Datasets:

---

stojchet

/

base_prediction_dataset

like 0

[ "static", "public", "JSONArray", "parse", "(", "InputStream", "is", ")", "throws", "IOException", "{", "InputStreamReader", "isr", "=", "null", ";", "try", "{", "isr", "=", "new", "InputStreamReader", "(", "is", ",", "\"UTF-8\"", ")", ";", "}", "catch", "(", "Exception", "ex", ")", "{", "isr", "=", "new", "InputStreamReader", "(", "is", ")", ";", "}", "return", "parse", "(", "isr", ")", ";", "}" ]

[ "Convert", "a", "stream", "of", "JSONArray", "text", "into", "JSONArray", "form", ".", "@param", "is", "The", "inputStream", "from", "which", "to", "read", "the", "JSON", ".", "It", "will", "assume", "the", "input", "stream", "is", "in", "UTF", "-", "8", "and", "read", "it", "as", "such", ".", "@return", "The", "contructed", "JSONArray", "Object", "." ]

[ "public", "SDVariable", "softmaxCrossEntropy", "(", "String", "name", ",", "@", "NonNull", "SDVariable", "label", ",", "@", "NonNull", "SDVariable", "predictions", ",", "@", "NonNull", "LossReduce", "lossReduce", ")", "{", "return", "softmaxCrossEntropy", "(", "name", ",", "label", ",", "predictions", ",", "null", ",", "lossReduce", ",", "SoftmaxCrossEntropyLoss", ".", "DEFAULT_LABEL_SMOOTHING", ")", ";", "}" ]

[ "See", "{" ]

[ "public", "static", "boolean", "containsAnyEntry", "(", "File", "zip", ",", "String", "[", "]", "names", ")", "{", "ZipFile", "zf", "=", "null", ";", "try", "{", "zf", "=", "new", "ZipFile", "(", "zip", ")", ";", "for", "(", "int", "i", "=", "0", ";", "i", "<", "names", ".", "length", ";", "i", "++", ")", "{", "if", "(", "zf", ".", "getEntry", "(", "names", "[", "i", "]", ")", "!=", "null", ")", "{", "return", "true", ";", "}", "}", "return", "false", ";", "}", "catch", "(", "IOException", "e", ")", "{", "throw", "ZipExceptionUtil", ".", "rethrow", "(", "e", ")", ";", "}", "finally", "{", "closeQuietly", "(", "zf", ")", ";", "}", "}" ]

[ "Checks", "if", "the", "ZIP", "file", "contains", "any", "of", "the", "given", "entries", "." ]

[ "private", "static", "void", "summarizeSpeeDRFModel", "(", "ModelSummary", "summary", ",", "hex", ".", "singlenoderf", ".", "SpeeDRFModel", "model", ")", "{", "// add generic fields such as column names", "summarizeModelCommonFields", "(", "summary", ",", "model", ")", ";", "summary", ".", "model_algorithm", "=", "\"Random Forest\"", ";", "JsonObject", "all_params", "=", "(", "model", ".", "get_params", "(", ")", ")", ".", "toJSON", "(", ")", ";", "summary", ".", "critical_parameters", "=", "whitelistJsonObject", "(", "all_params", ",", "SpeeDRF_critical_params", ")", ";", "summary", ".", "secondary_parameters", "=", "whitelistJsonObject", "(", "all_params", ",", "SpeeDRF_secondary_params", ")", ";", "summary", ".", "expert_parameters", "=", "whitelistJsonObject", "(", "all_params", ",", "SpeeDRF_expert_params", ")", ";", "}" ]

[ "Summarize", "fields", "which", "are", "specific", "to", "hex", ".", "drf", ".", "DRF", ".", "SpeeDRFModel", "." ]

[ "public", "void", "insertDocIntoMongoDBCollection", "(", "String", "collection", ",", "String", "document", ")", "{", "DBObject", "dbObject", "=", "(", "DBObject", ")", "JSON", ".", "parse", "(", "document", ")", ";", "this", ".", "dataBase", ".", "getCollection", "(", "collection", ")", ".", "insert", "(", "dbObject", ")", ";", "}" ]

[ "Insert", "document", "in", "a", "MongoDB", "Collection", "." ]

[ "public", "final", "HttpClient", "wiretap", "(", "boolean", "enable", ")", "{", "if", "(", "enable", ")", "{", "return", "tcpConfiguration", "(", "tcpClient", "->", "tcpClient", ".", "bootstrap", "(", "b", "->", "BootstrapHandlers", ".", "updateLogSupport", "(", "b", ",", "LOGGING_HANDLER", ")", ")", ")", ";", "}", "else", "{", "return", "tcpConfiguration", "(", "tcpClient", "->", "tcpClient", ".", "bootstrap", "(", "b", "->", "BootstrapHandlers", ".", "removeConfiguration", "(", "b", ",", "NettyPipeline", ".", "LoggingHandler", ")", ")", ")", ";", "}", "}" ]

[ "Apply", "or", "remove", "a", "wire", "logger", "configuration", "using", "{", "@link", "HttpClient", "}", "category", "and", "{", "@code", "DEBUG", "}", "logger", "level" ]

[ "public", "static", "SelectionRange", "findRegionFromSelection", "(", "String", "fullText", ",", "int", "selectionOffset", ",", "int", "selectionLength", ")", "{", "// Find the whole lines that match the selection (start)", "int", "newSselectionOffset", "=", "TextUtils", ".", "fixSelectionOffset", "(", "fullText", ",", "selectionOffset", ")", ";", "// Modifying the offset can make the length slide => update it", "selectionLength", "+=", "selectionOffset", "-", "newSselectionOffset", ";", "selectionOffset", "=", "newSselectionOffset", ";", "// Find the whole lines that match the selection (end)", "selectionLength", "=", "TextUtils", ".", "fixSelectionLength", "(", "fullText", ",", "selectionOffset", ",", "selectionLength", ")", ";", "return", "new", "SelectionRange", "(", "selectionOffset", ",", "selectionLength", ")", ";", "}" ]

[ "Finds", "the", "region", "that", "includes", "both", "the", "given", "selection", "and", "entire", "lines", ".", "<p", ">", "Invalid", "values", "for", "the", "selection", "settings", "are", "fixed", "by", "this", "method", ".", "<", "/", "p", ">" ]

[ "public", "static", "RemoteWebElement", "locateElement", "(", "String", "locator", ",", "ParentTraits", "parent", ")", "{", "logger", ".", "entering", "(", "new", "Object", "[", "]", "{", "locator", ",", "parent", "}", ")", ";", "Preconditions", ".", "checkArgument", "(", "StringUtils", ".", "isNotBlank", "(", "locator", ")", ",", "INVALID_LOCATOR_ERR_MSG", ")", ";", "Preconditions", ".", "checkArgument", "(", "parent", "!=", "null", ",", "INVALID_PARENT_ERR_MSG", ")", ";", "RemoteWebElement", "element", "=", "parent", ".", "locateChildElement", "(", "locator", ")", ";", "logger", ".", "exiting", "(", "element", ")", ";", "return", "element", ";", "}" ]

[ "Parses", "locator", "string", "to", "identify", "the", "proper", "By", "subclass", "before", "calling", "Selenium", "{", "@link", "WebElement#findElement", "(", "By", ")", "}", "to", "locate", "the", "web", "element", "nested", "within", "the", "parent", "web", "element", "." ]

[ "public", "PointF", "mapViewToImage", "(", "PointF", "viewPoint", ")", "{", "float", "[", "]", "points", "=", "mTempValues", ";", "points", "[", "0", "]", "=", "viewPoint", ".", "x", ";", "points", "[", "1", "]", "=", "viewPoint", ".", "y", ";", "mActiveTransform", ".", "invert", "(", "mActiveTransformInverse", ")", ";", "mActiveTransformInverse", ".", "mapPoints", "(", "points", ",", "0", ",", "points", ",", "0", ",", "1", ")", ";", "mapAbsoluteToRelative", "(", "points", ",", "points", ",", "1", ")", ";", "return", "new", "PointF", "(", "points", "[", "0", "]", ",", "points", "[", "1", "]", ")", ";", "}" ]

[ "Maps", "point", "from", "view", "-", "absolute", "to", "image", "-", "relative", "coordinates", ".", "This", "takes", "into", "account", "the", "zoomable", "transformation", "." ]

[ "public", "void", "init", "(", "BaseField", "field", ",", "double", "dStartRange", ",", "double", "dEndRange", ")", "{", "super", ".", "init", "(", "field", ")", ";", "m_dStartRange", "=", "dStartRange", ";", "m_dEndRange", "=", "dEndRange", ";", "m_bScreenMove", "=", "true", ";", "m_bInitMove", "=", "false", ";", "m_bReadMove", "=", "false", ";", "}" ]

[ "Constructor", "." ]

[ "public", "FieldSource", "<", "JavaClassSource", ">", "addFieldTo", "(", "final", "JavaClassSource", "targetClass", ",", "final", "String", "fieldType", ",", "final", "String", "fieldName", ",", "Visibility", "visibility", ",", "boolean", "withGetter", ",", "boolean", "withSetter", ",", "String", "...", "annotations", ")", "{", "return", "addFieldTo", "(", "targetClass", ",", "fieldType", ",", "fieldName", ",", "visibility", ",", "withGetter", ",", "withSetter", ",", "true", ",", "annotations", ")", ";", "}" ]

[ "Adds", "the", "field", "updating", "the", "toString", "()", ".", "If", "specified", "adds", "a", "getter", "a", "setter", "or", "both", "." ]

[ "public", "void", "sendNotFlushedMessage", "(", "SIBUuid8", "ignore", ",", "SIBUuid12", "streamID", ",", "long", "requestID", ")", "throws", "SIResourceException", "{", "if", "(", "TraceComponent", ".", "isAnyTracingEnabled", "(", ")", "&&", "tc", ".", "isEntryEnabled", "(", ")", ")", "SibTr", ".", "entry", "(", "tc", ",", "\"sendNotFlushedMessage\"", ",", "new", "Object", "[", "]", "{", "ignore", ",", "streamID", ",", "new", "Long", "(", "requestID", ")", "}", ")", ";", "ControlNotFlushed", "notFlushed", "=", "createControlNotFlushed", "(", "streamID", ",", "requestID", ")", ";", "notFlushed", "=", "sourceStreamManager", ".", "stampNotFlushed", "(", "notFlushed", ")", ";", "// If the destination in a Link add Link specific properties to message", "if", "(", "isLink", ")", "{", "notFlushed", "=", "(", "ControlNotFlushed", ")", "addLinkProps", "(", "notFlushed", ")", ";", "// The following is set so we can create the linkReceiver correctly on the ", "// other side of the link - 499581", "notFlushed", ".", "setRoutingDestination", "(", "routingDestination", ")", ";", "}", "else", "if", "(", "this", ".", "isSystemOrTemp", ")", "{", "// If the destination is system or temporary then the ", "// routingDestination into th message", "notFlushed", ".", "setRoutingDestination", "(", "routingDestination", ")", ";", "}", "mpio", ".", "sendToMe", "(", "routingMEUuid", ",", "SIMPConstants", ".", "MSG_HIGH_PRIORITY", ",", "notFlushed", ")", ";", "if", "(", "TraceComponent", ".", "isAnyTracingEnabled", "(", ")", "&&", "tc", ".", "isEntryEnabled", "(", ")", ")", "SibTr", ".", "exit", "(", "tc", ",", "\"sendNotFlushedMessage\"", ")", ";", "}" ]

[ "/", "*", "(", "non", "-", "Javadoc", ")", "@see", "com", ".", "ibm", ".", "ws", ".", "sib", ".", "processor", ".", "impl", ".", "interfaces", ".", "DownstreamControl#sendNotFlushedMessage", "(", "com", ".", "ibm", ".", "ws", ".", "sib", ".", "utils", ".", "SIBUuid12", ")" ]

[ "private", "static", "String", "updatedField", "(", "Properties", "props", ",", "String", "fieldName", ")", "{", "String", "property", "=", "props", ".", "getProperty", "(", "fieldName", ")", ";", "if", "(", "property", "!=", "null", ")", "property", "=", "property", ".", "replace", "(", "\"\\\\:\"", ",", "\":\"", ")", ";", "return", "property", ";", "}" ]

[ "Gets", "a", "property", "and", "updates", "it", "to", "prevent", "escaped", "characters", "." ]

[ "public", "Matrix4d", "orthoSymmetric", "(", "double", "width", ",", "double", "height", ",", "double", "zNear", ",", "double", "zFar", ")", "{", "return", "orthoSymmetric", "(", "width", ",", "height", ",", "zNear", ",", "zFar", ",", "false", ",", "this", ")", ";", "}" ]

[ "Apply", "a", "symmetric", "orthographic", "projection", "transformation", "for", "a", "right", "-", "handed", "coordinate", "system", "using", "OpenGL", "s", "NDC", "z", "range", "of", "<code", ">", "[", "-", "1", "..", "+", "1", "]", "<", "/", "code", ">", "to", "this", "matrix", ".", "<p", ">", "This", "method", "is", "equivalent", "to", "calling", "{", "@link", "#ortho", "(", "double", "double", "double", "double", "double", "double", ")", "ortho", "()", "}", "with", "<code", ">", "left", "=", "-", "width", "/", "2<", "/", "code", ">", "<code", ">", "right", "=", "+", "width", "/", "2<", "/", "code", ">", "<code", ">", "bottom", "=", "-", "height", "/", "2<", "/", "code", ">", "and", "<code", ">", "top", "=", "+", "height", "/", "2<", "/", "code", ">", ".", "<p", ">", "If", "<code", ">", "M<", "/", "code", ">", "is", "<code", ">", "this<", "/", "code", ">", "matrix", "and", "<code", ">", "O<", "/", "code", ">", "the", "orthographic", "projection", "matrix", "then", "the", "new", "matrix", "will", "be", "<code", ">", "M", "*", "O<", "/", "code", ">", ".", "So", "when", "transforming", "a", "vector", "<code", ">", "v<", "/", "code", ">", "with", "the", "new", "matrix", "by", "using", "<code", ">", "M", "*", "O", "*", "v<", "/", "code", ">", "the", "orthographic", "projection", "transformation", "will", "be", "applied", "first!", "<p", ">", "In", "order", "to", "set", "the", "matrix", "to", "a", "symmetric", "orthographic", "projection", "without", "post", "-", "multiplying", "it", "use", "{", "@link", "#setOrthoSymmetric", "(", "double", "double", "double", "double", ")", "setOrthoSymmetric", "()", "}", ".", "<p", ">", "Reference", ":", "<a", "href", "=", "http", ":", "//", "www", ".", "songho", ".", "ca", "/", "opengl", "/", "gl_projectionmatrix", ".", "html#ortho", ">", "http", ":", "//", "www", ".", "songho", ".", "ca<", "/", "a", ">" ]

[ "public", "Observable", "<", "GenericResourceInner", ">", "createOrUpdateAsync", "(", "String", "resourceGroupName", ",", "String", "resourceProviderNamespace", ",", "String", "parentResourcePath", ",", "String", "resourceType", ",", "String", "resourceName", ",", "String", "apiVersion", ",", "GenericResourceInner", "parameters", ")", "{", "return", "createOrUpdateWithServiceResponseAsync", "(", "resourceGroupName", ",", "resourceProviderNamespace", ",", "parentResourcePath", ",", "resourceType", ",", "resourceName", ",", "apiVersion", ",", "parameters", ")", ".", "map", "(", "new", "Func1", "<", "ServiceResponse", "<", "GenericResourceInner", ">", ",", "GenericResourceInner", ">", "(", ")", "{", "@", "Override", "public", "GenericResourceInner", "call", "(", "ServiceResponse", "<", "GenericResourceInner", ">", "response", ")", "{", "return", "response", ".", "body", "(", ")", ";", "}", "}", ")", ";", "}" ]

[ "Creates", "a", "resource", "." ]

[ "private", "void", "setAccumulatorAttributes", "(", "List", "<", "String", ">", "accumulatorIds", ",", "HttpServletRequest", "request", ")", "throws", "APIException", "{", "if", "(", "accumulatorIds", "==", "null", "||", "accumulatorIds", ".", "isEmpty", "(", ")", ")", "{", "return", ";", "}", "request", ".", "setAttribute", "(", "\"accumulatorsPresent\"", ",", "Boolean", ".", "TRUE", ")", ";", "//create multiple graphs with one line each.", "List", "<", "AccumulatedSingleGraphAO", ">", "singleGraphDataBeans", "=", "getAccumulatorAPI", "(", ")", ".", "getChartsForMultipleAccumulators", "(", "accumulatorIds", ")", ";", "request", ".", "setAttribute", "(", "\"singleGraphData\"", ",", "singleGraphDataBeans", ")", ";", "request", ".", "setAttribute", "(", "\"accumulatorsColors\"", ",", "AccumulatorUtility", ".", "accumulatorsColorsToJSON", "(", "singleGraphDataBeans", ")", ")", ";", "List", "<", "String", ">", "accumulatorsNames", "=", "new", "LinkedList", "<>", "(", ")", ";", "for", "(", "AccumulatedSingleGraphAO", "ao", ":", "singleGraphDataBeans", ")", "{", "accumulatorsNames", ".", "add", "(", "ao", ".", "getName", "(", ")", ")", ";", "}", "request", ".", "setAttribute", "(", "\"accNames\"", ",", "accumulatorsNames", ")", ";", "request", ".", "setAttribute", "(", "\"accNamesConcat\"", ",", "net", ".", "anotheria", ".", "util", ".", "StringUtils", ".", "concatenateTokens", "(", "accumulatorsNames", ",", "\",\"", ")", ")", ";", "}" ]

[ "Sets", "accumulator", "specific", "attributes", "required", "to", "show", "accumulator", "charts", "on", "page", "." ]

[ "static", "public", "Probability", "and", "(", "Probability", "probability1", ",", "Probability", "probability2", ")", "{", "double", "p1", "=", "probability1", ".", "value", ";", "double", "p2", "=", "probability2", ".", "value", ";", "return", "new", "Probability", "(", "p1", "*", "p2", ")", ";", "}" ]

[ "This", "function", "returns", "the", "logical", "conjunction", "of", "the", "specified", "probabilities", ".", "The", "value", "of", "the", "logical", "conjunction", "of", "two", "probabilities", "is", "P", "*", "Q", "." ]

[ "public", "static", "double", "getPvalue", "(", "int", "n11", ",", "int", "ndot1", ",", "int", "ndot2", ",", "int", "n1dot", ",", "int", "n2dot", ")", "{", "int", "originalN11", "=", "n11", ";", "int", "n", "=", "ndot1", "+", "ndot2", ";", "int", "min", "=", "Math", ".", "max", "(", "0", ",", "n1dot", "+", "ndot1", "-", "n", ")", ";", "int", "max", "=", "Math", ".", "min", "(", "n1dot", ",", "ndot1", ")", ";", "Set", "<", "Integer", ">", "combinations", "=", "new", "HashSet", "<>", "(", ")", ";", "combinations", ".", "add", "(", "originalN11", ")", ";", "for", "(", "int", "r", "=", "min", ";", "r", "<=", "max", ";", "++", "r", ")", "{", "combinations", ".", "add", "(", "r", ")", ";", "}", "double", "standardPart", "=", "Arithmetics", ".", "factorial", "(", "n1dot", ")", "*", "Arithmetics", ".", "factorial", "(", "n2dot", ")", "*", "Arithmetics", ".", "factorial", "(", "ndot1", ")", "*", "Arithmetics", ".", "factorial", "(", "ndot2", ")", "/", "Arithmetics", ".", "factorial", "(", "n", ")", ";", "double", "originalPvalue", "=", "0.0", ";", "double", "Psum", "=", "0", ";", "for", "(", "Integer", "r", ":", "combinations", ")", "{", "n11", "=", "r", ";", "int", "n21", "=", "ndot1", "-", "n11", ";", "int", "n12", "=", "n1dot", "-", "n11", ";", "int", "n22", "=", "n2dot", "-", "n21", ";", "double", "pvalue", "=", "standardPart", "/", "(", "Arithmetics", ".", "factorial", "(", "n11", ")", "*", "Arithmetics", ".", "factorial", "(", "n12", ")", "*", "Arithmetics", ".", "factorial", "(", "n21", ")", "*", "Arithmetics", ".", "factorial", "(", "n22", ")", ")", ";", "if", "(", "r", "==", "originalN11", ")", "{", "originalPvalue", "=", "pvalue", ";", "}", "if", "(", "pvalue", "<=", "originalPvalue", ")", "{", "Psum", "+=", "pvalue", ";", "}", "}", "//combinations = null; ", "return", "Psum", ";", "}" ]

[ "Calculates", "the", "p", "-", "value", "of", "null", "Hypothesis" ]

[ "public", "static", "String", "ellipsize", "(", "String", "text", ",", "int", "maxLength", ",", "String", "end", ")", "{", "if", "(", "text", "!=", "null", "&&", "text", ".", "length", "(", ")", ">", "maxLength", ")", "{", "return", "text", ".", "substring", "(", "0", ",", "maxLength", "-", "end", ".", "length", "(", ")", ")", "+", "end", ";", "}", "return", "text", ";", "}" ]

[ "Cuts", "the", "string", "at", "the", "end", "if", "it", "s", "longer", "than", "maxLength", "and", "appends", "the", "given", "end", "string", "to", "it", ".", "The", "length", "of", "the", "resulting", "string", "is", "always", "less", "or", "equal", "to", "the", "given", "maxLength", ".", "It", "s", "valid", "to", "pass", "a", "null", "text", ";", "in", "this", "case", "null", "is", "returned", "." ]

[ "private", "boolean", "pruneKeys", "(", "List", "<", "Set", "<", "ChainedProperty", "<", "S", ">", ">", ">", "keys", ",", "ChainedProperty", "<", "S", ">", "property", ")", "{", "boolean", "result", "=", "false", ";", "for", "(", "Set", "<", "ChainedProperty", "<", "S", ">", ">", "key", ":", "keys", ")", "{", "key", ".", "remove", "(", "property", ")", ";", "if", "(", "key", ".", "size", "(", ")", "==", "0", ")", "{", "result", "=", "true", ";", "continue", ";", "}", "}", "return", "result", ";", "}" ]

[ "Removes", "the", "given", "property", "from", "all", "keys", "returning", "true", "if", "any", "key", "has", "zero", "properties", "as", "a", "result", "." ]

[ "public", "static", "RefineEpipolar", "fundamentalRefine", "(", "double", "tol", ",", "int", "maxIterations", ",", "EpipolarError", "type", ")", "{", "switch", "(", "type", ")", "{", "case", "SAMPSON", ":", "return", "new", "LeastSquaresFundamental", "(", "tol", ",", "maxIterations", ",", "true", ")", ";", "case", "SIMPLE", ":", "return", "new", "LeastSquaresFundamental", "(", "tol", ",", "maxIterations", ",", "false", ")", ";", "}", "throw", "new", "IllegalArgumentException", "(", "\"Type not supported: \"", "+", "type", ")", ";", "}" ]

[ "Creates", "a", "non", "-", "linear", "optimizer", "for", "refining", "estimates", "of", "fundamental", "or", "essential", "matrices", "." ]

[ "public", "void", "bindApplication", "(", "String", "applicationName", ",", "String", "boundTplName", ",", "String", "boundApp", ")", "throws", "ApplicationWsException", "{", "this", ".", "logger", ".", "finer", "(", "\"Creating a binding for external exports in \"", "+", "applicationName", "+", "\"...\"", ")", ";", "WebResource", "path", "=", "this", ".", "resource", ".", "path", "(", "UrlConstants", ".", "APP", ")", ".", "path", "(", "applicationName", ")", ".", "path", "(", "\"bind\"", ")", ".", "queryParam", "(", "\"bound-tpl\"", ",", "boundTplName", ")", ".", "queryParam", "(", "\"bound-app\"", ",", "boundApp", ")", ";", "ClientResponse", "response", "=", "this", ".", "wsClient", ".", "createBuilder", "(", "path", ")", ".", "post", "(", "ClientResponse", ".", "class", ")", ";", "handleResponse", "(", "response", ")", ";", "}" ]

[ "Binds", "an", "application", "for", "external", "exports", "." ]

[ "private", "static", "Pair", "<", "Map", "<", "Integer", ",", "TermParameter", ">", ",", "Map", "<", "Integer", ",", "TermParameter", ">", ">", "inferOrthologs", "(", "Kam", "kam", ",", "KAMStore", "kAMStore", ",", "SpeciesDialect", "dialect", ",", "EdgeFilter", "inferf", ",", "Set", "<", "KamNode", ">", "species", ",", "Map", "<", "KamNode", ",", "KamNode", ">", "ortho", ")", "{", "final", "List", "<", "org", ".", "openbel", ".", "framework", ".", "common", ".", "model", ".", "Namespace", ">", "spl", "=", "dialect", ".", "getSpeciesNamespaces", "(", ")", ";", "final", "Set", "<", "String", ">", "rlocs", "=", "constrainedHashSet", "(", "spl", ".", "size", "(", ")", ")", ";", "for", "(", "final", "org", ".", "openbel", ".", "framework", ".", "common", ".", "model", ".", "Namespace", "n", ":", "spl", ")", "{", "rlocs", ".", "add", "(", "n", ".", "getResourceLocation", "(", ")", ")", ";", "}", "Map", "<", "Integer", ",", "TermParameter", ">", "ntp", "=", "sizedHashMap", "(", "species", ".", "size", "(", ")", ")", ";", "Map", "<", "Integer", ",", "TermParameter", ">", "etp", "=", "sizedHashMap", "(", "species", ".", "size", "(", ")", ")", ";", "for", "(", "final", "KamNode", "snode", ":", "species", ")", "{", "if", "(", "snode", "!=", "null", ")", "{", "// XXX term parameter looked up 2x; may impact perf/determinism", "// TODO redesign orthologousNodes / inferOrthologs", "TermParameter", "p", "=", "findParameter", "(", "kam", ",", "kAMStore", ",", "snode", ",", "rlocs", ")", ";", "// recurse incoming connections from species node", "recurseConnections", "(", "kam", ",", "snode", ",", "p", ",", "inferf", ",", "REVERSE", ",", "ortho", ",", "ntp", ",", "etp", ")", ";", "// recurse outgoing connections from species node", "recurseConnections", "(", "kam", ",", "snode", ",", "p", ",", "inferf", ",", "FORWARD", ",", "ortho", ",", "ntp", ",", "etp", ")", ";", "}", "}", "return", "new", "Pair", "<", "Map", "<", "Integer", ",", "TermParameter", ">", ",", "Map", "<", "Integer", ",", "TermParameter", ">", ">", "(", "ntp", ",", "etp", ")", ";", "}" ]

[ "Infers", "orthologous", "{", "@link", "KamEdge", "edges", "}", "downstream", "and", "upstream", "from", "all", "{", "@link", "KamNode", "species", "replacement", "nodes", "}", "." ]

[ "public", "final", "static", "void", "setCountToDefault", "(", "PolymerNotation", "polymer", ",", "int", "position", ")", "{", "polymer", ".", "getPolymerElements", "(", ")", ".", "getListOfElements", "(", ")", ".", "get", "(", "position", ")", ".", "setCount", "(", "\"1\"", ")", ";", "}" ]

[ "method", "to", "set", "the", "count", "of", "a", "MonomerNotation", "to", "default", "(", "=", "1", ")" ]

[ "public", "String", "get", "(", "String", "key", ",", "String", "defaultValue", ")", "{", "addToDefaults", "(", "key", ",", "defaultValue", ")", ";", "String", "value", "=", "get", "(", "key", ")", ";", "if", "(", "value", "==", "null", ")", "{", "return", "defaultValue", ";", "}", "else", "{", "return", "value", ";", "}", "}" ]

[ "Returns", "the", "String", "value", "for", "the", "given", "key", ".", "If", "the", "key", "does", "not", "exist", "it", "will", "return", "the", "given", "default", "value", "." ]

[ "public", "Vertigo", "deployNetwork", "(", "String", "cluster", ",", "JsonObject", "network", ")", "{", "return", "deployNetwork", "(", "cluster", ",", "network", ",", "null", ")", ";", "}" ]

[ "Deploys", "a", "json", "network", "to", "a", "specific", "cluster", ".", "<p", ">" ]

[ "static", "public", "int", "skipToChars", "(", "byte", "[", "]", "data", ",", "int", "start", ",", "byte", "[", "]", "targets", ")", "{", "int", "index", "=", "start", ";", "int", "y", "=", "0", ";", "byte", "current", ";", "for", "(", ";", "index", "<", "data", ".", "length", ";", "index", "++", ")", "{", "current", "=", "data", "[", "index", "]", ";", "for", "(", "y", "=", "0", ";", "y", "<", "targets", ".", "length", ";", "y", "++", ")", "{", "if", "(", "current", "==", "targets", "[", "y", "]", ")", "{", "return", "index", ";", "}", "}", "}", "return", "index", ";", "}" ]

[ "Utility", "method", "to", "skip", "past", "data", "in", "an", "array", "until", "it", "runs", "out", "of", "space", "or", "finds", "one", "of", "the", "the", "target", "characters", "." ]

[ "private", "Operation", "parseUrlParam", "(", ")", "{", "StringBuilder", "builder", "=", "cachesBuilder", ";", "builder", ".", "setLength", "(", "0", ")", ";", "Operation", "op", "=", "new", "Operation", "(", "reader", ",", "new", "ValueExpression", "(", "reader", ",", "relativeURL", ".", "getPath", "(", ")", ")", ",", "'", "'", ")", ";", "for", "(", ";", ";", ")", "{", "char", "ch", "=", "read", "(", ")", ";", "switch", "(", "ch", ")", "{", "case", "'", "'", ":", "case", "'", "'", ":", "String", "val", "=", "builder", ".", "toString", "(", ")", ";", "String", "quote", "=", "readQuote", "(", "ch", ")", ";", "builder", ".", "append", "(", "val", ")", ";", "builder", ".", "append", "(", "quote", ")", ";", "break", ";", "case", "'", "'", ":", "//escape", "builder", ".", "append", "(", "ch", ")", ";", "builder", ".", "append", "(", "read", "(", ")", ")", ";", "break", ";", "case", "'", "'", ":", "if", "(", "builder", ".", "length", "(", ")", "==", "0", ")", "{", "reader", ".", "back", "(", "ch", ")", ";", "op", ".", "addOperand", "(", "parseExpression", "(", "(", "char", ")", "0", ")", ")", ";", "read", "(", ")", ";", "return", "op", ";", "}", "builder", ".", "append", "(", "ch", ")", ";", "break", ";", "case", "'", "'", ":", "val", "=", "trim", "(", "builder", ")", ";", "op", ".", "addOperand", "(", "new", "ValueExpression", "(", "reader", ",", "val", ",", "Expression", ".", "STRING", ")", ")", ";", "return", "op", ";", "default", ":", "builder", ".", "append", "(", "ch", ")", ";", "}", "}", "}" ]

[ "Parse", "the", "parameter", "of", "an", "url", "function", "which", "has", "some", "curious", "fallbacks", "." ]

[ "private", "static", "final", "int", "mula32", "(", "byte", "[", "]", "p", ",", "byte", "[", "]", "x", ",", "byte", "[", "]", "y", ",", "int", "t", ",", "int", "z", ")", "{", "final", "int", "n", "=", "31", ";", "int", "w", "=", "0", ";", "int", "i", "=", "0", ";", "for", "(", ";", "i", "<", "t", ";", "i", "++", ")", "{", "int", "zy", "=", "z", "*", "(", "y", "[", "i", "]", "&", "0xFF", ")", ";", "w", "+=", "mula_small", "(", "p", ",", "p", ",", "i", ",", "x", ",", "n", ",", "zy", ")", "+", "(", "p", "[", "i", "+", "n", "]", "&", "0xFF", ")", "+", "zy", "*", "(", "x", "[", "n", "]", "&", "0xFF", ")", ";", "p", "[", "i", "+", "n", "]", "=", "(", "byte", ")", "w", ";", "w", ">>=", "8", ";", "}", "p", "[", "i", "+", "n", "]", "=", "(", "byte", ")", "(", "w", "+", "(", "p", "[", "i", "+", "n", "]", "&", "0xFF", ")", ")", ";", "return", "w", ">>", "8", ";", "}" ]

[ "/", "*", "p", "+", "=", "x", "*", "y", "*", "z", "where", "z", "is", "a", "small", "integer", "x", "is", "size", "32", "y", "is", "size", "t", "p", "is", "size", "32", "+", "t", "y", "is", "allowed", "to", "overlap", "with", "p", "+", "32", "if", "you", "don", "t", "care", "about", "the", "upper", "half" ]

[ "private", "void", "updateSecurityMetadata", "(", "SecurityMetadata", "securityMetadataFromDD", ",", "WebAppConfig", "webAppConfig", ")", "{", "for", "(", "Iterator", "<", "IServletConfig", ">", "it", "=", "webAppConfig", ".", "getServletInfos", "(", ")", ";", "it", ".", "hasNext", "(", ")", ";", ")", "{", "IServletConfig", "servletConfig", "=", "it", ".", "next", "(", ")", ";", "if", "(", "TraceComponent", ".", "isAnyTracingEnabled", "(", ")", "&&", "tc", ".", "isDebugEnabled", "(", ")", ")", "{", "Tr", ".", "debug", "(", "tc", ",", "\"Updating servlet: \"", "+", "servletConfig", ".", "getServletName", "(", ")", ")", ";", "}", "updateSecurityMetadataWithRunAs", "(", "securityMetadataFromDD", ",", "servletConfig", ")", ";", "updateSecurityMetadataWithSecurityConstraints", "(", "securityMetadataFromDD", ",", "servletConfig", ")", ";", "}", "}" ]

[ "Updates", "the", "security", "metadata", "object", "(", "which", "at", "this", "time", "only", "has", "the", "deployment", "descriptor", "info", ")", "with", "the", "webAppConfig", "information", "comprising", "all", "sources", "." ]

[ "public", "static", "String", "lowerCase", "(", "final", "String", "str", ",", "final", "Locale", "locale", ")", "{", "if", "(", "str", "==", "null", ")", "{", "return", "null", ";", "}", "return", "str", ".", "toLowerCase", "(", "locale", ")", ";", "}" ]

[ "<p", ">", "Converts", "a", "String", "to", "lower", "case", "as", "per", "{", "@link", "String#toLowerCase", "(", "Locale", ")", "}", ".", "<", "/", "p", ">" ]

[ "private", "void", "step4", "(", "DBIDRef", "id", ",", "WritableDBIDDataStore", "pi", ",", "WritableDoubleDataStore", "lambda", ",", "DBIDs", "processedIDs", ")", "{", "DBIDVar", "p_i", "=", "DBIDUtil", ".", "newVar", "(", ")", ";", "// for i = 1..n", "for", "(", "DBIDIter", "it", "=", "processedIDs", ".", "iter", "(", ")", ";", "it", ".", "valid", "(", ")", ";", "it", ".", "advance", "(", ")", ")", "{", "double", "l_i", "=", "lambda", ".", "doubleValue", "(", "it", ")", ";", "pi", ".", "assignVar", "(", "it", ",", "p_i", ")", ";", "// p_i = pi(it)", "double", "lp_i", "=", "lambda", ".", "doubleValue", "(", "p_i", ")", ";", "// if L(i) >= L(P(i))", "if", "(", "l_i", ">=", "lp_i", ")", "{", "// P(i) = n+1", "pi", ".", "put", "(", "it", ",", "id", ")", ";", "}", "}", "}" ]

[ "Fourth", "step", ":", "Actualize", "the", "clusters", "if", "necessary" ]

[ "public", "void", "setXY", "(", "double", "x", ",", "double", "y", ")", "{", "_touch", "(", ")", ";", "if", "(", "m_attributes", "==", "null", ")", "_setToDefault", "(", ")", ";", "m_attributes", "[", "0", "]", "=", "x", ";", "m_attributes", "[", "1", "]", "=", "y", ";", "}" ]

[ "Set", "the", "X", "and", "Y", "coordinate", "of", "the", "point", "." ]

[ "private", "boolean", "isLocked", "(", "Class", "entityType", ",", "String", "entityKey", ",", "Integer", "lockType", ")", "throws", "LockingException", "{", "IEntityLock", "[", "]", "locks", "=", "retrieveLocks", "(", "entityType", ",", "entityKey", ",", "lockType", ")", ";", "return", "locks", ".", "length", ">", "0", ";", "}" ]

[ "Answers", "if", "the", "entity", "represented", "by", "entityType", "and", "entityKey", "has", "one", "or", "more", "locks", ".", "Param", "<code", ">", "lockType<", "/", "code", ">", "can", "be", "null", "." ]

[ "private", "String", "generateSafeMethodName", "(", "StorableInfo", "info", ",", "String", "prefix", ")", "{", "Class", "type", "=", "info", ".", "getStorableType", "(", ")", ";", "// Try a few times to generate a unique name. There's nothing special\r", "// about choosing 100 as the limit.\r", "int", "value", "=", "0", ";", "for", "(", "int", "i", "=", "0", ";", "i", "<", "100", ";", "i", "++", ")", "{", "String", "name", "=", "prefix", "+", "value", ";", "if", "(", "!", "methodExists", "(", "type", ",", "name", ")", ")", "{", "return", "name", ";", "}", "value", "=", "name", ".", "hashCode", "(", ")", ";", "}", "throw", "new", "InternalError", "(", "\"Unable to create unique method name starting with: \"", "+", "prefix", ")", ";", "}" ]

[ "Generates", "a", "property", "name", "which", "doesn", "t", "clash", "with", "any", "already", "defined", "." ]

[ "public", "void", "checkInvariants", "(", "CallStack", "frame", ",", "Expr", "...", "invariants", ")", "{", "for", "(", "int", "i", "=", "0", ";", "i", "!=", "invariants", ".", "length", ";", "++", "i", ")", "{", "RValue", ".", "Bool", "b", "=", "executeExpression", "(", "BOOL_T", ",", "invariants", "[", "i", "]", ",", "frame", ")", ";", "if", "(", "b", "==", "RValue", ".", "False", ")", "{", "// FIXME: need to do more here", "throw", "new", "AssertionError", "(", ")", ";", "}", "}", "}" ]

[ "Evaluate", "zero", "or", "more", "conditional", "expressions", "and", "check", "whether", "any", "is", "false", ".", "If", "so", "raise", "an", "exception", "indicating", "a", "runtime", "fault", "." ]

[ "public", "Quaternion", "fromAnglesXZ", "(", "float", "x", ",", "float", "z", ")", "{", "float", "hx", "=", "x", "*", "0.5f", ",", "hz", "=", "z", "*", "0.5f", ";", "float", "sx", "=", "FloatMath", ".", "sin", "(", "hx", ")", ",", "cx", "=", "FloatMath", ".", "cos", "(", "hx", ")", ";", "float", "sz", "=", "FloatMath", ".", "sin", "(", "hz", ")", ",", "cz", "=", "FloatMath", ".", "cos", "(", "hz", ")", ";", "return", "set", "(", "cz", "*", "sx", ",", "sz", "*", "sx", ",", "sz", "*", "cx", ",", "cz", "*", "cx", ")", ";", "}" ]

[ "Sets", "this", "quaternion", "to", "one", "that", "first", "rotates", "about", "x", "by", "the", "specified", "number", "of", "radians", "then", "rotates", "about", "z", "by", "the", "specified", "number", "of", "radians", "." ]

[ "public", "void", "undoChanges", "(", "CmsRequestContext", "context", ",", "CmsResource", "resource", ",", "CmsResource", ".", "CmsResourceUndoMode", "mode", ")", "throws", "CmsException", ",", "CmsSecurityException", "{", "CmsDbContext", "dbc", "=", "m_dbContextFactory", ".", "getDbContext", "(", "context", ")", ";", "try", "{", "checkOfflineProject", "(", "dbc", ")", ";", "checkPermissions", "(", "dbc", ",", "resource", ",", "CmsPermissionSet", ".", "ACCESS_WRITE", ",", "true", ",", "CmsResourceFilter", ".", "ALL", ")", ";", "checkSystemLocks", "(", "dbc", ",", "resource", ")", ";", "m_driverManager", ".", "undoChanges", "(", "dbc", ",", "resource", ",", "mode", ")", ";", "}", "catch", "(", "Exception", "e", ")", "{", "dbc", ".", "report", "(", "null", ",", "Messages", ".", "get", "(", ")", ".", "container", "(", "Messages", ".", "ERR_UNDO_CHANGES_FOR_RESOURCE_1", ",", "context", ".", "getSitePath", "(", "resource", ")", ")", ",", "e", ")", ";", "}", "finally", "{", "dbc", ".", "clear", "(", ")", ";", "}", "}" ]

[ "Undos", "all", "changes", "in", "the", "resource", "by", "restoring", "the", "version", "from", "the", "online", "project", "to", "the", "current", "offline", "project", ".", "<p", ">" ]

[ "public", "void", "addTimeChart", "(", "String", "chartID", ",", "String", "xAxisLabel", ",", "String", "yAxisLabel", ")", "throws", "ShanksException", "{", "if", "(", "!", "this", ".", "timeCharts", ".", "containsKey", "(", "chartID", ")", ")", "{", "TimeSeriesChartGenerator", "chart", "=", "new", "TimeSeriesChartGenerator", "(", ")", ";", "chart", ".", "setTitle", "(", "chartID", ")", ";", "chart", ".", "setXAxisLabel", "(", "xAxisLabel", ")", ";", "chart", ".", "setYAxisLabel", "(", "yAxisLabel", ")", ";", "this", ".", "timeCharts", ".", "put", "(", "chartID", ",", "chart", ")", ";", "}", "else", "{", "throw", "new", "DuplicatedChartIDException", "(", "chartID", ")", ";", "}", "}" ]

[ "Add", "a", "chart", "to", "the", "simulation" ]

[ "private", "int", "tokenize", "(", "StringBuilder", "sb", ",", "String", "path", ",", "int", "index", ")", "{", "String", "[", "]", "tokens", "=", "path", ".", "split", "(", "\"/\"", ")", ";", "for", "(", "String", "s", ":", "tokens", ")", "{", "if", "(", "s", ".", "length", "(", ")", "==", "0", ")", "continue", ";", "sb", ".", "append", "(", "\"name\"", ")", ".", "append", "(", "index", "++", ")", ".", "append", "(", "\"=\"", ")", ".", "append", "(", "s", ")", ".", "append", "(", "\",\"", ")", ";", "}", "return", "index", ";", "}" ]

[ "This", "takes", "a", "path", "such", "as", "/", "a", "/", "b", "/", "c", "and", "converts", "it", "to", "name0", "=", "a", "name1", "=", "b", "name2", "=", "c" ]

[ "public", "Signature", "prependArgs", "(", "String", "[", "]", "names", ",", "Class", "<", "?", ">", "...", "types", ")", "{", "String", "[", "]", "newArgNames", "=", "new", "String", "[", "argNames", ".", "length", "+", "names", ".", "length", "]", ";", "System", ".", "arraycopy", "(", "argNames", ",", "0", ",", "newArgNames", ",", "names", ".", "length", ",", "argNames", ".", "length", ")", ";", "System", ".", "arraycopy", "(", "names", ",", "0", ",", "newArgNames", ",", "0", ",", "names", ".", "length", ")", ";", "MethodType", "newMethodType", "=", "methodType", ".", "insertParameterTypes", "(", "0", ",", "types", ")", ";", "return", "new", "Signature", "(", "newMethodType", ",", "newArgNames", ")", ";", "}" ]

[ "Prepend", "arguments", "(", "names", "+", "types", ")", "to", "the", "signature", "." ]

[ "public", "static", "void", "copyFetches", "(", "Fetch", "<", "?", ",", "?", ">", "from", ",", "Fetch", "<", "?", ",", "?", ">", "to", ")", "{", "for", "(", "Fetch", "<", "?", ",", "?", ">", "f", ":", "from", ".", "getFetches", "(", ")", ")", "{", "Fetch", "<", "?", ",", "?", ">", "toFetch", "=", "to", ".", "fetch", "(", "f", ".", "getAttribute", "(", ")", ".", "getName", "(", ")", ")", ";", "// recursively copy fetches", "copyFetches", "(", "f", ",", "toFetch", ")", ";", "}", "}" ]

[ "Copy", "Fetches" ]

[ "protected", "void", "waitForCommand", "(", "ITimerCallback", "callback", ",", "long", "timeout", ")", "throws", "WidgetTimeoutException", "{", "WaitForConditionTimer", "t", "=", "new", "WaitForConditionTimer", "(", "getByLocator", "(", ")", ",", "callback", ")", ";", "t", ".", "waitUntil", "(", "timeout", ")", ";", "}" ]

[ "wait", "for", "timeout", "amount", "of", "time" ]

[ "public", "void", "readResourceInfo", "(", "CmsObject", "cms", ",", "CmsResource", "resource", ",", "CmsResourceInfoBean", "resInfo", ",", "String", "locale", ")", "throws", "CmsException", "{", "I_CmsResourceType", "type", "=", "OpenCms", ".", "getResourceManager", "(", ")", ".", "getResourceType", "(", "resource", ".", "getTypeId", "(", ")", ")", ";", "Locale", "wpLocale", "=", "OpenCms", ".", "getWorkplaceManager", "(", ")", ".", "getWorkplaceLocale", "(", "cms", ")", ";", "resInfo", ".", "setTitle", "(", "resource", ".", "getName", "(", ")", ")", ";", "resInfo", ".", "setStructureId", "(", "resource", ".", "getStructureId", "(", ")", ")", ";", "resInfo", ".", "setDescription", "(", "CmsWorkplaceMessages", ".", "getResourceTypeName", "(", "wpLocale", ",", "type", ".", "getTypeName", "(", ")", ")", ")", ";", "resInfo", ".", "setResourcePath", "(", "cms", ".", "getSitePath", "(", "resource", ")", ")", ";", "resInfo", ".", "setResourceType", "(", "type", ".", "getTypeName", "(", ")", ")", ";", "resInfo", ".", "setBigIconClasses", "(", "CmsIconUtil", ".", "getIconClasses", "(", "CmsIconUtil", ".", "getDisplayType", "(", "cms", ",", "resource", ")", ",", "resource", ".", "getName", "(", ")", ",", "false", ")", ")", ";", "// set the default file and detail type info", "String", "detailType", "=", "CmsResourceIcon", ".", "getDefaultFileOrDetailType", "(", "cms", ",", "resource", ")", ";", "if", "(", "detailType", "!=", "null", ")", "{", "resInfo", ".", "setSmallIconClasses", "(", "CmsIconUtil", ".", "getIconClasses", "(", "detailType", ",", "null", ",", "true", ")", ")", ";", "}", "resInfo", ".", "setSize", "(", "(", "resource", ".", "getLength", "(", ")", "/", "1024", ")", "+", "\" kb\"", ")", ";", "resInfo", ".", "setLastModified", "(", "new", "Date", "(", "resource", ".", "getDateLastModified", "(", ")", ")", ")", ";", "resInfo", ".", "setNoEditReason", "(", "new", "CmsResourceUtil", "(", "cms", ",", "resource", ")", ".", "getNoEditReason", "(", "wpLocale", ",", "true", ")", ")", ";", "// reading default explorer-type properties", "CmsExplorerTypeSettings", "setting", "=", "OpenCms", ".", "getWorkplaceManager", "(", ")", ".", "getExplorerTypeSetting", "(", "type", ".", "getTypeName", "(", ")", ")", ";", "List", "<", "String", ">", "properties", ";", "if", "(", "OpenCms", ".", "getResourceManager", "(", ")", ".", "matchResourceType", "(", "CmsResourceTypeImage", ".", "getStaticTypeName", "(", ")", ",", "resource", ".", "getTypeId", "(", ")", ")", ")", "{", "properties", "=", "Lists", ".", "newArrayList", "(", "CmsPropertyDefinition", ".", "PROPERTY_TITLE", ",", "CmsPropertyDefinition", ".", "PROPERTY_COPYRIGHT", ")", ";", "}", "else", "{", "properties", "=", "setting", ".", "getProperties", "(", ")", ";", "String", "reference", "=", "setting", ".", "getReference", "(", ")", ";", "while", "(", "(", "properties", ".", "size", "(", ")", "==", "0", ")", "&&", "!", "CmsStringUtil", ".", "isEmptyOrWhitespaceOnly", "(", "reference", ")", ")", "{", "// looking up properties from referenced explorer types if properties list is empty", "setting", "=", "OpenCms", ".", "getWorkplaceManager", "(", ")", ".", "getExplorerTypeSetting", "(", "reference", ")", ";", "properties", "=", "setting", ".", "getProperties", "(", ")", ";", "reference", "=", "setting", ".", "getReference", "(", ")", ";", "}", "}", "Map", "<", "String", ",", "String", ">", "props", "=", "new", "LinkedHashMap", "<", "String", ",", "String", ">", "(", ")", ";", "Iterator", "<", "String", ">", "propIt", "=", "properties", ".", "iterator", "(", ")", ";", "while", "(", "propIt", ".", "hasNext", "(", ")", ")", "{", "String", "propertyName", "=", "propIt", ".", "next", "(", ")", ";", "CmsProperty", "property", "=", "cms", ".", "readPropertyObject", "(", "resource", ",", "propertyName", ",", "false", ")", ";", "if", "(", "!", "property", ".", "isNullProperty", "(", ")", ")", "{", "props", ".", "put", "(", "property", ".", "getName", "(", ")", ",", "property", ".", "getValue", "(", ")", ")", ";", "}", "else", "{", "props", ".", "put", "(", "propertyName", ",", "null", ")", ";", "}", "}", "resInfo", ".", "setProperties", "(", "props", ")", ";", "resInfo", ".", "setPreviewContent", "(", "getPreviewContent", "(", "cms", ",", "resource", ",", "CmsLocaleManager", ".", "getLocale", "(", "locale", ")", ")", ")", ";", "}" ]

[ "Retrieves", "the", "resource", "information", "and", "puts", "it", "into", "the", "provided", "resource", "info", "bean", ".", "<p", ">" ]

[ "public", "JBBPOut", "Bin", "(", "final", "Object", "object", ",", "final", "JBBPCustomFieldWriter", "customFieldWriter", ")", "throws", "IOException", "{", "if", "(", "this", ".", "processCommands", ")", "{", "this", ".", "processObject", "(", "object", ",", "null", ",", "customFieldWriter", ")", ";", "}", "return", "this", ";", "}" ]

[ "Save", "fields", "of", "an", "object", "marked", "by", "Bin", "annotation", ".", "Fields", "will", "be", "ordered", "through", "{", "@link", "Bin#outOrder", "()", "}", "field", "NB!", "By", "default", "Java", "doesn", "t", "keep", "field", "outOrder", ".", "Ordered", "fields", "of", "class", "will", "be", "saved", "into", "internal", "cache", "for", "speed", "but", "the", "cache", "can", "be", "reset", "through", "{", "@link", "#resetInsideClassCache", "()", "}" ]

[ "public", "static", "void", "setColorForInitialsThumb", "(", "TextView", "initialsView", ",", "int", "position", ")", "{", "int", "backgroundColor", "=", "THUMB_COLORS", "[", "(", "position", ")", "%", "THUMB_COLORS", ".", "length", "]", ";", "setColorsThumb", "(", "initialsView", ",", "backgroundColor", ",", "Color", ".", "WHITE", ")", ";", "}" ]

[ "Sets", "the", "thumb", "color", "that", "displays", "users", "initials" ]

[ "public", "boolean", "saveFavorite", "(", "Article", "article", ",", "boolean", "favorite", ")", "{", "long", "time", "=", "System", ".", "currentTimeMillis", "(", ")", ";", "log", "(", "\"Adding article \"", "+", "article", ".", "getId", "(", ")", "+", "\" to favorites...\"", ")", ";", "try", "{", "if", "(", "favorite", ")", "favoriteDatabase", ".", "add", "(", "article", ")", ";", "else", "favoriteDatabase", ".", "delete", "(", "article", ")", ";", "}", "catch", "(", "Exception", "e", ")", "{", "log", "(", "\"Error \"", "+", "(", "favorite", "?", "\"saving article to\"", ":", "\"deleting article from\"", ")", "+", "\" favorites database.\"", ",", "Log", ".", "ERROR", ")", ";", "}", "log", "(", "\"Saving article \"", "+", "article", ".", "getId", "(", ")", "+", "\" to favorites took \"", "+", "(", "System", ".", "currentTimeMillis", "(", ")", "-", "time", ")", "+", "\"ms\"", ")", ";", "return", "true", ";", "}" ]

[ "Saves", "/", "Deletes", "an", "{" ]

[ "public", "static", "void", "setDecodeHintAllowedLengths", "(", "Intent", "intent", ",", "int", "[", "]", "lengths", ")", "{", "intent", ".", "putExtra", "(", "DecodeHintType", ".", "ALLOWED_LENGTHS", ".", "name", "(", ")", ",", "lengths", ")", ";", "}" ]

[ "Set", "allowed", "lengths", "of", "encoded", "data", "." ]

[ "private", "static", "void", "process", "(", "String", "targetTool", ",", "String", "[", "]", "args", ")", "{", "if", "(", "\"mkmetric\"", ".", "equals", "(", "targetTool", ")", ")", "{", "shift", "(", "args", ")", ";", "}", "if", "(", "!", "\"tsd\"", ".", "equals", "(", "targetTool", ")", ")", "{", "try", "{", "COMMANDS", ".", "get", "(", "targetTool", ")", ".", "getDeclaredMethod", "(", "\"main\"", ",", "String", "[", "]", ".", "class", ")", ".", "invoke", "(", "null", ",", "new", "Object", "[", "]", "{", "args", "}", ")", ";", "}", "catch", "(", "Exception", "x", ")", "{", "log", ".", "error", "(", "\"Failed to call [\"", "+", "targetTool", "+", "\"].\"", ",", "x", ")", ";", "System", ".", "exit", "(", "-", "1", ")", ";", "}", "}", "else", "{", "launchTSD", "(", "args", ")", ";", "}", "}" ]

[ "Executes", "the", "target", "tool" ]

[ "public", "static", "String", "get", "(", "final", "String", "key", ",", "String", "def", ")", "{", "if", "(", "key", "==", "null", ")", "{", "throw", "new", "NullPointerException", "(", "\"key\"", ")", ";", "}", "if", "(", "key", ".", "isEmpty", "(", ")", ")", "{", "throw", "new", "IllegalArgumentException", "(", "\"key must not be empty.\"", ")", ";", "}", "String", "value", "=", "null", ";", "try", "{", "if", "(", "System", ".", "getSecurityManager", "(", ")", "==", "null", ")", "{", "value", "=", "System", ".", "getProperty", "(", "key", ")", ";", "}", "else", "{", "value", "=", "AccessController", ".", "doPrivileged", "(", "new", "PrivilegedAction", "<", "String", ">", "(", ")", "{", "@", "Override", "public", "String", "run", "(", ")", "{", "return", "System", ".", "getProperty", "(", "key", ")", ";", "}", "}", ")", ";", "}", "}", "catch", "(", "SecurityException", "e", ")", "{", "logger", ".", "warn", "(", "\"Unable to retrieve a system property '{}'; default values will be used.\"", ",", "key", ",", "e", ")", ";", "}", "if", "(", "value", "==", "null", ")", "{", "return", "def", ";", "}", "return", "value", ";", "}" ]

[ "Returns", "the", "value", "of", "the", "Java", "system", "property", "with", "the", "specified", "{", "@code", "key", "}", "while", "falling", "back", "to", "the", "specified", "default", "value", "if", "the", "property", "access", "fails", "." ]

[ "public", "static", "AbstractAuditLogger", "newJMSInstance", "(", "boolean", "transacted", ",", "ConnectionFactory", "connFactory", ",", "Queue", "queue", ")", "{", "AsyncAuditLogProducer", "logger", "=", "new", "AsyncAuditLogProducer", "(", ")", ";", "logger", ".", "setTransacted", "(", "transacted", ")", ";", "logger", ".", "setConnectionFactory", "(", "connFactory", ")", ";", "logger", ".", "setQueue", "(", "queue", ")", ";", "return", "logger", ";", "}" ]

[ "Creates", "new", "instance", "of", "JMS", "audit", "logger", "based", "on", "given", "connection", "factory", "and", "queue", ".", "NOTE", ":", "this", "will", "build", "the", "logger", "but", "it", "is", "not", "registered", "directly", "on", "a", "session", ":", "once", "received", "it", "will", "need", "to", "be", "registered", "as", "an", "event", "listener" ]

[ "public", "final", "Occurrence", "createOccurrence", "(", "ProjectName", "parent", ",", "Occurrence", "occurrence", ")", "{", "CreateOccurrenceRequest", "request", "=", "CreateOccurrenceRequest", ".", "newBuilder", "(", ")", ".", "setParent", "(", "parent", "==", "null", "?", "null", ":", "parent", ".", "toString", "(", ")", ")", ".", "setOccurrence", "(", "occurrence", ")", ".", "build", "(", ")", ";", "return", "createOccurrence", "(", "request", ")", ";", "}" ]

[ "Creates", "a", "new", "occurrence", "." ]

[ "public", "void", "readBytes", "(", "OutputStream", "out", ",", "int", "length", ")", "throws", "IOException", "{", "slice", ".", "getBytes", "(", "position", ",", "out", ",", "length", ")", ";", "position", "+=", "length", ";", "}" ]

[ "Transfers", "this", "buffer", "s", "data", "to", "the", "specified", "stream", "starting", "at", "the", "current", "{", "@code", "position", "}", "." ]

[ "public", "float", "getChildSize", "(", "final", "int", "dataIndex", ",", "final", "Axis", "axis", ")", "{", "float", "size", "=", "0", ";", "Widget", "child", "=", "mContainer", ".", "get", "(", "dataIndex", ")", ";", "if", "(", "child", "!=", "null", ")", "{", "switch", "(", "axis", ")", "{", "case", "X", ":", "size", "=", "child", ".", "getLayoutWidth", "(", ")", ";", "break", ";", "case", "Y", ":", "size", "=", "child", ".", "getLayoutHeight", "(", ")", ";", "break", ";", "case", "Z", ":", "size", "=", "child", ".", "getLayoutDepth", "(", ")", ";", "break", ";", "default", ":", "throw", "new", "RuntimeAssertion", "(", "\"Bad axis specified: %s\"", ",", "axis", ")", ";", "}", "}", "return", "size", ";", "}" ]

[ "Calculate", "the", "child", "size", "along", "the", "axis" ]

[ "protected", "void", "addModulesList", "(", "Collection", "<", "ModuleElement", ">", "modules", ",", "Content", "tbody", ")", "{", "boolean", "altColor", "=", "true", ";", "for", "(", "ModuleElement", "mdle", ":", "modules", ")", "{", "if", "(", "!", "mdle", ".", "isUnnamed", "(", ")", ")", "{", "Content", "moduleLinkContent", "=", "getModuleLink", "(", "mdle", ",", "new", "StringContent", "(", "mdle", ".", "getQualifiedName", "(", ")", ".", "toString", "(", ")", ")", ")", ";", "Content", "thModule", "=", "HtmlTree", ".", "TH_ROW_SCOPE", "(", "HtmlStyle", ".", "colFirst", ",", "moduleLinkContent", ")", ";", "HtmlTree", "tdSummary", "=", "new", "HtmlTree", "(", "HtmlTag", ".", "TD", ")", ";", "tdSummary", ".", "addStyle", "(", "HtmlStyle", ".", "colLast", ")", ";", "addSummaryComment", "(", "mdle", ",", "tdSummary", ")", ";", "HtmlTree", "tr", "=", "HtmlTree", ".", "TR", "(", "thModule", ")", ";", "tr", ".", "addContent", "(", "tdSummary", ")", ";", "tr", ".", "addStyle", "(", "altColor", "?", "HtmlStyle", ".", "altColor", ":", "HtmlStyle", ".", "rowColor", ")", ";", "tbody", ".", "addContent", "(", "tr", ")", ";", "}", "altColor", "=", "!", "altColor", ";", "}", "}" ]

[ "Adds", "list", "of", "modules", "in", "the", "index", "table", ".", "Generate", "link", "to", "each", "module", "." ]

[ "static", "void", "storeSettings", "(", "HttpSession", "session", ",", "CmsWorkplaceSettings", "settings", ")", "{", "// save the workplace settings in the session", "session", ".", "setAttribute", "(", "CmsWorkplaceManager", ".", "SESSION_WORKPLACE_SETTINGS", ",", "settings", ")", ";", "}" ]

[ "Stores", "the", "settings", "in", "the", "given", "session", ".", "<p", ">" ]

[ "public", "static", "<", "K", ",", "V", ">", "V", "putIfAbsent", "(", "Map", "<", "K", ",", "V", ">", "map", ",", "K", "key", ",", "V", "value", ")", "{", "V", "old", "=", "map", ".", "putIfAbsent", "(", "key", ",", "value", ")", ";", "if", "(", "old", "!=", "null", ")", "{", "return", "old", ";", "}", "return", "value", ";", "}" ]

[ "Utility", "method", "for", "working", "with", "maps", ".", "Unlike", "{", "@link", "Map#putIfAbsent", "(", "Object", "Object", ")", "}", "this", "method", "always", "returns", "the", "value", "that", "ends", "up", "store", "in", "the", "map", "which", "is", "either", "the", "old", "value", "(", "if", "any", "was", "present", ")", "or", "the", "new", "value", "(", "if", "it", "was", "stored", "in", "the", "map", ")", "." ]

[ "@", "Override", "public", "int", "getLength", "(", "Object", "geometry", ")", "{", "MultiPoint", "mp", "=", "(", "MultiPoint", ")", "geometry", ";", "int", "length", ";", "if", "(", "shapeType", "==", "ShapeType", ".", "MULTIPOINT", ")", "{", "// two doubles per coord (16 * numgeoms) + 40 for header", "length", "=", "(", "mp", ".", "getNumGeometries", "(", ")", "*", "16", ")", "+", "40", ";", "}", "else", "if", "(", "shapeType", "==", "ShapeType", ".", "MULTIPOINTM", ")", "{", "// add the additional MMin, MMax for 16, then 8 per measure", "length", "=", "(", "mp", ".", "getNumGeometries", "(", ")", "*", "16", ")", "+", "40", "+", "16", "+", "(", "8", "*", "mp", ".", "getNumGeometries", "(", ")", ")", ";", "}", "else", "if", "(", "shapeType", "==", "ShapeType", ".", "MULTIPOINTZ", ")", "{", "// add the additional ZMin,ZMax, plus 8 per Z", "length", "=", "(", "mp", ".", "getNumGeometries", "(", ")", "*", "16", ")", "+", "40", "+", "16", "+", "(", "8", "*", "mp", ".", "getNumGeometries", "(", ")", ")", "+", "16", "+", "(", "8", "*", "mp", ".", "getNumGeometries", "(", ")", ")", ";", "}", "else", "{", "throw", "new", "IllegalStateException", "(", "\"Expected ShapeType of Arc, got \"", "+", "shapeType", ")", ";", "}", "return", "length", ";", "}" ]

[ "Calcuates", "the", "record", "length", "of", "this", "object", "." ]

[ "private", "void", "parsePointMetadata", "(", "JsonParser", "jp", ")", "throws", "IOException", ",", "SQLException", "{", "jp", ".", "nextToken", "(", ")", ";", "// FIELD_NAME coordinates ", "String", "coordinatesField", "=", "jp", ".", "getText", "(", ")", ";", "if", "(", "coordinatesField", ".", "equalsIgnoreCase", "(", "GeoJsonField", ".", "COORDINATES", ")", ")", "{", "jp", ".", "nextToken", "(", ")", ";", "// START_ARRAY [ to parse the coordinate", "parseCoordinateMetadata", "(", "jp", ")", ";", "}", "else", "{", "throw", "new", "SQLException", "(", "\"Malformed GeoJSON file. Expected 'coordinates', found '\"", "+", "coordinatesField", "+", "\"'\"", ")", ";", "}", "}" ]

[ "Parses", "a", "point", "and", "check", "if", "it", "s", "wellformated" ]

[ "public", "static", "Uri", "getFileUri", "(", "android", ".", "app", ".", "Fragment", "fragment", ",", "File", "file", ")", "{", "return", "getFileUri", "(", "fragment", ".", "getActivity", "(", ")", ",", "file", ")", ";", "}" ]

[ "Get", "compatible", "Android", "7", ".", "0", "and", "lower", "versions", "of", "Uri", "." ]

[ "public", "final", "void", "warnDebug", "(", "final", "Throwable", "cause", ",", "final", "String", "message", ")", "{", "logDebug", "(", "Level", ".", "WARN", ",", "cause", ",", "message", ")", ";", "}" ]

[ "Logs", "a", "message", "and", "stack", "trace", "if", "DEBUG", "logging", "is", "enabled", "or", "a", "formatted", "message", "and", "exception", "description", "if", "WARN", "logging", "is", "enabled", "." ]

[ "public", "boolean", "shouldInvalidate", "(", "Object", "id", ",", "int", "sourceOfInvalidation", ",", "int", "causeOfInvalidation", ")", "{", "boolean", "retVal", "=", "true", ";", "if", "(", "preInvalidationListenerCount", ">", "0", ")", "{", "// In external implementation, catch any exceptions and process", "try", "{", "retVal", "=", "currentPreInvalidationListener", ".", "shouldInvalidate", "(", "id", ",", "sourceOfInvalidation", ",", "causeOfInvalidation", ")", ";", "}", "catch", "(", "Throwable", "t", ")", "{", "com", ".", "ibm", ".", "ws", ".", "ffdc", ".", "FFDCFilter", ".", "processException", "(", "t", ",", "\"com.ibm.ws.cache.DCEventSource.shouldInvalidate\"", ",", "\"120\"", ",", "this", ")", ";", "if", "(", "tc", ".", "isDebugEnabled", "(", ")", ")", "{", "Tr", ".", "debug", "(", "tc", ",", "\"Exception thrown in shouldInvalidate method of PreInvalidationListener\\n\"", "+", "t", ".", "toString", "(", ")", ")", ";", "}", "}", "}", "return", "retVal", ";", "//invalidate", "}" ]

[ "The", "listeners", "are", "called", "when", "the", "preInvalidate", "method", "is", "invoked", "." ]

[ "@", "Override", "public", "void", "deserializeInstance", "(", "SerializationStreamReader", "streamReader", ",", "OWLSubDataPropertyOfAxiomImpl", "instance", ")", "throws", "SerializationException", "{", "deserialize", "(", "streamReader", ",", "instance", ")", ";", "}" ]

[ "Deserializes", "the", "content", "of", "the", "object", "from", "the", "{", "@link", "com", ".", "google", ".", "gwt", ".", "user", ".", "client", ".", "rpc", ".", "SerializationStreamReader", "}", "." ]

[ "public", "Observable", "<", "VpnClientIPsecParametersInner", ">", "beginSetVpnclientIpsecParametersAsync", "(", "String", "resourceGroupName", ",", "String", "virtualNetworkGatewayName", ",", "VpnClientIPsecParametersInner", "vpnclientIpsecParams", ")", "{", "return", "beginSetVpnclientIpsecParametersWithServiceResponseAsync", "(", "resourceGroupName", ",", "virtualNetworkGatewayName", ",", "vpnclientIpsecParams", ")", ".", "map", "(", "new", "Func1", "<", "ServiceResponse", "<", "VpnClientIPsecParametersInner", ">", ",", "VpnClientIPsecParametersInner", ">", "(", ")", "{", "@", "Override", "public", "VpnClientIPsecParametersInner", "call", "(", "ServiceResponse", "<", "VpnClientIPsecParametersInner", ">", "response", ")", "{", "return", "response", ".", "body", "(", ")", ";", "}", "}", ")", ";", "}" ]

[ "The", "Set", "VpnclientIpsecParameters", "operation", "sets", "the", "vpnclient", "ipsec", "policy", "for", "P2S", "client", "of", "virtual", "network", "gateway", "in", "the", "specified", "resource", "group", "through", "Network", "resource", "provider", "." ]

[ "private", "void", "renderCollision", "(", "Graphic", "g", ",", "TileCollision", "tile", ",", "int", "x", ",", "int", "y", ")", "{", "for", "(", "final", "CollisionFormula", "collision", ":", "tile", ".", "getCollisionFormulas", "(", ")", ")", "{", "final", "ImageBuffer", "buffer", "=", "collisionCache", ".", "get", "(", "collision", ")", ";", "if", "(", "buffer", "!=", "null", ")", "{", "g", ".", "drawImage", "(", "buffer", ",", "x", ",", "y", ")", ";", "}", "}", "}" ]

[ "Render", "the", "collision", "function", "." ]

[ "@", "UsedByGeneratedCode", "public", "@", "Nonnull", "<", "T", ">", "T", "getBean", "(", "@", "Nullable", "BeanResolutionContext", "resolutionContext", ",", "@", "Nonnull", "Class", "<", "T", ">", "beanType", ")", "{", "ArgumentUtils", ".", "requireNonNull", "(", "\"beanType\"", ",", "beanType", ")", ";", "return", "getBeanInternal", "(", "resolutionContext", ",", "beanType", ",", "null", ",", "true", ",", "true", ")", ";", "}" ]

[ "Get", "a", "bean", "of", "the", "given", "type", "." ]

[ "public", "Release", "getReleaseInfo", "(", "String", "appName", ",", "String", "releaseName", ")", "{", "return", "connection", ".", "execute", "(", "new", "ReleaseInfo", "(", "appName", ",", "releaseName", ")", ",", "apiKey", ")", ";", "}" ]

[ "Information", "about", "a", "specific", "release", "." ]

[ "public", "void", "createKeyspace", "(", "DBConn", "dbConn", ",", "String", "keyspace", ")", "{", "m_logger", ".", "info", "(", "\"Creating Keyspace '{}'\"", ",", "keyspace", ")", ";", "try", "{", "KsDef", "ksDef", "=", "setKeySpaceOptions", "(", "keyspace", ")", ";", "dbConn", ".", "getClientSession", "(", ")", ".", "system_add_keyspace", "(", "ksDef", ")", ";", "waitForSchemaPropagation", "(", "dbConn", ")", ";", "Thread", ".", "sleep", "(", "1000", ")", ";", "// wait for gossip to other Cassandra nodes\r", "}", "catch", "(", "Exception", "ex", ")", "{", "String", "errMsg", "=", "\"Failed to create Keyspace '\"", "+", "keyspace", "+", "\"'\"", ";", "m_logger", ".", "error", "(", "errMsg", ",", "ex", ")", ";", "throw", "new", "RuntimeException", "(", "errMsg", ",", "ex", ")", ";", "}", "}" ]

[ "Create", "a", "new", "keyspace", "with", "the", "given", "name", ".", "The", "keyspace", "is", "created", "with", "parameters", "defined", "for", "our", "DBService", "instance", "if", "any", ".", "This", "method", "should", "be", "used", "with", "a", "no", "-", "keyspace", "DB", "connection", "." ]

[ "public", "Matrix4x3f", "rotateYXZ", "(", "Vector3f", "angles", ")", "{", "return", "rotateYXZ", "(", "angles", ".", "y", ",", "angles", ".", "x", ",", "angles", ".", "z", ")", ";", "}" ]

[ "Apply", "rotation", "of", "<code", ">", "angles", ".", "y<", "/", "code", ">", "radians", "about", "the", "Y", "axis", "followed", "by", "a", "rotation", "of", "<code", ">", "angles", ".", "x<", "/", "code", ">", "radians", "about", "the", "X", "axis", "and", "followed", "by", "a", "rotation", "of", "<code", ">", "angles", ".", "z<", "/", "code", ">", "radians", "about", "the", "Z", "axis", ".", "<p", ">", "When", "used", "with", "a", "right", "-", "handed", "coordinate", "system", "the", "produced", "rotation", "will", "rotate", "a", "vector", "counter", "-", "clockwise", "around", "the", "rotation", "axis", "when", "viewing", "along", "the", "negative", "axis", "direction", "towards", "the", "origin", ".", "When", "used", "with", "a", "left", "-", "handed", "coordinate", "system", "the", "rotation", "is", "clockwise", ".", "<p", ">", "If", "<code", ">", "M<", "/", "code", ">", "is", "<code", ">", "this<", "/", "code", ">", "matrix", "and", "<code", ">", "R<", "/", "code", ">", "the", "rotation", "matrix", "then", "the", "new", "matrix", "will", "be", "<code", ">", "M", "*", "R<", "/", "code", ">", ".", "So", "when", "transforming", "a", "vector", "<code", ">", "v<", "/", "code", ">", "with", "the", "new", "matrix", "by", "using", "<code", ">", "M", "*", "R", "*", "v<", "/", "code", ">", "the", "rotation", "will", "be", "applied", "first!", "<p", ">", "This", "method", "is", "equivalent", "to", "calling", ":", "<code", ">", "rotateY", "(", "angles", ".", "y", ")", ".", "rotateX", "(", "angles", ".", "x", ")", ".", "rotateZ", "(", "angles", ".", "z", ")", "<", "/", "code", ">" ]

[ "private", "double", "getEpsFromConfig", "(", "Map", "<", "String", ",", "Object", ">", "layerConfig", ")", "throws", "InvalidKerasConfigurationException", "{", "Map", "<", "String", ",", "Object", ">", "innerConfig", "=", "KerasLayerUtils", ".", "getInnerLayerConfigFromConfig", "(", "layerConfig", ",", "conf", ")", ";", "if", "(", "!", "innerConfig", ".", "containsKey", "(", "LAYER_FIELD_EPSILON", ")", ")", "throw", "new", "InvalidKerasConfigurationException", "(", "\"Keras BatchNorm layer config missing \"", "+", "LAYER_FIELD_EPSILON", "+", "\" field\"", ")", ";", "return", "(", "double", ")", "innerConfig", ".", "get", "(", "LAYER_FIELD_EPSILON", ")", ";", "}" ]

[ "Get", "BatchNormalization", "epsilon", "parameter", "from", "Keras", "layer", "configuration", "." ]

[ "@", "AroundInvoke", "public", "Object", "never", "(", "final", "InvocationContext", "context", ")", "throws", "Exception", "{", "if", "(", "getUOWM", "(", ")", ".", "getUOWType", "(", ")", "==", "UOWSynchronizationRegistry", ".", "UOW_TYPE_GLOBAL_TRANSACTION", ")", "{", "throw", "new", "TransactionalException", "(", "\"TxType.NEVER method called within a global tx\"", ",", "new", "InvalidTransactionException", "(", ")", ")", ";", "}", "return", "runUnderUOWNoEnablement", "(", "UOWSynchronizationRegistry", ".", "UOW_TYPE_LOCAL_TRANSACTION", ",", "true", ",", "context", ",", "\"NEVER\"", ")", ";", "}" ]

[ "<p", ">", "If", "called", "outside", "a", "transaction", "context", "managed", "bean", "method", "execution", "must", "then", "continue", "outside", "a", "transaction", "context", ".", "<", "/", "p", ">", "<p", ">", "If", "called", "inside", "a", "transaction", "context", "a", "TransactionalException", "with", "a", "nested", "InvalidTransactionException", "must", "be", "thrown", ".", "<", "/", "p", ">" ]

[ "private", "final", "void", "invokeDiagnosticMethod", "(", "Method", "m", ",", "Throwable", "ex", ",", "IncidentStream", "ffdcis", ",", "Object", "callerThis", ",", "Object", "[", "]", "catcherObjects", ",", "String", "sourceId", ")", "{", "try", "{", "m", ".", "invoke", "(", "this", ",", "new", "Object", "[", "]", "{", "ex", ",", "ffdcis", ",", "callerThis", ",", "catcherObjects", ",", "sourceId", "}", ")", ";", "ffdcis", ".", "writeLine", "(", "\"+ Data for directive [\"", "+", "m", ".", "getName", "(", ")", ".", "substring", "(", "FFDC_DUMP_PREFIX", ".", "length", "(", ")", ")", "+", "\"] obtained.\"", ",", "\"\"", ")", ";", "}", "catch", "(", "Throwable", "t", ")", "{", "ffdcis", ".", "writeLine", "(", "\"Error while processing directive [\"", "+", "m", ".", "getName", "(", ")", ".", "substring", "(", "FFDC_DUMP_PREFIX", ".", "length", "(", ")", ")", "+", "\"] !!!\"", ",", "t", ")", ";", "}", "}" ]

[ "Invoke", "dump", "method" ]

[ "public", "static", "String", "toXml", "(", "DeploymentDescriptor", "descriptor", ")", "{", "try", "{", "Marshaller", "marshaller", "=", "getContext", "(", ")", ".", "createMarshaller", "(", ")", ";", "marshaller", ".", "setProperty", "(", "Marshaller", ".", "JAXB_FORMATTED_OUTPUT", ",", "Boolean", ".", "TRUE", ")", ";", "marshaller", ".", "setProperty", "(", "Marshaller", ".", "JAXB_SCHEMA_LOCATION", ",", "\"http://www.jboss.org/jbpm deployment-descriptor.xsd\"", ")", ";", "marshaller", ".", "setSchema", "(", "schema", ")", ";", "StringWriter", "stringWriter", "=", "new", "StringWriter", "(", ")", ";", "// clone the object and cleanup transients", "DeploymentDescriptor", "clone", "=", "(", "(", "DeploymentDescriptorImpl", ")", "descriptor", ")", ".", "clearClone", "(", ")", ";", "marshaller", ".", "marshal", "(", "clone", ",", "stringWriter", ")", ";", "String", "output", "=", "stringWriter", ".", "toString", "(", ")", ";", "return", "output", ";", "}", "catch", "(", "Exception", "e", ")", "{", "throw", "new", "RuntimeException", "(", "\"Unable to generate xml from deployment descriptor\"", ",", "e", ")", ";", "}", "}" ]

[ "Serializes", "descriptor", "instance", "to", "XML" ]

[ "public", "String", "unsetItem", "(", "String", "iid", ",", "List", "<", "String", ">", "properties", ",", "DateTime", "eventTime", ")", "throws", "ExecutionException", ",", "InterruptedException", ",", "IOException", "{", "return", "createEvent", "(", "unsetItemAsFuture", "(", "iid", ",", "properties", ",", "eventTime", ")", ")", ";", "}" ]

[ "Unsets", "properties", "of", "a", "item", ".", "The", "list", "must", "not", "be", "empty", "." ]

[ "public", "static", "double", "approximateBinomialCoefficient", "(", "int", "n", ",", "int", "k", ")", "{", "final", "int", "m", "=", "max", "(", "k", ",", "n", "-", "k", ")", ";", "long", "temp", "=", "1", ";", "for", "(", "int", "i", "=", "n", ",", "j", "=", "1", ";", "i", ">", "m", ";", "i", "--", ",", "j", "++", ")", "{", "temp", "=", "temp", "*", "i", "/", "j", ";", "}", "return", "temp", ";", "}" ]

[ "Binomial", "coefficent", "also", "known", "as", "n", "choose", "k", ")", "." ]

[ "public", "static", "int", "compareTimestamps", "(", "UUID", "uuid1", ",", "UUID", "uuid2", ")", "{", "return", "Longs", ".", "compare", "(", "uuid1", ".", "timestamp", "(", ")", ",", "uuid2", ".", "timestamp", "(", ")", ")", ";", "}" ]

[ "Compare", "the", "embedded", "timestamps", "of", "the", "given", "UUIDs", ".", "This", "is", "used", "when", "it", "is", "OK", "to", "return", "an", "equality", "based", "on", "timestamps", "alone" ]

[ "public", "boolean", "isAttrFlagSet", "(", "String", "name", ",", "int", "flags", ")", "{", "return", "(", "null", "!=", "m_attrs", ")", "?", "(", "(", "m_attrs", ".", "getIgnoreCase", "(", "name", ")", "&", "flags", ")", "!=", "0", ")", ":", "false", ";", "}" ]

[ "Tell", "if", "any", "of", "the", "bits", "of", "interest", "are", "set", "for", "a", "named", "attribute", "type", "." ]

[ "public", "Observable", "<", "Page", "<", "CertificateInner", ">", ">", "listByAutomationAccountAsync", "(", "final", "String", "resourceGroupName", ",", "final", "String", "automationAccountName", ")", "{", "return", "listByAutomationAccountWithServiceResponseAsync", "(", "resourceGroupName", ",", "automationAccountName", ")", ".", "map", "(", "new", "Func1", "<", "ServiceResponse", "<", "Page", "<", "CertificateInner", ">", ">", ",", "Page", "<", "CertificateInner", ">", ">", "(", ")", "{", "@", "Override", "public", "Page", "<", "CertificateInner", ">", "call", "(", "ServiceResponse", "<", "Page", "<", "CertificateInner", ">", ">", "response", ")", "{", "return", "response", ".", "body", "(", ")", ";", "}", "}", ")", ";", "}" ]

[ "Retrieve", "a", "list", "of", "certificates", "." ]

[ "public", "static", "GenericsType", "buildWildcardType", "(", "final", "ClassNode", "...", "types", ")", "{", "ClassNode", "base", "=", "ClassHelper", ".", "makeWithoutCaching", "(", "\"?\"", ")", ";", "GenericsType", "gt", "=", "new", "GenericsType", "(", "base", ",", "types", ",", "null", ")", ";", "gt", ".", "setWildcard", "(", "true", ")", ";", "return", "gt", ";", "}" ]

[ "Generates", "a", "wildcard", "generic", "type", "in", "order", "to", "be", "used", "for", "checks", "against", "class", "nodes", ".", "See", "{", "@link", "GenericsType#isCompatibleWith", "(", "org", ".", "codehaus", ".", "groovy", ".", "ast", ".", "ClassNode", ")", "}", "." ]

[ "public", "static", "UserAgentStringParser", "getOnlineUpdatingParser", "(", "final", "URL", "dataUrl", ",", "final", "URL", "versionUrl", ",", "final", "URL", "fallbackDataUrl", ",", "final", "URL", "fallbackVersionUrl", ")", "{", "return", "OnlineUpdatingParserHolder", ".", "getParser", "(", "dataUrl", ",", "versionUrl", ",", "getCustomFallbackXmlDataStore", "(", "fallbackDataUrl", ",", "fallbackVersionUrl", ")", ")", ";", "}" ]

[ "Returns", "an", "implementation", "of", "{", "@link", "UserAgentStringParser", "}", "which", "checks", "at", "regular", "intervals", "for", "new", "versions", "of", "<em", ">", "UAS", "data<", "/", "em", ">", "(", "also", "known", "as", "database", ")", ".", "When", "newer", "data", "available", "it", "automatically", "loads", "and", "updates", "it", "." ]

[ "@", "GwtIncompatible", "(", "\"incompatible method\"", ")", "public", "static", "long", "getFragmentInMilliseconds", "(", "final", "Calendar", "calendar", ",", "final", "int", "fragment", ")", "{", "return", "getFragment", "(", "calendar", ",", "fragment", ",", "TimeUnit", ".", "MILLISECONDS", ")", ";", "}" ]

[ "<p", ">", "Returns", "the", "number", "of", "milliseconds", "within", "the", "fragment", ".", "All", "datefields", "greater", "than", "the", "fragment", "will", "be", "ignored", ".", "<", "/", "p", ">" ]

[ "protected", "void", "setTempDirectory", "(", "String", "strTempDirectory", ",", "boolean", "flush", ")", "throws", "ExpressionException", "{", "setTempDirectory", "(", "resources", ".", "getResource", "(", "strTempDirectory", ")", ",", "flush", ")", ";", "}" ]

[ "sets", "the", "temp", "directory" ]

[ "@", "SuppressWarnings", "(", "\"unchecked\"", ")", "public", "static", "List", "<", "Float", ">", "getAt", "(", "float", "[", "]", "array", ",", "Collection", "indices", ")", "{", "return", "primitiveArrayGet", "(", "array", ",", "indices", ")", ";", "}" ]

[ "Support", "the", "subscript", "operator", "with", "a", "collection", "for", "a", "float", "array" ]

[ "private", "static", "void", "addSynonym", "(", "String", "term", ",", "String", "synonym", ",", "Map", "<", "String", ",", "String", "[", "]", ">", "synonyms", ")", "{", "term", "=", "term", ".", "toLowerCase", "(", ")", ";", "String", "[", "]", "syns", "=", "synonyms", ".", "get", "(", "term", ")", ";", "if", "(", "syns", "==", "null", ")", "{", "syns", "=", "new", "String", "[", "]", "{", "synonym", "}", ";", "}", "else", "{", "String", "[", "]", "tmp", "=", "new", "String", "[", "syns", ".", "length", "+", "1", "]", ";", "System", ".", "arraycopy", "(", "syns", ",", "0", ",", "tmp", ",", "0", ",", "syns", ".", "length", ")", ";", "tmp", "[", "syns", ".", "length", "]", "=", "synonym", ";", "syns", "=", "tmp", ";", "}", "synonyms", ".", "put", "(", "term", ",", "syns", ")", ";", "}" ]

[ "Adds", "a", "synonym", "definition", "to", "the", "map", "." ]

[ "public", "static", "String", "getJSPPageView", "(", "String", "dir", ",", "String", "viewPath", ",", "String", "pageName", ")", "{", "return", "getPageView", "(", "dir", ",", "viewPath", ",", "pageName", ",", "JSP", ")", ";", "}" ]

[ "获取页面" ]

[ "private", "void", "addHeaders", "(", "HttpRequest", "request", ",", "Map", "<", "String", ",", "String", ">", "headers", ")", "{", "for", "(", "Map", ".", "Entry", "<", "String", ",", "String", ">", "key", ":", "headers", ".", "entrySet", "(", ")", ")", "{", "request", ".", "addHeader", "(", "key", ".", "getKey", "(", ")", ",", "key", ".", "getValue", "(", ")", ")", ";", "}", "}" ]

[ "Set", "the", "request", "headers", "." ]

[ "public", "static", "StringBuffer", "leftShift", "(", "String", "self", ",", "Object", "value", ")", "{", "return", "new", "StringBuffer", "(", "self", ")", ".", "append", "(", "value", ")", ";", "}" ]

[ "Overloads", "the", "left", "shift", "operator", "to", "provide", "an", "easy", "way", "to", "append", "multiple", "objects", "as", "string", "representations", "to", "a", "String", "." ]

[ "public", "ArrayList", "<", "String", ">", "serviceName_freedom_GET", "(", "String", "serviceName", ",", "net", ".", "minidev", ".", "ovh", ".", "api", ".", "hosting", ".", "web", ".", "freedom", ".", "OvhStatusEnum", "status", ")", "throws", "IOException", "{", "String", "qPath", "=", "\"/hosting/web/{serviceName}/freedom\"", ";", "StringBuilder", "sb", "=", "path", "(", "qPath", ",", "serviceName", ")", ";", "query", "(", "sb", ",", "\"status\"", ",", "status", ")", ";", "String", "resp", "=", "exec", "(", "qPath", ",", "\"GET\"", ",", "sb", ".", "toString", "(", ")", ",", "null", ")", ";", "return", "convertTo", "(", "resp", ",", "t1", ")", ";", "}" ]

[ "Freedom", "linked", "to", "this", "hosting", "account" ]

[ "public", "static", "String", "compileMustache", "(", "Map", "<", "String", ",", "Object", ">", "context", ",", "String", "template", ")", "{", "if", "(", "context", "==", "null", "||", "StringUtils", ".", "isBlank", "(", "template", ")", ")", "{", "return", "\"\"", ";", "}", "Writer", "writer", "=", "new", "StringWriter", "(", ")", ";", "try", "{", "Mustache", ".", "compiler", "(", ")", ".", "escapeHTML", "(", "false", ")", ".", "emptyStringIsFalse", "(", "true", ")", ".", "compile", "(", "template", ")", ".", "execute", "(", "context", ",", "writer", ")", ";", "}", "finally", "{", "try", "{", "writer", ".", "close", "(", ")", ";", "}", "catch", "(", "IOException", "e", ")", "{", "logger", ".", "error", "(", "null", ",", "e", ")", ";", "}", "}", "return", "writer", ".", "toString", "(", ")", ";", "}" ]

[ "Compiles", "a", "mustache", "template", "with", "a", "given", "scope", "(", "map", "of", "fields", "and", "values", ")", "." ]

[ "@", "Override", "public", "void", "cancelCurrentQuery", "(", ")", "throws", "SQLException", "{", "try", "(", "MasterProtocol", "copiedProtocol", "=", "new", "MasterProtocol", "(", "urlParser", ",", "new", "GlobalStateInfo", "(", ")", ",", "new", "ReentrantLock", "(", ")", ")", ")", "{", "copiedProtocol", ".", "setHostAddress", "(", "getHostAddress", "(", ")", ")", ";", "copiedProtocol", ".", "connect", "(", ")", ";", "//no lock, because there is already a query running that possessed the lock.", "copiedProtocol", ".", "executeQuery", "(", "\"KILL QUERY \"", "+", "serverThreadId", ")", ";", "}", "interrupted", "=", "true", ";", "}" ]

[ "Cancels", "the", "current", "query", "-", "clones", "the", "current", "protocol", "and", "executes", "a", "query", "using", "the", "new", "connection", "." ]

[ "public", "ShareableResource", "setCapacity", "(", "Node", "n", ",", "int", "val", ")", "{", "if", "(", "val", "<", "0", ")", "{", "throw", "new", "IllegalArgumentException", "(", "String", ".", "format", "(", "\"The '%s' capacity of node '%s' must be >= 0\"", ",", "rcId", ",", "n", ")", ")", ";", "}", "nodesCapacity", ".", "put", "(", "n", ",", "val", ")", ";", "return", "this", ";", "}" ]

[ "Set", "the", "resource", "consumption", "of", "a", "node", "." ]

[ "public", "Logger", "getLogger", "(", "String", "name", ")", "{", "PaxLogger", "paxLogger", ";", "if", "(", "m_paxLogging", "==", "null", ")", "{", "paxLogger", "=", "FallbackLogFactory", ".", "createFallbackLog", "(", "null", ",", "name", ")", ";", "}", "else", "{", "paxLogger", "=", "m_paxLogging", ".", "getLogger", "(", "name", ",", "Slf4jLogger", ".", "SLF4J_FQCN", ")", ";", "}", "Slf4jLogger", "logger", "=", "new", "Slf4jLogger", "(", "name", ",", "paxLogger", ")", ";", "if", "(", "m_paxLogging", "==", "null", ")", "{", "// just add the logger which PaxLoggingManager need to be replaced.", "synchronized", "(", "m_loggers", ")", "{", "m_loggers", ".", "put", "(", "name", ",", "logger", ")", ";", "}", "}", "return", "logger", ";", "}" ]

[ "Return", "an", "appropriate", "{", "@link", "org", ".", "slf4j", ".", "Logger", "}", "instance", "as", "specified", "by", "the", "<code", ">", "name<", "/", "code", ">", "parameter", "." ]

[ "public", "static", "File", "copyFile", "(", "InputStream", "is", ",", "boolean", "deleteOnExit", ")", "throws", "IOException", "{", "File", "f", "=", "File", ".", "createTempFile", "(", "\"php\"", ",", "\".php\"", ")", ";", "if", "(", "deleteOnExit", ")", "{", "f", ".", "deleteOnExit", "(", ")", ";", "}", "FileWriter", "fw", "=", "new", "FileWriter", "(", "f", ")", ";", "copyFile", "(", "new", "BufferedReader", "(", "new", "InputStreamReader", "(", "is", ")", ")", ",", "new", "BufferedWriter", "(", "fw", ")", ")", ";", "is", ".", "close", "(", ")", ";", "fw", ".", "close", "(", ")", ";", "return", "f", ";", "}" ]

[ "<p", ">", "copyFile", ".", "<", "/", "p", ">" ]

[ "static", "ClassWriter", "generateClass", "(", "String", "className", ",", "String", "superName", ",", "String", "[", "]", "interfaces", ",", "String", "signature", ",", "int", "classModifiers", ",", "String", "apiName", ")", "{", "ClassWriter", "classWriter", "=", "new", "ClassWriter", "(", "0", ")", ";", "if", "(", "interfaces", "!=", "null", ")", "{", "for", "(", "int", "i", "=", "0", ";", "i", "<", "interfaces", ".", "length", ";", "i", "++", ")", "{", "interfaces", "[", "i", "]", "=", "getFullClassTypeName", "(", "interfaces", "[", "i", "]", ",", "apiName", ")", ";", "}", "}", "classWriter", ".", "visit", "(", "V1_8", ",", "classModifiers", ",", "getFullClassTypeName", "(", "className", ",", "apiName", ")", ",", "signature", ",", "superName", ",", "interfaces", ")", ";", "return", "classWriter", ";", "}" ]

[ "Generates", "an", "empty", "class", "." ]

[ "public", "static", "<", "T", "extends", "Comparable", "<", "?", "super", "T", ">", ">", "void", "siftDown", "(", "T", "[", "]", "arr", ",", "int", "k", ",", "int", "n", ")", "{", "while", "(", "2", "*", "k", "<=", "n", ")", "{", "int", "j", "=", "2", "*", "k", ";", "if", "(", "j", "<", "n", "&&", "arr", "[", "j", "]", ".", "compareTo", "(", "arr", "[", "j", "+", "1", "]", ")", "<", "0", ")", "{", "j", "++", ";", "}", "if", "(", "arr", "[", "k", "]", ".", "compareTo", "(", "arr", "[", "j", "]", ")", ">=", "0", ")", "{", "break", ";", "}", "SortUtils", ".", "swap", "(", "arr", ",", "k", ",", "j", ")", ";", "k", "=", "j", ";", "}", "}" ]

[ "To", "restore", "the", "max", "-", "heap", "condition", "when", "a", "node", "s", "priority", "is", "decreased", ".", "We", "move", "down", "the", "heap", "exchanging", "the", "node", "at", "position", "k", "with", "the", "larger", "of", "that", "node", "s", "two", "children", "if", "necessary", "and", "stopping", "when", "the", "node", "at", "k", "is", "not", "smaller", "than", "either", "child", "or", "the", "bottom", "is", "reached", ".", "Note", "that", "if", "n", "is", "even", "and", "k", "is", "n", "/", "2", "then", "the", "node", "at", "k", "has", "only", "one", "child", "--", "this", "case", "must", "be", "treated", "properly", "." ]

[ "public", "static", "<", "T", ">", "Transformer", "<", "T", ",", "T", ">", "doOnFirst", "(", "final", "Action1", "<", "?", "super", "T", ">", "action", ")", "{", "return", "doOnNext", "(", "1", ",", "action", ")", ";", "}" ]

[ "Returns", "a", "{", "@link", "Transformer", "}", "that", "applied", "to", "a", "source", "{", "@link", "Observable", "}", "calls", "the", "given", "action", "on", "the", "first", "onNext", "emission", "." ]

[ "public", "void", "setValue", "(", "Object", "instance", ",", "Object", "newValue", ",", "ISMgr", "stateManager", ")", "throws", "IllegalAccessException", "{", "if", "(", "typeDescriptor", ".", "isReloadable", "(", ")", ")", "{", "if", "(", "stateManager", "==", "null", ")", "{", "// Look it up using reflection", "stateManager", "=", "findInstanceStateManager", "(", "instance", ")", ";", "}", "String", "declaringTypeName", "=", "typeDescriptor", ".", "getName", "(", ")", ";", "Map", "<", "String", ",", "Object", ">", "typeLevelValues", "=", "stateManager", ".", "getMap", "(", ")", ".", "get", "(", "declaringTypeName", ")", ";", "if", "(", "typeLevelValues", "==", "null", ")", "{", "// first time we've accessed this type for an instance field", "typeLevelValues", "=", "new", "HashMap", "<", "String", ",", "Object", ">", "(", ")", ";", "stateManager", ".", "getMap", "(", ")", ".", "put", "(", "declaringTypeName", ",", "typeLevelValues", ")", ";", "}", "typeLevelValues", ".", "put", "(", "theField", ".", "getName", "(", ")", ",", "newValue", ")", ";", "}", "else", "{", "// the type is not reloadable, must use reflection to access the value", "// TODO generate get/set in the topmost reloader for these kinds of field and use them?", "if", "(", "typeDescriptor", ".", "isInterface", "(", ")", ")", "{", "// field resolution has left us with an interface field, those can't be set like this", "throw", "new", "IncompatibleClassChangeError", "(", "\"Expected non-static field \"", "+", "instance", ".", "getClass", "(", ")", ".", "getName", "(", ")", "+", "\".\"", "+", "theField", ".", "getName", "(", ")", ")", ";", "}", "else", "{", "findAndSetFieldValueInHierarchy", "(", "instance", ",", "newValue", ")", ";", "}", "}", "}" ]

[ "Set", "the", "value", "of", "an", "instance", "field", "on", "the", "specified", "instance", "to", "the", "specified", "value", ".", "If", "a", "state", "manager", "is", "passed", "in", "things", "can", "be", "done", "in", "a", "more", "optimal", "way", "otherwise", "the", "state", "manager", "has", "to", "be", "discovered", "from", "the", "instance", "." ]

[ "public", "static", "List", "<", "BitextRule", ">", "getBitextRules", "(", "Language", "source", ",", "Language", "target", ")", "throws", "IOException", ",", "ParserConfigurationException", ",", "SAXException", "{", "return", "getBitextRules", "(", "source", ",", "target", ",", "null", ")", ";", "}" ]

[ "Gets", "default", "bitext", "rules", "for", "a", "given", "pair", "of", "languages" ]

[ "public", "void", "onLayoutApplied", "(", "final", "WidgetContainer", "container", ",", "final", "Vector3Axis", "viewPortSize", ")", "{", "mContainer", "=", "container", ";", "mViewPort", ".", "setSize", "(", "viewPortSize", ")", ";", "if", "(", "mContainer", "!=", "null", ")", "{", "mContainer", ".", "onLayoutChanged", "(", "this", ")", ";", "}", "}" ]

[ "Called", "when", "the", "layout", "is", "applied", "to", "the", "data" ]

[ "public", "static", "void", "copyBytes", "(", "final", "InputStream", "in", ",", "final", "OutputStream", "out", ")", "throws", "IOException", "{", "copyBytes", "(", "in", ",", "out", ",", "BLOCKSIZE", ",", "true", ")", ";", "}" ]

[ "Copies", "from", "one", "stream", "to", "another", ".", "<strong", ">", "closes", "the", "input", "and", "output", "streams", "at", "the", "end<", "/", "strong", ">", "." ]