added reactome ontologies and bugs correction

app-demo-myMultiNER.py

@@ -83,11 +83,11 @@ models_List = ["FacebookAI/xlm-roberta-large-finetuned-conll03-english",  "Babel
 #categories_List = ["MED","LOC","PER","ORG","DATE","MISC"]
 categories_List = ["MED","LOC","PER","ORG","DATE","MISC", "CONC", "BIOP", "ACTI", "ANAT", "CHEM",  "DEVI", "DISO", "GENE", "GEOG", "LIVB", "OBJC", "OCCU", "ORGA", "PHEN", "PHYS" , "PROC"]
 
-POSSIBLE_KGchoices_List = ["AI", "AIO", "AEO", "BFO", "BIM", "BCGO", "CL", "CHIRO", "CHEBI", "DCM", "FMA", "GO", "GENO",
-             "GeoSPARQL", "HL7", "DOID", "HP", "HP_O", "IDO", "IAO", "ICD10", "LOINC", "MESH",
-             "MONDO", "NCIT", "NCBITAXON", "NCBITaxon_", "NIFCELL", "NIFSTD", "GML", "OBCS", "OCHV", "OHPI",
-             "OPB", "TRANS", "PLOSTHES", "RADLEX", "RO", "STY", "SO", "SNOMED", "STATO",
-             "SYMP", "FoodOn", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS", "EuroSciVoc", "ARO"]
+POSSIBLE_KGchoices_List = sorted(["AI", "AIO", "AEO", "BFO", "BIM", "BCGO", "CL", "CHIRO", "CHEBI", "DCM", "FMA", "GO", "GENO",
+			   "GeoSPARQL", "HL7", "DOID", "HP", "HP_O", "IDO", "IAO", "ICD10", "LOINC", "MESH", "MONDO", "NCIT",
+			   "NCBITAXON", "NCBITaxon_", "NIFCELL", "NIFSTD", "GML", "OBCS", "OCHV", "OHPI", "OPB", "TRANS",
+			   "PLOSTHES", "RADLEX", "RO", "STY", "SO", "SNOMED", "STATO", "SYMP", "FoodOn", "UBERON", "ORDO", "HOOM",
+			   "VO", "OGMS", "EuroSciVoc", "ARO", "REACTO", "go-lego", "go-lego-reacto", "PR", "PSIMOD", "pathway_like_go_cams"])
 
 
 modelGliner=None

nerBio.py

@@ -85,13 +85,13 @@ mem = Memory(cachedir, verbose=False)
 #     print(item)
 # print(count)
 
-POSSIBLE_KGchoices_List = ["AI", "AIO", "AEO", "BFO", "BIM", "BCGO", "CL", "CHIRO", "CHEBI", "DCM", "FMA", "GO", "GENO",
-             "GeoSPARQL", "HL7", "DOID", "HP", "HP_O", "IDO", "IAO", "ICD10", "LOINC", "MESH",
-             "MONDO", "NCIT", "NCBITAXON", "NCBITaxon_", "NIFCELL", "NIFSTD", "GML", "OBCS", "OCHV", "OHPI",
-             "OPB", "TRANS", "PLOSTHES", "RADLEX", "RO", "STY", "SO", "SNOMED", "STATO",
-             "SYMP", "FoodOn", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS", "EuroSciVoc", "ARO"]
+POSSIBLE_KGchoices_List = sorted(["AI", "AIO", "AEO", "BFO", "BIM", "BCGO", "CL", "CHIRO", "CHEBI", "DCM", "FMA", "GO", "GENO",
+			   "GeoSPARQL", "HL7", "DOID", "HP", "HP_O", "IDO", "IAO", "ICD10", "LOINC", "MESH", "MONDO", "NCIT",
+			   "NCBITAXON", "NCBITaxon_", "NIFCELL", "NIFSTD", "GML", "OBCS", "OCHV", "OHPI", "OPB", "TRANS",
+			   "PLOSTHES", "RADLEX", "RO", "STY", "SO", "SNOMED", "STATO", "SYMP", "FoodOn", "UBERON", "ORDO", "HOOM",
+			   "VO", "OGMS", "EuroSciVoc", "ARO", "REACTO", "go-lego", "go-lego-reacto", "PR", "PSIMOD", "pathway_like_go_cams"])
 
-ONLY_Ontologies_OnBIOPORTAL = ["AI", "AIO", "AEO", "BCGO", "BFO", "BIM", "CHEBI", "CHIRO", "CL", "DCM", "DOID", "FMA", "FOODON", "GENO", "GML", "GO", "GEOSPARQL", "HL7", "HP", "HP_O", "IAO", "ICD10", "IDO", "LOINC", "MESH", "MONDO", "NCBITAXON", "NCIT", "NIFCELL", "NIFSTD", "OBCS", "OCHV", "OHPI", "OPB", "PLOSTHES", "RADLEX", "OBOREL", "SNOMEDCT", "SO", "STATO", "STY", "SYMP", "PTRANS", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS", "ARO"]
+ONLY_Ontologies_OnBIOPORTAL = sorted(["AI", "AIO", "AEO", "BCGO", "BFO", "BIM", "CHEBI", "CHIRO", "CL", "DCM", "DOID", "FMA", "FOODON", "GENO", "GML", "GO", "GEOSPARQL", "HL7", "HP", "HP_O", "IAO", "ICD10", "IDO", "LOINC", "MESH", "MONDO", "NCBITAXON", "NCIT", "NIFCELL", "NIFSTD", "OBCS", "OCHV", "OHPI", "OPB", "PLOSTHES", "RADLEX", "OBOREL", "SNOMEDCT", "SO", "STATO", "STY", "SYMP", "PTRANS", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS", "ARO", "PR", "PSIMOD"])
 
 
 
@@ -1442,7 +1442,9 @@ def getUrlBioAndAllOtherBioConcepts(word, args, key_virtuoso, cache_map_virtuoso
             if strtobool(args.debug):
                 print("Use Virtuoso Sparql endpoint for linking ... " + word.lower())
 
-            responseText = sparqlQuery(endpoint, questionText, VirtuosoUsername, key_virtuoso, strtobool(args.USE_CACHE))
+            #responseText = sparqlQuery(endpoint, questionText, VirtuosoUsername, key_virtuoso, strtobool(args.USE_CACHE))
+            responseText = sparqlQuery(endpoint, query, VirtuosoUsername, key_virtuoso,
+                                       strtobool(args.USE_CACHE))
 
             # Parse the response as JSON
             results = json.loads(responseText)

virtuosoQueryRest.py

@@ -149,11 +149,11 @@ if __name__ == '__main__':
 
 
     #choices = ['SNOMED', 'LOINC', 'ICD10', 'MESH', 'NCIT']  # restricts the input to these values only
-    choices = ["AI", "AIO", "AEO", "BFO", "BIM", "BCGO", "CL", "CHIRO", "CHEBI", "DCM", "FMA", "GO", "GENO",
-             "GeoSPARQL", "HL7", "DOID", "HP", "HP_O", "IDO", "IAO", "ICD10", "LOINC", "MESH",
-             "MONDO", "NCIT", "NCBITAXON", "NCBITaxon_", "NIFCELL", "NIFSTD", "GML", "OBCS", "OCHV", "OHPI",
-             "OPB", "TRANS", "PLOSTHES", "RADLEX", "RO", "STY", "SO", "SNOMED", "STATO",
-             "SYMP", "FoodOn", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS", "EuroSciVoc", "ARO"]
+    choices = sorted(["AI", "AIO", "AEO", "BFO", "BIM", "BCGO", "CL", "CHIRO", "CHEBI", "DCM", "FMA", "GO", "GENO",
+			   "GeoSPARQL", "HL7", "DOID", "HP", "HP_O", "IDO", "IAO", "ICD10", "LOINC", "MESH", "MONDO", "NCIT",
+			   "NCBITAXON", "NCBITaxon_", "NIFCELL", "NIFSTD", "GML", "OBCS", "OCHV", "OHPI", "OPB", "TRANS",
+			   "PLOSTHES", "RADLEX", "RO", "STY", "SO", "SNOMED", "STATO", "SYMP", "FoodOn", "UBERON", "ORDO", "HOOM",
+			   "VO", "OGMS", "EuroSciVoc", "ARO", "REACTO", "go-lego", "go-lego-reacto", "PR", "PSIMOD", "pathway_like_go_cams"])
 
     # Construct the FROM clauses
     from_clauses = ' '.join([f"FROM <{choice}>" for choice in choices])