Datasets:
Upload 3 files
Browse files- README.md +28 -1
- promoters.data +106 -0
- promoters.py +127 -0
README.md
CHANGED
@@ -1,3 +1,30 @@
|
|
1 |
---
|
2 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
3 |
---
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
1 |
---
|
2 |
+
language:
|
3 |
+
- en
|
4 |
+
tags:
|
5 |
+
- promoters
|
6 |
+
- tabular_classification
|
7 |
+
- binary_classification
|
8 |
+
pretty_name: Promoters
|
9 |
+
size_categories:
|
10 |
+
- 1<n<100
|
11 |
+
task_categories: # Full list at https://github.com/huggingface/hub-docs/blob/main/js/src/lib/interfaces/Types.ts
|
12 |
+
- tabular-classification
|
13 |
+
configs:
|
14 |
+
- promoters
|
15 |
---
|
16 |
+
# Promoters
|
17 |
+
The [Promoters dataset](https://archive.ics.uci.edu/ml/datasets/Promoters) from the [UCI ML repository](https://archive.ics.uci.edu/ml/datasets).
|
18 |
+
|
19 |
+
|
20 |
+
# Configurations and tasks
|
21 |
+
| **Configuration** | **Task** | **Description** |
|
22 |
+
|-------------------|---------------------------|---------------------------------|
|
23 |
+
| promoters | Binary classification | Is this DNA string a promoter? |
|
24 |
+
|
25 |
+
# Usage
|
26 |
+
```python
|
27 |
+
from datasets import load_dataset
|
28 |
+
|
29 |
+
dataset = load_dataset("mstz/promoters", "promoters")["train"]
|
30 |
+
```
|
promoters.data
ADDED
@@ -0,0 +1,106 @@
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
1 |
+
seq_0,seq_1,seq_2,seq_3,seq_4,seq_5,seq_6,seq_7,seq_8,seq_9,seq_10,seq_11,seq_12,seq_13,seq_14,seq_15,seq_16,seq_17,seq_18,seq_19,seq_20,seq_21,seq_22,seq_23,seq_24,seq_25,seq_26,seq_27,seq_28,seq_29,seq_30,seq_31,seq_32,seq_33,seq_34,seq_35,seq_36,seq_37,seq_38,seq_39,seq_40,seq_41,seq_42,seq_43,seq_44,seq_45,seq_46,seq_47,seq_48,seq_49,seq_50,seq_51,seq_52,seq_53,seq_54,seq_55,seq_56,class
|
2 |
+
t,a,c,t,a,g,c,a,a,t,a,c,g,c,t,t,g,c,g,t,t,c,g,g,t,g,g,t,t,a,a,g,t,a,t,g,t,a,t,a,a,t,g,c,g,c,g,g,g,c,t,t,g,t,c,g,t,1
|
3 |
+
t,g,c,t,a,t,c,c,t,g,a,c,a,g,t,t,g,t,c,a,c,g,c,t,g,a,t,t,g,g,t,g,t,c,g,t,t,a,c,a,a,t,c,t,a,a,c,g,c,a,t,c,g,c,c,a,a,1
|
4 |
+
g,t,a,c,t,a,g,a,g,a,a,c,t,a,g,t,g,c,a,t,t,a,g,c,t,t,a,t,t,t,t,t,t,t,g,t,t,a,t,c,a,t,g,c,t,a,a,c,c,a,c,c,c,g,g,c,g,1
|
5 |
+
a,a,t,t,g,t,g,a,t,g,t,g,t,a,t,c,g,a,a,g,t,g,t,g,t,t,g,c,g,g,a,g,t,a,g,a,t,g,t,t,a,g,a,a,t,a,c,t,a,a,c,a,a,a,c,t,c,1
|
6 |
+
t,c,g,a,t,a,a,t,t,a,a,c,t,a,t,t,g,a,c,g,a,a,a,a,g,c,t,g,a,a,a,a,c,c,a,c,t,a,g,a,a,t,g,c,g,c,c,t,c,c,g,t,g,g,t,a,g,1
|
7 |
+
a,g,g,g,g,c,a,a,g,g,a,g,g,a,t,g,g,a,a,a,g,a,g,g,t,t,g,c,c,g,t,a,t,a,a,a,g,a,a,a,c,t,a,g,a,g,t,c,c,g,t,t,t,a,g,g,t,1
|
8 |
+
c,a,g,g,g,g,g,t,g,g,a,g,g,a,t,t,t,a,a,g,c,c,a,t,c,t,c,c,t,g,a,t,g,a,c,g,c,a,t,a,g,t,c,a,g,c,c,c,a,t,c,a,t,g,a,a,t,1
|
9 |
+
t,t,t,c,t,a,c,a,a,a,a,c,a,c,t,t,g,a,t,a,c,t,g,t,a,t,g,a,g,c,a,t,a,c,a,g,t,a,t,a,a,t,t,g,c,t,t,c,a,a,c,a,g,a,a,c,a,1
|
10 |
+
c,g,a,c,t,t,a,a,t,a,t,a,c,t,g,c,g,a,c,a,g,g,a,c,g,t,c,c,g,t,t,c,t,g,t,g,t,a,a,a,t,c,g,c,a,a,t,g,a,a,a,t,g,g,t,t,t,1
|
11 |
+
t,t,t,t,a,a,a,t,t,t,c,c,t,c,t,t,g,t,c,a,g,g,c,c,g,g,a,a,t,a,a,c,t,c,c,c,t,a,t,a,a,t,g,c,g,c,c,a,c,c,a,c,t,g,a,c,a,1
|
12 |
+
g,c,a,a,a,a,a,t,a,a,a,t,g,c,t,t,g,a,c,t,c,t,g,t,a,g,c,g,g,g,a,a,g,g,c,g,t,a,t,t,a,t,g,c,a,c,a,c,c,c,c,g,c,g,c,c,g,1
|
13 |
+
c,c,t,g,a,a,a,t,t,c,a,g,g,g,t,t,g,a,c,t,c,t,g,a,a,a,g,a,g,g,a,a,a,g,c,g,t,a,a,t,a,t,a,c,g,c,c,a,c,c,t,c,g,c,g,a,c,1
|
14 |
+
g,a,t,c,a,a,a,a,a,a,a,t,a,c,t,t,g,t,g,c,a,a,a,a,a,a,t,t,g,g,g,a,t,c,c,c,t,a,t,a,a,t,g,c,g,c,c,t,c,c,g,t,t,g,a,g,a,1
|
15 |
+
c,t,g,c,a,a,t,t,t,t,t,c,t,a,t,t,g,c,g,g,c,c,t,g,c,g,g,a,g,a,a,c,t,c,c,c,t,a,t,a,a,t,g,c,g,c,c,t,c,c,a,t,c,g,a,c,a,1
|
16 |
+
t,t,t,a,t,a,t,t,t,t,t,c,g,c,t,t,g,t,c,a,g,g,c,c,g,g,a,a,t,a,a,c,t,c,c,c,t,a,t,a,a,t,g,c,g,c,c,a,c,c,a,c,t,g,a,c,a,1
|
17 |
+
a,a,g,c,a,a,a,g,a,a,a,t,g,c,t,t,g,a,c,t,c,t,g,t,a,g,c,g,g,g,a,a,g,g,c,g,t,a,t,t,a,t,g,c,a,c,a,c,c,g,c,c,g,c,g,c,c,1
|
18 |
+
a,t,g,c,a,t,t,t,t,t,c,c,g,c,t,t,g,t,c,t,t,c,c,t,g,a,g,c,c,g,a,c,t,c,c,c,t,a,t,a,a,t,g,c,g,c,c,t,c,c,a,t,c,g,a,c,a,1
|
19 |
+
a,a,a,c,a,a,t,t,t,c,a,g,a,a,t,a,g,a,c,a,a,a,a,a,c,t,c,t,g,a,g,t,g,t,a,a,t,a,a,t,g,t,a,g,c,c,t,c,g,t,g,t,c,t,t,g,c,1
|
20 |
+
t,c,t,c,a,a,c,g,t,a,a,c,a,c,t,t,t,a,c,a,g,c,g,g,c,g,c,g,t,c,a,t,t,t,g,a,t,a,t,g,a,t,g,c,g,c,c,c,c,g,c,t,t,c,c,c,g,1
|
21 |
+
g,c,a,a,a,t,a,a,t,c,a,a,t,g,t,g,g,a,c,t,t,t,t,c,t,g,c,c,g,t,g,a,t,t,a,t,a,g,a,c,a,c,t,t,t,t,g,t,t,a,c,g,c,g,t,t,t,1
|
22 |
+
g,a,c,a,c,c,a,t,c,g,a,a,t,g,g,c,g,c,a,a,a,a,c,c,t,t,t,c,g,c,g,g,t,a,t,g,g,c,a,t,g,a,t,a,g,c,g,c,c,c,g,g,a,a,g,a,g,1
|
23 |
+
a,a,a,a,a,c,g,t,c,a,t,c,g,c,t,t,g,c,a,t,t,a,g,a,a,a,g,g,t,t,t,c,t,g,g,c,c,g,a,c,c,t,t,a,t,a,a,c,c,a,t,t,a,a,t,t,a,1
|
24 |
+
t,c,t,g,a,a,a,t,g,a,g,c,t,g,t,t,g,a,c,a,a,t,t,a,a,t,c,a,t,c,g,a,a,c,t,a,g,t,t,a,a,c,t,a,g,t,a,c,g,c,a,a,g,t,t,c,a,1
|
25 |
+
a,c,c,g,g,a,a,g,a,a,a,a,c,c,g,t,g,a,c,a,t,t,t,t,a,a,c,a,c,g,t,t,t,g,t,t,a,c,a,a,g,g,t,a,a,a,g,g,c,g,a,c,g,c,c,g,c,1
|
26 |
+
a,a,a,t,t,a,a,a,a,t,t,t,t,a,t,t,g,a,c,t,t,a,g,g,t,c,a,c,t,a,a,a,t,a,c,t,t,t,a,a,c,c,a,a,t,a,t,a,g,g,c,a,t,a,g,c,g,1
|
27 |
+
t,t,g,t,c,a,t,a,a,t,c,g,a,c,t,t,g,t,a,a,a,c,c,a,a,a,t,t,g,a,a,a,a,g,a,t,t,t,a,g,g,t,t,t,a,c,a,a,g,t,c,t,a,c,a,c,c,1
|
28 |
+
c,a,t,c,c,t,c,g,c,a,c,c,a,g,t,c,g,a,c,g,a,c,g,g,t,t,t,a,c,g,c,t,t,t,a,c,g,t,a,t,a,g,t,g,g,c,g,a,c,a,a,t,t,t,t,t,t,1
|
29 |
+
t,c,c,a,g,t,a,t,a,a,t,t,t,g,t,t,g,g,c,a,t,a,a,t,t,a,a,g,t,a,c,g,a,c,g,a,g,t,a,a,a,a,t,t,a,c,a,t,a,c,c,t,g,c,c,c,g,1
|
30 |
+
a,c,a,g,t,t,a,t,c,c,a,c,t,a,t,t,c,c,t,g,t,g,g,a,t,a,a,c,c,a,t,g,t,g,t,a,t,t,a,g,a,g,t,t,a,g,a,a,a,a,c,a,c,g,a,g,g,1
|
31 |
+
t,g,t,g,c,a,g,t,t,t,a,t,g,g,t,t,c,c,a,a,a,a,t,c,g,c,c,t,t,t,t,g,c,t,g,t,a,t,a,t,a,c,t,c,a,c,a,g,c,a,t,a,a,c,t,g,t,1
|
32 |
+
c,t,g,t,t,g,t,t,c,a,g,t,t,t,t,t,g,a,g,t,t,g,t,g,t,a,t,a,a,c,c,c,c,t,c,a,t,t,c,t,g,a,t,c,c,c,a,g,c,t,t,a,t,a,c,g,g,1
|
33 |
+
a,t,t,a,c,a,a,a,a,a,g,t,g,c,t,t,t,c,t,g,a,a,c,t,g,a,a,c,a,a,a,a,a,a,g,a,g,t,a,a,a,g,t,t,a,g,t,c,g,c,g,t,a,g,g,g,t,1
|
34 |
+
a,t,g,c,g,c,a,a,c,g,c,g,g,g,g,t,g,a,c,a,a,g,g,g,c,g,c,g,c,a,a,a,c,c,c,t,c,t,a,t,a,c,t,g,c,g,c,g,c,c,g,a,a,g,c,t,g,1
|
35 |
+
t,a,a,a,a,a,a,c,t,a,a,c,a,g,t,t,g,t,c,a,g,c,c,t,g,t,c,c,c,g,c,t,t,a,t,a,a,g,a,t,c,a,t,a,c,g,c,c,g,t,t,a,t,a,c,g,t,1
|
36 |
+
a,t,g,c,a,a,t,t,t,t,t,t,a,g,t,t,g,c,a,t,g,a,a,c,t,c,g,c,a,t,g,t,c,t,c,c,a,t,a,g,a,a,t,g,c,g,c,g,c,t,a,c,t,t,g,a,t,1
|
37 |
+
c,c,t,t,g,a,a,a,a,a,g,a,g,g,t,t,g,a,c,g,c,t,g,c,a,a,g,g,c,t,c,t,a,t,a,c,g,c,a,t,a,a,t,g,c,g,c,c,c,c,g,c,a,a,c,g,c,1
|
38 |
+
t,c,g,t,t,g,t,a,t,a,t,t,t,c,t,t,g,a,c,a,c,c,t,t,t,t,c,g,g,c,a,t,c,g,c,c,c,t,a,a,a,a,t,t,c,g,g,c,g,t,c,c,t,c,a,t,a,1
|
39 |
+
c,c,g,t,t,t,a,t,t,t,t,t,t,c,t,a,c,c,c,a,t,a,t,c,c,t,t,g,a,a,g,c,g,g,t,g,t,t,a,t,a,a,t,g,c,c,g,c,g,c,c,c,t,c,g,a,t,1
|
40 |
+
t,t,c,g,c,a,t,a,t,t,t,t,t,c,t,t,g,c,a,a,a,g,t,t,g,g,g,t,t,g,a,g,c,t,g,g,c,t,a,g,a,t,t,a,g,c,c,a,g,c,c,a,a,t,c,t,t,1
|
41 |
+
t,g,t,a,a,a,c,t,a,a,t,g,c,c,t,t,t,a,c,g,t,g,g,g,c,g,g,t,g,a,t,t,t,t,g,t,c,t,a,c,a,a,t,c,t,t,a,c,c,c,c,c,a,c,g,t,a,1
|
42 |
+
g,a,t,c,g,c,a,c,g,a,t,c,t,g,t,a,t,a,c,t,t,a,t,t,t,g,a,g,t,a,a,a,t,t,a,a,c,c,c,a,c,g,a,t,c,c,c,a,g,c,c,a,t,t,c,t,t,1
|
43 |
+
a,a,c,g,c,a,t,a,c,g,g,t,a,t,t,t,t,a,c,c,t,t,c,c,c,a,g,t,c,a,a,g,a,a,a,a,c,t,t,a,t,c,t,t,a,t,t,c,c,c,a,c,t,t,t,t,c,1
|
44 |
+
t,t,a,g,c,g,g,a,t,c,c,t,a,c,c,t,g,a,c,g,c,t,t,t,t,t,a,t,c,g,c,a,a,c,t,c,t,c,t,a,c,t,g,t,t,t,c,t,c,c,a,t,a,c,c,c,g,1
|
45 |
+
g,c,c,t,t,c,t,c,c,a,a,a,a,c,g,t,g,t,t,t,t,t,t,g,t,t,g,t,t,a,a,t,t,c,g,g,t,g,t,a,g,a,c,t,t,g,t,a,a,a,c,c,t,a,a,a,t,1
|
46 |
+
c,a,g,a,a,a,c,g,t,t,t,t,a,t,t,c,g,a,a,c,a,t,c,g,a,t,c,t,c,g,t,c,t,t,g,t,g,t,t,a,g,a,a,t,t,c,t,a,a,c,a,t,a,c,g,g,t,1
|
47 |
+
c,a,c,t,a,a,t,t,t,a,t,t,c,c,a,t,g,t,c,a,c,a,c,t,t,t,t,c,g,c,a,t,c,t,t,t,g,t,t,a,t,g,c,t,a,t,g,g,t,t,a,t,t,t,c,a,t,1
|
48 |
+
a,t,a,t,a,a,a,a,a,a,g,t,t,c,t,t,g,c,t,t,t,c,t,a,a,c,g,t,g,a,a,a,g,t,g,g,t,t,t,a,g,g,t,t,a,a,a,a,g,a,c,a,t,c,a,g,t,1
|
49 |
+
c,a,a,g,g,t,a,g,a,a,t,g,c,t,t,t,g,c,c,t,t,g,t,c,g,g,c,c,t,g,a,t,t,a,a,t,g,g,c,a,c,g,a,t,a,g,t,c,g,c,a,t,c,g,g,a,t,1
|
50 |
+
g,g,c,c,a,a,a,a,a,a,t,a,t,c,t,t,g,t,a,c,t,a,t,t,t,a,c,a,a,a,a,c,c,t,a,t,g,g,t,a,a,c,t,c,t,t,t,a,g,g,c,a,t,t,c,c,t,1
|
51 |
+
t,a,g,g,c,a,c,c,c,c,a,g,g,c,t,t,t,a,c,a,c,t,t,t,a,t,g,c,t,t,c,c,g,g,c,t,c,g,t,a,t,g,t,t,g,t,g,t,g,g,a,a,t,t,g,t,g,1
|
52 |
+
c,c,a,t,c,a,a,a,a,a,a,a,t,a,t,t,c,t,c,a,a,c,a,t,a,a,a,a,a,a,c,t,t,t,g,t,g,t,a,a,t,a,c,t,t,g,t,a,a,c,g,c,t,a,c,a,t,1
|
53 |
+
t,g,g,g,g,a,c,g,t,c,g,t,t,a,c,t,g,a,t,c,c,g,c,a,c,g,t,t,t,a,t,g,a,t,a,t,g,c,t,a,t,c,g,t,a,c,t,c,t,t,t,a,g,c,g,a,g,1
|
54 |
+
t,c,a,g,a,a,a,t,a,t,t,a,t,g,g,t,g,a,t,g,a,a,c,t,g,t,t,t,t,t,t,t,a,t,c,c,a,g,t,a,t,a,a,t,t,t,g,t,t,g,g,c,a,t,a,a,t,1
|
55 |
+
a,t,a,t,g,a,a,c,g,t,t,g,a,g,a,c,t,g,c,c,g,c,t,g,a,g,t,t,a,t,c,a,g,c,t,g,t,g,a,a,c,g,a,c,a,t,t,c,t,g,g,c,g,t,c,t,a,-
|
56 |
+
c,g,a,a,c,g,a,g,t,c,a,a,t,c,a,g,a,c,c,g,c,t,t,t,g,a,c,t,c,t,g,g,t,a,t,t,a,c,t,g,t,g,a,a,c,a,t,t,a,t,t,c,g,t,c,t,c,-
|
57 |
+
c,a,a,t,g,g,c,c,t,c,t,a,a,a,c,g,g,g,t,c,t,t,g,a,g,g,g,g,t,t,t,t,t,t,g,c,t,g,a,a,a,g,g,a,g,g,a,a,c,t,a,t,a,t,g,c,g,-
|
58 |
+
t,t,g,a,c,c,t,a,c,t,a,c,g,c,c,a,g,c,a,t,t,t,t,g,g,c,g,g,t,g,t,a,a,g,c,t,a,a,c,c,a,t,t,c,c,g,g,t,t,g,a,c,t,c,a,a,t,-
|
59 |
+
c,g,t,c,t,a,t,c,g,g,t,g,a,a,c,c,t,c,c,g,g,t,a,t,c,a,a,c,g,c,t,g,g,a,a,g,g,t,g,a,c,g,c,t,a,a,c,g,c,a,g,a,t,g,c,a,g,-
|
60 |
+
g,c,c,a,a,t,c,a,a,t,c,a,a,g,a,a,c,t,t,g,a,a,g,g,g,t,g,g,t,a,t,c,a,g,c,c,a,a,c,a,g,c,c,t,g,a,c,a,t,c,c,t,t,c,g,t,t,-
|
61 |
+
t,g,g,a,t,g,g,a,c,g,t,t,c,a,a,c,a,t,t,g,a,g,g,a,a,g,g,c,a,t,a,a,c,g,c,t,a,c,t,a,c,c,t,g,a,t,g,t,t,t,a,c,t,c,c,a,a,-
|
62 |
+
g,a,g,g,t,g,g,c,t,a,t,g,t,g,t,a,t,g,a,c,c,g,a,a,c,g,a,g,t,c,a,a,t,c,a,g,a,c,c,g,c,t,t,t,g,a,c,t,c,t,g,g,t,a,t,t,a,-
|
63 |
+
c,g,t,a,g,c,g,c,a,t,c,a,g,t,g,c,t,t,t,c,t,t,a,c,t,g,t,g,a,g,t,a,c,g,c,a,c,c,a,g,c,g,c,c,a,g,a,g,g,a,c,g,a,c,g,a,c,-
|
64 |
+
c,g,a,c,c,g,a,a,g,c,g,a,g,c,c,t,c,g,t,c,c,t,c,a,a,t,g,g,c,c,t,c,t,a,a,a,c,g,g,g,t,c,t,t,g,a,g,g,g,g,t,t,t,t,t,t,g,-
|
65 |
+
c,t,a,c,g,g,t,g,g,g,t,a,c,a,a,t,a,t,g,c,t,g,g,a,t,g,g,a,g,a,t,g,c,g,t,t,c,a,c,t,t,c,t,g,g,t,c,t,a,c,t,g,a,c,t,c,g,-
|
66 |
+
a,t,a,g,t,c,t,c,a,g,a,g,t,c,t,t,g,a,c,c,t,a,c,t,a,c,g,c,c,a,g,c,a,t,t,t,t,g,g,c,g,g,t,g,t,a,a,g,c,t,a,a,c,c,a,t,t,-
|
67 |
+
a,a,c,t,c,a,a,g,g,c,t,g,a,t,a,c,g,g,c,g,a,g,a,c,t,t,g,c,g,a,g,c,c,t,t,g,t,c,c,t,t,g,c,g,g,t,a,c,a,c,a,g,c,a,g,c,g,-
|
68 |
+
t,t,a,c,t,g,t,g,a,a,c,a,t,t,a,t,t,c,g,t,c,t,c,c,g,c,g,a,c,t,a,c,g,a,t,g,a,g,a,t,g,c,c,t,g,a,g,t,g,c,t,t,c,c,g,t,t,-
|
69 |
+
t,a,t,t,c,t,c,a,a,c,a,a,g,a,t,t,a,a,c,c,g,a,c,a,g,a,t,t,c,a,a,t,c,t,c,g,t,g,g,a,t,g,g,a,c,g,t,t,c,a,a,c,a,t,t,g,a,-
|
70 |
+
a,a,c,g,a,g,t,c,a,a,t,c,a,g,a,c,c,g,c,t,t,t,g,a,c,t,c,t,g,g,t,a,t,t,a,c,t,g,t,g,a,a,c,a,t,t,a,t,t,c,g,t,c,t,c,c,g,-
|
71 |
+
a,a,g,t,g,c,t,t,a,g,c,t,t,c,a,a,g,g,t,c,a,c,g,g,a,t,a,c,g,a,c,c,g,a,a,g,c,g,a,g,c,c,t,c,g,t,c,c,t,c,a,a,t,g,g,c,c,-
|
72 |
+
g,a,a,g,a,c,c,a,c,g,c,c,t,c,g,c,c,a,c,c,g,a,g,t,a,g,a,c,c,c,t,t,a,g,a,g,a,g,c,a,t,g,t,c,a,g,c,c,t,c,g,a,c,a,a,c,t,-
|
73 |
+
t,t,a,g,a,g,a,g,c,a,t,g,t,c,a,g,c,c,t,c,g,a,c,a,a,c,t,t,g,c,a,t,a,a,a,t,g,c,t,t,t,c,t,t,g,t,a,g,a,c,g,t,g,c,c,c,t,-
|
74 |
+
t,a,t,t,c,g,t,c,t,c,c,g,c,g,a,c,t,a,c,g,a,t,g,a,g,a,t,g,c,c,t,g,a,g,t,g,c,t,t,c,c,g,t,t,a,c,t,g,g,a,t,t,g,t,c,a,c,-
|
75 |
+
t,g,c,t,g,a,a,a,g,g,a,g,g,a,a,c,t,a,t,a,t,g,c,g,c,t,c,a,t,a,c,g,a,t,a,t,g,a,a,c,g,t,t,g,a,g,a,c,t,g,c,c,g,c,t,g,a,-
|
76 |
+
c,a,t,g,a,a,c,t,c,a,a,g,g,c,t,g,a,t,a,c,g,g,c,g,a,g,a,c,t,t,g,c,g,a,g,c,c,t,t,g,t,c,c,t,t,g,c,g,g,t,a,c,a,c,a,g,c,-
|
77 |
+
t,t,c,g,t,c,t,c,c,g,c,g,a,c,t,a,c,g,a,t,g,a,g,a,t,g,c,c,t,g,a,g,t,g,c,t,t,c,c,g,t,t,a,c,t,g,g,a,t,t,g,t,c,a,c,c,a,-
|
78 |
+
c,a,t,g,t,c,a,g,c,c,t,c,g,a,c,a,a,c,t,t,g,c,a,t,a,a,a,t,g,c,t,t,t,c,t,t,g,t,a,g,a,c,g,t,g,c,c,c,t,a,c,g,c,g,c,t,t,-
|
79 |
+
a,g,g,a,g,g,a,a,c,t,a,c,g,c,a,a,g,g,t,t,g,g,a,a,c,a,t,c,g,g,a,g,a,g,a,t,g,c,c,a,g,c,c,a,g,c,g,c,a,c,c,t,g,c,a,c,g,-
|
80 |
+
t,c,t,c,a,a,c,a,a,g,a,t,t,a,a,c,c,g,a,c,a,g,a,t,t,c,a,a,t,c,t,c,g,t,g,g,a,t,g,g,a,c,g,t,t,c,a,a,c,a,t,t,g,a,g,g,a,-
|
81 |
+
t,g,a,a,g,t,g,c,t,t,a,g,c,t,t,c,a,a,g,g,t,c,a,c,g,g,a,t,a,c,g,a,c,c,g,a,a,g,c,g,a,g,c,c,t,c,g,t,c,c,t,c,a,a,t,g,g,-
|
82 |
+
c,t,a,t,a,t,g,c,g,c,t,c,a,t,a,c,g,a,t,a,t,g,a,a,c,g,t,t,g,a,g,a,c,t,g,c,c,g,c,t,g,a,g,t,t,a,t,c,a,g,c,t,g,t,g,a,a,-
|
83 |
+
g,c,g,g,c,a,g,c,a,c,g,t,t,t,c,c,a,c,g,c,g,g,t,g,a,g,a,g,c,c,t,c,a,g,g,a,t,t,c,a,t,g,t,c,g,a,t,g,t,c,t,t,c,c,g,g,t,-
|
84 |
+
a,t,c,c,c,t,a,a,t,g,t,c,t,a,c,t,t,c,c,g,g,t,c,a,a,t,c,c,a,t,c,t,a,c,g,t,t,a,a,c,c,g,a,g,g,t,g,g,c,t,a,t,g,t,g,t,a,-
|
85 |
+
t,g,g,c,g,t,c,t,a,t,c,g,g,t,g,a,a,c,c,t,c,c,g,g,t,a,t,c,a,a,c,g,c,t,g,g,a,a,g,g,t,g,a,c,g,c,t,a,a,c,g,c,a,g,a,t,g,-
|
86 |
+
t,c,t,c,g,t,g,g,a,t,g,g,a,c,g,t,t,c,a,a,c,a,t,t,g,a,g,g,a,a,g,g,c,a,t,a,a,c,g,c,t,a,c,t,a,c,c,t,g,a,t,g,t,t,t,a,c,-
|
87 |
+
t,a,t,t,g,g,c,t,t,g,c,t,c,a,a,g,c,a,t,g,a,a,c,t,c,a,a,g,g,c,t,g,a,t,a,c,g,g,c,g,a,g,a,c,t,t,g,c,g,a,g,c,c,t,t,g,t,-
|
88 |
+
t,a,g,a,g,g,g,t,g,t,a,c,t,c,c,a,a,g,a,a,g,a,g,g,a,a,g,a,t,g,a,g,g,c,t,a,g,a,c,g,t,c,t,c,t,g,c,a,t,g,g,a,g,t,a,t,g,-
|
89 |
+
c,a,g,c,g,g,c,a,g,c,a,c,g,t,t,t,c,c,a,c,g,c,g,g,t,g,a,g,a,g,c,c,t,c,a,g,g,a,t,t,c,a,t,g,t,c,g,a,t,g,t,c,t,t,c,c,g,-
|
90 |
+
t,t,a,c,g,t,t,g,g,c,g,a,c,c,g,c,t,a,g,g,a,c,t,t,t,c,t,t,g,t,t,g,a,t,t,t,t,c,c,a,t,g,c,g,g,t,g,t,t,t,t,g,c,g,c,a,a,-
|
91 |
+
a,c,g,c,t,a,a,c,g,c,a,g,a,t,g,c,a,g,c,g,a,a,c,g,c,t,c,g,g,c,g,t,a,t,t,c,t,c,a,a,c,a,a,g,a,t,t,a,a,c,c,g,a,c,a,g,a,-
|
92 |
+
g,g,t,g,t,t,t,t,g,c,g,c,a,a,t,g,t,t,a,a,t,c,g,c,t,t,t,g,t,a,c,a,c,c,t,c,a,g,g,c,a,t,g,t,a,a,a,c,g,t,c,t,t,c,g,t,a,-
|
93 |
+
a,a,c,c,a,t,t,c,c,g,g,t,t,g,a,c,t,c,a,a,t,g,a,g,c,a,t,c,t,c,g,a,t,g,c,a,g,c,g,t,a,c,t,c,c,t,a,c,a,t,g,a,a,t,a,g,a,-
|
94 |
+
a,g,a,c,g,t,c,t,c,t,g,c,a,t,g,g,a,g,t,a,t,g,a,g,a,t,g,g,a,c,t,a,c,g,g,t,g,g,g,t,a,c,a,a,t,a,t,g,c,t,g,g,a,t,g,g,a,-
|
95 |
+
t,g,t,t,g,a,t,t,t,t,c,c,a,t,g,c,g,g,t,g,t,t,t,t,g,c,g,c,a,a,t,g,t,t,a,a,t,c,g,c,t,t,t,g,t,a,c,a,c,c,t,c,a,g,g,c,a,-
|
96 |
+
t,g,c,a,c,g,g,g,t,t,g,c,g,a,t,a,g,c,c,t,c,a,g,c,g,t,a,t,t,c,a,g,g,t,g,c,g,a,g,t,t,c,g,a,t,a,g,t,c,t,c,a,g,a,g,t,c,-
|
97 |
+
a,g,g,c,a,t,g,t,a,a,a,c,g,t,c,t,t,c,g,t,a,g,c,g,c,a,t,c,a,g,t,g,c,t,t,t,c,t,t,a,c,t,g,t,g,a,g,t,a,c,g,c,a,c,c,a,g,-
|
98 |
+
c,c,g,a,g,t,a,g,a,c,c,c,t,t,a,g,a,g,a,g,c,a,t,g,t,c,a,g,c,c,t,c,g,a,c,a,a,c,t,t,g,c,a,t,a,a,a,t,g,c,t,t,t,c,t,t,g,-
|
99 |
+
c,g,c,t,a,g,g,a,c,t,t,t,c,t,t,g,t,t,g,a,t,t,t,t,c,c,a,t,g,c,g,g,t,g,t,t,t,t,g,c,g,c,a,a,t,g,t,t,a,a,t,c,g,c,t,t,t,-
|
100 |
+
t,a,t,g,a,c,c,g,a,a,c,g,a,g,t,c,a,a,t,c,a,g,a,c,c,g,c,t,t,t,g,a,c,t,c,t,g,g,t,a,t,t,a,c,t,g,t,g,a,a,c,a,t,t,a,t,t,-
|
101 |
+
a,g,a,g,g,g,t,g,t,a,c,t,c,c,a,a,g,a,a,g,a,g,g,a,a,g,a,t,g,a,g,g,c,t,a,g,a,c,g,t,c,t,c,t,g,c,a,t,g,g,a,g,t,a,t,g,a,-
|
102 |
+
g,a,g,a,g,c,a,t,g,t,c,a,g,c,c,t,c,g,a,c,a,a,c,t,t,g,c,a,t,a,a,a,t,g,c,t,t,t,c,t,t,g,t,a,g,a,c,g,t,g,c,c,c,t,a,c,g,-
|
103 |
+
c,c,t,c,a,a,t,g,g,c,c,t,c,t,a,a,a,c,g,g,g,t,c,t,t,g,a,g,g,g,g,t,t,t,t,t,t,g,c,t,g,a,a,a,g,g,a,g,g,a,a,c,t,a,t,a,t,-
|
104 |
+
g,t,a,t,t,c,t,c,a,a,c,a,a,g,a,t,t,a,a,c,c,g,a,c,a,g,a,t,t,c,a,a,t,c,t,c,g,t,g,g,a,t,g,g,a,c,g,t,t,c,a,a,c,a,t,t,g,-
|
105 |
+
c,g,c,g,a,c,t,a,c,g,a,t,g,a,g,a,t,g,c,c,t,g,a,g,t,g,c,t,t,c,c,g,t,t,a,c,t,g,g,a,t,t,g,t,c,a,c,c,a,a,g,g,c,t,t,c,c,-
|
106 |
+
c,t,c,g,t,c,c,t,c,a,a,t,g,g,c,c,t,c,t,a,a,a,c,g,g,g,t,c,t,t,g,a,g,g,g,g,t,t,t,t,t,t,g,c,t,g,a,a,a,g,g,a,g,g,a,a,c,-
|
promoters.py
ADDED
@@ -0,0 +1,127 @@
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
1 |
+
"""Promoters"""
|
2 |
+
|
3 |
+
from typing import List
|
4 |
+
from functools import partial
|
5 |
+
|
6 |
+
import datasets
|
7 |
+
|
8 |
+
import pandas
|
9 |
+
|
10 |
+
|
11 |
+
VERSION = datasets.Version("1.0.0")
|
12 |
+
|
13 |
+
DESCRIPTION = "Promoters dataset from the UCI ML repository."
|
14 |
+
_HOMEPAGE = "https://archive.ics.uci.edu/ml/datasets/Promoters"
|
15 |
+
_URLS = ("https://archive.ics.uci.edu/ml/datasets/Promoters")
|
16 |
+
_CITATION = """
|
17 |
+
@misc{misc_molecular_biology_(promoter_gene_sequences)_67,
|
18 |
+
author = {Harley,C., Reynolds,R. & Noordewier,M.},
|
19 |
+
title = {{Molecular Biology (Promoter Gene Sequences)}},
|
20 |
+
year = {1990},
|
21 |
+
howpublished = {UCI Machine Learning Repository},
|
22 |
+
note = {{DOI}: \\url{10.24432/C5S01D}}
|
23 |
+
}"""
|
24 |
+
|
25 |
+
# Dataset info
|
26 |
+
urls_per_split = {
|
27 |
+
"train": "https://huggingface.co/datasets/mstz/promoters/raw/main/promoters.data"
|
28 |
+
}
|
29 |
+
features_types_per_config = {
|
30 |
+
"promoters": {
|
31 |
+
"seq_0": datasets.Value("string"),
|
32 |
+
"seq_1": datasets.Value("string"),
|
33 |
+
"seq_2": datasets.Value("string"),
|
34 |
+
"seq_3": datasets.Value("string"),
|
35 |
+
"seq_4": datasets.Value("string"),
|
36 |
+
"seq_5": datasets.Value("string"),
|
37 |
+
"seq_6": datasets.Value("string"),
|
38 |
+
"seq_7": datasets.Value("string"),
|
39 |
+
"seq_8": datasets.Value("string"),
|
40 |
+
"seq_9": datasets.Value("string"),
|
41 |
+
"seq_10": datasets.Value("string"),
|
42 |
+
"seq_11": datasets.Value("string"),
|
43 |
+
"seq_12": datasets.Value("string"),
|
44 |
+
"seq_13": datasets.Value("string"),
|
45 |
+
"seq_14": datasets.Value("string"),
|
46 |
+
"seq_15": datasets.Value("string"),
|
47 |
+
"seq_16": datasets.Value("string"),
|
48 |
+
"seq_17": datasets.Value("string"),
|
49 |
+
"seq_18": datasets.Value("string"),
|
50 |
+
"seq_19": datasets.Value("string"),
|
51 |
+
"seq_20": datasets.Value("string"),
|
52 |
+
"seq_21": datasets.Value("string"),
|
53 |
+
"seq_22": datasets.Value("string"),
|
54 |
+
"seq_23": datasets.Value("string"),
|
55 |
+
"seq_24": datasets.Value("string"),
|
56 |
+
"seq_25": datasets.Value("string"),
|
57 |
+
"seq_26": datasets.Value("string"),
|
58 |
+
"seq_27": datasets.Value("string"),
|
59 |
+
"seq_28": datasets.Value("string"),
|
60 |
+
"seq_29": datasets.Value("string"),
|
61 |
+
"seq_30": datasets.Value("string"),
|
62 |
+
"seq_31": datasets.Value("string"),
|
63 |
+
"seq_32": datasets.Value("string"),
|
64 |
+
"seq_33": datasets.Value("string"),
|
65 |
+
"seq_34": datasets.Value("string"),
|
66 |
+
"seq_35": datasets.Value("string"),
|
67 |
+
"seq_36": datasets.Value("string"),
|
68 |
+
"seq_37": datasets.Value("string"),
|
69 |
+
"seq_38": datasets.Value("string"),
|
70 |
+
"seq_39": datasets.Value("string"),
|
71 |
+
"seq_40": datasets.Value("string"),
|
72 |
+
"seq_41": datasets.Value("string"),
|
73 |
+
"seq_42": datasets.Value("string"),
|
74 |
+
"seq_43": datasets.Value("string"),
|
75 |
+
"seq_44": datasets.Value("string"),
|
76 |
+
"seq_45": datasets.Value("string"),
|
77 |
+
"seq_46": datasets.Value("string"),
|
78 |
+
"seq_47": datasets.Value("string"),
|
79 |
+
"seq_48": datasets.Value("string"),
|
80 |
+
"seq_49": datasets.Value("string"),
|
81 |
+
"seq_50": datasets.Value("string"),
|
82 |
+
"seq_51": datasets.Value("string"),
|
83 |
+
"seq_52": datasets.Value("string"),
|
84 |
+
"seq_53": datasets.Value("string"),
|
85 |
+
"seq_54": datasets.Value("string"),
|
86 |
+
"seq_55": datasets.Value("string"),
|
87 |
+
"seq_56": datasets.Value("string"),
|
88 |
+
"class": datasets.ClassLabel(num_classes=2, names=("no", "yes"))
|
89 |
+
}
|
90 |
+
}
|
91 |
+
features_per_config = {k: datasets.Features(features_types_per_config[k]) for k in features_types_per_config}
|
92 |
+
|
93 |
+
|
94 |
+
class PromotersConfig(datasets.BuilderConfig):
|
95 |
+
def __init__(self, **kwargs):
|
96 |
+
super(PromotersConfig, self).__init__(version=VERSION, **kwargs)
|
97 |
+
self.features = features_per_config[kwargs["name"]]
|
98 |
+
|
99 |
+
|
100 |
+
class Promoters(datasets.GeneratorBasedBuilder):
|
101 |
+
# dataset versions
|
102 |
+
DEFAULT_CONFIG = "promoters"
|
103 |
+
BUILDER_CONFIGS = [
|
104 |
+
PromotersConfig(name="promoters",
|
105 |
+
description="Promoters for binary classification.")
|
106 |
+
]
|
107 |
+
|
108 |
+
def _info(self):
|
109 |
+
info = datasets.DatasetInfo(description=DESCRIPTION, citation=_CITATION, homepage=_HOMEPAGE,
|
110 |
+
features=features_per_config[self.config.name])
|
111 |
+
|
112 |
+
return info
|
113 |
+
|
114 |
+
def _split_generators(self, dl_manager: datasets.DownloadManager) -> List[datasets.SplitGenerator]:
|
115 |
+
downloads = dl_manager.download_and_extract(urls_per_split)
|
116 |
+
|
117 |
+
return [
|
118 |
+
datasets.SplitGenerator(name=datasets.Split.TRAIN, gen_kwargs={"filepath": downloads["train"]})
|
119 |
+
]
|
120 |
+
|
121 |
+
def _generate_examples(self, filepath: str):
|
122 |
+
data = pandas.read_csv(filepath)
|
123 |
+
|
124 |
+
for row_id, row in data.iterrows():
|
125 |
+
data_row = dict(row)
|
126 |
+
|
127 |
+
yield row_id, data_row
|