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| """Dictionary containing ideal internal coordinates and chi angle assignments | |
| for building amino acid 3D coordinates""" | |
| from typing import Dict | |
| AA_GEOMETRY: Dict[str, dict] = { | |
| "ALA": { | |
| "atoms": ["CB"], | |
| "chi_indices": [], | |
| "parents": [["N", "C", "CA"]], | |
| "types": {"C": "C", "CA": "CT1", "CB": "CT3", "N": "NH1", "O": "O"}, | |
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| "z-lengths": [1.56, 1.52, 1.26, 1.25], | |
| }, | |
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| ["OE1", "CG", "CD"], | |
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| "O": "O", | |
| "OE1": "OC", | |
| "OE2": "OC", | |
| }, | |
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| "z-dihedrals": [121.9, 180.0, 180.0, 180.0, -179.1], | |
| "z-lengths": [1.55, 1.56, 1.53, 1.26, 1.25], | |
| }, | |
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| }, | |
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| }, | |
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| "chi_indices": [1, 2], | |
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| ["N", "C", "CA"], | |
| ["N", "CA", "CB"], | |
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| ], | |
| "types": { | |
| "C": "C", | |
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| "N": "NH1", | |
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| "NE2": "NR2", | |
| "O": "O", | |
| }, | |
| "z-angles": [109.99, 114.05, 124.1, 129.6, 107.03, 110.03], | |
| "z-dihedrals": [122.46, 180.0, 90.0, -171.29, -173.21, 171.99], | |
| "z-lengths": [1.55, 1.5, 1.38, 1.36, 1.35, 1.38], | |
| }, | |
| "HSE": { | |
| "atoms": ["CB", "CG", "ND1", "CD2", "CE1", "NE2"], | |
| "chi_indices": [], | |
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| ["N", "C", "CA"], | |
| ["N", "CA", "CB"], | |
| ["CA", "CB", "CG"], | |
| ["ND1", "CB", "CG"], | |
| ["CB", "CG", "ND1"], | |
| ["CB", "CG", "CD2"], | |
| ], | |
| "types": { | |
| "C": "C", | |
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| "O": "O", | |
| }, | |
| "z-angles": [111.67, 116.94, 120.17, 129.71, 105.2, 105.8], | |
| "z-dihedrals": [123.52, 180.0, 90.0, -178.26, -179.2, 178.66], | |
| "z-lengths": [1.56, 1.51, 1.39, 1.36, 1.32, 1.38], | |
| }, | |
| "HSP": { | |
| "atoms": ["CB", "CG", "ND1", "CD2", "CE1", "NE2"], | |
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| ], | |
| "types": { | |
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| "CE1": "CPH2", | |
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| "ND1": "NR3", | |
| "NE2": "NR3", | |
| "O": "O", | |
| }, | |
| "z-angles": [109.38, 114.18, 122.94, 128.93, 108.9, 106.93], | |
| "z-dihedrals": [125.13, 180.0, 90.0, -165.26, -167.62, 167.13], | |
| "z-lengths": [1.55, 1.52, 1.37, 1.35, 1.33, 1.37], | |
| }, | |
| "ILE": { | |
| "atoms": ["CB", "CG1", "CG2", "CD1"], | |
| "chi_indices": [1, 3], | |
| "parents": [ | |
| ["N", "C", "CA"], | |
| ["N", "CA", "CB"], | |
| ["CG1", "CA", "CB"], | |
| ["CA", "CB", "CG1"], | |
| ], | |
| "types": { | |
| "C": "C", | |
| "CA": "CT1", | |
| "CB": "CT1", | |
| "CD": "CT3", | |
| "CG1": "CT2", | |
| "CG2": "CT3", | |
| "N": "NH1", | |
| "O": "O", | |
| }, | |
| "z-angles": [112.93, 113.63, 113.93, 114.09], | |
| "z-dihedrals": [124.22, 180.0, -130.04, 180.0], | |
| "z-lengths": [1.57, 1.55, 1.55, 1.54], | |
| }, | |
| "LEU": { | |
| "atoms": ["CB", "CG", "CD1", "CD2"], | |
| "chi_indices": [1, 2], | |
| "parents": [ | |
| ["N", "C", "CA"], | |
| ["N", "CA", "CB"], | |
| ["CA", "CB", "CG"], | |
| ["CD1", "CB", "CG"], | |
| ], | |
| "types": { | |
| "C": "C", | |
| "CA": "CT1", | |
| "CB": "CT2", | |
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| "CD2": "CT3", | |
| "CG": "CT1", | |
| "N": "NH1", | |
| "O": "O", | |
| }, | |
| "z-angles": [112.12, 117.46, 110.48, 112.57], | |
| "z-dihedrals": [121.52, 180.0, 180.0, 120.0], | |
| "z-lengths": [1.55, 1.55, 1.54, 1.54], | |
| }, | |
| "LYS": { | |
| "atoms": ["CB", "CG", "CD", "CE", "NZ"], | |
| "chi_indices": [1, 2, 3, 4], | |
| "parents": [ | |
| ["N", "C", "CA"], | |
| ["N", "CA", "CB"], | |
| ["CA", "CB", "CG"], | |
| ["CB", "CG", "CD"], | |
| ["CG", "CD", "CE"], | |
| ], | |
| "types": { | |
| "C": "C", | |
| "CA": "CT1", | |
| "CB": "CT2", | |
| "CD": "CT2", | |
| "CE": "CT2", | |
| "CG": "CT2", | |
| "N": "NH1", | |
| "NZ": "NH3", | |
| "O": "O", | |
| }, | |
| "z-angles": [111.36, 115.76, 113.28, 112.33, 110.46], | |
| "z-dihedrals": [122.23, 180.0, 180.0, 180.0, 180.0], | |
| "z-lengths": [1.56, 1.54, 1.54, 1.53, 1.46], | |
| }, | |
| "MET": { | |
| "atoms": ["CB", "CG", "SD", "CE"], | |
| "chi_indices": [1, 2, 3], | |
| "parents": [ | |
| ["N", "C", "CA"], | |
| ["N", "CA", "CB"], | |
| ["CA", "CB", "CG"], | |
| ["CB", "CG", "SD"], | |
| ], | |
| "types": { | |
| "C": "C", | |
| "CA": "CT1", | |
| "CB": "CT2", | |
| "CE": "CT3", | |
| "CG": "CT2", | |
| "N": "NH1", | |
| "O": "O", | |
| "SD": "S", | |
| }, | |
| "z-angles": [111.88, 115.92, 110.28, 98.94], | |
| "z-dihedrals": [121.62, 180.0, 180.0, 180.0], | |
| "z-lengths": [1.55, 1.55, 1.82, 1.82], | |
| }, | |
| "PHE": { | |
| "atoms": ["CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ"], | |
| "chi_indices": [1, 2], | |
| "parents": [ | |
| ["N", "C", "CA"], | |
| ["N", "CA", "CB"], | |
| ["CA", "CB", "CG"], | |
| ["CD1", "CB", "CG"], | |
| ["CB", "CG", "CD1"], | |
| ["CB", "CG", "CD2"], | |
| ["CG", "CD1", "CE1"], | |
| ], | |
| "types": { | |
| "C": "C", | |
| "CA": "CT1", | |
| "CB": "CT2", | |
| "CD1": "CA", | |
| "CD2": "CA", | |
| "CE1": "CA", | |
| "CE2": "CA", | |
| "CG": "CA", | |
| "CZ": "CA", | |
| "N": "NH1", | |
| "O": "O", | |
| }, | |
| "z-angles": [112.45, 112.76, 120.32, 120.76, 120.63, 120.62, 119.93], | |
| "z-dihedrals": [122.49, 180.0, 90.0, -177.96, -177.37, 177.2, -0.12], | |
| "z-lengths": [1.56, 1.51, 1.41, 1.41, 1.4, 1.4, 1.4], | |
| }, | |
| "PRO": { | |
| "atoms": ["CB", "CG", "CD"], | |
| "chi_indices": [1, 2], | |
| "parents": [["N", "C", "CA"], ["N", "CA", "CB"], ["CA", "CB", "CG"]], | |
| "types": { | |
| "C": "C", | |
| "CA": "CP1", | |
| "CB": "CP2", | |
| "CD": "CP3", | |
| "CG": "CP2", | |
| "N": "N", | |
| "O": "O", | |
| }, | |
| "z-angles": [111.74, 104.39, 103.21], | |
| "z-dihedrals": [113.74, 31.61, -34.59], | |
| "z-lengths": [1.54, 1.53, 1.53], | |
| }, | |
| "SER": { | |
| "atoms": ["CB", "OG"], | |
| "chi_indices": [1], | |
| "parents": [["N", "C", "CA"], ["N", "CA", "CB"]], | |
| "types": { | |
| "C": "C", | |
| "CA": "CT1", | |
| "CB": "CT2", | |
| "N": "NH1", | |
| "O": "O", | |
| "OG": "OH1", | |
| }, | |
| "z-angles": [111.4, 112.45], | |
| "z-dihedrals": [124.75, 180.0], | |
| "z-lengths": [1.56, 1.43], | |
| }, | |
| "THR": { | |
| "atoms": ["CB", "OG1", "CG2"], | |
| "chi_indices": [1], | |
| "parents": [["N", "C", "CA"], ["N", "CA", "CB"], ["OG1", "CA", "CB"]], | |
| "types": { | |
| "C": "C", | |
| "CA": "CT1", | |
| "CB": "CT1", | |
| "CG2": "CT3", | |
| "N": "NH1", | |
| "O": "O", | |
| "OG1": "OH1", | |
| }, | |
| "z-angles": [112.74, 112.16, 115.91], | |
| "z-dihedrals": [126.46, 180.0, -124.13], | |
| "z-lengths": [1.57, 1.43, 1.53], | |
| }, | |
| "TRP": { | |
| "atoms": ["CB", "CG", "CD2", "CD1", "CE2", "NE1", "CE3", "CZ3", "CH2", "CZ2"], | |
| "chi_indices": [1, 2], | |
| "parents": [ | |
| ["N", "C", "CA"], | |
| ["N", "CA", "CB"], | |
| ["CA", "CB", "CG"], | |
| ["CD2", "CB", "CG"], | |
| ["CD1", "CG", "CD2"], | |
| ["CG", "CD2", "CE2"], | |
| ["CE2", "CG", "CD2"], | |
| ["CE2", "CD2", "CE3"], | |
| ["CD2", "CE3", "CZ3"], | |
| ["CE3", "CZ3", "CH2"], | |
| ], | |
| "types": { | |
| "C": "C", | |
| "CA": "CT1", | |
| "CB": "CT2", | |
| "CD1": "CA", | |
| "CD2": "CPT", | |
| "CE2": "CPT", | |
| "CE3": "CAI", | |
| "CG": "CY", | |
| "CH2": "CA", | |
| "CZ2": "CAI", | |
| "CZ3": "CA", | |
| "N": "NH1", | |
| "NE1": "NY", | |
| "O": "O", | |
| }, | |
| "z-angles": [ | |
| 111.23, | |
| 115.14, | |
| 123.95, | |
| 129.18, | |
| 106.65, | |
| 107.87, | |
| 132.54, | |
| 118.16, | |
| 120.97, | |
| 120.87, | |
| ], | |
| "z-dihedrals": [ | |
| 122.68, | |
| 180.0, | |
| 90.0, | |
| -172.81, | |
| -0.08, | |
| 0.14, | |
| 179.21, | |
| -0.2, | |
| 0.1, | |
| 0.01, | |
| ], | |
| "z-lengths": [1.56, 1.52, 1.44, 1.37, 1.41, 1.37, 1.4, 1.4, 1.4, 1.4], | |
| }, | |
| "TYR": { | |
| "atoms": ["CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OH"], | |
| "chi_indices": [1, 2], | |
| "parents": [ | |
| ["N", "C", "CA"], | |
| ["N", "CA", "CB"], | |
| ["CA", "CB", "CG"], | |
| ["CD1", "CB", "CG"], | |
| ["CB", "CG", "CD1"], | |
| ["CB", "CG", "CD2"], | |
| ["CG", "CD1", "CE1"], | |
| ["CE1", "CE2", "CZ"], | |
| ], | |
| "types": { | |
| "C": "C", | |
| "CA": "CT1", | |
| "CB": "CT2", | |
| "CD1": "CA", | |
| "CD2": "CA", | |
| "CE1": "CA", | |
| "CE2": "CA", | |
| "CG": "CA", | |
| "CZ": "CA", | |
| "N": "NH1", | |
| "O": "O", | |
| "OH": "OH1", | |
| }, | |
| "z-angles": [112.34, 112.94, 120.49, 120.46, 120.4, 120.56, 120.09, 120.25], | |
| "z-dihedrals": [122.27, 180.0, 90.0, -176.46, -175.49, 175.32, -0.19, -178.98], | |
| "z-lengths": [1.56, 1.51, 1.41, 1.41, 1.4, 1.4, 1.4, 1.41], | |
| }, | |
| "VAL": { | |
| "atoms": ["CB", "CG1", "CG2"], | |
| "chi_indices": [1], | |
| "parents": [["N", "C", "CA"], ["N", "CA", "CB"], ["CG1", "CA", "CB"]], | |
| "types": { | |
| "C": "C", | |
| "CA": "CT1", | |
| "CB": "CT1", | |
| "CG1": "CT3", | |
| "CG2": "CT3", | |
| "N": "NH1", | |
| "O": "O", | |
| }, | |
| "z-angles": [111.23, 113.97, 112.17], | |
| "z-dihedrals": [122.95, 180.0, 123.99], | |
| "z-lengths": [1.57, 1.54, 1.54], | |
| }, | |
| } | |