Datasets:

---

kejian

/

codesearchnet-python-raw

like 1

[ "def", "get_int", "(", "errmsg", ",", "arg", ",", "default", "=", "1", ",", "cmdname", "=", "None", ")", ":", "if", "arg", ":", "try", ":", "# eval() is used so we will allow arithmetic expressions,", "# variables etc.", "default", "=", "int", "(", "eval", "(", "arg", ")", ")", "except", "(", "SyntaxError", ",", "NameError", ",", "ValueError", ")", ":", "if", "cmdname", ":", "errmsg", "(", "\"Command '%s' expects an integer; got: %s.\"", "%", "(", "cmdname", ",", "str", "(", "arg", ")", ")", ")", "else", ":", "errmsg", "(", "'Expecting an integer, got: %s.'", "%", "str", "(", "arg", ")", ")", "pass", "raise", "ValueError", "return", "default" ]

[ "If", "arg", "is", "an", "int", "use", "that", "otherwise", "take", "default", "." ]

[ "def", "download_if_not_exists", "(", "url", ":", "str", ",", "filename", ":", "str", ",", "skip_cert_verify", ":", "bool", "=", "True", ",", "mkdir", ":", "bool", "=", "True", ")", "->", "None", ":", "if", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "filename", ")", ":", "log", ".", "info", "(", "\"No need to download, already have: {}\"", ",", "filename", ")", "return", "if", "mkdir", ":", "directory", ",", "basename", "=", "os", ".", "path", ".", "split", "(", "os", ".", "path", ".", "abspath", "(", "filename", ")", ")", "mkdir_p", "(", "directory", ")", "download", "(", "url", "=", "url", ",", "filename", "=", "filename", ",", "skip_cert_verify", "=", "skip_cert_verify", ")" ]

[ "Downloads", "a", "URL", "to", "a", "file", "unless", "the", "file", "already", "exists", "." ]

[ "def", "main", "(", "argv", ")", ":", "argparser", "=", "argparse", ".", "ArgumentParser", "(", ")", "argparser", ".", "add_argument", "(", "\"gecko\"", ",", "help", "=", "\"/B2G/gecko/dom/webidl\"", ")", "args", "=", "argparser", ".", "parse_args", "(", "argv", "[", "1", ":", "]", ")", "files", "=", "[", "\"gecko/dom/webidl/\"", "+", "f", "for", "f", "in", "listdir", "(", "args", ".", "gecko", ")", "if", "isfile", "(", "join", "(", "args", ".", "gecko", ",", "f", ")", ")", "and", "f", ".", "endswith", "(", "\"webidl\"", ")", "]", "files", ".", "sort", "(", ")", "with", "open", "(", "'manifest_generated.json'", ",", "'w'", ")", "as", "merged", ":", "merged", ".", "write", "(", "'{\\n \"files\": [\\n'", ")", "merged", ".", "write", "(", "\" \\\"\"", "+", "\"\\\",\\n \\\"\"", ".", "join", "(", "files", ")", "+", "\"\\\"\\n\"", ")", "merged", ".", "write", "(", "' ],\\n \"untested\": [\\n ],\\n \"skipped\": [\\n ]\\n}\\n'", ")" ]

[ "This", "will", "generate", "you", "a", "manifest", "file", "and", "you", "need", "to", "modify", "it!", "There", "are", "three", "category", ":", "files", "untested", "skipped", ".", "You", "can", "reference", "current", "manifest", ".", "json", "." ]

[ "def", "send_message", "(", "self", ",", "room_id", ",", "text_content", ",", "msgtype", "=", "\"m.text\"", ",", "timestamp", "=", "None", ")", ":", "return", "self", ".", "send_message_event", "(", "room_id", ",", "\"m.room.message\"", ",", "self", ".", "get_text_body", "(", "text_content", ",", "msgtype", ")", ",", "timestamp", "=", "timestamp", ")" ]

[ "Perform", "PUT", "/", "rooms", "/", "$room_id", "/", "send", "/", "m", ".", "room", ".", "message" ]

[ "def", "_deltasummation", "(", "term", ",", "ranges", ",", "i_range", ")", ":", "from", "qnet", ".", "algebra", ".", "core", ".", "abstract_quantum_algebra", "import", "QuantumExpression", "idx", "=", "ranges", "[", "i_range", "]", ".", "index_symbol", "summands", "=", "_expand_delta", "(", "term", ",", "idx", ")", "if", "len", "(", "summands", ")", ">", "1", ":", "return", "[", "(", "summand", ",", "ranges", ")", "for", "summand", "in", "summands", "]", ",", "3", "else", ":", "delta", ",", "expr", "=", "_extract_delta", "(", "summands", "[", "0", "]", ",", "idx", ")", "if", "not", "delta", ":", "return", "[", "(", "term", ",", "ranges", ")", "]", ",", "2", "solns", "=", "sympy", ".", "solve", "(", "delta", ".", "args", "[", "0", "]", "-", "delta", ".", "args", "[", "1", "]", ",", "idx", ")", "assert", "len", "(", "solns", ")", ">", "0", "# I can't think of an example that might cause this", "# if len(solns) == 0:", "# return [(term._zero, [])], 4", "if", "len", "(", "solns", ")", "!=", "1", ":", "return", "[", "(", "term", ",", "ranges", ")", "]", ",", "2", "value", "=", "solns", "[", "0", "]", "new_term", "=", "expr", ".", "substitute", "(", "{", "idx", ":", "value", "}", ")", "if", "_RESOLVE_KRONECKER_WITH_PIECEWISE", ":", "new_term", "*=", "ranges", "[", "i_range", "]", ".", "piecewise_one", "(", "value", ")", "assert", "isinstance", "(", "new_term", ",", "QuantumExpression", ")", "return", "[", "(", "new_term", ",", "ranges", "[", ":", "i_range", "]", "+", "ranges", "[", "i_range", "+", "1", ":", "]", ")", "]", ",", "1" ]

[ "Partially", "execute", "a", "summation", "for", "term", "with", "a", "Kronecker", "Delta", "for", "one", "of", "the", "summation", "indices", "." ]

[ "def", "hookScreenshot", "(", "self", ",", "numTypes", ")", ":", "fn", "=", "self", ".", "function_table", ".", "hookScreenshot", "pSupportedTypes", "=", "EVRScreenshotType", "(", ")", "result", "=", "fn", "(", "byref", "(", "pSupportedTypes", ")", ",", "numTypes", ")", "return", "result", ",", "pSupportedTypes" ]

[ "Called", "by", "the", "running", "VR", "application", "to", "indicate", "that", "it", "wishes", "to", "be", "in", "charge", "of", "screenshots", ".", "If", "the", "application", "does", "not", "call", "this", "the", "Compositor", "will", "only", "support", "VRScreenshotType_Stereo", "screenshots", "that", "will", "be", "captured", "without", "notification", "to", "the", "running", "app", ".", "Once", "hooked", "your", "application", "will", "receive", "a", "VREvent_RequestScreenshot", "event", "when", "the", "user", "presses", "the", "buttons", "to", "take", "a", "screenshot", "." ]

[ "def", "get_base_cnv_regions", "(", "data", ",", "work_dir", ",", "genome_default", "=", "\"transcripts1e4\"", ",", "include_gene_names", "=", "True", ")", ":", "cov_interval", "=", "dd", ".", "get_coverage_interval", "(", "data", ")", "base_regions", "=", "get_sv_bed", "(", "data", ",", "include_gene_names", "=", "include_gene_names", ")", "# if we don't have a configured BED or regions to use for SV caling", "if", "not", "base_regions", ":", "# For genome calls, subset to regions near genes as targets", "if", "cov_interval", "==", "\"genome\"", ":", "base_regions", "=", "get_sv_bed", "(", "data", ",", "genome_default", ",", "work_dir", ",", "include_gene_names", "=", "include_gene_names", ")", "if", "base_regions", ":", "base_regions", "=", "remove_exclude_regions", "(", "base_regions", ",", "base_regions", ",", "[", "data", "]", ")", "# Finally, default to the defined variant regions", "if", "not", "base_regions", ":", "base_regions", "=", "dd", ".", "get_variant_regions", "(", "data", ")", "or", "dd", ".", "get_sample_callable", "(", "data", ")", "return", "bedutils", ".", "clean_file", "(", "base_regions", ",", "data", ")" ]

[ "Retrieve", "set", "of", "target", "regions", "for", "CNV", "analysis", "." ]

[ "def", "which", "(", "program", ",", "environ", "=", "None", ")", ":", "def", "is_exe", "(", "path", ")", ":", "\"\"\"\n Helper method to check if a file exists and is executable\n \"\"\"", "return", "isfile", "(", "path", ")", "and", "os", ".", "access", "(", "path", ",", "os", ".", "X_OK", ")", "if", "program", "is", "None", ":", "raise", "CommandException", "(", "\"Invalid program name passed\"", ")", "fpath", ",", "fname", "=", "split", "(", "program", ")", "if", "fpath", ":", "if", "is_exe", "(", "program", ")", ":", "return", "program", "else", ":", "if", "environ", "is", "None", ":", "environ", "=", "os", ".", "environ", "for", "path", "in", "environ", "[", "'PATH'", "]", ".", "split", "(", "os", ".", "pathsep", ")", ":", "exe_file", "=", "join", "(", "path", ",", "program", ")", "if", "is_exe", "(", "exe_file", ")", ":", "return", "exe_file", "raise", "CommandException", "(", "\"Could not find %s\"", "%", "program", ")" ]

[ "Find", "out", "if", "an", "executable", "exists", "in", "the", "supplied", "PATH", ".", "If", "so", "the", "absolute", "path", "to", "the", "executable", "is", "returned", ".", "If", "not", "an", "exception", "is", "raised", "." ]

[ "def", "materialize", "(", "typ", ",", "rel", "=", "None", ",", "origin", "=", "None", ",", "unique", "=", "None", ",", "links", "=", "None", ",", "inverse", "=", "False", ",", "split", "=", "None", ",", "attributes", "=", "None", ")", ":", "links", "=", "links", "or", "[", "]", "attributes", "=", "attributes", "or", "{", "}", "def", "_materialize", "(", "ctx", ")", ":", "'''\n Inserts at least two main links in the context's output_model, one or more for\n the relationship from the origin to the materialized resource, one for the\n type of the materialized resource, and links according to the links parameter\n\n :param ctx: Runtime Versa context used in processing (e.g. includes the prototype link)\n :return: None\n\n This function is intricate in its use and shifting of Versa context, but the\n intricacies are all designed to make the marcpatterns mini language more natural.\n '''", "#FIXME: Part of the datachef sorting out", "if", "not", "ctx", ".", "idgen", ":", "ctx", ".", "idgen", "=", "idgen", "_typ", "=", "typ", "(", "ctx", ")", "if", "callable", "(", "typ", ")", "else", "typ", "_rel", "=", "rel", "(", "ctx", ")", "if", "callable", "(", "rel", ")", "else", "rel", "_unique", "=", "unique", "(", "ctx", ")", "if", "callable", "(", "unique", ")", "else", "unique", "(", "o", ",", "r", ",", "t", ",", "a", ")", "=", "ctx", ".", "current_link", "#FIXME: On redesign implement split using function composition instead", "targets", "=", "[", "sub_t", ".", "strip", "(", ")", "for", "sub_t", "in", "t", ".", "split", "(", "split", ")", "]", "if", "split", "else", "[", "t", "]", "#Conversions to make sure we end up with a list of relationships out of it all", "if", "_rel", "is", "None", ":", "_rel", "=", "[", "r", "]", "rels", "=", "_rel", "if", "isinstance", "(", "_rel", ",", "list", ")", "else", "(", "[", "_rel", "]", "if", "_rel", "else", "[", "]", ")", "objids", "=", "[", "]", "#Botanical analogy", "#The stem is the relationship from the original to the materialized resource ", "#The veins are any further relationships from materialized resource ", "for", "target", "in", "targets", ":", "ctx_stem", "=", "ctx", ".", "copy", "(", "current_link", "=", "(", "o", ",", "r", ",", "target", ",", "a", ")", ")", "if", "origin", ":", "#Have been given enough info to derive the origin from context. Ignore origin in current link", "o", "=", "origin", "(", "ctx_stem", ")", "computed_unique", "=", "[", "]", "if", "_unique", "else", "None", "if", "_unique", ":", "# strip None values from computed unique list, including pairs where v is None", "for", "k", ",", "v", "in", "_unique", ":", "if", "None", "in", "(", "k", ",", "v", ")", ":", "continue", "v", "=", "v", "if", "isinstance", "(", "v", ",", "list", ")", "else", "[", "v", "]", "for", "subitem", "in", "v", ":", "subval", "=", "subitem", "(", "ctx", ")", "if", "callable", "(", "subitem", ")", "else", "subitem", "if", "subval", ":", "subval", "=", "subval", "if", "isinstance", "(", "subval", ",", "list", ")", "else", "[", "subval", "]", "computed_unique", ".", "extend", "(", "[", "(", "k", ",", "s", ")", "for", "s", "in", "subval", "]", ")", "objid", "=", "materialize_entity", "(", "ctx", ",", "_typ", ",", "unique", "=", "computed_unique", ")", "objids", ".", "append", "(", "objid", ")", "for", "curr_rel", "in", "rels", ":", "#e.g. scenario if passed in rel=ifexists(...)", "curr_rel", "=", "curr_rel", "(", "ctx", ")", "if", "callable", "(", "curr_rel", ")", "else", "curr_rel", "#FIXME: Fix this properly, by slugifying & making sure slugify handles all numeric case (prepend '_')", "curr_rel", "=", "'_'", "+", "curr_rel", "if", "curr_rel", ".", "isdigit", "(", ")", "else", "curr_rel", "if", "curr_rel", ":", "if", "inverse", ":", "ctx", ".", "output_model", ".", "add", "(", "I", "(", "objid", ")", ",", "I", "(", "iri", ".", "absolutize", "(", "curr_rel", ",", "ctx", ".", "base", ")", ")", ",", "I", "(", "o", ")", ",", "{", "}", ")", "else", ":", "ctx", ".", "output_model", ".", "add", "(", "I", "(", "o", ")", ",", "I", "(", "iri", ".", "absolutize", "(", "curr_rel", ",", "ctx", ".", "base", ")", ")", ",", "I", "(", "objid", ")", ",", "{", "}", ")", "#print((objid, ctx_.existing_ids))", "if", "objid", "not", "in", "ctx", ".", "existing_ids", ":", "if", "_typ", ":", "ctx", ".", "output_model", ".", "add", "(", "I", "(", "objid", ")", ",", "VTYPE_REL", ",", "I", "(", "iri", ".", "absolutize", "(", "_typ", ",", "ctx", ".", "base", ")", ")", ",", "{", "}", ")", "#FIXME: Should we be using Python Nones to mark blanks, or should Versa define some sort of null resource?", "#XXX: Note, links are only processed on new objects! This needs some thought", "for", "k", ",", "v", "in", "links", ":", "new_current_link", "=", "(", "I", "(", "objid", ")", ",", "k", ",", "ctx", ".", "current_link", "[", "TARGET", "]", ",", "ctx", ".", "current_link", "[", "ATTRIBUTES", "]", ")", "ctx_vein", "=", "ctx_stem", ".", "copy", "(", "current_link", "=", "new_current_link", ")", "k", "=", "k", "(", "ctx_vein", ")", "if", "callable", "(", "k", ")", "else", "k", "#If k is a list of contexts use it to dynamically execute functions", "if", "isinstance", "(", "k", ",", "list", ")", ":", "if", "k", "and", "isinstance", "(", "k", "[", "0", "]", ",", "context", ")", ":", "for", "newctx", "in", "k", ":", "#The function in question will generate any needed links in the output model", "v", "(", "newctx", ")", "continue", "#import traceback; traceback.print_stack() #For looking up the call stack e.g. to debug nested materialize", "#Check that the links key is not None, which is a signal not to", "#generate the item. For example if the key is an ifexists and the", "#test expression result is False, it will come back as None,", "#and we don't want to run the v function", "if", "k", ":", "v", "=", "v", "(", "ctx_vein", ")", "if", "callable", "(", "v", ")", "else", "v", "#If k or v come from pipeline functions as None it signals to skip generating anything else for this link item", "if", "v", "is", "not", "None", ":", "v", "=", "v", "(", "ctx_vein", ")", "if", "callable", "(", "v", ")", "else", "v", "#FIXME: Fix properly, by slugifying & making sure slugify handles all-numeric case", "if", "k", ".", "isdigit", "(", ")", ":", "k", "=", "'_'", "+", "k", "if", "isinstance", "(", "v", ",", "list", ")", ":", "for", "valitems", "in", "v", ":", "if", "valitems", ":", "ctx", ".", "output_model", ".", "add", "(", "I", "(", "objid", ")", ",", "I", "(", "iri", ".", "absolutize", "(", "k", ",", "ctx_vein", ".", "base", ")", ")", ",", "valitems", ",", "{", "}", ")", "else", ":", "ctx", ".", "output_model", ".", "add", "(", "I", "(", "objid", ")", ",", "I", "(", "iri", ".", "absolutize", "(", "k", ",", "ctx_vein", ".", "base", ")", ")", ",", "v", ",", "{", "}", ")", "ctx", ".", "existing_ids", ".", "add", "(", "objid", ")", "return", "objids", "return", "_materialize" ]

[ "Create", "a", "new", "resource", "related", "to", "the", "origin" ]

[ "def", "paint", "(", "self", ",", "painter", ",", "option", ",", "index", ")", ":", "component", "=", "index", ".", "model", "(", ")", ".", "data", "(", "index", ",", "role", "=", "QtCore", ".", "Qt", ".", "UserRole", ")", "painter", ".", "drawRect", "(", "option", ".", "rect", ")", "component", ".", "paint", "(", "painter", ",", "option", ".", "rect", ",", "option", ".", "palette", ")" ]

[ "Uses", "the", ":", "meth", ":", "paint<sparkle", ".", "gui", ".", "stim", ".", "components", ".", "qcomponents", ".", "QStimulusComponent", ".", "paint", ">", "method", "of", "the", "component", "it", "represents", "to", "fill", "in", "an", "appropriately", "sized", "rectange", ".", ":", "qtdoc", ":", "Re", "-", "implemented<QStyledItemDelegate", ".", "paint", ">" ]

[ "def", "set_hostname", "(", "hostname", ")", ":", "with", "salt", ".", "utils", ".", "winapi", ".", "Com", "(", ")", ":", "conn", "=", "wmi", ".", "WMI", "(", ")", "comp", "=", "conn", ".", "Win32_ComputerSystem", "(", ")", "[", "0", "]", "return", "comp", ".", "Rename", "(", "Name", "=", "hostname", ")" ]

[ "Set", "the", "hostname", "of", "the", "windows", "minion", "requires", "a", "restart", "before", "this", "will", "be", "updated", "." ]

[ "def", "flush", "(", "self", ")", ":", "for", "fp", "in", "self", ".", "files", ":", "fp", ".", "flush", "(", ")", "if", "isinstance", "(", "fp", ",", "int", ")", "or", "hasattr", "(", "fp", ",", "\"fileno\"", ")", ":", "try", ":", "os", ".", "fsync", "(", "fp", ")", "except", "OSError", ":", "pass" ]

[ "flushes", "all", "file", "contents", "to", "disc" ]

[ "def", "aggregate", "(", "l", ")", ":", "tree", "=", "radix", ".", "Radix", "(", ")", "for", "item", "in", "l", ":", "try", ":", "tree", ".", "add", "(", "item", ")", "except", "(", "ValueError", ")", "as", "err", ":", "raise", "Exception", "(", "\"ERROR: invalid IP prefix: {}\"", ".", "format", "(", "item", ")", ")", "return", "aggregate_tree", "(", "tree", ")", ".", "prefixes", "(", ")" ]

[ "Aggregate", "a", "list", "of", "prefixes", "." ]

[ "def", "ParseOptions", "(", "cls", ",", "options", ",", "configuration_object", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "configuration_object", ",", "tools", ".", "CLITool", ")", ":", "raise", "errors", ".", "BadConfigObject", "(", "'Configuration object is not an instance of CLITool'", ")", "preferred_year", "=", "cls", ".", "_ParseNumericOption", "(", "options", ",", "'preferred_year'", ")", "process_archives", "=", "getattr", "(", "options", ",", "'process_archives'", ",", "False", ")", "process_compressed_streams", "=", "getattr", "(", "options", ",", "'process_compressed_streams'", ",", "True", ")", "setattr", "(", "configuration_object", ",", "'_preferred_year'", ",", "preferred_year", ")", "setattr", "(", "configuration_object", ",", "'_process_archives'", ",", "process_archives", ")", "setattr", "(", "configuration_object", ",", "'_process_compressed_streams'", ",", "process_compressed_streams", ")" ]

[ "Parses", "and", "validates", "options", "." ]

[ "def", "_make_sj_out_panel", "(", "sj_outD", ",", "total_jxn_cov_cutoff", "=", "20", ")", ":", "# num_jxns = dict()", "# # set of all junctions", "# jxnS = reduce(lambda x,y: set(x) | set(y),", "# [ sj_outD[k].index for k in sj_outD.keys() ])", "# jxn_keepS = set()", "# jxn_setsD = dict()", "# for k in sj_outD.keys():", "# jxn_setsD[k] = frozenset(sj_outD[k].index)", "# for j in jxnS:", "# if sum([ sj_outD[k].ix[j,'unique_junction_reads'] for k in sj_outD.keys()", "# if j in jxn_setsD[k] ]) >= total_jxn_cov_cutoff:", "# jxn_keepS.add(j)", "# for k in sj_outD.keys():", "# sj_outD[k] = sj_outD[k].ix[jxn_keepS]", "sj_outP", "=", "pd", ".", "Panel", "(", "sj_outD", ")", "for", "col", "in", "[", "'unique_junction_reads'", ",", "'multimap_junction_reads'", ",", "'max_overhang'", "]", ":", "sj_outP", ".", "ix", "[", ":", ",", ":", ",", "col", "]", "=", "sj_outP", ".", "ix", "[", ":", ",", ":", ",", "col", "]", ".", "fillna", "(", "0", ")", "# Some dataframes will be missing information like intron_motif etc. for ", "# junctions that were not observed in that sample. The info is somewhere in", "# the panel though so we can get it.", "annotDF", "=", "reduce", "(", "pd", ".", "DataFrame", ".", "combine_first", ",", "[", "sj_outP", ".", "ix", "[", "item", ",", ":", ",", "ANNOTATION_COLS", "]", ".", "dropna", "(", ")", "for", "item", "in", "sj_outP", ".", "items", "]", ")", "annotDF", "[", "'start'", "]", "=", "annotDF", "[", "'start'", "]", ".", "astype", "(", "int", ")", "annotDF", "[", "'end'", "]", "=", "annotDF", "[", "'end'", "]", ".", "astype", "(", "int", ")", "annotDF", "[", "'annotated'", "]", "=", "annotDF", "[", "'annotated'", "]", ".", "astype", "(", "bool", ")", "# Sort annotation and panel", "annotDF", "=", "annotDF", ".", "sort_values", "(", "by", "=", "[", "'chrom'", ",", "'start'", ",", "'end'", "]", ")", "sj_outP", "=", "sj_outP", ".", "ix", "[", ":", ",", "annotDF", ".", "index", ",", ":", "]", "sj_outP", "=", "sj_outP", ".", "ix", "[", ":", ",", ":", ",", "COUNT_COLS", "]", ".", "astype", "(", "int", ")", "return", "sj_outP", ",", "annotDF" ]

[ "Filter", "junctions", "from", "many", "sj_out", "files", "and", "make", "panel", "." ]

[ "def", "get_function_spec", "(", "name", ")", ":", "if", "not", "hasattr", "(", "get_function_spec", ",", "'fndict'", ")", ":", "modelfile", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "'$FERMIPY_ROOT'", ",", "'data'", ",", "'models.yaml'", ")", "modelfile", "=", "os", ".", "path", ".", "expandvars", "(", "modelfile", ")", "get_function_spec", ".", "fndict", "=", "yaml", ".", "load", "(", "open", "(", "modelfile", ")", ")", "if", "not", "name", "in", "get_function_spec", ".", "fndict", ".", "keys", "(", ")", ":", "raise", "Exception", "(", "'Invalid Function Name: %s'", "%", "name", ")", "return", "get_function_spec", ".", "fndict", "[", "name", "]" ]

[ "Return", "a", "dictionary", "with", "the", "specification", "of", "a", "function", ":", "parameter", "names", "and", "defaults", "(", "value", "bounds", "scale", "etc", ".", ")", "." ]

[ "def", "faces_to_path", "(", "mesh", ",", "face_ids", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "face_ids", "is", "None", ":", "edges", "=", "mesh", ".", "edges_sorted", "else", ":", "# take advantage of edge ordering to index as single row", "edges", "=", "mesh", ".", "edges_sorted", ".", "reshape", "(", "(", "-", "1", ",", "6", ")", ")", "[", "face_ids", "]", ".", "reshape", "(", "(", "-", "1", ",", "2", ")", ")", "# an edge which occurs onely once is on the boundary", "unique_edges", "=", "grouping", ".", "group_rows", "(", "edges", ",", "require_count", "=", "1", ")", "# add edges and vertices to kwargs", "kwargs", ".", "update", "(", "edges_to_path", "(", "edges", "=", "edges", "[", "unique_edges", "]", ",", "vertices", "=", "mesh", ".", "vertices", ")", ")", "return", "kwargs" ]

[ "Given", "a", "mesh", "and", "face", "indices", "find", "the", "outline", "edges", "and", "turn", "them", "into", "a", "Path3D", "." ]

[ "def", "_configure", "(", "self", ",", "config", ")", ":", "config", "=", "config", "or", "dict", "(", ")", "# We really need this to be there.", "if", "'extensions'", "not", "in", "config", ":", "config", "[", "'extensions'", "]", "=", "list", "(", ")", "if", "not", "any", "(", "isinstance", "(", "ext", ",", "BaseExtension", ")", "for", "ext", "in", "config", "[", "'extensions'", "]", ")", ":", "# Always make sure the BaseExtension is present since request/response objects are handy.", "config", "[", "'extensions'", "]", ".", "insert", "(", "0", ",", "BaseExtension", "(", ")", ")", "if", "not", "any", "(", "isinstance", "(", "ext", ",", "arguments", ".", "ArgumentExtension", ")", "for", "ext", "in", "config", "[", "'extensions'", "]", ")", ":", "# Prepare a default set of argument mutators.", "config", "[", "'extensions'", "]", ".", "extend", "(", "[", "arguments", ".", "ValidateArgumentsExtension", "(", ")", ",", "arguments", ".", "ContextArgsExtension", "(", ")", ",", "arguments", ".", "RemainderArgsExtension", "(", ")", ",", "arguments", ".", "QueryStringArgsExtension", "(", ")", ",", "arguments", ".", "FormEncodedKwargsExtension", "(", ")", ",", "arguments", ".", "JSONKwargsExtension", "(", ")", ",", "]", ")", "config", "[", "'extensions'", "]", ".", "append", "(", "self", ")", "# Allow the application object itself to register callbacks.", "try", ":", "addLoggingLevel", "(", "'trace'", ",", "logging", ".", "DEBUG", "-", "5", ")", "except", "AttributeError", ":", "pass", "# Tests are skipped on these as we have no particular need to test Python's own logging mechanism.", "level", "=", "config", ".", "get", "(", "'logging'", ",", "{", "}", ")", ".", "get", "(", "'level'", ",", "None", ")", "if", "level", ":", "# pragma: no cover", "logging", ".", "basicConfig", "(", "level", "=", "getattr", "(", "logging", ",", "level", ".", "upper", "(", ")", ")", ")", "elif", "'logging'", "in", "config", ":", "# pragma: no cover", "logging", ".", "config", ".", "dictConfig", "(", "config", "[", "'logging'", "]", ")", "return", "config" ]

[ "Prepare", "the", "incoming", "configuration", "and", "ensure", "certain", "expected", "values", "are", "present", ".", "For", "example", "this", "ensures", "BaseExtension", "is", "included", "in", "the", "extension", "list", "and", "populates", "the", "logging", "config", "." ]

[ "def", "AddContract", "(", "self", ",", "contract", ")", ":", "if", "not", "contract", ".", "PublicKeyHash", ".", "ToBytes", "(", ")", "in", "self", ".", "_keys", ".", "keys", "(", ")", ":", "raise", "Exception", "(", "'Invalid operation - public key mismatch'", ")", "self", ".", "_contracts", "[", "contract", ".", "ScriptHash", ".", "ToBytes", "(", ")", "]", "=", "contract", "if", "contract", ".", "ScriptHash", "in", "self", ".", "_watch_only", ":", "self", ".", "_watch_only", ".", "remove", "(", "contract", ".", "ScriptHash", ")" ]

[ "Add", "a", "contract", "to", "the", "wallet", "." ]

[ "def", "delete_group", "(", "self", ",", "group_id", ")", ":", "route_values", "=", "{", "}", "if", "group_id", "is", "not", "None", ":", "route_values", "[", "'groupId'", "]", "=", "self", ".", "_serialize", ".", "url", "(", "'group_id'", ",", "group_id", ",", "'str'", ")", "self", ".", "_send", "(", "http_method", "=", "'DELETE'", ",", "location_id", "=", "'5966283b-4196-4d57-9211-1b68f41ec1c2'", ",", "version", "=", "'5.0'", ",", "route_values", "=", "route_values", ")" ]

[ "DeleteGroup", ".", ":", "param", "str", "group_id", ":" ]

[ "def", "create_node", "(", "name", ",", "parent", "=", "None", ",", "ns", "=", "''", ",", "tail", "=", "False", ",", "text", "=", "False", ")", ":", "node", "=", "etree", ".", "Element", "(", "etree", ".", "QName", "(", "ns", ",", "name", ")", ")", "if", "parent", "is", "not", "None", ":", "parent", ".", "append", "(", "node", ")", "if", "tail", ":", "node", ".", "tail", "=", "tail", "if", "text", ":", "node", ".", "text", "=", "text", "return", "node" ]

[ "Creates", "a", "new", "node", ":", "param", "name", ":", "Node", "name", ":", "param", "parent", ":", "Node", "parent", ":", "param", "ns", ":", "Namespace", "to", "use", ":", "param", "tail", ":", "Tail", "to", "add", ":", "param", "text", ":", "Text", "of", "the", "node", ":", "return", ":", "New", "node" ]

[ "def", "search_composite", "(", "self", ",", "query", ",", "source", ",", "payload", "=", "None", ")", ":", "source", "=", "'+'", ".", "join", "(", "source", ")", "if", "payload", "is", "None", ":", "payload", "=", "dict", "(", "Sources", "=", "quote", "(", "source", ")", ")", "else", ":", "payload", "[", "'Sources'", "]", "=", "quote", "(", "source", ")", "return", "self", ".", "search", "(", "query", ",", "'Composite'", ",", "payload", ")" ]

[ "Shortcut", "search", "with", "composite", "source" ]

[ "def", "_variant_sv", "(", "checkpoints", ")", ":", "if", "not", "checkpoints", ".", "get", "(", "\"sv\"", ")", ":", "return", "[", "]", ",", "[", "]", "sv", "=", "[", "s", "(", "\"detect_sv\"", ",", "\"batch-single\"", ",", "[", "[", "\"sv_batch_rec\"", "]", "]", ",", "[", "cwlout", "(", "\"sv_rec\"", ",", "\"record\"", ",", "fields", "=", "[", "cwlout", "(", "[", "\"sv\"", ",", "\"variantcaller\"", "]", ",", "[", "\"string\"", ",", "\"null\"", "]", ")", ",", "cwlout", "(", "[", "\"sv\"", ",", "\"vrn_file\"", "]", ",", "[", "\"File\"", ",", "\"null\"", "]", ",", "[", "\".tbi\"", "]", ")", ",", "cwlout", "(", "[", "\"sv\"", ",", "\"supplemental\"", "]", ",", "{", "\"type\"", ":", "\"array\"", ",", "\"items\"", ":", "[", "\"File\"", "]", "}", ")", ",", "cwlout", "(", "[", "\"svvalidate\"", ",", "\"summary\"", "]", ",", "[", "\"File\"", ",", "\"null\"", "]", ")", ",", "cwlout", "(", "\"inherit\"", ",", "exclude", "=", "[", "[", "\"align_bam\"", "]", ",", "[", "\"work_bam_plus\"", "]", ",", "[", "\"reference\"", ",", "\"snpeff\"", "]", "]", ")", "]", ")", "]", ",", "\"bcbio-vc\"", ",", "[", "\"bedtools\"", ",", "\"cnvkit\"", ",", "\"delly\"", ",", "\"duphold\"", ",", "\"extract-sv-reads\"", ",", "\"gsort\"", ",", "\"lumpy-sv;env=python2\"", ",", "\"manta;env=python2\"", ",", "\"break-point-inspector\"", ",", "\"mosdepth\"", ",", "\"samtools\"", ",", "\"smoove;env=python2\"", ",", "\"pysam>=0.13.0\"", ",", "\"seq2c\"", ",", "\"simple_sv_annotation;env=python2\"", ",", "\"survivor\"", ",", "\"svtools;env=python2\"", ",", "\"svtyper;env=python2\"", ",", "\"r=3.5.1\"", ",", "\"r-base\"", ",", "\"xorg-libxt\"", ",", "\"vawk;env=python2\"", "]", ",", "disk", "=", "{", "\"files\"", ":", "2.0", "}", ")", "]", "sv_batch_inputs", "=", "[", "[", "\"analysis\"", "]", ",", "[", "\"genome_build\"", "]", ",", "[", "\"work_bam_plus\"", ",", "\"disc\"", "]", ",", "[", "\"work_bam_plus\"", ",", "\"sr\"", "]", ",", "[", "\"config\"", ",", "\"algorithm\"", ",", "\"background\"", ",", "\"cnv_reference\"", "]", ",", "[", "\"config\"", ",", "\"algorithm\"", ",", "\"tools_on\"", "]", ",", "[", "\"config\"", ",", "\"algorithm\"", ",", "\"tools_off\"", "]", ",", "[", "\"config\"", ",", "\"algorithm\"", ",", "\"svprioritize\"", "]", ",", "[", "\"config\"", ",", "\"algorithm\"", ",", "\"svvalidate\"", "]", ",", "[", "\"regions\"", ",", "\"sample_callable\"", "]", ",", "[", "\"genome_resources\"", ",", "\"variation\"", ",", "\"gc_profile\"", "]", ",", "[", "\"genome_resources\"", ",", "\"variation\"", ",", "\"germline_het_pon\"", "]", ",", "[", "\"genome_resources\"", ",", "\"aliases\"", ",", "\"snpeff\"", "]", ",", "[", "\"reference\"", ",", "\"snpeff\"", ",", "\"genome_build\"", "]", ",", "[", "\"sv_coverage_rec\"", "]", "]", "if", "checkpoints", ".", "get", "(", "\"vc\"", ")", ":", "sv_batch_inputs", ".", "append", "(", "[", "\"variants\"", ",", "\"samples\"", "]", ")", "steps", "=", "[", "s", "(", "\"calculate_sv_bins\"", ",", "\"multi-combined\"", ",", "[", "[", "\"align_bam\"", "]", ",", "[", "\"reference\"", ",", "\"fasta\"", ",", "\"base\"", "]", ",", "[", "\"metadata\"", ",", "\"batch\"", "]", ",", "[", "\"metadata\"", ",", "\"phenotype\"", "]", ",", "[", "\"config\"", ",", "\"algorithm\"", ",", "\"background\"", ",", "\"cnv_reference\"", "]", ",", "[", "\"config\"", ",", "\"algorithm\"", ",", "\"callable_regions\"", "]", ",", "[", "\"config\"", ",", "\"algorithm\"", ",", "\"coverage_interval\"", "]", ",", "[", "\"config\"", ",", "\"algorithm\"", ",", "\"exclude_regions\"", "]", ",", "[", "\"config\"", ",", "\"algorithm\"", ",", "\"sv_regions\"", "]", ",", "[", "\"config\"", ",", "\"algorithm\"", ",", "\"variant_regions\"", "]", ",", "[", "\"config\"", ",", "\"algorithm\"", ",", "\"variant_regions_merged\"", "]", ",", "[", "\"config\"", ",", "\"algorithm\"", ",", "\"seq2c_bed_ready\"", "]", ",", "[", "\"config\"", ",", "\"algorithm\"", ",", "\"svcaller\"", "]", ",", "[", "\"depth\"", ",", "\"variant_regions\"", ",", "\"regions\"", "]", ",", "[", "\"genome_resources\"", ",", "\"variation\"", ",", "\"lcr\"", "]", ",", "[", "\"genome_resources\"", ",", "\"variation\"", ",", "\"polyx\"", "]", ",", "[", "\"genome_resources\"", ",", "\"variation\"", ",", "\"encode_blacklist\"", "]", ",", "[", "\"genome_resources\"", ",", "\"rnaseq\"", ",", "\"gene_bed\"", "]", "]", ",", "[", "cwlout", "(", "\"sv_bin_rec\"", ",", "\"record\"", ",", "fields", "=", "[", "cwlout", "(", "[", "\"regions\"", ",", "\"bins\"", ",", "\"target\"", "]", ",", "[", "\"File\"", ",", "\"null\"", "]", ")", ",", "cwlout", "(", "[", "\"regions\"", ",", "\"bins\"", ",", "\"antitarget\"", "]", ",", "[", "\"File\"", ",", "\"null\"", "]", ")", ",", "cwlout", "(", "[", "\"regions\"", ",", "\"bins\"", ",", "\"gcannotated\"", "]", ",", "[", "\"File\"", ",", "\"null\"", "]", ")", ",", "cwlout", "(", "[", "\"regions\"", ",", "\"bins\"", ",", "\"group\"", "]", ",", "[", "\"string\"", ",", "\"null\"", "]", ")", ",", "cwlout", "(", "\"inherit\"", ")", "]", ")", "]", ",", "\"bcbio-vc\"", ",", "[", "\"bedtools\"", ",", "\"cnvkit\"", "]", ",", "disk", "=", "{", "\"files\"", ":", "1.5", "}", ",", "cores", "=", "1", ")", ",", "s", "(", "\"calculate_sv_coverage\"", ",", "\"multi-parallel\"", ",", "[", "[", "\"sv_bin_rec\"", "]", "]", ",", "[", "cwlout", "(", "\"sv_rawcoverage_rec\"", ",", "\"record\"", ",", "fields", "=", "[", "cwlout", "(", "[", "\"depth\"", ",", "\"bins\"", ",", "\"target\"", "]", ",", "[", "\"File\"", ",", "\"null\"", "]", ")", ",", "cwlout", "(", "[", "\"depth\"", ",", "\"bins\"", ",", "\"antitarget\"", "]", ",", "[", "\"File\"", ",", "\"null\"", "]", ")", ",", "cwlout", "(", "[", "\"depth\"", ",", "\"bins\"", ",", "\"seq2c\"", "]", ",", "[", "\"File\"", ",", "\"null\"", "]", ")", ",", "cwlout", "(", "\"inherit\"", ")", "]", ")", "]", ",", "\"bcbio-vc\"", ",", "[", "\"mosdepth\"", ",", "\"cnvkit\"", ",", "\"seq2c\"", "]", ",", "disk", "=", "{", "\"files\"", ":", "1.5", "}", ")", ",", "s", "(", "\"normalize_sv_coverage\"", ",", "\"multi-combined\"", ",", "[", "[", "\"sv_rawcoverage_rec\"", "]", "]", ",", "[", "cwlout", "(", "\"sv_coverage_rec\"", ",", "\"record\"", ",", "fields", "=", "[", "cwlout", "(", "[", "\"depth\"", ",", "\"bins\"", ",", "\"normalized\"", "]", ",", "[", "\"File\"", ",", "\"null\"", "]", ")", ",", "cwlout", "(", "[", "\"depth\"", ",", "\"bins\"", ",", "\"background\"", "]", ",", "[", "\"File\"", ",", "\"null\"", "]", ")", ",", "cwlout", "(", "\"inherit\"", ")", "]", ")", "]", ",", "\"bcbio-vc\"", ",", "[", "\"cnvkit\"", "]", ",", "disk", "=", "{", "\"files\"", ":", "1.5", "}", ")", ",", "s", "(", "\"batch_for_sv\"", ",", "\"multi-batch\"", ",", "sv_batch_inputs", ",", "[", "cwlout", "(", "\"sv_batch_rec\"", ",", "\"record\"", ")", "]", ",", "\"bcbio-vc\"", ",", "unlist", "=", "[", "[", "\"config\"", ",", "\"algorithm\"", ",", "\"svcaller\"", "]", "]", ")", ",", "w", "(", "\"svcall\"", ",", "\"multi-parallel\"", ",", "sv", ",", "[", "]", ")", ",", "s", "(", "\"summarize_sv\"", ",", "\"multi-combined\"", ",", "[", "[", "\"sv_rec\"", "]", "]", ",", "[", "cwlout", "(", "[", "\"sv\"", ",", "\"calls\"", "]", ",", "{", "\"type\"", ":", "\"array\"", ",", "\"items\"", ":", "[", "\"File\"", ",", "\"null\"", "]", "}", ")", ",", "cwlout", "(", "[", "\"sv\"", ",", "\"supplemental\"", "]", ",", "{", "\"type\"", ":", "\"array\"", ",", "\"items\"", ":", "[", "\"File\"", "]", "}", ")", ",", "cwlout", "(", "[", "\"sv\"", ",", "\"prioritize\"", ",", "\"tsv\"", "]", ",", "{", "\"type\"", ":", "\"array\"", ",", "\"items\"", ":", "[", "\"File\"", ",", "\"null\"", "]", "}", ")", ",", "cwlout", "(", "[", "\"sv\"", ",", "\"prioritize\"", ",", "\"raw\"", "]", ",", "{", "\"type\"", ":", "\"array\"", ",", "\"items\"", ":", "[", "\"File\"", ",", "\"null\"", "]", "}", ")", ",", "cwlout", "(", "[", "\"svvalidate\"", ",", "\"grading_summary\"", "]", ",", "[", "\"File\"", ",", "\"null\"", "]", ")", ",", "cwlout", "(", "[", "\"svvalidate\"", ",", "\"grading_plots\"", "]", ",", "{", "\"type\"", ":", "\"array\"", ",", "\"items\"", ":", "[", "\"File\"", ",", "\"null\"", "]", "}", ")", "]", ",", "\"bcbio-vc\"", ",", "[", "\"bcbio-prioritize\"", "]", ",", "disk", "=", "{", "\"files\"", ":", "1.0", "}", ",", "cores", "=", "1", ")", "]", "final_outputs", "=", "[", "[", "\"sv\"", ",", "\"calls\"", "]", ",", "[", "\"svvalidate\"", ",", "\"grading_summary\"", "]", ",", "[", "\"sv\"", ",", "\"prioritize\"", ",", "\"tsv\"", "]", ",", "[", "\"sv\"", ",", "\"prioritize\"", ",", "\"raw\"", "]", ",", "[", "\"sv\"", ",", "\"supplemental\"", "]", "]", "return", "steps", ",", "final_outputs" ]

[ "Structural", "variant", "workflow", "." ]

[ "def", "lemmatize", "(", "self", ",", "tokens", ")", ":", "entries", "=", "self", ".", "entries", "forms_and_lemmas", "=", "self", ".", "forms_and_lemmas", "lemma_list", "=", "[", "x", "[", "0", "]", "for", "x", "in", "entries", "]", "\"\"\"Provide a lemma for each token\"\"\"", "lemmatized", "=", "[", "]", "for", "token", "in", "tokens", ":", "\"\"\"check for a match between token and list of lemmas\"\"\"", "if", "token", "in", "lemma_list", ":", "lemmed", "=", "(", "token", ",", "token", ")", "lemmatized", ".", "append", "(", "lemmed", ")", "else", ":", "\"\"\"if no match check for a match between token and list of lemma forms\"\"\"", "lemma", "=", "[", "k", "for", "k", ",", "v", "in", "forms_and_lemmas", ".", "items", "(", ")", "if", "token", "in", "v", "]", "if", "lemma", "!=", "[", "]", ":", "lemmed", "=", "(", "token", ",", "lemma", ")", "lemmatized", ".", "append", "(", "lemmed", ")", "elif", "lemma", "==", "[", "]", ":", "\"\"\"if no match apply regular expressions and check for a match against the list of lemmas again\"\"\"", "regexed", "=", "regex", "(", "token", ")", "if", "regexed", "in", "lemma_list", ":", "lemmed", "=", "(", "token", ",", "regexed", ")", "lemmatized", ".", "append", "(", "lemmed", ")", "else", ":", "lemmed", "=", "(", "token", ",", "\"None\"", ")", "lemmatized", ".", "append", "(", "lemmed", ")", "return", "lemmatized" ]

[ "define", "list", "of", "lemmas" ]

[ "def", "_check_values", "(", "self", ",", "values", ")", ":", "assert", "isinstance", "(", "values", ",", "Iterable", ")", "and", "not", "isinstance", "(", "values", ",", "(", "str", ",", "dict", ",", "bytes", ",", "bytearray", ")", ")", ",", "'values should be a list or tuple. Got {}'", ".", "format", "(", "type", "(", "values", ")", ")", "if", "self", ".", "header", ".", "analysis_period", ".", "is_annual", ":", "a_period_len", "=", "8760", "*", "self", ".", "header", ".", "analysis_period", ".", "timestep", "if", "self", ".", "header", ".", "analysis_period", ".", "is_leap_year", "is", "True", ":", "a_period_len", "=", "a_period_len", "+", "24", "*", "self", ".", "header", ".", "analysis_period", ".", "timestep", "else", ":", "a_period_len", "=", "len", "(", "self", ".", "header", ".", "analysis_period", ".", "moys", ")", "assert", "len", "(", "values", ")", "==", "a_period_len", ",", "'Length of values does not match that expected by the '", "'header analysis_period. {} != {}'", ".", "format", "(", "len", "(", "values", ")", ",", "a_period_len", ")" ]

[ "Check", "values", "whenever", "they", "come", "through", "the", "values", "setter", "." ]

[ "def", "_xml_to_dict", "(", "xml", ")", ":", "dicts", "=", "{", "}", "for", "item", "in", "xml", ":", "key", "=", "item", ".", "tag", ".", "lower", "(", ")", "idx", "=", "1", "while", "key", "in", "dicts", ":", "key", "+=", "six", ".", "text_type", "(", "idx", ")", "idx", "+=", "1", "if", "item", ".", "text", "is", "None", ":", "dicts", "[", "key", "]", "=", "_xml_to_dict", "(", "item", ")", "else", ":", "dicts", "[", "key", "]", "=", "item", ".", "text", "return", "dicts" ]

[ "Helper", "function", "to", "covert", "xml", "into", "a", "data", "dictionary", "." ]

[ "def", "update_server_filter_action", "(", "self", ",", "request", ",", "table", "=", "None", ")", ":", "if", "not", "table", ":", "table", "=", "self", ".", "get_table", "(", ")", "filter_info", "=", "self", ".", "get_server_filter_info", "(", "request", ",", "table", ")", "if", "filter_info", "is", "not", "None", ":", "action", "=", "filter_info", "[", "'action'", "]", "setattr", "(", "action", ",", "'filter_string'", ",", "filter_info", "[", "'value'", "]", ")", "if", "filter_info", "[", "'field_param'", "]", ":", "setattr", "(", "action", ",", "'filter_field'", ",", "filter_info", "[", "'field'", "]", ")" ]

[ "Update", "the", "table", "server", "side", "filter", "action", "." ]

[ "def", "get_initial_totals", "(", "self", ")", ":", "candidate_votes", "=", "{", "}", "# initialise to zero for every individual candidate", "for", "candidate_id", "in", "self", ".", "candidate_ids", ":", "candidate_votes", "[", "candidate_id", "]", "=", "0", "for", "candidate_id", "in", "self", ".", "candidate_ids", ":", "candidate_votes", "[", "candidate_id", "]", "=", "self", ".", "candidate_bundle_transactions", ".", "get_paper_count", "(", "candidate_id", ")", "for", "candidate_id", "in", "candidate_votes", ":", "candidate_votes", "[", "candidate_id", "]", "=", "int", "(", "candidate_votes", "[", "candidate_id", "]", ")", "return", "candidate_votes", ",", "0", ",", "0" ]

[ "determine", "the", "initial", "total", "for", "each", "candidate", ".", "only", "call", "this", "at", "the", "start", "of", "round", "1" ]

[ "def", "render", "(", "self", ",", "retries", ":", "int", "=", "8", ",", "script", ":", "str", "=", "None", ",", "wait", ":", "float", "=", "0.2", ",", "scrolldown", "=", "False", ",", "sleep", ":", "int", "=", "0", ",", "reload", ":", "bool", "=", "True", ",", "timeout", ":", "Union", "[", "float", ",", "int", "]", "=", "8.0", ",", "keep_page", ":", "bool", "=", "False", ")", ":", "self", ".", "browser", "=", "self", ".", "session", ".", "browser", "# Automatically create a event loop and browser", "content", "=", "None", "# Automatically set Reload to False, if example URL is being used.", "if", "self", ".", "url", "==", "DEFAULT_URL", ":", "reload", "=", "False", "for", "i", "in", "range", "(", "retries", ")", ":", "if", "not", "content", ":", "try", ":", "content", ",", "result", ",", "page", "=", "self", ".", "session", ".", "loop", ".", "run_until_complete", "(", "self", ".", "_async_render", "(", "url", "=", "self", ".", "url", ",", "script", "=", "script", ",", "sleep", "=", "sleep", ",", "wait", "=", "wait", ",", "content", "=", "self", ".", "html", ",", "reload", "=", "reload", ",", "scrolldown", "=", "scrolldown", ",", "timeout", "=", "timeout", ",", "keep_page", "=", "keep_page", ")", ")", "except", "TypeError", ":", "pass", "else", ":", "break", "if", "not", "content", ":", "raise", "MaxRetries", "(", "\"Unable to render the page. Try increasing timeout\"", ")", "html", "=", "HTML", "(", "url", "=", "self", ".", "url", ",", "html", "=", "content", ".", "encode", "(", "DEFAULT_ENCODING", ")", ",", "default_encoding", "=", "DEFAULT_ENCODING", ")", "self", ".", "__dict__", ".", "update", "(", "html", ".", "__dict__", ")", "self", ".", "page", "=", "page", "return", "result" ]

[ "Reloads", "the", "response", "in", "Chromium", "and", "replaces", "HTML", "content", "with", "an", "updated", "version", "with", "JavaScript", "executed", "." ]

[ "def", "pointing_vector", "(", "self", ",", "s", ",", "time", ")", ":", "t", "=", "time", "-", "self", ".", "_t0", "longitude", "=", "self", ".", "_longitude", "+", "self", ".", "_dlongdt", "*", "t", "# define the basis vectors in the spin (primed) coordinates in terms of", "# the Roche coordinates.", "# ez' = s", "# ex' = (ex - s(s.ex)) /|i - s(s.ex)|", "# ey' = s x ex'", "ex", "=", "np", ".", "array", "(", "[", "1.", ",", "0.", ",", "0.", "]", ")", "ezp", "=", "s", "exp", "=", "(", "ex", "-", "s", "*", "np", ".", "dot", "(", "s", ",", "ex", ")", ")", "eyp", "=", "np", ".", "cross", "(", "s", ",", "exp", ")", "return", "np", ".", "sin", "(", "self", ".", "_colat", ")", "*", "np", ".", "cos", "(", "longitude", ")", "*", "exp", "+", "np", ".", "sin", "(", "self", ".", "_colat", ")", "*", "np", ".", "sin", "(", "longitude", ")", "*", "eyp", "+", "np", ".", "cos", "(", "self", ".", "_colat", ")", "*", "ezp" ]

[ "s", "is", "the", "spin", "vector", "in", "roche", "coordinates", "time", "is", "the", "current", "time" ]

[ "def", "view_project_details", "(", "self", ",", "project_id", ")", ":", "data", "=", "self", ".", "_run", "(", "url_path", "=", "\"projects/view\"", ",", "id", "=", "project_id", ")", "return", "self", ".", "_project_formatter", "(", "data", "[", "'result'", "]", "[", "'project'", "]", ")" ]

[ "Returns", "project", "s", "details", "." ]

[ "def", "unicode_compact", "(", "func", ")", ":", "@", "wraps", "(", "func", ")", "def", "wrapped", "(", "self", ",", "text", ",", "*", "a", ",", "*", "*", "kw", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "text", ",", "six", ".", "text_type", ")", ":", "text", "=", "text", ".", "decode", "(", "'utf-8'", ")", "return", "func", "(", "self", ",", "text", ",", "*", "a", ",", "*", "*", "kw", ")", "return", "wrapped" ]

[ "Make", "sure", "the", "first", "parameter", "of", "the", "decorated", "method", "to", "be", "a", "unicode", "object", "." ]

[ "def", "get_result", "(", "self", ")", ":", "png", "=", "self", ".", "call", "(", ")", "if", "png", "is", "None", ":", "return", "if", "png", ".", "startswith", "(", "'GD extension must be loaded'", ")", ":", "current_plugin", ".", "logger", ".", "warning", "(", "'Piwik server answered on ImageGraph.get: %s'", ",", "png", ")", "return", "return", "'data:image/png;base64,{}'", ".", "format", "(", "b64encode", "(", "png", ")", ")" ]

[ "Perform", "the", "call", "and", "return", "the", "graph", "data" ]

[ "def", "xmoe_tr_1d", "(", ")", ":", "hparams", "=", "xmoe_tr_dense_2k", "(", ")", "hparams", ".", "encoder_layers", "=", "[", "\"self_att\"", ",", "\"moe_1d\"", "]", "*", "4", "hparams", ".", "decoder_layers", "=", "[", "\"self_att\"", ",", "\"enc_att\"", ",", "\"moe_1d\"", "]", "*", "4", "hparams", ".", "layout", "=", "\"batch:batch;experts:batch\"", "hparams", ".", "moe_hidden_size", "=", "2048", "hparams", ".", "moe_num_experts", "=", "16", "return", "hparams" ]

[ "Mixture", "of", "experts", "(", "16", "experts", ")", "." ]

[ "def", "_inject_constructor", "(", "self", ",", "cls", ",", "func", ",", "name", ",", "resolution_level", ",", "keep", ",", "trace", ")", ":", "try", ":", "constructor", "=", "cls", ".", "__init__", "except", "AttributeError", ":", "def", "constructor", "(", "self", ",", "*", "_args", ",", "*", "*", "_kwargs", ")", ":", "pass", "# Possible name clash between keyword arguments of the tracked class'", "# constructor and the curried arguments of the injected constructor.", "# Therefore, the additional argument has a 'magic' name to make it less", "# likely that an argument name clash occurs.", "self", ".", "_observers", "[", "cls", "]", "=", "_ClassObserver", "(", "constructor", ",", "name", ",", "resolution_level", ",", "keep", ",", "trace", ")", "cls", ".", "__init__", "=", "instancemethod", "(", "lambda", "*", "args", ",", "*", "*", "kwds", ":", "func", "(", "self", ".", "_observers", "[", "cls", "]", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwds", ")", ",", "None", ",", "cls", ")" ]

[ "Modifying", "Methods", "in", "Place", "-", "after", "the", "recipe", "15", ".", "7", "in", "the", "Python", "Cookbook", "by", "Ken", "Seehof", ".", "The", "original", "constructors", "may", "be", "restored", "later", "." ]

[ "def", "parse_gallery_images", "(", "self", ",", "markup", ")", ":", "gallery", "=", "re", ".", "search", "(", "self", ".", "re", "[", "\"gallery\"", "]", ",", "markup", ")", "if", "gallery", ":", "gallery", "=", "gallery", ".", "group", "(", "1", ")", "gallery", "=", "gallery", ".", "replace", "(", "\"Image:\"", ",", "\"[[Image:\"", ")", "gallery", "=", "gallery", ".", "replace", "(", "\"\\n\"", ",", "\"]]\\n\"", ")", "images", ",", "markup", "=", "self", ".", "parse_images", "(", "gallery", ")", "return", "images", "return", "[", "]" ]

[ "Parses", "images", "from", "the", "<gallery", ">", "<", "/", "gallery", ">", "section", ".", "Images", "inside", "<gallery", ">", "tags", "do", "not", "have", "outer", "[[", "brackets", ".", "Add", "these", "and", "then", "parse", "again", "." ]

[ "def", "get_object_url", "(", "self", ")", ":", "return", "self", ".", "bundle", ".", "get_view_url", "(", "'edit'", ",", "self", ".", "request", ".", "user", ",", "{", "}", ",", "self", ".", "kwargs", ")" ]

[ "Returns", "the", "url", "to", "link", "to", "the", "object", "The", "get_view_url", "will", "be", "called", "on", "the", "current", "bundle", "using", "edit", "as", "the", "view", "name", "." ]

[ "def", "max_time", "(", "self", ")", ":", "max_time", "=", "Time", "(", "self", ".", "_interval_set", ".", "max", "/", "TimeMOC", ".", "DAY_MICRO_SEC", ",", "format", "=", "'jd'", ",", "scale", "=", "'tdb'", ")", "return", "max_time" ]

[ "Get", "the", "~astropy", ".", "time", ".", "Time", "time", "of", "the", "tmoc", "last", "observation" ]

[ "def", "classify_languages", "(", "self", ")", ":", "return", "BlobsWithLanguageDataFrame", "(", "self", ".", "_engine_dataframe", ".", "classifyLanguages", "(", ")", ",", "self", ".", "_session", ",", "self", ".", "_implicits", ")" ]

[ "Returns", "a", "new", "DataFrame", "with", "the", "language", "data", "of", "any", "blob", "added", "to", "its", "row", "." ]

[ "def", "container_size", "(", "self", ")", ":", "length", "=", "0", "for", "name", ",", "item", "in", "enumerate", "(", "self", ")", ":", "# Container", "if", "is_container", "(", "item", ")", ":", "byte_length", ",", "bit_length", "=", "item", ".", "container_size", "(", ")", "length", "+=", "bit_length", "+", "byte_length", "*", "8", "# Field", "elif", "is_field", "(", "item", ")", ":", "length", "+=", "item", ".", "bit_size", "else", ":", "raise", "MemberTypeError", "(", "self", ",", "item", ",", "name", ")", "return", "divmod", "(", "length", ",", "8", ")" ]

[ "Returns", "the", "accumulated", "bit", "size", "of", "all", "fields", "in", "the", "Sequence", "as", "a", "tuple", "in", "the", "form", "of", "(", "number", "of", "bytes", "remaining", "number", "of", "bits", ")", "." ]

[ "async", "def", "send_event", "(", "self", ",", "con", ",", "name", ",", "payload", ")", ":", "message", "=", "dict", "(", "type", "=", "\"event\"", ",", "name", "=", "name", ",", "payload", "=", "payload", ")", "encoded", "=", "pack", "(", "message", ")", "await", "con", ".", "send", "(", "encoded", ")" ]

[ "Send", "an", "event", "to", "a", "client", "connection", "." ]

[ "def", "_load", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "_model_filename", "is", "None", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Model filename not specified'", ")", "# read the input image", "self", ".", "_graph", "=", "tf", ".", "Graph", "(", ")", "with", "self", ".", "_graph", ".", "as_default", "(", ")", ":", "# read in filenames", "reader", "=", "tf", ".", "train", ".", "NewCheckpointReader", "(", "self", ".", "_model_filename", ")", "# load AlexNet weights", "weights", "=", "AlexNetWeights", "(", ")", "weights", ".", "conv1W", "=", "tf", ".", "Variable", "(", "reader", ".", "get_tensor", "(", "\"Variable\"", ")", ")", "weights", ".", "conv1b", "=", "tf", ".", "Variable", "(", "reader", ".", "get_tensor", "(", "\"Variable_1\"", ")", ")", "weights", ".", "conv2W", "=", "tf", ".", "Variable", "(", "reader", ".", "get_tensor", "(", "\"Variable_2\"", ")", ")", "weights", ".", "conv2b", "=", "tf", ".", "Variable", "(", "reader", ".", "get_tensor", "(", "\"Variable_3\"", ")", ")", "weights", ".", "conv3W", "=", "tf", ".", "Variable", "(", "reader", ".", "get_tensor", "(", "\"Variable_4\"", ")", ")", "weights", ".", "conv3b", "=", "tf", ".", "Variable", "(", "reader", ".", "get_tensor", "(", "\"Variable_5\"", ")", ")", "weights", ".", "conv4W", "=", "tf", ".", "Variable", "(", "reader", ".", "get_tensor", "(", "\"Variable_6\"", ")", ")", "weights", ".", "conv4b", "=", "tf", ".", "Variable", "(", "reader", ".", "get_tensor", "(", "\"Variable_7\"", ")", ")", "weights", ".", "conv5W", "=", "tf", ".", "Variable", "(", "reader", ".", "get_tensor", "(", "\"Variable_8\"", ")", ")", "weights", ".", "conv5b", "=", "tf", ".", "Variable", "(", "reader", ".", "get_tensor", "(", "\"Variable_9\"", ")", ")", "weights", ".", "fc6W", "=", "tf", ".", "Variable", "(", "reader", ".", "get_tensor", "(", "\"Variable_10\"", ")", ")", "weights", ".", "fc6b", "=", "tf", ".", "Variable", "(", "reader", ".", "get_tensor", "(", "\"Variable_11\"", ")", ")", "weights", ".", "fc7W", "=", "tf", ".", "Variable", "(", "reader", ".", "get_tensor", "(", "\"Variable_12\"", ")", ")", "weights", ".", "fc7b", "=", "tf", ".", "Variable", "(", "reader", ".", "get_tensor", "(", "\"Variable_13\"", ")", ")", "weights", ".", "fc8W", "=", "tf", ".", "Variable", "(", "reader", ".", "get_tensor", "(", "\"Variable_14\"", ")", ")", "weights", ".", "fc8b", "=", "tf", ".", "Variable", "(", "reader", ".", "get_tensor", "(", "\"Variable_15\"", ")", ")", "# form network", "self", ".", "_input_node", "=", "tf", ".", "placeholder", "(", "tf", ".", "float32", ",", "(", "self", ".", "_batch_size", ",", "self", ".", "_im_height", ",", "self", ".", "_im_width", ",", "self", ".", "_num_channels", ")", ")", "self", ".", "_output_tensor", "=", "self", ".", "build_alexnet", "(", "weights", ")", "self", ".", "_feature_tensor", "=", "self", ".", "build_alexnet", "(", "weights", ",", "output_layer", "=", "self", ".", "_feature_layer", ")", "self", ".", "_initialized", "=", "True" ]

[ "Loads", "a", "model", "into", "weights" ]

[ "def", "send_miniprogrampage_message", "(", "self", ",", "user_id", ",", "title", ",", "appid", ",", "pagepath", ",", "thumb_media_id", ",", "kf_account", "=", "None", ")", ":", "data", "=", "{", "\"touser\"", ":", "user_id", ",", "\"msgtype\"", ":", "\"miniprogrampage\"", ",", "\"miniprogrampage\"", ":", "{", "\"title\"", ":", "title", ",", "\"appid\"", ":", "appid", ",", "\"pagepath\"", ":", "pagepath", ",", "\"thumb_media_id\"", ":", "thumb_media_id", "}", "}", "if", "kf_account", "is", "not", "None", ":", "data", "[", "\"customservice\"", "]", "=", "{", "\"kf_account\"", ":", "kf_account", "}", "return", "self", ".", "post", "(", "url", "=", "\"https://api.weixin.qq.com/cgi-bin/message/custom/send\"", ",", "data", "=", "data", ")" ]

[ "发送小程序卡片（要求小程序与公众号已关联）" ]

[ "def", "update", "(", "vm", ",", "from_file", "=", "None", ",", "key", "=", "'uuid'", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "ret", "=", "{", "}", "# prepare vmcfg", "vmcfg", "=", "{", "}", "kwargs", "=", "salt", ".", "utils", ".", "args", ".", "clean_kwargs", "(", "*", "*", "kwargs", ")", "for", "k", ",", "v", "in", "six", ".", "iteritems", "(", "kwargs", ")", ":", "vmcfg", "[", "k", "]", "=", "v", "if", "key", "not", "in", "[", "'uuid'", ",", "'alias'", ",", "'hostname'", "]", ":", "ret", "[", "'Error'", "]", "=", "'Key must be either uuid, alias or hostname'", "return", "ret", "uuid", "=", "lookup", "(", "'{0}={1}'", ".", "format", "(", "key", ",", "vm", ")", ",", "one", "=", "True", ")", "if", "'Error'", "in", "uuid", ":", "return", "uuid", "if", "from_file", ":", "return", "_create_update_from_file", "(", "'update'", ",", "uuid", ",", "path", "=", "from_file", ")", "else", ":", "return", "_create_update_from_cfg", "(", "'update'", ",", "uuid", ",", "vmcfg", "=", "vmcfg", ")" ]

[ "Update", "a", "new", "vm" ]

[ "def", "_int_growth", "(", "z", ",", "*", "*", "cosmo", ")", ":", "zmax", "=", "200", "if", "hasattr", "(", "z", ",", "\"__len__\"", ")", ":", "for", "zval", "in", "z", ":", "assert", "(", "zval", "<", "zmax", ")", "else", ":", "assert", "(", "z", "<", "zmax", ")", "y", ",", "yerr", "=", "scipy", ".", "integrate", ".", "quad", "(", "lambda", "z", ":", "(", "1", "+", "z", ")", "/", "(", "cosmo", "[", "'omega_M_0'", "]", "*", "(", "1", "+", "z", ")", "**", "3", "+", "cosmo", "[", "'omega_lambda_0'", "]", ")", "**", "(", "1.5", ")", ",", "z", ",", "zmax", ")", "return", "(", "y", ")" ]

[ "Returns", "integral", "of", "the", "linear", "growth", "factor", "from", "z", "=", "200", "to", "z", "=", "z" ]

[ "def", "union", "(", "self", ",", "other", ",", "left_name", "=", "\"LEFT\"", ",", "right_name", "=", "\"RIGHT\"", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "left_name", ",", "str", ")", "or", "not", "isinstance", "(", "right_name", ",", "str", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"left_name and right_name must be strings. \"", "\"{} - {} was provided\"", ".", "format", "(", "type", "(", "left_name", ")", ",", "type", "(", "right_name", ")", ")", ")", "if", "isinstance", "(", "other", ",", "GMQLDataset", ")", ":", "other_idx", "=", "other", ".", "__index", "else", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"other must be a GMQLDataset. \"", "\"{} was provided\"", ".", "format", "(", "type", "(", "other", ")", ")", ")", "if", "len", "(", "left_name", ")", "==", "0", "or", "len", "(", "right_name", ")", "==", "0", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"left_name and right_name must not be empty\"", ")", "new_index", "=", "self", ".", "opmng", ".", "union", "(", "self", ".", "__index", ",", "other_idx", ",", "left_name", ",", "right_name", ")", "new_local_sources", ",", "new_remote_sources", "=", "self", ".", "__combine_sources", "(", "self", ",", "other", ")", "new_location", "=", "self", ".", "__combine_locations", "(", "self", ",", "other", ")", "return", "GMQLDataset", "(", "index", "=", "new_index", ",", "location", "=", "new_location", ",", "local_sources", "=", "new_local_sources", ",", "remote_sources", "=", "new_remote_sources", ",", "meta_profile", "=", "self", ".", "meta_profile", ")" ]

[ "*", "Wrapper", "of", "*", "UNION" ]

[ "def", "printcolour", "(", "text", ",", "sameline", "=", "False", ",", "colour", "=", "get_colour", "(", "\"ENDC\"", ")", ")", ":", "if", "sameline", ":", "sep", "=", "''", "else", ":", "sep", "=", "'\\n'", "sys", ".", "stdout", ".", "write", "(", "get_colour", "(", "colour", ")", "+", "text", "+", "bcolours", "[", "\"ENDC\"", "]", "+", "sep", ")" ]

[ "Print", "color", "text", "using", "escape", "codes" ]

[ "def", "parse_has_combinator", "(", "self", ",", "sel", ",", "m", ",", "has_selector", ",", "selectors", ",", "rel_type", ",", "index", ")", ":", "combinator", "=", "m", ".", "group", "(", "'relation'", ")", ".", "strip", "(", ")", "if", "not", "combinator", ":", "combinator", "=", "WS_COMBINATOR", "if", "combinator", "==", "COMMA_COMBINATOR", ":", "if", "not", "has_selector", ":", "# If we've not captured any selector parts, the comma is either at the beginning of the pattern", "# or following another comma, both of which are unexpected. Commas must split selectors.", "raise", "SelectorSyntaxError", "(", "\"The combinator '{}' at postion {}, must have a selector before it\"", ".", "format", "(", "combinator", ",", "index", ")", ",", "self", ".", "pattern", ",", "index", ")", "sel", ".", "rel_type", "=", "rel_type", "selectors", "[", "-", "1", "]", ".", "relations", ".", "append", "(", "sel", ")", "rel_type", "=", "\":\"", "+", "WS_COMBINATOR", "selectors", ".", "append", "(", "_Selector", "(", ")", ")", "else", ":", "if", "has_selector", ":", "# End the current selector and associate the leading combinator with this selector.", "sel", ".", "rel_type", "=", "rel_type", "selectors", "[", "-", "1", "]", ".", "relations", ".", "append", "(", "sel", ")", "elif", "rel_type", "[", "1", ":", "]", "!=", "WS_COMBINATOR", ":", "# It's impossible to have two whitespace combinators after each other as the patterns", "# will gobble up trailing whitespace. It is also impossible to have a whitespace", "# combinator after any other kind for the same reason. But we could have", "# multiple non-whitespace combinators. So if the current combinator is not a whitespace,", "# then we've hit the multiple combinator case, so we should fail.", "raise", "SelectorSyntaxError", "(", "'The multiple combinators at position {}'", ".", "format", "(", "index", ")", ",", "self", ".", "pattern", ",", "index", ")", "# Set the leading combinator for the next selector.", "rel_type", "=", "':'", "+", "combinator", "sel", "=", "_Selector", "(", ")", "has_selector", "=", "False", "return", "has_selector", ",", "sel", ",", "rel_type" ]

[ "Parse", "combinator", "tokens", "." ]

[ "def", "Deserialize", "(", "self", ",", "reader", ")", ":", "self", ".", "DeserializeUnsigned", "(", "reader", ")", "self", ".", "scripts", "=", "reader", ".", "ReadSerializableArray", "(", ")", "self", ".", "OnDeserialized", "(", ")" ]

[ "Deserialize", "full", "object", "." ]

[ "def", "deepcopy", "(", "self", ",", "exterior", "=", "None", ",", "label", "=", "None", ")", ":", "return", "Polygon", "(", "exterior", "=", "np", ".", "copy", "(", "self", ".", "exterior", ")", "if", "exterior", "is", "None", "else", "exterior", ",", "label", "=", "self", ".", "label", "if", "label", "is", "None", "else", "label", ")" ]

[ "Create", "a", "deep", "copy", "of", "the", "Polygon", "object", "." ]

[ "def", "fill_series", "(", "x", ",", "year", ")", ":", "x", "=", "x", ".", "dropna", "(", ")", "if", "year", "in", "x", ".", "index", "and", "not", "np", ".", "isnan", "(", "x", "[", "year", "]", ")", ":", "return", "x", "[", "year", "]", "else", ":", "prev", "=", "[", "i", "for", "i", "in", "x", ".", "index", "if", "i", "<", "year", "]", "nxt", "=", "[", "i", "for", "i", "in", "x", ".", "index", "if", "i", ">", "year", "]", "if", "prev", "and", "nxt", ":", "p", "=", "max", "(", "prev", ")", "n", "=", "min", "(", "nxt", ")", "return", "(", "(", "n", "-", "year", ")", "*", "x", "[", "p", "]", "+", "(", "year", "-", "p", ")", "*", "x", "[", "n", "]", ")", "/", "(", "n", "-", "p", ")", "else", ":", "return", "np", ".", "nan" ]

[ "Returns", "the", "value", "of", "a", "timeseries", "(", "indexed", "over", "years", ")", "for", "a", "year", "by", "linear", "interpolation", "." ]

[ "def", "parse_aggregate_report_xml", "(", "xml", ",", "nameservers", "=", "None", ",", "timeout", "=", "2.0", ",", "parallel", "=", "False", ")", ":", "errors", "=", "[", "]", "try", ":", "xmltodict", ".", "parse", "(", "xml", ")", "[", "\"feedback\"", "]", "except", "Exception", "as", "e", ":", "errors", ".", "append", "(", "e", ".", "__str__", "(", ")", ")", "try", ":", "# Replace XML header (sometimes they are invalid)", "xml", "=", "xml_header_regex", ".", "sub", "(", "\"<?xml version=\\\"1.0\\\"?>\"", ",", "xml", ")", "# Remove invalid schema tags", "xml", "=", "xml_schema_regex", ".", "sub", "(", "''", ",", "xml", ")", "report", "=", "xmltodict", ".", "parse", "(", "xml", ")", "[", "\"feedback\"", "]", "report_metadata", "=", "report", "[", "\"report_metadata\"", "]", "schema", "=", "\"draft\"", "if", "\"version\"", "in", "report", ":", "schema", "=", "report", "[", "\"version\"", "]", "new_report", "=", "OrderedDict", "(", "[", "(", "\"xml_schema\"", ",", "schema", ")", "]", ")", "new_report_metadata", "=", "OrderedDict", "(", ")", "if", "report_metadata", "[", "\"org_name\"", "]", "is", "None", ":", "if", "report_metadata", "[", "\"email\"", "]", "is", "not", "None", ":", "report_metadata", "[", "\"org_name\"", "]", "=", "report_metadata", "[", "\"email\"", "]", ".", "split", "(", "\"@\"", ")", "[", "-", "1", "]", "org_name", "=", "report_metadata", "[", "\"org_name\"", "]", "if", "org_name", "is", "not", "None", ":", "org_name", "=", "get_base_domain", "(", "org_name", ")", "new_report_metadata", "[", "\"org_name\"", "]", "=", "org_name", "new_report_metadata", "[", "\"org_email\"", "]", "=", "report_metadata", "[", "\"email\"", "]", "extra", "=", "None", "if", "\"extra_contact_info\"", "in", "report_metadata", ":", "extra", "=", "report_metadata", "[", "\"extra_contact_info\"", "]", "new_report_metadata", "[", "\"org_extra_contact_info\"", "]", "=", "extra", "new_report_metadata", "[", "\"report_id\"", "]", "=", "report_metadata", "[", "\"report_id\"", "]", "report_id", "=", "new_report_metadata", "[", "\"report_id\"", "]", "report_id", "=", "report_id", ".", "replace", "(", "\"<\"", ",", "\"\"", ")", ".", "replace", "(", "\">\"", ",", "\"\"", ")", ".", "split", "(", "\"@\"", ")", "[", "0", "]", "new_report_metadata", "[", "\"report_id\"", "]", "=", "report_id", "date_range", "=", "report", "[", "\"report_metadata\"", "]", "[", "\"date_range\"", "]", "date_range", "[", "\"begin\"", "]", "=", "timestamp_to_human", "(", "date_range", "[", "\"begin\"", "]", ")", "date_range", "[", "\"end\"", "]", "=", "timestamp_to_human", "(", "date_range", "[", "\"end\"", "]", ")", "new_report_metadata", "[", "\"begin_date\"", "]", "=", "date_range", "[", "\"begin\"", "]", "new_report_metadata", "[", "\"end_date\"", "]", "=", "date_range", "[", "\"end\"", "]", "if", "\"error\"", "in", "report", "[", "\"report_metadata\"", "]", ":", "if", "type", "(", "report", "[", "\"report_metadata\"", "]", "[", "\"error\"", "]", ")", "!=", "list", ":", "errors", "=", "[", "report", "[", "\"report_metadata\"", "]", "[", "\"error\"", "]", "]", "else", ":", "errors", "=", "report", "[", "\"report_metadata\"", "]", "[", "\"error\"", "]", "new_report_metadata", "[", "\"errors\"", "]", "=", "errors", "new_report", "[", "\"report_metadata\"", "]", "=", "new_report_metadata", "records", "=", "[", "]", "policy_published", "=", "report", "[", "\"policy_published\"", "]", "new_policy_published", "=", "OrderedDict", "(", ")", "new_policy_published", "[", "\"domain\"", "]", "=", "policy_published", "[", "\"domain\"", "]", "adkim", "=", "\"r\"", "if", "\"adkim\"", "in", "policy_published", ":", "if", "policy_published", "[", "\"adkim\"", "]", "is", "not", "None", ":", "adkim", "=", "policy_published", "[", "\"adkim\"", "]", "new_policy_published", "[", "\"adkim\"", "]", "=", "adkim", "aspf", "=", "\"r\"", "if", "\"aspf\"", "in", "policy_published", ":", "if", "policy_published", "[", "\"aspf\"", "]", "is", "not", "None", ":", "aspf", "=", "policy_published", "[", "\"aspf\"", "]", "new_policy_published", "[", "\"aspf\"", "]", "=", "aspf", "new_policy_published", "[", "\"p\"", "]", "=", "policy_published", "[", "\"p\"", "]", "sp", "=", "new_policy_published", "[", "\"p\"", "]", "if", "\"sp\"", "in", "policy_published", ":", "if", "policy_published", "[", "\"sp\"", "]", "is", "not", "None", ":", "sp", "=", "report", "[", "\"policy_published\"", "]", "[", "\"sp\"", "]", "new_policy_published", "[", "\"sp\"", "]", "=", "sp", "pct", "=", "\"100\"", "if", "\"pct\"", "in", "policy_published", ":", "if", "policy_published", "[", "\"pct\"", "]", "is", "not", "None", ":", "pct", "=", "report", "[", "\"policy_published\"", "]", "[", "\"pct\"", "]", "new_policy_published", "[", "\"pct\"", "]", "=", "pct", "fo", "=", "\"0\"", "if", "\"fo\"", "in", "policy_published", ":", "if", "policy_published", "[", "\"fo\"", "]", "is", "not", "None", ":", "fo", "=", "report", "[", "\"policy_published\"", "]", "[", "\"fo\"", "]", "new_policy_published", "[", "\"fo\"", "]", "=", "fo", "new_report", "[", "\"policy_published\"", "]", "=", "new_policy_published", "if", "type", "(", "report", "[", "\"record\"", "]", ")", "==", "list", ":", "for", "record", "in", "report", "[", "\"record\"", "]", ":", "report_record", "=", "_parse_report_record", "(", "record", ",", "nameservers", "=", "nameservers", ",", "dns_timeout", "=", "timeout", ",", "parallel", "=", "parallel", ")", "records", ".", "append", "(", "report_record", ")", "else", ":", "report_record", "=", "_parse_report_record", "(", "report", "[", "\"record\"", "]", ",", "nameservers", "=", "nameservers", ",", "dns_timeout", "=", "timeout", ",", "parallel", "=", "parallel", ")", "records", ".", "append", "(", "report_record", ")", "new_report", "[", "\"records\"", "]", "=", "records", "return", "new_report", "except", "expat", ".", "ExpatError", "as", "error", ":", "raise", "InvalidAggregateReport", "(", "\"Invalid XML: {0}\"", ".", "format", "(", "error", ".", "__str__", "(", ")", ")", ")", "except", "KeyError", "as", "error", ":", "raise", "InvalidAggregateReport", "(", "\"Missing field: {0}\"", ".", "format", "(", "error", ".", "__str__", "(", ")", ")", ")", "except", "AttributeError", ":", "raise", "InvalidAggregateReport", "(", "\"Report missing required section\"", ")", "except", "Exception", "as", "error", ":", "raise", "InvalidAggregateReport", "(", "\"Unexpected error: {0}\"", ".", "format", "(", "error", ".", "__str__", "(", ")", ")", ")" ]

[ "Parses", "a", "DMARC", "XML", "report", "string", "and", "returns", "a", "consistent", "OrderedDict" ]

[ "def", "common_prefix", "(", "s1", ",", "s2", ")", ":", "index", "=", "min", "(", "len", "(", "s1", ")", ",", "len", "(", "s2", ")", ")", "while", "s1", "[", ":", "index", "]", "!=", "s2", "[", ":", "index", "]", ":", "index", "-=", "1", "return", "s1", "[", ":", "index", "]" ]

[ "Return", "the", "common", "prefix", "of", "two", "lines", "." ]

[ "def", "dirs", "(", "self", ")", ":", "contents", "=", "self", ".", "paths", "contents", "=", "(", "VenvDir", "(", "path", ".", "path", ")", "for", "path", "in", "contents", "if", "path", ".", "is_dir", ")", "return", "contents" ]

[ "Get", "an", "iter", "of", "VenvDirs", "within", "the", "directory", "." ]

[ "def", "change_cash", "(", "self", ",", "money", ")", ":", "res", "=", "self", ".", "cash", "[", "-", "1", "]", "+", "money", "if", "res", ">=", "0", ":", "# 高危操作", "self", ".", "cash", "[", "-", "1", "]", "=", "res" ]

[ "外部操作|高危|" ]

[ "def", "plot", "(", "self", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "columns", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'columns'", ",", "Ellipsis", ")", "# slice for everything", "maxpoints", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'maxpoints'", ",", "self", ".", "maxpoints_default", ")", "transform", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'transform'", ",", "lambda", "x", ":", "x", ")", "# default is identity transformation", "method", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'method'", ",", "\"mean\"", ")", "ax", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'ax'", ",", "None", ")", "if", "columns", "is", "Ellipsis", "or", "columns", "is", "None", ":", "columns", "=", "numpy", ".", "arange", "(", "self", ".", "array", ".", "shape", "[", "0", "]", ")", "if", "len", "(", "columns", ")", "==", "0", ":", "raise", "MissingDataError", "(", "\"plot() needs at least one column of data\"", ")", "if", "len", "(", "self", ".", "array", ".", "shape", ")", "==", "1", "or", "self", ".", "array", ".", "shape", "[", "0", "]", "==", "1", ":", "# special case: plot against index; plot would do this automatically but", "# we'll just produce our own xdata and pretend that this was X all along", "a", "=", "numpy", ".", "ravel", "(", "self", ".", "array", ")", "X", "=", "numpy", ".", "arange", "(", "len", "(", "a", ")", ")", "a", "=", "numpy", ".", "vstack", "(", "(", "X", ",", "a", ")", ")", "columns", "=", "[", "0", "]", "+", "[", "c", "+", "1", "for", "c", "in", "columns", "]", "else", ":", "a", "=", "self", ".", "array", "color", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'color'", ",", "self", ".", "default_color_cycle", ")", "try", ":", "cmap", "=", "matplotlib", ".", "cm", ".", "get_cmap", "(", "color", ")", "colors", "=", "cmap", "(", "matplotlib", ".", "colors", ".", "Normalize", "(", ")", "(", "numpy", ".", "arange", "(", "len", "(", "columns", "[", "1", ":", "]", ")", ",", "dtype", "=", "float", ")", ")", ")", "except", "TypeError", ":", "colors", "=", "cycle", "(", "utilities", ".", "asiterable", "(", "color", ")", ")", "if", "ax", "is", "None", ":", "ax", "=", "plt", ".", "gca", "(", ")", "# (decimate/smooth o slice o transform)(array)", "a", "=", "self", ".", "decimate", "(", "method", ",", "numpy", ".", "asarray", "(", "transform", "(", "a", ")", ")", "[", "columns", "]", ",", "maxpoints", "=", "maxpoints", ")", "# now deal with infs, nans etc AFTER all transformations (needed for plotting across inf/nan)", "ma", "=", "numpy", ".", "ma", ".", "MaskedArray", "(", "a", ",", "mask", "=", "numpy", ".", "logical_not", "(", "numpy", ".", "isfinite", "(", "a", ")", ")", ")", "# finally plot (each column separately to catch empty sets)", "for", "column", ",", "color", "in", "zip", "(", "range", "(", "1", ",", "len", "(", "columns", ")", ")", ",", "colors", ")", ":", "if", "len", "(", "ma", "[", "column", "]", ")", "==", "0", ":", "warnings", ".", "warn", "(", "\"No data to plot for column {column:d}\"", ".", "format", "(", "*", "*", "vars", "(", ")", ")", ",", "category", "=", "MissingDataWarning", ")", "kwargs", "[", "'color'", "]", "=", "color", "ax", ".", "plot", "(", "ma", "[", "0", "]", ",", "ma", "[", "column", "]", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "# plot all other columns in parallel", "return", "ax" ]

[ "Plot", "xvg", "file", "data", "." ]

[ "def", "write_html", "(", "self", ",", "html_dir", "=", "'/tmp'", ",", "include_osd", "=", "False", ",", "osd_width", "=", "500", ",", "osd_height", "=", "500", ")", ":", "osd_config", "=", "self", ".", "get_osd_config", "(", "self", ".", "osd_version", ")", "osd_base", "=", "osd_config", "[", "'base'", "]", "osd_dir", "=", "osd_config", "[", "'dir'", "]", "# relative to base", "osd_js", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "osd_dir", ",", "osd_config", "[", "'js'", "]", ")", "osd_images", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "osd_dir", ",", "osd_config", "[", "'images'", "]", ")", "if", "(", "os", ".", "path", ".", "isdir", "(", "html_dir", ")", ")", ":", "# Exists, fine", "pass", "elif", "(", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "html_dir", ")", ")", ":", "raise", "IIIFStaticError", "(", "\"Can't write to directory %s: a file of that name exists\"", "%", "html_dir", ")", "else", ":", "os", ".", "makedirs", "(", "html_dir", ")", "self", ".", "logger", ".", "info", "(", "\"Writing HTML to %s\"", "%", "(", "html_dir", ")", ")", "with", "open", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "self", ".", "template_dir", ",", "'static_osd.html'", ")", ",", "'r'", ")", "as", "f", ":", "template", "=", "f", ".", "read", "(", ")", "outfile", "=", "self", ".", "identifier", "+", "'.html'", "outpath", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "html_dir", ",", "outfile", ")", "with", "open", "(", "outpath", ",", "'w'", ")", "as", "f", ":", "info_json_uri", "=", "'/'", ".", "join", "(", "[", "self", ".", "identifier", ",", "'info.json'", "]", ")", "if", "(", "self", ".", "prefix", ")", ":", "info_json_uri", "=", "'/'", ".", "join", "(", "[", "self", ".", "prefix", ",", "info_json_uri", "]", ")", "d", "=", "dict", "(", "identifier", "=", "self", ".", "identifier", ",", "api_version", "=", "self", ".", "api_version", ",", "osd_version", "=", "self", ".", "osd_version", ",", "osd_uri", "=", "osd_js", ",", "osd_images_prefix", "=", "osd_images", ",", "osd_height", "=", "osd_width", ",", "osd_width", "=", "osd_height", ",", "info_json_uri", "=", "info_json_uri", ")", "f", ".", "write", "(", "Template", "(", "template", ")", ".", "safe_substitute", "(", "d", ")", ")", "self", ".", "logger", ".", "info", "(", "\"%s / %s\"", "%", "(", "html_dir", ",", "outfile", ")", ")", "# Do we want to copy OSD in there too? If so, do it only if", "# we haven't already", "if", "(", "include_osd", ")", ":", "if", "(", "self", ".", "copied_osd", ")", ":", "self", ".", "logger", ".", "info", "(", "\"OpenSeadragon already copied\"", ")", "else", ":", "# Make directory, copy JavaScript and icons (from osd_images)", "osd_path", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "html_dir", ",", "osd_dir", ")", "if", "(", "not", "os", ".", "path", ".", "isdir", "(", "osd_path", ")", ")", ":", "os", ".", "makedirs", "(", "osd_path", ")", "shutil", ".", "copyfile", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "osd_base", ",", "osd_js", ")", ",", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "html_dir", ",", "osd_js", ")", ")", "self", ".", "logger", ".", "info", "(", "\"%s / %s\"", "%", "(", "html_dir", ",", "osd_js", ")", ")", "osd_images_path", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "html_dir", ",", "osd_images", ")", "if", "(", "os", ".", "path", ".", "isdir", "(", "osd_images_path", ")", ")", ":", "self", ".", "logger", ".", "warning", "(", "\"OpenSeadragon images directory (%s) already exists, skipping\"", "%", "osd_images_path", ")", "else", ":", "shutil", ".", "copytree", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "osd_base", ",", "osd_images", ")", ",", "osd_images_path", ")", "self", ".", "logger", ".", "info", "(", "\"%s / %s/*\"", "%", "(", "html_dir", ",", "osd_images", ")", ")", "self", ".", "copied_osd", "=", "True" ]

[ "Write", "HTML", "test", "page", "using", "OpenSeadragon", "for", "the", "tiles", "generated", "." ]

[ "def", "correlograms", "(", "spike_times", ",", "spike_clusters", ",", "cluster_ids", "=", "None", ",", "sample_rate", "=", "1.", ",", "bin_size", "=", "None", ",", "window_size", "=", "None", ",", "symmetrize", "=", "True", ",", ")", ":", "assert", "sample_rate", ">", "0.", "assert", "np", ".", "all", "(", "np", ".", "diff", "(", "spike_times", ")", ">=", "0", ")", ",", "(", "\"The spike times must be \"", "\"increasing.\"", ")", "# Get the spike samples.", "spike_times", "=", "np", ".", "asarray", "(", "spike_times", ",", "dtype", "=", "np", ".", "float64", ")", "spike_samples", "=", "(", "spike_times", "*", "sample_rate", ")", ".", "astype", "(", "np", ".", "int64", ")", "spike_clusters", "=", "_as_array", "(", "spike_clusters", ")", "assert", "spike_samples", ".", "ndim", "==", "1", "assert", "spike_samples", ".", "shape", "==", "spike_clusters", ".", "shape", "# Find `binsize`.", "bin_size", "=", "np", ".", "clip", "(", "bin_size", ",", "1e-5", ",", "1e5", ")", "# in seconds", "binsize", "=", "int", "(", "sample_rate", "*", "bin_size", ")", "# in samples", "assert", "binsize", ">=", "1", "# Find `winsize_bins`.", "window_size", "=", "np", ".", "clip", "(", "window_size", ",", "1e-5", ",", "1e5", ")", "# in seconds", "winsize_bins", "=", "2", "*", "int", "(", ".5", "*", "window_size", "/", "bin_size", ")", "+", "1", "assert", "winsize_bins", ">=", "1", "assert", "winsize_bins", "%", "2", "==", "1", "# Take the cluster oder into account.", "if", "cluster_ids", "is", "None", ":", "clusters", "=", "_unique", "(", "spike_clusters", ")", "else", ":", "clusters", "=", "_as_array", "(", "cluster_ids", ")", "n_clusters", "=", "len", "(", "clusters", ")", "# Like spike_clusters, but with 0..n_clusters-1 indices.", "spike_clusters_i", "=", "_index_of", "(", "spike_clusters", ",", "clusters", ")", "# Shift between the two copies of the spike trains.", "shift", "=", "1", "# At a given shift, the mask precises which spikes have matching spikes", "# within the correlogram time window.", "mask", "=", "np", ".", "ones_like", "(", "spike_samples", ",", "dtype", "=", "np", ".", "bool", ")", "correlograms", "=", "_create_correlograms_array", "(", "n_clusters", ",", "winsize_bins", ")", "# The loop continues as long as there is at least one spike with", "# a matching spike.", "while", "mask", "[", ":", "-", "shift", "]", ".", "any", "(", ")", ":", "# Number of time samples between spike i and spike i+shift.", "spike_diff", "=", "_diff_shifted", "(", "spike_samples", ",", "shift", ")", "# Binarize the delays between spike i and spike i+shift.", "spike_diff_b", "=", "spike_diff", "//", "binsize", "# Spikes with no matching spikes are masked.", "mask", "[", ":", "-", "shift", "]", "[", "spike_diff_b", ">", "(", "winsize_bins", "//", "2", ")", "]", "=", "False", "# Cache the masked spike delays.", "m", "=", "mask", "[", ":", "-", "shift", "]", ".", "copy", "(", ")", "d", "=", "spike_diff_b", "[", "m", "]", "# # Update the masks given the clusters to update.", "# m0 = np.in1d(spike_clusters[:-shift], clusters)", "# m = m & m0", "# d = spike_diff_b[m]", "d", "=", "spike_diff_b", "[", "m", "]", "# Find the indices in the raveled correlograms array that need", "# to be incremented, taking into account the spike clusters.", "indices", "=", "np", ".", "ravel_multi_index", "(", "(", "spike_clusters_i", "[", ":", "-", "shift", "]", "[", "m", "]", ",", "spike_clusters_i", "[", "+", "shift", ":", "]", "[", "m", "]", ",", "d", ")", ",", "correlograms", ".", "shape", ")", "# Increment the matching spikes in the correlograms array.", "_increment", "(", "correlograms", ".", "ravel", "(", ")", ",", "indices", ")", "shift", "+=", "1", "# Remove ACG peaks.", "correlograms", "[", "np", ".", "arange", "(", "n_clusters", ")", ",", "np", ".", "arange", "(", "n_clusters", ")", ",", "0", "]", "=", "0", "if", "symmetrize", ":", "return", "_symmetrize_correlograms", "(", "correlograms", ")", "else", ":", "return", "correlograms" ]

[ "Compute", "all", "pairwise", "cross", "-", "correlograms", "among", "the", "clusters", "appearing", "in", "spike_clusters", "." ]

[ "def", "getSegmentOnCell", "(", "self", ",", "c", ",", "i", ",", "segIdx", ")", ":", "segList", "=", "self", ".", "cells4", ".", "getNonEmptySegList", "(", "c", ",", "i", ")", "seg", "=", "self", ".", "cells4", ".", "getSegment", "(", "c", ",", "i", ",", "segList", "[", "segIdx", "]", ")", "numSyn", "=", "seg", ".", "size", "(", ")", "assert", "numSyn", "!=", "0", "# Accumulate segment information", "result", "=", "[", "]", "result", ".", "append", "(", "[", "int", "(", "segIdx", ")", ",", "bool", "(", "seg", ".", "isSequenceSegment", "(", ")", ")", ",", "seg", ".", "getPositiveActivations", "(", ")", ",", "seg", ".", "getTotalActivations", "(", ")", ",", "seg", ".", "getLastActiveIteration", "(", ")", ",", "seg", ".", "getLastPosDutyCycle", "(", ")", ",", "seg", ".", "getLastPosDutyCycleIteration", "(", ")", "]", ")", "for", "s", "in", "xrange", "(", "numSyn", ")", ":", "sc", ",", "si", "=", "self", ".", "getColCellIdx", "(", "seg", ".", "getSrcCellIdx", "(", "s", ")", ")", "result", ".", "append", "(", "[", "int", "(", "sc", ")", ",", "int", "(", "si", ")", ",", "seg", ".", "getPermanence", "(", "s", ")", "]", ")", "return", "result" ]

[ "Overrides", ":", "meth", ":", "nupic", ".", "algorithms", ".", "backtracking_tm", ".", "BacktrackingTM", ".", "getSegmentOnCell", "." ]

[ "def", "get", "(", "self", ")", ":", "with", "self", ".", "cvar", ":", "while", "True", ":", "if", "self", ".", "size", ".", "value", ">", "0", ":", "rval", "=", "self", ".", "vals", "[", "self", ".", "tail", ".", "value", "]", "self", ".", "tail", ".", "value", "=", "(", "self", ".", "tail", ".", "value", "+", "1", ")", "%", "len", "(", "self", ".", "vals", ")", "self", ".", "size", ".", "value", "-=", "1", "if", "rval", "==", "-", "2", ":", "return", "QueueClosed", "assert", "(", "rval", ">=", "0", ")", "return", "rval", "self", ".", "cvar", ".", "wait", "(", ")" ]

[ "Fetch", "the", "next", "item", "in", "the", "queue", ".", "Blocks", "until", "an", "item", "is", "ready", ".", ":", "return", ":", "The", "next", "unsigned", "integer", "in", "the", "queue", "." ]

[ "def", "_vertex_enumeration_gen", "(", "labelings_bits_tup", ",", "equations_tup", ",", "trans_recips", ")", ":", "m", ",", "n", "=", "equations_tup", "[", "0", "]", ".", "shape", "[", "1", "]", "-", "1", ",", "equations_tup", "[", "1", "]", ".", "shape", "[", "1", "]", "-", "1", "num_vertices0", ",", "num_vertices1", "=", "equations_tup", "[", "0", "]", ".", "shape", "[", "0", "]", ",", "equations_tup", "[", "1", "]", ".", "shape", "[", "0", "]", "ZERO_LABELING0_BITS", "=", "(", "np", ".", "uint64", "(", "1", ")", "<<", "np", ".", "uint64", "(", "m", ")", ")", "-", "np", ".", "uint64", "(", "1", ")", "COMPLETE_LABELING_BITS", "=", "(", "np", ".", "uint64", "(", "1", ")", "<<", "np", ".", "uint64", "(", "m", "+", "n", ")", ")", "-", "np", ".", "uint64", "(", "1", ")", "for", "i", "in", "range", "(", "num_vertices0", ")", ":", "if", "labelings_bits_tup", "[", "0", "]", "[", "i", "]", "==", "ZERO_LABELING0_BITS", ":", "continue", "for", "j", "in", "range", "(", "num_vertices1", ")", ":", "xor", "=", "labelings_bits_tup", "[", "0", "]", "[", "i", "]", "^", "labelings_bits_tup", "[", "1", "]", "[", "j", "]", "if", "xor", "==", "COMPLETE_LABELING_BITS", ":", "yield", "_get_mixed_actions", "(", "labelings_bits_tup", "[", "0", "]", "[", "i", "]", ",", "(", "equations_tup", "[", "0", "]", "[", "i", "]", ",", "equations_tup", "[", "1", "]", "[", "j", "]", ")", ",", "trans_recips", ")", "break" ]

[ "Main", "body", "of", "vertex_enumeration_gen", "." ]

[ "def", "create", "(", "url", ",", "model_id", ",", "name", ",", "arguments", ",", "properties", "=", "None", ")", ":", "# Create list of model run arguments. Catch TypeErrors if arguments is", "# not a list.", "obj_args", "=", "[", "]", "try", ":", "for", "arg", "in", "arguments", ":", "obj_args", ".", "append", "(", "{", "'name'", ":", "arg", ",", "'value'", ":", "arguments", "[", "arg", "]", "}", ")", "except", "TypeError", "as", "ex", ":", "raise", "ValueError", "(", "'invalid argument set'", ")", "# Create request body and send POST request to given Url", "body", "=", "{", "'model'", ":", "model_id", ",", "'name'", ":", "name", ",", "'arguments'", ":", "obj_args", ",", "}", "# Create list of properties if given. Catch TypeErrors if properties is", "# not a list.", "if", "not", "properties", "is", "None", ":", "obj_props", "=", "[", "]", "try", ":", "for", "key", "in", "properties", ":", "if", "key", "!=", "'name'", ":", "obj_props", ".", "append", "(", "{", "'key'", ":", "key", ",", "'value'", ":", "properties", "[", "key", "]", "}", ")", "except", "TypeError", "as", "ex", ":", "raise", "ValueError", "(", "'invalid property set'", ")", "body", "[", "'properties'", "]", "=", "obj_props", "# POST create model run request", "try", ":", "req", "=", "urllib2", ".", "Request", "(", "url", ")", "req", ".", "add_header", "(", "'Content-Type'", ",", "'application/json'", ")", "response", "=", "urllib2", ".", "urlopen", "(", "req", ",", "json", ".", "dumps", "(", "body", ")", ")", "except", "urllib2", ".", "URLError", "as", "ex", ":", "raise", "ValueError", "(", "str", "(", "ex", ")", ")", "# Get model run self reference from successful response", "return", "references_to_dict", "(", "json", ".", "load", "(", "response", ")", "[", "'links'", "]", ")", "[", "REF_SELF", "]" ]

[ "Create", "a", "new", "model", "run", "using", "the", "given", "SCO", "-", "API", "create", "model", "run", "Url", "." ]

[ "def", "one", "(", "self", ")", ":", "row", "=", "None", "if", "self", ".", "_current_rows", ":", "try", ":", "row", "=", "self", ".", "_current_rows", "[", "0", "]", "except", "TypeError", ":", "# generator object is not subscriptable, PYTHON-1026", "row", "=", "next", "(", "iter", "(", "self", ".", "_current_rows", ")", ")", "return", "row" ]

[ "Return", "a", "single", "row", "of", "the", "results", "or", "None", "if", "empty", ".", "This", "is", "basically", "a", "shortcut", "to", "result_set", ".", "current_rows", "[", "0", "]", "and", "should", "only", "be", "used", "when", "you", "know", "a", "query", "returns", "a", "single", "row", ".", "Consider", "using", "an", "iterator", "if", "the", "ResultSet", "contains", "more", "than", "one", "row", "." ]

[ "def", "_is_small_molecule", "(", "pe", ")", ":", "val", "=", "isinstance", "(", "pe", ",", "_bp", "(", "'SmallMolecule'", ")", ")", "or", "isinstance", "(", "pe", ",", "_bpimpl", "(", "'SmallMolecule'", ")", ")", "or", "isinstance", "(", "pe", ",", "_bp", "(", "'SmallMoleculeReference'", ")", ")", "or", "isinstance", "(", "pe", ",", "_bpimpl", "(", "'SmallMoleculeReference'", ")", ")", "return", "val" ]

[ "Return", "True", "if", "the", "element", "is", "a", "small", "molecule" ]

[ "def", "format_stack_frame_json", "(", "self", ")", ":", "stack_frame_json", "=", "{", "}", "stack_frame_json", "[", "'function_name'", "]", "=", "get_truncatable_str", "(", "self", ".", "func_name", ")", "stack_frame_json", "[", "'original_function_name'", "]", "=", "get_truncatable_str", "(", "self", ".", "original_func_name", ")", "stack_frame_json", "[", "'file_name'", "]", "=", "get_truncatable_str", "(", "self", ".", "file_name", ")", "stack_frame_json", "[", "'line_number'", "]", "=", "self", ".", "line_num", "stack_frame_json", "[", "'column_number'", "]", "=", "self", ".", "col_num", "stack_frame_json", "[", "'load_module'", "]", "=", "{", "'module'", ":", "get_truncatable_str", "(", "self", ".", "load_module", ")", ",", "'build_id'", ":", "get_truncatable_str", "(", "self", ".", "build_id", ")", ",", "}", "stack_frame_json", "[", "'source_version'", "]", "=", "get_truncatable_str", "(", "self", ".", "source_version", ")", "return", "stack_frame_json" ]

[ "Convert", "StackFrame", "object", "to", "json", "format", "." ]

[ "def", "instance_admin_client", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "_instance_admin_client", "is", "None", ":", "if", "not", "self", ".", "_admin", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Client is not an admin client.\"", ")", "self", ".", "_instance_admin_client", "=", "_create_gapic_client", "(", "bigtable_admin_v2", ".", "BigtableInstanceAdminClient", ")", "(", "self", ")", "return", "self", ".", "_instance_admin_client" ]

[ "Getter", "for", "the", "gRPC", "stub", "used", "for", "the", "Table", "Admin", "API", "." ]

[ "def", "sociallogin_from_response", "(", "self", ",", "request", ",", "response", ")", ":", "# NOTE: Avoid loading models at top due to registry boot...", "from", "allauth", ".", "socialaccount", ".", "models", "import", "SocialLogin", ",", "SocialAccount", "adapter", "=", "get_adapter", "(", "request", ")", "uid", "=", "self", ".", "extract_uid", "(", "response", ")", "extra_data", "=", "self", ".", "extract_extra_data", "(", "response", ")", "common_fields", "=", "self", ".", "extract_common_fields", "(", "response", ")", "socialaccount", "=", "SocialAccount", "(", "extra_data", "=", "extra_data", ",", "uid", "=", "uid", ",", "provider", "=", "self", ".", "id", ")", "email_addresses", "=", "self", ".", "extract_email_addresses", "(", "response", ")", "self", ".", "cleanup_email_addresses", "(", "common_fields", ".", "get", "(", "'email'", ")", ",", "email_addresses", ")", "sociallogin", "=", "SocialLogin", "(", "account", "=", "socialaccount", ",", "email_addresses", "=", "email_addresses", ")", "user", "=", "sociallogin", ".", "user", "=", "adapter", ".", "new_user", "(", "request", ",", "sociallogin", ")", "user", ".", "set_unusable_password", "(", ")", "adapter", ".", "populate_user", "(", "request", ",", "sociallogin", ",", "common_fields", ")", "return", "sociallogin" ]

[ "Instantiates", "and", "populates", "a", "SocialLogin", "model", "based", "on", "the", "data", "retrieved", "in", "response", ".", "The", "method", "does", "NOT", "save", "the", "model", "to", "the", "DB", "." ]

[ "def", "redirect", "(", "self", ",", "redirect", ",", "auth", ")", ":", "if", "self", ".", "_ext_connection", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Clients with a shared connection cannot be \"", "\"automatically redirected.\"", ")", "if", "self", ".", "message_handler", ":", "self", ".", "message_handler", ".", "destroy", "(", ")", "self", ".", "message_handler", "=", "None", "self", ".", "_pending_messages", "=", "[", "]", "self", ".", "_remote_address", "=", "address", ".", "Target", "(", "redirect", ".", "address", ")", "self", ".", "_redirect", "(", "redirect", ",", "auth", ")" ]

[ "Redirect", "the", "client", "endpoint", "using", "a", "Link", "DETACH", "redirect", "response", "." ]

[ "def", "_match_exec", "(", "self", ",", "i", ")", ":", "self", ".", "col_match", "=", "self", ".", "RE_EXEC", ".", "match", "(", "self", ".", "_source", "[", "i", "]", ")", "if", "self", ".", "col_match", "is", "not", "None", ":", "if", "self", ".", "col_match", ".", "group", "(", "\"codetype\"", ")", "==", "\"function\"", ":", "self", ".", "el_type", "=", "Function", "else", ":", "self", ".", "el_type", "=", "Subroutine", "self", ".", "el_name", "=", "self", ".", "col_match", ".", "group", "(", "\"name\"", ")", "return", "True", "else", ":", "return", "False" ]

[ "Looks", "at", "line", "i", "for", "a", "subroutine", "or", "function", "definition", "." ]

[ "def", "expanduser", "(", "self", ")", ":", "if", "(", "not", "(", "self", ".", "_drv", "or", "self", ".", "_root", ")", "and", "self", ".", "_parts", "and", "self", ".", "_parts", "[", "0", "]", "[", ":", "1", "]", "==", "'~'", ")", ":", "homedir", "=", "self", ".", "_flavour", ".", "gethomedir", "(", "self", ".", "_parts", "[", "0", "]", "[", "1", ":", "]", ")", "return", "self", ".", "_from_parts", "(", "[", "homedir", "]", "+", "self", ".", "_parts", "[", "1", ":", "]", ")", "return", "self" ]

[ "Return", "a", "new", "path", "with", "expanded", "~", "and", "~user", "constructs", "(", "as", "returned", "by", "os", ".", "path", ".", "expanduser", ")" ]

[ "def", "pkg_find", "(", "self", ")", ":", "flag", "=", "[", "]", "options", "=", "[", "\"-F\"", ",", "\"--FIND\"", "]", "additional_options", "=", "[", "\"--case-ins\"", "]", "for", "arg", "in", "self", ".", "args", ":", "if", "arg", "in", "additional_options", ":", "flag", ".", "append", "(", "arg", ")", "self", ".", "args", ".", "remove", "(", "arg", ")", "packages", "=", "self", ".", "args", "[", "1", ":", "]", "if", "len", "(", "self", ".", "args", ")", ">", "1", "and", "self", ".", "args", "[", "0", "]", "in", "options", ":", "FindFromRepos", "(", ")", ".", "find", "(", "packages", ",", "flag", ")", "else", ":", "usage", "(", "\"\"", ")" ]

[ "Find", "packages", "from", "all", "enabled", "repositories" ]

[ "def", "peta_bencana_help", "(", ")", ":", "message", "=", "m", ".", "Message", "(", ")", "message", ".", "add", "(", "m", ".", "Brand", "(", ")", ")", "message", ".", "add", "(", "heading", "(", ")", ")", "message", ".", "add", "(", "content", "(", ")", ")", "return", "message" ]

[ "Help", "message", "for", "PetaBencana", "dialog", "." ]

[ "def", "matchmaker_delete", "(", "institute_id", ",", "case_name", ")", ":", "# check that only authorized users can delete patients from MME", "user_obj", "=", "store", ".", "user", "(", "current_user", ".", "email", ")", "if", "'mme_submitter'", "not", "in", "user_obj", "[", "'roles'", "]", ":", "flash", "(", "'unauthorized request'", ",", "'warning'", ")", "return", "redirect", "(", "request", ".", "referrer", ")", "institute_obj", ",", "case_obj", "=", "institute_and_case", "(", "store", ",", "institute_id", ",", "case_name", ")", "# Required params for sending a delete request to MME:", "mme_base_url", "=", "current_app", ".", "config", ".", "get", "(", "'MME_URL'", ")", "mme_token", "=", "current_app", ".", "config", ".", "get", "(", "'MME_TOKEN'", ")", "if", "not", "mme_base_url", "or", "not", "mme_token", ":", "flash", "(", "'An error occurred reading matchmaker connection parameters. Please check config file!'", ",", "'danger'", ")", "return", "redirect", "(", "request", ".", "referrer", ")", "delete_result", "=", "controllers", ".", "mme_delete", "(", "case_obj", ",", "mme_base_url", ",", "mme_token", ")", "n_deleted", "=", "0", "category", "=", "'warning'", "for", "resp", "in", "delete_result", ":", "if", "resp", "[", "'status_code'", "]", "==", "200", ":", "n_deleted", "+=", "1", "else", ":", "flash", "(", "resp", "[", "'message'", "]", ",", "category", ")", "if", "n_deleted", ":", "category", "=", "'success'", "# update case by removing mme submission", "# and create events for patients deletion from MME", "user_obj", "=", "store", ".", "user", "(", "current_user", ".", "email", ")", "store", ".", "case_mme_delete", "(", "case_obj", "=", "case_obj", ",", "user_obj", "=", "user_obj", ")", "flash", "(", "'Number of patients deleted from Matchmaker: {} out of {}'", ".", "format", "(", "n_deleted", ",", "len", "(", "delete_result", ")", ")", ",", "category", ")", "return", "redirect", "(", "request", ".", "referrer", ")" ]

[ "Remove", "a", "case", "from", "MatchMaker" ]

[ "def", "highlight_occurences", "(", "editor", ")", ":", "format", "=", "editor", ".", "language", ".", "theme", ".", "get", "(", "\"accelerator.occurence\"", ")", "if", "not", "format", ":", "return", "False", "extra_selections", "=", "editor", ".", "extraSelections", "(", ")", "or", "[", "]", "if", "not", "editor", ".", "isReadOnly", "(", ")", ":", "word", "=", "editor", ".", "get_word_under_cursor", "(", ")", "if", "not", "word", ":", "return", "False", "block", "=", "editor", ".", "document", "(", ")", ".", "findBlock", "(", "0", ")", "cursor", "=", "editor", ".", "document", "(", ")", ".", "find", "(", "word", ",", "block", ".", "position", "(", ")", ",", "QTextDocument", ".", "FindCaseSensitively", "|", "QTextDocument", ".", "FindWholeWords", ")", "while", "block", ".", "isValid", "(", ")", "and", "cursor", ".", "position", "(", ")", "!=", "-", "1", ":", "selection", "=", "QTextEdit", ".", "ExtraSelection", "(", ")", "selection", ".", "format", ".", "setBackground", "(", "format", ".", "background", "(", ")", ")", "selection", ".", "cursor", "=", "cursor", "extra_selections", ".", "append", "(", "selection", ")", "cursor", "=", "editor", ".", "document", "(", ")", ".", "find", "(", "word", ",", "cursor", ".", "position", "(", ")", ",", "QTextDocument", ".", "FindCaseSensitively", "|", "QTextDocument", ".", "FindWholeWords", ")", "block", "=", "block", ".", "next", "(", ")", "editor", ".", "setExtraSelections", "(", "extra_selections", ")", "return", "True" ]

[ "Highlights", "given", "editor", "current", "line", "." ]

[ "def", "apply_grad", "(", "fun", ",", "grad", ")", ":", "if", "issequence", "(", "grad", ")", ":", "fgrad", "=", "[", "apply_grad", "(", "fun", ",", "g", ")", "for", "g", "in", "grad", "]", "return", "fgrad", "if", "len", "(", "fgrad", ")", "!=", "1", "else", "fgrad", "[", "0", "]", "elif", "len", "(", "grad", ")", "==", "0", ":", "return", "[", "]", "elif", "(", "grad", ".", "ndim", "==", "1", ")", "or", "(", "grad", ".", "ndim", "==", "2", ")", ":", "return", "fun", "(", "grad", ")", "elif", "grad", ".", "ndim", "==", "3", ":", "return", "np", ".", "array", "(", "[", "fun", "(", "grad", "[", ":", ",", ":", ",", "i", "]", ")", "for", "i", "in", "range", "(", "grad", ".", "shape", "[", "2", "]", ")", "]", ")", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Only up to 3d gradients allowed!\"", ")" ]

[ "Apply", "a", "function", "that", "takes", "a", "gradient", "matrix", "to", "a", "sequence", "of", "2", "or", "3", "dimensional", "gradients", "." ]

[ "def", "get_gitpython_version", "(", ")", ":", "# if not in git clone, it doesn't matter", "if", "not", "in_git_clone", "(", ")", ":", "return", "'GitPython'", "# otherwise, call out to get the git version", "try", ":", "gitv", "=", "subprocess", ".", "check_output", "(", "'git --version'", ",", "shell", "=", "True", ")", "except", "(", "OSError", ",", "IOError", ",", "subprocess", ".", "CalledProcessError", ")", ":", "# no git installation, most likely", "git_version", "=", "'0.0.0'", "else", ":", "if", "isinstance", "(", "gitv", ",", "bytes", ")", ":", "gitv", "=", "gitv", ".", "decode", "(", "'utf-8'", ")", "git_version", "=", "gitv", ".", "strip", "(", ")", ".", "split", "(", ")", "[", "2", "]", "# if git>=2.15, we need GitPython>=2.1.8", "if", "LooseVersion", "(", "git_version", ")", ">=", "'2.15'", ":", "return", "'GitPython>=2.1.8'", "return", "'GitPython'" ]

[ "Determine", "the", "required", "version", "of", "GitPython" ]

[ "def", "check_union", "(", "data", ":", "typing", ".", "Union", ",", "hint", ":", "type", ")", "->", "bool", ":", "r", "=", "any", "(", "check_type", "(", "data", ",", "t", ")", "[", "1", "]", "for", "t", "in", "hint", ".", "__union_params__", ")", "if", "not", "r", ":", "raise", "TypeError", "(", "'expected one of {0!r}, found: {1!r}'", ".", "format", "(", "hint", ".", "__union_params__", ",", "type", "(", "data", ")", ")", ")", "return", "hint", ",", "r" ]

[ "Check", "argument", "type", "&", "return", "type", "of", ":", "class", ":", "typing", ".", "Union", ".", "since", "it", "raises", "check", ":", "class", ":", "typing", ".", "Union", "using", "isinstance", "so", "compare", "in", "diffrent", "way" ]

[ "def", "addMenu", "(", "self", ",", "menu", ")", ":", "# If there is no menu selected currently, this menu will automatically be made active.", "# Add the line above to the docstring if fixed", "self", ".", "menus", "[", "menu", ".", "name", "]", "=", "menu", "self", ".", "peng", ".", "sendEvent", "(", "\"peng3d:window.menu.add\"", ",", "{", "\"peng\"", ":", "self", ".", "peng", ",", "\"window\"", ":", "self", ",", "\"menu\"", ":", "menu", "}", ")" ]

[ "Adds", "a", "menu", "to", "the", "list", "of", "menus", "." ]

[ "def", "supports_heading_type", "(", "self", ",", "heading_type", ")", ":", "# Implemented from template for osid.Metadata.supports_coordinate_type", "if", "self", ".", "_kwargs", "[", "'syntax'", "]", "not", "in", "[", "'``HEADING``'", "]", ":", "raise", "errors", ".", "IllegalState", "(", ")", "return", "heading_type", "in", "self", ".", "get_heading_types" ]

[ "Tests", "if", "the", "given", "heading", "type", "is", "supported", "." ]

[ "def", "compare_registry", "(", "self", ",", "concurrent", "=", "False", ")", ":", "self", ".", "logger", ".", "debug", "(", "\"Comparing Windows registries.\"", ")", "self", ".", "_assert_windows", "(", ")", "return", "compare_registries", "(", "self", ".", "filesystems", "[", "0", "]", ",", "self", ".", "filesystems", "[", "1", "]", ",", "concurrent", "=", "concurrent", ")" ]

[ "Compares", "the", "Windows", "Registry", "contained", "within", "the", "two", "File", "Systems", "." ]

[ "def", "_create_folder", "(", "local_folder", ",", "parent_folder_id", ")", ":", "new_folder", "=", "session", ".", "communicator", ".", "create_folder", "(", "session", ".", "token", ",", "os", ".", "path", ".", "basename", "(", "local_folder", ")", ",", "parent_folder_id", ")", "return", "new_folder", "[", "'folder_id'", "]" ]

[ "Function", "for", "creating", "a", "remote", "folder", "and", "returning", "the", "id", ".", "This", "should", "be", "a", "building", "block", "for", "user", "-", "level", "functions", "." ]

[ "def", "parse_entry", "(", "self", ",", "name", ")", ":", "# calculate schema mode", "# if ':name' or '' or '[]:name' or '[]' found, it'll be treat as multiple Schema query", "alias", "=", "name", "if", "':'", "in", "name", ":", "name", ",", "alias", "=", "name", ".", "split", "(", "':'", ")", "if", "name", ".", "endswith", "(", "'[]'", ")", ":", "need_list", "=", "True", "name", "=", "name", "[", ":", "-", "2", "]", "else", ":", "need_list", "=", "False", "return", "alias", ",", "name", ",", "need_list" ]

[ "Parse", "query", "entry", "name", "just", "like", ":", "{", "User", "[]", ":", "user", "}" ]

[ "def", "create_id2study_info", "(", "path", ",", "tag", ")", ":", "d", "=", "{", "}", "for", "triple", "in", "os", ".", "walk", "(", "path", ")", ":", "root", ",", "files", "=", "triple", "[", "0", "]", ",", "triple", "[", "2", "]", "for", "filename", "in", "files", ":", "if", "filename", ".", "endswith", "(", "'.json'", ")", ":", "study_id", "=", "filename", "[", ":", "-", "5", "]", "d", "[", "study_id", "]", "=", "(", "tag", ",", "root", ",", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "root", ",", "filename", ")", ")", "return", "d" ]

[ "Searchers", "for", "*", ".", "json", "files", "in", "this", "repo", "and", "returns", "a", "map", "of", "study", "id", "==", ">", "(", "tag", "dir", "study", "filepath", ")", "where", "tag", "is", "typically", "the", "shard", "name" ]

[ "def", "_read_data_handler", "(", "length", ",", "whence", ",", "ctx", ",", "skip", "=", "False", ",", "stream_event", "=", "ION_STREAM_INCOMPLETE_EVENT", ")", ":", "trans", "=", "None", "queue", "=", "ctx", ".", "queue", "if", "length", ">", "ctx", ".", "remaining", ":", "raise", "IonException", "(", "'Length overrun: %d bytes, %d remaining'", "%", "(", "length", ",", "ctx", ".", "remaining", ")", ")", "# Make sure to check the queue first.", "queue_len", "=", "len", "(", "queue", ")", "if", "queue_len", ">", "0", ":", "# Any data available means we can only be incomplete.", "stream_event", "=", "ION_STREAM_INCOMPLETE_EVENT", "length", "-=", "queue_len", "if", "skip", ":", "# For skipping we need to consume any remnant in the buffer queue.", "if", "length", ">=", "0", ":", "queue", ".", "skip", "(", "queue_len", ")", "else", ":", "queue", ".", "skip", "(", "queue_len", "+", "length", ")", "while", "True", ":", "data_event", ",", "self", "=", "(", "yield", "trans", ")", "if", "data_event", "is", "not", "None", "and", "data_event", ".", "data", "is", "not", "None", ":", "data", "=", "data_event", ".", "data", "data_len", "=", "len", "(", "data", ")", "if", "data_len", ">", "0", ":", "# We got something so we can only be incomplete.", "stream_event", "=", "ION_STREAM_INCOMPLETE_EVENT", "length", "-=", "data_len", "if", "not", "skip", ":", "queue", ".", "extend", "(", "data", ")", "else", ":", "pos_adjustment", "=", "data_len", "if", "length", "<", "0", ":", "pos_adjustment", "+=", "length", "# More data than we need to skip, so make sure to accumulate that remnant.", "queue", ".", "extend", "(", "data", "[", "length", ":", "]", ")", "queue", ".", "position", "+=", "pos_adjustment", "if", "length", "<=", "0", ":", "# We got all the data we need, go back immediately", "yield", "Transition", "(", "None", ",", "whence", ")", "trans", "=", "Transition", "(", "stream_event", ",", "self", ")" ]

[ "Creates", "a", "co", "-", "routine", "for", "retrieving", "data", "up", "to", "a", "requested", "size", "." ]

[ "def", "find", "(", "self", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "cursor", "=", "self", ".", "delegate", ".", "find", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "grid_out_cursor", "=", "create_class_with_framework", "(", "AgnosticGridOutCursor", ",", "self", ".", "_framework", ",", "self", ".", "__module__", ")", "return", "grid_out_cursor", "(", "cursor", ",", "self", ".", "collection", ")" ]

[ "Find", "and", "return", "the", "files", "collection", "documents", "that", "match", "filter", "." ]

[ "def", "is_subscribed", "(", "user", ",", "obj", ")", ":", "if", "not", "user", ".", "is_authenticated", "(", ")", ":", "return", "False", "ctype", "=", "ContentType", ".", "objects", ".", "get_for_model", "(", "obj", ")", "try", ":", "Subscription", ".", "objects", ".", "get", "(", "user", "=", "user", ",", "content_type", "=", "ctype", ",", "object_id", "=", "obj", ".", "pk", ")", "except", "Subscription", ".", "DoesNotExist", ":", "return", "False", "return", "True" ]

[ "Returns", "True", "if", "the", "user", "is", "subscribed", "to", "the", "given", "object", "." ]

[ "def", "allow_filtering", "(", "self", ")", ":", "clone", "=", "copy", ".", "deepcopy", "(", "self", ")", "clone", ".", "_allow_filtering", "=", "True", "return", "clone" ]

[ "Enables", "the", "(", "usually", ")", "unwise", "practive", "of", "querying", "on", "a", "clustering", "key", "without", "also", "defining", "a", "partition", "key" ]

[ "def", "gapfind", "(", "model", ",", "solver", ",", "epsilon", "=", "0.001", ",", "v_max", "=", "1000", ",", "implicit_sinks", "=", "True", ")", ":", "prob", "=", "solver", ".", "create_problem", "(", ")", "# Set integrality tolerance such that w constraints are correct", "min_tol", "=", "prob", ".", "integrality_tolerance", ".", "min", "int_tol", "=", "_find_integer_tolerance", "(", "epsilon", ",", "v_max", ",", "min_tol", ")", "if", "int_tol", "<", "prob", ".", "integrality_tolerance", ".", "value", ":", "prob", ".", "integrality_tolerance", ".", "value", "=", "int_tol", "# Define flux variables", "v", "=", "prob", ".", "namespace", "(", ")", "for", "reaction_id", "in", "model", ".", "reactions", ":", "lower", ",", "upper", "=", "model", ".", "limits", "[", "reaction_id", "]", "v", ".", "define", "(", "[", "reaction_id", "]", ",", "lower", "=", "lower", ",", "upper", "=", "upper", ")", "# Define constraints on production of metabolites in reaction", "w", "=", "prob", ".", "namespace", "(", "types", "=", "lp", ".", "VariableType", ".", "Binary", ")", "binary_cons_lhs", "=", "{", "compound", ":", "0", "for", "compound", "in", "model", ".", "compounds", "}", "for", "spec", ",", "value", "in", "iteritems", "(", "model", ".", "matrix", ")", ":", "compound", ",", "reaction_id", "=", "spec", "if", "value", "!=", "0", ":", "w", ".", "define", "(", "[", "spec", "]", ")", "w_var", "=", "w", "(", "spec", ")", "lower", ",", "upper", "=", "(", "float", "(", "x", ")", "for", "x", "in", "model", ".", "limits", "[", "reaction_id", "]", ")", "if", "value", ">", "0", ":", "dv", "=", "v", "(", "reaction_id", ")", "else", ":", "dv", "=", "-", "v", "(", "reaction_id", ")", "lower", ",", "upper", "=", "-", "upper", ",", "-", "lower", "prob", ".", "add_linear_constraints", "(", "dv", "<=", "upper", "*", "w_var", ",", "dv", ">=", "epsilon", "+", "(", "lower", "-", "epsilon", ")", "*", "(", "1", "-", "w_var", ")", ")", "binary_cons_lhs", "[", "compound", "]", "+=", "w_var", "xp", "=", "prob", ".", "namespace", "(", "model", ".", "compounds", ",", "types", "=", "lp", ".", "VariableType", ".", "Binary", ")", "objective", "=", "xp", ".", "sum", "(", "model", ".", "compounds", ")", "prob", ".", "set_objective", "(", "objective", ")", "for", "compound", ",", "lhs", "in", "iteritems", "(", "binary_cons_lhs", ")", ":", "prob", ".", "add_linear_constraints", "(", "lhs", ">=", "xp", "(", "compound", ")", ")", "# Define mass balance constraints", "massbalance_lhs", "=", "{", "compound", ":", "0", "for", "compound", "in", "model", ".", "compounds", "}", "for", "spec", ",", "value", "in", "iteritems", "(", "model", ".", "matrix", ")", ":", "compound", ",", "reaction_id", "=", "spec", "massbalance_lhs", "[", "compound", "]", "+=", "v", "(", "reaction_id", ")", "*", "value", "for", "compound", ",", "lhs", "in", "iteritems", "(", "massbalance_lhs", ")", ":", "if", "implicit_sinks", ":", "# The constraint is merely >0 meaning that we have implicit sinks", "# for all compounds.", "prob", ".", "add_linear_constraints", "(", "lhs", ">=", "0", ")", "else", ":", "prob", ".", "add_linear_constraints", "(", "lhs", "==", "0", ")", "# Solve", "try", ":", "result", "=", "prob", ".", "solve", "(", "lp", ".", "ObjectiveSense", ".", "Maximize", ")", "except", "lp", ".", "SolverError", "as", "e", ":", "raise_from", "(", "GapFillError", "(", "'Failed to solve gapfill: {}'", ".", "format", "(", "e", ")", ",", "e", ")", ")", "for", "compound", "in", "model", ".", "compounds", ":", "if", "result", ".", "get_value", "(", "xp", "(", "compound", ")", ")", "<", "0.5", ":", "yield", "compound" ]

[ "Identify", "compounds", "in", "the", "model", "that", "cannot", "be", "produced", "." ]

[ "def", "remove_all_properties", "(", "self", ",", "recursive", ")", ":", "if", "self", ".", "provider", ".", "prop_manager", ":", "self", ".", "provider", ".", "prop_manager", ".", "remove_properties", "(", "self", ".", "get_ref_url", "(", ")", ",", "self", ".", "environ", ")" ]

[ "Remove", "all", "associated", "dead", "properties", "." ]

[ "def", "draw", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "context", ".", "set_source_rgb", "(", "*", "self", ".", "_get_background_color", "(", ")", ")", "self", ".", "context", ".", "rectangle", "(", "*", "self", ".", "rect", ")", "self", ".", "context", ".", "fill", "(", ")", "# If show frozen is active, show frozen pattern", "if", "self", ".", "view_frozen", "and", "self", ".", "cell_attributes", "[", "self", ".", "key", "]", "[", "\"frozen\"", "]", ":", "self", ".", "_draw_frozen_pattern", "(", ")" ]

[ "Draws", "cell", "background", "to", "context" ]

[ "def", "to_api_data", "(", "self", ")", ":", "data", "=", "{", "'@odata.type'", ":", "self", ".", "_gk", "(", "'{}_attachment_type'", ".", "format", "(", "self", ".", "attachment_type", ")", ")", ",", "self", ".", "_cc", "(", "'name'", ")", ":", "self", ".", "name", "}", "if", "self", ".", "attachment_type", "==", "'file'", ":", "data", "[", "self", ".", "_cc", "(", "'contentBytes'", ")", "]", "=", "self", ".", "content", "else", ":", "data", "[", "self", ".", "_cc", "(", "'item'", ")", "]", "=", "self", ".", "content", "return", "data" ]

[ "Returns", "a", "dict", "to", "communicate", "with", "the", "server" ]

[ "def", "get_scans", "(", "self", ")", ":", "code", ",", "data", "=", "self", ".", "send_request", "(", "'/scans/'", ",", "method", "=", "'GET'", ")", "if", "code", "!=", "200", ":", "msg", "=", "'Failed to retrieve scans. Unexpected code %s'", "raise", "APIException", "(", "msg", "%", "code", ")", "scans", "=", "data", ".", "get", "(", "'items'", ",", "None", ")", "if", "scans", "is", "None", ":", "raise", "APIException", "(", "'Failed to retrieve scans, no \"items\" in JSON.'", ")", "scan_instances", "=", "[", "]", "for", "scan_json", "in", "scans", ":", "scan_id", "=", "scan_json", "[", "'id'", "]", "scan_status", "=", "scan_json", "[", "'status'", "]", "scan", "=", "Scan", "(", "self", ",", "scan_id", "=", "scan_id", ",", "status", "=", "scan_status", ")", "scan_instances", ".", "append", "(", "scan", ")", "return", "scan_instances" ]

[ ":", "return", ":", "A", "list", "with", "all", "the", "Scan", "instances", "available", "in", "the", "remote", "API" ]

[ "def", "wrap_expr", "(", "self", ",", "src", ":", "str", ",", "dfltChaining", ":", "bool", ")", "->", "str", ":", "diff_binding", "=", "self", ".", "op_man", ".", "diff_binding", "(", ")", "if", "diff_binding", "<", "0", "or", "diff_binding", "==", "0", "and", "not", "dfltChaining", ":", "return", "self", ".", "parenthesize", "(", "src", ")", "else", ":", "return", "src" ]

[ "Wrap", "src", "in", "parentheses", "if", "neccessary", "." ]

[ "def", "root_manifest_id", "(", "self", ",", "root_manifest_id", ")", ":", "if", "root_manifest_id", "is", "not", "None", "and", "len", "(", "root_manifest_id", ")", ">", "32", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Invalid value for `root_manifest_id`, length must be less than or equal to `32`\"", ")", "self", ".", "_root_manifest_id", "=", "root_manifest_id" ]

[ "Sets", "the", "root_manifest_id", "of", "this", "UpdateCampaignPutRequest", "." ]

[ "def", "info", "(", "self", ",", "svc_rec", "=", "None", ",", "ipaddr", "=", "None", ",", "proto", "=", "None", ",", "port", "=", "None", ")", ":", "return", "self", ".", "send", ".", "service_info", "(", "svc_rec", ",", "ipaddr", ",", "proto", ",", "port", ")" ]

[ "Information", "about", "a", "service", "." ]

[ "async", "def", "inspect", "(", "self", ",", "service_id", ":", "str", ")", "->", "Mapping", "[", "str", ",", "Any", "]", ":", "response", "=", "await", "self", ".", "docker", ".", "_query_json", "(", "\"services/{service_id}\"", ".", "format", "(", "service_id", "=", "service_id", ")", ",", "method", "=", "\"GET\"", ")", "return", "response" ]

[ "Inspect", "a", "service" ]

[ "def", "solve", "(", "self", ")", ":", "aLvl", ",", "pLvl", "=", "self", ".", "prepareToCalcEndOfPrdvP", "(", ")", "EndOfPrdvP", "=", "self", ".", "calcEndOfPrdvP", "(", ")", "if", "self", ".", "vFuncBool", ":", "self", ".", "makeEndOfPrdvFunc", "(", "EndOfPrdvP", ")", "if", "self", ".", "CubicBool", ":", "interpolator", "=", "self", ".", "makeCubiccFunc", "else", ":", "interpolator", "=", "self", ".", "makeLinearcFunc", "solution", "=", "self", ".", "makeBasicSolution", "(", "EndOfPrdvP", ",", "aLvl", ",", "pLvl", ",", "interpolator", ")", "solution", "=", "self", ".", "addMPCandHumanWealth", "(", "solution", ")", "if", "self", ".", "vFuncBool", ":", "solution", ".", "vFunc", "=", "self", ".", "makevFunc", "(", "solution", ")", "if", "self", ".", "CubicBool", ":", "solution", "=", "self", ".", "addvPPfunc", "(", "solution", ")", "return", "solution" ]

[ "Solves", "a", "one", "period", "consumption", "saving", "problem", "with", "risky", "income", "with", "persistent", "income", "explicitly", "tracked", "as", "a", "state", "variable", "." ]

[ "def", "resolve", "(", "self", ",", "definitions", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "__resolved", ":", "self", ".", "do_resolve", "(", "definitions", ")", "self", ".", "__resolved", "=", "True" ]

[ "Resolve", "named", "references", "to", "other", "WSDL", "objects", "." ]

[ "def", "should_build", "(", "self", ",", "fpath", ",", "meta", ")", ":", "if", "meta", ".", "get", "(", "'layout'", ",", "self", ".", "default_template", ")", "in", "self", ".", "inc_layout", ":", "if", "self", ".", "prev_mtime", ".", "get", "(", "fpath", ",", "0", ")", "==", "os", ".", "path", ".", "getmtime", "(", "fpath", ")", ":", "return", "False", "else", ":", "return", "True", "return", "True" ]

[ "Checks", "if", "the", "file", "should", "be", "built", "or", "not", "Only", "skips", "layouts", "which", "are", "tagged", "as", "INCREMENTAL", "Rebuilds", "only", "those", "files", "with", "mtime", "changed", "since", "previous", "build" ]

[ "def", "build_dict_to_sign", "(", "self", ",", "request", ",", "signature_headers", ")", ":", "d", "=", "{", "}", "for", "header", "in", "signature_headers", ":", "if", "header", "==", "'(request-target)'", ":", "continue", "d", "[", "header", "]", "=", "request", ".", "META", ".", "get", "(", "self", ".", "header_canonical", "(", "header", ")", ")", "return", "d" ]

[ "Build", "a", "dict", "with", "headers", "and", "values", "used", "in", "the", "signature", "." ]