michaelm16/CRISPR-viva
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|
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|
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|
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|
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|
GATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTG
|
GATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTG
|
ATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGT
|
ATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGT
|
TCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTC
|
TCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTC
|
CTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCA
|
CTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCA
|
TCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCAC
|
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|
CTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACT
|
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|
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|
TTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTC
|
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|
TGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCG
|
GTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGG
|
GTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGG
|
TAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGC
|
TAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGC
|
AGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCT
|
AGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCT
|
GATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTG
|
GATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTG
|
ATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGC
|
ATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGC
|
TCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCA
|
TCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCA
|
CTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCAT
|
CTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCAT
|
TGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATG
|
TGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATG
|
GTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGC
|
GTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGC
|
TTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCT
|
TTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCT
|
TCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTT
|
TCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTT
|
CTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTA
|
CTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTA
|
TCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAG
|
TCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAG
|
CTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGT
|
CTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGT
|
TAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTG
|
TAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTG
|
AAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGC
|
AAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGC
|
AACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCA
|
AACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCA
|
ACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCAC
|
ACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCAC
|
CGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACT
|
CGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACT
|
GAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTC
|
GAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTC
|
AACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCA
|
AACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCA
|
ACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCAC
|
ACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCAC
|
CTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACG
|
CTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACG
|
TTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGC
|
TTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGC
|
TTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCA
|
TTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCA
|
TAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAG
|
TAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAG
|
AAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGT
|
AAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGT
|
AAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTA
|
AAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTA
|
AATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTAT
|
AATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTAT
|
ATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATA
|
ATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATA
|
TCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAA
|
TCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAA
|
CTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAAT
|
CTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAAT
|
TGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATT
|
TGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATT
|
GTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTA
|
GTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTA
|
TGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAA
|
TGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAA
|
GTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAAT
|
GTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAAT
|
TGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATA
|
TGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATA
|
GGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAA
|
GGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAA
|
GCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAAC
|
GCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAAC
|
CTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACT
|
CTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACT
|
TGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTA
|
TGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTA
|
GTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAA
|
GTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAA
|
TCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAAT
|
TCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAAT
|
CACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATT
|
CACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATT
|
ACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTA
|
ACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTA
|
CTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTAC
|
CTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTAC
|
TCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACT
|
TCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACT
|
CGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTG
|
CGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTG
|
GGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGT
|
GGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGT
|
GCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTC
|
GCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTC
|
CTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCG
|
CTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCG
|
TGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGT
|
TGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGT
|
GCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTT
|
GCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTT
|
CATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTG
|
CATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTG
|
ATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGA
|
ATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGA
|
TGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGAC
|
TGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGAC
|
GCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACA
|
GCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACA
|
CTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAG
|
CTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAG
|
TTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGG
|
TTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGG
|
TAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGA
|
TAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGA
|
AGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGAC
|
AGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGAC
|
GTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACA
|
GTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACA
|
TGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACAC
|
TGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACAC
|
GCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACG
|
GCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACG
|
CACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGA
|
CACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGA
|
ACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAG
|
ACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAG
|
CTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGT
|
CTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGT
|
TCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTA
|
TCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTA
|
CACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAA
|
CACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAA
|
ACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAAC
|
ACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAAC
|
CGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACT
|
CGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACT
|
GCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTC
|
GCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTC
|
CAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCG
|
CAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCG
|
AGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGT
|
AGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGT
|
GTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTC
|
GTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTC
|
TATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCT
|
TATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCT
|
ATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTA
|
ATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTA
|
TAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTAT
|
TAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTAT
|
AATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATC
|
AATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATC
|
ATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCT
|
ATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCT
|
TTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTT
|
TTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTT
|
TAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTC
|
TAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTC
|
AATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCT
|
AATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCT
|
ATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTG
|
ATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTG
|
TAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGC
|
TAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGC
|
AACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCA
|
AACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCA
|
ACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAG
|
ACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAG
|
CTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGG
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CTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGG
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TAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGC
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in Data Studio
Dataset Card for GuideRNA-3B
Dataset Summary
GuideRNA-3B is a large transcriptome sequence corpus consisting of over 3.7 billion paired sequences extracted from the specific transcriptome of 23 cell lines and over 200 segmented genomes of RNA virus.
Supported Tasks
Based on this nucleotide sequence corpus, we are able to establish a foundation model to characterize the manifold of CRISPR guide RNA targeting regions in order to undertake further downstreaming task for universal CRISPR-based RNA virus amplification-free detection and inhibition. For details, please refer to our paper and website.
Languages
English (en).
Dataset Structure
jsonl-based Arrow
These files are compressed Arrow-formated sourced from JSON-lined text file data, with the following columns:
before: string. Nucleotide sequence from transcriptome of cell line or RNA virus.next: string. Nucleotide sequence with postion right-shifted by one.
Citation Information
If you find GuideRNA-3B helpful in your research, please cite our work by:
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Homepage:
github.com
Repository:
github.com
Contact:
18alexanderm117@tongji.edu.cn
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Models trained or fine-tuned on michaelm16/GuideRNA-3B