ykeselman commited on
Commit
2dffb30
·
verified ·
1 Parent(s): 5661bcf

Upload dataset

Browse files
Files changed (1) hide show
  1. README.md +477 -0
README.md CHANGED
@@ -1,3 +1,480 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
  A dataset of patches (most 64x64 pixels from the LIDC-IDRI CT scans). These are 16-bit images with a 1024 shift from the original HU values.
2
 
3
  The dataset is incomplete as of 2024-12-02. If you find it useful, I will add more patches.
 
1
+ ---
2
+ configs:
3
+ - config_name: default
4
+ data_files:
5
+ - split: train
6
+ path: data/train-*
7
+ dataset_info:
8
+ features:
9
+ - name: annotation_id
10
+ dtype: int32
11
+ - name: calcification
12
+ dtype:
13
+ class_label:
14
+ names:
15
+ '0': Absent
16
+ '1': Non-central
17
+ '2': Central
18
+ '3': Solid
19
+ '4': Laminated
20
+ '5': Popcorn
21
+ - name: image
22
+ dtype: image
23
+ - name: internalstructure
24
+ dtype:
25
+ class_label:
26
+ names:
27
+ '0': Soft Tissue
28
+ '1': Air
29
+ '2': Fluid
30
+ - name: lobulation
31
+ dtype:
32
+ class_label:
33
+ names:
34
+ '0': No Lobulation
35
+ '1': Nearly No Lobulation
36
+ '2': Near Marked Lobulation
37
+ '3': Medium Lobulation
38
+ '4': Marked Lobulation
39
+ - name: malignancy
40
+ dtype:
41
+ class_label:
42
+ names:
43
+ '0': Indeterminate
44
+ '1': Moderately Suspicious
45
+ '2': Highly Suspicious
46
+ '3': Highly Unlikely
47
+ '4': Moderately Unlikely
48
+ - name: margin
49
+ dtype:
50
+ class_label:
51
+ names:
52
+ '0': Near Sharp
53
+ '1': Sharp
54
+ '2': Near Poorly Defined
55
+ '3': Medium Margin
56
+ '4': Poorly Defined
57
+ - name: patch_id
58
+ dtype: int32
59
+ - name: patient_id
60
+ dtype:
61
+ class_label:
62
+ names:
63
+ '0': LIDC-IDRI-0078
64
+ '1': LIDC-IDRI-0069
65
+ '2': LIDC-IDRI-0079
66
+ '3': LIDC-IDRI-0101
67
+ '4': LIDC-IDRI-0110
68
+ '5': LIDC-IDRI-0115
69
+ '6': LIDC-IDRI-0132
70
+ '7': LIDC-IDRI-0136
71
+ '8': LIDC-IDRI-0150
72
+ '9': LIDC-IDRI-0151
73
+ '10': LIDC-IDRI-0154
74
+ '11': LIDC-IDRI-0001
75
+ '12': LIDC-IDRI-0002
76
+ '13': LIDC-IDRI-0003
77
+ '14': LIDC-IDRI-0004
78
+ '15': LIDC-IDRI-0005
79
+ '16': LIDC-IDRI-0006
80
+ '17': LIDC-IDRI-0007
81
+ '18': LIDC-IDRI-0008
82
+ '19': LIDC-IDRI-0009
83
+ '20': LIDC-IDRI-0010
84
+ '21': LIDC-IDRI-0011
85
+ '22': LIDC-IDRI-0012
86
+ '23': LIDC-IDRI-0013
87
+ '24': LIDC-IDRI-0014
88
+ '25': LIDC-IDRI-0015
89
+ '26': LIDC-IDRI-0016
90
+ '27': LIDC-IDRI-0017
91
+ '28': LIDC-IDRI-0018
92
+ '29': LIDC-IDRI-0019
93
+ '30': LIDC-IDRI-0020
94
+ '31': LIDC-IDRI-0021
95
+ '32': LIDC-IDRI-0022
96
+ '33': LIDC-IDRI-0023
97
+ '34': LIDC-IDRI-0024
98
+ '35': LIDC-IDRI-0025
99
+ '36': LIDC-IDRI-0026
100
+ '37': LIDC-IDRI-0027
101
+ '38': LIDC-IDRI-0029
102
+ '39': LIDC-IDRI-0030
103
+ '40': LIDC-IDRI-0031
104
+ '41': LIDC-IDRI-0033
105
+ '42': LIDC-IDRI-0034
106
+ '43': LIDC-IDRI-0035
107
+ '44': LIDC-IDRI-0036
108
+ '45': LIDC-IDRI-0037
109
+ '46': LIDC-IDRI-0038
110
+ '47': LIDC-IDRI-0039
111
+ '48': LIDC-IDRI-0040
112
+ '49': LIDC-IDRI-0041
113
+ '50': LIDC-IDRI-0042
114
+ '51': LIDC-IDRI-0043
115
+ '52': LIDC-IDRI-0044
116
+ '53': LIDC-IDRI-0045
117
+ '54': LIDC-IDRI-0046
118
+ '55': LIDC-IDRI-0047
119
+ '56': LIDC-IDRI-0048
120
+ '57': LIDC-IDRI-0049
121
+ '58': LIDC-IDRI-0050
122
+ '59': LIDC-IDRI-0051
123
+ '60': LIDC-IDRI-0052
124
+ '61': LIDC-IDRI-0053
125
+ '62': LIDC-IDRI-0054
126
+ '63': LIDC-IDRI-0055
127
+ '64': LIDC-IDRI-0056
128
+ '65': LIDC-IDRI-0057
129
+ '66': LIDC-IDRI-0058
130
+ '67': LIDC-IDRI-0059
131
+ '68': LIDC-IDRI-0060
132
+ '69': LIDC-IDRI-0061
133
+ '70': LIDC-IDRI-0063
134
+ '71': LIDC-IDRI-0064
135
+ '72': LIDC-IDRI-0065
136
+ '73': LIDC-IDRI-0066
137
+ '74': LIDC-IDRI-0067
138
+ '75': LIDC-IDRI-0068
139
+ '76': LIDC-IDRI-0070
140
+ '77': LIDC-IDRI-0072
141
+ '78': LIDC-IDRI-0073
142
+ '79': LIDC-IDRI-0074
143
+ '80': LIDC-IDRI-0075
144
+ '81': LIDC-IDRI-0076
145
+ '82': LIDC-IDRI-0077
146
+ '83': LIDC-IDRI-0080
147
+ '84': LIDC-IDRI-0081
148
+ '85': LIDC-IDRI-0082
149
+ '86': LIDC-IDRI-0083
150
+ '87': LIDC-IDRI-0084
151
+ '88': LIDC-IDRI-0085
152
+ '89': LIDC-IDRI-0086
153
+ '90': LIDC-IDRI-0087
154
+ '91': LIDC-IDRI-0088
155
+ '92': LIDC-IDRI-0089
156
+ '93': LIDC-IDRI-0090
157
+ '94': LIDC-IDRI-0091
158
+ '95': LIDC-IDRI-0092
159
+ '96': LIDC-IDRI-0093
160
+ '97': LIDC-IDRI-0094
161
+ '98': LIDC-IDRI-0095
162
+ '99': LIDC-IDRI-0096
163
+ '100': LIDC-IDRI-0097
164
+ '101': LIDC-IDRI-0098
165
+ '102': LIDC-IDRI-0099
166
+ '103': LIDC-IDRI-0102
167
+ '104': LIDC-IDRI-0103
168
+ '105': LIDC-IDRI-0104
169
+ '106': LIDC-IDRI-0105
170
+ '107': LIDC-IDRI-0106
171
+ '108': LIDC-IDRI-0107
172
+ '109': LIDC-IDRI-0108
173
+ '110': LIDC-IDRI-0109
174
+ '111': LIDC-IDRI-0111
175
+ '112': LIDC-IDRI-0112
176
+ '113': LIDC-IDRI-0113
177
+ '114': LIDC-IDRI-0114
178
+ '115': LIDC-IDRI-0116
179
+ '116': LIDC-IDRI-0117
180
+ '117': LIDC-IDRI-0118
181
+ '118': LIDC-IDRI-0119
182
+ '119': LIDC-IDRI-0120
183
+ '120': LIDC-IDRI-0121
184
+ '121': LIDC-IDRI-0122
185
+ '122': LIDC-IDRI-0123
186
+ '123': LIDC-IDRI-0124
187
+ '124': LIDC-IDRI-0125
188
+ '125': LIDC-IDRI-0126
189
+ '126': LIDC-IDRI-0128
190
+ '127': LIDC-IDRI-0129
191
+ '128': LIDC-IDRI-0130
192
+ '129': LIDC-IDRI-0131
193
+ '130': LIDC-IDRI-0133
194
+ '131': LIDC-IDRI-0134
195
+ '132': LIDC-IDRI-0135
196
+ '133': LIDC-IDRI-0137
197
+ '134': LIDC-IDRI-0138
198
+ '135': LIDC-IDRI-0139
199
+ '136': LIDC-IDRI-0140
200
+ '137': LIDC-IDRI-0141
201
+ '138': LIDC-IDRI-0142
202
+ '139': LIDC-IDRI-0144
203
+ '140': LIDC-IDRI-0145
204
+ '141': LIDC-IDRI-0146
205
+ '142': LIDC-IDRI-0147
206
+ '143': LIDC-IDRI-0148
207
+ '144': LIDC-IDRI-0149
208
+ '145': LIDC-IDRI-0152
209
+ '146': LIDC-IDRI-0153
210
+ '147': LIDC-IDRI-0155
211
+ '148': LIDC-IDRI-0156
212
+ '149': LIDC-IDRI-0157
213
+ '150': LIDC-IDRI-0158
214
+ '151': LIDC-IDRI-0159
215
+ '152': LIDC-IDRI-0160
216
+ '153': LIDC-IDRI-0161
217
+ '154': LIDC-IDRI-0162
218
+ '155': LIDC-IDRI-0163
219
+ '156': LIDC-IDRI-0164
220
+ '157': LIDC-IDRI-0165
221
+ '158': LIDC-IDRI-0166
222
+ '159': LIDC-IDRI-0167
223
+ '160': LIDC-IDRI-0168
224
+ '161': LIDC-IDRI-0169
225
+ '162': LIDC-IDRI-0170
226
+ '163': LIDC-IDRI-0171
227
+ '164': LIDC-IDRI-0172
228
+ '165': LIDC-IDRI-0173
229
+ '166': LIDC-IDRI-0175
230
+ '167': LIDC-IDRI-0176
231
+ '168': LIDC-IDRI-0177
232
+ '169': LIDC-IDRI-0178
233
+ '170': LIDC-IDRI-0179
234
+ '171': LIDC-IDRI-0180
235
+ '172': LIDC-IDRI-0181
236
+ '173': LIDC-IDRI-0182
237
+ '174': LIDC-IDRI-0183
238
+ '175': LIDC-IDRI-0184
239
+ '176': LIDC-IDRI-0185
240
+ '177': LIDC-IDRI-0186
241
+ '178': LIDC-IDRI-0187
242
+ '179': LIDC-IDRI-0188
243
+ '180': LIDC-IDRI-0190
244
+ '181': LIDC-IDRI-0191
245
+ '182': LIDC-IDRI-0192
246
+ '183': LIDC-IDRI-0193
247
+ '184': LIDC-IDRI-0194
248
+ '185': LIDC-IDRI-0195
249
+ '186': LIDC-IDRI-0196
250
+ '187': LIDC-IDRI-0198
251
+ '188': LIDC-IDRI-0199
252
+ '189': LIDC-IDRI-0200
253
+ '190': LIDC-IDRI-0201
254
+ '191': LIDC-IDRI-0202
255
+ '192': LIDC-IDRI-0203
256
+ '193': LIDC-IDRI-0204
257
+ '194': LIDC-IDRI-0206
258
+ '195': LIDC-IDRI-0207
259
+ '196': LIDC-IDRI-0208
260
+ '197': LIDC-IDRI-0209
261
+ '198': LIDC-IDRI-0210
262
+ '199': LIDC-IDRI-0211
263
+ '200': LIDC-IDRI-0212
264
+ '201': LIDC-IDRI-0213
265
+ '202': LIDC-IDRI-0215
266
+ '203': LIDC-IDRI-0216
267
+ '204': LIDC-IDRI-0217
268
+ '205': LIDC-IDRI-0219
269
+ '206': LIDC-IDRI-0220
270
+ '207': LIDC-IDRI-0221
271
+ '208': LIDC-IDRI-0222
272
+ '209': LIDC-IDRI-0223
273
+ '210': LIDC-IDRI-0227
274
+ '211': LIDC-IDRI-0228
275
+ '212': LIDC-IDRI-0229
276
+ '213': LIDC-IDRI-0230
277
+ '214': LIDC-IDRI-0231
278
+ '215': LIDC-IDRI-0232
279
+ '216': LIDC-IDRI-0233
280
+ '217': LIDC-IDRI-0234
281
+ '218': LIDC-IDRI-0235
282
+ '219': LIDC-IDRI-0236
283
+ '220': LIDC-IDRI-0237
284
+ '221': LIDC-IDRI-0240
285
+ '222': LIDC-IDRI-0241
286
+ '223': LIDC-IDRI-0242
287
+ '224': LIDC-IDRI-0243
288
+ '225': LIDC-IDRI-0244
289
+ '226': LIDC-IDRI-0245
290
+ '227': LIDC-IDRI-0246
291
+ '228': LIDC-IDRI-0247
292
+ '229': LIDC-IDRI-0248
293
+ '230': LIDC-IDRI-0249
294
+ '231': LIDC-IDRI-0250
295
+ '232': LIDC-IDRI-0251
296
+ '233': LIDC-IDRI-0252
297
+ '234': LIDC-IDRI-0254
298
+ '235': LIDC-IDRI-0255
299
+ '236': LIDC-IDRI-0256
300
+ '237': LIDC-IDRI-0257
301
+ '238': LIDC-IDRI-0258
302
+ '239': LIDC-IDRI-0259
303
+ '240': LIDC-IDRI-0260
304
+ '241': LIDC-IDRI-0262
305
+ '242': LIDC-IDRI-0263
306
+ '243': LIDC-IDRI-0264
307
+ '244': LIDC-IDRI-0265
308
+ '245': LIDC-IDRI-0266
309
+ '246': LIDC-IDRI-0267
310
+ '247': LIDC-IDRI-0268
311
+ '248': LIDC-IDRI-0269
312
+ '249': LIDC-IDRI-0270
313
+ '250': LIDC-IDRI-0271
314
+ '251': LIDC-IDRI-0272
315
+ '252': LIDC-IDRI-0273
316
+ '253': LIDC-IDRI-0274
317
+ '254': LIDC-IDRI-0275
318
+ '255': LIDC-IDRI-0276
319
+ '256': LIDC-IDRI-0277
320
+ '257': LIDC-IDRI-0278
321
+ '258': LIDC-IDRI-0280
322
+ '259': LIDC-IDRI-0281
323
+ '260': LIDC-IDRI-0282
324
+ '261': LIDC-IDRI-0283
325
+ '262': LIDC-IDRI-0284
326
+ '263': LIDC-IDRI-0285
327
+ '264': LIDC-IDRI-0286
328
+ '265': LIDC-IDRI-0287
329
+ '266': LIDC-IDRI-0288
330
+ '267': LIDC-IDRI-0289
331
+ '268': LIDC-IDRI-0290
332
+ '269': LIDC-IDRI-0291
333
+ '270': LIDC-IDRI-0292
334
+ '271': LIDC-IDRI-0294
335
+ '272': LIDC-IDRI-0296
336
+ '273': LIDC-IDRI-0297
337
+ '274': LIDC-IDRI-0298
338
+ '275': LIDC-IDRI-0299
339
+ '276': LIDC-IDRI-0300
340
+ '277': LIDC-IDRI-0301
341
+ '278': LIDC-IDRI-0302
342
+ '279': LIDC-IDRI-0303
343
+ '280': LIDC-IDRI-0304
344
+ '281': LIDC-IDRI-0305
345
+ '282': LIDC-IDRI-0308
346
+ '283': LIDC-IDRI-0309
347
+ '284': LIDC-IDRI-0310
348
+ '285': LIDC-IDRI-0311
349
+ '286': LIDC-IDRI-0312
350
+ '287': LIDC-IDRI-0313
351
+ '288': LIDC-IDRI-0314
352
+ '289': LIDC-IDRI-0315
353
+ '290': LIDC-IDRI-0317
354
+ '291': LIDC-IDRI-0318
355
+ '292': LIDC-IDRI-0319
356
+ '293': LIDC-IDRI-0320
357
+ '294': LIDC-IDRI-0321
358
+ '295': LIDC-IDRI-0323
359
+ '296': LIDC-IDRI-0324
360
+ '297': LIDC-IDRI-0325
361
+ '298': LIDC-IDRI-0326
362
+ '299': LIDC-IDRI-0329
363
+ '300': LIDC-IDRI-0328
364
+ '301': LIDC-IDRI-0332
365
+ '302': LIDC-IDRI-0334
366
+ '303': LIDC-IDRI-0335
367
+ '304': LIDC-IDRI-0337
368
+ '305': LIDC-IDRI-0338
369
+ '306': LIDC-IDRI-0339
370
+ '307': LIDC-IDRI-0340
371
+ '308': LIDC-IDRI-0341
372
+ '309': LIDC-IDRI-0343
373
+ '310': LIDC-IDRI-0344
374
+ '311': LIDC-IDRI-0345
375
+ '312': LIDC-IDRI-0346
376
+ '313': LIDC-IDRI-0347
377
+ '314': LIDC-IDRI-0348
378
+ '315': LIDC-IDRI-0350
379
+ '316': LIDC-IDRI-0351
380
+ '317': LIDC-IDRI-0352
381
+ '318': LIDC-IDRI-0353
382
+ '319': LIDC-IDRI-0354
383
+ '320': LIDC-IDRI-0355
384
+ '321': LIDC-IDRI-0356
385
+ '322': LIDC-IDRI-0357
386
+ '323': LIDC-IDRI-0358
387
+ '324': LIDC-IDRI-0359
388
+ '325': LIDC-IDRI-0360
389
+ '326': LIDC-IDRI-0362
390
+ '327': LIDC-IDRI-0363
391
+ '328': LIDC-IDRI-0365
392
+ '329': LIDC-IDRI-0366
393
+ '330': LIDC-IDRI-0367
394
+ '331': LIDC-IDRI-0368
395
+ '332': LIDC-IDRI-0369
396
+ '333': LIDC-IDRI-0370
397
+ '334': LIDC-IDRI-0371
398
+ '335': LIDC-IDRI-0372
399
+ '336': LIDC-IDRI-0373
400
+ '337': LIDC-IDRI-0374
401
+ '338': LIDC-IDRI-0375
402
+ '339': LIDC-IDRI-0376
403
+ '340': LIDC-IDRI-0377
404
+ '341': LIDC-IDRI-0378
405
+ '342': LIDC-IDRI-0379
406
+ '343': LIDC-IDRI-0380
407
+ '344': LIDC-IDRI-0381
408
+ '345': LIDC-IDRI-0384
409
+ '346': LIDC-IDRI-0385
410
+ '347': LIDC-IDRI-0386
411
+ '348': LIDC-IDRI-0387
412
+ '349': LIDC-IDRI-0388
413
+ '350': LIDC-IDRI-0390
414
+ '351': LIDC-IDRI-0392
415
+ '352': LIDC-IDRI-0393
416
+ '353': LIDC-IDRI-0394
417
+ '354': LIDC-IDRI-0395
418
+ '355': LIDC-IDRI-0396
419
+ '356': LIDC-IDRI-0397
420
+ '357': LIDC-IDRI-0127
421
+ - name: pixel_spacing_mm
422
+ dtype: float32
423
+ - name: scan_id
424
+ dtype: int32
425
+ - name: sphericity
426
+ dtype:
427
+ class_label:
428
+ names:
429
+ '0': Ovoid
430
+ '1': Ovoid/Round
431
+ '2': Round
432
+ '3': Ovoid/Linear
433
+ '4': Linear
434
+ - name: spiculation
435
+ dtype:
436
+ class_label:
437
+ names:
438
+ '0': No Spiculation
439
+ '1': Nearly No Spiculation
440
+ '2': Medium Spiculation
441
+ '3': Near Marked Spiculation
442
+ '4': Marked Spiculation
443
+ - name: subtlety
444
+ dtype:
445
+ class_label:
446
+ names:
447
+ '0': Obvious
448
+ '1': Moderately Obvious
449
+ '2': Moderately Subtle
450
+ '3': Fairly Subtle
451
+ '4': Extremely Subtle
452
+ - name: texture
453
+ dtype:
454
+ class_label:
455
+ names:
456
+ '0': Solid
457
+ '1': Solid/Mixed
458
+ '2': Part Solid/Mixed
459
+ '3': Non-Solid/Mixed
460
+ '4': Non-Solid/GGO
461
+ - name: xmax
462
+ dtype: int32
463
+ - name: xmin
464
+ dtype: int32
465
+ - name: ymax
466
+ dtype: int32
467
+ - name: ymin
468
+ dtype: int32
469
+ - name: z
470
+ dtype: int32
471
+ splits:
472
+ - name: train
473
+ num_bytes: 77036241.166
474
+ num_examples: 14933
475
+ download_size: 69681888
476
+ dataset_size: 77036241.166
477
+ ---
478
  A dataset of patches (most 64x64 pixels from the LIDC-IDRI CT scans). These are 16-bit images with a 1024 shift from the original HU values.
479
 
480
  The dataset is incomplete as of 2024-12-02. If you find it useful, I will add more patches.