Datasets:

---

kejian

/

codesearchnet-python-raw

like 1

[ "def", "iter_statuses", "(", "self", ",", "sha", ",", "number", "=", "-", "1", ",", "etag", "=", "None", ")", ":", "url", "=", "''", "if", "sha", ":", "url", "=", "self", ".", "_build_url", "(", "'statuses'", ",", "sha", ",", "base_url", "=", "self", ".", "_api", ")", "return", "self", ".", "_iter", "(", "int", "(", "number", ")", ",", "url", ",", "Status", ",", "etag", "=", "etag", ")" ]

[ "Iterates", "over", "the", "statuses", "for", "a", "specific", "SHA", "." ]

[ "def", "gettrace", "(", "self", ",", "burn", "=", "0", ",", "thin", "=", "1", ",", "chain", "=", "-", "1", ",", "slicing", "=", "None", ")", ":", "if", "chain", "is", "not", "None", ":", "vlarrays", "=", "[", "self", ".", "_vlarrays", "[", "chain", "]", "]", "else", ":", "vlarrays", "=", "self", ".", "_vlarrays", "for", "i", ",", "vlarray", "in", "enumerate", "(", "vlarrays", ")", ":", "if", "slicing", "is", "not", "None", ":", "burn", ",", "stop", ",", "thin", "=", "slicing", ".", "start", ",", "slicing", ".", "stop", ",", "slicing", ".", "step", "if", "slicing", "is", "None", "or", "stop", "is", "None", ":", "stop", "=", "len", "(", "vlarray", ")", "col", "=", "vlarray", "[", "burn", ":", "stop", ":", "thin", "]", "if", "i", "==", "0", ":", "data", "=", "np", ".", "asarray", "(", "col", ")", "else", ":", "data", "=", "hstack", "(", "(", "data", ",", "col", ")", ")", "return", "data" ]

[ "Return", "the", "trace", "(", "last", "by", "default", ")", "." ]

[ "def", "query_import_requests", "(", "self", ",", "project", ",", "repository_id", ",", "include_abandoned", "=", "None", ")", ":", "route_values", "=", "{", "}", "if", "project", "is", "not", "None", ":", "route_values", "[", "'project'", "]", "=", "self", ".", "_serialize", ".", "url", "(", "'project'", ",", "project", ",", "'str'", ")", "if", "repository_id", "is", "not", "None", ":", "route_values", "[", "'repositoryId'", "]", "=", "self", ".", "_serialize", ".", "url", "(", "'repository_id'", ",", "repository_id", ",", "'str'", ")", "query_parameters", "=", "{", "}", "if", "include_abandoned", "is", "not", "None", ":", "query_parameters", "[", "'includeAbandoned'", "]", "=", "self", ".", "_serialize", ".", "query", "(", "'include_abandoned'", ",", "include_abandoned", ",", "'bool'", ")", "response", "=", "self", ".", "_send", "(", "http_method", "=", "'GET'", ",", "location_id", "=", "'01828ddc-3600-4a41-8633-99b3a73a0eb3'", ",", "version", "=", "'5.0-preview.1'", ",", "route_values", "=", "route_values", ",", "query_parameters", "=", "query_parameters", ")", "return", "self", ".", "_deserialize", "(", "'[GitImportRequest]'", ",", "self", ".", "_unwrap_collection", "(", "response", ")", ")" ]

[ "QueryImportRequests", ".", "[", "Preview", "API", "]", "Retrieve", "import", "requests", "for", "a", "repository", ".", ":", "param", "str", "project", ":", "Project", "ID", "or", "project", "name", ":", "param", "str", "repository_id", ":", "The", "name", "or", "ID", "of", "the", "repository", ".", ":", "param", "bool", "include_abandoned", ":", "True", "to", "include", "abandoned", "import", "requests", "in", "the", "results", ".", ":", "rtype", ":", "[", "GitImportRequest", "]" ]

[ "def", "baseline_or_audit", "(", "self", ",", "allow_deletion", "=", "False", ",", "audit_only", "=", "False", ")", ":", "action", "=", "(", "'audit'", "if", "(", "audit_only", ")", "else", "'baseline sync'", ")", "self", ".", "logger", ".", "debug", "(", "\"Starting \"", "+", "action", ")", "# 0. Sanity checks", "if", "(", "len", "(", "self", ".", "mapper", ")", "<", "1", ")", ":", "raise", "ClientFatalError", "(", "\"No source to destination mapping specified\"", ")", "if", "(", "not", "audit_only", "and", "self", ".", "mapper", ".", "unsafe", "(", ")", ")", ":", "raise", "ClientFatalError", "(", "\"Source to destination mappings unsafe: %s\"", "%", "str", "(", "self", ".", "mapper", ")", ")", "# 1. Get inventories from both src and dst", "# 1.a source resource list", "src_resource_list", "=", "self", ".", "find_resource_list", "(", ")", "self", ".", "logger", ".", "info", "(", "\"Read source resource list, %d resources listed\"", "%", "(", "len", "(", "src_resource_list", ")", ")", ")", "if", "(", "len", "(", "src_resource_list", ")", "==", "0", ")", ":", "raise", "ClientFatalError", "(", "\"Aborting as there are no resources to sync\"", ")", "if", "(", "len", "(", "self", ".", "hashes", ")", ">", "0", ")", ":", "self", ".", "prune_hashes", "(", "src_resource_list", ".", "hashes", "(", ")", ",", "'resource'", ")", "# 1.b destination resource list mapped back to source URIs", "rlb", "=", "ResourceListBuilder", "(", "set_hashes", "=", "self", ".", "hashes", ",", "mapper", "=", "self", ".", "mapper", ")", "dst_resource_list", "=", "rlb", ".", "from_disk", "(", ")", "# 2. Compare these resource lists respecting any comparison options", "(", "same", ",", "updated", ",", "deleted", ",", "created", ")", "=", "dst_resource_list", ".", "compare", "(", "src_resource_list", ")", "# 3. Report status and planned actions", "self", ".", "log_status", "(", "in_sync", "=", "(", "len", "(", "updated", ")", "+", "len", "(", "deleted", ")", "+", "len", "(", "created", ")", "==", "0", ")", ",", "audit", "=", "True", ",", "same", "=", "len", "(", "same", ")", ",", "created", "=", "len", "(", "created", ")", ",", "updated", "=", "len", "(", "updated", ")", ",", "deleted", "=", "len", "(", "deleted", ")", ")", "if", "(", "audit_only", "or", "len", "(", "created", ")", "+", "len", "(", "updated", ")", "+", "len", "(", "deleted", ")", "==", "0", ")", ":", "self", ".", "logger", ".", "debug", "(", "\"Completed \"", "+", "action", ")", "return", "# 4. Check that sitemap has authority over URIs listed", "if", "(", "not", "self", ".", "noauth", ")", ":", "uauth", "=", "UrlAuthority", "(", "self", ".", "sitemap", ",", "strict", "=", "self", ".", "strictauth", ")", "for", "resource", "in", "src_resource_list", ":", "if", "(", "not", "uauth", ".", "has_authority_over", "(", "resource", ".", "uri", ")", ")", ":", "raise", "ClientFatalError", "(", "\"Aborting as sitemap (%s) mentions resource at a location it does not have authority over (%s), override with --noauth\"", "%", "(", "self", ".", "sitemap", ",", "resource", ".", "uri", ")", ")", "# 5. Grab files to do sync", "delete_msg", "=", "(", "\", and delete %d resources\"", "%", "len", "(", "deleted", ")", ")", "if", "(", "allow_deletion", ")", "else", "''", "self", ".", "logger", ".", "warning", "(", "\"Will GET %d resources%s\"", "%", "(", "len", "(", "created", ")", "+", "len", "(", "updated", ")", ",", "delete_msg", ")", ")", "self", ".", "last_timestamp", "=", "0", "num_created", "=", "0", "num_updated", "=", "0", "num_deleted", "=", "0", "for", "resource", "in", "created", ":", "uri", "=", "resource", ".", "uri", "filename", "=", "self", ".", "mapper", ".", "src_to_dst", "(", "uri", ")", "self", ".", "logger", ".", "info", "(", "\"created: %s -> %s\"", "%", "(", "uri", ",", "filename", ")", ")", "num_created", "+=", "self", ".", "update_resource", "(", "resource", ",", "filename", ",", "'created'", ")", "for", "resource", "in", "updated", ":", "uri", "=", "resource", ".", "uri", "filename", "=", "self", ".", "mapper", ".", "src_to_dst", "(", "uri", ")", "self", ".", "logger", ".", "info", "(", "\"updated: %s -> %s\"", "%", "(", "uri", ",", "filename", ")", ")", "num_updated", "+=", "self", ".", "update_resource", "(", "resource", ",", "filename", ",", "'updated'", ")", "for", "resource", "in", "deleted", ":", "uri", "=", "resource", ".", "uri", "filename", "=", "self", ".", "mapper", ".", "src_to_dst", "(", "uri", ")", "num_deleted", "+=", "self", ".", "delete_resource", "(", "resource", ",", "filename", ",", "allow_deletion", ")", "# 6. Store last timestamp to allow incremental sync", "if", "(", "not", "audit_only", "and", "self", ".", "last_timestamp", ">", "0", ")", ":", "ClientState", "(", ")", ".", "set_state", "(", "self", ".", "sitemap", ",", "self", ".", "last_timestamp", ")", "self", ".", "logger", ".", "info", "(", "\"Written last timestamp %s for incremental sync\"", "%", "(", "datetime_to_str", "(", "self", ".", "last_timestamp", ")", ")", ")", "# 7. Done", "self", ".", "log_status", "(", "in_sync", "=", "(", "len", "(", "updated", ")", "+", "len", "(", "deleted", ")", "+", "len", "(", "created", ")", "==", "0", ")", ",", "same", "=", "len", "(", "same", ")", ",", "created", "=", "num_created", ",", "updated", "=", "num_updated", ",", "deleted", "=", "num_deleted", ",", "to_delete", "=", "len", "(", "deleted", ")", ")", "self", ".", "logger", ".", "debug", "(", "\"Completed %s\"", "%", "(", "action", ")", ")" ]

[ "Baseline", "synchonization", "or", "audit", "." ]

[ "def", "store_list", "(", "self", ",", "cb", "=", "None", ")", ":", "from", "StringIO", "import", "StringIO", "import", "json", "d", "=", "{", "}", "for", "k", ",", "v", "in", "self", ".", "list", "(", ")", ".", "items", "(", ")", ":", "if", "'caches'", "in", "v", ":", "del", "v", "[", "'caches'", "]", "d", "[", "k", "]", "=", "v", "strio", "=", "StringIO", "(", "json", ".", "dumps", "(", "d", ")", ")", "sink", "=", "self", ".", "put_stream", "(", "'meta/_list.json'", ")", "copy_file_or_flo", "(", "strio", ",", "sink", ",", "cb", "=", "cb", ")", "sink", ".", "close", "(", ")" ]

[ "List", "the", "cache", "and", "store", "it", "as", "metadata", ".", "This", "allows", "for", "getting", "the", "list", "from", "HTTP", "caches", "and", "other", "types", "where", "it", "is", "not", "possible", "to", "traverse", "the", "tree" ]

[ "def", "clean", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "log", ".", "debug", "(", "'starting the ``clean`` method'", ")", "url", "=", "self", ".", "url", "# PARSE THE CONTENT OF THE WEBPAGE AT THE URL", "parser_response", "=", "self", ".", "_request_parsed_article_from_mercury", "(", "url", ")", "if", "\"503\"", "in", "str", "(", "parser_response", ")", ":", "return", "None", "article", "=", "parser_response", ".", "json", "(", ")", "if", "not", "article", ":", "return", "None", "# GRAB THE CSS USED TO STYLE THE WEBPAGE/PDF CONTENT", "if", "self", ".", "style", ":", "moduleDirectory", "=", "os", ".", "path", ".", "dirname", "(", "__file__", ")", "cssFile", "=", "moduleDirectory", "+", "\"/css/main.css\"", "pathToReadFile", "=", "cssFile", "readFile", "=", "codecs", ".", "open", "(", "pathToReadFile", ",", "encoding", "=", "'utf-8'", ",", "mode", "=", "'r'", ")", "thisCss", "=", "readFile", ".", "read", "(", ")", "readFile", ".", "close", "(", ")", "else", ":", "thisCss", "=", "\"\"", "# CATCH ERRORS", "if", "\"error\"", "in", "article", "and", "article", "[", "\"error\"", "]", "==", "True", ":", "print", "url", "print", "\" \"", "+", "article", "[", "\"messages\"", "]", "return", "None", "try", ":", "text", "=", "article", "[", "\"content\"", "]", "except", ":", "print", "\"Can't decode the text of %(url)s - moving on\"", "%", "locals", "(", ")", "return", "None", "# COMMON FIXES TO HTML TO RENDER CORRECTLY", "regex", "=", "re", ".", "compile", "(", "u'<span class=\"mw-editsection\"><span class=\"mw-editsection-bracket\">.*\"mw-editsection-bracket\">]'", ")", "text", "=", "regex", ".", "sub", "(", "u\"\"", ",", "text", ")", "regex2", "=", "re", ".", "compile", "(", "u'\\<sup class=\"noprint.*better source needed\\<\\/span\\>\\<\\/a\\>\\<\\/i\\>\\]\\<\\/sup\\>', ", "r", ".I", ")", "", "", "text", "=", "regex2", ".", "sub", "(", "u\"\"", ",", "text", ")", "regex2", "=", "re", ".", "compile", "(", "u'\\<a href=\"https\\:\\/\\/en\\.wikipedia\\.org\\/wiki\\/.*(\\#.*)\"\\>\\<span class=\\\"tocnumber\\\"\\>'", ",", "re", ".", "I", ")", "text", "=", "regex2", ".", "sub", "(", "u'<a href=\"\\g<1>\"><span class=\"tocnumber\">'", ",", "text", ")", "regex", "=", "re", ".", "compile", "(", "u'srcset=\".*?\">'", ")", "text", "=", "regex", ".", "sub", "(", "u\"\"", ",", "text", ")", "# GRAB HTML TITLE IF NOT SET IN ARGUMENTS", "if", "self", ".", "title", "==", "False", ":", "title", "=", "article", "[", "\"title\"", "]", ".", "encode", "(", "\"utf-8\"", ",", "\"ignore\"", ")", "title", "=", "title", ".", "decode", "(", "\"utf-8\"", ")", "title", "=", "title", ".", "encode", "(", "\"ascii\"", ",", "\"ignore\"", ")", "rstrings", "=", "\"\"\":/\"&\\\\'`\"\"\"", "for", "i", "in", "rstrings", ":", "title", "=", "title", ".", "replace", "(", "i", ",", "\"\"", ")", "# USE DATETIME IF TITLE STILL NOT SET", "if", "len", "(", "title", ")", "==", "0", ":", "from", "datetime", "import", "datetime", ",", "date", ",", "time", "now", "=", "datetime", ".", "now", "(", ")", "title", "=", "now", ".", "strftime", "(", "\"%Y%m%dt%H%M%S\"", ")", "self", ".", "title", "=", "title", "title", "=", "self", ".", "title", ".", "replace", "(", "\".html\"", ",", "\"\"", ")", "pageTitle", "=", "title", ".", "replace", "(", "\"_\"", ",", "\" \"", ")", "# REGENERATE THE HTML DOCUMENT WITH CUSTOM STYLE", "filePath", "=", "self", ".", "outputDirectory", "+", "\"/\"", "+", "title", "+", "\".html\"", "writeFile", "=", "codecs", ".", "open", "(", "filePath", ",", "encoding", "=", "'utf-8'", ",", "mode", "=", "'w'", ")", "if", "self", ".", "metadata", ":", "metadata", "=", "\"<title>%(title)s</title>\"", "%", "locals", "(", ")", "else", ":", "metadata", "=", "\"\"", "if", "self", ".", "h1", ":", "h1", "=", "\"<h1>%(pageTitle)s</h1>\"", "%", "locals", "(", ")", "else", ":", "h1", "=", "\"\"", "content", "=", "u\"\"\"\n<!DOCTYPE html>\n<html>\n<head>\n<meta charset=\"utf-8\">\n%(metadata)s \n\n<style>\n%(thisCss)s\n</style>\n\n</head>\n<body>\n\n%(h1)s \n<a href=\"%(url)s\">original source</a>\n</br></br>\n\n\n%(text)s \n</body>\n</html>\"\"\"", "%", "locals", "(", ")", "writeFile", ".", "write", "(", "content", ")", "writeFile", ".", "close", "(", ")", "self", ".", "log", ".", "debug", "(", "'completed the ``clean`` method'", ")", "tag", "(", "log", "=", "self", ".", "log", ",", "filepath", "=", "filePath", ",", "tags", "=", "False", ",", "rating", "=", "False", ",", "wherefrom", "=", "self", ".", "url", ")", "return", "filePath" ]

[ "*", "parse", "and", "clean", "the", "html", "document", "with", "Mercury", "Parser", "*" ]

[ "def", "check_statement", "(", "self", ",", "stmt", ",", "max_paths", "=", "1", ",", "max_path_length", "=", "5", ")", ":", "# Make sure the influence map is initialized", "self", ".", "get_im", "(", ")", "# Check if this is one of the statement types that we can check", "if", "not", "isinstance", "(", "stmt", ",", "(", "Modification", ",", "RegulateAmount", ",", "RegulateActivity", ",", "Influence", ")", ")", ":", "return", "PathResult", "(", "False", ",", "'STATEMENT_TYPE_NOT_HANDLED'", ",", "max_paths", ",", "max_path_length", ")", "# Get the polarity for the statement", "if", "isinstance", "(", "stmt", ",", "Modification", ")", ":", "target_polarity", "=", "-", "1", "if", "isinstance", "(", "stmt", ",", "RemoveModification", ")", "else", "1", "elif", "isinstance", "(", "stmt", ",", "RegulateActivity", ")", ":", "target_polarity", "=", "1", "if", "stmt", ".", "is_activation", "else", "-", "1", "elif", "isinstance", "(", "stmt", ",", "RegulateAmount", ")", ":", "target_polarity", "=", "-", "1", "if", "isinstance", "(", "stmt", ",", "DecreaseAmount", ")", "else", "1", "elif", "isinstance", "(", "stmt", ",", "Influence", ")", ":", "target_polarity", "=", "-", "1", "if", "stmt", ".", "overall_polarity", "(", ")", "==", "-", "1", "else", "1", "# Get the subject and object (works also for Modifications)", "subj", ",", "obj", "=", "stmt", ".", "agent_list", "(", ")", "# Get a list of monomer patterns matching the subject FIXME Currently", "# this will match rules with the corresponding monomer pattern on it.", "# In future, this statement should (possibly) also match rules in which", "# 1) the agent is in its active form, or 2) the agent is tagged as the", "# enzyme in a rule of the appropriate activity (e.g., a phosphorylation", "# rule) FIXME", "if", "subj", "is", "not", "None", ":", "subj_mps", "=", "list", "(", "pa", ".", "grounded_monomer_patterns", "(", "self", ".", "model", ",", "subj", ",", "ignore_activities", "=", "True", ")", ")", "if", "not", "subj_mps", ":", "logger", ".", "debug", "(", "'No monomers found corresponding to agent %s'", "%", "subj", ")", "return", "PathResult", "(", "False", ",", "'SUBJECT_MONOMERS_NOT_FOUND'", ",", "max_paths", ",", "max_path_length", ")", "else", ":", "subj_mps", "=", "[", "None", "]", "# Observables may not be found for an activation since there may be no", "# rule in the model activating the object, and the object may not have", "# an \"active\" site of the appropriate type", "obs_names", "=", "self", ".", "stmt_to_obs", "[", "stmt", "]", "if", "not", "obs_names", ":", "logger", ".", "debug", "(", "\"No observables for stmt %s, returning False\"", "%", "stmt", ")", "return", "PathResult", "(", "False", ",", "'OBSERVABLES_NOT_FOUND'", ",", "max_paths", ",", "max_path_length", ")", "for", "subj_mp", ",", "obs_name", "in", "itertools", ".", "product", "(", "subj_mps", ",", "obs_names", ")", ":", "# NOTE: Returns on the path found for the first enz_mp/obs combo", "result", "=", "self", ".", "_find_im_paths", "(", "subj_mp", ",", "obs_name", ",", "target_polarity", ",", "max_paths", ",", "max_path_length", ")", "# If a path was found, then we return it; otherwise, that means", "# there was no path for this observable, so we have to try the next", "# one", "if", "result", ".", "path_found", ":", "return", "result", "# If we got here, then there was no path for any observable", "return", "PathResult", "(", "False", ",", "'NO_PATHS_FOUND'", ",", "max_paths", ",", "max_path_length", ")" ]

[ "Check", "a", "single", "Statement", "against", "the", "model", "." ]

[ "def", "identity_on_pols", "(", "self", ",", "context", ")", ":", "A", "=", "np", ".", "empty", "(", "context", ".", "shape", ",", "context", ".", "dtype", ")", "A", "[", ":", ",", ":", ",", ":", "]", "=", "[", "[", "[", "1", ",", "0", ",", "0", ",", "1", "]", "]", "]", "return", "A" ]

[ "Returns", "[[", "1", "0", "]", "tiled", "up", "to", "other", "dimensions", "[", "0", "1", "]]" ]

[ "def", "infer", "(", "self", ",", "patternNZ", ",", "actValueList", ")", ":", "# Return value dict. For buckets which we don't have an actual value", "# for yet, just plug in any valid actual value. It doesn't matter what", "# we use because that bucket won't have non-zero likelihood anyways.", "# NOTE: If doing 0-step prediction, we shouldn't use any knowledge", "# of the classification input during inference.", "if", "self", ".", "steps", "[", "0", "]", "==", "0", "or", "actValueList", "is", "None", ":", "defaultValue", "=", "0", "else", ":", "defaultValue", "=", "actValueList", "[", "0", "]", "actValues", "=", "[", "x", "if", "x", "is", "not", "None", "else", "defaultValue", "for", "x", "in", "self", ".", "_actualValues", "]", "retval", "=", "{", "\"actualValues\"", ":", "actValues", "}", "for", "nSteps", "in", "self", ".", "steps", ":", "predictDist", "=", "self", ".", "inferSingleStep", "(", "patternNZ", ",", "self", ".", "_weightMatrix", "[", "nSteps", "]", ")", "retval", "[", "nSteps", "]", "=", "predictDist", "return", "retval" ]

[ "Return", "the", "inference", "value", "from", "one", "input", "sample", ".", "The", "actual", "learning", "happens", "in", "compute", "()", "." ]

[ "def", "path", "(", "self", ",", "*", "paths", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "return", "self", ".", "__class__", "(", "self", ".", "__root__", ",", "*", "paths", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "Create", "new", "Path", "based", "on", "self", ".", "root", "and", "provided", "paths", "." ]

[ "def", "_compile_and_collapse", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "_real_regex", "=", "self", ".", "_real_re_compile", "(", "*", "self", ".", "_regex_args", ",", "*", "*", "self", ".", "_regex_kwargs", ")", "for", "attr", "in", "self", ".", "_regex_attributes_to_copy", ":", "setattr", "(", "self", ",", "attr", ",", "getattr", "(", "self", ".", "_real_regex", ",", "attr", ")", ")" ]

[ "Actually", "compile", "the", "requested", "regex" ]

[ "def", "position", "(", "self", ")", ":", "position", "=", "self", ".", "topic", ".", "posts", ".", "filter", "(", "Q", "(", "created__lt", "=", "self", ".", "created", ")", "|", "Q", "(", "id", "=", "self", ".", "id", ")", ")", ".", "count", "(", ")", "return", "position" ]

[ "Returns", "an", "integer", "corresponding", "to", "the", "position", "of", "the", "post", "in", "the", "topic", "." ]

[ "def", "function_trace", "(", "function_name", ")", ":", "if", "newrelic", ":", "nr_transaction", "=", "newrelic", ".", "agent", ".", "current_transaction", "(", ")", "with", "newrelic", ".", "agent", ".", "FunctionTrace", "(", "nr_transaction", ",", "function_name", ")", ":", "yield", "else", ":", "yield" ]

[ "Wraps", "a", "chunk", "of", "code", "that", "we", "want", "to", "appear", "as", "a", "separate", "explicit", "segment", "in", "our", "monitoring", "tools", "." ]

[ "def", "jsmin_for_posers", "(", "script", ",", "keep_bang_comments", "=", "False", ")", ":", "if", "not", "keep_bang_comments", ":", "rex", "=", "(", "r'([^\\047\"/\\000-\\040]+)|((?:(?:\\047[^\\047\\\\\\r\\n]*(?:\\\\(?:[^\\r\\n]'", "r'|\\r?\\n|\\r)[^\\047\\\\\\r\\n]*)*\\047)|(?:\"[^\"\\\\\\r\\n]*(?:\\\\(?:[^\\r\\n]'", "r'|\\r?\\n|\\r)[^\"\\\\\\r\\n]*)*\"))[^\\047\"/\\000-\\040]*)|(?<=[(,=:\\[!&|?'", "r'{};\\r\\n])(?:[\\000-\\011\\013\\014\\016-\\040]|(?:/\\*[^*]*\\*+(?:[^/*'", "r'][^*]*\\*+)*/))*(?:(?:(?://[^\\r\\n]*)?[\\r\\n])(?:[\\000-\\011\\013\\0'", "r'14\\016-\\040]|(?:/\\*[^*]*\\*+(?:[^/*][^*]*\\*+)*/))*)*((?:/(?![\\r'", "r'\\n/*])[^/\\\\\\[\\r\\n]*(?:(?:\\\\[^\\r\\n]|(?:\\[[^\\\\\\]\\r\\n]*(?:\\\\[^\\r'", "r'\\n][^\\\\\\]\\r\\n]*)*\\]))[^/\\\\\\[\\r\\n]*)*/)[^\\047\"/\\000-\\040]*)|(?<'", "r'=[\\000-#%-,./:-@\\[-^`{-~-]return)(?:[\\000-\\011\\013\\014\\016-\\04'", "r'0]|(?:/\\*[^*]*\\*+(?:[^/*][^*]*\\*+)*/))*(?:(?:(?://[^\\r\\n]*)?['", "r'\\r\\n])(?:[\\000-\\011\\013\\014\\016-\\040]|(?:/\\*[^*]*\\*+(?:[^/*][^'", "r'*]*\\*+)*/)))*((?:/(?![\\r\\n/*])[^/\\\\\\[\\r\\n]*(?:(?:\\\\[^\\r\\n]|(?:'", "r'\\[[^\\\\\\]\\r\\n]*(?:\\\\[^\\r\\n][^\\\\\\]\\r\\n]*)*\\]))[^/\\\\\\[\\r\\n]*)*/)['", "r'^\\047\"/\\000-\\040]*)|(?<=[^\\000-!#%&(*,./:-@\\[\\\\^`{|~])(?:[\\000'", "r'-\\011\\013\\014\\016-\\040]|(?:/\\*[^*]*\\*+(?:[^/*][^*]*\\*+)*/))*(?'", "r':((?:(?://[^\\r\\n]*)?[\\r\\n]))(?:[\\000-\\011\\013\\014\\016-\\040]|(?'", "r':/\\*[^*]*\\*+(?:[^/*][^*]*\\*+)*/))*)+(?=[^\\000-\\040\"#%-\\047)*,.'", "r'/:-@\\\\-^`|-~])|(?<=[^\\000-#%-,./:-@\\[-^`{-~-])((?:[\\000-\\011\\0'", "r'13\\014\\016-\\040]|(?:/\\*[^*]*\\*+(?:[^/*][^*]*\\*+)*/)))+(?=[^\\00'", "r'0-#%-,./:-@\\[-^`{-~-])|(?<=\\+)((?:[\\000-\\011\\013\\014\\016-\\040]'", "r'|(?:/\\*[^*]*\\*+(?:[^/*][^*]*\\*+)*/)))+(?=\\+)|(?<=-)((?:[\\000-'", "r'\\011\\013\\014\\016-\\040]|(?:/\\*[^*]*\\*+(?:[^/*][^*]*\\*+)*/)))+(?'", "r'=-)|(?:[\\000-\\011\\013\\014\\016-\\040]|(?:/\\*[^*]*\\*+(?:[^/*][^*]'", "r'*\\*+)*/))+|(?:(?:(?://[^\\r\\n]*)?[\\r\\n])(?:[\\000-\\011\\013\\014\\0'", "r'16-\\040]|(?:/\\*[^*]*\\*+(?:[^/*][^*]*\\*+)*/))*)+'", ")", "def", "subber", "(", "match", ")", ":", "\"\"\" Substitution callback \"\"\"", "groups", "=", "match", ".", "groups", "(", ")", "return", "(", "groups", "[", "0", "]", "or", "groups", "[", "1", "]", "or", "groups", "[", "2", "]", "or", "groups", "[", "3", "]", "or", "(", "groups", "[", "4", "]", "and", "'\\n'", ")", "or", "(", "groups", "[", "5", "]", "and", "' '", ")", "or", "(", "groups", "[", "6", "]", "and", "' '", ")", "or", "(", "groups", "[", "7", "]", "and", "' '", ")", "or", "''", ")", "else", ":", "rex", "=", "(", "r'([^\\047\"/\\000-\\040]+)|((?:(?:\\047[^\\047\\\\\\r\\n]*(?:\\\\(?:[^\\r\\n]'", "r'|\\r?\\n|\\r)[^\\047\\\\\\r\\n]*)*\\047)|(?:\"[^\"\\\\\\r\\n]*(?:\\\\(?:[^\\r\\n]'", "r'|\\r?\\n|\\r)[^\"\\\\\\r\\n]*)*\"))[^\\047\"/\\000-\\040]*)|((?:/\\*![^*]*\\*'", "r'+(?:[^/*][^*]*\\*+)*/)[^\\047\"/\\000-\\040]*)|(?<=[(,=:\\[!&|?{};\\r'", "r'\\n])(?:[\\000-\\011\\013\\014\\016-\\040]|(?:/\\*(?!!)[^*]*\\*+(?:[^/*'", "r'][^*]*\\*+)*/))*(?:(?:(?://[^\\r\\n]*)?[\\r\\n])(?:[\\000-\\011\\013\\0'", "r'14\\016-\\040]|(?:/\\*(?!!)[^*]*\\*+(?:[^/*][^*]*\\*+)*/))*)*((?:/('", "r'?![\\r\\n/*])[^/\\\\\\[\\r\\n]*(?:(?:\\\\[^\\r\\n]|(?:\\[[^\\\\\\]\\r\\n]*(?:'", "r'\\\\[^\\r\\n][^\\\\\\]\\r\\n]*)*\\]))[^/\\\\\\[\\r\\n]*)*/)[^\\047\"/\\000-\\040]'", "r'*)|(?<=[\\000-#%-,./:-@\\[-^`{-~-]return)(?:[\\000-\\011\\013\\014\\0'", "r'16-\\040]|(?:/\\*(?!!)[^*]*\\*+(?:[^/*][^*]*\\*+)*/))*(?:(?:(?://['", "r'^\\r\\n]*)?[\\r\\n])(?:[\\000-\\011\\013\\014\\016-\\040]|(?:/\\*(?!!)[^*'", "r']*\\*+(?:[^/*][^*]*\\*+)*/)))*((?:/(?![\\r\\n/*])[^/\\\\\\[\\r\\n]*(?:('", "r'?:\\\\[^\\r\\n]|(?:\\[[^\\\\\\]\\r\\n]*(?:\\\\[^\\r\\n][^\\\\\\]\\r\\n]*)*\\]))[^/'", "r'\\\\\\[\\r\\n]*)*/)[^\\047\"/\\000-\\040]*)|(?<=[^\\000-!#%&(*,./:-@\\[\\\\'", "r'^`{|~])(?:[\\000-\\011\\013\\014\\016-\\040]|(?:/\\*(?!!)[^*]*\\*+(?:['", "r'^/*][^*]*\\*+)*/))*(?:((?:(?://[^\\r\\n]*)?[\\r\\n]))(?:[\\000-\\011'", "r'\\013\\014\\016-\\040]|(?:/\\*(?!!)[^*]*\\*+(?:[^/*][^*]*\\*+)*/))*)+'", "r'(?=[^\\000-\\040\"#%-\\047)*,./:-@\\\\-^`|-~])|(?<=[^\\000-#%-,./:-@'", "r'\\[-^`{-~-])((?:[\\000-\\011\\013\\014\\016-\\040]|(?:/\\*(?!!)[^*]*\\*'", "r'+(?:[^/*][^*]*\\*+)*/)))+(?=[^\\000-#%-,./:-@\\[-^`{-~-])|(?<=\\+)'", "r'((?:[\\000-\\011\\013\\014\\016-\\040]|(?:/\\*(?!!)[^*]*\\*+(?:[^/*][^'", "r'*]*\\*+)*/)))+(?=\\+)|(?<=-)((?:[\\000-\\011\\013\\014\\016-\\040]|(?:'", "r'/\\*(?!!)[^*]*\\*+(?:[^/*][^*]*\\*+)*/)))+(?=-)|(?:[\\000-\\011\\013'", "r'\\014\\016-\\040]|(?:/\\*(?!!)[^*]*\\*+(?:[^/*][^*]*\\*+)*/))+|(?:(?'", "r':(?://[^\\r\\n]*)?[\\r\\n])(?:[\\000-\\011\\013\\014\\016-\\040]|(?:/\\*('", "r'?!!)[^*]*\\*+(?:[^/*][^*]*\\*+)*/))*)+'", ")", "def", "subber", "(", "match", ")", ":", "\"\"\" Substitution callback \"\"\"", "groups", "=", "match", ".", "groups", "(", ")", "return", "(", "groups", "[", "0", "]", "or", "groups", "[", "1", "]", "or", "groups", "[", "2", "]", "or", "groups", "[", "3", "]", "or", "groups", "[", "4", "]", "or", "(", "groups", "[", "5", "]", "and", "'\\n'", ")", "or", "(", "groups", "[", "6", "]", "and", "' '", ")", "or", "(", "groups", "[", "7", "]", "and", "' '", ")", "or", "(", "groups", "[", "8", "]", "and", "' '", ")", "or", "''", ")", "return", "_re", ".", "sub", "(", "rex", ",", "subber", ",", "'\\n%s\\n'", "%", "script", ")", ".", "strip", "(", ")" ]

[ "r", "Minify", "javascript", "based", "on", "jsmin", ".", "c", "by", "Douglas", "Crockford", "_", "\\", "." ]

[ "def", "_prm_select_shared_pandas_data", "(", "self", ",", "pd_node", ",", "full_name", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "try", ":", "pathname", "=", "pd_node", ".", "_v_pathname", "pandas_store", "=", "self", ".", "_hdf5store", "return", "pandas_store", ".", "select", "(", "pathname", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "except", ":", "self", ".", "_logger", ".", "error", "(", "'Failed loading `%s` of `%s`.'", "%", "(", "pd_node", ".", "_v_name", ",", "full_name", ")", ")", "raise" ]

[ "Reads", "a", "DataFrame", "from", "dis", "." ]

[ "def", "WaitForInputIdle", "(", "self", ",", "milliseconds", ":", "int", ")", "->", "bool", ":", "return", "self", ".", "pattern", ".", "WaitForInputIdle", "(", "milliseconds", ")", "==", "S_OK" ]

[ "Call", "IUIAutomationWindowPattern", "::", "WaitForInputIdle", ".", "Cause", "the", "calling", "code", "to", "block", "for", "the", "specified", "time", "or", "until", "the", "associated", "process", "enters", "an", "idle", "state", "whichever", "completes", "first", ".", "milliseconds", ":", "int", ".", "Return", "bool", "True", "if", "succeed", "otherwise", "False", ".", "Refer", "https", ":", "//", "docs", ".", "microsoft", ".", "com", "/", "en", "-", "us", "/", "windows", "/", "desktop", "/", "api", "/", "uiautomationclient", "/", "nf", "-", "uiautomationclient", "-", "iuiautomationwindowpattern", "-", "waitforinputidle" ]

[ "def", "_wait_for_request", "(", "self", ",", "uuid", ",", "connection_adapter", "=", "None", ")", ":", "start_time", "=", "time", ".", "time", "(", ")", "while", "not", "self", ".", "_response", "[", "uuid", "]", ":", "connection_adapter", ".", "check_for_errors", "(", ")", "if", "time", ".", "time", "(", ")", "-", "start_time", ">", "self", ".", "_timeout", ":", "self", ".", "_raise_rpc_timeout_error", "(", "uuid", ")", "time", ".", "sleep", "(", "IDLE_WAIT", ")" ]

[ "Wait", "for", "RPC", "request", "to", "arrive", "." ]

[ "def", "_is_bval_type_b", "(", "grouped_dicoms", ")", ":", "bval_tag", "=", "Tag", "(", "0x0018", ",", "0x9087", ")", "bvec_tag", "=", "Tag", "(", "0x0018", ",", "0x9089", ")", "for", "group", "in", "grouped_dicoms", ":", "if", "bvec_tag", "in", "group", "[", "0", "]", "and", "bval_tag", "in", "group", "[", "0", "]", ":", "bvec", "=", "common", ".", "get_fd_array_value", "(", "group", "[", "0", "]", "[", "bvec_tag", "]", ",", "3", ")", "bval", "=", "common", ".", "get_fd_value", "(", "group", "[", "0", "]", "[", "bval_tag", "]", ")", "if", "_is_float", "(", "bvec", "[", "0", "]", ")", "and", "_is_float", "(", "bvec", "[", "1", "]", ")", "and", "_is_float", "(", "bvec", "[", "2", "]", ")", "and", "_is_float", "(", "bval", ")", "and", "bval", "!=", "0", ":", "return", "True", "return", "False" ]

[ "Check", "if", "the", "bvals", "are", "stored", "in", "the", "second", "of", "2", "currently", "known", "ways", "for", "single", "frame", "dti" ]

[ "def", "prj_add_atype", "(", "self", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "cur_prj", ":", "return", "dialog", "=", "AtypeAdderDialog", "(", "project", "=", "self", ".", "cur_prj", ")", "dialog", ".", "exec_", "(", ")", "atypes", "=", "dialog", ".", "atypes", "for", "atype", "in", "atypes", ":", "atypedata", "=", "djitemdata", ".", "AtypeItemData", "(", "atype", ")", "treemodel", ".", "TreeItem", "(", "atypedata", ",", "self", ".", "prj_atype_model", ".", "root", ")" ]

[ "Add", "more", "assettypes", "to", "the", "project", "." ]

[ "def", "get_template_namespace", "(", "self", ")", "->", "Dict", "[", "str", ",", "Any", "]", ":", "namespace", "=", "dict", "(", "handler", "=", "self", ",", "request", "=", "self", ".", "request", ",", "current_user", "=", "self", ".", "current_user", ",", "locale", "=", "self", ".", "locale", ",", "_", "=", "self", ".", "locale", ".", "translate", ",", "pgettext", "=", "self", ".", "locale", ".", "pgettext", ",", "static_url", "=", "self", ".", "static_url", ",", "xsrf_form_html", "=", "self", ".", "xsrf_form_html", ",", "reverse_url", "=", "self", ".", "reverse_url", ",", ")", "namespace", ".", "update", "(", "self", ".", "ui", ")", "return", "namespace" ]

[ "Returns", "a", "dictionary", "to", "be", "used", "as", "the", "default", "template", "namespace", "." ]

[ "def", "_load_from_file", "(", "path", ")", ":", "config", "=", "[", "]", "try", ":", "with", "open", "(", "path", ",", "'r'", ")", "as", "config_file", ":", "config", "=", "yaml", ".", "load", "(", "config_file", ")", "[", "'normalizations'", "]", "except", "EnvironmentError", "as", "e", ":", "raise", "ConfigError", "(", "'Problem while loading file: %s'", "%", "e", ".", "args", "[", "1", "]", "if", "len", "(", "e", ".", "args", ")", ">", "1", "else", "e", ")", "except", "(", "TypeError", ",", "KeyError", ")", "as", "e", ":", "raise", "ConfigError", "(", "'Config file has an unexpected structure: %s'", "%", "e", ")", "except", "yaml", ".", "YAMLError", ":", "raise", "ConfigError", "(", "'Invalid YAML file syntax'", ")", "return", "config" ]

[ "Load", "a", "config", "file", "from", "the", "given", "path", "." ]

[ "def", "rl", "(", "self", ",", "r", ")", ":", "if", "self", ".", "C", "is", "None", "or", "not", "is_number", "(", "self", ".", "regs", "[", "r", "]", ")", ":", "self", ".", "set", "(", "r", ",", "None", ")", "self", ".", "set_flag", "(", "None", ")", "return", "self", ".", "rlc", "(", "r", ")", "tmp", "=", "self", ".", "C", "v_", "=", "self", ".", "getv", "(", "self", ".", "regs", "[", "r", "]", ")", "self", ".", "C", "=", "v_", "&", "1", "self", ".", "regs", "[", "r", "]", "=", "str", "(", "(", "v_", "&", "0xFE", ")", "|", "tmp", ")" ]

[ "Like", "the", "above", "bus", "uses", "carry" ]

[ "def", "commit", "(", "self", ",", "message", ",", "parent_commits", "=", "None", ",", "head", "=", "True", ",", "author", "=", "None", ",", "committer", "=", "None", ",", "author_date", "=", "None", ",", "commit_date", "=", "None", ",", "skip_hooks", "=", "False", ")", ":", "if", "not", "skip_hooks", ":", "run_commit_hook", "(", "'pre-commit'", ",", "self", ")", "self", ".", "_write_commit_editmsg", "(", "message", ")", "run_commit_hook", "(", "'commit-msg'", ",", "self", ",", "self", ".", "_commit_editmsg_filepath", "(", ")", ")", "message", "=", "self", ".", "_read_commit_editmsg", "(", ")", "self", ".", "_remove_commit_editmsg", "(", ")", "tree", "=", "self", ".", "write_tree", "(", ")", "rval", "=", "Commit", ".", "create_from_tree", "(", "self", ".", "repo", ",", "tree", ",", "message", ",", "parent_commits", ",", "head", ",", "author", "=", "author", ",", "committer", "=", "committer", ",", "author_date", "=", "author_date", ",", "commit_date", "=", "commit_date", ")", "if", "not", "skip_hooks", ":", "run_commit_hook", "(", "'post-commit'", ",", "self", ")", "return", "rval" ]

[ "Commit", "the", "current", "default", "index", "file", "creating", "a", "commit", "object", ".", "For", "more", "information", "on", "the", "arguments", "see", "tree", ".", "commit", "." ]

[ "def", "configure", "(", "self", ",", "options", ",", "conf", ")", ":", "self", ".", "conf", "=", "conf", "self", ".", "when", "=", "options", ".", "browser_closer_when" ]

[ "Configure", "plugin", ".", "Plugin", "is", "enabled", "by", "default", "." ]

[ "def", "juju_version", "(", ")", ":", "# Per https://bugs.launchpad.net/juju-core/+bug/1455368/comments/1", "jujud", "=", "glob", ".", "glob", "(", "'/var/lib/juju/tools/machine-*/jujud'", ")", "[", "0", "]", "return", "subprocess", ".", "check_output", "(", "[", "jujud", ",", "'version'", "]", ",", "universal_newlines", "=", "True", ")", ".", "strip", "(", ")" ]

[ "Full", "version", "string", "(", "eg", ".", "1", ".", "23", ".", "3", ".", "1", "-", "trusty", "-", "amd64", ")" ]

[ "def", "move_asynchronously", "(", "library", ",", "session", ",", "source_space", ",", "source_offset", ",", "source_width", ",", "destination_space", ",", "destination_offset", ",", "destination_width", ",", "length", ")", ":", "job_id", "=", "ViJobId", "(", ")", "ret", "=", "library", ".", "viMoveAsync", "(", "session", ",", "source_space", ",", "source_offset", ",", "source_width", ",", "destination_space", ",", "destination_offset", ",", "destination_width", ",", "length", ",", "byref", "(", "job_id", ")", ")", "return", "job_id", ",", "ret" ]

[ "Moves", "a", "block", "of", "data", "asynchronously", "." ]

[ "def", "scan_and_reimport", "(", "mod_type", ":", "str", ")", "->", "List", "[", "Tuple", "[", "str", ",", "str", "]", "]", ":", "mod_enabled", ",", "mod_disabled", "=", "get_modules", "(", "mod_type", ")", "errors", "=", "[", "]", "for", "mod", "in", "mod_enabled", "+", "mod_disabled", ":", "if", "mod", "in", "sys", ".", "modules", ":", "msg", "=", "safe_reload", "(", "sys", ".", "modules", "[", "mod", "]", ")", "else", ":", "msg", "=", "safe_load", "(", "mod", ")", "if", "msg", "is", "not", "None", ":", "errors", ".", "append", "(", "(", "mod", ",", "msg", ")", ")", "return", "errors" ]

[ "Scans", "folder", "for", "modules", "." ]

[ "def", "calcSphereCoordinates", "(", "pos", ",", "radius", ",", "rot", ")", ":", "# Input angles should be in degrees, as in the rest of the game", "# E.g. phi=inclination and theta=azimuth", "# phi is yrad", "# Look from above ", "#(Z goes positive towards you) ", "# ", "# Y- Z- ", "# | / ", "# | / \"far\" ", "# |/ ", "# X- ------+-------> X+ ", "# /| yrad | ", "# \"near\" / |<-----+ ", "# / | \"polar angle\" ", "# Z+ Y+ ", "# theta is xrad", "# Look from above ", "#(Z goes positive towards you) ", "# ", "# Y- Z- ", "# | / ", "# | / \"far\" ", "# |/ ", "# X- ------+-------> X+ ", "# /| xrad | ", "# \"near\" /<-------+ ", "# / | \"azimuth angle\"", "# Z+ Y+ ", "# Based on http://stackoverflow.com/questions/39647735/calculation-of-spherical-coordinates", "# https://en.wikipedia.org/wiki/Spherical_coordinate_system", "# http://stackoverflow.com/questions/25404613/converting-spherical-coordinates-to-cartesian?rq=1", "phi", ",", "theta", "=", "rot", "phi", "+=", "90", "# very important, took me four days of head-scratching to figure out", "phi", ",", "theta", "=", "math", ".", "radians", "(", "phi", ")", ",", "math", ".", "radians", "(", "theta", ")", "x", "=", "pos", "[", "0", "]", "+", "radius", "*", "math", ".", "sin", "(", "phi", ")", "*", "math", ".", "cos", "(", "theta", ")", "y", "=", "pos", "[", "1", "]", "+", "radius", "*", "math", ".", "sin", "(", "phi", ")", "*", "math", ".", "sin", "(", "theta", ")", "z", "=", "pos", "[", "2", "]", "+", "radius", "*", "math", ".", "cos", "(", "phi", ")", "return", "x", ",", "y", ",", "z" ]

[ "Calculates", "the", "Cartesian", "coordinates", "from", "spherical", "coordinates", ".", "pos", "is", "a", "simple", "offset", "to", "offset", "the", "result", "with", ".", "radius", "is", "the", "radius", "of", "the", "input", ".", "rot", "is", "a", "2", "-", "tuple", "of", "(", "azimuth", "polar", ")", "angles", ".", "Angles", "are", "given", "in", "degrees", ".", "Most", "directions", "in", "this", "game", "use", "the", "same", "convention", ".", "The", "azimuth", "ranges", "from", "0", "to", "360", "degrees", "with", "0", "degrees", "pointing", "directly", "to", "the", "x", "-", "axis", ".", "The", "polar", "angle", "ranges", "from", "-", "90", "to", "90", "with", "-", "90", "degrees", "pointing", "straight", "down", "and", "90", "degrees", "straight", "up", ".", "A", "visualization", "of", "the", "angles", "required", "is", "given", "in", "the", "source", "code", "of", "this", "function", "." ]

[ "def", "fix_indentation", "(", "code", ",", "new_indents", ")", ":", "min_indents", "=", "find_minimum_indents", "(", "code", ")", "return", "indent_lines", "(", "code", ",", "new_indents", "-", "min_indents", ")" ]

[ "Change", "the", "indentation", "of", "code", "to", "new_indents" ]

[ "def", "total_bytes_billed", "(", "self", ")", ":", "result", "=", "self", ".", "_job_statistics", "(", ")", ".", "get", "(", "\"totalBytesBilled\"", ")", "if", "result", "is", "not", "None", ":", "result", "=", "int", "(", "result", ")", "return", "result" ]

[ "Return", "total", "bytes", "billed", "from", "job", "statistics", "if", "present", "." ]

[ "def", "from_str", "(", "text", ")", ":", "segment_list", "=", "chat_message_parser", ".", "parse", "(", "text", ")", "return", "[", "ChatMessageSegment", "(", "segment", ".", "text", ",", "*", "*", "segment", ".", "params", ")", "for", "segment", "in", "segment_list", "]" ]

[ "Construct", ":", "class", ":", "ChatMessageSegment", "list", "parsed", "from", "a", "string", "." ]

[ "def", "weighted_regularization_matrix_from_pixel_neighbors", "(", "regularization_weights", ",", "pixel_neighbors", ",", "pixel_neighbors_size", ")", ":", "pixels", "=", "len", "(", "regularization_weights", ")", "regularization_matrix", "=", "np", ".", "zeros", "(", "shape", "=", "(", "pixels", ",", "pixels", ")", ")", "regularization_weight", "=", "regularization_weights", "**", "2.0", "for", "i", "in", "range", "(", "pixels", ")", ":", "for", "j", "in", "range", "(", "pixel_neighbors_size", "[", "i", "]", ")", ":", "neighbor_index", "=", "pixel_neighbors", "[", "i", ",", "j", "]", "regularization_matrix", "[", "i", ",", "i", "]", "+=", "regularization_weight", "[", "neighbor_index", "]", "regularization_matrix", "[", "neighbor_index", ",", "neighbor_index", "]", "+=", "regularization_weight", "[", "neighbor_index", "]", "regularization_matrix", "[", "i", ",", "neighbor_index", "]", "-=", "regularization_weight", "[", "neighbor_index", "]", "regularization_matrix", "[", "neighbor_index", ",", "i", "]", "-=", "regularization_weight", "[", "neighbor_index", "]", "return", "regularization_matrix" ]

[ "From", "the", "pixel", "-", "neighbors", "setup", "the", "regularization", "matrix", "using", "the", "weighted", "regularization", "scheme", "." ]

[ "def", "create_collections", "(", "self", ",", "payload", ",", "last_modified", "=", "None", ")", ":", "# no point in proceeding if there's no 'name' key", "for", "item", "in", "payload", ":", "if", "\"name\"", "not", "in", "item", ":", "raise", "ze", ".", "ParamNotPassed", "(", "\"The dict you pass must include a 'name' key\"", ")", "# add a blank 'parentCollection' key if it hasn't been passed", "if", "\"parentCollection\"", "not", "in", "item", ":", "item", "[", "\"parentCollection\"", "]", "=", "\"\"", "headers", "=", "{", "\"Zotero-Write-Token\"", ":", "token", "(", ")", "}", "if", "last_modified", "is", "not", "None", ":", "headers", "[", "\"If-Unmodified-Since-Version\"", "]", "=", "str", "(", "last_modified", ")", "headers", ".", "update", "(", "self", ".", "default_headers", "(", ")", ")", "req", "=", "requests", ".", "post", "(", "url", "=", "self", ".", "endpoint", "+", "\"/{t}/{u}/collections\"", ".", "format", "(", "t", "=", "self", ".", "library_type", ",", "u", "=", "self", ".", "library_id", ")", ",", "headers", "=", "headers", ",", "data", "=", "json", ".", "dumps", "(", "payload", ")", ",", ")", "self", ".", "request", "=", "req", "try", ":", "req", ".", "raise_for_status", "(", ")", "except", "requests", ".", "exceptions", ".", "HTTPError", ":", "error_handler", "(", "req", ")", "return", "req", ".", "json", "(", ")" ]

[ "Create", "new", "Zotero", "collections", "Accepts", "one", "argument", "a", "list", "of", "dicts", "containing", "the", "following", "keys", ":" ]

[ "def", "check_for_file", "(", "self", ",", "file_path", ")", ":", "try", ":", "files", "=", "self", ".", "connection", ".", "glob", "(", "file_path", ",", "details", "=", "False", ",", "invalidate_cache", "=", "True", ")", "return", "len", "(", "files", ")", "==", "1", "except", "FileNotFoundError", ":", "return", "False" ]

[ "Check", "if", "a", "file", "exists", "on", "Azure", "Data", "Lake", "." ]

[ "def", "model_actions", "(", "self", ")", ":", "observations", "=", "self", ".", "get", "(", "'rollout:observations'", ")", "model_action", "=", "self", ".", "model", ".", "action", "(", "observations", ")", "return", "model_action" ]

[ "Estimate", "state", "-", "value", "of", "the", "transition", "next", "state" ]

[ "def", "makedirs", "(", "self", ",", "dir_name", ",", "mode", "=", "PERM_DEF", ",", "exist_ok", "=", "False", ")", ":", "ends_with_sep", "=", "self", ".", "ends_with_path_separator", "(", "dir_name", ")", "dir_name", "=", "self", ".", "absnormpath", "(", "dir_name", ")", "if", "(", "ends_with_sep", "and", "self", ".", "is_macos", "and", "self", ".", "exists", "(", "dir_name", ",", "check_link", "=", "True", ")", "and", "not", "self", ".", "exists", "(", "dir_name", ")", ")", ":", "# to avoid EEXIST exception, remove the link", "self", ".", "remove_object", "(", "dir_name", ")", "path_components", "=", "self", ".", "_path_components", "(", "dir_name", ")", "# Raise a permission denied error if the first existing directory", "# is not writeable.", "current_dir", "=", "self", ".", "root", "for", "component", "in", "path_components", ":", "if", "(", "component", "not", "in", "current_dir", ".", "contents", "or", "not", "isinstance", "(", "current_dir", ".", "contents", ",", "dict", ")", ")", ":", "break", "else", ":", "current_dir", "=", "current_dir", ".", "contents", "[", "component", "]", "try", ":", "self", ".", "create_dir", "(", "dir_name", ",", "mode", "&", "~", "self", ".", "umask", ")", "except", "(", "IOError", ",", "OSError", ")", "as", "e", ":", "if", "(", "not", "exist_ok", "or", "not", "isinstance", "(", "self", ".", "resolve", "(", "dir_name", ")", ",", "FakeDirectory", ")", ")", ":", "if", "self", ".", "is_windows_fs", "and", "e", ".", "errno", "==", "errno", ".", "ENOTDIR", ":", "e", ".", "errno", "=", "errno", ".", "ENOENT", "self", ".", "raise_os_error", "(", "e", ".", "errno", ",", "e", ".", "filename", ")" ]

[ "Create", "a", "leaf", "Fake", "directory", "and", "create", "any", "non", "-", "existent", "parent", "dirs", "." ]

[ "def", "ormSessionCreator", "(", "self", ")", "->", "DbSessionCreator", ":", "assert", "self", ".", "_dbConnectString", "if", "self", ".", "_ScopedSession", ":", "return", "self", ".", "_ScopedSession", "self", ".", "_dbEngine", "=", "create_engine", "(", "self", ".", "_dbConnectString", ",", "*", "*", "self", ".", "_dbEngineArgs", ")", "self", ".", "_ScopedSession", "=", "scoped_session", "(", "sessionmaker", "(", "bind", "=", "self", ".", "_dbEngine", ")", ")", "return", "self", ".", "_ScopedSession" ]

[ "Get", "Orm", "Session" ]

[ "def", "setup", "(", "self", ",", "quiet", "=", "False", ",", "bootstrap_server", "=", "False", ")", ":", "def", "lazy_initialize_ensime", "(", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "ensime", ":", "called_by", "=", "inspect", ".", "stack", "(", ")", "[", "4", "]", "[", "3", "]", "self", ".", "log", ".", "debug", "(", "str", "(", "inspect", ".", "stack", "(", ")", ")", ")", "self", ".", "log", ".", "debug", "(", "'setup(quiet=%s, bootstrap_server=%s) called by %s()'", ",", "quiet", ",", "bootstrap_server", ",", "called_by", ")", "installed", "=", "self", ".", "launcher", ".", "strategy", ".", "isinstalled", "(", ")", "if", "not", "installed", "and", "not", "bootstrap_server", ":", "if", "not", "quiet", ":", "scala", "=", "self", ".", "launcher", ".", "config", ".", "get", "(", "'scala-version'", ")", "msg", "=", "feedback", "[", "\"prompt_server_install\"", "]", ".", "format", "(", "scala_version", "=", "scala", ")", "self", ".", "editor", ".", "raw_message", "(", "msg", ")", "return", "False", "try", ":", "self", ".", "ensime", "=", "self", ".", "launcher", ".", "launch", "(", ")", "except", "InvalidJavaPathError", ":", "self", ".", "editor", ".", "message", "(", "'invalid_java'", ")", "# TODO: also disable plugin", "return", "bool", "(", "self", ".", "ensime", ")", "def", "ready_to_connect", "(", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "ws", "and", "self", ".", "ensime", ".", "is_ready", "(", ")", ":", "self", ".", "connect_ensime_server", "(", ")", "return", "True", "# True if ensime is up and connection is ok, otherwise False", "return", "self", ".", "running", "and", "lazy_initialize_ensime", "(", ")", "and", "ready_to_connect", "(", ")" ]

[ "Check", "the", "classpath", "and", "connect", "to", "the", "server", "if", "necessary", "." ]

[ "def", "add_warning", "(", "self", ",", "exception", ":", "BELParserWarning", ",", "context", ":", "Optional", "[", "Mapping", "[", "str", ",", "Any", "]", "]", "=", "None", ",", ")", "->", "None", ":", "self", ".", "warnings", ".", "append", "(", "(", "self", ".", "path", ",", "exception", ",", "{", "}", "if", "context", "is", "None", "else", "context", ",", ")", ")" ]

[ "Add", "a", "warning", "to", "the", "internal", "warning", "log", "in", "the", "graph", "with", "optional", "context", "information", "." ]

[ "def", "replace_nan", "(", "trainingset", ",", "replace_with", "=", "None", ")", ":", "# if replace_with = None, replaces with mean value", "training_data", "=", "np", ".", "array", "(", "[", "instance", ".", "features", "for", "instance", "in", "trainingset", "]", ")", ".", "astype", "(", "np", ".", "float64", ")", "def", "encoder", "(", "dataset", ")", ":", "for", "instance", "in", "dataset", ":", "instance", ".", "features", "=", "instance", ".", "features", ".", "astype", "(", "np", ".", "float64", ")", "if", "np", ".", "sum", "(", "np", ".", "isnan", "(", "instance", ".", "features", ")", ")", ":", "if", "replace_with", "==", "None", ":", "instance", ".", "features", "[", "np", ".", "isnan", "(", "instance", ".", "features", ")", "]", "=", "means", "[", "np", ".", "isnan", "(", "instance", ".", "features", ")", "]", "else", ":", "instance", ".", "features", "[", "np", ".", "isnan", "(", "instance", ".", "features", ")", "]", "=", "replace_with", "return", "dataset", "#end", "if", "replace_nan_with", "==", "None", ":", "means", "=", "np", ".", "mean", "(", "np", ".", "nan_to_num", "(", "training_data", ")", ",", "axis", "=", "0", ")", "return", "encoder" ]

[ "Replace", "instanced", "of", "not", "a", "number", "with", "either", "the", "mean", "of", "the", "signal", "feature", "or", "a", "specific", "value", "assigned", "by", "replace_nan_with" ]

[ "def", "id", "(", "self", ")", ":", "# pylint: disable=invalid-name,too-many-branches,too-many-return-statements", "# There are some times we want to trick the platform detection", "# say if a raspberry pi doesn't have the right ID, or for testing", "try", ":", "return", "os", ".", "environ", "[", "'BLINKA_FORCECHIP'", "]", "except", "KeyError", ":", "# no forced chip, continue with testing!", "pass", "# Special case, if we have an environment var set, we could use FT232H", "try", ":", "if", "os", ".", "environ", "[", "'BLINKA_FT232H'", "]", ":", "# we can't have ftdi1 as a dependency cause its wierd", "# to install, sigh.", "import", "ftdi1", "as", "ftdi", "# pylint: disable=import-error", "try", ":", "ctx", "=", "None", "ctx", "=", "ftdi", ".", "new", "(", ")", "# Create a libftdi context.", "# Enumerate FTDI devices.", "count", ",", "_", "=", "ftdi", ".", "usb_find_all", "(", "ctx", ",", "0", ",", "0", ")", "if", "count", "<", "0", ":", "raise", "RuntimeError", "(", "'ftdi_usb_find_all returned error %d : %s'", "%", "count", ",", "ftdi", ".", "get_error_string", "(", "self", ".", "_ctx", ")", ")", "if", "count", "==", "0", ":", "raise", "RuntimeError", "(", "'BLINKA_FT232H environment variable'", "+", "'set, but no FT232H device found'", ")", "finally", ":", "# Make sure to clean up list and context when done.", "if", "ctx", "is", "not", "None", ":", "ftdi", ".", "free", "(", "ctx", ")", "return", "FT232H", "except", "KeyError", ":", "# no FT232H environment var", "pass", "platform", "=", "sys", ".", "platform", "if", "platform", "==", "\"linux\"", "or", "platform", "==", "\"linux2\"", ":", "return", "self", ".", "_linux_id", "(", ")", "if", "platform", "==", "\"esp8266\"", ":", "return", "ESP8266", "if", "platform", "==", "\"samd21\"", ":", "return", "SAMD21", "if", "platform", "==", "\"pyboard\"", ":", "return", "STM32", "# nothing found!", "return", "None" ]

[ "Return", "a", "unique", "id", "for", "the", "detected", "chip", "if", "any", "." ]

[ "def", "reset", "(", "self", ")", ":", "# sampling", "self", ".", "it", "=", "1", "self", ".", "batch", "=", "0", "self", ".", "ncall", "=", "0", "self", ".", "bound", "=", "[", "]", "self", ".", "eff", "=", "1.", "self", ".", "base", "=", "False", "# results", "self", ".", "saved_id", "=", "[", "]", "self", ".", "saved_u", "=", "[", "]", "self", ".", "saved_v", "=", "[", "]", "self", ".", "saved_logl", "=", "[", "]", "self", ".", "saved_logvol", "=", "[", "]", "self", ".", "saved_logwt", "=", "[", "]", "self", ".", "saved_logz", "=", "[", "]", "self", ".", "saved_logzvar", "=", "[", "]", "self", ".", "saved_h", "=", "[", "]", "self", ".", "saved_nc", "=", "[", "]", "self", ".", "saved_boundidx", "=", "[", "]", "self", ".", "saved_it", "=", "[", "]", "self", ".", "saved_n", "=", "[", "]", "self", ".", "saved_bounditer", "=", "[", "]", "self", ".", "saved_scale", "=", "[", "]", "self", ".", "saved_batch", "=", "[", "]", "self", ".", "saved_batch_nlive", "=", "[", "]", "self", ".", "saved_batch_bounds", "=", "[", "]", "# results from our base run", "self", ".", "base_id", "=", "[", "]", "self", ".", "base_u", "=", "[", "]", "self", ".", "base_v", "=", "[", "]", "self", ".", "base_logl", "=", "[", "]", "self", ".", "base_logvol", "=", "[", "]", "self", ".", "base_logwt", "=", "[", "]", "self", ".", "base_logz", "=", "[", "]", "self", ".", "base_logzvar", "=", "[", "]", "self", ".", "base_h", "=", "[", "]", "self", ".", "base_nc", "=", "[", "]", "self", ".", "base_boundidx", "=", "[", "]", "self", ".", "base_it", "=", "[", "]", "self", ".", "base_n", "=", "[", "]", "self", ".", "base_bounditer", "=", "[", "]", "self", ".", "base_scale", "=", "[", "]", "# results from our most recent addition", "self", ".", "new_id", "=", "[", "]", "self", ".", "new_u", "=", "[", "]", "self", ".", "new_v", "=", "[", "]", "self", ".", "new_logl", "=", "[", "]", "self", ".", "new_nc", "=", "[", "]", "self", ".", "new_it", "=", "[", "]", "self", ".", "new_n", "=", "[", "]", "self", ".", "new_boundidx", "=", "[", "]", "self", ".", "new_bounditer", "=", "[", "]", "self", ".", "new_scale", "=", "[", "]", "self", ".", "new_logl_min", ",", "self", ".", "new_logl_max", "=", "-", "np", ".", "inf", ",", "np", ".", "inf" ]

[ "Re", "-", "initialize", "the", "sampler", "." ]

[ "def", "request_video_count", "(", "blink", ")", ":", "url", "=", "\"{}/api/v2/videos/count\"", ".", "format", "(", "blink", ".", "urls", ".", "base_url", ")", "return", "http_get", "(", "blink", ",", "url", ")" ]

[ "Request", "total", "video", "count", "." ]

[ "def", "get_lock_state_transaction", "(", "self", ",", "transaction_id", ")", ":", "response", "=", "None", "try", ":", "response", "=", "requests", ".", "get", "(", "urls", ".", "get_lockstate_transaction", "(", "self", ".", "_giid", ",", "transaction_id", ")", ",", "headers", "=", "{", "'Accept'", ":", "'application/json, text/javascript, */*; q=0.01'", ",", "'Cookie'", ":", "'vid={}'", ".", "format", "(", "self", ".", "_vid", ")", "}", ")", "except", "requests", ".", "exceptions", ".", "RequestException", "as", "ex", ":", "raise", "RequestError", "(", "ex", ")", "_validate_response", "(", "response", ")", "return", "json", ".", "loads", "(", "response", ".", "text", ")" ]

[ "Get", "lock", "state", "transaction", "status" ]

[ "def", "main", "(", ")", ":", "dir_path", "=", "'.'", "names", ",", "res", ",", "proj", ",", "locs", ",", "padlon", ",", "padlat", ",", "fancy", ",", "gridspace", ",", "details", "=", "[", "]", ",", "'l'", ",", "'lcc'", ",", "''", ",", "0", ",", "0", ",", "0", ",", "15", ",", "1", "Age_bounds", "=", "[", "-", "5000", ",", "2000", "]", "Lat_bounds", "=", "[", "20", ",", "45", "]", "Lon_bounds", "=", "[", "15", ",", "55", "]", "fmt", "=", "'pdf'", "if", "'-h'", "in", "sys", ".", "argv", ":", "print", "(", "main", ".", "__doc__", ")", "sys", ".", "exit", "(", ")", "if", "'-f'", "in", "sys", ".", "argv", ":", "ind", "=", "sys", ".", "argv", ".", "index", "(", "'-f'", ")", "sites_file", "=", "sys", ".", "argv", "[", "ind", "+", "1", "]", "if", "'-res'", "in", "sys", ".", "argv", ":", "ind", "=", "sys", ".", "argv", ".", "index", "(", "'-res'", ")", "res", "=", "sys", ".", "argv", "[", "ind", "+", "1", "]", "if", "'-etp'", "in", "sys", ".", "argv", ":", "fancy", "=", "1", "if", "'-o'", "in", "sys", ".", "argv", ":", "ocean", "=", "1", "if", "'-d'", "in", "sys", ".", "argv", ":", "details", "=", "1", "if", "'-prj'", "in", "sys", ".", "argv", ":", "ind", "=", "sys", ".", "argv", ".", "index", "(", "'-prj'", ")", "proj", "=", "sys", ".", "argv", "[", "ind", "+", "1", "]", "if", "'-fmt'", "in", "sys", ".", "argv", ":", "ind", "=", "sys", ".", "argv", ".", "index", "(", "'-fmt'", ")", "fmt", "=", "sys", ".", "argv", "[", "ind", "+", "1", "]", "verbose", "=", "pmagplotlib", ".", "verbose", "if", "'-sav'", "in", "sys", ".", "argv", ":", "verbose", "=", "0", "if", "'-pad'", "in", "sys", ".", "argv", ":", "ind", "=", "sys", ".", "argv", ".", "index", "(", "'-pad'", ")", "padlat", "=", "float", "(", "sys", ".", "argv", "[", "ind", "+", "1", "]", ")", "padlon", "=", "float", "(", "sys", ".", "argv", "[", "ind", "+", "2", "]", ")", "if", "'-grd'", "in", "sys", ".", "argv", ":", "ind", "=", "sys", ".", "argv", ".", "index", "(", "'-grd'", ")", "gridspace", "=", "float", "(", "sys", ".", "argv", "[", "ind", "+", "1", "]", ")", "if", "'-WD'", "in", "sys", ".", "argv", ":", "ind", "=", "sys", ".", "argv", ".", "index", "(", "'-WD'", ")", "dir_path", "=", "sys", ".", "argv", "[", "ind", "+", "1", "]", "sites_file", "=", "dir_path", "+", "'/'", "+", "sites_file", "geo_in", "=", "open", "(", "sites_file", ",", "'r'", ")", ".", "readlines", "(", ")", "Age", ",", "AgeErr", ",", "Vadm", ",", "VadmErr", ",", "slats", ",", "slons", "=", "[", "]", ",", "[", "]", ",", "[", "]", ",", "[", "]", ",", "[", "]", ",", "[", "]", "for", "line", "in", "geo_in", "[", "2", ":", "]", ":", "# skip top two rows`", "rec", "=", "line", ".", "split", "(", ")", "if", "float", "(", "rec", "[", "0", "]", ")", ">", "Age_bounds", "[", "0", "]", "and", "float", "(", "rec", "[", "0", "]", ")", "<", "Age_bounds", "[", "1", "]", "and", "float", "(", "rec", "[", "12", "]", ")", ">", "Lat_bounds", "[", "0", "]", "and", "float", "(", "rec", "[", "12", "]", ")", "<", "Lat_bounds", "[", "1", "]", "and", "float", "(", "rec", "[", "13", "]", ")", ">", "Lon_bounds", "[", "0", "]", "and", "float", "(", "rec", "[", "13", "]", ")", "<", "Lon_bounds", "[", "1", "]", ":", "Age", ".", "append", "(", "float", "(", "rec", "[", "0", "]", ")", ")", "AgeErr", ".", "append", "(", "float", "(", "rec", "[", "1", "]", ")", ")", "Vadm", ".", "append", "(", "10.", "*", "float", "(", "rec", "[", "6", "]", ")", ")", "VadmErr", ".", "append", "(", "10.", "*", "float", "(", "rec", "[", "7", "]", ")", ")", "slats", ".", "append", "(", "float", "(", "rec", "[", "12", "]", ")", ")", "slons", ".", "append", "(", "float", "(", "rec", "[", "13", "]", ")", ")", "FIGS", "=", "{", "'map'", ":", "1", ",", "'vadms'", ":", "2", "}", "pmagplotlib", ".", "plot_init", "(", "FIGS", "[", "'map'", "]", ",", "6", ",", "6", ")", "pmagplotlib", ".", "plot_init", "(", "FIGS", "[", "'vadms'", "]", ",", "6", ",", "6", ")", "Opts", "=", "{", "'res'", ":", "res", ",", "'proj'", ":", "proj", ",", "'loc_name'", ":", "locs", ",", "'padlon'", ":", "padlon", ",", "'padlat'", ":", "padlat", ",", "'latmin'", ":", "numpy", ".", "min", "(", "slats", ")", "-", "padlat", ",", "'latmax'", ":", "numpy", ".", "max", "(", "slats", ")", "+", "padlat", ",", "'lonmin'", ":", "numpy", ".", "min", "(", "slons", ")", "-", "padlon", ",", "'lonmax'", ":", "numpy", ".", "max", "(", "slons", ")", "+", "padlon", ",", "'sym'", ":", "'ro'", ",", "'boundinglat'", ":", "0.", ",", "'pltgrid'", ":", "1", "}", "Opts", "[", "'lon_0'", "]", "=", "int", "(", "0.5", "*", "(", "numpy", ".", "min", "(", "slons", ")", "+", "numpy", ".", "max", "(", "slons", ")", ")", ")", "Opts", "[", "'lat_0'", "]", "=", "int", "(", "0.5", "*", "(", "numpy", ".", "min", "(", "slats", ")", "+", "numpy", ".", "max", "(", "slats", ")", ")", ")", "Opts", "[", "'gridspace'", "]", "=", "gridspace", "if", "details", "==", "1", ":", "Opts", "[", "'details'", "]", "=", "{", "'coasts'", ":", "1", ",", "'rivers'", ":", "0", ",", "'states'", ":", "1", ",", "'countries'", ":", "1", ",", "'ocean'", ":", "1", "}", "else", ":", "Opts", "[", "'details'", "]", "=", "{", "'coasts'", ":", "1", ",", "'rivers'", ":", "0", ",", "'states'", ":", "0", ",", "'countries'", ":", "0", ",", "'ocean'", ":", "1", "}", "Opts", "[", "'details'", "]", "[", "'fancy'", "]", "=", "fancy", "pmagplotlib", ".", "plot_map", "(", "FIGS", "[", "'map'", "]", ",", "slats", ",", "slons", ",", "Opts", ")", "pmagplotlib", ".", "plot_xy", "(", "FIGS", "[", "'vadms'", "]", ",", "Age", ",", "Vadm", ",", "sym", "=", "'bo'", ",", "xlab", "=", "'Age (Years CE)'", ",", "ylab", "=", "r'VADM (ZAm$^2$)'", ")", "if", "verbose", ":", "pmagplotlib", ".", "draw_figs", "(", "FIGS", ")", "files", "=", "{", "}", "for", "key", "in", "list", "(", "FIGS", ".", "keys", "(", ")", ")", ":", "files", "[", "key", "]", "=", "key", "+", "'.'", "+", "fmt", "if", "pmagplotlib", ".", "isServer", ":", "black", "=", "'#000000'", "purple", "=", "'#800080'", "titles", "=", "{", "}", "titles", "[", "'map'", "]", "=", "'Map'", "titles", "[", "'vadms'", "]", "=", "'VADMs'", "FIG", "=", "pmagplotlib", ".", "add_borders", "(", "FIGS", ",", "titles", ",", "black", ",", "purple", ")", "pmagplotlib", ".", "save_plots", "(", "FIGS", ",", "files", ")", "elif", "verbose", ":", "ans", "=", "input", "(", "\" S[a]ve to save plot, Return to quit: \"", ")", "if", "ans", "==", "\"a\"", ":", "pmagplotlib", ".", "save_plots", "(", "FIGS", ",", "files", ")", "else", ":", "pmagplotlib", ".", "save_plots", "(", "FIGS", ",", "files", ")" ]

[ "NAME", "plot_geomagia", ".", "py" ]

[ "def", "soft_hard", "(", "self", ",", "value", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "value", ",", "RangeCheckType", ")", ":", "raise", "AttributeError", "(", "\"%s soft_hard invalid in RangeCheck.\"", "%", "(", "value", ",", ")", ")", "self", ".", "_soft_hard", "=", "value" ]

[ "sets", "the", "Soft", "or", "Hard", "range", "setting", "(", "with", "validation", "of", "input", ")" ]

[ "def", "save_institute", "(", "self", ",", "institute", ")", ":", "name", "=", "institute", ".", "name", "logger", ".", "debug", "(", "\"save_institute '%s'\"", "%", "name", ")", "# institute created", "# institute updated", "if", "institute", ".", "is_active", ":", "# date_deleted is not set, user should exist", "logger", ".", "debug", "(", "\"institute is active\"", ")", "self", ".", "_call", "(", "[", "\"goldsh\"", ",", "\"Organization\"", ",", "\"Create\"", ",", "\"Name=%s\"", "%", "name", "]", ",", "ignore_errors", "=", "[", "185", "]", ")", "else", ":", "# date_deleted is not set, user should not exist", "logger", ".", "debug", "(", "\"institute is not active\"", ")", "# delete MAM organisation if institute marked as deleted", "self", ".", "_call", "(", "[", "\"goldsh\"", ",", "\"Organization\"", ",", "\"Delete\"", ",", "\"Name==%s\"", "%", "name", "]", ")", "logger", ".", "debug", "(", "\"returning\"", ")", "return" ]

[ "Called", "when", "institute", "is", "created", "/", "updated", "." ]

[ "def", "absolute_charindex", "(", "self", ",", "string", ",", "start", ",", "end", ")", ":", "search", "=", "string", "[", "start", ":", "end", "]", "abs_start", "=", "self", ".", "refstring", ".", "index", "(", "search", ")", "return", "abs_start", ",", "(", "end", "-", "start", ")", "+", "abs_start" ]

[ "Finds", "the", "absolute", "character", "index", "of", "the", "specified", "regex", "match", "start", "and", "end", "indices", "in", "the", "*", "buffer", "*", "refstring", "." ]

[ "def", "legs", "(", "self", ",", "legs", ")", ":", "if", "legs", "is", "not", "None", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "legs", ",", "list", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Invalid type for asset legs: %s\"", "%", "type", "(", "legs", ")", ".", "__name__", ")", "if", "not", "all", "(", "[", "isinstance", "(", "leg", ",", "dict", ")", "for", "leg", "in", "legs", "]", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"All asset legs must be dictionaries\"", ")", "self", ".", "_legs", "=", "legs" ]

[ "A", "list", "of", "dictionaries", "of", "the", "legs", "that", "make", "up", "the", "multi", "-", "legged", "asset", ".", "Format", "is", "{", "asset_id", ":", "XYZ", "quantity", ":", "ABC_Decimal", "}", ":", "param", "legs", ":", ":", "return", ":" ]

[ "def", "create", "(", "cls", ",", "zone_id", ",", "record", ")", ":", "cls", ".", "echo", "(", "'Creating new zone version'", ")", "new_version_id", "=", "Zone", ".", "new", "(", "zone_id", ")", "cls", ".", "echo", "(", "'Updating zone version'", ")", "cls", ".", "add", "(", "zone_id", ",", "new_version_id", ",", "record", ")", "cls", ".", "echo", "(", "'Activation of new zone version'", ")", "Zone", ".", "set", "(", "zone_id", ",", "new_version_id", ")", "return", "new_version_id" ]

[ "Create", "a", "new", "zone", "version", "for", "record", "." ]

[ "def", "import_file", "(", "self", ",", "file_obj", ",", "folder", ")", ":", "try", ":", "iext", "=", "os", ".", "path", ".", "splitext", "(", "file_obj", ".", "name", ")", "[", "1", "]", ".", "lower", "(", ")", "except", ":", "# noqa", "iext", "=", "''", "if", "iext", "in", "[", "'.jpg'", ",", "'.jpeg'", ",", "'.png'", ",", "'.gif'", "]", ":", "obj", ",", "created", "=", "Image", ".", "objects", ".", "get_or_create", "(", "original_filename", "=", "file_obj", ".", "name", ",", "file", "=", "file_obj", ",", "folder", "=", "folder", ",", "is_public", "=", "FILER_IS_PUBLIC_DEFAULT", ")", "if", "created", ":", "self", ".", "image_created", "+=", "1", "else", ":", "obj", ",", "created", "=", "File", ".", "objects", ".", "get_or_create", "(", "original_filename", "=", "file_obj", ".", "name", ",", "file", "=", "file_obj", ",", "folder", "=", "folder", ",", "is_public", "=", "FILER_IS_PUBLIC_DEFAULT", ")", "if", "created", ":", "self", ".", "file_created", "+=", "1", "if", "self", ".", "verbosity", ">=", "2", ":", "print", "(", "\"file_created #%s / image_created #%s -- file : %s -- created : %s\"", "%", "(", "self", ".", "file_created", ",", "self", ".", "image_created", ",", "obj", ",", "created", ")", ")", "return", "obj" ]

[ "Create", "a", "File", "or", "an", "Image", "into", "the", "given", "folder" ]

[ "def", "augment_reading_list", "(", "self", ",", "primary_query", ",", "augment_query", "=", "None", ",", "reverse_negate", "=", "False", ")", ":", "primary_query", "=", "self", ".", "validate_query", "(", "primary_query", ")", "augment_query", "=", "self", ".", "get_validated_augment_query", "(", "augment_query", "=", "augment_query", ")", "try", ":", "# We use this for cases like recent where queries are vague.", "if", "reverse_negate", ":", "primary_query", "=", "primary_query", ".", "filter", "(", "NegateQueryFilter", "(", "augment_query", ")", ")", "else", ":", "augment_query", "=", "augment_query", ".", "filter", "(", "NegateQueryFilter", "(", "primary_query", ")", ")", "augment_query", "=", "randomize_es", "(", "augment_query", ")", "return", "FirstSlotSlicer", "(", "primary_query", ",", "augment_query", ")", "except", "TransportError", ":", "return", "primary_query" ]

[ "Apply", "injected", "logic", "for", "slicing", "reading", "lists", "with", "additional", "content", "." ]

[ "def", "do_for", "(", "parser", ",", "token", ")", ":", "code", "=", "ast", ".", "parse", "(", "'for %s: pass'", "%", "token", ",", "mode", "=", "'exec'", ")", "# Grab the ast.For node", "loop", "=", "code", ".", "body", "[", "0", "]", "# Wrap its source iterable", "loop", ".", "iter", "=", "visitor", ".", "visit", "(", "loop", ".", "iter", ")", "# Get the body of the loop", "body", ",", "end", "=", "parser", ".", "parse_nodes_until", "(", "'endfor'", ",", "'empty'", ")", "# Build a list of target variable names", "if", "isinstance", "(", "loop", ".", "target", ",", "ast", ".", "Tuple", ")", ":", "targets", "=", "[", "elt", ".", "id", "for", "elt", "in", "loop", ".", "target", ".", "elts", "]", "else", ":", "targets", "=", "[", "loop", ".", "target", ".", "id", "]", "kwargs", "=", "[", "ast", ".", "keyword", "(", "arg", "=", "elt", ",", "value", "=", "_a", ".", "Name", "(", "elt", ")", ")", "for", "elt", "in", "targets", "]", "# Insert our update call at the start of the loop body", "body", ".", "insert", "(", "0", ",", "ast", ".", "Expr", "(", "value", "=", "_a", ".", "Call", "(", "_a", ".", "Attribute", "(", "_a", ".", "Name", "(", "'context'", ")", ",", "'update'", ")", ",", "keywords", "=", "kwargs", ")", ")", ")", "loop", ".", "body", "=", "body", "node", "=", "_create_with_scope", "(", "[", "loop", "]", ",", "[", "]", ")", "if", "end", "==", "'empty'", ":", "# Now we wrap our for block in:", "# if loop.iter:", "# else:", "empty", ",", "_", "=", "parser", ".", "parse_nodes_until", "(", "'endfor'", ")", "node", "=", "ast", ".", "If", "(", "test", "=", "loop", ".", "iter", ",", "body", "=", "[", "node", "]", ",", "orelse", "=", "empty", ")", "return", "node" ]

[ "{", "%", "for", "a", "b", "c", "in", "iterable", "%", "}" ]

[ "def", "from_size", "(", "value", ")", ":", "match_size", "=", "re_zfs_size", ".", "match", "(", "str", "(", "value", ")", ")", "if", "match_size", ":", "v_unit", "=", "match_size", ".", "group", "(", "2", ")", ".", "upper", "(", ")", "[", "0", "]", "v_size", "=", "float", "(", "match_size", ".", "group", "(", "1", ")", ")", "v_multiplier", "=", "math", ".", "pow", "(", "1024", ",", "zfs_size", ".", "index", "(", "v_unit", ")", "+", "1", ")", "value", "=", "v_size", "*", "v_multiplier", "if", "int", "(", "value", ")", "==", "value", ":", "value", "=", "int", "(", "value", ")", "elif", "value", "is", "not", "None", ":", "value", "=", "str", "(", "value", ")", "return", "from_numeric", "(", "value", ")" ]

[ "Convert", "zfs", "size", "(", "human", "readble", ")", "to", "python", "int", "(", "bytes", ")" ]

[ "def", "segment", "(", "f", ",", "output", ",", "target_duration", ",", "mpegts", ")", ":", "try", ":", "target_duration", "=", "int", "(", "target_duration", ")", "except", "ValueError", ":", "exit", "(", "'Error: Invalid target duration.'", ")", "try", ":", "mpegts", "=", "int", "(", "mpegts", ")", "except", "ValueError", ":", "exit", "(", "'Error: Invalid MPEGTS value.'", ")", "WebVTTSegmenter", "(", ")", ".", "segment", "(", "f", ",", "output", ",", "target_duration", ",", "mpegts", ")" ]

[ "Segment", "command", "." ]

[ "def", "linspace_pix", "(", "self", ",", "start", "=", "None", ",", "stop", "=", "None", ",", "pixel_step", "=", "1", ",", "y_vs_x", "=", "False", ")", ":", "return", "CCDLine", ".", "linspace_pix", "(", "self", ",", "start", "=", "start", ",", "stop", "=", "stop", ",", "pixel_step", "=", "pixel_step", ",", "y_vs_x", "=", "y_vs_x", ")" ]

[ "Return", "x", "y", "values", "evaluated", "with", "a", "given", "pixel", "step", "." ]

[ "def", "_merge_tools", "(", "self", ",", "subplot", ")", ":", "if", "self", ".", "batched", "and", "'hover'", "in", "subplot", ".", "handles", ":", "self", ".", "handles", "[", "'hover'", "]", "=", "subplot", ".", "handles", "[", "'hover'", "]", "elif", "'hover'", "in", "subplot", ".", "handles", "and", "'hover_tools'", "in", "self", ".", "handles", ":", "hover", "=", "subplot", ".", "handles", "[", "'hover'", "]", "# Datetime formatter may have been applied, remove _dt_strings", "# to match on the hover tooltips, then merge tool renderers", "if", "hover", ".", "tooltips", "and", "not", "isinstance", "(", "hover", ".", "tooltips", ",", "util", ".", "basestring", ")", ":", "tooltips", "=", "tuple", "(", "(", "name", ",", "spec", ".", "replace", "(", "'_dt_strings'", ",", "''", ")", ")", "for", "name", ",", "spec", "in", "hover", ".", "tooltips", ")", "else", ":", "tooltips", "=", "(", ")", "tool", "=", "self", ".", "handles", "[", "'hover_tools'", "]", ".", "get", "(", "tooltips", ")", "if", "tool", ":", "tool_renderers", "=", "[", "]", "if", "tool", ".", "renderers", "==", "'auto'", "else", "tool", ".", "renderers", "hover_renderers", "=", "[", "]", "if", "hover", ".", "renderers", "==", "'auto'", "else", "hover", ".", "renderers", "renderers", "=", "tool_renderers", "+", "hover_renderers", "tool", ".", "renderers", "=", "list", "(", "util", ".", "unique_iterator", "(", "renderers", ")", ")", "if", "'hover'", "not", "in", "self", ".", "handles", ":", "self", ".", "handles", "[", "'hover'", "]", "=", "tool" ]

[ "Merges", "tools", "on", "the", "overlay", "with", "those", "on", "the", "subplots", "." ]

[ "def", "image", "(", "name", ",", "data", ",", "step", "=", "None", ",", "max_outputs", "=", "3", ",", "description", "=", "None", ")", ":", "summary_metadata", "=", "metadata", ".", "create_summary_metadata", "(", "display_name", "=", "None", ",", "description", "=", "description", ")", "# TODO(https://github.com/tensorflow/tensorboard/issues/2109): remove fallback", "summary_scope", "=", "(", "getattr", "(", "tf", ".", "summary", ".", "experimental", ",", "'summary_scope'", ",", "None", ")", "or", "tf", ".", "summary", ".", "summary_scope", ")", "with", "summary_scope", "(", "name", ",", "'image_summary'", ",", "values", "=", "[", "data", ",", "max_outputs", ",", "step", "]", ")", "as", "(", "tag", ",", "_", ")", ":", "tf", ".", "debugging", ".", "assert_rank", "(", "data", ",", "4", ")", "tf", ".", "debugging", ".", "assert_non_negative", "(", "max_outputs", ")", "images", "=", "tf", ".", "image", ".", "convert_image_dtype", "(", "data", ",", "tf", ".", "uint8", ",", "saturate", "=", "True", ")", "limited_images", "=", "images", "[", ":", "max_outputs", "]", "encoded_images", "=", "tf", ".", "map_fn", "(", "tf", ".", "image", ".", "encode_png", ",", "limited_images", ",", "dtype", "=", "tf", ".", "string", ",", "name", "=", "'encode_each_image'", ")", "# Workaround for map_fn returning float dtype for an empty elems input.", "encoded_images", "=", "tf", ".", "cond", "(", "tf", ".", "shape", "(", "input", "=", "encoded_images", ")", "[", "0", "]", ">", "0", ",", "lambda", ":", "encoded_images", ",", "lambda", ":", "tf", ".", "constant", "(", "[", "]", ",", "tf", ".", "string", ")", ")", "image_shape", "=", "tf", ".", "shape", "(", "input", "=", "images", ")", "dimensions", "=", "tf", ".", "stack", "(", "[", "tf", ".", "as_string", "(", "image_shape", "[", "2", "]", ",", "name", "=", "'width'", ")", ",", "tf", ".", "as_string", "(", "image_shape", "[", "1", "]", ",", "name", "=", "'height'", ")", "]", ",", "name", "=", "'dimensions'", ")", "tensor", "=", "tf", ".", "concat", "(", "[", "dimensions", ",", "encoded_images", "]", ",", "axis", "=", "0", ")", "return", "tf", ".", "summary", ".", "write", "(", "tag", "=", "tag", ",", "tensor", "=", "tensor", ",", "step", "=", "step", ",", "metadata", "=", "summary_metadata", ")" ]

[ "Write", "an", "image", "summary", "." ]

[ "def", "arp_access_list_permit_permit_list_host_ip", "(", "self", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "config", "=", "ET", ".", "Element", "(", "\"config\"", ")", "arp", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "config", ",", "\"arp\"", ",", "xmlns", "=", "\"urn:brocade.com:mgmt:brocade-dai\"", ")", "access_list", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "arp", ",", "\"access-list\"", ")", "acl_name_key", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "access_list", ",", "\"acl-name\"", ")", "acl_name_key", ".", "text", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'acl_name'", ")", "permit", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "access_list", ",", "\"permit\"", ")", "permit_list", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "permit", ",", "\"permit-list\"", ")", "ip_type_key", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "permit_list", ",", "\"ip-type\"", ")", "ip_type_key", ".", "text", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'ip_type'", ")", "mac_type_key", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "permit_list", ",", "\"mac-type\"", ")", "mac_type_key", ".", "text", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'mac_type'", ")", "host_mac_key", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "permit_list", ",", "\"host-mac\"", ")", "host_mac_key", ".", "text", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'host_mac'", ")", "host_ip", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "permit_list", ",", "\"host-ip\"", ")", "host_ip", ".", "text", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'host_ip'", ")", "callback", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'callback'", ",", "self", ".", "_callback", ")", "return", "callback", "(", "config", ")" ]

[ "Auto", "Generated", "Code" ]

[ "def", "from_file", "(", "cls", ",", "filename", ")", ":", "instance", "=", "cls", "(", ")", "with", "open", "(", "filename", ",", "\"rb\"", ")", "as", "file_stream", ":", "config_data", "=", "yaml", ".", "load", "(", "file_stream", ")", "instance", ".", "load", "(", "config_data", ")", "return", "instance" ]

[ "Reads", "configuration", "from", "given", "path", "to", "a", "file", "in", "local", "file", "system", "and", "returns", "parsed", "version", "of", "it", "." ]

[ "def", "_tool_from_string", "(", "name", ")", ":", "known_tools", "=", "sorted", "(", "_known_tools", ".", "keys", "(", ")", ")", "if", "name", "in", "known_tools", ":", "tool_fn", "=", "_known_tools", "[", "name", "]", "if", "isinstance", "(", "tool_fn", ",", "string_types", ")", ":", "tool_fn", "=", "_known_tools", "[", "tool_fn", "]", "return", "tool_fn", "(", ")", "else", ":", "matches", ",", "text", "=", "difflib", ".", "get_close_matches", "(", "name", ".", "lower", "(", ")", ",", "known_tools", ")", ",", "\"similar\"", "if", "not", "matches", ":", "matches", ",", "text", "=", "known_tools", ",", "\"possible\"", "raise", "ValueError", "(", "\"unexpected tool name '%s', %s tools are %s\"", "%", "(", "name", ",", "text", ",", "nice_join", "(", "matches", ")", ")", ")" ]

[ "Takes", "a", "string", "and", "returns", "a", "corresponding", "Tool", "instance", "." ]

[ "def", "_find_relation_factory", "(", "module", ")", ":", "if", "not", "module", ":", "return", "None", "# All the RelationFactory subclasses", "candidates", "=", "[", "o", "for", "o", "in", "(", "getattr", "(", "module", ",", "attr", ")", "for", "attr", "in", "dir", "(", "module", ")", ")", "if", "(", "o", "is", "not", "RelationFactory", "and", "o", "is", "not", "RelationBase", "and", "isclass", "(", "o", ")", "and", "issubclass", "(", "o", ",", "RelationFactory", ")", ")", "]", "# Filter out any factories that are superclasses of another factory", "# (none of the other factories subclass it). This usually makes", "# the explict check for RelationBase and RelationFactory unnecessary.", "candidates", "=", "[", "c1", "for", "c1", "in", "candidates", "if", "not", "any", "(", "issubclass", "(", "c2", ",", "c1", ")", "for", "c2", "in", "candidates", "if", "c1", "is", "not", "c2", ")", "]", "if", "not", "candidates", ":", "hookenv", ".", "log", "(", "'No RelationFactory found in {}'", ".", "format", "(", "module", ".", "__name__", ")", ",", "hookenv", ".", "WARNING", ")", "return", "None", "if", "len", "(", "candidates", ")", ">", "1", ":", "raise", "RuntimeError", "(", "'Too many RelationFactory found in {}'", "''", ".", "format", "(", "module", ".", "__name__", ")", ")", "return", "candidates", "[", "0", "]" ]

[ "Attempt", "to", "find", "a", "RelationFactory", "subclass", "in", "the", "module", "." ]

[ "def", "base64ToImage", "(", "imgData", ",", "out_path", ",", "out_file", ")", ":", "fh", "=", "open", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "out_path", ",", "out_file", ")", ",", "\"wb\"", ")", "fh", ".", "write", "(", "imgData", ".", "decode", "(", "'base64'", ")", ")", "fh", ".", "close", "(", ")", "del", "fh", "return", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "out_path", ",", "out_file", ")" ]

[ "converts", "a", "base64", "string", "to", "a", "file" ]

[ "def", "_add_new_state", "(", "self", ",", "*", "event", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "react_to_event", "(", "self", ".", "view", ",", "self", ".", "view", "[", "'state_machine_tree_view'", "]", ",", "event", ")", ":", "state_type", "=", "StateType", ".", "EXECUTION", "if", "'state_type'", "not", "in", "kwargs", "else", "kwargs", "[", "'state_type'", "]", "gui_helper_state_machine", ".", "add_new_state", "(", "self", ".", "_selected_sm_model", ",", "state_type", ")", "return", "True" ]

[ "Triggered", "when", "shortcut", "keys", "for", "adding", "a", "new", "state", "are", "pressed", "or", "Menu", "Bar", "Edit", "Add", "State", "is", "clicked", "." ]

[ "def", "set_frequency", "(", "self", ",", "host", ",", "sem", "=", "None", ",", "interval", "=", "None", ")", ":", "# single sem or global sem", "sem", "=", "sem", "or", "self", ".", "sem", "interval", "=", "self", ".", "interval", "if", "interval", "is", "None", "else", "interval", "frequency", "=", "Frequency", "(", "sem", ",", "interval", ",", "host", ")", "frequencies", "=", "{", "host", ":", "frequency", "}", "self", ".", "update_frequency", "(", "frequencies", ")", "return", "frequency" ]

[ "Set", "frequency", "for", "host", "with", "sem", "and", "interval", "." ]

[ "def", "simultaneous_nonlinear_leastsquares", "(", "xs", ",", "ys", ",", "dys", ",", "func", ",", "params_inits", ",", "verbose", "=", "False", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "p", ",", "dp", ",", "statdict", "=", "simultaneous_nlsq_fit", "(", "xs", ",", "ys", ",", "dys", ",", "func", ",", "params_inits", ",", "verbose", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "params", "=", "[", "[", "ErrorValue", "(", "p_", ",", "dp_", ")", "for", "(", "p_", ",", "dp_", ")", "in", "zip", "(", "pcurrent", ",", "dpcurrent", ")", "]", "for", "(", "pcurrent", ",", "dpcurrent", ")", "in", "zip", "(", "p", ",", "dp", ")", "]", "return", "tuple", "(", "params", "+", "[", "statdict", "]", ")" ]

[ "Do", "a", "simultaneous", "nonlinear", "least", "-", "squares", "fit", "and", "return", "the", "fitted", "parameters", "as", "instances", "of", "ErrorValue", "." ]

[ "def", "source", "(", "self", ")", ":", "full_src", "=", "self", ".", "_source", "[", "self", ".", "_slice", "]", "def", "is_empty_or_comment", "(", "line", ")", ":", "return", "line", ".", "strip", "(", ")", "==", "''", "or", "line", ".", "strip", "(", ")", ".", "startswith", "(", "'#'", ")", "filtered_src", "=", "dropwhile", "(", "is_empty_or_comment", ",", "reversed", "(", "full_src", ")", ")", "return", "''", ".", "join", "(", "reversed", "(", "list", "(", "filtered_src", ")", ")", ")" ]

[ "Return", "the", "source", "code", "for", "the", "definition", "." ]

[ "def", "encrypt_message_data", "(", "self", ",", "data", ")", ":", "data", "=", "struct", ".", "pack", "(", "'<qq'", ",", "self", ".", "salt", ",", "self", ".", "id", ")", "+", "data", "padding", "=", "os", ".", "urandom", "(", "-", "(", "len", "(", "data", ")", "+", "12", ")", "%", "16", "+", "12", ")", "# Being substr(what, offset, length); x = 0 for client", "# \"msg_key_large = SHA256(substr(auth_key, 88+x, 32) + pt + padding)\"", "msg_key_large", "=", "sha256", "(", "self", ".", "auth_key", ".", "key", "[", "88", ":", "88", "+", "32", "]", "+", "data", "+", "padding", ")", ".", "digest", "(", ")", "# \"msg_key = substr (msg_key_large, 8, 16)\"", "msg_key", "=", "msg_key_large", "[", "8", ":", "24", "]", "aes_key", ",", "aes_iv", "=", "self", ".", "_calc_key", "(", "self", ".", "auth_key", ".", "key", ",", "msg_key", ",", "True", ")", "key_id", "=", "struct", ".", "pack", "(", "'<Q'", ",", "self", ".", "auth_key", ".", "key_id", ")", "return", "(", "key_id", "+", "msg_key", "+", "AES", ".", "encrypt_ige", "(", "data", "+", "padding", ",", "aes_key", ",", "aes_iv", ")", ")" ]

[ "Encrypts", "the", "given", "message", "data", "using", "the", "current", "authorization", "key", "following", "MTProto", "2", ".", "0", "guidelines", "core", ".", "telegram", ".", "org", "/", "mtproto", "/", "description", "." ]

[ "def", "list_vrf", "(", "self", ",", "auth", ",", "spec", "=", "None", ")", ":", "if", "spec", "is", "None", ":", "spec", "=", "{", "}", "self", ".", "_logger", ".", "debug", "(", "\"list_vrf called; spec: %s\"", "%", "unicode", "(", "spec", ")", ")", "sql", "=", "\"SELECT * FROM ip_net_vrf\"", "params", "=", "list", "(", ")", "# no spec lists all VRFs", "if", "spec", "is", "not", "None", "and", "not", "{", "}", ":", "where", ",", "params", "=", "self", ".", "_expand_vrf_spec", "(", "spec", ")", "if", "len", "(", "params", ")", ">", "0", ":", "sql", "+=", "\" WHERE \"", "+", "where", "sql", "+=", "\" ORDER BY vrf_rt_order(rt) NULLS FIRST\"", "self", ".", "_execute", "(", "sql", ",", "params", ")", "res", "=", "list", "(", ")", "for", "row", "in", "self", ".", "_curs_pg", ":", "res", ".", "append", "(", "dict", "(", "row", ")", ")", "return", "res" ]

[ "Return", "a", "list", "of", "VRFs", "matching", "spec", "." ]

[ "def", "_rshift_arithmetic", "(", "self", ",", "shift_amount", ")", ":", "if", "self", ".", "is_empty", ":", "return", "self", "# If straddling the north pole, we'll have to split it into two, perform arithmetic right shift on them", "# individually, then union the result back together for better precision. Note that it's an improvement from", "# the original WrappedIntervals paper.", "nsplit", "=", "self", ".", "_nsplit", "(", ")", "if", "len", "(", "nsplit", ")", "==", "1", ":", "# preserve the highest bit :-)", "highest_bit_set", "=", "self", ".", "lower_bound", ">", "StridedInterval", ".", "signed_max_int", "(", "nsplit", "[", "0", "]", ".", "bits", ")", "l", "=", "self", ".", "lower_bound", ">>", "shift_amount", "u", "=", "self", ".", "upper_bound", ">>", "shift_amount", "stride", "=", "max", "(", "self", ".", "stride", ">>", "shift_amount", ",", "1", ")", "mask", "=", "(", "(", "2", "**", "shift_amount", "-", "1", ")", "<<", "(", "self", ".", "bits", "-", "shift_amount", ")", ")", "if", "highest_bit_set", ":", "l", "=", "l", "|", "mask", "u", "=", "u", "|", "mask", "if", "l", "==", "u", ":", "stride", "=", "0", "return", "StridedInterval", "(", "bits", "=", "self", ".", "bits", ",", "lower_bound", "=", "l", ",", "upper_bound", "=", "u", ",", "stride", "=", "stride", ",", "uninitialized", "=", "self", ".", "uninitialized", ")", "else", ":", "a", "=", "nsplit", "[", "0", "]", ".", "_rshift_arithmetic", "(", "shift_amount", ")", "b", "=", "nsplit", "[", "1", "]", ".", "_rshift_arithmetic", "(", "shift_amount", ")", "return", "a", ".", "union", "(", "b", ")" ]

[ "Arithmetic", "shift", "right", "with", "a", "concrete", "shift", "amount" ]

[ "def", "calc", "(", "self", ",", "maxiter", "=", "100", ",", "fixedprec", "=", "1e9", ")", ":", "source_data_holder", "=", "[", "]", "N", "=", "self", ".", "targets", ".", "shape", "[", "0", "]", "K", "=", "self", ".", "origins", ".", "shape", "[", "0", "]", "# dict of labels for each target node", "M", ",", "demand", "=", "self", ".", "_get_demand_graph", "(", ")", "max_dist_trip", "=", "400", "# kilometers", "cost_holder", "=", "[", "]", "itercnt", "=", "0", "while", "True", ":", "itercnt", "+=", "1", "logging", ".", "info", "(", "f'Iter count: {itercnt}'", ")", "# Setup the graph", "g", "=", "nx", ".", "DiGraph", "(", ")", "self", ".", "targets", "=", "self", ".", "targets", ".", "sort_values", "(", "'labels'", ")", ".", "reset_index", "(", "drop", "=", "True", ")", "# Supply of 1 (i.e. demand = -1) means that it can only be connected to one node", "g", ".", "add_nodes_from", "(", "self", ".", "targets", "[", "'target_id'", "]", ",", "demand", "=", "-", "1", ")", "# points", "for", "idx", "in", "self", ".", "nearest_targets", ".", "origin_id", ":", "g", ".", "add_node", "(", "int", "(", "idx", ")", ",", "demand", "=", "demand", "[", "idx", "]", ")", "### Create the cluster centers calculate a distance cost", "cost_dist", "=", "dist_vect", "(", "np", ".", "tile", "(", "self", ".", "targets", "[", "'lng'", "]", ".", "values", ",", "K", ")", ",", "np", ".", "tile", "(", "self", ".", "targets", "[", "'lat'", "]", ".", "values", ",", "K", ")", ",", "np", ".", "repeat", "(", "self", ".", "origins", "[", "'lng'", "]", ".", "values", ",", "N", ")", ",", "np", ".", "repeat", "(", "self", ".", "origins", "[", "'lat'", "]", ".", "values", ",", "N", ")", ")", "[", ":", ",", "np", ".", "newaxis", "]", ".", "T", "scaler_dist", "=", "MinMaxScaler", "(", ")", "cost_dist_trans", "=", "scaler_dist", ".", "fit_transform", "(", "cost_dist", ".", "T", ")", ".", "T", "# Penalty for distances too large", "cost_dist_trans", "[", "cost_dist", ">", "max_dist_trip", "]", "=", "10", "# Create the in-cluster sales and calculate the total volume of sales generated", "# TODO: rename this to something more generic, like cluster_demanded", "cluster_sales", "=", "self", ".", "targets", ".", "groupby", "(", "'labels'", ")", ".", "sum", "(", ")", "[", "self", ".", "demand_col", "]", "[", ":", ",", "np", ".", "newaxis", "]", "D", "=", "cluster_sales", ".", "shape", "[", "1", "]", "cost_sales", "=", "abs", "(", "np", ".", "array", "(", "[", "np", ".", "linalg", ".", "norm", "(", "np", ".", "repeat", "(", "cluster_sales", ",", "N", ")", "[", ":", ",", "np", ".", "newaxis", "]", "-", "np", ".", "tile", "(", "cluster_sales", ".", "mean", "(", ")", ",", "(", "K", "*", "N", ")", ")", "[", ":", ",", "np", ".", "newaxis", "]", ",", "axis", "=", "1", ")", "]", ")", ")", "scaler_sales", "=", "MinMaxScaler", "(", ")", "cost_sales", "=", "scaler_sales", ".", "fit_transform", "(", "cost_sales", ".", "T", ")", ".", "T", "# Total cost TO CHANGE??", "cost_total", "=", "cost_dist_trans", "+", "cost_sales", "cost_holder", ".", "append", "(", "sum", "(", "cost_total", "[", "0", "]", ")", ")", "# Create the edges of points to centers", "data_to_center_edges", "=", "np", ".", "concatenate", "(", "(", "np", ".", "tile", "(", "self", ".", "targets", "[", "'target_id'", "]", ",", "K", ")", ".", "T", "[", ":", ",", "np", ".", "newaxis", "]", ",", "np", ".", "array", "(", "[", "np", ".", "tile", "(", "int", "(", "i", "+", "1", ")", ",", "self", ".", "targets", ".", "shape", "[", "0", "]", ")", "for", "i", "in", "range", "(", "K", ")", "]", ")", ".", "reshape", "(", "self", ".", "targets", ".", "shape", "[", "0", "]", "*", "K", ",", "1", ")", ",", "cost_total", ".", "T", "*", "1e5", ")", ",", "axis", "=", "1", ")", ".", "astype", "(", "np", ".", "uint64", ")", "# Add these edges to the graph", "g", ".", "add_weighted_edges_from", "(", "data_to_center_edges", ")", "# Add the extra balance node", "# To balance out the network, we create an extra node that is:", "# -(K*(-1)+sum(demand_per_node))", "a", "=", "99999", "g", ".", "add_node", "(", "a", ",", "demand", "=", "self", ".", "targets", ".", "shape", "[", "0", "]", "-", "np", ".", "sum", "(", "list", "(", "demand", ".", "values", "(", ")", ")", ")", ")", "C_to_a_edges", "=", "np", ".", "concatenate", "(", "(", "np", ".", "array", "(", "[", "int", "(", "i", "+", "1", ")", "for", "i", "in", "range", "(", "K", ")", "]", ")", ".", "T", "[", ":", ",", "np", ".", "newaxis", "]", ",", "np", ".", "tile", "(", "[", "[", "a", ",", "]", "]", ",", "K", ")", ".", "T", ")", ",", "axis", "=", "1", ")", "g", ".", "add_edges_from", "(", "C_to_a_edges", ")", "# Calculate the minimum flow cost", "f", "=", "nx", ".", "min_cost_flow", "(", "g", ")", "# Update the new labels", "M_new", "=", "{", "}", "p", "=", "{", "}", "for", "i", "in", "list", "(", "g", ".", "nodes", ")", "[", ":", "-", "1", "]", ":", "# Sorts all the items in the dictionary and picks the cluster", "# with label = 1", "p", "=", "sorted", "(", "f", "[", "i", "]", ".", "items", "(", ")", ",", "key", "=", "lambda", "x", ":", "x", "[", "1", "]", ")", "[", "-", "1", "]", "[", "0", "]", "M_new", "[", "i", "]", "=", "p", "# Update the new labels in the df", "self", ".", "targets", "[", "'labels'", "]", "=", "self", ".", "targets", ".", "apply", "(", "lambda", "x", ":", "M_new", "[", "x", "[", "'target_id'", "]", "]", ",", "axis", "=", "1", ")", "# Set the capacity for all edges", "# TO DO: Figure how/whether we need to properly set a capacity for the edges.", "C", "=", "50", "nx", ".", "set_edge_attributes", "(", "g", ",", "C", ",", "'capacity'", ")", "# Test whether we can stop", "# stop condition", "if", "np", ".", "all", "(", "M_new", "==", "M", ")", ":", "print", "(", "\"All same\"", ")", "self", ".", "results", "=", "{", "'dict_graph'", ":", "M", ",", "'min_cost_flow'", ":", "f", ",", "'nxgraph'", ":", "g", ",", "'model_labels'", ":", "self", ".", "targets", ",", "'costs'", ":", "cost_holder", "}", "return", "True", "M", "=", "M_new", "source_data_holder", ".", "append", "(", "self", ".", "targets", "[", "'labels'", "]", ".", "values", ")", "if", "maxiter", "is", "not", "None", "and", "itercnt", ">=", "maxiter", ":", "# Max iterations reached", "self", ".", "results", "=", "{", "'dict_graph'", ":", "M", ",", "'min_cost_flow'", ":", "f", ",", "'nxgraph'", ":", "g", ",", "'model_labels'", ":", "self", ".", "targets", ",", "'costs'", ":", "cost_holder", "}", "return", "True" ]

[ "Min", "Cost", "Flow" ]

[ "def", "reserve_ids", "(", "self", ",", "resource", ",", "num_ids", ")", ":", "return", "self", ".", "service", ".", "reserve_ids", "(", "resource", ",", "num_ids", ",", "self", ".", "url_prefix", ",", "self", ".", "auth", ",", "self", ".", "session", ",", "self", ".", "session_send_opts", ")" ]

[ "Reserve", "a", "block", "of", "unique", "sequential", "ids", "for", "annotations", "." ]

[ "def", "signature", "(", "self", ",", "node", ",", "frame", ",", "extra_kwargs", "=", "None", ")", ":", "# if any of the given keyword arguments is a python keyword", "# we have to make sure that no invalid call is created.", "kwarg_workaround", "=", "False", "for", "kwarg", "in", "chain", "(", "(", "x", ".", "key", "for", "x", "in", "node", ".", "kwargs", ")", ",", "extra_kwargs", "or", "(", ")", ")", ":", "if", "is_python_keyword", "(", "kwarg", ")", ":", "kwarg_workaround", "=", "True", "break", "for", "arg", "in", "node", ".", "args", ":", "self", ".", "write", "(", "', '", ")", "self", ".", "visit", "(", "arg", ",", "frame", ")", "if", "not", "kwarg_workaround", ":", "for", "kwarg", "in", "node", ".", "kwargs", ":", "self", ".", "write", "(", "', '", ")", "self", ".", "visit", "(", "kwarg", ",", "frame", ")", "if", "extra_kwargs", "is", "not", "None", ":", "for", "key", ",", "value", "in", "iteritems", "(", "extra_kwargs", ")", ":", "self", ".", "write", "(", "', %s=%s'", "%", "(", "key", ",", "value", ")", ")", "if", "node", ".", "dyn_args", ":", "self", ".", "write", "(", "', *'", ")", "self", ".", "visit", "(", "node", ".", "dyn_args", ",", "frame", ")", "if", "kwarg_workaround", ":", "if", "node", ".", "dyn_kwargs", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "write", "(", "', **dict({'", ")", "else", ":", "self", ".", "write", "(", "', **{'", ")", "for", "kwarg", "in", "node", ".", "kwargs", ":", "self", ".", "write", "(", "'%r: '", "%", "kwarg", ".", "key", ")", "self", ".", "visit", "(", "kwarg", ".", "value", ",", "frame", ")", "self", ".", "write", "(", "', '", ")", "if", "extra_kwargs", "is", "not", "None", ":", "for", "key", ",", "value", "in", "iteritems", "(", "extra_kwargs", ")", ":", "self", ".", "write", "(", "'%r: %s, '", "%", "(", "key", ",", "value", ")", ")", "if", "node", ".", "dyn_kwargs", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "write", "(", "'}, **'", ")", "self", ".", "visit", "(", "node", ".", "dyn_kwargs", ",", "frame", ")", "self", ".", "write", "(", "')'", ")", "else", ":", "self", ".", "write", "(", "'}'", ")", "elif", "node", ".", "dyn_kwargs", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "write", "(", "', **'", ")", "self", ".", "visit", "(", "node", ".", "dyn_kwargs", ",", "frame", ")" ]

[ "Writes", "a", "function", "call", "to", "the", "stream", "for", "the", "current", "node", ".", "A", "leading", "comma", "is", "added", "automatically", ".", "The", "extra", "keyword", "arguments", "may", "not", "include", "python", "keywords", "otherwise", "a", "syntax", "error", "could", "occour", ".", "The", "extra", "keyword", "arguments", "should", "be", "given", "as", "python", "dict", "." ]

[ "def", "add_object", "(", "self", ",", "title", ",", "node", ")", ":", "assert", "node", "not", "in", "self", ".", "_nodes", "ent", "=", "DiagramEntity", "(", "title", ",", "node", ")", "self", ".", "_nodes", "[", "node", "]", "=", "ent", "self", ".", "objects", ".", "append", "(", "ent", ")" ]

[ "create", "a", "diagram", "object" ]

[ "def", "getvec", "(", "gh", ",", "lat", ",", "lon", ")", ":", "sv", "=", "[", "]", "pad", "=", "120", "-", "len", "(", "gh", ")", "for", "x", "in", "range", "(", "pad", ")", ":", "gh", ".", "append", "(", "0.", ")", "for", "x", "in", "range", "(", "len", "(", "gh", ")", ")", ":", "sv", ".", "append", "(", "0.", ")", "#! convert to colatitude for MB routine", "itype", "=", "1", "colat", "=", "90.", "-", "lat", "date", ",", "alt", "=", "2000.", ",", "0.", "# use a dummy date and altitude", "x", ",", "y", ",", "z", ",", "f", "=", "magsyn", "(", "gh", ",", "sv", ",", "date", ",", "date", ",", "itype", ",", "alt", ",", "colat", ",", "lon", ")", "vec", "=", "cart2dir", "(", "[", "x", ",", "y", ",", "z", "]", ")", "vec", "[", "2", "]", "=", "f", "return", "vec" ]

[ "Evaluates", "the", "vector", "at", "a", "given", "latitude", "and", "longitude", "for", "a", "specified", "set", "of", "coefficients" ]

[ "def", "lisp", "(", "self", ",", "foldername", "=", "\"INBOX\"", ",", "reverse", "=", "False", ",", "since", "=", "None", ",", "stream", "=", "sys", ".", "stdout", ")", ":", "def", "fromval", "(", "hdr", ")", ":", "if", "hdr", ":", "return", "parseaddr", "(", "hdr", ")", "for", "folder", ",", "mk", ",", "m", "in", "self", ".", "_list", "(", "foldername", ",", "reverse", ",", "since", ")", ":", "try", ":", "print", "(", "json", ".", "dumps", "(", "{", "'folder'", ":", "folder", ".", "folder", "or", "foldername", "or", "\"INBOX\"", ",", "'key'", ":", "\"%s%s%s\"", "%", "(", "folder", ".", "folder", "or", "foldername", "or", "\"INBOX\"", ",", "SEPERATOR", ",", "mk", ")", ",", "'date'", ":", "str", "(", "m", ".", "date", ")", ",", "\"flags\"", ":", "m", ".", "get_flags", "(", ")", ",", "'from'", ":", "fromval", "(", "m", ".", "get_from", "(", ")", ")", ",", "'subject'", ":", "re", ".", "sub", "(", "\"\\n|\\'|\\\"\"", ",", "_escape", ",", "m", ".", "get_subject", "(", ")", "or", "\"\"", ")", "}", ")", ",", "file", "=", "stream", ")", "except", "IOError", "as", "e", ":", "if", "e", ".", "errno", "==", "errno", ".", "EPIPE", ":", "# Broken pipe we can ignore", "return", "self", ".", "logger", ".", "exception", "(", "\"whoops!\"", ")", "except", "Exception", "as", "e", ":", "self", ".", "logger", ".", "exception", "(", "\"whoops!\"", ")" ]

[ "Do", "JSON", "list", "of", "the", "folder", "to", "the", "stream", "." ]

[ "def", "clean", "(", "self", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "for", "key", "in", "list", "(", "self", ".", "store", ".", "keys", "(", ")", ")", ":", "self", ".", "unset", "(", "key", ")" ]

[ "Clean", "all", "loaded", "values", "to", "reload", "when", "switching", "envs" ]

[ "def", "list_descriptors", "(", "self", ")", ":", "paths", "=", "self", ".", "_props", ".", "Get", "(", "_CHARACTERISTIC_INTERFACE", ",", "'Descriptors'", ")", "return", "map", "(", "BluezGattDescriptor", ",", "get_provider", "(", ")", ".", "_get_objects_by_path", "(", "paths", ")", ")" ]

[ "Return", "list", "of", "GATT", "descriptors", "that", "have", "been", "discovered", "for", "this", "characteristic", "." ]

[ "def", "_fix_path", "(", ")", ":", "import", "os", "import", "sys", "all_paths", "=", "os", ".", "environ", ".", "get", "(", "'PYTHONPATH'", ")", ".", "split", "(", "os", ".", "pathsep", ")", "for", "path_dir", "in", "all_paths", ":", "dev_appserver_path", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "path_dir", ",", "'dev_appserver.py'", ")", "if", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "dev_appserver_path", ")", ":", "logging", ".", "debug", "(", "'Found appengine SDK on path!'", ")", "google_appengine", "=", "os", ".", "path", ".", "dirname", "(", "os", ".", "path", ".", "realpath", "(", "dev_appserver_path", ")", ")", "sys", ".", "path", ".", "append", "(", "google_appengine", ")", "# Use the next import will fix up sys.path even further to bring in", "# any dependent lib directories that the SDK needs.", "dev_appserver", "=", "__import__", "(", "'dev_appserver'", ")", "sys", ".", "path", ".", "extend", "(", "dev_appserver", ".", "EXTRA_PATHS", ")", "return" ]

[ "Finds", "the", "google_appengine", "directory", "and", "fixes", "Python", "imports", "to", "use", "it", "." ]

[ "def", "tocimxml", "(", "self", ",", "ignore_path", "=", "False", ")", ":", "# The items in the self.properties dictionary are required to be", "# CIMProperty objects and that is ensured when initializing a", "# CIMInstance object and when setting the entire self.properties", "# attribute. However, even though the items in the dictionary are", "# required to be CIMProperty objects, the user technically can set", "# them to anything.", "# Before pywbem 0.12, the dictionary items were converted to", "# CIMProperty objects. This was only done for properties of", "# CIMinstance, but not for any other CIM object attribute.", "# In pywbem 0.12, this conversion was removed because it worked only", "# for bool and string types anyway. Because that conversion had been", "# implemented, we still check that the items are CIMProperty objects.", "for", "key", ",", "value", "in", "self", ".", "properties", ".", "items", "(", ")", ":", "try", ":", "assert", "isinstance", "(", "value", ",", "CIMProperty", ")", "except", "AssertionError", ":", "raise", "TypeError", "(", "_format", "(", "\"Property {0!A} has invalid type: {1} (must be \"", "\"CIMProperty)\"", ",", "key", ",", "builtin_type", "(", "value", ")", ")", ")", "instance_xml", "=", "cim_xml", ".", "INSTANCE", "(", "self", ".", "classname", ",", "properties", "=", "[", "p", ".", "tocimxml", "(", ")", "for", "p", "in", "self", ".", "properties", ".", "values", "(", ")", "]", ",", "qualifiers", "=", "[", "q", ".", "tocimxml", "(", ")", "for", "q", "in", "self", ".", "qualifiers", ".", "values", "(", ")", "]", ")", "if", "self", ".", "path", "is", "None", "or", "ignore_path", ":", "return", "instance_xml", "if", "self", ".", "path", ".", "namespace", "is", "None", ":", "return", "cim_xml", ".", "VALUE_NAMEDINSTANCE", "(", "self", ".", "path", ".", "tocimxml", "(", ")", ",", "instance_xml", ")", "if", "self", ".", "path", ".", "host", "is", "None", ":", "return", "cim_xml", ".", "VALUE_OBJECTWITHLOCALPATH", "(", "self", ".", "path", ".", "tocimxml", "(", ")", ",", "instance_xml", ")", "return", "cim_xml", ".", "VALUE_INSTANCEWITHPATH", "(", "self", ".", "path", ".", "tocimxml", "(", ")", ",", "instance_xml", ")" ]

[ "Return", "the", "CIM", "-", "XML", "representation", "of", "this", "CIM", "instance", "as", "an", "object", "of", "an", "appropriate", "subclass", "of", ":", "term", ":", "Element", "." ]

[ "def", "_tokenize", "(", "sentence", ")", ":", "_tokens", "=", "nltk", ".", "word_tokenize", "(", "sentence", ")", "tokens", "=", "[", "stemmer", ".", "stem", "(", "tk", ")", "for", "tk", "in", "_tokens", "]", "return", "tokens" ]

[ "Tokenizer", "and", "Stemmer" ]

[ "def", "setup", "(", "app", ":", "web", ".", "Application", ",", "*", ",", "defaults", ":", "Mapping", "[", "str", ",", "Union", "[", "ResourceOptions", ",", "Mapping", "[", "str", ",", "Any", "]", "]", "]", "=", "None", ")", "->", "CorsConfig", ":", "cors", "=", "CorsConfig", "(", "app", ",", "defaults", "=", "defaults", ")", "app", "[", "APP_CONFIG_KEY", "]", "=", "cors", "return", "cors" ]

[ "Setup", "CORS", "processing", "for", "the", "application", "." ]

[ "def", "drawChessboard", "(", "self", ",", "img", "=", "None", ")", ":", "assert", "self", ".", "findCount", ">", "0", ",", "'cannot draw chessboard if nothing found'", "if", "img", "is", "None", ":", "img", "=", "self", ".", "img", "elif", "isinstance", "(", "img", ",", "bool", ")", "and", "not", "img", ":", "img", "=", "np", ".", "zeros", "(", "shape", "=", "(", "self", ".", "img", ".", "shape", ")", ",", "dtype", "=", "self", ".", "img", ".", "dtype", ")", "else", ":", "img", "=", "imread", "(", "img", ",", "dtype", "=", "'uint8'", ")", "gray", "=", "False", "if", "img", ".", "ndim", "==", "2", ":", "gray", "=", "True", "# need a color 8 bit image\r", "img", "=", "cv2", ".", "cvtColor", "(", "img", ",", "cv2", ".", "COLOR_GRAY2BGR", ")", "# Draw and display the corners\r", "cv2", ".", "drawChessboardCorners", "(", "img", ",", "self", ".", "opts", "[", "'size'", "]", ",", "self", ".", "opts", "[", "'imgPoints'", "]", "[", "-", "1", "]", ",", "self", ".", "opts", "[", "'foundPattern'", "]", "[", "-", "1", "]", ")", "if", "gray", ":", "img", "=", "cv2", ".", "cvtColor", "(", "img", ",", "cv2", ".", "COLOR_BGR2GRAY", ")", "return", "img" ]

[ "draw", "a", "grid", "fitting", "to", "the", "last", "added", "image", "on", "this", "one", "or", "an", "extra", "image", "img", "==", "None", "==", "False", "-", ">", "draw", "chessbord", "on", "empty", "image", "==", "img" ]

[ "def", "attach_template", "(", "self", ",", "_template", ",", "_key", ",", "*", "*", "unbound_var_values", ")", ":", "if", "_key", "in", "unbound_var_values", ":", "raise", "ValueError", "(", "'%s specified twice.'", "%", "_key", ")", "unbound_var_values", "[", "_key", "]", "=", "self", "return", "_template", ".", "as_layer", "(", ")", ".", "construct", "(", "*", "*", "unbound_var_values", ")" ]

[ "Attaches", "the", "template", "to", "this", "such", "that", "_key", "=", "this", "layer", "." ]

[ "def", "add_override", "(", "self", ",", "partname", ",", "content_type", ")", ":", "return", "self", ".", "_add_override", "(", "partName", "=", "partname", ",", "contentType", "=", "content_type", ")" ]

[ "Add", "a", "child", "<Override", ">", "element", "with", "attributes", "set", "to", "parameter", "values", "." ]

[ "def", "_getPFilename", "(", "self", ",", "native", ",", "prompt", ")", ":", "return", "self", ".", "get", "(", "native", "=", "native", ",", "prompt", "=", "prompt", ")" ]

[ "Get", "p_filename", "field", "for", "this", "parameter" ]

[ "def", "get_vaults", "(", "self", ")", ":", "# Implemented from kitosid template for -", "# osid.resource.BinLookupSession.get_bins_template", "catalogs", "=", "self", ".", "_get_provider_session", "(", "'vault_lookup_session'", ")", ".", "get_vaults", "(", ")", "cat_list", "=", "[", "]", "for", "cat", "in", "catalogs", ":", "cat_list", ".", "append", "(", "Vault", "(", "self", ".", "_provider_manager", ",", "cat", ",", "self", ".", "_runtime", ",", "self", ".", "_proxy", ")", ")", "return", "VaultList", "(", "cat_list", ")" ]

[ "Pass", "through", "to", "provider", "VaultLookupSession", ".", "get_vaults" ]

[ "def", "create_welcome_client", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "tabwidget", ".", "count", "(", ")", "==", "0", ":", "welcome", "=", "open", "(", "WELCOME", ")", ".", "read", "(", ")", "client", "=", "NotebookClient", "(", "self", ",", "WELCOME", ",", "ini_message", "=", "welcome", ")", "self", ".", "add_tab", "(", "client", ")", "return", "client" ]

[ "Create", "a", "welcome", "client", "with", "some", "instructions", "." ]

[ "def", "create_archived_outbound", "(", "self", ",", "date", ",", "filename", ")", ":", "with", "open", "(", "filename", ",", "\"rb\"", ")", "as", "f", ":", "f", "=", "File", "(", "f", ")", "ArchivedOutbounds", ".", "objects", ".", "create", "(", "date", "=", "date", ",", "archive", "=", "f", ")" ]

[ "Creates", "the", "required", "ArchivedOutbound", "entry", "with", "the", "file", "specified", "at", "filename" ]

[ "def", "safe_nested_val", "(", "key_tuple", ",", "dict_obj", ",", "default_value", "=", "None", ")", ":", "try", ":", "return", "get_nested_val", "(", "key_tuple", ",", "dict_obj", ")", "except", "(", "KeyError", ",", "IndexError", ",", "TypeError", ")", ":", "return", "default_value" ]

[ "Return", "a", "value", "from", "nested", "dicts", "by", "the", "order", "of", "the", "given", "keys", "tuple", "." ]

[ "def", "POST_AUTH", "(", "self", ",", "courseid", ")", ":", "# pylint: disable=arguments-differ", "course", ",", "__", "=", "self", ".", "get_course_and_check_rights", "(", "courseid", ",", "allow_all_staff", "=", "False", ")", "errors", "=", "[", "]", "course_content", "=", "{", "}", "try", ":", "data", "=", "web", ".", "input", "(", ")", "course_content", "=", "self", ".", "course_factory", ".", "get_course_descriptor_content", "(", "courseid", ")", "course_content", "[", "'name'", "]", "=", "data", "[", "'name'", "]", "if", "course_content", "[", "'name'", "]", "==", "\"\"", ":", "errors", ".", "append", "(", "_", "(", "'Invalid name'", ")", ")", "course_content", "[", "'description'", "]", "=", "data", "[", "'description'", "]", "course_content", "[", "'admins'", "]", "=", "list", "(", "map", "(", "str", ".", "strip", ",", "data", "[", "'admins'", "]", ".", "split", "(", "','", ")", ")", ")", "if", "not", "self", ".", "user_manager", ".", "user_is_superadmin", "(", ")", "and", "self", ".", "user_manager", ".", "session_username", "(", ")", "not", "in", "course_content", "[", "'admins'", "]", ":", "errors", ".", "append", "(", "_", "(", "'You cannot remove yourself from the administrators of this course'", ")", ")", "course_content", "[", "'tutors'", "]", "=", "list", "(", "map", "(", "str", ".", "strip", ",", "data", "[", "'tutors'", "]", ".", "split", "(", "','", ")", ")", ")", "if", "len", "(", "course_content", "[", "'tutors'", "]", ")", "==", "1", "and", "course_content", "[", "'tutors'", "]", "[", "0", "]", ".", "strip", "(", ")", "==", "\"\"", ":", "course_content", "[", "'tutors'", "]", "=", "[", "]", "course_content", "[", "'groups_student_choice'", "]", "=", "True", "if", "data", "[", "\"groups_student_choice\"", "]", "==", "\"true\"", "else", "False", "if", "course_content", ".", "get", "(", "'use_classrooms'", ",", "True", ")", "!=", "(", "data", "[", "'use_classrooms'", "]", "==", "\"true\"", ")", ":", "self", ".", "database", ".", "aggregations", ".", "delete_many", "(", "{", "\"courseid\"", ":", "course", ".", "get_id", "(", ")", "}", ")", "course_content", "[", "'use_classrooms'", "]", "=", "True", "if", "data", "[", "\"use_classrooms\"", "]", "==", "\"true\"", "else", "False", "if", "data", "[", "\"accessible\"", "]", "==", "\"custom\"", ":", "course_content", "[", "'accessible'", "]", "=", "\"{}/{}\"", ".", "format", "(", "data", "[", "\"accessible_start\"", "]", ",", "data", "[", "\"accessible_end\"", "]", ")", "elif", "data", "[", "\"accessible\"", "]", "==", "\"true\"", ":", "course_content", "[", "'accessible'", "]", "=", "True", "else", ":", "course_content", "[", "'accessible'", "]", "=", "False", "try", ":", "AccessibleTime", "(", "course_content", "[", "'accessible'", "]", ")", "except", ":", "errors", ".", "append", "(", "_", "(", "'Invalid accessibility dates'", ")", ")", "course_content", "[", "'allow_unregister'", "]", "=", "True", "if", "data", "[", "\"allow_unregister\"", "]", "==", "\"true\"", "else", "False", "course_content", "[", "'allow_preview'", "]", "=", "True", "if", "data", "[", "\"allow_preview\"", "]", "==", "\"true\"", "else", "False", "if", "data", "[", "\"registration\"", "]", "==", "\"custom\"", ":", "course_content", "[", "'registration'", "]", "=", "\"{}/{}\"", ".", "format", "(", "data", "[", "\"registration_start\"", "]", ",", "data", "[", "\"registration_end\"", "]", ")", "elif", "data", "[", "\"registration\"", "]", "==", "\"true\"", ":", "course_content", "[", "'registration'", "]", "=", "True", "else", ":", "course_content", "[", "'registration'", "]", "=", "False", "try", ":", "AccessibleTime", "(", "course_content", "[", "'registration'", "]", ")", "except", ":", "errors", ".", "append", "(", "_", "(", "'Invalid registration dates'", ")", ")", "course_content", "[", "'registration_password'", "]", "=", "data", "[", "'registration_password'", "]", "if", "course_content", "[", "'registration_password'", "]", "==", "\"\"", ":", "course_content", "[", "'registration_password'", "]", "=", "None", "course_content", "[", "'registration_ac'", "]", "=", "data", "[", "'registration_ac'", "]", "if", "course_content", "[", "'registration_ac'", "]", "not", "in", "[", "\"None\"", ",", "\"username\"", ",", "\"binding\"", ",", "\"email\"", "]", ":", "errors", ".", "append", "(", "_", "(", "'Invalid ACL value'", ")", ")", "if", "course_content", "[", "'registration_ac'", "]", "==", "\"None\"", ":", "course_content", "[", "'registration_ac'", "]", "=", "None", "course_content", "[", "'registration_ac_list'", "]", "=", "data", "[", "'registration_ac_list'", "]", ".", "splitlines", "(", ")", "course_content", "[", "'is_lti'", "]", "=", "'lti'", "in", "data", "and", "data", "[", "'lti'", "]", "==", "\"true\"", "course_content", "[", "'lti_keys'", "]", "=", "dict", "(", "[", "x", ".", "split", "(", "\":\"", ")", "for", "x", "in", "data", "[", "'lti_keys'", "]", ".", "splitlines", "(", ")", "if", "x", "]", ")", "for", "lti_key", "in", "course_content", "[", "'lti_keys'", "]", ".", "keys", "(", ")", ":", "if", "not", "re", ".", "match", "(", "\"^[a-zA-Z0-9]*$\"", ",", "lti_key", ")", ":", "errors", ".", "append", "(", "_", "(", "\"LTI keys must be alphanumerical.\"", ")", ")", "course_content", "[", "'lti_send_back_grade'", "]", "=", "'lti_send_back_grade'", "in", "data", "and", "data", "[", "'lti_send_back_grade'", "]", "==", "\"true\"", "except", ":", "errors", ".", "append", "(", "_", "(", "'User returned an invalid form.'", ")", ")", "if", "len", "(", "errors", ")", "==", "0", ":", "self", ".", "course_factory", ".", "update_course_descriptor_content", "(", "courseid", ",", "course_content", ")", "errors", "=", "None", "course", ",", "__", "=", "self", ".", "get_course_and_check_rights", "(", "courseid", ",", "allow_all_staff", "=", "False", ")", "# don't forget to reload the modified course", "return", "self", ".", "page", "(", "course", ",", "errors", ",", "errors", "is", "None", ")" ]

[ "POST", "request" ]

[ "def", "get_number_of_particles", "(", ")", ":", "with", "open", "(", "'dynac.short'", ")", "as", "f", ":", "data_str", "=", "''", ".", "join", "(", "line", "for", "line", "in", "f", ".", "readlines", "(", ")", ")", "num_of_parts", "=", "int", "(", "data_str", ".", "split", "(", "'Simulation with'", ")", "[", "1", "]", ".", "strip", "(", ")", ".", "split", "(", ")", "[", "0", "]", ")", "return", "num_of_parts" ]

[ "Queries", "the", "dynac", ".", "short", "file", "for", "the", "number", "of", "particles", "used", "in", "the", "simulation", "." ]

[ "def", "escape_quotes", "(", "self", ",", "val", ")", ":", "if", "self", ".", "is_string", "(", "val", ")", "and", "self", ".", "_in_quotes", "(", "val", ",", "self", ".", "quote", ")", ":", "# make sure any previously escaped quotes are not re-escaped", "middle", "=", "self", ".", "remove_quotes", "(", "val", ")", ".", "replace", "(", "\"\\\\\"", "+", "self", ".", "quote", ",", "self", ".", "quote", ")", "middle", "=", "middle", ".", "replace", "(", "self", ".", "quote", ",", "\"\\\\\"", "+", "self", ".", "quote", ")", "val", "=", "self", ".", "add_quotes", "(", "middle", ")", "return", "val" ]

[ "Escape", "any", "quotes", "in", "a", "value" ]

[ "def", "message_with_placeholders", "(", "message", ")", ":", "new_message", "=", "message", ".", "copy", "(", ")", "for", "attr", "in", "PLACEHOLDER_FORMAT", ".", "keys", "(", ")", ":", "if", "message", ".", "get", "(", "attr", ")", "is", "not", "None", ":", "content", "=", "message", "[", "attr", "]", "placeholder", "=", "PLACEHOLDER_FORMAT", "[", "attr", "]", ".", "format", "(", "length", "=", "len", "(", "content", ")", ")", "new_message", "[", "attr", "]", "=", "placeholder", "return", "new_message" ]

[ "Return", "an", "ASGI", "message", "with", "any", "body", "-", "type", "content", "omitted", "and", "replaced", "with", "a", "placeholder", "." ]

[ "def", "append", "(", "self", ",", "item", ")", ":", "if", "item", "in", "self", ":", "self", ".", "items", "[", "item", "[", "0", "]", "]", ".", "append", "(", "item", "[", "1", "]", ")", "else", ":", "self", ".", "items", "[", "item", "[", "0", "]", "]", "=", "[", "item", "[", "1", "]", "]" ]

[ "Append", "an", "item", "to", "the", "score", "set", "." ]

[ "def", "geo2d", "(", "self", ",", "name", ",", "min", "=", "None", ",", "max", "=", "None", ")", ":", "self", ".", "components", ".", "append", "(", "(", "name", ",", "GEO2D", ")", ")", "self", ".", "__min", "=", "min", "self", ".", "__max", "=", "max", "return", "self" ]

[ "Create", "a", "2d", "index", ".", "See", ":", "http", ":", "//", "www", ".", "mongodb", ".", "org", "/", "display", "/", "DOCS", "/", "Geospatial", "+", "Indexing" ]

[ "def", "_send_long", "(", "self", ",", "value", ")", ":", "# Coerce to int. This will throw a ValueError if the value can't ", "# actually be converted.", "if", "type", "(", "value", ")", "!=", "int", ":", "new_value", "=", "int", "(", "value", ")", "if", "self", ".", "give_warnings", ":", "w", "=", "\"Coercing {} into int ({})\"", ".", "format", "(", "value", ",", "new_value", ")", "warnings", ".", "warn", "(", "w", ",", "Warning", ")", "value", "=", "new_value", "# Range check", "if", "value", ">", "self", ".", "board", ".", "long_max", "or", "value", "<", "self", ".", "board", ".", "long_min", ":", "err", "=", "\"Value {} exceeds the size of the board's long.\"", ".", "format", "(", "value", ")", "raise", "OverflowError", "(", "err", ")", "return", "struct", ".", "pack", "(", "self", ".", "board", ".", "long_type", ",", "value", ")" ]

[ "Convert", "a", "numerical", "value", "into", "an", "integer", "then", "to", "a", "bytes", "object", ".", "Check", "bounds", "for", "signed", "long", "." ]

[ "def", "__ms_npenalty_fcn", "(", "self", ",", "axis", ",", "mask", ",", "orig_shape", ")", ":", "maskz", "=", "zoom_to_shape", "(", "mask", ",", "orig_shape", ")", "maskz_new", "=", "np", ".", "zeros", "(", "orig_shape", ",", "dtype", "=", "np", ".", "int16", ")", "maskz_new", "[", "maskz", "==", "0", "]", "=", "self", ".", "_msgc_npenalty_table", "[", "0", ",", "axis", "]", "maskz_new", "[", "maskz", "==", "1", "]", "=", "self", ".", "_msgc_npenalty_table", "[", "1", ",", "axis", "]", "# import sed3", "# ed = sed3.sed3(maskz_new)", "# import ipdb; ipdb.set_trace() # noqa BREAKPOINT", "return", "maskz_new" ]

[ ":", "param", "axis", ":", "direction", "of", "edge", ":", "param", "mask", ":", "3d", "ndarray", "with", "ones", "where", "is", "fine", "resolution" ]

[ "def", "liste_parametres", "(", "self", ",", "parametre", "=", "None", ")", ":", "condition", "=", "\"\"", "if", "parametre", ":", "condition", "=", "\"WHERE CCHIM='%s'\"", "%", "parametre", "_sql", "=", "\"\"\"SELECT CCHIM AS PARAMETRE,\n NCON AS LIBELLE,\n NOPOL AS CODE\n FROM NOM_MESURE %s ORDER BY CCHIM\"\"\"", "%", "condition", "return", "psql", ".", "read_sql", "(", "_sql", ",", "self", ".", "conn", ")" ]

[ "Liste", "des", "paramètres" ]

[ "def", "describeSObjects", "(", "self", ",", "sObjectTypes", ")", ":", "self", ".", "_setHeaders", "(", "'describeSObjects'", ")", "return", "self", ".", "_handleResultTyping", "(", "self", ".", "_sforce", ".", "service", ".", "describeSObjects", "(", "sObjectTypes", ")", ")" ]

[ "An", "array", "-", "based", "version", "of", "describeSObject", ";", "describes", "metadata", "(", "field", "list", "and", "object", "properties", ")", "for", "the", "specified", "object", "or", "array", "of", "objects", "." ]