diff --git "a/data.R" "b/data.R" --- "a/data.R" +++ "b/data.R" @@ -3,325 +3,7343 @@ # mapt_annot <- read.a3json("./seqvizlive_app_fl/data/mapt_annot.json") # mapt_annot # dput(mapt_annot) -MAPT_Annot <- structure(list( - Sequence = c( - "M", "A", "E", "P", "R", "Q", "E", - "F", "E", "V", "M", "E", "D", "H", "A", "G", "T", "Y", "G", "L", - "G", "D", "R", "K", "D", "Q", "G", "G", "Y", "T", "M", "H", "Q", - "D", "Q", "E", "G", "D", "T", "D", "A", "G", "L", "K", "E", "S", - "P", "L", "Q", "T", "P", "T", "E", "D", "G", "S", "E", "E", "P", - "G", "S", "E", "T", "S", "D", "A", "K", "S", "T", "P", "T", "A", - "E", "D", "V", "T", "A", "P", "L", "V", "D", "E", "G", "A", "P", - "G", "K", "Q", "A", "A", "A", "Q", "P", "H", "T", "E", "I", "P", - "E", "G", "T", "T", "A", "E", "E", "A", "G", "I", "G", "D", "T", - "P", "S", "L", "E", "D", "E", "A", "A", "G", "H", "V", "T", "Q", - "A", "R", "M", "V", "S", "K", "S", "K", "D", "G", "T", "G", "S", - "D", "D", "K", "K", "A", "K", "G", "A", "D", "G", "K", "T", "K", - "I", "A", "T", "P", "R", "G", "A", "A", "P", "P", "G", "Q", "K", - "G", "Q", "A", "N", "A", "T", "R", "I", "P", "A", "K", "T", "P", - "P", "A", "P", "K", "T", "P", "P", "S", "S", "G", "E", "P", "P", - "K", "S", "G", "D", "R", "S", "G", "Y", "S", "S", "P", "G", "S", - "P", "G", "T", "P", "G", "S", "R", "S", "R", "T", "P", "S", "L", - "P", "T", "P", "P", "T", "R", "E", "P", "K", "K", "V", "A", "V", - "V", "R", "T", "P", "P", "K", "S", "P", "S", "S", "A", "K", "S", - "R", "L", "Q", "T", "A", "P", "V", "P", "M", "P", "D", "L", "K", - "N", "V", "K", "S", "K", "I", "G", "S", "T", "E", "N", "L", "K", - "H", "Q", "P", "G", "G", "G", "K", "V", "Q", "I", "I", "N", "K", - "K", "L", "D", "L", "S", "N", "V", "Q", "S", "K", "C", "G", "S", - "K", "D", "N", "I", "K", "H", "V", "P", "G", "G", "G", "S", "V", - "Q", "I", "V", "Y", "K", "P", "V", "D", "L", "S", "K", "V", "T", - "S", "K", "C", "G", "S", "L", "G", "N", "I", "H", "H", "K", "P", - "G", "G", "G", "Q", "V", "E", "V", "K", "S", "E", "K", "L", "D", - "F", "K", "D", "R", "V", "Q", "S", "K", "I", "G", "S", "L", "D", - "N", "I", "T", "H", "V", "P", "G", "G", "G", "N", "K", "K", "I", - "E", "T", "H", "K", "L", "T", "F", "R", "E", "N", "A", "K", "A", - "K", "T", "D", "H", "G", "A", "E", "I", "V", "Y", "K", "S", "P", - "V", "V", "S", "G", "D", "T", "S", "P", "R", "H", "L", "S", "N", - "V", "S", "S", "T", "G", "S", "I", "D", "M", "V", "D", "S", "P", - "Q", "L", "A", "T", "L", "A", "D", "E", "V", "S", "A", "S", "L", - "A", "K", "Q", "G", "L" - ), Annotations = list( - Site = list( - Disease_associated_variant = c( - 4L, - 5L, 14L, 17L, 18L, 30L, 39L, 41L, 55L, 75L, 86L, 90L, 152L, 176L, - 178L, 200L, 203L, 211L, 224L, 227L, 239L, 255L, 257L, 260L, 266L, - 272L, 273L, 279L, 280L, 284L, 285L, 287L, 291L, 296L, 300L, 301L, - 303L, 305L, 320L, 332L, 335L, 336L, 337L, 342L, 352L, 356L, 360L, - 363L, 364L, 366L, 369L, 372L, 389L, 406L, 410L, 427L, 441L - ), - `N-terminal Repeat` = 45:86, `Microtubule Binding Domain (R1, R3, R4)` = c( - 244L, - 245L, 246L, 247L, 248L, 249L, 250L, 251L, 252L, 253L, 254L, - 255L, 256L, 257L, 258L, 259L, 260L, 261L, 262L, 263L, 264L, - 265L, 266L, 267L, 268L, 269L, 270L, 271L, 272L, 273L, 274L, - 306L, 307L, 308L, 309L, 310L, 311L, 312L, 313L, 314L, 315L, - 316L, 317L, 318L, 319L, 320L, 321L, 322L, 323L, 324L, 325L, - 326L, 327L, 328L, 329L, 330L, 331L, 332L, 333L, 334L, 335L, - 336L, 337L, 338L, 339L, 340L, 341L, 342L, 343L, 344L, 345L, - 346L, 347L, 348L, 349L, 350L, 351L, 352L, 353L, 354L, 355L, - 356L, 357L, 358L, 359L, 360L, 361L, 362L, 363L, 364L, 365L, - 366L, 367L, 368L - ), `Microtubule Binding Domain (R2)` = 274:305 +MAPT_PTM <- structure( + list( + Sequence = c( + "M", + "A", + "E", + "P", + "R", + "Q", + "E", + "F", + "E", + "V", + "M", + "E", + "D", + "H", + "A", + "G", + "T", + "Y", + "G", + "L", + "G", + "D", + "R", + "K", + "D", + "Q", + "G", + "G", + "Y", + "T", + "M", + "H", + "Q", + "D", + "Q", + "E", + "G", + "D", + "T", + "D", + "A", + "G", + "L", + "K", + "E", + "S", + "P", + "L", + "Q", + "T", + "P", + "T", + "E", + "D", + "G", + "S", + "E", + "E", + "P", + "G", + "S", + "E", + "T", + "S", + "D", + "A", + "K", + "S", + "T", + "P", + "T", + "A", + "E", + "D", + "V", + "T", + "A", + "P", + "L", + "V", + "D", + "E", + "G", + "A", + "P", + "G", + "K", + "Q", + "A", + "A", + "A", + "Q", + "P", + "H", + "T", + "E", + "I", + "P", + "E", + "G", + "T", + "T", + "A", + "E", + "E", + "A", + "G", + "I", + "G", + "D", + "T", + "P", + "S", + "L", + "E", + "D", + "E", + "A", + "A", + "G", + "H", + "V", + "T", + "Q", + "A", + "R", + "M", + "V", + "S", + "K", + "S", + "K", + "D", + "G", + "T", + "G", + "S", + "D", + "D", + "K", + "K", + "A", + "K", + "G", + "A", + "D", + "G", + "K", + "T", + "K", + "I", + "A", + "T", + "P", + "R", + "G", + "A", + "A", + "P", + "P", + "G", + "Q", + "K", + "G", + "Q", + "A", + "N", + "A", + "T", + "R", + "I", + "P", + "A", + "K", + "T", + "P", + "P", + "A", + "P", + "K", + "T", + "P", + "P", + "S", + "S", + "G", + "E", + "P", + "P", + "K", + "S", + "G", + "D", + "R", + "S", + "G", + "Y", + "S", + "S", + "P", + "G", + "S", + "P", + "G", + "T", + "P", + "G", + "S", + "R", + "S", + "R", + "T", + "P", + "S", + "L", + "P", + "T", + "P", + "P", + "T", + "R", + "E", + "P", + "K", + "K", + "V", + "A", + "V", + "V", + "R", + "T", + "P", + "P", + "K", + "S", + "P", + "S", + "S", + "A", + "K", + "S", + "R", + "L", + "Q", + "T", + "A", + "P", + "V", + "P", + "M", + "P", + "D", + "L", + "K", + "N", + "V", + "K", + "S", + "K", + "I", + "G", + "S", + "T", + "E", + "N", + "L", + "K", + "H", + "Q", + "P", + "G", + "G", + "G", + "K", + "V", + "Q", + "I", + "I", + "N", + "K", + "K", + "L", + "D", + "L", + "S", + "N", + "V", + "Q", + "S", + "K", + "C", + "G", + "S", + "K", + "D", + "N", + "I", + "K", + "H", + "V", + "P", + "G", + "G", + "G", + "S", + "V", + "Q", + "I", + "V", + "Y", + "K", + "P", + "V", + "D", + "L", + "S", + "K", + "V", + "T", + "S", + "K", + "C", + "G", + "S", + "L", + "G", + "N", + "I", + "H", + "H", + "K", + "P", + "G", + "G", + "G", + "Q", + "V", + "E", + "V", + "K", + "S", + "E", + "K", + "L", + "D", + "F", + "K", + "D", + "R", + "V", + "Q", + "S", + "K", + "I", + "G", + "S", + "L", + "D", + "N", + "I", + "T", + "H", + "V", + "P", + "G", + "G", + "G", + "N", + "K", + "K", + "I", + "E", + "T", + "H", + "K", + "L", + "T", + "F", + "R", + "E", + "N", + "A", + "K", + "A", + "K", + "T", + "D", + "H", + "G", + "A", + "E", + "I", + "V", + "Y", + "K", + "S", + "P", + "V", + "V", + "S", + "G", + "D", + "T", + "S", + "P", + "R", + "H", + "L", + "S", + "N", + "V", + "S", + "S", + "T", + "G", + "S", + "I", + "D", + "M", + "V", + "D", + "S", + "P", + "Q", + "L", + "A", + "T", + "L", + "A", + "D", + "E", + "V", + "S", + "A", + "S", + "L", + "A", + "K", + "Q", + "G", + "L" ), - Region = list( - KXGS = list(259:262, 290:293, 321:324, 353:356), - `Canonical KFERQ` = list(336:340, 347:351), `Potential KFERQ` = list( - 240:244, 280:284, 307:311, 343:347 - ), Phosphodegron = list( - 46:51, 149:154, 195:200, 208:213, 231:236, 400:405 - ) + Annotations = list( + Site = list( + Disease_associated_variant = c( + 4L, + 5L, + 14L, + 17L, + 18L, + 30L, + 39L, + 41L, + 55L, + 75L, + 86L, + 90L, + 152L, + 176L, + 178L, + 200L, + 203L, + 211L, + 224L, + 227L, + 239L, + 255L, + 257L, + 260L, + 266L, + 272L, + 273L, + 279L, + 280L, + 284L, + 285L, + 287L, + 291L, + 296L, + 300L, + 301L, + 303L, + 305L, + 320L, + 332L, + 335L, + 336L, + 337L, + 342L, + 352L, + 356L, + 360L, + 363L, + 364L, + 366L, + 369L, + 372L, + 389L, + 406L, + 410L, + 427L, + 441L + ), + `N-terminal Repeat` = 45:86, + `Microtubule Binding Domain (R1, R3, R4)` = c( + 244L, + 245L, + 246L, + 247L, + 248L, + 249L, + 250L, + 251L, + 252L, + 253L, + 254L, + 255L, + 256L, + 257L, + 258L, + 259L, + 260L, + 261L, + 262L, + 263L, + 264L, + 265L, + 266L, + 267L, + 268L, + 269L, + 270L, + 271L, + 272L, + 273L, + 274L, + 306L, + 307L, + 308L, + 309L, + 310L, + 311L, + 312L, + 313L, + 314L, + 315L, + 316L, + 317L, + 318L, + 319L, + 320L, + 321L, + 322L, + 323L, + 324L, + 325L, + 326L, + 327L, + 328L, + 329L, + 330L, + 331L, + 332L, + 333L, + 334L, + 335L, + 336L, + 337L, + 338L, + 339L, + 340L, + 341L, + 342L, + 343L, + 344L, + 345L, + 346L, + 347L, + 348L, + 349L, + 350L, + 351L, + 352L, + 353L, + 354L, + 355L, + 356L, + 357L, + 358L, + 359L, + 360L, + 361L, + 362L, + 363L, + 364L, + 365L, + 366L, + 367L, + 368L + ), + `Microtubule Binding Domain (R2)` = 274:305 + ), + Region = list( + KXGS = list(259:262, 290:293, 321:324, 353:356), + `Canonical KFERQ` = list(336:340, 347:351), + `Potential KFERQ` = list( + 240:244, + 280:284, + 307:311, + 343:347 + ), + Phosphodegron = list( + 46:51, + 149:154, + 195:200, + 208:213, + 231:236, + 400:405 + ) + ), + PTM = list( + Phosphorylation = c( + 17L, + 18L, + 29L, + 30L, + 39L, + 46L, + 50L, + 52L, + 56L, + 61L, + 63L, + 64L, + 68L, + 69L, + 71L, + 76L, + 95L, + 101L, + 102L, + 111L, + 113L, + 123L, + 129L, + 131L, + 135L, + 137L, + 149L, + 153L, + 169L, + 175L, + 181L, + 184L, + 185L, + 191L, + 195L, + 197L, + 198L, + 199L, + 202L, + 205L, + 208L, + 210L, + 217L, + 212L, + 214L, + 220L, + 229L, + 235L, + 231L, + 232L, + 235L, + 236L, + 237L, + 238L, + 241L, + 245L, + 258L, + 262L, + 263L, + 285L, + 289L, + 293L, + 305L, + 316L, + 319L, + 320L, + 321L, + 324L, + 336L, + 341L, + 352L, + 356L, + 361L, + 362L, + 366L, + 370L, + 373L, + 380L, + 382L, + 383L, + 385L, + 386L, + 394L, + 396L, + 403L, + 409L, + 400L, + 404L, + 412L, + 413L, + 414L, + 416L, + 435L, + 427L, + 433L, + 422L + ), + Acetylation = c( + 148L, + 150L, + 163L, + 174L, + 180L, + 224L, + 225L, + 234L, + 240L, + 254L, + 257L, + 259L, + 267L, + 274L, + 280L, + 281L, + 290L, + 294L, + 298L, + 311L, + 317L, + 321L, + 331L, + 343L, + 347L, + 353L, + 369L, + 370L, + 375L, + 383L, + 385L, + 395L + ), + Methylation = c( + 24L, + 44L, + 67L, + 87L, + 126L, + 148L, + 150L, + 155L, + 163L, + 174L, + 180L, + 190L, + 234L, + 240L, + 254L, + 259L, + 267L, + 281L, + 290L, + 311L, + 317L, + 331L, + 349L, + 353L, + 369L, + 370L, + 375L, + 385L, + 395L + ), + Glycation = c( + 67L, + 87L, + 132L, + 148L, + 150L, + 163L, + 174L, + 180L, + 190L, + 225L, + 234L, + 259L, + 267L, + 274L, + 280L, + 281L, + 290L, + 298L, + 311L, + 321L, + 331L, + 340L, + 343L, + 347L, + 353L, + 369L, + 370L, + 375L, + 383L, + 385L, + 395L + ), + Ubiquitination = c( + 44L, + 254L, + 259L, + 267L, + 281L, + 290L, + 298L, + 311L, + 317L, + 321L, + 331L, + 343L, + 347L, + 353L, + 369L, + 375L, + 385L + ), + `O-Glycosilation` = c( + 123L, + 208L, + 238L, + 400L, + 412L, + 413L + ), + SUMOylation = 340L + ), + Cleavage_site = structure(list(), names = character(0)), + Variant = structure(list(), names = character(0)) ), - PTM = list(Phosphorylation = c( - 17L, 18L, 29L, 30L, 39L, 46L, - 50L, 52L, 56L, 61L, 63L, 64L, 68L, 69L, 71L, 76L, 95L, 101L, - 102L, 111L, 113L, 123L, 129L, 131L, 135L, 137L, 149L, 153L, - 169L, 175L, 181L, 184L, 185L, 191L, 195L, 197L, 198L, 199L, - 202L, 205L, 208L, 210L, 217L, 212L, 214L, 220L, 229L, 235L, - 231L, 232L, 235L, 236L, 237L, 238L, 241L, 245L, 258L, 262L, - 263L, 285L, 289L, 293L, 305L, 316L, 319L, 320L, 321L, 324L, - 336L, 341L, 352L, 356L, 361L, 362L, 366L, 370L, 373L, 380L, - 382L, 383L, 385L, 386L, 394L, 396L, 403L, 409L, 400L, 404L, - 412L, 413L, 414L, 416L, 435L, 427L, 433L, 422L - ), Acetylation = c( - 148L, - 150L, 163L, 174L, 180L, 224L, 225L, 234L, 240L, 254L, 257L, - 259L, 267L, 274L, 280L, 281L, 290L, 294L, 298L, 311L, 317L, - 321L, 331L, 343L, 347L, 353L, 369L, 370L, 375L, 383L, 385L, - 395L - ), Methylation = c( - 24L, 44L, 67L, 87L, 126L, 148L, 150L, - 155L, 163L, 174L, 180L, 190L, 234L, 240L, 254L, 259L, 267L, - 281L, 290L, 311L, 317L, 331L, 349L, 353L, 369L, 370L, 375L, - 385L, 395L - ), Glycation = c( - 67L, 87L, 132L, 148L, 150L, 163L, - 174L, 180L, 190L, 225L, 234L, 259L, 267L, 274L, 280L, 281L, - 290L, 298L, 311L, 321L, 331L, 340L, 343L, 347L, 353L, 369L, - 370L, 375L, 383L, 385L, 395L - ), Ubiquitination = c( - 44L, 254L, - 259L, 267L, 281L, 290L, 298L, 311L, 317L, 321L, 331L, 343L, - 347L, 353L, 369L, 375L, 385L - ), `O-Glycosilation` = c( - 123L, - 208L, 238L, 400L, 412L, 413L - ), SUMOylation = 340L), Cleavage_site = structure(list(), names = character(0)), - Variant = structure(list(), names = character(0)) - ), UniprotID = "P10636", - Description = "Tau Post-translational Modifications: Dynamic Transformers of Tau Function, Degradation, and Aggregation", - Reference = "https://www.frontiersin.org/journals/neurology/articles/10.3389/fneur.2020.595532" -), class = c( - "a3", - "list" -)) + UniprotID = "P10636", + Description = "Tau Post-translational Modifications: Dynamic Transformers of Tau Function, Degradation, and Aggregation", + Reference = "https://www.frontiersin.org/journals/neurology/articles/10.3389/fneur.2020.595532" + ), + class = c( + "a3", + "list" + ) +) # mapt_clv ---- # mapt_clv <- read.a3json("./seqvizlive_app_fl/data/mapt_clv.json") # mapt_clv # dput(mapt_clv) -MAPT_Cleavage <- structure(list( - Sequence = c( - "M", "A", "E", "P", "R", "Q", "E", - "F", "E", "V", "M", "E", "D", "H", "A", "G", "T", "Y", "G", "L", - "G", "D", "R", "K", "D", "Q", "G", "G", "Y", "T", "M", "H", "Q", - "D", "Q", "E", "G", "D", "T", "D", "A", "G", "L", "K", "E", "S", - "P", "L", "Q", "T", "P", "T", "E", "D", "G", "S", "E", "E", "P", - "G", "S", "E", "T", "S", "D", "A", "K", "S", "T", "P", "T", "A", - "E", "D", "V", "T", "A", "P", "L", "V", "D", "E", "G", "A", "P", - "G", "K", "Q", "A", "A", "A", "Q", "P", "H", "T", "E", "I", "P", - "E", "G", "T", "T", "A", "E", "E", "A", "G", "I", "G", "D", "T", - "P", "S", "L", "E", "D", "E", "A", "A", "G", "H", "V", "T", "Q", - "E", "P", "E", "S", "G", "K", "V", "V", "Q", "E", "G", "F", "L", - "R", "E", "P", "G", "P", "P", "G", "L", "S", "H", "Q", "L", "M", - "S", "G", "M", "P", "G", "A", "P", "L", "L", "P", "E", "G", "P", - "R", "E", "A", "T", "R", "Q", "P", "S", "G", "T", "G", "P", "E", - "D", "T", "E", "G", "G", "R", "H", "A", "P", "E", "L", "L", "K", - "H", "Q", "L", "L", "G", "D", "L", "H", "Q", "E", "G", "P", "P", - "L", "K", "G", "A", "G", "G", "K", "E", "R", "P", "G", "S", "K", - "E", "E", "V", "D", "E", "D", "R", "D", "V", "D", "E", "S", "S", - "P", "Q", "D", "S", "P", "P", "S", "K", "A", "S", "P", "A", "Q", - "D", "G", "R", "P", "P", "Q", "T", "A", "A", "R", "E", "A", "T", - "S", "I", "P", "G", "F", "P", "A", "E", "G", "A", "I", "P", "L", - "P", "V", "D", "F", "L", "S", "K", "V", "S", "T", "E", "I", "P", - "A", "S", "E", "P", "D", "G", "P", "S", "V", "G", "A", "A", "K", - "G", "Q", "D", "A", "P", "L", "E", "F", "T", "F", "H", "V", "E", - "I", "T", "P", "N", "V", "Q", "K", "E", "Q", "A", "H", "S", "E", - "E", "H", "A", "G", "R", "A", "A", "F", "P", "G", "A", "P", "G", - "E", "G", "P", "E", "A", "R", "G", "P", "S", "L", "G", "E", "D", - "T", "K", "E", "A", "D", "L", "P", "E", "P", "S", "E", "K", "Q", - "P", "A", "A", "A", "P", "R", "G", "K", "P", "V", "S", "R", "V", - "P", "Q", "L", "K", "A", "R", "M", "V", "S", "K", "S", "K", "D", - "G", "T", "G", "S", "D", "D", "K", "K", "A", "K", "T", "S", "T", - "R", "S", "S", "A", "K", "T", "L", "K", "N", "R", "P", "C", "L", - "S", "P", "K", "H", "P", "T", "P", "G", "S", "S", "D", "P", "L", - "I", "Q", "P", "S", "S", "P", "A", "V", "C", "P", "E", "P", "P", - "S", "S", "P", "K", "Y", "V", "S", "S", "V", "T", "S", "R", "T", - "G", "S", "S", "G", "A", "K", "E", "M", "K", "L", "K", "G", "A", - "D", "G", "K", "T", "K", "I", "A", "T", "P", "R", "G", "A", "A", - "P", "P", "G", "Q", "K", "G", "Q", "A", "N", "A", "T", "R", "I", - "P", "A", "K", "T", "P", "P", "A", "P", "K", "T", "P", "P", "S", - "S", "G", "E", "P", "P", "K", "S", "G", "D", "R", "S", "G", "Y", - "S", "S", "P", "G", "S", "P", "G", "T", "P", "G", "S", "R", "S", - "R", "T", "P", "S", "L", "P", "T", "P", "P", "T", "R", "E", "P", - "K", "K", "V", "A", "V", "V", "R", "T", "P", "P", "K", "S", "P", - "S", "S", "A", "K", "S", "R", "L", "Q", "T", "A", "P", "V", "P", - "M", "P", "D", "L", "K", "N", "V", "K", "S", "K", "I", "G", "S", - "T", "E", "N", "L", "K", "H", "Q", "P", "G", "G", "G", "K", "V", - "Q", "I", "I", "N", "K", "K", "L", "D", "L", "S", "N", "V", "Q", - "S", "K", "C", "G", "S", "K", "D", "N", "I", "K", "H", "V", "P", - "G", "G", "G", "S", "V", "Q", "I", "V", "Y", "K", "P", "V", "D", - "L", "S", "K", "V", "T", "S", "K", "C", "G", "S", "L", "G", "N", - "I", "H", "H", "K", "P", "G", "G", "G", "Q", "V", "E", "V", "K", - "S", "E", "K", "L", "D", "F", "K", "D", "R", "V", "Q", "S", "K", - "I", "G", "S", "L", "D", "N", "I", "T", "H", "V", "P", "G", "G", - "G", "N", "K", "K", "I", "E", "T", "H", "K", "L", "T", "F", "R", - "E", "N", "A", "K", "A", "K", "T", "D", "H", "G", "A", "E", "I", - "V", "Y", "K", "S", "P", "V", "V", "S", "G", "D", "T", "S", "P", - "R", "H", "L", "S", "N", "V", "S", "S", "T", "G", "S", "I", "D", - "M", "V", "D", "S", "P", "Q", "L", "A", "T", "L", "A", "D", "E", - "V", "S", "A", "S", "L", "A", "K", "Q", "G", "L" - ), Annotations = list( - Site = structure(list(), names = character(0)), Region = structure(list(), names = character(0)), - PTM = structure(list(), names = character(0)), Cleavage_site = list( - CTSL_pH_4_5 = c( - 1L, 9L, 11L, 13L, 19L, 21L, 30L, 44L, - 49L, 54L, 67L, 71L, 76L, 81L, 116L, 129L, 173L, 198L, - 227L, 229L, 244L, 254L, 256L, 257L, 261L, 267L, 281L, - 283L, 300L, 307L, 310L, 314L, 316L, 319L, 326L, 340L, - 340L, 341L, 351L, 355L, 377L, 379L, 379L, 394L, 395L, - 402L, 405L, 417L, 419L, 421L, 426L, 427L, 429L, 433L, - 437L, 438L - ), CTSL_pH_5_5 = c(54L, 244L, 319L), CTSD_pH_3_4 = c( - 340L, - 391L, 426L - ), CTSD_pH_4_5 = c(340L, 399L, 400L, 417L), - CTSB_pH_4_5 = c( - 7L, 12L, 15L, 17L, 30L, 53L, 82L, 130L, - 186L, 209L, 225L, 237L, 238L, 257L, 259L, 262L, 264L, - 282L, 284L, 321L, 349L, 353L, 407L, 438L - ), CTSB_pH_5_5 = c( - 14L, - 17L, 27L, 81L, 173L, 186L, 209L, 225L, 238L, 253L, 256L, - 257L, 259L, 262L, 264L, 284L, 290L, 338L, 349L, 353L, - 400L, 407L, 419L, 419L, 424L, 425L - ), CTSK_pH_4_5 = c( - 1L, - 21L, 30L, 44L, 109L, 184L, 184L, 214L, 244L, 254L, 261L, - 319L, 326L, 343L, 355L, 377L, 399L, 421L - ), CTSF_pH_4_5 = c( - 300L, - 402L - ), CTSV_pH_3_4 = c( - 248L, 254L, 276L, 285L, 307L, - 314L, 316L, 340L, 351L, 361L, 395L, 433L - ), CTSV_pH_4_5 = c( - 1L, - 11L, 21L, 30L, 30L, 44L, 244L, 254L, 256L, 257L, 276L, - 283L, 285L, 288L, 307L, 310L, 316L, 326L, 340L, 340L, - 351L, 361L, 379L, 381L, 394L, 395L, 407L, 425L, 426L, - 429L, 433L - ), CTSE_pH_3_4 = c( - 8L, 9L, 11L, 21L, 30L, 44L, - 73L, 81L, 109L, 129L, 244L, 254L, 257L, 261L, 283L, 288L, - 307L, 310L, 319L, 326L, 340L, 351L, 355L, 395L, 418L, - 419L, 419L, 425L, 426L, 433L - ), CTSE_pH_4_5 = c( - 8L, 111L, - 307L, 322L, 419L, 425L - ), CTSS_pH_4_5 = c( - 1L, 5L, 7L, - 9L, 12L, 30L, 44L, 49L, 67L, 72L, 76L, 80L, 95L, 105L, - 109L, 115L, 116L, 129L, 212L, 243L, 244L, 254L, 257L, - 267L, 276L, 283L, 288L, 307L, 308L, 309L, 310L, 316L, - 339L, 345L, 351L, 355L, 361L, 391L, 394L, 395L, 400L, - 407L, 411L, 412L, 420L, 425L, 426L, 427L, 429L, 433L +MAPT_Cathepsin_Cleavage <- structure( + list( + Sequence = c( + "M", + "A", + "E", + "P", + "R", + "Q", + "E", + "F", + "E", + "V", + "M", + "E", + "D", + "H", + "A", + "G", + "T", + "Y", + "G", + "L", + "G", + "D", + "R", + "K", + "D", + "Q", + "G", + "G", + "Y", + "T", + "M", + "H", + "Q", + "D", + "Q", + "E", + "G", + "D", + "T", + "D", + "A", + "G", + "L", + "K", + "E", + "S", + "P", + "L", + "Q", + "T", + "P", + "T", + "E", + "D", + "G", + "S", + "E", + "E", + "P", + "G", + "S", + "E", + "T", + "S", + "D", + "A", + "K", + "S", + "T", + "P", + "T", + "A", + "E", + "D", + "V", + "T", + "A", + "P", + "L", + "V", + "D", + "E", + "G", + "A", + "P", + "G", + "K", + "Q", + "A", + "A", + "A", + "Q", + "P", + "H", + "T", + "E", + "I", + "P", + "E", + "G", + "T", + "T", + "A", + "E", + "E", + "A", + "G", + "I", + "G", + "D", + "T", + "P", + "S", + "L", + "E", + "D", + "E", + "A", + "A", + "G", + "H", + "V", + "T", + "Q", + "E", + "P", + "E", + "S", + "G", + "K", + "V", + "V", + "Q", + "E", + "G", + "F", + "L", + "R", + "E", + "P", + "G", + "P", + "P", + "G", + "L", + "S", + "H", + "Q", + "L", + "M", + "S", + "G", + "M", + "P", + "G", + "A", + "P", + "L", + "L", + "P", + "E", + "G", + "P", + "R", + "E", + "A", + "T", + "R", + "Q", + "P", + "S", + "G", + "T", + "G", + "P", + "E", + "D", + "T", + "E", + "G", + "G", + "R", + "H", + "A", + "P", + "E", + "L", + "L", + "K", + "H", + "Q", + "L", + "L", + "G", + "D", + "L", + "H", + "Q", + "E", + "G", + "P", + "P", + "L", + "K", + "G", + "A", + "G", + "G", + "K", + "E", + "R", + "P", + "G", + "S", + "K", + "E", + "E", + "V", + "D", + "E", + "D", + "R", + "D", + "V", + "D", + "E", + "S", + "S", + "P", + "Q", + "D", + "S", + "P", + "P", + "S", + "K", + "A", + "S", + "P", + "A", + "Q", + "D", + "G", + "R", + "P", + "P", + "Q", + "T", + "A", + "A", + "R", + "E", + "A", + "T", + "S", + "I", + "P", + "G", + "F", + "P", + "A", + "E", + "G", + "A", + "I", + "P", + "L", + "P", + "V", + "D", + "F", + "L", + "S", + "K", + "V", + "S", + "T", + "E", + "I", + "P", + "A", + "S", + "E", + "P", + "D", + "G", + "P", + "S", + "V", + "G", + "A", + "A", + "K", + "G", + "Q", + "D", + "A", + "P", + "L", + "E", + "F", + "T", + "F", + "H", + "V", + "E", + "I", + "T", + "P", + "N", + "V", + "Q", + "K", + "E", + "Q", + "A", + "H", + "S", + "E", + "E", + "H", + "A", + "G", + "R", + "A", + "A", + "F", + "P", + "G", + "A", + "P", + "G", + "E", + "G", + "P", + "E", + "A", + "R", + "G", + "P", + "S", + "L", + "G", + "E", + "D", + "T", + "K", + "E", + "A", + "D", + "L", + "P", + "E", + "P", + "S", + "E", + "K", + "Q", + "P", + "A", + "A", + "A", + "P", + "R", + "G", + "K", + "P", + "V", + "S", + "R", + "V", + "P", + "Q", + "L", + "K", + "A", + "R", + "M", + "V", + "S", + "K", + "S", + "K", + "D", + "G", + "T", + "G", + "S", + "D", + "D", + "K", + "K", + "A", + "K", + "T", + "S", + "T", + "R", + "S", + "S", + "A", + "K", + "T", + "L", + "K", + "N", + "R", + "P", + "C", + "L", + "S", + "P", + "K", + "H", + "P", + "T", + "P", + "G", + "S", + "S", + "D", + "P", + "L", + "I", + "Q", + "P", + "S", + "S", + "P", + "A", + "V", + "C", + "P", + "E", + "P", + "P", + "S", + "S", + "P", + "K", + "Y", + "V", + "S", + "S", + "V", + "T", + "S", + "R", + "T", + "G", + "S", + "S", + "G", + "A", + "K", + "E", + "M", + "K", + "L", + "K", + "G", + "A", + "D", + "G", + "K", + "T", + "K", + "I", + "A", + "T", + "P", + "R", + "G", + "A", + "A", + "P", + "P", + "G", + "Q", + "K", + "G", + "Q", + "A", + "N", + "A", + "T", + "R", + "I", + "P", + "A", + "K", + "T", + "P", + "P", + "A", + "P", + "K", + "T", + "P", + "P", + "S", + "S", + "G", + "E", + "P", + "P", + "K", + "S", + "G", + "D", + "R", + "S", + "G", + "Y", + "S", + "S", + "P", + "G", + "S", + "P", + "G", + "T", + "P", + "G", + "S", + "R", + "S", + "R", + "T", + "P", + "S", + "L", + "P", + "T", + "P", + "P", + "T", + "R", + "E", + "P", + "K", + "K", + "V", + "A", + "V", + "V", + "R", + "T", + "P", + "P", + "K", + "S", + "P", + "S", + "S", + "A", + "K", + "S", + "R", + "L", + "Q", + "T", + "A", + "P", + "V", + "P", + "M", + "P", + "D", + "L", + "K", + "N", + "V", + "K", + "S", + "K", + "I", + "G", + "S", + "T", + "E", + "N", + "L", + "K", + "H", + "Q", + "P", + "G", + "G", + "G", + "K", + "V", + "Q", + "I", + "I", + "N", + "K", + "K", + "L", + "D", + "L", + "S", + "N", + "V", + "Q", + "S", + "K", + "C", + "G", + "S", + "K", + "D", + "N", + "I", + "K", + "H", + "V", + "P", + "G", + "G", + "G", + "S", + "V", + "Q", + "I", + "V", + "Y", + "K", + "P", + "V", + "D", + "L", + "S", + "K", + "V", + "T", + "S", + "K", + "C", + "G", + "S", + "L", + "G", + "N", + "I", + "H", + "H", + "K", + "P", + "G", + "G", + "G", + "Q", + "V", + "E", + "V", + "K", + "S", + "E", + "K", + "L", + "D", + "F", + "K", + "D", + "R", + "V", + "Q", + "S", + "K", + "I", + "G", + "S", + "L", + "D", + "N", + "I", + "T", + "H", + "V", + "P", + "G", + "G", + "G", + "N", + "K", + "K", + "I", + "E", + "T", + "H", + "K", + "L", + "T", + "F", + "R", + "E", + "N", + "A", + "K", + "A", + "K", + "T", + "D", + "H", + "G", + "A", + "E", + "I", + "V", + "Y", + "K", + "S", + "P", + "V", + "V", + "S", + "G", + "D", + "T", + "S", + "P", + "R", + "H", + "L", + "S", + "N", + "V", + "S", + "S", + "T", + "G", + "S", + "I", + "D", + "M", + "V", + "D", + "S", + "P", + "Q", + "L", + "A", + "T", + "L", + "A", + "D", + "E", + "V", + "S", + "A", + "S", + "L", + "A", + "K", + "Q", + "G", + "L" + ), + Annotations = list( + Site = structure(list(), names = character(0)), + Region = structure(list(), names = character(0)), + PTM = structure(list(), names = character(0)), + Cleavage_site = list( + CTSL_pH_4_5 = c( + 1L, + 9L, + 11L, + 13L, + 19L, + 21L, + 30L, + 44L, + 49L, + 54L, + 67L, + 71L, + 76L, + 81L, + 116L, + 129L, + 173L, + 198L, + 227L, + 229L, + 244L, + 254L, + 256L, + 257L, + 261L, + 267L, + 281L, + 283L, + 300L, + 307L, + 310L, + 314L, + 316L, + 319L, + 326L, + 340L, + 340L, + 341L, + 351L, + 355L, + 377L, + 379L, + 379L, + 394L, + 395L, + 402L, + 405L, + 417L, + 419L, + 421L, + 426L, + 427L, + 429L, + 433L, + 437L, + 438L + ), + CTSL_pH_5_5 = c(54L, 244L, 319L), + CTSD_pH_3_4 = c( + 340L, + 391L, + 426L + ), + CTSD_pH_4_5 = c(340L, 399L, 400L, 417L), + CTSB_pH_4_5 = c( + 7L, + 12L, + 15L, + 17L, + 30L, + 53L, + 82L, + 130L, + 186L, + 209L, + 225L, + 237L, + 238L, + 257L, + 259L, + 262L, + 264L, + 282L, + 284L, + 321L, + 349L, + 353L, + 407L, + 438L + ), + CTSB_pH_5_5 = c( + 14L, + 17L, + 27L, + 81L, + 173L, + 186L, + 209L, + 225L, + 238L, + 253L, + 256L, + 257L, + 259L, + 262L, + 264L, + 284L, + 290L, + 338L, + 349L, + 353L, + 400L, + 407L, + 419L, + 419L, + 424L, + 425L + ), + CTSK_pH_4_5 = c( + 1L, + 21L, + 30L, + 44L, + 109L, + 184L, + 184L, + 214L, + 244L, + 254L, + 261L, + 319L, + 326L, + 343L, + 355L, + 377L, + 399L, + 421L + ), + CTSF_pH_4_5 = c( + 300L, + 402L + ), + CTSV_pH_3_4 = c( + 248L, + 254L, + 276L, + 285L, + 307L, + 314L, + 316L, + 340L, + 351L, + 361L, + 395L, + 433L + ), + CTSV_pH_4_5 = c( + 1L, + 11L, + 21L, + 30L, + 30L, + 44L, + 244L, + 254L, + 256L, + 257L, + 276L, + 283L, + 285L, + 288L, + 307L, + 310L, + 316L, + 326L, + 340L, + 340L, + 351L, + 361L, + 379L, + 381L, + 394L, + 395L, + 407L, + 425L, + 426L, + 429L, + 433L + ), + CTSE_pH_3_4 = c( + 8L, + 9L, + 11L, + 21L, + 30L, + 44L, + 73L, + 81L, + 109L, + 129L, + 244L, + 254L, + 257L, + 261L, + 283L, + 288L, + 307L, + 310L, + 319L, + 326L, + 340L, + 351L, + 355L, + 395L, + 418L, + 419L, + 419L, + 425L, + 426L, + 433L + ), + CTSE_pH_4_5 = c( + 8L, + 111L, + 307L, + 322L, + 419L, + 425L + ), + CTSS_pH_4_5 = c( + 1L, + 5L, + 7L, + 9L, + 12L, + 30L, + 44L, + 49L, + 67L, + 72L, + 76L, + 80L, + 95L, + 105L, + 109L, + 115L, + 116L, + 129L, + 212L, + 243L, + 244L, + 254L, + 257L, + 267L, + 276L, + 283L, + 288L, + 307L, + 308L, + 309L, + 310L, + 316L, + 339L, + 345L, + 351L, + 355L, + 361L, + 391L, + 394L, + 395L, + 400L, + 407L, + 411L, + 412L, + 420L, + 425L, + 426L, + 427L, + 429L, + 433L + ), + CTSS_pH_5_5 = c( + 1L, + 11L, + 12L, + 30L, + 30L, + 44L, + 49L, + 67L, + 72L, + 76L, + 80L, + 92L, + 95L, + 109L, + 115L, + 129L, + 243L, + 244L, + 254L, + 256L, + 257L, + 261L, + 267L, + 283L, + 288L, + 307L, + 308L, + 310L, + 316L, + 319L, + 326L, + 339L, + 351L, + 355L, + 355L, + 361L, + 379L, + 379L, + 391L, + 394L, + 395L, + 400L, + 407L, + 411L, + 412L, + 423L, + 425L, + 426L, + 427L, + 429L, + 430L, + 433L, + 433L + ), + CTSO_pH_5_5 = c( + 92L, + 212L, + 339L, + 430L + ), + AEP_pH_4_5 = c( + 40L, + 49L, + 54L, + 54L, + 67L, + 116L, + 209L, + 212L, + 252L, + 255L, + 265L, + 279L, + 286L, + 327L, + 339L, + 345L, + 361L, + 368L, + 368L, + 381L, + 402L, + 418L, + 423L, + 430L, + 430L + ), + AEP_pH_5_5 = c( + 67L, + 92L, + 265L, + 284L, + 339L, + 345L, + 368L, + 423L, + 430L + ), + CTSX_pH_3_4 = c( + 16L, + 41L, + 67L, + 112L, + 212L, + 339L, + 345L, + 402L, + 423L, + 430L + ), + CTSX_pH_4_5 = c( + 3L, + 16L, + 67L, + 212L, + 339L, + 345L, + 355L, + 355L, + 394L, + 432L, + 433L + ), + CTSA_pH_4_5 = c(48L, 55L, 67L, 73L, 339L, 430L) ), - CTSS_pH_5_5 = c( - 1L, 11L, 12L, 30L, 30L, 44L, 49L, 67L, - 72L, 76L, 80L, 92L, 95L, 109L, 115L, 129L, 243L, 244L, - 254L, 256L, 257L, 261L, 267L, 283L, 288L, 307L, 308L, - 310L, 316L, 319L, 326L, 339L, 351L, 355L, 355L, 361L, - 379L, 379L, 391L, 394L, 395L, 400L, 407L, 411L, 412L, - 423L, 425L, 426L, 427L, 429L, 430L, 433L, 433L - ), CTSO_pH_5_5 = c( - 92L, - 212L, 339L, 430L - ), AEP_pH_4_5 = c( - 40L, 49L, 54L, 54L, - 67L, 116L, 209L, 212L, 252L, 255L, 265L, 279L, 286L, - 327L, 339L, 345L, 361L, 368L, 368L, 381L, 402L, 418L, - 423L, 430L, 430L - ), AEP_pH_5_5 = c( - 67L, 92L, 265L, 284L, - 339L, 345L, 368L, 423L, 430L - ), CTSX_pH_3_4 = c( - 16L, 41L, - 67L, 112L, 212L, 339L, 345L, 402L, 423L, 430L - ), CTSX_pH_4_5 = c( - 3L, - 16L, 67L, 212L, 339L, 345L, 355L, 355L, 394L, 432L, 433L - ), CTSA_pH_4_5 = c(48L, 55L, 67L, 73L, 339L, 430L) + Variant = structure(list(), names = character(0)) ), - Variant = structure(list(), names = character(0)) - ), UniprotID = NULL, - Description = "Tau Cathepsin Cleavage Sites", - Reference = "https://molecularneurodegeneration.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13024-023-00621-8" -), class = c( - "a3", - "list" -)) + UniprotID = NULL, + Description = "Tau Cathepsin Cleavage Sites", + Reference = "https://molecularneurodegeneration.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13024-023-00621-8" + ), + class = c( + "a3", + "list" + ) +) # mapt_citrullination ---- -MAPT_Citrullination <- structure(list( - Sequence = c( - "M", "A", "E", "P", "R", "Q", "E", - "F", "E", "V", "M", "E", "D", "H", "A", "G", "T", "Y", "G", "L", - "G", "D", "R", "K", "D", "Q", "G", "G", "Y", "T", "M", "H", "Q", - "D", "Q", "E", "G", "D", "T", "D", "A", "G", "L", "K", "E", "S", - "P", "L", "Q", "T", "P", "T", "E", "D", "G", "S", "E", "E", "P", - "G", "S", "E", "T", "S", "D", "A", "K", "S", "T", "P", "T", "A", - "E", "D", "V", "T", "A", "P", "L", "V", "D", "E", "G", "A", "P", - "G", "K", "Q", "A", "A", "A", "Q", "P", "H", "T", "E", "I", "P", - "E", "G", "T", "T", "A", "E", "E", "A", "G", "I", "G", "D", "T", - "P", "S", "L", "E", "D", "E", "A", "A", "G", "H", "V", "T", "Q", - "A", "R", "M", "V", "S", "K", "S", "K", "D", "G", "T", "G", "S", - "D", "D", "K", "K", "A", "K", "G", "A", "D", "G", "K", "T", "K", - "I", "A", "T", "P", "R", "G", "A", "A", "P", "P", "G", "Q", "K", - "G", "Q", "A", "N", "A", "T", "R", "I", "P", "A", "K", "T", "P", - "P", "A", "P", "K", "T", "P", "P", "S", "S", "G", "E", "P", "P", - "K", "S", "G", "D", "R", "S", "G", "Y", "S", "S", "P", "G", "S", - "P", "G", "T", "P", "G", "S", "R", "S", "R", "T", "P", "S", "L", - "P", "T", "P", "P", "T", "R", "E", "P", "K", "K", "V", "A", "V", - "V", "R", "T", "P", "P", "K", "S", "P", "S", "S", "A", "K", "S", - "R", "L", "Q", "T", "A", "P", "V", "P", "M", "P", "D", "L", "K", - "N", "V", "K", "S", "K", "I", "G", "S", "T", "E", "N", "L", "K", - "H", "Q", "P", "G", "G", "G", "K", "V", "Q", "I", "I", "N", "K", - "K", "L", "D", "L", "S", "N", "V", "Q", "S", "K", "C", "G", "S", - "K", "D", "N", "I", "K", "H", "V", "P", "G", "G", "G", "S", "V", - "Q", "I", "V", "Y", "K", "P", "V", "D", "L", "S", "K", "V", "T", - "S", "K", "C", "G", "S", "L", "G", "N", "I", "H", "H", "K", "P", - "G", "G", "G", "Q", "V", "E", "V", "K", "S", "E", "K", "L", "D", - "F", "K", "D", "R", "V", "Q", "S", "K", "I", "G", "S", "L", "D", - "N", "I", "T", "H", "V", "P", "G", "G", "G", "N", "K", "K", "I", - "E", "T", "H", "K", "L", "T", "F", "R", "E", "N", "A", "K", "A", - "K", "T", "D", "H", "G", "A", "E", "I", "V", "Y", "K", "S", "P", - "V", "V", "S", "G", "D", "T", "S", "P", "R", "H", "L", "S", "N", - "V", "S", "S", "T", "G", "S", "I", "D", "M", "V", "D", "S", "P", - "Q", "L", "A", "T", "L", "A", "D", "E", "V", "S", "A", "S", "L", - "A", "K", "Q", "G", "L" - ), Annotations = list( - Site = NULL, Region = NULL, - PTM = list(Citrullination = c( - 5, 23, 126, 155, 170, 194, - 209, 211, 221, 230, 242, 349, 379, 406 - )), Cleavage_site = NULL, - Variant = NULL - ), UniprotID = NULL, - Description = "Probing tau citrullination in Alzheimer’s disease brains and mouse models of tauopathy", - Reference = "https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.06.601399v1.full" -), class = c( - "a3", - "list" -)) +MAPT_Citrullination <- structure( + list( + Sequence = c( + "M", + "A", + "E", + "P", + "R", + "Q", + "E", + "F", + "E", + "V", + "M", + "E", + "D", + "H", + "A", + "G", + "T", + "Y", + "G", + "L", + "G", + "D", + "R", + "K", + "D", + "Q", + "G", + "G", + "Y", + "T", + "M", + "H", + "Q", + "D", + "Q", + "E", + "G", + "D", + "T", + "D", + "A", + "G", + "L", + "K", + "E", + "S", + "P", + "L", + "Q", + "T", + "P", + "T", + "E", + "D", + "G", + "S", + "E", + "E", + "P", + "G", + "S", + "E", + "T", + "S", + "D", + "A", + "K", + "S", + "T", + "P", + "T", + "A", + "E", + "D", + "V", + "T", + "A", + "P", + "L", + "V", + "D", + "E", + "G", + "A", + "P", + "G", + "K", + "Q", + "A", + "A", + "A", + "Q", + "P", + "H", + "T", + "E", + "I", + "P", + "E", + "G", + "T", + "T", + "A", + "E", + "E", + "A", + "G", + "I", + "G", + "D", + "T", + "P", + "S", + "L", + "E", + "D", + "E", + "A", + "A", + "G", + "H", + "V", + "T", + "Q", + "A", + "R", + "M", + "V", + "S", + "K", + "S", + "K", + "D", + "G", + "T", + "G", + "S", + "D", + "D", + "K", + "K", + "A", + "K", + "G", + "A", + "D", + "G", + "K", + "T", + "K", + "I", + "A", + "T", + "P", + "R", + "G", + "A", + "A", + "P", + "P", + "G", + "Q", + "K", + "G", + "Q", + "A", + "N", + "A", + "T", + "R", + "I", + "P", + "A", + "K", + "T", + "P", + "P", + "A", + "P", + "K", + "T", + "P", + "P", + "S", + "S", + "G", + "E", + "P", + "P", + "K", + "S", + "G", + "D", + "R", + "S", + "G", + "Y", + "S", + "S", + "P", + "G", + "S", + "P", + "G", + "T", + "P", + "G", + "S", + "R", + "S", + "R", + "T", + "P", + "S", + "L", + "P", + "T", + "P", + "P", + "T", + "R", + "E", + "P", + "K", + "K", + "V", + "A", + "V", + "V", + "R", + "T", + "P", + "P", + "K", + "S", + "P", + "S", + "S", + "A", + "K", + "S", + "R", + "L", + "Q", + "T", + "A", + "P", + "V", + "P", + "M", + "P", + "D", + "L", + "K", + "N", + "V", + "K", + "S", + "K", + "I", + "G", + "S", + "T", + "E", + "N", + "L", + "K", + "H", + "Q", + "P", + "G", + "G", + "G", + "K", + "V", + "Q", + "I", + "I", + "N", + "K", + "K", + "L", + "D", + "L", + "S", + "N", + "V", + "Q", + "S", + "K", + "C", + "G", + "S", + "K", + "D", + "N", + "I", + "K", + "H", + "V", + "P", + "G", + "G", + "G", + "S", + "V", + "Q", + "I", + "V", + "Y", + "K", + "P", + "V", + "D", + "L", + "S", + "K", + "V", + "T", + "S", + "K", + "C", + "G", + "S", + "L", + "G", + "N", + "I", + "H", + "H", + "K", + "P", + "G", + "G", + "G", + "Q", + "V", + "E", + "V", + "K", + "S", + "E", + "K", + "L", + "D", + "F", + "K", + "D", + "R", + "V", + "Q", + "S", + "K", + "I", + "G", + "S", + "L", + "D", + "N", + "I", + "T", + "H", + "V", + "P", + "G", + "G", + "G", + "N", + "K", + "K", + "I", + "E", + "T", + "H", + "K", + "L", + "T", + "F", + "R", + "E", + "N", + "A", + "K", + "A", + "K", + "T", + "D", + "H", + "G", + "A", + "E", + "I", + "V", + "Y", + "K", + "S", + "P", + "V", + "V", + "S", + "G", + "D", + "T", + "S", + "P", + "R", + "H", + "L", + "S", + "N", + "V", + "S", + "S", + "T", + "G", + "S", + "I", + "D", + "M", + "V", + "D", + "S", + "P", + "Q", + "L", + "A", + "T", + "L", + "A", + "D", + "E", + "V", + "S", + "A", + "S", + "L", + "A", + "K", + "Q", + "G", + "L" + ), + Annotations = list( + Site = NULL, + Region = NULL, + PTM = list( + Citrullination = c( + 5, + 23, + 126, + 155, + 170, + 194, + 209, + 211, + 221, + 230, + 242, + 349, + 379, + 406 + ) + ), + Cleavage_site = NULL, + Variant = NULL + ), + UniprotID = NULL, + Description = "Probing tau citrullination in Alzheimer’s disease brains and mouse models of tauopathy", + Reference = "https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.06.601399v1.full" + ), + class = c( + "a3", + "list" + ) +) + +# APP Cleavage sites ---- +MAPT_APP_Cleavage_3_4 <- structure( + list( + Sequence = c( + "M", + "L", + "P", + "G", + "L", + "A", + "L", + "L", + "L", + "L", + "A", + "A", + "W", + "T", + "A", + "R", + "A", + "L", + "E", + "V", + "P", + "T", + "D", + "G", + "N", + "A", + "G", + "L", + "L", + "A", + "E", + "P", + "Q", + "I", + "A", + "M", + "F", + "C", + "G", + "R", + "L", + "N", + "M", + "H", + "M", + "N", + "V", + "Q", + "N", + "G", + "K", + "W", + "D", + "S", + "D", + "P", + "S", + "G", + "T", + "K", + "T", + "C", + "I", + "D", + "T", + "K", + "E", + "G", + "I", + "L", + "Q", + "Y", + "C", + "Q", + "E", + "V", + "Y", + "P", + "E", + "L", + "Q", + "I", + "T", + "N", + "V", + "V", + "E", + "A", + "N", + "Q", + "P", + "V", + "T", + "I", + "Q", + "N", + "W", + "C", + "K", + "R", + "G", + "R", + "K", + "Q", + "C", + "K", + "T", + "H", + "P", + "H", + "F", + "V", + "I", + "P", + "Y", + "R", + "C", + "L", + "V", + "G", + "E", + "F", + "V", + "S", + "D", + "A", + "L", + "L", + "V", + "P", + "D", + "K", + "C", + "K", + "F", + "L", + "H", + "Q", + "E", + "R", + "M", + "D", + "V", + "C", + "E", + "T", + "H", + "L", + "H", + "W", + "H", + "T", + "V", + "A", + "K", + "E", + "T", + "C", + "S", + "E", + "K", + "S", + "T", + "N", + "L", + "H", + "D", + "Y", + "G", + "M", + "L", + "L", + "P", + "C", + "G", + "I", + "D", + "K", + "F", + "R", + "G", + "V", + "E", + "F", + "V", + "C", + "C", + "P", + "L", + "A", + "E", + "E", + "S", + "D", + "N", + "V", + "D", + "S", + "A", + "D", + "A", + "E", + "E", + "D", + "D", + "S", + "D", + "V", + "W", + "W", + "G", + "G", + "A", + "D", + "T", + "D", + "Y", + "A", + "D", + "G", + "S", + "E", + "D", + "K", + "V", + "V", + "E", + "V", + "A", + "E", + "E", + "E", + "E", + "V", + "A", + "E", + "V", + "E", + "E", + "E", + "E", + "A", + "D", + "D", + "D", + "E", + "D", + "D", + "E", + "D", + "G", + "D", + "E", + "V", + "E", + "E", + "E", + "A", + "E", + "E", + "P", + "Y", + "E", + "E", + "A", + "T", + "E", + "R", + "T", + "T", + "S", + "I", + "A", + "T", + "T", + "T", + "T", + "T", + "T", + "T", + "E", + "S", + "V", + "E", + "E", + "V", + "V", + "R", + "E", + "V", + "C", + "S", + "E", + "Q", + "A", + "E", + "T", + "G", + "P", + "C", + "R", + "A", + "M", + "I", + "S", + "R", + "W", + "Y", + "F", + "D", + "V", + "T", + "E", + "G", + "K", + "C", + "A", + "P", + "F", + "F", + "Y", + "G", + "G", + "C", + "G", + "G", + "N", + "R", + "N", + "N", + "F", + "D", + "T", + "E", + "E", + "Y", + "C", + "M", + "A", + "V", + "C", + "G", + "S", + "A", + "M", + "S", + "Q", + "S", + "L", + "L", + "K", + "T", + "T", + "Q", + "E", + "P", + "L", + "A", + "R", + "D", + "P", + "V", + "K", + "L", + "P", + "T", + "T", + "A", + "A", + "S", + "T", + "P", + "D", + "A", + "V", + "D", + "K", + "Y", + "L", + "E", + "T", + "P", + "G", + "D", + "E", + "N", + "E", + "H", + "A", + "H", + "F", + "Q", + "K", + "A", + "K", + "E", + "R", + "L", + "E", + "A", + "K", + "H", + "R", + "E", + "R", + "M", + "S", + "Q", + "V", + "M", + "R", + "E", + "W", + "E", + "E", + "A", + "E", + "R", + "Q", + "A", + "K", + "N", + "L", + "P", + "K", + "A", + "D", + "K", + "K", + "A", + "V", + "I", + "Q", + "H", + "F", + "Q", + "E", + "K", + "V", + "E", + "S", + "L", + "E", + "Q", + "E", + "A", + "A", + "N", + "E", + "R", + "Q", + "Q", + "L", + "V", + "E", + "T", + "H", + "M", + "A", + "R", + "V", + "E", + "A", + "M", + "L", + "N", + "D", + "R", + "R", + "R", + "L", + "A", + "L", + "E", + "N", + "Y", + "I", + "T", + "A", + "L", + "Q", + "A", + "V", + "P", + "P", + "R", + "P", + "R", + "H", + "V", + "F", + "N", + "M", + "L", + "K", + "K", + "Y", + "V", + "R", + "A", + "E", + "Q", + "K", + "D", + "R", + "Q", + "H", + "T", + "L", + "K", + "H", + "F", + "E", + "H", + "V", + "R", + "M", + "V", + "D", + "P", + "K", + "K", + "A", + "A", + "Q", + "I", + "R", + "S", + "Q", + "V", + "M", + "T", + "H", + "L", + "R", + "V", + "I", + "Y", + "E", + "R", + "M", + "N", + "Q", + "S", + "L", + "S", + "L", + "L", + "Y", + "N", + "V", + "P", + "A", + "V", + "A", + "E", + "E", + "I", + "Q", + "D", + "E", + "V", + "D", + "E", + "L", + "L", + "Q", + "K", + "E", + "Q", + "N", + "Y", + "S", + "D", + "D", + "V", + "L", + "A", + "N", + "M", + "I", + "S", + "E", + "P", + "R", + "I", + "S", + "Y", + "G", + "N", + "D", + "A", + "L", + "M", + "P", + "S", + "L", + "T", + "E", + "T", + "K", + "T", + "T", + "V", + "E", + "L", + "L", + "P", + "V", + "N", + "G", + "E", + "F", + "S", + "L", + "D", + "D", + "L", + "Q", + "P", + "W", + "H", + "S", + "F", + "G", + "A", + "D", + "S", + "V", + "P", + "A", + "N", + "T", + "E", + "N", + "E", + "V", + "E", + "P", + "V", + "D", + "A", + "R", + "P", + "A", + "A", + "D", + "R", + "G", + "L", + "T", + "T", + "R", + "P", + "G", + "S", + "G", + "L", + "T", + "N", + "I", + "K", + "T", + "E", + "E", + "I", + "S", + "E", + "V", + "K", + "M", + "D", + "A", + "E", + "F", + "R", + "H", + "D", + "S", + "G", + "Y", + "E", + "V", + "H", + "H", + "Q", + "K", + "L", + "V", + "F", + "F", + "A", + "E", + "D", + "V", + "G", + "S", + "N", + "K", + "G", + "A", + "I", + "I", + "G", + "L", + "M", + "V", + "G", + "G", + "V", + "V", + "I", + "A", + "T", + "V", + "I", + "V", + "I", + "T", + "L", + "V", + "M", + "L", + "K", + "K", + "K", + "Q", + "Y", + "T", + "S", + "I", + "H", + "H", + "G", + "V", + "V", + "E", + "V", + "D", + "A", + "A", + "V", + "T", + "P", + "E", + "E", + "R", + "H", + "L", + "S", + "K", + "M", + "Q", + "Q", + "N", + "G", + "Y", + "E", + "N", + "P", + "T", + "Y", + "K", + "F", + "F", + "E", + "Q", + "M", + "Q", + "N" + ), + Annotations = list( + Site = structure(list(), names = character(0)), + Region = structure(list(), names = character(0)), + PTM = structure(list(), names = character(0)), + Cleavage_site = list( + CTSD = c( + 7L, + 8L, + 9L, + 36L, + 37L, + 61L, + 74L, + 76L, + 80L, + 81L, + 118L, + 122L, + 125L, + 183L, + 184L, + 186L, + 307L, + 308L, + 309L, + 479L, + 480L, + 534L, + 541L, + 548L, + 557L, + 561L, + 581L, + 607L, + 612L, + 613L, + 624L, + 626L, + 690L, + 691L, + 696L, + 719L, + 720L, + 721L, + 764L + ), + CTSE = c( + 7L, + 8L, + 9L, + 11L, + 29L, + 30L, + 31L, + 35L, + 36L, + 37L, + 42L, + 71L, + 72L, + 73L, + 74L, + 81L, + 84L, + 87L, + 116L, + 118L, + 120L, + 122L, + 124L, + 128L, + 136L, + 144L, + 169L, + 172L, + 180L, + 183L, + 184L, + 186L, + 192L, + 263L, + 291L, + 303L, + 305L, + 308L, + 332L, + 338L, + 349L, + 351L, + 368L, + 379L, + 410L, + 440L, + 442L, + 443L, + 453L, + 454L, + 455L, + 466L, + 472L, + 474L, + 476L, + 477L, + 478L, + 481L, + 531L, + 534L, + 535L, + 543L, + 546L, + 547L, + 548L, + 549L, + 555L, + 556L, + 557L, + 559L, + 563L, + 565L, + 567L, + 577L, + 581L, + 582L, + 594L, + 596L, + 598L, + 606L, + 607L, + 613L, + 614L, + 615L, + 622L, + 625L, + 651L, + 665L, + 668L, + 670L, + 676L, + 690L, + 691L, + 696L, + 704L, + 705L, + 706L, + 708L, + 719L, + 722L, + 724L, + 737L, + 740L, + 763L, + 764L, + 765L + ), + CTSV = c( + 8L, + 9L, + 11L, + 18L, + 19L, + 29L, + 30L, + 37L, + 38L, + 42L, + 72L, + 73L, + 74L, + 75L, + 81L, + 106L, + 116L, + 128L, + 170L, + 171L, + 172L, + 173L, + 180L, + 181L, + 183L, + 186L, + 291L, + 303L, + 305L, + 308L, + 310L, + 312L, + 314L, + 321L, + 322L, + 341L, + 342L, + 350L, + 351L, + 358L, + 366L, + 368L, + 380L, + 433L, + 443L, + 470L, + 471L, + 472L, + 481L, + 535L, + 539L, + 540L, + 548L, + 549L, + 555L, + 559L, + 563L, + 582L, + 589L, + 598L, + 605L, + 614L, + 616L, + 619L, + 622L, + 625L, + 684L, + 691L, + 692L, + 696L, + 704L, + 706L, + 708L, + 719L, + 722L + ), + CTSX = c( + 9L, + 15L, + 31L, + 71L, + 81L, + 82L, + 106L, + 112L, + 125L, + 126L, + 131L, + 132L, + 134L, + 178L, + 183L, + 185L, + 186L, + 274L, + 289L, + 373L, + 405L, + 535L, + 559L, + 562L, + 563L, + 572L, + 575L, + 599L, + 613L, + 615L, + 616L, + 668L, + 681L, + 719L, + 745L + ) + ), + Variant = structure(list(), names = character(0)) + ), + UniprotID = "P05067-1", + Description = "APP cleavage data - pH 3.4", + Reference = "Ackley et al preprint" + ), + class = c("a3", "list") +) + +MAPT_APP_Cleavage_4_5 <- structure( + list( + Sequence = c( + "M", + "L", + "P", + "G", + "L", + "A", + "L", + "L", + "L", + "L", + "A", + "A", + "W", + "T", + "A", + "R", + "A", + "L", + "E", + "V", + "P", + "T", + "D", + "G", + "N", + "A", + "G", + "L", + "L", + "A", + "E", + "P", + "Q", + "I", + "A", + "M", + "F", + "C", + "G", + "R", + "L", + "N", + "M", + "H", + "M", + "N", + "V", + "Q", + "N", + "G", + "K", + "W", + "D", + "S", + "D", + "P", + "S", + "G", + "T", + "K", + "T", + "C", + "I", + "D", + "T", + "K", + "E", + "G", + "I", + "L", + "Q", + "Y", + "C", + "Q", + "E", + "V", + "Y", + "P", + "E", + "L", + "Q", + "I", + "T", + "N", + "V", + "V", + "E", + "A", + "N", + "Q", + "P", + "V", + "T", + "I", + "Q", + "N", + "W", + "C", + "K", + "R", + "G", + "R", + "K", + "Q", + "C", + "K", + "T", + "H", + "P", + "H", + "F", + "V", + "I", + "P", + "Y", + "R", + "C", + "L", + "V", + "G", + "E", + "F", + "V", + "S", + "D", + "A", + "L", + "L", + "V", + "P", + "D", + "K", + "C", + "K", + "F", + "L", + "H", + "Q", + "E", + "R", + "M", + "D", + "V", + "C", + "E", + "T", + "H", + "L", + "H", + "W", + "H", + "T", + "V", + "A", + "K", + "E", + "T", + "C", + "S", + "E", + "K", + "S", + "T", + "N", + "L", + "H", + "D", + "Y", + "G", + "M", + "L", + "L", + "P", + "C", + "G", + "I", + "D", + "K", + "F", + "R", + "G", + "V", + "E", + "F", + "V", + "C", + "C", + "P", + "L", + "A", + "E", + "E", + "S", + "D", + "N", + "V", + "D", + "S", + "A", + "D", + "A", + "E", + "E", + "D", + "D", + "S", + "D", + "V", + "W", + "W", + "G", + "G", + "A", + "D", + "T", + "D", + "Y", + "A", + "D", + "G", + "S", + "E", + "D", + "K", + "V", + "V", + "E", + "V", + "A", + "E", + "E", + "E", + "E", + "V", + "A", + "E", + "V", + "E", + "E", + "E", + "E", + "A", + "D", + "D", + "D", + "E", + "D", + "D", + "E", + "D", + "G", + "D", + "E", + "V", + "E", + "E", + "E", + "A", + "E", + "E", + "P", + "Y", + "E", + "E", + "A", + "T", + "E", + "R", + "T", + "T", + "S", + "I", + "A", + "T", + "T", + "T", + "T", + "T", + "T", + "T", + "E", + "S", + "V", + "E", + "E", + "V", + "V", + "R", + "E", + "V", + "C", + "S", + "E", + "Q", + "A", + "E", + "T", + "G", + "P", + "C", + "R", + "A", + "M", + "I", + "S", + "R", + "W", + "Y", + "F", + "D", + "V", + "T", + "E", + "G", + "K", + "C", + "A", + "P", + "F", + "F", + "Y", + "G", + "G", + "C", + "G", + "G", + "N", + "R", + "N", + "N", + "F", + "D", + "T", + "E", + "E", + "Y", + "C", + "M", + "A", + "V", + "C", + "G", + "S", + "A", + "M", + "S", + "Q", + "S", + "L", + "L", + "K", + "T", + "T", + "Q", + "E", + "P", + "L", + "A", + "R", + "D", + "P", + "V", + "K", + "L", + "P", + "T", + "T", + "A", + "A", + "S", + "T", + "P", + "D", + "A", + "V", + "D", + "K", + "Y", + "L", + "E", + "T", + "P", + "G", + "D", + "E", + "N", + "E", + "H", + "A", + "H", + "F", + "Q", + "K", + "A", + "K", + "E", + "R", + "L", + "E", + "A", + "K", + "H", + "R", + "E", + "R", + "M", + "S", + "Q", + "V", + "M", + "R", + "E", + "W", + "E", + "E", + "A", + "E", + "R", + "Q", + "A", + "K", + "N", + "L", + "P", + "K", + "A", + "D", + "K", + "K", + "A", + "V", + "I", + "Q", + "H", + "F", + "Q", + "E", + "K", + "V", + "E", + "S", + "L", + "E", + "Q", + "E", + "A", + "A", + "N", + "E", + "R", + "Q", + "Q", + "L", + "V", + "E", + "T", + "H", + "M", + "A", + "R", + "V", + "E", + "A", + "M", + "L", + "N", + "D", + "R", + "R", + "R", + "L", + "A", + "L", + "E", + "N", + "Y", + "I", + "T", + "A", + "L", + "Q", + "A", + "V", + "P", + "P", + "R", + "P", + "R", + "H", + "V", + "F", + "N", + "M", + "L", + "K", + "K", + "Y", + "V", + "R", + "A", + "E", + "Q", + "K", + "D", + "R", + "Q", + "H", + "T", + "L", + "K", + "H", + "F", + "E", + "H", + "V", + "R", + "M", + "V", + "D", + "P", + "K", + "K", + "A", + "A", + "Q", + "I", + "R", + "S", + "Q", + "V", + "M", + "T", + "H", + "L", + "R", + "V", + "I", + "Y", + "E", + "R", + "M", + "N", + "Q", + "S", + "L", + "S", + "L", + "L", + "Y", + "N", + "V", + "P", + "A", + "V", + "A", + "E", + "E", + "I", + "Q", + "D", + "E", + "V", + "D", + "E", + "L", + "L", + "Q", + "K", + "E", + "Q", + "N", + "Y", + "S", + "D", + "D", + "V", + "L", + "A", + "N", + "M", + "I", + "S", + "E", + "P", + "R", + "I", + "S", + "Y", + "G", + "N", + "D", + "A", + "L", + "M", + "P", + "S", + "L", + "T", + "E", + "T", + "K", + "T", + "T", + "V", + "E", + "L", + "L", + "P", + "V", + "N", + "G", + "E", + "F", + "S", + "L", + "D", + "D", + "L", + "Q", + "P", + "W", + "H", + "S", + "F", + "G", + "A", + "D", + "S", + "V", + "P", + "A", + "N", + "T", + "E", + "N", + "E", + "V", + "E", + "P", + "V", + "D", + "A", + "R", + "P", + "A", + "A", + "D", + "R", + "G", + "L", + "T", + "T", + "R", + "P", + "G", + "S", + "G", + "L", + "T", + "N", + "I", + "K", + "T", + "E", + "E", + "I", + "S", + "E", + "V", + "K", + "M", + "D", + "A", + "E", + "F", + "R", + "H", + "D", + "S", + "G", + "Y", + "E", + "V", + "H", + "H", + "Q", + "K", + "L", + "V", + "F", + "F", + "A", + "E", + "D", + "V", + "G", + "S", + "N", + "K", + "G", + "A", + "I", + "I", + "G", + "L", + "M", + "V", + "G", + "G", + "V", + "V", + "I", + "A", + "T", + "V", + "I", + "V", + "I", + "T", + "L", + "V", + "M", + "L", + "K", + "K", + "K", + "Q", + "Y", + "T", + "S", + "I", + "H", + "H", + "G", + "V", + "V", + "E", + "V", + "D", + "A", + "A", + "V", + "T", + "P", + "E", + "E", + "R", + "H", + "L", + "S", + "K", + "M", + "Q", + "Q", + "N", + "G", + "Y", + "E", + "N", + "P", + "T", + "Y", + "K", + "F", + "F", + "E", + "Q", + "M", + "Q", + "N" + ), + Annotations = list( + Site = structure(list(), names = character(0)), + Region = structure(list(), names = character(0)), + PTM = structure(list(), names = character(0)), + Cleavage_site = list( + AEP = c( + 23L, + 25L, + 42L, + 64L, + 81L, + 83L, + 84L, + 106L, + 112L, + 124L, + 125L, + 127L, + 131L, + 142L, + 145L, + 163L, + 164L, + 167L, + 178L, + 194L, + 195L, + 200L, + 204L, + 205L, + 206L, + 207L, + 214L, + 216L, + 219L, + 274L, + 277L, + 279L, + 288L, + 327L, + 328L, + 329L, + 330L, + 373L, + 376L, + 386L, + 405L, + 448L, + 466L, + 475L, + 482L, + 492L, + 537L, + 541L, + 542L, + 549L, + 550L, + 563L, + 571L, + 574L, + 579L, + 590L, + 610L, + 616L, + 617L, + 627L, + 632L, + 641L, + 668L, + 672L, + 678L, + 681L, + 692L, + 694L, + 697L, + 698L, + 716L, + 738L, + 739L, + 755L, + 757L, + 758L, + 759L + ), + CTSA = c( + 6L, + 9L, + 10L, + 28L, + 30L, + 36L, + 73L, + 115L, + 120L, + 125L, + 134L, + 158L, + 176L, + 177L, + 178L, + 183L, + 186L, + 220L, + 305L, + 316L, + 379L, + 404L, + 405L, + 492L, + 508L, + 535L, + 537L, + 542L, + 543L, + 544L, + 545L, + 546L, + 547L, + 548L, + 549L, + 599L, + 614L, + 616L, + 621L, + 623L, + 624L, + 628L, + 710L, + 729L, + 733L, + 735L + ), + CTSB = c( + 7L, + 17L, + 33L, + 43L, + 66L, + 67L, + 68L, + 79L, + 80L, + 81L, + 116L, + 132L, + 134L, + 147L, + 152L, + 155L, + 174L, + 175L, + 181L, + 184L, + 301L, + 306L, + 337L, + 363L, + 390L, + 496L, + 522L, + 538L, + 541L, + 543L, + 547L, + 548L, + 549L, + 554L, + 561L, + 585L, + 596L, + 597L, + 614L, + 615L, + 622L, + 624L, + 625L, + 626L, + 628L, + 663L, + 680L, + 704L, + 720L, + 725L, + 726L, + 727L + ), + CTSD = c( + 7L, + 8L, + 9L, + 20L, + 36L, + 37L, + 61L, + 81L, + 90L, + 118L, + 122L, + 125L, + 172L, + 183L, + 184L, + 186L, + 307L, + 308L, + 309L, + 479L, + 480L, + 534L, + 541L, + 548L, + 557L, + 561L, + 607L, + 612L, + 613L, + 624L, + 690L, + 691L, + 720L, + 721L, + 764L + ), + CTSE = c( + 7L, + 8L, + 9L, + 31L, + 36L, + 37L, + 45L, + 71L, + 72L, + 111L, + 118L, + 121L, + 122L, + 136L, + 170L, + 172L, + 184L, + 186L, + 211L, + 303L, + 309L, + 338L, + 349L, + 368L, + 410L, + 475L, + 476L, + 478L, + 479L, + 480L, + 514L, + 534L, + 547L, + 548L, + 577L, + 602L, + 606L, + 607L, + 613L, + 615L, + 624L, + 690L, + 691L, + 704L, + 705L, + 714L, + 716L, + 719L, + 720L, + 721L, + 737L, + 740L, + 764L, + 765L + ), + CTSF = c(90L, 131L, 194L, 547L, 722L), + CTSG = c( + 8L, + 9L, + 37L, + 72L, + 113L, + 115L, + 121L, + 143L, + 177L, + 179L, + 184L, + 197L, + 205L, + 217L, + 230L, + 288L, + 289L, + 294L, + 302L, + 319L, + 372L, + 378L, + 384L, + 413L, + 435L, + 479L, + 495L, + 498L, + 504L, + 557L, + 572L, + 575L, + 580L, + 593L, + 615L, + 672L, + 691L, + 705L, + 720L, + 755L, + 757L + ), + CTSK = c( + 9L, + 29L, + 30L, + 31L, + 33L, + 71L, + 74L, + 79L, + 81L, + 90L, + 119L, + 120L, + 124L, + 137L, + 171L, + 174L, + 188L, + 231L, + 300L, + 301L, + 304L, + 305L, + 314L, + 341L, + 351L, + 366L, + 367L, + 433L, + 472L, + 474L, + 478L, + 481L, + 488L, + 495L, + 510L, + 527L, + 535L, + 548L, + 585L, + 596L, + 605L, + 651L, + 659L, + 691L, + 719L, + 724L + ), + CTSL = c( + 7L, + 8L, + 9L, + 11L, + 19L, + 29L, + 30L, + 35L, + 37L, + 38L, + 42L, + 54L, + 58L, + 62L, + 71L, + 73L, + 74L, + 81L, + 87L, + 93L, + 95L, + 99L, + 106L, + 112L, + 116L, + 118L, + 119L, + 124L, + 128L, + 136L, + 137L, + 151L, + 155L, + 166L, + 169L, + 171L, + 174L, + 180L, + 181L, + 182L, + 183L, + 186L, + 187L, + 188L, + 194L, + 231L, + 263L, + 273L, + 274L, + 275L, + 276L, + 280L, + 281L, + 287L, + 288L, + 291L, + 303L, + 305L, + 306L, + 308L, + 321L, + 322L, + 331L, + 332L, + 333L, + 337L, + 341L, + 342L, + 350L, + 351L, + 352L, + 353L, + 358L, + 359L, + 360L, + 379L, + 392L, + 399L, + 407L, + 410L, + 414L, + 433L, + 436L, + 440L, + 443L, + 455L, + 466L, + 472L, + 473L, + 478L, + 481L, + 491L, + 492L, + 513L, + 516L, + 527L, + 531L, + 535L, + 537L, + 538L, + 539L, + 540L, + 548L, + 549L, + 550L, + 555L, + 559L, + 566L, + 567L, + 572L, + 573L, + 578L, + 582L, + 587L, + 589L, + 590L, + 596L, + 598L, + 602L, + 603L, + 605L, + 606L, + 610L, + 613L, + 614L, + 616L, + 622L, + 625L, + 651L, + 652L, + 659L, + 662L, + 676L, + 690L, + 691L, + 692L, + 694L, + 696L, + 704L, + 706L, + 719L, + 720L, + 722L, + 724L, + 725L, + 728L, + 729L, + 737L, + 739L, + 751L, + 763L, + 765L, + 766L + ), + CTSS = c( + 18L, + 19L, + 29L, + 30L, + 35L, + 37L, + 42L, + 58L, + 69L, + 71L, + 73L, + 74L, + 75L, + 81L, + 83L, + 87L, + 93L, + 106L, + 111L, + 112L, + 116L, + 120L, + 124L, + 127L, + 128L, + 133L, + 137L, + 142L, + 144L, + 155L, + 166L, + 171L, + 172L, + 180L, + 183L, + 184L, + 185L, + 186L, + 187L, + 188L, + 191L, + 192L, + 263L, + 274L, + 280L, + 288L, + 291L, + 303L, + 304L, + 306L, + 312L, + 315L, + 333L, + 339L, + 341L, + 342L, + 346L, + 350L, + 351L, + 353L, + 358L, + 359L, + 367L, + 368L, + 369L, + 379L, + 380L, + 399L, + 407L, + 410L, + 411L, + 436L, + 440L, + 443L, + 444L, + 455L, + 461L, + 462L, + 463L, + 470L, + 472L, + 473L, + 479L, + 480L, + 481L, + 482L, + 495L, + 516L, + 532L, + 535L, + 538L, + 540L, + 541L, + 542L, + 546L, + 547L, + 548L, + 549L, + 555L, + 556L, + 562L, + 563L, + 566L, + 567L, + 568L, + 577L, + 578L, + 582L, + 587L, + 598L, + 602L, + 603L, + 604L, + 605L, + 606L, + 607L, + 610L, + 612L, + 614L, + 615L, + 616L, + 622L, + 628L, + 641L, + 651L, + 657L, + 670L, + 672L, + 687L, + 690L, + 691L, + 692L, + 693L, + 696L, + 704L, + 706L, + 707L, + 708L, + 719L, + 722L, + 724L, + 739L, + 753L, + 757L, + 758L, + 763L, + 765L, + 769L + ), + CTSV = c( + 8L, + 9L, + 11L, + 16L, + 19L, + 29L, + 30L, + 35L, + 37L, + 38L, + 42L, + 71L, + 72L, + 73L, + 74L, + 81L, + 87L, + 90L, + 93L, + 95L, + 106L, + 116L, + 120L, + 124L, + 128L, + 137L, + 144L, + 169L, + 170L, + 171L, + 172L, + 180L, + 181L, + 183L, + 186L, + 237L, + 291L, + 303L, + 305L, + 309L, + 310L, + 312L, + 314L, + 321L, + 322L, + 341L, + 350L, + 351L, + 358L, + 379L, + 407L, + 410L, + 433L, + 440L, + 443L, + 454L, + 455L, + 466L, + 474L, + 477L, + 478L, + 479L, + 481L, + 510L, + 513L, + 531L, + 532L, + 535L, + 546L, + 548L, + 549L, + 550L, + 555L, + 559L, + 563L, + 567L, + 578L, + 582L, + 585L, + 586L, + 587L, + 598L, + 602L, + 605L, + 606L, + 612L, + 614L, + 616L, + 622L, + 625L, + 659L, + 662L, + 667L, + 670L, + 672L, + 676L, + 684L, + 691L, + 692L, + 696L, + 706L, + 708L, + 719L, + 722L, + 723L, + 724L, + 729L, + 758L, + 762L, + 765L, + 766L + ), + CTSX = c( + 9L, + 14L, + 15L, + 17L, + 28L, + 29L, + 30L, + 64L, + 71L, + 79L, + 81L, + 82L, + 106L, + 125L, + 131L, + 133L, + 134L, + 172L, + 178L, + 183L, + 184L, + 185L, + 186L, + 274L, + 350L, + 404L, + 405L, + 471L, + 472L, + 481L, + 508L, + 518L, + 559L, + 563L, + 572L, + 576L, + 612L, + 613L, + 614L, + 641L, + 681L, + 692L, + 705L, + 706L, + 716L, + 719L, + 741L, + 757L + ) + ), + Variant = structure(list(), names = character(0)) + ), + UniprotID = "P05067-1", + Description = "APP cleavage data - pH 4.5", + Reference = "Ackley et al preprint" + ), + class = c("a3", "list") +) + +MAPT_APP_Cleavage_5_5 <- structure( + list( + Sequence = c( + "M", + "L", + "P", + "G", + "L", + "A", + "L", + "L", + "L", + "L", + "A", + "A", + "W", + "T", + "A", + "R", + "A", + "L", + "E", + "V", + "P", + "T", + "D", + "G", + "N", + "A", + "G", + "L", + "L", + "A", + "E", + "P", + "Q", + "I", + "A", + "M", + "F", + "C", + "G", + "R", + "L", + "N", + "M", + "H", + "M", + "N", + "V", + "Q", + "N", + "G", + "K", + "W", + "D", + "S", + "D", + "P", + "S", + "G", + "T", + "K", + "T", + "C", + "I", + "D", + "T", + "K", + "E", + "G", + "I", + "L", + "Q", + "Y", + "C", + "Q", + "E", + "V", + "Y", + "P", + "E", + "L", + "Q", + "I", + "T", + "N", + "V", + "V", + "E", + "A", + "N", + "Q", + "P", + "V", + "T", + "I", + "Q", + "N", + "W", + "C", + "K", + "R", + "G", + "R", + "K", + "Q", + "C", + "K", + "T", + "H", + "P", + "H", + "F", + "V", + "I", + "P", + "Y", + "R", + "C", + "L", + "V", + "G", + "E", + "F", + "V", + "S", + "D", + "A", + "L", + "L", + "V", + "P", + "D", + "K", + "C", + "K", + "F", + "L", + "H", + "Q", + "E", + "R", + "M", + "D", + "V", + "C", + "E", + "T", + "H", + "L", + "H", + "W", + "H", + "T", + "V", + "A", + "K", + "E", + "T", + "C", + "S", + "E", + "K", + "S", + "T", + "N", + "L", + "H", + "D", + "Y", + "G", + "M", + "L", + "L", + "P", + "C", + "G", + "I", + "D", + "K", + "F", + "R", + "G", + "V", + "E", + "F", + "V", + "C", + "C", + "P", + "L", + "A", + "E", + "E", + "S", + "D", + "N", + "V", + "D", + "S", + "A", + "D", + "A", + "E", + "E", + "D", + "D", + "S", + "D", + "V", + "W", + "W", + "G", + "G", + "A", + "D", + "T", + "D", + "Y", + "A", + "D", + "G", + "S", + "E", + "D", + "K", + "V", + "V", + "E", + "V", + "A", + "E", + "E", + "E", + "E", + "V", + "A", + "E", + "V", + "E", + "E", + "E", + "E", + "A", + "D", + "D", + "D", + "E", + "D", + "D", + "E", + "D", + "G", + "D", + "E", + "V", + "E", + "E", + "E", + "A", + "E", + "E", + "P", + "Y", + "E", + "E", + "A", + "T", + "E", + "R", + "T", + "T", + "S", + "I", + "A", + "T", + "T", + "T", + "T", + "T", + "T", + "T", + "E", + "S", + "V", + "E", + "E", + "V", + "V", + "R", + "E", + "V", + "C", + "S", + "E", + "Q", + "A", + "E", + "T", + "G", + "P", + "C", + "R", + "A", + "M", + "I", + "S", + "R", + "W", + "Y", + "F", + "D", + "V", + "T", + "E", + "G", + "K", + "C", + "A", + "P", + "F", + "F", + "Y", + "G", + "G", + "C", + "G", + "G", + "N", + "R", + "N", + "N", + "F", + "D", + "T", + "E", + "E", + "Y", + "C", + "M", + "A", + "V", + "C", + "G", + "S", + "A", + "M", + "S", + "Q", + "S", + "L", + "L", + "K", + "T", + "T", + "Q", + "E", + "P", + "L", + "A", + "R", + "D", + "P", + "V", + "K", + "L", + "P", + "T", + "T", + "A", + "A", + "S", + "T", + "P", + "D", + "A", + "V", + "D", + "K", + "Y", + "L", + "E", + "T", + "P", + "G", + "D", + "E", + "N", + "E", + "H", + "A", + "H", + "F", + "Q", + "K", + "A", + "K", + "E", + "R", + "L", + "E", + "A", + "K", + "H", + "R", + "E", + "R", + "M", + "S", + "Q", + "V", + "M", + "R", + "E", + "W", + "E", + "E", + "A", + "E", + "R", + "Q", + "A", + "K", + "N", + "L", + "P", + "K", + "A", + "D", + "K", + "K", + "A", + "V", + "I", + "Q", + "H", + "F", + "Q", + "E", + "K", + "V", + "E", + "S", + "L", + "E", + "Q", + "E", + "A", + "A", + "N", + "E", + "R", + "Q", + "Q", + "L", + "V", + "E", + "T", + "H", + "M", + "A", + "R", + "V", + "E", + "A", + "M", + "L", + "N", + "D", + "R", + "R", + "R", + "L", + "A", + "L", + "E", + "N", + "Y", + "I", + "T", + "A", + "L", + "Q", + "A", + "V", + "P", + "P", + "R", + "P", + "R", + "H", + "V", + "F", + "N", + "M", + "L", + "K", + "K", + "Y", + "V", + "R", + "A", + "E", + "Q", + "K", + "D", + "R", + "Q", + "H", + "T", + "L", + "K", + "H", + "F", + "E", + "H", + "V", + "R", + "M", + "V", + "D", + "P", + "K", + "K", + "A", + "A", + "Q", + "I", + "R", + "S", + "Q", + "V", + "M", + "T", + "H", + "L", + "R", + "V", + "I", + "Y", + "E", + "R", + "M", + "N", + "Q", + "S", + "L", + "S", + "L", + "L", + "Y", + "N", + "V", + "P", + "A", + "V", + "A", + "E", + "E", + "I", + "Q", + "D", + "E", + "V", + "D", + "E", + "L", + "L", + "Q", + "K", + "E", + "Q", + "N", + "Y", + "S", + "D", + "D", + "V", + "L", + "A", + "N", + "M", + "I", + "S", + "E", + "P", + "R", + "I", + "S", + "Y", + "G", + "N", + "D", + "A", + "L", + "M", + "P", + "S", + "L", + "T", + "E", + "T", + "K", + "T", + "T", + "V", + "E", + "L", + "L", + "P", + "V", + "N", + "G", + "E", + "F", + "S", + "L", + "D", + "D", + "L", + "Q", + "P", + "W", + "H", + "S", + "F", + "G", + "A", + "D", + "S", + "V", + "P", + "A", + "N", + "T", + "E", + "N", + "E", + "V", + "E", + "P", + "V", + "D", + "A", + "R", + "P", + "A", + "A", + "D", + "R", + "G", + "L", + "T", + "T", + "R", + "P", + "G", + "S", + "G", + "L", + "T", + "N", + "I", + "K", + "T", + "E", + "E", + "I", + "S", + "E", + "V", + "K", + "M", + "D", + "A", + "E", + "F", + "R", + "H", + "D", + "S", + "G", + "Y", + "E", + "V", + "H", + "H", + "Q", + "K", + "L", + "V", + "F", + "F", + "A", + "E", + "D", + "V", + "G", + "S", + "N", + "K", + "G", + "A", + "I", + "I", + "G", + "L", + "M", + "V", + "G", + "G", + "V", + "V", + "I", + "A", + "T", + "V", + "I", + "V", + "I", + "T", + "L", + "V", + "M", + "L", + "K", + "K", + "K", + "Q", + "Y", + "T", + "S", + "I", + "H", + "H", + "G", + "V", + "V", + "E", + "V", + "D", + "A", + "A", + "V", + "T", + "P", + "E", + "E", + "R", + "H", + "L", + "S", + "K", + "M", + "Q", + "Q", + "N", + "G", + "Y", + "E", + "N", + "P", + "T", + "Y", + "K", + "F", + "F", + "E", + "Q", + "M", + "Q", + "N" + ), + Annotations = list( + Site = structure(list(), names = character(0)), + Region = structure(list(), names = character(0)), + PTM = structure(list(), names = character(0)), + Cleavage_site = list( + AEP = c( + 42L, + 71L, + 81L, + 84L, + 112L, + 118L, + 125L, + 131L, + 133L, + 164L, + 192L, + 193L, + 205L, + 274L, + 288L, + 304L, + 329L, + 347L, + 386L, + 404L, + 466L, + 475L, + 509L, + 511L, + 542L, + 562L, + 572L, + 575L, + 579L, + 590L, + 594L, + 610L, + 613L, + 616L, + 641L, + 668L, + 681L, + 698L, + 716L, + 717L, + 755L + ), + CTSA = c( + 30L, + 32L, + 35L, + 49L, + 78L, + 115L, + 120L, + 126L, + 183L, + 186L, + 194L, + 223L, + 294L, + 301L, + 302L, + 305L, + 321L, + 328L, + 383L, + 496L, + 508L, + 516L, + 520L, + 523L, + 535L, + 537L, + 544L, + 545L, + 546L, + 550L, + 628L, + 688L, + 691L, + 704L, + 718L, + 720L, + 724L, + 735L + ), + CTSB = c( + 16L, + 20L, + 33L, + 34L, + 66L, + 67L, + 71L, + 74L, + 79L, + 80L, + 81L, + 99L, + 101L, + 103L, + 104L, + 115L, + 116L, + 132L, + 134L, + 150L, + 174L, + 175L, + 180L, + 181L, + 184L, + 194L, + 209L, + 211L, + 220L, + 235L, + 269L, + 301L, + 303L, + 306L, + 337L, + 341L, + 342L, + 352L, + 363L, + 366L, + 389L, + 390L, + 392L, + 394L, + 414L, + 418L, + 446L, + 455L, + 457L, + 470L, + 473L, + 475L, + 479L, + 522L, + 539L, + 541L, + 543L, + 548L, + 550L, + 585L, + 596L, + 614L, + 615L, + 622L, + 625L, + 626L, + 628L, + 663L, + 680L, + 704L, + 720L, + 725L, + 727L, + 733L, + 737L, + 763L + ), + CTSG = c( + 8L, + 9L, + 10L, + 34L, + 37L, + 49L, + 55L, + 72L, + 73L, + 77L, + 87L, + 115L, + 120L, + 125L, + 179L, + 184L, + 186L, + 189L, + 205L, + 206L, + 209L, + 214L, + 217L, + 302L, + 304L, + 308L, + 372L, + 378L, + 384L, + 435L, + 479L, + 480L, + 484L, + 498L, + 500L, + 504L, + 509L, + 541L, + 548L, + 549L, + 550L, + 559L, + 572L, + 576L, + 601L, + 615L, + 621L, + 622L, + 628L, + 647L, + 653L, + 668L, + 690L, + 691L, + 702L, + 705L, + 720L, + 740L, + 764L + ), + CTSL = c( + 9L, + 29L, + 30L, + 38L, + 71L, + 75L, + 112L, + 120L, + 122L, + 305L, + 433L, + 472L, + 492L, + 510L, + 531L, + 535L, + 547L, + 548L, + 549L, + 550L, + 690L, + 691L, + 722L, + 725L, + 729L + ), + CTSO = c(9L, 71L, 86L, 92L, 133L, 192L, 511L, 590L, 613L, 614L, 668L), + CTSS = c( + 9L, + 18L, + 19L, + 21L, + 27L, + 29L, + 30L, + 31L, + 33L, + 35L, + 36L, + 37L, + 42L, + 69L, + 71L, + 73L, + 74L, + 75L, + 81L, + 83L, + 86L, + 87L, + 93L, + 95L, + 106L, + 111L, + 112L, + 116L, + 118L, + 119L, + 120L, + 121L, + 123L, + 124L, + 126L, + 127L, + 128L, + 133L, + 137L, + 142L, + 144L, + 154L, + 155L, + 166L, + 171L, + 172L, + 173L, + 175L, + 178L, + 180L, + 181L, + 183L, + 185L, + 186L, + 187L, + 188L, + 263L, + 274L, + 278L, + 279L, + 280L, + 288L, + 291L, + 303L, + 304L, + 305L, + 306L, + 312L, + 315L, + 339L, + 341L, + 342L, + 346L, + 350L, + 351L, + 353L, + 358L, + 359L, + 363L, + 366L, + 367L, + 368L, + 369L, + 379L, + 380L, + 399L, + 407L, + 408L, + 410L, + 411L, + 433L, + 436L, + 440L, + 443L, + 455L, + 461L, + 462L, + 463L, + 470L, + 472L, + 478L, + 479L, + 480L, + 481L, + 482L, + 492L, + 495L, + 499L, + 511L, + 516L, + 531L, + 532L, + 535L, + 540L, + 541L, + 542L, + 544L, + 546L, + 547L, + 548L, + 549L, + 550L, + 555L, + 556L, + 562L, + 566L, + 567L, + 568L, + 572L, + 575L, + 577L, + 578L, + 582L, + 587L, + 598L, + 603L, + 604L, + 605L, + 606L, + 610L, + 612L, + 614L, + 616L, + 618L, + 622L, + 640L, + 641L, + 651L, + 653L, + 670L, + 681L, + 687L, + 690L, + 691L, + 692L, + 696L, + 704L, + 706L, + 716L, + 717L, + 719L, + 722L, + 724L, + 729L, + 739L, + 753L, + 758L, + 765L, + 766L, + 769L + ) + ), + Variant = structure(list(), names = character(0)) + ), + UniprotID = "P05067-1", + Description = "APP cleavage data - pH 5.5", + Reference = "Ackley et al preprint" + ), + class = c("a3", "list") +) + +MAPT_APP_Cleavage_7_4 <- structure( + list( + Sequence = c( + "M", + "L", + "P", + "G", + "L", + "A", + "L", + "L", + "L", + "L", + "A", + "A", + "W", + "T", + "A", + "R", + "A", + "L", + "E", + "V", + "P", + "T", + "D", + "G", + "N", + "A", + "G", + "L", + "L", + "A", + "E", + "P", + "Q", + "I", + "A", + "M", + "F", + "C", + "G", + "R", + "L", + "N", + "M", + "H", + "M", + "N", + "V", + "Q", + "N", + "G", + "K", + "W", + "D", + "S", + "D", + "P", + "S", + "G", + "T", + "K", + "T", + "C", + "I", + "D", + "T", + "K", + "E", + "G", + "I", + "L", + "Q", + "Y", + "C", + "Q", + "E", + "V", + "Y", + "P", + "E", + "L", + "Q", + "I", + "T", + "N", + "V", + "V", + "E", + "A", + "N", + "Q", + "P", + "V", + "T", + "I", + "Q", + "N", + "W", + "C", + "K", + "R", + "G", + "R", + "K", + "Q", + "C", + "K", + "T", + "H", + "P", + "H", + "F", + "V", + "I", + "P", + "Y", + "R", + "C", + "L", + "V", + "G", + "E", + "F", + "V", + "S", + "D", + "A", + "L", + "L", + "V", + "P", + "D", + "K", + "C", + "K", + "F", + "L", + "H", + "Q", + "E", + "R", + "M", + "D", + "V", + "C", + "E", + "T", + "H", + "L", + "H", + "W", + "H", + "T", + "V", + "A", + "K", + "E", + "T", + "C", + "S", + "E", + "K", + "S", + "T", + "N", + "L", + "H", + "D", + "Y", + "G", + "M", + "L", + "L", + "P", + "C", + "G", + "I", + "D", + "K", + "F", + "R", + "G", + "V", + "E", + "F", + "V", + "C", + "C", + "P", + "L", + "A", + "E", + "E", + "S", + "D", + "N", + "V", + "D", + "S", + "A", + "D", + "A", + "E", + "E", + "D", + "D", + "S", + "D", + "V", + "W", + "W", + "G", + "G", + "A", + "D", + "T", + "D", + "Y", + "A", + "D", + "G", + "S", + "E", + "D", + "K", + "V", + "V", + "E", + "V", + "A", + "E", + "E", + "E", + "E", + "V", + "A", + "E", + "V", + "E", + "E", + "E", + "E", + "A", + "D", + "D", + "D", + "E", + "D", + "D", + "E", + "D", + "G", + "D", + "E", + "V", + "E", + "E", + "E", + "A", + "E", + "E", + "P", + "Y", + "E", + "E", + "A", + "T", + "E", + "R", + "T", + "T", + "S", + "I", + "A", + "T", + "T", + "T", + "T", + "T", + "T", + "T", + "E", + "S", + "V", + "E", + "E", + "V", + "V", + "R", + "E", + "V", + "C", + "S", + "E", + "Q", + "A", + "E", + "T", + "G", + "P", + "C", + "R", + "A", + "M", + "I", + "S", + "R", + "W", + "Y", + "F", + "D", + "V", + "T", + "E", + "G", + "K", + "C", + "A", + "P", + "F", + "F", + "Y", + "G", + "G", + "C", + "G", + "G", + "N", + "R", + "N", + "N", + "F", + "D", + "T", + "E", + "E", + "Y", + "C", + "M", + "A", + "V", + "C", + "G", + "S", + "A", + "M", + "S", + "Q", + "S", + "L", + "L", + "K", + "T", + "T", + "Q", + "E", + "P", + "L", + "A", + "R", + "D", + "P", + "V", + "K", + "L", + "P", + "T", + "T", + "A", + "A", + "S", + "T", + "P", + "D", + "A", + "V", + "D", + "K", + "Y", + "L", + "E", + "T", + "P", + "G", + "D", + "E", + "N", + "E", + "H", + "A", + "H", + "F", + "Q", + "K", + "A", + "K", + "E", + "R", + "L", + "E", + "A", + "K", + "H", + "R", + "E", + "R", + "M", + "S", + "Q", + "V", + "M", + "R", + "E", + "W", + "E", + "E", + "A", + "E", + "R", + "Q", + "A", + "K", + "N", + "L", + "P", + "K", + "A", + "D", + "K", + "K", + "A", + "V", + "I", + "Q", + "H", + "F", + "Q", + "E", + "K", + "V", + "E", + "S", + "L", + "E", + "Q", + "E", + "A", + "A", + "N", + "E", + "R", + "Q", + "Q", + "L", + "V", + "E", + "T", + "H", + "M", + "A", + "R", + "V", + "E", + "A", + "M", + "L", + "N", + "D", + "R", + "R", + "R", + "L", + "A", + "L", + "E", + "N", + "Y", + "I", + "T", + "A", + "L", + "Q", + "A", + "V", + "P", + "P", + "R", + "P", + "R", + "H", + "V", + "F", + "N", + "M", + "L", + "K", + "K", + "Y", + "V", + "R", + "A", + "E", + "Q", + "K", + "D", + "R", + "Q", + "H", + "T", + "L", + "K", + "H", + "F", + "E", + "H", + "V", + "R", + "M", + "V", + "D", + "P", + "K", + "K", + "A", + "A", + "Q", + "I", + "R", + "S", + "Q", + "V", + "M", + "T", + "H", + "L", + "R", + "V", + "I", + "Y", + "E", + "R", + "M", + "N", + "Q", + "S", + "L", + "S", + "L", + "L", + "Y", + "N", + "V", + "P", + "A", + "V", + "A", + "E", + "E", + "I", + "Q", + "D", + "E", + "V", + "D", + "E", + "L", + "L", + "Q", + "K", + "E", + "Q", + "N", + "Y", + "S", + "D", + "D", + "V", + "L", + "A", + "N", + "M", + "I", + "S", + "E", + "P", + "R", + "I", + "S", + "Y", + "G", + "N", + "D", + "A", + "L", + "M", + "P", + "S", + "L", + "T", + "E", + "T", + "K", + "T", + "T", + "V", + "E", + "L", + "L", + "P", + "V", + "N", + "G", + "E", + "F", + "S", + "L", + "D", + "D", + "L", + "Q", + "P", + "W", + "H", + "S", + "F", + "G", + "A", + "D", + "S", + "V", + "P", + "A", + "N", + "T", + "E", + "N", + "E", + "V", + "E", + "P", + "V", + "D", + "A", + "R", + "P", + "A", + "A", + "D", + "R", + "G", + "L", + "T", + "T", + "R", + "P", + "G", + "S", + "G", + "L", + "T", + "N", + "I", + "K", + "T", + "E", + "E", + "I", + "S", + "E", + "V", + "K", + "M", + "D", + "A", + "E", + "F", + "R", + "H", + "D", + "S", + "G", + "Y", + "E", + "V", + "H", + "H", + "Q", + "K", + "L", + "V", + "F", + "F", + "A", + "E", + "D", + "V", + "G", + "S", + "N", + "K", + "G", + "A", + "I", + "I", + "G", + "L", + "M", + "V", + "G", + "G", + "V", + "V", + "I", + "A", + "T", + "V", + "I", + "V", + "I", + "T", + "L", + "V", + "M", + "L", + "K", + "K", + "K", + "Q", + "Y", + "T", + "S", + "I", + "H", + "H", + "G", + "V", + "V", + "E", + "V", + "D", + "A", + "A", + "V", + "T", + "P", + "E", + "E", + "R", + "H", + "L", + "S", + "K", + "M", + "Q", + "Q", + "N", + "G", + "Y", + "E", + "N", + "P", + "T", + "Y", + "K", + "F", + "F", + "E", + "Q", + "M", + "Q", + "N" + ), + Annotations = list( + Site = structure(list(), names = character(0)), + Region = structure(list(), names = character(0)), + PTM = structure(list(), names = character(0)), + Cleavage_site = list( + CTSA = c(28L, 49L, 177L, 384L, 550L, 690L, 716L, 742L), + CTSG = c( + 8L, + 9L, + 10L, + 28L, + 36L, + 37L, + 38L, + 39L, + 42L, + 49L, + 51L, + 66L, + 70L, + 72L, + 73L, + 76L, + 77L, + 111L, + 115L, + 117L, + 120L, + 122L, + 133L, + 134L, + 135L, + 140L, + 141L, + 150L, + 161L, + 165L, + 168L, + 170L, + 177L, + 179L, + 184L, + 189L, + 192L, + 205L, + 216L, + 217L, + 262L, + 289L, + 301L, + 302L, + 307L, + 308L, + 315L, + 321L, + 332L, + 336L, + 343L, + 345L, + 350L, + 351L, + 355L, + 357L, + 370L, + 378L, + 381L, + 405L, + 410L, + 413L, + 425L, + 435L, + 438L, + 460L, + 464L, + 465L, + 469L, + 472L, + 479L, + 480L, + 491L, + 495L, + 502L, + 504L, + 507L, + 509L, + 510L, + 513L, + 524L, + 527L, + 531L, + 533L, + 534L, + 545L, + 547L, + 548L, + 549L, + 550L, + 557L, + 562L, + 565L, + 572L, + 577L, + 580L, + 588L, + 599L, + 601L, + 602L, + 615L, + 621L, + 624L, + 628L, + 638L, + 641L, + 649L, + 662L, + 670L, + 673L, + 676L, + 679L, + 687L, + 688L, + 690L, + 691L, + 702L, + 705L, + 706L, + 720L, + 724L, + 728L, + 729L, + 731L, + 744L, + 763L, + 764L, + 765L + ) + ), + Variant = structure(list(), names = character(0)) + ), + UniprotID = "P05067-1", + Description = "APP cleavage data - pH 7.4", + Reference = "Ackley et al preprint" + ), + class = c("a3", "list") +)