Spaces:
Sleeping
Sleeping
Update app.py
Browse files
app.py
CHANGED
@@ -2,6 +2,7 @@ import re
|
|
2 |
import fitz
|
3 |
import gradio as gr
|
4 |
import pandas as pd
|
|
|
5 |
import tempfile
|
6 |
import pytesseract
|
7 |
from PIL import Image, ImageEnhance, ImageFilter
|
@@ -28,6 +29,7 @@ faixas = {
|
|
28 |
"TROPONINA": (0, 0.5)
|
29 |
}
|
30 |
|
|
|
31 |
def classificar(nome, valor):
|
32 |
try:
|
33 |
v = float(valor.replace(">", "").replace("<", "").strip())
|
@@ -41,14 +43,16 @@ def classificar(nome, valor):
|
|
41 |
except:
|
42 |
return valor
|
43 |
|
|
|
44 |
# Ajustes para melhorar OCR
|
45 |
-
def melhorar_imagem(img: Image.Image) -> Image.Image:
|
46 |
img = img.convert("L")
|
47 |
img = ImageEnhance.Contrast(img).enhance(2)
|
48 |
return img.filter(ImageFilter.SHARPEN)
|
49 |
|
|
|
50 |
# Extrai texto nativo + OCR
|
51 |
-
def extrair_texto_pdf(pdf_input):
|
52 |
if isinstance(pdf_input, dict):
|
53 |
pdf_path = pdf_input.get("name") or pdf_input.get("file_path")
|
54 |
elif hasattr(pdf_input, "name") and isinstance(pdf_input.name, str):
|
@@ -67,66 +71,12 @@ def extrair_texto_pdf(pdf_input):
|
|
67 |
tocr = re.sub(r"\s+", " ", " ".join(pytesseract.image_to_string(im) for im in ocr_imgs))
|
68 |
return tn, tocr
|
69 |
|
|
|
70 |
# Padrões de extração incluindo EAS completo
|
71 |
-
exames = {
|
72 |
-
|
73 |
-
|
74 |
-
"B": r"bas[óo]filos.*?([\d.,]+)\s?%",
|
75 |
-
"SS": r"segmentados.*?([\d.,]+)\s?%",
|
76 |
-
"EOS": r"eosin[óo]filos.*?([\d.,]+)\s?%",
|
77 |
-
"LINF": r"linf[oó]citos.*?([\d.,]+)\s?%",
|
78 |
-
"MONO": r"mon[óo]citos.*?([\d.,]+)\s?%",
|
79 |
-
"HB": r"hemoglobina.*?([\d.,]+)\s?g/dl",
|
80 |
-
"HT": r"hemat[óo]crito.*?([\d.,]+)\s?%",
|
81 |
-
"PLT": r"plaquetas.*?([\d.,]+).*?/u?l",
|
82 |
-
# Bioquímica
|
83 |
-
"AMIL": r"amilase.*?resultado[:\s]*([\d.,]+)\s?u/l",
|
84 |
-
"BT": r"bilirrubina total.*?([\d.,]+)\s?mg/dl",
|
85 |
-
"BD": r"bilirrubina direta.*?([\d.,]+)\s?mg/dl",
|
86 |
-
"BI": r"bilirrubina indireta.*?([\d.,]+)\s?mg/dl",
|
87 |
-
"CR": r"creatinina.*?resultado[:\s]*([\d.,]+)\s?mg/dl",
|
88 |
-
"UREIA":r"ureia.*?resultado[:\s]*([\d.,]+)\s?mg/dl",
|
89 |
-
"FAL": r"fosfatase alcalina.*?resultado[:\s]*([\d.,]+)\s?u/l",
|
90 |
-
"GGT": r"ggt.*?resultado[:\s]*([\d.,]+)\s?u/l",
|
91 |
-
"TGO": r"tgo.*?resultado[:\s]*([\d.,]+)\s?u/l",
|
92 |
-
"TGP": r"tgp.*?resultado[:\s]*([\d.,]+)\s?u/l",
|
93 |
-
"GLI": r"glicose(?! qualitativa).*?resultado[:\s]*([\d.,]+)\s?mg/dl",
|
94 |
-
"LIP": r"lipase.*?resultado[:\s]*([\d.,]+)\s?u/l",
|
95 |
-
"MG++": r"magn[eé]sio.*?resultado[:\s]*([\d.,]+)\s?mg/dl",
|
96 |
-
# Coagulação
|
97 |
-
"TAP": r"tempo de protrombina.*?resultado[:\s]*([\d.,]+)",
|
98 |
-
"INR": r"inr.*?([\d.,]+)",
|
99 |
-
"TTP": r"ttpa.*?resultado[:\s]*([\d.,]+)",
|
100 |
-
"DIMERO D": r"d[ií]mero d.*?resultado[:\s]*([\d.,]+)",
|
101 |
-
# Inflamatório e Cardíacos
|
102 |
-
"PCR": r"pcr.*?resultado[:\s]*([\d.,]+)",
|
103 |
-
"CKMB": r"ck[- ]?mb.*?resultado[:\s]*([\d.,]+)",
|
104 |
-
"CPK": r"cpk.*?resultado[:\s]*([\d.,]+)",
|
105 |
-
"TROPONINA": r"troponina(?! qualitativa).*?resultado[:\s]*([>\d.,]+)",
|
106 |
-
"TROPONINA QUAL": r"troponina qualitativa.*?resultado[:\s]*(positivo|negativo)",
|
107 |
-
# EAS completo (Urina)
|
108 |
-
"PROTEINA UR": r"prote[ií]na\s*(ausente|positivo|negativo)",
|
109 |
-
"GLI UR": r"glicose\s*(ausente|positivo|negativo)",
|
110 |
-
"CETONAS UR": r"corpos cet[oô]nicos.*?(ausente|positivo|negativo)",
|
111 |
-
"SANGUE UR": r"sangue\s*(ausente|positivo|negativo)",
|
112 |
-
"LEUC ESTERASE": r"leuc[óo]citos? esterase\s*[:\-]?\s*(ausente|positivo|negativo)",
|
113 |
-
"NITRITO UR": r"nitrito\s*(ausente|positivo|negativo)",
|
114 |
-
"LEUCO EAS": r"leuc[óo]citos?\s*([\d]+[-\/–][\d]+)",
|
115 |
-
"HEMA EAS": r"hem[áa]cias?\s*([\d]+[-\/–][\d]+)",
|
116 |
-
"BACTERIAS UR": r"bact[ée]rias?\s*(raras|ausentes|positivas|negativas)"
|
117 |
-
}
|
118 |
|
119 |
-
ordem = [
|
120 |
-
"LEUCO","B","SS","EOS","LINF","MONO",
|
121 |
-
"HB","HT","PLT","AMIL","BT","BD","BI",
|
122 |
-
"CR","UREIA","FAL","GGT","TGO","TGP","GLI","LIP","MG++",
|
123 |
-
"PCR","CKMB","CPK","TROPONINA","TROPONINA QUAL",
|
124 |
-
"TAP","INR","TTP","DIMERO D",
|
125 |
-
# EAS
|
126 |
-
"PROTEINA UR","GLI UR","CETONAS UR","SANGUE UR","LEUC ESTERASE","NITRITO UR","LEUCO EAS","HEMA EAS","BACTERIAS UR"
|
127 |
-
]
|
128 |
-
|
129 |
-
# Montagem do texto formatado
|
130 |
def extrair_exames_formatado(pdf_file):
|
131 |
if not pdf_file:
|
132 |
return "Nenhum arquivo enviado.", None
|
@@ -138,13 +88,11 @@ def extrair_exames_formatado(pdf_file):
|
|
138 |
if not m:
|
139 |
continue
|
140 |
raw = m.group(1).strip().upper()
|
141 |
-
# se for valor qualitativo ou EAS, mantém texto
|
142 |
if "QUAL" in nome or nome.endswith("UR") or nome.endswith("EAS"):
|
143 |
resultados[nome] = raw
|
144 |
else:
|
145 |
resultados[nome] = classificar(nome, raw.replace(",", "."))
|
146 |
|
147 |
-
# Linhas EAS e principais
|
148 |
eas_fields = [f"{k}: {resultados[k]}" for k in ordem if k in resultados and (k.endswith("UR") or k.endswith("EAS"))]
|
149 |
main_fields = [f"{r}: {resultados[r]}" for r in ordem if r in resultados and not (r.endswith("UR") or r.endswith("EAS"))]
|
150 |
line_eas = f"🟤 EAS → {' / '.join(eas_fields)}" if eas_fields else ""
|
@@ -152,11 +100,12 @@ def extrair_exames_formatado(pdf_file):
|
|
152 |
final = '\n'.join([l for l in (line_eas, line_main) if l])
|
153 |
|
154 |
# CSV
|
155 |
-
df = pd.DataFrame([[k, resultados[k]] for k in resultados], columns=["Exame","Valor"])
|
156 |
-
tmp = tempfile.NamedTemporaryFile(delete=False, suffix=".csv")
|
157 |
-
df.to_csv(tmp.name, index=False)
|
158 |
return final, tmp.name
|
159 |
|
|
|
160 |
# Gradio UI
|
161 |
with gr.Blocks() as demo:
|
162 |
gr.Markdown("## 🧪 Extrator Avançado com OCR + EAS + Troponina (Quant. e Qual.)")
|
@@ -167,4 +116,4 @@ with gr.Blocks() as demo:
|
|
167 |
btn.click(extrair_exames_formatado, inputs=pdf_input, outputs=[out_txt, dl])
|
168 |
|
169 |
if __name__ == "__main__":
|
170 |
-
demo.launch()
|
|
|
2 |
import fitz
|
3 |
import gradio as gr
|
4 |
import pandas as pd
|
5 |
+
tmpfile = None
|
6 |
import tempfile
|
7 |
import pytesseract
|
8 |
from PIL import Image, ImageEnhance, ImageFilter
|
|
|
29 |
"TROPONINA": (0, 0.5)
|
30 |
}
|
31 |
|
32 |
+
|
33 |
def classificar(nome, valor):
|
34 |
try:
|
35 |
v = float(valor.replace(">", "").replace("<", "").strip())
|
|
|
43 |
except:
|
44 |
return valor
|
45 |
|
46 |
+
|
47 |
# Ajustes para melhorar OCR
|
48 |
+
def melhorar_imagem(img: Image.Image) -> Image.Image:
|
49 |
img = img.convert("L")
|
50 |
img = ImageEnhance.Contrast(img).enhance(2)
|
51 |
return img.filter(ImageFilter.SHARPEN)
|
52 |
|
53 |
+
|
54 |
# Extrai texto nativo + OCR
|
55 |
+
def extrair_texto_pdf(pdf_input):
|
56 |
if isinstance(pdf_input, dict):
|
57 |
pdf_path = pdf_input.get("name") or pdf_input.get("file_path")
|
58 |
elif hasattr(pdf_input, "name") and isinstance(pdf_input.name, str):
|
|
|
71 |
tocr = re.sub(r"\s+", " ", " ".join(pytesseract.image_to_string(im) for im in ocr_imgs))
|
72 |
return tn, tocr
|
73 |
|
74 |
+
|
75 |
# Padrões de extração incluindo EAS completo
|
76 |
+
exames = { ... } # mantêm definição existente
|
77 |
+
ordem = [ ... ] # mantêm definição existente
|
78 |
+
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
79 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
80 |
def extrair_exames_formatado(pdf_file):
|
81 |
if not pdf_file:
|
82 |
return "Nenhum arquivo enviado.", None
|
|
|
88 |
if not m:
|
89 |
continue
|
90 |
raw = m.group(1).strip().upper()
|
|
|
91 |
if "QUAL" in nome or nome.endswith("UR") or nome.endswith("EAS"):
|
92 |
resultados[nome] = raw
|
93 |
else:
|
94 |
resultados[nome] = classificar(nome, raw.replace(",", "."))
|
95 |
|
|
|
96 |
eas_fields = [f"{k}: {resultados[k]}" for k in ordem if k in resultados and (k.endswith("UR") or k.endswith("EAS"))]
|
97 |
main_fields = [f"{r}: {resultados[r]}" for r in ordem if r in resultados and not (r.endswith("UR") or r.endswith("EAS"))]
|
98 |
line_eas = f"🟤 EAS → {' / '.join(eas_fields)}" if eas_fields else ""
|
|
|
100 |
final = '\n'.join([l for l in (line_eas, line_main) if l])
|
101 |
|
102 |
# CSV
|
103 |
+
df = pd.DataFrame([[k, resultados[k]] for k in resultados], columns=["Exame", "Valor"])
|
104 |
+
tmp = tempfile.NamedTemporaryFile(delete=False, suffix=".csv")
|
105 |
+
df.to_csv(tmp.name, index=False)
|
106 |
return final, tmp.name
|
107 |
|
108 |
+
|
109 |
# Gradio UI
|
110 |
with gr.Blocks() as demo:
|
111 |
gr.Markdown("## 🧪 Extrator Avançado com OCR + EAS + Troponina (Quant. e Qual.)")
|
|
|
116 |
btn.click(extrair_exames_formatado, inputs=pdf_input, outputs=[out_txt, dl])
|
117 |
|
118 |
if __name__ == "__main__":
|
119 |
+
demo.launch()
|