mstz commited on
Commit
5280ebb
·
1 Parent(s): 291d264

Upload 3 files

Browse files
Files changed (3) hide show
  1. README.md +28 -1
  2. promoters.data +106 -0
  3. promoters.py +127 -0
README.md CHANGED
@@ -1,3 +1,30 @@
1
  ---
2
- license: cc-by-4.0
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
3
  ---
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
  ---
2
+ language:
3
+ - en
4
+ tags:
5
+ - promoters
6
+ - tabular_classification
7
+ - binary_classification
8
+ pretty_name: Promoters
9
+ size_categories:
10
+ - 1<n<100
11
+ task_categories: # Full list at https://github.com/huggingface/hub-docs/blob/main/js/src/lib/interfaces/Types.ts
12
+ - tabular-classification
13
+ configs:
14
+ - promoters
15
  ---
16
+ # Promoters
17
+ The [Promoters dataset](https://archive.ics.uci.edu/ml/datasets/Promoters) from the [UCI ML repository](https://archive.ics.uci.edu/ml/datasets).
18
+
19
+
20
+ # Configurations and tasks
21
+ | **Configuration** | **Task** | **Description** |
22
+ |-------------------|---------------------------|---------------------------------|
23
+ | promoters | Binary classification | Is this DNA string a promoter? |
24
+
25
+ # Usage
26
+ ```python
27
+ from datasets import load_dataset
28
+
29
+ dataset = load_dataset("mstz/promoters", "promoters")["train"]
30
+ ```
promoters.data ADDED
@@ -0,0 +1,106 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ seq_0,seq_1,seq_2,seq_3,seq_4,seq_5,seq_6,seq_7,seq_8,seq_9,seq_10,seq_11,seq_12,seq_13,seq_14,seq_15,seq_16,seq_17,seq_18,seq_19,seq_20,seq_21,seq_22,seq_23,seq_24,seq_25,seq_26,seq_27,seq_28,seq_29,seq_30,seq_31,seq_32,seq_33,seq_34,seq_35,seq_36,seq_37,seq_38,seq_39,seq_40,seq_41,seq_42,seq_43,seq_44,seq_45,seq_46,seq_47,seq_48,seq_49,seq_50,seq_51,seq_52,seq_53,seq_54,seq_55,seq_56,class
2
+ t,a,c,t,a,g,c,a,a,t,a,c,g,c,t,t,g,c,g,t,t,c,g,g,t,g,g,t,t,a,a,g,t,a,t,g,t,a,t,a,a,t,g,c,g,c,g,g,g,c,t,t,g,t,c,g,t,1
3
+ t,g,c,t,a,t,c,c,t,g,a,c,a,g,t,t,g,t,c,a,c,g,c,t,g,a,t,t,g,g,t,g,t,c,g,t,t,a,c,a,a,t,c,t,a,a,c,g,c,a,t,c,g,c,c,a,a,1
4
+ g,t,a,c,t,a,g,a,g,a,a,c,t,a,g,t,g,c,a,t,t,a,g,c,t,t,a,t,t,t,t,t,t,t,g,t,t,a,t,c,a,t,g,c,t,a,a,c,c,a,c,c,c,g,g,c,g,1
5
+ a,a,t,t,g,t,g,a,t,g,t,g,t,a,t,c,g,a,a,g,t,g,t,g,t,t,g,c,g,g,a,g,t,a,g,a,t,g,t,t,a,g,a,a,t,a,c,t,a,a,c,a,a,a,c,t,c,1
6
+ t,c,g,a,t,a,a,t,t,a,a,c,t,a,t,t,g,a,c,g,a,a,a,a,g,c,t,g,a,a,a,a,c,c,a,c,t,a,g,a,a,t,g,c,g,c,c,t,c,c,g,t,g,g,t,a,g,1
7
+ a,g,g,g,g,c,a,a,g,g,a,g,g,a,t,g,g,a,a,a,g,a,g,g,t,t,g,c,c,g,t,a,t,a,a,a,g,a,a,a,c,t,a,g,a,g,t,c,c,g,t,t,t,a,g,g,t,1
8
+ c,a,g,g,g,g,g,t,g,g,a,g,g,a,t,t,t,a,a,g,c,c,a,t,c,t,c,c,t,g,a,t,g,a,c,g,c,a,t,a,g,t,c,a,g,c,c,c,a,t,c,a,t,g,a,a,t,1
9
+ t,t,t,c,t,a,c,a,a,a,a,c,a,c,t,t,g,a,t,a,c,t,g,t,a,t,g,a,g,c,a,t,a,c,a,g,t,a,t,a,a,t,t,g,c,t,t,c,a,a,c,a,g,a,a,c,a,1
10
+ c,g,a,c,t,t,a,a,t,a,t,a,c,t,g,c,g,a,c,a,g,g,a,c,g,t,c,c,g,t,t,c,t,g,t,g,t,a,a,a,t,c,g,c,a,a,t,g,a,a,a,t,g,g,t,t,t,1
11
+ t,t,t,t,a,a,a,t,t,t,c,c,t,c,t,t,g,t,c,a,g,g,c,c,g,g,a,a,t,a,a,c,t,c,c,c,t,a,t,a,a,t,g,c,g,c,c,a,c,c,a,c,t,g,a,c,a,1
12
+ g,c,a,a,a,a,a,t,a,a,a,t,g,c,t,t,g,a,c,t,c,t,g,t,a,g,c,g,g,g,a,a,g,g,c,g,t,a,t,t,a,t,g,c,a,c,a,c,c,c,c,g,c,g,c,c,g,1
13
+ c,c,t,g,a,a,a,t,t,c,a,g,g,g,t,t,g,a,c,t,c,t,g,a,a,a,g,a,g,g,a,a,a,g,c,g,t,a,a,t,a,t,a,c,g,c,c,a,c,c,t,c,g,c,g,a,c,1
14
+ g,a,t,c,a,a,a,a,a,a,a,t,a,c,t,t,g,t,g,c,a,a,a,a,a,a,t,t,g,g,g,a,t,c,c,c,t,a,t,a,a,t,g,c,g,c,c,t,c,c,g,t,t,g,a,g,a,1
15
+ c,t,g,c,a,a,t,t,t,t,t,c,t,a,t,t,g,c,g,g,c,c,t,g,c,g,g,a,g,a,a,c,t,c,c,c,t,a,t,a,a,t,g,c,g,c,c,t,c,c,a,t,c,g,a,c,a,1
16
+ t,t,t,a,t,a,t,t,t,t,t,c,g,c,t,t,g,t,c,a,g,g,c,c,g,g,a,a,t,a,a,c,t,c,c,c,t,a,t,a,a,t,g,c,g,c,c,a,c,c,a,c,t,g,a,c,a,1
17
+ a,a,g,c,a,a,a,g,a,a,a,t,g,c,t,t,g,a,c,t,c,t,g,t,a,g,c,g,g,g,a,a,g,g,c,g,t,a,t,t,a,t,g,c,a,c,a,c,c,g,c,c,g,c,g,c,c,1
18
+ a,t,g,c,a,t,t,t,t,t,c,c,g,c,t,t,g,t,c,t,t,c,c,t,g,a,g,c,c,g,a,c,t,c,c,c,t,a,t,a,a,t,g,c,g,c,c,t,c,c,a,t,c,g,a,c,a,1
19
+ a,a,a,c,a,a,t,t,t,c,a,g,a,a,t,a,g,a,c,a,a,a,a,a,c,t,c,t,g,a,g,t,g,t,a,a,t,a,a,t,g,t,a,g,c,c,t,c,g,t,g,t,c,t,t,g,c,1
20
+ t,c,t,c,a,a,c,g,t,a,a,c,a,c,t,t,t,a,c,a,g,c,g,g,c,g,c,g,t,c,a,t,t,t,g,a,t,a,t,g,a,t,g,c,g,c,c,c,c,g,c,t,t,c,c,c,g,1
21
+ g,c,a,a,a,t,a,a,t,c,a,a,t,g,t,g,g,a,c,t,t,t,t,c,t,g,c,c,g,t,g,a,t,t,a,t,a,g,a,c,a,c,t,t,t,t,g,t,t,a,c,g,c,g,t,t,t,1
22
+ g,a,c,a,c,c,a,t,c,g,a,a,t,g,g,c,g,c,a,a,a,a,c,c,t,t,t,c,g,c,g,g,t,a,t,g,g,c,a,t,g,a,t,a,g,c,g,c,c,c,g,g,a,a,g,a,g,1
23
+ a,a,a,a,a,c,g,t,c,a,t,c,g,c,t,t,g,c,a,t,t,a,g,a,a,a,g,g,t,t,t,c,t,g,g,c,c,g,a,c,c,t,t,a,t,a,a,c,c,a,t,t,a,a,t,t,a,1
24
+ t,c,t,g,a,a,a,t,g,a,g,c,t,g,t,t,g,a,c,a,a,t,t,a,a,t,c,a,t,c,g,a,a,c,t,a,g,t,t,a,a,c,t,a,g,t,a,c,g,c,a,a,g,t,t,c,a,1
25
+ a,c,c,g,g,a,a,g,a,a,a,a,c,c,g,t,g,a,c,a,t,t,t,t,a,a,c,a,c,g,t,t,t,g,t,t,a,c,a,a,g,g,t,a,a,a,g,g,c,g,a,c,g,c,c,g,c,1
26
+ a,a,a,t,t,a,a,a,a,t,t,t,t,a,t,t,g,a,c,t,t,a,g,g,t,c,a,c,t,a,a,a,t,a,c,t,t,t,a,a,c,c,a,a,t,a,t,a,g,g,c,a,t,a,g,c,g,1
27
+ t,t,g,t,c,a,t,a,a,t,c,g,a,c,t,t,g,t,a,a,a,c,c,a,a,a,t,t,g,a,a,a,a,g,a,t,t,t,a,g,g,t,t,t,a,c,a,a,g,t,c,t,a,c,a,c,c,1
28
+ c,a,t,c,c,t,c,g,c,a,c,c,a,g,t,c,g,a,c,g,a,c,g,g,t,t,t,a,c,g,c,t,t,t,a,c,g,t,a,t,a,g,t,g,g,c,g,a,c,a,a,t,t,t,t,t,t,1
29
+ t,c,c,a,g,t,a,t,a,a,t,t,t,g,t,t,g,g,c,a,t,a,a,t,t,a,a,g,t,a,c,g,a,c,g,a,g,t,a,a,a,a,t,t,a,c,a,t,a,c,c,t,g,c,c,c,g,1
30
+ a,c,a,g,t,t,a,t,c,c,a,c,t,a,t,t,c,c,t,g,t,g,g,a,t,a,a,c,c,a,t,g,t,g,t,a,t,t,a,g,a,g,t,t,a,g,a,a,a,a,c,a,c,g,a,g,g,1
31
+ t,g,t,g,c,a,g,t,t,t,a,t,g,g,t,t,c,c,a,a,a,a,t,c,g,c,c,t,t,t,t,g,c,t,g,t,a,t,a,t,a,c,t,c,a,c,a,g,c,a,t,a,a,c,t,g,t,1
32
+ c,t,g,t,t,g,t,t,c,a,g,t,t,t,t,t,g,a,g,t,t,g,t,g,t,a,t,a,a,c,c,c,c,t,c,a,t,t,c,t,g,a,t,c,c,c,a,g,c,t,t,a,t,a,c,g,g,1
33
+ a,t,t,a,c,a,a,a,a,a,g,t,g,c,t,t,t,c,t,g,a,a,c,t,g,a,a,c,a,a,a,a,a,a,g,a,g,t,a,a,a,g,t,t,a,g,t,c,g,c,g,t,a,g,g,g,t,1
34
+ a,t,g,c,g,c,a,a,c,g,c,g,g,g,g,t,g,a,c,a,a,g,g,g,c,g,c,g,c,a,a,a,c,c,c,t,c,t,a,t,a,c,t,g,c,g,c,g,c,c,g,a,a,g,c,t,g,1
35
+ t,a,a,a,a,a,a,c,t,a,a,c,a,g,t,t,g,t,c,a,g,c,c,t,g,t,c,c,c,g,c,t,t,a,t,a,a,g,a,t,c,a,t,a,c,g,c,c,g,t,t,a,t,a,c,g,t,1
36
+ a,t,g,c,a,a,t,t,t,t,t,t,a,g,t,t,g,c,a,t,g,a,a,c,t,c,g,c,a,t,g,t,c,t,c,c,a,t,a,g,a,a,t,g,c,g,c,g,c,t,a,c,t,t,g,a,t,1
37
+ c,c,t,t,g,a,a,a,a,a,g,a,g,g,t,t,g,a,c,g,c,t,g,c,a,a,g,g,c,t,c,t,a,t,a,c,g,c,a,t,a,a,t,g,c,g,c,c,c,c,g,c,a,a,c,g,c,1
38
+ t,c,g,t,t,g,t,a,t,a,t,t,t,c,t,t,g,a,c,a,c,c,t,t,t,t,c,g,g,c,a,t,c,g,c,c,c,t,a,a,a,a,t,t,c,g,g,c,g,t,c,c,t,c,a,t,a,1
39
+ c,c,g,t,t,t,a,t,t,t,t,t,t,c,t,a,c,c,c,a,t,a,t,c,c,t,t,g,a,a,g,c,g,g,t,g,t,t,a,t,a,a,t,g,c,c,g,c,g,c,c,c,t,c,g,a,t,1
40
+ t,t,c,g,c,a,t,a,t,t,t,t,t,c,t,t,g,c,a,a,a,g,t,t,g,g,g,t,t,g,a,g,c,t,g,g,c,t,a,g,a,t,t,a,g,c,c,a,g,c,c,a,a,t,c,t,t,1
41
+ t,g,t,a,a,a,c,t,a,a,t,g,c,c,t,t,t,a,c,g,t,g,g,g,c,g,g,t,g,a,t,t,t,t,g,t,c,t,a,c,a,a,t,c,t,t,a,c,c,c,c,c,a,c,g,t,a,1
42
+ g,a,t,c,g,c,a,c,g,a,t,c,t,g,t,a,t,a,c,t,t,a,t,t,t,g,a,g,t,a,a,a,t,t,a,a,c,c,c,a,c,g,a,t,c,c,c,a,g,c,c,a,t,t,c,t,t,1
43
+ a,a,c,g,c,a,t,a,c,g,g,t,a,t,t,t,t,a,c,c,t,t,c,c,c,a,g,t,c,a,a,g,a,a,a,a,c,t,t,a,t,c,t,t,a,t,t,c,c,c,a,c,t,t,t,t,c,1
44
+ t,t,a,g,c,g,g,a,t,c,c,t,a,c,c,t,g,a,c,g,c,t,t,t,t,t,a,t,c,g,c,a,a,c,t,c,t,c,t,a,c,t,g,t,t,t,c,t,c,c,a,t,a,c,c,c,g,1
45
+ g,c,c,t,t,c,t,c,c,a,a,a,a,c,g,t,g,t,t,t,t,t,t,g,t,t,g,t,t,a,a,t,t,c,g,g,t,g,t,a,g,a,c,t,t,g,t,a,a,a,c,c,t,a,a,a,t,1
46
+ c,a,g,a,a,a,c,g,t,t,t,t,a,t,t,c,g,a,a,c,a,t,c,g,a,t,c,t,c,g,t,c,t,t,g,t,g,t,t,a,g,a,a,t,t,c,t,a,a,c,a,t,a,c,g,g,t,1
47
+ c,a,c,t,a,a,t,t,t,a,t,t,c,c,a,t,g,t,c,a,c,a,c,t,t,t,t,c,g,c,a,t,c,t,t,t,g,t,t,a,t,g,c,t,a,t,g,g,t,t,a,t,t,t,c,a,t,1
48
+ a,t,a,t,a,a,a,a,a,a,g,t,t,c,t,t,g,c,t,t,t,c,t,a,a,c,g,t,g,a,a,a,g,t,g,g,t,t,t,a,g,g,t,t,a,a,a,a,g,a,c,a,t,c,a,g,t,1
49
+ c,a,a,g,g,t,a,g,a,a,t,g,c,t,t,t,g,c,c,t,t,g,t,c,g,g,c,c,t,g,a,t,t,a,a,t,g,g,c,a,c,g,a,t,a,g,t,c,g,c,a,t,c,g,g,a,t,1
50
+ g,g,c,c,a,a,a,a,a,a,t,a,t,c,t,t,g,t,a,c,t,a,t,t,t,a,c,a,a,a,a,c,c,t,a,t,g,g,t,a,a,c,t,c,t,t,t,a,g,g,c,a,t,t,c,c,t,1
51
+ t,a,g,g,c,a,c,c,c,c,a,g,g,c,t,t,t,a,c,a,c,t,t,t,a,t,g,c,t,t,c,c,g,g,c,t,c,g,t,a,t,g,t,t,g,t,g,t,g,g,a,a,t,t,g,t,g,1
52
+ c,c,a,t,c,a,a,a,a,a,a,a,t,a,t,t,c,t,c,a,a,c,a,t,a,a,a,a,a,a,c,t,t,t,g,t,g,t,a,a,t,a,c,t,t,g,t,a,a,c,g,c,t,a,c,a,t,1
53
+ t,g,g,g,g,a,c,g,t,c,g,t,t,a,c,t,g,a,t,c,c,g,c,a,c,g,t,t,t,a,t,g,a,t,a,t,g,c,t,a,t,c,g,t,a,c,t,c,t,t,t,a,g,c,g,a,g,1
54
+ t,c,a,g,a,a,a,t,a,t,t,a,t,g,g,t,g,a,t,g,a,a,c,t,g,t,t,t,t,t,t,t,a,t,c,c,a,g,t,a,t,a,a,t,t,t,g,t,t,g,g,c,a,t,a,a,t,1
55
+ a,t,a,t,g,a,a,c,g,t,t,g,a,g,a,c,t,g,c,c,g,c,t,g,a,g,t,t,a,t,c,a,g,c,t,g,t,g,a,a,c,g,a,c,a,t,t,c,t,g,g,c,g,t,c,t,a,-
56
+ c,g,a,a,c,g,a,g,t,c,a,a,t,c,a,g,a,c,c,g,c,t,t,t,g,a,c,t,c,t,g,g,t,a,t,t,a,c,t,g,t,g,a,a,c,a,t,t,a,t,t,c,g,t,c,t,c,-
57
+ c,a,a,t,g,g,c,c,t,c,t,a,a,a,c,g,g,g,t,c,t,t,g,a,g,g,g,g,t,t,t,t,t,t,g,c,t,g,a,a,a,g,g,a,g,g,a,a,c,t,a,t,a,t,g,c,g,-
58
+ t,t,g,a,c,c,t,a,c,t,a,c,g,c,c,a,g,c,a,t,t,t,t,g,g,c,g,g,t,g,t,a,a,g,c,t,a,a,c,c,a,t,t,c,c,g,g,t,t,g,a,c,t,c,a,a,t,-
59
+ c,g,t,c,t,a,t,c,g,g,t,g,a,a,c,c,t,c,c,g,g,t,a,t,c,a,a,c,g,c,t,g,g,a,a,g,g,t,g,a,c,g,c,t,a,a,c,g,c,a,g,a,t,g,c,a,g,-
60
+ g,c,c,a,a,t,c,a,a,t,c,a,a,g,a,a,c,t,t,g,a,a,g,g,g,t,g,g,t,a,t,c,a,g,c,c,a,a,c,a,g,c,c,t,g,a,c,a,t,c,c,t,t,c,g,t,t,-
61
+ t,g,g,a,t,g,g,a,c,g,t,t,c,a,a,c,a,t,t,g,a,g,g,a,a,g,g,c,a,t,a,a,c,g,c,t,a,c,t,a,c,c,t,g,a,t,g,t,t,t,a,c,t,c,c,a,a,-
62
+ g,a,g,g,t,g,g,c,t,a,t,g,t,g,t,a,t,g,a,c,c,g,a,a,c,g,a,g,t,c,a,a,t,c,a,g,a,c,c,g,c,t,t,t,g,a,c,t,c,t,g,g,t,a,t,t,a,-
63
+ c,g,t,a,g,c,g,c,a,t,c,a,g,t,g,c,t,t,t,c,t,t,a,c,t,g,t,g,a,g,t,a,c,g,c,a,c,c,a,g,c,g,c,c,a,g,a,g,g,a,c,g,a,c,g,a,c,-
64
+ c,g,a,c,c,g,a,a,g,c,g,a,g,c,c,t,c,g,t,c,c,t,c,a,a,t,g,g,c,c,t,c,t,a,a,a,c,g,g,g,t,c,t,t,g,a,g,g,g,g,t,t,t,t,t,t,g,-
65
+ c,t,a,c,g,g,t,g,g,g,t,a,c,a,a,t,a,t,g,c,t,g,g,a,t,g,g,a,g,a,t,g,c,g,t,t,c,a,c,t,t,c,t,g,g,t,c,t,a,c,t,g,a,c,t,c,g,-
66
+ a,t,a,g,t,c,t,c,a,g,a,g,t,c,t,t,g,a,c,c,t,a,c,t,a,c,g,c,c,a,g,c,a,t,t,t,t,g,g,c,g,g,t,g,t,a,a,g,c,t,a,a,c,c,a,t,t,-
67
+ a,a,c,t,c,a,a,g,g,c,t,g,a,t,a,c,g,g,c,g,a,g,a,c,t,t,g,c,g,a,g,c,c,t,t,g,t,c,c,t,t,g,c,g,g,t,a,c,a,c,a,g,c,a,g,c,g,-
68
+ t,t,a,c,t,g,t,g,a,a,c,a,t,t,a,t,t,c,g,t,c,t,c,c,g,c,g,a,c,t,a,c,g,a,t,g,a,g,a,t,g,c,c,t,g,a,g,t,g,c,t,t,c,c,g,t,t,-
69
+ t,a,t,t,c,t,c,a,a,c,a,a,g,a,t,t,a,a,c,c,g,a,c,a,g,a,t,t,c,a,a,t,c,t,c,g,t,g,g,a,t,g,g,a,c,g,t,t,c,a,a,c,a,t,t,g,a,-
70
+ a,a,c,g,a,g,t,c,a,a,t,c,a,g,a,c,c,g,c,t,t,t,g,a,c,t,c,t,g,g,t,a,t,t,a,c,t,g,t,g,a,a,c,a,t,t,a,t,t,c,g,t,c,t,c,c,g,-
71
+ a,a,g,t,g,c,t,t,a,g,c,t,t,c,a,a,g,g,t,c,a,c,g,g,a,t,a,c,g,a,c,c,g,a,a,g,c,g,a,g,c,c,t,c,g,t,c,c,t,c,a,a,t,g,g,c,c,-
72
+ g,a,a,g,a,c,c,a,c,g,c,c,t,c,g,c,c,a,c,c,g,a,g,t,a,g,a,c,c,c,t,t,a,g,a,g,a,g,c,a,t,g,t,c,a,g,c,c,t,c,g,a,c,a,a,c,t,-
73
+ t,t,a,g,a,g,a,g,c,a,t,g,t,c,a,g,c,c,t,c,g,a,c,a,a,c,t,t,g,c,a,t,a,a,a,t,g,c,t,t,t,c,t,t,g,t,a,g,a,c,g,t,g,c,c,c,t,-
74
+ t,a,t,t,c,g,t,c,t,c,c,g,c,g,a,c,t,a,c,g,a,t,g,a,g,a,t,g,c,c,t,g,a,g,t,g,c,t,t,c,c,g,t,t,a,c,t,g,g,a,t,t,g,t,c,a,c,-
75
+ t,g,c,t,g,a,a,a,g,g,a,g,g,a,a,c,t,a,t,a,t,g,c,g,c,t,c,a,t,a,c,g,a,t,a,t,g,a,a,c,g,t,t,g,a,g,a,c,t,g,c,c,g,c,t,g,a,-
76
+ c,a,t,g,a,a,c,t,c,a,a,g,g,c,t,g,a,t,a,c,g,g,c,g,a,g,a,c,t,t,g,c,g,a,g,c,c,t,t,g,t,c,c,t,t,g,c,g,g,t,a,c,a,c,a,g,c,-
77
+ t,t,c,g,t,c,t,c,c,g,c,g,a,c,t,a,c,g,a,t,g,a,g,a,t,g,c,c,t,g,a,g,t,g,c,t,t,c,c,g,t,t,a,c,t,g,g,a,t,t,g,t,c,a,c,c,a,-
78
+ c,a,t,g,t,c,a,g,c,c,t,c,g,a,c,a,a,c,t,t,g,c,a,t,a,a,a,t,g,c,t,t,t,c,t,t,g,t,a,g,a,c,g,t,g,c,c,c,t,a,c,g,c,g,c,t,t,-
79
+ a,g,g,a,g,g,a,a,c,t,a,c,g,c,a,a,g,g,t,t,g,g,a,a,c,a,t,c,g,g,a,g,a,g,a,t,g,c,c,a,g,c,c,a,g,c,g,c,a,c,c,t,g,c,a,c,g,-
80
+ t,c,t,c,a,a,c,a,a,g,a,t,t,a,a,c,c,g,a,c,a,g,a,t,t,c,a,a,t,c,t,c,g,t,g,g,a,t,g,g,a,c,g,t,t,c,a,a,c,a,t,t,g,a,g,g,a,-
81
+ t,g,a,a,g,t,g,c,t,t,a,g,c,t,t,c,a,a,g,g,t,c,a,c,g,g,a,t,a,c,g,a,c,c,g,a,a,g,c,g,a,g,c,c,t,c,g,t,c,c,t,c,a,a,t,g,g,-
82
+ c,t,a,t,a,t,g,c,g,c,t,c,a,t,a,c,g,a,t,a,t,g,a,a,c,g,t,t,g,a,g,a,c,t,g,c,c,g,c,t,g,a,g,t,t,a,t,c,a,g,c,t,g,t,g,a,a,-
83
+ g,c,g,g,c,a,g,c,a,c,g,t,t,t,c,c,a,c,g,c,g,g,t,g,a,g,a,g,c,c,t,c,a,g,g,a,t,t,c,a,t,g,t,c,g,a,t,g,t,c,t,t,c,c,g,g,t,-
84
+ a,t,c,c,c,t,a,a,t,g,t,c,t,a,c,t,t,c,c,g,g,t,c,a,a,t,c,c,a,t,c,t,a,c,g,t,t,a,a,c,c,g,a,g,g,t,g,g,c,t,a,t,g,t,g,t,a,-
85
+ t,g,g,c,g,t,c,t,a,t,c,g,g,t,g,a,a,c,c,t,c,c,g,g,t,a,t,c,a,a,c,g,c,t,g,g,a,a,g,g,t,g,a,c,g,c,t,a,a,c,g,c,a,g,a,t,g,-
86
+ t,c,t,c,g,t,g,g,a,t,g,g,a,c,g,t,t,c,a,a,c,a,t,t,g,a,g,g,a,a,g,g,c,a,t,a,a,c,g,c,t,a,c,t,a,c,c,t,g,a,t,g,t,t,t,a,c,-
87
+ t,a,t,t,g,g,c,t,t,g,c,t,c,a,a,g,c,a,t,g,a,a,c,t,c,a,a,g,g,c,t,g,a,t,a,c,g,g,c,g,a,g,a,c,t,t,g,c,g,a,g,c,c,t,t,g,t,-
88
+ t,a,g,a,g,g,g,t,g,t,a,c,t,c,c,a,a,g,a,a,g,a,g,g,a,a,g,a,t,g,a,g,g,c,t,a,g,a,c,g,t,c,t,c,t,g,c,a,t,g,g,a,g,t,a,t,g,-
89
+ c,a,g,c,g,g,c,a,g,c,a,c,g,t,t,t,c,c,a,c,g,c,g,g,t,g,a,g,a,g,c,c,t,c,a,g,g,a,t,t,c,a,t,g,t,c,g,a,t,g,t,c,t,t,c,c,g,-
90
+ t,t,a,c,g,t,t,g,g,c,g,a,c,c,g,c,t,a,g,g,a,c,t,t,t,c,t,t,g,t,t,g,a,t,t,t,t,c,c,a,t,g,c,g,g,t,g,t,t,t,t,g,c,g,c,a,a,-
91
+ a,c,g,c,t,a,a,c,g,c,a,g,a,t,g,c,a,g,c,g,a,a,c,g,c,t,c,g,g,c,g,t,a,t,t,c,t,c,a,a,c,a,a,g,a,t,t,a,a,c,c,g,a,c,a,g,a,-
92
+ g,g,t,g,t,t,t,t,g,c,g,c,a,a,t,g,t,t,a,a,t,c,g,c,t,t,t,g,t,a,c,a,c,c,t,c,a,g,g,c,a,t,g,t,a,a,a,c,g,t,c,t,t,c,g,t,a,-
93
+ a,a,c,c,a,t,t,c,c,g,g,t,t,g,a,c,t,c,a,a,t,g,a,g,c,a,t,c,t,c,g,a,t,g,c,a,g,c,g,t,a,c,t,c,c,t,a,c,a,t,g,a,a,t,a,g,a,-
94
+ a,g,a,c,g,t,c,t,c,t,g,c,a,t,g,g,a,g,t,a,t,g,a,g,a,t,g,g,a,c,t,a,c,g,g,t,g,g,g,t,a,c,a,a,t,a,t,g,c,t,g,g,a,t,g,g,a,-
95
+ t,g,t,t,g,a,t,t,t,t,c,c,a,t,g,c,g,g,t,g,t,t,t,t,g,c,g,c,a,a,t,g,t,t,a,a,t,c,g,c,t,t,t,g,t,a,c,a,c,c,t,c,a,g,g,c,a,-
96
+ t,g,c,a,c,g,g,g,t,t,g,c,g,a,t,a,g,c,c,t,c,a,g,c,g,t,a,t,t,c,a,g,g,t,g,c,g,a,g,t,t,c,g,a,t,a,g,t,c,t,c,a,g,a,g,t,c,-
97
+ a,g,g,c,a,t,g,t,a,a,a,c,g,t,c,t,t,c,g,t,a,g,c,g,c,a,t,c,a,g,t,g,c,t,t,t,c,t,t,a,c,t,g,t,g,a,g,t,a,c,g,c,a,c,c,a,g,-
98
+ c,c,g,a,g,t,a,g,a,c,c,c,t,t,a,g,a,g,a,g,c,a,t,g,t,c,a,g,c,c,t,c,g,a,c,a,a,c,t,t,g,c,a,t,a,a,a,t,g,c,t,t,t,c,t,t,g,-
99
+ c,g,c,t,a,g,g,a,c,t,t,t,c,t,t,g,t,t,g,a,t,t,t,t,c,c,a,t,g,c,g,g,t,g,t,t,t,t,g,c,g,c,a,a,t,g,t,t,a,a,t,c,g,c,t,t,t,-
100
+ t,a,t,g,a,c,c,g,a,a,c,g,a,g,t,c,a,a,t,c,a,g,a,c,c,g,c,t,t,t,g,a,c,t,c,t,g,g,t,a,t,t,a,c,t,g,t,g,a,a,c,a,t,t,a,t,t,-
101
+ a,g,a,g,g,g,t,g,t,a,c,t,c,c,a,a,g,a,a,g,a,g,g,a,a,g,a,t,g,a,g,g,c,t,a,g,a,c,g,t,c,t,c,t,g,c,a,t,g,g,a,g,t,a,t,g,a,-
102
+ g,a,g,a,g,c,a,t,g,t,c,a,g,c,c,t,c,g,a,c,a,a,c,t,t,g,c,a,t,a,a,a,t,g,c,t,t,t,c,t,t,g,t,a,g,a,c,g,t,g,c,c,c,t,a,c,g,-
103
+ c,c,t,c,a,a,t,g,g,c,c,t,c,t,a,a,a,c,g,g,g,t,c,t,t,g,a,g,g,g,g,t,t,t,t,t,t,g,c,t,g,a,a,a,g,g,a,g,g,a,a,c,t,a,t,a,t,-
104
+ g,t,a,t,t,c,t,c,a,a,c,a,a,g,a,t,t,a,a,c,c,g,a,c,a,g,a,t,t,c,a,a,t,c,t,c,g,t,g,g,a,t,g,g,a,c,g,t,t,c,a,a,c,a,t,t,g,-
105
+ c,g,c,g,a,c,t,a,c,g,a,t,g,a,g,a,t,g,c,c,t,g,a,g,t,g,c,t,t,c,c,g,t,t,a,c,t,g,g,a,t,t,g,t,c,a,c,c,a,a,g,g,c,t,t,c,c,-
106
+ c,t,c,g,t,c,c,t,c,a,a,t,g,g,c,c,t,c,t,a,a,a,c,g,g,g,t,c,t,t,g,a,g,g,g,g,t,t,t,t,t,t,g,c,t,g,a,a,a,g,g,a,g,g,a,a,c,-
promoters.py ADDED
@@ -0,0 +1,127 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ """Promoters"""
2
+
3
+ from typing import List
4
+ from functools import partial
5
+
6
+ import datasets
7
+
8
+ import pandas
9
+
10
+
11
+ VERSION = datasets.Version("1.0.0")
12
+
13
+ DESCRIPTION = "Promoters dataset from the UCI ML repository."
14
+ _HOMEPAGE = "https://archive.ics.uci.edu/ml/datasets/Promoters"
15
+ _URLS = ("https://archive.ics.uci.edu/ml/datasets/Promoters")
16
+ _CITATION = """
17
+ @misc{misc_molecular_biology_(promoter_gene_sequences)_67,
18
+ author = {Harley,C., Reynolds,R. & Noordewier,M.},
19
+ title = {{Molecular Biology (Promoter Gene Sequences)}},
20
+ year = {1990},
21
+ howpublished = {UCI Machine Learning Repository},
22
+ note = {{DOI}: \\url{10.24432/C5S01D}}
23
+ }"""
24
+
25
+ # Dataset info
26
+ urls_per_split = {
27
+ "train": "https://huggingface.co/datasets/mstz/promoters/raw/main/promoters.data"
28
+ }
29
+ features_types_per_config = {
30
+ "promoters": {
31
+ "seq_0": datasets.Value("string"),
32
+ "seq_1": datasets.Value("string"),
33
+ "seq_2": datasets.Value("string"),
34
+ "seq_3": datasets.Value("string"),
35
+ "seq_4": datasets.Value("string"),
36
+ "seq_5": datasets.Value("string"),
37
+ "seq_6": datasets.Value("string"),
38
+ "seq_7": datasets.Value("string"),
39
+ "seq_8": datasets.Value("string"),
40
+ "seq_9": datasets.Value("string"),
41
+ "seq_10": datasets.Value("string"),
42
+ "seq_11": datasets.Value("string"),
43
+ "seq_12": datasets.Value("string"),
44
+ "seq_13": datasets.Value("string"),
45
+ "seq_14": datasets.Value("string"),
46
+ "seq_15": datasets.Value("string"),
47
+ "seq_16": datasets.Value("string"),
48
+ "seq_17": datasets.Value("string"),
49
+ "seq_18": datasets.Value("string"),
50
+ "seq_19": datasets.Value("string"),
51
+ "seq_20": datasets.Value("string"),
52
+ "seq_21": datasets.Value("string"),
53
+ "seq_22": datasets.Value("string"),
54
+ "seq_23": datasets.Value("string"),
55
+ "seq_24": datasets.Value("string"),
56
+ "seq_25": datasets.Value("string"),
57
+ "seq_26": datasets.Value("string"),
58
+ "seq_27": datasets.Value("string"),
59
+ "seq_28": datasets.Value("string"),
60
+ "seq_29": datasets.Value("string"),
61
+ "seq_30": datasets.Value("string"),
62
+ "seq_31": datasets.Value("string"),
63
+ "seq_32": datasets.Value("string"),
64
+ "seq_33": datasets.Value("string"),
65
+ "seq_34": datasets.Value("string"),
66
+ "seq_35": datasets.Value("string"),
67
+ "seq_36": datasets.Value("string"),
68
+ "seq_37": datasets.Value("string"),
69
+ "seq_38": datasets.Value("string"),
70
+ "seq_39": datasets.Value("string"),
71
+ "seq_40": datasets.Value("string"),
72
+ "seq_41": datasets.Value("string"),
73
+ "seq_42": datasets.Value("string"),
74
+ "seq_43": datasets.Value("string"),
75
+ "seq_44": datasets.Value("string"),
76
+ "seq_45": datasets.Value("string"),
77
+ "seq_46": datasets.Value("string"),
78
+ "seq_47": datasets.Value("string"),
79
+ "seq_48": datasets.Value("string"),
80
+ "seq_49": datasets.Value("string"),
81
+ "seq_50": datasets.Value("string"),
82
+ "seq_51": datasets.Value("string"),
83
+ "seq_52": datasets.Value("string"),
84
+ "seq_53": datasets.Value("string"),
85
+ "seq_54": datasets.Value("string"),
86
+ "seq_55": datasets.Value("string"),
87
+ "seq_56": datasets.Value("string"),
88
+ "class": datasets.ClassLabel(num_classes=2, names=("no", "yes"))
89
+ }
90
+ }
91
+ features_per_config = {k: datasets.Features(features_types_per_config[k]) for k in features_types_per_config}
92
+
93
+
94
+ class PromotersConfig(datasets.BuilderConfig):
95
+ def __init__(self, **kwargs):
96
+ super(PromotersConfig, self).__init__(version=VERSION, **kwargs)
97
+ self.features = features_per_config[kwargs["name"]]
98
+
99
+
100
+ class Promoters(datasets.GeneratorBasedBuilder):
101
+ # dataset versions
102
+ DEFAULT_CONFIG = "promoters"
103
+ BUILDER_CONFIGS = [
104
+ PromotersConfig(name="promoters",
105
+ description="Promoters for binary classification.")
106
+ ]
107
+
108
+ def _info(self):
109
+ info = datasets.DatasetInfo(description=DESCRIPTION, citation=_CITATION, homepage=_HOMEPAGE,
110
+ features=features_per_config[self.config.name])
111
+
112
+ return info
113
+
114
+ def _split_generators(self, dl_manager: datasets.DownloadManager) -> List[datasets.SplitGenerator]:
115
+ downloads = dl_manager.download_and_extract(urls_per_split)
116
+
117
+ return [
118
+ datasets.SplitGenerator(name=datasets.Split.TRAIN, gen_kwargs={"filepath": downloads["train"]})
119
+ ]
120
+
121
+ def _generate_examples(self, filepath: str):
122
+ data = pandas.read_csv(filepath)
123
+
124
+ for row_id, row in data.iterrows():
125
+ data_row = dict(row)
126
+
127
+ yield row_id, data_row