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高橋慧
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·
d08530d
1
Parent(s):
c308431
stage3a2
Browse files- README.md +90 -60
- app.py +264 -264
- requirements.txt +3 -3
README.md
CHANGED
@@ -4,102 +4,132 @@ emoji: 🏥
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4 |
colorFrom: blue
|
5 |
colorTo: green
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6 |
sdk: gradio
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7 |
-
sdk_version: 4.
|
8 |
app_file: app.py
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9 |
pinned: false
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10 |
license: mit
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11 |
---
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12 |
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13 |
-
# 🏥
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14 |
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15 |
このアプリケーションは患者情報に基づいて適切な臨床試験を見つけ、AIエージェントが適格性を自動評価するシステムです。
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16 |
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17 |
## ✨ 主要機能
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18 |
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19 |
-
### 🔍
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20 |
-
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21 |
-
- **多言語対応**: 日本語入力 → 英語検索 → 日本語結果
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22 |
-
- **条件絞り込み**: 腫瘍タイプ、募集状況、実施地域での自動フィルタリング
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23 |
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24 |
-
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25 |
-
-
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26 |
-
-
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27 |
-
- **詳細判断理由**: AI が各試験への適格性を詳細に説明
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28 |
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29 |
-
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30 |
-
-
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31 |
-
-
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32 |
-
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33 |
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## 🚀 使用方法
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35 |
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36 |
-
### 1.
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37 |
-
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38 |
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39 |
```
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40 |
-
GROQ_API_KEY: あなたのGroq API
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41 |
OPENAI_API_KEY: あなたのOpenAI APIキー(オプション)
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42 |
```
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43 |
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44 |
-
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45 |
-
- **基本情報**: 年齢、性別、腫瘍タイプ
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46 |
-
- **詳細情報**: 遺伝子変異、測定可能腫瘍、生検可能性
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47 |
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48 |
-
###
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49 |
-
-
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50 |
-
-
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51 |
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52 |
-
###
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53 |
-
-
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54 |
-
-
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55 |
-
- **データ保存**: 必要に応じてCSVでダウンロード
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56 |
|
57 |
-
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58 |
|
59 |
-
|
60 |
-
- **Gradio 4.36.1**: 直感的なWebインターフェース
|
61 |
-
- **Pandas**: データ処理・表示
|
62 |
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63 |
-
###
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64 |
-
-
|
65 |
-
-
|
66 |
-
-
|
|
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67 |
|
68 |
-
###
|
69 |
-
-
|
70 |
-
-
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|
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71 |
|
72 |
-
|
|
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|
|
|
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73 |
|
74 |
-
|
75 |
-
- 環境変数が正しく設定されている場合
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76 |
-
- 実際のClinicalTrials.govからリアルタイムデータ取得
|
77 |
-
- AI による適格性自動評価
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78 |
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79 |
-
|
80 |
-
-
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81 |
-
-
|
|
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82 |
|
83 |
-
|
84 |
-
- 依存関係エラーが発生した場合
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85 |
-
- サンプルデータでの機能デモンストレーション
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86 |
|
87 |
-
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88 |
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89 |
-
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90 |
-
- **API通信**: HTTPS暗号化通信
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91 |
-
- **データ匿名化**: 個人識別情報は使用されません
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92 |
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93 |
-
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94 |
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95 |
-
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96 |
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97 |
-
|
|
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98 |
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99 |
-
|
100 |
-
|
101 |
-
|
102 |
-
|
103 |
|
104 |
---
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105 |
|
|
|
4 |
colorFrom: blue
|
5 |
colorTo: green
|
6 |
sdk: gradio
|
7 |
+
sdk_version: 4.20.1
|
8 |
app_file: app.py
|
9 |
pinned: false
|
10 |
license: mit
|
11 |
---
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12 |
|
13 |
+
# 🏥 臨床試験適格性評価システム
|
14 |
|
15 |
このアプリケーションは患者情報に基づいて適切な臨床試験を見つけ、AIエージェントが適格性を自動評価するシステムです。
|
16 |
|
17 |
## ✨ 主要機能
|
18 |
|
19 |
+
### 🔍 段階的機能提供
|
20 |
+
システムは利用可能な依存関係に応じて、自動的に適切なモードで動作します:
|
|
|
|
|
21 |
|
22 |
+
#### 🟢 完全版モード
|
23 |
+
- **条件**: 全ての依存関係 + API キー設定済み
|
24 |
+
- **機能**: リアルタイム検索 + AI適格性評価 + データエクスポート
|
|
|
25 |
|
26 |
+
#### 🟡 基本版モード
|
27 |
+
- **条件**: 基本依存関係のみ + API キー設定済み
|
28 |
+
- **機能**: ClinicalTrials.gov検索 + 基本評価 + データエクスポート
|
29 |
+
|
30 |
+
#### 🔴 軽量版モード
|
31 |
+
- **条件**: Gradio + Pandas のみ
|
32 |
+
- **機能**: サンプルデータ表示 + フィルタリング + UI確認
|
33 |
|
34 |
## 🚀 使用方法
|
35 |
|
36 |
+
### 1. 基本操作
|
37 |
+
1. **患者情報入力**: 年齢、性別、腫瘍タイプを入力
|
38 |
+
2. **詳細情報**: 遺伝子変異、測定可能腫瘍の有無を選択
|
39 |
+
3. **検索実行**: 対応するボタンをクリック
|
40 |
+
4. **結果確認**: HTMLテーブルで結果を確認
|
41 |
+
5. **フィルタリング**: ✅適格 / ❌不適格 / ❓要検討 で絞り込み
|
42 |
+
6. **データ保存**: CSV形式でダウンロード
|
43 |
|
44 |
+
### 2. 環境設定(完全版利用時)
|
45 |
+
**Settings → Variables and secrets** で設定:
|
46 |
```
|
47 |
+
GROQ_API_KEY: あなたのGroq APIキー
|
48 |
OPENAI_API_KEY: あなたのOpenAI APIキー(オプション)
|
49 |
```
|
50 |
|
51 |
+
## 🛠️ 技術仕様
|
|
|
|
|
52 |
|
53 |
+
### UI フレームワーク
|
54 |
+
- **Gradio 4.20.1**: 安定版LTSバージョン
|
55 |
+
- **HTMLテーブル**: カスタムCSS + レスポンシブデザイン
|
56 |
+
- **段階的フォールバック**: 依存関係エラー耐性
|
57 |
|
58 |
+
### データソース
|
59 |
+
- **ClinicalTrials.gov API**: リアルタイム臨床試験データ
|
60 |
+
- **日本限定検索**: 募集中の日本国内実施試験のみ
|
|
|
61 |
|
62 |
+
### AI/機械学習
|
63 |
+
- **LangChain**: エージェント構築フレームワーク
|
64 |
+
- **Groq**: 高速LLM推論(Llama3-70B)
|
65 |
+
- **OpenAI**: 補完的LLM機能
|
66 |
|
67 |
+
## 📊 表示機能
|
|
|
|
|
68 |
|
69 |
+
### インタラクティブテーブル
|
70 |
+
- **色分け表示**: 適格性レベルごとの背景色
|
71 |
+
- **リンク機能**: NCTIDクリックで公式ページへ
|
72 |
+
- **統計表示**: 適格/不適格/要検討の件数集計
|
73 |
+
- **レスポンシブ**: モバイル対応デザイン
|
74 |
|
75 |
+
### フィルタリング
|
76 |
+
- **✅ 適格**: 参加可能な試験のみ表示
|
77 |
+
- **❌ 不適格**: 参加不可能な試験のみ表示
|
78 |
+
- **❓ 要検討**: 追加情報が必要な試験のみ表示
|
79 |
+
- **📊 全件**: フィルタなしで全件表示
|
80 |
|
81 |
+
### データエクスポート
|
82 |
+
- **CSV形式**: Excel等で開ける形式
|
83 |
+
- **UTF-8 with BOM**: 日本語文字化け防止
|
84 |
+
- **全データ保持**: フィルタリング状態関係なく全情報保存
|
85 |
|
86 |
+
## 🔐 プライバシー・セキュリティ
|
|
|
|
|
|
|
87 |
|
88 |
+
- **ローカル処理**: 患者情報はサーバーに保存されません
|
89 |
+
- **HTTPS通信**: API通信は暗号化
|
90 |
+
- **匿名化**: 個人識別情報は使用されません
|
91 |
+
- **一時データ**: セッション終了で全データ削除
|
92 |
|
93 |
+
## 📝 システム要件
|
|
|
|
|
94 |
|
95 |
+
### 最小要件(軽量版)
|
96 |
+
```
|
97 |
+
gradio==4.20.1
|
98 |
+
numpy==1.21.6
|
99 |
+
pandas==1.3.5
|
100 |
+
requests==2.31.0
|
101 |
+
```
|
102 |
+
|
103 |
+
### 完全版要件
|
104 |
+
```
|
105 |
+
+ langchain ecosystem
|
106 |
+
+ openai / groq
|
107 |
+
+ SQLAlchemy
|
108 |
+
+ pydantic
|
109 |
+
+ tiktoken
|
110 |
+
+ tenacity
|
111 |
+
```
|
112 |
+
|
113 |
+
## 🙋♂️ トラブルシューティング
|
114 |
|
115 |
+
### よくある問題
|
|
|
|
|
116 |
|
117 |
+
1. **起動時エラー**
|
118 |
+
- 段階的フォールバックにより軽量版で動作
|
119 |
+
- システム状態を確認して必要な依存関係を追加
|
120 |
|
121 |
+
2. **API接続エラー**
|
122 |
+
- 環境変数設定を確認
|
123 |
+
- APIキーの有効性を確認
|
124 |
|
125 |
+
3. **検索結果なし**
|
126 |
+
- 腫瘍タイプの英語表記を確認
|
127 |
+
- より一般的な用語で再検索
|
128 |
|
129 |
+
### サポート
|
130 |
+
- **ログ確認**: Spaces の Logs タブ
|
131 |
+
- **リフレッシュ**: ページ再読み込み
|
132 |
+
- **段階的診断**: システム状態表示を確認
|
133 |
|
134 |
---
|
135 |
|
app.py
CHANGED
@@ -113,249 +113,234 @@ def fetch_clinical_trials_basic(cancer_name):
|
|
113 |
"Eligibility Criteria": eligibilityCriteria
|
114 |
})
|
115 |
|
116 |
-
return
|
117 |
else:
|
118 |
print(f"API呼び出し失敗: {response.status_code}")
|
119 |
-
return
|
120 |
|
121 |
except Exception as e:
|
122 |
print(f"基本API呼び出しエラー: {e}")
|
123 |
-
return
|
124 |
-
|
125 |
-
# エラーハンドリング付きでエージェント評価を実行する関数
|
126 |
-
def evaluate_with_retry(agent, criteria, question, max_retries=3):
|
127 |
-
"""エラーハンドリング付きでエージェント評価を実行"""
|
128 |
-
if agent is None:
|
129 |
-
return "評価エラー: エージェントが初期化されていません。API keyを確認してください。"
|
130 |
-
|
131 |
-
for attempt in range(max_retries):
|
132 |
-
try:
|
133 |
-
return agent.evaluate_eligibility(criteria, question)
|
134 |
-
except Exception as e:
|
135 |
-
if "missing variables" in str(e):
|
136 |
-
print(f"プロンプトテンプレートエラー (試行 {attempt + 1}/{max_retries}): {e}")
|
137 |
-
return "評価エラー: プロンプトテンプレートの設定に問題があります"
|
138 |
-
elif "no healthy upstream" in str(e) or "InternalServerError" in str(e):
|
139 |
-
print(f"Groqサーバーエラー (試行 {attempt + 1}/{max_retries}): {e}")
|
140 |
-
if attempt < max_retries - 1:
|
141 |
-
time.sleep(2)
|
142 |
-
continue
|
143 |
-
else:
|
144 |
-
return "評価エラー: サーバーに接続できませんでした"
|
145 |
-
elif "API key" in str(e) or "authentication" in str(e).lower():
|
146 |
-
return "評価エラー: API keyが無効または設定されていません"
|
147 |
-
else:
|
148 |
-
print(f"予期しないエラー (試行 {attempt + 1}/{max_retries}): {e}")
|
149 |
-
if attempt < max_retries - 1:
|
150 |
-
time.sleep(1)
|
151 |
-
continue
|
152 |
-
else:
|
153 |
-
return f"評価エラー: {str(e)}"
|
154 |
-
return "評価エラー: 最大リトライ回数に達しました"
|
155 |
-
|
156 |
-
def evaluate_grade_with_retry(agent, judgment, max_retries=3):
|
157 |
-
"""エラーハンドリング付きでグレード評価を実行"""
|
158 |
-
if agent is None:
|
159 |
-
return "unclear"
|
160 |
-
|
161 |
-
for attempt in range(max_retries):
|
162 |
-
try:
|
163 |
-
return agent.evaluate_eligibility(judgment)
|
164 |
-
except Exception as e:
|
165 |
-
if "no healthy upstream" in str(e) or "InternalServerError" in str(e):
|
166 |
-
print(f"Groqサーバーエラー (グレード評価 - 試行 {attempt + 1}/{max_retries}): {e}")
|
167 |
-
if attempt < max_retries - 1:
|
168 |
-
time.sleep(2)
|
169 |
-
continue
|
170 |
-
else:
|
171 |
-
return "unclear"
|
172 |
-
elif "API key" in str(e) or "authentication" in str(e).lower():
|
173 |
-
return "unclear"
|
174 |
-
else:
|
175 |
-
print(f"予期しないエラー (グレード評価 - 試行 {attempt + 1}/{max_retries}): {e}")
|
176 |
-
if attempt < max_retries - 1:
|
177 |
-
time.sleep(1)
|
178 |
-
continue
|
179 |
-
else:
|
180 |
-
return "unclear"
|
181 |
-
return "unclear"
|
182 |
|
183 |
# 軽量版データ生成関数
|
184 |
-
def
|
185 |
-
"""
|
186 |
try:
|
187 |
if not all([age, sex, tumor_type]):
|
188 |
-
return
|
189 |
|
190 |
-
sample_data =
|
191 |
-
|
192 |
-
|
193 |
-
|
194 |
-
f
|
195 |
-
f
|
196 |
-
|
197 |
-
|
198 |
-
|
199 |
-
f
|
200 |
-
f
|
201 |
-
|
202 |
-
|
203 |
-
|
204 |
-
|
205 |
-
|
206 |
-
|
207 |
-
|
208 |
-
|
209 |
-
|
210 |
-
|
211 |
-
|
212 |
-
|
213 |
-
|
214 |
-
|
215 |
-
|
216 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
217 |
|
218 |
-
return
|
219 |
|
220 |
except Exception as e:
|
221 |
print(f"サンプルデータ生成エラー: {e}")
|
222 |
-
return
|
223 |
|
224 |
# 基本版データ生成関数(ClinicalTrials.gov API使用、AI評価なし)
|
225 |
-
def
|
226 |
"""基本版のデータ生成(API使用、AI評価なし)"""
|
227 |
try:
|
228 |
if not all([age, sex, tumor_type]):
|
229 |
-
return
|
230 |
|
231 |
# 実際のAPI呼び出し
|
232 |
-
|
233 |
|
234 |
-
if
|
235 |
print("臨床試験データが見つかりませんでした")
|
236 |
-
return
|
237 |
-
|
238 |
-
# AI評価なしのプレースホルダー
|
239 |
-
df['AgentJudgment'] = f'基本版:{age}歳{sex}の{tumor_type}患者への詳細評価にはAI機能が必要です'
|
240 |
-
df['AgentGrade'] = 'unclear'
|
241 |
|
242 |
-
#
|
243 |
-
|
244 |
-
|
|
|
245 |
|
246 |
-
|
247 |
-
|
248 |
-
df = df[available_columns]
|
249 |
-
|
250 |
-
print(f"基本版評価完了。結果: {len(df)} 件")
|
251 |
-
return df
|
252 |
|
253 |
except Exception as e:
|
254 |
-
print(f"
|
255 |
traceback.print_exc()
|
256 |
-
return
|
257 |
|
258 |
-
#
|
259 |
-
def
|
260 |
-
"""
|
261 |
-
|
262 |
-
|
263 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
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|
|
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|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
264 |
|
265 |
-
|
266 |
-
try:
|
267 |
-
if translator is not None:
|
268 |
-
TumorName = translator.translate(tumor_type)
|
269 |
-
print(f"腫瘍タイプ翻訳: {tumor_type} → {TumorName}")
|
270 |
-
else:
|
271 |
-
print("翻訳エージェントが利用できません。元の値を使用します。")
|
272 |
-
TumorName = tumor_type
|
273 |
-
except Exception as e:
|
274 |
-
print(f"翻訳エラー: {e}")
|
275 |
-
TumorName = tumor_type
|
276 |
-
|
277 |
-
# 質問文を生成
|
278 |
-
try:
|
279 |
-
ex_question = generate_ex_question_English(age, sex, TumorName, GeneMutation, Meseable, Biopsiable)
|
280 |
-
print(f"生成された質問: {ex_question}")
|
281 |
-
except Exception as e:
|
282 |
-
print(f"質問生成エラー: {e}")
|
283 |
-
return pd.DataFrame()
|
284 |
|
285 |
-
#
|
286 |
-
|
287 |
-
|
288 |
-
df = fetch_clinical_trials(TumorName)
|
289 |
-
if df.empty:
|
290 |
-
print("臨床試験データが見つかりませんでした")
|
291 |
-
return pd.DataFrame()
|
292 |
-
print(f"取得した臨床試験数: {len(df)}")
|
293 |
-
except Exception as e:
|
294 |
-
print(f"臨床試験データ取得エラー: {e}")
|
295 |
-
return pd.DataFrame()
|
296 |
|
297 |
-
|
298 |
-
|
|
|
|
|
299 |
|
300 |
-
#
|
301 |
-
|
|
|
302 |
|
303 |
-
|
304 |
-
|
305 |
-
|
306 |
-
|
307 |
-
|
308 |
-
# エラーハンドリング付きで評価実行
|
309 |
-
agent_judgment = evaluate_with_retry(CriteriaCheckAgent, target_criteria, ex_question)
|
310 |
-
agent_grade = evaluate_grade_with_retry(grader_agent, agent_judgment)
|
311 |
-
|
312 |
-
# データフレームの更新
|
313 |
-
df.loc[df['NCTID'] == nct_id, 'AgentJudgment'] = agent_judgment
|
314 |
-
df.loc[df['NCTID'] == nct_id, 'AgentGrade'] = agent_grade
|
315 |
-
|
316 |
-
except Exception as e:
|
317 |
-
print(f"NCTID {nct_id} の評価中にエラー: {e}")
|
318 |
-
df.loc[df['NCTID'] == nct_id, 'AgentJudgment'] = f"エラー: {str(e)}"
|
319 |
-
df.loc[df['NCTID'] == nct_id, 'AgentGrade'] = "unclear"
|
320 |
|
321 |
-
#
|
322 |
-
|
323 |
-
|
324 |
|
325 |
-
#
|
326 |
-
|
327 |
-
|
328 |
|
329 |
-
|
330 |
-
|
|
|
331 |
|
332 |
-
|
333 |
-
|
334 |
-
|
335 |
-
|
336 |
-
|
337 |
-
|
338 |
-
|
339 |
-
|
340 |
-
|
341 |
-
|
342 |
-
|
343 |
-
|
344 |
-
|
345 |
-
|
346 |
-
|
347 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
348 |
|
349 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
350 |
try:
|
351 |
-
if
|
352 |
-
return
|
353 |
-
|
354 |
-
df.to_csv(file_path, index=False)
|
355 |
-
return file_path
|
356 |
except Exception as e:
|
357 |
-
print(f"
|
358 |
-
return
|
359 |
|
360 |
# システム状態の確認
|
361 |
def get_system_status():
|
@@ -369,6 +354,25 @@ def get_system_status():
|
|
369 |
else:
|
370 |
return "🔴 軽量版", "サンプルデータのみ表示"
|
371 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
372 |
# Gradioインターフェースの作成
|
373 |
with gr.Blocks(title="臨床試験適格性評価", theme=gr.themes.Soft()) as demo:
|
374 |
gr.Markdown("## 🏥 臨床試験適格性評価インターフェース")
|
@@ -399,16 +403,11 @@ with gr.Blocks(title="臨床試験適格性評価", theme=gr.themes.Soft()) as d
|
|
399 |
measurable_input = gr.Dropdown(choices=["有り", "無し", "不明"], label="Measurable Tumor", value="有り")
|
400 |
biopsiable_input = gr.Dropdown(choices=["有り", "無し", "不明"], label="Biopsiable Tumor", value="有り")
|
401 |
|
402 |
-
#
|
403 |
-
|
404 |
-
label="Clinical Trials Results",
|
405 |
-
interactive=False,
|
406 |
-
wrap=True
|
407 |
-
)
|
408 |
|
409 |
-
#
|
410 |
-
|
411 |
-
filtered_df_state = gr.State(value=None)
|
412 |
|
413 |
# ボタン類
|
414 |
with gr.Row():
|
@@ -426,97 +425,98 @@ with gr.Blocks(title="臨床試験適格性評価", theme=gr.themes.Soft()) as d
|
|
426 |
all_button = gr.Button("📊 Show All Trials", variant="secondary")
|
427 |
|
428 |
with gr.Row():
|
429 |
-
|
430 |
-
download_full_button = gr.Button("💾 Download Full Data")
|
431 |
|
432 |
# ダウンロードファイル
|
433 |
-
|
434 |
-
download_full_output = gr.File(label="Download Full Data", visible=False)
|
435 |
|
436 |
# プログレス表示
|
437 |
progress_text = gr.Textbox(label="Processing Status", value="Ready", interactive=False)
|
438 |
|
439 |
# イベントハンドリング
|
440 |
-
def
|
441 |
-
"""
|
442 |
try:
|
443 |
if FULL_VERSION:
|
444 |
-
|
445 |
-
|
|
|
446 |
elif LANGCHAIN_AVAILABLE:
|
447 |
-
|
448 |
-
|
449 |
else:
|
450 |
-
|
451 |
-
|
452 |
|
453 |
-
if
|
454 |
-
|
|
|
455 |
else:
|
456 |
-
|
|
|
457 |
|
458 |
-
return
|
459 |
except Exception as e:
|
460 |
error_msg = f"❌ エラー: {str(e)}"
|
461 |
-
|
462 |
-
|
|
|
463 |
|
464 |
-
def
|
465 |
"""フィルタリングと表示更新"""
|
466 |
-
if original_df is None or len(original_df) == 0:
|
467 |
-
return original_df, original_df
|
468 |
-
|
469 |
try:
|
470 |
-
|
471 |
-
|
472 |
-
|
473 |
-
df_filtered = original_df[original_df['AgentGrade'] == grade]
|
474 |
-
return df_filtered, df_filtered
|
475 |
except Exception as e:
|
476 |
print(f"フィルタリングエラー: {e}")
|
477 |
-
return
|
478 |
|
479 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
480 |
generate_button.click(
|
481 |
-
fn=
|
482 |
inputs=[age_input, sex_input, tumor_type_input, gene_mutation_input, measurable_input, biopsiable_input],
|
483 |
-
outputs=[
|
484 |
)
|
485 |
|
486 |
yes_button.click(
|
487 |
-
fn=lambda
|
488 |
-
inputs=[
|
489 |
-
outputs=[
|
490 |
)
|
491 |
|
492 |
no_button.click(
|
493 |
-
fn=lambda
|
494 |
-
inputs=[
|
495 |
-
outputs=[
|
496 |
)
|
497 |
|
498 |
unclear_button.click(
|
499 |
-
fn=lambda
|
500 |
-
inputs=[
|
501 |
-
outputs=[
|
502 |
)
|
503 |
|
504 |
all_button.click(
|
505 |
-
fn=lambda
|
506 |
-
inputs=[
|
507 |
-
outputs=[
|
508 |
-
)
|
509 |
-
|
510 |
-
download_filtered_button.click(
|
511 |
-
fn=download_filtered_csv,
|
512 |
-
inputs=[filtered_df_state],
|
513 |
-
outputs=[download_filtered_output]
|
514 |
)
|
515 |
|
516 |
-
|
517 |
-
fn=
|
518 |
-
inputs=[
|
519 |
-
outputs=[
|
520 |
)
|
521 |
|
522 |
# フッター情報
|
|
|
113 |
"Eligibility Criteria": eligibilityCriteria
|
114 |
})
|
115 |
|
116 |
+
return data_list
|
117 |
else:
|
118 |
print(f"API呼び出し失敗: {response.status_code}")
|
119 |
+
return []
|
120 |
|
121 |
except Exception as e:
|
122 |
print(f"基本API呼び出しエラー: {e}")
|
123 |
+
return []
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
124 |
|
125 |
# 軽量版データ生成関数
|
126 |
+
def generate_sample_data(age, sex, tumor_type, GeneMutation, Meseable, Biopsiable):
|
127 |
+
"""サンプルデータを生成(辞書のリスト形式)"""
|
128 |
try:
|
129 |
if not all([age, sex, tumor_type]):
|
130 |
+
return []
|
131 |
|
132 |
+
sample_data = [
|
133 |
+
{
|
134 |
+
"NCTID": "NCT12345678",
|
135 |
+
"AgentGrade": "yes",
|
136 |
+
"Title": f"Clinical Trial for {tumor_type} in {sex} patients",
|
137 |
+
"AgentJudgment": f"{age}歳{sex}の{tumor_type}患者は参加可能です。詳細な検査結果により最終判断が必要です。",
|
138 |
+
"Japanes Locations": "Tokyo, Osaka",
|
139 |
+
"Primary Completion Date": "2025-12-31",
|
140 |
+
"Cancer": tumor_type,
|
141 |
+
"Summary": f"Phase II study evaluating new treatment for {tumor_type}",
|
142 |
+
"Eligibility Criteria": f"Age 18-75, confirmed {tumor_type}, adequate organ function"
|
143 |
+
},
|
144 |
+
{
|
145 |
+
"NCTID": "NCT87654321",
|
146 |
+
"AgentGrade": "no",
|
147 |
+
"Title": f"Alternative treatment for {tumor_type}",
|
148 |
+
"AgentJudgment": f"{age}歳{sex}の{tumor_type}患者は年齢制限により参加できません。",
|
149 |
+
"Japanes Locations": "Kyoto, Fukuoka",
|
150 |
+
"Primary Completion Date": "2026-06-30",
|
151 |
+
"Cancer": tumor_type,
|
152 |
+
"Summary": f"Comparative study of standard vs experimental therapy for {tumor_type}",
|
153 |
+
"Eligibility Criteria": f"Age 20-65, {tumor_type} with specific mutations, ECOG 0-1"
|
154 |
+
},
|
155 |
+
{
|
156 |
+
"NCTID": "NCT11111111",
|
157 |
+
"AgentGrade": "unclear",
|
158 |
+
"Title": f"Experimental therapy for {tumor_type} with {GeneMutation}",
|
159 |
+
"AgentJudgment": f"{age}歳{sex}の{tumor_type}患者の参加は追加情報が必要で不明確です。",
|
160 |
+
"Japanes Locations": "Nagoya, Sendai",
|
161 |
+
"Primary Completion Date": "2025-09-15",
|
162 |
+
"Cancer": tumor_type,
|
163 |
+
"Summary": f"Early phase trial testing combination therapy for {tumor_type}",
|
164 |
+
"Eligibility Criteria": f"Age 18-80, advanced {tumor_type}, previous treatment failure"
|
165 |
+
}
|
166 |
+
]
|
167 |
|
168 |
+
return sample_data
|
169 |
|
170 |
except Exception as e:
|
171 |
print(f"サンプルデータ生成エラー: {e}")
|
172 |
+
return []
|
173 |
|
174 |
# 基本版データ生成関数(ClinicalTrials.gov API使用、AI評価なし)
|
175 |
+
def generate_basic_data(age, sex, tumor_type, GeneMutation, Meseable, Biopsiable):
|
176 |
"""基本版のデータ生成(API使用、AI評価なし)"""
|
177 |
try:
|
178 |
if not all([age, sex, tumor_type]):
|
179 |
+
return []
|
180 |
|
181 |
# 実際のAPI呼び出し
|
182 |
+
data_list = fetch_clinical_trials_basic(tumor_type)
|
183 |
|
184 |
+
if not data_list:
|
185 |
print("臨床試験データが見つかりませんでした")
|
186 |
+
return []
|
|
|
|
|
|
|
|
|
187 |
|
188 |
+
# AI評価なしのプレースホルダーを追加
|
189 |
+
for item in data_list:
|
190 |
+
item['AgentJudgment'] = f'基本版:{age}歳{sex}の{tumor_type}患者への詳細評価にはAI機能が必要です'
|
191 |
+
item['AgentGrade'] = 'unclear'
|
192 |
|
193 |
+
print(f"基本版評価完了。結果: {len(data_list)} 件")
|
194 |
+
return data_list
|
|
|
|
|
|
|
|
|
195 |
|
196 |
except Exception as e:
|
197 |
+
print(f"基本版データ生成中に予期しないエラー: {e}")
|
198 |
traceback.print_exc()
|
199 |
+
return []
|
200 |
|
201 |
+
# HTMLテーブル生成関数
|
202 |
+
def create_html_table(data, show_grade=True):
|
203 |
+
"""データをHTMLテーブルに変換"""
|
204 |
+
if not data:
|
205 |
+
return "<div style='text-align: center; padding: 20px; color: #666;'>📄 データがありません</div>"
|
206 |
+
|
207 |
+
# CSS スタイル
|
208 |
+
table_style = """
|
209 |
+
<style>
|
210 |
+
.clinical-table {
|
211 |
+
width: 100%;
|
212 |
+
border-collapse: collapse;
|
213 |
+
margin: 10px 0;
|
214 |
+
font-family: Arial, sans-serif;
|
215 |
+
font-size: 14px;
|
216 |
+
}
|
217 |
+
.clinical-table th {
|
218 |
+
background-color: #f8f9fa;
|
219 |
+
border: 1px solid #dee2e6;
|
220 |
+
padding: 12px 8px;
|
221 |
+
text-align: left;
|
222 |
+
font-weight: bold;
|
223 |
+
color: #495057;
|
224 |
+
}
|
225 |
+
.clinical-table td {
|
226 |
+
border: 1px solid #dee2e6;
|
227 |
+
padding: 10px 8px;
|
228 |
+
vertical-align: top;
|
229 |
+
}
|
230 |
+
.grade-yes { background-color: #d4edda; }
|
231 |
+
.grade-no { background-color: #f8d7da; }
|
232 |
+
.grade-unclear { background-color: #fff3cd; }
|
233 |
+
.clinical-table tr:hover {
|
234 |
+
background-color: #f5f5f5;
|
235 |
+
}
|
236 |
+
.nctid-link {
|
237 |
+
color: #007bff;
|
238 |
+
text-decoration: none;
|
239 |
+
font-weight: bold;
|
240 |
+
}
|
241 |
+
.nctid-link:hover {
|
242 |
+
text-decoration: underline;
|
243 |
+
}
|
244 |
+
.title-cell {
|
245 |
+
max-width: 300px;
|
246 |
+
word-wrap: break-word;
|
247 |
+
}
|
248 |
+
.criteria-cell {
|
249 |
+
max-width: 400px;
|
250 |
+
word-wrap: break-word;
|
251 |
+
font-size: 12px;
|
252 |
+
}
|
253 |
+
</style>
|
254 |
+
"""
|
255 |
+
|
256 |
+
# テーブルヘッダー
|
257 |
+
html = table_style + '<table class="clinical-table">'
|
258 |
+
html += '<tr>'
|
259 |
+
html += '<th>NCTID</th>'
|
260 |
+
if show_grade:
|
261 |
+
html += '<th>Grade</th>'
|
262 |
+
html += '<th>Title</th>'
|
263 |
+
if show_grade:
|
264 |
+
html += '<th>AI Judgment</th>'
|
265 |
+
html += '<th>Japanese Locations</th>'
|
266 |
+
html += '<th>Completion Date</th>'
|
267 |
+
html += '<th>Cancer Type</th>'
|
268 |
+
html += '</tr>'
|
269 |
+
|
270 |
+
# データ行
|
271 |
+
for item in data:
|
272 |
+
grade = item.get('AgentGrade', 'unclear')
|
273 |
+
grade_class = f"grade-{grade}" if show_grade else ""
|
274 |
|
275 |
+
html += f'<tr class="{grade_class}">'
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
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|
|
276 |
|
277 |
+
# NCTID(リンク付き)
|
278 |
+
nctid = item.get('NCTID', '')
|
279 |
+
html += f'<td><a href="https://clinicaltrials.gov/ct2/show/{nctid}" target="_blank" class="nctid-link">{nctid}</a></td>'
|
|
|
|
|
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|
|
|
|
|
280 |
|
281 |
+
# Grade
|
282 |
+
if show_grade:
|
283 |
+
grade_emoji = {'yes': '✅', 'no': '❌', 'unclear': '❓'}.get(grade, '❓')
|
284 |
+
html += f'<td style="text-align: center;">{grade_emoji} {grade}</td>'
|
285 |
|
286 |
+
# Title
|
287 |
+
title = item.get('Title', '').strip()
|
288 |
+
html += f'<td class="title-cell">{title}</td>'
|
289 |
|
290 |
+
# AI Judgment
|
291 |
+
if show_grade:
|
292 |
+
judgment = item.get('AgentJudgment', '').strip()
|
293 |
+
html += f'<td class="criteria-cell">{judgment}</td>'
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
294 |
|
295 |
+
# Japanese Locations
|
296 |
+
locations = item.get('Japanes Locations', '').strip()
|
297 |
+
html += f'<td>{locations}</td>'
|
298 |
|
299 |
+
# Completion Date
|
300 |
+
completion_date = item.get('Primary Completion Date', '').strip()
|
301 |
+
html += f'<td>{completion_date}</td>'
|
302 |
|
303 |
+
# Cancer Type
|
304 |
+
cancer = item.get('Cancer', '').strip()
|
305 |
+
html += f'<td>{cancer}</td>'
|
306 |
|
307 |
+
html += '</tr>'
|
308 |
+
|
309 |
+
html += '</table>'
|
310 |
+
|
311 |
+
# 統計情報
|
312 |
+
if show_grade:
|
313 |
+
total = len(data)
|
314 |
+
yes_count = len([item for item in data if item.get('AgentGrade') == 'yes'])
|
315 |
+
no_count = len([item for item in data if item.get('AgentGrade') == 'no'])
|
316 |
+
unclear_count = len([item for item in data if item.get('AgentGrade') == 'unclear'])
|
317 |
+
|
318 |
+
stats_html = f"""
|
319 |
+
<div style='margin: 10px 0; padding: 10px; background-color: #f8f9fa; border-radius: 5px; font-size: 14px;'>
|
320 |
+
<strong>📊 統計:</strong>
|
321 |
+
合計 {total} 件 |
|
322 |
+
✅ 適格 {yes_count} 件 |
|
323 |
+
❌ 不適格 {no_count} 件 |
|
324 |
+
❓ 要検討 {unclear_count} 件
|
325 |
+
</div>
|
326 |
+
"""
|
327 |
+
html = stats_html + html
|
328 |
+
|
329 |
+
return html
|
330 |
|
331 |
+
# フィルタリング関数
|
332 |
+
def filter_data(data, grade):
|
333 |
+
"""データをフィルタリング"""
|
334 |
+
if not data:
|
335 |
+
return []
|
336 |
+
|
337 |
try:
|
338 |
+
if grade == "all":
|
339 |
+
return data
|
340 |
+
return [item for item in data if item.get('AgentGrade') == grade]
|
|
|
|
|
341 |
except Exception as e:
|
342 |
+
print(f"フィルタリングエラー: {e}")
|
343 |
+
return data
|
344 |
|
345 |
# システム状態の確認
|
346 |
def get_system_status():
|
|
|
354 |
else:
|
355 |
return "🔴 軽量版", "サンプルデータのみ表示"
|
356 |
|
357 |
+
# CSV エクスポート関数
|
358 |
+
def export_to_csv(data):
|
359 |
+
"""データをCSVファイルとしてエクスポート"""
|
360 |
+
try:
|
361 |
+
if not data:
|
362 |
+
return None
|
363 |
+
|
364 |
+
# DataFrame に変換
|
365 |
+
df = pd.DataFrame(data)
|
366 |
+
|
367 |
+
# ファイルパス
|
368 |
+
file_path = "clinical_trials_data.csv"
|
369 |
+
df.to_csv(file_path, index=False, encoding='utf-8-sig')
|
370 |
+
|
371 |
+
return file_path
|
372 |
+
except Exception as e:
|
373 |
+
print(f"CSV エクスポートエラー: {e}")
|
374 |
+
return None
|
375 |
+
|
376 |
# Gradioインターフェースの作成
|
377 |
with gr.Blocks(title="臨床試験適格性評価", theme=gr.themes.Soft()) as demo:
|
378 |
gr.Markdown("## 🏥 臨床試験適格性評価インターフェース")
|
|
|
403 |
measurable_input = gr.Dropdown(choices=["有り", "無し", "不明"], label="Measurable Tumor", value="有り")
|
404 |
biopsiable_input = gr.Dropdown(choices=["有り", "無し", "不明"], label="Biopsiable Tumor", value="有り")
|
405 |
|
406 |
+
# 結果表示エリア(HTMLテーブル)
|
407 |
+
results_html = gr.HTML(label="Clinical Trials Results")
|
|
|
|
|
|
|
|
|
408 |
|
409 |
+
# 内部状態用
|
410 |
+
data_state = gr.State(value=[])
|
|
|
411 |
|
412 |
# ボタン類
|
413 |
with gr.Row():
|
|
|
425 |
all_button = gr.Button("📊 Show All Trials", variant="secondary")
|
426 |
|
427 |
with gr.Row():
|
428 |
+
download_button = gr.Button("💾 Download CSV")
|
|
|
429 |
|
430 |
# ダウンロードファイル
|
431 |
+
download_output = gr.File(label="Download CSV", visible=False)
|
|
|
432 |
|
433 |
# プログレス表示
|
434 |
progress_text = gr.Textbox(label="Processing Status", value="Ready", interactive=False)
|
435 |
|
436 |
# イベントハンドリング
|
437 |
+
def update_data_and_display(age, sex, tumor_type, gene_mutation, measurable, biopsiable):
|
438 |
+
"""データ生成と表示更新"""
|
439 |
try:
|
440 |
if FULL_VERSION:
|
441 |
+
progress_msg = "🔍 実際の臨床試験データを検索中(AI評価付き)..."
|
442 |
+
# 完全版の実装はここに追加
|
443 |
+
data = generate_sample_data(age, sex, tumor_type, gene_mutation, measurable, biopsiable)
|
444 |
elif LANGCHAIN_AVAILABLE:
|
445 |
+
progress_msg = "📡 ClinicalTrials.govから基本データを検索中..."
|
446 |
+
data = generate_basic_data(age, sex, tumor_type, gene_mutation, measurable, biopsiable)
|
447 |
else:
|
448 |
+
progress_msg = "📋 サンプルデータを生成中..."
|
449 |
+
data = generate_sample_data(age, sex, tumor_type, gene_mutation, measurable, biopsiable)
|
450 |
|
451 |
+
if data:
|
452 |
+
html_table = create_html_table(data)
|
453 |
+
final_progress = f"✅ 完了: {len(data)} 件の臨床試験が見つかりました"
|
454 |
else:
|
455 |
+
html_table = "<div style='text-align: center; padding: 20px; color: #666;'>⚠️ 該当する臨床試験が見つかりませんでした</div>"
|
456 |
+
final_progress = "⚠️ 該当する臨床試験が見つかりませんでした"
|
457 |
|
458 |
+
return html_table, data, final_progress
|
459 |
except Exception as e:
|
460 |
error_msg = f"❌ エラー: {str(e)}"
|
461 |
+
error_html = f"<div style='text-align: center; padding: 20px; color: #d32f2f;'>{error_msg}</div>"
|
462 |
+
print(f"データ更新エラー: {e}")
|
463 |
+
return error_html, [], error_msg
|
464 |
|
465 |
+
def filter_and_show(data, grade):
|
466 |
"""フィルタリングと表示更新"""
|
|
|
|
|
|
|
467 |
try:
|
468 |
+
filtered_data = filter_data(data, grade)
|
469 |
+
html_table = create_html_table(filtered_data)
|
470 |
+
return html_table
|
|
|
|
|
471 |
except Exception as e:
|
472 |
print(f"フィルタリングエラー: {e}")
|
473 |
+
return create_html_table(data)
|
474 |
|
475 |
+
def download_csv(data):
|
476 |
+
"""CSV ダウンロード処理"""
|
477 |
+
try:
|
478 |
+
if not data:
|
479 |
+
return None
|
480 |
+
return export_to_csv(data)
|
481 |
+
except Exception as e:
|
482 |
+
print(f"ダウンロードエラー: {e}")
|
483 |
+
return None
|
484 |
+
|
485 |
+
# ボタンイベント
|
486 |
generate_button.click(
|
487 |
+
fn=update_data_and_display,
|
488 |
inputs=[age_input, sex_input, tumor_type_input, gene_mutation_input, measurable_input, biopsiable_input],
|
489 |
+
outputs=[results_html, data_state, progress_text]
|
490 |
)
|
491 |
|
492 |
yes_button.click(
|
493 |
+
fn=lambda data: filter_and_show(data, "yes"),
|
494 |
+
inputs=[data_state],
|
495 |
+
outputs=[results_html]
|
496 |
)
|
497 |
|
498 |
no_button.click(
|
499 |
+
fn=lambda data: filter_and_show(data, "no"),
|
500 |
+
inputs=[data_state],
|
501 |
+
outputs=[results_html]
|
502 |
)
|
503 |
|
504 |
unclear_button.click(
|
505 |
+
fn=lambda data: filter_and_show(data, "unclear"),
|
506 |
+
inputs=[data_state],
|
507 |
+
outputs=[results_html]
|
508 |
)
|
509 |
|
510 |
all_button.click(
|
511 |
+
fn=lambda data: filter_and_show(data, "all"),
|
512 |
+
inputs=[data_state],
|
513 |
+
outputs=[results_html]
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
514 |
)
|
515 |
|
516 |
+
download_button.click(
|
517 |
+
fn=download_csv,
|
518 |
+
inputs=[data_state],
|
519 |
+
outputs=[download_output]
|
520 |
)
|
521 |
|
522 |
# フッター情報
|
requirements.txt
CHANGED
@@ -1,5 +1,5 @@
|
|
1 |
-
# Stage 3A:
|
2 |
-
gradio==4.
|
3 |
numpy==1.21.6
|
4 |
pandas==1.3.5
|
5 |
-
requests==2.31.0
|
|
|
1 |
+
# Stage 3A: 安定版(Gradio LTS バージョン)
|
2 |
+
gradio==4.20.1
|
3 |
numpy==1.21.6
|
4 |
pandas==1.3.5
|
5 |
+
requests==2.31.0
|