Datasets:

---

kejian

/

codesearchnet-python-raw

like 1

[ "def", "draw", "(", "self", ",", "points", ",", "can", "=", "None", ")", ":", "if", "can", "==", "None", ":", "can", "=", "canvas", ".", "default_canvas", "(", ")", "assert", "self", ".", "check_integrity", "(", ")", "xtip", "=", "points", "[", "-", "1", "]", "[", "0", "]", "ytip", "=", "points", "[", "-", "1", "]", "[", "1", "]", "xtail", "=", "points", "[", "-", "2", "]", "[", "0", "]", "ytail", "=", "points", "[", "-", "2", "]", "[", "1", "]", "can", ".", "newpath", "(", ")", "can", ".", "set_line_style", "(", "self", ".", "line_style", ")", "if", "len", "(", "points", ")", ">", "2", ":", "can", ".", "moveto", "(", "points", "[", "0", "]", "[", "0", "]", ",", "points", "[", "0", "]", "[", "1", "]", ")", "for", "i", "in", "range", "(", "1", ",", "len", "(", "points", ")", "-", "1", ")", ":", "can", ".", "lineto", "(", "points", "[", "i", "]", "[", "0", "]", ",", "points", "[", "i", "]", "[", "1", "]", ")", "draw_arrowbody", "(", "can", ",", "xscale", "(", "xtail", ")", ",", "yscale", "(", "ytail", ")", ",", "yscale", "(", "xtip", ")", ",", "yscale", "(", "ytip", ")", ",", "nscale", "(", "self", ".", "head_len", ")", ")", "can", ".", "set_fill_color", "(", "self", ".", "head_color", ")", "draw_arrowhead", "(", "can", ",", "xscale", "(", "xtail", ")", ",", "yscale", "(", "ytail", ")", ",", "xscale", "(", "xtip", ")", ",", "yscale", "(", "ytip", ")", ",", "nscale", "(", "self", ".", "thickness", ")", ",", "nscale", "(", "self", ".", "head_len", ")", ",", "self", ".", "head_style", ")", "can", ".", "setbb", "(", "xtail", ",", "ytail", ")", "can", ".", "setbb", "(", "xtip", ",", "ytip", ")" ]

[ "Parameter", "<points", ">", "specifies", "the", "list", "of", "points", "the", "arrow", "traverses", "through", ".", "It", "should", "contain", "at", "least", "two", "points", "i", ".", "e", ".", "the", "tail", "and", "tip", ".", "Parameter", "<can", ">", "is", "an", "optional", "parameter", "that", "specifies", "the", "output", ".", "<<canvas", ">>" ]

[ "def", "begin", "(", "self", ")", ":", "for", "plugin", "in", "self", ".", "nose_config", ".", "plugins", ".", "plugins", ":", "if", "getattr", "(", "plugin", ",", "'django_plugin'", ",", "False", ")", ":", "self", ".", "django_plugins", ".", "append", "(", "plugin", ")", "os", ".", "environ", "[", "'DJANGO_SETTINGS_MODULE'", "]", "=", "self", ".", "settings_module", "if", "self", ".", "conf", ".", "addPaths", ":", "map", "(", "add_path", ",", "self", ".", "conf", ".", "where", ")", "try", ":", "__import__", "(", "self", ".", "settings_module", ")", "self", ".", "settings_path", "=", "self", ".", "settings_module", "except", "ImportError", ":", "# Settings module is not found in PYTHONPATH. Try to do", "# some funky backwards crawling in directory tree, ie. add", "# the working directory (and any package parents) to", "# sys.path before trying to import django modules;", "# otherwise, they won't be able to find project.settings", "# if the working dir is project/ or project/..", "self", ".", "settings_path", "=", "get_settings_path", "(", "self", ".", "settings_module", ")", "if", "not", "self", ".", "settings_path", ":", "# short circuit if no settings file can be found", "raise", "RuntimeError", "(", "\"Can't find Django settings file!\"", ")", "add_path", "(", "self", ".", "settings_path", ")", "sys", ".", "path", ".", "append", "(", "self", ".", "settings_path", ")", "from", "django", ".", "conf", "import", "settings", "# Some Django code paths evaluate differently", "# between DEBUG and not DEBUG. Example of this include the url", "# dispatcher when 404's are hit. Django's own test runner forces DEBUG", "# to be off.", "settings", ".", "DEBUG", "=", "False", "self", ".", "call_plugins_method", "(", "'beforeConnectionSetup'", ",", "settings", ")", "from", "django", ".", "core", "import", "management", "from", "django", ".", "test", ".", "utils", "import", "setup_test_environment", "if", "hasattr", "(", "settings", ",", "'DATABASES'", ")", ":", "self", ".", "old_db", "=", "settings", ".", "DATABASES", "[", "'default'", "]", "[", "'NAME'", "]", "else", ":", "self", ".", "old_db", "=", "settings", ".", "DATABASE_NAME", "from", "django", ".", "db", "import", "connections", "self", ".", "_monkeypatch_test_classes", "(", ")", "for", "connection", "in", "connections", ".", "all", "(", ")", ":", "self", ".", "call_plugins_method", "(", "'beforeTestSetup'", ",", "settings", ",", "setup_test_environment", ",", "connection", ")", "try", ":", "setup_test_environment", "(", ")", "except", "RuntimeError", ":", "# Django 1.11 + multiprocess this happens.", "pass", "import", "django", "if", "hasattr", "(", "django", ",", "'setup'", ")", ":", "django", ".", "setup", "(", ")", "self", ".", "call_plugins_method", "(", "'afterTestSetup'", ",", "settings", ")", "management", ".", "get_commands", "(", ")", "# Ensure that nothing (eg. South) steals away our syncdb command", "if", "self", ".", "django_version", "<", "self", ".", "DJANGO_1_7", ":", "management", ".", "_commands", "[", "'syncdb'", "]", "=", "'django.core'", "for", "connection", "in", "connections", ".", "all", "(", ")", ":", "self", ".", "call_plugins_method", "(", "'beforeTestDb'", ",", "settings", ",", "connection", ",", "management", ")", "connection", ".", "creation", ".", "create_test_db", "(", "verbosity", "=", "self", ".", "verbosity", ",", "autoclobber", "=", "True", ",", ")", "logger", ".", "debug", "(", "\"Running syncdb\"", ")", "self", ".", "_num_syncdb_calls", "+=", "1", "self", ".", "call_plugins_method", "(", "'afterTestDb'", ",", "settings", ",", "connection", ")", "self", ".", "store_original_transaction_methods", "(", ")" ]

[ "Create", "the", "test", "database", "and", "schema", "if", "needed", "and", "switch", "the", "connection", "over", "to", "that", "database", ".", "Then", "call", "install", "()", "to", "install", "all", "apps", "listed", "in", "the", "loaded", "settings", "module", "." ]

[ "def", "detect_os", "(", "self", ",", "ip", ")", ":", "process", "=", "subprocess", ".", "run", "(", "[", "'python2'", ",", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "self", ".", "datadir", ",", "'MS17-010'", ",", "'checker.py'", ")", ",", "str", "(", "ip", ")", "]", ",", "stdout", "=", "subprocess", ".", "PIPE", ")", "out", "=", "process", ".", "stdout", ".", "decode", "(", "'utf-8'", ")", ".", "split", "(", "'\\n'", ")", "system_os", "=", "''", "for", "line", "in", "out", ":", "if", "line", ".", "startswith", "(", "'Target OS:'", ")", ":", "system_os", "=", "line", ".", "replace", "(", "'Target OS: '", ",", "''", ")", "break", "return", "system_os" ]

[ "Runs", "the", "checker", ".", "py", "scripts", "to", "detect", "the", "os", "." ]

[ "def", "getTextualNode", "(", "self", ",", "textId", ",", "subreference", "=", "None", ",", "prevnext", "=", "False", ",", "metadata", "=", "False", ")", ":", "text", "=", "CtsText", "(", "urn", "=", "textId", ",", "retriever", "=", "self", ".", "endpoint", ")", "if", "metadata", "or", "prevnext", ":", "return", "text", ".", "getPassagePlus", "(", "reference", "=", "subreference", ")", "else", ":", "return", "text", ".", "getTextualNode", "(", "subreference", "=", "subreference", ")" ]

[ "Retrieve", "a", "text", "node", "from", "the", "API" ]

[ "def", "appliance_device_snmp_v1_trap_destinations", "(", "self", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "__appliance_device_snmp_v1_trap_destinations", ":", "self", ".", "__appliance_device_snmp_v1_trap_destinations", "=", "ApplianceDeviceSNMPv1TrapDestinations", "(", "self", ".", "__connection", ")", "return", "self", ".", "__appliance_device_snmp_v1_trap_destinations" ]

[ "Gets", "the", "ApplianceDeviceSNMPv1TrapDestinations", "API", "client", "." ]

[ "def", "GetRemainder", "(", "self", ")", ":", "ret", "=", "libxml2mod", ".", "xmlTextReaderGetRemainder", "(", "self", ".", "_o", ")", "if", "ret", "is", "None", ":", "raise", "treeError", "(", "'xmlTextReaderGetRemainder() failed'", ")", "__tmp", "=", "inputBuffer", "(", "_obj", "=", "ret", ")", "return", "__tmp" ]

[ "Method", "to", "get", "the", "remainder", "of", "the", "buffered", "XML", ".", "this", "method", "stops", "the", "parser", "set", "its", "state", "to", "End", "Of", "File", "and", "return", "the", "input", "stream", "with", "what", "is", "left", "that", "the", "parser", "did", "not", "use", ".", "The", "implementation", "is", "not", "good", "the", "parser", "certainly", "procgressed", "past", "what", "s", "left", "in", "reader", "-", ">", "input", "and", "there", "is", "an", "allocation", "problem", ".", "Best", "would", "be", "to", "rewrite", "it", "differently", "." ]

[ "def", "parse", "(", "self", ",", "color", ")", ":", "assert", "color", "is", "not", "None", "#parse color into rgb values", "if", "isinstance", "(", "color", ",", "str", ")", ":", "match", "=", "self", ".", "hex_color_long", ".", "match", "(", "color", ")", "if", "match", ":", "color", "=", "[", "int", "(", "color", ",", "16", ")", "/", "65535.0", "for", "color", "in", "match", ".", "groups", "(", ")", "]", "else", ":", "match", "=", "self", ".", "hex_color_normal", ".", "match", "(", "color", ")", "if", "match", ":", "color", "=", "[", "int", "(", "color", ",", "16", ")", "/", "255.0", "for", "color", "in", "match", ".", "groups", "(", ")", "]", "else", ":", "match", "=", "self", ".", "hex_color_short", ".", "match", "(", "color", ")", "color", "=", "[", "int", "(", "color", "+", "color", ",", "16", ")", "/", "255.0", "for", "color", "in", "match", ".", "groups", "(", ")", "]", "elif", "isinstance", "(", "color", ",", "gdk", ".", "Color", ")", ":", "color", "=", "[", "color", ".", "red", "/", "65535.0", ",", "color", ".", "green", "/", "65535.0", ",", "color", ".", "blue", "/", "65535.0", "]", "elif", "isinstance", "(", "color", ",", "(", "list", ",", "tuple", ")", ")", ":", "# otherwise we assume we have color components in 0..255 range", "if", "color", "[", "0", "]", ">", "1", "or", "color", "[", "1", "]", ">", "1", "or", "color", "[", "2", "]", ">", "1", ":", "color", "=", "[", "c", "/", "255.0", "for", "c", "in", "color", "]", "else", ":", "color", "=", "[", "color", ".", "red", ",", "color", ".", "green", ",", "color", ".", "blue", "]", "return", "color" ]

[ "parse", "string", "or", "a", "color", "tuple", "into", "color", "usable", "for", "cairo", "(", "all", "values", "in", "the", "normalized", "(", "0", "..", "1", ")", "range" ]

[ "def", "main", "(", "command_line_arguments", "=", "None", ")", ":", "args", "=", "command_line_options", "(", "command_line_arguments", ")", "# get some colors for plotting", "cmap", "=", "mpl", ".", "cm", ".", "get_cmap", "(", "name", "=", "'hsv'", ")", "count", "=", "len", "(", "args", ".", "files", ")", "+", "(", "len", "(", "args", ".", "baselines", ")", "if", "args", ".", "baselines", "else", "0", ")", "colors", "=", "[", "cmap", "(", "i", ")", "for", "i", "in", "numpy", ".", "linspace", "(", "0", ",", "1.0", ",", "count", "+", "1", ")", "]", "# First, read the score files", "logger", ".", "info", "(", "\"Loading %d score files\"", "%", "len", "(", "args", ".", "files", ")", ")", "scores", "=", "[", "read_score_file", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "args", ".", "directory", ",", "f", ")", ")", "for", "f", "in", "args", ".", "files", "]", "false_alarms", "=", "[", "]", "detection_rate", "=", "[", "]", "logger", ".", "info", "(", "\"Computing FROC curves\"", ")", "for", "score", "in", "scores", ":", "# compute some thresholds", "tmin", "=", "min", "(", "score", "[", "2", "]", ")", "tmax", "=", "max", "(", "score", "[", "2", "]", ")", "count", "=", "100", "thresholds", "=", "[", "tmin", "+", "float", "(", "x", ")", "/", "count", "*", "(", "tmax", "-", "tmin", ")", "for", "x", "in", "range", "(", "count", "+", "2", ")", "]", "false_alarms", ".", "append", "(", "[", "]", ")", "detection_rate", ".", "append", "(", "[", "]", ")", "for", "threshold", "in", "thresholds", ":", "detection_rate", "[", "-", "1", "]", ".", "append", "(", "numpy", ".", "count_nonzero", "(", "numpy", ".", "array", "(", "score", "[", "1", "]", ")", ">=", "threshold", ")", "/", "float", "(", "score", "[", "0", "]", ")", ")", "false_alarms", "[", "-", "1", "]", ".", "append", "(", "numpy", ".", "count_nonzero", "(", "numpy", ".", "array", "(", "score", "[", "2", "]", ")", ">=", "threshold", ")", ")", "# to display 0 in a semilogx plot, we have to add a little", "# false_alarms[-1][-1] += 1e-8", "# also read baselines", "if", "args", ".", "baselines", "is", "not", "None", ":", "for", "baseline", "in", "args", ".", "baselines", ":", "dr", "=", "[", "]", "fa", "=", "[", "]", "with", "open", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "args", ".", "baseline_directory", ",", "baseline", ")", ")", "as", "f", ":", "for", "line", "in", "f", ":", "splits", "=", "line", ".", "rstrip", "(", ")", ".", "split", "(", ")", "dr", ".", "append", "(", "float", "(", "splits", "[", "0", "]", ")", ")", "fa", ".", "append", "(", "int", "(", "splits", "[", "1", "]", ")", ")", "false_alarms", ".", "append", "(", "fa", ")", "detection_rate", ".", "append", "(", "dr", ")", "logger", ".", "info", "(", "\"Plotting FROC curves to file '%s'\"", ",", "args", ".", "output", ")", "# create a multi-page PDF for the ROC curve", "pdf", "=", "PdfPages", "(", "args", ".", "output", ")", "figure", "=", "_plot_froc", "(", "false_alarms", ",", "detection_rate", ",", "colors", ",", "args", ".", "legends", ",", "args", ".", "title", ",", "args", ".", "max", ")", "mpl", ".", "xlabel", "(", "'False Alarm (of %d pruned)'", "%", "len", "(", "scores", "[", "0", "]", "[", "2", "]", ")", ")", "mpl", ".", "ylabel", "(", "'Detection Rate in \\%% (total %d faces)'", "%", "scores", "[", "0", "]", "[", "0", "]", ")", "pdf", ".", "savefig", "(", "figure", ")", "pdf", ".", "close", "(", ")", "if", "args", ".", "count_detections", ":", "for", "i", ",", "f", "in", "enumerate", "(", "args", ".", "files", ")", ":", "det", ",", "all", "=", "count_detections", "(", "f", ")", "print", "(", "\"The number of detected faces for %s is %d out of %d\"", "%", "(", "args", ".", "legends", "[", "i", "]", ",", "det", ",", "all", ")", ")" ]

[ "Reads", "score", "files", "computes", "error", "measures", "and", "plots", "curves", "." ]

[ "def", "did_you_mean", "(", "message", ":", "str", ",", "user_input", ":", "str", ",", "choices", ":", "Sequence", "[", "str", "]", ")", "->", "str", ":", "if", "not", "choices", ":", "return", "message", "else", ":", "result", "=", "{", "difflib", ".", "SequenceMatcher", "(", "a", "=", "user_input", ",", "b", "=", "choice", ")", ".", "ratio", "(", ")", ":", "choice", "for", "choice", "in", "choices", "}", "message", "+=", "\"\\nDid you mean: %s?\"", "%", "result", "[", "max", "(", "result", ")", "]", "return", "message" ]

[ "Given", "a", "list", "of", "choices", "and", "an", "invalid", "user", "input", "display", "the", "closest", "items", "in", "the", "list", "that", "match", "the", "input", "." ]

[ "async", "def", "valid_token_set", "(", "self", ")", ":", "is_valid", "=", "False", "if", "self", ".", "_auth_client", ".", "token", ":", "# Account for a token near expiration", "now", "=", "datetime", ".", "datetime", ".", "utcnow", "(", ")", "skew", "=", "datetime", ".", "timedelta", "(", "seconds", "=", "60", ")", "if", "self", ".", "_auth_client", ".", "expiry", ">", "(", "now", "+", "skew", ")", ":", "is_valid", "=", "True", "return", "is_valid" ]

[ "Check", "for", "validity", "of", "token", "and", "refresh", "if", "none", "or", "expired", "." ]

[ "def", "plot_doc_topic_heatmap", "(", "fig", ",", "ax", ",", "doc_topic_distrib", ",", "doc_labels", ",", "topic_labels", "=", "None", ",", "which_documents", "=", "None", ",", "which_document_indices", "=", "None", ",", "which_topics", "=", "None", ",", "which_topic_indices", "=", "None", ",", "xaxislabel", "=", "None", ",", "yaxislabel", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "which_documents", "is", "not", "None", "and", "which_document_indices", "is", "not", "None", ":", "raise", "ValueError", "(", "'only `which_documents` or `which_document_indices` can be set, not both'", ")", "if", "which_topics", "is", "not", "None", "and", "which_topic_indices", "is", "not", "None", ":", "raise", "ValueError", "(", "'only `which_topics` or `which_topic_indices` can be set, not both'", ")", "if", "which_documents", "is", "not", "None", ":", "which_document_indices", "=", "np", ".", "where", "(", "np", ".", "isin", "(", "doc_labels", ",", "which_documents", ")", ")", "[", "0", "]", "if", "which_topics", "is", "not", "None", ":", "which_topic_indices", "=", "np", ".", "array", "(", "which_topics", ")", "-", "1", "select_distrib_subset", "=", "False", "if", "topic_labels", "is", "None", ":", "topic_labels", "=", "np", ".", "array", "(", "range", "(", "1", ",", "doc_topic_distrib", ".", "shape", "[", "1", "]", "+", "1", ")", ")", "elif", "not", "isinstance", "(", "topic_labels", ",", "np", ".", "ndarray", ")", ":", "topic_labels", "=", "np", ".", "array", "(", "topic_labels", ")", "if", "which_document_indices", "is", "not", "None", ":", "select_distrib_subset", "=", "True", "doc_labels", "=", "np", ".", "array", "(", "doc_labels", ")", "[", "which_document_indices", "]", "if", "which_topic_indices", "is", "not", "None", ":", "select_distrib_subset", "=", "True", "topic_labels", "=", "topic_labels", "[", "which_topic_indices", "]", "if", "select_distrib_subset", ":", "doc_topic_distrib", "=", "mat2d_window_from_indices", "(", "doc_topic_distrib", ",", "which_document_indices", ",", "which_topic_indices", ")", "return", "plot_heatmap", "(", "fig", ",", "ax", ",", "doc_topic_distrib", ",", "xaxislabel", "=", "xaxislabel", "or", "'topic'", ",", "yaxislabel", "=", "yaxislabel", "or", "'document'", ",", "xticklabels", "=", "topic_labels", ",", "yticklabels", "=", "doc_labels", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "Plot", "a", "heatmap", "for", "a", "document", "-", "topic", "distribution", "doc_topic_distrib", "to", "a", "matplotlib", "Figure", "fig", "and", "Axes", "ax", "using", "doc_labels", "as", "document", "labels", "on", "the", "y", "-", "axis", "and", "topics", "from", "1", "to", "n_topics", "=", "doc_topic_distrib", ".", "shape", "[", "1", "]", "on", "the", "x", "-", "axis", ".", "Custom", "topic", "labels", "can", "be", "passed", "as", "topic_labels", ".", "A", "subset", "of", "documents", "can", "be", "specified", "either", "with", "a", "sequence", "which_documents", "containing", "a", "subset", "of", "document", "labels", "from", "doc_labels", "or", "which_document_indices", "containing", "a", "sequence", "of", "document", "indices", ".", "A", "subset", "of", "topics", "can", "be", "specified", "either", "with", "a", "sequence", "which_topics", "containing", "sequence", "of", "numbers", "between", "[", "1", "n_topics", "]", "or", "which_topic_indices", "which", "is", "a", "number", "between", "[", "0", "n_topics", "-", "1", "]", "Additional", "arguments", "can", "be", "passed", "via", "kwargs", "to", "plot_heatmap", "." ]

[ "def", "print_infos", "(", "results", ")", ":", "print", "(", "'transactions: %i'", "%", "results", ".", "total_transactions", ")", "print", "(", "'timers: %i'", "%", "results", ".", "total_timers", ")", "print", "(", "'errors: %i'", "%", "results", ".", "total_errors", ")", "print", "(", "'test start: %s'", "%", "results", ".", "start_datetime", ")", "print", "(", "'test finish: %s\\n'", "%", "results", ".", "finish_datetime", ")" ]

[ "Print", "informations", "in", "standard", "output" ]

[ "def", "find_modules", "(", "module_path", ")", ":", "if", "module_path", ".", "is_file", "(", ")", ":", "if", "module_path", ".", "suffix", "==", "'.py'", ":", "yield", "module_path", "elif", "module_path", ".", "is_dir", "(", ")", ":", "pyfiles", "=", "glob", ".", "glob", "(", "'{}/**/*.py'", ".", "format", "(", "module_path", ")", ",", "recursive", "=", "True", ")", "yield", "from", "(", "Path", "(", "pyfile", ")", "for", "pyfile", "in", "pyfiles", ")" ]

[ "Find", "all", "modules", "in", "the", "module", "(", "possibly", "package", ")", "represented", "by", "module_path", "." ]

[ "def", "operator", "(", "self", ",", "text", ")", ":", "self", ".", "_attempting", "(", "text", ")", "return", "alternation", "(", "[", "\"|\"", ",", "\".\"", ",", "\",\"", ",", "\"-\"", "]", ")", "(", "text", ")", ".", "retyped", "(", "TokenType", ".", "operator", ")" ]

[ "operator", "=", "|", "|", ".", "|", "|", "-", ";" ]

[ "def", "validate", "(", "*", "tf_records", ")", ":", "if", "FLAGS", ".", "use_tpu", ":", "def", "_input_fn", "(", "params", ")", ":", "return", "preprocessing", ".", "get_tpu_input_tensors", "(", "params", "[", "'batch_size'", "]", ",", "tf_records", ",", "filter_amount", "=", "1.0", ")", "else", ":", "def", "_input_fn", "(", ")", ":", "return", "preprocessing", ".", "get_input_tensors", "(", "FLAGS", ".", "train_batch_size", ",", "tf_records", ",", "filter_amount", "=", "1.0", ",", "shuffle_examples", "=", "False", ")", "steps", "=", "FLAGS", ".", "examples_to_validate", "//", "FLAGS", ".", "train_batch_size", "if", "FLAGS", ".", "use_tpu", ":", "steps", "//=", "FLAGS", ".", "num_tpu_cores", "estimator", "=", "dual_net", ".", "get_estimator", "(", ")", "with", "utils", ".", "logged_timer", "(", "\"Validating\"", ")", ":", "estimator", ".", "evaluate", "(", "_input_fn", ",", "steps", "=", "steps", ",", "name", "=", "FLAGS", ".", "validate_name", ")" ]

[ "Validate", "a", "model", "s", "performance", "on", "a", "set", "of", "holdout", "data", "." ]

[ "def", "authenticate_token", "(", "self", ",", "token", ",", "callback", ")", ":", "token_data", "=", "yield", "Task", "(", "self", ".", "data_store", ".", "fetch", ",", "'tokens'", ",", "token", "=", "token", ")", "if", "not", "token_data", ":", "raise", "Proauth2Error", "(", "'access_denied'", ",", "'token does not exist or has been revoked'", ")", "callback", "(", "token_data", "[", "'user_id'", "]", ")" ]

[ "authenticate_token", "checks", "the", "passed", "token", "and", "returns", "the", "user_id", "it", "is", "associated", "with", ".", "it", "is", "assumed", "that", "this", "method", "won", "t", "be", "directly", "exposed", "to", "the", "oauth", "client", "but", "some", "kind", "of", "framework", "or", "wrapper", ".", "this", "allows", "the", "framework", "to", "have", "the", "user_id", "without", "doing", "additional", "DB", "calls", "." ]

[ "def", "top_stream", "(", "cache", ",", "user_id", ")", ":", "if", "not", "user_id", ":", "return", "None", "stack", "=", "cache", ".", "get", "(", "user_id", ")", "if", "stack", "is", "None", ":", "return", "None", "return", "stack", ".", "pop", "(", ")" ]

[ "Peek", "at", "the", "top", "of", "the", "stack", "in", "the", "cache", "." ]

[ "def", "from_json", "(", "cls", ",", "key", ")", ":", "obj", "=", "cls", "(", ")", "try", ":", "jkey", "=", "json_decode", "(", "key", ")", "except", "Exception", "as", "e", ":", "# pylint: disable=broad-except", "raise", "InvalidJWKValue", "(", "e", ")", "obj", ".", "import_key", "(", "*", "*", "jkey", ")", "return", "obj" ]

[ "Creates", "a", "RFC", "7517", "JWK", "from", "the", "standard", "JSON", "format", "." ]

[ "def", "_gatherPluginMethods", "(", "self", ",", "methodName", ")", ":", "for", "plugin", "in", "self", ".", "getOrganizerPlugins", "(", ")", ":", "implementation", "=", "getattr", "(", "plugin", ",", "methodName", ",", "None", ")", "if", "implementation", "is", "not", "None", ":", "yield", "implementation", "else", ":", "warn", "(", "(", "'IOrganizerPlugin now has the %r method, %s'", "' did not implement it'", ")", "%", "(", "methodName", ",", "plugin", ".", "__class__", ")", ",", "category", "=", "PendingDeprecationWarning", ")" ]

[ "Walk", "through", "each", "L", "{", "IOrganizerPlugin", "}", "powerup", "yielding", "the", "bound", "method", "if", "the", "powerup", "implements", "C", "{", "methodName", "}", ".", "Upon", "encountering", "a", "plugin", "which", "fails", "to", "implement", "it", "issue", "a", "L", "{", "PendingDeprecationWarning", "}", "." ]

[ "def", "_compute_softmax", "(", "scores", ")", ":", "if", "not", "scores", ":", "return", "[", "]", "max_score", "=", "None", "for", "score", "in", "scores", ":", "if", "max_score", "is", "None", "or", "score", ">", "max_score", ":", "max_score", "=", "score", "exp_scores", "=", "[", "]", "total_sum", "=", "0.0", "for", "score", "in", "scores", ":", "x", "=", "math", ".", "exp", "(", "score", "-", "max_score", ")", "exp_scores", ".", "append", "(", "x", ")", "total_sum", "+=", "x", "probs", "=", "[", "]", "for", "score", "in", "exp_scores", ":", "probs", ".", "append", "(", "score", "/", "total_sum", ")", "return", "probs" ]

[ "Compute", "softmax", "probability", "over", "raw", "logits", "." ]

[ "def", "process_gatt_service", "(", "services", ",", "event", ")", ":", "length", "=", "len", "(", "event", ".", "payload", ")", "-", "5", "handle", ",", "start", ",", "end", ",", "uuid", "=", "unpack", "(", "'<BHH%ds'", "%", "length", ",", "event", ".", "payload", ")", "uuid", "=", "process_uuid", "(", "uuid", ")", "services", "[", "uuid", "]", "=", "{", "'uuid_raw'", ":", "uuid", ",", "'start_handle'", ":", "start", ",", "'end_handle'", ":", "end", "}" ]

[ "Process", "a", "BGAPI", "event", "containing", "a", "GATT", "service", "description", "and", "add", "it", "to", "a", "dictionary" ]

[ "def", "from_coffeescript", "(", "cls", ",", "func", ",", "v_func", ",", "args", "=", "{", "}", ")", ":", "compiled", "=", "nodejs_compile", "(", "func", ",", "lang", "=", "\"coffeescript\"", ",", "file", "=", "\"???\"", ")", "if", "\"error\"", "in", "compiled", ":", "raise", "CompilationError", "(", "compiled", ".", "error", ")", "v_compiled", "=", "nodejs_compile", "(", "v_func", ",", "lang", "=", "\"coffeescript\"", ",", "file", "=", "\"???\"", ")", "if", "\"error\"", "in", "v_compiled", ":", "raise", "CompilationError", "(", "v_compiled", ".", "error", ")", "return", "cls", "(", "func", "=", "compiled", ".", "code", ",", "v_func", "=", "v_compiled", ".", "code", ",", "args", "=", "args", ")" ]

[ "Create", "a", "CustomJSTransform", "instance", "from", "a", "pair", "of", "CoffeeScript", "snippets", ".", "The", "function", "bodies", "are", "translated", "to", "JavaScript", "functions", "using", "node", "and", "therefore", "require", "return", "statements", "." ]

[ "def", "abort", "(", "err", ")", ":", "if", "_debug", ":", "abort", ".", "_debug", "(", "\"abort %r\"", ",", "err", ")", "# start with the server", "if", "IOServer", ".", "_highlander", ":", "IOServer", ".", "_highlander", ".", "abort", "(", "err", ")", "# now do everything local", "for", "controller", "in", "_local_controllers", ".", "values", "(", ")", ":", "controller", ".", "abort", "(", "err", ")" ]

[ "Abort", "everything", "everywhere", "." ]

[ "def", "add_variables_from", "(", "self", ",", "linear", ",", "vartype", "=", "None", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "linear", ",", "abc", ".", "Mapping", ")", ":", "for", "v", ",", "bias", "in", "iteritems", "(", "linear", ")", ":", "self", ".", "add_variable", "(", "v", ",", "bias", ",", "vartype", "=", "vartype", ")", "else", ":", "try", ":", "for", "v", ",", "bias", "in", "linear", ":", "self", ".", "add_variable", "(", "v", ",", "bias", ",", "vartype", "=", "vartype", ")", "except", "TypeError", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"expected 'linear' to be a dict or an iterable of 2-tuples.\"", ")" ]

[ "Add", "variables", "and", "/", "or", "linear", "biases", "to", "a", "binary", "quadratic", "model", "." ]

[ "def", "render_field", "(", "field", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "renderer_cls", "=", "get_field_renderer", "(", "*", "*", "kwargs", ")", "return", "renderer_cls", "(", "field", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ".", "render", "(", ")" ]

[ "Render", "a", "field", "to", "a", "Bootstrap", "layout" ]

[ "def", "run", "(", "align_bams", ",", "items", ",", "ref_file", ",", "assoc_files", ",", "region", ",", "out_file", ")", ":", "call_file", "=", "\"%s-raw.vcf.gz\"", "%", "utils", ".", "splitext_plus", "(", "out_file", ")", "[", "0", "]", "strelka_work_dir", "=", "\"%s-work\"", "%", "utils", ".", "splitext_plus", "(", "out_file", ")", "[", "0", "]", "paired", "=", "vcfutils", ".", "get_paired_bams", "(", "align_bams", ",", "items", ")", "if", "paired", ":", "assert", "paired", ".", "normal_bam", ",", "\"Strelka2 requires a normal sample\"", "call_file", "=", "_run_somatic", "(", "paired", ",", "ref_file", ",", "assoc_files", ",", "region", ",", "call_file", ",", "strelka_work_dir", ")", "else", ":", "call_file", "=", "_run_germline", "(", "align_bams", ",", "items", ",", "ref_file", ",", "assoc_files", ",", "region", ",", "call_file", ",", "strelka_work_dir", ")", "return", "_af_annotate_and_filter", "(", "paired", ",", "items", ",", "call_file", ",", "out_file", ")" ]

[ "Run", "strelka2", "variant", "calling", "either", "paired", "tumor", "/", "normal", "or", "germline", "calling", "." ]

[ "def", "verify", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "is_number", "(", ")", "and", "not", "self", ".", "is_test", "(", ")", "and", "self", ".", "is_mod10", "(", ")", ":", "return", "self", ".", "get_type", "(", ")", "return", "None" ]

[ "Returns", "the", "card", "type", "if", "valid", "else", "None", "." ]

[ "def", "get_form_layout", "(", "self", ",", "process_id", ",", "wit_ref_name", ")", ":", "route_values", "=", "{", "}", "if", "process_id", "is", "not", "None", ":", "route_values", "[", "'processId'", "]", "=", "self", ".", "_serialize", ".", "url", "(", "'process_id'", ",", "process_id", ",", "'str'", ")", "if", "wit_ref_name", "is", "not", "None", ":", "route_values", "[", "'witRefName'", "]", "=", "self", ".", "_serialize", ".", "url", "(", "'wit_ref_name'", ",", "wit_ref_name", ",", "'str'", ")", "response", "=", "self", ".", "_send", "(", "http_method", "=", "'GET'", ",", "location_id", "=", "'fa8646eb-43cd-4b71-9564-40106fd63e40'", ",", "version", "=", "'5.0-preview.1'", ",", "route_values", "=", "route_values", ")", "return", "self", ".", "_deserialize", "(", "'FormLayout'", ",", "response", ")" ]

[ "GetFormLayout", ".", "[", "Preview", "API", "]", "Gets", "the", "form", "layout", ".", ":", "param", "str", "process_id", ":", "The", "ID", "of", "the", "process", ".", ":", "param", "str", "wit_ref_name", ":", "The", "reference", "name", "of", "the", "work", "item", "type", ".", ":", "rtype", ":", ":", "class", ":", "<FormLayout", ">", "<azure", ".", "devops", ".", "v5_0", ".", "work_item_tracking_process", ".", "models", ".", "FormLayout", ">" ]

[ "def", "calc_image_merge_clip", "(", "p1", ",", "p2", ",", "dst", ",", "q1", ",", "q2", ")", ":", "x1", ",", "y1", "=", "p1", "[", ":", "2", "]", "x2", ",", "y2", "=", "p2", "[", ":", "2", "]", "dst_x", ",", "dst_y", "=", "dst", "[", ":", "2", "]", "a1", ",", "b1", "=", "q1", "[", ":", "2", "]", "a2", ",", "b2", "=", "q2", "[", ":", "2", "]", "src_wd", ",", "src_ht", "=", "a2", "-", "a1", ",", "b2", "-", "b1", "# Trim off parts of srcarr that would be \"hidden\"", "# to the left and above the dstarr edge.", "ex", "=", "y1", "-", "dst_y", "if", "ex", ">", "0", ":", "src_ht", "-=", "ex", "dst_y", "+=", "ex", "b1", "+=", "ex", "ex", "=", "x1", "-", "dst_x", "if", "ex", ">", "0", ":", "src_wd", "-=", "ex", "dst_x", "+=", "ex", "a1", "+=", "ex", "# Trim off parts of srcarr that would be \"hidden\"", "# to the right and below dstarr edge.", "ex", "=", "dst_y", "+", "src_ht", "-", "y2", "if", "ex", ">", "0", ":", "src_ht", "-=", "ex", "b2", "-=", "ex", "ex", "=", "dst_x", "+", "src_wd", "-", "x2", "if", "ex", ">", "0", ":", "src_wd", "-=", "ex", "a2", "-=", "ex", "if", "len", "(", "p1", ")", ">", "2", ":", "# 3D image", "z1", ",", "z2", ",", "dst_z", ",", "c1", ",", "c2", "=", "p1", "[", "2", "]", ",", "p2", "[", "2", "]", ",", "dst", "[", "2", "]", ",", "q1", "[", "2", "]", ",", "q2", "[", "2", "]", "src_dp", "=", "c2", "-", "c1", "ex", "=", "z1", "-", "dst_z", "if", "ex", ">", "0", ":", "src_dp", "-=", "ex", "dst_z", "+=", "ex", "c1", "+=", "ex", "ex", "=", "dst_z", "+", "src_dp", "-", "z2", "if", "ex", ">", "0", ":", "src_dp", "-=", "ex", "c2", "-=", "ex", "return", "(", "(", "dst_x", ",", "dst_y", ",", "dst_z", ")", ",", "(", "a1", ",", "b1", ",", "c1", ")", ",", "(", "a2", ",", "b2", ",", "c2", ")", ")", "else", ":", "return", "(", "(", "dst_x", ",", "dst_y", ")", ",", "(", "a1", ",", "b1", ")", ",", "(", "a2", ",", "b2", ")", ")" ]

[ "p1", "(", "x1", "y1", "z1", ")", "and", "p2", "(", "x2", "y2", "z2", ")", "define", "the", "extent", "of", "the", "(", "non", "-", "scaled", ")", "data", "shown", ".", "The", "image", "defined", "by", "region", "q1", "q2", "is", "to", "be", "placed", "at", "dst", "in", "the", "image", "(", "destination", "may", "be", "outside", "of", "the", "actual", "data", "array", ")", "." ]

[ "def", "set_duty_cycle", "(", "self", ",", "pin", ",", "dutycycle", ")", ":", "if", "dutycycle", "<", "0.0", "or", "dutycycle", ">", "100.0", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Invalid duty cycle value, must be between 0.0 to 100.0 (inclusive).'", ")", "if", "pin", "not", "in", "self", ".", "pwm", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Pin {0} is not configured as a PWM. Make sure to first call start for the pin.'", ".", "format", "(", "pin", ")", ")", "self", ".", "pwm", "[", "pin", "]", ".", "ChangeDutyCycle", "(", "dutycycle", ")" ]

[ "Set", "percent", "duty", "cycle", "of", "PWM", "output", "on", "specified", "pin", ".", "Duty", "cycle", "must", "be", "a", "value", "0", ".", "0", "to", "100", ".", "0", "(", "inclusive", ")", "." ]

[ "def", "add_from_depend", "(", "self", ",", "node", ",", "from_module", ")", ":", "mod_name", "=", "node", ".", "root", "(", ")", ".", "name", "obj", "=", "self", ".", "module", "(", "mod_name", ")", "if", "from_module", "not", "in", "obj", ".", "node", ".", "depends", ":", "obj", ".", "node", ".", "depends", ".", "append", "(", "from_module", ")" ]

[ "add", "dependencies", "created", "by", "from", "-", "imports" ]

[ "def", "get_section", "(", "self", ",", "section_id", ",", "params", "=", "{", "}", ")", ":", "url", "=", "SECTIONS_API", ".", "format", "(", "section_id", ")", "return", "CanvasSection", "(", "data", "=", "self", ".", "_get_resource", "(", "url", ",", "params", "=", "params", ")", ")" ]

[ "Return", "section", "resource", "for", "given", "canvas", "section", "id", "." ]

[ "def", "execute_plan", "(", "self", ",", "plan", ",", "allow_rf_change", "=", "False", ")", ":", "if", "self", ".", "should_execute", "(", ")", ":", "result", "=", "self", ".", "zk", ".", "execute_plan", "(", "plan", ",", "allow_rf_change", "=", "allow_rf_change", ")", "if", "not", "result", ":", "self", ".", "log", ".", "error", "(", "'Plan execution unsuccessful.'", ")", "sys", ".", "exit", "(", "1", ")", "else", ":", "self", ".", "log", ".", "info", "(", "'Plan sent to zookeeper for reassignment successfully.'", ",", ")", "else", ":", "self", ".", "log", ".", "info", "(", "'Proposed plan won\\'t be executed (--apply and confirmation needed).'", ")" ]

[ "Save", "proposed", "-", "plan", "and", "execute", "the", "same", "if", "requested", "." ]

[ "def", "init_fakemod_dict", "(", "fm", ",", "adict", "=", "None", ")", ":", "dct", "=", "{", "}", "# It seems pydoc (and perhaps others) needs any module instance to", "# implement a __nonzero__ method, so we add it if missing:", "dct", ".", "setdefault", "(", "'__nonzero__'", ",", "lambda", ":", "True", ")", "dct", ".", "setdefault", "(", "'__file__'", ",", "__file__", ")", "if", "adict", "is", "not", "None", ":", "dct", ".", "update", "(", "adict", ")", "# Hard assignment of the object's __dict__. This is nasty but deliberate.", "fm", ".", "__dict__", ".", "clear", "(", ")", "fm", ".", "__dict__", ".", "update", "(", "dct", ")" ]

[ "Initialize", "a", "FakeModule", "instance", "__dict__", "." ]

[ "def", "getenvar", "(", "self", ",", "envar", ")", ":", "from", "os", "import", "getenv", "if", "getenv", "(", "envar", ")", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "_vardict", "[", "envar", "]", "=", "getenv", "(", "envar", ")" ]

[ "Retrieves", "the", "value", "of", "an", "environment", "variable", "if", "it", "exists", "." ]

[ "def", "_connect", "(", "self", ")", ":", "while", "self", ".", "protocol", ":", "_LOGGER", ".", "info", "(", "'Trying to connect to %s'", ",", "self", ".", "server_address", ")", "try", ":", "sock", "=", "socket", ".", "create_connection", "(", "self", ".", "server_address", ",", "self", ".", "reconnect_timeout", ")", "except", "socket", ".", "timeout", ":", "_LOGGER", ".", "error", "(", "'Connecting to socket timed out for %s'", ",", "self", ".", "server_address", ")", "_LOGGER", ".", "info", "(", "'Waiting %s secs before trying to connect again'", ",", "self", ".", "reconnect_timeout", ")", "time", ".", "sleep", "(", "self", ".", "reconnect_timeout", ")", "except", "OSError", ":", "_LOGGER", ".", "error", "(", "'Failed to connect to socket at %s'", ",", "self", ".", "server_address", ")", "_LOGGER", ".", "info", "(", "'Waiting %s secs before trying to connect again'", ",", "self", ".", "reconnect_timeout", ")", "time", ".", "sleep", "(", "self", ".", "reconnect_timeout", ")", "else", ":", "self", ".", "tcp_check_timer", "=", "time", ".", "time", "(", ")", "self", ".", "tcp_disconnect_timer", "=", "time", ".", "time", "(", ")", "transport", "=", "TCPTransport", "(", "sock", ",", "lambda", ":", "self", ".", "protocol", ",", "self", ".", "_check_connection", ")", "poll_thread", "=", "threading", ".", "Thread", "(", "target", "=", "self", ".", "_poll_queue", ")", "self", ".", "_stop_event", ".", "clear", "(", ")", "poll_thread", ".", "start", "(", ")", "transport", ".", "start", "(", ")", "transport", ".", "connect", "(", ")", "return" ]

[ "Connect", "to", "socket", ".", "This", "should", "be", "run", "in", "a", "new", "thread", "." ]

[ "def", "nl_socket_set_buffer_size", "(", "sk", ",", "rxbuf", ",", "txbuf", ")", ":", "rxbuf", "=", "32768", "if", "rxbuf", "<=", "0", "else", "rxbuf", "txbuf", "=", "32768", "if", "txbuf", "<=", "0", "else", "txbuf", "if", "sk", ".", "s_fd", "==", "-", "1", ":", "return", "-", "NLE_BAD_SOCK", "try", ":", "sk", ".", "socket_instance", ".", "setsockopt", "(", "socket", ".", "SOL_SOCKET", ",", "socket", ".", "SO_SNDBUF", ",", "txbuf", ")", "except", "OSError", "as", "exc", ":", "return", "-", "nl_syserr2nlerr", "(", "exc", ".", "errno", ")", "try", ":", "sk", ".", "socket_instance", ".", "setsockopt", "(", "socket", ".", "SOL_SOCKET", ",", "socket", ".", "SO_RCVBUF", ",", "rxbuf", ")", "except", "OSError", "as", "exc", ":", "return", "-", "nl_syserr2nlerr", "(", "exc", ".", "errno", ")", "sk", ".", "s_flags", "|=", "NL_SOCK_BUFSIZE_SET", "return", "0" ]

[ "Set", "socket", "buffer", "size", "of", "Netlink", "socket", "." ]

[ "def", "_LinearMapByteStream", "(", "self", ",", "byte_stream", ",", "byte_offset", "=", "0", ",", "context", "=", "None", ",", "*", "*", "unused_kwargs", ")", ":", "elements_data_size", "=", "self", ".", "_data_type_definition", ".", "GetByteSize", "(", ")", "self", ".", "_CheckByteStreamSize", "(", "byte_stream", ",", "byte_offset", ",", "elements_data_size", ")", "try", ":", "struct_tuple", "=", "self", ".", "_operation", ".", "ReadFrom", "(", "byte_stream", "[", "byte_offset", ":", "]", ")", "mapped_values", "=", "map", "(", "self", ".", "_element_data_type_map", ".", "MapValue", ",", "struct_tuple", ")", "except", "Exception", "as", "exception", ":", "error_string", "=", "(", "'Unable to read: {0:s} from byte stream at offset: {1:d} '", "'with error: {2!s}'", ")", ".", "format", "(", "self", ".", "_data_type_definition", ".", "name", ",", "byte_offset", ",", "exception", ")", "raise", "errors", ".", "MappingError", "(", "error_string", ")", "if", "context", ":", "context", ".", "byte_size", "=", "elements_data_size", "return", "tuple", "(", "mapped_values", ")" ]

[ "Maps", "a", "data", "type", "sequence", "on", "a", "byte", "stream", "." ]

[ "def", "list", "(", "self", ")", ":", "# https://msdn.microsoft.com/en-us/library/windows/desktop/aa386099(v=vs.85).aspx", "if", "self", ".", "count", "(", ")", "==", "0", ":", "return", "'Nothing to return'", "log", ".", "debug", "(", "'Building a detailed report of the results.'", ")", "# Build a dictionary containing details for each update", "results", "=", "{", "}", "for", "update", "in", "self", ".", "updates", ":", "results", "[", "update", ".", "Identity", ".", "UpdateID", "]", "=", "{", "'guid'", ":", "update", ".", "Identity", ".", "UpdateID", ",", "'Title'", ":", "six", ".", "text_type", "(", "update", ".", "Title", ")", ",", "'Type'", ":", "self", ".", "update_types", "[", "update", ".", "Type", "]", ",", "'Description'", ":", "update", ".", "Description", ",", "'Downloaded'", ":", "bool", "(", "update", ".", "IsDownloaded", ")", ",", "'Installed'", ":", "bool", "(", "update", ".", "IsInstalled", ")", ",", "'Mandatory'", ":", "bool", "(", "update", ".", "IsMandatory", ")", ",", "'EULAAccepted'", ":", "bool", "(", "update", ".", "EulaAccepted", ")", ",", "'NeedsReboot'", ":", "bool", "(", "update", ".", "RebootRequired", ")", ",", "'Severity'", ":", "six", ".", "text_type", "(", "update", ".", "MsrcSeverity", ")", ",", "'UserInput'", ":", "bool", "(", "update", ".", "InstallationBehavior", ".", "CanRequestUserInput", ")", ",", "'RebootBehavior'", ":", "self", ".", "reboot_behavior", "[", "update", ".", "InstallationBehavior", ".", "RebootBehavior", "]", ",", "'KBs'", ":", "[", "'KB'", "+", "item", "for", "item", "in", "update", ".", "KBArticleIDs", "]", ",", "'Categories'", ":", "[", "item", ".", "Name", "for", "item", "in", "update", ".", "Categories", "]", "}", "return", "results" ]

[ "Create", "a", "dictionary", "with", "the", "details", "for", "the", "updates", "in", "the", "collection", "." ]

[ "def", "set_null_values_in_dict", "(", "d", ":", "Dict", "[", "str", ",", "Any", "]", ",", "null_literals", ":", "List", "[", "Any", "]", ")", "->", "None", ":", "if", "not", "null_literals", ":", "return", "# DO NOT add/delete values to/from a dictionary during iteration, but it", "# is OK to modify existing keys:", "# https://stackoverflow.com/questions/6777485", "# https://stackoverflow.com/questions/2315520", "# https://docs.python.org/3/library/stdtypes.html#dict-views", "for", "k", ",", "v", "in", "d", ".", "items", "(", ")", ":", "if", "v", "in", "null_literals", ":", "d", "[", "k", "]", "=", "None" ]

[ "Within", "d", "(", "in", "place", ")", "replace", "any", "values", "found", "in", "null_literals", "with", "None", "." ]

[ "def", "get_listeners", "(", "self", ")", ":", "return", "[", "(", "name", ",", "getattr", "(", "self", ",", "method_name", ")", ")", "for", "name", ",", "method_name", "in", "self", ".", "__cog_listeners__", "]" ]

[ "Returns", "a", ":", "class", ":", "list", "of", "(", "name", "function", ")", "listener", "pairs", "that", "are", "defined", "in", "this", "cog", "." ]

[ "def", "__getPluginInfo", "(", "self", ",", "plugin", ",", "package_abspath", ",", "package_name", ")", ":", "if", "not", "isValidSemver", "(", "plugin", ".", "__version__", ")", ":", "raise", "VersionError", "(", "\"The plugin version does not conform to the standard named %s\"", "%", "package_name", ")", "try", ":", "url", "=", "plugin", ".", "__url__", "except", "AttributeError", ":", "url", "=", "None", "try", ":", "license", "=", "plugin", ".", "__license__", "except", "AttributeError", ":", "license", "=", "None", "try", ":", "license_file", "=", "plugin", ".", "__license_file__", "except", "AttributeError", ":", "license_file", "=", "None", "try", ":", "readme_file", "=", "plugin", ".", "__readme_file__", "except", "AttributeError", ":", "readme_file", "=", "None", "try", ":", "plugin_state", "=", "plugin", ".", "__state__", "except", "AttributeError", ":", "plugin_state", "=", "\"enabled\"", "# 插件状态首先读取`__state`状态值，优先级低于状态文件，ENABLED文件优先级低于DISABLED文件", "if", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "package_abspath", ",", "\"ENABLED\"", ")", ")", ":", "plugin_state", "=", "\"enabled\"", "if", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "package_abspath", ",", "\"DISABLED\"", ")", ")", ":", "plugin_state", "=", "\"disabled\"", "return", "{", "\"plugin_name\"", ":", "plugin", ".", "__plugin_name__", ",", "\"plugin_package_name\"", ":", "package_name", ",", "\"plugin_package_abspath\"", ":", "package_abspath", ",", "\"plugin_description\"", ":", "plugin", ".", "__description__", ",", "\"plugin_version\"", ":", "plugin", ".", "__version__", ",", "\"plugin_author\"", ":", "plugin", ".", "__author__", ",", "\"plugin_url\"", ":", "url", ",", "\"plugin_license\"", ":", "license", ",", "\"plugin_license_file\"", ":", "license_file", ",", "\"plugin_readme_file\"", ":", "readme_file", ",", "\"plugin_state\"", ":", "plugin_state", ",", "\"plugin_tpl_path\"", ":", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "package_abspath", ",", "\"templates\"", ")", ",", "\"plugin_ats_path\"", ":", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "package_abspath", ",", "\"static\"", ")", ",", "\"plugin_tep\"", ":", "{", "}", ",", "\"plugin_hep\"", ":", "{", "}", ",", "\"plugin_bep\"", ":", "{", "}", ",", "\"plugin_yep\"", ":", "{", "}", "}" ]

[ "Organize", "plugin", "information", "." ]

[ "def", "create_comment", "(", "self", ",", "comment", ",", "repository_id", ",", "pull_request_id", ",", "thread_id", ",", "project", "=", "None", ")", ":", "route_values", "=", "{", "}", "if", "project", "is", "not", "None", ":", "route_values", "[", "'project'", "]", "=", "self", ".", "_serialize", ".", "url", "(", "'project'", ",", "project", ",", "'str'", ")", "if", "repository_id", "is", "not", "None", ":", "route_values", "[", "'repositoryId'", "]", "=", "self", ".", "_serialize", ".", "url", "(", "'repository_id'", ",", "repository_id", ",", "'str'", ")", "if", "pull_request_id", "is", "not", "None", ":", "route_values", "[", "'pullRequestId'", "]", "=", "self", ".", "_serialize", ".", "url", "(", "'pull_request_id'", ",", "pull_request_id", ",", "'int'", ")", "if", "thread_id", "is", "not", "None", ":", "route_values", "[", "'threadId'", "]", "=", "self", ".", "_serialize", ".", "url", "(", "'thread_id'", ",", "thread_id", ",", "'int'", ")", "content", "=", "self", ".", "_serialize", ".", "body", "(", "comment", ",", "'Comment'", ")", "response", "=", "self", ".", "_send", "(", "http_method", "=", "'POST'", ",", "location_id", "=", "'965a3ec7-5ed8-455a-bdcb-835a5ea7fe7b'", ",", "version", "=", "'5.1-preview.1'", ",", "route_values", "=", "route_values", ",", "content", "=", "content", ")", "return", "self", ".", "_deserialize", "(", "'Comment'", ",", "response", ")" ]

[ "CreateComment", ".", "[", "Preview", "API", "]", "Create", "a", "comment", "on", "a", "specific", "thread", "in", "a", "pull", "request", "(", "up", "to", "500", "comments", "can", "be", "created", "per", "thread", ")", ".", ":", "param", ":", "class", ":", "<Comment", ">", "<azure", ".", "devops", ".", "v5_1", ".", "git", ".", "models", ".", "Comment", ">", "comment", ":", "The", "comment", "to", "create", ".", "Comments", "can", "be", "up", "to", "150", "000", "characters", ".", ":", "param", "str", "repository_id", ":", "The", "repository", "ID", "of", "the", "pull", "request", "s", "target", "branch", ".", ":", "param", "int", "pull_request_id", ":", "ID", "of", "the", "pull", "request", ".", ":", "param", "int", "thread_id", ":", "ID", "of", "the", "thread", "that", "the", "desired", "comment", "is", "in", ".", ":", "param", "str", "project", ":", "Project", "ID", "or", "project", "name", ":", "rtype", ":", ":", "class", ":", "<Comment", ">", "<azure", ".", "devops", ".", "v5_1", ".", "git", ".", "models", ".", "Comment", ">" ]

[ "def", "bits_to_dict", "(", "bits", ")", ":", "# Strip any trailing commas", "cleaned_bits", "=", "[", "bit", "[", ":", "-", "1", "]", "if", "bit", ".", "endswith", "(", "','", ")", "else", "bit", "for", "bit", "in", "bits", "]", "# Create dictionary by splitting on equal signs", "options", "=", "dict", "(", "bit", ".", "split", "(", "'='", ")", "for", "bit", "in", "cleaned_bits", ")", "# Coerce strings of types to Python types", "for", "key", "in", "options", ":", "if", "options", "[", "key", "]", "==", "\"'true'\"", "or", "options", "[", "key", "]", "==", "\"'false'\"", ":", "options", "[", "key", "]", "=", "options", "[", "key", "]", ".", "title", "(", ")", "options", "[", "key", "]", "=", "ast", ".", "literal_eval", "(", "options", "[", "key", "]", ")", "return", "options" ]

[ "Convert", "a", "Django", "template", "tag", "s", "kwargs", "into", "a", "dictionary", "of", "Python", "types", "." ]

[ "def", "where", "(", "self", ",", "attrs", ",", "first", "=", "False", ")", ":", "# from https://github.com/serkanyersen/underscore.py", "def", "by", "(", "val", ",", "*", "args", ")", ":", "for", "key", ",", "value", "in", "attrs", ".", "items", "(", ")", ":", "try", ":", "if", "attrs", "[", "key", "]", "!=", "val", "[", "key", "]", ":", "return", "False", "except", "KeyError", ":", "return", "False", "return", "True", "if", "first", ":", "return", "list", "(", "filter", "(", "by", ",", "self", ".", "children", ")", ")", "[", "0", "]", "else", ":", "return", "list", "(", "filter", "(", "by", ",", "self", ".", "children", ")", ")" ]

[ "Return", "objects", "matching", "child", "objects", "properties", "." ]

[ "def", "from_images", "(", "cls", ",", "images", ",", "weights", "=", "None", ",", "filter", "=", "None", ",", "wrap", "=", "None", ",", "aspect_adjust_width", "=", "False", ",", "aspect_adjust_height", "=", "False", ")", ":", "import", "pyglet", "atlas", ",", "textures", "=", "_atlas_from_images", "(", "images", ")", "texturizer", "=", "cls", "(", "atlas", ".", "texture", ".", "id", ",", "[", "tex", ".", "tex_coords", "for", "tex", "in", "textures", "]", ",", "weights", ",", "filter", "or", "pyglet", ".", "gl", ".", "GL_LINEAR", ",", "wrap", "or", "pyglet", ".", "gl", ".", "GL_CLAMP", ",", "aspect_adjust_width", ",", "aspect_adjust_height", ")", "texturizer", ".", "atlas", "=", "atlas", "texturizer", ".", "textures", "=", "textures", "return", "texturizer" ]

[ "Create", "a", "SpriteTexturizer", "from", "a", "sequence", "of", "Pyglet", "images", "." ]

[ "def", "delay_svc_notification", "(", "self", ",", "service", ",", "notification_time", ")", ":", "service", ".", "first_notification_delay", "=", "notification_time", "self", ".", "send_an_element", "(", "service", ".", "get_update_status_brok", "(", ")", ")" ]

[ "Modify", "service", "first", "notification", "delay", "Format", "of", "the", "line", "that", "triggers", "function", "call", "::" ]

[ "def", "can_attack_air", "(", "self", ")", "->", "bool", ":", "if", "self", ".", "_weapons", ":", "weapon", "=", "next", "(", "(", "weapon", "for", "weapon", "in", "self", ".", "_weapons", "if", "weapon", ".", "type", "in", "{", "TargetType", ".", "Air", ".", "value", ",", "TargetType", ".", "Any", ".", "value", "}", ")", ",", "None", ",", ")", "return", "weapon", "is", "not", "None", "return", "False" ]

[ "Does", "not", "include", "upgrades" ]

[ "def", "_vmomentsurfaceIntegrand", "(", "vR", ",", "vT", ",", "R", ",", "az", ",", "df", ",", "n", ",", "m", ",", "sigmaR1", ",", "sigmaT1", ",", "t", ",", "initvmoment", ")", ":", "o", "=", "Orbit", "(", "[", "R", ",", "vR", "*", "sigmaR1", ",", "vT", "*", "sigmaT1", ",", "az", "]", ")", "return", "vR", "**", "n", "*", "vT", "**", "m", "*", "df", "(", "o", ",", "t", ")", "/", "initvmoment" ]

[ "Internal", "function", "that", "is", "the", "integrand", "for", "the", "velocity", "moment", "times", "surface", "mass", "integration" ]

[ "def", "parse_tx", "(", "self", ",", "txn", ",", "block_header", ",", "block_hash", ",", "txindex", ")", ":", "txn_serializer", "=", "TxSerializer", "(", ")", "tx_bin", "=", "txn_serializer", ".", "serialize", "(", "txn", ")", "txdata", "=", "{", "\"version\"", ":", "txn", ".", "version", ",", "\"locktime\"", ":", "txn", ".", "lock_time", ",", "\"hex\"", ":", "binascii", ".", "hexlify", "(", "tx_bin", ")", ",", "\"txid\"", ":", "txn", ".", "calculate_hash", "(", ")", ",", "\"size\"", ":", "len", "(", "tx_bin", ")", ",", "\"blockhash\"", ":", "block_hash", ",", "\"blocktime\"", ":", "block_header", ".", "get", "(", "'timestamp'", ",", "0", ")", ",", "# non-standard; added by us for virtualchain", "\"txindex\"", ":", "txindex", ",", "\"relindex\"", ":", "None", ",", "\"senders\"", ":", "None", ",", "\"fee\"", ":", "0", ",", "\"nulldata\"", ":", "None", ",", "\"ins\"", ":", "None", ",", "# library-specific field, to be passed to the state engine", "\"outs\"", ":", "None", ",", "# library-specific field, to be passed to the state engine", "\"tx_merkle_path\"", ":", "None", "}", "# keep these around too, since this is what gets fed into the virtualchain state engine implementation ", "virtualchain_btc_tx_data", "=", "bits", ".", "btc_tx_deserialize", "(", "txdata", "[", "'hex'", "]", ")", "txdata", "[", "'ins'", "]", "=", "virtualchain_btc_tx_data", "[", "'ins'", "]", "txdata", "[", "'outs'", "]", "=", "virtualchain_btc_tx_data", "[", "'outs'", "]", "# we know how many senders there have to be ", "txdata", "[", "'senders'", "]", "=", "[", "None", "]", "*", "len", "(", "txdata", "[", "'ins'", "]", ")", "return", "txdata" ]

[ "Given", "a", "transaction", "message", "and", "its", "index", "in", "the", "block", "go", "and", "create", "a", "verbose", "transaction", "structure", "containing", "all", "the", "information", "in", "a", "nice", "easy", "-", "to", "-", "read", "dict", "(", "i", ".", "e", ".", "like", "what", "bitcoind", "would", "give", "us", ")", "." ]

[ "def", "execute", "(", "self", ",", "input_data", ")", ":", "# Aggregate the output from all the memory workers, clearly this could be kewler", "output", "=", "input_data", "[", "'view_memory'", "]", "output", "[", "'tables'", "]", "=", "{", "}", "for", "data", "in", "[", "input_data", "[", "key", "]", "for", "key", "in", "ViewMemoryDeep", ".", "dependencies", "]", ":", "for", "name", ",", "table", "in", "data", "[", "'tables'", "]", ".", "iteritems", "(", ")", ":", "output", "[", "'tables'", "]", ".", "update", "(", "{", "name", ":", "table", "}", ")", "return", "output" ]

[ "Execute", "the", "ViewMemoryDeep", "worker" ]

[ "def", "Record", "(", "self", ",", "value", ",", "fields", "=", "None", ")", ":", "key", "=", "_FieldsToKey", "(", "fields", ")", "metric_value", "=", "self", ".", "_metric_values", ".", "get", "(", "key", ")", "if", "metric_value", "is", "None", ":", "metric_value", "=", "self", ".", "_DefaultValue", "(", ")", "self", ".", "_metric_values", "[", "key", "]", "=", "metric_value", "metric_value", ".", "Record", "(", "value", ")" ]

[ "Records", "the", "given", "observation", "in", "a", "distribution", "." ]

[ "def", "CB", "(", "self", ")", ":", "try", ":", "return", "self", ".", "_CB", "except", "AttributeError", ":", "pass", "self", ".", "_CB", "=", "[", "self", ".", "C", ",", "self", ".", "B", "]", "return", "self", ".", "_CB" ]

[ "Vertices", "C", "and", "B", "list", "." ]

[ "def", "process_request_thread", "(", "self", ",", "mainthread", ")", ":", "life_time", "=", "time", ".", "time", "(", ")", "nb_requests", "=", "0", "while", "not", "mainthread", ".", "killed", "(", ")", ":", "if", "self", ".", "max_life_time", ">", "0", ":", "if", "(", "time", ".", "time", "(", ")", "-", "life_time", ")", ">=", "self", ".", "max_life_time", ":", "mainthread", ".", "add_worker", "(", "1", ")", "return", "try", ":", "SocketServer", ".", "ThreadingTCPServer", ".", "process_request_thread", "(", "self", ",", "*", "self", ".", "requests", ".", "get", "(", "True", ",", "0.5", ")", ")", "except", "Queue", ".", "Empty", ":", "continue", "else", ":", "SocketServer", ".", "ThreadingTCPServer", ".", "process_request_thread", "(", "self", ",", "*", "self", ".", "requests", ".", "get", "(", ")", ")", "LOG", ".", "debug", "(", "\"nb_requests: %d, max_requests: %d\"", ",", "nb_requests", ",", "self", ".", "max_requests", ")", "nb_requests", "+=", "1", "if", "self", ".", "max_requests", ">", "0", "and", "nb_requests", ">=", "self", ".", "max_requests", ":", "mainthread", ".", "add_worker", "(", "1", ")", "return" ]

[ "obtain", "request", "from", "queue", "instead", "of", "directly", "from", "server", "socket" ]

[ "def", "initialize_plugin", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "create_toggle_view_action", "(", ")", "self", ".", "plugin_actions", "=", "self", ".", "get_plugin_actions", "(", ")", "+", "[", "MENU_SEPARATOR", ",", "self", ".", "undock_action", "]", "add_actions", "(", "self", ".", "options_menu", ",", "self", ".", "plugin_actions", ")", "self", ".", "options_button", ".", "setMenu", "(", "self", ".", "options_menu", ")", "self", ".", "options_menu", ".", "aboutToShow", ".", "connect", "(", "self", ".", "refresh_actions", ")", "self", ".", "sig_show_message", ".", "connect", "(", "self", ".", "show_message", ")", "self", ".", "sig_update_plugin_title", ".", "connect", "(", "self", ".", "update_plugin_title", ")", "self", ".", "sig_option_changed", ".", "connect", "(", "self", ".", "set_option", ")", "self", ".", "setWindowTitle", "(", "self", ".", "get_plugin_title", "(", ")", ")" ]

[ "Initialize", "plugin", ":", "connect", "signals", "setup", "actions", "etc", "." ]

[ "def", "fetch_no_cache", "(", "self", ",", "url", ")", ":", "try", ":", "with", "contextlib", ".", "closing", "(", "self", ".", "opener", ".", "open", "(", "url", ")", ")", "as", "response", ":", "# InfoQ does not send a 404 but a 302 redirecting to a valid URL...", "if", "response", ".", "code", "!=", "200", "or", "response", ".", "url", "==", "INFOQ_404_URL", ":", "raise", "DownloadError", "(", "\"%s not found\"", "%", "url", ")", "return", "response", ".", "read", "(", ")", "except", "urllib", ".", "error", ".", "URLError", "as", "e", ":", "raise", "DownloadError", "(", "\"Failed to get %s: %s\"", "%", "(", "url", ",", "e", ")", ")" ]

[ "Fetch", "the", "resource", "specified", "and", "return", "its", "content", "." ]

[ "def", "move_to_collection", "(", "self", ",", "request", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "ids", "=", "self", ".", "get_ids", "(", "request", ".", "data", ")", "src_collection_id", "=", "self", ".", "get_id", "(", "request", ".", "data", ",", "'source_collection'", ")", "dst_collection_id", "=", "self", ".", "get_id", "(", "request", ".", "data", ",", "'destination_collection'", ")", "src_collection", "=", "self", ".", "_get_collection_for_user", "(", "src_collection_id", ",", "request", ".", "user", ")", "dst_collection", "=", "self", ".", "_get_collection_for_user", "(", "dst_collection_id", ",", "request", ".", "user", ")", "entity_qs", "=", "self", ".", "_get_entities", "(", "request", ".", "user", ",", "ids", ")", "entity_qs", ".", "move_to_collection", "(", "src_collection", ",", "dst_collection", ")", "return", "Response", "(", ")" ]

[ "Move", "samples", "from", "source", "to", "destination", "collection", "." ]

[ "def", "instance_of", "(", "self", ",", "kls", ":", "Any", ")", "->", "bool", ":", "if", "not", "kls", ":", "raise", "ValueError", "return", "isinstance", "(", "self", ",", "kls", ")" ]

[ "Return", "true", "if", "the", "current", "object", "is", "an", "instance", "of", "passed", "type", "." ]

[ "def", "query", "(", "self", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "\"client\"", "in", "kwargs", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"Cannot pass client\"", ")", "if", "\"project\"", "in", "kwargs", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"Cannot pass project\"", ")", "kwargs", "[", "\"project\"", "]", "=", "self", ".", "project", "if", "\"namespace\"", "not", "in", "kwargs", ":", "kwargs", "[", "\"namespace\"", "]", "=", "self", ".", "namespace", "return", "Query", "(", "self", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "Proxy", "to", ":", "class", ":", "google", ".", "cloud", ".", "datastore", ".", "query", ".", "Query", "." ]

[ "def", "show_deployment", "(", "kwargs", "=", "None", ",", "conn", "=", "None", ",", "call", "=", "None", ")", ":", "if", "call", "!=", "'function'", ":", "raise", "SaltCloudSystemExit", "(", "'The get_deployment function must be called with -f or --function.'", ")", "if", "not", "conn", ":", "conn", "=", "get_conn", "(", ")", "if", "kwargs", "is", "None", ":", "kwargs", "=", "{", "}", "if", "'service_name'", "not", "in", "kwargs", ":", "raise", "SaltCloudSystemExit", "(", "'A service name must be specified as \"service_name\"'", ")", "if", "'deployment_name'", "not", "in", "kwargs", ":", "raise", "SaltCloudSystemExit", "(", "'A deployment name must be specified as \"deployment_name\"'", ")", "data", "=", "conn", ".", "get_deployment_by_name", "(", "service_name", "=", "kwargs", "[", "'service_name'", "]", ",", "deployment_name", "=", "kwargs", "[", "'deployment_name'", "]", ",", ")", "return", "object_to_dict", "(", "data", ")" ]

[ "..", "versionadded", "::", "2015", ".", "8", ".", "0" ]

[ "def", "currentSchemaPath", "(", "self", ")", ":", "item", "=", "self", ".", "currentItem", "(", ")", "path", "=", "[", "]", "while", "item", ":", "path", ".", "append", "(", "nativestring", "(", "item", ".", "text", "(", "0", ")", ")", ")", "item", "=", "item", ".", "parent", "(", ")", "return", "'.'", ".", "join", "(", "reversed", "(", "path", ")", ")" ]

[ "Returns", "the", "column", "path", "for", "the", "current", "item", ".", "This", "will", "be", "a", ".", "joined", "path", "based", "on", "the", "root", "schema", "to", "the", "given", "column", ".", ":", "return", "<str", ">" ]

[ "def", "get_statements", "(", "self", ",", "filter", "=", "False", ")", ":", "bp_stmts", "=", "self", ".", "get_biopax_stmts", "(", "filter", "=", "filter", ")", "bel_stmts", "=", "self", ".", "get_bel_stmts", "(", "filter", "=", "filter", ")", "return", "bp_stmts", "+", "bel_stmts" ]

[ "Return", "the", "combined", "list", "of", "statements", "from", "BEL", "and", "Pathway", "Commons", "." ]

[ "def", "sample_chain", "(", "num_results", ",", "current_state", ",", "previous_kernel_results", "=", "None", ",", "kernel", "=", "None", ",", "num_burnin_steps", "=", "0", ",", "num_steps_between_results", "=", "0", ",", "trace_fn", "=", "lambda", "current_state", ",", "kernel_results", ":", "kernel_results", ",", "return_final_kernel_results", "=", "False", ",", "parallel_iterations", "=", "10", ",", "name", "=", "None", ",", ")", ":", "if", "not", "kernel", ".", "is_calibrated", ":", "warnings", ".", "warn", "(", "\"supplied `TransitionKernel` is not calibrated. Markov \"", "\"chain may not converge to intended target distribution.\"", ")", "with", "tf", ".", "compat", ".", "v1", ".", "name_scope", "(", "name", ",", "\"mcmc_sample_chain\"", ",", "[", "num_results", ",", "num_burnin_steps", ",", "num_steps_between_results", "]", ")", ":", "num_results", "=", "tf", ".", "convert_to_tensor", "(", "value", "=", "num_results", ",", "dtype", "=", "tf", ".", "int32", ",", "name", "=", "\"num_results\"", ")", "num_burnin_steps", "=", "tf", ".", "convert_to_tensor", "(", "value", "=", "num_burnin_steps", ",", "dtype", "=", "tf", ".", "int32", ",", "name", "=", "\"num_burnin_steps\"", ")", "num_steps_between_results", "=", "tf", ".", "convert_to_tensor", "(", "value", "=", "num_steps_between_results", ",", "dtype", "=", "tf", ".", "int32", ",", "name", "=", "\"num_steps_between_results\"", ")", "current_state", "=", "tf", ".", "nest", ".", "map_structure", "(", "lambda", "x", ":", "tf", ".", "convert_to_tensor", "(", "value", "=", "x", ",", "name", "=", "\"current_state\"", ")", ",", "current_state", ")", "if", "previous_kernel_results", "is", "None", ":", "previous_kernel_results", "=", "kernel", ".", "bootstrap_results", "(", "current_state", ")", "if", "trace_fn", "is", "None", ":", "# It simplifies the logic to use a dummy function here.", "trace_fn", "=", "lambda", "*", "args", ":", "(", ")", "no_trace", "=", "True", "else", ":", "no_trace", "=", "False", "if", "trace_fn", "is", "sample_chain", ".", "__defaults__", "[", "4", "]", ":", "warnings", ".", "warn", "(", "\"Tracing all kernel results by default is deprecated. Set \"", "\"the `trace_fn` argument to None (the future default \"", "\"value) or an explicit callback that traces the values \"", "\"you are interested in.\"", ")", "def", "_trace_scan_fn", "(", "state_and_results", ",", "num_steps", ")", ":", "next_state", ",", "current_kernel_results", "=", "mcmc_util", ".", "smart_for_loop", "(", "loop_num_iter", "=", "num_steps", ",", "body_fn", "=", "kernel", ".", "one_step", ",", "initial_loop_vars", "=", "list", "(", "state_and_results", ")", ",", "parallel_iterations", "=", "parallel_iterations", ")", "return", "next_state", ",", "current_kernel_results", "(", "_", ",", "final_kernel_results", ")", ",", "(", "all_states", ",", "trace", ")", "=", "mcmc_util", ".", "trace_scan", "(", "loop_fn", "=", "_trace_scan_fn", ",", "initial_state", "=", "(", "current_state", ",", "previous_kernel_results", ")", ",", "elems", "=", "tf", ".", "one_hot", "(", "indices", "=", "0", ",", "depth", "=", "num_results", ",", "on_value", "=", "1", "+", "num_burnin_steps", ",", "off_value", "=", "1", "+", "num_steps_between_results", ",", "dtype", "=", "tf", ".", "int32", ")", ",", "# pylint: disable=g-long-lambda", "trace_fn", "=", "lambda", "state_and_results", ":", "(", "state_and_results", "[", "0", "]", ",", "trace_fn", "(", "*", "state_and_results", ")", ")", ",", "# pylint: enable=g-long-lambda", "parallel_iterations", "=", "parallel_iterations", ")", "if", "return_final_kernel_results", ":", "return", "CheckpointableStatesAndTrace", "(", "all_states", "=", "all_states", ",", "trace", "=", "trace", ",", "final_kernel_results", "=", "final_kernel_results", ")", "else", ":", "if", "no_trace", ":", "return", "all_states", "else", ":", "return", "StatesAndTrace", "(", "all_states", "=", "all_states", ",", "trace", "=", "trace", ")" ]

[ "Implements", "Markov", "chain", "Monte", "Carlo", "via", "repeated", "TransitionKernel", "steps", "." ]

[ "def", "send_prefix", "(", "pymux", ",", "variables", ")", ":", "process", "=", "pymux", ".", "arrangement", ".", "get_active_pane", "(", ")", ".", "process", "for", "k", "in", "pymux", ".", "key_bindings_manager", ".", "prefix", ":", "vt100_data", "=", "prompt_toolkit_key_to_vt100_key", "(", "k", ")", "process", ".", "write_input", "(", "vt100_data", ")" ]

[ "Send", "prefix", "to", "active", "pane", "." ]

[ "def", "convert_differend_width", "(", "src_reg", ",", "dst_reg", ")", ":", "src_value", "=", "src_reg", ".", "value", "if", "src_reg", ".", "WIDTH", "==", "8", "and", "dst_reg", ".", "WIDTH", "==", "16", ":", "# e.g.: $cd -> $ffcd", "src_value", "+=", "0xff00", "elif", "src_reg", ".", "WIDTH", "==", "16", "and", "dst_reg", ".", "WIDTH", "==", "8", ":", "# This not not really needed, because all 8Bit register will", "# limit the value, too.", "# e.g.: $1234 -> $34", "src_value", "=", "src_value", "&", "0xff", "return", "src_value" ]

[ "e", ".", "g", ".", ":", "8bit", "$cd", "TFR", "into", "16bit", "results", "in", ":", "$ffcd", "16bit", "$1234", "TFR", "into", "8bit", "results", "in", ":", "$34" ]

[ "def", "chunks", "(", "l", ",", "n", ")", ":", "for", "i", "in", "_range", "(", "0", ",", "len", "(", "l", ")", ",", "n", ")", ":", "yield", "l", "[", "i", ":", "i", "+", "n", "]" ]

[ "Yields", "successive", "n", "-", "sized", "chunks", "from", "l", "." ]

[ "def", "update_timestampable_model", "(", "sender", ",", "instance", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "instance", ",", "TimestampableModel", ")", ":", "return", "if", "not", "instance", ".", "pk", ":", "instance", ".", "created_at", "=", "now", "(", ")", "instance", ".", "updated_at", "=", "now", "(", ")" ]

[ "Using", "signals", "guarantees", "that", "timestamps", "are", "set", "no", "matter", "what", ":", "loading", "fixtures", "bulk", "inserts", "bulk", "updates", "etc", ".", "Indeed", "the", "save", "()", "method", "is", "*", "not", "*", "called", "when", "using", "fixtures", "." ]

[ "def", "_get_installations", "(", "self", ")", ":", "response", "=", "None", "for", "base_url", "in", "urls", ".", "BASE_URLS", ":", "urls", ".", "BASE_URL", "=", "base_url", "try", ":", "response", "=", "requests", ".", "get", "(", "urls", ".", "get_installations", "(", "self", ".", "_username", ")", ",", "headers", "=", "{", "'Cookie'", ":", "'vid={}'", ".", "format", "(", "self", ".", "_vid", ")", ",", "'Accept'", ":", "'application/json,'", "'text/javascript, */*; q=0.01'", ",", "}", ")", "if", "2", "==", "response", ".", "status_code", "//", "100", ":", "break", "elif", "503", "==", "response", ".", "status_code", ":", "continue", "else", ":", "raise", "ResponseError", "(", "response", ".", "status_code", ",", "response", ".", "text", ")", "except", "requests", ".", "exceptions", ".", "RequestException", "as", "ex", ":", "raise", "RequestError", "(", "ex", ")", "_validate_response", "(", "response", ")", "self", ".", "installations", "=", "json", ".", "loads", "(", "response", ".", "text", ")" ]

[ "Get", "information", "about", "installations" ]

[ "def", "find_all_models", "(", "models", ")", ":", "for", "model", "in", "models", ":", "yield", "model", "# noinspection PyProtectedMember", "for", "parent", "in", "model", ".", "_meta", ".", "parents", ".", "keys", "(", ")", ":", "for", "parent_model", "in", "find_all_models", "(", "(", "parent", ",", ")", ")", ":", "yield", "parent_model" ]

[ "Yield", "all", "models", "and", "their", "parents", "." ]

[ "def", "prt_hier", "(", "self", ",", "prt", "=", "sys", ".", "stdout", ")", ":", "objwr", "=", "WrHierGO", "(", "self", ".", "gosubdag", ",", "*", "*", "self", ".", "kws", ")", "assert", "self", ".", "goids", ",", "\"NO VALID GO IDs WERE PROVIDED\"", "if", "'up'", "not", "in", "objwr", ".", "usrset", ":", "for", "goid", "in", "self", ".", "goids", ":", "objwr", ".", "prt_hier_down", "(", "goid", ",", "prt", ")", "else", ":", "objwr", ".", "prt_hier_up", "(", "self", ".", "goids", ",", "prt", ")" ]

[ "Write", "hierarchy", "below", "specfied", "GO", "IDs", "." ]

[ "def", "set_rotation_matrices", "(", "self", ")", ":", "for", "i", "in", "range", "(", "len", "(", "self", ".", "vertices", ")", ")", ":", "self", ".", "vertices", "[", "i", "]", ".", "meta", "[", "'C'", "]", "=", "rotation_matrix", "(", "self", ".", "vertices", "[", "i", "]", ".", "meta", "[", "'axis'", "]", "[", "0", "]", ",", "self", ".", "vertices", "[", "i", "]", ".", "meta", "[", "'axis'", "]", "[", "1", "]", ",", "self", ".", "vertices", "[", "i", "]", ".", "meta", "[", "'axis'", "]", "[", "2", "]", ",", "self", ".", "vertices", "[", "i", "]", ".", "meta", "[", "'axis_order'", "]", ",", "degrees", "=", "True", ")", "# Todo: invert this by applying angle operations in reverse order", "self", ".", "vertices", "[", "i", "]", ".", "meta", "[", "'Cinv'", "]", "=", "np", ".", "linalg", ".", "inv", "(", "self", ".", "vertices", "[", "i", "]", ".", "meta", "[", "'C'", "]", ")" ]

[ "Set", "the", "meta", "information", "at", "each", "vertex", "to", "contain", "the", "correct", "matrices", "C", "and", "Cinv", "as", "prescribed", "by", "the", "rotations", "and", "rotation", "orders", "." ]

[ "def", "install_gem", "(", "gem", ")", ":", "with", "settings", "(", "hide", "(", "'warnings'", ",", "'running'", ",", "'stdout'", ",", "'stderr'", ")", ",", "warn_only", "=", "False", ",", "capture", "=", "True", ")", ":", "# convert 0 into True, any errors will always raise an exception", "return", "not", "bool", "(", "run", "(", "\"gem install %s --no-rdoc --no-ri\"", "%", "gem", ")", ".", "return_code", ")" ]

[ "install", "a", "particular", "gem" ]

[ "def", "get_author", "(", "self", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "qualifier", "=", "kwargs", ".", "get", "(", "'qualifier'", ",", "''", ")", "children", "=", "kwargs", ".", "get", "(", "'children'", ",", "[", "]", ")", "creator_type_per", "=", "False", "author_name", "=", "None", "# Find the creator type in children.", "for", "child", "in", "children", ":", "if", "child", ".", "tag", "==", "'type'", "and", "child", ".", "content", "==", "'per'", ":", "creator_type_per", "=", "True", "# Get the author name.", "elif", "child", ".", "tag", "==", "'name'", ":", "author_name", "=", "child", ".", "content", "if", "qualifier", "==", "'aut'", "and", "creator_type_per", "and", "author_name", ":", "return", "author_name", "return", "None" ]

[ "Determine", "the", "authors", "from", "the", "creator", "field", "." ]

[ "def", "par_u1step", "(", "i", ")", ":", "global", "mp_U1", "grpind", "=", "slice", "(", "mp_grp", "[", "i", "]", ",", "mp_grp", "[", "i", "+", "1", "]", ")", "mp_U1", "[", "grpind", "]", "+=", "mp_alpha", "*", "(", "mp_X", "[", "grpind", "]", "-", "mp_Y1", "[", "grpind", "]", ")" ]

[ "r", "Dual", "variable", "update", "for", ":", "math", ":", "\\", "mathbf", "{", "u", "}", "_", "{", "1", "G_i", "}", "one", "of", "the", "disjoint", "problems", "for", "updating", ":", "math", ":", "\\", "mathbf", "{", "u", "}", "_1", "." ]

[ "def", "delegators", "(", "self", ",", "account", ")", ":", "account", "=", "self", ".", "_process_value", "(", "account", ",", "'account'", ")", "payload", "=", "{", "\"account\"", ":", "account", "}", "resp", "=", "self", ".", "call", "(", "'delegators'", ",", "payload", ")", "delegators", "=", "resp", ".", "get", "(", "'delegators'", ")", "or", "{", "}", "for", "k", ",", "v", "in", "delegators", ".", "items", "(", ")", ":", "delegators", "[", "k", "]", "=", "int", "(", "v", ")", "return", "delegators" ]

[ "Returns", "a", "list", "of", "pairs", "of", "delegator", "names", "given", "**", "account", "**", "a", "representative", "and", "its", "balance" ]

[ "def", "handle_starting_instance", "(", "self", ")", ":", "# Check if we are in startup, when paused defer to main loop for manual failovers.", "if", "not", "self", ".", "state_handler", ".", "check_for_startup", "(", ")", "or", "self", ".", "is_paused", "(", ")", ":", "self", ".", "set_start_timeout", "(", "None", ")", "if", "self", ".", "is_paused", "(", ")", ":", "self", ".", "state_handler", ".", "set_state", "(", "self", ".", "state_handler", ".", "is_running", "(", ")", "and", "'running'", "or", "'stopped'", ")", "return", "None", "# state_handler.state == 'starting' here", "if", "self", ".", "has_lock", "(", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "update_lock", "(", ")", ":", "logger", ".", "info", "(", "\"Lost lock while starting up. Demoting self.\"", ")", "self", ".", "demote", "(", "'immediate-nolock'", ")", "return", "'stopped PostgreSQL while starting up because leader key was lost'", "timeout", "=", "self", ".", "_start_timeout", "or", "self", ".", "patroni", ".", "config", "[", "'master_start_timeout'", "]", "time_left", "=", "timeout", "-", "self", ".", "state_handler", ".", "time_in_state", "(", ")", "if", "time_left", "<=", "0", ":", "if", "self", ".", "is_failover_possible", "(", "self", ".", "cluster", ".", "members", ")", ":", "logger", ".", "info", "(", "\"Demoting self because master startup is taking too long\"", ")", "self", ".", "demote", "(", "'immediate'", ")", "return", "'stopped PostgreSQL because of startup timeout'", "else", ":", "return", "'master start has timed out, but continuing to wait because failover is not possible'", "else", ":", "msg", "=", "self", ".", "process_manual_failover_from_leader", "(", ")", "if", "msg", "is", "not", "None", ":", "return", "msg", "return", "'PostgreSQL is still starting up, {0:.0f} seconds until timeout'", ".", "format", "(", "time_left", ")", "else", ":", "# Use normal processing for standbys", "logger", ".", "info", "(", "\"Still starting up as a standby.\"", ")", "return", "None" ]

[ "Starting", "up", "PostgreSQL", "may", "take", "a", "long", "time", ".", "In", "case", "we", "are", "the", "leader", "we", "may", "want", "to", "fail", "over", "to", "." ]

[ "def", "mechs", "(", "self", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "_mechs", ":", "self", ".", "_mechs", "=", "self", ".", "_inquire", "(", "False", ",", "False", ",", "False", ",", "True", ")", "[", "3", "]", "return", "self", ".", "_mechs" ]

[ "The", "set", "of", "mechanisms", "supported", "by", "the", "credential", "." ]

[ "def", "from_file", "(", "cls", ",", "h5_file", ",", "country_code", ")", ":", "if", "h5_file", ".", "attrs", "[", "'version'", "]", "!=", "VERSION", ":", "raise", "ValueError", "(", "'mismatched version: file is of version %s, expected %s'", "%", "(", "h5_file", ".", "attrs", "[", "'version'", "]", ",", "VERSION", ",", ")", ",", ")", "return", "cls", "(", "h5_file", "[", "country_code", "]", ")" ]

[ "Construct", "from", "an", "h5py", ".", "File", "and", "a", "country", "code", "." ]

[ "def", "list", "(", "self", ",", "language", "=", "values", ".", "unset", ",", "limit", "=", "None", ",", "page_size", "=", "None", ")", ":", "return", "list", "(", "self", ".", "stream", "(", "language", "=", "language", ",", "limit", "=", "limit", ",", "page_size", "=", "page_size", ",", ")", ")" ]

[ "Lists", "SampleInstance", "records", "from", "the", "API", "as", "a", "list", ".", "Unlike", "stream", "()", "this", "operation", "is", "eager", "and", "will", "load", "limit", "records", "into", "memory", "before", "returning", "." ]

[ "def", "get_queue_metadata", "(", "self", ",", "queue_name", ",", "timeout", "=", "None", ")", ":", "_validate_not_none", "(", "'queue_name'", ",", "queue_name", ")", "request", "=", "HTTPRequest", "(", ")", "request", ".", "method", "=", "'GET'", "request", ".", "host_locations", "=", "self", ".", "_get_host_locations", "(", "secondary", "=", "True", ")", "request", ".", "path", "=", "_get_path", "(", "queue_name", ")", "request", ".", "query", "=", "{", "'comp'", ":", "'metadata'", ",", "'timeout'", ":", "_int_to_str", "(", "timeout", ")", ",", "}", "return", "self", ".", "_perform_request", "(", "request", ",", "_parse_metadata_and_message_count", ")" ]

[ "Retrieves", "user", "-", "defined", "metadata", "and", "queue", "properties", "on", "the", "specified", "queue", ".", "Metadata", "is", "associated", "with", "the", "queue", "as", "name", "-", "value", "pairs", "." ]

[ "def", "filer", "(", "args", ")", ":", "# List to store all the metadata objects", "samples", "=", "list", "(", ")", "# Find all the sequence files in the path", "fastas", "=", "sorted", "(", "glob", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "args", ".", "sequencepath", ",", "'*.fa*'", ")", ")", ")", "for", "fasta", "in", "fastas", ":", "# Create a metadata object for each sample", "metadata", "=", "MetadataObject", "(", ")", "# Populate the metadata object with the required attributes", "metadata", ".", "name", "=", "os", ".", "path", ".", "splitext", "(", "os", ".", "path", ".", "basename", "(", "fasta", ")", ")", "[", "0", "]", "metadata", ".", "general", "=", "GenObject", "(", ")", "metadata", ".", "commands", "=", "GenObject", "(", ")", "metadata", ".", "general", ".", "bestassemblyfile", "=", "fasta", "metadata", ".", "general", ".", "outputdirectory", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "args", ".", "sequencepath", ",", "metadata", ".", "name", ")", "samples", ".", "append", "(", "metadata", ")", "return", "samples" ]

[ "Create", "metadata", "objects", "with", "necessary", "attributes", "for", "each", "FASTA", "file", "found", "in", "the", "sequence", "path", ":", "param", "args", ":", "Argument", "parser", "object", "with", "necessary", "variables", ":", "return", ":", "samples", ":", "List", "of", "metadata", "objects" ]

[ "def", "to_rdmol", "(", "mol", ")", ":", "rwmol", "=", "Chem", ".", "RWMol", "(", "Chem", ".", "MolFromSmiles", "(", "''", ")", ")", "key_to_idx", "=", "{", "}", "bond_type", "=", "{", "1", ":", "Chem", ".", "BondType", ".", "SINGLE", ",", "2", ":", "Chem", ".", "BondType", ".", "DOUBLE", ",", "3", ":", "Chem", ".", "BondType", ".", "TRIPLE", "}", "conf", "=", "Chem", ".", "Conformer", "(", "rwmol", ".", "GetNumAtoms", "(", ")", ")", "for", "k", ",", "a", "in", "mol", ".", "atoms_iter", "(", ")", ":", "i", "=", "rwmol", ".", "AddAtom", "(", "Chem", ".", "Atom", "(", "atom_number", "(", "a", ".", "symbol", ")", ")", ")", "key_to_idx", "[", "k", "]", "=", "i", "conf", ".", "SetAtomPosition", "(", "i", ",", "a", ".", "coords", ")", "rwmol", ".", "AddConformer", "(", "conf", ")", "for", "u", ",", "v", ",", "b", "in", "mol", ".", "bonds_iter", "(", ")", ":", "ui", "=", "key_to_idx", "[", "u", "]", "vi", "=", "key_to_idx", "[", "v", "]", "rwmol", ".", "AddBond", "(", "ui", ",", "vi", ",", "bond_type", "[", "b", ".", "order", "]", ")", "Chem", ".", "GetSSSR", "(", "rwmol", ")", "# Ring recognition is required for fingerprint", "rwmol", ".", "UpdatePropertyCache", "(", "strict", "=", "False", ")", "return", "rwmol", ".", "GetMol", "(", ")" ]

[ "Convert", "molecule", "to", "RDMol" ]

[ "def", "check_plugin", "(", "self", ",", "plugin", ")", ":", "vcf_section", "=", "self", "[", "plugin", "]", "try", ":", "vcf_field", "=", "vcf_section", "[", "'field'", "]", "if", "not", "vcf_field", "in", "self", ".", "vcf_columns", ":", "raise", "ValidateError", "(", "\"field has to be in {0}\\n\"", "\"Wrong field name in plugin: {1}\"", ".", "format", "(", "self", ".", "vcf_columns", ",", "plugin", ")", ")", "if", "vcf_field", "==", "'INFO'", ":", "try", ":", "info_key", "=", "vcf_section", "[", "'info_key'", "]", "if", "info_key", "==", "'CSQ'", ":", "try", ":", "csq_key", "=", "vcf_section", "[", "'csq_key'", "]", "except", "KeyError", ":", "raise", "ValidateError", "(", "\"CSQ entrys has to refer to an csq field.\\n\"", "\"Refer with keyword 'csq_key'\\n\"", "\"csq_key is missing in section: {0}\"", ".", "format", "(", "plugin", ")", ")", "except", "KeyError", ":", "raise", "ValidateError", "(", "\"INFO entrys has to refer to an INFO field.\\n\"", "\"Refer with keyword 'info_key'\\n\"", "\"info_key is missing in section: {0}\"", ".", "format", "(", "plugin", ")", ")", "except", "KeyError", ":", "raise", "ValidateError", "(", "\"Vcf entrys have to refer to a field in the VCF with keyword\"", "\" 'field'.\\nMissing keyword 'field' in plugin: {0}\"", ".", "format", "(", "plugin", ")", ")", "try", ":", "data_type", "=", "vcf_section", "[", "'data_type'", "]", "if", "not", "data_type", "in", "self", ".", "data_types", ":", "raise", "ValidateError", "(", "\"data_type has to be in {0}\\n\"", "\"Wrong data_type in plugin: {1}\"", ".", "format", "(", "self", ".", "data_types", ",", "plugin", ")", ")", "except", "KeyError", ":", "raise", "ValidateError", "(", "\"Vcf entrys have to refer to a data type in the VCF with \"", "\"keyword 'data_type'.\\n\"", "\"Missing data_type in plugin: {0}\"", ".", "format", "(", "plugin", ")", ")", "separators", "=", "vcf_section", ".", "get", "(", "'separators'", ",", "None", ")", "if", "separators", ":", "if", "len", "(", "separators", ")", "==", "1", ":", "self", "[", "plugin", "]", "[", "'separators'", "]", "=", "list", "(", "separators", ")", "else", ":", "if", "data_type", "!=", "'flag'", ":", "raise", "ValidateError", "(", "\"If data_type != flag the separators have to be defined\"", "\"Missing separators in plugin: {0}\"", ".", "format", "(", "plugin", ")", ")", "record_rule", "=", "vcf_section", ".", "get", "(", "'record_rule'", ",", "None", ")", "if", "record_rule", ":", "if", "not", "record_rule", "in", "[", "'min'", ",", "'max'", "]", ":", "raise", "ValidateError", "(", "\"Record rules have to be in {0}\\n\"", "\"Wrong record_rule in plugin: {1}\"", ".", "format", "(", "[", "'min'", ",", "'max'", "]", ",", "plugin", ")", ")", "else", ":", "self", ".", "logger", ".", "info", "(", "\"Setting record rule to default: 'max'\"", ")", "return", "True" ]

[ "Check", "if", "the", "section", "is", "in", "the", "proper", "format", "vcf", "format", "." ]

[ "def", "get_all_resources", "(", "datasets", ")", ":", "# type: (List['Dataset']) -> List[hdx.data.resource.Resource]", "resources", "=", "[", "]", "for", "dataset", "in", "datasets", ":", "for", "resource", "in", "dataset", ".", "get_resources", "(", ")", ":", "resources", ".", "append", "(", "resource", ")", "return", "resources" ]

[ "Get", "all", "resources", "from", "a", "list", "of", "datasets", "(", "such", "as", "returned", "by", "search", ")" ]

[ "def", "addRecord", "(", "self", ",", "record", ")", ":", "label_mapper", "=", "self", ".", "labelMapper", "(", ")", "icon_mapper", "=", "self", ".", "iconMapper", "(", ")", "self", ".", "addItem", "(", "label_mapper", "(", "record", ")", ")", "self", ".", "setItemData", "(", "self", ".", "count", "(", ")", "-", "1", ",", "wrapVariant", "(", "record", ")", ",", "Qt", ".", "UserRole", ")", "# load icon\r", "if", "icon_mapper", ":", "self", ".", "setItemIcon", "(", "self", ".", "count", "(", ")", "-", "1", ",", "icon_mapper", "(", "record", ")", ")", "if", "self", ".", "showTreePopup", "(", ")", ":", "XOrbRecordItem", "(", "self", ".", "treePopupWidget", "(", ")", ",", "record", ")" ]

[ "Adds", "the", "given", "record", "to", "the", "system", ".", ":", "param", "record", "|", "<str", ">" ]

[ "def", "list_facts", "(", "self", ",", "pk", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "res", "=", "self", ".", "get", "(", "pk", "=", "pk", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "url", "=", "self", ".", "endpoint", "+", "'%d/%s/'", "%", "(", "res", "[", "'id'", "]", ",", "'ansible_facts'", ")", "return", "client", ".", "get", "(", "url", ",", "params", "=", "{", "}", ")", ".", "json", "(", ")" ]

[ "Return", "a", "JSON", "object", "of", "all", "available", "facts", "of", "the", "given", "host", "." ]

[ "def", "centroid", "(", "self", ")", ":", "left", ",", "bottom", ",", "right", ",", "top", "=", "self", ".", "lbrt", "(", ")", "return", "(", "right", "+", "left", ")", "/", "2.0", ",", "(", "top", "+", "bottom", ")", "/", "2.0" ]

[ "Return", "the", "centroid", "of", "the", "rectangle", "." ]

[ "def", "getThirdPartyLibCmakeFlags", "(", "self", ",", "libs", ")", ":", "fmt", "=", "PrintingFormat", ".", "singleLine", "(", ")", "if", "libs", "[", "0", "]", "==", "'--multiline'", ":", "fmt", "=", "PrintingFormat", ".", "multiLine", "(", ")", "libs", "=", "libs", "[", "1", ":", "]", "platformDefaults", "=", "True", "if", "libs", "[", "0", "]", "==", "'--nodefaults'", ":", "platformDefaults", "=", "False", "libs", "=", "libs", "[", "1", ":", "]", "details", "=", "self", ".", "getThirdpartyLibs", "(", "libs", ",", "includePlatformDefaults", "=", "platformDefaults", ")", "CMakeCustomFlags", ".", "processLibraryDetails", "(", "details", ")", "return", "details", ".", "getCMakeFlags", "(", "self", ".", "getEngineRoot", "(", ")", ",", "fmt", ")" ]

[ "Retrieves", "the", "CMake", "invocation", "flags", "for", "building", "against", "the", "Unreal", "-", "bundled", "versions", "of", "the", "specified", "third", "-", "party", "libraries" ]

[ "def", "make_plotters", "(", "self", ")", ":", "plotters", ",", "y", "=", "{", "}", ",", "0", "for", "var_name", "in", "self", ".", "var_names", ":", "plotters", "[", "var_name", "]", "=", "VarHandler", "(", "var_name", ",", "self", ".", "data", ",", "y", ",", "model_names", "=", "self", ".", "model_names", ",", "combined", "=", "self", ".", "combined", ",", "colors", "=", "self", ".", "colors", ",", ")", "y", "=", "plotters", "[", "var_name", "]", ".", "y_max", "(", ")", "return", "plotters" ]

[ "Initialize", "an", "object", "for", "each", "variable", "to", "be", "plotted", "." ]

[ "def", "convert_mfdist", "(", "self", ",", "node", ")", ":", "with", "context", "(", "self", ".", "fname", ",", "node", ")", ":", "[", "mfd_node", "]", "=", "[", "subnode", "for", "subnode", "in", "node", "if", "subnode", ".", "tag", ".", "endswith", "(", "(", "'incrementalMFD'", ",", "'truncGutenbergRichterMFD'", ",", "'arbitraryMFD'", ",", "'YoungsCoppersmithMFD'", ",", "'multiMFD'", ")", ")", "]", "if", "mfd_node", ".", "tag", ".", "endswith", "(", "'incrementalMFD'", ")", ":", "return", "mfd", ".", "EvenlyDiscretizedMFD", "(", "min_mag", "=", "mfd_node", "[", "'minMag'", "]", ",", "bin_width", "=", "mfd_node", "[", "'binWidth'", "]", ",", "occurrence_rates", "=", "~", "mfd_node", ".", "occurRates", ")", "elif", "mfd_node", ".", "tag", ".", "endswith", "(", "'truncGutenbergRichterMFD'", ")", ":", "return", "mfd", ".", "TruncatedGRMFD", "(", "a_val", "=", "mfd_node", "[", "'aValue'", "]", ",", "b_val", "=", "mfd_node", "[", "'bValue'", "]", ",", "min_mag", "=", "mfd_node", "[", "'minMag'", "]", ",", "max_mag", "=", "mfd_node", "[", "'maxMag'", "]", ",", "bin_width", "=", "self", ".", "width_of_mfd_bin", ")", "elif", "mfd_node", ".", "tag", ".", "endswith", "(", "'arbitraryMFD'", ")", ":", "return", "mfd", ".", "ArbitraryMFD", "(", "magnitudes", "=", "~", "mfd_node", ".", "magnitudes", ",", "occurrence_rates", "=", "~", "mfd_node", ".", "occurRates", ")", "elif", "mfd_node", ".", "tag", ".", "endswith", "(", "'YoungsCoppersmithMFD'", ")", ":", "if", "\"totalMomentRate\"", "in", "mfd_node", ".", "attrib", ".", "keys", "(", ")", ":", "# Return Youngs & Coppersmith from the total moment rate", "return", "mfd", ".", "YoungsCoppersmith1985MFD", ".", "from_total_moment_rate", "(", "min_mag", "=", "mfd_node", "[", "\"minMag\"", "]", ",", "b_val", "=", "mfd_node", "[", "\"bValue\"", "]", ",", "char_mag", "=", "mfd_node", "[", "\"characteristicMag\"", "]", ",", "total_moment_rate", "=", "mfd_node", "[", "\"totalMomentRate\"", "]", ",", "bin_width", "=", "mfd_node", "[", "\"binWidth\"", "]", ")", "elif", "\"characteristicRate\"", "in", "mfd_node", ".", "attrib", ".", "keys", "(", ")", ":", "# Return Youngs & Coppersmith from the total moment rate", "return", "mfd", ".", "YoungsCoppersmith1985MFD", ".", "from_characteristic_rate", "(", "min_mag", "=", "mfd_node", "[", "\"minMag\"", "]", ",", "b_val", "=", "mfd_node", "[", "\"bValue\"", "]", ",", "char_mag", "=", "mfd_node", "[", "\"characteristicMag\"", "]", ",", "char_rate", "=", "mfd_node", "[", "\"characteristicRate\"", "]", ",", "bin_width", "=", "mfd_node", "[", "\"binWidth\"", "]", ")", "elif", "mfd_node", ".", "tag", ".", "endswith", "(", "'multiMFD'", ")", ":", "return", "mfd", ".", "multi_mfd", ".", "MultiMFD", ".", "from_node", "(", "mfd_node", ",", "self", ".", "width_of_mfd_bin", ")" ]

[ "Convert", "the", "given", "node", "into", "a", "Magnitude", "-", "Frequency", "Distribution", "object", "." ]

[ "def", "matrix_iter", "(", "matrix", ",", "version", ",", "scale", "=", "1", ",", "border", "=", "None", ")", ":", "check_valid_border", "(", "border", ")", "scale", "=", "int", "(", "scale", ")", "check_valid_scale", "(", "scale", ")", "border", "=", "get_border", "(", "version", ",", "border", ")", "width", ",", "height", "=", "get_symbol_size", "(", "version", ",", "scale", "=", "1", ",", "border", "=", "0", ")", "def", "get_bit", "(", "i", ",", "j", ")", ":", "return", "0x1", "if", "(", "0", "<=", "i", "<", "height", "and", "0", "<=", "j", "<", "width", "and", "matrix", "[", "i", "]", "[", "j", "]", ")", "else", "0x0", "for", "i", "in", "range", "(", "-", "border", ",", "height", "+", "border", ")", ":", "for", "s", "in", "range", "(", "scale", ")", ":", "yield", "chain", ".", "from_iterable", "(", "(", "[", "get_bit", "(", "i", ",", "j", ")", "]", "*", "scale", "for", "j", "in", "range", "(", "-", "border", ",", "width", "+", "border", ")", ")", ")" ]

[ "\\", "Returns", "an", "iterator", "/", "generator", "over", "the", "provided", "matrix", "which", "includes", "the", "border", "and", "the", "scaling", "factor", "." ]

[ "def", "_clear", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "_plain_image", "=", "[", "\" \"", "*", "self", ".", "_width", "for", "_", "in", "range", "(", "self", ".", "_height", ")", "]", "self", ".", "_colour_map", "=", "[", "[", "(", "None", ",", "0", ",", "0", ")", "for", "_", "in", "range", "(", "self", ".", "_width", ")", "]", "for", "_", "in", "range", "(", "self", ".", "_height", ")", "]" ]

[ "Clear", "the", "current", "image", "." ]

[ "def", "clean_chars", "(", "value", ")", ":", "value", "=", "value", ".", "replace", "(", "'\\xb9'", ",", "' '", ")", "value", "=", "value", ".", "replace", "(", "'\\xf8'", ",", "' '", ")", "value", "=", "value", ".", "replace", "(", "'\\xab'", ",", "' '", ")", "value", "=", "value", ".", "replace", "(", "'\\xa7'", ",", "' '", ")", "value", "=", "value", ".", "replace", "(", "'\\xa8'", ",", "' '", ")", "value", "=", "value", ".", "replace", "(", "'\\xfb'", ",", "' '", ")", "value", "=", "value", ".", "replace", "(", "'\\xfc'", ",", "' '", ")", "return", "value" ]

[ "Hack", "to", "remove", "non", "-", "ASCII", "data", ".", "Should", "convert", "to", "Unicode", ":", "code", "page", "437?" ]

[ "def", "_crawl_elsevier_and_find_issue_xml", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "_found_issues", "=", "[", "]", "if", "not", "self", ".", "path", "and", "not", "self", ".", "package_name", ":", "for", "issue", "in", "self", ".", "conn", ".", "_get_issues", "(", ")", ":", "dirname", "=", "issue", ".", "rstrip", "(", "'/issue.xml'", ")", "try", ":", "self", ".", "_normalize_issue_dir_with_dtd", "(", "dirname", ")", "self", ".", "_found_issues", ".", "append", "(", "dirname", ")", "except", "Exception", "as", "err", ":", "register_exception", "(", ")", "print", "(", "\"ERROR: can't normalize %s: %s\"", "%", "(", "dirname", ",", "err", ")", ")", "else", ":", "def", "visit", "(", "dummy", ",", "dirname", ",", "names", ")", ":", "if", "\"issue.xml\"", "in", "names", ":", "try", ":", "self", ".", "_normalize_issue_dir_with_dtd", "(", "dirname", ")", "self", ".", "_found_issues", ".", "append", "(", "dirname", ")", "except", "Exception", "as", "err", ":", "register_exception", "(", ")", "print", "(", "\"ERROR: can't normalize %s: %s\"", "%", "(", "dirname", ",", "err", ")", ")", "walk", "(", "self", ".", "path", ",", "visit", ",", "None", ")" ]

[ "Information", "about", "the", "current", "volume", "issue", "etc", ".", "is", "available", "in", "a", "file", "called", "issue", ".", "xml", "that", "is", "available", "in", "a", "higher", "directory", "." ]

[ "def", "MessageToJson", "(", "message", ",", "including_default_value_fields", "=", "False", ")", ":", "js", "=", "_MessageToJsonObject", "(", "message", ",", "including_default_value_fields", ")", "return", "json", ".", "dumps", "(", "js", ",", "indent", "=", "2", ")" ]

[ "Converts", "protobuf", "message", "to", "JSON", "format", "." ]

[ "def", "compile_protos", "(", ")", ":", "# If there's no makefile, we're likely installing from an sdist,", "# so there's no need to compile the protos (they should be already", "# compiled).", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "THIS_DIRECTORY", ",", "\"makefile.py\"", ")", ")", ":", "return", "# Only compile protobufs if we're inside GRR source tree.", "subprocess", ".", "check_call", "(", "[", "\"python\"", ",", "\"makefile.py\"", ",", "\"--clean\"", "]", ",", "cwd", "=", "THIS_DIRECTORY", ")" ]

[ "Builds", "necessary", "assets", "from", "sources", "." ]

[ "def", "dispatch", "(", "self", ",", "message", ":", "Message", ")", "->", "Iterator", "[", "Any", "]", ":", "if", "\"text\"", "in", "message", ":", "text", "=", "message", "[", "\"text\"", "]", "or", "\"\"", "elif", "\"message\"", "in", "message", ":", "text", "=", "message", "[", "\"message\"", "]", ".", "get", "(", "\"text\"", ",", "\"\"", ")", "else", ":", "text", "=", "\"\"", "msg_subtype", "=", "message", ".", "get", "(", "\"subtype\"", ")", "for", "subtype", ",", "matchs", "in", "itertools", ".", "chain", "(", "self", ".", "_routes", "[", "message", "[", "\"channel\"", "]", "]", ".", "items", "(", ")", ",", "self", ".", "_routes", "[", "\"*\"", "]", ".", "items", "(", ")", ")", ":", "if", "msg_subtype", "==", "subtype", "or", "subtype", "is", "None", ":", "for", "match", ",", "endpoints", "in", "matchs", ".", "items", "(", ")", ":", "if", "match", ".", "search", "(", "text", ")", ":", "yield", "from", "endpoints" ]

[ "Yields", "handlers", "matching", "the", "routing", "of", "the", "incoming", ":", "class", ":", "slack", ".", "events", ".", "Message" ]

[ "def", "periodic_distance", "(", "a", ",", "b", ",", "periodic", ")", ":", "delta", "=", "np", ".", "abs", "(", "a", "-", "b", ")", "delta", "=", "np", ".", "where", "(", "delta", ">", "0.5", "*", "periodic", ",", "periodic", "-", "delta", ",", "delta", ")", "return", "np", ".", "sqrt", "(", "(", "delta", "**", "2", ")", ".", "sum", "(", "axis", "=", "-", "1", ")", ")" ]

[ "Periodic", "distance", "between", "two", "arrays", ".", "Periodic", "is", "a", "3", "dimensional", "array", "containing", "the", "3", "box", "sizes", "." ]

[ "def", "outlineColor", "(", "self", ",", "value", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "value", ",", "(", "list", ",", "Color", ")", ")", ":", "if", "value", "is", "list", ":", "self", ".", "_outlineColor", "=", "value", "else", ":", "self", ".", "_outlineColor", "=", "value", ".", "asList" ]

[ "sets", "the", "outline", "color" ]

[ "def", "get_max_size", "(", "pool", ",", "num_option", ",", "item_length", ")", ":", "max_items", "=", "POOL_SIZE", "/", "item_length", "# existing items plus the reserved for min size. If there is an option has 1 item, POOL_OPTION_MIN_SIZE - 1 space", "# is reserved.", "existing", "=", "POOL_OPTION_MIN_SIZE", "*", "num_option", "+", "sum", "(", "[", "max", "(", "0", ",", "len", "(", "pool", ".", "get", "(", "i", ",", "{", "}", ")", ")", "-", "5", ")", "for", "i", "in", "xrange", "(", "num_option", ")", "]", ")", "return", "int", "(", "max_items", "-", "existing", ")" ]

[ "Calculate", "the", "max", "number", "of", "item", "that", "an", "option", "can", "stored", "in", "the", "pool", "at", "give", "time", "." ]