Datasets:

---

kejian

/

codesearchnet-python-raw

like 1

[ "def", "webui_schematics_panels_panel_components_component_id", "(", "self", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "config", "=", "ET", ".", "Element", "(", "\"config\"", ")", "webui", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "config", ",", "\"webui\"", ",", "xmlns", "=", "\"http://tail-f.com/ns/webui\"", ")", "schematics", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "webui", ",", "\"schematics\"", ")", "panels", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "schematics", ",", "\"panels\"", ")", "panel", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "panels", ",", "\"panel\"", ")", "name_key", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "panel", ",", "\"name\"", ")", "name_key", ".", "text", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'name'", ")", "components", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "panel", ",", "\"components\"", ")", "component", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "components", ",", "\"component\"", ")", "id", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "component", ",", "\"id\"", ")", "id", ".", "text", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'id'", ")", "callback", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'callback'", ",", "self", ".", "_callback", ")", "return", "callback", "(", "config", ")" ]

[ "Auto", "Generated", "Code" ]

[ "def", "query_tweets_once_generator", "(", "query", ",", "limit", "=", "None", ",", "lang", "=", "''", ",", "pos", "=", "None", ")", ":", "logger", ".", "info", "(", "'Querying {}'", ".", "format", "(", "query", ")", ")", "query", "=", "query", ".", "replace", "(", "' '", ",", "'%20'", ")", ".", "replace", "(", "'#'", ",", "'%23'", ")", ".", "replace", "(", "':'", ",", "'%3A'", ")", "num_tweets", "=", "0", "try", ":", "while", "True", ":", "new_tweets", ",", "new_pos", "=", "query_single_page", "(", "query", ",", "lang", ",", "pos", ")", "if", "len", "(", "new_tweets", ")", "==", "0", ":", "logger", ".", "info", "(", "'Got {} tweets for {}.'", ".", "format", "(", "num_tweets", ",", "query", ")", ")", "return", "for", "t", "in", "new_tweets", ":", "yield", "t", ",", "pos", "# use new_pos only once you have iterated through all old tweets", "pos", "=", "new_pos", "num_tweets", "+=", "len", "(", "new_tweets", ")", "if", "limit", "and", "num_tweets", ">=", "limit", ":", "logger", ".", "info", "(", "'Got {} tweets for {}.'", ".", "format", "(", "num_tweets", ",", "query", ")", ")", "return", "except", "KeyboardInterrupt", ":", "logger", ".", "info", "(", "'Program interrupted by user. Returning tweets gathered '", "'so far...'", ")", "except", "BaseException", ":", "logger", ".", "exception", "(", "'An unknown error occurred! Returning tweets '", "'gathered so far.'", ")", "logger", ".", "info", "(", "'Got {} tweets for {}.'", ".", "format", "(", "num_tweets", ",", "query", ")", ")" ]

[ "Queries", "twitter", "for", "all", "the", "tweets", "you", "want!", "It", "will", "load", "all", "pages", "it", "gets", "from", "twitter", ".", "However", "twitter", "might", "out", "of", "a", "sudden", "stop", "serving", "new", "pages", "in", "that", "case", "use", "the", "query_tweets", "method", "." ]

[ "def", "_mapreduce_task_metrics", "(", "self", ",", "running_jobs", ",", "auth", ",", "ssl_verify", ",", "addl_tags", ")", ":", "for", "job_stats", "in", "itervalues", "(", "running_jobs", ")", ":", "metrics_json", "=", "self", ".", "_rest_request_to_json", "(", "job_stats", "[", "'tracking_url'", "]", ",", "auth", ",", "ssl_verify", ",", "'tasks'", ",", "self", ".", "MAPREDUCE_SERVICE_CHECK", ",", "tags", "=", "addl_tags", ")", "if", "metrics_json", ".", "get", "(", "'tasks'", ")", ":", "if", "metrics_json", "[", "'tasks'", "]", ".", "get", "(", "'task'", ")", ":", "for", "task", "in", "metrics_json", "[", "'tasks'", "]", "[", "'task'", "]", ":", "task_type", "=", "task", ".", "get", "(", "'type'", ")", "if", "task_type", ":", "tags", "=", "[", "'app_name:'", "+", "job_stats", "[", "'app_name'", "]", ",", "'user_name:'", "+", "job_stats", "[", "'user_name'", "]", ",", "'job_name:'", "+", "job_stats", "[", "'job_name'", "]", ",", "'task_type:'", "+", "str", "(", "task_type", ")", ".", "lower", "(", ")", ",", "]", "tags", ".", "extend", "(", "addl_tags", ")", "if", "task_type", "==", "'MAP'", ":", "self", ".", "_set_metrics_from_json", "(", "task", ",", "self", ".", "MAPREDUCE_MAP_TASK_METRICS", ",", "tags", ")", "elif", "task_type", "==", "'REDUCE'", ":", "self", ".", "_set_metrics_from_json", "(", "task", ",", "self", ".", "MAPREDUCE_REDUCE_TASK_METRICS", ",", "tags", ")" ]

[ "Get", "metrics", "for", "each", "MapReduce", "task", "Return", "a", "dictionary", "of", "{", "task_id", ":", "tracking_url", "}", "for", "each", "MapReduce", "task" ]

[ "def", "create_tablefn_map", "(", "fns", ",", "pqdb", ",", "poolnames", ")", ":", "poolmap", "=", "{", "name", ":", "pid", "for", "(", "name", ",", "pid", ")", "in", "pqdb", ".", "get_all_poolnames", "(", ")", "}", "pqdb", ".", "store_table_files", "(", "[", "(", "poolmap", "[", "pool", "]", ",", "os", ".", "path", ".", "basename", "(", "fn", ")", ")", "for", "fn", ",", "pool", "in", "zip", "(", "fns", ",", "poolnames", ")", "]", ")", "return", "pqdb", ".", "get_tablefn_map", "(", ")" ]

[ "Stores", "protein", "/", "peptide", "table", "names", "in", "DB", "returns", "a", "map", "with", "their", "respective", "DB", "IDs" ]

[ "def", "_api_post", "(", "self", ",", "url", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "response", "=", "self", ".", "session", ".", "post", "(", "url", "=", "url", ",", "headers", "=", "self", ".", "_get_api_headers", "(", ")", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "if", "not", "response", ".", "ok", ":", "raise", "ServerException", "(", "'{0}: {1}'", ".", "format", "(", "response", ".", "status_code", ",", "response", ".", "text", "or", "response", ".", "reason", ")", ")", "return", "response", ".", "json", "(", ")" ]

[ "Convenience", "method", "for", "posting" ]

[ "def", "play_state", "(", "self", ")", ":", "# TODO: extract to a convert module", "state", "=", "self", ".", "_setstate", ".", "playbackState", "if", "state", "==", "1", ":", "return", "const", ".", "PLAY_STATE_PLAYING", "if", "state", "==", "2", ":", "return", "const", ".", "PLAY_STATE_PAUSED", "return", "const", ".", "PLAY_STATE_PAUSED" ]

[ "Play", "state", "e", ".", "g", ".", "playing", "or", "paused", "." ]

[ "def", "init", "(", "opts", ")", ":", "if", "CONFIG_BASE_URL", "in", "opts", "[", "'proxy'", "]", ":", "CONFIG", "[", "CONFIG_BASE_URL", "]", "=", "opts", "[", "'proxy'", "]", "[", "CONFIG_BASE_URL", "]", "else", ":", "log", ".", "error", "(", "'missing proxy property %s'", ",", "CONFIG_BASE_URL", ")", "log", ".", "debug", "(", "'CONFIG: %s'", ",", "CONFIG", ")" ]

[ "Perform", "any", "needed", "setup", "." ]

[ "def", "inverse_jacobian", "(", "self", ",", "maps", ")", ":", "m1", "=", "maps", "[", "parameters", ".", "mass1", "]", "m2", "=", "maps", "[", "parameters", ".", "mass2", "]", "return", "conversions", ".", "mchirp_from_mass1_mass2", "(", "m1", ",", "m2", ")", "/", "m2", "**", "2." ]

[ "Returns", "the", "Jacobian", "for", "transforming", "mass1", "and", "mass2", "to", "mchirp", "and", "q", "." ]

[ "def", "open", "(", "store", "=", "None", ",", "mode", "=", "'a'", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "path", "=", "kwargs", ".", "get", "(", "'path'", ",", "None", ")", "# handle polymorphic store arg", "clobber", "=", "mode", "==", "'w'", "store", "=", "normalize_store_arg", "(", "store", ",", "clobber", "=", "clobber", ")", "path", "=", "normalize_storage_path", "(", "path", ")", "if", "mode", "in", "{", "'w'", ",", "'w-'", ",", "'x'", "}", ":", "if", "'shape'", "in", "kwargs", ":", "return", "open_array", "(", "store", ",", "mode", "=", "mode", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "else", ":", "return", "open_group", "(", "store", ",", "mode", "=", "mode", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "elif", "mode", "==", "'a'", ":", "if", "contains_array", "(", "store", ",", "path", ")", ":", "return", "open_array", "(", "store", ",", "mode", "=", "mode", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "elif", "contains_group", "(", "store", ",", "path", ")", ":", "return", "open_group", "(", "store", ",", "mode", "=", "mode", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "elif", "'shape'", "in", "kwargs", ":", "return", "open_array", "(", "store", ",", "mode", "=", "mode", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "else", ":", "return", "open_group", "(", "store", ",", "mode", "=", "mode", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "else", ":", "if", "contains_array", "(", "store", ",", "path", ")", ":", "return", "open_array", "(", "store", ",", "mode", "=", "mode", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "elif", "contains_group", "(", "store", ",", "path", ")", ":", "return", "open_group", "(", "store", ",", "mode", "=", "mode", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "else", ":", "err_path_not_found", "(", "path", ")" ]

[ "Convenience", "function", "to", "open", "a", "group", "or", "array", "using", "file", "-", "mode", "-", "like", "semantics", "." ]

[ "def", "reindex", "(", ")", ":", "header", "(", "'Reindexing all advices'", ")", "echo", "(", "'Deleting index {0}'", ",", "white", "(", "es", ".", "index_name", ")", ")", "if", "es", ".", "indices", ".", "exists", "(", "es", ".", "index_name", ")", ":", "es", ".", "indices", ".", "delete", "(", "index", "=", "es", ".", "index_name", ")", "es", ".", "initialize", "(", ")", "idx", "=", "0", "for", "idx", ",", "advice", "in", "enumerate", "(", "Advice", ".", "objects", ",", "1", ")", ":", "index", "(", "advice", ")", "echo", "(", "'.'", "if", "idx", "%", "50", "else", "white", "(", "idx", ")", ",", "nl", "=", "False", ")", "echo", "(", "white", "(", "idx", ")", "if", "idx", "%", "50", "else", "''", ")", "es", ".", "indices", ".", "refresh", "(", "index", "=", "es", ".", "index_name", ")", "success", "(", "'Indexed {0} advices'", ",", "idx", ")" ]

[ "Reindex", "all", "advices" ]

[ "def", "save", "(", "self", ",", "temp_file", ",", "filename", ",", "obj", ")", ":", "if", "not", "(", "self", ".", "storage_type", "and", "self", ".", "bucket_name", ")", ":", "ret", "=", "self", ".", "_save_local", "(", "temp_file", ",", "filename", ",", "obj", ")", "else", ":", "if", "self", ".", "storage_type", "!=", "'s3'", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Storage type \"%s\" is invalid, the only supported storage type (apart from default local storage) is s3.'", "%", "self", ".", "storage_type", ")", "ret", "=", "self", ".", "_save_s3", "(", "temp_file", ",", "filename", ",", "obj", ")", "if", "self", ".", "field_name", ":", "setattr", "(", "obj", ",", "self", ".", "field_name", ",", "ret", ")", "if", "self", ".", "storage_type", "==", "'s3'", ":", "if", "self", ".", "storage_type_field", ":", "setattr", "(", "obj", ",", "self", ".", "storage_type_field", ",", "self", ".", "storage_type", ")", "if", "self", ".", "bucket_name_field", ":", "setattr", "(", "obj", ",", "self", ".", "bucket_name_field", ",", "self", ".", "bucket_name", ")", "else", ":", "if", "self", ".", "storage_type_field", ":", "setattr", "(", "obj", ",", "self", ".", "storage_type_field", ",", "''", ")", "if", "self", ".", "bucket_name_field", ":", "setattr", "(", "obj", ",", "self", ".", "bucket_name_field", ",", "''", ")", "return", "ret" ]

[ "Saves", "the", "specified", "file", "to", "either", "S3", "or", "the", "local", "filesystem", "depending", "on", "the", "currently", "enabled", "storage", "type", "." ]

[ "def", "parse_list_buckets", "(", "data", ")", ":", "root", "=", "S3Element", ".", "fromstring", "(", "'ListBucketsResult'", ",", "data", ")", "return", "[", "Bucket", "(", "bucket", ".", "get_child_text", "(", "'Name'", ")", ",", "bucket", ".", "get_localized_time_elem", "(", "'CreationDate'", ")", ")", "for", "buckets", "in", "root", ".", "findall", "(", "'Buckets'", ")", "for", "bucket", "in", "buckets", ".", "findall", "(", "'Bucket'", ")", "]" ]

[ "Parser", "for", "list", "buckets", "response", "." ]

[ "def", "_intersection", "(", "self", ",", "keys", ",", "rows", ")", ":", "# If there are no other keys with start and end date (i.e. nothing to merge) return immediately.", "if", "not", "keys", ":", "return", "rows", "ret", "=", "list", "(", ")", "for", "row", "in", "rows", ":", "start_date", "=", "row", "[", "self", ".", "_key_start_date", "]", "end_date", "=", "row", "[", "self", ".", "_key_end_date", "]", "for", "key_start_date", ",", "key_end_date", "in", "keys", ":", "start_date", ",", "end_date", "=", "Type2JoinHelper", ".", "_intersect", "(", "start_date", ",", "end_date", ",", "row", "[", "key_start_date", "]", ",", "row", "[", "key_end_date", "]", ")", "if", "not", "start_date", ":", "break", "if", "key_start_date", "not", "in", "[", "self", ".", "_key_start_date", ",", "self", ".", "_key_end_date", "]", ":", "del", "row", "[", "key_start_date", "]", "if", "key_end_date", "not", "in", "[", "self", ".", "_key_start_date", ",", "self", ".", "_key_end_date", "]", ":", "del", "row", "[", "key_end_date", "]", "if", "start_date", ":", "row", "[", "self", ".", "_key_start_date", "]", "=", "start_date", "row", "[", "self", ".", "_key_end_date", "]", "=", "end_date", "ret", ".", "append", "(", "row", ")", "return", "ret" ]

[ "Computes", "the", "intersection", "of", "the", "date", "intervals", "of", "two", "or", "more", "reference", "data", "sets", ".", "If", "the", "intersection", "is", "empty", "the", "row", "is", "removed", "from", "the", "group", "." ]

[ "def", "_receiveFromListener", "(", "self", ",", "quota", ":", "Quota", ")", "->", "int", ":", "i", "=", "0", "incoming_size", "=", "0", "while", "i", "<", "quota", ".", "count", "and", "incoming_size", "<", "quota", ".", "size", ":", "try", ":", "ident", ",", "msg", "=", "self", ".", "listener", ".", "recv_multipart", "(", "flags", "=", "zmq", ".", "NOBLOCK", ")", "if", "not", "msg", ":", "# Router probing sends empty message on connection", "continue", "incoming_size", "+=", "len", "(", "msg", ")", "i", "+=", "1", "self", ".", "_verifyAndAppend", "(", "msg", ",", "ident", ")", "except", "zmq", ".", "Again", ":", "break", "if", "i", ">", "0", ":", "logger", ".", "trace", "(", "'{} got {} messages through listener'", ".", "format", "(", "self", ",", "i", ")", ")", "return", "i" ]

[ "Receives", "messages", "from", "listener", ":", "param", "quota", ":", "number", "of", "messages", "to", "receive", ":", "return", ":", "number", "of", "received", "messages" ]

[ "def", "get_broadcast_ips", "(", "vxlan_endpointset", ",", "local_ip", ",", "ovsdb_vhost", ",", "system_id", ",", "bridge", ")", ":", "localip_addr", "=", "_get_ip", "(", "local_ip", ")", "allips", "=", "[", "(", "ip", ",", "ipnum", ")", "for", "ip", ",", "ipnum", "in", "(", "(", "ep", "[", "0", "]", ",", "_get_ip", "(", "ep", "[", "0", "]", ")", ")", "for", "ep", "in", "vxlan_endpointset", ".", "endpointlist", "if", "(", "ep", "[", "1", "]", ",", "ep", "[", "2", "]", ",", "ep", "[", "3", "]", ")", "!=", "(", "ovsdb_vhost", ",", "system_id", ",", "bridge", ")", ")", "if", "ipnum", "is", "not", "None", "and", "ipnum", "!=", "localip_addr", "]", "return", "allips" ]

[ "Get", "all", "IP", "addresses", "that", "are", "not", "local", ":", "param", "vxlan_endpointset", ":", "a", "VXLANEndpointSet", "object", ":", "param", "local_ips", ":", "list", "of", "local", "IP", "address", "to", "exclude", "with", ":", "param", "ovsdb_vhost", ":", "identifier", "vhost", ":", "param", "system_id", ":", "identifier", "system", "-", "id", ":", "param", "bridge", ":", "identifier", "bridge", "name", ":", "return", ":", "[", "(", "ip", "ipnum", ")", "]", "list", "where", "IPs", "are", "the", "original", "string", "of", "the", "IP", "address", "and", "ipnum", "are", "32", "-", "bit", "numeric", "IPv4", "address", "." ]

[ "def", "get_tokens", "(", "condition", ")", ":", "try", ":", "ast_tokens", "=", "list", "(", "ast", ".", "walk", "(", "ast", ".", "parse", "(", "condition", ".", "strip", "(", ")", ")", ")", ")", "except", "SyntaxError", "as", "exception", ":", "Logger", ".", "get_logger", "(", "__name__", ")", ".", "error", "(", "\"Syntax error: %s\"", ",", "exception", ")", "ast_tokens", "=", "[", "]", "return", "ast_tokens" ]

[ "Get", "AST", "tokens", "for", "Python", "condition", "." ]

[ "def", "edit", "(", "self", ",", "name", "=", "\"\"", ")", ":", "# for more info see DoSelectAndEdit in propgrid.cpp", "for", "name", "in", "(", "name", ",", "\"label\"", ",", "\"value\"", ",", "\"text\"", ",", "\"title\"", ",", "\"filename\"", ",", "\"name\"", ")", ":", "prop", "=", "self", ".", "pg", ".", "GetPropertyByName", "(", "name", ")", "if", "prop", "is", "not", "None", ":", "break", "self", ".", "Parent", ".", "SetFocus", "(", ")", "self", ".", "Parent", ".", "Raise", "(", ")", "self", ".", "pg", ".", "SetFocus", "(", ")", "# give time to the ui to show the prop grid and set focus:", "wx", ".", "CallLater", "(", "250", ",", "self", ".", "select", ",", "prop", ".", "GetName", "(", ")", ")" ]

[ "Programatically", "select", "a", "(", "default", ")", "property", "to", "start", "editing", "it" ]

[ "def", "imagej_description", "(", "shape", ",", "rgb", "=", "None", ",", "colormaped", "=", "False", ",", "version", "=", "None", ",", "hyperstack", "=", "None", ",", "mode", "=", "None", ",", "loop", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "colormaped", ":", "raise", "NotImplementedError", "(", "'ImageJ colormapping not supported'", ")", "if", "version", "is", "None", ":", "version", "=", "'1.11a'", "shape", "=", "imagej_shape", "(", "shape", ",", "rgb", "=", "rgb", ")", "rgb", "=", "shape", "[", "-", "1", "]", "in", "(", "3", ",", "4", ")", "result", "=", "[", "'ImageJ=%s'", "%", "version", "]", "append", "=", "[", "]", "result", ".", "append", "(", "'images=%i'", "%", "product", "(", "shape", "[", ":", "-", "3", "]", ")", ")", "if", "hyperstack", "is", "None", ":", "hyperstack", "=", "True", "append", ".", "append", "(", "'hyperstack=true'", ")", "else", ":", "append", ".", "append", "(", "'hyperstack=%s'", "%", "bool", "(", "hyperstack", ")", ")", "if", "shape", "[", "2", "]", ">", "1", ":", "result", ".", "append", "(", "'channels=%i'", "%", "shape", "[", "2", "]", ")", "if", "mode", "is", "None", "and", "not", "rgb", ":", "mode", "=", "'grayscale'", "if", "hyperstack", "and", "mode", ":", "append", ".", "append", "(", "'mode=%s'", "%", "mode", ")", "if", "shape", "[", "1", "]", ">", "1", ":", "result", ".", "append", "(", "'slices=%i'", "%", "shape", "[", "1", "]", ")", "if", "shape", "[", "0", "]", ">", "1", ":", "result", ".", "append", "(", "'frames=%i'", "%", "shape", "[", "0", "]", ")", "if", "loop", "is", "None", ":", "append", ".", "append", "(", "'loop=false'", ")", "if", "loop", "is", "not", "None", ":", "append", ".", "append", "(", "'loop=%s'", "%", "bool", "(", "loop", ")", ")", "for", "key", ",", "value", "in", "kwargs", ".", "items", "(", ")", ":", "append", ".", "append", "(", "'%s=%s'", "%", "(", "key", ".", "lower", "(", ")", ",", "value", ")", ")", "return", "'\\n'", ".", "join", "(", "result", "+", "append", "+", "[", "''", "]", ")" ]

[ "Return", "ImageJ", "image", "description", "from", "data", "shape", "." ]

[ "def", "set", "(", "self", ",", "keyword", ",", "value", ")", ":", "if", "not", "keyword", ".", "startswith", "(", "':'", ")", ":", "keyword", "=", "':'", "+", "keyword", "if", "isinstance", "(", "value", ",", "str", ")", ":", "value", "=", "KQMLToken", "(", "value", ")", "if", "isinstance", "(", "keyword", ",", "str", ")", ":", "keyword", "=", "KQMLToken", "(", "keyword", ")", "found", "=", "False", "for", "i", ",", "key", "in", "enumerate", "(", "self", ".", "data", ")", ":", "if", "key", ".", "to_string", "(", ")", ".", "lower", "(", ")", "==", "keyword", ".", "lower", "(", ")", ":", "found", "=", "True", "if", "i", "<", "len", "(", "self", ".", "data", ")", "-", "1", ":", "self", ".", "data", "[", "i", "+", "1", "]", "=", "value", "break", "if", "not", "found", ":", "self", ".", "data", ".", "append", "(", "keyword", ")", "self", ".", "data", ".", "append", "(", "value", ")" ]

[ "Set", "the", "element", "of", "the", "list", "after", "the", "given", "keyword", "." ]

[ "def", "_evaluate", "(", "self", ",", "R", ",", "z", ",", "phi", "=", "0.", ",", "t", "=", "0.", ")", ":", "r2", "=", "R", "**", "2", "+", "z", "**", "2", "if", "r2", "<=", "self", ".", "a2", ":", "return", "-", "1.", "/", "self", ".", "a", "else", ":", "return", "-", "1.", "/", "nu", ".", "sqrt", "(", "r2", ")" ]

[ "NAME", ":", "_evaluate", "PURPOSE", ":", "evaluate", "the", "potential", "at", "R", "z", "INPUT", ":", "R", "-", "Galactocentric", "cylindrical", "radius", "z", "-", "vertical", "height", "phi", "-", "azimuth", "t", "-", "time", "OUTPUT", ":", "Phi", "(", "R", "z", ")", "HISTORY", ":", "2018", "-", "08", "-", "04", "-", "Written", "-", "Bovy", "(", "UofT", ")" ]

[ "def", "var", "(", "inlist", ")", ":", "n", "=", "len", "(", "inlist", ")", "mn", "=", "mean", "(", "inlist", ")", "deviations", "=", "[", "0", "]", "*", "len", "(", "inlist", ")", "for", "i", "in", "range", "(", "len", "(", "inlist", ")", ")", ":", "deviations", "[", "i", "]", "=", "inlist", "[", "i", "]", "-", "mn", "return", "ss", "(", "deviations", ")", "/", "float", "(", "n", "-", "1", ")" ]

[ "Returns", "the", "variance", "of", "the", "values", "in", "the", "passed", "list", "using", "N", "-", "1", "for", "the", "denominator", "(", "i", ".", "e", ".", "for", "estimating", "population", "variance", ")", "." ]

[ "def", "yn", "(", "self", ",", "prompt", ",", "default", "=", "None", ")", ":", "if", "default", "is", "True", ":", "opts", "=", "\" [Y/n]: \"", "elif", "default", "is", "False", ":", "opts", "=", "\" [y/N]: \"", "else", ":", "opts", "=", "\" [y/n]: \"", "prompt", "+=", "opts", "return", "self", ".", "input", "(", "curry", "(", "filter_yn", ",", "default", "=", "default", ")", ",", "prompt", ")" ]

[ "Prompts", "the", "user", "for", "yes", "/", "no", "confirmation", "with", "optional", "default" ]

[ "def", "main", "(", "*", "args", ")", ":", "# Create parser, read arguments from direct input or command line", "with", "disable_error_handler", "(", ")", ":", "args", "=", "parse_args", "(", "args", "or", "sys", ".", "argv", "[", "1", ":", "]", ")", "# Read current config from file and command line arguments", "config", "=", "read_config", "(", "args", ".", "config", ",", "args", ")", "if", "config", "is", "None", ":", "return", "True", "bootstrap", "=", "config", "[", "__script__", "]", "# Check pre-requirements", "if", "not", "check_pre_requirements", "(", "bootstrap", "[", "'pre_requirements'", "]", ")", ":", "return", "True", "# Create virtual environment", "env_args", "=", "prepare_args", "(", "config", "[", "'virtualenv'", "]", ",", "bootstrap", ")", "if", "not", "create_env", "(", "bootstrap", "[", "'env'", "]", ",", "env_args", ",", "bootstrap", "[", "'recreate'", "]", ",", "bootstrap", "[", "'ignore_activated'", "]", ",", "bootstrap", "[", "'quiet'", "]", ")", ":", "# Exit if couldn't create virtual environment", "return", "True", "# And install library or project here", "pip_args", "=", "prepare_args", "(", "config", "[", "'pip'", "]", ",", "bootstrap", ")", "if", "not", "install", "(", "bootstrap", "[", "'env'", "]", ",", "bootstrap", "[", "'requirements'", "]", ",", "pip_args", ",", "bootstrap", "[", "'ignore_activated'", "]", ",", "bootstrap", "[", "'install_dev_requirements'", "]", ",", "bootstrap", "[", "'quiet'", "]", ")", ":", "# Exist if couldn't install requirements into venv", "return", "True", "# Run post-bootstrap hook", "run_hook", "(", "bootstrap", "[", "'hook'", "]", ",", "bootstrap", ",", "bootstrap", "[", "'quiet'", "]", ")", "# All OK!", "if", "not", "bootstrap", "[", "'quiet'", "]", ":", "print_message", "(", "'All OK!'", ")", "# False means everything went alright, exit code: 0", "return", "False" ]

[ "r", "Bootstrap", "Python", "projects", "and", "libraries", "with", "virtualenv", "and", "pip", "." ]

[ "def", "_microtime", "(", ")", ":", "val1", ",", "val2", "=", "math", ".", "modf", "(", "time", ".", "time", "(", ")", ")", "val2", "=", "int", "(", "val2", ")", "return", "'{0:f}{1}'", ".", "format", "(", "val1", ",", "val2", ")" ]

[ "Return", "a", "Unix", "timestamp", "as", "a", "string", "of", "digits", ":", "return", ":" ]

[ "def", "partial_trace", "(", "tensor", ":", "np", ".", "ndarray", ",", "keep_indices", ":", "List", "[", "int", "]", ")", "->", "np", ".", "ndarray", ":", "ndim", "=", "tensor", ".", "ndim", "//", "2", "if", "not", "all", "(", "tensor", ".", "shape", "[", "i", "]", "==", "tensor", ".", "shape", "[", "i", "+", "ndim", "]", "for", "i", "in", "range", "(", "ndim", ")", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Tensors must have shape (d_0,...,d_{{k-1}},d_0,...,'", "'d_{{k-1}}) but had shape ({}).'", ".", "format", "(", "tensor", ".", "shape", ")", ")", "if", "not", "all", "(", "i", "<", "ndim", "for", "i", "in", "keep_indices", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "'keep_indices were {} but must be in first half, '", "'i.e. have index less that {}.'", ".", "format", "(", "keep_indices", ",", "ndim", ")", ")", "keep_set", "=", "set", "(", "keep_indices", ")", "keep_map", "=", "dict", "(", "zip", "(", "keep_indices", ",", "sorted", "(", "keep_indices", ")", ")", ")", "left_indices", "=", "[", "keep_map", "[", "i", "]", "if", "i", "in", "keep_set", "else", "i", "for", "i", "in", "range", "(", "ndim", ")", "]", "right_indices", "=", "[", "ndim", "+", "i", "if", "i", "in", "keep_set", "else", "i", "for", "i", "in", "left_indices", "]", "return", "np", ".", "einsum", "(", "tensor", ",", "left_indices", "+", "right_indices", ")" ]

[ "Takes", "the", "partial", "trace", "of", "a", "given", "tensor", "." ]

[ "def", "get_response_handler_params", "(", "self", ",", "*", "*", "params", ")", ":", "params", "=", "super", "(", "KimEndpoint", ",", "self", ")", ".", "get_response_handler_params", "(", "*", "*", "params", ")", "params", "[", "'mapper_class'", "]", "=", "self", ".", "mapper_class", "params", "[", "'role'", "]", "=", "self", ".", "serialize_role", "# After a successfull attempt to marshal an object has been made, a response", "# is generated using the RepsonseHandler. Rather than taking the class level", "# setting for many by default, pull it from the request handler params config to", "# ensure Marshaling and Serializing are run the same way.", "if", "self", ".", "_is_marshal_request", "(", ")", ":", "req_params", "=", "self", ".", "get_request_handler_params", "(", ")", "params", "[", "'many'", "]", "=", "req_params", ".", "get", "(", "'many'", ",", "self", ".", "many", ")", "else", ":", "params", "[", "'many'", "]", "=", "self", ".", "many", "return", "params" ]

[ "Return", "a", "config", "object", "that", "will", "be", "used", "to", "configure", "the", "KimResponseHandler" ]

[ "def", "_display", "(", "port", "=", "None", ",", "height", "=", "None", ",", "print_message", "=", "False", ",", "display_handle", "=", "None", ")", ":", "if", "height", "is", "None", ":", "height", "=", "800", "if", "port", "is", "None", ":", "infos", "=", "manager", ".", "get_all", "(", ")", "if", "not", "infos", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Can't display TensorBoard: no known instances running.\"", ")", "else", ":", "info", "=", "max", "(", "manager", ".", "get_all", "(", ")", ",", "key", "=", "lambda", "x", ":", "x", ".", "start_time", ")", "port", "=", "info", ".", "port", "else", ":", "infos", "=", "[", "i", "for", "i", "in", "manager", ".", "get_all", "(", ")", "if", "i", ".", "port", "==", "port", "]", "info", "=", "(", "max", "(", "infos", ",", "key", "=", "lambda", "x", ":", "x", ".", "start_time", ")", "if", "infos", "else", "None", ")", "if", "print_message", ":", "if", "info", "is", "not", "None", ":", "message", "=", "(", "\"Selecting TensorBoard with {data_source} \"", "\"(started {delta} ago; port {port}, pid {pid}).\"", ")", ".", "format", "(", "data_source", "=", "manager", ".", "data_source_from_info", "(", "info", ")", ",", "delta", "=", "_time_delta_from_info", "(", "info", ")", ",", "port", "=", "info", ".", "port", ",", "pid", "=", "info", ".", "pid", ",", ")", "print", "(", "message", ")", "else", ":", "# The user explicitly provided a port, and we don't have any", "# additional information. There's nothing useful to say.", "pass", "fn", "=", "{", "_CONTEXT_COLAB", ":", "_display_colab", ",", "_CONTEXT_IPYTHON", ":", "_display_ipython", ",", "_CONTEXT_NONE", ":", "_display_cli", ",", "}", "[", "_get_context", "(", ")", "]", "return", "fn", "(", "port", "=", "port", ",", "height", "=", "height", ",", "display_handle", "=", "display_handle", ")" ]

[ "Internal", "version", "of", "display", "." ]

[ "def", "help_center_section_articles", "(", "self", ",", "id", ",", "locale", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "api_path", "=", "\"/api/v2/help_center/sections/{id}/articles.json\"", "api_path", "=", "api_path", ".", "format", "(", "id", "=", "id", ")", "if", "locale", ":", "api_opt_path", "=", "\"/api/v2/help_center/{locale}/sections/{id}/articles.json\"", "api_path", "=", "api_opt_path", ".", "format", "(", "id", "=", "id", ",", "locale", "=", "locale", ")", "return", "self", ".", "call", "(", "api_path", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "https", ":", "//", "developer", ".", "zendesk", ".", "com", "/", "rest_api", "/", "docs", "/", "help_center", "/", "articles#list", "-", "articles" ]

[ "def", "update_pypsa_storage", "(", "pypsa", ",", "storages", ",", "storages_lines", ")", ":", "bus", "=", "{", "'name'", ":", "[", "]", ",", "'v_nom'", ":", "[", "]", ",", "'x'", ":", "[", "]", ",", "'y'", ":", "[", "]", "}", "line", "=", "{", "'name'", ":", "[", "]", ",", "'bus0'", ":", "[", "]", ",", "'bus1'", ":", "[", "]", ",", "'type'", ":", "[", "]", ",", "'x'", ":", "[", "]", ",", "'r'", ":", "[", "]", ",", "'s_nom'", ":", "[", "]", ",", "'length'", ":", "[", "]", "}", "storage", "=", "{", "'name'", ":", "[", "]", ",", "'bus'", ":", "[", "]", ",", "'p_nom'", ":", "[", "]", ",", "'state_of_charge_initial'", ":", "[", "]", ",", "'efficiency_store'", ":", "[", "]", ",", "'efficiency_dispatch'", ":", "[", "]", ",", "'standing_loss'", ":", "[", "]", "}", "for", "s", "in", "storages", ":", "bus_name", "=", "'_'", ".", "join", "(", "[", "'Bus'", ",", "repr", "(", "s", ")", "]", ")", "storage", "[", "'name'", "]", ".", "append", "(", "repr", "(", "s", ")", ")", "storage", "[", "'bus'", "]", ".", "append", "(", "bus_name", ")", "storage", "[", "'p_nom'", "]", ".", "append", "(", "s", ".", "nominal_power", "/", "1e3", ")", "storage", "[", "'state_of_charge_initial'", "]", ".", "append", "(", "s", ".", "soc_initial", ")", "storage", "[", "'efficiency_store'", "]", ".", "append", "(", "s", ".", "efficiency_in", ")", "storage", "[", "'efficiency_dispatch'", "]", ".", "append", "(", "s", ".", "efficiency_out", ")", "storage", "[", "'standing_loss'", "]", ".", "append", "(", "s", ".", "standing_loss", ")", "bus", "[", "'name'", "]", ".", "append", "(", "bus_name", ")", "bus", "[", "'v_nom'", "]", ".", "append", "(", "s", ".", "grid", ".", "voltage_nom", ")", "bus", "[", "'x'", "]", ".", "append", "(", "s", ".", "geom", ".", "x", ")", "bus", "[", "'y'", "]", ".", "append", "(", "s", ".", "geom", ".", "y", ")", "omega", "=", "2", "*", "pi", "*", "50", "for", "l", "in", "storages_lines", ":", "line", "[", "'name'", "]", ".", "append", "(", "repr", "(", "l", ")", ")", "adj_nodes", "=", "l", ".", "grid", ".", "graph", ".", "nodes_from_line", "(", "l", ")", "if", "isinstance", "(", "l", ".", "grid", ",", "LVGrid", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "adj_nodes", "[", "0", "]", ",", "LVStation", ")", ":", "line", "[", "'bus0'", "]", ".", "append", "(", "'_'", ".", "join", "(", "[", "'Bus'", ",", "adj_nodes", "[", "0", "]", ".", "__repr__", "(", "side", "=", "'lv'", ")", "]", ")", ")", "else", ":", "line", "[", "'bus0'", "]", ".", "append", "(", "'_'", ".", "join", "(", "[", "'Bus'", ",", "repr", "(", "adj_nodes", "[", "0", "]", ")", "]", ")", ")", "if", "isinstance", "(", "adj_nodes", "[", "1", "]", ",", "LVStation", ")", ":", "line", "[", "'bus1'", "]", ".", "append", "(", "'_'", ".", "join", "(", "[", "'Bus'", ",", "adj_nodes", "[", "1", "]", ".", "__repr__", "(", "side", "=", "'lv'", ")", "]", ")", ")", "else", ":", "line", "[", "'bus1'", "]", ".", "append", "(", "'_'", ".", "join", "(", "[", "'Bus'", ",", "repr", "(", "adj_nodes", "[", "1", "]", ")", "]", ")", ")", "else", ":", "if", "isinstance", "(", "adj_nodes", "[", "0", "]", ",", "LVStation", ")", ":", "line", "[", "'bus0'", "]", ".", "append", "(", "'_'", ".", "join", "(", "[", "'Bus'", ",", "adj_nodes", "[", "0", "]", ".", "__repr__", "(", "side", "=", "'mv'", ")", "]", ")", ")", "elif", "isinstance", "(", "adj_nodes", "[", "0", "]", ",", "MVStation", ")", ":", "line", "[", "'bus0'", "]", ".", "append", "(", "'_'", ".", "join", "(", "[", "'Bus'", ",", "adj_nodes", "[", "0", "]", ".", "__repr__", "(", "side", "=", "'lv'", ")", "]", ")", ")", "else", ":", "line", "[", "'bus0'", "]", ".", "append", "(", "'_'", ".", "join", "(", "[", "'Bus'", ",", "repr", "(", "adj_nodes", "[", "0", "]", ")", "]", ")", ")", "if", "isinstance", "(", "adj_nodes", "[", "1", "]", ",", "LVStation", ")", ":", "line", "[", "'bus1'", "]", ".", "append", "(", "'_'", ".", "join", "(", "[", "'Bus'", ",", "adj_nodes", "[", "1", "]", ".", "__repr__", "(", "side", "=", "'mv'", ")", "]", ")", ")", "elif", "isinstance", "(", "adj_nodes", "[", "1", "]", ",", "MVStation", ")", ":", "line", "[", "'bus1'", "]", ".", "append", "(", "'_'", ".", "join", "(", "[", "'Bus'", ",", "adj_nodes", "[", "1", "]", ".", "__repr__", "(", "side", "=", "'lv'", ")", "]", ")", ")", "else", ":", "line", "[", "'bus1'", "]", ".", "append", "(", "'_'", ".", "join", "(", "[", "'Bus'", ",", "repr", "(", "adj_nodes", "[", "1", "]", ")", "]", ")", ")", "line", "[", "'type'", "]", ".", "append", "(", "\"\"", ")", "line", "[", "'x'", "]", ".", "append", "(", "l", ".", "type", "[", "'L'", "]", "*", "omega", "/", "1e3", "*", "l", ".", "length", ")", "line", "[", "'r'", "]", ".", "append", "(", "l", ".", "type", "[", "'R'", "]", "*", "l", ".", "length", ")", "line", "[", "'s_nom'", "]", ".", "append", "(", "sqrt", "(", "3", ")", "*", "l", ".", "type", "[", "'I_max_th'", "]", "*", "l", ".", "type", "[", "'U_n'", "]", "/", "1e3", ")", "line", "[", "'length'", "]", ".", "append", "(", "l", ".", "length", ")", "# import new components to pypsa", "pypsa", ".", "import_components_from_dataframe", "(", "pd", ".", "DataFrame", "(", "bus", ")", ".", "set_index", "(", "'name'", ")", ",", "'Bus'", ")", "pypsa", ".", "import_components_from_dataframe", "(", "pd", ".", "DataFrame", "(", "storage", ")", ".", "set_index", "(", "'name'", ")", ",", "'StorageUnit'", ")", "pypsa", ".", "import_components_from_dataframe", "(", "pd", ".", "DataFrame", "(", "line", ")", ".", "set_index", "(", "'name'", ")", ",", "'Line'", ")", "# import time series of storages and buses to pypsa", "timeseries_storage_p", "=", "pd", ".", "DataFrame", "(", ")", "timeseries_storage_q", "=", "pd", ".", "DataFrame", "(", ")", "for", "s", "in", "storages", ":", "timeseries_storage_p", "[", "repr", "(", "s", ")", "]", "=", "s", ".", "pypsa_timeseries", "(", "'p'", ")", ".", "loc", "[", "pypsa", ".", "storage_units_t", ".", "p_set", ".", "index", "]", "timeseries_storage_q", "[", "repr", "(", "s", ")", "]", "=", "s", ".", "pypsa_timeseries", "(", "'q'", ")", ".", "loc", "[", "pypsa", ".", "storage_units_t", ".", "q_set", ".", "index", "]", "import_series_from_dataframe", "(", "pypsa", ",", "timeseries_storage_p", ",", "'StorageUnit'", ",", "'p_set'", ")", "import_series_from_dataframe", "(", "pypsa", ",", "timeseries_storage_q", ",", "'StorageUnit'", ",", "'q_set'", ")" ]

[ "Adds", "storages", "and", "their", "lines", "to", "pypsa", "representation", "of", "the", "edisgo", "graph", "." ]

[ "def", "mk_association", "(", "m", ",", "r_rel", ")", ":", "handler", "=", "{", "'R_SIMP'", ":", "mk_simple_association", ",", "'R_ASSOC'", ":", "mk_linked_association", ",", "'R_SUBSUP'", ":", "mk_subsuper_association", ",", "'R_COMP'", ":", "mk_derived_association", ",", "}", "inst", "=", "subtype", "(", "r_rel", ",", "206", ")", "fn", "=", "handler", ".", "get", "(", "type", "(", "inst", ")", ".", "__name__", ")", "return", "fn", "(", "m", ",", "inst", ")" ]

[ "Create", "a", "pyxtuml", "association", "from", "a", "R_REL", "in", "ooaofooa", "." ]

[ "def", "set_pickle_converters", "(", "encode", ",", "decode", ")", ":", "ret", "=", "_LCB", ".", "_modify_helpers", "(", "pickle_encode", "=", "encode", ",", "pickle_decode", "=", "decode", ")", "return", "(", "ret", "[", "'pickle_encode'", "]", ",", "ret", "[", "'pickle_decode'", "]", ")" ]

[ "Modify", "the", "default", "Pickle", "conversion", "functions", ".", "This", "affects", "all", ":", "class", ":", "~couchbase", ".", "bucket", ".", "Bucket", "instances", "." ]

[ "def", "import_stringified_func", "(", "funcstring", ")", ":", "assert", "isinstance", "(", "funcstring", ",", "str", ")", "modulestring", ",", "funcname", "=", "funcstring", ".", "rsplit", "(", "'.'", ",", "1", ")", "mod", "=", "importlib", ".", "import_module", "(", "modulestring", ")", "func", "=", "getattr", "(", "mod", ",", "funcname", ")", "return", "func" ]

[ "Import", "a", "string", "that", "represents", "a", "module", "and", "function", "e", ".", "g", ".", "{", "module", "}", ".", "{", "funcname", "}", "." ]

[ "def", "_get_msge_with_gradient", "(", "data", ",", "delta", ",", "xvschema", ",", "skipstep", ",", "p", ")", ":", "t", ",", "m", ",", "l", "=", "data", ".", "shape", "n", "=", "(", "l", "-", "p", ")", "*", "t", "underdetermined", "=", "n", "<", "m", "*", "p", "if", "underdetermined", ":", "return", "_msge_with_gradient_underdetermined", "(", "data", ",", "delta", ",", "xvschema", ",", "skipstep", ",", "p", ")", "else", ":", "return", "_msge_with_gradient_overdetermined", "(", "data", ",", "delta", ",", "xvschema", ",", "skipstep", ",", "p", ")" ]

[ "Calculate", "mean", "squared", "generalization", "error", "and", "its", "gradient", "automatically", "selecting", "the", "best", "function", "." ]

[ "def", "activate_conf_set", "(", "self", ",", "set_name", ")", ":", "with", "self", ".", "_mutex", ":", "if", "not", "set_name", "in", "self", ".", "conf_sets", ":", "raise", "exceptions", ".", "NoSuchConfSetError", "(", "set_name", ")", "self", ".", "_conf", ".", "activate_configuration_set", "(", "set_name", ")" ]

[ "Activate", "a", "configuration", "set", "by", "name", "." ]

[ "def", "translate_page", "(", "data", ")", ":", "if", "\"Page\"", "!=", "data", "[", "\"Type\"", "]", ":", "return", "\"\"", "tex_str", "=", "(", "'\\\\documentclass{article}\\\\n'", "+", "'\\\\usepackage{placeins}\\\\n'", "+", "'\\\\title{LIVVkit}\\\\n'", "+", "'\\\\author{$USER}\\\\n'", "+", "'\\\\usepackage[parfill]{parskip}\\\\n'", "+", "'\\\\begin{document}\\\\n'", "+", "'\\\\maketitle\\\\n'", ")", ".", "replace", "(", "'$USER'", ",", "livvkit", ".", "user", ")", "content", "=", "data", "[", "\"Data\"", "]", "for", "tag_name", "in", "[", "\"Elements\"", ",", "\"Tabs\"", "]", ":", "for", "tag", "in", "content", ".", "get", "(", "tag_name", ",", "[", "]", ")", ":", "print", "(", "\"Translating \"", "+", "tag", "[", "\"Type\"", "]", ")", "tex_str", "+=", "translate_map", "[", "tag", "[", "\"Type\"", "]", "]", "(", "tag", ")", "tex_str", "+=", "'\\n\\\\end{document}'", "return", "tex_str" ]

[ "Translates", "data", "elements", "with", "data", "[", "Type", "]", "=", "page", ".", "This", "is", "the", "top", "level", "of", "translation", "that", "occurs", "and", "delegates", "the", "translation", "of", "other", "element", "types", "contained", "on", "a", "page", "to", "their", "proper", "functions", "." ]

[ "def", "text_till", "(", "self", ",", "strings", ",", "keep_index", "=", "False", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "strings", ",", "str", ")", ":", "strings", "=", "[", "strings", "]", "original_index", "=", "self", ".", "index", "text", "=", "\"\"", "matched_string", "=", "\"\"", "while", "self", ".", "more", ":", "test_against", "=", "self", ".", "characters", "(", "len", "(", "max", "(", "strings", ",", "key", "=", "len", ")", ")", ")", "for", "string", "in", "strings", ":", "if", "string", ".", "startswith", "(", "\"^\"", ")", ":", "if", "test_against", "[", "0", "]", "in", "(", "\" \"", ",", "\"\\t\"", ",", "\"\\n\"", ",", "\")\"", ",", "\"(\"", ")", "and", "test_against", "[", "1", ":", "]", ".", "startswith", "(", "string", "[", "1", ":", "]", ")", ":", "matched_string", "=", "string", "break", "if", "test_against", ".", "startswith", "(", "string", ")", ":", "matched_string", "=", "string", "break", "if", "matched_string", ":", "break", "text", "+=", "self", ".", "pop", "(", ")", "self", "+=", "1", "if", "keep_index", ":", "self", ".", "index", "=", "original_index", "return", "(", "text", ",", "matched_string", ")" ]

[ "Returns", "all", "text", "till", "it", "encounters", "the", "given", "string", "(", "or", "one", "of", "the", "given", "strings", ")" ]

[ "def", "_logger", "(", "self", ")", ":", "log_level", "=", "{", "'debug'", ":", "logging", ".", "DEBUG", ",", "'info'", ":", "logging", ".", "INFO", ",", "'warning'", ":", "logging", ".", "WARNING", ",", "'error'", ":", "logging", ".", "ERROR", ",", "'critical'", ":", "logging", ".", "CRITICAL", ",", "}", "level", "=", "log_level", ".", "get", "(", "self", ".", "args", ".", "logging_level", ".", "lower", "(", ")", ")", "# Formatter", "tx_format", "=", "'%(asctime)s - %(name)s - %(levelname)s - %(message)s '", "tx_format", "+=", "'(%(funcName)s:%(lineno)d)'", "formatter", "=", "logging", ".", "Formatter", "(", "tx_format", ")", "# Logger", "log", "=", "logging", ".", "getLogger", "(", "'tcrun'", ")", "# # Stream Handler", "# sh = logging.StreamHandler()", "# sh.set_name('sh')", "# sh.setLevel(level)", "# sh.setFormatter(formatter)", "# log.addHandler(sh)", "# File Handler", "if", "not", "os", ".", "access", "(", "'log'", ",", "os", ".", "W_OK", ")", ":", "os", ".", "makedirs", "(", "'log'", ")", "logfile", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "'log'", ",", "'run.log'", ")", "fh", "=", "logging", ".", "FileHandler", "(", "logfile", ")", "fh", ".", "set_name", "(", "'fh'", ")", "fh", ".", "setLevel", "(", "logging", ".", "DEBUG", ")", "fh", ".", "setFormatter", "(", "formatter", ")", "log", ".", "addHandler", "(", "fh", ")", "log", ".", "setLevel", "(", "level", ")", "log", ".", "info", "(", "'Logging Level: {}'", ".", "format", "(", "logging", ".", "getLevelName", "(", "level", ")", ")", ")", "return", "log" ]

[ "Create", "logger", "instance", "." ]

[ "def", "config_str2dict", "(", "option_value", ")", ":", "dict", "=", "{", "}", "for", "key", "in", "option_value", ".", "split", "(", "','", ")", ":", "if", "':'", "in", "key", ":", "key", ",", "value", "=", "pair", ".", "split", "(", "':'", ")", "value", "=", "float", "(", "value", ")", "else", ":", "value", "=", "0", "dict", "[", "key", "]", "=", "value", "return", "dict" ]

[ "Parse", "the", "value", "of", "a", "config", "option", "and", "convert", "it", "to", "a", "dictionary", "." ]

[ "def", "virtual_network_absent", "(", "name", ",", "resource_group", ",", "connection_auth", "=", "None", ")", ":", "ret", "=", "{", "'name'", ":", "name", ",", "'result'", ":", "False", ",", "'comment'", ":", "''", ",", "'changes'", ":", "{", "}", "}", "if", "not", "isinstance", "(", "connection_auth", ",", "dict", ")", ":", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Connection information must be specified via connection_auth dictionary!'", "return", "ret", "vnet", "=", "__salt__", "[", "'azurearm_network.virtual_network_get'", "]", "(", "name", ",", "resource_group", ",", "azurearm_log_level", "=", "'info'", ",", "*", "*", "connection_auth", ")", "if", "'error'", "in", "vnet", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "True", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Virtual network {0} was not found.'", ".", "format", "(", "name", ")", "return", "ret", "elif", "__opts__", "[", "'test'", "]", ":", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Virtual network {0} would be deleted.'", ".", "format", "(", "name", ")", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "None", "ret", "[", "'changes'", "]", "=", "{", "'old'", ":", "vnet", ",", "'new'", ":", "{", "}", ",", "}", "return", "ret", "deleted", "=", "__salt__", "[", "'azurearm_network.virtual_network_delete'", "]", "(", "name", ",", "resource_group", ",", "*", "*", "connection_auth", ")", "if", "deleted", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "True", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Virtual network {0} has been deleted.'", ".", "format", "(", "name", ")", "ret", "[", "'changes'", "]", "=", "{", "'old'", ":", "vnet", ",", "'new'", ":", "{", "}", "}", "return", "ret", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Failed to delete virtual network {0}!'", ".", "format", "(", "name", ")", "return", "ret" ]

[ "..", "versionadded", "::", "2019", ".", "2", ".", "0" ]

[ "def", "get_routes", "(", "feed", ":", "\"Feed\"", ",", "date", ":", "Optional", "[", "str", "]", "=", "None", ",", "time", ":", "Optional", "[", "str", "]", "=", "None", ")", "->", "DataFrame", ":", "if", "date", "is", "None", ":", "return", "feed", ".", "routes", ".", "copy", "(", ")", "trips", "=", "feed", ".", "get_trips", "(", "date", ",", "time", ")", "R", "=", "trips", "[", "\"route_id\"", "]", ".", "unique", "(", ")", "return", "feed", ".", "routes", "[", "feed", ".", "routes", "[", "\"route_id\"", "]", ".", "isin", "(", "R", ")", "]" ]

[ "Return", "a", "subset", "of", "feed", ".", "routes" ]

[ "def", "infer_data_type", "(", "data_container", ")", ":", "# Defensive programming checks.", "# 0. Ensure that we are dealing with lists or tuples, and nothing else.", "assert", "isinstance", "(", "data_container", ",", "list", ")", "or", "isinstance", "(", "data_container", ",", "tuple", ")", ",", "\"data_container should be a list or tuple.\"", "# 1. Don't want to deal with only single values.", "assert", "(", "len", "(", "set", "(", "data_container", ")", ")", ">", "1", ")", ",", "\"There should be more than one value in the data container.\"", "# 2. Don't want to deal with mixed data.", "assert", "is_data_homogenous", "(", "data_container", ")", ",", "\"Data are not of a homogenous type!\"", "# Once we check that the data type of the container is homogenous, we only", "# need to check the first element in the data container for its type.", "datum", "=", "data_container", "[", "0", "]", "# Return statements below", "# treat binomial data as categorical", "# TODO: make tests for this.", "if", "len", "(", "set", "(", "data_container", ")", ")", "==", "2", ":", "return", "\"categorical\"", "elif", "isinstance", "(", "datum", ",", "str", ")", ":", "return", "\"categorical\"", "elif", "isinstance", "(", "datum", ",", "int", ")", ":", "return", "\"ordinal\"", "elif", "isinstance", "(", "datum", ",", "float", ")", ":", "return", "\"continuous\"", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Not possible to tell what the data type is.\"", ")" ]

[ "For", "a", "given", "container", "of", "data", "infer", "the", "type", "of", "data", "as", "one", "of", "continuous", "categorical", "or", "ordinal", "." ]

[ "def", "process_path", "(", "label", ",", "pth", ")", ":", "if", "pth", "is", "None", ":", "sys", ".", "exit", "(", "\"no %s path given\"", "%", "label", ")", "if", "pth", ".", "startswith", "(", "\"/\"", ")", ":", "pass", "elif", "pth", "[", "0", "]", "in", "(", "\".\"", ",", "\"~\"", ")", ":", "pth", "=", "os", ".", "path", ".", "realpath", "(", "pth", ")", "else", ":", "pth", "=", "os", ".", "getcwd", "(", ")", "+", "os", ".", "sep", "+", "pth", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "pth", ")", ":", "sys", ".", "exit", "(", "\"%s path %s does not exist\"", "%", "(", "label", ",", "pth", ")", ")", "return", "pth" ]

[ "check", "and", "expand", "paths" ]

[ "def", "initial_distribution_samples", "(", "self", ")", ":", "res", "=", "np", ".", "empty", "(", "(", "self", ".", "nsamples", ",", "self", ".", "nstates", ")", ",", "dtype", "=", "config", ".", "dtype", ")", "for", "i", "in", "range", "(", "self", ".", "nsamples", ")", ":", "res", "[", "i", ",", ":", "]", "=", "self", ".", "_sampled_hmms", "[", "i", "]", ".", "stationary_distribution", "return", "res" ]

[ "r", "Samples", "of", "the", "initial", "distribution" ]

[ "def", "parse_csv_header", "(", "line", ")", ":", "units", "=", "{", "}", "names", "=", "[", "]", "for", "var", "in", "line", ".", "split", "(", "','", ")", ":", "start", "=", "var", ".", "find", "(", "'['", ")", "if", "start", "<", "0", ":", "names", ".", "append", "(", "str", "(", "var", ")", ")", "continue", "else", ":", "names", ".", "append", "(", "str", "(", "var", "[", ":", "start", "]", ")", ")", "end", "=", "var", ".", "find", "(", "']'", ",", "start", ")", "unitstr", "=", "var", "[", "start", "+", "1", ":", "end", "]", "eq", "=", "unitstr", ".", "find", "(", "'='", ")", "if", "eq", ">=", "0", ":", "# go past = and \", skip final \"", "units", "[", "names", "[", "-", "1", "]", "]", "=", "unitstr", "[", "eq", "+", "2", ":", "-", "1", "]", "return", "names", ",", "units" ]

[ "Parse", "the", "CSV", "header", "returned", "by", "TDS", "." ]

[ "def", "get_all_incoming_properties", "(", "self", ",", "params", "=", "None", ")", ":", "if", "not", "params", ":", "params", "=", "{", "}", "return", "self", ".", "_iterate_through_pages", "(", "self", ".", "get_incoming_properties_per_page", ",", "resource", "=", "INCOMING_PROPERTIES", ",", "*", "*", "{", "'params'", ":", "params", "}", ")" ]

[ "Get", "all", "incoming", "properties", "This", "will", "iterate", "over", "all", "pages", "until", "it", "gets", "all", "elements", ".", "So", "if", "the", "rate", "limit", "exceeded", "it", "will", "throw", "an", "Exception", "and", "you", "will", "get", "nothing" ]

[ "def", "push", "(", "self", ",", "value", ")", ":", "if", "self", ".", "closed", "and", "not", "self", ".", "allow_add_after_close", ":", "Log", ".", "error", "(", "\"Do not push to closed queue\"", ")", "with", "self", ".", "lock", ":", "self", ".", "_wait_for_queue_space", "(", ")", "if", "not", "self", ".", "closed", ":", "self", ".", "queue", ".", "appendleft", "(", "value", ")", "return", "self" ]

[ "SNEAK", "value", "TO", "FRONT", "OF", "THE", "QUEUE" ]

[ "def", "parse_genetic_models", "(", "models_info", ",", "case_id", ")", ":", "genetic_models", "=", "[", "]", "if", "models_info", ":", "for", "family_info", "in", "models_info", ".", "split", "(", "','", ")", ":", "splitted_info", "=", "family_info", ".", "split", "(", "':'", ")", "if", "splitted_info", "[", "0", "]", "==", "case_id", ":", "genetic_models", "=", "splitted_info", "[", "1", "]", ".", "split", "(", "'|'", ")", "return", "genetic_models" ]

[ "Parse", "the", "genetic", "models", "entry", "of", "a", "vcf" ]

[ "def", "create_comment", "(", "self", ",", "text", ")", ":", "return", "DashboardComment", ".", "get_or_create", "(", "self", ".", "_issue_or_pr", ",", "self", ".", "_header", ",", "text", ")" ]

[ "Mimic", "issue", "API", "so", "we", "can", "use", "it", "everywhere", ".", "Return", "dashboard", "comment", "." ]

[ "def", "iter_final_matches", "(", "self", ",", "canonical_match", ",", "subject_graph", ",", "one_match", ")", ":", "if", "self", ".", "criteria_sets", "is", "None", "or", "one_match", ":", "yield", "canonical_match", "else", ":", "for", "criteria_set", "in", "self", ".", "criteria_sets", ":", "satisfied_match_tags", "=", "set", "(", "[", "]", ")", "for", "symmetry", "in", "self", ".", "pattern_graph", ".", "symmetries", ":", "final_match", "=", "canonical_match", "*", "symmetry", "#print final_match", "if", "criteria_set", ".", "test_match", "(", "final_match", ",", "self", ".", "pattern_graph", ",", "subject_graph", ")", ":", "match_tags", "=", "tuple", "(", "self", ".", "vertex_tags", ".", "get", "(", "symmetry", ".", "reverse", "[", "vertex0", "]", ")", "for", "vertex0", "in", "range", "(", "self", ".", "pattern_graph", ".", "num_vertices", ")", ")", "if", "match_tags", "not", "in", "satisfied_match_tags", ":", "final_match", ".", "__dict__", ".", "update", "(", "criteria_set", ".", "info", ")", "yield", "final_match", "satisfied_match_tags", ".", "add", "(", "match_tags", ")" ]

[ "Given", "a", "match", "iterate", "over", "all", "related", "equivalent", "matches" ]

[ "def", "vkontakte_config", "(", "self", ",", "id", ",", "secret", ",", "scope", "=", "None", ",", "offline", "=", "False", ",", "*", "*", "_", ")", ":", "if", "scope", "is", "None", ":", "scope", "=", "'email,offline'", "if", "offline", ":", "scope", "+=", "',offline'", "token_params", "=", "dict", "(", "scope", "=", "scope", ")", "config", "=", "dict", "(", "request_token_url", "=", "None", ",", "access_token_url", "=", "'https://oauth.vk.com/access_token'", ",", "authorize_url", "=", "'https://oauth.vk.com/authorize'", ",", "base_url", "=", "'https://api.vk.com/method/'", ",", "consumer_key", "=", "id", ",", "consumer_secret", "=", "secret", ",", "request_token_params", "=", "token_params", ")", "return", "config" ]

[ "Get", "config", "dictionary", "for", "vkontakte", "oauth" ]

[ "def", "enable_capture_state", "(", "self", ",", "state", ",", "writeToHw", "=", "False", ")", ":", "if", "state", ":", "activePorts", "=", "self", ".", "rePortInList", ".", "findall", "(", "self", ".", "activePortList", ")", "self", ".", "activeCapturePortList", "=", "\"{{\"", "+", "activePorts", "[", "0", "]", "+", "\"}}\"", "else", ":", "self", ".", "activeCapturePortList", "=", "\"{{\"", "\"}}\"", "if", "(", "writeToHw", ")", ":", "self", ".", "ix_command", "(", "'write'", ")" ]

[ "Enable", "/", "Disable", "capture", "on", "resource", "group" ]

[ "def", "_safe_match_argument", "(", "expected_type", ",", "argument_value", ")", ":", "if", "GraphQLString", ".", "is_same_type", "(", "expected_type", ")", ":", "return", "_safe_match_string", "(", "argument_value", ")", "elif", "GraphQLID", ".", "is_same_type", "(", "expected_type", ")", ":", "# IDs can be strings or numbers, but the GraphQL library coerces them to strings.", "# We will follow suit and treat them as strings.", "if", "not", "isinstance", "(", "argument_value", ",", "six", ".", "string_types", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "argument_value", ",", "bytes", ")", ":", "# should only happen in py3", "argument_value", "=", "argument_value", ".", "decode", "(", "'utf-8'", ")", "else", ":", "argument_value", "=", "six", ".", "text_type", "(", "argument_value", ")", "return", "_safe_match_string", "(", "argument_value", ")", "elif", "GraphQLFloat", ".", "is_same_type", "(", "expected_type", ")", ":", "return", "represent_float_as_str", "(", "argument_value", ")", "elif", "GraphQLInt", ".", "is_same_type", "(", "expected_type", ")", ":", "# Special case: in Python, isinstance(True, int) returns True.", "# Safeguard against this with an explicit check against bool type.", "if", "isinstance", "(", "argument_value", ",", "bool", ")", ":", "raise", "GraphQLInvalidArgumentError", "(", "u'Attempting to represent a non-int as an int: '", "u'{}'", ".", "format", "(", "argument_value", ")", ")", "return", "type_check_and_str", "(", "int", ",", "argument_value", ")", "elif", "GraphQLBoolean", ".", "is_same_type", "(", "expected_type", ")", ":", "return", "type_check_and_str", "(", "bool", ",", "argument_value", ")", "elif", "GraphQLDecimal", ".", "is_same_type", "(", "expected_type", ")", ":", "return", "_safe_match_decimal", "(", "argument_value", ")", "elif", "GraphQLDate", ".", "is_same_type", "(", "expected_type", ")", ":", "return", "_safe_match_date_and_datetime", "(", "expected_type", ",", "(", "datetime", ".", "date", ",", ")", ",", "argument_value", ")", "elif", "GraphQLDateTime", ".", "is_same_type", "(", "expected_type", ")", ":", "return", "_safe_match_date_and_datetime", "(", "expected_type", ",", "(", "datetime", ".", "datetime", ",", "arrow", ".", "Arrow", ")", ",", "argument_value", ")", "elif", "isinstance", "(", "expected_type", ",", "GraphQLList", ")", ":", "return", "_safe_match_list", "(", "expected_type", ".", "of_type", ",", "argument_value", ")", "else", ":", "raise", "AssertionError", "(", "u'Could not safely represent the requested GraphQL type: '", "u'{} {}'", ".", "format", "(", "expected_type", ",", "argument_value", ")", ")" ]

[ "Return", "a", "MATCH", "(", "SQL", ")", "string", "representing", "the", "given", "argument", "value", "." ]

[ "def", "check_default_values", "(", "section", ",", "key", ",", "validator", "=", "None", ")", ":", "if", "validator", "is", "None", ":", "validator", "=", "Validator", "(", ")", "try", ":", "validator", ".", "get_default_value", "(", "section", "[", "key", "]", ")", "except", "KeyError", ":", "#dv = set(section.default_values.keys()) # set of all defined default values", "#scalars = set(section.scalars) # set of all keys", "#if dv != scalars:", "parents", "=", "get_section_path", "(", "section", ")", "msg", "=", "'The Key %s in the section %s is missing a default: %s'", "%", "(", "key", ",", "parents", ",", "section", "[", "key", "]", ")", "log", ".", "debug", "(", "msg", ")", "raise", "ConfigError", "(", "msg", ")" ]

[ "Raise", "an", "MissingDefaultError", "if", "a", "value", "in", "section", "does", "not", "have", "a", "default", "values" ]

[ "def", "_reprJSON", "(", "self", ")", ":", "return", "{", "'__Ci__'", ":", "(", "self", ".", "id", ",", "self", ".", "specfile", ",", "self", ".", "dataProcessingRef", ",", "self", ".", "precursor", ",", "self", ".", "product", ",", "self", ".", "params", ",", "self", ".", "attrib", ",", "self", ".", "arrayInfo", ")", "}" ]

[ "Returns", "a", "JSON", "serializable", "represenation", "of", "a", "Ci", "class", "instance", ".", "Use", ":", "func", ":", "maspy", ".", "core", ".", "Ci", ".", "_fromJSON", "()", "to", "generate", "a", "new", "Ci", "instance", "from", "the", "return", "value", "." ]

[ "def", "update", "(", "self", ",", "label", "=", "None", ",", "name", "=", "None", ",", "disabled", "=", "None", ",", "metadata", "=", "None", ",", "monitoring_zones_poll", "=", "None", ",", "timeout", "=", "None", ",", "period", "=", "None", ",", "target_alias", "=", "None", ",", "target_hostname", "=", "None", ",", "target_receiver", "=", "None", ")", ":", "self", ".", "manager", ".", "update", "(", "self", ",", "label", "=", "label", ",", "name", "=", "name", ",", "disabled", "=", "disabled", ",", "metadata", "=", "metadata", ",", "monitoring_zones_poll", "=", "monitoring_zones_poll", ",", "timeout", "=", "timeout", ",", "period", "=", "period", ",", "target_alias", "=", "target_alias", ",", "target_hostname", "=", "target_hostname", ",", "target_receiver", "=", "target_receiver", ")" ]

[ "Updates", "an", "existing", "check", "with", "any", "of", "the", "parameters", "." ]

[ "def", "unlink_android", "(", "self", ",", "path", ",", "pkg", ")", ":", "bundle_id", "=", "self", ".", "ctx", "[", "'bundle_id'", "]", "#: Check if it's already linked", "with", "open", "(", "join", "(", "'android'", ",", "'settings.gradle'", ")", ")", "as", "f", ":", "settings_gradle", "=", "f", ".", "read", "(", ")", "with", "open", "(", "join", "(", "'android'", ",", "'app'", ",", "'build.gradle'", ")", ")", "as", "f", ":", "build_gradle", "=", "f", ".", "read", "(", ")", "#: Find the MainApplication.java", "main_app_java_path", "=", "join", "(", "'android'", ",", "'app'", ",", "'src'", ",", "'main'", ",", "'java'", ",", "join", "(", "*", "bundle_id", ".", "split", "(", "\".\"", ")", ")", ",", "'MainApplication.java'", ")", "with", "open", "(", "main_app_java_path", ")", "as", "f", ":", "main_application_java", "=", "f", ".", "read", "(", ")", "try", ":", "#: Now link all the EnamlPackages we can find in the new \"package\"", "new_packages", "=", "Link", ".", "find_packages", "(", "join", "(", "path", ",", "'android'", ",", "pkg", ")", ")", "if", "not", "new_packages", ":", "print", "(", "Colors", ".", "RED", "+", "\"\\t[Android] {} No EnamlPackages found to \"", "\"unlink!\"", ".", "format", "(", "pkg", ")", "+", "Colors", ".", "RESET", ")", "return", "#: Unlink settings.gradle", "if", "Link", ".", "is_settings_linked", "(", "settings_gradle", ",", "pkg", ")", ":", "#: Remove the two statements", "new_settings", "=", "[", "line", "for", "line", "in", "settings_gradle", ".", "split", "(", "\"\\n\"", ")", "if", "line", ".", "strip", "(", ")", "not", "in", "[", "\"include ':{name}'\"", ".", "format", "(", "name", "=", "pkg", ")", ",", "\"project(':{name}').projectDir = \"", "\"new File(rootProject.projectDir, \"", "\"'../{path}/android/{name}')\"", ".", "format", "(", "path", "=", "path", ",", "name", "=", "pkg", ")", "]", "]", "with", "open", "(", "join", "(", "'android'", ",", "'settings.gradle'", ")", ",", "'w'", ")", "as", "f", ":", "f", ".", "write", "(", "\"\\n\"", ".", "join", "(", "new_settings", ")", ")", "print", "(", "\"\\t[Android] {} unlinked settings.gradle!\"", ".", "format", "(", "pkg", ")", ")", "else", ":", "print", "(", "\"\\t[Android] {} was not linked in \"", "\"settings.gradle!\"", ".", "format", "(", "pkg", ")", ")", "#: Unlink app/build.gradle", "if", "Link", ".", "is_build_linked", "(", "build_gradle", ",", "pkg", ")", ":", "#: Add two statements", "new_build", "=", "[", "line", "for", "line", "in", "build_gradle", ".", "split", "(", "\"\\n\"", ")", "if", "line", ".", "strip", "(", ")", "not", "in", "[", "\"compile project(':{name}')\"", ".", "format", "(", "name", "=", "pkg", ")", ",", "\"api project(':{name}')\"", ".", "format", "(", "name", "=", "pkg", ")", ",", "]", "]", "with", "open", "(", "join", "(", "'android'", ",", "'app'", ",", "'build.gradle'", ")", ",", "'w'", ")", "as", "f", ":", "f", ".", "write", "(", "\"\\n\"", ".", "join", "(", "new_build", ")", ")", "print", "(", "\"\\t[Android] {} unlinked in \"", "\"app/build.gradle!\"", ".", "format", "(", "pkg", ")", ")", "else", ":", "print", "(", "\"\\t[Android] {} was not linked in \"", "\"app/build.gradle!\"", ".", "format", "(", "pkg", ")", ")", "new_app_java", "=", "[", "]", "for", "package", "in", "new_packages", ":", "#: Add our import statement", "javacls", "=", "os", ".", "path", ".", "splitext", "(", "package", ")", "[", "0", "]", ".", "replace", "(", "\"/\"", ",", "\".\"", ")", "if", "Link", ".", "is_app_linked", "(", "main_application_java", ",", "pkg", ",", "javacls", ")", ":", "#: Reuse previous if avialable", "new_app_java", "=", "(", "new_app_java", "or", "main_application_java", ".", "split", "(", "\"\\n\"", ")", ")", "new_app_java", "=", "[", "line", "for", "line", "in", "new_app_java", "if", "line", ".", "strip", "(", ")", "not", "in", "[", "\"import {};\"", ".", "format", "(", "javacls", ")", ",", "\"new {}()\"", ".", "format", "(", "javacls", ".", "split", "(", "\".\"", ")", "[", "-", "1", "]", ")", ",", "\"new {}(),\"", ".", "format", "(", "javacls", ".", "split", "(", "\".\"", ")", "[", "-", "1", "]", ")", ",", "]", "]", "#: Now find the last package and remove the comma if it", "#: exists", "found", "=", "False", "j", "=", "0", "for", "i", ",", "line", "in", "enumerate", "(", "new_app_java", ")", ":", "if", "fnmatch", ".", "fnmatch", "(", "line", ".", "strip", "(", ")", ",", "\"new *Package()\"", ")", ":", "found", "=", "True", "elif", "fnmatch", ".", "fnmatch", "(", "line", ".", "strip", "(", ")", ",", "\"new *Package(),\"", ")", ":", "j", "=", "i", "#: We removed the last package so add a comma", "if", "not", "found", ":", "#: This kills any whitespace...", "new_app_java", "[", "j", "]", "=", "new_app_java", "[", "j", "]", "[", ":", "new_app_java", "[", "j", "]", ".", "rfind", "(", "','", ")", "]", "else", ":", "print", "(", "\"\\t[Android] {} was not linked in {}!\"", ".", "format", "(", "pkg", ",", "main_app_java_path", ")", ")", "if", "new_app_java", ":", "with", "open", "(", "main_app_java_path", ",", "'w'", ")", "as", "f", ":", "f", ".", "write", "(", "\"\\n\"", ".", "join", "(", "new_app_java", ")", ")", "print", "(", "Colors", ".", "GREEN", "+", "\"\\t[Android] {} unlinked successfully!\"", ".", "format", "(", "pkg", ")", "+", "Colors", ".", "RESET", ")", "except", "Exception", "as", "e", ":", "print", "(", "Colors", ".", "RED", "+", "\"\\t[Android] {} Failed to unlink. \"", "\"Reverting due to error: {}\"", ".", "format", "(", "pkg", ",", "e", ")", "+", "Colors", ".", "RESET", ")", "#: Undo any changes", "with", "open", "(", "join", "(", "'android'", ",", "'settings.gradle'", ")", ",", "'w'", ")", "as", "f", ":", "f", ".", "write", "(", "settings_gradle", ")", "with", "open", "(", "join", "(", "'android'", ",", "'app'", ",", "'build.gradle'", ")", ",", "'w'", ")", "as", "f", ":", "f", ".", "write", "(", "build_gradle", ")", "with", "open", "(", "main_app_java_path", ",", "'w'", ")", "as", "f", ":", "f", ".", "write", "(", "main_application_java", ")", "#: Now blow up", "raise" ]

[ "Unlink", "s", "the", "android", "project", "to", "this", "library", "." ]

[ "def", "execute", "(", "self", ")", ":", "if", "not", "super", "(", ")", ".", "execute", "(", ")", ":", "return", "False", "self", ".", "printer", ".", "add_filter", "(", "PrettyPrinterNumbers", "(", "self", ".", "todolist", ")", ")", "self", ".", "_process_flags", "(", ")", "if", "self", ".", "from_file", ":", "try", ":", "new_todos", "=", "self", ".", "get_todos_from_file", "(", ")", "for", "todo", "in", "new_todos", ":", "self", ".", "_add_todo", "(", "todo", ")", "except", "(", "IOError", ",", "OSError", ")", ":", "self", ".", "error", "(", "'File not found: '", "+", "self", ".", "from_file", ")", "else", ":", "if", "self", ".", "text", ":", "self", ".", "_add_todo", "(", "self", ".", "text", ")", "else", ":", "self", ".", "error", "(", "self", ".", "usage", "(", ")", ")" ]

[ "Adds", "a", "todo", "item", "to", "the", "list", "." ]

[ "def", "get_dependency_graph", "(", "component", ")", ":", "if", "component", "not", "in", "DEPENDENCIES", ":", "raise", "Exception", "(", "\"%s is not a registered component.\"", "%", "get_name", "(", "component", ")", ")", "if", "not", "DEPENDENCIES", "[", "component", "]", ":", "return", "{", "component", ":", "set", "(", ")", "}", "graph", "=", "defaultdict", "(", "set", ")", "def", "visitor", "(", "c", ",", "parent", ")", ":", "if", "parent", "is", "not", "None", ":", "graph", "[", "parent", "]", ".", "add", "(", "c", ")", "walk_dependencies", "(", "component", ",", "visitor", ")", "graph", "=", "dict", "(", "graph", ")", "# Find all items that don't depend on anything.", "extra_items_in_deps", "=", "_reduce", "(", "set", ".", "union", ",", "graph", ".", "values", "(", ")", ",", "set", "(", ")", ")", "-", "set", "(", "graph", ".", "keys", "(", ")", ")", "# Add empty dependencies where needed.", "graph", ".", "update", "(", "dict", "(", "(", "item", ",", "set", "(", ")", ")", "for", "item", "in", "extra_items_in_deps", ")", ")", "return", "graph" ]

[ "Generate", "a", "component", "s", "graph", "of", "dependencies", "which", "can", "be", "passed", "to", ":", "func", ":", "run", "or", ":", "func", ":", "run_incremental", "." ]

[ "def", "get_register", "(", "self", ",", "motors", ",", "disable_sync_read", "=", "False", ")", ":", "if", "not", "motors", ":", "return", "False", "ids", "=", "[", "m", ".", "id", "for", "m", "in", "motors", "]", "getter", "=", "getattr", "(", "self", ".", "io", ",", "'get_{}'", ".", "format", "(", "self", ".", "regname", ")", ")", "values", "=", "(", "sum", "(", "[", "list", "(", "getter", "(", "[", "id", "]", ")", ")", "for", "id", "in", "ids", "]", ",", "[", "]", ")", "if", "disable_sync_read", "else", "getter", "(", "ids", ")", ")", "if", "not", "values", ":", "return", "False", "for", "m", ",", "val", "in", "zip", "(", "motors", ",", "values", ")", ":", "m", ".", "__dict__", "[", "self", ".", "varname", "]", "=", "val", "for", "m", "in", "motors", ":", "m", ".", "_read_synced", "[", "self", ".", "varname", "]", ".", "done", "(", ")", "return", "True" ]

[ "Gets", "the", "value", "from", "the", "specified", "register", "and", "sets", "it", "to", "the", ":", "class", ":", "~pypot", ".", "dynamixel", ".", "motor", ".", "DxlMotor", "." ]

[ "def", "render", "(", "self", ",", "template", ",", "*", "*", "data", ")", ":", "# make a copy and update the copy", "dct", "=", "self", ".", "global_data", ".", "copy", "(", ")", "dct", ".", "update", "(", "data", ")", "try", ":", "html", "=", "self", ".", "env", ".", "get_template", "(", "template", ")", ".", "render", "(", "*", "*", "dct", ")", "except", "TemplateNotFound", ":", "raise", "JinjaTemplateNotFound", "return", "html" ]

[ "Render", "data", "with", "template", "return", "html", "unicodes", ".", "parameters", "template", "str", "the", "template", "s", "filename", "data", "dict", "the", "data", "to", "render" ]

[ "def", "apply_async", "(", "f", ",", "args", "=", "(", ")", ",", "kwargs", "=", "None", ",", "callback", "=", "None", ")", ":", "try", ":", "value", "=", "(", "identity", "if", "callback", "is", "None", "else", "callback", ")", "(", "f", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", "or", "{", "}", ")", ",", ")", "successful", "=", "True", "except", "Exception", "as", "e", ":", "value", "=", "e", "successful", "=", "False", "return", "ApplyAsyncResult", "(", "value", ",", "successful", ")" ]

[ "Apply", "a", "function", "but", "emulate", "the", "API", "of", "an", "asynchronous", "call", "." ]

[ "def", "format_from_extension", "(", "fname", ")", ":", "_base", ",", "ext", "=", "os", ".", "path", ".", "splitext", "(", "fname", ")", "if", "not", "ext", ":", "return", "None", "try", ":", "format", "=", "known_extensions", "[", "ext", ".", "replace", "(", "'.'", ",", "''", ")", "]", "except", "KeyError", ":", "format", "=", "None", "return", "format" ]

[ "Tries", "to", "infer", "a", "protocol", "from", "the", "file", "extension", "." ]

[ "def", "move", "(", "self", ",", "path", ",", "raise_if_exists", "=", "False", ")", ":", "self", ".", "rename", "(", "path", ",", "raise_if_exists", "=", "raise_if_exists", ")" ]

[ "Alias", "for", "rename", "()" ]

[ "def", "get_dump_best_secondary", "(", "self", ",", "max_repl_lag", "=", "None", ")", ":", "secondary_lag_tuples", "=", "[", "]", "primary_member", "=", "self", ".", "get_primary_member", "(", ")", "if", "not", "primary_member", ":", "raise", "MongoctlException", "(", "\"Unable to determine primary member for\"", "\" cluster '%s'\"", "%", "self", ".", "id", ")", "master_status", "=", "primary_member", ".", "get_server", "(", ")", ".", "get_member_rs_status", "(", ")", "if", "not", "master_status", ":", "raise", "MongoctlException", "(", "\"Unable to determine replicaset status for\"", "\" primary member '%s'\"", "%", "primary_member", ".", "get_server", "(", ")", ".", "id", ")", "for", "member", "in", "self", ".", "get_members", "(", ")", ":", "if", "member", ".", "get_server", "(", ")", ".", "is_secondary", "(", ")", ":", "repl_lag", "=", "member", ".", "get_server", "(", ")", ".", "get_repl_lag", "(", "master_status", ")", "if", "max_repl_lag", "and", "repl_lag", ">", "max_repl_lag", ":", "log_info", "(", "\"Excluding member '%s' because it's repl lag \"", "\"(in seconds)%s is more than max %s. \"", "%", "(", "member", ".", "get_server", "(", ")", ".", "id", ",", "repl_lag", ",", "max_repl_lag", ")", ")", "continue", "secondary_lag_tuples", ".", "append", "(", "(", "member", ",", "repl_lag", ")", ")", "def", "best_secondary_comp", "(", "x", ",", "y", ")", ":", "x_mem", ",", "x_lag", "=", "x", "y_mem", ",", "y_lag", "=", "y", "if", "x_mem", ".", "is_passive", "(", ")", ":", "if", "y_mem", ".", "is_passive", "(", ")", ":", "return", "x_lag", "-", "y_lag", "else", ":", "return", "-", "1", "elif", "y_mem", ".", "is_passive", "(", ")", ":", "return", "1", "else", ":", "return", "x_lag", "-", "y_lag", "if", "secondary_lag_tuples", ":", "secondary_lag_tuples", ".", "sort", "(", "best_secondary_comp", ")", "return", "secondary_lag_tuples", "[", "0", "]", "[", "0", "]" ]

[ "Returns", "the", "best", "secondary", "member", "to", "be", "used", "for", "dumping", "best", "=", "passives", "with", "least", "lags", "if", "no", "passives", "then", "least", "lag" ]

[ "def", "puts", "(", "text", ",", "end", "=", "\"\\n\"", ",", "flush", "=", "True", ",", "stream", "=", "sys", ".", "stdout", ")", ":", "stream", ".", "write", "(", "str", "(", "text", ")", "+", "end", ")", "if", "flush", ":", "stream", ".", "flush", "(", ")" ]

[ "Print", "text", "to", "stream", "(", "default", ":", "sys", ".", "stdout", ")", "and", "auto", "-", "flush", "." ]

[ "def", "import_csv", "(", "file_name", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "# File delimiters", "sep", "=", "kwargs", ".", "get", "(", "'separator'", ",", "\",\"", ")", "content", "=", "exch", ".", "read_file", "(", "file_name", ",", "skip_lines", "=", "1", ")", "return", "exch", ".", "import_text_data", "(", "content", ",", "sep", ")" ]

[ "Reads", "control", "points", "from", "a", "CSV", "file", "and", "generates", "a", "1", "-", "dimensional", "list", "of", "control", "points", "." ]

[ "def", "section_radial_distances", "(", "neurites", ",", "neurite_type", "=", "NeuriteType", ".", "all", ",", "origin", "=", "None", ",", "iterator_type", "=", "Tree", ".", "ipreorder", ")", ":", "dist", "=", "[", "]", "for", "n", "in", "iter_neurites", "(", "neurites", ",", "filt", "=", "is_type", "(", "neurite_type", ")", ")", ":", "pos", "=", "n", ".", "root_node", ".", "points", "[", "0", "]", "if", "origin", "is", "None", "else", "origin", "dist", ".", "extend", "(", "sectionfunc", ".", "section_radial_distance", "(", "s", ",", "pos", ")", "for", "s", "in", "iter_sections", "(", "n", ",", "iterator_type", "=", "iterator_type", ")", ")", "return", "dist" ]

[ "Section", "radial", "distances", "in", "a", "collection", "of", "neurites", ".", "The", "iterator_type", "can", "be", "used", "to", "select", "only", "terminal", "sections", "(", "ileaf", ")", "or", "only", "bifurcations", "(", "ibifurcation_point", ")", "." ]

[ "def", "adsb_vehicle_encode", "(", "self", ",", "ICAO_address", ",", "lat", ",", "lon", ",", "altitude_type", ",", "altitude", ",", "heading", ",", "hor_velocity", ",", "ver_velocity", ",", "callsign", ",", "emitter_type", ",", "tslc", ",", "flags", ",", "squawk", ")", ":", "return", "MAVLink_adsb_vehicle_message", "(", "ICAO_address", ",", "lat", ",", "lon", ",", "altitude_type", ",", "altitude", ",", "heading", ",", "hor_velocity", ",", "ver_velocity", ",", "callsign", ",", "emitter_type", ",", "tslc", ",", "flags", ",", "squawk", ")" ]

[ "The", "location", "and", "information", "of", "an", "ADSB", "vehicle" ]

[ "def", "p_function_def", "(", "p", ")", ":", "parts", "=", "_makeparts", "(", "p", ")", "body", "=", "parts", "[", "-", "1", "]", "name", "=", "parts", "[", "ast", ".", "findfirstkind", "(", "parts", ",", "'word'", ")", "]", "p", "[", "0", "]", "=", "ast", ".", "node", "(", "kind", "=", "'function'", ",", "name", "=", "name", ",", "body", "=", "body", ",", "parts", "=", "parts", ",", "pos", "=", "_partsspan", "(", "parts", ")", ")" ]

[ "function_def", ":", "WORD", "LEFT_PAREN", "RIGHT_PAREN", "newline_list", "function_body", "|", "FUNCTION", "WORD", "LEFT_PAREN", "RIGHT_PAREN", "newline_list", "function_body", "|", "FUNCTION", "WORD", "newline_list", "function_body" ]

[ "def", "find_syslog_address", "(", ")", ":", "if", "sys", ".", "platform", "==", "'darwin'", "and", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "LOG_DEVICE_MACOSX", ")", ":", "return", "LOG_DEVICE_MACOSX", "elif", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "LOG_DEVICE_UNIX", ")", ":", "return", "LOG_DEVICE_UNIX", "else", ":", "return", "'localhost'", ",", "logging", ".", "handlers", ".", "SYSLOG_UDP_PORT" ]

[ "Find", "the", "most", "suitable", "destination", "for", "system", "log", "messages", "." ]

[ "def", "enqueue_request", "(", "self", ",", "request", ")", ":", "if", "not", "request", ".", "dont_filter", "and", "self", ".", "dupefilter", ".", "request_seen", "(", "request", ")", ":", "self", ".", "logger", ".", "debug", "(", "\"Request not added back to redis\"", ")", "return", "req_dict", "=", "self", ".", "request_to_dict", "(", "request", ")", "if", "not", "self", ".", "is_blacklisted", "(", "req_dict", "[", "'meta'", "]", "[", "'appid'", "]", ",", "req_dict", "[", "'meta'", "]", "[", "'crawlid'", "]", ")", ":", "# grab the tld of the request", "ex_res", "=", "self", ".", "extract", "(", "req_dict", "[", "'url'", "]", ")", "key", "=", "\"{sid}:{dom}.{suf}:queue\"", ".", "format", "(", "sid", "=", "req_dict", "[", "'meta'", "]", "[", "'spiderid'", "]", ",", "dom", "=", "ex_res", ".", "domain", ",", "suf", "=", "ex_res", ".", "suffix", ")", "curr_time", "=", "time", ".", "time", "(", ")", "domain", "=", "\"{d}.{s}\"", ".", "format", "(", "d", "=", "ex_res", ".", "domain", ",", "s", "=", "ex_res", ".", "suffix", ")", "# allow only if we want all requests or we want", "# everything but blacklisted domains", "# insert if crawl never expires (0) or time < expires", "if", "(", "self", ".", "backlog_blacklist", "or", "(", "not", "self", ".", "backlog_blacklist", "and", "domain", "not", "in", "self", ".", "black_domains", ")", ")", "and", "(", "req_dict", "[", "'meta'", "]", "[", "'expires'", "]", "==", "0", "or", "curr_time", "<", "req_dict", "[", "'meta'", "]", "[", "'expires'", "]", ")", ":", "# we may already have the queue in memory", "if", "key", "in", "self", ".", "queue_keys", ":", "self", ".", "queue_dict", "[", "key", "]", "[", "0", "]", ".", "push", "(", "req_dict", ",", "req_dict", "[", "'meta'", "]", "[", "'priority'", "]", ")", "else", ":", "# shoving into a new redis queue, negative b/c of sorted sets", "# this will populate ourself and other schedulers when", "# they call create_queues", "self", ".", "redis_conn", ".", "zadd", "(", "key", ",", "ujson", ".", "dumps", "(", "req_dict", ")", ",", "-", "req_dict", "[", "'meta'", "]", "[", "'priority'", "]", ")", "self", ".", "logger", ".", "debug", "(", "\"Crawlid: '{id}' Appid: '{appid}' added to queue\"", ".", "format", "(", "appid", "=", "req_dict", "[", "'meta'", "]", "[", "'appid'", "]", ",", "id", "=", "req_dict", "[", "'meta'", "]", "[", "'crawlid'", "]", ")", ")", "else", ":", "self", ".", "logger", ".", "debug", "(", "\"Crawlid: '{id}' Appid: '{appid}' expired\"", ".", "format", "(", "appid", "=", "req_dict", "[", "'meta'", "]", "[", "'appid'", "]", ",", "id", "=", "req_dict", "[", "'meta'", "]", "[", "'crawlid'", "]", ")", ")", "else", ":", "self", ".", "logger", ".", "debug", "(", "\"Crawlid: '{id}' Appid: '{appid}' blacklisted\"", ".", "format", "(", "appid", "=", "req_dict", "[", "'meta'", "]", "[", "'appid'", "]", ",", "id", "=", "req_dict", "[", "'meta'", "]", "[", "'crawlid'", "]", ")", ")" ]

[ "Pushes", "a", "request", "from", "the", "spider", "into", "the", "proper", "throttled", "queue" ]

[ "def", "get_meminfo", "(", "opts", ")", ":", "meminfo", "=", "MemInfo", "(", ")", "outunit", "=", "opts", ".", "outunit", "try", ":", "with", "open", "(", "memfname", ")", "as", "infile", ":", "lines", "=", "infile", ".", "readlines", "(", ")", "except", "IOError", ":", "return", "None", "for", "line", "in", "lines", ":", "# format: 'MemTotal: 511456 kB\\n'", "tokens", "=", "line", ".", "split", "(", ")", "if", "tokens", ":", "name", ",", "value", "=", "tokens", "[", "0", "]", "[", ":", "-", "1", "]", ".", "lower", "(", ")", ",", "tokens", "[", "1", "]", "# rm :", "if", "len", "(", "tokens", ")", "==", "2", ":", "continue", "unit", "=", "tokens", "[", "2", "]", ".", "lower", "(", ")", "# parse_result to bytes TODO", "value", "=", "int", "(", "value", ")", "if", "unit", "==", "'kb'", ":", "value", "=", "value", "*", "1024", "# most likely", "elif", "unit", "==", "'b'", ":", "value", "=", "value", "elif", "unit", "==", "'mb'", ":", "value", "=", "value", "*", "1024", "*", "1024", "elif", "unit", "==", "'gb'", ":", "value", "=", "value", "*", "1024", "*", "1024", "*", "1024", "setattr", "(", "meminfo", ",", "name", ",", "value", "/", "outunit", ")", "cache", "=", "meminfo", ".", "cached", "+", "meminfo", ".", "buffers", "meminfo", ".", "used", "=", "meminfo", ".", "memtotal", "-", "meminfo", ".", "memfree", "-", "cache", "meminfo", ".", "swapused", "=", "(", "meminfo", ".", "swaptotal", "-", "meminfo", ".", "swapcached", "-", "meminfo", ".", "swapfree", ")", "return", "meminfo" ]

[ "Returns", "a", "dictionary", "holding", "the", "current", "memory", "info", "divided", "by", "the", "ouptut", "unit", ".", "If", "mem", "info", "can", "t", "be", "read", "returns", "None", "." ]

[ "def", "_get_prefetched_translations", "(", "self", ",", "meta", "=", "None", ")", ":", "if", "meta", "is", "None", ":", "meta", "=", "self", ".", "_parler_meta", ".", "root", "related_name", "=", "meta", ".", "rel_name", "try", ":", "# Read the list directly, avoid QuerySet construction.", "# Accessing self._get_translated_queryset(parler_meta)._prefetch_done is more expensive.", "return", "self", ".", "_prefetched_objects_cache", "[", "related_name", "]", "except", "(", "AttributeError", ",", "KeyError", ")", ":", "return", "None" ]

[ "Return", "the", "queryset", "with", "prefetch", "results", "." ]

[ "def", "get_descendants", "(", "self", ")", ":", "return", "self", ".", "__class__", ".", "get_tree", "(", "self", ")", ".", "exclude", "(", "pk", "=", "self", ".", "pk", ")" ]

[ ":", "returns", ":", "A", "queryset", "of", "all", "the", "node", "s", "descendants", "as", "DFS", "doesn", "t", "include", "the", "node", "itself" ]

[ "def", "random_mixed_actions", "(", "nums_actions", ",", "random_state", "=", "None", ")", ":", "random_state", "=", "check_random_state", "(", "random_state", ")", "action_profile", "=", "tuple", "(", "[", "probvec", "(", "1", ",", "num_actions", ",", "random_state", ")", ".", "ravel", "(", ")", "for", "num_actions", "in", "nums_actions", "]", ")", "return", "action_profile" ]

[ "Return", "a", "tuple", "of", "random", "mixed", "actions", "(", "vectors", "of", "floats", ")", "." ]

[ "def", "set_active_vectors", "(", "self", ",", "name", ",", "preference", "=", "'cell'", ")", ":", "_", ",", "field", "=", "get_scalar", "(", "self", ",", "name", ",", "preference", "=", "preference", ",", "info", "=", "True", ")", "if", "field", "==", "POINT_DATA_FIELD", ":", "self", ".", "GetPointData", "(", ")", ".", "SetActiveVectors", "(", "name", ")", "elif", "field", "==", "CELL_DATA_FIELD", ":", "self", ".", "GetCellData", "(", ")", ".", "SetActiveVectors", "(", "name", ")", "else", ":", "raise", "RuntimeError", "(", "'Data field ({}) not useable'", ".", "format", "(", "field", ")", ")", "self", ".", "_active_vectors_info", "=", "[", "field", ",", "name", "]" ]

[ "Finds", "the", "vectors", "by", "name", "and", "appropriately", "sets", "it", "as", "active" ]

[ "def", "_get_primary_index_in_altered_table", "(", "self", ",", "diff", ")", ":", "primary_index", "=", "{", "}", "for", "index", "in", "self", ".", "_get_indexes_in_altered_table", "(", "diff", ")", ".", "values", "(", ")", ":", "if", "index", ".", "is_primary", "(", ")", ":", "primary_index", "=", "{", "index", ".", "get_name", "(", ")", ":", "index", "}", "return", "primary_index" ]

[ ":", "param", "diff", ":", "The", "table", "diff", ":", "type", "diff", ":", "orator", ".", "dbal", ".", "table_diff", ".", "TableDiff" ]

[ "def", "cutadaptit_single", "(", "data", ",", "sample", ")", ":", "sname", "=", "sample", ".", "name", "## if (GBS, ddRAD) we look for the second cut site + adapter. For single-end", "## data we don't bother trying to remove the second barcode since it's not", "## as critical as with PE data.", "if", "data", ".", "paramsdict", "[", "\"datatype\"", "]", "==", "\"rad\"", ":", "adapter", "=", "data", ".", "_hackersonly", "[", "\"p3_adapter\"", "]", "else", ":", "## if GBS then the barcode can also be on the other side. ", "if", "data", ".", "paramsdict", "[", "\"datatype\"", "]", "==", "\"gbs\"", ":", "## make full adapter (-revcompcut-revcompbarcode-adapter)", "## and add adapter without revcompbarcode", "if", "data", ".", "barcodes", ":", "adapter", "=", "fullcomp", "(", "data", ".", "paramsdict", "[", "\"restriction_overhang\"", "]", "[", "1", "]", ")", "[", ":", ":", "-", "1", "]", "+", "fullcomp", "(", "data", ".", "barcodes", "[", "sample", ".", "name", "]", ")", "[", ":", ":", "-", "1", "]", "+", "data", ".", "_hackersonly", "[", "\"p3_adapter\"", "]", "## add incomplete adapter to extras (-recompcut-adapter)", "data", ".", "_hackersonly", "[", "\"p3_adapters_extra\"", "]", ".", "append", "(", "fullcomp", "(", "data", ".", "paramsdict", "[", "\"restriction_overhang\"", "]", "[", "1", "]", ")", "[", ":", ":", "-", "1", "]", "+", "data", ".", "_hackersonly", "[", "\"p3_adapter\"", "]", ")", "else", ":", "LOGGER", ".", "warning", "(", "\"No barcode information present, and is therefore not \"", "+", "\"being used for adapter trimming of SE gbs data.\"", ")", "## else no search for barcodes on 3'", "adapter", "=", "fullcomp", "(", "data", ".", "paramsdict", "[", "\"restriction_overhang\"", "]", "[", "1", "]", ")", "[", ":", ":", "-", "1", "]", "+", "data", ".", "_hackersonly", "[", "\"p3_adapter\"", "]", "else", ":", "adapter", "=", "fullcomp", "(", "data", ".", "paramsdict", "[", "\"restriction_overhang\"", "]", "[", "1", "]", ")", "[", ":", ":", "-", "1", "]", "+", "data", ".", "_hackersonly", "[", "\"p3_adapter\"", "]", "## get length trim parameter from new or older version of ipyrad params", "trim5r1", "=", "trim3r1", "=", "[", "]", "if", "data", ".", "paramsdict", ".", "get", "(", "\"trim_reads\"", ")", ":", "trimlen", "=", "data", ".", "paramsdict", ".", "get", "(", "\"trim_reads\"", ")", "## trim 5' end", "if", "trimlen", "[", "0", "]", ":", "trim5r1", "=", "[", "\"-u\"", ",", "str", "(", "trimlen", "[", "0", "]", ")", "]", "if", "trimlen", "[", "1", "]", "<", "0", ":", "trim3r1", "=", "[", "\"-u\"", ",", "str", "(", "trimlen", "[", "1", "]", ")", "]", "if", "trimlen", "[", "1", "]", ">", "0", ":", "trim3r1", "=", "[", "\"--length\"", ",", "str", "(", "trimlen", "[", "1", "]", ")", "]", "else", ":", "trimlen", "=", "data", ".", "paramsdict", ".", "get", "(", "\"edit_cutsites\"", ")", "trim5r1", "=", "[", "\"--cut\"", ",", "str", "(", "trimlen", "[", "0", "]", ")", "]", "## testing new 'trim_reads' setting", "cmdf1", "=", "[", "\"cutadapt\"", "]", "if", "trim5r1", ":", "cmdf1", "+=", "trim5r1", "if", "trim3r1", ":", "cmdf1", "+=", "trim3r1", "cmdf1", "+=", "[", "\"--minimum-length\"", ",", "str", "(", "data", ".", "paramsdict", "[", "\"filter_min_trim_len\"", "]", ")", ",", "\"--max-n\"", ",", "str", "(", "data", ".", "paramsdict", "[", "\"max_low_qual_bases\"", "]", ")", ",", "\"--trim-n\"", ",", "\"--output\"", ",", "OPJ", "(", "data", ".", "dirs", ".", "edits", ",", "sname", "+", "\".trimmed_R1_.fastq.gz\"", ")", ",", "sample", ".", "files", ".", "concat", "[", "0", "]", "[", "0", "]", "]", "if", "int", "(", "data", ".", "paramsdict", "[", "\"filter_adapters\"", "]", ")", ":", "## NEW: only quality trim the 3' end for SE data.", "cmdf1", ".", "insert", "(", "1", ",", "\"20\"", ")", "cmdf1", ".", "insert", "(", "1", ",", "\"-q\"", ")", "cmdf1", ".", "insert", "(", "1", ",", "str", "(", "data", ".", "paramsdict", "[", "\"phred_Qscore_offset\"", "]", ")", ")", "cmdf1", ".", "insert", "(", "1", ",", "\"--quality-base\"", ")", "## if filter_adapters==3 then p3_adapters_extra will already have extra", "## poly adapters added to its list. ", "if", "int", "(", "data", ".", "paramsdict", "[", "\"filter_adapters\"", "]", ")", ">", "1", ":", "## first enter extra cuts (order of input is reversed)", "for", "extracut", "in", "list", "(", "set", "(", "data", ".", "_hackersonly", "[", "\"p3_adapters_extra\"", "]", ")", ")", "[", ":", ":", "-", "1", "]", ":", "cmdf1", ".", "insert", "(", "1", ",", "extracut", ")", "cmdf1", ".", "insert", "(", "1", ",", "\"-a\"", ")", "## then put the main cut so it appears first in command", "cmdf1", ".", "insert", "(", "1", ",", "adapter", ")", "cmdf1", ".", "insert", "(", "1", ",", "\"-a\"", ")", "## do modifications to read1 and write to tmp file", "LOGGER", ".", "info", "(", "cmdf1", ")", "proc1", "=", "sps", ".", "Popen", "(", "cmdf1", ",", "stderr", "=", "sps", ".", "STDOUT", ",", "stdout", "=", "sps", ".", "PIPE", ",", "close_fds", "=", "True", ")", "try", ":", "res1", "=", "proc1", ".", "communicate", "(", ")", "[", "0", "]", "except", "KeyboardInterrupt", ":", "proc1", ".", "kill", "(", ")", "raise", "KeyboardInterrupt", "## raise errors if found", "if", "proc1", ".", "returncode", ":", "raise", "IPyradWarningExit", "(", "\" error in {}\\n {}\"", ".", "format", "(", "\" \"", ".", "join", "(", "cmdf1", ")", ",", "res1", ")", ")", "## return result string to be parsed outside of engine", "return", "res1" ]

[ "Applies", "quality", "and", "adapter", "filters", "to", "reads", "using", "cutadapt", ".", "If", "the", "ipyrad", "filter", "param", "is", "set", "to", "0", "then", "it", "only", "filters", "to", "hard", "trim", "edges", "and", "uses", "mintrimlen", ".", "If", "filter", "=", "1", "we", "add", "quality", "filters", ".", "If", "filter", "=", "2", "we", "add", "adapter", "filters", "." ]

[ "def", "generate", "(", "data", ",", "algorithms", "=", "(", "DEFAULT_ALOGRITHM", ",", ")", ")", ":", "return", "(", "Hash", ".", "fromresource", "(", "data", ",", "algorithm", ")", "for", "algorithm", "in", "algorithms", ")" ]

[ "Yields", "subresource", "integrity", "Hash", "objects", "for", "the", "given", "data", "&", "algorithms" ]

[ "def", "_pruaf", "(", "self", ")", ":", "return", "1", "+", "0.47", "*", "self", ".", "catchment", ".", "descriptors", ".", "urbext", "(", "self", ".", "year", ")", "*", "self", ".", "catchment", ".", "descriptors", ".", "bfihost", "/", "(", "1", "-", "self", ".", "catchment", ".", "descriptors", ".", "bfihost", ")" ]

[ "Return", "percentage", "runoff", "urban", "adjustment", "factor", "." ]

[ "def", "get_partition_function", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "check_model", "(", ")", ":", "factor", "=", "self", ".", "factors", "[", "0", "]", "factor", "=", "factor_product", "(", "factor", ",", "*", "[", "self", ".", "factors", "[", "i", "]", "for", "i", "in", "range", "(", "1", ",", "len", "(", "self", ".", "factors", ")", ")", "]", ")", "return", "np", ".", "sum", "(", "factor", ".", "values", ")" ]

[ "r", "Returns", "the", "partition", "function", "for", "a", "given", "undirected", "graph", "." ]

[ "def", "diff", "(", "self", ",", "cursor", "=", "'null'", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "params", "=", "{", "'cursor'", ":", "cursor", ",", "}", "return", "self", ".", "_request", "(", "'file'", ",", "'diff'", ",", "extra_params", "=", "params", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "文件增量更新操作查询接口", ".", "本接口有数秒延迟，但保证返回结果为最终一致", "." ]

[ "def", "change_angles", "(", "method", ",", "theta", ",", "tol", "=", "1e-10", ")", ":", "try", ":", "theta_new", "=", "np", ".", "zeros", "(", "theta", ".", "shape", ")", "for", "i", ",", "thet", "in", "enumerate", "(", "theta", ")", ":", "try", ":", "# theta is vector", "theta_new", "[", "i", "]", "=", "method", "(", "thet", ",", "tol", ")", "except", ":", "# theta is matrix", "for", "j", ",", "th", "in", "enumerate", "(", "thet", ")", ":", "try", ":", "theta_new", "[", "i", ",", "j", "]", "=", "method", "(", "th", ",", "tol", ")", "except", ":", "# theta is tensor", "for", "k", ",", "t", "in", "enumerate", "(", "th", ")", ":", "theta_new", "[", "i", ",", "j", ",", "k", "]", "=", "method", "(", "t", ",", "tol", ")", "return", "theta_new", "except", ":", "return", "method", "(", "theta", ",", "tol", ")" ]

[ "Function", "used", "by", "all", "angle", "conversion", "functions", "(", "from_x_to_x_pi", "(", "...", "))" ]

[ "def", "close", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "_resource", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "_pool", ".", "put_resource", "(", "self", ".", "_resource", ")", "self", ".", "_resource", "=", "None", "self", ".", "_pool", "=", "None" ]

[ "Returns", "the", "resource", "to", "the", "resource", "pool", "." ]

[ "def", "infix_to_postfix", "(", "nodes", ",", "*", ",", "recurse_types", "=", "None", ")", ":", "output", "=", "[", "]", "operators", "=", "[", "]", "for", "node", "in", "nodes", ":", "if", "isinstance", "(", "node", ",", "OperatorNode", ")", ":", "# Drain out all operators whose precedence is gte the node's...", "cmp_operator", "=", "node", ".", "operator", "while", "operators", ":", "current_operator", "=", "operators", "[", "-", "1", "]", ".", "operator", "if", "current_operator", ".", "precedence", ">", "cmp_operator", ".", "precedence", "or", "current_operator", ".", "precedence", "==", "cmp_operator", ".", "precedence", "and", "current_operator", ".", "association", "==", "Association", ".", "left", ":", "output", ".", "append", "(", "operators", ".", "pop", "(", ")", ")", "else", ":", "break", "operators", ".", "append", "(", "node", ")", "else", ":", "if", "recurse_types", "is", "not", "None", "and", "node", ".", "node_type", "in", "recurse_types", ":", "output", ".", "extend", "(", "infix_to_postfix", "(", "node", ".", "children", ",", "recurse_types", "=", "recurse_types", ")", ")", "else", ":", "output", ".", "append", "(", "node", ")", "return", "output", "+", "list", "(", "reversed", "(", "operators", ")", ")" ]

[ "Convert", "a", "list", "of", "nodes", "in", "infix", "order", "to", "a", "list", "of", "nodes", "in", "postfix", "order", "." ]

[ "def", "_get_starting_paths", "(", "self", ",", "curdir", ")", ":", "results", "=", "[", "curdir", "]", "if", "not", "self", ".", "_is_parent", "(", "curdir", ")", "and", "not", "self", ".", "_is_this", "(", "curdir", ")", ":", "fullpath", "=", "os", ".", "path", ".", "abspath", "(", "curdir", ")", "basename", "=", "os", ".", "path", ".", "basename", "(", "fullpath", ")", "dirname", "=", "os", ".", "path", ".", "dirname", "(", "fullpath", ")", "if", "basename", ":", "matcher", "=", "self", ".", "_get_matcher", "(", "basename", ")", "results", "=", "[", "os", ".", "path", ".", "basename", "(", "name", ")", "for", "name", "in", "self", ".", "_glob_dir", "(", "dirname", ",", "matcher", ",", "self", ")", "]", "return", "results" ]

[ "Get", "the", "starting", "location", "." ]

[ "def", "render_page", "(", "page", ",", "page_args", ")", ":", "print", "(", "page_args", ")", "template_name", "=", "page", ".", "template", "if", "page", ".", "template", "else", "page", ".", "name", "template", "=", "\"signage/pages/{}.html\"", ".", "format", "(", "template_name", ")", "if", "page", ".", "function", ":", "context_method", "=", "getattr", "(", "pages", ",", "page", ".", "function", ")", "else", ":", "context_method", "=", "getattr", "(", "pages", ",", "page", ".", "name", ")", "sign", ",", "request", "=", "page_args", "context", "=", "context_method", "(", "page", ",", "sign", ",", "request", ")", "return", "render_to_string", "(", "template", ",", "context", ")" ]

[ "Renders", "the", "template", "at", "page", ".", "template" ]

[ "def", "bb_get_instr_max_width", "(", "basic_block", ")", ":", "asm_mnemonic_max_width", "=", "0", "for", "instr", "in", "basic_block", ":", "if", "len", "(", "instr", ".", "mnemonic", ")", ">", "asm_mnemonic_max_width", ":", "asm_mnemonic_max_width", "=", "len", "(", "instr", ".", "mnemonic", ")", "return", "asm_mnemonic_max_width" ]

[ "Get", "maximum", "instruction", "mnemonic", "width" ]

[ "def", "splitPolygon", "(", "self", ",", "polygon", ",", "coplanarFront", ",", "coplanarBack", ",", "front", ",", "back", ")", ":", "COPLANAR", "=", "0", "# all the vertices are within EPSILON distance from plane", "FRONT", "=", "1", "# all the vertices are in front of the plane", "BACK", "=", "2", "# all the vertices are at the back of the plane", "SPANNING", "=", "3", "# some vertices are in front, some in the back", "# Classify each point as well as the entire polygon into one of the above", "# four classes.", "polygonType", "=", "0", "vertexLocs", "=", "[", "]", "numVertices", "=", "len", "(", "polygon", ".", "vertices", ")", "for", "i", "in", "range", "(", "numVertices", ")", ":", "t", "=", "self", ".", "normal", ".", "dot", "(", "polygon", ".", "vertices", "[", "i", "]", ".", "pos", ")", "-", "self", ".", "w", "loc", "=", "-", "1", "if", "t", "<", "-", "Plane", ".", "EPSILON", ":", "loc", "=", "BACK", "elif", "t", ">", "Plane", ".", "EPSILON", ":", "loc", "=", "FRONT", "else", ":", "loc", "=", "COPLANAR", "polygonType", "|=", "loc", "vertexLocs", ".", "append", "(", "loc", ")", "# Put the polygon in the correct list, splitting it when necessary.", "if", "polygonType", "==", "COPLANAR", ":", "normalDotPlaneNormal", "=", "self", ".", "normal", ".", "dot", "(", "polygon", ".", "plane", ".", "normal", ")", "if", "normalDotPlaneNormal", ">", "0", ":", "coplanarFront", ".", "append", "(", "polygon", ")", "else", ":", "coplanarBack", ".", "append", "(", "polygon", ")", "elif", "polygonType", "==", "FRONT", ":", "front", ".", "append", "(", "polygon", ")", "elif", "polygonType", "==", "BACK", ":", "back", ".", "append", "(", "polygon", ")", "elif", "polygonType", "==", "SPANNING", ":", "f", "=", "[", "]", "b", "=", "[", "]", "for", "i", "in", "range", "(", "numVertices", ")", ":", "j", "=", "(", "i", "+", "1", ")", "%", "numVertices", "ti", "=", "vertexLocs", "[", "i", "]", "tj", "=", "vertexLocs", "[", "j", "]", "vi", "=", "polygon", ".", "vertices", "[", "i", "]", "vj", "=", "polygon", ".", "vertices", "[", "j", "]", "if", "ti", "!=", "BACK", ":", "f", ".", "append", "(", "vi", ")", "if", "ti", "!=", "FRONT", ":", "if", "ti", "!=", "BACK", ":", "b", ".", "append", "(", "vi", ".", "clone", "(", ")", ")", "else", ":", "b", ".", "append", "(", "vi", ")", "if", "(", "ti", "|", "tj", ")", "==", "SPANNING", ":", "# interpolation weight at the intersection point", "t", "=", "(", "self", ".", "w", "-", "self", ".", "normal", ".", "dot", "(", "vi", ".", "pos", ")", ")", "/", "self", ".", "normal", ".", "dot", "(", "vj", ".", "pos", ".", "minus", "(", "vi", ".", "pos", ")", ")", "# intersection point on the plane", "v", "=", "vi", ".", "interpolate", "(", "vj", ",", "t", ")", "f", ".", "append", "(", "v", ")", "b", ".", "append", "(", "v", ".", "clone", "(", ")", ")", "if", "len", "(", "f", ")", ">=", "3", ":", "front", ".", "append", "(", "Polygon", "(", "f", ",", "polygon", ".", "shared", ")", ")", "if", "len", "(", "b", ")", ">=", "3", ":", "back", ".", "append", "(", "Polygon", "(", "b", ",", "polygon", ".", "shared", ")", ")" ]

[ "Split", "polygon", "by", "this", "plane", "if", "needed", "then", "put", "the", "polygon", "or", "polygon", "fragments", "in", "the", "appropriate", "lists", ".", "Coplanar", "polygons", "go", "into", "either", "coplanarFront", "or", "coplanarBack", "depending", "on", "their", "orientation", "with", "respect", "to", "this", "plane", ".", "Polygons", "in", "front", "or", "in", "back", "of", "this", "plane", "go", "into", "either", "front", "or", "back" ]

[ "def", "show_dropped", "(", "self", ")", ":", "ctx", "=", "_find_context", "(", "self", ".", "broker", ")", "if", "ctx", "and", "ctx", ".", "all_files", ":", "ds", "=", "self", ".", "broker", ".", "get_by_type", "(", "datasource", ")", "vals", "=", "[", "]", "for", "v", "in", "ds", ".", "values", "(", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "v", ",", "list", ")", ":", "vals", ".", "extend", "(", "d", ".", "path", "for", "d", "in", "v", ")", "else", ":", "vals", ".", "append", "(", "v", ".", "path", ")", "dropped", "=", "set", "(", "ctx", ".", "all_files", ")", "-", "set", "(", "vals", ")", "pprint", "(", "\"Dropped Files:\"", ",", "stream", "=", "self", ".", "stream", ")", "pprint", "(", "dropped", ",", "indent", "=", "4", ",", "stream", "=", "self", ".", "stream", ")" ]

[ "Show", "dropped", "files" ]

[ "def", "_pki_minions", "(", "self", ")", ":", "minions", "=", "[", "]", "pki_cache_fn", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "self", ".", "opts", "[", "'pki_dir'", "]", ",", "self", ".", "acc", ",", "'.key_cache'", ")", "try", ":", "os", ".", "makedirs", "(", "os", ".", "path", ".", "dirname", "(", "pki_cache_fn", ")", ")", "except", "OSError", ":", "pass", "try", ":", "if", "self", ".", "opts", "[", "'key_cache'", "]", "and", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "pki_cache_fn", ")", ":", "log", ".", "debug", "(", "'Returning cached minion list'", ")", "if", "six", ".", "PY2", ":", "with", "salt", ".", "utils", ".", "files", ".", "fopen", "(", "pki_cache_fn", ")", "as", "fn_", ":", "return", "self", ".", "serial", ".", "load", "(", "fn_", ")", "else", ":", "with", "salt", ".", "utils", ".", "files", ".", "fopen", "(", "pki_cache_fn", ",", "mode", "=", "'rb'", ")", "as", "fn_", ":", "return", "self", ".", "serial", ".", "load", "(", "fn_", ")", "else", ":", "for", "fn_", "in", "salt", ".", "utils", ".", "data", ".", "sorted_ignorecase", "(", "os", ".", "listdir", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "self", ".", "opts", "[", "'pki_dir'", "]", ",", "self", ".", "acc", ")", ")", ")", ":", "if", "not", "fn_", ".", "startswith", "(", "'.'", ")", "and", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "self", ".", "opts", "[", "'pki_dir'", "]", ",", "self", ".", "acc", ",", "fn_", ")", ")", ":", "minions", ".", "append", "(", "fn_", ")", "return", "minions", "except", "OSError", "as", "exc", ":", "log", ".", "error", "(", "'Encountered OSError while evaluating minions in PKI dir: %s'", ",", "exc", ")", "return", "minions" ]

[ "Retreive", "complete", "minion", "list", "from", "PKI", "dir", ".", "Respects", "cache", "if", "configured" ]

[ "def", "from_serializable_data", "(", "cls", ",", "data", ",", "check_fks", "=", "True", ",", "strict_fks", "=", "False", ")", ":", "obj", "=", "model_from_serializable_data", "(", "cls", ",", "data", ",", "check_fks", "=", "check_fks", ",", "strict_fks", "=", "strict_fks", ")", "if", "obj", "is", "None", ":", "return", "None", "child_relations", "=", "get_all_child_relations", "(", "cls", ")", "for", "rel", "in", "child_relations", ":", "rel_name", "=", "rel", ".", "get_accessor_name", "(", ")", "try", ":", "child_data_list", "=", "data", "[", "rel_name", "]", "except", "KeyError", ":", "continue", "related_model", "=", "rel", ".", "related_model", "if", "hasattr", "(", "related_model", ",", "'from_serializable_data'", ")", ":", "children", "=", "[", "related_model", ".", "from_serializable_data", "(", "child_data", ",", "check_fks", "=", "check_fks", ",", "strict_fks", "=", "True", ")", "for", "child_data", "in", "child_data_list", "]", "else", ":", "children", "=", "[", "model_from_serializable_data", "(", "related_model", ",", "child_data", ",", "check_fks", "=", "check_fks", ",", "strict_fks", "=", "True", ")", "for", "child_data", "in", "child_data_list", "]", "children", "=", "filter", "(", "lambda", "child", ":", "child", "is", "not", "None", ",", "children", ")", "setattr", "(", "obj", ",", "rel_name", ",", "children", ")", "return", "obj" ]

[ "Build", "an", "instance", "of", "this", "model", "from", "the", "JSON", "-", "like", "structure", "passed", "in", "recursing", "into", "related", "objects", "as", "required", ".", "If", "check_fks", "is", "true", "it", "will", "check", "whether", "referenced", "foreign", "keys", "still", "exist", "in", "the", "database", ".", "-", "dangling", "foreign", "keys", "on", "related", "objects", "are", "dealt", "with", "by", "either", "nullifying", "the", "key", "or", "dropping", "the", "related", "object", "according", "to", "the", "on_delete", "setting", ".", "-", "dangling", "foreign", "keys", "on", "the", "base", "object", "will", "be", "nullified", "unless", "strict_fks", "is", "true", "in", "which", "case", "any", "dangling", "foreign", "keys", "with", "on_delete", "=", "CASCADE", "will", "cause", "None", "to", "be", "returned", "for", "the", "entire", "object", "." ]

[ "def", "sum_dice", "(", "spec", ")", ":", "if", "spec", "[", "0", "]", "==", "'c'", ":", "return", "spec", "[", "1", "]", "elif", "spec", "[", "0", "]", "==", "'r'", ":", "return", "sum", "(", "spec", "[", "1", "]", ")", "elif", "spec", "[", "0", "]", "==", "'x'", ":", "return", "[", "sum_dice", "(", "r", ")", "for", "r", "in", "spec", "[", "1", "]", "]", "elif", "spec", "[", "0", "]", "in", "ops", ":", "return", "(", "spec", "[", "0", "]", ",", "sum_dice", "(", "spec", "[", "1", "]", ")", ",", "sum_dice", "(", "spec", "[", "2", "]", ")", ")", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Invalid dice specification\"", ")" ]

[ "Replace", "the", "dice", "roll", "arrays", "from", "roll_dice", "in", "place", "with", "summations", "of", "the", "rolls", "." ]

[ "def", "gprmc_to_degdec", "(", "lat", ",", "latDirn", ",", "lng", ",", "lngDirn", ")", ":", "x", "=", "float", "(", "lat", "[", "0", ":", "2", "]", ")", "+", "float", "(", "lat", "[", "2", ":", "]", ")", "/", "60", "y", "=", "float", "(", "lng", "[", "0", ":", "3", "]", ")", "+", "float", "(", "lng", "[", "3", ":", "]", ")", "/", "60", "if", "latDirn", "==", "'S'", ":", "x", "=", "-", "x", "if", "lngDirn", "==", "'W'", ":", "y", "=", "-", "y", "return", "x", ",", "y" ]

[ "Converts", "GPRMC", "formats", "(", "Decimal", "Minutes", ")", "to", "Degrees", "Decimal", "." ]

[ "def", "u2str", "(", "data", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "data", ",", "dict", ")", ":", "return", "{", "u2str", "(", "k", ")", ":", "u2str", "(", "v", ")", "for", "k", ",", "v", "in", "data", ".", "items", "(", ")", "}", "elif", "isinstance", "(", "data", ",", "list", ")", ":", "return", "[", "u2str", "(", "x", ")", "for", "x", "in", "data", "]", "elif", "isinstance", "(", "data", ",", "text_type", ")", ":", "return", "data", ".", "encode", "(", "'utf-8'", ")", "else", ":", "return", "data" ]

[ "Recursively", "converts", "unicode", "objects", "to", "UTF", "-", "8", "encoded", "byte", "strings", "." ]

[ "def", "copy", "(", "self", ")", ":", "return", "CIMClassName", "(", "self", ".", "classname", ",", "host", "=", "self", ".", "host", ",", "namespace", "=", "self", ".", "namespace", ")" ]

[ "Return", "a", "new", ":", "class", ":", "~pywbem", ".", "CIMClassName", "object", "that", "is", "a", "copy", "of", "this", "CIM", "class", "path", "." ]

[ "def", "_run", "(", "self", ")", ":", "while", "self", ".", "_is_running", ":", "yield", "from", "self", ".", "_task", "(", ")", "# Signal that the loop has finished.", "self", ".", "_run_complete", ".", "set_result", "(", "True", ")" ]

[ "The", "actor", "s", "main", "work", "loop" ]

[ "def", "repr_part", "(", "self", ")", ":", "optargs", "=", "[", "(", "'weighting'", ",", "array_str", "(", "self", ".", "array", ",", "nprint", "=", "10", ")", ",", "''", ")", ",", "(", "'exponent'", ",", "self", ".", "exponent", ",", "2.0", ")", "]", "return", "signature_string", "(", "[", "]", ",", "optargs", ",", "sep", "=", "',\\n'", ",", "mod", "=", "[", "[", "]", ",", "[", "'!s'", ",", "':.4'", "]", "]", ")" ]

[ "String", "usable", "in", "a", "space", "s", "__repr__", "method", "." ]

[ "def", "get_all_parcels", "(", "resource_root", ",", "cluster_name", "=", "\"default\"", ",", "view", "=", "None", ")", ":", "return", "call", "(", "resource_root", ".", "get", ",", "PARCELS_PATH", "%", "(", "cluster_name", ",", ")", ",", "ApiParcel", ",", "True", ",", "params", "=", "view", "and", "dict", "(", "view", "=", "view", ")", "or", "None", ",", "api_version", "=", "3", ")" ]

[ "Get", "all", "parcels" ]

[ "def", "cleanup", "(", "self", ")", ":", "plots", "=", "self", ".", "traverse", "(", "lambda", "x", ":", "x", ",", "[", "Plot", "]", ")", "for", "plot", "in", "plots", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "plot", ",", "(", "GenericCompositePlot", ",", "GenericElementPlot", ",", "GenericOverlayPlot", ")", ")", ":", "continue", "for", "stream", "in", "set", "(", "plot", ".", "streams", ")", ":", "stream", ".", "_subscribers", "=", "[", "(", "p", ",", "subscriber", ")", "for", "p", ",", "subscriber", "in", "stream", ".", "_subscribers", "if", "util", ".", "get_method_owner", "(", "subscriber", ")", "not", "in", "plots", "]", "if", "self", ".", "comm", ":", "self", ".", "comm", ".", "close", "(", ")" ]

[ "Cleans", "up", "references", "to", "the", "plot", "on", "the", "attached", "Stream", "subscribers", "." ]