Datasets:

---

kejian

/

codesearchnet-python-raw

like 1

[ "def", "skip", "(", "self", ")", ":", "buflen", "=", "len", "(", "self", ".", "buf", ")", "while", "True", ":", "self", ".", "buf", "=", "self", ".", "buf", ".", "lstrip", "(", ")", "if", "self", ".", "buf", "==", "''", ":", "self", ".", "readline", "(", ")", "buflen", "=", "len", "(", "self", ".", "buf", ")", "else", ":", "self", ".", "offset", "+=", "(", "buflen", "-", "len", "(", "self", ".", "buf", ")", ")", "break", "# do not keep comments in the syntax tree", "if", "not", "self", ".", "keep_comments", ":", "# skip line comment", "if", "self", ".", "buf", "[", "0", "]", "==", "'/'", ":", "if", "self", ".", "buf", "[", "1", "]", "==", "'/'", ":", "self", ".", "readline", "(", ")", "return", "self", ".", "skip", "(", ")", "# skip block comment", "elif", "self", ".", "buf", "[", "1", "]", "==", "'*'", ":", "i", "=", "self", ".", "buf", ".", "find", "(", "'*/'", ")", "while", "i", "==", "-", "1", ":", "self", ".", "readline", "(", ")", "i", "=", "self", ".", "buf", ".", "find", "(", "'*/'", ")", "self", ".", "set_buf", "(", "i", "+", "2", ")", "return", "self", ".", "skip", "(", ")" ]

[ "Skip", "whitespace", "and", "count", "position" ]

[ "def", "__make_fn", "(", "self", ")", ":", "s", "=", "[", "]", "if", "self", ".", "n", ".", "prefix", ":", "s", ".", "append", "(", "self", ".", "n", ".", "prefix", ")", "if", "self", ".", "n", ".", "given", ":", "s", ".", "append", "(", "self", ".", "n", ".", "given", ")", "if", "self", ".", "n", ".", "middle", ":", "s", ".", "append", "(", "self", ".", "n", ".", "middle", ")", "if", "self", ".", "n", ".", "family", ":", "s", ".", "append", "(", "self", ".", "n", ".", "family", ")", "if", "self", ".", "n", ".", "suffix", ":", "s", ".", "append", "(", "self", ".", "n", ".", "suffix", ")", "s", "=", "u\" \"", ".", "join", "(", "s", ")", "self", ".", "content", "[", "\"FN\"", "]", "=", "VCardString", "(", "\"FN\"", ",", "s", ",", "empty_ok", "=", "True", ")" ]

[ "Initialize", "the", "mandatory", "self", ".", "fn", "from", "self", ".", "n", "." ]

[ "def", "spectrum", "(", "self", ",", "ref", "=", "None", ",", "segmentLengthMultiplier", "=", "1", ",", "mode", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "def", "analysisFunc", "(", "x", ",", "nperseg", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "f", ",", "Pxx_spec", "=", "signal", ".", "welch", "(", "self", ".", "samples", ",", "self", ".", "fs", ",", "nperseg", "=", "nperseg", ",", "scaling", "=", "'spectrum'", ",", "detrend", "=", "False", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "Pxx_spec", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "Pxx_spec", ")", "# it seems a 3dB adjustment is required to account for the change in nperseg", "if", "x", ">", "0", ":", "Pxx_spec", "=", "Pxx_spec", "/", "(", "10", "**", "(", "(", "3", "*", "x", ")", "/", "20", ")", ")", "if", "ref", "is", "not", "None", ":", "Pxx_spec", "=", "librosa", ".", "amplitude_to_db", "(", "Pxx_spec", ",", "ref", ")", "return", "f", ",", "Pxx_spec", "if", "mode", "==", "'cq'", ":", "return", "self", ".", "_cq", "(", "analysisFunc", ",", "segmentLengthMultiplier", ")", "else", ":", "return", "analysisFunc", "(", "0", ",", "self", ".", "getSegmentLength", "(", ")", "*", "segmentLengthMultiplier", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "analyses", "the", "source", "to", "generate", "the", "linear", "spectrum", ".", ":", "param", "ref", ":", "the", "reference", "value", "for", "dB", "purposes", ".", ":", "param", "segmentLengthMultiplier", ":", "allow", "for", "increased", "resolution", ".", ":", "param", "mode", ":", "cq", "or", "none", ".", ":", "return", ":", "f", ":", "ndarray", "Array", "of", "sample", "frequencies", ".", "Pxx", ":", "ndarray", "linear", "spectrum", "." ]

[ "def", "move", "(", "src", ",", "dest", ",", "user", "=", "None", ")", ":", "src_host", ",", "src_port", ",", "src_path", "=", "path", ".", "split", "(", "src", ",", "user", ")", "dest_host", ",", "dest_port", ",", "dest_path", "=", "path", ".", "split", "(", "dest", ",", "user", ")", "src_fs", "=", "hdfs", "(", "src_host", ",", "src_port", ",", "user", ")", "dest_fs", "=", "hdfs", "(", "dest_host", ",", "dest_port", ",", "user", ")", "try", ":", "retval", "=", "src_fs", ".", "move", "(", "src_path", ",", "dest_fs", ",", "dest_path", ")", "return", "retval", "finally", ":", "src_fs", ".", "close", "(", ")", "dest_fs", ".", "close", "(", ")" ]

[ "Move", "or", "rename", "src", "to", "dest", "." ]

[ "def", "status", "(", "name", ",", "sig", "=", "None", ")", ":", "proxy_fn", "=", "'rest_sample.service_status'", "contains_globbing", "=", "bool", "(", "re", ".", "search", "(", "r'\\*|\\?|\\[.+\\]'", ",", "name", ")", ")", "if", "contains_globbing", ":", "services", "=", "fnmatch", ".", "filter", "(", "get_all", "(", ")", ",", "name", ")", "else", ":", "services", "=", "[", "name", "]", "results", "=", "{", "}", "for", "service", "in", "services", ":", "resp", "=", "__proxy__", "[", "proxy_fn", "]", "(", "service", ")", "if", "resp", "[", "'comment'", "]", "==", "'running'", ":", "results", "[", "service", "]", "=", "True", "else", ":", "results", "[", "service", "]", "=", "False", "if", "contains_globbing", ":", "return", "results", "return", "results", "[", "name", "]" ]

[ "Return", "the", "status", "for", "a", "service", "via", "rest_sample", ".", "If", "the", "name", "contains", "globbing", "a", "dict", "mapping", "service", "name", "to", "True", "/", "False", "values", "is", "returned", "." ]

[ "def", "get_stats_participation", "(", "self", ")", ":", "headers", ",", "data", "=", "self", ".", "_requester", ".", "requestJsonAndCheck", "(", "\"GET\"", ",", "self", ".", "url", "+", "\"/stats/participation\"", ")", "if", "not", "data", ":", "return", "None", "else", ":", "return", "github", ".", "StatsParticipation", ".", "StatsParticipation", "(", "self", ".", "_requester", ",", "headers", ",", "data", ",", "completed", "=", "True", ")" ]

[ ":", "calls", ":", "GET", "/", "repos", "/", ":", "owner", "/", ":", "repo", "/", "stats", "/", "participation", "<http", ":", "//", "developer", ".", "github", ".", "com", "/", "v3", "/", "repos", "/", "statistics", "/", "#get", "-", "the", "-", "weekly", "-", "commit", "-", "count", "-", "for", "-", "the", "-", "repo", "-", "owner", "-", "and", "-", "everyone", "-", "else", ">", "_", ":", "rtype", ":", "None", "or", ":", "class", ":", "github", ".", "StatsParticipation", ".", "StatsParticipation" ]

[ "def", "_temporary_file", "(", "self", ",", "delete", ")", ":", "file", "=", "NamedTemporaryFile", "(", "\"w+\"", ",", "delete", "=", "delete", ",", "encoding", "=", "self", ".", "__encoding", ")", "self", ".", "_file", "(", "file", ")", "return", "file" ]

[ ":", "return", ":", "a", "temporary", "file", "where", "the", "content", "is", "dumped", "to", "." ]

[ "def", "get_translations", "(", "self", ",", "locale", ")", ":", "locale", "=", "self", ".", "normalize_locale", "(", "locale", ")", "if", "locale", "in", "self", ".", "translations", ":", "return", "self", ".", "translations", "[", "locale", "]", "translations", "=", "{", "}", "for", "path", "in", "self", ".", "dirs", ":", "file", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "path", ",", "'{}.py'", ".", "format", "(", "locale", ")", ")", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "file", ")", ":", "continue", "loader", "=", "SourceFileLoader", "(", "locale", ",", "file", ")", "locale_dict", "=", "loader", ".", "load_module", "(", ")", "if", "not", "hasattr", "(", "locale_dict", ",", "'translations'", ")", ":", "continue", "language", "=", "getattr", "(", "locale_dict", ",", "'translations'", ")", "if", "translations", ":", "translations", "=", "language", "else", ":", "merged", "=", "dict", "(", "translations", ".", "items", "(", ")", "|", "language", ".", "items", "(", ")", ")", "translations", "=", "merged", "if", "translations", ":", "self", ".", "translations", "[", "locale", "]", "=", "translations", "return", "translations", "err", "=", "'No translations found for locale [{}]'", "raise", "NoTranslations", "(", "err", ".", "format", "(", "locale", ")", ")" ]

[ "Get", "translation", "dictionary", "Returns", "a", "dictionary", "for", "locale", "or", "raises", "an", "exception", "if", "such", "can", "t", "be", "located", ".", "If", "a", "dictionary", "for", "locale", "was", "previously", "loaded", "returns", "that", "otherwise", "goes", "through", "registered", "locations", "and", "merges", "any", "found", "custom", "dictionaries", "with", "defaults", "." ]

[ "def", "setnode", "(", "delta", ",", "graph", ",", "node", ",", "exists", ")", ":", "delta", ".", "setdefault", "(", "graph", ",", "{", "}", ")", ".", "setdefault", "(", "'nodes'", ",", "{", "}", ")", "[", "node", "]", "=", "bool", "(", "exists", ")" ]

[ "Change", "a", "delta", "to", "say", "that", "a", "node", "was", "created", "or", "deleted" ]

[ "def", "halogen", "(", "acceptor", ",", "donor", ")", ":", "data", "=", "namedtuple", "(", "'halogenbond'", ",", "'acc acc_orig_idx don don_orig_idx distance don_angle acc_angle restype '", "'resnr reschain restype_l resnr_l reschain_l donortype acctype sidechain'", ")", "pairings", "=", "[", "]", "for", "acc", ",", "don", "in", "itertools", ".", "product", "(", "acceptor", ",", "donor", ")", ":", "dist", "=", "euclidean3d", "(", "acc", ".", "o", ".", "coords", ",", "don", ".", "x", ".", "coords", ")", "if", "not", "config", ".", "MIN_DIST", "<", "dist", "<", "config", ".", "HALOGEN_DIST_MAX", ":", "continue", "vec1", ",", "vec2", "=", "vector", "(", "acc", ".", "o", ".", "coords", ",", "acc", ".", "y", ".", "coords", ")", ",", "vector", "(", "acc", ".", "o", ".", "coords", ",", "don", ".", "x", ".", "coords", ")", "vec3", ",", "vec4", "=", "vector", "(", "don", ".", "x", ".", "coords", ",", "acc", ".", "o", ".", "coords", ")", ",", "vector", "(", "don", ".", "x", ".", "coords", ",", "don", ".", "c", ".", "coords", ")", "acc_angle", ",", "don_angle", "=", "vecangle", "(", "vec1", ",", "vec2", ")", ",", "vecangle", "(", "vec3", ",", "vec4", ")", "is_sidechain_hal", "=", "acc", ".", "o", ".", "OBAtom", ".", "GetResidue", "(", ")", ".", "GetAtomProperty", "(", "acc", ".", "o", ".", "OBAtom", ",", "8", ")", "# Check if sidechain atom", "if", "not", "config", ".", "HALOGEN_ACC_ANGLE", "-", "config", ".", "HALOGEN_ANGLE_DEV", "<", "acc_angle", "<", "config", ".", "HALOGEN_ACC_ANGLE", "+", "config", ".", "HALOGEN_ANGLE_DEV", ":", "continue", "if", "not", "config", ".", "HALOGEN_DON_ANGLE", "-", "config", ".", "HALOGEN_ANGLE_DEV", "<", "don_angle", "<", "config", ".", "HALOGEN_DON_ANGLE", "+", "config", ".", "HALOGEN_ANGLE_DEV", ":", "continue", "restype", ",", "reschain", ",", "resnr", "=", "whichrestype", "(", "acc", ".", "o", ")", ",", "whichchain", "(", "acc", ".", "o", ")", ",", "whichresnumber", "(", "acc", ".", "o", ")", "restype_l", ",", "reschain_l", ",", "resnr_l", "=", "whichrestype", "(", "don", ".", "orig_x", ")", ",", "whichchain", "(", "don", ".", "orig_x", ")", ",", "whichresnumber", "(", "don", ".", "orig_x", ")", "contact", "=", "data", "(", "acc", "=", "acc", ",", "acc_orig_idx", "=", "acc", ".", "o_orig_idx", ",", "don", "=", "don", ",", "don_orig_idx", "=", "don", ".", "x_orig_idx", ",", "distance", "=", "dist", ",", "don_angle", "=", "don_angle", ",", "acc_angle", "=", "acc_angle", ",", "restype", "=", "restype", ",", "resnr", "=", "resnr", ",", "reschain", "=", "reschain", ",", "restype_l", "=", "restype_l", ",", "reschain_l", "=", "reschain_l", ",", "resnr_l", "=", "resnr_l", ",", "donortype", "=", "don", ".", "x", ".", "OBAtom", ".", "GetType", "(", ")", ",", "acctype", "=", "acc", ".", "o", ".", "type", ",", "sidechain", "=", "is_sidechain_hal", ")", "pairings", ".", "append", "(", "contact", ")", "return", "filter_contacts", "(", "pairings", ")" ]

[ "Detect", "all", "halogen", "bonds", "of", "the", "type", "Y", "-", "O", "...", "X", "-", "C" ]

[ "def", "summary", "(", "self", ")", ":", "path", "=", "urijoin", "(", "CRATES_API_URL", ",", "CATEGORY_SUMMARY", ")", "raw_content", "=", "self", ".", "fetch", "(", "path", ")", "return", "raw_content" ]

[ "Get", "Crates", ".", "io", "summary" ]

[ "def", "get_objective_requisite_session", "(", "self", ",", "proxy", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "supports_objective_requisite", "(", ")", ":", "raise", "errors", ".", "Unimplemented", "(", ")", "# pylint: disable=no-member", "return", "sessions", ".", "ObjectiveRequisiteSession", "(", "proxy", "=", "proxy", ",", "runtime", "=", "self", ".", "_runtime", ")" ]

[ "Gets", "the", "session", "for", "examining", "objective", "requisites", "." ]

[ "def", "query_metric_definitions", "(", "self", ",", "metric_type", "=", "None", ",", "id_filter", "=", "None", ",", "*", "*", "tags", ")", ":", "params", "=", "{", "}", "if", "id_filter", "is", "not", "None", ":", "params", "[", "'id'", "]", "=", "id_filter", "if", "metric_type", "is", "not", "None", ":", "params", "[", "'type'", "]", "=", "MetricType", ".", "short", "(", "metric_type", ")", "if", "len", "(", "tags", ")", ">", "0", ":", "params", "[", "'tags'", "]", "=", "self", ".", "_transform_tags", "(", "*", "*", "tags", ")", "return", "self", ".", "_get", "(", "self", ".", "_get_url", "(", ")", ",", "*", "*", "params", ")" ]

[ "Query", "available", "metric", "definitions", "." ]

[ "def", "_defaults", "(", "self", ",", "keys", "=", "None", ")", ":", "d", "=", "{", "}", "keys", "=", "self", ".", "_keys", "if", "keys", "is", "None", "else", "keys", "for", "key", "in", "keys", ":", "d", "[", "key", "]", "=", "None", "return", "d" ]

[ "create", "an", "empty", "record" ]

[ "def", "flip", "(", "self", ")", ":", "left", "=", "self", ".", "left", ".", "_replace", "(", "red", "=", "not", "self", ".", "left", ".", "red", ")", "right", "=", "self", ".", "right", ".", "_replace", "(", "red", "=", "not", "self", ".", "right", ".", "red", ")", "top", "=", "self", ".", "_replace", "(", "left", "=", "left", ",", "right", "=", "right", ",", "red", "=", "not", "self", ".", "red", ")", "return", "top" ]

[ "Flip", "colors", "of", "a", "node", "and", "its", "children", "." ]

[ "def", "unlock", "(", "self", ")", ":", "component", "=", "self", ".", "component", "while", "True", ":", "if", "isinstance", "(", "component", ",", "smartcard", ".", "pcsc", ".", "PCSCCardConnection", ".", "PCSCCardConnection", ")", ":", "hresult", "=", "SCardEndTransaction", "(", "component", ".", "hcard", ",", "SCARD_LEAVE_CARD", ")", "if", "0", "!=", "hresult", ":", "raise", "CardConnectionException", "(", "'Failed to unlock with SCardEndTransaction: '", "+", "SCardGetErrorMessage", "(", "hresult", ")", ")", "else", ":", "# print('unlocked')", "pass", "break", "if", "hasattr", "(", "component", ",", "'component'", ")", ":", "component", "=", "component", ".", "component", "else", ":", "break" ]

[ "Unlock", "card", "with", "SCardEndTransaction", "." ]

[ "def", "save", "(", "self", ")", ":", "if", "(", "self", ".", "_new", "or", "(", "self", ".", "_validID", "(", ")", "and", "self", ".", "_changed", ")", "or", "(", "self", ".", "_updated", "and", "self", ".", "_changed", ">", "self", ".", "_updated", ")", ")", ":", "# Don't save if we have not loaded existing data!", "self", ".", "_saveDB", "(", ")", "return", "True", "return", "False" ]

[ "Save", "to", "database", "if", "anything", "has", "changed", "since", "last", "load" ]

[ "def", "_getModuleMember", "(", "self", ",", "dotted_name", ",", "member", ")", ":", "try", ":", "mod", "=", "importlib", ".", "import_module", "(", "dotted_name", ")", "except", "ImportError", ":", "return", "None", "members", "=", "dict", "(", "inspect", ".", "getmembers", "(", "mod", ")", ")", "return", "members", ".", "get", "(", "member", ")" ]

[ "Get", "the", "member", "object", "of", "a", "module", "." ]

[ "def", "u2i", "(", "uint32", ")", ":", "mask", "=", "(", "2", "**", "32", ")", "-", "1", "if", "uint32", "&", "(", "1", "<<", "31", ")", ":", "v", "=", "uint32", "|", "~", "mask", "else", ":", "v", "=", "uint32", "&", "mask", "return", "v" ]

[ "Converts", "a", "32", "bit", "unsigned", "number", "to", "signed", "." ]

[ "def", "issue_funds", "(", "ctx", ",", "amount", "=", "'uint256'", ",", "rtgs_hash", "=", "'bytes32'", ",", "returns", "=", "STATUS", ")", ":", "# allocate new issue as result of a new cash entry", "ctx", ".", "accounts", "[", "ctx", ".", "msg_sender", "]", "+=", "amount", "ctx", ".", "issued_amounts", "[", "ctx", ".", "msg_sender", "]", "+=", "amount", "# Store hash(rtgs)", "ctx", ".", "Issuance", "(", "ctx", ".", "msg_sender", ",", "rtgs_hash", ",", "amount", ")", "return", "OK" ]

[ "In", "the", "IOU", "fungible", "the", "supply", "is", "set", "by", "Issuer", "who", "issue", "funds", "." ]

[ "def", "send_image_message", "(", "self", ",", "user_id", ",", "media_id", ",", "kf_account", "=", "None", ")", ":", "data", "=", "{", "\"touser\"", ":", "user_id", ",", "\"msgtype\"", ":", "\"image\"", ",", "\"image\"", ":", "{", "\"media_id\"", ":", "media_id", "}", "}", "if", "kf_account", "is", "not", "None", ":", "data", "[", "'customservice'", "]", "=", "{", "'kf_account'", ":", "kf_account", "}", "return", "self", ".", "post", "(", "url", "=", "\"https://api.weixin.qq.com/cgi-bin/message/custom/send\"", ",", "data", "=", "data", ")" ]

[ "发送图片消息。" ]

[ "def", "setenv", "(", "name", ",", "value", ",", "false_unsets", "=", "False", ",", "clear_all", "=", "False", ",", "update_minion", "=", "False", ",", "permanent", "=", "False", ")", ":", "ret", "=", "{", "'name'", ":", "name", ",", "'changes'", ":", "{", "}", ",", "'result'", ":", "True", ",", "'comment'", ":", "''", "}", "environ", "=", "{", "}", "if", "isinstance", "(", "value", ",", "six", ".", "string_types", ")", "or", "value", "is", "False", ":", "environ", "[", "name", "]", "=", "value", "elif", "isinstance", "(", "value", ",", "dict", ")", ":", "environ", "=", "value", "else", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "False", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Environ value must be string, dict or False'", "return", "ret", "if", "clear_all", "is", "True", ":", "# Any keys not in 'environ' dict supplied by user will be unset", "to_unset", "=", "[", "key", "for", "key", "in", "os", ".", "environ", "if", "key", "not", "in", "environ", "]", "for", "key", "in", "to_unset", ":", "if", "false_unsets", "is", "not", "True", ":", "# This key value will change to ''", "ret", "[", "'changes'", "]", ".", "update", "(", "{", "key", ":", "''", "}", ")", "else", ":", "# We're going to delete the key", "ret", "[", "'changes'", "]", ".", "update", "(", "{", "key", ":", "None", "}", ")", "current_environ", "=", "dict", "(", "os", ".", "environ", ")", "already_set", "=", "[", "]", "for", "key", ",", "val", "in", "six", ".", "iteritems", "(", "environ", ")", ":", "if", "val", "is", "False", ":", "# We unset this key from the environment if", "# false_unsets is True. Otherwise we want to set", "# the value to ''", "def", "key_exists", "(", ")", ":", "if", "salt", ".", "utils", ".", "platform", ".", "is_windows", "(", ")", ":", "permanent_hive", "=", "'HKCU'", "permanent_key", "=", "'Environment'", "if", "permanent", "==", "'HKLM'", ":", "permanent_hive", "=", "'HKLM'", "permanent_key", "=", "r'SYSTEM\\CurrentControlSet\\Control\\Session Manager\\Environment'", "out", "=", "__utils__", "[", "'reg.read_value'", "]", "(", "permanent_hive", ",", "permanent_key", ",", "_norm_key", "(", "key", ")", ")", "return", "out", "[", "'success'", "]", "is", "True", "else", ":", "return", "False", "if", "current_environ", ".", "get", "(", "_norm_key", "(", "key", ")", ",", "None", ")", "is", "None", "and", "not", "key_exists", "(", ")", ":", "# The key does not exist in environment", "if", "false_unsets", "is", "not", "True", ":", "# This key will be added with value ''", "ret", "[", "'changes'", "]", ".", "update", "(", "{", "key", ":", "''", "}", ")", "else", ":", "# The key exists.", "if", "false_unsets", "is", "not", "True", ":", "# Check to see if the value will change", "if", "current_environ", ".", "get", "(", "_norm_key", "(", "key", ")", ",", "None", ")", "!=", "''", ":", "# This key value will change to ''", "ret", "[", "'changes'", "]", ".", "update", "(", "{", "key", ":", "''", "}", ")", "else", ":", "# We're going to delete the key", "ret", "[", "'changes'", "]", ".", "update", "(", "{", "key", ":", "None", "}", ")", "elif", "current_environ", ".", "get", "(", "_norm_key", "(", "key", ")", ",", "''", ")", "==", "val", ":", "already_set", ".", "append", "(", "key", ")", "else", ":", "ret", "[", "'changes'", "]", ".", "update", "(", "{", "key", ":", "val", "}", ")", "if", "__opts__", "[", "'test'", "]", ":", "if", "ret", "[", "'changes'", "]", ":", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Environ values will be changed'", "else", ":", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Environ values are already set with the correct values'", "return", "ret", "if", "ret", "[", "'changes'", "]", ":", "environ_ret", "=", "__salt__", "[", "'environ.setenv'", "]", "(", "environ", ",", "false_unsets", ",", "clear_all", ",", "update_minion", ",", "permanent", ")", "if", "not", "environ_ret", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "False", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Failed to set environ variables'", "return", "ret", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "True", "ret", "[", "'changes'", "]", "=", "environ_ret", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Environ values were set'", "else", ":", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Environ values were already set with the correct values'", "return", "ret" ]

[ "Set", "the", "salt", "process", "environment", "variables", "." ]

[ "def", "_row_from_frevent", "(", "frevent", ",", "columns", ",", "selection", ")", ":", "# read params", "params", "=", "dict", "(", "frevent", ".", "GetParam", "(", ")", ")", "params", "[", "'time'", "]", "=", "float", "(", "LIGOTimeGPS", "(", "*", "frevent", ".", "GetGTime", "(", ")", ")", ")", "params", "[", "'amplitude'", "]", "=", "frevent", ".", "GetAmplitude", "(", ")", "params", "[", "'probability'", "]", "=", "frevent", ".", "GetProbability", "(", ")", "params", "[", "'timeBefore'", "]", "=", "frevent", ".", "GetTimeBefore", "(", ")", "params", "[", "'timeAfter'", "]", "=", "frevent", ".", "GetTimeAfter", "(", ")", "params", "[", "'comment'", "]", "=", "frevent", ".", "GetComment", "(", ")", "# filter", "if", "not", "all", "(", "op_", "(", "params", "[", "c", "]", ",", "t", ")", "for", "c", ",", "op_", ",", "t", "in", "selection", ")", ":", "return", "None", "# return event as list", "return", "[", "params", "[", "c", "]", "for", "c", "in", "columns", "]" ]

[ "Generate", "a", "table", "row", "from", "an", "FrEvent" ]

[ "def", "getReffs", "(", "self", ",", "level", "=", "1", ",", "subreference", "=", "None", ")", ":", "if", "self", ".", "depth", "is", "not", "None", ":", "level", "+=", "self", ".", "depth", "return", "self", ".", "getValidReff", "(", "level", ",", "subreference", ")" ]

[ "Reference", "available", "at", "a", "given", "level" ]

[ "def", "read_block_epb", "(", "self", ",", "block", ",", "size", ")", ":", "intid", ",", "tshigh", ",", "tslow", ",", "caplen", ",", "wirelen", "=", "struct", ".", "unpack", "(", "self", ".", "endian", "+", "\"5I\"", ",", "block", "[", ":", "20", "]", ",", ")", "return", "(", "block", "[", "20", ":", "20", "+", "caplen", "]", "[", ":", "size", "]", ",", "RawPcapNgReader", ".", "PacketMetadata", "(", "linktype", "=", "self", ".", "interfaces", "[", "intid", "]", "[", "0", "]", ",", "# noqa: E501", "tsresol", "=", "self", ".", "interfaces", "[", "intid", "]", "[", "2", "]", ",", "# noqa: E501", "tshigh", "=", "tshigh", ",", "tslow", "=", "tslow", ",", "wirelen", "=", "wirelen", ")", ")" ]

[ "Enhanced", "Packet", "Block" ]

[ "def", "edit_scheme", "(", "self", ")", ":", "dlg", "=", "self", ".", "scheme_editor_dialog", "dlg", ".", "set_scheme", "(", "self", ".", "current_scheme", ")", "if", "dlg", ".", "exec_", "(", ")", ":", "# Update temp scheme to reflect instant edits on the preview", "temporal_color_scheme", "=", "dlg", ".", "get_edited_color_scheme", "(", ")", "for", "key", "in", "temporal_color_scheme", ":", "option", "=", "\"temp/{0}\"", ".", "format", "(", "key", ")", "value", "=", "temporal_color_scheme", "[", "key", "]", "self", ".", "set_option", "(", "option", ",", "value", ")", "self", ".", "update_preview", "(", "scheme_name", "=", "'temp'", ")" ]

[ "Edit", "current", "scheme", "." ]

[ "def", "get", "(", "self", ",", "aspect", ")", ":", "classification", "=", "[", "(", "network", ",", "self", ".", "networks", ")", ",", "(", "system", ",", "self", ".", "systems", ")", ",", "(", "configure", ",", "self", ".", "configures", ")", "]", "aspect_list", "=", "[", "l", "for", "t", ",", "l", "in", "classification", "if", "isinstance", "(", "aspect", ",", "t", ")", "]", "assert", "len", "(", "aspect_list", ")", "==", "1", ",", "\"Unexpected aspect for RADL.\"", "aspect_list", "=", "aspect_list", "[", "0", "]", "old_aspect", "=", "[", "a", "for", "a", "in", "aspect_list", "if", "a", ".", "getId", "(", ")", "==", "aspect", ".", "getId", "(", ")", "]", "return", "old_aspect", "[", "0", "]", "if", "old_aspect", "else", "None" ]

[ "Get", "a", "network", "system", "or", "configure", "or", "contextualize", "with", "the", "same", "id", "as", "aspect", "passed", "." ]

[ "def", "drawRightStatus", "(", "self", ",", "scr", ",", "vs", ")", ":", "rightx", "=", "self", ".", "windowWidth", "-", "1", "ret", "=", "0", "for", "rstatcolor", "in", "self", ".", "callHook", "(", "'rstatus'", ",", "vs", ")", ":", "if", "rstatcolor", ":", "try", ":", "rstatus", ",", "coloropt", "=", "rstatcolor", "rstatus", "=", "' '", "+", "rstatus", "attr", "=", "colors", ".", "get_color", "(", "coloropt", ")", ".", "attr", "statuslen", "=", "clipdraw", "(", "scr", ",", "self", ".", "windowHeight", "-", "1", ",", "rightx", ",", "rstatus", ",", "attr", ",", "rtl", "=", "True", ")", "rightx", "-=", "statuslen", "ret", "+=", "statuslen", "except", "Exception", "as", "e", ":", "self", ".", "exceptionCaught", "(", "e", ")", "if", "scr", ":", "curses", ".", "doupdate", "(", ")", "return", "ret" ]

[ "Draw", "right", "side", "of", "status", "bar", ".", "Return", "length", "displayed", "." ]

[ "def", "tail", "(", "self", ",", "n", "=", "10", ")", ":", "N", "=", "len", "(", "self", ")", "# self.cat(i1=max(0, N-n), i2=min(len(self), N))", "return", "self", "[", "max", "(", "0", ",", "N", "-", "n", ")", ":", "min", "(", "len", "(", "self", ")", ",", "N", ")", "]" ]

[ "Return", "a", "shallow", "copy", "a", "DataFrame", "with", "the", "last", "n", "rows", "." ]

[ "def", "_mpda", "(", "self", ",", "re_grammar", ",", "splitstring", "=", "0", ")", ":", "cnfgrammar", "=", "CNFGenerator", "(", "re_grammar", ")", "if", "not", "self", ".", "alphabet", ":", "self", ".", "_extract_alphabet", "(", "cnfgrammar", ")", "cnftopda", "=", "CnfPda", "(", "self", ".", "alphabet", ")", "productions", "=", "{", "}", "nonterminals", "=", "[", "]", "nonterminals", ".", "append", "(", "cnfgrammar", ".", "init_symbol", ")", "for", "key", "in", "list", "(", "cnfgrammar", ".", "grammar_nonterminals", ")", ":", "if", "key", "!=", "cnfgrammar", ".", "init_symbol", ":", "nonterminals", ".", "append", "(", "key", ")", "for", "key", "in", "list", "(", "cnfgrammar", ".", "grammar_nonterminals", ")", ":", "j", "=", "0", "productions", "[", "key", "]", "=", "{", "}", "# print 'testing '+key", "for", "pair", "in", "cnfgrammar", ".", "grammar_rules", ":", "cnf_form", "=", "list", "(", "pair", ")", "if", "cnf_form", "[", "0", "]", "==", "key", ":", "productions", "[", "key", "]", "[", "j", "]", "=", "{", "}", "if", "isinstance", "(", "cnf_form", "[", "1", "]", ",", "type", "(", "(", ")", ")", ")", ":", "# print list(p[1])", "productions", "[", "key", "]", "[", "j", "]", "[", "'b0'", "]", "=", "list", "(", "cnf_form", "[", "1", "]", ")", "[", "0", "]", "productions", "[", "key", "]", "[", "j", "]", "[", "'b1'", "]", "=", "list", "(", "cnf_form", "[", "1", "]", ")", "[", "1", "]", "else", ":", "# print p[1]", "productions", "[", "key", "]", "[", "j", "]", "[", "'a'", "]", "=", "cnf_form", "[", "1", "]", "j", "=", "j", "+", "1", "return", "cnftopda", ".", "initialize", "(", "nonterminals", ",", "productions", ",", "list", "(", "cnfgrammar", ".", "grammar_terminals", ")", ",", "splitstring", ")" ]

[ "Args", ":", "re_grammar", "(", "list", ")", ":", "A", "list", "of", "grammar", "rules", "splitstring", "(", "bool", ")", ":", "A", "boolean", "for", "enabling", "or", "disabling", "the", "splitting", "of", "symbols", "using", "a", "space", "Returns", ":", "PDA", ":", "The", "generated", "PDA" ]

[ "def", "evaluate", "(", "mod", ",", "data_iter", ",", "epoch", ",", "log_interval", ")", ":", "start", "=", "time", ".", "time", "(", ")", "total_L", "=", "0.0", "nbatch", "=", "0", "density", "=", "0", "mod", ".", "set_states", "(", "value", "=", "0", ")", "for", "batch", "in", "data_iter", ":", "mod", ".", "forward", "(", "batch", ",", "is_train", "=", "False", ")", "outputs", "=", "mod", ".", "get_outputs", "(", "merge_multi_context", "=", "False", ")", "states", "=", "outputs", "[", ":", "-", "1", "]", "total_L", "+=", "outputs", "[", "-", "1", "]", "[", "0", "]", "mod", ".", "set_states", "(", "states", "=", "states", ")", "nbatch", "+=", "1", "# don't include padding data in the test perplexity", "density", "+=", "batch", ".", "data", "[", "1", "]", ".", "mean", "(", ")", "if", "(", "nbatch", "+", "1", ")", "%", "log_interval", "==", "0", ":", "logging", ".", "info", "(", "\"Eval batch %d loss : %.7f\"", "%", "(", "nbatch", ",", "(", "total_L", "/", "density", ")", ".", "asscalar", "(", ")", ")", ")", "data_iter", ".", "reset", "(", ")", "loss", "=", "(", "total_L", "/", "density", ")", ".", "asscalar", "(", ")", "ppl", "=", "math", ".", "exp", "(", "loss", ")", "if", "loss", "<", "100", "else", "1e37", "end", "=", "time", ".", "time", "(", ")", "logging", ".", "info", "(", "'Iter[%d]\\t\\t CE loss %.7f, ppl %.7f. Eval duration = %.2f seconds '", "%", "(", "epoch", ",", "loss", ",", "ppl", ",", "end", "-", "start", ")", ")", "return", "loss" ]

[ "Run", "evaluation", "on", "cpu", "." ]

[ "def", "_color", "(", "self", ",", "msg", ",", "color", ")", ":", "kwargs", "=", "{", "'fg'", ":", "color", "}", "return", "click", ".", "style", "(", "msg", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "if", "self", ".", "colorize", "else", "msg" ]

[ "Internal", "helper", "method", "to", "add", "colors", "to", "input" ]

[ "def", "reload", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "read_config", "(", ")", "for", "section", "in", "self", ".", "_override_config", ":", "self", ".", "set_section_config", "(", "section", ",", "self", ".", "_override_config", "[", "section", "]", ")" ]

[ "Reload", "configuration" ]

[ "def", "index", "(", "elem", ")", ":", "parent", "=", "elem", ".", "getparent", "(", ")", "for", "x", "in", "range", "(", "0", ",", "len", "(", "parent", ".", "getchildren", "(", ")", ")", ")", ":", "if", "parent", ".", "getchildren", "(", ")", "[", "x", "]", "==", "elem", ":", "return", "x", "return", "-", "1" ]

[ "Return", "the", "index", "position", "of", "an", "element", "in", "the", "children", "of", "a", "parent", "." ]

[ "def", "search_genius_web", "(", "self", ",", "search_term", ",", "per_page", "=", "5", ")", ":", "endpoint", "=", "\"search/multi?\"", "params", "=", "{", "'per_page'", ":", "per_page", ",", "'q'", ":", "search_term", "}", "# This endpoint is not part of the API, requires different formatting", "url", "=", "\"https://genius.com/api/\"", "+", "endpoint", "+", "urlencode", "(", "params", ")", "response", "=", "requests", ".", "get", "(", "url", ",", "timeout", "=", "self", ".", "timeout", ")", "time", ".", "sleep", "(", "max", "(", "self", ".", "_SLEEP_MIN", ",", "self", ".", "sleep_time", ")", ")", "return", "response", ".", "json", "(", ")", "[", "'response'", "]", "if", "response", "else", "None" ]

[ "Use", "the", "web", "-", "version", "of", "Genius", "search" ]

[ "def", "InitUI", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "main_sizer", "=", "wx", ".", "BoxSizer", "(", "wx", ".", "VERTICAL", ")", "if", "self", ".", "grid_type", "in", "self", ".", "contribution", ".", "tables", ":", "dataframe", "=", "self", ".", "contribution", ".", "tables", "[", "self", ".", "grid_type", "]", "else", ":", "dataframe", "=", "None", "self", ".", "grid_builder", "=", "GridBuilder", "(", "self", ".", "contribution", ",", "self", ".", "grid_type", ",", "self", ".", "panel", ",", "parent_type", "=", "self", ".", "parent_type", ",", "reqd_headers", "=", "self", ".", "reqd_headers", ",", "exclude_cols", "=", "self", ".", "exclude_cols", ",", "huge", "=", "self", ".", "huge", ")", "self", ".", "grid", "=", "self", ".", "grid_builder", ".", "make_grid", "(", ")", "self", ".", "grid", ".", "InitUI", "(", ")", "## Column management buttons", "self", ".", "add_cols_button", "=", "wx", ".", "Button", "(", "self", ".", "panel", ",", "label", "=", "\"Add additional columns\"", ",", "name", "=", "'add_cols_btn'", ",", "size", "=", "(", "170", ",", "20", ")", ")", "self", ".", "Bind", "(", "wx", ".", "EVT_BUTTON", ",", "self", ".", "on_add_cols", ",", "self", ".", "add_cols_button", ")", "self", ".", "remove_cols_button", "=", "wx", ".", "Button", "(", "self", ".", "panel", ",", "label", "=", "\"Remove columns\"", ",", "name", "=", "'remove_cols_btn'", ",", "size", "=", "(", "170", ",", "20", ")", ")", "self", ".", "Bind", "(", "wx", ".", "EVT_BUTTON", ",", "self", ".", "on_remove_cols", ",", "self", ".", "remove_cols_button", ")", "## Row management buttons", "self", ".", "remove_row_button", "=", "wx", ".", "Button", "(", "self", ".", "panel", ",", "label", "=", "\"Remove last row\"", ",", "name", "=", "'remove_last_row_btn'", ")", "self", ".", "Bind", "(", "wx", ".", "EVT_BUTTON", ",", "self", ".", "on_remove_row", ",", "self", ".", "remove_row_button", ")", "many_rows_box", "=", "wx", ".", "BoxSizer", "(", "wx", ".", "HORIZONTAL", ")", "self", ".", "add_many_rows_button", "=", "wx", ".", "Button", "(", "self", ".", "panel", ",", "label", "=", "\"Add row(s)\"", ",", "name", "=", "'add_many_rows_btn'", ")", "self", ".", "rows_spin_ctrl", "=", "wx", ".", "SpinCtrl", "(", "self", ".", "panel", ",", "value", "=", "'1'", ",", "initial", "=", "1", ",", "name", "=", "'rows_spin_ctrl'", ")", "many_rows_box", ".", "Add", "(", "self", ".", "add_many_rows_button", ",", "flag", "=", "wx", ".", "ALIGN_CENTRE", ")", "many_rows_box", ".", "Add", "(", "self", ".", "rows_spin_ctrl", ")", "self", ".", "Bind", "(", "wx", ".", "EVT_BUTTON", ",", "self", ".", "on_add_rows", ",", "self", ".", "add_many_rows_button", ")", "self", ".", "deleteRowButton", "=", "wx", ".", "Button", "(", "self", ".", "panel", ",", "id", "=", "-", "1", ",", "label", "=", "'Delete selected row(s)'", ",", "name", "=", "'delete_row_btn'", ")", "self", ".", "Bind", "(", "wx", ".", "EVT_BUTTON", ",", "lambda", "event", ":", "self", ".", "on_remove_row", "(", "event", ",", "False", ")", ",", "self", ".", "deleteRowButton", ")", "self", ".", "deleteRowButton", ".", "Disable", "(", ")", "# measurements table should not be able to add new rows", "# that should be done elsewhere", "if", "self", ".", "huge", ":", "self", ".", "add_many_rows_button", ".", "Disable", "(", ")", "self", ".", "rows_spin_ctrl", ".", "Disable", "(", ")", "self", ".", "remove_row_button", ".", "Disable", "(", ")", "# can't remove cols (seg fault), but can add them", "#self.add_cols_button.Disable()", "self", ".", "remove_cols_button", ".", "Disable", "(", ")", "## Data management buttons", "self", ".", "importButton", "=", "wx", ".", "Button", "(", "self", ".", "panel", ",", "id", "=", "-", "1", ",", "label", "=", "'Import MagIC-format file'", ",", "name", "=", "'import_btn'", ")", "self", ".", "Bind", "(", "wx", ".", "EVT_BUTTON", ",", "self", ".", "onImport", ",", "self", ".", "importButton", ")", "self", ".", "exitButton", "=", "wx", ".", "Button", "(", "self", ".", "panel", ",", "id", "=", "-", "1", ",", "label", "=", "'Save and close grid'", ",", "name", "=", "'save_and_quit_btn'", ")", "self", ".", "Bind", "(", "wx", ".", "EVT_BUTTON", ",", "self", ".", "onSave", ",", "self", ".", "exitButton", ")", "self", ".", "cancelButton", "=", "wx", ".", "Button", "(", "self", ".", "panel", ",", "id", "=", "-", "1", ",", "label", "=", "'Cancel'", ",", "name", "=", "'cancel_btn'", ")", "self", ".", "Bind", "(", "wx", ".", "EVT_BUTTON", ",", "self", ".", "onCancelButton", ",", "self", ".", "cancelButton", ")", "self", ".", "Bind", "(", "wx", ".", "EVT_CLOSE", ",", "self", ".", "onCancelButton", ")", "## Input/output buttons", "self", ".", "copyButton", "=", "wx", ".", "Button", "(", "self", ".", "panel", ",", "id", "=", "-", "1", ",", "label", "=", "\"Start copy mode\"", ",", "name", "=", "\"copy_mode_btn\"", ")", "self", ".", "Bind", "(", "wx", ".", "EVT_BUTTON", ",", "self", ".", "onCopyMode", ",", "self", ".", "copyButton", ")", "self", ".", "selectAllButton", "=", "wx", ".", "Button", "(", "self", ".", "panel", ",", "id", "=", "-", "1", ",", "label", "=", "\"Copy all cells\"", ",", "name", "=", "\"select_all_btn\"", ")", "self", ".", "Bind", "(", "wx", ".", "EVT_BUTTON", ",", "self", ".", "onSelectAll", ",", "self", ".", "selectAllButton", ")", "self", ".", "copySelectionButton", "=", "wx", ".", "Button", "(", "self", ".", "panel", ",", "id", "=", "-", "1", ",", "label", "=", "\"Copy selected cells\"", ",", "name", "=", "\"copy_selection_btn\"", ")", "self", ".", "Bind", "(", "wx", ".", "EVT_BUTTON", ",", "self", ".", "onCopySelection", ",", "self", ".", "copySelectionButton", ")", "self", ".", "copySelectionButton", ".", "Disable", "(", ")", "## Help message and button", "# button", "self", ".", "toggle_help_btn", "=", "wx", ".", "Button", "(", "self", ".", "panel", ",", "id", "=", "-", "1", ",", "label", "=", "\"Show help\"", ",", "name", "=", "'toggle_help_btn'", ")", "self", ".", "Bind", "(", "wx", ".", "EVT_BUTTON", ",", "self", ".", "toggle_help", ",", "self", ".", "toggle_help_btn", ")", "# message", "self", ".", "help_msg_boxsizer", "=", "wx", ".", "StaticBoxSizer", "(", "wx", ".", "StaticBox", "(", "self", ".", "panel", ",", "-", "1", ",", "name", "=", "'help_msg_boxsizer'", ")", ",", "wx", ".", "VERTICAL", ")", "if", "self", ".", "grid_type", "==", "'measurements'", ":", "self", ".", "default_msg_text", "=", "\"Edit measurements here.\\nIn general, measurements should be imported directly into Pmag GUI,\\nwhich has protocols for converting many lab formats into the MagIC format.\\nIf we are missing your particular lab format, please let us know: https://github.com/PmagPy/PmagPy/issues.\\nThis grid is just meant for looking at your measurements and doing small edits.\\nCurrently, you can't add/remove rows here. You can add columns and edit cell values.\"", "else", ":", "self", ".", "default_msg_text", "=", "'Edit {} here.\\nYou can add or remove both rows and columns, however required columns may not be deleted.\\nControlled vocabularies are indicated by **, and will have drop-down-menus.\\nSuggested vocabularies are indicated by ^^, and also have drop-down-menus.\\nTo edit all values in a column, click the column header.\\nYou can cut and paste a block of cells from an Excel-like file.\\nJust click the top left cell and use command \"v\".'", ".", "format", "(", "self", ".", "grid_type", ")", "txt", "=", "''", "if", "self", ".", "grid_type", "==", "'locations'", ":", "txt", "=", "'\\n\\nNote: you can fill in location start/end latitude/longitude here.\\nHowever, if you add sites in step 2, the program will calculate those values automatically,\\nbased on site latitudes/logitudes.\\nThese values will be written to your upload file.'", "if", "self", ".", "grid_type", "==", "'samples'", ":", "txt", "=", "\"\\n\\nNote: you can fill in lithology, class, and type for each sample here.\\nHowever, if the sample's class, lithology, and type are the same as its parent site,\\nthose values will propagate down, and will be written to your sample file automatically.\"", "if", "self", ".", "grid_type", "==", "'specimens'", ":", "txt", "=", "\"\\n\\nNote: you can fill in lithology, class, and type for each specimen here.\\nHowever, if the specimen's class, lithology, and type are the same as its parent sample,\\nthose values will propagate down, and will be written to your specimen file automatically.\"", "if", "self", ".", "grid_type", "==", "'ages'", ":", "txt", "=", "\"\\n\\nNote: only ages for which you provide data will be written to your upload file.\"", "self", ".", "default_msg_text", "+=", "txt", "self", ".", "msg_text", "=", "wx", ".", "StaticText", "(", "self", ".", "panel", ",", "label", "=", "self", ".", "default_msg_text", ",", "style", "=", "wx", ".", "TE_CENTER", ",", "name", "=", "'msg text'", ")", "self", ".", "help_msg_boxsizer", ".", "Add", "(", "self", ".", "msg_text", ")", "self", ".", "help_msg_boxsizer", ".", "ShowItems", "(", "False", ")", "## Code message and button", "# button", "self", ".", "toggle_codes_btn", "=", "wx", ".", "Button", "(", "self", ".", "panel", ",", "id", "=", "-", "1", ",", "label", "=", "\"Show method codes\"", ",", "name", "=", "'toggle_codes_btn'", ")", "self", ".", "Bind", "(", "wx", ".", "EVT_BUTTON", ",", "self", ".", "toggle_codes", ",", "self", ".", "toggle_codes_btn", ")", "# message", "self", ".", "code_msg_boxsizer", "=", "pw", ".", "MethodCodeDemystifier", "(", "self", ".", "panel", ",", "self", ".", "contribution", ".", "vocab", ")", "self", ".", "code_msg_boxsizer", ".", "ShowItems", "(", "False", ")", "## Add content to sizers", "self", ".", "hbox", "=", "wx", ".", "BoxSizer", "(", "wx", ".", "HORIZONTAL", ")", "col_btn_vbox", "=", "wx", ".", "StaticBoxSizer", "(", "wx", ".", "StaticBox", "(", "self", ".", "panel", ",", "-", "1", ",", "label", "=", "'Columns'", ",", "name", "=", "'manage columns'", ")", ",", "wx", ".", "VERTICAL", ")", "row_btn_vbox", "=", "wx", ".", "StaticBoxSizer", "(", "wx", ".", "StaticBox", "(", "self", ".", "panel", ",", "-", "1", ",", "label", "=", "'Rows'", ",", "name", "=", "'manage rows'", ")", ",", "wx", ".", "VERTICAL", ")", "self", ".", "main_btn_vbox", "=", "wx", ".", "StaticBoxSizer", "(", "wx", ".", "StaticBox", "(", "self", ".", "panel", ",", "-", "1", ",", "label", "=", "'Manage data'", ",", "name", "=", "'manage data'", ")", ",", "wx", ".", "VERTICAL", ")", "input_output_vbox", "=", "wx", ".", "StaticBoxSizer", "(", "wx", ".", "StaticBox", "(", "self", ".", "panel", ",", "-", "1", ",", "label", "=", "'In/Out'", ",", "name", "=", "'manage in out'", ")", ",", "wx", ".", "VERTICAL", ")", "col_btn_vbox", ".", "Add", "(", "self", ".", "add_cols_button", ",", "flag", "=", "wx", ".", "ALL", ",", "border", "=", "5", ")", "col_btn_vbox", ".", "Add", "(", "self", ".", "remove_cols_button", ",", "flag", "=", "wx", ".", "ALL", ",", "border", "=", "5", ")", "row_btn_vbox", ".", "Add", "(", "many_rows_box", ",", "flag", "=", "wx", ".", "ALL", ",", "border", "=", "5", ")", "row_btn_vbox", ".", "Add", "(", "self", ".", "remove_row_button", ",", "flag", "=", "wx", ".", "ALL", ",", "border", "=", "5", ")", "row_btn_vbox", ".", "Add", "(", "self", ".", "deleteRowButton", ",", "flag", "=", "wx", ".", "ALL", ",", "border", "=", "5", ")", "self", ".", "main_btn_vbox", ".", "Add", "(", "self", ".", "importButton", ",", "flag", "=", "wx", ".", "ALL", ",", "border", "=", "5", ")", "self", ".", "main_btn_vbox", ".", "Add", "(", "self", ".", "exitButton", ",", "flag", "=", "wx", ".", "ALL", ",", "border", "=", "5", ")", "self", ".", "main_btn_vbox", ".", "Add", "(", "self", ".", "cancelButton", ",", "flag", "=", "wx", ".", "ALL", ",", "border", "=", "5", ")", "input_output_vbox", ".", "Add", "(", "self", ".", "copyButton", ",", "flag", "=", "wx", ".", "ALL", ",", "border", "=", "5", ")", "input_output_vbox", ".", "Add", "(", "self", ".", "selectAllButton", ",", "flag", "=", "wx", ".", "ALL", ",", "border", "=", "5", ")", "input_output_vbox", ".", "Add", "(", "self", ".", "copySelectionButton", ",", "flag", "=", "wx", ".", "ALL", ",", "border", "=", "5", ")", "self", ".", "hbox", ".", "Add", "(", "col_btn_vbox", ")", "self", ".", "hbox", ".", "Add", "(", "row_btn_vbox", ")", "self", ".", "hbox", ".", "Add", "(", "self", ".", "main_btn_vbox", ")", "self", ".", "hbox", ".", "Add", "(", "input_output_vbox", ")", "#self.panel.Bind(wx.grid.EVT_GRID_LABEL_LEFT_CLICK, self.onLeftClickLabel, self.grid)", "self", ".", "grid", ".", "Bind", "(", "wx", ".", "grid", ".", "EVT_GRID_LABEL_LEFT_CLICK", ",", "self", ".", "onLeftClickLabel", ",", "self", ".", "grid", ")", "#", "self", ".", "Bind", "(", "wx", ".", "EVT_KEY_DOWN", ",", "self", ".", "on_key_down", ")", "self", ".", "panel", ".", "Bind", "(", "wx", ".", "EVT_TEXT_PASTE", ",", "self", ".", "do_fit", ")", "# add actual data!", "self", ".", "grid_builder", ".", "add_data_to_grid", "(", "self", ".", "grid", ",", "self", ".", "grid_type", ")", "# fill in some default values", "self", ".", "grid_builder", ".", "fill_defaults", "(", ")", "# set scrollbars", "self", ".", "grid", ".", "set_scrollbars", "(", ")", "## this would be a way to prevent editing", "## some cells in age grid.", "## with multiple types of ages, though,", "## this doesn't make much sense", "#if self.grid_type == 'ages':", "# attr = wx.grid.GridCellAttr()", "# attr.SetReadOnly(True)", "# self.grid.SetColAttr(1, attr)", "self", ".", "drop_down_menu", "=", "drop_down_menus", ".", "Menus", "(", "self", ".", "grid_type", ",", "self", ".", "contribution", ",", "self", ".", "grid", ")", "self", ".", "grid_box", "=", "wx", ".", "StaticBoxSizer", "(", "wx", ".", "StaticBox", "(", "self", ".", "panel", ",", "-", "1", ",", "name", "=", "'grid container'", ")", ",", "wx", ".", "VERTICAL", ")", "self", ".", "grid_box", ".", "Add", "(", "self", ".", "grid", ",", "1", ",", "flag", "=", "wx", ".", "ALL", "|", "wx", ".", "EXPAND", ",", "border", "=", "5", ")", "# final layout, set size", "self", ".", "main_sizer", ".", "Add", "(", "self", ".", "hbox", ",", "flag", "=", "wx", ".", "ALL", "|", "wx", ".", "ALIGN_CENTER", ",", "#|wx.SHAPED,", "border", "=", "20", ")", "self", ".", "main_sizer", ".", "Add", "(", "self", ".", "toggle_help_btn", ",", "0", ",", "flag", "=", "wx", ".", "BOTTOM", "|", "wx", ".", "ALIGN_CENTRE", ",", "#|wx.SHAPED,", "border", "=", "5", ")", "self", ".", "main_sizer", ".", "Add", "(", "self", ".", "help_msg_boxsizer", ",", "0", ",", "flag", "=", "wx", ".", "BOTTOM", "|", "wx", ".", "ALIGN_CENTRE", ",", "border", "=", "10", ")", "self", ".", "main_sizer", ".", "Add", "(", "self", ".", "toggle_codes_btn", ",", "0", ",", "flag", "=", "wx", ".", "BOTTOM", "|", "wx", ".", "ALIGN_CENTRE", ",", "#|wx.SHAPED,", "border", "=", "5", ")", "self", ".", "main_sizer", ".", "Add", "(", "self", ".", "code_msg_boxsizer", ",", "0", ",", "flag", "=", "wx", ".", "BOTTOM", "|", "wx", ".", "ALIGN_CENTRE", ",", "#|wx.SHAPED,", "border", "=", "5", ")", "self", ".", "main_sizer", ".", "Add", "(", "self", ".", "grid_box", ",", "2", ",", "flag", "=", "wx", ".", "ALL", "|", "wx", ".", "ALIGN_CENTER", "|", "wx", ".", "EXPAND", ",", "border", "=", "10", ")", "self", ".", "panel", ".", "SetSizer", "(", "self", ".", "main_sizer", ")", "panel_sizer", "=", "wx", ".", "BoxSizer", "(", "wx", ".", "VERTICAL", ")", "panel_sizer", ".", "Add", "(", "self", ".", "panel", ",", "1", ",", "wx", ".", "EXPAND", ")", "self", ".", "SetSizer", "(", "panel_sizer", ")", "panel_sizer", ".", "Fit", "(", "self", ")", "## this keeps sizing correct if the user resizes the window manually", "#self.Bind(wx.EVT_SIZE, self.do_fit)", "# self.Centre()", "self", ".", "Show", "(", ")" ]

[ "initialize", "window" ]

[ "def", "find_stars", "(", "self", ",", "data", ",", "mask", "=", "None", ")", ":", "star_cutouts", "=", "_find_stars", "(", "data", ",", "self", ".", "kernel", ",", "self", ".", "threshold_eff", ",", "mask", "=", "mask", ",", "exclude_border", "=", "self", ".", "exclude_border", ")", "if", "star_cutouts", "is", "None", ":", "warnings", ".", "warn", "(", "'No sources were found.'", ",", "NoDetectionsWarning", ")", "return", "None", "self", ".", "_star_cutouts", "=", "star_cutouts", "star_props", "=", "[", "]", "for", "star_cutout", "in", "star_cutouts", ":", "props", "=", "_DAOFind_Properties", "(", "star_cutout", ",", "self", ".", "kernel", ",", "self", ".", "sky", ")", "if", "np", ".", "isnan", "(", "props", ".", "dx_hx", ")", ".", "any", "(", ")", "or", "np", ".", "isnan", "(", "props", ".", "dy_hy", ")", ".", "any", "(", ")", ":", "continue", "if", "(", "props", ".", "sharpness", "<=", "self", ".", "sharplo", "or", "props", ".", "sharpness", ">=", "self", ".", "sharphi", ")", ":", "continue", "if", "(", "props", ".", "roundness1", "<=", "self", ".", "roundlo", "or", "props", ".", "roundness1", ">=", "self", ".", "roundhi", ")", ":", "continue", "if", "(", "props", ".", "roundness2", "<=", "self", ".", "roundlo", "or", "props", ".", "roundness2", ">=", "self", ".", "roundhi", ")", ":", "continue", "if", "self", ".", "peakmax", "is", "not", "None", "and", "props", ".", "peak", ">=", "self", ".", "peakmax", ":", "continue", "star_props", ".", "append", "(", "props", ")", "nstars", "=", "len", "(", "star_props", ")", "if", "nstars", "==", "0", ":", "warnings", ".", "warn", "(", "'Sources were found, but none pass the sharpness '", "'and roundness criteria.'", ",", "NoDetectionsWarning", ")", "return", "None", "if", "self", ".", "brightest", "is", "not", "None", ":", "fluxes", "=", "[", "props", ".", "flux", "for", "props", "in", "star_props", "]", "idx", "=", "sorted", "(", "np", ".", "argsort", "(", "fluxes", ")", "[", "-", "self", ".", "brightest", ":", "]", ".", "tolist", "(", ")", ")", "star_props", "=", "[", "star_props", "[", "k", "]", "for", "k", "in", "idx", "]", "nstars", "=", "len", "(", "star_props", ")", "table", "=", "Table", "(", ")", "table", "[", "'id'", "]", "=", "np", ".", "arange", "(", "nstars", ")", "+", "1", "columns", "=", "(", "'xcentroid'", ",", "'ycentroid'", ",", "'sharpness'", ",", "'roundness1'", ",", "'roundness2'", ",", "'npix'", ",", "'sky'", ",", "'peak'", ",", "'flux'", ",", "'mag'", ")", "for", "column", "in", "columns", ":", "table", "[", "column", "]", "=", "[", "getattr", "(", "props", ",", "column", ")", "for", "props", "in", "star_props", "]", "return", "table" ]

[ "Find", "stars", "in", "an", "astronomical", "image", "." ]

[ "def", "generateFromWatershedShapefile", "(", "self", ",", "shapefile_path", ",", "cell_size", ",", "out_raster_path", "=", "None", ",", "load_raster_to_db", "=", "True", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "projectFile", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Must be connected to project file ...\"", ")", "# match elevation grid if exists", "match_grid", "=", "None", "try", ":", "match_grid", "=", "self", ".", "projectFile", ".", "getGrid", "(", "use_mask", "=", "False", ")", "except", "ValueError", ":", "pass", "# match projection if exists", "wkt_projection", "=", "None", "try", ":", "wkt_projection", "=", "self", ".", "projectFile", ".", "getWkt", "(", ")", "except", "ValueError", ":", "pass", "if", "out_raster_path", "is", "None", ":", "out_raster_path", "=", "'{0}.{1}'", ".", "format", "(", "self", ".", "projectFile", ".", "name", ",", "self", ".", "extension", ")", "# make sure paths are absolute as the working directory changes", "shapefile_path", "=", "os", ".", "path", ".", "abspath", "(", "shapefile_path", ")", "# make sure the polygon is valid", "check_watershed_boundary_geometry", "(", "shapefile_path", ")", "gr", "=", "rasterize_shapefile", "(", "shapefile_path", ",", "x_cell_size", "=", "cell_size", ",", "y_cell_size", "=", "cell_size", ",", "match_grid", "=", "match_grid", ",", "raster_nodata", "=", "0", ",", "as_gdal_grid", "=", "True", ",", "raster_wkt_proj", "=", "wkt_projection", ",", "convert_to_utm", "=", "True", ")", "with", "tmp_chdir", "(", "self", ".", "projectFile", ".", "project_directory", ")", ":", "gr", ".", "to_grass_ascii", "(", "out_raster_path", ",", "print_nodata", "=", "False", ")", "self", ".", "filename", "=", "out_raster_path", "# update project file cards", "self", ".", "projectFile", ".", "setCard", "(", "'WATERSHED_MASK'", ",", "out_raster_path", ",", "add_quotes", "=", "True", ")", "self", ".", "projectFile", ".", "setCard", "(", "'GRIDSIZE'", ",", "str", "(", "(", "gr", ".", "geotransform", "[", "1", "]", "-", "gr", ".", "geotransform", "[", "-", "1", "]", ")", "/", "2.0", ")", ")", "self", ".", "projectFile", ".", "setCard", "(", "'ROWS'", ",", "str", "(", "gr", ".", "y_size", ")", ")", "self", ".", "projectFile", ".", "setCard", "(", "'COLS'", ",", "str", "(", "gr", ".", "x_size", ")", ")", "# write projection file if does not exist", "if", "wkt_projection", "is", "None", ":", "proj_file", "=", "ProjectionFile", "(", ")", "proj_file", ".", "projection", "=", "gr", ".", "wkt", "proj_file", ".", "projectFile", "=", "self", ".", "projectFile", "proj_path", "=", "\"{0}_prj.pro\"", ".", "format", "(", "os", ".", "path", ".", "splitext", "(", "out_raster_path", ")", "[", "0", "]", ")", "gr", ".", "write_prj", "(", "proj_path", ")", "self", ".", "projectFile", ".", "setCard", "(", "'#PROJECTION_FILE'", ",", "proj_path", ",", "add_quotes", "=", "True", ")", "# read raster into object", "if", "load_raster_to_db", ":", "self", ".", "_load_raster_text", "(", "out_raster_path", ")" ]

[ "Generates", "a", "mask", "from", "a", "watershed_shapefile" ]

[ "def", "simulation", "(", "self", ",", "data", "=", "None", ")", ":", "if", "data", ":", "return", "self", ".", "_session", ".", "put", "(", "self", ".", "__v2", "(", ")", "+", "\"/simulation\"", ",", "data", "=", "data", ")", "else", ":", "return", "self", ".", "_session", ".", "get", "(", "self", ".", "__v2", "(", ")", "+", "\"/simulation\"", ")", ".", "json", "(", ")" ]

[ "Gets", "/", "Sets", "the", "simulation", "data", "." ]

[ "def", "object_data", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "foxml_buffer", "=", "io", ".", "BytesIO", "(", ")", "if", "self", ".", "progress_bar", ":", "self", ".", "progress_bar", ".", "start", "(", ")", "previous_section", "=", "None", "while", "True", ":", "try", ":", "section", "=", "self", ".", "get_next_section", "(", ")", "except", "StopIteration", ":", "break", "if", "section", "==", "BINARY_CONTENT_START", ":", "self", ".", "within_file", "=", "True", "# get datastream info from the end of the section just before this one", "# (needed to provide size to upload request)", "dsinfo", "=", "self", ".", "get_datastream_info", "(", "previous_section", ")", "if", "dsinfo", ":", "logger", ".", "info", "(", "'Found encoded datastream %(id)s (%(mimetype)s, size %(size)s, %(type)s %(digest)s)'", ",", "dsinfo", ")", "else", ":", "# error if datastream info is not found, because either", "# size or version date is required to handle content", "raise", "Exception", "(", "'Failed to find datastream information for %s from \\n%s'", "%", "(", "self", ".", "obj", ".", "pid", ",", "previous_section", ")", ")", "if", "self", ".", "xml_only", "and", "not", "dsinfo", "[", "'mimetype'", "]", "in", "[", "'text/xml'", ",", "'application/rdf+xml'", ",", "'application/xml'", "]", ":", "# possibly other mimetypes also?", "try", ":", "dsid", "=", "dsinfo", "[", "'id'", "]", ".", "split", "(", "'.'", ")", "[", "0", "]", "except", "ValueError", ":", "# if dsid doesn't include a .# (for versioning),", "# use the id as is.", "dsid", "=", "dsinfo", "[", "'id'", "]", "if", "self", ".", "url_credentials", ":", "# if url credentials are set, parse the base fedora api", "# url so they can be inserted at the right place", "parsed_url", "=", "urlparse", "(", "self", ".", "obj", ".", "api", ".", "base_url", ")", "# reassemble base url, adding in credentials", "base_url", "=", "''", ".", "join", "(", "[", "parsed_url", ".", "scheme", ",", "'://'", ",", "self", ".", "url_credentials", ",", "parsed_url", ".", "netloc", ",", "parsed_url", ".", "path", "]", ")", "else", ":", "base_url", "=", "self", ".", "obj", ".", "api", ".", "base_url", "# versioned datastream dissemination url", "content_location", "=", "'%sobjects/%s/datastreams/%s/content?asOfDateTime=%s'", "%", "(", "base_url", ",", "self", ".", "obj", ".", "pid", ",", "dsid", ",", "dsinfo", "[", "'created'", "]", ")", "else", ":", "upload_args", "=", "{", "}", "if", "self", ".", "progress_bar", ":", "def", "upload_callback", "(", "monitor", ")", ":", "self", ".", "progress_bar", ".", "upload", "=", "monitor", ".", "bytes_read", "upload_args", "=", "{", "'callback'", ":", "upload_callback", "}", "# use upload id as content location", "content_location", "=", "self", ".", "dest_repo", ".", "api", ".", "upload", "(", "self", ".", "encoded_datastream", "(", ")", ",", "size", "=", "int", "(", "dsinfo", "[", "'size'", "]", ")", ",", "*", "*", "upload_args", ")", "self", ".", "foxml_buffer", ".", "write", "(", "force_bytes", "(", "'<foxml:contentLocation REF=\"%s\" TYPE=\"URL\"/>'", "%", "content_location", ")", ")", "elif", "section", "==", "BINARY_CONTENT_END", ":", "# should not occur here; this section will be processed by", "# encoded_datastream method", "self", ".", "within_file", "=", "False", "elif", "self", ".", "within_file", ":", "# should not occur here; this section will be pulled by", "# encoded_datastream method", "# binary content within a file - ignore here", "# (handled by encoded_datastream method)", "continue", "else", ":", "# not start or end of binary content, and not", "# within a file, so yield as is (e.g., datastream tags", "# between small files)", "self", ".", "foxml_buffer", ".", "write", "(", "section", ")", "previous_section", "=", "section", "return", "self", ".", "foxml_buffer" ]

[ "Process", "the", "archival", "export", "and", "return", "a", "buffer", "with", "foxml", "content", "for", "ingest", "into", "the", "destination", "repository", "." ]

[ "def", "can_edit_post", "(", "self", ",", "post", ",", "user", ")", ":", "checker", "=", "self", ".", "_get_checker", "(", "user", ")", "# A user can edit a post if...", "# they are a superuser", "# they are the original poster of the forum post", "# they belong to the forum moderators", "is_author", "=", "self", ".", "_is_post_author", "(", "post", ",", "user", ")", "can_edit", "=", "(", "user", ".", "is_superuser", "or", "(", "is_author", "and", "checker", ".", "has_perm", "(", "'can_edit_own_posts'", ",", "post", ".", "topic", ".", "forum", ")", "and", "not", "post", ".", "topic", ".", "is_locked", ")", "or", "checker", ".", "has_perm", "(", "'can_edit_posts'", ",", "post", ".", "topic", ".", "forum", ")", ")", "return", "can_edit" ]

[ "Given", "a", "forum", "post", "checks", "whether", "the", "user", "can", "edit", "the", "latter", "." ]

[ "def", "unicode_compatible", "(", "cls", ")", ":", "if", "not", "is_py3", ":", "cls", ".", "__unicode__", "=", "cls", ".", "__str__", "cls", ".", "__str__", "=", "lambda", "self", ":", "self", ".", "__unicode__", "(", ")", ".", "encode", "(", "'utf-8'", ")", "return", "cls" ]

[ "A", "decorator", "that", "defines", "__str__", "and", "__unicode__", "methods", "under", "Python", "2", "." ]

[ "def", "open_file", "(", "filename", ")", ":", "if", "sys", ".", "platform", ".", "startswith", "(", "\"darwin\"", ")", ":", "subprocess", ".", "call", "(", "(", "\"open\"", ",", "filename", ")", ")", "elif", "sys", ".", "platform", "==", "\"cygwin\"", ":", "subprocess", ".", "call", "(", "(", "\"cygstart\"", ",", "filename", ")", ")", "elif", "os", ".", "name", "==", "\"nt\"", ":", "os", ".", "system", "(", "\"start %s\"", "%", "filename", ")", "elif", "os", ".", "name", "==", "\"posix\"", ":", "subprocess", ".", "call", "(", "(", "\"xdg-open\"", ",", "filename", ")", ")" ]

[ "Multi", "-", "platform", "way", "to", "make", "the", "OS", "open", "a", "file", "with", "its", "default", "application" ]

[ "def", "_execfile", "(", "filename", ",", "globals", ",", "locals", "=", "None", ")", ":", "mode", "=", "'rb'", "# Python 2.6 compile requires LF for newlines, so use deprecated", "# Universal newlines support.", "if", "sys", ".", "version_info", "<", "(", "2", ",", "7", ")", ":", "mode", "+=", "'U'", "with", "open", "(", "filename", ",", "mode", ")", "as", "stream", ":", "script", "=", "stream", ".", "read", "(", ")", "if", "locals", "is", "None", ":", "locals", "=", "globals", "code", "=", "compile", "(", "script", ",", "filename", ",", "'exec'", ")", "exec", "(", "code", ",", "globals", ",", "locals", ")" ]

[ "Python", "3", "implementation", "of", "execfile", "." ]

[ "def", "log_message", "(", "logger", ",", "message", "=", "\"\"", ")", ":", "def", "decorator", "(", "func", ")", ":", "@", "wraps", "(", "func", ")", "def", "wrapper", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "_log_message", "(", "logger", ",", "func", ".", "__name__", ",", "message", ")", "result", "=", "func", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "return", "result", "return", "wrapper", "return", "decorator" ]

[ "Decorator", "to", "log", "a", "message", "before", "executing", "a", "function" ]

[ "def", "get_datasets_list", "(", "self", ",", "project_id", "=", "None", ")", ":", "dataset_project_id", "=", "project_id", "if", "project_id", "else", "self", ".", "project_id", "try", ":", "datasets_list", "=", "self", ".", "service", ".", "datasets", "(", ")", ".", "list", "(", "projectId", "=", "dataset_project_id", ")", ".", "execute", "(", "num_retries", "=", "self", ".", "num_retries", ")", "[", "'datasets'", "]", "self", ".", "log", ".", "info", "(", "\"Datasets List: %s\"", ",", "datasets_list", ")", "except", "HttpError", "as", "err", ":", "raise", "AirflowException", "(", "'BigQuery job failed. Error was: {}'", ".", "format", "(", "err", ".", "content", ")", ")", "return", "datasets_list" ]

[ "Method", "returns", "full", "list", "of", "BigQuery", "datasets", "in", "the", "current", "project" ]

[ "def", "_get_imports_m", "(", "self", ",", "data_types", ",", "default_imports", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "data_types", ",", "list", ")", ":", "data_types", "=", "[", "data_types", "]", "import_classes", "=", "default_imports", "for", "data_type", "in", "data_types", ":", "import_classes", ".", "append", "(", "fmt_class_prefix", "(", "data_type", ")", ")", "if", "data_type", ".", "parent_type", ":", "import_classes", ".", "append", "(", "fmt_class_prefix", "(", "data_type", ".", "parent_type", ")", ")", "if", "is_struct_type", "(", "data_type", ")", "and", "data_type", ".", "has_enumerated_subtypes", "(", ")", ":", "for", "_", ",", "subtype", "in", "data_type", ".", "get_all_subtypes_with_tags", "(", ")", ":", "import_classes", ".", "append", "(", "fmt_class_prefix", "(", "subtype", ")", ")", "for", "field", "in", "data_type", ".", "all_fields", ":", "data_type", ",", "_", "=", "unwrap_nullable", "(", "field", ".", "data_type", ")", "# unpack list or map", "while", "is_list_type", "(", "data_type", ")", "or", "is_map_type", "(", "data_type", ")", ":", "data_type", "=", "(", "data_type", ".", "value_data_type", "if", "is_map_type", "(", "data_type", ")", "else", "data_type", ".", "data_type", ")", "if", "is_user_defined_type", "(", "data_type", ")", ":", "import_classes", ".", "append", "(", "fmt_class_prefix", "(", "data_type", ")", ")", "if", "import_classes", ":", "import_classes", "=", "list", "(", "set", "(", "import_classes", ")", ")", "import_classes", ".", "sort", "(", ")", "return", "import_classes" ]

[ "Emits", "all", "necessary", "implementation", "file", "imports", "for", "the", "given", "Stone", "data", "type", "." ]

[ "def", "_seek_streamer", "(", "self", ",", "index", ",", "value", ")", ":", "highest_id", "=", "self", ".", "_rsl", ".", "highest_stored_id", "(", ")", "streamer", "=", "self", ".", "graph", ".", "streamers", "[", "index", "]", "if", "not", "streamer", ".", "walker", ".", "buffered", ":", "return", "_pack_sgerror", "(", "SensorLogError", ".", "CANNOT_USE_UNBUFFERED_STREAM", ")", "find_type", "=", "None", "try", ":", "exact", "=", "streamer", ".", "walker", ".", "seek", "(", "value", ",", "target", "=", "'id'", ")", "if", "exact", ":", "find_type", "=", "'exact'", "else", ":", "find_type", "=", "'other_stream'", "except", "UnresolvedIdentifierError", ":", "if", "value", ">", "highest_id", ":", "find_type", "=", "'too_high'", "else", ":", "find_type", "=", "'too_low'", "# If we found an exact match, move one beyond it", "if", "find_type", "==", "'exact'", ":", "try", ":", "streamer", ".", "walker", ".", "pop", "(", ")", "except", "StreamEmptyError", ":", "pass", "error", "=", "Error", ".", "NO_ERROR", "elif", "find_type", "==", "'too_high'", ":", "streamer", ".", "walker", ".", "skip_all", "(", ")", "error", "=", "_pack_sgerror", "(", "SensorLogError", ".", "NO_MORE_READINGS", ")", "elif", "find_type", "==", "'too_low'", ":", "streamer", ".", "walker", ".", "seek", "(", "0", ",", "target", "=", "'offset'", ")", "error", "=", "_pack_sgerror", "(", "SensorLogError", ".", "NO_MORE_READINGS", ")", "else", ":", "error", "=", "_pack_sgerror", "(", "SensorLogError", ".", "ID_FOUND_FOR_ANOTHER_STREAM", ")", "return", "error" ]

[ "Complex", "logic", "for", "actually", "seeking", "a", "streamer", "to", "a", "reading_id", "." ]

[ "def", "is_package", "(", "self", ",", "fullname", ")", ":", "filename", "=", "os", ".", "path", ".", "split", "(", "self", ".", "get_filename", "(", "fullname", ")", ")", "[", "1", "]", "filename_base", "=", "filename", ".", "rsplit", "(", "'.'", ",", "1", ")", "[", "0", "]", "tail_name", "=", "fullname", ".", "rpartition", "(", "'.'", ")", "[", "2", "]", "return", "filename_base", "==", "'__init__'", "and", "tail_name", "!=", "'__init__'" ]

[ "Concrete", "implementation", "of", "InspectLoader", ".", "is_package", "by", "checking", "if", "the", "path", "returned", "by", "get_filename", "has", "a", "filename", "of", "__init__", ".", "py", "." ]

[ "def", "_median_window", "(", "window", ",", "window_start", ",", "multiplier", ",", "starttime", ",", "sampling_rate", ",", "debug", "=", "0", ")", ":", "MAD", "=", "np", ".", "median", "(", "np", ".", "abs", "(", "window", ")", ")", "thresh", "=", "multiplier", "*", "MAD", "if", "debug", ">=", "2", ":", "print", "(", "'Threshold for window is: '", "+", "str", "(", "thresh", ")", "+", "'\\nMedian is: '", "+", "str", "(", "MAD", ")", "+", "'\\nMax is: '", "+", "str", "(", "np", ".", "max", "(", "window", ")", ")", ")", "peaks", "=", "find_peaks2_short", "(", "arr", "=", "window", ",", "thresh", "=", "thresh", ",", "trig_int", "=", "5", ",", "debug", "=", "0", ")", "if", "debug", ">=", "4", "and", "peaks", ":", "peaks_plot", "(", "window", ",", "starttime", ",", "sampling_rate", ",", "save", "=", "False", ",", "peaks", "=", "peaks", ")", "if", "peaks", ":", "peaks", "=", "[", "(", "peak", "[", "0", "]", ",", "peak", "[", "1", "]", "+", "window_start", ")", "for", "peak", "in", "peaks", "]", "else", ":", "peaks", "=", "[", "]", "return", "peaks" ]

[ "Internal", "function", "to", "aid", "parallel", "processing" ]

[ "def", "disconnect_layer_listener", "(", "self", ")", ":", "project", "=", "QgsProject", ".", "instance", "(", ")", "project", ".", "layersWillBeRemoved", ".", "disconnect", "(", "self", ".", "get_layers", ")", "project", ".", "layersAdded", ".", "disconnect", "(", "self", ".", "get_layers", ")", "project", ".", "layersRemoved", ".", "disconnect", "(", "self", ".", "get_layers", ")", "self", ".", "iface", ".", "mapCanvas", "(", ")", ".", "layersChanged", ".", "disconnect", "(", "self", ".", "get_layers", ")", "self", ".", "iface", ".", "currentLayerChanged", ".", "disconnect", "(", "self", ".", "layer_changed", ")" ]

[ "Destroy", "the", "signal", "/", "slot", "to", "listen", "for", "layers", "loaded", "in", "QGIS", "." ]

[ "def", "run_file", "(", "name", ",", "database", ",", "query_file", "=", "None", ",", "output", "=", "None", ",", "grain", "=", "None", ",", "key", "=", "None", ",", "overwrite", "=", "True", ",", "saltenv", "=", "None", ",", "check_db_exists", "=", "True", ",", "*", "*", "connection_args", ")", ":", "ret", "=", "{", "'name'", ":", "name", ",", "'changes'", ":", "{", "}", ",", "'result'", ":", "True", ",", "'comment'", ":", "'Database {0} is already present'", ".", "format", "(", "database", ")", "}", "if", "any", "(", "[", "query_file", ".", "startswith", "(", "proto", ")", "for", "proto", "in", "[", "'http://'", ",", "'https://'", ",", "'salt://'", ",", "'s3://'", ",", "'swift://'", "]", "]", ")", ":", "query_file", "=", "__salt__", "[", "'cp.cache_file'", "]", "(", "query_file", ",", "saltenv", "=", "saltenv", "or", "__env__", ")", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "query_file", ")", ":", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'File {0} does not exist'", ".", "format", "(", "query_file", ")", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "False", "return", "ret", "# check if database exists", "if", "check_db_exists", "and", "not", "__salt__", "[", "'mysql.db_exists'", "]", "(", "database", ",", "*", "*", "connection_args", ")", ":", "err", "=", "_get_mysql_error", "(", ")", "if", "err", "is", "not", "None", ":", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "err", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "False", "return", "ret", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "None", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "(", "'Database {0} is not present'", ")", ".", "format", "(", "database", ")", "return", "ret", "# Check if execution needed", "if", "output", "==", "'grain'", ":", "if", "grain", "is", "not", "None", "and", "key", "is", "None", ":", "if", "not", "overwrite", "and", "grain", "in", "__salt__", "[", "'grains.ls'", "]", "(", ")", ":", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'No execution needed. Grain '", "+", "grain", "+", "' already set'", "return", "ret", "elif", "__opts__", "[", "'test'", "]", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "None", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Query would execute, storing result in '", "+", "'grain: '", "+", "grain", "return", "ret", "elif", "grain", "is", "not", "None", ":", "if", "grain", "in", "__salt__", "[", "'grains.ls'", "]", "(", ")", ":", "grain_value", "=", "__salt__", "[", "'grains.get'", "]", "(", "grain", ")", "else", ":", "grain_value", "=", "{", "}", "if", "not", "overwrite", "and", "key", "in", "grain_value", ":", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'No execution needed. Grain '", "+", "grain", "+", "':'", "+", "key", "+", "' already set'", "return", "ret", "elif", "__opts__", "[", "'test'", "]", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "None", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Query would execute, storing result in '", "+", "'grain: '", "+", "grain", "+", "':'", "+", "key", "return", "ret", "else", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "False", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "\"Error: output type 'grain' needs the grain \"", "+", "\"parameter\\n\"", "return", "ret", "elif", "output", "is", "not", "None", ":", "if", "not", "overwrite", "and", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "output", ")", ":", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'No execution needed. File '", "+", "output", "+", "' already set'", "return", "ret", "elif", "__opts__", "[", "'test'", "]", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "None", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Query would execute, storing result in '", "+", "'file: '", "+", "output", "return", "ret", "elif", "__opts__", "[", "'test'", "]", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "None", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Query would execute, not storing result'", "return", "ret", "# The database is present, execute the query", "query_result", "=", "__salt__", "[", "'mysql.file_query'", "]", "(", "database", ",", "query_file", ",", "*", "*", "connection_args", ")", "if", "query_result", "is", "False", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "False", "return", "ret", "mapped_results", "=", "[", "]", "if", "'results'", "in", "query_result", ":", "for", "res", "in", "query_result", "[", "'results'", "]", ":", "mapped_line", "=", "{", "}", "for", "idx", ",", "col", "in", "enumerate", "(", "query_result", "[", "'columns'", "]", ")", ":", "mapped_line", "[", "col", "]", "=", "res", "[", "idx", "]", "mapped_results", ".", "append", "(", "mapped_line", ")", "query_result", "[", "'results'", "]", "=", "mapped_results", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "six", ".", "text_type", "(", "query_result", ")", "if", "output", "==", "'grain'", ":", "if", "grain", "is", "not", "None", "and", "key", "is", "None", ":", "__salt__", "[", "'grains.setval'", "]", "(", "grain", ",", "query_result", ")", "ret", "[", "'changes'", "]", "[", "'query'", "]", "=", "\"Executed. Output into grain: \"", "+", "grain", "elif", "grain", "is", "not", "None", ":", "if", "grain", "in", "__salt__", "[", "'grains.ls'", "]", "(", ")", ":", "grain_value", "=", "__salt__", "[", "'grains.get'", "]", "(", "grain", ")", "else", ":", "grain_value", "=", "{", "}", "grain_value", "[", "key", "]", "=", "query_result", "__salt__", "[", "'grains.setval'", "]", "(", "grain", ",", "grain_value", ")", "ret", "[", "'changes'", "]", "[", "'query'", "]", "=", "\"Executed. Output into grain: \"", "+", "grain", "+", "\":\"", "+", "key", "elif", "output", "is", "not", "None", ":", "ret", "[", "'changes'", "]", "[", "'query'", "]", "=", "\"Executed. Output into \"", "+", "output", "with", "salt", ".", "utils", ".", "files", ".", "fopen", "(", "output", ",", "'w'", ")", "as", "output_file", ":", "if", "'results'", "in", "query_result", ":", "for", "res", "in", "query_result", "[", "'results'", "]", ":", "for", "col", ",", "val", "in", "six", ".", "iteritems", "(", "res", ")", ":", "output_file", ".", "write", "(", "salt", ".", "utils", ".", "stringutils", ".", "to_str", "(", "col", "+", "':'", "+", "val", "+", "'\\n'", ")", ")", "else", ":", "output_file", ".", "write", "(", "salt", ".", "utils", ".", "stringutils", ".", "to_str", "(", "query_result", ")", ")", "else", ":", "ret", "[", "'changes'", "]", "[", "'query'", "]", "=", "\"Executed\"", "return", "ret" ]

[ "Execute", "an", "arbitrary", "query", "on", "the", "specified", "database" ]

[ "def", "get_data", "(", "self", ",", "search", ",", "phases", "=", "None", ",", "fields", "=", "default_fields", ")", ":", "output", "=", "[", "]", "fields", "=", "{", "key", ":", "[", "jmespath", ".", "compile", "(", "item", ")", "if", "isinstance", "(", "item", ",", "str", ")", "else", "item", "(", ")", "for", "item", "in", "value", "]", "for", "key", ",", "value", "in", "fields", ".", "items", "(", ")", "}", "if", "fields", "else", "None", "tot_count", "=", "0", "phases", "=", "list", "(", "set", "(", "phases", ")", ")", "if", "phases", "else", "[", "]", "if", "len", "(", "phases", ")", ">", "self", ".", "maxnphases", ":", "all_phases", "=", "array_split", "(", "phases", ",", "int", "(", "math", ".", "ceil", "(", "len", "(", "phases", ")", "/", "self", ".", "maxnphases", ")", ")", ")", "else", ":", "all_phases", "=", "[", "phases", "]", "nsteps", "=", "len", "(", "all_phases", ")", "for", "step", ",", "current_phases", "in", "enumerate", "(", "all_phases", ",", "start", "=", "1", ")", ":", "counter", ",", "hits_count", "=", "0", ",", "0", "while", "True", ":", "result", "=", "self", ".", "_request", "(", "search", ",", "phases", "=", "list", "(", "current_phases", ")", ",", "page", "=", "counter", ")", "if", "result", "[", "'error'", "]", ":", "raise", "APIError", "(", "result", "[", "'error'", "]", ",", "result", ".", "get", "(", "'code'", ",", "0", ")", ")", "if", "result", "[", "'npages'", "]", ">", "self", ".", "maxnpages", ":", "raise", "APIError", "(", "\"Too many hits (%s > %s), please, be more specific\"", "%", "(", "result", "[", "'count'", "]", ",", "self", ".", "maxnpages", "*", "self", ".", "pagesize", ")", ",", "2", ")", "output", ".", "extend", "(", "self", ".", "_massage", "(", "result", "[", "'out'", "]", ",", "fields", ")", ")", "if", "hits_count", "and", "hits_count", "!=", "result", "[", "'count'", "]", ":", "raise", "APIError", "(", "\"API error: hits count has been changed during the query\"", ")", "hits_count", "=", "result", "[", "'count'", "]", "time", ".", "sleep", "(", "self", ".", "chillouttime", ")", "if", "counter", "==", "result", "[", "'npages'", "]", "-", "1", ":", "break", "counter", "+=", "1", "if", "self", ".", "verbose", ":", "sys", ".", "stdout", ".", "write", "(", "\"\\r\\t%d%% of step %s from %s\"", "%", "(", "(", "counter", "/", "result", "[", "'npages'", "]", ")", "*", "100", ",", "step", ",", "nsteps", ")", ")", "sys", ".", "stdout", ".", "flush", "(", ")", "tot_count", "+=", "hits_count", "if", "len", "(", "output", ")", "!=", "tot_count", ":", "raise", "APIError", "(", "\"API error: collected and declared counts of hits differ\"", ")", "if", "self", ".", "verbose", ":", "sys", ".", "stdout", ".", "write", "(", "\"Got %s hits\\r\\n\"", "%", "tot_count", ")", "sys", ".", "stdout", ".", "flush", "(", ")", "return", "output" ]

[ "Retrieve", "data", "in", "JSON", ".", "JSON", "is", "expected", "to", "be", "valid", "against", "the", "schema", "at", "https", ":", "//", "developer", ".", "mpds", ".", "io", "/", "mpds", ".", "schema", ".", "json" ]

[ "def", "pprint_table", "(", "table", ",", "out", "=", "sys", ".", "stdout", ",", "rstrip", "=", "False", ")", ":", "def", "max_width_col", "(", "table", ",", "col_idx", ")", ":", "\"\"\"\n Get the maximum width of the given column index\n \"\"\"", "return", "max", "(", "[", "len", "(", "row", "[", "col_idx", "]", ")", "for", "row", "in", "table", "]", ")", "if", "rstrip", ":", "for", "row_idx", ",", "row", "in", "enumerate", "(", "table", ")", ":", "table", "[", "row_idx", "]", "=", "[", "c", ".", "rstrip", "(", ")", "for", "c", "in", "row", "]", "col_paddings", "=", "[", "]", "ncols", "=", "len", "(", "table", "[", "0", "]", ")", "for", "i", "in", "range", "(", "ncols", ")", ":", "col_paddings", ".", "append", "(", "max_width_col", "(", "table", ",", "i", ")", ")", "for", "row", "in", "table", ":", "# left col", "out", ".", "write", "(", "row", "[", "0", "]", ".", "ljust", "(", "col_paddings", "[", "0", "]", "+", "1", ")", ")", "# rest of the cols", "for", "i", "in", "range", "(", "1", ",", "len", "(", "row", ")", ")", ":", "col", "=", "row", "[", "i", "]", ".", "rjust", "(", "col_paddings", "[", "i", "]", "+", "2", ")", "out", ".", "write", "(", "col", ")", "out", ".", "write", "(", "\"\\n\"", ")" ]

[ "Prints", "out", "a", "table", "of", "data", "padded", "for", "alignment", "Each", "row", "must", "have", "the", "same", "number", "of", "columns", "." ]

[ "def", "_determine_unfiltered_package_names", "(", "self", ")", ":", "# This plugin only processes packages, if the line in the packages", "# configuration contains a PEP440 specifier it will be processed by the", "# blacklist release filter. So we need to remove any packages that", "# are not applicable for this plugin.", "unfiltered_packages", "=", "set", "(", ")", "try", ":", "lines", "=", "self", ".", "configuration", "[", "\"whitelist\"", "]", "[", "\"packages\"", "]", "package_lines", "=", "lines", ".", "split", "(", "\"\\n\"", ")", "except", "KeyError", ":", "package_lines", "=", "[", "]", "for", "package_line", "in", "package_lines", ":", "package_line", "=", "package_line", ".", "strip", "(", ")", "if", "not", "package_line", "or", "package_line", ".", "startswith", "(", "\"#\"", ")", ":", "continue", "unfiltered_packages", ".", "add", "(", "package_line", ")", "return", "list", "(", "unfiltered_packages", ")" ]

[ "Return", "a", "list", "of", "package", "names", "to", "be", "filtered", "base", "on", "the", "configuration", "file", "." ]

[ "def", "_getbitmap_type", "(", "self", ",", "filename", ")", ":", "# KEA 2001-07-27\r", "# was\r", "#name, ext = filename.split( '.' )\r", "#ext = ext.upper()\r", "if", "filename", "is", "None", "or", "filename", "==", "''", ":", "return", "None", "name", ",", "ext", "=", "os", ".", "path", ".", "splitext", "(", "filename", ")", "ext", "=", "ext", "[", "1", ":", "]", ".", "upper", "(", ")", "if", "ext", "==", "'BMP'", ":", "return", "wx", ".", "BITMAP_TYPE_BMP", "elif", "ext", "==", "'GIF'", ":", "return", "wx", ".", "BITMAP_TYPE_GIF", "elif", "ext", "==", "'JPG'", "or", "ext", "==", "'JPEG'", ":", "return", "wx", ".", "BITMAP_TYPE_JPEG", "elif", "ext", "==", "'PCX'", ":", "return", "wx", ".", "BITMAP_TYPE_PCX", "#elif ext == 'PICT':\r", "# return wx.BITMAP_TYPE_PICT\r", "elif", "ext", "==", "'PNG'", ":", "return", "wx", ".", "BITMAP_TYPE_PNG", "elif", "ext", "==", "'PNM'", ":", "return", "wx", ".", "BITMAP_TYPE_PNM", "elif", "ext", "==", "'TIF'", "or", "ext", "==", "'TIFF'", ":", "return", "wx", ".", "BITMAP_TYPE_TIF", "elif", "ext", "==", "'XBM'", ":", "return", "wx", ".", "BITMAP_TYPE_XBM", "elif", "ext", "==", "'XPM'", ":", "return", "wx", ".", "BITMAP_TYPE_XPM", "else", ":", "# KEA 2001-10-10\r", "# rather than throw an exception, we could try and have wxPython figure out the image\r", "# type by returning wxBITMAP_TYPE_ANY\r", "raise", "RuntimeError", "(", "'invalid graphics format'", ")" ]

[ "Get", "the", "type", "of", "an", "image", "from", "the", "file", "s", "extension", "(", ".", "jpg", "etc", ".", ")" ]

[ "def", "generate_thumbnail", "(", "source", ",", "outname", ",", "box", ",", "fit", "=", "True", ",", "options", "=", "None", ",", "thumb_fit_centering", "=", "(", "0.5", ",", "0.5", ")", ")", ":", "logger", "=", "logging", ".", "getLogger", "(", "__name__", ")", "img", "=", "_read_image", "(", "source", ")", "original_format", "=", "img", ".", "format", "if", "fit", ":", "img", "=", "ImageOps", ".", "fit", "(", "img", ",", "box", ",", "PILImage", ".", "ANTIALIAS", ",", "centering", "=", "thumb_fit_centering", ")", "else", ":", "img", ".", "thumbnail", "(", "box", ",", "PILImage", ".", "ANTIALIAS", ")", "outformat", "=", "img", ".", "format", "or", "original_format", "or", "'JPEG'", "logger", ".", "debug", "(", "'Save thumnail image: %s (%s)'", ",", "outname", ",", "outformat", ")", "save_image", "(", "img", ",", "outname", ",", "outformat", ",", "options", "=", "options", ",", "autoconvert", "=", "True", ")" ]

[ "Create", "a", "thumbnail", "image", "." ]

[ "def", "isMethodAllowed", "(", "self", ",", "method", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "method", ",", "str", ")", ":", "uid", "=", "method", "else", ":", "uid", "=", "method", ".", "UID", "(", ")", "return", "uid", "in", "self", ".", "getAllowedMethodUIDs", "(", ")" ]

[ "Checks", "if", "the", "analysis", "can", "follow", "the", "method", "specified", "either", "if", "the", "method", "was", "assigned", "directly", "(", "by", "using", "Allows", "manual", "entry", "of", "results", ")", "or", "indirectly", "via", "Instrument", "(", "Allows", "instrument", "entry", "of", "results", ")", "in", "Analysis", "Service", "Edit", "view", ".", "Param", "method", "can", "be", "either", "a", "uid", "or", "an", "object", ":", "param", "method", ":", "string", "Method", ":", "return", ":", "True", "if", "the", "analysis", "can", "follow", "the", "method", "specified", ":", "rtype", ":", "bool" ]

[ "def", "create", "(", "cls", ",", "repo", ",", "name", ",", "url", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "scmd", "=", "'add'", "kwargs", "[", "'insert_kwargs_after'", "]", "=", "scmd", "repo", ".", "git", ".", "remote", "(", "scmd", ",", "name", ",", "Git", ".", "polish_url", "(", "url", ")", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "return", "cls", "(", "repo", ",", "name", ")" ]

[ "Create", "a", "new", "remote", "to", "the", "given", "repository", ":", "param", "repo", ":", "Repository", "instance", "that", "is", "to", "receive", "the", "new", "remote", ":", "param", "name", ":", "Desired", "name", "of", "the", "remote", ":", "param", "url", ":", "URL", "which", "corresponds", "to", "the", "remote", "s", "name", ":", "param", "kwargs", ":", "Additional", "arguments", "to", "be", "passed", "to", "the", "git", "-", "remote", "add", "command", ":", "return", ":", "New", "Remote", "instance", ":", "raise", "GitCommandError", ":", "in", "case", "an", "origin", "with", "that", "name", "already", "exists" ]

[ "def", "lksprob", "(", "alam", ")", ":", "fac", "=", "2.0", "sum", "=", "0.0", "termbf", "=", "0.0", "a2", "=", "-", "2.0", "*", "alam", "*", "alam", "for", "j", "in", "range", "(", "1", ",", "201", ")", ":", "term", "=", "fac", "*", "math", ".", "exp", "(", "a2", "*", "j", "*", "j", ")", "sum", "=", "sum", "+", "term", "if", "math", ".", "fabs", "(", "term", ")", "<=", "(", "0.001", "*", "termbf", ")", "or", "math", ".", "fabs", "(", "term", ")", "<", "(", "1.0e-8", "*", "sum", ")", ":", "return", "sum", "fac", "=", "-", "fac", "termbf", "=", "math", ".", "fabs", "(", "term", ")", "return", "1.0" ]

[ "Computes", "a", "Kolmolgorov", "-", "Smirnov", "t", "-", "test", "significance", "level", ".", "Adapted", "from", "Numerical", "Recipies", "." ]

[ "def", "list_backups", "(", "self", ",", "limit", "=", "20", ",", "marker", "=", "0", ")", ":", "return", "self", ".", "manager", ".", "_list_backups_for_instance", "(", "self", ",", "limit", "=", "limit", ",", "marker", "=", "marker", ")" ]

[ "Returns", "a", "paginated", "list", "of", "backups", "for", "this", "instance", "." ]

[ "def", "remove_header", "(", "self", ",", "name", ")", ":", "if", "name", "in", "self", ".", "info_dict", ":", "self", ".", "info_dict", ".", "pop", "(", "name", ")", "logger", ".", "info", "(", "\"Removed '{0}' from INFO\"", ".", "format", "(", "name", ")", ")", "if", "name", "in", "self", ".", "filter_dict", ":", "self", ".", "filter_dict", ".", "pop", "(", "name", ")", "logger", ".", "info", "(", "\"Removed '{0}' from FILTER\"", ".", "format", "(", "name", ")", ")", "if", "name", "in", "self", ".", "format_dict", ":", "self", ".", "format_dict", ".", "pop", "(", "name", ")", "logger", ".", "info", "(", "\"Removed '{0}' from FORMAT\"", ".", "format", "(", "name", ")", ")", "if", "name", "in", "self", ".", "contig_dict", ":", "self", ".", "contig_dict", ".", "pop", "(", "name", ")", "logger", ".", "info", "(", "\"Removed '{0}' from CONTIG\"", ".", "format", "(", "name", ")", ")", "if", "name", "in", "self", ".", "alt_dict", ":", "self", ".", "alt_dict", ".", "pop", "(", "name", ")", "logger", ".", "info", "(", "\"Removed '{0}' from ALT\"", ".", "format", "(", "name", ")", ")", "if", "name", "in", "self", ".", "other_dict", ":", "self", ".", "other_dict", ".", "pop", "(", "name", ")", "logger", ".", "info", "(", "\"Removed '{0}' from OTHER\"", ".", "format", "(", "name", ")", ")", "return" ]

[ "Remove", "a", "field", "from", "the", "header" ]

[ "def", "members", "(", "self", ")", ":", "all_members", "=", "[", "]", "for", "page", "in", "range", "(", "1", ",", "self", ".", "max_page", "(", ")", "+", "1", ")", ":", "all_members", ".", "extend", "(", "self", ".", "single_page_members", "(", "page", ")", ")", "return", "all_members" ]

[ "获取小组所有成员的信息列表" ]

[ "def", "_handle_start_node", "(", "self", ",", "attrs", ")", ":", "self", ".", "_curr", "=", "{", "'attributes'", ":", "dict", "(", "attrs", ")", ",", "'lat'", ":", "None", ",", "'lon'", ":", "None", ",", "'node_id'", ":", "None", ",", "'tags'", ":", "{", "}", "}", "if", "attrs", ".", "get", "(", "'id'", ",", "None", ")", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "_curr", "[", "'node_id'", "]", "=", "int", "(", "attrs", "[", "'id'", "]", ")", "del", "self", ".", "_curr", "[", "'attributes'", "]", "[", "'id'", "]", "if", "attrs", ".", "get", "(", "'lat'", ",", "None", ")", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "_curr", "[", "'lat'", "]", "=", "Decimal", "(", "attrs", "[", "'lat'", "]", ")", "del", "self", ".", "_curr", "[", "'attributes'", "]", "[", "'lat'", "]", "if", "attrs", ".", "get", "(", "'lon'", ",", "None", ")", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "_curr", "[", "'lon'", "]", "=", "Decimal", "(", "attrs", "[", "'lon'", "]", ")", "del", "self", ".", "_curr", "[", "'attributes'", "]", "[", "'lon'", "]" ]

[ "Handle", "opening", "node", "element" ]

[ "def", "formatted", "(", "self", ",", "include_server_time", ")", ":", "if", "include_server_time", ":", "# pylint: disable=no-else-return", "return", "(", "'{0:5d} {1:5d} '", "'{2:7.3f} {3:7.3f} {4:7.3f} '", "'{5:7.3f} {6:7.3f} {7:7.3f} '", "'{8:6.0f} {9:6.0f} {10:6.0f} '", "'{11:8.0f} {12:8.0f} {13:8.0f} {14}\\n'", ".", "format", "(", "self", ".", "count", ",", "self", ".", "exception_count", ",", "self", ".", "avg_time", ",", "self", ".", "min_time", ",", "self", ".", "max_time", ",", "self", ".", "avg_server_time", ",", "self", ".", "min_server_time", ",", "self", ".", "max_server_time", ",", "self", ".", "avg_request_len", ",", "self", ".", "min_request_len", ",", "self", ".", "max_request_len", ",", "self", ".", "avg_reply_len", ",", "self", ".", "min_reply_len", ",", "self", ".", "max_reply_len", ",", "self", ".", "name", ")", ")", "else", ":", "return", "(", "'{0:5d} {1:5d} '", "'{2:7.3f} {3:7.3f} {4:7.3f} '", "'{5:6.0f} {6:6.0f} {7:6.0f} '", "'{8:6.0f} {9:8.0f} {10:8.0f} {11}\\n'", ".", "format", "(", "self", ".", "count", ",", "self", ".", "exception_count", ",", "self", ".", "avg_time", ",", "self", ".", "min_time", ",", "self", ".", "max_time", ",", "self", ".", "avg_request_len", ",", "self", ".", "min_request_len", ",", "self", ".", "max_request_len", ",", "self", ".", "avg_reply_len", ",", "self", ".", "min_reply_len", ",", "self", ".", "max_reply_len", ",", "self", ".", "name", ")", ")" ]

[ "Return", "a", "formatted", "one", "-", "line", "string", "with", "the", "statistics", "values", "for", "the", "operation", "for", "which", "this", "statistics", "object", "maintains", "data", "." ]

[ "def", "get_parities", "(", ")", ":", "parities", "=", "[", "]", "s", "=", "pyserial", ".", "Serial", "(", ")", "for", "name", ",", "value", "in", "s", ".", "getSupportedParities", "(", ")", ":", "parities", ".", "append", "(", "(", "value", ",", "name", ",", ")", ")", "return", "tuple", "(", "parities", ")" ]

[ "Returns", "supported", "parities", "in", "a", "Django", "-", "like", "choices", "tuples", "." ]

[ "def", "unregister", "(", "self", ",", "event", ")", ":", "if", "self", ".", "running", ":", "raise", "RuntimeError", "(", "\"Can't unregister while running\"", ")", "self", ".", "_handlers", ".", "pop", "(", "event", ",", "None", ")" ]

[ "Remove", "all", "registered", "handlers", "for", "an", "event", ".", "Silent", "return", "when", "event", "was", "not", "registered", "." ]

[ "def", "fasta_files_equal", "(", "seq_file1", ",", "seq_file2", ")", ":", "# Load already set representative sequence", "seq1", "=", "SeqIO", ".", "read", "(", "open", "(", "seq_file1", ")", ",", "'fasta'", ")", "# Load kegg sequence", "seq2", "=", "SeqIO", ".", "read", "(", "open", "(", "seq_file2", ")", ",", "'fasta'", ")", "# Test equality", "if", "str", "(", "seq1", ".", "seq", ")", "==", "str", "(", "seq2", ".", "seq", ")", ":", "return", "True", "else", ":", "return", "False" ]

[ "Check", "equality", "of", "a", "FASTA", "file", "to", "another", "FASTA", "file" ]

[ "def", "read_index", "(", "self", ",", "fh", ",", "indexed_fh", ",", "rec_iterator", "=", "None", ",", "rec_hash_func", "=", "None", ",", "parse_hash", "=", "str", ",", "flush", "=", "True", ",", "no_reindex", "=", "True", ",", "verbose", "=", "False", ")", ":", "# set the record iterator and hash functions, if they were given", "if", "rec_iterator", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "record_iterator", "=", "rec_iterator", "if", "rec_hash_func", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "record_hash_function", "=", "rec_hash_func", "# disable re-indexing?", "self", ".", "_no_reindex", "=", "no_reindex", "# figure out what kind of index identifier we got: handle or filename?", "handle", "=", "fh", "try", ":", "handle", "=", "open", "(", "fh", ")", "except", "TypeError", ":", "# okay, not a filename, we'll try treating it as a stream to read from.", "pass", "# clear this index?", "if", "flush", ":", "self", ".", "_index", "=", "{", "}", "self", ".", "_indexed_file_handle", "=", "None", "self", ".", "_indexed_file_name", "=", "None", "# replace the name/handle for the indexed file", "indexed_fn", "=", "None", "try", ":", "# try treating this as a filename", "self", ".", "indexed_file", "=", "(", "indexed_fh", ",", "None", ")", "indexed_fn", "=", "indexed_fh", "except", "TypeError", ":", "try", ":", "# try treating this as a file handle", "self", ".", "indexed_file", "=", "(", "None", ",", "indexed_fh", ")", "except", "TypeError", ":", "fn", "=", "\" from \"", "+", "str", "(", "fh", ")", "if", "indexed_fn", "is", "not", "None", "else", "\"\"", "raise", "IndexError", "(", "\"failed to read index\"", "+", "fn", "+", "\"; \"", "\"reason: expected indexed filename or stream-like \"", "\"object, got \"", "+", "str", "(", "type", "(", "indexed_fh", ")", ")", ")", "# try to get an idea of how much data we have...", "if", "verbose", ":", "try", ":", "total", "=", "os", ".", "path", ".", "getsize", "(", "handle", ".", "name", ")", "pind", "=", "ProgressIndicator", "(", "totalToDo", "=", "total", ",", "messagePrefix", "=", "\"completed\"", ",", "messageSuffix", "=", "\"of loading \"", "+", "handle", ".", "name", ")", "except", "AttributeError", "as", "e", ":", "sys", ".", "stderr", ".", "write", "(", "str", "(", "e", ")", ")", "sys", ".", "stderr", ".", "write", "(", "\"completed [unknown] of loading index\"", ")", "verbose", "=", "False", "# read the index file and populate this object", "for", "line", "in", "handle", ":", "line", "=", "line", ".", "rstrip", "(", ")", "if", "verbose", ":", "pind", ".", "done", "=", "handle", ".", "tell", "(", ")", "pind", ".", "showProgress", "(", ")", "if", "line", ".", "isspace", "(", ")", ":", "continue", "parts", "=", "line", ".", "split", "(", "\"\\t\"", ")", "if", "len", "(", "parts", ")", "<", "2", ":", "raise", "IndexError", "(", "\"failed to parse line: '\"", "+", "line", "+", "\"'\"", ")", "key", "=", "parse_hash", "(", "\"\\t\"", ".", "join", "(", "parts", "[", ":", "-", "1", "]", ")", ")", "value", "=", "parts", "[", "-", "1", "]", "self", ".", "_index", "[", "key", "]", "=", "int", "(", "value", ")" ]

[ "Populate", "this", "index", "from", "a", "file", ".", "Input", "format", "is", "just", "a", "tab", "-", "separated", "file", "one", "record", "per", "line", ".", "The", "last", "column", "is", "the", "file", "location", "for", "the", "record", "and", "all", "columns", "before", "that", "are", "collectively", "considered", "to", "be", "the", "hash", "key", "for", "that", "record", "(", "which", "is", "probably", "only", "1", "column", "but", "this", "allows", "us", "to", "permit", "tabs", "in", "hash", "keys", ")", ".", "Lines", "consisting", "only", "of", "whitespace", "are", "skipped", "." ]

[ "def", "raster", "(", "times", ",", "indices", ",", "max_time", "=", "None", ",", "max_index", "=", "None", ",", "x_label", "=", "\"Timestep\"", ",", "y_label", "=", "\"Index\"", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "# set default size to 1", "if", "'s'", "not", "in", "kwargs", ":", "kwargs", "[", "'s'", "]", "=", "1", "scatter", "(", "times", ",", "indices", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "if", "max_time", "is", "None", ":", "max_time", "=", "max", "(", "times", ")", "if", "max_index", "is", "None", ":", "max_index", "=", "max", "(", "indices", ")", "axis", "(", "(", "0", ",", "max_time", ",", "0", ",", "max_index", ")", ")", "if", "x_label", "is", "not", "None", ":", "xlabel", "(", "x_label", ")", "if", "y_label", "is", "not", "None", ":", "ylabel", "(", "y_label", ")" ]

[ "Plots", "a", "raster", "plot", "given", "times", "and", "indices", "of", "events", "." ]

[ "def", "graphdata", "(", "data", ")", ":", "data", "=", "jh", ".", "get_ratings", "(", "data", ")", "num", "=", "1", "rating_final", "=", "[", "]", "episode_final", "=", "[", "]", "for", "k", ",", "v", "in", "data", ".", "iteritems", "(", ")", ":", "rating", "=", "[", "]", "epinum", "=", "[", "]", "for", "r", "in", "v", ":", "if", "r", "!=", "None", ":", "rating", ".", "append", "(", "float", "(", "r", ")", ")", "epinum", ".", "append", "(", "num", ")", "num", "+=", "1", "rating_final", ".", "append", "(", "rating", ")", "episode_final", ".", "append", "(", "epinum", ")", "return", "rating_final", ",", "episode_final" ]

[ "returns", "ratings", "and", "episode", "number", "to", "be", "used", "for", "making", "graphs" ]

[ "def", "is_lop", "(", "ch", ",", "block_op_pairs_dict", "=", "get_block_op_pairs", "(", "'{}[]()'", ")", ")", ":", "for", "i", "in", "range", "(", "1", ",", "block_op_pairs_dict", ".", "__len__", "(", ")", "+", "1", ")", ":", "if", "(", "ch", "==", "block_op_pairs_dict", "[", "i", "]", "[", "0", "]", ")", ":", "return", "(", "True", ")", "else", ":", "pass", "return", "(", "False", ")" ]

[ "#", "is_lop", "(", "{", "block_op_pairs_dict", ")", "#", "is_lop", "(", "[", "block_op_pairs_dict", ")", "#", "is_lop", "(", "}", "block_op_pairs_dict", ")", "#", "is_lop", "(", "]", "block_op_pairs_dict", ")", "#", "is_lop", "(", "a", "block_op_pairs_dict", ")" ]

[ "def", "display", "(", "component", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "disp_env", "=", "get_display_environment", "(", ")", "if", "disp_env", "is", "None", ":", "raise", "LookupError", "(", "'valid display environment could not be found'", ")", "disp_env", ".", "display", "(", "component", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "Display", "the", "given", "component", "based", "on", "the", "environment", "it", "s", "run", "from", ".", "See", ":", "class", ":", "DisplayEnvironment", "<cqparts", ".", "display", ".", "environment", ".", "DisplayEnvironment", ">", "documentation", "for", "more", "details", "." ]

[ "def", "open_last_closed", "(", "self", ")", ":", "editorstack", "=", "self", ".", "get_current_editorstack", "(", ")", "last_closed_files", "=", "editorstack", ".", "get_last_closed_files", "(", ")", "if", "(", "len", "(", "last_closed_files", ")", ">", "0", ")", ":", "file_to_open", "=", "last_closed_files", "[", "0", "]", "last_closed_files", ".", "remove", "(", "file_to_open", ")", "editorstack", ".", "set_last_closed_files", "(", "last_closed_files", ")", "self", ".", "load", "(", "file_to_open", ")" ]

[ "Reopens", "the", "last", "closed", "tab", "." ]

[ "def", "step_through", "(", "self", ",", "msg", "=", "''", ",", "shutit_pexpect_child", "=", "None", ",", "level", "=", "1", ",", "print_input", "=", "True", ",", "value", "=", "True", ")", ":", "shutit_global", ".", "shutit_global_object", ".", "yield_to_draw", "(", ")", "shutit_pexpect_child", "=", "shutit_pexpect_child", "or", "self", ".", "get_current_shutit_pexpect_session", "(", ")", ".", "pexpect_child", "shutit_pexpect_session", "=", "self", ".", "get_shutit_pexpect_session_from_child", "(", "shutit_pexpect_child", ")", "if", "(", "not", "shutit_global", ".", "shutit_global_object", ".", "determine_interactive", "(", ")", "or", "not", "shutit_global", ".", "shutit_global_object", ".", "interactive", "or", "shutit_global", ".", "shutit_global_object", ".", "interactive", "<", "level", ")", ":", "return", "True", "self", ".", "build", "[", "'step_through'", "]", "=", "value", "shutit_pexpect_session", ".", "pause_point", "(", "msg", ",", "print_input", "=", "print_input", ",", "level", "=", "level", ")", "return", "True" ]

[ "Implements", "a", "step", "-", "through", "function", "using", "pause_point", "." ]

[ "def", "_populate", "(", "self", ",", "client", ")", ":", "self", ".", "client", "=", "client", "for", "fn", "in", "self", ".", "_buffered_calls", ":", "self", ".", "_log", ".", "debug", "(", "\"Executing buffered call {}\"", ".", "format", "(", "fn", ")", ")", "fn", "(", ")" ]

[ "Populate", "module", "with", "the", "client", "when", "available" ]

[ "def", "_set_port_profile_port", "(", "self", ",", "v", ",", "load", "=", "False", ")", ":", "if", "hasattr", "(", "v", ",", "\"_utype\"", ")", ":", "v", "=", "v", ".", "_utype", "(", "v", ")", "try", ":", "t", "=", "YANGDynClass", "(", "v", ",", "base", "=", "YANGBool", ",", "is_leaf", "=", "True", ",", "yang_name", "=", "\"port-profile-port\"", ",", "rest_name", "=", "\"port-profile-port\"", ",", "parent", "=", "self", ",", "path_helper", "=", "self", ".", "_path_helper", ",", "extmethods", "=", "self", ".", "_extmethods", ",", "register_paths", "=", "True", ",", "extensions", "=", "{", "u'tailf-common'", ":", "{", "u'info'", ":", "u'Set the interface to AMPP profile mode'", ",", "u'sort-priority'", ":", "u'135'", "}", "}", ",", "namespace", "=", "'urn:brocade.com:mgmt:brocade-port-profile'", ",", "defining_module", "=", "'brocade-port-profile'", ",", "yang_type", "=", "'empty'", ",", "is_config", "=", "True", ")", "except", "(", "TypeError", ",", "ValueError", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "{", "'error-string'", ":", "\"\"\"port_profile_port must be of a type compatible with empty\"\"\"", ",", "'defined-type'", ":", "\"empty\"", ",", "'generated-type'", ":", "\"\"\"YANGDynClass(base=YANGBool, is_leaf=True, yang_name=\"port-profile-port\", rest_name=\"port-profile-port\", parent=self, path_helper=self._path_helper, extmethods=self._extmethods, register_paths=True, extensions={u'tailf-common': {u'info': u'Set the interface to AMPP profile mode', u'sort-priority': u'135'}}, namespace='urn:brocade.com:mgmt:brocade-port-profile', defining_module='brocade-port-profile', yang_type='empty', is_config=True)\"\"\"", ",", "}", ")", "self", ".", "__port_profile_port", "=", "t", "if", "hasattr", "(", "self", ",", "'_set'", ")", ":", "self", ".", "_set", "(", ")" ]

[ "Setter", "method", "for", "port_profile_port", "mapped", "from", "YANG", "variable", "/", "interface", "/", "port_channel", "/", "port_profile_port", "(", "empty", ")", "If", "this", "variable", "is", "read", "-", "only", "(", "config", ":", "false", ")", "in", "the", "source", "YANG", "file", "then", "_set_port_profile_port", "is", "considered", "as", "a", "private", "method", ".", "Backends", "looking", "to", "populate", "this", "variable", "should", "do", "so", "via", "calling", "thisObj", ".", "_set_port_profile_port", "()", "directly", "." ]

[ "def", "get_hosts_unfinished", "(", "self", ",", "scan_id", ")", ":", "unfinished_hosts", "=", "list", "(", ")", "for", "target", "in", "self", ".", "scans_table", "[", "scan_id", "]", "[", "'finished_hosts'", "]", ":", "unfinished_hosts", ".", "extend", "(", "target_str_to_list", "(", "target", ")", ")", "for", "target", "in", "self", ".", "scans_table", "[", "scan_id", "]", "[", "'finished_hosts'", "]", ":", "for", "host", "in", "self", ".", "scans_table", "[", "scan_id", "]", "[", "'finished_hosts'", "]", "[", "target", "]", ":", "unfinished_hosts", ".", "remove", "(", "host", ")", "return", "unfinished_hosts" ]

[ "Get", "a", "list", "of", "finished", "hosts", "." ]

[ "def", "com_google_fonts_check_name_typographicsubfamilyname", "(", "ttFont", ",", "style_with_spaces", ")", ":", "from", "fontbakery", ".", "utils", "import", "name_entry_id", "failed", "=", "False", "if", "style_with_spaces", "in", "[", "'Regular'", ",", "'Italic'", ",", "'Bold'", ",", "'Bold Italic'", "]", ":", "for", "name", "in", "ttFont", "[", "'name'", "]", ".", "names", ":", "if", "name", ".", "nameID", "==", "NameID", ".", "TYPOGRAPHIC_SUBFAMILY_NAME", ":", "failed", "=", "True", "yield", "FAIL", ",", "Message", "(", "\"ribbi\"", ",", "(", "\"Font style is '{}' and, for that reason,\"", "\" it is not expected to have a \"", "\"{} entry!\"", ")", ".", "format", "(", "style_with_spaces", ",", "name_entry_id", "(", "name", ")", ")", ")", "else", ":", "expected_value", "=", "style_with_spaces", "has_entry", "=", "False", "for", "name", "in", "ttFont", "[", "'name'", "]", ".", "names", ":", "if", "name", ".", "nameID", "==", "NameID", ".", "TYPOGRAPHIC_SUBFAMILY_NAME", ":", "string", "=", "name", ".", "string", ".", "decode", "(", "name", ".", "getEncoding", "(", ")", ")", ".", "strip", "(", ")", "if", "string", "==", "expected_value", ":", "has_entry", "=", "True", "else", ":", "failed", "=", "True", "yield", "FAIL", ",", "Message", "(", "\"non-ribbi-bad-value\"", ",", "(", "\"Entry {} on the 'name' table: \"", "\"Expected '{}' \"", "\"but got '{}'.\"", ")", ".", "format", "(", "name_entry_id", "(", "name", ")", ",", "expected_value", ",", "string", ")", ")", "if", "not", "failed", "and", "not", "has_entry", ":", "failed", "=", "True", "yield", "FAIL", ",", "Message", "(", "\"non-ribbi-lacks-entry\"", ",", "(", "\"non-RIBBI fonts must have a\"", "\" TYPOGRAPHIC_SUBFAMILY_NAME entry\"", "\" on the name table.\"", ")", ")", "if", "not", "failed", ":", "yield", "PASS", ",", "\"TYPOGRAPHIC_SUBFAMILY_NAME entries are all good.\"" ]

[ "Check", "name", "table", ":", "TYPOGRAPHIC_SUBFAMILY_NAME", "entries", "." ]

[ "def", "get_netconf_client_capabilities_output_session_version", "(", "self", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "config", "=", "ET", ".", "Element", "(", "\"config\"", ")", "get_netconf_client_capabilities", "=", "ET", ".", "Element", "(", "\"get_netconf_client_capabilities\"", ")", "config", "=", "get_netconf_client_capabilities", "output", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "get_netconf_client_capabilities", ",", "\"output\"", ")", "session", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "output", ",", "\"session\"", ")", "version", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "session", ",", "\"version\"", ")", "version", ".", "text", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'version'", ")", "callback", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'callback'", ",", "self", ".", "_callback", ")", "return", "callback", "(", "config", ")" ]

[ "Auto", "Generated", "Code" ]

[ "def", "get_hmac", "(", "password", ")", ":", "salt", "=", "_security", ".", "password_salt", "if", "salt", "is", "None", ":", "raise", "RuntimeError", "(", "'The configuration value `SECURITY_PASSWORD_SALT` must '", "'not be None when the value of `SECURITY_PASSWORD_HASH` is '", "'set to \"%s\"'", "%", "_security", ".", "password_hash", ")", "h", "=", "hmac", ".", "new", "(", "encode_string", "(", "salt", ")", ",", "encode_string", "(", "password", ")", ",", "hashlib", ".", "sha512", ")", "return", "base64", ".", "b64encode", "(", "h", ".", "digest", "(", ")", ")" ]

[ "Returns", "a", "Base64", "encoded", "HMAC", "+", "SHA512", "of", "the", "password", "signed", "with", "the", "salt", "specified", "by", "SECURITY_PASSWORD_SALT", "." ]

[ "def", "_validate_extension", "(", "self", ")", ":", "extension", "=", "self", ".", "fpath", ".", "split", "(", "'.'", ")", "[", "-", "1", "]", "if", "extension", "not", "in", "self", ".", "supported_extensions", ":", "raise", "UnsupportedExtensionError" ]

[ "Validates", "that", "source", "file", "extension", "is", "supported", "." ]

[ "def", "delete_dcnm_out_nwk", "(", "self", ",", "tenant_id", ",", "fw_dict", ",", "is_fw_virt", "=", "False", ")", ":", "tenant_name", "=", "fw_dict", ".", "get", "(", "'tenant_name'", ")", "ret", "=", "self", ".", "_delete_service_nwk", "(", "tenant_id", ",", "tenant_name", ",", "'out'", ")", "if", "ret", ":", "res", "=", "fw_const", ".", "DCNM_OUT_NETWORK_DEL_SUCCESS", "LOG", ".", "info", "(", "\"out Service network deleted for tenant %s\"", ",", "tenant_id", ")", "else", ":", "res", "=", "fw_const", ".", "DCNM_OUT_NETWORK_DEL_FAIL", "LOG", ".", "info", "(", "\"out Service network deleted failed for tenant %s\"", ",", "tenant_id", ")", "self", ".", "update_fw_db_result", "(", "tenant_id", ",", "dcnm_status", "=", "res", ")", "return", "ret" ]

[ "Delete", "the", "DCNM", "OUT", "network", "and", "update", "the", "result", "." ]

[ "def", "authenticate", "(", "json_path", "=", "None", ")", ":", "msg", "=", "(", "'budou.authentication() is deprecated. '", "'Please use budou.get_parser() to obtain a parser instead.'", ")", "warnings", ".", "warn", "(", "msg", ",", "DeprecationWarning", ")", "parser", "=", "get_parser", "(", "'nlapi'", ",", "credentials_path", "=", "json_path", ")", "return", "parser" ]

[ "Gets", "a", "Natural", "Language", "API", "parser", "by", "authenticating", "the", "API", "." ]

[ "def", "seek", "(", "self", ",", "offset", ",", "whence", "=", "os", ".", "SEEK_SET", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "_database_object", ":", "raise", "IOError", "(", "'Not opened.'", ")", "if", "whence", "==", "os", ".", "SEEK_CUR", ":", "offset", "+=", "self", ".", "_current_offset", "elif", "whence", "==", "os", ".", "SEEK_END", ":", "offset", "+=", "self", ".", "_size", "elif", "whence", "!=", "os", ".", "SEEK_SET", ":", "raise", "IOError", "(", "'Unsupported whence.'", ")", "if", "offset", "<", "0", ":", "raise", "IOError", "(", "'Invalid offset value out of bounds.'", ")", "self", ".", "_current_offset", "=", "offset" ]

[ "Seeks", "to", "an", "offset", "within", "the", "file", "-", "like", "object", "." ]

[ "def", "activate_in_ec", "(", "self", ",", "ec_index", ")", ":", "with", "self", ".", "_mutex", ":", "if", "ec_index", ">=", "len", "(", "self", ".", "owned_ecs", ")", ":", "ec_index", "-=", "len", "(", "self", ".", "owned_ecs", ")", "if", "ec_index", ">=", "len", "(", "self", ".", "participating_ecs", ")", ":", "raise", "exceptions", ".", "BadECIndexError", "(", "ec_index", ")", "ec", "=", "self", ".", "participating_ecs", "[", "ec_index", "]", "else", ":", "ec", "=", "self", ".", "owned_ecs", "[", "ec_index", "]", "ec", ".", "activate_component", "(", "self", ".", "_obj", ")" ]

[ "Activate", "this", "component", "in", "an", "execution", "context", "." ]

[ "def", "erank", "(", "self", ")", ":", "r", "=", "self", ".", "r", "n", "=", "self", ".", "n", "d", "=", "self", ".", "d", "if", "d", "<=", "1", ":", "er", "=", "0e0", "else", ":", "sz", "=", "_np", ".", "dot", "(", "n", "*", "r", "[", "0", ":", "d", "]", ",", "r", "[", "1", ":", "]", ")", "if", "sz", "==", "0", ":", "er", "=", "0e0", "else", ":", "b", "=", "r", "[", "0", "]", "*", "n", "[", "0", "]", "+", "n", "[", "d", "-", "1", "]", "*", "r", "[", "d", "]", "if", "d", "is", "2", ":", "er", "=", "sz", "*", "1.0", "/", "b", "else", ":", "a", "=", "_np", ".", "sum", "(", "n", "[", "1", ":", "d", "-", "1", "]", ")", "er", "=", "(", "_np", ".", "sqrt", "(", "b", "*", "b", "+", "4", "*", "a", "*", "sz", ")", "-", "b", ")", "/", "(", "2", "*", "a", ")", "return", "er" ]

[ "Effective", "rank", "of", "the", "TT", "-", "vector" ]

[ "def", "_ParseArgs", "(", "self", ",", "args", ",", "known_only", ")", ":", "unknown_flags", ",", "unparsed_args", ",", "undefok", "=", "[", "]", ",", "[", "]", ",", "set", "(", ")", "flag_dict", "=", "self", ".", "FlagDict", "(", ")", "args", "=", "iter", "(", "args", ")", "for", "arg", "in", "args", ":", "value", "=", "None", "def", "GetValue", "(", ")", ":", "# pylint: disable=cell-var-from-loop", "try", ":", "return", "next", "(", "args", ")", "if", "value", "is", "None", "else", "value", "except", "StopIteration", ":", "raise", "exceptions", ".", "Error", "(", "'Missing value for flag '", "+", "arg", ")", "if", "not", "arg", ".", "startswith", "(", "'-'", ")", ":", "# A non-argument: default is break, GNU is skip.", "unparsed_args", ".", "append", "(", "arg", ")", "if", "self", ".", "IsGnuGetOpt", "(", ")", ":", "continue", "else", ":", "break", "if", "arg", "==", "'--'", ":", "if", "known_only", ":", "unparsed_args", ".", "append", "(", "arg", ")", "break", "if", "'='", "in", "arg", ":", "name", ",", "value", "=", "arg", ".", "lstrip", "(", "'-'", ")", ".", "split", "(", "'='", ",", "1", ")", "else", ":", "name", ",", "value", "=", "arg", ".", "lstrip", "(", "'-'", ")", ",", "None", "if", "not", "name", ":", "# The argument is all dashes (including one dash).", "unparsed_args", ".", "append", "(", "arg", ")", "if", "self", ".", "IsGnuGetOpt", "(", ")", ":", "continue", "else", ":", "break", "# --undefok is a special case.", "if", "name", "==", "'undefok'", ":", "if", "known_only", ":", "unparsed_args", ".", "append", "(", "arg", ")", "value", "=", "GetValue", "(", ")", "undefok", ".", "update", "(", "v", ".", "strip", "(", ")", "for", "v", "in", "value", ".", "split", "(", "','", ")", ")", "undefok", ".", "update", "(", "'no'", "+", "v", ".", "strip", "(", ")", "for", "v", "in", "value", ".", "split", "(", "','", ")", ")", "continue", "flag", "=", "flag_dict", ".", "get", "(", "name", ")", "if", "flag", ":", "value", "=", "(", "flag", ".", "boolean", "and", "value", "is", "None", ")", "or", "GetValue", "(", ")", "elif", "name", ".", "startswith", "(", "'no'", ")", "and", "len", "(", "name", ")", ">", "2", ":", "# Boolean flags can take the form of --noflag, with no value.", "noflag", "=", "flag_dict", ".", "get", "(", "name", "[", "2", ":", "]", ")", "if", "noflag", "and", "noflag", ".", "boolean", ":", "if", "value", "is", "not", "None", ":", "raise", "ValueError", "(", "arg", "+", "' does not take an argument'", ")", "flag", "=", "noflag", "value", "=", "False", "if", "flag", ":", "flag", ".", "parse", "(", "value", ")", "flag", ".", "using_default_value", "=", "False", "elif", "known_only", ":", "unparsed_args", ".", "append", "(", "arg", ")", "else", ":", "unknown_flags", ".", "append", "(", "(", "name", ",", "arg", ")", ")", "unparsed_args", ".", "extend", "(", "args", ")", "return", "unknown_flags", ",", "unparsed_args", ",", "undefok" ]

[ "Helper", "function", "to", "do", "the", "main", "argument", "parsing", "." ]

[ "def", "filter_ignoring_case", "(", "self", ",", "pattern", ")", ":", "return", "self", ".", "filter", "(", "re", ".", "compile", "(", "pattern", ",", "re", ".", "I", ")", ")" ]

[ "Like", "filter", "but", "case", "-", "insensitive", "." ]

[ "def", "_ensure_html_response", "(", "url", ",", "session", ")", ":", "# type: (str, PipSession) -> None", "scheme", ",", "netloc", ",", "path", ",", "query", ",", "fragment", "=", "urllib_parse", ".", "urlsplit", "(", "url", ")", "if", "scheme", "not", "in", "{", "'http'", ",", "'https'", "}", ":", "raise", "_NotHTTP", "(", ")", "resp", "=", "session", ".", "head", "(", "url", ",", "allow_redirects", "=", "True", ")", "resp", ".", "raise_for_status", "(", ")", "_ensure_html_header", "(", "resp", ")" ]

[ "Send", "a", "HEAD", "request", "to", "the", "URL", "and", "ensure", "the", "response", "contains", "HTML", "." ]

[ "def", "main", "(", ")", ":", "e", "=", "mod_env", ".", "Internet", "(", "'VAIS - Load testing'", ",", "'Simulation of several websites'", ")", "e", ".", "create", "(", "800", ")", "print", "(", "e", ")", "#Create some users to browse the web and load test website", "print", "(", "npc", ".", "web_users", ".", "params", ")" ]

[ "generates", "a", "virtual", "internet", "sets", "pages", "and", "runs", "web_users", "on", "it" ]

[ "def", "fw_policy_delete", "(", "self", ",", "data", ",", "fw_name", "=", "None", ")", ":", "LOG", ".", "debug", "(", "\"FW Policy Debug\"", ")", "self", ".", "_fw_policy_delete", "(", "fw_name", ",", "data", ")" ]

[ "Top", "level", "policy", "delete", "routine", "." ]

[ "def", "get_consumed_read_units_percent", "(", "table_name", ",", "gsi_name", ",", "lookback_window_start", "=", "15", ",", "lookback_period", "=", "5", ")", ":", "try", ":", "metrics", "=", "__get_aws_metric", "(", "table_name", ",", "gsi_name", ",", "lookback_window_start", ",", "lookback_period", ",", "'ConsumedReadCapacityUnits'", ")", "except", "BotoServerError", ":", "raise", "if", "metrics", ":", "lookback_seconds", "=", "lookback_period", "*", "60", "consumed_read_units", "=", "(", "float", "(", "metrics", "[", "0", "]", "[", "'Sum'", "]", ")", "/", "float", "(", "lookback_seconds", ")", ")", "else", ":", "consumed_read_units", "=", "0", "try", ":", "gsi_read_units", "=", "dynamodb", ".", "get_provisioned_gsi_read_units", "(", "table_name", ",", "gsi_name", ")", "consumed_read_units_percent", "=", "(", "float", "(", "consumed_read_units", ")", "/", "float", "(", "gsi_read_units", ")", "*", "100", ")", "except", "JSONResponseError", ":", "raise", "logger", ".", "info", "(", "'{0} - GSI: {1} - Consumed read units: {2:.2f}%'", ".", "format", "(", "table_name", ",", "gsi_name", ",", "consumed_read_units_percent", ")", ")", "return", "consumed_read_units_percent" ]

[ "Returns", "the", "number", "of", "consumed", "read", "units", "in", "percent" ]

[ "def", "in_hull", "(", "points", ",", "hull", ")", ":", "from", "scipy", ".", "spatial", "import", "Delaunay", ",", "ConvexHull", "if", "isinstance", "(", "hull", ",", "ConvexHull", ")", ":", "hull", "=", "hull", ".", "points", "hull", "=", "Delaunay", "(", "hull", ")", "return", "hull", ".", "find_simplex", "(", "points", ")", ">=", "0" ]

[ "Test", "if", "a", "list", "of", "coordinates", "are", "inside", "a", "given", "convex", "hull" ]

[ "async", "def", "set_active_client", "(", "self", ",", "set_active_client_request", ")", ":", "response", "=", "hangouts_pb2", ".", "SetActiveClientResponse", "(", ")", "await", "self", ".", "_pb_request", "(", "'clients/setactiveclient'", ",", "set_active_client_request", ",", "response", ")", "return", "response" ]

[ "Set", "the", "active", "client", "." ]

[ "def", "_fetchAllChildren", "(", "self", ")", ":", "assert", "self", ".", "isSliceable", ",", "\"No underlying pandas object: self._ndFrame is None\"", "childItems", "=", "[", "]", "if", "self", ".", "_standAlone", ":", "childItems", ".", "append", "(", "self", ".", "_createIndexRti", "(", "self", ".", "_ndFrame", ".", "index", ",", "'index'", ")", ")", "return", "childItems" ]

[ "Fetches", "the", "index", "if", "the", "showIndex", "member", "is", "True" ]

[ "def", "minimise_table", "(", "table", ",", "target_length", ",", "methods", "=", "(", "remove_default_entries", ",", "ordered_covering", ")", ")", ":", "# Add a final method which checks the size of the table and returns it if", "# the size is correct. NOTE: This method will avoid running any other", "# minimisers if the table is already sufficiently small.", "methods", "=", "list", "(", "methods", ")", "methods", ".", "insert", "(", "0", ",", "_identity", ")", "if", "target_length", "is", "not", "None", ":", "best_achieved", "=", "len", "(", "table", ")", "# Try each minimiser in turn until the table is small enough", "for", "f", "in", "methods", ":", "try", ":", "# Minimise the table, if this fails a MinimisationFailedError", "# will be raised and the return will not be executed.", "new_table", "=", "f", "(", "table", ",", "target_length", ")", "return", "new_table", "except", "MinimisationFailedError", "as", "exc", ":", "# Store the best achieved final length", "if", "best_achieved", "is", "None", "or", "exc", ".", "final_length", "<", "best_achieved", ":", "best_achieved", "=", "exc", ".", "final_length", "# The table must still be too large", "raise", "MinimisationFailedError", "(", "target_length", ",", "best_achieved", ")", "else", ":", "# Try all methods and return the smallest table", "return", "min", "(", "(", "f", "(", "table", ",", "target_length", ")", "for", "f", "in", "methods", ")", ",", "key", "=", "len", ")" ]

[ "Apply", "different", "minimisation", "algorithms", "to", "minimise", "a", "single", "routing", "table", "." ]

[ "def", "options", "(", "self", ",", "context", ",", "module_options", ")", ":", "self", ".", "contype", "=", "'reverse'", "self", ".", "port", "=", "5900", "self", ".", "password", "=", "None", "if", "'PASSWORD'", "not", "in", "module_options", ":", "context", ".", "log", ".", "error", "(", "'PASSWORD option is required!'", ")", "exit", "(", "1", ")", "if", "'CONTYPE'", "in", "module_options", ":", "self", ".", "contype", "=", "module_options", "[", "'CONTYPE'", "]", "if", "'PORT'", "in", "module_options", ":", "self", ".", "port", "=", "int", "(", "module_options", "[", "'PORT'", "]", ")", "self", ".", "password", "=", "module_options", "[", "'PASSWORD'", "]", "self", ".", "ps_script1", "=", "obfs_ps_script", "(", "'cme_powershell_scripts/Invoke-PSInject.ps1'", ")", "self", ".", "ps_script2", "=", "obfs_ps_script", "(", "'invoke-vnc/Invoke-Vnc.ps1'", ")" ]

[ "CONTYPE", "Specifies", "the", "VNC", "connection", "type", "choices", "are", ":", "reverse", "bind", "(", "default", ":", "reverse", ")", ".", "PORT", "VNC", "Port", "(", "default", ":", "5900", ")", "PASSWORD", "Specifies", "the", "connection", "password", "." ]

[ "def", "update", "(", "self", ",", "num", ")", ":", "num", "=", "float", "(", "num", ")", "self", ".", "count", "+=", "1", "self", ".", "low", "=", "min", "(", "self", ".", "low", ",", "num", ")", "self", ".", "high", "=", "max", "(", "self", ".", "high", ",", "num", ")", "# Welford's online mean and variance algorithm.", "delta", "=", "num", "-", "self", ".", "mean", "self", ".", "mean", "=", "self", ".", "mean", "+", "delta", "/", "self", ".", "count", "delta2", "=", "num", "-", "self", ".", "mean", "self", ".", "_rolling_variance", "=", "self", ".", "_rolling_variance", "+", "delta", "*", "delta2", "if", "self", ".", "count", ">", "1", ":", "self", ".", "deviation", "=", "math", ".", "sqrt", "(", "self", ".", "_rolling_variance", "/", "(", "self", ".", "count", "-", "1", ")", ")", "else", ":", "self", ".", "deviation", "=", "0.0" ]

[ "Update", "metrics", "with", "the", "new", "number", "." ]

[ "def", "mediatype_update", "(", "mediatypeid", ",", "name", "=", "False", ",", "mediatype", "=", "False", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "conn_args", "=", "_login", "(", "*", "*", "kwargs", ")", "ret", "=", "{", "}", "try", ":", "if", "conn_args", ":", "method", "=", "'mediatype.update'", "params", "=", "{", "\"mediatypeid\"", ":", "mediatypeid", "}", "if", "name", ":", "params", "[", "'description'", "]", "=", "name", "if", "mediatype", ":", "params", "[", "'type'", "]", "=", "mediatype", "params", "=", "_params_extend", "(", "params", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "ret", "=", "_query", "(", "method", ",", "params", ",", "conn_args", "[", "'url'", "]", ",", "conn_args", "[", "'auth'", "]", ")", "return", "ret", "[", "'result'", "]", "[", "'mediatypeids'", "]", "else", ":", "raise", "KeyError", "except", "KeyError", ":", "return", "ret" ]

[ "Update", "existing", "mediatype" ]