lidc-idri-patches / README.md
ykeselman's picture
Upload dataset
2e4751b verified
|
raw
history blame
18.7 kB
metadata
configs:
  - config_name: default
    data_files:
      - split: train
        path: data/train-*
dataset_info:
  features:
    - name: annotation_id
      dtype: int32
    - name: calcification
      dtype:
        class_label:
          names:
            '0': Absent
            '1': Central
            '2': Non-central
            '3': Solid
    - name: image
      dtype: image
    - name: image_8bit
      dtype: image
    - name: internalstructure
      dtype:
        class_label:
          names:
            '0': Air
            '1': Fluid
            '2': Soft Tissue
    - name: lobulation
      dtype:
        class_label:
          names:
            '0': No Lobulation
            '1': Nearly No Lobulation
            '2': Medium Lobulation
            '3': Near Marked Lobulation
            '4': Marked Lobulation
            '5': Unknown
    - name: lobulation_ord
      dtype: int32
    - name: malignancy
      dtype:
        class_label:
          names:
            '0': Highly Unlikely
            '1': Moderately Unlikely
            '2': Indeterminate
            '3': Moderately Suspicious
            '4': Highly Suspicious
            '5': Unknown
    - name: malignancy_ord
      dtype: int32
    - name: margin
      dtype:
        class_label:
          names:
            '0': Poorly Defined
            '1': Near Poorly Defined
            '2': Medium Margin
            '3': Near Sharp
            '4': Sharp
            '5': Unknown
    - name: margin_ord
      dtype: int32
    - name: patch_id
      dtype: int32
    - name: patient_id
      dtype:
        class_label:
          names:
            '0': LIDC-IDRI-0001
            '1': LIDC-IDRI-0002
            '2': LIDC-IDRI-0003
            '3': LIDC-IDRI-0004
            '4': LIDC-IDRI-0005
            '5': LIDC-IDRI-0006
            '6': LIDC-IDRI-0007
            '7': LIDC-IDRI-0008
            '8': LIDC-IDRI-0009
            '9': LIDC-IDRI-0010
            '10': LIDC-IDRI-0011
            '11': LIDC-IDRI-0012
            '12': LIDC-IDRI-0013
            '13': LIDC-IDRI-0014
            '14': LIDC-IDRI-0015
            '15': LIDC-IDRI-0016
            '16': LIDC-IDRI-0017
            '17': LIDC-IDRI-0018
            '18': LIDC-IDRI-0019
            '19': LIDC-IDRI-0020
            '20': LIDC-IDRI-0021
            '21': LIDC-IDRI-0022
            '22': LIDC-IDRI-0023
            '23': LIDC-IDRI-0024
            '24': LIDC-IDRI-0025
            '25': LIDC-IDRI-0026
            '26': LIDC-IDRI-0027
            '27': LIDC-IDRI-0029
            '28': LIDC-IDRI-0030
            '29': LIDC-IDRI-0031
            '30': LIDC-IDRI-0033
            '31': LIDC-IDRI-0034
            '32': LIDC-IDRI-0035
            '33': LIDC-IDRI-0036
            '34': LIDC-IDRI-0037
            '35': LIDC-IDRI-0038
            '36': LIDC-IDRI-0039
            '37': LIDC-IDRI-0069
            '38': LIDC-IDRI-0078
            '39': LIDC-IDRI-0079
            '40': LIDC-IDRI-0101
            '41': LIDC-IDRI-0110
            '42': LIDC-IDRI-0115
            '43': LIDC-IDRI-0132
            '44': LIDC-IDRI-0136
            '45': LIDC-IDRI-0150
            '46': LIDC-IDRI-0151
            '47': LIDC-IDRI-0154
    - name: pixel_spacing_mm
      dtype: float32
    - name: scan_id
      dtype: int32
    - name: sphericity
      dtype:
        class_label:
          names:
            '0': Round
            '1': Ovoid/Round
            '2': Ovoid
            '3': Ovoid/Linear
            '4': Linear
            '5': Unknown
    - name: sphericity_ord
      dtype: int32
    - name: spiculation
      dtype:
        class_label:
          names:
            '0': No Spiculation
            '1': Nearly No Spiculation
            '2': Medium Spiculation
            '3': Near Marked Spiculation
            '4': Marked Spiculation
            '5': Unknown
    - name: spiculation_ord
      dtype: int32
    - name: subtlety
      dtype:
        class_label:
          names:
            '0': Obvious
            '1': Moderately Obvious
            '2': Moderately Subtle
            '3': Fairly Subtle
            '4': Extremely Subtle
            '5': Unknown
    - name: subtlety_ord
      dtype: int32
    - name: texture
      dtype:
        class_label:
          names:
            '0': Solid
            '1': Solid/Mixed
            '2': Part Solid/Mixed
            '3': Non-Solid/Mixed
            '4': Non-Solid/GGO
            '5': Unknown
    - name: texture_ord
      dtype: int32
    - name: xmax
      dtype: int32
    - name: xmin
      dtype: int32
    - name: ymax
      dtype: int32
    - name: ymin
      dtype: int32
    - name: z
      dtype: int32
  splits:
    - name: train
      num_bytes: 17411845.847
      num_examples: 1717
  download_size: 14967696
  dataset_size: 17411845.847

A dataset of patches (most 64x64 pixels from the LIDC-IDRI CT scans). These are 16-bit images with a 1024 shift from the original HU values.

The dataset is incomplete as of 2024-12-02. If you find it useful, I will add more patches.

---
license: apache-2.0
task_categories:
- image-classification
language:
- en
pretty_name: LIDC IDRI patches for classification
configs:
- config_name: default
  data_files:
  - split: train
    path: data/train-*
dataset_info:
  features:
  - name: annotation_id
    dtype: int32
  - name: calcification
    dtype:
      class_label:
        names:
          '0': Absent
          '1': Non-central
          '2': Central
          '3': Solid
          '4': Laminated
          '5': Popcorn
  - name: image
    dtype: image
  - name: internalstructure
    dtype:
      class_label:
        names:
          '0': Soft Tissue
          '1': Air
          '2': Fluid
  - name: lobulation
    dtype:
      class_label:
        names:
          '0': No Lobulation
          '1': Nearly No Lobulation
          '2': Near Marked Lobulation
          '3': Medium Lobulation
          '4': Marked Lobulation
  - name: malignancy
    dtype:
      class_label:
        names:
          '0': Indeterminate
          '1': Moderately Suspicious
          '2': Highly Suspicious
          '3': Highly Unlikely
          '4': Moderately Unlikely
  - name: margin
    dtype:
      class_label:
        names:
          '0': Near Sharp
          '1': Sharp
          '2': Near Poorly Defined
          '3': Medium Margin
          '4': Poorly Defined
  - name: patch_id
    dtype: int32
  - name: patient_id
    dtype:
      class_label:
        names:
          '0': LIDC-IDRI-0078
          '1': LIDC-IDRI-0069
          '2': LIDC-IDRI-0079
          '3': LIDC-IDRI-0101
          '4': LIDC-IDRI-0110
          '5': LIDC-IDRI-0115
          '6': LIDC-IDRI-0132
          '7': LIDC-IDRI-0136
          '8': LIDC-IDRI-0150
          '9': LIDC-IDRI-0151
          '10': LIDC-IDRI-0154
          '11': LIDC-IDRI-0001
          '12': LIDC-IDRI-0002
          '13': LIDC-IDRI-0003
          '14': LIDC-IDRI-0004
          '15': LIDC-IDRI-0005
          '16': LIDC-IDRI-0006
          '17': LIDC-IDRI-0007
          '18': LIDC-IDRI-0008
          '19': LIDC-IDRI-0009
          '20': LIDC-IDRI-0010
          '21': LIDC-IDRI-0011
          '22': LIDC-IDRI-0012
          '23': LIDC-IDRI-0013
          '24': LIDC-IDRI-0014
          '25': LIDC-IDRI-0015
          '26': LIDC-IDRI-0016
          '27': LIDC-IDRI-0017
          '28': LIDC-IDRI-0018
          '29': LIDC-IDRI-0019
          '30': LIDC-IDRI-0020
          '31': LIDC-IDRI-0021
          '32': LIDC-IDRI-0022
          '33': LIDC-IDRI-0023
          '34': LIDC-IDRI-0024
          '35': LIDC-IDRI-0025
          '36': LIDC-IDRI-0026
          '37': LIDC-IDRI-0027
          '38': LIDC-IDRI-0029
          '39': LIDC-IDRI-0030
          '40': LIDC-IDRI-0031
          '41': LIDC-IDRI-0033
          '42': LIDC-IDRI-0034
          '43': LIDC-IDRI-0035
          '44': LIDC-IDRI-0036
          '45': LIDC-IDRI-0037
          '46': LIDC-IDRI-0038
          '47': LIDC-IDRI-0039
          '48': LIDC-IDRI-0040
          '49': LIDC-IDRI-0041
          '50': LIDC-IDRI-0042
          '51': LIDC-IDRI-0043
          '52': LIDC-IDRI-0044
          '53': LIDC-IDRI-0045
          '54': LIDC-IDRI-0046
          '55': LIDC-IDRI-0047
          '56': LIDC-IDRI-0048
          '57': LIDC-IDRI-0049
          '58': LIDC-IDRI-0050
          '59': LIDC-IDRI-0051
          '60': LIDC-IDRI-0052
          '61': LIDC-IDRI-0053
          '62': LIDC-IDRI-0054
          '63': LIDC-IDRI-0055
          '64': LIDC-IDRI-0056
          '65': LIDC-IDRI-0057
          '66': LIDC-IDRI-0058
          '67': LIDC-IDRI-0059
          '68': LIDC-IDRI-0060
          '69': LIDC-IDRI-0061
          '70': LIDC-IDRI-0063
          '71': LIDC-IDRI-0064
          '72': LIDC-IDRI-0065
          '73': LIDC-IDRI-0066
          '74': LIDC-IDRI-0067
          '75': LIDC-IDRI-0068
          '76': LIDC-IDRI-0070
          '77': LIDC-IDRI-0072
          '78': LIDC-IDRI-0073
          '79': LIDC-IDRI-0074
          '80': LIDC-IDRI-0075
          '81': LIDC-IDRI-0076
          '82': LIDC-IDRI-0077
          '83': LIDC-IDRI-0080
          '84': LIDC-IDRI-0081
          '85': LIDC-IDRI-0082
          '86': LIDC-IDRI-0083
          '87': LIDC-IDRI-0084
          '88': LIDC-IDRI-0085
          '89': LIDC-IDRI-0086
          '90': LIDC-IDRI-0087
          '91': LIDC-IDRI-0088
          '92': LIDC-IDRI-0089
          '93': LIDC-IDRI-0090
          '94': LIDC-IDRI-0091
          '95': LIDC-IDRI-0092
          '96': LIDC-IDRI-0093
          '97': LIDC-IDRI-0094
          '98': LIDC-IDRI-0095
          '99': LIDC-IDRI-0096
          '100': LIDC-IDRI-0097
          '101': LIDC-IDRI-0098
          '102': LIDC-IDRI-0099
          '103': LIDC-IDRI-0102
          '104': LIDC-IDRI-0103
          '105': LIDC-IDRI-0104
          '106': LIDC-IDRI-0105
          '107': LIDC-IDRI-0106
          '108': LIDC-IDRI-0107
          '109': LIDC-IDRI-0108
          '110': LIDC-IDRI-0109
          '111': LIDC-IDRI-0111
          '112': LIDC-IDRI-0112
          '113': LIDC-IDRI-0113
          '114': LIDC-IDRI-0114
          '115': LIDC-IDRI-0116
          '116': LIDC-IDRI-0117
          '117': LIDC-IDRI-0118
          '118': LIDC-IDRI-0119
          '119': LIDC-IDRI-0120
          '120': LIDC-IDRI-0121
          '121': LIDC-IDRI-0122
          '122': LIDC-IDRI-0123
          '123': LIDC-IDRI-0124
          '124': LIDC-IDRI-0125
          '125': LIDC-IDRI-0126
          '126': LIDC-IDRI-0128
          '127': LIDC-IDRI-0129
          '128': LIDC-IDRI-0130
          '129': LIDC-IDRI-0131
          '130': LIDC-IDRI-0133
          '131': LIDC-IDRI-0134
          '132': LIDC-IDRI-0135
          '133': LIDC-IDRI-0137
          '134': LIDC-IDRI-0138
          '135': LIDC-IDRI-0139
          '136': LIDC-IDRI-0140
          '137': LIDC-IDRI-0141
          '138': LIDC-IDRI-0142
          '139': LIDC-IDRI-0144
          '140': LIDC-IDRI-0145
          '141': LIDC-IDRI-0146
          '142': LIDC-IDRI-0147
          '143': LIDC-IDRI-0148
          '144': LIDC-IDRI-0149
          '145': LIDC-IDRI-0152
          '146': LIDC-IDRI-0153
          '147': LIDC-IDRI-0155
          '148': LIDC-IDRI-0156
          '149': LIDC-IDRI-0157
          '150': LIDC-IDRI-0158
          '151': LIDC-IDRI-0159
          '152': LIDC-IDRI-0160
          '153': LIDC-IDRI-0161
          '154': LIDC-IDRI-0162
          '155': LIDC-IDRI-0163
          '156': LIDC-IDRI-0164
          '157': LIDC-IDRI-0165
          '158': LIDC-IDRI-0166
          '159': LIDC-IDRI-0167
          '160': LIDC-IDRI-0168
          '161': LIDC-IDRI-0169
          '162': LIDC-IDRI-0170
          '163': LIDC-IDRI-0171
          '164': LIDC-IDRI-0172
          '165': LIDC-IDRI-0173
          '166': LIDC-IDRI-0175
          '167': LIDC-IDRI-0176
          '168': LIDC-IDRI-0177
          '169': LIDC-IDRI-0178
          '170': LIDC-IDRI-0179
          '171': LIDC-IDRI-0180
          '172': LIDC-IDRI-0181
          '173': LIDC-IDRI-0182
          '174': LIDC-IDRI-0183
          '175': LIDC-IDRI-0184
          '176': LIDC-IDRI-0185
          '177': LIDC-IDRI-0186
          '178': LIDC-IDRI-0187
          '179': LIDC-IDRI-0188
          '180': LIDC-IDRI-0190
          '181': LIDC-IDRI-0191
          '182': LIDC-IDRI-0192
          '183': LIDC-IDRI-0193
          '184': LIDC-IDRI-0194
          '185': LIDC-IDRI-0195
          '186': LIDC-IDRI-0196
          '187': LIDC-IDRI-0198
          '188': LIDC-IDRI-0199
          '189': LIDC-IDRI-0200
          '190': LIDC-IDRI-0201
          '191': LIDC-IDRI-0202
          '192': LIDC-IDRI-0203
          '193': LIDC-IDRI-0204
          '194': LIDC-IDRI-0206
          '195': LIDC-IDRI-0207
          '196': LIDC-IDRI-0208
          '197': LIDC-IDRI-0209
          '198': LIDC-IDRI-0210
          '199': LIDC-IDRI-0211
          '200': LIDC-IDRI-0212
          '201': LIDC-IDRI-0213
          '202': LIDC-IDRI-0215
          '203': LIDC-IDRI-0216
          '204': LIDC-IDRI-0217
          '205': LIDC-IDRI-0219
          '206': LIDC-IDRI-0220
          '207': LIDC-IDRI-0221
          '208': LIDC-IDRI-0222
          '209': LIDC-IDRI-0223
          '210': LIDC-IDRI-0227
          '211': LIDC-IDRI-0228
          '212': LIDC-IDRI-0229
          '213': LIDC-IDRI-0230
          '214': LIDC-IDRI-0231
          '215': LIDC-IDRI-0232
          '216': LIDC-IDRI-0233
          '217': LIDC-IDRI-0234
          '218': LIDC-IDRI-0235
          '219': LIDC-IDRI-0236
          '220': LIDC-IDRI-0237
          '221': LIDC-IDRI-0240
          '222': LIDC-IDRI-0241
          '223': LIDC-IDRI-0242
          '224': LIDC-IDRI-0243
          '225': LIDC-IDRI-0244
          '226': LIDC-IDRI-0245
          '227': LIDC-IDRI-0246
          '228': LIDC-IDRI-0247
          '229': LIDC-IDRI-0248
          '230': LIDC-IDRI-0249
          '231': LIDC-IDRI-0250
          '232': LIDC-IDRI-0251
          '233': LIDC-IDRI-0252
          '234': LIDC-IDRI-0254
          '235': LIDC-IDRI-0255
          '236': LIDC-IDRI-0256
          '237': LIDC-IDRI-0257
          '238': LIDC-IDRI-0258
          '239': LIDC-IDRI-0259
          '240': LIDC-IDRI-0260
          '241': LIDC-IDRI-0262
          '242': LIDC-IDRI-0263
          '243': LIDC-IDRI-0264
          '244': LIDC-IDRI-0265
          '245': LIDC-IDRI-0266
          '246': LIDC-IDRI-0267
          '247': LIDC-IDRI-0268
          '248': LIDC-IDRI-0269
          '249': LIDC-IDRI-0270
          '250': LIDC-IDRI-0271
          '251': LIDC-IDRI-0272
          '252': LIDC-IDRI-0273
          '253': LIDC-IDRI-0274
          '254': LIDC-IDRI-0275
          '255': LIDC-IDRI-0276
          '256': LIDC-IDRI-0277
          '257': LIDC-IDRI-0278
          '258': LIDC-IDRI-0280
          '259': LIDC-IDRI-0281
          '260': LIDC-IDRI-0282
          '261': LIDC-IDRI-0283
          '262': LIDC-IDRI-0284
          '263': LIDC-IDRI-0285
          '264': LIDC-IDRI-0286
          '265': LIDC-IDRI-0287
          '266': LIDC-IDRI-0288
          '267': LIDC-IDRI-0289
          '268': LIDC-IDRI-0290
          '269': LIDC-IDRI-0291
          '270': LIDC-IDRI-0292
          '271': LIDC-IDRI-0294
          '272': LIDC-IDRI-0296
          '273': LIDC-IDRI-0297
          '274': LIDC-IDRI-0298
          '275': LIDC-IDRI-0299
          '276': LIDC-IDRI-0300
          '277': LIDC-IDRI-0301
          '278': LIDC-IDRI-0302
          '279': LIDC-IDRI-0303
          '280': LIDC-IDRI-0304
          '281': LIDC-IDRI-0305
          '282': LIDC-IDRI-0308
          '283': LIDC-IDRI-0309
          '284': LIDC-IDRI-0310
          '285': LIDC-IDRI-0311
          '286': LIDC-IDRI-0312
          '287': LIDC-IDRI-0313
          '288': LIDC-IDRI-0314
          '289': LIDC-IDRI-0315
          '290': LIDC-IDRI-0317
          '291': LIDC-IDRI-0318
          '292': LIDC-IDRI-0319
          '293': LIDC-IDRI-0320
          '294': LIDC-IDRI-0321
          '295': LIDC-IDRI-0323
          '296': LIDC-IDRI-0324
          '297': LIDC-IDRI-0325
          '298': LIDC-IDRI-0326
          '299': LIDC-IDRI-0329
          '300': LIDC-IDRI-0328
          '301': LIDC-IDRI-0332
          '302': LIDC-IDRI-0334
          '303': LIDC-IDRI-0335
          '304': LIDC-IDRI-0337
          '305': LIDC-IDRI-0338
          '306': LIDC-IDRI-0339
          '307': LIDC-IDRI-0340
          '308': LIDC-IDRI-0341
          '309': LIDC-IDRI-0343
          '310': LIDC-IDRI-0344
          '311': LIDC-IDRI-0345
          '312': LIDC-IDRI-0346
          '313': LIDC-IDRI-0347
          '314': LIDC-IDRI-0348
          '315': LIDC-IDRI-0350
          '316': LIDC-IDRI-0351
          '317': LIDC-IDRI-0352
          '318': LIDC-IDRI-0353
          '319': LIDC-IDRI-0354
          '320': LIDC-IDRI-0355
          '321': LIDC-IDRI-0356
          '322': LIDC-IDRI-0357
          '323': LIDC-IDRI-0358
          '324': LIDC-IDRI-0359
          '325': LIDC-IDRI-0360
          '326': LIDC-IDRI-0362
          '327': LIDC-IDRI-0363
          '328': LIDC-IDRI-0365
          '329': LIDC-IDRI-0366
          '330': LIDC-IDRI-0367
          '331': LIDC-IDRI-0368
          '332': LIDC-IDRI-0369
          '333': LIDC-IDRI-0370
          '334': LIDC-IDRI-0371
          '335': LIDC-IDRI-0372
          '336': LIDC-IDRI-0373
          '337': LIDC-IDRI-0374
          '338': LIDC-IDRI-0375
          '339': LIDC-IDRI-0376
          '340': LIDC-IDRI-0377
          '341': LIDC-IDRI-0378
          '342': LIDC-IDRI-0379
          '343': LIDC-IDRI-0380
          '344': LIDC-IDRI-0381
          '345': LIDC-IDRI-0384
          '346': LIDC-IDRI-0385
          '347': LIDC-IDRI-0386
          '348': LIDC-IDRI-0387
          '349': LIDC-IDRI-0388
          '350': LIDC-IDRI-0390
          '351': LIDC-IDRI-0392
          '352': LIDC-IDRI-0393
          '353': LIDC-IDRI-0394
          '354': LIDC-IDRI-0395
          '355': LIDC-IDRI-0396
          '356': LIDC-IDRI-0397
          '357': LIDC-IDRI-0127
  - name: pixel_spacing_mm
    dtype: float32
  - name: scan_id
    dtype: int32
  - name: sphericity
    dtype:
      class_label:
        names:
          '0': Ovoid
          '1': Ovoid/Round
          '2': Round
          '3': Ovoid/Linear
          '4': Linear
  - name: spiculation
    dtype:
      class_label:
        names:
          '0': No Spiculation
          '1': Nearly No Spiculation
          '2': Medium Spiculation
          '3': Near Marked Spiculation
          '4': Marked Spiculation
  - name: subtlety
    dtype:
      class_label:
        names:
          '0': Obvious
          '1': Moderately Obvious
          '2': Moderately Subtle
          '3': Fairly Subtle
          '4': Extremely Subtle
  - name: texture
    dtype:
      class_label:
        names:
          '0': Solid
          '1': Solid/Mixed
          '2': Part Solid/Mixed
          '3': Non-Solid/Mixed
          '4': Non-Solid/GGO
  - name: xmax
    dtype: int32
  - name: xmin
    dtype: int32
  - name: ymax
    dtype: int32
  - name: ymin
    dtype: int32
  - name: z
    dtype: int32
  splits:
  - name: train
    num_bytes: 77036241.166
    num_examples: 14933
  download_size: 69681888
  dataset_size: 77036241.166
---