Hugging Face's logo

Datasets:
ShijiaD
/
ASTSequence_docstring

Modalities:
Text
Formats:
json
Size:
< 1K
Libraries:
Datasets
pandas
Dataset card Data Studio Files Community
1
Dataset Viewer
Auto-converted to Parquet
sequence
stringlengths
1.37k
35.1k
docstring
stringlengths
17
102
{'id': '0', 'type': 'module', 'children': ['1']}; {'id': '1', 'type': 'function_definition', 'children': ['2', '3', '11']}; {'id': '2', 'type': 'function_name', 'children': [], 'value': 'sam2fastq'}; {'id': '3', 'type': 'parameters', 'children': ['4', '5', '8']}; {'id': '4', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'sam'}; {'id': '5', 'type': 'default_parameter', 'children': ['6', '7']}; {'id': '6', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'singles'}; {'id': '7', 'type': 'False', 'children': []}; {'id': '8', 'type': 'default_parameter', 'children': ['9', '10']}; {'id': '9', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'force'}; {'id': '10', 'type': 'False', 'children': []}; {'id': '11', 'type': 'block', 'children': ['12', '20']}; {'id': '12', 'type': 'expression_statement', 'children': ['13']}; {'id': '13', 'type': 'assignment', 'children': ['14', '17']}; {'id': '14', 'type': 'pattern_list', 'children': ['15', '16']}; {'id': '15', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'L'}; {'id': '16', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'R'}; {'id': '17', 'type': 'expression_list', 'children': ['18', '19']}; {'id': '18', 'type': 'None', 'children': []}; {'id': '19', 'type': 'None', 'children': []}; {'id': '20', 'type': 'for_statement', 'children': ['21', '22', '23']}; {'id': '21', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '22', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'sam'}; {'id': '23', 'type': 'block', 'children': ['24', '35', '47', '82', '97', '109', '126', '170', '258']}; {'id': '24', 'type': 'if_statement', 'children': ['25', '33']}; {'id': '25', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['26', '32'], 'value': 'is'}; {'id': '26', 'type': 'call', 'children': ['27', '30']}; {'id': '27', 'type': 'attribute', 'children': ['28', '29']}; {'id': '28', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '29', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'startswith'}; {'id': '30', 'type': 'argument_list', 'children': ['31']}; {'id': '31', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'@'"}; {'id': '32', 'type': 'True', 'children': []}; {'id': '33', 'type': 'block', 'children': ['34']}; {'id': '34', 'type': 'continue_statement', 'children': []}; {'id': '35', 'type': 'expression_statement', 'children': ['36']}; {'id': '36', 'type': 'assignment', 'children': ['37', '38']}; {'id': '37', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '38', 'type': 'call', 'children': ['39', '46']}; {'id': '39', 'type': 'attribute', 'children': ['40', '45']}; {'id': '40', 'type': 'call', 'children': ['41', '44']}; {'id': '41', 'type': 'attribute', 'children': ['42', '43']}; {'id': '42', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '43', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'strip'}; {'id': '44', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '45', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'split'}; {'id': '46', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '47', 'type': 'expression_statement', 'children': ['48']}; {'id': '48', 'type': 'assignment', 'children': ['49', '50']}; {'id': '49', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bit'}; {'id': '50', 'type': 'list_comprehension', 'children': ['51', '57', '58']}; {'id': '51', 'type': 'conditional_expression', 'children': ['52', '53', '56'], 'value': 'if'}; {'id': '52', 'type': 'True', 'children': []}; {'id': '53', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['54', '55'], 'value': '=='}; {'id': '54', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'i'}; {'id': '55', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'1'"}; {'id': '56', 'type': 'False', 'children': []}; {'id': '57', 'type': 'line_continuation', 'children': [], 'value': '\\'}; {'id': '58', 'type': 'for_in_clause', 'children': ['59', '60']}; {'id': '59', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'i'}; {'id': '60', 'type': 'subscript', 'children': ['61', '77']}; {'id': '61', 'type': 'subscript', 'children': ['62', '76']}; {'id': '62', 'type': 'call', 'children': ['63', '74']}; {'id': '63', 'type': 'attribute', 'children': ['64', '73']}; {'id': '64', 'type': 'call', 'children': ['65', '66']}; {'id': '65', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bin'}; {'id': '66', 'type': 'argument_list', 'children': ['67']}; {'id': '67', 'type': 'call', 'children': ['68', '69']}; {'id': '68', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'int'}; {'id': '69', 'type': 'argument_list', 'children': ['70']}; {'id': '70', 'type': 'subscript', 'children': ['71', '72']}; {'id': '71', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '72', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '73', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'split'}; {'id': '74', 'type': 'argument_list', 'children': ['75']}; {'id': '75', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'b'"}; {'id': '76', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '77', 'type': 'slice', 'children': ['78', '79', '80']}; {'id': '78', 'type': 'colon', 'children': []}; {'id': '79', 'type': 'colon', 'children': []}; {'id': '80', 'type': 'unary_operator', 'children': ['81'], 'value': '-'}; {'id': '81', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '82', 'type': 'while_statement', 'children': ['83', '89']}; {'id': '83', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['84', '88'], 'value': '<'}; {'id': '84', 'type': 'call', 'children': ['85', '86']}; {'id': '85', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'len'}; {'id': '86', 'type': 'argument_list', 'children': ['87']}; {'id': '87', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bit'}; {'id': '88', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '8'}; {'id': '89', 'type': 'block', 'children': ['90']}; {'id': '90', 'type': 'expression_statement', 'children': ['91']}; {'id': '91', 'type': 'call', 'children': ['92', '95']}; {'id': '92', 'type': 'attribute', 'children': ['93', '94']}; {'id': '93', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bit'}; {'id': '94', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'append'}; {'id': '95', 'type': 'argument_list', 'children': ['96']}; {'id': '96', 'type': 'False', 'children': []}; {'id': '97', 'type': 'expression_statement', 'children': ['98']}; {'id': '98', 'type': 'assignment', 'children': ['99', '108']}; {'id': '99', 'type': 'pattern_list', 'children': ['100', '101', '102', '103', '104', '105', '106', '107']}; {'id': '100', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'pair'}; {'id': '101', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'proper'}; {'id': '102', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'na'}; {'id': '103', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'nap'}; {'id': '104', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'rev'}; {'id': '105', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'mrev'}; {'id': '106', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'left'}; {'id': '107', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'right'}; {'id': '108', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bit'}; {'id': '109', 'type': 'if_statement', 'children': ['110', '113']}; {'id': '110', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['111', '112'], 'value': 'is'}; {'id': '111', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'pair'}; {'id': '112', 'type': 'False', 'children': []}; {'id': '113', 'type': 'block', 'children': ['114', '125']}; {'id': '114', 'type': 'if_statement', 'children': ['115', '118']}; {'id': '115', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['116', '117'], 'value': 'is'}; {'id': '116', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'singles'}; {'id': '117', 'type': 'True', 'children': []}; {'id': '118', 'type': 'block', 'children': ['119']}; {'id': '119', 'type': 'expression_statement', 'children': ['120']}; {'id': '120', 'type': 'call', 'children': ['121', '122']}; {'id': '121', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'print_single'}; {'id': '122', 'type': 'argument_list', 'children': ['123', '124']}; {'id': '123', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '124', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'rev'}; {'id': '125', 'type': 'continue_statement', 'children': []}; {'id': '126', 'type': 'if_statement', 'children': ['127', '130', '156']}; {'id': '127', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['128', '129'], 'value': 'is'}; {'id': '128', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'rev'}; {'id': '129', 'type': 'True', 'children': []}; {'id': '130', 'type': 'block', 'children': ['131', '144']}; {'id': '131', 'type': 'expression_statement', 'children': ['132']}; {'id': '132', 'type': 'assignment', 'children': ['133', '134']}; {'id': '133', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'seq'}; {'id': '134', 'type': 'subscript', 'children': ['135', '143']}; {'id': '135', 'type': 'call', 'children': ['136', '137']}; {'id': '136', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'rc'}; {'id': '137', 'type': 'argument_list', 'children': ['138']}; {'id': '138', 'type': 'list', 'children': ['139', '140'], 'value': "['', line[9]]"}; {'id': '139', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "''"}; {'id': '140', 'type': 'subscript', 'children': ['141', '142']}; {'id': '141', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '142', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '9'}; {'id': '143', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '144', 'type': 'expression_statement', 'children': ['145']}; {'id': '145', 'type': 'assignment', 'children': ['146', '147']}; {'id': '146', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'qual'}; {'id': '147', 'type': 'subscript', 'children': ['148', '151']}; {'id': '148', 'type': 'subscript', 'children': ['149', '150']}; {'id': '149', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '150', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '10'}; {'id': '151', 'type': 'slice', 'children': ['152', '153', '154']}; {'id': '152', 'type': 'colon', 'children': []}; {'id': '153', 'type': 'colon', 'children': []}; {'id': '154', 'type': 'unary_operator', 'children': ['155'], 'value': '-'}; {'id': '155', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '156', 'type': 'else_clause', 'children': ['157']}; {'id': '157', 'type': 'block', 'children': ['158', '164']}; {'id': '158', 'type': 'expression_statement', 'children': ['159']}; {'id': '159', 'type': 'assignment', 'children': ['160', '161']}; {'id': '160', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'seq'}; {'id': '161', 'type': 'subscript', 'children': ['162', '163']}; {'id': '162', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '163', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '9'}; {'id': '164', 'type': 'expression_statement', 'children': ['165']}; {'id': '165', 'type': 'assignment', 'children': ['166', '167']}; {'id': '166', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'qual'}; {'id': '167', 'type': 'subscript', 'children': ['168', '169']}; {'id': '168', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '169', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '10'}; {'id': '170', 'type': 'if_statement', 'children': ['171', '174']}; {'id': '171', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['172', '173'], 'value': 'is'}; {'id': '172', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'left'}; {'id': '173', 'type': 'True', 'children': []}; {'id': '174', 'type': 'block', 'children': ['175', '213', '223', '239']}; {'id': '175', 'type': 'if_statement', 'children': ['176', '183']}; {'id': '176', 'type': 'boolean_operator', 'children': ['177', '180'], 'value': 'and'}; {'id': '177', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['178', '179'], 'value': 'is'}; {'id': '178', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'L'}; {'id': '179', 'type': 'None', 'children': []}; {'id': '180', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['181', '182'], 'value': 'is'}; {'id': '181', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'force'}; {'id': '182', 'type': 'False', 'children': []}; {'id': '183', 'type': 'block', 'children': ['184', '194', '209']}; {'id': '184', 'type': 'expression_statement', 'children': ['185']}; {'id': '185', 'type': 'call', 'children': ['186', '187']}; {'id': '186', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'print'}; {'id': '187', 'type': 'argument_list', 'children': ['188', '189']}; {'id': '188', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'sam file is not sorted'"}; {'id': '189', 'type': 'keyword_argument', 'children': ['190', '191']}; {'id': '190', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'file'}; {'id': '191', 'type': 'attribute', 'children': ['192', '193']}; {'id': '192', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'sys'}; {'id': '193', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'stderr'}; {'id': '194', 'type': 'expression_statement', 'children': ['195']}; {'id': '195', 'type': 'call', 'children': ['196', '197']}; {'id': '196', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'print'}; {'id': '197', 'type': 'argument_list', 'children': ['198', '204']}; {'id': '198', 'type': 'binary_operator', 'children': ['199', '200'], 'value': '%'}; {'id': '199', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'\\te.g.: %s'"}; {'id': '200', 'type': '()', 'children': ['201']}; {'id': '201', 'type': 'subscript', 'children': ['202', '203']}; {'id': '202', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '203', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '204', 'type': 'keyword_argument', 'children': ['205', '206']}; {'id': '205', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'file'}; {'id': '206', 'type': 'attribute', 'children': ['207', '208']}; {'id': '207', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'sys'}; {'id': '208', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'stderr'}; {'id': '209', 'type': 'expression_statement', 'children': ['210']}; {'id': '210', 'type': 'call', 'children': ['211', '212']}; {'id': '211', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'exit'}; {'id': '212', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '213', 'type': 'if_statement', 'children': ['214', '217']}; {'id': '214', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['215', '216'], 'value': 'is'}; {'id': '215', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'L'}; {'id': '216', 'type': 'None', 'children': []}; {'id': '217', 'type': 'block', 'children': ['218', '222']}; {'id': '218', 'type': 'expression_statement', 'children': ['219']}; {'id': '219', 'type': 'assignment', 'children': ['220', '221']}; {'id': '220', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'L'}; {'id': '221', 'type': 'None', 'children': []}; {'id': '222', 'type': 'continue_statement', 'children': []}; {'id': '223', 'type': 'expression_statement', 'children': ['224']}; {'id': '224', 'type': 'assignment', 'children': ['225', '226']}; {'id': '225', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'L'}; {'id': '226', 'type': 'list', 'children': ['227', '232', '233', '238'], 'value': "['@%s' % line[0], seq, '+%s' % line[0], qual]"}; {'id': '227', 'type': 'binary_operator', 'children': ['228', '229'], 'value': '%'}; {'id': '228', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'@%s'"}; {'id': '229', 'type': 'subscript', 'children': ['230', '231']}; {'id': '230', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '231', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '232', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'seq'}; {'id': '233', 'type': 'binary_operator', 'children': ['234', '235'], 'value': '%'}; {'id': '234', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'+%s'"}; {'id': '235', 'type': 'subscript', 'children': ['236', '237']}; {'id': '236', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '237', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '238', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'qual'}; {'id': '239', 'type': 'if_statement', 'children': ['240', '243']}; {'id': '240', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['241', '242'], 'value': 'is'}; {'id': '241', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'R'}; {'id': '242', 'type': 'None', 'children': []}; {'id': '243', 'type': 'block', 'children': ['244', '247', '250']}; {'id': '244', 'type': 'expression_statement', 'children': ['245']}; {'id': '245', 'type': 'yield', 'children': ['246']}; {'id': '246', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'L'}; {'id': '247', 'type': 'expression_statement', 'children': ['248']}; {'id': '248', 'type': 'yield', 'children': ['249']}; {'id': '249', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'R'}; {'id': '250', 'type': 'expression_statement', 'children': ['251']}; {'id': '251', 'type': 'assignment', 'children': ['252', '255']}; {'id': '252', 'type': 'pattern_list', 'children': ['253', '254']}; {'id': '253', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'L'}; {'id': '254', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'R'}; {'id': '255', 'type': 'expression_list', 'children': ['256', '257']}; {'id': '256', 'type': 'None', 'children': []}; {'id': '257', 'type': 'None', 'children': []}; {'id': '258', 'type': 'if_statement', 'children': ['259', '262']}; {'id': '259', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['260', '261'], 'value': 'is'}; {'id': '260', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'right'}; {'id': '261', 'type': 'True', 'children': []}; {'id': '262', 'type': 'block', 'children': ['263', '301', '311', '327']}; {'id': '263', 'type': 'if_statement', 'children': ['264', '271']}; {'id': '264', 'type': 'boolean_operator', 'children': ['265', '268'], 'value': 'and'}; {'id': '265', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['266', '267'], 'value': 'is'}; {'id': '266', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'R'}; {'id': '267', 'type': 'None', 'children': []}; {'id': '268', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['269', '270'], 'value': 'is'}; {'id': '269', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'force'}; {'id': '270', 'type': 'False', 'children': []}; {'id': '271', 'type': 'block', 'children': ['272', '282', '297']}; {'id': '272', 'type': 'expression_statement', 'children': ['273']}; {'id': '273', 'type': 'call', 'children': ['274', '275']}; {'id': '274', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'print'}; {'id': '275', 'type': 'argument_list', 'children': ['276', '277']}; {'id': '276', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'sam file is not sorted'"}; {'id': '277', 'type': 'keyword_argument', 'children': ['278', '279']}; {'id': '278', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'file'}; {'id': '279', 'type': 'attribute', 'children': ['280', '281']}; {'id': '280', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'sys'}; {'id': '281', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'stderr'}; {'id': '282', 'type': 'expression_statement', 'children': ['283']}; {'id': '283', 'type': 'call', 'children': ['284', '285']}; {'id': '284', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'print'}; {'id': '285', 'type': 'argument_list', 'children': ['286', '292']}; {'id': '286', 'type': 'binary_operator', 'children': ['287', '288'], 'value': '%'}; {'id': '287', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'\\te.g.: %s'"}; {'id': '288', 'type': '()', 'children': ['289']}; {'id': '289', 'type': 'subscript', 'children': ['290', '291']}; {'id': '290', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '291', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '292', 'type': 'keyword_argument', 'children': ['293', '294']}; {'id': '293', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'file'}; {'id': '294', 'type': 'attribute', 'children': ['295', '296']}; {'id': '295', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'sys'}; {'id': '296', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'stderr'}; {'id': '297', 'type': 'expression_statement', 'children': ['298']}; {'id': '298', 'type': 'call', 'children': ['299', '300']}; {'id': '299', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'exit'}; {'id': '300', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '301', 'type': 'if_statement', 'children': ['302', '305']}; {'id': '302', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['303', '304'], 'value': 'is'}; {'id': '303', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'R'}; {'id': '304', 'type': 'None', 'children': []}; {'id': '305', 'type': 'block', 'children': ['306', '310']}; {'id': '306', 'type': 'expression_statement', 'children': ['307']}; {'id': '307', 'type': 'assignment', 'children': ['308', '309']}; {'id': '308', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'R'}; {'id': '309', 'type': 'None', 'children': []}; {'id': '310', 'type': 'continue_statement', 'children': []}; {'id': '311', 'type': 'expression_statement', 'children': ['312']}; {'id': '312', 'type': 'assignment', 'children': ['313', '314']}; {'id': '313', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'R'}; {'id': '314', 'type': 'list', 'children': ['315', '320', '321', '326'], 'value': "['@%s' % line[0], seq, '+%s' % line[0], qual]"}; {'id': '315', 'type': 'binary_operator', 'children': ['316', '317'], 'value': '%'}; {'id': '316', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'@%s'"}; {'id': '317', 'type': 'subscript', 'children': ['318', '319']}; {'id': '318', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '319', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '320', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'seq'}; {'id': '321', 'type': 'binary_operator', 'children': ['322', '323'], 'value': '%'}; {'id': '322', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'+%s'"}; {'id': '323', 'type': 'subscript', 'children': ['324', '325']}; {'id': '324', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '325', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '326', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'qual'}; {'id': '327', 'type': 'if_statement', 'children': ['328', '331']}; {'id': '328', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['329', '330'], 'value': 'is'}; {'id': '329', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'L'}; {'id': '330', 'type': 'None', 'children': []}; {'id': '331', 'type': 'block', 'children': ['332', '335', '338']}; {'id': '332', 'type': 'expression_statement', 'children': ['333']}; {'id': '333', 'type': 'yield', 'children': ['334']}; {'id': '334', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'L'}; {'id': '335', 'type': 'expression_statement', 'children': ['336']}; {'id': '336', 'type': 'yield', 'children': ['337']}; {'id': '337', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'R'}; {'id': '338', 'type': 'expression_statement', 'children': ['339']}; {'id': '339', 'type': 'assignment', 'children': ['340', '343']}; {'id': '340', 'type': 'pattern_list', 'children': ['341', '342']}; {'id': '341', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'L'}; {'id': '342', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'R'}; {'id': '343', 'type': 'expression_list', 'children': ['344', '345']}; {'id': '344', 'type': 'None', 'children': []}; {'id': '345', 'type': 'None', 'children': []}
convert sam to fastq
{'id': '0', 'type': 'module', 'children': ['1']}; {'id': '1', 'type': 'function_definition', 'children': ['2', '3', '12']}; {'id': '2', 'type': 'function_name', 'children': [], 'value': 'crossmap'}; {'id': '3', 'type': 'parameters', 'children': ['4', '5', '6', '7', '8', '9', '10', '11']}; {'id': '4', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'fas'}; {'id': '5', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'reads'}; {'id': '6', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'options'}; {'id': '7', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'no_shrink'}; {'id': '8', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'keepDB'}; {'id': '9', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'threads'}; {'id': '10', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cluster'}; {'id': '11', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'nodes'}; {'id': '12', 'type': 'block', 'children': ['13', '22', '26', '213']}; {'id': '13', 'type': 'if_statement', 'children': ['14', '17']}; {'id': '14', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['15', '16'], 'value': 'is'}; {'id': '15', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cluster'}; {'id': '16', 'type': 'True', 'children': []}; {'id': '17', 'type': 'block', 'children': ['18']}; {'id': '18', 'type': 'expression_statement', 'children': ['19']}; {'id': '19', 'type': 'assignment', 'children': ['20', '21']}; {'id': '20', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'threads'}; {'id': '21', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'48'"}; {'id': '22', 'type': 'expression_statement', 'children': ['23']}; {'id': '23', 'type': 'assignment', 'children': ['24', '25']}; {'id': '24', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'btc'}; {'id': '25', 'type': 'list', 'children': [], 'value': '[]'}; {'id': '26', 'type': 'for_statement', 'children': ['27', '28', '29']}; {'id': '27', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'fa'}; {'id': '28', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'fas'}; {'id': '29', 'type': 'block', 'children': ['30', '38', '45']}; {'id': '30', 'type': 'expression_statement', 'children': ['31']}; {'id': '31', 'type': 'assignment', 'children': ['32', '33']}; {'id': '32', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'btd'}; {'id': '33', 'type': 'call', 'children': ['34', '35']}; {'id': '34', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bowtiedb'}; {'id': '35', 'type': 'argument_list', 'children': ['36', '37']}; {'id': '36', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'fa'}; {'id': '37', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'keepDB'}; {'id': '38', 'type': 'expression_statement', 'children': ['39']}; {'id': '39', 'type': 'assignment', 'children': ['40', '44']}; {'id': '40', 'type': 'pattern_list', 'children': ['41', '42', '43']}; {'id': '41', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'F'}; {'id': '42', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'R'}; {'id': '43', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'U'}; {'id': '44', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'reads'}; {'id': '45', 'type': 'if_statement', 'children': ['46', '49', '142']}; {'id': '46', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['47', '48'], 'value': 'is'}; {'id': '47', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'F'}; {'id': '48', 'type': 'False', 'children': []}; {'id': '49', 'type': 'block', 'children': ['50', '59']}; {'id': '50', 'type': 'if_statement', 'children': ['51', '54']}; {'id': '51', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['52', '53'], 'value': 'is'}; {'id': '52', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'U'}; {'id': '53', 'type': 'False', 'children': []}; {'id': '54', 'type': 'block', 'children': ['55']}; {'id': '55', 'type': 'expression_statement', 'children': ['56']}; {'id': '56', 'type': 'assignment', 'children': ['57', '58']}; {'id': '57', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'u'}; {'id': '58', 'type': 'False', 'children': []}; {'id': '59', 'type': 'for_statement', 'children': ['60', '63', '67']}; {'id': '60', 'type': 'pattern_list', 'children': ['61', '62']}; {'id': '61', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'i'}; {'id': '62', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'f'}; {'id': '63', 'type': 'call', 'children': ['64', '65']}; {'id': '64', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'enumerate'}; {'id': '65', 'type': 'argument_list', 'children': ['66']}; {'id': '66', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'F'}; {'id': '67', 'type': 'block', 'children': ['68', '74', '85', '125']}; {'id': '68', 'type': 'expression_statement', 'children': ['69']}; {'id': '69', 'type': 'assignment', 'children': ['70', '71']}; {'id': '70', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'r'}; {'id': '71', 'type': 'subscript', 'children': ['72', '73']}; {'id': '72', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'R'}; {'id': '73', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'i'}; {'id': '74', 'type': 'if_statement', 'children': ['75', '78']}; {'id': '75', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['76', '77'], 'value': 'is'}; {'id': '76', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'U'}; {'id': '77', 'type': 'False', 'children': []}; {'id': '78', 'type': 'block', 'children': ['79']}; {'id': '79', 'type': 'expression_statement', 'children': ['80']}; {'id': '80', 'type': 'assignment', 'children': ['81', '82']}; {'id': '81', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'u'}; {'id': '82', 'type': 'subscript', 'children': ['83', '84']}; {'id': '83', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'U'}; {'id': '84', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'i'}; {'id': '85', 'type': 'expression_statement', 'children': ['86']}; {'id': '86', 'type': 'assignment', 'children': ['87', '88']}; {'id': '87', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'sam'}; {'id': '88', 'type': 'binary_operator', 'children': ['89', '90'], 'value': '%'}; {'id': '89', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'%s/%s-vs-%s'"}; {'id': '90', 'type': 'tuple', 'children': ['91', '96', '97', '107']}; {'id': '91', 'type': 'call', 'children': ['92', '95']}; {'id': '92', 'type': 'attribute', 'children': ['93', '94']}; {'id': '93', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'os'}; {'id': '94', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'getcwd'}; {'id': '95', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '96', 'type': 'line_continuation', 'children': [], 'value': '\\'}; {'id': '97', 'type': 'subscript', 'children': ['98', '105']}; {'id': '98', 'type': 'call', 'children': ['99', '102']}; {'id': '99', 'type': 'attribute', 'children': ['100', '101']}; {'id': '100', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'fa'}; {'id': '101', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'rsplit'}; {'id': '102', 'type': 'argument_list', 'children': ['103', '104']}; {'id': '103', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'/'"}; {'id': '104', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '105', 'type': 'unary_operator', 'children': ['106'], 'value': '-'}; {'id': '106', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '107', 'type': 'subscript', 'children': ['108', '124']}; {'id': '108', 'type': 'call', 'children': ['109', '121']}; {'id': '109', 'type': 'attribute', 'children': ['110', '120']}; {'id': '110', 'type': 'subscript', 'children': ['111', '118']}; {'id': '111', 'type': 'call', 'children': ['112', '115']}; {'id': '112', 'type': 'attribute', 'children': ['113', '114']}; {'id': '113', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'f'}; {'id': '114', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'rsplit'}; {'id': '115', 'type': 'argument_list', 'children': ['116', '117']}; {'id': '116', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'/'"}; {'id': '117', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '118', 'type': 'unary_operator', 'children': ['119'], 'value': '-'}; {'id': '119', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '120', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'rsplit'}; {'id': '121', 'type': 'argument_list', 'children': ['122', '123']}; {'id': '122', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'.'"}; {'id': '123', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '3'}; {'id': '124', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '125', 'type': 'expression_statement', 'children': ['126']}; {'id': '126', 'type': 'call', 'children': ['127', '130']}; {'id': '127', 'type': 'attribute', 'children': ['128', '129']}; {'id': '128', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'btc'}; {'id': '129', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'append'}; {'id': '130', 'type': 'argument_list', 'children': ['131']}; {'id': '131', 'type': 'call', 'children': ['132', '133']}; {'id': '132', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bowtie'}; {'id': '133', 'type': 'argument_list', 'children': ['134', '135', '136', '137', '138', '139', '140', '141']}; {'id': '134', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'sam'}; {'id': '135', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'btd'}; {'id': '136', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'f'}; {'id': '137', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'r'}; {'id': '138', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'u'}; {'id': '139', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'options'}; {'id': '140', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'no_shrink'}; {'id': '141', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'threads'}; {'id': '142', 'type': 'else_clause', 'children': ['143']}; {'id': '143', 'type': 'block', 'children': ['144', '148', '152']}; {'id': '144', 'type': 'expression_statement', 'children': ['145']}; {'id': '145', 'type': 'assignment', 'children': ['146', '147']}; {'id': '146', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'f'}; {'id': '147', 'type': 'False', 'children': []}; {'id': '148', 'type': 'expression_statement', 'children': ['149']}; {'id': '149', 'type': 'assignment', 'children': ['150', '151']}; {'id': '150', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'r'}; {'id': '151', 'type': 'False', 'children': []}; {'id': '152', 'type': 'for_statement', 'children': ['153', '154', '155']}; {'id': '153', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'u'}; {'id': '154', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'U'}; {'id': '155', 'type': 'block', 'children': ['156', '196']}; {'id': '156', 'type': 'expression_statement', 'children': ['157']}; {'id': '157', 'type': 'assignment', 'children': ['158', '159']}; {'id': '158', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'sam'}; {'id': '159', 'type': 'binary_operator', 'children': ['160', '161'], 'value': '%'}; {'id': '160', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'%s/%s-vs-%s'"}; {'id': '161', 'type': 'tuple', 'children': ['162', '167', '168', '178']}; {'id': '162', 'type': 'call', 'children': ['163', '166']}; {'id': '163', 'type': 'attribute', 'children': ['164', '165']}; {'id': '164', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'os'}; {'id': '165', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'getcwd'}; {'id': '166', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '167', 'type': 'line_continuation', 'children': [], 'value': '\\'}; {'id': '168', 'type': 'subscript', 'children': ['169', '176']}; {'id': '169', 'type': 'call', 'children': ['170', '173']}; {'id': '170', 'type': 'attribute', 'children': ['171', '172']}; {'id': '171', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'fa'}; {'id': '172', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'rsplit'}; {'id': '173', 'type': 'argument_list', 'children': ['174', '175']}; {'id': '174', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'/'"}; {'id': '175', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '176', 'type': 'unary_operator', 'children': ['177'], 'value': '-'}; {'id': '177', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '178', 'type': 'subscript', 'children': ['179', '195']}; {'id': '179', 'type': 'call', 'children': ['180', '192']}; {'id': '180', 'type': 'attribute', 'children': ['181', '191']}; {'id': '181', 'type': 'subscript', 'children': ['182', '189']}; {'id': '182', 'type': 'call', 'children': ['183', '186']}; {'id': '183', 'type': 'attribute', 'children': ['184', '185']}; {'id': '184', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'u'}; {'id': '185', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'rsplit'}; {'id': '186', 'type': 'argument_list', 'children': ['187', '188']}; {'id': '187', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'/'"}; {'id': '188', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '189', 'type': 'unary_operator', 'children': ['190'], 'value': '-'}; {'id': '190', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '191', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'rsplit'}; {'id': '192', 'type': 'argument_list', 'children': ['193', '194']}; {'id': '193', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'.'"}; {'id': '194', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '3'}; {'id': '195', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '196', 'type': 'expression_statement', 'children': ['197']}; {'id': '197', 'type': 'call', 'children': ['198', '201']}; {'id': '198', 'type': 'attribute', 'children': ['199', '200']}; {'id': '199', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'btc'}; {'id': '200', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'append'}; {'id': '201', 'type': 'argument_list', 'children': ['202']}; {'id': '202', 'type': 'call', 'children': ['203', '204']}; {'id': '203', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bowtie'}; {'id': '204', 'type': 'argument_list', 'children': ['205', '206', '207', '208', '209', '210', '211', '212']}; {'id': '205', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'sam'}; {'id': '206', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'btd'}; {'id': '207', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'f'}; {'id': '208', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'r'}; {'id': '209', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'u'}; {'id': '210', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'options'}; {'id': '211', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'no_shrink'}; {'id': '212', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'threads'}; {'id': '213', 'type': 'if_statement', 'children': ['214', '217', '240']}; {'id': '214', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['215', '216'], 'value': 'is'}; {'id': '215', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cluster'}; {'id': '216', 'type': 'False', 'children': []}; {'id': '217', 'type': 'block', 'children': ['218']}; {'id': '218', 'type': 'for_statement', 'children': ['219', '220', '221']}; {'id': '219', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'i'}; {'id': '220', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'btc'}; {'id': '221', 'type': 'block', 'children': ['222', '234']}; {'id': '222', 'type': 'expression_statement', 'children': ['223']}; {'id': '223', 'type': 'assignment', 'children': ['224', '225']}; {'id': '224', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'p'}; {'id': '225', 'type': 'call', 'children': ['226', '229']}; {'id': '226', 'type': 'attribute', 'children': ['227', '228']}; {'id': '227', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'subprocess'}; {'id': '228', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'Popen'}; {'id': '229', 'type': 'argument_list', 'children': ['230', '231']}; {'id': '230', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'i'}; {'id': '231', 'type': 'keyword_argument', 'children': ['232', '233']}; {'id': '232', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'shell'}; {'id': '233', 'type': 'True', 'children': []}; {'id': '234', 'type': 'expression_statement', 'children': ['235']}; {'id': '235', 'type': 'call', 'children': ['236', '239']}; {'id': '236', 'type': 'attribute', 'children': ['237', '238']}; {'id': '237', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'p'}; {'id': '238', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'communicate'}; {'id': '239', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '240', 'type': 'else_clause', 'children': ['241']}; {'id': '241', 'type': 'block', 'children': ['242', '273']}; {'id': '242', 'type': 'expression_statement', 'children': ['243']}; {'id': '243', 'type': 'assignment', 'children': ['244', '245']}; {'id': '244', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'ID'}; {'id': '245', 'type': 'call', 'children': ['246', '249']}; {'id': '246', 'type': 'attribute', 'children': ['247', '248']}; {'id': '247', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "''"}; {'id': '248', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'join'}; {'id': '249', 'type': 'generator_expression', 'children': ['250', '267']}; {'id': '250', 'type': 'call', 'children': ['251', '254']}; {'id': '251', 'type': 'attribute', 'children': ['252', '253']}; {'id': '252', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'random'}; {'id': '253', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'choice'}; {'id': '254', 'type': 'argument_list', 'children': ['255']}; {'id': '255', 'type': 'list_comprehension', 'children': ['256', '260']}; {'id': '256', 'type': 'call', 'children': ['257', '258']}; {'id': '257', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'str'}; {'id': '258', 'type': 'argument_list', 'children': ['259']}; {'id': '259', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'i'}; {'id': '260', 'type': 'for_in_clause', 'children': ['261', '262']}; {'id': '261', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'i'}; {'id': '262', 'type': 'call', 'children': ['263', '264']}; {'id': '263', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'range'}; {'id': '264', 'type': 'argument_list', 'children': ['265', '266']}; {'id': '265', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '266', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '9'}; {'id': '267', 'type': 'for_in_clause', 'children': ['268', '269']}; {'id': '268', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': '_'}; {'id': '269', 'type': 'call', 'children': ['270', '271']}; {'id': '270', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'range'}; {'id': '271', 'type': 'argument_list', 'children': ['272']}; {'id': '272', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '5'}; {'id': '273', 'type': 'for_statement', 'children': ['274', '277', '286']}; {'id': '274', 'type': 'pattern_list', 'children': ['275', '276']}; {'id': '275', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'node'}; {'id': '276', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'commands'}; {'id': '277', 'type': 'call', 'children': ['278', '279']}; {'id': '278', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'enumerate'}; {'id': '279', 'type': 'argument_list', 'children': ['280', '285']}; {'id': '280', 'type': 'call', 'children': ['281', '282']}; {'id': '281', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'chunks'}; {'id': '282', 'type': 'argument_list', 'children': ['283', '284']}; {'id': '283', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'btc'}; {'id': '284', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'nodes'}; {'id': '285', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '286', 'type': 'block', 'children': ['287', '304', '317', '323', '342']}; {'id': '287', 'type': 'expression_statement', 'children': ['288']}; {'id': '288', 'type': 'assignment', 'children': ['289', '290']}; {'id': '289', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bs'}; {'id': '290', 'type': 'call', 'children': ['291', '292']}; {'id': '291', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'open'}; {'id': '292', 'type': 'argument_list', 'children': ['293', '303']}; {'id': '293', 'type': 'binary_operator', 'children': ['294', '295'], 'value': '%'}; {'id': '294', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'%s/crossmap-qsub.%s.%s.sh'"}; {'id': '295', 'type': 'tuple', 'children': ['296', '301', '302']}; {'id': '296', 'type': 'call', 'children': ['297', '300']}; {'id': '297', 'type': 'attribute', 'children': ['298', '299']}; {'id': '298', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'os'}; {'id': '299', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'getcwd'}; {'id': '300', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '301', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'ID'}; {'id': '302', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'node'}; {'id': '303', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'w'"}; {'id': '304', 'type': 'expression_statement', 'children': ['305']}; {'id': '305', 'type': 'call', 'children': ['306', '307']}; {'id': '306', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'print'}; {'id': '307', 'type': 'argument_list', 'children': ['308', '314']}; {'id': '308', 'type': 'call', 'children': ['309', '312']}; {'id': '309', 'type': 'attribute', 'children': ['310', '311']}; {'id': '310', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'\\n'"}; {'id': '311', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'join'}; {'id': '312', 'type': 'argument_list', 'children': ['313']}; {'id': '313', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'commands'}; {'id': '314', 'type': 'keyword_argument', 'children': ['315', '316']}; {'id': '315', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'file'}; {'id': '316', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bs'}; {'id': '317', 'type': 'expression_statement', 'children': ['318']}; {'id': '318', 'type': 'call', 'children': ['319', '322']}; {'id': '319', 'type': 'attribute', 'children': ['320', '321']}; {'id': '320', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bs'}; {'id': '321', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'close'}; {'id': '322', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '323', 'type': 'expression_statement', 'children': ['324']}; {'id': '324', 'type': 'assignment', 'children': ['325', '326']}; {'id': '325', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'p'}; {'id': '326', 'type': 'call', 'children': ['327', '330']}; {'id': '327', 'type': 'attribute', 'children': ['328', '329']}; {'id': '328', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'subprocess'}; {'id': '329', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'Popen'}; {'id': '330', 'type': 'argument_list', 'children': ['331', '338', '339']}; {'id': '331', 'type': 'binary_operator', 'children': ['332', '333', '334'], 'value': '%'}; {'id': '332', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'qsub -V -N crossmap %s'"}; {'id': '333', 'type': 'line_continuation', 'children': [], 'value': '\\'}; {'id': '334', 'type': '()', 'children': ['335']}; {'id': '335', 'type': 'attribute', 'children': ['336', '337']}; {'id': '336', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bs'}; {'id': '337', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'name'}; {'id': '338', 'type': 'line_continuation', 'children': [], 'value': '\\'}; {'id': '339', 'type': 'keyword_argument', 'children': ['340', '341']}; {'id': '340', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'shell'}; {'id': '341', 'type': 'True', 'children': []}; {'id': '342', 'type': 'expression_statement', 'children': ['343']}; {'id': '343', 'type': 'call', 'children': ['344', '347']}; {'id': '344', 'type': 'attribute', 'children': ['345', '346']}; {'id': '345', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'p'}; {'id': '346', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'communicate'}; {'id': '347', 'type': 'argument_list', 'children': []}
map all read sets against all fasta files
{'id': '0', 'type': 'module', 'children': ['1']}; {'id': '1', 'type': 'function_definition', 'children': ['2', '3', '6']}; {'id': '2', 'type': 'function_name', 'children': [], 'value': 'parse_ggKbase_tables'}; {'id': '3', 'type': 'parameters', 'children': ['4', '5']}; {'id': '4', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'tables'}; {'id': '5', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'id_type'}; {'id': '6', 'type': 'block', 'children': ['7', '11', '232']}; {'id': '7', 'type': 'expression_statement', 'children': ['8']}; {'id': '8', 'type': 'assignment', 'children': ['9', '10']}; {'id': '9', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'g2info'}; {'id': '10', 'type': 'dictionary', 'children': []}; {'id': '11', 'type': 'for_statement', 'children': ['12', '13', '14']}; {'id': '12', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'table'}; {'id': '13', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'tables'}; {'id': '14', 'type': 'block', 'children': ['15']}; {'id': '15', 'type': 'for_statement', 'children': ['16', '17', '21']}; {'id': '16', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '17', 'type': 'call', 'children': ['18', '19']}; {'id': '18', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'open'}; {'id': '19', 'type': 'argument_list', 'children': ['20']}; {'id': '20', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'table'}; {'id': '21', 'type': 'block', 'children': ['22', '35', '62', '76', '87']}; {'id': '22', 'type': 'expression_statement', 'children': ['23']}; {'id': '23', 'type': 'assignment', 'children': ['24', '25']}; {'id': '24', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '25', 'type': 'call', 'children': ['26', '33']}; {'id': '26', 'type': 'attribute', 'children': ['27', '32']}; {'id': '27', 'type': 'call', 'children': ['28', '31']}; {'id': '28', 'type': 'attribute', 'children': ['29', '30']}; {'id': '29', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '30', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'strip'}; {'id': '31', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '32', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'split'}; {'id': '33', 'type': 'argument_list', 'children': ['34']}; {'id': '34', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'\\t'"}; {'id': '35', 'type': 'if_statement', 'children': ['36', '44']}; {'id': '36', 'type': 'call', 'children': ['37', '42']}; {'id': '37', 'type': 'attribute', 'children': ['38', '41']}; {'id': '38', 'type': 'subscript', 'children': ['39', '40']}; {'id': '39', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '40', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '41', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'startswith'}; {'id': '42', 'type': 'argument_list', 'children': ['43']}; {'id': '43', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'name'"}; {'id': '44', 'type': 'block', 'children': ['45', '49', '55', '61']}; {'id': '45', 'type': 'expression_statement', 'children': ['46']}; {'id': '46', 'type': 'assignment', 'children': ['47', '48']}; {'id': '47', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'header'}; {'id': '48', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '49', 'type': 'expression_statement', 'children': ['50']}; {'id': '50', 'type': 'assignment', 'children': ['51', '54']}; {'id': '51', 'type': 'subscript', 'children': ['52', '53']}; {'id': '52', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'header'}; {'id': '53', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '4'}; {'id': '54', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'genome size (bp)'"}; {'id': '55', 'type': 'expression_statement', 'children': ['56']}; {'id': '56', 'type': 'assignment', 'children': ['57', '60']}; {'id': '57', 'type': 'subscript', 'children': ['58', '59']}; {'id': '58', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'header'}; {'id': '59', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '12'}; {'id': '60', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'\n header[13] = '"}; {'id': '61', 'type': 'continue_statement', 'children': []}; {'id': '62', 'type': 'expression_statement', 'children': ['63']}; {'id': '63', 'type': 'assignment', 'children': ['64', '68']}; {'id': '64', 'type': 'pattern_list', 'children': ['65', '66', '67']}; {'id': '65', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'name'}; {'id': '66', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'code'}; {'id': '67', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'info'}; {'id': '68', 'type': 'expression_list', 'children': ['69', '72', '75']}; {'id': '69', 'type': 'subscript', 'children': ['70', '71']}; {'id': '70', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '71', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '72', 'type': 'subscript', 'children': ['73', '74']}; {'id': '73', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '74', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '75', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '76', 'type': 'expression_statement', 'children': ['77']}; {'id': '77', 'type': 'assignment', 'children': ['78', '79']}; {'id': '78', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'info'}; {'id': '79', 'type': 'list_comprehension', 'children': ['80', '84']}; {'id': '80', 'type': 'call', 'children': ['81', '82']}; {'id': '81', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'to_int'}; {'id': '82', 'type': 'argument_list', 'children': ['83']}; {'id': '83', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'i'}; {'id': '84', 'type': 'for_in_clause', 'children': ['85', '86']}; {'id': '85', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'i'}; {'id': '86', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'info'}; {'id': '87', 'type': 'if_statement', 'children': ['88', '91', '167']}; {'id': '88', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['89', '90'], 'value': 'is'}; {'id': '89', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'id_type'}; {'id': '90', 'type': 'False', 'children': []}; {'id': '91', 'type': 'block', 'children': ['92', '105', '144']}; {'id': '92', 'type': 'if_statement', 'children': ['93', '100']}; {'id': '93', 'type': 'boolean_operator', 'children': ['94', '97'], 'value': 'or'}; {'id': '94', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['95', '96'], 'value': 'in'}; {'id': '95', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'UNK'"}; {'id': '96', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'code'}; {'id': '97', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['98', '99'], 'value': 'in'}; {'id': '98', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'unknown'"}; {'id': '99', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'code'}; {'id': '100', 'type': 'block', 'children': ['101']}; {'id': '101', 'type': 'expression_statement', 'children': ['102']}; {'id': '102', 'type': 'assignment', 'children': ['103', '104']}; {'id': '103', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'code'}; {'id': '104', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'name'}; {'id': '105', 'type': 'if_statement', 'children': ['106', '117', '143']}; {'id': '106', 'type': 'boolean_operator', 'children': ['107', '111'], 'value': 'and'}; {'id': '107', 'type': '()', 'children': ['108']}; {'id': '108', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['109', '110'], 'value': '!='}; {'id': '109', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'name'}; {'id': '110', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'code'}; {'id': '111', 'type': '()', 'children': ['112']}; {'id': '112', 'type': 'boolean_operator', 'children': ['113', '114'], 'value': 'and'}; {'id': '113', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'name'}; {'id': '114', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['115', '116'], 'value': 'in'}; {'id': '115', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'code'}; {'id': '116', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'g2info'}; {'id': '117', 'type': 'ERROR', 'children': ['118', '123', '130']}; {'id': '118', 'type': 'call', 'children': ['119', '120', '122']}; {'id': '119', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'\n print('"}; {'id': '120', 'type': 'ERROR', 'children': ['121']}; {'id': '121', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'exit'}; {'id': '122', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '123', 'type': 'ERROR', 'children': ['124', '127']}; {'id': '124', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['125', '126'], 'value': 'not'}; {'id': '125', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'name'}; {'id': '126', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'g2info'}; {'id': '127', 'type': 'subscript', 'children': ['128', '129']}; {'id': '128', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'g2info'}; {'id': '129', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'name'}; {'id': '130', 'type': 'dictionary_comprehension', 'children': ['131', '134']}; {'id': '131', 'type': 'pair', 'children': ['132', '133']}; {'id': '132', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'item'}; {'id': '133', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'stat'}; {'id': '134', 'type': 'for_in_clause', 'children': ['135', '138']}; {'id': '135', 'type': 'pattern_list', 'children': ['136', '137']}; {'id': '136', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'item'}; {'id': '137', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'stat'}; {'id': '138', 'type': 'call', 'children': ['139', '140']}; {'id': '139', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'zip'}; {'id': '140', 'type': 'argument_list', 'children': ['141', '142']}; {'id': '141', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'header'}; {'id': '142', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'info'}; {'id': '143', 'type': 'block', 'children': [], 'value': ''}; {'id': '144', 'type': 'if_statement', 'children': ['145', '148']}; {'id': '145', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['146', '147'], 'value': 'not'}; {'id': '146', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'code'}; {'id': '147', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'g2info'}; {'id': '148', 'type': 'block', 'children': ['149']}; {'id': '149', 'type': 'expression_statement', 'children': ['150']}; {'id': '150', 'type': 'assignment', 'children': ['151', '154']}; {'id': '151', 'type': 'subscript', 'children': ['152', '153']}; {'id': '152', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'g2info'}; {'id': '153', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'code'}; {'id': '154', 'type': 'dictionary_comprehension', 'children': ['155', '158']}; {'id': '155', 'type': 'pair', 'children': ['156', '157']}; {'id': '156', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'item'}; {'id': '157', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'stat'}; {'id': '158', 'type': 'for_in_clause', 'children': ['159', '162']}; {'id': '159', 'type': 'pattern_list', 'children': ['160', '161']}; {'id': '160', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'item'}; {'id': '161', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'stat'}; {'id': '162', 'type': 'call', 'children': ['163', '164']}; {'id': '163', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'zip'}; {'id': '164', 'type': 'argument_list', 'children': ['165', '166']}; {'id': '165', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'header'}; {'id': '166', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'info'}; {'id': '167', 'type': 'else_clause', 'children': ['168']}; {'id': '168', 'type': 'block', 'children': ['169']}; {'id': '169', 'type': 'if_statement', 'children': ['170', '173', '178', '187']}; {'id': '170', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['171', '172'], 'value': '=='}; {'id': '171', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'id_type'}; {'id': '172', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'name'"}; {'id': '173', 'type': 'block', 'children': ['174']}; {'id': '174', 'type': 'expression_statement', 'children': ['175']}; {'id': '175', 'type': 'assignment', 'children': ['176', '177']}; {'id': '176', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'ID'}; {'id': '177', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'name'}; {'id': '178', 'type': 'elif_clause', 'children': ['179', '182']}; {'id': '179', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['180', '181'], 'value': '=='}; {'id': '180', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'id_type'}; {'id': '181', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'code'"}; {'id': '182', 'type': 'block', 'children': ['183']}; {'id': '183', 'type': 'expression_statement', 'children': ['184']}; {'id': '184', 'type': 'assignment', 'children': ['185', '186']}; {'id': '185', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'ID'}; {'id': '186', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'code'}; {'id': '187', 'type': 'else_clause', 'children': ['188', '231']}; {'id': '188', 'type': 'ERROR', 'children': ['189', '204', '217', '230']}; {'id': '189', 'type': 'ERROR', 'children': ['190', '193', '194', '201']}; {'id': '190', 'type': 'call', 'children': ['191', '192']}; {'id': '191', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'exit'}; {'id': '192', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '193', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'ID'}; {'id': '194', 'type': 'call', 'children': ['195', '198']}; {'id': '195', 'type': 'attribute', 'children': ['196', '197']}; {'id': '196', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'ID'}; {'id': '197', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'replace'}; {'id': '198', 'type': 'argument_list', 'children': ['199', '200']}; {'id': '199', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "' '"}; {'id': '200', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "''"}; {'id': '201', 'type': 'subscript', 'children': ['202', '203']}; {'id': '202', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'g2info'}; {'id': '203', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'ID'}; {'id': '204', 'type': 'dictionary_comprehension', 'children': ['205', '208']}; {'id': '205', 'type': 'pair', 'children': ['206', '207']}; {'id': '206', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'item'}; {'id': '207', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'stat'}; {'id': '208', 'type': 'for_in_clause', 'children': ['209', '212']}; {'id': '209', 'type': 'pattern_list', 'children': ['210', '211']}; {'id': '210', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'item'}; {'id': '211', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'stat'}; {'id': '212', 'type': 'call', 'children': ['213', '214']}; {'id': '213', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'zip'}; {'id': '214', 'type': 'argument_list', 'children': ['215', '216']}; {'id': '215', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'header'}; {'id': '216', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'info'}; {'id': '217', 'type': 'ERROR', 'children': ['218', '225']}; {'id': '218', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['219', '224'], 'value': '=='}; {'id': '219', 'type': 'subscript', 'children': ['220', '223']}; {'id': '220', 'type': 'subscript', 'children': ['221', '222']}; {'id': '221', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'g2info'}; {'id': '222', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'ID'}; {'id': '223', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'genome size (bp)'"}; {'id': '224', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "''"}; {'id': '225', 'type': 'subscript', 'children': ['226', '229']}; {'id': '226', 'type': 'subscript', 'children': ['227', '228']}; {'id': '227', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'g2info'}; {'id': '228', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'ID'}; {'id': '229', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'genome size (bp)'"}; {'id': '230', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '231', 'type': 'block', 'children': [], 'value': ''}; {'id': '232', 'type': 'return_statement', 'children': ['233']}; {'id': '233', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'g2info'}
convert ggKbase genome info tables to dictionary
{'id': '0', 'type': 'module', 'children': ['1']}; {'id': '1', 'type': 'function_definition', 'children': ['2', '3', '8']}; {'id': '2', 'type': 'function_name', 'children': [], 'value': 'top_hits'}; {'id': '3', 'type': 'parameters', 'children': ['4', '5', '6', '7']}; {'id': '4', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'hits'}; {'id': '5', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'num'}; {'id': '6', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'column'}; {'id': '7', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'reverse'}; {'id': '8', 'type': 'block', 'children': ['9', '24']}; {'id': '9', 'type': 'expression_statement', 'children': ['10']}; {'id': '10', 'type': 'call', 'children': ['11', '14']}; {'id': '11', 'type': 'attribute', 'children': ['12', '13']}; {'id': '12', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'hits'}; {'id': '13', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'sort'}; {'id': '14', 'type': 'argument_list', 'children': ['15', '21']}; {'id': '15', 'type': 'keyword_argument', 'children': ['16', '17']}; {'id': '16', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'key'}; {'id': '17', 'type': 'call', 'children': ['18', '19']}; {'id': '18', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'itemgetter'}; {'id': '19', 'type': 'argument_list', 'children': ['20']}; {'id': '20', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'column'}; {'id': '21', 'type': 'keyword_argument', 'children': ['22', '23']}; {'id': '22', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'reverse'}; {'id': '23', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'reverse'}; {'id': '24', 'type': 'for_statement', 'children': ['25', '26', '32']}; {'id': '25', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'hit'}; {'id': '26', 'type': 'subscript', 'children': ['27', '28']}; {'id': '27', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'hits'}; {'id': '28', 'type': 'slice', 'children': ['29', '30', '31']}; {'id': '29', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '30', 'type': 'colon', 'children': []}; {'id': '31', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'num'}; {'id': '32', 'type': 'block', 'children': ['33']}; {'id': '33', 'type': 'expression_statement', 'children': ['34']}; {'id': '34', 'type': 'yield', 'children': ['35']}; {'id': '35', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'hit'}
get top hits after sorting by column number
{'id': '0', 'type': 'module', 'children': ['1']}; {'id': '1', 'type': 'function_definition', 'children': ['2', '3', '8']}; {'id': '2', 'type': 'function_name', 'children': [], 'value': 'numBlast_sort'}; {'id': '3', 'type': 'parameters', 'children': ['4', '5', '6', '7']}; {'id': '4', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'blast'}; {'id': '5', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'numHits'}; {'id': '6', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'evalueT'}; {'id': '7', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bitT'}; {'id': '8', 'type': 'block', 'children': ['9', '32', '35', '45', '136', '145']}; {'id': '9', 'type': 'expression_statement', 'children': ['10']}; {'id': '10', 'type': 'assignment', 'children': ['11', '12']}; {'id': '11', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'header'}; {'id': '12', 'type': 'list', 'children': ['13', '30'], 'value': "['\n 'qstart', 'qend', 'tstart', 'tend', 'evalue', 'bitscore']"}; {'id': '13', 'type': 'concatenated_string', 'children': ['14', '15', '17', '18', '20', '21', '23', '24', '26', '27', '29']}; {'id': '14', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'\n '"}; {'id': '15', 'type': 'ERROR', 'children': ['16']}; {'id': '16', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'qstart'}; {'id': '17', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "', '"}; {'id': '18', 'type': 'ERROR', 'children': ['19']}; {'id': '19', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'qend'}; {'id': '20', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "', '"}; {'id': '21', 'type': 'ERROR', 'children': ['22']}; {'id': '22', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'tstart'}; {'id': '23', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "', '"}; {'id': '24', 'type': 'ERROR', 'children': ['25']}; {'id': '25', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'tend'}; {'id': '26', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "', '"}; {'id': '27', 'type': 'ERROR', 'children': ['28']}; {'id': '28', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'evalue'}; {'id': '29', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "', '"}; {'id': '30', 'type': 'ERROR', 'children': ['31']}; {'id': '31', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bitscore'}; {'id': '32', 'type': 'expression_statement', 'children': ['33']}; {'id': '33', 'type': 'yield', 'children': ['34']}; {'id': '34', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'header'}; {'id': '35', 'type': 'expression_statement', 'children': ['36']}; {'id': '36', 'type': 'assignment', 'children': ['37', '38']}; {'id': '37', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'hmm'}; {'id': '38', 'type': 'dictionary_comprehension', 'children': ['39', '42']}; {'id': '39', 'type': 'pair', 'children': ['40', '41']}; {'id': '40', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'h'}; {'id': '41', 'type': 'list', 'children': [], 'value': '[]'}; {'id': '42', 'type': 'for_in_clause', 'children': ['43', '44']}; {'id': '43', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'h'}; {'id': '44', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'header'}; {'id': '45', 'type': 'for_statement', 'children': ['46', '47', '48']}; {'id': '46', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '47', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'blast'}; {'id': '48', 'type': 'block', 'children': ['49', '107', '117']}; {'id': '49', 'type': 'if_statement', 'children': ['50', '53', '105']}; {'id': '50', 'type': 'attribute', 'children': ['51', '52']}; {'id': '51', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '52', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'startswith'}; {'id': '53', 'type': 'ERROR', 'children': ['54', '56', '72', '76', '82', '88', '90', '95', '98']}; {'id': '54', 'type': 'ERROR', 'children': ['55']}; {'id': '55', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'continue'}; {'id': '56', 'type': 'keyword_argument', 'children': ['57', '58']}; {'id': '57', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '58', 'type': 'subscript', 'children': ['59', '69', '71']}; {'id': '59', 'type': 'call', 'children': ['60', '67']}; {'id': '60', 'type': 'attribute', 'children': ['61', '66']}; {'id': '61', 'type': 'call', 'children': ['62', '65']}; {'id': '62', 'type': 'attribute', 'children': ['63', '64']}; {'id': '63', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '64', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'strip'}; {'id': '65', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '66', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'split'}; {'id': '67', 'type': 'argument_list', 'children': ['68']}; {'id': '68', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'\\t'"}; {'id': '69', 'type': 'ERROR', 'children': ['70']}; {'id': '70', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '71', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '10'}; {'id': '72', 'type': 'ERROR', 'children': ['73']}; {'id': '73', 'type': 'subscript', 'children': ['74', '75']}; {'id': '74', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '75', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '11'}; {'id': '76', 'type': 'call', 'children': ['77', '78']}; {'id': '77', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'float'}; {'id': '78', 'type': 'argument_list', 'children': ['79']}; {'id': '79', 'type': 'subscript', 'children': ['80', '81']}; {'id': '80', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '81', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '10'}; {'id': '82', 'type': 'call', 'children': ['83', '84']}; {'id': '83', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'float'}; {'id': '84', 'type': 'argument_list', 'children': ['85']}; {'id': '85', 'type': 'subscript', 'children': ['86', '87']}; {'id': '86', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '87', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '11'}; {'id': '88', 'type': 'ERROR', 'children': ['89']}; {'id': '89', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'evalue'}; {'id': '90', 'type': 'keyword_argument', 'children': ['91', '92']}; {'id': '91', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bit'}; {'id': '92', 'type': 'subscript', 'children': ['93', '94']}; {'id': '93', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '94', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '10'}; {'id': '95', 'type': 'subscript', 'children': ['96', '97']}; {'id': '96', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '97', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '11'}; {'id': '98', 'type': 'boolean_operator', 'children': ['99', '102'], 'value': 'and'}; {'id': '99', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['100', '101'], 'value': 'is'}; {'id': '100', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'evalueT'}; {'id': '101', 'type': 'False', 'children': []}; {'id': '102', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['103', '104'], 'value': '>'}; {'id': '103', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'evalue'}; {'id': '104', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'evalueT'}; {'id': '105', 'type': 'block', 'children': ['106']}; {'id': '106', 'type': 'continue_statement', 'children': []}; {'id': '107', 'type': 'if_statement', 'children': ['108', '115']}; {'id': '108', 'type': 'boolean_operator', 'children': ['109', '112'], 'value': 'and'}; {'id': '109', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['110', '111'], 'value': 'is'}; {'id': '110', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bitT'}; {'id': '111', 'type': 'False', 'children': []}; {'id': '112', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['113', '114'], 'value': '<'}; {'id': '113', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bit'}; {'id': '114', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bitT'}; {'id': '115', 'type': 'block', 'children': ['116']}; {'id': '116', 'type': 'continue_statement', 'children': []}; {'id': '117', 'type': 'for_statement', 'children': ['118', '121', '126']}; {'id': '118', 'type': 'pattern_list', 'children': ['119', '120']}; {'id': '119', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'i'}; {'id': '120', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'h'}; {'id': '121', 'type': 'call', 'children': ['122', '123']}; {'id': '122', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'zip'}; {'id': '123', 'type': 'argument_list', 'children': ['124', '125']}; {'id': '124', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '125', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'header'}; {'id': '126', 'type': 'block', 'children': ['127']}; {'id': '127', 'type': 'expression_statement', 'children': ['128']}; {'id': '128', 'type': 'call', 'children': ['129', '134']}; {'id': '129', 'type': 'attribute', 'children': ['130', '133']}; {'id': '130', 'type': 'subscript', 'children': ['131', '132']}; {'id': '131', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'hmm'}; {'id': '132', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'h'}; {'id': '133', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'append'}; {'id': '134', 'type': 'argument_list', 'children': ['135']}; {'id': '135', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'i'}; {'id': '136', 'type': 'expression_statement', 'children': ['137']}; {'id': '137', 'type': 'assignment', 'children': ['138', '139']}; {'id': '138', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'hmm'}; {'id': '139', 'type': 'call', 'children': ['140', '143']}; {'id': '140', 'type': 'attribute', 'children': ['141', '142']}; {'id': '141', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'pd'}; {'id': '142', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'DataFrame'}; {'id': '143', 'type': 'argument_list', 'children': ['144']}; {'id': '144', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'hmm'}; {'id': '145', 'type': 'for_statement', 'children': ['146', '149', '177']}; {'id': '146', 'type': 'pattern_list', 'children': ['147', '148']}; {'id': '147', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'query'}; {'id': '148', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'df'}; {'id': '149', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['150', '164', '167'], 'value': 'in'}; {'id': '150', 'type': 'call', 'children': ['151', '154']}; {'id': '151', 'type': 'attribute', 'children': ['152', '153']}; {'id': '152', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'hmm'}; {'id': '153', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'groupby'}; {'id': '154', 'type': 'argument_list', 'children': ['155', '161']}; {'id': '155', 'type': 'keyword_argument', 'children': ['156', '157']}; {'id': '156', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'by'}; {'id': '157', 'type': 'list', 'children': ['158', '159'], 'value': "['\n df = df.sort_values(by = ['bitscore']"}; {'id': '158', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'\n df = df.sort_values(by = ['"}; {'id': '159', 'type': 'ERROR', 'children': ['160']}; {'id': '160', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bitscore'}; {'id': '161', 'type': 'keyword_argument', 'children': ['162', '163']}; {'id': '162', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'ascending'}; {'id': '163', 'type': 'False', 'children': []}; {'id': '164', 'type': 'ERROR', 'children': ['165', '166']}; {'id': '165', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'for'}; {'id': '166', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'hit'}; {'id': '167', 'type': 'subscript', 'children': ['168', '173']}; {'id': '168', 'type': 'attribute', 'children': ['169', '172']}; {'id': '169', 'type': 'subscript', 'children': ['170', '171']}; {'id': '170', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'df'}; {'id': '171', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'header'}; {'id': '172', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'values'}; {'id': '173', 'type': 'slice', 'children': ['174', '175', '176']}; {'id': '174', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '175', 'type': 'colon', 'children': []}; {'id': '176', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'numHits'}; {'id': '177', 'type': 'block', 'children': ['178']}; {'id': '178', 'type': 'expression_statement', 'children': ['179']}; {'id': '179', 'type': 'yield', 'children': ['180']}; {'id': '180', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'hit'}
parse b6 output with sorting
{'id': '0', 'type': 'module', 'children': ['1']}; {'id': '1', 'type': 'function_definition', 'children': ['2', '3', '5']}; {'id': '2', 'type': 'function_name', 'children': [], 'value': 'compare_clades'}; {'id': '3', 'type': 'parameters', 'children': ['4']}; {'id': '4', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'pw'}; {'id': '5', 'type': 'block', 'children': ['6', '20']}; {'id': '6', 'type': 'expression_statement', 'children': ['7']}; {'id': '7', 'type': 'assignment', 'children': ['8', '9']}; {'id': '8', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'names'}; {'id': '9', 'type': 'call', 'children': ['10', '11']}; {'id': '10', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'sorted'}; {'id': '11', 'type': 'argument_list', 'children': ['12']}; {'id': '12', 'type': 'call', 'children': ['13', '14']}; {'id': '13', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'set'}; {'id': '14', 'type': 'argument_list', 'children': ['15']}; {'id': '15', 'type': 'list_comprehension', 'children': ['16', '17']}; {'id': '16', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'i'}; {'id': '17', 'type': 'for_in_clause', 'children': ['18', '19']}; {'id': '18', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'i'}; {'id': '19', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'pw'}; {'id': '20', 'type': 'for_statement', 'children': ['21', '22', '27']}; {'id': '21', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'i'}; {'id': '22', 'type': 'call', 'children': ['23', '24']}; {'id': '23', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'range'}; {'id': '24', 'type': 'argument_list', 'children': ['25', '26']}; {'id': '25', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '26', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '4'}; {'id': '27', 'type': 'block', 'children': ['28', '36', '218', '260', '264', '310']}; {'id': '28', 'type': 'expression_statement', 'children': ['29']}; {'id': '29', 'type': 'assignment', 'children': ['30', '33']}; {'id': '30', 'type': 'pattern_list', 'children': ['31', '32']}; {'id': '31', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'wi'}; {'id': '32', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bt'}; {'id': '33', 'type': 'expression_list', 'children': ['34', '35']}; {'id': '34', 'type': 'dictionary', 'children': []}; {'id': '35', 'type': 'dictionary', 'children': []}; {'id': '36', 'type': 'for_statement', 'children': ['37', '38', '39']}; {'id': '37', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'a'}; {'id': '38', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'names'}; {'id': '39', 'type': 'block', 'children': ['40']}; {'id': '40', 'type': 'for_statement', 'children': ['41', '42', '45']}; {'id': '41', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'b'}; {'id': '42', 'type': 'subscript', 'children': ['43', '44']}; {'id': '43', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'pw'}; {'id': '44', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'a'}; {'id': '45', 'type': 'block', 'children': ['46', '56', '64', '86', '154']}; {'id': '46', 'type': 'if_statement', 'children': ['47', '54']}; {'id': '47', 'type': 'boolean_operator', 'children': ['48', '51'], 'value': 'or'}; {'id': '48', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['49', '50'], 'value': 'not'}; {'id': '49', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "';'"}; {'id': '50', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'a'}; {'id': '51', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['52', '53'], 'value': 'not'}; {'id': '52', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "';'"}; {'id': '53', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'b'}; {'id': '54', 'type': 'block', 'children': ['55']}; {'id': '55', 'type': 'continue_statement', 'children': []}; {'id': '56', 'type': 'expression_statement', 'children': ['57']}; {'id': '57', 'type': 'assignment', 'children': ['58', '59']}; {'id': '58', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'pident'}; {'id': '59', 'type': 'subscript', 'children': ['60', '63']}; {'id': '60', 'type': 'subscript', 'children': ['61', '62']}; {'id': '61', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'pw'}; {'id': '62', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'a'}; {'id': '63', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'b'}; {'id': '64', 'type': 'expression_statement', 'children': ['65']}; {'id': '65', 'type': 'assignment', 'children': ['66', '69']}; {'id': '66', 'type': 'pattern_list', 'children': ['67', '68']}; {'id': '67', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cA'}; {'id': '68', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cB'}; {'id': '69', 'type': 'expression_list', 'children': ['70', '78']}; {'id': '70', 'type': 'subscript', 'children': ['71', '77']}; {'id': '71', 'type': 'call', 'children': ['72', '75']}; {'id': '72', 'type': 'attribute', 'children': ['73', '74']}; {'id': '73', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'a'}; {'id': '74', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'split'}; {'id': '75', 'type': 'argument_list', 'children': ['76']}; {'id': '76', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "';'"}; {'id': '77', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'i'}; {'id': '78', 'type': 'subscript', 'children': ['79', '85']}; {'id': '79', 'type': 'call', 'children': ['80', '83']}; {'id': '80', 'type': 'attribute', 'children': ['81', '82']}; {'id': '81', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'b'}; {'id': '82', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'split'}; {'id': '83', 'type': 'argument_list', 'children': ['84']}; {'id': '84', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "';'"}; {'id': '85', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'i'}; {'id': '86', 'type': 'if_statement', 'children': ['87', '98', '123']}; {'id': '87', 'type': 'boolean_operator', 'children': ['88', '95'], 'value': 'and'}; {'id': '88', 'type': 'boolean_operator', 'children': ['89', '92'], 'value': 'and'}; {'id': '89', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['90', '91'], 'value': '=='}; {'id': '90', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'i'}; {'id': '91', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '92', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['93', '94'], 'value': 'in'}; {'id': '93', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'_'"}; {'id': '94', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cA'}; {'id': '95', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['96', '97'], 'value': 'in'}; {'id': '96', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'_'"}; {'id': '97', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cB'}; {'id': '98', 'type': 'block', 'children': ['99', '111']}; {'id': '99', 'type': 'expression_statement', 'children': ['100']}; {'id': '100', 'type': 'assignment', 'children': ['101', '102']}; {'id': '101', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cA'}; {'id': '102', 'type': 'subscript', 'children': ['103', '110']}; {'id': '103', 'type': 'call', 'children': ['104', '107']}; {'id': '104', 'type': 'attribute', 'children': ['105', '106']}; {'id': '105', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cA'}; {'id': '106', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'rsplit'}; {'id': '107', 'type': 'argument_list', 'children': ['108', '109']}; {'id': '108', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'_'"}; {'id': '109', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '110', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '111', 'type': 'expression_statement', 'children': ['112']}; {'id': '112', 'type': 'assignment', 'children': ['113', '114']}; {'id': '113', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cB'}; {'id': '114', 'type': 'subscript', 'children': ['115', '122']}; {'id': '115', 'type': 'call', 'children': ['116', '119']}; {'id': '116', 'type': 'attribute', 'children': ['117', '118']}; {'id': '117', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cB'}; {'id': '118', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'rsplit'}; {'id': '119', 'type': 'argument_list', 'children': ['120', '121']}; {'id': '120', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'_'"}; {'id': '121', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '122', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '123', 'type': 'elif_clause', 'children': ['124', '131']}; {'id': '124', 'type': 'boolean_operator', 'children': ['125', '128'], 'value': 'or'}; {'id': '125', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['126', '127'], 'value': 'in'}; {'id': '126', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'>'"}; {'id': '127', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cA'}; {'id': '128', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['129', '130'], 'value': 'in'}; {'id': '129', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'>'"}; {'id': '130', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cB'}; {'id': '131', 'type': 'block', 'children': ['132', '143']}; {'id': '132', 'type': 'expression_statement', 'children': ['133']}; {'id': '133', 'type': 'assignment', 'children': ['134', '135']}; {'id': '134', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cA'}; {'id': '135', 'type': 'subscript', 'children': ['136', '142']}; {'id': '136', 'type': 'call', 'children': ['137', '140']}; {'id': '137', 'type': 'attribute', 'children': ['138', '139']}; {'id': '138', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cA'}; {'id': '139', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'split'}; {'id': '140', 'type': 'argument_list', 'children': ['141']}; {'id': '141', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'>'"}; {'id': '142', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '143', 'type': 'expression_statement', 'children': ['144']}; {'id': '144', 'type': 'assignment', 'children': ['145', '146']}; {'id': '145', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cB'}; {'id': '146', 'type': 'subscript', 'children': ['147', '153']}; {'id': '147', 'type': 'call', 'children': ['148', '151']}; {'id': '148', 'type': 'attribute', 'children': ['149', '150']}; {'id': '149', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cB'}; {'id': '150', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'split'}; {'id': '151', 'type': 'argument_list', 'children': ['152']}; {'id': '152', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'>'"}; {'id': '153', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '154', 'type': 'if_statement', 'children': ['155', '158', '179']}; {'id': '155', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['156', '157'], 'value': '=='}; {'id': '156', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cA'}; {'id': '157', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cB'}; {'id': '158', 'type': 'block', 'children': ['159', '170']}; {'id': '159', 'type': 'if_statement', 'children': ['160', '163']}; {'id': '160', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['161', '162'], 'value': 'not'}; {'id': '161', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cA'}; {'id': '162', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'wi'}; {'id': '163', 'type': 'block', 'children': ['164']}; {'id': '164', 'type': 'expression_statement', 'children': ['165']}; {'id': '165', 'type': 'assignment', 'children': ['166', '169']}; {'id': '166', 'type': 'subscript', 'children': ['167', '168']}; {'id': '167', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'wi'}; {'id': '168', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cA'}; {'id': '169', 'type': 'list', 'children': [], 'value': '[]'}; {'id': '170', 'type': 'expression_statement', 'children': ['171']}; {'id': '171', 'type': 'call', 'children': ['172', '177']}; {'id': '172', 'type': 'attribute', 'children': ['173', '176']}; {'id': '173', 'type': 'subscript', 'children': ['174', '175']}; {'id': '174', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'wi'}; {'id': '175', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cA'}; {'id': '176', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'append'}; {'id': '177', 'type': 'argument_list', 'children': ['178']}; {'id': '178', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'pident'}; {'id': '179', 'type': 'else_clause', 'children': ['180']}; {'id': '180', 'type': 'block', 'children': ['181', '192', '207']}; {'id': '181', 'type': 'if_statement', 'children': ['182', '185']}; {'id': '182', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['183', '184'], 'value': 'not'}; {'id': '183', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cA'}; {'id': '184', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bt'}; {'id': '185', 'type': 'block', 'children': ['186']}; {'id': '186', 'type': 'expression_statement', 'children': ['187']}; {'id': '187', 'type': 'assignment', 'children': ['188', '191']}; {'id': '188', 'type': 'subscript', 'children': ['189', '190']}; {'id': '189', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bt'}; {'id': '190', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cA'}; {'id': '191', 'type': 'dictionary', 'children': []}; {'id': '192', 'type': 'if_statement', 'children': ['193', '198']}; {'id': '193', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['194', '195'], 'value': 'not'}; {'id': '194', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cB'}; {'id': '195', 'type': 'subscript', 'children': ['196', '197']}; {'id': '196', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bt'}; {'id': '197', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cA'}; {'id': '198', 'type': 'block', 'children': ['199']}; {'id': '199', 'type': 'expression_statement', 'children': ['200']}; {'id': '200', 'type': 'assignment', 'children': ['201', '206']}; {'id': '201', 'type': 'subscript', 'children': ['202', '205']}; {'id': '202', 'type': 'subscript', 'children': ['203', '204']}; {'id': '203', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bt'}; {'id': '204', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cA'}; {'id': '205', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cB'}; {'id': '206', 'type': 'list', 'children': [], 'value': '[]'}; {'id': '207', 'type': 'expression_statement', 'children': ['208']}; {'id': '208', 'type': 'call', 'children': ['209', '216']}; {'id': '209', 'type': 'attribute', 'children': ['210', '215']}; {'id': '210', 'type': 'subscript', 'children': ['211', '214']}; {'id': '211', 'type': 'subscript', 'children': ['212', '213']}; {'id': '212', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bt'}; {'id': '213', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cA'}; {'id': '214', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cB'}; {'id': '215', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'append'}; {'id': '216', 'type': 'argument_list', 'children': ['217']}; {'id': '217', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'pident'}; {'id': '218', 'type': 'expression_statement', 'children': ['219']}; {'id': '219', 'type': 'assignment', 'children': ['220', '221', '236']}; {'id': '220', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'print'}; {'id': '221', 'type': 'ERROR', 'children': ['222', '225', '226']}; {'id': '222', 'type': 'ERROR', 'children': ['223', '224']}; {'id': '223', 'type': 'escape_sequence', 'children': [], 'value': '\\n'}; {'id': '224', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'for'}; {'id': '225', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'clade'}; {'id': '226', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['227', '228'], 'value': 'in'}; {'id': '227', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'pidents'}; {'id': '228', 'type': 'call', 'children': ['229', '230']}; {'id': '229', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'list'}; {'id': '230', 'type': 'argument_list', 'children': ['231']}; {'id': '231', 'type': 'call', 'children': ['232', '235']}; {'id': '232', 'type': 'attribute', 'children': ['233', '234']}; {'id': '233', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'wi'}; {'id': '234', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'items'}; {'id': '235', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '236', 'type': 'type', 'children': ['237']}; {'id': '237', 'type': 'call', 'children': ['238', '239']}; {'id': '238', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'print'}; {'id': '239', 'type': 'argument_list', 'children': ['240']}; {'id': '240', 'type': 'call', 'children': ['241', '244']}; {'id': '241', 'type': 'attribute', 'children': ['242', '243']}; {'id': '242', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'\\t'"}; {'id': '243', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'join'}; {'id': '244', 'type': 'argument_list', 'children': ['245']}; {'id': '245', 'type': 'list', 'children': ['246', '252', '253'], 'value': "['wi:%s' % str(i), clade, str(min(pidents))]"}; {'id': '246', 'type': 'binary_operator', 'children': ['247', '248'], 'value': '%'}; {'id': '247', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'wi:%s'"}; {'id': '248', 'type': 'call', 'children': ['249', '250']}; {'id': '249', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'str'}; {'id': '250', 'type': 'argument_list', 'children': ['251']}; {'id': '251', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'i'}; {'id': '252', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'clade'}; {'id': '253', 'type': 'call', 'children': ['254', '255']}; {'id': '254', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'str'}; {'id': '255', 'type': 'argument_list', 'children': ['256']}; {'id': '256', 'type': 'call', 'children': ['257', '258']}; {'id': '257', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'min'}; {'id': '258', 'type': 'argument_list', 'children': ['259']}; {'id': '259', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'pidents'}; {'id': '260', 'type': 'expression_statement', 'children': ['261']}; {'id': '261', 'type': 'assignment', 'children': ['262', '263']}; {'id': '262', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'comps'}; {'id': '263', 'type': 'list', 'children': [], 'value': '[]'}; {'id': '264', 'type': 'expression_statement', 'children': ['265']}; {'id': '265', 'type': 'assignment', 'children': ['266', '267', '277', '279']}; {'id': '266', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'print'}; {'id': '267', 'type': 'ERROR', 'children': ['268', '271']}; {'id': '268', 'type': 'ERROR', 'children': ['269', '270']}; {'id': '269', 'type': 'escape_sequence', 'children': [], 'value': '\\n'}; {'id': '270', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'for'}; {'id': '271', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['272', '273'], 'value': 'in'}; {'id': '272', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'comp'}; {'id': '273', 'type': 'call', 'children': ['274', '275']}; {'id': '274', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'print_pairwise'}; {'id': '275', 'type': 'argument_list', 'children': ['276']}; {'id': '276', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bt'}; {'id': '277', 'type': 'ERROR', 'children': ['278']}; {'id': '278', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'if'}; {'id': '279', 'type': 'type', 'children': ['280']}; {'id': '280', 'type': 'constrained_type', 'children': ['281', '285']}; {'id': '281', 'type': 'type', 'children': ['282']}; {'id': '282', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['283', '284'], 'value': 'is'}; {'id': '283', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'comp'}; {'id': '284', 'type': 'None', 'children': []}; {'id': '285', 'type': 'type', 'children': ['286']}; {'id': '286', 'type': 'call', 'children': ['287', '288']}; {'id': '287', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'print'}; {'id': '288', 'type': 'argument_list', 'children': ['289']}; {'id': '289', 'type': 'call', 'children': ['290', '293']}; {'id': '290', 'type': 'attribute', 'children': ['291', '292']}; {'id': '291', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'\\t'"}; {'id': '292', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'join'}; {'id': '293', 'type': 'argument_list', 'children': ['294']}; {'id': '294', 'type': 'binary_operator', 'children': ['295', '302'], 'value': '+'}; {'id': '295', 'type': 'list', 'children': ['296'], 'value': "['bt:%s' % str(i)]"}; {'id': '296', 'type': 'binary_operator', 'children': ['297', '298'], 'value': '%'}; {'id': '297', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'bt:%s'"}; {'id': '298', 'type': 'call', 'children': ['299', '300']}; {'id': '299', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'str'}; {'id': '300', 'type': 'argument_list', 'children': ['301']}; {'id': '301', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'i'}; {'id': '302', 'type': 'list_comprehension', 'children': ['303', '307']}; {'id': '303', 'type': 'call', 'children': ['304', '305']}; {'id': '304', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'str'}; {'id': '305', 'type': 'argument_list', 'children': ['306']}; {'id': '306', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'j'}; {'id': '307', 'type': 'for_in_clause', 'children': ['308', '309']}; {'id': '308', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'j'}; {'id': '309', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'comp'}; {'id': '310', 'type': 'ERROR', 'children': ['311', '314', '315', '316', '320', '322', '323', '338', '340', '343', '367']}; {'id': '311', 'type': 'subscript', 'children': ['312', '313']}; {'id': '312', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'comp'}; {'id': '313', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '314', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'\n comps.extend([j for j in comp[1:] if j != '"}; {'id': '315', 'type': 'ERROR', 'children': []}; {'id': '316', 'type': 'call', 'children': ['317', '318']}; {'id': '317', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'print_comps'}; {'id': '318', 'type': 'argument_list', 'children': ['319']}; {'id': '319', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'comps'}; {'id': '320', 'type': 'ERROR', 'children': ['321']}; {'id': '321', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'comps'}; {'id': '322', 'type': 'ERROR', 'children': []}; {'id': '323', 'type': 'call', 'children': ['324', '325']}; {'id': '324', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'print'}; {'id': '325', 'type': 'argument_list', 'children': ['326', '329']}; {'id': '326', 'type': 'ERROR', 'children': ['327', '328']}; {'id': '327', 'type': 'escape_sequence', 'children': [], 'value': '\\n'}; {'id': '328', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'for'}; {'id': '329', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['330', '331'], 'value': 'in'}; {'id': '330', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'comp'}; {'id': '331', 'type': 'call', 'children': ['332', '333']}; {'id': '332', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'print_pairwise'}; {'id': '333', 'type': 'argument_list', 'children': ['334', '335']}; {'id': '334', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bt'}; {'id': '335', 'type': 'keyword_argument', 'children': ['336', '337']}; {'id': '336', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'median'}; {'id': '337', 'type': 'True', 'children': []}; {'id': '338', 'type': 'ERROR', 'children': ['339']}; {'id': '339', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'if'}; {'id': '340', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['341', '342'], 'value': 'is'}; {'id': '341', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'comp'}; {'id': '342', 'type': 'None', 'children': []}; {'id': '343', 'type': 'call', 'children': ['344', '345']}; {'id': '344', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'print'}; {'id': '345', 'type': 'argument_list', 'children': ['346']}; {'id': '346', 'type': 'call', 'children': ['347', '350']}; {'id': '347', 'type': 'attribute', 'children': ['348', '349']}; {'id': '348', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'\\t'"}; {'id': '349', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'join'}; {'id': '350', 'type': 'argument_list', 'children': ['351']}; {'id': '351', 'type': 'binary_operator', 'children': ['352', '359'], 'value': '+'}; {'id': '352', 'type': 'list', 'children': ['353'], 'value': "['bt:%s' % str(i)]"}; {'id': '353', 'type': 'binary_operator', 'children': ['354', '355'], 'value': '%'}; {'id': '354', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'bt:%s'"}; {'id': '355', 'type': 'call', 'children': ['356', '357']}; {'id': '356', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'str'}; {'id': '357', 'type': 'argument_list', 'children': ['358']}; {'id': '358', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'i'}; {'id': '359', 'type': 'list_comprehension', 'children': ['360', '364']}; {'id': '360', 'type': 'call', 'children': ['361', '362']}; {'id': '361', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'str'}; {'id': '362', 'type': 'argument_list', 'children': ['363']}; {'id': '363', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'j'}; {'id': '364', 'type': 'for_in_clause', 'children': ['365', '366']}; {'id': '365', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'j'}; {'id': '366', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'comp'}; {'id': '367', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['368', '371'], 'value': '!='}; {'id': '368', 'type': 'subscript', 'children': ['369', '370']}; {'id': '369', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'comp'}; {'id': '370', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '371', 'type': 'binary_operator', 'children': ['372', '373', '374'], 'value': '-'}; {'id': '372', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'\n comps.extend([j for j in comp[1:] if j != '"}; {'id': '373', 'type': 'ERROR', 'children': []}; {'id': '374', 'type': 'call', 'children': ['375', '376']}; {'id': '375', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'print_comps'}; {'id': '376', 'type': 'argument_list', 'children': ['377']}; {'id': '377', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'comps'}
print min. pident within each clade and then matrix of between-clade max.
{'id': '0', 'type': 'module', 'children': ['1']}; {'id': '1', 'type': 'function_definition', 'children': ['2', '3', '11']}; {'id': '2', 'type': 'function_name', 'children': [], 'value': '_configure_logger'}; {'id': '3', 'type': 'parameters', 'children': ['4', '5', '6', '7', '8', '9', '10']}; {'id': '4', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'fmt'}; {'id': '5', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'quiet'}; {'id': '6', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'level'}; {'id': '7', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'fpath'}; {'id': '8', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'pre_hooks'}; {'id': '9', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'post_hooks'}; {'id': '10', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'metric_grouping_interval'}; {'id': '11', 'type': 'block', 'children': ['12', '24', '26', '30', '57', '63', '77', '87', '96', '102', '125', '141', '157', '164', '178', '182', '194', '210', '218', '236', '245', '272', '280', '289', '296']}; {'id': '12', 'type': 'expression_statement', 'children': ['13']}; {'id': '13', 'type': 'assignment', 'children': ['14', '15']}; {'id': '14', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'level'}; {'id': '15', 'type': 'call', 'children': ['16', '17']}; {'id': '16', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'getattr'}; {'id': '17', 'type': 'argument_list', 'children': ['18', '19']}; {'id': '18', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'logging'}; {'id': '19', 'type': 'call', 'children': ['20', '23']}; {'id': '20', 'type': 'attribute', 'children': ['21', '22']}; {'id': '21', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'level'}; {'id': '22', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'upper'}; {'id': '23', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '24', 'type': 'global_statement', 'children': ['25']}; {'id': '25', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': '_GLOBAL_LOG_CONFIGURED'}; {'id': '26', 'type': 'if_statement', 'children': ['27', '28']}; {'id': '27', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': '_GLOBAL_LOG_CONFIGURED'}; {'id': '28', 'type': 'block', 'children': ['29']}; {'id': '29', 'type': 'return_statement', 'children': []}; {'id': '30', 'type': 'function_definition', 'children': ['31', '32', '34']}; {'id': '31', 'type': 'function_name', 'children': [], 'value': 'wrap_hook'}; {'id': '32', 'type': 'parameters', 'children': ['33']}; {'id': '33', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'fn'}; {'id': '34', 'type': 'block', 'children': ['35', '55']}; {'id': '35', 'type': 'decorated_definition', 'children': ['36', '41']}; {'id': '36', 'type': 'decorator', 'children': ['37']}; {'id': '37', 'type': 'call', 'children': ['38', '39']}; {'id': '38', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'wraps'}; {'id': '39', 'type': 'argument_list', 'children': ['40']}; {'id': '40', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'fn'}; {'id': '41', 'type': 'function_definition', 'children': ['42', '43', '47']}; {'id': '42', 'type': 'function_name', 'children': [], 'value': 'processor'}; {'id': '43', 'type': 'parameters', 'children': ['44', '45', '46']}; {'id': '44', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'logger'}; {'id': '45', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'method_name'}; {'id': '46', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'event_dict'}; {'id': '47', 'type': 'block', 'children': ['48', '53']}; {'id': '48', 'type': 'expression_statement', 'children': ['49']}; {'id': '49', 'type': 'call', 'children': ['50', '51']}; {'id': '50', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'fn'}; {'id': '51', 'type': 'argument_list', 'children': ['52']}; {'id': '52', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'event_dict'}; {'id': '53', 'type': 'return_statement', 'children': ['54']}; {'id': '54', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'event_dict'}; {'id': '55', 'type': 'return_statement', 'children': ['56']}; {'id': '56', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'processor'}; {'id': '57', 'type': 'expression_statement', 'children': ['58']}; {'id': '58', 'type': 'assignment', 'children': ['59', '60']}; {'id': '59', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'processors'}; {'id': '60', 'type': 'call', 'children': ['61', '62']}; {'id': '61', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'define_log_processors'}; {'id': '62', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '63', 'type': 'expression_statement', 'children': ['64']}; {'id': '64', 'type': 'call', 'children': ['65', '68']}; {'id': '65', 'type': 'attribute', 'children': ['66', '67']}; {'id': '66', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'processors'}; {'id': '67', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'extend'}; {'id': '68', 'type': 'argument_list', 'children': ['69']}; {'id': '69', 'type': 'list_comprehension', 'children': ['70', '74']}; {'id': '70', 'type': 'call', 'children': ['71', '72']}; {'id': '71', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'wrap_hook'}; {'id': '72', 'type': 'argument_list', 'children': ['73']}; {'id': '73', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'h'}; {'id': '74', 'type': 'for_in_clause', 'children': ['75', '76']}; {'id': '75', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'h'}; {'id': '76', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'pre_hooks'}; {'id': '77', 'type': 'if_statement', 'children': ['78', '79']}; {'id': '78', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'metric_grouping_interval'}; {'id': '79', 'type': 'block', 'children': ['80']}; {'id': '80', 'type': 'expression_statement', 'children': ['81']}; {'id': '81', 'type': 'call', 'children': ['82', '85']}; {'id': '82', 'type': 'attribute', 'children': ['83', '84']}; {'id': '83', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'processors'}; {'id': '84', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'append'}; {'id': '85', 'type': 'argument_list', 'children': ['86']}; {'id': '86', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'metrics_grouping_processor'}; {'id': '87', 'type': 'expression_statement', 'children': ['88']}; {'id': '88', 'type': 'assignment', 'children': ['89', '90']}; {'id': '89', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'log_renderer'}; {'id': '90', 'type': 'call', 'children': ['91', '92']}; {'id': '91', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'define_log_renderer'}; {'id': '92', 'type': 'argument_list', 'children': ['93', '94', '95']}; {'id': '93', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'fmt'}; {'id': '94', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'fpath'}; {'id': '95', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'quiet'}; {'id': '96', 'type': 'expression_statement', 'children': ['97']}; {'id': '97', 'type': 'assignment', 'children': ['98', '99']}; {'id': '98', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'stderr_required'}; {'id': '99', 'type': '()', 'children': ['100']}; {'id': '100', 'type': 'not_operator', 'children': ['101']}; {'id': '101', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'quiet'}; {'id': '102', 'type': 'expression_statement', 'children': ['103']}; {'id': '103', 'type': 'assignment', 'children': ['104', '105']}; {'id': '104', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'pretty_to_stderr'}; {'id': '105', 'type': '()', 'children': ['106']}; {'id': '106', 'type': 'boolean_operator', 'children': ['107', '108'], 'value': 'and'}; {'id': '107', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'stderr_required'}; {'id': '108', 'type': '()', 'children': ['109']}; {'id': '109', 'type': 'boolean_operator', 'children': ['110', '113'], 'value': 'or'}; {'id': '110', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['111', '112'], 'value': '=='}; {'id': '111', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'fmt'}; {'id': '112', 'type': 'string', 'children': [], 'value': '"pretty"'}; {'id': '113', 'type': '()', 'children': ['114']}; {'id': '114', 'type': 'boolean_operator', 'children': ['115', '118'], 'value': 'and'}; {'id': '115', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['116', '117'], 'value': 'is'}; {'id': '116', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'fmt'}; {'id': '117', 'type': 'None', 'children': []}; {'id': '118', 'type': 'call', 'children': ['119', '124']}; {'id': '119', 'type': 'attribute', 'children': ['120', '123']}; {'id': '120', 'type': 'attribute', 'children': ['121', '122']}; {'id': '121', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'sys'}; {'id': '122', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'stderr'}; {'id': '123', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'isatty'}; {'id': '124', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '125', 'type': 'expression_statement', 'children': ['126']}; {'id': '126', 'type': 'assignment', 'children': ['127', '128']}; {'id': '127', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'should_inject_pretty_renderer'}; {'id': '128', 'type': '()', 'children': ['129']}; {'id': '129', 'type': 'boolean_operator', 'children': ['130', '131'], 'value': 'and'}; {'id': '130', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'pretty_to_stderr'}; {'id': '131', 'type': 'not_operator', 'children': ['132']}; {'id': '132', 'type': 'call', 'children': ['133', '134']}; {'id': '133', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'isinstance'}; {'id': '134', 'type': 'argument_list', 'children': ['135', '136']}; {'id': '135', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'log_renderer'}; {'id': '136', 'type': 'attribute', 'children': ['137', '140']}; {'id': '137', 'type': 'attribute', 'children': ['138', '139']}; {'id': '138', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'structlog'}; {'id': '139', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'dev'}; {'id': '140', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'ConsoleRenderer'}; {'id': '141', 'type': 'if_statement', 'children': ['142', '143']}; {'id': '142', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'should_inject_pretty_renderer'}; {'id': '143', 'type': 'block', 'children': ['144', '148']}; {'id': '144', 'type': 'expression_statement', 'children': ['145']}; {'id': '145', 'type': 'assignment', 'children': ['146', '147']}; {'id': '146', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'stderr_required'}; {'id': '147', 'type': 'False', 'children': []}; {'id': '148', 'type': 'expression_statement', 'children': ['149']}; {'id': '149', 'type': 'call', 'children': ['150', '153']}; {'id': '150', 'type': 'attribute', 'children': ['151', '152']}; {'id': '151', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'processors'}; {'id': '152', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'append'}; {'id': '153', 'type': 'argument_list', 'children': ['154']}; {'id': '154', 'type': 'call', 'children': ['155', '156']}; {'id': '155', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'StderrConsoleRenderer'}; {'id': '156', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '157', 'type': 'expression_statement', 'children': ['158']}; {'id': '158', 'type': 'call', 'children': ['159', '162']}; {'id': '159', 'type': 'attribute', 'children': ['160', '161']}; {'id': '160', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'processors'}; {'id': '161', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'append'}; {'id': '162', 'type': 'argument_list', 'children': ['163']}; {'id': '163', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'log_renderer'}; {'id': '164', 'type': 'expression_statement', 'children': ['165']}; {'id': '165', 'type': 'call', 'children': ['166', '169']}; {'id': '166', 'type': 'attribute', 'children': ['167', '168']}; {'id': '167', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'processors'}; {'id': '168', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'extend'}; {'id': '169', 'type': 'argument_list', 'children': ['170']}; {'id': '170', 'type': 'list_comprehension', 'children': ['171', '175']}; {'id': '171', 'type': 'call', 'children': ['172', '173']}; {'id': '172', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'wrap_hook'}; {'id': '173', 'type': 'argument_list', 'children': ['174']}; {'id': '174', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'h'}; {'id': '175', 'type': 'for_in_clause', 'children': ['176', '177']}; {'id': '176', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'h'}; {'id': '177', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'post_hooks'}; {'id': '178', 'type': 'expression_statement', 'children': ['179']}; {'id': '179', 'type': 'assignment', 'children': ['180', '181']}; {'id': '180', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'streams'}; {'id': '181', 'type': 'list', 'children': [], 'value': '[]'}; {'id': '182', 'type': 'if_statement', 'children': ['183', '184']}; {'id': '183', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'stderr_required'}; {'id': '184', 'type': 'block', 'children': ['185']}; {'id': '185', 'type': 'expression_statement', 'children': ['186']}; {'id': '186', 'type': 'call', 'children': ['187', '190']}; {'id': '187', 'type': 'attribute', 'children': ['188', '189']}; {'id': '188', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'streams'}; {'id': '189', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'append'}; {'id': '190', 'type': 'argument_list', 'children': ['191']}; {'id': '191', 'type': 'attribute', 'children': ['192', '193']}; {'id': '192', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'sys'}; {'id': '193', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'stderr'}; {'id': '194', 'type': 'if_statement', 'children': ['195', '198']}; {'id': '195', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['196', '197'], 'value': 'is'}; {'id': '196', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'fpath'}; {'id': '197', 'type': 'None', 'children': []}; {'id': '198', 'type': 'block', 'children': ['199']}; {'id': '199', 'type': 'expression_statement', 'children': ['200']}; {'id': '200', 'type': 'call', 'children': ['201', '204']}; {'id': '201', 'type': 'attribute', 'children': ['202', '203']}; {'id': '202', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'streams'}; {'id': '203', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'append'}; {'id': '204', 'type': 'argument_list', 'children': ['205']}; {'id': '205', 'type': 'call', 'children': ['206', '207']}; {'id': '206', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'open'}; {'id': '207', 'type': 'argument_list', 'children': ['208', '209']}; {'id': '208', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'fpath'}; {'id': '209', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'a'"}; {'id': '210', 'type': 'assert_statement', 'children': ['211', '217']}; {'id': '211', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['212', '216'], 'value': '!='}; {'id': '212', 'type': 'call', 'children': ['213', '214']}; {'id': '213', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'len'}; {'id': '214', 'type': 'argument_list', 'children': ['215']}; {'id': '215', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'streams'}; {'id': '216', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '217', 'type': 'string', 'children': [], 'value': '"cannot configure logger for 0 streams"'}; {'id': '218', 'type': 'expression_statement', 'children': ['219']}; {'id': '219', 'type': 'assignment', 'children': ['220', '221']}; {'id': '220', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'stream'}; {'id': '221', 'type': 'conditional_expression', 'children': ['222', '225', '231'], 'value': 'if'}; {'id': '222', 'type': 'subscript', 'children': ['223', '224']}; {'id': '223', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'streams'}; {'id': '224', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '225', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['226', '230'], 'value': '=='}; {'id': '226', 'type': 'call', 'children': ['227', '228']}; {'id': '227', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'len'}; {'id': '228', 'type': 'argument_list', 'children': ['229']}; {'id': '229', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'streams'}; {'id': '230', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '231', 'type': 'call', 'children': ['232', '233']}; {'id': '232', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'Stream'}; {'id': '233', 'type': 'argument_list', 'children': ['234']}; {'id': '234', 'type': 'list_splat', 'children': ['235']}; {'id': '235', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'streams'}; {'id': '236', 'type': 'expression_statement', 'children': ['237']}; {'id': '237', 'type': 'call', 'children': ['238', '241']}; {'id': '238', 'type': 'attribute', 'children': ['239', '240']}; {'id': '239', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'atexit'}; {'id': '240', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'register'}; {'id': '241', 'type': 'argument_list', 'children': ['242']}; {'id': '242', 'type': 'attribute', 'children': ['243', '244']}; {'id': '243', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'stream'}; {'id': '244', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'close'}; {'id': '245', 'type': 'expression_statement', 'children': ['246']}; {'id': '246', 'type': 'call', 'children': ['247', '250']}; {'id': '247', 'type': 'attribute', 'children': ['248', '249']}; {'id': '248', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'structlog'}; {'id': '249', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'configure'}; {'id': '250', 'type': 'argument_list', 'children': ['251', '254', '257', '266', '269']}; {'id': '251', 'type': 'keyword_argument', 'children': ['252', '253']}; {'id': '252', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'processors'}; {'id': '253', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'processors'}; {'id': '254', 'type': 'keyword_argument', 'children': ['255', '256']}; {'id': '255', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'context_class'}; {'id': '256', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'dict'}; {'id': '257', 'type': 'keyword_argument', 'children': ['258', '259']}; {'id': '258', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'logger_factory'}; {'id': '259', 'type': 'call', 'children': ['260', '261']}; {'id': '260', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'LevelLoggerFactory'}; {'id': '261', 'type': 'argument_list', 'children': ['262', '263']}; {'id': '262', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'stream'}; {'id': '263', 'type': 'keyword_argument', 'children': ['264', '265']}; {'id': '264', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'level'}; {'id': '265', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'level'}; {'id': '266', 'type': 'keyword_argument', 'children': ['267', '268']}; {'id': '267', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'wrapper_class'}; {'id': '268', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'BoundLevelLogger'}; {'id': '269', 'type': 'keyword_argument', 'children': ['270', '271']}; {'id': '270', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cache_logger_on_first_use'}; {'id': '271', 'type': 'True', 'children': []}; {'id': '272', 'type': 'expression_statement', 'children': ['273']}; {'id': '273', 'type': 'assignment', 'children': ['274', '275']}; {'id': '274', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'stdlib_root_log'}; {'id': '275', 'type': 'call', 'children': ['276', '279']}; {'id': '276', 'type': 'attribute', 'children': ['277', '278']}; {'id': '277', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'logging'}; {'id': '278', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'getLogger'}; {'id': '279', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '280', 'type': 'expression_statement', 'children': ['281']}; {'id': '281', 'type': 'call', 'children': ['282', '285']}; {'id': '282', 'type': 'attribute', 'children': ['283', '284']}; {'id': '283', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'stdlib_root_log'}; {'id': '284', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'addHandler'}; {'id': '285', 'type': 'argument_list', 'children': ['286']}; {'id': '286', 'type': 'call', 'children': ['287', '288']}; {'id': '287', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'StdlibStructlogHandler'}; {'id': '288', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '289', 'type': 'expression_statement', 'children': ['290']}; {'id': '290', 'type': 'call', 'children': ['291', '294']}; {'id': '291', 'type': 'attribute', 'children': ['292', '293']}; {'id': '292', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'stdlib_root_log'}; {'id': '293', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'setLevel'}; {'id': '294', 'type': 'argument_list', 'children': ['295']}; {'id': '295', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'level'}; {'id': '296', 'type': 'expression_statement', 'children': ['297']}; {'id': '297', 'type': 'assignment', 'children': ['298', '299']}; {'id': '298', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': '_GLOBAL_LOG_CONFIGURED'}; {'id': '299', 'type': 'True', 'children': []}
configures a logger when required write to stderr or a file
{'id': '0', 'type': 'module', 'children': ['1']}; {'id': '1', 'type': 'ERROR', 'children': ['2']}; {'id': '2', 'type': 'function_definition', 'children': ['3', '4', '8']}; {'id': '3', 'type': 'function_name', 'children': [], 'value': 'parse_fasta_annotations'}; {'id': '4', 'type': 'parameters', 'children': ['5', '6', '7']}; {'id': '5', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'fastas'}; {'id': '6', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'annot_tables'}; {'id': '7', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'trans_table'}; {'id': '8', 'type': 'block', 'children': ['9', '57', '215', '235', '246', '260', '277']}; {'id': '9', 'type': 'if_statement', 'children': ['10', '13']}; {'id': '10', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['11', '12'], 'value': 'is'}; {'id': '11', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'annot_tables'}; {'id': '12', 'type': 'False', 'children': []}; {'id': '13', 'type': 'block', 'children': ['14', '18']}; {'id': '14', 'type': 'expression_statement', 'children': ['15']}; {'id': '15', 'type': 'assignment', 'children': ['16', '17']}; {'id': '16', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'annots'}; {'id': '17', 'type': 'dictionary', 'children': []}; {'id': '18', 'type': 'for_statement', 'children': ['19', '20', '21']}; {'id': '19', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'table'}; {'id': '20', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'annot_tables'}; {'id': '21', 'type': 'block', 'children': ['22']}; {'id': '22', 'type': 'for_statement', 'children': ['23', '24', '28']}; {'id': '23', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cds'}; {'id': '24', 'type': 'call', 'children': ['25', '26']}; {'id': '25', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'open'}; {'id': '26', 'type': 'argument_list', 'children': ['27']}; {'id': '27', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'table'}; {'id': '28', 'type': 'block', 'children': ['29', '45']}; {'id': '29', 'type': 'expression_statement', 'children': ['30']}; {'id': '30', 'type': 'assignment', 'children': ['31', '36']}; {'id': '31', 'type': 'pattern_list', 'children': ['32', '33', '34', '35']}; {'id': '32', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'ID'}; {'id': '33', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'start'}; {'id': '34', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'end'}; {'id': '35', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'strand'}; {'id': '36', 'type': 'call', 'children': ['37', '44']}; {'id': '37', 'type': 'attribute', 'children': ['38', '43']}; {'id': '38', 'type': 'call', 'children': ['39', '42']}; {'id': '39', 'type': 'attribute', 'children': ['40', '41']}; {'id': '40', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cds'}; {'id': '41', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'strip'}; {'id': '42', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '43', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'split'}; {'id': '44', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '45', 'type': 'expression_statement', 'children': ['46']}; {'id': '46', 'type': 'assignment', 'children': ['47', '50']}; {'id': '47', 'type': 'subscript', 'children': ['48', '49']}; {'id': '48', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'annots'}; {'id': '49', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'ID'}; {'id': '50', 'type': 'list', 'children': ['51', '52', '53'], 'value': '[start, end, int(strand)]'}; {'id': '51', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'start'}; {'id': '52', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'end'}; {'id': '53', 'type': 'call', 'children': ['54', '55']}; {'id': '54', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'int'}; {'id': '55', 'type': 'argument_list', 'children': ['56']}; {'id': '56', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'strand'}; {'id': '57', 'type': 'for_statement', 'children': ['58', '59', '60', '203', '208']}; {'id': '58', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'fasta'}; {'id': '59', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'fastas'}; {'id': '60', 'type': 'ERROR', 'children': ['61', '160', '179', '180', '182', '183', '185', '191', '197', '200']}; {'id': '61', 'type': 'for_statement', 'children': ['62', '63', '67', '78', '131']}; {'id': '62', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'seq'}; {'id': '63', 'type': 'call', 'children': ['64', '65']}; {'id': '64', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'parse_fasta'}; {'id': '65', 'type': 'argument_list', 'children': ['66']}; {'id': '66', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'fasta'}; {'id': '67', 'type': 'ERROR', 'children': ['68', '73']}; {'id': '68', 'type': 'call', 'children': ['69', '70', '72']}; {'id': '69', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'\n print('"}; {'id': '70', 'type': 'ERROR', 'children': ['71']}; {'id': '71', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'exit'}; {'id': '72', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '73', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['74', '75'], 'value': 'in'}; {'id': '74', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'ID='"}; {'id': '75', 'type': 'subscript', 'children': ['76', '77']}; {'id': '76', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'seq'}; {'id': '77', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '78', 'type': 'block', 'children': ['79', '101']}; {'id': '79', 'type': 'expression_statement', 'children': ['80']}; {'id': '80', 'type': 'assignment', 'children': ['81', '82']}; {'id': '81', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'ID'}; {'id': '82', 'type': 'subscript', 'children': ['83', '100']}; {'id': '83', 'type': 'call', 'children': ['84', '97']}; {'id': '84', 'type': 'attribute', 'children': ['85', '96']}; {'id': '85', 'type': 'subscript', 'children': ['86', '95']}; {'id': '86', 'type': 'call', 'children': ['87', '92']}; {'id': '87', 'type': 'attribute', 'children': ['88', '91']}; {'id': '88', 'type': 'subscript', 'children': ['89', '90']}; {'id': '89', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'seq'}; {'id': '90', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '91', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'rsplit'}; {'id': '92', 'type': 'argument_list', 'children': ['93', '94']}; {'id': '93', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'ID='"}; {'id': '94', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '95', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '96', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'split'}; {'id': '97', 'type': 'argument_list', 'children': ['98', '99']}; {'id': '98', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "';'"}; {'id': '99', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '100', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '101', 'type': 'expression_statement', 'children': ['102']}; {'id': '102', 'type': 'assignment', 'children': ['103', '104']}; {'id': '103', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'contig'}; {'id': '104', 'type': 'subscript', 'children': ['105', '130']}; {'id': '105', 'type': 'call', 'children': ['106', '124']}; {'id': '106', 'type': 'attribute', 'children': ['107', '123']}; {'id': '107', 'type': 'subscript', 'children': ['108', '122']}; {'id': '108', 'type': 'call', 'children': ['109', '120']}; {'id': '109', 'type': 'attribute', 'children': ['110', '119']}; {'id': '110', 'type': 'subscript', 'children': ['111', '118']}; {'id': '111', 'type': 'call', 'children': ['112', '117']}; {'id': '112', 'type': 'attribute', 'children': ['113', '116']}; {'id': '113', 'type': 'subscript', 'children': ['114', '115']}; {'id': '114', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'seq'}; {'id': '115', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '116', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'split'}; {'id': '117', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '118', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '119', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'split'}; {'id': '120', 'type': 'argument_list', 'children': ['121']}; {'id': '121', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'>'"}; {'id': '122', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '123', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'rsplit'}; {'id': '124', 'type': 'argument_list', 'children': ['125', '129']}; {'id': '125', 'type': 'binary_operator', 'children': ['126', '127'], 'value': '%'}; {'id': '126', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'_%s'"}; {'id': '127', 'type': '()', 'children': ['128']}; {'id': '128', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'ID'}; {'id': '129', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '130', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '131', 'type': 'else_clause', 'children': ['132']}; {'id': '132', 'type': 'block', 'children': ['133']}; {'id': '133', 'type': 'expression_statement', 'children': ['134']}; {'id': '134', 'type': 'assignment', 'children': ['135', '136']}; {'id': '135', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'contig'}; {'id': '136', 'type': 'subscript', 'children': ['137', '159']}; {'id': '137', 'type': 'call', 'children': ['138', '156']}; {'id': '138', 'type': 'attribute', 'children': ['139', '155']}; {'id': '139', 'type': 'subscript', 'children': ['140', '154']}; {'id': '140', 'type': 'call', 'children': ['141', '152']}; {'id': '141', 'type': 'attribute', 'children': ['142', '151']}; {'id': '142', 'type': 'subscript', 'children': ['143', '150']}; {'id': '143', 'type': 'call', 'children': ['144', '149']}; {'id': '144', 'type': 'attribute', 'children': ['145', '148']}; {'id': '145', 'type': 'subscript', 'children': ['146', '147']}; {'id': '146', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'seq'}; {'id': '147', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '148', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'split'}; {'id': '149', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '150', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '151', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'split'}; {'id': '152', 'type': 'argument_list', 'children': ['153']}; {'id': '153', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'>'"}; {'id': '154', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '155', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'rsplit'}; {'id': '156', 'type': 'argument_list', 'children': ['157', '158']}; {'id': '157', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'_'"}; {'id': '158', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '159', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '160', 'type': 'expression_statement', 'children': ['161']}; {'id': '161', 'type': 'assignment', 'children': ['162', '163']}; {'id': '162', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'locus'}; {'id': '163', 'type': 'subscript', 'children': ['164', '178']}; {'id': '164', 'type': 'call', 'children': ['165', '176']}; {'id': '165', 'type': 'attribute', 'children': ['166', '175']}; {'id': '166', 'type': 'subscript', 'children': ['167', '174']}; {'id': '167', 'type': 'call', 'children': ['168', '173']}; {'id': '168', 'type': 'attribute', 'children': ['169', '172']}; {'id': '169', 'type': 'subscript', 'children': ['170', '171']}; {'id': '170', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'seq'}; {'id': '171', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '172', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'split'}; {'id': '173', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '174', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '175', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'split'}; {'id': '176', 'type': 'argument_list', 'children': ['177']}; {'id': '177', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'>'"}; {'id': '178', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '179', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'\n info = seq[0].split('"}; {'id': '180', 'type': 'ERROR', 'children': ['181']}; {'id': '181', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'start'}; {'id': '182', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'end'}; {'id': '183', 'type': 'ERROR', 'children': ['184']}; {'id': '184', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'strand'}; {'id': '185', 'type': 'call', 'children': ['186', '187']}; {'id': '186', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'int'}; {'id': '187', 'type': 'argument_list', 'children': ['188']}; {'id': '188', 'type': 'subscript', 'children': ['189', '190']}; {'id': '189', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'info'}; {'id': '190', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '191', 'type': 'call', 'children': ['192', '193']}; {'id': '192', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'int'}; {'id': '193', 'type': 'argument_list', 'children': ['194']}; {'id': '194', 'type': 'subscript', 'children': ['195', '196']}; {'id': '195', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'info'}; {'id': '196', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '2'}; {'id': '197', 'type': 'subscript', 'children': ['198', '199']}; {'id': '198', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'info'}; {'id': '199', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '3'}; {'id': '200', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['201', '202'], 'value': '=='}; {'id': '201', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'strand'}; {'id': '202', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'1'"}; {'id': '203', 'type': 'block', 'children': ['204']}; {'id': '204', 'type': 'expression_statement', 'children': ['205']}; {'id': '205', 'type': 'assignment', 'children': ['206', '207']}; {'id': '206', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'strand'}; {'id': '207', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '208', 'type': 'else_clause', 'children': ['209']}; {'id': '209', 'type': 'block', 'children': ['210']}; {'id': '210', 'type': 'expression_statement', 'children': ['211']}; {'id': '211', 'type': 'assignment', 'children': ['212', '213']}; {'id': '212', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'strand'}; {'id': '213', 'type': 'unary_operator', 'children': ['214'], 'value': '-'}; {'id': '214', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '215', 'type': 'expression_statement', 'children': ['216']}; {'id': '216', 'type': 'assignment', 'children': ['217', '218']}; {'id': '217', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'product'}; {'id': '218', 'type': 'list', 'children': ['219'], 'value': "[''.join(info[4].split()[1:])]"}; {'id': '219', 'type': 'call', 'children': ['220', '223']}; {'id': '220', 'type': 'attribute', 'children': ['221', '222']}; {'id': '221', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "''"}; {'id': '222', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'join'}; {'id': '223', 'type': 'argument_list', 'children': ['224']}; {'id': '224', 'type': 'subscript', 'children': ['225', '232']}; {'id': '225', 'type': 'call', 'children': ['226', '231']}; {'id': '226', 'type': 'attribute', 'children': ['227', '230']}; {'id': '227', 'type': 'subscript', 'children': ['228', '229']}; {'id': '228', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'info'}; {'id': '229', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '4'}; {'id': '230', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'split'}; {'id': '231', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '232', 'type': 'slice', 'children': ['233', '234']}; {'id': '233', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '234', 'type': 'colon', 'children': []}; {'id': '235', 'type': 'expression_statement', 'children': ['236']}; {'id': '236', 'type': 'assignment', 'children': ['237', '243']}; {'id': '237', 'type': 'pattern_list', 'children': ['238', '239', '241', '242']}; {'id': '238', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'else'}; {'id': '239', 'type': 'ERROR', 'children': ['240']}; {'id': '240', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'start'}; {'id': '241', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'end'}; {'id': '242', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'strand'}; {'id': '243', 'type': 'subscript', 'children': ['244', '245']}; {'id': '244', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'annots'}; {'id': '245', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'locus'}; {'id': '246', 'type': 'expression_statement', 'children': ['247']}; {'id': '247', 'type': 'assignment', 'children': ['248', '249']}; {'id': '248', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'product'}; {'id': '249', 'type': 'subscript', 'children': ['250', '259']}; {'id': '250', 'type': 'call', 'children': ['251', '256']}; {'id': '251', 'type': 'attribute', 'children': ['252', '255']}; {'id': '252', 'type': 'subscript', 'children': ['253', '254']}; {'id': '253', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'seq'}; {'id': '254', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '255', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'split'}; {'id': '256', 'type': 'argument_list', 'children': ['257', '258']}; {'id': '257', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "' '"}; {'id': '258', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '259', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '260', 'type': 'expression_statement', 'children': ['261']}; {'id': '261', 'type': 'assignment', 'children': ['262', '263']}; {'id': '262', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'info'}; {'id': '263', 'type': 'dictionary', 'children': ['264', '268', '274']}; {'id': '264', 'type': 'pair', 'children': ['265', '266']}; {'id': '265', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'transl_table'"}; {'id': '266', 'type': 'list', 'children': ['267'], 'value': '[trans_table]'}; {'id': '267', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'trans_table'}; {'id': '268', 'type': 'pair', 'children': ['269', '270']}; {'id': '269', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'translation'"}; {'id': '270', 'type': 'list', 'children': ['271'], 'value': '[seq[1]]'}; {'id': '271', 'type': 'subscript', 'children': ['272', '273']}; {'id': '272', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'seq'}; {'id': '273', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '274', 'type': 'pair', 'children': ['275', '276']}; {'id': '275', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'product'"}; {'id': '276', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'product'}; {'id': '277', 'type': 'expression_statement', 'children': ['278']}; {'id': '278', 'type': 'yield', 'children': ['279']}; {'id': '279', 'type': 'expression_list', 'children': ['280', '281']}; {'id': '280', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'contig'}; {'id': '281', 'type': 'list', 'children': ['282', '283', '287'], 'value': '[locus, [start, end, strand], info]'}; {'id': '282', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'locus'}; {'id': '283', 'type': 'list', 'children': ['284', '285', '286'], 'value': '[start, end, strand]'}; {'id': '284', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'start'}; {'id': '285', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'end'}; {'id': '286', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'strand'}; {'id': '287', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'info'}
parse gene call information from Prodigal fasta output
{'id': '0', 'type': 'module', 'children': ['1']}; {'id': '1', 'type': 'function_definition', 'children': ['2', '3', '5']}; {'id': '2', 'type': 'function_name', 'children': [], 'value': 'print_consensus'}; {'id': '3', 'type': 'parameters', 'children': ['4']}; {'id': '4', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'genomes'}; {'id': '5', 'type': 'block', 'children': ['6', '10', '128', '204']}; {'id': '6', 'type': 'expression_statement', 'children': ['7']}; {'id': '7', 'type': 'assignment', 'children': ['8', '9']}; {'id': '8', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cons'}; {'id': '9', 'type': 'dictionary', 'children': []}; {'id': '10', 'type': 'for_statement', 'children': ['11', '14', '22']}; {'id': '11', 'type': 'pattern_list', 'children': ['12', '13']}; {'id': '12', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'genome'}; {'id': '13', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'contigs'}; {'id': '14', 'type': 'call', 'children': ['15', '16']}; {'id': '15', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'list'}; {'id': '16', 'type': 'argument_list', 'children': ['17']}; {'id': '17', 'type': 'call', 'children': ['18', '21']}; {'id': '18', 'type': 'attribute', 'children': ['19', '20']}; {'id': '19', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'genomes'}; {'id': '20', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'items'}; {'id': '21', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '22', 'type': 'block', 'children': ['23', '29']}; {'id': '23', 'type': 'expression_statement', 'children': ['24']}; {'id': '24', 'type': 'assignment', 'children': ['25', '28']}; {'id': '25', 'type': 'subscript', 'children': ['26', '27']}; {'id': '26', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cons'}; {'id': '27', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'genome'}; {'id': '28', 'type': 'dictionary', 'children': []}; {'id': '29', 'type': 'for_statement', 'children': ['30', '33', '41']}; {'id': '30', 'type': 'pattern_list', 'children': ['31', '32']}; {'id': '31', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'contig'}; {'id': '32', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'samples'}; {'id': '33', 'type': 'call', 'children': ['34', '35']}; {'id': '34', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'list'}; {'id': '35', 'type': 'argument_list', 'children': ['36']}; {'id': '36', 'type': 'call', 'children': ['37', '40']}; {'id': '37', 'type': 'attribute', 'children': ['38', '39']}; {'id': '38', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'contigs'}; {'id': '39', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'items'}; {'id': '40', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '41', 'type': 'block', 'children': ['42']}; {'id': '42', 'type': 'for_statement', 'children': ['43', '46', '54']}; {'id': '43', 'type': 'pattern_list', 'children': ['44', '45']}; {'id': '44', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'sample'}; {'id': '45', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'stats'}; {'id': '46', 'type': 'call', 'children': ['47', '48']}; {'id': '47', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'list'}; {'id': '48', 'type': 'argument_list', 'children': ['49']}; {'id': '49', 'type': 'call', 'children': ['50', '53']}; {'id': '50', 'type': 'attribute', 'children': ['51', '52']}; {'id': '51', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'samples'}; {'id': '52', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'items'}; {'id': '53', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '54', 'type': 'block', 'children': ['55', '70', '82']}; {'id': '55', 'type': 'if_statement', 'children': ['56', '61']}; {'id': '56', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['57', '58'], 'value': 'not'}; {'id': '57', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'sample'}; {'id': '58', 'type': 'subscript', 'children': ['59', '60']}; {'id': '59', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cons'}; {'id': '60', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'genome'}; {'id': '61', 'type': 'block', 'children': ['62']}; {'id': '62', 'type': 'expression_statement', 'children': ['63']}; {'id': '63', 'type': 'assignment', 'children': ['64', '69']}; {'id': '64', 'type': 'subscript', 'children': ['65', '68']}; {'id': '65', 'type': 'subscript', 'children': ['66', '67']}; {'id': '66', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cons'}; {'id': '67', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'genome'}; {'id': '68', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'sample'}; {'id': '69', 'type': 'dictionary', 'children': []}; {'id': '70', 'type': 'expression_statement', 'children': ['71']}; {'id': '71', 'type': 'assignment', 'children': ['72', '73']}; {'id': '72', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'seq'}; {'id': '73', 'type': 'assignment', 'children': ['74', '81']}; {'id': '74', 'type': 'subscript', 'children': ['75', '80']}; {'id': '75', 'type': 'subscript', 'children': ['76', '79']}; {'id': '76', 'type': 'subscript', 'children': ['77', '78']}; {'id': '77', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cons'}; {'id': '78', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'genome'}; {'id': '79', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'sample'}; {'id': '80', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'contig'}; {'id': '81', 'type': 'list', 'children': [], 'value': '[]'}; {'id': '82', 'type': 'for_statement', 'children': ['83', '86', '93']}; {'id': '83', 'type': 'pattern_list', 'children': ['84', '85']}; {'id': '84', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'pos'}; {'id': '85', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'ps'}; {'id': '86', 'type': 'call', 'children': ['87', '88']}; {'id': '87', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'enumerate'}; {'id': '88', 'type': 'argument_list', 'children': ['89', '92']}; {'id': '89', 'type': 'subscript', 'children': ['90', '91']}; {'id': '90', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'stats'}; {'id': '91', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'bp_stats'"}; {'id': '92', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '93', 'type': 'block', 'children': ['94', '108', '121']}; {'id': '94', 'type': 'expression_statement', 'children': ['95']}; {'id': '95', 'type': 'assignment', 'children': ['96', '99']}; {'id': '96', 'type': 'pattern_list', 'children': ['97', '98']}; {'id': '97', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'ref'}; {'id': '98', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'consensus'}; {'id': '99', 'type': 'expression_list', 'children': ['100', '103']}; {'id': '100', 'type': 'subscript', 'children': ['101', '102']}; {'id': '101', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'ps'}; {'id': '102', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'ref'"}; {'id': '103', 'type': 'subscript', 'children': ['104', '107']}; {'id': '104', 'type': 'subscript', 'children': ['105', '106']}; {'id': '105', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'ps'}; {'id': '106', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'consensus'"}; {'id': '107', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '108', 'type': 'if_statement', 'children': ['109', '112']}; {'id': '109', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['110', '111'], 'value': '=='}; {'id': '110', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'consensus'}; {'id': '111', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'n/a'"}; {'id': '112', 'type': 'block', 'children': ['113']}; {'id': '113', 'type': 'expression_statement', 'children': ['114']}; {'id': '114', 'type': 'assignment', 'children': ['115', '116']}; {'id': '115', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'consensus'}; {'id': '116', 'type': 'call', 'children': ['117', '120']}; {'id': '117', 'type': 'attribute', 'children': ['118', '119']}; {'id': '118', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'ref'}; {'id': '119', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'lower'}; {'id': '120', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '121', 'type': 'expression_statement', 'children': ['122']}; {'id': '122', 'type': 'call', 'children': ['123', '126']}; {'id': '123', 'type': 'attribute', 'children': ['124', '125']}; {'id': '124', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'seq'}; {'id': '125', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'append'}; {'id': '126', 'type': 'argument_list', 'children': ['127']}; {'id': '127', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'consensus'}; {'id': '128', 'type': 'for_statement', 'children': ['129', '132', '137']}; {'id': '129', 'type': 'pattern_list', 'children': ['130', '131']}; {'id': '130', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'genome'}; {'id': '131', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'samples'}; {'id': '132', 'type': 'call', 'children': ['133', '136']}; {'id': '133', 'type': 'attribute', 'children': ['134', '135']}; {'id': '134', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cons'}; {'id': '135', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'items'}; {'id': '136', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '137', 'type': 'block', 'children': ['138']}; {'id': '138', 'type': 'for_statement', 'children': ['139', '142', '147']}; {'id': '139', 'type': 'pattern_list', 'children': ['140', '141']}; {'id': '140', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'sample'}; {'id': '141', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'contigs'}; {'id': '142', 'type': 'call', 'children': ['143', '146']}; {'id': '143', 'type': 'attribute', 'children': ['144', '145']}; {'id': '144', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'samples'}; {'id': '145', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'items'}; {'id': '146', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '147', 'type': 'block', 'children': ['148', '156', '164', '198']}; {'id': '148', 'type': 'expression_statement', 'children': ['149']}; {'id': '149', 'type': 'assignment', 'children': ['150', '151']}; {'id': '150', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'fn'}; {'id': '151', 'type': 'binary_operator', 'children': ['152', '153'], 'value': '%'}; {'id': '152', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'%s.%s.consensus.fa'"}; {'id': '153', 'type': 'tuple', 'children': ['154', '155']}; {'id': '154', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'genome'}; {'id': '155', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'sample'}; {'id': '156', 'type': 'expression_statement', 'children': ['157']}; {'id': '157', 'type': 'assignment', 'children': ['158', '159']}; {'id': '158', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'f'}; {'id': '159', 'type': 'call', 'children': ['160', '161']}; {'id': '160', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'open'}; {'id': '161', 'type': 'argument_list', 'children': ['162', '163']}; {'id': '162', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'fn'}; {'id': '163', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'w'"}; {'id': '164', 'type': 'for_statement', 'children': ['165', '168', '173']}; {'id': '165', 'type': 'pattern_list', 'children': ['166', '167']}; {'id': '166', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'contig'}; {'id': '167', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'seq'}; {'id': '168', 'type': 'call', 'children': ['169', '172']}; {'id': '169', 'type': 'attribute', 'children': ['170', '171']}; {'id': '170', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'contigs'}; {'id': '171', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'items'}; {'id': '172', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '173', 'type': 'block', 'children': ['174', '185']}; {'id': '174', 'type': 'expression_statement', 'children': ['175']}; {'id': '175', 'type': 'call', 'children': ['176', '177']}; {'id': '176', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'print'}; {'id': '177', 'type': 'argument_list', 'children': ['178', '182']}; {'id': '178', 'type': 'binary_operator', 'children': ['179', '180'], 'value': '%'}; {'id': '179', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'>%s'"}; {'id': '180', 'type': '()', 'children': ['181']}; {'id': '181', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'contig'}; {'id': '182', 'type': 'keyword_argument', 'children': ['183', '184']}; {'id': '183', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'file'}; {'id': '184', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'f'}; {'id': '185', 'type': 'expression_statement', 'children': ['186']}; {'id': '186', 'type': 'call', 'children': ['187', '188']}; {'id': '187', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'print'}; {'id': '188', 'type': 'argument_list', 'children': ['189', '195']}; {'id': '189', 'type': 'call', 'children': ['190', '193']}; {'id': '190', 'type': 'attribute', 'children': ['191', '192']}; {'id': '191', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "''"}; {'id': '192', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'join'}; {'id': '193', 'type': 'argument_list', 'children': ['194']}; {'id': '194', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'seq'}; {'id': '195', 'type': 'keyword_argument', 'children': ['196', '197']}; {'id': '196', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'file'}; {'id': '197', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'f'}; {'id': '198', 'type': 'expression_statement', 'children': ['199']}; {'id': '199', 'type': 'call', 'children': ['200', '203']}; {'id': '200', 'type': 'attribute', 'children': ['201', '202']}; {'id': '201', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'f'}; {'id': '202', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'close'}; {'id': '203', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '204', 'type': 'return_statement', 'children': ['205']}; {'id': '205', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cons'}
print consensensus sequences for each genome and sample
{'id': '0', 'type': 'module', 'children': ['1']}; {'id': '1', 'type': 'function_definition', 'children': ['2', '3', '6']}; {'id': '2', 'type': 'function_name', 'children': [], 'value': 'parse_cov'}; {'id': '3', 'type': 'parameters', 'children': ['4', '5']}; {'id': '4', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cov_table'}; {'id': '5', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'scaffold2genome'}; {'id': '6', 'type': 'block', 'children': ['7', '11', '15', '179', '195', '255']}; {'id': '7', 'type': 'expression_statement', 'children': ['8']}; {'id': '8', 'type': 'assignment', 'children': ['9', '10']}; {'id': '9', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'size'}; {'id': '10', 'type': 'dictionary', 'children': []}; {'id': '11', 'type': 'expression_statement', 'children': ['12']}; {'id': '12', 'type': 'assignment', 'children': ['13', '14']}; {'id': '13', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'mapped'}; {'id': '14', 'type': 'dictionary', 'children': []}; {'id': '15', 'type': 'for_statement', 'children': ['16', '17', '21']}; {'id': '16', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '17', 'type': 'call', 'children': ['18', '19']}; {'id': '18', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'open'}; {'id': '19', 'type': 'argument_list', 'children': ['20']}; {'id': '20', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cov_table'}; {'id': '21', 'type': 'block', 'children': ['22', '35', '126', '132', '155', '161']}; {'id': '22', 'type': 'expression_statement', 'children': ['23']}; {'id': '23', 'type': 'assignment', 'children': ['24', '25']}; {'id': '24', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '25', 'type': 'call', 'children': ['26', '33']}; {'id': '26', 'type': 'attribute', 'children': ['27', '32']}; {'id': '27', 'type': 'call', 'children': ['28', '31']}; {'id': '28', 'type': 'attribute', 'children': ['29', '30']}; {'id': '29', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '30', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'strip'}; {'id': '31', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '32', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'split'}; {'id': '33', 'type': 'argument_list', 'children': ['34']}; {'id': '34', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'\\t'"}; {'id': '35', 'type': 'if_statement', 'children': ['36', '41', '124']}; {'id': '36', 'type': 'attribute', 'children': ['37', '40']}; {'id': '37', 'type': 'subscript', 'children': ['38', '39']}; {'id': '38', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '39', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '40', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'startswith'}; {'id': '41', 'type': 'ERROR', 'children': ['42', '43', '76', '79', '80', '121']}; {'id': '42', 'type': 'ERROR', 'children': []}; {'id': '43', 'type': 'keyword_argument', 'children': ['44', '45']}; {'id': '44', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'samples'}; {'id': '45', 'type': 'subscript', 'children': ['46', '51', '53']}; {'id': '46', 'type': 'subscript', 'children': ['47', '48']}; {'id': '47', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '48', 'type': 'slice', 'children': ['49', '50']}; {'id': '49', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '50', 'type': 'colon', 'children': []}; {'id': '51', 'type': 'ERROR', 'children': ['52']}; {'id': '52', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'samples'}; {'id': '53', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['54', '72', '75'], 'value': 'in'}; {'id': '54', 'type': 'subscript', 'children': ['55', '71']}; {'id': '55', 'type': 'call', 'children': ['56', '68']}; {'id': '56', 'type': 'attribute', 'children': ['57', '67']}; {'id': '57', 'type': 'subscript', 'children': ['58', '65']}; {'id': '58', 'type': 'call', 'children': ['59', '62']}; {'id': '59', 'type': 'attribute', 'children': ['60', '61']}; {'id': '60', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'i'}; {'id': '61', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'rsplit'}; {'id': '62', 'type': 'argument_list', 'children': ['63', '64']}; {'id': '63', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'/'"}; {'id': '64', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '65', 'type': 'unary_operator', 'children': ['66'], 'value': '-'}; {'id': '66', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '67', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'split'}; {'id': '68', 'type': 'argument_list', 'children': ['69', '70']}; {'id': '69', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'.'"}; {'id': '70', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '71', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '72', 'type': 'ERROR', 'children': ['73', '74']}; {'id': '73', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'for'}; {'id': '74', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'i'}; {'id': '75', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'samples'}; {'id': '76', 'type': 'ERROR', 'children': ['77', '78']}; {'id': '77', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'continue'}; {'id': '78', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'scaffold'}; {'id': '79', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'length'}; {'id': '80', 'type': 'subscript', 'children': ['81', '111', '113']}; {'id': '81', 'type': 'subscript', 'children': ['82', '96', '98']}; {'id': '82', 'type': 'call', 'children': ['83', '91', '94']}; {'id': '83', 'type': 'call', 'children': ['84', '89']}; {'id': '84', 'type': 'attribute', 'children': ['85', '88']}; {'id': '85', 'type': 'subscript', 'children': ['86', '87']}; {'id': '86', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '87', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '88', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'split'}; {'id': '89', 'type': 'argument_list', 'children': ['90']}; {'id': '90', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "': '"}; {'id': '91', 'type': 'ERROR', 'children': ['92', '93']}; {'id': '92', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'length'}; {'id': '93', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'float'}; {'id': '94', 'type': 'argument_list', 'children': ['95']}; {'id': '95', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'length'}; {'id': '96', 'type': 'ERROR', 'children': ['97']}; {'id': '97', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'covs'}; {'id': '98', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['99', '103', '106'], 'value': 'in'}; {'id': '99', 'type': 'call', 'children': ['100', '101']}; {'id': '100', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'float'}; {'id': '101', 'type': 'argument_list', 'children': ['102']}; {'id': '102', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'i'}; {'id': '103', 'type': 'ERROR', 'children': ['104', '105']}; {'id': '104', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'for'}; {'id': '105', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'i'}; {'id': '106', 'type': 'subscript', 'children': ['107', '108']}; {'id': '107', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'line'}; {'id': '108', 'type': 'slice', 'children': ['109', '110']}; {'id': '109', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '110', 'type': 'colon', 'children': []}; {'id': '111', 'type': 'ERROR', 'children': ['112']}; {'id': '112', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bases'}; {'id': '113', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['114', '117', '120'], 'value': 'in'}; {'id': '114', 'type': 'binary_operator', 'children': ['115', '116'], 'value': '*'}; {'id': '115', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'c'}; {'id': '116', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'length'}; {'id': '117', 'type': 'ERROR', 'children': ['118', '119']}; {'id': '118', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'for'}; {'id': '119', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'c'}; {'id': '120', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'covs'}; {'id': '121', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['122', '123'], 'value': 'not'}; {'id': '122', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'scaffold'}; {'id': '123', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'scaffold2genome'}; {'id': '124', 'type': 'block', 'children': ['125']}; {'id': '125', 'type': 'continue_statement', 'children': []}; {'id': '126', 'type': 'expression_statement', 'children': ['127']}; {'id': '127', 'type': 'assignment', 'children': ['128', '129']}; {'id': '128', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'genome'}; {'id': '129', 'type': 'subscript', 'children': ['130', '131']}; {'id': '130', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'scaffold2genome'}; {'id': '131', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'scaffold'}; {'id': '132', 'type': 'if_statement', 'children': ['133', '136']}; {'id': '133', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['134', '135'], 'value': 'not'}; {'id': '134', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'genome'}; {'id': '135', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'size'}; {'id': '136', 'type': 'block', 'children': ['137', '143']}; {'id': '137', 'type': 'expression_statement', 'children': ['138']}; {'id': '138', 'type': 'assignment', 'children': ['139', '142']}; {'id': '139', 'type': 'subscript', 'children': ['140', '141']}; {'id': '140', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'size'}; {'id': '141', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'genome'}; {'id': '142', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '143', 'type': 'expression_statement', 'children': ['144']}; {'id': '144', 'type': 'assignment', 'children': ['145', '148']}; {'id': '145', 'type': 'subscript', 'children': ['146', '147']}; {'id': '146', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'mapped'}; {'id': '147', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'genome'}; {'id': '148', 'type': 'dictionary_comprehension', 'children': ['149', '152']}; {'id': '149', 'type': 'pair', 'children': ['150', '151']}; {'id': '150', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'sample'}; {'id': '151', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '152', 'type': 'for_in_clause', 'children': ['153', '154']}; {'id': '153', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'sample'}; {'id': '154', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'samples'}; {'id': '155', 'type': 'expression_statement', 'children': ['156']}; {'id': '156', 'type': 'augmented_assignment', 'children': ['157', '160'], 'value': '+='}; {'id': '157', 'type': 'subscript', 'children': ['158', '159']}; {'id': '158', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'size'}; {'id': '159', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'genome'}; {'id': '160', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'length'}; {'id': '161', 'type': 'for_statement', 'children': ['162', '165', '170']}; {'id': '162', 'type': 'pattern_list', 'children': ['163', '164']}; {'id': '163', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'sample'}; {'id': '164', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'count'}; {'id': '165', 'type': 'call', 'children': ['166', '167']}; {'id': '166', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'zip'}; {'id': '167', 'type': 'argument_list', 'children': ['168', '169']}; {'id': '168', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'samples'}; {'id': '169', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bases'}; {'id': '170', 'type': 'block', 'children': ['171']}; {'id': '171', 'type': 'expression_statement', 'children': ['172']}; {'id': '172', 'type': 'augmented_assignment', 'children': ['173', '178'], 'value': '+='}; {'id': '173', 'type': 'subscript', 'children': ['174', '177']}; {'id': '174', 'type': 'subscript', 'children': ['175', '176']}; {'id': '175', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'mapped'}; {'id': '176', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'genome'}; {'id': '177', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'sample'}; {'id': '178', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'count'}; {'id': '179', 'type': 'expression_statement', 'children': ['180']}; {'id': '180', 'type': 'assignment', 'children': ['181', '182']}; {'id': '181', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'coverage'}; {'id': '182', 'type': 'dictionary', 'children': ['183', '186', '189', '192']}; {'id': '183', 'type': 'pair', 'children': ['184', '185']}; {'id': '184', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'genome'"}; {'id': '185', 'type': 'list', 'children': [], 'value': '[]'}; {'id': '186', 'type': 'pair', 'children': ['187', '188']}; {'id': '187', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'genome size (bp)'"}; {'id': '188', 'type': 'list', 'children': [], 'value': '[]'}; {'id': '189', 'type': 'pair', 'children': ['190', '191']}; {'id': '190', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'sample'"}; {'id': '191', 'type': 'list', 'children': [], 'value': '[]'}; {'id': '192', 'type': 'pair', 'children': ['193', '194']}; {'id': '193', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'coverage'"}; {'id': '194', 'type': 'list', 'children': [], 'value': '[]'}; {'id': '195', 'type': 'for_statement', 'children': ['196', '199', '204']}; {'id': '196', 'type': 'pattern_list', 'children': ['197', '198']}; {'id': '197', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'genome'}; {'id': '198', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'length'}; {'id': '199', 'type': 'call', 'children': ['200', '203']}; {'id': '200', 'type': 'attribute', 'children': ['201', '202']}; {'id': '201', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'size'}; {'id': '202', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'items'}; {'id': '203', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '204', 'type': 'block', 'children': ['205']}; {'id': '205', 'type': 'for_statement', 'children': ['206', '207', '208']}; {'id': '206', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'sample'}; {'id': '207', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'samples'}; {'id': '208', 'type': 'block', 'children': ['209', '219', '228', '237', '246']}; {'id': '209', 'type': 'expression_statement', 'children': ['210']}; {'id': '210', 'type': 'assignment', 'children': ['211', '212']}; {'id': '211', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cov'}; {'id': '212', 'type': 'binary_operator', 'children': ['213', '218'], 'value': '/'}; {'id': '213', 'type': 'subscript', 'children': ['214', '217']}; {'id': '214', 'type': 'subscript', 'children': ['215', '216']}; {'id': '215', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'mapped'}; {'id': '216', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'genome'}; {'id': '217', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'sample'}; {'id': '218', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'length'}; {'id': '219', 'type': 'expression_statement', 'children': ['220']}; {'id': '220', 'type': 'call', 'children': ['221', '226']}; {'id': '221', 'type': 'attribute', 'children': ['222', '225']}; {'id': '222', 'type': 'subscript', 'children': ['223', '224']}; {'id': '223', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'coverage'}; {'id': '224', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'genome'"}; {'id': '225', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'append'}; {'id': '226', 'type': 'argument_list', 'children': ['227']}; {'id': '227', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'genome'}; {'id': '228', 'type': 'expression_statement', 'children': ['229']}; {'id': '229', 'type': 'call', 'children': ['230', '235']}; {'id': '230', 'type': 'attribute', 'children': ['231', '234']}; {'id': '231', 'type': 'subscript', 'children': ['232', '233']}; {'id': '232', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'coverage'}; {'id': '233', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'genome size (bp)'"}; {'id': '234', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'append'}; {'id': '235', 'type': 'argument_list', 'children': ['236']}; {'id': '236', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'length'}; {'id': '237', 'type': 'expression_statement', 'children': ['238']}; {'id': '238', 'type': 'call', 'children': ['239', '244']}; {'id': '239', 'type': 'attribute', 'children': ['240', '243']}; {'id': '240', 'type': 'subscript', 'children': ['241', '242']}; {'id': '241', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'coverage'}; {'id': '242', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'sample'"}; {'id': '243', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'append'}; {'id': '244', 'type': 'argument_list', 'children': ['245']}; {'id': '245', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'sample'}; {'id': '246', 'type': 'expression_statement', 'children': ['247']}; {'id': '247', 'type': 'call', 'children': ['248', '253']}; {'id': '248', 'type': 'attribute', 'children': ['249', '252']}; {'id': '249', 'type': 'subscript', 'children': ['250', '251']}; {'id': '250', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'coverage'}; {'id': '251', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'coverage'"}; {'id': '252', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'append'}; {'id': '253', 'type': 'argument_list', 'children': ['254']}; {'id': '254', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'cov'}; {'id': '255', 'type': 'return_statement', 'children': ['256']}; {'id': '256', 'type': 'call', 'children': ['257', '260']}; {'id': '257', 'type': 'attribute', 'children': ['258', '259']}; {'id': '258', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'pd'}; {'id': '259', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'DataFrame'}; {'id': '260', 'type': 'argument_list', 'children': ['261']}; {'id': '261', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'coverage'}
calculate genome coverage from scaffold coverage table
{'id': '0', 'type': 'module', 'children': ['1']}; {'id': '1', 'type': 'ERROR', 'children': ['2', '298', '304']}; {'id': '2', 'type': 'function_definition', 'children': ['3', '4', '17']}; {'id': '3', 'type': 'function_name', 'children': [], 'value': 'calc_thresholds'}; {'id': '4', 'type': 'parameters', 'children': ['5', '6', '7', '14']}; {'id': '5', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'rbh'}; {'id': '6', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'file_name'}; {'id': '7', 'type': 'default_parameter', 'children': ['8', '9']}; {'id': '8', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'thresholds'}; {'id': '9', 'type': 'list', 'children': ['10', '11', '12', '13'], 'value': '[False, False, False, False]'}; {'id': '10', 'type': 'False', 'children': []}; {'id': '11', 'type': 'False', 'children': []}; {'id': '12', 'type': 'False', 'children': []}; {'id': '13', 'type': 'False', 'children': []}; {'id': '14', 'type': 'default_parameter', 'children': ['15', '16']}; {'id': '15', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'stdevs'}; {'id': '16', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '2'}; {'id': '17', 'type': 'block', 'children': ['18', '25', '29', '70', '78', '84']}; {'id': '18', 'type': 'expression_statement', 'children': ['19']}; {'id': '19', 'type': 'assignment', 'children': ['20', '21']}; {'id': '20', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'calc_threshold'}; {'id': '21', 'type': 'subscript', 'children': ['22', '23']}; {'id': '22', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'thresholds'}; {'id': '23', 'type': 'unary_operator', 'children': ['24'], 'value': '-'}; {'id': '24', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '25', 'type': 'expression_statement', 'children': ['26']}; {'id': '26', 'type': 'assignment', 'children': ['27', '28']}; {'id': '27', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'norm_threshold'}; {'id': '28', 'type': 'dictionary', 'children': []}; {'id': '29', 'type': 'for_statement', 'children': ['30', '31', '42']}; {'id': '30', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'pair'}; {'id': '31', 'type': 'call', 'children': ['32', '35']}; {'id': '32', 'type': 'attribute', 'children': ['33', '34']}; {'id': '33', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'itertools'}; {'id': '34', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'permutations'}; {'id': '35', 'type': 'argument_list', 'children': ['36', '41']}; {'id': '36', 'type': 'list_comprehension', 'children': ['37', '38']}; {'id': '37', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'i'}; {'id': '38', 'type': 'for_in_clause', 'children': ['39', '40']}; {'id': '39', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'i'}; {'id': '40', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'rbh'}; {'id': '41', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '2'}; {'id': '42', 'type': 'block', 'children': ['43', '58']}; {'id': '43', 'type': 'if_statement', 'children': ['44', '49']}; {'id': '44', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['45', '48'], 'value': 'not'}; {'id': '45', 'type': 'subscript', 'children': ['46', '47']}; {'id': '46', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'pair'}; {'id': '47', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '48', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'norm_threshold'}; {'id': '49', 'type': 'block', 'children': ['50']}; {'id': '50', 'type': 'expression_statement', 'children': ['51']}; {'id': '51', 'type': 'assignment', 'children': ['52', '57']}; {'id': '52', 'type': 'subscript', 'children': ['53', '54']}; {'id': '53', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'norm_threshold'}; {'id': '54', 'type': 'subscript', 'children': ['55', '56']}; {'id': '55', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'pair'}; {'id': '56', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '57', 'type': 'dictionary', 'children': []}; {'id': '58', 'type': 'expression_statement', 'children': ['59']}; {'id': '59', 'type': 'assignment', 'children': ['60', '69']}; {'id': '60', 'type': 'subscript', 'children': ['61', '66']}; {'id': '61', 'type': 'subscript', 'children': ['62', '63']}; {'id': '62', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'norm_threshold'}; {'id': '63', 'type': 'subscript', 'children': ['64', '65']}; {'id': '64', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'pair'}; {'id': '65', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '66', 'type': 'subscript', 'children': ['67', '68']}; {'id': '67', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'pair'}; {'id': '68', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '69', 'type': 'dictionary', 'children': []}; {'id': '70', 'type': 'expression_statement', 'children': ['71']}; {'id': '71', 'type': 'assignment', 'children': ['72', '73']}; {'id': '72', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'out'}; {'id': '73', 'type': 'call', 'children': ['74', '75']}; {'id': '74', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'open'}; {'id': '75', 'type': 'argument_list', 'children': ['76', '77']}; {'id': '76', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'file_name'}; {'id': '77', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'w'"}; {'id': '78', 'type': 'expression_statement', 'children': ['79']}; {'id': '79', 'type': 'assignment', 'children': ['80', '81', '83']}; {'id': '80', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'print'}; {'id': '81', 'type': 'ERROR', 'children': ['82']}; {'id': '82', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'comparisons'}; {'id': '83', 'type': 'list', 'children': [], 'value': '[]'}; {'id': '84', 'type': 'for_statement', 'children': ['85', '86', '87']}; {'id': '85', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'genome'}; {'id': '86', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'rbh'}; {'id': '87', 'type': 'block', 'children': ['88']}; {'id': '88', 'type': 'for_statement', 'children': ['89', '90', '93']}; {'id': '89', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'compare'}; {'id': '90', 'type': 'subscript', 'children': ['91', '92']}; {'id': '91', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'rbh'}; {'id': '92', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'genome'}; {'id': '93', 'type': 'block', 'children': ['94', '108', '114', '121', '140', '170', '179', '188', '197', '206', '215']}; {'id': '94', 'type': 'expression_statement', 'children': ['95']}; {'id': '95', 'type': 'assignment', 'children': ['96', '97']}; {'id': '96', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'pair'}; {'id': '97', 'type': 'call', 'children': ['98', '101']}; {'id': '98', 'type': 'attribute', 'children': ['99', '100']}; {'id': '99', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "''"}; {'id': '100', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'join'}; {'id': '101', 'type': 'argument_list', 'children': ['102']}; {'id': '102', 'type': 'call', 'children': ['103', '104']}; {'id': '103', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'sorted'}; {'id': '104', 'type': 'argument_list', 'children': ['105']}; {'id': '105', 'type': 'list', 'children': ['106', '107'], 'value': '[genome, compare]'}; {'id': '106', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'genome'}; {'id': '107', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'compare'}; {'id': '108', 'type': 'if_statement', 'children': ['109', '112']}; {'id': '109', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['110', '111'], 'value': 'in'}; {'id': '110', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'pair'}; {'id': '111', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'comparisons'}; {'id': '112', 'type': 'block', 'children': ['113']}; {'id': '113', 'type': 'continue_statement', 'children': []}; {'id': '114', 'type': 'expression_statement', 'children': ['115']}; {'id': '115', 'type': 'call', 'children': ['116', '119']}; {'id': '116', 'type': 'attribute', 'children': ['117', '118']}; {'id': '117', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'comparisons'}; {'id': '118', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'append'}; {'id': '119', 'type': 'argument_list', 'children': ['120']}; {'id': '120', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'pair'}; {'id': '121', 'type': 'expression_statement', 'children': ['122']}; {'id': '122', 'type': 'assignment', 'children': ['123', '124']}; {'id': '123', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'scores'}; {'id': '124', 'type': 'dictionary', 'children': ['125', '128', '131', '134', '137']}; {'id': '125', 'type': 'pair', 'children': ['126', '127']}; {'id': '126', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'percent identity'"}; {'id': '127', 'type': 'list', 'children': [], 'value': '[]'}; {'id': '128', 'type': 'pair', 'children': ['129', '130']}; {'id': '129', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'e-value'"}; {'id': '130', 'type': 'list', 'children': [], 'value': '[]'}; {'id': '131', 'type': 'pair', 'children': ['132', '133']}; {'id': '132', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'bit score'"}; {'id': '133', 'type': 'list', 'children': [], 'value': '[]'}; {'id': '134', 'type': 'pair', 'children': ['135', '136']}; {'id': '135', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'normalized bit score'"}; {'id': '136', 'type': 'list', 'children': [], 'value': '[]'}; {'id': '137', 'type': 'pair', 'children': ['138', '139']}; {'id': '138', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'alignment length fraction'"}; {'id': '139', 'type': 'list', 'children': [], 'value': '[]'}; {'id': '140', 'type': 'expression_statement', 'children': ['141']}; {'id': '141', 'type': 'assignment', 'children': ['142', '159']}; {'id': '142', 'type': 'pattern_list', 'children': ['143', '144', '155', '156', '157', '158']}; {'id': '143', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'print'}; {'id': '144', 'type': 'ERROR', 'children': ['145', '147', '154']}; {'id': '145', 'type': 'ERROR', 'children': ['146']}; {'id': '146', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'for'}; {'id': '147', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['148', '149'], 'value': 'in'}; {'id': '148', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'id'}; {'id': '149', 'type': 'subscript', 'children': ['150', '153']}; {'id': '150', 'type': 'subscript', 'children': ['151', '152']}; {'id': '151', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'rbh'}; {'id': '152', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'genome'}; {'id': '153', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'compare'}; {'id': '154', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'pident'}; {'id': '155', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'length_fraction'}; {'id': '156', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'e'}; {'id': '157', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bit'}; {'id': '158', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'norm_bit'}; {'id': '159', 'type': 'subscript', 'children': ['160', '167']}; {'id': '160', 'type': 'subscript', 'children': ['161', '166']}; {'id': '161', 'type': 'subscript', 'children': ['162', '165']}; {'id': '162', 'type': 'subscript', 'children': ['163', '164']}; {'id': '163', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'rbh'}; {'id': '164', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'genome'}; {'id': '165', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'compare'}; {'id': '166', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'id'}; {'id': '167', 'type': 'slice', 'children': ['168', '169']}; {'id': '168', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '3'}; {'id': '169', 'type': 'colon', 'children': []}; {'id': '170', 'type': 'expression_statement', 'children': ['171']}; {'id': '171', 'type': 'call', 'children': ['172', '177']}; {'id': '172', 'type': 'attribute', 'children': ['173', '176']}; {'id': '173', 'type': 'subscript', 'children': ['174', '175']}; {'id': '174', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'scores'}; {'id': '175', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'percent identity'"}; {'id': '176', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'append'}; {'id': '177', 'type': 'argument_list', 'children': ['178']}; {'id': '178', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'pident'}; {'id': '179', 'type': 'expression_statement', 'children': ['180']}; {'id': '180', 'type': 'call', 'children': ['181', '186']}; {'id': '181', 'type': 'attribute', 'children': ['182', '185']}; {'id': '182', 'type': 'subscript', 'children': ['183', '184']}; {'id': '183', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'scores'}; {'id': '184', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'alignment length fraction'"}; {'id': '185', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'append'}; {'id': '186', 'type': 'argument_list', 'children': ['187']}; {'id': '187', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'length_fraction'}; {'id': '188', 'type': 'expression_statement', 'children': ['189']}; {'id': '189', 'type': 'call', 'children': ['190', '195']}; {'id': '190', 'type': 'attribute', 'children': ['191', '194']}; {'id': '191', 'type': 'subscript', 'children': ['192', '193']}; {'id': '192', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'scores'}; {'id': '193', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'e-value'"}; {'id': '194', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'append'}; {'id': '195', 'type': 'argument_list', 'children': ['196']}; {'id': '196', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'e'}; {'id': '197', 'type': 'expression_statement', 'children': ['198']}; {'id': '198', 'type': 'call', 'children': ['199', '204']}; {'id': '199', 'type': 'attribute', 'children': ['200', '203']}; {'id': '200', 'type': 'subscript', 'children': ['201', '202']}; {'id': '201', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'scores'}; {'id': '202', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'bit score'"}; {'id': '203', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'append'}; {'id': '204', 'type': 'argument_list', 'children': ['205']}; {'id': '205', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'bit'}; {'id': '206', 'type': 'expression_statement', 'children': ['207']}; {'id': '207', 'type': 'call', 'children': ['208', '213']}; {'id': '208', 'type': 'attribute', 'children': ['209', '212']}; {'id': '209', 'type': 'subscript', 'children': ['210', '211']}; {'id': '210', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'scores'}; {'id': '211', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'normalized bit score'"}; {'id': '212', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'append'}; {'id': '213', 'type': 'argument_list', 'children': ['214']}; {'id': '214', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'norm_bit'}; {'id': '215', 'type': 'if_statement', 'children': ['216', '219', '287']}; {'id': '216', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['217', '218'], 'value': 'is'}; {'id': '217', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'calc_threshold'}; {'id': '218', 'type': 'True', 'children': []}; {'id': '219', 'type': 'ERROR', 'children': ['220', '226', '235', '244', '253', '254', '256', '257', '262', '267', '269', '276', '277', '279']}; {'id': '220', 'type': 'expression_statement', 'children': ['221']}; {'id': '221', 'type': 'assignment', 'children': ['222', '223']}; {'id': '222', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'norms'}; {'id': '223', 'type': 'subscript', 'children': ['224', '225']}; {'id': '224', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'scores'}; {'id': '225', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'normalized bit score'"}; {'id': '226', 'type': 'expression_statement', 'children': ['227']}; {'id': '227', 'type': 'assignment', 'children': ['228', '229']}; {'id': '228', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'average'}; {'id': '229', 'type': 'call', 'children': ['230', '233']}; {'id': '230', 'type': 'attribute', 'children': ['231', '232']}; {'id': '231', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'numpy'}; {'id': '232', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'average'}; {'id': '233', 'type': 'argument_list', 'children': ['234']}; {'id': '234', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'norms'}; {'id': '235', 'type': 'expression_statement', 'children': ['236']}; {'id': '236', 'type': 'assignment', 'children': ['237', '238']}; {'id': '237', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'std'}; {'id': '238', 'type': 'call', 'children': ['239', '242']}; {'id': '239', 'type': 'attribute', 'children': ['240', '241']}; {'id': '240', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'numpy'}; {'id': '241', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'std'}; {'id': '242', 'type': 'argument_list', 'children': ['243']}; {'id': '243', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'norms'}; {'id': '244', 'type': 'expression_statement', 'children': ['245']}; {'id': '245', 'type': 'assignment', 'children': ['246', '247']}; {'id': '246', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'normal_thresh'}; {'id': '247', 'type': 'binary_operator', 'children': ['248', '249'], 'value': '-'}; {'id': '248', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'average'}; {'id': '249', 'type': '()', 'children': ['250']}; {'id': '250', 'type': 'binary_operator', 'children': ['251', '252'], 'value': '*'}; {'id': '251', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'std'}; {'id': '252', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'stdevs'}; {'id': '253', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'\n print('"}; {'id': '254', 'type': 'ERROR', 'children': ['255']}; {'id': '255', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'print'}; {'id': '256', 'type': 'ERROR', 'children': []}; {'id': '257', 'type': 'subscript', 'children': ['258', '261']}; {'id': '258', 'type': 'subscript', 'children': ['259', '260']}; {'id': '259', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'norm_threshold'}; {'id': '260', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'genome'}; {'id': '261', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'compare'}; {'id': '262', 'type': 'subscript', 'children': ['263', '266']}; {'id': '263', 'type': 'subscript', 'children': ['264', '265']}; {'id': '264', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'norm_threshold'}; {'id': '265', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'compare'}; {'id': '266', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'genome'}; {'id': '267', 'type': 'ERROR', 'children': ['268']}; {'id': '268', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'normal_thresh'}; {'id': '269', 'type': 'ERROR', 'children': ['270']}; {'id': '270', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['271', '272', '275'], 'value': 'in'}; {'id': '271', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'normal_thresh'}; {'id': '272', 'type': 'ERROR', 'children': ['273', '274']}; {'id': '273', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'for'}; {'id': '274', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'score'}; {'id': '275', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'scores'}; {'id': '276', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'print'}; {'id': '277', 'type': 'ERROR', 'children': ['278']}; {'id': '278', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'if'}; {'id': '279', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['280', '286'], 'value': '>'}; {'id': '280', 'type': 'call', 'children': ['281', '282']}; {'id': '281', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'len'}; {'id': '282', 'type': 'argument_list', 'children': ['283']}; {'id': '283', 'type': 'subscript', 'children': ['284', '285']}; {'id': '284', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'scores'}; {'id': '285', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'score'}; {'id': '286', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '287', 'type': 'block', 'children': ['288']}; {'id': '288', 'type': 'expression_statement', 'children': ['289']}; {'id': '289', 'type': 'call', 'children': ['290', '291']}; {'id': '290', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'print'}; {'id': '291', 'type': 'argument_list', 'children': ['292', '295']}; {'id': '292', 'type': 'concatenated_string', 'children': ['293', '294']}; {'id': '293', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'\n print('"}; {'id': '294', 'type': 'string', 'children': [], 'value': "'"}; {'id': '295', 'type': 'keyword_argument', 'children': ['296', '297']}; {'id': '296', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'file'}; {'id': '297', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'out'}; {'id': '298', 'type': 'expression_statement', 'children': ['299']}; {'id': '299', 'type': 'call', 'children': ['300', '303']}; {'id': '300', 'type': 'attribute', 'children': ['301', '302']}; {'id': '301', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'out'}; {'id': '302', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'close'}; {'id': '303', 'type': 'argument_list', 'children': []}; {'id': '304', 'type': 'if_statement', 'children': ['305', '308', '320']}; {'id': '305', 'type': 'comparison_operator', 'children': ['306', '307'], 'value': 'is'}; {'id': '306', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'calc_threshold'}; {'id': '307', 'type': 'True', 'children': []}; {'id': '308', 'type': 'block', 'children': ['309']}; {'id': '309', 'type': 'return_statement', 'children': ['310']}; {'id': '310', 'type': 'binary_operator', 'children': ['311', '318'], 'value': '+'}; {'id': '311', 'type': 'subscript', 'children': ['312', '313']}; {'id': '312', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'thresholds'}; {'id': '313', 'type': 'slice', 'children': ['314', '315', '316']}; {'id': '314', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '0'}; {'id': '315', 'type': 'colon', 'children': []}; {'id': '316', 'type': 'unary_operator', 'children': ['317'], 'value': '-'}; {'id': '317', 'type': 'integer', 'children': [], 'value': '1'}; {'id': '318', 'type': 'list', 'children': ['319'], 'value': '[norm_threshold]'}; {'id': '319', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'norm_threshold'}; {'id': '320', 'type': 'else_clause', 'children': ['321']}; {'id': '321', 'type': 'block', 'children': ['322']}; {'id': '322', 'type': 'return_statement', 'children': ['323']}; {'id': '323', 'type': 'identifier', 'children': [], 'value': 'thresholds'}
if thresholds are not specififed, calculate based on the distribution of normalized bit scores
End of preview. Expand in Data Studio

No dataset card yet

Downloads last month
2
Size of downloaded dataset files:
9.53 MB
Size of the auto-converted Parquet files:
1.87 MB
Number of rows:
805