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# Copyright 2022 Joao Rodrigues.  All rights reserved.
#
# This file is part of the Biopython distribution and governed by your
# choice of the "Biopython License Agreement" or the "BSD 3-Clause License".
# Please see the LICENSE file that should have been included as part of this
# package.
"""Alphabets used by the wwPDB in structural file formats."""

# Dictionaries in this file were automatically generated from wwPDB data,
# by parsing the ligand expo components dictionary and extracting
# component->parent relationships.
#
# Additional entries to the protein extended set were taken from SCOP.
#
# The 'fmt:off' lines prevent black for formatting the dictionaries.

from Bio.Data.IUPACData import protein_letters_3to1 as _protein_letters_3to1

# Protein
protein_letters_3to1 = {k.upper(): v for k, v in _protein_letters_3to1.items()}
protein_letters_1to3 = {v: k for k, v in protein_letters_3to1.items()}

# fmt: off
protein_letters_3to1_extended = {
    "A5N": "N", "A8E": "V", "A9D": "S", "AA3": "A", "AA4": "A", "AAR": "R",
    "ABA": "A", "ACL": "R", "AEA": "C", "AEI": "D", "AFA": "N", "AGM": "R",
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# Solvent accesibility scales
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    # Miller max acc: Miller et al. 1987 https://doi.org/10.1016/0022-2836(87)90038-6
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        "GLN": 189.0,
        "GLU": 183.0,
        "GLY": 85.0,
        "HIS": 194.0,
        "ILE": 182.0,
        "LEU": 180.0,
        "LYS": 211.0,
        "MET": 204.0,
        "PHE": 218.0,
        "PRO": 143.0,
        "SER": 122.0,
        "THR": 146.0,
        "TRP": 259.0,
        "TYR": 229.0,
        "VAL": 160.0,
    },
    # Sander: Sander & Rost 1994 https://doi.org/10.1002/prot.340200303
    "Sander": {
        "ALA": 106.0,
        "ARG": 248.0,
        "ASN": 157.0,
        "ASP": 163.0,
        "CYS": 135.0,
        "GLN": 198.0,
        "GLU": 194.0,
        "GLY": 84.0,
        "HIS": 184.0,
        "ILE": 169.0,
        "LEU": 164.0,
        "LYS": 205.0,
        "MET": 188.0,
        "PHE": 197.0,
        "PRO": 136.0,
        "SER": 130.0,
        "THR": 142.0,
        "TRP": 227.0,
        "TYR": 222.0,
        "VAL": 142.0,
    },
    # Wilke: Tien et al. 2013 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0080635
    "Wilke": {
        "ALA": 129.0,
        "ARG": 274.0,
        "ASN": 195.0,
        "ASP": 193.0,
        "CYS": 167.0,
        "GLN": 225.0,
        "GLU": 223.0,
        "GLY": 104.0,
        "HIS": 224.0,
        "ILE": 197.0,
        "LEU": 201.0,
        "LYS": 236.0,
        "MET": 224.0,
        "PHE": 240.0,
        "PRO": 159.0,
        "SER": 155.0,
        "THR": 172.0,
        "TRP": 285.0,
        "TYR": 263.0,
        "VAL": 174.0,
    }
}