aggrescan3d/aggrescan/data/freesasa-2.0.1/src/coord.c

#if HAVE_CONFIG_H
# include <config.h>
#endif
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#include <assert.h>
#include <math.h>
#include "freesasa_internal.h"
#include "coord.h"

coord_t *
freesasa_coord_new()
{
    coord_t *c = malloc(sizeof(coord_t));
    if (c != NULL) {
        c->xyz = NULL;
        c->n = 0;
        c->is_linked = 0;
    } else {
        mem_fail();
    }
    return c;
}

void
freesasa_coord_free(coord_t *c)
{
    if (c) {
        if (c->xyz && !c->is_linked) free(c->xyz);
        free(c);
    }
}
static void
coord_clear(coord_t *c)
{
    assert(c);
    assert(!c->is_linked);
    if (c->xyz) {
        free(c->xyz);
        c->xyz = NULL;
    }
    c->n = 0;
}

coord_t *
freesasa_coord_copy(const coord_t *src)
{
    assert(src);
    coord_t *c = freesasa_coord_new();
    if (c != NULL) freesasa_coord_set_all(c,src->xyz,src->n);
    else mem_fail();
    return c;
}

coord_t *
freesasa_coord_new_linked(const double *xyz,
                          int n)
{
    assert(xyz);
    assert(n > 0);
    coord_t *c = freesasa_coord_new();
    if (c != NULL) {
        c->xyz = (double*)xyz;
        c->n = n;
        c->is_linked = 1;
    } else mem_fail();
    return c;
}

int
freesasa_coord_append(coord_t *c,
                      const double *xyz,
                      int n)
{
    assert(c); assert(xyz); assert(!c->is_linked);

    int n_old = c->n;
    double *xyz_old = c->xyz;

    if (n == 0) return FREESASA_SUCCESS;

    c->xyz = (double*) realloc(c->xyz, sizeof(double)*3*(c->n+n));
    if (c->xyz == NULL) {
        free(xyz_old);
        return mem_fail();
    }
    c->n += n;

    memcpy(&(c->xyz[3*n_old]), xyz, sizeof(double)*n*3);
    return FREESASA_SUCCESS;
}

int
freesasa_coord_append_xyz(coord_t *c,
                          const double *x,
                          const double *y,
                          const double *z, int n)
{
    assert(c); assert(x); assert(y); assert(z);
    assert(!c->is_linked);
    double *xyz;
    
    if (n == 0) return FREESASA_SUCCESS;
    
    xyz = malloc(sizeof(double)*n*3);
    if(xyz == NULL) return mem_fail();
    
    for (int i = 0; i < n; ++i) {
        xyz[i*3] = x[i];
        xyz[i*3+1] = y[i];
        xyz[i*3+2] = z[i];
    }
    if (freesasa_coord_append(c,xyz,n) == FREESASA_SUCCESS) {
        free(xyz);
        return FREESASA_SUCCESS;
    }
    return mem_fail();
}

void
freesasa_coord_set_i(coord_t *c,
                     int i,
                     const double* xyz)
{
    assert(c); assert(xyz);
    assert(i < c->n && i >= 0);
    assert(!c->is_linked);

    memcpy(&c->xyz[i*3], xyz, 3*sizeof(double));
}

void 
freesasa_coord_set_i_xyz(coord_t *c,
                         int i,
                         double x,
                         double y,
                         double z)
{
    assert(c); assert(c->n > i); assert(i >= 0);
    assert(!c->is_linked);

    double *v_i = &c->xyz[i*3];
    *(v_i++) = x;
    *(v_i++) = y;
    *v_i = z;
}

int
freesasa_coord_set_all(coord_t *c,
                       const double* xyz,
                       int n)
{
    assert(c); assert(xyz);
    coord_clear(c);
    return freesasa_coord_append(c,xyz,n);
}

int
freesasa_coord_set_all_xyz(coord_t *c,
                           const double *x,
                           const double *y,
                           const double *z,
                           int n)
{
    assert(c); assert(x); assert(y); assert(z);
    coord_clear(c);
    return freesasa_coord_append_xyz(c, x, y, z, n);
}

void
freesasa_coord_set_length_i(coord_t *c,
                            int i,
                            double l)
{
    assert(c); assert(c->xyz);
    assert(!c->is_linked);
    assert(i >= 0 && i < c->n);
    assert(l >= 0);

    double x = c->xyz[3*i], y = c->xyz[3*i+1], z = c->xyz[3*i+2];
    double r = sqrt(x*x + y*y + z*z);
    c->xyz[3*i]   *= l/r;
    c->xyz[3*i+1] *= l/r;
    c->xyz[3*i+2] *= l/r;
}

void
freesasa_coord_set_length_all(coord_t *c,
                              double l)
{
    assert(c);
    assert(!c->is_linked);
    for (int i = 0; i < c->n; ++i) freesasa_coord_set_length_i(c,i,l);
}

const double*
freesasa_coord_i(const coord_t *c,
                 int i)
{
    assert(c);
    assert(i < c->n);
    assert(i >= 0);
    return &c->xyz[3*i];
}

double
freesasa_coord_dist(const coord_t *c,
                    int i,
                    int j)
{
    return sqrt(freesasa_coord_dist2(c,i,j));
}

static inline double
dist2(const double *v1,
      const double *v2)
{
    double dx = v1[0]-v2[0], dy = v1[1]-v2[1], dz = v1[2]-v2[2];
    return dx*dx + dy*dy + dz*dz;
}

double 
freesasa_coord_dist2(const coord_t *c,
                     int i,
                     int j)
{
    double *v1 = &c->xyz[3*i];
    double *v2 = &c->xyz[3*j];
    return dist2(v1,v2);
}

double
freesasa_coord_dist2_12(const coord_t *c1,
                        const coord_t *c2,
                        int i1,
                        int i2)
{
    double *v1 = &c1->xyz[3*i1];
    double *v2 = &c2->xyz[3*i2];
    return dist2(v1,v2);
}

const double*
freesasa_coord_all(const coord_t *c)
{
    assert(c);
    return c->xyz;
}

int
freesasa_coord_n(const coord_t *c)
{
    assert(c);
    return c->n;
}

void
freesasa_coord_translate(coord_t *c,
                         const double *xyz)
{
    assert(!c->is_linked);
    assert(xyz);
    freesasa_coord_translate_xyz(c,xyz[0],xyz[1],xyz[2]);
}

void
freesasa_coord_translate_xyz(coord_t *c,
                             double x,
                             double y,
                             double z)
{
    assert(c);
    assert(!c->is_linked);

    for (int i = 0; i < c->n; ++i) {
        c->xyz[3*i]   += x;
        c->xyz[3*i+1] += y;
        c->xyz[3*i+2] += z;
    }
}

void
freesasa_coord_scale(coord_t *c,
                     double s)
{
    assert(c);
    assert(!c->is_linked);
    for (int i = 0; i < c->n*3; ++i) {
        c->xyz[i] *= s;
    }
}