app.py

import gradio as gr
import pandas as pd
import time
import traceback
from OpenAITools.FetchTools import fetch_clinical_trials
from langchain_openai import ChatOpenAI
from langchain_groq import ChatGroq
from OpenAITools.CrinicalTrialTools import SimpleClinicalTrialAgent, GraderAgent, LLMTranslator, generate_ex_question_English

# モデルとエージェントの初期化
groq = ChatGroq(model_name="llama3-70b-8192", temperature=0)
translator = LLMTranslator(groq)
CriteriaCheckAgent = SimpleClinicalTrialAgent(groq)
grader_agent = GraderAgent(groq)

# エラーハンドリング付きでエージェント評価を実行する関数
def evaluate_with_retry(agent, criteria, question, max_retries=3):
    """エラーハンドリング付きでエージェント評価を実行"""
    for attempt in range(max_retries):
        try:
            return agent.evaluate_eligibility(criteria, question)
        except Exception as e:
            if "missing variables" in str(e):
                # プロンプトテンプレートの変数エラーの場合
                print(f"プロンプトテンプレートエラー (試行 {attempt + 1}/{max_retries}): {e}")
                return "評価エラー: プロンプトテンプレートの設定に問題があります"
            elif "no healthy upstream" in str(e) or "InternalServerError" in str(e):
                # Groqサーバーエラーの場合
                print(f"Groqサーバーエラー (試行 {attempt + 1}/{max_retries}): {e}")
                if attempt < max_retries - 1:
                    time.sleep(2)  # 2秒待機してリトライ
                    continue
                else:
                    return "評価エラー: サーバーに接続できませんでした"
            else:
                print(f"予期しないエラー (試行 {attempt + 1}/{max_retries}): {e}")
                if attempt < max_retries - 1:
                    time.sleep(1)
                    continue
                else:
                    return f"評価エラー: {str(e)}"
    return "評価エラー: 最大リトライ回数に達しました"

def evaluate_grade_with_retry(agent, judgment, max_retries=3):
    """エラーハンドリング付きでグレード評価を実行"""
    for attempt in range(max_retries):
        try:
            return agent.evaluate_eligibility(judgment)
        except Exception as e:
            if "no healthy upstream" in str(e) or "InternalServerError" in str(e):
                print(f"Groqサーバーエラー (グレード評価 - 試行 {attempt + 1}/{max_retries}): {e}")
                if attempt < max_retries - 1:
                    time.sleep(2)
                    continue
                else:
                    return "unclear"
            else:
                print(f"予期しないエラー (グレード評価 - 試行 {attempt + 1}/{max_retries}): {e}")
                if attempt < max_retries - 1:
                    time.sleep(1)
                    continue
                else:
                    return "unclear"
    return "unclear"

# データフレームを生成する関数
def generate_dataframe(age, sex, tumor_type, GeneMutation, Meseable, Biopsiable):
    try:
        # 入力検証
        if not all([age, sex, tumor_type]):
            return pd.DataFrame(), pd.DataFrame()
        
        # 日本語の腫瘍タイプを英語に翻訳
        try:
            TumorName = translator.translate(tumor_type)
        except Exception as e:
            print(f"翻訳エラー: {e}")
            TumorName = tumor_type  # 翻訳に失敗した場合は元の値を使用

        # 質問文を生成
        try:
            ex_question = generate_ex_question_English(age, sex, TumorName, GeneMutation, Meseable, Biopsiable)
        except Exception as e:
            print(f"質問生成エラー: {e}")
            return pd.DataFrame(), pd.DataFrame()
        
        # 臨床試験データの取得
        try:
            df = fetch_clinical_trials(TumorName)
            if df.empty:
                print("臨床試験データが見つかりませんでした")
                return pd.DataFrame(), pd.DataFrame()
        except Exception as e:
            print(f"臨床試験データ取得エラー: {e}")
            return pd.DataFrame(), pd.DataFrame()
        
        df['AgentJudgment'] = None
        df['AgentGrade'] = None
        
        # 臨床試験の適格性の評価
        NCTIDs = list(df['NCTID'])
        progress = gr.Progress(track_tqdm=True)
        
        for i, nct_id in enumerate(NCTIDs):
            try:
                target_criteria = df.loc[df['NCTID'] == nct_id, 'Eligibility Criteria'].values[0]
                
                # エラーハンドリング付きで評価実行
                agent_judgment = evaluate_with_retry(CriteriaCheckAgent, target_criteria, ex_question)
                agent_grade = evaluate_grade_with_retry(grader_agent, agent_judgment)
                
                # データフレームの更新
                df.loc[df['NCTID'] == nct_id, 'AgentJudgment'] = agent_judgment
                df.loc[df['NCTID'] == nct_id, 'AgentGrade'] = agent_grade
                
            except Exception as e:
                print(f"NCTID {nct_id} の評価中にエラー: {e}")
                df.loc[df['NCTID'] == nct_id, 'AgentJudgment'] = f"エラー: {str(e)}"
                df.loc[df['NCTID'] == nct_id, 'AgentGrade'] = "unclear"
            
            progress((i + 1) / len(NCTIDs))
        
        # 列を指定した順に並び替え
        columns_order = ['NCTID', 'AgentGrade', 'Title', 'AgentJudgment', 'Japanes Locations', 
                         'Primary Completion Date', 'Cancer', 'Summary', 'Eligibility Criteria']
        
        # 存在する列のみを選択
        available_columns = [col for col in columns_order if col in df.columns]
        df = df[available_columns]
            
        return df, df  # フィルタ用と表示用にデータフレームを返す
        
    except Exception as e:
        print(f"データフレーム生成中に予期しないエラー: {e}")
        traceback.print_exc()
        return pd.DataFrame(), pd.DataFrame()

# CSVとして保存しダウンロードする関数
def download_filtered_csv(df):
    try:
        if df is None or len(df) == 0:
            return None
        file_path = "filtered_data.csv"
        df.to_csv(file_path, index=False)
        return file_path
    except Exception as e:
        print(f"CSV保存エラー: {e}")
        return None

# 全体結果をCSVとして保存しダウンロードする関数
def download_full_csv(df):
    try:
        if df is None or len(df) == 0:
            return None
        file_path = "full_data.csv"
        df.to_csv(file_path, index=False)
        return file_path
    except Exception as e:
        print(f"CSV保存エラー: {e}")
        return None

# Gradioインターフェースの作成
with gr.Blocks(title="臨床試験適格性評価", theme=gr.themes.Soft()) as demo:
    gr.Markdown("## 臨床試験適格性評価インターフェース")
    gr.Markdown("⚠️ **注意**: サーバーエラーが発生する場合があります。エラーが続く場合は少し時間をおいてから再試行してください。")

    # 各種入力フィールド
    with gr.Row():
        with gr.Column():
            age_input = gr.Textbox(label="Age", placeholder="例: 65", value="")
            sex_input = gr.Dropdown(choices=["男性", "女性"], label="Sex", value=None)
            tumor_type_input = gr.Textbox(label="Tumor Type", placeholder="例: gastric cancer", value="")
        
        with gr.Column():
            gene_mutation_input = gr.Textbox(label="Gene Mutation", placeholder="例: HER2", value="")
            measurable_input = gr.Dropdown(choices=["有り", "無し", "不明"], label="Measurable Tumor", value=None)
            biopsiable_input = gr.Dropdown(choices=["有り", "無し", "不明"], label="Biopsiable Tumor", value=None)

    # データフレーム表示エリア
    dataframe_output = gr.DataFrame(
        headers=["NCTID", "AgentGrade", "Title", "AgentJudgment", "Status"],
        datatype=["str", "str", "str", "str", "str"],
        value=None
    )
    
    # 内部状態用の非表示コンポーネント
    original_df_state = gr.State(value=None)
    filtered_df_state = gr.State(value=None)

    # ボタン類
    with gr.Row():
        generate_button = gr.Button("Generate Clinical Trials Data", variant="primary")
    
    with gr.Row():
        yes_button = gr.Button("Show Eligible Trials", variant="secondary")
        no_button = gr.Button("Show Ineligible Trials", variant="secondary")
        unclear_button = gr.Button("Show Unclear Trials", variant="secondary")
    
    with gr.Row():
        download_filtered_button = gr.Button("Download Filtered Data")
        download_full_button = gr.Button("Download Full Data")
    
    # ダウンロードファイル
    download_filtered_output = gr.File(label="Download Filtered Data", visible=False)
    download_full_output = gr.File(label="Download Full Data", visible=False)

    # イベントハンドリング
    def update_dataframe_and_state(age, sex, tumor_type, gene_mutation, measurable, biopsiable):
        """データフレーム生成と状態更新"""
        df, _ = generate_dataframe(age, sex, tumor_type, gene_mutation, measurable, biopsiable)
        return df, df, df

    def filter_and_update(original_df, grade):
        """フィルタリングと表示更新"""
        if original_df is None or len(original_df) == 0:
            return original_df, original_df
        
        try:
            df_filtered = original_df[original_df['AgentGrade'] == grade]
            return df_filtered, df_filtered
        except Exception as e:
            print(f"フィルタリングエラー: {e}")
            return original_df, original_df

    # ボタン動作の設定
    generate_button.click(
        fn=update_dataframe_and_state,
        inputs=[age_input, sex_input, tumor_type_input, gene_mutation_input, measurable_input, biopsiable_input],
        outputs=[dataframe_output, original_df_state, filtered_df_state]
    )
    
    yes_button.click(
        fn=lambda df: filter_and_update(df, "yes"),
        inputs=[original_df_state],
        outputs=[dataframe_output, filtered_df_state]
    )
    
    no_button.click(
        fn=lambda df: filter_and_update(df, "no"),
        inputs=[original_df_state],
        outputs=[dataframe_output, filtered_df_state]
    )
    
    unclear_button.click(
        fn=lambda df: filter_and_update(df, "unclear"),
        inputs=[original_df_state],
        outputs=[dataframe_output, filtered_df_state]
    )
    
    download_filtered_button.click(
        fn=download_filtered_csv,
        inputs=[filtered_df_state],
        outputs=[download_filtered_output]
    )
    
    download_full_button.click(
        fn=download_full_csv,
        inputs=[original_df_state],
        outputs=[download_full_output]
    )
    
if __name__ == "__main__":
    demo.launch(
        server_name="0.0.0.0",
        server_port=7860,
        share=False,
        debug=False,
        show_error=True
    )