Spaces:
Sleeping
Sleeping
File size: 19,883 Bytes
f147e1e |
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 |
import pandas as pd
import numpy as np
from sklearn.discriminant_analysis import LinearDiscriminantAnalysis
from sklearn.preprocessing import StandardScaler, LabelEncoder
from sklearn.decomposition import PCA
from sklearn.feature_selection import SelectKBest, f_classif
import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns
import logging
import os
from datetime import datetime
from typing import Dict, Tuple, List, Optional, Any
import xlsxwriter
class LDAAnalyzer:
"""
Класс для выполнения линейного дискриминантного анализа (LDA)
с расширенной функциональностью и форматированным выводом результатов
"""
def __init__(self, input_file: str, target_column: int):
"""
Инициализация анализатора LDA
Args:
input_file (str): Путь к входному файлу Excel
target_column (int): Номер столбца для классификации
"""
self.input_file = input_file
self.target_column = target_column
self.data = None
self.X = None
self.y = None
self.X_transformed = None
self.lda = None
self.scaler = StandardScaler()
self.label_encoder = LabelEncoder()
self.feature_names = None
# Настройка логирования
logging.basicConfig(
level=logging.INFO,
format='%(asctime)s - %(levelname)s - %(message)s',
handlers=[
logging.FileHandler('lda_analysis.log'),
logging.StreamHandler()
]
)
self.logger = logging.getLogger(__name__)
# Цветовая схема для визуализации
self.colors = ['lightblue', 'green', 'purple', 'yellow',
'red', 'orange', 'cyan', 'brown', 'pink']
self.logger.info(f"Инициализация LDA анализатора с файлом: {input_file}")
def validate_data(self) -> None:
"""Валидация входных данных"""
if self.data is None:
raise ValueError("Данные не загружены")
# Проверка размерности
if self.data.shape[0] < 30:
raise ValueError("Недостаточно наблюдений (минимум 30)")
# Проверка пропущенных значений
if self.data.isnull().any().any():
raise ValueError("Обнаружены пропущенные значения")
# Проверка типов данных
numeric_cols = self.data.select_dtypes(include=[np.number]).columns
if len(numeric_cols) < self.data.shape[1] - 1: # -1 для целевой переменной
raise ValueError("Обнаружены нечисловые признаки")
def load_data(self) -> None:
"""Загрузка данных из Excel файла"""
try:
self.logger.info("Загрузка данных...")
# Загрузка данных
self.data = pd.read_excel(self.input_file)
# Преобразование имен колонок
self.data.columns = [str(col) for col in self.data.columns]
# Попытка преобразовать все колонки (кроме целевой) в числовой формат
for col in self.data.columns:
if self.data.columns.get_loc(col) != self.target_column:
try:
self.data[col] = pd.to_numeric(self.data[col], errors='coerce')
except Exception as e:
self.logger.warning(f"Не удалось преобразовать колонку {col} в числовой формат: {str(e)}")
self.validate_data()
self.logger.info(f"Данные загружены. Размерность: {self.data.shape}")
except Exception as e:
self.logger.error(f"Ошибка при загрузке данных: {str(e)}")
raise
def prepare_data(self) -> None:
"""Подготовка данных для анализа"""
try:
self.logger.info("Подготовка данных...")
# Разделение на признаки и целевую переменную
X = self.data.drop(self.data.columns[self.target_column], axis=1)
y = self.data.iloc[:, self.target_column]
# Преобразование имен колонок в строки
X.columns = X.columns.astype(str)
# Кодирование меток классов
self.y = self.label_encoder.fit_transform(y) + 1
# Преобразование в числовой формат
X = X.apply(pd.to_numeric, errors='coerce')
# Проверка на пропущенные значения после преобразования
if X.isnull().any().any():
raise ValueError("После преобразования в числовой формат появились пропущенные значения")
# Стандартизация признаков
self.X = self.scaler.fit_transform(X)
# Проверка количества классов и наблюдений в каждом классе
class_counts = pd.Series(self.y).value_counts()
if (class_counts < 5).any():
self.logger.warning("Некоторые классы имеют менее 5 наблюдений")
self.logger.info(f"Данные подготовлены. X: {self.X.shape}, y: {self.y.shape}")
self.logger.info(f"Количество классов: {len(np.unique(self.y))}")
except Exception as e:
self.logger.error(f"Ошибка при подготовке данных: {str(e)}")
raise
def perform_lda(self) -> None:
"""Выполнение LDA анализа"""
try:
self.logger.info("Выполнение LDA анализа...")
# Инициализация и обучение LDA
self.lda = LinearDiscriminantAnalysis(solver='svd')
self.X_transformed = self.lda.fit_transform(self.X, self.y)
# Оценка качества модели
accuracy = self.lda.score(self.X, self.y)
self.logger.info(f"Общая точность модели: {accuracy:.3f}")
except Exception as e:
self.logger.error(f"Ошибка при выполнении LDA: {str(e)}")
raise
def create_confusion_matrix(self) -> Tuple[pd.DataFrame, List[List[str]], float]:
"""
Создание матрицы ошибок и расчет процентов классификации
Returns:
tuple: (матрица ошибок, проценты, общая точность)
"""
try:
self.logger.info("Создание матрицы ошибок...")
# Получение предсказаний
y_pred = self.lda.predict(self.X)
# Создание матрицы ошибок
classes = sorted(np.unique(self.y))
n_classes = len(classes)
confusion_matrix = np.zeros((n_classes, n_classes))
for i in range(len(self.y)):
confusion_matrix[self.y[i]-1][y_pred[i]-1] += 1
# Создание DataFrame для матрицы ошибок
columns = [f"{i+1}.00" for i in range(n_classes)]
index = [f"{i+1}.00" for i in range(n_classes)]
df_confusion = pd.DataFrame(confusion_matrix, columns=columns, index=index)
# Добавление столбца "Всего"
df_confusion['Всего'] = df_confusion.sum(axis=1)
# Расчет процентов
percentages = np.zeros((n_classes, n_classes + 1)) # +1 для столбца "Всего"
for i in range(n_classes):
row_sum = confusion_matrix[i].sum()
if row_sum > 0:
percentages[i, :-1] = (confusion_matrix[i] / row_sum) * 100
percentages[i, -1] = 100.0
# Форматирование процентов
percentage_rows = []
for row in percentages:
formatted_row = [f"{x:.1f}" for x in row]
percentage_rows.append(formatted_row)
# Расчет общей точности
accuracy = (np.sum(np.diag(confusion_matrix)) / np.sum(confusion_matrix)) * 100
self.logger.info(f"Процент правильной классификации: {accuracy:.1f}%")
return df_confusion, percentage_rows, accuracy
except Exception as e:
self.logger.error(f"Ошибка при создании матрицы ошибок: {str(e)}")
raise
def get_coefficients(self) -> pd.DataFrame:
"""
Получение коэффициентов дискриминантных функций
Returns:
pd.DataFrame: таблица коэффициентов
"""
try:
self.logger.info("Получение коэффициентов...")
# Получение коэффициентов и размерностей
n_features = self.X.shape[1]
n_classes = len(np.unique(self.y))
n_components = min(n_classes - 1, n_features)
# Создание списка имен переменных
var_names = [f"VAR{str(i+1).zfill(5)}" for i in range(n_features)]
# Создание DataFrame с коэффициентами
coef_data = []
for i in range(n_components):
row_data = {}
for j, var_name in enumerate(var_names):
row_data[var_name] = self.lda.coef_[i][j]
coef_data.append(row_data)
df_coef = pd.DataFrame(coef_data, index=[f"Функция {i+1}" for i in range(n_components)])
# Добавление константы (intercept)
const_data = {}
for j, var_name in enumerate(var_names):
const_data[var_name] = self.lda.intercept_[j] if j < len(self.lda.intercept_) else 0.0
const_df = pd.DataFrame([const_data], index=['Константа'])
# Объединение коэффициентов и константы
df_coef = pd.concat([df_coef, const_df])
# Округление значений
df_coef = df_coef.round(3)
self.logger.info("Коэффициенты получены")
return df_coef
except Exception as e:
self.logger.error(f"Ошибка при получении коэффициентов: {str(e)}")
raise
def create_visualization(self) -> plt.Figure:
"""
Создание визуализации результатов
Returns:
plt.Figure: объект графика
"""
try:
self.logger.info("Создание визуализации...")
fig = plt.figure(figsize=(12, 8))
# Построение точек для каждого класса
for class_num in np.unique(self.y):
mask = self.y == class_num
plt.scatter(
self.X_transformed[mask, 0],
self.X_transformed[mask, 1] if self.X_transformed.shape[1] > 1
else np.zeros_like(self.X_transformed[mask, 0]),
c=[self.colors[(class_num-1) % len(self.colors)]],
label=f'Группа {class_num}',
alpha=0.7
)
# Добавление центроидов
centroid = np.mean(self.X_transformed[mask, :2], axis=0)
plt.scatter(
centroid[0],
centroid[1] if self.X_transformed.shape[1] > 1 else 0,
c='black',
marker='s',
s=100
)
plt.annotate(
f'{class_num}',
(centroid[0], centroid[1]),
xytext=(5, 5),
textcoords='offset points',
fontsize=10,
bbox=dict(facecolor='white', edgecolor='none', alpha=0.7)
)
plt.xlabel('Первая каноническая функция')
plt.ylabel('Вторая каноническая функция')
plt.title('Канонические дискриминантные функции')
plt.legend(bbox_to_anchor=(1.05, 1), loc='upper left')
plt.grid(True, alpha=0.3)
plt.tight_layout()
self.logger.info("Визуализация создана")
return fig
except Exception as e:
self.logger.error(f"Ошибка при создании визуализации: {str(e)}")
raise
def save_results(self, output_dir: str) -> None:
"""
Сохранение всех результатов анализа
Args:
output_dir (str): директория для сохранения результатов
"""
try:
self.logger.info(f"Сохранение результатов в {output_dir}...")
# Создание директории если её нет
os.makedirs(output_dir, exist_ok=True)
# Получение результатов
confusion_matrix, percentages, accuracy = self.create_confusion_matrix()
coefficients = self.get_coefficients()
# Сохранение в Excel
excel_path = os.path.join(output_dir, 'lda_results.xlsx')
with pd.ExcelWriter(excel_path, engine='xlsxwriter') as writer:
workbook = writer.book
# Форматы для Excel
header_format = workbook.add_format({
'bold': True,
'align': 'center',
'valign': 'vcenter',
'bg_color': '#D9D9D9',
'border': 1
})
cell_format = workbook.add_format({
'align': 'center',
'border': 1
})
number_format = workbook.add_format({
'align': 'center',
'border': 1,
'num_format': '0.000'
})
# 1. Матрица классификации
worksheet1 = workbook.add_worksheet('Матрица классификации')
# Записываем заголовки
headers = ['Исходный', 'Количество'] + \
[f'{i+1}.00' for i in range(len(confusion_matrix.columns)-1)] + \
['Всего']
for col, header in enumerate(headers):
worksheet1.write(0, col, header, header_format)
worksheet1.set_column(col, col, 15)
# Записываем данные
for i, (index, row) in enumerate(confusion_matrix.iterrows()):
worksheet1.write(i+1, 0, index, cell_format)
worksheet1.write(i+1, 1, row['Всего'], cell_format)
for j, val in enumerate(row):
worksheet1.write(i+1, j+2, val, cell_format)
# 2. Проценты классификации
worksheet2 = workbook.add_worksheet('Проценты')
# Заголовки
for col, header in enumerate(headers):
worksheet2.write(0, col, header, header_format)
worksheet2.set_column(col, col, 15)
# Данные процентов
for i, row in enumerate(percentages):
worksheet2.write(i+1, 0, f"{i+1}.00", cell_format)
worksheet2.write(i+1, 1, confusion_matrix.iloc[i]['Всего'], cell_format)
for j, val in enumerate(row):
worksheet2.write(i+1, j+2, float(val.replace(',', '.')), number_format)
# Примечание
note_row = len(percentages) + 2
worksheet2.write(
note_row, 0,
f'* Примечание: {accuracy:.1f}% исходных сгруппированных наблюдений '
f'классифицированы правильно.',
workbook.add_format({'bold': True})
)
# 3. Коэффициенты функций
worksheet3 = workbook.add_worksheet('Коэффициенты')
# Записываем заголовки коэффициентов
worksheet3.write(0, 0, 'Переменная', header_format)
for i, col in enumerate(coefficients.columns):
worksheet3.write(0, i+1, col, header_format)
worksheet3.set_column(i+1, i+1, 15)
# Записываем данные коэффициентов
for i, (index, row) in enumerate(coefficients.iterrows()):
worksheet3.write(i+1, 0, index, cell_format)
for j, val in enumerate(row):
worksheet3.write(i+1, j+1, val, number_format)
# Добавляем примечание к коэффициентам
worksheet3.write(
len(coefficients)+1, 0,
'*Нестандартизованные коэффициенты',
workbook.add_format({'bold': True, 'italic': True})
)
# Сохранение визуализации
fig = self.create_visualization()
fig.savefig(
os.path.join(output_dir, 'lda_visualization.png'),
bbox_inches='tight',
dpi=300
)
plt.close(fig)
self.logger.info("Результаты успешно сохранены")
except Exception as e:
self.logger.error(f"Ошибка при сохранении результатов: {str(e)}")
raise |