Added MAPT_Citrullination

app.R

@@ -301,8 +301,8 @@ seqvizlive <- function(
         shiny::selectizeInput(
           inputId = "a3_builtin_data",
           label = "Select built-in a3 dataset",
-          choices = c("mapt_annot", "mapt_clv"),
-          selected = "mapt_annot"
+          choices = c("MAPT_Annot", "MAPT_Cleavage", "MAPT_Citrullination"),
+          selected = "MAPT_Annot"
         )
       }
     }) # /ui_a3_data_load

data.R

@@ -3,7 +3,7 @@
 # mapt_annot <- read.a3json("./seqvizlive_app_fl/data/mapt_annot.json")
 # mapt_annot
 # dput(mapt_annot)
-mapt_annot <- structure(list(
+MAPT_Annot <- structure(list(
   Sequence = c(
     "M", "A", "E", "P", "R", "Q", "E",
     "F", "E", "V", "M", "E", "D", "H", "A", "G", "T", "Y", "G", "L",
@@ -114,14 +114,13 @@ mapt_annot <- structure(list(
   "a3",
   "list"
 ))
-mapt_annot
 
 
 # mapt_clv ----
 # mapt_clv <- read.a3json("./seqvizlive_app_fl/data/mapt_clv.json")
 # mapt_clv
 # dput(mapt_clv)
-mapt_clv <- structure(list(
+MAPT_Cleavage <- structure(list(
   Sequence = c(
     "M", "A", "E", "P", "R", "Q", "E",
     "F", "E", "V", "M", "E", "D", "H", "A", "G", "T", "Y", "G", "L",
@@ -270,4 +269,56 @@ mapt_clv <- structure(list(
 ), class = c(
   "a3",
   "list"
-))
+))
+
+# mapt_citrullination ----
+MAPT_Citrullination <- structure(list(
+  Sequence = c(
+    "M", "A", "E", "P", "R", "Q", "E",
+    "F", "E", "V", "M", "E", "D", "H", "A", "G", "T", "Y", "G", "L",
+    "G", "D", "R", "K", "D", "Q", "G", "G", "Y", "T", "M", "H", "Q",
+    "D", "Q", "E", "G", "D", "T", "D", "A", "G", "L", "K", "E", "S",
+    "P", "L", "Q", "T", "P", "T", "E", "D", "G", "S", "E", "E", "P",
+    "G", "S", "E", "T", "S", "D", "A", "K", "S", "T", "P", "T", "A",
+    "E", "D", "V", "T", "A", "P", "L", "V", "D", "E", "G", "A", "P",
+    "G", "K", "Q", "A", "A", "A", "Q", "P", "H", "T", "E", "I", "P",
+    "E", "G", "T", "T", "A", "E", "E", "A", "G", "I", "G", "D", "T",
+    "P", "S", "L", "E", "D", "E", "A", "A", "G", "H", "V", "T", "Q",
+    "A", "R", "M", "V", "S", "K", "S", "K", "D", "G", "T", "G", "S",
+    "D", "D", "K", "K", "A", "K", "G", "A", "D", "G", "K", "T", "K",
+    "I", "A", "T", "P", "R", "G", "A", "A", "P", "P", "G", "Q", "K",
+    "G", "Q", "A", "N", "A", "T", "R", "I", "P", "A", "K", "T", "P",
+    "P", "A", "P", "K", "T", "P", "P", "S", "S", "G", "E", "P", "P",
+    "K", "S", "G", "D", "R", "S", "G", "Y", "S", "S", "P", "G", "S",
+    "P", "G", "T", "P", "G", "S", "R", "S", "R", "T", "P", "S", "L",
+    "P", "T", "P", "P", "T", "R", "E", "P", "K", "K", "V", "A", "V",
+    "V", "R", "T", "P", "P", "K", "S", "P", "S", "S", "A", "K", "S",
+    "R", "L", "Q", "T", "A", "P", "V", "P", "M", "P", "D", "L", "K",
+    "N", "V", "K", "S", "K", "I", "G", "S", "T", "E", "N", "L", "K",
+    "H", "Q", "P", "G", "G", "G", "K", "V", "Q", "I", "I", "N", "K",
+    "K", "L", "D", "L", "S", "N", "V", "Q", "S", "K", "C", "G", "S",
+    "K", "D", "N", "I", "K", "H", "V", "P", "G", "G", "G", "S", "V",
+    "Q", "I", "V", "Y", "K", "P", "V", "D", "L", "S", "K", "V", "T",
+    "S", "K", "C", "G", "S", "L", "G", "N", "I", "H", "H", "K", "P",
+    "G", "G", "G", "Q", "V", "E", "V", "K", "S", "E", "K", "L", "D",
+    "F", "K", "D", "R", "V", "Q", "S", "K", "I", "G", "S", "L", "D",
+    "N", "I", "T", "H", "V", "P", "G", "G", "G", "N", "K", "K", "I",
+    "E", "T", "H", "K", "L", "T", "F", "R", "E", "N", "A", "K", "A",
+    "K", "T", "D", "H", "G", "A", "E", "I", "V", "Y", "K", "S", "P",
+    "V", "V", "S", "G", "D", "T", "S", "P", "R", "H", "L", "S", "N",
+    "V", "S", "S", "T", "G", "S", "I", "D", "M", "V", "D", "S", "P",
+    "Q", "L", "A", "T", "L", "A", "D", "E", "V", "S", "A", "S", "L",
+    "A", "K", "Q", "G", "L"
+  ), Annotations = list(
+    Site = NULL, Region = NULL,
+    PTM = list(Citrullination = c(
+      5, 23, 126, 155, 170, 194,
+      209, 211, 221, 230, 242, 349, 379, 406
+    )), Cleavage_site = NULL,
+    Variant = NULL
+  ), UniprotID = NULL, Description = "Probing tau citrullination in Alzheimer’s disease brains and mouse models of tauopathy",
+  Reference = "https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.06.601399v1.full"
+), class = c(
+  "a3",
+  "list"
+))