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高橋慧
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e763ae6
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CHANGED
@@ -27,6 +27,18 @@ except ImportError as e:
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27 |
print(f"⚠️ 完全版モジュールのインポートに失敗: {e}")
|
28 |
print("軽量版モードで動作します")
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29 |
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30 |
# 環境変数チェック
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31 |
def check_environment():
|
32 |
"""環境変数をチェックし、不足している場合は警告"""
|
@@ -192,8 +204,7 @@ def generate_sample_data(age, sex, tumor_type, GeneMutation, Meseable, Biopsiabl
|
|
192 |
if not all([age, sex, tumor_type]):
|
193 |
return []
|
194 |
|
195 |
-
|
196 |
-
progress(0.3, desc="📋 サンプルデータを生成中...")
|
197 |
|
198 |
sample_data = [
|
199 |
{
|
@@ -231,8 +242,7 @@ def generate_sample_data(age, sex, tumor_type, GeneMutation, Meseable, Biopsiabl
|
|
231 |
}
|
232 |
]
|
233 |
|
234 |
-
|
235 |
-
progress(1.0, desc="✅ サンプルデータ生成完了")
|
236 |
|
237 |
return sample_data
|
238 |
|
@@ -247,14 +257,12 @@ def generate_basic_data(age, sex, tumor_type, GeneMutation, Meseable, Biopsiable
|
|
247 |
if not all([age, sex, tumor_type]):
|
248 |
return []
|
249 |
|
250 |
-
|
251 |
-
progress(0.2, desc="🔍 ClinicalTrials.govからデータを検索中...")
|
252 |
|
253 |
# 実際のAPI呼び出し
|
254 |
data_list = fetch_clinical_trials_basic(tumor_type)
|
255 |
|
256 |
-
|
257 |
-
progress(0.7, desc="📊 データを処理中...")
|
258 |
|
259 |
if not data_list:
|
260 |
print("臨床試験データが見つかりませんでした")
|
@@ -265,8 +273,7 @@ def generate_basic_data(age, sex, tumor_type, GeneMutation, Meseable, Biopsiable
|
|
265 |
item['AgentJudgment'] = f'基本版:{age}歳{sex}の{tumor_type}患者への詳細評価にはAI機能が必要です'
|
266 |
item['AgentGrade'] = 'unclear'
|
267 |
|
268 |
-
|
269 |
-
progress(1.0, desc=f"✅ 完了: {len(data_list)}件の臨床試験を取得")
|
270 |
|
271 |
print(f"基本版評価完了。結果: {len(data_list)} 件")
|
272 |
return data_list
|
@@ -283,14 +290,12 @@ def generate_full_data(age, sex, tumor_type, GeneMutation, Meseable, Biopsiable,
|
|
283 |
if not all([age, sex, tumor_type]):
|
284 |
return []
|
285 |
|
286 |
-
|
287 |
-
progress(0.1, desc="🔄 AI評価システムを初期化中...")
|
288 |
|
289 |
# 日本語の腫瘍タイプを英語に翻訳
|
290 |
try:
|
291 |
if translator is not None:
|
292 |
-
|
293 |
-
progress(0.15, desc="🌐 腫瘍タイプを英語に翻訳中...")
|
294 |
TumorName = translator.translate(tumor_type)
|
295 |
print(f"腫瘍タイプ翻訳: {tumor_type} → {TumorName}")
|
296 |
else:
|
@@ -302,8 +307,7 @@ def generate_full_data(age, sex, tumor_type, GeneMutation, Meseable, Biopsiable,
|
|
302 |
|
303 |
# 質問文を生成
|
304 |
try:
|
305 |
-
|
306 |
-
progress(0.2, desc="❓ 患者情報から評価用質問を生成中...")
|
307 |
ex_question = generate_ex_question_English(age, sex, TumorName, GeneMutation, Meseable, Biopsiable)
|
308 |
print(f"生成された質問: {ex_question}")
|
309 |
except Exception as e:
|
@@ -312,8 +316,7 @@ def generate_full_data(age, sex, tumor_type, GeneMutation, Meseable, Biopsiable,
|
|
312 |
|
313 |
# 臨床試験データの取得
|
314 |
try:
|
315 |
-
|
316 |
-
progress(0.3, desc="🔍 ClinicalTrials.govから臨床試験データを検索中...")
|
317 |
print(f"臨床試験データを検索中: {TumorName}")
|
318 |
df = fetch_clinical_trials(TumorName)
|
319 |
if df.empty:
|
@@ -332,15 +335,13 @@ def generate_full_data(age, sex, tumor_type, GeneMutation, Meseable, Biopsiable,
|
|
332 |
evaluation_limit = min(len(data_list), 10)
|
333 |
print(f"AI評価実行: {evaluation_limit} 件を処理します")
|
334 |
|
335 |
-
|
336 |
-
progress(0.4, desc=f"🤖 AI評価開始: {evaluation_limit}件の臨床試験を分析中...")
|
337 |
|
338 |
for i, item in enumerate(data_list[:evaluation_limit]):
|
339 |
try:
|
340 |
# プログレスバーの更新(0.4から0.9まで)
|
341 |
progress_value = 0.4 + (0.5 * (i + 1) / evaluation_limit)
|
342 |
-
|
343 |
-
progress(progress_value, desc=f"🧠 AI評価中: {i+1}/{evaluation_limit} - {item['NCTID']}")
|
344 |
|
345 |
print(f"評価中 ({i+1}/{evaluation_limit}): {item['NCTID']}")
|
346 |
target_criteria = item['Eligibility Criteria']
|
@@ -359,15 +360,13 @@ def generate_full_data(age, sex, tumor_type, GeneMutation, Meseable, Biopsiable,
|
|
359 |
item['AgentGrade'] = "unclear"
|
360 |
|
361 |
# 評価されなかった残りのアイテムにはプレースホルダーを設定
|
362 |
-
|
363 |
-
progress(0.95, desc="📊 結果を整理中...")
|
364 |
|
365 |
for item in data_list[evaluation_limit:]:
|
366 |
item['AgentJudgment'] = f"完全版:{age}歳{sex}の{tumor_type}患者(評価制限により未処理)"
|
367 |
item['AgentGrade'] = "unclear"
|
368 |
|
369 |
-
|
370 |
-
progress(1.0, desc=f"✅ 完了: {len(data_list)}件中{evaluation_limit}件をAI評価")
|
371 |
|
372 |
print(f"完全版評価完了。結果: {len(data_list)} 件(うち{evaluation_limit}件をAI評価)")
|
373 |
return data_list
|
@@ -628,19 +627,19 @@ with gr.Blocks(title="臨床試験適格性評価", theme=gr.themes.Soft()) as d
|
|
628 |
try:
|
629 |
groq_available = bool(os.getenv("GROQ_API_KEY"))
|
630 |
|
631 |
-
progress
|
632 |
|
633 |
if FULL_VERSION and groq_available:
|
634 |
-
progress
|
635 |
data = generate_full_data(age, sex, tumor_type, gene_mutation, measurable, biopsiable, progress)
|
636 |
elif FULL_VERSION:
|
637 |
-
progress
|
638 |
data = generate_basic_data(age, sex, tumor_type, gene_mutation, measurable, biopsiable, progress)
|
639 |
elif LANGCHAIN_AVAILABLE:
|
640 |
-
progress
|
641 |
data = generate_basic_data(age, sex, tumor_type, gene_mutation, measurable, biopsiable, progress)
|
642 |
else:
|
643 |
-
progress
|
644 |
data = generate_sample_data(age, sex, tumor_type, gene_mutation, measurable, biopsiable, progress)
|
645 |
|
646 |
if data:
|
|
|
27 |
print(f"⚠️ 完全版モジュールのインポートに失敗: {e}")
|
28 |
print("軽量版モードで動作します")
|
29 |
|
30 |
+
# プログレスバーの安全な更新関数
|
31 |
+
def safe_progress_update(progress, value, desc):
|
32 |
+
"""プログレスバーを安全に更新する関数"""
|
33 |
+
try:
|
34 |
+
if progress and hasattr(progress, '__call__'):
|
35 |
+
progress(value, desc=desc)
|
36 |
+
return True
|
37 |
+
return False
|
38 |
+
except Exception as e:
|
39 |
+
print(f"プログレスバー更新エラー: {e}")
|
40 |
+
return False
|
41 |
+
|
42 |
# 環境変数チェック
|
43 |
def check_environment():
|
44 |
"""環境変数をチェックし、不足している場合は警告"""
|
|
|
204 |
if not all([age, sex, tumor_type]):
|
205 |
return []
|
206 |
|
207 |
+
safe_progress_update(progress, 0.3, "📋 サンプルデータを生成中...")
|
|
|
208 |
|
209 |
sample_data = [
|
210 |
{
|
|
|
242 |
}
|
243 |
]
|
244 |
|
245 |
+
safe_progress_update(progress, 1.0, "✅ サンプルデータ生成完了")
|
|
|
246 |
|
247 |
return sample_data
|
248 |
|
|
|
257 |
if not all([age, sex, tumor_type]):
|
258 |
return []
|
259 |
|
260 |
+
safe_progress_update(progress, 0.2, "🔍 ClinicalTrials.govからデータを検索中...")
|
|
|
261 |
|
262 |
# 実際のAPI呼び出し
|
263 |
data_list = fetch_clinical_trials_basic(tumor_type)
|
264 |
|
265 |
+
safe_progress_update(progress, 0.7, "📊 データを処理中...")
|
|
|
266 |
|
267 |
if not data_list:
|
268 |
print("臨床試験データが見つかりませんでした")
|
|
|
273 |
item['AgentJudgment'] = f'基本版:{age}歳{sex}の{tumor_type}患者への詳細評価にはAI機能が必要です'
|
274 |
item['AgentGrade'] = 'unclear'
|
275 |
|
276 |
+
safe_progress_update(progress, 1.0, f"✅ 完了: {len(data_list)}件の臨床試験を取得")
|
|
|
277 |
|
278 |
print(f"基本版評価完了。結果: {len(data_list)} 件")
|
279 |
return data_list
|
|
|
290 |
if not all([age, sex, tumor_type]):
|
291 |
return []
|
292 |
|
293 |
+
safe_progress_update(progress, 0.1, "🔄 AI評価システムを初期化中...")
|
|
|
294 |
|
295 |
# 日本語の腫瘍タイプを英語に翻訳
|
296 |
try:
|
297 |
if translator is not None:
|
298 |
+
safe_progress_update(progress, 0.15, "🌐 腫瘍タイプを英語に翻訳中...")
|
|
|
299 |
TumorName = translator.translate(tumor_type)
|
300 |
print(f"腫瘍タイプ翻訳: {tumor_type} → {TumorName}")
|
301 |
else:
|
|
|
307 |
|
308 |
# 質問文を生成
|
309 |
try:
|
310 |
+
safe_progress_update(progress, 0.2, "❓ 患者情報から評価用質問を生成中...")
|
|
|
311 |
ex_question = generate_ex_question_English(age, sex, TumorName, GeneMutation, Meseable, Biopsiable)
|
312 |
print(f"生成された質問: {ex_question}")
|
313 |
except Exception as e:
|
|
|
316 |
|
317 |
# 臨床試験データの取得
|
318 |
try:
|
319 |
+
safe_progress_update(progress, 0.3, "🔍 ClinicalTrials.govから臨床試験データを検索中...")
|
|
|
320 |
print(f"臨床試験データを検索中: {TumorName}")
|
321 |
df = fetch_clinical_trials(TumorName)
|
322 |
if df.empty:
|
|
|
335 |
evaluation_limit = min(len(data_list), 10)
|
336 |
print(f"AI評価実行: {evaluation_limit} 件を処理します")
|
337 |
|
338 |
+
safe_progress_update(progress, 0.4, f"🤖 AI評価開始: {evaluation_limit}件の臨床試験を分析中...")
|
|
|
339 |
|
340 |
for i, item in enumerate(data_list[:evaluation_limit]):
|
341 |
try:
|
342 |
# プログレスバーの更新(0.4から0.9まで)
|
343 |
progress_value = 0.4 + (0.5 * (i + 1) / evaluation_limit)
|
344 |
+
safe_progress_update(progress, progress_value, f"🧠 AI評価中: {i+1}/{evaluation_limit} - {item['NCTID']}")
|
|
|
345 |
|
346 |
print(f"評価中 ({i+1}/{evaluation_limit}): {item['NCTID']}")
|
347 |
target_criteria = item['Eligibility Criteria']
|
|
|
360 |
item['AgentGrade'] = "unclear"
|
361 |
|
362 |
# 評価されなかった残りのアイテムにはプレースホルダーを設定
|
363 |
+
safe_progress_update(progress, 0.95, "📊 結果を整理中...")
|
|
|
364 |
|
365 |
for item in data_list[evaluation_limit:]:
|
366 |
item['AgentJudgment'] = f"完全版:{age}歳{sex}の{tumor_type}患者(評価制限により未処理)"
|
367 |
item['AgentGrade'] = "unclear"
|
368 |
|
369 |
+
safe_progress_update(progress, 1.0, f"✅ 完了: {len(data_list)}件中{evaluation_limit}件をAI評価")
|
|
|
370 |
|
371 |
print(f"完全版評価完了。結果: {len(data_list)} 件(うち{evaluation_limit}件をAI評価)")
|
372 |
return data_list
|
|
|
627 |
try:
|
628 |
groq_available = bool(os.getenv("GROQ_API_KEY"))
|
629 |
|
630 |
+
safe_progress_update(progress, 0.05, "🚀 処理を開始しています...")
|
631 |
|
632 |
if FULL_VERSION and groq_available:
|
633 |
+
safe_progress_update(progress, 0.1, "🤖 AI適格性評価モードで実行中...")
|
634 |
data = generate_full_data(age, sex, tumor_type, gene_mutation, measurable, biopsiable, progress)
|
635 |
elif FULL_VERSION:
|
636 |
+
safe_progress_update(progress, 0.1, "🔍 基本モードで実行中...")
|
637 |
data = generate_basic_data(age, sex, tumor_type, gene_mutation, measurable, biopsiable, progress)
|
638 |
elif LANGCHAIN_AVAILABLE:
|
639 |
+
safe_progress_update(progress, 0.1, "📡 基本検索モードで実行中...")
|
640 |
data = generate_basic_data(age, sex, tumor_type, gene_mutation, measurable, biopsiable, progress)
|
641 |
else:
|
642 |
+
safe_progress_update(progress, 0.1, "📋 サンプルモードで実行中...")
|
643 |
data = generate_sample_data(age, sex, tumor_type, gene_mutation, measurable, biopsiable, progress)
|
644 |
|
645 |
if data:
|