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#if HAVE_CONFIG_H
# include <config.h>
#endif
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#include <assert.h>
#include <math.h>
#include "freesasa_internal.h"
#include "coord.h"
coord_t *
freesasa_coord_new()
{
coord_t *c = malloc(sizeof(coord_t));
if (c != NULL) {
c->xyz = NULL;
c->n = 0;
c->is_linked = 0;
} else {
mem_fail();
}
return c;
}
void
freesasa_coord_free(coord_t *c)
{
if (c) {
if (c->xyz && !c->is_linked) free(c->xyz);
free(c);
}
}
static void
coord_clear(coord_t *c)
{
assert(c);
assert(!c->is_linked);
if (c->xyz) {
free(c->xyz);
c->xyz = NULL;
}
c->n = 0;
}
coord_t *
freesasa_coord_copy(const coord_t *src)
{
assert(src);
coord_t *c = freesasa_coord_new();
if (c != NULL) freesasa_coord_set_all(c,src->xyz,src->n);
else mem_fail();
return c;
}
coord_t *
freesasa_coord_new_linked(const double *xyz,
int n)
{
assert(xyz);
assert(n > 0);
coord_t *c = freesasa_coord_new();
if (c != NULL) {
c->xyz = (double*)xyz;
c->n = n;
c->is_linked = 1;
} else mem_fail();
return c;
}
int
freesasa_coord_append(coord_t *c,
const double *xyz,
int n)
{
assert(c); assert(xyz); assert(!c->is_linked);
int n_old = c->n;
double *xyz_old = c->xyz;
if (n == 0) return FREESASA_SUCCESS;
c->xyz = (double*) realloc(c->xyz, sizeof(double)*3*(c->n+n));
if (c->xyz == NULL) {
free(xyz_old);
return mem_fail();
}
c->n += n;
memcpy(&(c->xyz[3*n_old]), xyz, sizeof(double)*n*3);
return FREESASA_SUCCESS;
}
int
freesasa_coord_append_xyz(coord_t *c,
const double *x,
const double *y,
const double *z, int n)
{
assert(c); assert(x); assert(y); assert(z);
assert(!c->is_linked);
double *xyz;
if (n == 0) return FREESASA_SUCCESS;
xyz = malloc(sizeof(double)*n*3);
if(xyz == NULL) return mem_fail();
for (int i = 0; i < n; ++i) {
xyz[i*3] = x[i];
xyz[i*3+1] = y[i];
xyz[i*3+2] = z[i];
}
if (freesasa_coord_append(c,xyz,n) == FREESASA_SUCCESS) {
free(xyz);
return FREESASA_SUCCESS;
}
return mem_fail();
}
void
freesasa_coord_set_i(coord_t *c,
int i,
const double* xyz)
{
assert(c); assert(xyz);
assert(i < c->n && i >= 0);
assert(!c->is_linked);
memcpy(&c->xyz[i*3], xyz, 3*sizeof(double));
}
void
freesasa_coord_set_i_xyz(coord_t *c,
int i,
double x,
double y,
double z)
{
assert(c); assert(c->n > i); assert(i >= 0);
assert(!c->is_linked);
double *v_i = &c->xyz[i*3];
*(v_i++) = x;
*(v_i++) = y;
*v_i = z;
}
int
freesasa_coord_set_all(coord_t *c,
const double* xyz,
int n)
{
assert(c); assert(xyz);
coord_clear(c);
return freesasa_coord_append(c,xyz,n);
}
int
freesasa_coord_set_all_xyz(coord_t *c,
const double *x,
const double *y,
const double *z,
int n)
{
assert(c); assert(x); assert(y); assert(z);
coord_clear(c);
return freesasa_coord_append_xyz(c, x, y, z, n);
}
void
freesasa_coord_set_length_i(coord_t *c,
int i,
double l)
{
assert(c); assert(c->xyz);
assert(!c->is_linked);
assert(i >= 0 && i < c->n);
assert(l >= 0);
double x = c->xyz[3*i], y = c->xyz[3*i+1], z = c->xyz[3*i+2];
double r = sqrt(x*x + y*y + z*z);
c->xyz[3*i] *= l/r;
c->xyz[3*i+1] *= l/r;
c->xyz[3*i+2] *= l/r;
}
void
freesasa_coord_set_length_all(coord_t *c,
double l)
{
assert(c);
assert(!c->is_linked);
for (int i = 0; i < c->n; ++i) freesasa_coord_set_length_i(c,i,l);
}
const double*
freesasa_coord_i(const coord_t *c,
int i)
{
assert(c);
assert(i < c->n);
assert(i >= 0);
return &c->xyz[3*i];
}
double
freesasa_coord_dist(const coord_t *c,
int i,
int j)
{
return sqrt(freesasa_coord_dist2(c,i,j));
}
static inline double
dist2(const double *v1,
const double *v2)
{
double dx = v1[0]-v2[0], dy = v1[1]-v2[1], dz = v1[2]-v2[2];
return dx*dx + dy*dy + dz*dz;
}
double
freesasa_coord_dist2(const coord_t *c,
int i,
int j)
{
double *v1 = &c->xyz[3*i];
double *v2 = &c->xyz[3*j];
return dist2(v1,v2);
}
double
freesasa_coord_dist2_12(const coord_t *c1,
const coord_t *c2,
int i1,
int i2)
{
double *v1 = &c1->xyz[3*i1];
double *v2 = &c2->xyz[3*i2];
return dist2(v1,v2);
}
const double*
freesasa_coord_all(const coord_t *c)
{
assert(c);
return c->xyz;
}
int
freesasa_coord_n(const coord_t *c)
{
assert(c);
return c->n;
}
void
freesasa_coord_translate(coord_t *c,
const double *xyz)
{
assert(!c->is_linked);
assert(xyz);
freesasa_coord_translate_xyz(c,xyz[0],xyz[1],xyz[2]);
}
void
freesasa_coord_translate_xyz(coord_t *c,
double x,
double y,
double z)
{
assert(c);
assert(!c->is_linked);
for (int i = 0; i < c->n; ++i) {
c->xyz[3*i] += x;
c->xyz[3*i+1] += y;
c->xyz[3*i+2] += z;
}
}
void
freesasa_coord_scale(coord_t *c,
double s)
{
assert(c);
assert(!c->is_linked);
for (int i = 0; i < c->n*3; ++i) {
c->xyz[i] *= s;
}
}
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