Datasets:

---

kejian

/

codesearchnet-python-raw

like 1

[ "def", "bounds", "(", "self", ")", "->", "Tuple", "[", "float", ",", "float", ",", "float", ",", "float", "]", ":", "return", "self", ".", "shape", ".", "bounds" ]

[ "Returns", "the", "bounds", "of", "the", "shape", ".", "Bounds", "are", "given", "in", "the", "following", "order", "in", "the", "origin", "crs", ":", "west", "south", "east", "north" ]

[ "def", "_color", "(", "str_", ",", "fore_color", "=", "None", ",", "back_color", "=", "None", ",", "styles", "=", "None", ")", ":", "# TODO: Colorama is documented to work on Windows and trivial test case", "# proves this to be the case, but it doesn't work in Rez. If the initialise", "# is called in sec/rez/__init__.py then it does work, however as discussed", "# in the following comment this is not always desirable. So until we can", "# work out why we forcibly turn it off.", "if", "not", "config", ".", "get", "(", "\"color_enabled\"", ",", "False", ")", "or", "platform_", ".", "name", "==", "\"windows\"", ":", "return", "str_", "# lazily init colorama. This is important - we don't want to init at startup,", "# because colorama prints a RESET_ALL character atexit. This in turn adds", "# unexpected output when capturing the output of a command run in a", "# ResolvedContext, for example.", "_init_colorama", "(", ")", "colored", "=", "\"\"", "if", "not", "styles", ":", "styles", "=", "[", "]", "if", "fore_color", ":", "colored", "+=", "getattr", "(", "colorama", ".", "Fore", ",", "fore_color", ".", "upper", "(", ")", ",", "''", ")", "if", "back_color", ":", "colored", "+=", "getattr", "(", "colorama", ".", "Back", ",", "back_color", ".", "upper", "(", ")", ",", "''", ")", "for", "style", "in", "styles", ":", "colored", "+=", "getattr", "(", "colorama", ".", "Style", ",", "style", ".", "upper", "(", ")", ",", "''", ")", "return", "colored", "+", "str_", "+", "colorama", ".", "Style", ".", "RESET_ALL" ]

[ "Return", "the", "string", "wrapped", "with", "the", "appropriate", "styling", "escape", "sequences", "." ]

[ "def", "deserialize", "(", "self", ",", "value", ",", "flags", ")", ":", "FLAGS", "=", "self", ".", "FLAGS", "if", "flags", "&", "FLAGS", "[", "'compressed'", "]", ":", "# pragma: no branch", "value", "=", "self", ".", "compression", ".", "decompress", "(", "value", ")", "if", "flags", "&", "FLAGS", "[", "'binary'", "]", ":", "return", "value", "if", "flags", "&", "FLAGS", "[", "'integer'", "]", ":", "return", "int", "(", "value", ")", "elif", "flags", "&", "FLAGS", "[", "'long'", "]", ":", "return", "long", "(", "value", ")", "elif", "flags", "&", "FLAGS", "[", "'object'", "]", ":", "buf", "=", "BytesIO", "(", "value", ")", "unpickler", "=", "self", ".", "unpickler", "(", "buf", ")", "return", "unpickler", ".", "load", "(", ")", "if", "six", ".", "PY3", ":", "return", "value", ".", "decode", "(", "'utf8'", ")", "# In Python 2, mimic the behavior of the json library: return a str", "# unless the value contains unicode characters.", "# in Python 2, if value is a binary (e.g struct.pack(\"<Q\") then decode will fail", "try", ":", "value", ".", "decode", "(", "'ascii'", ")", "except", "UnicodeDecodeError", ":", "try", ":", "return", "value", ".", "decode", "(", "'utf8'", ")", "except", "UnicodeDecodeError", ":", "return", "value", "else", ":", "return", "value" ]

[ "Deserialized", "values", "based", "on", "flags", "or", "just", "return", "it", "if", "it", "is", "not", "serialized", "." ]

[ "def", "run", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "_log", "(", "'About to perform NifTI to %s conversion...\\n'", "%", "self", ".", "_str_outputFileType", ")", "frames", "=", "1", "frameStart", "=", "0", "frameEnd", "=", "0", "sliceStart", "=", "0", "sliceEnd", "=", "0", "if", "self", ".", "_b_4D", ":", "self", ".", "_log", "(", "'4D volume detected.\\n'", ")", "frames", "=", "self", ".", "_Vnp_4DVol", ".", "shape", "[", "3", "]", "if", "self", ".", "_b_3D", ":", "self", ".", "_log", "(", "'3D volume detected.\\n'", ")", "if", "self", ".", "_b_convertMiddleFrame", ":", "self", ".", "_frameToConvert", "=", "int", "(", "frames", "/", "2", ")", "if", "self", ".", "_frameToConvert", "==", "-", "1", ":", "frameEnd", "=", "frames", "else", ":", "frameStart", "=", "self", ".", "_frameToConvert", "frameEnd", "=", "self", ".", "_frameToConvert", "+", "1", "for", "f", "in", "range", "(", "frameStart", ",", "frameEnd", ")", ":", "if", "self", ".", "_b_4D", ":", "self", ".", "_Vnp_3DVol", "=", "self", ".", "_Vnp_4DVol", "[", ":", ",", ":", ",", ":", ",", "f", "]", "slices", "=", "self", ".", "_Vnp_3DVol", ".", "shape", "[", "2", "]", "if", "self", ".", "_b_convertMiddleSlice", ":", "self", ".", "_sliceToConvert", "=", "int", "(", "slices", "/", "2", ")", "if", "self", ".", "_sliceToConvert", "==", "-", "1", ":", "sliceEnd", "=", "-", "1", "else", ":", "sliceStart", "=", "self", ".", "_sliceToConvert", "sliceEnd", "=", "self", ".", "_sliceToConvert", "+", "1", "misc", ".", "mkdir", "(", "self", ".", "_str_outputDir", ")", "if", "self", ".", "_b_reslice", ":", "for", "dim", "in", "[", "'x'", ",", "'y'", ",", "'z'", "]", ":", "self", ".", "dim_save", "(", "dimension", "=", "dim", ",", "makeSubDir", "=", "True", ",", "indexStart", "=", "sliceStart", ",", "indexStop", "=", "sliceEnd", ",", "rot90", "=", "True", ")", "else", ":", "self", ".", "dim_save", "(", "dimension", "=", "'z'", ",", "makeSubDir", "=", "False", ",", "indexStart", "=", "sliceStart", ",", "indexStop", "=", "sliceEnd", ",", "rot90", "=", "True", ")" ]

[ "Runs", "the", "NIfTI", "conversion", "based", "on", "internal", "state", "." ]

[ "def", "separate_operations", "(", "document_ast", ":", "DocumentNode", ")", "->", "Dict", "[", "str", ",", "DocumentNode", "]", ":", "# Populate metadata and build a dependency graph.", "visitor", "=", "SeparateOperations", "(", ")", "visit", "(", "document_ast", ",", "visitor", ")", "operations", "=", "visitor", ".", "operations", "fragments", "=", "visitor", ".", "fragments", "positions", "=", "visitor", ".", "positions", "dep_graph", "=", "visitor", ".", "dep_graph", "# For each operation, produce a new synthesized AST which includes only what is", "# necessary for completing that operation.", "separated_document_asts", "=", "{", "}", "for", "operation", "in", "operations", ":", "operation_name", "=", "op_name", "(", "operation", ")", "dependencies", ":", "Set", "[", "str", "]", "=", "set", "(", ")", "collect_transitive_dependencies", "(", "dependencies", ",", "dep_graph", ",", "operation_name", ")", "# The list of definition nodes to be included for this operation, sorted to", "# retain the same order as the original document.", "definitions", ":", "List", "[", "ExecutableDefinitionNode", "]", "=", "[", "operation", "]", "for", "name", "in", "dependencies", ":", "definitions", ".", "append", "(", "fragments", "[", "name", "]", ")", "definitions", ".", "sort", "(", "key", "=", "lambda", "n", ":", "positions", ".", "get", "(", "n", ",", "0", ")", ")", "separated_document_asts", "[", "operation_name", "]", "=", "DocumentNode", "(", "definitions", "=", "definitions", ")", "return", "separated_document_asts" ]

[ "Separate", "operations", "in", "a", "given", "AST", "document", "." ]

[ "def", "email_quoted_txt2html", "(", "text", ",", "tabs_before", "=", "0", ",", "indent_txt", "=", "'>>'", ",", "linebreak_txt", "=", "\"\\n\"", ",", "indent_html", "=", "(", "'<div class=\"commentbox\">'", ",", "\"</div>\"", ")", ",", "linebreak_html", "=", "'<br/>'", ",", "indent_block", "=", "True", ")", ":", "washer", "=", "HTMLWasher", "(", ")", "final_body", "=", "\"\"", "nb_indent", "=", "0", "text", "=", "text", ".", "strip", "(", "'\\n'", ")", "lines", "=", "text", ".", "split", "(", "linebreak_txt", ")", "for", "line", "in", "lines", ":", "new_nb_indent", "=", "0", "while", "True", ":", "if", "line", ".", "startswith", "(", "indent_txt", ")", ":", "new_nb_indent", "+=", "1", "line", "=", "line", "[", "len", "(", "indent_txt", ")", ":", "]", "else", ":", "break", "if", "indent_block", ":", "if", "(", "new_nb_indent", ">", "nb_indent", ")", ":", "for", "dummy", "in", "range", "(", "nb_indent", ",", "new_nb_indent", ")", ":", "final_body", "+=", "tabs_before", "*", "\"\\t\"", "+", "indent_html", "[", "0", "]", "+", "\"\\n\"", "tabs_before", "+=", "1", "elif", "(", "new_nb_indent", "<", "nb_indent", ")", ":", "for", "dummy", "in", "range", "(", "new_nb_indent", ",", "nb_indent", ")", ":", "tabs_before", "-=", "1", "final_body", "+=", "(", "tabs_before", ")", "*", "\"\\t\"", "+", "indent_html", "[", "1", "]", "+", "\"\\n\"", "else", ":", "final_body", "+=", "(", "tabs_before", ")", "*", "\"\\t\"", "else", ":", "final_body", "+=", "tabs_before", "*", "\"\\t\"", "+", "new_nb_indent", "*", "indent_html", "[", "0", "]", "try", ":", "line", "=", "washer", ".", "wash", "(", "line", ")", "except", "HTMLParseError", ":", "# Line contained something like \"foo<bar\"", "line", "=", "cgi", ".", "escape", "(", "line", ")", "if", "indent_block", ":", "final_body", "+=", "tabs_before", "*", "\"\\t\"", "final_body", "+=", "line", "if", "not", "indent_block", ":", "final_body", "+=", "new_nb_indent", "*", "indent_html", "[", "1", "]", "final_body", "+=", "linebreak_html", "+", "\"\\n\"", "nb_indent", "=", "new_nb_indent", "if", "indent_block", ":", "for", "dummy", "in", "range", "(", "0", ",", "nb_indent", ")", ":", "tabs_before", "-=", "1", "final_body", "+=", "(", "tabs_before", ")", "*", "\"\\t\"", "+", "\"</div>\\n\"", "return", "final_body" ]

[ "Takes", "a", "typical", "mail", "quoted", "text", "e", ".", "g", ".", "::", "hello", "you", "told", "me", ":", ">>", "Your", "mother", "was", "a", "hamster", "and", "your", "father", "smelt", "of", "elderberries", "I", "must", "tell", "you", "that", "I", "m", "not", "convinced", ".", "Then", "in", "this", "discussion", ":", ">>>>", "Is", "there", "someone", "else", "up", "there", "we", "could", "talk", "to?", ">>", "No", ".", "Now", "go", "away", "or", "I", "shall", "taunt", "you", "a", "second", "time", "-", "a!", "I", "think", "we", "re", "not", "going", "to", "be", "friends!" ]

[ "def", "_ProcessSources", "(", "self", ",", "sources", ",", "parser_factory", ")", ":", "for", "source", "in", "sources", ":", "for", "action", ",", "request", "in", "self", ".", "_ParseSourceType", "(", "source", ")", ":", "yield", "self", ".", "_RunClientAction", "(", "action", ",", "request", ",", "parser_factory", ",", "source", ".", "path_type", ")" ]

[ "Iterates", "through", "sources", "yielding", "action", "responses", "." ]

[ "def", "search", "(", "self", ",", "index", ",", "query", ",", "*", "*", "params", ")", ":", "if", "index", "is", "None", ":", "index", "=", "'search'", "options", "=", "{", "}", "if", "'op'", "in", "params", ":", "op", "=", "params", ".", "pop", "(", "'op'", ")", "options", "[", "'q.op'", "]", "=", "op", "options", ".", "update", "(", "params", ")", "url", "=", "self", ".", "solr_select_path", "(", "index", ",", "query", ",", "*", "*", "options", ")", "status", ",", "headers", ",", "data", "=", "self", ".", "_request", "(", "'GET'", ",", "url", ")", "self", ".", "check_http_code", "(", "status", ",", "[", "200", "]", ")", "if", "'json'", "in", "headers", "[", "'content-type'", "]", ":", "results", "=", "json", ".", "loads", "(", "bytes_to_str", "(", "data", ")", ")", "return", "self", ".", "_normalize_json_search_response", "(", "results", ")", "elif", "'xml'", "in", "headers", "[", "'content-type'", "]", ":", "return", "self", ".", "_normalize_xml_search_response", "(", "data", ")", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Could not decode search response\"", ")" ]

[ "Performs", "a", "search", "query", "." ]

[ "def", "handle", "(", "self", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "options", ")", ":", "if", "options", "[", "\"sub_command\"", "]", "==", "\"add\"", ":", "self", ".", "handle_add", "(", "options", ")", "elif", "options", "[", "\"sub_command\"", "]", "==", "\"update\"", ":", "self", ".", "handle_update", "(", "options", ")", "elif", "options", "[", "\"sub_command\"", "]", "==", "\"details\"", ":", "self", ".", "handle_details", "(", "options", "[", "\"username\"", "]", ")", "elif", "options", "[", "\"sub_command\"", "]", "==", "\"list\"", ":", "self", ".", "handle_list", "(", "options", "[", "\"all\"", "]", ",", "options", "[", "\"csv\"", "]", ")" ]

[ "Forward", "to", "the", "right", "sub", "-", "handler" ]

[ "def", "fallback_move", "(", "fobj", ",", "dest", ",", "src", ",", "count", ",", "BUFFER_SIZE", "=", "2", "**", "16", ")", ":", "if", "dest", "<", "0", "or", "src", "<", "0", "or", "count", "<", "0", ":", "raise", "ValueError", "fobj", ".", "seek", "(", "0", ",", "2", ")", "filesize", "=", "fobj", ".", "tell", "(", ")", "if", "max", "(", "dest", ",", "src", ")", "+", "count", ">", "filesize", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"area outside of file\"", ")", "if", "src", ">", "dest", ":", "moved", "=", "0", "while", "count", "-", "moved", ":", "this_move", "=", "min", "(", "BUFFER_SIZE", ",", "count", "-", "moved", ")", "fobj", ".", "seek", "(", "src", "+", "moved", ")", "buf", "=", "fobj", ".", "read", "(", "this_move", ")", "fobj", ".", "seek", "(", "dest", "+", "moved", ")", "fobj", ".", "write", "(", "buf", ")", "moved", "+=", "this_move", "fobj", ".", "flush", "(", ")", "else", ":", "while", "count", ":", "this_move", "=", "min", "(", "BUFFER_SIZE", ",", "count", ")", "fobj", ".", "seek", "(", "src", "+", "count", "-", "this_move", ")", "buf", "=", "fobj", ".", "read", "(", "this_move", ")", "fobj", ".", "seek", "(", "count", "+", "dest", "-", "this_move", ")", "fobj", ".", "write", "(", "buf", ")", "count", "-=", "this_move", "fobj", ".", "flush", "(", ")" ]

[ "Moves", "data", "around", "using", "read", "()", "/", "write", "()", "." ]

[ "def", "data_files", "(", "self", ")", ":", "tf_record_pattern", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "FLAGS", ".", "data_dir", ",", "'%s-*'", "%", "self", ".", "subset", ")", "data_files", "=", "tf", ".", "gfile", ".", "Glob", "(", "tf_record_pattern", ")", "if", "not", "data_files", ":", "print", "(", "'No files found for dataset %s/%s at %s'", "%", "(", "self", ".", "name", ",", "self", ".", "subset", ",", "FLAGS", ".", "data_dir", ")", ")", "self", ".", "download_message", "(", ")", "exit", "(", "-", "1", ")", "return", "data_files" ]

[ "Returns", "a", "python", "list", "of", "all", "(", "sharded", ")", "data", "subset", "files", "." ]

[ "def", "gmove", "(", "pattern", ",", "destination", ")", ":", "for", "item", "in", "glob", ".", "glob", "(", "pattern", ")", ":", "if", "not", "move", "(", "item", ",", "destination", ")", ":", "return", "False", "return", "True" ]

[ "Move", "all", "file", "found", "by", "glob", ".", "glob", "(", "pattern", ")", "to", "destination", "directory", "." ]

[ "def", "get_plot", "(", "self", ",", "xlim", "=", "None", ",", "ylim", "=", "None", ",", "plot_negative", "=", "None", ",", "integrated", "=", "False", ",", "invert_axes", "=", "True", ")", ":", "if", "self", ".", "are_coops", ":", "cohp_label", "=", "\"COOP\"", "else", ":", "cohp_label", "=", "\"COHP\"", "if", "plot_negative", "is", "None", ":", "plot_negative", "=", "True", "if", "not", "self", ".", "are_coops", "else", "False", "if", "integrated", ":", "cohp_label", "=", "\"I\"", "+", "cohp_label", "+", "\" (eV)\"", "if", "plot_negative", ":", "cohp_label", "=", "\"-\"", "+", "cohp_label", "if", "self", ".", "zero_at_efermi", ":", "energy_label", "=", "\"$E - E_f$ (eV)\"", "else", ":", "energy_label", "=", "\"$E$ (eV)\"", "ncolors", "=", "max", "(", "3", ",", "len", "(", "self", ".", "_cohps", ")", ")", "ncolors", "=", "min", "(", "9", ",", "ncolors", ")", "import", "palettable", "colors", "=", "palettable", ".", "colorbrewer", ".", "qualitative", ".", "Set1_9", ".", "mpl_colors", "plt", "=", "pretty_plot", "(", "12", ",", "8", ")", "allpts", "=", "[", "]", "keys", "=", "self", ".", "_cohps", ".", "keys", "(", ")", "for", "i", ",", "key", "in", "enumerate", "(", "keys", ")", ":", "energies", "=", "self", ".", "_cohps", "[", "key", "]", "[", "\"energies\"", "]", "if", "not", "integrated", ":", "populations", "=", "self", ".", "_cohps", "[", "key", "]", "[", "\"COHP\"", "]", "else", ":", "populations", "=", "self", ".", "_cohps", "[", "key", "]", "[", "\"ICOHP\"", "]", "for", "spin", "in", "[", "Spin", ".", "up", ",", "Spin", ".", "down", "]", ":", "if", "spin", "in", "populations", ":", "if", "invert_axes", ":", "x", "=", "-", "populations", "[", "spin", "]", "if", "plot_negative", "else", "populations", "[", "spin", "]", "y", "=", "energies", "else", ":", "x", "=", "energies", "y", "=", "-", "populations", "[", "spin", "]", "if", "plot_negative", "else", "populations", "[", "spin", "]", "allpts", ".", "extend", "(", "list", "(", "zip", "(", "x", ",", "y", ")", ")", ")", "if", "spin", "==", "Spin", ".", "up", ":", "plt", ".", "plot", "(", "x", ",", "y", ",", "color", "=", "colors", "[", "i", "%", "ncolors", "]", ",", "linestyle", "=", "'-'", ",", "label", "=", "str", "(", "key", ")", ",", "linewidth", "=", "3", ")", "else", ":", "plt", ".", "plot", "(", "x", ",", "y", ",", "color", "=", "colors", "[", "i", "%", "ncolors", "]", ",", "linestyle", "=", "'--'", ",", "linewidth", "=", "3", ")", "if", "xlim", ":", "plt", ".", "xlim", "(", "xlim", ")", "if", "ylim", ":", "plt", ".", "ylim", "(", "ylim", ")", "else", ":", "xlim", "=", "plt", ".", "xlim", "(", ")", "relevanty", "=", "[", "p", "[", "1", "]", "for", "p", "in", "allpts", "if", "xlim", "[", "0", "]", "<", "p", "[", "0", "]", "<", "xlim", "[", "1", "]", "]", "plt", ".", "ylim", "(", "(", "min", "(", "relevanty", ")", ",", "max", "(", "relevanty", ")", ")", ")", "xlim", "=", "plt", ".", "xlim", "(", ")", "ylim", "=", "plt", ".", "ylim", "(", ")", "if", "not", "invert_axes", ":", "plt", ".", "plot", "(", "xlim", ",", "[", "0", ",", "0", "]", ",", "\"k-\"", ",", "linewidth", "=", "2", ")", "if", "self", ".", "zero_at_efermi", ":", "plt", ".", "plot", "(", "[", "0", ",", "0", "]", ",", "ylim", ",", "\"k--\"", ",", "linewidth", "=", "2", ")", "else", ":", "plt", ".", "plot", "(", "[", "self", ".", "_cohps", "[", "key", "]", "[", "'efermi'", "]", ",", "self", ".", "_cohps", "[", "key", "]", "[", "'efermi'", "]", "]", ",", "ylim", ",", "color", "=", "colors", "[", "i", "%", "ncolors", "]", ",", "linestyle", "=", "'--'", ",", "linewidth", "=", "2", ")", "else", ":", "plt", ".", "plot", "(", "[", "0", ",", "0", "]", ",", "ylim", ",", "\"k-\"", ",", "linewidth", "=", "2", ")", "if", "self", ".", "zero_at_efermi", ":", "plt", ".", "plot", "(", "xlim", ",", "[", "0", ",", "0", "]", ",", "\"k--\"", ",", "linewidth", "=", "2", ")", "else", ":", "plt", ".", "plot", "(", "xlim", ",", "[", "self", ".", "_cohps", "[", "key", "]", "[", "'efermi'", "]", ",", "self", ".", "_cohps", "[", "key", "]", "[", "'efermi'", "]", "]", ",", "color", "=", "colors", "[", "i", "%", "ncolors", "]", ",", "linestyle", "=", "'--'", ",", "linewidth", "=", "2", ")", "if", "invert_axes", ":", "plt", ".", "xlabel", "(", "cohp_label", ")", "plt", ".", "ylabel", "(", "energy_label", ")", "else", ":", "plt", ".", "xlabel", "(", "energy_label", ")", "plt", ".", "ylabel", "(", "cohp_label", ")", "plt", ".", "legend", "(", ")", "leg", "=", "plt", ".", "gca", "(", ")", ".", "get_legend", "(", ")", "ltext", "=", "leg", ".", "get_texts", "(", ")", "plt", ".", "setp", "(", "ltext", ",", "fontsize", "=", "30", ")", "plt", ".", "tight_layout", "(", ")", "return", "plt" ]

[ "Get", "a", "matplotlib", "plot", "showing", "the", "COHP", "." ]

[ "def", "reopenOutputFiles", "(", ")", ":", "if", "not", "_stdout", "and", "not", "_stderr", ":", "debug", "(", "'log'", ",", "'told to reopen log files, but log files not set'", ")", "return", "def", "reopen", "(", "name", ",", "fileno", ",", "*", "args", ")", ":", "oldmask", "=", "os", ".", "umask", "(", "0026", ")", "try", ":", "f", "=", "open", "(", "name", ",", "'a+'", ",", "*", "args", ")", "finally", ":", "os", ".", "umask", "(", "oldmask", ")", "os", ".", "dup2", "(", "f", ".", "fileno", "(", ")", ",", "fileno", ")", "if", "_stdout", ":", "reopen", "(", "_stdout", ",", "sys", ".", "stdout", ".", "fileno", "(", ")", ")", "if", "_stderr", ":", "reopen", "(", "_stderr", ",", "sys", ".", "stderr", ".", "fileno", "(", ")", ",", "0", ")", "debug", "(", "'log'", ",", "'opened log %r'", ",", "_stderr", ")" ]

[ "Reopens", "the", "stdout", "and", "stderr", "output", "files", "as", "set", "by", "L", "{", "outputToFiles", "}", "." ]

[ "def", "get_events", "(", "conn", ",", "stackname", ")", ":", "next", "=", "None", "event_list", "=", "[", "]", "while", "1", ":", "events", "=", "conn", ".", "describe_stack_events", "(", "stackname", ",", "next", ")", "event_list", ".", "append", "(", "events", ")", "if", "events", ".", "next_token", "is", "None", ":", "break", "next", "=", "events", ".", "next_token", "time", ".", "sleep", "(", "1", ")", "return", "reversed", "(", "sum", "(", "event_list", ",", "[", "]", ")", ")" ]

[ "Get", "the", "events", "in", "batches", "and", "return", "in", "chronological", "order" ]

[ "def", "plugin_is_enabled", "(", "name", ",", "runas", "=", "None", ")", ":", "if", "runas", "is", "None", "and", "not", "salt", ".", "utils", ".", "platform", ".", "is_windows", "(", ")", ":", "runas", "=", "salt", ".", "utils", ".", "user", ".", "get_user", "(", ")", "return", "name", "in", "list_enabled_plugins", "(", "runas", ")" ]

[ "Return", "whether", "the", "plugin", "is", "enabled", "." ]

[ "def", "list_installed_files", "(", "self", ")", ":", "def", "_md5", "(", "path", ")", ":", "f", "=", "open", "(", "path", ",", "'rb'", ")", "try", ":", "content", "=", "f", ".", "read", "(", ")", "finally", ":", "f", ".", "close", "(", ")", "return", "hashlib", ".", "md5", "(", "content", ")", ".", "hexdigest", "(", ")", "def", "_size", "(", "path", ")", ":", "return", "os", ".", "stat", "(", "path", ")", ".", "st_size", "record_path", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "self", ".", "path", ",", "'installed-files.txt'", ")", "result", "=", "[", "]", "if", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "record_path", ")", ":", "with", "codecs", ".", "open", "(", "record_path", ",", "'r'", ",", "encoding", "=", "'utf-8'", ")", "as", "f", ":", "for", "line", "in", "f", ":", "line", "=", "line", ".", "strip", "(", ")", "p", "=", "os", ".", "path", ".", "normpath", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "self", ".", "path", ",", "line", ")", ")", "# \"./\" is present as a marker between installed files", "# and installation metadata files", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "p", ")", ":", "logger", ".", "warning", "(", "'Non-existent file: %s'", ",", "p", ")", "if", "p", ".", "endswith", "(", "(", "'.pyc'", ",", "'.pyo'", ")", ")", ":", "continue", "#otherwise fall through and fail", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "isdir", "(", "p", ")", ":", "result", ".", "append", "(", "(", "p", ",", "_md5", "(", "p", ")", ",", "_size", "(", "p", ")", ")", ")", "result", ".", "append", "(", "(", "record_path", ",", "None", ",", "None", ")", ")", "return", "result" ]

[ "Iterates", "over", "the", "installed", "-", "files", ".", "txt", "entries", "and", "returns", "a", "tuple", "(", "path", "hash", "size", ")", "for", "each", "line", "." ]

[ "def", "symbols_bollinger", "(", "symbols", "=", "'sp5002012'", ",", "start", "=", "datetime", ".", "datetime", "(", "2008", ",", "1", ",", "1", ")", ",", "end", "=", "datetime", ".", "datetime", "(", "2009", ",", "12", ",", "31", ")", ",", "price_type", "=", "'adjusted_close'", ",", "cleaner", "=", "clean_dataframe", ",", "window", "=", "20", ",", "sigma", "=", "1.", ")", ":", "symbols", "=", "normalize_symbols", "(", "symbols", ")", "prices", "=", "price_dataframe", "(", "symbols", ",", "start", "=", "start", ",", "end", "=", "end", ",", "price_type", "=", "price_type", ",", "cleaner", "=", "cleaner", ")", "return", "frame_bollinger", "(", "prices", ",", "window", "=", "window", ",", "sigma", "=", "sigma", ",", "plot", "=", "False", ")" ]

[ "Calculate", "the", "Bolinger", "for", "a", "list", "or", "set", "of", "symbols" ]

[ "def", "lesspager", "(", "lines", ")", ":", "cmd", "=", "\"less -S\"", "if", "sys", ".", "version_info", "[", "0", "]", ">=", "3", ":", "\"\"\"Page through text by feeding it to another program.\"\"\"", "import", "subprocess", "proc", "=", "subprocess", ".", "Popen", "(", "cmd", ",", "shell", "=", "True", ",", "stdin", "=", "subprocess", ".", "PIPE", ")", "try", ":", "with", "io", ".", "TextIOWrapper", "(", "proc", ".", "stdin", ",", "errors", "=", "'backslashreplace'", ")", "as", "pipe", ":", "try", ":", "for", "l", "in", "lines", ":", "pipe", ".", "write", "(", "l", ")", "except", "KeyboardInterrupt", ":", "# We've hereby abandoned whatever text hasn't been written,", "# but the pager is still in control of the terminal.", "pass", "except", "OSError", ":", "pass", "# Ignore broken pipes caused by quitting the pager program.", "while", "True", ":", "try", ":", "proc", ".", "wait", "(", ")", "break", "except", "KeyboardInterrupt", ":", "# Ignore ctl-c like the pager itself does. Otherwise the pager is", "# left running and the terminal is in raw mode and unusable.", "pass", "else", ":", "proc", "=", "os", ".", "popen", "(", "cmd", ",", "'w'", ")", "try", ":", "for", "l", "in", "lines", ":", "proc", ".", "write", "(", "l", ")", "except", "IOError", ":", "proc", ".", "close", "(", ")", "sys", ".", "exit", "(", ")" ]

[ "Use", "for", "streaming", "writes", "to", "a", "less", "process", "Taken", "from", "pydoc", ".", "pipepager", ":", "/", "usr", "/", "lib", "/", "python2", ".", "7", "/", "pydoc", ".", "py", "and", "/", "usr", "/", "lib", "/", "python3", ".", "5", "/", "pydoc", ".", "py" ]

[ "def", "first", "(", "iterable", ",", "default", "=", "None", ")", ":", "result", "=", "default", "# start to get the iterable iterator (raises TypeError if iter)", "iterator", "=", "iter", "(", "iterable", ")", "# get first element", "try", ":", "result", "=", "next", "(", "iterator", ")", "except", "StopIteration", ":", "# if no element exist, result equals default", "pass", "return", "result" ]

[ "Try", "to", "get", "input", "iterable", "first", "item", "or", "default", "if", "iterable", "is", "empty", "." ]

[ "def", "get_timelines", "(", "self", ",", "scope_identifier", ",", "hub_name", ",", "plan_id", ")", ":", "route_values", "=", "{", "}", "if", "scope_identifier", "is", "not", "None", ":", "route_values", "[", "'scopeIdentifier'", "]", "=", "self", ".", "_serialize", ".", "url", "(", "'scope_identifier'", ",", "scope_identifier", ",", "'str'", ")", "if", "hub_name", "is", "not", "None", ":", "route_values", "[", "'hubName'", "]", "=", "self", ".", "_serialize", ".", "url", "(", "'hub_name'", ",", "hub_name", ",", "'str'", ")", "if", "plan_id", "is", "not", "None", ":", "route_values", "[", "'planId'", "]", "=", "self", ".", "_serialize", ".", "url", "(", "'plan_id'", ",", "plan_id", ",", "'str'", ")", "response", "=", "self", ".", "_send", "(", "http_method", "=", "'GET'", ",", "location_id", "=", "'83597576-cc2c-453c-bea6-2882ae6a1653'", ",", "version", "=", "'5.0'", ",", "route_values", "=", "route_values", ")", "return", "self", ".", "_deserialize", "(", "'[Timeline]'", ",", "self", ".", "_unwrap_collection", "(", "response", ")", ")" ]

[ "GetTimelines", ".", ":", "param", "str", "scope_identifier", ":", "The", "project", "GUID", "to", "scope", "the", "request", ":", "param", "str", "hub_name", ":", "The", "name", "of", "the", "server", "hub", ":", "build", "for", "the", "Build", "server", "or", "rm", "for", "the", "Release", "Management", "server", ":", "param", "str", "plan_id", ":", ":", "rtype", ":", "[", "Timeline", "]" ]

[ "def", "_track_changes", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "_field", "and", "getattr", "(", "self", ".", "_parent", ",", "'_track_changes'", ",", "None", ")", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "_parent", ".", "_track_changes", ".", "add", "(", "self", ".", "_field", ")" ]

[ "Update", "the", "track_changes", "on", "the", "parent", "to", "reflect", "a", "needed", "update", "on", "this", "field" ]

[ "def", "subpnt", "(", "method", ",", "target", ",", "et", ",", "fixref", ",", "abcorr", ",", "obsrvr", ")", ":", "method", "=", "stypes", ".", "stringToCharP", "(", "method", ")", "target", "=", "stypes", ".", "stringToCharP", "(", "target", ")", "et", "=", "ctypes", ".", "c_double", "(", "et", ")", "fixref", "=", "stypes", ".", "stringToCharP", "(", "fixref", ")", "abcorr", "=", "stypes", ".", "stringToCharP", "(", "abcorr", ")", "obsrvr", "=", "stypes", ".", "stringToCharP", "(", "obsrvr", ")", "spoint", "=", "stypes", ".", "emptyDoubleVector", "(", "3", ")", "trgepc", "=", "ctypes", ".", "c_double", "(", "0", ")", "srfvec", "=", "stypes", ".", "emptyDoubleVector", "(", "3", ")", "libspice", ".", "subpnt_c", "(", "method", ",", "target", ",", "et", ",", "fixref", ",", "abcorr", ",", "obsrvr", ",", "spoint", ",", "ctypes", ".", "byref", "(", "trgepc", ")", ",", "srfvec", ")", "return", "stypes", ".", "cVectorToPython", "(", "spoint", ")", ",", "trgepc", ".", "value", ",", "stypes", ".", "cVectorToPython", "(", "srfvec", ")" ]

[ "Compute", "the", "rectangular", "coordinates", "of", "the", "sub", "-", "observer", "point", "on", "a", "target", "body", "at", "a", "specified", "epoch", "optionally", "corrected", "for", "light", "time", "and", "stellar", "aberration", "." ]

[ "def", "_adjust_weights_by_phi_components", "(", "self", ",", "components", ",", "original_ceiling", ")", ":", "obs", "=", "self", ".", "observation_data", "nz_groups", "=", "obs", ".", "groupby", "(", "obs", "[", "\"weight\"", "]", ".", "map", "(", "lambda", "x", ":", "x", "==", "0", ")", ")", ".", "groups", "ogroups", "=", "obs", ".", "groupby", "(", "\"obgnme\"", ")", ".", "groups", "for", "ogroup", ",", "idxs", "in", "ogroups", ".", "items", "(", ")", ":", "if", "self", ".", "control_data", ".", "pestmode", ".", "startswith", "(", "\"regul\"", ")", "and", "\"regul\"", "in", "ogroup", ".", "lower", "(", ")", ":", "continue", "og_phi", "=", "components", "[", "ogroup", "]", "nz_groups", "=", "obs", ".", "loc", "[", "idxs", ",", ":", "]", ".", "groupby", "(", "obs", ".", "loc", "[", "idxs", ",", "\"weight\"", "]", ".", "map", "(", "lambda", "x", ":", "x", "==", "0", ")", ")", ".", "groups", "og_nzobs", "=", "0", "if", "False", "in", "nz_groups", ".", "keys", "(", ")", ":", "og_nzobs", "=", "len", "(", "nz_groups", "[", "False", "]", ")", "if", "og_nzobs", "==", "0", "and", "og_phi", ">", "0", ":", "raise", "Exception", "(", "\"Pst.adjust_weights_by_phi_components():\"", "\" no obs with nonzero weight,\"", "+", "\" but phi > 0 for group:\"", "+", "str", "(", "ogroup", ")", ")", "if", "og_phi", ">", "0", ":", "factor", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "float", "(", "og_nzobs", ")", "/", "float", "(", "og_phi", ")", ")", "if", "original_ceiling", ":", "factor", "=", "min", "(", "factor", ",", "1.0", ")", "obs", ".", "loc", "[", "idxs", ",", "\"weight\"", "]", "=", "obs", ".", "weight", "[", "idxs", "]", "*", "factor", "self", ".", "observation_data", "=", "obs" ]

[ "resets", "the", "weights", "of", "observations", "by", "group", "to", "account", "for", "residual", "phi", "components", "." ]

[ "def", "loado", "(", "obj", ",", "class_", "=", "None", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "obj", ",", "list", ")", ":", "return", "[", "_dict_to_pio", "(", "i", ",", "class_", "=", "class_", ")", "for", "i", "in", "obj", "]", "elif", "isinstance", "(", "obj", ",", "dict", ")", ":", "return", "_dict_to_pio", "(", "obj", ",", "class_", "=", "class_", ")", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "'expecting list or dictionary as outermost structure'", ")" ]

[ "Convert", "a", "dictionary", "or", "a", "list", "of", "dictionaries", "into", "a", "single", "Physical", "Information", "Object", "or", "a", "list", "of", "such", "objects", "." ]

[ "def", "hybrid_forward", "(", "self", ",", "F", ",", "scores", ",", "offset", ")", ":", "best_word_indices", "=", "F", ".", "cast", "(", "F", ".", "argmin", "(", "scores", ",", "axis", "=", "1", ")", ",", "dtype", "=", "'int32'", ")", "values", "=", "F", ".", "pick", "(", "scores", ",", "best_word_indices", ",", "axis", "=", "1", ")", "values", "=", "F", ".", "reshape", "(", "values", ",", "shape", "=", "(", "-", "1", ",", "1", ")", ")", "# for top1, the best hyp indices are equal to the plain offset", "best_hyp_indices", "=", "offset", "return", "best_hyp_indices", ",", "best_word_indices", ",", "values" ]

[ "Get", "the", "single", "lowest", "element", "per", "sentence", "from", "a", "scores", "matrix", ".", "Expects", "that", "beam", "size", "is", "1", "for", "greedy", "decoding", "." ]

[ "def", "request_release_milestone_payment", "(", "session", ",", "milestone_id", ")", ":", "params_data", "=", "{", "'action'", ":", "'request_release'", ",", "}", "# PUT /api/projects/0.1/milestones/{milestone_id}/?action=release", "endpoint", "=", "'milestones/{}'", ".", "format", "(", "milestone_id", ")", "response", "=", "make_put_request", "(", "session", ",", "endpoint", ",", "params_data", "=", "params_data", ")", "json_data", "=", "response", ".", "json", "(", ")", "if", "response", ".", "status_code", "==", "200", ":", "return", "json_data", "[", "'status'", "]", "else", ":", "raise", "MilestoneNotRequestedReleaseException", "(", "message", "=", "json_data", "[", "'message'", "]", ",", "error_code", "=", "json_data", "[", "'error_code'", "]", ",", "request_id", "=", "json_data", "[", "'request_id'", "]", ")" ]

[ "Release", "a", "milestone", "payment" ]

[ "def", "downcaseTokens", "(", "s", ",", "l", ",", "t", ")", ":", "return", "[", "tt", ".", "lower", "(", ")", "for", "tt", "in", "map", "(", "_ustr", ",", "t", ")", "]" ]

[ "Helper", "parse", "action", "to", "convert", "tokens", "to", "lower", "case", "." ]

[ "def", "winapi_result", "(", "result", ")", ":", "if", "not", "result", ":", "raise", "WinApiException", "(", "\"%d (%x): %s\"", "%", "(", "ctypes", ".", "GetLastError", "(", ")", ",", "ctypes", ".", "GetLastError", "(", ")", ",", "ctypes", ".", "FormatError", "(", ")", ")", ")", "return", "result" ]

[ "Validate", "WINAPI", "BOOL", "result", "raise", "exception", "if", "failed" ]

[ "def", "_manage_location", "(", "attr", ")", ":", "return", "property", "(", "lambda", "self", ":", "getattr", "(", "self", ",", "'_%s'", "%", "attr", ")", ",", "lambda", "self", ",", "value", ":", "self", ".", "_set_location", "(", "attr", ",", "value", ")", ")" ]

[ "Build", "managed", "property", "interface", "." ]

[ "def", "getComponentName", "(", "self", ",", "pchRenderModelName", ",", "unComponentIndex", ",", "pchComponentName", ",", "unComponentNameLen", ")", ":", "fn", "=", "self", ".", "function_table", ".", "getComponentName", "result", "=", "fn", "(", "pchRenderModelName", ",", "unComponentIndex", ",", "pchComponentName", ",", "unComponentNameLen", ")", "return", "result" ]

[ "Use", "this", "to", "get", "the", "names", "of", "available", "components", ".", "Index", "does", "not", "correlate", "to", "a", "tracked", "device", "index", "but", "is", "only", "used", "for", "iterating", "over", "all", "available", "components", ".", "If", "the", "index", "is", "out", "of", "range", "this", "function", "will", "return", "0", ".", "Otherwise", "it", "will", "return", "the", "size", "of", "the", "buffer", "required", "for", "the", "name", "." ]

[ "def", "enable_pretty_logging", "(", "options", ":", "Any", "=", "None", ",", "logger", ":", "logging", ".", "Logger", "=", "None", ")", "->", "None", ":", "if", "options", "is", "None", ":", "import", "tornado", ".", "options", "options", "=", "tornado", ".", "options", ".", "options", "if", "options", ".", "logging", "is", "None", "or", "options", ".", "logging", ".", "lower", "(", ")", "==", "\"none\"", ":", "return", "if", "logger", "is", "None", ":", "logger", "=", "logging", ".", "getLogger", "(", ")", "logger", ".", "setLevel", "(", "getattr", "(", "logging", ",", "options", ".", "logging", ".", "upper", "(", ")", ")", ")", "if", "options", ".", "log_file_prefix", ":", "rotate_mode", "=", "options", ".", "log_rotate_mode", "if", "rotate_mode", "==", "\"size\"", ":", "channel", "=", "logging", ".", "handlers", ".", "RotatingFileHandler", "(", "filename", "=", "options", ".", "log_file_prefix", ",", "maxBytes", "=", "options", ".", "log_file_max_size", ",", "backupCount", "=", "options", ".", "log_file_num_backups", ",", "encoding", "=", "\"utf-8\"", ",", ")", "# type: logging.Handler", "elif", "rotate_mode", "==", "\"time\"", ":", "channel", "=", "logging", ".", "handlers", ".", "TimedRotatingFileHandler", "(", "filename", "=", "options", ".", "log_file_prefix", ",", "when", "=", "options", ".", "log_rotate_when", ",", "interval", "=", "options", ".", "log_rotate_interval", ",", "backupCount", "=", "options", ".", "log_file_num_backups", ",", "encoding", "=", "\"utf-8\"", ",", ")", "else", ":", "error_message", "=", "(", "\"The value of log_rotate_mode option should be \"", "+", "'\"size\" or \"time\", not \"%s\".'", "%", "rotate_mode", ")", "raise", "ValueError", "(", "error_message", ")", "channel", ".", "setFormatter", "(", "LogFormatter", "(", "color", "=", "False", ")", ")", "logger", ".", "addHandler", "(", "channel", ")", "if", "options", ".", "log_to_stderr", "or", "(", "options", ".", "log_to_stderr", "is", "None", "and", "not", "logger", ".", "handlers", ")", ":", "# Set up color if we are in a tty and curses is installed", "channel", "=", "logging", ".", "StreamHandler", "(", ")", "channel", ".", "setFormatter", "(", "LogFormatter", "(", ")", ")", "logger", ".", "addHandler", "(", "channel", ")" ]

[ "Turns", "on", "formatted", "logging", "output", "as", "configured", "." ]

[ "def", "shell", "(", "self", ",", "name", "=", "'default'", ",", "user", "=", "None", ",", "password", "=", "None", ",", "root", "=", "0", ",", "verbose", "=", "1", ",", "write_password", "=", "1", ",", "no_db", "=", "0", ",", "no_pw", "=", "0", ")", ":", "raise", "NotImplementedError" ]

[ "Opens", "a", "SQL", "shell", "to", "the", "given", "database", "assuming", "the", "configured", "database", "and", "user", "supports", "this", "feature", "." ]

[ "def", "create_dhcprelay_ipv6", "(", "self", ")", ":", "return", "DHCPRelayIPv6", "(", "self", ".", "networkapi_url", ",", "self", ".", "user", ",", "self", ".", "password", ",", "self", ".", "user_ldap", ")" ]

[ "Get", "an", "instance", "of", "DHCPRelayIPv6", "services", "facade", "." ]

[ "def", "remainingDays", "(", "self", ",", "now", "=", "None", ")", ":", "if", "now", "is", "None", ":", "now", "=", "time", ".", "localtime", "(", ")", "elif", "type", "(", "now", ")", "is", "str", ":", "try", ":", "if", "'/'", "in", "now", ":", "now", "=", "time", ".", "strptime", "(", "now", ",", "'%m/%d/%y'", ")", "else", ":", "now", "=", "time", ".", "strptime", "(", "now", ",", "'%b %d %H:%M:%S %Y %Z'", ")", "except", ":", "warning", "(", "\"Bad time string provided '%s'. Using current time\"", "%", "now", ")", "now", "=", "time", ".", "localtime", "(", ")", "now", "=", "time", ".", "mktime", "(", "now", ")", "nft", "=", "time", ".", "mktime", "(", "self", ".", "notAfter", ")", "diff", "=", "(", "nft", "-", "now", ")", "/", "(", "24.", "*", "3600", ")", "return", "diff" ]

[ "Based", "on", "the", "value", "of", "notBefore", "field", "returns", "the", "number", "of", "days", "the", "certificate", "will", "still", "be", "valid", ".", "The", "date", "used", "for", "the", "comparison", "is", "the", "current", "and", "local", "date", "as", "returned", "by", "time", ".", "localtime", "()", "except", "if", "now", "argument", "is", "provided", "another", "one", ".", "now", "argument", "can", "be", "given", "as", "either", "a", "time", "tuple", "or", "a", "string", "representing", "the", "date", ".", "Accepted", "format", "for", "the", "string", "version", "are", ":", "-", "%b", "%d", "%H", ":", "%M", ":", "%S", "%Y", "%Z", "e", ".", "g", ".", "Jan", "30", "07", ":", "38", ":", "59", "2008", "GMT", "-", "%m", "/", "%d", "/", "%y", "e", ".", "g", ".", "01", "/", "30", "/", "08", "(", "less", "precise", ")" ]

[ "def", "_report_exc_info", "(", "exc_info", ",", "request", ",", "extra_data", ",", "payload_data", ",", "level", "=", "None", ")", ":", "if", "not", "_check_config", "(", ")", ":", "return", "filtered_level", "=", "_filtered_level", "(", "exc_info", "[", "1", "]", ")", "if", "level", "is", "None", ":", "level", "=", "filtered_level", "filtered_exc_info", "=", "events", ".", "on_exception_info", "(", "exc_info", ",", "request", "=", "request", ",", "extra_data", "=", "extra_data", ",", "payload_data", "=", "payload_data", ",", "level", "=", "level", ")", "if", "filtered_exc_info", "is", "False", ":", "return", "cls", ",", "exc", ",", "trace", "=", "filtered_exc_info", "data", "=", "_build_base_data", "(", "request", ")", "if", "level", "is", "not", "None", ":", "data", "[", "'level'", "]", "=", "level", "# walk the trace chain to collect cause and context exceptions", "trace_chain", "=", "_walk_trace_chain", "(", "cls", ",", "exc", ",", "trace", ")", "extra_trace_data", "=", "None", "if", "len", "(", "trace_chain", ")", ">", "1", ":", "data", "[", "'body'", "]", "=", "{", "'trace_chain'", ":", "trace_chain", "}", "if", "payload_data", "and", "(", "'body'", "in", "payload_data", ")", "and", "(", "'trace'", "in", "payload_data", "[", "'body'", "]", ")", ":", "extra_trace_data", "=", "payload_data", "[", "'body'", "]", "[", "'trace'", "]", "del", "payload_data", "[", "'body'", "]", "[", "'trace'", "]", "else", ":", "data", "[", "'body'", "]", "=", "{", "'trace'", ":", "trace_chain", "[", "0", "]", "}", "if", "extra_data", ":", "extra_data", "=", "extra_data", "if", "not", "isinstance", "(", "extra_data", ",", "dict", ")", ":", "extra_data", "=", "{", "'value'", ":", "extra_data", "}", "if", "extra_trace_data", ":", "extra_data", "=", "dict_merge", "(", "extra_data", ",", "extra_trace_data", ")", "data", "[", "'custom'", "]", "=", "extra_data", "if", "extra_trace_data", "and", "not", "extra_data", ":", "data", "[", "'custom'", "]", "=", "extra_trace_data", "request", "=", "_get_actual_request", "(", "request", ")", "_add_request_data", "(", "data", ",", "request", ")", "_add_person_data", "(", "data", ",", "request", ")", "_add_lambda_context_data", "(", "data", ")", "data", "[", "'server'", "]", "=", "_build_server_data", "(", ")", "if", "payload_data", ":", "data", "=", "dict_merge", "(", "data", ",", "payload_data", ")", "payload", "=", "_build_payload", "(", "data", ")", "send_payload", "(", "payload", ",", "payload", ".", "get", "(", "'access_token'", ")", ")", "return", "data", "[", "'uuid'", "]" ]

[ "Called", "by", "report_exc_info", "()", "wrapper" ]

[ "def", "_update_settings", "(", "self", ",", "X", ")", ":", "self", ".", "logger", ".", "info", "(", "\"Loading default parameters for Sparse LSTM\"", ")", "config", "=", "get_config", "(", ")", "[", "\"learning\"", "]", "[", "\"SparseLSTM\"", "]", "for", "key", "in", "config", ".", "keys", "(", ")", ":", "if", "key", "not", "in", "self", ".", "settings", ":", "self", ".", "settings", "[", "key", "]", "=", "config", "[", "key", "]", "self", ".", "settings", "[", "\"relation_arity\"", "]", "=", "len", "(", "X", "[", "0", "]", "[", "0", "]", ")", "self", ".", "settings", "[", "\"lstm_dim\"", "]", "=", "(", "len", "(", "X", "[", "0", "]", "[", "0", "]", ")", "*", "self", ".", "settings", "[", "\"hidden_dim\"", "]", "*", "(", "2", "if", "self", ".", "settings", "[", "\"bidirectional\"", "]", "else", "1", ")", ")", "# Add one feature for padding vector (all 0s)", "self", ".", "settings", "[", "\"input_dim\"", "]", "=", "(", "X", "[", "1", "]", ".", "shape", "[", "1", "]", "+", "len", "(", "X", "[", "0", "]", "[", "0", "]", ")", "*", "self", ".", "settings", "[", "\"hidden_dim\"", "]", "*", "(", "2", "if", "self", ".", "settings", "[", "\"bidirectional\"", "]", "else", "1", ")", "+", "1", ")" ]

[ "Update", "the", "model", "argument", "." ]

[ "def", "with_wget", "(", "url_dict", "=", "None", ",", "target_file", "=", "None", ")", ":", "def", "wget_decorator", "(", "cls", ")", ":", "def", "download_impl", "(", "self", ")", ":", "\"\"\"Download the selected version from the url_dict value.\"\"\"", "t_file", "=", "target_file", "if", "target_file", "else", "self", ".", "SRC_FILE", "t_version", "=", "url_dict", "[", "self", ".", "version", "]", "Wget", "(", "t_version", ",", "t_file", ")", "@", "staticmethod", "def", "versions_impl", "(", ")", ":", "\"\"\"Return a list of versions from the url_dict keys.\"\"\"", "return", "list", "(", "url_dict", ".", "keys", "(", ")", ")", "cls", ".", "versions", "=", "versions_impl", "cls", ".", "download", "=", "download_impl", "return", "cls", "return", "wget_decorator" ]

[ "Decorate", "a", "project", "class", "with", "wget", "-", "based", "version", "information", "." ]

[ "def", "type_from_ast", "(", "schema", ",", "type_node", ")", ":", "# noqa: F811", "if", "isinstance", "(", "type_node", ",", "ListTypeNode", ")", ":", "inner_type", "=", "type_from_ast", "(", "schema", ",", "type_node", ".", "type", ")", "return", "GraphQLList", "(", "inner_type", ")", "if", "inner_type", "else", "None", "if", "isinstance", "(", "type_node", ",", "NonNullTypeNode", ")", ":", "inner_type", "=", "type_from_ast", "(", "schema", ",", "type_node", ".", "type", ")", "return", "GraphQLNonNull", "(", "inner_type", ")", "if", "inner_type", "else", "None", "if", "isinstance", "(", "type_node", ",", "NamedTypeNode", ")", ":", "return", "schema", ".", "get_type", "(", "type_node", ".", "name", ".", "value", ")", "# Not reachable. All possible type nodes have been considered.", "raise", "TypeError", "(", "# pragma: no cover", "f\"Unexpected type node: '{inspect(type_node)}'.\"", ")" ]

[ "Get", "the", "GraphQL", "type", "definition", "from", "an", "AST", "node", "." ]

[ "def", "create_default_element", "(", "self", ",", "name", ")", ":", "found", "=", "self", ".", "root", ".", "find", "(", "name", ")", "if", "found", "is", "not", "None", ":", "return", "found", "ele", "=", "ET", ".", "Element", "(", "name", ")", "self", ".", "root", ".", "append", "(", "ele", ")", "return", "ele" ]

[ "Creates", "a", "<" ]

[ "def", "_from_binary_attrlist", "(", "cls", ",", "binary_stream", ")", ":", "_attr_list", "=", "[", "]", "offset", "=", "0", "while", "True", ":", "entry", "=", "AttributeListEntry", ".", "create_from_binary", "(", "binary_stream", "[", "offset", ":", "]", ")", "offset", "+=", "len", "(", "entry", ")", "_attr_list", ".", "append", "(", "entry", ")", "if", "offset", ">=", "len", "(", "binary_stream", ")", ":", "break", "_MOD_LOGGER", ".", "debug", "(", "\"Next AttributeListEntry offset = %d\"", ",", "offset", ")", "_MOD_LOGGER", ".", "debug", "(", "\"Attempted to unpack ATTRIBUTE_LIST Entry from \\\"%s\\\"\\nResult: %s\"", ",", "binary_stream", ".", "tobytes", "(", ")", ",", "_attr_list", ")", "return", "cls", "(", "_attr_list", ")" ]

[ "See", "base", "class", "." ]

[ "def", "get_tokens_list", "(", "self", ",", "registry_address", ":", "PaymentNetworkID", ")", ":", "tokens_list", "=", "views", ".", "get_token_identifiers", "(", "chain_state", "=", "views", ".", "state_from_raiden", "(", "self", ".", "raiden", ")", ",", "payment_network_id", "=", "registry_address", ",", ")", "return", "tokens_list" ]

[ "Returns", "a", "list", "of", "tokens", "the", "node", "knows", "about" ]

[ "def", "parent", "(", "self", ")", ":", "try", ":", "return", "Resource", "(", "self", "[", "'parent_type'", "]", ",", "uuid", "=", "self", "[", "'parent_uuid'", "]", ",", "check", "=", "True", ")", "except", "KeyError", ":", "raise", "ResourceMissing", "(", "'%s has no parent resource'", "%", "self", ")" ]

[ "Return", "parent", "resource" ]

[ "def", "model_definition_factory", "(", "base_model_definition", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "not", "kwargs", ":", "yield", "config", "else", ":", "for", "param", "in", "kwargs", ":", "if", "not", "hasattr", "(", "base_model_definition", ",", "param", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"'%s' is not a valid configuration parameter\"", "%", "param", ")", "for", "raw_params", "in", "itertools", ".", "product", "(", "*", "kwargs", ".", "values", "(", ")", ")", ":", "new_definition", "=", "copy", ".", "copy", "(", "base_model_definition", ")", "new_definition", ".", "update", "(", "dict", "(", "zip", "(", "kwargs", ".", "keys", "(", ")", ",", "raw_params", ")", ")", ")", "yield", "new_definition" ]

[ "Provides", "an", "iterator", "over", "passed", "-", "in", "configuration", "values", "allowing", "for", "easy", "exploration", "of", "models", "." ]

[ "def", "debug", "(", "function", ")", ":", "@", "wraps", "(", "function", ")", "def", "_wrapper", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "result", "=", "function", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "for", "key", ",", "value", "in", "kwargs", ".", "items", "(", ")", ":", "args", "+=", "tuple", "(", "[", "'{}={!r}'", ".", "format", "(", "key", ",", "value", ")", "]", ")", "if", "len", "(", "args", ")", "==", "1", ":", "args", "=", "'({})'", ".", "format", "(", "args", "[", "0", "]", ")", "print", "(", "'@{0}{1} -> {2}'", ".", "format", "(", "function", ".", "__name__", ",", "args", ",", "result", ")", ")", "_wrapper", ".", "last_output", "=", "[", "function", ".", "__name__", ",", "str", "(", "args", ")", ",", "result", "]", "return", "result", "_wrapper", ".", "last_output", "=", "[", "]", "return", "_wrapper" ]

[ "Function", ":", "debug", "Summary", ":", "decorator", "to", "debug", "a", "function", "Examples", ":", "at", "the", "execution", "of", "the", "function", "wrapped", "the", "decorator", "will", "allows", "to", "print", "the", "input", "and", "output", "of", "each", "execution", "Attributes", ":" ]

[ "def", "size_str", "(", "size_in_bytes", ")", ":", "if", "not", "size_in_bytes", ":", "return", "\"?? GiB\"", "size_in_bytes", "=", "float", "(", "size_in_bytes", ")", "for", "(", "name", ",", "size_bytes", ")", "in", "_NAME_LIST", ":", "value", "=", "size_in_bytes", "/", "size_bytes", "if", "value", ">=", "1.0", ":", "return", "\"{:.2f} {}\"", ".", "format", "(", "value", ",", "name", ")", "return", "\"{} {}\"", ".", "format", "(", "int", "(", "size_in_bytes", ")", ",", "\"bytes\"", ")" ]

[ "Returns", "a", "human", "readable", "size", "string", "." ]

[ "def", "_configure", "(", "self", ",", "manager", ",", "connect_api_instance", ",", "observer_params", ")", ":", "self", ".", "_manager", "=", "manager", "self", ".", "_api", "=", "connect_api_instance", "self", ".", "_observer_params", "=", "self", ".", "_observer_params", "or", "{", "}", "self", ".", "_observer_params", ".", "update", "(", "observer_params", ")" ]

[ "Configure", "behind", "-", "the", "-", "scenes", "settings", "for", "the", "channel" ]

[ "def", "y_max", "(", "self", ")", ":", "end_y", "=", "max", "(", "y", "for", "y", ",", "*", "_", "in", "self", ".", "iterator", "(", ")", ")", "if", "self", ".", "combined", ":", "end_y", "+=", "self", ".", "group_offset", "return", "end_y", "+", "2", "*", "self", ".", "group_offset" ]

[ "Get", "max", "y", "value", "for", "the", "variable", "." ]

[ "def", "_set_ext_src_vtep_ip_any", "(", "self", ",", "v", ",", "load", "=", "False", ")", ":", "if", "hasattr", "(", "v", ",", "\"_utype\"", ")", ":", "v", "=", "v", ".", "_utype", "(", "v", ")", "try", ":", "t", "=", "YANGDynClass", "(", "v", ",", "base", "=", "YANGBool", ",", "is_leaf", "=", "True", ",", "yang_name", "=", "\"ext-src-vtep-ip-any\"", ",", "rest_name", "=", "\"src-vtep-ip-any\"", ",", "parent", "=", "self", ",", "choice", "=", "(", "u'choice-ext-src-vtep-ip'", ",", "u'case-ext-src-vtep-ip-any'", ")", ",", "path_helper", "=", "self", ".", "_path_helper", ",", "extmethods", "=", "self", ".", "_extmethods", ",", "register_paths", "=", "True", ",", "extensions", "=", "{", "u'tailf-common'", ":", "{", "u'info'", ":", "u'src vtep ip address: any'", ",", "u'alt-name'", ":", "u'src-vtep-ip-any'", ",", "u'cli-incomplete-no'", ":", "None", ",", "u'cli-incomplete-command'", ":", "None", "}", "}", ",", "namespace", "=", "'urn:brocade.com:mgmt:brocade-vxlan-visibility'", ",", "defining_module", "=", "'brocade-vxlan-visibility'", ",", "yang_type", "=", "'empty'", ",", "is_config", "=", "True", ")", "except", "(", "TypeError", ",", "ValueError", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "{", "'error-string'", ":", "\"\"\"ext_src_vtep_ip_any must be of a type compatible with empty\"\"\"", ",", "'defined-type'", ":", "\"empty\"", ",", "'generated-type'", ":", "\"\"\"YANGDynClass(base=YANGBool, is_leaf=True, yang_name=\"ext-src-vtep-ip-any\", rest_name=\"src-vtep-ip-any\", parent=self, choice=(u'choice-ext-src-vtep-ip', u'case-ext-src-vtep-ip-any'), path_helper=self._path_helper, extmethods=self._extmethods, register_paths=True, extensions={u'tailf-common': {u'info': u'src vtep ip address: any', u'alt-name': u'src-vtep-ip-any', u'cli-incomplete-no': None, u'cli-incomplete-command': None}}, namespace='urn:brocade.com:mgmt:brocade-vxlan-visibility', defining_module='brocade-vxlan-visibility', yang_type='empty', is_config=True)\"\"\"", ",", "}", ")", "self", ".", "__ext_src_vtep_ip_any", "=", "t", "if", "hasattr", "(", "self", ",", "'_set'", ")", ":", "self", ".", "_set", "(", ")" ]

[ "Setter", "method", "for", "ext_src_vtep_ip_any", "mapped", "from", "YANG", "variable", "/", "overlay", "/", "access_list", "/", "type", "/", "vxlan", "/", "extended", "/", "ext_seq", "/", "ext_src_vtep_ip_any", "(", "empty", ")", "If", "this", "variable", "is", "read", "-", "only", "(", "config", ":", "false", ")", "in", "the", "source", "YANG", "file", "then", "_set_ext_src_vtep_ip_any", "is", "considered", "as", "a", "private", "method", ".", "Backends", "looking", "to", "populate", "this", "variable", "should", "do", "so", "via", "calling", "thisObj", ".", "_set_ext_src_vtep_ip_any", "()", "directly", "." ]

[ "def", "_get_node_parent", "(", "self", ",", "age", ",", "pos", ")", ":", "return", "self", ".", "nodes", "[", "age", "]", "[", "int", "(", "pos", "/", "self", ".", "comp", ")", "]" ]

[ "Get", "the", "parent", "node", "of", "node", "whch", "is", "located", "in", "tree", "s", "node", "list", "." ]

[ "def", "current", "(", "self", ")", ":", "results", "=", "self", ".", "_timeline", ".", "find_withtag", "(", "tk", ".", "CURRENT", ")", "return", "results", "[", "0", "]", "if", "len", "(", "results", ")", "!=", "0", "else", "None" ]

[ "Currently", "active", "item", "on", "the", "_timeline", "Canvas" ]

[ "def", "msg_warn", "(", "message", ")", ":", "to_stdout", "(", "\" (!) {message}\"", ".", "format", "(", "message", "=", "message", ")", ",", "colorf", "=", "yellow", ",", "bold", "=", "True", ")", "if", "_logger", ":", "_logger", ".", "warn", "(", "message", ")" ]

[ "Log", "a", "warning", "message" ]

[ "def", "safeRmTree", "(", "rootPath", ")", ":", "shutil", ".", "rmtree", "(", "rootPath", ",", "True", ")", "return", "not", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "rootPath", ")" ]

[ "Deletes", "a", "tree", "and", "returns", "true", "if", "it", "was", "correctly", "deleted" ]

[ "def", "infix", "(", "self", ",", "node", ",", "children", ")", ":", "_", ",", "expr1", ",", "operator", ",", "expr2", ",", "_", "=", "children", "return", "operator", "(", "expr1", ",", "expr2", ")" ]

[ "infix", "=", "(", "expr", "operator", "expr", ")" ]

[ "def", "_get_char_pixels", "(", "self", ",", "s", ")", ":", "if", "len", "(", "s", ")", "==", "1", "and", "s", "in", "self", ".", "_text_dict", ".", "keys", "(", ")", ":", "return", "list", "(", "self", ".", "_text_dict", "[", "s", "]", ")", "else", ":", "return", "list", "(", "self", ".", "_text_dict", "[", "'?'", "]", ")" ]

[ "Internal", ".", "Safeguards", "the", "character", "indexed", "dictionary", "for", "the", "show_message", "function", "below" ]

[ "def", "find_requirements", "(", "filename", ")", ":", "import", "string", "content", "=", "read", "(", "filename", ")", "requirements", "=", "[", "]", "for", "line", "in", "content", ".", "splitlines", "(", ")", ":", "line", "=", "line", ".", "strip", "(", ")", "if", "line", "and", "line", "[", ":", "1", "]", "in", "string", ".", "ascii_letters", ":", "requirements", ".", "append", "(", "line", ")", "return", "requirements" ]

[ "Find", "requirements", "in", "file", "." ]

[ "def", "auth", "(", "self", ",", "user", "=", "None", ",", "password", "=", "None", ",", "jsonp", "=", "None", ")", ":", "if", "not", "user", ":", "user", "=", "self", ".", "user", "if", "not", "password", ":", "password", "=", "self", ".", "password", "parameters", "=", "{", "'username'", ":", "self", ".", "user", ",", "'password'", ":", "self", ".", "password", "}", "if", "jsonp", "is", "not", "None", ":", "parameters", "[", "'jsonp'", "]", "=", "jsonp", "status", ",", "headers", "=", "self", ".", "_query", "(", "self", ".", "authurl", ",", "parameters", ")", "# return the callback call if we want jsonp", "if", "jsonp", "is", "not", "None", ":", "return", "status", "return", "(", "int", "(", "status", ")", ",", "self", ".", "auth_status_codes", "[", "int", "(", "status", ")", "]", ")" ]

[ "authenticate", "with", "the", "instapaper", ".", "com", "service" ]

[ "def", "console_hline", "(", "con", ":", "tcod", ".", "console", ".", "Console", ",", "x", ":", "int", ",", "y", ":", "int", ",", "l", ":", "int", ",", "flag", ":", "int", "=", "BKGND_DEFAULT", ",", ")", "->", "None", ":", "lib", ".", "TCOD_console_hline", "(", "_console", "(", "con", ")", ",", "x", ",", "y", ",", "l", ",", "flag", ")" ]

[ "Draw", "a", "horizontal", "line", "on", "the", "console", "." ]

[ "def", "expandScopesGet", "(", "self", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "return", "self", ".", "_makeApiCall", "(", "self", ".", "funcinfo", "[", "\"expandScopesGet\"", "]", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "Expand", "Scopes" ]

[ "def", "readFromProto", "(", "cls", ",", "proto", ")", ":", "instance", "=", "cls", "(", ")", "instance", ".", "encoder", "=", "MultiEncoder", ".", "read", "(", "proto", ".", "encoder", ")", "if", "proto", ".", "disabledEncoder", "is", "not", "None", ":", "instance", ".", "disabledEncoder", "=", "MultiEncoder", ".", "read", "(", "proto", ".", "disabledEncoder", ")", "instance", ".", "topDownMode", "=", "bool", "(", "proto", ".", "topDownMode", ")", "instance", ".", "verbosity", "=", "proto", ".", "verbosity", "instance", ".", "numCategories", "=", "proto", ".", "numCategories", "return", "instance" ]

[ "Overrides", ":", "meth", ":", "nupic", ".", "bindings", ".", "regions", ".", "PyRegion", ".", "PyRegion", ".", "readFromProto", "." ]

[ "def", "_newline_tokenize", "(", "self", ",", "data", ")", ":", "parts", "=", "data", ".", "split", "(", "'\\n'", ")", "tokens", "=", "[", "]", "for", "num", ",", "part", "in", "enumerate", "(", "parts", ")", ":", "if", "part", ":", "tokens", ".", "append", "(", "(", "self", ".", "TOKEN_DATA", ",", "None", ",", "None", ",", "part", ")", ")", "if", "num", "<", "(", "len", "(", "parts", ")", "-", "1", ")", ":", "tokens", ".", "append", "(", "(", "self", ".", "TOKEN_NEWLINE", ",", "None", ",", "None", ",", "'\\n'", ")", ")", "return", "tokens" ]

[ "Given", "a", "string", "that", "does", "not", "contain", "any", "tags", "this", "function", "will", "return", "a", "list", "of", "NEWLINE", "and", "DATA", "tokens", "such", "that", "if", "you", "concatenate", "their", "data", "you", "will", "have", "the", "original", "string", "." ]

[ "def", "_handle_files", "(", "self", ",", "data", ")", ":", "initial", "=", "data", ".", "get", "(", "\"set\"", ",", "False", ")", "files", "=", "data", "[", "\"files\"", "]", "for", "f", "in", "files", ":", "try", ":", "fobj", "=", "File", "(", "self", ".", "room", ",", "self", ".", "conn", ",", "f", "[", "0", "]", ",", "f", "[", "1", "]", ",", "type", "=", "f", "[", "2", "]", ",", "size", "=", "f", "[", "3", "]", ",", "expire_time", "=", "int", "(", "f", "[", "4", "]", ")", "/", "1000", ",", "uploader", "=", "f", "[", "6", "]", ".", "get", "(", "\"nick\"", ")", "or", "f", "[", "6", "]", ".", "get", "(", "\"user\"", ")", ",", ")", "self", ".", "room", ".", "filedict", "=", "fobj", ".", "fid", ",", "fobj", "if", "not", "initial", ":", "self", ".", "conn", ".", "enqueue_data", "(", "\"file\"", ",", "fobj", ")", "except", "Exception", ":", "import", "pprint", "LOGGER", ".", "exception", "(", "\"bad file\"", ")", "pprint", ".", "pprint", "(", "f", ")", "if", "initial", ":", "self", ".", "conn", ".", "enqueue_data", "(", "\"initial_files\"", ",", "self", ".", "room", ".", "files", ")" ]

[ "Handle", "new", "files", "being", "uploaded" ]

[ "def", "parse_cmdline", "(", "argv", "=", "None", ")", ":", "parser", "=", "optparse", ".", "OptionParser", "(", ")", "parser", ".", "add_option", "(", "'-c'", ",", "'--conf'", ",", "help", "=", "'Configuration file path.'", ",", "dest", "=", "'confpath'", ",", "default", "=", "None", ")", "parser", ".", "add_option", "(", "'-p'", ",", "'--bindport'", ",", "help", "=", "'Bind to TCP Port. (Default: %d)'", "%", "conf", "[", "'bindport'", "]", ",", "dest", "=", "'bindport'", ",", "type", "=", "'int'", ",", "default", "=", "None", ",", "action", "=", "'store'", ")", "parser", ".", "add_option", "(", "'-b'", ",", "'--bindaddr'", ",", "help", "=", "'Bind to IP Address. (Default: %s)'", "%", "conf", "[", "'bindaddr'", "]", ",", "dest", "=", "'bindaddr'", ",", "default", "=", "None", ",", "action", "=", "'store'", ")", "parser", ".", "add_option", "(", "'-u'", ",", "'--baseurl'", ",", "help", "=", "'Base URL. (Default: %s)'", "%", "conf", "[", "'baseurl'", "]", ",", "dest", "=", "'baseurl'", ",", "default", "=", "None", ",", "action", "=", "'store'", ")", "parser", ".", "add_option", "(", "'-D'", ",", "'--devel'", ",", "help", "=", "'Enable development mode.'", ",", "dest", "=", "'devel'", ",", "default", "=", "False", ",", "action", "=", "'store_true'", ")", "if", "argv", "is", "None", ":", "return", "parser", ".", "parse_args", "(", ")", "else", ":", "return", "parser", ".", "parse_args", "(", "argv", "[", "1", ":", "]", ")" ]

[ "Parse", "command", "line", "options", "." ]

[ "def", "validate_owner_repo_package", "(", "ctx", ",", "param", ",", "value", ")", ":", "# pylint: disable=unused-argument", "form", "=", "\"OWNER/REPO/PACKAGE\"", "return", "validate_slashes", "(", "param", ",", "value", ",", "minimum", "=", "3", ",", "maximum", "=", "3", ",", "form", "=", "form", ")" ]

[ "Ensure", "that", "owner", "/", "repo", "/", "package", "is", "formatted", "correctly", "." ]

[ "def", "_import_class", "(", "self", ",", "class_path", ")", ":", "LOGGER", ".", "debug", "(", "'Importing %s'", ",", "class_path", ")", "try", ":", "return", "utils", ".", "import_namespaced_class", "(", "class_path", ")", "except", "ImportError", "as", "error", ":", "LOGGER", ".", "critical", "(", "'Could not import %s: %s'", ",", "class_path", ",", "error", ")", "return", "None" ]

[ "Try", "and", "import", "the", "specified", "namespaced", "class", "." ]

[ "def", "define", "(", "self", ",", "*", "names", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "names", "=", "tuple", "(", "names", ")", "for", "name", "in", "names", ":", "if", "name", "in", "self", ".", "_variables", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Variable already defined: {!r}'", ".", "format", "(", "name", ")", ")", "lower", "=", "kwargs", ".", "get", "(", "'lower'", ",", "None", ")", "upper", "=", "kwargs", ".", "get", "(", "'upper'", ",", "None", ")", "vartype", "=", "kwargs", ".", "get", "(", "'types'", ",", "None", ")", "# Repeat values if a scalar is given", "if", "lower", "is", "None", "or", "isinstance", "(", "lower", ",", "numbers", ".", "Number", ")", ":", "lower", "=", "repeat", "(", "lower", ",", "len", "(", "names", ")", ")", "if", "upper", "is", "None", "or", "isinstance", "(", "upper", ",", "numbers", ".", "Number", ")", ":", "upper", "=", "repeat", "(", "upper", ",", "len", "(", "names", ")", ")", "if", "vartype", "is", "None", "or", "vartype", "in", "(", "VariableType", ".", "Continuous", ",", "VariableType", ".", "Binary", ",", "VariableType", ".", "Integer", ")", ":", "vartype", "=", "repeat", "(", "vartype", ",", "len", "(", "names", ")", ")", "# Assign default values", "vartype", "=", "tuple", "(", "VariableType", ".", "Continuous", "if", "value", "is", "None", "else", "value", "for", "value", "in", "vartype", ")", "if", "len", "(", "names", ")", "==", "0", ":", "return", "var_indices", "=", "count", "(", "swiglpk", ".", "glp_add_cols", "(", "self", ".", "_p", ",", "len", "(", "names", ")", ")", ")", "for", "i", ",", "name", ",", "lb", ",", "ub", ",", "vt", "in", "zip", "(", "var_indices", ",", "names", ",", "lower", ",", "upper", ",", "vartype", ")", ":", "self", ".", "_variables", "[", "name", "]", "=", "i", "lb", "=", "None", "if", "lb", "==", "-", "_INF", "else", "lb", "ub", "=", "None", "if", "ub", "==", "_INF", "else", "ub", "if", "lb", "is", "None", "and", "ub", "is", "None", ":", "swiglpk", ".", "glp_set_col_bnds", "(", "self", ".", "_p", ",", "i", ",", "swiglpk", ".", "GLP_FR", ",", "0", ",", "0", ")", "elif", "lb", "is", "None", ":", "swiglpk", ".", "glp_set_col_bnds", "(", "self", ".", "_p", ",", "i", ",", "swiglpk", ".", "GLP_UP", ",", "0", ",", "float", "(", "ub", ")", ")", "elif", "ub", "is", "None", ":", "swiglpk", ".", "glp_set_col_bnds", "(", "self", ".", "_p", ",", "i", ",", "swiglpk", ".", "GLP_LO", ",", "float", "(", "lb", ")", ",", "0", ")", "elif", "lb", "==", "ub", ":", "swiglpk", ".", "glp_set_col_bnds", "(", "self", ".", "_p", ",", "i", ",", "swiglpk", ".", "GLP_FX", ",", "float", "(", "lb", ")", ",", "0", ")", "else", ":", "swiglpk", ".", "glp_set_col_bnds", "(", "self", ".", "_p", ",", "i", ",", "swiglpk", ".", "GLP_DB", ",", "float", "(", "lb", ")", ",", "float", "(", "ub", ")", ")", "if", "vt", "!=", "VariableType", ".", "Continuous", ":", "swiglpk", ".", "glp_set_col_kind", "(", "self", ".", "_p", ",", "i", ",", "self", ".", "VARTYPE_MAP", "[", "vt", "]", ")", "self", ".", "_do_presolve", "=", "True" ]

[ "Define", "a", "variable", "in", "the", "problem", "." ]

[ "def", "urlencode", "(", "resource", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "resource", ",", "str", ")", ":", "return", "_urlencode", "(", "resource", ".", "encode", "(", "'utf-8'", ")", ")", "return", "_urlencode", "(", "resource", ")" ]

[ "This", "implementation", "of", "urlencode", "supports", "all", "unicode", "characters" ]

[ "def", "use_contextual_arguments", "(", "*", "*", "kw_only_args_defaults", ")", ":", "def", "decorator", "(", "f", ")", ":", "# Extract any positional and positional-and-key-word arguments", "# which may be set.", "arg_names", ",", "varargs", ",", "keywords", ",", "defaults", "=", "inspect", ".", "getargspec", "(", "f", ")", "# Sanity check: non-keyword-only arguments should't be present in", "# the keyword-only-arguments list.", "assert", "set", "(", "keywords", "or", "{", "}", ")", ".", "isdisjoint", "(", "set", "(", "kw_only_args_defaults", ")", ")", "# Fully populate the default argument values list, setting the", "# default for mandatory arguments to the 'Required' sentinel.", "if", "defaults", "is", "None", ":", "defaults", "=", "[", "]", "defaults", "=", "(", "(", "[", "Required", "]", "*", "(", "len", "(", "arg_names", ")", "-", "len", "(", "defaults", ")", ")", ")", "+", "list", "(", "defaults", ")", ")", "# Update the docstring signature to include the specified arguments", "@", "add_signature_to_docstring", "(", "f", ",", "kw_only_args", "=", "kw_only_args_defaults", ")", "@", "functools", ".", "wraps", "(", "f", ")", "def", "f_", "(", "self", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "# Construct a dictionary of arguments (and their default", "# values) which may potentially be set by the context. This", "# includes any non-supplied positional arguments and any", "# keyword-only arguments.", "new_kwargs", "=", "dict", "(", "zip", "(", "arg_names", "[", "1", "+", "len", "(", "args", ")", ":", "]", ",", "defaults", "[", "1", "+", "len", "(", "args", ")", ":", "]", ")", ")", "new_kwargs", ".", "update", "(", "kw_only_args_defaults", ")", "# Values from the context take priority over default argument", "# values.", "context", "=", "self", ".", "get_context_arguments", "(", ")", "for", "name", ",", "val", "in", "iteritems", "(", "context", ")", ":", "if", "name", "in", "new_kwargs", ":", "new_kwargs", "[", "name", "]", "=", "val", "# Finally, the values actually pased to the function call take", "# ultimate priority.", "new_kwargs", ".", "update", "(", "kwargs", ")", "# Raise a TypeError if any `Required` sentinels remain", "for", "k", ",", "v", "in", "iteritems", "(", "new_kwargs", ")", ":", "if", "v", "is", "Required", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"{!s}: missing argument {}\"", ".", "format", "(", "f", ".", "__name__", ",", "k", ")", ")", "return", "f", "(", "self", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "new_kwargs", ")", "return", "f_", "return", "decorator" ]

[ "Decorator", "function", "which", "allows", "the", "wrapped", "function", "to", "accept", "arguments", "not", "specified", "in", "the", "call", "from", "the", "context", "." ]

[ "def", "regular_index", "(", "*", "dfs", ")", ":", "original_index", "=", "[", "df", ".", "index", "for", "df", "in", "dfs", "]", "have_bad_index", "=", "[", "not", "isinstance", "(", "df", ".", "index", ",", "pd", ".", "RangeIndex", ")", "for", "df", "in", "dfs", "]", "for", "df", ",", "bad", "in", "zip", "(", "dfs", ",", "have_bad_index", ")", ":", "if", "bad", ":", "df", ".", "reset_index", "(", "drop", "=", "True", ",", "inplace", "=", "True", ")", "try", ":", "yield", "dfs", "finally", ":", "for", "df", ",", "bad", ",", "idx", "in", "zip", "(", "dfs", ",", "have_bad_index", ",", "original_index", ")", ":", "if", "bad", "and", "len", "(", "df", ".", "index", ")", "==", "len", "(", "idx", ")", ":", "df", ".", "index", "=", "idx" ]

[ "Change", "&", "restore", "the", "indices", "of", "dataframes" ]

[ "def", "find_entity_views", "(", "self", ",", "view_type", ",", "begin_entity", "=", "None", ",", "properties", "=", "None", ")", ":", "if", "properties", "is", "None", ":", "properties", "=", "[", "]", "# Start the search at the root folder if no begin_entity was given", "if", "not", "begin_entity", ":", "begin_entity", "=", "self", ".", "sc", ".", "rootFolder", ".", "_mo_ref", "property_spec", "=", "self", ".", "create", "(", "'PropertySpec'", ")", "property_spec", ".", "type", "=", "view_type", "property_spec", ".", "all", "=", "False", "property_spec", ".", "pathSet", "=", "properties", "pfs", "=", "self", ".", "get_search_filter_spec", "(", "begin_entity", ",", "property_spec", ")", "# Retrieve properties from server and update entity", "obj_contents", "=", "self", ".", "sc", ".", "propertyCollector", ".", "RetrieveProperties", "(", "specSet", "=", "pfs", ")", "views", "=", "[", "]", "for", "obj_content", "in", "obj_contents", ":", "logger", ".", "debug", "(", "\"In find_entity_view with object of type %s\"", ",", "obj_content", ".", "obj", ".", "__class__", ".", "__name__", ")", "obj_content", ".", "obj", ".", "update_view_data", "(", "properties", "=", "properties", ")", "views", ".", "append", "(", "obj_content", ".", "obj", ")", "return", "views" ]

[ "Find", "all", "ManagedEntity", "s", "of", "the", "requested", "type", "." ]

[ "async", "def", "monitor_start", "(", "self", ",", "monitor", ")", ":", "cfg", "=", "self", ".", "cfg", "if", "(", "not", "platform", ".", "has_multiprocessing_socket", "or", "cfg", ".", "concurrency", "==", "'thread'", ")", ":", "cfg", ".", "set", "(", "'workers'", ",", "0", ")", "servers", "=", "await", "self", ".", "binds", "(", "monitor", ")", "if", "not", "servers", ":", "raise", "ImproperlyConfigured", "(", "'Could not open a socket. '", "'No address to bind to'", ")", "addresses", "=", "[", "]", "for", "server", "in", "servers", ".", "values", "(", ")", ":", "addresses", ".", "extend", "(", "server", ".", "addresses", ")", "self", ".", "cfg", ".", "addresses", "=", "addresses" ]

[ "Create", "the", "socket", "listening", "to", "the", "bind", "address", "." ]

[ "def", "_set_mrouter", "(", "self", ",", "v", ",", "load", "=", "False", ")", ":", "if", "hasattr", "(", "v", ",", "\"_utype\"", ")", ":", "v", "=", "v", ".", "_utype", "(", "v", ")", "try", ":", "t", "=", "YANGDynClass", "(", "v", ",", "base", "=", "mrouter", ".", "mrouter", ",", "is_container", "=", "'container'", ",", "presence", "=", "False", ",", "yang_name", "=", "\"mrouter\"", ",", "rest_name", "=", "\"mrouter\"", ",", "parent", "=", "self", ",", "path_helper", "=", "self", ".", "_path_helper", ",", "extmethods", "=", "self", ".", "_extmethods", ",", "register_paths", "=", "True", ",", "extensions", "=", "{", "u'tailf-common'", ":", "{", "u'info'", ":", "u'Multicast Router'", ",", "u'callpoint'", ":", "u'MldsMrtrVlan'", ",", "u'cli-incomplete-no'", ":", "None", "}", "}", ",", "namespace", "=", "'urn:brocade.com:mgmt:brocade-mld-snooping'", ",", "defining_module", "=", "'brocade-mld-snooping'", ",", "yang_type", "=", "'container'", ",", "is_config", "=", "True", ")", "except", "(", "TypeError", ",", "ValueError", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "{", "'error-string'", ":", "\"\"\"mrouter must be of a type compatible with container\"\"\"", ",", "'defined-type'", ":", "\"container\"", ",", "'generated-type'", ":", "\"\"\"YANGDynClass(base=mrouter.mrouter, is_container='container', presence=False, yang_name=\"mrouter\", rest_name=\"mrouter\", parent=self, path_helper=self._path_helper, extmethods=self._extmethods, register_paths=True, extensions={u'tailf-common': {u'info': u'Multicast Router', u'callpoint': u'MldsMrtrVlan', u'cli-incomplete-no': None}}, namespace='urn:brocade.com:mgmt:brocade-mld-snooping', defining_module='brocade-mld-snooping', yang_type='container', is_config=True)\"\"\"", ",", "}", ")", "self", ".", "__mrouter", "=", "t", "if", "hasattr", "(", "self", ",", "'_set'", ")", ":", "self", ".", "_set", "(", ")" ]

[ "Setter", "method", "for", "mrouter", "mapped", "from", "YANG", "variable", "/", "interface_vlan", "/", "interface", "/", "vlan", "/", "ipv6", "/", "mldVlan", "/", "snooping", "/", "mrouter", "(", "container", ")", "If", "this", "variable", "is", "read", "-", "only", "(", "config", ":", "false", ")", "in", "the", "source", "YANG", "file", "then", "_set_mrouter", "is", "considered", "as", "a", "private", "method", ".", "Backends", "looking", "to", "populate", "this", "variable", "should", "do", "so", "via", "calling", "thisObj", ".", "_set_mrouter", "()", "directly", "." ]

[ "def", "transform", "(", "self", ",", "X", ",", "y", "=", "None", ")", ":", "Xt", ",", "yt", ",", "_", "=", "self", ".", "_transform", "(", "X", ",", "y", ")", "if", "isinstance", "(", "self", ".", "_final_estimator", ",", "XyTransformerMixin", ")", ":", "Xt", ",", "yt", ",", "_", "=", "self", ".", "_final_estimator", ".", "transform", "(", "Xt", ",", "yt", ")", "else", ":", "Xt", "=", "self", ".", "_final_estimator", ".", "transform", "(", "Xt", ")", "return", "Xt", ",", "yt" ]

[ "Apply", "transforms", "and", "transform", "with", "the", "final", "estimator", "This", "also", "works", "where", "final", "estimator", "is", "None", ":", "all", "prior", "transformations", "are", "applied", "." ]

[ "def", "_get_host", "(", "self", ",", "region", ")", ":", "if", "'us-east-1'", "in", "region", ":", "return", "'s3.amazonaws.com'", "elif", "region", "in", "AWS_REGIONS", ":", "return", "'s3-%s.amazonaws.com'", "%", "region", "elif", "region", "and", "not", "REGION_RE", ".", "findall", "(", "region", ")", ":", "raise", "ImproperlyConfigured", "(", "'AWS_REGION improperly configured!'", ")", "# can be full host or empty string, default region", "return", "region" ]

[ "Returns", "correctly", "formatted", "host", ".", "Accepted", "formats", ":" ]

[ "def", "new", "(", "cls", ",", "ns_path", ",", "script", ",", "campaign_dir", ",", "runner_type", "=", "'Auto'", ",", "overwrite", "=", "False", ",", "optimized", "=", "True", ",", "check_repo", "=", "True", ")", ":", "# Convert paths to be absolute", "ns_path", "=", "os", ".", "path", ".", "abspath", "(", "ns_path", ")", "campaign_dir", "=", "os", ".", "path", ".", "abspath", "(", "campaign_dir", ")", "# Verify if the specified campaign is already available", "if", "Path", "(", "campaign_dir", ")", ".", "exists", "(", ")", "and", "not", "overwrite", ":", "# Try loading", "manager", "=", "CampaignManager", ".", "load", "(", "campaign_dir", ",", "ns_path", ",", "runner_type", "=", "runner_type", ",", "optimized", "=", "optimized", ",", "check_repo", "=", "check_repo", ")", "if", "manager", ".", "db", ".", "get_script", "(", ")", "==", "script", ":", "return", "manager", "else", ":", "del", "manager", "# Initialize runner", "runner", "=", "CampaignManager", ".", "create_runner", "(", "ns_path", ",", "script", ",", "runner_type", "=", "runner_type", ",", "optimized", "=", "optimized", ")", "# Get list of parameters to save in the DB", "params", "=", "runner", ".", "get_available_parameters", "(", ")", "# Get current commit", "commit", "=", "\"\"", "if", "check_repo", ":", "from", "git", "import", "Repo", ",", "exc", "commit", "=", "Repo", "(", "ns_path", ")", ".", "head", ".", "commit", ".", "hexsha", "# Create a database manager from the configuration", "db", "=", "DatabaseManager", ".", "new", "(", "script", "=", "script", ",", "params", "=", "params", ",", "commit", "=", "commit", ",", "campaign_dir", "=", "campaign_dir", ",", "overwrite", "=", "overwrite", ")", "return", "cls", "(", "db", ",", "runner", ",", "check_repo", ")" ]

[ "Create", "a", "new", "campaign", "from", "an", "ns", "-", "3", "installation", "and", "a", "campaign", "directory", "." ]

[ "def", "_ltu8", "(", "ins", ")", ":", "output", "=", "_8bit_oper", "(", "ins", ".", "quad", "[", "2", "]", ",", "ins", ".", "quad", "[", "3", "]", ")", "output", ".", "append", "(", "'cp h'", ")", "output", ".", "append", "(", "'sbc a, a'", ")", "output", ".", "append", "(", "'push af'", ")", "return", "output" ]

[ "Compares", "&", "pops", "top", "2", "operands", "out", "of", "the", "stack", "and", "checks", "if", "the", "1st", "operand", "<", "2nd", "operand", "(", "top", "of", "the", "stack", ")", ".", "Pushes", "0", "if", "False", "1", "if", "True", "." ]

[ "def", "zfs", "(", ")", ":", "grains", "=", "{", "}", "grains", "[", "'zfs_support'", "]", "=", "__utils__", "[", "'zfs.is_supported'", "]", "(", ")", "grains", "[", "'zfs_feature_flags'", "]", "=", "__utils__", "[", "'zfs.has_feature_flags'", "]", "(", ")", "if", "grains", "[", "'zfs_support'", "]", ":", "grains", "=", "salt", ".", "utils", ".", "dictupdate", ".", "update", "(", "grains", ",", "_zfs_pool_data", "(", ")", ",", "merge_lists", "=", "True", ")", "return", "grains" ]

[ "Provide", "grains", "for", "zfs", "/", "zpool" ]

[ "def", "from_array", "(", "filename", ",", "data", ",", "iline", "=", "189", ",", "xline", "=", "193", ",", "format", "=", "SegySampleFormat", ".", "IBM_FLOAT_4_BYTE", ",", "dt", "=", "4000", ",", "delrt", "=", "0", ")", ":", "dt", "=", "int", "(", "dt", ")", "delrt", "=", "int", "(", "delrt", ")", "data", "=", "np", ".", "asarray", "(", "data", ")", "dimensions", "=", "len", "(", "data", ".", "shape", ")", "if", "dimensions", "not", "in", "range", "(", "2", ",", "5", ")", ":", "problem", "=", "\"Expected 2, 3, or 4 dimensions, {} was given\"", ".", "format", "(", "dimensions", ")", "raise", "ValueError", "(", "problem", ")", "spec", "=", "segyio", ".", "spec", "(", ")", "spec", ".", "iline", "=", "iline", "spec", ".", "xline", "=", "xline", "spec", ".", "format", "=", "format", "spec", ".", "sorting", "=", "TraceSortingFormat", ".", "INLINE_SORTING", "if", "dimensions", "==", "2", ":", "spec", ".", "ilines", "=", "[", "1", "]", "spec", ".", "xlines", "=", "list", "(", "range", "(", "1", ",", "np", ".", "size", "(", "data", ",", "0", ")", "+", "1", ")", ")", "spec", ".", "samples", "=", "list", "(", "range", "(", "np", ".", "size", "(", "data", ",", "1", ")", ")", ")", "spec", ".", "tracecount", "=", "np", ".", "size", "(", "data", ",", "1", ")", "if", "dimensions", "==", "3", ":", "spec", ".", "ilines", "=", "list", "(", "range", "(", "1", ",", "np", ".", "size", "(", "data", ",", "0", ")", "+", "1", ")", ")", "spec", ".", "xlines", "=", "list", "(", "range", "(", "1", ",", "np", ".", "size", "(", "data", ",", "1", ")", "+", "1", ")", ")", "spec", ".", "samples", "=", "list", "(", "range", "(", "np", ".", "size", "(", "data", ",", "2", ")", ")", ")", "if", "dimensions", "==", "4", ":", "spec", ".", "ilines", "=", "list", "(", "range", "(", "1", ",", "np", ".", "size", "(", "data", ",", "0", ")", "+", "1", ")", ")", "spec", ".", "xlines", "=", "list", "(", "range", "(", "1", ",", "np", ".", "size", "(", "data", ",", "1", ")", "+", "1", ")", ")", "spec", ".", "offsets", "=", "list", "(", "range", "(", "1", ",", "np", ".", "size", "(", "data", ",", "2", ")", "+", "1", ")", ")", "spec", ".", "samples", "=", "list", "(", "range", "(", "np", ".", "size", "(", "data", ",", "3", ")", ")", ")", "samplecount", "=", "len", "(", "spec", ".", "samples", ")", "with", "segyio", ".", "create", "(", "filename", ",", "spec", ")", "as", "f", ":", "tr", "=", "0", "for", "ilno", ",", "il", "in", "enumerate", "(", "spec", ".", "ilines", ")", ":", "for", "xlno", ",", "xl", "in", "enumerate", "(", "spec", ".", "xlines", ")", ":", "for", "offno", ",", "off", "in", "enumerate", "(", "spec", ".", "offsets", ")", ":", "f", ".", "header", "[", "tr", "]", "=", "{", "segyio", ".", "su", ".", "tracf", ":", "tr", ",", "segyio", ".", "su", ".", "cdpt", ":", "tr", ",", "segyio", ".", "su", ".", "offset", ":", "off", ",", "segyio", ".", "su", ".", "ns", ":", "samplecount", ",", "segyio", ".", "su", ".", "dt", ":", "dt", ",", "segyio", ".", "su", ".", "delrt", ":", "delrt", ",", "segyio", ".", "su", ".", "iline", ":", "il", ",", "segyio", ".", "su", ".", "xline", ":", "xl", "}", "if", "dimensions", "==", "2", ":", "f", ".", "trace", "[", "tr", "]", "=", "data", "[", "tr", ",", ":", "]", "if", "dimensions", "==", "3", ":", "f", ".", "trace", "[", "tr", "]", "=", "data", "[", "ilno", ",", "xlno", ",", ":", "]", "if", "dimensions", "==", "4", ":", "f", ".", "trace", "[", "tr", "]", "=", "data", "[", "ilno", ",", "xlno", ",", "offno", ",", ":", "]", "tr", "+=", "1", "f", ".", "bin", ".", "update", "(", "tsort", "=", "TraceSortingFormat", ".", "INLINE_SORTING", ",", "hdt", "=", "dt", ",", "dto", "=", "dt", ")" ]

[ "Create", "a", "new", "SEGY", "file", "from", "an", "n", "-", "dimentional", "array", ".", "Create", "a", "structured", "SEGY", "file", "with", "defaulted", "headers", "from", "a", "2", "-", "3", "-", "or", "4", "-", "dimensional", "array", ".", "ilines", "xlines", "offsets", "and", "samples", "are", "inferred", "from", "the", "size", "of", "the", "array", ".", "Please", "refer", "to", "the", "documentation", "for", "functions", "from_array2D", "from_array3D", "and", "from_array4D", "to", "see", "how", "the", "arrays", "are", "interpreted", "." ]

[ "def", "set", "(", "self", ",", "key", ",", "data", ",", "retry", "=", "0", ")", ":", "try", ":", "if", "type", "(", "data", ")", "!=", "dict", ":", "raise", "Exception", "(", "\"data needs to be of type <dict>\"", ")", "self", ".", "bucket", ".", "set", "(", "key", ",", "0", ",", "0", ",", "json", ".", "dumps", "(", "data", ")", ")", "except", ":", "raise" ]

[ "Store", "data", "<data", ">", "index", "by", "key", "<key", ">" ]

[ "def", "sh", "(", "cmd", ",", "ignore_error", "=", "False", ",", "cwd", "=", "None", ",", "shell", "=", "False", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "kwargs", ".", "update", "(", "{", "'shell'", ":", "shell", ",", "'cwd'", ":", "cwd", ",", "'stderr'", ":", "subprocess", ".", "STDOUT", ",", "'stdout'", ":", "subprocess", ".", "PIPE", ",", "}", ")", "log", ".", "debug", "(", "(", "(", "'cmd'", ",", "cmd", ")", ",", "(", "'kwargs'", ",", "kwargs", ")", ")", ")", "p", "=", "subprocess", ".", "Popen", "(", "cmd", ",", "universal_newlines", "=", "True", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "p_stdout", "=", "p", ".", "communicate", "(", ")", "[", "0", "]", "if", "p", ".", "returncode", "and", "not", "ignore_error", ":", "raise", "subprocess", ".", "CalledProcessError", "(", "p", ".", "returncode", ",", "cmd", ",", "p_stdout", ")", "return", "p_stdout" ]

[ "Execute", "a", "command", "with", "subprocess", ".", "Popen", "and", "block", "until", "output" ]

[ "def", "plotReceptiveFields", "(", "sp", ",", "nDim1", "=", "8", ",", "nDim2", "=", "8", ")", ":", "columnNumber", "=", "np", ".", "product", "(", "sp", ".", "getColumnDimensions", "(", ")", ")", "fig", ",", "ax", "=", "plt", ".", "subplots", "(", "nrows", "=", "4", ",", "ncols", "=", "4", ")", "for", "rowI", "in", "range", "(", "4", ")", ":", "for", "colI", "in", "range", "(", "4", ")", ":", "col", "=", "np", ".", "random", ".", "randint", "(", "columnNumber", ")", "connectedSynapses", "=", "np", ".", "zeros", "(", "(", "nDim1", "*", "nDim2", ",", ")", ",", "dtype", "=", "uintType", ")", "sp", ".", "getConnectedSynapses", "(", "col", ",", "connectedSynapses", ")", "receptiveField", "=", "connectedSynapses", ".", "reshape", "(", "(", "nDim1", ",", "nDim2", ")", ")", "ax", "[", "rowI", ",", "colI", "]", ".", "imshow", "(", "receptiveField", ",", "cmap", "=", "'gray'", ")", "ax", "[", "rowI", ",", "colI", "]", ".", "set_title", "(", "\"col: {}\"", ".", "format", "(", "col", ")", ")" ]

[ "Plot", "2D", "receptive", "fields", "for", "16", "randomly", "selected", "columns", ":", "param", "sp", ":", ":", "return", ":" ]

[ "def", "append", "(", "self", ",", "key", ",", "samples", ",", "sampling_rate", ")", ":", "if", "not", "np", ".", "issubdtype", "(", "samples", ".", "dtype", ",", "np", ".", "floating", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Samples are required as np.float32!'", ")", "if", "len", "(", "samples", ".", "shape", ")", ">", "1", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Only single channel supported!'", ")", "existing", "=", "self", ".", "get", "(", "key", ",", "mem_map", "=", "True", ")", "samples", "=", "(", "samples", "*", "MAX_INT16_VALUE", ")", ".", "astype", "(", "np", ".", "int16", ")", "if", "existing", "is", "not", "None", ":", "existing_samples", ",", "existing_sr", "=", "existing", "if", "existing_sr", "!=", "sampling_rate", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Different sampling-rate than existing data!'", ")", "num_existing", "=", "existing_samples", ".", "shape", "[", "0", "]", "self", ".", "_file", "[", "key", "]", ".", "resize", "(", "num_existing", "+", "samples", ".", "shape", "[", "0", "]", ",", "0", ")", "self", ".", "_file", "[", "key", "]", "[", "num_existing", ":", "]", "=", "samples", "else", ":", "dset", "=", "self", ".", "_file", ".", "create_dataset", "(", "key", ",", "data", "=", "samples", ",", "chunks", "=", "True", ",", "maxshape", "=", "(", "None", ",", ")", ")", "dset", ".", "attrs", "[", "SAMPLING_RATE_ATTR", "]", "=", "sampling_rate" ]

[ "Append", "the", "given", "samples", "to", "the", "data", "that", "already", "exists", "in", "the", "container", "for", "the", "given", "key", "." ]

[ "def", "_setup_states", "(", "state_definitions", ",", "prev", "=", "(", ")", ")", ":", "states", "=", "list", "(", "prev", ")", "for", "state_def", "in", "state_definitions", ":", "if", "len", "(", "state_def", ")", "!=", "2", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"The 'state' attribute of a workflow should be \"", "\"a two-tuple of strings; got %r instead.\"", "%", "(", "state_def", ",", ")", ")", "name", ",", "title", "=", "state_def", "state", "=", "State", "(", "name", ",", "title", ")", "if", "any", "(", "st", ".", "name", "==", "name", "for", "st", "in", "states", ")", ":", "# Replacing an existing state", "states", "=", "[", "state", "if", "st", ".", "name", "==", "name", "else", "st", "for", "st", "in", "states", "]", "else", ":", "states", ".", "append", "(", "state", ")", "return", "StateList", "(", "states", ")" ]

[ "Create", "a", "StateList", "object", "from", "a", "states", "Workflow", "attribute", "." ]

[ "def", "init_flatpak", "(", ")", ":", "tessdata_files", "=", "glob", ".", "glob", "(", "\"/app/share/locale/*/*.traineddata\"", ")", "if", "len", "(", "tessdata_files", ")", "<=", "0", ":", "return", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "\"/app\"", ")", "localdir", "=", "os", ".", "path", ".", "expanduser", "(", "\"~/.local\"", ")", "base_data_dir", "=", "os", ".", "getenv", "(", "\"XDG_DATA_HOME\"", ",", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "localdir", ",", "\"share\"", ")", ")", "tessdatadir", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "base_data_dir", ",", "\"paperwork\"", ",", "\"tessdata\"", ")", "logger", ".", "info", "(", "\"Assuming we are running in Flatpak.\"", "\" Building tessdata directory {} ...\"", ".", "format", "(", "tessdatadir", ")", ")", "util", ".", "rm_rf", "(", "tessdatadir", ")", "util", ".", "mkdir_p", "(", "tessdatadir", ")", "os", ".", "symlink", "(", "\"/app/share/tessdata/eng.traineddata\"", ",", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "tessdatadir", ",", "\"eng.traineddata\"", ")", ")", "os", ".", "symlink", "(", "\"/app/share/tessdata/osd.traineddata\"", ",", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "tessdatadir", ",", "\"osd.traineddata\"", ")", ")", "os", ".", "symlink", "(", "\"/app/share/tessdata/configs\"", ",", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "tessdatadir", ",", "\"configs\"", ")", ")", "os", ".", "symlink", "(", "\"/app/share/tessdata/tessconfigs\"", ",", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "tessdatadir", ",", "\"tessconfigs\"", ")", ")", "for", "tessdata", "in", "tessdata_files", ":", "logger", ".", "info", "(", "\"{} found\"", ".", "format", "(", "tessdata", ")", ")", "os", ".", "symlink", "(", "tessdata", ",", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "tessdatadir", ",", "os", ".", "path", ".", "basename", "(", "tessdata", ")", ")", ")", "os", ".", "environ", "[", "'TESSDATA_PREFIX'", "]", "=", "os", ".", "path", ".", "dirname", "(", "tessdatadir", ")", "logger", ".", "info", "(", "\"Tessdata directory ready\"", ")", "return", "True" ]

[ "If", "we", "are", "in", "Flatpak", "we", "must", "build", "a", "tessdata", "/", "directory", "using", "the", ".", "traineddata", "files", "from", "each", "locale", "directory" ]

[ "def", "createFileParserCtxt", "(", "filename", ")", ":", "ret", "=", "libxml2mod", ".", "xmlCreateFileParserCtxt", "(", "filename", ")", "if", "ret", "is", "None", ":", "raise", "parserError", "(", "'xmlCreateFileParserCtxt() failed'", ")", "return", "parserCtxt", "(", "_obj", "=", "ret", ")" ]

[ "Create", "a", "parser", "context", "for", "a", "file", "content", ".", "Automatic", "support", "for", "ZLIB", "/", "Compress", "compressed", "document", "is", "provided", "by", "default", "if", "found", "at", "compile", "-", "time", "." ]

[ "def", "get_branch_container_tag", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "__prefix", ":", "return", "\"{0}-{1}\"", ".", "format", "(", "self", ".", "__prefix", ",", "self", ".", "__branch", ")", "else", ":", "return", "\"{0}\"", ".", "format", "(", "self", ".", "__branch", ")" ]

[ "Returns", "the", "branch", "container", "tag" ]

[ "def", "spawn", "(", "func", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "fiber", "=", "Fiber", "(", "func", ",", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "fiber", ".", "start", "(", ")", "return", "fiber" ]

[ "Spawn", "a", "new", "fiber", "." ]

[ "def", "lock", "(", "self", ",", "back", "=", "None", ",", "remote", "=", "None", ")", ":", "back", "=", "self", ".", "backends", "(", "back", ")", "locked", "=", "[", "]", "errors", "=", "[", "]", "for", "fsb", "in", "back", ":", "fstr", "=", "'{0}.lock'", ".", "format", "(", "fsb", ")", "if", "fstr", "in", "self", ".", "servers", ":", "msg", "=", "'Setting update lock for {0} remotes'", ".", "format", "(", "fsb", ")", "if", "remote", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "remote", ",", "six", ".", "string_types", ")", ":", "errors", ".", "append", "(", "'Badly formatted remote pattern \\'{0}\\''", ".", "format", "(", "remote", ")", ")", "continue", "else", ":", "msg", "+=", "' matching {0}'", ".", "format", "(", "remote", ")", "log", ".", "debug", "(", "msg", ")", "good", ",", "bad", "=", "self", ".", "servers", "[", "fstr", "]", "(", "remote", "=", "remote", ")", "locked", ".", "extend", "(", "good", ")", "errors", ".", "extend", "(", "bad", ")", "return", "locked", ",", "errors" ]

[ "remote", "can", "either", "be", "a", "dictionary", "containing", "repo", "configuration", "information", "or", "a", "pattern", ".", "If", "the", "latter", "then", "remotes", "for", "which", "the", "URL", "matches", "the", "pattern", "will", "be", "locked", "." ]

[ "def", "_hdfs_namenode_metrics", "(", "self", ",", "beans", ",", "metrics", ",", "tags", ")", ":", "bean", "=", "next", "(", "iter", "(", "beans", ")", ")", "bean_name", "=", "bean", ".", "get", "(", "'name'", ")", "if", "bean_name", "!=", "bean_name", ":", "raise", "Exception", "(", "\"Unexpected bean name {}\"", ".", "format", "(", "bean_name", ")", ")", "for", "metric", ",", "(", "metric_name", ",", "metric_type", ")", "in", "iteritems", "(", "metrics", ")", ":", "metric_value", "=", "bean", ".", "get", "(", "metric", ")", "if", "metric_value", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "_set_metric", "(", "metric_name", ",", "metric_type", ",", "metric_value", ",", "tags", ")", "if", "'CapacityUsed'", "in", "bean", "and", "'CapacityTotal'", "in", "bean", ":", "self", ".", "_set_metric", "(", "'hdfs.namenode.capacity_in_use'", ",", "self", ".", "GAUGE", ",", "float", "(", "bean", "[", "'CapacityUsed'", "]", ")", "/", "float", "(", "bean", "[", "'CapacityTotal'", "]", ")", ",", "tags", ",", ")" ]

[ "Get", "HDFS", "namenode", "metrics", "from", "JMX" ]

[ "def", "get", "(", "self", ",", "name", ")", ":", "for", "d", "in", "self", ".", "paths", ":", "if", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "d", ")", "and", "name", "in", "os", ".", "listdir", "(", "d", ")", ":", "return", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "d", ",", "name", ")", "logger", ".", "debug", "(", "'File not found {}'", ".", "format", "(", "name", ")", ")", "return", "None" ]

[ "Looks", "for", "a", "name", "in", "the", "path", "." ]

[ "def", "isa", "(", "cls", ",", "protocol", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "cls", ",", "type", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"First argument to isa must be a type. Got %s.\"", "%", "repr", "(", "cls", ")", ")", "if", "not", "isinstance", "(", "protocol", ",", "type", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "(", "\"Second argument to isa must be a type or a Protocol. \"", "\"Got an instance of %r.\"", ")", "%", "type", "(", "protocol", ")", ")", "return", "issubclass", "(", "cls", ",", "protocol", ")", "or", "issubclass", "(", "AnyType", ",", "protocol", ")" ]

[ "Does", "the", "type", "cls", "participate", "in", "the", "protocol", "?" ]

[ "def", "delete", "(", "self", ",", "stream", ",", "start_time", ",", "end_time", ",", "start_id", "=", "None", ",", "namespace", "=", "None", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "start_time", ",", "types", ".", "StringTypes", ")", ":", "start_time", "=", "parse", "(", "start_time", ")", "if", "isinstance", "(", "end_time", ",", "types", ".", "StringTypes", ")", ":", "end_time", "=", "parse", "(", "end_time", ")", "if", "isinstance", "(", "start_time", ",", "datetime", ")", ":", "start_time", "=", "datetime_to_kronos_time", "(", "start_time", ")", "if", "isinstance", "(", "end_time", ",", "datetime", ")", ":", "end_time", "=", "datetime_to_kronos_time", "(", "end_time", ")", "request_dict", "=", "{", "'stream'", ":", "stream", ",", "'end_time'", ":", "end_time", "}", "if", "start_id", ":", "request_dict", "[", "'start_id'", "]", "=", "start_id", "else", ":", "request_dict", "[", "'start_time'", "]", "=", "start_time", "namespace", "=", "namespace", "or", "self", ".", "namespace", "if", "namespace", "is", "not", "None", ":", "request_dict", "[", "'namespace'", "]", "=", "namespace", "return", "self", ".", "_make_request", "(", "self", ".", "_delete_url", ",", "data", "=", "request_dict", ")" ]

[ "Delete", "events", "in", "the", "stream", "with", "name", "stream", "that", "occurred", "between", "start_time", "and", "end_time", "(", "both", "inclusive", ")", ".", "An", "optional", "start_id", "allows", "the", "client", "to", "delete", "events", "starting", "from", "after", "an", "ID", "rather", "than", "starting", "at", "a", "timestamp", "." ]

[ "def", "update_alias", "(", "self", ")", ":", "LOG", ".", "info", "(", "'Updating alias %s to point to $LATEST'", ",", "self", ".", "env", ")", "try", ":", "self", ".", "lambda_client", ".", "update_alias", "(", "FunctionName", "=", "self", ".", "app_name", ",", "Name", "=", "self", ".", "env", ",", "FunctionVersion", "=", "'$LATEST'", ")", "except", "boto3", ".", "exceptions", ".", "botocore", ".", "exceptions", ".", "ClientError", "as", "error", ":", "LOG", ".", "debug", "(", "'Update alias error: %s'", ",", "error", ")", "LOG", ".", "info", "(", "\"Alias update failed. Retrying...\"", ")", "raise" ]

[ "Update", "lambda", "alias", "to", "point", "to", "$LATEST", "." ]

[ "def", "_highlightBracket", "(", "self", ",", "bracket", ",", "qpart", ",", "block", ",", "columnIndex", ")", ":", "try", ":", "matchedBlock", ",", "matchedColumnIndex", "=", "self", ".", "_findMatchingBracket", "(", "bracket", ",", "qpart", ",", "block", ",", "columnIndex", ")", "except", "_TimeoutException", ":", "# not found, time is over", "return", "[", "]", "# highlight nothing", "if", "matchedBlock", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "currentMatchedBrackets", "=", "(", "(", "block", ",", "columnIndex", ")", ",", "(", "matchedBlock", ",", "matchedColumnIndex", ")", ")", "return", "[", "self", ".", "_makeMatchSelection", "(", "block", ",", "columnIndex", ",", "True", ")", ",", "self", ".", "_makeMatchSelection", "(", "matchedBlock", ",", "matchedColumnIndex", ",", "True", ")", "]", "else", ":", "self", ".", "currentMatchedBrackets", "=", "None", "return", "[", "self", ".", "_makeMatchSelection", "(", "block", ",", "columnIndex", ",", "False", ")", "]" ]

[ "Highlight", "bracket", "and", "matching", "bracket", "Return", "tuple", "of", "QTextEdit", ".", "ExtraSelection", "s" ]

[ "def", "POST", "(", "self", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "tag", "=", "'/'", ".", "join", "(", "itertools", ".", "chain", "(", "self", ".", "tag_base", ",", "args", ")", ")", "data", "=", "cherrypy", ".", "serving", ".", "request", ".", "unserialized_data", "if", "not", "data", ":", "data", "=", "{", "}", "raw_body", "=", "getattr", "(", "cherrypy", ".", "serving", ".", "request", ",", "'raw_body'", ",", "''", ")", "headers", "=", "dict", "(", "cherrypy", ".", "request", ".", "headers", ")", "ret", "=", "self", ".", "event", ".", "fire_event", "(", "{", "'body'", ":", "raw_body", ",", "'post'", ":", "data", ",", "'headers'", ":", "headers", ",", "}", ",", "tag", ")", "return", "{", "'success'", ":", "ret", "}" ]

[ "Fire", "an", "event", "in", "Salt", "with", "a", "custom", "event", "tag", "and", "data" ]

[ "def", "assign_complex_to_samples", "(", "items", ")", ":", "extract_fns", "=", "{", "(", "\"variants\"", ",", "\"samples\"", ")", ":", "_get_vcf_samples", ",", "(", "\"align_bam\"", ",", ")", ":", "_get_bam_samples", "}", "complex", "=", "{", "k", ":", "{", "}", "for", "k", "in", "extract_fns", ".", "keys", "(", ")", "}", "for", "data", "in", "items", ":", "for", "k", "in", "complex", ":", "v", "=", "tz", ".", "get_in", "(", "k", ",", "data", ")", "if", "v", "is", "not", "None", ":", "for", "s", "in", "extract_fns", "[", "k", "]", "(", "v", ",", "items", ")", ":", "if", "s", ":", "complex", "[", "k", "]", "[", "s", "]", "=", "v", "out", "=", "[", "]", "for", "data", "in", "items", ":", "for", "k", "in", "complex", ":", "newv", "=", "tz", ".", "get_in", "(", "[", "k", ",", "dd", ".", "get_sample_name", "(", "data", ")", "]", ",", "complex", ")", "if", "newv", ":", "data", "=", "tz", ".", "update_in", "(", "data", ",", "k", ",", "lambda", "x", ":", "newv", ")", "out", ".", "append", "(", "data", ")", "return", "out" ]

[ "Assign", "complex", "inputs", "like", "variants", "and", "align", "outputs", "to", "samples", "." ]

[ "def", "_prepare_proxy", "(", "self", ",", "conn", ")", ":", "conn", ".", "set_tunnel", "(", "self", ".", "_proxy_host", ",", "self", ".", "port", ",", "self", ".", "proxy_headers", ")", "conn", ".", "connect", "(", ")" ]

[ "Establish", "tunnel", "connection", "early", "because", "otherwise", "httplib", "would", "improperly", "set", "Host", ":", "header", "to", "proxy", "s", "IP", ":", "port", "." ]

[ "def", "before_app_first_request", "(", "self", ",", "func", ":", "Callable", ")", "->", "Callable", ":", "self", ".", "record_once", "(", "lambda", "state", ":", "state", ".", "app", ".", "before_first_request", "(", "func", ")", ")", "return", "func" ]

[ "Add", "a", "before", "request", "first", "function", "to", "the", "app", "." ]

[ "def", "version", "(", "modfile", ")", ":", "import", "re", "with", "open", "(", "modfile", ")", "as", "fh", ":", "for", "line", "in", "fh", ":", "m", "=", "re", ".", "search", "(", "r\"^__version__ = '([^']+)'$\"", ",", "line", ")", "if", "m", ":", "return", "m", ".", "group", "(", "1", ")", "raise", "Exception", "(", "'No __version__ string found in {fn}'", ".", "format", "(", "fn", "=", "modfile", ")", ")" ]

[ "Parse", "version", "from", "module", "without", "importing", "or", "evaluating", "the", "code", ".", "The", "module", "should", "define", "a", "__version__", "variable", "like", "__version__", "=", "2", ".", "0", ".", "1", "." ]

[ "def", "profile_dir", "(", "name", ")", ":", "if", "name", ":", "possible_path", "=", "Path", "(", "name", ")", "if", "possible_path", ".", "exists", "(", ")", ":", "return", "possible_path", "profiles", "=", "list", "(", "read_profiles", "(", ")", ")", "try", ":", "if", "name", ":", "profile", "=", "next", "(", "p", "for", "p", "in", "profiles", "if", "p", ".", "name", "==", "name", ")", "else", ":", "profile", "=", "next", "(", "p", "for", "p", "in", "profiles", "if", "p", ".", "default", ")", "except", "StopIteration", ":", "raise", "ProfileNotFoundError", "(", "name", ")", "return", "profile", ".", "path" ]

[ "Return", "path", "to", "FF", "profile", "for", "a", "given", "profile", "name", "or", "path", "." ]