臨床研究等提出・公開システム

{ "cells": [ { "cell_type": "code", "execution_count": 1, "metadata": {}, "outputs": [], "source": [ "import httpx\n", "from bs4 import BeautifulSoup\n", "import pandas as pd" ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 2, "metadata": {}, "outputs": [], "source": [ "BASE_URL = \"https://jrct.niph.go.jp\"\n", "\n", "def search_trials(query_params: dict):\n", " response = httpx.get(f\"{BASE_URL}/search\", params=query_params)\n", " soup = BeautifulSoup(response.text, \"html.parser\")\n", " # Extract trial search results\n", " trials = [] # Populate this list with trial details\n", " return trials" ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 3, "metadata": {}, "outputs": [], "source": [ "query_params = {\n", " \"condition\": \"乳がん\", # 対象疾患\n", " \"gender\": \"both\" # 男女両方\n", " }\n" ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 4, "metadata": {}, "outputs": [ { "data": { "text/plain": [ "[]" ] }, "execution_count": 4, "metadata": {}, "output_type": "execute_result" } ], "source": [ "search_trials(query_params)" ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 5, "metadata": {}, "outputs": [], "source": [ "def search_trials(query_params):\n", " # POSTリクエストを送信\n", " response = httpx.post(f\"{BASE_URL}/search\", data=query_params)\n", " response.raise_for_status() # エラーチェック\n", "\n", " # HTMLを解析\n", " soup = BeautifulSoup(response.text, \"html.parser\")\n", "\n", " # 検索結果を抽出\n", " trials = []\n", " for trial in soup.select(\"table tbody tr\"): # テーブル行をループ\n", " trial_data = {\n", " \"title\": trial.select_one(\"td:nth-child(2)\").text.strip(),\n", " \"id\": trial.select_one(\"td:nth-child(1)\").text.strip(),\n", " \"link\": BASE_URL + trial.select_one(\"td:nth-child(2) a\")[\"href\"].strip()\n", " }\n", " trials.append(trial_data)\n", "\n", " return trials" ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 6, "metadata": {}, "outputs": [], "source": [ "query_params = { # 研究の名称（未指定）\n", " \"reg_is_specific[]\": [\"1\", \"3\"] # 特定臨床研究、企業治験\n", "}" ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 7, "metadata": {}, "outputs": [ { "data": { "text/plain": [ "[]" ] }, "execution_count": 7, "metadata": {}, "output_type": "execute_result" } ], "source": [ "search_trials(query_params)" ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 8, "metadata": {}, "outputs": [ { "name": "stdout", "output_type": "stream", "text": [ "\n", "\n", "\n", "\n", " \n", " \n", " 臨床研究等提出・公開システム\n", " \n", " \n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", " \n", " \n", "\n", "\n", "

\n", " \n", " \n", "\n", " \n", " \n", " \n", " \n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "

\n", "

\n", " \n", "

\n", "

\n", "\n", "\n", "

\n", " \n", " 臨床研究検索

\n", "\n", "

\n", " \n", " 【重要】データ利用に関するお願い
\n", " jRCTでは、公開されているデータの適正な利用をお願いしています。個人利用の範囲を超えた大量データ収集はお控えください。プログラムを利用した自動操作等による意図的な大量データ収集は個人利用の範囲を超えた利用とみなされます。皆様に快適にご利用いただくために、ご理解をよろしくお願いいたします。\n", " \n", "

\n", "

検索条件

\n", "

\n", " フリーワード検索

\n", " （フリーワード検索の入力のみでも検索可能です。）\n", "

\n", "

\n", " 対象疾患名

\n", "

\n", " 研究の進捗状況

\n", " 募集前　 \n", " 募集中　 \n", " 募集中断 \n", " 募集終了 \n", " 研究終了

\n", "

\n", " 医療機関の住所

\n", "

\n", " 実施医療機関名

\n", "

\n", " 共同研究機関を含む

\n", "

\n", " 研究の名称

\n", "

\n", " 臨床研究実施計画番号

\n", "

\n", " 研究の種別　　・特定臨床研究　

\n", " 特定臨床研究 \n", " 非特定

\n", "

\n", " 　　　　　　　・その他臨床研究

\n", " 観察 \n", " 手術手技 \n", " その他 \n", " 保留

\n", "

\n", " 　　　　　　　・治験　　　　　

\n", " 企業治験 \n", " 医師主導治験 \n", " 製造販売後試験 \n", " 使用成績調査 \n", " その他 \n", " 保留

\n", "

\n", " 治験の区分主たる治験 \n", " 拡大治験 \n", " 主たる治験と拡大治験のいずれにも該当しない

\n", "

\n", " 　　　　　　　・再生医療等研究

\n", " 第一種再生 \n", " 第二種再生 \n", " 第三種再生

\n", "

\n", " 選択基準

\n", "

\n", " 医薬品名/医療機器名/再生医療等製品名/再生医療等に用いる細胞等

\n", "

\n", " 介入の内容

\n", "

\n", " 委員会名称

\n", "

\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", " \n", " \n", "\n", " \n", " \n", "

\n", "\n", " \n", " \n", " \n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", " \n", "\n", " \n", " \n", "\n", "\n" ] } ], "source": [ "query_params = {\n", " \"reg_plobrem_1\": \"神経膠腫\", # 対象疾患名\n", " \"reg_recruitment[]\": [\"2\"], # 募集中\n", " \"reg_is_specific[]\": [\"1\", \"3\"] # 特定臨床研究、企業治験\n", "}\n", "response = httpx.post(f\"{BASE_URL}/search\", data=query_params)\n", "#response.raise_for_status() # エラーチェック\n", "print(response.text)" ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 9, "metadata": {}, "outputs": [ { "data": { "text/plain": [ "" ] }, "execution_count": 9, "metadata": {}, "output_type": "execute_result" } ], "source": [ "response.raise_for_status() # エラーチェック" ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 10, "metadata": {}, "outputs": [ { "name": "stdout", "output_type": "stream", "text": [ "\n", "\n", "\n", "\n", " \n", " \n", " 臨床研究等提出・公開システム\n", " \n", " \n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", " \n", " \n", "\n", "\n", "

\n", " \n", " \n", "\n", " \n", " \n", " \n", " \n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "

\n", "

\n", " \n", "

\n", "

\n", "\n", "\n", "

\n", " \n", " 臨床研究検索

\n", "\n", "

\n", "

検索条件

\n", "

\n", " フリーワード検索

\n", " （フリーワード検索の入力のみでも検索可能です。）\n", "

\n", "

\n", " 対象疾患名

\n", "

\n", " 研究の進捗状況

\n", " 募集前　 \n", " 募集中　 \n", " 募集中断 \n", " 募集終了 \n", " 研究終了

\n", "

\n", " 医療機関の住所

\n", "

\n", " 実施医療機関名

\n", "

\n", " 共同研究機関を含む

\n", "

\n", " 研究の名称

\n", "

\n", " 臨床研究実施計画番号

\n", "

\n", " 研究の種別　　・特定臨床研究　

\n", " 特定臨床研究 \n", " 非特定

\n", "

\n", " 　　　　　　　・その他臨床研究

\n", " 観察 \n", " 手術手技 \n", " その他 \n", " 保留

\n", "

\n", " 　　　　　　　・治験　　　　　

\n", " 企業治験 \n", " 医師主導治験 \n", " 製造販売後試験 \n", " 使用成績調査 \n", " その他 \n", " 保留

\n", "

\n", " 治験の区分主たる治験 \n", " 拡大治験 \n", " 主たる治験と拡大治験のいずれにも該当しない

\n", "

\n", " 　　　　　　　・再生医療等研究

\n", " 第一種再生 \n", " 第二種再生 \n", " 第三種再生

\n", "

\n", " 選択基準

\n", "

\n", " 医薬品名/医療機器名/再生医療等製品名/再生医療等に用いる細胞等

\n", "

\n", " 介入の内容

\n", "

\n", " 委員会名称

\n", "

\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", " \n", " \n", "\n", " \n", " \n", "

\n", "\n", " \n", " \n", " \n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", " \n", "\n", " \n", " \n", "\n", "\n" ] } ], "source": [ "# レスポンス内容を確認\n", "print(response.text) # レスポンスのHTML内容を出力" ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 11, "metadata": {}, "outputs": [ { "name": "stdout", "output_type": "stream", "text": [ "\n", "\n", "\n", "\n", " \n", " \n", " 臨床研究等提出・公開システム\n", " \n", " \n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", " \n", " \n", "\n", "\n", "

\n", " \n", " \n", "\n", " \n", " \n", " \n", " \n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "

\n", "

\n", " \n", "

\n", "

\n", "\n", "\n", "

\n", " \n", " 臨床研究検索

\n", "\n", "

\n", "

検索条件

\n", "

\n", " フリーワード検索

\n", " （フリーワード検索の入力のみでも検索可能です。）\n", "

\n", "

\n", " 対象疾患名

\n", "

\n", " 研究の進捗状況

\n", " 募集前　 \n", " 募集中　 \n", " 募集中断 \n", " 募集終了 \n", " 研究終了

\n", "

\n", " 医療機関の住所

\n", "

\n", " 実施医療機関名

\n", "

\n", " 共同研究機関を含む

\n", "

\n", " 研究の名称

\n", "

\n", " 臨床研究実施計画番号

\n", "

\n", " 研究の種別　　・特定臨床研究　

\n", " 特定臨床研究 \n", " 非特定

\n", "

\n", " 　　　　　　　・その他臨床研究

\n", " 観察 \n", " 手術手技 \n", " その他 \n", " 保留

\n", "

\n", " 　　　　　　　・治験　　　　　

\n", " 企業治験 \n", " 医師主導治験 \n", " 製造販売後試験 \n", " 使用成績調査 \n", " その他 \n", " 保留

\n", "

\n", " 治験の区分主たる治験 \n", " 拡大治験 \n", " 主たる治験と拡大治験のいずれにも該当しない

\n", "

\n", " 　　　　　　　・再生医療等研究

\n", " 第一種再生 \n", " 第二種再生 \n", " 第三種再生

\n", "

\n", " 選択基準

\n", "

\n", " 医薬品名/医療機器名/再生医療等製品名/再生医療等に用いる細胞等

\n", "

\n", " 介入の内容

\n", "

\n", " 委員会名称

\n", "

\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", " \n", " \n", "\n", " \n", " \n", "

\n", "\n", " \n", " \n", " \n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", " \n", "\n", " \n", " \n", "\n", "\n" ] } ], "source": [ "headers = {\n", " \"Content-Type\": \"application/x-www-form-urlencoded\"\n", "}\n", "\n", "response = httpx.post(f\"{BASE_URL}/search\", data=query_params, headers=headers)\n", "print(response.text)\n" ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 12, "metadata": {}, "outputs": [ { "name": "stdout", "output_type": "stream", "text": [ "\n", "\n", "\n", "\n", " \n", " \n", " 臨床研究等提出・公開システム\n", " \n", " \n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", " \n", " \n", "\n", "\n", "

\n", " \n", " \n", "\n", " \n", " \n", " \n", " \n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "

\n", "

\n", " \n", "

\n", "

\n", "\n", "\n", "

\n", " \n", " 臨床研究検索

\n", "\n", "

\n", "

検索条件

\n", "

\n", " フリーワード検索

\n", " （フリーワード検索の入力のみでも検索可能です。）\n", "

\n", "

\n", " 対象疾患名

\n", "

\n", " 研究の進捗状況

\n", " 募集前　 \n", " 募集中　 \n", " 募集中断 \n", " 募集終了 \n", " 研究終了

\n", "

\n", " 医療機関の住所

\n", "

\n", " 実施医療機関名

\n", "

\n", " 共同研究機関を含む

\n", "

\n", " 研究の名称

\n", "

\n", " 臨床研究実施計画番号

\n", "

\n", " 研究の種別　　・特定臨床研究　

\n", " 特定臨床研究 \n", " 非特定

\n", "

\n", " 　　　　　　　・その他臨床研究

\n", " 観察 \n", " 手術手技 \n", " その他 \n", " 保留

\n", "

\n", " 　　　　　　　・治験　　　　　

\n", " 企業治験 \n", " 医師主導治験 \n", " 製造販売後試験 \n", " 使用成績調査 \n", " その他 \n", " 保留

\n", "

\n", " 治験の区分主たる治験 \n", " 拡大治験 \n", " 主たる治験と拡大治験のいずれにも該当しない

\n", "

\n", " 　　　　　　　・再生医療等研究

\n", " 第一種再生 \n", " 第二種再生 \n", " 第三種再生

\n", "

\n", " 選択基準

\n", "

\n", " 医薬品名/医療機器名/再生医療等製品名/再生医療等に用いる細胞等

\n", "

\n", " 介入の内容

\n", "

\n", " 委員会名称

\n", "

\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", " \n", " \n", "\n", " \n", " \n", "

\n", "\n", " \n", " \n", " \n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", " \n", "\n", " \n", " \n", "\n", "\n" ] } ], "source": [ "# 検索ページのHTMLを取得\n", "with httpx.Client() as client:\n", " response = client.get(f\"{BASE_URL}/search\")\n", " response.raise_for_status()\n", "\n", " # BeautifulSoupでトークンを取得\n", " soup = BeautifulSoup(response.text, \"html.parser\")\n", " token_field = soup.find(\"input\", {\"name\": \"_Token[fields]\"})\n", " token_value = token_field[\"value\"] if token_field else None\n", "\n", " if not token_value:\n", " print(\"トークンを取得できませんでした\")\n", " exit()\n", "\n", " # 検索クエリとトークンを含めたデータ\n", " query_params = {\n", " \"_Token[fields]\": token_value,\n", " \"reg_plobrem_1\": \"神経膠腫\", # 対象疾患名\n", " \"reg_recruitment[]\": [\"2\"], # 募集中\n", " \"reg_is_specific[]\": [\"1\", \"3\"], # 特定臨床研究、企業治験\n", " }\n", "\n", " # POSTリクエストを送信\n", " search_response = client.post(f\"{BASE_URL}/search\", data=query_params)\n", " search_response.raise_for_status()\n", "\n", " print(search_response.text) # レスポンスを確認\n" ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 2, "metadata": {}, "outputs": [ { "name": "stdout", "output_type": "stream", "text": [ "トークンを取得できませんでした\n", "\n", "\n", "\n", "\n", " \n", " \n", " 臨床研究等提出・公開システム\n", " \n", " \n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", " \n", " \n", "\n", "\n", "

\n", " \n", " \n", "\n", " \n", " \n", " \n", " \n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "

\n", "

\n", " \n", "

\n", "

\n", "\n", "\n", "

\n", " \n", " 臨床研究検索

\n", "\n", "

\n", "

検索条件

\n", "

\n", " フリーワード検索

\n", " （フリーワード検索の入力のみでも検索可能です。）\n", "

\n", "

\n", " 対象疾患名

\n", "

\n", " 研究の進捗状況

\n", " 募集前　 \n", " 募集中　 \n", " 募集中断 \n", " 募集終了 \n", " 研究終了

\n", "

\n", " 医療機関の住所

\n", "

\n", " 実施医療機関名

\n", "

\n", " 共同研究機関を含む

\n", "

\n", " 研究の名称

\n", "

\n", " 臨床研究実施計画番号

\n", "

\n", " 研究の種別　　・特定臨床研究　

\n", " 特定臨床研究 \n", " 非特定

\n", "

\n", " 　　　　　　　・その他臨床研究

\n", " 観察 \n", " 手術手技 \n", " その他 \n", " 保留

\n", "

\n", " 　　　　　　　・治験　　　　　

\n", " 企業治験 \n", " 医師主導治験 \n", " 製造販売後試験 \n", " 使用成績調査 \n", " その他 \n", " 保留

\n", "

\n", " 治験の区分主たる治験 \n", " 拡大治験 \n", " 主たる治験と拡大治験のいずれにも該当しない

\n", "

\n", " 　　　　　　　・再生医療等研究

\n", " 第一種再生 \n", " 第二種再生 \n", " 第三種再生

\n", "

\n", " 選択基準

\n", "

\n", " 医薬品名/医療機器名/再生医療等製品名/再生医療等に用いる細胞等

\n", "

\n", " 介入の内容

\n", "

\n", " 委員会名称

\n", "

\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", "\n", " \n", " \n", "\n", " \n", " \n", "

\n", "\n", " \n", " \n", " \n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", "\t\n", " \n", "\n", " \n", " \n", "\n", "\n" ] }, { "ename": "", "evalue": "", "output_type": "error", "traceback": [ "\u001b[1;31mThe Kernel crashed while executing code in the current cell or a previous cell. \n", "\u001b[1;31mPlease review the code in the cell(s) to identify a possible cause of the failure. \n", "\u001b[1;31mClick here for more info. \n", "\u001b[1;31mView Jupyter log for further details." ] } ], "source": [ "import httpx\n", "from bs4 import BeautifulSoup\n", "\n", "BASE_URL = \"https://jrct.niph.go.jp\"\n", "\n", "# 検索ページのHTMLを取得\n", "with httpx.Client() as client:\n", " response = client.get(f\"{BASE_URL}/search\")\n", " response.raise_for_status()\n", "\n", " # BeautifulSoupでトークンを取得\n", " soup = BeautifulSoup(response.text, \"html.parser\")\n", " token_field = soup.find(\"input\", {\"name\": \"_Token[fields]\"})\n", " token_unlocked = soup.find(\"input\", {\"name\": \"_Token[unlocked]\"})\n", "\n", " # トークンの値を確認\n", " token_value = token_field[\"value\"] if token_field else None\n", " token_unlocked_value = token_unlocked[\"value\"] if token_unlocked else None\n", "\n", " if not token_value or not token_unlocked_value:\n", " print(\"トークンを取得できませんでした\")\n", " exit()\n", "\n", " # 検索クエリとトークンを含めたデータ\n", " query_params = {\n", " \"_Token[fields]\": token_value,\n", " \"_Token[unlocked]\": token_unlocked_value,\n", " \"reg_plobrem_1\": \"神経膠腫\", # 対象疾患名\n", " \"reg_recruitment[]\": [\"2\"], # 募集中\n", " \"reg_is_specific[]\": [\"1\", \"3\"], # 特定臨床研究、企業治験\n", " }\n", "\n", " # POSTリクエストを送信\n", " search_response = client.post(f\"{BASE_URL}/search\", data=query_params)\n", " search_response.raise_for_status()\n", "\n", " # レスポンス内容を確認\n", " print(search_response.text)\n" ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": null, "metadata": {}, "outputs": [], "source": [] } ], "metadata": { "kernelspec": { "display_name": "gradio", "language": "python", "name": "python3" }, "language_info": { "codemirror_mode": { "name": "ipython", "version": 3 }, "file_extension": ".py", "mimetype": "text/x-python", "name": "python", "nbconvert_exporter": "python", "pygments_lexer": "ipython3", "version": "3.12.3" } }, "nbformat": 4, "nbformat_minor": 2 }

\n", " 研究検索結果ダウンロード

\n", " \n", " 臨床研究検索

検索条件

\n", " 研究検索結果ダウンロード

\n", " \n", " 臨床研究検索

検索条件

\n", " 研究検索結果ダウンロード

\n", " \n", " 臨床研究検索

検索条件

\n", " 研究検索結果ダウンロード

\n", " \n", " 臨床研究検索

検索条件

\n", " 研究検索結果ダウンロード

\n", " \n", " 臨床研究検索

検索条件