HOH
325
- B2211 : HOH
326
- B2602 : HOH
327
- B2603 : HOH
328
- B2604 : HOH
329
- B2605 : HOH
330
- B2801 : HOH
331
- C2205 : HOH
332
- C2206 : HOH
333
- C2208 : HOH
334
- C2209 : HOH
335
- C2212 : HOH
336
- C2608 : HOH
337
- C2609 : HOH
338
- C2610 : HOH
339
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
340
- B1-B2 : adjacent_5p upward
341
- B2-B3 : adjacent_5p upward
342
- B3-B4 : adjacent_5p upward
343
- B4-B5 : adjacent_5p upward
344
- B5-B6 : adjacent_5p upward
345
- B6-B7 : adjacent_5p upward
346
- B7-B8 : adjacent_5p upward
347
- B8-B9 : adjacent_5p upward
348
- C1-C2 : adjacent_5p upward
349
- C4-C5 : adjacent_5p upward
350
- C5-C6 : adjacent_5p upward
351
- C6-C7 : adjacent_5p upward
352
- C7-C8 : adjacent_5p upward
353
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
354
- Number of stackings = 13
355
- Number of adjacent stackings = 13
356
- Number of non adjacent stackings = 0
357
- Base-pairs ------------------------------------------------------
358
- B1-C9 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
359
- B3-C7 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
360
- B4-C6 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
361
- B5-C5 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
362
- B6-C4 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
363
- B7-C3 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
364
- B8-C2 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
365
- B9-C1 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1a3m_MC DELETED
@@ -1,1385 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A1 : G C3p_endo anti
3
- A2 : G C3p_endo anti
4
- A3 : C C3p_endo anti
5
- A4 : G C3p_endo anti
6
- A5 : U C3p_endo anti
7
- A6 : C C3p_endo anti
8
- A7 : A C3p_endo anti
9
- A8 : C C3p_endo anti
10
- A9 : A C3p_endo anti
11
- A10 : C C3p_endo anti
12
- A11 : C C3p_endo anti
13
- A12 : U C3p_endo anti
14
- A13 : U C1p_exo anti
15
- A14 : C C2p_endo anti
16
- B15 : G C3p_endo syn
17
- B16 : G C3p_endo anti
18
- B17 : G C3p_endo anti
19
- B18 : U C3p_endo anti
20
- B19 : G C4p_exo anti
21
- B20 : A C3p_endo anti
22
- B21 : A C2p_exo anti
23
- B22 : G C2p_exo anti
24
- B23 : U C3p_endo anti
25
- B24 : C C3p_endo anti
26
- B25 : G C3p_endo anti
27
- B26 : C C1p_exo anti
28
- B27 : C O4p_endo anti
29
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
30
- A1-A2 : adjacent_5p upward
31
- A2-A3 : adjacent_5p upward
32
- A4-A5 : adjacent_5p upward
33
- A5-A6 : adjacent_5p upward
34
- A6-A7 : adjacent_5p upward
35
- A7-A8 : adjacent_5p upward
36
- A8-A9 : adjacent_5p upward
37
- A9-A10 : adjacent_5p upward
38
- A10-A11 : adjacent_5p upward
39
- A11-A12 : adjacent_5p upward
40
- B15-B16 : adjacent_5p outward
41
- B16-B17 : adjacent_5p upward
42
- B17-B18 : adjacent_5p upward
43
- B18-B19 : adjacent_5p upward
44
- B20-B21 : adjacent_5p upward
45
- B21-B22 : adjacent_5p upward
46
- B22-B23 : adjacent_5p upward
47
- B23-B24 : adjacent_5p upward
48
- B24-B25 : adjacent_5p upward
49
- B25-B26 : adjacent_5p upward
50
- B26-B27 : adjacent_5p upward
51
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
52
- A4-B25 : outward
53
- A9-B19 : outward
54
- A12-A14 : upward
55
- Number of stackings = 24
56
- Number of adjacent stackings = 21
57
- Number of non adjacent stackings = 3
58
- Base-pairs ------------------------------------------------------
59
- A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
60
- A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
61
- A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
62
- A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
63
- A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
64
- A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
65
- A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
66
- A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
67
- A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
68
- A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
69
- Residue conformations -------------------------------------------
70
- A1 : G C3p_endo anti
71
- A2 : G C3p_endo anti
72
- A3 : C C3p_endo anti
73
- A4 : G C3p_endo anti
74
- A5 : U C3p_endo anti
75
- A6 : C C3p_endo anti
76
- A7 : A C3p_endo anti
77
- A8 : C C3p_endo anti
78
- A9 : A C3p_endo anti
79
- A10 : C C3p_endo anti
80
- A11 : C C3p_endo anti
81
- A12 : U C3p_endo anti
82
- A13 : U C1p_exo anti
83
- A14 : C C2p_endo anti
84
- B15 : G C3p_endo syn
85
- B16 : G C3p_endo anti
86
- B17 : G C3p_endo anti
87
- B18 : U C3p_endo anti
88
- B19 : G C4p_exo anti
89
- B20 : A C3p_endo anti
90
- B21 : A C2p_exo anti
91
- B22 : G C3p_endo anti
92
- B23 : U C3p_endo anti
93
- B24 : C C3p_endo anti
94
- B25 : G C3p_endo anti
95
- B26 : C C1p_exo anti
96
- B27 : C O4p_endo anti
97
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
98
- A1-A2 : adjacent_5p upward
99
- A2-A3 : adjacent_5p upward
100
- A3-A4 : adjacent_5p upward
101
- A4-A5 : adjacent_5p upward
102
- A5-A6 : adjacent_5p upward
103
- A6-A7 : adjacent_5p upward
104
- A7-A8 : adjacent_5p upward
105
- A8-A9 : adjacent_5p upward
106
- A9-A10 : adjacent_5p upward
107
- A10-A11 : adjacent_5p upward
108
- A11-A12 : adjacent_5p upward
109
- B15-B16 : adjacent_5p outward
110
- B16-B17 : adjacent_5p upward
111
- B17-B18 : adjacent_5p upward
112
- B18-B19 : adjacent_5p upward
113
- B20-B21 : adjacent_5p upward
114
- B21-B22 : adjacent_5p upward
115
- B22-B23 : adjacent_5p upward
116
- B23-B24 : adjacent_5p upward
117
- B24-B25 : adjacent_5p upward
118
- B25-B26 : adjacent_5p upward
119
- B26-B27 : adjacent_5p upward
120
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
121
- A4-B25 : outward
122
- A7-B22 : outward
123
- A9-B19 : outward
124
- A12-A14 : upward
125
- Number of stackings = 26
126
- Number of adjacent stackings = 22
127
- Number of non adjacent stackings = 4
128
- Base-pairs ------------------------------------------------------
129
- A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
130
- A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
131
- A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
132
- A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
133
- A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
134
- A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
135
- A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
136
- A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
137
- A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
138
- A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
139
- Residue conformations -------------------------------------------
140
- A1 : G C3p_endo anti
141
- A2 : G C3p_endo anti
142
- A3 : C C3p_endo anti
143
- A4 : G C3p_endo anti
144
- A5 : U C3p_endo anti
145
- A6 : C C3p_endo anti
146
- A7 : A C3p_endo anti
147
- A8 : C C3p_endo anti
148
- A9 : A C3p_endo anti
149
- A10 : C C3p_endo anti
150
- A11 : C C3p_endo anti
151
- A12 : U C3p_endo anti
152
- A13 : U C1p_exo anti
153
- A14 : C C2p_endo anti
154
- B15 : G C3p_endo syn
155
- B16 : G C2p_exo anti
156
- B17 : G C3p_endo anti
157
- B18 : U C3p_endo anti
158
- B19 : G C3p_endo anti
159
- B20 : A C4p_exo anti
160
- B21 : A C2p_endo anti
161
- B22 : G C3p_endo anti
162
- B23 : U C3p_endo anti
163
- B24 : C C3p_endo anti
164
- B25 : G C3p_endo anti
165
- B26 : C C1p_exo anti
166
- B27 : C O4p_endo anti
167
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
168
- A1-A2 : adjacent_5p upward
169
- A2-A3 : adjacent_5p upward
170
- A3-A4 : adjacent_5p upward
171
- A4-A5 : adjacent_5p upward
172
- A5-A6 : adjacent_5p upward
173
- A6-A7 : adjacent_5p upward
174
- A7-A8 : adjacent_5p upward
175
- A8-A9 : adjacent_5p upward
176
- A9-A10 : adjacent_5p upward
177
- A10-A11 : adjacent_5p upward
178
- A11-A12 : adjacent_5p upward
179
- B15-B16 : adjacent_5p outward
180
- B16-B17 : adjacent_5p upward
181
- B17-B18 : adjacent_5p upward
182
- B18-B19 : adjacent_5p upward
183
- B20-B21 : adjacent_5p upward
184
- B21-B22 : adjacent_5p upward
185
- B22-B23 : adjacent_5p upward
186
- B23-B24 : adjacent_5p upward
187
- B24-B25 : adjacent_5p upward
188
- B25-B26 : adjacent_5p upward
189
- B26-B27 : adjacent_5p upward
190
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
191
- A4-B25 : outward
192
- A9-B19 : outward
193
- A12-A14 : upward
194
- Number of stackings = 25
195
- Number of adjacent stackings = 22
196
- Number of non adjacent stackings = 3
197
- Base-pairs ------------------------------------------------------
198
- A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
199
- A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
200
- A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
201
- A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
202
- A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
203
- A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
204
- A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
205
- A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
206
- A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
207
- A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
208
- Residue conformations -------------------------------------------
209
- A1 : G C3p_endo anti
210
- A2 : G C3p_endo anti
211
- A3 : C C3p_endo anti
212
- A4 : G C3p_endo anti
213
- A5 : U C3p_endo anti
214
- A6 : C C3p_endo anti
215
- A7 : A C3p_endo anti
216
- A8 : C C3p_endo anti
217
- A9 : A C3p_endo anti
218
- A10 : C C3p_endo anti
219
- A11 : C C3p_endo anti
220
- A12 : U C3p_endo anti
221
- A13 : U C1p_exo anti
222
- A14 : C C2p_endo anti
223
- B15 : G C3p_endo syn
224
- B16 : G C3p_endo anti
225
- B17 : G C3p_endo anti
226
- B18 : U C3p_endo anti
227
- B19 : G C2p_exo anti
228
- B20 : A C3p_endo anti
229
- B21 : A C3p_exo anti
230
- B22 : G C3p_endo anti
231
- B23 : U C3p_endo anti
232
- B24 : C C3p_endo anti
233
- B25 : G C3p_endo anti
234
- B26 : C C1p_exo anti
235
- B27 : C O4p_endo anti
236
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
237
- A1-A2 : adjacent_5p upward
238
- A2-A3 : adjacent_5p upward
239
- A4-A5 : adjacent_5p upward
240
- A5-A6 : adjacent_5p upward
241
- A6-A7 : adjacent_5p upward
242
- A7-A8 : adjacent_5p upward
243
- A8-A9 : adjacent_5p upward
244
- A9-A10 : adjacent_5p upward
245
- A10-A11 : adjacent_5p upward
246
- A11-A12 : adjacent_5p upward
247
- B15-B16 : adjacent_5p outward
248
- B16-B17 : adjacent_5p upward
249
- B17-B18 : adjacent_5p upward
250
- B18-B19 : adjacent_5p upward
251
- B20-B21 : adjacent_5p upward
252
- B22-B23 : adjacent_5p upward
253
- B23-B24 : adjacent_5p upward
254
- B24-B25 : adjacent_5p upward
255
- B25-B26 : adjacent_5p upward
256
- B26-B27 : adjacent_5p upward
257
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
258
- A4-B25 : outward
259
- A7-B22 : outward
260
- A9-B19 : outward
261
- A12-A14 : upward
262
- Number of stackings = 24
263
- Number of adjacent stackings = 20
264
- Number of non adjacent stackings = 4
265
- Base-pairs ------------------------------------------------------
266
- A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
267
- A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
268
- A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
269
- A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
270
- A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
271
- A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
272
- A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
273
- A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
274
- A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
275
- A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
276
- Residue conformations -------------------------------------------
277
- A1 : G C3p_endo anti
278
- A2 : G C3p_endo anti
279
- A3 : C C3p_endo anti
280
- A4 : G C3p_endo anti
281
- A5 : U C3p_endo anti
282
- A6 : C C3p_endo anti
283
- A7 : A C3p_endo anti
284
- A8 : C C3p_endo anti
285
- A9 : A C3p_endo anti
286
- A10 : C C3p_endo anti
287
- A11 : C C3p_endo anti
288
- A12 : U C3p_endo anti
289
- A13 : U C1p_exo anti
290
- A14 : C C2p_endo anti
291
- B15 : G C3p_endo syn
292
- B16 : G C3p_endo anti
293
- B17 : G C3p_endo anti
294
- B18 : U C3p_endo anti
295
- B19 : G C3p_endo anti
296
- B20 : A C4p_exo anti
297
- B21 : A C3p_endo anti
298
- B22 : G C2p_exo anti
299
- B23 : U C3p_endo anti
300
- B24 : C C3p_endo anti
301
- B25 : G C3p_endo anti
302
- B26 : C C1p_exo anti
303
- B27 : C O4p_endo anti
304
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
305
- A1-A2 : adjacent_5p upward
306
- A2-A3 : adjacent_5p upward
307
- A4-A5 : adjacent_5p upward
308
- A5-A6 : adjacent_5p upward
309
- A6-A7 : adjacent_5p upward
310
- A7-A8 : adjacent_5p upward
311
- A8-A9 : adjacent_5p upward
312
- A9-A10 : adjacent_5p upward
313
- A10-A11 : adjacent_5p upward
314
- A11-A12 : adjacent_5p upward
315
- B15-B16 : adjacent_5p outward
316
- B16-B17 : adjacent_5p upward
317
- B17-B18 : adjacent_5p upward
318
- B18-B19 : adjacent_5p upward
319
- B21-B22 : adjacent_5p upward
320
- B22-B23 : adjacent_5p upward
321
- B23-B24 : adjacent_5p upward
322
- B24-B25 : adjacent_5p upward
323
- B25-B26 : adjacent_5p upward
324
- B26-B27 : adjacent_5p upward
325
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
326
- A4-B25 : outward
327
- A7-B22 : outward
328
- A9-B19 : outward
329
- A12-A14 : upward
330
- Number of stackings = 24
331
- Number of adjacent stackings = 20
332
- Number of non adjacent stackings = 4
333
- Base-pairs ------------------------------------------------------
334
- A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
335
- A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
336
- A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
337
- A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
338
- A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
339
- A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
340
- A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
341
- A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
342
- A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
343
- A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
344
- B20-B21 : A-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
345
- Residue conformations -------------------------------------------
346
- A1 : G C3p_endo anti
347
- A2 : G C3p_endo anti
348
- A3 : C C3p_endo anti
349
- A4 : G C3p_endo anti
350
- A5 : U C3p_endo anti
351
- A6 : C C3p_endo anti
352
- A7 : A C3p_endo anti
353
- A8 : C C3p_endo anti
354
- A9 : A C3p_endo anti
355
- A10 : C C3p_endo anti
356
- A11 : C C3p_endo anti
357
- A12 : U C3p_endo anti
358
- A13 : U C1p_exo anti
359
- A14 : C C2p_endo anti
360
- B15 : G C3p_endo syn
361
- B16 : G C3p_endo anti
362
- B17 : G C3p_endo anti
363
- B18 : U C3p_endo anti
364
- B19 : G C2p_exo anti
365
- B20 : A C3p_endo anti
366
- B21 : A C2p_endo anti
367
- B22 : G C3p_endo anti
368
- B23 : U C3p_endo anti
369
- B24 : C C3p_endo anti
370
- B25 : G C3p_endo anti
371
- B26 : C C1p_exo anti
372
- B27 : C O4p_endo anti
373
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
374
- A1-A2 : adjacent_5p upward
375
- A2-A3 : adjacent_5p upward
376
- A3-A4 : adjacent_5p upward
377
- A4-A5 : adjacent_5p upward
378
- A5-A6 : adjacent_5p upward
379
- A6-A7 : adjacent_5p upward
380
- A7-A8 : adjacent_5p upward
381
- A8-A9 : adjacent_5p upward
382
- A9-A10 : adjacent_5p upward
383
- A10-A11 : adjacent_5p upward
384
- A11-A12 : adjacent_5p upward
385
- B15-B16 : adjacent_5p outward
386
- B16-B17 : adjacent_5p upward
387
- B17-B18 : adjacent_5p upward
388
- B18-B19 : adjacent_5p upward
389
- B20-B21 : adjacent_5p upward
390
- B21-B22 : adjacent_5p upward
391
- B22-B23 : adjacent_5p upward
392
- B23-B24 : adjacent_5p upward
393
- B24-B25 : adjacent_5p upward
394
- B25-B26 : adjacent_5p upward
395
- B26-B27 : adjacent_5p upward
396
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
397
- A4-B25 : outward
398
- A7-B22 : outward
399
- A9-B19 : outward
400
- A12-A14 : upward
401
- Number of stackings = 26
402
- Number of adjacent stackings = 22
403
- Number of non adjacent stackings = 4
404
- Base-pairs ------------------------------------------------------
405
- A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
406
- A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
407
- A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
408
- A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
409
- A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
410
- A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
411
- A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
412
- A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
413
- A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
414
- A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
415
- Residue conformations -------------------------------------------
416
- A1 : G C3p_endo anti
417
- A2 : G C3p_endo anti
418
- A3 : C C3p_endo anti
419
- A4 : G C3p_endo anti
420
- A5 : U C3p_endo anti
421
- A6 : C C3p_endo anti
422
- A7 : A C3p_endo anti
423
- A8 : C C3p_endo anti
424
- A9 : A C3p_endo anti
425
- A10 : C C3p_endo anti
426
- A11 : C C3p_endo anti
427
- A12 : U C3p_endo anti
428
- A13 : U C1p_exo anti
429
- A14 : C C2p_endo anti
430
- B15 : G C3p_endo syn
431
- B16 : G C3p_endo anti
432
- B17 : G C3p_endo anti
433
- B18 : U C3p_endo anti
434
- B19 : G C2p_exo anti
435
- B20 : A C3p_endo anti
436
- B21 : A C2p_exo anti
437
- B22 : G C3p_endo anti
438
- B23 : U C3p_endo anti
439
- B24 : C C3p_endo anti
440
- B25 : G C3p_endo anti
441
- B26 : C C1p_exo anti
442
- B27 : C O4p_endo anti
443
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
444
- A1-A2 : adjacent_5p upward
445
- A2-A3 : adjacent_5p upward
446
- A3-A4 : adjacent_5p upward
447
- A4-A5 : adjacent_5p upward
448
- A5-A6 : adjacent_5p upward
449
- A6-A7 : adjacent_5p upward
450
- A7-A8 : adjacent_5p upward
451
- A8-A9 : adjacent_5p upward
452
- A9-A10 : adjacent_5p upward
453
- A10-A11 : adjacent_5p upward
454
- A11-A12 : adjacent_5p upward
455
- B15-B16 : adjacent_5p outward
456
- B16-B17 : adjacent_5p upward
457
- B17-B18 : adjacent_5p upward
458
- B18-B19 : adjacent_5p upward
459
- B20-B21 : adjacent_5p upward
460
- B21-B22 : adjacent_5p upward
461
- B22-B23 : adjacent_5p upward
462
- B23-B24 : adjacent_5p upward
463
- B24-B25 : adjacent_5p upward
464
- B25-B26 : adjacent_5p upward
465
- B26-B27 : adjacent_5p upward
466
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
467
- A4-B25 : outward
468
- A7-B22 : outward
469
- A9-B19 : outward
470
- A12-A14 : upward
471
- Number of stackings = 26
472
- Number of adjacent stackings = 22
473
- Number of non adjacent stackings = 4
474
- Base-pairs ------------------------------------------------------
475
- A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
476
- A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
477
- A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
478
- A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
479
- A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
480
- A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
481
- A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
482
- A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
483
- A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
484
- A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
485
- Residue conformations -------------------------------------------
486
- A1 : G C3p_endo anti
487
- A2 : G C3p_endo anti
488
- A3 : C C3p_endo anti
489
- A4 : G C3p_endo anti
490
- A5 : U C3p_endo anti
491
- A6 : C C3p_endo anti
492
- A7 : A C3p_endo anti
493
- A8 : C C3p_endo anti
494
- A9 : A C3p_endo anti
495
- A10 : C C3p_endo anti
496
- A11 : C C3p_endo anti
497
- A12 : U C3p_endo anti
498
- A13 : U C1p_exo anti
499
- A14 : C C2p_endo anti
500
- B15 : G C3p_endo syn
501
- B16 : G C3p_endo anti
502
- B17 : G C3p_endo anti
503
- B18 : U C3p_endo anti
504
- B19 : G C2p_exo anti
505
- B20 : A C3p_endo anti
506
- B21 : A C2p_exo anti
507
- B22 : G C3p_endo anti
508
- B23 : U C3p_endo anti
509
- B24 : C C3p_endo anti
510
- B25 : G C3p_endo anti
511
- B26 : C C1p_exo anti
512
- B27 : C O4p_endo anti
513
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
514
- A1-A2 : adjacent_5p upward
515
- A2-A3 : adjacent_5p upward
516
- A3-A4 : adjacent_5p upward
517
- A4-A5 : adjacent_5p upward
518
- A5-A6 : adjacent_5p upward
519
- A6-A7 : adjacent_5p upward
520
- A7-A8 : adjacent_5p upward
521
- A8-A9 : adjacent_5p upward
522
- A9-A10 : adjacent_5p upward
523
- A10-A11 : adjacent_5p upward
524
- A11-A12 : adjacent_5p upward
525
- B15-B16 : adjacent_5p outward
526
- B16-B17 : adjacent_5p upward
527
- B17-B18 : adjacent_5p upward
528
- B18-B19 : adjacent_5p upward
529
- B20-B21 : adjacent_5p upward
530
- B21-B22 : adjacent_5p upward
531
- B22-B23 : adjacent_5p upward
532
- B23-B24 : adjacent_5p upward
533
- B24-B25 : adjacent_5p upward
534
- B25-B26 : adjacent_5p upward
535
- B26-B27 : adjacent_5p upward
536
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
537
- A4-B25 : outward
538
- A7-B22 : outward
539
- A9-B19 : outward
540
- A12-A14 : upward
541
- Number of stackings = 26
542
- Number of adjacent stackings = 22
543
- Number of non adjacent stackings = 4
544
- Base-pairs ------------------------------------------------------
545
- A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
546
- A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
547
- A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
548
- A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
549
- A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
550
- A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
551
- A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
552
- A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
553
- A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
554
- A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
555
- Residue conformations -------------------------------------------
556
- A1 : G C3p_endo anti
557
- A2 : G C3p_endo anti
558
- A3 : C C3p_endo anti
559
- A4 : G C3p_endo anti
560
- A5 : U C3p_endo anti
561
- A6 : C C3p_endo anti
562
- A7 : A C3p_endo anti
563
- A8 : C C3p_endo anti
564
- A9 : A C3p_endo anti
565
- A10 : C C3p_endo anti
566
- A11 : C C3p_endo anti
567
- A12 : U C3p_endo anti
568
- A13 : U C1p_exo anti
569
- A14 : C C2p_endo anti
570
- B15 : G C3p_endo syn
571
- B16 : G C3p_endo anti
572
- B17 : G C3p_endo anti
573
- B18 : U C3p_endo anti
574
- B19 : G C2p_exo anti
575
- B20 : A C3p_endo anti
576
- B21 : A C3p_endo anti
577
- B22 : G C3p_endo anti
578
- B23 : U C3p_endo anti
579
- B24 : C C3p_endo anti
580
- B25 : G C3p_endo anti
581
- B26 : C C1p_exo anti
582
- B27 : C O4p_endo anti
583
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
584
- A1-A2 : adjacent_5p upward
585
- A2-A3 : adjacent_5p upward
586
- A4-A5 : adjacent_5p upward
587
- A5-A6 : adjacent_5p upward
588
- A6-A7 : adjacent_5p upward
589
- A7-A8 : adjacent_5p upward
590
- A8-A9 : adjacent_5p upward
591
- A9-A10 : adjacent_5p upward
592
- A10-A11 : adjacent_5p upward
593
- A11-A12 : adjacent_5p upward
594
- B15-B16 : adjacent_5p outward
595
- B16-B17 : adjacent_5p upward
596
- B17-B18 : adjacent_5p upward
597
- B18-B19 : adjacent_5p upward
598
- B20-B21 : adjacent_5p upward
599
- B22-B23 : adjacent_5p upward
600
- B23-B24 : adjacent_5p upward
601
- B24-B25 : adjacent_5p upward
602
- B25-B26 : adjacent_5p upward
603
- B26-B27 : adjacent_5p upward
604
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
605
- A4-B25 : outward
606
- A7-B22 : outward
607
- A9-B19 : outward
608
- A12-A14 : upward
609
- Number of stackings = 24
610
- Number of adjacent stackings = 20
611
- Number of non adjacent stackings = 4
612
- Base-pairs ------------------------------------------------------
613
- A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
614
- A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
615
- A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
616
- A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
617
- A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
618
- A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
619
- A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
620
- A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
621
- A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
622
- A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
623
- Residue conformations -------------------------------------------
624
- A1 : G C3p_endo anti
625
- A2 : G C3p_endo anti
626
- A3 : C C3p_endo anti
627
- A4 : G C3p_endo anti
628
- A5 : U C3p_endo anti
629
- A6 : C C3p_endo anti
630
- A7 : A C3p_endo anti
631
- A8 : C C3p_endo anti
632
- A9 : A C3p_endo anti
633
- A10 : C C3p_endo anti
634
- A11 : C C3p_endo anti
635
- A12 : U C3p_endo anti
636
- A13 : U C1p_exo anti
637
- A14 : C C2p_endo anti
638
- B15 : G C3p_endo syn
639
- B16 : G C3p_endo anti
640
- B17 : G C3p_endo anti
641
- B18 : U C3p_endo anti
642
- B19 : G C3p_endo anti
643
- B20 : A C3p_endo anti
644
- B21 : A C2p_exo anti
645
- B22 : G C2p_exo anti
646
- B23 : U C3p_endo anti
647
- B24 : C C3p_endo anti
648
- B25 : G C3p_endo anti
649
- B26 : C C1p_exo anti
650
- B27 : C O4p_endo anti
651
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
652
- A1-A2 : adjacent_5p upward
653
- A2-A3 : adjacent_5p upward
654
- A4-A5 : adjacent_5p upward
655
- A5-A6 : adjacent_5p upward
656
- A6-A7 : adjacent_5p upward
657
- A7-A8 : adjacent_5p upward
658
- A8-A9 : adjacent_5p upward
659
- A9-A10 : adjacent_5p upward
660
- A10-A11 : adjacent_5p upward
661
- A11-A12 : adjacent_5p upward
662
- B15-B16 : adjacent_5p outward
663
- B16-B17 : adjacent_5p upward
664
- B17-B18 : adjacent_5p upward
665
- B18-B19 : adjacent_5p upward
666
- B20-B21 : adjacent_5p upward
667
- B21-B22 : adjacent_5p upward
668
- B22-B23 : adjacent_5p upward
669
- B23-B24 : adjacent_5p upward
670
- B24-B25 : adjacent_5p upward
671
- B25-B26 : adjacent_5p upward
672
- B26-B27 : adjacent_5p upward
673
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
674
- A4-B25 : outward
675
- A7-B22 : outward
676
- A9-B19 : outward
677
- A12-A14 : upward
678
- Number of stackings = 25
679
- Number of adjacent stackings = 21
680
- Number of non adjacent stackings = 4
681
- Base-pairs ------------------------------------------------------
682
- A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
683
- A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
684
- A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
685
- A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
686
- A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
687
- A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
688
- A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
689
- A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
690
- A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
691
- A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
692
- Residue conformations -------------------------------------------
693
- A1 : G C3p_endo anti
694
- A2 : G C3p_endo anti
695
- A3 : C C3p_endo anti
696
- A4 : G C3p_endo anti
697
- A5 : U C3p_endo anti
698
- A6 : C C3p_endo anti
699
- A7 : A C3p_endo anti
700
- A8 : C C3p_endo anti
701
- A9 : A C3p_endo anti
702
- A10 : C C3p_endo anti
703
- A11 : C C3p_endo anti
704
- A12 : U C3p_endo anti
705
- A13 : U C1p_exo anti
706
- A14 : C C2p_endo anti
707
- B15 : G C3p_endo syn
708
- B16 : G C3p_endo anti
709
- B17 : G C3p_endo anti
710
- B18 : U C3p_endo anti
711
- B19 : G C2p_exo anti
712
- B20 : A C3p_endo anti
713
- B21 : A C2p_endo anti
714
- B22 : G C3p_endo anti
715
- B23 : U C3p_endo anti
716
- B24 : C C3p_endo anti
717
- B25 : G C3p_endo anti
718
- B26 : C C1p_exo anti
719
- B27 : C O4p_endo anti
720
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
721
- A1-A2 : adjacent_5p upward
722
- A2-A3 : adjacent_5p upward
723
- A3-A4 : adjacent_5p upward
724
- A4-A5 : adjacent_5p upward
725
- A5-A6 : adjacent_5p upward
726
- A6-A7 : adjacent_5p upward
727
- A7-A8 : adjacent_5p upward
728
- A8-A9 : adjacent_5p upward
729
- A9-A10 : adjacent_5p upward
730
- A10-A11 : adjacent_5p upward
731
- A11-A12 : adjacent_5p upward
732
- B15-B16 : adjacent_5p outward
733
- B16-B17 : adjacent_5p upward
734
- B17-B18 : adjacent_5p upward
735
- B18-B19 : adjacent_5p upward
736
- B20-B21 : adjacent_5p upward
737
- B21-B22 : adjacent_5p upward
738
- B22-B23 : adjacent_5p upward
739
- B23-B24 : adjacent_5p upward
740
- B24-B25 : adjacent_5p upward
741
- B25-B26 : adjacent_5p upward
742
- B26-B27 : adjacent_5p upward
743
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
744
- A4-B25 : outward
745
- A7-B22 : outward
746
- A9-B19 : outward
747
- A12-A14 : upward
748
- Number of stackings = 26
749
- Number of adjacent stackings = 22
750
- Number of non adjacent stackings = 4
751
- Base-pairs ------------------------------------------------------
752
- A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
753
- A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
754
- A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
755
- A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
756
- A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
757
- A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
758
- A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
759
- A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
760
- A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
761
- A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
762
- Residue conformations -------------------------------------------
763
- A1 : G C3p_endo anti
764
- A2 : G C3p_endo anti
765
- A3 : C C3p_endo anti
766
- A4 : G C3p_endo anti
767
- A5 : U C3p_endo anti
768
- A6 : C C3p_endo anti
769
- A7 : A C3p_endo anti
770
- A8 : C C3p_endo anti
771
- A9 : A C3p_endo anti
772
- A10 : C C3p_endo anti
773
- A11 : C C3p_endo anti
774
- A12 : U C3p_endo anti
775
- A13 : U C1p_exo anti
776
- A14 : C C2p_endo anti
777
- B15 : G C3p_endo syn
778
- B16 : G C3p_endo anti
779
- B17 : G C3p_endo anti
780
- B18 : U C3p_endo anti
781
- B19 : G C3p_endo anti
782
- B20 : A O4p_endo anti
783
- B21 : A C2p_endo anti
784
- B22 : G C3p_endo anti
785
- B23 : U C3p_endo anti
786
- B24 : C C3p_endo anti
787
- B25 : G C3p_endo anti
788
- B26 : C C1p_exo anti
789
- B27 : C O4p_endo anti
790
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
791
- A1-A2 : adjacent_5p upward
792
- A2-A3 : adjacent_5p upward
793
- A3-A4 : adjacent_5p upward
794
- A4-A5 : adjacent_5p upward
795
- A5-A6 : adjacent_5p upward
796
- A6-A7 : adjacent_5p upward
797
- A7-A8 : adjacent_5p upward
798
- A8-A9 : adjacent_5p upward
799
- A9-A10 : adjacent_5p upward
800
- A10-A11 : adjacent_5p upward
801
- A11-A12 : adjacent_5p upward
802
- B15-B16 : adjacent_5p outward
803
- B16-B17 : adjacent_5p upward
804
- B17-B18 : adjacent_5p upward
805
- B18-B19 : adjacent_5p upward
806
- B20-B21 : adjacent_5p upward
807
- B21-B22 : adjacent_5p upward
808
- B22-B23 : adjacent_5p upward
809
- B23-B24 : adjacent_5p upward
810
- B24-B25 : adjacent_5p upward
811
- B25-B26 : adjacent_5p upward
812
- B26-B27 : adjacent_5p upward
813
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
814
- A4-B25 : outward
815
- A9-B19 : outward
816
- A12-A14 : upward
817
- Number of stackings = 25
818
- Number of adjacent stackings = 22
819
- Number of non adjacent stackings = 3
820
- Base-pairs ------------------------------------------------------
821
- A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
822
- A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
823
- A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
824
- A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
825
- A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
826
- A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
827
- A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
828
- A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
829
- A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
830
- A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
831
- Residue conformations -------------------------------------------
832
- A1 : G C3p_endo anti
833
- A2 : G C3p_endo anti
834
- A3 : C C3p_endo anti
835
- A4 : G C3p_endo anti
836
- A5 : U C3p_endo anti
837
- A6 : C C3p_endo anti
838
- A7 : A C3p_endo anti
839
- A8 : C C3p_endo anti
840
- A9 : A C3p_endo anti
841
- A10 : C C3p_endo anti
842
- A11 : C C3p_endo anti
843
- A12 : U C3p_endo anti
844
- A13 : U C1p_exo anti
845
- A14 : C C2p_endo anti
846
- B15 : G C3p_endo syn
847
- B16 : G C2p_exo anti
848
- B17 : G C3p_endo anti
849
- B18 : U C3p_endo anti
850
- B19 : G C4p_exo anti
851
- B20 : A C3p_endo anti
852
- B21 : A C3p_endo anti
853
- B22 : G C3p_endo anti
854
- B23 : U C3p_endo anti
855
- B24 : C C3p_endo anti
856
- B25 : G C3p_endo anti
857
- B26 : C C1p_exo anti
858
- B27 : C O4p_endo anti
859
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
860
- A1-A2 : adjacent_5p upward
861
- A2-A3 : adjacent_5p upward
862
- A4-A5 : adjacent_5p upward
863
- A5-A6 : adjacent_5p upward
864
- A6-A7 : adjacent_5p upward
865
- A7-A8 : adjacent_5p upward
866
- A8-A9 : adjacent_5p upward
867
- A9-A10 : adjacent_5p upward
868
- A10-A11 : adjacent_5p upward
869
- A11-A12 : adjacent_5p upward
870
- B15-B16 : adjacent_5p outward
871
- B16-B17 : adjacent_5p upward
872
- B17-B18 : adjacent_5p upward
873
- B18-B19 : adjacent_5p upward
874
- B20-B21 : adjacent_5p upward
875
- B21-B22 : adjacent_5p upward
876
- B22-B23 : adjacent_5p upward
877
- B23-B24 : adjacent_5p upward
878
- B24-B25 : adjacent_5p upward
879
- B25-B26 : adjacent_5p upward
880
- B26-B27 : adjacent_5p upward
881
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
882
- A4-B25 : outward
883
- A7-B22 : outward
884
- A9-B19 : outward
885
- A12-A14 : upward
886
- Number of stackings = 25
887
- Number of adjacent stackings = 21
888
- Number of non adjacent stackings = 4
889
- Base-pairs ------------------------------------------------------
890
- A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
891
- A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
892
- A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
893
- A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
894
- A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
895
- A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
896
- A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
897
- A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
898
- A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
899
- A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
900
- Residue conformations -------------------------------------------
901
- A1 : G C3p_endo anti
902
- A2 : G C3p_endo anti
903
- A3 : C C3p_endo anti
904
- A4 : G C3p_endo anti
905
- A5 : U C3p_endo anti
906
- A6 : C C3p_endo anti
907
- A7 : A C3p_endo anti
908
- A8 : C C3p_endo anti
909
- A9 : A C3p_endo anti
910
- A10 : C C3p_endo anti
911
- A11 : C C3p_endo anti
912
- A12 : U C3p_endo anti
913
- A13 : U C1p_exo anti
914
- A14 : C C2p_endo anti
915
- B15 : G C3p_endo syn
916
- B16 : G C3p_endo anti
917
- B17 : G C3p_endo anti
918
- B18 : U C3p_endo anti
919
- B19 : G C4p_exo anti
920
- B20 : A C3p_endo anti
921
- B21 : A C3p_endo anti
922
- B22 : G C3p_endo anti
923
- B23 : U C3p_endo anti
924
- B24 : C C3p_endo anti
925
- B25 : G C3p_endo anti
926
- B26 : C C1p_exo anti
927
- B27 : C O4p_endo anti
928
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
929
- A1-A2 : adjacent_5p upward
930
- A2-A3 : adjacent_5p upward
931
- A4-A5 : adjacent_5p upward
932
- A5-A6 : adjacent_5p upward
933
- A6-A7 : adjacent_5p upward
934
- A7-A8 : adjacent_5p upward
935
- A8-A9 : adjacent_5p upward
936
- A9-A10 : adjacent_5p upward
937
- A10-A11 : adjacent_5p upward
938
- A11-A12 : adjacent_5p upward
939
- B15-B16 : adjacent_5p outward
940
- B16-B17 : adjacent_5p upward
941
- B17-B18 : adjacent_5p upward
942
- B18-B19 : adjacent_5p upward
943
- B20-B21 : adjacent_5p upward
944
- B21-B22 : adjacent_5p upward
945
- B22-B23 : adjacent_5p upward
946
- B23-B24 : adjacent_5p upward
947
- B24-B25 : adjacent_5p upward
948
- B25-B26 : adjacent_5p upward
949
- B26-B27 : adjacent_5p upward
950
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
951
- A4-B25 : outward
952
- A7-B22 : outward
953
- A9-B19 : outward
954
- A12-A14 : upward
955
- Number of stackings = 25
956
- Number of adjacent stackings = 21
957
- Number of non adjacent stackings = 4
958
- Base-pairs ------------------------------------------------------
959
- A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
960
- A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
961
- A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
962
- A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
963
- A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
964
- A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
965
- A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
966
- A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
967
- A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
968
- A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
969
- Residue conformations -------------------------------------------
970
- A1 : G C3p_endo anti
971
- A2 : G C3p_endo anti
972
- A3 : C C3p_endo anti
973
- A4 : G C3p_endo anti
974
- A5 : U C3p_endo anti
975
- A6 : C C3p_endo anti
976
- A7 : A C3p_endo anti
977
- A8 : C C3p_endo anti
978
- A9 : A C3p_endo anti
979
- A10 : C C3p_endo anti
980
- A11 : C C3p_endo anti
981
- A12 : U C3p_endo anti
982
- A13 : U C1p_exo anti
983
- A14 : C C2p_endo anti
984
- B15 : G C3p_endo syn
985
- B16 : G C3p_endo anti
986
- B17 : G C3p_endo anti
987
- B18 : U C3p_endo anti
988
- B19 : G C3p_endo anti
989
- B20 : A C3p_endo anti
990
- B21 : A C2p_exo anti
991
- B22 : G C2p_exo anti
992
- B23 : U C3p_endo anti
993
- B24 : C C3p_endo anti
994
- B25 : G C3p_endo anti
995
- B26 : C C1p_exo anti
996
- B27 : C O4p_endo anti
997
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
998
- A1-A2 : adjacent_5p upward
999
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1000
- A3-A4 : adjacent_5p upward
1001
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1002
- A5-A6 : adjacent_5p upward
1003
- A6-A7 : adjacent_5p upward
1004
- A7-A8 : adjacent_5p upward
1005
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1006
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1007
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1008
- A11-A12 : adjacent_5p upward
1009
- B15-B16 : adjacent_5p outward
1010
- B16-B17 : adjacent_5p upward
1011
- B17-B18 : adjacent_5p upward
1012
- B18-B19 : adjacent_5p upward
1013
- B20-B21 : adjacent_5p upward
1014
- B21-B22 : adjacent_5p upward
1015
- B22-B23 : adjacent_5p upward
1016
- B23-B24 : adjacent_5p upward
1017
- B24-B25 : adjacent_5p upward
1018
- B25-B26 : adjacent_5p upward
1019
- B26-B27 : adjacent_5p upward
1020
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1021
- A4-B25 : outward
1022
- A7-B22 : outward
1023
- A9-B19 : outward
1024
- A12-A14 : upward
1025
- Number of stackings = 26
1026
- Number of adjacent stackings = 22
1027
- Number of non adjacent stackings = 4
1028
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1029
- A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1030
- A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1031
- A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1032
- A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1033
- A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1034
- A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1035
- A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1036
- A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1037
- A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1038
- A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1039
- Residue conformations -------------------------------------------
1040
- A1 : G C3p_endo anti
1041
- A2 : G C3p_endo anti
1042
- A3 : C C3p_endo anti
1043
- A4 : G C3p_endo anti
1044
- A5 : U C3p_endo anti
1045
- A6 : C C3p_endo anti
1046
- A7 : A C3p_endo anti
1047
- A8 : C C3p_endo anti
1048
- A9 : A C3p_endo anti
1049
- A10 : C C3p_endo anti
1050
- A11 : C C3p_endo anti
1051
- A12 : U C3p_endo anti
1052
- A13 : U C1p_exo anti
1053
- A14 : C C2p_endo anti
1054
- B15 : G C3p_endo syn
1055
- B16 : G C3p_endo anti
1056
- B17 : G C3p_endo anti
1057
- B18 : U C3p_endo anti
1058
- B19 : G C2p_exo anti
1059
- B20 : A C3p_endo anti
1060
- B21 : A C2p_endo anti
1061
- B22 : G C3p_endo anti
1062
- B23 : U C3p_endo anti
1063
- B24 : C C3p_endo anti
1064
- B25 : G C3p_endo anti
1065
- B26 : C C1p_exo anti
1066
- B27 : C O4p_endo anti
1067
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1068
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1069
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1070
- A3-A4 : adjacent_5p upward
1071
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1072
- A5-A6 : adjacent_5p upward
1073
- A6-A7 : adjacent_5p upward
1074
- A7-A8 : adjacent_5p upward
1075
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1076
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1077
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1078
- A11-A12 : adjacent_5p upward
1079
- B15-B16 : adjacent_5p outward
1080
- B16-B17 : adjacent_5p upward
1081
- B17-B18 : adjacent_5p upward
1082
- B18-B19 : adjacent_5p upward
1083
- B20-B21 : adjacent_5p upward
1084
- B21-B22 : adjacent_5p upward
1085
- B22-B23 : adjacent_5p upward
1086
- B23-B24 : adjacent_5p upward
1087
- B24-B25 : adjacent_5p upward
1088
- B25-B26 : adjacent_5p upward
1089
- B26-B27 : adjacent_5p upward
1090
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1091
- A4-B25 : outward
1092
- A7-B22 : outward
1093
- A9-B19 : outward
1094
- A12-A14 : upward
1095
- Number of stackings = 26
1096
- Number of adjacent stackings = 22
1097
- Number of non adjacent stackings = 4
1098
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1099
- A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1100
- A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1101
- A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1102
- A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1103
- A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1104
- A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1105
- A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1106
- A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1107
- A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1108
- A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1109
- Residue conformations -------------------------------------------
1110
- A1 : G C3p_endo anti
1111
- A2 : G C3p_endo anti
1112
- A3 : C C3p_endo anti
1113
- A4 : G C3p_endo anti
1114
- A5 : U C3p_endo anti
1115
- A6 : C C3p_endo anti
1116
- A7 : A C3p_endo anti
1117
- A8 : C C3p_endo anti
1118
- A9 : A C3p_endo anti
1119
- A10 : C C3p_endo anti
1120
- A11 : C C3p_endo anti
1121
- A12 : U C3p_endo anti
1122
- A13 : U C1p_exo anti
1123
- A14 : C C2p_endo anti
1124
- B15 : G C3p_endo syn
1125
- B16 : G C3p_endo anti
1126
- B17 : G C3p_endo anti
1127
- B18 : U C3p_endo anti
1128
- B19 : G C2p_exo anti
1129
- B20 : A C3p_endo anti
1130
- B21 : A C2p_exo anti
1131
- B22 : G C3p_endo anti
1132
- B23 : U C3p_endo anti
1133
- B24 : C C3p_endo anti
1134
- B25 : G C3p_endo anti
1135
- B26 : C C1p_exo anti
1136
- B27 : C O4p_endo anti
1137
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1138
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1139
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1140
- A3-A4 : adjacent_5p upward
1141
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1142
- A5-A6 : adjacent_5p upward
1143
- A6-A7 : adjacent_5p upward
1144
- A7-A8 : adjacent_5p upward
1145
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1146
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1147
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1148
- A11-A12 : adjacent_5p upward
1149
- B15-B16 : adjacent_5p outward
1150
- B16-B17 : adjacent_5p upward
1151
- B17-B18 : adjacent_5p upward
1152
- B18-B19 : adjacent_5p upward
1153
- B20-B21 : adjacent_5p upward
1154
- B21-B22 : adjacent_5p upward
1155
- B22-B23 : adjacent_5p upward
1156
- B23-B24 : adjacent_5p upward
1157
- B24-B25 : adjacent_5p upward
1158
- B25-B26 : adjacent_5p upward
1159
- B26-B27 : adjacent_5p upward
1160
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1161
- A4-B25 : outward
1162
- A7-B22 : outward
1163
- A9-B19 : outward
1164
- A12-A14 : upward
1165
- Number of stackings = 26
1166
- Number of adjacent stackings = 22
1167
- Number of non adjacent stackings = 4
1168
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1169
- A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1170
- A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1171
- A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1172
- A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1173
- A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1174
- A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1175
- A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1176
- A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1177
- A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1178
- A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1179
- Residue conformations -------------------------------------------
1180
- A1 : G C3p_endo anti
1181
- A2 : G C3p_endo anti
1182
- A3 : C C3p_endo anti
1183
- A4 : G C3p_endo anti
1184
- A5 : U C3p_endo anti
1185
- A6 : C C3p_endo anti
1186
- A7 : A C3p_endo anti
1187
- A8 : C C3p_endo anti
1188
- A9 : A C3p_endo anti
1189
- A10 : C C3p_endo anti
1190
- A11 : C C3p_endo anti
1191
- A12 : U C3p_endo anti
1192
- A13 : U C1p_exo anti
1193
- A14 : C C2p_endo anti
1194
- B15 : G C3p_endo syn
1195
- B16 : G C3p_endo anti
1196
- B17 : G C3p_endo anti
1197
- B18 : U C3p_endo anti
1198
- B19 : G C2p_exo anti
1199
- B20 : A C3p_endo anti
1200
- B21 : A C2p_endo anti
1201
- B22 : G C3p_endo anti
1202
- B23 : U C3p_endo anti
1203
- B24 : C C3p_endo anti
1204
- B25 : G C3p_endo anti
1205
- B26 : C C1p_exo anti
1206
- B27 : C O4p_endo anti
1207
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1208
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1209
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1210
- A3-A4 : adjacent_5p upward
1211
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1212
- A5-A6 : adjacent_5p upward
1213
- A6-A7 : adjacent_5p upward
1214
- A7-A8 : adjacent_5p upward
1215
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1216
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1217
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1218
- A11-A12 : adjacent_5p upward
1219
- B15-B16 : adjacent_5p outward
1220
- B16-B17 : adjacent_5p upward
1221
- B17-B18 : adjacent_5p upward
1222
- B18-B19 : adjacent_5p upward
1223
- B20-B21 : adjacent_5p upward
1224
- B21-B22 : adjacent_5p upward
1225
- B22-B23 : adjacent_5p upward
1226
- B23-B24 : adjacent_5p upward
1227
- B24-B25 : adjacent_5p upward
1228
- B25-B26 : adjacent_5p upward
1229
- B26-B27 : adjacent_5p upward
1230
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1231
- A4-B25 : outward
1232
- A7-B22 : outward
1233
- A9-B19 : outward
1234
- A12-A14 : upward
1235
- Number of stackings = 26
1236
- Number of adjacent stackings = 22
1237
- Number of non adjacent stackings = 4
1238
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1239
- A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1240
- A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1241
- A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1242
- A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1243
- A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1244
- A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1245
- A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1246
- A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1247
- A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1248
- A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1249
- Residue conformations -------------------------------------------
1250
- A1 : G C3p_endo anti
1251
- A2 : G C3p_endo anti
1252
- A3 : C C3p_endo anti
1253
- A4 : G C3p_endo anti
1254
- A5 : U C3p_endo anti
1255
- A6 : C C3p_endo anti
1256
- A7 : A C3p_endo anti
1257
- A8 : C C3p_endo anti
1258
- A9 : A C3p_endo anti
1259
- A10 : C C3p_endo anti
1260
- A11 : C C3p_endo anti
1261
- A12 : U C3p_endo anti
1262
- A13 : U C1p_exo anti
1263
- A14 : C C2p_endo anti
1264
- B15 : G C3p_endo syn
1265
- B16 : G C3p_endo anti
1266
- B17 : G C3p_endo anti
1267
- B18 : U C3p_endo anti
1268
- B19 : G C2p_exo anti
1269
- B20 : A C3p_endo anti
1270
- B21 : A C2p_exo anti
1271
- B22 : G C3p_endo anti
1272
- B23 : U C3p_endo anti
1273
- B24 : C C3p_endo anti
1274
- B25 : G C3p_endo anti
1275
- B26 : C C1p_exo anti
1276
- B27 : C O4p_endo anti
1277
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1278
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1279
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1280
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1281
- A5-A6 : adjacent_5p upward
1282
- A6-A7 : adjacent_5p upward
1283
- A7-A8 : adjacent_5p upward
1284
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1285
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1286
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1287
- A11-A12 : adjacent_5p upward
1288
- B15-B16 : adjacent_5p outward
1289
- B16-B17 : adjacent_5p upward
1290
- B17-B18 : adjacent_5p upward
1291
- B18-B19 : adjacent_5p upward
1292
- B20-B21 : adjacent_5p upward
1293
- B21-B22 : adjacent_5p upward
1294
- B22-B23 : adjacent_5p upward
1295
- B23-B24 : adjacent_5p upward
1296
- B24-B25 : adjacent_5p upward
1297
- B25-B26 : adjacent_5p upward
1298
- B26-B27 : adjacent_5p upward
1299
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1300
- A4-B25 : outward
1301
- A7-B22 : outward
1302
- A9-B19 : outward
1303
- A12-A14 : upward
1304
- Number of stackings = 25
1305
- Number of adjacent stackings = 21
1306
- Number of non adjacent stackings = 4
1307
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1308
- A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1309
- A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1310
- A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1311
- A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1312
- A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1313
- A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1314
- A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1315
- A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1316
- A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1317
- A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1318
- Residue conformations -------------------------------------------
1319
- A1 : G C3p_endo anti
1320
- A2 : G C3p_endo anti
1321
- A3 : C C3p_endo anti
1322
- A4 : G C3p_endo anti
1323
- A5 : U C3p_endo anti
1324
- A6 : C C3p_endo anti
1325
- A7 : A C3p_endo anti
1326
- A8 : C C3p_endo anti
1327
- A9 : A C3p_endo anti
1328
- A10 : C C3p_endo anti
1329
- A11 : C C3p_endo anti
1330
- A12 : U C3p_endo anti
1331
- A13 : U C1p_exo anti
1332
- A14 : C C2p_endo anti
1333
- B15 : G C3p_endo syn
1334
- B16 : G C3p_endo anti
1335
- B17 : G C3p_endo anti
1336
- B18 : U C3p_endo anti
1337
- B19 : G C3p_endo anti
1338
- B20 : A C4p_exo anti
1339
- B21 : A C4p_exo anti
1340
- B22 : G C2p_exo anti
1341
- B23 : U C3p_endo anti
1342
- B24 : C C3p_endo anti
1343
- B25 : G C3p_endo anti
1344
- B26 : C C1p_exo anti
1345
- B27 : C O4p_endo anti
1346
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1347
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1348
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1349
- A3-A4 : adjacent_5p upward
1350
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1351
- A5-A6 : adjacent_5p upward
1352
- A6-A7 : adjacent_5p upward
1353
- A7-A8 : adjacent_5p upward
1354
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1355
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1356
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1357
- A11-A12 : adjacent_5p upward
1358
- B15-B16 : adjacent_5p outward
1359
- B16-B17 : adjacent_5p upward
1360
- B17-B18 : adjacent_5p upward
1361
- B18-B19 : adjacent_5p upward
1362
- B22-B23 : adjacent_5p upward
1363
- B23-B24 : adjacent_5p upward
1364
- B24-B25 : adjacent_5p upward
1365
- B25-B26 : adjacent_5p upward
1366
- B26-B27 : adjacent_5p upward
1367
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1368
- A4-B25 : outward
1369
- A7-B22 : outward
1370
- A9-B19 : outward
1371
- A12-A14 : upward
1372
- Number of stackings = 24
1373
- Number of adjacent stackings = 20
1374
- Number of non adjacent stackings = 4
1375
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1376
- A1-B27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1377
- A2-B26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1378
- A3-B25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1379
- A4-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1380
- A6-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1381
- A8-B19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1382
- A9-B18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1383
- A10-B17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1384
- A11-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1385
- A12-B15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1a4d_MC DELETED
@@ -1,101 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A68 : G C3p_endo anti
3
- A69 : G C3p_endo anti
4
- A70 : C C3p_endo anti
5
- A71 : C C3p_endo anti
6
- A72 : G C3p_endo anti
7
- A73 : A C2p_exo anti
8
- A74 : U C3p_endo anti
9
- A75 : G C3p_endo anti
10
- A76 : G C3p_endo anti
11
- A77 : U C3p_endo anti
12
- A78 : A C3p_endo anti
13
- A79 : G C3p_endo anti
14
- A80 : U C3p_endo anti
15
- A81 : G C3p_endo anti
16
- A82 : U C3p_endo anti
17
- A83 : G C3p_endo anti
18
- A84 : G C3p_endo anti
19
- A85 : G C3p_endo anti
20
- A86 : G C3p_endo anti
21
- A87 : U C4p_exo anti
22
- A88 : C C2p_endo anti
23
- B89 : U C3p_endo anti
24
- B90 : C C2p_exo anti
25
- B91 : C C3p_endo anti
26
- B92 : C C3p_endo anti
27
- B93 : C C3p_endo anti
28
- B94 : A C3p_endo anti
29
- B95 : U C3p_endo anti
30
- B96 : G C3p_endo anti
31
- B97 : C C3p_endo anti
32
- B98 : G C3p_endo anti
33
- B99 : A C2p_exo anti
34
- B100 : G C3p_endo anti
35
- B101 : A C2p_exo anti
36
- B102 : G C3p_endo anti
37
- B103 : U C3p_endo anti
38
- B104 : A C3p_endo anti
39
- B105 : G C3p_endo anti
40
- B106 : G C3p_endo anti
41
- B107 : C C3p_endo anti
42
- B108 : C C3p_endo anti
43
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
44
- A68-A69 : adjacent_5p upward
45
- A69-A70 : adjacent_5p upward
46
- A71-A72 : adjacent_5p upward
47
- A73-A74 : adjacent_5p upward
48
- A74-A75 : adjacent_5p upward
49
- A75-A76 : adjacent_5p upward
50
- A76-A77 : adjacent_5p upward
51
- A77-A78 : adjacent_5p upward
52
- A78-A79 : adjacent_5p upward
53
- A79-A80 : adjacent_5p upward
54
- A81-A82 : adjacent_5p upward
55
- A82-A83 : adjacent_5p upward
56
- A83-A84 : adjacent_5p upward
57
- A84-A85 : adjacent_5p upward
58
- A85-A86 : adjacent_5p upward
59
- B93-B94 : adjacent_5p upward
60
- B94-B95 : adjacent_5p upward
61
- B96-B97 : adjacent_5p upward
62
- B97-B98 : adjacent_5p upward
63
- B99-B100 : adjacent_5p upward
64
- B100-B101 : adjacent_5p upward
65
- B101-B102 : adjacent_5p upward
66
- B102-B103 : adjacent_5p upward
67
- B103-B104 : adjacent_5p upward
68
- B104-B105 : adjacent_5p upward
69
- B105-B106 : adjacent_5p upward
70
- B106-B107 : adjacent_5p upward
71
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
72
- A73-B104 : outward
73
- A78-B99 : outward
74
- A81-B96 : outward
75
- A83-B94 : outward
76
- Number of stackings = 31
77
- Number of adjacent stackings = 27
78
- Number of non adjacent stackings = 4
79
- Base-pairs ------------------------------------------------------
80
- A68-B108 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
81
- A69-B107 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
82
- A70-B106 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
83
- A71-B105 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
84
- A72-B102 : G-G Hh/O2P pairing
85
- A72-B103 : G-U Ww/O2P Bs/O2P pairing
86
- A72-B104 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
87
- A73-B103 : A-U Hh/Ws pairing antiparallel trans XXIV
88
- A74-B102 : U-G Hh/Ww pairing antiparallel trans one_hbond 91
89
- A75-B101 : G-A Hw/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 64
90
- A76-B100 : G-G Ww/Bh pairing antiparallel trans 115
91
- A77-B99 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
92
- A78-B98 : A-G Hh/Ss Bh/O2' pairing antiparallel trans XI
93
- A79-B97 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
94
- A80-B96 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
95
- A81-B95 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
96
- A82-B94 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
97
- A83-B93 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
98
- A84-B92 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
99
- A85-B91 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
100
- A86-B90 : G-C Bs/Ww pairing antiparallel cis 128
101
- B89-B90 : U-C O2P/Ww O2P/Bh adjacent_5p pairing
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1a4t_MC DELETED
@@ -1,1186 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A4 : G C4p_exo anti
3
- A5 : C C2p_exo anti
4
- A6 : G C2p_exo anti
5
- A7 : C C3p_endo anti
6
- A8 : U C2p_exo anti
7
- A9 : G C3p_endo anti
8
- A10 : A C2p_endo anti
9
- A11 : C C1p_exo anti
10
- A12 : A C3p_endo anti
11
- A13 : A C3p_endo anti
12
- A14 : A C2p_exo anti
13
- A15 : G C2p_exo anti
14
- A16 : C C3p_endo anti
15
- A17 : G C2p_exo anti
16
- A18 : C C3p_endo anti
17
- B1 : ASN
18
- B2 : ALA
19
- B3 : LYS
20
- B4 : THR
21
- B5 : ARG
22
- B6 : ARG
23
- B7 : HIS
24
- B8 : GLU
25
- B9 : ARG
26
- B10 : ARG
27
- B11 : ARG
28
- B12 : LYS
29
- B13 : LEU
30
- B14 : ALA
31
- B15 : ILE
32
- B16 : GLU
33
- B17 : ARG
34
- B18 : ASP
35
- B19 : THR
36
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
37
- A4-A5 : adjacent_5p upward
38
- A6-A7 : adjacent_5p upward
39
- A8-A9 : adjacent_5p upward
40
- A12-A13 : adjacent_5p upward
41
- A13-A14 : adjacent_5p upward
42
- A14-A15 : adjacent_5p upward
43
- A15-A16 : adjacent_5p upward
44
- A17-A18 : adjacent_5p upward
45
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
46
- A6-A17 : outward
47
- A10-A12 : upward
48
- Number of stackings = 10
49
- Number of adjacent stackings = 8
50
- Number of non adjacent stackings = 2
51
- Base-pairs ------------------------------------------------------
52
- A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
53
- A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
54
- A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
55
- A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
56
- A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
57
- A9-A12 : G-A O2'/Hh Ww/O2P pairing
58
- A9-A13 : G-A Bs/Hh Bs/O2P pairing antiparallel trans one_hbond
59
- A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
60
- A15-B3 : G-LYS pairing one_hbond
61
- Residue conformations -------------------------------------------
62
- A4 : G C3p_endo anti
63
- A5 : C C3p_endo anti
64
- A6 : G C2p_exo anti
65
- A7 : C C3p_endo anti
66
- A8 : U C2p_exo anti
67
- A9 : G C3p_endo anti
68
- A10 : A C1p_exo anti
69
- A11 : C C1p_exo anti
70
- A12 : A C3p_endo anti
71
- A13 : A C3p_endo anti
72
- A14 : A C2p_exo anti
73
- A15 : G C2p_exo anti
74
- A16 : C C3p_endo anti
75
- A17 : G C3p_endo anti
76
- A18 : C C3p_endo anti
77
- B1 : ASN
78
- B2 : ALA
79
- B3 : LYS
80
- B4 : THR
81
- B5 : ARG
82
- B6 : ARG
83
- B7 : HIS
84
- B8 : GLU
85
- B9 : ARG
86
- B10 : ARG
87
- B11 : ARG
88
- B12 : LYS
89
- B13 : LEU
90
- B14 : ALA
91
- B15 : ILE
92
- B16 : GLU
93
- B17 : ARG
94
- B18 : ASP
95
- B19 : THR
96
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
97
- A4-A5 : adjacent_5p upward
98
- A6-A7 : adjacent_5p upward
99
- A8-A9 : adjacent_5p upward
100
- A12-A13 : adjacent_5p upward
101
- A13-A14 : adjacent_5p upward
102
- A14-A15 : adjacent_5p upward
103
- A15-A16 : adjacent_5p upward
104
- A17-A18 : adjacent_5p upward
105
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
106
- A6-A17 : outward
107
- A10-A12 : upward
108
- Number of stackings = 10
109
- Number of adjacent stackings = 8
110
- Number of non adjacent stackings = 2
111
- Base-pairs ------------------------------------------------------
112
- A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
113
- A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
114
- A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
115
- A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
116
- A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
117
- A9-A12 : G-A O2'/Hh pairing
118
- A9-A13 : G-A Bs/O2P pairing
119
- A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
120
- A14-B3 : A-LYS pairing one_hbond
121
- Residue conformations -------------------------------------------
122
- A4 : G C4p_exo anti
123
- A5 : C C3p_endo anti
124
- A6 : G C2p_exo anti
125
- A7 : C C3p_endo anti
126
- A8 : U C2p_exo anti
127
- A9 : G C3p_endo anti
128
- A10 : A O4p_endo anti
129
- A11 : C C1p_exo anti
130
- A12 : A C3p_endo anti
131
- A13 : A C3p_endo anti
132
- A14 : A C2p_exo anti
133
- A15 : G C2p_exo anti
134
- A16 : C C3p_endo anti
135
- A17 : G C3p_endo anti
136
- A18 : C C3p_endo anti
137
- B1 : ASN
138
- B2 : ALA
139
- B3 : LYS
140
- B4 : THR
141
- B5 : ARG
142
- B6 : ARG
143
- B7 : HIS
144
- B8 : GLU
145
- B9 : ARG
146
- B10 : ARG
147
- B11 : ARG
148
- B12 : LYS
149
- B13 : LEU
150
- B14 : ALA
151
- B15 : ILE
152
- B16 : GLU
153
- B17 : ARG
154
- B18 : ASP
155
- B19 : THR
156
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
157
- A4-A5 : adjacent_5p upward
158
- A6-A7 : adjacent_5p upward
159
- A8-A9 : adjacent_5p upward
160
- A12-A13 : adjacent_5p upward
161
- A13-A14 : adjacent_5p upward
162
- A14-A15 : adjacent_5p upward
163
- A15-A16 : adjacent_5p upward
164
- A17-A18 : adjacent_5p upward
165
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
166
- A6-A17 : outward
167
- A10-A12 : upward
168
- Number of stackings = 10
169
- Number of adjacent stackings = 8
170
- Number of non adjacent stackings = 2
171
- Base-pairs ------------------------------------------------------
172
- A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
173
- A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
174
- A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
175
- A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
176
- A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
177
- A9-A12 : G-A O2'/Hh pairing
178
- A9-A13 : G-A Bs/O2P pairing
179
- A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
180
- A14-B3 : A-LYS pairing one_hbond
181
- Residue conformations -------------------------------------------
182
- A4 : G C4p_exo anti
183
- A5 : C C3p_endo anti
184
- A6 : G C2p_exo anti
185
- A7 : C C3p_endo anti
186
- A8 : U C2p_exo anti
187
- A9 : G C3p_endo anti
188
- A10 : A C1p_exo anti
189
- A11 : C C1p_exo anti
190
- A12 : A C3p_endo anti
191
- A13 : A C3p_endo anti
192
- A14 : A C2p_exo anti
193
- A15 : G C2p_exo anti
194
- A16 : C C3p_endo anti
195
- A17 : G C3p_endo anti
196
- A18 : C C3p_endo anti
197
- B1 : ASN
198
- B2 : ALA
199
- B3 : LYS
200
- B4 : THR
201
- B5 : ARG
202
- B6 : ARG
203
- B7 : HIS
204
- B8 : GLU
205
- B9 : ARG
206
- B10 : ARG
207
- B11 : ARG
208
- B12 : LYS
209
- B13 : LEU
210
- B14 : ALA
211
- B15 : ILE
212
- B16 : GLU
213
- B17 : ARG
214
- B18 : ASP
215
- B19 : THR
216
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
217
- A4-A5 : adjacent_5p upward
218
- A6-A7 : adjacent_5p upward
219
- A8-A9 : adjacent_5p upward
220
- A12-A13 : adjacent_5p upward
221
- A13-A14 : adjacent_5p upward
222
- A14-A15 : adjacent_5p upward
223
- A15-A16 : adjacent_5p upward
224
- A17-A18 : adjacent_5p upward
225
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
226
- A6-A17 : outward
227
- A10-A12 : upward
228
- Number of stackings = 10
229
- Number of adjacent stackings = 8
230
- Number of non adjacent stackings = 2
231
- Base-pairs ------------------------------------------------------
232
- A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
233
- A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
234
- A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
235
- A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
236
- A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
237
- A9-A12 : G-A O2'/Hh Ww/O2P pairing
238
- A9-A13 : G-A Bs/Hh Ws/O2P pairing antiparallel trans one_hbond
239
- A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
240
- A15-B3 : G-LYS pairing
241
- Residue conformations -------------------------------------------
242
- A4 : G C3p_endo anti
243
- A5 : C C2p_exo anti
244
- A6 : G C2p_exo anti
245
- A7 : C C3p_endo anti
246
- A8 : U C2p_exo anti
247
- A9 : G C3p_endo anti
248
- A10 : A C3p_exo anti
249
- A11 : C C2p_endo anti
250
- A12 : A C3p_endo anti
251
- A13 : A C3p_endo anti
252
- A14 : A C2p_exo anti
253
- A15 : G C2p_exo anti
254
- A16 : C C3p_endo anti
255
- A17 : G C2p_exo anti
256
- A18 : C C3p_endo anti
257
- B1 : ASN
258
- B2 : ALA
259
- B3 : LYS
260
- B4 : THR
261
- B5 : ARG
262
- B6 : ARG
263
- B7 : HIS
264
- B8 : GLU
265
- B9 : ARG
266
- B10 : ARG
267
- B11 : ARG
268
- B12 : LYS
269
- B13 : LEU
270
- B14 : ALA
271
- B15 : ILE
272
- B16 : GLU
273
- B17 : ARG
274
- B18 : ASP
275
- B19 : THR
276
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
277
- A4-A5 : adjacent_5p upward
278
- A6-A7 : adjacent_5p upward
279
- A12-A13 : adjacent_5p upward
280
- A13-A14 : adjacent_5p upward
281
- A14-A15 : adjacent_5p upward
282
- A15-A16 : adjacent_5p upward
283
- A17-A18 : adjacent_5p upward
284
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
285
- A6-A17 : outward
286
- A10-A12 : upward
287
- Number of stackings = 9
288
- Number of adjacent stackings = 7
289
- Number of non adjacent stackings = 2
290
- Base-pairs ------------------------------------------------------
291
- A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
292
- A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
293
- A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
294
- A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
295
- A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
296
- A9-A12 : G-A O2'/Hh Bs/O2P pairing
297
- A9-A13 : G-A Bs/O2P pairing
298
- A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
299
- A15-B3 : G-LYS pairing one_hbond
300
- Residue conformations -------------------------------------------
301
- A4 : G C4p_exo anti
302
- A5 : C C3p_endo anti
303
- A6 : G C2p_exo anti
304
- A7 : C C3p_endo anti
305
- A8 : U C3p_endo anti
306
- A9 : G C3p_endo anti
307
- A10 : A O4p_endo anti
308
- A11 : C C1p_exo anti
309
- A12 : A C3p_endo anti
310
- A13 : A C2p_exo anti
311
- A14 : A C2p_exo anti
312
- A15 : G C2p_exo anti
313
- A16 : C C2p_exo anti
314
- A17 : G C3p_endo anti
315
- A18 : C C3p_endo anti
316
- B1 : ASN
317
- B2 : ALA
318
- B3 : LYS
319
- B4 : THR
320
- B5 : ARG
321
- B6 : ARG
322
- B7 : HIS
323
- B8 : GLU
324
- B9 : ARG
325
- B10 : ARG
326
- B11 : ARG
327
- B12 : LYS
328
- B13 : LEU
329
- B14 : ALA
330
- B15 : ILE
331
- B16 : GLU
332
- B17 : ARG
333
- B18 : ASP
334
- B19 : THR
335
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
336
- A4-A5 : adjacent_5p upward
337
- A6-A7 : adjacent_5p upward
338
- A8-A9 : adjacent_5p upward
339
- A12-A13 : adjacent_5p upward
340
- A13-A14 : adjacent_5p upward
341
- A14-A15 : adjacent_5p upward
342
- A15-A16 : adjacent_5p upward
343
- A17-A18 : adjacent_5p upward
344
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
345
- A6-A17 : outward
346
- A10-A12 : upward
347
- Number of stackings = 10
348
- Number of adjacent stackings = 8
349
- Number of non adjacent stackings = 2
350
- Base-pairs ------------------------------------------------------
351
- A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
352
- A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
353
- A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
354
- A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
355
- A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
356
- A9-A12 : G-A O2'/Hh pairing
357
- A9-A13 : G-A Bs/O2P pairing
358
- A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
359
- A14-B3 : A-LYS pairing one_hbond
360
- Residue conformations -------------------------------------------
361
- A4 : G C4p_exo anti
362
- A5 : C C3p_endo anti
363
- A6 : G C2p_exo anti
364
- A7 : C C3p_endo anti
365
- A8 : U C3p_endo anti
366
- A9 : G C3p_endo anti
367
- A10 : A C1p_exo anti
368
- A11 : C C1p_exo anti
369
- A12 : A C3p_endo anti
370
- A13 : A C3p_endo anti
371
- A14 : A C2p_exo anti
372
- A15 : G C2p_exo anti
373
- A16 : C C2p_exo anti
374
- A17 : G C3p_endo anti
375
- A18 : C C3p_endo anti
376
- B1 : ASN
377
- B2 : ALA
378
- B3 : LYS
379
- B4 : THR
380
- B5 : ARG
381
- B6 : ARG
382
- B7 : HIS
383
- B8 : GLU
384
- B9 : ARG
385
- B10 : ARG
386
- B11 : ARG
387
- B12 : LYS
388
- B13 : LEU
389
- B14 : ALA
390
- B15 : ILE
391
- B16 : GLU
392
- B17 : ARG
393
- B18 : ASP
394
- B19 : THR
395
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
396
- A4-A5 : adjacent_5p upward
397
- A6-A7 : adjacent_5p upward
398
- A8-A9 : adjacent_5p upward
399
- A12-A13 : adjacent_5p upward
400
- A13-A14 : adjacent_5p upward
401
- A14-A15 : adjacent_5p upward
402
- A15-A16 : adjacent_5p upward
403
- A17-A18 : adjacent_5p upward
404
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
405
- A6-A17 : outward
406
- A10-A12 : upward
407
- Number of stackings = 10
408
- Number of adjacent stackings = 8
409
- Number of non adjacent stackings = 2
410
- Base-pairs ------------------------------------------------------
411
- A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
412
- A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
413
- A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
414
- A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
415
- A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
416
- A9-A13 : G-A Bs/Hh pairing antiparallel trans one_hbond
417
- A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
418
- Residue conformations -------------------------------------------
419
- A4 : G C4p_exo anti
420
- A5 : C C3p_endo anti
421
- A6 : G C2p_exo anti
422
- A7 : C C3p_endo anti
423
- A8 : U C3p_endo anti
424
- A9 : G C3p_endo anti
425
- A10 : A C1p_exo anti
426
- A11 : C C1p_exo anti
427
- A12 : A C2p_exo anti
428
- A13 : A C3p_endo anti
429
- A14 : A C2p_exo anti
430
- A15 : G C2p_exo anti
431
- A16 : C C3p_endo anti
432
- A17 : G C3p_endo anti
433
- A18 : C C3p_endo anti
434
- B1 : ASN
435
- B2 : ALA
436
- B3 : LYS
437
- B4 : THR
438
- B5 : ARG
439
- B6 : ARG
440
- B7 : HIS
441
- B8 : GLU
442
- B9 : ARG
443
- B10 : ARG
444
- B11 : ARG
445
- B12 : LYS
446
- B13 : LEU
447
- B14 : ALA
448
- B15 : ILE
449
- B16 : GLU
450
- B17 : ARG
451
- B18 : ASP
452
- B19 : THR
453
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
454
- A4-A5 : adjacent_5p upward
455
- A6-A7 : adjacent_5p upward
456
- A8-A9 : adjacent_5p upward
457
- A12-A13 : adjacent_5p upward
458
- A13-A14 : adjacent_5p upward
459
- A14-A15 : adjacent_5p upward
460
- A15-A16 : adjacent_5p upward
461
- A17-A18 : adjacent_5p upward
462
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
463
- A6-A17 : outward
464
- A10-A12 : upward
465
- Number of stackings = 10
466
- Number of adjacent stackings = 8
467
- Number of non adjacent stackings = 2
468
- Base-pairs ------------------------------------------------------
469
- A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
470
- A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
471
- A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
472
- A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
473
- A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
474
- A9-A12 : G-A O2'/Hh pairing
475
- A9-A13 : G-A Bs/Hh Ws/O2P pairing antiparallel trans one_hbond
476
- Residue conformations -------------------------------------------
477
- A4 : G C4p_exo anti
478
- A5 : C C3p_endo anti
479
- A6 : G C2p_exo anti
480
- A7 : C C3p_endo anti
481
- A8 : U C2p_exo anti
482
- A9 : G C3p_endo anti
483
- A10 : A C1p_exo anti
484
- A11 : C C1p_exo anti
485
- A12 : A C3p_endo anti
486
- A13 : A C3p_endo anti
487
- A14 : A C2p_exo anti
488
- A15 : G C2p_exo anti
489
- A16 : C C2p_exo anti
490
- A17 : G C3p_endo anti
491
- A18 : C C3p_endo anti
492
- B1 : ASN
493
- B2 : ALA
494
- B3 : LYS
495
- B4 : THR
496
- B5 : ARG
497
- B6 : ARG
498
- B7 : HIS
499
- B8 : GLU
500
- B9 : ARG
501
- B10 : ARG
502
- B11 : ARG
503
- B12 : LYS
504
- B13 : LEU
505
- B14 : ALA
506
- B15 : ILE
507
- B16 : GLU
508
- B17 : ARG
509
- B18 : ASP
510
- B19 : THR
511
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
512
- A4-A5 : adjacent_5p upward
513
- A6-A7 : adjacent_5p upward
514
- A8-A9 : adjacent_5p upward
515
- A12-A13 : adjacent_5p upward
516
- A13-A14 : adjacent_5p upward
517
- A14-A15 : adjacent_5p upward
518
- A15-A16 : adjacent_5p upward
519
- A17-A18 : adjacent_5p upward
520
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
521
- A6-A17 : outward
522
- A10-A12 : upward
523
- Number of stackings = 10
524
- Number of adjacent stackings = 8
525
- Number of non adjacent stackings = 2
526
- Base-pairs ------------------------------------------------------
527
- A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
528
- A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
529
- A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
530
- A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
531
- A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
532
- A9-A12 : G-A Ww/O2P pairing
533
- A9-A13 : G-A Ws/O2P pairing
534
- A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
535
- Residue conformations -------------------------------------------
536
- A4 : G C4p_exo anti
537
- A5 : C C3p_endo anti
538
- A6 : G C2p_exo anti
539
- A7 : C C3p_endo anti
540
- A8 : U C3p_endo anti
541
- A9 : G C3p_endo anti
542
- A10 : A C2p_endo anti
543
- A11 : C C1p_exo anti
544
- A12 : A C3p_endo anti
545
- A13 : A C3p_endo anti
546
- A14 : A C2p_exo anti
547
- A15 : G C2p_exo anti
548
- A16 : C C3p_endo anti
549
- A17 : G C2p_exo anti
550
- A18 : C C3p_endo anti
551
- B1 : ASN
552
- B2 : ALA
553
- B3 : LYS
554
- B4 : THR
555
- B5 : ARG
556
- B6 : ARG
557
- B7 : HIS
558
- B8 : GLU
559
- B9 : ARG
560
- B10 : ARG
561
- B11 : ARG
562
- B12 : LYS
563
- B13 : LEU
564
- B14 : ALA
565
- B15 : ILE
566
- B16 : GLU
567
- B17 : ARG
568
- B18 : ASP
569
- B19 : THR
570
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
571
- A4-A5 : adjacent_5p upward
572
- A6-A7 : adjacent_5p upward
573
- A8-A9 : adjacent_5p upward
574
- A12-A13 : adjacent_5p upward
575
- A13-A14 : adjacent_5p upward
576
- A14-A15 : adjacent_5p upward
577
- A15-A16 : adjacent_5p upward
578
- A17-A18 : adjacent_5p upward
579
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
580
- A6-A17 : outward
581
- A10-A12 : upward
582
- Number of stackings = 10
583
- Number of adjacent stackings = 8
584
- Number of non adjacent stackings = 2
585
- Base-pairs ------------------------------------------------------
586
- A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
587
- A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
588
- A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
589
- A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
590
- A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
591
- A9-A12 : G-A O2'/Hh pairing
592
- A9-A13 : G-A Ws/O2P pairing
593
- A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
594
- Residue conformations -------------------------------------------
595
- A4 : G C4p_exo anti
596
- A5 : C C2p_exo anti
597
- A6 : G C2p_exo anti
598
- A7 : C C3p_endo anti
599
- A8 : U C3p_endo anti
600
- A9 : G C3p_endo anti
601
- A10 : A C2p_endo anti
602
- A11 : C C1p_exo anti
603
- A12 : A C3p_endo anti
604
- A13 : A C3p_endo anti
605
- A14 : A C2p_exo anti
606
- A15 : G C2p_exo anti
607
- A16 : C C2p_exo anti
608
- A17 : G C3p_endo anti
609
- A18 : C C3p_endo anti
610
- B1 : ASN
611
- B2 : ALA
612
- B3 : LYS
613
- B4 : THR
614
- B5 : ARG
615
- B6 : ARG
616
- B7 : HIS
617
- B8 : GLU
618
- B9 : ARG
619
- B10 : ARG
620
- B11 : ARG
621
- B12 : LYS
622
- B13 : LEU
623
- B14 : ALA
624
- B15 : ILE
625
- B16 : GLU
626
- B17 : ARG
627
- B18 : ASP
628
- B19 : THR
629
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
630
- A4-A5 : adjacent_5p upward
631
- A6-A7 : adjacent_5p upward
632
- A8-A9 : adjacent_5p upward
633
- A12-A13 : adjacent_5p upward
634
- A13-A14 : adjacent_5p upward
635
- A14-A15 : adjacent_5p upward
636
- A15-A16 : adjacent_5p upward
637
- A17-A18 : adjacent_5p upward
638
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
639
- A6-A17 : outward
640
- A10-A12 : upward
641
- Number of stackings = 10
642
- Number of adjacent stackings = 8
643
- Number of non adjacent stackings = 2
644
- Base-pairs ------------------------------------------------------
645
- A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
646
- A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
647
- A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
648
- A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
649
- A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
650
- A9-A12 : G-A O2'/Hh Ww/O2P pairing
651
- A9-A13 : G-A Bs/O2P pairing
652
- A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
653
- Residue conformations -------------------------------------------
654
- A4 : G C4p_exo anti
655
- A5 : C C3p_endo anti
656
- A6 : G C2p_exo anti
657
- A7 : C C3p_endo anti
658
- A8 : U C3p_endo anti
659
- A9 : G C3p_endo anti
660
- A10 : A O4p_endo anti
661
- A11 : C C1p_exo anti
662
- A12 : A C3p_endo anti
663
- A13 : A C3p_endo anti
664
- A14 : A C2p_exo anti
665
- A15 : G C2p_exo anti
666
- A16 : C C3p_endo anti
667
- A17 : G C3p_endo anti
668
- A18 : C C3p_endo anti
669
- B1 : ASN
670
- B2 : ALA
671
- B3 : LYS
672
- B4 : THR
673
- B5 : ARG
674
- B6 : ARG
675
- B7 : HIS
676
- B8 : GLU
677
- B9 : ARG
678
- B10 : ARG
679
- B11 : ARG
680
- B12 : LYS
681
- B13 : LEU
682
- B14 : ALA
683
- B15 : ILE
684
- B16 : GLU
685
- B17 : ARG
686
- B18 : ASP
687
- B19 : THR
688
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
689
- A4-A5 : adjacent_5p upward
690
- A6-A7 : adjacent_5p upward
691
- A8-A9 : adjacent_5p upward
692
- A12-A13 : adjacent_5p upward
693
- A13-A14 : adjacent_5p upward
694
- A14-A15 : adjacent_5p upward
695
- A15-A16 : adjacent_5p upward
696
- A17-A18 : adjacent_5p upward
697
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
698
- A6-A17 : outward
699
- A10-A12 : upward
700
- Number of stackings = 10
701
- Number of adjacent stackings = 8
702
- Number of non adjacent stackings = 2
703
- Base-pairs ------------------------------------------------------
704
- A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
705
- A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
706
- A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
707
- A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
708
- A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
709
- A9-A12 : G-A Ww/O2P pairing
710
- A9-A13 : G-A Ws/O2P pairing
711
- A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
712
- A14-B3 : A-LYS pairing one_hbond
713
- Residue conformations -------------------------------------------
714
- A4 : G C4p_exo anti
715
- A5 : C C3p_endo anti
716
- A6 : G C2p_exo anti
717
- A7 : C C3p_endo anti
718
- A8 : U C3p_endo anti
719
- A9 : G C3p_endo anti
720
- A10 : A C2p_endo anti
721
- A11 : C C1p_exo anti
722
- A12 : A C3p_endo anti
723
- A13 : A C3p_endo anti
724
- A14 : A C2p_exo anti
725
- A15 : G C2p_exo anti
726
- A16 : C C3p_endo anti
727
- A17 : G C2p_exo anti
728
- A18 : C C3p_endo anti
729
- B1 : ASN
730
- B2 : ALA
731
- B3 : LYS
732
- B4 : THR
733
- B5 : ARG
734
- B6 : ARG
735
- B7 : HIS
736
- B8 : GLU
737
- B9 : ARG
738
- B10 : ARG
739
- B11 : ARG
740
- B12 : LYS
741
- B13 : LEU
742
- B14 : ALA
743
- B15 : ILE
744
- B16 : GLU
745
- B17 : ARG
746
- B18 : ASP
747
- B19 : THR
748
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
749
- A4-A5 : adjacent_5p upward
750
- A6-A7 : adjacent_5p upward
751
- A8-A9 : adjacent_5p upward
752
- A12-A13 : adjacent_5p upward
753
- A13-A14 : adjacent_5p upward
754
- A14-A15 : adjacent_5p upward
755
- A15-A16 : adjacent_5p upward
756
- A17-A18 : adjacent_5p upward
757
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
758
- A6-A17 : outward
759
- A10-A12 : upward
760
- Number of stackings = 10
761
- Number of adjacent stackings = 8
762
- Number of non adjacent stackings = 2
763
- Base-pairs ------------------------------------------------------
764
- A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
765
- A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
766
- A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
767
- A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
768
- A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
769
- A9-A13 : G-A Bs/Hh Ws/O2P pairing antiparallel trans one_hbond
770
- A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
771
- Residue conformations -------------------------------------------
772
- A4 : G C4p_exo anti
773
- A5 : C C3p_endo anti
774
- A6 : G C2p_exo anti
775
- A7 : C C3p_endo anti
776
- A8 : U C2p_exo anti
777
- A9 : G C3p_endo anti
778
- A10 : A O4p_endo anti
779
- A11 : C C1p_exo anti
780
- A12 : A C3p_endo anti
781
- A13 : A C3p_endo anti
782
- A14 : A C2p_exo anti
783
- A15 : G C2p_exo anti
784
- A16 : C C3p_endo anti
785
- A17 : G C2p_exo anti
786
- A18 : C C3p_endo anti
787
- B1 : ASN
788
- B2 : ALA
789
- B3 : LYS
790
- B4 : THR
791
- B5 : ARG
792
- B6 : ARG
793
- B7 : HIS
794
- B8 : GLU
795
- B9 : ARG
796
- B10 : ARG
797
- B11 : ARG
798
- B12 : LYS
799
- B13 : LEU
800
- B14 : ALA
801
- B15 : ILE
802
- B16 : GLU
803
- B17 : ARG
804
- B18 : ASP
805
- B19 : THR
806
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
807
- A4-A5 : adjacent_5p upward
808
- A6-A7 : adjacent_5p upward
809
- A8-A9 : adjacent_5p upward
810
- A12-A13 : adjacent_5p upward
811
- A13-A14 : adjacent_5p upward
812
- A14-A15 : adjacent_5p upward
813
- A15-A16 : adjacent_5p upward
814
- A17-A18 : adjacent_5p upward
815
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
816
- A6-A17 : outward
817
- A10-A12 : upward
818
- Number of stackings = 10
819
- Number of adjacent stackings = 8
820
- Number of non adjacent stackings = 2
821
- Base-pairs ------------------------------------------------------
822
- A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
823
- A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
824
- A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
825
- A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
826
- A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
827
- A9-A12 : G-A O2'/Hh Ww/O2P pairing
828
- A9-A13 : G-A Bs/O2P pairing
829
- A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
830
- A14-B3 : A-LYS pairing one_hbond
831
- Residue conformations -------------------------------------------
832
- A4 : G C4p_exo anti
833
- A5 : C C3p_endo anti
834
- A6 : G C2p_exo anti
835
- A7 : C C3p_endo anti
836
- A8 : U C3p_endo anti
837
- A9 : G C3p_endo anti
838
- A10 : A O4p_endo anti
839
- A11 : C C1p_exo anti
840
- A12 : A C3p_endo anti
841
- A13 : A C3p_endo anti
842
- A14 : A C2p_exo anti
843
- A15 : G C2p_exo anti
844
- A16 : C C3p_endo anti
845
- A17 : G C3p_endo anti
846
- A18 : C C3p_endo anti
847
- B1 : ASN
848
- B2 : ALA
849
- B3 : LYS
850
- B4 : THR
851
- B5 : ARG
852
- B6 : ARG
853
- B7 : HIS
854
- B8 : GLU
855
- B9 : ARG
856
- B10 : ARG
857
- B11 : ARG
858
- B12 : LYS
859
- B13 : LEU
860
- B14 : ALA
861
- B15 : ILE
862
- B16 : GLU
863
- B17 : ARG
864
- B18 : ASP
865
- B19 : THR
866
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
867
- A4-A5 : adjacent_5p upward
868
- A6-A7 : adjacent_5p upward
869
- A8-A9 : adjacent_5p upward
870
- A12-A13 : adjacent_5p upward
871
- A13-A14 : adjacent_5p upward
872
- A14-A15 : adjacent_5p upward
873
- A15-A16 : adjacent_5p upward
874
- A17-A18 : adjacent_5p upward
875
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
876
- A6-A17 : outward
877
- A10-A12 : upward
878
- Number of stackings = 10
879
- Number of adjacent stackings = 8
880
- Number of non adjacent stackings = 2
881
- Base-pairs ------------------------------------------------------
882
- A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
883
- A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
884
- A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
885
- A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
886
- A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
887
- A9-A12 : G-A O2'/Hh Bs/O2P pairing
888
- A9-A13 : G-A Bs/O2P pairing
889
- A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
890
- Residue conformations -------------------------------------------
891
- A4 : G C4p_exo anti
892
- A5 : C C3p_endo anti
893
- A6 : G C2p_exo anti
894
- A7 : C C3p_endo anti
895
- A8 : U C3p_endo anti
896
- A9 : G C3p_endo anti
897
- A10 : A O4p_endo anti
898
- A11 : C C1p_exo anti
899
- A12 : A C3p_endo anti
900
- A13 : A C3p_endo anti
901
- A14 : A C2p_exo anti
902
- A15 : G C2p_exo anti
903
- A16 : C C3p_endo anti
904
- A17 : G C2p_exo anti
905
- A18 : C C3p_endo anti
906
- B1 : ASN
907
- B2 : ALA
908
- B3 : LYS
909
- B4 : THR
910
- B5 : ARG
911
- B6 : ARG
912
- B7 : HIS
913
- B8 : GLU
914
- B9 : ARG
915
- B10 : ARG
916
- B11 : ARG
917
- B12 : LYS
918
- B13 : LEU
919
- B14 : ALA
920
- B15 : ILE
921
- B16 : GLU
922
- B17 : ARG
923
- B18 : ASP
924
- B19 : THR
925
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
926
- A4-A5 : adjacent_5p upward
927
- A6-A7 : adjacent_5p upward
928
- A8-A9 : adjacent_5p upward
929
- A12-A13 : adjacent_5p upward
930
- A13-A14 : adjacent_5p upward
931
- A14-A15 : adjacent_5p upward
932
- A15-A16 : adjacent_5p upward
933
- A17-A18 : adjacent_5p upward
934
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
935
- A6-A17 : outward
936
- A10-A12 : upward
937
- Number of stackings = 10
938
- Number of adjacent stackings = 8
939
- Number of non adjacent stackings = 2
940
- Base-pairs ------------------------------------------------------
941
- A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
942
- A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
943
- A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
944
- A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
945
- A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
946
- A9-A12 : G-A O2'/Hh pairing
947
- A9-A13 : G-A Bs/O2P pairing
948
- A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
949
- A14-B3 : A-LYS pairing one_hbond
950
- Residue conformations -------------------------------------------
951
- A4 : G C4p_exo anti
952
- A5 : C C3p_endo anti
953
- A6 : G C2p_exo anti
954
- A7 : C C3p_endo anti
955
- A8 : U C3p_endo anti
956
- A9 : G C3p_endo anti
957
- A10 : A C1p_exo anti
958
- A11 : C C1p_exo anti
959
- A12 : A C2p_exo anti
960
- A13 : A C3p_endo anti
961
- A14 : A C2p_exo anti
962
- A15 : G C2p_exo anti
963
- A16 : C C3p_endo anti
964
- A17 : G C3p_endo anti
965
- A18 : C C3p_endo anti
966
- B1 : ASN
967
- B2 : ALA
968
- B3 : LYS
969
- B4 : THR
970
- B5 : ARG
971
- B6 : ARG
972
- B7 : HIS
973
- B8 : GLU
974
- B9 : ARG
975
- B10 : ARG
976
- B11 : ARG
977
- B12 : LYS
978
- B13 : LEU
979
- B14 : ALA
980
- B15 : ILE
981
- B16 : GLU
982
- B17 : ARG
983
- B18 : ASP
984
- B19 : THR
985
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
986
- A4-A5 : adjacent_5p upward
987
- A6-A7 : adjacent_5p upward
988
- A8-A9 : adjacent_5p upward
989
- A12-A13 : adjacent_5p upward
990
- A13-A14 : adjacent_5p upward
991
- A14-A15 : adjacent_5p upward
992
- A15-A16 : adjacent_5p upward
993
- A17-A18 : adjacent_5p upward
994
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
995
- A6-A17 : outward
996
- A10-A12 : upward
997
- Number of stackings = 10
998
- Number of adjacent stackings = 8
999
- Number of non adjacent stackings = 2
1000
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1001
- A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1002
- A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1003
- A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1004
- A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1005
- A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1006
- A9-A12 : G-A O2'/Hh pairing
1007
- A9-A13 : G-A Bs/Hh pairing antiparallel trans one_hbond
1008
- A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
1009
- A14-B3 : A-LYS pairing one_hbond
1010
- Residue conformations -------------------------------------------
1011
- A4 : G C3p_endo anti
1012
- A5 : C C3p_endo anti
1013
- A6 : G C2p_exo anti
1014
- A7 : C C3p_endo anti
1015
- A8 : U C2p_exo anti
1016
- A9 : G C3p_endo anti
1017
- A10 : A C1p_exo anti
1018
- A11 : C C1p_exo anti
1019
- A12 : A C3p_endo anti
1020
- A13 : A C3p_endo anti
1021
- A14 : A C2p_exo anti
1022
- A15 : G C2p_exo anti
1023
- A16 : C C2p_exo anti
1024
- A17 : G C3p_endo anti
1025
- A18 : C C3p_endo anti
1026
- B1 : ASN
1027
- B2 : ALA
1028
- B3 : LYS
1029
- B4 : THR
1030
- B5 : ARG
1031
- B6 : ARG
1032
- B7 : HIS
1033
- B8 : GLU
1034
- B9 : ARG
1035
- B10 : ARG
1036
- B11 : ARG
1037
- B12 : LYS
1038
- B13 : LEU
1039
- B14 : ALA
1040
- B15 : ILE
1041
- B16 : GLU
1042
- B17 : ARG
1043
- B18 : ASP
1044
- B19 : THR
1045
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1046
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1047
- A6-A7 : adjacent_5p upward
1048
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1049
- A12-A13 : adjacent_5p upward
1050
- A13-A14 : adjacent_5p upward
1051
- A14-A15 : adjacent_5p upward
1052
- A15-A16 : adjacent_5p upward
1053
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1054
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1055
- A6-A17 : outward
1056
- A10-A12 : upward
1057
- Number of stackings = 10
1058
- Number of adjacent stackings = 8
1059
- Number of non adjacent stackings = 2
1060
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1061
- A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1062
- A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1063
- A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1064
- A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1065
- A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1066
- A9-A12 : G-A Ww/O2P pairing
1067
- A9-A13 : G-A Bs/Hh Ws/O2P pairing antiparallel trans one_hbond
1068
- Residue conformations -------------------------------------------
1069
- A4 : G C4p_exo anti
1070
- A5 : C C3p_endo anti
1071
- A6 : G C2p_exo anti
1072
- A7 : C C3p_endo anti
1073
- A8 : U C2p_exo anti
1074
- A9 : G C3p_endo anti
1075
- A10 : A O4p_endo anti
1076
- A11 : C C1p_exo anti
1077
- A12 : A C3p_endo anti
1078
- A13 : A C3p_endo anti
1079
- A14 : A C2p_exo anti
1080
- A15 : G C2p_exo anti
1081
- A16 : C C3p_endo anti
1082
- A17 : G C2p_exo anti
1083
- A18 : C C3p_endo anti
1084
- B1 : ASN
1085
- B2 : ALA
1086
- B3 : LYS
1087
- B4 : THR
1088
- B5 : ARG
1089
- B6 : ARG
1090
- B7 : HIS
1091
- B8 : GLU
1092
- B9 : ARG
1093
- B10 : ARG
1094
- B11 : ARG
1095
- B12 : LYS
1096
- B13 : LEU
1097
- B14 : ALA
1098
- B15 : ILE
1099
- B16 : GLU
1100
- B17 : ARG
1101
- B18 : ASP
1102
- B19 : THR
1103
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1104
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1105
- A6-A7 : adjacent_5p upward
1106
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1107
- A12-A13 : adjacent_5p upward
1108
- A13-A14 : adjacent_5p upward
1109
- A14-A15 : adjacent_5p upward
1110
- A15-A16 : adjacent_5p upward
1111
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1112
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1113
- A6-A17 : outward
1114
- A10-A12 : upward
1115
- Number of stackings = 10
1116
- Number of adjacent stackings = 8
1117
- Number of non adjacent stackings = 2
1118
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1119
- A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1120
- A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1121
- A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1122
- A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1123
- A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1124
- A9-A12 : G-A O2'/Hh Ww/O2P pairing
1125
- A9-A13 : G-A Ws/O2P pairing
1126
- A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
1127
- A15-B3 : G-LYS pairing one_hbond
1128
- Residue conformations -------------------------------------------
1129
- A4 : G C4p_exo anti
1130
- A5 : C C2p_exo anti
1131
- A6 : G C2p_exo anti
1132
- A7 : C C3p_endo anti
1133
- A8 : U C2p_exo anti
1134
- A9 : G C3p_endo anti
1135
- A10 : A O4p_endo anti
1136
- A11 : C C1p_exo anti
1137
- A12 : A C3p_endo anti
1138
- A13 : A C3p_endo anti
1139
- A14 : A C2p_exo anti
1140
- A15 : G C2p_exo anti
1141
- A16 : C C2p_exo anti
1142
- A17 : G C3p_endo anti
1143
- A18 : C C3p_endo anti
1144
- B1 : ASN
1145
- B2 : ALA
1146
- B3 : LYS
1147
- B4 : THR
1148
- B5 : ARG
1149
- B6 : ARG
1150
- B7 : HIS
1151
- B8 : GLU
1152
- B9 : ARG
1153
- B10 : ARG
1154
- B11 : ARG
1155
- B12 : LYS
1156
- B13 : LEU
1157
- B14 : ALA
1158
- B15 : ILE
1159
- B16 : GLU
1160
- B17 : ARG
1161
- B18 : ASP
1162
- B19 : THR
1163
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1164
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1165
- A6-A7 : adjacent_5p upward
1166
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1167
- A12-A13 : adjacent_5p upward
1168
- A13-A14 : adjacent_5p upward
1169
- A14-A15 : adjacent_5p upward
1170
- A15-A16 : adjacent_5p upward
1171
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1172
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1173
- A6-A17 : outward
1174
- A10-A12 : upward
1175
- Number of stackings = 10
1176
- Number of adjacent stackings = 8
1177
- Number of non adjacent stackings = 2
1178
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1179
- A4-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1180
- A5-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1181
- A6-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1182
- A7-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1183
- A8-A14 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1184
- A9-A12 : G-A O2'/Hh pairing
1185
- A9-A13 : G-A Bs/O2P pairing
1186
- A9-B6 : G-ARG pairing one_hbond
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1a51_MC DELETED
@@ -1,897 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A68 : G C3p_endo anti
3
- A69 : G C3p_endo anti
4
- A70 : C C3p_endo anti
5
- A71 : C C3p_endo anti
6
- A72 : G C3p_endo anti
7
- A73 : A C2p_exo anti
8
- A74 : U C3p_endo anti
9
- A75 : G C3p_endo anti
10
- A76 : G C3p_endo anti
11
- A77 : U C3p_endo anti
12
- A78 : A C3p_endo anti
13
- A79 : G C3p_endo anti
14
- A80 : U C3p_endo anti
15
- A81 : G C3p_endo anti
16
- A82 : U C3p_endo anti
17
- A83 : G C3p_endo anti
18
- A84 : G C3p_endo anti
19
- A85 : G C3p_endo anti
20
- A86 : G C3p_endo anti
21
- A87 : U C4p_exo anti
22
- A88 : C C2p_endo anti
23
- A89 : U C3p_endo anti
24
- A90 : C C2p_exo anti
25
- A91 : C C3p_endo anti
26
- A92 : C C3p_endo anti
27
- A93 : C C3p_endo anti
28
- A94 : A C3p_endo anti
29
- A95 : U C3p_endo anti
30
- A96 : G C3p_endo anti
31
- A97 : C C3p_endo anti
32
- A98 : G C3p_endo anti
33
- A99 : A C2p_exo anti
34
- A100 : G C3p_endo anti
35
- A101 : A C2p_exo anti
36
- A102 : G C3p_endo anti
37
- A103 : U C3p_endo anti
38
- A104 : A C3p_endo anti
39
- A105 : G C3p_endo anti
40
- A106 : G C3p_endo anti
41
- A107 : C C3p_endo anti
42
- A108 : C C3p_endo anti
43
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
44
- A68-A69 : adjacent_5p upward
45
- A69-A70 : adjacent_5p upward
46
- A71-A72 : adjacent_5p upward
47
- A73-A74 : adjacent_5p upward
48
- A74-A75 : adjacent_5p upward
49
- A75-A76 : adjacent_5p upward
50
- A76-A77 : adjacent_5p upward
51
- A77-A78 : adjacent_5p upward
52
- A78-A79 : adjacent_5p upward
53
- A79-A80 : adjacent_5p upward
54
- A81-A82 : adjacent_5p upward
55
- A82-A83 : adjacent_5p upward
56
- A83-A84 : adjacent_5p upward
57
- A84-A85 : adjacent_5p upward
58
- A85-A86 : adjacent_5p upward
59
- A93-A94 : adjacent_5p upward
60
- A94-A95 : adjacent_5p upward
61
- A96-A97 : adjacent_5p upward
62
- A97-A98 : adjacent_5p upward
63
- A99-A100 : adjacent_5p upward
64
- A100-A101 : adjacent_5p upward
65
- A101-A102 : adjacent_5p upward
66
- A102-A103 : adjacent_5p upward
67
- A103-A104 : adjacent_5p upward
68
- A104-A105 : adjacent_5p upward
69
- A105-A106 : adjacent_5p upward
70
- A106-A107 : adjacent_5p upward
71
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
72
- A73-A104 : outward
73
- A78-A99 : outward
74
- A81-A96 : outward
75
- A83-A94 : outward
76
- Number of stackings = 31
77
- Number of adjacent stackings = 27
78
- Number of non adjacent stackings = 4
79
- Base-pairs ------------------------------------------------------
80
- A68-A108 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
81
- A69-A107 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
82
- A70-A106 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
83
- A71-A105 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
84
- A72-A102 : G-G Hh/O2P pairing
85
- A72-A103 : G-U Ww/O2P Bs/O2P pairing
86
- A72-A104 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
87
- A73-A103 : A-U Hh/Ws pairing antiparallel trans XXIV
88
- A74-A102 : U-G Hh/Ww pairing antiparallel trans one_hbond 91
89
- A75-A101 : G-A Hw/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 64
90
- A76-A100 : G-G Ww/Bh pairing antiparallel trans 115
91
- A77-A99 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
92
- A78-A98 : A-G Hh/Ss Bh/O2' pairing antiparallel trans XI
93
- A79-A97 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
94
- A80-A96 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
95
- A81-A95 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
96
- A82-A94 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
97
- A83-A93 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
98
- A84-A92 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
99
- A85-A91 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
100
- A86-A90 : G-C Bs/Ww pairing antiparallel cis 128
101
- A89-A90 : U-C O2P/Ww O2P/Bh adjacent_5p pairing
102
- Residue conformations -------------------------------------------
103
- A68 : G C2p_exo anti
104
- A69 : G C3p_endo anti
105
- A70 : C C3p_endo anti
106
- A71 : C C3p_endo anti
107
- A72 : G C3p_endo anti
108
- A73 : A C2p_exo anti
109
- A74 : U C3p_endo anti
110
- A75 : G C3p_endo anti
111
- A76 : G C3p_endo anti
112
- A77 : U C3p_endo anti
113
- A78 : A C3p_endo anti
114
- A79 : G C3p_endo anti
115
- A80 : U C3p_endo anti
116
- A81 : G C3p_endo anti
117
- A82 : U C3p_endo anti
118
- A83 : G C3p_endo anti
119
- A84 : G C3p_endo anti
120
- A85 : G C3p_endo anti
121
- A86 : G C3p_endo anti
122
- A87 : U C4p_exo anti
123
- A88 : C C2p_endo anti
124
- A89 : U C4p_exo anti
125
- A90 : C C2p_exo anti
126
- A91 : C C3p_endo anti
127
- A92 : C C3p_endo anti
128
- A93 : C C3p_endo anti
129
- A94 : A C3p_endo anti
130
- A95 : U C3p_endo anti
131
- A96 : G C3p_endo anti
132
- A97 : C C3p_endo anti
133
- A98 : G C3p_endo anti
134
- A99 : A C2p_exo anti
135
- A100 : G C3p_endo anti
136
- A101 : A C3p_endo anti
137
- A102 : G C3p_endo anti
138
- A103 : U C3p_endo anti
139
- A104 : A C3p_endo anti
140
- A105 : G C3p_endo anti
141
- A106 : G C3p_endo anti
142
- A107 : C C3p_endo anti
143
- A108 : C C3p_endo anti
144
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
145
- A68-A69 : adjacent_5p upward
146
- A69-A70 : adjacent_5p upward
147
- A70-A71 : adjacent_5p upward
148
- A71-A72 : adjacent_5p upward
149
- A73-A74 : adjacent_5p upward
150
- A74-A75 : adjacent_5p upward
151
- A75-A76 : adjacent_5p upward
152
- A76-A77 : adjacent_5p upward
153
- A77-A78 : adjacent_5p upward
154
- A78-A79 : adjacent_5p upward
155
- A79-A80 : adjacent_5p upward
156
- A81-A82 : adjacent_5p upward
157
- A82-A83 : adjacent_5p upward
158
- A83-A84 : adjacent_5p upward
159
- A84-A85 : adjacent_5p upward
160
- A85-A86 : adjacent_5p upward
161
- A91-A92 : adjacent_5p upward
162
- A93-A94 : adjacent_5p upward
163
- A94-A95 : adjacent_5p upward
164
- A96-A97 : adjacent_5p upward
165
- A97-A98 : adjacent_5p upward
166
- A99-A100 : adjacent_5p upward
167
- A100-A101 : adjacent_5p upward
168
- A101-A102 : adjacent_5p upward
169
- A102-A103 : adjacent_5p upward
170
- A103-A104 : adjacent_5p upward
171
- A104-A105 : adjacent_5p upward
172
- A105-A106 : adjacent_5p upward
173
- A106-A107 : adjacent_5p upward
174
- A107-A108 : adjacent_5p upward
175
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
176
- A73-A104 : outward
177
- A78-A99 : outward
178
- A81-A96 : outward
179
- A83-A94 : outward
180
- Number of stackings = 34
181
- Number of adjacent stackings = 30
182
- Number of non adjacent stackings = 4
183
- Base-pairs ------------------------------------------------------
184
- A68-A108 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
185
- A69-A107 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
186
- A70-A106 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
187
- A71-A105 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
188
- A72-A104 : G-A Ss/Hh O2'/Bh pairing antiparallel trans XI
189
- A73-A103 : A-U Hh/Ws pairing antiparallel trans XXIV
190
- A74-A102 : U-G Bh/Ww pairing antiparallel trans 91
191
- A76-A100 : G-G Ww/Bh pairing antiparallel trans 115
192
- A77-A99 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
193
- A78-A98 : A-G Hh/Ss Bh/O2' pairing antiparallel trans XI
194
- A79-A97 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
195
- A80-A96 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
196
- A81-A95 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
197
- A82-A94 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
198
- A83-A93 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
199
- A84-A92 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
200
- A85-A91 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
201
- A86-A90 : G-C Bs/Ww pairing antiparallel cis 128
202
- A89-A90 : U-C O2P/Ww adjacent_5p pairing
203
- Residue conformations -------------------------------------------
204
- A68 : G C3p_endo anti
205
- A69 : G C3p_endo anti
206
- A70 : C C3p_endo anti
207
- A71 : C C3p_endo anti
208
- A72 : G C3p_endo anti
209
- A73 : A C2p_exo anti
210
- A74 : U C3p_endo anti
211
- A75 : G C3p_endo anti
212
- A76 : G C3p_endo anti
213
- A77 : U C3p_endo anti
214
- A78 : A C3p_endo anti
215
- A79 : G C3p_endo anti
216
- A80 : U C3p_endo anti
217
- A81 : G C3p_endo anti
218
- A82 : U C3p_endo anti
219
- A83 : G C3p_endo anti
220
- A84 : G C3p_endo anti
221
- A85 : G C3p_endo anti
222
- A86 : G C3p_endo anti
223
- A87 : U C4p_exo anti
224
- A88 : C C2p_endo anti
225
- A89 : U C4p_exo anti
226
- A90 : C C2p_exo anti
227
- A91 : C C3p_endo anti
228
- A92 : C C3p_endo anti
229
- A93 : C C3p_endo anti
230
- A94 : A C3p_endo anti
231
- A95 : U C3p_endo anti
232
- A96 : G C3p_endo anti
233
- A97 : C C3p_endo anti
234
- A98 : G C3p_endo anti
235
- A99 : A C2p_exo anti
236
- A100 : G C3p_endo anti
237
- A101 : A C3p_endo anti
238
- A102 : G C3p_endo anti
239
- A103 : U C3p_endo anti
240
- A104 : A C3p_endo anti
241
- A105 : G C3p_endo anti
242
- A106 : G C3p_endo anti
243
- A107 : C C3p_endo anti
244
- A108 : C C3p_endo anti
245
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
246
- A68-A69 : adjacent_5p upward
247
- A69-A70 : adjacent_5p upward
248
- A71-A72 : adjacent_5p upward
249
- A73-A74 : adjacent_5p upward
250
- A74-A75 : adjacent_5p upward
251
- A75-A76 : adjacent_5p upward
252
- A76-A77 : adjacent_5p upward
253
- A77-A78 : adjacent_5p upward
254
- A78-A79 : adjacent_5p upward
255
- A79-A80 : adjacent_5p upward
256
- A81-A82 : adjacent_5p upward
257
- A83-A84 : adjacent_5p upward
258
- A84-A85 : adjacent_5p upward
259
- A85-A86 : adjacent_5p upward
260
- A91-A92 : adjacent_5p upward
261
- A94-A95 : adjacent_5p upward
262
- A96-A97 : adjacent_5p upward
263
- A97-A98 : adjacent_5p upward
264
- A99-A100 : adjacent_5p upward
265
- A100-A101 : adjacent_5p upward
266
- A101-A102 : adjacent_5p upward
267
- A102-A103 : adjacent_5p upward
268
- A103-A104 : adjacent_5p upward
269
- A104-A105 : adjacent_5p upward
270
- A105-A106 : adjacent_5p upward
271
- A106-A107 : adjacent_5p upward
272
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
273
- A73-A104 : outward
274
- A78-A99 : outward
275
- A81-A96 : outward
276
- A83-A94 : outward
277
- Number of stackings = 30
278
- Number of adjacent stackings = 26
279
- Number of non adjacent stackings = 4
280
- Base-pairs ------------------------------------------------------
281
- A68-A108 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
282
- A69-A107 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
283
- A70-A106 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
284
- A71-A105 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
285
- A72-A104 : G-A Ss/Hh O2'/Bh pairing antiparallel trans XI
286
- A73-A103 : A-U Hh/Ws pairing antiparallel trans XXIV
287
- A74-A102 : U-G Bh/Ww pairing antiparallel trans 91
288
- A76-A100 : G-G Ww/Bh pairing antiparallel trans 115
289
- A77-A99 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
290
- A78-A98 : A-G Hh/Ss Bh/O2' pairing antiparallel trans XI
291
- A79-A97 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
292
- A80-A96 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
293
- A81-A95 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
294
- A82-A94 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
295
- A83-A93 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
296
- A84-A92 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
297
- A85-A91 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
298
- A86-A90 : G-C Bs/Ww pairing antiparallel cis 128
299
- A89-A90 : U-C O2P/Ww O2P/Bh adjacent_5p pairing
300
- Residue conformations -------------------------------------------
301
- A68 : G C2p_exo anti
302
- A69 : G C3p_endo anti
303
- A70 : C C3p_endo anti
304
- A71 : C C3p_endo anti
305
- A72 : G C3p_endo anti
306
- A73 : A C2p_exo anti
307
- A74 : U C3p_endo anti
308
- A75 : G C3p_endo anti
309
- A76 : G C3p_endo anti
310
- A77 : U C3p_endo anti
311
- A78 : A C3p_endo anti
312
- A79 : G C3p_endo anti
313
- A80 : U C3p_endo anti
314
- A81 : G C3p_endo anti
315
- A82 : U C3p_endo anti
316
- A83 : G C3p_endo anti
317
- A84 : G C3p_endo anti
318
- A85 : G C3p_endo anti
319
- A86 : G C3p_endo anti
320
- A87 : U C4p_exo anti
321
- A88 : C C2p_endo anti
322
- A89 : U C4p_exo anti
323
- A90 : C C2p_exo anti
324
- A91 : C C3p_endo anti
325
- A92 : C C3p_endo anti
326
- A93 : C C3p_endo anti
327
- A94 : A C3p_endo anti
328
- A95 : U C3p_endo anti
329
- A96 : G C3p_endo anti
330
- A97 : C C3p_endo anti
331
- A98 : G C3p_endo anti
332
- A99 : A C3p_endo anti
333
- A100 : G C3p_endo anti
334
- A101 : A C3p_endo anti
335
- A102 : G C3p_endo anti
336
- A103 : U C3p_endo anti
337
- A104 : A C3p_endo anti
338
- A105 : G C3p_endo anti
339
- A106 : G C3p_endo anti
340
- A107 : C C3p_endo anti
341
- A108 : C C3p_endo anti
342
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
343
- A68-A69 : adjacent_5p upward
344
- A69-A70 : adjacent_5p upward
345
- A70-A71 : adjacent_5p upward
346
- A71-A72 : adjacent_5p upward
347
- A73-A74 : adjacent_5p upward
348
- A74-A75 : adjacent_5p upward
349
- A75-A76 : adjacent_5p upward
350
- A76-A77 : adjacent_5p upward
351
- A78-A79 : adjacent_5p upward
352
- A79-A80 : adjacent_5p upward
353
- A81-A82 : adjacent_5p upward
354
- A83-A84 : adjacent_5p upward
355
- A84-A85 : adjacent_5p upward
356
- A85-A86 : adjacent_5p upward
357
- A91-A92 : adjacent_5p upward
358
- A93-A94 : adjacent_5p upward
359
- A94-A95 : adjacent_5p upward
360
- A96-A97 : adjacent_5p upward
361
- A97-A98 : adjacent_5p upward
362
- A99-A100 : adjacent_5p upward
363
- A100-A101 : adjacent_5p upward
364
- A101-A102 : adjacent_5p upward
365
- A102-A103 : adjacent_5p upward
366
- A103-A104 : adjacent_5p upward
367
- A104-A105 : adjacent_5p upward
368
- A105-A106 : adjacent_5p upward
369
- A106-A107 : adjacent_5p upward
370
- A107-A108 : adjacent_5p upward
371
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
372
- A73-A104 : outward
373
- A78-A99 : outward
374
- A81-A96 : outward
375
- A83-A94 : outward
376
- Number of stackings = 32
377
- Number of adjacent stackings = 28
378
- Number of non adjacent stackings = 4
379
- Base-pairs ------------------------------------------------------
380
- A68-A108 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
381
- A69-A107 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
382
- A70-A106 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
383
- A71-A105 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
384
- A72-A104 : G-A Ss/Hh O2'/Bh pairing antiparallel trans XI
385
- A73-A103 : A-U Hh/Ws pairing antiparallel trans XXIV
386
- A74-A102 : U-G Bh/Ww pairing antiparallel trans 91
387
- A75-A101 : G-A Hw/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 64
388
- A76-A100 : G-G Ww/Bh pairing antiparallel trans 115
389
- A77-A99 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
390
- A78-A98 : A-G Hh/Ss Bh/O2' pairing antiparallel trans XI
391
- A79-A97 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
392
- A80-A96 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
393
- A81-A95 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
394
- A82-A94 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
395
- A83-A93 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
396
- A84-A92 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
397
- A85-A91 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
398
- A86-A90 : G-C Bs/Ww pairing antiparallel cis 128
399
- A89-A90 : U-C O2P/Ww adjacent_5p pairing
400
- Residue conformations -------------------------------------------
401
- A68 : G C2p_exo anti
402
- A69 : G C3p_endo anti
403
- A70 : C C3p_endo anti
404
- A71 : C C3p_endo anti
405
- A72 : G C3p_endo anti
406
- A73 : A C2p_exo anti
407
- A74 : U C3p_endo anti
408
- A75 : G C3p_endo anti
409
- A76 : G C3p_endo anti
410
- A77 : U C3p_endo anti
411
- A78 : A C3p_endo anti
412
- A79 : G C3p_endo anti
413
- A80 : U C3p_endo anti
414
- A81 : G C3p_endo anti
415
- A82 : U C3p_endo anti
416
- A83 : G C3p_endo anti
417
- A84 : G C3p_endo anti
418
- A85 : G C3p_endo anti
419
- A86 : G C3p_endo anti
420
- A87 : U C4p_exo anti
421
- A88 : C C2p_endo anti
422
- A89 : U C4p_exo anti
423
- A90 : C C2p_exo anti
424
- A91 : C C3p_endo anti
425
- A92 : C C3p_endo anti
426
- A93 : C C3p_endo anti
427
- A94 : A C3p_endo anti
428
- A95 : U C3p_endo anti
429
- A96 : G C3p_endo anti
430
- A97 : C C3p_endo anti
431
- A98 : G C2p_exo anti
432
- A99 : A C3p_endo anti
433
- A100 : G C3p_endo anti
434
- A101 : A C3p_endo anti
435
- A102 : G C3p_endo anti
436
- A103 : U C3p_endo anti
437
- A104 : A C3p_endo anti
438
- A105 : G C3p_endo anti
439
- A106 : G C3p_endo anti
440
- A107 : C C3p_endo anti
441
- A108 : C C3p_endo anti
442
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
443
- A68-A69 : adjacent_5p upward
444
- A69-A70 : adjacent_5p upward
445
- A70-A71 : adjacent_5p upward
446
- A71-A72 : adjacent_5p upward
447
- A73-A74 : adjacent_5p upward
448
- A74-A75 : adjacent_5p upward
449
- A75-A76 : adjacent_5p upward
450
- A76-A77 : adjacent_5p upward
451
- A77-A78 : adjacent_5p upward
452
- A78-A79 : adjacent_5p upward
453
- A79-A80 : adjacent_5p upward
454
- A81-A82 : adjacent_5p upward
455
- A83-A84 : adjacent_5p upward
456
- A84-A85 : adjacent_5p upward
457
- A85-A86 : adjacent_5p upward
458
- A93-A94 : adjacent_5p upward
459
- A94-A95 : adjacent_5p upward
460
- A96-A97 : adjacent_5p upward
461
- A97-A98 : adjacent_5p upward
462
- A99-A100 : adjacent_5p upward
463
- A100-A101 : adjacent_5p upward
464
- A101-A102 : adjacent_5p upward
465
- A102-A103 : adjacent_5p upward
466
- A103-A104 : adjacent_5p upward
467
- A104-A105 : adjacent_5p upward
468
- A105-A106 : adjacent_5p upward
469
- A106-A107 : adjacent_5p upward
470
- A107-A108 : adjacent_5p upward
471
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
472
- A73-A104 : outward
473
- A78-A99 : outward
474
- A81-A96 : outward
475
- A83-A94 : outward
476
- Number of stackings = 32
477
- Number of adjacent stackings = 28
478
- Number of non adjacent stackings = 4
479
- Base-pairs ------------------------------------------------------
480
- A68-A108 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
481
- A69-A107 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
482
- A70-A106 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
483
- A71-A105 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
484
- A72-A104 : G-A Ss/Hh O2'/Bh pairing antiparallel trans XI
485
- A73-A103 : A-U Hh/Ws pairing antiparallel trans XXIV
486
- A74-A102 : U-G Bh/Ww pairing antiparallel trans 91
487
- A76-A100 : G-G Ww/Bh pairing antiparallel trans 115
488
- A77-A98 : U-G O2P/Ww pairing
489
- A77-A99 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
490
- A78-A98 : A-G Hh/Ss pairing antiparallel trans XI
491
- A79-A97 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
492
- A80-A96 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
493
- A81-A95 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
494
- A82-A94 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
495
- A83-A93 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
496
- A84-A92 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
497
- A85-A91 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
498
- A86-A90 : G-C Bs/Ww pairing antiparallel cis 128
499
- A89-A90 : U-C O2P/Ww O2P/Bh adjacent_5p pairing
500
- Residue conformations -------------------------------------------
501
- A68 : G C3p_endo anti
502
- A69 : G C3p_endo anti
503
- A70 : C C3p_endo anti
504
- A71 : C C3p_endo anti
505
- A72 : G C3p_endo anti
506
- A73 : A C3p_endo anti
507
- A74 : U C3p_endo anti
508
- A75 : G C3p_endo anti
509
- A76 : G C3p_endo anti
510
- A77 : U C3p_endo anti
511
- A78 : A C3p_endo anti
512
- A79 : G C3p_endo anti
513
- A80 : U C3p_endo anti
514
- A81 : G C3p_endo anti
515
- A82 : U C3p_endo anti
516
- A83 : G C3p_endo anti
517
- A84 : G C3p_endo anti
518
- A85 : G C3p_endo anti
519
- A86 : G C3p_endo anti
520
- A87 : U C4p_exo anti
521
- A88 : C C2p_endo anti
522
- A89 : U C4p_exo anti
523
- A90 : C C2p_exo anti
524
- A91 : C C3p_endo anti
525
- A92 : C C3p_endo anti
526
- A93 : C C3p_endo anti
527
- A94 : A C3p_endo anti
528
- A95 : U C3p_endo anti
529
- A96 : G C3p_endo anti
530
- A97 : C C3p_endo anti
531
- A98 : G C2p_exo anti
532
- A99 : A C3p_endo anti
533
- A100 : G C3p_endo anti
534
- A101 : A C3p_endo anti
535
- A102 : G C3p_endo anti
536
- A103 : U C3p_endo anti
537
- A104 : A C3p_endo anti
538
- A105 : G C3p_endo anti
539
- A106 : G C3p_endo anti
540
- A107 : C C3p_endo anti
541
- A108 : C C3p_endo anti
542
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
543
- A68-A69 : adjacent_5p upward
544
- A69-A70 : adjacent_5p upward
545
- A71-A72 : adjacent_5p upward
546
- A73-A74 : adjacent_5p upward
547
- A74-A75 : adjacent_5p upward
548
- A75-A76 : adjacent_5p upward
549
- A76-A77 : adjacent_5p upward
550
- A77-A78 : adjacent_5p upward
551
- A78-A79 : adjacent_5p upward
552
- A79-A80 : adjacent_5p upward
553
- A81-A82 : adjacent_5p upward
554
- A83-A84 : adjacent_5p upward
555
- A84-A85 : adjacent_5p upward
556
- A85-A86 : adjacent_5p upward
557
- A90-A91 : adjacent_5p upward
558
- A91-A92 : adjacent_5p upward
559
- A94-A95 : adjacent_5p upward
560
- A96-A97 : adjacent_5p upward
561
- A97-A98 : adjacent_5p upward
562
- A99-A100 : adjacent_5p upward
563
- A100-A101 : adjacent_5p upward
564
- A101-A102 : adjacent_5p upward
565
- A102-A103 : adjacent_5p upward
566
- A103-A104 : adjacent_5p upward
567
- A104-A105 : adjacent_5p upward
568
- A105-A106 : adjacent_5p upward
569
- A106-A107 : adjacent_5p upward
570
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
571
- A73-A104 : outward
572
- A78-A99 : outward
573
- A81-A96 : outward
574
- A83-A94 : outward
575
- Number of stackings = 31
576
- Number of adjacent stackings = 27
577
- Number of non adjacent stackings = 4
578
- Base-pairs ------------------------------------------------------
579
- A68-A108 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
580
- A69-A107 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
581
- A70-A106 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
582
- A71-A105 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
583
- A72-A104 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
584
- A73-A103 : A-U Hh/Ws pairing antiparallel trans XXIV
585
- A74-A102 : U-G Bh/Ww pairing antiparallel trans 91
586
- A75-A101 : G-A Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
587
- A76-A100 : G-G Ww/Bh pairing antiparallel trans 115
588
- A77-A98 : U-G O2P/Ww O2P/Bs pairing
589
- A77-A99 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
590
- A78-A98 : A-G Hh/Ss pairing antiparallel trans XI
591
- A79-A97 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
592
- A80-A96 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
593
- A81-A95 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
594
- A82-A94 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
595
- A83-A93 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
596
- A84-A92 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
597
- A85-A91 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
598
- A86-A90 : G-C Bs/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 128
599
- A89-A90 : U-C O2P/Ww adjacent_5p pairing
600
- Residue conformations -------------------------------------------
601
- A68 : G C2p_exo anti
602
- A69 : G C3p_endo anti
603
- A70 : C C3p_endo anti
604
- A71 : C C3p_endo anti
605
- A72 : G C3p_endo anti
606
- A73 : A C2p_exo anti
607
- A74 : U C3p_endo anti
608
- A75 : G C3p_endo anti
609
- A76 : G C3p_endo anti
610
- A77 : U C3p_endo anti
611
- A78 : A C3p_endo anti
612
- A79 : G C3p_endo anti
613
- A80 : U C3p_endo anti
614
- A81 : G C3p_endo anti
615
- A82 : U C3p_endo anti
616
- A83 : G C3p_endo anti
617
- A84 : G C3p_endo anti
618
- A85 : G C3p_endo anti
619
- A86 : G C3p_endo anti
620
- A87 : U C4p_exo anti
621
- A88 : C C2p_endo anti
622
- A89 : U C4p_exo anti
623
- A90 : C C2p_exo anti
624
- A91 : C C3p_endo anti
625
- A92 : C C3p_endo anti
626
- A93 : C C3p_endo anti
627
- A94 : A C3p_endo anti
628
- A95 : U C3p_endo anti
629
- A96 : G C3p_endo anti
630
- A97 : C C3p_endo anti
631
- A98 : G C3p_endo anti
632
- A99 : A C2p_exo anti
633
- A100 : G C3p_endo anti
634
- A101 : A C3p_endo anti
635
- A102 : G C3p_endo anti
636
- A103 : U C3p_endo anti
637
- A104 : A C3p_endo anti
638
- A105 : G C3p_endo anti
639
- A106 : G C3p_endo anti
640
- A107 : C C3p_endo anti
641
- A108 : C C3p_endo anti
642
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
643
- A68-A69 : adjacent_5p upward
644
- A69-A70 : adjacent_5p upward
645
- A70-A71 : adjacent_5p upward
646
- A71-A72 : adjacent_5p upward
647
- A73-A74 : adjacent_5p upward
648
- A74-A75 : adjacent_5p upward
649
- A75-A76 : adjacent_5p upward
650
- A76-A77 : adjacent_5p upward
651
- A77-A78 : adjacent_5p upward
652
- A78-A79 : adjacent_5p upward
653
- A79-A80 : adjacent_5p upward
654
- A81-A82 : adjacent_5p upward
655
- A83-A84 : adjacent_5p upward
656
- A84-A85 : adjacent_5p upward
657
- A85-A86 : adjacent_5p upward
658
- A91-A92 : adjacent_5p upward
659
- A93-A94 : adjacent_5p upward
660
- A94-A95 : adjacent_5p upward
661
- A96-A97 : adjacent_5p upward
662
- A97-A98 : adjacent_5p upward
663
- A99-A100 : adjacent_5p upward
664
- A100-A101 : adjacent_5p upward
665
- A101-A102 : adjacent_5p upward
666
- A102-A103 : adjacent_5p upward
667
- A103-A104 : adjacent_5p upward
668
- A104-A105 : adjacent_5p upward
669
- A105-A106 : adjacent_5p upward
670
- A106-A107 : adjacent_5p upward
671
- A107-A108 : adjacent_5p upward
672
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
673
- A73-A104 : outward
674
- A78-A99 : outward
675
- A81-A96 : outward
676
- A83-A94 : outward
677
- Number of stackings = 33
678
- Number of adjacent stackings = 29
679
- Number of non adjacent stackings = 4
680
- Base-pairs ------------------------------------------------------
681
- A68-A108 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
682
- A69-A107 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
683
- A70-A106 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
684
- A71-A105 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
685
- A72-A104 : G-A Ss/Hh O2'/Bh pairing antiparallel trans XI
686
- A73-A103 : A-U Hh/Ws pairing antiparallel trans XXIV
687
- A74-A102 : U-G Bh/Ww pairing antiparallel trans 91
688
- A76-A100 : G-G Ww/Bh pairing antiparallel trans 115
689
- A77-A99 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
690
- A78-A98 : A-G Hh/Ss Bh/O2' pairing antiparallel trans XI
691
- A79-A97 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
692
- A80-A96 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
693
- A81-A95 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
694
- A82-A94 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
695
- A83-A93 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
696
- A84-A92 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
697
- A85-A91 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
698
- A86-A90 : G-C Bs/Ww pairing antiparallel cis 128
699
- A89-A90 : U-C O2P/Ww adjacent_5p pairing
700
- Residue conformations -------------------------------------------
701
- A68 : G C3p_endo anti
702
- A69 : G C3p_endo anti
703
- A70 : C C3p_endo anti
704
- A71 : C C3p_endo anti
705
- A72 : G C3p_endo anti
706
- A73 : A C2p_exo anti
707
- A74 : U C3p_endo anti
708
- A75 : G C3p_endo anti
709
- A76 : G C3p_endo anti
710
- A77 : U C3p_endo anti
711
- A78 : A C3p_endo anti
712
- A79 : G C3p_endo anti
713
- A80 : U C3p_endo anti
714
- A81 : G C3p_endo anti
715
- A82 : U C3p_endo anti
716
- A83 : G C3p_endo anti
717
- A84 : G C3p_endo anti
718
- A85 : G C3p_endo anti
719
- A86 : G C3p_endo anti
720
- A87 : U C4p_exo anti
721
- A88 : C C2p_endo anti
722
- A89 : U C4p_exo anti
723
- A90 : C C2p_exo anti
724
- A91 : C C3p_endo anti
725
- A92 : C C3p_endo anti
726
- A93 : C C3p_endo anti
727
- A94 : A C3p_endo anti
728
- A95 : U C3p_endo anti
729
- A96 : G C3p_endo anti
730
- A97 : C C3p_endo anti
731
- A98 : G C3p_endo anti
732
- A99 : A C3p_endo anti
733
- A100 : G C3p_endo anti
734
- A101 : A C3p_endo anti
735
- A102 : G C3p_endo anti
736
- A103 : U C3p_endo anti
737
- A104 : A C3p_endo anti
738
- A105 : G C3p_endo anti
739
- A106 : G C3p_endo anti
740
- A107 : C C3p_endo anti
741
- A108 : C C3p_endo anti
742
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
743
- A68-A69 : adjacent_5p upward
744
- A69-A70 : adjacent_5p upward
745
- A70-A71 : adjacent_5p upward
746
- A71-A72 : adjacent_5p upward
747
- A73-A74 : adjacent_5p upward
748
- A74-A75 : adjacent_5p upward
749
- A75-A76 : adjacent_5p upward
750
- A76-A77 : adjacent_5p upward
751
- A78-A79 : adjacent_5p upward
752
- A79-A80 : adjacent_5p upward
753
- A81-A82 : adjacent_5p upward
754
- A83-A84 : adjacent_5p upward
755
- A84-A85 : adjacent_5p upward
756
- A85-A86 : adjacent_5p upward
757
- A90-A91 : adjacent_5p upward
758
- A91-A92 : adjacent_5p upward
759
- A93-A94 : adjacent_5p upward
760
- A94-A95 : adjacent_5p upward
761
- A96-A97 : adjacent_5p upward
762
- A97-A98 : adjacent_5p upward
763
- A99-A100 : adjacent_5p upward
764
- A100-A101 : adjacent_5p upward
765
- A101-A102 : adjacent_5p upward
766
- A102-A103 : adjacent_5p upward
767
- A103-A104 : adjacent_5p upward
768
- A104-A105 : adjacent_5p upward
769
- A105-A106 : adjacent_5p upward
770
- A106-A107 : adjacent_5p upward
771
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
772
- A73-A104 : outward
773
- A78-A99 : outward
774
- A81-A96 : outward
775
- A83-A94 : outward
776
- Number of stackings = 32
777
- Number of adjacent stackings = 28
778
- Number of non adjacent stackings = 4
779
- Base-pairs ------------------------------------------------------
780
- A68-A108 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
781
- A69-A107 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
782
- A70-A106 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
783
- A71-A105 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
784
- A72-A104 : G-A Ss/Hh O2'/Bh pairing antiparallel trans XI
785
- A73-A103 : A-U Hh/Ws pairing antiparallel trans XXIV
786
- A74-A102 : U-G Bh/Ww pairing antiparallel trans 91
787
- A76-A100 : G-G Ww/Bh pairing antiparallel trans 115
788
- A77-A99 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
789
- A78-A98 : A-G Hh/Ss Bh/O2' pairing antiparallel trans XI
790
- A79-A97 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
791
- A80-A96 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
792
- A81-A95 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
793
- A82-A94 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
794
- A83-A93 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
795
- A84-A92 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
796
- A85-A91 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
797
- A86-A90 : G-C Bs/Ww pairing antiparallel cis 128
798
- A89-A90 : U-C O2P/Ww adjacent_5p pairing
799
- Residue conformations -------------------------------------------
800
- A68 : G C3p_endo anti
801
- A69 : G C3p_endo anti
802
- A70 : C C3p_endo anti
803
- A71 : C C3p_endo anti
804
- A72 : G C3p_endo anti
805
- A73 : A C2p_exo anti
806
- A74 : U C3p_endo anti
807
- A75 : G C3p_endo anti
808
- A76 : G C3p_endo anti
809
- A77 : U C3p_endo anti
810
- A78 : A C3p_endo anti
811
- A79 : G C3p_endo anti
812
- A80 : U C3p_endo anti
813
- A81 : G C3p_endo anti
814
- A82 : U C3p_endo anti
815
- A83 : G C3p_endo anti
816
- A84 : G C3p_endo anti
817
- A85 : G C3p_endo anti
818
- A86 : G C3p_endo anti
819
- A87 : U C4p_exo anti
820
- A88 : C C2p_endo anti
821
- A89 : U C4p_exo anti
822
- A90 : C C2p_exo anti
823
- A91 : C C3p_endo anti
824
- A92 : C C3p_endo anti
825
- A93 : C C3p_endo anti
826
- A94 : A C3p_endo anti
827
- A95 : U C3p_endo anti
828
- A96 : G C3p_endo anti
829
- A97 : C C3p_endo anti
830
- A98 : G C3p_endo anti
831
- A99 : A C3p_endo anti
832
- A100 : G C3p_endo anti
833
- A101 : A C3p_endo anti
834
- A102 : G C3p_endo anti
835
- A103 : U C3p_endo anti
836
- A104 : A C3p_endo anti
837
- A105 : G C3p_endo anti
838
- A106 : G C3p_endo anti
839
- A107 : C C3p_endo anti
840
- A108 : C C3p_endo anti
841
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
842
- A68-A69 : adjacent_5p upward
843
- A69-A70 : adjacent_5p upward
844
- A70-A71 : adjacent_5p upward
845
- A71-A72 : adjacent_5p upward
846
- A73-A74 : adjacent_5p upward
847
- A74-A75 : adjacent_5p upward
848
- A75-A76 : adjacent_5p upward
849
- A76-A77 : adjacent_5p upward
850
- A77-A78 : adjacent_5p upward
851
- A78-A79 : adjacent_5p upward
852
- A79-A80 : adjacent_5p upward
853
- A81-A82 : adjacent_5p upward
854
- A83-A84 : adjacent_5p upward
855
- A84-A85 : adjacent_5p upward
856
- A85-A86 : adjacent_5p upward
857
- A91-A92 : adjacent_5p upward
858
- A94-A95 : adjacent_5p upward
859
- A96-A97 : adjacent_5p upward
860
- A97-A98 : adjacent_5p upward
861
- A99-A100 : adjacent_5p upward
862
- A100-A101 : adjacent_5p upward
863
- A101-A102 : adjacent_5p upward
864
- A102-A103 : adjacent_5p upward
865
- A103-A104 : adjacent_5p upward
866
- A104-A105 : adjacent_5p upward
867
- A105-A106 : adjacent_5p upward
868
- A106-A107 : adjacent_5p upward
869
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
870
- A73-A104 : outward
871
- A78-A99 : outward
872
- A81-A96 : outward
873
- A83-A94 : outward
874
- Number of stackings = 31
875
- Number of adjacent stackings = 27
876
- Number of non adjacent stackings = 4
877
- Base-pairs ------------------------------------------------------
878
- A68-A108 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
879
- A69-A107 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
880
- A70-A106 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
881
- A71-A105 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
882
- A72-A104 : G-A Ss/Hh O2'/Bh pairing antiparallel trans XI
883
- A73-A103 : A-U Hh/Ws pairing antiparallel trans XXIV
884
- A74-A102 : U-G Bh/Ww pairing antiparallel trans 91
885
- A75-A101 : G-A Hw/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 64
886
- A76-A100 : G-G Ww/Bh pairing antiparallel trans 115
887
- A77-A99 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
888
- A78-A98 : A-G Hh/Ss pairing antiparallel trans XI
889
- A79-A97 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
890
- A80-A96 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
891
- A81-A95 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
892
- A82-A94 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
893
- A83-A93 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
894
- A84-A92 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
895
- A85-A91 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
896
- A86-A90 : G-C Bs/Ww pairing antiparallel cis 128
897
- A89-A90 : U-C O2P/Ww adjacent_5p pairing
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1a60_MC DELETED
@@ -1,2298 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A1 : G C2p_exo anti
3
- A2 : G C4p_exo anti
4
- A3 : G C3p_endo anti
5
- A4 : A C2p_exo anti
6
- A5 : G C3p_endo anti
7
- A6 : C C3p_endo anti
8
- A7 : U C3p_endo anti
9
- A8 : C C2p_endo anti
10
- A9 : A C3p_endo anti
11
- A10 : A C3p_endo anti
12
- A11 : C C3p_endo anti
13
- A12 : U C3p_endo anti
14
- A13 : C C2p_exo anti
15
- A14 : U C3p_endo anti
16
- A15 : C C3p_endo anti
17
- A16 : C C3p_endo anti
18
- A17 : C C3p_endo anti
19
- A18 : C C3p_endo anti
20
- A19 : C C3p_endo anti
21
- A20 : C C3p_endo anti
22
- A21 : C C3p_endo anti
23
- A22 : U C2p_endo anti
24
- A23 : U C3p_endo anti
25
- A24 : U C2p_exo anti
26
- A25 : U C3p_endo anti
27
- A26 : C C3p_endo anti
28
- A27 : C C3p_endo anti
29
- A28 : G C3p_endo anti
30
- A29 : A C3p_endo anti
31
- A30 : G C3p_endo anti
32
- A31 : G C2p_exo anti
33
- A32 : G C2p_exo anti
34
- A33 : U C2p_endo anti
35
- A34 : C C3p_endo anti
36
- A35 : A C2p_endo anti
37
- A36 : U C3p_endo anti
38
- A37 : C C3p_endo anti
39
- A38 : G C3p_endo anti
40
- A39 : G C4p_exo anti
41
- A40 : A C2p_exo anti
42
- A41 : A C3p_endo anti
43
- A42 : C C3p_endo anti
44
- A43 : C C3p_endo anti
45
- A44 : A O4p_endo anti
46
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
47
- A1-A2 : adjacent_5p upward
48
- A2-A3 : adjacent_5p upward
49
- A4-A5 : adjacent_5p upward
50
- A9-A10 : adjacent_5p upward
51
- A10-A11 : adjacent_5p upward
52
- A11-A12 : adjacent_5p upward
53
- A13-A14 : adjacent_5p upward
54
- A14-A15 : adjacent_5p upward
55
- A15-A16 : adjacent_5p upward
56
- A17-A18 : adjacent_5p upward
57
- A19-A20 : adjacent_5p upward
58
- A25-A26 : adjacent_5p upward
59
- A26-A27 : adjacent_5p upward
60
- A28-A29 : adjacent_5p upward
61
- A29-A30 : adjacent_5p upward
62
- A30-A31 : adjacent_5p upward
63
- A31-A32 : adjacent_5p upward
64
- A36-A37 : adjacent_5p upward
65
- A38-A39 : adjacent_5p upward
66
- A39-A40 : adjacent_5p upward pairing
67
- A40-A41 : adjacent_5p upward
68
- A41-A42 : adjacent_5p upward
69
- A42-A43 : adjacent_5p upward
70
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
71
- A28-A38 : outward
72
- Number of stackings = 24
73
- Number of adjacent stackings = 23
74
- Number of non adjacent stackings = 1
75
- Base-pairs ------------------------------------------------------
76
- A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
77
- A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
78
- A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
79
- A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
80
- A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
81
- A6-A11 : C-C Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 131
82
- A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
83
- A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
84
- A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
85
- A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
86
- A21-A37 : C-C Ss/Hw O2'/Bh pairing parallel cis one_hbond
87
- A22-A24 : U-U Hh/O2P pairing
88
- A24-A41 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
89
- A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
90
- A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
91
- A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
92
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
93
- A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
94
- A30-A35 : G-A Bs/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
95
- A39-A40 : G-A O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
96
- Residue conformations -------------------------------------------
97
- A1 : G C2p_exo anti
98
- A2 : G C4p_exo anti
99
- A3 : G C3p_endo anti
100
- A4 : A C2p_exo anti
101
- A5 : G C3p_endo anti
102
- A6 : C C3p_endo anti
103
- A7 : U C3p_endo anti
104
- A8 : C C3p_endo anti
105
- A9 : A C3p_endo anti
106
- A10 : A C3p_endo anti
107
- A11 : C C3p_endo anti
108
- A12 : U C3p_endo anti
109
- A13 : C C2p_exo anti
110
- A14 : U C3p_endo anti
111
- A15 : C C3p_endo anti
112
- A16 : C C3p_endo anti
113
- A17 : C C3p_endo anti
114
- A18 : C C3p_endo anti
115
- A19 : C C3p_endo anti
116
- A20 : C C3p_endo anti
117
- A21 : C C4p_exo anti
118
- A22 : U C2p_endo anti
119
- A23 : U C3p_endo anti
120
- A24 : U C3p_endo anti
121
- A25 : U C3p_endo anti
122
- A26 : C C3p_endo anti
123
- A27 : C C3p_endo anti
124
- A28 : G C3p_endo anti
125
- A29 : A C3p_endo anti
126
- A30 : G C3p_endo anti
127
- A31 : G C4p_exo anti
128
- A32 : G C3p_endo anti
129
- A33 : U C2p_endo anti
130
- A34 : C C3p_endo anti
131
- A35 : A C2p_endo anti
132
- A36 : U C3p_endo anti
133
- A37 : C C4p_exo anti
134
- A38 : G C3p_endo anti
135
- A39 : G C4p_exo anti
136
- A40 : A C2p_exo anti
137
- A41 : A C3p_endo anti
138
- A42 : C C3p_endo anti
139
- A43 : C C3p_endo anti
140
- A44 : A O4p_endo anti
141
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
142
- A1-A2 : adjacent_5p upward
143
- A2-A3 : adjacent_5p upward
144
- A3-A4 : adjacent_5p upward
145
- A4-A5 : adjacent_5p upward
146
- A6-A7 : adjacent_5p upward
147
- A9-A10 : adjacent_5p upward
148
- A10-A11 : adjacent_5p upward
149
- A13-A14 : adjacent_5p upward
150
- A14-A15 : adjacent_5p upward
151
- A15-A16 : adjacent_5p upward
152
- A17-A18 : adjacent_5p upward
153
- A23-A24 : adjacent_5p upward
154
- A25-A26 : adjacent_5p upward
155
- A26-A27 : adjacent_5p upward
156
- A28-A29 : adjacent_5p upward
157
- A29-A30 : adjacent_5p upward
158
- A30-A31 : adjacent_5p upward
159
- A31-A32 : adjacent_5p upward
160
- A36-A37 : adjacent_5p upward
161
- A38-A39 : adjacent_5p upward
162
- A39-A40 : adjacent_5p upward pairing
163
- A40-A41 : adjacent_5p upward
164
- A41-A42 : adjacent_5p upward
165
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
166
- A28-A38 : outward
167
- Number of stackings = 24
168
- Number of adjacent stackings = 23
169
- Number of non adjacent stackings = 1
170
- Base-pairs ------------------------------------------------------
171
- A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
172
- A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
173
- A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
174
- A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
175
- A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
176
- A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
177
- A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
178
- A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
179
- A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
180
- A21-A27 : C-C Ws/Hh pairing parallel trans one_hbond
181
- A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
182
- A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
183
- A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
184
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
185
- A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
186
- A30-A35 : G-A Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
187
- A31-A35 : G-A Ss/Wh O2'/Bh pairing parallel trans one_hbond
188
- A39-A40 : G-A O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
189
- Residue conformations -------------------------------------------
190
- A1 : G C1p_exo anti
191
- A2 : G C3p_endo anti
192
- A3 : G C3p_endo anti
193
- A4 : A C3p_endo anti
194
- A5 : G C3p_endo anti
195
- A6 : C C3p_endo anti
196
- A7 : U C3p_endo anti
197
- A8 : C C1p_exo anti
198
- A9 : A C3p_endo anti
199
- A10 : A C3p_endo anti
200
- A11 : C C3p_endo anti
201
- A12 : U C3p_endo anti
202
- A13 : C C2p_exo anti
203
- A14 : U C3p_endo anti
204
- A15 : C C3p_endo anti
205
- A16 : C C3p_endo anti
206
- A17 : C C3p_endo anti
207
- A18 : C C4p_exo anti
208
- A19 : C C3p_endo anti
209
- A20 : C C3p_endo anti
210
- A21 : C C3p_endo anti
211
- A22 : U C2p_endo anti
212
- A23 : U C3p_endo anti
213
- A24 : U C3p_endo anti
214
- A25 : U C3p_endo anti
215
- A26 : C C3p_endo anti
216
- A27 : C C3p_endo anti
217
- A28 : G C3p_endo anti
218
- A29 : A C3p_endo anti
219
- A30 : G C3p_endo anti
220
- A31 : G C3p_endo anti
221
- A32 : G C4p_exo anti
222
- A33 : U C2p_endo anti
223
- A34 : C C3p_endo anti
224
- A35 : A C2p_endo anti
225
- A36 : U C3p_endo anti
226
- A37 : C C4p_exo anti
227
- A38 : G C3p_endo anti
228
- A39 : G C3p_endo anti
229
- A40 : A C3p_endo anti
230
- A41 : A C3p_endo anti
231
- A42 : C C3p_endo anti
232
- A43 : C C3p_endo anti
233
- A44 : A O4p_endo anti
234
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
235
- A1-A2 : adjacent_5p upward pairing
236
- A2-A3 : adjacent_5p upward
237
- A3-A4 : adjacent_5p upward
238
- A4-A5 : adjacent_5p upward
239
- A6-A7 : adjacent_5p upward
240
- A10-A11 : adjacent_5p upward
241
- A11-A12 : adjacent_5p upward
242
- A12-A13 : adjacent_5p upward
243
- A13-A14 : adjacent_5p upward
244
- A14-A15 : adjacent_5p upward
245
- A15-A16 : adjacent_5p upward
246
- A16-A17 : adjacent_5p upward
247
- A17-A18 : adjacent_5p upward
248
- A24-A25 : adjacent_5p upward
249
- A25-A26 : adjacent_5p upward
250
- A26-A27 : adjacent_5p upward
251
- A28-A29 : adjacent_5p upward
252
- A29-A30 : adjacent_5p upward
253
- A30-A31 : adjacent_5p upward
254
- A31-A32 : adjacent_5p upward
255
- A36-A37 : adjacent_5p upward
256
- A38-A39 : adjacent_5p upward
257
- A39-A40 : adjacent_5p upward
258
- A40-A41 : adjacent_5p upward
259
- A42-A43 : adjacent_5p upward
260
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
261
- A28-A38 : outward
262
- Number of stackings = 26
263
- Number of adjacent stackings = 25
264
- Number of non adjacent stackings = 1
265
- Base-pairs ------------------------------------------------------
266
- A1-A2 : G-G O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
267
- A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
268
- A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
269
- A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
270
- A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
271
- A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
272
- A6-A10 : C-A Ws/Hw pairing antiparallel trans one_hbond
273
- A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
274
- A7-A10 : U-A Ww/O2P pairing
275
- A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
276
- A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
277
- A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
278
- A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
279
- A21-A37 : C-C Ss/Hw O2'/Bh pairing parallel cis one_hbond
280
- A22-A24 : U-U Hh/O2P pairing
281
- A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
282
- A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
283
- A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
284
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
285
- A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
286
- A32-A34 : G-C O2P/Bh pairing
287
- A32-A35 : G-A O2'/Bh pairing
288
- Residue conformations -------------------------------------------
289
- A1 : G C1p_exo anti
290
- A2 : G C3p_endo anti
291
- A3 : G C3p_endo anti
292
- A4 : A C3p_endo anti
293
- A5 : G C3p_endo anti
294
- A6 : C C3p_endo anti
295
- A7 : U C3p_endo anti
296
- A8 : C C1p_exo anti
297
- A9 : A C3p_endo anti
298
- A10 : A C3p_endo anti
299
- A11 : C C3p_endo anti
300
- A12 : U C3p_endo anti
301
- A13 : C C2p_exo anti
302
- A14 : U C3p_endo anti
303
- A15 : C C3p_endo anti
304
- A16 : C C3p_endo anti
305
- A17 : C C3p_endo anti
306
- A18 : C C3p_endo anti
307
- A19 : C C3p_endo anti
308
- A20 : C C3p_endo anti
309
- A21 : C C3p_endo anti
310
- A22 : U C2p_endo anti
311
- A23 : U C3p_endo anti
312
- A24 : U C3p_endo anti
313
- A25 : U C3p_endo anti
314
- A26 : C C3p_endo anti
315
- A27 : C C3p_endo anti
316
- A28 : G C3p_endo anti
317
- A29 : A C3p_endo anti
318
- A30 : G C3p_endo anti
319
- A31 : G C3p_endo anti
320
- A32 : G C4p_exo anti
321
- A33 : U C2p_endo anti
322
- A34 : C C3p_endo anti
323
- A35 : A C2p_endo anti
324
- A36 : U C3p_endo anti
325
- A37 : C C4p_exo anti
326
- A38 : G C3p_endo anti
327
- A39 : G C3p_endo anti
328
- A40 : A C3p_endo anti
329
- A41 : A C3p_endo anti
330
- A42 : C C3p_endo anti
331
- A43 : C C3p_endo anti
332
- A44 : A O4p_endo anti
333
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
334
- A1-A2 : adjacent_5p upward pairing
335
- A2-A3 : adjacent_5p upward
336
- A4-A5 : adjacent_5p upward
337
- A6-A7 : adjacent_5p upward
338
- A10-A11 : adjacent_5p upward
339
- A11-A12 : adjacent_5p upward
340
- A12-A13 : adjacent_5p upward
341
- A13-A14 : adjacent_5p upward
342
- A14-A15 : adjacent_5p upward
343
- A15-A16 : adjacent_5p upward
344
- A16-A17 : adjacent_5p upward
345
- A17-A18 : adjacent_5p upward
346
- A25-A26 : adjacent_5p upward
347
- A26-A27 : adjacent_5p upward
348
- A27-A28 : adjacent_5p upward
349
- A28-A29 : adjacent_5p upward
350
- A29-A30 : adjacent_5p upward
351
- A30-A31 : adjacent_5p upward
352
- A31-A32 : adjacent_5p upward
353
- A36-A37 : adjacent_5p upward
354
- A38-A39 : adjacent_5p upward
355
- A39-A40 : adjacent_5p upward
356
- A40-A41 : adjacent_5p upward
357
- A41-A42 : adjacent_5p upward
358
- A42-A43 : adjacent_5p upward
359
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
360
- A28-A38 : outward
361
- Number of stackings = 26
362
- Number of adjacent stackings = 25
363
- Number of non adjacent stackings = 1
364
- Base-pairs ------------------------------------------------------
365
- A1-A2 : G-G O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
366
- A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
367
- A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
368
- A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
369
- A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
370
- A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
371
- A6-A11 : C-C Ww/Bh pairing antiparallel trans one_hbond
372
- A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
373
- A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
374
- A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
375
- A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
376
- A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
377
- A21-A37 : C-C Ss/Hw O2'/Bh pairing parallel cis one_hbond
378
- A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
379
- A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
380
- A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
381
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
382
- A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
383
- A32-A34 : G-C O2P/Bh pairing
384
- A32-A35 : G-A O2'/Bh pairing
385
- Residue conformations -------------------------------------------
386
- A1 : G O4p_endo anti
387
- A2 : G C3p_endo anti
388
- A3 : G C3p_endo anti
389
- A4 : A C2p_exo anti
390
- A5 : G C3p_endo anti
391
- A6 : C C3p_endo anti
392
- A7 : U C3p_endo anti
393
- A8 : C C4p_exo anti
394
- A9 : A C3p_endo anti
395
- A10 : A C3p_endo anti
396
- A11 : C C3p_endo anti
397
- A12 : U C3p_endo anti
398
- A13 : C C2p_exo anti
399
- A14 : U C3p_endo anti
400
- A15 : C C3p_endo anti
401
- A16 : C C3p_endo anti
402
- A17 : C C3p_endo anti
403
- A18 : C C3p_endo anti
404
- A19 : C C3p_endo anti
405
- A20 : C C3p_endo anti
406
- A21 : C C3p_endo anti
407
- A22 : U C2p_endo anti
408
- A23 : U C3p_endo anti
409
- A24 : U C3p_endo anti
410
- A25 : U C3p_endo anti
411
- A26 : C C4p_exo anti
412
- A27 : C C3p_endo anti
413
- A28 : G C3p_endo anti
414
- A29 : A C3p_endo anti
415
- A30 : G C3p_endo anti
416
- A31 : G C3p_endo anti
417
- A32 : G C2p_exo anti
418
- A33 : U C2p_endo anti
419
- A34 : C C3p_endo anti
420
- A35 : A C1p_exo anti
421
- A36 : U C3p_endo anti
422
- A37 : C C3p_endo anti
423
- A38 : G C3p_endo anti
424
- A39 : G C4p_exo anti
425
- A40 : A C3p_endo anti
426
- A41 : A C3p_endo anti
427
- A42 : C C3p_endo anti
428
- A43 : C C3p_endo anti
429
- A44 : A O4p_endo anti
430
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
431
- A2-A3 : adjacent_5p upward
432
- A4-A5 : adjacent_5p upward
433
- A6-A7 : adjacent_5p upward
434
- A9-A10 : adjacent_5p upward
435
- A10-A11 : adjacent_5p upward
436
- A11-A12 : adjacent_5p upward
437
- A13-A14 : adjacent_5p upward
438
- A14-A15 : adjacent_5p upward
439
- A15-A16 : adjacent_5p upward
440
- A16-A17 : adjacent_5p upward
441
- A17-A18 : adjacent_5p upward
442
- A18-A19 : adjacent_5p upward
443
- A19-A20 : adjacent_5p upward
444
- A23-A24 : adjacent_5p upward
445
- A25-A26 : adjacent_5p upward
446
- A26-A27 : adjacent_5p upward
447
- A27-A28 : adjacent_5p upward
448
- A28-A29 : adjacent_5p upward
449
- A29-A30 : adjacent_5p upward
450
- A30-A31 : adjacent_5p upward
451
- A31-A32 : adjacent_5p upward
452
- A36-A37 : adjacent_5p upward
453
- A38-A39 : adjacent_5p upward
454
- A40-A41 : adjacent_5p upward
455
- A41-A42 : adjacent_5p upward
456
- A42-A43 : adjacent_5p upward
457
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
458
- A28-A38 : outward
459
- Number of stackings = 27
460
- Number of adjacent stackings = 26
461
- Number of non adjacent stackings = 1
462
- Base-pairs ------------------------------------------------------
463
- A1-A2 : G-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
464
- A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
465
- A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
466
- A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
467
- A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
468
- A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
469
- A6-A11 : C-C Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 131
470
- A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
471
- A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
472
- A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
473
- A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
474
- A20-A35 : C-A O2'/Ss pairing
475
- A21-A37 : C-C Ss/Hw O2'/Bh pairing parallel cis one_hbond
476
- A22-A24 : U-U Hh/O2P pairing
477
- A22-A25 : U-U Ww/O2P pairing
478
- A24-A41 : U-A Ws/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 46
479
- A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
480
- A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
481
- A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
482
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
483
- A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
484
- A30-A35 : G-A Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
485
- A39-A40 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
486
- A43-A44 : C-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
487
- Residue conformations -------------------------------------------
488
- A1 : G C1p_exo anti
489
- A2 : G C3p_endo anti
490
- A3 : G C4p_exo anti
491
- A4 : A C2p_exo anti
492
- A5 : G C3p_endo anti
493
- A6 : C C3p_endo anti
494
- A7 : U C3p_endo anti
495
- A8 : C C2p_endo anti
496
- A9 : A C3p_endo anti
497
- A10 : A C3p_endo anti
498
- A11 : C C3p_endo anti
499
- A12 : U C3p_endo anti
500
- A13 : C C2p_exo anti
501
- A14 : U C3p_endo anti
502
- A15 : C C3p_endo anti
503
- A16 : C C3p_endo anti
504
- A17 : C C3p_endo anti
505
- A18 : C C3p_endo anti
506
- A19 : C C3p_endo anti
507
- A20 : C C3p_endo anti
508
- A21 : C C3p_endo anti
509
- A22 : U C2p_endo anti
510
- A23 : U C3p_endo anti
511
- A24 : U C3p_endo anti
512
- A25 : U C3p_endo anti
513
- A26 : C C3p_endo anti
514
- A27 : C C3p_endo anti
515
- A28 : G C3p_endo anti
516
- A29 : A C3p_endo anti
517
- A30 : G C3p_endo anti
518
- A31 : G C2p_exo anti
519
- A32 : G C4p_exo anti
520
- A33 : U C2p_endo anti
521
- A34 : C C3p_endo anti
522
- A35 : A C1p_exo anti
523
- A36 : U C3p_endo anti
524
- A37 : C C3p_endo anti
525
- A38 : G C3p_endo anti
526
- A39 : G C3p_endo anti
527
- A40 : A C3p_endo anti
528
- A41 : A C3p_endo anti
529
- A42 : C C3p_endo anti
530
- A43 : C C3p_endo anti
531
- A44 : A O4p_endo anti
532
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
533
- A1-A2 : adjacent_5p upward pairing
534
- A2-A3 : adjacent_5p upward
535
- A4-A5 : adjacent_5p upward
536
- A6-A7 : adjacent_5p upward
537
- A10-A11 : adjacent_5p upward
538
- A11-A12 : adjacent_5p upward
539
- A13-A14 : adjacent_5p upward
540
- A14-A15 : adjacent_5p upward
541
- A15-A16 : adjacent_5p upward
542
- A16-A17 : adjacent_5p upward
543
- A17-A18 : adjacent_5p upward
544
- A25-A26 : adjacent_5p upward
545
- A26-A27 : adjacent_5p upward
546
- A27-A28 : adjacent_5p upward
547
- A28-A29 : adjacent_5p upward
548
- A29-A30 : adjacent_5p upward
549
- A30-A31 : adjacent_5p upward
550
- A31-A32 : adjacent_5p upward
551
- A36-A37 : adjacent_5p upward
552
- A38-A39 : adjacent_5p upward
553
- A39-A40 : adjacent_5p upward
554
- A41-A42 : adjacent_5p upward
555
- A42-A43 : adjacent_5p upward
556
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
557
- A28-A38 : outward
558
- Number of stackings = 24
559
- Number of adjacent stackings = 23
560
- Number of non adjacent stackings = 1
561
- Base-pairs ------------------------------------------------------
562
- A1-A2 : G-G O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
563
- A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
564
- A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
565
- A3-A4 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
566
- A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
567
- A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
568
- A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
569
- A6-A11 : C-C Ww/Bh pairing antiparallel trans 137
570
- A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
571
- A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
572
- A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
573
- A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
574
- A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
575
- A21-A37 : C-C Ss/Hw pairing parallel cis one_hbond
576
- A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
577
- A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
578
- A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
579
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
580
- A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
581
- A32-A35 : G-A O2'/Bh pairing
582
- Residue conformations -------------------------------------------
583
- A1 : G C2p_exo anti
584
- A2 : G C4p_exo anti
585
- A3 : G C3p_endo anti
586
- A4 : A C3p_endo anti
587
- A5 : G C3p_endo anti
588
- A6 : C C3p_endo anti
589
- A7 : U C3p_endo anti
590
- A8 : C O4p_endo anti
591
- A9 : A C3p_endo anti
592
- A10 : A C3p_endo anti
593
- A11 : C C3p_endo anti
594
- A12 : U C3p_endo anti
595
- A13 : C C2p_exo anti
596
- A14 : U C3p_endo anti
597
- A15 : C C3p_endo anti
598
- A16 : C C3p_endo anti
599
- A17 : C C3p_endo anti
600
- A18 : C C3p_endo anti
601
- A19 : C C3p_endo anti
602
- A20 : C C3p_endo anti
603
- A21 : C C3p_endo anti
604
- A22 : U C2p_endo anti
605
- A23 : U C3p_endo anti
606
- A24 : U C3p_endo anti
607
- A25 : U C3p_endo anti
608
- A26 : C C4p_exo anti
609
- A27 : C C3p_endo anti
610
- A28 : G C3p_endo anti
611
- A29 : A C3p_endo anti
612
- A30 : G C3p_endo anti
613
- A31 : G C3p_endo anti
614
- A32 : G C4p_exo anti
615
- A33 : U C2p_endo anti
616
- A34 : C C3p_endo anti
617
- A35 : A C2p_endo anti
618
- A36 : U C3p_endo anti
619
- A37 : C C4p_exo anti
620
- A38 : G C3p_endo anti
621
- A39 : G C4p_exo anti
622
- A40 : A C2p_exo anti
623
- A41 : A C3p_endo anti
624
- A42 : C C3p_endo anti
625
- A43 : C C3p_endo anti
626
- A44 : A O4p_endo anti
627
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
628
- A1-A2 : adjacent_5p upward
629
- A2-A3 : adjacent_5p upward
630
- A4-A5 : adjacent_5p upward
631
- A9-A10 : adjacent_5p upward
632
- A10-A11 : adjacent_5p upward
633
- A11-A12 : adjacent_5p upward
634
- A13-A14 : adjacent_5p upward
635
- A14-A15 : adjacent_5p upward
636
- A15-A16 : adjacent_5p upward
637
- A17-A18 : adjacent_5p upward
638
- A24-A25 : adjacent_5p upward
639
- A25-A26 : adjacent_5p upward
640
- A26-A27 : adjacent_5p upward
641
- A27-A28 : adjacent_5p upward
642
- A28-A29 : adjacent_5p upward
643
- A29-A30 : adjacent_5p upward
644
- A30-A31 : adjacent_5p upward
645
- A31-A32 : adjacent_5p upward
646
- A36-A37 : adjacent_5p upward
647
- A38-A39 : adjacent_5p upward
648
- A40-A41 : adjacent_5p upward
649
- A41-A42 : adjacent_5p upward
650
- A42-A43 : adjacent_5p upward
651
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
652
- A28-A38 : outward
653
- Number of stackings = 24
654
- Number of adjacent stackings = 23
655
- Number of non adjacent stackings = 1
656
- Base-pairs ------------------------------------------------------
657
- A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
658
- A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
659
- A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
660
- A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
661
- A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
662
- A6-A11 : C-C Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 131
663
- A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
664
- A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
665
- A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
666
- A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
667
- A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
668
- A21-A37 : C-C Ss/Hw pairing parallel cis one_hbond
669
- A22-A24 : U-U Hh/O2P pairing
670
- A24-A41 : U-A Ws/Wh pairing antiparallel trans one_hbond 46
671
- A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
672
- A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
673
- A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
674
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
675
- A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
676
- A32-A35 : G-A O2'/Bh pairing
677
- A39-A40 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
678
- Residue conformations -------------------------------------------
679
- A1 : G C1p_exo anti
680
- A2 : G C3p_endo anti
681
- A3 : G C3p_endo anti
682
- A4 : A C3p_endo anti
683
- A5 : G C3p_endo anti
684
- A6 : C C3p_endo anti
685
- A7 : U C3p_endo anti
686
- A8 : C C1p_exo anti
687
- A9 : A C3p_endo anti
688
- A10 : A C3p_endo anti
689
- A11 : C C3p_endo anti
690
- A12 : U C3p_endo anti
691
- A13 : C C2p_exo anti
692
- A14 : U C3p_endo anti
693
- A15 : C C3p_endo anti
694
- A16 : C C3p_endo anti
695
- A17 : C C3p_endo anti
696
- A18 : C C3p_endo anti
697
- A19 : C C3p_endo anti
698
- A20 : C C3p_endo anti
699
- A21 : C C3p_endo anti
700
- A22 : U C2p_endo anti
701
- A23 : U C3p_endo anti
702
- A24 : U C2p_exo anti
703
- A25 : U C3p_endo anti
704
- A26 : C C3p_endo anti
705
- A27 : C C3p_endo anti
706
- A28 : G C3p_endo anti
707
- A29 : A C3p_endo anti
708
- A30 : G C3p_endo anti
709
- A31 : G C3p_endo anti
710
- A32 : G C4p_exo anti
711
- A33 : U C2p_endo anti
712
- A34 : C C2p_exo anti
713
- A35 : A C1p_exo anti
714
- A36 : U C3p_endo anti
715
- A37 : C C3p_endo anti
716
- A38 : G C3p_endo anti
717
- A39 : G C4p_exo anti
718
- A40 : A C3p_endo anti
719
- A41 : A C3p_endo anti
720
- A42 : C C3p_endo anti
721
- A43 : C C3p_endo anti
722
- A44 : A O4p_endo anti
723
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
724
- A2-A3 : adjacent_5p upward
725
- A4-A5 : adjacent_5p upward
726
- A6-A7 : adjacent_5p upward
727
- A9-A10 : adjacent_5p upward
728
- A10-A11 : adjacent_5p upward
729
- A11-A12 : adjacent_5p upward
730
- A12-A13 : adjacent_5p upward
731
- A13-A14 : adjacent_5p upward
732
- A14-A15 : adjacent_5p upward
733
- A15-A16 : adjacent_5p upward
734
- A16-A17 : adjacent_5p upward
735
- A17-A18 : adjacent_5p upward
736
- A19-A20 : adjacent_5p upward
737
- A25-A26 : adjacent_5p upward
738
- A26-A27 : adjacent_5p upward
739
- A28-A29 : adjacent_5p upward
740
- A29-A30 : adjacent_5p upward
741
- A30-A31 : adjacent_5p upward
742
- A31-A32 : adjacent_5p upward
743
- A36-A37 : adjacent_5p upward
744
- A38-A39 : adjacent_5p upward
745
- A40-A41 : adjacent_5p upward
746
- A41-A42 : adjacent_5p upward
747
- A42-A43 : adjacent_5p upward
748
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
749
- A28-A38 : outward
750
- Number of stackings = 25
751
- Number of adjacent stackings = 24
752
- Number of non adjacent stackings = 1
753
- Base-pairs ------------------------------------------------------
754
- A1-A2 : G-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
755
- A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
756
- A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
757
- A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
758
- A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
759
- A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
760
- A6-A11 : C-C Ww/Bh pairing antiparallel cis one_hbond 131
761
- A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
762
- A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
763
- A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
764
- A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
765
- A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
766
- A21-A37 : C-C Ss/Hw O2'/Bh pairing parallel cis one_hbond
767
- A22-A24 : U-U Hh/O2P pairing
768
- A24-A41 : U-A Ws/Wh pairing antiparallel trans one_hbond 46
769
- A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
770
- A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
771
- A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
772
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
773
- A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
774
- A30-A35 : G-A Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
775
- A32-A35 : G-A O2'/Bh pairing
776
- A39-A40 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
777
- Residue conformations -------------------------------------------
778
- A1 : G C1p_exo anti
779
- A2 : G C3p_endo anti
780
- A3 : G C4p_exo anti
781
- A4 : A C2p_exo anti
782
- A5 : G C3p_endo anti
783
- A6 : C C3p_endo anti
784
- A7 : U C3p_endo anti
785
- A8 : C C2p_endo anti
786
- A9 : A C3p_endo anti
787
- A10 : A C3p_endo anti
788
- A11 : C C3p_endo anti
789
- A12 : U C3p_endo anti
790
- A13 : C C2p_exo anti
791
- A14 : U C3p_endo anti
792
- A15 : C C3p_endo anti
793
- A16 : C C3p_endo anti
794
- A17 : C C3p_endo anti
795
- A18 : C C3p_endo anti
796
- A19 : C C3p_endo anti
797
- A20 : C C3p_endo anti
798
- A21 : C C3p_endo anti
799
- A22 : U C2p_endo anti
800
- A23 : U C3p_endo anti
801
- A24 : U C2p_exo anti
802
- A25 : U C3p_endo anti
803
- A26 : C C3p_endo anti
804
- A27 : C C3p_endo anti
805
- A28 : G C3p_endo anti
806
- A29 : A C3p_endo anti
807
- A30 : G C2p_exo anti
808
- A31 : G C3p_endo anti
809
- A32 : G C4p_exo anti
810
- A33 : U C2p_endo anti
811
- A34 : C C3p_endo anti
812
- A35 : A C1p_exo anti
813
- A36 : U C3p_endo anti
814
- A37 : C C4p_exo anti
815
- A38 : G C3p_endo anti
816
- A39 : G C3p_endo anti
817
- A40 : A C3p_endo anti
818
- A41 : A C3p_endo anti
819
- A42 : C C3p_endo anti
820
- A43 : C C3p_endo anti
821
- A44 : A O4p_endo anti
822
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
823
- A1-A2 : adjacent_5p upward pairing
824
- A2-A3 : adjacent_5p upward
825
- A4-A5 : adjacent_5p upward
826
- A9-A10 : adjacent_5p upward
827
- A10-A11 : adjacent_5p upward
828
- A11-A12 : adjacent_5p upward
829
- A13-A14 : adjacent_5p upward
830
- A14-A15 : adjacent_5p upward
831
- A15-A16 : adjacent_5p upward
832
- A16-A17 : adjacent_5p upward
833
- A17-A18 : adjacent_5p upward
834
- A25-A26 : adjacent_5p upward
835
- A26-A27 : adjacent_5p upward
836
- A28-A29 : adjacent_5p upward
837
- A29-A30 : adjacent_5p upward
838
- A30-A31 : adjacent_5p upward
839
- A31-A32 : adjacent_5p upward
840
- A36-A37 : adjacent_5p upward
841
- A38-A39 : adjacent_5p upward
842
- A39-A40 : adjacent_5p upward
843
- A40-A41 : adjacent_5p upward
844
- A42-A43 : adjacent_5p upward
845
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
846
- A28-A38 : outward
847
- Number of stackings = 23
848
- Number of adjacent stackings = 22
849
- Number of non adjacent stackings = 1
850
- Base-pairs ------------------------------------------------------
851
- A1-A2 : G-G O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
852
- A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
853
- A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
854
- A3-A4 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
855
- A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
856
- A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
857
- A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
858
- A6-A11 : C-C Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 131
859
- A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
860
- A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
861
- A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
862
- A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
863
- A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
864
- A21-A37 : C-C Ss/Bh O2'/Bh pairing parallel trans one_hbond
865
- A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
866
- A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
867
- A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
868
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
869
- A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
870
- A32-A35 : G-A O2'/Bh pairing
871
- A43-A44 : C-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
872
- Residue conformations -------------------------------------------
873
- A1 : G C1p_exo anti
874
- A2 : G C3p_endo anti
875
- A3 : G C4p_exo anti
876
- A4 : A C2p_exo anti
877
- A5 : G C3p_endo anti
878
- A6 : C C3p_endo anti
879
- A7 : U C3p_endo anti
880
- A8 : C C4p_exo anti
881
- A9 : A C3p_endo anti
882
- A10 : A C3p_endo anti
883
- A11 : C C3p_endo anti
884
- A12 : U C3p_endo anti
885
- A13 : C C2p_exo anti
886
- A14 : U C3p_endo anti
887
- A15 : C C3p_endo anti
888
- A16 : C C3p_endo anti
889
- A17 : C C3p_endo anti
890
- A18 : C C3p_endo anti
891
- A19 : C C3p_endo anti
892
- A20 : C C3p_endo anti
893
- A21 : C C3p_endo anti
894
- A22 : U C2p_endo anti
895
- A23 : U C3p_endo anti
896
- A24 : U C3p_endo anti
897
- A25 : U C3p_endo anti
898
- A26 : C C3p_endo anti
899
- A27 : C C3p_endo anti
900
- A28 : G C3p_endo anti
901
- A29 : A C3p_endo anti
902
- A30 : G C3p_endo anti
903
- A31 : G C3p_endo anti
904
- A32 : G C4p_exo anti
905
- A33 : U C2p_endo anti
906
- A34 : C C3p_endo anti
907
- A35 : A C2p_endo anti
908
- A36 : U C3p_endo anti
909
- A37 : C C4p_exo anti
910
- A38 : G C2p_exo anti
911
- A39 : G C3p_endo anti
912
- A40 : A C2p_exo anti
913
- A41 : A C3p_endo anti
914
- A42 : C C3p_endo anti
915
- A43 : C C3p_endo anti
916
- A44 : A O4p_endo anti
917
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
918
- A1-A2 : adjacent_5p upward pairing
919
- A2-A3 : adjacent_5p upward
920
- A4-A5 : adjacent_5p upward
921
- A9-A10 : adjacent_5p upward
922
- A10-A11 : adjacent_5p upward
923
- A11-A12 : adjacent_5p upward
924
- A13-A14 : adjacent_5p upward
925
- A14-A15 : adjacent_5p upward
926
- A15-A16 : adjacent_5p upward
927
- A16-A17 : adjacent_5p upward
928
- A17-A18 : adjacent_5p upward
929
- A23-A24 : adjacent_5p upward
930
- A24-A25 : adjacent_5p upward
931
- A25-A26 : adjacent_5p upward
932
- A26-A27 : adjacent_5p upward
933
- A28-A29 : adjacent_5p upward
934
- A29-A30 : adjacent_5p upward
935
- A30-A31 : adjacent_5p upward
936
- A31-A32 : adjacent_5p upward
937
- A36-A37 : adjacent_5p upward
938
- A38-A39 : adjacent_5p upward
939
- A39-A40 : adjacent_5p upward
940
- A40-A41 : adjacent_5p upward
941
- A41-A42 : adjacent_5p upward
942
- A42-A43 : adjacent_5p upward
943
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
944
- Number of stackings = 25
945
- Number of adjacent stackings = 25
946
- Number of non adjacent stackings = 0
947
- Base-pairs ------------------------------------------------------
948
- A1-A2 : G-G O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
949
- A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
950
- A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
951
- A3-A4 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
952
- A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
953
- A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
954
- A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
955
- A6-A11 : C-C Ww/Bh pairing antiparallel cis 137
956
- A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
957
- A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
958
- A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
959
- A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
960
- A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
961
- A21-A37 : C-C Ss/Bh O2'/Bh pairing parallel trans one_hbond
962
- A24-A41 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
963
- A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
964
- A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
965
- A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
966
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
967
- A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
968
- A32-A35 : G-A O2'/Bh pairing
969
- Residue conformations -------------------------------------------
970
- A1 : G O4p_endo anti
971
- A2 : G C3p_endo anti
972
- A3 : G C3p_endo anti
973
- A4 : A C2p_exo anti
974
- A5 : G C3p_endo anti
975
- A6 : C C3p_endo anti
976
- A7 : U C3p_endo anti
977
- A8 : C C1p_exo anti
978
- A9 : A C3p_endo anti
979
- A10 : A C3p_endo anti
980
- A11 : C C3p_endo anti
981
- A12 : U C3p_endo anti
982
- A13 : C C2p_exo anti
983
- A14 : U C3p_endo anti
984
- A15 : C C3p_endo anti
985
- A16 : C C3p_endo anti
986
- A17 : C C3p_endo anti
987
- A18 : C C3p_endo anti
988
- A19 : C C3p_endo anti
989
- A20 : C C4p_exo anti
990
- A21 : C C3p_endo anti
991
- A22 : U C2p_endo anti
992
- A23 : U C3p_endo anti
993
- A24 : U C3p_endo anti
994
- A25 : U C3p_endo anti
995
- A26 : C C3p_endo anti
996
- A27 : C C3p_endo anti
997
- A28 : G C3p_endo anti
998
- A29 : A C3p_endo anti
999
- A30 : G C3p_endo anti
1000
- A31 : G C2p_exo anti
1001
- A32 : G C4p_exo anti
1002
- A33 : U C2p_endo anti
1003
- A34 : C C3p_endo anti
1004
- A35 : A C2p_endo anti
1005
- A36 : U C3p_endo anti
1006
- A37 : C C4p_exo anti
1007
- A38 : G C3p_endo anti
1008
- A39 : G C3p_endo anti
1009
- A40 : A C3p_endo anti
1010
- A41 : A C3p_endo anti
1011
- A42 : C C3p_endo anti
1012
- A43 : C C3p_endo anti
1013
- A44 : A O4p_endo anti
1014
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1015
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1016
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1017
- A6-A7 : adjacent_5p upward
1018
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1019
- A11-A12 : adjacent_5p upward
1020
- A12-A13 : adjacent_5p upward
1021
- A13-A14 : adjacent_5p upward
1022
- A14-A15 : adjacent_5p upward
1023
- A15-A16 : adjacent_5p upward
1024
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1025
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1026
- A19-A20 : adjacent_5p upward
1027
- A24-A25 : adjacent_5p upward
1028
- A25-A26 : adjacent_5p upward
1029
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1030
- A28-A29 : adjacent_5p upward
1031
- A29-A30 : adjacent_5p upward
1032
- A30-A31 : adjacent_5p upward
1033
- A31-A32 : adjacent_5p upward
1034
- A36-A37 : adjacent_5p upward
1035
- A38-A39 : adjacent_5p upward
1036
- A39-A40 : adjacent_5p upward
1037
- A40-A41 : adjacent_5p upward
1038
- A42-A43 : adjacent_5p upward
1039
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1040
- A28-A38 : outward
1041
- Number of stackings = 25
1042
- Number of adjacent stackings = 24
1043
- Number of non adjacent stackings = 1
1044
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1045
- A1-A2 : G-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
1046
- A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1047
- A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1048
- A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1049
- A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1050
- A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1051
- A6-A11 : C-C Ww/Bh pairing antiparallel trans one_hbond
1052
- A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
1053
- A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1054
- A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1055
- A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1056
- A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
1057
- A21-A37 : C-C Ss/Hw pairing parallel cis one_hbond
1058
- A22-A24 : U-U Hh/O2P pairing
1059
- A24-A41 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1060
- A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1061
- A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1062
- A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1063
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1064
- A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1065
- A32-A35 : G-A O2'/Bh pairing
1066
- Residue conformations -------------------------------------------
1067
- A1 : G C3p_endo anti
1068
- A2 : G C4p_exo anti
1069
- A3 : G C4p_exo anti
1070
- A4 : A C3p_endo anti
1071
- A5 : G C3p_endo anti
1072
- A6 : C C3p_endo anti
1073
- A7 : U C3p_endo anti
1074
- A8 : C C3p_endo anti
1075
- A9 : A C3p_endo anti
1076
- A10 : A C3p_endo anti
1077
- A11 : C C3p_endo anti
1078
- A12 : U C3p_endo anti
1079
- A13 : C C2p_exo anti
1080
- A14 : U C3p_endo anti
1081
- A15 : C C3p_endo anti
1082
- A16 : C C3p_endo anti
1083
- A17 : C C3p_endo anti
1084
- A18 : C C3p_endo anti
1085
- A19 : C C3p_endo anti
1086
- A20 : C C3p_endo anti
1087
- A21 : C C4p_exo anti
1088
- A22 : U C2p_endo anti
1089
- A23 : U C3p_endo anti
1090
- A24 : U C4p_exo anti
1091
- A25 : U C3p_endo anti
1092
- A26 : C C3p_endo anti
1093
- A27 : C C3p_endo anti
1094
- A28 : G C3p_endo anti
1095
- A29 : A C3p_endo anti
1096
- A30 : G C3p_endo anti
1097
- A31 : G C4p_exo anti
1098
- A32 : G C3p_endo anti
1099
- A33 : U C2p_endo anti
1100
- A34 : C C3p_endo anti
1101
- A35 : A C2p_endo anti
1102
- A36 : U C3p_endo anti
1103
- A37 : C C3p_endo anti
1104
- A38 : G C3p_endo anti
1105
- A39 : G C4p_exo anti
1106
- A40 : A C2p_exo anti
1107
- A41 : A C3p_endo anti
1108
- A42 : C C3p_endo anti
1109
- A43 : C C3p_endo anti
1110
- A44 : A O4p_endo anti
1111
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1112
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1113
- A3-A4 : adjacent_5p upward
1114
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1115
- A6-A7 : adjacent_5p upward
1116
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1117
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1118
- A13-A14 : adjacent_5p upward
1119
- A14-A15 : adjacent_5p upward
1120
- A15-A16 : adjacent_5p upward
1121
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1122
- A23-A24 : adjacent_5p upward
1123
- A25-A26 : adjacent_5p upward
1124
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1125
- A27-A28 : adjacent_5p upward
1126
- A28-A29 : adjacent_5p upward
1127
- A29-A30 : adjacent_5p upward
1128
- A30-A31 : adjacent_5p upward
1129
- A36-A37 : adjacent_5p upward
1130
- A38-A39 : adjacent_5p upward
1131
- A40-A41 : adjacent_5p upward
1132
- A41-A42 : adjacent_5p upward
1133
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1134
- A28-A38 : outward
1135
- Number of stackings = 22
1136
- Number of adjacent stackings = 21
1137
- Number of non adjacent stackings = 1
1138
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1139
- A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1140
- A2-A3 : G-G O2'/C8 adjacent_5p pairing
1141
- A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1142
- A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1143
- A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1144
- A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1145
- A7-A9 : U-A Hh/O2P Ww/O2P pairing
1146
- A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1147
- A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1148
- A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1149
- A21-A37 : C-C O2'/Bh pairing
1150
- A24-A41 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1151
- A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1152
- A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1153
- A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1154
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1155
- A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1156
- A39-A40 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
1157
- Residue conformations -------------------------------------------
1158
- A1 : G O4p_endo anti
1159
- A2 : G C3p_endo anti
1160
- A3 : G C3p_endo anti
1161
- A4 : A C3p_endo anti
1162
- A5 : G C3p_endo anti
1163
- A6 : C C3p_endo anti
1164
- A7 : U C3p_endo anti
1165
- A8 : C O4p_endo anti
1166
- A9 : A C3p_endo anti
1167
- A10 : A C3p_endo anti
1168
- A11 : C C2p_exo anti
1169
- A12 : U C3p_endo anti
1170
- A13 : C C2p_exo anti
1171
- A14 : U C3p_endo anti
1172
- A15 : C C3p_endo anti
1173
- A16 : C C3p_endo anti
1174
- A17 : C C3p_endo anti
1175
- A18 : C C3p_endo anti
1176
- A19 : C C3p_endo anti
1177
- A20 : C C3p_endo anti
1178
- A21 : C C3p_endo anti
1179
- A22 : U C2p_endo anti
1180
- A23 : U C3p_endo anti
1181
- A24 : U C3p_endo anti
1182
- A25 : U C3p_endo anti
1183
- A26 : C C4p_exo anti
1184
- A27 : C C3p_endo anti
1185
- A28 : G C3p_endo anti
1186
- A29 : A C3p_endo anti
1187
- A30 : G C3p_endo anti
1188
- A31 : G C2p_exo anti
1189
- A32 : G C4p_exo anti
1190
- A33 : U C2p_endo anti
1191
- A34 : C C3p_endo anti
1192
- A35 : A C2p_endo anti
1193
- A36 : U C3p_endo anti
1194
- A37 : C C4p_exo anti
1195
- A38 : G C3p_endo anti
1196
- A39 : G C4p_exo anti
1197
- A40 : A C2p_exo anti
1198
- A41 : A C3p_endo anti
1199
- A42 : C C3p_endo anti
1200
- A43 : C C3p_endo anti
1201
- A44 : A O4p_endo anti
1202
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1203
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1204
- A3-A4 : adjacent_5p upward
1205
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1206
- A13-A14 : adjacent_5p upward
1207
- A14-A15 : adjacent_5p upward
1208
- A15-A16 : adjacent_5p upward
1209
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1210
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1211
- A19-A20 : adjacent_5p upward
1212
- A23-A24 : adjacent_5p upward
1213
- A25-A26 : adjacent_5p upward
1214
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1215
- A28-A29 : adjacent_5p upward
1216
- A29-A30 : adjacent_5p upward
1217
- A30-A31 : adjacent_5p upward
1218
- A31-A32 : adjacent_5p upward
1219
- A36-A37 : adjacent_5p upward
1220
- A38-A39 : adjacent_5p upward
1221
- A40-A41 : adjacent_5p upward
1222
- A41-A42 : adjacent_5p upward
1223
- A42-A43 : adjacent_5p upward
1224
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1225
- A28-A38 : outward
1226
- Number of stackings = 22
1227
- Number of adjacent stackings = 21
1228
- Number of non adjacent stackings = 1
1229
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1230
- A1-A2 : G-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
1231
- A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1232
- A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1233
- A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1234
- A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1235
- A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1236
- A6-A10 : C-A Bh/O2P Bh/O2P pairing
1237
- A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
1238
- A7-A10 : U-A Ww/O2P pairing
1239
- A8-A9 : C-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
1240
- A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1241
- A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1242
- A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1243
- A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
1244
- A21-A37 : C-C Ss/Hw pairing parallel cis one_hbond
1245
- A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1246
- A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1247
- A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1248
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1249
- A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1250
- A30-A35 : G-A Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1251
- A39-A40 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
1252
- A43-A44 : C-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
1253
- Residue conformations -------------------------------------------
1254
- A1 : G O4p_endo anti
1255
- A2 : G C3p_endo anti
1256
- A3 : G C3p_endo anti
1257
- A4 : A C3p_endo anti
1258
- A5 : G C3p_endo anti
1259
- A6 : C C3p_endo anti
1260
- A7 : U C3p_endo anti
1261
- A8 : C C1p_exo anti
1262
- A9 : A C3p_endo anti
1263
- A10 : A C3p_endo anti
1264
- A11 : C C3p_endo anti
1265
- A12 : U C3p_endo anti
1266
- A13 : C C2p_exo anti
1267
- A14 : U C3p_endo anti
1268
- A15 : C C3p_endo anti
1269
- A16 : C C3p_endo anti
1270
- A17 : C C3p_endo anti
1271
- A18 : C C3p_endo anti
1272
- A19 : C C3p_endo anti
1273
- A20 : C C3p_endo anti
1274
- A21 : C C3p_endo anti
1275
- A22 : U C2p_endo anti
1276
- A23 : U C3p_endo anti
1277
- A24 : U C3p_endo anti
1278
- A25 : U C3p_endo anti
1279
- A26 : C C3p_endo anti
1280
- A27 : C C3p_endo anti
1281
- A28 : G C2p_exo anti
1282
- A29 : A C3p_endo anti
1283
- A30 : G C3p_endo anti
1284
- A31 : G C4p_exo anti
1285
- A32 : G C3p_endo anti
1286
- A33 : U C2p_endo anti
1287
- A34 : C C3p_endo anti
1288
- A35 : A C1p_exo anti
1289
- A36 : U C3p_endo anti
1290
- A37 : C C3p_endo anti
1291
- A38 : G C2p_exo anti
1292
- A39 : G C3p_endo anti
1293
- A40 : A C3p_endo anti
1294
- A41 : A C3p_endo anti
1295
- A42 : C C3p_endo anti
1296
- A43 : C C3p_endo anti
1297
- A44 : A O4p_endo anti
1298
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1299
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1300
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1301
- A6-A7 : adjacent_5p upward
1302
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1303
- A11-A12 : adjacent_5p upward
1304
- A12-A13 : adjacent_5p upward
1305
- A13-A14 : adjacent_5p upward
1306
- A14-A15 : adjacent_5p upward
1307
- A15-A16 : adjacent_5p upward
1308
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1309
- A18-A19 : adjacent_5p upward
1310
- A24-A25 : adjacent_5p upward
1311
- A25-A26 : adjacent_5p upward
1312
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1313
- A28-A29 : adjacent_5p upward
1314
- A29-A30 : adjacent_5p upward
1315
- A30-A31 : adjacent_5p upward
1316
- A36-A37 : adjacent_5p upward
1317
- A38-A39 : adjacent_5p upward
1318
- A39-A40 : adjacent_5p upward
1319
- A40-A41 : adjacent_5p upward
1320
- A42-A43 : adjacent_5p upward
1321
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1322
- A28-A38 : outward
1323
- Number of stackings = 23
1324
- Number of adjacent stackings = 22
1325
- Number of non adjacent stackings = 1
1326
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1327
- A1-A2 : G-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
1328
- A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1329
- A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1330
- A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1331
- A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1332
- A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1333
- A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
1334
- A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1335
- A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1336
- A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1337
- A20-A35 : C-A Ws/Bs O2'/Ss pairing parallel cis one_hbond
1338
- A21-A27 : C-C Ws/Wh pairing antiparallel trans one_hbond 137
1339
- A24-A41 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1340
- A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1341
- A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1342
- A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1343
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1344
- A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1345
- A30-A35 : G-A Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1346
- A32-A34 : G-C O2P/Bh pairing
1347
- Residue conformations -------------------------------------------
1348
- A1 : G C3p_endo anti
1349
- A2 : G C2p_exo anti
1350
- A3 : G C3p_endo anti
1351
- A4 : A C2p_exo anti
1352
- A5 : G C3p_endo anti
1353
- A6 : C C3p_endo anti
1354
- A7 : U C3p_endo anti
1355
- A8 : C C1p_exo anti
1356
- A9 : A C3p_endo anti
1357
- A10 : A C3p_endo anti
1358
- A11 : C C2p_exo anti
1359
- A12 : U C3p_endo anti
1360
- A13 : C C2p_exo anti
1361
- A14 : U C3p_endo anti
1362
- A15 : C C3p_endo anti
1363
- A16 : C C4p_exo anti
1364
- A17 : C C3p_endo anti
1365
- A18 : C C3p_endo anti
1366
- A19 : C C3p_endo anti
1367
- A20 : C C3p_endo anti
1368
- A21 : C C3p_endo anti
1369
- A22 : U C2p_endo anti
1370
- A23 : U C3p_endo anti
1371
- A24 : U C3p_endo anti
1372
- A25 : U C3p_endo anti
1373
- A26 : C C3p_endo anti
1374
- A27 : C C3p_endo anti
1375
- A28 : G C3p_endo anti
1376
- A29 : A C3p_endo anti
1377
- A30 : G C3p_endo anti
1378
- A31 : G C3p_endo anti
1379
- A32 : G C4p_exo anti
1380
- A33 : U C2p_endo anti
1381
- A34 : C C3p_endo anti
1382
- A35 : A C2p_endo anti
1383
- A36 : U C3p_endo anti
1384
- A37 : C C4p_exo anti
1385
- A38 : G C3p_endo anti
1386
- A39 : G C3p_endo anti
1387
- A40 : A C3p_endo anti
1388
- A41 : A C3p_endo anti
1389
- A42 : C C3p_endo anti
1390
- A43 : C C3p_endo anti
1391
- A44 : A O4p_endo anti
1392
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1393
- A1-A2 : adjacent_5p upward pairing
1394
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1395
- A3-A4 : adjacent_5p upward
1396
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1397
- A13-A14 : adjacent_5p upward
1398
- A14-A15 : adjacent_5p upward
1399
- A15-A16 : adjacent_5p upward
1400
- A17-A18 : adjacent_5p upward pairing
1401
- A19-A20 : adjacent_5p upward
1402
- A24-A25 : adjacent_5p upward
1403
- A25-A26 : adjacent_5p upward
1404
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1405
- A27-A28 : adjacent_5p upward
1406
- A28-A29 : adjacent_5p upward
1407
- A29-A30 : adjacent_5p upward
1408
- A30-A31 : adjacent_5p upward
1409
- A31-A32 : adjacent_5p upward
1410
- A36-A37 : adjacent_5p upward
1411
- A38-A39 : adjacent_5p upward
1412
- A39-A40 : adjacent_5p upward
1413
- A40-A41 : adjacent_5p upward
1414
- A41-A42 : adjacent_5p upward
1415
- A42-A43 : adjacent_5p upward
1416
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1417
- A28-A38 : outward
1418
- Number of stackings = 24
1419
- Number of adjacent stackings = 23
1420
- Number of non adjacent stackings = 1
1421
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1422
- A1-A2 : G-G O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
1423
- A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1424
- A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1425
- A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1426
- A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1427
- A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1428
- A7-A10 : U-A Ww/O2P pairing
1429
- A16-A17 : C-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
1430
- A17-A18 : C-C O2P/Bh adjacent_5p upward pairing
1431
- A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1432
- A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1433
- A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1434
- A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
1435
- A21-A22 : C-U O2'/Hh adjacent_5p pairing
1436
- A21-A37 : C-C Ss/Hw O2'/Bh pairing parallel cis one_hbond
1437
- A24-A41 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1438
- A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1439
- A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1440
- A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1441
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1442
- A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1443
- Residue conformations -------------------------------------------
1444
- A1 : G C1p_exo anti
1445
- A2 : G C3p_endo anti
1446
- A3 : G C3p_endo anti
1447
- A4 : A C3p_endo anti
1448
- A5 : G C3p_endo anti
1449
- A6 : C C3p_endo anti
1450
- A7 : U C3p_endo anti
1451
- A8 : C C2p_endo anti
1452
- A9 : A C3p_endo anti
1453
- A10 : A C3p_endo anti
1454
- A11 : C C3p_endo anti
1455
- A12 : U C3p_endo anti
1456
- A13 : C C2p_exo anti
1457
- A14 : U C3p_endo anti
1458
- A15 : C C3p_endo anti
1459
- A16 : C C3p_endo anti
1460
- A17 : C C3p_endo anti
1461
- A18 : C C4p_exo anti
1462
- A19 : C C3p_endo anti
1463
- A20 : C C3p_endo anti
1464
- A21 : C C3p_endo anti
1465
- A22 : U C2p_endo anti
1466
- A23 : U C3p_endo anti
1467
- A24 : U C3p_endo anti
1468
- A25 : U C3p_endo anti
1469
- A26 : C C4p_exo anti
1470
- A27 : C C3p_endo anti
1471
- A28 : G C3p_endo anti
1472
- A29 : A C3p_endo anti
1473
- A30 : G C3p_endo anti
1474
- A31 : G C3p_endo anti
1475
- A32 : G C4p_exo anti
1476
- A33 : U C2p_endo anti
1477
- A34 : C C3p_endo anti
1478
- A35 : A C2p_endo anti
1479
- A36 : U C3p_endo anti
1480
- A37 : C C4p_exo anti
1481
- A38 : G C3p_endo anti
1482
- A39 : G C4p_exo anti
1483
- A40 : A C2p_exo anti
1484
- A41 : A C3p_endo anti
1485
- A42 : C C3p_endo anti
1486
- A43 : C C3p_endo anti
1487
- A44 : A O4p_endo anti
1488
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1489
- A1-A2 : adjacent_5p upward pairing
1490
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1491
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1492
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1493
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1494
- A13-A14 : adjacent_5p upward
1495
- A14-A15 : adjacent_5p upward
1496
- A15-A16 : adjacent_5p upward
1497
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1498
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1499
- A25-A26 : adjacent_5p upward
1500
- A28-A29 : adjacent_5p upward
1501
- A29-A30 : adjacent_5p upward
1502
- A30-A31 : adjacent_5p upward
1503
- A31-A32 : adjacent_5p upward
1504
- A36-A37 : adjacent_5p upward
1505
- A38-A39 : adjacent_5p upward
1506
- A40-A41 : adjacent_5p upward
1507
- A41-A42 : adjacent_5p upward
1508
- A42-A43 : adjacent_5p upward
1509
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1510
- A28-A38 : outward
1511
- Number of stackings = 21
1512
- Number of adjacent stackings = 20
1513
- Number of non adjacent stackings = 1
1514
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1515
- A1-A2 : G-G O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
1516
- A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1517
- A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1518
- A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1519
- A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1520
- A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1521
- A6-A11 : C-C Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 131
1522
- A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
1523
- A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1524
- A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1525
- A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1526
- A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
1527
- A21-A37 : C-C Ss/Hw pairing parallel cis one_hbond
1528
- A22-A24 : U-U Hh/O2P pairing
1529
- A24-A41 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1530
- A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1531
- A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1532
- A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1533
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1534
- A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1535
- A32-A34 : G-C O2P/Bh pairing
1536
- A32-A35 : G-A O2'/Bh pairing
1537
- A39-A40 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
1538
- A43-A44 : C-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
1539
- Residue conformations -------------------------------------------
1540
- A1 : G C2p_exo anti
1541
- A2 : G C3p_endo anti
1542
- A3 : G C3p_endo anti
1543
- A4 : A C3p_endo anti
1544
- A5 : G C3p_endo anti
1545
- A6 : C C3p_endo anti
1546
- A7 : U C3p_endo anti
1547
- A8 : C C1p_exo anti
1548
- A9 : A C3p_endo anti
1549
- A10 : A C3p_endo anti
1550
- A11 : C C3p_endo anti
1551
- A12 : U C3p_endo anti
1552
- A13 : C C2p_exo anti
1553
- A14 : U C3p_endo anti
1554
- A15 : C C3p_endo anti
1555
- A16 : C C3p_endo anti
1556
- A17 : C C3p_endo anti
1557
- A18 : C C3p_endo anti
1558
- A19 : C C3p_endo anti
1559
- A20 : C C3p_endo anti
1560
- A21 : C C3p_endo anti
1561
- A22 : U C2p_endo anti
1562
- A23 : U C3p_endo anti
1563
- A24 : U C2p_exo anti
1564
- A25 : U C3p_endo anti
1565
- A26 : C C4p_exo anti
1566
- A27 : C C4p_exo anti
1567
- A28 : G C3p_endo anti
1568
- A29 : A C3p_endo anti
1569
- A30 : G C2p_exo anti
1570
- A31 : G C3p_endo anti
1571
- A32 : G C4p_exo anti
1572
- A33 : U C2p_endo anti
1573
- A34 : C C3p_endo anti
1574
- A35 : A C1p_exo anti
1575
- A36 : U C3p_endo anti
1576
- A37 : C C3p_endo anti
1577
- A38 : G C3p_endo anti
1578
- A39 : G C3p_endo anti
1579
- A40 : A C3p_endo anti
1580
- A41 : A C3p_endo anti
1581
- A42 : C C3p_endo anti
1582
- A43 : C C3p_endo anti
1583
- A44 : A O4p_endo anti
1584
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1585
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1586
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1587
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1588
- A6-A7 : adjacent_5p upward
1589
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1590
- A11-A12 : adjacent_5p upward
1591
- A12-A13 : adjacent_5p upward
1592
- A13-A14 : adjacent_5p upward
1593
- A14-A15 : adjacent_5p upward
1594
- A15-A16 : adjacent_5p upward
1595
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1596
- A25-A26 : adjacent_5p upward
1597
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1598
- A28-A29 : adjacent_5p upward
1599
- A29-A30 : adjacent_5p upward
1600
- A30-A31 : adjacent_5p upward
1601
- A31-A32 : adjacent_5p upward
1602
- A36-A37 : adjacent_5p upward
1603
- A38-A39 : adjacent_5p upward
1604
- A39-A40 : adjacent_5p upward
1605
- A40-A41 : adjacent_5p upward
1606
- A41-A42 : adjacent_5p upward
1607
- A42-A43 : adjacent_5p upward
1608
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1609
- A28-A38 : outward
1610
- Number of stackings = 24
1611
- Number of adjacent stackings = 23
1612
- Number of non adjacent stackings = 1
1613
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1614
- A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1615
- A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1616
- A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1617
- A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1618
- A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1619
- A6-A10 : C-A Ws/Hw pairing antiparallel trans one_hbond
1620
- A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
1621
- A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1622
- A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1623
- A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1624
- A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
1625
- A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1626
- A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1627
- A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1628
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1629
- A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1630
- A32-A35 : G-A O2'/Bh pairing
1631
- Residue conformations -------------------------------------------
1632
- A1 : G C2p_exo anti
1633
- A2 : G C4p_exo anti
1634
- A3 : G C3p_endo anti
1635
- A4 : A C2p_exo anti
1636
- A5 : G C3p_endo anti
1637
- A6 : C C3p_endo anti
1638
- A7 : U C3p_endo anti
1639
- A8 : C O4p_endo anti
1640
- A9 : A C3p_endo anti
1641
- A10 : A C3p_endo anti
1642
- A11 : C C3p_endo anti
1643
- A12 : U C3p_endo anti
1644
- A13 : C C2p_exo anti
1645
- A14 : U C3p_endo anti
1646
- A15 : C C3p_endo anti
1647
- A16 : C C3p_endo anti
1648
- A17 : C C3p_endo anti
1649
- A18 : C C3p_endo anti
1650
- A19 : C C2p_exo anti
1651
- A20 : C C3p_endo anti
1652
- A21 : C C3p_endo anti
1653
- A22 : U C2p_endo anti
1654
- A23 : U C3p_endo anti
1655
- A24 : U C3p_endo anti
1656
- A25 : U C3p_endo anti
1657
- A26 : C C3p_endo anti
1658
- A27 : C C3p_endo anti
1659
- A28 : G C3p_endo anti
1660
- A29 : A C3p_endo anti
1661
- A30 : G C3p_endo anti
1662
- A31 : G C2p_exo anti
1663
- A32 : G C3p_endo anti
1664
- A33 : U C2p_endo anti
1665
- A34 : C C3p_endo anti
1666
- A35 : A C2p_endo anti
1667
- A36 : U C3p_endo anti
1668
- A37 : C C3p_endo anti
1669
- A38 : G C3p_endo anti
1670
- A39 : G C4p_exo anti
1671
- A40 : A C2p_exo anti
1672
- A41 : A C3p_endo anti
1673
- A42 : C C3p_endo anti
1674
- A43 : C C3p_endo anti
1675
- A44 : A O4p_endo anti
1676
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1677
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1678
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1679
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1680
- A6-A7 : adjacent_5p upward
1681
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1682
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1683
- A11-A12 : adjacent_5p upward
1684
- A12-A13 : adjacent_5p upward
1685
- A13-A14 : adjacent_5p upward
1686
- A14-A15 : adjacent_5p upward
1687
- A15-A16 : adjacent_5p upward
1688
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1689
- A19-A20 : adjacent_5p upward
1690
- A24-A25 : adjacent_5p upward
1691
- A25-A26 : adjacent_5p upward
1692
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1693
- A27-A28 : adjacent_5p upward
1694
- A28-A29 : adjacent_5p upward
1695
- A29-A30 : adjacent_5p upward
1696
- A30-A31 : adjacent_5p upward
1697
- A31-A32 : adjacent_5p upward
1698
- A36-A37 : adjacent_5p upward
1699
- A38-A39 : adjacent_5p upward
1700
- A39-A40 : adjacent_5p upward pairing
1701
- A40-A41 : adjacent_5p upward
1702
- A41-A42 : adjacent_5p upward
1703
- A42-A43 : adjacent_5p upward
1704
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1705
- A28-A38 : outward
1706
- Number of stackings = 28
1707
- Number of adjacent stackings = 27
1708
- Number of non adjacent stackings = 1
1709
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1710
- A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1711
- A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1712
- A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1713
- A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1714
- A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1715
- A6-A11 : C-C Ww/Bh pairing antiparallel trans 137
1716
- A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
1717
- A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1718
- A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1719
- A19-A35 : C-A Ws/Wh pairing parallel trans one_hbond 79
1720
- A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1721
- A20-A35 : C-A Ws/Bs O2'/Ss pairing parallel cis one_hbond
1722
- A21-A37 : C-C Ss/Hw O2'/Bh pairing parallel cis one_hbond
1723
- A22-A36 : U-U Ww/O2P pairing
1724
- A24-A41 : U-A Ws/Wh pairing antiparallel trans one_hbond 46
1725
- A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1726
- A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1727
- A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1728
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1729
- A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1730
- A39-A40 : G-A O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
1731
- Residue conformations -------------------------------------------
1732
- A1 : G C2p_exo anti
1733
- A2 : G C4p_exo anti
1734
- A3 : G C3p_endo anti
1735
- A4 : A C2p_exo anti
1736
- A5 : G C3p_endo anti
1737
- A6 : C C3p_endo anti
1738
- A7 : U C3p_endo anti
1739
- A8 : C C1p_exo anti
1740
- A9 : A C3p_endo anti
1741
- A10 : A C2p_exo anti
1742
- A11 : C C3p_endo anti
1743
- A12 : U C3p_endo anti
1744
- A13 : C C2p_exo anti
1745
- A14 : U C3p_endo anti
1746
- A15 : C C3p_endo anti
1747
- A16 : C C3p_endo anti
1748
- A17 : C C3p_endo anti
1749
- A18 : C C3p_endo anti
1750
- A19 : C C3p_endo anti
1751
- A20 : C C3p_endo anti
1752
- A21 : C C3p_endo anti
1753
- A22 : U C2p_endo anti
1754
- A23 : U C3p_endo anti
1755
- A24 : U C3p_endo anti
1756
- A25 : U C3p_endo anti
1757
- A26 : C C3p_endo anti
1758
- A27 : C C3p_endo anti
1759
- A28 : G C3p_endo anti
1760
- A29 : A C3p_endo anti
1761
- A30 : G C3p_endo anti
1762
- A31 : G C3p_endo anti
1763
- A32 : G C3p_endo anti
1764
- A33 : U C3p_exo anti
1765
- A34 : C C3p_endo anti
1766
- A35 : A C2p_endo anti
1767
- A36 : U C3p_endo anti
1768
- A37 : C C3p_endo anti
1769
- A38 : G C3p_endo anti
1770
- A39 : G C3p_endo anti
1771
- A40 : A C3p_endo anti
1772
- A41 : A C3p_endo anti
1773
- A42 : C C3p_endo anti
1774
- A43 : C C3p_endo anti
1775
- A44 : A O4p_endo anti
1776
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1777
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1778
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1779
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1780
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1781
- A13-A14 : adjacent_5p upward
1782
- A14-A15 : adjacent_5p upward
1783
- A15-A16 : adjacent_5p upward
1784
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1785
- A19-A20 : adjacent_5p upward
1786
- A25-A26 : adjacent_5p upward
1787
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1788
- A27-A28 : adjacent_5p upward
1789
- A28-A29 : adjacent_5p upward
1790
- A29-A30 : adjacent_5p upward
1791
- A30-A31 : adjacent_5p upward
1792
- A31-A32 : adjacent_5p upward
1793
- A36-A37 : adjacent_5p upward
1794
- A38-A39 : adjacent_5p upward
1795
- A39-A40 : adjacent_5p upward
1796
- A41-A42 : adjacent_5p upward
1797
- A42-A43 : adjacent_5p upward
1798
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1799
- Number of stackings = 21
1800
- Number of adjacent stackings = 21
1801
- Number of non adjacent stackings = 0
1802
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1803
- A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1804
- A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1805
- A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1806
- A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1807
- A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1808
- A6-A10 : C-A Ws/Wh pairing antiparallel trans one_hbond 78
1809
- A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
1810
- A7-A10 : U-A Ww/O2P pairing
1811
- A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1812
- A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1813
- A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1814
- A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
1815
- A21-A27 : C-C Ws/Hw pairing antiparallel trans one_hbond
1816
- A21-A37 : C-C Ss/Hw O2'/Bh pairing parallel cis one_hbond
1817
- A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1818
- A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1819
- A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1820
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1821
- A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1822
- A30-A35 : G-A Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1823
- A43-A44 : C-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
1824
- Residue conformations -------------------------------------------
1825
- A1 : G C2p_exo anti
1826
- A2 : G C4p_exo anti
1827
- A3 : G C4p_exo anti
1828
- A4 : A C2p_exo anti
1829
- A5 : G C3p_endo anti
1830
- A6 : C C3p_endo anti
1831
- A7 : U C3p_endo anti
1832
- A8 : C C1p_exo anti
1833
- A9 : A C3p_endo anti
1834
- A10 : A C3p_endo anti
1835
- A11 : C C3p_endo anti
1836
- A12 : U C3p_endo anti
1837
- A13 : C C2p_exo anti
1838
- A14 : U C3p_endo anti
1839
- A15 : C C3p_endo anti
1840
- A16 : C C3p_endo anti
1841
- A17 : C C3p_endo anti
1842
- A18 : C C3p_endo anti
1843
- A19 : C C3p_endo anti
1844
- A20 : C C3p_endo anti
1845
- A21 : C C4p_exo anti
1846
- A22 : U C2p_endo anti
1847
- A23 : U C3p_endo anti
1848
- A24 : U C3p_endo anti
1849
- A25 : U C3p_endo anti
1850
- A26 : C C3p_endo anti
1851
- A27 : C C3p_endo anti
1852
- A28 : G C3p_endo anti
1853
- A29 : A C3p_endo anti
1854
- A30 : G C3p_endo anti
1855
- A31 : G C2p_exo anti
1856
- A32 : G C3p_endo anti
1857
- A33 : U C3p_exo anti
1858
- A34 : C C3p_endo anti
1859
- A35 : A C2p_endo anti
1860
- A36 : U C3p_endo anti
1861
- A37 : C C3p_endo anti
1862
- A38 : G C3p_endo anti
1863
- A39 : G C3p_endo anti
1864
- A40 : A C3p_endo anti
1865
- A41 : A C3p_endo anti
1866
- A42 : C C3p_endo anti
1867
- A43 : C C3p_endo anti
1868
- A44 : A O4p_endo anti
1869
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1870
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1871
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1872
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1873
- A6-A7 : adjacent_5p upward
1874
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1875
- A11-A12 : adjacent_5p upward
1876
- A12-A13 : adjacent_5p upward
1877
- A13-A14 : adjacent_5p upward
1878
- A14-A15 : adjacent_5p upward
1879
- A15-A16 : adjacent_5p upward
1880
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1881
- A19-A20 : adjacent_5p upward
1882
- A23-A24 : adjacent_5p upward
1883
- A25-A26 : adjacent_5p upward
1884
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1885
- A27-A28 : adjacent_5p upward
1886
- A28-A29 : adjacent_5p upward
1887
- A29-A30 : adjacent_5p upward
1888
- A30-A31 : adjacent_5p upward
1889
- A31-A32 : adjacent_5p upward
1890
- A36-A37 : adjacent_5p upward
1891
- A38-A39 : adjacent_5p upward
1892
- A39-A40 : adjacent_5p upward
1893
- A41-A42 : adjacent_5p upward
1894
- A42-A43 : adjacent_5p upward
1895
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1896
- Number of stackings = 25
1897
- Number of adjacent stackings = 25
1898
- Number of non adjacent stackings = 0
1899
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1900
- A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1901
- A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1902
- A3-A4 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
1903
- A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1904
- A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1905
- A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1906
- A6-A11 : C-C Ww/Hw pairing antiparallel trans one_hbond
1907
- A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
1908
- A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1909
- A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1910
- A19-A35 : C-A Ws/Wh pairing parallel trans one_hbond 79
1911
- A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1912
- A20-A35 : C-A Bs/Bs pairing parallel cis one_hbond
1913
- A21-A27 : C-C O2'/Bh pairing
1914
- A21-A37 : C-C O2'/Bh pairing
1915
- A22-A37 : U-C O2P/Bh pairing
1916
- A23-A26 : U-C O2P/Bh pairing
1917
- A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1918
- A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1919
- A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1920
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1921
- A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1922
- A43-A44 : C-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
1923
- Residue conformations -------------------------------------------
1924
- A1 : G C2p_exo anti
1925
- A2 : G C4p_exo anti
1926
- A3 : G C3p_endo anti
1927
- A4 : A C3p_endo anti
1928
- A5 : G C3p_endo anti
1929
- A6 : C C3p_endo anti
1930
- A7 : U C3p_endo anti
1931
- A8 : C C3p_endo anti
1932
- A9 : A C3p_endo anti
1933
- A10 : A C3p_endo anti
1934
- A11 : C C3p_endo anti
1935
- A12 : U C3p_endo anti
1936
- A13 : C C2p_exo anti
1937
- A14 : U C3p_endo anti
1938
- A15 : C C3p_endo anti
1939
- A16 : C C3p_endo anti
1940
- A17 : C C3p_endo anti
1941
- A18 : C C3p_endo anti
1942
- A19 : C C3p_endo anti
1943
- A20 : C C3p_endo anti
1944
- A21 : C C4p_exo anti
1945
- A22 : U C2p_endo anti
1946
- A23 : U C3p_endo anti
1947
- A24 : U C3p_endo anti
1948
- A25 : U C3p_endo anti
1949
- A26 : C C4p_exo anti
1950
- A27 : C C3p_endo anti
1951
- A28 : G C3p_endo anti
1952
- A29 : A C3p_endo anti
1953
- A30 : G C3p_endo anti
1954
- A31 : G C3p_endo anti
1955
- A32 : G C3p_endo anti
1956
- A33 : U C2p_endo anti
1957
- A34 : C C3p_endo anti
1958
- A35 : A C2p_endo anti
1959
- A36 : U C3p_endo anti
1960
- A37 : C C3p_endo anti
1961
- A38 : G C3p_endo anti
1962
- A39 : G C4p_exo anti
1963
- A40 : A C2p_exo anti
1964
- A41 : A C3p_endo anti
1965
- A42 : C C3p_endo anti
1966
- A43 : C C3p_endo anti
1967
- A44 : A O4p_endo anti
1968
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1969
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1970
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1971
- A3-A4 : adjacent_5p upward
1972
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1973
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1974
- A13-A14 : adjacent_5p upward
1975
- A14-A15 : adjacent_5p upward
1976
- A15-A16 : adjacent_5p upward
1977
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1978
- A18-A19 : adjacent_5p upward
1979
- A25-A26 : adjacent_5p upward
1980
- A27-A28 : adjacent_5p upward
1981
- A28-A29 : adjacent_5p upward
1982
- A29-A30 : adjacent_5p upward
1983
- A30-A31 : adjacent_5p upward
1984
- A36-A37 : adjacent_5p upward
1985
- A38-A39 : adjacent_5p upward
1986
- A40-A41 : adjacent_5p upward
1987
- A41-A42 : adjacent_5p upward
1988
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1989
- A28-A38 : outward
1990
- Number of stackings = 20
1991
- Number of adjacent stackings = 19
1992
- Number of non adjacent stackings = 1
1993
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1994
- A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1995
- A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1996
- A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1997
- A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1998
- A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1999
- A6-A11 : C-C Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 131
2000
- A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2001
- A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2002
- A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2003
- A21-A37 : C-C O2'/Bh pairing
2004
- A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2005
- A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2006
- A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2007
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2008
- A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2009
- A30-A35 : G-A Bs/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
2010
- A31-A35 : G-A Ss/Wh pairing antiparallel trans one_hbond 63
2011
- A35-A36 : A-U O2'/Hh adjacent_5p pairing
2012
- A39-A40 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
2013
- A43-A44 : C-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
2014
- Residue conformations -------------------------------------------
2015
- A1 : G C2p_exo anti
2016
- A2 : G C4p_exo anti
2017
- A3 : G C3p_endo anti
2018
- A4 : A C2p_exo anti
2019
- A5 : G C3p_endo anti
2020
- A6 : C C3p_endo anti
2021
- A7 : U C3p_endo anti
2022
- A8 : C C2p_endo anti
2023
- A9 : A C3p_endo anti
2024
- A10 : A C3p_endo anti
2025
- A11 : C C3p_endo anti
2026
- A12 : U C3p_endo anti
2027
- A13 : C C2p_exo anti
2028
- A14 : U C3p_endo anti
2029
- A15 : C C3p_endo anti
2030
- A16 : C C3p_endo anti
2031
- A17 : C C3p_endo anti
2032
- A18 : C C3p_endo anti
2033
- A19 : C C2p_exo anti
2034
- A20 : C C3p_endo anti
2035
- A21 : C C4p_exo anti
2036
- A22 : U C2p_endo anti
2037
- A23 : U C3p_endo anti
2038
- A24 : U C3p_endo anti
2039
- A25 : U C3p_endo anti
2040
- A26 : C C3p_endo anti
2041
- A27 : C C3p_endo anti
2042
- A28 : G C3p_endo anti
2043
- A29 : A C3p_endo anti
2044
- A30 : G C3p_endo anti
2045
- A31 : G C2p_exo anti
2046
- A32 : G C2p_exo anti
2047
- A33 : U C3p_exo anti
2048
- A34 : C C2p_exo anti
2049
- A35 : A C2p_endo anti
2050
- A36 : U C3p_endo anti
2051
- A37 : C C3p_endo anti
2052
- A38 : G C3p_endo anti
2053
- A39 : G C3p_endo anti
2054
- A40 : A C3p_endo anti
2055
- A41 : A C3p_endo anti
2056
- A42 : C C3p_endo anti
2057
- A43 : C C3p_endo anti
2058
- A44 : A O4p_endo anti
2059
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
2060
- A1-A2 : adjacent_5p upward
2061
- A2-A3 : adjacent_5p upward
2062
- A4-A5 : adjacent_5p upward
2063
- A9-A10 : adjacent_5p upward
2064
- A10-A11 : adjacent_5p upward
2065
- A13-A14 : adjacent_5p upward
2066
- A14-A15 : adjacent_5p upward
2067
- A15-A16 : adjacent_5p upward
2068
- A17-A18 : adjacent_5p upward
2069
- A19-A20 : adjacent_5p upward
2070
- A23-A24 : adjacent_5p upward
2071
- A25-A26 : adjacent_5p upward
2072
- A26-A27 : adjacent_5p upward
2073
- A27-A28 : adjacent_5p upward
2074
- A28-A29 : adjacent_5p upward
2075
- A29-A30 : adjacent_5p upward
2076
- A30-A31 : adjacent_5p upward
2077
- A31-A32 : adjacent_5p upward
2078
- A36-A37 : adjacent_5p upward
2079
- A38-A39 : adjacent_5p upward
2080
- A39-A40 : adjacent_5p upward
2081
- A41-A42 : adjacent_5p upward
2082
- A42-A43 : adjacent_5p upward
2083
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2084
- Number of stackings = 23
2085
- Number of adjacent stackings = 23
2086
- Number of non adjacent stackings = 0
2087
- Base-pairs ------------------------------------------------------
2088
- A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2089
- A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2090
- A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2091
- A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2092
- A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2093
- A6-A11 : C-C Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 131
2094
- A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2095
- A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2096
- A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2097
- A20-A35 : C-A Ws/Bs pairing parallel cis one_hbond
2098
- A21-A27 : C-C O2'/Bh pairing
2099
- A21-A37 : C-C O2'/Bh pairing
2100
- A24-A25 : U-U Hh/Hw adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
2101
- A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2102
- A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2103
- A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2104
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2105
- A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2106
- A30-A35 : G-A Bs/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
2107
- A34-A35 : C-A O2P/Hh adjacent_5p pairing
2108
- A35-A36 : A-U O2'/Hh adjacent_5p pairing
2109
- A43-A44 : C-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
2110
- Residue conformations -------------------------------------------
2111
- A1 : G C2p_exo anti
2112
- A2 : G C4p_exo anti
2113
- A3 : G C3p_endo anti
2114
- A4 : A C3p_endo anti
2115
- A5 : G C3p_endo anti
2116
- A6 : C C3p_endo anti
2117
- A7 : U C3p_endo anti
2118
- A8 : C C3p_endo anti
2119
- A9 : A C3p_endo anti
2120
- A10 : A C3p_endo anti
2121
- A11 : C C3p_endo anti
2122
- A12 : U C3p_endo anti
2123
- A13 : C C3p_endo anti
2124
- A14 : U C3p_endo anti
2125
- A15 : C C3p_endo anti
2126
- A16 : C C3p_endo anti
2127
- A17 : C C3p_endo anti
2128
- A18 : C C3p_endo anti
2129
- A19 : C C3p_endo anti
2130
- A20 : C C3p_endo anti
2131
- A21 : C C4p_exo anti
2132
- A22 : U C2p_endo anti
2133
- A23 : U C3p_endo anti
2134
- A24 : U C3p_endo anti
2135
- A25 : U C3p_endo anti
2136
- A26 : C C3p_endo anti
2137
- A27 : C C3p_endo anti
2138
- A28 : G C3p_endo anti
2139
- A29 : A C3p_endo anti
2140
- A30 : G C3p_endo anti
2141
- A31 : G C3p_endo anti
2142
- A32 : G C3p_endo anti
2143
- A33 : U C2p_endo anti
2144
- A34 : C C3p_endo anti
2145
- A35 : A C2p_endo anti
2146
- A36 : U C3p_endo anti
2147
- A37 : C C4p_exo anti
2148
- A38 : G C3p_endo anti
2149
- A39 : G C4p_exo anti
2150
- A40 : A C2p_exo anti
2151
- A41 : A C3p_endo anti
2152
- A42 : C C3p_endo anti
2153
- A43 : C C3p_endo anti
2154
- A44 : A O4p_endo anti
2155
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
2156
- A1-A2 : adjacent_5p upward
2157
- A2-A3 : adjacent_5p upward
2158
- A3-A4 : adjacent_5p upward
2159
- A4-A5 : adjacent_5p upward
2160
- A9-A10 : adjacent_5p upward
2161
- A10-A11 : adjacent_5p upward
2162
- A13-A14 : adjacent_5p upward
2163
- A14-A15 : adjacent_5p upward
2164
- A15-A16 : adjacent_5p upward
2165
- A17-A18 : adjacent_5p upward
2166
- A23-A24 : adjacent_5p upward
2167
- A25-A26 : adjacent_5p upward
2168
- A26-A27 : adjacent_5p upward
2169
- A28-A29 : adjacent_5p upward
2170
- A29-A30 : adjacent_5p upward
2171
- A30-A31 : adjacent_5p upward
2172
- A31-A32 : adjacent_5p upward
2173
- A36-A37 : adjacent_5p upward
2174
- A38-A39 : adjacent_5p upward
2175
- A39-A40 : adjacent_5p upward pairing
2176
- A40-A41 : adjacent_5p upward
2177
- A41-A42 : adjacent_5p upward
2178
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2179
- A28-A38 : outward
2180
- Number of stackings = 23
2181
- Number of adjacent stackings = 22
2182
- Number of non adjacent stackings = 1
2183
- Base-pairs ------------------------------------------------------
2184
- A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2185
- A1-A18 : G-C Bs/O2' pairing
2186
- A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2187
- A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2188
- A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2189
- A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2190
- A6-A11 : C-C Ww/Bh pairing antiparallel trans 137
2191
- A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2192
- A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2193
- A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2194
- A21-A37 : C-C Ss/Hw O2'/Bh pairing parallel cis one_hbond
2195
- A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2196
- A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2197
- A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2198
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2199
- A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2200
- A30-A35 : G-A Bs/Ww pairing parallel cis one_hbond 56
2201
- A31-A35 : G-A Ss/Wh O2'/Bh pairing parallel trans one_hbond
2202
- A39-A40 : G-A O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
2203
- Residue conformations -------------------------------------------
2204
- A1 : G C2p_exo anti
2205
- A2 : G C4p_exo anti
2206
- A3 : G C3p_endo anti
2207
- A4 : A C3p_endo anti
2208
- A5 : G C3p_endo anti
2209
- A6 : C C3p_endo anti
2210
- A7 : U C3p_endo anti
2211
- A8 : C O4p_endo anti
2212
- A9 : A C3p_endo anti
2213
- A10 : A C3p_endo anti
2214
- A11 : C C3p_endo anti
2215
- A12 : U C3p_endo anti
2216
- A13 : C C2p_exo anti
2217
- A14 : U C3p_endo anti
2218
- A15 : C C3p_endo anti
2219
- A16 : C C3p_endo anti
2220
- A17 : C C3p_endo anti
2221
- A18 : C C3p_endo anti
2222
- A19 : C C3p_endo anti
2223
- A20 : C C3p_endo anti
2224
- A21 : C C3p_endo anti
2225
- A22 : U C2p_endo anti
2226
- A23 : U C3p_endo anti
2227
- A24 : U C3p_endo anti
2228
- A25 : U C3p_endo anti
2229
- A26 : C C3p_endo anti
2230
- A27 : C C3p_endo anti
2231
- A28 : G C3p_endo anti
2232
- A29 : A C3p_endo anti
2233
- A30 : G C3p_endo anti
2234
- A31 : G C2p_exo anti
2235
- A32 : G C3p_endo anti
2236
- A33 : U C2p_endo anti
2237
- A34 : C C3p_endo anti
2238
- A35 : A C2p_endo anti
2239
- A36 : U C3p_endo anti
2240
- A37 : C C3p_endo anti
2241
- A38 : G C3p_endo anti
2242
- A39 : G C3p_endo anti
2243
- A40 : A C3p_endo anti
2244
- A41 : A C3p_endo anti
2245
- A42 : C C3p_endo anti
2246
- A43 : C C3p_endo anti
2247
- A44 : A O4p_endo anti
2248
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
2249
- A1-A2 : adjacent_5p upward
2250
- A2-A3 : adjacent_5p upward
2251
- A4-A5 : adjacent_5p upward
2252
- A6-A7 : adjacent_5p upward
2253
- A10-A11 : adjacent_5p upward
2254
- A11-A12 : adjacent_5p upward
2255
- A12-A13 : adjacent_5p upward
2256
- A13-A14 : adjacent_5p upward
2257
- A14-A15 : adjacent_5p upward
2258
- A15-A16 : adjacent_5p upward
2259
- A17-A18 : adjacent_5p upward
2260
- A19-A20 : adjacent_5p upward
2261
- A25-A26 : adjacent_5p upward
2262
- A26-A27 : adjacent_5p upward
2263
- A27-A28 : adjacent_5p upward
2264
- A28-A29 : adjacent_5p upward
2265
- A29-A30 : adjacent_5p upward
2266
- A30-A31 : adjacent_5p upward
2267
- A31-A32 : adjacent_5p upward
2268
- A36-A37 : adjacent_5p upward
2269
- A38-A39 : adjacent_5p upward
2270
- A39-A40 : adjacent_5p upward
2271
- A41-A42 : adjacent_5p upward
2272
- A42-A43 : adjacent_5p upward
2273
- A43-A44 : adjacent_5p inward
2274
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2275
- Number of stackings = 25
2276
- Number of adjacent stackings = 25
2277
- Number of non adjacent stackings = 0
2278
- Base-pairs ------------------------------------------------------
2279
- A1-A17 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2280
- A2-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2281
- A3-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2282
- A4-A14 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2283
- A5-A13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2284
- A7-A9 : U-A Hh/O2P pairing
2285
- A7-A10 : U-A Ww/O2P pairing
2286
- A18-A32 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2287
- A19-A31 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2288
- A19-A35 : C-A Ws/Wh pairing parallel trans one_hbond 79
2289
- A20-A30 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2290
- A20-A35 : C-A Bs/Bs O2'/Ss pairing parallel cis one_hbond
2291
- A21-A37 : C-C Ss/Hw O2'/Bh pairing parallel trans one_hbond
2292
- A22-A24 : U-U Hh/O2P pairing
2293
- A24-A25 : U-U Hh/Hw adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
2294
- A25-A40 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2295
- A26-A39 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2296
- A27-A38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2297
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2298
- A29-A36 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1a9l_MC DELETED
@@ -1,1086 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A1 : G C3p_endo anti
3
- A2 : G C3p_endo anti
4
- A3 : G C3p_endo anti
5
- A4 : U C3p_endo anti
6
- A5 : G C3p_endo anti
7
- A6 : A C2p_endo anti
8
- A7 : C C3p_endo anti
9
- A8 : U C3p_endo anti
10
- A9 : C C3p_endo anti
11
- A10 : C C3p_endo anti
12
- A11 : A C2p_exo anti
13
- A12 : G C1p_exo anti
14
- A13 : A C2p_endo anti
15
- A14 : G C3p_endo anti
16
- A15 : G C3p_endo anti
17
- A16 : U C3p_endo anti
18
- A17 : C C3p_endo anti
19
- A18 : G C3p_endo anti
20
- A19 : A C4p_exo anti
21
- A20 : G C3p_endo anti
22
- A21 : A C2p_exo anti
23
- A22 : G C3p_endo anti
24
- A23 : A C3p_endo anti
25
- A24 : C C3p_endo anti
26
- A25 : C C3p_exo anti
27
- A26 : G C2p_exo anti
28
- A27 : G C2p_exo anti
29
- A28 : A C3p_endo anti
30
- A29 : G C3p_endo anti
31
- A30 : A C3p_endo anti
32
- A31 : U C4p_exo anti
33
- A32 : A C2p_endo anti
34
- A33 : U C3p_endo anti
35
- A34 : C C3p_endo anti
36
- A35 : A C3p_endo anti
37
- A36 : C C3p_endo anti
38
- A37 : C C3p_endo anti
39
- A38 : C C3p_endo anti
40
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
41
- A1-A2 : adjacent_5p upward
42
- A2-A3 : adjacent_5p upward
43
- A3-A4 : adjacent_5p upward
44
- A4-A5 : adjacent_5p upward
45
- A5-A6 : adjacent_5p upward
46
- A9-A10 : adjacent_5p upward
47
- A14-A15 : adjacent_5p upward
48
- A15-A16 : adjacent_5p upward
49
- A16-A17 : adjacent_5p upward
50
- A17-A18 : adjacent_5p upward
51
- A19-A20 : adjacent_5p upward pairing
52
- A20-A21 : adjacent_5p upward
53
- A22-A23 : adjacent_5p upward
54
- A23-A24 : adjacent_5p upward
55
- A24-A25 : adjacent_5p upward
56
- A26-A27 : adjacent_5p upward
57
- A27-A28 : adjacent_5p upward
58
- A28-A29 : adjacent_5p upward
59
- A29-A30 : adjacent_5p upward
60
- A30-A31 : adjacent_5p upward
61
- A32-A33 : adjacent_5p upward
62
- A34-A35 : adjacent_5p upward
63
- A35-A36 : adjacent_5p upward
64
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
65
- A5-A35 : outward
66
- A11-A26 : outward
67
- A18-A22 : outward
68
- Number of stackings = 26
69
- Number of adjacent stackings = 23
70
- Number of non adjacent stackings = 3
71
- Base-pairs ------------------------------------------------------
72
- A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
73
- A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
74
- A3-A36 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
75
- A4-A35 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
76
- A5-A34 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
77
- A6-A33 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
78
- A7-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
79
- A8-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
80
- A9-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
81
- A10-A26 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
82
- A11-A12 : A-G O2'/C8 adjacent_5p pairing
83
- A13-A14 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
84
- A13-A26 : A-G Ww/O2' pairing
85
- A14-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
86
- A14-A26 : G-G Bs/O2' pairing
87
- A15-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
88
- A16-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
89
- A17-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
90
- A18-A20 : G-G O2'/Hh pairing
91
- A19-A20 : A-G O2P/Hh adjacent_5p upward pairing
92
- A31-A32 : U-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
93
- Residue conformations -------------------------------------------
94
- A1 : G C3p_endo anti
95
- A2 : G C3p_endo anti
96
- A3 : G C3p_endo anti
97
- A4 : U C3p_endo anti
98
- A5 : G C3p_endo anti
99
- A6 : A C2p_endo anti
100
- A7 : C C3p_endo anti
101
- A8 : U C3p_endo anti
102
- A9 : C C3p_endo anti
103
- A10 : C C3p_endo anti
104
- A11 : A C3p_endo anti
105
- A12 : G C1p_exo syn
106
- A13 : A C2p_endo anti
107
- A14 : G C2p_exo anti
108
- A15 : G C3p_endo anti
109
- A16 : U C3p_endo anti
110
- A17 : C C3p_endo anti
111
- A18 : G C3p_endo anti
112
- A19 : A C4p_exo anti
113
- A20 : G C3p_endo anti
114
- A21 : A C2p_exo anti
115
- A22 : G C3p_endo anti
116
- A23 : A C3p_endo anti
117
- A24 : C C3p_endo anti
118
- A25 : C C3p_exo anti
119
- A26 : G C2p_exo anti
120
- A27 : G C3p_endo anti
121
- A28 : A C3p_endo anti
122
- A29 : G C3p_endo anti
123
- A30 : A C3p_endo anti
124
- A31 : U C3p_exo anti
125
- A32 : A C4p_exo anti
126
- A33 : U C3p_endo anti
127
- A34 : C C3p_endo anti
128
- A35 : A C3p_endo anti
129
- A36 : C C3p_endo anti
130
- A37 : C C3p_endo anti
131
- A38 : C C3p_endo anti
132
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
133
- A1-A2 : adjacent_5p upward
134
- A2-A3 : adjacent_5p upward
135
- A3-A4 : adjacent_5p upward
136
- A5-A6 : adjacent_5p upward
137
- A8-A9 : adjacent_5p upward
138
- A14-A15 : adjacent_5p upward
139
- A15-A16 : adjacent_5p upward
140
- A16-A17 : adjacent_5p upward
141
- A17-A18 : adjacent_5p upward
142
- A19-A20 : adjacent_5p upward pairing
143
- A20-A21 : adjacent_5p upward
144
- A22-A23 : adjacent_5p upward
145
- A23-A24 : adjacent_5p upward
146
- A24-A25 : adjacent_5p upward
147
- A26-A27 : adjacent_5p upward
148
- A27-A28 : adjacent_5p upward
149
- A28-A29 : adjacent_5p upward
150
- A29-A30 : adjacent_5p upward
151
- A32-A33 : adjacent_5p upward
152
- A33-A34 : adjacent_5p upward
153
- A34-A35 : adjacent_5p upward
154
- A35-A36 : adjacent_5p upward
155
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
156
- A5-A35 : outward
157
- A10-A27 : outward
158
- A18-A22 : outward
159
- Number of stackings = 25
160
- Number of adjacent stackings = 22
161
- Number of non adjacent stackings = 3
162
- Base-pairs ------------------------------------------------------
163
- A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
164
- A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
165
- A3-A36 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
166
- A4-A35 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
167
- A5-A34 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
168
- A6-A33 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
169
- A7-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
170
- A7-A32 : C-A Ss/Wh O2'/Ww pairing parallel trans one_hbond 76
171
- A8-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
172
- A9-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
173
- A10-A26 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
174
- A12-A13 : G-A O2'/Ss adjacent_5p pairing
175
- A13-A14 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
176
- A13-A26 : A-G Ww/O2' pairing
177
- A14-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
178
- A14-A26 : G-G Bs/O2' pairing
179
- A15-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
180
- A16-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
181
- A17-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
182
- A18-A20 : G-G O2'/Hh pairing
183
- A19-A20 : A-G O2P/Hh adjacent_5p upward pairing
184
- A30-A31 : A-U O2'/Hh adjacent_5p pairing
185
- Residue conformations -------------------------------------------
186
- A1 : G C3p_endo anti
187
- A2 : G C3p_endo anti
188
- A3 : G C3p_endo anti
189
- A4 : U C3p_endo anti
190
- A5 : G C3p_endo anti
191
- A6 : A C2p_endo anti
192
- A7 : C C3p_endo anti
193
- A8 : U C3p_endo anti
194
- A9 : C C3p_endo anti
195
- A10 : C C3p_endo anti
196
- A11 : A C2p_exo anti
197
- A12 : G C1p_exo anti
198
- A13 : A C2p_endo anti
199
- A14 : G C3p_endo anti
200
- A15 : G C3p_endo anti
201
- A16 : U C3p_endo anti
202
- A17 : C C3p_endo anti
203
- A18 : G C4p_exo anti
204
- A19 : A C3p_exo anti
205
- A20 : G C3p_endo anti
206
- A21 : A C3p_endo anti
207
- A22 : G C3p_endo anti
208
- A23 : A C3p_endo anti
209
- A24 : C C3p_endo anti
210
- A25 : C C3p_endo anti
211
- A26 : G C4p_endo anti
212
- A27 : G C3p_endo anti
213
- A28 : A C3p_endo anti
214
- A29 : G C3p_endo anti
215
- A30 : A C3p_endo anti
216
- A31 : U C3p_endo anti
217
- A32 : A C2p_endo syn
218
- A33 : U C3p_endo anti
219
- A34 : C C3p_endo anti
220
- A35 : A C3p_endo anti
221
- A36 : C C3p_endo anti
222
- A37 : C C3p_endo anti
223
- A38 : C C3p_endo anti
224
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
225
- A1-A2 : adjacent_5p upward
226
- A2-A3 : adjacent_5p upward
227
- A3-A4 : adjacent_5p upward
228
- A5-A6 : adjacent_5p upward
229
- A13-A14 : adjacent_5p upward pairing
230
- A14-A15 : adjacent_5p upward
231
- A15-A16 : adjacent_5p upward
232
- A16-A17 : adjacent_5p upward
233
- A17-A18 : adjacent_5p upward
234
- A20-A21 : adjacent_5p outward
235
- A22-A23 : adjacent_5p upward
236
- A23-A24 : adjacent_5p upward
237
- A24-A25 : adjacent_5p upward
238
- A26-A27 : adjacent_5p upward
239
- A27-A28 : adjacent_5p upward
240
- A28-A29 : adjacent_5p upward
241
- A29-A30 : adjacent_5p upward
242
- A32-A33 : adjacent_5p upward
243
- A35-A36 : adjacent_5p upward
244
- A37-A38 : adjacent_5p upward
245
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
246
- A5-A35 : outward
247
- A9-A28 : outward
248
- A11-A26 : outward
249
- A18-A22 : outward
250
- Number of stackings = 24
251
- Number of adjacent stackings = 20
252
- Number of non adjacent stackings = 4
253
- Base-pairs ------------------------------------------------------
254
- A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
255
- A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
256
- A3-A36 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
257
- A4-A35 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
258
- A5-A34 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
259
- A6-A33 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
260
- A7-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
261
- A7-A32 : C-A O2'/Ww pairing
262
- A8-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
263
- A9-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
264
- A10-A26 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
265
- A12-A13 : G-A O2'/Ss adjacent_5p pairing
266
- A12-A14 : G-G Ww/O2' pairing
267
- A13-A14 : A-G O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
268
- A13-A26 : A-G Wh/Ss Ww/O2' pairing parallel cis one_hbond
269
- A14-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
270
- A14-A26 : G-G Ws/O2' pairing
271
- A14-A27 : G-G Ws/O2P pairing
272
- A15-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
273
- A16-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
274
- A17-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
275
- A18-A20 : G-G O2'/Hh pairing
276
- Residue conformations -------------------------------------------
277
- A1 : G C3p_endo anti
278
- A2 : G C3p_endo anti
279
- A3 : G C3p_endo anti
280
- A4 : U C3p_endo anti
281
- A5 : G C3p_endo anti
282
- A6 : A C2p_endo anti
283
- A7 : C C3p_endo anti
284
- A8 : U C3p_endo anti
285
- A9 : C C3p_endo anti
286
- A10 : C C3p_endo anti
287
- A11 : A C2p_exo anti
288
- A12 : G C1p_exo anti
289
- A13 : A C2p_endo anti
290
- A14 : G C3p_endo anti
291
- A15 : G C3p_endo anti
292
- A16 : U C3p_endo anti
293
- A17 : C C3p_endo anti
294
- A18 : G C3p_exo anti
295
- A19 : A C4p_exo anti
296
- A20 : G C4p_exo anti
297
- A21 : A C3p_endo anti
298
- A22 : G C3p_endo anti
299
- A23 : A C3p_endo anti
300
- A24 : C C3p_endo anti
301
- A25 : C C3p_exo anti
302
- A26 : G C2p_exo anti
303
- A27 : G C2p_exo anti
304
- A28 : A C3p_endo anti
305
- A29 : G C3p_endo anti
306
- A30 : A C3p_endo anti
307
- A31 : U C3p_endo anti
308
- A32 : A C4p_exo anti
309
- A33 : U C3p_endo anti
310
- A34 : C C3p_endo anti
311
- A35 : A C3p_endo anti
312
- A36 : C C3p_endo anti
313
- A37 : C C3p_endo anti
314
- A38 : C C3p_endo anti
315
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
316
- A1-A2 : adjacent_5p upward
317
- A2-A3 : adjacent_5p upward
318
- A3-A4 : adjacent_5p upward
319
- A5-A6 : adjacent_5p upward
320
- A7-A8 : adjacent_5p upward
321
- A9-A10 : adjacent_5p upward
322
- A14-A15 : adjacent_5p upward
323
- A15-A16 : adjacent_5p upward
324
- A16-A17 : adjacent_5p upward
325
- A17-A18 : adjacent_5p upward
326
- A22-A23 : adjacent_5p upward
327
- A23-A24 : adjacent_5p upward
328
- A24-A25 : adjacent_5p upward
329
- A27-A28 : adjacent_5p upward
330
- A28-A29 : adjacent_5p upward
331
- A29-A30 : adjacent_5p upward
332
- A32-A33 : adjacent_5p upward
333
- A34-A35 : adjacent_5p upward
334
- A35-A36 : adjacent_5p upward
335
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
336
- A5-A35 : outward
337
- A8-A29 : outward
338
- A9-A28 : outward
339
- A11-A26 : outward
340
- A18-A22 : outward
341
- Number of stackings = 24
342
- Number of adjacent stackings = 19
343
- Number of non adjacent stackings = 5
344
- Base-pairs ------------------------------------------------------
345
- A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
346
- A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
347
- A3-A36 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
348
- A4-A35 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
349
- A5-A34 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
350
- A6-A33 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
351
- A7-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
352
- A8-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
353
- A9-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
354
- A10-A26 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
355
- A13-A14 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
356
- A13-A26 : A-G Wh/Ss Ww/O2' pairing parallel trans one_hbond
357
- A14-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
358
- A14-A26 : G-G Bs/O2' pairing
359
- A15-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
360
- A16-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
361
- A17-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
362
- A18-A21 : G-A O2'/Bh pairing
363
- A20-A21 : G-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
364
- Residue conformations -------------------------------------------
365
- A1 : G C3p_endo anti
366
- A2 : G C3p_endo anti
367
- A3 : G C3p_endo anti
368
- A4 : U C3p_endo anti
369
- A5 : G C3p_endo anti
370
- A6 : A C2p_endo anti
371
- A7 : C C3p_endo anti
372
- A8 : U C3p_endo anti
373
- A9 : C C3p_endo anti
374
- A10 : C C3p_endo anti
375
- A11 : A C3p_endo anti
376
- A12 : G C1p_exo anti
377
- A13 : A C3p_exo anti
378
- A14 : G C3p_endo anti
379
- A15 : G C3p_endo anti
380
- A16 : U C3p_endo anti
381
- A17 : C C3p_endo anti
382
- A18 : G C4p_exo anti
383
- A19 : A C3p_endo anti
384
- A20 : G C2p_exo anti
385
- A21 : A C3p_endo anti
386
- A22 : G C3p_endo anti
387
- A23 : A C3p_endo anti
388
- A24 : C C3p_endo anti
389
- A25 : C C3p_exo anti
390
- A26 : G C2p_exo anti
391
- A27 : G C2p_exo anti
392
- A28 : A C3p_endo anti
393
- A29 : G C3p_endo anti
394
- A30 : A C3p_endo anti
395
- A31 : U C3p_endo anti
396
- A32 : A C4p_exo anti
397
- A33 : U C3p_endo anti
398
- A34 : C C3p_endo anti
399
- A35 : A C3p_endo anti
400
- A36 : C C3p_endo anti
401
- A37 : C C3p_endo anti
402
- A38 : C C3p_endo anti
403
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
404
- A1-A2 : adjacent_5p upward
405
- A2-A3 : adjacent_5p upward
406
- A3-A4 : adjacent_5p upward
407
- A4-A5 : adjacent_5p upward
408
- A5-A6 : adjacent_5p upward
409
- A7-A8 : adjacent_5p upward
410
- A9-A10 : adjacent_5p upward
411
- A14-A15 : adjacent_5p upward
412
- A15-A16 : adjacent_5p upward
413
- A16-A17 : adjacent_5p upward
414
- A17-A18 : adjacent_5p upward
415
- A20-A21 : adjacent_5p outward
416
- A22-A23 : adjacent_5p upward
417
- A23-A24 : adjacent_5p upward
418
- A24-A25 : adjacent_5p upward
419
- A26-A27 : adjacent_5p upward
420
- A27-A28 : adjacent_5p upward
421
- A28-A29 : adjacent_5p upward
422
- A29-A30 : adjacent_5p upward
423
- A32-A33 : adjacent_5p upward
424
- A34-A35 : adjacent_5p upward
425
- A35-A36 : adjacent_5p upward
426
- A36-A37 : adjacent_5p upward
427
- A37-A38 : adjacent_5p upward
428
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
429
- A5-A35 : outward
430
- A11-A26 : outward
431
- A18-A20 : upward pairing
432
- A18-A22 : outward
433
- Number of stackings = 28
434
- Number of adjacent stackings = 24
435
- Number of non adjacent stackings = 4
436
- Base-pairs ------------------------------------------------------
437
- A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
438
- A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
439
- A3-A36 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
440
- A4-A35 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
441
- A5-A34 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
442
- A6-A33 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
443
- A7-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
444
- A7-A32 : C-A O2'/Ww pairing
445
- A8-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
446
- A9-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
447
- A10-A26 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
448
- A13-A14 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
449
- A13-A26 : A-G Ww/O2' pairing
450
- A14-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
451
- A14-A26 : G-G Bs/O2' pairing
452
- A15-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
453
- A16-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
454
- A17-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
455
- A18-A20 : G-G O2'/Hh upward pairing
456
- A19-A20 : A-G O2P/Hh adjacent_5p pairing
457
- A31-A32 : U-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
458
- Residue conformations -------------------------------------------
459
- A1 : G C3p_endo anti
460
- A2 : G C3p_endo anti
461
- A3 : G C3p_endo anti
462
- A4 : U C3p_endo anti
463
- A5 : G C3p_endo anti
464
- A6 : A C2p_endo anti
465
- A7 : C C3p_endo anti
466
- A8 : U C3p_endo anti
467
- A9 : C C3p_endo anti
468
- A10 : C C3p_endo anti
469
- A11 : A C3p_endo anti
470
- A12 : G C1p_exo anti
471
- A13 : A C3p_exo anti
472
- A14 : G C3p_endo anti
473
- A15 : G C3p_endo anti
474
- A16 : U C3p_endo anti
475
- A17 : C C3p_endo anti
476
- A18 : G C3p_endo anti
477
- A19 : A C3p_endo anti
478
- A20 : G C3p_endo anti
479
- A21 : A C2p_exo anti
480
- A22 : G C3p_endo anti
481
- A23 : A C3p_endo anti
482
- A24 : C C3p_endo anti
483
- A25 : C C3p_exo anti
484
- A26 : G C3p_endo anti
485
- A27 : G C3p_endo anti
486
- A28 : A C3p_endo anti
487
- A29 : G C3p_endo anti
488
- A30 : A C3p_endo anti
489
- A31 : U C2p_endo anti
490
- A32 : A C3p_exo anti
491
- A33 : U C3p_endo anti
492
- A34 : C C3p_endo anti
493
- A35 : A C3p_endo anti
494
- A36 : C C3p_endo anti
495
- A37 : C C3p_endo anti
496
- A38 : C C3p_endo anti
497
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
498
- A1-A2 : adjacent_5p upward
499
- A2-A3 : adjacent_5p upward
500
- A3-A4 : adjacent_5p upward
501
- A4-A5 : adjacent_5p upward
502
- A5-A6 : adjacent_5p upward
503
- A9-A10 : adjacent_5p upward
504
- A14-A15 : adjacent_5p upward
505
- A15-A16 : adjacent_5p upward
506
- A16-A17 : adjacent_5p upward
507
- A17-A18 : adjacent_5p upward
508
- A19-A20 : adjacent_5p upward
509
- A20-A21 : adjacent_5p upward
510
- A22-A23 : adjacent_5p upward
511
- A23-A24 : adjacent_5p upward
512
- A26-A27 : adjacent_5p upward
513
- A27-A28 : adjacent_5p upward
514
- A28-A29 : adjacent_5p upward
515
- A29-A30 : adjacent_5p upward
516
- A32-A33 : adjacent_5p upward
517
- A34-A35 : adjacent_5p upward
518
- A35-A36 : adjacent_5p upward
519
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
520
- A5-A35 : outward
521
- A8-A29 : outward
522
- A9-A28 : outward
523
- A18-A22 : outward
524
- Number of stackings = 25
525
- Number of adjacent stackings = 21
526
- Number of non adjacent stackings = 4
527
- Base-pairs ------------------------------------------------------
528
- A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
529
- A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
530
- A3-A36 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
531
- A4-A35 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
532
- A5-A34 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
533
- A6-A33 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
534
- A7-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
535
- A8-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
536
- A9-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
537
- A10-A26 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
538
- A13-A14 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
539
- A14-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
540
- A14-A26 : G-G Bs/O2' pairing
541
- A15-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
542
- A16-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
543
- A17-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
544
- A18-A20 : G-G O2'/Hh pairing
545
- A30-A31 : A-U O2'/Hh adjacent_5p pairing
546
- A31-A32 : U-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
547
- Residue conformations -------------------------------------------
548
- A1 : G C3p_endo anti
549
- A2 : G C3p_endo anti
550
- A3 : G C3p_endo anti
551
- A4 : U C3p_endo anti
552
- A5 : G C3p_endo anti
553
- A6 : A C2p_endo anti
554
- A7 : C C3p_endo anti
555
- A8 : U C3p_endo anti
556
- A9 : C C3p_endo anti
557
- A10 : C C3p_endo anti
558
- A11 : A C2p_exo anti
559
- A12 : G C3p_exo syn
560
- A13 : A C2p_endo anti
561
- A14 : G C2p_exo anti
562
- A15 : G C3p_endo anti
563
- A16 : U C3p_endo anti
564
- A17 : C C3p_endo anti
565
- A18 : G C3p_endo anti
566
- A19 : A C3p_endo anti
567
- A20 : G C3p_endo anti
568
- A21 : A C2p_exo anti
569
- A22 : G C3p_endo anti
570
- A23 : A C3p_endo anti
571
- A24 : C C3p_endo anti
572
- A25 : C C3p_exo anti
573
- A26 : G C2p_exo anti
574
- A27 : G C2p_exo anti
575
- A28 : A C3p_endo anti
576
- A29 : G C3p_endo anti
577
- A30 : A C3p_endo anti
578
- A31 : U C2p_endo anti
579
- A32 : A C3p_exo anti
580
- A33 : U C3p_endo anti
581
- A34 : C C3p_endo anti
582
- A35 : A C3p_endo anti
583
- A36 : C C3p_endo anti
584
- A37 : C C3p_endo anti
585
- A38 : C C3p_endo anti
586
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
587
- A1-A2 : adjacent_5p upward
588
- A2-A3 : adjacent_5p upward
589
- A3-A4 : adjacent_5p upward
590
- A4-A5 : adjacent_5p upward
591
- A5-A6 : adjacent_5p upward
592
- A7-A8 : adjacent_5p upward
593
- A8-A9 : adjacent_5p upward
594
- A9-A10 : adjacent_5p upward
595
- A14-A15 : adjacent_5p upward
596
- A15-A16 : adjacent_5p upward
597
- A16-A17 : adjacent_5p upward
598
- A17-A18 : adjacent_5p upward
599
- A19-A20 : adjacent_5p upward
600
- A20-A21 : adjacent_5p upward
601
- A22-A23 : adjacent_5p upward
602
- A23-A24 : adjacent_5p upward
603
- A27-A28 : adjacent_5p upward
604
- A28-A29 : adjacent_5p upward
605
- A29-A30 : adjacent_5p upward
606
- A32-A33 : adjacent_5p upward
607
- A33-A34 : adjacent_5p upward
608
- A34-A35 : adjacent_5p upward
609
- A35-A36 : adjacent_5p upward
610
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
611
- A5-A35 : outward
612
- A8-A29 : outward
613
- A18-A22 : outward
614
- Number of stackings = 26
615
- Number of adjacent stackings = 23
616
- Number of non adjacent stackings = 3
617
- Base-pairs ------------------------------------------------------
618
- A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
619
- A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
620
- A3-A36 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
621
- A4-A35 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
622
- A5-A34 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
623
- A6-A33 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
624
- A7-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
625
- A8-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
626
- A9-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
627
- A10-A26 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
628
- A12-A13 : G-A O2'/Ss adjacent_5p pairing
629
- A13-A14 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
630
- A14-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
631
- A14-A26 : G-G Bs/O2' pairing
632
- A15-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
633
- A16-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
634
- A17-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
635
- A18-A20 : G-G O2'/Hh pairing
636
- A30-A31 : A-U O2'/Hh adjacent_5p pairing
637
- A31-A32 : U-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
638
- Residue conformations -------------------------------------------
639
- A1 : G C3p_endo anti
640
- A2 : G C3p_endo anti
641
- A3 : G C3p_endo anti
642
- A4 : U C3p_endo anti
643
- A5 : G C3p_endo anti
644
- A6 : A C2p_endo anti
645
- A7 : C C3p_endo anti
646
- A8 : U C3p_endo anti
647
- A9 : C C3p_endo anti
648
- A10 : C C3p_endo anti
649
- A11 : A C3p_endo anti
650
- A12 : G C1p_exo anti
651
- A13 : A C3p_exo anti
652
- A14 : G C3p_endo anti
653
- A15 : G C3p_endo anti
654
- A16 : U C3p_endo anti
655
- A17 : C C3p_endo anti
656
- A18 : G C4p_exo anti
657
- A19 : A C3p_endo anti
658
- A20 : G C2p_exo anti
659
- A21 : A C3p_endo anti
660
- A22 : G C3p_endo anti
661
- A23 : A C3p_endo anti
662
- A24 : C C3p_endo anti
663
- A25 : C C3p_exo anti
664
- A26 : G C2p_exo anti
665
- A27 : G C3p_endo anti
666
- A28 : A C3p_endo anti
667
- A29 : G C3p_endo anti
668
- A30 : A C3p_endo anti
669
- A31 : U C3p_endo anti
670
- A32 : A C4p_exo anti
671
- A33 : U C3p_endo anti
672
- A34 : C C3p_endo anti
673
- A35 : A C3p_endo anti
674
- A36 : C C3p_endo anti
675
- A37 : C C3p_endo anti
676
- A38 : C C3p_endo anti
677
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
678
- A1-A2 : adjacent_5p upward
679
- A2-A3 : adjacent_5p upward
680
- A3-A4 : adjacent_5p upward
681
- A5-A6 : adjacent_5p upward
682
- A9-A10 : adjacent_5p upward
683
- A14-A15 : adjacent_5p upward
684
- A15-A16 : adjacent_5p upward
685
- A16-A17 : adjacent_5p upward
686
- A17-A18 : adjacent_5p upward
687
- A22-A23 : adjacent_5p upward
688
- A23-A24 : adjacent_5p upward
689
- A24-A25 : adjacent_5p upward
690
- A26-A27 : adjacent_5p upward
691
- A27-A28 : adjacent_5p upward
692
- A28-A29 : adjacent_5p upward
693
- A29-A30 : adjacent_5p upward
694
- A32-A33 : adjacent_5p upward
695
- A33-A34 : adjacent_5p upward
696
- A35-A36 : adjacent_5p upward
697
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
698
- A5-A35 : outward
699
- A9-A28 : outward
700
- A11-A26 : outward
701
- A18-A20 : upward pairing
702
- A18-A22 : outward
703
- Number of stackings = 24
704
- Number of adjacent stackings = 19
705
- Number of non adjacent stackings = 5
706
- Base-pairs ------------------------------------------------------
707
- A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
708
- A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
709
- A3-A36 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
710
- A4-A35 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
711
- A5-A34 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
712
- A6-A33 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
713
- A7-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
714
- A8-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
715
- A9-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
716
- A10-A26 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
717
- A12-A14 : G-G Hh/O2' pairing
718
- A13-A14 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
719
- A14-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
720
- A14-A26 : G-G Bs/O2' pairing
721
- A15-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
722
- A16-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
723
- A17-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
724
- A18-A20 : G-G O2'/Hh upward pairing
725
- A19-A20 : A-G O2P/Hh adjacent_5p pairing
726
- A31-A32 : U-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
727
- Residue conformations -------------------------------------------
728
- A1 : G C3p_endo anti
729
- A2 : G C3p_endo anti
730
- A3 : G C3p_endo anti
731
- A4 : U C3p_endo anti
732
- A5 : G C3p_endo anti
733
- A6 : A C2p_endo anti
734
- A7 : C C3p_endo anti
735
- A8 : U C3p_endo anti
736
- A9 : C C3p_endo anti
737
- A10 : C C3p_endo anti
738
- A11 : A C2p_exo anti
739
- A12 : G C1p_exo syn
740
- A13 : A C3p_exo anti
741
- A14 : G C3p_endo anti
742
- A15 : G C3p_endo anti
743
- A16 : U C3p_endo anti
744
- A17 : C C3p_endo anti
745
- A18 : G C4p_exo anti
746
- A19 : A C4p_exo anti
747
- A20 : G C3p_endo anti
748
- A21 : A C3p_endo anti
749
- A22 : G C3p_endo anti
750
- A23 : A C3p_endo anti
751
- A24 : C C3p_endo anti
752
- A25 : C C3p_exo anti
753
- A26 : G C3p_endo anti
754
- A27 : G C3p_endo anti
755
- A28 : A C3p_endo anti
756
- A29 : G C3p_endo anti
757
- A30 : A C3p_endo anti
758
- A31 : U C3p_endo anti
759
- A32 : A C3p_exo syn
760
- A33 : U C3p_endo anti
761
- A34 : C C3p_endo anti
762
- A35 : A C3p_endo anti
763
- A36 : C C3p_endo anti
764
- A37 : C C3p_endo anti
765
- A38 : C C3p_endo anti
766
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
767
- A1-A2 : adjacent_5p upward
768
- A2-A3 : adjacent_5p upward
769
- A3-A4 : adjacent_5p upward
770
- A5-A6 : adjacent_5p upward
771
- A14-A15 : adjacent_5p upward
772
- A15-A16 : adjacent_5p upward
773
- A16-A17 : adjacent_5p upward
774
- A17-A18 : adjacent_5p upward
775
- A19-A20 : adjacent_5p upward pairing
776
- A20-A21 : adjacent_5p upward
777
- A22-A23 : adjacent_5p upward
778
- A23-A24 : adjacent_5p upward
779
- A24-A25 : adjacent_5p upward
780
- A26-A27 : adjacent_5p upward
781
- A27-A28 : adjacent_5p upward
782
- A28-A29 : adjacent_5p upward
783
- A29-A30 : adjacent_5p upward
784
- A32-A33 : adjacent_5p upward
785
- A34-A35 : adjacent_5p upward
786
- A35-A36 : adjacent_5p upward
787
- A36-A37 : adjacent_5p upward
788
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
789
- A5-A35 : outward
790
- A9-A28 : outward
791
- A11-A26 : outward
792
- A18-A22 : outward
793
- Number of stackings = 25
794
- Number of adjacent stackings = 21
795
- Number of non adjacent stackings = 4
796
- Base-pairs ------------------------------------------------------
797
- A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
798
- A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
799
- A3-A36 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
800
- A4-A35 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
801
- A5-A34 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
802
- A6-A33 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
803
- A7-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
804
- A8-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
805
- A9-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
806
- A10-A26 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
807
- A12-A14 : G-G Hh/O2' pairing
808
- A13-A14 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
809
- A13-A26 : A-G Wh/Ss pairing parallel trans one_hbond
810
- A14-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
811
- A15-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
812
- A16-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
813
- A17-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
814
- A18-A20 : G-G O2'/Hh pairing
815
- A19-A20 : A-G O2P/Hh adjacent_5p upward pairing
816
- Residue conformations -------------------------------------------
817
- A1 : G C3p_endo anti
818
- A2 : G C3p_endo anti
819
- A3 : G C3p_endo anti
820
- A4 : U C3p_endo anti
821
- A5 : G C3p_endo anti
822
- A6 : A C2p_endo anti
823
- A7 : C C3p_endo anti
824
- A8 : U C3p_endo anti
825
- A9 : C C3p_endo anti
826
- A10 : C C3p_endo anti
827
- A11 : A C2p_exo anti
828
- A12 : G C1p_exo anti
829
- A13 : A C2p_endo anti
830
- A14 : G C3p_endo anti
831
- A15 : G C3p_endo anti
832
- A16 : U C3p_endo anti
833
- A17 : C C3p_endo anti
834
- A18 : G C3p_endo anti
835
- A19 : A C3p_endo anti
836
- A20 : G C3p_endo anti
837
- A21 : A C3p_endo anti
838
- A22 : G C3p_endo anti
839
- A23 : A C3p_endo anti
840
- A24 : C C3p_endo anti
841
- A25 : C C3p_exo anti
842
- A26 : G C2p_exo anti
843
- A27 : G C2p_exo anti
844
- A28 : A C3p_endo anti
845
- A29 : G C3p_endo anti
846
- A30 : A C3p_endo anti
847
- A31 : U C4p_exo anti
848
- A32 : A C4p_exo anti
849
- A33 : U C3p_endo anti
850
- A34 : C C3p_endo anti
851
- A35 : A C3p_endo anti
852
- A36 : C C3p_endo anti
853
- A37 : C C3p_endo anti
854
- A38 : C C3p_endo anti
855
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
856
- A1-A2 : adjacent_5p upward
857
- A2-A3 : adjacent_5p upward
858
- A3-A4 : adjacent_5p upward
859
- A5-A6 : adjacent_5p upward
860
- A7-A8 : adjacent_5p upward
861
- A9-A10 : adjacent_5p upward
862
- A14-A15 : adjacent_5p upward
863
- A15-A16 : adjacent_5p upward
864
- A16-A17 : adjacent_5p upward
865
- A17-A18 : adjacent_5p upward
866
- A19-A20 : adjacent_5p upward
867
- A20-A21 : adjacent_5p upward
868
- A22-A23 : adjacent_5p upward
869
- A23-A24 : adjacent_5p upward
870
- A24-A25 : adjacent_5p upward
871
- A26-A27 : adjacent_5p upward
872
- A27-A28 : adjacent_5p upward
873
- A28-A29 : adjacent_5p upward
874
- A29-A30 : adjacent_5p upward
875
- A31-A32 : adjacent_5p upward
876
- A32-A33 : adjacent_5p upward
877
- A33-A34 : adjacent_5p upward
878
- A35-A36 : adjacent_5p upward
879
- A36-A37 : adjacent_5p upward
880
- A37-A38 : adjacent_5p upward
881
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
882
- A5-A35 : outward
883
- A11-A26 : outward
884
- A18-A22 : outward
885
- Number of stackings = 28
886
- Number of adjacent stackings = 25
887
- Number of non adjacent stackings = 3
888
- Base-pairs ------------------------------------------------------
889
- A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
890
- A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
891
- A3-A36 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
892
- A4-A35 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
893
- A5-A34 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
894
- A6-A33 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
895
- A7-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
896
- A8-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
897
- A9-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
898
- A10-A26 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
899
- A12-A27 : G-G Hh/O2' pairing
900
- A13-A14 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
901
- A13-A26 : A-G Ww/O2' pairing
902
- A14-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
903
- A14-A26 : G-G Bs/O2' pairing
904
- A15-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
905
- A16-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
906
- A17-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
907
- A18-A20 : G-G O2'/Hh pairing
908
- A30-A32 : A-A O2'/Hh pairing
909
- Residue conformations -------------------------------------------
910
- A1 : G C3p_endo anti
911
- A2 : G C3p_endo anti
912
- A3 : G C3p_endo anti
913
- A4 : U C3p_endo anti
914
- A5 : G C3p_endo anti
915
- A6 : A C2p_endo anti
916
- A7 : C C3p_endo anti
917
- A8 : U C3p_endo anti
918
- A9 : C C3p_endo anti
919
- A10 : C C3p_endo anti
920
- A11 : A C2p_exo anti
921
- A12 : G C1p_exo anti
922
- A13 : A C2p_endo anti
923
- A14 : G C3p_endo anti
924
- A15 : G C3p_endo anti
925
- A16 : U C3p_endo anti
926
- A17 : C C3p_endo anti
927
- A18 : G C3p_endo anti
928
- A19 : A C3p_endo anti
929
- A20 : G C3p_endo anti
930
- A21 : A C2p_exo anti
931
- A22 : G C3p_endo anti
932
- A23 : A C3p_endo anti
933
- A24 : C C3p_endo anti
934
- A25 : C C3p_exo anti
935
- A26 : G C2p_exo anti
936
- A27 : G C2p_exo anti
937
- A28 : A C3p_endo anti
938
- A29 : G C3p_endo anti
939
- A30 : A C3p_endo anti
940
- A31 : U C3p_endo anti
941
- A32 : A C3p_exo syn
942
- A33 : U C3p_endo anti
943
- A34 : C C3p_endo anti
944
- A35 : A C3p_endo anti
945
- A36 : C C3p_endo anti
946
- A37 : C C3p_endo anti
947
- A38 : C C3p_endo anti
948
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
949
- A1-A2 : adjacent_5p upward
950
- A2-A3 : adjacent_5p upward
951
- A3-A4 : adjacent_5p upward
952
- A5-A6 : adjacent_5p upward
953
- A9-A10 : adjacent_5p upward
954
- A14-A15 : adjacent_5p upward
955
- A15-A16 : adjacent_5p upward
956
- A16-A17 : adjacent_5p upward
957
- A17-A18 : adjacent_5p upward
958
- A19-A20 : adjacent_5p upward
959
- A20-A21 : adjacent_5p upward
960
- A22-A23 : adjacent_5p upward
961
- A23-A24 : adjacent_5p upward
962
- A24-A25 : adjacent_5p upward
963
- A27-A28 : adjacent_5p upward
964
- A28-A29 : adjacent_5p upward
965
- A29-A30 : adjacent_5p upward
966
- A32-A33 : adjacent_5p upward
967
- A33-A34 : adjacent_5p upward
968
- A34-A35 : adjacent_5p upward
969
- A35-A36 : adjacent_5p upward
970
- A37-A38 : adjacent_5p upward
971
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
972
- A5-A35 : outward
973
- A7-A30 : outward
974
- A9-A28 : outward
975
- A11-A26 : outward
976
- A18-A22 : outward
977
- Number of stackings = 27
978
- Number of adjacent stackings = 22
979
- Number of non adjacent stackings = 5
980
- Base-pairs ------------------------------------------------------
981
- A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
982
- A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
983
- A3-A36 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
984
- A4-A35 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
985
- A5-A34 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
986
- A6-A33 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
987
- A7-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
988
- A8-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
989
- A9-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
990
- A10-A26 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
991
- A13-A14 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
992
- A13-A26 : A-G Ww/O2' pairing
993
- A14-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
994
- A14-A26 : G-G Bs/O2' pairing
995
- A15-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
996
- A16-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
997
- A17-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
998
- A18-A20 : G-G O2'/Hh pairing
999
- Residue conformations -------------------------------------------
1000
- A1 : G C3p_endo anti
1001
- A2 : G C3p_endo anti
1002
- A3 : G C3p_endo anti
1003
- A4 : U C3p_endo anti
1004
- A5 : G C3p_endo anti
1005
- A6 : A C2p_endo anti
1006
- A7 : C C3p_endo anti
1007
- A8 : U C3p_endo anti
1008
- A9 : C C3p_endo anti
1009
- A10 : C C3p_endo anti
1010
- A11 : A C3p_endo anti
1011
- A12 : G C1p_exo syn
1012
- A13 : A C2p_endo anti
1013
- A14 : G C2p_exo anti
1014
- A15 : G C3p_endo anti
1015
- A16 : U C3p_endo anti
1016
- A17 : C C3p_endo anti
1017
- A18 : G C3p_endo anti
1018
- A19 : A C3p_endo anti
1019
- A20 : G C3p_endo anti
1020
- A21 : A C3p_endo anti
1021
- A22 : G C3p_endo anti
1022
- A23 : A C3p_endo anti
1023
- A24 : C C3p_endo anti
1024
- A25 : C C3p_exo anti
1025
- A26 : G C2p_exo anti
1026
- A27 : G C3p_endo anti
1027
- A28 : A C3p_endo anti
1028
- A29 : G C3p_endo anti
1029
- A30 : A C3p_endo anti
1030
- A31 : U C4p_exo anti
1031
- A32 : A C4p_exo anti
1032
- A33 : U C3p_endo anti
1033
- A34 : C C3p_endo anti
1034
- A35 : A C3p_endo anti
1035
- A36 : C C3p_endo anti
1036
- A37 : C C3p_endo anti
1037
- A38 : C C3p_endo anti
1038
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1039
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1040
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1041
- A3-A4 : adjacent_5p upward
1042
- A5-A6 : adjacent_5p upward
1043
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1044
- A14-A15 : adjacent_5p upward
1045
- A15-A16 : adjacent_5p upward
1046
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1047
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1048
- A19-A20 : adjacent_5p upward
1049
- A20-A21 : adjacent_5p upward
1050
- A22-A23 : adjacent_5p upward
1051
- A23-A24 : adjacent_5p upward
1052
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1053
- A27-A28 : adjacent_5p upward
1054
- A28-A29 : adjacent_5p upward
1055
- A29-A30 : adjacent_5p upward
1056
- A31-A32 : adjacent_5p upward
1057
- A32-A33 : adjacent_5p upward
1058
- A33-A34 : adjacent_5p upward
1059
- A35-A36 : adjacent_5p upward
1060
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1061
- A5-A35 : outward
1062
- A7-A30 : outward
1063
- A18-A22 : outward
1064
- Number of stackings = 24
1065
- Number of adjacent stackings = 21
1066
- Number of non adjacent stackings = 3
1067
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1068
- A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1069
- A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1070
- A3-A36 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1071
- A4-A35 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1072
- A5-A34 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1073
- A6-A33 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1074
- A7-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1075
- A8-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1076
- A9-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1077
- A10-A26 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1078
- A12-A13 : G-A O2'/Ss adjacent_5p pairing
1079
- A13-A14 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
1080
- A13-A26 : A-G Ww/O2' pairing
1081
- A14-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1082
- A14-A26 : G-G Bs/O2' pairing
1083
- A15-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1084
- A16-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1085
- A17-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1086
- A18-A20 : G-G O2'/Hh pairing
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1a9n_MC DELETED
@@ -1,621 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- Q0 : C C3p_endo anti
3
- Q1 : C C3p_endo anti
4
- Q2 : U C1p_endo anti
5
- Q3 : G C2p_exo anti
6
- Q4 : G C3p_endo anti
7
- Q5 : U C3p_endo anti
8
- Q6 : A C3p_endo anti
9
- Q7 : U C3p_endo anti
10
- Q8 : U C2p_endo anti
11
- Q9 : G C3p_endo anti
12
- Q10 : C C3p_exo anti
13
- Q11 : A C3p_endo anti
14
- Q12 : G C2p_endo syn
15
- Q13 : U C2p_endo anti
16
- Q14 : A C1p_endo anti
17
- Q15 : C C3p_endo anti
18
- Q16 : C C1p_exo anti
19
- Q17 : U C3p_endo anti
20
- Q18 : C C3p_endo anti
21
- Q19 : C C3p_endo anti
22
- Q20 : A C3p_endo anti
23
- Q21 : G C3p_endo anti
24
- Q22 : G C3p_endo anti
25
- Q23 : U C2p_exo anti
26
- R0 : C C3p_endo anti
27
- R1 : C C3p_endo anti
28
- R2 : U C1p_endo anti
29
- R3 : G C2p_exo anti
30
- R4 : G C3p_endo anti
31
- R5 : U C3p_endo anti
32
- R6 : A C3p_endo anti
33
- R7 : U C3p_endo anti
34
- R8 : U C2p_endo anti
35
- R9 : G C3p_endo anti
36
- R10 : C C3p_exo anti
37
- R11 : A C3p_endo anti
38
- R12 : G C1p_exo syn
39
- R13 : U C2p_endo anti
40
- R14 : A C1p_endo anti
41
- R15 : C C3p_endo anti
42
- R16 : C C2p_endo anti
43
- R17 : U C3p_endo anti
44
- R18 : C C3p_endo anti
45
- R19 : C C3p_endo anti
46
- R20 : A C3p_endo anti
47
- R21 : G C3p_endo anti
48
- R22 : G C3p_endo anti
49
- R23 : U C1p_endo anti
50
- A2 : VAL
51
- A3 : LYS
52
- A4 : LEU
53
- A5 : THR
54
- A6 : ALA
55
- A7 : GLU
56
- A8 : LEU
57
- A9 : ILE
58
- A10 : GLU
59
- A11 : GLN
60
- A12 : ALA
61
- A13 : ALA
62
- A14 : GLN
63
- A15 : TYR
64
- A16 : THR
65
- A17 : ASN
66
- A18 : ALA
67
- A19 : VAL
68
- A20 : ARG
69
- A21 : ASP
70
- A22 : ARG
71
- A23 : GLU
72
- A24 : LEU
73
- A25 : ASP
74
- A26 : LEU
75
- A27 : ARG
76
- A28 : GLY
77
- A29 : TYR
78
- A30 : LYS
79
- A31 : ILE
80
- A32 : PRO
81
- A33 : VAL
82
- A34 : ILE
83
- A35 : GLU
84
- A36 : ASN
85
- A37 : LEU
86
- A38 : GLY
87
- A39 : ALA
88
- A40 : THR
89
- A41 : LEU
90
- A42 : ASP
91
- A43 : GLN
92
- A44 : PHE
93
- A45 : ASP
94
- A46 : ALA
95
- A47 : ILE
96
- A48 : ASP
97
- A49 : PHE
98
- A50 : SER
99
- A51 : ASP
100
- A52 : ASN
101
- A53 : GLU
102
- A54 : ILE
103
- A55 : ARG
104
- A56 : LYS
105
- A57 : LEU
106
- A58 : ASP
107
- A59 : GLY
108
- A60 : PHE
109
- A61 : PRO
110
- A62 : LEU
111
- A63 : LEU
112
- A64 : ARG
113
- A65 : ARG
114
- A66 : LEU
115
- A67 : LYS
116
- A68 : THR
117
- A69 : LEU
118
- A70 : LEU
119
- A71 : VAL
120
- A72 : ASN
121
- A73 : ASN
122
- A74 : ASN
123
- A75 : ARG
124
- A76 : ILE
125
- A77 : CYS
126
- A78 : ARG
127
- A79 : ILE
128
- A80 : GLY
129
- A81 : GLU
130
- A82 : GLY
131
- A83 : LEU
132
- A84 : ASP
133
- A85 : GLN
134
- A86 : ALA
135
- A87 : LEU
136
- A88 : PRO
137
- A89 : ASP
138
- A90 : LEU
139
- A91 : THR
140
- A92 : GLU
141
- A93 : LEU
142
- A94 : ILE
143
- A95 : LEU
144
- A96 : THR
145
- A97 : ASN
146
- A98 : ASN
147
- A99 : SER
148
- A100 : LEU
149
- A101 : VAL
150
- A102 : GLU
151
- A103 : LEU
152
- A104 : GLY
153
- A105 : ASP
154
- A106 : LEU
155
- A107 : ASP
156
- A108 : PRO
157
- A109 : LEU
158
- A110 : ALA
159
- A111 : SER
160
- A112 : LEU
161
- A113 : LYS
162
- A114 : SER
163
- A115 : LEU
164
- A116 : THR
165
- A117 : TYR
166
- A118 : LEU
167
- A119 : CYS
168
- A120 : ILE
169
- A121 : LEU
170
- A122 : ARG
171
- A123 : ASN
172
- A124 : PRO
173
- A125 : VAL
174
- A126 : THR
175
- A127 : ASN
176
- A128 : LYS
177
- A129 : LYS
178
- A130 : HIS
179
- A131 : TYR
180
- A132 : ARG
181
- A133 : LEU
182
- A134 : TYR
183
- A135 : VAL
184
- A136 : ILE
185
- A137 : TYR
186
- A138 : LYS
187
- A139 : VAL
188
- A140 : PRO
189
- A141 : GLN
190
- A142 : VAL
191
- A143 : ARG
192
- A144 : VAL
193
- A145 : LEU
194
- A146 : ASP
195
- A147 : PHE
196
- A148 : GLN
197
- A149 : LYS
198
- A150 : VAL
199
- A151 : LYS
200
- A152 : LEU
201
- A153 : LYS
202
- A154 : GLU
203
- A155 : ARG
204
- A156 : GLN
205
- A157 : GLU
206
- A158 : ALA
207
- A159 : GLU
208
- A160 : LYS
209
- A161 : MET
210
- A162 : PHE
211
- A163 : LYS
212
- C2 : VAL
213
- C3 : LYS
214
- C4 : LEU
215
- C5 : THR
216
- C6 : ALA
217
- C7 : GLU
218
- C8 : LEU
219
- C9 : ILE
220
- C10 : GLU
221
- C11 : GLN
222
- C12 : ALA
223
- C13 : ALA
224
- C14 : GLN
225
- C15 : TYR
226
- C16 : THR
227
- C17 : ASN
228
- C18 : ALA
229
- C19 : VAL
230
- C20 : ARG
231
- C21 : ASP
232
- C22 : ARG
233
- C23 : GLU
234
- C24 : LEU
235
- C25 : ASP
236
- C26 : LEU
237
- C27 : ARG
238
- C28 : GLY
239
- C29 : TYR
240
- C30 : LYS
241
- C31 : ILE
242
- C32 : PRO
243
- C33 : VAL
244
- C34 : ILE
245
- C35 : GLU
246
- C36 : ASN
247
- C37 : LEU
248
- C38 : GLY
249
- C39 : ALA
250
- C40 : THR
251
- C41 : LEU
252
- C42 : ASP
253
- C43 : GLN
254
- C44 : PHE
255
- C45 : ASP
256
- C46 : ALA
257
- C47 : ILE
258
- C48 : ASP
259
- C49 : PHE
260
- C50 : SER
261
- C51 : ASP
262
- C52 : ASN
263
- C53 : GLU
264
- C54 : ILE
265
- C55 : ARG
266
- C56 : LYS
267
- C57 : LEU
268
- C58 : ASP
269
- C59 : GLY
270
- C60 : PHE
271
- C61 : PRO
272
- C62 : LEU
273
- C63 : LEU
274
- C64 : ARG
275
- C65 : ARG
276
- C66 : LEU
277
- C67 : LYS
278
- C68 : THR
279
- C69 : LEU
280
- C70 : LEU
281
- C71 : VAL
282
- C72 : ASN
283
- C73 : ASN
284
- C74 : ASN
285
- C75 : ARG
286
- C76 : ILE
287
- C77 : CYS
288
- C78 : ARG
289
- C79 : ILE
290
- C80 : GLY
291
- C81 : GLU
292
- C82 : GLY
293
- C83 : LEU
294
- C84 : ASP
295
- C85 : GLN
296
- C86 : ALA
297
- C87 : LEU
298
- C88 : PRO
299
- C89 : ASP
300
- C90 : LEU
301
- C91 : THR
302
- C92 : GLU
303
- C93 : LEU
304
- C94 : ILE
305
- C95 : LEU
306
- C96 : THR
307
- C97 : ASN
308
- C98 : ASN
309
- C99 : SER
310
- C100 : LEU
311
- C101 : VAL
312
- C102 : GLU
313
- C103 : LEU
314
- C104 : GLY
315
- C105 : ASP
316
- C106 : LEU
317
- C107 : ASP
318
- C108 : PRO
319
- C109 : LEU
320
- C110 : ALA
321
- C111 : SER
322
- C112 : LEU
323
- C113 : LYS
324
- C114 : SER
325
- C115 : LEU
326
- C116 : THR
327
- C117 : TYR
328
- C118 : LEU
329
- C119 : CYS
330
- C120 : ILE
331
- C121 : LEU
332
- C122 : ARG
333
- C123 : ASN
334
- C124 : PRO
335
- C125 : VAL
336
- C126 : THR
337
- C127 : ASN
338
- C128 : LYS
339
- C129 : LYS
340
- C130 : HIS
341
- C131 : TYR
342
- C132 : ARG
343
- C133 : LEU
344
- C134 : TYR
345
- C135 : VAL
346
- C136 : ILE
347
- C137 : TYR
348
- C138 : LYS
349
- C139 : VAL
350
- C140 : PRO
351
- C141 : GLN
352
- C142 : VAL
353
- C143 : ARG
354
- C144 : VAL
355
- C145 : LEU
356
- C146 : ASP
357
- C147 : PHE
358
- C148 : GLN
359
- C149 : LYS
360
- C150 : VAL
361
- C151 : LYS
362
- C152 : LEU
363
- C153 : LYS
364
- C154 : GLU
365
- C155 : ARG
366
- C156 : GLN
367
- C157 : GLU
368
- C158 : ALA
369
- C159 : GLU
370
- C160 : LYS
371
- C161 : MET
372
- C162 : PHE
373
- C163 : LYS
374
- C164 : GLY
375
- C165 : LYS
376
- C166 : ARG
377
- C167 : GLY
378
- C168 : ALA
379
- C169 : GLN
380
- C170 : LEU
381
- C171 : ALA
382
- C172 : LYS
383
- C173 : ASP
384
- C174 : ILE
385
- C175 : ALA
386
- B6 : ILE
387
- B7 : ARG
388
- B8 : PRO
389
- B9 : ASN
390
- B10 : HIS
391
- B11 : THR
392
- B12 : ILE
393
- B13 : TYR
394
- B14 : ILE
395
- B15 : ASN
396
- B16 : ASN
397
- B17 : MET
398
- B18 : ASN
399
- B19 : ASP
400
- B20 : LYS
401
- B21 : ILE
402
- B22 : LYS
403
- B23 : LYS
404
- B24 : GLU
405
- B25 : GLU
406
- B26 : LEU
407
- B27 : LYS
408
- B28 : ARG
409
- B29 : SER
410
- B30 : LEU
411
- B31 : TYR
412
- B32 : ALA
413
- B33 : LEU
414
- B34 : PHE
415
- B35 : SER
416
- B36 : GLN
417
- B37 : PHE
418
- B38 : GLY
419
- B39 : HIS
420
- B40 : VAL
421
- B41 : VAL
422
- B42 : ASP
423
- B43 : ILE
424
- B44 : VAL
425
- B45 : ALA
426
- B46 : LEU
427
- B47 : LYS
428
- B48 : THR
429
- B49 : MET
430
- B50 : LYS
431
- B51 : MET
432
- B52 : ARG
433
- B53 : GLY
434
- B54 : GLN
435
- B55 : ALA
436
- B56 : PHE
437
- B57 : VAL
438
- B58 : ILE
439
- B59 : PHE
440
- B60 : LYS
441
- B61 : GLU
442
- B62 : LEU
443
- B63 : GLY
444
- B64 : SER
445
- B65 : SER
446
- B66 : THR
447
- B67 : ASN
448
- B68 : ALA
449
- B69 : LEU
450
- B70 : ARG
451
- B71 : GLN
452
- B72 : LEU
453
- B73 : GLN
454
- B74 : GLY
455
- B75 : PHE
456
- B76 : PRO
457
- B77 : PHE
458
- B78 : TYR
459
- B79 : GLY
460
- B80 : LYS
461
- B81 : PRO
462
- B82 : MET
463
- B83 : ARG
464
- B84 : ILE
465
- B85 : GLN
466
- B86 : TYR
467
- B87 : ALA
468
- B88 : LYS
469
- B89 : THR
470
- B90 : ASP
471
- B91 : SER
472
- B92 : ASP
473
- B93 : ILE
474
- B94 : ILE
475
- B95 : SER
476
- B96 : LYS
477
- B97 : MET
478
- B98 : ARG
479
- B99 : GLY
480
- D6 : ILE
481
- D7 : ARG
482
- D8 : PRO
483
- D9 : ASN
484
- D10 : HIS
485
- D11 : THR
486
- D12 : ILE
487
- D13 : TYR
488
- D14 : ILE
489
- D15 : ASN
490
- D16 : ASN
491
- D17 : MET
492
- D18 : ASN
493
- D19 : ASP
494
- D20 : LYS
495
- D21 : ILE
496
- D22 : LYS
497
- D23 : LYS
498
- D24 : GLU
499
- D25 : GLU
500
- D26 : LEU
501
- D27 : LYS
502
- D28 : ARG
503
- D29 : SER
504
- D30 : LEU
505
- D31 : TYR
506
- D32 : ALA
507
- D33 : LEU
508
- D34 : PHE
509
- D35 : SER
510
- D36 : GLN
511
- D37 : PHE
512
- D38 : GLY
513
- D39 : HIS
514
- D40 : VAL
515
- D41 : VAL
516
- D42 : ASP
517
- D43 : ILE
518
- D44 : VAL
519
- D45 : ALA
520
- D46 : LEU
521
- D47 : LYS
522
- D48 : THR
523
- D49 : MET
524
- D50 : LYS
525
- D51 : MET
526
- D52 : ARG
527
- D53 : GLY
528
- D54 : GLN
529
- D55 : ALA
530
- D56 : PHE
531
- D57 : VAL
532
- D58 : ILE
533
- D59 : PHE
534
- D60 : LYS
535
- D61 : GLU
536
- D62 : LEU
537
- D63 : GLY
538
- D64 : SER
539
- D65 : SER
540
- D66 : THR
541
- D67 : ASN
542
- D68 : ALA
543
- D69 : LEU
544
- D70 : ARG
545
- D71 : GLN
546
- D72 : LEU
547
- D73 : GLN
548
- D74 : GLY
549
- D75 : PHE
550
- D76 : PRO
551
- D77 : PHE
552
- D78 : TYR
553
- D79 : GLY
554
- D80 : LYS
555
- D81 : PRO
556
- D82 : MET
557
- D83 : ARG
558
- D84 : ILE
559
- D85 : GLN
560
- D86 : TYR
561
- D87 : ALA
562
- D88 : LYS
563
- D89 : THR
564
- D90 : ASP
565
- D91 : SER
566
- D92 : ASP
567
- D93 : ILE
568
- D94 : ILE
569
- D95 : SER
570
- D96 : LYS
571
- D97 : MET
572
- D98 : ARG
573
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
574
- Q0-Q1 : adjacent_5p upward
575
- Q1-Q2 : adjacent_5p upward
576
- Q3-Q4 : adjacent_5p upward
577
- Q4-Q5 : adjacent_5p upward
578
- Q6-Q7 : adjacent_5p upward
579
- Q11-Q12 : adjacent_5p inward
580
- Q14-Q15 : adjacent_5p upward
581
- Q15-Q16 : adjacent_5p upward
582
- Q17-Q18 : adjacent_5p upward
583
- Q19-Q20 : adjacent_5p upward
584
- Q20-Q21 : adjacent_5p upward
585
- Q21-Q22 : adjacent_5p upward
586
- Q22-Q23 : adjacent_5p upward
587
- R0-R1 : adjacent_5p upward
588
- R1-R2 : adjacent_5p upward
589
- R2-R3 : adjacent_5p upward
590
- R3-R4 : adjacent_5p upward
591
- R4-R5 : adjacent_5p upward
592
- R6-R7 : adjacent_5p upward
593
- R11-R12 : adjacent_5p inward
594
- R14-R15 : adjacent_5p upward
595
- R15-R16 : adjacent_5p upward
596
- R17-R18 : adjacent_5p upward
597
- R19-R20 : adjacent_5p upward
598
- R20-R21 : adjacent_5p upward
599
- R21-R22 : adjacent_5p upward
600
- R22-R23 : adjacent_5p upward
601
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
602
- Q3-Q20 : outward
603
- Q6-Q17 : outward
604
- R3-R20 : outward
605
- R6-R17 : outward
606
- Number of stackings = 31
607
- Number of adjacent stackings = 27
608
- Number of non adjacent stackings = 4
609
- Base-pairs ------------------------------------------------------
610
- Q0-Q22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
611
- Q1-Q21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
612
- Q2-Q20 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
613
- Q3-Q19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
614
- Q4-Q18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
615
- Q5-Q17 : U-U Ws/Ww pairing antiparallel cis XVI
616
- R0-R22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
617
- R1-R21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
618
- R2-R20 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
619
- R3-R19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
620
- R4-R18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
621
- R5-R17 : U-U Ws/Ww pairing antiparallel cis XVI
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1ac3_MC DELETED
@@ -1,497 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A1 : C O4p_endo anti
3
- A2 : G C1p_exo anti
4
- A3 : C O4p_endo anti
5
- A4 : G O4p_endo anti
6
- A5 : T O4p_endo anti
7
- A6 : TSP
8
- A7 : TCP
9
- A8 : T O4p_endo anti
10
- A9 : G O4p_endo anti
11
- A10 : C O4p_endo anti
12
- A11 : G O4p_endo anti
13
- A12 : C O4p_endo anti
14
- B13 : G C4p_exo anti
15
- B14 : C C3p_endo anti
16
- B15 : G C3p_endo anti
17
- B16 : C C3p_endo anti
18
- B17 : A C3p_endo anti
19
- B18 : A C3p_endo anti
20
- B19 : A C3p_endo anti
21
- B20 : A C3p_endo anti
22
- B21 : C C3p_endo anti
23
- B22 : G C3p_endo anti
24
- B23 : C C3p_endo anti
25
- B24 : G O4p_endo anti
26
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
27
- A2-A3 : adjacent_5p upward
28
- A3-A4 : adjacent_5p upward
29
- A4-A5 : adjacent_5p upward
30
- A9-A10 : adjacent_5p upward
31
- A10-A11 : adjacent_5p upward
32
- A11-A12 : adjacent_5p upward
33
- B13-B14 : adjacent_5p upward
34
- B14-B15 : adjacent_5p upward
35
- B15-B16 : adjacent_5p upward
36
- B16-B17 : adjacent_5p upward
37
- B17-B18 : adjacent_5p upward
38
- B18-B19 : adjacent_5p upward
39
- B19-B20 : adjacent_5p upward
40
- B20-B21 : adjacent_5p upward
41
- B21-B22 : adjacent_5p upward
42
- B22-B23 : adjacent_5p upward
43
- B23-B24 : adjacent_5p upward
44
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
45
- A2-B24 : outward
46
- A4-B22 : outward
47
- A9-B17 : outward
48
- A11-B15 : outward
49
- Number of stackings = 21
50
- Number of adjacent stackings = 17
51
- Number of non adjacent stackings = 4
52
- Base-pairs ------------------------------------------------------
53
- A1-B24 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
54
- A2-B23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
55
- A3-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
56
- A4-B21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
57
- A5-B20 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
58
- A8-B17 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
59
- A9-B16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
60
- A10-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
61
- A11-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
62
- A12-B13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
63
- Residue conformations -------------------------------------------
64
- A1 : C O4p_endo anti
65
- A2 : G C1p_exo anti
66
- A3 : C O4p_endo anti
67
- A4 : G O4p_endo anti
68
- A5 : T O4p_endo anti
69
- A6 : TSP
70
- A7 : TCP
71
- A8 : T O4p_endo anti
72
- A9 : G O4p_endo anti
73
- A10 : C O4p_endo anti
74
- A11 : G O4p_endo anti
75
- A12 : C O4p_endo anti
76
- B13 : G C4p_exo anti
77
- B14 : C C3p_endo anti
78
- B15 : G C3p_endo anti
79
- B16 : C C3p_endo anti
80
- B17 : A C3p_endo anti
81
- B18 : A C3p_endo anti
82
- B19 : A C3p_endo anti
83
- B20 : A C3p_endo anti
84
- B21 : C C3p_endo anti
85
- B22 : G C3p_endo anti
86
- B23 : C C3p_endo anti
87
- B24 : G C4p_exo anti
88
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
89
- A2-A3 : adjacent_5p upward
90
- A3-A4 : adjacent_5p upward
91
- A4-A5 : adjacent_5p upward
92
- A8-A9 : adjacent_5p upward
93
- A9-A10 : adjacent_5p upward
94
- A10-A11 : adjacent_5p upward
95
- A11-A12 : adjacent_5p upward
96
- B13-B14 : adjacent_5p upward
97
- B14-B15 : adjacent_5p upward
98
- B15-B16 : adjacent_5p upward
99
- B16-B17 : adjacent_5p upward
100
- B17-B18 : adjacent_5p upward
101
- B18-B19 : adjacent_5p upward
102
- B19-B20 : adjacent_5p upward
103
- B20-B21 : adjacent_5p upward
104
- B21-B22 : adjacent_5p upward
105
- B22-B23 : adjacent_5p upward
106
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
107
- A2-B24 : outward
108
- A4-B22 : outward
109
- A9-B17 : outward
110
- A11-B15 : outward
111
- Number of stackings = 21
112
- Number of adjacent stackings = 17
113
- Number of non adjacent stackings = 4
114
- Base-pairs ------------------------------------------------------
115
- A1-B24 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
116
- A2-B23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
117
- A3-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
118
- A4-B21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
119
- A5-B20 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
120
- A8-B17 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
121
- A9-B16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
122
- A10-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
123
- A11-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
124
- A12-B13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
125
- Residue conformations -------------------------------------------
126
- A1 : C O4p_endo anti
127
- A2 : G C1p_exo anti
128
- A3 : C O4p_endo anti
129
- A4 : G O4p_endo anti
130
- A5 : T O4p_endo anti
131
- A6 : TSP
132
- A7 : TCP
133
- A8 : T O4p_endo anti
134
- A9 : G O4p_endo anti
135
- A10 : C O4p_endo anti
136
- A11 : G O4p_endo anti
137
- A12 : C O4p_endo anti
138
- B13 : G C4p_exo anti
139
- B14 : C C3p_endo anti
140
- B15 : G C3p_endo anti
141
- B16 : C C3p_endo anti
142
- B17 : A C3p_endo anti
143
- B18 : A C3p_endo anti
144
- B19 : A C3p_endo anti
145
- B20 : A C3p_endo anti
146
- B21 : C C3p_endo anti
147
- B22 : G C3p_endo anti
148
- B23 : C C3p_endo anti
149
- B24 : G C4p_exo anti
150
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
151
- A2-A3 : adjacent_5p upward
152
- A3-A4 : adjacent_5p upward
153
- A4-A5 : adjacent_5p upward
154
- A8-A9 : adjacent_5p upward
155
- A9-A10 : adjacent_5p upward
156
- A10-A11 : adjacent_5p upward
157
- A11-A12 : adjacent_5p upward
158
- B13-B14 : adjacent_5p upward
159
- B14-B15 : adjacent_5p upward
160
- B15-B16 : adjacent_5p upward
161
- B16-B17 : adjacent_5p upward
162
- B17-B18 : adjacent_5p upward
163
- B18-B19 : adjacent_5p upward
164
- B19-B20 : adjacent_5p upward
165
- B20-B21 : adjacent_5p upward
166
- B21-B22 : adjacent_5p upward
167
- B22-B23 : adjacent_5p upward
168
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
169
- A2-B24 : outward
170
- A4-B22 : outward
171
- A9-B17 : outward
172
- A11-B15 : outward
173
- Number of stackings = 21
174
- Number of adjacent stackings = 17
175
- Number of non adjacent stackings = 4
176
- Base-pairs ------------------------------------------------------
177
- A1-B24 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
178
- A2-B23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
179
- A3-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
180
- A4-B21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
181
- A5-B20 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
182
- A8-B17 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
183
- A9-B16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
184
- A10-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
185
- A11-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
186
- A12-B13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
187
- Residue conformations -------------------------------------------
188
- A1 : C O4p_endo anti
189
- A2 : G C1p_exo anti
190
- A3 : C O4p_endo anti
191
- A4 : G O4p_endo anti
192
- A5 : T O4p_endo anti
193
- A6 : TSP
194
- A7 : TCP
195
- A8 : T O4p_endo anti
196
- A9 : G O4p_endo anti
197
- A10 : C O4p_endo anti
198
- A11 : G O4p_endo anti
199
- A12 : C O4p_endo anti
200
- B13 : G C4p_exo anti
201
- B14 : C C3p_endo anti
202
- B15 : G C3p_endo anti
203
- B16 : C C3p_endo anti
204
- B17 : A C3p_endo anti
205
- B18 : A C3p_endo anti
206
- B19 : A C3p_endo anti
207
- B20 : A C3p_endo anti
208
- B21 : C C3p_endo anti
209
- B22 : G C3p_endo anti
210
- B23 : C C3p_endo anti
211
- B24 : G C4p_exo anti
212
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
213
- A2-A3 : adjacent_5p upward
214
- A3-A4 : adjacent_5p upward
215
- A4-A5 : adjacent_5p upward
216
- A8-A9 : adjacent_5p upward
217
- A9-A10 : adjacent_5p upward
218
- A10-A11 : adjacent_5p upward
219
- A11-A12 : adjacent_5p upward
220
- B13-B14 : adjacent_5p upward
221
- B14-B15 : adjacent_5p upward
222
- B15-B16 : adjacent_5p upward
223
- B16-B17 : adjacent_5p upward
224
- B17-B18 : adjacent_5p upward
225
- B18-B19 : adjacent_5p upward
226
- B19-B20 : adjacent_5p upward
227
- B20-B21 : adjacent_5p upward
228
- B21-B22 : adjacent_5p upward
229
- B22-B23 : adjacent_5p upward
230
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
231
- A2-B24 : outward
232
- A4-B22 : outward
233
- A9-B17 : outward
234
- A11-B15 : outward
235
- Number of stackings = 21
236
- Number of adjacent stackings = 17
237
- Number of non adjacent stackings = 4
238
- Base-pairs ------------------------------------------------------
239
- A1-B24 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
240
- A2-B23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
241
- A3-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
242
- A4-B21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
243
- A5-B20 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
244
- A8-B17 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
245
- A9-B16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
246
- A10-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
247
- A11-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
248
- A12-B13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
249
- Residue conformations -------------------------------------------
250
- A1 : C O4p_endo anti
251
- A2 : G C1p_exo anti
252
- A3 : C O4p_endo anti
253
- A4 : G O4p_endo anti
254
- A5 : T O4p_endo anti
255
- A6 : TSP
256
- A7 : TCP
257
- A8 : T O4p_endo anti
258
- A9 : G O4p_endo anti
259
- A10 : C O4p_endo anti
260
- A11 : G O4p_endo anti
261
- A12 : C O4p_endo anti
262
- B13 : G C4p_exo anti
263
- B14 : C C3p_endo anti
264
- B15 : G C3p_endo anti
265
- B16 : C C3p_endo anti
266
- B17 : A C3p_endo anti
267
- B18 : A C3p_endo anti
268
- B19 : A C3p_endo anti
269
- B20 : A C3p_endo anti
270
- B21 : C C3p_endo anti
271
- B22 : G C3p_endo anti
272
- B23 : C C3p_endo anti
273
- B24 : G C4p_exo anti
274
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
275
- A2-A3 : adjacent_5p upward
276
- A3-A4 : adjacent_5p upward
277
- A4-A5 : adjacent_5p upward
278
- A8-A9 : adjacent_5p upward
279
- A9-A10 : adjacent_5p upward
280
- A10-A11 : adjacent_5p upward
281
- A11-A12 : adjacent_5p upward
282
- B13-B14 : adjacent_5p upward
283
- B14-B15 : adjacent_5p upward
284
- B15-B16 : adjacent_5p upward
285
- B16-B17 : adjacent_5p upward
286
- B17-B18 : adjacent_5p upward
287
- B18-B19 : adjacent_5p upward
288
- B19-B20 : adjacent_5p upward
289
- B20-B21 : adjacent_5p upward
290
- B21-B22 : adjacent_5p upward
291
- B22-B23 : adjacent_5p upward
292
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
293
- A2-B24 : outward
294
- A4-B22 : outward
295
- A9-B17 : outward
296
- A11-B15 : outward
297
- Number of stackings = 21
298
- Number of adjacent stackings = 17
299
- Number of non adjacent stackings = 4
300
- Base-pairs ------------------------------------------------------
301
- A1-B24 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
302
- A2-B23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
303
- A3-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
304
- A4-B21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
305
- A5-B20 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
306
- A8-B17 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
307
- A9-B16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
308
- A10-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
309
- A11-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
310
- A12-B13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
311
- Residue conformations -------------------------------------------
312
- A1 : C O4p_endo anti
313
- A2 : G C1p_exo anti
314
- A3 : C O4p_endo anti
315
- A4 : G O4p_endo anti
316
- A5 : T O4p_endo anti
317
- A6 : TSP
318
- A7 : TCP
319
- A8 : T O4p_endo anti
320
- A9 : G O4p_endo anti
321
- A10 : C O4p_endo anti
322
- A11 : G O4p_endo anti
323
- A12 : C O4p_endo anti
324
- B13 : G C4p_exo anti
325
- B14 : C C3p_endo anti
326
- B15 : G C3p_endo anti
327
- B16 : C C3p_endo anti
328
- B17 : A C3p_endo anti
329
- B18 : A C3p_endo anti
330
- B19 : A C3p_endo anti
331
- B20 : A C3p_endo anti
332
- B21 : C C3p_endo anti
333
- B22 : G C3p_endo anti
334
- B23 : C C3p_endo anti
335
- B24 : G C4p_exo anti
336
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
337
- A2-A3 : adjacent_5p upward
338
- A3-A4 : adjacent_5p upward
339
- A4-A5 : adjacent_5p upward
340
- A9-A10 : adjacent_5p upward
341
- A10-A11 : adjacent_5p upward
342
- A11-A12 : adjacent_5p upward
343
- B13-B14 : adjacent_5p upward
344
- B14-B15 : adjacent_5p upward
345
- B15-B16 : adjacent_5p upward
346
- B16-B17 : adjacent_5p upward
347
- B17-B18 : adjacent_5p upward
348
- B18-B19 : adjacent_5p upward
349
- B19-B20 : adjacent_5p upward
350
- B20-B21 : adjacent_5p upward
351
- B21-B22 : adjacent_5p upward
352
- B22-B23 : adjacent_5p upward
353
- B23-B24 : adjacent_5p upward
354
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
355
- A2-B24 : outward
356
- A4-B22 : outward
357
- A9-B17 : outward
358
- A11-B15 : outward
359
- Number of stackings = 21
360
- Number of adjacent stackings = 17
361
- Number of non adjacent stackings = 4
362
- Base-pairs ------------------------------------------------------
363
- A1-B24 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
364
- A2-B23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
365
- A3-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
366
- A4-B21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
367
- A5-B20 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
368
- A8-B17 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
369
- A9-B16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
370
- A10-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
371
- A11-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
372
- A12-B13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
373
- Residue conformations -------------------------------------------
374
- A1 : C O4p_endo anti
375
- A2 : G C1p_exo anti
376
- A3 : C O4p_endo anti
377
- A4 : G O4p_endo anti
378
- A5 : T O4p_endo anti
379
- A6 : TSP
380
- A7 : TCP
381
- A8 : T O4p_endo anti
382
- A9 : G O4p_endo anti
383
- A10 : C O4p_endo anti
384
- A11 : G O4p_endo anti
385
- A12 : C O4p_endo anti
386
- B13 : G C4p_exo anti
387
- B14 : C C3p_endo anti
388
- B15 : G C3p_endo anti
389
- B16 : C C3p_endo anti
390
- B17 : A C3p_endo anti
391
- B18 : A C3p_endo anti
392
- B19 : A C3p_endo anti
393
- B20 : A C3p_endo anti
394
- B21 : C C3p_endo anti
395
- B22 : G C3p_endo anti
396
- B23 : C C3p_endo anti
397
- B24 : G C4p_exo anti
398
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
399
- A1-A2 : adjacent_5p upward
400
- A2-A3 : adjacent_5p upward
401
- A3-A4 : adjacent_5p upward
402
- A4-A5 : adjacent_5p upward
403
- A9-A10 : adjacent_5p upward
404
- A10-A11 : adjacent_5p upward
405
- A11-A12 : adjacent_5p upward
406
- B13-B14 : adjacent_5p upward
407
- B14-B15 : adjacent_5p upward
408
- B15-B16 : adjacent_5p upward
409
- B16-B17 : adjacent_5p upward
410
- B17-B18 : adjacent_5p upward
411
- B18-B19 : adjacent_5p upward
412
- B19-B20 : adjacent_5p upward
413
- B20-B21 : adjacent_5p upward
414
- B21-B22 : adjacent_5p upward
415
- B22-B23 : adjacent_5p upward
416
- B23-B24 : adjacent_5p upward
417
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
418
- A2-B24 : outward
419
- A4-B22 : outward
420
- A9-B17 : outward
421
- A11-B15 : outward
422
- Number of stackings = 22
423
- Number of adjacent stackings = 18
424
- Number of non adjacent stackings = 4
425
- Base-pairs ------------------------------------------------------
426
- A1-B24 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
427
- A2-B23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
428
- A3-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
429
- A4-B21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
430
- A5-B20 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
431
- A8-B17 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
432
- A9-B16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
433
- A10-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
434
- A11-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
435
- A12-B13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
436
- Residue conformations -------------------------------------------
437
- A1 : C O4p_endo anti
438
- A2 : G C1p_exo anti
439
- A3 : C O4p_endo anti
440
- A4 : G O4p_endo anti
441
- A5 : T O4p_endo anti
442
- A6 : TSP
443
- A7 : TCP
444
- A8 : T O4p_endo anti
445
- A9 : G O4p_endo anti
446
- A10 : C O4p_endo anti
447
- A11 : G O4p_endo anti
448
- A12 : C O4p_endo anti
449
- B13 : G C4p_exo anti
450
- B14 : C C3p_endo anti
451
- B15 : G C3p_endo anti
452
- B16 : C C3p_endo anti
453
- B17 : A C3p_endo anti
454
- B18 : A C3p_endo anti
455
- B19 : A C3p_endo anti
456
- B20 : A C3p_endo anti
457
- B21 : C C3p_endo anti
458
- B22 : G C3p_endo anti
459
- B23 : C C3p_endo anti
460
- B24 : G C4p_exo anti
461
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
462
- A2-A3 : adjacent_5p upward
463
- A3-A4 : adjacent_5p upward
464
- A4-A5 : adjacent_5p upward
465
- A9-A10 : adjacent_5p upward
466
- A10-A11 : adjacent_5p upward
467
- A11-A12 : adjacent_5p upward
468
- B13-B14 : adjacent_5p upward
469
- B14-B15 : adjacent_5p upward
470
- B15-B16 : adjacent_5p upward
471
- B16-B17 : adjacent_5p upward
472
- B17-B18 : adjacent_5p upward
473
- B18-B19 : adjacent_5p upward
474
- B19-B20 : adjacent_5p upward
475
- B20-B21 : adjacent_5p upward
476
- B21-B22 : adjacent_5p upward
477
- B22-B23 : adjacent_5p upward
478
- B23-B24 : adjacent_5p upward
479
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
480
- A2-B24 : outward
481
- A4-B22 : outward
482
- A9-B17 : outward
483
- A11-B15 : outward
484
- Number of stackings = 21
485
- Number of adjacent stackings = 17
486
- Number of non adjacent stackings = 4
487
- Base-pairs ------------------------------------------------------
488
- A1-B24 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
489
- A2-B23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
490
- A3-B22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
491
- A4-B21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
492
- A5-B20 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
493
- A8-B17 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
494
- A9-B16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
495
- A10-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
496
- A11-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
497
- A12-B13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1afx_MC DELETED
@@ -1,459 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A1 : G O4p_exo anti
3
- A2 : G C3p_endo anti
4
- A3 : U C3p_endo anti
5
- A4 : G C4p_exo anti
6
- A5 : U C3p_endo anti
7
- A6 : G C4p_exo syn
8
- A7 : A C3p_exo syn
9
- A8 : A C2p_endo syn
10
- A9 : C C3p_endo anti
11
- A10 : A C2p_exo anti
12
- A11 : C C3p_endo anti
13
- A12 : C C4p_exo anti
14
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
15
- A1-A2 : adjacent_5p upward
16
- A2-A3 : adjacent_5p upward
17
- A3-A4 : adjacent_5p upward
18
- A4-A5 : adjacent_5p upward
19
- A5-A6 : adjacent_5p inward
20
- A7-A8 : adjacent_5p upward pairing
21
- A8-A9 : adjacent_5p upward
22
- A10-A11 : adjacent_5p upward
23
- A11-A12 : adjacent_5p upward
24
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
25
- Number of stackings = 9
26
- Number of adjacent stackings = 9
27
- Number of non adjacent stackings = 0
28
- Base-pairs ------------------------------------------------------
29
- A1-A12 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
30
- A2-A11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
31
- A3-A10 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
32
- A4-A9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
33
- A5-A8 : U-A O2'/Bh pairing
34
- A6-A7 : G-A O2P/Bh O2P/Hh adjacent_5p pairing
35
- A7-A8 : A-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
36
- A9-A10 : C-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
37
- Residue conformations -------------------------------------------
38
- A1 : G O4p_exo anti
39
- A2 : G C3p_endo anti
40
- A3 : U C3p_endo anti
41
- A4 : G C3p_endo anti
42
- A5 : U C3p_endo anti
43
- A6 : G C3p_endo syn
44
- A7 : A C3p_exo syn
45
- A8 : A C2p_endo syn
46
- A9 : C C4p_exo anti
47
- A10 : A C3p_endo anti
48
- A11 : C C3p_endo anti
49
- A12 : C C3p_endo anti
50
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
51
- A1-A2 : adjacent_5p upward
52
- A2-A3 : adjacent_5p upward
53
- A3-A4 : adjacent_5p upward
54
- A4-A5 : adjacent_5p upward
55
- A5-A6 : adjacent_5p inward
56
- A7-A8 : adjacent_5p upward pairing
57
- A8-A9 : adjacent_5p upward
58
- A10-A11 : adjacent_5p upward
59
- A11-A12 : adjacent_5p upward
60
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
61
- Number of stackings = 9
62
- Number of adjacent stackings = 9
63
- Number of non adjacent stackings = 0
64
- Base-pairs ------------------------------------------------------
65
- A1-A12 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
66
- A2-A11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
67
- A3-A10 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
68
- A4-A9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
69
- A5-A8 : U-A O2'/Ww O2'/Bh pairing
70
- A6-A7 : G-A O2P/Bh adjacent_5p pairing
71
- A7-A8 : A-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
72
- Residue conformations -------------------------------------------
73
- A1 : G O4p_exo anti
74
- A2 : G C3p_endo anti
75
- A3 : U C3p_endo anti
76
- A4 : G C3p_endo anti
77
- A5 : U C3p_endo anti
78
- A6 : G C3p_endo syn
79
- A7 : A C3p_exo syn
80
- A8 : A C2p_endo syn
81
- A9 : C C4p_exo anti
82
- A10 : A C3p_endo anti
83
- A11 : C C3p_endo anti
84
- A12 : C C3p_endo anti
85
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
86
- A1-A2 : adjacent_5p upward
87
- A2-A3 : adjacent_5p upward
88
- A3-A4 : adjacent_5p upward
89
- A4-A5 : adjacent_5p upward
90
- A5-A6 : adjacent_5p inward
91
- A8-A9 : adjacent_5p upward
92
- A10-A11 : adjacent_5p upward
93
- A11-A12 : adjacent_5p upward
94
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
95
- Number of stackings = 8
96
- Number of adjacent stackings = 8
97
- Number of non adjacent stackings = 0
98
- Base-pairs ------------------------------------------------------
99
- A1-A12 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
100
- A2-A11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
101
- A3-A10 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
102
- A4-A9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
103
- A5-A8 : U-A Ss/Wh O2'/Ww O2'/Bh pairing antiparallel cis one_hbond
104
- A6-A7 : G-A O2P/Bh adjacent_5p pairing
105
- A7-A8 : A-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
106
- A9-A10 : C-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
107
- Residue conformations -------------------------------------------
108
- A1 : G O4p_exo anti
109
- A2 : G C3p_endo anti
110
- A3 : U C3p_endo anti
111
- A4 : G C3p_endo anti
112
- A5 : U C3p_endo anti
113
- A6 : G C3p_endo syn
114
- A7 : A C3p_exo syn
115
- A8 : A C2p_endo syn
116
- A9 : C C4p_exo anti
117
- A10 : A C3p_endo anti
118
- A11 : C C3p_endo anti
119
- A12 : C C4p_exo anti
120
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
121
- A1-A2 : adjacent_5p upward
122
- A2-A3 : adjacent_5p upward
123
- A3-A4 : adjacent_5p upward
124
- A4-A5 : adjacent_5p upward
125
- A5-A6 : adjacent_5p inward
126
- A7-A8 : adjacent_5p upward pairing
127
- A8-A9 : adjacent_5p upward
128
- A10-A11 : adjacent_5p upward
129
- A11-A12 : adjacent_5p upward
130
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
131
- Number of stackings = 9
132
- Number of adjacent stackings = 9
133
- Number of non adjacent stackings = 0
134
- Base-pairs ------------------------------------------------------
135
- A1-A12 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
136
- A2-A11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
137
- A3-A10 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
138
- A4-A9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
139
- A5-A8 : U-A O2'/Bh pairing
140
- A6-A7 : G-A O2P/Bh adjacent_5p pairing
141
- A7-A8 : A-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
142
- A9-A10 : C-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
143
- Residue conformations -------------------------------------------
144
- A1 : G O4p_exo anti
145
- A2 : G C3p_endo anti
146
- A3 : U C2p_exo anti
147
- A4 : G C4p_exo anti
148
- A5 : U C3p_endo anti
149
- A6 : G C3p_endo syn
150
- A7 : A C3p_exo syn
151
- A8 : A C2p_endo syn
152
- A9 : C C4p_exo anti
153
- A10 : A C3p_endo anti
154
- A11 : C C3p_endo anti
155
- A12 : C O4p_endo anti
156
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
157
- A1-A2 : adjacent_5p upward
158
- A3-A4 : adjacent_5p upward
159
- A4-A5 : adjacent_5p upward
160
- A5-A6 : adjacent_5p inward
161
- A8-A9 : adjacent_5p upward
162
- A10-A11 : adjacent_5p upward
163
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
164
- Number of stackings = 6
165
- Number of adjacent stackings = 6
166
- Number of non adjacent stackings = 0
167
- Base-pairs ------------------------------------------------------
168
- A1-A12 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
169
- A2-A11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
170
- A3-A10 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
171
- A4-A9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
172
- A5-A8 : U-A O2'/Ww O2'/Bh pairing
173
- A6-A7 : G-A O2P/Bh adjacent_5p pairing
174
- A7-A8 : A-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
175
- A9-A10 : C-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
176
- Residue conformations -------------------------------------------
177
- A1 : G O4p_exo anti
178
- A2 : G C3p_endo anti
179
- A3 : U C3p_endo anti
180
- A4 : G C3p_endo anti
181
- A5 : U C3p_endo anti
182
- A6 : G C3p_endo syn
183
- A7 : A C3p_exo syn
184
- A8 : A C2p_endo syn
185
- A9 : C C4p_exo anti
186
- A10 : A C2p_exo anti
187
- A11 : C C3p_endo anti
188
- A12 : C C4p_exo anti
189
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
190
- A1-A2 : adjacent_5p upward
191
- A2-A3 : adjacent_5p upward
192
- A3-A4 : adjacent_5p upward
193
- A4-A5 : adjacent_5p upward
194
- A5-A6 : adjacent_5p inward
195
- A8-A9 : adjacent_5p upward
196
- A10-A11 : adjacent_5p upward
197
- A11-A12 : adjacent_5p upward
198
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
199
- Number of stackings = 8
200
- Number of adjacent stackings = 8
201
- Number of non adjacent stackings = 0
202
- Base-pairs ------------------------------------------------------
203
- A1-A12 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
204
- A2-A11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
205
- A3-A10 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
206
- A4-A9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
207
- A5-A8 : U-A O2'/Ww O2'/Bh pairing
208
- A6-A7 : G-A O2P/Bh adjacent_5p pairing
209
- A7-A8 : A-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
210
- A9-A10 : C-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
211
- Residue conformations -------------------------------------------
212
- A1 : G O4p_exo anti
213
- A2 : G C3p_endo anti
214
- A3 : U C2p_exo anti
215
- A4 : G C4p_exo anti
216
- A5 : U C3p_endo anti
217
- A6 : G C3p_endo syn
218
- A7 : A C3p_exo syn
219
- A8 : A C2p_endo syn
220
- A9 : C C3p_endo anti
221
- A10 : A C2p_exo anti
222
- A11 : C C3p_endo anti
223
- A12 : C C4p_exo anti
224
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
225
- A1-A2 : adjacent_5p upward
226
- A2-A3 : adjacent_5p upward
227
- A3-A4 : adjacent_5p upward
228
- A4-A5 : adjacent_5p upward
229
- A5-A6 : adjacent_5p inward
230
- A7-A8 : adjacent_5p upward pairing
231
- A8-A9 : adjacent_5p upward
232
- A10-A11 : adjacent_5p upward
233
- A11-A12 : adjacent_5p upward
234
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
235
- Number of stackings = 9
236
- Number of adjacent stackings = 9
237
- Number of non adjacent stackings = 0
238
- Base-pairs ------------------------------------------------------
239
- A1-A12 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
240
- A2-A11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
241
- A3-A10 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
242
- A4-A9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
243
- A5-A8 : U-A O2'/Bh pairing
244
- A6-A7 : G-A O2P/Bh O2P/Hh adjacent_5p pairing
245
- A7-A8 : A-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
246
- A9-A10 : C-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
247
- Residue conformations -------------------------------------------
248
- A1 : G O4p_exo anti
249
- A2 : G C3p_endo anti
250
- A3 : U C3p_endo anti
251
- A4 : G C3p_endo anti
252
- A5 : U C3p_endo anti
253
- A6 : G C3p_endo syn
254
- A7 : A C3p_exo syn
255
- A8 : A C2p_endo syn
256
- A9 : C C3p_endo anti
257
- A10 : A C2p_exo anti
258
- A11 : C C3p_endo anti
259
- A12 : C C3p_endo anti
260
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
261
- A1-A2 : adjacent_5p upward
262
- A2-A3 : adjacent_5p upward
263
- A3-A4 : adjacent_5p upward
264
- A4-A5 : adjacent_5p upward
265
- A5-A6 : adjacent_5p inward
266
- A8-A9 : adjacent_5p upward
267
- A9-A10 : adjacent_5p upward
268
- A10-A11 : adjacent_5p upward
269
- A11-A12 : adjacent_5p upward
270
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
271
- Number of stackings = 9
272
- Number of adjacent stackings = 9
273
- Number of non adjacent stackings = 0
274
- Base-pairs ------------------------------------------------------
275
- A1-A12 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
276
- A2-A11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
277
- A3-A10 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
278
- A4-A9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
279
- A5-A7 : U-A O2'/Hh pairing
280
- A5-A8 : U-A Ss/Wh O2'/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
281
- A7-A8 : A-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
282
- Residue conformations -------------------------------------------
283
- A1 : G O4p_exo anti
284
- A2 : G C3p_endo anti
285
- A3 : U C3p_endo anti
286
- A4 : G C4p_exo anti
287
- A5 : U C3p_endo anti
288
- A6 : G C3p_endo syn
289
- A7 : A C3p_exo syn
290
- A8 : A C2p_endo syn
291
- A9 : C C4p_exo anti
292
- A10 : A C3p_endo anti
293
- A11 : C C3p_endo anti
294
- A12 : C C4p_exo anti
295
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
296
- A1-A2 : adjacent_5p upward
297
- A2-A3 : adjacent_5p upward
298
- A3-A4 : adjacent_5p upward
299
- A4-A5 : adjacent_5p upward
300
- A8-A9 : adjacent_5p upward
301
- A10-A11 : adjacent_5p upward
302
- A11-A12 : adjacent_5p upward
303
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
304
- Number of stackings = 7
305
- Number of adjacent stackings = 7
306
- Number of non adjacent stackings = 0
307
- Base-pairs ------------------------------------------------------
308
- A1-A12 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
309
- A2-A11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
310
- A3-A10 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
311
- A4-A9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
312
- A5-A7 : U-A O2'/Hh pairing
313
- A5-A8 : U-A Bs/Wh O2'/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 46
314
- A6-A7 : G-A O2P/Hh adjacent_5p pairing
315
- A7-A8 : A-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
316
- A9-A10 : C-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
317
- Residue conformations -------------------------------------------
318
- A1 : G O4p_exo anti
319
- A2 : G C3p_endo anti
320
- A3 : U C3p_endo anti
321
- A4 : G C4p_exo anti
322
- A5 : U C3p_endo anti
323
- A6 : G C3p_endo syn
324
- A7 : A C2p_endo syn
325
- A8 : A C2p_endo syn
326
- A9 : C C4p_exo anti
327
- A10 : A C3p_endo anti
328
- A11 : C C3p_endo anti
329
- A12 : C C4p_exo anti
330
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
331
- A1-A2 : adjacent_5p upward
332
- A2-A3 : adjacent_5p upward
333
- A3-A4 : adjacent_5p upward
334
- A4-A5 : adjacent_5p upward
335
- A8-A9 : adjacent_5p upward
336
- A10-A11 : adjacent_5p upward
337
- A11-A12 : adjacent_5p upward
338
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
339
- Number of stackings = 7
340
- Number of adjacent stackings = 7
341
- Number of non adjacent stackings = 0
342
- Base-pairs ------------------------------------------------------
343
- A1-A12 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
344
- A2-A11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
345
- A3-A10 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
346
- A4-A9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
347
- A5-A7 : U-A O2'/Hh pairing
348
- A5-A8 : U-A Bs/Wh O2'/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 46
349
- A6-A7 : G-A O2P/Hh adjacent_5p pairing
350
- A7-A8 : A-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
351
- A9-A10 : C-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
352
- Residue conformations -------------------------------------------
353
- A1 : G O4p_exo anti
354
- A2 : G C3p_endo anti
355
- A3 : U C3p_endo anti
356
- A4 : G C4p_exo anti
357
- A5 : U C3p_endo anti
358
- A6 : G O4p_endo syn
359
- A7 : A C3p_exo syn
360
- A8 : A C2p_endo syn
361
- A9 : C C4p_exo anti
362
- A10 : A C2p_exo anti
363
- A11 : C C3p_endo anti
364
- A12 : C C4p_exo anti
365
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
366
- A1-A2 : adjacent_5p upward
367
- A2-A3 : adjacent_5p upward
368
- A3-A4 : adjacent_5p upward
369
- A4-A5 : adjacent_5p upward
370
- A5-A6 : adjacent_5p inward pairing
371
- A7-A8 : adjacent_5p upward pairing
372
- A8-A9 : adjacent_5p upward
373
- A10-A11 : adjacent_5p upward
374
- A11-A12 : adjacent_5p upward
375
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
376
- Number of stackings = 9
377
- Number of adjacent stackings = 9
378
- Number of non adjacent stackings = 0
379
- Base-pairs ------------------------------------------------------
380
- A1-A12 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
381
- A2-A11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
382
- A3-A10 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
383
- A4-A9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
384
- A5-A6 : U-G O2P/Ww adjacent_5p inward pairing
385
- A5-A7 : U-A O2'/Hh pairing
386
- A5-A8 : U-A Ss/Wh O2'/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
387
- A6-A7 : G-A O2P/Bh O2P/Hh adjacent_5p pairing
388
- A7-A8 : A-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
389
- A9-A10 : C-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
390
- Residue conformations -------------------------------------------
391
- A1 : G O4p_exo anti
392
- A2 : G C3p_endo anti
393
- A3 : U C3p_endo anti
394
- A4 : G C3p_endo anti
395
- A5 : U C3p_endo anti
396
- A6 : G C3p_endo syn
397
- A7 : A C3p_exo syn
398
- A8 : A C3p_exo anti
399
- A9 : C C4p_exo anti
400
- A10 : A C3p_endo anti
401
- A11 : C C3p_endo anti
402
- A12 : C O4p_endo anti
403
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
404
- A1-A2 : adjacent_5p upward
405
- A3-A4 : adjacent_5p upward
406
- A4-A5 : adjacent_5p upward
407
- A5-A6 : adjacent_5p inward pairing
408
- A7-A8 : adjacent_5p upward pairing
409
- A8-A9 : adjacent_5p upward
410
- A9-A10 : adjacent_5p upward pairing
411
- A10-A11 : adjacent_5p upward
412
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
413
- Number of stackings = 8
414
- Number of adjacent stackings = 8
415
- Number of non adjacent stackings = 0
416
- Base-pairs ------------------------------------------------------
417
- A1-A12 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
418
- A2-A11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
419
- A3-A10 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
420
- A4-A9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
421
- A5-A6 : U-G O2'/C8 adjacent_5p inward pairing
422
- A5-A8 : U-A O2'/Ww O2'/Bh pairing
423
- A7-A8 : A-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
424
- A7-A9 : A-C Ss/O2P pairing
425
- A9-A10 : C-A O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
426
- Residue conformations -------------------------------------------
427
- A1 : G O4p_exo anti
428
- A2 : G C3p_endo anti
429
- A3 : U C3p_endo anti
430
- A4 : G C3p_endo anti
431
- A5 : U C3p_endo anti
432
- A6 : G C3p_endo syn
433
- A7 : A C3p_exo syn
434
- A8 : A C2p_endo syn
435
- A9 : C C4p_exo anti
436
- A10 : A C3p_endo anti
437
- A11 : C C3p_endo anti
438
- A12 : C C4p_exo anti
439
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
440
- A1-A2 : adjacent_5p upward
441
- A3-A4 : adjacent_5p upward
442
- A4-A5 : adjacent_5p upward
443
- A5-A6 : adjacent_5p inward
444
- A8-A9 : adjacent_5p upward
445
- A10-A11 : adjacent_5p upward
446
- A11-A12 : adjacent_5p upward
447
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
448
- Number of stackings = 7
449
- Number of adjacent stackings = 7
450
- Number of non adjacent stackings = 0
451
- Base-pairs ------------------------------------------------------
452
- A1-A12 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
453
- A2-A11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
454
- A3-A10 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
455
- A4-A9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
456
- A5-A8 : U-A Ss/Wh O2'/Ww O2'/Bh pairing antiparallel cis one_hbond
457
- A6-A7 : G-A O2P/Bh adjacent_5p pairing
458
- A7-A8 : A-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
459
- A9-A10 : C-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1ajf_MC DELETED
@@ -1,52 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A1 : G C3p_endo anti
3
- A2 : A C3p_endo anti
4
- A3 : C C3p_endo anti
5
- A4 : A C3p_endo anti
6
- A5 : G C3p_endo anti
7
- A6 : G C3p_endo anti
8
- A7 : G C3p_endo anti
9
- A8 : G C3p_endo anti
10
- A9 : A C3p_endo anti
11
- A10 : A C3p_endo anti
12
- A11 : A C3p_endo anti
13
- A12 : C C3p_endo anti
14
- A13 : U C3p_endo anti
15
- A14 : U C3p_endo anti
16
- A15 : U C3p_endo anti
17
- A16 : G C3p_endo anti
18
- A17 : U C3p_endo anti
19
- A18 : C C3p_endo anti
20
- A19 : NCO
21
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
22
- A1-A2 : adjacent_5p upward
23
- A2-A3 : adjacent_5p upward
24
- A3-A4 : adjacent_5p upward
25
- A4-A5 : adjacent_5p upward
26
- A5-A6 : adjacent_5p upward
27
- A6-A7 : adjacent_5p upward
28
- A7-A8 : adjacent_5p upward
29
- A9-A10 : adjacent_5p upward
30
- A10-A11 : adjacent_5p upward
31
- A11-A12 : adjacent_5p upward
32
- A12-A13 : adjacent_5p upward
33
- A13-A14 : adjacent_5p upward
34
- A14-A15 : adjacent_5p upward
35
- A15-A16 : adjacent_5p upward
36
- A16-A17 : adjacent_5p upward
37
- A17-A18 : adjacent_5p upward
38
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
39
- A4-A16 : outward
40
- Number of stackings = 17
41
- Number of adjacent stackings = 16
42
- Number of non adjacent stackings = 1
43
- Base-pairs ------------------------------------------------------
44
- A1-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
45
- A2-A17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
46
- A3-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
47
- A4-A15 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
48
- A5-A14 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
49
- A6-A13 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
50
- A7-A12 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
51
- A8-A10 : G-A Ss/O2P pairing
52
- A8-A11 : G-A Ss/Hh O2'/Bh Bs/O2P pairing antiparallel trans XI
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1ajl_MC DELETED
@@ -1,48 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A2 : G C3p_endo anti
3
- A3 : G C3p_endo anti
4
- A4 : U C3p_endo anti
5
- A5 : A C3p_endo anti
6
- A6 : A O4p_endo anti
7
- A7 : U C2p_endo anti
8
- A8 : A C2p_endo anti
9
- A9 : A O4p_endo anti
10
- A10 : G C3p_endo anti
11
- A11 : C C3p_endo anti
12
- A12 : U C3p_endo anti
13
- A13 : C C3p_endo anti
14
- B18 : G C3p_endo anti
15
- B19 : A C3p_endo anti
16
- B20 : G C3p_endo anti
17
- B21 : U C3p_endo anti
18
- B22 : A C3p_endo anti
19
- B23 : C C3p_endo anti
20
- B24 : C C3p_endo anti
21
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
22
- A3-A4 : adjacent_5p upward
23
- A5-A6 : adjacent_5p upward
24
- A8-A9 : adjacent_5p upward
25
- A10-A11 : adjacent_5p upward
26
- A12-A13 : adjacent_5p upward
27
- B18-B19 : adjacent_5p upward
28
- B19-B20 : adjacent_5p upward
29
- B20-B21 : adjacent_5p upward
30
- B22-B23 : adjacent_5p upward pairing
31
- B23-B24 : adjacent_5p upward
32
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
33
- A5-B22 : outward
34
- Number of stackings = 11
35
- Number of adjacent stackings = 10
36
- Number of non adjacent stackings = 1
37
- Base-pairs ------------------------------------------------------
38
- A2-B21 : G-U Hh/O2P pairing
39
- A2-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
40
- A3-B23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
41
- A4-B22 : U-A Ws/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 46
42
- A6-A9 : A-A O2'/Bh pairing
43
- A7-A8 : U-A O2P/Bh adjacent_5p pairing
44
- A10-B21 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
45
- A11-B20 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
46
- A12-B19 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
47
- A13-B18 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
48
- B22-B23 : A-C O2P/Bh adjacent_5p upward pairing
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1ajt_MC DELETED
@@ -1,46 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A2 : G C3p_endo anti
3
- A3 : G C3p_endo anti
4
- A4 : U C3p_endo anti
5
- A5 : A C3p_endo anti
6
- A6 : A C3p_exo anti
7
- A7 : U C2p_endo anti
8
- A8 : A C2p_endo anti
9
- A9 : A O4p_endo anti
10
- A10 : G C3p_endo anti
11
- A11 : C C2p_exo anti
12
- A12 : U C3p_endo anti
13
- A13 : C C3p_endo anti
14
- B18 : G C3p_endo anti
15
- B19 : A C3p_endo anti
16
- B20 : G C3p_endo anti
17
- B21 : U C3p_endo anti
18
- B22 : A C3p_endo anti
19
- B23 : C C3p_endo anti
20
- B24 : C C3p_endo anti
21
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
22
- A3-A4 : adjacent_5p upward
23
- A5-A6 : adjacent_5p upward
24
- A8-A9 : adjacent_5p upward
25
- A9-A10 : adjacent_5p upward pairing
26
- A12-A13 : adjacent_5p upward
27
- B18-B19 : adjacent_5p upward
28
- B19-B20 : adjacent_5p upward
29
- B20-B21 : adjacent_5p upward
30
- B22-B23 : adjacent_5p upward pairing
31
- B23-B24 : adjacent_5p upward
32
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
33
- Number of stackings = 10
34
- Number of adjacent stackings = 10
35
- Number of non adjacent stackings = 0
36
- Base-pairs ------------------------------------------------------
37
- A2-B24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
38
- A3-B23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
39
- A4-B22 : U-A Ws/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 46
40
- A7-A8 : U-A O2P/Bh O2P/Hh adjacent_5p pairing
41
- A9-A10 : A-G O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
42
- A10-B21 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
43
- A11-B20 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
44
- A12-B19 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
45
- A13-B18 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
46
- B22-B23 : A-C O2P/Bh adjacent_5p upward pairing
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1aju_MC DELETED
@@ -1,1409 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A16 : G C3p_endo anti
3
- A17 : G C2p_exo anti
4
- A18 : C C3p_endo anti
5
- A19 : C C2p_exo anti
6
- A20 : A C3p_endo anti
7
- A21 : G C3p_endo anti
8
- A22 : A C3p_endo anti
9
- A23 : U C2p_endo anti
10
- A25 : U C2p_endo anti
11
- A26 : G C3p_endo anti
12
- A27 : A C3p_endo anti
13
- A28 : G C3p_endo anti
14
- A29 : C C3p_endo anti
15
- A30 : C C2p_endo anti
16
- A31 : U C2p_endo anti
17
- A32 : G C2p_endo anti
18
- A33 : G C2p_endo anti
19
- A34 : G C2p_endo syn
20
- A35 : A C3p_exo anti
21
- A36 : G C2p_exo anti
22
- A37 : C C3p_endo anti
23
- A38 : U C3p_endo anti
24
- A39 : C C3p_endo anti
25
- A40 : U C3p_endo anti
26
- A41 : C C3p_endo anti
27
- A42 : U C3p_endo anti
28
- A43 : G C3p_endo anti
29
- A44 : G C3p_endo anti
30
- A45 : C C3p_endo anti
31
- A46 : C C3p_endo anti
32
- A47 : ARG
33
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
34
- A16-A17 : adjacent_5p upward
35
- A17-A18 : adjacent_5p upward
36
- A18-A19 : adjacent_5p upward
37
- A20-A21 : adjacent_5p upward
38
- A21-A22 : adjacent_5p upward
39
- A26-A27 : adjacent_5p upward
40
- A27-A28 : adjacent_5p upward
41
- A28-A29 : adjacent_5p upward
42
- A29-A30 : adjacent_5p upward
43
- A36-A37 : adjacent_5p upward
44
- A38-A39 : adjacent_5p upward
45
- A39-A40 : adjacent_5p upward
46
- A41-A42 : adjacent_5p upward
47
- A42-A43 : adjacent_5p upward
48
- A43-A44 : adjacent_5p upward
49
- A44-A45 : adjacent_5p upward
50
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
51
- A20-A43 : outward
52
- A30-A34 : inward pairing
53
- A30-A36 : outward
54
- Number of stackings = 19
55
- Number of adjacent stackings = 16
56
- Number of non adjacent stackings = 3
57
- Base-pairs ------------------------------------------------------
58
- A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
59
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
60
- A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
61
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
62
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
63
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
64
- A22-A25 : A-U O2'/Hh pairing
65
- A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
66
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
67
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
68
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
69
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
70
- A30-A34 : C-G O2'/Ss O2'/C8 inward pairing
71
- A34-A35 : G-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
72
- A38-A47 : U-ARG pairing one_hbond
73
- Residue conformations -------------------------------------------
74
- A16 : G C3p_endo anti
75
- A17 : G C2p_exo anti
76
- A18 : C C3p_endo anti
77
- A19 : C C3p_endo anti
78
- A20 : A C3p_endo anti
79
- A21 : G C2p_exo anti
80
- A22 : A C3p_endo anti
81
- A23 : U C2p_endo anti
82
- A25 : U C2p_endo anti
83
- A26 : G C3p_endo anti
84
- A27 : A C3p_endo anti
85
- A28 : G C3p_endo anti
86
- A29 : C C3p_endo anti
87
- A30 : C C2p_endo anti
88
- A31 : U C2p_endo anti
89
- A32 : G C2p_endo anti
90
- A33 : G C2p_endo anti
91
- A34 : G C2p_endo syn
92
- A35 : A C2p_endo anti
93
- A36 : G C3p_endo anti
94
- A37 : C C3p_endo anti
95
- A38 : U C3p_endo anti
96
- A39 : C C3p_endo anti
97
- A40 : U C3p_endo anti
98
- A41 : C C3p_endo anti
99
- A42 : U C3p_endo anti
100
- A43 : G C3p_endo anti
101
- A44 : G C3p_endo anti
102
- A45 : C C3p_endo anti
103
- A46 : C C3p_endo anti
104
- A47 : ARG
105
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
106
- A16-A17 : adjacent_5p upward
107
- A17-A18 : adjacent_5p upward
108
- A18-A19 : adjacent_5p upward
109
- A20-A21 : adjacent_5p upward
110
- A21-A22 : adjacent_5p upward
111
- A26-A27 : adjacent_5p upward
112
- A27-A28 : adjacent_5p upward
113
- A28-A29 : adjacent_5p upward
114
- A29-A30 : adjacent_5p upward
115
- A36-A37 : adjacent_5p upward
116
- A38-A39 : adjacent_5p upward
117
- A39-A40 : adjacent_5p upward
118
- A43-A44 : adjacent_5p upward
119
- A44-A45 : adjacent_5p upward
120
- A45-A46 : adjacent_5p upward
121
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
122
- A20-A43 : outward
123
- A21-A42 : outward
124
- Number of stackings = 17
125
- Number of adjacent stackings = 15
126
- Number of non adjacent stackings = 2
127
- Base-pairs ------------------------------------------------------
128
- A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
129
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
130
- A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
131
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
132
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
133
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
134
- A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
135
- A23-A27 : U-A Ws/Hh pairing parallel cis one_hbond
136
- A25-A42 : U-U Hh/O2' pairing
137
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
138
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
139
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
140
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
141
- A31-A34 : U-G O2P/Bs pairing
142
- Residue conformations -------------------------------------------
143
- A16 : G C3p_endo anti
144
- A17 : G C3p_endo anti
145
- A18 : C C3p_endo anti
146
- A19 : C C2p_exo anti
147
- A20 : A C3p_endo anti
148
- A21 : G C3p_endo anti
149
- A22 : A C3p_endo anti
150
- A23 : U C2p_endo anti
151
- A25 : U C2p_endo anti
152
- A26 : G C3p_endo anti
153
- A27 : A C3p_endo anti
154
- A28 : G C3p_endo anti
155
- A29 : C C3p_endo anti
156
- A30 : C C2p_endo anti
157
- A31 : U C2p_endo anti
158
- A32 : G C2p_endo anti
159
- A33 : G C2p_endo anti
160
- A34 : G C2p_endo syn
161
- A35 : A C3p_endo anti
162
- A36 : G C3p_endo anti
163
- A37 : C C3p_endo anti
164
- A38 : U C3p_endo anti
165
- A39 : C C3p_endo anti
166
- A40 : U C3p_endo anti
167
- A41 : C C3p_endo anti
168
- A42 : U C3p_endo anti
169
- A43 : G C2p_exo anti
170
- A44 : G C3p_endo anti
171
- A45 : C C3p_endo anti
172
- A46 : C C3p_endo anti
173
- A47 : ARG
174
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
175
- A16-A17 : adjacent_5p upward
176
- A17-A18 : adjacent_5p upward
177
- A18-A19 : adjacent_5p upward
178
- A20-A21 : adjacent_5p upward
179
- A21-A22 : adjacent_5p upward
180
- A26-A27 : adjacent_5p upward
181
- A27-A28 : adjacent_5p upward
182
- A28-A29 : adjacent_5p upward
183
- A29-A30 : adjacent_5p upward
184
- A36-A37 : adjacent_5p upward
185
- A37-A38 : adjacent_5p upward
186
- A38-A39 : adjacent_5p upward
187
- A39-A40 : adjacent_5p upward
188
- A43-A44 : adjacent_5p upward
189
- A44-A45 : adjacent_5p upward
190
- A45-A46 : adjacent_5p upward
191
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
192
- A19-A44 : outward
193
- A20-A43 : outward
194
- A30-A36 : outward
195
- Number of stackings = 19
196
- Number of adjacent stackings = 16
197
- Number of non adjacent stackings = 3
198
- Base-pairs ------------------------------------------------------
199
- A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
200
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
201
- A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
202
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
203
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
204
- A21-A25 : G-U O2'/Hh Ss/O2' pairing
205
- A21-A26 : G-G Bs/O2P pairing
206
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
207
- A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
208
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
209
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
210
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
211
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
212
- A31-A34 : U-G O2P/Hh pairing
213
- A32-A34 : G-G O2'/Ww pairing
214
- A33-A34 : G-G O2'/Bs O2P/Ss adjacent_5p pairing
215
- A34-A35 : G-A O2P/Bh adjacent_5p pairing
216
- Residue conformations -------------------------------------------
217
- A16 : G C3p_endo anti
218
- A17 : G C3p_endo anti
219
- A18 : C C3p_endo anti
220
- A19 : C C3p_endo anti
221
- A20 : A C3p_endo anti
222
- A21 : G C3p_endo anti
223
- A22 : A C3p_endo anti
224
- A23 : U C2p_endo anti
225
- A25 : U C2p_endo anti
226
- A26 : G C2p_exo anti
227
- A27 : A C2p_exo anti
228
- A28 : G C3p_endo anti
229
- A29 : C C3p_endo anti
230
- A30 : C C2p_endo anti
231
- A31 : U C2p_endo anti
232
- A32 : G C2p_endo anti
233
- A33 : G C2p_endo anti
234
- A34 : G C2p_endo syn
235
- A35 : A C2p_endo anti
236
- A36 : G C3p_endo anti
237
- A37 : C C3p_endo anti
238
- A38 : U C3p_endo anti
239
- A39 : C C3p_endo anti
240
- A40 : U C3p_endo anti
241
- A41 : C C3p_endo anti
242
- A42 : U C3p_endo anti
243
- A43 : G C3p_endo anti
244
- A44 : G C3p_endo anti
245
- A45 : C C3p_endo anti
246
- A46 : C C3p_endo anti
247
- A47 : ARG
248
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
249
- A17-A18 : adjacent_5p upward
250
- A18-A19 : adjacent_5p upward
251
- A20-A21 : adjacent_5p upward
252
- A21-A22 : adjacent_5p upward
253
- A26-A27 : adjacent_5p upward
254
- A27-A28 : adjacent_5p upward
255
- A28-A29 : adjacent_5p upward
256
- A29-A30 : adjacent_5p upward
257
- A36-A37 : adjacent_5p upward
258
- A37-A38 : adjacent_5p upward
259
- A38-A39 : adjacent_5p upward
260
- A39-A40 : adjacent_5p upward
261
- A43-A44 : adjacent_5p upward
262
- A44-A45 : adjacent_5p upward
263
- A45-A46 : adjacent_5p upward
264
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
265
- A20-A43 : outward
266
- Number of stackings = 16
267
- Number of adjacent stackings = 15
268
- Number of non adjacent stackings = 1
269
- Base-pairs ------------------------------------------------------
270
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
271
- A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
272
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
273
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
274
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
275
- A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
276
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
277
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
278
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
279
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
280
- A30-A34 : C-G O2'/Hh pairing
281
- A31-A34 : U-G O2P/Ww pairing
282
- A32-A33 : G-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
283
- A32-A34 : G-G O2'/Ww O2'/Bs pairing
284
- A34-A36 : G-G O2'/Hh O2'/C8 pairing
285
- Residue conformations -------------------------------------------
286
- A16 : G C3p_endo anti
287
- A17 : G C3p_endo anti
288
- A18 : C C2p_exo anti
289
- A19 : C C3p_endo anti
290
- A20 : A C3p_endo anti
291
- A21 : G C2p_exo anti
292
- A22 : A C3p_endo anti
293
- A23 : U C2p_endo anti
294
- A25 : U C2p_endo anti
295
- A26 : G C3p_endo anti
296
- A27 : A C3p_endo anti
297
- A28 : G C3p_endo anti
298
- A29 : C C3p_endo anti
299
- A30 : C C2p_endo anti
300
- A31 : U C2p_endo anti
301
- A32 : G C2p_endo anti
302
- A33 : G C2p_endo anti
303
- A34 : G C2p_endo syn
304
- A35 : A C2p_endo anti
305
- A36 : G C3p_endo anti
306
- A37 : C C3p_endo anti
307
- A38 : U C3p_endo anti
308
- A39 : C C3p_endo anti
309
- A40 : U C3p_endo anti
310
- A41 : C C3p_endo anti
311
- A42 : U C3p_endo anti
312
- A43 : G C3p_endo anti
313
- A44 : G C3p_endo anti
314
- A45 : C C3p_endo anti
315
- A46 : C C3p_endo anti
316
- A47 : ARG
317
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
318
- A16-A17 : adjacent_5p upward
319
- A17-A18 : adjacent_5p upward
320
- A18-A19 : adjacent_5p upward
321
- A19-A20 : adjacent_5p upward
322
- A20-A21 : adjacent_5p upward
323
- A21-A22 : adjacent_5p upward
324
- A26-A27 : adjacent_5p upward
325
- A27-A28 : adjacent_5p upward
326
- A28-A29 : adjacent_5p upward
327
- A36-A37 : adjacent_5p upward
328
- A38-A39 : adjacent_5p upward
329
- A39-A40 : adjacent_5p upward
330
- A40-A41 : adjacent_5p upward
331
- A42-A43 : adjacent_5p upward
332
- A43-A44 : adjacent_5p upward
333
- A44-A45 : adjacent_5p upward
334
- A45-A46 : adjacent_5p upward
335
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
336
- A20-A43 : outward
337
- A21-A42 : outward
338
- A30-A36 : outward
339
- Number of stackings = 20
340
- Number of adjacent stackings = 17
341
- Number of non adjacent stackings = 3
342
- Base-pairs ------------------------------------------------------
343
- A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
344
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
345
- A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
346
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
347
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
348
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
349
- A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
350
- A23-A27 : U-A Ww/Hh pairing parallel cis one_hbond
351
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
352
- A26-A40 : G-U Bs/O2' pairing
353
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
354
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
355
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
356
- A30-A34 : C-G O2'/Ww pairing
357
- A32-A33 : G-G Sw/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond 109
358
- A33-A34 : G-G O2P/Bs adjacent_5p pairing
359
- Residue conformations -------------------------------------------
360
- A16 : G C3p_endo anti
361
- A17 : G C2p_exo anti
362
- A18 : C C3p_endo anti
363
- A19 : C C2p_exo anti
364
- A20 : A C3p_endo anti
365
- A21 : G C3p_endo anti
366
- A22 : A C3p_endo anti
367
- A23 : U C2p_endo anti
368
- A25 : U C2p_endo anti
369
- A26 : G C3p_endo anti
370
- A27 : A C3p_endo anti
371
- A28 : G C3p_endo anti
372
- A29 : C C3p_endo anti
373
- A30 : C C2p_endo anti
374
- A31 : U C2p_endo anti
375
- A32 : G C2p_endo anti
376
- A33 : G C2p_endo anti
377
- A34 : G C2p_endo anti
378
- A35 : A C2p_endo anti
379
- A36 : G C2p_exo anti
380
- A37 : C C3p_endo anti
381
- A38 : U C3p_endo anti
382
- A39 : C C3p_endo anti
383
- A40 : U C3p_endo anti
384
- A41 : C C3p_endo anti
385
- A42 : U C2p_exo anti
386
- A43 : G C3p_endo anti
387
- A44 : G C3p_endo anti
388
- A45 : C C3p_endo anti
389
- A46 : C C3p_endo anti
390
- A47 : ARG
391
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
392
- A16-A17 : adjacent_5p upward
393
- A17-A18 : adjacent_5p upward
394
- A18-A19 : adjacent_5p upward
395
- A20-A21 : adjacent_5p upward
396
- A21-A22 : adjacent_5p upward
397
- A26-A27 : adjacent_5p upward
398
- A27-A28 : adjacent_5p upward
399
- A28-A29 : adjacent_5p upward
400
- A36-A37 : adjacent_5p upward
401
- A37-A38 : adjacent_5p upward
402
- A38-A39 : adjacent_5p upward
403
- A39-A40 : adjacent_5p upward
404
- A43-A44 : adjacent_5p upward
405
- A44-A45 : adjacent_5p upward
406
- A45-A46 : adjacent_5p upward
407
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
408
- A20-A43 : outward
409
- A30-A36 : outward
410
- Number of stackings = 17
411
- Number of adjacent stackings = 15
412
- Number of non adjacent stackings = 2
413
- Base-pairs ------------------------------------------------------
414
- A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
415
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
416
- A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
417
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
418
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
419
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
420
- A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
421
- A23-A27 : U-A Ww/Hh pairing parallel cis XXIII
422
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
423
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
424
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
425
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
426
- A30-A34 : C-G O2'/Hh pairing
427
- A34-A36 : G-G Ww/O2' pairing
428
- A34-A37 : G-C Ww/O2P pairing
429
- Residue conformations -------------------------------------------
430
- A16 : G C3p_endo anti
431
- A17 : G C3p_endo anti
432
- A18 : C C3p_endo anti
433
- A19 : C C2p_exo anti
434
- A20 : A C3p_endo anti
435
- A21 : G C3p_endo anti
436
- A22 : A C2p_exo anti
437
- A23 : U C2p_endo anti
438
- A25 : U C2p_endo anti
439
- A26 : G C3p_endo anti
440
- A27 : A C3p_endo anti
441
- A28 : G C3p_endo anti
442
- A29 : C C3p_endo anti
443
- A30 : C C2p_endo anti
444
- A31 : U C2p_endo anti
445
- A32 : G C2p_endo anti
446
- A33 : G C2p_endo anti
447
- A34 : G C2p_endo syn
448
- A35 : A C3p_exo anti
449
- A36 : G C3p_endo anti
450
- A37 : C C3p_endo anti
451
- A38 : U C3p_endo anti
452
- A39 : C C3p_endo anti
453
- A40 : U C3p_endo anti
454
- A41 : C C3p_endo anti
455
- A42 : U C3p_endo anti
456
- A43 : G C3p_endo anti
457
- A44 : G C3p_endo anti
458
- A45 : C C3p_endo anti
459
- A46 : C C3p_endo anti
460
- A47 : ARG
461
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
462
- A16-A17 : adjacent_5p upward
463
- A17-A18 : adjacent_5p upward
464
- A18-A19 : adjacent_5p upward
465
- A20-A21 : adjacent_5p upward
466
- A21-A22 : adjacent_5p upward
467
- A26-A27 : adjacent_5p upward
468
- A27-A28 : adjacent_5p upward
469
- A28-A29 : adjacent_5p upward
470
- A36-A37 : adjacent_5p upward
471
- A38-A39 : adjacent_5p upward
472
- A39-A40 : adjacent_5p upward
473
- A40-A41 : adjacent_5p upward
474
- A42-A43 : adjacent_5p upward
475
- A43-A44 : adjacent_5p upward
476
- A44-A45 : adjacent_5p upward
477
- A45-A46 : adjacent_5p upward
478
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
479
- A20-A43 : outward
480
- Number of stackings = 17
481
- Number of adjacent stackings = 16
482
- Number of non adjacent stackings = 1
483
- Base-pairs ------------------------------------------------------
484
- A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
485
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
486
- A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
487
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
488
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
489
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
490
- A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
491
- A25-A42 : U-U Hh/O2' pairing
492
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
493
- A26-A40 : G-U Bs/O2' pairing
494
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
495
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
496
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
497
- A30-A32 : C-G O2'/Hh pairing
498
- A32-A34 : G-G Bs/O2P Ss/O2P pairing
499
- A34-A36 : G-G Ss/O2' pairing
500
- Residue conformations -------------------------------------------
501
- A16 : G C3p_endo anti
502
- A17 : G C2p_exo anti
503
- A18 : C C3p_endo anti
504
- A19 : C C3p_endo anti
505
- A20 : A C3p_endo anti
506
- A21 : G C2p_exo anti
507
- A22 : A C3p_endo anti
508
- A23 : U C2p_endo anti
509
- A25 : U C2p_endo anti
510
- A26 : G C2p_exo anti
511
- A27 : A C3p_endo anti
512
- A28 : G C3p_endo anti
513
- A29 : C C3p_endo anti
514
- A30 : C C2p_endo syn
515
- A31 : U C2p_endo anti
516
- A32 : G C2p_endo anti
517
- A33 : G C2p_endo anti
518
- A34 : G C2p_endo syn
519
- A35 : A C3p_exo anti
520
- A36 : G C2p_exo anti
521
- A37 : C C3p_endo anti
522
- A38 : U C3p_endo anti
523
- A39 : C C3p_endo anti
524
- A40 : U C2p_exo anti
525
- A41 : C C3p_endo anti
526
- A42 : U C3p_endo anti
527
- A43 : G C3p_endo anti
528
- A44 : G C3p_endo anti
529
- A45 : C C2p_exo anti
530
- A46 : C C3p_endo anti
531
- A47 : ARG
532
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
533
- A16-A17 : adjacent_5p upward
534
- A17-A18 : adjacent_5p upward
535
- A18-A19 : adjacent_5p upward
536
- A20-A21 : adjacent_5p upward
537
- A21-A22 : adjacent_5p upward
538
- A26-A27 : adjacent_5p upward
539
- A27-A28 : adjacent_5p upward
540
- A28-A29 : adjacent_5p upward
541
- A32-A33 : adjacent_5p outward
542
- A36-A37 : adjacent_5p upward
543
- A37-A38 : adjacent_5p upward
544
- A38-A39 : adjacent_5p upward
545
- A39-A40 : adjacent_5p upward
546
- A41-A42 : adjacent_5p upward
547
- A43-A44 : adjacent_5p upward
548
- A44-A45 : adjacent_5p upward
549
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
550
- A20-A43 : outward
551
- Number of stackings = 17
552
- Number of adjacent stackings = 16
553
- Number of non adjacent stackings = 1
554
- Base-pairs ------------------------------------------------------
555
- A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
556
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
557
- A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
558
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
559
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
560
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
561
- A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
562
- A25-A42 : U-U Hh/O2' pairing
563
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
564
- A26-A40 : G-U Bs/O2' pairing
565
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
566
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
567
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
568
- Residue conformations -------------------------------------------
569
- A16 : G C3p_endo anti
570
- A17 : G C2p_exo anti
571
- A18 : C C3p_endo anti
572
- A19 : C C2p_exo anti
573
- A20 : A C3p_endo anti
574
- A21 : G C2p_exo anti
575
- A22 : A C3p_endo anti
576
- A23 : U C2p_endo anti
577
- A25 : U C2p_endo anti
578
- A26 : G C3p_endo anti
579
- A27 : A C3p_endo anti
580
- A28 : G C3p_endo anti
581
- A29 : C C2p_exo anti
582
- A30 : C C2p_endo anti
583
- A31 : U C2p_endo anti
584
- A32 : G C3p_exo anti
585
- A33 : G C2p_endo anti
586
- A34 : G C2p_endo syn
587
- A35 : A C3p_endo anti
588
- A36 : G C2p_exo anti
589
- A37 : C C3p_endo anti
590
- A38 : U C3p_endo anti
591
- A39 : C C3p_endo anti
592
- A40 : U C3p_endo anti
593
- A41 : C C3p_endo anti
594
- A42 : U C3p_endo anti
595
- A43 : G C3p_endo anti
596
- A44 : G C3p_endo anti
597
- A45 : C C3p_endo anti
598
- A46 : C C3p_endo anti
599
- A47 : ARG
600
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
601
- A16-A17 : adjacent_5p upward
602
- A17-A18 : adjacent_5p upward
603
- A18-A19 : adjacent_5p upward
604
- A20-A21 : adjacent_5p upward
605
- A21-A22 : adjacent_5p upward
606
- A26-A27 : adjacent_5p upward
607
- A27-A28 : adjacent_5p upward
608
- A28-A29 : adjacent_5p upward
609
- A36-A37 : adjacent_5p upward
610
- A37-A38 : adjacent_5p upward
611
- A38-A39 : adjacent_5p upward
612
- A39-A40 : adjacent_5p upward
613
- A40-A41 : adjacent_5p upward
614
- A41-A42 : adjacent_5p upward
615
- A42-A43 : adjacent_5p upward
616
- A43-A44 : adjacent_5p upward
617
- A44-A45 : adjacent_5p upward
618
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
619
- A20-A43 : outward
620
- A30-A36 : outward
621
- Number of stackings = 19
622
- Number of adjacent stackings = 17
623
- Number of non adjacent stackings = 2
624
- Base-pairs ------------------------------------------------------
625
- A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
626
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
627
- A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
628
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
629
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
630
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
631
- A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
632
- A23-A27 : U-A Ww/Hh pairing parallel cis one_hbond
633
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
634
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
635
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
636
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
637
- A30-A34 : C-G O2'/Ww pairing
638
- A30-A35 : C-A O2'/Bh pairing
639
- A32-A33 : G-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
640
- A33-A34 : G-G O2P/Bs adjacent_5p pairing
641
- Residue conformations -------------------------------------------
642
- A16 : G C3p_endo anti
643
- A17 : G C3p_endo anti
644
- A18 : C C3p_endo anti
645
- A19 : C C3p_endo anti
646
- A20 : A C3p_endo anti
647
- A21 : G C3p_endo anti
648
- A22 : A C3p_endo anti
649
- A23 : U C2p_endo anti
650
- A25 : U C2p_endo anti
651
- A26 : G C3p_endo anti
652
- A27 : A C3p_endo anti
653
- A28 : G C3p_endo anti
654
- A29 : C C3p_endo anti
655
- A30 : C C2p_endo anti
656
- A31 : U C2p_endo anti
657
- A32 : G C3p_exo anti
658
- A33 : G C2p_endo anti
659
- A34 : G C2p_endo anti
660
- A35 : A C2p_exo anti
661
- A36 : G C3p_endo anti
662
- A37 : C C3p_endo anti
663
- A38 : U C3p_endo anti
664
- A39 : C C3p_endo anti
665
- A40 : U C3p_endo anti
666
- A41 : C C3p_endo anti
667
- A42 : U C3p_endo anti
668
- A43 : G C3p_endo anti
669
- A44 : G C3p_endo anti
670
- A45 : C C3p_endo anti
671
- A46 : C C3p_endo anti
672
- A47 : ARG
673
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
674
- A16-A17 : adjacent_5p upward
675
- A17-A18 : adjacent_5p upward
676
- A18-A19 : adjacent_5p upward
677
- A19-A20 : adjacent_5p upward
678
- A20-A21 : adjacent_5p upward
679
- A21-A22 : adjacent_5p upward
680
- A26-A27 : adjacent_5p upward
681
- A27-A28 : adjacent_5p upward
682
- A28-A29 : adjacent_5p upward
683
- A32-A33 : adjacent_5p outward pairing
684
- A36-A37 : adjacent_5p upward
685
- A38-A39 : adjacent_5p upward
686
- A39-A40 : adjacent_5p upward
687
- A40-A41 : adjacent_5p upward
688
- A43-A44 : adjacent_5p upward
689
- A44-A45 : adjacent_5p upward
690
- A45-A46 : adjacent_5p upward
691
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
692
- A20-A43 : outward
693
- A34-A36 : outward
694
- Number of stackings = 19
695
- Number of adjacent stackings = 17
696
- Number of non adjacent stackings = 2
697
- Base-pairs ------------------------------------------------------
698
- A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
699
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
700
- A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
701
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
702
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
703
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
704
- A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
705
- A23-A27 : U-A Ws/Hh pairing parallel cis one_hbond
706
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
707
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
708
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
709
- A29-A30 : C-C Ss/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
710
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
711
- A30-A37 : C-C Ww/O2' Bh/O2' pairing
712
- A32-A33 : G-G O2P/Bs adjacent_5p outward pairing
713
- Residue conformations -------------------------------------------
714
- A16 : G C3p_endo anti
715
- A17 : G C3p_endo anti
716
- A18 : C C3p_endo anti
717
- A19 : C C3p_endo anti
718
- A20 : A C3p_endo anti
719
- A21 : G C3p_endo anti
720
- A22 : A C3p_endo anti
721
- A23 : U C2p_endo anti
722
- A25 : U C2p_endo anti
723
- A26 : G C3p_endo anti
724
- A27 : A C2p_exo anti
725
- A28 : G C3p_endo anti
726
- A29 : C C2p_exo anti
727
- A30 : C C2p_endo anti
728
- A31 : U C2p_endo anti
729
- A32 : G C2p_endo anti
730
- A33 : G C2p_endo anti
731
- A34 : G C2p_endo syn
732
- A35 : A C2p_endo anti
733
- A36 : G C2p_exo anti
734
- A37 : C C3p_endo anti
735
- A38 : U C3p_endo anti
736
- A39 : C C3p_endo anti
737
- A40 : U C3p_endo anti
738
- A41 : C C2p_exo anti
739
- A42 : U C3p_endo anti
740
- A43 : G C3p_endo anti
741
- A44 : G C3p_endo anti
742
- A45 : C C3p_endo anti
743
- A46 : C C2p_exo anti
744
- A47 : ARG
745
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
746
- A16-A17 : adjacent_5p upward
747
- A17-A18 : adjacent_5p upward
748
- A18-A19 : adjacent_5p upward
749
- A19-A20 : adjacent_5p upward
750
- A20-A21 : adjacent_5p upward
751
- A21-A22 : adjacent_5p upward
752
- A26-A27 : adjacent_5p upward
753
- A27-A28 : adjacent_5p upward
754
- A28-A29 : adjacent_5p upward
755
- A29-A30 : adjacent_5p upward
756
- A36-A37 : adjacent_5p upward
757
- A37-A38 : adjacent_5p upward
758
- A38-A39 : adjacent_5p upward
759
- A39-A40 : adjacent_5p upward
760
- A43-A44 : adjacent_5p upward
761
- A44-A45 : adjacent_5p upward
762
- A45-A46 : adjacent_5p upward
763
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
764
- A17-A46 : outward
765
- A20-A43 : outward
766
- A30-A36 : outward
767
- Number of stackings = 20
768
- Number of adjacent stackings = 17
769
- Number of non adjacent stackings = 3
770
- Base-pairs ------------------------------------------------------
771
- A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
772
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
773
- A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
774
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
775
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
776
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
777
- A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
778
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
779
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
780
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
781
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
782
- A33-A34 : G-G O2'/Ss adjacent_5p pairing
783
- A34-A36 : G-G Ww/O2' Ss/O2' pairing
784
- Residue conformations -------------------------------------------
785
- A16 : G C3p_endo anti
786
- A17 : G C3p_endo anti
787
- A18 : C C3p_endo anti
788
- A19 : C C3p_endo anti
789
- A20 : A C3p_endo anti
790
- A21 : G C2p_exo anti
791
- A22 : A C2p_exo anti
792
- A23 : U C2p_endo anti
793
- A25 : U C2p_endo anti
794
- A26 : G C3p_endo anti
795
- A27 : A C3p_endo anti
796
- A28 : G C3p_endo anti
797
- A29 : C C3p_endo anti
798
- A30 : C C2p_endo syn
799
- A31 : U C2p_endo anti
800
- A32 : G C2p_endo anti
801
- A33 : G C2p_endo anti
802
- A34 : G C2p_endo syn
803
- A35 : A C2p_exo anti
804
- A36 : G C2p_exo anti
805
- A37 : C C3p_endo anti
806
- A38 : U C3p_endo anti
807
- A39 : C C3p_endo anti
808
- A40 : U C2p_exo anti
809
- A41 : C C3p_endo anti
810
- A42 : U C3p_endo anti
811
- A43 : G C3p_endo anti
812
- A44 : G C3p_endo anti
813
- A45 : C C3p_endo anti
814
- A46 : C C3p_endo anti
815
- A47 : ARG
816
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
817
- A16-A17 : adjacent_5p upward
818
- A17-A18 : adjacent_5p upward
819
- A18-A19 : adjacent_5p upward
820
- A20-A21 : adjacent_5p upward
821
- A21-A22 : adjacent_5p upward
822
- A26-A27 : adjacent_5p upward
823
- A27-A28 : adjacent_5p upward
824
- A28-A29 : adjacent_5p upward
825
- A36-A37 : adjacent_5p upward
826
- A37-A38 : adjacent_5p upward
827
- A38-A39 : adjacent_5p upward
828
- A39-A40 : adjacent_5p upward
829
- A40-A41 : adjacent_5p upward
830
- A43-A44 : adjacent_5p upward
831
- A44-A45 : adjacent_5p upward
832
- A45-A46 : adjacent_5p upward
833
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
834
- A20-A43 : outward
835
- Number of stackings = 17
836
- Number of adjacent stackings = 16
837
- Number of non adjacent stackings = 1
838
- Base-pairs ------------------------------------------------------
839
- A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
840
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
841
- A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
842
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
843
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
844
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
845
- A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
846
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
847
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
848
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
849
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
850
- A34-A36 : G-G O2'/C8 pairing
851
- A35-A36 : A-G O2P/Hh adjacent_5p pairing
852
- Residue conformations -------------------------------------------
853
- A16 : G C3p_endo anti
854
- A17 : G C3p_endo anti
855
- A18 : C C3p_endo anti
856
- A19 : C C2p_exo anti
857
- A20 : A C3p_endo anti
858
- A21 : G C2p_exo anti
859
- A22 : A C3p_endo anti
860
- A23 : U C2p_endo anti
861
- A25 : U C2p_endo anti
862
- A26 : G C3p_endo anti
863
- A27 : A C3p_endo anti
864
- A28 : G C3p_endo anti
865
- A29 : C C3p_endo anti
866
- A30 : C C2p_endo anti
867
- A31 : U C2p_endo anti
868
- A32 : G C2p_endo anti
869
- A33 : G C2p_endo anti
870
- A34 : G C2p_endo anti
871
- A35 : A C2p_exo anti
872
- A36 : G C2p_exo anti
873
- A37 : C C3p_endo anti
874
- A38 : U C3p_endo anti
875
- A39 : C C3p_endo anti
876
- A40 : U C3p_endo anti
877
- A41 : C C3p_endo anti
878
- A42 : U C3p_endo anti
879
- A43 : G C3p_endo anti
880
- A44 : G C3p_endo anti
881
- A45 : C C3p_endo anti
882
- A46 : C C3p_endo anti
883
- A47 : ARG
884
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
885
- A16-A17 : adjacent_5p upward
886
- A17-A18 : adjacent_5p upward
887
- A20-A21 : adjacent_5p upward
888
- A21-A22 : adjacent_5p upward
889
- A26-A27 : adjacent_5p upward
890
- A27-A28 : adjacent_5p upward
891
- A28-A29 : adjacent_5p upward
892
- A36-A37 : adjacent_5p upward
893
- A38-A39 : adjacent_5p upward
894
- A39-A40 : adjacent_5p upward
895
- A40-A41 : adjacent_5p upward
896
- A42-A43 : adjacent_5p upward
897
- A43-A44 : adjacent_5p upward
898
- A44-A45 : adjacent_5p upward
899
- A45-A46 : adjacent_5p upward
900
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
901
- A20-A43 : outward
902
- Number of stackings = 16
903
- Number of adjacent stackings = 15
904
- Number of non adjacent stackings = 1
905
- Base-pairs ------------------------------------------------------
906
- A16-A45 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
907
- A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
908
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
909
- A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
910
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
911
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
912
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
913
- A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
914
- A25-A42 : U-U Hh/O2' pairing
915
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
916
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
917
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
918
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
919
- A34-A35 : G-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
920
- A38-A47 : U-ARG pairing one_hbond
921
- Residue conformations -------------------------------------------
922
- A16 : G C3p_endo anti
923
- A17 : G C3p_endo anti
924
- A18 : C C3p_endo anti
925
- A19 : C C3p_endo anti
926
- A20 : A C3p_endo anti
927
- A21 : G C3p_endo anti
928
- A22 : A C2p_exo anti
929
- A23 : U C2p_endo anti
930
- A25 : U C2p_endo anti
931
- A26 : G C2p_exo anti
932
- A27 : A C2p_exo anti
933
- A28 : G C3p_endo anti
934
- A29 : C C3p_endo anti
935
- A30 : C C2p_endo anti
936
- A31 : U C2p_endo anti
937
- A32 : G C2p_endo anti
938
- A33 : G C2p_endo anti
939
- A34 : G C2p_endo syn
940
- A35 : A C2p_endo anti
941
- A36 : G C2p_exo anti
942
- A37 : C C3p_endo anti
943
- A38 : U C3p_endo anti
944
- A39 : C C3p_endo anti
945
- A40 : U C3p_endo anti
946
- A41 : C C2p_exo anti
947
- A42 : U C3p_endo anti
948
- A43 : G C3p_endo anti
949
- A44 : G C3p_endo anti
950
- A45 : C C3p_endo anti
951
- A46 : C C3p_endo anti
952
- A47 : ARG
953
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
954
- A16-A17 : adjacent_5p upward
955
- A17-A18 : adjacent_5p upward
956
- A18-A19 : adjacent_5p upward
957
- A20-A21 : adjacent_5p upward
958
- A21-A22 : adjacent_5p upward
959
- A26-A27 : adjacent_5p upward
960
- A27-A28 : adjacent_5p upward
961
- A28-A29 : adjacent_5p upward
962
- A36-A37 : adjacent_5p upward
963
- A38-A39 : adjacent_5p upward
964
- A39-A40 : adjacent_5p upward
965
- A43-A44 : adjacent_5p upward
966
- A44-A45 : adjacent_5p upward
967
- A45-A46 : adjacent_5p upward
968
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
969
- A20-A43 : outward
970
- Number of stackings = 15
971
- Number of adjacent stackings = 14
972
- Number of non adjacent stackings = 1
973
- Base-pairs ------------------------------------------------------
974
- A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
975
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
976
- A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
977
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
978
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
979
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
980
- A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
981
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
982
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
983
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
984
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
985
- Residue conformations -------------------------------------------
986
- A16 : G C3p_endo anti
987
- A17 : G C3p_endo anti
988
- A18 : C C3p_endo anti
989
- A19 : C C2p_exo anti
990
- A20 : A C3p_endo anti
991
- A21 : G C3p_endo anti
992
- A22 : A C3p_endo anti
993
- A23 : U C2p_endo anti
994
- A25 : U C2p_endo anti
995
- A26 : G C3p_endo anti
996
- A27 : A C2p_exo anti
997
- A28 : G C3p_endo anti
998
- A29 : C C2p_exo anti
999
- A30 : C C2p_endo syn
1000
- A31 : U C2p_endo anti
1001
- A32 : G C2p_endo anti
1002
- A33 : G C2p_endo anti
1003
- A34 : G C2p_endo syn
1004
- A35 : A C2p_endo anti
1005
- A36 : G C3p_endo anti
1006
- A37 : C C3p_endo anti
1007
- A38 : U C3p_endo anti
1008
- A39 : C C2p_exo anti
1009
- A40 : U C3p_endo anti
1010
- A41 : C C3p_endo anti
1011
- A42 : U C3p_endo anti
1012
- A43 : G C3p_endo anti
1013
- A44 : G C3p_endo anti
1014
- A45 : C C3p_endo anti
1015
- A46 : C C3p_endo anti
1016
- A47 : ARG
1017
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1018
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1019
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1020
- A18-A19 : adjacent_5p upward
1021
- A19-A20 : adjacent_5p upward
1022
- A20-A21 : adjacent_5p upward
1023
- A21-A22 : adjacent_5p upward
1024
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1025
- A27-A28 : adjacent_5p upward
1026
- A28-A29 : adjacent_5p upward
1027
- A36-A37 : adjacent_5p upward
1028
- A37-A38 : adjacent_5p upward
1029
- A38-A39 : adjacent_5p upward
1030
- A39-A40 : adjacent_5p upward
1031
- A40-A41 : adjacent_5p upward
1032
- A41-A42 : adjacent_5p upward
1033
- A43-A44 : adjacent_5p upward
1034
- A44-A45 : adjacent_5p upward
1035
- A45-A46 : adjacent_5p upward
1036
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1037
- A19-A44 : outward
1038
- A20-A43 : outward
1039
- A23-A26 : downward
1040
- Number of stackings = 21
1041
- Number of adjacent stackings = 18
1042
- Number of non adjacent stackings = 3
1043
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1044
- A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1045
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1046
- A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1047
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1048
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1049
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1050
- A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1051
- A25-A42 : U-U Hh/O2' pairing
1052
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1053
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1054
- A28-A30 : G-C Ss/Hw O2'/Bh pairing antiparallel trans one_hbond
1055
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1056
- A29-A30 : C-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
1057
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1058
- A30-A36 : C-G O2'/Bs pairing
1059
- A31-A34 : U-G O2P/Hh pairing
1060
- A32-A34 : G-G O2P/Bs O2P/Ss O2P/Bs pairing
1061
- Residue conformations -------------------------------------------
1062
- A16 : G C3p_endo anti
1063
- A17 : G C2p_exo anti
1064
- A18 : C C3p_endo anti
1065
- A19 : C C3p_endo anti
1066
- A20 : A C2p_exo anti
1067
- A21 : G C3p_endo anti
1068
- A22 : A C3p_endo anti
1069
- A23 : U C2p_endo anti
1070
- A25 : U C2p_endo anti
1071
- A26 : G C3p_endo anti
1072
- A27 : A C3p_endo anti
1073
- A28 : G C3p_endo anti
1074
- A29 : C C3p_endo anti
1075
- A30 : C C2p_endo anti
1076
- A31 : U C2p_endo anti
1077
- A32 : G C2p_endo anti
1078
- A33 : G C2p_endo anti
1079
- A34 : G C2p_endo syn
1080
- A35 : A C3p_exo anti
1081
- A36 : G C2p_exo anti
1082
- A37 : C C3p_endo anti
1083
- A38 : U C3p_endo anti
1084
- A39 : C C3p_endo anti
1085
- A40 : U C3p_endo anti
1086
- A41 : C C3p_endo anti
1087
- A42 : U C3p_endo anti
1088
- A43 : G C3p_endo anti
1089
- A44 : G C3p_endo anti
1090
- A45 : C C3p_endo anti
1091
- A46 : C C3p_endo anti
1092
- A47 : ARG
1093
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1094
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1095
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1096
- A18-A19 : adjacent_5p upward
1097
- A19-A20 : adjacent_5p upward
1098
- A20-A21 : adjacent_5p upward
1099
- A21-A22 : adjacent_5p upward
1100
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1101
- A27-A28 : adjacent_5p upward
1102
- A28-A29 : adjacent_5p upward
1103
- A29-A30 : adjacent_5p upward
1104
- A36-A37 : adjacent_5p upward
1105
- A38-A39 : adjacent_5p upward
1106
- A39-A40 : adjacent_5p upward
1107
- A40-A41 : adjacent_5p upward
1108
- A41-A42 : adjacent_5p upward
1109
- A43-A44 : adjacent_5p upward
1110
- A44-A45 : adjacent_5p upward
1111
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1112
- A20-A43 : outward
1113
- A22-A26 : upward
1114
- Number of stackings = 19
1115
- Number of adjacent stackings = 17
1116
- Number of non adjacent stackings = 2
1117
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1118
- A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1119
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1120
- A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1121
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1122
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1123
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1124
- A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1125
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1126
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1127
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1128
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1129
- A31-A34 : U-G Hh/Hh O2P/Ss O2P/C8 pairing parallel trans one_hbond
1130
- A32-A33 : G-G Sw/Hw adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
1131
- A32-A34 : G-G O2'/Ww O2'/Bs pairing
1132
- A33-A34 : G-G O2'/Bs O2'/Ss adjacent_5p pairing
1133
- A33-A35 : G-A Ss/Wh O2'/Bh pairing parallel trans one_hbond
1134
- A34-A36 : G-G O2'/C8 pairing
1135
- Residue conformations -------------------------------------------
1136
- A16 : G C3p_endo anti
1137
- A17 : G C3p_endo anti
1138
- A18 : C C3p_endo anti
1139
- A19 : C C2p_exo anti
1140
- A20 : A C3p_endo anti
1141
- A21 : G C3p_endo anti
1142
- A22 : A C2p_exo anti
1143
- A23 : U C2p_endo anti
1144
- A25 : U C2p_endo anti
1145
- A26 : G C3p_endo anti
1146
- A27 : A C3p_endo anti
1147
- A28 : G C3p_endo anti
1148
- A29 : C C2p_exo anti
1149
- A30 : C C2p_endo syn
1150
- A31 : U C2p_endo anti
1151
- A32 : G C3p_exo anti
1152
- A33 : G C2p_endo anti
1153
- A34 : G C2p_endo syn
1154
- A35 : A C2p_endo anti
1155
- A36 : G C2p_exo anti
1156
- A37 : C C3p_endo anti
1157
- A38 : U C3p_endo anti
1158
- A39 : C C3p_endo anti
1159
- A40 : U C3p_endo anti
1160
- A41 : C C3p_endo anti
1161
- A42 : U C3p_endo anti
1162
- A43 : G C2p_exo anti
1163
- A44 : G C3p_endo anti
1164
- A45 : C C3p_endo anti
1165
- A46 : C C3p_endo anti
1166
- A47 : ARG
1167
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1168
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1169
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1170
- A20-A21 : adjacent_5p upward
1171
- A21-A22 : adjacent_5p upward
1172
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1173
- A27-A28 : adjacent_5p upward
1174
- A28-A29 : adjacent_5p upward
1175
- A36-A37 : adjacent_5p upward
1176
- A38-A39 : adjacent_5p upward
1177
- A39-A40 : adjacent_5p upward
1178
- A42-A43 : adjacent_5p upward
1179
- A43-A44 : adjacent_5p upward
1180
- A44-A45 : adjacent_5p upward
1181
- A45-A46 : adjacent_5p upward
1182
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1183
- A20-A43 : outward
1184
- A31-A34 : outward
1185
- Number of stackings = 16
1186
- Number of adjacent stackings = 14
1187
- Number of non adjacent stackings = 2
1188
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1189
- A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1190
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1191
- A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1192
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1193
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1194
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1195
- A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1196
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1197
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1198
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1199
- A29-A30 : C-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
1200
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1201
- A30-A36 : C-G O2'/Bs pairing
1202
- A33-A34 : G-G O2P/Bs adjacent_5p pairing
1203
- A34-A36 : G-G O2'/Ss O2'/C8 pairing
1204
- Residue conformations -------------------------------------------
1205
- A16 : G C3p_endo anti
1206
- A17 : G C3p_endo anti
1207
- A18 : C C3p_endo anti
1208
- A19 : C C2p_exo anti
1209
- A20 : A C3p_endo anti
1210
- A21 : G C2p_exo anti
1211
- A22 : A C2p_exo anti
1212
- A23 : U C2p_endo anti
1213
- A25 : U C2p_endo anti
1214
- A26 : G C3p_endo anti
1215
- A27 : A C3p_endo anti
1216
- A28 : G C3p_endo anti
1217
- A29 : C C3p_endo anti
1218
- A30 : C C2p_endo syn
1219
- A31 : U C2p_endo anti
1220
- A32 : G C2p_endo anti
1221
- A33 : G C2p_endo anti
1222
- A34 : G C2p_endo anti
1223
- A35 : A C2p_exo syn
1224
- A36 : G C3p_endo anti
1225
- A37 : C C2p_exo anti
1226
- A38 : U C3p_endo anti
1227
- A39 : C C3p_endo anti
1228
- A40 : U C3p_endo anti
1229
- A41 : C C3p_endo anti
1230
- A42 : U C3p_endo anti
1231
- A43 : G C2p_exo anti
1232
- A44 : G C3p_endo anti
1233
- A45 : C C3p_endo anti
1234
- A46 : C C3p_endo anti
1235
- A47 : ARG
1236
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1237
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1238
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1239
- A20-A21 : adjacent_5p upward
1240
- A21-A22 : adjacent_5p upward
1241
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1242
- A27-A28 : adjacent_5p upward
1243
- A28-A29 : adjacent_5p upward
1244
- A36-A37 : adjacent_5p upward
1245
- A38-A39 : adjacent_5p upward
1246
- A39-A40 : adjacent_5p upward
1247
- A40-A41 : adjacent_5p upward
1248
- A42-A43 : adjacent_5p upward
1249
- A43-A44 : adjacent_5p upward
1250
- A44-A45 : adjacent_5p upward
1251
- A45-A46 : adjacent_5p upward
1252
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1253
- A19-A44 : outward
1254
- A20-A43 : outward
1255
- Number of stackings = 17
1256
- Number of adjacent stackings = 15
1257
- Number of non adjacent stackings = 2
1258
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1259
- A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1260
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1261
- A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1262
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1263
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1264
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1265
- A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1266
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1267
- A26-A40 : G-U Bs/O2' pairing
1268
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1269
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1270
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1271
- Residue conformations -------------------------------------------
1272
- A16 : G C3p_endo anti
1273
- A17 : G C3p_endo anti
1274
- A18 : C C3p_endo anti
1275
- A19 : C C2p_exo anti
1276
- A20 : A C3p_endo anti
1277
- A21 : G C2p_exo anti
1278
- A22 : A C3p_endo anti
1279
- A23 : U C2p_endo anti
1280
- A25 : U C2p_endo anti
1281
- A26 : G C3p_endo anti
1282
- A27 : A C2p_exo anti
1283
- A28 : G C3p_endo anti
1284
- A29 : C C2p_exo anti
1285
- A30 : C C2p_endo syn
1286
- A31 : U C2p_endo anti
1287
- A32 : G C2p_endo anti
1288
- A33 : G C2p_endo anti
1289
- A34 : G C2p_endo anti
1290
- A35 : A C2p_endo anti
1291
- A36 : G C3p_endo anti
1292
- A37 : C C3p_endo anti
1293
- A38 : U C3p_endo anti
1294
- A39 : C C3p_endo anti
1295
- A40 : U C2p_exo anti
1296
- A41 : C C3p_endo anti
1297
- A42 : U C3p_endo anti
1298
- A43 : G C3p_endo anti
1299
- A44 : G C3p_endo anti
1300
- A45 : C C3p_endo anti
1301
- A46 : C C3p_endo anti
1302
- A47 : ARG
1303
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1304
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1305
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1306
- A20-A21 : adjacent_5p upward
1307
- A21-A22 : adjacent_5p upward
1308
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1309
- A27-A28 : adjacent_5p upward
1310
- A28-A29 : adjacent_5p upward
1311
- A36-A37 : adjacent_5p upward
1312
- A38-A39 : adjacent_5p upward
1313
- A39-A40 : adjacent_5p upward
1314
- A43-A44 : adjacent_5p upward
1315
- A44-A45 : adjacent_5p upward
1316
- A45-A46 : adjacent_5p upward
1317
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1318
- A20-A43 : outward
1319
- A21-A42 : outward
1320
- Number of stackings = 15
1321
- Number of adjacent stackings = 13
1322
- Number of non adjacent stackings = 2
1323
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1324
- A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1325
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1326
- A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1327
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1328
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1329
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1330
- A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1331
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1332
- A26-A40 : G-U Bs/O2' pairing
1333
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1334
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1335
- A29-A30 : C-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
1336
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1337
- A30-A36 : C-G O2'/Bs pairing
1338
- Residue conformations -------------------------------------------
1339
- A16 : G C3p_endo anti
1340
- A17 : G C3p_endo anti
1341
- A18 : C C3p_endo anti
1342
- A19 : C C3p_endo anti
1343
- A20 : A C3p_endo anti
1344
- A21 : G C3p_endo anti
1345
- A22 : A C3p_endo anti
1346
- A23 : U C2p_endo anti
1347
- A25 : U C2p_endo anti
1348
- A26 : G C3p_endo anti
1349
- A27 : A C2p_exo anti
1350
- A28 : G C3p_endo anti
1351
- A29 : C C2p_exo anti
1352
- A30 : C C2p_endo syn
1353
- A31 : U C2p_endo anti
1354
- A32 : G C2p_endo anti
1355
- A33 : G C2p_endo anti
1356
- A34 : G C2p_endo syn
1357
- A35 : A C2p_exo anti
1358
- A36 : G C3p_endo anti
1359
- A37 : C C3p_endo anti
1360
- A38 : U C2p_exo anti
1361
- A39 : C C3p_endo anti
1362
- A40 : U C3p_endo anti
1363
- A41 : C C2p_exo anti
1364
- A42 : U C3p_endo anti
1365
- A43 : G C3p_endo anti
1366
- A44 : G C2p_exo anti
1367
- A45 : C C3p_endo anti
1368
- A46 : C C3p_endo anti
1369
- A47 : ARG
1370
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1371
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1372
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1373
- A18-A19 : adjacent_5p upward
1374
- A19-A20 : adjacent_5p upward
1375
- A20-A21 : adjacent_5p upward
1376
- A21-A22 : adjacent_5p upward
1377
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1378
- A27-A28 : adjacent_5p upward
1379
- A28-A29 : adjacent_5p upward
1380
- A36-A37 : adjacent_5p upward
1381
- A38-A39 : adjacent_5p upward
1382
- A39-A40 : adjacent_5p upward
1383
- A40-A41 : adjacent_5p upward
1384
- A41-A42 : adjacent_5p upward
1385
- A42-A43 : adjacent_5p upward
1386
- A43-A44 : adjacent_5p upward
1387
- A44-A45 : adjacent_5p upward
1388
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1389
- A20-A43 : outward
1390
- Number of stackings = 18
1391
- Number of adjacent stackings = 17
1392
- Number of non adjacent stackings = 1
1393
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1394
- A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1395
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1396
- A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1397
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1398
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1399
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1400
- A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1401
- A25-A42 : U-U Hh/O2' pairing
1402
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1403
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1404
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1405
- A29-A30 : C-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
1406
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1407
- A30-A31 : C-U O2P/Ww adjacent_5p pairing
1408
- A30-A36 : C-G O2'/Bs pairing
1409
- A34-A35 : G-A O2P/Hh adjacent_5p pairing
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1akx_MC DELETED
@@ -1,68 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A16 : G C3p_endo anti
3
- A17 : G C2p_exo anti
4
- A18 : C C3p_endo anti
5
- A19 : C C3p_endo anti
6
- A20 : A C3p_endo anti
7
- A21 : G C3p_endo anti
8
- A22 : A C3p_endo anti
9
- A23 : U C2p_endo anti
10
- A25 : U C2p_endo anti
11
- A26 : G C2p_exo anti
12
- A27 : A C2p_exo anti
13
- A28 : G C3p_endo anti
14
- A29 : C C3p_endo anti
15
- A30 : C C2p_endo anti
16
- A31 : U C2p_endo anti
17
- A32 : G C3p_exo anti
18
- A33 : G C2p_endo anti
19
- A34 : G C2p_endo syn
20
- A35 : A C2p_endo anti
21
- A36 : G C2p_exo anti
22
- A37 : C C3p_endo anti
23
- A38 : U C3p_endo anti
24
- A39 : C C3p_endo anti
25
- A40 : U C3p_endo anti
26
- A41 : C C3p_endo anti
27
- A42 : U C3p_endo anti
28
- A43 : G C3p_endo anti
29
- A44 : G C3p_endo anti
30
- A45 : C C3p_endo anti
31
- A46 : C C3p_endo anti
32
- A47 : ARG
33
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
34
- A16-A17 : adjacent_5p upward
35
- A17-A18 : adjacent_5p upward
36
- A20-A21 : adjacent_5p upward
37
- A21-A22 : adjacent_5p upward
38
- A26-A27 : adjacent_5p upward
39
- A27-A28 : adjacent_5p upward
40
- A28-A29 : adjacent_5p upward
41
- A29-A30 : adjacent_5p upward
42
- A36-A37 : adjacent_5p upward
43
- A37-A38 : adjacent_5p upward
44
- A38-A39 : adjacent_5p upward
45
- A39-A40 : adjacent_5p upward
46
- A40-A41 : adjacent_5p upward
47
- A42-A43 : adjacent_5p upward
48
- A43-A44 : adjacent_5p upward
49
- A44-A45 : adjacent_5p upward
50
- A45-A46 : adjacent_5p upward
51
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
52
- A20-A43 : outward
53
- Number of stackings = 18
54
- Number of adjacent stackings = 17
55
- Number of non adjacent stackings = 1
56
- Base-pairs ------------------------------------------------------
57
- A16-A46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
58
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
59
- A18-A44 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
60
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
61
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
62
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
63
- A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
64
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
65
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
66
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
67
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
68
- A30-A31 : C-U O2P/Ww adjacent_5p pairing
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1al5_MC DELETED
@@ -1,794 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A1 : C C3p_endo anti
3
- A2 : G C3p_endo anti
4
- A3 : C C3p_endo anti
5
- A4 : A C3p_endo anti
6
- A5 : A C3p_endo anti
7
- A6 : A C3p_endo anti
8
- A7 : U C3p_endo anti
9
- A8 : U C3p_endo anti
10
- A9 : U C3p_endo anti
11
- A10 : G C3p_endo anti
12
- A11 : C C3p_endo anti
13
- A12 : G C3p_endo anti
14
- B1 : C C3p_endo anti
15
- B2 : G C3p_endo anti
16
- B3 : C C3p_endo anti
17
- B4 : A C3p_endo anti
18
- B5 : A C3p_endo anti
19
- B6 : A C3p_endo anti
20
- B7 : U C3p_endo anti
21
- B8 : U C3p_endo anti
22
- B9 : U C3p_endo anti
23
- B10 : G C3p_endo anti
24
- B11 : C C3p_endo anti
25
- B12 : G C3p_endo anti
26
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
27
- A1-A2 : adjacent_5p upward
28
- A2-A3 : adjacent_5p upward
29
- A3-A4 : adjacent_5p upward
30
- A4-A5 : adjacent_5p upward
31
- A5-A6 : adjacent_5p upward
32
- A6-A7 : adjacent_5p upward
33
- A7-A8 : adjacent_5p upward
34
- A8-A9 : adjacent_5p upward
35
- A9-A10 : adjacent_5p upward
36
- A10-A11 : adjacent_5p upward
37
- A11-A12 : adjacent_5p upward
38
- B1-B2 : adjacent_5p upward
39
- B2-B3 : adjacent_5p upward
40
- B3-B4 : adjacent_5p upward
41
- B4-B5 : adjacent_5p upward
42
- B5-B6 : adjacent_5p upward
43
- B6-B7 : adjacent_5p upward
44
- B10-B11 : adjacent_5p upward
45
- B11-B12 : adjacent_5p upward
46
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
47
- A2-B12 : outward
48
- A4-B10 : outward
49
- A10-B4 : outward
50
- A12-B2 : outward
51
- Number of stackings = 23
52
- Number of adjacent stackings = 19
53
- Number of non adjacent stackings = 4
54
- Base-pairs ------------------------------------------------------
55
- A1-B12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
56
- A2-B11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
57
- A3-B10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
58
- A4-B9 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
59
- A5-B8 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
60
- A6-B7 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
61
- A7-B6 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
62
- A8-B5 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
63
- A9-B4 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
64
- A10-B3 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
65
- A11-B2 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
66
- A12-B1 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
67
- Residue conformations -------------------------------------------
68
- A1 : C C3p_endo anti
69
- A2 : G C3p_endo anti
70
- A3 : C C3p_endo anti
71
- A4 : A C3p_endo anti
72
- A5 : A C3p_endo anti
73
- A6 : A C3p_endo anti
74
- A7 : U C3p_endo anti
75
- A8 : U C3p_endo anti
76
- A9 : U C3p_endo anti
77
- A10 : G C3p_endo anti
78
- A11 : C C3p_endo anti
79
- A12 : G C3p_endo anti
80
- B1 : C C3p_endo anti
81
- B2 : G C3p_endo anti
82
- B3 : C C3p_endo anti
83
- B4 : A C3p_endo anti
84
- B5 : A C3p_endo anti
85
- B6 : A C3p_endo anti
86
- B7 : U C3p_endo anti
87
- B8 : U C3p_endo anti
88
- B9 : U C3p_endo anti
89
- B10 : G C3p_endo anti
90
- B11 : C C3p_endo anti
91
- B12 : G C3p_endo anti
92
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
93
- A1-A2 : adjacent_5p upward
94
- A2-A3 : adjacent_5p upward
95
- A3-A4 : adjacent_5p upward
96
- A4-A5 : adjacent_5p upward
97
- A5-A6 : adjacent_5p upward
98
- A6-A7 : adjacent_5p upward
99
- A7-A8 : adjacent_5p upward
100
- A8-A9 : adjacent_5p upward
101
- A9-A10 : adjacent_5p upward
102
- A10-A11 : adjacent_5p upward
103
- A11-A12 : adjacent_5p upward
104
- B1-B2 : adjacent_5p upward
105
- B2-B3 : adjacent_5p upward
106
- B3-B4 : adjacent_5p upward
107
- B4-B5 : adjacent_5p upward
108
- B5-B6 : adjacent_5p upward
109
- B6-B7 : adjacent_5p upward
110
- B10-B11 : adjacent_5p upward
111
- B11-B12 : adjacent_5p upward
112
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
113
- A2-B12 : outward
114
- A4-B10 : outward
115
- A10-B4 : outward
116
- A12-B2 : outward
117
- Number of stackings = 23
118
- Number of adjacent stackings = 19
119
- Number of non adjacent stackings = 4
120
- Base-pairs ------------------------------------------------------
121
- A1-B12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
122
- A2-B11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
123
- A3-B10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
124
- A4-B9 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
125
- A5-B8 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
126
- A6-B7 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
127
- A7-B6 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
128
- A8-B5 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
129
- A9-B4 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
130
- A10-B3 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
131
- A11-B2 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
132
- A12-B1 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
133
- Residue conformations -------------------------------------------
134
- A1 : C C3p_endo anti
135
- A2 : G C3p_endo anti
136
- A3 : C C3p_endo anti
137
- A4 : A C3p_endo anti
138
- A5 : A C3p_endo anti
139
- A6 : A C3p_endo anti
140
- A7 : U C3p_endo anti
141
- A8 : U C3p_endo anti
142
- A9 : U C3p_endo anti
143
- A10 : G C3p_endo anti
144
- A11 : C C3p_endo anti
145
- A12 : G C3p_endo anti
146
- B1 : C C3p_endo anti
147
- B2 : G C3p_endo anti
148
- B3 : C C3p_endo anti
149
- B4 : A C3p_endo anti
150
- B5 : A C3p_endo anti
151
- B6 : A C3p_endo anti
152
- B7 : U C3p_endo anti
153
- B8 : U C3p_endo anti
154
- B9 : U C3p_endo anti
155
- B10 : G C3p_endo anti
156
- B11 : C C3p_endo anti
157
- B12 : G C3p_endo anti
158
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
159
- A1-A2 : adjacent_5p upward
160
- A2-A3 : adjacent_5p upward
161
- A3-A4 : adjacent_5p upward
162
- A4-A5 : adjacent_5p upward
163
- A5-A6 : adjacent_5p upward
164
- A6-A7 : adjacent_5p upward
165
- A7-A8 : adjacent_5p upward
166
- A8-A9 : adjacent_5p upward
167
- A9-A10 : adjacent_5p upward
168
- A10-A11 : adjacent_5p upward
169
- A11-A12 : adjacent_5p upward
170
- B1-B2 : adjacent_5p upward
171
- B2-B3 : adjacent_5p upward
172
- B3-B4 : adjacent_5p upward
173
- B4-B5 : adjacent_5p upward
174
- B5-B6 : adjacent_5p upward
175
- B6-B7 : adjacent_5p upward
176
- B10-B11 : adjacent_5p upward
177
- B11-B12 : adjacent_5p upward
178
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
179
- A2-B12 : outward
180
- A4-B10 : outward
181
- A10-B4 : outward
182
- A12-B2 : outward
183
- Number of stackings = 23
184
- Number of adjacent stackings = 19
185
- Number of non adjacent stackings = 4
186
- Base-pairs ------------------------------------------------------
187
- A1-B12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
188
- A2-B11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
189
- A3-B10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
190
- A4-B9 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
191
- A5-B8 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
192
- A6-B7 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
193
- A7-B6 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
194
- A8-B5 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
195
- A9-B4 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
196
- A10-B3 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
197
- A11-B2 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
198
- A12-B1 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
199
- Residue conformations -------------------------------------------
200
- A1 : C C3p_endo anti
201
- A2 : G C3p_endo anti
202
- A3 : C C3p_endo anti
203
- A4 : A C3p_endo anti
204
- A5 : A C3p_endo anti
205
- A6 : A C3p_endo anti
206
- A7 : U C3p_endo anti
207
- A8 : U C3p_endo anti
208
- A9 : U C3p_endo anti
209
- A10 : G C3p_endo anti
210
- A11 : C C3p_endo anti
211
- A12 : G C3p_endo anti
212
- B1 : C C3p_endo anti
213
- B2 : G C3p_endo anti
214
- B3 : C C3p_endo anti
215
- B4 : A C3p_endo anti
216
- B5 : A C3p_endo anti
217
- B6 : A C3p_endo anti
218
- B7 : U C3p_endo anti
219
- B8 : U C3p_endo anti
220
- B9 : U C3p_endo anti
221
- B10 : G C3p_endo anti
222
- B11 : C C3p_endo anti
223
- B12 : G C3p_endo anti
224
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
225
- A1-A2 : adjacent_5p upward
226
- A2-A3 : adjacent_5p upward
227
- A3-A4 : adjacent_5p upward
228
- A4-A5 : adjacent_5p upward
229
- A5-A6 : adjacent_5p upward
230
- A6-A7 : adjacent_5p upward
231
- A7-A8 : adjacent_5p upward
232
- A8-A9 : adjacent_5p upward
233
- A9-A10 : adjacent_5p upward
234
- A10-A11 : adjacent_5p upward
235
- A11-A12 : adjacent_5p upward
236
- B1-B2 : adjacent_5p upward
237
- B2-B3 : adjacent_5p upward
238
- B3-B4 : adjacent_5p upward
239
- B4-B5 : adjacent_5p upward
240
- B5-B6 : adjacent_5p upward
241
- B6-B7 : adjacent_5p upward
242
- B7-B8 : adjacent_5p upward
243
- B8-B9 : adjacent_5p upward
244
- B9-B10 : adjacent_5p upward
245
- B10-B11 : adjacent_5p upward
246
- B11-B12 : adjacent_5p upward
247
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
248
- A2-B12 : outward
249
- A4-B10 : outward
250
- A10-B4 : outward
251
- A12-B2 : outward
252
- Number of stackings = 26
253
- Number of adjacent stackings = 22
254
- Number of non adjacent stackings = 4
255
- Base-pairs ------------------------------------------------------
256
- A1-B12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
257
- A2-B11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
258
- A3-B10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
259
- A4-B9 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
260
- A5-B8 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
261
- A6-B7 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
262
- A7-B6 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
263
- A8-B5 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
264
- A9-B4 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
265
- A10-B3 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
266
- A11-B2 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
267
- A12-B1 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
268
- Residue conformations -------------------------------------------
269
- A1 : C C3p_endo anti
270
- A2 : G C3p_endo anti
271
- A3 : C C3p_endo anti
272
- A4 : A C3p_endo anti
273
- A5 : A C3p_endo anti
274
- A6 : A C3p_endo anti
275
- A7 : U C3p_endo anti
276
- A8 : U C3p_endo anti
277
- A9 : U C3p_endo anti
278
- A10 : G C3p_endo anti
279
- A11 : C C3p_endo anti
280
- A12 : G C3p_endo anti
281
- B1 : C C3p_endo anti
282
- B2 : G C3p_endo anti
283
- B3 : C C3p_endo anti
284
- B4 : A C3p_endo anti
285
- B5 : A C3p_endo anti
286
- B6 : A C2p_exo anti
287
- B7 : U C3p_endo anti
288
- B8 : U C3p_endo anti
289
- B9 : U C3p_endo anti
290
- B10 : G C3p_endo anti
291
- B11 : C C3p_endo anti
292
- B12 : G C3p_endo anti
293
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
294
- A1-A2 : adjacent_5p upward
295
- A2-A3 : adjacent_5p upward
296
- A3-A4 : adjacent_5p upward
297
- A4-A5 : adjacent_5p upward
298
- A5-A6 : adjacent_5p upward
299
- A6-A7 : adjacent_5p upward
300
- A8-A9 : adjacent_5p upward
301
- A9-A10 : adjacent_5p upward
302
- A10-A11 : adjacent_5p upward
303
- A11-A12 : adjacent_5p upward
304
- B1-B2 : adjacent_5p upward
305
- B2-B3 : adjacent_5p upward
306
- B3-B4 : adjacent_5p upward
307
- B4-B5 : adjacent_5p upward
308
- B5-B6 : adjacent_5p upward
309
- B6-B7 : adjacent_5p upward
310
- B8-B9 : adjacent_5p upward
311
- B9-B10 : adjacent_5p upward
312
- B10-B11 : adjacent_5p upward
313
- B11-B12 : adjacent_5p upward
314
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
315
- A2-B12 : outward
316
- A4-B10 : outward
317
- A10-B4 : outward
318
- A12-B2 : outward
319
- Number of stackings = 24
320
- Number of adjacent stackings = 20
321
- Number of non adjacent stackings = 4
322
- Base-pairs ------------------------------------------------------
323
- A1-B12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
324
- A2-B11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
325
- A3-B10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
326
- A4-B9 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
327
- A5-B8 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
328
- A6-B7 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
329
- A7-B6 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
330
- A8-B5 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
331
- A9-B4 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
332
- A10-B3 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
333
- A11-B2 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
334
- A12-B1 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
335
- Residue conformations -------------------------------------------
336
- A1 : C C3p_endo anti
337
- A2 : G C3p_endo anti
338
- A3 : C C3p_endo anti
339
- A4 : A C3p_endo anti
340
- A5 : A C3p_endo anti
341
- A6 : A C3p_endo anti
342
- A7 : U C3p_endo anti
343
- A8 : U C3p_endo anti
344
- A9 : U C3p_endo anti
345
- A10 : G C3p_endo anti
346
- A11 : C C3p_endo anti
347
- A12 : G C3p_endo anti
348
- B1 : C C3p_endo anti
349
- B2 : G C3p_endo anti
350
- B3 : C C3p_endo anti
351
- B4 : A C3p_endo anti
352
- B5 : A C3p_endo anti
353
- B6 : A C3p_endo anti
354
- B7 : U C3p_endo anti
355
- B8 : U C3p_endo anti
356
- B9 : U C3p_endo anti
357
- B10 : G C3p_endo anti
358
- B11 : C C3p_endo anti
359
- B12 : G C3p_endo anti
360
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
361
- A1-A2 : adjacent_5p upward
362
- A2-A3 : adjacent_5p upward
363
- A3-A4 : adjacent_5p upward
364
- A4-A5 : adjacent_5p upward
365
- A5-A6 : adjacent_5p upward
366
- A6-A7 : adjacent_5p upward
367
- A8-A9 : adjacent_5p upward
368
- A9-A10 : adjacent_5p upward
369
- A10-A11 : adjacent_5p upward
370
- A11-A12 : adjacent_5p upward
371
- B1-B2 : adjacent_5p upward
372
- B2-B3 : adjacent_5p upward
373
- B3-B4 : adjacent_5p upward
374
- B4-B5 : adjacent_5p upward
375
- B5-B6 : adjacent_5p upward
376
- B6-B7 : adjacent_5p upward
377
- B8-B9 : adjacent_5p upward
378
- B9-B10 : adjacent_5p upward
379
- B10-B11 : adjacent_5p upward
380
- B11-B12 : adjacent_5p upward
381
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
382
- A2-B12 : outward
383
- A4-B10 : outward
384
- A10-B4 : outward
385
- A12-B2 : outward
386
- Number of stackings = 24
387
- Number of adjacent stackings = 20
388
- Number of non adjacent stackings = 4
389
- Base-pairs ------------------------------------------------------
390
- A1-B12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
391
- A2-B11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
392
- A3-B10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
393
- A4-B9 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
394
- A5-B8 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
395
- A6-B7 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
396
- A7-B6 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
397
- A8-B5 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
398
- A9-B4 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
399
- A10-B3 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
400
- A11-B2 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
401
- A12-B1 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
402
- Residue conformations -------------------------------------------
403
- A1 : C C3p_endo anti
404
- A2 : G C3p_endo anti
405
- A3 : C C3p_endo anti
406
- A4 : A C3p_endo anti
407
- A5 : A C3p_endo anti
408
- A6 : A C3p_endo anti
409
- A7 : U C3p_endo anti
410
- A8 : U C3p_endo anti
411
- A9 : U C3p_endo anti
412
- A10 : G C3p_endo anti
413
- A11 : C C3p_endo anti
414
- A12 : G C3p_endo anti
415
- B1 : C C3p_endo anti
416
- B2 : G C3p_endo anti
417
- B3 : C C3p_endo anti
418
- B4 : A C3p_endo anti
419
- B5 : A C3p_endo anti
420
- B6 : A C2p_exo anti
421
- B7 : U C3p_endo anti
422
- B8 : U C3p_endo anti
423
- B9 : U C3p_endo anti
424
- B10 : G C3p_endo anti
425
- B11 : C C3p_endo anti
426
- B12 : G C3p_endo anti
427
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
428
- A1-A2 : adjacent_5p upward
429
- A2-A3 : adjacent_5p upward
430
- A3-A4 : adjacent_5p upward
431
- A4-A5 : adjacent_5p upward
432
- A5-A6 : adjacent_5p upward
433
- A6-A7 : adjacent_5p upward
434
- A10-A11 : adjacent_5p upward
435
- A11-A12 : adjacent_5p upward
436
- B1-B2 : adjacent_5p upward
437
- B2-B3 : adjacent_5p upward
438
- B3-B4 : adjacent_5p upward
439
- B4-B5 : adjacent_5p upward
440
- B5-B6 : adjacent_5p upward
441
- B6-B7 : adjacent_5p upward
442
- B9-B10 : adjacent_5p upward
443
- B10-B11 : adjacent_5p upward
444
- B11-B12 : adjacent_5p upward
445
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
446
- A2-B12 : outward
447
- A4-B10 : outward
448
- A10-B4 : outward
449
- A12-B2 : outward
450
- Number of stackings = 21
451
- Number of adjacent stackings = 17
452
- Number of non adjacent stackings = 4
453
- Base-pairs ------------------------------------------------------
454
- A1-B12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
455
- A2-B11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
456
- A3-B10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
457
- A4-B9 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
458
- A5-B8 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
459
- A6-B7 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
460
- A7-B6 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
461
- A8-B5 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
462
- A9-B4 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
463
- A10-B3 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
464
- A11-B2 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
465
- A12-B1 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
466
- Residue conformations -------------------------------------------
467
- A1 : C C3p_endo anti
468
- A2 : G C3p_endo anti
469
- A3 : C C3p_endo anti
470
- A4 : A C3p_endo anti
471
- A5 : A C3p_endo anti
472
- A6 : A C3p_endo anti
473
- A7 : U C3p_endo anti
474
- A8 : U C3p_endo anti
475
- A9 : U C3p_endo anti
476
- A10 : G C3p_endo anti
477
- A11 : C C3p_endo anti
478
- A12 : G C3p_endo anti
479
- B1 : C C3p_endo anti
480
- B2 : G C3p_endo anti
481
- B3 : C C3p_endo anti
482
- B4 : A C3p_endo anti
483
- B5 : A C3p_endo anti
484
- B6 : A C2p_exo anti
485
- B7 : U C3p_endo anti
486
- B8 : U C3p_endo anti
487
- B9 : U C3p_endo anti
488
- B10 : G C3p_endo anti
489
- B11 : C C3p_endo anti
490
- B12 : G C3p_endo anti
491
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
492
- A1-A2 : adjacent_5p upward
493
- A2-A3 : adjacent_5p upward
494
- A3-A4 : adjacent_5p upward
495
- A4-A5 : adjacent_5p upward
496
- A5-A6 : adjacent_5p upward
497
- A6-A7 : adjacent_5p upward
498
- A10-A11 : adjacent_5p upward
499
- A11-A12 : adjacent_5p upward
500
- B1-B2 : adjacent_5p upward
501
- B2-B3 : adjacent_5p upward
502
- B3-B4 : adjacent_5p upward
503
- B4-B5 : adjacent_5p upward
504
- B5-B6 : adjacent_5p upward
505
- B6-B7 : adjacent_5p upward
506
- B9-B10 : adjacent_5p upward
507
- B10-B11 : adjacent_5p upward
508
- B11-B12 : adjacent_5p upward
509
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
510
- A2-B12 : outward
511
- A4-B10 : outward
512
- A10-B4 : outward
513
- A12-B2 : outward
514
- Number of stackings = 21
515
- Number of adjacent stackings = 17
516
- Number of non adjacent stackings = 4
517
- Base-pairs ------------------------------------------------------
518
- A1-B12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
519
- A2-B11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
520
- A3-B10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
521
- A4-B9 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
522
- A5-B8 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
523
- A6-B7 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
524
- A7-B6 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
525
- A8-B5 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
526
- A9-B4 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
527
- A10-B3 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
528
- A11-B2 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
529
- A12-B1 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
530
- Residue conformations -------------------------------------------
531
- A1 : C C3p_endo anti
532
- A2 : G C3p_endo anti
533
- A3 : C C3p_endo anti
534
- A4 : A C3p_endo anti
535
- A5 : A C3p_endo anti
536
- A6 : A C2p_exo anti
537
- A7 : U C3p_endo anti
538
- A8 : U C3p_endo anti
539
- A9 : U C3p_endo anti
540
- A10 : G C3p_endo anti
541
- A11 : C C3p_endo anti
542
- A12 : G C3p_endo anti
543
- B1 : C C3p_endo anti
544
- B2 : G C3p_endo anti
545
- B3 : C C3p_endo anti
546
- B4 : A C3p_endo anti
547
- B5 : A C3p_endo anti
548
- B6 : A C2p_exo anti
549
- B7 : U C3p_endo anti
550
- B8 : U C3p_endo anti
551
- B9 : U C3p_endo anti
552
- B10 : G C3p_endo anti
553
- B11 : C C3p_endo anti
554
- B12 : G C3p_endo anti
555
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
556
- A1-A2 : adjacent_5p upward
557
- A2-A3 : adjacent_5p upward
558
- A3-A4 : adjacent_5p upward
559
- A4-A5 : adjacent_5p upward
560
- A5-A6 : adjacent_5p upward
561
- A6-A7 : adjacent_5p upward
562
- A8-A9 : adjacent_5p upward
563
- A9-A10 : adjacent_5p upward
564
- A10-A11 : adjacent_5p upward
565
- A11-A12 : adjacent_5p upward
566
- B1-B2 : adjacent_5p upward
567
- B2-B3 : adjacent_5p upward
568
- B3-B4 : adjacent_5p upward
569
- B4-B5 : adjacent_5p upward
570
- B5-B6 : adjacent_5p upward
571
- B6-B7 : adjacent_5p upward
572
- B8-B9 : adjacent_5p upward
573
- B9-B10 : adjacent_5p upward
574
- B10-B11 : adjacent_5p upward
575
- B11-B12 : adjacent_5p upward
576
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
577
- A2-B12 : outward
578
- A4-B10 : outward
579
- A10-B4 : outward
580
- A12-B2 : outward
581
- Number of stackings = 24
582
- Number of adjacent stackings = 20
583
- Number of non adjacent stackings = 4
584
- Base-pairs ------------------------------------------------------
585
- A1-B12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
586
- A2-B11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
587
- A3-B10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
588
- A4-B9 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
589
- A5-B8 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
590
- A6-B7 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
591
- A7-B6 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
592
- A8-B5 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
593
- A9-B4 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
594
- A10-B3 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
595
- A11-B2 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
596
- A12-B1 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
597
- Residue conformations -------------------------------------------
598
- A1 : C C3p_endo anti
599
- A2 : G C3p_endo anti
600
- A3 : C C3p_endo anti
601
- A4 : A C3p_endo anti
602
- A5 : A C3p_endo anti
603
- A6 : A C2p_exo anti
604
- A7 : U C3p_endo anti
605
- A8 : U C3p_endo anti
606
- A9 : U C3p_endo anti
607
- A10 : G C3p_endo anti
608
- A11 : C C3p_endo anti
609
- A12 : G C3p_endo anti
610
- B1 : C C3p_endo anti
611
- B2 : G C3p_endo anti
612
- B3 : C C3p_endo anti
613
- B4 : A C3p_endo anti
614
- B5 : A C3p_endo anti
615
- B6 : A C2p_exo anti
616
- B7 : U C3p_endo anti
617
- B8 : U C3p_endo anti
618
- B9 : U C3p_endo anti
619
- B10 : G C3p_endo anti
620
- B11 : C C3p_endo anti
621
- B12 : G C3p_endo anti
622
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
623
- A1-A2 : adjacent_5p upward
624
- A2-A3 : adjacent_5p upward
625
- A3-A4 : adjacent_5p upward
626
- A4-A5 : adjacent_5p upward
627
- A5-A6 : adjacent_5p upward
628
- A6-A7 : adjacent_5p upward
629
- A8-A9 : adjacent_5p upward
630
- A9-A10 : adjacent_5p upward
631
- A10-A11 : adjacent_5p upward
632
- A11-A12 : adjacent_5p upward
633
- B1-B2 : adjacent_5p upward
634
- B2-B3 : adjacent_5p upward
635
- B3-B4 : adjacent_5p upward
636
- B4-B5 : adjacent_5p upward
637
- B5-B6 : adjacent_5p upward
638
- B6-B7 : adjacent_5p upward
639
- B9-B10 : adjacent_5p upward
640
- B10-B11 : adjacent_5p upward
641
- B11-B12 : adjacent_5p upward
642
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
643
- A2-B12 : outward
644
- A4-B10 : outward
645
- A10-B4 : outward
646
- A12-B2 : outward
647
- Number of stackings = 23
648
- Number of adjacent stackings = 19
649
- Number of non adjacent stackings = 4
650
- Base-pairs ------------------------------------------------------
651
- A1-B12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
652
- A2-B11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
653
- A3-B10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
654
- A4-B9 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
655
- A5-B8 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
656
- A6-B7 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
657
- A7-B6 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
658
- A8-B5 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
659
- A9-B4 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
660
- A10-B3 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
661
- A11-B2 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
662
- A12-B1 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
663
- Residue conformations -------------------------------------------
664
- A1 : C C3p_endo anti
665
- A2 : G C3p_endo anti
666
- A3 : C C3p_endo anti
667
- A4 : A C3p_endo anti
668
- A5 : A C3p_endo anti
669
- A6 : A C3p_endo anti
670
- A7 : U C3p_endo anti
671
- A8 : U C3p_endo anti
672
- A9 : U C3p_endo anti
673
- A10 : G C3p_endo anti
674
- A11 : C C3p_endo anti
675
- A12 : G C3p_endo anti
676
- B1 : C C3p_endo anti
677
- B2 : G C3p_endo anti
678
- B3 : C C3p_endo anti
679
- B4 : A C3p_endo anti
680
- B5 : A C3p_endo anti
681
- B6 : A C2p_exo anti
682
- B7 : U C3p_endo anti
683
- B8 : U C3p_endo anti
684
- B9 : U C3p_endo anti
685
- B10 : G C3p_endo anti
686
- B11 : C C3p_endo anti
687
- B12 : G C3p_endo anti
688
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
689
- A1-A2 : adjacent_5p upward
690
- A2-A3 : adjacent_5p upward
691
- A3-A4 : adjacent_5p upward
692
- A4-A5 : adjacent_5p upward
693
- A5-A6 : adjacent_5p upward
694
- A6-A7 : adjacent_5p upward
695
- A8-A9 : adjacent_5p upward
696
- A9-A10 : adjacent_5p upward
697
- A10-A11 : adjacent_5p upward
698
- A11-A12 : adjacent_5p upward
699
- B1-B2 : adjacent_5p upward
700
- B2-B3 : adjacent_5p upward
701
- B3-B4 : adjacent_5p upward
702
- B4-B5 : adjacent_5p upward
703
- B5-B6 : adjacent_5p upward
704
- B6-B7 : adjacent_5p upward
705
- B8-B9 : adjacent_5p upward
706
- B9-B10 : adjacent_5p upward
707
- B10-B11 : adjacent_5p upward
708
- B11-B12 : adjacent_5p upward
709
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
710
- A2-B12 : outward
711
- A4-B10 : outward
712
- A10-B4 : outward
713
- A12-B2 : outward
714
- Number of stackings = 24
715
- Number of adjacent stackings = 20
716
- Number of non adjacent stackings = 4
717
- Base-pairs ------------------------------------------------------
718
- A1-B12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
719
- A2-B11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
720
- A3-B10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
721
- A4-B9 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
722
- A5-B8 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
723
- A6-B7 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
724
- A7-B6 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
725
- A8-B5 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
726
- A9-B4 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
727
- A10-B3 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
728
- A11-B2 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
729
- A12-B1 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
730
- Residue conformations -------------------------------------------
731
- A1 : C C3p_endo anti
732
- A2 : G C3p_endo anti
733
- A3 : C C3p_endo anti
734
- A4 : A C3p_endo anti
735
- A5 : A C3p_endo anti
736
- A6 : A C2p_exo anti
737
- A7 : U C3p_endo anti
738
- A8 : U C3p_endo anti
739
- A9 : U C3p_endo anti
740
- A10 : G C3p_endo anti
741
- A11 : C C3p_endo anti
742
- A12 : G C3p_endo anti
743
- B1 : C C3p_endo anti
744
- B2 : G C3p_endo anti
745
- B3 : C C3p_endo anti
746
- B4 : A C3p_endo anti
747
- B5 : A C3p_endo anti
748
- B6 : A C3p_endo anti
749
- B7 : U C3p_endo anti
750
- B8 : U C3p_endo anti
751
- B9 : U C3p_endo anti
752
- B10 : G C3p_endo anti
753
- B11 : C C3p_endo anti
754
- B12 : G C3p_endo anti
755
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
756
- A1-A2 : adjacent_5p upward
757
- A2-A3 : adjacent_5p upward
758
- A3-A4 : adjacent_5p upward
759
- A4-A5 : adjacent_5p upward
760
- A5-A6 : adjacent_5p upward
761
- A6-A7 : adjacent_5p upward
762
- A10-A11 : adjacent_5p upward
763
- A11-A12 : adjacent_5p upward
764
- B1-B2 : adjacent_5p upward
765
- B2-B3 : adjacent_5p upward
766
- B3-B4 : adjacent_5p upward
767
- B4-B5 : adjacent_5p upward
768
- B5-B6 : adjacent_5p upward
769
- B6-B7 : adjacent_5p upward
770
- B8-B9 : adjacent_5p upward
771
- B9-B10 : adjacent_5p upward
772
- B10-B11 : adjacent_5p upward
773
- B11-B12 : adjacent_5p upward
774
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
775
- A2-B12 : outward
776
- A4-B10 : outward
777
- A10-B4 : outward
778
- A12-B2 : outward
779
- Number of stackings = 22
780
- Number of adjacent stackings = 18
781
- Number of non adjacent stackings = 4
782
- Base-pairs ------------------------------------------------------
783
- A1-B12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
784
- A2-B11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
785
- A3-B10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
786
- A4-B9 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
787
- A5-B8 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
788
- A6-B7 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
789
- A7-B6 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
790
- A8-B5 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
791
- A9-B4 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
792
- A10-B3 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
793
- A11-B2 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
794
- A12-B1 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1am0_MC DELETED
@@ -1,384 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A6 : G O4p_endo anti
3
- A7 : G O4p_endo anti
4
- A8 : G C3p_endo anti
5
- A9 : A C3p_exo anti
6
- A10 : A C4p_exo anti
7
- A11 : G O4p_endo anti
8
- A12 : A O4p_endo anti
9
- A13 : A C3p_exo anti
10
- A14 : A C4p_exo anti
11
- A15 : C C2p_endo anti
12
- A16 : U C3p_endo anti
13
- A17 : G C3p_endo anti
14
- A18 : U C3p_endo anti
15
- A33 : A C2p_exo anti
16
- A34 : G C1p_exo syn
17
- A35 : C C2p_exo anti
18
- A41 : AMP
19
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
20
- A6-A7 : adjacent_5p upward
21
- A7-A8 : adjacent_5p upward
22
- A9-A10 : adjacent_5p upward
23
- A13-A14 : adjacent_5p upward
24
- A14-A15 : adjacent_5p upward
25
- A15-A16 : adjacent_5p upward pairing
26
- A16-A17 : adjacent_5p upward
27
- A33-A34 : adjacent_5p inward
28
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
29
- A11-A35 : upward pairing
30
- A12-A34 : upward pairing
31
- Number of stackings = 10
32
- Number of adjacent stackings = 8
33
- Number of non adjacent stackings = 2
34
- Base-pairs ------------------------------------------------------
35
- A6-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
36
- A7-A11 : G-G Ww/Hh pairing antiparallel trans
37
- A8-A9 : G-A Ww/O2' Ss/O2' adjacent_5p pairing
38
- A8-A10 : G-A O2'/Hh pairing
39
- A8-A11 : G-G Ww/O2P pairing
40
- A9-A16 : A-U Bs/Ss pairing parallel trans one_hbond
41
- A10-A15 : A-C O2'/Bh pairing
42
- A10-A17 : A-G Bs/Ss Ww/O2' pairing parallel trans one_hbond
43
- A11-A12 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
44
- A11-A13 : G-A O2P/Bh O2P/Hh pairing
45
- A11-A34 : G-G Bs/O2' Ss/O2' pairing
46
- A11-A35 : G-C O2'/Bh Bs/O2P upward pairing
47
- A12-A16 : A-U Bs/Wh pairing parallel trans one_hbond
48
- A12-A34 : A-G O2'/Bs Bh/O2' Hh/O2' upward pairing
49
- A15-A16 : C-U O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
50
- A17-A34 : G-G Ww/Hh pairing parallel cis one_hbond
51
- A18-A33 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
52
- Residue conformations -------------------------------------------
53
- A6 : G O4p_endo anti
54
- A7 : G O4p_endo anti
55
- A8 : G C2p_exo anti
56
- A9 : A C3p_exo anti
57
- A10 : A O4p_endo anti
58
- A11 : G O4p_endo anti
59
- A12 : A O4p_endo anti
60
- A13 : A C3p_exo anti
61
- A14 : A O4p_endo anti
62
- A15 : C O4p_endo anti
63
- A16 : U C3p_endo anti
64
- A17 : G C3p_endo anti
65
- A18 : U C3p_endo anti
66
- A33 : A C2p_exo anti
67
- A34 : G C1p_exo syn
68
- A35 : C C2p_exo anti
69
- A41 : AMP
70
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
71
- A6-A7 : adjacent_5p upward
72
- A7-A8 : adjacent_5p upward
73
- A9-A10 : adjacent_5p upward
74
- A14-A15 : adjacent_5p upward
75
- A15-A16 : adjacent_5p upward
76
- A16-A17 : adjacent_5p upward
77
- A17-A18 : adjacent_5p upward
78
- A33-A34 : adjacent_5p inward
79
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
80
- A11-A35 : upward pairing
81
- A12-A34 : upward pairing
82
- Number of stackings = 10
83
- Number of adjacent stackings = 8
84
- Number of non adjacent stackings = 2
85
- Base-pairs ------------------------------------------------------
86
- A6-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
87
- A7-A11 : G-G Ww/Hh pairing antiparallel trans VII
88
- A8-A9 : G-A Ww/O2' Ss/O2' adjacent_5p pairing
89
- A8-A10 : G-A O2'/Hh pairing
90
- A8-A11 : G-G Ww/O2P pairing
91
- A9-A16 : A-U Bs/Ss pairing antiparallel trans one_hbond
92
- A10-A15 : A-C O2'/Bh pairing
93
- A10-A17 : A-G Bs/Ss pairing parallel trans one_hbond
94
- A11-A14 : G-A O2P/Bh pairing
95
- A11-A34 : G-G Bs/O2' Ss/O2' pairing
96
- A11-A35 : G-C O2'/Bh Bs/O2P upward pairing
97
- A12-A16 : A-U Bs/Wh pairing parallel trans one_hbond
98
- A12-A34 : A-G O2'/Bs Hh/O2' upward pairing
99
- A17-A34 : G-G Ww/Hh pairing parallel cis VI
100
- A18-A33 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
101
- Residue conformations -------------------------------------------
102
- A6 : G O4p_endo anti
103
- A7 : G O4p_endo anti
104
- A8 : G C3p_endo anti
105
- A9 : A C3p_exo anti
106
- A10 : A C3p_endo anti
107
- A11 : G O4p_endo anti
108
- A12 : A O4p_endo anti
109
- A13 : A C3p_exo anti
110
- A14 : A O4p_endo anti
111
- A15 : C O4p_endo anti
112
- A16 : U C3p_endo anti
113
- A17 : G C3p_endo anti
114
- A18 : U C2p_exo anti
115
- A33 : A C1p_endo anti
116
- A34 : G C3p_exo syn
117
- A35 : C C2p_exo anti
118
- A41 : AMP
119
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
120
- A6-A7 : adjacent_5p upward
121
- A7-A8 : adjacent_5p upward
122
- A9-A10 : adjacent_5p upward
123
- A13-A14 : adjacent_5p upward
124
- A14-A15 : adjacent_5p upward
125
- A15-A16 : adjacent_5p upward
126
- A16-A17 : adjacent_5p upward
127
- A17-A18 : adjacent_5p upward
128
- A33-A34 : adjacent_5p inward
129
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
130
- A11-A35 : upward pairing
131
- A12-A34 : upward pairing
132
- Number of stackings = 11
133
- Number of adjacent stackings = 9
134
- Number of non adjacent stackings = 2
135
- Base-pairs ------------------------------------------------------
136
- A6-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
137
- A7-A11 : G-G Ww/Hh pairing antiparallel trans VII
138
- A8-A9 : G-A Ww/O2' Ss/O2' adjacent_5p pairing
139
- A8-A10 : G-A O2'/Hh pairing
140
- A8-A11 : G-G Ww/O2P pairing
141
- A9-A16 : A-U Bs/Ss pairing parallel trans one_hbond
142
- A10-A15 : A-C O2'/Ww O2'/Bh pairing
143
- A10-A16 : A-U O2'/Ww pairing
144
- A10-A17 : A-G Bs/Ss Ww/O2' pairing parallel trans one_hbond
145
- A11-A12 : G-A Ss/Hw adjacent_5p pairing antiparallel cis one_hbond
146
- A11-A34 : G-G Bs/O2' Ss/O2' pairing
147
- A11-A35 : G-C O2'/Bh upward pairing
148
- A12-A16 : A-U Bs/Wh pairing parallel trans one_hbond
149
- A12-A34 : A-G O2'/Bs upward pairing
150
- A17-A34 : G-G Ww/Hw pairing parallel cis one_hbond
151
- A18-A33 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
152
- Residue conformations -------------------------------------------
153
- A6 : G O4p_endo anti
154
- A7 : G O4p_endo anti
155
- A8 : G C3p_endo anti
156
- A9 : A C2p_exo anti
157
- A10 : A C4p_exo anti
158
- A11 : G O4p_endo anti
159
- A12 : A O4p_endo anti
160
- A13 : A C4p_exo anti
161
- A14 : A O4p_endo anti
162
- A15 : C C2p_endo anti
163
- A16 : U C3p_endo anti
164
- A17 : G C2p_exo anti
165
- A18 : U C2p_exo anti
166
- A33 : A C2p_exo anti
167
- A34 : G C2p_endo syn
168
- A35 : C C2p_exo anti
169
- A41 : AMP
170
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
171
- A6-A7 : adjacent_5p upward
172
- A7-A8 : adjacent_5p upward
173
- A9-A10 : adjacent_5p upward
174
- A15-A16 : adjacent_5p upward
175
- A16-A17 : adjacent_5p upward
176
- A33-A34 : adjacent_5p inward
177
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
178
- A11-A35 : upward pairing
179
- A12-A34 : upward pairing
180
- Number of stackings = 8
181
- Number of adjacent stackings = 6
182
- Number of non adjacent stackings = 2
183
- Base-pairs ------------------------------------------------------
184
- A6-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
185
- A7-A11 : G-G Ww/Hh pairing antiparallel trans one_hbond
186
- A8-A9 : G-A O2'/Bh O2'/Hh adjacent_5p pairing
187
- A8-A10 : G-A O2'/Hh Hh/O2P pairing
188
- A8-A11 : G-G Ww/O2P pairing
189
- A10-A15 : A-C O2'/Bh pairing
190
- A10-A17 : A-G Bs/Ss pairing parallel trans one_hbond
191
- A11-A13 : G-A O2P/Bh O2P/Hh pairing
192
- A11-A34 : G-G Bs/O2' Ss/O2' pairing
193
- A11-A35 : G-C O2'/Bh upward pairing
194
- A12-A34 : A-G O2'/Bs Hh/O2' upward pairing
195
- A14-A34 : A-G O2P/Ww pairing
196
- A17-A34 : G-G Ww/Hw pairing parallel cis one_hbond
197
- A18-A33 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
198
- Residue conformations -------------------------------------------
199
- A6 : G O4p_endo anti
200
- A7 : G O4p_endo anti
201
- A8 : G C2p_exo anti
202
- A9 : A C2p_exo anti
203
- A10 : A C2p_exo anti
204
- A11 : G O4p_endo anti
205
- A12 : A O4p_endo anti
206
- A13 : A O4p_endo anti
207
- A14 : A O4p_endo anti
208
- A15 : C C3p_endo anti
209
- A16 : U C3p_endo anti
210
- A17 : G C2p_exo anti
211
- A18 : U C3p_endo anti
212
- A33 : A C2p_exo anti
213
- A34 : G C2p_endo syn
214
- A35 : C C2p_exo anti
215
- A41 : AMP
216
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
217
- A6-A7 : adjacent_5p inward pairing
218
- A7-A8 : adjacent_5p outward pairing
219
- A9-A10 : adjacent_5p upward
220
- A13-A14 : adjacent_5p upward
221
- A14-A15 : adjacent_5p upward
222
- A15-A16 : adjacent_5p upward
223
- A16-A17 : adjacent_5p upward
224
- A33-A34 : adjacent_5p inward
225
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
226
- A11-A35 : upward pairing
227
- A12-A34 : upward pairing
228
- Number of stackings = 10
229
- Number of adjacent stackings = 8
230
- Number of non adjacent stackings = 2
231
- Base-pairs ------------------------------------------------------
232
- A6-A7 : G-G O2'/Hh adjacent_5p inward pairing
233
- A6-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
234
- A7-A8 : G-G O2'/Hh adjacent_5p outward pairing
235
- A9-A14 : A-A O2'/Bh pairing
236
- A11-A34 : G-G Bs/O2' pairing
237
- A11-A35 : G-C O2'/Bh upward pairing
238
- A12-A34 : A-G O2'/Bs Hh/O2' upward pairing
239
- A17-A34 : G-G Ww/Hw pairing parallel cis one_hbond
240
- A18-A33 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
241
- Residue conformations -------------------------------------------
242
- A6 : G C4p_exo anti
243
- A7 : G O4p_endo anti
244
- A8 : G C2p_exo anti
245
- A9 : A C2p_endo anti
246
- A10 : A C4p_exo anti
247
- A11 : G O4p_endo anti
248
- A12 : A O4p_endo anti
249
- A13 : A O4p_endo anti
250
- A14 : A C4p_exo anti
251
- A15 : C C2p_endo anti
252
- A16 : U C3p_endo anti
253
- A17 : G C3p_endo anti
254
- A18 : U C3p_endo anti
255
- A33 : A C2p_exo anti
256
- A34 : G C1p_exo syn
257
- A35 : C C2p_exo anti
258
- A41 : AMP
259
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
260
- A6-A7 : adjacent_5p inward
261
- A7-A8 : adjacent_5p outward pairing
262
- A9-A10 : adjacent_5p upward
263
- A13-A14 : adjacent_5p upward
264
- A14-A15 : adjacent_5p upward
265
- A15-A16 : adjacent_5p upward
266
- A16-A17 : adjacent_5p upward
267
- A17-A18 : adjacent_5p upward
268
- A33-A34 : adjacent_5p inward
269
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
270
- A11-A35 : upward
271
- A12-A34 : upward pairing
272
- Number of stackings = 11
273
- Number of adjacent stackings = 9
274
- Number of non adjacent stackings = 2
275
- Base-pairs ------------------------------------------------------
276
- A6-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
277
- A7-A8 : G-G O2'/Hh adjacent_5p outward pairing
278
- A8-A9 : G-A Ww/O2' Ss/O2' adjacent_5p pairing
279
- A8-A11 : G-G Ww/O2P pairing
280
- A10-A14 : A-A O2P/Bh pairing
281
- A10-A17 : A-G Bs/Ss pairing parallel trans one_hbond
282
- A11-A13 : G-A O2P/Hh pairing
283
- A11-A34 : G-G Bs/O2' Ss/O2' pairing
284
- A12-A34 : A-G O2'/Bs Bh/O2' Hh/O2' upward pairing
285
- A17-A34 : G-G Ww/Hh pairing parallel cis one_hbond
286
- A18-A33 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
287
- Residue conformations -------------------------------------------
288
- A6 : G C2p_endo anti
289
- A7 : G O4p_endo anti
290
- A8 : G O4p_endo anti
291
- A9 : A C2p_endo anti
292
- A10 : A O4p_endo anti
293
- A11 : G O4p_endo anti
294
- A12 : A O4p_endo anti
295
- A13 : A C2p_exo anti
296
- A14 : A C2p_exo anti
297
- A15 : C C4p_exo anti
298
- A16 : U O4p_endo anti
299
- A17 : G C3p_endo anti
300
- A18 : U C2p_exo anti
301
- A33 : A C2p_exo anti
302
- A34 : G C3p_exo syn
303
- A35 : C C2p_exo anti
304
- A41 : AMP
305
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
306
- A6-A7 : adjacent_5p upward pairing
307
- A7-A8 : adjacent_5p upward
308
- A15-A16 : adjacent_5p upward
309
- A17-A18 : adjacent_5p upward
310
- A33-A34 : adjacent_5p inward
311
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
312
- A11-A35 : upward pairing
313
- A12-A34 : upward pairing
314
- Number of stackings = 7
315
- Number of adjacent stackings = 5
316
- Number of non adjacent stackings = 2
317
- Base-pairs ------------------------------------------------------
318
- A6-A7 : G-G O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
319
- A6-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
320
- A7-A11 : G-G Ww/Hh pairing antiparallel trans VII
321
- A8-A10 : G-A C8/O2P pairing
322
- A8-A11 : G-G Ww/O2P pairing
323
- A9-A10 : A-A O2'/Hh O2'/C8 C8/O2P adjacent_5p pairing
324
- A9-A16 : A-U Ww/O2' pairing
325
- A10-A17 : A-G Ww/O2' Bh/O2' pairing
326
- A11-A12 : G-A Ss/Hw O2'/Hh adjacent_5p pairing antiparallel cis one_hbond
327
- A11-A34 : G-G Bs/O2' Ss/O2' pairing
328
- A11-A35 : G-C O2'/Bh upward pairing
329
- A12-A34 : A-G O2'/Ww O2'/Bs upward pairing
330
- A13-A14 : A-A O2P/Hh adjacent_5p pairing
331
- A14-A17 : A-G Wh/Wh pairing parallel cis one_hbond 66
332
- A14-A34 : A-G Wh/Wh pairing parallel cis one_hbond 66
333
- A16-A17 : U-G O2P/Hh adjacent_5p pairing
334
- A17-A34 : G-G Ww/Hh pairing parallel cis VI
335
- A18-A33 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
336
- Residue conformations -------------------------------------------
337
- A6 : G O4p_endo anti
338
- A7 : G O4p_endo anti
339
- A8 : G C3p_endo anti
340
- A9 : A C3p_exo anti
341
- A10 : A C4p_exo anti
342
- A11 : G O4p_endo anti
343
- A12 : A O4p_endo anti
344
- A13 : A C4p_endo anti
345
- A14 : A O4p_endo anti
346
- A15 : C C1p_exo anti
347
- A16 : U C3p_endo anti
348
- A17 : G C2p_exo anti
349
- A18 : U C2p_exo anti
350
- A33 : A C2p_exo anti
351
- A34 : G C3p_exo syn
352
- A35 : C C2p_exo anti
353
- A41 : AMP
354
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
355
- A6-A7 : adjacent_5p upward pairing
356
- A7-A8 : adjacent_5p upward
357
- A9-A10 : adjacent_5p outward pairing
358
- A13-A14 : adjacent_5p upward
359
- A15-A16 : adjacent_5p upward
360
- A17-A18 : adjacent_5p upward
361
- A33-A34 : adjacent_5p inward
362
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
363
- A11-A35 : upward pairing
364
- A12-A34 : upward pairing
365
- Number of stackings = 9
366
- Number of adjacent stackings = 7
367
- Number of non adjacent stackings = 2
368
- Base-pairs ------------------------------------------------------
369
- A6-A7 : G-G O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
370
- A6-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
371
- A7-A11 : G-G Ww/Hh pairing antiparallel trans
372
- A8-A10 : G-A Hh/O2P pairing
373
- A8-A11 : G-G Ww/O2P pairing
374
- A9-A10 : A-A O2'/Hh adjacent_5p outward pairing
375
- A9-A15 : A-C Hw/Ww pairing parallel trans one_hbond
376
- A10-A17 : A-G Ww/O2' pairing
377
- A11-A12 : G-A Ss/Hw O2'/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
378
- A11-A34 : G-G Bs/O2' Ss/O2' pairing
379
- A11-A35 : G-C O2'/Bh upward pairing
380
- A12-A13 : A-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
381
- A12-A34 : A-G O2'/Bs upward pairing
382
- A14-A15 : A-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
383
- A17-A34 : G-G Ww/Hh pairing parallel cis VI
384
- A18-A33 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1anr_MC DELETED
@@ -1,1200 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A17 : G C2p_exo anti
3
- A18 : G C3p_endo anti
4
- A19 : C C3p_endo anti
5
- A20 : A C3p_endo anti
6
- A21 : G C3p_endo anti
7
- A22 : A C3p_endo anti
8
- A23 : U C3p_endo anti
9
- A24 : C C2p_endo anti
10
- A25 : U C3p_endo anti
11
- A26 : G C3p_endo anti
12
- A27 : A O4p_endo anti
13
- A28 : G O4p_endo anti
14
- A29 : C C2p_exo anti
15
- A30 : C C4p_endo syn
16
- A31 : U C3p_endo anti
17
- A32 : G C3p_endo anti
18
- A33 : G C3p_exo anti
19
- A34 : G C2p_exo anti
20
- A35 : A C3p_exo anti
21
- A36 : G C3p_endo anti
22
- A37 : C C2p_exo anti
23
- A38 : U C2p_exo anti
24
- A39 : C C3p_endo anti
25
- A40 : U C2p_exo anti
26
- A41 : C C3p_endo anti
27
- A42 : U C3p_endo anti
28
- A43 : G C3p_endo anti
29
- A44 : C C2p_exo anti
30
- A45 : C C3p_endo anti
31
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
32
- A17-A18 : adjacent_5p upward
33
- A18-A19 : adjacent_5p upward
34
- A19-A20 : adjacent_5p upward
35
- A20-A21 : adjacent_5p upward
36
- A21-A22 : adjacent_5p upward
37
- A22-A23 : adjacent_5p upward
38
- A26-A27 : adjacent_5p upward
39
- A27-A28 : adjacent_5p upward
40
- A28-A29 : adjacent_5p upward
41
- A36-A37 : adjacent_5p upward
42
- A38-A39 : adjacent_5p upward
43
- A41-A42 : adjacent_5p upward
44
- A43-A44 : adjacent_5p upward
45
- A44-A45 : adjacent_5p upward
46
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
47
- A20-A43 : outward
48
- A28-A38 : outward
49
- Number of stackings = 16
50
- Number of adjacent stackings = 14
51
- Number of non adjacent stackings = 2
52
- Base-pairs ------------------------------------------------------
53
- A17-A44 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
54
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
55
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
56
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
57
- A22-A40 : A-U Bs/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
58
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
59
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
60
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
61
- A29-A36 : C-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
62
- A31-A33 : U-G O2P/Hh pairing
63
- A32-A34 : G-G O2'/Bs pairing
64
- Residue conformations -------------------------------------------
65
- A17 : G C2p_exo anti
66
- A18 : G C4p_exo anti
67
- A19 : C C2p_exo anti
68
- A20 : A C3p_endo anti
69
- A21 : G C2p_exo anti
70
- A22 : A C3p_endo anti
71
- A23 : U C2p_exo anti
72
- A24 : C C3p_endo anti
73
- A25 : U C2p_exo anti
74
- A26 : G C3p_endo anti
75
- A27 : A C3p_endo anti
76
- A28 : G C3p_endo anti
77
- A29 : C C3p_endo anti
78
- A30 : C C2p_exo anti
79
- A31 : U C3p_endo anti
80
- A32 : G C3p_endo anti
81
- A33 : G C2p_exo anti
82
- A34 : G C3p_endo syn
83
- A35 : A C3p_exo anti
84
- A36 : G C3p_endo anti
85
- A37 : C C2p_exo anti
86
- A38 : U C2p_exo anti
87
- A39 : C C3p_endo anti
88
- A40 : U C3p_endo anti
89
- A41 : C C3p_endo anti
90
- A42 : U C3p_endo anti
91
- A43 : G C3p_endo anti
92
- A44 : C C3p_endo anti
93
- A45 : C C3p_endo anti
94
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
95
- A17-A18 : adjacent_5p upward
96
- A18-A19 : adjacent_5p upward
97
- A19-A20 : adjacent_5p upward
98
- A20-A21 : adjacent_5p upward
99
- A21-A22 : adjacent_5p upward
100
- A22-A23 : adjacent_5p upward
101
- A23-A24 : adjacent_5p upward
102
- A26-A27 : adjacent_5p upward
103
- A27-A28 : adjacent_5p upward
104
- A28-A29 : adjacent_5p upward
105
- A36-A37 : adjacent_5p upward
106
- A43-A44 : adjacent_5p upward
107
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
108
- A18-A45 : outward
109
- A20-A43 : outward
110
- A22-A41 : outward
111
- A27-A39 : outward
112
- Number of stackings = 16
113
- Number of adjacent stackings = 12
114
- Number of non adjacent stackings = 4
115
- Base-pairs ------------------------------------------------------
116
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
117
- A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
118
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
119
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
120
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
121
- A22-A24 : A-C O2P/Bh pairing
122
- A22-A40 : A-U Ww/Ws pairing antiparallel cis
123
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
124
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
125
- A28-A37 : G-C Ww/Ws pairing antiparallel cis one_hbond 130
126
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
127
- A30-A34 : C-G Ws/Sw pairing antiparallel cis one_hbond 128
128
- A33-A34 : G-G O2'/Ss O2'/C8 adjacent_5p pairing
129
- A34-A35 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
130
- Residue conformations -------------------------------------------
131
- A17 : G C3p_endo anti
132
- A18 : G C3p_endo anti
133
- A19 : C C2p_exo anti
134
- A20 : A C2p_exo anti
135
- A21 : G C3p_endo anti
136
- A22 : A C2p_exo anti
137
- A23 : U C2p_exo anti
138
- A24 : C C3p_exo anti
139
- A25 : U O4p_endo syn
140
- A26 : G C3p_endo anti
141
- A27 : A C3p_endo anti
142
- A28 : G C3p_endo anti
143
- A29 : C C3p_endo anti
144
- A30 : C C2p_exo anti
145
- A31 : U C3p_endo anti
146
- A32 : G O4p_endo anti
147
- A33 : G C3p_exo anti
148
- A34 : G C3p_endo syn
149
- A35 : A O4p_endo anti
150
- A36 : G C3p_endo anti
151
- A37 : C C3p_endo anti
152
- A38 : U C3p_endo anti
153
- A39 : C C3p_endo anti
154
- A40 : U C2p_exo anti
155
- A41 : C C3p_endo anti
156
- A42 : U C3p_endo anti
157
- A43 : G C3p_endo anti
158
- A44 : C C3p_endo anti
159
- A45 : C C3p_endo anti
160
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
161
- A18-A19 : adjacent_5p upward
162
- A20-A21 : adjacent_5p upward
163
- A21-A22 : adjacent_5p upward
164
- A26-A27 : adjacent_5p upward
165
- A27-A28 : adjacent_5p upward
166
- A28-A29 : adjacent_5p upward
167
- A36-A37 : adjacent_5p upward
168
- A43-A44 : adjacent_5p upward
169
- A44-A45 : adjacent_5p upward
170
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
171
- A20-A43 : outward
172
- A27-A39 : outward
173
- Number of stackings = 11
174
- Number of adjacent stackings = 9
175
- Number of non adjacent stackings = 2
176
- Base-pairs ------------------------------------------------------
177
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
178
- A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
179
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
180
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
181
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
182
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
183
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
184
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
185
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
186
- A32-A33 : G-G Sw/Hw adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
187
- A33-A34 : G-G O2P/Bs adjacent_5p pairing
188
- A34-A35 : G-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
189
- Residue conformations -------------------------------------------
190
- A17 : G C4p_exo anti
191
- A18 : G C3p_endo anti
192
- A19 : C C2p_exo anti
193
- A20 : A C2p_exo anti
194
- A21 : G C3p_endo anti
195
- A22 : A C2p_exo anti
196
- A23 : U C3p_endo anti
197
- A24 : C C2p_endo anti
198
- A25 : U C2p_exo anti
199
- A26 : G C3p_endo anti
200
- A27 : A C3p_endo anti
201
- A28 : G C3p_endo anti
202
- A29 : C C3p_endo anti
203
- A30 : C C2p_exo anti
204
- A31 : U C4p_exo anti
205
- A32 : G C1p_endo anti
206
- A33 : G C2p_endo anti
207
- A34 : G C3p_endo anti
208
- A35 : A O4p_endo anti
209
- A36 : G C2p_exo anti
210
- A37 : C C2p_exo anti
211
- A38 : U O4p_endo anti
212
- A39 : C C4p_exo anti
213
- A40 : U C2p_exo anti
214
- A41 : C C3p_endo anti
215
- A42 : U C2p_exo anti
216
- A43 : G C3p_endo anti
217
- A44 : C C2p_exo anti
218
- A45 : C C2p_exo anti
219
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
220
- A17-A18 : adjacent_5p upward
221
- A18-A19 : adjacent_5p upward
222
- A19-A20 : adjacent_5p upward
223
- A20-A21 : adjacent_5p upward
224
- A21-A22 : adjacent_5p upward
225
- A22-A23 : adjacent_5p upward
226
- A23-A24 : adjacent_5p upward
227
- A27-A28 : adjacent_5p upward
228
- A29-A30 : adjacent_5p upward
229
- A34-A35 : adjacent_5p upward
230
- A36-A37 : adjacent_5p upward
231
- A40-A41 : adjacent_5p upward
232
- A41-A42 : adjacent_5p upward
233
- A42-A43 : adjacent_5p upward
234
- A43-A44 : adjacent_5p upward
235
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
236
- A18-A45 : outward
237
- A20-A43 : outward
238
- A34-A36 : upward
239
- Number of stackings = 18
240
- Number of adjacent stackings = 15
241
- Number of non adjacent stackings = 3
242
- Base-pairs ------------------------------------------------------
243
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
244
- A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
245
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
246
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
247
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
248
- A22-A24 : A-C O2P/Bh pairing
249
- A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
250
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
251
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
252
- Residue conformations -------------------------------------------
253
- A17 : G C3p_endo anti
254
- A18 : G C3p_endo anti
255
- A19 : C C2p_exo anti
256
- A20 : A C2p_exo anti
257
- A21 : G C2p_exo anti
258
- A22 : A C1p_exo anti
259
- A23 : U C3p_exo syn
260
- A24 : C C3p_exo anti
261
- A25 : U C2p_endo anti
262
- A26 : G C2p_exo anti
263
- A27 : A C2p_exo anti
264
- A28 : G C3p_endo anti
265
- A29 : C C2p_exo anti
266
- A30 : C C2p_exo anti
267
- A31 : U C3p_endo anti
268
- A32 : G C3p_endo anti
269
- A33 : G C3p_endo anti
270
- A34 : G C3p_endo syn
271
- A35 : A C3p_exo anti
272
- A36 : G C2p_exo anti
273
- A37 : C C2p_exo anti
274
- A38 : U C3p_endo anti
275
- A39 : C C3p_endo anti
276
- A40 : U C2p_exo anti
277
- A41 : C C2p_exo anti
278
- A42 : U C3p_endo anti
279
- A43 : G C3p_endo anti
280
- A44 : C C3p_endo anti
281
- A45 : C C3p_endo anti
282
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
283
- A18-A19 : adjacent_5p upward
284
- A20-A21 : adjacent_5p upward
285
- A21-A22 : adjacent_5p upward
286
- A26-A27 : adjacent_5p upward
287
- A27-A28 : adjacent_5p upward
288
- A28-A29 : adjacent_5p upward
289
- A36-A37 : adjacent_5p upward
290
- A39-A40 : adjacent_5p upward
291
- A43-A44 : adjacent_5p upward
292
- A44-A45 : adjacent_5p upward
293
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
294
- A18-A45 : outward
295
- A20-A43 : outward
296
- A21-A42 : outward
297
- A22-A24 : upward
298
- A22-A41 : outward
299
- Number of stackings = 15
300
- Number of adjacent stackings = 10
301
- Number of non adjacent stackings = 5
302
- Base-pairs ------------------------------------------------------
303
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
304
- A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
305
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
306
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
307
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
308
- A23-A24 : U-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
309
- A23-A41 : U-C Ww/O2' pairing
310
- A24-A40 : C-U Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 106
311
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
312
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
313
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 130
314
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
315
- A30-A34 : C-G Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 130
316
- A33-A34 : G-G O2'/Ss adjacent_5p pairing
317
- A34-A35 : G-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
318
- Residue conformations -------------------------------------------
319
- A17 : G C4p_exo anti
320
- A18 : G C3p_endo anti
321
- A19 : C C2p_exo anti
322
- A20 : A C3p_endo anti
323
- A21 : G C3p_endo anti
324
- A22 : A C2p_exo anti
325
- A23 : U C3p_exo anti
326
- A24 : C C3p_endo anti
327
- A25 : U C2p_endo anti
328
- A26 : G C3p_endo anti
329
- A27 : A C3p_endo anti
330
- A28 : G C3p_endo anti
331
- A29 : C O4p_endo anti
332
- A30 : C O4p_endo anti
333
- A31 : U O4p_endo anti
334
- A32 : G C3p_endo anti
335
- A33 : G C3p_exo anti
336
- A34 : G C1p_endo syn
337
- A35 : A C2p_exo anti
338
- A36 : G C2p_exo anti
339
- A37 : C C2p_exo anti
340
- A38 : U C2p_exo anti
341
- A39 : C C2p_exo anti
342
- A40 : U C3p_endo anti
343
- A41 : C C4p_exo anti
344
- A42 : U C3p_endo anti
345
- A43 : G C3p_endo anti
346
- A44 : C C2p_exo anti
347
- A45 : C C3p_endo anti
348
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
349
- A17-A18 : adjacent_5p upward
350
- A18-A19 : adjacent_5p upward
351
- A20-A21 : adjacent_5p upward
352
- A21-A22 : adjacent_5p upward
353
- A22-A23 : adjacent_5p upward
354
- A26-A27 : adjacent_5p upward
355
- A27-A28 : adjacent_5p upward
356
- A28-A29 : adjacent_5p upward
357
- A29-A30 : adjacent_5p upward
358
- A32-A33 : adjacent_5p upward
359
- A41-A42 : adjacent_5p upward
360
- A43-A44 : adjacent_5p upward
361
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
362
- A20-A43 : outward
363
- Number of stackings = 13
364
- Number of adjacent stackings = 12
365
- Number of non adjacent stackings = 1
366
- Base-pairs ------------------------------------------------------
367
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
368
- A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
369
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
370
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
371
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
372
- A26-A41 : G-C Ww/O2P pairing
373
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
374
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
375
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
376
- A31-A32 : U-G O2'/C8 adjacent_5p pairing
377
- A32-A34 : G-G O2'/Bs O2'/Ss pairing
378
- A34-A35 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
379
- Residue conformations -------------------------------------------
380
- A17 : G C2p_exo anti
381
- A18 : G C2p_exo anti
382
- A19 : C C3p_endo anti
383
- A20 : A C3p_endo anti
384
- A21 : G C2p_exo anti
385
- A22 : A C2p_exo anti
386
- A23 : U C2p_exo anti
387
- A24 : C C2p_endo anti
388
- A25 : U C3p_endo anti
389
- A26 : G C4p_exo anti
390
- A27 : A C4p_exo anti
391
- A28 : G C4p_exo anti
392
- A29 : C C4p_exo anti
393
- A30 : C C3p_endo anti
394
- A31 : U C3p_endo anti
395
- A32 : G C2p_exo anti
396
- A33 : G C3p_endo anti
397
- A34 : G C3p_endo anti
398
- A35 : A C3p_exo anti
399
- A36 : G C2p_exo anti
400
- A37 : C C3p_endo anti
401
- A38 : U C3p_endo anti
402
- A39 : C C3p_endo anti
403
- A40 : U C3p_endo anti
404
- A41 : C C3p_endo anti
405
- A42 : U C2p_exo anti
406
- A43 : G C3p_endo anti
407
- A44 : C C3p_endo anti
408
- A45 : C C3p_endo anti
409
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
410
- A18-A19 : adjacent_5p upward
411
- A19-A20 : adjacent_5p upward
412
- A20-A21 : adjacent_5p upward
413
- A22-A23 : adjacent_5p upward
414
- A26-A27 : adjacent_5p upward
415
- A27-A28 : adjacent_5p upward
416
- A28-A29 : adjacent_5p upward
417
- A36-A37 : adjacent_5p upward
418
- A38-A39 : adjacent_5p upward
419
- A43-A44 : adjacent_5p upward
420
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
421
- A20-A43 : outward
422
- A21-A42 : outward
423
- A34-A36 : upward
424
- Number of stackings = 13
425
- Number of adjacent stackings = 10
426
- Number of non adjacent stackings = 3
427
- Base-pairs ------------------------------------------------------
428
- A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
429
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
430
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
431
- A25-A27 : U-A Ws/Hw pairing parallel cis one_hbond 47
432
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 130
433
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
434
- A30-A33 : C-G Ww/Sw pairing antiparallel cis one_hbond 125
435
- A32-A33 : G-G O2'/C8 adjacent_5p pairing
436
- A34-A35 : G-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
437
- Residue conformations -------------------------------------------
438
- A17 : G C3p_endo anti
439
- A18 : G C3p_endo anti
440
- A19 : C C2p_exo anti
441
- A20 : A C3p_endo anti
442
- A21 : G C2p_exo anti
443
- A22 : A C2p_exo anti
444
- A23 : U C3p_endo anti
445
- A24 : C C3p_endo anti
446
- A25 : U C4p_exo syn
447
- A26 : G C3p_endo anti
448
- A27 : A C3p_endo anti
449
- A28 : G C4p_exo anti
450
- A29 : C O4p_endo anti
451
- A30 : C O4p_endo anti
452
- A31 : U C3p_endo anti
453
- A32 : G C3p_exo anti
454
- A33 : G C3p_endo anti
455
- A34 : G C2p_exo syn
456
- A35 : A C3p_exo anti
457
- A36 : G C2p_exo anti
458
- A37 : C C3p_endo anti
459
- A38 : U C3p_endo anti
460
- A39 : C O4p_endo anti
461
- A40 : U C2p_exo anti
462
- A41 : C C3p_endo anti
463
- A42 : U C4p_exo anti
464
- A43 : G C3p_endo anti
465
- A44 : C C3p_endo anti
466
- A45 : C C3p_endo anti
467
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
468
- A18-A19 : adjacent_5p upward
469
- A19-A20 : adjacent_5p upward
470
- A20-A21 : adjacent_5p upward
471
- A21-A22 : adjacent_5p upward
472
- A22-A23 : adjacent_5p upward
473
- A23-A24 : adjacent_5p upward
474
- A26-A27 : adjacent_5p upward
475
- A27-A28 : adjacent_5p upward
476
- A28-A29 : adjacent_5p upward
477
- A36-A37 : adjacent_5p upward
478
- A41-A42 : adjacent_5p upward
479
- A43-A44 : adjacent_5p upward
480
- A44-A45 : adjacent_5p upward
481
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
482
- A20-A43 : outward
483
- A22-A41 : outward
484
- A28-A38 : outward
485
- Number of stackings = 16
486
- Number of adjacent stackings = 13
487
- Number of non adjacent stackings = 3
488
- Base-pairs ------------------------------------------------------
489
- A18-A44 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
490
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
491
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
492
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
493
- A22-A40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
494
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
495
- A31-A32 : U-G O2'/Ss adjacent_5p pairing
496
- A32-A33 : G-G Sw/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond 109
497
- A33-A34 : G-G O2'/Ss O2'/C8 adjacent_5p pairing
498
- Residue conformations -------------------------------------------
499
- A17 : G C3p_endo anti
500
- A18 : G C2p_exo anti
501
- A19 : C C2p_exo anti
502
- A20 : A C2p_exo anti
503
- A21 : G C3p_endo anti
504
- A22 : A C3p_endo anti
505
- A23 : U C2p_exo anti
506
- A24 : C C2p_endo anti
507
- A25 : U C2p_endo syn
508
- A26 : G C2p_exo anti
509
- A27 : A C4p_exo anti
510
- A28 : G C4p_exo anti
511
- A29 : C C2p_exo anti
512
- A30 : C C3p_endo anti
513
- A31 : U C3p_endo anti
514
- A32 : G C2p_exo anti
515
- A33 : G C2p_exo anti
516
- A34 : G C2p_exo syn
517
- A35 : A C3p_exo anti
518
- A36 : G C3p_endo anti
519
- A37 : C C3p_endo anti
520
- A38 : U C3p_endo anti
521
- A39 : C C3p_endo anti
522
- A40 : U C3p_endo anti
523
- A41 : C C3p_endo anti
524
- A42 : U C2p_exo anti
525
- A43 : G C2p_exo anti
526
- A44 : C C2p_exo anti
527
- A45 : C C3p_endo anti
528
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
529
- A17-A18 : adjacent_5p upward
530
- A18-A19 : adjacent_5p upward
531
- A20-A21 : adjacent_5p upward
532
- A21-A22 : adjacent_5p upward
533
- A22-A23 : adjacent_5p upward
534
- A23-A24 : adjacent_5p upward
535
- A27-A28 : adjacent_5p upward
536
- A28-A29 : adjacent_5p upward
537
- A29-A30 : adjacent_5p upward
538
- A40-A41 : adjacent_5p upward
539
- A43-A44 : adjacent_5p upward
540
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
541
- A20-A43 : outward
542
- A21-A42 : outward
543
- Number of stackings = 13
544
- Number of adjacent stackings = 11
545
- Number of non adjacent stackings = 2
546
- Base-pairs ------------------------------------------------------
547
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
548
- A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
549
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
550
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
551
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
552
- A22-A40 : A-U Bs/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
553
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
554
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
555
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
556
- A33-A34 : G-G O2P/Bs adjacent_5p pairing
557
- Residue conformations -------------------------------------------
558
- A17 : G C2p_exo anti
559
- A18 : G C3p_endo anti
560
- A19 : C C2p_exo anti
561
- A20 : A C3p_endo anti
562
- A21 : G C2p_exo anti
563
- A22 : A C2p_exo anti
564
- A23 : U C3p_exo anti
565
- A24 : C C3p_endo anti
566
- A25 : U C2p_endo anti
567
- A26 : G C3p_endo anti
568
- A27 : A O4p_endo anti
569
- A28 : G O4p_endo anti
570
- A29 : C C2p_exo anti
571
- A30 : C C3p_endo anti
572
- A31 : U C3p_endo anti
573
- A32 : G C3p_exo anti
574
- A33 : G C2p_endo anti
575
- A34 : G C2p_exo syn
576
- A35 : A C3p_exo anti
577
- A36 : G C2p_exo anti
578
- A37 : C C3p_endo anti
579
- A38 : U C2p_exo anti
580
- A39 : C O4p_endo anti
581
- A40 : U C3p_endo anti
582
- A41 : C C3p_endo anti
583
- A42 : U C2p_exo anti
584
- A43 : G C3p_endo anti
585
- A44 : C C3p_endo anti
586
- A45 : C C3p_endo anti
587
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
588
- A17-A18 : adjacent_5p upward
589
- A18-A19 : adjacent_5p upward
590
- A19-A20 : adjacent_5p upward
591
- A20-A21 : adjacent_5p upward
592
- A22-A23 : adjacent_5p upward
593
- A26-A27 : adjacent_5p upward
594
- A27-A28 : adjacent_5p upward
595
- A28-A29 : adjacent_5p upward
596
- A29-A30 : adjacent_5p upward
597
- A30-A31 : adjacent_5p upward
598
- A36-A37 : adjacent_5p upward
599
- A38-A39 : adjacent_5p upward
600
- A40-A41 : adjacent_5p upward
601
- A43-A44 : adjacent_5p upward
602
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
603
- A20-A43 : outward
604
- A21-A42 : outward
605
- A28-A38 : outward
606
- Number of stackings = 17
607
- Number of adjacent stackings = 14
608
- Number of non adjacent stackings = 3
609
- Base-pairs ------------------------------------------------------
610
- A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
611
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
612
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
613
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
614
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis 130
615
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
616
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
617
- A34-A35 : G-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
618
- Residue conformations -------------------------------------------
619
- A17 : G C3p_endo anti
620
- A18 : G C2p_exo anti
621
- A19 : C C2p_exo anti
622
- A20 : A C3p_endo anti
623
- A21 : G C2p_exo anti
624
- A22 : A C1p_endo syn
625
- A23 : U C2p_exo anti
626
- A24 : C C2p_exo anti
627
- A25 : U C2p_endo anti
628
- A26 : G C3p_endo anti
629
- A27 : A C4p_exo anti
630
- A28 : G C3p_endo anti
631
- A29 : C C4p_exo anti
632
- A30 : C C3p_endo anti
633
- A31 : U C3p_endo anti
634
- A32 : G C3p_exo anti
635
- A33 : G C2p_exo anti
636
- A34 : G C2p_exo anti
637
- A35 : A C2p_endo anti
638
- A36 : G C3p_endo anti
639
- A37 : C C3p_endo anti
640
- A38 : U C2p_exo anti
641
- A39 : C O4p_endo anti
642
- A40 : U C2p_exo anti
643
- A41 : C C3p_endo anti
644
- A42 : U C3p_endo anti
645
- A43 : G C3p_endo anti
646
- A44 : C C4p_exo anti
647
- A45 : C C3p_endo anti
648
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
649
- A18-A19 : adjacent_5p upward
650
- A19-A20 : adjacent_5p upward
651
- A20-A21 : adjacent_5p upward
652
- A23-A24 : adjacent_5p upward
653
- A27-A28 : adjacent_5p upward
654
- A28-A29 : adjacent_5p upward
655
- A29-A30 : adjacent_5p upward
656
- A36-A37 : adjacent_5p upward
657
- A43-A44 : adjacent_5p upward
658
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
659
- A18-A45 : outward
660
- A20-A43 : outward
661
- A21-A42 : outward
662
- Number of stackings = 12
663
- Number of adjacent stackings = 9
664
- Number of non adjacent stackings = 3
665
- Base-pairs ------------------------------------------------------
666
- A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
667
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
668
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
669
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
670
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
671
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
672
- A30-A34 : C-G O2'/Bs pairing
673
- A33-A34 : G-G O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
674
- Residue conformations -------------------------------------------
675
- A17 : G C2p_exo anti
676
- A18 : G C2p_exo anti
677
- A19 : C C3p_endo anti
678
- A20 : A C2p_exo anti
679
- A21 : G C3p_endo anti
680
- A22 : A C3p_endo anti
681
- A23 : U C3p_endo anti
682
- A24 : C C2p_endo anti
683
- A25 : U C3p_endo anti
684
- A26 : G C2p_exo anti
685
- A27 : A C4p_exo anti
686
- A28 : G C3p_endo anti
687
- A29 : C C3p_endo anti
688
- A30 : C C2p_exo anti
689
- A31 : U C3p_endo anti
690
- A32 : G C3p_endo anti
691
- A33 : G C3p_endo anti
692
- A34 : G C1p_endo anti
693
- A35 : A C3p_exo anti
694
- A36 : G C2p_exo anti
695
- A37 : C C3p_endo anti
696
- A38 : U C2p_exo anti
697
- A39 : C O4p_endo anti
698
- A40 : U C2p_exo anti
699
- A41 : C C3p_endo anti
700
- A42 : U C3p_endo anti
701
- A43 : G C3p_endo anti
702
- A44 : C C3p_endo anti
703
- A45 : C C2p_exo anti
704
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
705
- A18-A19 : adjacent_5p upward
706
- A20-A21 : adjacent_5p upward
707
- A21-A22 : adjacent_5p upward
708
- A22-A23 : adjacent_5p upward
709
- A26-A27 : adjacent_5p upward
710
- A27-A28 : adjacent_5p upward
711
- A28-A29 : adjacent_5p upward
712
- A29-A30 : adjacent_5p upward
713
- A36-A37 : adjacent_5p upward
714
- A37-A38 : adjacent_5p upward
715
- A41-A42 : adjacent_5p upward
716
- A43-A44 : adjacent_5p upward
717
- A44-A45 : adjacent_5p upward
718
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
719
- A20-A43 : outward
720
- A34-A36 : upward
721
- Number of stackings = 15
722
- Number of adjacent stackings = 13
723
- Number of non adjacent stackings = 2
724
- Base-pairs ------------------------------------------------------
725
- A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
726
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
727
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
728
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
729
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
730
- A30-A34 : C-G O2'/Ww pairing
731
- A33-A34 : G-G O2'/Ss O2'/C8 adjacent_5p pairing
732
- A34-A35 : G-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
733
- Residue conformations -------------------------------------------
734
- A17 : G C2p_exo anti
735
- A18 : G C3p_endo anti
736
- A19 : C C3p_endo anti
737
- A20 : A C2p_exo anti
738
- A21 : G C2p_exo anti
739
- A22 : A O4p_endo syn
740
- A23 : U C4p_endo anti
741
- A24 : C C3p_endo anti
742
- A25 : U C3p_endo syn
743
- A26 : G C3p_endo anti
744
- A27 : A C2p_exo anti
745
- A28 : G C4p_exo anti
746
- A29 : C C2p_exo anti
747
- A30 : C C3p_endo syn
748
- A31 : U C3p_endo anti
749
- A32 : G C3p_endo anti
750
- A33 : G C3p_exo anti
751
- A34 : G C3p_endo anti
752
- A35 : A C2p_endo anti
753
- A36 : G C2p_exo anti
754
- A37 : C C3p_endo anti
755
- A38 : U C4p_exo anti
756
- A39 : C O4p_endo anti
757
- A40 : U C2p_exo anti
758
- A41 : C C4p_exo anti
759
- A42 : U C4p_exo anti
760
- A43 : G C3p_endo anti
761
- A44 : C C2p_exo anti
762
- A45 : C C3p_endo anti
763
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
764
- A17-A18 : adjacent_5p upward
765
- A18-A19 : adjacent_5p upward
766
- A19-A20 : adjacent_5p upward
767
- A20-A21 : adjacent_5p upward
768
- A26-A27 : adjacent_5p upward
769
- A27-A28 : adjacent_5p upward
770
- A28-A29 : adjacent_5p upward
771
- A37-A38 : adjacent_5p upward
772
- A43-A44 : adjacent_5p upward
773
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
774
- A20-A43 : outward
775
- A21-A42 : outward
776
- A27-A39 : outward
777
- Number of stackings = 12
778
- Number of adjacent stackings = 9
779
- Number of non adjacent stackings = 3
780
- Base-pairs ------------------------------------------------------
781
- A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
782
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
783
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
784
- A22-A41 : A-C Bh/O2' pairing
785
- A23-A40 : U-U Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
786
- A23-A41 : U-C Hw/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 102
787
- A25-A26 : U-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
788
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis 130
789
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
790
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
791
- A29-A30 : C-C Ss/Hh adjacent_5p pairing antiparallel trans one_hbond
792
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
793
- Residue conformations -------------------------------------------
794
- A17 : G C3p_endo anti
795
- A18 : G C2p_exo anti
796
- A19 : C C3p_endo anti
797
- A20 : A C3p_endo anti
798
- A21 : G C3p_endo anti
799
- A22 : A C2p_exo anti
800
- A23 : U C2p_exo anti
801
- A24 : C C3p_endo anti
802
- A25 : U C3p_endo anti
803
- A26 : G C3p_endo anti
804
- A27 : A C4p_exo anti
805
- A28 : G C3p_endo anti
806
- A29 : C C4p_exo anti
807
- A30 : C C1p_exo anti
808
- A31 : U O4p_endo anti
809
- A32 : G C2p_exo anti
810
- A33 : G C2p_endo anti
811
- A34 : G C2p_exo syn
812
- A35 : A C3p_exo anti
813
- A36 : G C2p_exo anti
814
- A37 : C C3p_endo anti
815
- A38 : U O4p_endo anti
816
- A39 : C C4p_exo anti
817
- A40 : U C3p_endo anti
818
- A41 : C C3p_endo anti
819
- A42 : U C3p_endo anti
820
- A43 : G C3p_endo anti
821
- A44 : C C2p_exo anti
822
- A45 : C C3p_endo anti
823
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
824
- A18-A19 : adjacent_5p upward
825
- A19-A20 : adjacent_5p upward
826
- A20-A21 : adjacent_5p upward
827
- A21-A22 : adjacent_5p upward
828
- A22-A23 : adjacent_5p upward
829
- A23-A24 : adjacent_5p upward
830
- A26-A27 : adjacent_5p upward
831
- A27-A28 : adjacent_5p upward
832
- A28-A29 : adjacent_5p upward
833
- A29-A30 : adjacent_5p upward pairing
834
- A32-A33 : adjacent_5p upward
835
- A36-A37 : adjacent_5p upward
836
- A43-A44 : adjacent_5p upward
837
- A44-A45 : adjacent_5p upward
838
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
839
- A20-A43 : outward
840
- A21-A42 : outward
841
- Number of stackings = 16
842
- Number of adjacent stackings = 14
843
- Number of non adjacent stackings = 2
844
- Base-pairs ------------------------------------------------------
845
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
846
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
847
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
848
- A22-A24 : A-C O2P/Bh pairing
849
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
850
- A29-A30 : C-C O2P/Bh adjacent_5p upward pairing
851
- A29-A36 : C-G Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
852
- A34-A35 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
853
- Residue conformations -------------------------------------------
854
- A17 : G O4p_endo anti
855
- A18 : G C2p_exo anti
856
- A19 : C C4p_exo anti
857
- A20 : A C4p_exo anti
858
- A21 : G C3p_endo anti
859
- A22 : A C2p_exo anti
860
- A23 : U C3p_endo anti
861
- A24 : C C3p_endo anti
862
- A25 : U C3p_endo syn
863
- A26 : G C2p_exo anti
864
- A27 : A C4p_exo anti
865
- A28 : G C4p_exo anti
866
- A29 : C O4p_endo anti
867
- A30 : C C3p_endo anti
868
- A31 : U O4p_endo anti
869
- A32 : G C3p_endo anti
870
- A33 : G C2p_endo anti
871
- A34 : G C1p_endo anti
872
- A35 : A C3p_exo anti
873
- A36 : G C2p_exo anti
874
- A37 : C C3p_endo anti
875
- A38 : U C2p_exo anti
876
- A39 : C O4p_endo anti
877
- A40 : U C3p_endo anti
878
- A41 : C C3p_endo anti
879
- A42 : U C2p_exo anti
880
- A43 : G C2p_exo anti
881
- A44 : C C2p_exo anti
882
- A45 : C C3p_endo anti
883
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
884
- A17-A18 : adjacent_5p upward
885
- A18-A19 : adjacent_5p upward
886
- A19-A20 : adjacent_5p upward
887
- A20-A21 : adjacent_5p upward
888
- A21-A22 : adjacent_5p upward
889
- A22-A23 : adjacent_5p upward
890
- A26-A27 : adjacent_5p upward
891
- A27-A28 : adjacent_5p upward
892
- A28-A29 : adjacent_5p upward
893
- A36-A37 : adjacent_5p upward
894
- A43-A44 : adjacent_5p upward
895
- A44-A45 : adjacent_5p upward
896
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
897
- A20-A43 : outward
898
- A21-A42 : outward
899
- Number of stackings = 14
900
- Number of adjacent stackings = 12
901
- Number of non adjacent stackings = 2
902
- Base-pairs ------------------------------------------------------
903
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
904
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
905
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
906
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
907
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
908
- A30-A34 : C-G O2'/Bs pairing
909
- A33-A34 : G-G O2P/Bs adjacent_5p pairing
910
- Residue conformations -------------------------------------------
911
- A17 : G C2p_exo anti
912
- A18 : G C2p_exo anti
913
- A19 : C C3p_endo anti
914
- A20 : A C2p_exo anti
915
- A21 : G C2p_exo anti
916
- A22 : A C3p_endo anti
917
- A23 : U C3p_exo anti
918
- A24 : C C3p_endo anti
919
- A25 : U C2p_endo anti
920
- A26 : G C3p_endo anti
921
- A27 : A C3p_endo anti
922
- A28 : G C3p_endo anti
923
- A29 : C C3p_endo anti
924
- A30 : C C3p_endo anti
925
- A31 : U C3p_endo anti
926
- A32 : G C2p_exo anti
927
- A33 : G C2p_exo anti
928
- A34 : G C2p_exo syn
929
- A35 : A C3p_exo anti
930
- A36 : G C3p_endo anti
931
- A37 : C C3p_endo anti
932
- A38 : U O4p_endo anti
933
- A39 : C C3p_endo anti
934
- A40 : U C2p_exo anti
935
- A41 : C C3p_endo anti
936
- A42 : U O4p_endo anti
937
- A43 : G C2p_exo anti
938
- A44 : C C3p_endo anti
939
- A45 : C C3p_endo anti
940
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
941
- A17-A18 : adjacent_5p upward
942
- A18-A19 : adjacent_5p upward
943
- A20-A21 : adjacent_5p upward
944
- A21-A22 : adjacent_5p upward
945
- A27-A28 : adjacent_5p upward
946
- A28-A29 : adjacent_5p upward
947
- A29-A30 : adjacent_5p upward
948
- A36-A37 : adjacent_5p upward
949
- A43-A44 : adjacent_5p upward
950
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
951
- A20-A43 : outward
952
- Number of stackings = 10
953
- Number of adjacent stackings = 9
954
- Number of non adjacent stackings = 1
955
- Base-pairs ------------------------------------------------------
956
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
957
- A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
958
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
959
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
960
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
961
- A22-A23 : A-U Ss/Hh adjacent_5p pairing antiparallel trans one_hbond
962
- A22-A24 : A-C O2P/Bh pairing
963
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
964
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
965
- Residue conformations -------------------------------------------
966
- A17 : G C4p_exo anti
967
- A18 : G C3p_endo anti
968
- A19 : C C3p_endo anti
969
- A20 : A C3p_endo anti
970
- A21 : G C2p_exo anti
971
- A22 : A C4p_exo anti
972
- A23 : U C2p_exo anti
973
- A24 : C C3p_endo anti
974
- A25 : U C2p_endo anti
975
- A26 : G C2p_exo anti
976
- A27 : A O4p_endo anti
977
- A28 : G O4p_endo anti
978
- A29 : C C2p_exo anti
979
- A30 : C C2p_exo anti
980
- A31 : U C4p_endo anti
981
- A32 : G C2p_exo anti
982
- A33 : G C3p_endo anti
983
- A34 : G O4p_exo anti
984
- A35 : A C1p_exo anti
985
- A36 : G C2p_exo anti
986
- A37 : C C3p_endo anti
987
- A38 : U O4p_endo anti
988
- A39 : C O4p_endo anti
989
- A40 : U C3p_endo anti
990
- A41 : C C3p_endo anti
991
- A42 : U C3p_endo anti
992
- A43 : G C3p_endo anti
993
- A44 : C C4p_exo anti
994
- A45 : C C3p_endo anti
995
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
996
- A17-A18 : adjacent_5p upward
997
- A18-A19 : adjacent_5p upward
998
- A20-A21 : adjacent_5p upward
999
- A21-A22 : adjacent_5p upward
1000
- A22-A23 : adjacent_5p upward
1001
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1002
- A27-A28 : adjacent_5p upward
1003
- A28-A29 : adjacent_5p upward
1004
- A29-A30 : adjacent_5p upward
1005
- A36-A37 : adjacent_5p upward
1006
- A43-A44 : adjacent_5p upward
1007
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1008
- A20-A43 : outward
1009
- A22-A41 : outward
1010
- Number of stackings = 13
1011
- Number of adjacent stackings = 11
1012
- Number of non adjacent stackings = 2
1013
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1014
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1015
- A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1016
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1017
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1018
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1019
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1020
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1021
- A28-A37 : G-C Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
1022
- A28-A38 : G-U Bs/O2' pairing
1023
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1024
- A30-A33 : C-G O2'/Ss O2'/C8 pairing
1025
- A31-A32 : U-G O2P/Hh adjacent_5p pairing
1026
- A31-A33 : U-G O2P/Hh pairing
1027
- A33-A34 : G-G O2'/Ss O2'/C8 adjacent_5p pairing
1028
- Residue conformations -------------------------------------------
1029
- A17 : G C3p_endo anti
1030
- A18 : G C3p_endo anti
1031
- A19 : C C2p_exo anti
1032
- A20 : A C2p_exo anti
1033
- A21 : G C2p_exo anti
1034
- A22 : A C1p_endo syn
1035
- A23 : U C2p_exo anti
1036
- A24 : C C1p_exo anti
1037
- A25 : U C3p_endo syn
1038
- A26 : G C3p_endo anti
1039
- A27 : A C4p_exo anti
1040
- A28 : G C4p_exo anti
1041
- A29 : C C2p_exo anti
1042
- A30 : C C3p_endo anti
1043
- A31 : U C3p_endo anti
1044
- A32 : G C2p_exo anti
1045
- A33 : G C2p_endo anti
1046
- A34 : G C2p_exo syn
1047
- A35 : A C3p_exo anti
1048
- A36 : G C2p_exo anti
1049
- A37 : C C3p_endo anti
1050
- A38 : U O4p_endo anti
1051
- A39 : C C4p_exo anti
1052
- A40 : U C2p_exo anti
1053
- A41 : C C3p_endo anti
1054
- A42 : U C4p_exo anti
1055
- A43 : G C3p_endo anti
1056
- A44 : C C3p_endo anti
1057
- A45 : C C3p_endo anti
1058
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1059
- A18-A19 : adjacent_5p upward
1060
- A20-A21 : adjacent_5p upward
1061
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1062
- A27-A28 : adjacent_5p upward
1063
- A28-A29 : adjacent_5p upward
1064
- A36-A37 : adjacent_5p upward
1065
- A37-A38 : adjacent_5p upward
1066
- A43-A44 : adjacent_5p upward
1067
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1068
- A18-A45 : outward
1069
- A20-A43 : outward
1070
- A21-A42 : outward
1071
- Number of stackings = 11
1072
- Number of adjacent stackings = 8
1073
- Number of non adjacent stackings = 3
1074
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1075
- A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1076
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1077
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1078
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1079
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1080
- A31-A33 : U-G Ww/O2P pairing
1081
- A33-A34 : G-G O2P/Bs adjacent_5p pairing
1082
- A34-A35 : G-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
1083
- Residue conformations -------------------------------------------
1084
- A17 : G C3p_endo anti
1085
- A18 : G C3p_endo anti
1086
- A19 : C C3p_endo anti
1087
- A20 : A C3p_endo anti
1088
- A21 : G C3p_endo anti
1089
- A22 : A C2p_exo anti
1090
- A23 : U C2p_exo anti
1091
- A24 : C C3p_endo anti
1092
- A25 : U C3p_endo syn
1093
- A26 : G C3p_endo anti
1094
- A27 : A C4p_exo anti
1095
- A28 : G O4p_endo anti
1096
- A29 : C C2p_exo anti
1097
- A30 : C O4p_endo anti
1098
- A31 : U C3p_endo anti
1099
- A32 : G C3p_endo anti
1100
- A33 : G C3p_exo anti
1101
- A34 : G C3p_endo anti
1102
- A35 : A C2p_endo anti
1103
- A36 : G C2p_exo anti
1104
- A37 : C C3p_endo anti
1105
- A38 : U C3p_endo anti
1106
- A39 : C C3p_endo anti
1107
- A40 : U C2p_exo anti
1108
- A41 : C C3p_endo anti
1109
- A42 : U C3p_endo anti
1110
- A43 : G C3p_endo anti
1111
- A44 : C C2p_exo anti
1112
- A45 : C C3p_endo anti
1113
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1114
- A18-A19 : adjacent_5p upward
1115
- A19-A20 : adjacent_5p upward
1116
- A20-A21 : adjacent_5p upward
1117
- A21-A22 : adjacent_5p upward
1118
- A23-A24 : adjacent_5p upward
1119
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1120
- A27-A28 : adjacent_5p upward
1121
- A37-A38 : adjacent_5p upward
1122
- A43-A44 : adjacent_5p upward
1123
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1124
- A18-A45 : outward
1125
- A20-A43 : outward
1126
- A27-A39 : outward
1127
- Number of stackings = 12
1128
- Number of adjacent stackings = 9
1129
- Number of non adjacent stackings = 3
1130
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1131
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1132
- A18-A44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1133
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1134
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1135
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1136
- A22-A40 : A-U Bs/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
1137
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1138
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1139
- A28-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1140
- A29-A36 : C-G Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1141
- A31-A32 : U-G Ww/Hw adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
1142
- Residue conformations -------------------------------------------
1143
- A17 : G C3p_endo anti
1144
- A18 : G C2p_exo anti
1145
- A19 : C C3p_endo anti
1146
- A20 : A C3p_endo anti
1147
- A21 : G C2p_exo anti
1148
- A22 : A C3p_endo anti
1149
- A23 : U C3p_exo anti
1150
- A24 : C C3p_endo anti
1151
- A25 : U C1p_exo syn
1152
- A26 : G C3p_endo anti
1153
- A27 : A O4p_endo anti
1154
- A28 : G O4p_endo anti
1155
- A29 : C C2p_exo anti
1156
- A30 : C C2p_exo anti
1157
- A31 : U C3p_endo anti
1158
- A32 : G C3p_endo anti
1159
- A33 : G C2p_endo anti
1160
- A34 : G C2p_exo anti
1161
- A35 : A C4p_endo anti
1162
- A36 : G C2p_exo anti
1163
- A37 : C C3p_endo anti
1164
- A38 : U C2p_exo anti
1165
- A39 : C C3p_endo anti
1166
- A40 : U C3p_endo anti
1167
- A41 : C C3p_endo anti
1168
- A42 : U C2p_exo anti
1169
- A43 : G C3p_endo anti
1170
- A44 : C C2p_exo anti
1171
- A45 : C C3p_endo anti
1172
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1173
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1174
- A18-A19 : adjacent_5p upward
1175
- A19-A20 : adjacent_5p upward
1176
- A20-A21 : adjacent_5p upward
1177
- A21-A22 : adjacent_5p upward
1178
- A22-A23 : adjacent_5p upward
1179
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1180
- A27-A28 : adjacent_5p upward
1181
- A36-A37 : adjacent_5p upward
1182
- A39-A40 : adjacent_5p upward
1183
- A43-A44 : adjacent_5p upward
1184
- A44-A45 : adjacent_5p upward
1185
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1186
- A20-A43 : outward
1187
- A21-A42 : outward
1188
- A22-A41 : outward
1189
- Number of stackings = 15
1190
- Number of adjacent stackings = 12
1191
- Number of non adjacent stackings = 3
1192
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1193
- A17-A45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1194
- A19-A43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1195
- A20-A42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1196
- A21-A41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1197
- A26-A39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1198
- A27-A38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1199
- A29-A36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1200
- A34-A35 : G-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1aq3_MC DELETED
@@ -1,663 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- R3 : A C3p_endo anti
3
- R4 : U C3p_endo anti
4
- R5 : G C3p_endo anti
5
- R6 : A C2p_exo syn
6
- R7 : G C3p_endo anti
7
- R8 : G C3p_endo anti
8
- R9 : A C3p_endo anti
9
- R10 : U C2p_endo anti
10
- R11 : U C2p_endo anti
11
- R12 : A C2p_endo anti
12
- R13 : C C3p_endo anti
13
- R14 : C C3p_endo anti
14
- R15 : C C3p_endo anti
15
- R16 : A C3p_endo anti
16
- R17 : U C3p_endo anti
17
- R18 : G C4p_exo anti
18
- S4 : U C3p_endo anti
19
- S5 : G C3p_endo anti
20
- S6 : A C2p_exo syn
21
- S7 : G C3p_endo anti
22
- S8 : G C3p_endo anti
23
- S9 : A C3p_endo anti
24
- S10 : U C1p_exo anti
25
- S11 : U C2p_endo anti
26
- S12 : A C2p_endo anti
27
- S13 : C C3p_endo anti
28
- S14 : C C3p_endo anti
29
- S15 : C C3p_endo anti
30
- A1 : ALA
31
- A2 : SER
32
- A3 : ASN
33
- A4 : PHE
34
- A5 : THR
35
- A6 : GLN
36
- A7 : PHE
37
- A8 : VAL
38
- A9 : LEU
39
- A10 : VAL
40
- A11 : ASP
41
- A12 : ASN
42
- A13 : GLY
43
- A14 : GLY
44
- A15 : THR
45
- A16 : GLY
46
- A17 : ASP
47
- A18 : VAL
48
- A19 : THR
49
- A20 : VAL
50
- A21 : ALA
51
- A22 : PRO
52
- A23 : SER
53
- A24 : ASN
54
- A25 : PHE
55
- A26 : ALA
56
- A27 : ASN
57
- A28 : GLY
58
- A29 : VAL
59
- A30 : ALA
60
- A31 : GLU
61
- A32 : TRP
62
- A33 : ILE
63
- A34 : SER
64
- A35 : SER
65
- A36 : ASN
66
- A37 : SER
67
- A38 : ARG
68
- A39 : SER
69
- A40 : GLN
70
- A41 : ALA
71
- A42 : TYR
72
- A43 : LYS
73
- A44 : VAL
74
- A45 : THR
75
- A46 : CYS
76
- A47 : SER
77
- A48 : VAL
78
- A49 : ARG
79
- A50 : GLN
80
- A51 : SER
81
- A52 : SER
82
- A53 : ALA
83
- A54 : GLN
84
- A55 : ASN
85
- A56 : ARG
86
- A57 : LYS
87
- A58 : TYR
88
- A59 : SER
89
- A60 : ILE
90
- A61 : LYS
91
- A62 : VAL
92
- A63 : GLU
93
- A64 : VAL
94
- A65 : PRO
95
- A66 : LYS
96
- A67 : VAL
97
- A68 : ALA
98
- A69 : THR
99
- A70 : GLN
100
- A71 : THR
101
- A72 : VAL
102
- A73 : GLY
103
- A74 : GLY
104
- A75 : VAL
105
- A76 : GLU
106
- A77 : LEU
107
- A78 : PRO
108
- A79 : VAL
109
- A80 : ALA
110
- A81 : ALA
111
- A82 : TRP
112
- A83 : ARG
113
- A84 : SER
114
- A85 : TYR
115
- A86 : LEU
116
- A87 : ASN
117
- A88 : MET
118
- A89 : GLU
119
- A90 : LEU
120
- A91 : THR
121
- A92 : ILE
122
- A93 : PRO
123
- A94 : ILE
124
- A95 : PHE
125
- A96 : ALA
126
- A97 : THR
127
- A98 : ASN
128
- A99 : SER
129
- A100 : ASP
130
- A101 : CYS
131
- A102 : GLU
132
- A103 : LEU
133
- A104 : ILE
134
- A105 : VAL
135
- A106 : LYS
136
- A107 : ALA
137
- A108 : MET
138
- A109 : GLN
139
- A110 : GLY
140
- A111 : LEU
141
- A112 : LEU
142
- A113 : LYS
143
- A114 : ASP
144
- A115 : GLY
145
- A116 : ASN
146
- A117 : PRO
147
- A118 : ILE
148
- A119 : PRO
149
- A120 : SER
150
- A121 : ALA
151
- A122 : ILE
152
- A123 : ALA
153
- A124 : ALA
154
- A125 : ASN
155
- A126 : SER
156
- A127 : GLY
157
- A128 : ILE
158
- A129 : TYR
159
- B1 : ALA
160
- B2 : SER
161
- B3 : ASN
162
- B4 : PHE
163
- B5 : THR
164
- B6 : GLN
165
- B7 : PHE
166
- B8 : VAL
167
- B9 : LEU
168
- B10 : VAL
169
- B11 : ASP
170
- B12 : ASN
171
- B13 : GLY
172
- B14 : GLY
173
- B15 : THR
174
- B16 : GLY
175
- B17 : ASP
176
- B18 : VAL
177
- B19 : THR
178
- B20 : VAL
179
- B21 : ALA
180
- B22 : PRO
181
- B23 : SER
182
- B24 : ASN
183
- B25 : PHE
184
- B26 : ALA
185
- B27 : ASN
186
- B28 : GLY
187
- B29 : VAL
188
- B30 : ALA
189
- B31 : GLU
190
- B32 : TRP
191
- B33 : ILE
192
- B34 : SER
193
- B35 : SER
194
- B36 : ASN
195
- B37 : SER
196
- B38 : ARG
197
- B39 : SER
198
- B40 : GLN
199
- B41 : ALA
200
- B42 : TYR
201
- B43 : LYS
202
- B44 : VAL
203
- B45 : THR
204
- B46 : CYS
205
- B47 : SER
206
- B48 : VAL
207
- B49 : ARG
208
- B50 : GLN
209
- B51 : SER
210
- B52 : SER
211
- B53 : ALA
212
- B54 : GLN
213
- B55 : ASN
214
- B56 : ARG
215
- B57 : LYS
216
- B58 : TYR
217
- B59 : SER
218
- B60 : ILE
219
- B61 : LYS
220
- B62 : VAL
221
- B63 : GLU
222
- B64 : VAL
223
- B65 : PRO
224
- B66 : LYS
225
- B67 : VAL
226
- B68 : ALA
227
- B69 : THR
228
- B70 : GLN
229
- B71 : THR
230
- B72 : VAL
231
- B73 : GLY
232
- B74 : GLY
233
- B75 : VAL
234
- B76 : GLU
235
- B77 : LEU
236
- B78 : PRO
237
- B79 : VAL
238
- B80 : ALA
239
- B81 : ALA
240
- B82 : TRP
241
- B83 : ARG
242
- B84 : SER
243
- B85 : TYR
244
- B86 : LEU
245
- B87 : ASN
246
- B88 : MET
247
- B89 : GLU
248
- B90 : LEU
249
- B91 : THR
250
- B92 : ILE
251
- B93 : PRO
252
- B94 : ILE
253
- B95 : PHE
254
- B96 : ALA
255
- B97 : THR
256
- B98 : ASN
257
- B99 : SER
258
- B100 : ASP
259
- B101 : CYS
260
- B102 : GLU
261
- B103 : LEU
262
- B104 : ILE
263
- B105 : VAL
264
- B106 : LYS
265
- B107 : ALA
266
- B108 : MET
267
- B109 : GLN
268
- B110 : GLY
269
- B111 : LEU
270
- B112 : LEU
271
- B113 : LYS
272
- B114 : ASP
273
- B115 : GLY
274
- B116 : ASN
275
- B117 : PRO
276
- B118 : ILE
277
- B119 : PRO
278
- B120 : SER
279
- B121 : ALA
280
- B122 : ILE
281
- B123 : ALA
282
- B124 : ALA
283
- B125 : ASN
284
- B126 : SER
285
- B127 : GLY
286
- B128 : ILE
287
- B129 : TYR
288
- C1 : ALA
289
- C2 : SER
290
- C3 : ASN
291
- C4 : PHE
292
- C5 : THR
293
- C6 : GLN
294
- C7 : PHE
295
- C8 : VAL
296
- C9 : LEU
297
- C10 : VAL
298
- C11 : ASP
299
- C12 : ASN
300
- C13 : GLY
301
- C14 : GLY
302
- C15 : THR
303
- C16 : GLY
304
- C17 : ASP
305
- C18 : VAL
306
- C19 : THR
307
- C20 : VAL
308
- C21 : ALA
309
- C22 : PRO
310
- C23 : SER
311
- C24 : ASN
312
- C25 : PHE
313
- C26 : ALA
314
- C27 : ASN
315
- C28 : GLY
316
- C29 : VAL
317
- C30 : ALA
318
- C31 : GLU
319
- C32 : TRP
320
- C33 : ILE
321
- C34 : SER
322
- C35 : SER
323
- C36 : ASN
324
- C37 : SER
325
- C38 : ARG
326
- C39 : SER
327
- C40 : GLN
328
- C41 : ALA
329
- C42 : TYR
330
- C43 : LYS
331
- C44 : VAL
332
- C45 : THR
333
- C46 : CYS
334
- C47 : SER
335
- C48 : VAL
336
- C49 : ARG
337
- C50 : GLN
338
- C51 : SER
339
- C52 : SER
340
- C53 : ALA
341
- C54 : GLN
342
- C55 : ASN
343
- C56 : ARG
344
- C57 : LYS
345
- C58 : TYR
346
- C59 : SER
347
- C60 : ILE
348
- C61 : LYS
349
- C62 : VAL
350
- C63 : GLU
351
- C64 : VAL
352
- C65 : PRO
353
- C66 : LYS
354
- C67 : VAL
355
- C68 : ALA
356
- C69 : THR
357
- C70 : GLN
358
- C71 : THR
359
- C72 : VAL
360
- C73 : GLY
361
- C74 : GLY
362
- C75 : VAL
363
- C76 : GLU
364
- C77 : LEU
365
- C78 : PRO
366
- C79 : VAL
367
- C80 : ALA
368
- C81 : ALA
369
- C82 : TRP
370
- C83 : ARG
371
- C84 : SER
372
- C85 : TYR
373
- C86 : LEU
374
- C87 : ASN
375
- C88 : MET
376
- C89 : GLU
377
- C90 : LEU
378
- C91 : THR
379
- C92 : ILE
380
- C93 : PRO
381
- C94 : ILE
382
- C95 : PHE
383
- C96 : ALA
384
- C97 : THR
385
- C98 : ASN
386
- C99 : SER
387
- C100 : ASP
388
- C101 : CYS
389
- C102 : GLU
390
- C103 : LEU
391
- C104 : ILE
392
- C105 : VAL
393
- C106 : LYS
394
- C107 : ALA
395
- C108 : MET
396
- C109 : GLN
397
- C110 : GLY
398
- C111 : LEU
399
- C112 : LEU
400
- C113 : LYS
401
- C114 : ASP
402
- C115 : GLY
403
- C116 : ASN
404
- C117 : PRO
405
- C118 : ILE
406
- C119 : PRO
407
- C120 : SER
408
- C121 : ALA
409
- C122 : ILE
410
- C123 : ALA
411
- C124 : ALA
412
- C125 : ASN
413
- C126 : SER
414
- C127 : GLY
415
- C128 : ILE
416
- C129 : TYR
417
- R60 : HOH
418
- R214 : HOH
419
- R2059 : HOH
420
- S169 : HOH
421
- A130 : HOH
422
- A131 : HOH
423
- A132 : HOH
424
- A133 : HOH
425
- A134 : HOH
426
- A135 : HOH
427
- A136 : HOH
428
- A137 : HOH
429
- A138 : HOH
430
- A139 : HOH
431
- A140 : HOH
432
- A141 : HOH
433
- A142 : HOH
434
- A143 : HOH
435
- A144 : HOH
436
- A145 : HOH
437
- A146 : HOH
438
- A147 : HOH
439
- A148 : HOH
440
- A149 : HOH
441
- A150 : HOH
442
- A151 : HOH
443
- A152 : HOH
444
- A153 : HOH
445
- A154 : HOH
446
- A155 : HOH
447
- A156 : HOH
448
- A157 : HOH
449
- A158 : HOH
450
- A159 : HOH
451
- A160 : HOH
452
- A161 : HOH
453
- A162 : HOH
454
- A163 : HOH
455
- A164 : HOH
456
- A165 : HOH
457
- A166 : HOH
458
- A167 : HOH
459
- A168 : HOH
460
- A169 : HOH
461
- A170 : HOH
462
- A171 : HOH
463
- A172 : HOH
464
- A173 : HOH
465
- A174 : HOH
466
- A175 : HOH
467
- A176 : HOH
468
- A177 : HOH
469
- A178 : HOH
470
- A179 : HOH
471
- A180 : HOH
472
- A181 : HOH
473
- A182 : HOH
474
- A183 : HOH
475
- A184 : HOH
476
- A185 : HOH
477
- A186 : HOH
478
- A187 : HOH
479
- A188 : HOH
480
- A189 : HOH
481
- A190 : HOH
482
- A191 : HOH
483
- A192 : HOH
484
- A193 : HOH
485
- A194 : HOH
486
- A195 : HOH
487
- A196 : HOH
488
- A197 : HOH
489
- A198 : HOH
490
- A199 : HOH
491
- A200 : HOH
492
- A201 : HOH
493
- A202 : HOH
494
- A203 : HOH
495
- B130 : HOH
496
- B131 : HOH
497
- B132 : HOH
498
- B133 : HOH
499
- B134 : HOH
500
- B135 : HOH
501
- B136 : HOH
502
- B137 : HOH
503
- B138 : HOH
504
- B139 : HOH
505
- B140 : HOH
506
- B141 : HOH
507
- B142 : HOH
508
- B143 : HOH
509
- B144 : HOH
510
- B145 : HOH
511
- B146 : HOH
512
- B147 : HOH
513
- B148 : HOH
514
- B149 : HOH
515
- B150 : HOH
516
- B151 : HOH
517
- B152 : HOH
518
- B153 : HOH
519
- B154 : HOH
520
- B155 : HOH
521
- B156 : HOH
522
- B157 : HOH
523
- B158 : HOH
524
- B159 : HOH
525
- B160 : HOH
526
- B161 : HOH
527
- B162 : HOH
528
- B163 : HOH
529
- B164 : HOH
530
- B165 : HOH
531
- B166 : HOH
532
- B167 : HOH
533
- B168 : HOH
534
- B169 : HOH
535
- B170 : HOH
536
- B171 : HOH
537
- B172 : HOH
538
- B173 : HOH
539
- B174 : HOH
540
- B175 : HOH
541
- B176 : HOH
542
- B177 : HOH
543
- B178 : HOH
544
- B179 : HOH
545
- B180 : HOH
546
- B181 : HOH
547
- B182 : HOH
548
- B183 : HOH
549
- B184 : HOH
550
- B185 : HOH
551
- B186 : HOH
552
- B187 : HOH
553
- B188 : HOH
554
- B189 : HOH
555
- B190 : HOH
556
- B191 : HOH
557
- B192 : HOH
558
- B193 : HOH
559
- B194 : HOH
560
- B195 : HOH
561
- B196 : HOH
562
- C130 : HOH
563
- C131 : HOH
564
- C132 : HOH
565
- C133 : HOH
566
- C134 : HOH
567
- C135 : HOH
568
- C136 : HOH
569
- C137 : HOH
570
- C138 : HOH
571
- C139 : HOH
572
- C140 : HOH
573
- C141 : HOH
574
- C142 : HOH
575
- C143 : HOH
576
- C144 : HOH
577
- C145 : HOH
578
- C146 : HOH
579
- C147 : HOH
580
- C148 : HOH
581
- C149 : HOH
582
- C150 : HOH
583
- C151 : HOH
584
- C152 : HOH
585
- C153 : HOH
586
- C154 : HOH
587
- C155 : HOH
588
- C156 : HOH
589
- C157 : HOH
590
- C158 : HOH
591
- C159 : HOH
592
- C160 : HOH
593
- C161 : HOH
594
- C162 : HOH
595
- C163 : HOH
596
- C164 : HOH
597
- C165 : HOH
598
- C166 : HOH
599
- C167 : HOH
600
- C168 : HOH
601
- C169 : HOH
602
- C170 : HOH
603
- C171 : HOH
604
- C172 : HOH
605
- C173 : HOH
606
- C174 : HOH
607
- C175 : HOH
608
- C176 : HOH
609
- C177 : HOH
610
- C178 : HOH
611
- C179 : HOH
612
- C180 : HOH
613
- C181 : HOH
614
- C182 : HOH
615
- C183 : HOH
616
- C184 : HOH
617
- C185 : HOH
618
- C186 : HOH
619
- C187 : HOH
620
- C188 : HOH
621
- C189 : HOH
622
- C190 : HOH
623
- C191 : HOH
624
- C192 : HOH
625
- C193 : HOH
626
- C194 : HOH
627
- C195 : HOH
628
- C196 : HOH
629
- C197 : HOH
630
- C198 : HOH
631
- C199 : HOH
632
- C200 : HOH
633
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
634
- R3-R4 : adjacent_5p upward
635
- R7-R8 : adjacent_5p upward
636
- R8-R9 : adjacent_5p upward
637
- R15-R16 : adjacent_5p upward
638
- R16-R17 : adjacent_5p upward
639
- S4-S5 : adjacent_5p upward
640
- S7-S8 : adjacent_5p upward
641
- S8-S9 : adjacent_5p upward
642
- S13-S14 : adjacent_5p upward
643
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
644
- R3-R18 : outward
645
- R5-R7 : upward
646
- R5-R16 : outward
647
- R9-R11 : upward
648
- S5-S7 : upward
649
- S7-S15 : outward
650
- S9-S11 : upward
651
- S9-S13 : outward
652
- Number of stackings = 17
653
- Number of adjacent stackings = 9
654
- Number of non adjacent stackings = 8
655
- Base-pairs ------------------------------------------------------
656
- R3-R17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
657
- R4-R16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
658
- R5-R15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
659
- R7-R14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
660
- R8-R13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
661
- S5-S15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
662
- S7-S14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
663
- S8-S13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1aq4_MC DELETED
@@ -1,667 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- R3 : A C3p_endo anti
3
- R4 : U C3p_endo anti
4
- R5 : G C3p_endo anti
5
- R6 : A C2p_exo syn
6
- R7 : G C3p_endo anti
7
- R8 : G C3p_endo anti
8
- R9 : A C3p_endo anti
9
- R10 : U C2p_endo anti
10
- R11 : U C2p_endo anti
11
- R12 : A C2p_endo anti
12
- R13 : C C3p_endo anti
13
- R14 : C C3p_endo anti
14
- R15 : C C3p_endo anti
15
- R16 : A C3p_endo anti
16
- R17 : U C3p_endo anti
17
- R18 : G C4p_exo anti
18
- S3 : A C3p_endo anti
19
- S4 : U C3p_endo anti
20
- S5 : G C3p_endo anti
21
- S6 : A C2p_exo syn
22
- S7 : G C3p_endo anti
23
- S8 : G C3p_endo anti
24
- S9 : A C3p_endo anti
25
- S10 : U C2p_endo anti
26
- S11 : U C2p_endo anti
27
- S12 : A C2p_endo anti
28
- S13 : C C3p_endo anti
29
- S14 : C C3p_endo anti
30
- S15 : C C3p_endo anti
31
- S16 : A C3p_endo anti
32
- A1 : ALA
33
- A2 : SER
34
- A3 : ASN
35
- A4 : PHE
36
- A5 : THR
37
- A6 : GLN
38
- A7 : PHE
39
- A8 : VAL
40
- A9 : LEU
41
- A10 : VAL
42
- A11 : ASP
43
- A12 : ASN
44
- A13 : GLY
45
- A14 : GLY
46
- A15 : THR
47
- A16 : GLY
48
- A17 : ASP
49
- A18 : VAL
50
- A19 : THR
51
- A20 : VAL
52
- A21 : ALA
53
- A22 : PRO
54
- A23 : SER
55
- A24 : ASN
56
- A25 : PHE
57
- A26 : ALA
58
- A27 : ASN
59
- A28 : GLY
60
- A29 : VAL
61
- A30 : ALA
62
- A31 : GLU
63
- A32 : TRP
64
- A33 : ILE
65
- A34 : SER
66
- A35 : SER
67
- A36 : ASN
68
- A37 : SER
69
- A38 : ARG
70
- A39 : SER
71
- A40 : GLN
72
- A41 : ALA
73
- A42 : TYR
74
- A43 : LYS
75
- A44 : VAL
76
- A45 : ALA
77
- A46 : CYS
78
- A47 : SER
79
- A48 : VAL
80
- A49 : ARG
81
- A50 : GLN
82
- A51 : SER
83
- A52 : SER
84
- A53 : ALA
85
- A54 : GLN
86
- A55 : ASN
87
- A56 : ARG
88
- A57 : LYS
89
- A58 : TYR
90
- A59 : THR
91
- A60 : ILE
92
- A61 : LYS
93
- A62 : VAL
94
- A63 : GLU
95
- A64 : VAL
96
- A65 : PRO
97
- A66 : LYS
98
- A67 : VAL
99
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100
- A69 : THR
101
- A70 : GLN
102
- A71 : THR
103
- A72 : VAL
104
- A73 : GLY
105
- A74 : GLY
106
- A75 : VAL
107
- A76 : GLU
108
- A77 : LEU
109
- A78 : PRO
110
- A79 : VAL
111
- A80 : ALA
112
- A81 : ALA
113
- A82 : TRP
114
- A83 : ARG
115
- A84 : SER
116
- A85 : TYR
117
- A86 : LEU
118
- A87 : ASN
119
- A88 : MET
120
- A89 : GLU
121
- A90 : LEU
122
- A91 : THR
123
- A92 : ILE
124
- A93 : PRO
125
- A94 : ILE
126
- A95 : PHE
127
- A96 : ALA
128
- A97 : THR
129
- A98 : ASN
130
- A99 : SER
131
- A100 : ASP
132
- A101 : CYS
133
- A102 : GLU
134
- A103 : LEU
135
- A104 : ILE
136
- A105 : VAL
137
- A106 : LYS
138
- A107 : ALA
139
- A108 : MET
140
- A109 : GLN
141
- A110 : GLY
142
- A111 : LEU
143
- A112 : LEU
144
- A113 : LYS
145
- A114 : ASP
146
- A115 : GLY
147
- A116 : ASN
148
- A117 : PRO
149
- A118 : ILE
150
- A119 : PRO
151
- A120 : SER
152
- A121 : ALA
153
- A122 : ILE
154
- A123 : ALA
155
- A124 : ALA
156
- A125 : ASN
157
- A126 : SER
158
- A127 : GLY
159
- A128 : ILE
160
- A129 : TYR
161
- B1 : ALA
162
- B2 : SER
163
- B3 : ASN
164
- B4 : PHE
165
- B5 : THR
166
- B6 : GLN
167
- B7 : PHE
168
- B8 : VAL
169
- B9 : LEU
170
- B10 : VAL
171
- B11 : ASP
172
- B12 : ASN
173
- B13 : GLY
174
- B14 : GLY
175
- B15 : THR
176
- B16 : GLY
177
- B17 : ASP
178
- B18 : VAL
179
- B19 : THR
180
- B20 : VAL
181
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182
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183
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184
- B24 : ASN
185
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186
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187
- B27 : ASN
188
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189
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190
- B30 : ALA
191
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192
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193
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194
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195
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196
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197
- B37 : SER
198
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199
- B39 : SER
200
- B40 : GLN
201
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202
- B42 : TYR
203
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204
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205
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207
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208
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209
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210
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211
- B51 : SER
212
- B52 : SER
213
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214
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215
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216
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217
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218
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219
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220
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221
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223
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224
- B64 : VAL
225
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226
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227
- B67 : VAL
228
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229
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230
- B70 : GLN
231
- B71 : THR
232
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234
- B74 : GLY
235
- B75 : VAL
236
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237
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238
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239
- B79 : VAL
240
- B80 : ALA
241
- B81 : ALA
242
- B82 : TRP
243
- B83 : ARG
244
- B84 : SER
245
- B85 : TYR
246
- B86 : LEU
247
- B87 : ASN
248
- B88 : MET
249
- B89 : GLU
250
- B90 : LEU
251
- B91 : THR
252
- B92 : ILE
253
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254
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255
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256
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257
- B97 : THR
258
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259
- B99 : SER
260
- B100 : ASP
261
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262
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263
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264
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265
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266
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267
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268
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269
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270
- B110 : GLY
271
- B111 : LEU
272
- B112 : LEU
273
- B113 : LYS
274
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275
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276
- B116 : ASN
277
- B117 : PRO
278
- B118 : ILE
279
- B119 : PRO
280
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286
- B126 : SER
287
- B127 : GLY
288
- B128 : ILE
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- C2 : SER
292
- C3 : ASN
293
- C4 : PHE
294
- C5 : THR
295
- C6 : GLN
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- C7 : PHE
297
- C8 : VAL
298
- C9 : LEU
299
- C10 : VAL
300
- C11 : ASP
301
- C12 : ASN
302
- C13 : GLY
303
- C14 : GLY
304
- C15 : THR
305
- C16 : GLY
306
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307
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308
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309
- C20 : VAL
310
- C21 : ALA
311
- C22 : PRO
312
- C23 : SER
313
- C24 : ASN
314
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315
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316
- C27 : ASN
317
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320
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321
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324
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325
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326
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327
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328
- C39 : SER
329
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330
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331
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337
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339
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341
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342
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349
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350
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352
- C63 : GLU
353
- C64 : VAL
354
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355
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356
- C67 : VAL
357
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358
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359
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360
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363
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364
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366
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369
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370
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371
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372
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373
- C84 : SER
374
- C85 : TYR
375
- C86 : LEU
376
- C87 : ASN
377
- C88 : MET
378
- C89 : GLU
379
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380
- C91 : THR
381
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382
- C93 : PRO
383
- C94 : ILE
384
- C95 : PHE
385
- C96 : ALA
386
- C97 : THR
387
- C98 : ASN
388
- C99 : SER
389
- C100 : ASP
390
- C101 : CYS
391
- C102 : GLU
392
- C103 : LEU
393
- C104 : ILE
394
- C105 : VAL
395
- C106 : LYS
396
- C107 : ALA
397
- C108 : MET
398
- C109 : GLN
399
- C110 : GLY
400
- C111 : LEU
401
- C112 : LEU
402
- C113 : LYS
403
- C114 : ASP
404
- C115 : GLY
405
- C116 : ASN
406
- C117 : PRO
407
- C118 : ILE
408
- C119 : PRO
409
- C120 : SER
410
- C121 : ALA
411
- C122 : ILE
412
- C123 : ALA
413
- C124 : ALA
414
- C125 : ASN
415
- C126 : SER
416
- C127 : GLY
417
- C128 : ILE
418
- C129 : TYR
419
- R214 : HOH
420
- R2059 : HOH
421
- S166 : HOH
422
- S169 : HOH
423
- A130 : HOH
424
- A131 : HOH
425
- A132 : HOH
426
- A133 : HOH
427
- A134 : HOH
428
- A135 : HOH
429
- A136 : HOH
430
- A137 : HOH
431
- A138 : HOH
432
- A139 : HOH
433
- A140 : HOH
434
- A141 : HOH
435
- A142 : HOH
436
- A143 : HOH
437
- A144 : HOH
438
- A145 : HOH
439
- A146 : HOH
440
- A147 : HOH
441
- A148 : HOH
442
- A149 : HOH
443
- A150 : HOH
444
- A151 : HOH
445
- A152 : HOH
446
- A153 : HOH
447
- A154 : HOH
448
- A155 : HOH
449
- A156 : HOH
450
- A157 : HOH
451
- A158 : HOH
452
- A159 : HOH
453
- A160 : HOH
454
- A161 : HOH
455
- A162 : HOH
456
- A163 : HOH
457
- A164 : HOH
458
- A165 : HOH
459
- A166 : HOH
460
- A167 : HOH
461
- A168 : HOH
462
- A169 : HOH
463
- A170 : HOH
464
- A171 : HOH
465
- A172 : HOH
466
- A173 : HOH
467
- A174 : HOH
468
- A175 : HOH
469
- A176 : HOH
470
- A177 : HOH
471
- A178 : HOH
472
- A179 : HOH
473
- A180 : HOH
474
- A181 : HOH
475
- A182 : HOH
476
- A183 : HOH
477
- A184 : HOH
478
- A185 : HOH
479
- A186 : HOH
480
- A187 : HOH
481
- A188 : HOH
482
- A189 : HOH
483
- A190 : HOH
484
- A191 : HOH
485
- A192 : HOH
486
- A193 : HOH
487
- A194 : HOH
488
- A195 : HOH
489
- A196 : HOH
490
- A197 : HOH
491
- A198 : HOH
492
- A199 : HOH
493
- A200 : HOH
494
- A201 : HOH
495
- B130 : HOH
496
- B131 : HOH
497
- B132 : HOH
498
- B133 : HOH
499
- B134 : HOH
500
- B135 : HOH
501
- B136 : HOH
502
- B137 : HOH
503
- B138 : HOH
504
- B139 : HOH
505
- B140 : HOH
506
- B141 : HOH
507
- B142 : HOH
508
- B143 : HOH
509
- B144 : HOH
510
- B145 : HOH
511
- B146 : HOH
512
- B147 : HOH
513
- B148 : HOH
514
- B149 : HOH
515
- B150 : HOH
516
- B151 : HOH
517
- B152 : HOH
518
- B153 : HOH
519
- B154 : HOH
520
- B155 : HOH
521
- B156 : HOH
522
- B157 : HOH
523
- B158 : HOH
524
- B159 : HOH
525
- B160 : HOH
526
- B161 : HOH
527
- B162 : HOH
528
- B163 : HOH
529
- B164 : HOH
530
- B165 : HOH
531
- B166 : HOH
532
- B167 : HOH
533
- B168 : HOH
534
- B169 : HOH
535
- B170 : HOH
536
- B171 : HOH
537
- B172 : HOH
538
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539
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540
- B175 : HOH
541
- B176 : HOH
542
- B177 : HOH
543
- B178 : HOH
544
- B179 : HOH
545
- B180 : HOH
546
- B181 : HOH
547
- B182 : HOH
548
- B183 : HOH
549
- B184 : HOH
550
- B185 : HOH
551
- B186 : HOH
552
- B187 : HOH
553
- B188 : HOH
554
- B189 : HOH
555
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556
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566
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567
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570
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571
- C139 : HOH
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- C140 : HOH
573
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574
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575
- C143 : HOH
576
- C144 : HOH
577
- C145 : HOH
578
- C146 : HOH
579
- C147 : HOH
580
- C148 : HOH
581
- C149 : HOH
582
- C150 : HOH
583
- C151 : HOH
584
- C152 : HOH
585
- C153 : HOH
586
- C154 : HOH
587
- C155 : HOH
588
- C156 : HOH
589
- C157 : HOH
590
- C158 : HOH
591
- C159 : HOH
592
- C160 : HOH
593
- C161 : HOH
594
- C162 : HOH
595
- C163 : HOH
596
- C164 : HOH
597
- C165 : HOH
598
- C166 : HOH
599
- C167 : HOH
600
- C168 : HOH
601
- C169 : HOH
602
- C170 : HOH
603
- C171 : HOH
604
- C172 : HOH
605
- C173 : HOH
606
- C174 : HOH
607
- C175 : HOH
608
- C176 : HOH
609
- C177 : HOH
610
- C178 : HOH
611
- C179 : HOH
612
- C180 : HOH
613
- C181 : HOH
614
- C182 : HOH
615
- C183 : HOH
616
- C184 : HOH
617
- C185 : HOH
618
- C186 : HOH
619
- C187 : HOH
620
- C188 : HOH
621
- C189 : HOH
622
- C190 : HOH
623
- C191 : HOH
624
- C192 : HOH
625
- C193 : HOH
626
- C194 : HOH
627
- C195 : HOH
628
- C196 : HOH
629
- C197 : HOH
630
- C198 : HOH
631
- C199 : HOH
632
- C200 : HOH
633
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
634
- R3-R4 : adjacent_5p upward
635
- R4-R5 : adjacent_5p upward
636
- R7-R8 : adjacent_5p upward
637
- R8-R9 : adjacent_5p upward
638
- R15-R16 : adjacent_5p upward
639
- R16-R17 : adjacent_5p upward
640
- S3-S4 : adjacent_5p upward
641
- S4-S5 : adjacent_5p upward
642
- S7-S8 : adjacent_5p upward
643
- S8-S9 : adjacent_5p upward
644
- S13-S14 : adjacent_5p upward
645
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
646
- R3-R18 : outward
647
- R5-R7 : upward
648
- R5-R16 : outward
649
- R9-R11 : upward
650
- S5-S7 : upward
651
- S5-S16 : outward
652
- S7-S15 : outward
653
- S9-S11 : upward
654
- S9-S13 : outward
655
- Number of stackings = 20
656
- Number of adjacent stackings = 11
657
- Number of non adjacent stackings = 9
658
- Base-pairs ------------------------------------------------------
659
- R3-R17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
660
- R4-R16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
661
- R5-R15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
662
- R7-R14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
663
- R8-R13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
664
- S4-S16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
665
- S5-S15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
666
- S7-S14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
667
- S8-S13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1aqo_MC DELETED
@@ -1,1014 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A1 : G C3p_endo anti
3
- A2 : G C3p_endo anti
4
- A3 : A C3p_endo anti
5
- A4 : G C3p_endo anti
6
- A5 : U C3p_endo anti
7
- A6 : G C2p_endo anti
8
- A7 : C C2p_endo anti
9
- A8 : U C3p_endo anti
10
- A9 : U C3p_endo anti
11
- A10 : C C3p_endo anti
12
- A11 : A C3p_endo anti
13
- A12 : A C3p_endo anti
14
- A13 : C C3p_endo anti
15
- A14 : A C3p_endo anti
16
- A15 : G C3p_exo syn
17
- A16 : U C2p_endo anti
18
- A17 : G C2p_endo anti
19
- A18 : C C2p_endo anti
20
- A19 : U C3p_endo anti
21
- A20 : U C3p_endo anti
22
- A21 : G C3p_endo anti
23
- A22 : G C3p_endo anti
24
- A23 : A C3p_endo anti
25
- A24 : C C3p_endo anti
26
- A25 : G C3p_endo anti
27
- A26 : C C3p_endo anti
28
- A27 : U C3p_endo anti
29
- A28 : C C3p_endo anti
30
- A29 : C C3p_endo anti
31
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
32
- A1-A2 : adjacent_5p upward
33
- A2-A3 : adjacent_5p upward
34
- A3-A4 : adjacent_5p upward
35
- A4-A5 : adjacent_5p upward
36
- A8-A9 : adjacent_5p upward
37
- A10-A11 : adjacent_5p upward
38
- A11-A12 : adjacent_5p upward
39
- A12-A13 : adjacent_5p upward
40
- A19-A20 : adjacent_5p upward
41
- A21-A22 : adjacent_5p upward
42
- A22-A23 : adjacent_5p upward
43
- A23-A24 : adjacent_5p upward pairing
44
- A25-A26 : adjacent_5p upward
45
- A26-A27 : adjacent_5p upward
46
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
47
- A3-A28 : outward
48
- A6-A25 : outward
49
- A14-A17 : outward
50
- A17-A19 : upward
51
- Number of stackings = 18
52
- Number of adjacent stackings = 14
53
- Number of non adjacent stackings = 4
54
- Base-pairs ------------------------------------------------------
55
- A1-A29 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
56
- A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
57
- A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
58
- A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
59
- A5-A25 : U-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
60
- A6-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
61
- A9-A22 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
62
- A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
63
- A12-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
64
- A13-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
65
- A23-A24 : A-C O2P/Bh adjacent_5p upward pairing
66
- Residue conformations -------------------------------------------
67
- A1 : G C3p_endo anti
68
- A2 : G C3p_endo anti
69
- A3 : A C3p_endo anti
70
- A4 : G C3p_endo anti
71
- A5 : U C3p_endo anti
72
- A6 : G C2p_endo anti
73
- A7 : C C2p_endo anti
74
- A8 : U C3p_endo anti
75
- A9 : U C4p_exo anti
76
- A10 : C C3p_endo anti
77
- A11 : A C3p_endo anti
78
- A12 : A C3p_endo anti
79
- A13 : C C3p_endo anti
80
- A14 : A C3p_endo anti
81
- A15 : G C3p_exo syn
82
- A16 : U C3p_exo anti
83
- A17 : G C3p_exo syn
84
- A18 : C C2p_endo anti
85
- A19 : U C4p_exo anti
86
- A20 : U C3p_endo anti
87
- A21 : G C3p_endo anti
88
- A22 : G C3p_endo anti
89
- A23 : A C3p_endo anti
90
- A24 : C C3p_endo anti
91
- A25 : G C3p_endo anti
92
- A26 : C C3p_endo anti
93
- A27 : U C3p_endo anti
94
- A28 : C C3p_endo anti
95
- A29 : C C3p_endo anti
96
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
97
- A1-A2 : adjacent_5p upward
98
- A2-A3 : adjacent_5p upward
99
- A3-A4 : adjacent_5p upward
100
- A4-A5 : adjacent_5p upward
101
- A8-A9 : adjacent_5p upward
102
- A9-A10 : adjacent_5p upward
103
- A11-A12 : adjacent_5p upward
104
- A12-A13 : adjacent_5p upward
105
- A20-A21 : adjacent_5p upward
106
- A22-A23 : adjacent_5p upward
107
- A23-A24 : adjacent_5p upward
108
- A25-A26 : adjacent_5p upward
109
- A27-A28 : adjacent_5p upward
110
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
111
- A4-A27 : outward
112
- A6-A25 : outward
113
- A11-A21 : outward
114
- A14-A17 : outward
115
- Number of stackings = 17
116
- Number of adjacent stackings = 13
117
- Number of non adjacent stackings = 4
118
- Base-pairs ------------------------------------------------------
119
- A1-A29 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
120
- A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
121
- A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
122
- A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
123
- A5-A25 : U-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
124
- A7-A9 : C-U Ws/Hh pairing parallel cis one_hbond
125
- A7-A17 : C-G Hw/Hh pairing antiparallel cis one_hbond 116
126
- A8-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
127
- A9-A22 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
128
- A10-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
129
- A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
130
- A16-A17 : U-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
131
- Residue conformations -------------------------------------------
132
- A1 : G C3p_endo anti
133
- A2 : G C3p_endo anti
134
- A3 : A C3p_endo anti
135
- A4 : G C3p_endo anti
136
- A5 : U C3p_endo anti
137
- A6 : G C2p_endo anti
138
- A7 : C C2p_endo anti
139
- A8 : U C3p_endo anti
140
- A9 : U C4p_exo anti
141
- A10 : C C3p_endo anti
142
- A11 : A C3p_endo anti
143
- A12 : A C3p_endo anti
144
- A13 : C C3p_endo anti
145
- A14 : A C3p_endo anti
146
- A15 : G C3p_exo syn
147
- A16 : U C2p_endo anti
148
- A17 : G C3p_exo anti
149
- A18 : C C2p_endo anti
150
- A19 : U C4p_exo anti
151
- A20 : U C3p_endo anti
152
- A21 : G C3p_endo anti
153
- A22 : G C3p_endo anti
154
- A23 : A C3p_endo anti
155
- A24 : C C3p_endo anti
156
- A25 : G C3p_endo anti
157
- A26 : C C3p_endo anti
158
- A27 : U C3p_endo anti
159
- A28 : C C3p_endo anti
160
- A29 : C C3p_endo anti
161
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
162
- A1-A2 : adjacent_5p upward
163
- A2-A3 : adjacent_5p upward
164
- A3-A4 : adjacent_5p upward
165
- A4-A5 : adjacent_5p upward
166
- A8-A9 : adjacent_5p upward
167
- A11-A12 : adjacent_5p upward
168
- A12-A13 : adjacent_5p upward
169
- A13-A14 : adjacent_5p upward
170
- A21-A22 : adjacent_5p upward
171
- A22-A23 : adjacent_5p upward
172
- A23-A24 : adjacent_5p upward
173
- A24-A25 : adjacent_5p upward
174
- A25-A26 : adjacent_5p upward
175
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
176
- A11-A21 : outward
177
- A12-A20 : outward
178
- A14-A17 : outward
179
- A17-A19 : upward
180
- Number of stackings = 17
181
- Number of adjacent stackings = 13
182
- Number of non adjacent stackings = 4
183
- Base-pairs ------------------------------------------------------
184
- A1-A29 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis 128
185
- A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
186
- A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
187
- A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
188
- A5-A25 : U-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
189
- A6-A7 : G-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
190
- A6-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
191
- A7-A8 : C-U Ss/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
192
- A8-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
193
- A9-A22 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
194
- A10-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
195
- A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
196
- A12-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
197
- A13-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
198
- A14-A16 : A-U Ss/O2P pairing
199
- Residue conformations -------------------------------------------
200
- A1 : G C3p_endo anti
201
- A2 : G C3p_endo anti
202
- A3 : A C3p_endo anti
203
- A4 : G C3p_endo anti
204
- A5 : U C3p_endo anti
205
- A6 : G C2p_endo anti
206
- A7 : C C2p_endo anti
207
- A8 : U C3p_endo anti
208
- A9 : U C3p_endo anti
209
- A10 : C C3p_endo anti
210
- A11 : A C3p_endo anti
211
- A12 : A C3p_endo anti
212
- A13 : C C3p_endo anti
213
- A14 : A C3p_endo anti
214
- A15 : G C3p_exo syn
215
- A16 : U C2p_endo anti
216
- A17 : G C3p_exo syn
217
- A18 : C C2p_endo anti
218
- A19 : U C4p_exo anti
219
- A20 : U C3p_endo anti
220
- A21 : G C3p_endo anti
221
- A22 : G C3p_endo anti
222
- A23 : A C3p_endo anti
223
- A24 : C C3p_endo anti
224
- A25 : G C3p_endo anti
225
- A26 : C C3p_endo anti
226
- A27 : U C3p_endo anti
227
- A28 : C C3p_endo anti
228
- A29 : C C3p_endo anti
229
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
230
- A1-A2 : adjacent_5p upward
231
- A2-A3 : adjacent_5p upward
232
- A3-A4 : adjacent_5p upward
233
- A4-A5 : adjacent_5p upward
234
- A10-A11 : adjacent_5p upward
235
- A11-A12 : adjacent_5p upward
236
- A12-A13 : adjacent_5p upward
237
- A13-A14 : adjacent_5p upward
238
- A19-A20 : adjacent_5p upward
239
- A21-A22 : adjacent_5p upward
240
- A22-A23 : adjacent_5p upward
241
- A23-A24 : adjacent_5p upward
242
- A25-A26 : adjacent_5p upward
243
- A26-A27 : adjacent_5p upward
244
- A27-A28 : adjacent_5p upward
245
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
246
- A6-A25 : outward
247
- A11-A21 : outward
248
- A14-A17 : outward
249
- A17-A19 : upward
250
- Number of stackings = 19
251
- Number of adjacent stackings = 15
252
- Number of non adjacent stackings = 4
253
- Base-pairs ------------------------------------------------------
254
- A1-A29 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
255
- A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
256
- A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
257
- A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
258
- A5-A25 : U-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
259
- A7-A8 : C-U Ss/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
260
- A9-A22 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
261
- A10-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
262
- A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
263
- A12-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
264
- A13-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
265
- A24-A26 : C-C O2P/Bh pairing
266
- Residue conformations -------------------------------------------
267
- A1 : G C3p_endo anti
268
- A2 : G C3p_endo anti
269
- A3 : A C3p_endo anti
270
- A4 : G C3p_endo anti
271
- A5 : U C3p_endo anti
272
- A6 : G C2p_endo anti
273
- A7 : C C2p_endo syn
274
- A8 : U C3p_endo anti
275
- A9 : U C3p_endo anti
276
- A10 : C C3p_endo anti
277
- A11 : A C3p_endo anti
278
- A12 : A C3p_endo anti
279
- A13 : C C3p_endo anti
280
- A14 : A C3p_endo anti
281
- A15 : G C3p_exo syn
282
- A16 : U C2p_endo anti
283
- A17 : G C2p_endo anti
284
- A18 : C C2p_endo anti
285
- A19 : U C4p_exo anti
286
- A20 : U C3p_endo anti
287
- A21 : G C3p_endo anti
288
- A22 : G C3p_endo anti
289
- A23 : A C3p_endo anti
290
- A24 : C C3p_endo anti
291
- A25 : G C3p_endo anti
292
- A26 : C C3p_endo anti
293
- A27 : U C3p_endo anti
294
- A28 : C C3p_endo anti
295
- A29 : C C3p_endo anti
296
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
297
- A1-A2 : adjacent_5p upward
298
- A2-A3 : adjacent_5p upward
299
- A3-A4 : adjacent_5p upward
300
- A4-A5 : adjacent_5p upward
301
- A8-A9 : adjacent_5p upward
302
- A11-A12 : adjacent_5p upward
303
- A12-A13 : adjacent_5p upward
304
- A13-A14 : adjacent_5p upward
305
- A19-A20 : adjacent_5p upward
306
- A21-A22 : adjacent_5p upward
307
- A22-A23 : adjacent_5p upward
308
- A23-A24 : adjacent_5p upward
309
- A25-A26 : adjacent_5p upward
310
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
311
- A3-A28 : outward
312
- A4-A27 : outward
313
- A6-A25 : outward
314
- A11-A21 : outward
315
- A14-A16 : upward
316
- A14-A17 : outward
317
- A17-A19 : upward
318
- Number of stackings = 20
319
- Number of adjacent stackings = 13
320
- Number of non adjacent stackings = 7
321
- Base-pairs ------------------------------------------------------
322
- A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
323
- A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
324
- A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
325
- A5-A25 : U-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
326
- A6-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
327
- A8-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
328
- A9-A22 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
329
- A10-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
330
- A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
331
- A12-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
332
- A13-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
333
- Residue conformations -------------------------------------------
334
- A1 : G C3p_endo anti
335
- A2 : G C3p_endo anti
336
- A3 : A C3p_endo anti
337
- A4 : G C3p_endo anti
338
- A5 : U C3p_endo anti
339
- A6 : G C3p_exo anti
340
- A7 : C C3p_exo syn
341
- A8 : U C3p_endo anti
342
- A9 : U C3p_endo anti
343
- A10 : C C3p_endo anti
344
- A11 : A C3p_endo anti
345
- A12 : A C3p_endo anti
346
- A13 : C C3p_endo anti
347
- A14 : A C3p_endo anti
348
- A15 : G C3p_exo syn
349
- A16 : U C2p_endo anti
350
- A17 : G C3p_exo syn
351
- A18 : C C2p_endo anti
352
- A19 : U C4p_exo anti
353
- A20 : U C3p_endo anti
354
- A21 : G C3p_endo anti
355
- A22 : G C3p_endo anti
356
- A23 : A C3p_endo anti
357
- A24 : C C3p_endo anti
358
- A25 : G C3p_endo anti
359
- A26 : C C3p_endo anti
360
- A27 : U C3p_endo anti
361
- A28 : C C3p_endo anti
362
- A29 : C C3p_endo anti
363
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
364
- A1-A2 : adjacent_5p upward
365
- A2-A3 : adjacent_5p upward
366
- A3-A4 : adjacent_5p upward
367
- A4-A5 : adjacent_5p upward
368
- A8-A9 : adjacent_5p upward
369
- A11-A12 : adjacent_5p upward
370
- A12-A13 : adjacent_5p upward
371
- A19-A20 : adjacent_5p upward
372
- A20-A21 : adjacent_5p upward
373
- A21-A22 : adjacent_5p upward
374
- A22-A23 : adjacent_5p upward
375
- A23-A24 : adjacent_5p upward
376
- A25-A26 : adjacent_5p upward
377
- A26-A27 : adjacent_5p upward
378
- A27-A28 : adjacent_5p upward
379
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
380
- A6-A25 : outward
381
- A11-A21 : outward
382
- A14-A17 : outward
383
- A17-A19 : upward
384
- Number of stackings = 19
385
- Number of adjacent stackings = 15
386
- Number of non adjacent stackings = 4
387
- Base-pairs ------------------------------------------------------
388
- A1-A29 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
389
- A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
390
- A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
391
- A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
392
- A5-A25 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
393
- A6-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
394
- A8-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
395
- A9-A22 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
396
- A10-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
397
- A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
398
- A12-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
399
- A13-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
400
- A14-A18 : A-C O2'/Bh pairing
401
- Residue conformations -------------------------------------------
402
- A1 : G C3p_endo anti
403
- A2 : G C3p_endo anti
404
- A3 : A C3p_endo anti
405
- A4 : G C3p_endo anti
406
- A5 : U C3p_endo anti
407
- A6 : G C2p_endo anti
408
- A7 : C C2p_endo anti
409
- A8 : U C3p_endo anti
410
- A9 : U C3p_endo anti
411
- A10 : C C3p_endo anti
412
- A11 : A C3p_endo anti
413
- A12 : A C4p_exo anti
414
- A13 : C C3p_endo anti
415
- A14 : A C3p_endo anti
416
- A15 : G C3p_exo syn
417
- A16 : U C3p_exo anti
418
- A17 : G C3p_exo syn
419
- A18 : C C2p_endo anti
420
- A19 : U C4p_exo anti
421
- A20 : U C3p_endo anti
422
- A21 : G C3p_endo anti
423
- A22 : G C3p_endo anti
424
- A23 : A C3p_endo anti
425
- A24 : C C3p_endo anti
426
- A25 : G C3p_endo anti
427
- A26 : C C3p_endo anti
428
- A27 : U C3p_endo anti
429
- A28 : C C3p_endo anti
430
- A29 : C C3p_endo anti
431
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
432
- A1-A2 : adjacent_5p upward
433
- A2-A3 : adjacent_5p upward
434
- A3-A4 : adjacent_5p upward
435
- A4-A5 : adjacent_5p upward
436
- A8-A9 : adjacent_5p upward
437
- A10-A11 : adjacent_5p upward
438
- A11-A12 : adjacent_5p upward
439
- A12-A13 : adjacent_5p upward
440
- A13-A14 : adjacent_5p upward
441
- A21-A22 : adjacent_5p upward
442
- A22-A23 : adjacent_5p upward
443
- A23-A24 : adjacent_5p upward
444
- A25-A26 : adjacent_5p upward
445
- A27-A28 : adjacent_5p upward
446
- A28-A29 : adjacent_5p upward
447
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
448
- A6-A25 : outward
449
- A11-A21 : outward
450
- A14-A17 : outward
451
- A17-A19 : upward
452
- Number of stackings = 19
453
- Number of adjacent stackings = 15
454
- Number of non adjacent stackings = 4
455
- Base-pairs ------------------------------------------------------
456
- A1-A29 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
457
- A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
458
- A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
459
- A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
460
- A5-A25 : U-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
461
- A6-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
462
- A7-A9 : C-U Ws/Hh pairing parallel cis one_hbond
463
- A8-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
464
- A9-A22 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
465
- A10-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
466
- A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
467
- A12-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
468
- A13-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
469
- A14-A18 : A-C O2'/Bh pairing
470
- Residue conformations -------------------------------------------
471
- A1 : G C3p_endo anti
472
- A2 : G C3p_endo anti
473
- A3 : A C3p_endo anti
474
- A4 : G C3p_endo anti
475
- A5 : U C3p_endo anti
476
- A6 : G C2p_endo anti
477
- A7 : C C2p_endo anti
478
- A8 : U C3p_endo anti
479
- A9 : U C3p_endo anti
480
- A10 : C C3p_endo anti
481
- A11 : A C3p_endo anti
482
- A12 : A C3p_endo anti
483
- A13 : C C3p_endo anti
484
- A14 : A C3p_endo anti
485
- A15 : G C3p_exo syn
486
- A16 : U C2p_endo anti
487
- A17 : G C3p_exo anti
488
- A18 : C C2p_endo anti
489
- A19 : U C3p_endo anti
490
- A20 : U C3p_endo anti
491
- A21 : G C3p_endo anti
492
- A22 : G C3p_endo anti
493
- A23 : A C3p_endo anti
494
- A24 : C C3p_endo anti
495
- A25 : G C3p_endo anti
496
- A26 : C C3p_endo anti
497
- A27 : U C3p_endo anti
498
- A28 : C C3p_endo anti
499
- A29 : C C3p_endo anti
500
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
501
- A1-A2 : adjacent_5p upward
502
- A2-A3 : adjacent_5p upward
503
- A3-A4 : adjacent_5p upward
504
- A4-A5 : adjacent_5p upward
505
- A8-A9 : adjacent_5p upward
506
- A10-A11 : adjacent_5p upward
507
- A11-A12 : adjacent_5p upward
508
- A12-A13 : adjacent_5p upward
509
- A13-A14 : adjacent_5p upward
510
- A21-A22 : adjacent_5p upward
511
- A22-A23 : adjacent_5p upward
512
- A23-A24 : adjacent_5p upward
513
- A25-A26 : adjacent_5p upward
514
- A27-A28 : adjacent_5p upward
515
- A28-A29 : adjacent_5p upward
516
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
517
- A6-A25 : outward
518
- A11-A21 : outward
519
- A14-A17 : outward
520
- A17-A19 : upward
521
- Number of stackings = 19
522
- Number of adjacent stackings = 15
523
- Number of non adjacent stackings = 4
524
- Base-pairs ------------------------------------------------------
525
- A1-A29 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis 128
526
- A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
527
- A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
528
- A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
529
- A5-A25 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
530
- A6-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
531
- A8-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
532
- A9-A22 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
533
- A10-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
534
- A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
535
- A12-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
536
- A13-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
537
- A14-A16 : A-U O2'/Ww Ss/O2' pairing
538
- Residue conformations -------------------------------------------
539
- A1 : G C3p_endo anti
540
- A2 : G C3p_endo anti
541
- A3 : A C3p_endo anti
542
- A4 : G C3p_endo anti
543
- A5 : U C3p_endo anti
544
- A6 : G C2p_endo anti
545
- A7 : C C2p_endo anti
546
- A8 : U C3p_endo anti
547
- A9 : U C3p_endo anti
548
- A10 : C C4p_exo anti
549
- A11 : A C3p_endo anti
550
- A12 : A C4p_exo anti
551
- A13 : C C3p_endo anti
552
- A14 : A C3p_endo anti
553
- A15 : G C3p_exo syn
554
- A16 : U C3p_exo anti
555
- A17 : G C2p_endo anti
556
- A18 : C C2p_endo anti
557
- A19 : U C3p_endo anti
558
- A20 : U C3p_endo anti
559
- A21 : G C3p_endo anti
560
- A22 : G C3p_endo anti
561
- A23 : A C3p_endo anti
562
- A24 : C C3p_endo anti
563
- A25 : G C3p_endo anti
564
- A26 : C C3p_endo anti
565
- A27 : U C3p_endo anti
566
- A28 : C C3p_endo anti
567
- A29 : C C3p_endo anti
568
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
569
- A1-A2 : adjacent_5p upward
570
- A2-A3 : adjacent_5p upward
571
- A3-A4 : adjacent_5p upward
572
- A4-A5 : adjacent_5p upward
573
- A8-A9 : adjacent_5p upward
574
- A9-A10 : adjacent_5p upward
575
- A11-A12 : adjacent_5p upward
576
- A12-A13 : adjacent_5p upward
577
- A13-A14 : adjacent_5p upward
578
- A21-A22 : adjacent_5p upward
579
- A22-A23 : adjacent_5p upward
580
- A23-A24 : adjacent_5p upward
581
- A25-A26 : adjacent_5p upward
582
- A27-A28 : adjacent_5p upward
583
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
584
- A6-A25 : outward
585
- A11-A21 : outward
586
- A12-A20 : outward
587
- A14-A17 : outward
588
- A17-A19 : upward
589
- Number of stackings = 19
590
- Number of adjacent stackings = 14
591
- Number of non adjacent stackings = 5
592
- Base-pairs ------------------------------------------------------
593
- A1-A29 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
594
- A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
595
- A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
596
- A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
597
- A5-A25 : U-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
598
- A6-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
599
- A9-A22 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
600
- A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
601
- A12-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
602
- A13-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
603
- Residue conformations -------------------------------------------
604
- A1 : G C3p_endo anti
605
- A2 : G C3p_endo anti
606
- A3 : A C3p_endo anti
607
- A4 : G C3p_endo anti
608
- A5 : U C3p_endo anti
609
- A6 : G C2p_endo anti
610
- A7 : C C2p_endo anti
611
- A8 : U C3p_endo anti
612
- A9 : U C3p_endo anti
613
- A10 : C C3p_endo anti
614
- A11 : A C3p_endo anti
615
- A12 : A C3p_endo anti
616
- A13 : C C3p_endo anti
617
- A14 : A C3p_endo anti
618
- A15 : G C2p_endo syn
619
- A16 : U C2p_endo anti
620
- A17 : G C3p_exo syn
621
- A18 : C C2p_endo anti
622
- A19 : U C4p_exo anti
623
- A20 : U C3p_endo anti
624
- A21 : G C3p_endo anti
625
- A22 : G C3p_endo anti
626
- A23 : A C4p_exo anti
627
- A24 : C C3p_endo anti
628
- A25 : G C3p_endo anti
629
- A26 : C C3p_endo anti
630
- A27 : U C3p_endo anti
631
- A28 : C C3p_endo anti
632
- A29 : C C3p_endo anti
633
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
634
- A1-A2 : adjacent_5p upward
635
- A2-A3 : adjacent_5p upward
636
- A3-A4 : adjacent_5p upward
637
- A4-A5 : adjacent_5p upward
638
- A7-A8 : adjacent_5p upward
639
- A8-A9 : adjacent_5p upward
640
- A9-A10 : adjacent_5p upward
641
- A11-A12 : adjacent_5p upward
642
- A12-A13 : adjacent_5p upward
643
- A13-A14 : adjacent_5p upward
644
- A20-A21 : adjacent_5p upward
645
- A22-A23 : adjacent_5p upward
646
- A23-A24 : adjacent_5p upward
647
- A25-A26 : adjacent_5p upward
648
- A26-A27 : adjacent_5p upward
649
- A28-A29 : adjacent_5p upward
650
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
651
- A6-A25 : outward
652
- A11-A21 : outward
653
- A14-A17 : outward
654
- A17-A19 : upward
655
- Number of stackings = 20
656
- Number of adjacent stackings = 16
657
- Number of non adjacent stackings = 4
658
- Base-pairs ------------------------------------------------------
659
- A1-A29 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
660
- A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
661
- A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
662
- A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
663
- A5-A25 : U-G Ws/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
664
- A8-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
665
- A9-A22 : U-G Ws/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
666
- A10-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
667
- A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
668
- A13-A15 : C-G O2P/Ww O2P/Bs pairing
669
- A13-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
670
- Residue conformations -------------------------------------------
671
- A1 : G C3p_endo anti
672
- A2 : G C3p_endo anti
673
- A3 : A C3p_endo anti
674
- A4 : G C3p_endo anti
675
- A5 : U C4p_exo anti
676
- A6 : G C2p_endo syn
677
- A7 : C C2p_endo anti
678
- A8 : U C4p_exo anti
679
- A9 : U C3p_endo anti
680
- A10 : C C3p_endo anti
681
- A11 : A C3p_endo anti
682
- A12 : A C3p_endo anti
683
- A13 : C C3p_endo anti
684
- A14 : A C3p_endo anti
685
- A15 : G C3p_exo syn
686
- A16 : U C2p_endo anti
687
- A17 : G C2p_endo anti
688
- A18 : C C2p_endo anti
689
- A19 : U C4p_exo anti
690
- A20 : U C3p_endo anti
691
- A21 : G C3p_endo anti
692
- A22 : G C3p_endo anti
693
- A23 : A C3p_endo anti
694
- A24 : C C3p_endo anti
695
- A25 : G C3p_endo anti
696
- A26 : C C3p_endo anti
697
- A27 : U C3p_endo anti
698
- A28 : C C3p_endo anti
699
- A29 : C C3p_endo anti
700
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
701
- A1-A2 : adjacent_5p upward
702
- A2-A3 : adjacent_5p upward
703
- A3-A4 : adjacent_5p upward
704
- A4-A5 : adjacent_5p upward
705
- A8-A9 : adjacent_5p upward
706
- A10-A11 : adjacent_5p upward
707
- A11-A12 : adjacent_5p upward
708
- A12-A13 : adjacent_5p upward
709
- A13-A14 : adjacent_5p upward
710
- A21-A22 : adjacent_5p upward
711
- A22-A23 : adjacent_5p upward
712
- A23-A24 : adjacent_5p upward
713
- A25-A26 : adjacent_5p upward
714
- A27-A28 : adjacent_5p upward
715
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
716
- A2-A29 : outward
717
- A3-A28 : outward
718
- A6-A25 : outward
719
- A10-A22 : outward
720
- A11-A21 : outward
721
- A14-A17 : outward
722
- A17-A19 : upward
723
- Number of stackings = 21
724
- Number of adjacent stackings = 14
725
- Number of non adjacent stackings = 7
726
- Base-pairs ------------------------------------------------------
727
- A1-A29 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
728
- A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
729
- A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
730
- A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
731
- A5-A25 : U-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
732
- A6-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
733
- A7-A8 : C-U Ss/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
734
- A8-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
735
- A9-A22 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
736
- A10-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
737
- A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
738
- A12-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
739
- A13-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
740
- Residue conformations -------------------------------------------
741
- A1 : G C3p_endo anti
742
- A2 : G C3p_endo anti
743
- A3 : A C3p_endo anti
744
- A4 : G C3p_endo anti
745
- A5 : U C3p_endo anti
746
- A6 : G C3p_exo anti
747
- A7 : C C2p_endo anti
748
- A8 : U C3p_endo anti
749
- A9 : U C3p_endo anti
750
- A10 : C C3p_endo anti
751
- A11 : A C3p_endo anti
752
- A12 : A C3p_endo anti
753
- A13 : C C3p_endo anti
754
- A14 : A C3p_endo anti
755
- A15 : G C3p_exo syn
756
- A16 : U C2p_endo anti
757
- A17 : G C2p_endo anti
758
- A18 : C C2p_endo anti
759
- A19 : U C3p_endo anti
760
- A20 : U C3p_endo anti
761
- A21 : G C3p_endo anti
762
- A22 : G C3p_endo anti
763
- A23 : A C3p_endo anti
764
- A24 : C C3p_endo anti
765
- A25 : G C3p_endo anti
766
- A26 : C C3p_endo anti
767
- A27 : U C3p_endo anti
768
- A28 : C C3p_endo anti
769
- A29 : C C3p_endo anti
770
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
771
- A1-A2 : adjacent_5p upward
772
- A2-A3 : adjacent_5p upward
773
- A3-A4 : adjacent_5p upward
774
- A4-A5 : adjacent_5p upward
775
- A8-A9 : adjacent_5p upward
776
- A9-A10 : adjacent_5p upward
777
- A10-A11 : adjacent_5p upward
778
- A11-A12 : adjacent_5p upward
779
- A12-A13 : adjacent_5p upward
780
- A19-A20 : adjacent_5p upward
781
- A20-A21 : adjacent_5p upward
782
- A21-A22 : adjacent_5p upward
783
- A22-A23 : adjacent_5p upward
784
- A23-A24 : adjacent_5p upward
785
- A25-A26 : adjacent_5p upward
786
- A26-A27 : adjacent_5p upward
787
- A27-A28 : adjacent_5p upward
788
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
789
- A6-A25 : outward
790
- A11-A21 : outward
791
- A14-A17 : outward
792
- A17-A19 : upward
793
- Number of stackings = 21
794
- Number of adjacent stackings = 17
795
- Number of non adjacent stackings = 4
796
- Base-pairs ------------------------------------------------------
797
- A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
798
- A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
799
- A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
800
- A5-A25 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
801
- A6-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
802
- A8-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
803
- A9-A22 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
804
- A10-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
805
- A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
806
- A12-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
807
- A13-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
808
- A14-A16 : A-U Ss/O2P pairing
809
- Residue conformations -------------------------------------------
810
- A1 : G C3p_endo anti
811
- A2 : G C3p_endo anti
812
- A3 : A C3p_endo anti
813
- A4 : G C3p_endo anti
814
- A5 : U C3p_endo anti
815
- A6 : G C2p_endo anti
816
- A7 : C C2p_endo anti
817
- A8 : U C3p_endo anti
818
- A9 : U C3p_endo anti
819
- A10 : C C3p_endo anti
820
- A11 : A C3p_endo anti
821
- A12 : A C3p_endo anti
822
- A13 : C C3p_endo anti
823
- A14 : A C3p_endo anti
824
- A15 : G C3p_exo syn
825
- A16 : U C2p_endo anti
826
- A17 : G C2p_endo syn
827
- A18 : C C2p_endo anti
828
- A19 : U C4p_exo anti
829
- A20 : U C3p_endo anti
830
- A21 : G C3p_endo anti
831
- A22 : G C3p_endo anti
832
- A23 : A C3p_endo anti
833
- A24 : C C3p_endo anti
834
- A25 : G C3p_endo anti
835
- A26 : C C3p_endo anti
836
- A27 : U C3p_endo anti
837
- A28 : C C3p_endo anti
838
- A29 : C C3p_endo anti
839
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
840
- A1-A2 : adjacent_5p upward
841
- A2-A3 : adjacent_5p upward
842
- A3-A4 : adjacent_5p upward
843
- A4-A5 : adjacent_5p upward
844
- A8-A9 : adjacent_5p upward
845
- A11-A12 : adjacent_5p upward
846
- A12-A13 : adjacent_5p upward
847
- A13-A14 : adjacent_5p upward
848
- A20-A21 : adjacent_5p upward
849
- A22-A23 : adjacent_5p upward
850
- A23-A24 : adjacent_5p upward
851
- A24-A25 : adjacent_5p upward
852
- A25-A26 : adjacent_5p upward
853
- A27-A28 : adjacent_5p upward
854
- A28-A29 : adjacent_5p upward
855
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
856
- A10-A22 : outward
857
- A11-A21 : outward
858
- A14-A17 : outward
859
- A17-A19 : upward
860
- Number of stackings = 19
861
- Number of adjacent stackings = 15
862
- Number of non adjacent stackings = 4
863
- Base-pairs ------------------------------------------------------
864
- A1-A29 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
865
- A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
866
- A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
867
- A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
868
- A5-A25 : U-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
869
- A6-A7 : G-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
870
- A6-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
871
- A8-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
872
- A9-A22 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
873
- A10-A21 : C-G Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
874
- A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
875
- A12-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
876
- A13-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
877
- A16-A18 : U-C O2P/Bh pairing
878
- Residue conformations -------------------------------------------
879
- A1 : G C3p_endo anti
880
- A2 : G C3p_endo anti
881
- A3 : A C3p_endo anti
882
- A4 : G C3p_endo anti
883
- A5 : U C3p_endo anti
884
- A6 : G C2p_endo anti
885
- A7 : C C2p_endo anti
886
- A8 : U C3p_endo anti
887
- A9 : U C3p_endo anti
888
- A10 : C C3p_endo anti
889
- A11 : A C3p_endo anti
890
- A12 : A C3p_endo anti
891
- A13 : C C3p_endo anti
892
- A14 : A C3p_endo anti
893
- A15 : G C2p_endo syn
894
- A16 : U C2p_endo anti
895
- A17 : G C2p_endo syn
896
- A18 : C C2p_endo anti
897
- A19 : U C3p_endo anti
898
- A20 : U C3p_endo anti
899
- A21 : G C3p_endo anti
900
- A22 : G C3p_endo anti
901
- A23 : A C3p_endo anti
902
- A24 : C C3p_endo anti
903
- A25 : G C3p_endo anti
904
- A26 : C C3p_endo anti
905
- A27 : U C3p_endo anti
906
- A28 : C C3p_endo anti
907
- A29 : C C3p_endo anti
908
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
909
- A1-A2 : adjacent_5p upward
910
- A2-A3 : adjacent_5p upward
911
- A3-A4 : adjacent_5p upward
912
- A4-A5 : adjacent_5p upward
913
- A8-A9 : adjacent_5p upward
914
- A10-A11 : adjacent_5p upward
915
- A11-A12 : adjacent_5p upward
916
- A12-A13 : adjacent_5p upward
917
- A13-A14 : adjacent_5p upward
918
- A20-A21 : adjacent_5p upward
919
- A21-A22 : adjacent_5p upward
920
- A22-A23 : adjacent_5p upward
921
- A23-A24 : adjacent_5p upward
922
- A25-A26 : adjacent_5p upward
923
- A27-A28 : adjacent_5p upward
924
- A28-A29 : adjacent_5p upward
925
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
926
- A6-A25 : outward
927
- A10-A22 : outward
928
- A11-A21 : outward
929
- A12-A20 : outward
930
- A14-A17 : outward
931
- A17-A19 : upward
932
- Number of stackings = 22
933
- Number of adjacent stackings = 16
934
- Number of non adjacent stackings = 6
935
- Base-pairs ------------------------------------------------------
936
- A1-A29 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
937
- A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
938
- A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
939
- A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
940
- A5-A25 : U-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
941
- A6-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
942
- A8-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
943
- A9-A22 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
944
- A10-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
945
- A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
946
- A12-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
947
- A13-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
948
- A14-A15 : A-G O2P/Bs adjacent_5p pairing
949
- Residue conformations -------------------------------------------
950
- A1 : G C3p_endo anti
951
- A2 : G C3p_endo anti
952
- A3 : A C3p_endo anti
953
- A4 : G C3p_endo anti
954
- A5 : U C3p_endo anti
955
- A6 : G C2p_endo anti
956
- A7 : C C2p_endo anti
957
- A8 : U C3p_endo anti
958
- A9 : U C3p_endo anti
959
- A10 : C C3p_endo anti
960
- A11 : A C3p_endo anti
961
- A12 : A C3p_endo anti
962
- A13 : C C3p_endo anti
963
- A14 : A C3p_endo anti
964
- A15 : G C3p_exo syn
965
- A16 : U C2p_endo anti
966
- A17 : G C3p_exo syn
967
- A18 : C C2p_endo anti
968
- A19 : U C4p_exo anti
969
- A20 : U C3p_endo anti
970
- A21 : G C3p_endo anti
971
- A22 : G C3p_endo anti
972
- A23 : A C3p_endo anti
973
- A24 : C C3p_endo anti
974
- A25 : G C3p_endo anti
975
- A26 : C C3p_endo anti
976
- A27 : U C3p_endo anti
977
- A28 : C C3p_endo anti
978
- A29 : C C3p_endo anti
979
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
980
- A2-A3 : adjacent_5p upward
981
- A3-A4 : adjacent_5p upward
982
- A4-A5 : adjacent_5p upward
983
- A8-A9 : adjacent_5p upward
984
- A10-A11 : adjacent_5p upward
985
- A11-A12 : adjacent_5p upward
986
- A12-A13 : adjacent_5p upward
987
- A19-A20 : adjacent_5p upward
988
- A21-A22 : adjacent_5p upward
989
- A22-A23 : adjacent_5p upward
990
- A23-A24 : adjacent_5p upward
991
- A25-A26 : adjacent_5p upward
992
- A27-A28 : adjacent_5p upward
993
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
994
- A2-A29 : outward
995
- A4-A27 : outward
996
- A6-A25 : outward
997
- A14-A17 : outward
998
- A17-A19 : upward
999
- Number of stackings = 18
1000
- Number of adjacent stackings = 13
1001
- Number of non adjacent stackings = 5
1002
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1003
- A1-A29 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1004
- A2-A28 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1005
- A3-A27 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1006
- A4-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1007
- A5-A25 : U-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
1008
- A6-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1009
- A7-A8 : C-U Ss/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
1010
- A8-A23 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1011
- A9-A22 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
1012
- A11-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1013
- A12-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1014
- A13-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1arj_MC DELETED
@@ -1,1319 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- N17 : G C2p_exo anti
3
- N18 : G C1p_exo anti
4
- N19 : C C3p_endo anti
5
- N20 : A C2p_exo anti
6
- N21 : G C3p_endo anti
7
- N22 : A C2p_exo anti
8
- N23 : U C3p_endo anti
9
- N24 : C C2p_exo anti
10
- N25 : U C3p_endo anti
11
- N26 : G C4p_exo anti
12
- N27 : A C4p_exo anti
13
- N28 : G C3p_endo anti
14
- N29 : C C3p_endo anti
15
- N30 : C C2p_exo anti
16
- N31 : U C3p_endo anti
17
- N32 : G C2p_exo anti
18
- N33 : G C2p_exo anti
19
- N34 : G C2p_exo syn
20
- N35 : A C2p_exo anti
21
- N36 : G C3p_endo anti
22
- N37 : C C2p_exo anti
23
- N38 : U C3p_endo anti
24
- N39 : C C3p_endo anti
25
- N40 : U C2p_exo anti
26
- N41 : C C3p_endo anti
27
- N42 : U C3p_endo anti
28
- N43 : G C3p_endo anti
29
- N44 : C C3p_endo anti
30
- N45 : C C3p_endo anti
31
- N1 : ARG
32
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
33
- N18-N19 : adjacent_5p outward pairing
34
- N19-N20 : adjacent_5p upward
35
- N20-N21 : adjacent_5p upward
36
- N21-N22 : adjacent_5p upward
37
- N26-N27 : adjacent_5p upward
38
- N27-N28 : adjacent_5p upward
39
- N28-N29 : adjacent_5p upward
40
- N36-N37 : adjacent_5p upward
41
- N37-N38 : adjacent_5p upward
42
- N38-N39 : adjacent_5p upward
43
- N39-N40 : adjacent_5p upward
44
- N40-N41 : adjacent_5p upward
45
- N41-N42 : adjacent_5p upward
46
- N43-N44 : adjacent_5p inward
47
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
48
- N18-N45 : inward
49
- Number of stackings = 15
50
- Number of adjacent stackings = 14
51
- Number of non adjacent stackings = 1
52
- Base-pairs ------------------------------------------------------
53
- N18-N19 : G-C O2'/Hh adjacent_5p outward pairing
54
- N18-N43 : G-G Ws/Wh pairing parallel trans one_hbond
55
- N18-N44 : G-C Ww/Ws pairing antiparallel cis one_hbond 130
56
- N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
57
- N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
58
- N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
59
- N22-N40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
60
- N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
61
- N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
62
- N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
63
- N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
64
- N30-N34 : C-G Ss/Ws pairing antiparallel cis one_hbond 127
65
- N33-N34 : G-G O2P/Bs adjacent_5p pairing
66
- N34-N35 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
67
- N43-N45 : G-C Hh/O2P pairing
68
- N44-N45 : C-C Ss/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
69
- Residue conformations -------------------------------------------
70
- N17 : G C3p_endo anti
71
- N18 : G C2p_exo anti
72
- N19 : C C3p_endo anti
73
- N20 : A C2p_exo anti
74
- N21 : G C3p_endo anti
75
- N22 : A C2p_exo anti
76
- N23 : U C3p_endo anti
77
- N24 : C C2p_exo anti
78
- N25 : U C1p_exo anti
79
- N26 : G C4p_exo anti
80
- N27 : A C3p_endo anti
81
- N28 : G C3p_endo anti
82
- N29 : C C3p_endo anti
83
- N30 : C C2p_exo anti
84
- N31 : U C4p_endo anti
85
- N32 : G C3p_endo anti
86
- N33 : G C2p_endo anti
87
- N34 : G C2p_exo anti
88
- N35 : A C2p_endo anti
89
- N36 : G C3p_endo anti
90
- N37 : C C2p_exo anti
91
- N38 : U C3p_endo anti
92
- N39 : C C3p_endo anti
93
- N40 : U C3p_endo anti
94
- N41 : C C3p_endo anti
95
- N42 : U C3p_endo anti
96
- N43 : G C4p_exo anti
97
- N44 : C C2p_exo anti
98
- N45 : C C3p_endo anti
99
- N1 : ARG
100
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
101
- N17-N18 : adjacent_5p upward
102
- N18-N19 : adjacent_5p upward
103
- N19-N20 : adjacent_5p upward
104
- N20-N21 : adjacent_5p upward
105
- N21-N22 : adjacent_5p upward
106
- N26-N27 : adjacent_5p upward
107
- N27-N28 : adjacent_5p upward
108
- N28-N29 : adjacent_5p upward
109
- N29-N30 : adjacent_5p upward pairing
110
- N38-N39 : adjacent_5p upward
111
- N40-N41 : adjacent_5p upward
112
- N41-N42 : adjacent_5p upward
113
- N42-N43 : adjacent_5p upward
114
- N43-N44 : adjacent_5p upward
115
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
116
- N20-N43 : outward
117
- Number of stackings = 15
118
- Number of adjacent stackings = 14
119
- Number of non adjacent stackings = 1
120
- Base-pairs ------------------------------------------------------
121
- N17-N44 : G-C Bh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
122
- N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
123
- N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
124
- N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
125
- N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
126
- N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
127
- N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
128
- N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
129
- N29-N30 : C-C O2P/Bh adjacent_5p upward pairing
130
- N29-N36 : C-G Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
131
- N33-N34 : G-G O2P/Bs adjacent_5p pairing
132
- Residue conformations -------------------------------------------
133
- N17 : G C3p_endo anti
134
- N18 : G C3p_endo anti
135
- N19 : C C2p_exo anti
136
- N20 : A C3p_endo anti
137
- N21 : G C3p_endo anti
138
- N22 : A C2p_exo anti
139
- N23 : U C3p_endo anti
140
- N24 : C C3p_endo anti
141
- N25 : U C2p_endo syn
142
- N26 : G C3p_endo anti
143
- N27 : A C4p_exo anti
144
- N28 : G C4p_exo anti
145
- N29 : C C3p_endo anti
146
- N30 : C C2p_exo anti
147
- N31 : U C2p_exo anti
148
- N32 : G C3p_exo anti
149
- N33 : G C2p_exo anti
150
- N34 : G C3p_endo syn
151
- N35 : A C1p_endo anti
152
- N36 : G C2p_exo anti
153
- N37 : C C2p_exo anti
154
- N38 : U C3p_endo anti
155
- N39 : C C2p_exo anti
156
- N40 : U C3p_endo anti
157
- N41 : C C4p_exo anti
158
- N42 : U C3p_endo anti
159
- N43 : G C3p_endo anti
160
- N44 : C C4p_exo anti
161
- N45 : C C2p_exo anti
162
- N1 : ARG
163
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
164
- N18-N19 : adjacent_5p upward
165
- N19-N20 : adjacent_5p upward
166
- N20-N21 : adjacent_5p upward
167
- N21-N22 : adjacent_5p upward
168
- N26-N27 : adjacent_5p upward
169
- N27-N28 : adjacent_5p upward
170
- N28-N29 : adjacent_5p upward
171
- N29-N30 : adjacent_5p upward
172
- N36-N37 : adjacent_5p upward
173
- N38-N39 : adjacent_5p upward
174
- N39-N40 : adjacent_5p upward
175
- N40-N41 : adjacent_5p upward
176
- N41-N42 : adjacent_5p upward
177
- N43-N44 : adjacent_5p upward
178
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
179
- N20-N43 : outward
180
- Number of stackings = 15
181
- Number of adjacent stackings = 14
182
- Number of non adjacent stackings = 1
183
- Base-pairs ------------------------------------------------------
184
- N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
185
- N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
186
- N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
187
- N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
188
- N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
189
- N22-N26 : A-G Wh/Hw pairing parallel cis one_hbond
190
- N22-N40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
191
- N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
192
- N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
193
- N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
194
- N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
195
- N30-N34 : C-G Ss/Ws O2'/Bs pairing antiparallel cis one_hbond 127
196
- N34-N35 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
197
- N35-N36 : A-G Ww/O2' adjacent_5p pairing
198
- Residue conformations -------------------------------------------
199
- N17 : G C3p_endo anti
200
- N18 : G C2p_exo anti
201
- N19 : C C2p_exo anti
202
- N20 : A C2p_exo anti
203
- N21 : G C2p_exo anti
204
- N22 : A C3p_endo anti
205
- N23 : U C2p_exo anti
206
- N24 : C C3p_endo anti
207
- N25 : U C1p_exo anti
208
- N26 : G C4p_exo anti
209
- N27 : A C4p_exo anti
210
- N28 : G C4p_exo anti
211
- N29 : C C2p_exo anti
212
- N30 : C C3p_endo anti
213
- N31 : U C3p_exo anti
214
- N32 : G O4p_endo anti
215
- N33 : G C2p_exo anti
216
- N34 : G C3p_endo syn
217
- N35 : A C3p_endo anti
218
- N36 : G C2p_exo anti
219
- N37 : C C2p_exo anti
220
- N38 : U C3p_endo anti
221
- N39 : C C2p_exo anti
222
- N40 : U C3p_endo anti
223
- N41 : C C4p_exo anti
224
- N42 : U C2p_exo anti
225
- N43 : G C2p_exo anti
226
- N44 : C C3p_endo anti
227
- N45 : C C3p_endo anti
228
- N1 : ARG
229
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
230
- N18-N19 : adjacent_5p upward
231
- N20-N21 : adjacent_5p upward
232
- N21-N22 : adjacent_5p upward
233
- N26-N27 : adjacent_5p upward
234
- N27-N28 : adjacent_5p upward
235
- N28-N29 : adjacent_5p upward
236
- N29-N30 : adjacent_5p upward
237
- N37-N38 : adjacent_5p upward
238
- N38-N39 : adjacent_5p upward
239
- N39-N40 : adjacent_5p upward
240
- N40-N41 : adjacent_5p upward
241
- N42-N43 : adjacent_5p upward
242
- N43-N44 : adjacent_5p upward
243
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
244
- N20-N43 : outward
245
- Number of stackings = 14
246
- Number of adjacent stackings = 13
247
- Number of non adjacent stackings = 1
248
- Base-pairs ------------------------------------------------------
249
- N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
250
- N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
251
- N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
252
- N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
253
- N22-N40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
254
- N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
255
- N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
256
- N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
257
- N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
258
- N33-N34 : G-G O2'/Ss adjacent_5p pairing
259
- Residue conformations -------------------------------------------
260
- N17 : G C3p_endo anti
261
- N18 : G C2p_exo anti
262
- N19 : C C2p_exo anti
263
- N20 : A C3p_endo anti
264
- N21 : G C4p_exo anti
265
- N22 : A C2p_exo anti
266
- N23 : U C2p_exo anti
267
- N24 : C C2p_exo anti
268
- N25 : U C2p_exo syn
269
- N26 : G C3p_endo anti
270
- N27 : A C2p_exo anti
271
- N28 : G C4p_exo anti
272
- N29 : C C3p_endo anti
273
- N30 : C C3p_endo anti
274
- N31 : U C3p_endo anti
275
- N32 : G C3p_endo anti
276
- N33 : G C3p_exo anti
277
- N34 : G C2p_exo syn
278
- N35 : A C3p_exo anti
279
- N36 : G C3p_endo anti
280
- N37 : C C2p_exo anti
281
- N38 : U C3p_endo anti
282
- N39 : C C3p_endo anti
283
- N40 : U C3p_endo anti
284
- N41 : C C4p_exo anti
285
- N42 : U C2p_exo anti
286
- N43 : G C2p_exo anti
287
- N44 : C C3p_endo anti
288
- N45 : C C3p_endo anti
289
- N1 : ARG
290
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
291
- N17-N18 : adjacent_5p upward
292
- N18-N19 : adjacent_5p upward
293
- N19-N20 : adjacent_5p upward
294
- N20-N21 : adjacent_5p upward
295
- N21-N22 : adjacent_5p upward
296
- N26-N27 : adjacent_5p upward
297
- N27-N28 : adjacent_5p upward
298
- N28-N29 : adjacent_5p upward
299
- N38-N39 : adjacent_5p upward
300
- N39-N40 : adjacent_5p upward
301
- N40-N41 : adjacent_5p upward
302
- N41-N42 : adjacent_5p upward
303
- N43-N44 : adjacent_5p upward
304
- N44-N45 : adjacent_5p upward
305
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
306
- N18-N45 : outward
307
- N20-N43 : outward
308
- Number of stackings = 16
309
- Number of adjacent stackings = 14
310
- Number of non adjacent stackings = 2
311
- Base-pairs ------------------------------------------------------
312
- N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
313
- N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
314
- N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
315
- N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
316
- N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
317
- N22-N25 : A-U Ss/Hh pairing antiparallel trans one_hbond
318
- N22-N26 : A-G Wh/Hw pairing parallel cis one_hbond
319
- N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
320
- N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
321
- N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
322
- N32-N33 : G-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
323
- N34-N35 : G-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
324
- Residue conformations -------------------------------------------
325
- N17 : G C2p_exo syn
326
- N18 : G C1p_exo anti
327
- N19 : C C2p_exo anti
328
- N20 : A C3p_endo anti
329
- N21 : G C3p_endo anti
330
- N22 : A C2p_exo anti
331
- N23 : U C3p_endo anti
332
- N24 : C C2p_exo anti
333
- N25 : U C3p_endo syn
334
- N26 : G C3p_endo anti
335
- N27 : A C2p_exo anti
336
- N28 : G C4p_exo anti
337
- N29 : C C2p_exo anti
338
- N30 : C C3p_endo anti
339
- N31 : U C2p_endo anti
340
- N32 : G C3p_exo anti
341
- N33 : G C2p_endo anti
342
- N34 : G C2p_exo anti
343
- N35 : A C2p_exo anti
344
- N36 : G C2p_exo anti
345
- N37 : C C2p_exo anti
346
- N38 : U C3p_endo anti
347
- N39 : C C3p_endo anti
348
- N40 : U C3p_endo anti
349
- N41 : C C4p_exo anti
350
- N42 : U C2p_exo anti
351
- N43 : G C3p_endo anti
352
- N44 : C C1p_endo anti
353
- N45 : C O4p_endo anti
354
- N1 : ARG
355
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
356
- N17-N18 : adjacent_5p downward
357
- N18-N19 : adjacent_5p outward pairing
358
- N19-N20 : adjacent_5p upward
359
- N20-N21 : adjacent_5p upward
360
- N21-N22 : adjacent_5p upward
361
- N26-N27 : adjacent_5p upward
362
- N27-N28 : adjacent_5p upward
363
- N28-N29 : adjacent_5p upward
364
- N29-N30 : adjacent_5p upward
365
- N38-N39 : adjacent_5p upward
366
- N39-N40 : adjacent_5p upward
367
- N40-N41 : adjacent_5p upward
368
- N41-N42 : adjacent_5p upward
369
- N42-N43 : adjacent_5p upward
370
- N43-N44 : adjacent_5p inward
371
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
372
- N34-N36 : upward
373
- Number of stackings = 16
374
- Number of adjacent stackings = 15
375
- Number of non adjacent stackings = 1
376
- Base-pairs ------------------------------------------------------
377
- N18-N19 : G-C O2'/Hh adjacent_5p outward pairing
378
- N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
379
- N18-N45 : G-C Bs/O2' pairing
380
- N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
381
- N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
382
- N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
383
- N22-N40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
384
- N26-N39 : G-C Ww/Ws pairing antiparallel cis one_hbond 130
385
- N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
386
- N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
387
- N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
388
- N30-N34 : C-G Bs/Ww O2'/Bs pairing antiparallel cis one_hbond 127
389
- N34-N35 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
390
- N35-N36 : A-G Ww/O2' adjacent_5p pairing
391
- N43-N45 : G-C Hh/O2P pairing
392
- N44-N45 : C-C Ss/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
393
- Residue conformations -------------------------------------------
394
- N17 : G C3p_endo anti
395
- N18 : G C3p_endo anti
396
- N19 : C C2p_exo anti
397
- N20 : A C3p_endo anti
398
- N21 : G C2p_exo anti
399
- N22 : A C2p_exo anti
400
- N23 : U C2p_exo anti
401
- N24 : C C2p_exo anti
402
- N25 : U C1p_exo syn
403
- N26 : G C3p_endo anti
404
- N27 : A C2p_exo anti
405
- N28 : G C4p_exo anti
406
- N29 : C C2p_exo anti
407
- N30 : C C3p_endo anti
408
- N31 : U C2p_exo anti
409
- N32 : G C2p_exo anti
410
- N33 : G C2p_endo anti
411
- N34 : G C1p_endo anti
412
- N35 : A C3p_exo anti
413
- N36 : G C2p_exo anti
414
- N37 : C C3p_endo anti
415
- N38 : U C3p_endo anti
416
- N39 : C C2p_exo anti
417
- N40 : U C3p_endo anti
418
- N41 : C C4p_exo anti
419
- N42 : U C3p_endo anti
420
- N43 : G C2p_exo anti
421
- N44 : C C3p_endo anti
422
- N45 : C C3p_endo anti
423
- N1 : ARG
424
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
425
- N17-N18 : adjacent_5p upward
426
- N18-N19 : adjacent_5p upward
427
- N19-N20 : adjacent_5p upward
428
- N20-N21 : adjacent_5p upward
429
- N21-N22 : adjacent_5p upward
430
- N26-N27 : adjacent_5p upward
431
- N27-N28 : adjacent_5p upward
432
- N28-N29 : adjacent_5p upward
433
- N36-N37 : adjacent_5p upward
434
- N37-N38 : adjacent_5p upward
435
- N38-N39 : adjacent_5p upward
436
- N39-N40 : adjacent_5p upward
437
- N41-N42 : adjacent_5p upward
438
- N43-N44 : adjacent_5p upward
439
- N44-N45 : adjacent_5p upward
440
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
441
- Number of stackings = 15
442
- Number of adjacent stackings = 15
443
- Number of non adjacent stackings = 0
444
- Base-pairs ------------------------------------------------------
445
- N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
446
- N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
447
- N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
448
- N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
449
- N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
450
- N22-N40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
451
- N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
452
- N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
453
- N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
454
- N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
455
- N30-N31 : C-U O2'/Hh adjacent_5p pairing
456
- N32-N33 : G-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
457
- Residue conformations -------------------------------------------
458
- N17 : G C2p_exo anti
459
- N18 : G C2p_exo anti
460
- N19 : C C3p_endo anti
461
- N20 : A C3p_endo anti
462
- N21 : G C3p_endo anti
463
- N22 : A C2p_exo anti
464
- N23 : U C2p_exo anti
465
- N24 : C C2p_exo anti
466
- N25 : U C2p_endo syn
467
- N26 : G C3p_endo anti
468
- N27 : A C3p_endo anti
469
- N28 : G C4p_exo anti
470
- N29 : C C3p_endo anti
471
- N30 : C C2p_exo anti
472
- N31 : U O4p_endo anti
473
- N32 : G C3p_exo anti
474
- N33 : G C3p_endo anti
475
- N34 : G C2p_exo anti
476
- N35 : A C2p_endo anti
477
- N36 : G C2p_exo anti
478
- N37 : C C4p_exo anti
479
- N38 : U C3p_endo anti
480
- N39 : C C2p_exo anti
481
- N40 : U C3p_endo anti
482
- N41 : C C4p_exo anti
483
- N42 : U C3p_endo anti
484
- N43 : G C3p_endo anti
485
- N44 : C C2p_exo anti
486
- N45 : C C3p_endo anti
487
- N1 : ARG
488
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
489
- N17-N18 : adjacent_5p upward
490
- N18-N19 : adjacent_5p upward
491
- N19-N20 : adjacent_5p upward
492
- N20-N21 : adjacent_5p upward
493
- N21-N22 : adjacent_5p upward
494
- N26-N27 : adjacent_5p upward
495
- N27-N28 : adjacent_5p upward
496
- N28-N29 : adjacent_5p upward
497
- N29-N30 : adjacent_5p upward
498
- N38-N39 : adjacent_5p upward
499
- N40-N41 : adjacent_5p upward
500
- N41-N42 : adjacent_5p upward
501
- N42-N43 : adjacent_5p upward
502
- N43-N44 : adjacent_5p upward
503
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
504
- N20-N43 : outward
505
- Number of stackings = 15
506
- Number of adjacent stackings = 14
507
- Number of non adjacent stackings = 1
508
- Base-pairs ------------------------------------------------------
509
- N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
510
- N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis 130
511
- N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
512
- N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
513
- N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
514
- N22-N40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
515
- N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
516
- N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
517
- N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
518
- N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
519
- N30-N34 : C-G O2'/Bs pairing
520
- N31-N36 : U-G Hw/Sw pairing parallel trans one_hbond 89
521
- N32-N33 : G-G O2P/Ss adjacent_5p pairing
522
- Residue conformations -------------------------------------------
523
- N17 : G C3p_endo syn
524
- N18 : G C1p_exo anti
525
- N19 : C C2p_exo anti
526
- N20 : A C2p_exo anti
527
- N21 : G C3p_endo anti
528
- N22 : A C2p_exo anti
529
- N23 : U C2p_exo anti
530
- N24 : C C2p_exo anti
531
- N25 : U C2p_endo syn
532
- N26 : G C3p_endo anti
533
- N27 : A C2p_exo anti
534
- N28 : G C4p_exo anti
535
- N29 : C C2p_exo anti
536
- N30 : C C3p_endo anti
537
- N31 : U C1p_exo anti
538
- N32 : G C4p_exo anti
539
- N33 : G C3p_exo anti
540
- N34 : G C1p_endo anti
541
- N35 : A C2p_exo anti
542
- N36 : G C2p_exo anti
543
- N37 : C C3p_endo anti
544
- N38 : U C3p_endo anti
545
- N39 : C C3p_endo anti
546
- N40 : U C2p_exo anti
547
- N41 : C O4p_endo anti
548
- N42 : U C4p_exo anti
549
- N43 : G C2p_exo anti
550
- N44 : C C2p_exo anti
551
- N45 : C C4p_exo anti
552
- N1 : ARG
553
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
554
- N17-N18 : adjacent_5p downward
555
- N18-N19 : adjacent_5p outward pairing
556
- N19-N20 : adjacent_5p upward
557
- N20-N21 : adjacent_5p upward
558
- N21-N22 : adjacent_5p upward
559
- N26-N27 : adjacent_5p upward
560
- N27-N28 : adjacent_5p upward
561
- N28-N29 : adjacent_5p upward
562
- N29-N30 : adjacent_5p upward
563
- N37-N38 : adjacent_5p upward
564
- N38-N39 : adjacent_5p upward
565
- N39-N40 : adjacent_5p upward
566
- N40-N41 : adjacent_5p upward
567
- N41-N42 : adjacent_5p upward
568
- N42-N43 : adjacent_5p upward
569
- N43-N44 : adjacent_5p inward
570
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
571
- N34-N36 : upward
572
- Number of stackings = 17
573
- Number of adjacent stackings = 16
574
- Number of non adjacent stackings = 1
575
- Base-pairs ------------------------------------------------------
576
- N18-N19 : G-C O2'/Hh adjacent_5p outward pairing
577
- N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
578
- N18-N45 : G-C Bs/O2' Ss/O2' pairing
579
- N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
580
- N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
581
- N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
582
- N22-N40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
583
- N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
584
- N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
585
- N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
586
- N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
587
- N33-N34 : G-G O2P/Ss adjacent_5p pairing
588
- N34-N35 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
589
- N43-N45 : G-C Hh/O2P pairing
590
- N44-N45 : C-C Ss/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
591
- Residue conformations -------------------------------------------
592
- N17 : G C3p_endo anti
593
- N18 : G C2p_exo anti
594
- N19 : C C3p_endo anti
595
- N20 : A C2p_exo anti
596
- N21 : G C3p_endo anti
597
- N22 : A C2p_exo anti
598
- N23 : U C2p_exo anti
599
- N24 : C C3p_endo anti
600
- N25 : U C1p_exo anti
601
- N26 : G C4p_exo anti
602
- N27 : A C2p_exo anti
603
- N28 : G C3p_endo anti
604
- N29 : C C2p_exo anti
605
- N30 : C C2p_exo anti
606
- N31 : U C3p_exo anti
607
- N32 : G C2p_exo anti
608
- N33 : G C3p_exo anti
609
- N34 : G C1p_endo syn
610
- N35 : A C3p_exo anti
611
- N36 : G C2p_exo anti
612
- N37 : C C2p_exo anti
613
- N38 : U C3p_endo anti
614
- N39 : C C3p_endo anti
615
- N40 : U C2p_exo anti
616
- N41 : C C4p_exo anti
617
- N42 : U C3p_endo anti
618
- N43 : G C2p_exo anti
619
- N44 : C C3p_endo anti
620
- N45 : C C3p_endo anti
621
- N1 : ARG
622
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
623
- N18-N19 : adjacent_5p upward
624
- N19-N20 : adjacent_5p upward
625
- N20-N21 : adjacent_5p upward
626
- N26-N27 : adjacent_5p upward
627
- N27-N28 : adjacent_5p upward
628
- N29-N30 : adjacent_5p upward
629
- N36-N37 : adjacent_5p upward
630
- N37-N38 : adjacent_5p upward
631
- N38-N39 : adjacent_5p upward
632
- N39-N40 : adjacent_5p upward
633
- N40-N41 : adjacent_5p upward
634
- N41-N42 : adjacent_5p upward
635
- N43-N44 : adjacent_5p upward
636
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
637
- N20-N43 : outward
638
- Number of stackings = 14
639
- Number of adjacent stackings = 13
640
- Number of non adjacent stackings = 1
641
- Base-pairs ------------------------------------------------------
642
- N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
643
- N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
644
- N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
645
- N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
646
- N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 130
647
- N22-N40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
648
- N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
649
- N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
650
- N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 130
651
- N31-N32 : U-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
652
- N34-N35 : G-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
653
- N34-N37 : G-C Hh/O2P pairing
654
- Residue conformations -------------------------------------------
655
- N17 : G C2p_exo anti
656
- N18 : G C3p_endo anti
657
- N19 : C C2p_exo anti
658
- N20 : A C2p_exo anti
659
- N21 : G C4p_exo anti
660
- N22 : A C2p_exo anti
661
- N23 : U C2p_exo anti
662
- N24 : C C2p_exo anti
663
- N25 : U C1p_exo syn
664
- N26 : G C3p_endo anti
665
- N27 : A C2p_exo anti
666
- N28 : G C4p_exo anti
667
- N29 : C C2p_exo anti
668
- N30 : C C3p_endo anti
669
- N31 : U C2p_exo anti
670
- N32 : G C1p_exo anti
671
- N33 : G C3p_endo anti
672
- N34 : G C2p_exo anti
673
- N35 : A C2p_exo anti
674
- N36 : G C2p_exo anti
675
- N37 : C C3p_endo anti
676
- N38 : U C3p_endo anti
677
- N39 : C C3p_endo anti
678
- N40 : U C3p_endo anti
679
- N41 : C C4p_exo anti
680
- N42 : U C3p_endo anti
681
- N43 : G C2p_exo anti
682
- N44 : C C2p_exo anti
683
- N45 : C C3p_endo anti
684
- N1 : ARG
685
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
686
- N17-N18 : adjacent_5p upward
687
- N18-N19 : adjacent_5p upward
688
- N19-N20 : adjacent_5p upward
689
- N20-N21 : adjacent_5p upward
690
- N21-N22 : adjacent_5p upward
691
- N26-N27 : adjacent_5p upward
692
- N27-N28 : adjacent_5p upward
693
- N28-N29 : adjacent_5p upward
694
- N36-N37 : adjacent_5p upward
695
- N38-N39 : adjacent_5p upward
696
- N39-N40 : adjacent_5p upward
697
- N40-N41 : adjacent_5p upward
698
- N41-N42 : adjacent_5p upward
699
- N42-N43 : adjacent_5p upward
700
- N43-N44 : adjacent_5p upward
701
- N44-N45 : adjacent_5p upward
702
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
703
- N20-N43 : outward
704
- N34-N36 : upward
705
- Number of stackings = 18
706
- Number of adjacent stackings = 16
707
- Number of non adjacent stackings = 2
708
- Base-pairs ------------------------------------------------------
709
- N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
710
- N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
711
- N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
712
- N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
713
- N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
714
- N22-N26 : A-G Wh/Hw pairing parallel cis one_hbond
715
- N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
716
- N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
717
- N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
718
- N31-N32 : U-G O2'/C8 adjacent_5p pairing
719
- N33-N34 : G-G Sw/Wh O2'/C8 adjacent_5p pairing antiparallel cis one_hbond
720
- N34-N35 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
721
- Residue conformations -------------------------------------------
722
- N17 : G C2p_exo anti
723
- N18 : G C1p_exo anti
724
- N19 : C C2p_exo anti
725
- N20 : A C3p_endo anti
726
- N21 : G C3p_endo anti
727
- N22 : A C2p_exo anti
728
- N23 : U C2p_exo anti
729
- N24 : C C3p_endo anti
730
- N25 : U C2p_endo syn
731
- N26 : G C3p_endo anti
732
- N27 : A C3p_endo anti
733
- N28 : G C4p_exo anti
734
- N29 : C C3p_endo anti
735
- N30 : C C2p_exo anti
736
- N31 : U C4p_endo anti
737
- N32 : G C3p_exo anti
738
- N33 : G C2p_exo anti
739
- N34 : G C3p_endo syn
740
- N35 : A C2p_endo anti
741
- N36 : G C3p_endo anti
742
- N37 : C C2p_exo anti
743
- N38 : U C3p_endo anti
744
- N39 : C C3p_endo anti
745
- N40 : U C3p_endo anti
746
- N41 : C C4p_exo anti
747
- N42 : U C2p_exo anti
748
- N43 : G C3p_endo anti
749
- N44 : C C2p_exo anti
750
- N45 : C O4p_endo anti
751
- N1 : ARG
752
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
753
- N19-N20 : adjacent_5p upward
754
- N20-N21 : adjacent_5p upward
755
- N21-N22 : adjacent_5p upward
756
- N26-N27 : adjacent_5p upward
757
- N27-N28 : adjacent_5p upward
758
- N28-N29 : adjacent_5p upward
759
- N29-N30 : adjacent_5p upward
760
- N37-N38 : adjacent_5p upward
761
- N38-N39 : adjacent_5p upward
762
- N39-N40 : adjacent_5p upward
763
- N40-N41 : adjacent_5p upward
764
- N41-N42 : adjacent_5p upward
765
- N42-N43 : adjacent_5p upward
766
- N43-N44 : adjacent_5p inward
767
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
768
- N20-N43 : outward
769
- Number of stackings = 15
770
- Number of adjacent stackings = 14
771
- Number of non adjacent stackings = 1
772
- Base-pairs ------------------------------------------------------
773
- N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
774
- N18-N19 : G-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
775
- N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
776
- N18-N45 : G-C Bs/O2' pairing
777
- N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
778
- N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
779
- N22-N25 : A-U O2'/Hh O2'/Ww pairing
780
- N22-N40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
781
- N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
782
- N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
783
- N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
784
- N29-N36 : C-G Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
785
- N33-N34 : G-G O2'/C8 adjacent_5p pairing
786
- N43-N45 : G-C Hh/O2P pairing
787
- N44-N45 : C-C Ss/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
788
- Residue conformations -------------------------------------------
789
- N17 : G C3p_endo anti
790
- N18 : G C3p_endo anti
791
- N19 : C C2p_exo anti
792
- N20 : A C2p_exo anti
793
- N21 : G C3p_endo anti
794
- N22 : A C2p_exo anti
795
- N23 : U C2p_exo anti
796
- N24 : C C2p_exo anti
797
- N25 : U C3p_endo syn
798
- N26 : G C3p_endo anti
799
- N27 : A C2p_exo anti
800
- N28 : G C4p_exo anti
801
- N29 : C C2p_exo anti
802
- N30 : C C2p_exo anti
803
- N31 : U C3p_endo anti
804
- N32 : G C1p_endo syn
805
- N33 : G C2p_endo anti
806
- N34 : G C1p_endo syn
807
- N35 : A C3p_exo anti
808
- N36 : G C2p_exo anti
809
- N37 : C C3p_endo anti
810
- N38 : U C3p_endo anti
811
- N39 : C C2p_exo anti
812
- N40 : U C3p_endo anti
813
- N41 : C C4p_exo anti
814
- N42 : U C3p_endo anti
815
- N43 : G C2p_exo anti
816
- N44 : C C2p_exo anti
817
- N45 : C C3p_endo anti
818
- N1 : ARG
819
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
820
- N18-N19 : adjacent_5p upward
821
- N19-N20 : adjacent_5p upward
822
- N20-N21 : adjacent_5p upward
823
- N21-N22 : adjacent_5p upward
824
- N26-N27 : adjacent_5p upward
825
- N27-N28 : adjacent_5p upward
826
- N28-N29 : adjacent_5p upward
827
- N29-N30 : adjacent_5p upward
828
- N37-N38 : adjacent_5p upward
829
- N38-N39 : adjacent_5p upward
830
- N39-N40 : adjacent_5p upward
831
- N40-N41 : adjacent_5p upward
832
- N43-N44 : adjacent_5p upward
833
- N44-N45 : adjacent_5p upward
834
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
835
- N20-N43 : outward
836
- Number of stackings = 15
837
- Number of adjacent stackings = 14
838
- Number of non adjacent stackings = 1
839
- Base-pairs ------------------------------------------------------
840
- N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
841
- N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
842
- N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
843
- N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
844
- N22-N40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
845
- N23-N34 : U-G Ww/Hw pairing antiparallel trans one_hbond
846
- N26-N39 : G-C Ww/Ws pairing antiparallel cis one_hbond 130
847
- N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
848
- N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
849
- N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
850
- N33-N35 : G-A O2P/Bh pairing
851
- N34-N35 : G-A O2'/Hh O2'/C8 adjacent_5p pairing
852
- Residue conformations -------------------------------------------
853
- N17 : G C2p_exo anti
854
- N18 : G C2p_exo anti
855
- N19 : C C3p_endo anti
856
- N20 : A C3p_endo anti
857
- N21 : G C4p_exo anti
858
- N22 : A C2p_exo anti
859
- N23 : U C2p_exo anti
860
- N24 : C C3p_endo anti
861
- N25 : U O4p_endo anti
862
- N26 : G C3p_endo anti
863
- N27 : A C2p_exo anti
864
- N28 : G O4p_endo anti
865
- N29 : C C2p_exo anti
866
- N30 : C C2p_exo anti
867
- N31 : U C3p_endo anti
868
- N32 : G C3p_endo anti
869
- N33 : G C2p_endo anti
870
- N34 : G C2p_exo anti
871
- N35 : A C3p_exo anti
872
- N36 : G C2p_exo anti
873
- N37 : C C3p_endo anti
874
- N38 : U C3p_endo anti
875
- N39 : C C3p_endo anti
876
- N40 : U C2p_exo anti
877
- N41 : C C4p_exo anti
878
- N42 : U C3p_endo anti
879
- N43 : G C2p_exo anti
880
- N44 : C C3p_endo anti
881
- N45 : C C3p_endo anti
882
- N1 : ARG
883
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
884
- N17-N18 : adjacent_5p upward
885
- N18-N19 : adjacent_5p upward
886
- N19-N20 : adjacent_5p upward
887
- N20-N21 : adjacent_5p upward
888
- N21-N22 : adjacent_5p upward
889
- N26-N27 : adjacent_5p upward
890
- N27-N28 : adjacent_5p upward
891
- N28-N29 : adjacent_5p upward
892
- N29-N30 : adjacent_5p upward
893
- N36-N37 : adjacent_5p upward
894
- N37-N38 : adjacent_5p upward
895
- N39-N40 : adjacent_5p upward
896
- N40-N41 : adjacent_5p upward
897
- N41-N42 : adjacent_5p upward
898
- N43-N44 : adjacent_5p upward
899
- N44-N45 : adjacent_5p upward
900
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
901
- Number of stackings = 16
902
- Number of adjacent stackings = 16
903
- Number of non adjacent stackings = 0
904
- Base-pairs ------------------------------------------------------
905
- N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
906
- N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
907
- N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
908
- N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
909
- N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
910
- N22-N40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
911
- N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
912
- N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
913
- N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
914
- N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
915
- N30-N34 : C-G Bs/Ww pairing antiparallel cis 127
916
- N34-N35 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
917
- Residue conformations -------------------------------------------
918
- N17 : G C2p_exo anti
919
- N18 : G C1p_exo anti
920
- N19 : C C2p_exo anti
921
- N20 : A C3p_endo anti
922
- N21 : G C4p_exo anti
923
- N22 : A C2p_exo anti
924
- N23 : U C2p_exo anti
925
- N24 : C C3p_endo anti
926
- N25 : U C3p_exo syn
927
- N26 : G C4p_exo anti
928
- N27 : A C2p_exo anti
929
- N28 : G C3p_endo anti
930
- N29 : C C2p_exo anti
931
- N30 : C C2p_endo anti
932
- N31 : U C2p_exo anti
933
- N32 : G C3p_exo anti
934
- N33 : G C3p_exo syn
935
- N34 : G C2p_exo syn
936
- N35 : A C3p_endo anti
937
- N36 : G C2p_exo anti
938
- N37 : C C3p_endo anti
939
- N38 : U C3p_endo anti
940
- N39 : C C3p_endo anti
941
- N40 : U C3p_endo anti
942
- N41 : C C4p_exo anti
943
- N42 : U C3p_endo anti
944
- N43 : G C3p_endo anti
945
- N44 : C C1p_endo anti
946
- N45 : C C4p_exo anti
947
- N1 : ARG
948
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
949
- N19-N20 : adjacent_5p upward
950
- N20-N21 : adjacent_5p upward
951
- N21-N22 : adjacent_5p upward
952
- N26-N27 : adjacent_5p upward
953
- N27-N28 : adjacent_5p upward
954
- N28-N29 : adjacent_5p upward
955
- N29-N30 : adjacent_5p upward
956
- N36-N37 : adjacent_5p upward
957
- N37-N38 : adjacent_5p upward
958
- N39-N40 : adjacent_5p upward
959
- N40-N41 : adjacent_5p upward
960
- N41-N42 : adjacent_5p upward
961
- N42-N43 : adjacent_5p upward
962
- N43-N44 : adjacent_5p inward
963
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
964
- Number of stackings = 14
965
- Number of adjacent stackings = 14
966
- Number of non adjacent stackings = 0
967
- Base-pairs ------------------------------------------------------
968
- N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
969
- N18-N19 : G-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
970
- N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
971
- N18-N45 : G-C Bs/O2' pairing
972
- N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
973
- N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
974
- N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
975
- N22-N40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
976
- N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
977
- N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
978
- N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
979
- N29-N34 : C-G Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
980
- N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
981
- N30-N34 : C-G Bs/Ww pairing antiparallel cis 127
982
- N31-N32 : U-G O2'/Ss adjacent_5p pairing
983
- N32-N33 : G-G Sw/Wh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond 114
984
- N43-N45 : G-C Hh/O2P pairing
985
- N44-N45 : C-C Ss/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
986
- Residue conformations -------------------------------------------
987
- N17 : G C2p_exo anti
988
- N18 : G C3p_endo anti
989
- N19 : C C2p_exo anti
990
- N20 : A C3p_endo anti
991
- N21 : G C3p_endo anti
992
- N22 : A C2p_exo anti
993
- N23 : U C2p_exo anti
994
- N24 : C C2p_exo anti
995
- N25 : U C2p_endo anti
996
- N26 : G C3p_endo anti
997
- N27 : A C3p_endo anti
998
- N28 : G C4p_exo anti
999
- N29 : C C2p_exo anti
1000
- N30 : C C3p_endo anti
1001
- N31 : U C3p_endo anti
1002
- N32 : G C3p_endo anti
1003
- N33 : G C2p_exo anti
1004
- N34 : G C1p_endo syn
1005
- N35 : A C2p_exo anti
1006
- N36 : G C2p_exo anti
1007
- N37 : C C3p_endo anti
1008
- N38 : U C3p_endo anti
1009
- N39 : C C2p_exo anti
1010
- N40 : U C3p_endo anti
1011
- N41 : C C3p_endo anti
1012
- N42 : U C3p_endo anti
1013
- N43 : G C3p_endo anti
1014
- N44 : C C3p_endo anti
1015
- N45 : C C3p_endo anti
1016
- N1 : ARG
1017
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1018
- N17-N18 : adjacent_5p upward
1019
- N18-N19 : adjacent_5p upward
1020
- N19-N20 : adjacent_5p upward
1021
- N20-N21 : adjacent_5p upward
1022
- N21-N22 : adjacent_5p upward
1023
- N26-N27 : adjacent_5p upward
1024
- N27-N28 : adjacent_5p upward
1025
- N28-N29 : adjacent_5p upward
1026
- N29-N30 : adjacent_5p upward
1027
- N36-N37 : adjacent_5p upward
1028
- N38-N39 : adjacent_5p upward
1029
- N39-N40 : adjacent_5p upward
1030
- N40-N41 : adjacent_5p upward
1031
- N41-N42 : adjacent_5p upward
1032
- N42-N43 : adjacent_5p upward
1033
- N43-N44 : adjacent_5p upward
1034
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1035
- Number of stackings = 16
1036
- Number of adjacent stackings = 16
1037
- Number of non adjacent stackings = 0
1038
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1039
- N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis 130
1040
- N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1041
- N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1042
- N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1043
- N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1044
- N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1045
- N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1046
- N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1047
- N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1048
- N30-N34 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1049
- N33-N34 : G-G O2P/Bs adjacent_5p pairing
1050
- N34-N35 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
1051
- Residue conformations -------------------------------------------
1052
- N17 : G C2p_exo anti
1053
- N18 : G C1p_exo anti
1054
- N19 : C C2p_exo anti
1055
- N20 : A C2p_exo anti
1056
- N21 : G C3p_endo anti
1057
- N22 : A C2p_exo anti
1058
- N23 : U C3p_endo anti
1059
- N24 : C C3p_endo anti
1060
- N25 : U C3p_endo anti
1061
- N26 : G C3p_endo anti
1062
- N27 : A C2p_exo anti
1063
- N28 : G C4p_exo anti
1064
- N29 : C C3p_endo anti
1065
- N30 : C C2p_exo anti
1066
- N31 : U C3p_exo anti
1067
- N32 : G C2p_exo anti
1068
- N33 : G C3p_exo anti
1069
- N34 : G C2p_exo syn
1070
- N35 : A C2p_exo anti
1071
- N36 : G C2p_exo anti
1072
- N37 : C C3p_endo anti
1073
- N38 : U C3p_endo anti
1074
- N39 : C C3p_endo anti
1075
- N40 : U C2p_exo anti
1076
- N41 : C C4p_exo anti
1077
- N42 : U C2p_exo anti
1078
- N43 : G C3p_endo anti
1079
- N44 : C C1p_endo anti
1080
- N45 : C C4p_exo anti
1081
- N1 : ARG
1082
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1083
- N18-N19 : adjacent_5p outward pairing
1084
- N19-N20 : adjacent_5p upward
1085
- N20-N21 : adjacent_5p upward
1086
- N21-N22 : adjacent_5p upward
1087
- N26-N27 : adjacent_5p upward
1088
- N27-N28 : adjacent_5p upward
1089
- N28-N29 : adjacent_5p upward
1090
- N36-N37 : adjacent_5p upward
1091
- N37-N38 : adjacent_5p upward
1092
- N39-N40 : adjacent_5p upward
1093
- N40-N41 : adjacent_5p upward
1094
- N41-N42 : adjacent_5p upward
1095
- N43-N44 : adjacent_5p inward
1096
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1097
- N20-N43 : outward
1098
- Number of stackings = 14
1099
- Number of adjacent stackings = 13
1100
- Number of non adjacent stackings = 1
1101
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1102
- N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1103
- N18-N19 : G-C O2'/Hh adjacent_5p outward pairing
1104
- N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1105
- N18-N45 : G-C Bs/O2' pairing
1106
- N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1107
- N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1108
- N22-N26 : A-G Wh/Hw pairing parallel cis one_hbond
1109
- N25-N26 : U-G O2'/C8 adjacent_5p pairing
1110
- N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1111
- N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1112
- N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1113
- N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1114
- N34-N35 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
1115
- N34-N36 : G-G Hh/O2P pairing
1116
- N43-N45 : G-C Hh/O2P pairing
1117
- N44-N45 : C-C Ss/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
1118
- Residue conformations -------------------------------------------
1119
- N17 : G C2p_exo anti
1120
- N18 : G C3p_endo anti
1121
- N19 : C C2p_exo anti
1122
- N20 : A C3p_endo anti
1123
- N21 : G C2p_exo anti
1124
- N22 : A C2p_exo anti
1125
- N23 : U C3p_endo anti
1126
- N24 : C C2p_exo anti
1127
- N25 : U C1p_endo anti
1128
- N26 : G C3p_endo anti
1129
- N27 : A C3p_endo anti
1130
- N28 : G C3p_endo anti
1131
- N29 : C C3p_endo anti
1132
- N30 : C C3p_endo anti
1133
- N31 : U C3p_exo anti
1134
- N32 : G C2p_exo anti
1135
- N33 : G C2p_endo anti
1136
- N34 : G C2p_exo syn
1137
- N35 : A C3p_exo anti
1138
- N36 : G C2p_exo anti
1139
- N37 : C C3p_endo anti
1140
- N38 : U C3p_endo anti
1141
- N39 : C C3p_endo anti
1142
- N40 : U C2p_exo anti
1143
- N41 : C C4p_exo anti
1144
- N42 : U C3p_endo anti
1145
- N43 : G C3p_endo anti
1146
- N44 : C C2p_exo anti
1147
- N45 : C C3p_endo anti
1148
- N1 : ARG
1149
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1150
- N17-N18 : adjacent_5p upward
1151
- N18-N19 : adjacent_5p upward
1152
- N19-N20 : adjacent_5p upward
1153
- N20-N21 : adjacent_5p upward
1154
- N21-N22 : adjacent_5p upward
1155
- N26-N27 : adjacent_5p upward
1156
- N27-N28 : adjacent_5p upward
1157
- N28-N29 : adjacent_5p upward
1158
- N29-N30 : adjacent_5p upward pairing
1159
- N30-N31 : adjacent_5p upward
1160
- N37-N38 : adjacent_5p upward
1161
- N38-N39 : adjacent_5p upward
1162
- N39-N40 : adjacent_5p upward
1163
- N40-N41 : adjacent_5p upward
1164
- N41-N42 : adjacent_5p upward
1165
- N43-N44 : adjacent_5p upward
1166
- N44-N45 : adjacent_5p upward
1167
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1168
- N20-N43 : outward
1169
- Number of stackings = 18
1170
- Number of adjacent stackings = 17
1171
- Number of non adjacent stackings = 1
1172
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1173
- N1-N22 : ARG-A pairing one_hbond
1174
- N17-N45 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1175
- N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1176
- N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1177
- N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1178
- N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1179
- N25-N41 : U-C Ww/O2' pairing
1180
- N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1181
- N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1182
- N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1183
- N29-N30 : C-C O2P/Bh adjacent_5p upward pairing
1184
- N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1185
- N30-N34 : C-G O2'/Bs pairing
1186
- N33-N34 : G-G O2P/Bs adjacent_5p pairing
1187
- Residue conformations -------------------------------------------
1188
- N17 : G C3p_endo anti
1189
- N18 : G C1p_exo anti
1190
- N19 : C C2p_exo anti
1191
- N20 : A C2p_exo anti
1192
- N21 : G C3p_endo anti
1193
- N22 : A C2p_exo anti
1194
- N23 : U C2p_exo anti
1195
- N24 : C C3p_endo anti
1196
- N25 : U C3p_exo syn
1197
- N26 : G C4p_exo anti
1198
- N27 : A C4p_exo anti
1199
- N28 : G C4p_exo anti
1200
- N29 : C C3p_endo anti
1201
- N30 : C C3p_endo anti
1202
- N31 : U O4p_endo anti
1203
- N32 : G C2p_exo anti
1204
- N33 : G C2p_exo anti
1205
- N34 : G C3p_endo anti
1206
- N35 : A C2p_exo anti
1207
- N36 : G C2p_exo anti
1208
- N37 : C C3p_endo anti
1209
- N38 : U C4p_exo anti
1210
- N39 : C C2p_exo anti
1211
- N40 : U C3p_endo anti
1212
- N41 : C C3p_endo anti
1213
- N42 : U C2p_exo anti
1214
- N43 : G C2p_exo anti
1215
- N44 : C C3p_endo anti
1216
- N45 : C O4p_endo anti
1217
- N1 : ARG
1218
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1219
- N17-N18 : adjacent_5p downward
1220
- N18-N19 : adjacent_5p outward pairing
1221
- N20-N21 : adjacent_5p upward
1222
- N21-N22 : adjacent_5p upward
1223
- N26-N27 : adjacent_5p upward
1224
- N27-N28 : adjacent_5p upward
1225
- N28-N29 : adjacent_5p upward
1226
- N29-N30 : adjacent_5p upward pairing
1227
- N39-N40 : adjacent_5p upward
1228
- N40-N41 : adjacent_5p upward
1229
- N41-N42 : adjacent_5p upward
1230
- N43-N44 : adjacent_5p inward
1231
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1232
- N27-N39 : outward
1233
- Number of stackings = 13
1234
- Number of adjacent stackings = 12
1235
- Number of non adjacent stackings = 1
1236
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1237
- N18-N19 : G-C O2'/Hh adjacent_5p outward pairing
1238
- N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1239
- N18-N45 : G-C Bs/O2' pairing
1240
- N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1241
- N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1242
- N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1243
- N22-N40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1244
- N23-N33 : U-G O2P/Bs pairing
1245
- N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1246
- N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1247
- N28-N37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1248
- N29-N30 : C-C O2P/Bh adjacent_5p upward pairing
1249
- N29-N31 : C-U O2P/Ww pairing
1250
- N29-N36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1251
- N30-N34 : C-G Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
1252
- N33-N34 : G-G O2'/C8 adjacent_5p pairing
1253
- N34-N35 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
1254
- N35-N36 : A-G Ww/O2' adjacent_5p pairing
1255
- N43-N45 : G-C Hh/O2P pairing
1256
- N44-N45 : C-C Ss/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
1257
- Residue conformations -------------------------------------------
1258
- N17 : G C2p_exo anti
1259
- N18 : G C3p_endo anti
1260
- N19 : C C2p_exo anti
1261
- N20 : A C3p_endo anti
1262
- N21 : G C2p_exo anti
1263
- N22 : A C2p_exo anti
1264
- N23 : U C2p_exo anti
1265
- N24 : C C3p_endo anti
1266
- N25 : U C2p_endo syn
1267
- N26 : G C4p_exo anti
1268
- N27 : A C4p_exo anti
1269
- N28 : G C3p_endo anti
1270
- N29 : C C2p_exo anti
1271
- N30 : C C2p_exo anti
1272
- N31 : U C2p_endo anti
1273
- N32 : G C2p_exo anti
1274
- N33 : G C2p_exo anti
1275
- N34 : G C2p_exo syn
1276
- N35 : A C3p_exo anti
1277
- N36 : G C2p_exo anti
1278
- N37 : C C3p_endo anti
1279
- N38 : U C3p_endo anti
1280
- N39 : C C3p_endo anti
1281
- N40 : U C2p_exo anti
1282
- N41 : C C3p_endo anti
1283
- N42 : U C3p_endo anti
1284
- N43 : G C3p_endo anti
1285
- N44 : C C2p_exo anti
1286
- N45 : C C3p_endo anti
1287
- N1 : ARG
1288
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1289
- N17-N18 : adjacent_5p upward
1290
- N18-N19 : adjacent_5p upward
1291
- N19-N20 : adjacent_5p upward
1292
- N20-N21 : adjacent_5p upward
1293
- N21-N22 : adjacent_5p upward
1294
- N26-N27 : adjacent_5p upward
1295
- N27-N28 : adjacent_5p upward
1296
- N29-N30 : adjacent_5p upward
1297
- N36-N37 : adjacent_5p upward
1298
- N40-N41 : adjacent_5p upward
1299
- N41-N42 : adjacent_5p upward
1300
- N42-N43 : adjacent_5p upward
1301
- N43-N44 : adjacent_5p upward
1302
- N44-N45 : adjacent_5p upward
1303
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1304
- N34-N36 : upward
1305
- Number of stackings = 15
1306
- Number of adjacent stackings = 14
1307
- Number of non adjacent stackings = 1
1308
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1309
- N17-N45 : G-C Ww/Ws pairing antiparallel cis one_hbond 130
1310
- N18-N44 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1311
- N19-N43 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1312
- N20-N42 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1313
- N21-N41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1314
- N22-N40 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1315
- N26-N39 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1316
- N27-N38 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1317
- N29-N34 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1318
- N30-N33 : C-G O2'/Ss O2'/C8 pairing
1319
- N33-N34 : G-G O2'/Ss adjacent_5p pairing
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1asy_MC DELETED
@@ -1,1305 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- R601 : U C3p_endo anti
3
- R602 : C C3p_endo anti
4
- R603 : C C3p_endo anti
5
- R604 : G C3p_endo anti
6
- R605 : U C3p_endo anti
7
- R606 : G C3p_endo anti
8
- R607 : A C2p_endo anti
9
- R608 : U C3p_endo anti
10
- R609 : A C2p_endo anti
11
- R610 : G C3p_endo anti
12
- R611 : U C3p_endo anti
13
- R612 : U C3p_endo anti
14
- R613 : PSU
15
- R614 : A C3p_endo anti
16
- R615 : A C3p_endo anti
17
- R616 : H2U
18
- R617 : G C2p_endo anti
19
- R618 : G C2p_endo syn
20
- R619 : H2U
21
- R620 : C C3p_endo anti
22
- R621 : A C3p_endo anti
23
- R622 : G C3p_endo anti
24
- R623 : A C3p_endo anti
25
- R624 : A C3p_endo anti
26
- R625 : U C3p_endo anti
27
- R626 : G C3p_endo anti
28
- R627 : G C3p_endo anti
29
- R628 : G C3p_endo anti
30
- R629 : C C3p_endo anti
31
- R630 : G C3p_endo anti
32
- R631 : C C3p_endo anti
33
- R632 : PSU
34
- R633 : U C3p_endo anti
35
- R634 : G C3p_endo anti
36
- R635 : U C3p_endo anti
37
- R636 : C C3p_endo anti
38
- R637 : 1MG
39
- R638 : C C3p_endo anti
40
- R639 : G C3p_endo anti
41
- R640 : U C3p_endo anti
42
- R641 : G C3p_endo anti
43
- R642 : C C3p_endo anti
44
- R643 : C C3p_endo anti
45
- R644 : A C3p_endo anti
46
- R645 : G C3p_endo anti
47
- R646 : A C3p_endo anti
48
- R648 : U C2p_endo anti
49
- R649 : 5MC
50
- R650 : G C3p_endo anti
51
- R651 : G C3p_endo anti
52
- R652 : G C3p_endo anti
53
- R653 : G C3p_endo anti
54
- R654 : 5MU
55
- R655 : PSU
56
- R656 : C C3p_endo anti
57
- R657 : A C3p_endo anti
58
- R658 : A C2p_endo syn
59
- R659 : U C3p_endo anti
60
- R660 : U C2p_endo syn
61
- R661 : C C3p_endo anti
62
- R662 : C C3p_endo anti
63
- R663 : C C3p_endo anti
64
- R664 : C C3p_endo anti
65
- R665 : G C3p_endo anti
66
- R666 : U C3p_endo anti
67
- R667 : C C3p_endo anti
68
- R668 : G C3p_endo anti
69
- R669 : C C3p_endo anti
70
- R670 : G C3p_endo anti
71
- R671 : G C3p_endo anti
72
- R672 : A C3p_endo anti
73
- R673 : G C3p_endo anti
74
- R674 : C C3p_endo anti
75
- R675 : C C3p_endo anti
76
- R676 : A C2p_endo anti
77
- S601 : U C3p_endo anti
78
- S602 : C C3p_endo anti
79
- S603 : C C3p_endo anti
80
- S604 : G C3p_endo anti
81
- S605 : U C3p_endo anti
82
- S606 : G C3p_endo anti
83
- S607 : A C2p_endo anti
84
- S608 : U C3p_endo anti
85
- S609 : A C2p_endo anti
86
- S610 : G C3p_endo anti
87
- S611 : U C3p_endo anti
88
- S612 : U C3p_endo anti
89
- S613 : PSU
90
- S614 : A C3p_endo anti
91
- S615 : A C3p_endo anti
92
- S616 : H2U
93
- S617 : G C2p_endo anti
94
- S618 : G C2p_endo anti
95
- S619 : H2U
96
- S620 : C C3p_endo anti
97
- S621 : A C3p_endo anti
98
- S622 : G C3p_endo anti
99
- S623 : A C3p_endo anti
100
- S624 : A C3p_endo anti
101
- S625 : U C3p_endo anti
102
- S626 : G C3p_endo anti
103
- S627 : G C3p_endo anti
104
- S628 : G C3p_endo anti
105
- S629 : C C3p_endo anti
106
- S630 : G C3p_endo anti
107
- S631 : C C3p_endo anti
108
- S632 : PSU
109
- S633 : U C3p_endo anti
110
- S634 : G C3p_endo anti
111
- S635 : U C3p_endo anti
112
- S636 : C C3p_endo anti
113
- S637 : 1MG
114
- S638 : C C3p_endo anti
115
- S639 : G C3p_endo anti
116
- S640 : U C3p_endo anti
117
- S641 : G C3p_endo anti
118
- S642 : C C3p_endo anti
119
- S643 : C C3p_endo anti
120
- S644 : A C3p_endo anti
121
- S645 : G C3p_endo anti
122
- S646 : A C3p_endo anti
123
- S648 : U C2p_endo anti
124
- S649 : 5MC
125
- S650 : G C3p_endo anti
126
- S651 : G C3p_endo anti
127
- S652 : G C3p_endo anti
128
- S653 : G C3p_endo anti
129
- S654 : 5MU
130
- S655 : PSU
131
- S656 : C C3p_endo anti
132
- S657 : A C3p_endo anti
133
- S658 : A C2p_endo syn
134
- S659 : U C3p_endo anti
135
- S660 : U C2p_endo anti
136
- S661 : C C3p_endo anti
137
- S662 : C C3p_endo anti
138
- S663 : C C3p_endo anti
139
- S664 : C C3p_endo anti
140
- S665 : G C3p_endo anti
141
- S666 : U C3p_endo anti
142
- S667 : C C3p_endo anti
143
- S668 : G C3p_endo anti
144
- S669 : C C3p_endo anti
145
- S670 : G C3p_endo anti
146
- S671 : G C3p_endo anti
147
- S672 : A C3p_endo anti
148
- S673 : G C3p_endo anti
149
- S674 : C C3p_endo anti
150
- S675 : C C3p_endo anti
151
- S676 : A C2p_endo anti
152
- A68 : GLU
153
- A69 : ASP
154
- A70 : THR
155
- A71 : ALA
156
- A72 : LYS
157
- A73 : ASP
158
- A74 : ASN
159
- A75 : TYR
160
- A76 : GLY
161
- A77 : LYS
162
- A78 : LEU
163
- A79 : PRO
164
- A80 : LEU
165
- A81 : ILE
166
- A82 : GLN
167
- A83 : SER
168
- A84 : ARG
169
- A85 : ASP
170
- A86 : SER
171
- A87 : ASP
172
- A88 : ARG
173
- A89 : THR
174
- A90 : GLY
175
- A91 : GLN
176
- A92 : LYS
177
- A93 : ARG
178
- A94 : VAL
179
- A95 : LYS
180
- A96 : PHE
181
- A97 : VAL
182
- A98 : ASP
183
- A99 : LEU
184
- A100 : ASP
185
- A101 : GLU
186
- A102 : ALA
187
- A103 : LYS
188
- A104 : ASP
189
- A105 : SER
190
- A106 : ASP
191
- A107 : LYS
192
- A108 : GLU
193
- A109 : VAL
194
- A110 : LEU
195
- A111 : PHE
196
- A112 : ARG
197
- A113 : ALA
198
- A114 : ARG
199
- A115 : VAL
200
- A116 : HIS
201
- A117 : ASN
202
- A118 : THR
203
- A119 : ARG
204
- A120 : GLN
205
- A121 : GLN
206
- A122 : GLY
207
- A123 : ALA
208
- A124 : THR
209
- A125 : LEU
210
- A126 : ALA
211
- A127 : PHE
212
- A128 : LEU
213
- A129 : THR
214
- A130 : LEU
215
- A131 : ARG
216
- A132 : GLN
217
- A133 : GLN
218
- A134 : ALA
219
- A135 : SER
220
- A136 : LEU
221
- A137 : ILE
222
- A138 : GLN
223
- A139 : GLY
224
- A140 : LEU
225
- A141 : VAL
226
- A142 : LYS
227
- A143 : ALA
228
- A144 : ASN
229
- A145 : LYS
230
- A146 : GLU
231
- A147 : GLY
232
- A148 : THR
233
- A149 : ILE
234
- A150 : SER
235
- A151 : LYS
236
- A152 : ASN
237
- A153 : MET
238
- A154 : VAL
239
- A155 : LYS
240
- A156 : TRP
241
- A157 : ALA
242
- A158 : GLY
243
- A159 : SER
244
- A160 : LEU
245
- A161 : ASN
246
- A162 : LEU
247
- A163 : GLU
248
- A164 : SER
249
- A165 : ILE
250
- A166 : VAL
251
- A167 : LEU
252
- A168 : VAL
253
- A169 : ARG
254
- A170 : GLY
255
- A171 : ILE
256
- A172 : VAL
257
- A173 : LYS
258
- A174 : LYS
259
- A175 : VAL
260
- A176 : ASP
261
- A177 : GLU
262
- A178 : PRO
263
- A179 : ILE
264
- A180 : LYS
265
- A181 : SER
266
- A182 : ALA
267
- A183 : THR
268
- A184 : VAL
269
- A185 : GLN
270
- A186 : ASN
271
- A187 : LEU
272
- A188 : GLU
273
- A189 : ILE
274
- A190 : HIS
275
- A191 : ILE
276
- A192 : THR
277
- A193 : LYS
278
- A194 : ILE
279
- A195 : TYR
280
- A196 : THR
281
- A197 : ILE
282
- A198 : SER
283
- A199 : GLU
284
- A200 : THR
285
- A201 : PRO
286
- A202 : GLU
287
- A203 : ALA
288
- A204 : LEU
289
- A205 : PRO
290
- A206 : ILE
291
- A207 : LEU
292
- A208 : LEU
293
- A209 : GLU
294
- A210 : ASP
295
- A211 : ALA
296
- A212 : SER
297
- A213 : ARG
298
- A214 : SER
299
- A215 : GLU
300
- A216 : ALA
301
- A217 : GLU
302
- A218 : ALA
303
- A219 : GLU
304
- A220 : ALA
305
- A221 : ALA
306
- A222 : GLY
307
- A223 : LEU
308
- A224 : PRO
309
- A225 : VAL
310
- A226 : VAL
311
- A227 : ASN
312
- A228 : LEU
313
- A229 : ASP
314
- A230 : THR
315
- A231 : ARG
316
- A232 : LEU
317
- A233 : ASP
318
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319
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322
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324
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325
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327
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329
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331
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333
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334
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335
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336
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337
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338
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339
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340
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341
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342
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343
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344
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345
- A261 : TYR
346
- A262 : LEU
347
- A263 : ALA
348
- A264 : THR
349
- A265 : LYS
350
- A266 : LYS
351
- A267 : PHE
352
- A268 : THR
353
- A269 : GLU
354
- A270 : VAL
355
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356
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357
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358
- A274 : LYS
359
- A275 : LEU
360
- A276 : LEU
361
- A277 : GLY
362
- A278 : ALA
363
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364
- A280 : SER
365
- A281 : GLU
366
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367
- A283 : GLY
368
- A284 : SER
369
- A285 : SER
370
- A286 : VAL
371
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372
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373
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374
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375
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376
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377
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378
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379
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380
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381
- A297 : TYR
382
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383
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384
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385
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386
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387
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388
- A304 : PHE
389
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391
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392
- A308 : GLN
393
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394
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395
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396
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397
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398
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399
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400
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402
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403
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404
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406
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409
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410
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411
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412
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413
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414
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415
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417
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418
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419
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420
- A336 : THR
421
- A337 : GLU
422
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423
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424
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425
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426
- A342 : ASP
427
- A343 : MET
428
- A344 : GLU
429
- A345 : MET
430
- A346 : ALA
431
- A347 : PHE
432
- A348 : GLU
433
- A349 : GLU
434
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435
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436
- A352 : HIS
437
- A353 : GLU
438
- A354 : VAL
439
- A355 : LEU
440
- A356 : ASP
441
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442
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443
- A359 : SER
444
- A360 : GLU
445
- A361 : LEU
446
- A362 : PHE
447
- A363 : VAL
448
- A364 : PHE
449
- A365 : ILE
450
- A366 : PHE
451
- A367 : SER
452
- A368 : GLU
453
- A369 : LEU
454
- A370 : PRO
455
- A371 : LYS
456
- A372 : ARG
457
- A373 : PHE
458
- A374 : ALA
459
- A375 : HIS
460
- A376 : GLU
461
- A377 : ILE
462
- A378 : GLU
463
- A379 : LEU
464
- A380 : VAL
465
- A381 : ARG
466
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467
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468
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469
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470
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471
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472
- A388 : GLU
473
- A389 : PHE
474
- A390 : LYS
475
- A391 : LEU
476
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477
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478
- A394 : ASP
479
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480
- A396 : LYS
481
- A397 : MET
482
- A398 : VAL
483
- A399 : ARG
484
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485
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487
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488
- A404 : GLU
489
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490
- A406 : ILE
491
- A407 : GLU
492
- A408 : MET
493
- A409 : LEU
494
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495
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496
- A412 : ALA
497
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498
- A414 : LYS
499
- A415 : GLU
500
- A416 : ILE
501
- A417 : GLY
502
- A418 : ASP
503
- A419 : PHE
504
- A420 : GLU
505
- A421 : ASP
506
- A422 : LEU
507
- A423 : SER
508
- A424 : THR
509
- A425 : GLU
510
- A426 : ASN
511
- A427 : GLU
512
- A428 : LYS
513
- A429 : PHE
514
- A430 : LEU
515
- A431 : GLY
516
- A432 : LYS
517
- A433 : LEU
518
- A434 : VAL
519
- A435 : ARG
520
- A436 : ASP
521
- A437 : LYS
522
- A438 : TYR
523
- A439 : ASP
524
- A440 : THR
525
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526
- A442 : PHE
527
- A443 : TYR
528
- A444 : ILE
529
- A445 : LEU
530
- A446 : ASP
531
- A447 : LYS
532
- A448 : PHE
533
- A449 : PRO
534
- A450 : LEU
535
- A451 : GLU
536
- A452 : ILE
537
- A453 : ARG
538
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539
- A455 : PHE
540
- A456 : TYR
541
- A457 : THR
542
- A458 : MET
543
- A459 : PRO
544
- A460 : ASP
545
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546
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547
- A463 : ASN
548
- A464 : PRO
549
- A465 : LYS
550
- A466 : TYR
551
- A467 : SER
552
- A468 : ASN
553
- A469 : SER
554
- A470 : TYR
555
- A471 : ASP
556
- A472 : PHE
557
- A473 : PHE
558
- A474 : MET
559
- A475 : ARG
560
- A476 : GLY
561
- A477 : GLU
562
- A478 : GLU
563
- A479 : ILE
564
- A480 : LEU
565
- A481 : SER
566
- A482 : GLY
567
- A483 : ALA
568
- A484 : GLN
569
- A485 : ARG
570
- A486 : ILE
571
- A487 : HIS
572
- A488 : ASP
573
- A489 : HIS
574
- A490 : ALA
575
- A491 : LEU
576
- A492 : LEU
577
- A493 : GLN
578
- A494 : GLU
579
- A495 : ARG
580
- A496 : MET
581
- A497 : LYS
582
- A498 : ALA
583
- A499 : HIS
584
- A500 : GLY
585
- A501 : LEU
586
- A502 : SER
587
- A503 : PRO
588
- A504 : GLU
589
- A505 : ASP
590
- A506 : PRO
591
- A507 : GLY
592
- A508 : LEU
593
- A509 : LYS
594
- A510 : ASP
595
- A511 : TYR
596
- A512 : CYS
597
- A513 : ASP
598
- A514 : GLY
599
- A515 : PHE
600
- A516 : SER
601
- A517 : TYR
602
- A518 : GLY
603
- A519 : CYS
604
- A520 : PRO
605
- A521 : PRO
606
- A522 : HIS
607
- A523 : ALA
608
- A524 : GLY
609
- A525 : GLY
610
- A526 : GLY
611
- A527 : ILE
612
- A528 : GLY
613
- A529 : LEU
614
- A530 : GLU
615
- A531 : ARG
616
- A532 : VAL
617
- A533 : VAL
618
- A534 : MET
619
- A535 : PHE
620
- A536 : TYR
621
- A537 : LEU
622
- A538 : ASP
623
- A539 : LEU
624
- A540 : LYS
625
- A541 : ASN
626
- A542 : ILE
627
- A543 : ARG
628
- A544 : ARG
629
- A545 : ALA
630
- A546 : SER
631
- A547 : LEU
632
- A548 : PHE
633
- A549 : PRO
634
- A550 : ARG
635
- A551 : ASP
636
- A552 : PRO
637
- A553 : LYS
638
- A554 : ARG
639
- A555 : LEU
640
- A556 : ARG
641
- A557 : PRO
642
- B68 : GLU
643
- B69 : ASP
644
- B70 : THR
645
- B71 : ALA
646
- B72 : LYS
647
- B73 : ASP
648
- B74 : ASN
649
- B75 : TYR
650
- B76 : GLY
651
- B77 : LYS
652
- B78 : LEU
653
- B79 : PRO
654
- B80 : LEU
655
- B81 : ILE
656
- B82 : GLN
657
- B83 : SER
658
- B84 : ARG
659
- B85 : ASP
660
- B86 : SER
661
- B87 : ASP
662
- B88 : ARG
663
- B89 : THR
664
- B90 : GLY
665
- B91 : GLN
666
- B92 : LYS
667
- B93 : ARG
668
- B94 : VAL
669
- B95 : LYS
670
- B96 : PHE
671
- B97 : VAL
672
- B98 : ASP
673
- B99 : LEU
674
- B100 : ASP
675
- B101 : GLU
676
- B102 : ALA
677
- B103 : LYS
678
- B104 : ASP
679
- B105 : SER
680
- B106 : ASP
681
- B107 : LYS
682
- B108 : GLU
683
- B109 : VAL
684
- B110 : LEU
685
- B111 : PHE
686
- B112 : ARG
687
- B113 : ALA
688
- B114 : ARG
689
- B115 : VAL
690
- B116 : HIS
691
- B117 : ASN
692
- B118 : THR
693
- B119 : ARG
694
- B120 : GLN
695
- B121 : GLN
696
- B122 : GLY
697
- B123 : ALA
698
- B124 : THR
699
- B125 : LEU
700
- B126 : ALA
701
- B127 : PHE
702
- B128 : LEU
703
- B129 : THR
704
- B130 : LEU
705
- B131 : ARG
706
- B132 : GLN
707
- B133 : GLN
708
- B134 : ALA
709
- B135 : SER
710
- B136 : LEU
711
- B137 : ILE
712
- B138 : GLN
713
- B139 : GLY
714
- B140 : LEU
715
- B141 : VAL
716
- B142 : LYS
717
- B143 : ALA
718
- B144 : ASN
719
- B145 : LYS
720
- B146 : GLU
721
- B147 : GLY
722
- B148 : THR
723
- B149 : ILE
724
- B150 : SER
725
- B151 : LYS
726
- B152 : ASN
727
- B153 : MET
728
- B154 : VAL
729
- B155 : LYS
730
- B156 : TRP
731
- B157 : ALA
732
- B158 : GLY
733
- B159 : SER
734
- B160 : LEU
735
- B161 : ASN
736
- B162 : LEU
737
- B163 : GLU
738
- B164 : SER
739
- B165 : ILE
740
- B166 : VAL
741
- B167 : LEU
742
- B168 : VAL
743
- B169 : ARG
744
- B170 : GLY
745
- B171 : ILE
746
- B172 : VAL
747
- B173 : LYS
748
- B174 : LYS
749
- B175 : VAL
750
- B176 : ASP
751
- B177 : GLU
752
- B178 : PRO
753
- B179 : ILE
754
- B180 : LYS
755
- B181 : SER
756
- B182 : ALA
757
- B183 : THR
758
- B184 : VAL
759
- B185 : GLN
760
- B186 : ASN
761
- B187 : LEU
762
- B188 : GLU
763
- B189 : ILE
764
- B190 : HIS
765
- B191 : ILE
766
- B192 : THR
767
- B193 : LYS
768
- B194 : ILE
769
- B195 : TYR
770
- B196 : THR
771
- B197 : ILE
772
- B198 : SER
773
- B199 : GLU
774
- B200 : THR
775
- B201 : PRO
776
- B202 : GLU
777
- B203 : ALA
778
- B204 : LEU
779
- B205 : PRO
780
- B206 : ILE
781
- B207 : LEU
782
- B208 : LEU
783
- B209 : GLU
784
- B210 : ASP
785
- B211 : ALA
786
- B212 : SER
787
- B213 : ARG
788
- B214 : SER
789
- B215 : GLU
790
- B216 : ALA
791
- B217 : GLU
792
- B218 : ALA
793
- B219 : GLU
794
- B220 : ALA
795
- B221 : ALA
796
- B222 : GLY
797
- B223 : LEU
798
- B224 : PRO
799
- B225 : VAL
800
- B226 : VAL
801
- B227 : ASN
802
- B228 : LEU
803
- B229 : ASP
804
- B230 : THR
805
- B231 : ARG
806
- B232 : LEU
807
- B233 : ASP
808
- B234 : TYR
809
- B235 : ARG
810
- B236 : VAL
811
- B237 : ILE
812
- B238 : ASP
813
- B239 : LEU
814
- B240 : ARG
815
- B241 : THR
816
- B242 : VAL
817
- B243 : THR
818
- B244 : ASN
819
- B245 : GLN
820
- B246 : ALA
821
- B247 : ILE
822
- B248 : PHE
823
- B249 : ARG
824
- B250 : ILE
825
- B251 : GLN
826
- B252 : ALA
827
- B253 : GLY
828
- B254 : VAL
829
- B255 : CYS
830
- B256 : GLU
831
- B257 : LEU
832
- B258 : PHE
833
- B259 : ARG
834
- B260 : GLU
835
- B261 : TYR
836
- B262 : LEU
837
- B263 : ALA
838
- B264 : THR
839
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- B267 : PHE
842
- B268 : THR
843
- B269 : GLU
844
- B270 : VAL
845
- B271 : HIS
846
- B272 : THR
847
- B273 : PRO
848
- B274 : LYS
849
- B275 : LEU
850
- B276 : LEU
851
- B277 : GLY
852
- B278 : ALA
853
- B279 : PRO
854
- B280 : SER
855
- B281 : GLU
856
- B282 : GLY
857
- B283 : GLY
858
- B284 : SER
859
- B285 : SER
860
- B286 : VAL
861
- B287 : PHE
862
- B288 : GLU
863
- B289 : VAL
864
- B290 : THR
865
- B291 : TYR
866
- B292 : PHE
867
- B293 : LYS
868
- B294 : GLY
869
- B295 : LYS
870
- B296 : ALA
871
- B297 : TYR
872
- B298 : LEU
873
- B299 : ALA
874
- B300 : GLN
875
- B301 : SER
876
- B302 : PRO
877
- B303 : GLN
878
- B304 : PHE
879
- B305 : ASN
880
- B306 : LYS
881
- B307 : GLN
882
- B308 : GLN
883
- B309 : LEU
884
- B310 : ILE
885
- B311 : VAL
886
- B312 : ALA
887
- B313 : ASP
888
- B314 : PHE
889
- B315 : GLU
890
- B316 : ARG
891
- B317 : VAL
892
- B318 : TYR
893
- B319 : GLU
894
- B320 : ILE
895
- B321 : GLY
896
- B322 : PRO
897
- B323 : VAL
898
- B324 : PHE
899
- B325 : ARG
900
- B326 : ALA
901
- B327 : GLU
902
- B328 : ASN
903
- B329 : SER
904
- B330 : ASN
905
- B331 : THR
906
- B332 : HIS
907
- B333 : ARG
908
- B334 : HIS
909
- B335 : MET
910
- B336 : THR
911
- B337 : GLU
912
- B338 : PHE
913
- B339 : THR
914
- B340 : GLY
915
- B341 : LEU
916
- B342 : ASP
917
- B343 : MET
918
- B344 : GLU
919
- B345 : MET
920
- B346 : ALA
921
- B347 : PHE
922
- B348 : GLU
923
- B349 : GLU
924
- B350 : HIS
925
- B351 : TYR
926
- B352 : HIS
927
- B353 : GLU
928
- B354 : VAL
929
- B355 : LEU
930
- B356 : ASP
931
- B357 : THR
932
- B358 : LEU
933
- B359 : SER
934
- B360 : GLU
935
- B361 : LEU
936
- B362 : PHE
937
- B363 : VAL
938
- B364 : PHE
939
- B365 : ILE
940
- B366 : PHE
941
- B367 : SER
942
- B368 : GLU
943
- B369 : LEU
944
- B370 : PRO
945
- B371 : LYS
946
- B372 : ARG
947
- B373 : PHE
948
- B374 : ALA
949
- B375 : HIS
950
- B376 : GLU
951
- B377 : ILE
952
- B378 : GLU
953
- B379 : LEU
954
- B380 : VAL
955
- B381 : ARG
956
- B382 : LYS
957
- B383 : GLN
958
- B384 : TYR
959
- B385 : PRO
960
- B386 : VAL
961
- B387 : GLU
962
- B388 : GLU
963
- B389 : PHE
964
- B390 : LYS
965
- B391 : LEU
966
- B392 : PRO
967
- B393 : LYS
968
- B394 : ASP
969
- B395 : GLY
970
- B396 : LYS
971
- B397 : MET
972
- B398 : VAL
973
- B399 : ARG
974
- B400 : LEU
975
- B401 : THR
976
- B402 : TYR
977
- B403 : LYS
978
- B404 : GLU
979
- B405 : GLY
980
- B406 : ILE
981
- B407 : GLU
982
- B408 : MET
983
- B409 : LEU
984
- B410 : ARG
985
- B411 : ALA
986
- B412 : ALA
987
- B413 : GLY
988
- B414 : LYS
989
- B415 : GLU
990
- B416 : ILE
991
- B417 : GLY
992
- B418 : ASP
993
- B419 : PHE
994
- B420 : GLU
995
- B421 : ASP
996
- B422 : LEU
997
- B423 : SER
998
- B424 : THR
999
- B425 : GLU
1000
- B426 : ASN
1001
- B427 : GLU
1002
- B428 : LYS
1003
- B429 : PHE
1004
- B430 : LEU
1005
- B431 : GLY
1006
- B432 : LYS
1007
- B433 : LEU
1008
- B434 : VAL
1009
- B435 : ARG
1010
- B436 : ASP
1011
- B437 : LYS
1012
- B438 : TYR
1013
- B439 : ASP
1014
- B440 : THR
1015
- B441 : ASP
1016
- B442 : PHE
1017
- B443 : TYR
1018
- B444 : ILE
1019
- B445 : LEU
1020
- B446 : ASP
1021
- B447 : LYS
1022
- B448 : PHE
1023
- B449 : PRO
1024
- B450 : LEU
1025
- B451 : GLU
1026
- B452 : ILE
1027
- B453 : ARG
1028
- B454 : PRO
1029
- B455 : PHE
1030
- B456 : TYR
1031
- B457 : THR
1032
- B458 : MET
1033
- B459 : PRO
1034
- B460 : ASP
1035
- B461 : PRO
1036
- B462 : ALA
1037
- B463 : ASN
1038
- B464 : PRO
1039
- B465 : LYS
1040
- B466 : TYR
1041
- B467 : SER
1042
- B468 : ASN
1043
- B469 : SER
1044
- B470 : TYR
1045
- B471 : ASP
1046
- B472 : PHE
1047
- B473 : PHE
1048
- B474 : MET
1049
- B475 : ARG
1050
- B476 : GLY
1051
- B477 : GLU
1052
- B478 : GLU
1053
- B479 : ILE
1054
- B480 : LEU
1055
- B481 : SER
1056
- B482 : GLY
1057
- B483 : ALA
1058
- B484 : GLN
1059
- B485 : ARG
1060
- B486 : ILE
1061
- B487 : HIS
1062
- B488 : ASP
1063
- B489 : HIS
1064
- B490 : ALA
1065
- B491 : LEU
1066
- B492 : LEU
1067
- B493 : GLN
1068
- B494 : GLU
1069
- B495 : ARG
1070
- B496 : MET
1071
- B497 : LYS
1072
- B498 : ALA
1073
- B499 : HIS
1074
- B500 : GLY
1075
- B501 : LEU
1076
- B502 : SER
1077
- B503 : PRO
1078
- B504 : GLU
1079
- B505 : ASP
1080
- B506 : PRO
1081
- B507 : GLY
1082
- B508 : LEU
1083
- B509 : LYS
1084
- B510 : ASP
1085
- B511 : TYR
1086
- B512 : CYS
1087
- B513 : ASP
1088
- B514 : GLY
1089
- B515 : PHE
1090
- B516 : SER
1091
- B517 : TYR
1092
- B518 : GLY
1093
- B519 : CYS
1094
- B520 : PRO
1095
- B521 : PRO
1096
- B522 : HIS
1097
- B523 : ALA
1098
- B524 : GLY
1099
- B525 : GLY
1100
- B526 : GLY
1101
- B527 : ILE
1102
- B528 : GLY
1103
- B529 : LEU
1104
- B530 : GLU
1105
- B531 : ARG
1106
- B532 : VAL
1107
- B533 : VAL
1108
- B534 : MET
1109
- B535 : PHE
1110
- B536 : TYR
1111
- B537 : LEU
1112
- B538 : ASP
1113
- B539 : LEU
1114
- B540 : LYS
1115
- B541 : ASN
1116
- B542 : ILE
1117
- B543 : ARG
1118
- B544 : ARG
1119
- B545 : ALA
1120
- B546 : SER
1121
- B547 : LEU
1122
- B548 : PHE
1123
- B549 : PRO
1124
- B550 : ARG
1125
- B551 : ASP
1126
- B552 : PRO
1127
- B553 : LYS
1128
- B554 : ARG
1129
- B555 : LEU
1130
- B556 : ARG
1131
- B557 : PRO
1132
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1133
- R602-R603 : adjacent_5p upward
1134
- R603-R604 : adjacent_5p upward
1135
- R604-R605 : adjacent_5p upward
1136
- R605-R606 : adjacent_5p upward
1137
- R606-R607 : adjacent_5p upward
1138
- R610-R611 : adjacent_5p upward
1139
- R611-R612 : adjacent_5p upward
1140
- R614-R615 : adjacent_5p upward
1141
- R622-R623 : adjacent_5p upward
1142
- R623-R624 : adjacent_5p upward
1143
- R624-R625 : adjacent_5p upward
1144
- R625-R626 : adjacent_5p upward
1145
- R626-R627 : adjacent_5p upward
1146
- R627-R628 : adjacent_5p upward
1147
- R628-R629 : adjacent_5p upward
1148
- R630-R631 : adjacent_5p upward
1149
- R639-R640 : adjacent_5p upward
1150
- R641-R642 : adjacent_5p upward
1151
- R643-R644 : adjacent_5p upward
1152
- R650-R651 : adjacent_5p upward
1153
- R651-R652 : adjacent_5p upward
1154
- R652-R653 : adjacent_5p upward
1155
- R656-R657 : adjacent_5p upward
1156
- R662-R663 : adjacent_5p upward
1157
- R663-R664 : adjacent_5p upward
1158
- R664-R665 : adjacent_5p upward
1159
- R665-R666 : adjacent_5p upward
1160
- R666-R667 : adjacent_5p upward
1161
- R668-R669 : adjacent_5p upward
1162
- R669-R670 : adjacent_5p upward
1163
- R670-R671 : adjacent_5p upward
1164
- R671-R672 : adjacent_5p upward
1165
- R672-R673 : adjacent_5p upward
1166
- R673-R674 : adjacent_5p upward
1167
- R674-R675 : adjacent_5p upward
1168
- S602-S603 : adjacent_5p upward
1169
- S603-S604 : adjacent_5p upward
1170
- S604-S605 : adjacent_5p upward
1171
- S606-S607 : adjacent_5p upward
1172
- S610-S611 : adjacent_5p upward
1173
- S614-S615 : adjacent_5p upward
1174
- S622-S623 : adjacent_5p upward
1175
- S623-S624 : adjacent_5p upward
1176
- S624-S625 : adjacent_5p upward
1177
- S626-S627 : adjacent_5p upward
1178
- S627-S628 : adjacent_5p upward
1179
- S628-S629 : adjacent_5p upward
1180
- S630-S631 : adjacent_5p upward
1181
- S635-S636 : adjacent_5p upward
1182
- S639-S640 : adjacent_5p upward
1183
- S641-S642 : adjacent_5p upward
1184
- S642-S643 : adjacent_5p upward
1185
- S644-S645 : adjacent_5p upward
1186
- S650-S651 : adjacent_5p upward
1187
- S651-S652 : adjacent_5p upward
1188
- S652-S653 : adjacent_5p upward
1189
- S656-S657 : adjacent_5p upward
1190
- S659-S660 : adjacent_5p upward
1191
- S662-S663 : adjacent_5p upward
1192
- S663-S664 : adjacent_5p upward
1193
- S664-S665 : adjacent_5p upward
1194
- S665-S666 : adjacent_5p upward
1195
- S666-S667 : adjacent_5p upward
1196
- S668-S669 : adjacent_5p upward
1197
- S669-S670 : adjacent_5p upward
1198
- S670-S671 : adjacent_5p upward
1199
- S671-S672 : adjacent_5p upward
1200
- S672-S673 : adjacent_5p upward
1201
- S673-S674 : adjacent_5p upward
1202
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1203
- R604-R670 : outward
1204
- R606-R668 : outward
1205
- R609-R645 : inward
1206
- R609-R646 : outward
1207
- R614-R622 : outward
1208
- R617-R657 : inward
1209
- R617-R658 : outward pairing
1210
- R618-R657 : outward
1211
- R621-R646 : inward
1212
- R621-R648 : outward
1213
- R627-R644 : outward
1214
- R630-R641 : outward
1215
- R650-R665 : outward
1216
- R658-R661 : upward
1217
- S604-S670 : outward
1218
- S606-S668 : outward
1219
- S609-S645 : inward pairing
1220
- S609-S646 : outward
1221
- S614-S622 : outward
1222
- S617-S657 : inward pairing
1223
- S617-S658 : outward pairing
1224
- S618-S657 : outward
1225
- S621-S646 : inward
1226
- S621-S648 : outward pairing
1227
- S627-S644 : outward
1228
- S630-S641 : outward
1229
- S648-S659 : upward
1230
- S650-S665 : outward
1231
- S658-S661 : upward
1232
- Number of stackings = 98
1233
- Number of adjacent stackings = 69
1234
- Number of non adjacent stackings = 29
1235
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1236
- R601-R672 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1237
- R602-R671 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1238
- R603-R670 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1239
- R604-R669 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1240
- R605-R668 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
1241
- R606-R667 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1242
- R607-R666 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1243
- R608-R614 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
1244
- R608-R621 : U-A Ss/Bs pairing parallel trans one_hbond
1245
- R609-R610 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
1246
- R609-R623 : A-A Hh/Hh pairing parallel trans II
1247
- R610-R625 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
1248
- R610-R645 : G-G Hw/Bs pairing parallel cis one_hbond 113
1249
- R611-R624 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1250
- R612-R623 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1251
- R614-R621 : A-A Wh/Ss pairing antiparallel cis one_hbond 40
1252
- R615-R648 : A-U Ww/Ws pairing parallel trans XXI
1253
- R617-R658 : G-A Bs/O2P outward pairing
1254
- R618-R656 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1255
- R622-R646 : G-A Hh/Wh pairing antiparallel trans one_hbond 60
1256
- R626-R644 : G-A Ww/Ww pairing antiparallel cis VIII
1257
- R627-R643 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1258
- R628-R642 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1259
- R629-R641 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1260
- R630-R640 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
1261
- R631-R639 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1262
- R634-R635 : G-U O2'/Hh adjacent_5p pairing
1263
- R650-R664 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1264
- R651-R663 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1265
- R652-R662 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1266
- R653-R661 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1267
- R658-R660 : A-U Ss/Hh pairing antiparallel trans one_hbond
1268
- R660-R661 : U-C O2P/Bh O2P/Bh adjacent_5p pairing
1269
- R675-R676 : C-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
1270
- S601-S672 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1271
- S602-S671 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1272
- S603-S670 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1273
- S604-S669 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1274
- S605-S668 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
1275
- S606-S667 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1276
- S607-S666 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1277
- S608-S614 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
1278
- S608-S621 : U-A Ss/Bs O2'/Ww pairing parallel trans one_hbond
1279
- S609-S610 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
1280
- S609-S623 : A-A Hh/Hh pairing parallel trans II
1281
- S609-S645 : A-G O2'/Ss inward pairing
1282
- S610-S625 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
1283
- S610-S645 : G-G Hw/Bs pairing parallel cis one_hbond 113
1284
- S611-S624 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1285
- S612-S623 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1286
- S614-S621 : A-A Wh/Ss pairing antiparallel cis one_hbond 40
1287
- S615-S648 : A-U Ww/Ww pairing parallel trans XXI
1288
- S617-S657 : G-A O2'/Ww inward pairing
1289
- S617-S658 : G-A Bs/O2P outward pairing
1290
- S618-S656 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1291
- S621-S648 : A-U Bh/O2P outward pairing
1292
- S622-S646 : G-A Hh/Ww pairing antiparallel trans one_hbond 60
1293
- S625-S645 : U-G Wh/Ws pairing antiparallel cis one_hbond 94
1294
- S626-S644 : G-A Ww/Ww pairing antiparallel cis VIII
1295
- S627-S643 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1296
- S628-S642 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1297
- S629-S641 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1298
- S630-S640 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
1299
- S631-S639 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1300
- S650-S664 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1301
- S651-S663 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1302
- S652-S662 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1303
- S653-S661 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1304
- S660-S661 : U-C O2P/Bh O2P/Bh adjacent_5p pairing
1305
- S674-S675 : C-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1asz_MC DELETED
@@ -1,1306 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- R601 : U C3p_endo anti
3
- R602 : C C3p_endo anti
4
- R603 : C C3p_endo anti
5
- R604 : G C3p_endo anti
6
- R605 : U C3p_endo anti
7
- R606 : G C3p_endo anti
8
- R607 : A C2p_endo anti
9
- R608 : U C3p_endo anti
10
- R609 : A C2p_endo anti
11
- R610 : G C3p_endo anti
12
- R611 : U C3p_endo anti
13
- R612 : U C3p_endo anti
14
- R613 : PSU
15
- R614 : A C3p_endo anti
16
- R615 : A C3p_endo anti
17
- R616 : H2U
18
- R617 : G C2p_endo anti
19
- R618 : G C2p_endo syn
20
- R619 : H2U
21
- R620 : C C3p_endo anti
22
- R621 : A C3p_endo anti
23
- R622 : G C3p_endo anti
24
- R623 : A C3p_endo anti
25
- R624 : A C3p_endo anti
26
- R625 : U C3p_endo anti
27
- R626 : G C3p_endo anti
28
- R627 : G C3p_endo anti
29
- R628 : G C3p_endo anti
30
- R629 : C C3p_endo anti
31
- R630 : G C3p_endo anti
32
- R631 : C C3p_endo anti
33
- R632 : PSU
34
- R633 : U C3p_endo anti
35
- R634 : G C3p_endo anti
36
- R635 : U C3p_endo anti
37
- R636 : C C3p_endo anti
38
- R637 : 1MG
39
- R638 : C C3p_endo anti
40
- R639 : G C3p_endo anti
41
- R640 : U C3p_endo anti
42
- R641 : G C3p_endo anti
43
- R642 : C C3p_endo anti
44
- R643 : C C3p_endo anti
45
- R644 : A C3p_endo anti
46
- R645 : G C3p_endo anti
47
- R646 : A C3p_endo anti
48
- R648 : U C2p_endo anti
49
- R649 : 5MC
50
- R650 : G C3p_endo anti
51
- R651 : G C3p_endo anti
52
- R652 : G C3p_endo anti
53
- R653 : G C3p_endo anti
54
- R654 : 5MU
55
- R655 : PSU
56
- R656 : C C3p_endo anti
57
- R657 : A C3p_endo anti
58
- R658 : A C2p_endo syn
59
- R659 : U C3p_endo anti
60
- R660 : U C2p_endo syn
61
- R661 : C C3p_endo anti
62
- R662 : C C3p_endo anti
63
- R663 : C C3p_endo anti
64
- R664 : C C3p_endo anti
65
- R665 : G C3p_endo anti
66
- R666 : U C3p_endo anti
67
- R667 : C C3p_endo anti
68
- R668 : G C3p_endo anti
69
- R669 : C C3p_endo anti
70
- R670 : G C3p_endo anti
71
- R671 : G C3p_endo anti
72
- R672 : A C3p_endo anti
73
- R673 : G C3p_endo anti
74
- R674 : C C3p_endo anti
75
- R675 : C C3p_endo anti
76
- R676 : A C2p_endo anti
77
- S601 : U C3p_endo anti
78
- S602 : C C3p_endo anti
79
- S603 : C C3p_endo anti
80
- S604 : G C3p_endo anti
81
- S605 : U C3p_endo anti
82
- S606 : G C3p_endo anti
83
- S607 : A C2p_endo anti
84
- S608 : U C3p_endo anti
85
- S609 : A C2p_endo anti
86
- S610 : G C3p_endo anti
87
- S611 : U C3p_endo anti
88
- S612 : U C3p_endo anti
89
- S613 : PSU
90
- S614 : A C3p_endo anti
91
- S615 : A C3p_endo anti
92
- S616 : H2U
93
- S617 : G C2p_endo anti
94
- S618 : G C2p_endo syn
95
- S619 : H2U
96
- S620 : C C3p_endo anti
97
- S621 : A C3p_endo anti
98
- S622 : G C3p_endo anti
99
- S623 : A C3p_endo anti
100
- S624 : A C3p_endo anti
101
- S625 : U C3p_endo anti
102
- S626 : G C3p_endo anti
103
- S627 : G C3p_endo anti
104
- S628 : G C3p_endo anti
105
- S629 : C C3p_endo anti
106
- S630 : G C3p_endo anti
107
- S631 : C C3p_endo anti
108
- S632 : PSU
109
- S633 : U C3p_endo anti
110
- S634 : G C3p_endo anti
111
- S635 : U C3p_endo anti
112
- S636 : C C3p_endo anti
113
- S637 : 1MG
114
- S638 : C C3p_endo anti
115
- S639 : G C3p_endo anti
116
- S640 : U C3p_endo anti
117
- S641 : G C3p_endo anti
118
- S642 : C C3p_endo anti
119
- S643 : C C3p_endo anti
120
- S644 : A C3p_endo anti
121
- S645 : G C3p_endo anti
122
- S646 : A C3p_endo anti
123
- S648 : U C2p_endo anti
124
- S649 : 5MC
125
- S650 : G C3p_endo anti
126
- S651 : G C3p_endo anti
127
- S652 : G C3p_endo anti
128
- S653 : G C3p_endo anti
129
- S654 : 5MU
130
- S655 : PSU
131
- S656 : C C3p_endo anti
132
- S657 : A C3p_endo anti
133
- S658 : A C2p_endo syn
134
- S659 : U C3p_endo anti
135
- S660 : U C2p_endo anti
136
- S661 : C C3p_endo anti
137
- S662 : C C3p_endo anti
138
- S663 : C C3p_endo anti
139
- S664 : C C3p_endo anti
140
- S665 : G C3p_endo anti
141
- S666 : U C3p_endo anti
142
- S667 : C C3p_endo anti
143
- S668 : G C3p_endo anti
144
- S669 : C C3p_endo anti
145
- S670 : G C3p_endo anti
146
- S671 : G C3p_endo anti
147
- S672 : A C3p_endo anti
148
- S673 : G C3p_endo anti
149
- S674 : C C3p_endo anti
150
- S675 : C C3p_endo anti
151
- S676 : A C2p_endo anti
152
- A68 : GLU
153
- A69 : ASP
154
- A70 : THR
155
- A71 : ALA
156
- A72 : LYS
157
- A73 : ASP
158
- A74 : ASN
159
- A75 : TYR
160
- A76 : GLY
161
- A77 : LYS
162
- A78 : LEU
163
- A79 : PRO
164
- A80 : LEU
165
- A81 : ILE
166
- A82 : GLN
167
- A83 : SER
168
- A84 : ARG
169
- A85 : ASP
170
- A86 : SER
171
- A87 : ASP
172
- A88 : ARG
173
- A89 : THR
174
- A90 : GLY
175
- A91 : GLN
176
- A92 : LYS
177
- A93 : ARG
178
- A94 : VAL
179
- A95 : LYS
180
- A96 : PHE
181
- A97 : VAL
182
- A98 : ASP
183
- A99 : LEU
184
- A100 : ASP
185
- A101 : GLU
186
- A102 : ALA
187
- A103 : LYS
188
- A104 : ASP
189
- A105 : SER
190
- A106 : ASP
191
- A107 : LYS
192
- A108 : GLU
193
- A109 : VAL
194
- A110 : LEU
195
- A111 : PHE
196
- A112 : ARG
197
- A113 : ALA
198
- A114 : ARG
199
- A115 : VAL
200
- A116 : HIS
201
- A117 : ASN
202
- A118 : THR
203
- A119 : ARG
204
- A120 : GLN
205
- A121 : GLN
206
- A122 : GLY
207
- A123 : ALA
208
- A124 : THR
209
- A125 : LEU
210
- A126 : ALA
211
- A127 : PHE
212
- A128 : LEU
213
- A129 : THR
214
- A130 : LEU
215
- A131 : ARG
216
- A132 : GLN
217
- A133 : GLN
218
- A134 : ALA
219
- A135 : SER
220
- A136 : LEU
221
- A137 : ILE
222
- A138 : GLN
223
- A139 : GLY
224
- A140 : LEU
225
- A141 : VAL
226
- A142 : LYS
227
- A143 : ALA
228
- A144 : ASN
229
- A145 : LYS
230
- A146 : GLU
231
- A147 : GLY
232
- A148 : THR
233
- A149 : ILE
234
- A150 : SER
235
- A151 : LYS
236
- A152 : ASN
237
- A153 : MET
238
- A154 : VAL
239
- A155 : LYS
240
- A156 : TRP
241
- A157 : ALA
242
- A158 : GLY
243
- A159 : SER
244
- A160 : LEU
245
- A161 : ASN
246
- A162 : LEU
247
- A163 : GLU
248
- A164 : SER
249
- A165 : ILE
250
- A166 : VAL
251
- A167 : LEU
252
- A168 : VAL
253
- A169 : ARG
254
- A170 : GLY
255
- A171 : ILE
256
- A172 : VAL
257
- A173 : LYS
258
- A174 : LYS
259
- A175 : VAL
260
- A176 : ASP
261
- A177 : GLU
262
- A178 : PRO
263
- A179 : ILE
264
- A180 : LYS
265
- A181 : SER
266
- A182 : ALA
267
- A183 : THR
268
- A184 : VAL
269
- A185 : GLN
270
- A186 : ASN
271
- A187 : LEU
272
- A188 : GLU
273
- A189 : ILE
274
- A190 : HIS
275
- A191 : ILE
276
- A192 : THR
277
- A193 : LYS
278
- A194 : ILE
279
- A195 : TYR
280
- A196 : THR
281
- A197 : ILE
282
- A198 : SER
283
- A199 : GLU
284
- A200 : THR
285
- A201 : PRO
286
- A202 : GLU
287
- A203 : ALA
288
- A204 : LEU
289
- A205 : PRO
290
- A206 : ILE
291
- A207 : LEU
292
- A208 : LEU
293
- A209 : GLU
294
- A210 : ASP
295
- A211 : ALA
296
- A212 : SER
297
- A213 : ARG
298
- A214 : SER
299
- A215 : GLU
300
- A216 : ALA
301
- A217 : GLU
302
- A218 : ALA
303
- A219 : GLU
304
- A220 : ALA
305
- A221 : ALA
306
- A222 : GLY
307
- A223 : LEU
308
- A224 : PRO
309
- A225 : VAL
310
- A226 : VAL
311
- A227 : ASN
312
- A228 : LEU
313
- A229 : ASP
314
- A230 : THR
315
- A231 : ARG
316
- A232 : LEU
317
- A233 : ASP
318
- A234 : TYR
319
- A235 : ARG
320
- A236 : VAL
321
- A237 : ILE
322
- A238 : ASP
323
- A239 : LEU
324
- A240 : ARG
325
- A241 : THR
326
- A242 : VAL
327
- A243 : THR
328
- A244 : ASN
329
- A245 : GLN
330
- A246 : ALA
331
- A247 : ILE
332
- A248 : PHE
333
- A249 : ARG
334
- A250 : ILE
335
- A251 : GLN
336
- A252 : ALA
337
- A253 : GLY
338
- A254 : VAL
339
- A255 : CYS
340
- A256 : GLU
341
- A257 : LEU
342
- A258 : PHE
343
- A259 : ARG
344
- A260 : GLU
345
- A261 : TYR
346
- A262 : LEU
347
- A263 : ALA
348
- A264 : THR
349
- A265 : LYS
350
- A266 : LYS
351
- A267 : PHE
352
- A268 : THR
353
- A269 : GLU
354
- A270 : VAL
355
- A271 : HIS
356
- A272 : THR
357
- A273 : PRO
358
- A274 : LYS
359
- A275 : LEU
360
- A276 : LEU
361
- A277 : GLY
362
- A278 : ALA
363
- A279 : PRO
364
- A280 : SER
365
- A281 : GLU
366
- A282 : GLY
367
- A283 : GLY
368
- A284 : SER
369
- A285 : SER
370
- A286 : VAL
371
- A287 : PHE
372
- A288 : GLU
373
- A289 : VAL
374
- A290 : THR
375
- A291 : TYR
376
- A292 : PHE
377
- A293 : LYS
378
- A294 : GLY
379
- A295 : LYS
380
- A296 : ALA
381
- A297 : TYR
382
- A298 : LEU
383
- A299 : ALA
384
- A300 : GLN
385
- A301 : SER
386
- A302 : PRO
387
- A303 : GLN
388
- A304 : PHE
389
- A305 : ASN
390
- A306 : LYS
391
- A307 : GLN
392
- A308 : GLN
393
- A309 : LEU
394
- A310 : ILE
395
- A311 : VAL
396
- A312 : ALA
397
- A313 : ASP
398
- A314 : PHE
399
- A315 : GLU
400
- A316 : ARG
401
- A317 : VAL
402
- A318 : TYR
403
- A319 : GLU
404
- A320 : ILE
405
- A321 : GLY
406
- A322 : PRO
407
- A323 : VAL
408
- A324 : PHE
409
- A325 : ARG
410
- A326 : ALA
411
- A327 : GLU
412
- A328 : ASN
413
- A329 : SER
414
- A330 : ASN
415
- A331 : THR
416
- A332 : HIS
417
- A333 : ARG
418
- A334 : HIS
419
- A335 : MET
420
- A336 : THR
421
- A337 : GLU
422
- A338 : PHE
423
- A339 : THR
424
- A340 : GLY
425
- A341 : LEU
426
- A342 : ASP
427
- A343 : MET
428
- A344 : GLU
429
- A345 : MET
430
- A346 : ALA
431
- A347 : PHE
432
- A348 : GLU
433
- A349 : GLU
434
- A350 : HIS
435
- A351 : TYR
436
- A352 : HIS
437
- A353 : GLU
438
- A354 : VAL
439
- A355 : LEU
440
- A356 : ASP
441
- A357 : THR
442
- A358 : LEU
443
- A359 : SER
444
- A360 : GLU
445
- A361 : LEU
446
- A362 : PHE
447
- A363 : VAL
448
- A364 : PHE
449
- A365 : ILE
450
- A366 : PHE
451
- A367 : SER
452
- A368 : GLU
453
- A369 : LEU
454
- A370 : PRO
455
- A371 : LYS
456
- A372 : ARG
457
- A373 : PHE
458
- A374 : ALA
459
- A375 : HIS
460
- A376 : GLU
461
- A377 : ILE
462
- A378 : GLU
463
- A379 : LEU
464
- A380 : VAL
465
- A381 : ARG
466
- A382 : LYS
467
- A383 : GLN
468
- A384 : TYR
469
- A385 : PRO
470
- A386 : VAL
471
- A387 : GLU
472
- A388 : GLU
473
- A389 : PHE
474
- A390 : LYS
475
- A391 : LEU
476
- A392 : PRO
477
- A393 : LYS
478
- A394 : ASP
479
- A395 : GLY
480
- A396 : LYS
481
- A397 : MET
482
- A398 : VAL
483
- A399 : ARG
484
- A400 : LEU
485
- A401 : THR
486
- A402 : TYR
487
- A403 : LYS
488
- A404 : GLU
489
- A405 : GLY
490
- A406 : ILE
491
- A407 : GLU
492
- A408 : MET
493
- A409 : LEU
494
- A410 : ARG
495
- A411 : ALA
496
- A412 : ALA
497
- A413 : GLY
498
- A414 : LYS
499
- A415 : GLU
500
- A416 : ILE
501
- A417 : GLY
502
- A418 : ASP
503
- A419 : PHE
504
- A420 : GLU
505
- A421 : ASP
506
- A422 : LEU
507
- A423 : SER
508
- A424 : THR
509
- A425 : GLU
510
- A426 : ASN
511
- A427 : GLU
512
- A428 : LYS
513
- A429 : PHE
514
- A430 : LEU
515
- A431 : GLY
516
- A432 : LYS
517
- A433 : LEU
518
- A434 : VAL
519
- A435 : ARG
520
- A436 : ASP
521
- A437 : LYS
522
- A438 : TYR
523
- A439 : ASP
524
- A440 : THR
525
- A441 : ASP
526
- A442 : PHE
527
- A443 : TYR
528
- A444 : ILE
529
- A445 : LEU
530
- A446 : ASP
531
- A447 : LYS
532
- A448 : PHE
533
- A449 : PRO
534
- A450 : LEU
535
- A451 : GLU
536
- A452 : ILE
537
- A453 : ARG
538
- A454 : PRO
539
- A455 : PHE
540
- A456 : TYR
541
- A457 : THR
542
- A458 : MET
543
- A459 : PRO
544
- A460 : ASP
545
- A461 : PRO
546
- A462 : ALA
547
- A463 : ASN
548
- A464 : PRO
549
- A465 : LYS
550
- A466 : TYR
551
- A467 : SER
552
- A468 : ASN
553
- A469 : SER
554
- A470 : TYR
555
- A471 : ASP
556
- A472 : PHE
557
- A473 : PHE
558
- A474 : MET
559
- A475 : ARG
560
- A476 : GLY
561
- A477 : GLU
562
- A478 : GLU
563
- A479 : ILE
564
- A480 : LEU
565
- A481 : SER
566
- A482 : GLY
567
- A483 : ALA
568
- A484 : GLN
569
- A485 : ARG
570
- A486 : ILE
571
- A487 : HIS
572
- A488 : ASP
573
- A489 : HIS
574
- A490 : ALA
575
- A491 : LEU
576
- A492 : LEU
577
- A493 : GLN
578
- A494 : GLU
579
- A495 : ARG
580
- A496 : MET
581
- A497 : LYS
582
- A498 : ALA
583
- A499 : HIS
584
- A500 : GLY
585
- A501 : LEU
586
- A502 : SER
587
- A503 : PRO
588
- A504 : GLU
589
- A505 : ASP
590
- A506 : PRO
591
- A507 : GLY
592
- A508 : LEU
593
- A509 : LYS
594
- A510 : ASP
595
- A511 : TYR
596
- A512 : CYS
597
- A513 : ASP
598
- A514 : GLY
599
- A515 : PHE
600
- A516 : SER
601
- A517 : TYR
602
- A518 : GLY
603
- A519 : CYS
604
- A520 : PRO
605
- A521 : PRO
606
- A522 : HIS
607
- A523 : ALA
608
- A524 : GLY
609
- A525 : GLY
610
- A526 : GLY
611
- A527 : ILE
612
- A528 : GLY
613
- A529 : LEU
614
- A530 : GLU
615
- A531 : ARG
616
- A532 : VAL
617
- A533 : VAL
618
- A534 : MET
619
- A535 : PHE
620
- A536 : TYR
621
- A537 : LEU
622
- A538 : ASP
623
- A539 : LEU
624
- A540 : LYS
625
- A541 : ASN
626
- A542 : ILE
627
- A543 : ARG
628
- A544 : ARG
629
- A545 : ALA
630
- A546 : SER
631
- A547 : LEU
632
- A548 : PHE
633
- A549 : PRO
634
- A550 : ARG
635
- A551 : ASP
636
- A552 : PRO
637
- A553 : LYS
638
- A554 : ARG
639
- A555 : LEU
640
- A556 : ARG
641
- A557 : PRO
642
- B68 : GLU
643
- B69 : ASP
644
- B70 : THR
645
- B71 : ALA
646
- B72 : LYS
647
- B73 : ASP
648
- B74 : ASN
649
- B75 : TYR
650
- B76 : GLY
651
- B77 : LYS
652
- B78 : LEU
653
- B79 : PRO
654
- B80 : LEU
655
- B81 : ILE
656
- B82 : GLN
657
- B83 : SER
658
- B84 : ARG
659
- B85 : ASP
660
- B86 : SER
661
- B87 : ASP
662
- B88 : ARG
663
- B89 : THR
664
- B90 : GLY
665
- B91 : GLN
666
- B92 : LYS
667
- B93 : ARG
668
- B94 : VAL
669
- B95 : LYS
670
- B96 : PHE
671
- B97 : VAL
672
- B98 : ASP
673
- B99 : LEU
674
- B100 : ASP
675
- B101 : GLU
676
- B102 : ALA
677
- B103 : LYS
678
- B104 : ASP
679
- B105 : SER
680
- B106 : ASP
681
- B107 : LYS
682
- B108 : GLU
683
- B109 : VAL
684
- B110 : LEU
685
- B111 : PHE
686
- B112 : ARG
687
- B113 : ALA
688
- B114 : ARG
689
- B115 : VAL
690
- B116 : HIS
691
- B117 : ASN
692
- B118 : THR
693
- B119 : ARG
694
- B120 : GLN
695
- B121 : GLN
696
- B122 : GLY
697
- B123 : ALA
698
- B124 : THR
699
- B125 : LEU
700
- B126 : ALA
701
- B127 : PHE
702
- B128 : LEU
703
- B129 : THR
704
- B130 : LEU
705
- B131 : ARG
706
- B132 : GLN
707
- B133 : GLN
708
- B134 : ALA
709
- B135 : SER
710
- B136 : LEU
711
- B137 : ILE
712
- B138 : GLN
713
- B139 : GLY
714
- B140 : LEU
715
- B141 : VAL
716
- B142 : LYS
717
- B143 : ALA
718
- B144 : ASN
719
- B145 : LYS
720
- B146 : GLU
721
- B147 : GLY
722
- B148 : THR
723
- B149 : ILE
724
- B150 : SER
725
- B151 : LYS
726
- B152 : ASN
727
- B153 : MET
728
- B154 : VAL
729
- B155 : LYS
730
- B156 : TRP
731
- B157 : ALA
732
- B158 : GLY
733
- B159 : SER
734
- B160 : LEU
735
- B161 : ASN
736
- B162 : LEU
737
- B163 : GLU
738
- B164 : SER
739
- B165 : ILE
740
- B166 : VAL
741
- B167 : LEU
742
- B168 : VAL
743
- B169 : ARG
744
- B170 : GLY
745
- B171 : ILE
746
- B172 : VAL
747
- B173 : LYS
748
- B174 : LYS
749
- B175 : VAL
750
- B176 : ASP
751
- B177 : GLU
752
- B178 : PRO
753
- B179 : ILE
754
- B180 : LYS
755
- B181 : SER
756
- B182 : ALA
757
- B183 : THR
758
- B184 : VAL
759
- B185 : GLN
760
- B186 : ASN
761
- B187 : LEU
762
- B188 : GLU
763
- B189 : ILE
764
- B190 : HIS
765
- B191 : ILE
766
- B192 : THR
767
- B193 : LYS
768
- B194 : ILE
769
- B195 : TYR
770
- B196 : THR
771
- B197 : ILE
772
- B198 : SER
773
- B199 : GLU
774
- B200 : THR
775
- B201 : PRO
776
- B202 : GLU
777
- B203 : ALA
778
- B204 : LEU
779
- B205 : PRO
780
- B206 : ILE
781
- B207 : LEU
782
- B208 : LEU
783
- B209 : GLU
784
- B210 : ASP
785
- B211 : ALA
786
- B212 : SER
787
- B213 : ARG
788
- B214 : SER
789
- B215 : GLU
790
- B216 : ALA
791
- B217 : GLU
792
- B218 : ALA
793
- B219 : GLU
794
- B220 : ALA
795
- B221 : ALA
796
- B222 : GLY
797
- B223 : LEU
798
- B224 : PRO
799
- B225 : VAL
800
- B226 : VAL
801
- B227 : ASN
802
- B228 : LEU
803
- B229 : ASP
804
- B230 : THR
805
- B231 : ARG
806
- B232 : LEU
807
- B233 : ASP
808
- B234 : TYR
809
- B235 : ARG
810
- B236 : VAL
811
- B237 : ILE
812
- B238 : ASP
813
- B239 : LEU
814
- B240 : ARG
815
- B241 : THR
816
- B242 : VAL
817
- B243 : THR
818
- B244 : ASN
819
- B245 : GLN
820
- B246 : ALA
821
- B247 : ILE
822
- B248 : PHE
823
- B249 : ARG
824
- B250 : ILE
825
- B251 : GLN
826
- B252 : ALA
827
- B253 : GLY
828
- B254 : VAL
829
- B255 : CYS
830
- B256 : GLU
831
- B257 : LEU
832
- B258 : PHE
833
- B259 : ARG
834
- B260 : GLU
835
- B261 : TYR
836
- B262 : LEU
837
- B263 : ALA
838
- B264 : THR
839
- B265 : LYS
840
- B266 : LYS
841
- B267 : PHE
842
- B268 : THR
843
- B269 : GLU
844
- B270 : VAL
845
- B271 : HIS
846
- B272 : THR
847
- B273 : PRO
848
- B274 : LYS
849
- B275 : LEU
850
- B276 : LEU
851
- B277 : GLY
852
- B278 : ALA
853
- B279 : PRO
854
- B280 : SER
855
- B281 : GLU
856
- B282 : GLY
857
- B283 : GLY
858
- B284 : SER
859
- B285 : SER
860
- B286 : VAL
861
- B287 : PHE
862
- B288 : GLU
863
- B289 : VAL
864
- B290 : THR
865
- B291 : TYR
866
- B292 : PHE
867
- B293 : LYS
868
- B294 : GLY
869
- B295 : LYS
870
- B296 : ALA
871
- B297 : TYR
872
- B298 : LEU
873
- B299 : ALA
874
- B300 : GLN
875
- B301 : SER
876
- B302 : PRO
877
- B303 : GLN
878
- B304 : PHE
879
- B305 : ASN
880
- B306 : LYS
881
- B307 : GLN
882
- B308 : GLN
883
- B309 : LEU
884
- B310 : ILE
885
- B311 : VAL
886
- B312 : ALA
887
- B313 : ASP
888
- B314 : PHE
889
- B315 : GLU
890
- B316 : ARG
891
- B317 : VAL
892
- B318 : TYR
893
- B319 : GLU
894
- B320 : ILE
895
- B321 : GLY
896
- B322 : PRO
897
- B323 : VAL
898
- B324 : PHE
899
- B325 : ARG
900
- B326 : ALA
901
- B327 : GLU
902
- B328 : ASN
903
- B329 : SER
904
- B330 : ASN
905
- B331 : THR
906
- B332 : HIS
907
- B333 : ARG
908
- B334 : HIS
909
- B335 : MET
910
- B336 : THR
911
- B337 : GLU
912
- B338 : PHE
913
- B339 : THR
914
- B340 : GLY
915
- B341 : LEU
916
- B342 : ASP
917
- B343 : MET
918
- B344 : GLU
919
- B345 : MET
920
- B346 : ALA
921
- B347 : PHE
922
- B348 : GLU
923
- B349 : GLU
924
- B350 : HIS
925
- B351 : TYR
926
- B352 : HIS
927
- B353 : GLU
928
- B354 : VAL
929
- B355 : LEU
930
- B356 : ASP
931
- B357 : THR
932
- B358 : LEU
933
- B359 : SER
934
- B360 : GLU
935
- B361 : LEU
936
- B362 : PHE
937
- B363 : VAL
938
- B364 : PHE
939
- B365 : ILE
940
- B366 : PHE
941
- B367 : SER
942
- B368 : GLU
943
- B369 : LEU
944
- B370 : PRO
945
- B371 : LYS
946
- B372 : ARG
947
- B373 : PHE
948
- B374 : ALA
949
- B375 : HIS
950
- B376 : GLU
951
- B377 : ILE
952
- B378 : GLU
953
- B379 : LEU
954
- B380 : VAL
955
- B381 : ARG
956
- B382 : LYS
957
- B383 : GLN
958
- B384 : TYR
959
- B385 : PRO
960
- B386 : VAL
961
- B387 : GLU
962
- B388 : GLU
963
- B389 : PHE
964
- B390 : LYS
965
- B391 : LEU
966
- B392 : PRO
967
- B393 : LYS
968
- B394 : ASP
969
- B395 : GLY
970
- B396 : LYS
971
- B397 : MET
972
- B398 : VAL
973
- B399 : ARG
974
- B400 : LEU
975
- B401 : THR
976
- B402 : TYR
977
- B403 : LYS
978
- B404 : GLU
979
- B405 : GLY
980
- B406 : ILE
981
- B407 : GLU
982
- B408 : MET
983
- B409 : LEU
984
- B410 : ARG
985
- B411 : ALA
986
- B412 : ALA
987
- B413 : GLY
988
- B414 : LYS
989
- B415 : GLU
990
- B416 : ILE
991
- B417 : GLY
992
- B418 : ASP
993
- B419 : PHE
994
- B420 : GLU
995
- B421 : ASP
996
- B422 : LEU
997
- B423 : SER
998
- B424 : THR
999
- B425 : GLU
1000
- B426 : ASN
1001
- B427 : GLU
1002
- B428 : LYS
1003
- B429 : PHE
1004
- B430 : LEU
1005
- B431 : GLY
1006
- B432 : LYS
1007
- B433 : LEU
1008
- B434 : VAL
1009
- B435 : ARG
1010
- B436 : ASP
1011
- B437 : LYS
1012
- B438 : TYR
1013
- B439 : ASP
1014
- B440 : THR
1015
- B441 : ASP
1016
- B442 : PHE
1017
- B443 : TYR
1018
- B444 : ILE
1019
- B445 : LEU
1020
- B446 : ASP
1021
- B447 : LYS
1022
- B448 : PHE
1023
- B449 : PRO
1024
- B450 : LEU
1025
- B451 : GLU
1026
- B452 : ILE
1027
- B453 : ARG
1028
- B454 : PRO
1029
- B455 : PHE
1030
- B456 : TYR
1031
- B457 : THR
1032
- B458 : MET
1033
- B459 : PRO
1034
- B460 : ASP
1035
- B461 : PRO
1036
- B462 : ALA
1037
- B463 : ASN
1038
- B464 : PRO
1039
- B465 : LYS
1040
- B466 : TYR
1041
- B467 : SER
1042
- B468 : ASN
1043
- B469 : SER
1044
- B470 : TYR
1045
- B471 : ASP
1046
- B472 : PHE
1047
- B473 : PHE
1048
- B474 : MET
1049
- B475 : ARG
1050
- B476 : GLY
1051
- B477 : GLU
1052
- B478 : GLU
1053
- B479 : ILE
1054
- B480 : LEU
1055
- B481 : SER
1056
- B482 : GLY
1057
- B483 : ALA
1058
- B484 : GLN
1059
- B485 : ARG
1060
- B486 : ILE
1061
- B487 : HIS
1062
- B488 : ASP
1063
- B489 : HIS
1064
- B490 : ALA
1065
- B491 : LEU
1066
- B492 : LEU
1067
- B493 : GLN
1068
- B494 : GLU
1069
- B495 : ARG
1070
- B496 : MET
1071
- B497 : LYS
1072
- B498 : ALA
1073
- B499 : HIS
1074
- B500 : GLY
1075
- B501 : LEU
1076
- B502 : SER
1077
- B503 : PRO
1078
- B504 : GLU
1079
- B505 : ASP
1080
- B506 : PRO
1081
- B507 : GLY
1082
- B508 : LEU
1083
- B509 : LYS
1084
- B510 : ASP
1085
- B511 : TYR
1086
- B512 : CYS
1087
- B513 : ASP
1088
- B514 : GLY
1089
- B515 : PHE
1090
- B516 : SER
1091
- B517 : TYR
1092
- B518 : GLY
1093
- B519 : CYS
1094
- B520 : PRO
1095
- B521 : PRO
1096
- B522 : HIS
1097
- B523 : ALA
1098
- B524 : GLY
1099
- B525 : GLY
1100
- B526 : GLY
1101
- B527 : ILE
1102
- B528 : GLY
1103
- B529 : LEU
1104
- B530 : GLU
1105
- B531 : ARG
1106
- B532 : VAL
1107
- B533 : VAL
1108
- B534 : MET
1109
- B535 : PHE
1110
- B536 : TYR
1111
- B537 : LEU
1112
- B538 : ASP
1113
- B539 : LEU
1114
- B540 : LYS
1115
- B541 : ASN
1116
- B542 : ILE
1117
- B543 : ARG
1118
- B544 : ARG
1119
- B545 : ALA
1120
- B546 : SER
1121
- B547 : LEU
1122
- B548 : PHE
1123
- B549 : PRO
1124
- B550 : ARG
1125
- B551 : ASP
1126
- B552 : PRO
1127
- B553 : LYS
1128
- B554 : ARG
1129
- B555 : LEU
1130
- B556 : ARG
1131
- B557 : PRO
1132
- A701 : ATP
1133
- B701 : ATP
1134
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1135
- R602-R603 : adjacent_5p upward
1136
- R603-R604 : adjacent_5p upward
1137
- R604-R605 : adjacent_5p upward
1138
- R606-R607 : adjacent_5p upward
1139
- R610-R611 : adjacent_5p upward
1140
- R611-R612 : adjacent_5p upward
1141
- R614-R615 : adjacent_5p upward
1142
- R622-R623 : adjacent_5p upward
1143
- R623-R624 : adjacent_5p upward
1144
- R624-R625 : adjacent_5p upward
1145
- R625-R626 : adjacent_5p upward
1146
- R626-R627 : adjacent_5p upward
1147
- R627-R628 : adjacent_5p upward
1148
- R628-R629 : adjacent_5p upward
1149
- R630-R631 : adjacent_5p upward
1150
- R635-R636 : adjacent_5p upward
1151
- R639-R640 : adjacent_5p upward
1152
- R641-R642 : adjacent_5p upward
1153
- R642-R643 : adjacent_5p upward
1154
- R644-R645 : adjacent_5p upward
1155
- R650-R651 : adjacent_5p upward
1156
- R651-R652 : adjacent_5p upward
1157
- R652-R653 : adjacent_5p upward
1158
- R656-R657 : adjacent_5p upward
1159
- R663-R664 : adjacent_5p upward
1160
- R664-R665 : adjacent_5p upward
1161
- R665-R666 : adjacent_5p upward
1162
- R666-R667 : adjacent_5p upward
1163
- R668-R669 : adjacent_5p upward
1164
- R669-R670 : adjacent_5p upward
1165
- R670-R671 : adjacent_5p upward
1166
- R671-R672 : adjacent_5p upward
1167
- R672-R673 : adjacent_5p upward
1168
- R673-R674 : adjacent_5p upward
1169
- R674-R675 : adjacent_5p upward pairing
1170
- S601-S602 : adjacent_5p upward
1171
- S602-S603 : adjacent_5p upward
1172
- S603-S604 : adjacent_5p upward
1173
- S604-S605 : adjacent_5p upward
1174
- S605-S606 : adjacent_5p upward
1175
- S606-S607 : adjacent_5p upward
1176
- S610-S611 : adjacent_5p upward
1177
- S614-S615 : adjacent_5p upward
1178
- S622-S623 : adjacent_5p upward
1179
- S623-S624 : adjacent_5p upward
1180
- S624-S625 : adjacent_5p upward
1181
- S625-S626 : adjacent_5p upward
1182
- S626-S627 : adjacent_5p upward
1183
- S627-S628 : adjacent_5p upward
1184
- S628-S629 : adjacent_5p upward
1185
- S630-S631 : adjacent_5p upward
1186
- S638-S639 : adjacent_5p upward
1187
- S639-S640 : adjacent_5p upward
1188
- S641-S642 : adjacent_5p upward
1189
- S644-S645 : adjacent_5p upward
1190
- S650-S651 : adjacent_5p upward
1191
- S651-S652 : adjacent_5p upward
1192
- S652-S653 : adjacent_5p upward
1193
- S656-S657 : adjacent_5p upward
1194
- S659-S660 : adjacent_5p upward
1195
- S661-S662 : adjacent_5p upward
1196
- S662-S663 : adjacent_5p upward
1197
- S663-S664 : adjacent_5p upward
1198
- S664-S665 : adjacent_5p upward
1199
- S665-S666 : adjacent_5p upward
1200
- S666-S667 : adjacent_5p upward
1201
- S668-S669 : adjacent_5p upward
1202
- S669-S670 : adjacent_5p upward
1203
- S670-S671 : adjacent_5p upward
1204
- S671-S672 : adjacent_5p upward
1205
- S672-S673 : adjacent_5p upward
1206
- S673-S674 : adjacent_5p upward
1207
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1208
- R604-R670 : outward
1209
- R606-R668 : outward
1210
- R609-R645 : inward
1211
- R609-R646 : outward
1212
- R614-R622 : outward
1213
- R617-R657 : inward
1214
- R617-R658 : outward
1215
- R618-R657 : outward
1216
- R621-R646 : inward
1217
- R621-R648 : outward pairing
1218
- R627-R644 : outward
1219
- R630-R641 : outward
1220
- R648-R659 : upward
1221
- R650-R665 : outward
1222
- R658-R661 : upward
1223
- S604-S670 : outward
1224
- S606-S668 : outward
1225
- S609-S645 : inward
1226
- S609-S646 : outward
1227
- S614-S622 : outward
1228
- S617-S657 : inward pairing
1229
- S617-S658 : outward
1230
- S618-S657 : outward
1231
- S621-S646 : inward
1232
- S621-S648 : outward
1233
- S627-S644 : outward
1234
- S630-S641 : outward
1235
- S648-S659 : upward
1236
- S650-S665 : outward
1237
- S658-S661 : upward
1238
- Number of stackings = 102
1239
- Number of adjacent stackings = 72
1240
- Number of non adjacent stackings = 30
1241
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1242
- R601-R672 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1243
- R602-R671 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1244
- R603-R670 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1245
- R604-R669 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1246
- R605-R668 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
1247
- R606-R667 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1248
- R607-R666 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1249
- R608-R614 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
1250
- R608-R621 : U-A Ss/Bs pairing parallel trans one_hbond
1251
- R609-R610 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
1252
- R609-R623 : A-A Hh/Hh pairing parallel trans II
1253
- R610-R625 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
1254
- R610-R645 : G-G Hw/Bs pairing parallel cis one_hbond 113
1255
- R611-R624 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1256
- R612-R623 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1257
- R614-R621 : A-A Wh/Ss Ww/O2' pairing antiparallel cis one_hbond 40
1258
- R615-R648 : A-U Ww/Ws pairing parallel trans XXI
1259
- R618-R656 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1260
- R621-R648 : A-U Bh/O2P outward pairing
1261
- R622-R646 : G-A Hh/Wh pairing antiparallel trans one_hbond 60
1262
- R626-R644 : G-A Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
1263
- R627-R643 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1264
- R628-R642 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1265
- R629-R641 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1266
- R630-R640 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
1267
- R631-R639 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1268
- R650-R664 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1269
- R651-R663 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1270
- R652-R662 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1271
- R653-R661 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1272
- R658-R660 : A-U Ss/Hh pairing antiparallel trans one_hbond
1273
- R660-R661 : U-C O2P/Bh O2P/Bh adjacent_5p pairing
1274
- R674-R675 : C-C O2P/Bh adjacent_5p upward pairing
1275
- S601-S672 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1276
- S602-S671 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1277
- S603-S670 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1278
- S604-S669 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1279
- S605-S668 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
1280
- S606-S667 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1281
- S607-S666 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1282
- S608-S614 : U-A Ws/Hh pairing antiparallel trans XXIV
1283
- S608-S621 : U-A O2'/Ww pairing
1284
- S608-S646 : U-A O2'/Ss pairing
1285
- S609-S610 : A-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
1286
- S609-S623 : A-A Hh/Hh pairing parallel trans II
1287
- S610-S625 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
1288
- S610-S645 : G-G Hw/Bs pairing parallel cis one_hbond 113
1289
- S611-S624 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1290
- S612-S623 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1291
- S614-S621 : A-A Wh/Ss Ww/O2' pairing antiparallel cis one_hbond 40
1292
- S615-S648 : A-U Ww/Ws pairing parallel trans XXI
1293
- S617-S657 : G-A O2'/Ww inward pairing
1294
- S618-S656 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1295
- S622-S646 : G-A Hh/Ww pairing antiparallel trans 60
1296
- S626-S644 : G-A Ww/Ww pairing antiparallel cis VIII
1297
- S627-S643 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1298
- S628-S642 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1299
- S629-S641 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1300
- S630-S640 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
1301
- S631-S639 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1302
- S650-S664 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1303
- S651-S663 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1304
- S652-S662 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1305
- S653-S661 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1306
- S660-S661 : U-C O2P/Bh O2P/Bh adjacent_5p pairing
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1ato_MC DELETED
@@ -1,457 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A1 : G C3p_endo anti
3
- A2 : G C3p_endo anti
4
- A3 : C C3p_endo anti
5
- A4 : A C3p_endo anti
6
- A5 : C C3p_endo anti
7
- A6 : C C3p_endo anti
8
- A7 : U C3p_endo anti
9
- A8 : C C3p_endo anti
10
- A9 : C C2p_exo anti
11
- A10 : U C3p_exo anti
12
- A11 : C C1p_endo anti
13
- A12 : G C1p_endo anti
14
- A13 : C C3p_endo anti
15
- A14 : G C3p_endo anti
16
- A15 : G C3p_endo anti
17
- A16 : U C3p_endo anti
18
- A17 : G C3p_endo anti
19
- A18 : C C3p_endo anti
20
- A19 : C C3p_endo anti
21
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
22
- A1-A2 : adjacent_5p upward
23
- A2-A3 : adjacent_5p upward
24
- A3-A4 : adjacent_5p upward
25
- A4-A5 : adjacent_5p upward
26
- A5-A6 : adjacent_5p upward
27
- A6-A7 : adjacent_5p upward
28
- A7-A8 : adjacent_5p upward
29
- A8-A9 : adjacent_5p upward pairing
30
- A13-A14 : adjacent_5p upward
31
- A14-A15 : adjacent_5p upward
32
- A15-A16 : adjacent_5p upward
33
- A16-A17 : adjacent_5p upward
34
- A17-A18 : adjacent_5p upward
35
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
36
- A4-A17 : outward
37
- Number of stackings = 14
38
- Number of adjacent stackings = 13
39
- Number of non adjacent stackings = 1
40
- Base-pairs ------------------------------------------------------
41
- A1-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
42
- A2-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
43
- A3-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
44
- A4-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
45
- A5-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
46
- A6-A14 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
47
- A7-A13 : U-C Ws/Bh pairing antiparallel cis one_hbond 100
48
- A8-A9 : C-C O2P/Bh adjacent_5p upward pairing
49
- Residue conformations -------------------------------------------
50
- A1 : G C3p_endo anti
51
- A2 : G C3p_endo anti
52
- A3 : C C3p_endo anti
53
- A4 : A C3p_endo anti
54
- A5 : C C3p_endo anti
55
- A6 : C C3p_endo anti
56
- A7 : U C3p_endo anti
57
- A8 : C C3p_endo anti
58
- A9 : C C3p_endo anti
59
- A10 : U C2p_endo anti
60
- A11 : C C1p_endo anti
61
- A12 : G C4p_exo anti
62
- A13 : C C3p_endo anti
63
- A14 : G C3p_endo anti
64
- A15 : G C3p_endo anti
65
- A16 : U C3p_endo anti
66
- A17 : G C3p_endo anti
67
- A18 : C C3p_endo anti
68
- A19 : C C3p_endo anti
69
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
70
- A1-A2 : adjacent_5p upward
71
- A2-A3 : adjacent_5p upward
72
- A3-A4 : adjacent_5p upward
73
- A4-A5 : adjacent_5p upward
74
- A5-A6 : adjacent_5p upward
75
- A6-A7 : adjacent_5p upward
76
- A7-A8 : adjacent_5p upward
77
- A13-A14 : adjacent_5p upward
78
- A14-A15 : adjacent_5p upward
79
- A15-A16 : adjacent_5p upward
80
- A16-A17 : adjacent_5p upward
81
- A17-A18 : adjacent_5p upward
82
- A18-A19 : adjacent_5p upward
83
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
84
- A4-A17 : outward
85
- Number of stackings = 14
86
- Number of adjacent stackings = 13
87
- Number of non adjacent stackings = 1
88
- Base-pairs ------------------------------------------------------
89
- A1-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
90
- A2-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
91
- A3-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
92
- A4-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
93
- A5-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
94
- A6-A14 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
95
- A7-A13 : U-C Ws/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 100
96
- Residue conformations -------------------------------------------
97
- A1 : G C3p_endo anti
98
- A2 : G C3p_endo anti
99
- A3 : C C3p_endo anti
100
- A4 : A C3p_endo anti
101
- A5 : C C3p_endo anti
102
- A6 : C C3p_endo anti
103
- A7 : U C3p_endo anti
104
- A8 : C C3p_endo anti
105
- A9 : C C3p_endo anti
106
- A10 : U C2p_endo anti
107
- A11 : C C1p_endo anti
108
- A12 : G C1p_endo anti
109
- A13 : C C3p_endo anti
110
- A14 : G C3p_endo anti
111
- A15 : G C3p_endo anti
112
- A16 : U C3p_endo anti
113
- A17 : G C3p_endo anti
114
- A18 : C C3p_endo anti
115
- A19 : C C3p_endo anti
116
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
117
- A1-A2 : adjacent_5p upward
118
- A2-A3 : adjacent_5p upward
119
- A3-A4 : adjacent_5p upward
120
- A4-A5 : adjacent_5p upward
121
- A5-A6 : adjacent_5p upward
122
- A6-A7 : adjacent_5p upward
123
- A7-A8 : adjacent_5p upward
124
- A13-A14 : adjacent_5p upward
125
- A14-A15 : adjacent_5p upward
126
- A15-A16 : adjacent_5p upward
127
- A16-A17 : adjacent_5p upward
128
- A17-A18 : adjacent_5p upward
129
- A18-A19 : adjacent_5p upward
130
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
131
- A4-A17 : outward
132
- Number of stackings = 14
133
- Number of adjacent stackings = 13
134
- Number of non adjacent stackings = 1
135
- Base-pairs ------------------------------------------------------
136
- A1-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
137
- A2-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
138
- A3-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
139
- A4-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
140
- A5-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
141
- A6-A14 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
142
- A7-A13 : U-C Ws/Hw pairing antiparallel trans one_hbond
143
- Residue conformations -------------------------------------------
144
- A1 : G C3p_endo anti
145
- A2 : G C3p_endo anti
146
- A3 : C C3p_endo anti
147
- A4 : A C3p_endo anti
148
- A5 : C C3p_endo anti
149
- A6 : C C3p_endo anti
150
- A7 : U C3p_endo anti
151
- A8 : C C3p_endo anti
152
- A9 : C C3p_endo anti
153
- A10 : U C2p_endo anti
154
- A11 : C O4p_exo anti
155
- A12 : G O4p_exo anti
156
- A13 : C C3p_endo anti
157
- A14 : G C3p_endo anti
158
- A15 : G C3p_endo anti
159
- A16 : U C3p_endo anti
160
- A17 : G C3p_endo anti
161
- A18 : C C3p_endo anti
162
- A19 : C C3p_endo anti
163
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
164
- A1-A2 : adjacent_5p upward
165
- A2-A3 : adjacent_5p upward
166
- A4-A5 : adjacent_5p upward
167
- A5-A6 : adjacent_5p upward
168
- A6-A7 : adjacent_5p upward
169
- A7-A8 : adjacent_5p upward
170
- A13-A14 : adjacent_5p upward
171
- A14-A15 : adjacent_5p upward
172
- A15-A16 : adjacent_5p upward
173
- A16-A17 : adjacent_5p upward
174
- A17-A18 : adjacent_5p upward
175
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
176
- Number of stackings = 11
177
- Number of adjacent stackings = 11
178
- Number of non adjacent stackings = 0
179
- Base-pairs ------------------------------------------------------
180
- A1-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
181
- A2-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
182
- A3-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
183
- A4-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
184
- A5-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
185
- A6-A14 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
186
- Residue conformations -------------------------------------------
187
- A1 : G C3p_endo anti
188
- A2 : G C3p_endo anti
189
- A3 : C C3p_endo anti
190
- A4 : A C3p_endo anti
191
- A5 : C C3p_endo anti
192
- A6 : C C3p_endo anti
193
- A7 : U C3p_endo anti
194
- A8 : C C3p_endo anti
195
- A9 : C C2p_exo anti
196
- A10 : U C2p_endo anti
197
- A11 : C C1p_endo anti
198
- A12 : G C3p_endo anti
199
- A13 : C C3p_endo anti
200
- A14 : G C3p_endo anti
201
- A15 : G C3p_endo anti
202
- A16 : U C3p_endo anti
203
- A17 : G C3p_endo anti
204
- A18 : C C3p_endo anti
205
- A19 : C C3p_endo anti
206
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
207
- A1-A2 : adjacent_5p upward
208
- A2-A3 : adjacent_5p upward
209
- A4-A5 : adjacent_5p upward
210
- A5-A6 : adjacent_5p upward
211
- A6-A7 : adjacent_5p upward
212
- A7-A8 : adjacent_5p upward
213
- A13-A14 : adjacent_5p upward
214
- A14-A15 : adjacent_5p upward
215
- A15-A16 : adjacent_5p upward
216
- A16-A17 : adjacent_5p upward
217
- A17-A18 : adjacent_5p upward
218
- A18-A19 : adjacent_5p upward
219
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
220
- A4-A17 : outward
221
- Number of stackings = 13
222
- Number of adjacent stackings = 12
223
- Number of non adjacent stackings = 1
224
- Base-pairs ------------------------------------------------------
225
- A1-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
226
- A2-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
227
- A3-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
228
- A4-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
229
- A5-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
230
- A6-A14 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
231
- Residue conformations -------------------------------------------
232
- A1 : G C3p_endo anti
233
- A2 : G C3p_endo anti
234
- A3 : C C3p_endo anti
235
- A4 : A C3p_endo anti
236
- A5 : C C3p_endo anti
237
- A6 : C C3p_endo anti
238
- A7 : U C3p_endo anti
239
- A8 : C C3p_endo anti
240
- A9 : C C2p_exo anti
241
- A10 : U C2p_endo anti
242
- A11 : C C1p_endo anti
243
- A12 : G C2p_exo anti
244
- A13 : C C3p_endo anti
245
- A14 : G C3p_endo anti
246
- A15 : G C2p_exo anti
247
- A16 : U C3p_endo anti
248
- A17 : G C3p_endo anti
249
- A18 : C C3p_endo anti
250
- A19 : C C3p_endo anti
251
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
252
- A1-A2 : adjacent_5p upward
253
- A2-A3 : adjacent_5p upward
254
- A4-A5 : adjacent_5p upward
255
- A5-A6 : adjacent_5p upward
256
- A6-A7 : adjacent_5p upward
257
- A7-A8 : adjacent_5p upward
258
- A13-A14 : adjacent_5p upward
259
- A14-A15 : adjacent_5p upward
260
- A15-A16 : adjacent_5p upward
261
- A16-A17 : adjacent_5p upward
262
- A17-A18 : adjacent_5p upward
263
- A18-A19 : adjacent_5p upward
264
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
265
- A4-A17 : outward
266
- Number of stackings = 13
267
- Number of adjacent stackings = 12
268
- Number of non adjacent stackings = 1
269
- Base-pairs ------------------------------------------------------
270
- A1-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
271
- A2-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
272
- A3-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
273
- A4-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
274
- A5-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
275
- A6-A14 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
276
- A7-A13 : U-C Ws/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 100
277
- Residue conformations -------------------------------------------
278
- A1 : G C3p_endo anti
279
- A2 : G C3p_endo anti
280
- A3 : C C3p_endo anti
281
- A4 : A C3p_endo anti
282
- A5 : C C3p_endo anti
283
- A6 : C C3p_endo anti
284
- A7 : U C3p_endo anti
285
- A8 : C C3p_endo anti
286
- A9 : C C2p_exo anti
287
- A10 : U C2p_endo anti
288
- A11 : C C1p_endo anti
289
- A12 : G O4p_exo anti
290
- A13 : C C3p_endo anti
291
- A14 : G C3p_endo anti
292
- A15 : G C3p_endo anti
293
- A16 : U C3p_endo anti
294
- A17 : G C3p_endo anti
295
- A18 : C C3p_endo anti
296
- A19 : C C3p_endo anti
297
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
298
- A1-A2 : adjacent_5p upward
299
- A2-A3 : adjacent_5p upward
300
- A3-A4 : adjacent_5p upward
301
- A4-A5 : adjacent_5p upward
302
- A5-A6 : adjacent_5p upward
303
- A6-A7 : adjacent_5p upward
304
- A13-A14 : adjacent_5p upward
305
- A14-A15 : adjacent_5p upward
306
- A15-A16 : adjacent_5p upward
307
- A16-A17 : adjacent_5p upward
308
- A17-A18 : adjacent_5p upward
309
- A18-A19 : adjacent_5p upward
310
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
311
- A4-A17 : outward
312
- Number of stackings = 13
313
- Number of adjacent stackings = 12
314
- Number of non adjacent stackings = 1
315
- Base-pairs ------------------------------------------------------
316
- A1-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
317
- A2-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
318
- A3-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
319
- A4-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
320
- A5-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
321
- A6-A14 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
322
- Residue conformations -------------------------------------------
323
- A1 : G C3p_endo anti
324
- A2 : G C3p_endo anti
325
- A3 : C C3p_endo anti
326
- A4 : A C3p_endo anti
327
- A5 : C C3p_endo anti
328
- A6 : C C3p_endo anti
329
- A7 : U C3p_endo anti
330
- A8 : C C3p_endo anti
331
- A9 : C C2p_exo anti
332
- A10 : U C2p_endo anti
333
- A11 : C C1p_endo anti
334
- A12 : G C1p_endo anti
335
- A13 : C C3p_endo anti
336
- A14 : G C3p_endo anti
337
- A15 : G C3p_endo anti
338
- A16 : U C3p_endo anti
339
- A17 : G C3p_endo anti
340
- A18 : C C3p_endo anti
341
- A19 : C C3p_endo anti
342
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
343
- A1-A2 : adjacent_5p upward
344
- A2-A3 : adjacent_5p upward
345
- A3-A4 : adjacent_5p upward
346
- A4-A5 : adjacent_5p upward
347
- A5-A6 : adjacent_5p upward
348
- A6-A7 : adjacent_5p upward
349
- A13-A14 : adjacent_5p upward
350
- A14-A15 : adjacent_5p upward
351
- A15-A16 : adjacent_5p upward
352
- A16-A17 : adjacent_5p upward
353
- A17-A18 : adjacent_5p upward
354
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
355
- A4-A17 : outward
356
- Number of stackings = 12
357
- Number of adjacent stackings = 11
358
- Number of non adjacent stackings = 1
359
- Base-pairs ------------------------------------------------------
360
- A1-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
361
- A2-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
362
- A3-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
363
- A4-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
364
- A5-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
365
- A6-A14 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
366
- Residue conformations -------------------------------------------
367
- A1 : G C3p_endo anti
368
- A2 : G C3p_endo anti
369
- A3 : C C3p_endo anti
370
- A4 : A C3p_endo anti
371
- A5 : C C3p_endo anti
372
- A6 : C C3p_endo anti
373
- A7 : U C3p_endo anti
374
- A8 : C C3p_endo anti
375
- A9 : C C2p_exo anti
376
- A10 : U C3p_exo anti
377
- A11 : C O4p_exo anti
378
- A12 : G C2p_exo anti
379
- A13 : C C3p_endo anti
380
- A14 : G C3p_endo anti
381
- A15 : G C3p_endo anti
382
- A16 : U C3p_endo anti
383
- A17 : G C3p_endo anti
384
- A18 : C C3p_endo anti
385
- A19 : C C3p_endo anti
386
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
387
- A1-A2 : adjacent_5p upward
388
- A2-A3 : adjacent_5p upward
389
- A3-A4 : adjacent_5p upward
390
- A4-A5 : adjacent_5p upward
391
- A5-A6 : adjacent_5p upward
392
- A6-A7 : adjacent_5p upward
393
- A13-A14 : adjacent_5p upward
394
- A14-A15 : adjacent_5p upward
395
- A15-A16 : adjacent_5p upward
396
- A16-A17 : adjacent_5p upward
397
- A17-A18 : adjacent_5p upward
398
- A18-A19 : adjacent_5p upward
399
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
400
- A4-A17 : outward
401
- Number of stackings = 13
402
- Number of adjacent stackings = 12
403
- Number of non adjacent stackings = 1
404
- Base-pairs ------------------------------------------------------
405
- A1-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
406
- A2-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
407
- A3-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
408
- A4-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
409
- A5-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
410
- A6-A14 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
411
- Residue conformations -------------------------------------------
412
- A1 : G C3p_endo anti
413
- A2 : G C3p_endo anti
414
- A3 : C C3p_endo anti
415
- A4 : A C3p_endo anti
416
- A5 : C C3p_endo anti
417
- A6 : C C3p_endo anti
418
- A7 : U C3p_endo anti
419
- A8 : C C3p_endo anti
420
- A9 : C C3p_endo anti
421
- A10 : U C2p_endo anti
422
- A11 : C O4p_exo anti
423
- A12 : G O4p_endo anti
424
- A13 : C C3p_endo anti
425
- A14 : G C3p_endo anti
426
- A15 : G C3p_endo anti
427
- A16 : U C3p_endo anti
428
- A17 : G C3p_endo anti
429
- A18 : C C3p_endo anti
430
- A19 : C C3p_endo anti
431
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
432
- A1-A2 : adjacent_5p upward
433
- A2-A3 : adjacent_5p upward
434
- A3-A4 : adjacent_5p upward
435
- A4-A5 : adjacent_5p upward
436
- A5-A6 : adjacent_5p upward
437
- A6-A7 : adjacent_5p upward
438
- A7-A8 : adjacent_5p upward
439
- A13-A14 : adjacent_5p upward
440
- A14-A15 : adjacent_5p upward
441
- A15-A16 : adjacent_5p upward
442
- A16-A17 : adjacent_5p upward
443
- A17-A18 : adjacent_5p upward
444
- A18-A19 : adjacent_5p upward
445
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
446
- A4-A17 : outward
447
- Number of stackings = 14
448
- Number of adjacent stackings = 13
449
- Number of non adjacent stackings = 1
450
- Base-pairs ------------------------------------------------------
451
- A1-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
452
- A2-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
453
- A3-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
454
- A4-A16 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
455
- A5-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
456
- A6-A14 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
457
- A8-A9 : C-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1atv_MC DELETED
@@ -1,186 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A1 : G C4p_exo anti
3
- A2 : G C3p_endo anti
4
- A3 : G C3p_endo anti
5
- A4 : A C3p_endo anti
6
- A5 : C C3p_endo anti
7
- A6 : C C3p_endo anti
8
- A7 : A C3p_endo anti
9
- A8 : G C4p_exo anti
10
- A9 : A C3p_endo syn
11
- A10 : A C4p_exo anti
12
- A11 : G C3p_endo anti
13
- A12 : G C3p_endo anti
14
- A13 : U C3p_endo anti
15
- A14 : C C3p_endo anti
16
- A15 : C C3p_endo anti
17
- A16 : C C3p_endo anti
18
- A17 : G C3p_endo anti
19
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
20
- A1-A2 : adjacent_5p upward
21
- A2-A3 : adjacent_5p upward
22
- A3-A4 : adjacent_5p upward
23
- A4-A5 : adjacent_5p upward
24
- A9-A10 : adjacent_5p upward
25
- A10-A11 : adjacent_5p upward pairing
26
- A11-A12 : adjacent_5p upward
27
- A12-A13 : adjacent_5p upward
28
- A13-A14 : adjacent_5p upward
29
- A14-A15 : adjacent_5p upward
30
- A15-A16 : adjacent_5p upward
31
- A16-A17 : adjacent_5p inward
32
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
33
- Number of stackings = 12
34
- Number of adjacent stackings = 12
35
- Number of non adjacent stackings = 0
36
- Base-pairs ------------------------------------------------------
37
- A1-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
38
- A2-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
39
- A3-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
40
- A4-A13 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
41
- A5-A7 : C-A O2P/Bh pairing
42
- A5-A12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
43
- A6-A7 : C-A O2P/Hh adjacent_5p pairing
44
- A6-A11 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
45
- A7-A10 : A-A Ss/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 40
46
- A8-A9 : G-A Ww/O2' Ss/O2' adjacent_5p pairing
47
- A10-A11 : A-G O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
48
- Residue conformations -------------------------------------------
49
- A1 : G C4p_exo anti
50
- A2 : G C3p_endo anti
51
- A3 : G C3p_endo anti
52
- A4 : A C3p_endo anti
53
- A5 : C C3p_endo anti
54
- A6 : C C3p_endo anti
55
- A7 : A C3p_endo anti
56
- A8 : G C4p_exo anti
57
- A9 : A C3p_endo syn
58
- A10 : A C4p_exo anti
59
- A11 : G C3p_endo anti
60
- A12 : G C3p_endo anti
61
- A13 : U C3p_endo anti
62
- A14 : C C3p_endo anti
63
- A15 : C C3p_endo anti
64
- A16 : C C3p_endo anti
65
- A17 : G C3p_endo anti
66
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
67
- A1-A2 : adjacent_5p upward
68
- A2-A3 : adjacent_5p upward
69
- A3-A4 : adjacent_5p upward
70
- A4-A5 : adjacent_5p upward
71
- A6-A7 : adjacent_5p upward pairing
72
- A10-A11 : adjacent_5p upward pairing
73
- A11-A12 : adjacent_5p upward
74
- A12-A13 : adjacent_5p upward
75
- A13-A14 : adjacent_5p upward
76
- A14-A15 : adjacent_5p upward
77
- A15-A16 : adjacent_5p upward
78
- A16-A17 : adjacent_5p upward
79
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
80
- A1-A17 : outward
81
- Number of stackings = 13
82
- Number of adjacent stackings = 12
83
- Number of non adjacent stackings = 1
84
- Base-pairs ------------------------------------------------------
85
- A1-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
86
- A2-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
87
- A3-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
88
- A4-A13 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
89
- A5-A7 : C-A O2P/Bh pairing
90
- A5-A12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
91
- A6-A7 : C-A O2P/Hh adjacent_5p upward pairing
92
- A6-A11 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
93
- A7-A10 : A-A Ss/Wh O2'/Ww pairing antiparallel trans one_hbond 40
94
- A10-A11 : A-G O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
95
- Residue conformations -------------------------------------------
96
- A1 : G C4p_exo anti
97
- A2 : G C3p_endo anti
98
- A3 : G C3p_endo anti
99
- A4 : A C3p_endo anti
100
- A5 : C C3p_endo anti
101
- A6 : C C3p_endo anti
102
- A7 : A C3p_endo anti
103
- A8 : G C4p_exo anti
104
- A9 : A C3p_exo anti
105
- A10 : A C4p_exo anti
106
- A11 : G C3p_endo anti
107
- A12 : G C3p_endo anti
108
- A13 : U C3p_endo anti
109
- A14 : C C3p_endo anti
110
- A15 : C C3p_endo anti
111
- A16 : C C3p_endo anti
112
- A17 : G C3p_endo anti
113
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
114
- A1-A2 : adjacent_5p upward
115
- A2-A3 : adjacent_5p upward
116
- A3-A4 : adjacent_5p upward
117
- A4-A5 : adjacent_5p upward
118
- A5-A6 : adjacent_5p upward
119
- A9-A10 : adjacent_5p upward
120
- A10-A11 : adjacent_5p upward
121
- A11-A12 : adjacent_5p upward
122
- A12-A13 : adjacent_5p upward
123
- A13-A14 : adjacent_5p upward
124
- A14-A15 : adjacent_5p upward
125
- A15-A16 : adjacent_5p upward
126
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
127
- Number of stackings = 12
128
- Number of adjacent stackings = 12
129
- Number of non adjacent stackings = 0
130
- Base-pairs ------------------------------------------------------
131
- A1-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
132
- A2-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
133
- A3-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
134
- A4-A13 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
135
- A5-A12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
136
- A6-A8 : C-G O2P/Bs pairing
137
- A6-A11 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
138
- A7-A8 : A-G Hh/Sw Ss/O2' adjacent_5p pairing antiparallel cis one_hbond
139
- A7-A9 : A-A O2'/Bh pairing
140
- Residue conformations -------------------------------------------
141
- A1 : G C4p_exo anti
142
- A2 : G C3p_endo anti
143
- A3 : G C3p_endo anti
144
- A4 : A C3p_endo anti
145
- A5 : C C3p_endo anti
146
- A6 : C C3p_endo anti
147
- A7 : A C3p_endo anti
148
- A8 : G C4p_exo anti
149
- A9 : A C3p_endo syn
150
- A10 : A C4p_exo anti
151
- A11 : G C3p_endo anti
152
- A12 : G C3p_endo anti
153
- A13 : U C3p_endo anti
154
- A14 : C C3p_endo anti
155
- A15 : C C3p_endo anti
156
- A16 : C C3p_endo anti
157
- A17 : G C3p_endo anti
158
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
159
- A1-A2 : adjacent_5p upward
160
- A2-A3 : adjacent_5p upward
161
- A3-A4 : adjacent_5p upward
162
- A4-A5 : adjacent_5p upward
163
- A9-A10 : adjacent_5p upward
164
- A10-A11 : adjacent_5p upward pairing
165
- A11-A12 : adjacent_5p upward
166
- A12-A13 : adjacent_5p upward
167
- A13-A14 : adjacent_5p upward
168
- A14-A15 : adjacent_5p upward
169
- A15-A16 : adjacent_5p upward
170
- A16-A17 : adjacent_5p inward
171
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
172
- Number of stackings = 12
173
- Number of adjacent stackings = 12
174
- Number of non adjacent stackings = 0
175
- Base-pairs ------------------------------------------------------
176
- A1-A16 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
177
- A2-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
178
- A3-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
179
- A4-A13 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
180
- A5-A7 : C-A O2P/Bh pairing
181
- A5-A12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
182
- A6-A7 : C-A O2P/Hh adjacent_5p pairing
183
- A6-A11 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
184
- A7-A10 : A-A Ss/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 40
185
- A8-A9 : G-A Ww/O2' Ss/O2' adjacent_5p pairing
186
- A10-A11 : A-G O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1atw_MC DELETED
@@ -1,114 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A1 : G C3p_endo anti
3
- A2 : C C3p_endo anti
4
- A3 : U C3p_endo anti
5
- A4 : C C3p_endo anti
6
- A5 : C C3p_endo anti
7
- A6 : A C4p_exo anti
8
- A7 : G C3p_exo anti
9
- A8 : A C3p_endo anti
10
- A9 : U C3p_endo anti
11
- A10 : G C3p_endo anti
12
- A11 : G C3p_endo anti
13
- A12 : A C3p_endo anti
14
- A13 : G C3p_endo anti
15
- A14 : C C3p_endo anti
16
- A15 : G C4p_exo anti
17
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
18
- A1-A2 : adjacent_5p upward
19
- A2-A3 : adjacent_5p upward
20
- A3-A4 : adjacent_5p upward
21
- A4-A5 : adjacent_5p upward
22
- A8-A9 : adjacent_5p upward
23
- A10-A11 : adjacent_5p upward
24
- A11-A12 : adjacent_5p upward
25
- A12-A13 : adjacent_5p upward
26
- A13-A14 : adjacent_5p upward
27
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
28
- A1-A15 : outward
29
- Number of stackings = 10
30
- Number of adjacent stackings = 9
31
- Number of non adjacent stackings = 1
32
- Base-pairs ------------------------------------------------------
33
- A1-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
34
- A2-A13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
35
- A3-A12 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
36
- A4-A11 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
37
- A5-A6 : C-A O2P/Ss O2P/C8 adjacent_5p pairing
38
- A5-A10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
39
- Residue conformations -------------------------------------------
40
- A1 : G C3p_endo anti
41
- A2 : C C3p_endo anti
42
- A3 : U C3p_endo anti
43
- A4 : C C3p_endo anti
44
- A5 : C C3p_endo anti
45
- A6 : A C3p_endo anti
46
- A7 : G C2p_endo anti
47
- A8 : A C3p_endo anti
48
- A9 : U C3p_endo anti
49
- A10 : G C3p_endo anti
50
- A11 : G C3p_endo anti
51
- A12 : A C3p_endo anti
52
- A13 : G C3p_endo anti
53
- A14 : C C3p_endo anti
54
- A15 : G C3p_endo anti
55
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
56
- A1-A2 : adjacent_5p upward
57
- A3-A4 : adjacent_5p upward
58
- A4-A5 : adjacent_5p upward
59
- A8-A9 : adjacent_5p upward
60
- A10-A11 : adjacent_5p upward
61
- A11-A12 : adjacent_5p upward
62
- A12-A13 : adjacent_5p upward
63
- A13-A14 : adjacent_5p upward
64
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
65
- Number of stackings = 8
66
- Number of adjacent stackings = 8
67
- Number of non adjacent stackings = 0
68
- Base-pairs ------------------------------------------------------
69
- A1-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
70
- A1-A15 : G-G O2'/Bs pairing
71
- A2-A13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
72
- A3-A12 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
73
- A4-A11 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
74
- A5-A10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
75
- A7-A10 : G-G Sw/Ss O2'/Bs Bs/O2' pairing parallel cis one_hbond
76
- Residue conformations -------------------------------------------
77
- A1 : G C4p_exo anti
78
- A2 : C C3p_endo anti
79
- A3 : U C3p_endo anti
80
- A4 : C C3p_endo anti
81
- A5 : C C3p_endo anti
82
- A6 : A C3p_endo anti
83
- A7 : G C2p_endo anti
84
- A8 : A C3p_endo anti
85
- A9 : U C3p_endo anti
86
- A10 : G C3p_endo anti
87
- A11 : G C3p_endo anti
88
- A12 : A C3p_endo anti
89
- A13 : G C3p_endo anti
90
- A14 : C C3p_endo anti
91
- A15 : G C4p_exo anti
92
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
93
- A1-A2 : adjacent_5p upward
94
- A2-A3 : adjacent_5p upward
95
- A3-A4 : adjacent_5p upward
96
- A4-A5 : adjacent_5p upward
97
- A8-A9 : adjacent_5p upward
98
- A10-A11 : adjacent_5p upward
99
- A11-A12 : adjacent_5p upward
100
- A12-A13 : adjacent_5p upward
101
- A13-A14 : adjacent_5p upward
102
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
103
- Number of stackings = 9
104
- Number of adjacent stackings = 9
105
- Number of non adjacent stackings = 0
106
- Base-pairs ------------------------------------------------------
107
- A1-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
108
- A1-A15 : G-G Bs/Hh pairing antiparallel trans 34
109
- A2-A13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
110
- A3-A12 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
111
- A4-A11 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
112
- A5-A6 : C-A O2P/Hh O2P/Ss adjacent_5p pairing
113
- A5-A10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
114
- A9-A10 : U-G O2P/Hh adjacent_5p pairing
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1aud_MC DELETED
@@ -1,4858 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- B19 : G C3p_endo anti
3
- B20 : G C3p_endo anti
4
- B21 : C C3p_endo anti
5
- B22 : A C3p_endo anti
6
- B23 : G C3p_endo anti
7
- B24 : A C4p_exo anti
8
- B25 : G O4p_endo anti
9
- B26 : U C3p_endo anti
10
- B27 : C C4p_exo anti
11
- B28 : C C3p_endo anti
12
- B29 : U C3p_endo anti
13
- B30 : U C3p_exo anti
14
- B33 : C C3p_exo anti
15
- B34 : G C3p_endo syn
16
- B35 : G C3p_endo anti
17
- B36 : G C4p_exo anti
18
- B37 : A C3p_endo anti
19
- B38 : C C3p_endo anti
20
- B39 : A C3p_endo anti
21
- B40 : U C3p_endo anti
22
- B41 : U C2p_endo anti
23
- B42 : G C3p_endo anti
24
- B43 : C C2p_endo anti
25
- B44 : A C2p_exo anti
26
- B45 : C C3p_endo anti
27
- B46 : C C3p_endo anti
28
- B47 : U C3p_endo anti
29
- B48 : G C3p_endo anti
30
- B49 : C C3p_endo anti
31
- B50 : C C3p_endo anti
32
- A1 : ALA
33
- A2 : VAL
34
- A3 : PRO
35
- A4 : GLU
36
- A5 : THR
37
- A6 : ARG
38
- A7 : PRO
39
- A8 : ASN
40
- A9 : HIS
41
- A10 : THR
42
- A11 : ILE
43
- A12 : TYR
44
- A13 : ILE
45
- A14 : ASN
46
- A15 : ASN
47
- A16 : LEU
48
- A17 : ASN
49
- A18 : GLU
50
- A19 : LYS
51
- A20 : ILE
52
- A21 : LYS
53
- A22 : LYS
54
- A23 : ASP
55
- A24 : GLU
56
- A25 : LEU
57
- A26 : LYS
58
- A27 : LYS
59
- A28 : SER
60
- A29 : LEU
61
- A30 : HIS
62
- A31 : ALA
63
- A32 : ILE
64
- A33 : PHE
65
- A34 : SER
66
- A35 : ARG
67
- A36 : PHE
68
- A37 : GLY
69
- A38 : GLN
70
- A39 : ILE
71
- A40 : LEU
72
- A41 : ASP
73
- A42 : ILE
74
- A43 : LEU
75
- A44 : VAL
76
- A45 : SER
77
- A46 : ARG
78
- A47 : SER
79
- A48 : LEU
80
- A49 : LYS
81
- A50 : MET
82
- A51 : ARG
83
- A52 : GLY
84
- A53 : GLN
85
- A54 : ALA
86
- A55 : PHE
87
- A56 : VAL
88
- A57 : ILE
89
- A58 : PHE
90
- A59 : LYS
91
- A60 : GLU
92
- A61 : VAL
93
- A62 : SER
94
- A63 : SER
95
- A64 : ALA
96
- A65 : THR
97
- A66 : ASN
98
- A67 : ALA
99
- A68 : LEU
100
- A69 : ARG
101
- A70 : SER
102
- A71 : MET
103
- A72 : GLN
104
- A73 : GLY
105
- A74 : PHE
106
- A75 : PRO
107
- A76 : PHE
108
- A77 : TYR
109
- A78 : ASP
110
- A79 : LYS
111
- A80 : PRO
112
- A81 : MET
113
- A82 : ARG
114
- A83 : ILE
115
- A84 : GLN
116
- A85 : TYR
117
- A86 : ALA
118
- A87 : LYS
119
- A88 : THR
120
- A89 : ASP
121
- A90 : SER
122
- A91 : ASP
123
- A92 : ILE
124
- A93 : ILE
125
- A94 : ALA
126
- A95 : LYS
127
- A96 : MET
128
- A97 : LYS
129
- A98 : GLY
130
- A99 : THR
131
- A100 : PHE
132
- A101 : VAL
133
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
134
- B20-B21 : adjacent_5p upward
135
- B22-B23 : adjacent_5p upward
136
- B23-B24 : adjacent_5p upward
137
- B26-B27 : adjacent_5p upward
138
- B28-B29 : adjacent_5p upward
139
- B34-B35 : adjacent_5p outward
140
- B35-B36 : adjacent_5p upward
141
- B37-B38 : adjacent_5p upward
142
- B39-B40 : adjacent_5p upward
143
- B44-B45 : adjacent_5p upward
144
- B49-B50 : adjacent_5p upward
145
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
146
- Number of stackings = 11
147
- Number of adjacent stackings = 11
148
- Number of non adjacent stackings = 0
149
- Base-pairs ------------------------------------------------------
150
- B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
151
- B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
152
- B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
153
- B25-B38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
154
- B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
155
- B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
156
- B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
157
- Residue conformations -------------------------------------------
158
- B19 : G C3p_endo anti
159
- B20 : G C3p_endo anti
160
- B21 : C C3p_endo anti
161
- B22 : A C3p_endo anti
162
- B23 : G C3p_endo anti
163
- B24 : A C3p_endo anti
164
- B25 : G C4p_exo anti
165
- B26 : U C3p_endo anti
166
- B27 : C C4p_exo anti
167
- B28 : C C3p_endo anti
168
- B29 : U C3p_endo anti
169
- B30 : U C3p_exo anti
170
- B33 : C C3p_exo anti
171
- B34 : G C4p_exo syn
172
- B35 : G C3p_endo anti
173
- B36 : G C3p_endo anti
174
- B37 : A C4p_exo anti
175
- B38 : C C3p_endo anti
176
- B39 : A C3p_endo anti
177
- B40 : U C3p_endo anti
178
- B41 : U C2p_endo anti
179
- B42 : G C3p_endo anti
180
- B43 : C C3p_exo anti
181
- B44 : A C3p_endo anti
182
- B45 : C C4p_exo anti
183
- B46 : C C3p_endo anti
184
- B47 : U C3p_endo anti
185
- B48 : G C3p_endo anti
186
- B49 : C C3p_endo anti
187
- B50 : C C3p_endo anti
188
- A1 : ALA
189
- A2 : VAL
190
- A3 : PRO
191
- A4 : GLU
192
- A5 : THR
193
- A6 : ARG
194
- A7 : PRO
195
- A8 : ASN
196
- A9 : HIS
197
- A10 : THR
198
- A11 : ILE
199
- A12 : TYR
200
- A13 : ILE
201
- A14 : ASN
202
- A15 : ASN
203
- A16 : LEU
204
- A17 : ASN
205
- A18 : GLU
206
- A19 : LYS
207
- A20 : ILE
208
- A21 : LYS
209
- A22 : LYS
210
- A23 : ASP
211
- A24 : GLU
212
- A25 : LEU
213
- A26 : LYS
214
- A27 : LYS
215
- A28 : SER
216
- A29 : LEU
217
- A30 : HIS
218
- A31 : ALA
219
- A32 : ILE
220
- A33 : PHE
221
- A34 : SER
222
- A35 : ARG
223
- A36 : PHE
224
- A37 : GLY
225
- A38 : GLN
226
- A39 : ILE
227
- A40 : LEU
228
- A41 : ASP
229
- A42 : ILE
230
- A43 : LEU
231
- A44 : VAL
232
- A45 : SER
233
- A46 : ARG
234
- A47 : SER
235
- A48 : LEU
236
- A49 : LYS
237
- A50 : MET
238
- A51 : ARG
239
- A52 : GLY
240
- A53 : GLN
241
- A54 : ALA
242
- A55 : PHE
243
- A56 : VAL
244
- A57 : ILE
245
- A58 : PHE
246
- A59 : LYS
247
- A60 : GLU
248
- A61 : VAL
249
- A62 : SER
250
- A63 : SER
251
- A64 : ALA
252
- A65 : THR
253
- A66 : ASN
254
- A67 : ALA
255
- A68 : LEU
256
- A69 : ARG
257
- A70 : SER
258
- A71 : MET
259
- A72 : GLN
260
- A73 : GLY
261
- A74 : PHE
262
- A75 : PRO
263
- A76 : PHE
264
- A77 : TYR
265
- A78 : ASP
266
- A79 : LYS
267
- A80 : PRO
268
- A81 : MET
269
- A82 : ARG
270
- A83 : ILE
271
- A84 : GLN
272
- A85 : TYR
273
- A86 : ALA
274
- A87 : LYS
275
- A88 : THR
276
- A89 : ASP
277
- A90 : SER
278
- A91 : ASP
279
- A92 : ILE
280
- A93 : ILE
281
- A94 : ALA
282
- A95 : LYS
283
- A96 : MET
284
- A97 : LYS
285
- A98 : GLY
286
- A99 : THR
287
- A100 : PHE
288
- A101 : VAL
289
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
290
- B20-B21 : adjacent_5p upward
291
- B22-B23 : adjacent_5p upward
292
- B23-B24 : adjacent_5p upward
293
- B26-B27 : adjacent_5p upward
294
- B36-B37 : adjacent_5p upward
295
- B37-B38 : adjacent_5p upward
296
- B38-B39 : adjacent_5p upward
297
- B39-B40 : adjacent_5p upward
298
- B44-B45 : adjacent_5p upward
299
- B47-B48 : adjacent_5p upward
300
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
301
- Number of stackings = 10
302
- Number of adjacent stackings = 10
303
- Number of non adjacent stackings = 0
304
- Base-pairs ------------------------------------------------------
305
- B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
306
- B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
307
- B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
308
- B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis 130
309
- B25-B38 : G-C Wh/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
310
- B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
311
- B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
312
- B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
313
- Residue conformations -------------------------------------------
314
- B19 : G C4p_exo anti
315
- B20 : G C3p_endo anti
316
- B21 : C C3p_endo anti
317
- B22 : A C3p_endo anti
318
- B23 : G C2p_exo anti
319
- B24 : A C3p_endo anti
320
- B25 : G O4p_endo anti
321
- B26 : U C3p_endo anti
322
- B27 : C C3p_endo anti
323
- B28 : C C3p_endo anti
324
- B29 : U C3p_endo anti
325
- B30 : U C3p_exo anti
326
- B33 : C C3p_exo anti
327
- B34 : G C4p_exo syn
328
- B35 : G C3p_endo anti
329
- B36 : G C4p_exo anti
330
- B37 : A C3p_endo anti
331
- B38 : C C3p_endo anti
332
- B39 : A C3p_endo anti
333
- B40 : U C3p_endo anti
334
- B41 : U C2p_endo anti
335
- B42 : G C3p_endo anti
336
- B43 : C C2p_endo anti
337
- B44 : A C3p_endo anti
338
- B45 : C C3p_endo anti
339
- B46 : C C3p_endo anti
340
- B47 : U C3p_endo anti
341
- B48 : G C3p_endo anti
342
- B49 : C C3p_endo anti
343
- B50 : C C3p_endo anti
344
- A1 : ALA
345
- A2 : VAL
346
- A3 : PRO
347
- A4 : GLU
348
- A5 : THR
349
- A6 : ARG
350
- A7 : PRO
351
- A8 : ASN
352
- A9 : HIS
353
- A10 : THR
354
- A11 : ILE
355
- A12 : TYR
356
- A13 : ILE
357
- A14 : ASN
358
- A15 : ASN
359
- A16 : LEU
360
- A17 : ASN
361
- A18 : GLU
362
- A19 : LYS
363
- A20 : ILE
364
- A21 : LYS
365
- A22 : LYS
366
- A23 : ASP
367
- A24 : GLU
368
- A25 : LEU
369
- A26 : LYS
370
- A27 : LYS
371
- A28 : SER
372
- A29 : LEU
373
- A30 : HIS
374
- A31 : ALA
375
- A32 : ILE
376
- A33 : PHE
377
- A34 : SER
378
- A35 : ARG
379
- A36 : PHE
380
- A37 : GLY
381
- A38 : GLN
382
- A39 : ILE
383
- A40 : LEU
384
- A41 : ASP
385
- A42 : ILE
386
- A43 : LEU
387
- A44 : VAL
388
- A45 : SER
389
- A46 : ARG
390
- A47 : SER
391
- A48 : LEU
392
- A49 : LYS
393
- A50 : MET
394
- A51 : ARG
395
- A52 : GLY
396
- A53 : GLN
397
- A54 : ALA
398
- A55 : PHE
399
- A56 : VAL
400
- A57 : ILE
401
- A58 : PHE
402
- A59 : LYS
403
- A60 : GLU
404
- A61 : VAL
405
- A62 : SER
406
- A63 : SER
407
- A64 : ALA
408
- A65 : THR
409
- A66 : ASN
410
- A67 : ALA
411
- A68 : LEU
412
- A69 : ARG
413
- A70 : SER
414
- A71 : MET
415
- A72 : GLN
416
- A73 : GLY
417
- A74 : PHE
418
- A75 : PRO
419
- A76 : PHE
420
- A77 : TYR
421
- A78 : ASP
422
- A79 : LYS
423
- A80 : PRO
424
- A81 : MET
425
- A82 : ARG
426
- A83 : ILE
427
- A84 : GLN
428
- A85 : TYR
429
- A86 : ALA
430
- A87 : LYS
431
- A88 : THR
432
- A89 : ASP
433
- A90 : SER
434
- A91 : ASP
435
- A92 : ILE
436
- A93 : ILE
437
- A94 : ALA
438
- A95 : LYS
439
- A96 : MET
440
- A97 : LYS
441
- A98 : GLY
442
- A99 : THR
443
- A100 : PHE
444
- A101 : VAL
445
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
446
- B20-B21 : adjacent_5p upward
447
- B22-B23 : adjacent_5p upward
448
- B23-B24 : adjacent_5p upward
449
- B26-B27 : adjacent_5p upward
450
- B28-B29 : adjacent_5p upward
451
- B34-B35 : adjacent_5p outward
452
- B35-B36 : adjacent_5p upward
453
- B37-B38 : adjacent_5p upward
454
- B39-B40 : adjacent_5p upward
455
- B44-B45 : adjacent_5p upward
456
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
457
- B22-B48 : outward
458
- B25-B39 : outward
459
- Number of stackings = 12
460
- Number of adjacent stackings = 10
461
- Number of non adjacent stackings = 2
462
- Base-pairs ------------------------------------------------------
463
- B20-B49 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
464
- B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
465
- B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
466
- B23-B46 : G-C Wh/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
467
- B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
468
- B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
469
- B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
470
- B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
471
- B40-B42 : U-G Ss/Ws O2'/Bs pairing antiparallel cis one_hbond 84
472
- Residue conformations -------------------------------------------
473
- B19 : G C3p_endo anti
474
- B20 : G C3p_endo anti
475
- B21 : C C4p_exo anti
476
- B22 : A C3p_endo anti
477
- B23 : G C3p_endo anti
478
- B24 : A C4p_exo anti
479
- B25 : G C4p_exo anti
480
- B26 : U C3p_endo anti
481
- B27 : C C4p_exo anti
482
- B28 : C C3p_endo anti
483
- B29 : U C3p_endo anti
484
- B30 : U C3p_exo anti
485
- B33 : C C3p_exo anti
486
- B34 : G C4p_exo syn
487
- B35 : G C3p_endo anti
488
- B36 : G C3p_endo anti
489
- B37 : A C4p_exo anti
490
- B38 : C C3p_endo anti
491
- B39 : A C3p_endo anti
492
- B40 : U C3p_endo anti
493
- B41 : U C2p_endo anti
494
- B42 : G C3p_endo anti
495
- B43 : C C2p_endo anti
496
- B44 : A C3p_endo anti
497
- B45 : C C4p_exo anti
498
- B46 : C C3p_endo anti
499
- B47 : U C3p_endo anti
500
- B48 : G C3p_endo anti
501
- B49 : C C3p_endo anti
502
- B50 : C C3p_endo anti
503
- A1 : ALA
504
- A2 : VAL
505
- A3 : PRO
506
- A4 : GLU
507
- A5 : THR
508
- A6 : ARG
509
- A7 : PRO
510
- A8 : ASN
511
- A9 : HIS
512
- A10 : THR
513
- A11 : ILE
514
- A12 : TYR
515
- A13 : ILE
516
- A14 : ASN
517
- A15 : ASN
518
- A16 : LEU
519
- A17 : ASN
520
- A18 : GLU
521
- A19 : LYS
522
- A20 : ILE
523
- A21 : LYS
524
- A22 : LYS
525
- A23 : ASP
526
- A24 : GLU
527
- A25 : LEU
528
- A26 : LYS
529
- A27 : LYS
530
- A28 : SER
531
- A29 : LEU
532
- A30 : HIS
533
- A31 : ALA
534
- A32 : ILE
535
- A33 : PHE
536
- A34 : SER
537
- A35 : ARG
538
- A36 : PHE
539
- A37 : GLY
540
- A38 : GLN
541
- A39 : ILE
542
- A40 : LEU
543
- A41 : ASP
544
- A42 : ILE
545
- A43 : LEU
546
- A44 : VAL
547
- A45 : SER
548
- A46 : ARG
549
- A47 : SER
550
- A48 : LEU
551
- A49 : LYS
552
- A50 : MET
553
- A51 : ARG
554
- A52 : GLY
555
- A53 : GLN
556
- A54 : ALA
557
- A55 : PHE
558
- A56 : VAL
559
- A57 : ILE
560
- A58 : PHE
561
- A59 : LYS
562
- A60 : GLU
563
- A61 : VAL
564
- A62 : SER
565
- A63 : SER
566
- A64 : ALA
567
- A65 : THR
568
- A66 : ASN
569
- A67 : ALA
570
- A68 : LEU
571
- A69 : ARG
572
- A70 : SER
573
- A71 : MET
574
- A72 : GLN
575
- A73 : GLY
576
- A74 : PHE
577
- A75 : PRO
578
- A76 : PHE
579
- A77 : TYR
580
- A78 : ASP
581
- A79 : LYS
582
- A80 : PRO
583
- A81 : MET
584
- A82 : ARG
585
- A83 : ILE
586
- A84 : GLN
587
- A85 : TYR
588
- A86 : ALA
589
- A87 : LYS
590
- A88 : THR
591
- A89 : ASP
592
- A90 : SER
593
- A91 : ASP
594
- A92 : ILE
595
- A93 : ILE
596
- A94 : ALA
597
- A95 : LYS
598
- A96 : MET
599
- A97 : LYS
600
- A98 : GLY
601
- A99 : THR
602
- A100 : PHE
603
- A101 : VAL
604
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
605
- B20-B21 : adjacent_5p upward
606
- B22-B23 : adjacent_5p upward
607
- B23-B24 : adjacent_5p upward
608
- B25-B26 : adjacent_5p upward
609
- B26-B27 : adjacent_5p upward
610
- B28-B29 : adjacent_5p upward
611
- B34-B35 : adjacent_5p outward
612
- B35-B36 : adjacent_5p upward
613
- B36-B37 : adjacent_5p upward
614
- B38-B39 : adjacent_5p upward
615
- B39-B40 : adjacent_5p upward
616
- B44-B45 : adjacent_5p upward
617
- B48-B49 : adjacent_5p upward
618
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
619
- Number of stackings = 13
620
- Number of adjacent stackings = 13
621
- Number of non adjacent stackings = 0
622
- Base-pairs ------------------------------------------------------
623
- B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
624
- B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
625
- B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
626
- B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
627
- B28-B35 : C-G Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
628
- B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
629
- B40-B42 : U-G O2'/Bs pairing
630
- B41-B42 : U-G O2P/Bs O2P/Ss adjacent_5p pairing
631
- Residue conformations -------------------------------------------
632
- B19 : G C3p_endo anti
633
- B20 : G C3p_endo anti
634
- B21 : C C3p_endo anti
635
- B22 : A C3p_endo anti
636
- B23 : G C3p_endo anti
637
- B24 : A C3p_endo anti
638
- B25 : G O4p_endo anti
639
- B26 : U C3p_endo anti
640
- B27 : C C3p_endo anti
641
- B28 : C C3p_endo anti
642
- B29 : U C3p_endo anti
643
- B30 : U C3p_exo anti
644
- B33 : C C3p_exo anti
645
- B34 : G C3p_endo syn
646
- B35 : G C3p_endo anti
647
- B36 : G C3p_endo anti
648
- B37 : A C3p_endo anti
649
- B38 : C C3p_endo anti
650
- B39 : A C2p_exo anti
651
- B40 : U C3p_endo anti
652
- B41 : U C3p_exo anti
653
- B42 : G C3p_endo anti
654
- B43 : C C2p_endo anti
655
- B44 : A C3p_endo anti
656
- B45 : C C4p_exo anti
657
- B46 : C C3p_endo anti
658
- B47 : U C3p_endo anti
659
- B48 : G C3p_endo anti
660
- B49 : C C3p_endo anti
661
- B50 : C C3p_endo anti
662
- A1 : ALA
663
- A2 : VAL
664
- A3 : PRO
665
- A4 : GLU
666
- A5 : THR
667
- A6 : ARG
668
- A7 : PRO
669
- A8 : ASN
670
- A9 : HIS
671
- A10 : THR
672
- A11 : ILE
673
- A12 : TYR
674
- A13 : ILE
675
- A14 : ASN
676
- A15 : ASN
677
- A16 : LEU
678
- A17 : ASN
679
- A18 : GLU
680
- A19 : LYS
681
- A20 : ILE
682
- A21 : LYS
683
- A22 : LYS
684
- A23 : ASP
685
- A24 : GLU
686
- A25 : LEU
687
- A26 : LYS
688
- A27 : LYS
689
- A28 : SER
690
- A29 : LEU
691
- A30 : HIS
692
- A31 : ALA
693
- A32 : ILE
694
- A33 : PHE
695
- A34 : SER
696
- A35 : ARG
697
- A36 : PHE
698
- A37 : GLY
699
- A38 : GLN
700
- A39 : ILE
701
- A40 : LEU
702
- A41 : ASP
703
- A42 : ILE
704
- A43 : LEU
705
- A44 : VAL
706
- A45 : SER
707
- A46 : ARG
708
- A47 : SER
709
- A48 : LEU
710
- A49 : LYS
711
- A50 : MET
712
- A51 : ARG
713
- A52 : GLY
714
- A53 : GLN
715
- A54 : ALA
716
- A55 : PHE
717
- A56 : VAL
718
- A57 : ILE
719
- A58 : PHE
720
- A59 : LYS
721
- A60 : GLU
722
- A61 : VAL
723
- A62 : SER
724
- A63 : SER
725
- A64 : ALA
726
- A65 : THR
727
- A66 : ASN
728
- A67 : ALA
729
- A68 : LEU
730
- A69 : ARG
731
- A70 : SER
732
- A71 : MET
733
- A72 : GLN
734
- A73 : GLY
735
- A74 : PHE
736
- A75 : PRO
737
- A76 : PHE
738
- A77 : TYR
739
- A78 : ASP
740
- A79 : LYS
741
- A80 : PRO
742
- A81 : MET
743
- A82 : ARG
744
- A83 : ILE
745
- A84 : GLN
746
- A85 : TYR
747
- A86 : ALA
748
- A87 : LYS
749
- A88 : THR
750
- A89 : ASP
751
- A90 : SER
752
- A91 : ASP
753
- A92 : ILE
754
- A93 : ILE
755
- A94 : ALA
756
- A95 : LYS
757
- A96 : MET
758
- A97 : LYS
759
- A98 : GLY
760
- A99 : THR
761
- A100 : PHE
762
- A101 : VAL
763
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
764
- B20-B21 : adjacent_5p upward
765
- B22-B23 : adjacent_5p upward
766
- B23-B24 : adjacent_5p upward
767
- B26-B27 : adjacent_5p upward
768
- B28-B29 : adjacent_5p upward
769
- B34-B35 : adjacent_5p outward
770
- B35-B36 : adjacent_5p upward
771
- B37-B38 : adjacent_5p upward
772
- B39-B40 : adjacent_5p upward
773
- B44-B45 : adjacent_5p upward
774
- B49-B50 : adjacent_5p upward
775
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
776
- Number of stackings = 11
777
- Number of adjacent stackings = 11
778
- Number of non adjacent stackings = 0
779
- Base-pairs ------------------------------------------------------
780
- B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
781
- B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
782
- B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
783
- B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
784
- B25-B38 : G-C Ww/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
785
- B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
786
- B28-B35 : C-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
787
- B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
788
- Residue conformations -------------------------------------------
789
- B19 : G C3p_endo anti
790
- B20 : G C3p_endo anti
791
- B21 : C C4p_exo anti
792
- B22 : A C3p_endo anti
793
- B23 : G C3p_endo anti
794
- B24 : A C4p_exo anti
795
- B25 : G O4p_endo anti
796
- B26 : U C3p_endo anti
797
- B27 : C C4p_exo anti
798
- B28 : C C3p_endo anti
799
- B29 : U C3p_endo anti
800
- B30 : U C3p_exo anti
801
- B33 : C C3p_exo anti
802
- B34 : G C4p_exo syn
803
- B35 : G C3p_endo anti
804
- B36 : G C4p_exo anti
805
- B37 : A C3p_endo anti
806
- B38 : C C3p_endo anti
807
- B39 : A C3p_endo anti
808
- B40 : U C3p_endo anti
809
- B41 : U C2p_endo anti
810
- B42 : G C3p_endo anti
811
- B43 : C C2p_endo anti
812
- B44 : A C3p_endo anti
813
- B45 : C C3p_endo anti
814
- B46 : C C3p_endo anti
815
- B47 : U C3p_endo anti
816
- B48 : G C3p_endo anti
817
- B49 : C C3p_endo anti
818
- B50 : C C3p_endo anti
819
- A1 : ALA
820
- A2 : VAL
821
- A3 : PRO
822
- A4 : GLU
823
- A5 : THR
824
- A6 : ARG
825
- A7 : PRO
826
- A8 : ASN
827
- A9 : HIS
828
- A10 : THR
829
- A11 : ILE
830
- A12 : TYR
831
- A13 : ILE
832
- A14 : ASN
833
- A15 : ASN
834
- A16 : LEU
835
- A17 : ASN
836
- A18 : GLU
837
- A19 : LYS
838
- A20 : ILE
839
- A21 : LYS
840
- A22 : LYS
841
- A23 : ASP
842
- A24 : GLU
843
- A25 : LEU
844
- A26 : LYS
845
- A27 : LYS
846
- A28 : SER
847
- A29 : LEU
848
- A30 : HIS
849
- A31 : ALA
850
- A32 : ILE
851
- A33 : PHE
852
- A34 : SER
853
- A35 : ARG
854
- A36 : PHE
855
- A37 : GLY
856
- A38 : GLN
857
- A39 : ILE
858
- A40 : LEU
859
- A41 : ASP
860
- A42 : ILE
861
- A43 : LEU
862
- A44 : VAL
863
- A45 : SER
864
- A46 : ARG
865
- A47 : SER
866
- A48 : LEU
867
- A49 : LYS
868
- A50 : MET
869
- A51 : ARG
870
- A52 : GLY
871
- A53 : GLN
872
- A54 : ALA
873
- A55 : PHE
874
- A56 : VAL
875
- A57 : ILE
876
- A58 : PHE
877
- A59 : LYS
878
- A60 : GLU
879
- A61 : VAL
880
- A62 : SER
881
- A63 : SER
882
- A64 : ALA
883
- A65 : THR
884
- A66 : ASN
885
- A67 : ALA
886
- A68 : LEU
887
- A69 : ARG
888
- A70 : SER
889
- A71 : MET
890
- A72 : GLN
891
- A73 : GLY
892
- A74 : PHE
893
- A75 : PRO
894
- A76 : PHE
895
- A77 : TYR
896
- A78 : ASP
897
- A79 : LYS
898
- A80 : PRO
899
- A81 : MET
900
- A82 : ARG
901
- A83 : ILE
902
- A84 : GLN
903
- A85 : TYR
904
- A86 : ALA
905
- A87 : LYS
906
- A88 : THR
907
- A89 : ASP
908
- A90 : SER
909
- A91 : ASP
910
- A92 : ILE
911
- A93 : ILE
912
- A94 : ALA
913
- A95 : LYS
914
- A96 : MET
915
- A97 : LYS
916
- A98 : GLY
917
- A99 : THR
918
- A100 : PHE
919
- A101 : VAL
920
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
921
- B20-B21 : adjacent_5p upward
922
- B22-B23 : adjacent_5p upward
923
- B23-B24 : adjacent_5p upward
924
- B25-B26 : adjacent_5p upward
925
- B26-B27 : adjacent_5p upward
926
- B28-B29 : adjacent_5p upward
927
- B35-B36 : adjacent_5p upward
928
- B36-B37 : adjacent_5p upward
929
- B39-B40 : adjacent_5p upward
930
- B44-B45 : adjacent_5p upward
931
- B48-B49 : adjacent_5p upward
932
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
933
- B22-B48 : outward
934
- Number of stackings = 12
935
- Number of adjacent stackings = 11
936
- Number of non adjacent stackings = 1
937
- Base-pairs ------------------------------------------------------
938
- B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
939
- B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
940
- B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
941
- B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
942
- B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
943
- B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
944
- B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
945
- Residue conformations -------------------------------------------
946
- B19 : G C3p_endo anti
947
- B20 : G C3p_endo anti
948
- B21 : C C3p_endo anti
949
- B22 : A C3p_endo anti
950
- B23 : G C3p_endo anti
951
- B24 : A C3p_endo anti
952
- B25 : G O4p_endo anti
953
- B26 : U C4p_exo anti
954
- B27 : C C3p_endo anti
955
- B28 : C C4p_exo anti
956
- B29 : U C4p_exo anti
957
- B30 : U C3p_exo anti
958
- B33 : C C3p_exo anti
959
- B34 : G C4p_exo syn
960
- B35 : G C3p_endo anti
961
- B36 : G C3p_endo anti
962
- B37 : A C4p_exo anti
963
- B38 : C C3p_endo anti
964
- B39 : A C3p_endo anti
965
- B40 : U C3p_endo anti
966
- B41 : U C2p_endo anti
967
- B42 : G C1p_endo anti
968
- B43 : C C2p_endo anti
969
- B44 : A C2p_exo anti
970
- B45 : C C3p_endo anti
971
- B46 : C C3p_endo anti
972
- B47 : U C3p_endo anti
973
- B48 : G C3p_endo anti
974
- B49 : C C3p_endo anti
975
- B50 : C C3p_endo anti
976
- A1 : ALA
977
- A2 : VAL
978
- A3 : PRO
979
- A4 : GLU
980
- A5 : THR
981
- A6 : ARG
982
- A7 : PRO
983
- A8 : ASN
984
- A9 : HIS
985
- A10 : THR
986
- A11 : ILE
987
- A12 : TYR
988
- A13 : ILE
989
- A14 : ASN
990
- A15 : ASN
991
- A16 : LEU
992
- A17 : ASN
993
- A18 : GLU
994
- A19 : LYS
995
- A20 : ILE
996
- A21 : LYS
997
- A22 : LYS
998
- A23 : ASP
999
- A24 : GLU
1000
- A25 : LEU
1001
- A26 : LYS
1002
- A27 : LYS
1003
- A28 : SER
1004
- A29 : LEU
1005
- A30 : HIS
1006
- A31 : ALA
1007
- A32 : ILE
1008
- A33 : PHE
1009
- A34 : SER
1010
- A35 : ARG
1011
- A36 : PHE
1012
- A37 : GLY
1013
- A38 : GLN
1014
- A39 : ILE
1015
- A40 : LEU
1016
- A41 : ASP
1017
- A42 : ILE
1018
- A43 : LEU
1019
- A44 : VAL
1020
- A45 : SER
1021
- A46 : ARG
1022
- A47 : SER
1023
- A48 : LEU
1024
- A49 : LYS
1025
- A50 : MET
1026
- A51 : ARG
1027
- A52 : GLY
1028
- A53 : GLN
1029
- A54 : ALA
1030
- A55 : PHE
1031
- A56 : VAL
1032
- A57 : ILE
1033
- A58 : PHE
1034
- A59 : LYS
1035
- A60 : GLU
1036
- A61 : VAL
1037
- A62 : SER
1038
- A63 : SER
1039
- A64 : ALA
1040
- A65 : THR
1041
- A66 : ASN
1042
- A67 : ALA
1043
- A68 : LEU
1044
- A69 : ARG
1045
- A70 : SER
1046
- A71 : MET
1047
- A72 : GLN
1048
- A73 : GLY
1049
- A74 : PHE
1050
- A75 : PRO
1051
- A76 : PHE
1052
- A77 : TYR
1053
- A78 : ASP
1054
- A79 : LYS
1055
- A80 : PRO
1056
- A81 : MET
1057
- A82 : ARG
1058
- A83 : ILE
1059
- A84 : GLN
1060
- A85 : TYR
1061
- A86 : ALA
1062
- A87 : LYS
1063
- A88 : THR
1064
- A89 : ASP
1065
- A90 : SER
1066
- A91 : ASP
1067
- A92 : ILE
1068
- A93 : ILE
1069
- A94 : ALA
1070
- A95 : LYS
1071
- A96 : MET
1072
- A97 : LYS
1073
- A98 : GLY
1074
- A99 : THR
1075
- A100 : PHE
1076
- A101 : VAL
1077
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1078
- B20-B21 : adjacent_5p upward
1079
- B22-B23 : adjacent_5p upward
1080
- B23-B24 : adjacent_5p upward
1081
- B25-B26 : adjacent_5p upward
1082
- B26-B27 : adjacent_5p upward
1083
- B35-B36 : adjacent_5p upward
1084
- B36-B37 : adjacent_5p upward
1085
- B37-B38 : adjacent_5p upward
1086
- B39-B40 : adjacent_5p upward
1087
- B44-B45 : adjacent_5p upward
1088
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1089
- Number of stackings = 10
1090
- Number of adjacent stackings = 10
1091
- Number of non adjacent stackings = 0
1092
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1093
- B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1094
- B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1095
- B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1096
- B24-B46 : A-C Ss/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 74
1097
- B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1098
- B28-B35 : C-G Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
1099
- B30-B33 : U-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
1100
- Residue conformations -------------------------------------------
1101
- B19 : G C2p_exo anti
1102
- B20 : G C3p_endo anti
1103
- B21 : C C3p_endo anti
1104
- B22 : A C3p_endo anti
1105
- B23 : G C3p_endo anti
1106
- B24 : A C3p_endo anti
1107
- B25 : G C4p_exo anti
1108
- B26 : U C3p_endo anti
1109
- B27 : C C4p_exo anti
1110
- B28 : C C3p_endo anti
1111
- B29 : U C3p_endo anti
1112
- B30 : U C3p_exo anti
1113
- B33 : C C3p_exo anti
1114
- B34 : G C4p_exo syn
1115
- B35 : G C3p_endo anti
1116
- B36 : G C4p_exo anti
1117
- B37 : A C3p_endo anti
1118
- B38 : C C3p_endo anti
1119
- B39 : A C2p_exo anti
1120
- B40 : U C3p_endo anti
1121
- B41 : U C2p_endo anti
1122
- B42 : G C3p_endo anti
1123
- B43 : C C2p_endo anti
1124
- B44 : A C2p_exo anti
1125
- B45 : C C4p_exo anti
1126
- B46 : C C3p_endo anti
1127
- B47 : U C3p_endo anti
1128
- B48 : G C3p_endo anti
1129
- B49 : C C3p_endo anti
1130
- B50 : C C3p_endo anti
1131
- A1 : ALA
1132
- A2 : VAL
1133
- A3 : PRO
1134
- A4 : GLU
1135
- A5 : THR
1136
- A6 : ARG
1137
- A7 : PRO
1138
- A8 : ASN
1139
- A9 : HIS
1140
- A10 : THR
1141
- A11 : ILE
1142
- A12 : TYR
1143
- A13 : ILE
1144
- A14 : ASN
1145
- A15 : ASN
1146
- A16 : LEU
1147
- A17 : ASN
1148
- A18 : GLU
1149
- A19 : LYS
1150
- A20 : ILE
1151
- A21 : LYS
1152
- A22 : LYS
1153
- A23 : ASP
1154
- A24 : GLU
1155
- A25 : LEU
1156
- A26 : LYS
1157
- A27 : LYS
1158
- A28 : SER
1159
- A29 : LEU
1160
- A30 : HIS
1161
- A31 : ALA
1162
- A32 : ILE
1163
- A33 : PHE
1164
- A34 : SER
1165
- A35 : ARG
1166
- A36 : PHE
1167
- A37 : GLY
1168
- A38 : GLN
1169
- A39 : ILE
1170
- A40 : LEU
1171
- A41 : ASP
1172
- A42 : ILE
1173
- A43 : LEU
1174
- A44 : VAL
1175
- A45 : SER
1176
- A46 : ARG
1177
- A47 : SER
1178
- A48 : LEU
1179
- A49 : LYS
1180
- A50 : MET
1181
- A51 : ARG
1182
- A52 : GLY
1183
- A53 : GLN
1184
- A54 : ALA
1185
- A55 : PHE
1186
- A56 : VAL
1187
- A57 : ILE
1188
- A58 : PHE
1189
- A59 : LYS
1190
- A60 : GLU
1191
- A61 : VAL
1192
- A62 : SER
1193
- A63 : SER
1194
- A64 : ALA
1195
- A65 : THR
1196
- A66 : ASN
1197
- A67 : ALA
1198
- A68 : LEU
1199
- A69 : ARG
1200
- A70 : SER
1201
- A71 : MET
1202
- A72 : GLN
1203
- A73 : GLY
1204
- A74 : PHE
1205
- A75 : PRO
1206
- A76 : PHE
1207
- A77 : TYR
1208
- A78 : ASP
1209
- A79 : LYS
1210
- A80 : PRO
1211
- A81 : MET
1212
- A82 : ARG
1213
- A83 : ILE
1214
- A84 : GLN
1215
- A85 : TYR
1216
- A86 : ALA
1217
- A87 : LYS
1218
- A88 : THR
1219
- A89 : ASP
1220
- A90 : SER
1221
- A91 : ASP
1222
- A92 : ILE
1223
- A93 : ILE
1224
- A94 : ALA
1225
- A95 : LYS
1226
- A96 : MET
1227
- A97 : LYS
1228
- A98 : GLY
1229
- A99 : THR
1230
- A100 : PHE
1231
- A101 : VAL
1232
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1233
- B19-B20 : adjacent_5p upward
1234
- B20-B21 : adjacent_5p upward
1235
- B22-B23 : adjacent_5p upward
1236
- B23-B24 : adjacent_5p upward
1237
- B26-B27 : adjacent_5p upward
1238
- B28-B29 : adjacent_5p upward
1239
- B35-B36 : adjacent_5p upward
1240
- B39-B40 : adjacent_5p upward
1241
- B44-B45 : adjacent_5p upward
1242
- B48-B49 : adjacent_5p upward
1243
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1244
- Number of stackings = 10
1245
- Number of adjacent stackings = 10
1246
- Number of non adjacent stackings = 0
1247
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1248
- B20-B49 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1249
- B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1250
- B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1251
- B25-B38 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
1252
- B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1253
- B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1254
- B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1255
- B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
1256
- B40-B42 : U-G Ss/Ws O2'/Bs pairing antiparallel cis one_hbond 84
1257
- Residue conformations -------------------------------------------
1258
- B19 : G C3p_endo anti
1259
- B20 : G C3p_endo anti
1260
- B21 : C C3p_endo anti
1261
- B22 : A C3p_endo anti
1262
- B23 : G C3p_endo anti
1263
- B24 : A C4p_exo anti
1264
- B25 : G C4p_exo anti
1265
- B26 : U C3p_endo anti
1266
- B27 : C C3p_endo anti
1267
- B28 : C C3p_endo anti
1268
- B29 : U C4p_exo anti
1269
- B30 : U C3p_exo anti
1270
- B33 : C C3p_exo anti
1271
- B34 : G C4p_exo syn
1272
- B35 : G C3p_endo anti
1273
- B36 : G C3p_endo anti
1274
- B37 : A C4p_exo anti
1275
- B38 : C C3p_endo anti
1276
- B39 : A C3p_endo anti
1277
- B40 : U C3p_endo anti
1278
- B41 : U C2p_endo anti
1279
- B42 : G C3p_endo anti
1280
- B43 : C C2p_endo anti
1281
- B44 : A C3p_endo anti
1282
- B45 : C C3p_endo anti
1283
- B46 : C C3p_endo anti
1284
- B47 : U C3p_endo anti
1285
- B48 : G C3p_endo anti
1286
- B49 : C C3p_endo anti
1287
- B50 : C C3p_endo anti
1288
- A1 : ALA
1289
- A2 : VAL
1290
- A3 : PRO
1291
- A4 : GLU
1292
- A5 : THR
1293
- A6 : ARG
1294
- A7 : PRO
1295
- A8 : ASN
1296
- A9 : HIS
1297
- A10 : THR
1298
- A11 : ILE
1299
- A12 : TYR
1300
- A13 : ILE
1301
- A14 : ASN
1302
- A15 : ASN
1303
- A16 : LEU
1304
- A17 : ASN
1305
- A18 : GLU
1306
- A19 : LYS
1307
- A20 : ILE
1308
- A21 : LYS
1309
- A22 : LYS
1310
- A23 : ASP
1311
- A24 : GLU
1312
- A25 : LEU
1313
- A26 : LYS
1314
- A27 : LYS
1315
- A28 : SER
1316
- A29 : LEU
1317
- A30 : HIS
1318
- A31 : ALA
1319
- A32 : ILE
1320
- A33 : PHE
1321
- A34 : SER
1322
- A35 : ARG
1323
- A36 : PHE
1324
- A37 : GLY
1325
- A38 : GLN
1326
- A39 : ILE
1327
- A40 : LEU
1328
- A41 : ASP
1329
- A42 : ILE
1330
- A43 : LEU
1331
- A44 : VAL
1332
- A45 : SER
1333
- A46 : ARG
1334
- A47 : SER
1335
- A48 : LEU
1336
- A49 : LYS
1337
- A50 : MET
1338
- A51 : ARG
1339
- A52 : GLY
1340
- A53 : GLN
1341
- A54 : ALA
1342
- A55 : PHE
1343
- A56 : VAL
1344
- A57 : ILE
1345
- A58 : PHE
1346
- A59 : LYS
1347
- A60 : GLU
1348
- A61 : VAL
1349
- A62 : SER
1350
- A63 : SER
1351
- A64 : ALA
1352
- A65 : THR
1353
- A66 : ASN
1354
- A67 : ALA
1355
- A68 : LEU
1356
- A69 : ARG
1357
- A70 : SER
1358
- A71 : MET
1359
- A72 : GLN
1360
- A73 : GLY
1361
- A74 : PHE
1362
- A75 : PRO
1363
- A76 : PHE
1364
- A77 : TYR
1365
- A78 : ASP
1366
- A79 : LYS
1367
- A80 : PRO
1368
- A81 : MET
1369
- A82 : ARG
1370
- A83 : ILE
1371
- A84 : GLN
1372
- A85 : TYR
1373
- A86 : ALA
1374
- A87 : LYS
1375
- A88 : THR
1376
- A89 : ASP
1377
- A90 : SER
1378
- A91 : ASP
1379
- A92 : ILE
1380
- A93 : ILE
1381
- A94 : ALA
1382
- A95 : LYS
1383
- A96 : MET
1384
- A97 : LYS
1385
- A98 : GLY
1386
- A99 : THR
1387
- A100 : PHE
1388
- A101 : VAL
1389
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1390
- B19-B20 : adjacent_5p upward
1391
- B20-B21 : adjacent_5p upward
1392
- B22-B23 : adjacent_5p upward
1393
- B23-B24 : adjacent_5p upward
1394
- B25-B26 : adjacent_5p upward
1395
- B26-B27 : adjacent_5p upward
1396
- B35-B36 : adjacent_5p upward
1397
- B36-B37 : adjacent_5p upward
1398
- B38-B39 : adjacent_5p upward
1399
- B39-B40 : adjacent_5p upward
1400
- B44-B45 : adjacent_5p upward
1401
- B47-B48 : adjacent_5p upward
1402
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1403
- Number of stackings = 12
1404
- Number of adjacent stackings = 12
1405
- Number of non adjacent stackings = 0
1406
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1407
- B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1408
- B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1409
- B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1410
- B30-B33 : U-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
1411
- B40-B42 : U-G O2'/Bs pairing
1412
- Residue conformations -------------------------------------------
1413
- B19 : G C3p_exo anti
1414
- B20 : G C3p_endo anti
1415
- B21 : C C3p_endo anti
1416
- B22 : A C3p_endo anti
1417
- B23 : G C3p_endo anti
1418
- B24 : A C3p_endo anti
1419
- B25 : G O4p_endo anti
1420
- B26 : U C3p_endo anti
1421
- B27 : C C3p_endo anti
1422
- B28 : C C3p_endo anti
1423
- B29 : U C3p_endo anti
1424
- B30 : U C3p_exo anti
1425
- B33 : C C3p_exo anti
1426
- B34 : G C4p_exo syn
1427
- B35 : G C3p_endo anti
1428
- B36 : G C3p_endo anti
1429
- B37 : A C3p_endo anti
1430
- B38 : C C3p_endo anti
1431
- B39 : A C3p_endo anti
1432
- B40 : U C3p_endo anti
1433
- B41 : U C2p_endo anti
1434
- B42 : G C3p_endo anti
1435
- B43 : C C2p_endo anti
1436
- B44 : A C3p_endo anti
1437
- B45 : C C3p_endo anti
1438
- B46 : C C3p_endo anti
1439
- B47 : U C3p_endo anti
1440
- B48 : G C3p_endo anti
1441
- B49 : C C3p_endo anti
1442
- B50 : C C3p_endo anti
1443
- A1 : ALA
1444
- A2 : VAL
1445
- A3 : PRO
1446
- A4 : GLU
1447
- A5 : THR
1448
- A6 : ARG
1449
- A7 : PRO
1450
- A8 : ASN
1451
- A9 : HIS
1452
- A10 : THR
1453
- A11 : ILE
1454
- A12 : TYR
1455
- A13 : ILE
1456
- A14 : ASN
1457
- A15 : ASN
1458
- A16 : LEU
1459
- A17 : ASN
1460
- A18 : GLU
1461
- A19 : LYS
1462
- A20 : ILE
1463
- A21 : LYS
1464
- A22 : LYS
1465
- A23 : ASP
1466
- A24 : GLU
1467
- A25 : LEU
1468
- A26 : LYS
1469
- A27 : LYS
1470
- A28 : SER
1471
- A29 : LEU
1472
- A30 : HIS
1473
- A31 : ALA
1474
- A32 : ILE
1475
- A33 : PHE
1476
- A34 : SER
1477
- A35 : ARG
1478
- A36 : PHE
1479
- A37 : GLY
1480
- A38 : GLN
1481
- A39 : ILE
1482
- A40 : LEU
1483
- A41 : ASP
1484
- A42 : ILE
1485
- A43 : LEU
1486
- A44 : VAL
1487
- A45 : SER
1488
- A46 : ARG
1489
- A47 : SER
1490
- A48 : LEU
1491
- A49 : LYS
1492
- A50 : MET
1493
- A51 : ARG
1494
- A52 : GLY
1495
- A53 : GLN
1496
- A54 : ALA
1497
- A55 : PHE
1498
- A56 : VAL
1499
- A57 : ILE
1500
- A58 : PHE
1501
- A59 : LYS
1502
- A60 : GLU
1503
- A61 : VAL
1504
- A62 : SER
1505
- A63 : SER
1506
- A64 : ALA
1507
- A65 : THR
1508
- A66 : ASN
1509
- A67 : ALA
1510
- A68 : LEU
1511
- A69 : ARG
1512
- A70 : SER
1513
- A71 : MET
1514
- A72 : GLN
1515
- A73 : GLY
1516
- A74 : PHE
1517
- A75 : PRO
1518
- A76 : PHE
1519
- A77 : TYR
1520
- A78 : ASP
1521
- A79 : LYS
1522
- A80 : PRO
1523
- A81 : MET
1524
- A82 : ARG
1525
- A83 : ILE
1526
- A84 : GLN
1527
- A85 : TYR
1528
- A86 : ALA
1529
- A87 : LYS
1530
- A88 : THR
1531
- A89 : ASP
1532
- A90 : SER
1533
- A91 : ASP
1534
- A92 : ILE
1535
- A93 : ILE
1536
- A94 : ALA
1537
- A95 : LYS
1538
- A96 : MET
1539
- A97 : LYS
1540
- A98 : GLY
1541
- A99 : THR
1542
- A100 : PHE
1543
- A101 : VAL
1544
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1545
- B20-B21 : adjacent_5p upward
1546
- B22-B23 : adjacent_5p upward
1547
- B23-B24 : adjacent_5p upward
1548
- B26-B27 : adjacent_5p upward
1549
- B35-B36 : adjacent_5p upward
1550
- B36-B37 : adjacent_5p upward
1551
- B38-B39 : adjacent_5p upward
1552
- B39-B40 : adjacent_5p upward
1553
- B44-B45 : adjacent_5p upward
1554
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1555
- Number of stackings = 9
1556
- Number of adjacent stackings = 9
1557
- Number of non adjacent stackings = 0
1558
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1559
- B22-B47 : A-U Wh/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1560
- B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1561
- B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1562
- B28-B35 : C-G Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1563
- B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
1564
- B40-B42 : U-G O2'/Bs pairing
1565
- Residue conformations -------------------------------------------
1566
- B19 : G C3p_endo anti
1567
- B20 : G C3p_endo anti
1568
- B21 : C C3p_endo anti
1569
- B22 : A C3p_endo anti
1570
- B23 : G C3p_endo anti
1571
- B24 : A C3p_endo anti
1572
- B25 : G C4p_exo anti
1573
- B26 : U C3p_endo anti
1574
- B27 : C C4p_exo anti
1575
- B28 : C C3p_endo anti
1576
- B29 : U C3p_endo anti
1577
- B30 : U C3p_exo anti
1578
- B33 : C C3p_exo anti
1579
- B34 : G C3p_endo syn
1580
- B35 : G C3p_endo anti
1581
- B36 : G C4p_exo anti
1582
- B37 : A C3p_endo anti
1583
- B38 : C C3p_endo anti
1584
- B39 : A C3p_endo anti
1585
- B40 : U C3p_endo anti
1586
- B41 : U C2p_endo anti
1587
- B42 : G C3p_endo anti
1588
- B43 : C C3p_exo anti
1589
- B44 : A C2p_exo anti
1590
- B45 : C C3p_endo anti
1591
- B46 : C C3p_endo anti
1592
- B47 : U C3p_endo anti
1593
- B48 : G C3p_endo anti
1594
- B49 : C C3p_endo anti
1595
- B50 : C C3p_endo anti
1596
- A1 : ALA
1597
- A2 : VAL
1598
- A3 : PRO
1599
- A4 : GLU
1600
- A5 : THR
1601
- A6 : ARG
1602
- A7 : PRO
1603
- A8 : ASN
1604
- A9 : HIS
1605
- A10 : THR
1606
- A11 : ILE
1607
- A12 : TYR
1608
- A13 : ILE
1609
- A14 : ASN
1610
- A15 : ASN
1611
- A16 : LEU
1612
- A17 : ASN
1613
- A18 : GLU
1614
- A19 : LYS
1615
- A20 : ILE
1616
- A21 : LYS
1617
- A22 : LYS
1618
- A23 : ASP
1619
- A24 : GLU
1620
- A25 : LEU
1621
- A26 : LYS
1622
- A27 : LYS
1623
- A28 : SER
1624
- A29 : LEU
1625
- A30 : HIS
1626
- A31 : ALA
1627
- A32 : ILE
1628
- A33 : PHE
1629
- A34 : SER
1630
- A35 : ARG
1631
- A36 : PHE
1632
- A37 : GLY
1633
- A38 : GLN
1634
- A39 : ILE
1635
- A40 : LEU
1636
- A41 : ASP
1637
- A42 : ILE
1638
- A43 : LEU
1639
- A44 : VAL
1640
- A45 : SER
1641
- A46 : ARG
1642
- A47 : SER
1643
- A48 : LEU
1644
- A49 : LYS
1645
- A50 : MET
1646
- A51 : ARG
1647
- A52 : GLY
1648
- A53 : GLN
1649
- A54 : ALA
1650
- A55 : PHE
1651
- A56 : VAL
1652
- A57 : ILE
1653
- A58 : PHE
1654
- A59 : LYS
1655
- A60 : GLU
1656
- A61 : VAL
1657
- A62 : SER
1658
- A63 : SER
1659
- A64 : ALA
1660
- A65 : THR
1661
- A66 : ASN
1662
- A67 : ALA
1663
- A68 : LEU
1664
- A69 : ARG
1665
- A70 : SER
1666
- A71 : MET
1667
- A72 : GLN
1668
- A73 : GLY
1669
- A74 : PHE
1670
- A75 : PRO
1671
- A76 : PHE
1672
- A77 : TYR
1673
- A78 : ASP
1674
- A79 : LYS
1675
- A80 : PRO
1676
- A81 : MET
1677
- A82 : ARG
1678
- A83 : ILE
1679
- A84 : GLN
1680
- A85 : TYR
1681
- A86 : ALA
1682
- A87 : LYS
1683
- A88 : THR
1684
- A89 : ASP
1685
- A90 : SER
1686
- A91 : ASP
1687
- A92 : ILE
1688
- A93 : ILE
1689
- A94 : ALA
1690
- A95 : LYS
1691
- A96 : MET
1692
- A97 : LYS
1693
- A98 : GLY
1694
- A99 : THR
1695
- A100 : PHE
1696
- A101 : VAL
1697
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1698
- B20-B21 : adjacent_5p upward
1699
- B22-B23 : adjacent_5p upward
1700
- B23-B24 : adjacent_5p upward
1701
- B25-B26 : adjacent_5p upward
1702
- B26-B27 : adjacent_5p upward
1703
- B28-B29 : adjacent_5p upward
1704
- B34-B35 : adjacent_5p outward
1705
- B35-B36 : adjacent_5p upward
1706
- B37-B38 : adjacent_5p upward
1707
- B39-B40 : adjacent_5p upward
1708
- B44-B45 : adjacent_5p upward
1709
- B47-B48 : adjacent_5p upward
1710
- B49-B50 : adjacent_5p upward
1711
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1712
- Number of stackings = 13
1713
- Number of adjacent stackings = 13
1714
- Number of non adjacent stackings = 0
1715
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1716
- B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1717
- B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1718
- B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1719
- B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
1720
- B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1721
- B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1722
- B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1723
- B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
1724
- B40-B42 : U-G O2'/Bs pairing
1725
- Residue conformations -------------------------------------------
1726
- B19 : G O4p_endo anti
1727
- B20 : G C3p_endo anti
1728
- B21 : C C3p_endo anti
1729
- B22 : A C3p_endo anti
1730
- B23 : G C2p_exo anti
1731
- B24 : A C4p_exo anti
1732
- B25 : G C4p_exo anti
1733
- B26 : U C3p_endo anti
1734
- B27 : C C3p_endo anti
1735
- B28 : C C3p_endo anti
1736
- B29 : U C4p_exo anti
1737
- B30 : U C3p_exo anti
1738
- B33 : C C3p_exo anti
1739
- B34 : G C4p_exo syn
1740
- B35 : G C3p_endo anti
1741
- B36 : G C3p_endo anti
1742
- B37 : A C4p_exo anti
1743
- B38 : C C3p_endo anti
1744
- B39 : A C3p_endo anti
1745
- B40 : U C2p_exo anti
1746
- B41 : U C3p_exo anti
1747
- B42 : G C3p_endo anti
1748
- B43 : C C2p_endo anti
1749
- B44 : A C3p_endo anti
1750
- B45 : C C3p_endo anti
1751
- B46 : C C3p_endo anti
1752
- B47 : U C3p_endo anti
1753
- B48 : G C3p_endo anti
1754
- B49 : C C3p_endo anti
1755
- B50 : C C3p_endo anti
1756
- A1 : ALA
1757
- A2 : VAL
1758
- A3 : PRO
1759
- A4 : GLU
1760
- A5 : THR
1761
- A6 : ARG
1762
- A7 : PRO
1763
- A8 : ASN
1764
- A9 : HIS
1765
- A10 : THR
1766
- A11 : ILE
1767
- A12 : TYR
1768
- A13 : ILE
1769
- A14 : ASN
1770
- A15 : ASN
1771
- A16 : LEU
1772
- A17 : ASN
1773
- A18 : GLU
1774
- A19 : LYS
1775
- A20 : ILE
1776
- A21 : LYS
1777
- A22 : LYS
1778
- A23 : ASP
1779
- A24 : GLU
1780
- A25 : LEU
1781
- A26 : LYS
1782
- A27 : LYS
1783
- A28 : SER
1784
- A29 : LEU
1785
- A30 : HIS
1786
- A31 : ALA
1787
- A32 : ILE
1788
- A33 : PHE
1789
- A34 : SER
1790
- A35 : ARG
1791
- A36 : PHE
1792
- A37 : GLY
1793
- A38 : GLN
1794
- A39 : ILE
1795
- A40 : LEU
1796
- A41 : ASP
1797
- A42 : ILE
1798
- A43 : LEU
1799
- A44 : VAL
1800
- A45 : SER
1801
- A46 : ARG
1802
- A47 : SER
1803
- A48 : LEU
1804
- A49 : LYS
1805
- A50 : MET
1806
- A51 : ARG
1807
- A52 : GLY
1808
- A53 : GLN
1809
- A54 : ALA
1810
- A55 : PHE
1811
- A56 : VAL
1812
- A57 : ILE
1813
- A58 : PHE
1814
- A59 : LYS
1815
- A60 : GLU
1816
- A61 : VAL
1817
- A62 : SER
1818
- A63 : SER
1819
- A64 : ALA
1820
- A65 : THR
1821
- A66 : ASN
1822
- A67 : ALA
1823
- A68 : LEU
1824
- A69 : ARG
1825
- A70 : SER
1826
- A71 : MET
1827
- A72 : GLN
1828
- A73 : GLY
1829
- A74 : PHE
1830
- A75 : PRO
1831
- A76 : PHE
1832
- A77 : TYR
1833
- A78 : ASP
1834
- A79 : LYS
1835
- A80 : PRO
1836
- A81 : MET
1837
- A82 : ARG
1838
- A83 : ILE
1839
- A84 : GLN
1840
- A85 : TYR
1841
- A86 : ALA
1842
- A87 : LYS
1843
- A88 : THR
1844
- A89 : ASP
1845
- A90 : SER
1846
- A91 : ASP
1847
- A92 : ILE
1848
- A93 : ILE
1849
- A94 : ALA
1850
- A95 : LYS
1851
- A96 : MET
1852
- A97 : LYS
1853
- A98 : GLY
1854
- A99 : THR
1855
- A100 : PHE
1856
- A101 : VAL
1857
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1858
- B20-B21 : adjacent_5p upward
1859
- B23-B24 : adjacent_5p upward
1860
- B25-B26 : adjacent_5p upward
1861
- B35-B36 : adjacent_5p upward
1862
- B36-B37 : adjacent_5p upward
1863
- B37-B38 : adjacent_5p upward
1864
- B39-B40 : adjacent_5p upward
1865
- B44-B45 : adjacent_5p upward
1866
- B46-B47 : adjacent_5p upward
1867
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1868
- B25-B39 : outward
1869
- Number of stackings = 10
1870
- Number of adjacent stackings = 9
1871
- Number of non adjacent stackings = 1
1872
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1873
- B20-B49 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
1874
- B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1875
- B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1876
- B23-B46 : G-C Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
1877
- B25-B38 : G-C Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1878
- B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
1879
- B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis 130
1880
- B28-B35 : C-G Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
1881
- B30-B33 : U-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
1882
- Residue conformations -------------------------------------------
1883
- B19 : G C3p_endo anti
1884
- B20 : G C3p_endo anti
1885
- B21 : C C3p_endo anti
1886
- B22 : A C3p_endo anti
1887
- B23 : G C3p_endo anti
1888
- B24 : A C3p_endo anti
1889
- B25 : G O4p_endo anti
1890
- B26 : U C3p_endo anti
1891
- B27 : C C4p_exo anti
1892
- B28 : C C3p_endo anti
1893
- B29 : U C3p_endo anti
1894
- B30 : U C3p_exo anti
1895
- B33 : C C3p_exo anti
1896
- B34 : G C3p_endo syn
1897
- B35 : G C3p_endo anti
1898
- B36 : G C4p_exo anti
1899
- B37 : A C3p_endo anti
1900
- B38 : C C3p_endo anti
1901
- B39 : A C3p_endo anti
1902
- B40 : U C3p_endo anti
1903
- B41 : U C2p_endo anti
1904
- B42 : G C3p_endo anti
1905
- B43 : C C2p_endo anti
1906
- B44 : A C2p_exo anti
1907
- B45 : C C3p_endo anti
1908
- B46 : C C4p_exo anti
1909
- B47 : U C3p_endo anti
1910
- B48 : G C3p_endo anti
1911
- B49 : C C3p_endo anti
1912
- B50 : C C3p_endo anti
1913
- A1 : ALA
1914
- A2 : VAL
1915
- A3 : PRO
1916
- A4 : GLU
1917
- A5 : THR
1918
- A6 : ARG
1919
- A7 : PRO
1920
- A8 : ASN
1921
- A9 : HIS
1922
- A10 : THR
1923
- A11 : ILE
1924
- A12 : TYR
1925
- A13 : ILE
1926
- A14 : ASN
1927
- A15 : ASN
1928
- A16 : LEU
1929
- A17 : ASN
1930
- A18 : GLU
1931
- A19 : LYS
1932
- A20 : ILE
1933
- A21 : LYS
1934
- A22 : LYS
1935
- A23 : ASP
1936
- A24 : GLU
1937
- A25 : LEU
1938
- A26 : LYS
1939
- A27 : LYS
1940
- A28 : SER
1941
- A29 : LEU
1942
- A30 : HIS
1943
- A31 : ALA
1944
- A32 : ILE
1945
- A33 : PHE
1946
- A34 : SER
1947
- A35 : ARG
1948
- A36 : PHE
1949
- A37 : GLY
1950
- A38 : GLN
1951
- A39 : ILE
1952
- A40 : LEU
1953
- A41 : ASP
1954
- A42 : ILE
1955
- A43 : LEU
1956
- A44 : VAL
1957
- A45 : SER
1958
- A46 : ARG
1959
- A47 : SER
1960
- A48 : LEU
1961
- A49 : LYS
1962
- A50 : MET
1963
- A51 : ARG
1964
- A52 : GLY
1965
- A53 : GLN
1966
- A54 : ALA
1967
- A55 : PHE
1968
- A56 : VAL
1969
- A57 : ILE
1970
- A58 : PHE
1971
- A59 : LYS
1972
- A60 : GLU
1973
- A61 : VAL
1974
- A62 : SER
1975
- A63 : SER
1976
- A64 : ALA
1977
- A65 : THR
1978
- A66 : ASN
1979
- A67 : ALA
1980
- A68 : LEU
1981
- A69 : ARG
1982
- A70 : SER
1983
- A71 : MET
1984
- A72 : GLN
1985
- A73 : GLY
1986
- A74 : PHE
1987
- A75 : PRO
1988
- A76 : PHE
1989
- A77 : TYR
1990
- A78 : ASP
1991
- A79 : LYS
1992
- A80 : PRO
1993
- A81 : MET
1994
- A82 : ARG
1995
- A83 : ILE
1996
- A84 : GLN
1997
- A85 : TYR
1998
- A86 : ALA
1999
- A87 : LYS
2000
- A88 : THR
2001
- A89 : ASP
2002
- A90 : SER
2003
- A91 : ASP
2004
- A92 : ILE
2005
- A93 : ILE
2006
- A94 : ALA
2007
- A95 : LYS
2008
- A96 : MET
2009
- A97 : LYS
2010
- A98 : GLY
2011
- A99 : THR
2012
- A100 : PHE
2013
- A101 : VAL
2014
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
2015
- B20-B21 : adjacent_5p upward
2016
- B21-B22 : adjacent_5p upward
2017
- B22-B23 : adjacent_5p upward
2018
- B23-B24 : adjacent_5p upward
2019
- B26-B27 : adjacent_5p upward
2020
- B28-B29 : adjacent_5p upward
2021
- B34-B35 : adjacent_5p outward
2022
- B35-B36 : adjacent_5p upward
2023
- B38-B39 : adjacent_5p upward
2024
- B39-B40 : adjacent_5p upward
2025
- B41-B42 : adjacent_5p outward
2026
- B44-B45 : adjacent_5p upward
2027
- B47-B48 : adjacent_5p upward
2028
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2029
- Number of stackings = 13
2030
- Number of adjacent stackings = 13
2031
- Number of non adjacent stackings = 0
2032
- Base-pairs ------------------------------------------------------
2033
- B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2034
- B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2035
- B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2036
- B25-B38 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
2037
- B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2038
- B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2039
- B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
2040
- B40-B42 : U-G O2'/Bs pairing
2041
- Residue conformations -------------------------------------------
2042
- B19 : G C3p_endo anti
2043
- B20 : G C3p_endo anti
2044
- B21 : C C3p_endo anti
2045
- B22 : A C3p_endo anti
2046
- B23 : G C3p_endo anti
2047
- B24 : A C4p_exo anti
2048
- B25 : G C4p_exo anti
2049
- B26 : U C3p_endo anti
2050
- B27 : C C4p_exo anti
2051
- B28 : C C3p_endo anti
2052
- B29 : U C3p_endo anti
2053
- B30 : U C3p_exo anti
2054
- B33 : C C3p_exo anti
2055
- B34 : G C3p_endo syn
2056
- B35 : G C3p_endo anti
2057
- B36 : G C3p_endo anti
2058
- B37 : A C3p_endo anti
2059
- B38 : C C3p_endo anti
2060
- B39 : A C3p_endo anti
2061
- B40 : U C3p_endo anti
2062
- B41 : U C2p_endo anti
2063
- B42 : G C3p_endo anti
2064
- B43 : C C1p_exo anti
2065
- B44 : A C3p_endo anti
2066
- B45 : C C4p_exo anti
2067
- B46 : C C3p_endo anti
2068
- B47 : U C3p_endo anti
2069
- B48 : G C3p_endo anti
2070
- B49 : C C3p_endo anti
2071
- B50 : C C3p_endo anti
2072
- A1 : ALA
2073
- A2 : VAL
2074
- A3 : PRO
2075
- A4 : GLU
2076
- A5 : THR
2077
- A6 : ARG
2078
- A7 : PRO
2079
- A8 : ASN
2080
- A9 : HIS
2081
- A10 : THR
2082
- A11 : ILE
2083
- A12 : TYR
2084
- A13 : ILE
2085
- A14 : ASN
2086
- A15 : ASN
2087
- A16 : LEU
2088
- A17 : ASN
2089
- A18 : GLU
2090
- A19 : LYS
2091
- A20 : ILE
2092
- A21 : LYS
2093
- A22 : LYS
2094
- A23 : ASP
2095
- A24 : GLU
2096
- A25 : LEU
2097
- A26 : LYS
2098
- A27 : LYS
2099
- A28 : SER
2100
- A29 : LEU
2101
- A30 : HIS
2102
- A31 : ALA
2103
- A32 : ILE
2104
- A33 : PHE
2105
- A34 : SER
2106
- A35 : ARG
2107
- A36 : PHE
2108
- A37 : GLY
2109
- A38 : GLN
2110
- A39 : ILE
2111
- A40 : LEU
2112
- A41 : ASP
2113
- A42 : ILE
2114
- A43 : LEU
2115
- A44 : VAL
2116
- A45 : SER
2117
- A46 : ARG
2118
- A47 : SER
2119
- A48 : LEU
2120
- A49 : LYS
2121
- A50 : MET
2122
- A51 : ARG
2123
- A52 : GLY
2124
- A53 : GLN
2125
- A54 : ALA
2126
- A55 : PHE
2127
- A56 : VAL
2128
- A57 : ILE
2129
- A58 : PHE
2130
- A59 : LYS
2131
- A60 : GLU
2132
- A61 : VAL
2133
- A62 : SER
2134
- A63 : SER
2135
- A64 : ALA
2136
- A65 : THR
2137
- A66 : ASN
2138
- A67 : ALA
2139
- A68 : LEU
2140
- A69 : ARG
2141
- A70 : SER
2142
- A71 : MET
2143
- A72 : GLN
2144
- A73 : GLY
2145
- A74 : PHE
2146
- A75 : PRO
2147
- A76 : PHE
2148
- A77 : TYR
2149
- A78 : ASP
2150
- A79 : LYS
2151
- A80 : PRO
2152
- A81 : MET
2153
- A82 : ARG
2154
- A83 : ILE
2155
- A84 : GLN
2156
- A85 : TYR
2157
- A86 : ALA
2158
- A87 : LYS
2159
- A88 : THR
2160
- A89 : ASP
2161
- A90 : SER
2162
- A91 : ASP
2163
- A92 : ILE
2164
- A93 : ILE
2165
- A94 : ALA
2166
- A95 : LYS
2167
- A96 : MET
2168
- A97 : LYS
2169
- A98 : GLY
2170
- A99 : THR
2171
- A100 : PHE
2172
- A101 : VAL
2173
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
2174
- B20-B21 : adjacent_5p upward
2175
- B22-B23 : adjacent_5p upward
2176
- B23-B24 : adjacent_5p upward
2177
- B26-B27 : adjacent_5p upward
2178
- B28-B29 : adjacent_5p upward
2179
- B35-B36 : adjacent_5p upward
2180
- B36-B37 : adjacent_5p upward
2181
- B37-B38 : adjacent_5p upward
2182
- B39-B40 : adjacent_5p upward
2183
- B44-B45 : adjacent_5p upward
2184
- B47-B48 : adjacent_5p upward
2185
- B49-B50 : adjacent_5p upward
2186
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2187
- Number of stackings = 12
2188
- Number of adjacent stackings = 12
2189
- Number of non adjacent stackings = 0
2190
- Base-pairs ------------------------------------------------------
2191
- B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
2192
- B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2193
- B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2194
- B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2195
- B25-B38 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
2196
- B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
2197
- B28-B35 : C-G Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
2198
- B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
2199
- B40-B42 : U-G O2'/Bs pairing
2200
- Residue conformations -------------------------------------------
2201
- B19 : G C3p_endo anti
2202
- B20 : G C3p_endo anti
2203
- B21 : C C3p_endo anti
2204
- B22 : A C4p_exo anti
2205
- B23 : G C3p_endo anti
2206
- B24 : A C3p_endo anti
2207
- B25 : G O4p_endo anti
2208
- B26 : U C3p_endo anti
2209
- B27 : C C4p_exo anti
2210
- B28 : C C3p_endo anti
2211
- B29 : U C3p_endo anti
2212
- B30 : U C3p_exo anti
2213
- B33 : C C3p_exo anti
2214
- B34 : G C4p_exo syn
2215
- B35 : G C3p_endo anti
2216
- B36 : G C3p_endo anti
2217
- B37 : A C3p_endo anti
2218
- B38 : C C3p_endo anti
2219
- B39 : A C3p_endo anti
2220
- B40 : U C3p_endo anti
2221
- B41 : U C2p_endo anti
2222
- B42 : G C3p_endo anti
2223
- B43 : C C2p_endo anti
2224
- B44 : A C2p_exo anti
2225
- B45 : C C3p_endo anti
2226
- B46 : C C3p_endo anti
2227
- B47 : U C3p_endo anti
2228
- B48 : G C3p_endo anti
2229
- B49 : C C3p_endo anti
2230
- B50 : C C3p_endo anti
2231
- A1 : ALA
2232
- A2 : VAL
2233
- A3 : PRO
2234
- A4 : GLU
2235
- A5 : THR
2236
- A6 : ARG
2237
- A7 : PRO
2238
- A8 : ASN
2239
- A9 : HIS
2240
- A10 : THR
2241
- A11 : ILE
2242
- A12 : TYR
2243
- A13 : ILE
2244
- A14 : ASN
2245
- A15 : ASN
2246
- A16 : LEU
2247
- A17 : ASN
2248
- A18 : GLU
2249
- A19 : LYS
2250
- A20 : ILE
2251
- A21 : LYS
2252
- A22 : LYS
2253
- A23 : ASP
2254
- A24 : GLU
2255
- A25 : LEU
2256
- A26 : LYS
2257
- A27 : LYS
2258
- A28 : SER
2259
- A29 : LEU
2260
- A30 : HIS
2261
- A31 : ALA
2262
- A32 : ILE
2263
- A33 : PHE
2264
- A34 : SER
2265
- A35 : ARG
2266
- A36 : PHE
2267
- A37 : GLY
2268
- A38 : GLN
2269
- A39 : ILE
2270
- A40 : LEU
2271
- A41 : ASP
2272
- A42 : ILE
2273
- A43 : LEU
2274
- A44 : VAL
2275
- A45 : SER
2276
- A46 : ARG
2277
- A47 : SER
2278
- A48 : LEU
2279
- A49 : LYS
2280
- A50 : MET
2281
- A51 : ARG
2282
- A52 : GLY
2283
- A53 : GLN
2284
- A54 : ALA
2285
- A55 : PHE
2286
- A56 : VAL
2287
- A57 : ILE
2288
- A58 : PHE
2289
- A59 : LYS
2290
- A60 : GLU
2291
- A61 : VAL
2292
- A62 : SER
2293
- A63 : SER
2294
- A64 : ALA
2295
- A65 : THR
2296
- A66 : ASN
2297
- A67 : ALA
2298
- A68 : LEU
2299
- A69 : ARG
2300
- A70 : SER
2301
- A71 : MET
2302
- A72 : GLN
2303
- A73 : GLY
2304
- A74 : PHE
2305
- A75 : PRO
2306
- A76 : PHE
2307
- A77 : TYR
2308
- A78 : ASP
2309
- A79 : LYS
2310
- A80 : PRO
2311
- A81 : MET
2312
- A82 : ARG
2313
- A83 : ILE
2314
- A84 : GLN
2315
- A85 : TYR
2316
- A86 : ALA
2317
- A87 : LYS
2318
- A88 : THR
2319
- A89 : ASP
2320
- A90 : SER
2321
- A91 : ASP
2322
- A92 : ILE
2323
- A93 : ILE
2324
- A94 : ALA
2325
- A95 : LYS
2326
- A96 : MET
2327
- A97 : LYS
2328
- A98 : GLY
2329
- A99 : THR
2330
- A100 : PHE
2331
- A101 : VAL
2332
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
2333
- B20-B21 : adjacent_5p upward
2334
- B21-B22 : adjacent_5p upward
2335
- B23-B24 : adjacent_5p upward
2336
- B26-B27 : adjacent_5p upward
2337
- B35-B36 : adjacent_5p upward
2338
- B37-B38 : adjacent_5p upward
2339
- B39-B40 : adjacent_5p upward
2340
- B44-B45 : adjacent_5p upward
2341
- B46-B47 : adjacent_5p upward
2342
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2343
- B22-B48 : outward
2344
- Number of stackings = 10
2345
- Number of adjacent stackings = 9
2346
- Number of non adjacent stackings = 1
2347
- Base-pairs ------------------------------------------------------
2348
- B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
2349
- B23-B46 : G-C Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
2350
- B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2351
- B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
2352
- B29-B34 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans one_hbond
2353
- B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
2354
- Residue conformations -------------------------------------------
2355
- B19 : G C4p_exo anti
2356
- B20 : G C3p_endo anti
2357
- B21 : C C3p_endo anti
2358
- B22 : A C3p_endo anti
2359
- B23 : G C3p_endo anti
2360
- B24 : A C4p_exo anti
2361
- B25 : G C4p_exo anti
2362
- B26 : U C3p_endo anti
2363
- B27 : C C4p_exo anti
2364
- B28 : C C3p_endo anti
2365
- B29 : U C3p_endo anti
2366
- B30 : U C3p_exo anti
2367
- B33 : C C3p_exo anti
2368
- B34 : G C4p_exo syn
2369
- B35 : G C3p_endo anti
2370
- B36 : G C3p_endo anti
2371
- B37 : A C3p_endo anti
2372
- B38 : C C3p_endo anti
2373
- B39 : A C2p_exo anti
2374
- B40 : U C3p_endo anti
2375
- B41 : U C2p_endo anti
2376
- B42 : G C3p_endo anti
2377
- B43 : C C2p_endo anti
2378
- B44 : A C2p_exo anti
2379
- B45 : C C3p_endo anti
2380
- B46 : C C3p_endo anti
2381
- B47 : U C3p_endo anti
2382
- B48 : G C3p_endo anti
2383
- B49 : C C3p_endo anti
2384
- B50 : C C3p_endo anti
2385
- A1 : ALA
2386
- A2 : VAL
2387
- A3 : PRO
2388
- A4 : GLU
2389
- A5 : THR
2390
- A6 : ARG
2391
- A7 : PRO
2392
- A8 : ASN
2393
- A9 : HIS
2394
- A10 : THR
2395
- A11 : ILE
2396
- A12 : TYR
2397
- A13 : ILE
2398
- A14 : ASN
2399
- A15 : ASN
2400
- A16 : LEU
2401
- A17 : ASN
2402
- A18 : GLU
2403
- A19 : LYS
2404
- A20 : ILE
2405
- A21 : LYS
2406
- A22 : LYS
2407
- A23 : ASP
2408
- A24 : GLU
2409
- A25 : LEU
2410
- A26 : LYS
2411
- A27 : LYS
2412
- A28 : SER
2413
- A29 : LEU
2414
- A30 : HIS
2415
- A31 : ALA
2416
- A32 : ILE
2417
- A33 : PHE
2418
- A34 : SER
2419
- A35 : ARG
2420
- A36 : PHE
2421
- A37 : GLY
2422
- A38 : GLN
2423
- A39 : ILE
2424
- A40 : LEU
2425
- A41 : ASP
2426
- A42 : ILE
2427
- A43 : LEU
2428
- A44 : VAL
2429
- A45 : SER
2430
- A46 : ARG
2431
- A47 : SER
2432
- A48 : LEU
2433
- A49 : LYS
2434
- A50 : MET
2435
- A51 : ARG
2436
- A52 : GLY
2437
- A53 : GLN
2438
- A54 : ALA
2439
- A55 : PHE
2440
- A56 : VAL
2441
- A57 : ILE
2442
- A58 : PHE
2443
- A59 : LYS
2444
- A60 : GLU
2445
- A61 : VAL
2446
- A62 : SER
2447
- A63 : SER
2448
- A64 : ALA
2449
- A65 : THR
2450
- A66 : ASN
2451
- A67 : ALA
2452
- A68 : LEU
2453
- A69 : ARG
2454
- A70 : SER
2455
- A71 : MET
2456
- A72 : GLN
2457
- A73 : GLY
2458
- A74 : PHE
2459
- A75 : PRO
2460
- A76 : PHE
2461
- A77 : TYR
2462
- A78 : ASP
2463
- A79 : LYS
2464
- A80 : PRO
2465
- A81 : MET
2466
- A82 : ARG
2467
- A83 : ILE
2468
- A84 : GLN
2469
- A85 : TYR
2470
- A86 : ALA
2471
- A87 : LYS
2472
- A88 : THR
2473
- A89 : ASP
2474
- A90 : SER
2475
- A91 : ASP
2476
- A92 : ILE
2477
- A93 : ILE
2478
- A94 : ALA
2479
- A95 : LYS
2480
- A96 : MET
2481
- A97 : LYS
2482
- A98 : GLY
2483
- A99 : THR
2484
- A100 : PHE
2485
- A101 : VAL
2486
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
2487
- B20-B21 : adjacent_5p upward
2488
- B22-B23 : adjacent_5p upward
2489
- B23-B24 : adjacent_5p upward
2490
- B26-B27 : adjacent_5p upward
2491
- B28-B29 : adjacent_5p upward
2492
- B36-B37 : adjacent_5p upward
2493
- B37-B38 : adjacent_5p upward
2494
- B39-B40 : adjacent_5p upward
2495
- B44-B45 : adjacent_5p upward
2496
- B47-B48 : adjacent_5p upward
2497
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2498
- Number of stackings = 10
2499
- Number of adjacent stackings = 10
2500
- Number of non adjacent stackings = 0
2501
- Base-pairs ------------------------------------------------------
2502
- B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
2503
- B20-B49 : G-C Ww/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
2504
- B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2505
- B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2506
- B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis 130
2507
- B25-B38 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
2508
- B28-B35 : C-G Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
2509
- B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
2510
- B40-B42 : U-G O2'/Bs pairing
2511
- Residue conformations -------------------------------------------
2512
- B19 : G C3p_endo anti
2513
- B20 : G C3p_endo anti
2514
- B21 : C C3p_endo anti
2515
- B22 : A C3p_endo anti
2516
- B23 : G C3p_endo anti
2517
- B24 : A C3p_endo anti
2518
- B25 : G O4p_endo anti
2519
- B26 : U C3p_endo anti
2520
- B27 : C C4p_exo anti
2521
- B28 : C C3p_endo anti
2522
- B29 : U C3p_endo anti
2523
- B30 : U C3p_exo anti
2524
- B33 : C C3p_exo anti
2525
- B34 : G C4p_exo syn
2526
- B35 : G C3p_endo anti
2527
- B36 : G C4p_exo anti
2528
- B37 : A C3p_endo anti
2529
- B38 : C C3p_endo anti
2530
- B39 : A C2p_exo anti
2531
- B40 : U C3p_endo anti
2532
- B41 : U C3p_exo anti
2533
- B42 : G C1p_endo syn
2534
- B43 : C C1p_exo syn
2535
- B44 : A C3p_endo anti
2536
- B45 : C C3p_endo anti
2537
- B46 : C C3p_endo anti
2538
- B47 : U C3p_endo anti
2539
- B48 : G C3p_endo anti
2540
- B49 : C C3p_endo anti
2541
- B50 : C C3p_endo anti
2542
- A1 : ALA
2543
- A2 : VAL
2544
- A3 : PRO
2545
- A4 : GLU
2546
- A5 : THR
2547
- A6 : ARG
2548
- A7 : PRO
2549
- A8 : ASN
2550
- A9 : HIS
2551
- A10 : THR
2552
- A11 : ILE
2553
- A12 : TYR
2554
- A13 : ILE
2555
- A14 : ASN
2556
- A15 : ASN
2557
- A16 : LEU
2558
- A17 : ASN
2559
- A18 : GLU
2560
- A19 : LYS
2561
- A20 : ILE
2562
- A21 : LYS
2563
- A22 : LYS
2564
- A23 : ASP
2565
- A24 : GLU
2566
- A25 : LEU
2567
- A26 : LYS
2568
- A27 : LYS
2569
- A28 : SER
2570
- A29 : LEU
2571
- A30 : HIS
2572
- A31 : ALA
2573
- A32 : ILE
2574
- A33 : PHE
2575
- A34 : SER
2576
- A35 : ARG
2577
- A36 : PHE
2578
- A37 : GLY
2579
- A38 : GLN
2580
- A39 : ILE
2581
- A40 : LEU
2582
- A41 : ASP
2583
- A42 : ILE
2584
- A43 : LEU
2585
- A44 : VAL
2586
- A45 : SER
2587
- A46 : ARG
2588
- A47 : SER
2589
- A48 : LEU
2590
- A49 : LYS
2591
- A50 : MET
2592
- A51 : ARG
2593
- A52 : GLY
2594
- A53 : GLN
2595
- A54 : ALA
2596
- A55 : PHE
2597
- A56 : VAL
2598
- A57 : ILE
2599
- A58 : PHE
2600
- A59 : LYS
2601
- A60 : GLU
2602
- A61 : VAL
2603
- A62 : SER
2604
- A63 : SER
2605
- A64 : ALA
2606
- A65 : THR
2607
- A66 : ASN
2608
- A67 : ALA
2609
- A68 : LEU
2610
- A69 : ARG
2611
- A70 : SER
2612
- A71 : MET
2613
- A72 : GLN
2614
- A73 : GLY
2615
- A74 : PHE
2616
- A75 : PRO
2617
- A76 : PHE
2618
- A77 : TYR
2619
- A78 : ASP
2620
- A79 : LYS
2621
- A80 : PRO
2622
- A81 : MET
2623
- A82 : ARG
2624
- A83 : ILE
2625
- A84 : GLN
2626
- A85 : TYR
2627
- A86 : ALA
2628
- A87 : LYS
2629
- A88 : THR
2630
- A89 : ASP
2631
- A90 : SER
2632
- A91 : ASP
2633
- A92 : ILE
2634
- A93 : ILE
2635
- A94 : ALA
2636
- A95 : LYS
2637
- A96 : MET
2638
- A97 : LYS
2639
- A98 : GLY
2640
- A99 : THR
2641
- A100 : PHE
2642
- A101 : VAL
2643
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
2644
- B20-B21 : adjacent_5p upward
2645
- B22-B23 : adjacent_5p upward
2646
- B23-B24 : adjacent_5p upward
2647
- B26-B27 : adjacent_5p upward
2648
- B28-B29 : adjacent_5p upward
2649
- B35-B36 : adjacent_5p upward
2650
- B36-B37 : adjacent_5p upward
2651
- B37-B38 : adjacent_5p upward
2652
- B39-B40 : adjacent_5p upward
2653
- B41-B42 : adjacent_5p outward
2654
- B44-B45 : adjacent_5p upward
2655
- B47-B48 : adjacent_5p upward
2656
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2657
- Number of stackings = 12
2658
- Number of adjacent stackings = 12
2659
- Number of non adjacent stackings = 0
2660
- Base-pairs ------------------------------------------------------
2661
- B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
2662
- B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2663
- B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
2664
- B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2665
- B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
2666
- B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
2667
- B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
2668
- Residue conformations -------------------------------------------
2669
- B19 : G C3p_endo anti
2670
- B20 : G C3p_endo anti
2671
- B21 : C C3p_endo anti
2672
- B22 : A C3p_endo anti
2673
- B23 : G C3p_endo anti
2674
- B24 : A C4p_exo anti
2675
- B25 : G O4p_endo anti
2676
- B26 : U C3p_endo anti
2677
- B27 : C C4p_exo anti
2678
- B28 : C C3p_endo anti
2679
- B29 : U C3p_endo anti
2680
- B30 : U C3p_exo anti
2681
- B33 : C C3p_exo anti
2682
- B34 : G C4p_exo syn
2683
- B35 : G C3p_endo anti
2684
- B36 : G C4p_exo anti
2685
- B37 : A C3p_endo anti
2686
- B38 : C C3p_endo anti
2687
- B39 : A C3p_endo anti
2688
- B40 : U C3p_endo anti
2689
- B41 : U C2p_endo anti
2690
- B42 : G C3p_endo anti
2691
- B43 : C C2p_endo syn
2692
- B44 : A C3p_endo anti
2693
- B45 : C C3p_endo anti
2694
- B46 : C C3p_endo anti
2695
- B47 : U C3p_endo anti
2696
- B48 : G C3p_endo anti
2697
- B49 : C C3p_endo anti
2698
- B50 : C C3p_endo anti
2699
- A1 : ALA
2700
- A2 : VAL
2701
- A3 : PRO
2702
- A4 : GLU
2703
- A5 : THR
2704
- A6 : ARG
2705
- A7 : PRO
2706
- A8 : ASN
2707
- A9 : HIS
2708
- A10 : THR
2709
- A11 : ILE
2710
- A12 : TYR
2711
- A13 : ILE
2712
- A14 : ASN
2713
- A15 : ASN
2714
- A16 : LEU
2715
- A17 : ASN
2716
- A18 : GLU
2717
- A19 : LYS
2718
- A20 : ILE
2719
- A21 : LYS
2720
- A22 : LYS
2721
- A23 : ASP
2722
- A24 : GLU
2723
- A25 : LEU
2724
- A26 : LYS
2725
- A27 : LYS
2726
- A28 : SER
2727
- A29 : LEU
2728
- A30 : HIS
2729
- A31 : ALA
2730
- A32 : ILE
2731
- A33 : PHE
2732
- A34 : SER
2733
- A35 : ARG
2734
- A36 : PHE
2735
- A37 : GLY
2736
- A38 : GLN
2737
- A39 : ILE
2738
- A40 : LEU
2739
- A41 : ASP
2740
- A42 : ILE
2741
- A43 : LEU
2742
- A44 : VAL
2743
- A45 : SER
2744
- A46 : ARG
2745
- A47 : SER
2746
- A48 : LEU
2747
- A49 : LYS
2748
- A50 : MET
2749
- A51 : ARG
2750
- A52 : GLY
2751
- A53 : GLN
2752
- A54 : ALA
2753
- A55 : PHE
2754
- A56 : VAL
2755
- A57 : ILE
2756
- A58 : PHE
2757
- A59 : LYS
2758
- A60 : GLU
2759
- A61 : VAL
2760
- A62 : SER
2761
- A63 : SER
2762
- A64 : ALA
2763
- A65 : THR
2764
- A66 : ASN
2765
- A67 : ALA
2766
- A68 : LEU
2767
- A69 : ARG
2768
- A70 : SER
2769
- A71 : MET
2770
- A72 : GLN
2771
- A73 : GLY
2772
- A74 : PHE
2773
- A75 : PRO
2774
- A76 : PHE
2775
- A77 : TYR
2776
- A78 : ASP
2777
- A79 : LYS
2778
- A80 : PRO
2779
- A81 : MET
2780
- A82 : ARG
2781
- A83 : ILE
2782
- A84 : GLN
2783
- A85 : TYR
2784
- A86 : ALA
2785
- A87 : LYS
2786
- A88 : THR
2787
- A89 : ASP
2788
- A90 : SER
2789
- A91 : ASP
2790
- A92 : ILE
2791
- A93 : ILE
2792
- A94 : ALA
2793
- A95 : LYS
2794
- A96 : MET
2795
- A97 : LYS
2796
- A98 : GLY
2797
- A99 : THR
2798
- A100 : PHE
2799
- A101 : VAL
2800
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
2801
- B20-B21 : adjacent_5p upward
2802
- B22-B23 : adjacent_5p upward
2803
- B23-B24 : adjacent_5p upward
2804
- B26-B27 : adjacent_5p upward
2805
- B28-B29 : adjacent_5p upward
2806
- B35-B36 : adjacent_5p upward
2807
- B37-B38 : adjacent_5p upward
2808
- B39-B40 : adjacent_5p upward
2809
- B41-B42 : adjacent_5p outward
2810
- B44-B45 : adjacent_5p upward
2811
- B47-B48 : adjacent_5p upward
2812
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2813
- Number of stackings = 11
2814
- Number of adjacent stackings = 11
2815
- Number of non adjacent stackings = 0
2816
- Base-pairs ------------------------------------------------------
2817
- B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
2818
- B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2819
- B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2820
- B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2821
- B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2822
- B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
2823
- B40-B42 : U-G Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
2824
- Residue conformations -------------------------------------------
2825
- B19 : G C3p_endo anti
2826
- B20 : G C3p_endo anti
2827
- B21 : C C4p_exo anti
2828
- B22 : A C3p_endo anti
2829
- B23 : G C3p_endo anti
2830
- B24 : A C3p_endo anti
2831
- B25 : G O4p_endo anti
2832
- B26 : U C3p_endo anti
2833
- B27 : C C3p_endo anti
2834
- B28 : C C3p_endo anti
2835
- B29 : U C4p_exo anti
2836
- B30 : U C3p_exo anti
2837
- B33 : C C3p_exo anti
2838
- B34 : G C4p_exo syn
2839
- B35 : G C3p_endo anti
2840
- B36 : G C3p_endo anti
2841
- B37 : A C4p_exo anti
2842
- B38 : C C3p_endo anti
2843
- B39 : A C3p_endo anti
2844
- B40 : U C3p_endo anti
2845
- B41 : U C3p_exo anti
2846
- B42 : G C3p_endo anti
2847
- B43 : C C1p_exo anti
2848
- B44 : A C2p_exo anti
2849
- B45 : C C3p_endo anti
2850
- B46 : C C3p_endo anti
2851
- B47 : U C3p_endo anti
2852
- B48 : G C3p_endo anti
2853
- B49 : C C3p_endo anti
2854
- B50 : C C3p_endo anti
2855
- A1 : ALA
2856
- A2 : VAL
2857
- A3 : PRO
2858
- A4 : GLU
2859
- A5 : THR
2860
- A6 : ARG
2861
- A7 : PRO
2862
- A8 : ASN
2863
- A9 : HIS
2864
- A10 : THR
2865
- A11 : ILE
2866
- A12 : TYR
2867
- A13 : ILE
2868
- A14 : ASN
2869
- A15 : ASN
2870
- A16 : LEU
2871
- A17 : ASN
2872
- A18 : GLU
2873
- A19 : LYS
2874
- A20 : ILE
2875
- A21 : LYS
2876
- A22 : LYS
2877
- A23 : ASP
2878
- A24 : GLU
2879
- A25 : LEU
2880
- A26 : LYS
2881
- A27 : LYS
2882
- A28 : SER
2883
- A29 : LEU
2884
- A30 : HIS
2885
- A31 : ALA
2886
- A32 : ILE
2887
- A33 : PHE
2888
- A34 : SER
2889
- A35 : ARG
2890
- A36 : PHE
2891
- A37 : GLY
2892
- A38 : GLN
2893
- A39 : ILE
2894
- A40 : LEU
2895
- A41 : ASP
2896
- A42 : ILE
2897
- A43 : LEU
2898
- A44 : VAL
2899
- A45 : SER
2900
- A46 : ARG
2901
- A47 : SER
2902
- A48 : LEU
2903
- A49 : LYS
2904
- A50 : MET
2905
- A51 : ARG
2906
- A52 : GLY
2907
- A53 : GLN
2908
- A54 : ALA
2909
- A55 : PHE
2910
- A56 : VAL
2911
- A57 : ILE
2912
- A58 : PHE
2913
- A59 : LYS
2914
- A60 : GLU
2915
- A61 : VAL
2916
- A62 : SER
2917
- A63 : SER
2918
- A64 : ALA
2919
- A65 : THR
2920
- A66 : ASN
2921
- A67 : ALA
2922
- A68 : LEU
2923
- A69 : ARG
2924
- A70 : SER
2925
- A71 : MET
2926
- A72 : GLN
2927
- A73 : GLY
2928
- A74 : PHE
2929
- A75 : PRO
2930
- A76 : PHE
2931
- A77 : TYR
2932
- A78 : ASP
2933
- A79 : LYS
2934
- A80 : PRO
2935
- A81 : MET
2936
- A82 : ARG
2937
- A83 : ILE
2938
- A84 : GLN
2939
- A85 : TYR
2940
- A86 : ALA
2941
- A87 : LYS
2942
- A88 : THR
2943
- A89 : ASP
2944
- A90 : SER
2945
- A91 : ASP
2946
- A92 : ILE
2947
- A93 : ILE
2948
- A94 : ALA
2949
- A95 : LYS
2950
- A96 : MET
2951
- A97 : LYS
2952
- A98 : GLY
2953
- A99 : THR
2954
- A100 : PHE
2955
- A101 : VAL
2956
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
2957
- B20-B21 : adjacent_5p upward
2958
- B21-B22 : adjacent_5p upward
2959
- B22-B23 : adjacent_5p upward
2960
- B23-B24 : adjacent_5p upward
2961
- B26-B27 : adjacent_5p upward
2962
- B35-B36 : adjacent_5p upward
2963
- B36-B37 : adjacent_5p upward
2964
- B38-B39 : adjacent_5p upward
2965
- B39-B40 : adjacent_5p upward
2966
- B41-B42 : adjacent_5p outward pairing
2967
- B44-B45 : adjacent_5p upward
2968
- B48-B49 : adjacent_5p upward
2969
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2970
- Number of stackings = 12
2971
- Number of adjacent stackings = 12
2972
- Number of non adjacent stackings = 0
2973
- Base-pairs ------------------------------------------------------
2974
- B20-B49 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
2975
- B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2976
- B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2977
- B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
2978
- B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
2979
- B30-B33 : U-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
2980
- B41-B42 : U-G O2P/Ss adjacent_5p outward pairing
2981
- Residue conformations -------------------------------------------
2982
- B19 : G C3p_endo anti
2983
- B20 : G C3p_endo anti
2984
- B21 : C C3p_endo anti
2985
- B22 : A C3p_endo anti
2986
- B23 : G C3p_endo anti
2987
- B24 : A C3p_endo anti
2988
- B25 : G O4p_endo anti
2989
- B26 : U C3p_endo anti
2990
- B27 : C C3p_endo anti
2991
- B28 : C C3p_endo anti
2992
- B29 : U C4p_exo anti
2993
- B30 : U C3p_exo anti
2994
- B33 : C C3p_exo anti
2995
- B34 : G C4p_exo syn
2996
- B35 : G C3p_endo anti
2997
- B36 : G C3p_endo anti
2998
- B37 : A C3p_endo anti
2999
- B38 : C C3p_endo anti
3000
- B39 : A C3p_endo anti
3001
- B40 : U C3p_endo anti
3002
- B41 : U C2p_endo anti
3003
- B42 : G C3p_endo anti
3004
- B43 : C C2p_endo anti
3005
- B44 : A C2p_exo anti
3006
- B45 : C C3p_endo anti
3007
- B46 : C C3p_endo anti
3008
- B47 : U C3p_endo anti
3009
- B48 : G C3p_endo anti
3010
- B49 : C C3p_endo anti
3011
- B50 : C C3p_endo anti
3012
- A1 : ALA
3013
- A2 : VAL
3014
- A3 : PRO
3015
- A4 : GLU
3016
- A5 : THR
3017
- A6 : ARG
3018
- A7 : PRO
3019
- A8 : ASN
3020
- A9 : HIS
3021
- A10 : THR
3022
- A11 : ILE
3023
- A12 : TYR
3024
- A13 : ILE
3025
- A14 : ASN
3026
- A15 : ASN
3027
- A16 : LEU
3028
- A17 : ASN
3029
- A18 : GLU
3030
- A19 : LYS
3031
- A20 : ILE
3032
- A21 : LYS
3033
- A22 : LYS
3034
- A23 : ASP
3035
- A24 : GLU
3036
- A25 : LEU
3037
- A26 : LYS
3038
- A27 : LYS
3039
- A28 : SER
3040
- A29 : LEU
3041
- A30 : HIS
3042
- A31 : ALA
3043
- A32 : ILE
3044
- A33 : PHE
3045
- A34 : SER
3046
- A35 : ARG
3047
- A36 : PHE
3048
- A37 : GLY
3049
- A38 : GLN
3050
- A39 : ILE
3051
- A40 : LEU
3052
- A41 : ASP
3053
- A42 : ILE
3054
- A43 : LEU
3055
- A44 : VAL
3056
- A45 : SER
3057
- A46 : ARG
3058
- A47 : SER
3059
- A48 : LEU
3060
- A49 : LYS
3061
- A50 : MET
3062
- A51 : ARG
3063
- A52 : GLY
3064
- A53 : GLN
3065
- A54 : ALA
3066
- A55 : PHE
3067
- A56 : VAL
3068
- A57 : ILE
3069
- A58 : PHE
3070
- A59 : LYS
3071
- A60 : GLU
3072
- A61 : VAL
3073
- A62 : SER
3074
- A63 : SER
3075
- A64 : ALA
3076
- A65 : THR
3077
- A66 : ASN
3078
- A67 : ALA
3079
- A68 : LEU
3080
- A69 : ARG
3081
- A70 : SER
3082
- A71 : MET
3083
- A72 : GLN
3084
- A73 : GLY
3085
- A74 : PHE
3086
- A75 : PRO
3087
- A76 : PHE
3088
- A77 : TYR
3089
- A78 : ASP
3090
- A79 : LYS
3091
- A80 : PRO
3092
- A81 : MET
3093
- A82 : ARG
3094
- A83 : ILE
3095
- A84 : GLN
3096
- A85 : TYR
3097
- A86 : ALA
3098
- A87 : LYS
3099
- A88 : THR
3100
- A89 : ASP
3101
- A90 : SER
3102
- A91 : ASP
3103
- A92 : ILE
3104
- A93 : ILE
3105
- A94 : ALA
3106
- A95 : LYS
3107
- A96 : MET
3108
- A97 : LYS
3109
- A98 : GLY
3110
- A99 : THR
3111
- A100 : PHE
3112
- A101 : VAL
3113
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
3114
- B20-B21 : adjacent_5p upward
3115
- B21-B22 : adjacent_5p upward
3116
- B22-B23 : adjacent_5p upward
3117
- B23-B24 : adjacent_5p upward
3118
- B25-B26 : adjacent_5p upward
3119
- B26-B27 : adjacent_5p upward
3120
- B35-B36 : adjacent_5p upward
3121
- B36-B37 : adjacent_5p upward
3122
- B37-B38 : adjacent_5p upward
3123
- B39-B40 : adjacent_5p upward
3124
- B44-B45 : adjacent_5p upward
3125
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
3126
- Number of stackings = 11
3127
- Number of adjacent stackings = 11
3128
- Number of non adjacent stackings = 0
3129
- Base-pairs ------------------------------------------------------
3130
- B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
3131
- B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
3132
- B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
3133
- B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
3134
- B29-B35 : U-G Hw/Sw pairing parallel trans one_hbond 89
3135
- B30-B33 : U-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
3136
- Residue conformations -------------------------------------------
3137
- B19 : G C3p_endo anti
3138
- B20 : G C3p_endo anti
3139
- B21 : C C3p_endo anti
3140
- B22 : A C3p_endo anti
3141
- B23 : G C3p_endo anti
3142
- B24 : A C3p_endo anti
3143
- B25 : G O4p_endo anti
3144
- B26 : U C3p_endo anti
3145
- B27 : C C4p_exo anti
3146
- B28 : C C3p_endo anti
3147
- B29 : U C3p_endo anti
3148
- B30 : U C3p_exo anti
3149
- B33 : C C3p_exo anti
3150
- B34 : G C4p_exo syn
3151
- B35 : G C3p_endo anti
3152
- B36 : G C4p_exo anti
3153
- B37 : A C3p_endo anti
3154
- B38 : C C3p_endo anti
3155
- B39 : A C2p_exo anti
3156
- B40 : U C3p_endo anti
3157
- B41 : U C2p_endo anti
3158
- B42 : G C3p_endo anti
3159
- B43 : C C2p_endo anti
3160
- B44 : A C3p_endo anti
3161
- B45 : C C3p_endo anti
3162
- B46 : C C3p_endo anti
3163
- B47 : U C3p_endo anti
3164
- B48 : G C3p_endo anti
3165
- B49 : C C3p_endo anti
3166
- B50 : C C3p_endo anti
3167
- A1 : ALA
3168
- A2 : VAL
3169
- A3 : PRO
3170
- A4 : GLU
3171
- A5 : THR
3172
- A6 : ARG
3173
- A7 : PRO
3174
- A8 : ASN
3175
- A9 : HIS
3176
- A10 : THR
3177
- A11 : ILE
3178
- A12 : TYR
3179
- A13 : ILE
3180
- A14 : ASN
3181
- A15 : ASN
3182
- A16 : LEU
3183
- A17 : ASN
3184
- A18 : GLU
3185
- A19 : LYS
3186
- A20 : ILE
3187
- A21 : LYS
3188
- A22 : LYS
3189
- A23 : ASP
3190
- A24 : GLU
3191
- A25 : LEU
3192
- A26 : LYS
3193
- A27 : LYS
3194
- A28 : SER
3195
- A29 : LEU
3196
- A30 : HIS
3197
- A31 : ALA
3198
- A32 : ILE
3199
- A33 : PHE
3200
- A34 : SER
3201
- A35 : ARG
3202
- A36 : PHE
3203
- A37 : GLY
3204
- A38 : GLN
3205
- A39 : ILE
3206
- A40 : LEU
3207
- A41 : ASP
3208
- A42 : ILE
3209
- A43 : LEU
3210
- A44 : VAL
3211
- A45 : SER
3212
- A46 : ARG
3213
- A47 : SER
3214
- A48 : LEU
3215
- A49 : LYS
3216
- A50 : MET
3217
- A51 : ARG
3218
- A52 : GLY
3219
- A53 : GLN
3220
- A54 : ALA
3221
- A55 : PHE
3222
- A56 : VAL
3223
- A57 : ILE
3224
- A58 : PHE
3225
- A59 : LYS
3226
- A60 : GLU
3227
- A61 : VAL
3228
- A62 : SER
3229
- A63 : SER
3230
- A64 : ALA
3231
- A65 : THR
3232
- A66 : ASN
3233
- A67 : ALA
3234
- A68 : LEU
3235
- A69 : ARG
3236
- A70 : SER
3237
- A71 : MET
3238
- A72 : GLN
3239
- A73 : GLY
3240
- A74 : PHE
3241
- A75 : PRO
3242
- A76 : PHE
3243
- A77 : TYR
3244
- A78 : ASP
3245
- A79 : LYS
3246
- A80 : PRO
3247
- A81 : MET
3248
- A82 : ARG
3249
- A83 : ILE
3250
- A84 : GLN
3251
- A85 : TYR
3252
- A86 : ALA
3253
- A87 : LYS
3254
- A88 : THR
3255
- A89 : ASP
3256
- A90 : SER
3257
- A91 : ASP
3258
- A92 : ILE
3259
- A93 : ILE
3260
- A94 : ALA
3261
- A95 : LYS
3262
- A96 : MET
3263
- A97 : LYS
3264
- A98 : GLY
3265
- A99 : THR
3266
- A100 : PHE
3267
- A101 : VAL
3268
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
3269
- B20-B21 : adjacent_5p upward
3270
- B22-B23 : adjacent_5p upward
3271
- B23-B24 : adjacent_5p upward
3272
- B26-B27 : adjacent_5p upward
3273
- B34-B35 : adjacent_5p outward
3274
- B35-B36 : adjacent_5p upward
3275
- B37-B38 : adjacent_5p upward
3276
- B39-B40 : adjacent_5p upward
3277
- B44-B45 : adjacent_5p upward
3278
- B47-B48 : adjacent_5p upward
3279
- B49-B50 : adjacent_5p upward
3280
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
3281
- B25-B39 : outward
3282
- Number of stackings = 12
3283
- Number of adjacent stackings = 11
3284
- Number of non adjacent stackings = 1
3285
- Base-pairs ------------------------------------------------------
3286
- B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
3287
- B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
3288
- B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
3289
- B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
3290
- B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
3291
- B27-B36 : C-G Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
3292
- B28-B35 : C-G Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
3293
- B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
3294
- B40-B42 : U-G Bs/Bs O2'/Bs pairing antiparallel cis one_hbond
3295
- Residue conformations -------------------------------------------
3296
- B19 : G C3p_endo anti
3297
- B20 : G C3p_endo anti
3298
- B21 : C C3p_endo anti
3299
- B22 : A C3p_endo anti
3300
- B23 : G C3p_endo anti
3301
- B24 : A C3p_endo anti
3302
- B25 : G O4p_endo anti
3303
- B26 : U C3p_endo anti
3304
- B27 : C C4p_exo anti
3305
- B28 : C C3p_endo anti
3306
- B29 : U C3p_endo anti
3307
- B30 : U C3p_exo anti
3308
- B33 : C C3p_exo anti
3309
- B34 : G C3p_endo syn
3310
- B35 : G C3p_endo anti
3311
- B36 : G C4p_exo anti
3312
- B37 : A C3p_endo anti
3313
- B38 : C C3p_endo anti
3314
- B39 : A C3p_endo anti
3315
- B40 : U C3p_endo anti
3316
- B41 : U C2p_endo anti
3317
- B42 : G C3p_endo anti
3318
- B43 : C C4p_endo syn
3319
- B44 : A C2p_exo anti
3320
- B45 : C C3p_endo anti
3321
- B46 : C C3p_endo anti
3322
- B47 : U C3p_endo anti
3323
- B48 : G C3p_endo anti
3324
- B49 : C C3p_endo anti
3325
- B50 : C C3p_endo anti
3326
- A1 : ALA
3327
- A2 : VAL
3328
- A3 : PRO
3329
- A4 : GLU
3330
- A5 : THR
3331
- A6 : ARG
3332
- A7 : PRO
3333
- A8 : ASN
3334
- A9 : HIS
3335
- A10 : THR
3336
- A11 : ILE
3337
- A12 : TYR
3338
- A13 : ILE
3339
- A14 : ASN
3340
- A15 : ASN
3341
- A16 : LEU
3342
- A17 : ASN
3343
- A18 : GLU
3344
- A19 : LYS
3345
- A20 : ILE
3346
- A21 : LYS
3347
- A22 : LYS
3348
- A23 : ASP
3349
- A24 : GLU
3350
- A25 : LEU
3351
- A26 : LYS
3352
- A27 : LYS
3353
- A28 : SER
3354
- A29 : LEU
3355
- A30 : HIS
3356
- A31 : ALA
3357
- A32 : ILE
3358
- A33 : PHE
3359
- A34 : SER
3360
- A35 : ARG
3361
- A36 : PHE
3362
- A37 : GLY
3363
- A38 : GLN
3364
- A39 : ILE
3365
- A40 : LEU
3366
- A41 : ASP
3367
- A42 : ILE
3368
- A43 : LEU
3369
- A44 : VAL
3370
- A45 : SER
3371
- A46 : ARG
3372
- A47 : SER
3373
- A48 : LEU
3374
- A49 : LYS
3375
- A50 : MET
3376
- A51 : ARG
3377
- A52 : GLY
3378
- A53 : GLN
3379
- A54 : ALA
3380
- A55 : PHE
3381
- A56 : VAL
3382
- A57 : ILE
3383
- A58 : PHE
3384
- A59 : LYS
3385
- A60 : GLU
3386
- A61 : VAL
3387
- A62 : SER
3388
- A63 : SER
3389
- A64 : ALA
3390
- A65 : THR
3391
- A66 : ASN
3392
- A67 : ALA
3393
- A68 : LEU
3394
- A69 : ARG
3395
- A70 : SER
3396
- A71 : MET
3397
- A72 : GLN
3398
- A73 : GLY
3399
- A74 : PHE
3400
- A75 : PRO
3401
- A76 : PHE
3402
- A77 : TYR
3403
- A78 : ASP
3404
- A79 : LYS
3405
- A80 : PRO
3406
- A81 : MET
3407
- A82 : ARG
3408
- A83 : ILE
3409
- A84 : GLN
3410
- A85 : TYR
3411
- A86 : ALA
3412
- A87 : LYS
3413
- A88 : THR
3414
- A89 : ASP
3415
- A90 : SER
3416
- A91 : ASP
3417
- A92 : ILE
3418
- A93 : ILE
3419
- A94 : ALA
3420
- A95 : LYS
3421
- A96 : MET
3422
- A97 : LYS
3423
- A98 : GLY
3424
- A99 : THR
3425
- A100 : PHE
3426
- A101 : VAL
3427
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
3428
- B19-B20 : adjacent_5p upward
3429
- B20-B21 : adjacent_5p upward
3430
- B22-B23 : adjacent_5p upward
3431
- B23-B24 : adjacent_5p upward
3432
- B26-B27 : adjacent_5p upward
3433
- B28-B29 : adjacent_5p upward
3434
- B35-B36 : adjacent_5p upward
3435
- B37-B38 : adjacent_5p upward
3436
- B39-B40 : adjacent_5p upward
3437
- B44-B45 : adjacent_5p upward
3438
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
3439
- Number of stackings = 10
3440
- Number of adjacent stackings = 10
3441
- Number of non adjacent stackings = 0
3442
- Base-pairs ------------------------------------------------------
3443
- B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
3444
- B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
3445
- B24-B46 : A-C Ss/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 74
3446
- B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
3447
- B27-B36 : C-G Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
3448
- B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
3449
- B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
3450
- B40-B42 : U-G Bs/Bs O2'/Bs pairing antiparallel cis one_hbond
3451
- Residue conformations -------------------------------------------
3452
- B19 : G C4p_endo anti
3453
- B20 : G C3p_endo anti
3454
- B21 : C C3p_endo anti
3455
- B22 : A C3p_endo anti
3456
- B23 : G C3p_endo anti
3457
- B24 : A C3p_endo anti
3458
- B25 : G C4p_exo anti
3459
- B26 : U C3p_endo anti
3460
- B27 : C C4p_exo anti
3461
- B28 : C C3p_endo anti
3462
- B29 : U C3p_endo anti
3463
- B30 : U C3p_exo anti
3464
- B33 : C C3p_exo anti
3465
- B34 : G C4p_exo syn
3466
- B35 : G C3p_endo anti
3467
- B36 : G C4p_exo anti
3468
- B37 : A C3p_endo anti
3469
- B38 : C C3p_endo anti
3470
- B39 : A C3p_endo anti
3471
- B40 : U C3p_endo anti
3472
- B41 : U C2p_endo anti
3473
- B42 : G C3p_endo anti
3474
- B43 : C C2p_endo anti
3475
- B44 : A C3p_endo anti
3476
- B45 : C C3p_endo anti
3477
- B46 : C C3p_endo anti
3478
- B47 : U C3p_endo anti
3479
- B48 : G C3p_endo anti
3480
- B49 : C C3p_endo anti
3481
- B50 : C C3p_endo anti
3482
- A1 : ALA
3483
- A2 : VAL
3484
- A3 : PRO
3485
- A4 : GLU
3486
- A5 : THR
3487
- A6 : ARG
3488
- A7 : PRO
3489
- A8 : ASN
3490
- A9 : HIS
3491
- A10 : THR
3492
- A11 : ILE
3493
- A12 : TYR
3494
- A13 : ILE
3495
- A14 : ASN
3496
- A15 : ASN
3497
- A16 : LEU
3498
- A17 : ASN
3499
- A18 : GLU
3500
- A19 : LYS
3501
- A20 : ILE
3502
- A21 : LYS
3503
- A22 : LYS
3504
- A23 : ASP
3505
- A24 : GLU
3506
- A25 : LEU
3507
- A26 : LYS
3508
- A27 : LYS
3509
- A28 : SER
3510
- A29 : LEU
3511
- A30 : HIS
3512
- A31 : ALA
3513
- A32 : ILE
3514
- A33 : PHE
3515
- A34 : SER
3516
- A35 : ARG
3517
- A36 : PHE
3518
- A37 : GLY
3519
- A38 : GLN
3520
- A39 : ILE
3521
- A40 : LEU
3522
- A41 : ASP
3523
- A42 : ILE
3524
- A43 : LEU
3525
- A44 : VAL
3526
- A45 : SER
3527
- A46 : ARG
3528
- A47 : SER
3529
- A48 : LEU
3530
- A49 : LYS
3531
- A50 : MET
3532
- A51 : ARG
3533
- A52 : GLY
3534
- A53 : GLN
3535
- A54 : ALA
3536
- A55 : PHE
3537
- A56 : VAL
3538
- A57 : ILE
3539
- A58 : PHE
3540
- A59 : LYS
3541
- A60 : GLU
3542
- A61 : VAL
3543
- A62 : SER
3544
- A63 : SER
3545
- A64 : ALA
3546
- A65 : THR
3547
- A66 : ASN
3548
- A67 : ALA
3549
- A68 : LEU
3550
- A69 : ARG
3551
- A70 : SER
3552
- A71 : MET
3553
- A72 : GLN
3554
- A73 : GLY
3555
- A74 : PHE
3556
- A75 : PRO
3557
- A76 : PHE
3558
- A77 : TYR
3559
- A78 : ASP
3560
- A79 : LYS
3561
- A80 : PRO
3562
- A81 : MET
3563
- A82 : ARG
3564
- A83 : ILE
3565
- A84 : GLN
3566
- A85 : TYR
3567
- A86 : ALA
3568
- A87 : LYS
3569
- A88 : THR
3570
- A89 : ASP
3571
- A90 : SER
3572
- A91 : ASP
3573
- A92 : ILE
3574
- A93 : ILE
3575
- A94 : ALA
3576
- A95 : LYS
3577
- A96 : MET
3578
- A97 : LYS
3579
- A98 : GLY
3580
- A99 : THR
3581
- A100 : PHE
3582
- A101 : VAL
3583
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
3584
- B21-B22 : adjacent_5p upward
3585
- B22-B23 : adjacent_5p upward
3586
- B23-B24 : adjacent_5p upward
3587
- B26-B27 : adjacent_5p upward
3588
- B28-B29 : adjacent_5p upward
3589
- B34-B35 : adjacent_5p outward
3590
- B35-B36 : adjacent_5p upward
3591
- B39-B40 : adjacent_5p upward
3592
- B44-B45 : adjacent_5p upward
3593
- B48-B49 : adjacent_5p upward
3594
- B49-B50 : adjacent_5p inward
3595
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
3596
- Number of stackings = 11
3597
- Number of adjacent stackings = 11
3598
- Number of non adjacent stackings = 0
3599
- Base-pairs ------------------------------------------------------
3600
- B19-B20 : G-G O2'/C8 adjacent_5p pairing
3601
- B20-B49 : G-C Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
3602
- B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
3603
- B22-B47 : A-U Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
3604
- B23-B46 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
3605
- B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
3606
- B28-B35 : C-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
3607
- B40-B42 : U-G Ss/Ws O2'/Bs pairing antiparallel cis one_hbond 84
3608
- Residue conformations -------------------------------------------
3609
- B19 : G C3p_endo anti
3610
- B20 : G C3p_endo anti
3611
- B21 : C C3p_endo anti
3612
- B22 : A C3p_endo anti
3613
- B23 : G C3p_endo anti
3614
- B24 : A C3p_endo anti
3615
- B25 : G O4p_endo anti
3616
- B26 : U C4p_exo anti
3617
- B27 : C C3p_endo anti
3618
- B28 : C C3p_endo anti
3619
- B29 : U C3p_endo anti
3620
- B30 : U C3p_exo anti
3621
- B33 : C C3p_exo anti
3622
- B34 : G C3p_endo syn
3623
- B35 : G C3p_endo anti
3624
- B36 : G C4p_exo anti
3625
- B37 : A C3p_endo anti
3626
- B38 : C C3p_endo anti
3627
- B39 : A C2p_exo anti
3628
- B40 : U C3p_endo anti
3629
- B41 : U C3p_exo anti
3630
- B42 : G C3p_endo anti
3631
- B43 : C C2p_endo anti
3632
- B44 : A C3p_endo anti
3633
- B45 : C C3p_endo anti
3634
- B46 : C C3p_endo anti
3635
- B47 : U C3p_endo anti
3636
- B48 : G C3p_endo anti
3637
- B49 : C C3p_endo anti
3638
- B50 : C C3p_endo anti
3639
- A1 : ALA
3640
- A2 : VAL
3641
- A3 : PRO
3642
- A4 : GLU
3643
- A5 : THR
3644
- A6 : ARG
3645
- A7 : PRO
3646
- A8 : ASN
3647
- A9 : HIS
3648
- A10 : THR
3649
- A11 : ILE
3650
- A12 : TYR
3651
- A13 : ILE
3652
- A14 : ASN
3653
- A15 : ASN
3654
- A16 : LEU
3655
- A17 : ASN
3656
- A18 : GLU
3657
- A19 : LYS
3658
- A20 : ILE
3659
- A21 : LYS
3660
- A22 : LYS
3661
- A23 : ASP
3662
- A24 : GLU
3663
- A25 : LEU
3664
- A26 : LYS
3665
- A27 : LYS
3666
- A28 : SER
3667
- A29 : LEU
3668
- A30 : HIS
3669
- A31 : ALA
3670
- A32 : ILE
3671
- A33 : PHE
3672
- A34 : SER
3673
- A35 : ARG
3674
- A36 : PHE
3675
- A37 : GLY
3676
- A38 : GLN
3677
- A39 : ILE
3678
- A40 : LEU
3679
- A41 : ASP
3680
- A42 : ILE
3681
- A43 : LEU
3682
- A44 : VAL
3683
- A45 : SER
3684
- A46 : ARG
3685
- A47 : SER
3686
- A48 : LEU
3687
- A49 : LYS
3688
- A50 : MET
3689
- A51 : ARG
3690
- A52 : GLY
3691
- A53 : GLN
3692
- A54 : ALA
3693
- A55 : PHE
3694
- A56 : VAL
3695
- A57 : ILE
3696
- A58 : PHE
3697
- A59 : LYS
3698
- A60 : GLU
3699
- A61 : VAL
3700
- A62 : SER
3701
- A63 : SER
3702
- A64 : ALA
3703
- A65 : THR
3704
- A66 : ASN
3705
- A67 : ALA
3706
- A68 : LEU
3707
- A69 : ARG
3708
- A70 : SER
3709
- A71 : MET
3710
- A72 : GLN
3711
- A73 : GLY
3712
- A74 : PHE
3713
- A75 : PRO
3714
- A76 : PHE
3715
- A77 : TYR
3716
- A78 : ASP
3717
- A79 : LYS
3718
- A80 : PRO
3719
- A81 : MET
3720
- A82 : ARG
3721
- A83 : ILE
3722
- A84 : GLN
3723
- A85 : TYR
3724
- A86 : ALA
3725
- A87 : LYS
3726
- A88 : THR
3727
- A89 : ASP
3728
- A90 : SER
3729
- A91 : ASP
3730
- A92 : ILE
3731
- A93 : ILE
3732
- A94 : ALA
3733
- A95 : LYS
3734
- A96 : MET
3735
- A97 : LYS
3736
- A98 : GLY
3737
- A99 : THR
3738
- A100 : PHE
3739
- A101 : VAL
3740
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
3741
- B20-B21 : adjacent_5p upward
3742
- B22-B23 : adjacent_5p upward
3743
- B23-B24 : adjacent_5p upward
3744
- B26-B27 : adjacent_5p upward
3745
- B28-B29 : adjacent_5p upward
3746
- B34-B35 : adjacent_5p outward
3747
- B35-B36 : adjacent_5p upward
3748
- B36-B37 : adjacent_5p upward
3749
- B38-B39 : adjacent_5p upward
3750
- B39-B40 : adjacent_5p upward
3751
- B44-B45 : adjacent_5p upward
3752
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
3753
- Number of stackings = 11
3754
- Number of adjacent stackings = 11
3755
- Number of non adjacent stackings = 0
3756
- Base-pairs ------------------------------------------------------
3757
- B19-B50 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
3758
- B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
3759
- B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
3760
- B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
3761
- B24-B46 : A-C Ss/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 74
3762
- B26-B37 : U-A Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
3763
- B28-B35 : C-G Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
3764
- B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
3765
- B40-B42 : U-G O2'/Bs pairing
3766
- Residue conformations -------------------------------------------
3767
- B19 : G C4p_exo anti
3768
- B20 : G C3p_endo anti
3769
- B21 : C C3p_endo anti
3770
- B22 : A C3p_endo anti
3771
- B23 : G C3p_endo anti
3772
- B24 : A C4p_exo anti
3773
- B25 : G O4p_endo anti
3774
- B26 : U C3p_endo anti
3775
- B27 : C C3p_endo anti
3776
- B28 : C C3p_endo anti
3777
- B29 : U C3p_endo anti
3778
- B30 : U C3p_exo anti
3779
- B33 : C C3p_exo anti
3780
- B34 : G C3p_endo syn
3781
- B35 : G C3p_endo anti
3782
- B36 : G C4p_exo anti
3783
- B37 : A C3p_endo anti
3784
- B38 : C C3p_endo anti
3785
- B39 : A C3p_endo anti
3786
- B40 : U C3p_endo anti
3787
- B41 : U C3p_exo anti
3788
- B42 : G C3p_endo anti
3789
- B43 : C C2p_endo anti
3790
- B44 : A C3p_endo anti
3791
- B45 : C C4p_exo anti
3792
- B46 : C C3p_endo anti
3793
- B47 : U C3p_endo anti
3794
- B48 : G C3p_endo anti
3795
- B49 : C C3p_endo anti
3796
- B50 : C C3p_endo anti
3797
- A1 : ALA
3798
- A2 : VAL
3799
- A3 : PRO
3800
- A4 : GLU
3801
- A5 : THR
3802
- A6 : ARG
3803
- A7 : PRO
3804
- A8 : ASN
3805
- A9 : HIS
3806
- A10 : THR
3807
- A11 : ILE
3808
- A12 : TYR
3809
- A13 : ILE
3810
- A14 : ASN
3811
- A15 : ASN
3812
- A16 : LEU
3813
- A17 : ASN
3814
- A18 : GLU
3815
- A19 : LYS
3816
- A20 : ILE
3817
- A21 : LYS
3818
- A22 : LYS
3819
- A23 : ASP
3820
- A24 : GLU
3821
- A25 : LEU
3822
- A26 : LYS
3823
- A27 : LYS
3824
- A28 : SER
3825
- A29 : LEU
3826
- A30 : HIS
3827
- A31 : ALA
3828
- A32 : ILE
3829
- A33 : PHE
3830
- A34 : SER
3831
- A35 : ARG
3832
- A36 : PHE
3833
- A37 : GLY
3834
- A38 : GLN
3835
- A39 : ILE
3836
- A40 : LEU
3837
- A41 : ASP
3838
- A42 : ILE
3839
- A43 : LEU
3840
- A44 : VAL
3841
- A45 : SER
3842
- A46 : ARG
3843
- A47 : SER
3844
- A48 : LEU
3845
- A49 : LYS
3846
- A50 : MET
3847
- A51 : ARG
3848
- A52 : GLY
3849
- A53 : GLN
3850
- A54 : ALA
3851
- A55 : PHE
3852
- A56 : VAL
3853
- A57 : ILE
3854
- A58 : PHE
3855
- A59 : LYS
3856
- A60 : GLU
3857
- A61 : VAL
3858
- A62 : SER
3859
- A63 : SER
3860
- A64 : ALA
3861
- A65 : THR
3862
- A66 : ASN
3863
- A67 : ALA
3864
- A68 : LEU
3865
- A69 : ARG
3866
- A70 : SER
3867
- A71 : MET
3868
- A72 : GLN
3869
- A73 : GLY
3870
- A74 : PHE
3871
- A75 : PRO
3872
- A76 : PHE
3873
- A77 : TYR
3874
- A78 : ASP
3875
- A79 : LYS
3876
- A80 : PRO
3877
- A81 : MET
3878
- A82 : ARG
3879
- A83 : ILE
3880
- A84 : GLN
3881
- A85 : TYR
3882
- A86 : ALA
3883
- A87 : LYS
3884
- A88 : THR
3885
- A89 : ASP
3886
- A90 : SER
3887
- A91 : ASP
3888
- A92 : ILE
3889
- A93 : ILE
3890
- A94 : ALA
3891
- A95 : LYS
3892
- A96 : MET
3893
- A97 : LYS
3894
- A98 : GLY
3895
- A99 : THR
3896
- A100 : PHE
3897
- A101 : VAL
3898
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
3899
- B20-B21 : adjacent_5p upward
3900
- B22-B23 : adjacent_5p upward
3901
- B23-B24 : adjacent_5p upward
3902
- B28-B29 : adjacent_5p upward
3903
- B34-B35 : adjacent_5p outward
3904
- B35-B36 : adjacent_5p upward
3905
- B38-B39 : adjacent_5p upward
3906
- B39-B40 : adjacent_5p upward
3907
- B41-B42 : adjacent_5p outward
3908
- B44-B45 : adjacent_5p upward
3909
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
3910
- Number of stackings = 10
3911
- Number of adjacent stackings = 10
3912
- Number of non adjacent stackings = 0
3913
- Base-pairs ------------------------------------------------------
3914
- B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
3915
- B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
3916
- B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
3917
- B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
3918
- B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
3919
- B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
3920
- Residue conformations -------------------------------------------
3921
- B19 : G C3p_endo anti
3922
- B20 : G C3p_endo anti
3923
- B21 : C C3p_endo anti
3924
- B22 : A C3p_endo anti
3925
- B23 : G C3p_endo anti
3926
- B24 : A O4p_endo anti
3927
- B25 : G C4p_exo anti
3928
- B26 : U C3p_endo anti
3929
- B27 : C C3p_endo anti
3930
- B28 : C C3p_endo anti
3931
- B29 : U C3p_endo anti
3932
- B30 : U C3p_exo anti
3933
- B33 : C C3p_exo anti
3934
- B34 : G C4p_exo syn
3935
- B35 : G C3p_endo anti
3936
- B36 : G C3p_endo anti
3937
- B37 : A C3p_endo anti
3938
- B38 : C C3p_endo anti
3939
- B39 : A C3p_endo anti
3940
- B40 : U C3p_endo anti
3941
- B41 : U C3p_exo anti
3942
- B42 : G C3p_endo anti
3943
- B43 : C C2p_endo anti
3944
- B44 : A C3p_endo anti
3945
- B45 : C C3p_endo anti
3946
- B46 : C C3p_endo anti
3947
- B47 : U C3p_endo anti
3948
- B48 : G C3p_endo anti
3949
- B49 : C C3p_endo anti
3950
- B50 : C C3p_endo anti
3951
- A1 : ALA
3952
- A2 : VAL
3953
- A3 : PRO
3954
- A4 : GLU
3955
- A5 : THR
3956
- A6 : ARG
3957
- A7 : PRO
3958
- A8 : ASN
3959
- A9 : HIS
3960
- A10 : THR
3961
- A11 : ILE
3962
- A12 : TYR
3963
- A13 : ILE
3964
- A14 : ASN
3965
- A15 : ASN
3966
- A16 : LEU
3967
- A17 : ASN
3968
- A18 : GLU
3969
- A19 : LYS
3970
- A20 : ILE
3971
- A21 : LYS
3972
- A22 : LYS
3973
- A23 : ASP
3974
- A24 : GLU
3975
- A25 : LEU
3976
- A26 : LYS
3977
- A27 : LYS
3978
- A28 : SER
3979
- A29 : LEU
3980
- A30 : HIS
3981
- A31 : ALA
3982
- A32 : ILE
3983
- A33 : PHE
3984
- A34 : SER
3985
- A35 : ARG
3986
- A36 : PHE
3987
- A37 : GLY
3988
- A38 : GLN
3989
- A39 : ILE
3990
- A40 : LEU
3991
- A41 : ASP
3992
- A42 : ILE
3993
- A43 : LEU
3994
- A44 : VAL
3995
- A45 : SER
3996
- A46 : ARG
3997
- A47 : SER
3998
- A48 : LEU
3999
- A49 : LYS
4000
- A50 : MET
4001
- A51 : ARG
4002
- A52 : GLY
4003
- A53 : GLN
4004
- A54 : ALA
4005
- A55 : PHE
4006
- A56 : VAL
4007
- A57 : ILE
4008
- A58 : PHE
4009
- A59 : LYS
4010
- A60 : GLU
4011
- A61 : VAL
4012
- A62 : SER
4013
- A63 : SER
4014
- A64 : ALA
4015
- A65 : THR
4016
- A66 : ASN
4017
- A67 : ALA
4018
- A68 : LEU
4019
- A69 : ARG
4020
- A70 : SER
4021
- A71 : MET
4022
- A72 : GLN
4023
- A73 : GLY
4024
- A74 : PHE
4025
- A75 : PRO
4026
- A76 : PHE
4027
- A77 : TYR
4028
- A78 : ASP
4029
- A79 : LYS
4030
- A80 : PRO
4031
- A81 : MET
4032
- A82 : ARG
4033
- A83 : ILE
4034
- A84 : GLN
4035
- A85 : TYR
4036
- A86 : ALA
4037
- A87 : LYS
4038
- A88 : THR
4039
- A89 : ASP
4040
- A90 : SER
4041
- A91 : ASP
4042
- A92 : ILE
4043
- A93 : ILE
4044
- A94 : ALA
4045
- A95 : LYS
4046
- A96 : MET
4047
- A97 : LYS
4048
- A98 : GLY
4049
- A99 : THR
4050
- A100 : PHE
4051
- A101 : VAL
4052
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
4053
- B20-B21 : adjacent_5p upward
4054
- B21-B22 : adjacent_5p upward
4055
- B22-B23 : adjacent_5p upward
4056
- B23-B24 : adjacent_5p upward
4057
- B25-B26 : adjacent_5p upward pairing
4058
- B26-B27 : adjacent_5p upward
4059
- B36-B37 : adjacent_5p upward
4060
- B38-B39 : adjacent_5p upward
4061
- B39-B40 : adjacent_5p upward
4062
- B44-B45 : adjacent_5p upward
4063
- B49-B50 : adjacent_5p upward
4064
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
4065
- Number of stackings = 11
4066
- Number of adjacent stackings = 11
4067
- Number of non adjacent stackings = 0
4068
- Base-pairs ------------------------------------------------------
4069
- B19-B50 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
4070
- B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
4071
- B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
4072
- B25-B26 : G-U O2'/Hh adjacent_5p upward pairing
4073
- B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
4074
- B27-B36 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
4075
- B28-B35 : C-G Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
4076
- B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
4077
- Residue conformations -------------------------------------------
4078
- B19 : G C3p_endo anti
4079
- B20 : G C3p_endo anti
4080
- B21 : C C4p_exo anti
4081
- B22 : A C3p_endo anti
4082
- B23 : G C2p_exo anti
4083
- B24 : A C3p_endo anti
4084
- B25 : G C4p_exo anti
4085
- B26 : U C3p_endo anti
4086
- B27 : C C4p_exo anti
4087
- B28 : C C3p_endo anti
4088
- B29 : U C3p_endo anti
4089
- B30 : U C3p_exo anti
4090
- B33 : C C3p_exo anti
4091
- B34 : G C3p_endo syn
4092
- B35 : G C3p_endo anti
4093
- B36 : G C4p_exo anti
4094
- B37 : A C3p_endo anti
4095
- B38 : C C3p_endo anti
4096
- B39 : A C3p_endo anti
4097
- B40 : U C3p_endo anti
4098
- B41 : U C2p_endo anti
4099
- B42 : G C1p_endo anti
4100
- B43 : C C2p_endo anti
4101
- B44 : A C2p_exo anti
4102
- B45 : C C3p_endo anti
4103
- B46 : C C3p_endo anti
4104
- B47 : U C3p_endo anti
4105
- B48 : G C3p_endo anti
4106
- B49 : C C3p_endo anti
4107
- B50 : C C3p_endo anti
4108
- A1 : ALA
4109
- A2 : VAL
4110
- A3 : PRO
4111
- A4 : GLU
4112
- A5 : THR
4113
- A6 : ARG
4114
- A7 : PRO
4115
- A8 : ASN
4116
- A9 : HIS
4117
- A10 : THR
4118
- A11 : ILE
4119
- A12 : TYR
4120
- A13 : ILE
4121
- A14 : ASN
4122
- A15 : ASN
4123
- A16 : LEU
4124
- A17 : ASN
4125
- A18 : GLU
4126
- A19 : LYS
4127
- A20 : ILE
4128
- A21 : LYS
4129
- A22 : LYS
4130
- A23 : ASP
4131
- A24 : GLU
4132
- A25 : LEU
4133
- A26 : LYS
4134
- A27 : LYS
4135
- A28 : SER
4136
- A29 : LEU
4137
- A30 : HIS
4138
- A31 : ALA
4139
- A32 : ILE
4140
- A33 : PHE
4141
- A34 : SER
4142
- A35 : ARG
4143
- A36 : PHE
4144
- A37 : GLY
4145
- A38 : GLN
4146
- A39 : ILE
4147
- A40 : LEU
4148
- A41 : ASP
4149
- A42 : ILE
4150
- A43 : LEU
4151
- A44 : VAL
4152
- A45 : SER
4153
- A46 : ARG
4154
- A47 : SER
4155
- A48 : LEU
4156
- A49 : LYS
4157
- A50 : MET
4158
- A51 : ARG
4159
- A52 : GLY
4160
- A53 : GLN
4161
- A54 : ALA
4162
- A55 : PHE
4163
- A56 : VAL
4164
- A57 : ILE
4165
- A58 : PHE
4166
- A59 : LYS
4167
- A60 : GLU
4168
- A61 : VAL
4169
- A62 : SER
4170
- A63 : SER
4171
- A64 : ALA
4172
- A65 : THR
4173
- A66 : ASN
4174
- A67 : ALA
4175
- A68 : LEU
4176
- A69 : ARG
4177
- A70 : SER
4178
- A71 : MET
4179
- A72 : GLN
4180
- A73 : GLY
4181
- A74 : PHE
4182
- A75 : PRO
4183
- A76 : PHE
4184
- A77 : TYR
4185
- A78 : ASP
4186
- A79 : LYS
4187
- A80 : PRO
4188
- A81 : MET
4189
- A82 : ARG
4190
- A83 : ILE
4191
- A84 : GLN
4192
- A85 : TYR
4193
- A86 : ALA
4194
- A87 : LYS
4195
- A88 : THR
4196
- A89 : ASP
4197
- A90 : SER
4198
- A91 : ASP
4199
- A92 : ILE
4200
- A93 : ILE
4201
- A94 : ALA
4202
- A95 : LYS
4203
- A96 : MET
4204
- A97 : LYS
4205
- A98 : GLY
4206
- A99 : THR
4207
- A100 : PHE
4208
- A101 : VAL
4209
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
4210
- B20-B21 : adjacent_5p upward
4211
- B22-B23 : adjacent_5p upward
4212
- B23-B24 : adjacent_5p upward
4213
- B26-B27 : adjacent_5p upward
4214
- B28-B29 : adjacent_5p upward
4215
- B34-B35 : adjacent_5p outward
4216
- B35-B36 : adjacent_5p upward
4217
- B37-B38 : adjacent_5p upward
4218
- B38-B39 : adjacent_5p upward
4219
- B39-B40 : adjacent_5p upward
4220
- B44-B45 : adjacent_5p upward
4221
- B47-B48 : adjacent_5p upward
4222
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
4223
- Number of stackings = 12
4224
- Number of adjacent stackings = 12
4225
- Number of non adjacent stackings = 0
4226
- Base-pairs ------------------------------------------------------
4227
- B20-B49 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
4228
- B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
4229
- B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
4230
- B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis 130
4231
- B25-B38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
4232
- B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
4233
- B28-B35 : C-G Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
4234
- B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
4235
- B40-B42 : U-G O2'/Bs pairing
4236
- Residue conformations -------------------------------------------
4237
- B19 : G C3p_exo anti
4238
- B20 : G C3p_endo anti
4239
- B21 : C C3p_endo anti
4240
- B22 : A C3p_endo anti
4241
- B23 : G C3p_endo anti
4242
- B24 : A C4p_exo anti
4243
- B25 : G C4p_exo anti
4244
- B26 : U C4p_exo anti
4245
- B27 : C C4p_exo anti
4246
- B28 : C C3p_endo anti
4247
- B29 : U C3p_endo anti
4248
- B30 : U C3p_exo anti
4249
- B33 : C C4p_endo syn
4250
- B34 : G C4p_exo syn
4251
- B35 : G C3p_endo anti
4252
- B36 : G C4p_exo anti
4253
- B37 : A C3p_endo anti
4254
- B38 : C C3p_endo anti
4255
- B39 : A C3p_endo anti
4256
- B40 : U C3p_endo anti
4257
- B41 : U C2p_endo anti
4258
- B42 : G C3p_endo anti
4259
- B43 : C C2p_endo anti
4260
- B44 : A C3p_endo anti
4261
- B45 : C C3p_endo anti
4262
- B46 : C C3p_endo anti
4263
- B47 : U C3p_endo anti
4264
- B48 : G C3p_endo anti
4265
- B49 : C C3p_endo anti
4266
- B50 : C C3p_endo anti
4267
- A1 : ALA
4268
- A2 : VAL
4269
- A3 : PRO
4270
- A4 : GLU
4271
- A5 : THR
4272
- A6 : ARG
4273
- A7 : PRO
4274
- A8 : ASN
4275
- A9 : HIS
4276
- A10 : THR
4277
- A11 : ILE
4278
- A12 : TYR
4279
- A13 : ILE
4280
- A14 : ASN
4281
- A15 : ASN
4282
- A16 : LEU
4283
- A17 : ASN
4284
- A18 : GLU
4285
- A19 : LYS
4286
- A20 : ILE
4287
- A21 : LYS
4288
- A22 : LYS
4289
- A23 : ASP
4290
- A24 : GLU
4291
- A25 : LEU
4292
- A26 : LYS
4293
- A27 : LYS
4294
- A28 : SER
4295
- A29 : LEU
4296
- A30 : HIS
4297
- A31 : ALA
4298
- A32 : ILE
4299
- A33 : PHE
4300
- A34 : SER
4301
- A35 : ARG
4302
- A36 : PHE
4303
- A37 : GLY
4304
- A38 : GLN
4305
- A39 : ILE
4306
- A40 : LEU
4307
- A41 : ASP
4308
- A42 : ILE
4309
- A43 : LEU
4310
- A44 : VAL
4311
- A45 : SER
4312
- A46 : ARG
4313
- A47 : SER
4314
- A48 : LEU
4315
- A49 : LYS
4316
- A50 : MET
4317
- A51 : ARG
4318
- A52 : GLY
4319
- A53 : GLN
4320
- A54 : ALA
4321
- A55 : PHE
4322
- A56 : VAL
4323
- A57 : ILE
4324
- A58 : PHE
4325
- A59 : LYS
4326
- A60 : GLU
4327
- A61 : VAL
4328
- A62 : SER
4329
- A63 : SER
4330
- A64 : ALA
4331
- A65 : THR
4332
- A66 : ASN
4333
- A67 : ALA
4334
- A68 : LEU
4335
- A69 : ARG
4336
- A70 : SER
4337
- A71 : MET
4338
- A72 : GLN
4339
- A73 : GLY
4340
- A74 : PHE
4341
- A75 : PRO
4342
- A76 : PHE
4343
- A77 : TYR
4344
- A78 : ASP
4345
- A79 : LYS
4346
- A80 : PRO
4347
- A81 : MET
4348
- A82 : ARG
4349
- A83 : ILE
4350
- A84 : GLN
4351
- A85 : TYR
4352
- A86 : ALA
4353
- A87 : LYS
4354
- A88 : THR
4355
- A89 : ASP
4356
- A90 : SER
4357
- A91 : ASP
4358
- A92 : ILE
4359
- A93 : ILE
4360
- A94 : ALA
4361
- A95 : LYS
4362
- A96 : MET
4363
- A97 : LYS
4364
- A98 : GLY
4365
- A99 : THR
4366
- A100 : PHE
4367
- A101 : VAL
4368
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
4369
- B20-B21 : adjacent_5p upward
4370
- B22-B23 : adjacent_5p upward
4371
- B23-B24 : adjacent_5p upward
4372
- B26-B27 : adjacent_5p upward
4373
- B28-B29 : adjacent_5p upward
4374
- B33-B34 : adjacent_5p inward
4375
- B35-B36 : adjacent_5p upward
4376
- B36-B37 : adjacent_5p upward
4377
- B38-B39 : adjacent_5p upward
4378
- B39-B40 : adjacent_5p upward
4379
- B44-B45 : adjacent_5p upward
4380
- B46-B47 : adjacent_5p upward
4381
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
4382
- Number of stackings = 12
4383
- Number of adjacent stackings = 12
4384
- Number of non adjacent stackings = 0
4385
- Base-pairs ------------------------------------------------------
4386
- B19-B20 : G-G O2'/C8 adjacent_5p pairing
4387
- B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
4388
- B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
4389
- B23-B46 : G-C Ws/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
4390
- B25-B38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
4391
- B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
4392
- B30-B33 : U-C O2'/Ww O2'/Bh adjacent_5p pairing
4393
- B40-B42 : U-G O2'/Bs pairing
4394
- Residue conformations -------------------------------------------
4395
- B19 : G C3p_endo anti
4396
- B20 : G C3p_endo anti
4397
- B21 : C C3p_endo anti
4398
- B22 : A C3p_endo anti
4399
- B23 : G C3p_endo anti
4400
- B24 : A C3p_endo anti
4401
- B25 : G O4p_endo anti
4402
- B26 : U C3p_endo anti
4403
- B27 : C C4p_exo anti
4404
- B28 : C C3p_endo anti
4405
- B29 : U C3p_endo anti
4406
- B30 : U C3p_exo anti
4407
- B33 : C C3p_exo anti
4408
- B34 : G C3p_endo syn
4409
- B35 : G C3p_endo anti
4410
- B36 : G C4p_exo anti
4411
- B37 : A C3p_endo anti
4412
- B38 : C C3p_endo anti
4413
- B39 : A C2p_exo anti
4414
- B40 : U C3p_endo anti
4415
- B41 : U C3p_exo anti
4416
- B42 : G C3p_endo anti
4417
- B43 : C C2p_endo anti
4418
- B44 : A C3p_endo anti
4419
- B45 : C C3p_endo anti
4420
- B46 : C C4p_exo anti
4421
- B47 : U C3p_endo anti
4422
- B48 : G C3p_endo anti
4423
- B49 : C C3p_endo anti
4424
- B50 : C C3p_endo anti
4425
- A1 : ALA
4426
- A2 : VAL
4427
- A3 : PRO
4428
- A4 : GLU
4429
- A5 : THR
4430
- A6 : ARG
4431
- A7 : PRO
4432
- A8 : ASN
4433
- A9 : HIS
4434
- A10 : THR
4435
- A11 : ILE
4436
- A12 : TYR
4437
- A13 : ILE
4438
- A14 : ASN
4439
- A15 : ASN
4440
- A16 : LEU
4441
- A17 : ASN
4442
- A18 : GLU
4443
- A19 : LYS
4444
- A20 : ILE
4445
- A21 : LYS
4446
- A22 : LYS
4447
- A23 : ASP
4448
- A24 : GLU
4449
- A25 : LEU
4450
- A26 : LYS
4451
- A27 : LYS
4452
- A28 : SER
4453
- A29 : LEU
4454
- A30 : HIS
4455
- A31 : ALA
4456
- A32 : ILE
4457
- A33 : PHE
4458
- A34 : SER
4459
- A35 : ARG
4460
- A36 : PHE
4461
- A37 : GLY
4462
- A38 : GLN
4463
- A39 : ILE
4464
- A40 : LEU
4465
- A41 : ASP
4466
- A42 : ILE
4467
- A43 : LEU
4468
- A44 : VAL
4469
- A45 : SER
4470
- A46 : ARG
4471
- A47 : SER
4472
- A48 : LEU
4473
- A49 : LYS
4474
- A50 : MET
4475
- A51 : ARG
4476
- A52 : GLY
4477
- A53 : GLN
4478
- A54 : ALA
4479
- A55 : PHE
4480
- A56 : VAL
4481
- A57 : ILE
4482
- A58 : PHE
4483
- A59 : LYS
4484
- A60 : GLU
4485
- A61 : VAL
4486
- A62 : SER
4487
- A63 : SER
4488
- A64 : ALA
4489
- A65 : THR
4490
- A66 : ASN
4491
- A67 : ALA
4492
- A68 : LEU
4493
- A69 : ARG
4494
- A70 : SER
4495
- A71 : MET
4496
- A72 : GLN
4497
- A73 : GLY
4498
- A74 : PHE
4499
- A75 : PRO
4500
- A76 : PHE
4501
- A77 : TYR
4502
- A78 : ASP
4503
- A79 : LYS
4504
- A80 : PRO
4505
- A81 : MET
4506
- A82 : ARG
4507
- A83 : ILE
4508
- A84 : GLN
4509
- A85 : TYR
4510
- A86 : ALA
4511
- A87 : LYS
4512
- A88 : THR
4513
- A89 : ASP
4514
- A90 : SER
4515
- A91 : ASP
4516
- A92 : ILE
4517
- A93 : ILE
4518
- A94 : ALA
4519
- A95 : LYS
4520
- A96 : MET
4521
- A97 : LYS
4522
- A98 : GLY
4523
- A99 : THR
4524
- A100 : PHE
4525
- A101 : VAL
4526
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
4527
- B20-B21 : adjacent_5p upward
4528
- B22-B23 : adjacent_5p upward
4529
- B23-B24 : adjacent_5p upward
4530
- B26-B27 : adjacent_5p upward
4531
- B28-B29 : adjacent_5p upward
4532
- B34-B35 : adjacent_5p outward
4533
- B35-B36 : adjacent_5p upward
4534
- B37-B38 : adjacent_5p upward
4535
- B39-B40 : adjacent_5p upward
4536
- B44-B45 : adjacent_5p upward
4537
- B49-B50 : adjacent_5p upward
4538
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
4539
- Number of stackings = 11
4540
- Number of adjacent stackings = 11
4541
- Number of non adjacent stackings = 0
4542
- Base-pairs ------------------------------------------------------
4543
- B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
4544
- B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
4545
- B24-B46 : A-C Ss/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 74
4546
- B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
4547
- B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
4548
- B40-B42 : U-G Bs/Ws pairing antiparallel cis one_hbond
4549
- Residue conformations -------------------------------------------
4550
- B19 : G C4p_exo anti
4551
- B20 : G C3p_endo anti
4552
- B21 : C C3p_endo anti
4553
- B22 : A C3p_endo anti
4554
- B23 : G C3p_endo anti
4555
- B24 : A C3p_endo anti
4556
- B25 : G C4p_exo anti
4557
- B26 : U C3p_endo anti
4558
- B27 : C C4p_exo anti
4559
- B28 : C C3p_endo anti
4560
- B29 : U C3p_endo anti
4561
- B30 : U C3p_exo anti
4562
- B33 : C C3p_exo anti
4563
- B34 : G C3p_endo syn
4564
- B35 : G C3p_endo anti
4565
- B36 : G C4p_exo anti
4566
- B37 : A C3p_endo anti
4567
- B38 : C C3p_endo anti
4568
- B39 : A C3p_endo anti
4569
- B40 : U C3p_endo anti
4570
- B41 : U C3p_exo anti
4571
- B42 : G C3p_endo anti
4572
- B43 : C C2p_endo anti
4573
- B44 : A C2p_exo anti
4574
- B45 : C C3p_endo anti
4575
- B46 : C C3p_endo anti
4576
- B47 : U C3p_endo anti
4577
- B48 : G C3p_endo anti
4578
- B49 : C C3p_endo anti
4579
- B50 : C C3p_endo anti
4580
- A1 : ALA
4581
- A2 : VAL
4582
- A3 : PRO
4583
- A4 : GLU
4584
- A5 : THR
4585
- A6 : ARG
4586
- A7 : PRO
4587
- A8 : ASN
4588
- A9 : HIS
4589
- A10 : THR
4590
- A11 : ILE
4591
- A12 : TYR
4592
- A13 : ILE
4593
- A14 : ASN
4594
- A15 : ASN
4595
- A16 : LEU
4596
- A17 : ASN
4597
- A18 : GLU
4598
- A19 : LYS
4599
- A20 : ILE
4600
- A21 : LYS
4601
- A22 : LYS
4602
- A23 : ASP
4603
- A24 : GLU
4604
- A25 : LEU
4605
- A26 : LYS
4606
- A27 : LYS
4607
- A28 : SER
4608
- A29 : LEU
4609
- A30 : HIS
4610
- A31 : ALA
4611
- A32 : ILE
4612
- A33 : PHE
4613
- A34 : SER
4614
- A35 : ARG
4615
- A36 : PHE
4616
- A37 : GLY
4617
- A38 : GLN
4618
- A39 : ILE
4619
- A40 : LEU
4620
- A41 : ASP
4621
- A42 : ILE
4622
- A43 : LEU
4623
- A44 : VAL
4624
- A45 : SER
4625
- A46 : ARG
4626
- A47 : SER
4627
- A48 : LEU
4628
- A49 : LYS
4629
- A50 : MET
4630
- A51 : ARG
4631
- A52 : GLY
4632
- A53 : GLN
4633
- A54 : ALA
4634
- A55 : PHE
4635
- A56 : VAL
4636
- A57 : ILE
4637
- A58 : PHE
4638
- A59 : LYS
4639
- A60 : GLU
4640
- A61 : VAL
4641
- A62 : SER
4642
- A63 : SER
4643
- A64 : ALA
4644
- A65 : THR
4645
- A66 : ASN
4646
- A67 : ALA
4647
- A68 : LEU
4648
- A69 : ARG
4649
- A70 : SER
4650
- A71 : MET
4651
- A72 : GLN
4652
- A73 : GLY
4653
- A74 : PHE
4654
- A75 : PRO
4655
- A76 : PHE
4656
- A77 : TYR
4657
- A78 : ASP
4658
- A79 : LYS
4659
- A80 : PRO
4660
- A81 : MET
4661
- A82 : ARG
4662
- A83 : ILE
4663
- A84 : GLN
4664
- A85 : TYR
4665
- A86 : ALA
4666
- A87 : LYS
4667
- A88 : THR
4668
- A89 : ASP
4669
- A90 : SER
4670
- A91 : ASP
4671
- A92 : ILE
4672
- A93 : ILE
4673
- A94 : ALA
4674
- A95 : LYS
4675
- A96 : MET
4676
- A97 : LYS
4677
- A98 : GLY
4678
- A99 : THR
4679
- A100 : PHE
4680
- A101 : VAL
4681
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
4682
- B20-B21 : adjacent_5p upward
4683
- B22-B23 : adjacent_5p upward
4684
- B23-B24 : adjacent_5p upward
4685
- B26-B27 : adjacent_5p upward
4686
- B28-B29 : adjacent_5p upward
4687
- B34-B35 : adjacent_5p outward
4688
- B35-B36 : adjacent_5p upward
4689
- B39-B40 : adjacent_5p upward
4690
- B44-B45 : adjacent_5p upward
4691
- B47-B48 : adjacent_5p upward
4692
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
4693
- Number of stackings = 10
4694
- Number of adjacent stackings = 10
4695
- Number of non adjacent stackings = 0
4696
- Base-pairs ------------------------------------------------------
4697
- B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
4698
- B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
4699
- B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
4700
- B25-B38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
4701
- B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
4702
- B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
4703
- B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
4704
- Residue conformations -------------------------------------------
4705
- B19 : G C4p_exo anti
4706
- B20 : G C3p_endo anti
4707
- B21 : C C4p_exo anti
4708
- B22 : A C3p_endo anti
4709
- B23 : G C3p_endo anti
4710
- B24 : A C2p_exo anti
4711
- B25 : G C4p_exo anti
4712
- B26 : U C3p_endo anti
4713
- B27 : C C4p_exo anti
4714
- B28 : C C3p_endo anti
4715
- B29 : U C3p_endo anti
4716
- B30 : U C3p_exo anti
4717
- B33 : C C3p_exo anti
4718
- B34 : G C4p_exo syn
4719
- B35 : G C3p_endo anti
4720
- B36 : G C4p_exo anti
4721
- B37 : A C4p_exo anti
4722
- B38 : C C3p_endo anti
4723
- B39 : A C2p_exo anti
4724
- B40 : U C3p_endo anti
4725
- B41 : U C3p_exo anti
4726
- B42 : G C3p_endo anti
4727
- B43 : C C2p_endo anti
4728
- B44 : A C3p_endo anti
4729
- B45 : C C3p_endo anti
4730
- B46 : C C3p_endo anti
4731
- B47 : U C3p_endo anti
4732
- B48 : G C3p_endo anti
4733
- B49 : C C3p_endo anti
4734
- B50 : C C3p_endo anti
4735
- A1 : ALA
4736
- A2 : VAL
4737
- A3 : PRO
4738
- A4 : GLU
4739
- A5 : THR
4740
- A6 : ARG
4741
- A7 : PRO
4742
- A8 : ASN
4743
- A9 : HIS
4744
- A10 : THR
4745
- A11 : ILE
4746
- A12 : TYR
4747
- A13 : ILE
4748
- A14 : ASN
4749
- A15 : ASN
4750
- A16 : LEU
4751
- A17 : ASN
4752
- A18 : GLU
4753
- A19 : LYS
4754
- A20 : ILE
4755
- A21 : LYS
4756
- A22 : LYS
4757
- A23 : ASP
4758
- A24 : GLU
4759
- A25 : LEU
4760
- A26 : LYS
4761
- A27 : LYS
4762
- A28 : SER
4763
- A29 : LEU
4764
- A30 : HIS
4765
- A31 : ALA
4766
- A32 : ILE
4767
- A33 : PHE
4768
- A34 : SER
4769
- A35 : ARG
4770
- A36 : PHE
4771
- A37 : GLY
4772
- A38 : GLN
4773
- A39 : ILE
4774
- A40 : LEU
4775
- A41 : ASP
4776
- A42 : ILE
4777
- A43 : LEU
4778
- A44 : VAL
4779
- A45 : SER
4780
- A46 : ARG
4781
- A47 : SER
4782
- A48 : LEU
4783
- A49 : LYS
4784
- A50 : MET
4785
- A51 : ARG
4786
- A52 : GLY
4787
- A53 : GLN
4788
- A54 : ALA
4789
- A55 : PHE
4790
- A56 : VAL
4791
- A57 : ILE
4792
- A58 : PHE
4793
- A59 : LYS
4794
- A60 : GLU
4795
- A61 : VAL
4796
- A62 : SER
4797
- A63 : SER
4798
- A64 : ALA
4799
- A65 : THR
4800
- A66 : ASN
4801
- A67 : ALA
4802
- A68 : LEU
4803
- A69 : ARG
4804
- A70 : SER
4805
- A71 : MET
4806
- A72 : GLN
4807
- A73 : GLY
4808
- A74 : PHE
4809
- A75 : PRO
4810
- A76 : PHE
4811
- A77 : TYR
4812
- A78 : ASP
4813
- A79 : LYS
4814
- A80 : PRO
4815
- A81 : MET
4816
- A82 : ARG
4817
- A83 : ILE
4818
- A84 : GLN
4819
- A85 : TYR
4820
- A86 : ALA
4821
- A87 : LYS
4822
- A88 : THR
4823
- A89 : ASP
4824
- A90 : SER
4825
- A91 : ASP
4826
- A92 : ILE
4827
- A93 : ILE
4828
- A94 : ALA
4829
- A95 : LYS
4830
- A96 : MET
4831
- A97 : LYS
4832
- A98 : GLY
4833
- A99 : THR
4834
- A100 : PHE
4835
- A101 : VAL
4836
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
4837
- B20-B21 : adjacent_5p upward
4838
- B22-B23 : adjacent_5p upward
4839
- B23-B24 : adjacent_5p upward
4840
- B26-B27 : adjacent_5p upward
4841
- B35-B36 : adjacent_5p upward
4842
- B36-B37 : adjacent_5p upward
4843
- B39-B40 : adjacent_5p upward
4844
- B44-B45 : adjacent_5p upward
4845
- B47-B48 : adjacent_5p upward
4846
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
4847
- Number of stackings = 9
4848
- Number of adjacent stackings = 9
4849
- Number of non adjacent stackings = 0
4850
- Base-pairs ------------------------------------------------------
4851
- B21-B48 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
4852
- B22-B47 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
4853
- B23-B46 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
4854
- B25-B38 : G-C Wh/Wh pairing antiparallel cis one_hbond
4855
- B26-B37 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
4856
- B28-B35 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
4857
- B30-B34 : U-G O2'/Hh pairing
4858
- B40-B42 : U-G O2'/Bs pairing
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1av6_MC DELETED
@@ -1,308 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- B402 : G C2p_exo anti
3
- B403 : A C3p_endo anti
4
- B404 : A C3p_endo anti
5
- B405 : A C3p_endo anti
6
- B406 : A C2p_exo anti
7
- B407 : A C3p_endo anti
8
- A3 : VAL
9
- A4 : VAL
10
- A5 : SER
11
- A6 : LEU
12
- A7 : ASP
13
- A8 : LYS
14
- A9 : PRO
15
- A10 : PHE
16
- A11 : MET
17
- A12 : TYR
18
- A13 : PHE
19
- A14 : GLU
20
- A15 : GLU
21
- A16 : ILE
22
- A17 : ASP
23
- A18 : ASN
24
- A19 : GLU
25
- A20 : LEU
26
- A21 : ASP
27
- A22 : TYR
28
- A23 : GLU
29
- A24 : PRO
30
- A25 : GLU
31
- A26 : SER
32
- A27 : ALA
33
- A28 : ASN
34
- A29 : GLU
35
- A30 : VAL
36
- A31 : ALA
37
- A32 : LYS
38
- A33 : LYS
39
- A34 : LEU
40
- A35 : PRO
41
- A36 : TYR
42
- A37 : GLN
43
- A38 : GLY
44
- A39 : GLN
45
- A40 : LEU
46
- A41 : LYS
47
- A42 : LEU
48
- A43 : LEU
49
- A44 : LEU
50
- A45 : GLY
51
- A46 : GLU
52
- A47 : LEU
53
- A48 : PHE
54
- A49 : PHE
55
- A50 : LEU
56
- A51 : SER
57
- A52 : LYS
58
- A53 : LEU
59
- A54 : GLN
60
- A55 : ARG
61
- A56 : HIS
62
- A57 : GLY
63
- A58 : ILE
64
- A59 : LEU
65
- A60 : ASP
66
- A61 : GLY
67
- A62 : ALA
68
- A63 : THR
69
- A64 : VAL
70
- A65 : VAL
71
- A66 : TYR
72
- A67 : ILE
73
- A68 : GLY
74
- A69 : SER
75
- A70 : ALA
76
- A71 : PRO
77
- A72 : GLY
78
- A73 : THR
79
- A74 : HIS
80
- A75 : ILE
81
- A76 : ARG
82
- A77 : TYR
83
- A78 : LEU
84
- A79 : ARG
85
- A80 : ASP
86
- A81 : HIS
87
- A82 : PHE
88
- A83 : TYR
89
- A84 : ASN
90
- A85 : LEU
91
- A86 : GLY
92
- A87 : VAL
93
- A88 : ILE
94
- A89 : ILE
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- A90 : LYS
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- A91 : TRP
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- A92 : MET
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- A96 : GLY
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224
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225
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229
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230
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232
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233
- A234 : LYS
234
- A235 : LYS
235
- A236 : MET
236
- A237 : TYR
237
- A238 : TYR
238
- A239 : LEU
239
- A240 : ASN
240
- A241 : LYS
241
- A242 : ILE
242
- A243 : VAL
243
- A244 : ARG
244
- A245 : ASN
245
- A246 : LYS
246
- A247 : VAL
247
- A248 : VAL
248
- A249 : VAL
249
- A250 : ASN
250
- A251 : PHE
251
- A252 : ASP
252
- A253 : TYR
253
- A254 : PRO
254
- A255 : ASN
255
- A256 : GLN
256
- A257 : GLU
257
- A258 : TYR
258
- A259 : ASP
259
- A260 : TYR
260
- A261 : PHE
261
- A262 : HIS
262
- A263 : MET
263
- A264 : TYR
264
- A265 : PHE
265
- A266 : MET
266
- A267 : LEU
267
- A268 : ARG
268
- A269 : THR
269
- A270 : VAL
270
- A271 : TYR
271
- A272 : CYS
272
- A273 : ASN
273
- A274 : LYS
274
- A275 : THR
275
- A276 : PHE
276
- A277 : PRO
277
- A278 : THR
278
- A279 : THR
279
- A280 : LYS
280
- A281 : ALA
281
- A282 : LYS
282
- A283 : VAL
283
- A284 : LEU
284
- A285 : PHE
285
- A286 : LEU
286
- A287 : GLN
287
- A288 : GLN
288
- A289 : SER
289
- A290 : ILE
290
- A291 : PHE
291
- A292 : ARG
292
- A293 : PHE
293
- A294 : LEU
294
- A295 : ASN
295
- A296 : ILE
296
- A297 : PRO
297
- B408 : MGT
298
- A400 : SAH
299
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
300
- B402-B403 : adjacent_5p upward
301
- B403-B404 : adjacent_5p upward
302
- B405-B406 : adjacent_5p upward
303
- B406-B407 : adjacent_5p upward
304
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
305
- Number of stackings = 4
306
- Number of adjacent stackings = 4
307
- Number of non adjacent stackings = 0
308
- Base-pairs ------------------------------------------------------
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1b23_MC DELETED
@@ -1,836 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- R1 : G C3p_endo anti
3
- R2 : G C3p_endo anti
4
- R3 : C C3p_endo anti
5
- R4 : G C3p_endo anti
6
- R5 : C C3p_endo anti
7
- R6 : G C3p_endo anti
8
- R7 : U C4p_exo anti
9
- R8 : 4SU
10
- R9 : A C2p_endo syn
11
- R10 : A C3p_endo anti
12
- R11 : C C3p_endo anti
13
- R12 : A C3p_endo anti
14
- R13 : A C3p_endo anti
15
- R14 : A C3p_endo anti
16
- R15 : G C3p_endo anti
17
- R16 : C C3p_endo anti
18
- R18 : G C2p_endo anti
19
- R19 : G C2p_endo anti
20
- R20 : H2U
21
- R21 : H2U
22
- R22 : A C2p_exo anti
23
- R23 : U C3p_endo anti
24
- R24 : G C3p_endo anti
25
- R25 : U C3p_endo anti
26
- R26 : A C3p_endo anti
27
- R27 : G C3p_endo anti
28
- R28 : C C3p_endo anti
29
- R29 : G C3p_endo anti
30
- R30 : G C3p_endo anti
31
- R31 : A C3p_endo anti
32
- R32 : PSU
33
- R33 : U C3p_endo anti
34
- R34 : G C3p_endo anti
35
- R35 : C C3p_endo anti
36
- R36 : A C3p_endo anti
37
- R37 : MIA
38
- R38 : A C3p_endo anti
39
- R39 : PSU
40
- R40 : C C3p_endo anti
41
- R41 : C C3p_endo anti
42
- R42 : G C3p_endo anti
43
- R43 : U C3p_endo anti
44
- R44 : C C2p_endo anti
45
- R45 : U C2p_endo anti
46
- R46 : A C2p_exo anti
47
- R48 : G C2p_endo anti
48
- R49 : U C3p_endo anti
49
- R50 : C C3p_endo anti
50
- R51 : C C3p_endo anti
51
- R52 : G C3p_endo anti
52
- R53 : G C3p_endo anti
53
- R54 : 5MU
54
- R55 : PSU
55
- R56 : C C3p_endo anti
56
- R57 : G C3p_endo anti
57
- R58 : A C2p_endo syn
58
- R59 : C C3p_endo anti
59
- R60 : U C2p_endo anti
60
- R61 : C C3p_endo anti
61
- R62 : C C3p_endo anti
62
- R63 : G C2p_exo anti
63
- R64 : G C3p_endo anti
64
- R65 : A C3p_endo anti
65
- R66 : A C3p_endo anti
66
- R67 : C C3p_endo anti
67
- R68 : G C3p_endo anti
68
- R69 : C C3p_endo anti
69
- R70 : G C3p_endo anti
70
- R71 : C C3p_endo anti
71
- R72 : C C3p_endo anti
72
- R73 : U C3p_endo anti
73
- R74 : C C3p_endo anti
74
- R75 : C C3p_exo anti
75
- R76 : A C2p_endo anti
76
- P1 : ALA
77
- P2 : LYS
78
- P3 : GLY
79
- P4 : GLU
80
- P5 : PHE
81
- P6 : ILE
82
- P7 : ARG
83
- P8 : THR
84
- P9 : LYS
85
- P10 : PRO
86
- P11 : HIS
87
- P12 : VAL
88
- P13 : ASN
89
- P14 : VAL
90
- P15 : GLY
91
- P16 : THR
92
- P17 : ILE
93
- P18 : GLY
94
- P19 : HIS
95
- P20 : VAL
96
- P21 : ASP
97
- P22 : HIS
98
- P23 : GLY
99
- P24 : LYS
100
- P25 : THR
101
- P26 : THR
102
- P27 : LEU
103
- P28 : THR
104
- P29 : ALA
105
- P30 : ALA
106
- P31 : LEU
107
- P32 : THR
108
- P33 : TYR
109
- P34 : VAL
110
- P35 : ALA
111
- P36 : ALA
112
- P37 : ALA
113
- P38 : GLU
114
- P39 : ASN
115
- P40 : PRO
116
- P41 : ASN
117
- P42 : VAL
118
- P43 : GLU
119
- P44 : VAL
120
- P45 : LYS
121
- P46 : ASP
122
- P47 : TYR
123
- P48 : GLY
124
- P49 : ASP
125
- P50 : ILE
126
- P51 : ASP
127
- P52 : LYS
128
- P53 : ALA
129
- P54 : PRO
130
- P55 : GLU
131
- P56 : GLU
132
- P57 : ARG
133
- P58 : ALA
134
- P59 : ARG
135
- P60 : GLY
136
- P61 : ILE
137
- P62 : THR
138
- P63 : ILE
139
- P64 : ASN
140
- P65 : THR
141
- P66 : ALA
142
- P67 : HIS
143
- P68 : VAL
144
- P69 : GLU
145
- P70 : TYR
146
- P71 : GLU
147
- P72 : THR
148
- P73 : ALA
149
- P74 : LYS
150
- P75 : ARG
151
- P76 : HIS
152
- P77 : TYR
153
- P78 : SER
154
- P79 : HIS
155
- P80 : VAL
156
- P81 : ASP
157
- P82 : CYS
158
- P83 : PRO
159
- P84 : GLY
160
- P85 : HIS
161
- P86 : ALA
162
- P87 : ASP
163
- P88 : TYR
164
- P89 : ILE
165
- P90 : LYS
166
- P91 : ASN
167
- P92 : MET
168
- P93 : ILE
169
- P94 : THR
170
- P95 : GLY
171
- P96 : ALA
172
- P97 : ALA
173
- P98 : GLN
174
- P99 : MET
175
- P100 : ASP
176
- P101 : GLY
177
- P102 : ALA
178
- P103 : ILE
179
- P104 : LEU
180
- P105 : VAL
181
- P106 : VAL
182
- P107 : SER
183
- P108 : ALA
184
- P109 : ALA
185
- P110 : ASP
186
- P111 : GLY
187
- P112 : PRO
188
- P113 : MET
189
- P114 : PRO
190
- P115 : GLN
191
- P116 : THR
192
- P117 : ARG
193
- P118 : GLU
194
- P119 : HIS
195
- P120 : ILE
196
- P121 : LEU
197
- P122 : LEU
198
- P123 : ALA
199
- P124 : ARG
200
- P125 : GLN
201
- P126 : VAL
202
- P127 : GLY
203
- P128 : VAL
204
- P129 : PRO
205
- P130 : TYR
206
- P131 : ILE
207
- P132 : VAL
208
- P133 : VAL
209
- P134 : PHE
210
- P135 : MET
211
- P136 : ASN
212
- P137 : LYS
213
- P138 : VAL
214
- P139 : ASP
215
- P140 : MET
216
- P141 : VAL
217
- P142 : ASP
218
- P143 : ASP
219
- P144 : PRO
220
- P145 : GLU
221
- P146 : LEU
222
- P147 : LEU
223
- P148 : ASP
224
- P149 : LEU
225
- P150 : VAL
226
- P151 : GLU
227
- P152 : MET
228
- P153 : GLU
229
- P154 : VAL
230
- P155 : ARG
231
- P156 : ASP
232
- P157 : LEU
233
- P158 : LEU
234
- P159 : ASN
235
- P160 : GLN
236
- P161 : TYR
237
- P162 : GLU
238
- P163 : PHE
239
- P164 : PRO
240
- P165 : GLY
241
- P166 : ASP
242
- P167 : GLU
243
- P168 : VAL
244
- P169 : PRO
245
- P170 : VAL
246
- P171 : ILE
247
- P172 : ARG
248
- P173 : GLY
249
- P174 : SER
250
- P175 : ALA
251
- P176 : LEU
252
- P177 : LEU
253
- P178 : ALA
254
- P179 : LEU
255
- P180 : GLU
256
- P181 : GLU
257
- P182 : MET
258
- P183 : HIS
259
- P184 : LYS
260
- P185 : ASN
261
- P186 : PRO
262
- P187 : LYS
263
- P188 : THR
264
- P189 : LYS
265
- P190 : ARG
266
- P191 : GLY
267
- P192 : GLU
268
- P193 : ASN
269
- P194 : GLU
270
- P195 : TRP
271
- P196 : VAL
272
- P197 : ASP
273
- P198 : LYS
274
- P199 : ILE
275
- P200 : TRP
276
- P201 : GLU
277
- P202 : LEU
278
- P203 : LEU
279
- P204 : ASP
280
- P205 : ALA
281
- P206 : ILE
282
- P207 : ASP
283
- P208 : GLU
284
- P209 : TYR
285
- P210 : ILE
286
- P211 : PRO
287
- P212 : THR
288
- P213 : PRO
289
- P214 : VAL
290
- P215 : ARG
291
- P216 : ASP
292
- P217 : VAL
293
- P218 : ASP
294
- P219 : LYS
295
- P220 : PRO
296
- P221 : PHE
297
- P222 : LEU
298
- P223 : MET
299
- P224 : PRO
300
- P225 : VAL
301
- P226 : GLU
302
- P227 : ASP
303
- P228 : VAL
304
- P229 : PHE
305
- P230 : THR
306
- P231 : ILE
307
- P232 : THR
308
- P233 : GLY
309
- P234 : ARG
310
- P235 : GLY
311
- P236 : THR
312
- P237 : VAL
313
- P238 : ALA
314
- P239 : THR
315
- P240 : GLY
316
- P241 : ARG
317
- P242 : ILE
318
- P243 : GLU
319
- P244 : ARG
320
- P245 : GLY
321
- P246 : LYS
322
- P247 : VAL
323
- P248 : LYS
324
- P249 : VAL
325
- P250 : GLY
326
- P251 : ASP
327
- P252 : GLU
328
- P253 : VAL
329
- P254 : GLU
330
- P255 : ILE
331
- P256 : VAL
332
- P257 : GLY
333
- P258 : LEU
334
- P259 : ALA
335
- P260 : PRO
336
- P261 : GLU
337
- P262 : THR
338
- P263 : ARG
339
- P264 : LYS
340
- P265 : THR
341
- P266 : VAL
342
- P267 : VAL
343
- P268 : THR
344
- P269 : GLY
345
- P270 : VAL
346
- P271 : GLU
347
- P272 : MET
348
- P273 : HIS
349
- P274 : ARG
350
- P275 : LYS
351
- P276 : THR
352
- P277 : LEU
353
- P278 : GLN
354
- P279 : GLU
355
- P280 : GLY
356
- P281 : ILE
357
- P282 : ALA
358
- P283 : GLY
359
- P284 : ASP
360
- P285 : ASN
361
- P286 : VAL
362
- P287 : GLY
363
- P288 : LEU
364
- P289 : LEU
365
- P290 : LEU
366
- P291 : ARG
367
- P292 : GLY
368
- P293 : VAL
369
- P294 : SER
370
- P295 : ARG
371
- P296 : GLU
372
- P297 : GLU
373
- P298 : VAL
374
- P299 : GLU
375
- P300 : ARG
376
- P301 : GLY
377
- P302 : GLN
378
- P303 : VAL
379
- P304 : LEU
380
- P305 : ALA
381
- P306 : LYS
382
- P307 : PRO
383
- P308 : GLY
384
- P309 : SER
385
- P310 : ILE
386
- P311 : THR
387
- P312 : PRO
388
- P313 : HIS
389
- P314 : THR
390
- P315 : LYS
391
- P316 : PHE
392
- P317 : GLU
393
- P318 : ALA
394
- P319 : SER
395
- P320 : VAL
396
- P321 : TYR
397
- P322 : ILE
398
- P323 : LEU
399
- P324 : LYS
400
- P325 : LYS
401
- P326 : GLU
402
- P327 : GLU
403
- P328 : GLY
404
- P329 : GLY
405
- P330 : ARG
406
- P331 : HIS
407
- P332 : THR
408
- P333 : GLY
409
- P334 : PHE
410
- P335 : PHE
411
- P336 : THR
412
- P337 : GLY
413
- P338 : TYR
414
- P339 : ARG
415
- P340 : PRO
416
- P341 : GLN
417
- P342 : PHE
418
- P343 : TYR
419
- P344 : PHE
420
- P345 : ARG
421
- P346 : THR
422
- P347 : THR
423
- P348 : ASP
424
- P349 : VAL
425
- P350 : THR
426
- P351 : GLY
427
- P352 : VAL
428
- P353 : VAL
429
- P354 : ARG
430
- P355 : LEU
431
- P356 : PRO
432
- P357 : GLN
433
- P358 : GLY
434
- P359 : VAL
435
- P360 : GLU
436
- P361 : MET
437
- P362 : VAL
438
- P363 : MET
439
- P364 : PRO
440
- P365 : GLY
441
- P366 : ASP
442
- P367 : ASN
443
- P368 : VAL
444
- P369 : THR
445
- P370 : PHE
446
- P371 : THR
447
- P372 : VAL
448
- P373 : GLU
449
- P374 : LEU
450
- P375 : ILE
451
- P376 : LYS
452
- P377 : PRO
453
- P378 : VAL
454
- P379 : ALA
455
- P380 : LEU
456
- P381 : GLU
457
- P382 : GLU
458
- P383 : GLY
459
- P384 : LEU
460
- P385 : ARG
461
- P386 : PHE
462
- P387 : ALA
463
- P388 : ILE
464
- P389 : ARG
465
- P390 : GLU
466
- P391 : GLY
467
- P392 : GLY
468
- P393 : ARG
469
- P394 : THR
470
- P395 : VAL
471
- P396 : GLY
472
- P397 : ALA
473
- P398 : GLY
474
- P399 : VAL
475
- P400 : VAL
476
- P401 : THR
477
- P402 : LYS
478
- P403 : ILE
479
- P404 : LEU
480
- P405 : GLU
481
- R77 : MG
482
- R179 : MG
483
- R976 : CYS
484
- P407 : MG
485
- P408 : SO4
486
- P409 : SO4
487
- P406 : GNP
488
- R977 : HOH
489
- R978 : HOH
490
- R979 : HOH
491
- R980 : HOH
492
- R981 : HOH
493
- R982 : HOH
494
- R983 : HOH
495
- R984 : HOH
496
- R985 : HOH
497
- R986 : HOH
498
- R987 : HOH
499
- R988 : HOH
500
- R989 : HOH
501
- R990 : HOH
502
- R991 : HOH
503
- R992 : HOH
504
- R993 : HOH
505
- R994 : HOH
506
- R995 : HOH
507
- R996 : HOH
508
- R997 : HOH
509
- R998 : HOH
510
- R999 : HOH
511
- R1000 : HOH
512
- R1001 : HOH
513
- R1002 : HOH
514
- R1003 : HOH
515
- R1004 : HOH
516
- R1005 : HOH
517
- R1006 : HOH
518
- R1007 : HOH
519
- R1008 : HOH
520
- R1009 : HOH
521
- R1010 : HOH
522
- R1011 : HOH
523
- R1012 : HOH
524
- R1013 : HOH
525
- R1014 : HOH
526
- R1015 : HOH
527
- R1016 : HOH
528
- R1017 : HOH
529
- R1018 : HOH
530
- R1019 : HOH
531
- R1020 : HOH
532
- R1021 : HOH
533
- R1022 : HOH
534
- R1023 : HOH
535
- R1024 : HOH
536
- R1025 : HOH
537
- R1026 : HOH
538
- R1027 : HOH
539
- R1028 : HOH
540
- R1029 : HOH
541
- R1030 : HOH
542
- R1031 : HOH
543
- R1032 : HOH
544
- R1033 : HOH
545
- R1034 : HOH
546
- R1035 : HOH
547
- R1036 : HOH
548
- R1037 : HOH
549
- R1038 : HOH
550
- R1039 : HOH
551
- R1040 : HOH
552
- R1041 : HOH
553
- R1042 : HOH
554
- R1043 : HOH
555
- R1044 : HOH
556
- R1045 : HOH
557
- R1046 : HOH
558
- R1047 : HOH
559
- R1048 : HOH
560
- R1049 : HOH
561
- R1050 : HOH
562
- R1051 : HOH
563
- R1052 : HOH
564
- R1053 : HOH
565
- R1054 : HOH
566
- R1055 : HOH
567
- R1056 : HOH
568
- R1057 : HOH
569
- R1058 : HOH
570
- R1059 : HOH
571
- R1060 : HOH
572
- R1061 : HOH
573
- R1062 : HOH
574
- R1063 : HOH
575
- P410 : HOH
576
- P411 : HOH
577
- P412 : HOH
578
- P413 : HOH
579
- P414 : HOH
580
- P415 : HOH
581
- P416 : HOH
582
- P417 : HOH
583
- P418 : HOH
584
- P419 : HOH
585
- P420 : HOH
586
- P421 : HOH
587
- P422 : HOH
588
- P423 : HOH
589
- P424 : HOH
590
- P425 : HOH
591
- P426 : HOH
592
- P427 : HOH
593
- P428 : HOH
594
- P429 : HOH
595
- P430 : HOH
596
- P431 : HOH
597
- P432 : HOH
598
- P433 : HOH
599
- P434 : HOH
600
- P435 : HOH
601
- P436 : HOH
602
- P437 : HOH
603
- P438 : HOH
604
- P439 : HOH
605
- P440 : HOH
606
- P441 : HOH
607
- P442 : HOH
608
- P443 : HOH
609
- P444 : HOH
610
- P445 : HOH
611
- P446 : HOH
612
- P447 : HOH
613
- P448 : HOH
614
- P449 : HOH
615
- P450 : HOH
616
- P451 : HOH
617
- P452 : HOH
618
- P453 : HOH
619
- P454 : HOH
620
- P455 : HOH
621
- P456 : HOH
622
- P457 : HOH
623
- P458 : HOH
624
- P459 : HOH
625
- P460 : HOH
626
- P461 : HOH
627
- P462 : HOH
628
- P463 : HOH
629
- P464 : HOH
630
- P465 : HOH
631
- P466 : HOH
632
- P467 : HOH
633
- P468 : HOH
634
- P469 : HOH
635
- P470 : HOH
636
- P471 : HOH
637
- P472 : HOH
638
- P473 : HOH
639
- P474 : HOH
640
- P475 : HOH
641
- P476 : HOH
642
- P477 : HOH
643
- P478 : HOH
644
- P479 : HOH
645
- P480 : HOH
646
- P481 : HOH
647
- P482 : HOH
648
- P483 : HOH
649
- P484 : HOH
650
- P485 : HOH
651
- P486 : HOH
652
- P487 : HOH
653
- P488 : HOH
654
- P489 : HOH
655
- P490 : HOH
656
- P491 : HOH
657
- P492 : HOH
658
- P493 : HOH
659
- P494 : HOH
660
- P495 : HOH
661
- P496 : HOH
662
- P497 : HOH
663
- P498 : HOH
664
- P499 : HOH
665
- P500 : HOH
666
- P501 : HOH
667
- P502 : HOH
668
- P503 : HOH
669
- P504 : HOH
670
- P505 : HOH
671
- P506 : HOH
672
- P507 : HOH
673
- P508 : HOH
674
- P509 : HOH
675
- P510 : HOH
676
- P511 : HOH
677
- P512 : HOH
678
- P513 : HOH
679
- P514 : HOH
680
- P515 : HOH
681
- P516 : HOH
682
- P517 : HOH
683
- P518 : HOH
684
- P519 : HOH
685
- P520 : HOH
686
- P521 : HOH
687
- P522 : HOH
688
- P523 : HOH
689
- P524 : HOH
690
- P525 : HOH
691
- P526 : HOH
692
- P527 : HOH
693
- P528 : HOH
694
- P529 : HOH
695
- P530 : HOH
696
- P531 : HOH
697
- P532 : HOH
698
- P533 : HOH
699
- P534 : HOH
700
- P535 : HOH
701
- P536 : HOH
702
- P537 : HOH
703
- P538 : HOH
704
- P539 : HOH
705
- P540 : HOH
706
- P541 : HOH
707
- P542 : HOH
708
- P543 : HOH
709
- P544 : HOH
710
- P545 : HOH
711
- P546 : HOH
712
- P547 : HOH
713
- P548 : HOH
714
- P549 : HOH
715
- P550 : HOH
716
- P551 : HOH
717
- P552 : HOH
718
- P553 : HOH
719
- P554 : HOH
720
- P555 : HOH
721
- P556 : HOH
722
- P557 : HOH
723
- P558 : HOH
724
- P559 : HOH
725
- P560 : HOH
726
- P561 : HOH
727
- P562 : HOH
728
- P563 : HOH
729
- P564 : HOH
730
- P565 : HOH
731
- P566 : HOH
732
- P567 : HOH
733
- P568 : HOH
734
- P569 : HOH
735
- P570 : HOH
736
- P571 : HOH
737
- P572 : HOH
738
- P573 : HOH
739
- P574 : HOH
740
- P575 : HOH
741
- P576 : HOH
742
- P577 : HOH
743
- P578 : HOH
744
- P579 : HOH
745
- P580 : HOH
746
- P581 : HOH
747
- P582 : HOH
748
- P583 : HOH
749
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
750
- R1-R2 : adjacent_5p upward
751
- R2-R3 : adjacent_5p upward
752
- R4-R5 : adjacent_5p upward
753
- R10-R11 : adjacent_5p upward
754
- R12-R13 : adjacent_5p upward
755
- R14-R15 : adjacent_5p upward
756
- R15-R16 : adjacent_5p upward
757
- R22-R23 : adjacent_5p upward
758
- R24-R25 : adjacent_5p upward
759
- R25-R26 : adjacent_5p upward
760
- R26-R27 : adjacent_5p upward
761
- R27-R28 : adjacent_5p upward
762
- R28-R29 : adjacent_5p upward
763
- R29-R30 : adjacent_5p upward
764
- R30-R31 : adjacent_5p upward
765
- R34-R35 : adjacent_5p upward
766
- R41-R42 : adjacent_5p upward
767
- R42-R43 : adjacent_5p upward
768
- R43-R44 : adjacent_5p upward
769
- R46-R48 : adjacent_5p upward
770
- R49-R50 : adjacent_5p upward
771
- R50-R51 : adjacent_5p upward
772
- R52-R53 : adjacent_5p upward
773
- R56-R57 : adjacent_5p upward
774
- R59-R60 : adjacent_5p upward
775
- R63-R64 : adjacent_5p upward
776
- R64-R65 : adjacent_5p upward
777
- R65-R66 : adjacent_5p upward
778
- R66-R67 : adjacent_5p upward
779
- R67-R68 : adjacent_5p upward
780
- R68-R69 : adjacent_5p upward
781
- R69-R70 : adjacent_5p upward
782
- R70-R71 : adjacent_5p upward
783
- R73-R74 : adjacent_5p upward
784
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
785
- R4-R70 : outward
786
- R6-R68 : outward
787
- R7-R49 : upward
788
- R9-R46 : outward
789
- R10-R26 : outward
790
- R12-R24 : outward
791
- R14-R22 : outward
792
- R18-R57 : inward pairing
793
- R18-R58 : outward
794
- R19-R57 : outward
795
- R29-R42 : outward
796
- R48-R59 : upward
797
- R51-R64 : outward
798
- R52-R63 : outward
799
- R53-R62 : outward
800
- R58-R61 : upward pairing
801
- Number of stackings = 50
802
- Number of adjacent stackings = 34
803
- Number of non adjacent stackings = 16
804
- Base-pairs ------------------------------------------------------
805
- R1-R72 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
806
- R2-R71 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
807
- R3-R70 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
808
- R4-R69 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
809
- R5-R68 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
810
- R6-R67 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
811
- R7-R66 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
812
- R9-R11 : A-C O2'/Bh pairing
813
- R9-R13 : A-A Hh/Ww pairing antiparallel trans V
814
- R11-R24 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
815
- R12-R23 : A-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XX
816
- R13-R22 : A-A Ss/Hw pairing antiparallel trans one_hbond 41
817
- R14-R46 : A-A Wh/Ww pairing parallel cis one_hbond
818
- R15-R48 : G-G Bh/Ww pairing parallel trans 113
819
- R16-R59 : C-C Ww/Ww pairing parallel trans XV
820
- R18-R57 : G-G O2'/Ww O2'/Bs inward pairing
821
- R19-R56 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
822
- R22-R46 : A-A O2P/Bh pairing
823
- R27-R43 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
824
- R28-R42 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
825
- R29-R41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
826
- R30-R40 : G-C Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
827
- R33-R35 : U-C O2'/Bh pairing
828
- R33-R36 : U-A Ws/C8 Ww/O2P pairing antiparallel trans one_hbond
829
- R49-R65 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
830
- R50-R64 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
831
- R51-R63 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
832
- R52-R62 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
833
- R53-R61 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
834
- R58-R61 : A-C O2'/Bh upward pairing
835
- R60-R61 : U-C O2P/Bh O2P/Bh adjacent_5p pairing
836
- R72-R73 : C-U Hw/Hw adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond 101
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1b2m_MC DELETED
@@ -1,313 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- C105 : G C2p_endo syn
3
- C106 : U34
4
- D105 : G C2p_endo syn
5
- D106 : U34
6
- E105 : G C1p_exo syn
7
- E106 : U34
8
- A1 : ALA
9
- A2 : CYS
10
- A3 : ASP
11
- A4 : TYR
12
- A5 : THR
13
- A6 : CYS
14
- A7 : GLY
15
- A8 : SER
16
- A9 : ASN
17
- A10 : CYS
18
- A11 : TYR
19
- A12 : SER
20
- A13 : SER
21
- A14 : SER
22
- A15 : ASP
23
- A16 : VAL
24
- A17 : SER
25
- A18 : THR
26
- A19 : ALA
27
- A20 : GLN
28
- A21 : ALA
29
- A22 : ALA
30
- A23 : GLY
31
- A24 : TYR
32
- A25 : GLN
33
- A26 : LEU
34
- A27 : HIS
35
- A28 : GLU
36
- A29 : ASP
37
- A30 : GLY
38
- A31 : GLU
39
- A32 : THR
40
- A33 : VAL
41
- A34 : GLY
42
- A35 : SER
43
- A36 : ASN
44
- A37 : SER
45
- A38 : TYR
46
- A39 : PRO
47
- A40 : HIS
48
- A41 : LYS
49
- A42 : TYR
50
- A43 : ASN
51
- A44 : ASN
52
- A45 : TYR
53
- A46 : GLU
54
- A47 : GLY
55
- A48 : PHE
56
- A49 : ASP
57
- A50 : PHE
58
- A51 : SER
59
- A52 : VAL
60
- A53 : SER
61
- A54 : SER
62
- A55 : PRO
63
- A56 : TYR
64
- A57 : TYR
65
- A58 : GLU
66
- A59 : TRP
67
- A60 : PRO
68
- A61 : ILE
69
- A62 : LEU
70
- A63 : SER
71
- A64 : SER
72
- A65 : GLY
73
- A66 : ASP
74
- A67 : VAL
75
- A68 : TYR
76
- A69 : SER
77
- A70 : GLY
78
- A71 : GLY
79
- A72 : SER
80
- A73 : PRO
81
- A74 : GLY
82
- A75 : ALA
83
- A76 : ASP
84
- A77 : ARG
85
- A78 : VAL
86
- A79 : VAL
87
- A80 : PHE
88
- A81 : ASN
89
- A82 : GLU
90
- A83 : ASN
91
- A84 : ASN
92
- A85 : GLN
93
- A86 : LEU
94
- A87 : ALA
95
- A88 : GLY
96
- A89 : VAL
97
- A90 : ILE
98
- A91 : THR
99
- A92 : HIS
100
- A93 : THR
101
- A94 : GLY
102
- A95 : ALA
103
- A96 : SER
104
- A97 : GLY
105
- A98 : ASN
106
- A99 : ASN
107
- A100 : PHE
108
- A101 : VAL
109
- A102 : GLU
110
- A103 : CYS
111
- A104 : THR
112
- B1 : ALA
113
- B2 : CYS
114
- B3 : ASP
115
- B4 : TYR
116
- B5 : THR
117
- B6 : CYS
118
- B7 : GLY
119
- B8 : SER
120
- B9 : ASN
121
- B10 : CYS
122
- B11 : TYR
123
- B12 : SER
124
- B13 : SER
125
- B14 : SER
126
- B15 : ASP
127
- B16 : VAL
128
- B17 : SER
129
- B18 : THR
130
- B19 : ALA
131
- B20 : GLN
132
- B21 : ALA
133
- B22 : ALA
134
- B23 : GLY
135
- B24 : TYR
136
- B25 : GLN
137
- B26 : LEU
138
- B27 : HIS
139
- B28 : GLU
140
- B29 : ASP
141
- B30 : GLY
142
- B31 : GLU
143
- B32 : THR
144
- B33 : VAL
145
- B34 : GLY
146
- B35 : SER
147
- B36 : ASN
148
- B37 : SER
149
- B38 : TYR
150
- B39 : PRO
151
- B40 : HIS
152
- B41 : LYS
153
- B42 : TYR
154
- B43 : ASN
155
- B44 : ASN
156
- B45 : TYR
157
- B46 : GLU
158
- B47 : GLY
159
- B48 : PHE
160
- B49 : ASP
161
- B50 : PHE
162
- B51 : SER
163
- B52 : VAL
164
- B53 : SER
165
- B54 : SER
166
- B55 : PRO
167
- B56 : TYR
168
- B57 : TYR
169
- B58 : GLU
170
- B59 : TRP
171
- B60 : PRO
172
- B61 : ILE
173
- B62 : LEU
174
- B63 : SER
175
- B64 : SER
176
- B65 : GLY
177
- B66 : ASP
178
- B67 : VAL
179
- B68 : TYR
180
- B69 : SER
181
- B70 : GLY
182
- B71 : GLY
183
- B72 : SER
184
- B73 : PRO
185
- B74 : GLY
186
- B75 : ALA
187
- B76 : ASP
188
- B77 : ARG
189
- B78 : VAL
190
- B79 : VAL
191
- B80 : PHE
192
- B81 : ASN
193
- B82 : GLU
194
- B83 : ASN
195
- B84 : ASN
196
- B85 : GLN
197
- B86 : LEU
198
- B87 : ALA
199
- B88 : GLY
200
- B89 : VAL
201
- B90 : ILE
202
- B91 : THR
203
- B92 : HIS
204
- B93 : THR
205
- B94 : GLY
206
- B95 : ALA
207
- B96 : SER
208
- B97 : GLY
209
- B98 : ASN
210
- B99 : ASN
211
- B100 : PHE
212
- B101 : VAL
213
- B102 : GLU
214
- B103 : CYS
215
- B104 : THR
216
- C137 : HOH
217
- D188 : HOH
218
- D195 : HOH
219
- A107 : HOH
220
- A108 : HOH
221
- A110 : HOH
222
- A111 : HOH
223
- A112 : HOH
224
- A113 : HOH
225
- A114 : HOH
226
- A115 : HOH
227
- A116 : HOH
228
- A117 : HOH
229
- A118 : HOH
230
- A119 : HOH
231
- A120 : HOH
232
- A127 : HOH
233
- A133 : HOH
234
- A134 : HOH
235
- A135 : HOH
236
- A139 : HOH
237
- A140 : HOH
238
- A141 : HOH
239
- A142 : HOH
240
- A144 : HOH
241
- A145 : HOH
242
- A146 : HOH
243
- A147 : HOH
244
- A148 : HOH
245
- A149 : HOH
246
- A155 : HOH
247
- A156 : HOH
248
- A157 : HOH
249
- A169 : HOH
250
- A170 : HOH
251
- A171 : HOH
252
- A177 : HOH
253
- A178 : HOH
254
- A179 : HOH
255
- A180 : HOH
256
- A181 : HOH
257
- A182 : HOH
258
- A183 : HOH
259
- A184 : HOH
260
- A185 : HOH
261
- A186 : HOH
262
- A187 : HOH
263
- A189 : HOH
264
- A190 : HOH
265
- A191 : HOH
266
- A194 : HOH
267
- B109 : HOH
268
- B121 : HOH
269
- B122 : HOH
270
- B123 : HOH
271
- B124 : HOH
272
- B125 : HOH
273
- B126 : HOH
274
- B128 : HOH
275
- B129 : HOH
276
- B130 : HOH
277
- B131 : HOH
278
- B132 : HOH
279
- B136 : HOH
280
- B138 : HOH
281
- B143 : HOH
282
- B150 : HOH
283
- B151 : HOH
284
- B152 : HOH
285
- B153 : HOH
286
- B154 : HOH
287
- B158 : HOH
288
- B159 : HOH
289
- B160 : HOH
290
- B161 : HOH
291
- B162 : HOH
292
- B163 : HOH
293
- B164 : HOH
294
- B165 : HOH
295
- B166 : HOH
296
- B167 : HOH
297
- B168 : HOH
298
- B172 : HOH
299
- B173 : HOH
300
- B174 : HOH
301
- B175 : HOH
302
- B176 : HOH
303
- B192 : HOH
304
- B193 : HOH
305
- B196 : HOH
306
- B197 : HOH
307
- B198 : HOH
308
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
309
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
310
- Number of stackings = 0
311
- Number of adjacent stackings = 0
312
- Number of non adjacent stackings = 0
313
- Base-pairs ------------------------------------------------------
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1b36_MC DELETED
@@ -1,855 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A1 : G C3p_endo anti
3
- A2 : G C2p_exo anti
4
- A3 : U C3p_endo anti
5
- A4 : G C3p_endo anti
6
- A5 : C C3p_endo anti
7
- A6 : A C4p_exo anti
8
- A7 : G C3p_endo anti
9
- A8 : A C3p_endo anti
10
- A9 : A C2p_exo anti
11
- A10 : A C2p_exo anti
12
- A11 : C C3p_endo anti
13
- A12 : A C4p_exo anti
14
- A13 : G C3p_endo anti
15
- A14 : C C3p_endo anti
16
- A15 : G C4p_exo anti
17
- A16 : C C3p_endo anti
18
- A17 : U C3p_endo anti
19
- A18 : U C2p_endo anti
20
- A19 : C C1p_exo anti
21
- A20 : G C4p_exo syn
22
- A21 : G C3p_endo anti
23
- A22 : C C3p_endo anti
24
- A23 : G C3p_endo anti
25
- A24 : C C4p_exo anti
26
- A25 : G C3p_endo anti
27
- A26 : U O4p_endo anti
28
- A27 : A C3p_endo anti
29
- A28 : U C3p_endo anti
30
- A29 : A C2p_endo anti
31
- A30 : U C2p_endo anti
32
- A31 : U C3p_endo anti
33
- A32 : A C4p_exo anti
34
- A33 : C C3p_endo anti
35
- A34 : G C4p_exo anti
36
- A35 : C C3p_endo anti
37
- A36 : A C2p_exo anti
38
- A37 : C C2p_exo anti
39
- A38 : C C3p_endo anti
40
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
41
- A1-A2 : adjacent_5p upward
42
- A2-A3 : adjacent_5p upward
43
- A3-A4 : adjacent_5p upward
44
- A4-A5 : adjacent_5p upward
45
- A5-A6 : adjacent_5p upward
46
- A6-A7 : adjacent_5p upward
47
- A8-A9 : adjacent_5p upward
48
- A10-A11 : adjacent_5p upward
49
- A12-A13 : adjacent_5p upward
50
- A13-A14 : adjacent_5p upward
51
- A15-A16 : adjacent_5p upward
52
- A16-A17 : adjacent_5p upward
53
- A20-A21 : adjacent_5p outward
54
- A21-A22 : adjacent_5p upward
55
- A23-A24 : adjacent_5p upward
56
- A24-A25 : adjacent_5p upward
57
- A25-A26 : adjacent_5p upward
58
- A26-A27 : adjacent_5p upward pairing
59
- A27-A28 : adjacent_5p upward
60
- A32-A33 : adjacent_5p upward
61
- A34-A35 : adjacent_5p upward
62
- A36-A37 : adjacent_5p upward
63
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
64
- A4-A36 : outward
65
- A15-A23 : outward
66
- A17-A19 : upward
67
- Number of stackings = 25
68
- Number of adjacent stackings = 22
69
- Number of non adjacent stackings = 3
70
- Base-pairs ------------------------------------------------------
71
- A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
72
- A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
73
- A3-A36 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
74
- A4-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
75
- A5-A34 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
76
- A7-A8 : G-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
77
- A7-A32 : G-A Ss/Hw pairing antiparallel trans one_hbond 63
78
- A9-A29 : A-A Hw/Hh pairing parallel trans one_hbond
79
- A10-A27 : A-A Bh/Ss pairing antiparallel trans one_hbond 40
80
- A11-A26 : C-U Wh/Ws pairing antiparallel cis one_hbond 100
81
- A12-A25 : A-G Wh/Ss Ww/O2' pairing antiparallel trans one_hbond 63
82
- A13-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
83
- A14-A23 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
84
- A15-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
85
- A16-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
86
- A17-A20 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans one_hbond 87
87
- A26-A27 : U-A O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
88
- Residue conformations -------------------------------------------
89
- A1 : G C3p_endo anti
90
- A2 : G C2p_exo anti
91
- A3 : U C3p_endo anti
92
- A4 : G C3p_endo anti
93
- A5 : C C4p_exo anti
94
- A6 : A C3p_endo anti
95
- A7 : G C2p_exo anti
96
- A8 : A C2p_exo anti
97
- A9 : A C4p_exo anti
98
- A10 : A C3p_endo anti
99
- A11 : C O4p_endo anti
100
- A12 : A O4p_endo anti
101
- A13 : G C3p_endo anti
102
- A14 : C C3p_endo anti
103
- A15 : G C4p_exo anti
104
- A16 : C C3p_endo anti
105
- A17 : U C3p_endo anti
106
- A18 : U C2p_endo anti
107
- A19 : C C1p_exo anti
108
- A20 : G O4p_endo syn
109
- A21 : G C3p_endo anti
110
- A22 : C C3p_endo anti
111
- A23 : G C3p_endo anti
112
- A24 : C C4p_exo anti
113
- A25 : G C3p_endo anti
114
- A26 : U O4p_endo anti
115
- A27 : A C3p_endo anti
116
- A28 : U C3p_endo anti
117
- A29 : A C1p_exo anti
118
- A30 : U C2p_endo anti
119
- A31 : U C3p_endo anti
120
- A32 : A O4p_endo anti
121
- A33 : C C3p_endo anti
122
- A34 : G C3p_endo anti
123
- A35 : C C3p_endo anti
124
- A36 : A C2p_exo anti
125
- A37 : C C2p_exo anti
126
- A38 : C C3p_endo anti
127
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
128
- A1-A2 : adjacent_5p upward
129
- A2-A3 : adjacent_5p upward
130
- A3-A4 : adjacent_5p upward
131
- A4-A5 : adjacent_5p upward
132
- A5-A6 : adjacent_5p upward
133
- A6-A7 : adjacent_5p upward
134
- A8-A9 : adjacent_5p upward
135
- A10-A11 : adjacent_5p upward
136
- A11-A12 : adjacent_5p upward
137
- A12-A13 : adjacent_5p upward
138
- A13-A14 : adjacent_5p upward
139
- A15-A16 : adjacent_5p upward
140
- A16-A17 : adjacent_5p upward
141
- A21-A22 : adjacent_5p upward
142
- A23-A24 : adjacent_5p upward
143
- A24-A25 : adjacent_5p upward
144
- A25-A26 : adjacent_5p upward
145
- A26-A27 : adjacent_5p upward pairing
146
- A32-A33 : adjacent_5p upward
147
- A34-A35 : adjacent_5p upward
148
- A36-A37 : adjacent_5p upward
149
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
150
- A8-A32 : outward
151
- A17-A19 : upward
152
- Number of stackings = 23
153
- Number of adjacent stackings = 21
154
- Number of non adjacent stackings = 2
155
- Base-pairs ------------------------------------------------------
156
- A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
157
- A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
158
- A3-A36 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
159
- A4-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
160
- A5-A34 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
161
- A7-A8 : G-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
162
- A7-A32 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
163
- A8-A31 : A-U Bh/Ws pairing antiparallel trans one_hbond
164
- A10-A27 : A-A Wh/Ss pairing antiparallel trans one_hbond 40
165
- A11-A26 : C-U Bh/Bs pairing antiparallel cis
166
- A12-A25 : A-G Wh/Ss pairing antiparallel cis one_hbond 63
167
- A13-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
168
- A14-A23 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
169
- A15-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
170
- A16-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
171
- A17-A20 : U-G Ws/Ws pairing parallel trans one_hbond 87
172
- A18-A20 : U-G O2'/Hh pairing
173
- A26-A27 : U-A O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
174
- Residue conformations -------------------------------------------
175
- A1 : G C3p_endo anti
176
- A2 : G C3p_endo anti
177
- A3 : U C3p_endo anti
178
- A4 : G C2p_exo anti
179
- A5 : C C4p_exo anti
180
- A6 : A C4p_exo anti
181
- A7 : G C3p_endo anti
182
- A8 : A C3p_endo anti
183
- A9 : A C2p_exo anti
184
- A10 : A C3p_endo anti
185
- A11 : C C3p_endo anti
186
- A12 : A C3p_endo anti
187
- A13 : G C3p_endo anti
188
- A14 : C C3p_endo anti
189
- A15 : G C3p_endo anti
190
- A16 : C C3p_endo anti
191
- A17 : U C3p_endo anti
192
- A18 : U C1p_exo anti
193
- A19 : C C3p_exo anti
194
- A20 : G C4p_exo syn
195
- A21 : G C2p_exo anti
196
- A22 : C C4p_exo anti
197
- A23 : G C3p_endo anti
198
- A24 : C C4p_exo anti
199
- A25 : G C3p_endo anti
200
- A26 : U C4p_exo anti
201
- A27 : A C3p_endo anti
202
- A28 : U C3p_endo anti
203
- A29 : A C2p_endo anti
204
- A30 : U C1p_exo anti
205
- A31 : U C3p_endo anti
206
- A32 : A O4p_endo anti
207
- A33 : C C3p_endo anti
208
- A34 : G C3p_endo anti
209
- A35 : C C3p_endo anti
210
- A36 : A C2p_exo anti
211
- A37 : C C3p_endo anti
212
- A38 : C C3p_endo anti
213
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
214
- A1-A2 : adjacent_5p upward
215
- A2-A3 : adjacent_5p upward
216
- A4-A5 : adjacent_5p upward
217
- A5-A6 : adjacent_5p upward
218
- A6-A7 : adjacent_5p upward
219
- A8-A9 : adjacent_5p upward
220
- A10-A11 : adjacent_5p upward
221
- A12-A13 : adjacent_5p upward
222
- A13-A14 : adjacent_5p upward
223
- A15-A16 : adjacent_5p upward
224
- A16-A17 : adjacent_5p upward
225
- A21-A22 : adjacent_5p upward
226
- A23-A24 : adjacent_5p upward
227
- A24-A25 : adjacent_5p upward
228
- A25-A26 : adjacent_5p upward
229
- A26-A27 : adjacent_5p upward
230
- A27-A28 : adjacent_5p upward
231
- A32-A33 : adjacent_5p upward
232
- A34-A35 : adjacent_5p upward
233
- A36-A37 : adjacent_5p upward
234
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
235
- A8-A32 : outward
236
- A15-A23 : outward
237
- Number of stackings = 22
238
- Number of adjacent stackings = 20
239
- Number of non adjacent stackings = 2
240
- Base-pairs ------------------------------------------------------
241
- A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
242
- A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
243
- A3-A36 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
244
- A4-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
245
- A5-A34 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
246
- A6-A33 : A-C Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 71
247
- A7-A8 : G-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
248
- A7-A32 : G-A Ss/Hw pairing antiparallel trans XI
249
- A8-A31 : A-U Bh/Ws pairing antiparallel trans one_hbond
250
- A9-A28 : A-U Bh/O2' pairing
251
- A10-A27 : A-A Wh/Ss pairing antiparallel trans one_hbond 40
252
- A11-A26 : C-U Wh/Ws pairing antiparallel cis one_hbond 100
253
- A12-A25 : A-G Wh/Ss Ww/O2' pairing antiparallel trans one_hbond 63
254
- A13-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
255
- A14-A23 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
256
- A15-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
257
- A16-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
258
- A18-A19 : U-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
259
- Residue conformations -------------------------------------------
260
- A1 : G C2p_exo anti
261
- A2 : G C3p_endo anti
262
- A3 : U C3p_endo anti
263
- A4 : G C3p_endo anti
264
- A5 : C C3p_endo anti
265
- A6 : A C2p_exo anti
266
- A7 : G C3p_endo anti
267
- A8 : A C3p_endo anti
268
- A9 : A C4p_exo anti
269
- A10 : A C3p_endo anti
270
- A11 : C C3p_endo anti
271
- A12 : A O4p_endo anti
272
- A13 : G C3p_endo anti
273
- A14 : C C2p_exo anti
274
- A15 : G C3p_endo anti
275
- A16 : C C3p_endo anti
276
- A17 : U C2p_exo anti
277
- A18 : U C2p_endo anti
278
- A19 : C C1p_exo anti
279
- A20 : G C4p_exo syn
280
- A21 : G C2p_exo anti
281
- A22 : C C3p_endo anti
282
- A23 : G C3p_endo anti
283
- A24 : C O4p_endo anti
284
- A25 : G C3p_endo anti
285
- A26 : U C4p_exo anti
286
- A27 : A C2p_exo anti
287
- A28 : U C3p_endo anti
288
- A29 : A C3p_exo anti
289
- A30 : U C2p_endo anti
290
- A31 : U C3p_endo anti
291
- A32 : A O4p_endo anti
292
- A33 : C C4p_exo anti
293
- A34 : G C3p_endo anti
294
- A35 : C C3p_endo anti
295
- A36 : A C3p_endo anti
296
- A37 : C C2p_exo anti
297
- A38 : C C3p_endo anti
298
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
299
- A1-A2 : adjacent_5p upward
300
- A2-A3 : adjacent_5p upward
301
- A4-A5 : adjacent_5p upward
302
- A5-A6 : adjacent_5p upward
303
- A6-A7 : adjacent_5p upward
304
- A8-A9 : adjacent_5p upward
305
- A10-A11 : adjacent_5p upward
306
- A12-A13 : adjacent_5p upward
307
- A13-A14 : adjacent_5p upward
308
- A15-A16 : adjacent_5p upward
309
- A16-A17 : adjacent_5p upward
310
- A20-A21 : adjacent_5p outward
311
- A21-A22 : adjacent_5p upward
312
- A23-A24 : adjacent_5p upward
313
- A24-A25 : adjacent_5p upward
314
- A25-A26 : adjacent_5p upward
315
- A26-A27 : adjacent_5p upward pairing
316
- A32-A33 : adjacent_5p upward
317
- A34-A35 : adjacent_5p upward
318
- A36-A37 : adjacent_5p upward
319
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
320
- A4-A36 : outward
321
- A8-A32 : outward
322
- A15-A23 : outward
323
- A17-A19 : upward
324
- Number of stackings = 24
325
- Number of adjacent stackings = 20
326
- Number of non adjacent stackings = 4
327
- Base-pairs ------------------------------------------------------
328
- A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
329
- A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
330
- A3-A36 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
331
- A4-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
332
- A5-A34 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
333
- A7-A32 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
334
- A8-A31 : A-U Hw/Ws pairing antiparallel trans one_hbond
335
- A9-A28 : A-U Ww/O2' Bh/O2' pairing
336
- A9-A29 : A-A Hh/Hh pairing parallel trans II
337
- A10-A27 : A-A Wh/Ss pairing antiparallel trans one_hbond 40
338
- A11-A26 : C-U Bh/Bs pairing antiparallel cis
339
- A12-A25 : A-G Hh/Ss Bh/O2' pairing antiparallel trans XI
340
- A13-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
341
- A14-A23 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
342
- A15-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
343
- A16-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
344
- A17-A20 : U-G Bs/Ww O2'/Ww pairing parallel trans 87
345
- A18-A20 : U-G O2'/Hh pairing
346
- A26-A27 : U-A O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
347
- Residue conformations -------------------------------------------
348
- A1 : G C3p_endo anti
349
- A2 : G C3p_endo anti
350
- A3 : U C3p_endo anti
351
- A4 : G C3p_endo anti
352
- A5 : C C3p_endo anti
353
- A6 : A C4p_exo anti
354
- A7 : G C2p_exo anti
355
- A8 : A C2p_exo anti
356
- A9 : A O4p_endo anti
357
- A10 : A C3p_endo anti
358
- A11 : C C3p_endo anti
359
- A12 : A C3p_endo anti
360
- A13 : G C2p_exo anti
361
- A14 : C C3p_endo anti
362
- A15 : G C3p_endo anti
363
- A16 : C C3p_endo anti
364
- A17 : U C3p_endo anti
365
- A18 : U C2p_endo anti
366
- A19 : C C3p_exo anti
367
- A20 : G O4p_endo syn
368
- A21 : G C2p_exo anti
369
- A22 : C C3p_endo anti
370
- A23 : G C3p_endo anti
371
- A24 : C C3p_endo anti
372
- A25 : G C3p_endo anti
373
- A26 : U O4p_endo anti
374
- A27 : A C3p_endo anti
375
- A28 : U C3p_endo anti
376
- A29 : A C3p_exo anti
377
- A30 : U C4p_endo anti
378
- A31 : U C3p_endo anti
379
- A32 : A O4p_endo anti
380
- A33 : C C3p_endo anti
381
- A34 : G C4p_exo anti
382
- A35 : C C2p_exo anti
383
- A36 : A C4p_exo anti
384
- A37 : C C3p_endo anti
385
- A38 : C C3p_endo anti
386
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
387
- A1-A2 : adjacent_5p upward
388
- A2-A3 : adjacent_5p upward
389
- A4-A5 : adjacent_5p upward
390
- A5-A6 : adjacent_5p upward
391
- A6-A7 : adjacent_5p upward
392
- A8-A9 : adjacent_5p upward
393
- A10-A11 : adjacent_5p upward
394
- A12-A13 : adjacent_5p upward
395
- A13-A14 : adjacent_5p upward
396
- A15-A16 : adjacent_5p upward
397
- A16-A17 : adjacent_5p upward
398
- A21-A22 : adjacent_5p upward
399
- A23-A24 : adjacent_5p upward
400
- A24-A25 : adjacent_5p upward
401
- A26-A27 : adjacent_5p upward
402
- A27-A28 : adjacent_5p upward
403
- A32-A33 : adjacent_5p upward
404
- A34-A35 : adjacent_5p upward
405
- A36-A37 : adjacent_5p upward
406
- A37-A38 : adjacent_5p upward
407
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
408
- A4-A36 : outward
409
- A15-A23 : outward
410
- Number of stackings = 22
411
- Number of adjacent stackings = 20
412
- Number of non adjacent stackings = 2
413
- Base-pairs ------------------------------------------------------
414
- A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
415
- A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
416
- A3-A36 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
417
- A4-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
418
- A5-A34 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
419
- A6-A33 : A-C Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 71
420
- A7-A32 : G-A Ss/Bh pairing antiparallel trans one_hbond 63
421
- A9-A29 : A-A Hw/Hh pairing parallel trans one_hbond
422
- A10-A27 : A-A Bh/Ss pairing antiparallel trans one_hbond 40
423
- A11-A12 : C-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
424
- A12-A25 : A-G Bh/Ss pairing antiparallel trans one_hbond 63
425
- A13-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
426
- A14-A23 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
427
- A15-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
428
- A16-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
429
- A17-A20 : U-G Ws/Ws pairing parallel trans one_hbond 87
430
- Residue conformations -------------------------------------------
431
- A1 : G C2p_exo anti
432
- A2 : G C3p_endo anti
433
- A3 : U C3p_endo anti
434
- A4 : G C3p_endo anti
435
- A5 : C C4p_exo anti
436
- A6 : A C3p_endo anti
437
- A7 : G C3p_endo anti
438
- A8 : A C2p_exo anti
439
- A9 : A O4p_endo anti
440
- A10 : A C3p_endo anti
441
- A11 : C C2p_exo anti
442
- A12 : A C4p_exo anti
443
- A13 : G C3p_endo anti
444
- A14 : C C3p_endo anti
445
- A15 : G C3p_endo anti
446
- A16 : C C3p_endo anti
447
- A17 : U C3p_endo anti
448
- A18 : U C2p_endo anti
449
- A19 : C C2p_endo anti
450
- A20 : G O4p_endo syn
451
- A21 : G C2p_exo anti
452
- A22 : C C3p_endo anti
453
- A23 : G C3p_endo anti
454
- A24 : C O4p_endo anti
455
- A25 : G C3p_endo anti
456
- A26 : U C4p_exo anti
457
- A27 : A C4p_exo anti
458
- A28 : U C3p_endo anti
459
- A29 : A C3p_exo anti
460
- A30 : U C2p_endo anti
461
- A31 : U C3p_endo anti
462
- A32 : A C4p_exo anti
463
- A33 : C C3p_endo anti
464
- A34 : G C2p_exo anti
465
- A35 : C C3p_endo anti
466
- A36 : A C3p_endo anti
467
- A37 : C C2p_exo anti
468
- A38 : C C3p_endo anti
469
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
470
- A1-A2 : adjacent_5p upward
471
- A2-A3 : adjacent_5p upward
472
- A4-A5 : adjacent_5p upward
473
- A5-A6 : adjacent_5p upward
474
- A6-A7 : adjacent_5p upward
475
- A10-A11 : adjacent_5p upward
476
- A12-A13 : adjacent_5p upward
477
- A13-A14 : adjacent_5p upward
478
- A14-A15 : adjacent_5p upward
479
- A15-A16 : adjacent_5p upward
480
- A16-A17 : adjacent_5p upward
481
- A20-A21 : adjacent_5p outward
482
- A21-A22 : adjacent_5p upward
483
- A22-A23 : adjacent_5p upward
484
- A23-A24 : adjacent_5p upward
485
- A25-A26 : adjacent_5p upward
486
- A32-A33 : adjacent_5p upward
487
- A34-A35 : adjacent_5p upward
488
- A36-A37 : adjacent_5p upward
489
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
490
- A8-A32 : outward
491
- A15-A23 : outward
492
- A17-A19 : upward
493
- Number of stackings = 22
494
- Number of adjacent stackings = 19
495
- Number of non adjacent stackings = 3
496
- Base-pairs ------------------------------------------------------
497
- A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
498
- A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
499
- A3-A36 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
500
- A4-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
501
- A5-A34 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
502
- A6-A33 : A-C Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 71
503
- A7-A32 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
504
- A8-A31 : A-U Hw/Ws pairing antiparallel trans one_hbond
505
- A9-A10 : A-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
506
- A9-A28 : A-U Bh/O2' pairing
507
- A10-A27 : A-A Bh/Ss pairing antiparallel trans one_hbond 40
508
- A11-A26 : C-U Wh/Ws pairing antiparallel cis one_hbond 100
509
- A12-A25 : A-G Hw/Ss pairing antiparallel trans one_hbond
510
- A13-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
511
- A14-A23 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
512
- A15-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
513
- A16-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
514
- A17-A20 : U-G Ws/Ws pairing parallel trans one_hbond 87
515
- A27-A28 : A-U O2'/Hh adjacent_5p pairing
516
- Residue conformations -------------------------------------------
517
- A1 : G C2p_exo anti
518
- A2 : G C4p_exo anti
519
- A3 : U C2p_exo anti
520
- A4 : G C2p_exo anti
521
- A5 : C C4p_exo anti
522
- A6 : A C2p_exo anti
523
- A7 : G C3p_endo anti
524
- A8 : A C3p_endo anti
525
- A9 : A C4p_exo anti
526
- A10 : A C3p_endo anti
527
- A11 : C C3p_endo anti
528
- A12 : A C4p_exo anti
529
- A13 : G C3p_endo anti
530
- A14 : C C3p_endo anti
531
- A15 : G C3p_endo anti
532
- A16 : C C3p_endo anti
533
- A17 : U C3p_endo anti
534
- A18 : U C2p_endo anti
535
- A19 : C C1p_exo anti
536
- A20 : G C4p_exo syn
537
- A21 : G C3p_endo anti
538
- A22 : C C3p_endo anti
539
- A23 : G C4p_exo anti
540
- A24 : C C4p_exo anti
541
- A25 : G C3p_endo anti
542
- A26 : U C4p_exo anti
543
- A27 : A C3p_endo anti
544
- A28 : U C3p_endo anti
545
- A29 : A C3p_exo anti
546
- A30 : U C1p_exo anti
547
- A31 : U C3p_endo anti
548
- A32 : A C4p_exo anti
549
- A33 : C C3p_endo anti
550
- A34 : G C3p_endo anti
551
- A35 : C C3p_endo anti
552
- A36 : A C2p_exo anti
553
- A37 : C C3p_endo anti
554
- A38 : C C3p_endo anti
555
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
556
- A1-A2 : adjacent_5p upward
557
- A2-A3 : adjacent_5p upward
558
- A4-A5 : adjacent_5p upward
559
- A5-A6 : adjacent_5p upward
560
- A6-A7 : adjacent_5p upward
561
- A10-A11 : adjacent_5p upward
562
- A12-A13 : adjacent_5p upward
563
- A13-A14 : adjacent_5p upward
564
- A15-A16 : adjacent_5p upward
565
- A16-A17 : adjacent_5p upward
566
- A20-A21 : adjacent_5p outward
567
- A21-A22 : adjacent_5p upward
568
- A23-A24 : adjacent_5p upward
569
- A27-A28 : adjacent_5p upward
570
- A32-A33 : adjacent_5p upward
571
- A34-A35 : adjacent_5p upward
572
- A36-A37 : adjacent_5p upward
573
- A37-A38 : adjacent_5p upward
574
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
575
- A4-A36 : outward
576
- A8-A32 : outward
577
- A15-A23 : outward
578
- Number of stackings = 21
579
- Number of adjacent stackings = 18
580
- Number of non adjacent stackings = 3
581
- Base-pairs ------------------------------------------------------
582
- A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
583
- A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
584
- A3-A36 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
585
- A4-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
586
- A5-A34 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
587
- A7-A8 : G-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
588
- A7-A32 : G-A Ss/Hw pairing antiparallel trans XI
589
- A8-A31 : A-U Hh/Ws pairing antiparallel trans XXIV
590
- A9-A29 : A-A Hh/Hh pairing parallel trans one_hbond
591
- A10-A27 : A-A Wh/Ss pairing antiparallel trans one_hbond 40
592
- A12-A25 : A-G Hh/Ss pairing antiparallel trans XI
593
- A13-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
594
- A14-A23 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
595
- A15-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
596
- A16-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
597
- A17-A20 : U-G Ws/Ws pairing parallel trans one_hbond 87
598
- Residue conformations -------------------------------------------
599
- A1 : G C3p_endo anti
600
- A2 : G C2p_exo anti
601
- A3 : U C3p_endo anti
602
- A4 : G C3p_endo anti
603
- A5 : C C3p_endo anti
604
- A6 : A C4p_exo anti
605
- A7 : G C3p_endo anti
606
- A8 : A C3p_endo anti
607
- A9 : A C3p_endo anti
608
- A10 : A C3p_endo anti
609
- A11 : C O4p_endo anti
610
- A12 : A C3p_endo anti
611
- A13 : G C3p_endo anti
612
- A14 : C C3p_endo anti
613
- A15 : G C4p_exo anti
614
- A16 : C C3p_endo anti
615
- A17 : U C3p_endo anti
616
- A18 : U C2p_endo anti
617
- A19 : C C1p_exo anti
618
- A20 : G O4p_endo syn
619
- A21 : G C2p_exo anti
620
- A22 : C C3p_endo anti
621
- A23 : G C3p_endo anti
622
- A24 : C C4p_exo anti
623
- A25 : G C3p_endo anti
624
- A26 : U C4p_exo anti
625
- A27 : A C4p_exo anti
626
- A28 : U C3p_endo anti
627
- A29 : A C1p_exo anti
628
- A30 : U C2p_endo anti
629
- A31 : U C4p_exo anti
630
- A32 : A C4p_exo anti
631
- A33 : C C2p_exo anti
632
- A34 : G C4p_exo anti
633
- A35 : C C3p_endo anti
634
- A36 : A C2p_exo anti
635
- A37 : C C4p_exo anti
636
- A38 : C C3p_endo anti
637
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
638
- A1-A2 : adjacent_5p upward
639
- A2-A3 : adjacent_5p upward
640
- A4-A5 : adjacent_5p upward
641
- A5-A6 : adjacent_5p upward
642
- A6-A7 : adjacent_5p upward
643
- A8-A9 : adjacent_5p upward
644
- A10-A11 : adjacent_5p upward
645
- A12-A13 : adjacent_5p upward
646
- A13-A14 : adjacent_5p upward
647
- A15-A16 : adjacent_5p upward
648
- A16-A17 : adjacent_5p upward
649
- A20-A21 : adjacent_5p outward
650
- A21-A22 : adjacent_5p upward
651
- A23-A24 : adjacent_5p upward
652
- A24-A25 : adjacent_5p upward
653
- A25-A26 : adjacent_5p upward
654
- A26-A27 : adjacent_5p upward
655
- A32-A33 : adjacent_5p upward
656
- A34-A35 : adjacent_5p upward
657
- A35-A36 : adjacent_5p upward
658
- A36-A37 : adjacent_5p upward
659
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
660
- A4-A36 : outward
661
- A8-A32 : outward
662
- A15-A23 : outward
663
- A17-A19 : upward
664
- Number of stackings = 25
665
- Number of adjacent stackings = 21
666
- Number of non adjacent stackings = 4
667
- Base-pairs ------------------------------------------------------
668
- A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
669
- A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
670
- A3-A36 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
671
- A4-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
672
- A5-A34 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
673
- A6-A33 : A-C Ww/Bh pairing antiparallel cis one_hbond 71
674
- A7-A8 : G-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
675
- A7-A32 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
676
- A8-A31 : A-U Hh/Ws pairing antiparallel trans XXIV
677
- A9-A28 : A-U Wh/Ss Bh/O2' pairing antiparallel trans one_hbond
678
- A9-A29 : A-A Hh/Hh pairing parallel trans II
679
- A10-A27 : A-A Wh/Ss pairing antiparallel trans one_hbond 40
680
- A11-A26 : C-U Wh/Ws pairing antiparallel cis one_hbond 100
681
- A12-A25 : A-G Wh/Ss pairing antiparallel cis one_hbond 63
682
- A13-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
683
- A14-A23 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
684
- A15-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
685
- A16-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
686
- A18-A20 : U-G O2'/Hh O2'/C8 pairing
687
- Residue conformations -------------------------------------------
688
- A1 : G C3p_endo anti
689
- A2 : G C3p_endo anti
690
- A3 : U C3p_endo anti
691
- A4 : G C3p_endo anti
692
- A5 : C C3p_endo anti
693
- A6 : A C4p_exo anti
694
- A7 : G C3p_endo anti
695
- A8 : A C2p_exo anti
696
- A9 : A O4p_endo anti
697
- A10 : A C3p_endo anti
698
- A11 : C C3p_endo anti
699
- A12 : A C4p_exo anti
700
- A13 : G C3p_endo anti
701
- A14 : C C2p_exo anti
702
- A15 : G C3p_endo anti
703
- A16 : C C3p_endo anti
704
- A17 : U C2p_exo anti
705
- A18 : U C3p_exo anti
706
- A19 : C C2p_endo anti
707
- A20 : G O4p_endo syn
708
- A21 : G C2p_exo anti
709
- A22 : C C3p_endo anti
710
- A23 : G C4p_exo anti
711
- A24 : C O4p_endo anti
712
- A25 : G C3p_endo anti
713
- A26 : U O4p_endo anti
714
- A27 : A C3p_endo anti
715
- A28 : U C3p_endo anti
716
- A29 : A C1p_endo anti
717
- A30 : U C2p_endo anti
718
- A31 : U C3p_endo anti
719
- A32 : A C4p_exo anti
720
- A33 : C C3p_endo anti
721
- A34 : G C2p_exo anti
722
- A35 : C C3p_endo anti
723
- A36 : A C3p_endo anti
724
- A37 : C C3p_endo anti
725
- A38 : C C3p_endo anti
726
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
727
- A2-A3 : adjacent_5p upward
728
- A3-A4 : adjacent_5p upward
729
- A4-A5 : adjacent_5p upward
730
- A5-A6 : adjacent_5p upward
731
- A6-A7 : adjacent_5p upward
732
- A10-A11 : adjacent_5p upward
733
- A12-A13 : adjacent_5p upward
734
- A13-A14 : adjacent_5p upward
735
- A15-A16 : adjacent_5p upward
736
- A16-A17 : adjacent_5p upward
737
- A21-A22 : adjacent_5p upward
738
- A23-A24 : adjacent_5p upward
739
- A24-A25 : adjacent_5p upward
740
- A25-A26 : adjacent_5p upward
741
- A26-A27 : adjacent_5p upward
742
- A32-A33 : adjacent_5p upward
743
- A34-A35 : adjacent_5p upward
744
- A35-A36 : adjacent_5p upward
745
- A36-A37 : adjacent_5p upward
746
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
747
- A4-A36 : outward
748
- A8-A32 : outward
749
- A15-A23 : outward
750
- A17-A19 : upward
751
- Number of stackings = 23
752
- Number of adjacent stackings = 19
753
- Number of non adjacent stackings = 4
754
- Base-pairs ------------------------------------------------------
755
- A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
756
- A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
757
- A3-A36 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
758
- A4-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
759
- A5-A34 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
760
- A7-A8 : G-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
761
- A7-A32 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
762
- A8-A31 : A-U Bh/Ws pairing antiparallel trans one_hbond
763
- A9-A28 : A-U Wh/Ss pairing antiparallel trans one_hbond
764
- A9-A29 : A-A Hw/Hh pairing parallel trans one_hbond
765
- A10-A27 : A-A Bh/Ss pairing antiparallel trans one_hbond 40
766
- A13-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
767
- A14-A23 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
768
- A15-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
769
- A16-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
770
- A17-A20 : U-G Ws/Ws pairing parallel trans one_hbond 87
771
- Residue conformations -------------------------------------------
772
- A1 : G C3p_endo anti
773
- A2 : G C2p_exo anti
774
- A3 : U C3p_endo anti
775
- A4 : G C4p_exo anti
776
- A5 : C C3p_endo anti
777
- A6 : A C4p_exo anti
778
- A7 : G C3p_endo anti
779
- A8 : A C3p_endo anti
780
- A9 : A O4p_endo anti
781
- A10 : A C3p_endo anti
782
- A11 : C C3p_endo anti
783
- A12 : A C4p_exo anti
784
- A13 : G C3p_endo anti
785
- A14 : C C2p_exo anti
786
- A15 : G C3p_endo anti
787
- A16 : C C3p_endo anti
788
- A17 : U C3p_endo anti
789
- A18 : U C2p_endo anti
790
- A19 : C C1p_exo anti
791
- A20 : G C4p_exo syn
792
- A21 : G C3p_endo anti
793
- A22 : C C3p_endo anti
794
- A23 : G C4p_exo anti
795
- A24 : C O4p_endo anti
796
- A25 : G C3p_endo anti
797
- A26 : U C4p_exo anti
798
- A27 : A C3p_endo anti
799
- A28 : U C3p_endo anti
800
- A29 : A C2p_endo anti
801
- A30 : U C2p_endo anti
802
- A31 : U C3p_endo anti
803
- A32 : A C4p_exo anti
804
- A33 : C C3p_endo anti
805
- A34 : G C3p_endo anti
806
- A35 : C C3p_endo anti
807
- A36 : A C2p_exo anti
808
- A37 : C C4p_exo anti
809
- A38 : C C3p_endo anti
810
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
811
- A1-A2 : adjacent_5p upward
812
- A2-A3 : adjacent_5p upward
813
- A3-A4 : adjacent_5p upward
814
- A4-A5 : adjacent_5p upward
815
- A5-A6 : adjacent_5p upward
816
- A6-A7 : adjacent_5p upward
817
- A8-A9 : adjacent_5p upward
818
- A10-A11 : adjacent_5p upward
819
- A12-A13 : adjacent_5p upward
820
- A13-A14 : adjacent_5p upward
821
- A15-A16 : adjacent_5p upward
822
- A16-A17 : adjacent_5p upward
823
- A21-A22 : adjacent_5p upward
824
- A23-A24 : adjacent_5p upward
825
- A24-A25 : adjacent_5p upward
826
- A25-A26 : adjacent_5p upward
827
- A26-A27 : adjacent_5p upward pairing
828
- A27-A28 : adjacent_5p upward
829
- A32-A33 : adjacent_5p upward
830
- A34-A35 : adjacent_5p upward
831
- A36-A37 : adjacent_5p upward
832
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
833
- A4-A36 : outward
834
- A6-A34 : outward
835
- A15-A23 : outward
836
- Number of stackings = 24
837
- Number of adjacent stackings = 21
838
- Number of non adjacent stackings = 3
839
- Base-pairs ------------------------------------------------------
840
- A1-A38 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
841
- A2-A37 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
842
- A3-A36 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
843
- A4-A35 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
844
- A5-A34 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
845
- A6-A33 : A-C Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 71
846
- A7-A32 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
847
- A8-A31 : A-U Hh/Ws pairing antiparallel trans XXIV
848
- A9-A28 : A-U Bh/O2' pairing
849
- A10-A27 : A-A Bh/Ss pairing antiparallel trans one_hbond 40
850
- A12-A25 : A-G Wh/Ss Ww/O2' pairing antiparallel trans one_hbond 63
851
- A13-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
852
- A14-A23 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
853
- A15-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
854
- A16-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
855
- A26-A27 : U-A O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1b7f_MC DELETED
@@ -1,453 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- P1 : G C1p_exo syn
3
- P2 : U C2p_endo anti
4
- P3 : U C1p_exo anti
5
- P4 : G C2p_endo anti
6
- P5 : U C2p_endo anti
7
- P6 : U C1p_exo anti
8
- P7 : U C2p_exo anti
9
- P8 : U C4p_exo anti
10
- P9 : U C2p_endo anti
11
- P10 : U C2p_endo anti
12
- P11 : U C2p_exo anti
13
- P12 : U C4p_endo syn
14
- Q1 : G O4p_endo syn
15
- Q2 : U O4p_exo syn
16
- Q3 : U C2p_endo anti
17
- Q4 : G C3p_exo anti
18
- Q5 : U C2p_endo anti
19
- Q6 : U C1p_exo anti
20
- Q7 : U C2p_exo anti
21
- Q8 : U C3p_endo anti
22
- Q9 : U C2p_endo anti
23
- Q10 : U C2p_endo anti
24
- Q11 : U O4p_endo anti
25
- Q12 : U O4p_endo syn
26
- A123 : SER
27
- A124 : ASN
28
- A125 : THR
29
- A126 : ASN
30
- A127 : LEU
31
- A128 : ILE
32
- A129 : VAL
33
- A130 : ASN
34
- A131 : TYR
35
- A132 : LEU
36
- A133 : PRO
37
- A134 : GLN
38
- A135 : ASP
39
- A136 : MET
40
- A137 : THR
41
- A138 : ASP
42
- A139 : ARG
43
- A140 : GLU
44
- A141 : LEU
45
- A142 : TYR
46
- A143 : ALA
47
- A144 : LEU
48
- A145 : PHE
49
- A146 : ARG
50
- A147 : ALA
51
- A148 : ILE
52
- A149 : GLY
53
- A150 : PRO
54
- A151 : ILE
55
- A152 : ASN
56
- A153 : THR
57
- A154 : CYS
58
- A155 : ARG
59
- A156 : ILE
60
- A157 : MET
61
- A158 : ARG
62
- A159 : ASP
63
- A160 : TYR
64
- A161 : LYS
65
- A162 : THR
66
- A163 : GLY
67
- A164 : TYR
68
- A165 : SER
69
- A166 : TYR
70
- A167 : GLY
71
- A168 : TYR
72
- A169 : ALA
73
- A170 : PHE
74
- A171 : VAL
75
- A172 : ASP
76
- A173 : PHE
77
- A174 : THR
78
- A175 : SER
79
- A176 : GLU
80
- A177 : MET
81
- A178 : ASP
82
- A179 : SER
83
- A180 : GLN
84
- A181 : ARG
85
- A182 : ALA
86
- A183 : ILE
87
- A184 : LYS
88
- A185 : VAL
89
- A186 : LEU
90
- A187 : ASN
91
- A188 : GLY
92
- A189 : ILE
93
- A190 : THR
94
- A191 : VAL
95
- A192 : ARG
96
- A193 : ASN
97
- A194 : LYS
98
- A195 : ARG
99
- A196 : LEU
100
- A197 : LYS
101
- A198 : VAL
102
- A199 : SER
103
- A200 : TYR
104
- A201 : ALA
105
- A202 : ARG
106
- A203 : PRO
107
- A204 : GLY
108
- A205 : GLY
109
- A206 : GLU
110
- A207 : SER
111
- A208 : ILE
112
- A209 : LYS
113
- A210 : ASP
114
- A211 : THR
115
- A212 : ASN
116
- A213 : LEU
117
- A214 : TYR
118
- A215 : VAL
119
- A216 : THR
120
- A217 : ASN
121
- A218 : LEU
122
- A219 : PRO
123
- A220 : ARG
124
- A221 : THR
125
- A222 : ILE
126
- A223 : THR
127
- A224 : ASP
128
- A225 : ASP
129
- A226 : GLN
130
- A227 : LEU
131
- A228 : ASP
132
- A229 : THR
133
- A230 : ILE
134
- A231 : PHE
135
- A232 : GLY
136
- A233 : LYS
137
- A234 : TYR
138
- A235 : GLY
139
- A236 : SER
140
- A237 : ILE
141
- A238 : VAL
142
- A239 : GLN
143
- A240 : LYS
144
- A241 : ASN
145
- A242 : ILE
146
- A243 : LEU
147
- A244 : ARG
148
- A245 : ASP
149
- A246 : LYS
150
- A247 : LEU
151
- A248 : THR
152
- A249 : GLY
153
- A250 : ARG
154
- A251 : PRO
155
- A252 : ARG
156
- A253 : GLY
157
- A254 : VAL
158
- A255 : ALA
159
- A256 : PHE
160
- A257 : VAL
161
- A258 : ARG
162
- A259 : TYR
163
- A260 : ASN
164
- A261 : LYS
165
- A262 : ARG
166
- A263 : GLU
167
- A264 : GLU
168
- A265 : ALA
169
- A266 : GLN
170
- A267 : GLU
171
- A268 : ALA
172
- A269 : ILE
173
- A270 : SER
174
- A271 : ALA
175
- A272 : LEU
176
- A273 : ASN
177
- A274 : ASN
178
- A275 : VAL
179
- A276 : ILE
180
- A277 : PRO
181
- A278 : GLU
182
- A279 : GLY
183
- A280 : GLY
184
- A281 : SER
185
- A282 : GLN
186
- A283 : PRO
187
- A284 : LEU
188
- A285 : SER
189
- A286 : VAL
190
- A287 : ARG
191
- A288 : LEU
192
- A289 : ALA
193
- B123 : SER
194
- B124 : ASN
195
- B125 : THR
196
- B126 : ASN
197
- B127 : LEU
198
- B128 : ILE
199
- B129 : VAL
200
- B130 : ASN
201
- B131 : TYR
202
- B132 : LEU
203
- B133 : PRO
204
- B134 : GLN
205
- B135 : ASP
206
- B136 : MET
207
- B137 : THR
208
- B138 : ASP
209
- B139 : ARG
210
- B140 : GLU
211
- B141 : LEU
212
- B142 : TYR
213
- B143 : ALA
214
- B144 : LEU
215
- B145 : PHE
216
- B146 : ARG
217
- B147 : ALA
218
- B148 : ILE
219
- B149 : GLY
220
- B150 : PRO
221
- B151 : ILE
222
- B152 : ASN
223
- B153 : THR
224
- B154 : CYS
225
- B155 : ARG
226
- B156 : ILE
227
- B157 : MET
228
- B158 : ARG
229
- B159 : ASP
230
- B160 : TYR
231
- B161 : LYS
232
- B162 : THR
233
- B163 : GLY
234
- B164 : TYR
235
- B165 : SER
236
- B166 : TYR
237
- B167 : GLY
238
- B168 : TYR
239
- B169 : ALA
240
- B170 : PHE
241
- B171 : VAL
242
- B172 : ASP
243
- B173 : PHE
244
- B174 : THR
245
- B175 : SER
246
- B176 : GLU
247
- B177 : MET
248
- B178 : ASP
249
- B179 : SER
250
- B180 : GLN
251
- B181 : ARG
252
- B182 : ALA
253
- B183 : ILE
254
- B184 : LYS
255
- B185 : VAL
256
- B186 : LEU
257
- B187 : ASN
258
- B188 : GLY
259
- B189 : ILE
260
- B190 : THR
261
- B191 : VAL
262
- B192 : ARG
263
- B193 : ASN
264
- B194 : LYS
265
- B195 : ARG
266
- B196 : LEU
267
- B197 : LYS
268
- B198 : VAL
269
- B199 : SER
270
- B200 : TYR
271
- B201 : ALA
272
- B202 : ARG
273
- B203 : PRO
274
- B204 : GLY
275
- B205 : GLY
276
- B206 : GLU
277
- B207 : SER
278
- B208 : ILE
279
- B209 : LYS
280
- B210 : ASP
281
- B211 : THR
282
- B212 : ASN
283
- B213 : LEU
284
- B214 : TYR
285
- B215 : VAL
286
- B216 : THR
287
- B217 : ASN
288
- B218 : LEU
289
- B219 : PRO
290
- B220 : ARG
291
- B221 : THR
292
- B222 : ILE
293
- B223 : THR
294
- B224 : ASP
295
- B225 : ASP
296
- B226 : GLN
297
- B227 : LEU
298
- B228 : ASP
299
- B229 : THR
300
- B230 : ILE
301
- B231 : PHE
302
- B232 : GLY
303
- B233 : LYS
304
- B234 : TYR
305
- B235 : GLY
306
- B236 : SER
307
- B237 : ILE
308
- B238 : VAL
309
- B239 : GLN
310
- B240 : LYS
311
- B241 : ASN
312
- B242 : ILE
313
- B243 : LEU
314
- B244 : ARG
315
- B245 : ASP
316
- B246 : LYS
317
- B247 : LEU
318
- B248 : THR
319
- B249 : GLY
320
- B250 : ARG
321
- B251 : PRO
322
- B252 : ARG
323
- B253 : GLY
324
- B254 : VAL
325
- B255 : ALA
326
- B256 : PHE
327
- B257 : VAL
328
- B258 : ARG
329
- B259 : TYR
330
- B260 : ASN
331
- B261 : LYS
332
- B262 : ARG
333
- B263 : GLU
334
- B264 : GLU
335
- B265 : ALA
336
- B266 : GLN
337
- B267 : GLU
338
- B268 : ALA
339
- B269 : ILE
340
- B270 : SER
341
- B271 : ALA
342
- B272 : LEU
343
- B273 : ASN
344
- B274 : ASN
345
- B275 : VAL
346
- B276 : ILE
347
- B277 : PRO
348
- B278 : GLU
349
- B279 : GLY
350
- B280 : GLY
351
- B281 : SER
352
- B282 : GLN
353
- B283 : PRO
354
- B284 : LEU
355
- B285 : SER
356
- B286 : VAL
357
- B287 : ARG
358
- B288 : LEU
359
- B289 : ALA
360
- P42 : HOH
361
- P59 : HOH
362
- P62 : HOH
363
- P104 : HOH
364
- P116 : HOH
365
- P128 : HOH
366
- P149 : HOH
367
- Q20 : HOH
368
- Q32 : HOH
369
- Q48 : HOH
370
- Q78 : HOH
371
- Q123 : HOH
372
- Q132 : HOH
373
- Q143 : HOH
374
- Q145 : HOH
375
- A290 : HOH
376
- A291 : HOH
377
- A292 : HOH
378
- A293 : HOH
379
- A294 : HOH
380
- A295 : HOH
381
- A296 : HOH
382
- A297 : HOH
383
- A298 : HOH
384
- A299 : HOH
385
- A300 : HOH
386
- A301 : HOH
387
- A302 : HOH
388
- A303 : HOH
389
- A304 : HOH
390
- A305 : HOH
391
- A306 : HOH
392
- A307 : HOH
393
- A308 : HOH
394
- A309 : HOH
395
- A310 : HOH
396
- A311 : HOH
397
- A312 : HOH
398
- A313 : HOH
399
- A314 : HOH
400
- A315 : HOH
401
- A316 : HOH
402
- A317 : HOH
403
- A318 : HOH
404
- A319 : HOH
405
- A320 : HOH
406
- A321 : HOH
407
- A322 : HOH
408
- A323 : HOH
409
- A324 : HOH
410
- A325 : HOH
411
- B290 : HOH
412
- B291 : HOH
413
- B292 : HOH
414
- B293 : HOH
415
- B294 : HOH
416
- B295 : HOH
417
- B296 : HOH
418
- B297 : HOH
419
- B298 : HOH
420
- B299 : HOH
421
- B300 : HOH
422
- B301 : HOH
423
- B302 : HOH
424
- B303 : HOH
425
- B304 : HOH
426
- B305 : HOH
427
- B306 : HOH
428
- B307 : HOH
429
- B308 : HOH
430
- B309 : HOH
431
- B310 : HOH
432
- B311 : HOH
433
- B312 : HOH
434
- B313 : HOH
435
- B314 : HOH
436
- B315 : HOH
437
- B316 : HOH
438
- B317 : HOH
439
- B318 : HOH
440
- B319 : HOH
441
- B320 : HOH
442
- B321 : HOH
443
- B322 : HOH
444
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
445
- P7-P8 : adjacent_5p upward
446
- Q7-Q8 : adjacent_5p upward
447
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
448
- Number of stackings = 2
449
- Number of adjacent stackings = 2
450
- Number of non adjacent stackings = 0
451
- Base-pairs ------------------------------------------------------
452
- Q3-Q4 : U-G O2P/Hh O2P/Hh adjacent_5p pairing
453
- Q9-Q10 : U-U Ss/Hh adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1bau_MC DELETED
@@ -1,108 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A1 : G C3p_endo anti
3
- A2 : G C3p_endo anti
4
- A3 : C C3p_endo anti
5
- A4 : A C3p_endo anti
6
- A5 : A C3p_endo anti
7
- A6 : U C3p_endo anti
8
- A7 : G C2p_endo anti
9
- A8 : A C3p_endo anti
10
- A9 : A C3p_endo anti
11
- A10 : G C3p_endo anti
12
- A11 : C C3p_endo anti
13
- A12 : G C3p_endo anti
14
- A13 : C C3p_endo anti
15
- A14 : G C3p_endo anti
16
- A15 : C C3p_endo anti
17
- A16 : A C3p_endo anti
18
- A17 : C C3p_endo anti
19
- A18 : G C3p_endo anti
20
- A19 : U C3p_endo anti
21
- A20 : U C3p_endo anti
22
- A21 : G C3p_endo anti
23
- A22 : C C3p_endo anti
24
- A23 : C C3p_endo anti
25
- B1 : G C3p_endo anti
26
- B2 : G C3p_endo anti
27
- B3 : C C3p_endo anti
28
- B4 : A C3p_endo anti
29
- B5 : A C3p_endo anti
30
- B6 : U C3p_endo anti
31
- B7 : G C2p_endo anti
32
- B8 : A C3p_endo anti
33
- B9 : A C3p_endo anti
34
- B10 : G C3p_endo anti
35
- B11 : C C3p_endo anti
36
- B12 : G C3p_endo anti
37
- B13 : C C3p_endo anti
38
- B14 : G C3p_endo anti
39
- B15 : C C3p_endo anti
40
- B16 : A C3p_endo anti
41
- B17 : C C3p_endo anti
42
- B18 : G C3p_endo anti
43
- B19 : U C3p_endo anti
44
- B20 : U C3p_endo anti
45
- B21 : G C3p_endo anti
46
- B22 : C C3p_endo anti
47
- B23 : C C3p_endo anti
48
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
49
- A1-A2 : adjacent_5p upward
50
- A2-A3 : adjacent_5p upward
51
- A4-A5 : adjacent_5p upward
52
- A5-A6 : adjacent_5p upward
53
- A6-A7 : adjacent_5p upward
54
- A10-A11 : adjacent_5p upward
55
- A12-A13 : adjacent_5p upward
56
- A14-A15 : adjacent_5p upward
57
- A15-A16 : adjacent_5p upward
58
- A18-A19 : adjacent_5p upward
59
- A19-A20 : adjacent_5p upward
60
- A21-A22 : adjacent_5p upward
61
- A22-A23 : adjacent_5p upward
62
- B1-B2 : adjacent_5p upward
63
- B2-B3 : adjacent_5p upward
64
- B4-B5 : adjacent_5p upward
65
- B5-B6 : adjacent_5p upward
66
- B6-B7 : adjacent_5p upward
67
- B10-B11 : adjacent_5p upward
68
- B12-B13 : adjacent_5p upward
69
- B14-B15 : adjacent_5p upward
70
- B15-B16 : adjacent_5p upward
71
- B18-B19 : adjacent_5p upward
72
- B19-B20 : adjacent_5p upward
73
- B21-B22 : adjacent_5p upward
74
- B22-B23 : adjacent_5p upward
75
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
76
- A4-A21 : outward
77
- A9-B17 : outward
78
- B4-B21 : outward
79
- Number of stackings = 29
80
- Number of adjacent stackings = 26
81
- Number of non adjacent stackings = 3
82
- Base-pairs ------------------------------------------------------
83
- A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
84
- A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
85
- A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
86
- A4-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
87
- A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
88
- A6-A18 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
89
- A8-A10 : A-G C8/O2P pairing
90
- A8-A11 : A-C Bh/O2P pairing
91
- A8-B9 : A-A O2'/C8 pairing
92
- A9-B8 : A-A C8/O2' pairing
93
- A9-B16 : A-A Wh/Ss pairing antiparallel cis one_hbond 40
94
- A10-B15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis 127
95
- A11-B14 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis 128
96
- A12-B13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis 128
97
- A13-B12 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis 128
98
- A14-B11 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
99
- A15-B10 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
100
- A16-B9 : A-A Ss/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 40
101
- B1-B23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
102
- B2-B22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
103
- B3-B21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
104
- B4-B20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
105
- B5-B19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
106
- B6-B18 : U-G Ws/Ww pairing antiparallel cis XXVIII
107
- B8-B10 : A-G C8/O2P pairing
108
- B8-B11 : A-C Bh/O2P pairing
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1bgz_MC DELETED
@@ -1,325 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A1 : G C3p_endo anti
3
- A2 : G C3p_endo anti
4
- A3 : G C3p_endo anti
5
- A4 : A C3p_endo anti
6
- A5 : U C3p_exo anti
7
- A6 : A C3p_endo anti
8
- A7 : C C3p_endo anti
9
- A8 : U C3p_endo anti
10
- A9 : G C3p_endo anti
11
- A10 : C C3p_endo anti
12
- A11 : U C3p_endo anti
13
- A12 : U C3p_exo anti
14
- A13 : C C3p_exo anti
15
- A14 : G C3p_endo syn
16
- A15 : G C3p_endo anti
17
- A16 : U C3p_endo anti
18
- A17 : A C3p_exo anti
19
- A18 : A C3p_endo anti
20
- A19 : G C3p_endo anti
21
- A20 : U C3p_endo anti
22
- A21 : C C3p_endo anti
23
- A22 : C C3p_endo anti
24
- A23 : C C3p_endo anti
25
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
26
- A1-A2 : adjacent_5p upward
27
- A2-A3 : adjacent_5p upward
28
- A3-A4 : adjacent_5p upward
29
- A4-A5 : adjacent_5p upward
30
- A6-A7 : adjacent_5p upward
31
- A8-A9 : adjacent_5p upward
32
- A9-A10 : adjacent_5p upward
33
- A10-A11 : adjacent_5p upward
34
- A14-A15 : adjacent_5p outward
35
- A15-A16 : adjacent_5p upward
36
- A16-A17 : adjacent_5p upward
37
- A18-A19 : adjacent_5p upward
38
- A20-A21 : adjacent_5p upward
39
- A22-A23 : adjacent_5p upward
40
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
41
- Number of stackings = 14
42
- Number of adjacent stackings = 14
43
- Number of non adjacent stackings = 0
44
- Base-pairs ------------------------------------------------------
45
- A1-A23 : G-C Wh/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
46
- A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
47
- A3-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
48
- A4-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
49
- A5-A7 : U-C O2'/Bh pairing
50
- A5-A17 : U-A O2'/Bh pairing
51
- A7-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
52
- A8-A18 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
53
- A9-A16 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
54
- A10-A15 : C-G Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 130
55
- A12-A13 : U-C O2P/Ww adjacent_5p pairing
56
- A17-A18 : A-A Ss/Hw adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
57
- Residue conformations -------------------------------------------
58
- A1 : G C3p_endo anti
59
- A2 : G C3p_endo anti
60
- A3 : G C3p_endo anti
61
- A4 : A C3p_endo anti
62
- A5 : U C3p_exo anti
63
- A6 : A C3p_endo anti
64
- A7 : C C3p_endo anti
65
- A8 : U C3p_endo anti
66
- A9 : G C3p_endo anti
67
- A10 : C C3p_endo anti
68
- A11 : U C3p_endo anti
69
- A12 : U C3p_exo anti
70
- A13 : C C3p_exo anti
71
- A14 : G C3p_endo syn
72
- A15 : G C3p_endo anti
73
- A16 : U C3p_endo anti
74
- A17 : A C3p_exo anti
75
- A18 : A C3p_endo anti
76
- A19 : G C3p_endo anti
77
- A20 : U C3p_endo anti
78
- A21 : C C3p_endo anti
79
- A22 : C C3p_endo anti
80
- A23 : C C3p_endo anti
81
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
82
- A2-A3 : adjacent_5p upward
83
- A3-A4 : adjacent_5p upward
84
- A4-A5 : adjacent_5p upward
85
- A6-A7 : adjacent_5p upward
86
- A8-A9 : adjacent_5p upward
87
- A9-A10 : adjacent_5p upward
88
- A10-A11 : adjacent_5p upward
89
- A14-A15 : adjacent_5p outward
90
- A15-A16 : adjacent_5p upward
91
- A16-A17 : adjacent_5p upward
92
- A18-A19 : adjacent_5p upward
93
- A19-A20 : adjacent_5p upward
94
- A20-A21 : adjacent_5p upward
95
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
96
- Number of stackings = 13
97
- Number of adjacent stackings = 13
98
- Number of non adjacent stackings = 0
99
- Base-pairs ------------------------------------------------------
100
- A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
101
- A3-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
102
- A4-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
103
- A5-A7 : U-C O2'/Bh pairing
104
- A5-A17 : U-A O2'/Bh pairing
105
- A7-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
106
- A8-A17 : U-A Wh/Bs pairing antiparallel trans one_hbond
107
- A8-A18 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
108
- A9-A16 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
109
- A10-A15 : C-G Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 130
110
- A12-A13 : U-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
111
- Residue conformations -------------------------------------------
112
- A1 : G C3p_endo anti
113
- A2 : G C3p_endo anti
114
- A3 : G C3p_endo anti
115
- A4 : A C3p_endo anti
116
- A5 : U C3p_exo anti
117
- A6 : A C3p_endo anti
118
- A7 : C C3p_endo anti
119
- A8 : U C3p_endo anti
120
- A9 : G C3p_endo anti
121
- A10 : C C3p_endo anti
122
- A11 : U C3p_endo anti
123
- A12 : U C3p_exo anti
124
- A13 : C C3p_exo anti
125
- A14 : G C3p_endo syn
126
- A15 : G C3p_endo anti
127
- A16 : U C3p_endo anti
128
- A17 : A C3p_exo anti
129
- A18 : A C3p_endo anti
130
- A19 : G C3p_endo anti
131
- A20 : U C3p_endo anti
132
- A21 : C C3p_endo anti
133
- A22 : C C3p_endo anti
134
- A23 : C C3p_endo anti
135
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
136
- A2-A3 : adjacent_5p upward
137
- A3-A4 : adjacent_5p upward
138
- A4-A5 : adjacent_5p upward
139
- A6-A7 : adjacent_5p upward
140
- A8-A9 : adjacent_5p upward
141
- A9-A10 : adjacent_5p upward
142
- A10-A11 : adjacent_5p upward
143
- A14-A15 : adjacent_5p outward
144
- A16-A17 : adjacent_5p upward
145
- A18-A19 : adjacent_5p upward
146
- A19-A20 : adjacent_5p upward
147
- A20-A21 : adjacent_5p upward
148
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
149
- Number of stackings = 12
150
- Number of adjacent stackings = 12
151
- Number of non adjacent stackings = 0
152
- Base-pairs ------------------------------------------------------
153
- A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
154
- A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
155
- A3-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
156
- A4-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
157
- A5-A7 : U-C O2'/Bh pairing
158
- A5-A17 : U-A O2'/Bh pairing
159
- A7-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
160
- A8-A18 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
161
- A9-A16 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
162
- A10-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 130
163
- A12-A13 : U-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
164
- A17-A18 : A-A Ss/Hw adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
165
- Residue conformations -------------------------------------------
166
- A1 : G C3p_endo anti
167
- A2 : G C3p_endo anti
168
- A3 : G C3p_endo anti
169
- A4 : A C3p_endo anti
170
- A5 : U C3p_exo anti
171
- A6 : A C3p_endo anti
172
- A7 : C C3p_endo anti
173
- A8 : U C3p_endo anti
174
- A9 : G C3p_endo anti
175
- A10 : C C3p_endo anti
176
- A11 : U C3p_endo anti
177
- A12 : U C3p_exo anti
178
- A13 : C C3p_exo anti
179
- A14 : G C3p_endo syn
180
- A15 : G C3p_endo anti
181
- A16 : U C3p_endo anti
182
- A17 : A C3p_exo anti
183
- A18 : A C3p_endo anti
184
- A19 : G C3p_endo anti
185
- A20 : U C3p_endo anti
186
- A21 : C C3p_endo anti
187
- A22 : C C3p_endo anti
188
- A23 : C C3p_endo anti
189
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
190
- A1-A2 : adjacent_5p upward
191
- A2-A3 : adjacent_5p upward
192
- A3-A4 : adjacent_5p upward
193
- A4-A5 : adjacent_5p upward
194
- A6-A7 : adjacent_5p upward
195
- A8-A9 : adjacent_5p upward
196
- A9-A10 : adjacent_5p upward
197
- A10-A11 : adjacent_5p upward
198
- A14-A15 : adjacent_5p outward
199
- A15-A16 : adjacent_5p upward
200
- A16-A17 : adjacent_5p upward
201
- A18-A19 : adjacent_5p upward
202
- A19-A20 : adjacent_5p upward
203
- A20-A21 : adjacent_5p upward
204
- A22-A23 : adjacent_5p upward
205
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
206
- Number of stackings = 15
207
- Number of adjacent stackings = 15
208
- Number of non adjacent stackings = 0
209
- Base-pairs ------------------------------------------------------
210
- A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
211
- A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
212
- A3-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
213
- A4-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
214
- A5-A7 : U-C Ws/Hw pairing parallel cis one_hbond 99
215
- A8-A18 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
216
- A9-A16 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
217
- A10-A15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 130
218
- A12-A13 : U-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
219
- A17-A18 : A-A Ss/Hw adjacent_5p pairing parallel cis one_hbond
220
- Residue conformations -------------------------------------------
221
- A1 : G C3p_endo anti
222
- A2 : G C3p_endo anti
223
- A3 : G C3p_endo anti
224
- A4 : A C3p_endo anti
225
- A5 : U C3p_exo anti
226
- A6 : A C3p_endo anti
227
- A7 : C C3p_endo anti
228
- A8 : U C3p_endo anti
229
- A9 : G C3p_endo anti
230
- A10 : C C3p_endo anti
231
- A11 : U C3p_endo anti
232
- A12 : U C3p_exo anti
233
- A13 : C C3p_exo anti
234
- A14 : G C3p_endo syn
235
- A15 : G C3p_endo anti
236
- A16 : U C3p_endo anti
237
- A17 : A C3p_exo anti
238
- A18 : A C3p_endo anti
239
- A19 : G C3p_endo anti
240
- A20 : U C3p_endo anti
241
- A21 : C C3p_endo anti
242
- A22 : C C3p_endo anti
243
- A23 : C C3p_endo anti
244
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
245
- A1-A2 : adjacent_5p upward
246
- A2-A3 : adjacent_5p upward
247
- A3-A4 : adjacent_5p upward
248
- A4-A5 : adjacent_5p upward
249
- A6-A7 : adjacent_5p upward
250
- A8-A9 : adjacent_5p upward
251
- A9-A10 : adjacent_5p upward
252
- A10-A11 : adjacent_5p upward
253
- A14-A15 : adjacent_5p outward
254
- A15-A16 : adjacent_5p upward
255
- A16-A17 : adjacent_5p upward
256
- A18-A19 : adjacent_5p upward
257
- A19-A20 : adjacent_5p upward
258
- A20-A21 : adjacent_5p upward
259
- A22-A23 : adjacent_5p upward
260
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
261
- Number of stackings = 15
262
- Number of adjacent stackings = 15
263
- Number of non adjacent stackings = 0
264
- Base-pairs ------------------------------------------------------
265
- A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
266
- A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
267
- A3-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
268
- A4-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
269
- A5-A7 : U-C Ws/Hw pairing parallel cis one_hbond 99
270
- A7-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
271
- A8-A18 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
272
- A9-A16 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
273
- A10-A15 : C-G Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond 130
274
- A12-A13 : U-C O2P/Ww adjacent_5p pairing
275
- Residue conformations -------------------------------------------
276
- A1 : G C3p_endo anti
277
- A2 : G C3p_endo anti
278
- A3 : G C3p_endo anti
279
- A4 : A C3p_endo anti
280
- A5 : U C3p_exo anti
281
- A6 : A C3p_endo anti
282
- A7 : C C3p_endo anti
283
- A8 : U C3p_endo anti
284
- A9 : G C3p_endo anti
285
- A10 : C C3p_endo anti
286
- A11 : U C3p_endo anti
287
- A12 : U C3p_exo anti
288
- A13 : C C3p_exo anti
289
- A14 : G C3p_endo syn
290
- A15 : G C3p_endo anti
291
- A16 : U C3p_endo anti
292
- A17 : A C3p_exo anti
293
- A18 : A C3p_endo anti
294
- A19 : G C3p_endo anti
295
- A20 : U C3p_endo anti
296
- A21 : C C3p_endo anti
297
- A22 : C C3p_endo anti
298
- A23 : C C3p_endo anti
299
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
300
- A2-A3 : adjacent_5p upward
301
- A3-A4 : adjacent_5p upward
302
- A4-A5 : adjacent_5p upward
303
- A6-A7 : adjacent_5p upward
304
- A8-A9 : adjacent_5p upward
305
- A9-A10 : adjacent_5p upward
306
- A10-A11 : adjacent_5p upward
307
- A14-A15 : adjacent_5p outward
308
- A15-A16 : adjacent_5p upward
309
- A16-A17 : adjacent_5p upward
310
- A18-A19 : adjacent_5p upward
311
- A19-A20 : adjacent_5p upward
312
- A20-A21 : adjacent_5p upward
313
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
314
- Number of stackings = 13
315
- Number of adjacent stackings = 13
316
- Number of non adjacent stackings = 0
317
- Base-pairs ------------------------------------------------------
318
- A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
319
- A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
320
- A3-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
321
- A4-A20 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
322
- A5-A7 : U-C Ws/Hw pairing parallel cis one_hbond 99
323
- A8-A18 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
324
- A9-A16 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
325
- A12-A13 : U-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1biv_MC DELETED
@@ -1,426 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A4 : G C2p_exo anti
3
- A5 : G C3p_endo anti
4
- A6 : C C3p_endo anti
5
- A7 : U C3p_endo anti
6
- A8 : C C3p_endo anti
7
- A9 : G C3p_endo anti
8
- A10 : U C2p_endo anti
9
- A11 : G C2p_endo anti
10
- A12 : U C2p_endo anti
11
- A13 : A C3p_endo anti
12
- A14 : G C3p_endo anti
13
- A15 : C C3p_endo anti
14
- A16 : U C3p_endo anti
15
- A17 : C C2p_endo syn
16
- A18 : A C2p_endo anti
17
- A19 : U C4p_exo anti
18
- A20 : U C2p_endo anti
19
- A21 : A C2p_endo anti
20
- A22 : G C3p_endo anti
21
- A23 : C C3p_endo anti
22
- A24 : U C3p_endo anti
23
- A25 : C C3p_endo anti
24
- A26 : C C3p_endo anti
25
- A27 : G C3p_endo anti
26
- A28 : A C2p_exo anti
27
- A29 : G C3p_endo anti
28
- A30 : C C3p_endo anti
29
- A31 : C C2p_exo anti
30
- B65 : SER
31
- B66 : GLY
32
- B67 : PRO
33
- B68 : ARG
34
- B69 : PRO
35
- B70 : ARG
36
- B71 : GLY
37
- B72 : THR
38
- B73 : ARG
39
- B74 : GLY
40
- B75 : LYS
41
- B76 : GLY
42
- B77 : ARG
43
- B78 : ARG
44
- B79 : ILE
45
- B80 : ARG
46
- B81 : ARG
47
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
48
- A5-A6 : adjacent_5p upward
49
- A10-A11 : adjacent_5p downward
50
- A13-A14 : adjacent_5p upward
51
- A14-A15 : adjacent_5p upward
52
- A15-A16 : adjacent_5p upward
53
- A18-A19 : adjacent_5p upward
54
- A21-A22 : adjacent_5p upward
55
- A22-A23 : adjacent_5p upward
56
- A23-A24 : adjacent_5p upward
57
- A25-A26 : adjacent_5p upward
58
- A26-A27 : adjacent_5p upward
59
- A27-A28 : adjacent_5p upward
60
- A28-A29 : adjacent_5p upward
61
- A29-A30 : adjacent_5p upward
62
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
63
- A5-A31 : outward
64
- A9-A27 : outward
65
- A11-A13 : upward
66
- Number of stackings = 17
67
- Number of adjacent stackings = 14
68
- Number of non adjacent stackings = 3
69
- Base-pairs ------------------------------------------------------
70
- A4-A31 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
71
- A5-A30 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
72
- A6-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
73
- A7-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
74
- A8-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
75
- A9-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
76
- A9-B77 : G-ARG pairing one_hbond
77
- A10-A13 : U-A Ww/Hh pairing parallel cis XXIII
78
- A11-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
79
- A11-B73 : G-ARG pairing one_hbond
80
- A13-A24 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
81
- A14-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
82
- A14-B70 : G-ARG pairing
83
- A15-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
84
- A16-A21 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
85
- Residue conformations -------------------------------------------
86
- A4 : G C2p_exo anti
87
- A5 : G C3p_endo anti
88
- A6 : C C3p_endo anti
89
- A7 : U C3p_endo anti
90
- A8 : C C3p_endo anti
91
- A9 : G C3p_endo anti
92
- A10 : U C2p_endo anti
93
- A11 : G C2p_endo anti
94
- A12 : U C2p_endo anti
95
- A13 : A C3p_endo anti
96
- A14 : G C3p_endo anti
97
- A15 : C C3p_endo anti
98
- A16 : U C3p_endo anti
99
- A17 : C C3p_exo anti
100
- A18 : A C1p_exo anti
101
- A19 : U C4p_exo anti
102
- A20 : U C2p_endo anti
103
- A21 : A C2p_endo anti
104
- A22 : G C3p_endo anti
105
- A23 : C C3p_endo anti
106
- A24 : U C3p_endo anti
107
- A25 : C C3p_endo anti
108
- A26 : C C3p_endo anti
109
- A27 : G C3p_endo anti
110
- A28 : A C3p_endo anti
111
- A29 : G C4p_exo anti
112
- A30 : C C3p_endo anti
113
- A31 : C C3p_endo anti
114
- B65 : SER
115
- B66 : GLY
116
- B67 : PRO
117
- B68 : ARG
118
- B69 : PRO
119
- B70 : ARG
120
- B71 : GLY
121
- B72 : THR
122
- B73 : ARG
123
- B74 : GLY
124
- B75 : LYS
125
- B76 : GLY
126
- B77 : ARG
127
- B78 : ARG
128
- B79 : ILE
129
- B80 : ARG
130
- B81 : ARG
131
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
132
- A4-A5 : adjacent_5p upward
133
- A5-A6 : adjacent_5p upward
134
- A8-A9 : adjacent_5p upward
135
- A10-A11 : adjacent_5p downward
136
- A13-A14 : adjacent_5p upward
137
- A14-A15 : adjacent_5p upward
138
- A18-A19 : adjacent_5p upward
139
- A21-A22 : adjacent_5p upward
140
- A22-A23 : adjacent_5p upward
141
- A23-A24 : adjacent_5p upward
142
- A25-A26 : adjacent_5p upward
143
- A26-A27 : adjacent_5p upward
144
- A27-A28 : adjacent_5p upward
145
- A28-A29 : adjacent_5p upward
146
- A29-A30 : adjacent_5p upward
147
- A30-A31 : adjacent_5p upward
148
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
149
- A8-A28 : outward
150
- A9-A27 : outward
151
- A14-A24 : outward
152
- Number of stackings = 19
153
- Number of adjacent stackings = 16
154
- Number of non adjacent stackings = 3
155
- Base-pairs ------------------------------------------------------
156
- A4-A31 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
157
- A5-A30 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
158
- A6-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
159
- A7-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
160
- A8-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
161
- A9-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
162
- A11-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
163
- A12-A26 : U-C Ww/O2' pairing
164
- A13-A24 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
165
- A14-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
166
- A14-B70 : G-ARG pairing one_hbond
167
- A15-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
168
- A16-A21 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
169
- A17-A18 : C-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
170
- Residue conformations -------------------------------------------
171
- A4 : G C3p_endo anti
172
- A5 : G C3p_endo anti
173
- A6 : C C3p_endo anti
174
- A7 : U C3p_endo anti
175
- A8 : C C3p_endo anti
176
- A9 : G C4p_exo anti
177
- A10 : U C2p_endo anti
178
- A11 : G C2p_endo anti
179
- A12 : U C2p_endo anti
180
- A13 : A C3p_endo anti
181
- A14 : G C3p_endo anti
182
- A15 : C C3p_endo anti
183
- A16 : U C3p_endo anti
184
- A17 : C C2p_endo anti
185
- A18 : A C2p_endo anti
186
- A19 : U C4p_exo anti
187
- A20 : U C2p_endo anti
188
- A21 : A C2p_endo anti
189
- A22 : G C3p_endo anti
190
- A23 : C C3p_endo anti
191
- A24 : U C3p_endo anti
192
- A25 : C C3p_endo anti
193
- A26 : C C3p_endo anti
194
- A27 : G C3p_endo anti
195
- A28 : A C4p_exo anti
196
- A29 : G C3p_endo anti
197
- A30 : C C3p_endo anti
198
- A31 : C C2p_exo anti
199
- B65 : SER
200
- B66 : GLY
201
- B67 : PRO
202
- B68 : ARG
203
- B69 : PRO
204
- B70 : ARG
205
- B71 : GLY
206
- B72 : THR
207
- B73 : ARG
208
- B74 : GLY
209
- B75 : LYS
210
- B76 : GLY
211
- B77 : ARG
212
- B78 : ARG
213
- B79 : ILE
214
- B80 : ARG
215
- B81 : ARG
216
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
217
- A4-A5 : adjacent_5p upward
218
- A5-A6 : adjacent_5p upward
219
- A8-A9 : adjacent_5p upward
220
- A10-A11 : adjacent_5p downward
221
- A13-A14 : adjacent_5p upward
222
- A14-A15 : adjacent_5p upward
223
- A18-A19 : adjacent_5p upward
224
- A21-A22 : adjacent_5p upward
225
- A22-A23 : adjacent_5p upward
226
- A23-A24 : adjacent_5p upward
227
- A25-A26 : adjacent_5p upward
228
- A26-A27 : adjacent_5p upward
229
- A27-A28 : adjacent_5p upward
230
- A28-A29 : adjacent_5p upward
231
- A29-A30 : adjacent_5p upward
232
- A30-A31 : adjacent_5p upward
233
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
234
- A9-A27 : outward
235
- A11-A13 : upward
236
- Number of stackings = 18
237
- Number of adjacent stackings = 16
238
- Number of non adjacent stackings = 2
239
- Base-pairs ------------------------------------------------------
240
- A4-A31 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
241
- A5-A30 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
242
- A6-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
243
- A7-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
244
- A8-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
245
- A9-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
246
- A9-B77 : G-ARG pairing one_hbond
247
- A10-A13 : U-A Ww/Hh pairing parallel cis XXIII
248
- A11-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
249
- A11-B73 : G-ARG pairing one_hbond
250
- A13-A24 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
251
- A14-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
252
- A14-B70 : G-ARG pairing one_hbond
253
- A15-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
254
- A16-A21 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
255
- A17-A18 : C-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
256
- Residue conformations -------------------------------------------
257
- A4 : G C3p_endo anti
258
- A5 : G C3p_endo anti
259
- A6 : C C3p_endo anti
260
- A7 : U C3p_endo anti
261
- A8 : C C3p_endo anti
262
- A9 : G C3p_endo anti
263
- A10 : U C2p_endo anti
264
- A11 : G C2p_endo anti
265
- A12 : U C2p_endo anti
266
- A13 : A C3p_endo anti
267
- A14 : G C3p_endo anti
268
- A15 : C C3p_endo anti
269
- A16 : U C3p_endo anti
270
- A17 : C C2p_endo anti
271
- A18 : A C1p_exo anti
272
- A19 : U C4p_exo anti
273
- A20 : U C2p_endo anti
274
- A21 : A C2p_endo anti
275
- A22 : G C3p_endo anti
276
- A23 : C C4p_exo anti
277
- A24 : U C3p_endo anti
278
- A25 : C C3p_endo anti
279
- A26 : C C3p_endo anti
280
- A27 : G C3p_endo anti
281
- A28 : A C2p_exo anti
282
- A29 : G C3p_endo anti
283
- A30 : C C3p_endo anti
284
- A31 : C C3p_endo anti
285
- B65 : SER
286
- B66 : GLY
287
- B67 : PRO
288
- B68 : ARG
289
- B69 : PRO
290
- B70 : ARG
291
- B71 : GLY
292
- B72 : THR
293
- B73 : ARG
294
- B74 : GLY
295
- B75 : LYS
296
- B76 : GLY
297
- B77 : ARG
298
- B78 : ARG
299
- B79 : ILE
300
- B80 : ARG
301
- B81 : ARG
302
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
303
- A4-A5 : adjacent_5p upward
304
- A5-A6 : adjacent_5p upward
305
- A8-A9 : adjacent_5p upward
306
- A10-A11 : adjacent_5p downward
307
- A13-A14 : adjacent_5p upward
308
- A14-A15 : adjacent_5p upward
309
- A15-A16 : adjacent_5p upward
310
- A18-A19 : adjacent_5p upward
311
- A21-A22 : adjacent_5p upward
312
- A22-A23 : adjacent_5p upward
313
- A23-A24 : adjacent_5p upward
314
- A25-A26 : adjacent_5p upward
315
- A26-A27 : adjacent_5p upward
316
- A27-A28 : adjacent_5p upward
317
- A28-A29 : adjacent_5p upward
318
- A29-A30 : adjacent_5p upward
319
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
320
- A5-A31 : outward
321
- A8-A28 : outward
322
- A9-A27 : outward
323
- A11-A13 : upward
324
- A13-A25 : outward
325
- Number of stackings = 21
326
- Number of adjacent stackings = 16
327
- Number of non adjacent stackings = 5
328
- Base-pairs ------------------------------------------------------
329
- A4-A31 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
330
- A5-A30 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
331
- A6-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
332
- A7-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
333
- A8-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
334
- A9-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
335
- A10-A13 : U-A Ww/Hh pairing parallel cis XXIII
336
- A11-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
337
- A11-B73 : G-ARG pairing one_hbond
338
- A13-A24 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
339
- A14-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
340
- A14-B70 : G-ARG pairing one_hbond
341
- A15-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
342
- A16-A21 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
343
- Residue conformations -------------------------------------------
344
- A4 : G C1p_exo anti
345
- A5 : G C3p_endo anti
346
- A6 : C C3p_endo anti
347
- A7 : U C3p_endo anti
348
- A8 : C C3p_endo anti
349
- A9 : G C3p_endo anti
350
- A10 : U C1p_exo anti
351
- A11 : G C2p_endo anti
352
- A12 : U C2p_endo anti
353
- A13 : A C4p_exo anti
354
- A14 : G C3p_endo anti
355
- A15 : C C3p_endo anti
356
- A16 : U C3p_endo anti
357
- A17 : C C2p_endo anti
358
- A18 : A C2p_endo anti
359
- A19 : U C4p_exo anti
360
- A20 : U C2p_endo anti
361
- A21 : A C2p_endo anti
362
- A22 : G C3p_endo anti
363
- A23 : C C4p_exo anti
364
- A24 : U C3p_endo anti
365
- A25 : C C3p_endo anti
366
- A26 : C C3p_endo anti
367
- A27 : G C3p_endo anti
368
- A28 : A C3p_endo anti
369
- A29 : G C3p_endo anti
370
- A30 : C C3p_endo anti
371
- A31 : C C3p_endo anti
372
- B65 : SER
373
- B66 : GLY
374
- B67 : PRO
375
- B68 : ARG
376
- B69 : PRO
377
- B70 : ARG
378
- B71 : GLY
379
- B72 : THR
380
- B73 : ARG
381
- B74 : GLY
382
- B75 : LYS
383
- B76 : GLY
384
- B77 : ARG
385
- B78 : ARG
386
- B79 : ILE
387
- B80 : ARG
388
- B81 : ARG
389
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
390
- A5-A6 : adjacent_5p upward
391
- A6-A7 : adjacent_5p upward
392
- A8-A9 : adjacent_5p upward
393
- A10-A11 : adjacent_5p downward
394
- A13-A14 : adjacent_5p upward
395
- A14-A15 : adjacent_5p upward
396
- A18-A19 : adjacent_5p upward
397
- A21-A22 : adjacent_5p upward
398
- A22-A23 : adjacent_5p upward
399
- A24-A25 : adjacent_5p upward
400
- A27-A28 : adjacent_5p upward
401
- A28-A29 : adjacent_5p upward
402
- A29-A30 : adjacent_5p upward
403
- A30-A31 : adjacent_5p upward
404
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
405
- A9-A27 : outward
406
- A13-A25 : outward
407
- Number of stackings = 16
408
- Number of adjacent stackings = 14
409
- Number of non adjacent stackings = 2
410
- Base-pairs ------------------------------------------------------
411
- A4-A5 : G-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
412
- A4-A31 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
413
- A5-A30 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
414
- A6-A29 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
415
- A7-A28 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
416
- A8-A27 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
417
- A9-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
418
- A9-B77 : G-ARG pairing one_hbond
419
- A10-A13 : U-A Ww/Hh pairing parallel cis XXIII
420
- A11-A25 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
421
- A13-A24 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
422
- A14-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
423
- A14-B70 : G-ARG pairing
424
- A15-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
425
- A16-A21 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
426
- A17-A18 : C-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1bj2_MC DELETED
@@ -1,787 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A1 : G C3p_endo anti
3
- A2 : G C3p_endo anti
4
- A3 : C C4p_exo anti
5
- A4 : A C3p_endo anti
6
- A5 : A C3p_endo anti
7
- A6 : C C3p_endo anti
8
- A7 : G C3p_endo anti
9
- A8 : G C4p_exo anti
10
- A9 : A C4p_exo anti
11
- A10 : U C3p_endo anti
12
- A11 : G C3p_endo anti
13
- A12 : G C3p_endo anti
14
- A13 : U C4p_exo anti
15
- A14 : U C4p_exo anti
16
- A15 : C C3p_endo anti
17
- A16 : G C3p_endo anti
18
- A17 : U C3p_endo anti
19
- A18 : U C3p_endo anti
20
- A19 : G C3p_endo anti
21
- A20 : C C3p_endo anti
22
- A21 : C C3p_endo anti
23
- B1 : G C3p_endo anti
24
- B2 : C C3p_endo anti
25
- B3 : A C3p_endo anti
26
- B4 : C C3p_endo anti
27
- B5 : C C3p_endo anti
28
- B6 : G C4p_exo anti
29
- B7 : A C3p_endo anti
30
- B8 : A C3p_endo anti
31
- B9 : C C4p_exo anti
32
- B10 : C C4p_exo anti
33
- B11 : A C3p_endo anti
34
- B12 : U C3p_endo anti
35
- B13 : C C3p_endo anti
36
- B14 : C C2p_exo anti
37
- B15 : G C3p_endo anti
38
- B16 : G C3p_endo anti
39
- B17 : U C3p_endo anti
40
- B18 : G C3p_endo anti
41
- B19 : C C3p_endo anti
42
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
43
- A1-A2 : adjacent_5p upward
44
- A2-A3 : adjacent_5p upward
45
- A3-A4 : adjacent_5p upward
46
- A4-A5 : adjacent_5p upward
47
- A5-A6 : adjacent_5p upward
48
- A8-A9 : adjacent_5p upward
49
- A9-A10 : adjacent_5p upward
50
- A11-A12 : adjacent_5p upward
51
- A14-A15 : adjacent_5p upward
52
- A15-A16 : adjacent_5p upward
53
- A16-A17 : adjacent_5p upward
54
- A19-A20 : adjacent_5p upward
55
- A20-A21 : adjacent_5p upward
56
- B2-B3 : adjacent_5p upward
57
- B3-B4 : adjacent_5p upward
58
- B7-B8 : adjacent_5p upward
59
- B8-B9 : adjacent_5p upward
60
- B9-B10 : adjacent_5p upward
61
- B10-B11 : adjacent_5p upward
62
- B11-B12 : adjacent_5p upward
63
- B15-B16 : adjacent_5p upward
64
- B16-B17 : adjacent_5p upward
65
- B17-B18 : adjacent_5p upward
66
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
67
- A4-A19 : outward
68
- A5-A18 : outward
69
- A7-A16 : outward
70
- A7-B7 : upward
71
- A9-B13 : outward
72
- B3-B18 : outward
73
- B5-B16 : outward
74
- B6-B15 : outward
75
- Number of stackings = 31
76
- Number of adjacent stackings = 23
77
- Number of non adjacent stackings = 8
78
- Base-pairs ------------------------------------------------------
79
- A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
80
- A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
81
- A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
82
- A4-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
83
- A5-A17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
84
- A6-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
85
- A7-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
86
- A8-B13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
87
- A9-B12 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
88
- A10-B11 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
89
- A11-B10 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
90
- A12-B9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
91
- A13-B8 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
92
- A14-B7 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
93
- B1-B19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
94
- B2-B18 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
95
- B3-B17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
96
- B4-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
97
- B5-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
98
- B6-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
99
- Residue conformations -------------------------------------------
100
- A1 : G C3p_endo anti
101
- A2 : G C3p_endo anti
102
- A3 : C C3p_endo anti
103
- A4 : A C3p_endo anti
104
- A5 : A C3p_endo anti
105
- A6 : C C3p_endo anti
106
- A7 : G C3p_endo anti
107
- A8 : G C3p_endo anti
108
- A9 : A C2p_exo anti
109
- A10 : U C3p_endo anti
110
- A11 : G C3p_endo anti
111
- A12 : G C3p_endo anti
112
- A13 : U C3p_endo anti
113
- A14 : U C3p_endo anti
114
- A15 : C C3p_endo anti
115
- A16 : G C3p_endo anti
116
- A17 : U C3p_endo anti
117
- A18 : U C3p_endo anti
118
- A19 : G C3p_endo anti
119
- A20 : C C3p_endo anti
120
- A21 : C C3p_endo anti
121
- B1 : G C3p_endo anti
122
- B2 : C C3p_endo anti
123
- B3 : A C3p_endo anti
124
- B4 : C C3p_endo anti
125
- B5 : C C3p_endo anti
126
- B6 : G C3p_endo anti
127
- B7 : A C4p_exo anti
128
- B8 : A C4p_exo anti
129
- B9 : C C4p_exo anti
130
- B10 : C C4p_exo anti
131
- B11 : A C3p_endo anti
132
- B12 : U C3p_endo anti
133
- B13 : C C3p_endo anti
134
- B14 : C C4p_exo anti
135
- B15 : G C3p_endo anti
136
- B16 : G C3p_endo anti
137
- B17 : U C3p_endo anti
138
- B18 : G C3p_endo anti
139
- B19 : C C3p_endo anti
140
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
141
- A1-A2 : adjacent_5p upward
142
- A2-A3 : adjacent_5p upward
143
- A4-A5 : adjacent_5p upward
144
- A5-A6 : adjacent_5p upward
145
- A8-A9 : adjacent_5p upward
146
- A9-A10 : adjacent_5p upward
147
- A10-A11 : adjacent_5p upward
148
- A11-A12 : adjacent_5p upward
149
- A12-A13 : adjacent_5p upward
150
- A16-A17 : adjacent_5p upward
151
- A19-A20 : adjacent_5p upward
152
- B2-B3 : adjacent_5p upward
153
- B3-B4 : adjacent_5p upward
154
- B7-B8 : adjacent_5p upward
155
- B8-B9 : adjacent_5p upward
156
- B9-B10 : adjacent_5p upward
157
- B10-B11 : adjacent_5p upward
158
- B11-B12 : adjacent_5p upward
159
- B15-B16 : adjacent_5p upward
160
- B16-B17 : adjacent_5p upward
161
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
162
- A4-A19 : outward
163
- A5-A18 : outward
164
- A7-A16 : outward
165
- A7-B7 : upward
166
- A8-B6 : downward
167
- A8-B14 : outward
168
- A9-B13 : outward
169
- A14-B8 : outward
170
- A15-B7 : outward
171
- B5-B16 : outward
172
- B6-B15 : outward
173
- Number of stackings = 31
174
- Number of adjacent stackings = 20
175
- Number of non adjacent stackings = 11
176
- Base-pairs ------------------------------------------------------
177
- A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
178
- A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
179
- A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
180
- A4-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
181
- A5-A17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
182
- A6-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
183
- A7-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
184
- A8-B13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
185
- A9-B12 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
186
- A10-B11 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
187
- A11-B10 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
188
- A12-B9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
189
- A13-B8 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
190
- A14-B7 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
191
- B1-B19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
192
- B2-B18 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
193
- B3-B17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
194
- B4-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
195
- B5-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
196
- B6-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
197
- Residue conformations -------------------------------------------
198
- A1 : G C4p_exo anti
199
- A2 : G C3p_endo anti
200
- A3 : C C3p_endo anti
201
- A4 : A C3p_endo anti
202
- A5 : A C3p_endo anti
203
- A6 : C C4p_exo anti
204
- A7 : G C3p_endo anti
205
- A8 : G C3p_endo anti
206
- A9 : A C3p_endo anti
207
- A10 : U C3p_endo anti
208
- A11 : G C3p_endo anti
209
- A12 : G C3p_endo anti
210
- A13 : U C3p_endo anti
211
- A14 : U C3p_endo anti
212
- A15 : C C4p_exo anti
213
- A16 : G C3p_endo anti
214
- A17 : U C3p_endo anti
215
- A18 : U C3p_endo anti
216
- A19 : G C3p_endo anti
217
- A20 : C C3p_endo anti
218
- A21 : C C3p_endo anti
219
- B1 : G C3p_endo anti
220
- B2 : C C3p_endo anti
221
- B3 : A C3p_endo anti
222
- B4 : C C3p_endo anti
223
- B5 : C C4p_exo anti
224
- B6 : G C3p_endo anti
225
- B7 : A C4p_exo anti
226
- B8 : A C4p_exo anti
227
- B9 : C C3p_endo anti
228
- B10 : C C3p_endo anti
229
- B11 : A C3p_endo anti
230
- B12 : U C3p_endo anti
231
- B13 : C C3p_endo anti
232
- B14 : C C4p_exo anti
233
- B15 : G C3p_endo anti
234
- B16 : G C3p_endo anti
235
- B17 : U C3p_endo anti
236
- B18 : G C3p_endo anti
237
- B19 : C C3p_endo anti
238
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
239
- A1-A2 : adjacent_5p upward
240
- A2-A3 : adjacent_5p upward
241
- A3-A4 : adjacent_5p upward
242
- A4-A5 : adjacent_5p upward
243
- A5-A6 : adjacent_5p upward
244
- A8-A9 : adjacent_5p upward
245
- A9-A10 : adjacent_5p upward
246
- A10-A11 : adjacent_5p upward
247
- A11-A12 : adjacent_5p upward
248
- A12-A13 : adjacent_5p upward
249
- A16-A17 : adjacent_5p upward
250
- A18-A19 : adjacent_5p upward
251
- A19-A20 : adjacent_5p upward
252
- A20-A21 : adjacent_5p upward
253
- B2-B3 : adjacent_5p upward
254
- B3-B4 : adjacent_5p upward
255
- B7-B8 : adjacent_5p upward
256
- B8-B9 : adjacent_5p upward
257
- B10-B11 : adjacent_5p upward
258
- B11-B12 : adjacent_5p upward
259
- B14-B15 : adjacent_5p upward
260
- B15-B16 : adjacent_5p upward
261
- B16-B17 : adjacent_5p upward
262
- B17-B18 : adjacent_5p upward
263
- B18-B19 : adjacent_5p upward
264
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
265
- A5-A18 : outward
266
- A7-A16 : outward
267
- A7-B7 : upward
268
- A8-B6 : downward
269
- A8-B14 : outward
270
- A11-B11 : outward
271
- A12-B10 : outward
272
- A14-B8 : outward
273
- B5-B16 : outward
274
- B6-B15 : outward
275
- Number of stackings = 35
276
- Number of adjacent stackings = 25
277
- Number of non adjacent stackings = 10
278
- Base-pairs ------------------------------------------------------
279
- A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
280
- A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
281
- A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
282
- A4-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
283
- A5-A17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
284
- A6-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
285
- A7-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
286
- A8-B13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
287
- A9-B12 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
288
- A10-B11 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
289
- A11-B10 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
290
- A12-B9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
291
- A13-B8 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
292
- A14-B7 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
293
- B1-B19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
294
- B2-B18 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
295
- B3-B17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
296
- B4-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
297
- B5-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
298
- B6-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
299
- Residue conformations -------------------------------------------
300
- A1 : G C4p_exo anti
301
- A2 : G C3p_endo anti
302
- A3 : C C3p_endo anti
303
- A4 : A C3p_endo anti
304
- A5 : A C3p_endo anti
305
- A6 : C C3p_endo anti
306
- A7 : G C3p_endo anti
307
- A8 : G C4p_exo anti
308
- A9 : A C3p_endo anti
309
- A10 : U C3p_endo anti
310
- A11 : G C3p_endo anti
311
- A12 : G C3p_endo anti
312
- A13 : U C3p_endo anti
313
- A14 : U C3p_endo anti
314
- A15 : C C3p_endo anti
315
- A16 : G C3p_endo anti
316
- A17 : U C3p_endo anti
317
- A18 : U C3p_endo anti
318
- A19 : G C3p_endo anti
319
- A20 : C C3p_endo anti
320
- A21 : C C3p_endo anti
321
- B1 : G C3p_endo anti
322
- B2 : C C3p_endo anti
323
- B3 : A C3p_endo anti
324
- B4 : C C3p_endo anti
325
- B5 : C C3p_endo anti
326
- B6 : G C3p_endo anti
327
- B7 : A C4p_exo anti
328
- B8 : A C4p_exo anti
329
- B9 : C C3p_endo anti
330
- B10 : C C3p_endo anti
331
- B11 : A C3p_endo anti
332
- B12 : U C3p_endo anti
333
- B13 : C C3p_endo anti
334
- B14 : C C3p_endo anti
335
- B15 : G C3p_endo anti
336
- B16 : G C3p_endo anti
337
- B17 : U C3p_endo anti
338
- B18 : G C3p_endo anti
339
- B19 : C C4p_exo anti
340
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
341
- A1-A2 : adjacent_5p upward
342
- A2-A3 : adjacent_5p upward
343
- A4-A5 : adjacent_5p upward
344
- A5-A6 : adjacent_5p upward
345
- A8-A9 : adjacent_5p upward
346
- A9-A10 : adjacent_5p upward
347
- A10-A11 : adjacent_5p upward
348
- A11-A12 : adjacent_5p upward
349
- A12-A13 : adjacent_5p upward
350
- A14-A15 : adjacent_5p upward
351
- A15-A16 : adjacent_5p upward
352
- A16-A17 : adjacent_5p upward
353
- A19-A20 : adjacent_5p upward
354
- B2-B3 : adjacent_5p upward
355
- B3-B4 : adjacent_5p upward
356
- B7-B8 : adjacent_5p upward
357
- B8-B9 : adjacent_5p upward
358
- B10-B11 : adjacent_5p upward
359
- B11-B12 : adjacent_5p upward
360
- B15-B16 : adjacent_5p upward
361
- B16-B17 : adjacent_5p upward
362
- B17-B18 : adjacent_5p upward
363
- B18-B19 : adjacent_5p upward
364
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
365
- A2-A21 : outward
366
- A4-A19 : outward
367
- A7-A16 : outward
368
- A7-B7 : upward
369
- A8-B6 : downward
370
- A8-B14 : outward
371
- A11-B11 : outward
372
- A12-B10 : outward
373
- B6-B15 : outward
374
- Number of stackings = 32
375
- Number of adjacent stackings = 23
376
- Number of non adjacent stackings = 9
377
- Base-pairs ------------------------------------------------------
378
- A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
379
- A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
380
- A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
381
- A4-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
382
- A5-A17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
383
- A6-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
384
- A7-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
385
- A8-B13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
386
- A9-B12 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
387
- A10-B11 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
388
- A11-B10 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
389
- A12-B9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
390
- A13-B8 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
391
- A14-B7 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
392
- B1-B19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
393
- B2-B18 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
394
- B3-B17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
395
- B4-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
396
- B5-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
397
- B6-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
398
- Residue conformations -------------------------------------------
399
- A1 : G C3p_endo anti
400
- A2 : G C3p_endo anti
401
- A3 : C C3p_endo anti
402
- A4 : A C3p_endo anti
403
- A5 : A C3p_endo anti
404
- A6 : C C3p_endo anti
405
- A7 : G C3p_endo anti
406
- A8 : G C3p_endo anti
407
- A9 : A C4p_exo anti
408
- A10 : U C3p_endo anti
409
- A11 : G C3p_endo anti
410
- A12 : G C3p_endo anti
411
- A13 : U C3p_endo anti
412
- A14 : U C3p_endo anti
413
- A15 : C C3p_endo anti
414
- A16 : G C3p_endo anti
415
- A17 : U C3p_endo anti
416
- A18 : U C3p_endo anti
417
- A19 : G C3p_endo anti
418
- A20 : C C3p_endo anti
419
- A21 : C C3p_endo anti
420
- B1 : G C3p_endo anti
421
- B2 : C C4p_exo anti
422
- B3 : A C3p_endo anti
423
- B4 : C C3p_endo anti
424
- B5 : C C3p_endo anti
425
- B6 : G C3p_endo anti
426
- B7 : A C4p_exo anti
427
- B8 : A C4p_exo anti
428
- B9 : C C4p_exo anti
429
- B10 : C C4p_exo anti
430
- B11 : A C3p_endo anti
431
- B12 : U C3p_endo anti
432
- B13 : C C3p_endo anti
433
- B14 : C C3p_endo anti
434
- B15 : G C3p_endo anti
435
- B16 : G C3p_endo anti
436
- B17 : U C3p_endo anti
437
- B18 : G C3p_endo anti
438
- B19 : C C3p_endo anti
439
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
440
- A1-A2 : adjacent_5p upward
441
- A2-A3 : adjacent_5p upward
442
- A4-A5 : adjacent_5p upward
443
- A5-A6 : adjacent_5p upward
444
- A8-A9 : adjacent_5p upward
445
- A9-A10 : adjacent_5p upward
446
- A10-A11 : adjacent_5p upward
447
- A11-A12 : adjacent_5p upward
448
- A12-A13 : adjacent_5p upward
449
- A16-A17 : adjacent_5p upward
450
- A18-A19 : adjacent_5p upward
451
- A19-A20 : adjacent_5p upward
452
- B2-B3 : adjacent_5p upward
453
- B3-B4 : adjacent_5p upward
454
- B7-B8 : adjacent_5p upward
455
- B8-B9 : adjacent_5p upward
456
- B9-B10 : adjacent_5p upward
457
- B10-B11 : adjacent_5p upward
458
- B11-B12 : adjacent_5p upward
459
- B15-B16 : adjacent_5p upward
460
- B16-B17 : adjacent_5p upward
461
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
462
- A2-A21 : outward
463
- A4-A19 : outward
464
- A5-A18 : outward
465
- A7-A16 : outward
466
- A7-B7 : upward
467
- A8-B6 : downward
468
- A11-B11 : outward
469
- A12-B10 : outward
470
- B3-B18 : outward
471
- B5-B16 : outward
472
- B6-B15 : outward
473
- Number of stackings = 32
474
- Number of adjacent stackings = 21
475
- Number of non adjacent stackings = 11
476
- Base-pairs ------------------------------------------------------
477
- A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
478
- A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
479
- A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
480
- A4-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
481
- A5-A17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
482
- A6-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
483
- A7-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
484
- A8-B13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
485
- A9-B12 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
486
- A10-B11 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
487
- A11-B10 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
488
- A12-B9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
489
- A13-B8 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
490
- A14-B7 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
491
- B1-B19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
492
- B2-B18 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
493
- B3-B17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
494
- B4-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
495
- B5-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
496
- B6-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
497
- Residue conformations -------------------------------------------
498
- A1 : G C4p_exo anti
499
- A2 : G C3p_endo anti
500
- A3 : C C3p_endo anti
501
- A4 : A C3p_endo anti
502
- A5 : A C3p_endo anti
503
- A6 : C C3p_endo anti
504
- A7 : G C3p_endo anti
505
- A8 : G C4p_exo anti
506
- A9 : A C2p_exo anti
507
- A10 : U C3p_endo anti
508
- A11 : G C3p_endo anti
509
- A12 : G C3p_endo anti
510
- A13 : U C3p_endo anti
511
- A14 : U C3p_endo anti
512
- A15 : C C4p_exo anti
513
- A16 : G C3p_endo anti
514
- A17 : U C3p_endo anti
515
- A18 : U C3p_endo anti
516
- A19 : G C4p_exo anti
517
- A20 : C C3p_endo anti
518
- A21 : C C3p_endo anti
519
- B1 : G C3p_endo anti
520
- B2 : C C3p_endo anti
521
- B3 : A C3p_endo anti
522
- B4 : C C3p_endo anti
523
- B5 : C C4p_exo anti
524
- B6 : G C3p_endo anti
525
- B7 : A C4p_exo anti
526
- B8 : A C4p_exo anti
527
- B9 : C C3p_endo anti
528
- B10 : C C3p_endo anti
529
- B11 : A C3p_endo anti
530
- B12 : U C3p_endo anti
531
- B13 : C C3p_endo anti
532
- B14 : C C4p_exo anti
533
- B15 : G C3p_endo anti
534
- B16 : G C3p_endo anti
535
- B17 : U C3p_endo anti
536
- B18 : G C3p_endo anti
537
- B19 : C C3p_endo anti
538
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
539
- A1-A2 : adjacent_5p upward
540
- A2-A3 : adjacent_5p upward
541
- A3-A4 : adjacent_5p upward
542
- A4-A5 : adjacent_5p upward
543
- A5-A6 : adjacent_5p upward
544
- A6-A7 : adjacent_5p upward
545
- A8-A9 : adjacent_5p upward
546
- A9-A10 : adjacent_5p upward
547
- A11-A12 : adjacent_5p upward
548
- A12-A13 : adjacent_5p upward
549
- A16-A17 : adjacent_5p upward
550
- A18-A19 : adjacent_5p upward
551
- A19-A20 : adjacent_5p upward
552
- B2-B3 : adjacent_5p upward
553
- B3-B4 : adjacent_5p upward
554
- B7-B8 : adjacent_5p upward
555
- B8-B9 : adjacent_5p upward
556
- B9-B10 : adjacent_5p upward
557
- B10-B11 : adjacent_5p upward
558
- B11-B12 : adjacent_5p upward
559
- B14-B15 : adjacent_5p upward
560
- B15-B16 : adjacent_5p upward
561
- B16-B17 : adjacent_5p upward
562
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
563
- A5-A18 : outward
564
- A7-A16 : outward
565
- A7-B7 : upward
566
- A8-B6 : downward
567
- A8-B14 : outward
568
- A11-B11 : outward
569
- B6-B15 : outward
570
- Number of stackings = 30
571
- Number of adjacent stackings = 23
572
- Number of non adjacent stackings = 7
573
- Base-pairs ------------------------------------------------------
574
- A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
575
- A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
576
- A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
577
- A4-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
578
- A5-A17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
579
- A6-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
580
- A7-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
581
- A8-B13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
582
- A9-B12 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
583
- A10-B11 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
584
- A11-B10 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
585
- A12-B9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
586
- A13-B8 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
587
- A14-B7 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
588
- B1-B19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
589
- B2-B18 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
590
- B3-B17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
591
- B4-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
592
- B5-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
593
- B6-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
594
- Residue conformations -------------------------------------------
595
- A1 : G C3p_endo anti
596
- A2 : G C3p_endo anti
597
- A3 : C C3p_endo anti
598
- A4 : A C3p_endo anti
599
- A5 : A C3p_endo anti
600
- A6 : C C3p_endo anti
601
- A7 : G C3p_endo anti
602
- A8 : G C3p_endo anti
603
- A9 : A C3p_endo anti
604
- A10 : U C3p_endo anti
605
- A11 : G C3p_endo anti
606
- A12 : G C3p_endo anti
607
- A13 : U C4p_exo anti
608
- A14 : U C4p_exo anti
609
- A15 : C C4p_exo anti
610
- A16 : G C3p_endo anti
611
- A17 : U C3p_endo anti
612
- A18 : U C3p_endo anti
613
- A19 : G C3p_endo anti
614
- A20 : C C3p_endo anti
615
- A21 : C C3p_endo anti
616
- B1 : G C3p_endo anti
617
- B2 : C C3p_endo anti
618
- B3 : A C3p_endo anti
619
- B4 : C C3p_endo anti
620
- B5 : C C4p_exo anti
621
- B6 : G C4p_exo anti
622
- B7 : A C4p_exo anti
623
- B8 : A C3p_endo anti
624
- B9 : C C3p_endo anti
625
- B10 : C C3p_endo anti
626
- B11 : A C3p_endo anti
627
- B12 : U C3p_endo anti
628
- B13 : C C2p_exo anti
629
- B14 : C C3p_endo anti
630
- B15 : G C3p_endo anti
631
- B16 : G C3p_endo anti
632
- B17 : U C3p_endo anti
633
- B18 : G C3p_endo anti
634
- B19 : C C3p_endo anti
635
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
636
- A1-A2 : adjacent_5p upward
637
- A2-A3 : adjacent_5p upward
638
- A4-A5 : adjacent_5p upward
639
- A5-A6 : adjacent_5p upward
640
- A8-A9 : adjacent_5p upward
641
- A9-A10 : adjacent_5p upward
642
- A11-A12 : adjacent_5p upward
643
- A12-A13 : adjacent_5p upward
644
- A16-A17 : adjacent_5p upward
645
- A19-A20 : adjacent_5p upward
646
- B1-B2 : adjacent_5p upward
647
- B2-B3 : adjacent_5p upward
648
- B3-B4 : adjacent_5p upward
649
- B5-B6 : adjacent_5p upward
650
- B7-B8 : adjacent_5p upward
651
- B8-B9 : adjacent_5p upward
652
- B10-B11 : adjacent_5p upward
653
- B11-B12 : adjacent_5p upward
654
- B15-B16 : adjacent_5p upward
655
- B16-B17 : adjacent_5p upward
656
- B18-B19 : adjacent_5p upward
657
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
658
- A2-A21 : outward
659
- A4-A19 : outward
660
- A7-A16 : outward
661
- A8-B6 : downward
662
- A9-B13 : outward
663
- A11-B11 : outward
664
- B3-B18 : outward
665
- Number of stackings = 28
666
- Number of adjacent stackings = 21
667
- Number of non adjacent stackings = 7
668
- Base-pairs ------------------------------------------------------
669
- A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
670
- A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
671
- A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
672
- A4-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
673
- A5-A17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
674
- A6-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
675
- A7-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
676
- A7-B7 : G-A Bs/O2' pairing
677
- A8-B13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
678
- A9-B7 : A-A O2P/Hh pairing
679
- A9-B12 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
680
- A10-B11 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
681
- A11-B10 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
682
- A12-B9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
683
- A13-B8 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
684
- A14-B7 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
685
- B1-B19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
686
- B2-B18 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
687
- B3-B17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
688
- B4-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
689
- B5-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
690
- B6-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
691
- Residue conformations -------------------------------------------
692
- A1 : G C3p_endo anti
693
- A2 : G C3p_endo anti
694
- A3 : C C4p_exo anti
695
- A4 : A C3p_endo anti
696
- A5 : A C3p_endo anti
697
- A6 : C C4p_exo anti
698
- A7 : G C4p_exo anti
699
- A8 : G C3p_endo anti
700
- A9 : A C3p_endo anti
701
- A10 : U C3p_endo anti
702
- A11 : G C3p_endo anti
703
- A12 : G C3p_endo anti
704
- A13 : U C3p_endo anti
705
- A14 : U C4p_exo anti
706
- A15 : C C4p_exo anti
707
- A16 : G C3p_endo anti
708
- A17 : U C3p_endo anti
709
- A18 : U C3p_endo anti
710
- A19 : G C3p_endo anti
711
- A20 : C C3p_endo anti
712
- A21 : C C3p_endo anti
713
- B1 : G C3p_endo anti
714
- B2 : C C3p_endo anti
715
- B3 : A C3p_endo anti
716
- B4 : C C3p_endo anti
717
- B5 : C C3p_endo anti
718
- B6 : G C3p_endo anti
719
- B7 : A C4p_exo anti
720
- B8 : A C4p_exo anti
721
- B9 : C C3p_endo anti
722
- B10 : C C4p_exo anti
723
- B11 : A C3p_endo anti
724
- B12 : U C3p_endo anti
725
- B13 : C C3p_endo anti
726
- B14 : C C3p_endo anti
727
- B15 : G C3p_endo anti
728
- B16 : G C3p_endo anti
729
- B17 : U C3p_endo anti
730
- B18 : G C3p_endo anti
731
- B19 : C C3p_endo anti
732
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
733
- A1-A2 : adjacent_5p upward
734
- A2-A3 : adjacent_5p upward
735
- A3-A4 : adjacent_5p upward
736
- A4-A5 : adjacent_5p upward
737
- A5-A6 : adjacent_5p upward
738
- A8-A9 : adjacent_5p upward
739
- A9-A10 : adjacent_5p upward
740
- A10-A11 : adjacent_5p upward
741
- A11-A12 : adjacent_5p upward
742
- A12-A13 : adjacent_5p upward
743
- A14-A15 : adjacent_5p upward
744
- A16-A17 : adjacent_5p upward
745
- A19-A20 : adjacent_5p upward
746
- B2-B3 : adjacent_5p upward
747
- B3-B4 : adjacent_5p upward
748
- B5-B6 : adjacent_5p upward
749
- B7-B8 : adjacent_5p upward
750
- B8-B9 : adjacent_5p upward
751
- B10-B11 : adjacent_5p upward
752
- B11-B12 : adjacent_5p upward
753
- B14-B15 : adjacent_5p upward
754
- B15-B16 : adjacent_5p upward
755
- B16-B17 : adjacent_5p upward
756
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
757
- A5-A18 : outward
758
- A7-A16 : outward
759
- A7-B7 : upward
760
- A8-B6 : downward
761
- A9-B13 : outward
762
- A12-B10 : outward
763
- B5-B16 : outward
764
- Number of stackings = 30
765
- Number of adjacent stackings = 23
766
- Number of non adjacent stackings = 7
767
- Base-pairs ------------------------------------------------------
768
- A1-A21 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
769
- A2-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
770
- A3-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
771
- A4-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
772
- A5-A17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
773
- A6-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
774
- A7-A15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
775
- A8-B13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
776
- A9-B12 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
777
- A10-B11 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
778
- A11-B10 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
779
- A12-B9 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
780
- A13-B8 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
781
- A14-B7 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
782
- B1-B19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
783
- B2-B18 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
784
- B3-B17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
785
- B4-B16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
786
- B5-B15 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
787
- B6-B14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1bmv_MC DELETED
@@ -1,583 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- M1 : G C3p_endo anti
3
- M2 : G C3p_endo anti
4
- M3 : U C3p_endo anti
5
- M4 : C C3p_endo anti
6
- M5 : A C3p_endo anti
7
- M6 : A C3p_endo anti
8
- M7 : A C3p_endo anti
9
- M8 : A C3p_endo anti
10
- M9 : U C3p_endo anti
11
- M10 : G C3p_endo anti
12
- M11 : C C3p_endo anti
13
- '1'1001 : SER
14
- '1'1002 : ILE
15
- '1'1003 : SER
16
- '1'1004 : GLN
17
- '1'1005 : GLN
18
- '1'1006 : THR
19
- '1'1007 : VAL
20
- '1'1008 : TRP
21
- '1'1009 : ASN
22
- '1'1010 : GLN
23
- '1'1011 : MET
24
- '1'1012 : ALA
25
- '1'1013 : THR
26
- '1'1014 : VAL
27
- '1'1015 : ARG
28
- '1'1016 : THR
29
- '1'1017 : PRO
30
- '1'1018 : LEU
31
- '1'1019 : ASN
32
- '1'1020 : PHE
33
- '1'1021 : ASP
34
- '1'1022 : SER
35
- '1'1023 : SER
36
- '1'1024 : LYS
37
- '1'1025 : GLN
38
- '1'1026 : SER
39
- '1'1027 : PHE
40
- '1'1028 : CYS
41
- '1'1029 : GLN
42
- '1'1030 : PHE
43
- '1'1031 : SER
44
- '1'1032 : VAL
45
- '1'1033 : ASP
46
- '1'1034 : LEU
47
- '1'1035 : LEU
48
- '1'1036 : GLY
49
- '1'1037 : GLY
50
- '1'1038 : GLY
51
- '1'1039 : ILE
52
- '1'1040 : SER
53
- '1'1041 : VAL
54
- '1'1042 : ASP
55
- '1'1043 : LYS
56
- '1'1044 : THR
57
- '1'1045 : GLY
58
- '1'1046 : ASP
59
- '1'1047 : TRP
60
- '1'1048 : ILE
61
- '1'1049 : THR
62
- '1'1050 : LEU
63
- '1'1051 : VAL
64
- '1'1052 : GLN
65
- '1'1053 : ASN
66
- '1'1054 : SER
67
- '1'1055 : PRO
68
- '1'1056 : ILE
69
- '1'1057 : SER
70
- '1'1058 : ASN
71
- '1'1059 : LEU
72
- '1'1060 : LEU
73
- '1'1061 : ARG
74
- '1'1062 : VAL
75
- '1'1063 : ALA
76
- '1'1064 : ALA
77
- '1'1065 : TRP
78
- '1'1066 : LYS
79
- '1'1067 : LYS
80
- '1'1068 : GLY
81
- '1'1069 : CYS
82
- '1'1070 : LEU
83
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84
- '1'1072 : VAL
85
- '1'1073 : LYS
86
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87
- '1'1075 : VAL
88
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89
- '1'1077 : SER
90
- '1'1078 : GLY
91
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92
- '1'1080 : ALA
93
- '1'1081 : ALA
94
- '1'1082 : VAL
95
- '1'1083 : LYS
96
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97
- '1'1085 : SER
98
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99
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100
- '1'1088 : ALA
101
- '1'1089 : SER
102
- '1'1090 : LEU
103
- '1'1091 : VAL
104
- '1'1092 : GLN
105
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106
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107
- '1'1095 : LEU
108
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109
- '1'1097 : ASN
110
- '1'1098 : SER
111
- '1'1099 : ASN
112
- '1'1100 : SER
113
- '1'1101 : THR
114
- '1'1102 : GLU
115
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116
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117
- '1'1105 : ASP
118
- '1'1106 : ALA
119
- '1'1107 : CYS
120
- '1'1108 : ARG
121
- '1'1109 : TRP
122
- '1'1110 : THR
123
- '1'1111 : LYS
124
- '1'1112 : SER
125
- '1'1113 : GLU
126
- '1'1114 : PRO
127
- '1'1115 : HIS
128
- '1'1116 : SER
129
- '1'1117 : TRP
130
- '1'1118 : GLU
131
- '1'1119 : LEU
132
- '1'1120 : ILE
133
- '1'1121 : PHE
134
- '1'1122 : PRO
135
- '1'1123 : ILE
136
- '1'1124 : GLU
137
- '1'1125 : VAL
138
- '1'1126 : CYS
139
- '1'1127 : GLY
140
- '1'1128 : PRO
141
- '1'1129 : ASN
142
- '1'1130 : ASN
143
- '1'1131 : GLY
144
- '1'1132 : PHE
145
- '1'1133 : GLU
146
- '1'1134 : MET
147
- '1'1135 : TRP
148
- '1'1136 : SER
149
- '1'1137 : SER
150
- '1'1138 : GLU
151
- '1'1139 : TRP
152
- '1'1140 : ALA
153
- '1'1141 : ASN
154
- '1'1142 : GLN
155
- '1'1143 : THR
156
- '1'1144 : SER
157
- '1'1145 : TRP
158
- '1'1146 : HIS
159
- '1'1147 : LEU
160
- '1'1148 : SER
161
- '1'1149 : PHE
162
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163
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179
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180
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181
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182
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183
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184
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191
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192
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195
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197
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198
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199
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200
- '2'3003 : THR
201
- '2'3004 : ASN
202
- '2'3005 : LEU
203
- '2'3006 : PHE
204
- '2'3007 : LYS
205
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206
- '2'3009 : SER
207
- '2'3010 : LEU
208
- '2'3011 : ASP
209
- '2'3012 : ASP
210
- '2'3013 : VAL
211
- '2'3014 : GLU
212
- '2'3015 : THR
213
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214
- '2'3017 : LYS
215
- '2'3018 : GLY
216
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217
- '2'3020 : MET
218
- '2'3021 : LEU
219
- '2'3022 : ASP
220
- '2'3023 : LEU
221
- '2'3024 : LYS
222
- '2'3025 : ILE
223
- '2'3026 : SER
224
- '2'3027 : GLN
225
- '2'3028 : SER
226
- '2'3029 : LYS
227
- '2'3030 : ILE
228
- '2'3031 : ALA
229
- '2'3032 : LEU
230
- '2'3033 : PRO
231
- '2'3034 : LYS
232
- '2'3035 : ASN
233
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234
- '2'3037 : VAL
235
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236
- '2'3039 : GLY
237
- '2'3040 : THR
238
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239
- '2'3042 : LEU
240
- '2'3043 : ARG
241
- '2'3044 : SER
242
- '2'3045 : ASP
243
- '2'3046 : LEU
244
- '2'3047 : LEU
245
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246
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247
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248
- '2'3051 : LEU
249
- '2'3052 : THR
250
- '2'3053 : GLU
251
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252
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253
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255
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256
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258
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259
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260
- '2'3063 : GLN
261
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262
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263
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264
- '2'3067 : ARG
265
- '2'3068 : ILE
266
- '2'3069 : LYS
267
- '2'3070 : GLY
268
- '2'3071 : MET
269
- '2'3072 : ILE
270
- '2'3073 : LYS
271
- '2'3074 : MET
272
- '2'3075 : VAL
273
- '2'3076 : ALA
274
- '2'3077 : THR
275
- '2'3078 : VAL
276
- '2'3079 : GLY
277
- '2'3080 : ILE
278
- '2'3081 : PRO
279
- '2'3082 : GLU
280
- '2'3083 : ASN
281
- '2'3084 : THR
282
- '2'3085 : GLY
283
- '2'3086 : ILE
284
- '2'3087 : ALA
285
- '2'3088 : LEU
286
- '2'3089 : ALA
287
- '2'3090 : CYS
288
- '2'3091 : ALA
289
- '2'3092 : MET
290
- '2'3093 : ASN
291
- '2'3094 : SER
292
- '2'3095 : SER
293
- '2'3096 : ILE
294
- '2'3097 : ARG
295
- '2'3098 : GLY
296
- '2'3099 : ARG
297
- '2'3100 : ALA
298
- '2'3101 : SER
299
- '2'3102 : SER
300
- '2'3103 : ASP
301
- '2'3104 : ILE
302
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303
- '2'3106 : THR
304
- '2'3107 : ILE
305
- '2'3108 : CYS
306
- '2'3109 : SER
307
- '2'3110 : GLN
308
- '2'3111 : ASP
309
- '2'3112 : CYS
310
- '2'3113 : GLU
311
- '2'3114 : LEU
312
- '2'3115 : TRP
313
- '2'3116 : ASN
314
- '2'3117 : PRO
315
- '2'3118 : ALA
316
- '2'3119 : CYS
317
- '2'3120 : THR
318
- '2'3121 : LYS
319
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320
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321
- '2'3124 : THR
322
- '2'3125 : MET
323
- '2'3126 : SER
324
- '2'3127 : PHE
325
- '2'3128 : ASN
326
- '2'3129 : PRO
327
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328
- '2'3131 : PRO
329
- '2'3132 : CYS
330
- '2'3133 : SER
331
- '2'3134 : ASP
332
- '2'3135 : ALA
333
- '2'3136 : TRP
334
- '2'3137 : SER
335
- '2'3138 : LEU
336
- '2'3139 : GLU
337
- '2'3140 : PHE
338
- '2'3141 : LEU
339
- '2'3142 : LYS
340
- '2'3143 : ARG
341
- '2'3144 : THR
342
- '2'3145 : GLY
343
- '2'3146 : PHE
344
- '2'3147 : HIS
345
- '2'3148 : CYS
346
- '2'3149 : ASP
347
- '2'3150 : ILE
348
- '2'3151 : ILE
349
- '2'3152 : CYS
350
- '2'3153 : VAL
351
- '2'3154 : THR
352
- '2'3155 : GLY
353
- '2'3156 : TRP
354
- '2'3157 : THR
355
- '2'3158 : ALA
356
- '2'3159 : THR
357
- '2'3160 : PRO
358
- '2'3161 : MET
359
- '2'3162 : GLN
360
- '2'3163 : ASP
361
- '2'3164 : VAL
362
- '2'3165 : GLN
363
- '2'3166 : VAL
364
- '2'3167 : THR
365
- '2'3168 : ILE
366
- '2'3169 : ASP
367
- '2'3170 : TRP
368
- '2'3171 : PHE
369
- '2'3172 : ILE
370
- '2'3173 : SER
371
- '2'3174 : SER
372
- '2'3175 : GLN
373
- '2'3176 : GLU
374
- '2'3177 : CYS
375
- '2'3178 : VAL
376
- '2'3179 : PRO
377
- '2'3180 : ARG
378
- '2'3181 : THR
379
- '2'3182 : TYR
380
- '2'2001 : CYS
381
- '2'2002 : VAL
382
- '2'2003 : LEU
383
- '2'2004 : ASN
384
- '2'2005 : PRO
385
- '2'2006 : GLN
386
- '2'2007 : ASN
387
- '2'2008 : PRO
388
- '2'2009 : PHE
389
- '2'2010 : VAL
390
- '2'2011 : LEU
391
- '2'2012 : ASN
392
- '2'2013 : ARG
393
- '2'2014 : TRP
394
- '2'2015 : MET
395
- '2'2016 : GLY
396
- '2'2017 : LYS
397
- '2'2018 : LEU
398
- '2'2019 : THR
399
- '2'2020 : PHE
400
- '2'2021 : PRO
401
- '2'2022 : GLN
402
- '2'2023 : GLY
403
- '2'2024 : THR
404
- '2'2025 : SER
405
- '2'2026 : ARG
406
- '2'2027 : SER
407
- '2'2028 : VAL
408
- '2'2029 : LYS
409
- '2'2030 : ARG
410
- '2'2031 : MET
411
- '2'2032 : PRO
412
- '2'2033 : LEU
413
- '2'2034 : SER
414
- '2'2035 : ILE
415
- '2'2036 : GLY
416
- '2'2037 : GLY
417
- '2'2038 : GLY
418
- '2'2039 : ALA
419
- '2'2040 : GLY
420
- '2'2041 : ALA
421
- '2'2042 : LYS
422
- '2'2043 : SER
423
- '2'2044 : ALA
424
- '2'2045 : ILE
425
- '2'2046 : LEU
426
- '2'2047 : MET
427
- '2'2048 : ASN
428
- '2'2049 : MET
429
- '2'2050 : PRO
430
- '2'2051 : ASN
431
- '2'2052 : ALA
432
- '2'2053 : VAL
433
- '2'2054 : LEU
434
- '2'2055 : SER
435
- '2'2056 : MET
436
- '2'2057 : TRP
437
- '2'2058 : ARG
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439
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440
- '2'2061 : VAL
441
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442
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443
- '2'2064 : LEU
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445
- '2'2066 : PHE
446
- '2'2067 : GLU
447
- '2'2068 : VAL
448
- '2'2069 : SER
449
- '2'2070 : LYS
450
- '2'2071 : MET
451
- '2'2072 : THR
452
- '2'2073 : SER
453
- '2'2074 : PRO
454
- '2'2075 : TYR
455
- '2'2076 : ILE
456
- '2'2077 : LYS
457
- '2'2078 : CYS
458
- '2'2079 : THR
459
- '2'2080 : VAL
460
- '2'2081 : SER
461
- '2'2082 : PHE
462
- '2'2083 : PHE
463
- '2'2084 : ILE
464
- '2'2085 : ALA
465
- '2'2086 : PHE
466
- '2'2087 : GLY
467
- '2'2088 : ASN
468
- '2'2089 : LEU
469
- '2'2090 : ALA
470
- '2'2091 : ASP
471
- '2'2092 : ASP
472
- '2'2093 : THR
473
- '2'2094 : ILE
474
- '2'2095 : ASN
475
- '2'2096 : PHE
476
- '2'2097 : GLU
477
- '2'2098 : ALA
478
- '2'2099 : PHE
479
- '2'2100 : PRO
480
- '2'2101 : HIS
481
- '2'2102 : LYS
482
- '2'2103 : LEU
483
- '2'2104 : VAL
484
- '2'2105 : GLN
485
- '2'2106 : PHE
486
- '2'2107 : GLY
487
- '2'2108 : GLU
488
- '2'2109 : ILE
489
- '2'2110 : GLN
490
- '2'2111 : GLU
491
- '2'2112 : LYS
492
- '2'2113 : VAL
493
- '2'2114 : VAL
494
- '2'2115 : LEU
495
- '2'2116 : LYS
496
- '2'2117 : PHE
497
- '2'2118 : SER
498
- '2'2119 : GLN
499
- '2'2120 : GLU
500
- '2'2121 : GLU
501
- '2'2122 : PHE
502
- '2'2123 : LEU
503
- '2'2124 : THR
504
- '2'2125 : ALA
505
- '2'2126 : TRP
506
- '2'2127 : SER
507
- '2'2128 : THR
508
- '2'2129 : GLN
509
- '2'2130 : VAL
510
- '2'2131 : ARG
511
- '2'2132 : PRO
512
- '2'2133 : ALA
513
- '2'2134 : THR
514
- '2'2135 : THR
515
- '2'2136 : LEU
516
- '2'2137 : LEU
517
- '2'2138 : ALA
518
- '2'2139 : ASP
519
- '2'2140 : GLY
520
- '2'2141 : CYS
521
- '2'2142 : PRO
522
- '2'2143 : TYR
523
- '2'2144 : LEU
524
- '2'2145 : TYR
525
- '2'2146 : ALA
526
- '2'2147 : MET
527
- '2'2148 : VAL
528
- '2'2149 : HIS
529
- '2'2150 : ASP
530
- '2'2151 : SER
531
- '2'2152 : SER
532
- '2'2153 : VAL
533
- '2'2154 : SER
534
- '2'2155 : THR
535
- '2'2156 : ILE
536
- '2'2157 : PRO
537
- '2'2158 : GLY
538
- '2'2159 : ASP
539
- '2'2160 : PHE
540
- '2'2161 : VAL
541
- '2'2162 : ILE
542
- '2'2163 : GLY
543
- '2'2164 : VAL
544
- '2'2165 : LYS
545
- '2'2166 : LEU
546
- '2'2167 : THR
547
- '2'2168 : ILE
548
- '2'2169 : ILE
549
- '2'2170 : GLU
550
- '2'2171 : ASN
551
- '2'2172 : MET
552
- '2'2173 : CYS
553
- '2'2174 : ALA
554
- '2'2175 : TYR
555
- '2'2176 : GLY
556
- '2'2177 : LEU
557
- '2'2178 : ASN
558
- '2'2179 : PRO
559
- '2'2180 : GLY
560
- '2'2181 : ILE
561
- '2'2182 : SER
562
- '2'2183 : GLY
563
- '2'2184 : SER
564
- '2'2185 : ARG
565
- '2'2186 : LEU
566
- '2'2187 : LEU
567
- '2'2188 : GLY
568
- '2'2189 : THR
569
- '2'2190 : ILE
570
- '2'2191 : PRO
571
- '2'2192 : GLN
572
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
573
- M1-M2 : adjacent_5p upward
574
- M2-M3 : adjacent_5p upward
575
- M3-M4 : adjacent_5p upward
576
- M4-M5 : adjacent_5p upward
577
- M5-M6 : adjacent_5p upward
578
- M6-M7 : adjacent_5p upward
579
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
580
- Number of stackings = 6
581
- Number of adjacent stackings = 6
582
- Number of non adjacent stackings = 0
583
- Base-pairs ------------------------------------------------------
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1bn0_MC DELETED
@@ -1,529 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A1 : G C3p_endo anti
3
- A2 : G C2p_exo anti
4
- A3 : A C2p_exo anti
5
- A4 : C C3p_endo anti
6
- A5 : U C3p_endo anti
7
- A6 : A C3p_endo anti
8
- A7 : G C2p_exo anti
9
- A8 : C C3p_endo anti
10
- A9 : G C4p_exo anti
11
- A10 : G C2p_endo syn
12
- A11 : A O4p_endo syn
13
- A12 : G C2p_exo anti
14
- A13 : G C1p_endo anti
15
- A14 : C C3p_endo anti
16
- A15 : U C2p_exo anti
17
- A16 : A C4p_exo anti
18
- A17 : G C3p_endo anti
19
- A18 : U C2p_exo anti
20
- A19 : C C3p_endo anti
21
- A20 : C C3p_endo anti
22
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
23
- A2-A3 : adjacent_5p upward
24
- A3-A4 : adjacent_5p upward
25
- A6-A7 : adjacent_5p upward
26
- A7-A8 : adjacent_5p upward
27
- A13-A14 : adjacent_5p upward
28
- A14-A15 : adjacent_5p upward
29
- A15-A16 : adjacent_5p upward
30
- A16-A17 : adjacent_5p upward
31
- A17-A18 : adjacent_5p upward
32
- A18-A19 : adjacent_5p upward
33
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
34
- A6-A16 : outward
35
- Number of stackings = 11
36
- Number of adjacent stackings = 10
37
- Number of non adjacent stackings = 1
38
- Base-pairs ------------------------------------------------------
39
- A1-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
40
- A2-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
41
- A3-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
42
- A4-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
43
- A5-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
44
- A6-A15 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
45
- A7-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
46
- A8-A13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
47
- A9-A11 : G-A Wh/Hw pairing parallel cis one_hbond
48
- A11-A13 : A-G Ss/O2P pairing
49
- Residue conformations -------------------------------------------
50
- A1 : G C3p_endo anti
51
- A2 : G C2p_exo anti
52
- A3 : A C2p_exo anti
53
- A4 : C C3p_endo anti
54
- A5 : U C3p_endo anti
55
- A6 : A C3p_endo anti
56
- A7 : G C2p_exo anti
57
- A8 : C C3p_endo anti
58
- A9 : G C3p_endo anti
59
- A10 : G C3p_endo anti
60
- A11 : A C4p_endo syn
61
- A12 : G C2p_exo anti
62
- A13 : G C2p_exo anti
63
- A14 : C C3p_endo anti
64
- A15 : U C2p_exo anti
65
- A16 : A C4p_exo anti
66
- A17 : G C2p_exo anti
67
- A18 : U C1p_endo anti
68
- A19 : C C4p_exo anti
69
- A20 : C C3p_endo anti
70
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
71
- A1-A2 : adjacent_5p upward
72
- A2-A3 : adjacent_5p upward
73
- A3-A4 : adjacent_5p upward
74
- A6-A7 : adjacent_5p upward
75
- A7-A8 : adjacent_5p upward
76
- A13-A14 : adjacent_5p upward
77
- A14-A15 : adjacent_5p upward
78
- A15-A16 : adjacent_5p upward
79
- A16-A17 : adjacent_5p upward
80
- A17-A18 : adjacent_5p upward
81
- A18-A19 : adjacent_5p upward
82
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
83
- Number of stackings = 11
84
- Number of adjacent stackings = 11
85
- Number of non adjacent stackings = 0
86
- Base-pairs ------------------------------------------------------
87
- A1-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
88
- A2-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
89
- A3-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
90
- A4-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
91
- A5-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
92
- A6-A15 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
93
- A7-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
94
- A8-A13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
95
- Residue conformations -------------------------------------------
96
- A1 : G C3p_endo anti
97
- A2 : G C2p_exo anti
98
- A3 : A C2p_exo anti
99
- A4 : C C3p_endo anti
100
- A5 : U C3p_endo anti
101
- A6 : A C3p_endo anti
102
- A7 : G C2p_exo anti
103
- A8 : C C3p_endo anti
104
- A9 : G C2p_exo anti
105
- A10 : G C3p_exo syn
106
- A11 : A O4p_endo syn
107
- A12 : G C4p_endo anti
108
- A13 : G C2p_exo anti
109
- A14 : C C3p_endo anti
110
- A15 : U C2p_exo anti
111
- A16 : A C4p_exo anti
112
- A17 : G C2p_exo anti
113
- A18 : U C2p_exo anti
114
- A19 : C C3p_endo anti
115
- A20 : C C3p_endo anti
116
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
117
- A1-A2 : adjacent_5p upward
118
- A2-A3 : adjacent_5p upward
119
- A3-A4 : adjacent_5p upward
120
- A4-A5 : adjacent_5p upward
121
- A5-A6 : adjacent_5p upward
122
- A6-A7 : adjacent_5p upward
123
- A7-A8 : adjacent_5p upward
124
- A13-A14 : adjacent_5p upward
125
- A14-A15 : adjacent_5p upward
126
- A15-A16 : adjacent_5p upward
127
- A16-A17 : adjacent_5p upward
128
- A17-A18 : adjacent_5p upward
129
- A18-A19 : adjacent_5p upward
130
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
131
- Number of stackings = 13
132
- Number of adjacent stackings = 13
133
- Number of non adjacent stackings = 0
134
- Base-pairs ------------------------------------------------------
135
- A1-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
136
- A2-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
137
- A3-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
138
- A4-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
139
- A5-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
140
- A6-A15 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
141
- A7-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
142
- A8-A13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
143
- A10-A11 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
144
- Residue conformations -------------------------------------------
145
- A1 : G C3p_endo anti
146
- A2 : G C2p_exo anti
147
- A3 : A C2p_exo anti
148
- A4 : C C3p_endo anti
149
- A5 : U C3p_endo anti
150
- A6 : A C3p_endo anti
151
- A7 : G C2p_exo anti
152
- A8 : C C3p_endo anti
153
- A9 : G C2p_exo anti
154
- A10 : G C4p_exo anti
155
- A11 : A C2p_endo syn
156
- A12 : G O4p_exo anti
157
- A13 : G C2p_exo anti
158
- A14 : C C3p_endo anti
159
- A15 : U C2p_exo anti
160
- A16 : A C4p_exo anti
161
- A17 : G C2p_exo anti
162
- A18 : U C2p_exo anti
163
- A19 : C C3p_endo anti
164
- A20 : C C3p_endo anti
165
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
166
- A2-A3 : adjacent_5p upward
167
- A3-A4 : adjacent_5p upward
168
- A4-A5 : adjacent_5p upward
169
- A5-A6 : adjacent_5p upward
170
- A6-A7 : adjacent_5p upward
171
- A7-A8 : adjacent_5p upward
172
- A10-A11 : adjacent_5p upward
173
- A13-A14 : adjacent_5p upward
174
- A14-A15 : adjacent_5p upward
175
- A15-A16 : adjacent_5p upward
176
- A16-A17 : adjacent_5p upward
177
- A17-A18 : adjacent_5p upward
178
- A18-A19 : adjacent_5p upward
179
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
180
- A6-A16 : outward
181
- Number of stackings = 14
182
- Number of adjacent stackings = 13
183
- Number of non adjacent stackings = 1
184
- Base-pairs ------------------------------------------------------
185
- A1-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
186
- A2-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
187
- A3-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
188
- A4-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
189
- A5-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
190
- A6-A15 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
191
- A7-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
192
- A8-A13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
193
- Residue conformations -------------------------------------------
194
- A1 : G C2p_exo anti
195
- A2 : G C3p_endo anti
196
- A3 : A C2p_exo anti
197
- A4 : C C3p_endo anti
198
- A5 : U C3p_endo anti
199
- A6 : A C3p_endo anti
200
- A7 : G C2p_exo anti
201
- A8 : C C3p_endo anti
202
- A9 : G C1p_endo anti
203
- A10 : G C2p_endo syn
204
- A11 : A O4p_exo syn
205
- A12 : G C2p_exo anti
206
- A13 : G C2p_exo anti
207
- A14 : C C3p_endo anti
208
- A15 : U C2p_endo anti
209
- A16 : A C4p_exo anti
210
- A17 : G C3p_endo anti
211
- A18 : U C2p_exo anti
212
- A19 : C C1p_exo anti
213
- A20 : C C3p_endo anti
214
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
215
- A2-A3 : adjacent_5p upward
216
- A3-A4 : adjacent_5p upward
217
- A5-A6 : adjacent_5p upward
218
- A6-A7 : adjacent_5p upward
219
- A7-A8 : adjacent_5p upward
220
- A13-A14 : adjacent_5p upward
221
- A14-A15 : adjacent_5p upward
222
- A15-A16 : adjacent_5p upward
223
- A16-A17 : adjacent_5p upward
224
- A17-A18 : adjacent_5p upward
225
- A18-A19 : adjacent_5p upward
226
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
227
- Number of stackings = 11
228
- Number of adjacent stackings = 11
229
- Number of non adjacent stackings = 0
230
- Base-pairs ------------------------------------------------------
231
- A1-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
232
- A2-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
233
- A3-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
234
- A4-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
235
- A5-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
236
- A6-A15 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
237
- A7-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
238
- A8-A13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
239
- A9-A10 : G-G O2'/Ss adjacent_5p pairing
240
- A10-A11 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
241
- Residue conformations -------------------------------------------
242
- A1 : G C2p_exo anti
243
- A2 : G C2p_exo anti
244
- A3 : A C2p_exo anti
245
- A4 : C C3p_endo anti
246
- A5 : U C3p_endo anti
247
- A6 : A C2p_endo anti
248
- A7 : G C2p_endo syn
249
- A8 : C C2p_exo anti
250
- A9 : G C2p_exo anti
251
- A10 : G C2p_endo syn
252
- A11 : A C2p_endo syn
253
- A12 : G C2p_exo anti
254
- A13 : G C2p_exo anti
255
- A14 : C C3p_endo anti
256
- A15 : U C2p_endo anti
257
- A16 : A C4p_exo anti
258
- A17 : G C3p_endo anti
259
- A18 : U C2p_exo anti
260
- A19 : C C1p_exo anti
261
- A20 : C C3p_endo anti
262
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
263
- A2-A3 : adjacent_5p upward
264
- A3-A4 : adjacent_5p upward
265
- A4-A5 : adjacent_5p upward
266
- A6-A7 : adjacent_5p upward pairing
267
- A13-A14 : adjacent_5p upward
268
- A14-A15 : adjacent_5p upward
269
- A15-A16 : adjacent_5p upward
270
- A16-A17 : adjacent_5p upward
271
- A17-A18 : adjacent_5p upward
272
- A18-A19 : adjacent_5p upward
273
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
274
- A6-A16 : outward
275
- Number of stackings = 11
276
- Number of adjacent stackings = 10
277
- Number of non adjacent stackings = 1
278
- Base-pairs ------------------------------------------------------
279
- A1-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
280
- A2-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
281
- A3-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
282
- A4-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
283
- A5-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
284
- A6-A7 : A-G O2'/C8 adjacent_5p upward pairing
285
- A6-A15 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
286
- A7-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
287
- A8-A13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
288
- A10-A11 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
289
- Residue conformations -------------------------------------------
290
- A1 : G C3p_endo anti
291
- A2 : G C2p_exo anti
292
- A3 : A C2p_exo anti
293
- A4 : C C3p_endo anti
294
- A5 : U C3p_endo anti
295
- A6 : A C3p_endo anti
296
- A7 : G C2p_exo anti
297
- A8 : C C3p_endo anti
298
- A9 : G C2p_exo anti
299
- A10 : G C4p_exo anti
300
- A11 : A C2p_endo syn
301
- A12 : G O4p_exo anti
302
- A13 : G C2p_exo anti
303
- A14 : C C3p_endo anti
304
- A15 : U C2p_endo anti
305
- A16 : A C4p_exo anti
306
- A17 : G C3p_endo anti
307
- A18 : U C2p_exo anti
308
- A19 : C C1p_exo anti
309
- A20 : C C3p_endo anti
310
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
311
- A2-A3 : adjacent_5p upward
312
- A3-A4 : adjacent_5p upward
313
- A4-A5 : adjacent_5p upward
314
- A5-A6 : adjacent_5p upward
315
- A6-A7 : adjacent_5p upward
316
- A7-A8 : adjacent_5p upward
317
- A8-A9 : adjacent_5p upward
318
- A13-A14 : adjacent_5p upward
319
- A14-A15 : adjacent_5p upward
320
- A15-A16 : adjacent_5p upward
321
- A16-A17 : adjacent_5p upward
322
- A17-A18 : adjacent_5p upward
323
- A18-A19 : adjacent_5p upward
324
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
325
- A9-A11 : inward
326
- Number of stackings = 14
327
- Number of adjacent stackings = 13
328
- Number of non adjacent stackings = 1
329
- Base-pairs ------------------------------------------------------
330
- A1-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
331
- A2-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
332
- A3-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
333
- A4-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
334
- A5-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
335
- A6-A15 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
336
- A7-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
337
- A8-A13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
338
- Residue conformations -------------------------------------------
339
- A1 : G C3p_endo anti
340
- A2 : G C3p_endo anti
341
- A3 : A C2p_exo anti
342
- A4 : C C3p_endo anti
343
- A5 : U C3p_endo anti
344
- A6 : A C3p_endo anti
345
- A7 : G C2p_exo anti
346
- A8 : C C3p_endo anti
347
- A9 : G C3p_endo anti
348
- A10 : G C2p_endo syn
349
- A11 : A O4p_endo anti
350
- A12 : G C4p_endo anti
351
- A13 : G C2p_exo anti
352
- A14 : C C2p_exo anti
353
- A15 : U C2p_endo anti
354
- A16 : A C4p_exo anti
355
- A17 : G C2p_exo anti
356
- A18 : U O4p_exo anti
357
- A19 : C C4p_exo anti
358
- A20 : C C3p_endo anti
359
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
360
- A2-A3 : adjacent_5p upward
361
- A3-A4 : adjacent_5p upward
362
- A4-A5 : adjacent_5p upward
363
- A6-A7 : adjacent_5p upward
364
- A7-A8 : adjacent_5p upward
365
- A13-A14 : adjacent_5p upward
366
- A14-A15 : adjacent_5p upward
367
- A15-A16 : adjacent_5p upward
368
- A16-A17 : adjacent_5p upward
369
- A17-A18 : adjacent_5p upward
370
- A18-A19 : adjacent_5p upward
371
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
372
- A6-A16 : outward
373
- Number of stackings = 12
374
- Number of adjacent stackings = 11
375
- Number of non adjacent stackings = 1
376
- Base-pairs ------------------------------------------------------
377
- A1-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
378
- A2-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
379
- A3-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
380
- A4-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
381
- A5-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
382
- A6-A15 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
383
- A7-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
384
- A8-A13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
385
- A9-A10 : G-G O2'/Ss adjacent_5p pairing
386
- A10-A11 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
387
- Residue conformations -------------------------------------------
388
- A1 : G C1p_endo anti
389
- A2 : G C3p_endo anti
390
- A3 : A C2p_exo anti
391
- A4 : C C3p_endo anti
392
- A5 : U C3p_endo anti
393
- A6 : A C3p_endo anti
394
- A7 : G C2p_exo anti
395
- A8 : C C3p_endo anti
396
- A9 : G C3p_endo anti
397
- A10 : G C3p_exo syn
398
- A11 : A C2p_endo anti
399
- A12 : G C4p_endo anti
400
- A13 : G C2p_exo anti
401
- A14 : C C2p_exo anti
402
- A15 : U C2p_endo anti
403
- A16 : A C4p_exo anti
404
- A17 : G C2p_exo anti
405
- A18 : U C2p_exo anti
406
- A19 : C C2p_endo anti
407
- A20 : C C3p_endo anti
408
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
409
- A2-A3 : adjacent_5p upward
410
- A3-A4 : adjacent_5p upward
411
- A4-A5 : adjacent_5p upward
412
- A5-A6 : adjacent_5p upward
413
- A6-A7 : adjacent_5p upward
414
- A7-A8 : adjacent_5p upward
415
- A13-A14 : adjacent_5p upward
416
- A14-A15 : adjacent_5p upward
417
- A15-A16 : adjacent_5p upward
418
- A16-A17 : adjacent_5p upward
419
- A17-A18 : adjacent_5p upward
420
- A18-A19 : adjacent_5p upward
421
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
422
- Number of stackings = 12
423
- Number of adjacent stackings = 12
424
- Number of non adjacent stackings = 0
425
- Base-pairs ------------------------------------------------------
426
- A1-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
427
- A2-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
428
- A3-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
429
- A4-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
430
- A5-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
431
- A6-A15 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
432
- A7-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
433
- A8-A13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
434
- A10-A11 : G-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
435
- A11-A12 : A-G Ss/O2P adjacent_5p pairing
436
- Residue conformations -------------------------------------------
437
- A1 : G C3p_endo anti
438
- A2 : G C3p_endo anti
439
- A3 : A C2p_exo anti
440
- A4 : C C3p_endo anti
441
- A5 : U C3p_endo anti
442
- A6 : A C3p_endo anti
443
- A7 : G C2p_exo anti
444
- A8 : C C3p_endo anti
445
- A9 : G C1p_endo anti
446
- A10 : G C3p_exo syn
447
- A11 : A O4p_endo anti
448
- A12 : G C4p_endo anti
449
- A13 : G C2p_exo anti
450
- A14 : C C2p_exo anti
451
- A15 : U C2p_endo anti
452
- A16 : A C4p_exo anti
453
- A17 : G C2p_exo anti
454
- A18 : U C2p_exo anti
455
- A19 : C C4p_exo anti
456
- A20 : C C3p_endo anti
457
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
458
- A2-A3 : adjacent_5p upward
459
- A3-A4 : adjacent_5p upward
460
- A4-A5 : adjacent_5p upward
461
- A6-A7 : adjacent_5p upward
462
- A7-A8 : adjacent_5p upward
463
- A13-A14 : adjacent_5p upward
464
- A14-A15 : adjacent_5p upward
465
- A15-A16 : adjacent_5p upward
466
- A16-A17 : adjacent_5p upward
467
- A17-A18 : adjacent_5p upward
468
- A18-A19 : adjacent_5p upward
469
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
470
- Number of stackings = 11
471
- Number of adjacent stackings = 11
472
- Number of non adjacent stackings = 0
473
- Base-pairs ------------------------------------------------------
474
- A1-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
475
- A2-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
476
- A3-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
477
- A4-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
478
- A5-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
479
- A6-A15 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
480
- A7-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
481
- A8-A13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
482
- A9-A10 : G-G O2'/Hh adjacent_5p pairing
483
- Residue conformations -------------------------------------------
484
- A1 : G C2p_exo anti
485
- A2 : G C3p_endo anti
486
- A3 : A C2p_exo anti
487
- A4 : C C3p_endo anti
488
- A5 : U C3p_endo anti
489
- A6 : A C3p_endo anti
490
- A7 : G C2p_exo anti
491
- A8 : C C3p_endo anti
492
- A9 : G C1p_endo anti
493
- A10 : G C2p_endo syn
494
- A11 : A C1p_exo syn
495
- A12 : G C4p_endo anti
496
- A13 : G C2p_exo anti
497
- A14 : C C3p_endo anti
498
- A15 : U C2p_endo anti
499
- A16 : A C4p_exo anti
500
- A17 : G C3p_endo anti
501
- A18 : U C2p_exo anti
502
- A19 : C C1p_exo anti
503
- A20 : C C3p_endo anti
504
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
505
- A2-A3 : adjacent_5p upward
506
- A3-A4 : adjacent_5p upward
507
- A6-A7 : adjacent_5p upward
508
- A7-A8 : adjacent_5p upward
509
- A13-A14 : adjacent_5p upward
510
- A14-A15 : adjacent_5p upward
511
- A15-A16 : adjacent_5p upward
512
- A16-A17 : adjacent_5p upward
513
- A17-A18 : adjacent_5p upward
514
- A18-A19 : adjacent_5p upward
515
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
516
- A6-A16 : outward
517
- Number of stackings = 11
518
- Number of adjacent stackings = 10
519
- Number of non adjacent stackings = 1
520
- Base-pairs ------------------------------------------------------
521
- A1-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
522
- A2-A19 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
523
- A3-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
524
- A4-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
525
- A5-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
526
- A6-A15 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
527
- A7-A14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
528
- A8-A13 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
529
- A10-A11 : G-A O2'/C8 adjacent_5p pairing
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1br3_MC DELETED
@@ -1,85 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A1 : G C3p_endo anti
3
- A2 : G C3p_endo anti
4
- A3 : A C3p_endo anti
5
- A4 : C C3p_endo anti
6
- A5 : A C2p_exo anti
7
- A6 : G C3p_endo anti
8
- A7 : A C3p_endo anti
9
- A8 : U C3p_endo anti
10
- A9 : G C3p_endo anti
11
- A10 : G C3p_endo anti
12
- A11 : G C3p_endo anti
13
- A12 : A C3p_endo anti
14
- A13 : G C3p_endo anti
15
- B14 : G C3p_endo anti
16
- B15 : C C3p_endo anti
17
- B16 : T C3p_endo anti
18
- B17 : C C3p_endo anti
19
- B18 : C C3p_endo anti
20
- B19 : C C4p_exo anti
21
- B20 : A O4p_endo anti
22
- B21 : G C2p_endo anti
23
- B22 : G C3p_endo anti
24
- B23 : C C4p_exo anti
25
- B24 : T C2p_endo anti
26
- B25 : A C3p_exo anti
27
- B26 : G C2p_endo anti
28
- B27 : C C4p_exo anti
29
- B28 : T C2p_endo anti
30
- B29 : A C3p_exo syn
31
- B30 : C C1p_exo anti
32
- B31 : A C1p_exo anti
33
- B32 : A C1p_exo syn
34
- B33 : C C2p_endo anti
35
- B34 : G C2p_endo anti
36
- B35 : A C2p_endo anti
37
- B36 : C C2p_exo anti
38
- B37 : T C3p_endo anti
39
- B38 : G C3p_endo anti
40
- B39 : T C3p_endo anti
41
- B40 : C C3p_endo anti
42
- B41 : C C3p_endo anti
43
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
44
- A1-A2 : adjacent_5p upward
45
- A2-A3 : adjacent_5p upward
46
- A3-A4 : adjacent_5p upward
47
- A5-A6 : adjacent_5p upward
48
- A6-A7 : adjacent_5p upward
49
- A7-A8 : adjacent_5p upward
50
- A8-A9 : adjacent_5p upward
51
- A9-A10 : adjacent_5p upward
52
- A10-A11 : adjacent_5p upward
53
- A11-A12 : adjacent_5p upward
54
- A12-A13 : adjacent_5p upward
55
- B14-B15 : adjacent_5p upward
56
- B16-B17 : adjacent_5p upward
57
- B18-B19 : adjacent_5p upward
58
- B19-B20 : adjacent_5p upward
59
- B20-B21 : adjacent_5p upward
60
- B22-B23 : adjacent_5p upward
61
- B24-B25 : adjacent_5p upward
62
- B25-B26 : adjacent_5p upward
63
- B26-B27 : adjacent_5p upward
64
- B27-B28 : adjacent_5p upward
65
- B31-B32 : adjacent_5p inward
66
- B33-B34 : adjacent_5p upward
67
- B34-B35 : adjacent_5p upward
68
- B38-B39 : adjacent_5p upward
69
- B39-B40 : adjacent_5p upward
70
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
71
- A5-B38 : outward
72
- B29-B31 : upward
73
- Number of stackings = 28
74
- Number of adjacent stackings = 26
75
- Number of non adjacent stackings = 2
76
- Base-pairs ------------------------------------------------------
77
- A1-B41 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
78
- A2-B40 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
79
- A3-B39 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
80
- A4-B38 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
81
- A5-B37 : A-T Ww/Ws pairing antiparallel cis
82
- A6-B36 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
83
- B28-B29 : T-A O2P/Bh adjacent_5p pairing
84
- B28-B35 : T-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
85
- B29-B33 : A-C Ss/Hw pairing antiparallel trans one_hbond 72
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1bvj_MC DELETED
@@ -1,1303 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A1 : G C3p_endo anti
3
- A2 : G C3p_endo anti
4
- A3 : C C3p_endo anti
5
- A4 : G C3p_endo anti
6
- A5 : A C3p_exo anti
7
- A6 : C C2p_endo anti
8
- A7 : G C4p_exo anti
9
- A8 : G C4p_exo anti
10
- A9 : U C3p_endo anti
11
- A10 : G C2p_exo anti
12
- A11 : U C3p_endo anti
13
- A12 : A C2p_exo anti
14
- A13 : A C3p_endo anti
15
- A14 : A C2p_exo anti
16
- A15 : A C3p_endo anti
17
- A16 : A C3p_endo anti
18
- A17 : U C3p_endo anti
19
- A18 : C C3p_endo anti
20
- A19 : U C3p_endo anti
21
- A20 : C C3p_endo anti
22
- A21 : G C3p_endo anti
23
- A22 : C C3p_endo anti
24
- A23 : C C2p_exo anti
25
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
26
- A1-A2 : adjacent_5p upward
27
- A2-A3 : adjacent_5p upward
28
- A3-A4 : adjacent_5p upward
29
- A4-A5 : adjacent_5p upward
30
- A7-A8 : adjacent_5p upward
31
- A8-A9 : adjacent_5p upward
32
- A9-A10 : adjacent_5p upward
33
- A10-A11 : adjacent_5p upward
34
- A12-A13 : adjacent_5p upward
35
- A13-A14 : adjacent_5p upward
36
- A14-A15 : adjacent_5p upward
37
- A15-A16 : adjacent_5p upward pairing
38
- A16-A17 : adjacent_5p upward
39
- A19-A20 : adjacent_5p upward
40
- A20-A21 : adjacent_5p upward
41
- A21-A22 : adjacent_5p upward
42
- A22-A23 : adjacent_5p upward
43
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
44
- A4-A21 : outward
45
- A5-A7 : upward
46
- Number of stackings = 19
47
- Number of adjacent stackings = 17
48
- Number of non adjacent stackings = 2
49
- Base-pairs ------------------------------------------------------
50
- A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
51
- A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
52
- A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
53
- A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
54
- A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
55
- A6-A14 : C-A Ww/O2P pairing
56
- A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
57
- A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
58
- A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
59
- A10-A14 : G-A Ww/O2P pairing
60
- A10-A15 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
61
- A11-A13 : U-A O2'/Hh Ww/O2P pairing
62
- A11-A14 : U-A O2'/Bh Ww/O2P pairing
63
- A15-A16 : A-A O2P/Hh adjacent_5p upward pairing
64
- Residue conformations -------------------------------------------
65
- A1 : G C4p_exo anti
66
- A2 : G C3p_endo anti
67
- A3 : C C3p_endo anti
68
- A4 : G C3p_endo anti
69
- A5 : A C2p_endo anti
70
- A6 : C C4p_exo anti
71
- A7 : G C4p_exo anti
72
- A8 : G C4p_exo anti
73
- A9 : U C3p_endo anti
74
- A10 : G C2p_exo anti
75
- A11 : U C4p_exo anti
76
- A12 : A C3p_endo anti
77
- A13 : A C3p_endo anti
78
- A14 : A C2p_exo anti
79
- A15 : A C3p_endo anti
80
- A16 : A C3p_endo anti
81
- A17 : U C3p_endo anti
82
- A18 : C C2p_exo anti
83
- A19 : U C3p_endo anti
84
- A20 : C C3p_endo anti
85
- A21 : G C3p_endo anti
86
- A22 : C C3p_endo anti
87
- A23 : C C3p_endo anti
88
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
89
- A1-A2 : adjacent_5p upward
90
- A2-A3 : adjacent_5p upward
91
- A4-A5 : adjacent_5p upward
92
- A7-A8 : adjacent_5p upward
93
- A8-A9 : adjacent_5p upward
94
- A9-A10 : adjacent_5p upward
95
- A10-A11 : adjacent_5p upward
96
- A12-A13 : adjacent_5p upward
97
- A13-A14 : adjacent_5p upward
98
- A14-A15 : adjacent_5p upward
99
- A15-A16 : adjacent_5p upward pairing
100
- A16-A17 : adjacent_5p upward
101
- A18-A19 : adjacent_5p upward
102
- A19-A20 : adjacent_5p upward
103
- A21-A22 : adjacent_5p upward
104
- A22-A23 : adjacent_5p upward
105
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
106
- A4-A21 : outward
107
- A5-A7 : upward
108
- A8-A18 : outward
109
- Number of stackings = 19
110
- Number of adjacent stackings = 16
111
- Number of non adjacent stackings = 3
112
- Base-pairs ------------------------------------------------------
113
- A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
114
- A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
115
- A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
116
- A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
117
- A5-A6 : A-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
118
- A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
119
- A6-A20 : C-C Hw/Ss Bh/O2' pairing parallel trans one_hbond
120
- A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
121
- A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
122
- A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
123
- A10-A14 : G-A Ww/O2P pairing
124
- A10-A15 : G-A Ss/Hh O2'/Bh pairing antiparallel trans XI
125
- A11-A13 : U-A O2'/Hh Ww/O2P pairing
126
- A11-A14 : U-A Ww/O2P pairing
127
- A15-A16 : A-A O2P/Hh adjacent_5p upward pairing
128
- Residue conformations -------------------------------------------
129
- A1 : G C3p_endo anti
130
- A2 : G C3p_endo anti
131
- A3 : C C3p_endo anti
132
- A4 : G C3p_endo anti
133
- A5 : A C4p_exo anti
134
- A6 : C C2p_endo anti
135
- A7 : G C4p_exo anti
136
- A8 : G C4p_exo anti
137
- A9 : U C3p_endo anti
138
- A10 : G C2p_exo anti
139
- A11 : U C3p_endo anti
140
- A12 : A C2p_exo anti
141
- A13 : A C3p_endo anti
142
- A14 : A C1p_endo anti
143
- A15 : A O4p_endo anti
144
- A16 : A C4p_exo anti
145
- A17 : U C4p_exo anti
146
- A18 : C C3p_endo anti
147
- A19 : U C3p_endo anti
148
- A20 : C C3p_endo anti
149
- A21 : G C3p_endo anti
150
- A22 : C C3p_endo anti
151
- A23 : C C3p_endo anti
152
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
153
- A1-A2 : adjacent_5p upward
154
- A2-A3 : adjacent_5p upward
155
- A3-A4 : adjacent_5p upward
156
- A4-A5 : adjacent_5p upward
157
- A7-A8 : adjacent_5p upward
158
- A8-A9 : adjacent_5p upward
159
- A9-A10 : adjacent_5p upward
160
- A12-A13 : adjacent_5p upward
161
- A13-A14 : adjacent_5p upward
162
- A14-A15 : adjacent_5p upward
163
- A16-A17 : adjacent_5p upward
164
- A18-A19 : adjacent_5p upward
165
- A19-A20 : adjacent_5p upward
166
- A20-A21 : adjacent_5p upward
167
- A21-A22 : adjacent_5p upward
168
- A22-A23 : adjacent_5p upward
169
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
170
- A4-A21 : outward
171
- A5-A7 : upward
172
- A8-A18 : outward
173
- Number of stackings = 19
174
- Number of adjacent stackings = 16
175
- Number of non adjacent stackings = 3
176
- Base-pairs ------------------------------------------------------
177
- A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
178
- A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
179
- A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
180
- A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
181
- A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
182
- A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
183
- A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
184
- A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
185
- A10-A15 : G-A O2'/Bh pairing
186
- A11-A13 : U-A O2'/Hh pairing
187
- A11-A14 : U-A Ww/O2P pairing
188
- Residue conformations -------------------------------------------
189
- A1 : G C3p_endo anti
190
- A2 : G C3p_endo anti
191
- A3 : C C3p_endo anti
192
- A4 : G C3p_endo anti
193
- A5 : A C3p_exo anti
194
- A6 : C C2p_endo anti
195
- A7 : G C4p_exo anti
196
- A8 : G C3p_endo anti
197
- A9 : U C3p_endo anti
198
- A10 : G C2p_exo anti
199
- A11 : U C3p_endo anti
200
- A12 : A C4p_endo anti
201
- A13 : A C3p_endo anti
202
- A14 : A C2p_exo anti
203
- A15 : A C3p_endo anti
204
- A16 : A O4p_endo anti
205
- A17 : U C4p_exo anti
206
- A18 : C C2p_exo anti
207
- A19 : U C3p_endo anti
208
- A20 : C C3p_endo anti
209
- A21 : G C3p_endo anti
210
- A22 : C C3p_endo anti
211
- A23 : C C3p_endo anti
212
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
213
- A1-A2 : adjacent_5p upward
214
- A2-A3 : adjacent_5p upward
215
- A4-A5 : adjacent_5p upward
216
- A7-A8 : adjacent_5p upward
217
- A8-A9 : adjacent_5p upward
218
- A9-A10 : adjacent_5p upward
219
- A10-A11 : adjacent_5p upward
220
- A12-A13 : adjacent_5p upward pairing
221
- A13-A14 : adjacent_5p upward
222
- A14-A15 : adjacent_5p upward
223
- A16-A17 : adjacent_5p upward
224
- A18-A19 : adjacent_5p upward
225
- A19-A20 : adjacent_5p upward
226
- A20-A21 : adjacent_5p upward
227
- A21-A22 : adjacent_5p upward
228
- A22-A23 : adjacent_5p upward
229
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
230
- A4-A21 : outward
231
- A5-A7 : upward
232
- A10-A16 : outward
233
- Number of stackings = 19
234
- Number of adjacent stackings = 16
235
- Number of non adjacent stackings = 3
236
- Base-pairs ------------------------------------------------------
237
- A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
238
- A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
239
- A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
240
- A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
241
- A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
242
- A6-A14 : C-A Bh/O2P pairing
243
- A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
244
- A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
245
- A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
246
- A10-A15 : G-A Ws/Hh pairing antiparallel trans one_hbond 54
247
- A11-A13 : U-A O2'/Hh pairing
248
- A11-A14 : U-A O2'/Bh Ww/O2P pairing
249
- A12-A13 : A-A O2P/Hh adjacent_5p upward pairing
250
- Residue conformations -------------------------------------------
251
- A1 : G C3p_endo anti
252
- A2 : G C3p_endo anti
253
- A3 : C C3p_endo anti
254
- A4 : G C4p_exo anti
255
- A5 : A C4p_exo anti
256
- A6 : C C4p_exo anti
257
- A7 : G C4p_exo anti
258
- A8 : G C4p_exo anti
259
- A9 : U C3p_endo anti
260
- A10 : G C2p_exo anti
261
- A11 : U C3p_endo anti
262
- A12 : A O4p_exo anti
263
- A13 : A C3p_endo anti
264
- A14 : A C2p_exo anti
265
- A15 : A C1p_endo anti
266
- A16 : A O4p_endo anti
267
- A17 : U C4p_exo anti
268
- A18 : C C3p_endo anti
269
- A19 : U C3p_endo anti
270
- A20 : C C3p_endo anti
271
- A21 : G C2p_exo anti
272
- A22 : C C3p_endo anti
273
- A23 : C C2p_exo anti
274
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
275
- A1-A2 : adjacent_5p upward
276
- A2-A3 : adjacent_5p upward
277
- A4-A5 : adjacent_5p upward
278
- A7-A8 : adjacent_5p upward
279
- A8-A9 : adjacent_5p upward
280
- A9-A10 : adjacent_5p upward
281
- A10-A11 : adjacent_5p upward
282
- A12-A13 : adjacent_5p upward
283
- A13-A14 : adjacent_5p upward
284
- A14-A15 : adjacent_5p upward
285
- A15-A16 : adjacent_5p upward
286
- A16-A17 : adjacent_5p upward
287
- A18-A19 : adjacent_5p upward
288
- A19-A20 : adjacent_5p upward
289
- A20-A21 : adjacent_5p upward
290
- A21-A22 : adjacent_5p upward
291
- A22-A23 : adjacent_5p upward
292
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
293
- A4-A21 : outward
294
- A5-A7 : upward
295
- A8-A18 : outward
296
- Number of stackings = 20
297
- Number of adjacent stackings = 17
298
- Number of non adjacent stackings = 3
299
- Base-pairs ------------------------------------------------------
300
- A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
301
- A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
302
- A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
303
- A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
304
- A5-A6 : A-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
305
- A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
306
- A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
307
- A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
308
- A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
309
- A10-A14 : G-A Ww/O2P pairing
310
- A10-A15 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans one_hbond
311
- A11-A13 : U-A O2'/Hh pairing
312
- A11-A14 : U-A Ww/O2P pairing
313
- Residue conformations -------------------------------------------
314
- A1 : G C3p_endo anti
315
- A2 : G C3p_endo anti
316
- A3 : C C3p_endo anti
317
- A4 : G C3p_endo anti
318
- A5 : A C4p_exo anti
319
- A6 : C C3p_endo anti
320
- A7 : G C4p_exo anti
321
- A8 : G C4p_exo anti
322
- A9 : U C2p_exo anti
323
- A10 : G C2p_exo anti
324
- A11 : U C3p_endo anti
325
- A12 : A C1p_endo anti
326
- A13 : A C3p_endo anti
327
- A14 : A C3p_exo anti
328
- A15 : A C4p_exo anti
329
- A16 : A O4p_endo anti
330
- A17 : U C4p_exo anti
331
- A18 : C C3p_endo anti
332
- A19 : U C3p_endo anti
333
- A20 : C C3p_endo anti
334
- A21 : G C3p_endo anti
335
- A22 : C C3p_endo anti
336
- A23 : C C3p_endo anti
337
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
338
- A1-A2 : adjacent_5p upward
339
- A2-A3 : adjacent_5p upward
340
- A3-A4 : adjacent_5p upward
341
- A4-A5 : adjacent_5p upward
342
- A7-A8 : adjacent_5p upward
343
- A8-A9 : adjacent_5p upward
344
- A9-A10 : adjacent_5p upward
345
- A10-A11 : adjacent_5p upward
346
- A12-A13 : adjacent_5p upward
347
- A13-A14 : adjacent_5p upward
348
- A14-A15 : adjacent_5p upward
349
- A15-A16 : adjacent_5p upward
350
- A16-A17 : adjacent_5p upward
351
- A19-A20 : adjacent_5p upward
352
- A20-A21 : adjacent_5p upward
353
- A21-A22 : adjacent_5p upward
354
- A22-A23 : adjacent_5p upward
355
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
356
- A4-A21 : outward
357
- A5-A7 : upward
358
- A10-A16 : outward
359
- Number of stackings = 20
360
- Number of adjacent stackings = 17
361
- Number of non adjacent stackings = 3
362
- Base-pairs ------------------------------------------------------
363
- A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
364
- A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
365
- A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
366
- A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
367
- A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
368
- A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
369
- A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
370
- A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
371
- A10-A14 : G-A Ww/O2P pairing
372
- A10-A15 : G-A Sw/Hh pairing antiparallel trans one_hbond
373
- A11-A13 : U-A O2'/Bh O2'/Hh pairing
374
- A11-A14 : U-A O2'/Bh Ww/O2P pairing
375
- Residue conformations -------------------------------------------
376
- A1 : G C3p_endo anti
377
- A2 : G C2p_exo anti
378
- A3 : C C3p_endo anti
379
- A4 : G C3p_endo anti
380
- A5 : A C4p_exo anti
381
- A6 : C C2p_endo anti
382
- A7 : G C3p_endo anti
383
- A8 : G C3p_endo anti
384
- A9 : U C3p_endo anti
385
- A10 : G C2p_exo anti
386
- A11 : U C3p_endo anti
387
- A12 : A C3p_endo anti
388
- A13 : A C3p_endo anti
389
- A14 : A C3p_exo anti
390
- A15 : A C3p_endo anti
391
- A16 : A O4p_endo anti
392
- A17 : U C4p_exo anti
393
- A18 : C C3p_endo anti
394
- A19 : U C3p_endo anti
395
- A20 : C C3p_endo anti
396
- A21 : G C3p_endo anti
397
- A22 : C C3p_endo anti
398
- A23 : C C3p_endo anti
399
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
400
- A1-A2 : adjacent_5p upward
401
- A2-A3 : adjacent_5p upward
402
- A3-A4 : adjacent_5p upward
403
- A4-A5 : adjacent_5p upward
404
- A7-A8 : adjacent_5p upward
405
- A8-A9 : adjacent_5p upward
406
- A10-A11 : adjacent_5p upward
407
- A12-A13 : adjacent_5p upward
408
- A13-A14 : adjacent_5p upward
409
- A14-A15 : adjacent_5p upward
410
- A16-A17 : adjacent_5p upward
411
- A19-A20 : adjacent_5p upward
412
- A20-A21 : adjacent_5p upward
413
- A21-A22 : adjacent_5p upward
414
- A22-A23 : adjacent_5p upward
415
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
416
- A4-A21 : outward
417
- A5-A7 : upward
418
- A10-A16 : outward
419
- Number of stackings = 18
420
- Number of adjacent stackings = 15
421
- Number of non adjacent stackings = 3
422
- Base-pairs ------------------------------------------------------
423
- A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
424
- A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
425
- A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
426
- A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
427
- A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
428
- A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
429
- A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
430
- A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
431
- A10-A15 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
432
- A11-A13 : U-A O2'/Hh Ww/O2P pairing
433
- A11-A14 : U-A Ww/O2P pairing
434
- Residue conformations -------------------------------------------
435
- A1 : G C3p_endo anti
436
- A2 : G C3p_endo anti
437
- A3 : C C3p_endo anti
438
- A4 : G C3p_endo anti
439
- A5 : A C1p_exo anti
440
- A6 : C C2p_endo anti
441
- A7 : G C4p_exo anti
442
- A8 : G C4p_exo anti
443
- A9 : U C3p_endo anti
444
- A10 : G C2p_exo anti
445
- A11 : U C3p_endo anti
446
- A12 : A C4p_endo anti
447
- A13 : A C3p_endo anti
448
- A14 : A C3p_exo anti
449
- A15 : A C4p_exo anti
450
- A16 : A C3p_endo anti
451
- A17 : U C3p_endo anti
452
- A18 : C C2p_exo anti
453
- A19 : U C3p_endo anti
454
- A20 : C C3p_endo anti
455
- A21 : G C3p_endo anti
456
- A22 : C C3p_endo anti
457
- A23 : C C3p_endo anti
458
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
459
- A1-A2 : adjacent_5p upward
460
- A2-A3 : adjacent_5p upward
461
- A4-A5 : adjacent_5p upward
462
- A7-A8 : adjacent_5p upward
463
- A8-A9 : adjacent_5p upward
464
- A9-A10 : adjacent_5p upward
465
- A10-A11 : adjacent_5p upward
466
- A12-A13 : adjacent_5p upward
467
- A14-A15 : adjacent_5p upward
468
- A15-A16 : adjacent_5p upward
469
- A16-A17 : adjacent_5p upward
470
- A18-A19 : adjacent_5p upward
471
- A19-A20 : adjacent_5p upward
472
- A21-A22 : adjacent_5p upward
473
- A22-A23 : adjacent_5p upward
474
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
475
- A4-A21 : outward
476
- A5-A7 : upward
477
- A8-A18 : outward
478
- Number of stackings = 18
479
- Number of adjacent stackings = 15
480
- Number of non adjacent stackings = 3
481
- Base-pairs ------------------------------------------------------
482
- A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
483
- A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
484
- A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
485
- A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
486
- A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
487
- A6-A14 : C-A Bh/O2P pairing
488
- A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
489
- A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
490
- A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
491
- A10-A14 : G-A O2'/Bh pairing
492
- A10-A15 : G-A Sw/Hh pairing antiparallel trans one_hbond
493
- A11-A12 : U-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
494
- A11-A13 : U-A O2'/Hh pairing
495
- A11-A14 : U-A Ww/O2P pairing
496
- Residue conformations -------------------------------------------
497
- A1 : G C3p_endo anti
498
- A2 : G C3p_endo anti
499
- A3 : C C3p_endo anti
500
- A4 : G C3p_endo anti
501
- A5 : A C2p_endo anti
502
- A6 : C C2p_endo anti
503
- A7 : G C4p_exo anti
504
- A8 : G C4p_exo anti
505
- A9 : U C3p_endo anti
506
- A10 : G C1p_endo anti
507
- A11 : U C3p_endo anti
508
- A12 : A C3p_endo anti
509
- A13 : A C3p_endo anti
510
- A14 : A C2p_exo anti
511
- A15 : A C3p_endo anti
512
- A16 : A C3p_endo anti
513
- A17 : U C3p_endo anti
514
- A18 : C C3p_endo anti
515
- A19 : U C3p_endo anti
516
- A20 : C C4p_exo anti
517
- A21 : G C3p_endo anti
518
- A22 : C C3p_endo anti
519
- A23 : C C2p_exo anti
520
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
521
- A1-A2 : adjacent_5p upward
522
- A2-A3 : adjacent_5p upward
523
- A4-A5 : adjacent_5p upward
524
- A7-A8 : adjacent_5p upward
525
- A8-A9 : adjacent_5p upward
526
- A9-A10 : adjacent_5p upward
527
- A10-A11 : adjacent_5p upward
528
- A12-A13 : adjacent_5p upward
529
- A13-A14 : adjacent_5p upward
530
- A14-A15 : adjacent_5p upward
531
- A15-A16 : adjacent_5p upward pairing
532
- A16-A17 : adjacent_5p upward
533
- A18-A19 : adjacent_5p upward
534
- A19-A20 : adjacent_5p upward
535
- A21-A22 : adjacent_5p upward
536
- A22-A23 : adjacent_5p upward
537
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
538
- A4-A21 : outward
539
- A5-A7 : upward
540
- A8-A18 : outward
541
- Number of stackings = 19
542
- Number of adjacent stackings = 16
543
- Number of non adjacent stackings = 3
544
- Base-pairs ------------------------------------------------------
545
- A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
546
- A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
547
- A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
548
- A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
549
- A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
550
- A6-A14 : C-A Ww/O2P Bh/O2P pairing
551
- A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
552
- A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
553
- A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
554
- A10-A14 : G-A Ww/O2P pairing
555
- A10-A15 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
556
- A11-A13 : U-A O2'/Hh Ww/O2P pairing
557
- A11-A14 : U-A Ww/O2P pairing
558
- A15-A16 : A-A O2P/Hh adjacent_5p upward pairing
559
- Residue conformations -------------------------------------------
560
- A1 : G C3p_endo anti
561
- A2 : G C3p_endo anti
562
- A3 : C C3p_endo anti
563
- A4 : G C3p_endo anti
564
- A5 : A C4p_exo anti
565
- A6 : C C4p_exo anti
566
- A7 : G C4p_exo anti
567
- A8 : G C4p_exo anti
568
- A9 : U C3p_endo anti
569
- A10 : G C2p_exo anti
570
- A11 : U C3p_endo anti
571
- A12 : A C1p_exo anti
572
- A13 : A C2p_endo anti
573
- A14 : A C3p_endo anti
574
- A15 : A C2p_exo anti
575
- A16 : A C3p_endo anti
576
- A17 : U C3p_endo anti
577
- A18 : C C3p_endo anti
578
- A19 : U C3p_endo anti
579
- A20 : C C3p_endo anti
580
- A21 : G C3p_endo anti
581
- A22 : C C3p_endo anti
582
- A23 : C C3p_endo anti
583
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
584
- A1-A2 : adjacent_5p upward
585
- A2-A3 : adjacent_5p upward
586
- A3-A4 : adjacent_5p upward
587
- A4-A5 : adjacent_5p upward
588
- A7-A8 : adjacent_5p upward
589
- A8-A9 : adjacent_5p upward
590
- A9-A10 : adjacent_5p upward
591
- A10-A11 : adjacent_5p upward
592
- A12-A13 : adjacent_5p upward
593
- A13-A14 : adjacent_5p upward
594
- A14-A15 : adjacent_5p upward
595
- A15-A16 : adjacent_5p upward
596
- A16-A17 : adjacent_5p upward
597
- A18-A19 : adjacent_5p upward
598
- A19-A20 : adjacent_5p upward
599
- A20-A21 : adjacent_5p upward
600
- A21-A22 : adjacent_5p upward
601
- A22-A23 : adjacent_5p upward
602
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
603
- A4-A21 : outward
604
- A5-A7 : upward
605
- A8-A18 : outward
606
- Number of stackings = 21
607
- Number of adjacent stackings = 18
608
- Number of non adjacent stackings = 3
609
- Base-pairs ------------------------------------------------------
610
- A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
611
- A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
612
- A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
613
- A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
614
- A5-A6 : A-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
615
- A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
616
- A6-A7 : C-G O2P/Hh adjacent_5p pairing
617
- A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
618
- A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
619
- A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
620
- A11-A13 : U-A O2'/Hh pairing
621
- Residue conformations -------------------------------------------
622
- A1 : G C3p_endo anti
623
- A2 : G C3p_endo anti
624
- A3 : C C3p_endo anti
625
- A4 : G C3p_endo anti
626
- A5 : A O4p_endo anti
627
- A6 : C C2p_endo anti
628
- A7 : G C4p_exo anti
629
- A8 : G C4p_exo anti
630
- A9 : U C4p_exo anti
631
- A10 : G C2p_exo anti
632
- A11 : U C4p_exo anti
633
- A12 : A C3p_endo anti
634
- A13 : A C3p_endo anti
635
- A14 : A C2p_exo anti
636
- A15 : A C3p_endo anti
637
- A16 : A C3p_endo anti
638
- A17 : U C4p_exo anti
639
- A18 : C C3p_endo anti
640
- A19 : U C3p_endo anti
641
- A20 : C C4p_exo anti
642
- A21 : G C3p_endo anti
643
- A22 : C C3p_endo anti
644
- A23 : C C3p_endo anti
645
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
646
- A1-A2 : adjacent_5p upward
647
- A2-A3 : adjacent_5p upward
648
- A3-A4 : adjacent_5p upward
649
- A4-A5 : adjacent_5p upward
650
- A7-A8 : adjacent_5p upward
651
- A8-A9 : adjacent_5p upward
652
- A9-A10 : adjacent_5p upward
653
- A10-A11 : adjacent_5p upward
654
- A12-A13 : adjacent_5p upward
655
- A14-A15 : adjacent_5p upward
656
- A15-A16 : adjacent_5p upward
657
- A16-A17 : adjacent_5p upward
658
- A18-A19 : adjacent_5p upward
659
- A19-A20 : adjacent_5p upward
660
- A20-A21 : adjacent_5p upward
661
- A21-A22 : adjacent_5p upward
662
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
663
- A4-A21 : outward
664
- A5-A7 : upward
665
- A8-A18 : outward
666
- Number of stackings = 19
667
- Number of adjacent stackings = 16
668
- Number of non adjacent stackings = 3
669
- Base-pairs ------------------------------------------------------
670
- A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
671
- A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
672
- A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
673
- A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
674
- A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
675
- A6-A14 : C-A Bh/O2P pairing
676
- A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
677
- A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
678
- A9-A15 : U-A Ws/Wh pairing antiparallel trans one_hbond 46
679
- A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
680
- A11-A13 : U-A O2'/Hh pairing
681
- A11-A14 : U-A Ww/O2P pairing
682
- Residue conformations -------------------------------------------
683
- A1 : G C3p_endo anti
684
- A2 : G C3p_endo anti
685
- A3 : C C3p_endo anti
686
- A4 : G C3p_endo anti
687
- A5 : A C3p_endo anti
688
- A6 : C C4p_exo syn
689
- A7 : G C4p_exo anti
690
- A8 : G C3p_endo anti
691
- A9 : U C3p_endo anti
692
- A10 : G C2p_exo anti
693
- A11 : U C3p_endo anti
694
- A12 : A C4p_endo anti
695
- A13 : A C3p_endo anti
696
- A14 : A C3p_exo anti
697
- A15 : A C3p_endo anti
698
- A16 : A C3p_endo anti
699
- A17 : U C3p_endo anti
700
- A18 : C C3p_endo anti
701
- A19 : U C3p_endo anti
702
- A20 : C C3p_endo anti
703
- A21 : G C2p_exo anti
704
- A22 : C C3p_endo anti
705
- A23 : C C3p_endo anti
706
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
707
- A1-A2 : adjacent_5p upward
708
- A2-A3 : adjacent_5p upward
709
- A3-A4 : adjacent_5p upward
710
- A4-A5 : adjacent_5p upward
711
- A7-A8 : adjacent_5p upward
712
- A8-A9 : adjacent_5p upward
713
- A9-A10 : adjacent_5p upward
714
- A10-A11 : adjacent_5p upward
715
- A12-A13 : adjacent_5p upward
716
- A13-A14 : adjacent_5p upward
717
- A14-A15 : adjacent_5p upward
718
- A15-A16 : adjacent_5p upward
719
- A16-A17 : adjacent_5p upward
720
- A18-A19 : adjacent_5p upward
721
- A19-A20 : adjacent_5p upward
722
- A20-A21 : adjacent_5p upward
723
- A21-A22 : adjacent_5p upward
724
- A22-A23 : adjacent_5p upward
725
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
726
- A4-A21 : outward
727
- A5-A7 : upward
728
- A8-A18 : outward
729
- Number of stackings = 21
730
- Number of adjacent stackings = 18
731
- Number of non adjacent stackings = 3
732
- Base-pairs ------------------------------------------------------
733
- A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
734
- A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
735
- A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
736
- A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
737
- A5-A6 : A-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
738
- A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
739
- A6-A7 : C-G O2P/Hh adjacent_5p pairing
740
- A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
741
- A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
742
- A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
743
- A11-A13 : U-A O2'/Hh pairing
744
- A11-A14 : U-A Ww/O2P pairing
745
- Residue conformations -------------------------------------------
746
- A1 : G C4p_exo anti
747
- A2 : G C3p_endo anti
748
- A3 : C C3p_endo anti
749
- A4 : G C4p_exo anti
750
- A5 : A O4p_endo anti
751
- A6 : C C4p_exo anti
752
- A7 : G C4p_exo anti
753
- A8 : G C4p_exo anti
754
- A9 : U C3p_endo anti
755
- A10 : G C2p_exo anti
756
- A11 : U C3p_endo anti
757
- A12 : A C2p_exo anti
758
- A13 : A C3p_endo anti
759
- A14 : A C2p_exo anti
760
- A15 : A O4p_endo anti
761
- A16 : A C3p_endo anti
762
- A17 : U C3p_endo anti
763
- A18 : C C3p_endo anti
764
- A19 : U C3p_endo anti
765
- A20 : C C3p_endo anti
766
- A21 : G C2p_exo anti
767
- A22 : C C3p_endo anti
768
- A23 : C C3p_endo anti
769
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
770
- A1-A2 : adjacent_5p upward
771
- A2-A3 : adjacent_5p upward
772
- A4-A5 : adjacent_5p upward
773
- A7-A8 : adjacent_5p upward
774
- A8-A9 : adjacent_5p upward
775
- A9-A10 : adjacent_5p upward
776
- A10-A11 : adjacent_5p upward
777
- A12-A13 : adjacent_5p upward
778
- A14-A15 : adjacent_5p upward
779
- A15-A16 : adjacent_5p upward
780
- A16-A17 : adjacent_5p upward
781
- A18-A19 : adjacent_5p upward
782
- A21-A22 : adjacent_5p upward
783
- A22-A23 : adjacent_5p upward
784
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
785
- A4-A21 : outward
786
- A5-A7 : upward pairing
787
- A8-A18 : outward
788
- Number of stackings = 17
789
- Number of adjacent stackings = 14
790
- Number of non adjacent stackings = 3
791
- Base-pairs ------------------------------------------------------
792
- A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
793
- A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
794
- A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
795
- A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
796
- A5-A6 : A-C O2'/Hh adjacent_5p pairing
797
- A5-A7 : A-G O2'/Hh upward pairing
798
- A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
799
- A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
800
- A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
801
- A9-A15 : U-A Ws/Wh pairing antiparallel trans one_hbond 46
802
- A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
803
- A10-A14 : G-A O2'/Bh pairing
804
- A10-A15 : G-A Sw/Hh pairing antiparallel trans one_hbond
805
- A11-A13 : U-A O2'/Hh pairing
806
- A11-A14 : U-A Ww/O2P pairing
807
- Residue conformations -------------------------------------------
808
- A1 : G C3p_endo anti
809
- A2 : G C3p_endo anti
810
- A3 : C C3p_endo anti
811
- A4 : G C2p_exo anti
812
- A5 : A O4p_endo anti
813
- A6 : C C1p_exo anti
814
- A7 : G C4p_exo anti
815
- A8 : G C3p_endo anti
816
- A9 : U C3p_endo anti
817
- A10 : G C2p_exo anti
818
- A11 : U C3p_endo anti
819
- A12 : A C1p_endo anti
820
- A13 : A C3p_endo anti
821
- A14 : A C2p_exo anti
822
- A15 : A C3p_endo anti
823
- A16 : A C4p_exo anti
824
- A17 : U C4p_exo anti
825
- A18 : C C3p_endo anti
826
- A19 : U C3p_endo anti
827
- A20 : C C3p_endo anti
828
- A21 : G C3p_endo anti
829
- A22 : C C3p_endo anti
830
- A23 : C C2p_exo anti
831
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
832
- A1-A2 : adjacent_5p upward
833
- A2-A3 : adjacent_5p upward
834
- A3-A4 : adjacent_5p upward
835
- A4-A5 : adjacent_5p upward
836
- A7-A8 : adjacent_5p upward
837
- A8-A9 : adjacent_5p upward
838
- A9-A10 : adjacent_5p upward
839
- A10-A11 : adjacent_5p upward
840
- A12-A13 : adjacent_5p upward
841
- A13-A14 : adjacent_5p upward
842
- A14-A15 : adjacent_5p upward
843
- A15-A16 : adjacent_5p upward pairing
844
- A16-A17 : adjacent_5p upward
845
- A18-A19 : adjacent_5p upward
846
- A19-A20 : adjacent_5p upward
847
- A20-A21 : adjacent_5p upward
848
- A21-A22 : adjacent_5p upward
849
- A22-A23 : adjacent_5p upward
850
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
851
- A4-A21 : outward
852
- A5-A7 : upward
853
- A8-A18 : outward
854
- Number of stackings = 21
855
- Number of adjacent stackings = 18
856
- Number of non adjacent stackings = 3
857
- Base-pairs ------------------------------------------------------
858
- A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
859
- A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
860
- A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
861
- A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
862
- A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
863
- A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
864
- A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
865
- A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
866
- A10-A14 : G-A Ww/O2P pairing
867
- A10-A15 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
868
- A11-A13 : U-A O2'/Hh pairing
869
- A11-A14 : U-A O2'/Bh Ww/O2P pairing
870
- A15-A16 : A-A O2P/Hh adjacent_5p upward pairing
871
- Residue conformations -------------------------------------------
872
- A1 : G C3p_endo anti
873
- A2 : G C3p_endo anti
874
- A3 : C C3p_endo anti
875
- A4 : G C3p_endo anti
876
- A5 : A C3p_exo anti
877
- A6 : C C2p_endo anti
878
- A7 : G C4p_exo anti
879
- A8 : G C3p_endo anti
880
- A9 : U C3p_endo anti
881
- A10 : G C2p_exo anti
882
- A11 : U C3p_endo anti
883
- A12 : A C3p_endo anti
884
- A13 : A C3p_endo anti
885
- A14 : A C2p_exo anti
886
- A15 : A C3p_endo anti
887
- A16 : A C3p_endo anti
888
- A17 : U C3p_endo anti
889
- A18 : C C3p_endo anti
890
- A19 : U C3p_endo anti
891
- A20 : C C3p_endo anti
892
- A21 : G C2p_exo anti
893
- A22 : C C3p_endo anti
894
- A23 : C C2p_exo anti
895
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
896
- A1-A2 : adjacent_5p upward
897
- A2-A3 : adjacent_5p upward
898
- A4-A5 : adjacent_5p upward
899
- A7-A8 : adjacent_5p upward
900
- A8-A9 : adjacent_5p upward
901
- A9-A10 : adjacent_5p upward
902
- A10-A11 : adjacent_5p upward
903
- A12-A13 : adjacent_5p upward
904
- A13-A14 : adjacent_5p upward
905
- A14-A15 : adjacent_5p upward
906
- A15-A16 : adjacent_5p upward
907
- A16-A17 : adjacent_5p upward
908
- A18-A19 : adjacent_5p upward
909
- A19-A20 : adjacent_5p upward
910
- A20-A21 : adjacent_5p upward
911
- A21-A22 : adjacent_5p upward
912
- A22-A23 : adjacent_5p upward
913
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
914
- A4-A21 : outward
915
- A5-A7 : upward
916
- A8-A18 : outward
917
- Number of stackings = 20
918
- Number of adjacent stackings = 17
919
- Number of non adjacent stackings = 3
920
- Base-pairs ------------------------------------------------------
921
- A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
922
- A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
923
- A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
924
- A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
925
- A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
926
- A6-A14 : C-A Bh/O2P pairing
927
- A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
928
- A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
929
- A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
930
- A10-A14 : G-A O2'/Bh pairing
931
- A10-A15 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
932
- A11-A13 : U-A O2'/Hh pairing
933
- A11-A14 : U-A Ww/O2P pairing
934
- Residue conformations -------------------------------------------
935
- A1 : G C3p_endo anti
936
- A2 : G C3p_endo anti
937
- A3 : C C3p_endo anti
938
- A4 : G C3p_endo anti
939
- A5 : A C4p_exo anti
940
- A6 : C C2p_endo anti
941
- A7 : G C4p_exo anti
942
- A8 : G C4p_exo anti
943
- A9 : U C3p_endo anti
944
- A10 : G C2p_exo anti
945
- A11 : U C3p_endo anti
946
- A12 : A C1p_endo anti
947
- A13 : A C3p_endo anti
948
- A14 : A C2p_exo anti
949
- A15 : A C3p_endo anti
950
- A16 : A C2p_exo anti
951
- A17 : U C4p_exo anti
952
- A18 : C C3p_endo anti
953
- A19 : U C3p_endo anti
954
- A20 : C C3p_endo anti
955
- A21 : G C2p_exo anti
956
- A22 : C C3p_endo anti
957
- A23 : C C2p_exo anti
958
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
959
- A1-A2 : adjacent_5p upward
960
- A2-A3 : adjacent_5p upward
961
- A3-A4 : adjacent_5p upward
962
- A4-A5 : adjacent_5p upward
963
- A7-A8 : adjacent_5p upward
964
- A8-A9 : adjacent_5p upward
965
- A9-A10 : adjacent_5p upward
966
- A10-A11 : adjacent_5p upward
967
- A12-A13 : adjacent_5p upward
968
- A13-A14 : adjacent_5p upward
969
- A14-A15 : adjacent_5p upward
970
- A15-A16 : adjacent_5p upward
971
- A16-A17 : adjacent_5p upward
972
- A19-A20 : adjacent_5p upward
973
- A20-A21 : adjacent_5p upward
974
- A21-A22 : adjacent_5p upward
975
- A22-A23 : adjacent_5p upward
976
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
977
- A4-A21 : outward
978
- A5-A7 : upward
979
- Number of stackings = 19
980
- Number of adjacent stackings = 17
981
- Number of non adjacent stackings = 2
982
- Base-pairs ------------------------------------------------------
983
- A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
984
- A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
985
- A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
986
- A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
987
- A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
988
- A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
989
- A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
990
- A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
991
- A10-A14 : G-A Ww/O2P pairing
992
- A10-A15 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
993
- A11-A13 : U-A O2'/Bh O2'/Hh pairing
994
- A11-A14 : U-A Ww/O2P pairing
995
- Residue conformations -------------------------------------------
996
- A1 : G C3p_endo anti
997
- A2 : G C3p_endo anti
998
- A3 : C C3p_endo anti
999
- A4 : G C3p_endo anti
1000
- A5 : A C3p_exo anti
1001
- A6 : C C2p_endo anti
1002
- A7 : G C4p_exo anti
1003
- A8 : G C4p_exo anti
1004
- A9 : U C3p_endo anti
1005
- A10 : G C2p_exo anti
1006
- A11 : U C3p_endo anti
1007
- A12 : A C1p_endo anti
1008
- A13 : A C3p_endo anti
1009
- A14 : A C2p_exo anti
1010
- A15 : A C3p_endo anti
1011
- A16 : A O4p_endo anti
1012
- A17 : U C4p_exo anti
1013
- A18 : C C3p_endo anti
1014
- A19 : U C3p_endo anti
1015
- A20 : C C3p_endo anti
1016
- A21 : G C3p_endo anti
1017
- A22 : C C3p_endo anti
1018
- A23 : C C3p_endo anti
1019
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1020
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1021
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1022
- A3-A4 : adjacent_5p upward
1023
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1024
- A7-A8 : adjacent_5p upward
1025
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1026
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1027
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1028
- A12-A13 : adjacent_5p upward
1029
- A13-A14 : adjacent_5p upward
1030
- A14-A15 : adjacent_5p upward
1031
- A15-A16 : adjacent_5p upward pairing
1032
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1033
- A19-A20 : adjacent_5p upward
1034
- A20-A21 : adjacent_5p upward
1035
- A21-A22 : adjacent_5p upward
1036
- A22-A23 : adjacent_5p upward
1037
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1038
- A4-A21 : outward
1039
- A5-A7 : upward
1040
- Number of stackings = 19
1041
- Number of adjacent stackings = 17
1042
- Number of non adjacent stackings = 2
1043
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1044
- A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1045
- A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1046
- A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1047
- A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1048
- A5-A6 : A-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
1049
- A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1050
- A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1051
- A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
1052
- A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1053
- A10-A14 : G-A Ww/O2P pairing
1054
- A10-A15 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
1055
- A11-A13 : U-A O2'/Hh pairing
1056
- A11-A14 : U-A O2'/Bh Ww/O2P pairing
1057
- A15-A16 : A-A O2P/Hh adjacent_5p upward pairing
1058
- Residue conformations -------------------------------------------
1059
- A1 : G C3p_endo anti
1060
- A2 : G C3p_endo anti
1061
- A3 : C C3p_endo anti
1062
- A4 : G C2p_exo anti
1063
- A5 : A C1p_exo anti
1064
- A6 : C C1p_exo anti
1065
- A7 : G C4p_exo anti
1066
- A8 : G C4p_exo anti
1067
- A9 : U C3p_endo anti
1068
- A10 : G C2p_exo anti
1069
- A11 : U C3p_endo anti
1070
- A12 : A C4p_endo anti
1071
- A13 : A C3p_endo anti
1072
- A14 : A C2p_exo anti
1073
- A15 : A C3p_endo anti
1074
- A16 : A C3p_endo anti
1075
- A17 : U C3p_endo anti
1076
- A18 : C C3p_endo anti
1077
- A19 : U C3p_endo anti
1078
- A20 : C C2p_exo anti
1079
- A21 : G C3p_endo anti
1080
- A22 : C C3p_endo anti
1081
- A23 : C C3p_endo anti
1082
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1083
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1084
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1085
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1086
- A7-A8 : adjacent_5p upward
1087
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1088
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1089
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1090
- A12-A13 : adjacent_5p upward
1091
- A13-A14 : adjacent_5p upward
1092
- A14-A15 : adjacent_5p upward
1093
- A15-A16 : adjacent_5p upward pairing
1094
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1095
- A19-A20 : adjacent_5p upward
1096
- A20-A21 : adjacent_5p upward
1097
- A21-A22 : adjacent_5p upward
1098
- A22-A23 : adjacent_5p upward
1099
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1100
- A4-A21 : outward
1101
- A5-A7 : upward
1102
- Number of stackings = 18
1103
- Number of adjacent stackings = 16
1104
- Number of non adjacent stackings = 2
1105
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1106
- A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1107
- A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1108
- A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1109
- A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1110
- A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1111
- A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1112
- A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
1113
- A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1114
- A10-A14 : G-A Ww/O2P pairing
1115
- A10-A15 : G-A Sw/Hh pairing antiparallel trans one_hbond
1116
- A11-A13 : U-A O2'/Hh pairing
1117
- A11-A14 : U-A O2'/Bh Ww/O2P pairing
1118
- A15-A16 : A-A O2P/Hh adjacent_5p upward pairing
1119
- Residue conformations -------------------------------------------
1120
- A1 : G C4p_exo anti
1121
- A2 : G C3p_endo anti
1122
- A3 : C C3p_endo anti
1123
- A4 : G C2p_exo anti
1124
- A5 : A C3p_exo anti
1125
- A6 : C C1p_exo anti
1126
- A7 : G C4p_exo anti
1127
- A8 : G C4p_exo anti
1128
- A9 : U C3p_endo anti
1129
- A10 : G C2p_exo anti
1130
- A11 : U C3p_endo anti
1131
- A12 : A O4p_endo anti
1132
- A13 : A C3p_endo anti
1133
- A14 : A C2p_exo anti
1134
- A15 : A C2p_exo anti
1135
- A16 : A C2p_exo anti
1136
- A17 : U C4p_exo anti
1137
- A18 : C C3p_endo anti
1138
- A19 : U C3p_endo anti
1139
- A20 : C C3p_endo anti
1140
- A21 : G C2p_exo anti
1141
- A22 : C C3p_endo anti
1142
- A23 : C C2p_exo anti
1143
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1144
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1145
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1146
- A3-A4 : adjacent_5p upward
1147
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1148
- A7-A8 : adjacent_5p upward
1149
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1150
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1151
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1152
- A12-A13 : adjacent_5p upward
1153
- A13-A14 : adjacent_5p upward
1154
- A14-A15 : adjacent_5p upward
1155
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1156
- A19-A20 : adjacent_5p upward
1157
- A20-A21 : adjacent_5p upward
1158
- A21-A22 : adjacent_5p upward
1159
- A22-A23 : adjacent_5p upward
1160
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1161
- A4-A21 : outward
1162
- A5-A7 : upward
1163
- Number of stackings = 18
1164
- Number of adjacent stackings = 16
1165
- Number of non adjacent stackings = 2
1166
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1167
- A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1168
- A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1169
- A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1170
- A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1171
- A5-A6 : A-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
1172
- A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1173
- A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1174
- A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
1175
- A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1176
- A10-A14 : G-A Ww/O2P pairing
1177
- A11-A14 : U-A O2'/Bh Ww/O2P pairing
1178
- A15-A16 : A-A O2P/Hh adjacent_5p pairing
1179
- Residue conformations -------------------------------------------
1180
- A1 : G C3p_endo anti
1181
- A2 : G C3p_endo anti
1182
- A3 : C C3p_endo anti
1183
- A4 : G C3p_endo anti
1184
- A5 : A C4p_exo anti
1185
- A6 : C C1p_exo anti
1186
- A7 : G C4p_exo anti
1187
- A8 : G C3p_endo anti
1188
- A9 : U C3p_endo anti
1189
- A10 : G C2p_exo anti
1190
- A11 : U C3p_endo anti
1191
- A12 : A C3p_exo anti
1192
- A13 : A C3p_endo anti
1193
- A14 : A C2p_exo anti
1194
- A15 : A C3p_endo anti
1195
- A16 : A C3p_endo anti
1196
- A17 : U C4p_exo anti
1197
- A18 : C C3p_endo anti
1198
- A19 : U C3p_endo anti
1199
- A20 : C C3p_endo anti
1200
- A21 : G C3p_endo anti
1201
- A22 : C C3p_endo anti
1202
- A23 : C C3p_endo anti
1203
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1204
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1205
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1206
- A3-A4 : adjacent_5p upward
1207
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1208
- A7-A8 : adjacent_5p upward
1209
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1210
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1211
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1212
- A12-A13 : adjacent_5p upward
1213
- A13-A14 : adjacent_5p upward
1214
- A14-A15 : adjacent_5p upward
1215
- A15-A16 : adjacent_5p upward
1216
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1217
- A18-A19 : adjacent_5p upward
1218
- A19-A20 : adjacent_5p upward
1219
- A20-A21 : adjacent_5p upward
1220
- A21-A22 : adjacent_5p upward
1221
- A22-A23 : adjacent_5p upward
1222
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1223
- A4-A21 : outward
1224
- A5-A7 : upward
1225
- A8-A18 : outward
1226
- Number of stackings = 21
1227
- Number of adjacent stackings = 18
1228
- Number of non adjacent stackings = 3
1229
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1230
- A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1231
- A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1232
- A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1233
- A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1234
- A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1235
- A6-A15 : C-A Bh/O2P pairing
1236
- A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1237
- A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
1238
- A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1239
- A10-A14 : G-A Ww/O2P pairing
1240
- A10-A15 : G-A Ss/Hh pairing antiparallel trans XI
1241
- A11-A13 : U-A O2'/Hh pairing
1242
- A11-A14 : U-A O2'/Bh Ww/O2P pairing
1243
- Residue conformations -------------------------------------------
1244
- A1 : G C3p_endo anti
1245
- A2 : G C3p_endo anti
1246
- A3 : C C3p_endo anti
1247
- A4 : G C3p_endo anti
1248
- A5 : A C3p_endo anti
1249
- A6 : C O4p_endo anti
1250
- A7 : G C4p_exo anti
1251
- A8 : G C3p_endo anti
1252
- A9 : U C3p_endo anti
1253
- A10 : G C2p_exo anti
1254
- A11 : U C3p_endo anti
1255
- A12 : A C4p_endo anti
1256
- A13 : A C3p_endo anti
1257
- A14 : A C3p_exo anti
1258
- A15 : A C2p_exo anti
1259
- A16 : A C3p_endo anti
1260
- A17 : U C2p_exo anti
1261
- A18 : C C3p_endo anti
1262
- A19 : U C3p_endo anti
1263
- A20 : C C3p_endo anti
1264
- A21 : G C2p_exo anti
1265
- A22 : C C3p_endo anti
1266
- A23 : C C3p_endo anti
1267
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1268
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1269
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1270
- A3-A4 : adjacent_5p upward
1271
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1272
- A7-A8 : adjacent_5p upward
1273
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1274
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1275
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1276
- A12-A13 : adjacent_5p upward
1277
- A13-A14 : adjacent_5p upward
1278
- A14-A15 : adjacent_5p upward
1279
- A15-A16 : adjacent_5p upward
1280
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1281
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1282
- A19-A20 : adjacent_5p upward
1283
- A20-A21 : adjacent_5p upward
1284
- A21-A22 : adjacent_5p upward
1285
- A22-A23 : adjacent_5p upward
1286
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1287
- A4-A21 : outward
1288
- A5-A7 : upward
1289
- Number of stackings = 20
1290
- Number of adjacent stackings = 18
1291
- Number of non adjacent stackings = 2
1292
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1293
- A1-A23 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1294
- A2-A22 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1295
- A3-A21 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1296
- A4-A20 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1297
- A5-A19 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1298
- A7-A18 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1299
- A8-A17 : G-U Ww/Ws pairing antiparallel cis XXVIII
1300
- A9-A16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1301
- A10-A14 : G-A Ww/O2P pairing
1302
- A11-A13 : U-A O2'/Hh pairing
1303
- A11-A14 : U-A Ww/O2P pairing
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1byj_MC DELETED
@@ -1,2623 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A1 : G C3p_endo anti
3
- A2 : G C3p_endo anti
4
- A3 : C C3p_endo anti
5
- A4 : G C3p_endo anti
6
- A5 : U C3p_endo anti
7
- A6 : C C3p_endo anti
8
- A7 : A C3p_endo anti
9
- A8 : C C3p_endo anti
10
- A9 : A C3p_endo anti
11
- A10 : C C3p_endo anti
12
- A11 : C C3p_endo anti
13
- A12 : U C3p_endo anti
14
- A13 : U C1p_exo anti
15
- A14 : C C2p_endo anti
16
- A15 : G C4p_exo syn
17
- A16 : G C2p_exo anti
18
- A17 : G C3p_endo anti
19
- A18 : U C3p_endo anti
20
- A19 : G C3p_endo anti
21
- A20 : A C3p_endo anti
22
- A21 : A C3p_endo anti
23
- A22 : G C3p_endo anti
24
- A23 : U C3p_endo anti
25
- A24 : C C3p_endo anti
26
- A25 : G C3p_endo anti
27
- A26 : C C3p_endo anti
28
- A27 : C O4p_endo anti
29
- A28 : GE1
30
- A29 : GE2
31
- A30 : GE3
32
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
33
- A1-A2 : adjacent_5p upward
34
- A2-A3 : adjacent_5p upward
35
- A4-A5 : adjacent_5p upward
36
- A5-A6 : adjacent_5p upward
37
- A6-A7 : adjacent_5p upward
38
- A7-A8 : adjacent_5p upward
39
- A8-A9 : adjacent_5p upward
40
- A9-A10 : adjacent_5p upward
41
- A10-A11 : adjacent_5p upward
42
- A11-A12 : adjacent_5p upward
43
- A15-A16 : adjacent_5p outward
44
- A16-A17 : adjacent_5p upward
45
- A17-A18 : adjacent_5p upward
46
- A18-A19 : adjacent_5p upward
47
- A22-A23 : adjacent_5p upward
48
- A23-A24 : adjacent_5p upward
49
- A25-A26 : adjacent_5p upward
50
- A26-A27 : adjacent_5p upward
51
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
52
- A4-A25 : outward
53
- A9-A19 : outward
54
- A12-A14 : upward
55
- Number of stackings = 21
56
- Number of adjacent stackings = 18
57
- Number of non adjacent stackings = 3
58
- Base-pairs ------------------------------------------------------
59
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
60
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
61
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
62
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
63
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
64
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
65
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
66
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
67
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
68
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
69
- Residue conformations -------------------------------------------
70
- A1 : G C3p_endo anti
71
- A2 : G C3p_endo anti
72
- A3 : C C3p_endo anti
73
- A4 : G C3p_endo anti
74
- A5 : U C3p_endo anti
75
- A6 : C C3p_endo anti
76
- A7 : A C3p_endo anti
77
- A8 : C C3p_endo anti
78
- A9 : A C3p_endo anti
79
- A10 : C C3p_endo anti
80
- A11 : C C3p_endo anti
81
- A12 : U C3p_endo anti
82
- A13 : U C1p_exo anti
83
- A14 : C C2p_endo anti
84
- A15 : G C4p_exo syn
85
- A16 : G C2p_exo anti
86
- A17 : G C3p_endo anti
87
- A18 : U C3p_endo anti
88
- A19 : G C3p_endo anti
89
- A20 : A C3p_endo anti
90
- A21 : A C3p_endo anti
91
- A22 : G C3p_endo anti
92
- A23 : U C3p_endo anti
93
- A24 : C C3p_endo anti
94
- A25 : G C3p_endo anti
95
- A26 : C C3p_endo anti
96
- A27 : C O4p_endo anti
97
- A28 : GE1
98
- A29 : GE2
99
- A30 : GE3
100
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
101
- A1-A2 : adjacent_5p upward
102
- A2-A3 : adjacent_5p upward
103
- A4-A5 : adjacent_5p upward
104
- A5-A6 : adjacent_5p upward
105
- A7-A8 : adjacent_5p upward
106
- A8-A9 : adjacent_5p upward
107
- A9-A10 : adjacent_5p upward
108
- A10-A11 : adjacent_5p upward
109
- A11-A12 : adjacent_5p upward
110
- A15-A16 : adjacent_5p outward
111
- A16-A17 : adjacent_5p upward
112
- A17-A18 : adjacent_5p upward
113
- A18-A19 : adjacent_5p upward
114
- A20-A21 : adjacent_5p upward
115
- A22-A23 : adjacent_5p upward
116
- A23-A24 : adjacent_5p upward
117
- A25-A26 : adjacent_5p upward
118
- A26-A27 : adjacent_5p upward
119
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
120
- A4-A25 : outward
121
- A7-A22 : outward
122
- A9-A19 : outward
123
- A12-A14 : upward
124
- Number of stackings = 22
125
- Number of adjacent stackings = 18
126
- Number of non adjacent stackings = 4
127
- Base-pairs ------------------------------------------------------
128
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
129
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
130
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
131
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
132
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
133
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
134
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
135
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
136
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
137
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
138
- Residue conformations -------------------------------------------
139
- A1 : G C3p_endo anti
140
- A2 : G C3p_endo anti
141
- A3 : C C3p_endo anti
142
- A4 : G C3p_endo anti
143
- A5 : U C3p_endo anti
144
- A6 : C C3p_endo anti
145
- A7 : A C3p_endo anti
146
- A8 : C C3p_endo anti
147
- A9 : A C3p_endo anti
148
- A10 : C C3p_endo anti
149
- A11 : C C3p_endo anti
150
- A12 : U C3p_endo anti
151
- A13 : U C1p_exo anti
152
- A14 : C C2p_endo anti
153
- A15 : G C4p_exo syn
154
- A16 : G C2p_exo anti
155
- A17 : G C3p_endo anti
156
- A18 : U C3p_endo anti
157
- A19 : G C3p_endo anti
158
- A20 : A C3p_endo anti
159
- A21 : A C3p_endo anti
160
- A22 : G C3p_endo anti
161
- A23 : U C3p_endo anti
162
- A24 : C C3p_endo anti
163
- A25 : G C3p_endo anti
164
- A26 : C C3p_endo anti
165
- A27 : C O4p_endo anti
166
- A28 : GE1
167
- A29 : GE2
168
- A30 : GE3
169
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
170
- A1-A2 : adjacent_5p upward
171
- A2-A3 : adjacent_5p upward
172
- A4-A5 : adjacent_5p upward
173
- A5-A6 : adjacent_5p upward
174
- A7-A8 : adjacent_5p upward
175
- A8-A9 : adjacent_5p upward
176
- A9-A10 : adjacent_5p upward
177
- A10-A11 : adjacent_5p upward
178
- A11-A12 : adjacent_5p upward
179
- A15-A16 : adjacent_5p outward
180
- A16-A17 : adjacent_5p upward
181
- A17-A18 : adjacent_5p upward
182
- A18-A19 : adjacent_5p upward
183
- A20-A21 : adjacent_5p upward
184
- A22-A23 : adjacent_5p upward
185
- A23-A24 : adjacent_5p upward
186
- A25-A26 : adjacent_5p upward
187
- A26-A27 : adjacent_5p upward
188
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
189
- A4-A25 : outward
190
- A7-A22 : outward
191
- A9-A19 : outward
192
- A12-A14 : upward
193
- Number of stackings = 22
194
- Number of adjacent stackings = 18
195
- Number of non adjacent stackings = 4
196
- Base-pairs ------------------------------------------------------
197
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
198
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
199
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
200
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
201
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
202
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
203
- A8-A21 : C-A Ws/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 78
204
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
205
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
206
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
207
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
208
- Residue conformations -------------------------------------------
209
- A1 : G C3p_endo anti
210
- A2 : G C3p_endo anti
211
- A3 : C C3p_endo anti
212
- A4 : G C3p_endo anti
213
- A5 : U C3p_endo anti
214
- A6 : C C3p_endo anti
215
- A7 : A C3p_endo anti
216
- A8 : C C3p_endo anti
217
- A9 : A C3p_endo anti
218
- A10 : C C3p_endo anti
219
- A11 : C C3p_endo anti
220
- A12 : U C3p_endo anti
221
- A13 : U C1p_exo anti
222
- A14 : C C2p_endo anti
223
- A15 : G C4p_exo syn
224
- A16 : G C2p_exo anti
225
- A17 : G C3p_endo anti
226
- A18 : U C3p_endo anti
227
- A19 : G C3p_endo anti
228
- A20 : A C2p_endo anti
229
- A21 : A C3p_endo anti
230
- A22 : G C3p_endo anti
231
- A23 : U C3p_endo anti
232
- A24 : C C3p_endo anti
233
- A25 : G C3p_endo anti
234
- A26 : C C3p_endo anti
235
- A27 : C O4p_endo anti
236
- A28 : GE1
237
- A29 : GE2
238
- A30 : GE3
239
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
240
- A1-A2 : adjacent_5p upward
241
- A2-A3 : adjacent_5p upward
242
- A4-A5 : adjacent_5p upward
243
- A5-A6 : adjacent_5p upward
244
- A6-A7 : adjacent_5p upward
245
- A7-A8 : adjacent_5p upward
246
- A8-A9 : adjacent_5p upward
247
- A9-A10 : adjacent_5p upward
248
- A10-A11 : adjacent_5p upward
249
- A11-A12 : adjacent_5p upward
250
- A15-A16 : adjacent_5p outward
251
- A16-A17 : adjacent_5p upward
252
- A17-A18 : adjacent_5p upward
253
- A18-A19 : adjacent_5p upward
254
- A22-A23 : adjacent_5p upward
255
- A23-A24 : adjacent_5p upward
256
- A25-A26 : adjacent_5p upward
257
- A26-A27 : adjacent_5p upward
258
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
259
- A4-A25 : outward
260
- A7-A22 : outward
261
- A9-A19 : outward
262
- A12-A14 : upward
263
- Number of stackings = 22
264
- Number of adjacent stackings = 18
265
- Number of non adjacent stackings = 4
266
- Base-pairs ------------------------------------------------------
267
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
268
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
269
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
270
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
271
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
272
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
273
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
274
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
275
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
276
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
277
- A19-A20 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
278
- Residue conformations -------------------------------------------
279
- A1 : G C3p_endo anti
280
- A2 : G C3p_endo anti
281
- A3 : C C3p_endo anti
282
- A4 : G C3p_endo anti
283
- A5 : U C3p_endo anti
284
- A6 : C C3p_endo anti
285
- A7 : A C3p_endo anti
286
- A8 : C C3p_endo anti
287
- A9 : A C3p_endo anti
288
- A10 : C C3p_endo anti
289
- A11 : C C3p_endo anti
290
- A12 : U C3p_endo anti
291
- A13 : U C1p_exo anti
292
- A14 : C C2p_endo anti
293
- A15 : G C4p_exo syn
294
- A16 : G C2p_exo anti
295
- A17 : G C3p_endo anti
296
- A18 : U C3p_endo anti
297
- A19 : G C3p_endo anti
298
- A20 : A C3p_endo anti
299
- A21 : A C3p_endo anti
300
- A22 : G C3p_endo anti
301
- A23 : U C3p_endo anti
302
- A24 : C C3p_endo anti
303
- A25 : G C3p_endo anti
304
- A26 : C C3p_endo anti
305
- A27 : C O4p_endo anti
306
- A28 : GE1
307
- A29 : GE2
308
- A30 : GE3
309
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
310
- A1-A2 : adjacent_5p upward
311
- A2-A3 : adjacent_5p upward
312
- A4-A5 : adjacent_5p upward
313
- A5-A6 : adjacent_5p upward
314
- A7-A8 : adjacent_5p upward
315
- A8-A9 : adjacent_5p upward
316
- A9-A10 : adjacent_5p upward
317
- A10-A11 : adjacent_5p upward
318
- A11-A12 : adjacent_5p upward
319
- A15-A16 : adjacent_5p outward
320
- A16-A17 : adjacent_5p upward
321
- A17-A18 : adjacent_5p upward
322
- A18-A19 : adjacent_5p upward
323
- A20-A21 : adjacent_5p upward
324
- A22-A23 : adjacent_5p upward
325
- A23-A24 : adjacent_5p upward
326
- A25-A26 : adjacent_5p upward
327
- A26-A27 : adjacent_5p upward
328
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
329
- A4-A25 : outward
330
- A7-A22 : outward
331
- A9-A19 : outward
332
- A12-A14 : upward
333
- Number of stackings = 22
334
- Number of adjacent stackings = 18
335
- Number of non adjacent stackings = 4
336
- Base-pairs ------------------------------------------------------
337
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
338
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
339
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
340
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
341
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
342
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
343
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
344
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
345
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
346
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
347
- Residue conformations -------------------------------------------
348
- A1 : G C3p_endo anti
349
- A2 : G C3p_endo anti
350
- A3 : C C3p_endo anti
351
- A4 : G C3p_endo anti
352
- A5 : U C3p_endo anti
353
- A6 : C C3p_endo anti
354
- A7 : A C3p_endo anti
355
- A8 : C C3p_endo anti
356
- A9 : A C3p_endo anti
357
- A10 : C C3p_endo anti
358
- A11 : C C3p_endo anti
359
- A12 : U C3p_endo anti
360
- A13 : U C1p_exo anti
361
- A14 : C C2p_endo anti
362
- A15 : G C4p_exo syn
363
- A16 : G C2p_exo anti
364
- A17 : G C3p_endo anti
365
- A18 : U C3p_endo anti
366
- A19 : G C3p_endo anti
367
- A20 : A C3p_endo anti
368
- A21 : A C3p_endo anti
369
- A22 : G C3p_endo anti
370
- A23 : U C3p_endo anti
371
- A24 : C C3p_endo anti
372
- A25 : G C3p_endo anti
373
- A26 : C C3p_endo anti
374
- A27 : C O4p_endo anti
375
- A28 : GE1
376
- A29 : GE2
377
- A30 : GE3
378
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
379
- A1-A2 : adjacent_5p upward
380
- A2-A3 : adjacent_5p upward
381
- A4-A5 : adjacent_5p upward
382
- A5-A6 : adjacent_5p upward
383
- A7-A8 : adjacent_5p upward
384
- A8-A9 : adjacent_5p upward
385
- A9-A10 : adjacent_5p upward
386
- A10-A11 : adjacent_5p upward
387
- A11-A12 : adjacent_5p upward
388
- A15-A16 : adjacent_5p outward
389
- A16-A17 : adjacent_5p upward
390
- A17-A18 : adjacent_5p upward
391
- A18-A19 : adjacent_5p upward
392
- A20-A21 : adjacent_5p upward
393
- A22-A23 : adjacent_5p upward
394
- A23-A24 : adjacent_5p upward
395
- A25-A26 : adjacent_5p upward
396
- A26-A27 : adjacent_5p upward
397
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
398
- A4-A25 : outward
399
- A7-A22 : outward
400
- A9-A19 : outward
401
- A12-A14 : upward
402
- Number of stackings = 22
403
- Number of adjacent stackings = 18
404
- Number of non adjacent stackings = 4
405
- Base-pairs ------------------------------------------------------
406
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
407
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
408
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
409
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
410
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
411
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
412
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
413
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
414
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
415
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
416
- Residue conformations -------------------------------------------
417
- A1 : G C3p_endo anti
418
- A2 : G C3p_endo anti
419
- A3 : C C3p_endo anti
420
- A4 : G C3p_endo anti
421
- A5 : U C3p_endo anti
422
- A6 : C C3p_endo anti
423
- A7 : A C3p_endo anti
424
- A8 : C C3p_endo anti
425
- A9 : A C3p_endo anti
426
- A10 : C C3p_endo anti
427
- A11 : C C3p_endo anti
428
- A12 : U C3p_endo anti
429
- A13 : U C1p_exo anti
430
- A14 : C C2p_endo anti
431
- A15 : G C4p_exo syn
432
- A16 : G C2p_exo anti
433
- A17 : G C3p_endo anti
434
- A18 : U C3p_endo anti
435
- A19 : G C3p_endo anti
436
- A20 : A C3p_endo anti
437
- A21 : A C4p_exo anti
438
- A22 : G C3p_endo anti
439
- A23 : U C3p_endo anti
440
- A24 : C C3p_endo anti
441
- A25 : G C3p_endo anti
442
- A26 : C C3p_endo anti
443
- A27 : C O4p_endo anti
444
- A28 : GE1
445
- A29 : GE2
446
- A30 : GE3
447
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
448
- A1-A2 : adjacent_5p upward
449
- A2-A3 : adjacent_5p upward
450
- A4-A5 : adjacent_5p upward
451
- A5-A6 : adjacent_5p upward
452
- A6-A7 : adjacent_5p upward
453
- A7-A8 : adjacent_5p upward
454
- A8-A9 : adjacent_5p upward
455
- A9-A10 : adjacent_5p upward
456
- A10-A11 : adjacent_5p upward
457
- A11-A12 : adjacent_5p upward
458
- A15-A16 : adjacent_5p outward
459
- A16-A17 : adjacent_5p upward
460
- A17-A18 : adjacent_5p upward
461
- A18-A19 : adjacent_5p upward
462
- A22-A23 : adjacent_5p upward
463
- A23-A24 : adjacent_5p upward
464
- A25-A26 : adjacent_5p upward
465
- A26-A27 : adjacent_5p upward
466
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
467
- A4-A25 : outward
468
- A7-A22 : outward
469
- A9-A19 : outward
470
- A12-A14 : upward
471
- Number of stackings = 22
472
- Number of adjacent stackings = 18
473
- Number of non adjacent stackings = 4
474
- Base-pairs ------------------------------------------------------
475
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
476
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
477
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
478
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
479
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
480
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
481
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
482
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
483
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
484
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
485
- Residue conformations -------------------------------------------
486
- A1 : G C3p_endo anti
487
- A2 : G C3p_endo anti
488
- A3 : C C3p_endo anti
489
- A4 : G C3p_endo anti
490
- A5 : U C3p_endo anti
491
- A6 : C C3p_endo anti
492
- A7 : A C3p_endo anti
493
- A8 : C C3p_endo anti
494
- A9 : A C3p_endo anti
495
- A10 : C C3p_endo anti
496
- A11 : C C3p_endo anti
497
- A12 : U C3p_endo anti
498
- A13 : U C1p_exo anti
499
- A14 : C C2p_endo anti
500
- A15 : G C4p_exo syn
501
- A16 : G C2p_exo anti
502
- A17 : G C3p_endo anti
503
- A18 : U C3p_endo anti
504
- A19 : G C3p_endo anti
505
- A20 : A C3p_endo anti
506
- A21 : A C3p_endo anti
507
- A22 : G C3p_endo anti
508
- A23 : U C3p_endo anti
509
- A24 : C C3p_endo anti
510
- A25 : G C3p_endo anti
511
- A26 : C C3p_endo anti
512
- A27 : C O4p_endo anti
513
- A28 : GE1
514
- A29 : GE2
515
- A30 : GE3
516
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
517
- A1-A2 : adjacent_5p upward
518
- A2-A3 : adjacent_5p upward
519
- A4-A5 : adjacent_5p upward
520
- A5-A6 : adjacent_5p upward
521
- A7-A8 : adjacent_5p upward
522
- A8-A9 : adjacent_5p upward
523
- A9-A10 : adjacent_5p upward
524
- A10-A11 : adjacent_5p upward
525
- A11-A12 : adjacent_5p upward
526
- A15-A16 : adjacent_5p outward
527
- A16-A17 : adjacent_5p upward
528
- A17-A18 : adjacent_5p upward
529
- A18-A19 : adjacent_5p upward
530
- A20-A21 : adjacent_5p upward
531
- A22-A23 : adjacent_5p upward
532
- A23-A24 : adjacent_5p upward
533
- A25-A26 : adjacent_5p upward
534
- A26-A27 : adjacent_5p upward
535
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
536
- A4-A25 : outward
537
- A7-A22 : outward
538
- A9-A19 : outward
539
- A12-A14 : upward
540
- Number of stackings = 22
541
- Number of adjacent stackings = 18
542
- Number of non adjacent stackings = 4
543
- Base-pairs ------------------------------------------------------
544
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
545
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
546
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
547
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
548
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
549
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
550
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
551
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
552
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
553
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
554
- Residue conformations -------------------------------------------
555
- A1 : G C3p_endo anti
556
- A2 : G C3p_endo anti
557
- A3 : C C3p_endo anti
558
- A4 : G C3p_endo anti
559
- A5 : U C3p_endo anti
560
- A6 : C C3p_endo anti
561
- A7 : A C3p_endo anti
562
- A8 : C C3p_endo anti
563
- A9 : A C3p_endo anti
564
- A10 : C C3p_endo anti
565
- A11 : C C3p_endo anti
566
- A12 : U C3p_endo anti
567
- A13 : U C1p_exo anti
568
- A14 : C C2p_endo anti
569
- A15 : G C4p_exo syn
570
- A16 : G C2p_exo anti
571
- A17 : G C3p_endo anti
572
- A18 : U C3p_endo anti
573
- A19 : G C3p_endo anti
574
- A20 : A C3p_endo anti
575
- A21 : A C4p_exo anti
576
- A22 : G C3p_endo anti
577
- A23 : U C3p_endo anti
578
- A24 : C C3p_endo anti
579
- A25 : G C3p_endo anti
580
- A26 : C C3p_endo anti
581
- A27 : C O4p_endo anti
582
- A28 : GE1
583
- A29 : GE2
584
- A30 : GE3
585
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
586
- A1-A2 : adjacent_5p upward
587
- A2-A3 : adjacent_5p upward
588
- A4-A5 : adjacent_5p upward
589
- A5-A6 : adjacent_5p upward
590
- A6-A7 : adjacent_5p upward
591
- A7-A8 : adjacent_5p upward
592
- A8-A9 : adjacent_5p upward
593
- A9-A10 : adjacent_5p upward
594
- A10-A11 : adjacent_5p upward
595
- A11-A12 : adjacent_5p upward
596
- A15-A16 : adjacent_5p outward
597
- A16-A17 : adjacent_5p upward
598
- A17-A18 : adjacent_5p upward
599
- A18-A19 : adjacent_5p upward
600
- A22-A23 : adjacent_5p upward
601
- A23-A24 : adjacent_5p upward
602
- A25-A26 : adjacent_5p upward
603
- A26-A27 : adjacent_5p upward
604
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
605
- A4-A25 : outward
606
- A7-A22 : outward
607
- A9-A19 : outward
608
- A12-A14 : upward
609
- Number of stackings = 22
610
- Number of adjacent stackings = 18
611
- Number of non adjacent stackings = 4
612
- Base-pairs ------------------------------------------------------
613
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
614
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
615
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
616
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
617
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
618
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
619
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
620
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
621
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
622
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
623
- Residue conformations -------------------------------------------
624
- A1 : G C3p_endo anti
625
- A2 : G C3p_endo anti
626
- A3 : C C3p_endo anti
627
- A4 : G C3p_endo anti
628
- A5 : U C3p_endo anti
629
- A6 : C C3p_endo anti
630
- A7 : A C3p_endo anti
631
- A8 : C C3p_endo anti
632
- A9 : A C3p_endo anti
633
- A10 : C C3p_endo anti
634
- A11 : C C3p_endo anti
635
- A12 : U C3p_endo anti
636
- A13 : U C1p_exo anti
637
- A14 : C C2p_endo anti
638
- A15 : G C4p_exo syn
639
- A16 : G C2p_exo anti
640
- A17 : G C3p_endo anti
641
- A18 : U C3p_endo anti
642
- A19 : G C3p_endo anti
643
- A20 : A C3p_endo anti
644
- A21 : A C4p_exo anti
645
- A22 : G C3p_endo anti
646
- A23 : U C3p_endo anti
647
- A24 : C C3p_endo anti
648
- A25 : G C3p_endo anti
649
- A26 : C C3p_endo anti
650
- A27 : C O4p_endo anti
651
- A28 : GE1
652
- A29 : GE2
653
- A30 : GE3
654
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
655
- A1-A2 : adjacent_5p upward
656
- A2-A3 : adjacent_5p upward
657
- A4-A5 : adjacent_5p upward
658
- A5-A6 : adjacent_5p upward
659
- A7-A8 : adjacent_5p upward
660
- A8-A9 : adjacent_5p upward
661
- A9-A10 : adjacent_5p upward
662
- A10-A11 : adjacent_5p upward
663
- A11-A12 : adjacent_5p upward
664
- A15-A16 : adjacent_5p outward
665
- A16-A17 : adjacent_5p upward
666
- A17-A18 : adjacent_5p upward
667
- A18-A19 : adjacent_5p upward
668
- A22-A23 : adjacent_5p upward
669
- A23-A24 : adjacent_5p upward
670
- A25-A26 : adjacent_5p upward
671
- A26-A27 : adjacent_5p upward
672
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
673
- A4-A25 : outward
674
- A7-A22 : outward
675
- A9-A19 : outward
676
- A12-A14 : upward
677
- Number of stackings = 21
678
- Number of adjacent stackings = 17
679
- Number of non adjacent stackings = 4
680
- Base-pairs ------------------------------------------------------
681
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
682
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
683
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
684
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
685
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
686
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
687
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
688
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
689
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
690
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
691
- Residue conformations -------------------------------------------
692
- A1 : G C3p_endo anti
693
- A2 : G C3p_endo anti
694
- A3 : C C3p_endo anti
695
- A4 : G C3p_endo anti
696
- A5 : U C3p_endo anti
697
- A6 : C C3p_endo anti
698
- A7 : A C3p_endo anti
699
- A8 : C C3p_endo anti
700
- A9 : A C3p_endo anti
701
- A10 : C C3p_endo anti
702
- A11 : C C3p_endo anti
703
- A12 : U C3p_endo anti
704
- A13 : U C1p_exo anti
705
- A14 : C C2p_endo anti
706
- A15 : G C4p_exo syn
707
- A16 : G C2p_exo anti
708
- A17 : G C3p_endo anti
709
- A18 : U C3p_endo anti
710
- A19 : G C3p_endo anti
711
- A20 : A C3p_endo anti
712
- A21 : A C3p_endo anti
713
- A22 : G C3p_endo anti
714
- A23 : U C3p_endo anti
715
- A24 : C C3p_endo anti
716
- A25 : G C3p_endo anti
717
- A26 : C C3p_endo anti
718
- A27 : C O4p_endo anti
719
- A28 : GE1
720
- A29 : GE2
721
- A30 : GE3
722
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
723
- A1-A2 : adjacent_5p upward
724
- A2-A3 : adjacent_5p upward
725
- A4-A5 : adjacent_5p upward
726
- A5-A6 : adjacent_5p upward
727
- A7-A8 : adjacent_5p upward
728
- A8-A9 : adjacent_5p upward
729
- A9-A10 : adjacent_5p upward
730
- A10-A11 : adjacent_5p upward
731
- A11-A12 : adjacent_5p upward
732
- A15-A16 : adjacent_5p outward
733
- A16-A17 : adjacent_5p upward
734
- A17-A18 : adjacent_5p upward
735
- A18-A19 : adjacent_5p upward
736
- A20-A21 : adjacent_5p upward
737
- A22-A23 : adjacent_5p upward
738
- A23-A24 : adjacent_5p upward
739
- A25-A26 : adjacent_5p upward
740
- A26-A27 : adjacent_5p upward
741
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
742
- A4-A25 : outward
743
- A7-A22 : outward
744
- A9-A19 : outward
745
- A12-A14 : upward
746
- Number of stackings = 22
747
- Number of adjacent stackings = 18
748
- Number of non adjacent stackings = 4
749
- Base-pairs ------------------------------------------------------
750
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
751
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
752
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
753
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
754
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
755
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
756
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
757
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
758
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
759
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
760
- Residue conformations -------------------------------------------
761
- A1 : G C3p_endo anti
762
- A2 : G C3p_endo anti
763
- A3 : C C3p_endo anti
764
- A4 : G C3p_endo anti
765
- A5 : U C3p_endo anti
766
- A6 : C C3p_endo anti
767
- A7 : A C3p_endo anti
768
- A8 : C C3p_endo anti
769
- A9 : A C3p_endo anti
770
- A10 : C C3p_endo anti
771
- A11 : C C3p_endo anti
772
- A12 : U C3p_endo anti
773
- A13 : U C1p_exo anti
774
- A14 : C C2p_endo anti
775
- A15 : G C4p_exo syn
776
- A16 : G C2p_exo anti
777
- A17 : G C3p_endo anti
778
- A18 : U C3p_endo anti
779
- A19 : G C3p_endo anti
780
- A20 : A C3p_endo anti
781
- A21 : A C3p_endo anti
782
- A22 : G C3p_endo anti
783
- A23 : U C3p_endo anti
784
- A24 : C C3p_endo anti
785
- A25 : G C3p_endo anti
786
- A26 : C C3p_endo anti
787
- A27 : C O4p_endo anti
788
- A28 : GE1
789
- A29 : GE2
790
- A30 : GE3
791
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
792
- A1-A2 : adjacent_5p upward
793
- A2-A3 : adjacent_5p upward
794
- A4-A5 : adjacent_5p upward
795
- A5-A6 : adjacent_5p upward
796
- A7-A8 : adjacent_5p upward
797
- A8-A9 : adjacent_5p upward
798
- A9-A10 : adjacent_5p upward
799
- A10-A11 : adjacent_5p upward
800
- A11-A12 : adjacent_5p upward
801
- A15-A16 : adjacent_5p outward
802
- A16-A17 : adjacent_5p upward
803
- A17-A18 : adjacent_5p upward
804
- A18-A19 : adjacent_5p upward
805
- A20-A21 : adjacent_5p upward
806
- A22-A23 : adjacent_5p upward
807
- A23-A24 : adjacent_5p upward
808
- A25-A26 : adjacent_5p upward
809
- A26-A27 : adjacent_5p upward
810
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
811
- A4-A25 : outward
812
- A7-A22 : outward
813
- A9-A19 : outward
814
- A12-A14 : upward
815
- Number of stackings = 22
816
- Number of adjacent stackings = 18
817
- Number of non adjacent stackings = 4
818
- Base-pairs ------------------------------------------------------
819
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
820
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
821
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
822
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
823
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
824
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
825
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
826
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
827
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
828
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
829
- Residue conformations -------------------------------------------
830
- A1 : G C3p_endo anti
831
- A2 : G C3p_endo anti
832
- A3 : C C3p_endo anti
833
- A4 : G C3p_endo anti
834
- A5 : U C3p_endo anti
835
- A6 : C C3p_endo anti
836
- A7 : A C3p_endo anti
837
- A8 : C C3p_endo anti
838
- A9 : A C3p_endo anti
839
- A10 : C C3p_endo anti
840
- A11 : C C3p_endo anti
841
- A12 : U C3p_endo anti
842
- A13 : U C1p_exo anti
843
- A14 : C C2p_endo anti
844
- A15 : G C4p_exo syn
845
- A16 : G C2p_exo anti
846
- A17 : G C3p_endo anti
847
- A18 : U C3p_endo anti
848
- A19 : G C3p_endo anti
849
- A20 : A C3p_endo anti
850
- A21 : A C4p_exo anti
851
- A22 : G C3p_endo anti
852
- A23 : U C3p_endo anti
853
- A24 : C C3p_endo anti
854
- A25 : G C3p_endo anti
855
- A26 : C C3p_endo anti
856
- A27 : C O4p_endo anti
857
- A28 : GE1
858
- A29 : GE2
859
- A30 : GE3
860
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
861
- A1-A2 : adjacent_5p upward
862
- A2-A3 : adjacent_5p upward
863
- A4-A5 : adjacent_5p upward
864
- A5-A6 : adjacent_5p upward
865
- A6-A7 : adjacent_5p upward
866
- A7-A8 : adjacent_5p upward
867
- A8-A9 : adjacent_5p upward
868
- A9-A10 : adjacent_5p upward
869
- A10-A11 : adjacent_5p upward
870
- A11-A12 : adjacent_5p upward
871
- A15-A16 : adjacent_5p outward
872
- A16-A17 : adjacent_5p upward
873
- A17-A18 : adjacent_5p upward
874
- A18-A19 : adjacent_5p upward
875
- A22-A23 : adjacent_5p upward
876
- A23-A24 : adjacent_5p upward
877
- A25-A26 : adjacent_5p upward
878
- A26-A27 : adjacent_5p upward
879
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
880
- A4-A25 : outward
881
- A7-A22 : outward
882
- A9-A19 : outward
883
- A12-A14 : upward
884
- Number of stackings = 22
885
- Number of adjacent stackings = 18
886
- Number of non adjacent stackings = 4
887
- Base-pairs ------------------------------------------------------
888
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
889
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
890
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
891
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
892
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
893
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
894
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
895
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
896
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
897
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
898
- Residue conformations -------------------------------------------
899
- A1 : G C3p_endo anti
900
- A2 : G C3p_endo anti
901
- A3 : C C3p_endo anti
902
- A4 : G C3p_endo anti
903
- A5 : U C3p_endo anti
904
- A6 : C C3p_endo anti
905
- A7 : A C3p_endo anti
906
- A8 : C C3p_endo anti
907
- A9 : A C3p_endo anti
908
- A10 : C C3p_endo anti
909
- A11 : C C3p_endo anti
910
- A12 : U C3p_endo anti
911
- A13 : U C1p_exo anti
912
- A14 : C C2p_endo anti
913
- A15 : G C4p_exo syn
914
- A16 : G C2p_exo anti
915
- A17 : G C3p_endo anti
916
- A18 : U C3p_endo anti
917
- A19 : G C3p_endo anti
918
- A20 : A C3p_endo anti
919
- A21 : A C4p_exo anti
920
- A22 : G C3p_endo anti
921
- A23 : U C3p_endo anti
922
- A24 : C C3p_endo anti
923
- A25 : G C3p_endo anti
924
- A26 : C C3p_endo anti
925
- A27 : C O4p_endo anti
926
- A28 : GE1
927
- A29 : GE2
928
- A30 : GE3
929
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
930
- A1-A2 : adjacent_5p upward
931
- A2-A3 : adjacent_5p upward
932
- A4-A5 : adjacent_5p upward
933
- A5-A6 : adjacent_5p upward
934
- A6-A7 : adjacent_5p upward
935
- A7-A8 : adjacent_5p upward
936
- A8-A9 : adjacent_5p upward
937
- A9-A10 : adjacent_5p upward
938
- A10-A11 : adjacent_5p upward
939
- A11-A12 : adjacent_5p upward
940
- A15-A16 : adjacent_5p outward
941
- A16-A17 : adjacent_5p upward
942
- A17-A18 : adjacent_5p upward
943
- A18-A19 : adjacent_5p upward
944
- A22-A23 : adjacent_5p upward
945
- A23-A24 : adjacent_5p upward
946
- A25-A26 : adjacent_5p upward
947
- A26-A27 : adjacent_5p upward
948
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
949
- A4-A25 : outward
950
- A7-A22 : outward
951
- A9-A19 : outward
952
- A12-A14 : upward
953
- Number of stackings = 22
954
- Number of adjacent stackings = 18
955
- Number of non adjacent stackings = 4
956
- Base-pairs ------------------------------------------------------
957
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
958
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
959
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
960
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
961
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
962
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
963
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
964
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
965
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
966
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
967
- Residue conformations -------------------------------------------
968
- A1 : G C3p_endo anti
969
- A2 : G C3p_endo anti
970
- A3 : C C3p_endo anti
971
- A4 : G C3p_endo anti
972
- A5 : U C3p_endo anti
973
- A6 : C C3p_endo anti
974
- A7 : A C3p_endo anti
975
- A8 : C C3p_endo anti
976
- A9 : A C3p_endo anti
977
- A10 : C C3p_endo anti
978
- A11 : C C3p_endo anti
979
- A12 : U C3p_endo anti
980
- A13 : U C1p_exo anti
981
- A14 : C C2p_endo anti
982
- A15 : G C4p_exo syn
983
- A16 : G C2p_exo anti
984
- A17 : G C3p_endo anti
985
- A18 : U C3p_endo anti
986
- A19 : G C3p_endo anti
987
- A20 : A C3p_endo anti
988
- A21 : A C4p_exo anti
989
- A22 : G C3p_endo anti
990
- A23 : U C3p_endo anti
991
- A24 : C C3p_endo anti
992
- A25 : G C3p_endo anti
993
- A26 : C C3p_endo anti
994
- A27 : C O4p_endo anti
995
- A28 : GE1
996
- A29 : GE2
997
- A30 : GE3
998
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
999
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1000
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1001
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1002
- A5-A6 : adjacent_5p upward
1003
- A6-A7 : adjacent_5p upward
1004
- A7-A8 : adjacent_5p upward
1005
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1006
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1007
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1008
- A11-A12 : adjacent_5p upward
1009
- A15-A16 : adjacent_5p outward
1010
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1011
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1012
- A18-A19 : adjacent_5p upward
1013
- A22-A23 : adjacent_5p upward
1014
- A23-A24 : adjacent_5p upward
1015
- A25-A26 : adjacent_5p upward
1016
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1017
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1018
- A4-A25 : outward
1019
- A7-A22 : outward
1020
- A9-A19 : outward
1021
- A12-A14 : upward
1022
- Number of stackings = 22
1023
- Number of adjacent stackings = 18
1024
- Number of non adjacent stackings = 4
1025
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1026
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1027
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1028
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1029
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1030
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1031
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1032
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1033
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1034
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1035
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1036
- Residue conformations -------------------------------------------
1037
- A1 : G C3p_endo anti
1038
- A2 : G C3p_endo anti
1039
- A3 : C C3p_endo anti
1040
- A4 : G C3p_endo anti
1041
- A5 : U C3p_endo anti
1042
- A6 : C C3p_endo anti
1043
- A7 : A C3p_endo anti
1044
- A8 : C C3p_endo anti
1045
- A9 : A C3p_endo anti
1046
- A10 : C C3p_endo anti
1047
- A11 : C C3p_endo anti
1048
- A12 : U C3p_endo anti
1049
- A13 : U C1p_exo anti
1050
- A14 : C C2p_endo anti
1051
- A15 : G C4p_exo syn
1052
- A16 : G C2p_exo anti
1053
- A17 : G C3p_endo anti
1054
- A18 : U C3p_endo anti
1055
- A19 : G C3p_endo anti
1056
- A20 : A C3p_endo anti
1057
- A21 : A C3p_endo anti
1058
- A22 : G C3p_endo anti
1059
- A23 : U C3p_endo anti
1060
- A24 : C C3p_endo anti
1061
- A25 : G C3p_endo anti
1062
- A26 : C C3p_endo anti
1063
- A27 : C O4p_endo anti
1064
- A28 : GE1
1065
- A29 : GE2
1066
- A30 : GE3
1067
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1068
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1069
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1070
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1071
- A5-A6 : adjacent_5p upward
1072
- A7-A8 : adjacent_5p upward
1073
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1074
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1075
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1076
- A11-A12 : adjacent_5p upward
1077
- A15-A16 : adjacent_5p outward
1078
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1079
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1080
- A18-A19 : adjacent_5p upward
1081
- A20-A21 : adjacent_5p upward
1082
- A22-A23 : adjacent_5p upward
1083
- A23-A24 : adjacent_5p upward
1084
- A25-A26 : adjacent_5p upward
1085
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1086
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1087
- A4-A25 : outward
1088
- A7-A22 : outward
1089
- A9-A19 : outward
1090
- A12-A14 : upward
1091
- Number of stackings = 22
1092
- Number of adjacent stackings = 18
1093
- Number of non adjacent stackings = 4
1094
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1095
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1096
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1097
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1098
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1099
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1100
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
1101
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1102
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1103
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1104
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1105
- Residue conformations -------------------------------------------
1106
- A1 : G C3p_endo anti
1107
- A2 : G C3p_endo anti
1108
- A3 : C C3p_endo anti
1109
- A4 : G C3p_endo anti
1110
- A5 : U C3p_endo anti
1111
- A6 : C C3p_endo anti
1112
- A7 : A C3p_endo anti
1113
- A8 : C C3p_endo anti
1114
- A9 : A C3p_endo anti
1115
- A10 : C C3p_endo anti
1116
- A11 : C C3p_endo anti
1117
- A12 : U C3p_endo anti
1118
- A13 : U C1p_exo anti
1119
- A14 : C C2p_endo anti
1120
- A15 : G C4p_exo syn
1121
- A16 : G C2p_exo anti
1122
- A17 : G C3p_endo anti
1123
- A18 : U C3p_endo anti
1124
- A19 : G C3p_endo anti
1125
- A20 : A C3p_endo anti
1126
- A21 : A C3p_endo anti
1127
- A22 : G C3p_endo anti
1128
- A23 : U C3p_endo anti
1129
- A24 : C C3p_endo anti
1130
- A25 : G C3p_endo anti
1131
- A26 : C C3p_endo anti
1132
- A27 : C O4p_endo anti
1133
- A28 : GE1
1134
- A29 : GE2
1135
- A30 : GE3
1136
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1137
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1138
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1139
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1140
- A5-A6 : adjacent_5p upward
1141
- A7-A8 : adjacent_5p upward
1142
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1143
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1144
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1145
- A11-A12 : adjacent_5p upward
1146
- A15-A16 : adjacent_5p outward
1147
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1148
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1149
- A18-A19 : adjacent_5p upward
1150
- A20-A21 : adjacent_5p upward
1151
- A22-A23 : adjacent_5p upward
1152
- A23-A24 : adjacent_5p upward
1153
- A25-A26 : adjacent_5p upward
1154
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1155
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1156
- A4-A25 : outward
1157
- A7-A22 : outward
1158
- A9-A19 : outward
1159
- A12-A14 : upward
1160
- Number of stackings = 22
1161
- Number of adjacent stackings = 18
1162
- Number of non adjacent stackings = 4
1163
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1164
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1165
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1166
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1167
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1168
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1169
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1170
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1171
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1172
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1173
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1174
- Residue conformations -------------------------------------------
1175
- A1 : G C3p_endo anti
1176
- A2 : G C3p_endo anti
1177
- A3 : C C3p_endo anti
1178
- A4 : G C3p_endo anti
1179
- A5 : U C3p_endo anti
1180
- A6 : C C3p_endo anti
1181
- A7 : A C3p_endo anti
1182
- A8 : C C3p_endo anti
1183
- A9 : A C3p_endo anti
1184
- A10 : C C3p_endo anti
1185
- A11 : C C3p_endo anti
1186
- A12 : U C3p_endo anti
1187
- A13 : U C1p_exo anti
1188
- A14 : C C2p_endo anti
1189
- A15 : G C4p_exo syn
1190
- A16 : G C2p_exo anti
1191
- A17 : G C3p_endo anti
1192
- A18 : U C3p_endo anti
1193
- A19 : G C3p_endo anti
1194
- A20 : A C3p_endo anti
1195
- A21 : A C3p_endo anti
1196
- A22 : G C3p_endo anti
1197
- A23 : U C3p_endo anti
1198
- A24 : C C3p_endo anti
1199
- A25 : G C3p_endo anti
1200
- A26 : C C3p_endo anti
1201
- A27 : C O4p_endo anti
1202
- A28 : GE1
1203
- A29 : GE2
1204
- A30 : GE3
1205
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1206
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1207
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1208
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1209
- A5-A6 : adjacent_5p upward
1210
- A6-A7 : adjacent_5p upward
1211
- A7-A8 : adjacent_5p upward
1212
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1213
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1214
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1215
- A11-A12 : adjacent_5p upward
1216
- A15-A16 : adjacent_5p outward
1217
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1218
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1219
- A18-A19 : adjacent_5p upward
1220
- A22-A23 : adjacent_5p upward
1221
- A23-A24 : adjacent_5p upward
1222
- A25-A26 : adjacent_5p upward
1223
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1224
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1225
- A4-A25 : outward
1226
- A7-A22 : outward
1227
- A9-A19 : outward
1228
- A12-A14 : upward
1229
- Number of stackings = 22
1230
- Number of adjacent stackings = 18
1231
- Number of non adjacent stackings = 4
1232
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1233
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1234
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1235
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1236
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1237
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1238
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1239
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1240
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1241
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1242
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1243
- Residue conformations -------------------------------------------
1244
- A1 : G C3p_endo anti
1245
- A2 : G C3p_endo anti
1246
- A3 : C C3p_endo anti
1247
- A4 : G C3p_endo anti
1248
- A5 : U C3p_endo anti
1249
- A6 : C C3p_endo anti
1250
- A7 : A C3p_endo anti
1251
- A8 : C C3p_endo anti
1252
- A9 : A C3p_endo anti
1253
- A10 : C C3p_endo anti
1254
- A11 : C C3p_endo anti
1255
- A12 : U C3p_endo anti
1256
- A13 : U C1p_exo anti
1257
- A14 : C C2p_endo anti
1258
- A15 : G C4p_exo syn
1259
- A16 : G C2p_exo anti
1260
- A17 : G C3p_endo anti
1261
- A18 : U C3p_endo anti
1262
- A19 : G C3p_endo anti
1263
- A20 : A C3p_endo anti
1264
- A21 : A C3p_endo anti
1265
- A22 : G C3p_endo anti
1266
- A23 : U C3p_endo anti
1267
- A24 : C C3p_endo anti
1268
- A25 : G C3p_endo anti
1269
- A26 : C C3p_endo anti
1270
- A27 : C O4p_endo anti
1271
- A28 : GE1
1272
- A29 : GE2
1273
- A30 : GE3
1274
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1275
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1276
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1277
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1278
- A5-A6 : adjacent_5p upward
1279
- A7-A8 : adjacent_5p upward
1280
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1281
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1282
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1283
- A11-A12 : adjacent_5p upward
1284
- A15-A16 : adjacent_5p outward
1285
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1286
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1287
- A18-A19 : adjacent_5p upward
1288
- A20-A21 : adjacent_5p upward
1289
- A22-A23 : adjacent_5p upward
1290
- A23-A24 : adjacent_5p upward
1291
- A25-A26 : adjacent_5p upward
1292
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1293
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1294
- A4-A25 : outward
1295
- A7-A22 : outward
1296
- A9-A19 : outward
1297
- A12-A14 : upward
1298
- Number of stackings = 22
1299
- Number of adjacent stackings = 18
1300
- Number of non adjacent stackings = 4
1301
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1302
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1303
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1304
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1305
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1306
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1307
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1308
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1309
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1310
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1311
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1312
- Residue conformations -------------------------------------------
1313
- A1 : G C3p_endo anti
1314
- A2 : G C3p_endo anti
1315
- A3 : C C3p_endo anti
1316
- A4 : G C3p_endo anti
1317
- A5 : U C3p_endo anti
1318
- A6 : C C3p_endo anti
1319
- A7 : A C3p_endo anti
1320
- A8 : C C3p_endo anti
1321
- A9 : A C3p_endo anti
1322
- A10 : C C3p_endo anti
1323
- A11 : C C3p_endo anti
1324
- A12 : U C3p_endo anti
1325
- A13 : U C1p_exo anti
1326
- A14 : C C2p_endo anti
1327
- A15 : G C4p_exo syn
1328
- A16 : G C2p_exo anti
1329
- A17 : G C3p_endo anti
1330
- A18 : U C3p_endo anti
1331
- A19 : G C3p_endo anti
1332
- A20 : A C3p_endo anti
1333
- A21 : A C3p_endo anti
1334
- A22 : G C3p_endo anti
1335
- A23 : U C3p_endo anti
1336
- A24 : C C3p_endo anti
1337
- A25 : G C3p_endo anti
1338
- A26 : C C3p_endo anti
1339
- A27 : C O4p_endo anti
1340
- A28 : GE1
1341
- A29 : GE2
1342
- A30 : GE3
1343
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1344
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1345
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1346
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1347
- A5-A6 : adjacent_5p upward
1348
- A7-A8 : adjacent_5p upward
1349
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1350
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1351
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1352
- A11-A12 : adjacent_5p upward
1353
- A15-A16 : adjacent_5p outward
1354
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1355
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1356
- A18-A19 : adjacent_5p upward
1357
- A20-A21 : adjacent_5p upward
1358
- A22-A23 : adjacent_5p upward
1359
- A23-A24 : adjacent_5p upward
1360
- A25-A26 : adjacent_5p upward
1361
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1362
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1363
- A4-A25 : outward
1364
- A7-A22 : outward
1365
- A9-A19 : outward
1366
- A12-A14 : upward
1367
- Number of stackings = 22
1368
- Number of adjacent stackings = 18
1369
- Number of non adjacent stackings = 4
1370
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1371
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1372
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1373
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1374
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1375
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1376
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1377
- A8-A21 : C-A Ws/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 78
1378
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1379
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1380
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1381
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1382
- Residue conformations -------------------------------------------
1383
- A1 : G C3p_endo anti
1384
- A2 : G C3p_endo anti
1385
- A3 : C C3p_endo anti
1386
- A4 : G C3p_endo anti
1387
- A5 : U C3p_endo anti
1388
- A6 : C C3p_endo anti
1389
- A7 : A C3p_endo anti
1390
- A8 : C C3p_endo anti
1391
- A9 : A C3p_endo anti
1392
- A10 : C C3p_endo anti
1393
- A11 : C C3p_endo anti
1394
- A12 : U C3p_endo anti
1395
- A13 : U C1p_exo anti
1396
- A14 : C C2p_endo anti
1397
- A15 : G C4p_exo syn
1398
- A16 : G C2p_exo anti
1399
- A17 : G C3p_endo anti
1400
- A18 : U C3p_endo anti
1401
- A19 : G C3p_endo anti
1402
- A20 : A C3p_endo anti
1403
- A21 : A C4p_exo anti
1404
- A22 : G C3p_endo anti
1405
- A23 : U C3p_endo anti
1406
- A24 : C C3p_endo anti
1407
- A25 : G C3p_endo anti
1408
- A26 : C C3p_endo anti
1409
- A27 : C O4p_endo anti
1410
- A28 : GE1
1411
- A29 : GE2
1412
- A30 : GE3
1413
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1414
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1415
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1416
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1417
- A5-A6 : adjacent_5p upward
1418
- A6-A7 : adjacent_5p upward
1419
- A7-A8 : adjacent_5p upward
1420
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1421
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1422
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1423
- A11-A12 : adjacent_5p upward
1424
- A15-A16 : adjacent_5p outward
1425
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1426
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1427
- A18-A19 : adjacent_5p upward
1428
- A22-A23 : adjacent_5p upward
1429
- A23-A24 : adjacent_5p upward
1430
- A25-A26 : adjacent_5p upward
1431
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1432
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1433
- A4-A25 : outward
1434
- A7-A22 : outward
1435
- A9-A19 : outward
1436
- A12-A14 : upward
1437
- Number of stackings = 22
1438
- Number of adjacent stackings = 18
1439
- Number of non adjacent stackings = 4
1440
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1441
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1442
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1443
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1444
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1445
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1446
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1447
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1448
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1449
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1450
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1451
- Residue conformations -------------------------------------------
1452
- A1 : G C3p_endo anti
1453
- A2 : G C3p_endo anti
1454
- A3 : C C3p_endo anti
1455
- A4 : G C3p_endo anti
1456
- A5 : U C3p_endo anti
1457
- A6 : C C3p_endo anti
1458
- A7 : A C3p_endo anti
1459
- A8 : C C3p_endo anti
1460
- A9 : A C3p_endo anti
1461
- A10 : C C3p_endo anti
1462
- A11 : C C3p_endo anti
1463
- A12 : U C3p_endo anti
1464
- A13 : U C1p_exo anti
1465
- A14 : C C2p_endo anti
1466
- A15 : G C4p_exo syn
1467
- A16 : G C2p_exo anti
1468
- A17 : G C3p_endo anti
1469
- A18 : U C3p_endo anti
1470
- A19 : G C3p_endo anti
1471
- A20 : A C3p_endo anti
1472
- A21 : A C4p_exo anti
1473
- A22 : G C3p_endo anti
1474
- A23 : U C3p_endo anti
1475
- A24 : C C3p_endo anti
1476
- A25 : G C3p_endo anti
1477
- A26 : C C3p_endo anti
1478
- A27 : C O4p_endo anti
1479
- A28 : GE1
1480
- A29 : GE2
1481
- A30 : GE3
1482
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1483
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1484
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1485
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1486
- A5-A6 : adjacent_5p upward
1487
- A6-A7 : adjacent_5p upward
1488
- A7-A8 : adjacent_5p upward
1489
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1490
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1491
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1492
- A11-A12 : adjacent_5p upward
1493
- A15-A16 : adjacent_5p outward
1494
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1495
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1496
- A18-A19 : adjacent_5p upward
1497
- A22-A23 : adjacent_5p upward
1498
- A23-A24 : adjacent_5p upward
1499
- A25-A26 : adjacent_5p upward
1500
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1501
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1502
- A4-A25 : outward
1503
- A7-A22 : outward
1504
- A9-A19 : outward
1505
- A12-A14 : upward
1506
- Number of stackings = 22
1507
- Number of adjacent stackings = 18
1508
- Number of non adjacent stackings = 4
1509
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1510
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1511
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1512
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1513
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1514
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1515
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1516
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1517
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1518
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1519
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1520
- Residue conformations -------------------------------------------
1521
- A1 : G C3p_endo anti
1522
- A2 : G C3p_endo anti
1523
- A3 : C C3p_endo anti
1524
- A4 : G C3p_endo anti
1525
- A5 : U C3p_endo anti
1526
- A6 : C C3p_endo anti
1527
- A7 : A C3p_endo anti
1528
- A8 : C C3p_endo anti
1529
- A9 : A C3p_endo anti
1530
- A10 : C C3p_endo anti
1531
- A11 : C C3p_endo anti
1532
- A12 : U C3p_endo anti
1533
- A13 : U C1p_exo anti
1534
- A14 : C C2p_endo anti
1535
- A15 : G C4p_exo syn
1536
- A16 : G C2p_exo anti
1537
- A17 : G C3p_endo anti
1538
- A18 : U C3p_endo anti
1539
- A19 : G C3p_endo anti
1540
- A20 : A C3p_endo anti
1541
- A21 : A C3p_endo anti
1542
- A22 : G C3p_endo anti
1543
- A23 : U C3p_endo anti
1544
- A24 : C C3p_endo anti
1545
- A25 : G C3p_endo anti
1546
- A26 : C C3p_endo anti
1547
- A27 : C O4p_endo anti
1548
- A28 : GE1
1549
- A29 : GE2
1550
- A30 : GE3
1551
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1552
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1553
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1554
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1555
- A5-A6 : adjacent_5p upward
1556
- A7-A8 : adjacent_5p upward
1557
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1558
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1559
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1560
- A11-A12 : adjacent_5p upward
1561
- A15-A16 : adjacent_5p outward
1562
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1563
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1564
- A18-A19 : adjacent_5p upward
1565
- A20-A21 : adjacent_5p upward
1566
- A22-A23 : adjacent_5p upward
1567
- A23-A24 : adjacent_5p upward
1568
- A25-A26 : adjacent_5p upward
1569
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1570
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1571
- A4-A25 : outward
1572
- A7-A22 : outward
1573
- A9-A19 : outward
1574
- A12-A14 : upward
1575
- Number of stackings = 22
1576
- Number of adjacent stackings = 18
1577
- Number of non adjacent stackings = 4
1578
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1579
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1580
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1581
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1582
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1583
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1584
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1585
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1586
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1587
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1588
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1589
- Residue conformations -------------------------------------------
1590
- A1 : G C3p_endo anti
1591
- A2 : G C3p_endo anti
1592
- A3 : C C3p_endo anti
1593
- A4 : G C3p_endo anti
1594
- A5 : U C3p_endo anti
1595
- A6 : C C3p_endo anti
1596
- A7 : A C3p_endo anti
1597
- A8 : C C3p_endo anti
1598
- A9 : A C3p_endo anti
1599
- A10 : C C3p_endo anti
1600
- A11 : C C3p_endo anti
1601
- A12 : U C3p_endo anti
1602
- A13 : U C1p_exo anti
1603
- A14 : C C2p_endo anti
1604
- A15 : G C4p_exo syn
1605
- A16 : G C2p_exo anti
1606
- A17 : G C3p_endo anti
1607
- A18 : U C3p_endo anti
1608
- A19 : G C3p_endo anti
1609
- A20 : A C3p_endo anti
1610
- A21 : A C3p_endo anti
1611
- A22 : G C3p_endo anti
1612
- A23 : U C3p_endo anti
1613
- A24 : C C3p_endo anti
1614
- A25 : G C3p_endo anti
1615
- A26 : C C3p_endo anti
1616
- A27 : C O4p_endo anti
1617
- A28 : GE1
1618
- A29 : GE2
1619
- A30 : GE3
1620
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1621
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1622
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1623
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1624
- A5-A6 : adjacent_5p upward
1625
- A7-A8 : adjacent_5p upward
1626
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1627
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1628
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1629
- A11-A12 : adjacent_5p upward
1630
- A15-A16 : adjacent_5p outward
1631
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1632
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1633
- A18-A19 : adjacent_5p upward
1634
- A20-A21 : adjacent_5p upward
1635
- A22-A23 : adjacent_5p upward
1636
- A23-A24 : adjacent_5p upward
1637
- A25-A26 : adjacent_5p upward
1638
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1639
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1640
- A4-A25 : outward
1641
- A7-A22 : outward
1642
- A9-A19 : outward
1643
- A12-A14 : upward
1644
- Number of stackings = 22
1645
- Number of adjacent stackings = 18
1646
- Number of non adjacent stackings = 4
1647
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1648
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1649
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1650
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1651
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1652
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1653
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1654
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1655
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1656
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1657
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1658
- Residue conformations -------------------------------------------
1659
- A1 : G C3p_endo anti
1660
- A2 : G C3p_endo anti
1661
- A3 : C C3p_endo anti
1662
- A4 : G C3p_endo anti
1663
- A5 : U C3p_endo anti
1664
- A6 : C C3p_endo anti
1665
- A7 : A C3p_endo anti
1666
- A8 : C C3p_endo anti
1667
- A9 : A C3p_endo anti
1668
- A10 : C C3p_endo anti
1669
- A11 : C C3p_endo anti
1670
- A12 : U C3p_endo anti
1671
- A13 : U C1p_exo anti
1672
- A14 : C C2p_endo anti
1673
- A15 : G C4p_exo syn
1674
- A16 : G C2p_exo anti
1675
- A17 : G C3p_endo anti
1676
- A18 : U C3p_endo anti
1677
- A19 : G C3p_endo anti
1678
- A20 : A C3p_endo anti
1679
- A21 : A C4p_exo anti
1680
- A22 : G C3p_endo anti
1681
- A23 : U C3p_endo anti
1682
- A24 : C C3p_endo anti
1683
- A25 : G C3p_endo anti
1684
- A26 : C C3p_endo anti
1685
- A27 : C O4p_endo anti
1686
- A28 : GE1
1687
- A29 : GE2
1688
- A30 : GE3
1689
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1690
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1691
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1692
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1693
- A5-A6 : adjacent_5p upward
1694
- A6-A7 : adjacent_5p upward
1695
- A7-A8 : adjacent_5p upward
1696
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1697
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1698
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1699
- A11-A12 : adjacent_5p upward
1700
- A15-A16 : adjacent_5p outward
1701
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1702
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1703
- A18-A19 : adjacent_5p upward
1704
- A22-A23 : adjacent_5p upward
1705
- A23-A24 : adjacent_5p upward
1706
- A25-A26 : adjacent_5p upward
1707
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1708
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1709
- A4-A25 : outward
1710
- A7-A22 : outward
1711
- A9-A19 : outward
1712
- A12-A14 : upward
1713
- Number of stackings = 22
1714
- Number of adjacent stackings = 18
1715
- Number of non adjacent stackings = 4
1716
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1717
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1718
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1719
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1720
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1721
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1722
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1723
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1724
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1725
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1726
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1727
- Residue conformations -------------------------------------------
1728
- A1 : G C3p_endo anti
1729
- A2 : G C3p_endo anti
1730
- A3 : C C3p_endo anti
1731
- A4 : G C3p_endo anti
1732
- A5 : U C3p_endo anti
1733
- A6 : C C3p_endo anti
1734
- A7 : A C3p_endo anti
1735
- A8 : C C3p_endo anti
1736
- A9 : A C3p_endo anti
1737
- A10 : C C3p_endo anti
1738
- A11 : C C3p_endo anti
1739
- A12 : U C3p_endo anti
1740
- A13 : U C1p_exo anti
1741
- A14 : C C2p_endo anti
1742
- A15 : G C4p_exo syn
1743
- A16 : G C2p_exo anti
1744
- A17 : G C3p_endo anti
1745
- A18 : U C3p_endo anti
1746
- A19 : G C3p_endo anti
1747
- A20 : A C3p_endo anti
1748
- A21 : A C4p_exo anti
1749
- A22 : G C3p_endo anti
1750
- A23 : U C3p_endo anti
1751
- A24 : C C3p_endo anti
1752
- A25 : G C3p_endo anti
1753
- A26 : C C3p_endo anti
1754
- A27 : C O4p_endo anti
1755
- A28 : GE1
1756
- A29 : GE2
1757
- A30 : GE3
1758
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1759
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1760
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1761
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1762
- A5-A6 : adjacent_5p upward
1763
- A6-A7 : adjacent_5p upward
1764
- A7-A8 : adjacent_5p upward
1765
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1766
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1767
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1768
- A11-A12 : adjacent_5p upward
1769
- A15-A16 : adjacent_5p outward
1770
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1771
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1772
- A18-A19 : adjacent_5p upward
1773
- A22-A23 : adjacent_5p upward
1774
- A23-A24 : adjacent_5p upward
1775
- A25-A26 : adjacent_5p upward
1776
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1777
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1778
- A4-A25 : outward
1779
- A7-A22 : outward
1780
- A9-A19 : outward
1781
- A12-A14 : upward
1782
- Number of stackings = 22
1783
- Number of adjacent stackings = 18
1784
- Number of non adjacent stackings = 4
1785
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1786
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1787
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1788
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1789
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1790
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1791
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1792
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1793
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1794
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1795
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1796
- Residue conformations -------------------------------------------
1797
- A1 : G C3p_endo anti
1798
- A2 : G C3p_endo anti
1799
- A3 : C C3p_endo anti
1800
- A4 : G C3p_endo anti
1801
- A5 : U C3p_endo anti
1802
- A6 : C C3p_endo anti
1803
- A7 : A C3p_endo anti
1804
- A8 : C C3p_endo anti
1805
- A9 : A C3p_endo anti
1806
- A10 : C C3p_endo anti
1807
- A11 : C C3p_endo anti
1808
- A12 : U C3p_endo anti
1809
- A13 : U C1p_exo anti
1810
- A14 : C C2p_endo anti
1811
- A15 : G C4p_exo syn
1812
- A16 : G C2p_exo anti
1813
- A17 : G C3p_endo anti
1814
- A18 : U C3p_endo anti
1815
- A19 : G C3p_endo anti
1816
- A20 : A C3p_endo anti
1817
- A21 : A C3p_endo anti
1818
- A22 : G C3p_endo anti
1819
- A23 : U C3p_endo anti
1820
- A24 : C C3p_endo anti
1821
- A25 : G C3p_endo anti
1822
- A26 : C C3p_endo anti
1823
- A27 : C O4p_endo anti
1824
- A28 : GE1
1825
- A29 : GE2
1826
- A30 : GE3
1827
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1828
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1829
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1830
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1831
- A5-A6 : adjacent_5p upward
1832
- A6-A7 : adjacent_5p upward
1833
- A7-A8 : adjacent_5p upward
1834
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1835
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1836
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1837
- A11-A12 : adjacent_5p upward
1838
- A15-A16 : adjacent_5p outward
1839
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1840
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1841
- A18-A19 : adjacent_5p upward
1842
- A22-A23 : adjacent_5p upward
1843
- A23-A24 : adjacent_5p upward
1844
- A25-A26 : adjacent_5p upward
1845
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1846
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1847
- A4-A25 : outward
1848
- A9-A19 : outward
1849
- A12-A14 : upward
1850
- Number of stackings = 21
1851
- Number of adjacent stackings = 18
1852
- Number of non adjacent stackings = 3
1853
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1854
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1855
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1856
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1857
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1858
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1859
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1860
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1861
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1862
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1863
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1864
- Residue conformations -------------------------------------------
1865
- A1 : G C3p_endo anti
1866
- A2 : G C3p_endo anti
1867
- A3 : C C3p_endo anti
1868
- A4 : G C3p_endo anti
1869
- A5 : U C3p_endo anti
1870
- A6 : C C3p_endo anti
1871
- A7 : A C3p_endo anti
1872
- A8 : C C3p_endo anti
1873
- A9 : A C3p_endo anti
1874
- A10 : C C3p_endo anti
1875
- A11 : C C3p_endo anti
1876
- A12 : U C3p_endo anti
1877
- A13 : U C1p_exo anti
1878
- A14 : C C2p_endo anti
1879
- A15 : G C4p_exo syn
1880
- A16 : G C2p_exo anti
1881
- A17 : G C3p_endo anti
1882
- A18 : U C3p_endo anti
1883
- A19 : G C3p_endo anti
1884
- A20 : A C3p_endo anti
1885
- A21 : A C3p_endo anti
1886
- A22 : G C3p_endo anti
1887
- A23 : U C3p_endo anti
1888
- A24 : C C3p_endo anti
1889
- A25 : G C3p_endo anti
1890
- A26 : C C3p_endo anti
1891
- A27 : C O4p_endo anti
1892
- A28 : GE1
1893
- A29 : GE2
1894
- A30 : GE3
1895
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1896
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1897
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1898
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1899
- A5-A6 : adjacent_5p upward
1900
- A7-A8 : adjacent_5p upward
1901
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1902
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1903
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1904
- A11-A12 : adjacent_5p upward
1905
- A15-A16 : adjacent_5p outward
1906
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1907
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1908
- A18-A19 : adjacent_5p upward
1909
- A20-A21 : adjacent_5p upward
1910
- A22-A23 : adjacent_5p upward
1911
- A23-A24 : adjacent_5p upward
1912
- A25-A26 : adjacent_5p upward
1913
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1914
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1915
- A4-A25 : outward
1916
- A7-A22 : outward
1917
- A9-A19 : outward
1918
- A12-A14 : upward
1919
- Number of stackings = 22
1920
- Number of adjacent stackings = 18
1921
- Number of non adjacent stackings = 4
1922
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1923
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1924
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1925
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1926
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1927
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1928
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1929
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1930
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1931
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1932
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
1933
- Residue conformations -------------------------------------------
1934
- A1 : G C3p_endo anti
1935
- A2 : G C3p_endo anti
1936
- A3 : C C3p_endo anti
1937
- A4 : G C3p_endo anti
1938
- A5 : U C3p_endo anti
1939
- A6 : C C3p_endo anti
1940
- A7 : A C3p_endo anti
1941
- A8 : C C3p_endo anti
1942
- A9 : A C3p_endo anti
1943
- A10 : C C3p_endo anti
1944
- A11 : C C3p_endo anti
1945
- A12 : U C3p_endo anti
1946
- A13 : U C1p_exo anti
1947
- A14 : C C2p_endo anti
1948
- A15 : G C4p_exo syn
1949
- A16 : G C2p_exo anti
1950
- A17 : G C3p_endo anti
1951
- A18 : U C3p_endo anti
1952
- A19 : G C3p_endo anti
1953
- A20 : A C3p_endo anti
1954
- A21 : A C4p_exo anti
1955
- A22 : G C3p_endo anti
1956
- A23 : U C3p_endo anti
1957
- A24 : C C3p_endo anti
1958
- A25 : G C3p_endo anti
1959
- A26 : C C3p_endo anti
1960
- A27 : C O4p_endo anti
1961
- A28 : GE1
1962
- A29 : GE2
1963
- A30 : GE3
1964
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
1965
- A1-A2 : adjacent_5p upward
1966
- A2-A3 : adjacent_5p upward
1967
- A4-A5 : adjacent_5p upward
1968
- A5-A6 : adjacent_5p upward
1969
- A6-A7 : adjacent_5p upward
1970
- A7-A8 : adjacent_5p upward
1971
- A8-A9 : adjacent_5p upward
1972
- A9-A10 : adjacent_5p upward
1973
- A10-A11 : adjacent_5p upward
1974
- A11-A12 : adjacent_5p upward
1975
- A15-A16 : adjacent_5p outward
1976
- A16-A17 : adjacent_5p upward
1977
- A17-A18 : adjacent_5p upward
1978
- A18-A19 : adjacent_5p upward
1979
- A22-A23 : adjacent_5p upward
1980
- A23-A24 : adjacent_5p upward
1981
- A25-A26 : adjacent_5p upward
1982
- A26-A27 : adjacent_5p upward
1983
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
1984
- A4-A25 : outward
1985
- A7-A22 : outward
1986
- A9-A19 : outward
1987
- A12-A14 : upward
1988
- Number of stackings = 22
1989
- Number of adjacent stackings = 18
1990
- Number of non adjacent stackings = 4
1991
- Base-pairs ------------------------------------------------------
1992
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1993
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1994
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1995
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1996
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1997
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
1998
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
1999
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2000
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2001
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
2002
- Residue conformations -------------------------------------------
2003
- A1 : G C3p_endo anti
2004
- A2 : G C3p_endo anti
2005
- A3 : C C3p_endo anti
2006
- A4 : G C3p_endo anti
2007
- A5 : U C3p_endo anti
2008
- A6 : C C3p_endo anti
2009
- A7 : A C3p_endo anti
2010
- A8 : C C3p_endo anti
2011
- A9 : A C3p_endo anti
2012
- A10 : C C3p_endo anti
2013
- A11 : C C3p_endo anti
2014
- A12 : U C3p_endo anti
2015
- A13 : U C1p_exo anti
2016
- A14 : C C2p_endo anti
2017
- A15 : G C4p_exo syn
2018
- A16 : G C2p_exo anti
2019
- A17 : G C3p_endo anti
2020
- A18 : U C3p_endo anti
2021
- A19 : G C3p_endo anti
2022
- A20 : A C3p_endo anti
2023
- A21 : A C3p_endo anti
2024
- A22 : G C3p_endo anti
2025
- A23 : U C3p_endo anti
2026
- A24 : C C3p_endo anti
2027
- A25 : G C3p_endo anti
2028
- A26 : C C3p_endo anti
2029
- A27 : C O4p_endo anti
2030
- A28 : GE1
2031
- A29 : GE2
2032
- A30 : GE3
2033
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
2034
- A1-A2 : adjacent_5p upward
2035
- A2-A3 : adjacent_5p upward
2036
- A4-A5 : adjacent_5p upward
2037
- A5-A6 : adjacent_5p upward
2038
- A7-A8 : adjacent_5p upward
2039
- A8-A9 : adjacent_5p upward
2040
- A9-A10 : adjacent_5p upward
2041
- A10-A11 : adjacent_5p upward
2042
- A11-A12 : adjacent_5p upward
2043
- A15-A16 : adjacent_5p outward
2044
- A16-A17 : adjacent_5p upward
2045
- A17-A18 : adjacent_5p upward
2046
- A18-A19 : adjacent_5p upward
2047
- A20-A21 : adjacent_5p upward
2048
- A22-A23 : adjacent_5p upward
2049
- A23-A24 : adjacent_5p upward
2050
- A25-A26 : adjacent_5p upward
2051
- A26-A27 : adjacent_5p upward
2052
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2053
- A4-A25 : outward
2054
- A7-A22 : outward
2055
- A9-A19 : outward
2056
- A12-A14 : upward
2057
- Number of stackings = 22
2058
- Number of adjacent stackings = 18
2059
- Number of non adjacent stackings = 4
2060
- Base-pairs ------------------------------------------------------
2061
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2062
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2063
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2064
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2065
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2066
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2067
- A8-A21 : C-A Ws/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 78
2068
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2069
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2070
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2071
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
2072
- Residue conformations -------------------------------------------
2073
- A1 : G C3p_endo anti
2074
- A2 : G C3p_endo anti
2075
- A3 : C C3p_endo anti
2076
- A4 : G C3p_endo anti
2077
- A5 : U C3p_endo anti
2078
- A6 : C C3p_endo anti
2079
- A7 : A C3p_endo anti
2080
- A8 : C C3p_endo anti
2081
- A9 : A C3p_endo anti
2082
- A10 : C C3p_endo anti
2083
- A11 : C C3p_endo anti
2084
- A12 : U C3p_endo anti
2085
- A13 : U C1p_exo anti
2086
- A14 : C C2p_endo anti
2087
- A15 : G C4p_exo syn
2088
- A16 : G C2p_exo anti
2089
- A17 : G C3p_endo anti
2090
- A18 : U C3p_endo anti
2091
- A19 : G C3p_endo anti
2092
- A20 : A C2p_endo anti
2093
- A21 : A C4p_exo anti
2094
- A22 : G C3p_endo anti
2095
- A23 : U C3p_endo anti
2096
- A24 : C C3p_endo anti
2097
- A25 : G C3p_endo anti
2098
- A26 : C C3p_endo anti
2099
- A27 : C O4p_endo anti
2100
- A28 : GE1
2101
- A29 : GE2
2102
- A30 : GE3
2103
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
2104
- A1-A2 : adjacent_5p upward
2105
- A2-A3 : adjacent_5p upward
2106
- A4-A5 : adjacent_5p upward
2107
- A5-A6 : adjacent_5p upward
2108
- A6-A7 : adjacent_5p upward
2109
- A7-A8 : adjacent_5p upward
2110
- A8-A9 : adjacent_5p upward
2111
- A9-A10 : adjacent_5p upward
2112
- A10-A11 : adjacent_5p upward
2113
- A11-A12 : adjacent_5p upward
2114
- A15-A16 : adjacent_5p outward
2115
- A16-A17 : adjacent_5p upward
2116
- A17-A18 : adjacent_5p upward
2117
- A18-A19 : adjacent_5p upward
2118
- A21-A22 : adjacent_5p upward
2119
- A22-A23 : adjacent_5p upward
2120
- A23-A24 : adjacent_5p upward
2121
- A25-A26 : adjacent_5p upward
2122
- A26-A27 : adjacent_5p upward
2123
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2124
- A4-A25 : outward
2125
- A9-A19 : outward
2126
- A12-A14 : upward
2127
- Number of stackings = 22
2128
- Number of adjacent stackings = 19
2129
- Number of non adjacent stackings = 3
2130
- Base-pairs ------------------------------------------------------
2131
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2132
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2133
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2134
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2135
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2136
- A7-A21 : A-A Ss/Hw O2'/Bh pairing antiparallel trans one_hbond 41
2137
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2138
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2139
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2140
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2141
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
2142
- Residue conformations -------------------------------------------
2143
- A1 : G C3p_endo anti
2144
- A2 : G C3p_endo anti
2145
- A3 : C C3p_endo anti
2146
- A4 : G C3p_endo anti
2147
- A5 : U C3p_endo anti
2148
- A6 : C C3p_endo anti
2149
- A7 : A C3p_endo anti
2150
- A8 : C C3p_endo anti
2151
- A9 : A C3p_endo anti
2152
- A10 : C C3p_endo anti
2153
- A11 : C C3p_endo anti
2154
- A12 : U C3p_endo anti
2155
- A13 : U C1p_exo anti
2156
- A14 : C C2p_endo anti
2157
- A15 : G C4p_exo syn
2158
- A16 : G C2p_exo anti
2159
- A17 : G C3p_endo anti
2160
- A18 : U C3p_endo anti
2161
- A19 : G C3p_endo anti
2162
- A20 : A C3p_endo anti
2163
- A21 : A C3p_endo anti
2164
- A22 : G C3p_endo anti
2165
- A23 : U C3p_endo anti
2166
- A24 : C C3p_endo anti
2167
- A25 : G C3p_endo anti
2168
- A26 : C C3p_endo anti
2169
- A27 : C O4p_endo anti
2170
- A28 : GE1
2171
- A29 : GE2
2172
- A30 : GE3
2173
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
2174
- A1-A2 : adjacent_5p upward
2175
- A2-A3 : adjacent_5p upward
2176
- A4-A5 : adjacent_5p upward
2177
- A5-A6 : adjacent_5p upward
2178
- A7-A8 : adjacent_5p upward
2179
- A8-A9 : adjacent_5p upward
2180
- A9-A10 : adjacent_5p upward
2181
- A10-A11 : adjacent_5p upward
2182
- A11-A12 : adjacent_5p upward
2183
- A15-A16 : adjacent_5p outward
2184
- A16-A17 : adjacent_5p upward
2185
- A17-A18 : adjacent_5p upward
2186
- A18-A19 : adjacent_5p upward
2187
- A20-A21 : adjacent_5p upward
2188
- A22-A23 : adjacent_5p upward
2189
- A23-A24 : adjacent_5p upward
2190
- A25-A26 : adjacent_5p upward
2191
- A26-A27 : adjacent_5p upward
2192
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2193
- A4-A25 : outward
2194
- A7-A22 : outward
2195
- A9-A19 : outward
2196
- A12-A14 : upward
2197
- Number of stackings = 22
2198
- Number of adjacent stackings = 18
2199
- Number of non adjacent stackings = 4
2200
- Base-pairs ------------------------------------------------------
2201
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2202
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2203
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2204
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2205
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2206
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2207
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2208
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2209
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2210
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
2211
- Residue conformations -------------------------------------------
2212
- A1 : G C3p_endo anti
2213
- A2 : G C3p_endo anti
2214
- A3 : C C3p_endo anti
2215
- A4 : G C3p_endo anti
2216
- A5 : U C3p_endo anti
2217
- A6 : C C3p_endo anti
2218
- A7 : A C3p_endo anti
2219
- A8 : C C3p_endo anti
2220
- A9 : A C3p_endo anti
2221
- A10 : C C3p_endo anti
2222
- A11 : C C3p_endo anti
2223
- A12 : U C3p_endo anti
2224
- A13 : U C1p_exo anti
2225
- A14 : C C2p_endo anti
2226
- A15 : G C4p_exo syn
2227
- A16 : G C2p_exo anti
2228
- A17 : G C3p_endo anti
2229
- A18 : U C3p_endo anti
2230
- A19 : G C4p_exo anti
2231
- A20 : A C3p_endo anti
2232
- A21 : A C3p_endo anti
2233
- A22 : G C3p_endo anti
2234
- A23 : U C3p_endo anti
2235
- A24 : C C3p_endo anti
2236
- A25 : G C3p_endo anti
2237
- A26 : C C3p_endo anti
2238
- A27 : C O4p_endo anti
2239
- A28 : GE1
2240
- A29 : GE2
2241
- A30 : GE3
2242
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
2243
- A1-A2 : adjacent_5p upward
2244
- A2-A3 : adjacent_5p upward
2245
- A4-A5 : adjacent_5p upward
2246
- A5-A6 : adjacent_5p upward
2247
- A7-A8 : adjacent_5p upward
2248
- A8-A9 : adjacent_5p upward
2249
- A9-A10 : adjacent_5p upward
2250
- A10-A11 : adjacent_5p upward
2251
- A11-A12 : adjacent_5p upward
2252
- A15-A16 : adjacent_5p outward
2253
- A16-A17 : adjacent_5p upward
2254
- A17-A18 : adjacent_5p upward
2255
- A18-A19 : adjacent_5p upward
2256
- A22-A23 : adjacent_5p upward
2257
- A23-A24 : adjacent_5p upward
2258
- A25-A26 : adjacent_5p upward
2259
- A26-A27 : adjacent_5p upward
2260
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2261
- A4-A25 : outward
2262
- A7-A22 : outward
2263
- A9-A19 : outward
2264
- A12-A14 : upward
2265
- Number of stackings = 21
2266
- Number of adjacent stackings = 17
2267
- Number of non adjacent stackings = 4
2268
- Base-pairs ------------------------------------------------------
2269
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2270
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2271
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2272
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2273
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2274
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2275
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2276
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2277
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2278
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
2279
- A13-A15 : U-G O2'/Hh pairing
2280
- A19-A20 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
2281
- Residue conformations -------------------------------------------
2282
- A1 : G C3p_endo anti
2283
- A2 : G C3p_endo anti
2284
- A3 : C C3p_endo anti
2285
- A4 : G C3p_endo anti
2286
- A5 : U C3p_endo anti
2287
- A6 : C C3p_endo anti
2288
- A7 : A C3p_endo anti
2289
- A8 : C C3p_endo anti
2290
- A9 : A C3p_endo anti
2291
- A10 : C C3p_endo anti
2292
- A11 : C C3p_endo anti
2293
- A12 : U C3p_endo anti
2294
- A13 : U C1p_exo anti
2295
- A14 : C C2p_endo anti
2296
- A15 : G C4p_exo syn
2297
- A16 : G C2p_exo anti
2298
- A17 : G C3p_endo anti
2299
- A18 : U C3p_endo anti
2300
- A19 : G C3p_endo anti
2301
- A20 : A C3p_endo anti
2302
- A21 : A C3p_endo anti
2303
- A22 : G C3p_endo anti
2304
- A23 : U C3p_endo anti
2305
- A24 : C C3p_endo anti
2306
- A25 : G C3p_endo anti
2307
- A26 : C C3p_endo anti
2308
- A27 : C O4p_endo anti
2309
- A28 : GE1
2310
- A29 : GE2
2311
- A30 : GE3
2312
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
2313
- A1-A2 : adjacent_5p upward
2314
- A2-A3 : adjacent_5p upward
2315
- A4-A5 : adjacent_5p upward
2316
- A5-A6 : adjacent_5p upward
2317
- A6-A7 : adjacent_5p upward
2318
- A7-A8 : adjacent_5p upward
2319
- A8-A9 : adjacent_5p upward
2320
- A9-A10 : adjacent_5p upward
2321
- A10-A11 : adjacent_5p upward
2322
- A11-A12 : adjacent_5p upward
2323
- A15-A16 : adjacent_5p outward
2324
- A16-A17 : adjacent_5p upward
2325
- A17-A18 : adjacent_5p upward
2326
- A18-A19 : adjacent_5p upward
2327
- A22-A23 : adjacent_5p upward
2328
- A23-A24 : adjacent_5p upward
2329
- A25-A26 : adjacent_5p upward
2330
- A26-A27 : adjacent_5p upward
2331
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2332
- A4-A25 : outward
2333
- A7-A22 : outward
2334
- A9-A19 : outward
2335
- A12-A14 : upward
2336
- Number of stackings = 22
2337
- Number of adjacent stackings = 18
2338
- Number of non adjacent stackings = 4
2339
- Base-pairs ------------------------------------------------------
2340
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2341
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2342
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2343
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2344
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2345
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2346
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2347
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2348
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2349
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
2350
- Residue conformations -------------------------------------------
2351
- A1 : G C3p_endo anti
2352
- A2 : G C3p_endo anti
2353
- A3 : C C3p_endo anti
2354
- A4 : G C3p_endo anti
2355
- A5 : U C3p_endo anti
2356
- A6 : C C3p_endo anti
2357
- A7 : A C3p_endo anti
2358
- A8 : C C3p_endo anti
2359
- A9 : A C3p_endo anti
2360
- A10 : C C3p_endo anti
2361
- A11 : C C3p_endo anti
2362
- A12 : U C3p_endo anti
2363
- A13 : U C1p_exo anti
2364
- A14 : C C2p_endo anti
2365
- A15 : G C4p_exo syn
2366
- A16 : G C2p_exo anti
2367
- A17 : G C3p_endo anti
2368
- A18 : U C3p_endo anti
2369
- A19 : G C3p_endo anti
2370
- A20 : A C2p_endo anti
2371
- A21 : A C3p_endo anti
2372
- A22 : G C3p_endo anti
2373
- A23 : U C3p_endo anti
2374
- A24 : C C3p_endo anti
2375
- A25 : G C3p_endo anti
2376
- A26 : C C3p_endo anti
2377
- A27 : C O4p_endo anti
2378
- A28 : GE1
2379
- A29 : GE2
2380
- A30 : GE3
2381
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
2382
- A1-A2 : adjacent_5p upward
2383
- A2-A3 : adjacent_5p upward
2384
- A4-A5 : adjacent_5p upward
2385
- A5-A6 : adjacent_5p upward
2386
- A7-A8 : adjacent_5p upward
2387
- A8-A9 : adjacent_5p upward
2388
- A9-A10 : adjacent_5p upward
2389
- A10-A11 : adjacent_5p upward
2390
- A11-A12 : adjacent_5p upward
2391
- A15-A16 : adjacent_5p outward
2392
- A16-A17 : adjacent_5p upward
2393
- A17-A18 : adjacent_5p upward
2394
- A18-A19 : adjacent_5p upward
2395
- A22-A23 : adjacent_5p upward
2396
- A23-A24 : adjacent_5p upward
2397
- A25-A26 : adjacent_5p upward
2398
- A26-A27 : adjacent_5p upward
2399
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2400
- A4-A25 : outward
2401
- A7-A22 : outward
2402
- A9-A19 : outward
2403
- A12-A14 : upward
2404
- Number of stackings = 21
2405
- Number of adjacent stackings = 17
2406
- Number of non adjacent stackings = 4
2407
- Base-pairs ------------------------------------------------------
2408
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2409
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2410
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2411
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2412
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2413
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2414
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2415
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2416
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2417
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
2418
- A19-A20 : G-A O2'/Hh adjacent_5p pairing
2419
- Residue conformations -------------------------------------------
2420
- A1 : G C3p_endo anti
2421
- A2 : G C3p_endo anti
2422
- A3 : C C3p_endo anti
2423
- A4 : G C3p_endo anti
2424
- A5 : U C3p_endo anti
2425
- A6 : C C3p_endo anti
2426
- A7 : A C3p_endo anti
2427
- A8 : C C3p_endo anti
2428
- A9 : A C3p_endo anti
2429
- A10 : C C3p_endo anti
2430
- A11 : C C3p_endo anti
2431
- A12 : U C3p_endo anti
2432
- A13 : U C1p_exo anti
2433
- A14 : C C2p_endo anti
2434
- A15 : G C4p_exo syn
2435
- A16 : G C2p_exo anti
2436
- A17 : G C3p_endo anti
2437
- A18 : U C3p_endo anti
2438
- A19 : G C3p_endo anti
2439
- A20 : A C3p_endo anti
2440
- A21 : A C3p_endo anti
2441
- A22 : G C3p_endo anti
2442
- A23 : U C3p_endo anti
2443
- A24 : C C3p_endo anti
2444
- A25 : G C3p_endo anti
2445
- A26 : C C3p_endo anti
2446
- A27 : C O4p_endo anti
2447
- A28 : GE1
2448
- A29 : GE2
2449
- A30 : GE3
2450
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
2451
- A1-A2 : adjacent_5p upward
2452
- A2-A3 : adjacent_5p upward
2453
- A4-A5 : adjacent_5p upward
2454
- A5-A6 : adjacent_5p upward
2455
- A6-A7 : adjacent_5p upward
2456
- A7-A8 : adjacent_5p upward
2457
- A8-A9 : adjacent_5p upward
2458
- A9-A10 : adjacent_5p upward
2459
- A10-A11 : adjacent_5p upward
2460
- A11-A12 : adjacent_5p upward
2461
- A15-A16 : adjacent_5p outward
2462
- A16-A17 : adjacent_5p upward
2463
- A17-A18 : adjacent_5p upward
2464
- A18-A19 : adjacent_5p upward
2465
- A22-A23 : adjacent_5p upward
2466
- A23-A24 : adjacent_5p upward
2467
- A25-A26 : adjacent_5p upward
2468
- A26-A27 : adjacent_5p upward
2469
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2470
- A4-A25 : outward
2471
- A9-A19 : outward
2472
- A12-A14 : upward
2473
- Number of stackings = 21
2474
- Number of adjacent stackings = 18
2475
- Number of non adjacent stackings = 3
2476
- Base-pairs ------------------------------------------------------
2477
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2478
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2479
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2480
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2481
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2482
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2483
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2484
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2485
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2486
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
2487
- Residue conformations -------------------------------------------
2488
- A1 : G C3p_endo anti
2489
- A2 : G C3p_endo anti
2490
- A3 : C C3p_endo anti
2491
- A4 : G C3p_endo anti
2492
- A5 : U C3p_endo anti
2493
- A6 : C C3p_endo anti
2494
- A7 : A C3p_endo anti
2495
- A8 : C C3p_endo anti
2496
- A9 : A C3p_endo anti
2497
- A10 : C C3p_endo anti
2498
- A11 : C C3p_endo anti
2499
- A12 : U C3p_endo anti
2500
- A13 : U C1p_exo anti
2501
- A14 : C C2p_endo anti
2502
- A15 : G C4p_exo syn
2503
- A16 : G C2p_exo anti
2504
- A17 : G C3p_endo anti
2505
- A18 : U C3p_endo anti
2506
- A19 : G C3p_endo anti
2507
- A20 : A C3p_endo anti
2508
- A21 : A C3p_endo anti
2509
- A22 : G C3p_endo anti
2510
- A23 : U C3p_endo anti
2511
- A24 : C C3p_endo anti
2512
- A25 : G C3p_endo anti
2513
- A26 : C C3p_endo anti
2514
- A27 : C O4p_endo anti
2515
- A28 : GE1
2516
- A29 : GE2
2517
- A30 : GE3
2518
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
2519
- A1-A2 : adjacent_5p upward
2520
- A2-A3 : adjacent_5p upward
2521
- A4-A5 : adjacent_5p upward
2522
- A5-A6 : adjacent_5p upward
2523
- A6-A7 : adjacent_5p upward
2524
- A7-A8 : adjacent_5p upward
2525
- A8-A9 : adjacent_5p upward
2526
- A9-A10 : adjacent_5p upward
2527
- A10-A11 : adjacent_5p upward
2528
- A11-A12 : adjacent_5p upward
2529
- A15-A16 : adjacent_5p outward
2530
- A16-A17 : adjacent_5p upward
2531
- A17-A18 : adjacent_5p upward
2532
- A18-A19 : adjacent_5p upward
2533
- A22-A23 : adjacent_5p upward
2534
- A23-A24 : adjacent_5p upward
2535
- A25-A26 : adjacent_5p upward
2536
- A26-A27 : adjacent_5p upward
2537
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2538
- A4-A25 : outward
2539
- A7-A22 : outward
2540
- A9-A19 : outward
2541
- A12-A14 : upward
2542
- Number of stackings = 22
2543
- Number of adjacent stackings = 18
2544
- Number of non adjacent stackings = 4
2545
- Base-pairs ------------------------------------------------------
2546
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2547
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2548
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2549
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2550
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2551
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2552
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2553
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2554
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2555
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
2556
- Residue conformations -------------------------------------------
2557
- A1 : G C3p_endo anti
2558
- A2 : G C3p_endo anti
2559
- A3 : C C3p_endo anti
2560
- A4 : G C3p_endo anti
2561
- A5 : U C3p_endo anti
2562
- A6 : C C3p_endo anti
2563
- A7 : A C3p_endo anti
2564
- A8 : C C3p_endo anti
2565
- A9 : A C3p_endo anti
2566
- A10 : C C3p_endo anti
2567
- A11 : C C3p_endo anti
2568
- A12 : U C3p_endo anti
2569
- A13 : U C1p_exo anti
2570
- A14 : C C2p_endo anti
2571
- A15 : G C4p_exo syn
2572
- A16 : G C2p_exo anti
2573
- A17 : G C3p_endo anti
2574
- A18 : U C3p_endo anti
2575
- A19 : G C3p_endo anti
2576
- A20 : A C3p_endo anti
2577
- A21 : A C3p_endo anti
2578
- A22 : G C3p_endo anti
2579
- A23 : U C3p_endo anti
2580
- A24 : C C3p_endo anti
2581
- A25 : G C3p_endo anti
2582
- A26 : C C3p_endo anti
2583
- A27 : C O4p_endo anti
2584
- A28 : GE1
2585
- A29 : GE2
2586
- A30 : GE3
2587
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
2588
- A1-A2 : adjacent_5p upward
2589
- A2-A3 : adjacent_5p upward
2590
- A4-A5 : adjacent_5p upward
2591
- A5-A6 : adjacent_5p upward
2592
- A7-A8 : adjacent_5p upward
2593
- A8-A9 : adjacent_5p upward
2594
- A9-A10 : adjacent_5p upward
2595
- A10-A11 : adjacent_5p upward
2596
- A11-A12 : adjacent_5p upward
2597
- A15-A16 : adjacent_5p outward
2598
- A16-A17 : adjacent_5p upward
2599
- A17-A18 : adjacent_5p upward
2600
- A18-A19 : adjacent_5p upward
2601
- A22-A23 : adjacent_5p upward
2602
- A23-A24 : adjacent_5p upward
2603
- A25-A26 : adjacent_5p upward
2604
- A26-A27 : adjacent_5p upward
2605
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
2606
- A4-A25 : outward
2607
- A7-A22 : outward
2608
- A9-A19 : outward
2609
- A12-A14 : upward
2610
- Number of stackings = 21
2611
- Number of adjacent stackings = 17
2612
- Number of non adjacent stackings = 4
2613
- Base-pairs ------------------------------------------------------
2614
- A1-A27 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2615
- A2-A26 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2616
- A3-A25 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2617
- A4-A24 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2618
- A6-A22 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2619
- A8-A19 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2620
- A9-A18 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
2621
- A10-A17 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2622
- A11-A16 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
2623
- A12-A15 : U-G Bs/Ww pairing parallel trans 87
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1byx_MC DELETED
@@ -1,832 +0,0 @@
1
- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A1 : G C3p_endo anti
3
- A2 : C C3p_endo anti
4
- A3 : A C2p_exo anti
5
- A4 : G C2p_exo anti
6
- A5 : U C3p_endo anti
7
- A6 : G C3p_endo anti
8
- A7 : G C3p_endo anti
9
- A8 : C C2p_exo anti
10
- B101 : G C2p_exo anti
11
- B102 : C C3p_endo anti
12
- B103 : C C3p_endo anti
13
- B104 : A C2p_exo anti
14
- B105 : C C3p_endo anti
15
- B106 : T C3p_endo anti
16
- B107 : G C2p_endo anti
17
- B108 : C C3p_exo anti
18
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
19
- A1-A2 : adjacent_5p upward
20
- A2-A3 : adjacent_5p upward
21
- A3-A4 : adjacent_5p upward
22
- A4-A5 : adjacent_5p upward
23
- A5-A6 : adjacent_5p upward
24
- A6-A7 : adjacent_5p upward
25
- A7-A8 : adjacent_5p inward
26
- B103-B104 : adjacent_5p upward
27
- B104-B105 : adjacent_5p upward
28
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
29
- A3-B107 : outward
30
- A6-B104 : outward
31
- Number of stackings = 11
32
- Number of adjacent stackings = 9
33
- Number of non adjacent stackings = 2
34
- Base-pairs ------------------------------------------------------
35
- A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
36
- A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
37
- A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
38
- A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
39
- A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
40
- A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
41
- Residue conformations -------------------------------------------
42
- A1 : G C2p_exo anti
43
- A2 : C C3p_endo anti
44
- A3 : A C3p_endo anti
45
- A4 : G C2p_exo anti
46
- A5 : U C3p_endo anti
47
- A6 : G C3p_endo anti
48
- A7 : G C2p_exo anti
49
- A8 : C C2p_exo anti
50
- B101 : G C3p_endo anti
51
- B102 : C C3p_endo anti
52
- B103 : C C3p_endo anti
53
- B104 : A C3p_endo anti
54
- B105 : C C3p_endo anti
55
- B106 : T C3p_endo anti
56
- B107 : G C2p_endo anti
57
- B108 : C C3p_exo anti
58
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
59
- A2-A3 : adjacent_5p upward
60
- A3-A4 : adjacent_5p upward
61
- A4-A5 : adjacent_5p upward
62
- A5-A6 : adjacent_5p upward
63
- A6-A7 : adjacent_5p upward
64
- A7-A8 : adjacent_5p inward
65
- B101-B102 : adjacent_5p upward
66
- B102-B103 : adjacent_5p upward
67
- B103-B104 : adjacent_5p upward
68
- B104-B105 : adjacent_5p upward
69
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
70
- A3-B107 : outward
71
- A6-B104 : outward
72
- Number of stackings = 12
73
- Number of adjacent stackings = 10
74
- Number of non adjacent stackings = 2
75
- Base-pairs ------------------------------------------------------
76
- A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
77
- A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
78
- A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
79
- A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
80
- A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
81
- A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
82
- A8-B101 : C-G Ww/Ws pairing parallel trans one_hbond
83
- Residue conformations -------------------------------------------
84
- A1 : G C3p_endo anti
85
- A2 : C C3p_endo anti
86
- A3 : A C3p_endo anti
87
- A4 : G C2p_exo anti
88
- A5 : U C3p_endo anti
89
- A6 : G C3p_endo anti
90
- A7 : G C2p_exo anti
91
- A8 : C C3p_endo anti
92
- B101 : G C1p_endo syn
93
- B102 : C C2p_exo anti
94
- B103 : C C3p_endo anti
95
- B104 : A C3p_endo anti
96
- B105 : C C3p_endo anti
97
- B106 : T C3p_endo anti
98
- B107 : G C2p_endo anti
99
- B108 : C C2p_endo anti
100
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
101
- A1-A2 : adjacent_5p upward
102
- A2-A3 : adjacent_5p upward
103
- A3-A4 : adjacent_5p upward
104
- A4-A5 : adjacent_5p upward
105
- A5-A6 : adjacent_5p upward
106
- A6-A7 : adjacent_5p upward
107
- B102-B103 : adjacent_5p upward
108
- B104-B105 : adjacent_5p upward
109
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
110
- A3-B107 : outward
111
- A6-B104 : outward
112
- Number of stackings = 10
113
- Number of adjacent stackings = 8
114
- Number of non adjacent stackings = 2
115
- Base-pairs ------------------------------------------------------
116
- A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
117
- A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
118
- A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
119
- A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
120
- A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
121
- A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
122
- Residue conformations -------------------------------------------
123
- A1 : G C2p_exo anti
124
- A2 : C C3p_endo anti
125
- A3 : A C3p_endo anti
126
- A4 : G C2p_exo anti
127
- A5 : U C3p_endo anti
128
- A6 : G C3p_endo anti
129
- A7 : G C3p_endo anti
130
- A8 : C C3p_endo anti
131
- B101 : G C2p_exo syn
132
- B102 : C C3p_endo anti
133
- B103 : C C3p_endo anti
134
- B104 : A C3p_endo anti
135
- B105 : C C3p_endo anti
136
- B106 : T C3p_endo anti
137
- B107 : G C2p_endo anti
138
- B108 : C C2p_endo anti
139
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
140
- A1-A2 : adjacent_5p upward
141
- A2-A3 : adjacent_5p upward
142
- A3-A4 : adjacent_5p upward
143
- A4-A5 : adjacent_5p upward
144
- A5-A6 : adjacent_5p upward
145
- A6-A7 : adjacent_5p upward
146
- A7-A8 : adjacent_5p upward
147
- B102-B103 : adjacent_5p upward
148
- B103-B104 : adjacent_5p upward
149
- B104-B105 : adjacent_5p upward
150
- B105-B106 : adjacent_5p upward
151
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
152
- A3-B107 : outward
153
- A6-B104 : outward
154
- Number of stackings = 13
155
- Number of adjacent stackings = 11
156
- Number of non adjacent stackings = 2
157
- Base-pairs ------------------------------------------------------
158
- A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
159
- A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
160
- A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
161
- A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
162
- A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
163
- A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
164
- Residue conformations -------------------------------------------
165
- A1 : G C3p_endo anti
166
- A2 : C C3p_endo anti
167
- A3 : A C2p_exo anti
168
- A4 : G C2p_exo anti
169
- A5 : U C3p_endo anti
170
- A6 : G C3p_endo anti
171
- A7 : G C3p_endo anti
172
- A8 : C C3p_endo anti
173
- B101 : G C3p_endo anti
174
- B102 : C C2p_exo anti
175
- B103 : C C3p_endo anti
176
- B104 : A C3p_endo anti
177
- B105 : C C3p_endo anti
178
- B106 : T C3p_endo anti
179
- B107 : G C2p_endo anti
180
- B108 : C C3p_exo anti
181
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
182
- A1-A2 : adjacent_5p upward
183
- A2-A3 : adjacent_5p upward
184
- A3-A4 : adjacent_5p upward
185
- A4-A5 : adjacent_5p upward
186
- A5-A6 : adjacent_5p upward
187
- A6-A7 : adjacent_5p upward
188
- B101-B102 : adjacent_5p upward
189
- B102-B103 : adjacent_5p upward
190
- B103-B104 : adjacent_5p upward
191
- B104-B105 : adjacent_5p upward
192
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
193
- A3-B107 : outward
194
- A6-B104 : outward
195
- Number of stackings = 12
196
- Number of adjacent stackings = 10
197
- Number of non adjacent stackings = 2
198
- Base-pairs ------------------------------------------------------
199
- A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
200
- A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
201
- A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
202
- A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
203
- A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
204
- A7-A8 : G-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
205
- A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
206
- Residue conformations -------------------------------------------
207
- A1 : G C3p_endo anti
208
- A2 : C C3p_endo anti
209
- A3 : A C2p_exo anti
210
- A4 : G C2p_exo anti
211
- A5 : U C3p_endo anti
212
- A6 : G C3p_endo anti
213
- A7 : G C3p_endo anti
214
- A8 : C C3p_endo anti
215
- B101 : G C3p_endo anti
216
- B102 : C C2p_exo anti
217
- B103 : C C3p_endo anti
218
- B104 : A C3p_endo anti
219
- B105 : C C3p_endo anti
220
- B106 : T C3p_endo anti
221
- B107 : G C2p_endo anti
222
- B108 : C C3p_endo anti
223
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
224
- A1-A2 : adjacent_5p upward
225
- A2-A3 : adjacent_5p upward
226
- A3-A4 : adjacent_5p upward
227
- A4-A5 : adjacent_5p upward
228
- A5-A6 : adjacent_5p upward
229
- A6-A7 : adjacent_5p upward
230
- B101-B102 : adjacent_5p upward
231
- B102-B103 : adjacent_5p upward
232
- B104-B105 : adjacent_5p upward
233
- B105-B106 : adjacent_5p upward
234
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
235
- A3-B107 : outward
236
- A6-B104 : outward
237
- Number of stackings = 12
238
- Number of adjacent stackings = 10
239
- Number of non adjacent stackings = 2
240
- Base-pairs ------------------------------------------------------
241
- A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
242
- A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
243
- A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
244
- A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis
245
- A7-A8 : G-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
246
- A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
247
- Residue conformations -------------------------------------------
248
- A1 : G C2p_exo syn
249
- A2 : C C2p_exo anti
250
- A3 : A C3p_endo anti
251
- A4 : G C2p_exo anti
252
- A5 : U C3p_endo anti
253
- A6 : G C3p_endo anti
254
- A7 : G C2p_exo anti
255
- A8 : C C3p_endo anti
256
- B101 : G C2p_exo anti
257
- B102 : C C3p_endo anti
258
- B103 : C C3p_endo anti
259
- B104 : A C3p_endo anti
260
- B105 : C C3p_endo anti
261
- B106 : T C3p_endo anti
262
- B107 : G C2p_endo anti
263
- B108 : C C3p_exo anti
264
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
265
- A3-A4 : adjacent_5p upward
266
- A4-A5 : adjacent_5p upward
267
- A5-A6 : adjacent_5p upward
268
- A6-A7 : adjacent_5p upward
269
- B101-B102 : adjacent_5p upward
270
- B102-B103 : adjacent_5p upward
271
- B103-B104 : adjacent_5p upward
272
- B104-B105 : adjacent_5p upward
273
- B105-B106 : adjacent_5p upward
274
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
275
- A3-B107 : outward
276
- A6-B104 : outward
277
- Number of stackings = 11
278
- Number of adjacent stackings = 9
279
- Number of non adjacent stackings = 2
280
- Base-pairs ------------------------------------------------------
281
- A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis
282
- A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
283
- A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
284
- A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
285
- A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
286
- A7-A8 : G-C O2P/Bh adjacent_5p pairing
287
- A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
288
- Residue conformations -------------------------------------------
289
- A1 : G C2p_exo anti
290
- A2 : C C3p_endo anti
291
- A3 : A C3p_endo anti
292
- A4 : G C2p_exo anti
293
- A5 : U C3p_endo anti
294
- A6 : G C3p_endo anti
295
- A7 : G C2p_exo anti
296
- A8 : C C3p_endo anti
297
- B101 : G C2p_exo anti
298
- B102 : C C3p_endo anti
299
- B103 : C C3p_endo anti
300
- B104 : A C3p_endo anti
301
- B105 : C C3p_endo anti
302
- B106 : T C3p_endo anti
303
- B107 : G C2p_endo anti
304
- B108 : C C2p_exo anti
305
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
306
- A1-A2 : adjacent_5p upward
307
- A2-A3 : adjacent_5p upward
308
- A3-A4 : adjacent_5p upward
309
- A4-A5 : adjacent_5p upward
310
- A5-A6 : adjacent_5p upward
311
- A6-A7 : adjacent_5p upward
312
- A7-A8 : adjacent_5p inward
313
- B102-B103 : adjacent_5p upward
314
- B103-B104 : adjacent_5p upward
315
- B104-B105 : adjacent_5p upward
316
- B105-B106 : adjacent_5p upward
317
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
318
- A3-B107 : outward
319
- A6-B104 : outward
320
- Number of stackings = 13
321
- Number of adjacent stackings = 11
322
- Number of non adjacent stackings = 2
323
- Base-pairs ------------------------------------------------------
324
- A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
325
- A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
326
- A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
327
- A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
328
- A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
329
- A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
330
- Residue conformations -------------------------------------------
331
- A1 : G C2p_exo anti
332
- A2 : C C3p_endo anti
333
- A3 : A C3p_endo anti
334
- A4 : G C2p_exo anti
335
- A5 : U C3p_endo anti
336
- A6 : G C3p_endo anti
337
- A7 : G C2p_exo anti
338
- A8 : C C2p_exo anti
339
- B101 : G C1p_endo syn
340
- B102 : C C3p_endo anti
341
- B103 : C C3p_endo anti
342
- B104 : A C3p_endo anti
343
- B105 : C C3p_endo anti
344
- B106 : T C3p_endo anti
345
- B107 : G C2p_endo anti
346
- B108 : C C2p_endo anti
347
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
348
- A1-A2 : adjacent_5p upward
349
- A2-A3 : adjacent_5p upward
350
- A3-A4 : adjacent_5p upward
351
- A4-A5 : adjacent_5p upward
352
- A5-A6 : adjacent_5p upward
353
- A6-A7 : adjacent_5p upward
354
- A7-A8 : adjacent_5p inward
355
- B102-B103 : adjacent_5p upward
356
- B104-B105 : adjacent_5p upward
357
- B106-B107 : adjacent_5p upward
358
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
359
- A3-B107 : outward
360
- A6-B104 : outward
361
- Number of stackings = 12
362
- Number of adjacent stackings = 10
363
- Number of non adjacent stackings = 2
364
- Base-pairs ------------------------------------------------------
365
- A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
366
- A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
367
- A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
368
- A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
369
- A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
370
- A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
371
- Residue conformations -------------------------------------------
372
- A1 : G C1p_endo anti
373
- A2 : C C3p_endo anti
374
- A3 : A C2p_exo anti
375
- A4 : G C2p_exo anti
376
- A5 : U C3p_endo anti
377
- A6 : G C3p_endo anti
378
- A7 : G C3p_endo anti
379
- A8 : C C3p_endo anti
380
- B101 : G C3p_endo anti
381
- B102 : C C3p_endo anti
382
- B103 : C C3p_endo anti
383
- B104 : A C3p_endo anti
384
- B105 : C C3p_endo anti
385
- B106 : T C3p_endo anti
386
- B107 : G C2p_endo anti
387
- B108 : C C3p_endo anti
388
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
389
- A2-A3 : adjacent_5p upward
390
- A3-A4 : adjacent_5p upward
391
- A4-A5 : adjacent_5p upward
392
- A5-A6 : adjacent_5p upward
393
- A6-A7 : adjacent_5p upward
394
- A7-A8 : adjacent_5p upward
395
- B101-B102 : adjacent_5p upward
396
- B102-B103 : adjacent_5p upward
397
- B103-B104 : adjacent_5p upward
398
- B104-B105 : adjacent_5p upward
399
- B105-B106 : adjacent_5p upward
400
- B107-B108 : adjacent_5p upward
401
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
402
- A3-B107 : outward
403
- A6-B104 : outward
404
- Number of stackings = 14
405
- Number of adjacent stackings = 12
406
- Number of non adjacent stackings = 2
407
- Base-pairs ------------------------------------------------------
408
- A1-B108 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
409
- A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
410
- A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
411
- A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
412
- A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis
413
- A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
414
- A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
415
- Residue conformations -------------------------------------------
416
- A1 : G C1p_endo syn
417
- A2 : C C3p_endo anti
418
- A3 : A C2p_exo anti
419
- A4 : G C2p_exo anti
420
- A5 : U C3p_endo anti
421
- A6 : G C3p_endo anti
422
- A7 : G C3p_endo anti
423
- A8 : C C3p_endo anti
424
- B101 : G C3p_endo anti
425
- B102 : C C2p_exo anti
426
- B103 : C C3p_endo anti
427
- B104 : A C3p_endo anti
428
- B105 : C C3p_endo anti
429
- B106 : T C3p_endo anti
430
- B107 : G C2p_endo anti
431
- B108 : C C2p_endo anti
432
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
433
- A2-A3 : adjacent_5p upward
434
- A3-A4 : adjacent_5p upward
435
- A4-A5 : adjacent_5p upward
436
- A5-A6 : adjacent_5p upward
437
- A6-A7 : adjacent_5p upward
438
- B101-B102 : adjacent_5p upward
439
- B102-B103 : adjacent_5p upward
440
- B103-B104 : adjacent_5p upward
441
- B104-B105 : adjacent_5p upward
442
- B105-B106 : adjacent_5p upward
443
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
444
- A3-B107 : outward
445
- A6-B104 : outward
446
- Number of stackings = 12
447
- Number of adjacent stackings = 10
448
- Number of non adjacent stackings = 2
449
- Base-pairs ------------------------------------------------------
450
- A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
451
- A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
452
- A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
453
- A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
454
- A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
455
- A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
456
- Residue conformations -------------------------------------------
457
- A1 : G C3p_endo anti
458
- A2 : C C3p_endo anti
459
- A3 : A C2p_exo anti
460
- A4 : G C2p_exo anti
461
- A5 : U C3p_endo anti
462
- A6 : G C3p_endo anti
463
- A7 : G C2p_exo anti
464
- A8 : C C3p_endo anti
465
- B101 : G C2p_exo anti
466
- B102 : C C3p_endo anti
467
- B103 : C C3p_endo anti
468
- B104 : A C2p_exo anti
469
- B105 : C C3p_endo anti
470
- B106 : T C3p_endo anti
471
- B107 : G C2p_endo anti
472
- B108 : C C2p_endo anti
473
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
474
- A2-A3 : adjacent_5p upward
475
- A3-A4 : adjacent_5p upward
476
- A4-A5 : adjacent_5p upward
477
- A5-A6 : adjacent_5p upward
478
- A6-A7 : adjacent_5p upward
479
- A7-A8 : adjacent_5p upward pairing
480
- B101-B102 : adjacent_5p upward
481
- B102-B103 : adjacent_5p upward
482
- B104-B105 : adjacent_5p upward
483
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
484
- A3-B107 : outward
485
- A6-B104 : outward
486
- Number of stackings = 11
487
- Number of adjacent stackings = 9
488
- Number of non adjacent stackings = 2
489
- Base-pairs ------------------------------------------------------
490
- A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
491
- A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
492
- A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
493
- A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
494
- A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
495
- A7-A8 : G-C O2P/Bh adjacent_5p upward pairing
496
- A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
497
- Residue conformations -------------------------------------------
498
- A1 : G C2p_exo anti
499
- A2 : C C3p_endo anti
500
- A3 : A C2p_exo anti
501
- A4 : G C2p_exo anti
502
- A5 : U C3p_endo anti
503
- A6 : G C3p_endo anti
504
- A7 : G C3p_endo anti
505
- A8 : C C3p_endo anti
506
- B101 : G C2p_exo anti
507
- B102 : C C3p_endo anti
508
- B103 : C C3p_endo anti
509
- B104 : A C2p_exo anti
510
- B105 : C C3p_endo anti
511
- B106 : T C3p_endo anti
512
- B107 : G C2p_endo anti
513
- B108 : C C2p_endo anti
514
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
515
- A1-A2 : adjacent_5p upward
516
- A2-A3 : adjacent_5p upward
517
- A3-A4 : adjacent_5p upward
518
- A4-A5 : adjacent_5p upward
519
- A5-A6 : adjacent_5p upward
520
- A6-A7 : adjacent_5p upward
521
- A7-A8 : adjacent_5p upward pairing
522
- B101-B102 : adjacent_5p upward
523
- B102-B103 : adjacent_5p upward
524
- B104-B105 : adjacent_5p upward
525
- B105-B106 : adjacent_5p upward
526
- B107-B108 : adjacent_5p upward
527
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
528
- A3-B107 : outward
529
- A6-B104 : outward
530
- Number of stackings = 14
531
- Number of adjacent stackings = 12
532
- Number of non adjacent stackings = 2
533
- Base-pairs ------------------------------------------------------
534
- A1-B108 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
535
- A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
536
- A3-B106 : A-T Ww/Ws pairing antiparallel cis
537
- A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
538
- A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
539
- A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
540
- A7-A8 : G-C O2P/Bh adjacent_5p upward pairing
541
- A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
542
- Residue conformations -------------------------------------------
543
- A1 : G C3p_endo anti
544
- A2 : C C3p_endo anti
545
- A3 : A C3p_endo anti
546
- A4 : G C2p_exo anti
547
- A5 : U C3p_endo anti
548
- A6 : G C3p_endo anti
549
- A7 : G C2p_exo anti
550
- A8 : C C3p_endo anti
551
- B101 : G C1p_endo syn
552
- B102 : C C3p_endo anti
553
- B103 : C C3p_endo anti
554
- B104 : A C3p_endo anti
555
- B105 : C C3p_endo anti
556
- B106 : T C3p_endo anti
557
- B107 : G C2p_endo anti
558
- B108 : C C2p_endo anti
559
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
560
- A1-A2 : adjacent_5p upward
561
- A2-A3 : adjacent_5p upward
562
- A3-A4 : adjacent_5p upward
563
- A4-A5 : adjacent_5p upward
564
- A5-A6 : adjacent_5p upward
565
- A6-A7 : adjacent_5p upward
566
- B102-B103 : adjacent_5p upward
567
- B104-B105 : adjacent_5p upward
568
- B105-B106 : adjacent_5p upward
569
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
570
- A3-B107 : outward
571
- A6-B104 : outward
572
- Number of stackings = 11
573
- Number of adjacent stackings = 9
574
- Number of non adjacent stackings = 2
575
- Base-pairs ------------------------------------------------------
576
- A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
577
- A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
578
- A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
579
- A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
580
- A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
581
- A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
582
- Residue conformations -------------------------------------------
583
- A1 : G C2p_exo anti
584
- A2 : C C3p_endo anti
585
- A3 : A C2p_exo anti
586
- A4 : G C2p_exo anti
587
- A5 : U C3p_endo anti
588
- A6 : G C3p_endo anti
589
- A7 : G C2p_exo anti
590
- A8 : C C3p_endo anti
591
- B101 : G C2p_exo anti
592
- B102 : C C3p_endo anti
593
- B103 : C C3p_endo anti
594
- B104 : A C3p_endo anti
595
- B105 : C C3p_endo anti
596
- B106 : T C3p_endo anti
597
- B107 : G C3p_endo anti
598
- B108 : C C3p_exo anti
599
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
600
- A1-A2 : adjacent_5p upward
601
- A3-A4 : adjacent_5p upward
602
- A4-A5 : adjacent_5p upward
603
- A5-A6 : adjacent_5p upward
604
- A6-A7 : adjacent_5p upward
605
- A7-A8 : adjacent_5p inward
606
- B102-B103 : adjacent_5p upward
607
- B103-B104 : adjacent_5p upward
608
- B104-B105 : adjacent_5p upward
609
- B105-B106 : adjacent_5p upward
610
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
611
- A3-B107 : outward
612
- A6-B104 : outward
613
- Number of stackings = 12
614
- Number of adjacent stackings = 10
615
- Number of non adjacent stackings = 2
616
- Base-pairs ------------------------------------------------------
617
- A1-B108 : G-C Ws/Ww pairing antiparallel cis one_hbond
618
- A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
619
- A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
620
- A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
621
- A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
622
- A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
623
- A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
624
- Residue conformations -------------------------------------------
625
- A1 : G C2p_exo anti
626
- A2 : C C3p_endo anti
627
- A3 : A C3p_endo anti
628
- A4 : G C2p_exo anti
629
- A5 : U C3p_endo anti
630
- A6 : G C3p_endo anti
631
- A7 : G C2p_exo anti
632
- A8 : C C3p_endo anti
633
- B101 : G C3p_endo anti
634
- B102 : C C3p_endo anti
635
- B103 : C C3p_endo anti
636
- B104 : A C3p_endo anti
637
- B105 : C C3p_endo anti
638
- B106 : T C3p_endo anti
639
- B107 : G C2p_endo anti
640
- B108 : C O4p_endo anti
641
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
642
- A1-A2 : adjacent_5p upward
643
- A2-A3 : adjacent_5p upward
644
- A3-A4 : adjacent_5p upward
645
- A4-A5 : adjacent_5p upward
646
- A5-A6 : adjacent_5p upward
647
- A6-A7 : adjacent_5p upward
648
- A7-A8 : adjacent_5p inward
649
- B102-B103 : adjacent_5p upward
650
- B103-B104 : adjacent_5p upward
651
- B104-B105 : adjacent_5p upward
652
- B105-B106 : adjacent_5p upward
653
- B107-B108 : adjacent_5p upward
654
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
655
- A3-B107 : outward
656
- A6-B104 : outward
657
- Number of stackings = 14
658
- Number of adjacent stackings = 12
659
- Number of non adjacent stackings = 2
660
- Base-pairs ------------------------------------------------------
661
- A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
662
- A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
663
- A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
664
- A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
665
- A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
666
- A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
667
- Residue conformations -------------------------------------------
668
- A1 : G C2p_exo anti
669
- A2 : C C3p_endo anti
670
- A3 : A C2p_exo anti
671
- A4 : G C2p_exo anti
672
- A5 : U C3p_endo anti
673
- A6 : G C3p_endo anti
674
- A7 : G C2p_exo anti
675
- A8 : C C3p_endo anti
676
- B101 : G C1p_endo syn
677
- B102 : C C3p_endo anti
678
- B103 : C C3p_endo anti
679
- B104 : A C3p_endo anti
680
- B105 : C C3p_endo anti
681
- B106 : T C3p_endo anti
682
- B107 : G C3p_endo anti
683
- B108 : C C2p_endo anti
684
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
685
- A1-A2 : adjacent_5p upward
686
- A2-A3 : adjacent_5p upward
687
- A3-A4 : adjacent_5p upward
688
- A4-A5 : adjacent_5p upward
689
- A5-A6 : adjacent_5p upward
690
- A6-A7 : adjacent_5p upward
691
- A7-A8 : adjacent_5p inward
692
- B102-B103 : adjacent_5p upward
693
- B103-B104 : adjacent_5p upward
694
- B104-B105 : adjacent_5p upward
695
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
696
- A3-B107 : outward
697
- A6-B104 : outward
698
- Number of stackings = 12
699
- Number of adjacent stackings = 10
700
- Number of non adjacent stackings = 2
701
- Base-pairs ------------------------------------------------------
702
- A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
703
- A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
704
- A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
705
- A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
706
- A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
707
- A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
708
- Residue conformations -------------------------------------------
709
- A1 : G C2p_exo syn
710
- A2 : C C3p_endo anti
711
- A3 : A C3p_endo anti
712
- A4 : G C3p_endo anti
713
- A5 : U C3p_endo anti
714
- A6 : G C3p_endo anti
715
- A7 : G C2p_exo anti
716
- A8 : C C2p_exo anti
717
- B101 : G C1p_endo syn
718
- B102 : C C3p_endo anti
719
- B103 : C C3p_endo anti
720
- B104 : A C3p_endo anti
721
- B105 : C C3p_endo anti
722
- B106 : T C3p_endo anti
723
- B107 : G C2p_endo anti
724
- B108 : C C1p_endo anti
725
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
726
- A2-A3 : adjacent_5p upward
727
- A3-A4 : adjacent_5p upward
728
- A4-A5 : adjacent_5p upward
729
- A5-A6 : adjacent_5p upward
730
- A6-A7 : adjacent_5p upward
731
- A7-A8 : adjacent_5p inward
732
- B102-B103 : adjacent_5p upward
733
- B103-B104 : adjacent_5p upward
734
- B104-B105 : adjacent_5p upward
735
- B105-B106 : adjacent_5p upward
736
- B106-B107 : adjacent_5p upward
737
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
738
- A3-B107 : outward
739
- A6-B104 : outward
740
- Number of stackings = 13
741
- Number of adjacent stackings = 11
742
- Number of non adjacent stackings = 2
743
- Base-pairs ------------------------------------------------------
744
- A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
745
- A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
746
- A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
747
- A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
748
- A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
749
- A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
750
- Residue conformations -------------------------------------------
751
- A1 : G C3p_endo anti
752
- A2 : C C3p_endo anti
753
- A3 : A C3p_endo anti
754
- A4 : G C2p_exo anti
755
- A5 : U C3p_endo anti
756
- A6 : G C3p_endo anti
757
- A7 : G C3p_endo anti
758
- A8 : C C3p_endo anti
759
- B101 : G C1p_endo syn
760
- B102 : C C3p_endo anti
761
- B103 : C C3p_endo anti
762
- B104 : A C3p_endo anti
763
- B105 : C C3p_endo anti
764
- B106 : T C3p_endo anti
765
- B107 : G C2p_endo anti
766
- B108 : C C2p_endo anti
767
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
768
- A1-A2 : adjacent_5p upward
769
- A2-A3 : adjacent_5p upward
770
- A3-A4 : adjacent_5p upward
771
- A4-A5 : adjacent_5p upward
772
- A5-A6 : adjacent_5p upward
773
- A6-A7 : adjacent_5p upward
774
- B102-B103 : adjacent_5p upward
775
- B103-B104 : adjacent_5p upward
776
- B104-B105 : adjacent_5p upward
777
- B105-B106 : adjacent_5p upward
778
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
779
- A3-B107 : outward
780
- A6-B104 : outward
781
- Number of stackings = 12
782
- Number of adjacent stackings = 10
783
- Number of non adjacent stackings = 2
784
- Base-pairs ------------------------------------------------------
785
- A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
786
- A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
787
- A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
788
- A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
789
- A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
790
- A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
791
- Residue conformations -------------------------------------------
792
- A1 : G C2p_exo anti
793
- A2 : C C3p_endo anti
794
- A3 : A C3p_endo anti
795
- A4 : G C2p_exo anti
796
- A5 : U C3p_endo anti
797
- A6 : G C3p_endo anti
798
- A7 : G C3p_endo anti
799
- A8 : C C3p_endo anti
800
- B101 : G C2p_exo anti
801
- B102 : C C3p_endo anti
802
- B103 : C C3p_endo anti
803
- B104 : A C3p_endo anti
804
- B105 : C C3p_endo anti
805
- B106 : T C3p_endo anti
806
- B107 : G C2p_endo anti
807
- B108 : C C2p_endo anti
808
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
809
- A1-A2 : adjacent_5p upward
810
- A2-A3 : adjacent_5p upward
811
- A3-A4 : adjacent_5p upward
812
- A4-A5 : adjacent_5p upward
813
- A5-A6 : adjacent_5p upward
814
- A6-A7 : adjacent_5p upward
815
- B101-B102 : adjacent_5p upward
816
- B102-B103 : adjacent_5p upward
817
- B103-B104 : adjacent_5p upward
818
- B104-B105 : adjacent_5p upward
819
- B105-B106 : adjacent_5p upward
820
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
821
- A3-B107 : outward
822
- A6-B104 : outward
823
- Number of stackings = 13
824
- Number of adjacent stackings = 11
825
- Number of non adjacent stackings = 2
826
- Base-pairs ------------------------------------------------------
827
- A2-B107 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
828
- A3-B106 : A-T Ww/Ww pairing antiparallel cis
829
- A4-B105 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
830
- A5-B104 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
831
- A6-B103 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
832
- A7-B102 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MCData/1bz2_MC DELETED
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- Residue conformations -------------------------------------------
2
- A27 : U C3p_endo anti
3
- A28 : C C3p_endo anti
4
- A29 : A C3p_endo anti
5
- A30 : G C3p_endo anti
6
- A31 : A C3p_endo anti
7
- A32 : C C3p_endo anti
8
- A33 : U C4p_exo anti
9
- A34 : U O4p_endo anti
10
- A35 : U C1p_exo anti
11
- A36 : U O4p_endo anti
12
- A37 : A O4p_endo anti
13
- A38 : A C3p_endo anti
14
- A39 : U C3p_endo anti
15
- A40 : C C3p_endo anti
16
- A41 : U C3p_endo anti
17
- A42 : G C3p_endo anti
18
- A43 : A C3p_endo anti
19
- Adjacent stackings ----------------------------------------------
20
- A27-A28 : adjacent_5p upward
21
- A28-A29 : adjacent_5p upward
22
- A29-A30 : adjacent_5p upward
23
- A30-A31 : adjacent_5p upward
24
- A31-A32 : adjacent_5p upward
25
- A32-A33 : adjacent_5p upward
26
- A38-A39 : adjacent_5p upward
27
- A39-A40 : adjacent_5p upward
28
- A40-A41 : adjacent_5p upward
29
- A41-A42 : adjacent_5p upward
30
- A42-A43 : adjacent_5p upward
31
- Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
32
- A29-A42 : outward
33
- Number of stackings = 12
34
- Number of adjacent stackings = 11
35
- Number of non adjacent stackings = 1
36
- Base-pairs ------------------------------------------------------
37
- A27-A43 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
38
- A28-A42 : C-G Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
39
- A29-A41 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
40
- A30-A40 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX
41
- A31-A39 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX
42
- A32-A38 : C-A Ww/Wh pairing antiparallel cis one_hbond 75
43
- A36-A37 : U-A O2P/Hh O2P/Hh adjacent_5p pairing