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| # package. | |
| """Alphabets used by the wwPDB in structural file formats.""" | |
| # Dictionaries in this file were automatically generated from wwPDB data, | |
| # by parsing the ligand expo components dictionary and extracting | |
| # component->parent relationships. | |
| # | |
| # Additional entries to the protein extended set were taken from SCOP. | |
| # | |
| # The 'fmt:off' lines prevent black for formatting the dictionaries. | |
| from Bio.Data.IUPACData import protein_letters_3to1 as _protein_letters_3to1 | |
| # Protein | |
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| "4HL": "Y", "4HT": "W", "4IN": "W", "4MM": "M", "4PH": "F", "4U7": "A", | |
| "41H": "F", "41Q": "N", "42Y": "S", "432": "S", "45F": "P", "4AK": "K", | |
| "4D4": "R", "4GJ": "C", "4KY": "P", "4L0": "P", "4LZ": "Y", "4N7": "P", | |
| "4N8": "P", "4N9": "P", "4OG": "W", "4OU": "F", "4OV": "S", "4OZ": "S", | |
| "4PQ": "W", "4SJ": "F", "4WQ": "A", "4HH": "S", "4HJ": "S", "4J4": "C", | |
| "4J5": "R", "4II": "F", "4VI": "R", "823": "N", "8SP": "S", "8AY": "A", | |
| } | |
| # Nucleic Acids | |
| nucleic_letters_3to1 = { | |
| "A ": "A", "C ": "C", "G ": "G", "U ": "U", | |
| "DA ": "A", "DC ": "C", "DG ": "G", "DT ": "T", | |
| } | |
| # fmt: off | |
| nucleic_letters_3to1_extended = { | |
| "A ": "A", "A23": "A", "A2L": "A", "A2M": "A", "A34": "A", "A35": "A", | |
| "A38": "A", "A39": "A", "A3A": "A", "A3P": "A", "A40": "A", "A43": "A", | |
| "A44": "A", "A47": "A", "A5L": "A", "A5M": "C", "A5O": "A", "A6A": "A", | |
| "A6C": "C", "A6G": "G", "A6U": "U", "A7E": "A", "A9Z": "A", "ABR": "A", | |
| "ABS": "A", "AD2": "A", "ADI": "A", "ADP": "A", "AET": "A", "AF2": "A", | |
| "AFG": "G", "AMD": "A", "AMO": "A", "AP7": "A", "AS ": "A", "ATD": "T", | |
| "ATL": "T", "ATM": "T", "AVC": "A", "AI5": "C", "E ": "A", "E1X": "A", | |
| "EDA": "A", "EFG": "G", "EHG": "G", "EIT": "T", "EXC": "C", "E3C": "C", | |
| "E6G": "G", "E7G": "G", "EQ4": "G", "EAN": "T", "I5C": "C", "IC ": "C", | |
| "IG ": "G", "IGU": "G", "IMC": "C", "IMP": "G", "IU ": "U", "I4U": "U", | |
| "IOO": "G", "M1G": "G", "M2G": "G", "M4C": "C", "M5M": "C", "MA6": "A", | |
| "MA7": "A", "MAD": "A", "MCY": "C", "ME6": "C", "MEP": "U", "MG1": "G", | |
| "MGQ": "A", "MGT": "G", "MGV": "G", "MIA": "A", "MMT": "T", "MNU": "U", | |
| "MRG": "G", "MTR": "T", "MTU": "A", "MFO": "G", "M7A": "A", "MHG": "G", | |
| "MMX": "C", "QUO": "G", "QCK": "T", "QSQ": "A", "U ": "U", "U25": "U", | |
| "U2L": "U", "U2P": "U", "U31": "U", "U34": "U", "U36": "U", "U37": "U", | |
| "U8U": "U", "UAR": "U", "UBB": "U", "UBD": "U", "UD5": "U", "UPV": "U", | |
| "UR3": "U", "URD": "U", "US3": "T", "US5": "U", "UZR": "U", "UMO": "U", | |
| "U23": "U", "U48": "C", "U7B": "C", "Y ": "A", "YCO": "C", "YG ": "G", | |
| "YYG": "G", "23G": "G", "26A": "A", "2AR": "A", "2AT": "T", "2AU": "U", | |
| "2BT": "T", "2BU": "A", "2DA": "A", "2DT": "T", "2EG": "G", "2GT": "T", | |
| "2JV": "G", "2MA": "A", "2MG": "G", "2MU": "U", "2NT": "T", "2OM": "U", | |
| "2OT": "T", "2PR": "G", "2SG": "G", "2ST": "T", "63G": "G", "63H": "G", | |
| "64T": "T", "68Z": "G", "6CT": "T", "6HA": "A", "6HB": "A", "6HC": "C", | |
| "6HG": "G", "6HT": "T", "6IA": "A", "6MA": "A", "6MC": "A", "6MP": "A", | |
| "6MT": "A", "6MZ": "A", "6OG": "G", "6PO": "G", "6FK": "G", "6NW": "A", | |
| "6OO": "C", "D00": "C", "D3T": "T", "D4M": "T", "DA ": "A", "DC ": "C", | |
| "DCG": "G", "DCT": "C", "DDG": "G", "DFC": "C", "DFG": "G", "DG ": "G", | |
| "DG8": "G", "DGI": "G", "DGP": "G", "DHU": "U", "DNR": "C", "DOC": "C", | |
| "DPB": "T", "DRT": "T", "DT ": "T", "DZM": "A", "D4B": "C", "H2U": "U", | |
| "HN0": "G", "HN1": "G", "LC ": "C", "LCA": "A", "LCG": "G", "LG ": "G", | |
| "LGP": "G", "LHU": "U", "LSH": "T", "LST": "T", "LDG": "G", "L3X": "A", | |
| "LHH": "C", "LV2": "C", "L1J": "G", "P ": "G", "P2T": "T", "P5P": "A", | |
| "PG7": "G", "PGN": "G", "PGP": "G", "PMT": "C", "PPU": "A", "PPW": "G", | |
| "PR5": "A", "PRN": "A", "PST": "T", "PSU": "U", "PU ": "A", "PVX": "C", | |
| "PYO": "U", "PZG": "G", "P4U": "U", "P7G": "G", "T ": "T", "T2S": "T", | |
| "T31": "U", "T32": "T", "T36": "T", "T37": "T", "T38": "T", "T39": "T", | |
| "T3P": "T", "T41": "T", "T48": "T", "T49": "T", "T4S": "T", "T5S": "T", | |
| "T64": "T", "T6A": "A", "TA3": "T", "TAF": "T", "TBN": "A", "TC1": "C", | |
| "TCP": "T", "TCY": "A", "TDY": "T", "TED": "T", "TFE": "T", "TFF": "T", | |
| "TFO": "A", "TFT": "T", "TGP": "G", "TCJ": "C", "TLC": "T", "TP1": "T", | |
| "TPC": "C", "TPG": "G", "TSP": "T", "TTD": "T", "TTM": "T", "TXD": "A", | |
| "TXP": "A", "TC ": "C", "TG ": "G", "T0N": "G", "T0Q": "G", "X ": "G", | |
| "XAD": "A", "XAL": "A", "XCL": "C", "XCR": "C", "XCT": "C", "XCY": "C", | |
| "XGL": "G", "XGR": "G", "XGU": "G", "XPB": "G", "XTF": "T", "XTH": "T", | |
| "XTL": "T", "XTR": "T", "XTS": "G", "XUA": "A", "XUG": "G", "102": "G", | |
| "10C": "C", "125": "U", "126": "U", "127": "U", "12A": "A", "16B": "C", | |
| "18M": "G", "1AP": "A", "1CC": "C", "1FC": "C", "1MA": "A", "1MG": "G", | |
| "1RN": "U", "1SC": "C", "5AA": "A", "5AT": "T", "5BU": "U", "5CG": "G", | |
| "5CM": "C", "5FA": "A", "5FC": "C", "5FU": "U", "5HC": "C", "5HM": "C", | |
| "5HT": "T", "5IC": "C", "5IT": "T", "5MC": "C", "5MU": "U", "5NC": "C", | |
| "5PC": "C", "5PY": "T", "9QV": "U", "94O": "T", "9SI": "A", "9SY": "A", | |
| "B7C": "C", "BGM": "G", "BOE": "T", "B8H": "U", "B8K": "G", "B8Q": "C", | |
| "B8T": "C", "B8W": "G", "B9B": "G", "B9H": "C", "BGH": "G", "F3H": "T", | |
| "F3N": "A", "F4H": "T", "FA2": "A", "FDG": "G", "FHU": "U", "FMG": "G", | |
| "FNU": "U", "FOX": "G", "F2T": "U", "F74": "G", "F4Q": "G", "F7H": "C", | |
| "F7K": "G", "JDT": "T", "JMH": "C", "J0X": "C", "N5M": "C", "N6G": "G", | |
| "N79": "A", "NCU": "C", "NMS": "T", "NMT": "T", "NTT": "T", "N7X": "C", | |
| "R ": "A", "RBD": "A", "RDG": "G", "RIA": "A", "RMP": "A", "RPC": "C", | |
| "RSP": "C", "RSQ": "C", "RT ": "T", "RUS": "U", "RFJ": "G", "V3L": "A", | |
| "VC7": "G", "Z ": "C", "ZAD": "A", "ZBC": "C", "ZBU": "U", "ZCY": "C", | |
| "ZGU": "G", "31H": "A", "31M": "A", "3AU": "U", "3DA": "A", "3ME": "U", | |
| "3MU": "U", "3TD": "U", "70U": "U", "7AT": "A", "7DA": "A", "7GU": "G", | |
| "7MG": "G", "7BG": "G", "73W": "C", "75B": "U", "7OK": "C", "7S3": "G", | |
| "7SN": "G", "C ": "C", "C25": "C", "C2L": "C", "C2S": "C", "C31": "C", | |
| "C32": "C", "C34": "C", "C36": "C", "C37": "C", "C38": "C", "C42": "C", | |
| "C43": "C", "C45": "C", "C46": "C", "C49": "C", "C4S": "C", "C5L": "C", | |
| "C6G": "G", "CAR": "C", "CB2": "C", "CBR": "C", "CBV": "C", "CCC": "C", | |
| "CDW": "C", "CFL": "C", "CFZ": "C", "CG1": "G", "CH ": "C", "CMR": "C", | |
| "CNU": "U", "CP1": "C", "CSF": "C", "CSL": "C", "CTG": "T", "CX2": "C", | |
| "C7S": "C", "C7R": "C", "G ": "G", "G1G": "G", "G25": "G", "G2L": "G", | |
| "G2S": "G", "G31": "G", "G32": "G", "G33": "G", "G36": "G", "G38": "G", | |
| "G42": "G", "G46": "G", "G47": "G", "G48": "G", "G49": "G", "G7M": "G", | |
| "GAO": "G", "GCK": "C", "GDO": "G", "GDP": "G", "GDR": "G", "GF2": "G", | |
| "GFL": "G", "GH3": "G", "GMS": "G", "GN7": "G", "GNG": "G", "GOM": "G", | |
| "GRB": "G", "GS ": "G", "GSR": "G", "GSS": "G", "GTP": "G", "GX1": "G", | |
| "KAG": "G", "KAK": "G", "O2G": "G", "OGX": "G", "OMC": "C", "OMG": "G", | |
| "OMU": "U", "ONE": "U", "O2Z": "A", "OKN": "C", "OKQ": "C", "S2M": "T", | |
| "S4A": "A", "S4C": "C", "S4G": "G", "S4U": "U", "S6G": "G", "SC ": "C", | |
| "SDE": "A", "SDG": "G", "SDH": "G", "SMP": "A", "SMT": "T", "SPT": "T", | |
| "SRA": "A", "SSU": "U", "SUR": "U", "00A": "A", "0AD": "G", "0AM": "A", | |
| "0AP": "C", "0AV": "A", "0R8": "C", "0SP": "A", "0UH": "G", "47C": "C", | |
| "4OC": "C", "4PC": "C", "4PD": "C", "4PE": "C", "4SC": "C", "4SU": "U", | |
| "45A": "A", "4U3": "C", "8AG": "G", "8AN": "A", "8BA": "A", "8FG": "G", | |
| "8MG": "G", "8OG": "G", "8PY": "G", "8AA": "G", "85Y": "U", "8OS": "G", | |
| } | |
| # Solvent accesibility scales | |
| residue_sasa_scales = { | |
| # Ahmad: Ahmad et al. 2003 https://doi.org/10.1002/prot.10328 | |
| "Ahmad": { | |
| "ALA": 110.2, | |
| "ARG": 229.0, | |
| "ASN": 146.4, | |
| "ASP": 144.1, | |
| "CYS": 140.4, | |
| "GLN": 178.6, | |
| "GLU": 174.7, | |
| "GLY": 78.7, | |
| "HIS": 181.9, | |
| "ILE": 183.1, | |
| "LEU": 164.0, | |
| "LYS": 205.7, | |
| "MET": 200.1, | |
| "PHE": 200.7, | |
| "PRO": 141.9, | |
| "SER": 117.2, | |
| "THR": 138.7, | |
| "TRP": 240.5, | |
| "TYR": 213.7, | |
| "VAL": 153.7, | |
| }, | |
| # Miller max acc: Miller et al. 1987 https://doi.org/10.1016/0022-2836(87)90038-6 | |
| "Miller": { | |
| "ALA": 113.0, | |
| "ARG": 241.0, | |
| "ASN": 158.0, | |
| "ASP": 151.0, | |
| "CYS": 140.0, | |
| "GLN": 189.0, | |
| "GLU": 183.0, | |
| "GLY": 85.0, | |
| "HIS": 194.0, | |
| "ILE": 182.0, | |
| "LEU": 180.0, | |
| "LYS": 211.0, | |
| "MET": 204.0, | |
| "PHE": 218.0, | |
| "PRO": 143.0, | |
| "SER": 122.0, | |
| "THR": 146.0, | |
| "TRP": 259.0, | |
| "TYR": 229.0, | |
| "VAL": 160.0, | |
| }, | |
| # Sander: Sander & Rost 1994 https://doi.org/10.1002/prot.340200303 | |
| "Sander": { | |
| "ALA": 106.0, | |
| "ARG": 248.0, | |
| "ASN": 157.0, | |
| "ASP": 163.0, | |
| "CYS": 135.0, | |
| "GLN": 198.0, | |
| "GLU": 194.0, | |
| "GLY": 84.0, | |
| "HIS": 184.0, | |
| "ILE": 169.0, | |
| "LEU": 164.0, | |
| "LYS": 205.0, | |
| "MET": 188.0, | |
| "PHE": 197.0, | |
| "PRO": 136.0, | |
| "SER": 130.0, | |
| "THR": 142.0, | |
| "TRP": 227.0, | |
| "TYR": 222.0, | |
| "VAL": 142.0, | |
| }, | |
| # Wilke: Tien et al. 2013 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0080635 | |
| "Wilke": { | |
| "ALA": 129.0, | |
| "ARG": 274.0, | |
| "ASN": 195.0, | |
| "ASP": 193.0, | |
| "CYS": 167.0, | |
| "GLN": 225.0, | |
| "GLU": 223.0, | |
| "GLY": 104.0, | |
| "HIS": 224.0, | |
| "ILE": 197.0, | |
| "LEU": 201.0, | |
| "LYS": 236.0, | |
| "MET": 224.0, | |
| "PHE": 240.0, | |
| "PRO": 159.0, | |
| "SER": 155.0, | |
| "THR": 172.0, | |
| "TRP": 285.0, | |
| "TYR": 263.0, | |
| "VAL": 174.0, | |
| } | |
| } | |