Hugging Face's logo

Spaces:
egenn
/
rtemisseq
Running

App Files Community
rtemisseq / data.R
egenn's picture
egenn
added APP cleavage data
92d47cc
raw
history blame
95.4 kB
 # mapt_annot ----
# library(rtemisbio)
# mapt_annot <- read.a3json("./seqvizlive_app_fl/data/mapt_annot.json")
# mapt_annot
# dput(mapt_annot)
MAPT_PTM <- structure(
list(
Sequence = c(
"M",
"A",
"E",
"P",
"R",
"Q",
"E",
"F",
"E",
"V",
"M",
"E",
"D",
"H",
"A",
"G",
"T",
"Y",
"G",
"L",
"G",
"D",
"R",
"K",
"D",
"Q",
"G",
"G",
"Y",
"T",
"M",
"H",
"Q",
"D",
"Q",
"E",
"G",
"D",
"T",
"D",
"A",
"G",
"L",
"K",
"E",
"S",
"P",
"L",
"Q",
"T",
"P",
"T",
"E",
"D",
"G",
"S",
"E",
"E",
"P",
"G",
"S",
"E",
"T",
"S",
"D",
"A",
"K",
"S",
"T",
"P",
"T",
"A",
"E",
"D",
"V",
"T",
"A",
"P",
"L",
"V",
"D",
"E",
"G",
"A",
"P",
"G",
"K",
"Q",
"A",
"A",
"A",
"Q",
"P",
"H",
"T",
"E",
"I",
"P",
"E",
"G",
"T",
"T",
"A",
"E",
"E",
"A",
"G",
"I",
"G",
"D",
"T",
"P",
"S",
"L",
"E",
"D",
"E",
"A",
"A",
"G",
"H",
"V",
"T",
"Q",
"A",
"R",
"M",
"V",
"S",
"K",
"S",
"K",
"D",
"G",
"T",
"G",
"S",
"D",
"D",
"K",
"K",
"A",
"K",
"G",
"A",
"D",
"G",
"K",
"T",
"K",
"I",
"A",
"T",
"P",
"R",
"G",
"A",
"A",
"P",
"P",
"G",
"Q",
"K",
"G",
"Q",
"A",
"N",
"A",
"T",
"R",
"I",
"P",
"A",
"K",
"T",
"P",
"P",
"A",
"P",
"K",
"T",
"P",
"P",
"S",
"S",
"G",
"E",
"P",
"P",
"K",
"S",
"G",
"D",
"R",
"S",
"G",
"Y",
"S",
"S",
"P",
"G",
"S",
"P",
"G",
"T",
"P",
"G",
"S",
"R",
"S",
"R",
"T",
"P",
"S",
"L",
"P",
"T",
"P",
"P",
"T",
"R",
"E",
"P",
"K",
"K",
"V",
"A",
"V",
"V",
"R",
"T",
"P",
"P",
"K",
"S",
"P",
"S",
"S",
"A",
"K",
"S",
"R",
"L",
"Q",
"T",
"A",
"P",
"V",
"P",
"M",
"P",
"D",
"L",
"K",
"N",
"V",
"K",
"S",
"K",
"I",
"G",
"S",
"T",
"E",
"N",
"L",
"K",
"H",
"Q",
"P",
"G",
"G",
"G",
"K",
"V",
"Q",
"I",
"I",
"N",
"K",
"K",
"L",
"D",
"L",
"S",
"N",
"V",
"Q",
"S",
"K",
"C",
"G",
"S",
"K",
"D",
"N",
"I",
"K",
"H",
"V",
"P",
"G",
"G",
"G",
"S",
"V",
"Q",
"I",
"V",
"Y",
"K",
"P",
"V",
"D",
"L",
"S",
"K",
"V",
"T",
"S",
"K",
"C",
"G",
"S",
"L",
"G",
"N",
"I",
"H",
"H",
"K",
"P",
"G",
"G",
"G",
"Q",
"V",
"E",
"V",
"K",
"S",
"E",
"K",
"L",
"D",
"F",
"K",
"D",
"R",
"V",
"Q",
"S",
"K",
"I",
"G",
"S",
"L",
"D",
"N",
"I",
"T",
"H",
"V",
"P",
"G",
"G",
"G",
"N",
"K",
"K",
"I",
"E",
"T",
"H",
"K",
"L",
"T",
"F",
"R",
"E",
"N",
"A",
"K",
"A",
"K",
"T",
"D",
"H",
"G",
"A",
"E",
"I",
"V",
"Y",
"K",
"S",
"P",
"V",
"V",
"S",
"G",
"D",
"T",
"S",
"P",
"R",
"H",
"L",
"S",
"N",
"V",
"S",
"S",
"T",
"G",
"S",
"I",
"D",
"M",
"V",
"D",
"S",
"P",
"Q",
"L",
"A",
"T",
"L",
"A",
"D",
"E",
"V",
"S",
"A",
"S",
"L",
"A",
"K",
"Q",
"G",
"L"
),
Annotations = list(
Site = list(
Disease_associated_variant = c(
4L,
5L,
14L,
17L,
18L,
30L,
39L,
41L,
55L,
75L,
86L,
90L,
152L,
176L,
178L,
200L,
203L,
211L,
224L,
227L,
239L,
255L,
257L,
260L,
266L,
272L,
273L,
279L,
280L,
284L,
285L,
287L,
291L,
296L,
300L,
301L,
303L,
305L,
320L,
332L,
335L,
336L,
337L,
342L,
352L,
356L,
360L,
363L,
364L,
366L,
369L,
372L,
389L,
406L,
410L,
427L,
441L
),
`N-terminal Repeat` = 45:86,
`Microtubule Binding Domain (R1, R3, R4)` = c(
244L,
245L,
246L,
247L,
248L,
249L,
250L,
251L,
252L,
253L,
254L,
255L,
256L,
257L,
258L,
259L,
260L,
261L,
262L,
263L,
264L,
265L,
266L,
267L,
268L,
269L,
270L,
271L,
272L,
273L,
274L,
306L,
307L,
308L,
309L,
310L,
311L,
312L,
313L,
314L,
315L,
316L,
317L,
318L,
319L,
320L,
321L,
322L,
323L,
324L,
325L,
326L,
327L,
328L,
329L,
330L,
331L,
332L,
333L,
334L,
335L,
336L,
337L,
338L,
339L,
340L,
341L,
342L,
343L,
344L,
345L,
346L,
347L,
348L,
349L,
350L,
351L,
352L,
353L,
354L,
355L,
356L,
357L,
358L,
359L,
360L,
361L,
362L,
363L,
364L,
365L,
366L,
367L,
368L
),
`Microtubule Binding Domain (R2)` = 274:305
),
Region = list(
KXGS = list(259:262, 290:293, 321:324, 353:356),
`Canonical KFERQ` = list(336:340, 347:351),
`Potential KFERQ` = list(
240:244,
280:284,
307:311,
343:347
),
Phosphodegron = list(
46:51,
149:154,
195:200,
208:213,
231:236,
400:405
)
),
PTM = list(
Phosphorylation = c(
17L,
18L,
29L,
30L,
39L,
46L,
50L,
52L,
56L,
61L,
63L,
64L,
68L,
69L,
71L,
76L,
95L,
101L,
102L,
111L,
113L,
123L,
129L,
131L,
135L,
137L,
149L,
153L,
169L,
175L,
181L,
184L,
185L,
191L,
195L,
197L,
198L,
199L,
202L,
205L,
208L,
210L,
217L,
212L,
214L,
220L,
229L,
235L,
231L,
232L,
235L,
236L,
237L,
238L,
241L,
245L,
258L,
262L,
263L,
285L,
289L,
293L,
305L,
316L,
319L,
320L,
321L,
324L,
336L,
341L,
352L,
356L,
361L,
362L,
366L,
370L,
373L,
380L,
382L,
383L,
385L,
386L,
394L,
396L,
403L,
409L,
400L,
404L,
412L,
413L,
414L,
416L,
435L,
427L,
433L,
422L
),
Acetylation = c(
148L,
150L,
163L,
174L,
180L,
224L,
225L,
234L,
240L,
254L,
257L,
259L,
267L,
274L,
280L,
281L,
290L,
294L,
298L,
311L,
317L,
321L,
331L,
343L,
347L,
353L,
369L,
370L,
375L,
383L,
385L,
395L
),
Methylation = c(
24L,
44L,
67L,
87L,
126L,
148L,
150L,
155L,
163L,
174L,
180L,
190L,
234L,
240L,
254L,
259L,
267L,
281L,
290L,
311L,
317L,
331L,
349L,
353L,
369L,
370L,
375L,
385L,
395L
),
Glycation = c(
67L,
87L,
132L,
148L,
150L,
163L,
174L,
180L,
190L,
225L,
234L,
259L,
267L,
274L,
280L,
281L,
290L,
298L,
311L,
321L,
331L,
340L,
343L,
347L,
353L,
369L,
370L,
375L,
383L,
385L,
395L
),
Ubiquitination = c(
44L,
254L,
259L,
267L,
281L,
290L,
298L,
311L,
317L,
321L,
331L,
343L,
347L,
353L,
369L,
375L,
385L
),
`O-Glycosilation` = c(
123L,
208L,
238L,
400L,
412L,
413L
),
SUMOylation = 340L
),
Cleavage_site = structure(list(), names = character(0)),
Variant = structure(list(), names = character(0))
),
UniprotID = "P10636",
Description = "Tau Post-translational Modifications: Dynamic Transformers of Tau Function, Degradation, and Aggregation",
Reference = "https://www.frontiersin.org/journals/neurology/articles/10.3389/fneur.2020.595532"
),
class = c(
"a3",
"list"
)
)
# mapt_clv ----
# mapt_clv <- read.a3json("./seqvizlive_app_fl/data/mapt_clv.json")
# mapt_clv
# dput(mapt_clv)
MAPT_Cathepsin_Cleavage <- structure(
list(
Sequence = c(
"M",
"A",
"E",
"P",
"R",
"Q",
"E",
"F",
"E",
"V",
"M",
"E",
"D",
"H",
"A",
"G",
"T",
"Y",
"G",
"L",
"G",
"D",
"R",
"K",
"D",
"Q",
"G",
"G",
"Y",
"T",
"M",
"H",
"Q",
"D",
"Q",
"E",
"G",
"D",
"T",
"D",
"A",
"G",
"L",
"K",
"E",
"S",
"P",
"L",
"Q",
"T",
"P",
"T",
"E",
"D",
"G",
"S",
"E",
"E",
"P",
"G",
"S",
"E",
"T",
"S",
"D",
"A",
"K",
"S",
"T",
"P",
"T",
"A",
"E",
"D",
"V",
"T",
"A",
"P",
"L",
"V",
"D",
"E",
"G",
"A",
"P",
"G",
"K",
"Q",
"A",
"A",
"A",
"Q",
"P",
"H",
"T",
"E",
"I",
"P",
"E",
"G",
"T",
"T",
"A",
"E",
"E",
"A",
"G",
"I",
"G",
"D",
"T",
"P",
"S",
"L",
"E",
"D",
"E",
"A",
"A",
"G",
"H",
"V",
"T",
"Q",
"E",
"P",
"E",
"S",
"G",
"K",
"V",
"V",
"Q",
"E",
"G",
"F",
"L",
"R",
"E",
"P",
"G",
"P",
"P",
"G",
"L",
"S",
"H",
"Q",
"L",
"M",
"S",
"G",
"M",
"P",
"G",
"A",
"P",
"L",
"L",
"P",
"E",
"G",
"P",
"R",
"E",
"A",
"T",
"R",
"Q",
"P",
"S",
"G",
"T",
"G",
"P",
"E",
"D",
"T",
"E",
"G",
"G",
"R",
"H",
"A",
"P",
"E",
"L",
"L",
"K",
"H",
"Q",
"L",
"L",
"G",
"D",
"L",
"H",
"Q",
"E",
"G",
"P",
"P",
"L",
"K",
"G",
"A",
"G",
"G",
"K",
"E",
"R",
"P",
"G",
"S",
"K",
"E",
"E",
"V",
"D",
"E",
"D",
"R",
"D",
"V",
"D",
"E",
"S",
"S",
"P",
"Q",
"D",
"S",
"P",
"P",
"S",
"K",
"A",
"S",
"P",
"A",
"Q",
"D",
"G",
"R",
"P",
"P",
"Q",
"T",
"A",
"A",
"R",
"E",
"A",
"T",
"S",
"I",
"P",
"G",
"F",
"P",
"A",
"E",
"G",
"A",
"I",
"P",
"L",
"P",
"V",
"D",
"F",
"L",
"S",
"K",
"V",
"S",
"T",
"E",
"I",
"P",
"A",
"S",
"E",
"P",
"D",
"G",
"P",
"S",
"V",
"G",
"A",
"A",
"K",
"G",
"Q",
"D",
"A",
"P",
"L",
"E",
"F",
"T",
"F",
"H",
"V",
"E",
"I",
"T",
"P",
"N",
"V",
"Q",
"K",
"E",
"Q",
"A",
"H",
"S",
"E",
"E",
"H",
"A",
"G",
"R",
"A",
"A",
"F",
"P",
"G",
"A",
"P",
"G",
"E",
"G",
"P",
"E",
"A",
"R",
"G",
"P",
"S",
"L",
"G",
"E",
"D",
"T",
"K",
"E",
"A",
"D",
"L",
"P",
"E",
"P",
"S",
"E",
"K",
"Q",
"P",
"A",
"A",
"A",
"P",
"R",
"G",
"K",
"P",
"V",
"S",
"R",
"V",
"P",
"Q",
"L",
"K",
"A",
"R",
"M",
"V",
"S",
"K",
"S",
"K",
"D",
"G",
"T",
"G",
"S",
"D",
"D",
"K",
"K",
"A",
"K",
"T",
"S",
"T",
"R",
"S",
"S",
"A",
"K",
"T",
"L",
"K",
"N",
"R",
"P",
"C",
"L",
"S",
"P",
"K",
"H",
"P",
"T",
"P",
"G",
"S",
"S",
"D",
"P",
"L",
"I",
"Q",
"P",
"S",
"S",
"P",
"A",
"V",
"C",
"P",
"E",
"P",
"P",
"S",
"S",
"P",
"K",
"Y",
"V",
"S",
"S",
"V",
"T",
"S",
"R",
"T",
"G",
"S",
"S",
"G",
"A",
"K",
"E",
"M",
"K",
"L",
"K",
"G",
"A",
"D",
"G",
"K",
"T",
"K",
"I",
"A",
"T",
"P",
"R",
"G",
"A",
"A",
"P",
"P",
"G",
"Q",
"K",
"G",
"Q",
"A",
"N",
"A",
"T",
"R",
"I",
"P",
"A",
"K",
"T",
"P",
"P",
"A",
"P",
"K",
"T",
"P",
"P",
"S",
"S",
"G",
"E",
"P",
"P",
"K",
"S",
"G",
"D",
"R",
"S",
"G",
"Y",
"S",
"S",
"P",
"G",
"S",
"P",
"G",
"T",
"P",
"G",
"S",
"R",
"S",
"R",
"T",
"P",
"S",
"L",
"P",
"T",
"P",
"P",
"T",
"R",
"E",
"P",
"K",
"K",
"V",
"A",
"V",
"V",
"R",
"T",
"P",
"P",
"K",
"S",
"P",
"S",
"S",
"A",
"K",
"S",
"R",
"L",
"Q",
"T",
"A",
"P",
"V",
"P",
"M",
"P",
"D",
"L",
"K",
"N",
"V",
"K",
"S",
"K",
"I",
"G",
"S",
"T",
"E",
"N",
"L",
"K",
"H",
"Q",
"P",
"G",
"G",
"G",
"K",
"V",
"Q",
"I",
"I",
"N",
"K",
"K",
"L",
"D",
"L",
"S",
"N",
"V",
"Q",
"S",
"K",
"C",
"G",
"S",
"K",
"D",
"N",
"I",
"K",
"H",
"V",
"P",
"G",
"G",
"G",
"S",
"V",
"Q",
"I",
"V",
"Y",
"K",
"P",
"V",
"D",
"L",
"S",
"K",
"V",
"T",
"S",
"K",
"C",
"G",
"S",
"L",
"G",
"N",
"I",
"H",
"H",
"K",
"P",
"G",
"G",
"G",
"Q",
"V",
"E",
"V",
"K",
"S",
"E",
"K",
"L",
"D",
"F",
"K",
"D",
"R",
"V",
"Q",
"S",
"K",
"I",
"G",
"S",
"L",
"D",
"N",
"I",
"T",
"H",
"V",
"P",
"G",
"G",
"G",
"N",
"K",
"K",
"I",
"E",
"T",
"H",
"K",
"L",
"T",
"F",
"R",
"E",
"N",
"A",
"K",
"A",
"K",
"T",
"D",
"H",
"G",
"A",
"E",
"I",
"V",
"Y",
"K",
"S",
"P",
"V",
"V",
"S",
"G",
"D",
"T",
"S",
"P",
"R",
"H",
"L",
"S",
"N",
"V",
"S",
"S",
"T",
"G",
"S",
"I",
"D",
"M",
"V",
"D",
"S",
"P",
"Q",
"L",
"A",
"T",
"L",
"A",
"D",
"E",
"V",
"S",
"A",
"S",
"L",
"A",
"K",
"Q",
"G",
"L"
),
Annotations = list(
Site = structure(list(), names = character(0)),
Region = structure(list(), names = character(0)),
PTM = structure(list(), names = character(0)),
Cleavage_site = list(
CTSL_pH_4_5 = c(
1L,
9L,
11L,
13L,
19L,
21L,
30L,
44L,
49L,
54L,
67L,
71L,
76L,
81L,
116L,
129L,
173L,
198L,
227L,
229L,
244L,
254L,
256L,
257L,
261L,
267L,
281L,
283L,
300L,
307L,
310L,
314L,
316L,
319L,
326L,
340L,
340L,
341L,
351L,
355L,
377L,
379L,
379L,
394L,
395L,
402L,
405L,
417L,
419L,
421L,
426L,
427L,
429L,
433L,
437L,
438L
),
CTSL_pH_5_5 = c(54L, 244L, 319L),
CTSD_pH_3_4 = c(
340L,
391L,
426L
),
CTSD_pH_4_5 = c(340L, 399L, 400L, 417L),
CTSB_pH_4_5 = c(
7L,
12L,
15L,
17L,
30L,
53L,
82L,
130L,
186L,
209L,
225L,
237L,
238L,
257L,
259L,
262L,
264L,
282L,
284L,
321L,
349L,
353L,
407L,
438L
),
CTSB_pH_5_5 = c(
14L,
17L,
27L,
81L,
173L,
186L,
209L,
225L,
238L,
253L,
256L,
257L,
259L,
262L,
264L,
284L,
290L,
338L,
349L,
353L,
400L,
407L,
419L,
419L,
424L,
425L
),
CTSK_pH_4_5 = c(
1L,
21L,
30L,
44L,
109L,
184L,
184L,
214L,
244L,
254L,
261L,
319L,
326L,
343L,
355L,
377L,
399L,
421L
),
CTSF_pH_4_5 = c(
300L,
402L
),
CTSV_pH_3_4 = c(
248L,
254L,
276L,
285L,
307L,
314L,
316L,
340L,
351L,
361L,
395L,
433L
),
CTSV_pH_4_5 = c(
1L,
11L,
21L,
30L,
30L,
44L,
244L,
254L,
256L,
257L,
276L,
283L,
285L,
288L,
307L,
310L,
316L,
326L,
340L,
340L,
351L,
361L,
379L,
381L,
394L,
395L,
407L,
425L,
426L,
429L,
433L
),
CTSE_pH_3_4 = c(
8L,
9L,
11L,
21L,
30L,
44L,
73L,
81L,
109L,
129L,
244L,
254L,
257L,
261L,
283L,
288L,
307L,
310L,
319L,
326L,
340L,
351L,
355L,
395L,
418L,
419L,
419L,
425L,
426L,
433L
),
CTSE_pH_4_5 = c(
8L,
111L,
307L,
322L,
419L,
425L
),
CTSS_pH_4_5 = c(
1L,
5L,
7L,
9L,
12L,
30L,
44L,
49L,
67L,
72L,
76L,
80L,
95L,
105L,
109L,
115L,
116L,
129L,
212L,
243L,
244L,
254L,
257L,
267L,
276L,
283L,
288L,
307L,
308L,
309L,
310L,
316L,
339L,
345L,
351L,
355L,
361L,
391L,
394L,
395L,
400L,
407L,
411L,
412L,
420L,
425L,
426L,
427L,
429L,
433L
),
CTSS_pH_5_5 = c(
1L,
11L,
12L,
30L,
30L,
44L,
49L,
67L,
72L,
76L,
80L,
92L,
95L,
109L,
115L,
129L,
243L,
244L,
254L,
256L,
257L,
261L,
267L,
283L,
288L,
307L,
308L,
310L,
316L,
319L,
326L,
339L,
351L,
355L,
355L,
361L,
379L,
379L,
391L,
394L,
395L,
400L,
407L,
411L,
412L,
423L,
425L,
426L,
427L,
429L,
430L,
433L,
433L
),
CTSO_pH_5_5 = c(
92L,
212L,
339L,
430L
),
AEP_pH_4_5 = c(
40L,
49L,
54L,
54L,
67L,
116L,
209L,
212L,
252L,
255L,
265L,
279L,
286L,
327L,
339L,
345L,
361L,
368L,
368L,
381L,
402L,
418L,
423L,
430L,
430L
),
AEP_pH_5_5 = c(
67L,
92L,
265L,
284L,
339L,
345L,
368L,
423L,
430L
),
CTSX_pH_3_4 = c(
16L,
41L,
67L,
112L,
212L,
339L,
345L,
402L,
423L,
430L
),
CTSX_pH_4_5 = c(
3L,
16L,
67L,
212L,
339L,
345L,
355L,
355L,
394L,
432L,
433L
),
CTSA_pH_4_5 = c(48L, 55L, 67L, 73L, 339L, 430L)
),
Variant = structure(list(), names = character(0))
),
UniprotID = NULL,
Description = "Tau Cathepsin Cleavage Sites",
Reference = "https://molecularneurodegeneration.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13024-023-00621-8"
),
class = c(
"a3",
"list"
)
)
# mapt_citrullination ----
MAPT_Citrullination <- structure(
list(
Sequence = c(
"M",
"A",
"E",
"P",
"R",
"Q",
"E",
"F",
"E",
"V",
"M",
"E",
"D",
"H",
"A",
"G",
"T",
"Y",
"G",
"L",
"G",
"D",
"R",
"K",
"D",
"Q",
"G",
"G",
"Y",
"T",
"M",
"H",
"Q",
"D",
"Q",
"E",
"G",
"D",
"T",
"D",
"A",
"G",
"L",
"K",
"E",
"S",
"P",
"L",
"Q",
"T",
"P",
"T",
"E",
"D",
"G",
"S",
"E",
"E",
"P",
"G",
"S",
"E",
"T",
"S",
"D",
"A",
"K",
"S",
"T",
"P",
"T",
"A",
"E",
"D",
"V",
"T",
"A",
"P",
"L",
"V",
"D",
"E",
"G",
"A",
"P",
"G",
"K",
"Q",
"A",
"A",
"A",
"Q",
"P",
"H",
"T",
"E",
"I",
"P",
"E",
"G",
"T",
"T",
"A",
"E",
"E",
"A",
"G",
"I",
"G",
"D",
"T",
"P",
"S",
"L",
"E",
"D",
"E",
"A",
"A",
"G",
"H",
"V",
"T",
"Q",
"A",
"R",
"M",
"V",
"S",
"K",
"S",
"K",
"D",
"G",
"T",
"G",
"S",
"D",
"D",
"K",
"K",
"A",
"K",
"G",
"A",
"D",
"G",
"K",
"T",
"K",
"I",
"A",
"T",
"P",
"R",
"G",
"A",
"A",
"P",
"P",
"G",
"Q",
"K",
"G",
"Q",
"A",
"N",
"A",
"T",
"R",
"I",
"P",
"A",
"K",
"T",
"P",
"P",
"A",
"P",
"K",
"T",
"P",
"P",
"S",
"S",
"G",
"E",
"P",
"P",
"K",
"S",
"G",
"D",
"R",
"S",
"G",
"Y",
"S",
"S",
"P",
"G",
"S",
"P",
"G",
"T",
"P",
"G",
"S",
"R",
"S",
"R",
"T",
"P",
"S",
"L",
"P",
"T",
"P",
"P",
"T",
"R",
"E",
"P",
"K",
"K",
"V",
"A",
"V",
"V",
"R",
"T",
"P",
"P",
"K",
"S",
"P",
"S",
"S",
"A",
"K",
"S",
"R",
"L",
"Q",
"T",
"A",
"P",
"V",
"P",
"M",
"P",
"D",
"L",
"K",
"N",
"V",
"K",
"S",
"K",
"I",
"G",
"S",
"T",
"E",
"N",
"L",
"K",
"H",
"Q",
"P",
"G",
"G",
"G",
"K",
"V",
"Q",
"I",
"I",
"N",
"K",
"K",
"L",
"D",
"L",
"S",
"N",
"V",
"Q",
"S",
"K",
"C",
"G",
"S",
"K",
"D",
"N",
"I",
"K",
"H",
"V",
"P",
"G",
"G",
"G",
"S",
"V",
"Q",
"I",
"V",
"Y",
"K",
"P",
"V",
"D",
"L",
"S",
"K",
"V",
"T",
"S",
"K",
"C",
"G",
"S",
"L",
"G",
"N",
"I",
"H",
"H",
"K",
"P",
"G",
"G",
"G",
"Q",
"V",
"E",
"V",
"K",
"S",
"E",
"K",
"L",
"D",
"F",
"K",
"D",
"R",
"V",
"Q",
"S",
"K",
"I",
"G",
"S",
"L",
"D",
"N",
"I",
"T",
"H",
"V",
"P",
"G",
"G",
"G",
"N",
"K",
"K",
"I",
"E",
"T",
"H",
"K",
"L",
"T",
"F",
"R",
"E",
"N",
"A",
"K",
"A",
"K",
"T",
"D",
"H",
"G",
"A",
"E",
"I",
"V",
"Y",
"K",
"S",
"P",
"V",
"V",
"S",
"G",
"D",
"T",
"S",
"P",
"R",
"H",
"L",
"S",
"N",
"V",
"S",
"S",
"T",
"G",
"S",
"I",
"D",
"M",
"V",
"D",
"S",
"P",
"Q",
"L",
"A",
"T",
"L",
"A",
"D",
"E",
"V",
"S",
"A",
"S",
"L",
"A",
"K",
"Q",
"G",
"L"
),
Annotations = list(
Site = NULL,
Region = NULL,
PTM = list(
Citrullination = c(
5,
23,
126,
155,
170,
194,
209,
211,
221,
230,
242,
349,
379,
406
)
),
Cleavage_site = NULL,
Variant = NULL
),
UniprotID = NULL,
Description = "Probing tau citrullination in Alzheimer’s disease brains and mouse models of tauopathy",
Reference = "https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.06.601399v1.full"
),
class = c(
"a3",
"list"
)
)
# APP Cleavage sites ----
MAPT_APP_Cleavage_3_4 <- structure(
list(
Sequence = c(
"M",
"L",
"P",
"G",
"L",
"A",
"L",
"L",
"L",
"L",
"A",
"A",
"W",
"T",
"A",
"R",
"A",
"L",
"E",
"V",
"P",
"T",
"D",
"G",
"N",
"A",
"G",
"L",
"L",
"A",
"E",
"P",
"Q",
"I",
"A",
"M",
"F",
"C",
"G",
"R",
"L",
"N",
"M",
"H",
"M",
"N",
"V",
"Q",
"N",
"G",
"K",
"W",
"D",
"S",
"D",
"P",
"S",
"G",
"T",
"K",
"T",
"C",
"I",
"D",
"T",
"K",
"E",
"G",
"I",
"L",
"Q",
"Y",
"C",
"Q",
"E",
"V",
"Y",
"P",
"E",
"L",
"Q",
"I",
"T",
"N",
"V",
"V",
"E",
"A",
"N",
"Q",
"P",
"V",
"T",
"I",
"Q",
"N",
"W",
"C",
"K",
"R",
"G",
"R",
"K",
"Q",
"C",
"K",
"T",
"H",
"P",
"H",
"F",
"V",
"I",
"P",
"Y",
"R",
"C",
"L",
"V",
"G",
"E",
"F",
"V",
"S",
"D",
"A",
"L",
"L",
"V",
"P",
"D",
"K",
"C",
"K",
"F",
"L",
"H",
"Q",
"E",
"R",
"M",
"D",
"V",
"C",
"E",
"T",
"H",
"L",
"H",
"W",
"H",
"T",
"V",
"A",
"K",
"E",
"T",
"C",
"S",
"E",
"K",
"S",
"T",
"N",
"L",
"H",
"D",
"Y",
"G",
"M",
"L",
"L",
"P",
"C",
"G",
"I",
"D",
"K",
"F",
"R",
"G",
"V",
"E",
"F",
"V",
"C",
"C",
"P",
"L",
"A",
"E",
"E",
"S",
"D",
"N",
"V",
"D",
"S",
"A",
"D",
"A",
"E",
"E",
"D",
"D",
"S",
"D",
"V",
"W",
"W",
"G",
"G",
"A",
"D",
"T",
"D",
"Y",
"A",
"D",
"G",
"S",
"E",
"D",
"K",
"V",
"V",
"E",
"V",
"A",
"E",
"E",
"E",
"E",
"V",
"A",
"E",
"V",
"E",
"E",
"E",
"E",
"A",
"D",
"D",
"D",
"E",
"D",
"D",
"E",
"D",
"G",
"D",
"E",
"V",
"E",
"E",
"E",
"A",
"E",
"E",
"P",
"Y",
"E",
"E",
"A",
"T",
"E",
"R",
"T",
"T",
"S",
"I",
"A",
"T",
"T",
"T",
"T",
"T",
"T",
"T",
"E",
"S",
"V",
"E",
"E",
"V",
"V",
"R",
"E",
"V",
"C",
"S",
"E",
"Q",
"A",
"E",
"T",
"G",
"P",
"C",
"R",
"A",
"M",
"I",
"S",
"R",
"W",
"Y",
"F",
"D",
"V",
"T",
"E",
"G",
"K",
"C",
"A",
"P",
"F",
"F",
"Y",
"G",
"G",
"C",
"G",
"G",
"N",
"R",
"N",
"N",
"F",
"D",
"T",
"E",
"E",
"Y",
"C",
"M",
"A",
"V",
"C",
"G",
"S",
"A",
"M",
"S",
"Q",
"S",
"L",
"L",
"K",
"T",
"T",
"Q",
"E",
"P",
"L",
"A",
"R",
"D",
"P",
"V",
"K",
"L",
"P",
"T",
"T",
"A",
"A",
"S",
"T",
"P",
"D",
"A",
"V",
"D",
"K",
"Y",
"L",
"E",
"T",
"P",
"G",
"D",
"E",
"N",
"E",
"H",
"A",
"H",
"F",
"Q",
"K",
"A",
"K",
"E",
"R",
"L",
"E",
"A",
"K",
"H",
"R",
"E",
"R",
"M",
"S",
"Q",
"V",
"M",
"R",
"E",
"W",
"E",
"E",
"A",
"E",
"R",
"Q",
"A",
"K",
"N",
"L",
"P",
"K",
"A",
"D",
"K",
"K",
"A",
"V",
"I",
"Q",
"H",
"F",
"Q",
"E",
"K",
"V",
"E",
"S",
"L",
"E",
"Q",
"E",
"A",
"A",
"N",
"E",
"R",
"Q",
"Q",
"L",
"V",
"E",
"T",
"H",
"M",
"A",
"R",
"V",
"E",
"A",
"M",
"L",
"N",
"D",
"R",
"R",
"R",
"L",
"A",
"L",
"E",
"N",
"Y",
"I",
"T",
"A",
"L",
"Q",
"A",
"V",
"P",
"P",
"R",
"P",
"R",
"H",
"V",
"F",
"N",
"M",
"L",
"K",
"K",
"Y",
"V",
"R",
"A",
"E",
"Q",
"K",
"D",
"R",
"Q",
"H",
"T",
"L",
"K",
"H",
"F",
"E",
"H",
"V",
"R",
"M",
"V",
"D",
"P",
"K",
"K",
"A",
"A",
"Q",
"I",
"R",
"S",
"Q",
"V",
"M",
"T",
"H",
"L",
"R",
"V",
"I",
"Y",
"E",
"R",
"M",
"N",
"Q",
"S",
"L",
"S",
"L",
"L",
"Y",
"N",
"V",
"P",
"A",
"V",
"A",
"E",
"E",
"I",
"Q",
"D",
"E",
"V",
"D",
"E",
"L",
"L",
"Q",
"K",
"E",
"Q",
"N",
"Y",
"S",
"D",
"D",
"V",
"L",
"A",
"N",
"M",
"I",
"S",
"E",
"P",
"R",
"I",
"S",
"Y",
"G",
"N",
"D",
"A",
"L",
"M",
"P",
"S",
"L",
"T",
"E",
"T",
"K",
"T",
"T",
"V",
"E",
"L",
"L",
"P",
"V",
"N",
"G",
"E",
"F",
"S",
"L",
"D",
"D",
"L",
"Q",
"P",
"W",
"H",
"S",
"F",
"G",
"A",
"D",
"S",
"V",
"P",
"A",
"N",
"T",
"E",
"N",
"E",
"V",
"E",
"P",
"V",
"D",
"A",
"R",
"P",
"A",
"A",
"D",
"R",
"G",
"L",
"T",
"T",
"R",
"P",
"G",
"S",
"G",
"L",
"T",
"N",
"I",
"K",
"T",
"E",
"E",
"I",
"S",
"E",
"V",
"K",
"M",
"D",
"A",
"E",
"F",
"R",
"H",
"D",
"S",
"G",
"Y",
"E",
"V",
"H",
"H",
"Q",
"K",
"L",
"V",
"F",
"F",
"A",
"E",
"D",
"V",
"G",
"S",
"N",
"K",
"G",
"A",
"I",
"I",
"G",
"L",
"M",
"V",
"G",
"G",
"V",
"V",
"I",
"A",
"T",
"V",
"I",
"V",
"I",
"T",
"L",
"V",
"M",
"L",
"K",
"K",
"K",
"Q",
"Y",
"T",
"S",
"I",
"H",
"H",
"G",
"V",
"V",
"E",
"V",
"D",
"A",
"A",
"V",
"T",
"P",
"E",
"E",
"R",
"H",
"L",
"S",
"K",
"M",
"Q",
"Q",
"N",
"G",
"Y",
"E",
"N",
"P",
"T",
"Y",
"K",
"F",
"F",
"E",
"Q",
"M",
"Q",
"N"
),
Annotations = list(
Site = structure(list(), names = character(0)),
Region = structure(list(), names = character(0)),
PTM = structure(list(), names = character(0)),
Cleavage_site = list(
CTSD = c(
7L,
8L,
9L,
36L,
37L,
61L,
74L,
76L,
80L,
81L,
118L,
122L,
125L,
183L,
184L,
186L,
307L,
308L,
309L,
479L,
480L,
534L,
541L,
548L,
557L,
561L,
581L,
607L,
612L,
613L,
624L,
626L,
690L,
691L,
696L,
719L,
720L,
721L,
764L
),
CTSE = c(
7L,
8L,
9L,
11L,
29L,
30L,
31L,
35L,
36L,
37L,
42L,
71L,
72L,
73L,
74L,
81L,
84L,
87L,
116L,
118L,
120L,
122L,
124L,
128L,
136L,
144L,
169L,
172L,
180L,
183L,
184L,
186L,
192L,
263L,
291L,
303L,
305L,
308L,
332L,
338L,
349L,
351L,
368L,
379L,
410L,
440L,
442L,
443L,
453L,
454L,
455L,
466L,
472L,
474L,
476L,
477L,
478L,
481L,
531L,
534L,
535L,
543L,
546L,
547L,
548L,
549L,
555L,
556L,
557L,
559L,
563L,
565L,
567L,
577L,
581L,
582L,
594L,
596L,
598L,
606L,
607L,
613L,
614L,
615L,
622L,
625L,
651L,
665L,
668L,
670L,
676L,
690L,
691L,
696L,
704L,
705L,
706L,
708L,
719L,
722L,
724L,
737L,
740L,
763L,
764L,
765L
),
CTSV = c(
8L,
9L,
11L,
18L,
19L,
29L,
30L,
37L,
38L,
42L,
72L,
73L,
74L,
75L,
81L,
106L,
116L,
128L,
170L,
171L,
172L,
173L,
180L,
181L,
183L,
186L,
291L,
303L,
305L,
308L,
310L,
312L,
314L,
321L,
322L,
341L,
342L,
350L,
351L,
358L,
366L,
368L,
380L,
433L,
443L,
470L,
471L,
472L,
481L,
535L,
539L,
540L,
548L,
549L,
555L,
559L,
563L,
582L,
589L,
598L,
605L,
614L,
616L,
619L,
622L,
625L,
684L,
691L,
692L,
696L,
704L,
706L,
708L,
719L,
722L
),
CTSX = c(
9L,
15L,
31L,
71L,
81L,
82L,
106L,
112L,
125L,
126L,
131L,
132L,
134L,
178L,
183L,
185L,
186L,
274L,
289L,
373L,
405L,
535L,
559L,
562L,
563L,
572L,
575L,
599L,
613L,
615L,
616L,
668L,
681L,
719L,
745L
)
),
Variant = structure(list(), names = character(0))
),
UniprotID = "P05067-1",
Description = "APP cleavage data - pH 3.4",
Reference = "Ackley et al preprint"
),
class = c("a3", "list")
)
MAPT_APP_Cleavage_4_5 <- structure(
list(
Sequence = c(
"M",
"L",
"P",
"G",
"L",
"A",
"L",
"L",
"L",
"L",
"A",
"A",
"W",
"T",
"A",
"R",
"A",
"L",
"E",
"V",
"P",
"T",
"D",
"G",
"N",
"A",
"G",
"L",
"L",
"A",
"E",
"P",
"Q",
"I",
"A",
"M",
"F",
"C",
"G",
"R",
"L",
"N",
"M",
"H",
"M",
"N",
"V",
"Q",
"N",
"G",
"K",
"W",
"D",
"S",
"D",
"P",
"S",
"G",
"T",
"K",
"T",
"C",
"I",
"D",
"T",
"K",
"E",
"G",
"I",
"L",
"Q",
"Y",
"C",
"Q",
"E",
"V",
"Y",
"P",
"E",
"L",
"Q",
"I",
"T",
"N",
"V",
"V",
"E",
"A",
"N",
"Q",
"P",
"V",
"T",
"I",
"Q",
"N",
"W",
"C",
"K",
"R",
"G",
"R",
"K",
"Q",
"C",
"K",
"T",
"H",
"P",
"H",
"F",
"V",
"I",
"P",
"Y",
"R",
"C",
"L",
"V",
"G",
"E",
"F",
"V",
"S",
"D",
"A",
"L",
"L",
"V",
"P",
"D",
"K",
"C",
"K",
"F",
"L",
"H",
"Q",
"E",
"R",
"M",
"D",
"V",
"C",
"E",
"T",
"H",
"L",
"H",
"W",
"H",
"T",
"V",
"A",
"K",
"E",
"T",
"C",
"S",
"E",
"K",
"S",
"T",
"N",
"L",
"H",
"D",
"Y",
"G",
"M",
"L",
"L",
"P",
"C",
"G",
"I",
"D",
"K",
"F",
"R",
"G",
"V",
"E",
"F",
"V",
"C",
"C",
"P",
"L",
"A",
"E",
"E",
"S",
"D",
"N",
"V",
"D",
"S",
"A",
"D",
"A",
"E",
"E",
"D",
"D",
"S",
"D",
"V",
"W",
"W",
"G",
"G",
"A",
"D",
"T",
"D",
"Y",
"A",
"D",
"G",
"S",
"E",
"D",
"K",
"V",
"V",
"E",
"V",
"A",
"E",
"E",
"E",
"E",
"V",
"A",
"E",
"V",
"E",
"E",
"E",
"E",
"A",
"D",
"D",
"D",
"E",
"D",
"D",
"E",
"D",
"G",
"D",
"E",
"V",
"E",
"E",
"E",
"A",
"E",
"E",
"P",
"Y",
"E",
"E",
"A",
"T",
"E",
"R",
"T",
"T",
"S",
"I",
"A",
"T",
"T",
"T",
"T",
"T",
"T",
"T",
"E",
"S",
"V",
"E",
"E",
"V",
"V",
"R",
"E",
"V",
"C",
"S",
"E",
"Q",
"A",
"E",
"T",
"G",
"P",
"C",
"R",
"A",
"M",
"I",
"S",
"R",
"W",
"Y",
"F",
"D",
"V",
"T",
"E",
"G",
"K",
"C",
"A",
"P",
"F",
"F",
"Y",
"G",
"G",
"C",
"G",
"G",
"N",
"R",
"N",
"N",
"F",
"D",
"T",
"E",
"E",
"Y",
"C",
"M",
"A",
"V",
"C",
"G",
"S",
"A",
"M",
"S",
"Q",
"S",
"L",
"L",
"K",
"T",
"T",
"Q",
"E",
"P",
"L",
"A",
"R",
"D",
"P",
"V",
"K",
"L",
"P",
"T",
"T",
"A",
"A",
"S",
"T",
"P",
"D",
"A",
"V",
"D",
"K",
"Y",
"L",
"E",
"T",
"P",
"G",
"D",
"E",
"N",
"E",
"H",
"A",
"H",
"F",
"Q",
"K",
"A",
"K",
"E",
"R",
"L",
"E",
"A",
"K",
"H",
"R",
"E",
"R",
"M",
"S",
"Q",
"V",
"M",
"R",
"E",
"W",
"E",
"E",
"A",
"E",
"R",
"Q",
"A",
"K",
"N",
"L",
"P",
"K",
"A",
"D",
"K",
"K",
"A",
"V",
"I",
"Q",
"H",
"F",
"Q",
"E",
"K",
"V",
"E",
"S",
"L",
"E",
"Q",
"E",
"A",
"A",
"N",
"E",
"R",
"Q",
"Q",
"L",
"V",
"E",
"T",
"H",
"M",
"A",
"R",
"V",
"E",
"A",
"M",
"L",
"N",
"D",
"R",
"R",
"R",
"L",
"A",
"L",
"E",
"N",
"Y",
"I",
"T",
"A",
"L",
"Q",
"A",
"V",
"P",
"P",
"R",
"P",
"R",
"H",
"V",
"F",
"N",
"M",
"L",
"K",
"K",
"Y",
"V",
"R",
"A",
"E",
"Q",
"K",
"D",
"R",
"Q",
"H",
"T",
"L",
"K",
"H",
"F",
"E",
"H",
"V",
"R",
"M",
"V",
"D",
"P",
"K",
"K",
"A",
"A",
"Q",
"I",
"R",
"S",
"Q",
"V",
"M",
"T",
"H",
"L",
"R",
"V",
"I",
"Y",
"E",
"R",
"M",
"N",
"Q",
"S",
"L",
"S",
"L",
"L",
"Y",
"N",
"V",
"P",
"A",
"V",
"A",
"E",
"E",
"I",
"Q",
"D",
"E",
"V",
"D",
"E",
"L",
"L",
"Q",
"K",
"E",
"Q",
"N",
"Y",
"S",
"D",
"D",
"V",
"L",
"A",
"N",
"M",
"I",
"S",
"E",
"P",
"R",
"I",
"S",
"Y",
"G",
"N",
"D",
"A",
"L",
"M",
"P",
"S",
"L",
"T",
"E",
"T",
"K",
"T",
"T",
"V",
"E",
"L",
"L",
"P",
"V",
"N",
"G",
"E",
"F",
"S",
"L",
"D",
"D",
"L",
"Q",
"P",
"W",
"H",
"S",
"F",
"G",
"A",
"D",
"S",
"V",
"P",
"A",
"N",
"T",
"E",
"N",
"E",
"V",
"E",
"P",
"V",
"D",
"A",
"R",
"P",
"A",
"A",
"D",
"R",
"G",
"L",
"T",
"T",
"R",
"P",
"G",
"S",
"G",
"L",
"T",
"N",
"I",
"K",
"T",
"E",
"E",
"I",
"S",
"E",
"V",
"K",
"M",
"D",
"A",
"E",
"F",
"R",
"H",
"D",
"S",
"G",
"Y",
"E",
"V",
"H",
"H",
"Q",
"K",
"L",
"V",
"F",
"F",
"A",
"E",
"D",
"V",
"G",
"S",
"N",
"K",
"G",
"A",
"I",
"I",
"G",
"L",
"M",
"V",
"G",
"G",
"V",
"V",
"I",
"A",
"T",
"V",
"I",
"V",
"I",
"T",
"L",
"V",
"M",
"L",
"K",
"K",
"K",
"Q",
"Y",
"T",
"S",
"I",
"H",
"H",
"G",
"V",
"V",
"E",
"V",
"D",
"A",
"A",
"V",
"T",
"P",
"E",
"E",
"R",
"H",
"L",
"S",
"K",
"M",
"Q",
"Q",
"N",
"G",
"Y",
"E",
"N",
"P",
"T",
"Y",
"K",
"F",
"F",
"E",
"Q",
"M",
"Q",
"N"
),
Annotations = list(
Site = structure(list(), names = character(0)),
Region = structure(list(), names = character(0)),
PTM = structure(list(), names = character(0)),
Cleavage_site = list(
AEP = c(
23L,
25L,
42L,
64L,
81L,
83L,
84L,
106L,
112L,
124L,
125L,
127L,
131L,
142L,
145L,
163L,
164L,
167L,
178L,
194L,
195L,
200L,
204L,
205L,
206L,
207L,
214L,
216L,
219L,
274L,
277L,
279L,
288L,
327L,
328L,
329L,
330L,
373L,
376L,
386L,
405L,
448L,
466L,
475L,
482L,
492L,
537L,
541L,
542L,
549L,
550L,
563L,
571L,
574L,
579L,
590L,
610L,
616L,
617L,
627L,
632L,
641L,
668L,
672L,
678L,
681L,
692L,
694L,
697L,
698L,
716L,
738L,
739L,
755L,
757L,
758L,
759L
),
CTSA = c(
6L,
9L,
10L,
28L,
30L,
36L,
73L,
115L,
120L,
125L,
134L,
158L,
176L,
177L,
178L,
183L,
186L,
220L,
305L,
316L,
379L,
404L,
405L,
492L,
508L,
535L,
537L,
542L,
543L,
544L,
545L,
546L,
547L,
548L,
549L,
599L,
614L,
616L,
621L,
623L,
624L,
628L,
710L,
729L,
733L,
735L
),
CTSB = c(
7L,
17L,
33L,
43L,
66L,
67L,
68L,
79L,
80L,
81L,
116L,
132L,
134L,
147L,
152L,
155L,
174L,
175L,
181L,
184L,
301L,
306L,
337L,
363L,
390L,
496L,
522L,
538L,
541L,
543L,
547L,
548L,
549L,
554L,
561L,
585L,
596L,
597L,
614L,
615L,
622L,
624L,
625L,
626L,
628L,
663L,
680L,
704L,
720L,
725L,
726L,
727L
),
CTSD = c(
7L,
8L,
9L,
20L,
36L,
37L,
61L,
81L,
90L,
118L,
122L,
125L,
172L,
183L,
184L,
186L,
307L,
308L,
309L,
479L,
480L,
534L,
541L,
548L,
557L,
561L,
607L,
612L,
613L,
624L,
690L,
691L,
720L,
721L,
764L
),
CTSE = c(
7L,
8L,
9L,
31L,
36L,
37L,
45L,
71L,
72L,
111L,
118L,
121L,
122L,
136L,
170L,
172L,
184L,
186L,
211L,
303L,
309L,
338L,
349L,
368L,
410L,
475L,
476L,
478L,
479L,
480L,
514L,
534L,
547L,
548L,
577L,
602L,
606L,
607L,
613L,
615L,
624L,
690L,
691L,
704L,
705L,
714L,
716L,
719L,
720L,
721L,
737L,
740L,
764L,
765L
),
CTSF = c(90L, 131L, 194L, 547L, 722L),
CTSG = c(
8L,
9L,
37L,
72L,
113L,
115L,
121L,
143L,
177L,
179L,
184L,
197L,
205L,
217L,
230L,
288L,
289L,
294L,
302L,
319L,
372L,
378L,
384L,
413L,
435L,
479L,
495L,
498L,
504L,
557L,
572L,
575L,
580L,
593L,
615L,
672L,
691L,
705L,
720L,
755L,
757L
),
CTSK = c(
9L,
29L,
30L,
31L,
33L,
71L,
74L,
79L,
81L,
90L,
119L,
120L,
124L,
137L,
171L,
174L,
188L,
231L,
300L,
301L,
304L,
305L,
314L,
341L,
351L,
366L,
367L,
433L,
472L,
474L,
478L,
481L,
488L,
495L,
510L,
527L,
535L,
548L,
585L,
596L,
605L,
651L,
659L,
691L,
719L,
724L
),
CTSL = c(
7L,
8L,
9L,
11L,
19L,
29L,
30L,
35L,
37L,
38L,
42L,
54L,
58L,
62L,
71L,
73L,
74L,
81L,
87L,
93L,
95L,
99L,
106L,
112L,
116L,
118L,
119L,
124L,
128L,
136L,
137L,
151L,
155L,
166L,
169L,
171L,
174L,
180L,
181L,
182L,
183L,
186L,
187L,
188L,
194L,
231L,
263L,
273L,
274L,
275L,
276L,
280L,
281L,
287L,
288L,
291L,
303L,
305L,
306L,
308L,
321L,
322L,
331L,
332L,
333L,
337L,
341L,
342L,
350L,
351L,
352L,
353L,
358L,
359L,
360L,
379L,
392L,
399L,
407L,
410L,
414L,
433L,
436L,
440L,
443L,
455L,
466L,
472L,
473L,
478L,
481L,
491L,
492L,
513L,
516L,
527L,
531L,
535L,
537L,
538L,
539L,
540L,
548L,
549L,
550L,
555L,
559L,
566L,
567L,
572L,
573L,
578L,
582L,
587L,
589L,
590L,
596L,
598L,
602L,
603L,
605L,
606L,
610L,
613L,
614L,
616L,
622L,
625L,
651L,
652L,
659L,
662L,
676L,
690L,
691L,
692L,
694L,
696L,
704L,
706L,
719L,
720L,
722L,
724L,
725L,
728L,
729L,
737L,
739L,
751L,
763L,
765L,
766L
),
CTSS = c(
18L,
19L,
29L,
30L,
35L,
37L,
42L,
58L,
69L,
71L,
73L,
74L,
75L,
81L,
83L,
87L,
93L,
106L,
111L,
112L,
116L,
120L,
124L,
127L,
128L,
133L,
137L,
142L,
144L,
155L,
166L,
171L,
172L,
180L,
183L,
184L,
185L,
186L,
187L,
188L,
191L,
192L,
263L,
274L,
280L,
288L,
291L,
303L,
304L,
306L,
312L,
315L,
333L,
339L,
341L,
342L,
346L,
350L,
351L,
353L,
358L,
359L,
367L,
368L,
369L,
379L,
380L,
399L,
407L,
410L,
411L,
436L,
440L,
443L,
444L,
455L,
461L,
462L,
463L,
470L,
472L,
473L,
479L,
480L,
481L,
482L,
495L,
516L,
532L,
535L,
538L,
540L,
541L,
542L,
546L,
547L,
548L,
549L,
555L,
556L,
562L,
563L,
566L,
567L,
568L,
577L,
578L,
582L,
587L,
598L,
602L,
603L,
604L,
605L,
606L,
607L,
610L,
612L,
614L,
615L,
616L,
622L,
628L,
641L,
651L,
657L,
670L,
672L,
687L,
690L,
691L,
692L,
693L,
696L,
704L,
706L,
707L,
708L,
719L,
722L,
724L,
739L,
753L,
757L,
758L,
763L,
765L,
769L
),
CTSV = c(
8L,
9L,
11L,
16L,
19L,
29L,
30L,
35L,
37L,
38L,
42L,
71L,
72L,
73L,
74L,
81L,
87L,
90L,
93L,
95L,
106L,
116L,
120L,
124L,
128L,
137L,
144L,
169L,
170L,
171L,
172L,
180L,
181L,
183L,
186L,
237L,
291L,
303L,
305L,
309L,
310L,
312L,
314L,
321L,
322L,
341L,
350L,
351L,
358L,
379L,
407L,
410L,
433L,
440L,
443L,
454L,
455L,
466L,
474L,
477L,
478L,
479L,
481L,
510L,
513L,
531L,
532L,
535L,
546L,
548L,
549L,
550L,
555L,
559L,
563L,
567L,
578L,
582L,
585L,
586L,
587L,
598L,
602L,
605L,
606L,
612L,
614L,
616L,
622L,
625L,
659L,
662L,
667L,
670L,
672L,
676L,
684L,
691L,
692L,
696L,
706L,
708L,
719L,
722L,
723L,
724L,
729L,
758L,
762L,
765L,
766L
),
CTSX = c(
9L,
14L,
15L,
17L,
28L,
29L,
30L,
64L,
71L,
79L,
81L,
82L,
106L,
125L,
131L,
133L,
134L,
172L,
178L,
183L,
184L,
185L,
186L,
274L,
350L,
404L,
405L,
471L,
472L,
481L,
508L,
518L,
559L,
563L,
572L,
576L,
612L,
613L,
614L,
641L,
681L,
692L,
705L,
706L,
716L,
719L,
741L,
757L
)
),
Variant = structure(list(), names = character(0))
),
UniprotID = "P05067-1",
Description = "APP cleavage data - pH 4.5",
Reference = "Ackley et al preprint"
),
class = c("a3", "list")
)
MAPT_APP_Cleavage_5_5 <- structure(
list(
Sequence = c(
"M",
"L",
"P",
"G",
"L",
"A",
"L",
"L",
"L",
"L",
"A",
"A",
"W",
"T",
"A",
"R",
"A",
"L",
"E",
"V",
"P",
"T",
"D",
"G",
"N",
"A",
"G",
"L",
"L",
"A",
"E",
"P",
"Q",
"I",
"A",
"M",
"F",
"C",
"G",
"R",
"L",
"N",
"M",
"H",
"M",
"N",
"V",
"Q",
"N",
"G",
"K",
"W",
"D",
"S",
"D",
"P",
"S",
"G",
"T",
"K",
"T",
"C",
"I",
"D",
"T",
"K",
"E",
"G",
"I",
"L",
"Q",
"Y",
"C",
"Q",
"E",
"V",
"Y",
"P",
"E",
"L",
"Q",
"I",
"T",
"N",
"V",
"V",
"E",
"A",
"N",
"Q",
"P",
"V",
"T",
"I",
"Q",
"N",
"W",
"C",
"K",
"R",
"G",
"R",
"K",
"Q",
"C",
"K",
"T",
"H",
"P",
"H",
"F",
"V",
"I",
"P",
"Y",
"R",
"C",
"L",
"V",
"G",
"E",
"F",
"V",
"S",
"D",
"A",
"L",
"L",
"V",
"P",
"D",
"K",
"C",
"K",
"F",
"L",
"H",
"Q",
"E",
"R",
"M",
"D",
"V",
"C",
"E",
"T",
"H",
"L",
"H",
"W",
"H",
"T",
"V",
"A",
"K",
"E",
"T",
"C",
"S",
"E",
"K",
"S",
"T",
"N",
"L",
"H",
"D",
"Y",
"G",
"M",
"L",
"L",
"P",
"C",
"G",
"I",
"D",
"K",
"F",
"R",
"G",
"V",
"E",
"F",
"V",
"C",
"C",
"P",
"L",
"A",
"E",
"E",
"S",
"D",
"N",
"V",
"D",
"S",
"A",
"D",
"A",
"E",
"E",
"D",
"D",
"S",
"D",
"V",
"W",
"W",
"G",
"G",
"A",
"D",
"T",
"D",
"Y",
"A",
"D",
"G",
"S",
"E",
"D",
"K",
"V",
"V",
"E",
"V",
"A",
"E",
"E",
"E",
"E",
"V",
"A",
"E",
"V",
"E",
"E",
"E",
"E",
"A",
"D",
"D",
"D",
"E",
"D",
"D",
"E",
"D",
"G",
"D",
"E",
"V",
"E",
"E",
"E",
"A",
"E",
"E",
"P",
"Y",
"E",
"E",
"A",
"T",
"E",
"R",
"T",
"T",
"S",
"I",
"A",
"T",
"T",
"T",
"T",
"T",
"T",
"T",
"E",
"S",
"V",
"E",
"E",
"V",
"V",
"R",
"E",
"V",
"C",
"S",
"E",
"Q",
"A",
"E",
"T",
"G",
"P",
"C",
"R",
"A",
"M",
"I",
"S",
"R",
"W",
"Y",
"F",
"D",
"V",
"T",
"E",
"G",
"K",
"C",
"A",
"P",
"F",
"F",
"Y",
"G",
"G",
"C",
"G",
"G",
"N",
"R",
"N",
"N",
"F",
"D",
"T",
"E",
"E",
"Y",
"C",
"M",
"A",
"V",
"C",
"G",
"S",
"A",
"M",
"S",
"Q",
"S",
"L",
"L",
"K",
"T",
"T",
"Q",
"E",
"P",
"L",
"A",
"R",
"D",
"P",
"V",
"K",
"L",
"P",
"T",
"T",
"A",
"A",
"S",
"T",
"P",
"D",
"A",
"V",
"D",
"K",
"Y",
"L",
"E",
"T",
"P",
"G",
"D",
"E",
"N",
"E",
"H",
"A",
"H",
"F",
"Q",
"K",
"A",
"K",
"E",
"R",
"L",
"E",
"A",
"K",
"H",
"R",
"E",
"R",
"M",
"S",
"Q",
"V",
"M",
"R",
"E",
"W",
"E",
"E",
"A",
"E",
"R",
"Q",
"A",
"K",
"N",
"L",
"P",
"K",
"A",
"D",
"K",
"K",
"A",
"V",
"I",
"Q",
"H",
"F",
"Q",
"E",
"K",
"V",
"E",
"S",
"L",
"E",
"Q",
"E",
"A",
"A",
"N",
"E",
"R",
"Q",
"Q",
"L",
"V",
"E",
"T",
"H",
"M",
"A",
"R",
"V",
"E",
"A",
"M",
"L",
"N",
"D",
"R",
"R",
"R",
"L",
"A",
"L",
"E",
"N",
"Y",
"I",
"T",
"A",
"L",
"Q",
"A",
"V",
"P",
"P",
"R",
"P",
"R",
"H",
"V",
"F",
"N",
"M",
"L",
"K",
"K",
"Y",
"V",
"R",
"A",
"E",
"Q",
"K",
"D",
"R",
"Q",
"H",
"T",
"L",
"K",
"H",
"F",
"E",
"H",
"V",
"R",
"M",
"V",
"D",
"P",
"K",
"K",
"A",
"A",
"Q",
"I",
"R",
"S",
"Q",
"V",
"M",
"T",
"H",
"L",
"R",
"V",
"I",
"Y",
"E",
"R",
"M",
"N",
"Q",
"S",
"L",
"S",
"L",
"L",
"Y",
"N",
"V",
"P",
"A",
"V",
"A",
"E",
"E",
"I",
"Q",
"D",
"E",
"V",
"D",
"E",
"L",
"L",
"Q",
"K",
"E",
"Q",
"N",
"Y",
"S",
"D",
"D",
"V",
"L",
"A",
"N",
"M",
"I",
"S",
"E",
"P",
"R",
"I",
"S",
"Y",
"G",
"N",
"D",
"A",
"L",
"M",
"P",
"S",
"L",
"T",
"E",
"T",
"K",
"T",
"T",
"V",
"E",
"L",
"L",
"P",
"V",
"N",
"G",
"E",
"F",
"S",
"L",
"D",
"D",
"L",
"Q",
"P",
"W",
"H",
"S",
"F",
"G",
"A",
"D",
"S",
"V",
"P",
"A",
"N",
"T",
"E",
"N",
"E",
"V",
"E",
"P",
"V",
"D",
"A",
"R",
"P",
"A",
"A",
"D",
"R",
"G",
"L",
"T",
"T",
"R",
"P",
"G",
"S",
"G",
"L",
"T",
"N",
"I",
"K",
"T",
"E",
"E",
"I",
"S",
"E",
"V",
"K",
"M",
"D",
"A",
"E",
"F",
"R",
"H",
"D",
"S",
"G",
"Y",
"E",
"V",
"H",
"H",
"Q",
"K",
"L",
"V",
"F",
"F",
"A",
"E",
"D",
"V",
"G",
"S",
"N",
"K",
"G",
"A",
"I",
"I",
"G",
"L",
"M",
"V",
"G",
"G",
"V",
"V",
"I",
"A",
"T",
"V",
"I",
"V",
"I",
"T",
"L",
"V",
"M",
"L",
"K",
"K",
"K",
"Q",
"Y",
"T",
"S",
"I",
"H",
"H",
"G",
"V",
"V",
"E",
"V",
"D",
"A",
"A",
"V",
"T",
"P",
"E",
"E",
"R",
"H",
"L",
"S",
"K",
"M",
"Q",
"Q",
"N",
"G",
"Y",
"E",
"N",
"P",
"T",
"Y",
"K",
"F",
"F",
"E",
"Q",
"M",
"Q",
"N"
),
Annotations = list(
Site = structure(list(), names = character(0)),
Region = structure(list(), names = character(0)),
PTM = structure(list(), names = character(0)),
Cleavage_site = list(
AEP = c(
42L,
71L,
81L,
84L,
112L,
118L,
125L,
131L,
133L,
164L,
192L,
193L,
205L,
274L,
288L,
304L,
329L,
347L,
386L,
404L,
466L,
475L,
509L,
511L,
542L,
562L,
572L,
575L,
579L,
590L,
594L,
610L,
613L,
616L,
641L,
668L,
681L,
698L,
716L,
717L,
755L
),
CTSA = c(
30L,
32L,
35L,
49L,
78L,
115L,
120L,
126L,
183L,
186L,
194L,
223L,
294L,
301L,
302L,
305L,
321L,
328L,
383L,
496L,
508L,
516L,
520L,
523L,
535L,
537L,
544L,
545L,
546L,
550L,
628L,
688L,
691L,
704L,
718L,
720L,
724L,
735L
),
CTSB = c(
16L,
20L,
33L,
34L,
66L,
67L,
71L,
74L,
79L,
80L,
81L,
99L,
101L,
103L,
104L,
115L,
116L,
132L,
134L,
150L,
174L,
175L,
180L,
181L,
184L,
194L,
209L,
211L,
220L,
235L,
269L,
301L,
303L,
306L,
337L,
341L,
342L,
352L,
363L,
366L,
389L,
390L,
392L,
394L,
414L,
418L,
446L,
455L,
457L,
470L,
473L,
475L,
479L,
522L,
539L,
541L,
543L,
548L,
550L,
585L,
596L,
614L,
615L,
622L,
625L,
626L,
628L,
663L,
680L,
704L,
720L,
725L,
727L,
733L,
737L,
763L
),
CTSG = c(
8L,
9L,
10L,
34L,
37L,
49L,
55L,
72L,
73L,
77L,
87L,
115L,
120L,
125L,
179L,
184L,
186L,
189L,
205L,
206L,
209L,
214L,
217L,
302L,
304L,
308L,
372L,
378L,
384L,
435L,
479L,
480L,
484L,
498L,
500L,
504L,
509L,
541L,
548L,
549L,
550L,
559L,
572L,
576L,
601L,
615L,
621L,
622L,
628L,
647L,
653L,
668L,
690L,
691L,
702L,
705L,
720L,
740L,
764L
),
CTSL = c(
9L,
29L,
30L,
38L,
71L,
75L,
112L,
120L,
122L,
305L,
433L,
472L,
492L,
510L,
531L,
535L,
547L,
548L,
549L,
550L,
690L,
691L,
722L,
725L,
729L
),
CTSO = c(9L, 71L, 86L, 92L, 133L, 192L, 511L, 590L, 613L, 614L, 668L),
CTSS = c(
9L,
18L,
19L,
21L,
27L,
29L,
30L,
31L,
33L,
35L,
36L,
37L,
42L,
69L,
71L,
73L,
74L,
75L,
81L,
83L,
86L,
87L,
93L,
95L,
106L,
111L,
112L,
116L,
118L,
119L,
120L,
121L,
123L,
124L,
126L,
127L,
128L,
133L,
137L,
142L,
144L,
154L,
155L,
166L,
171L,
172L,
173L,
175L,
178L,
180L,
181L,
183L,
185L,
186L,
187L,
188L,
263L,
274L,
278L,
279L,
280L,
288L,
291L,
303L,
304L,
305L,
306L,
312L,
315L,
339L,
341L,
342L,
346L,
350L,
351L,
353L,
358L,
359L,
363L,
366L,
367L,
368L,
369L,
379L,
380L,
399L,
407L,
408L,
410L,
411L,
433L,
436L,
440L,
443L,
455L,
461L,
462L,
463L,
470L,
472L,
478L,
479L,
480L,
481L,
482L,
492L,
495L,
499L,
511L,
516L,
531L,
532L,
535L,
540L,
541L,
542L,
544L,
546L,
547L,
548L,
549L,
550L,
555L,
556L,
562L,
566L,
567L,
568L,
572L,
575L,
577L,
578L,
582L,
587L,
598L,
603L,
604L,
605L,
606L,
610L,
612L,
614L,
616L,
618L,
622L,
640L,
641L,
651L,
653L,
670L,
681L,
687L,
690L,
691L,
692L,
696L,
704L,
706L,
716L,
717L,
719L,
722L,
724L,
729L,
739L,
753L,
758L,
765L,
766L,
769L
)
),
Variant = structure(list(), names = character(0))
),
UniprotID = "P05067-1",
Description = "APP cleavage data - pH 5.5",
Reference = "Ackley et al preprint"
),
class = c("a3", "list")
)
MAPT_APP_Cleavage_7_4 <- structure(
list(
Sequence = c(
"M",
"L",
"P",
"G",
"L",
"A",
"L",
"L",
"L",
"L",
"A",
"A",
"W",
"T",
"A",
"R",
"A",
"L",
"E",
"V",
"P",
"T",
"D",
"G",
"N",
"A",
"G",
"L",
"L",
"A",
"E",
"P",
"Q",
"I",
"A",
"M",
"F",
"C",
"G",
"R",
"L",
"N",
"M",
"H",
"M",
"N",
"V",
"Q",
"N",
"G",
"K",
"W",
"D",
"S",
"D",
"P",
"S",
"G",
"T",
"K",
"T",
"C",
"I",
"D",
"T",
"K",
"E",
"G",
"I",
"L",
"Q",
"Y",
"C",
"Q",
"E",
"V",
"Y",
"P",
"E",
"L",
"Q",
"I",
"T",
"N",
"V",
"V",
"E",
"A",
"N",
"Q",
"P",
"V",
"T",
"I",
"Q",
"N",
"W",
"C",
"K",
"R",
"G",
"R",
"K",
"Q",
"C",
"K",
"T",
"H",
"P",
"H",
"F",
"V",
"I",
"P",
"Y",
"R",
"C",
"L",
"V",
"G",
"E",
"F",
"V",
"S",
"D",
"A",
"L",
"L",
"V",
"P",
"D",
"K",
"C",
"K",
"F",
"L",
"H",
"Q",
"E",
"R",
"M",
"D",
"V",
"C",
"E",
"T",
"H",
"L",
"H",
"W",
"H",
"T",
"V",
"A",
"K",
"E",
"T",
"C",
"S",
"E",
"K",
"S",
"T",
"N",
"L",
"H",
"D",
"Y",
"G",
"M",
"L",
"L",
"P",
"C",
"G",
"I",
"D",
"K",
"F",
"R",
"G",
"V",
"E",
"F",
"V",
"C",
"C",
"P",
"L",
"A",
"E",
"E",
"S",
"D",
"N",
"V",
"D",
"S",
"A",
"D",
"A",
"E",
"E",
"D",
"D",
"S",
"D",
"V",
"W",
"W",
"G",
"G",
"A",
"D",
"T",
"D",
"Y",
"A",
"D",
"G",
"S",
"E",
"D",
"K",
"V",
"V",
"E",
"V",
"A",
"E",
"E",
"E",
"E",
"V",
"A",
"E",
"V",
"E",
"E",
"E",
"E",
"A",
"D",
"D",
"D",
"E",
"D",
"D",
"E",
"D",
"G",
"D",
"E",
"V",
"E",
"E",
"E",
"A",
"E",
"E",
"P",
"Y",
"E",
"E",
"A",
"T",
"E",
"R",
"T",
"T",
"S",
"I",
"A",
"T",
"T",
"T",
"T",
"T",
"T",
"T",
"E",
"S",
"V",
"E",
"E",
"V",
"V",
"R",
"E",
"V",
"C",
"S",
"E",
"Q",
"A",
"E",
"T",
"G",
"P",
"C",
"R",
"A",
"M",
"I",
"S",
"R",
"W",
"Y",
"F",
"D",
"V",
"T",
"E",
"G",
"K",
"C",
"A",
"P",
"F",
"F",
"Y",
"G",
"G",
"C",
"G",
"G",
"N",
"R",
"N",
"N",
"F",
"D",
"T",
"E",
"E",
"Y",
"C",
"M",
"A",
"V",
"C",
"G",
"S",
"A",
"M",
"S",
"Q",
"S",
"L",
"L",
"K",
"T",
"T",
"Q",
"E",
"P",
"L",
"A",
"R",
"D",
"P",
"V",
"K",
"L",
"P",
"T",
"T",
"A",
"A",
"S",
"T",
"P",
"D",
"A",
"V",
"D",
"K",
"Y",
"L",
"E",
"T",
"P",
"G",
"D",
"E",
"N",
"E",
"H",
"A",
"H",
"F",
"Q",
"K",
"A",
"K",
"E",
"R",
"L",
"E",
"A",
"K",
"H",
"R",
"E",
"R",
"M",
"S",
"Q",
"V",
"M",
"R",
"E",
"W",
"E",
"E",
"A",
"E",
"R",
"Q",
"A",
"K",
"N",
"L",
"P",
"K",
"A",
"D",
"K",
"K",
"A",
"V",
"I",
"Q",
"H",
"F",
"Q",
"E",
"K",
"V",
"E",
"S",
"L",
"E",
"Q",
"E",
"A",
"A",
"N",
"E",
"R",
"Q",
"Q",
"L",
"V",
"E",
"T",
"H",
"M",
"A",
"R",
"V",
"E",
"A",
"M",
"L",
"N",
"D",
"R",
"R",
"R",
"L",
"A",
"L",
"E",
"N",
"Y",
"I",
"T",
"A",
"L",
"Q",
"A",
"V",
"P",
"P",
"R",
"P",
"R",
"H",
"V",
"F",
"N",
"M",
"L",
"K",
"K",
"Y",
"V",
"R",
"A",
"E",
"Q",
"K",
"D",
"R",
"Q",
"H",
"T",
"L",
"K",
"H",
"F",
"E",
"H",
"V",
"R",
"M",
"V",
"D",
"P",
"K",
"K",
"A",
"A",
"Q",
"I",
"R",
"S",
"Q",
"V",
"M",
"T",
"H",
"L",
"R",
"V",
"I",
"Y",
"E",
"R",
"M",
"N",
"Q",
"S",
"L",
"S",
"L",
"L",
"Y",
"N",
"V",
"P",
"A",
"V",
"A",
"E",
"E",
"I",
"Q",
"D",
"E",
"V",
"D",
"E",
"L",
"L",
"Q",
"K",
"E",
"Q",
"N",
"Y",
"S",
"D",
"D",
"V",
"L",
"A",
"N",
"M",
"I",
"S",
"E",
"P",
"R",
"I",
"S",
"Y",
"G",
"N",
"D",
"A",
"L",
"M",
"P",
"S",
"L",
"T",
"E",
"T",
"K",
"T",
"T",
"V",
"E",
"L",
"L",
"P",
"V",
"N",
"G",
"E",
"F",
"S",
"L",
"D",
"D",
"L",
"Q",
"P",
"W",
"H",
"S",
"F",
"G",
"A",
"D",
"S",
"V",
"P",
"A",
"N",
"T",
"E",
"N",
"E",
"V",
"E",
"P",
"V",
"D",
"A",
"R",
"P",
"A",
"A",
"D",
"R",
"G",
"L",
"T",
"T",
"R",
"P",
"G",
"S",
"G",
"L",
"T",
"N",
"I",
"K",
"T",
"E",
"E",
"I",
"S",
"E",
"V",
"K",
"M",
"D",
"A",
"E",
"F",
"R",
"H",
"D",
"S",
"G",
"Y",
"E",
"V",
"H",
"H",
"Q",
"K",
"L",
"V",
"F",
"F",
"A",
"E",
"D",
"V",
"G",
"S",
"N",
"K",
"G",
"A",
"I",
"I",
"G",
"L",
"M",
"V",
"G",
"G",
"V",
"V",
"I",
"A",
"T",
"V",
"I",
"V",
"I",
"T",
"L",
"V",
"M",
"L",
"K",
"K",
"K",
"Q",
"Y",
"T",
"S",
"I",
"H",
"H",
"G",
"V",
"V",
"E",
"V",
"D",
"A",
"A",
"V",
"T",
"P",
"E",
"E",
"R",
"H",
"L",
"S",
"K",
"M",
"Q",
"Q",
"N",
"G",
"Y",
"E",
"N",
"P",
"T",
"Y",
"K",
"F",
"F",
"E",
"Q",
"M",
"Q",
"N"
),
Annotations = list(
Site = structure(list(), names = character(0)),
Region = structure(list(), names = character(0)),
PTM = structure(list(), names = character(0)),
Cleavage_site = list(
CTSA = c(28L, 49L, 177L, 384L, 550L, 690L, 716L, 742L),
CTSG = c(
8L,
9L,
10L,
28L,
36L,
37L,
38L,
39L,
42L,
49L,
51L,
66L,
70L,
72L,
73L,
76L,
77L,
111L,
115L,
117L,
120L,
122L,
133L,
134L,
135L,
140L,
141L,
150L,
161L,
165L,
168L,
170L,
177L,
179L,
184L,
189L,
192L,
205L,
216L,
217L,
262L,
289L,
301L,
302L,
307L,
308L,
315L,
321L,
332L,
336L,
343L,
345L,
350L,
351L,
355L,
357L,
370L,
378L,
381L,
405L,
410L,
413L,
425L,
435L,
438L,
460L,
464L,
465L,
469L,
472L,
479L,
480L,
491L,
495L,
502L,
504L,
507L,
509L,
510L,
513L,
524L,
527L,
531L,
533L,
534L,
545L,
547L,
548L,
549L,
550L,
557L,
562L,
565L,
572L,
577L,
580L,
588L,
599L,
601L,
602L,
615L,
621L,
624L,
628L,
638L,
641L,
649L,
662L,
670L,
673L,
676L,
679L,
687L,
688L,
690L,
691L,
702L,
705L,
706L,
720L,
724L,
728L,
729L,
731L,
744L,
763L,
764L,
765L
)
),
Variant = structure(list(), names = character(0))
),
UniprotID = "P05067-1",
Description = "APP cleavage data - pH 7.4",
Reference = "Ackley et al preprint"
),
class = c("a3", "list")
)