Datasets:

---

kejian

/

codesearchnet-python-raw

like 1

[ "def", "compute_cardinalities", "(", "self", ")", ":", "for", "dimension", "in", "self", ".", "model", ".", "dimensions", ":", "result", "=", "self", ".", "members", "(", "dimension", ".", "ref", ",", "page_size", "=", "0", ")", "dimension", ".", "spec", "[", "'cardinality'", "]", "=", "result", ".", "get", "(", "'total_member_count'", ")" ]

[ "This", "will", "count", "the", "number", "of", "distinct", "values", "for", "each", "dimension", "in", "the", "dataset", "and", "add", "that", "count", "to", "the", "model", "so", "that", "it", "can", "be", "used", "as", "a", "hint", "by", "UI", "components", "." ]

[ "def", "analyze", "(", "self", ",", "input_directory", ",", "output_directory", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "is_api_call", "=", "True", "if", "len", "(", "self", ".", "_analyses", ")", "==", "0", ":", "if", "'config'", "not", "in", "kwargs", ".", "keys", "(", ")", ":", "return", "CONSTANTS", ".", "ERROR", "self", ".", "create_analysis", "(", "kwargs", "[", "'config'", "]", ")", "if", "'args'", "in", "kwargs", ":", "self", ".", "_process_args", "(", "self", ".", "_analyses", "[", "0", "]", ",", "kwargs", "[", "'args'", "]", ")", "is_api_call", "=", "False", "error_count", "=", "0", "self", ".", "_input_directory", "=", "input_directory", "self", ".", "_output_directory", "=", "output_directory", "for", "test_id", "in", "sorted", "(", "self", ".", "_analyses", ".", "keys", "(", ")", ")", ":", "# Setup", "if", "not", "self", ".", "_analyses", "[", "test_id", "]", ".", "input_directory", ":", "self", ".", "_analyses", "[", "test_id", "]", ".", "input_directory", "=", "input_directory", "if", "not", "self", ".", "_analyses", "[", "test_id", "]", ".", "output_directory", ":", "if", "len", "(", "self", ".", "_analyses", ")", ">", "1", ":", "self", ".", "_analyses", "[", "test_id", "]", ".", "output_directory", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "output_directory", ",", "str", "(", "test_id", ")", ")", "else", ":", "self", ".", "_analyses", "[", "test_id", "]", ".", "output_directory", "=", "output_directory", "if", "(", "'config'", "in", "kwargs", ".", "keys", "(", ")", ")", "and", "(", "not", "self", ".", "_analyses", "[", "test_id", "]", ".", "config", ")", ":", "self", ".", "_analyses", "[", "test_id", "]", ".", "config", "=", "kwargs", "[", "'config'", "]", "self", ".", "_create_output_directories", "(", "self", ".", "_analyses", "[", "test_id", "]", ")", "# Actually run analysis", "self", ".", "_analyses", "[", "test_id", "]", ".", "status", "=", "self", ".", "run", "(", "self", ".", "_analyses", "[", "test_id", "]", ",", "is_api_call", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "if", "self", ".", "_analyses", "[", "test_id", "]", ".", "status", "!=", "CONSTANTS", ".", "OK", ":", "error_count", "+=", "1", "if", "len", "(", "self", ".", "_analyses", ")", "==", "1", ":", "return", "self", ".", "_analyses", "[", "0", "]", ".", "status", "elif", "error_count", ">", "0", ":", "return", "CONSTANTS", ".", "ERROR", "else", ":", "return", "CONSTANTS", ".", "OK" ]

[ "Run", "all", "the", "analysis", "saved", "in", "self", ".", "_analyses", "sorted", "by", "test_id", ".", "This", "is", "useful", "when", "Naarad", "()", "is", "used", "by", "other", "programs", "and", "multiple", "analyses", "are", "run", "In", "naarad", "CLI", "mode", "len", "(", "_analyses", ")", "==", "1", ":", "param", ":", "input_directory", ":", "location", "of", "log", "files", ":", "param", ":", "output_directory", ":", "root", "directory", "for", "analysis", "output", ":", "param", ":", "**", "kwargs", ":", "Optional", "keyword", "args", ":", "return", ":", "int", ":", "status", "code", "." ]

[ "def", "edit_preferences", "(", "self", ")", ":", "from", "spyder", ".", "preferences", ".", "configdialog", "import", "ConfigDialog", "dlg", "=", "ConfigDialog", "(", "self", ")", "dlg", ".", "size_change", ".", "connect", "(", "self", ".", "set_prefs_size", ")", "if", "self", ".", "prefs_dialog_size", "is", "not", "None", ":", "dlg", ".", "resize", "(", "self", ".", "prefs_dialog_size", ")", "for", "PrefPageClass", "in", "self", ".", "general_prefs", ":", "widget", "=", "PrefPageClass", "(", "dlg", ",", "main", "=", "self", ")", "widget", ".", "initialize", "(", ")", "dlg", ".", "add_page", "(", "widget", ")", "for", "plugin", "in", "[", "self", ".", "workingdirectory", ",", "self", ".", "editor", ",", "self", ".", "projects", ",", "self", ".", "ipyconsole", ",", "self", ".", "historylog", ",", "self", ".", "help", ",", "self", ".", "variableexplorer", ",", "self", ".", "onlinehelp", ",", "self", ".", "explorer", ",", "self", ".", "findinfiles", "]", "+", "self", ".", "thirdparty_plugins", ":", "if", "plugin", "is", "not", "None", ":", "try", ":", "widget", "=", "plugin", ".", "create_configwidget", "(", "dlg", ")", "if", "widget", "is", "not", "None", ":", "dlg", ".", "add_page", "(", "widget", ")", "except", "Exception", ":", "traceback", ".", "print_exc", "(", "file", "=", "sys", ".", "stderr", ")", "if", "self", ".", "prefs_index", "is", "not", "None", ":", "dlg", ".", "set_current_index", "(", "self", ".", "prefs_index", ")", "dlg", ".", "show", "(", ")", "dlg", ".", "check_all_settings", "(", ")", "dlg", ".", "pages_widget", ".", "currentChanged", ".", "connect", "(", "self", ".", "__preference_page_changed", ")", "dlg", ".", "exec_", "(", ")" ]

[ "Edit", "Spyder", "preferences" ]

[ "def", "combine_xml_points", "(", "l", ",", "units", ",", "handle_units", ")", ":", "ret", "=", "{", "}", "for", "item", "in", "l", ":", "for", "key", ",", "value", "in", "item", ".", "items", "(", ")", ":", "ret", ".", "setdefault", "(", "key", ",", "[", "]", ")", ".", "append", "(", "value", ")", "for", "key", ",", "value", "in", "ret", ".", "items", "(", ")", ":", "if", "key", "!=", "'date'", ":", "ret", "[", "key", "]", "=", "handle_units", "(", "value", ",", "units", ".", "get", "(", "key", ",", "None", ")", ")", "return", "ret" ]

[ "Combine", "multiple", "Point", "tags", "into", "an", "array", "." ]

[ "def", "create_environment", "(", "component_config", ")", ":", "ret", "=", "os", ".", "environ", ".", "copy", "(", ")", "for", "env", "in", "component_config", ".", "get_list", "(", "\"dp.env_list\"", ")", ":", "real_env", "=", "env", ".", "upper", "(", ")", "value", "=", "os", ".", "environ", ".", "get", "(", "real_env", ")", "value", "=", "_prepend_env", "(", "component_config", ",", "env", ",", "value", ")", "value", "=", "_append_env", "(", "component_config", ",", "env", ",", "value", ")", "_apply_change", "(", "ret", ",", "real_env", ",", "value", ",", "component_config", ")", "return", "ret" ]

[ "Create", "a", "modified", "environment", "." ]

[ "def", "label", "(", "self", ",", "*", "args", ")", ":", "if", "self", "[", "'cht'", "]", "==", "'qr'", ":", "self", "[", "'chl'", "]", "=", "''", ".", "join", "(", "map", "(", "str", ",", "args", ")", ")", "else", ":", "self", "[", "'chl'", "]", "=", "'|'", ".", "join", "(", "map", "(", "str", ",", "args", ")", ")", "return", "self" ]

[ "Add", "a", "simple", "label", "to", "your", "chart", "call", "each", "time", "for", "each", "dataset", "APIPARAM", ":", "chl" ]

[ "def", "list_files", "(", "tag", "=", "None", ",", "sat_id", "=", "None", ",", "data_path", "=", "None", ",", "format_str", "=", "None", ",", "supported_tags", "=", "None", ",", "fake_daily_files_from_monthly", "=", "False", ",", "two_digit_year_break", "=", "None", ")", ":", "if", "data_path", "is", "not", "None", ":", "if", "format_str", "is", "None", ":", "try", ":", "format_str", "=", "supported_tags", "[", "sat_id", "]", "[", "tag", "]", "except", "KeyError", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Unknown tag'", ")", "out", "=", "pysat", ".", "Files", ".", "from_os", "(", "data_path", "=", "data_path", ",", "format_str", "=", "format_str", ")", "if", "(", "not", "out", ".", "empty", ")", "and", "fake_daily_files_from_monthly", ":", "out", ".", "ix", "[", "out", ".", "index", "[", "-", "1", "]", "+", "pds", ".", "DateOffset", "(", "months", "=", "1", ")", "-", "pds", ".", "DateOffset", "(", "days", "=", "1", ")", "]", "=", "out", ".", "iloc", "[", "-", "1", "]", "out", "=", "out", ".", "asfreq", "(", "'D'", ",", "'pad'", ")", "out", "=", "out", "+", "'_'", "+", "out", ".", "index", ".", "strftime", "(", "'%Y-%m-%d'", ")", "return", "out", "return", "out", "else", ":", "estr", "=", "'A directory must be passed to the loading routine for <Instrument Code>'", "raise", "ValueError", "(", "estr", ")" ]

[ "Return", "a", "Pandas", "Series", "of", "every", "file", "for", "chosen", "satellite", "data", ".", "This", "routine", "is", "intended", "to", "be", "used", "by", "pysat", "instrument", "modules", "supporting", "a", "particular", "NASA", "CDAWeb", "dataset", "." ]

[ "def", "mark", "(", "obj", ",", "map_class", "=", "Map", ",", "sequence_class", "=", "Sequence", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "obj", ",", "Aggregate", ")", ":", "return", "obj", "if", "isinstance", "(", "obj", ",", "dict", ")", ":", "return", "map_class", "(", "obj", ")", "if", "isinstance", "(", "obj", ",", "(", "list", ",", "tuple", ",", "set", ")", ")", ":", "return", "sequence_class", "(", "obj", ")", "else", ":", "return", "sequence_class", "(", "[", "obj", "]", ")" ]

[ "Convert", "obj", "into", "an", "Aggregate", "instance" ]

[ "def", "auc", "(", "self", ")", ":", "roc_curve", "=", "self", ".", "roc_curve", "(", ")", "return", "np", ".", "abs", "(", "np", ".", "trapz", "(", "roc_curve", "[", "'POD'", "]", ",", "x", "=", "roc_curve", "[", "'POFD'", "]", ")", ")" ]

[ "Calculate", "the", "Area", "Under", "the", "ROC", "Curve", "(", "AUC", ")", "." ]

[ "def", "group_id", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "derived_from", "is", "not", "None", ":", "return", "self", ".", "derived_from", ".", "group_id", "(", ")", "if", "self", ".", "file_uuid", "is", "None", ":", "return", "None", "return", "utils", ".", "GROUP_ID_PREFIX", "+", "self", ".", "file_uuid" ]

[ "Returns", "the", "@GROUPID", "." ]

[ "def", "_row_sparse_pull", "(", "self", ",", "parameter", ",", "out", ",", "row_id", ",", "full_idx", "=", "False", ")", ":", "# initialize kv and params if not already", "if", "not", "self", ".", "_kv_initialized", ":", "self", ".", "_init_kvstore", "(", ")", "if", "self", ".", "_params_to_init", ":", "self", ".", "_init_params", "(", ")", "idx", "=", "self", ".", "_param2idx", "[", "parameter", ".", "name", "]", "if", "full_idx", "and", "'dist'", "not", "in", "self", ".", "_kvstore", ".", "type", ":", "assert", "row_id", ".", "size", "==", "out", ".", "shape", "[", "0", "]", "self", ".", "_kvstore", ".", "pull", "(", "idx", ",", "out", "=", "out", ",", "priority", "=", "-", "idx", ",", "ignore_sparse", "=", "False", ")", "else", ":", "self", ".", "_kvstore", ".", "row_sparse_pull", "(", "idx", ",", "out", "=", "out", ",", "row_ids", "=", "row_id", ",", "priority", "=", "-", "idx", ")" ]

[ "Internal", "method", "to", "invoke", "pull", "operations", "on", "KVStore", ".", "If", "full_idx", "is", "set", "to", "True", "kv", ".", "pull", "is", "preferred", "instead", "of", "kv", ".", "row_sparse_pull", "." ]

[ "def", "load_cloudupdrs_data", "(", "filename", ",", "convert_times", "=", "1000000000.0", ")", ":", "# data_m = pd.read_table(filename, sep=',', header=None)", "try", ":", "data_m", "=", "np", ".", "genfromtxt", "(", "filename", ",", "delimiter", "=", "','", ",", "invalid_raise", "=", "False", ")", "date_times", "=", "pd", ".", "to_datetime", "(", "(", "data_m", "[", ":", ",", "0", "]", "-", "data_m", "[", "0", ",", "0", "]", ")", ")", "time_difference", "=", "(", "data_m", "[", ":", ",", "0", "]", "-", "data_m", "[", "0", ",", "0", "]", ")", "/", "convert_times", "magnitude_sum_acceleration", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "data_m", "[", ":", ",", "1", "]", "**", "2", "+", "data_m", "[", ":", ",", "2", "]", "**", "2", "+", "data_m", "[", ":", ",", "3", "]", "**", "2", ")", "data", "=", "{", "'td'", ":", "time_difference", ",", "'x'", ":", "data_m", "[", ":", ",", "1", "]", ",", "'y'", ":", "data_m", "[", ":", ",", "2", "]", ",", "'z'", ":", "data_m", "[", ":", ",", "3", "]", ",", "'mag_sum_acc'", ":", "magnitude_sum_acceleration", "}", "data_frame", "=", "pd", ".", "DataFrame", "(", "data", ",", "index", "=", "date_times", ",", "columns", "=", "[", "'td'", ",", "'x'", ",", "'y'", ",", "'z'", ",", "'mag_sum_acc'", "]", ")", "return", "data_frame", "except", "IOError", "as", "e", ":", "ierr", "=", "\"({}): {}\"", ".", "format", "(", "e", ".", "errno", ",", "e", ".", "strerror", ")", "logging", ".", "error", "(", "\"load data, file not found, I/O error %s\"", ",", "ierr", ")", "except", "ValueError", "as", "verr", ":", "logging", ".", "error", "(", "\"load data ValueError ->%s\"", ",", "verr", ".", "message", ")", "except", ":", "logging", ".", "error", "(", "\"Unexpected error on load data method: %s\"", ",", "sys", ".", "exc_info", "(", ")", "[", "0", "]", ")" ]

[ "This", "method", "loads", "data", "in", "the", "cloudupdrs", "format", "Usually", "the", "data", "will", "be", "saved", "in", "a", "csv", "file", "and", "it", "should", "look", "like", "this", ":", "..", "code", "-", "block", "::", "json", "timestamp_0", "x_0", "y_0", "z_0", "timestamp_1", "x_1", "y_1", "z_1", "timestamp_2", "x_2", "y_2", "z_2", ".", ".", ".", "timestamp_n", "x_n", "y_n", "z_n", "where", "x", "y", "z", "are", "the", "components", "of", "the", "acceleration" ]

[ "def", "generate_pretty_output", "(", "self", ",", "stat", ",", "verbose", ",", "output_function", ",", "logs", "=", "True", ")", ":", "has_check", "=", "False", "for", "r", "in", "self", ".", "results", ":", "has_check", "=", "True", "if", "stat", ":", "output_function", "(", "OUTPUT_CHARS", "[", "r", ".", "status", "]", ",", "fg", "=", "COLOURS", "[", "r", ".", "status", "]", ",", "nl", "=", "False", ")", "else", ":", "output_function", "(", "str", "(", "r", ")", ",", "fg", "=", "COLOURS", "[", "r", ".", "status", "]", ")", "if", "verbose", ":", "output_function", "(", "\" -> {}\\n\"", "\" -> {}\"", ".", "format", "(", "r", ".", "description", ",", "r", ".", "reference_url", ")", ",", "fg", "=", "COLOURS", "[", "r", ".", "status", "]", ")", "if", "logs", "and", "r", ".", "logs", ":", "output_function", "(", "\" -> logs:\"", ",", "fg", "=", "COLOURS", "[", "r", ".", "status", "]", ")", "for", "l", "in", "r", ".", "logs", ":", "output_function", "(", "\" -> {}\"", ".", "format", "(", "l", ")", ",", "fg", "=", "COLOURS", "[", "r", ".", "status", "]", ")", "if", "not", "has_check", ":", "output_function", "(", "\"No check found.\"", ")", "elif", "stat", "and", "not", "verbose", ":", "output_function", "(", "\"\"", ")", "else", ":", "output_function", "(", "\"\"", ")", "for", "status", ",", "count", "in", "six", ".", "iteritems", "(", "self", ".", "statistics", ")", ":", "output_function", "(", "\"{}:{} \"", ".", "format", "(", "status", ",", "count", ")", ",", "nl", "=", "False", ")", "output_function", "(", "\"\"", ")" ]

[ "Send", "the", "formated", "to", "the", "provided", "function" ]

[ "def", "warm_spell_duration_index", "(", "tasmax", ",", "tx90", ",", "window", "=", "6", ",", "freq", "=", "'YS'", ")", ":", "if", "'dayofyear'", "not", "in", "tx90", ".", "coords", ".", "keys", "(", ")", ":", "raise", "AttributeError", "(", "\"tx90 should have dayofyear coordinates.\"", ")", "# The day of year value of the tasmax series.", "doy", "=", "tasmax", ".", "indexes", "[", "'time'", "]", ".", "dayofyear", "# adjustment of tx90 to tasmax doy range", "tx90", "=", "utils", ".", "adjust_doy_calendar", "(", "tx90", ",", "tasmax", ")", "# Create an array with the shape and coords of tasmax, but with values set to tx90 according to the doy index.", "thresh", "=", "xr", ".", "full_like", "(", "tasmax", ",", "np", ".", "nan", ")", "thresh", ".", "data", "=", "tx90", ".", "sel", "(", "dayofyear", "=", "doy", ")", "above", "=", "(", "tasmax", ">", "thresh", ")", "return", "above", ".", "resample", "(", "time", "=", "freq", ")", ".", "apply", "(", "rl", ".", "windowed_run_count", ",", "window", "=", "window", ",", "dim", "=", "'time'", ")" ]

[ "r", "Warm", "spell", "duration", "index" ]

[ "def", "check_weight_method", "(", "weight_method_spec", ",", "use_orig_distr", "=", "False", ",", "allow_non_symmetric", "=", "False", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "use_orig_distr", ",", "bool", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "'use_original_distribution flag must be boolean!'", ")", "if", "not", "isinstance", "(", "allow_non_symmetric", ",", "bool", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "'allow_non_symmetric flag must be boolean'", ")", "if", "isinstance", "(", "weight_method_spec", ",", "str", ")", ":", "weight_method_spec", "=", "weight_method_spec", ".", "lower", "(", ")", "if", "weight_method_spec", "in", "list_medpy_histogram_metrics", ":", "from", "medpy", ".", "metric", "import", "histogram", "as", "medpy_hist_metrics", "weight_func", "=", "getattr", "(", "medpy_hist_metrics", ",", "weight_method_spec", ")", "if", "use_orig_distr", ":", "warnings", ".", "warn", "(", "'use_original_distribution must be False when using builtin histogram metrics, '", "'which expect histograms as input - setting it to False.'", ",", "HiwenetWarning", ")", "use_orig_distr", "=", "False", "elif", "weight_method_spec", "in", "metrics_on_original_features", ":", "weight_func", "=", "getattr", "(", "more_metrics", ",", "weight_method_spec", ")", "if", "not", "use_orig_distr", ":", "warnings", ".", "warn", "(", "'use_original_distribution must be True when using builtin non-histogram metrics, '", "'which expect original feature values in ROI/node as input '", "'- setting it to True.'", ",", "HiwenetWarning", ")", "use_orig_distr", "=", "True", "if", "weight_method_spec", "in", "symmetric_metrics_on_original_features", ":", "print", "(", "'Chosen metric is symmetric. Ignoring asymmetric=False flag.'", ")", "allow_non_symmetric", "=", "False", "else", ":", "raise", "NotImplementedError", "(", "'Chosen histogram distance/metric not implemented or invalid.'", ")", "elif", "callable", "(", "weight_method_spec", ")", ":", "# ensure 1) takes two ndarrays", "try", ":", "dummy_weight", "=", "weight_method_spec", "(", "make_random_histogram", "(", ")", ",", "make_random_histogram", "(", ")", ")", "except", ":", "raise", "TypeError", "(", "'Error applying given callable on two input arrays.\\n'", "'{} must accept two arrays and return a single scalar value!'", ")", "else", ":", "# and 2) returns only one number", "if", "not", "np", ".", "isscalar", "(", "dummy_weight", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "'Given callable does not return a single scalar as output.'", ")", "weight_func", "=", "weight_method_spec", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Supplied method to compute edge weight is not recognized:\\n'", "'must be a string identifying one of the implemented methods\\n{}'", "'\\n or a valid callable that accepts that two arrays '", "'and returns 1 scalar.'", ".", "format", "(", "list_medpy_histogram_metrics", ")", ")", "return", "weight_func", ",", "use_orig_distr", ",", "allow_non_symmetric" ]

[ "Check", "if", "weight_method", "is", "recognized", "and", "implemented", "or", "ensure", "it", "is", "callable", "." ]

[ "def", "peripheral_didUpdateValueForCharacteristic_error_", "(", "self", ",", "peripheral", ",", "characteristic", ",", "error", ")", ":", "logger", ".", "debug", "(", "'peripheral_didUpdateValueForCharacteristic_error called'", ")", "# Stop if there was some kind of error.", "if", "error", "is", "not", "None", ":", "return", "# Notify the device about the updated characteristic value.", "device", "=", "device_list", "(", ")", ".", "get", "(", "peripheral", ")", "if", "device", "is", "not", "None", ":", "device", ".", "_characteristic_changed", "(", "characteristic", ")" ]

[ "Called", "when", "characteristic", "value", "was", "read", "or", "updated", "." ]

[ "def", "transform", "(", "self", ",", "translation", ",", "theta", ",", "method", "=", "'opencv'", ")", ":", "# transform channels separately", "color_im_tf", "=", "self", ".", "color", ".", "transform", "(", "translation", ",", "theta", ",", "method", "=", "method", ")", "depth_im_tf", "=", "self", ".", "depth", ".", "transform", "(", "translation", ",", "theta", ",", "method", "=", "method", ")", "# return combination of cropped data", "return", "RgbdImage", ".", "from_color_and_depth", "(", "color_im_tf", ",", "depth_im_tf", ")" ]

[ "Create", "a", "new", "image", "by", "translating", "and", "rotating", "the", "current", "image", "." ]

[ "def", "is_free", "(", "self", ")", ":", "return", "bool", "(", "np", ".", "array", "(", "[", "int", "(", "value", ".", "get", "(", "\"free\"", ",", "False", ")", ")", "for", "key", ",", "value", "in", "self", ".", "spectral_pars", ".", "items", "(", ")", "]", ")", ".", "sum", "(", ")", ")" ]

[ "returns", "True", "if", "any", "of", "the", "spectral", "model", "parameters", "is", "set", "to", "free", "else", "False" ]

[ "def", "find_by_team", "(", "self", ",", "team", ",", "params", "=", "{", "}", ",", "*", "*", "options", ")", ":", "path", "=", "\"/teams/%s/projects\"", "%", "(", "team", ")", "return", "self", ".", "client", ".", "get_collection", "(", "path", ",", "params", ",", "*", "*", "options", ")" ]

[ "Returns", "the", "compact", "project", "records", "for", "all", "projects", "in", "the", "team", "." ]

[ "def", "_get_page_content", "(", "self", ",", "response", ")", ":", "document", "=", "html5lib", ".", "parse", "(", "response", ".", "content", ",", "encoding", "=", "response", ".", "encoding", ",", "treebuilder", "=", "'etree'", ",", "namespaceHTMLElements", "=", "False", ")", "# etree doesn't fully support XPath, so we can't just search", "# the attribute values for \"content\"", "divs", "=", "document", ".", "findall", "(", "\".//body//div[@class]\"", ")", "content_div", "=", "None", "for", "div", "in", "divs", ":", "if", "\"content\"", "in", "div", ".", "attrib", "[", "'class'", "]", ".", "split", "(", "' '", ")", ":", "content_div", "=", "div", "break", "# The `Element` object is False-y when there are no subelements,", "# so compare to `None`", "if", "content_div", "is", "None", ":", "return", "None", "return", "content_div" ]

[ "Given", "a", ":", "class", ":", "requests", ".", "Response", "return", "the", ":", "class", ":", "xml", ".", "etree", ".", "Element", "of", "the", "content", "div", "." ]

[ "def", "load", "(", "pattern", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kw", ")", ":", "spec", "=", "pattern", "if", "':'", "not", "in", "pattern", ":", "raise", "ValueError", "(", "'`pattern` must be in the format \"PACKAGE:GLOB\"'", ")", "pkgname", ",", "pkgpat", "=", "pattern", ".", "split", "(", "':'", ",", "1", ")", "pkgdir", ",", "pattern", "=", "globre", ".", "compile", "(", "pkgpat", ",", "split_prefix", "=", "True", ",", "flags", "=", "globre", ".", "EXACT", ")", "if", "pkgdir", ":", "idx", "=", "pkgdir", ".", "rfind", "(", "'/'", ")", "pkgdir", "=", "pkgdir", "[", ":", "idx", "]", "if", "idx", ">=", "0", "else", "''", "group", "=", "AssetGroup", "(", "pkgname", ",", "pkgdir", ",", "pattern", ",", "spec", ")", "if", "globre", ".", "iswild", "(", "pkgpat", ")", ":", "return", "group", "return", "Asset", "(", "group", ",", "pkgname", ",", "pkgpat", ")" ]

[ "Given", "a", "package", "asset", "-", "spec", "glob", "-", "pattern", "pattern", "returns", "an", ":", "class", ":", "AssetGroup", "object", "which", "in", "turn", "can", "act", "as", "a", "generator", "of", ":", "class", ":", "Asset", "objects", "that", "match", "the", "pattern", "." ]

[ "def", "gray2bgr", "(", "img", ")", ":", "img", "=", "img", "[", "...", ",", "None", "]", "if", "img", ".", "ndim", "==", "2", "else", "img", "out_img", "=", "cv2", ".", "cvtColor", "(", "img", ",", "cv2", ".", "COLOR_GRAY2BGR", ")", "return", "out_img" ]

[ "Convert", "a", "grayscale", "image", "to", "BGR", "image", "." ]

[ "def", "search", "(", "self", ",", "q", ",", "language", "=", "None", ",", "current_site_only", "=", "True", ")", ":", "from", "cms", ".", "plugin_pool", "import", "plugin_pool", "qs", "=", "self", ".", "get_queryset", "(", ")", "qs", "=", "qs", ".", "public", "(", ")", "if", "current_site_only", ":", "site", "=", "Site", ".", "objects", ".", "get_current", "(", ")", "qs", "=", "qs", ".", "filter", "(", "tree__site", "=", "site", ")", "qt", "=", "Q", "(", "title_set__title__icontains", "=", "q", ")", "# find 'searchable' plugins and build query", "qp", "=", "Q", "(", ")", "plugins", "=", "plugin_pool", ".", "get_all_plugins", "(", ")", "for", "plugin", "in", "plugins", ":", "cmsplugin", "=", "plugin", ".", "model", "if", "not", "(", "hasattr", "(", "cmsplugin", ",", "'search_fields'", ")", "and", "hasattr", "(", "cmsplugin", ",", "'cmsplugin_ptr'", ")", ")", ":", "continue", "field", "=", "cmsplugin", ".", "cmsplugin_ptr", ".", "field", "related_query_name", "=", "field", ".", "related_query_name", "(", ")", "if", "related_query_name", "and", "not", "related_query_name", ".", "startswith", "(", "'+'", ")", ":", "for", "field", "in", "cmsplugin", ".", "search_fields", ":", "qp", "|=", "Q", "(", "*", "*", "{", "'placeholders__cmsplugin__{0}__{1}__icontains'", ".", "format", "(", "related_query_name", ",", "field", ",", ")", ":", "q", "}", ")", "if", "language", ":", "qt", "&=", "Q", "(", "title_set__language", "=", "language", ")", "qp", "&=", "Q", "(", "cmsplugin__language", "=", "language", ")", "qs", "=", "qs", ".", "filter", "(", "qt", "|", "qp", ")", "return", "qs", ".", "distinct", "(", ")" ]

[ "Simple", "search", "function" ]

[ "def", "load", "(", "file_path", ",", "parse_line_fn", ")", ":", "vocabulary", "=", "[", "]", "embeddings", "=", "[", "]", "embeddings_dim", "=", "None", "for", "line", "in", "tf", ".", "gfile", ".", "GFile", "(", "file_path", ")", ":", "token", ",", "embedding", "=", "parse_line_fn", "(", "line", ")", "if", "not", "embeddings_dim", ":", "embeddings_dim", "=", "len", "(", "embedding", ")", "elif", "embeddings_dim", "!=", "len", "(", "embedding", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Inconsistent embedding dimension detected, %d != %d for token %s\"", ",", "embeddings_dim", ",", "len", "(", "embedding", ")", ",", "token", ")", "vocabulary", ".", "append", "(", "token", ")", "embeddings", ".", "append", "(", "embedding", ")", "return", "vocabulary", ",", "np", ".", "array", "(", "embeddings", ")" ]

[ "Loads", "a", "text", "embedding", "into", "memory", "as", "a", "numpy", "matrix", "." ]

[ "def", "get_access_token_secret", "(", "self", ",", "client_key", ",", "token", ",", "request", ")", ":", "log", ".", "debug", "(", "'Get access token secret of %r for %r'", ",", "token", ",", "client_key", ")", "tok", "=", "request", ".", "access_token", "or", "self", ".", "_tokengetter", "(", "client_key", "=", "client_key", ",", "token", "=", "token", ",", ")", "if", "tok", ":", "request", ".", "access_token", "=", "tok", "return", "tok", ".", "secret", "return", "None" ]

[ "Get", "access", "token", "secret", "." ]

[ "def", "get_palette", "(", "samples", ",", "options", ",", "return_mask", "=", "False", ",", "kmeans_iter", "=", "40", ")", ":", "if", "not", "options", ".", "quiet", ":", "print", "(", "' getting palette...'", ")", "bg_color", "=", "get_bg_color", "(", "samples", ",", "6", ")", "fg_mask", "=", "get_fg_mask", "(", "bg_color", ",", "samples", ",", "options", ")", "centers", ",", "_", "=", "kmeans", "(", "samples", "[", "fg_mask", "]", ".", "astype", "(", "np", ".", "float32", ")", ",", "options", ".", "num_colors", "-", "1", ",", "iter", "=", "kmeans_iter", ")", "palette", "=", "np", ".", "vstack", "(", "(", "bg_color", ",", "centers", ")", ")", ".", "astype", "(", "np", ".", "uint8", ")", "if", "not", "return_mask", ":", "return", "palette", "else", ":", "return", "palette", ",", "fg_mask" ]

[ "Extract", "the", "palette", "for", "the", "set", "of", "sampled", "RGB", "values", ".", "The", "first", "palette", "entry", "is", "always", "the", "background", "color", ";", "the", "rest", "are", "determined", "from", "foreground", "pixels", "by", "running", "K", "-", "means", "clustering", ".", "Returns", "the", "palette", "as", "well", "as", "a", "mask", "corresponding", "to", "the", "foreground", "pixels", "." ]

[ "def", "in_search_queryset", "(", "self", ",", "instance_id", ",", "index", "=", "\"_all\"", ")", ":", "return", "self", ".", "get_search_queryset", "(", "index", "=", "index", ")", ".", "filter", "(", "pk", "=", "instance_id", ")", ".", "exists", "(", ")" ]

[ "Return", "True", "if", "an", "object", "is", "part", "of", "the", "search", "index", "queryset", "." ]

[ "def", "currencyFormat", "(", "_context", ",", "code", ",", "symbol", ",", "format", ",", "currency_digits", "=", "True", ",", "decimal_quantization", "=", "True", ",", "name", "=", "''", ")", ":", "_context", ".", "action", "(", "discriminator", "=", "(", "'currency'", ",", "name", ",", "code", ")", ",", "callable", "=", "_register_currency", ",", "args", "=", "(", "name", ",", "code", ",", "symbol", ",", "format", ",", "currency_digits", ",", "decimal_quantization", ")", ")" ]

[ "Handle", "currencyFormat", "subdirectives", "." ]

[ "def", "add_signature", "(", "self", ",", "key", ",", "alg", "=", "None", ",", "protected", "=", "None", ",", "header", "=", "None", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "objects", ".", "get", "(", "'payload'", ",", "None", ")", ":", "raise", "InvalidJWSObject", "(", "'Missing Payload'", ")", "b64", "=", "True", "p", "=", "dict", "(", ")", "if", "protected", ":", "if", "isinstance", "(", "protected", ",", "dict", ")", ":", "p", "=", "protected", "protected", "=", "json_encode", "(", "p", ")", "else", ":", "p", "=", "json_decode", "(", "protected", ")", "# If b64 is present we must enforce criticality", "if", "'b64'", "in", "list", "(", "p", ".", "keys", "(", ")", ")", ":", "crit", "=", "p", ".", "get", "(", "'crit'", ",", "[", "]", ")", "if", "'b64'", "not", "in", "crit", ":", "raise", "InvalidJWSObject", "(", "'b64 header must always be critical'", ")", "b64", "=", "p", "[", "'b64'", "]", "if", "'b64'", "in", "self", ".", "objects", ":", "if", "b64", "!=", "self", ".", "objects", "[", "'b64'", "]", ":", "raise", "InvalidJWSObject", "(", "'Mixed b64 headers on signatures'", ")", "h", "=", "None", "if", "header", ":", "if", "isinstance", "(", "header", ",", "dict", ")", ":", "h", "=", "header", "header", "=", "json_encode", "(", "header", ")", "else", ":", "h", "=", "json_decode", "(", "header", ")", "p", "=", "self", ".", "_merge_check_headers", "(", "p", ",", "h", ")", "if", "'alg'", "in", "p", ":", "if", "alg", "is", "None", ":", "alg", "=", "p", "[", "'alg'", "]", "elif", "alg", "!=", "p", "[", "'alg'", "]", ":", "raise", "ValueError", "(", "'\"alg\" value mismatch, specified \"alg\" '", "'does not match JOSE header value'", ")", "if", "alg", "is", "None", ":", "raise", "ValueError", "(", "'\"alg\" not specified'", ")", "c", "=", "JWSCore", "(", "alg", ",", "key", ",", "protected", ",", "self", ".", "objects", "[", "'payload'", "]", ")", "sig", "=", "c", ".", "sign", "(", ")", "o", "=", "dict", "(", ")", "o", "[", "'signature'", "]", "=", "base64url_decode", "(", "sig", "[", "'signature'", "]", ")", "if", "protected", ":", "o", "[", "'protected'", "]", "=", "protected", "if", "header", ":", "o", "[", "'header'", "]", "=", "h", "o", "[", "'valid'", "]", "=", "True", "if", "'signatures'", "in", "self", ".", "objects", ":", "self", ".", "objects", "[", "'signatures'", "]", ".", "append", "(", "o", ")", "elif", "'signature'", "in", "self", ".", "objects", ":", "self", ".", "objects", "[", "'signatures'", "]", "=", "list", "(", ")", "n", "=", "dict", "(", ")", "n", "[", "'signature'", "]", "=", "self", ".", "objects", ".", "pop", "(", "'signature'", ")", "if", "'protected'", "in", "self", ".", "objects", ":", "n", "[", "'protected'", "]", "=", "self", ".", "objects", ".", "pop", "(", "'protected'", ")", "if", "'header'", "in", "self", ".", "objects", ":", "n", "[", "'header'", "]", "=", "self", ".", "objects", ".", "pop", "(", "'header'", ")", "if", "'valid'", "in", "self", ".", "objects", ":", "n", "[", "'valid'", "]", "=", "self", ".", "objects", ".", "pop", "(", "'valid'", ")", "self", ".", "objects", "[", "'signatures'", "]", ".", "append", "(", "n", ")", "self", ".", "objects", "[", "'signatures'", "]", ".", "append", "(", "o", ")", "else", ":", "self", ".", "objects", ".", "update", "(", "o", ")", "self", ".", "objects", "[", "'b64'", "]", "=", "b64" ]

[ "Adds", "a", "new", "signature", "to", "the", "object", "." ]

[ "def", "run", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "socket", "=", "self", ".", "context", ".", "socket", "(", "zmq", ".", "DEALER", ")", "self", ".", "socket", ".", "setsockopt", "(", "zmq", ".", "IDENTITY", ",", "self", ".", "session", ".", "bsession", ")", "self", ".", "socket", ".", "connect", "(", "'tcp://%s:%i'", "%", "self", ".", "address", ")", "self", ".", "stream", "=", "zmqstream", ".", "ZMQStream", "(", "self", ".", "socket", ",", "self", ".", "ioloop", ")", "self", ".", "stream", ".", "on_recv", "(", "self", ".", "_handle_recv", ")", "self", ".", "_run_loop", "(", ")", "try", ":", "self", ".", "socket", ".", "close", "(", ")", "except", ":", "pass" ]

[ "The", "thread", "s", "main", "activity", ".", "Call", "start", "()", "instead", "." ]

[ "def", "_generate_atom_feed", "(", "self", ",", "feed", ")", ":", "atom_feed", "=", "self", ".", "init_atom_feed", "(", "feed", ")", "atom_feed", ".", "title", "(", "\"Feed\"", ")", "return", "atom_feed" ]

[ "A", "function", "returning", "a", "feed", "like", "feedgen", ".", "feed", ".", "FeedGenerator", ".", "The", "function", "can", "be", "overwritten", "when", "used", "in", "other", "applications", "." ]

[ "def", "list_queues", "(", "self", ")", ":", "content", "=", "{", "\"_what\"", ":", "\"OBJECT\"", ",", "\"_schema_id\"", ":", "{", "\"_class_name\"", ":", "\"queue\"", "}", "}", "logger", ".", "debug", "(", "\"Message content -> {0}\"", ".", "format", "(", "content", ")", ")", "return", "content", ",", "self", ".", "query_properties" ]

[ "Create", "message", "content", "and", "properties", "to", "list", "all", "queues", "with", "QMFv2" ]

[ "def", "get_group", "(", "group", ",", "flags", "=", "FLAGS", ".", "BASE", "|", "FLAGS", ".", "INLINE_POLICIES", "|", "FLAGS", ".", "MANAGED_POLICIES", ",", "*", "*", "conn", ")", ":", "if", "not", "group", ".", "get", "(", "'GroupName'", ")", ":", "raise", "MissingFieldException", "(", "'Must include GroupName.'", ")", "group", "=", "modify", "(", "group", ",", "output", "=", "'camelized'", ")", "_conn_from_args", "(", "group", ",", "conn", ")", "return", "registry", ".", "build_out", "(", "flags", ",", "start_with", "=", "group", ",", "pass_datastructure", "=", "True", ",", "*", "*", "conn", ")" ]

[ "Orchestrates", "all", "the", "calls", "required", "to", "fully", "build", "out", "an", "IAM", "Group", "in", "the", "following", "format", ":" ]

[ "def", "merge_enums", "(", "xml", ")", ":", "emap", "=", "{", "}", "for", "x", "in", "xml", ":", "newenums", "=", "[", "]", "for", "enum", "in", "x", ".", "enum", ":", "if", "enum", ".", "name", "in", "emap", ":", "emapitem", "=", "emap", "[", "enum", ".", "name", "]", "# check for possible conflicting auto-assigned values after merge", "if", "(", "emapitem", ".", "start_value", "<=", "enum", ".", "highest_value", "and", "emapitem", ".", "highest_value", ">=", "enum", ".", "start_value", ")", ":", "for", "entry", "in", "emapitem", ".", "entry", ":", "# correct the value if necessary, but only if it was auto-assigned to begin with", "if", "entry", ".", "value", "<=", "enum", ".", "highest_value", "and", "entry", ".", "autovalue", "==", "True", ":", "entry", ".", "value", "=", "enum", ".", "highest_value", "+", "1", "enum", ".", "highest_value", "=", "entry", ".", "value", "# merge the entries", "emapitem", ".", "entry", ".", "extend", "(", "enum", ".", "entry", ")", "if", "not", "emapitem", ".", "description", ":", "emapitem", ".", "description", "=", "enum", ".", "description", "print", "(", "\"Merged enum %s\"", "%", "enum", ".", "name", ")", "else", ":", "newenums", ".", "append", "(", "enum", ")", "emap", "[", "enum", ".", "name", "]", "=", "enum", "x", ".", "enum", "=", "newenums", "for", "e", "in", "emap", ":", "# sort by value", "emap", "[", "e", "]", ".", "entry", "=", "sorted", "(", "emap", "[", "e", "]", ".", "entry", ",", "key", "=", "operator", ".", "attrgetter", "(", "'value'", ")", ",", "reverse", "=", "False", ")", "# add a ENUM_END", "emap", "[", "e", "]", ".", "entry", ".", "append", "(", "MAVEnumEntry", "(", "\"%s_ENUM_END\"", "%", "emap", "[", "e", "]", ".", "name", ",", "emap", "[", "e", "]", ".", "entry", "[", "-", "1", "]", ".", "value", "+", "1", ",", "end_marker", "=", "True", ")", ")" ]

[ "merge", "enums", "between", "XML", "files" ]

[ "def", "decode_metar", "(", "self", ",", "metar", ")", ":", "try", ":", "from", "metar", "import", "Metar", "except", ":", "return", "\"Unable to parse metars. Please install parser from https://github.com/tomp/python-metar.\"", "m", "=", "Metar", ".", "Metar", "(", "metar", ")", "return", "m", ".", "string", "(", ")" ]

[ "Simple", "method", "that", "decodes", "a", "given", "metar", "string", "." ]

[ "def", "_parse", "(", "self", ")", ":", "atom_counter", "=", "0", "structure_build", "=", "self", ".", "structure_builder", "residues", "=", "self", ".", "_extract_residues", "(", ")", "cur_model", "=", "None", "cur_chain", "=", "None", "structure_build", ".", "init_seg", "(", "' '", ")", "# There is never a SEGID present", "for", "r", "in", "residues", ":", "# New model?", "if", "cur_model", "!=", "r", "[", "'model'", "]", ":", "cur_model", "=", "r", "[", "'model'", "]", "try", ":", "structure_build", ".", "init_model", "(", "cur_model", ")", "except", "PDBConstructionException", ",", "message", ":", "self", ".", "_handle_builder_exception", "(", "message", ",", "r", ")", "# New chain?", "if", "cur_chain", "!=", "r", "[", "'chain'", "]", ":", "cur_chain", "=", "r", "[", "'chain'", "]", "try", ":", "structure_build", ".", "init_chain", "(", "cur_chain", ")", "except", "PDBConstructionException", ",", "message", ":", "self", ".", "_handle_builder_exception", "(", "message", ",", "r", ")", "# Create residue", "if", "r", "[", "'name'", "]", "in", "AA_LIST", ":", "# Get residue type crudely since there is no HETATM / ATOM", "hetero_flag", "=", "' '", "elif", "r", "[", "'name'", "]", "==", "'WAT'", "or", "r", "[", "'name'", "]", "==", "'HOH'", ":", "hetero_flag", "=", "'W'", "else", ":", "hetero_flag", "=", "'H'", "# Some terminal atoms are added at residue 0. This residue has a small number of atoms.", "# Protonated non-terminal glycine has 7 atoms. Any of these residues is smaller.", "# HETATMs have only a couple of atoms (3 for water for example) and they are ok.", "if", "(", "len", "(", "r", "[", "'atoms'", "]", ")", ">=", "7", ")", "or", "(", "hetero_flag", "!=", "\" \"", ")", ":", "try", ":", "structure_build", ".", "init_residue", "(", "r", "[", "'name'", "]", ",", "hetero_flag", ",", "r", "[", "'number'", "]", ",", "r", "[", "'icode'", "]", ")", "except", "PDBConstructionException", ",", "message", ":", "self", ".", "_handle_builder_exception", "(", "message", ",", "r", ")", "# Create Atoms", "for", "atom", "in", "r", "[", "'atoms'", "]", ":", "a", "=", "self", ".", "_parse_atom", "(", "atom", ")", "if", "not", "sum", "(", "a", "[", "'coord'", "]", ")", ":", "# e.g. HG of metal bound CYS coords are 0,0,0.", "continue", "try", ":", "atom_counter", "+=", "1", "# fullname = name; altloc is empty;", "structure_build", ".", "init_atom", "(", "a", "[", "'name'", "]", ",", "a", "[", "'coord'", "]", ",", "a", "[", "'bfactor'", "]", ",", "a", "[", "'occupancy'", "]", ",", "' '", ",", "a", "[", "'name'", "]", ",", "atom_counter", ",", "a", "[", "'element'", "]", ",", "hetero_flag", ")", "except", "PDBConstructionException", ",", "message", ":", "self", ".", "_handle_builder_exception", "(", "message", ",", "r", ")", "elif", "len", "(", "r", "[", "'atoms'", "]", ")", "<", "7", ":", "# Terminal Residues", "for", "atom", "in", "r", "[", "'atoms'", "]", ":", "a", "=", "self", ".", "_parse_atom", "(", "atom", ")", "if", "not", "sum", "(", "a", "[", "'coord'", "]", ")", ":", "# e.g. HG of metal bound CYS coords are 0,0,0.", "continue", "atom_counter", "+=", "1", "ter_atom", "=", "Atom", "(", "a", "[", "'name'", "]", ",", "a", "[", "'coord'", "]", ",", "a", "[", "'bfactor'", "]", ",", "a", "[", "'occupancy'", "]", ",", "' '", ",", "a", "[", "'name'", "]", ",", "atom_counter", ",", "a", "[", "'element'", "]", ",", "hetero_flag", ")", "if", "a", "[", "'name'", "]", "in", "N_TERMINAL_ATOMS", ":", "inc_struct", "=", "self", ".", "structure_builder", ".", "get_structure", "(", ")", "for", "model", "in", "inc_struct", ":", "for", "chain", "in", "model", ":", "if", "chain", ".", "id", "==", "r", "[", "'chain'", "]", ":", "for", "residue", "in", "chain", ":", "# Find First residue matching name", "if", "residue", ".", "resname", "==", "r", "[", "'name'", "]", ":", "residue", ".", "add", "(", "ter_atom", ")", "break", "elif", "a", "[", "'name'", "]", "in", "C_TERMINAL_ATOMS", ":", "inc_struct", "=", "self", ".", "structure_builder", ".", "get_structure", "(", ")", "c_ter", "=", "None", "for", "model", "in", "inc_struct", ":", "for", "chain", "in", "model", ":", "if", "chain", ".", "id", "==", "r", "[", "'chain'", "]", ":", "for", "residue", "in", "chain", ":", "# Find Last residue matching name", "if", "residue", ".", "resname", "==", "r", "[", "'name'", "]", ":", "c_ter", "=", "residue", "if", "c_ter", ":", "c_ter", ".", "add", "(", "ter_atom", ")" ]

[ "Parse", "atomic", "data", "of", "the", "XML", "file", "." ]

[ "def", "profile", "(", "request", ")", ":", "context", "=", "{", "}", "if", "request", ".", "method", "==", "'POST'", ":", "form", "=", "PasswordChangeForm", "(", "request", ".", "user", ",", "request", ".", "POST", ")", "if", "form", ".", "is_valid", "(", ")", ":", "form", ".", "save", "(", ")", "messages", ".", "info", "(", "request", ",", "'Password Changed.'", ")", "else", ":", "form", "=", "PasswordChangeForm", "(", "request", ".", "user", ")", "key", "=", "Key", ".", "objects", ".", "get", "(", "email", "=", "request", ".", "user", ".", "email", ")", "#analytics", "endpoint_q", "=", "key", ".", "reports", ".", "values", "(", "'api__name'", ",", "'endpoint'", ")", ".", "annotate", "(", "calls", "=", "Sum", "(", "'calls'", ")", ")", ".", "order_by", "(", "'-calls'", ")", "endpoints", "=", "[", "{", "'endpoint'", ":", "'.'", ".", "join", "(", "(", "d", "[", "'api__name'", "]", ",", "d", "[", "'endpoint'", "]", ")", ")", ",", "'calls'", ":", "d", "[", "'calls'", "]", "}", "for", "d", "in", "endpoint_q", "]", "date_q", "=", "key", ".", "reports", ".", "values", "(", "'date'", ")", ".", "annotate", "(", "calls", "=", "Sum", "(", "'calls'", ")", ")", ".", "order_by", "(", "'date'", ")", "context", "[", "'endpoints'", "]", ",", "context", "[", "'endpoint_calls'", "]", "=", "_dictlist_to_lists", "(", "endpoints", ",", "'endpoint'", ",", "'calls'", ")", "context", "[", "'timeline'", "]", "=", "date_q", "context", "[", "'form'", "]", "=", "form", "context", "[", "'key'", "]", "=", "key", "context", "[", "'password_is_key'", "]", "=", "request", ".", "user", ".", "check_password", "(", "key", ".", "key", ")", "return", "render_to_response", "(", "'locksmith/profile.html'", ",", "context", ",", "context_instance", "=", "RequestContext", "(", "request", ")", ")" ]

[ "Viewing", "of", "signup", "details", "and", "editing", "of", "password" ]

[ "def", "_find", "(", "api_method", ",", "query", ",", "limit", ",", "return_handler", ",", "first_page_size", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "num_results", "=", "0", "if", "\"limit\"", "not", "in", "query", ":", "query", "[", "\"limit\"", "]", "=", "first_page_size", "while", "True", ":", "resp", "=", "api_method", "(", "query", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "by_parent", "=", "resp", ".", "get", "(", "'byParent'", ")", "descriptions", "=", "resp", ".", "get", "(", "'describe'", ")", "def", "format_result", "(", "result", ")", ":", "if", "return_handler", ":", "result", "=", "dxpy", ".", "get_handler", "(", "result", "[", "'id'", "]", ",", "project", "=", "result", ".", "get", "(", "'project'", ")", ")", "if", "by_parent", "is", "not", "None", ":", "return", "result", ",", "by_parent", ",", "descriptions", "else", ":", "return", "result", "for", "i", "in", "resp", "[", "\"results\"", "]", ":", "if", "num_results", "==", "limit", ":", "return", "num_results", "+=", "1", "yield", "format_result", "(", "i", ")", "# set up next query", "if", "resp", "[", "\"next\"", "]", "is", "not", "None", ":", "query", "[", "\"starting\"", "]", "=", "resp", "[", "\"next\"", "]", "query", "[", "\"limit\"", "]", "=", "min", "(", "query", "[", "\"limit\"", "]", "*", "2", ",", "1000", ")", "else", ":", "return" ]

[ "Takes", "an", "API", "method", "handler", "(", "dxpy", ".", "api", ".", "find", "*", ")", "and", "calls", "it", "with", "*", "query", "*", "and", "then", "wraps", "a", "generator", "around", "its", "output", ".", "Used", "by", "the", "methods", "below", "." ]

[ "def", "cancel", "(", "self", ",", "event", ")", ":", "with", "self", ".", "_lock", ":", "self", ".", "_queue", ".", "remove", "(", "event", ")", "heapq", ".", "heapify", "(", "self", ".", "_queue", ")" ]

[ "Remove", "an", "event", "from", "the", "queue", "." ]

[ "def", "new_notebook", "(", "self", ")", ":", "path", ",", "name", "=", "self", ".", "increment_filename", "(", "'Untitled'", ")", "notebook_id", "=", "self", ".", "new_notebook_id", "(", "name", ")", "metadata", "=", "current", ".", "new_metadata", "(", "name", "=", "name", ")", "nb", "=", "current", ".", "new_notebook", "(", "metadata", "=", "metadata", ")", "with", "open", "(", "path", ",", "'w'", ")", "as", "f", ":", "current", ".", "write", "(", "nb", ",", "f", ",", "u'json'", ")", "return", "notebook_id" ]

[ "Create", "a", "new", "notebook", "and", "return", "its", "notebook_id", "." ]

[ "def", "transform", "(", "self", ",", "mode", "=", "None", ")", ":", "if", "mode", ":", "self", ".", "_canvas", ".", "mode", "=", "mode", "return", "self", ".", "_canvas", ".", "mode" ]

[ "Set", "the", "current", "transform", "mode", "." ]

[ "def", "sigStrToKwArgsDict", "(", "checkFuncSig", ")", ":", "p1", "=", "checkFuncSig", ".", "find", "(", "'('", ")", "p2", "=", "checkFuncSig", ".", "rfind", "(", "')'", ")", "assert", "p1", ">", "0", "and", "p2", ">", "0", "and", "p2", ">", "p1", ",", "\"Invalid signature: \"", "+", "checkFuncSig", "argParts", "=", "irafutils", ".", "csvSplit", "(", "checkFuncSig", "[", "p1", "+", "1", ":", "p2", "]", ",", "','", ",", "True", ")", "argParts", "=", "[", "x", ".", "strip", "(", ")", "for", "x", "in", "argParts", "]", "retval", "=", "{", "}", "for", "argPair", "in", "argParts", ":", "argSpl", "=", "argPair", ".", "split", "(", "'='", ",", "1", ")", "if", "len", "(", "argSpl", ")", ">", "1", ":", "if", "argSpl", "[", "0", "]", "in", "retval", ":", "if", "isinstance", "(", "retval", "[", "argSpl", "[", "0", "]", "]", ",", "(", "list", ",", "tuple", ")", ")", ":", "retval", "[", "argSpl", "[", "0", "]", "]", "+=", "(", "irafutils", ".", "stripQuotes", "(", "argSpl", "[", "1", "]", ")", ",", ")", "# 3rd", "else", ":", "# 2nd in, so convert to tuple", "retval", "[", "argSpl", "[", "0", "]", "]", "=", "(", "retval", "[", "argSpl", "[", "0", "]", "]", ",", "irafutils", ".", "stripQuotes", "(", "argSpl", "[", "1", "]", ")", ",", ")", "else", ":", "retval", "[", "argSpl", "[", "0", "]", "]", "=", "irafutils", ".", "stripQuotes", "(", "argSpl", "[", "1", "]", ")", "# 1st in", "else", ":", "retval", "[", "argSpl", "[", "0", "]", "]", "=", "None", "# eg. found \"triggers=, max=6, ...\"", "return", "retval" ]

[ "Take", "a", "check", "function", "signature", "(", "string", ")", "and", "parse", "it", "to", "get", "a", "dict", "of", "the", "keyword", "args", "and", "their", "values", "." ]

[ "def", "validateMemberName", "(", "n", ")", ":", "try", ":", "if", "len", "(", "n", ")", "<", "1", ":", "raise", "Exception", "(", "'Name must be at least one byte in length'", ")", "if", "len", "(", "n", ")", ">", "255", ":", "raise", "Exception", "(", "'Name exceeds maximum length of 255'", ")", "if", "n", "[", "0", "]", ".", "isdigit", "(", ")", ":", "raise", "Exception", "(", "'Names may not begin with a digit'", ")", "if", "mbr_re", ".", "search", "(", "n", ")", ":", "raise", "Exception", "(", "'Names contains a character outside the set [A-Za-z0-9_]'", ")", "except", "Exception", "as", "e", ":", "raise", "MarshallingError", "(", "'Invalid member name \"%s\": %s'", "%", "(", "n", ",", "str", "(", "e", ")", ")", ")" ]

[ "Verifies", "that", "the", "supplied", "name", "is", "a", "valid", "DBus", "member", "name", ".", "Throws", "an", "L", "{", "error", ".", "MarshallingError", "}", "if", "the", "format", "is", "invalid" ]

[ "def", "get_dataset", "(", "self", ",", "key", ",", "info", ")", ":", "if", "self", ".", "mdrs", "is", "None", ":", "self", ".", "_read_all", "(", "self", ".", "filename", ")", "if", "key", ".", "name", "in", "[", "'longitude'", ",", "'latitude'", "]", ":", "lons", ",", "lats", "=", "self", ".", "get_full_lonlats", "(", ")", "if", "key", ".", "name", "==", "'longitude'", ":", "dataset", "=", "create_xarray", "(", "lons", ")", "else", ":", "dataset", "=", "create_xarray", "(", "lats", ")", "elif", "key", ".", "name", "in", "[", "'solar_zenith_angle'", ",", "'solar_azimuth_angle'", ",", "'satellite_zenith_angle'", ",", "'satellite_azimuth_angle'", "]", ":", "sun_azi", ",", "sun_zen", ",", "sat_azi", ",", "sat_zen", "=", "self", ".", "get_full_angles", "(", ")", "if", "key", ".", "name", "==", "'solar_zenith_angle'", ":", "dataset", "=", "create_xarray", "(", "sun_zen", ")", "elif", "key", ".", "name", "==", "'solar_azimuth_angle'", ":", "dataset", "=", "create_xarray", "(", "sun_azi", ")", "if", "key", ".", "name", "==", "'satellite_zenith_angle'", ":", "dataset", "=", "create_xarray", "(", "sat_zen", ")", "elif", "key", ".", "name", "==", "'satellite_azimuth_angle'", ":", "dataset", "=", "create_xarray", "(", "sat_azi", ")", "else", ":", "mask", "=", "None", "if", "key", ".", "calibration", "==", "'counts'", ":", "raise", "ValueError", "(", "'calibration=counts is not supported! '", "+", "'This reader cannot return counts'", ")", "elif", "key", ".", "calibration", "not", "in", "[", "'reflectance'", ",", "'brightness_temperature'", ",", "'radiance'", "]", ":", "raise", "ValueError", "(", "'calibration type '", "+", "str", "(", "key", ".", "calibration", ")", "+", "' is not supported!'", ")", "if", "key", ".", "name", "in", "[", "'3A'", ",", "'3a'", "]", "and", "self", ".", "three_a_mask", "is", "None", ":", "self", ".", "three_a_mask", "=", "(", "(", "self", "[", "\"FRAME_INDICATOR\"", "]", "&", "2", "**", "16", ")", "!=", "2", "**", "16", ")", "if", "key", ".", "name", "in", "[", "'3B'", ",", "'3b'", "]", "and", "self", ".", "three_b_mask", "is", "None", ":", "self", ".", "three_b_mask", "=", "(", "(", "self", "[", "\"FRAME_INDICATOR\"", "]", "&", "2", "**", "16", ")", "!=", "0", ")", "if", "key", ".", "name", "not", "in", "[", "\"1\"", ",", "\"2\"", ",", "\"3a\"", ",", "\"3A\"", ",", "\"3b\"", ",", "\"3B\"", ",", "\"4\"", ",", "\"5\"", "]", ":", "LOG", ".", "info", "(", "\"Can't load channel in eps_l1b: \"", "+", "str", "(", "key", ".", "name", ")", ")", "return", "if", "key", ".", "name", "==", "\"1\"", ":", "if", "key", ".", "calibration", "==", "'reflectance'", ":", "array", "=", "radiance_to_refl", "(", "self", "[", "\"SCENE_RADIANCES\"", "]", "[", ":", ",", "0", ",", ":", "]", ",", "self", "[", "\"CH1_SOLAR_FILTERED_IRRADIANCE\"", "]", ")", "else", ":", "array", "=", "self", "[", "\"SCENE_RADIANCES\"", "]", "[", ":", ",", "0", ",", ":", "]", "if", "key", ".", "name", "==", "\"2\"", ":", "if", "key", ".", "calibration", "==", "'reflectance'", ":", "array", "=", "radiance_to_refl", "(", "self", "[", "\"SCENE_RADIANCES\"", "]", "[", ":", ",", "1", ",", ":", "]", ",", "self", "[", "\"CH2_SOLAR_FILTERED_IRRADIANCE\"", "]", ")", "else", ":", "array", "=", "self", "[", "\"SCENE_RADIANCES\"", "]", "[", ":", ",", "1", ",", ":", "]", "if", "key", ".", "name", ".", "lower", "(", ")", "==", "\"3a\"", ":", "if", "key", ".", "calibration", "==", "'reflectance'", ":", "array", "=", "radiance_to_refl", "(", "self", "[", "\"SCENE_RADIANCES\"", "]", "[", ":", ",", "2", ",", ":", "]", ",", "self", "[", "\"CH3A_SOLAR_FILTERED_IRRADIANCE\"", "]", ")", "else", ":", "array", "=", "self", "[", "\"SCENE_RADIANCES\"", "]", "[", ":", ",", "2", ",", ":", "]", "mask", "=", "np", ".", "empty", "(", "array", ".", "shape", ",", "dtype", "=", "bool", ")", "mask", "[", ":", ",", ":", "]", "=", "self", ".", "three_a_mask", "[", ":", ",", "np", ".", "newaxis", "]", "if", "key", ".", "name", ".", "lower", "(", ")", "==", "\"3b\"", ":", "if", "key", ".", "calibration", "==", "'brightness_temperature'", ":", "array", "=", "radiance_to_bt", "(", "self", "[", "\"SCENE_RADIANCES\"", "]", "[", ":", ",", "2", ",", ":", "]", ",", "self", "[", "\"CH3B_CENTRAL_WAVENUMBER\"", "]", ",", "self", "[", "\"CH3B_CONSTANT1\"", "]", ",", "self", "[", "\"CH3B_CONSTANT2_SLOPE\"", "]", ")", "else", ":", "array", "=", "self", "[", "\"SCENE_RADIANCES\"", "]", "[", ":", ",", "2", ",", ":", "]", "mask", "=", "np", ".", "empty", "(", "array", ".", "shape", ",", "dtype", "=", "bool", ")", "mask", "[", ":", ",", ":", "]", "=", "self", ".", "three_b_mask", "[", ":", ",", "np", ".", "newaxis", "]", "if", "key", ".", "name", "==", "\"4\"", ":", "if", "key", ".", "calibration", "==", "'brightness_temperature'", ":", "array", "=", "radiance_to_bt", "(", "self", "[", "\"SCENE_RADIANCES\"", "]", "[", ":", ",", "3", ",", ":", "]", ",", "self", "[", "\"CH4_CENTRAL_WAVENUMBER\"", "]", ",", "self", "[", "\"CH4_CONSTANT1\"", "]", ",", "self", "[", "\"CH4_CONSTANT2_SLOPE\"", "]", ")", "else", ":", "array", "=", "self", "[", "\"SCENE_RADIANCES\"", "]", "[", ":", ",", "3", ",", ":", "]", "if", "key", ".", "name", "==", "\"5\"", ":", "if", "key", ".", "calibration", "==", "'brightness_temperature'", ":", "array", "=", "radiance_to_bt", "(", "self", "[", "\"SCENE_RADIANCES\"", "]", "[", ":", ",", "4", ",", ":", "]", ",", "self", "[", "\"CH5_CENTRAL_WAVENUMBER\"", "]", ",", "self", "[", "\"CH5_CONSTANT1\"", "]", ",", "self", "[", "\"CH5_CONSTANT2_SLOPE\"", "]", ")", "else", ":", "array", "=", "self", "[", "\"SCENE_RADIANCES\"", "]", "[", ":", ",", "4", ",", ":", "]", "dataset", "=", "create_xarray", "(", "array", ")", "if", "mask", "is", "not", "None", ":", "dataset", "=", "dataset", ".", "where", "(", "~", "mask", ")", "dataset", ".", "attrs", "[", "'platform_name'", "]", "=", "self", ".", "platform_name", "dataset", ".", "attrs", "[", "'sensor'", "]", "=", "self", ".", "sensor_name", "dataset", ".", "attrs", ".", "update", "(", "info", ")", "dataset", ".", "attrs", ".", "update", "(", "key", ".", "to_dict", "(", ")", ")", "return", "dataset" ]

[ "Get", "calibrated", "channel", "data", "." ]

[ "def", "set_app", "(", "name", ",", "site", ",", "settings", "=", "None", ")", ":", "# pylint: disable=anomalous-backslash-in-string", "# pylint: enable=anomalous-backslash-in-string", "ret", "=", "{", "'name'", ":", "name", ",", "'changes'", ":", "{", "}", ",", "'comment'", ":", "str", "(", ")", ",", "'result'", ":", "None", "}", "if", "not", "settings", ":", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'No settings to change provided.'", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "True", "return", "ret", "ret_settings", "=", "{", "'changes'", ":", "{", "}", ",", "'failures'", ":", "{", "}", ",", "}", "current_settings", "=", "__salt__", "[", "'win_iis.get_webapp_settings'", "]", "(", "name", "=", "name", ",", "site", "=", "site", ",", "settings", "=", "settings", ".", "keys", "(", ")", ")", "for", "setting", "in", "settings", ":", "if", "str", "(", "settings", "[", "setting", "]", ")", "!=", "str", "(", "current_settings", "[", "setting", "]", ")", ":", "ret_settings", "[", "'changes'", "]", "[", "setting", "]", "=", "{", "'old'", ":", "current_settings", "[", "setting", "]", ",", "'new'", ":", "settings", "[", "setting", "]", "}", "if", "not", "ret_settings", "[", "'changes'", "]", ":", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Settings already contain the provided values.'", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "True", "return", "ret", "elif", "__opts__", "[", "'test'", "]", ":", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Settings will be changed.'", "ret", "[", "'changes'", "]", "=", "ret_settings", "return", "ret", "__salt__", "[", "'win_iis.set_webapp_settings'", "]", "(", "name", "=", "name", ",", "site", "=", "site", ",", "settings", "=", "settings", ")", "new_settings", "=", "__salt__", "[", "'win_iis.get_webapp_settings'", "]", "(", "name", "=", "name", ",", "site", "=", "site", ",", "settings", "=", "settings", ".", "keys", "(", ")", ")", "for", "setting", "in", "settings", ":", "if", "str", "(", "settings", "[", "setting", "]", ")", "!=", "str", "(", "new_settings", "[", "setting", "]", ")", ":", "ret_settings", "[", "'failures'", "]", "[", "setting", "]", "=", "{", "'old'", ":", "current_settings", "[", "setting", "]", ",", "'new'", ":", "new_settings", "[", "setting", "]", "}", "ret_settings", "[", "'changes'", "]", ".", "pop", "(", "setting", ",", "None", ")", "if", "ret_settings", "[", "'failures'", "]", ":", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Some settings failed to change.'", "ret", "[", "'changes'", "]", "=", "ret_settings", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "False", "else", ":", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Set settings to contain the provided values.'", "ret", "[", "'changes'", "]", "=", "ret_settings", "[", "'changes'", "]", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "True", "return", "ret" ]

[ "..", "versionadded", "::", "2017", ".", "7", ".", "0" ]

[ "def", "create_request_elements", "(", "cls", ",", "request_type", ",", "credentials", ",", "url", ",", "method", "=", "'GET'", ",", "params", "=", "None", ",", "headers", "=", "None", ",", "body", "=", "''", ",", "secret", "=", "None", ",", "redirect_uri", "=", "''", ",", "scope", "=", "''", ",", "csrf", "=", "''", ",", "user_state", "=", "''", ")", ":", "headers", "=", "headers", "or", "{", "}", "params", "=", "params", "or", "{", "}", "consumer_key", "=", "credentials", ".", "consumer_key", "or", "''", "consumer_secret", "=", "credentials", ".", "consumer_secret", "or", "''", "token", "=", "credentials", ".", "token", "or", "''", "refresh_token", "=", "credentials", ".", "refresh_token", "or", "credentials", ".", "token", "or", "''", "# Separate url base and query parameters.", "url", ",", "base_params", "=", "cls", ".", "_split_url", "(", "url", ")", "# Add params extracted from URL.", "params", ".", "update", "(", "dict", "(", "base_params", ")", ")", "if", "request_type", "==", "cls", ".", "USER_AUTHORIZATION_REQUEST_TYPE", ":", "# User authorization request.", "# TODO: Raise error for specific message for each missing argument.", "if", "consumer_key", "and", "redirect_uri", "and", "(", "csrf", "or", "not", "cls", ".", "supports_csrf_protection", ")", ":", "params", "[", "'client_id'", "]", "=", "consumer_key", "params", "[", "'redirect_uri'", "]", "=", "redirect_uri", "params", "[", "'scope'", "]", "=", "scope", "if", "cls", ".", "supports_user_state", ":", "params", "[", "'state'", "]", "=", "base64", ".", "urlsafe_b64encode", "(", "json", ".", "dumps", "(", "{", "\"csrf\"", ":", "csrf", ",", "\"user_state\"", ":", "user_state", "}", ")", ".", "encode", "(", "'utf-8'", ")", ")", "else", ":", "params", "[", "'state'", "]", "=", "csrf", "params", "[", "'response_type'", "]", "=", "'code'", "# Add authorization header", "headers", ".", "update", "(", "cls", ".", "_authorization_header", "(", "credentials", ")", ")", "else", ":", "raise", "OAuth2Error", "(", "'Credentials with valid consumer_key and arguments '", "'redirect_uri, scope and state are required to create '", "'OAuth 2.0 user authorization request elements!'", ")", "elif", "request_type", "==", "cls", ".", "ACCESS_TOKEN_REQUEST_TYPE", ":", "# Access token request.", "if", "consumer_key", "and", "consumer_secret", ":", "params", "[", "'code'", "]", "=", "token", "params", "[", "'client_id'", "]", "=", "consumer_key", "params", "[", "'client_secret'", "]", "=", "consumer_secret", "params", "[", "'redirect_uri'", "]", "=", "redirect_uri", "params", "[", "'grant_type'", "]", "=", "'authorization_code'", "# TODO: Check whether all providers accept it", "headers", ".", "update", "(", "cls", ".", "_authorization_header", "(", "credentials", ")", ")", "else", ":", "raise", "OAuth2Error", "(", "'Credentials with valid token, consumer_key, '", "'consumer_secret and argument redirect_uri are required '", "'to create OAuth 2.0 access token request elements!'", ")", "elif", "request_type", "==", "cls", ".", "REFRESH_TOKEN_REQUEST_TYPE", ":", "# Refresh access token request.", "if", "refresh_token", "and", "consumer_key", "and", "consumer_secret", ":", "params", "[", "'refresh_token'", "]", "=", "refresh_token", "params", "[", "'client_id'", "]", "=", "consumer_key", "params", "[", "'client_secret'", "]", "=", "consumer_secret", "params", "[", "'grant_type'", "]", "=", "'refresh_token'", "else", ":", "raise", "OAuth2Error", "(", "'Credentials with valid refresh_token, consumer_key, '", "'consumer_secret are required to create OAuth 2.0 '", "'refresh token request elements!'", ")", "elif", "request_type", "==", "cls", ".", "PROTECTED_RESOURCE_REQUEST_TYPE", ":", "# Protected resource request.", "# Add Authorization header. See:", "# http://tools.ietf.org/html/rfc6749#section-7.1", "if", "credentials", ".", "token_type", "==", "cls", ".", "BEARER", ":", "# http://tools.ietf.org/html/rfc6750#section-2.1", "headers", ".", "update", "(", "{", "'Authorization'", ":", "'Bearer {0}'", ".", "format", "(", "credentials", ".", "token", ")", "}", ")", "elif", "token", ":", "params", "[", "'access_token'", "]", "=", "token", "else", ":", "raise", "OAuth2Error", "(", "'Credentials with valid token are required to create '", "'OAuth 2.0 protected resources request elements!'", ")", "request_elements", "=", "core", ".", "RequestElements", "(", "url", ",", "method", ",", "params", ",", "headers", ",", "body", ")", "return", "cls", ".", "_x_request_elements_filter", "(", "request_type", ",", "request_elements", ",", "credentials", ")" ]

[ "Creates", "|oauth2|", "request", "elements", "." ]

[ "def", "setMaximumWidth", "(", "self", ",", "width", ")", ":", "super", "(", "XView", ",", "self", ")", ".", "setMaximumWidth", "(", "width", ")", "if", "(", "not", "self", ".", "signalsBlocked", "(", ")", ")", ":", "self", ".", "sizeConstraintChanged", ".", "emit", "(", ")" ]

[ "Sets", "the", "maximum", "width", "value", "to", "the", "inputed", "width", "and", "emits", "the", "\\", "sizeConstraintChanged", "signal", ".", ":", "param", "width", "|", "<int", ">" ]

[ "def", "maybe_run", "(", "self", ",", "job", ")", ":", "msg_id", "=", "job", ".", "msg_id", "self", ".", "log", ".", "debug", "(", "\"Attempting to assign task %s\"", ",", "msg_id", ")", "if", "not", "self", ".", "targets", ":", "# no engines, definitely can't run", "return", "False", "if", "job", ".", "follow", "or", "job", ".", "targets", "or", "job", ".", "blacklist", "or", "self", ".", "hwm", ":", "# we need a can_run filter", "def", "can_run", "(", "idx", ")", ":", "# check hwm", "if", "self", ".", "hwm", "and", "self", ".", "loads", "[", "idx", "]", "==", "self", ".", "hwm", ":", "return", "False", "target", "=", "self", ".", "targets", "[", "idx", "]", "# check blacklist", "if", "target", "in", "job", ".", "blacklist", ":", "return", "False", "# check targets", "if", "job", ".", "targets", "and", "target", "not", "in", "job", ".", "targets", ":", "return", "False", "# check follow", "return", "job", ".", "follow", ".", "check", "(", "self", ".", "completed", "[", "target", "]", ",", "self", ".", "failed", "[", "target", "]", ")", "indices", "=", "filter", "(", "can_run", ",", "range", "(", "len", "(", "self", ".", "targets", ")", ")", ")", "if", "not", "indices", ":", "# couldn't run", "if", "job", ".", "follow", ".", "all", ":", "# check follow for impossibility", "dests", "=", "set", "(", ")", "relevant", "=", "set", "(", ")", "if", "job", ".", "follow", ".", "success", ":", "relevant", "=", "self", ".", "all_completed", "if", "job", ".", "follow", ".", "failure", ":", "relevant", "=", "relevant", ".", "union", "(", "self", ".", "all_failed", ")", "for", "m", "in", "job", ".", "follow", ".", "intersection", "(", "relevant", ")", ":", "dests", ".", "add", "(", "self", ".", "destinations", "[", "m", "]", ")", "if", "len", "(", "dests", ")", ">", "1", ":", "self", ".", "depending", "[", "msg_id", "]", "=", "job", "self", ".", "fail_unreachable", "(", "msg_id", ")", "return", "False", "if", "job", ".", "targets", ":", "# check blacklist+targets for impossibility", "job", ".", "targets", ".", "difference_update", "(", "job", ".", "blacklist", ")", "if", "not", "job", ".", "targets", "or", "not", "job", ".", "targets", ".", "intersection", "(", "self", ".", "targets", ")", ":", "self", ".", "depending", "[", "msg_id", "]", "=", "job", "self", ".", "fail_unreachable", "(", "msg_id", ")", "return", "False", "return", "False", "else", ":", "indices", "=", "None", "self", ".", "submit_task", "(", "job", ",", "indices", ")", "return", "True" ]

[ "check", "location", "dependencies", "and", "run", "if", "they", "are", "met", "." ]

[ "def", "potential_purviews", "(", "self", ",", "direction", ",", "mechanism", ",", "purviews", "=", "False", ")", ":", "system", "=", "self", ".", "system", "[", "direction", "]", "return", "[", "purview", "for", "purview", "in", "system", ".", "potential_purviews", "(", "direction", ",", "mechanism", ",", "purviews", ")", "if", "set", "(", "purview", ")", ".", "issubset", "(", "self", ".", "purview_indices", "(", "direction", ")", ")", "]" ]

[ "Return", "all", "purviews", "that", "could", "belong", "to", "the", "|MIC|", "/", "|MIE|", "." ]

[ "def", "symlink", "(", "src", ",", "link", ")", ":", "# When Python 3.2 or later becomes the minimum version, this function can be", "# replaced with the built-in os.symlink function, which supports Windows.", "if", "sys", ".", "getwindowsversion", "(", ")", ".", "major", "<", "6", ":", "raise", "SaltInvocationError", "(", "'Symlinks are only supported on Windows Vista or later.'", ")", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "src", ")", ":", "raise", "SaltInvocationError", "(", "'The given source path does not exist.'", ")", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "isabs", "(", "src", ")", ":", "raise", "SaltInvocationError", "(", "'File path must be absolute.'", ")", "# ensure paths are using the right slashes", "src", "=", "os", ".", "path", ".", "normpath", "(", "src", ")", "link", "=", "os", ".", "path", ".", "normpath", "(", "link", ")", "is_dir", "=", "os", ".", "path", ".", "isdir", "(", "src", ")", "try", ":", "win32file", ".", "CreateSymbolicLink", "(", "link", ",", "src", ",", "int", "(", "is_dir", ")", ")", "return", "True", "except", "pywinerror", "as", "exc", ":", "raise", "CommandExecutionError", "(", "'Could not create \\'{0}\\' - [{1}] {2}'", ".", "format", "(", "link", ",", "exc", ".", "winerror", ",", "exc", ".", "strerror", ")", ")" ]

[ "Create", "a", "symbolic", "link", "to", "a", "file" ]

[ "def", "keep_params", "(", "self", ",", "base_key", ",", "*", "params", ")", ":", "self", ".", "params", "[", "base_key", "+", "'.'", "+", "'|'", ".", "join", "(", "params", ")", "]", "=", "self", ".", "keep_params_s", "(", "self", ".", "params", "[", "base_key", "]", ",", "params", ")" ]

[ "Method", "to", "keep", "only", "specific", "parameters", "from", "a", "parameter", "documentation", "." ]

[ "def", "guarded", "(", "meth", ")", ":", "@", "functools", ".", "wraps", "(", "meth", ")", "def", "_check", "(", "self", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "self", ".", "_check_conn_validity", "(", "meth", ".", "__name__", ")", "return", "meth", "(", "self", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "return", "_check" ]

[ "A", "decorator", "to", "add", "a", "sanity", "check", "to", "ConnectionResource", "methods", "." ]

[ "def", "make_readable_path", "(", "path", ")", ":", "home", "=", "os", ".", "path", ".", "expanduser", "(", "\"~\"", ")", "if", "path", ".", "startswith", "(", "home", ")", ":", "path", "=", "\"~\"", "+", "path", "[", "len", "(", "home", ")", ":", "]", "return", "path" ]

[ "Make", "a", "path", "more", "readable" ]

[ "def", "_hydrate_values", "(", "output", ",", "output_schema", ",", "data", ")", ":", "def", "hydrate_path", "(", "file_name", ")", ":", "\"\"\"Hydrate file paths.\"\"\"", "from", "resolwe", ".", "flow", ".", "managers", "import", "manager", "class", "HydratedPath", "(", "str", ")", ":", "\"\"\"String wrapper, which also stores the original filename.\"\"\"", "__slots__", "=", "(", "'data_id'", ",", "'file_name'", ")", "def", "__new__", "(", "cls", ",", "value", "=", "''", ")", ":", "\"\"\"Initialize hydrated path.\"\"\"", "hydrated", "=", "str", ".", "__new__", "(", "cls", ",", "value", ")", "hydrated", ".", "data_id", "=", "data", ".", "id", "hydrated", ".", "file_name", "=", "file_name", "return", "hydrated", "return", "HydratedPath", "(", "manager", ".", "get_executor", "(", ")", ".", "resolve_data_path", "(", "data", ",", "file_name", ")", ")", "def", "hydrate_storage", "(", "storage_id", ")", ":", "\"\"\"Hydrate storage fields.\"\"\"", "from", ".", "storage", "import", "LazyStorageJSON", "# Prevent circular import.", "return", "LazyStorageJSON", "(", "pk", "=", "storage_id", ")", "for", "field_schema", ",", "fields", "in", "iterate_fields", "(", "output", ",", "output_schema", ")", ":", "name", "=", "field_schema", "[", "'name'", "]", "value", "=", "fields", "[", "name", "]", "if", "'type'", "in", "field_schema", ":", "if", "field_schema", "[", "'type'", "]", ".", "startswith", "(", "'basic:file:'", ")", ":", "value", "[", "'file'", "]", "=", "hydrate_path", "(", "value", "[", "'file'", "]", ")", "value", "[", "'refs'", "]", "=", "[", "hydrate_path", "(", "ref", ")", "for", "ref", "in", "value", ".", "get", "(", "'refs'", ",", "[", "]", ")", "]", "elif", "field_schema", "[", "'type'", "]", ".", "startswith", "(", "'list:basic:file:'", ")", ":", "for", "obj", "in", "value", ":", "obj", "[", "'file'", "]", "=", "hydrate_path", "(", "obj", "[", "'file'", "]", ")", "obj", "[", "'refs'", "]", "=", "[", "hydrate_path", "(", "ref", ")", "for", "ref", "in", "obj", ".", "get", "(", "'refs'", ",", "[", "]", ")", "]", "if", "field_schema", "[", "'type'", "]", ".", "startswith", "(", "'basic:dir:'", ")", ":", "value", "[", "'dir'", "]", "=", "hydrate_path", "(", "value", "[", "'dir'", "]", ")", "value", "[", "'refs'", "]", "=", "[", "hydrate_path", "(", "ref", ")", "for", "ref", "in", "value", ".", "get", "(", "'refs'", ",", "[", "]", ")", "]", "elif", "field_schema", "[", "'type'", "]", ".", "startswith", "(", "'list:basic:dir:'", ")", ":", "for", "obj", "in", "value", ":", "obj", "[", "'dir'", "]", "=", "hydrate_path", "(", "obj", "[", "'dir'", "]", ")", "obj", "[", "'refs'", "]", "=", "[", "hydrate_path", "(", "ref", ")", "for", "ref", "in", "obj", ".", "get", "(", "'refs'", ",", "[", "]", ")", "]", "elif", "field_schema", "[", "'type'", "]", ".", "startswith", "(", "'basic:json:'", ")", ":", "fields", "[", "name", "]", "=", "hydrate_storage", "(", "value", ")", "elif", "field_schema", "[", "'type'", "]", ".", "startswith", "(", "'list:basic:json:'", ")", ":", "fields", "[", "name", "]", "=", "[", "hydrate_storage", "(", "storage_id", ")", "for", "storage_id", "in", "value", "]" ]

[ "Hydrate", "basic", ":", "file", "and", "basic", ":", "json", "values", "." ]

[ "def", "get_group_metadata", "(", "self", ")", ":", "# Implemented from template for osid.resource.ResourceForm.get_group_metadata_template", "metadata", "=", "dict", "(", "self", ".", "_mdata", "[", "'group'", "]", ")", "metadata", ".", "update", "(", "{", "'existing_boolean_values'", ":", "self", ".", "_my_map", "[", "'group'", "]", "}", ")", "return", "Metadata", "(", "*", "*", "metadata", ")" ]

[ "Gets", "the", "metadata", "for", "a", "group", "." ]

[ "def", "_evaluate", "(", "self", ",", "R", ",", "z", ",", "phi", "=", "0.", ",", "t", "=", "0.", ")", ":", "#Cylindrical distance", "Rdist", "=", "_cylR", "(", "R", ",", "phi", ",", "self", ".", "_orb", ".", "R", "(", "t", ")", ",", "self", ".", "_orb", ".", "phi", "(", "t", ")", ")", "#Evaluate potential", "return", "evaluatePotentials", "(", "self", ".", "_pot", ",", "Rdist", ",", "self", ".", "_orb", ".", "z", "(", "t", ")", "-", "z", ",", "use_physical", "=", "False", ")" ]

[ "NAME", ":", "_evaluate", "PURPOSE", ":", "evaluate", "the", "potential", "at", "R", "z", "phi", "INPUT", ":", "R", "-", "Galactocentric", "cylindrical", "radius", "z", "-", "vertical", "height", "phi", "-", "azimuth", "t", "-", "time", "OUTPUT", ":", "Phi", "(", "R", "z", "phi", ")", "HISTORY", ":", "2011", "-", "04", "-", "10", "-", "Started", "-", "Bovy", "(", "NYU", ")", "2018", "-", "10", "-", "18", "-", "Updated", "for", "general", "object", "potential", "-", "James", "Lane", "(", "UofT", ")" ]

[ "async", "def", "read_line", "(", "stream", ":", "asyncio", ".", "StreamReader", ")", "->", "bytes", ":", "# Security: this is bounded by the StreamReader's limit (default = 32 KiB).", "line", "=", "await", "stream", ".", "readline", "(", ")", "# Security: this guarantees header values are small (hard-coded = 4 KiB)", "if", "len", "(", "line", ")", ">", "MAX_LINE", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Line too long\"", ")", "# Not mandatory but safe - https://tools.ietf.org/html/rfc7230#section-3.5", "if", "not", "line", ".", "endswith", "(", "b\"\\r\\n\"", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Line without CRLF\"", ")", "return", "line", "[", ":", "-", "2", "]" ]

[ "Read", "a", "single", "line", "from", "stream", "." ]

[ "def", "_bse_cli_list_roles", "(", "args", ")", ":", "all_roles", "=", "api", ".", "get_roles", "(", ")", "if", "args", ".", "no_description", ":", "liststr", "=", "all_roles", ".", "keys", "(", ")", "else", ":", "liststr", "=", "format_columns", "(", "all_roles", ".", "items", "(", ")", ")", "return", "'\\n'", ".", "join", "(", "liststr", ")" ]

[ "Handles", "the", "list", "-", "roles", "subcommand" ]

[ "def", "active", "(", "self", ",", "subject_id", ",", "entity_id", ")", ":", "try", ":", "(", "timestamp", ",", "info", ")", "=", "self", ".", "_cache", ".", "get", "(", "_key", "(", "subject_id", ",", "entity_id", ")", ")", "except", "ValueError", ":", "return", "False", "except", "TypeError", ":", "return", "False", "# if not info:", "# return False", "try", ":", "return", "time_util", ".", "not_on_or_after", "(", "timestamp", ")", "except", "ToOld", ":", "return", "False" ]

[ "Returns", "the", "status", "of", "assertions", "from", "a", "specific", "entity_id", "." ]

[ "def", "unbind", "(", "self", ")", ":", "for", "variable", "in", "self", ".", "variables", ":", "self", ".", "__unbind_variable", "(", "variable", ")", "for", "result", "in", "self", ".", "results", ":", "self", ".", "__unbind_result", "(", "result", ")" ]

[ "Unlisten", "and", "close", "each", "bound", "item", "." ]

[ "def", "read", "(", "self", ",", "size", ")", ":", "try", ":", "return_val", "=", "self", ".", "handle", ".", "read", "(", "size", ")", "if", "return_val", "==", "''", ":", "print", "(", ")", "print", "(", "\"Piksi disconnected\"", ")", "print", "(", ")", "raise", "IOError", "return", "return_val", "except", "OSError", ":", "print", "(", ")", "print", "(", "\"Piksi disconnected\"", ")", "print", "(", ")", "raise", "IOError" ]

[ "Read", "wrapper", "." ]

[ "def", "render_done", "(", "self", ",", "form", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "final_form_list", "=", "[", "]", "# walk through the form list and try to validate the data again.", "for", "form_key", "in", "self", ".", "get_form_list", "(", ")", ":", "form_obj", "=", "self", ".", "get_form", "(", "step", "=", "form_key", ",", "data", "=", "self", ".", "storage", ".", "get_step_data", "(", "form_key", ")", ",", "files", "=", "self", ".", "storage", ".", "get_step_files", "(", "form_key", ")", ")", "if", "not", "form_obj", ".", "is_valid", "(", ")", ":", "return", "self", ".", "render_revalidation_failure", "(", "form_key", ",", "form_obj", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "final_form_list", ".", "append", "(", "form_obj", ")", "# render the done view and reset the wizard before returning the", "# response. This is needed to prevent from rendering done with the", "# same data twice.", "done_response", "=", "self", ".", "done", "(", "final_form_list", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "self", ".", "storage", ".", "reset", "(", ")", "return", "done_response" ]

[ "This", "method", "gets", "called", "when", "all", "forms", "passed", ".", "The", "method", "should", "also", "re", "-", "validate", "all", "steps", "to", "prevent", "manipulation", ".", "If", "any", "form", "don", "t", "validate", "render_revalidation_failure", "should", "get", "called", ".", "If", "everything", "is", "fine", "call", "done", "." ]

[ "def", "resource_type_type", "(", "loader", ")", ":", "def", "impl", "(", "string", ")", ":", "t_resources", "=", "loader", ".", "get_models", "(", "'common.models#ResourceTypes'", ")", "if", "set", "(", "string", ")", "-", "set", "(", "\"sco\"", ")", ":", "raise", "ValueError", "return", "t_resources", "(", "_str", "=", "''", ".", "join", "(", "set", "(", "string", ")", ")", ")", "return", "impl" ]

[ "Returns", "a", "function", "which", "validates", "that", "resource", "types", "string", "contains", "only", "a", "combination", "of", "service", "container", "and", "object", ".", "Their", "shorthand", "representations", "are", "s", "c", "and", "o", "." ]

[ "def", "cli", "(", "env", ",", "volume_id", ",", "lun_id", ")", ":", "block_storage_manager", "=", "SoftLayer", ".", "BlockStorageManager", "(", "env", ".", "client", ")", "res", "=", "block_storage_manager", ".", "create_or_update_lun_id", "(", "volume_id", ",", "lun_id", ")", "if", "'value'", "in", "res", "and", "lun_id", "==", "res", "[", "'value'", "]", ":", "click", ".", "echo", "(", "'Block volume with id %s is reporting LUN ID %s'", "%", "(", "res", "[", "'volumeId'", "]", ",", "res", "[", "'value'", "]", ")", ")", "else", ":", "click", ".", "echo", "(", "'Failed to confirm the new LUN ID on volume %s'", "%", "(", "volume_id", ")", ")" ]

[ "Set", "the", "LUN", "ID", "on", "an", "existing", "block", "storage", "volume", "." ]

[ "def", "create_secret_link", "(", "self", ",", "title", ",", "description", "=", "None", ",", "expires_at", "=", "None", ")", ":", "self", ".", "link", "=", "SecretLink", ".", "create", "(", "title", ",", "self", ".", "receiver", ",", "extra_data", "=", "dict", "(", "recid", "=", "self", ".", "recid", ")", ",", "description", "=", "description", ",", "expires_at", "=", "expires_at", ",", ")", "return", "self", ".", "link" ]

[ "Create", "a", "secret", "link", "from", "request", "." ]

[ "def", "get_setting", "(", "key", ",", "*", "default", ")", ":", "if", "default", ":", "return", "get_settings", "(", ")", ".", "get", "(", "key", ",", "default", "[", "0", "]", ")", "else", ":", "return", "get_settings", "(", ")", "[", "key", "]" ]

[ "Return", "specific", "search", "setting", "from", "Django", "conf", "." ]

[ "def", "get", "(", "self", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "not", "mqueue", ".", "qsize", "(", ")", ":", "return", "None", "message_data", ",", "content_type", ",", "content_encoding", "=", "mqueue", ".", "get", "(", ")", "return", "self", ".", "Message", "(", "backend", "=", "self", ",", "body", "=", "message_data", ",", "content_type", "=", "content_type", ",", "content_encoding", "=", "content_encoding", ")" ]

[ "Get", "the", "next", "waiting", "message", "from", "the", "queue", "." ]

[ "def", "getSheet", "(", "book", "=", "None", ",", "sheet", "=", "None", ")", ":", "# figure out what book to use", "if", "book", "and", "not", "book", ".", "lower", "(", ")", "in", "[", "x", ".", "lower", "(", ")", "for", "x", "in", "bookNames", "(", ")", "]", ":", "print", "(", "\"book %s doesn't exist\"", "%", "book", ")", "return", "if", "book", "is", "None", ":", "book", "=", "activeBook", "(", ")", ".", "lower", "(", ")", "if", "book", "is", "None", ":", "print", "(", "\"no book given or selected\"", ")", "return", "# figure out what sheet to use", "if", "sheet", "and", "not", "sheet", ".", "lower", "(", ")", "in", "[", "x", ".", "lower", "(", ")", "for", "x", "in", "sheetNames", "(", "book", ")", "]", ":", "print", "(", "\"sheet %s doesn't exist\"", "%", "sheet", ")", "return", "if", "sheet", "is", "None", ":", "sheet", "=", "activeSheet", "(", ")", ".", "lower", "(", ")", "if", "sheet", "is", "None", ":", "return", "(", "\"no sheet given or selected\"", ")", "print", "# by now, we know the book/sheet exists and can be found", "for", "poSheet", "in", "PyOrigin", ".", "WorksheetPages", "(", "book", ")", ".", "Layers", "(", ")", ":", "if", "poSheet", ".", "GetName", "(", ")", ".", "lower", "(", ")", "==", "sheet", ".", "lower", "(", ")", ":", "return", "poSheet", "return", "False" ]

[ "returns", "the", "pyorigin", "object", "for", "a", "sheet", "." ]

[ "def", "drop_stub_rows", "(", "self", ",", "ignore_cols", "=", "(", "'specimen'", ",", "'sample'", ",", "'software_packages'", ",", "'num'", ")", ")", ":", "# ignore citations if they just say 'This study'", "if", "'citations'", "in", "self", ".", "df", ".", "columns", ":", "if", "list", "(", "self", ".", "df", "[", "'citations'", "]", ".", "unique", "(", ")", ")", "==", "[", "'This study'", "]", ":", "ignore_cols", "=", "ignore_cols", "+", "(", "'citations'", ",", ")", "drop_cols", "=", "self", ".", "df", ".", "columns", ".", "difference", "(", "ignore_cols", ")", "self", ".", "df", ".", "dropna", "(", "axis", "=", "'index'", ",", "subset", "=", "drop_cols", ",", "how", "=", "'all'", ",", "inplace", "=", "True", ")", "return", "self", ".", "df" ]

[ "Drop", "self", ".", "df", "rows", "that", "have", "only", "null", "values", "ignoring", "certain", "columns", "." ]

[ "def", "CRRAutility_invP", "(", "u", ",", "gam", ")", ":", "if", "gam", "==", "1", ":", "return", "np", ".", "exp", "(", "u", ")", "else", ":", "return", "(", "(", "(", "1.0", "-", "gam", ")", "*", "u", ")", "**", "(", "gam", "/", "(", "1.0", "-", "gam", ")", ")", ")" ]

[ "Evaluates", "the", "derivative", "of", "the", "inverse", "of", "the", "CRRA", "utility", "function", "(", "with", "risk", "aversion", "parameter", "gam", ")", "at", "a", "given", "utility", "level", "u", "." ]

[ "def", "compress_tokens", "(", "tokens", ")", ":", "result", "=", "[", "tokens", "[", "0", "]", "]", "for", "tok", "in", "tokens", "[", "1", ":", "]", ":", "if", "(", "not", "result", "[", "-", "1", "]", ".", "post_tags", "and", "not", "tok", ".", "pre_tags", "and", "result", "[", "-", "1", "]", ".", "annotation", "==", "tok", ".", "annotation", ")", ":", "compress_merge_back", "(", "result", ",", "tok", ")", "else", ":", "result", ".", "append", "(", "tok", ")", "return", "result" ]

[ "Combine", "adjacent", "tokens", "when", "there", "is", "no", "HTML", "between", "the", "tokens", "and", "they", "share", "an", "annotation" ]

[ "def", "_ensure_module_folder_exists", "(", ")", ":", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "isdir", "(", "MODULES_FOLDER_PATH", ")", ":", "try", ":", "os", ".", "mkdir", "(", "MODULES_FOLDER_PATH", ")", "except", "OSError", ",", "e", ":", "if", "\"file already exists\"", "in", "str", "(", "e", ")", ":", "raise", "RuntimeError", "(", "\"Could not create modules folder: file exists with the same name\"", ")" ]

[ "Checks", "to", "see", "if", "the", "module", "folder", "exists", ".", "If", "it", "does", "not", "create", "it", ".", "If", "there", "is", "an", "existing", "file", "with", "the", "same", "name", "we", "raise", "a", "RuntimeError", "." ]

[ "def", "check", "(", "self", ",", "file", ")", ":", "result", "=", "[", "]", "all_matches", "=", "[", "]", "for", "filerules", "in", "os", ".", "listdir", "(", "self", ".", "rulepaths", ")", ":", "try", ":", "rule", "=", "yara", ".", "compile", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "self", ".", "rulepaths", ",", "filerules", ")", ")", "except", "yara", ".", "SyntaxError", ":", "continue", "matches", "=", "rule", ".", "match", "(", "file", ")", "if", "len", "(", "matches", ")", ">", "0", ":", "for", "rulem", "in", "matches", ":", "rule_family", "=", "\"_\"", ".", "join", "(", "[", "x", "for", "x", "in", "rulem", ".", "rule", ".", "replace", "(", "\"_\"", ",", "\".\"", ",", "1", ")", ".", "split", "(", "\"_\"", ")", "[", ":", "-", "1", "]", "]", ")", "if", "rule_family", "not", "in", "all_matches", ":", "all_matches", ".", "append", "(", "rule_family", ")", "for", "rule_family", "in", "all_matches", ":", "rules_info_txt", "=", "requests", ".", "get", "(", "'{}/family/{}'", ".", "format", "(", "self", ".", "baseurl", ",", "rule_family", ")", ",", "auth", "=", "HTTPBasicAuth", "(", "self", ".", "user", ",", "self", ".", "pwd", ")", ")", "rules_info_json", "=", "json", ".", "loads", "(", "rules_info_txt", ".", "text", ")", "result", ".", "append", "(", "{", "'family'", ":", "rule_family", ",", "'common_name'", ":", "rules_info_json", "[", "'common_name'", "]", ",", "'description'", ":", "rules_info_json", "[", "'description'", "]", ",", "'attribution'", ":", "rules_info_json", "[", "'attribution'", "]", ",", "'alt_names'", ":", "rules_info_json", "[", "'alt_names'", "]", ",", "'urls'", ":", "rules_info_json", "[", "'urls'", "]", "}", ")", "return", "result" ]

[ "Checks", "a", "given", "file", "against", "all", "available", "yara", "rules", ":", "param", "file", ":", "Path", "to", "file", ":", "type", "file", ":", "str", ":", "returns", ":", "Python", "list", "with", "matched", "rules", "info", ":", "rtype", ":", "list" ]

[ "def", "extract_rzip", "(", "archive", ",", "compression", ",", "cmd", ",", "verbosity", ",", "interactive", ",", "outdir", ")", ":", "cmdlist", "=", "[", "cmd", ",", "'-d'", ",", "'-k'", "]", "if", "verbosity", ">", "1", ":", "cmdlist", ".", "append", "(", "'-v'", ")", "outfile", "=", "util", ".", "get_single_outfile", "(", "outdir", ",", "archive", ")", "cmdlist", ".", "extend", "(", "[", "\"-o\"", ",", "outfile", ",", "archive", "]", ")", "return", "cmdlist" ]

[ "Extract", "an", "RZIP", "archive", "." ]

[ "def", "transliterate", "(", "args", ")", ":", "t", "=", "Transliterator", "(", "source_lang", "=", "args", ".", "lang", ",", "target_lang", "=", "args", ".", "target", ")", "for", "l", "in", "args", ".", "input", ":", "words", "=", "l", ".", "strip", "(", ")", ".", "split", "(", ")", "line_annotations", "=", "[", "u\"{:<16}{:<16}\"", ".", "format", "(", "w", ",", "t", ".", "transliterate", "(", "w", ")", ")", "for", "w", "in", "words", "]", "_print", "(", "u\"\\n\"", ".", "join", "(", "line_annotations", ")", ")", "_print", "(", "u\"\"", ")" ]

[ "Transliterate", "words", "according", "to", "the", "target", "language", "." ]

[ "def", "session", "(", "self", ",", "host", ":", "str", ",", "port", ":", "int", ",", "use_ssl", ":", "bool", "=", "False", ")", ":", "connection", "=", "yield", "from", "self", ".", "acquire", "(", "host", ",", "port", ",", "use_ssl", ")", "@", "contextlib", ".", "contextmanager", "def", "context_wrapper", "(", ")", ":", "try", ":", "yield", "connection", "finally", ":", "self", ".", "no_wait_release", "(", "connection", ")", "return", "context_wrapper", "(", ")" ]

[ "Return", "a", "context", "manager", "that", "returns", "a", "connection", "." ]

[ "def", "_resolve_option", "(", "self", ",", "options", ",", "option_name", ",", "section_name", ")", ":", "if", "getattr", "(", "options", ",", "option_name", ",", "None", ")", "is", "not", "None", ":", "return", "if", "option_name", ".", "startswith", "(", "section_name", "+", "'_'", ")", ":", "environ_name", "=", "option_name", ".", "upper", "(", ")", "conf_name", "=", "option_name", "[", "len", "(", "section_name", ")", "+", "1", ":", "]", "else", ":", "environ_name", "=", "(", "section_name", "+", "'_'", "+", "option_name", ")", ".", "upper", "(", ")", "conf_name", "=", "option_name", "setattr", "(", "options", ",", "option_name", ",", "os", ".", "environ", ".", "get", "(", "environ_name", ",", "(", "self", ".", "context", ".", "conf", ".", "get", "(", "section_name", ",", "{", "}", ")", ")", ".", "get", "(", "conf_name", ")", ")", ")" ]

[ "Resolves", "an", "option", "value", "into", "options", "." ]

[ "def", "get_splits", "(", "self", ",", "id_num", ",", "unit", "=", "'mi'", ")", ":", "url", "=", "self", ".", "_build_url", "(", "'my'", ",", "'activities'", ",", "id_num", ",", "'splits'", ",", "unit", ")", "return", "self", ".", "_json", "(", "url", ")" ]

[ "Return", "the", "splits", "of", "the", "activity", "with", "the", "given", "id", "." ]

[ "def", "copy_fields", "(", "self", ",", "model", ")", ":", "fields", "=", "{", "'__module__'", ":", "model", ".", "__module__", "}", "for", "field", "in", "model", ".", "_meta", ".", "fields", ":", "if", "not", "field", ".", "name", "in", "self", ".", "_exclude", ":", "field", "=", "copy", ".", "deepcopy", "(", "field", ")", "if", "isinstance", "(", "field", ",", "models", ".", "AutoField", ")", ":", "#we replace the AutoField of the original model", "#with an IntegerField because a model can", "#have only one autofield.", "field", ".", "__class__", "=", "models", ".", "IntegerField", "if", "field", ".", "primary_key", ":", "field", ".", "serialize", "=", "True", "#OneToOne fields should really be tracked", "#as ForeignKey fields", "if", "isinstance", "(", "field", ",", "models", ".", "OneToOneField", ")", ":", "field", ".", "__class__", "=", "models", ".", "ForeignKey", "if", "field", ".", "primary_key", "or", "field", ".", "unique", ":", "#unique fields of the original model", "#can not be guaranteed to be unique", "#in the audit log entry but they", "#should still be indexed for faster lookups.", "field", ".", "primary_key", "=", "False", "field", ".", "_unique", "=", "False", "field", ".", "db_index", "=", "True", "if", "field", ".", "remote_field", "and", "field", ".", "remote_field", ".", "related_name", ":", "field", ".", "remote_field", ".", "related_name", "=", "'_auditlog_{}_{}'", ".", "format", "(", "model", ".", "_meta", ".", "model_name", ",", "field", ".", "remote_field", ".", "related_name", ")", "elif", "field", ".", "remote_field", ":", "try", ":", "if", "field", ".", "remote_field", ".", "get_accessor_name", "(", ")", ":", "field", ".", "remote_field", ".", "related_name", "=", "'_auditlog_{}_{}'", ".", "format", "(", "model", ".", "_meta", ".", "model_name", ",", "field", ".", "remote_field", ".", "get_accessor_name", "(", ")", ")", "except", "e", ":", "pass", "fields", "[", "field", ".", "name", "]", "=", "field", "return", "fields" ]

[ "Creates", "copies", "of", "the", "fields", "we", "are", "keeping", "track", "of", "for", "the", "provided", "model", "returning", "a", "dictionary", "mapping", "field", "name", "to", "a", "copied", "field", "object", "." ]

[ "def", "compute_precession", "(", "jd_tdb", ")", ":", "eps0", "=", "84381.406", "# 't' is time in TDB centuries.", "t", "=", "(", "jd_tdb", "-", "T0", ")", "/", "36525.0", "# Numerical coefficients of psi_a, omega_a, and chi_a, along with", "# epsilon_0, the obliquity at J2000.0, are 4-angle formulation from", "# Capitaine et al. (2003), eqs. (4), (37), & (39).", "psia", "=", "(", "(", "(", "(", "-", "0.0000000951", "*", "t", "+", "0.000132851", ")", "*", "t", "-", "0.00114045", ")", "*", "t", "-", "1.0790069", ")", "*", "t", "+", "5038.481507", ")", "*", "t", "omegaa", "=", "(", "(", "(", "(", "+", "0.0000003337", "*", "t", "-", "0.000000467", ")", "*", "t", "-", "0.00772503", ")", "*", "t", "+", "0.0512623", ")", "*", "t", "-", "0.025754", ")", "*", "t", "+", "eps0", "chia", "=", "(", "(", "(", "(", "-", "0.0000000560", "*", "t", "+", "0.000170663", ")", "*", "t", "-", "0.00121197", ")", "*", "t", "-", "2.3814292", ")", "*", "t", "+", "10.556403", ")", "*", "t", "eps0", "=", "eps0", "*", "ASEC2RAD", "psia", "=", "psia", "*", "ASEC2RAD", "omegaa", "=", "omegaa", "*", "ASEC2RAD", "chia", "=", "chia", "*", "ASEC2RAD", "sa", "=", "sin", "(", "eps0", ")", "ca", "=", "cos", "(", "eps0", ")", "sb", "=", "sin", "(", "-", "psia", ")", "cb", "=", "cos", "(", "-", "psia", ")", "sc", "=", "sin", "(", "-", "omegaa", ")", "cc", "=", "cos", "(", "-", "omegaa", ")", "sd", "=", "sin", "(", "chia", ")", "cd", "=", "cos", "(", "chia", ")", "# Compute elements of precession rotation matrix equivalent to", "# R3(chi_a) R1(-omega_a) R3(-psi_a) R1(epsilon_0).", "rot3", "=", "array", "(", "(", "(", "cd", "*", "cb", "-", "sb", "*", "sd", "*", "cc", ",", "cd", "*", "sb", "*", "ca", "+", "sd", "*", "cc", "*", "cb", "*", "ca", "-", "sa", "*", "sd", "*", "sc", ",", "cd", "*", "sb", "*", "sa", "+", "sd", "*", "cc", "*", "cb", "*", "sa", "+", "ca", "*", "sd", "*", "sc", ")", ",", "(", "-", "sd", "*", "cb", "-", "sb", "*", "cd", "*", "cc", ",", "-", "sd", "*", "sb", "*", "ca", "+", "cd", "*", "cc", "*", "cb", "*", "ca", "-", "sa", "*", "cd", "*", "sc", ",", "-", "sd", "*", "sb", "*", "sa", "+", "cd", "*", "cc", "*", "cb", "*", "sa", "+", "ca", "*", "cd", "*", "sc", ")", ",", "(", "sb", "*", "sc", ",", "-", "sc", "*", "cb", "*", "ca", "-", "sa", "*", "cc", ",", "-", "sc", "*", "cb", "*", "sa", "+", "cc", "*", "ca", ")", ")", ")", "return", "rot3" ]

[ "Return", "the", "rotation", "matrices", "for", "precessing", "to", "an", "array", "of", "epochs", "." ]

[ "def", "iter_errors", "(", "self", ")", ":", "# Deprecate", "warnings", ".", "warn", "(", "'Property \"package.iter_errors\" is deprecated.'", ",", "UserWarning", ")", "return", "self", ".", "profile", ".", "iter_errors", "(", "self", ".", "to_dict", "(", ")", ")" ]

[ "Lazily", "yields", "each", "ValidationError", "for", "the", "received", "data", "dict", "." ]

[ "def", "nps_survey_show", "(", "self", ",", "id", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "api_path", "=", "\"/api/v2/nps/surveys/{id}\"", "api_path", "=", "api_path", ".", "format", "(", "id", "=", "id", ")", "return", "self", ".", "call", "(", "api_path", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "https", ":", "//", "developer", ".", "zendesk", ".", "com", "/", "rest_api", "/", "docs", "/", "nps", "-", "api", "/", "surveys#show", "-", "survey" ]

[ "def", "get_primary_keys", "(", "conn", ",", "table", ":", "str", ",", "schema", "=", "'public'", ")", ":", "query", "=", "\"\"\"\\\nSELECT\n c.constraint_name AS pkey_constraint_name,\n c.column_name AS column_name\nFROM\n information_schema.key_column_usage AS c\n JOIN information_schema.table_constraints AS t\n ON t.constraint_name = c.constraint_name\n AND t.table_catalog = c.table_catalog\n AND t.table_schema = c.table_schema\n AND t.table_name = c.table_name\nWHERE t.constraint_type = 'PRIMARY KEY'\n AND c.table_schema=%s\n AND c.table_name=%s\nORDER BY c.ordinal_position\"\"\"", "for", "record", "in", "select_dict", "(", "conn", ",", "query", ",", "params", "=", "(", "schema", ",", "table", ")", ")", ":", "yield", "record", "[", "'column_name'", "]" ]

[ "Returns", "primary", "key", "columns", "for", "a", "specific", "table", "." ]

[ "def", "count", "(", "self", ",", "seqs", ",", "nreport", "=", "100", ",", "scan_rc", "=", "True", ")", ":", "for", "matches", "in", "self", ".", "scan", "(", "seqs", ",", "nreport", ",", "scan_rc", ")", ":", "counts", "=", "[", "len", "(", "m", ")", "for", "m", "in", "matches", "]", "yield", "counts" ]

[ "count", "the", "number", "of", "matches", "above", "the", "cutoff", "returns", "an", "iterator", "of", "lists", "containing", "integer", "counts" ]

[ "def", "post", "(", "self", ",", "request", ",", "id", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "id", ":", "# No posting to an object detail page", "return", "HttpResponseForbidden", "(", ")", "else", ":", "if", "not", "self", ".", "has_add_permission", "(", "request", ")", ":", "return", "HttpResponseForbidden", "(", "_", "(", "'You do not have permission to perform this action.'", ")", ")", "else", ":", "return", "self", ".", "add_object", "(", "request", ")" ]

[ "Handles", "post", "requests", "." ]

[ "def", "_get", "(", "self", ",", "url", ")", ":", "try", ":", "response", "=", "requests", ".", "get", "(", "url", ",", "verify", "=", "self", ".", "verify", ",", "cookies", "=", "self", ".", "cookies", ",", "timeout", "=", "self", ".", "timeout", ",", "auth", "=", "self", ".", "_client", ".", "auth", "(", ")", ")", "response", ".", "raise_for_status", "(", ")", "return", "response", "except", "HTTPError", "as", "exc", ":", "if", "exc", ".", "response", ".", "status_code", "in", "(", "404", ",", "407", ")", ":", "raise", "EntityNotFound", "(", "url", ")", "else", ":", "message", "=", "(", "'Error during request: {url} '", "'status code:({code}) '", "'message: {message}'", ")", ".", "format", "(", "url", "=", "url", ",", "code", "=", "exc", ".", "response", ".", "status_code", ",", "message", "=", "exc", ".", "response", ".", "text", ")", "logging", ".", "error", "(", "message", ")", "raise", "ServerError", "(", "exc", ".", "response", ".", "status_code", ",", "exc", ".", "response", ".", "text", ",", "message", ")", "except", "Timeout", ":", "message", "=", "'Request timed out: {url} timeout: {timeout}'", "message", "=", "message", ".", "format", "(", "url", "=", "url", ",", "timeout", "=", "self", ".", "timeout", ")", "logging", ".", "error", "(", "message", ")", "raise", "ServerError", "(", "message", ")", "except", "RequestException", "as", "exc", ":", "message", "=", "(", "'Error during request: {url} '", "'message: {message}'", ")", ".", "format", "(", "url", "=", "url", ",", "message", "=", "exc", ")", "logging", ".", "error", "(", "message", ")", "raise", "ServerError", "(", "exc", ".", "args", "[", "0", "]", "[", "1", "]", ".", "errno", ",", "exc", ".", "args", "[", "0", "]", "[", "1", "]", ".", "strerror", ",", "message", ")" ]

[ "Make", "a", "get", "request", "against", "the", "charmstore", "." ]

[ "def", "sevenths", "(", "reference_labels", ",", "estimated_labels", ")", ":", "validate", "(", "reference_labels", ",", "estimated_labels", ")", "seventh_qualities", "=", "[", "'maj'", ",", "'min'", ",", "'maj7'", ",", "'7'", ",", "'min7'", ",", "''", "]", "valid_semitones", "=", "np", ".", "array", "(", "[", "QUALITIES", "[", "name", "]", "for", "name", "in", "seventh_qualities", "]", ")", "ref_roots", ",", "ref_semitones", "=", "encode_many", "(", "reference_labels", ",", "False", ")", "[", ":", "2", "]", "est_roots", ",", "est_semitones", "=", "encode_many", "(", "estimated_labels", ",", "False", ")", "[", ":", "2", "]", "eq_root", "=", "ref_roots", "==", "est_roots", "eq_semitones", "=", "np", ".", "all", "(", "np", ".", "equal", "(", "ref_semitones", ",", "est_semitones", ")", ",", "axis", "=", "1", ")", "comparison_scores", "=", "(", "eq_root", "*", "eq_semitones", ")", ".", "astype", "(", "np", ".", "float", ")", "# Test for reference chord inclusion", "is_valid", "=", "np", ".", "array", "(", "[", "np", ".", "all", "(", "np", ".", "equal", "(", "ref_semitones", ",", "semitones", ")", ",", "axis", "=", "1", ")", "for", "semitones", "in", "valid_semitones", "]", ")", "# Drop if NOR", "comparison_scores", "[", "np", ".", "sum", "(", "is_valid", ",", "axis", "=", "0", ")", "==", "0", "]", "=", "-", "1", "return", "comparison_scores" ]

[ "Compare", "chords", "along", "MIREX", "sevenths", "rules", ".", "Chords", "with", "qualities", "outside", "[", "maj", "maj7", "7", "min", "min7", "N", "]", "are", "ignored", "." ]

[ "def", "merge", "(", "self", ",", "other", ",", "forceMerge", "=", "False", ")", ":", "if", "self", ".", "sequenceName", "!=", "other", ".", "sequenceName", "and", "not", "forceMerge", ":", "raise", "NGSReadError", "(", "\"cannot merge \"", "+", "self", ".", "sequenceName", "+", "\" with \"", "+", "other", ".", "sequenceName", "+", "\" -- different \"", "+", "\"sequence names\"", ")", "name", "=", "self", ".", "sequenceName", "seq", "=", "self", ".", "sequenceData", "+", "other", ".", "sequenceData", "qual", "=", "self", ".", "sequenceQual", "+", "other", ".", "sequenceQual", "return", "NGSReadError", "(", "name", ",", "seq", ",", "qual", ")" ]

[ "Merge", "two", "reads", "by", "concatenating", "their", "sequence", "data", "and", "their", "quality", "data", "(", "<self", ">", "first", "then", "<other", ">", ")", ";", "<self", ">", "and", "<other", ">", "must", "have", "the", "same", "sequence", "name", ".", "A", "new", "merged", "FastqSequence", "object", "is", "returned", ";", "<Self", ">", "and", "<other", ">", "are", "left", "unaltered", "." ]

[ "def", "leer", "(", "linea", ",", "formato", ",", "expandir_fechas", "=", "False", ")", ":", "dic", "=", "{", "}", "comienzo", "=", "1", "for", "fmt", "in", "formato", ":", "clave", ",", "longitud", ",", "tipo", "=", "fmt", "[", "0", ":", "3", "]", "dec", "=", "(", "len", "(", "fmt", ")", ">", "3", "and", "isinstance", "(", "fmt", "[", "3", "]", ",", "int", ")", ")", "and", "fmt", "[", "3", "]", "or", "2", "valor", "=", "linea", "[", "comienzo", "-", "1", ":", "comienzo", "-", "1", "+", "longitud", "]", ".", "strip", "(", ")", "try", ":", "if", "chr", "(", "8", ")", "in", "valor", "or", "chr", "(", "127", ")", "in", "valor", "or", "chr", "(", "255", ")", "in", "valor", ":", "valor", "=", "None", "# nulo", "elif", "tipo", "==", "N", ":", "if", "valor", ":", "valor", "=", "long", "(", "valor", ")", "else", ":", "valor", "=", "0", "elif", "tipo", "==", "I", ":", "if", "valor", ":", "try", ":", "if", "'.'", "in", "valor", ":", "valor", "=", "float", "(", "valor", ")", "else", ":", "valor", "=", "valor", ".", "strip", "(", "\" \"", ")", "if", "valor", "[", "0", "]", "==", "\"-\"", ":", "sign", "=", "-", "1", "valor", "=", "valor", "[", "1", ":", "]", "else", ":", "sign", "=", "+", "1", "valor", "=", "sign", "*", "float", "(", "(", "\"%%s.%%0%sd\"", "%", "dec", ")", "%", "(", "long", "(", "valor", "[", ":", "-", "dec", "]", "or", "'0'", ")", ",", "int", "(", "valor", "[", "-", "dec", ":", "]", "or", "'0'", ")", ")", ")", "except", "ValueError", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Campo invalido: %s = '%s'\"", "%", "(", "clave", ",", "valor", ")", ")", "else", ":", "valor", "=", "0.00", "elif", "expandir_fechas", "and", "clave", ".", "lower", "(", ")", ".", "startswith", "(", "\"fec\"", ")", "and", "longitud", "<=", "8", ":", "if", "valor", ":", "valor", "=", "\"%s-%s-%s\"", "%", "(", "valor", "[", "0", ":", "4", "]", ",", "valor", "[", "4", ":", "6", "]", ",", "valor", "[", "6", ":", "8", "]", ")", "else", ":", "valor", "=", "None", "else", ":", "valor", "=", "valor", ".", "decode", "(", "\"ascii\"", ",", "\"ignore\"", ")", "if", "not", "valor", "and", "clave", "in", "dic", "and", "len", "(", "linea", ")", "<=", "comienzo", ":", "pass", "# ignorar - compatibilidad hacia atrás (cambios tamaño)", "else", ":", "dic", "[", "clave", "]", "=", "valor", "comienzo", "+=", "longitud", "except", "Exception", ",", "e", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Error al leer campo %s pos %s val '%s': %s\"", "%", "(", "clave", ",", "comienzo", ",", "valor", ",", "str", "(", "e", ")", ")", ")", "return", "dic" ]

[ "Analiza", "una", "linea", "de", "texto", "dado", "un", "formato", "devuelve", "un", "diccionario" ]

[ "def", "parse_cmd_kwlist", "(", "text", ",", "off", "=", "0", ")", ":", "kwlist", "=", "[", "]", "_", ",", "off", "=", "nom", "(", "text", ",", "off", ",", "whites", ")", "while", "off", "<", "len", "(", "text", ")", ":", "(", "p", ",", "v", ")", ",", "off", "=", "parse_cmd_kwarg", "(", "text", ",", "off", "=", "off", ")", "kwlist", ".", "append", "(", "(", "p", ",", "v", ")", ")", "_", ",", "off", "=", "nom", "(", "text", ",", "off", ",", "whites", ")", "if", "not", "nextchar", "(", "text", ",", "off", ",", "','", ")", ":", "break", "_", ",", "off", "=", "nom", "(", "text", ",", "off", ",", "whites", ")", "return", "kwlist", ",", "off" ]

[ "Parse", "a", "foo", ":", "bar", "=", "<valu", ">", "[", "...", "]", "kwarg", "list", "into", "(", "prop", "valu", ")", "off" ]

[ "def", "next_intent_handler", "(", "request", ")", ":", "message", "=", "\"Sorry, couldn't find anything in your next queue\"", "end_session", "=", "True", "if", "True", ":", "user_queue", "=", "twitter_cache", ".", "user_queue", "(", "request", ".", "access_token", "(", ")", ")", "if", "not", "user_queue", ".", "is_finished", "(", ")", ":", "message", "=", "user_queue", ".", "read_out_next", "(", "MAX_RESPONSE_TWEETS", ")", "if", "not", "user_queue", ".", "is_finished", "(", ")", ":", "end_session", "=", "False", "message", "=", "message", "+", "\". Please, say 'next' if you want me to read out more. \"", "return", "alexa", ".", "create_response", "(", "message", "=", "message", ",", "end_session", "=", "end_session", ")" ]

[ "Takes", "care", "of", "things", "whenver", "the", "user", "says", "next" ]

[ "def", "get_minions", "(", ")", ":", "serv", "=", "_get_serv", "(", "ret", "=", "None", ")", "sql", "=", "\"select distinct(id) from returns\"", "data", "=", "serv", ".", "query", "(", "sql", ")", "ret", "=", "[", "]", "if", "data", ":", "for", "jid", "in", "data", "[", "0", "]", "[", "'points'", "]", ":", "ret", ".", "append", "(", "jid", "[", "1", "]", ")", "return", "ret" ]

[ "Return", "a", "list", "of", "minions" ]

[ "def", "add_series", "(", "self", ",", "name", ",", "number_format", "=", "None", ")", ":", "series_data", "=", "BubbleSeriesData", "(", "self", ",", "name", ",", "number_format", ")", "self", ".", "append", "(", "series_data", ")", "return", "series_data" ]

[ "Return", "a", "|BubbleSeriesData|", "object", "newly", "created", "and", "added", "at", "the", "end", "of", "this", "sequence", "and", "having", "series", "named", "*", "name", "*", "and", "values", "formatted", "with", "*", "number_format", "*", "." ]

[ "def", "_write_bed_header", "(", "self", ")", ":", "# Writing the first three bytes", "final_byte", "=", "1", "if", "self", ".", "_bed_format", "==", "\"SNP-major\"", "else", "0", "self", ".", "_bed", ".", "write", "(", "bytearray", "(", "(", "108", ",", "27", ",", "final_byte", ")", ")", ")" ]

[ "Writes", "the", "BED", "first", "3", "bytes", "." ]

[ "def", "wait_until_queue_empty", "(", "self", ",", "channels", ",", "report", "=", "True", ",", "clear_end", "=", "True", ")", ":", "state", "=", "{", "'message'", ":", "''", "}", "self", ".", "logger", ".", "debug", "(", "\"wait_until_queue_empty: report=%s %s\"", "%", "(", "str", "(", "report", ")", ",", "str", "(", "[", "channel", "+", "':'", "+", "str", "(", "len", "(", "self", ".", "queues", "[", "channel", "]", ")", ")", "for", "channel", "in", "channels", "]", ")", ",", ")", ")", "queues", "=", "[", "]", "for", "channel", "in", "channels", ":", "queues", "+=", "self", ".", "queues", "[", "channel", "]", "[", ":", "]", "def", "print_progress", "(", ")", ":", "if", "report", ":", "self", ".", "logger", ".", "debug", "(", "\"all_empty=%s\"", "%", "(", "str", "(", "all_empty", ")", ",", ")", ")", "sys", ".", "__stderr__", ".", "write", "(", "'\\b'", "*", "len", "(", "state", "[", "'message'", "]", ")", ")", "sys", ".", "__stderr__", ".", "write", "(", "\"\\033[K\"", ")", "state", "[", "'message'", "]", "=", "\"%.2f kB/s // %.2fkB of %.2fkB // %.2f%%\"", "%", "(", "self", ".", "bytes_speed", "/", "1024", ",", "self", ".", "bytes_sent", "/", "1024", ",", "self", ".", "bytes_total", "/", "1024", ",", "(", "self", ".", "bytes_sent", "/", "self", ".", "bytes_total", "*", "100", ")", "if", "self", ".", "bytes_total", "else", "0", ")", "sys", ".", "__stderr__", ".", "write", "(", "state", "[", "'message'", "]", ")", "sys", ".", "__stderr__", ".", "flush", "(", ")", "while", "True", ":", "all_empty", "=", "all", "(", "m", "[", "'_sent'", "]", "for", "m", "in", "queues", ")", "print_progress", "(", ")", "if", "all_empty", ":", "break", "time", ".", "sleep", "(", "0.2", ")", "print_progress", "(", ")", "if", "report", "and", "clear_end", ":", "sys", ".", "__stderr__", ".", "write", "(", "'\\b'", "*", "len", "(", "state", "[", "'message'", "]", ")", ")", "sys", ".", "__stderr__", ".", "write", "(", "\"\\033[K\"", ")", "sys", ".", "__stderr__", ".", "flush", "(", ")" ]

[ "Waits", "until", "all", "queues", "of", "channels", "are", "empty", "." ]

[ "def", "json_decoder_hook", "(", "dct", ",", "str_decoders", "=", "STRING_DECODERS", ",", "converters", "=", "MappingProxyType", "(", "dict", "(", ")", ")", ")", "->", "dict", ":", "for", "k", ",", "v", "in", "dct", ".", "items", "(", ")", ":", "if", "k", "in", "converters", ":", "parse_func", "=", "converters", "[", "k", "]", "dct", "[", "k", "]", "=", "parse_func", "(", "v", ")", "elif", "isinstance", "(", "v", ",", "str", ")", ":", "for", "decode_func", "in", "str_decoders", ":", "v", "=", "decode_func", "(", "v", ")", "if", "not", "isinstance", "(", "v", ",", "str", ")", ":", "break", "dct", "[", "k", "]", "=", "v", "elif", "isinstance", "(", "v", ",", "collections", ".", "Mapping", ")", ":", "dct", "[", "k", "]", "=", "json_decoder_hook", "(", "v", ",", "str_decoders", ",", "converters", ")", "return", "dct" ]

[ "Decoder", "for", "parsing", "typical", "objects", "like", "uuid", "s", "and", "dates", "." ]

[ "def", "tidy", "(", "args", ")", ":", "p", "=", "OptionParser", "(", "tidy", ".", "__doc__", ")", "p", ".", "add_option", "(", "\"--gapsize\"", ",", "dest", "=", "\"gapsize\"", ",", "default", "=", "0", ",", "type", "=", "\"int\"", ",", "help", "=", "\"Set all gaps to the same size [default: %default]\"", ")", "p", ".", "add_option", "(", "\"--minlen\"", ",", "dest", "=", "\"minlen\"", ",", "default", "=", "100", ",", "type", "=", "\"int\"", ",", "help", "=", "\"Minimum component size [default: %default]\"", ")", "opts", ",", "args", "=", "p", ".", "parse_args", "(", "args", ")", "if", "len", "(", "args", ")", "!=", "1", ":", "sys", ".", "exit", "(", "not", "p", ".", "print_help", "(", ")", ")", "fastafile", ",", "=", "args", "gapsize", "=", "opts", ".", "gapsize", "minlen", "=", "opts", ".", "minlen", "tidyfastafile", "=", "fastafile", ".", "rsplit", "(", "\".\"", ",", "1", ")", "[", "0", "]", "+", "\".tidy.fasta\"", "fw", "=", "must_open", "(", "tidyfastafile", ",", "\"w\"", ")", "removed", "=", "normalized", "=", "0", "fasta", "=", "Fasta", "(", "fastafile", ",", "lazy", "=", "True", ")", "for", "name", ",", "rec", "in", "fasta", ".", "iteritems_ordered", "(", ")", ":", "rec", ".", "seq", "=", "rec", ".", "seq", ".", "upper", "(", ")", "if", "minlen", ":", "removed", "+=", "remove_small_components", "(", "rec", ",", "minlen", ")", "trim_terminal_Ns", "(", "rec", ")", "if", "gapsize", ":", "normalized", "+=", "normalize_gaps", "(", "rec", ",", "gapsize", ")", "if", "len", "(", "rec", ")", "==", "0", ":", "logging", ".", "debug", "(", "\"Drop seq {0}\"", ".", "format", "(", "rec", ".", "id", ")", ")", "continue", "SeqIO", ".", "write", "(", "[", "rec", "]", ",", "fw", ",", "\"fasta\"", ")", "# Print statistics", "if", "removed", ":", "logging", ".", "debug", "(", "\"Total discarded bases: {0}\"", ".", "format", "(", "removed", ")", ")", "if", "normalized", ":", "logging", ".", "debug", "(", "\"Gaps normalized: {0}\"", ".", "format", "(", "normalized", ")", ")", "logging", ".", "debug", "(", "\"Tidy FASTA written to `{0}`.\"", ".", "format", "(", "tidyfastafile", ")", ")", "fw", ".", "close", "(", ")", "return", "tidyfastafile" ]

[ "%prog", "tidy", "fastafile" ]

[ "def", "deleteMessages", "(", "self", ",", "message_ids", ")", ":", "message_ids", "=", "require_list", "(", "message_ids", ")", "data", "=", "dict", "(", ")", "for", "i", ",", "message_id", "in", "enumerate", "(", "message_ids", ")", ":", "data", "[", "\"message_ids[{}]\"", ".", "format", "(", "i", ")", "]", "=", "message_id", "r", "=", "self", ".", "_post", "(", "self", ".", "req_url", ".", "DELETE_MESSAGES", ",", "data", ")", "return", "r", ".", "ok" ]

[ "Deletes", "specifed", "messages" ]

[ "def", "mapper_graph", "(", "df", ",", "lens_data", "=", "None", ",", "lens", "=", "'pca'", ",", "resolution", "=", "10", ",", "gain", "=", "0.5", ",", "equalize", "=", "True", ",", "clust", "=", "'kmeans'", ",", "stat", "=", "'db'", ",", "max_K", "=", "5", ")", ":", "if", "lens_data", "is", "None", ":", "lens_data", "=", "apply_lens", "(", "df", ",", "lens", "=", "lens", ")", "patch_clusterings", "=", "{", "}", "counter", "=", "0", "patches", "=", "covering_patches", "(", "lens_data", ",", "resolution", "=", "resolution", ",", "gain", "=", "gain", ",", "equalize", "=", "equalize", ")", "for", "key", ",", "patch", "in", "patches", ".", "items", "(", ")", ":", "if", "len", "(", "patch", ")", ">", "0", ":", "patch_clusterings", "[", "key", "]", "=", "optimal_clustering", "(", "df", ",", "patch", ",", "method", "=", "clust", ",", "statistic", "=", "stat", ",", "max_K", "=", "max_K", ")", "counter", "+=", "1", "print", "'total of {} patches required clustering'", ".", "format", "(", "counter", ")", "all_clusters", "=", "[", "]", "for", "key", "in", "patch_clusterings", ":", "all_clusters", "+=", "patch_clusterings", "[", "key", "]", "num_nodes", "=", "len", "(", "all_clusters", ")", "print", "'this implies {} nodes in the mapper graph'", ".", "format", "(", "num_nodes", ")", "A", "=", "np", ".", "zeros", "(", "(", "num_nodes", ",", "num_nodes", ")", ")", "for", "i", "in", "range", "(", "num_nodes", ")", ":", "for", "j", "in", "range", "(", "i", ")", ":", "overlap", "=", "set", "(", "all_clusters", "[", "i", "]", ")", ".", "intersection", "(", "set", "(", "all_clusters", "[", "j", "]", ")", ")", "if", "len", "(", "overlap", ")", ">", "0", ":", "A", "[", "i", ",", "j", "]", "=", "1", "A", "[", "j", ",", "i", "]", "=", "1", "G", "=", "nx", ".", "from_numpy_matrix", "(", "A", ")", "total", "=", "[", "]", "all_clusters_new", "=", "[", "]", "mapping", "=", "{", "}", "cont", "=", "0", "for", "m", "in", "all_clusters", ":", "total", "+=", "m", "for", "n", ",", "m", "in", "enumerate", "(", "all_clusters", ")", ":", "if", "len", "(", "m", ")", "==", "1", "and", "total", ".", "count", "(", "m", ")", ">", "1", ":", "G", ".", "remove_node", "(", "n", ")", "else", ":", "all_clusters_new", ".", "append", "(", "m", ")", "mapping", "[", "n", "]", "=", "cont", "cont", "+=", "1", "H", "=", "nx", ".", "relabel_nodes", "(", "G", ",", "mapping", ")", "return", "H", ",", "all_clusters_new", ",", "patches" ]

[ "input", ":", "N", "x", "n_dim", "image", "of", "of", "raw", "data", "under", "lens", "function", "as", "a", "dataframe", "output", ":", "(", "undirected", "graph", "list", "of", "node", "contents", "dictionary", "of", "patches", ")" ]

[ "def", "list_indexes", "(", "cls", ")", ":", "cls_list", "=", "cls", ".", "list_mapped_classes", "(", ")", "rtn_obj", "=", "{", "}", "for", "key", ",", "value", "in", "cls_list", ".", "items", "(", ")", ":", "idx", "=", "value", ".", "es_defs", ".", "get", "(", "'kds_esIndex'", ")", "[", "0", "]", "try", ":", "rtn_obj", "[", "idx", "]", ".", "append", "(", "value", ")", "except", "KeyError", ":", "rtn_obj", "[", "idx", "]", "=", "[", "value", "]", "return", "rtn_obj" ]

[ "Returns", "a", "dictionary", "with", "the", "key", "as", "the", "es_index", "name", "and", "the", "object", "is", "a", "list", "of", "rdfclasses", "for", "that", "index", "args", ":", "None" ]