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69,560
MH552508.1
CRESS virus sp.
Tisza,M., Buck,C., Pastrana,D., Welch,N., Peretti,A.
National Cancer Institute, Lab of Cellular Oncology
USA
2018-07-28
ctdh33
CRESS virus sp.
null
null
ssDNA
6,089
GenBank
null
USA
USA
null
null
2017-06-01
SAMN09074551
PRJNA393166
MAG: CRESS virus sp. isolate ctdh33, complete genome
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69,709
NC_033738.1
Cacao mild mosaic virus
Chingandu,N., Zia-Ur-Rehman,M., Sreenivasan,T.N., Surujdeo-Maharaj,S., Umaharan,P., Gutierrez,O.A., Brown,J.K., Guttierez,O.
National Center for Biotechnology Information, NIH
USA
2017-02-16
SCA6
Badnavirus tessellotheobromae
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,533
RefSeq
1
Trinidad and Tobago
Trinidad and Tobago
Theobroma cacao
plant leaf
2015-07-13
null
PRJNA485481
Cacao mild mosaic virus isolate SCA6, complete genome
TGGTATCAGAGCTATGTTTGTTAAAAGCATGGCTAGCTAAACACTTTGTGAGATCGAAAGGAAAAGGTGACGAGGTTTTTCTTAACGATTATTTTGTTAAAGCAGATTCTTATCAGGAAGACATTAGCAGAAAGAGCGGTAAGACCGAAGAAGTGTCCTCTGAGAAGAAGCAAAAGGACAAGGCCATAGCACTAAGAAGCAAAGGAAGGTGCGAACATGGTGCGAACCCTTGTATGAGCTTTGAATAGGAGTGAAAGGTCGTGGCAAGCTTTGGAGGAAGTTGATGTCTGAAAGGTGGGAACGAGCAATAGCAGAATGGTATGATAAGTCAAGAACCTCTGATCTTGAGTACTTAGATCTCGCATCTTCTCATAAGGTTTCAAATTCAGATCTTGCAAACAATATAGCCGTAGTGTACGATCGTTTAAATTTACTTTCTCGTGTTCATATTAAAGATTGCAAAAGGATTCTTGAAGAAATCGACGGTGTAAAGAAGGAAAACAGGAAGTTGAGACAGGAGGTGTCTAACTTGACTGTTACTGTTCTTGAAAACAGGCCCATCACAAAGGCCCAAGTTCTTGAGATCACGGAGCAGATTTCCAAACAGCCCAAGGAAATCGAAGAGCAGGCTTTGGCCCTTTTAACTAAGGCAAACCAAAAGCTAGCACAGGTAGAAGTATTGGTGGCTAAGCTTGAGGCTTGGACCAATACATGAGTAACCTTGCTAACAGAAGAGCAAGCAGTGCATATACAGATTCTCTTGAAGCTACTGAAGAGTTGAATAGCCCAGCACTTGGATTCATCGATCCAACGCAGTATCGAGGACCAACTGCTAGTGCTATTGCACAGATAAAACAGGTTAACACTTTAATCTGTTTAGTTGTTGACTTGACAGAAAAGGTTGAAGCTCTTACAGCTAAGGTAAGGAGCTTAGAAGCAGTTTTTAAGGCAACTGAAAAGGATAAGGGCACTGAGGAGCTGTTGAAGCAACTTCAGGGACTGAAGCTTGGAGAAACTTCAAGACCTCCACAGAAGGAAGGAACTTTACGAGTATTCATCGACCCAAAGACACTTGTAGAAAAGGCCAGAAACGAGAAACGATGACTTCTCGTACGGAGACTGTGACTCAACCACAGACTGGTATCAACTTTGAAGACCAGATCCGTGGATACAGGACAGGACAGAGGCGGCGCTACAACTGGGCGCGACAAGCAAGAAGGTTAAGGAATAGGATCAGACGATCACCTAGACAACCGGAGACATTGGAAACACAAATAGACCCCCAGGCTGAGCTGAGCATGTCACTACAAAGGCGTGCTAGTATAGTACCAGCTGAGGTATTGTACCACTCAAGACAGGATGATATCAATCACCGTGTCTACCAGCACTGGAGTGAGGAGGCTGTCAACTGTATTGACGGACAGCAGATCGATAGAACACTGGTCACGATGGAAAGCTATAGTACCTTAAACCGTGCAGGATTTCGGTATATCCATATTGGCGTGATCCAGGTAAGATTGCAGATCTTACATAGGCGAGAGATGGGAACGTTAGCCTATGTTGTCTTCAGAGACAACCGGTTACTCGGTGATCAAGCAATCTTGGCACAGATGGAAGTTAGTCTGGCTGACGGTGGTCACCAGATGATTTATGTCGTACCAGACATAATGATGACGATTGGGGACTTTTACAGGAACATCCAGATCTCCATACAGACTAGAGGGTACGGCAACTGGAGGAATGCAGAAGCGAATCTACTAGTAACGAGGGGACTAGTAGGAAGGTTATCCAACACCTCAAATGTGGGATTTGAATACTCCATCAGTAACGTTACAGATTATCTCACTAGTCATGGAGTAAGAGCTATTCCAGGGAAGAAGGTGTCAGAATCGGAGCACCTTGGAAGAAGTTGGATACTTAGGGAGCCGGAAGTATCAATCATACAACAACCCACAATTGCAGATACAAGGAACCTACCAAACGGTTCAGTAAGTGTAAGGTTCGGAGGATATGAGGCAGCACCAGAAACCTCAAGGGTGAGGTTTGATGAAAATGACAACGAAATCATGGATGACGATGAGAGTCAGATAGCTGAGGAAGTCCATGTCATGATCATTAACGAGGACGATGAAGAATGGGAAGAGCTGAACAGGCAAATGATGGCTGACTTTGCAGAAGAAGAGCAAAAACACACAGAGCCAATCATTGCGGAGGAGGATATCTATCTCTTACCAGGGATGGAGGACTTGCTGAACATCTCAACAGACGCAGATTTGAGCAATGGTAACAACCTAACAAGTACAGTTAATGGTTTTATCATTGTCAGTGTCTATCACAATGGTGAAAACATGAAGATCCTGAAAGTCAGGAATGACACGAAGGAGATCAAGTTGATTAGCAAAGGAGATATCATTGGACAAGGAGAAGTCCAACAGGAGGAAGTTCACTTTACTGAGGAAGAAGCTCGGGCAGAGCTTAGGAAGTTAATTGCTGGAGAAGAGGTGCATATGGAGGCTGAGTCTTCGATAAATTCGGGATCCTACAGACTACCCACGGATGCAACCATGGGACCCCCAATTTATCCACCGGCTAGACAGAGATTTGATGAACCATCTACATCAACAGTCCCGATGTATCCACCACAATATAGAGCACCACTAAGAGCAAAGGTTCCAGATTTTCAGAACTGGTGGAACCTACCAACAGCGCAGATCAATGGAGGTGCAATGTTTATCATCCCATCAGACTTCAGCAAGTTTGATGATGTGTTCATGAGATGGGAAAGCATAACAAAGAATGTGGTAGCATTGCAGAACTTCTCGGACAACAAAGACAAAGCAGAGTTCATTGAAAACTTGCTAGGAGAAACAGAGAAGCTGGCATGGATGCAGTGGAGAAGCATCTATGAGACGGAATACCAGGCCCTCATTGGAACAATGGAAGGCAGGTCTGGAACACAGAACATGCTATCACAGATCAGACGGATCTTTACATTAGAGGACCCATATCAGGGTTCTACAATGAGTCAAGATCAAGCATACAAGGATTTAGAGAGGCTGACATGCACAGATGTGAAGCACATCTTGGAGTACTTAAGGCAATTTATGTACCTTGCAGCAAAGACGGGACGCTTGTTCACATCATCAGAATTATCAAGCAAGCTATTCGTCAAAATGCCAGGAGATTTGGGAAAGCGTATCGAAGATTCCTTCAAGGCAAAATACCCAGGTAACACGGTTGGGGTATTTCCTCGTATTGTCTTTTCATTCAAATACTTGGAAAACCAGTGCAAGGAGGCATCATTCCAGAGGAGTCTGAAGAGTCTGGAATTCTGCAAGCAAATGCCCATCCCAGGGTATTATGGAACTGATCGCAAACGCCTTGGAATCCGAAAAGCTACACATTACAAAGGAAAGCCACACAGTACGCATGTGAAGATAGAGAAGCACAAACATTTGCGAACAAAGAAGTGCAAGTGTTACTTGTGCGGTGAAGAAGGTCATTTTGCGAGGGAGTGCAAGAATGACAACAGGAACATTCATAGACAGACAATGTACCAGTCATTAGAGCTTCCAAAGGAGTTCGAGTTGGTATCAGCTGAGGAAAACGATTCCGGTGACGAGATTTACAGTATGTCGGAAGGTGAGGATCCTACAACAATGTTTATGAACCTGACACCTTTGGCGCAGATTGAGGATTGTCTCACGCTGGATTGGGAATACAAAGACGTGTACGAATACCGACACTTTGGTACATGTACATCAGACATACAGCAGCCACAGCCATGGAAGCAGCAGACGAAAGTCTATGAAGAAGGAGGCAATGGTCATGACAGAGCCTTTTATCGCTATTATGGACCACCTAAAGGCAGAGAAAATTGGCCGGAAACACCTATCCCTACGGGTTGGGGTAGTGACTTTGATCATGATCCTGATAAGGAAATTGATGACATACCTGACGATGAAGAAATCTACATGATGCAGGATGACCAATTCGACGAACATTGGATTGGAAAACGTGGTGGATGGCAGCCCCTAATTAAACTCTCTGATCAGGAGTTTAACTGTGTTCATCATTGGCAGCATAACATCCAAGTTCCTGATTGTCCGGAGCATTGTAGATGCTGTAACAAAGAGACTTCAGACAGGTGCAGAATACAATGTGGATACTGCAAAATCACAGCTTGCAGTTTATGCGCATTCAGTTACTTTGACATCAAGGTAACTCAAAGGAAAGAATTTGTTTCACCCTATTATGCAACACCCTCTTTGTTAAAAGAGAACCAGGAGTACATTTCATGGTGTCAAGCGGAGCTGAACAAGACCGGTGAAGCAATGACGCACATCAAGAAGGAAAATGCAGCACAAAGCGAAGTCATAACAGCACAAGAGCACGTCATCAACAAGCTCAAGGAAGAAAAGTTGGACAGGCAGAAAATCGTGGAGGAGCTCAAACAGGAGCTACAGCAGGAAAAGGAAAAGTTCTTAAAGGAGATTGAAGAACAGAAAGAGCTTTTCATGAGGCAGATTGCAGAGGAAAAGGCTAAGTTTCTTAGCCTAAAGCAGAAGCAAGAAAAGGAGGAGGAGTGTCTTTTTATCAAAGAAGAACCTGAAGAAGAAGAACAGAGGGTTGAAGAGACTTTGGCCATATCCGGAAAGCTGATCATTATTGAAGGACGCATTGAGATTGAAGGCGTAAAACCATTCACAGTCAAAGCTTTGTTGGATACCGGAGCATCTTGTTGCAATATCAAGAAGGAATTTGTACCAGTAGACGCTGTCGAACAGTGCAATTACCCAGTCTTGATACATGGAGTAAATTCAACCTTGGAAGTGAATCAGAAGCTGAAACAAGGGAAGCTGATTATTGGAAGTCAGGAGTTCAGGTTACCTTACACCTACGTACTTCCTATGAATAAAAACCTTGTTACTGATATGCAGATGATCATTGGCTGTAATTTCATACGGTCATTACATGGAGGCGTGAGAATAGAAGGCAAT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4,556
MW052520.1
Cacao mild mosaic virus
Ramos-Sobrinho,R., Ferro,M.M.M., Nagata,T., Puig,A.S., Keith,C.V., Britto,D.S., Gutierrez,O.A., Marelli,J.P., Brown,J.K., Marelli,J.-P.
University of Arizona, School of Plant Sciences
USA
2021-05-09
PR3
Badnavirus tessellotheobromae
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,514
GenBank
1
Puerto Rico
USA
Theobroma cacao
plant leaf
2019-12
null
null
Cacao mild mosaic virus isolate PR3, complete genome
TGGTATCAGAGCTATGTTTGGTAAAAGCATGGCTGGCTAAACACTTTGTGAGGTCAAAAGGAAAGAGTGACGAGGTTTTTGATTCTTGACGATTGTTTTGTTAAGGCAGATTCTTATCAAGAAGACATTAGCAGGAAGAGCGTTAAGATCGAAGAAGTGTCCTCTGAGAAGGAGCAAAAGGACAAGGCCATAACACTAAGAAGCCGAAGAAGGCAAAGAAGGTGTGAACCCTTGTATGAGCTTTGAATAGGAGTGAAAGGTCGTGGCAAGCTTTGGAGGAAGTTGATGTCTGAAAGGTGGGAACGAGCAATAGCAGAGTGGTATGATAAGTCAAGAACCTCTGATCTTGAGTACTTAGATCTCGCATCTTCACATAAGGTTTCGAATTCAGATCTTGCAAACAATATAGCTGTAGTGTACGATCGTTTAGATTTACTCTCTCGTGCCCATATTAAAGACTGTAAAAAGATCCTTGAAGAAATCGACAGTGTGAAAAGGGAAAGCAGGAAGTTGAGACAGGAGGTGTCTAACCTGACTGTTACTGTTCTTGAGAACAAGCCCATCACAAAGGCCCAAGTTCTTGAGATCACGGAGCAGATTTCCAAACAGCCCAAGGAAATCGAAGAGCAGGCTTTGGCCCTTTTAACTAAGGTAAATCAAAAGCTAGCACAAGTAGAAGTATTGGTGGCTAAGCTTGAGGCTTGGACCAATACATGAGTAATCTTGCTAACAGAAGAGCAAGCAGTGCATATACTGATTCTCTTGAAGCCACGGAAGAATTGAATAGCCCAGCACTTGGATTCATCGTCCCAACACAGTATCGAGGACCAACTGCTAGTGCTATTGCACAGATAAAACAGGTTAACACTTTAATCTGTTTAGTTATTGACTTGACAGAGAAGGTTGAAGCCCTTACAGCTAAGGTAAGGAGCTTAGAAGCGGTTTTTAAGGCAACTGAAAAGGATAAGGGCACCGAGGAGCTGTTGAAGCAACTTCAGGGACTGAAGCTTGGAGAAACTTCGAGACCTCCACAGAAGGAAGGAACTTTACGAGTGTTTGTAGATCCAAAGACACTTGTTGAGAAGGCTAGAAACGAGAAACGATGACTTCTCGTACAGAGACTATGACTCAACCACAGACTGGTATCAACTTTGAGGACCAGATCCGTGGATATAGGACAGGACAGAGGCGGCGCTACAACTGGGCGCGACAAGCGAGAAGGTTAAGAAATAGGATCAGACGATCGCCTAGACAACCTGAGACGTTAGAAACACAGATAGACCCCCAGGCTGAGCTAAGCATGTCACTGCAAAGGCGTGCTAGTATAGTACCAGCTGAGGTACTGTACCACTCAAGACAAGATGATATCAATCACCGTGTCTACCAGCACTGGAGTGAGGAGGCTGTCAACTGCACTGACGGACAGCAGATTGATAGAACACTGGTCACGATGGAGAGCTTTAGTACCTTAAACCGTGCAGGTTTTCGGTATATCCATATTGGCGTGATCCAGGTAAGACTGCAGATCTTACATAGGCGAGAGATGGGAACGTTAGCCTATGTTGTCTTCAGAGATAACCGACTACTTGGTGATCAAGCAATCTTGGCGCAGATGGAAGTTAGTCTGGCTGACGGTGGTCACCAGATGATTTATGTCGTACCAGACATAATGATGACGGTTGGAGACTTTTACAGGAACATCCAGATCTCCATACAAACTAGAGGGTACGGCAACTGGAGGAATGCAGAAGCAAATCTACTAGTAACAAGGGGACTAGTAGGAAGGTTATCCAACACCTCAAATGTTGGATTTGAATACTCCATCAGTAATGTTACAGATTATCTCACTAGTCATGGAGTAAGAGCTATTCCAGGGAAGAGGGTGTCAGAATCAGAGCACCTTGGAAGAAGCTGGATACTTAGGGAGCCAGAAGTATCAATCATACAACAACCCACAATTGCAGACACAAGGAACCTACCAAACGGTTCAGTAAGTGTGAGGTTCGGAGGATATGGGGCAGCACCTGAAACCTCAAGGACGAGGTTTGATGAAAACGACAACGAAATCATGGATGACGATGAAAGTCAGATAGCTGAGGAAGTCCATGTTATGATCATTGATGAAGACGATGAGGAATGGGAAGAGCTGAACAGGCAAATGGTGGCTGACTTTGCAGAAGAAGAGCAAAAACACACAGAGCCAATCATTGCGGAGGAGGATATCTATCTCTTACCAGGAATGGAGGACTTGCTGAACATCTCAACACACGCAGATTTGAGCAATGGTAACAACCTAACAAGTGCAATTAATGGTTTTATCATTGTCAGTATCTATCACAATGGTAAAGACATGAAGATCCTGAAAGTCAGGAATGACACGAAGGAGATCAAGTTGATTAGCAAAGGAGATATCATTGGACAAGGTAAAGTCCAACAGGAGGAAGTTCACTTTACTGAGGAAGAAGCTCGGGCGGAGCTTAAGAAGCTAATTGCAGGAGAAGAAGTGTATATGGAGGCTGAGTCTTCGGTACAGTCCGGATCTTACAGATTACCAACGGACGCTACCATGGGACCACCAATCTATCCACCTGCAAGACAGAGGTTTGATGGACCATCTACATCCTCTATTCCGATGGATCCACCGACATATAGAGCACCACCAAGGGCAAAGGTTCCAGATTATCAGAACTGGTGGAACCTTCCAACTGCACAAATAAACGGAGGCGCAATGTTCATAATCCCATCAGATTTCAGCAAATTTGATGATGTTTTTATGCGATGGGAGAGCATTACAAAGAACGTGGTGGCACTACAAAATTTCTCAGACAACAAAGACAAGGCGGAATTCATTGAGAACTTGCTAGGAGAAACAGAAAAGTTAGCATGGATACAATGGCGAAGTATCTATGAGGAGGAATACCAGGCCCTTATTGGTACGATGGATGGAAGGTCTGGAACACAAAACATGTTATCACAGATTAGAAGGATCTTTACATTGGAAGACCCATATCAGGGCTCTACAATGAGTCAAGATCAGGCGTACAAAGACTTAGAGCGCTTAACCTGTACAGATGTCAAGCACATTCTGGAGTACCTAAGGCAGTTCATGTACCTTGCATCAAAAACGGGACGATTGTTTACATCATCAGAACTGTCTTCAAAGCTGTTCGTAAAGATGCCAGGAGACTTGGGGAAACGAATAGAAGACTCATTTAAGGCTAAGTACCCAGGTAACACGGTTGGAGTATTTCCTCGTATTATCTTTTCATTTAAATACTTGGAAAACCAGTGCAAGGAGGCATCATTCCAGAGAAGCCTGAAGAGCCTGGAATTCTGCAAGCAAATGCCCATCCCAGGGTATTACGGAACTGATAAGAAGCGCCTAGGTATCAGGAAGGCTACACATTACAAAGGAAAGCCGCATAGCACGCACGTAAAGATAGAGAAGCACAAACATTTGAGAACGAAGAAGTGCAAGTGCTACCTTTGTGGAGAAGAAGGTCGTTTTGCAAGGGAGTGCAAGAATGACAGCAGAAACATTCATAGACAGACTATGTACCAACCATTGGAGCTACCAAGGGATTTTGAGTTGGTATCTGCTGAGGAGAATGATTCAGGAGATGAGATATACAGTATGTCTGAAGGTGAAGATCCAACCACAATGTTTATGAATCTAACACCTTTAGCGCAGGTTGAAGACTGTCTCACTCTTGACTGGGAATATAAAGACGTCTATGAGTACAGACATTTTGGTACTTGTACATCTGACATCCAGCAACCACAGCCTTGGAAGCAACGAACAAAGGTCTATGAAGAGGGAGGAAATGGTCATGATAGAACCTTTTATCGCTATTACGGACCACCAGATGGACGTGAAAACTGGCCGGAAACACCTATCCCTACGGGTTGGGGTAGTGATTTTGACTCTGATAGTGACACTAATGATATCGAGGATGAAGAAATCTACATGATGCAAGAAGAACAGTTTAACGAACATTGGATTGGAAAACGTGGTGGATGGCAGCCCCTAATTAAACTCTCTGATATTGAGTTTAACTGTGTACATCAATGGCAGCATAACACCCAAGTTCGTAACTGTCCTGAACATTGCAGGTGCTGTAACAAGGAGACTTCAGACAGATGCAGGATACAATGTGGGTACTGCAAGATCACAGCCTGCAGTTTGTGTGCATTTAGTTACTTTGACATCAAGGTAACTCAAAGAAAGGAATTTGTTTCACCTTATTATGCTACACCATCTTTGTTAAAGGAAAACCAGGAGTACATTTCGTGGTGTCAAGCGGAGCTAAACAAGACCGGTGAGGCAATGATGCACATTAGGAAGGAAAATGCAGCGCAAAGCGAAGTCATCACAGCGCAAGAAGATGTCATCAACAAACTCAAGGAGGAGAAGGTGGATAAAGAAAAGATTCTGAAGGAGCTCAAACAGGAGCTACAGCAGGAAAAGGAAAAGTTCTTACGGGAAATTGAAGAACAGAAAGAGCTTTTCAAAAGGCAGATTGAAGAGGAAAAGGCTAAATTCCTTAGCCTAAAGCAAAAACAGACGGAGGAAGAAGAATGTCTTCTTGTAAAAGAAGAACCAGAAGAGCAAAAGGTTGAAGAAACATTGGCAATATCCGGAAAGCTGATCATCATAGAAGGACGCATTGAGATAGAAGGAGTTAAGCCCTTCACAGTTAAAGCTTTGTTGGATACAGGAGCACCATGTTGTAACATCAAGAAGGAATTTGTACCAATGGACGCGGTTGAACAGTGCAACTATCCAGTCTTGATTCACGGCGTAAATTCAACCTTAGAAGTCAACCAAAAGCTGAAGCAGGGAAAGTTTATCATTGGAAGTCAGGAGTACAGGTTACCTCATACCTACGTACTTCCTATGAACAAAAATTTGGTCACTGACATGCAGATGATCATTGGTTGCAACTTCATACGCTCACTACATGGCGGAGTAAGGATAGAAGGGAATGAAGTCACCTTCT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42,216
MW052521.1
Cacao mild mosaic virus
Ramos-Sobrinho,R., Ferro,M.M.M., Nagata,T., Puig,A.S., Keith,C.V., Britto,D.S., Gutierrez,O.A., Marelli,J.P., Brown,J.K., Marelli,J.-P.
University of Arizona, School of Plant Sciences
USA
2021-05-09
BR321
Badnavirus tessellotheobromae
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,520
GenBank
1
Brazil
Brazil
Theobroma cacao
plant leaf
2019-09
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null
Cacao mild mosaic virus isolate BR321, complete genome
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42,217
MW052522.1
Cacao mild mosaic virus
Ramos-Sobrinho,R., Ferro,M.M.M., Nagata,T., Puig,A.S., Keith,C.V., Britto,D.S., Gutierrez,O.A., Marelli,J.P., Brown,J.K., Marelli,J.-P.
University of Arizona, School of Plant Sciences
USA
2021-05-09
BR322
Badnavirus tessellotheobromae
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,524
GenBank
1
Brazil
Brazil
Theobroma cacao
plant leaf
2019-09
null
null
Cacao mild mosaic virus isolate BR322, complete genome
TGGTATCAGAGCTATGTTTGTTAAAAGCATGGCTGGCTAAACACTTGGTGAGATTGAAAGGAAAGAGTGACGAGGTTTTTCTTAACGATTATTTTGTTAAAGCAGATTCTTATCAGAAAGACATTAGCAGGAAGAGCGGTAAGACCGAAGAAGTGTCCTCTGAAAAGGAGCAAAAGGACAAGGCCATAGCACTAAGAAGCCAAGGAAGGTGAAAGAAGGTGCGAACCCTTGTATGAGCTTTGAATAGGAGTGAAAGATCGTGGCAAGCTTTGGAGGAAGTTGATGTCTGAAAGGTGGGAACGAGCAATAGCAGAATGGTATGATAAGTCAAGAACCTCTGATCTTGAGTACTTAGATCTCGCATCTTCTCATAAGGTTTCGAATTCAGATCTTGCAAACAATATAGCTGTAGTGTACGATCGTTTAAATTTACTTTCTCGTGTCCATATTAAGGACTGTAAAAAGATCCTTGAAGAAATCGACGGTGTAAAAAGGGAAAGCAGGAAGTTGAGACAGGAGGTGTCTAACTTGACTATTACTGTTCTTGAGAACAAGCCCATCACAAAAGCCCAAGTTCTTGAGATCACGGAGCAGATTTCCAAACAGCCCAAGGAAATCGAAGAGCAGGCTTTGGCCCTTTTAACTAAGGTAAACCAAAAGCTAGCACAGGTAGAAGTATTGGTGGCTAAGCTTGAGGCTTGGACCAATACATGAGTAATCTTGCTAACAGAAGAGCAAGCAGTGCATATACTGATTCTCTTGAAGCCACTGAAGAGTTGAATAGCCCAGCACTTGGATTCATCGACCCAACACAGTATCGAGGACCAACTGCTAGTGCTATTGCACAGATAAAACAGGTTAACACTTTAATCTGTTTAGTTGTTGACTTGACAGAAAAGGTTGAAGCTCTTACAGCTAAGGTAAGGAGCTTAGAAGCGGTCTTTAAGGCAACTGAAAAGGATAAGGGCACCGAGGAGCTGTTGAAGCAACTTCAGGGACTGAAGCTTGGAGAAACTTCGAGACCTCCACAGAAGGAAGGAACTTTACGAGTGTTTGTTGATCCAAAGACACTTGTAGAGAAGGCTAGAAACGAGAAACGATGACTTCTCGTACAGAAACTGTGACTCAACCACAAACTGGTATCAACTTTGAGGACCAGATCCGTGGATACAGGACAGGACAGAGGCGGCGCTACAACTGGGCACGACAAGCAAGAAGGTTAAGGAGTAGGATCAGACGATCGCCTAGACAACCTGAGACGTTGGAAACACAGATAGACCCCCAGGCTGAGCTGAGCATGTCACTGCAGAGGCGTGCTAGTATAGTACCAGCTGAGGTATTGTACCACTCAAGACAGGATGATATCAATCACCGTGTCTACCAGCACTGGAGTGAAGAGGCTGTCAACTGCATTGACGGACAGCAGATCGATAGAACACTGGTTACGATGGAGAGTTATAGTACCTTAAACCGTGCAGGTTTTCGGTATATCCATGTTGGCGTGATCCAGGTAAGATTGCAGATCTTACATAGGCGGGAGATGGGAACGTTAGCCTATGTTGTCTTCAGAGATAACCGACTACTCGGTGATCAAGCAATCTTGGCACAGATGGAAGTTAGTCTGGCTGACGGTGGTCACCAGATGATTTATGTCGTACCAGACATAATGATGACGGTTGGAGACTTTTACAGAAACATCCAGATCTCCATACAGACTAGAGGGTACGGCAACTGGAGGAATGCAGAAGCAAATCTATTAGTAACAAGGGGACTAGTAGGAAGGTTATCCAACACCTCAAATGTGGGATTTGAATACTCCATCAGTAACGTTACAGATTATCTCACTAGTCATGGAGTAAGAGCTATTCCAGGGAAAAGGGTATCAGAATCGGAGCACCTTGGAAGAAGCTGGATACTTAGGGAGCCAGAAGTATCAATCATACAACAACCCACAATTGCAGACACAAGGAACCTACCAAACGGTTCAGTAAGTGTGAGGTTCGGAGGATATGAGGCAGCACCTGAAACCTCAAGGGCAAGGTTTGATGAAAACGACAACGAAATCATGGATGACGATGAGAGTCAGATAGCTGAGGAAGTCCATGTTATGATCATTGATAAAGACGATGAGGAATGGGAAGAGCTGAACAGGCAAATGATGGCTGACTTTGCAGAAGAAGAGCAAAAACACACAGAGCCAATCATTGCGGAGGAGGATATCTATCTCTTACCAGAGATGGAGGACTTGCTGAACATCTCAACATACGCAGATTTGAGCAATGGTAACAACCTAACAAGTGTAATTAATGGTTTTATCATTGTCAGTATCTATCACAATGGTAAAGACATGAAGATCCTGAAAGTCAGAAATGACACGAAGGAGATCAAGTTGATCAGCAAAGGAGATATCATTGGACAAGGTAAAGTCCAACAGGAGGAAATTCACTTTACTGAGGAAGAAGCTCGGGCGGAGCTTAAGAAGCTAATTGCAGGAGAAGAAGTACATATGGAGGCAGAATCTTCGGTACAGTCCGGATCTTATAGATTACCAACGGACGCTACCATGGGACCACCAATTTATCCACCTGCAAGGCAAAGGTTTGATGGACCATCTACATCTTCTATTCCGATGGATCCACCGGTATATAGAGCACCACCAAAGGCAAAGGTTCCAGATTATCAGAACTGGTGGAACCTCCCAACTGCACAAATAAACGGAGGCGCAATGTTCATAATCCCAGCAGATTTCAGCAAATTTGATGATGTTTTTATGCGATGGGAGAGCATTACAAAGAACGTGGTGGCACTACAAAACTTCTCAGACAACAAAGACAAGGCGGAGTTCATTGAGAACTTGCTAGGAGAAACAGAGAAGTTAGCATGGATACAATGGCGAAGTATCTATGAGGAGGAATACCAGACCCTTATTGGTACGATGGATGGAAGGTCTGGAACACAGAACATGTTATCACAGATTAGAAGGATCTTTACATTGGAGGACCCATATCAGGGCTCTACAATGAGTCAAGATCAGGCGTACAAAGACTTAGAGCGCTTAACCTGTACAGATGTCAAGCACATTCTGGAGTACCTAAGGCAGTTCATGTACCTTGCATCAAAGACGGGACGATTGTTTACATCATCAGAGCTGTCTTCAAAACTGTTCGTAAAGATGCCAGGAGACTTGGGGAAACGAATAGAAGACTCATTCAAGGCTAAGTACCCAGGTAACACGGTTGGGGTATTTCCTCGTATTGTCTTTTCATTTAAATACTTGGAAAACCAGTGCAAGGAGGCATCATTCCAGAGAAGCCTGAAGAGCCTAGAATTCTGCAAGCAAATGCCCATCCCAGGGTATTACGGAACTGATAAGAAGCGCCTAGGTATCAGGAAGGCTACACATTACAAAGGAAAGCCGCATAGCACGCACGTAAAGATAGAGAAGCACAAACATTTGAGGACGAAGAAGTGTAAGTGCTACCTTTGTGGAGAAGAAGGTCATTTTGCAAGGGAGTGCAAGAATGACAACAGGAACATTCATAGACAGACTATGTACCAATCATTGGAGCTACCAAAGGATTTTGAGTTGGTATCTGCTGAGGAGAATGATTCAGGAGATGAGATATACAGTATGTCTGAAGGTGAAGATCCAACCACAATGTTCATGAATCTAACACCTTTAGCGCAGGTTGAAGACTGTCTCACTCTTGACTGGGAATATAAAGATGTCTATGAGTACCGACATTTTGGTACTTGTACATCTGACATCCAGCAACCACAAAAGCAACGAACAAAGGTCTATGAAGAGGGAGGAAATGGTCATGATAGAGCCTTTTATCGCTATTACGGACCACCAGATGGACGTGAAAACTGGCCGGAAACACCTATCCCTACGGGTTGGGGTAGTGACTTTGACTCTGACAGCGACACTAATGATACCGAGGATGAAGAGATCTACATGATGCAAGAAGAACAGTTGTTTAACGAACATTGGATTGGAAAACGTGGTGGATGGCAGCCCCTAATTAAACTCTCTGATATTGAGTTTAACTGTGTACATCAATGGCAGCACAACACCCAAGTTCGTGACTGTCCTGAACATTGCAGATGCTGTAACAAGGAGACTTCAGACAGATGCAGGATACAATGTGGATACTGCAAGATCACAGCCTGCAGTTTGTGTGCATTTAGTTACTTTGACATCAAGGTAACTCAAAGAAAGGAATTTGTTTCACCTTATTATGCTACACCATCTTTGTTAAAGGAAAACCAGGAGTACATTTCATGGTGTCAAGCGGAGCTAAACAAGACCGGTGAGGCAATGATGCACATTAGGAAGGAAAATGCAGCACAAAGCGAAGTCATCACAGCGCAGGAAGACATCATCAACAAACTCAAGGAGGAGAAGTTGGATAAAGAAAAGATTCTGAAGGAGCTCAAACAGGAGCTACAGCAGGAAAAGGAAAAGTTCTTACGGGAAATTGAAGAACAGAAAGAGCTTTTCAAAAGGCAGATTGAAGAGGAAAAGGCTAAGTTCCTTAGCCTAAAGCAAAAACAGACGGAGGAAGAAGAATGTCTTCTTGTAAAAGAGGAACCAGAAGAGCAAAAGGTTGAAGAAACATTGGCAATATCCGGAAAGCTGATCATCATAGAAGGACGCATTGAGATAGAAGGAGTTAAGCCCTTCACAGTTAAAGCTTTGTTGGATACAGGAGCATCATGTTGTAACATCAAGAAGGAATTTGTACCAATAAACGCGGTCGAACAATGCAACTATCCAGTCTTGATTCACGGCGTAAATTCAACCTTGGAAGTCAACCAAAAGCTGAAGCAGGGAAAGCTTATCATTGGAAGTCAGGAGTTCAGGTTACCTCATACCTACGTACTTCCTATGAACAAAAATTTGGTCACTGACATGCAGATGATCATTGGTTGCAACTTCATACGCTCACTACATGGTGGAGTAAGGATAGAAGGGAACGAAGTCACCTTCTACAAGT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42,218
KX276640.1
Cacao mild mosaic virus
Chingandu,N., Zia-Ur-Rehman,M., Sreenivasan,T.N., Surujdeo-Maharaj,S., Umaharan,P., Gutierrez,O.A., Brown,J.K., Guttierez,O.
University of Arizona, The School of Plant Sciences
USA
2017-02-04
SCA6
Badnavirus tessellotheobromae
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,533
GenBank
1
Trinidad and Tobago
Trinidad and Tobago
Theobroma cacao
plant leaf
2015-07-13
null
null
Cacao mild mosaic virus isolate SCA6, complete genome
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78,313
MH785297.1
Cacao red vein-banding virus
Chingandu,N., Dongo,L., Gutierrez,O.A., Brown,J.K.
University of Arizona, The School of Plant Sciences
USA
2019-04-20
NIG1
Cacao red vein-banding virus
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
6,839
GenBank
1
Nigeria
Nigeria
Theobroma cacao
plant leaf
2017-03-18
null
null
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63,184
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Cacao red vein-banding virus
Chingandu,N., Dongo,L., Gutierrez,O.A., Brown,J.K.
University of Arizona, The School of Plant Sciences
USA
2019-04-20
NIG7
Cacao red vein-banding virus
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1
Nigeria
Nigeria
Theobroma cacao
plant leaf
2017-03-18
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Cacao red vein-banding virus isolate NIG7, complete genome
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63,185
MH785299.1
Cacao red vein-banding virus
Chingandu,N., Dongo,L., Gutierrez,O.A., Brown,J.K.
University of Arizona, The School of Plant Sciences
USA
2019-04-20
NIG9
Cacao red vein-banding virus
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
6,890
GenBank
1
Nigeria
Nigeria
Theobroma cacao
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2017-03-18
null
null
Cacao red vein-banding virus isolate NIG9, complete genome
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NIG10
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Nigeria
Nigeria
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plant leaf
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63,187
MH785301.1
Cacao red vein-banding virus
Chingandu,N., Dongo,L., Gutierrez,O.A., Brown,J.K.
University of Arizona, The School of Plant Sciences
USA
2019-04-20
NIG12
Cacao red vein-banding virus
Badnavirus
Caulimoviridae
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GenBank
1
Nigeria
Nigeria
Theobroma cacao
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2017-03-18
null
null
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2019-04-20
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Cacao red vein-banding virus isolate NIG13, complete genome
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63,189
MH785303.1
Cacao red vein-banding virus
Chingandu,N., Dongo,L., Gutierrez,O.A., Brown,J.K.
University of Arizona, The School of Plant Sciences
USA
2019-04-20
NIG16
Cacao red vein-banding virus
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
6,852
GenBank
1
Nigeria
Nigeria
Theobroma cacao
plant leaf
2017-03-18
null
null
Cacao red vein-banding virus isolate NIG16, complete genome
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2019-01-16
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Cacao red vein-banding virus isolate NIG5, complete genome
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65,714
MH029282.1
Cacao red vein-banding virus
Dongo,L., Chingandu,N., Gutierrez,O.A., Brown,J.K.
University of Arizona, The School of Plant Sciences
USA
2019-01-16
NIG18
Cacao red vein-banding virus
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
6,820
GenBank
null
Nigeria
Nigeria
Theobroma cacao
null
2017-02-01
null
null
Cacao red vein-banding virus isolate NIG18, complete genome
TGGTATCAGAGCCAGATTTAAGTTATGTCTAGCTAAATCCATTGCCTAGATTTAGGGAAAGAGTTTGGCAGTTATTCAAATAGTACTCGTTGTTACTCTAGCCTAACCATTAGGAAAGACCTTTTATCTGTAAAAGACGTAACCCAGTGAAACAAGAGGGAGTAACTAGGGGAGAAGGTGAATAGAAAGAGGGTTTATGTCTAGTCGTTGGGAAAAGAGTATCCATGAGTGGTATGAGAAGTCACATACTGCTAACCTTGAGTACCTAGATCTAGCCTCCACTTCTAAAGTTAGCACAAACCAGTTAGCACATAACCTTGCAGTTATCTTTGATAGAATCAACCTAGGAAACCGTGTTTTTATCAAAAACCTTAAGCAAATTCAGGAATCCCTATTAGAAGTAAACAGTAGAATAGAGACTGTTGAAACCAGAATTAGTAAGTTAGTCAAACAATTCAGAGAAAACAAACCTCTATCCGAGTCAGAGGTAAAGCATCTCGTCTCCGAGATTGCTAAACAACCCAAAATTGTGGAAAAACAAGCTTTAGAAATATCACAACAGTTGGAACAAAAACTCGAAAGAGTTGAAAAACTCCTTGGAAAACTGGATCAGTGGGTCGGTCAATGACTGAAGGGAGCCGATCTTACCAACAAGCATTAAAGGAAGCAGAGAAGCCAGATCCACCAGCCGTTGGATTAACAACATCCAGTGGAGTAACAGCAACCCAAGGTTTCAGAATCTTGATTAAGCAGAACAACGTTCAGATCTGCTTACTTGCCCAGATCGCTGACAGACTTGAGGAGCTAGCCTTTGACCAGAAAAAGGCCAGACAAGAAAAAGCTAAAGAGGTCACAGTTCCAGAGGACCTTATCACACAACTCCAGAACTTGTCACTAAAAGACGAGGGAAGATCTACACCAACAACCAAGAAGAGAGAAGGAAAAGGAATACTATACGGTTTCAAAGACCCGTATAAAATCCTTGCAGAAGAAAAGGCTAAACTCTCTACATCCAAGAAAGAATCCAAGAAGGATGAGTCGAGCTCGGACAATCAGTGAAAACCCTGGCGTCACCAGTCAGGAAAGACAAAGGGAGGGTCCCTTATTTGAAGATCAAGTCCGTGACTACAGAAGAAATCAAAGGAGGATCTTTAACCTCCGGCGTAACGCAAAGAGATTACGCAGACACATGATGGGGACAAGGTATCAAGATACCTTAGAACAAGAAATTGACCCCCAGACAACCTTGAGGTTATCCATGCAAGAAAGAGCACGATTAGTCCCTGCAGAAGTACTGTATAGATCAAGAAGAGACACTGTTCACCACCGTGTTTATACACACAGATCGGAGGAATCTATCCTCTGTGTCAATGGAAATCAGATCGACAGAGCTTTCATACAACCAGAAAGCTTAGAACAACTACAAAGGACTGGGATGGCCTTTGTACACATTGGAATACTCCAAGTAAGAGTGCAGATCTTGCACAGGCAAGAGGAGGGAACAATGGCCCTCATCGTTTTCAGAGATAATCGATGGAGTGGTGACCAGTCGATCTTTGCGCAGATGGAAGTTGATCTAACCAAAGGAAGCCAGCTAGTGTTTGTCATACCAGACACTATGATGACAATTGGTGACTTTGCCCGAAATATACAACTATCTATCCTTACCAGAGGATATGATAACTGGCAAAATGGCGAGGCCAACCTGTTAATCACAAGAAGTATGACAGGGAGACTATCCAACACACCTAATGTTGCGTTTGCTTATCAAATCGCAAGTGCAACAGACTACCTGGCAAGCCATGGTGTAAGAGCTATAGCTGGAAAGAAATTCGACTTGCATAAGCTGCGAGGACAACAATGGATACTAAGGCCTCCACAAGCAGATATCACCCCTATGCAGCCCAGAACGGTTGAAACAAGGAATTTGATCGATGGCAGTATTTCAATCAGGTTCCATGATTATGAAGCAGCACCATCTACATCAAGACCAACCTACAATGAACAAGATGAAGAGGTTGAGTCAGATGAAGAATCTGAGCTAAGGGAACATACTATTGCAGTCTGGTTTGGACCAGAAGAACTCCCAGATGCAACTGGTAGAATTAAAGTGTGGGAAGAATCTATGAATGGAAATGGAAGGTTCTTCAGATACTATACACCCCCTCCAGAGAATAATACACAAATAGTAGCCACAGGATGGGATGATGATGAACCACCAATTTGGGATAAAAGTTCAGAAGATGACGATGATCCCAACACCTACATGTTGCAACTACAGAAAGAAGAAGATAAGTGGCAAGAAATTAAGGAAGAGATAGCAGCCGGATGGCAAGAGGATTTGGAGTATCCAGTCAAGAAACCGCTAACGGAGACGGTCTTATCAGAGGTGGTAGACTATAATCCGCCAGGCGATACACTAATGACACCTGTTGGATATCCACCGGCTTCAACAACAAGGTCACCTGATAAACCACCACTGTTTGAAGGACAATCTTCACACGTGCCTAGATTCAAGAAAGACAACTATTCAGAATGGTGGCAGTTACCATCATCACAAGGCACAACTGGAGCTCTGTTTGTTATGCCTAAACAGATAGGCTTATTCCACGATGTCTTCTCCAGATGGGAATCAGTAACCAAGAACTACGTGGCAGCACAAGGTTTCACTGACCCTGTCGAAAAAGTTGAGTTCATAGAAAACCTACTTGGAGAAACAGAAAAGCTGACGTGGATACAATGGCGAATGAATTATGAAGCAGAGTATCAACAGCTTATCACACAAGCTGATGGAAGGCAAGGAACCCAGAATATCCTCTCACAGATCAAGAGGGTCTTTTCACTAGAAGATCCAGCATCAGGGTCTACAAGAGTTCAAGACGCTGCATACAGAGACCTGGAAAGGTTAACTTGCCATAATATTAAGGATATTGTACAGTTCCTTAATGACTATGGTAGACTTGCAGCAAAATCTGGAAGGATGTTCCTCGGAACAGAATTAAGTGAGAAGCTTTGGATGAAGATGCCCCCCGAACTAGGGCATAGGATGAAGGAAGCATTCCACAAAGAATACTCCGGAAACGAAGTAGGAGTATTTCCAAGAATACTCTTTGCATATAAATACTTGGAACAGGAATGTAAAGATGCAGCCTTCAAAAGAAGTTTAAAGTCTCTGTCCTTTTGCAAAGATATGCCGATCACAGGGTACTACGGTAGGGGTCCCAAATACGGCATACGGAGATCAAAGACATACAGAGGAAAGCCCCATGAGACACATGCACGCGTAGAGAAAAGAAAGCATTTAATAAGAAGTAAGAAGTGTAAGTGTTACCTGTGTGGAGATGAAGGTCACTTTGCACGAGAATGTCCTAATTCAAAAAGGGATGTTAAACGCGTTGCGATCTTTGAAGGAATTGATCTACCTGAGGGCTATGATATAATCTCAGTGGAGGAAGGCGAAGCTGTGTCTGATGCTATTTATAGCATTTCAGAAAACGAAGATGAAGTACTTCCTGAAGAAGGAGTCAATACAGAAAAAGTCTTTATGTTTCGAGAAGAAGACCAAACCTATTGGCTTGGAAGAAAGAACCATTGGACGTCAATGGTAAAGGTCTCAAGTCAACAATACAACTGCCTGCACCAGTGGGAACACAACCAGGAGATTACACAAGTAGCCTACCTCAAATGCTACTTCTGTAAGCAACAAACCCACATTAGGAGTCGGATACATTGCAGTACCTGTACACTCACAGCATGCTTTATGTGTGCTCCAGTATACTGCAATACCACAGTTCAACAAGCTCCTAAACAAGCCATACCATACAATCCCAATACTCTGTTACAACAGCAGCAAGGGTATATCCAATGGCTAGAGGCAGAAAACAAAAGACTTGCAGAGACGGTGGAACTACACAAACATGAGATTGCAGAGCTCAAGATGGAGAAAGAATTAGAATTATCCAGAAGAGAGCTTGAAAGAGAAACTCCCAAAAAACCTCATGGTAAAGGCATCCAGATCAAAGAAGATGATGAACAGTCAGCCTACCTCGAAGAAGACACCATTGTACGTGTTATTGGACACGGTACAGAAGAGCAACAGGTATCTAAACCTGTGAAAAAGGGGAACATGTTATACAACATGGACGTGGTACTGATGATTCCGGAGGTTGGCAGGCCCATTAAAGTTAAAGCTATCTTAGATACAGGGGCAACTACTTGCTGTATCAATATAGCCTCAGTACCAGCAACGGCAATTGAGCAAAATACCTTCATGGTACATTTCAAAGGTATTAACTCCTCTCAATCTGTTGATAAAAAATTAAAGTATGGAAAGATGATGATCAGCAATCACCAGTTCAGAATTCCTTATTGCTATGCTTTTCCAATATCCCTTGGTGATGGAATAGAGATGATACTGGGATGTAATTTCATCCGCGGTATGTATGGCGGTCTACGTATTGAAGGCAACACAGTCACTTTCTACAAAAACGTGACTACTATCCAGACACGCCTTGCAGCTATAACAGTTGGTGGAACAACTGCTTCTGACGTGGGTGGGGAGAATAGCTACTTCTCCGATTCCGATTCGGATCCTGATCAAGAACCAGCAACTCAGGAATTCTTTGACCCAGAAACCCACTATCAAATTATGGCCATTGGAGCAGCCCAGACTCAGAAAGCCCAACTGGACCCAAGACTAGAAAAGATTCTAGCCCAACTCAAGGAACAAGGCTACATTGGAGACAACCCTATGAAGCATTGGGCCAAGAACAAAGTAGTCTGCAAACTGGAAATAAAAAATCCGGACCTGGTCATAGAAGATAAGCCCATTAAGCACATGACCCCCACAATGGAGCAACAGTTCAAAAGGCACATCCAAGCCTTACTCAATATTGGGGTAATAAGGCCTAGTAAATCCAAACACAGGACGACTGCCTTCATCATACAATCGGGCACAACAGTCGATCCAGTAACAAGGAAGACCATTCATGGCAAGGAAA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65,715
NC_038378.1
Cacao swollen shoot CD virus
Kouakou,K., Kebe,B.I., Kouassi,N., Ake,S., Cilas,C., Muller,E.
National Center for Biotechnology Information, NIH
USA
2018-08-24
CI152-09
Badnavirus alphainflatheobromae
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,203
RefSeq
null
Cote d'Ivoire
Cote d'Ivoire
Theobroma cacao
null
2009-01
null
PRJNA485481
Cacao swollen shoot CD virus isolate CI152-09, complete genome
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4,038
MN433935.1
Cacao swollen shoot CD virus
Ramos-Sobrinho,R., Chingandu,N., A Gutierrez,O., Marelli,J.P., K Brown,J., Gutierrez,O.A., Brown,J.K.
University of Arizona, School of Plant Sciences
USA
2020-04-26
Buyo2
Badnavirus alphainflatheobromae
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
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GenBank
1
Cote d'Ivoire
Cote d'Ivoire
Theobroma cacao
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2016-02
null
null
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2016-02
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null
Cacao swollen shoot CD virus isolate Kipi7a, complete genome
TGGTATCAGAGCAAGGTTAGAATCATGGTCATGTCCGGCTAAAACCTAAGGTTAGGGAAGGGGAAAGAGTGAGGCTACCGTTAGAGTTTAAACACCAGTCCCAAAATACTGTTCCGACATCCACTAGAAGTAAACCAAACCGTTGGAAGTTTGTTGTCTTAAAAGAAAAAGGCGTAACCCTAAAGAGTACCTAGAGAGAGGGAAGAGAGGGGAGAAGATGATCTTTTGAAGGCAAAAATCAAGACTATTCCTATTATGCTCTACAGTTGCAGCGAAAGCTGATCTTCTGTATCAGAACGGGAGAAAACTTGGTTGATGTCTAGTCGATGGGAGAATAGTATCCAAGAGTGGTATGAGAAGTCTCACACAGCCAATCTCGAGTACCTAGACCTAGCCTCTGTCAGTAAAGTGACCAACAACCAGATAGCTCATAACCTTGCAGTAACTTTTGATAGATTGAACTTAGGAAACCGTGTTTTCATCAAAAACCTAAAACAAATTCAAGAGTCTTTAGCTGAAACAAACACTAGGATTGACACCCTAGAAGTAGGCCTAAGAAGGCTAACCAAACAACTCAAAGAAAACAAACCTTTAACCGAGCAGGAAGTCCGTCGGTTAGTAGGAGAAATTGCACAGCAACCCAAGATCGTTGAGGAACAGGCCCTCAAGATCTCTCAAGAGCTTGAACAAAAGCTTGCAGAAGTTGAAAAACTTCTCCACAATCTTGGCCTTGTAATTGGTCAATGACTGATAGCCTCAGCTATCAACAAGCTCTCAAAGAAGCTGAGAAAGTTGACCCTCCAGCAGTCGGGTTAACAACTACTGAAGGAGTAACCGCACTCAACGGGTTGAGGACGGTGATAAAGCAGAACAACTTGCAGATCTGGCTACTGGCCGATATAGCAGACAAGTTAGCTGATCTTCTGACTGAGCAGAAGAAATCAAGGAAGGAAAAGGCGAAGGAAGTAGCCATCCCAGAAGACCTAATATCCAAACTCCAAGGATTATCCATCCAGGAGAGAGGAGACGAAAAGGTCACAAGAAAGAAGGAGACTAAAGGAAACCTCTACGGTTTCAAAGATCCTTACAAGATCCTAGCCGCAGAAGTAGCAAAGATCACTCCAAAGCCTCCTGCAAAAGAGAAAAAGGATGAGTCAAACCAGAGCTCATCAGATGCCTAGCGTCACCACCACGGTGAATGAACAGGGAGAAGGTCCTCTCTTTGAGGATCAAGTCAGAGATTACAGGAGAAGCCAAAGGCGTCTATTCAACTTGAGGAGAAAAGCCAGAAGAGCACAAAGTGCTTTAACAGGGTCCAGATCTAGACACCAAGAGACCCTTGAACAAGAAATAGACCCTCAGACTACTCTGAGACTGTCCATGCAAGAAAGGGCAAGGCTAGTACCAGCTGAGGTACTGTACAGATCAAGGAGAGACACAGTGCACCACCGTGTCTATACGCATAGATCGGAAGAATCTATCCTATGCGTCGGAGGAAGTCAAGTCGACAGGACGTTTATACAACCATCCAGTCTAGAAAGACTACAAAGGACGGGGATGTCCTTTATACATATTGGTATTCTGCAAGTCAGAATCCAGATCCTGCATCGACAAGAAGAAGGAACGATGGCCTTAGTGGTATTCCGTGACAATAGATGGGCCGGAGATCAAGCCATCTTTGCACAAATGGAAGTTGACCTAACCAAAGGTAGCCAATTGGTGTTCGTGGTACCTGATACCATGATGACAATTGGAGATTTTGCTAGAAACGTACAACTATCTATTCTAACAAGGGGATACGATAACTGGCAAAATGGAGAGGCCAATCTACTAGTAACCAGGAGCATGACAGGTAGACTGTCAAACACACCAAACGTAGCCTTTGCGTACCAAATAGCAAGCGCTACAGACTACTTGGCCAGTCATGGTGTTAAGGCAATAGCAGGAAAGAAGGTAAATCTGCAGCAACTAAGGAACCAACAATGGGTTCTACGACCTCCACAGGCAGATGTACTACCGATGCAGCCAAGATCAGTAGAAACAAGAAACCTGATAGATGGAAGTATATCCATCAGATTCCATGATTATGAGGTAGCTCCTTCAACATCAGGACCTCATTACAACGAAAATGATGAAGAAGTGGAATCAGAATCAGAGGCAGAAATCAGGGAGCATACAGTCGCAGTCTGGATAATTGGGGAAGAAGAATATCCAGATGAGTATGGAAGAACTAAAATCTGGGAAGAATCAAGCAATGGCAATGGACGATTCTTCAGATATTACACACCTCCACCAGTATCCAACGAACCCATTATCGCCACAGGATGGGATGATGATGAGGAAGATGATTGTGACTCAAGGTGGGATACTAGTCCAGAAAGTGAGGGTGAAGAACCAGACGAGCCTTTATGGGATGAAGAGGATAATGAAGAAGAAGAAGTACAGGATGAACCTGTATGGCACCAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGTATGACCCTAATGCATACATGGCATACTTGCAGAAAGAAGCAGATGACTGGACAGAAATTATTGCCAGTCTTAACCCAGAAATGGAGTACCCACAAAGAAGGGCAGCAGTAGCGGAGACTGTTTTCTCAGAAACAGTAGATTACACCCCACCAGGAGATACGTTGATGACACCAGTAGGATACCCTCCTGCTTCATCATCAAGATCAACGGTCACAACTCCTAGTAGGCCCCCGCTATACGAAGGAAGGATACCAAGTGCATCAAGGGTCCTTAGAAGAGATGACTACACAGAATGGTGGCAATTACCATCATCACAAGGGACCACAGGAGCACTGTTTGTGATGCCAAAACAGATTGGGCTATTTCATGATGTTTTCTCAAGATGGGAGTCCATTACAAAGAACTATGTTTCGGCCCAAGGCATTACTGACTCAACAGAAAAGATGGAGTTTATTGAAAATCTGTTAGGAGAAACAGAAAAACTTACCTGGATCCAATGGAGAATGAAGTATGAAGCTGAATATCAACAGCTGCTGACTCTAGCAGAAGGGAGGCAAGGAACTCAAAATATCCTGTCTCAAATAAAAAGAGTCTTCTCACTTGAAGACCCAGCTTCAGGATCCACTAGAATCCAAGACTCTGCTTACAGAGATTTGGAGAGATTGACATGCCACAATATAAAAGACATAGTCCAGTTTCTGAATGACTATGGAAGATTGGCAGCTAAGAGTGGAAGACTGTTCATTGGAACAGAGCTTAGTGAAAAACTCTGGATGAAGATGCCACCGGAGTTAGGCCACAGAATGAGAGAAGCTTTCCAGAGAGAGTATGAAGGCAATGAAGTAGGAGTATTCCCACGAATACTATTCGCCTATCGTTACCTTGAGCAAGAATGCAAGGATGCTGCTTTCAAAAGAAGCTTGAAGTCCCTGAGTTTTTGCAAAGATATGCCTATAACAGGCTATTATGACAAAAGCTCCAGATATGGAATGCGAAGATCCAAGACGTACAAAGGGAAGCCTCATGCATCTCATGCGAGGATTGAGAAGAGGAAACACCTGGTAAGAAACAAGAGGTGCAAATGTTATCTCTGTGGAGATGAAGGCCACTTCGCAAGGGAATGTCCCAATGACAAAAGAGATGTTAAAAGAGTGGCAATATTTGAAGGCATCAACCTCCCAGATAACTATGAGATAGTTTCAGTGGAAGAGGGAGAGGAAGACTCAGACGCTATCTATAGCTTGTCTGAAAATGAAGAAGAACTTCAGGATGAAGTACTTCATGAGAAAGTCTTCATGATGCGAGAAGGAGACCGATCCTATTGGTTGGGAAAAGCAAATCACTGGACAGCTATGGTCAAAGTTAGTTATCAACAGTATCACTGTCCACATCAGTGGGAGCACAACAAAGAAATTCCAATAATGGCCCTTATCAACTGCCATTTTTGTAAGCAGCCCACAAATCTTAGAGGAAGAGTGCACTGCCCAACATGTCAGCTCACCAGCTGCTATATGTGTGCACCAATCTACTGTGATGTCCAAGTCCAACAACAACCAAAGGCCCCTGTACCATTTAGCCCAAATGCATTGCTACAACAGCAGGCCGCATATATCCGCTGGCTCGAATCTGAAAATAAAAGGCTTAATGAGCTCGTGGAGTTCTACAAAAGGCTCTTGGACGGAGAATCCAAACTCCAACAGGAGTTGGAAGCTGACAGAAAGGAATTGGAAGCCTTGGAAGCTGACAGAAAGGAATTGGAAGCCCATGACAAAGGAAAAAGGGTCCAATTCACGGAAGAAGAAAAGGTCCAGCTCACTGAAGAGTTAGAAGAGACCTATATGGCCTATCTTGAAGAGGACACAACCACACGTGTCGTGGGTCATACAACAGAAGGACCTTCAGAAGTTAAGAAAGTGGTAAAGAAAAGCAACATGCTATATAACCTCGAGGTTATCCTGATCATACCTGAGGTAGGAAAACCACTAAAAGTCAAAGCGATATTGGATACAGGAGCAACTACATGCTGTATCAATATCAATTCTGTTCCAAAGGTGGCTATCGAACAGAATACATTCCTGGTGCAGTTCAGGGGAATCAACTCCACACAATCCGTTGATAAGAAGCTCCGTTACGGACGTATGACTATTAGCGGACATCAATTCAGAATTCCCTATTGCTATGCATTCCCATTATCTCTTGGCGACGGTATCGAAATGATACTTGGTTGCAATTTCATCAGAGGAATGTACGGTGGACTTAGGATTGAAGGCTCTACAATCACATTCTACAAGAATGTCACTACGATCCATACTAAGTTAGCCGCTGGAATGGTTGGTGGAACAACCTCTTTTTGTCCGGAGGAAGGAGGAAGCAGTAGTTGTCACCAATTTGAATTCGAAGAATCAGAAGTATTGGATGATGATGCAGAAATAGACTTCGAATCCCACCAACAGAT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51,741
MN433937.1
Cacao swollen shoot CD virus
Ramos-Sobrinho,R., Chingandu,N., A Gutierrez,O., Marelli,J.P., K Brown,J., Gutierrez,O.A., Brown,J.K.
University of Arizona, School of Plant Sciences
USA
2020-04-26
Kipi10a
Badnavirus alphainflatheobromae
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,173
GenBank
1
Cote d'Ivoire
Cote d'Ivoire
Theobroma cacao
plant leaf
2016-02
null
null
Cacao swollen shoot CD virus isolate Kipi10a, complete genome
TGGTATCAGAGCTTGGTTAGAATCATGGTCATGTCCGGCTAAAACCTAAGGTTAGGGAAGGGGAAAGAGTGAGGCTACTGTTAGAGTTTAAACACCAGTCCCAAAATACTGTTCCGACATCCACTAGAAGTAAACCAAACCGTTGAAAGTTTGTTGTCTTAAAAGAAAAAGGCGTAACCCTAAAGAGTACCTAGAGAGAGGGAAGAGAGGGGAGAAGATGATCTTTTGAAGGCAAAAATCAAGACTATTCCTATTATGCTCTACAGTTGCAGCGAAAGCTGATCTTCTGTATCAGAACGGGAGAAAACTTGGTTGATGTCTAGTCGATGGGAGAATAGTATCCAAGAGTGGTATGAGAAGTCTCACACAGCCAATCTCGAGTACCTAGACCTAGCCTCTGTTAGTAAAGTGACCAACAACCAGATAGCTCATAACCTTGCAGTAACTTTTGATAGATTGAACTTAGGAAACCGTGTTTTCATCAAAAACCTAAAACAAATTCAAGAGTCTTTAGCTGAAACAAACACTAGGATTGACACCCTAGAAGTAGGCCTAAGAAGGCTAACCAAACAACTCAAAGAAAACAAACCTTTAACCGAGCAAGAAGTCCGTCGGTTAGTAGGAGAAATTGCACAGCAACCCAAGATCGTTGAGGAACAGGCCCTCAAGATCTCTCAAGAGCTTGAACAGAAGCTTGCAGAAGTTGAAAAACTTCTCCACAATCTTGGCCTTGTAATTGGTCAATGACTGATAGCCCCAGCTATCAACAAGCTCTCAAAGAAGCTGAGAAAGTTGATCCTCCAGCAGTCGGGTTAACAACTACTGAAGGAGTAACCGCACTCAACGGGTTGAGGACGGTGATAAAGCAGAACAACTTGCAGATCTGGCTACTGGCCGATATAGCAGACAAGTTAGCTGATCTTCTGACTGAGCAGAAGAAATCAAGGAAGGAAAAGGCGAAGGAAGTAGCCATCCCAGAAGACCTAATATCCAAACTCCAAGGATTATCCATCCAGGAGAGAGGAGACGAAAAGGTCACAAGAAAGAAGGAGACTAAAGGAAACCTCTACGGTTTCAAAGATCCTTACAAGATCCTAGCCGCAGAAGTAGCAAAGATCACTCCAAAGCCTCCTGCAAAAGAGAAAAAGGATGAGTCAAACCAGAGCTCATCAGATGCCTAGCGTCACCACCACGGTGAATGAACAGGGAGAAGGTCCTCTCTTTGAGGATCAAGTCAGAGATTACAGGAGAAGCCAAAGGCGTCTATTCAACTTGAGGAGAAAAGCCAGAAGAGCACAAAGTGCTTTAACAGGGTCCAGATCTAGACACCAAGAGACCCTTGAACAAGAAATAGACCCTCAGACTACTCTGAGACTGTCCATGCAAGAAAGGGCAAGACTAGTACCAGCTGAGGTACTGTACAGATCAAGGAGAGACACAGTGCACCACCGTGTCTATACGCATAGATCGGAAGAATCTATCCTATGCGTCGGAGGAAATCAAGTCGACAGAACGTTTATACAACCATCCAGTCTAGAAAGACTACAAAGGACGGGGATGTCCTTTATACATATTGGTATTCTGCAAGTCAGAATCCAGATCCTGCATCGACAAGAAGAAGGAACGATGGCCTTAGTGGTATTCCGTGACAATAGATGGGCCGGAGATCAAGCCATCTTTGCACAAATGGAAGTTGACCTAACCAAAGGTAGCCAATTGGTGTTCGTGGTACCTGATACCATGATGACTATTGGAGATTTTGCTAGAAACGTACAACTATCTATCCTAACAAGGGGATACGATAACTGGCAAAATGGAGAGGCCAATCTACTAGTAACCAGGAGCATGACAGGTAGACTGTCAAACACACCAAACGTAGCCTTTGCGTACCAAATAGCAAGCGCTACAGACTACTTGGCCAGTCATGGTGTTAAAGCAATAGCAGGAAAGAAGGTAAATCTGCAGCAACTAAGAAACCAACAATGGGTTCTACGACCCCCACAGGCAGATGTACTACCGATGCAGCCAAGATCAGTAGAAACAAGAAACCTGATAGATGGAAGTATATCCATCAGATTCCATGATTATGAGGTAGCTCCTTCAACATCAGGACCTCATTACAACGAAAATGATGAAGAAGTGGAATCAGAATCAGAGGCAGAAATCAGGGAGCATACAGTCGCAGTCTGGATAATTGGGGAAGAAGAATATCCAGATGAGTATGGAAGAACTAAAATCTGGGAAGAATCAAGCAATGGCAATGGACGATTCTTCAGATATTACACACCTCCACCAGTATCCAACGAACCCATTATCGCCACAGGATGGGATGATGATGAGGAAGATGATTGTGACTCAAGGTGGGATACTAGTCCAGAAAGTGAGGGTGAAGAACCAGACGAGCCTTTATGGGATGAAGAGGATGATGAAGAAGAAGAAGTACAGGATGAACCTGTATGGCACCAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGTATGACCCTAATGCATACATGGCATACTTGCAGAAAGAAGCAGATGACTGGACAGAAATTATTGCCAGTCTTAACCCAGAAATGGAGTACCCACAAAGAAGGGCAGCAGTAGCGGAGACTGTTTTCTCAGAAACAGTAGATTACACCCCACCAGGAGATACGTTGATGACACCAGTAGGATACCCTCCTGCTTCATCATCAAGATCAACGGTCACAACTCCTAGTAGGCCCCCGCTATACGAAGGAAGGATACCAAGTGCATCAAGGGTCCTTAGAAGAGATGACTACACAGAATGGTGGCAATTACCATCATCACAAGGGACCACAGGAGCACTGTTTGTGATGCCAAAACAGATTGGGCTATTTCATGATGTTTTCTCAAGATGGGAGTCCATTACAAAGAACTATGTTTCGGCCCAAGGCATTACTGACCCAACAGAAAAGATGGAGTTTATTGAAAATCTGTTGGGAGAAACAGAAAAACTTACCTGGATCCAATGGAGAATGAAGTATGAAGCTGAATATCAACAGCTGCTGACTCTAGCAGAAGGGAGGCAAGGAACTCAAAATATCCTGTCTCAAATAAAAAGAGTCTTCTCACTTGAAGACCCAGCTTCAGGATCCACTAGAATCCAAGACTCTGCTTACAGAGATTTGGAGAGATTGACATGCCACAATATAAAAGACATAGTCCAGTTTCTGAATGACTATGGAAGATTGGCAGCTAAGAGTGGAAGACTGTTCATTGGAACAGAGCTTAGTGAAAAACTCTGGATGAAGATGCCACCGGAGTTAGGCCACAGAATGAGAGAAGCTTTCCAGAGGGAGTATGAAGGCAATGAAGTAGGAGTATTCCCACGAATACTATTCGCCTATCGTTACCTTGAGCAAGAATGCAAGGATGCTGCTTTCAAAAGAAGTTTGAAGTCCCTGAGTTTTTGCAAAGATATGCCTATAACAGGCTATTATGACAAAAGCTCCAGATATGGAATGCGAAGATCCAAGACGTACAAAGGGAAGCCTCATGCATCTCATGCGAGGATTGAGAAGAGGAAACACCTGGTAAGAAACAAGAGGTGCAAATGTTATCTCTGTGGAGATGAAGGCCACTTCGCAAGGGAATGTCCCAATAACAAAAGGGATGTTAAAAGAGTGGCAATATTTGAAGGCATTAACCTCCCAGATAACTATGAGATAGTTTCAGTGGAAGAGGGAGAGGAAGACTCAGACGCTATCTATAGCTTGTCTGAAAATGAAGAAGAACTTCAGGATGAAGTACTTCATGAGAAAGTCTTCATGATGCGAGAAGGAGACCGATCCTATTGGTTGGGAAAAGCAAATCACTGGACAGCTATGGTCAAAGTTAGTTATCAACAGTATCACTGTCCACATCAGTGGGAGCACAACAAAGAAATTCCAATAATGGCCCTTATCAACTGCCATTTTTGTAAGCAGCCCACAAATCTTAGAGGAAGAGTGCACTGCCCAACATGTCAGCTCACCAGCTGCTATATGTGTGCACCAATCTACTGTGATGTCCAAGTCCAACAACAACCAAAGGCCCCTGTACCATTTAGCCCAAATGCATTGCTACAACAGCAGGCCGCATATATCCGCTGGCTCGAATCTGAAAATAAAAGGCTTAATGAGCTCGTGGAGTTCTACAAAAGGCTCTTGGACGGAGGATCCAAACTCCAACAGGAGTTGGAAGCTGACAGAAAGGAATTGGAAGCTTTGGAAGCTGACAGAAAGGAATTGGAAGCCCATGACAAAGGAAAAAGGGTCCAATTCACGGAAGAAGAAAAGGTCCAGCTCACTGAAGAGTTAGAAGAGACCTATATGGCCTATCTTGAAGAGGACACAACCACACGTGTCGTGGGTCATACAACAGAAGGACCTTCAGAAGTTAAGAAAGTGGTAAAGAAAAGCAACATGCTATATAACCTCGAGGTTATCCTGATCATACCTGAGGTAGGAAAACCACTAAAAGTCAAAGCGATATTGGATACAGGAGCAACTACATGCTGTATCAATATCAATTCTGTTCCGAAGGAGGCTATCGAACAGAATACATTCCTGGTGCAGTTCAGGGGAATCAACTCCACACAATCCGTTGATAAGAAGCTCCGTTACGGACGTATGACTATTAGCGGACATCAATTCAGAATTCCCTATTGCTATGCATTCCCATTATCTCTCGGCGACGGTATCGAAATGATACTTGGTTGCAATTTCATCAGAGGAATGTACGGTGGACTTAGGATCGAAGGCTCTACAATTACATTCTACAAGAATGTCACTACAATCCACACTAAGTTAGCCGCTGGAATGGTTGGTGGAACAACCTCTTTTTGTCCGGAGGAAGGAGGAAGCAGTAGTTGTCACAAATTTGAATTCGAAGAATCAGAAGTATTGGATGATGATGCAGAAATAGACTTCGAATCCCACCAACAGATCATAAGCCATGCAGTAACACAAGTTACAGCACCAAGACTGAGCCCAAAACTGAAGCATCTGATGGGCCAGCTGAAAGATCAAGGCTTTATTGGGGAGAACCCCATGAAGCATTGGGCTTCTAACAAAATTCACTGCAAGCTGGATATCAAAAACCCAGACTTAATTATTGAAGACAAGCCCATCAAACATCTGACGCCTGCGATGGAGAAGCAGTTCGCAAAACATATCAAGGCCCTCCTTGATATAGGCGTAATAAGGCCCAGCAAATCAAGACACAGAACAACGGCCTTTATTGTTGAATCAGGCACCACCATCGACCCAATAACAAAGAAGACAATTCATGGGAAGGAGAGAATGGTGTTCAACTACAAGCGCCTGAATGACAACACAGAGAAGGATCAGTACTCACTGCCTGGAATCCACACAATCCTGAAAAGGGTTGGAAACAAGAAAATCTTTAGCAAGTTCGACTTAAAGTCAGGTTTCCACCAGGTAGCAATGGCAGAAGAGTCAATTCCTTGGACCGCCTTCTGGGTCCCGCAAGGGTTATATGAATGGCTAGTTATGCCTTTCGGACTGAAGAACGCCCCTGCGATCTTTCAAAGAAAAATGGATGTCTGTTTTAAAGGAACAGAAGACTTCATTGCAGTCTACATTGATGACATCCTCGTGTTCAGTGAAACCATGGAGGAACACGAAAATCATATCAGCAGAATGCTCGAGATATGCAAGAAGAATGGGCTAGTACTTAGTCCTAGCAAGATGAGCATTGCCCAAGAGGAGATTGAGTTCTTAGGGACCATAATCTCCAAAGGAAGAATGAAGCTCCAGGCCCATGTGATCAAAAAGATTGTAAGCAAGGCCCAAATGGAGTTATCCACGACAAAGGGTTTAAGATCTTTCCTTGGCCTTCTGAACTATGCCAGGATCTACATCCCAAACTTGGGAAGAAAATTAAGCCCATTGTATGCAAAGGTCAGCCCAACTGGAGAGAAAAGGCTTAACAAACAGGACTGGAATCTTATCAACGAGATAAAGCAAATGGTCCAAAAGTTACCTGACCTAGACATTCCACCAATAGAAAGCTGTATAGTCATTGAAAGTGACGGATGCATGGAAGGATGGGGTGGAATCTGTAAGTGGAAAAGGACAAAAGAGGATTCGAGGACAACAGAGCGGATCTGCGCGTACGCTAGTGGAAAGTTTGGCGTGATCAAAAGCACTATAGACGCCGAGATTTACGCCTTGATTAAGGCATTGGATGCTTTCAAGATATTTTATCTGGACAAAGGGCATCTTATCGTACGCACTGATTGTCAGGCAATTGTCACCTTTTACAACAAGACCAATACCCACAAACCGTCCAGGATACGCTGGATTACTTTTCTGGATTATATAACTGGGTTAGGTGTTTCAGTGACAATAGAACACATCGACGGTAAAGACAATCACCTAGCTGACACTCTAAGCAGGCTAGTATGGAGCCAATCCCCGATCAAACCACCGGAAGAAGAGCCGCTGAAATTCCAGCAACTCAACTACTGGGAGCAAGTTACCCCTACAGCTTGGCCTATGACGGCCTCCTGCAACAAAGAAGGGATACCATTACACATGGCACCCTCACCATGGCTACTGAACAGGCCATCTCCCGACAGCTCTATCAGATCAAGGAAGAAGCTGCCAAGAAAGCACTCAACGCACTACGAGACCTACAAGGGATCCTGCATCACGAGCGTAACCACCTGTCAAGCTCTGCAACAAGGGACAACTGGGCGTCTGACAAACTCCCACTAACCCGCCAGCTGTCCAATAAACTAGACCAGCATGTGACCGCAATCAACGGAATTATTGAAAGTGCGGTCCAGCCTTAGTTTTGGACACTAGTGTGTAATAATTAAAGTAGTTTACTTTATGTACTGTGTGAGCTCTGTGTGAGTTGTATTACTACTTTATGAGTTGTATCGCACTATGGAAGGACATGCGTGATTGACGATGGGGCCCAGAGAGCACCCGGATCACCAAATCCTTTTCCTATAAGTAGCGAAGTGTGTAAGCTTAGACCTCAGACTTAGAAAGGAGTAAGAACTACTCTAGCTGAATCTAAGCATTGTAAGTTGTGAGTTTTCAAAGAGAAATAAATAGTCCGCTTTGTGCTTATCTATTTGTTTCCGCCTGGAAAATTTTTGAGTACTTCCGCCGTTAAAATTC
51,742
MF642718.1
Cacao swollen shoot CD virus
Muller,E., Ravel,S., Agret,C., Abrokwah,F., Dzahini-Obiatey,H., Galyuon,I., Kouakou,K., Jeyaseelan,E.C., Allainguillaume,J., Wetten,A.
CIRAD, UMR BGPI
France
2017-12-09
CIDivo-15
Badnavirus alphainflatheobromae
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,205
GenBank
1
Cote d'Ivoire
Cote d'Ivoire
Theobroma cacao
plant leaf
2015
null
null
Cacao swollen shoot CD virus isolate CIDivo-15, complete genome
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73,309
JN606110.1
Cacao swollen shoot CD virus
Kouakou,K., Kebe,B.I., Kouassi,N., Ake,S., Cilas,C., Muller,E.
CIRAD, UMR BGPI
France
2012-06-30
CI152-09
Badnavirus alphainflatheobromae
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,203
GenBank
null
Cote d'Ivoire
Cote d'Ivoire
Theobroma cacao
null
2009-01
null
null
Cacao swollen shoot CD virus isolate CI152-09, complete genome
TGGTATCAGAGCAAGGTTTGAAAATGGTCATGTCCGGCTAAAACCCTAAGGTTAGGAAAAGGGAAAGAGTGAGGCTGTCGTTAGAGTTTAAACACCGGTCCTAAGATACTGTTCCGACCTCCACTAGAGAGAGACCAAACCCGTTGGAAGTTTGCTGTTTTAAAAGAAAAAGGCGTAACCCTAAAGAGTACCTAGAGAGAGGGAAGAAAGGGGAGAAGATGATCTTTTGAAAACAGAAAATCAAGACTATTCCCGTTATGCTCTACAGTTGCAGCGAAAGCTGATCTTCTGTATCAGAAAGGAAGAAAACTTGGTTAATGTCTAGCCGTTGGGAGAATAGTATCCAAGAATGGTATGAAAAGTCTCACACAGCCAATCTCGAGTACCTAGACCTAGCCTCTGTTAGTAAAGTGACCAACAACCAGATTGCTCATAACCTTGCAGTAACCTTTGATAGGTTAAATTTAGGAAACCGTGTTTTCATCAAAAACCTAAAACAAATTCAAGAGTCTTTAGTTGAAGTAAACACTAGGATCGACACCCTAGAAGTAGGCTTAAGAAGGCTAACCAAACAGCTTAAAGAAAACAAACCTTTAACCGAGCCTGAAGTCCGTCGGTTAGTAGGAGAGATTGCACAGCAACCCAAGATCGTTGAGGAACAAGCTCTTAAGATCTCTCAGGAGCTTGAACAGAAGCTTGCAGAAGTTGAAAAACTTCTTCGCAATCTTGGCCTTGTAATTGGTCAATGACTGATAGCCCCAGCTATCAACAAGCTCTGAAGGAAGCTGAGAAGGTTGACCCACCAGCACTTGGGTTAACAACTACTGAAGGAGTAACCGCACTCAACGGGTTGAGGACGGTTATAAAGCAAAATAATTTGCAGATCTGCTTACTGGCAGATATAGCAGACAAGCTTGCTGATCTTCTGACTGAGCAGAAGAAATCAAGGAAGGAAAAGGCGAAGGAAGTCGCTATTCCAGAAGATCTCATATCCAAACTCCAAGGATTATCCATCCAGGAGAGAGGAGACGAGAAAGTAACAAGAAGAAAGGAGACTAAAGGAAACCTCTACGGTTTCAAAGATCCTTACAAGATCTTAGCAGCAGAAGTTGCAAAGATCACTCCAAAGCCTCCTACAACAGAGAAAGAGGATGAGTCAAACTAGAACTCATCAGATGCCTAGTGTCACCACTACGGTGAATGAACAAGGAGAAGGTCCTCTCTTTGAGGATCAAGTCAGAAATTACCGGAGAAACCAAAGACGTCTATTCAACTTAAGGAAAAAGGCCAGAAGAGCACAAAAGGCTTTAACAGGGTCCAGATCTAGACACCAAGAGACCCTTGAACAAGAAATAGACCCTCAGGTTACCCTGAGACTGTCCATGCAGGAAAGGGCACGACTAGTACCAGCTGAGGTACTGTACAGATCAAGGAGAGACACAGTGCACCACCGTGTCTATACGCATAGATCAGAGGAATCTATCCTATGCGTCGGAGGAAATCAAGTCGACAGGACGTTTATACAACCATCCAGTCTAGAGAGACTACAAAGAACGGGAATGTCCTTTATACATATTGGCATCCTGCAAGTTAGGATCCAGATCCTGCATCGACAAGAAGAAGGAACAATGGCCTTAGTGGTTTTCCGTGACAACAGATGGGCTGGAGATCAAGCCATCTTTGCACAAATGGAAGTTGACCTGACCAAAGGCAGCCAATTGGTGTTCGTGGTACCTGATACCATGATGACCATTGGAGATTTTGCTAGAAACGTGCAACTATCTATCCTAACAAGGGGATATGATAACTGGCAGAATGGAGAGGCCAATCTACTAGTAACCAGAAGCATGACAGGGAGACTGTCAAATACACCAAACGTAGCCTTCGCATGCCAGATAGCAAGTGCTACAGACTACCTGGCCAGTCACGGTGTGAAAGCAATAGCAGGGAAGAAAGTAAATCTGCAACAACTAAGAAACCAACAGTGGGTTCTACGACCCCCACAAGCAGATGTACTACCAATGCAACCAAGGTCAGTCGAGACAAGAAACCTGATTGATGGAAGCATATCCATCAGATTCCACGATTATGAGGTAGCTCCTTCAACATCAGGACCTCATTACAATGAAAATGACGAGGAAGTGGAATCAGAATCAGAGGCAGAGATCAGAGAGCATACAGTTGCAGTCTGGATAATTGGAGAAGAAGAATATCCAGATGATAATGGAAGAATTAAAGTCTGGGAAGAATCCAGTAATGGCAACGGAAGATTCTTCAGATATTACACACCTCCATCAGTATCCAATGAACCTATTATCGCCACAGGCTGGGACGATGATGAGGATGATGATTATGATTATGACCCAAGGTGGGATACTAATCTAGAAAGTGAAGGTGAAGAACCAGACGAGCCTCTGAGGAGTGAAGAGGATGAAGAAGAAGAAGTACAGGATGAACCTGTATGGCACCAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGACGAGTATGACCCTAATACATACATGGCATACTTGCAGAAGGAAGAAGATGACTGGACAGAAATCATCGCCAGTCTTAACCCAGAAATGGAGTATCCACAGAGAAGGACAGAAGTAGCGGAGACTGTTTTCTCAGAAATAGTAGATTACACCCCACCAGGAGATACGTTGATGACACCAGTAGGATACCCTCCTGCTTCATCATCAAGATCAACGGTCACAACTCCTAGTAGACCACCGCTATACGAAGGAAGGATACCAAGTGCATCAAGGGTCCTCAGAAGAGATGACTACACAGAGTGGTGGCAACTGCCATCATCACAAGGGACCACAGGAGCACTGTTTGTGATGCCAAAGCAAATTGGGCTATTCCACGATGTTTTCTCAAGATGGGAGTCCATTACAAAGAACTATGTTTCGGCCCAAGGCATTACTGACCCAACAGAGAAAATGGAATTCATTGAAAATCTGCTTGGAGAAACGGAGAAACTTACCTGGATCCAATGGAGAATGAGGTATGAAGCTGAATATCAACAGCTGCTAACTTTAGCAGAAGGGAGACAAGGGACTCAGAATATTCTGTCTCAGATAAAGAGAGTCTTCTCACTTGAAGACCCAGCTTCAGGATCCACCAGAATCCAAGACTCTGCTTACAGAGATTTGGAAAGATTGACTTGCCACAACATCAAGGACATAGTCCAGTTTCTGAATGACTATGGAAGATTGGCAGCTAAAAGTGGAAGACTGTTCATTGGAACAGAGCTGAGTGAAAAACTTTGGATGAAGATGCCACCGGAGTTAGGTCACAGAATGAGGGAAGCGTTCCAGAAGGAATATGAAGGCAATGAAGTAGGAGTATTTCCTCGAATACTATTTGCCTATCGTTACCTGGAACAAGAATGCAAAGACGCTGCTTTCAAAAGAAGTTTGAAGTCCCTTAGCTTTTGCAAAGATATGCCTTTAACAGGTTATTATGACAAAAGCTCCAGATATGGGATGCGGAGATCCAAGACATACAAAGGAAAACCTCATGCGTCTCATGCAAGAATTGAAAAGAGAAAGCATCTAGTAAGAAACAAGAGGTGCAAGTGCTACCTCCGTGGAGATGAAGGCCATTTCGCAAGGGAATGTCCCAATAATAAAAGGGATGTTAAAAGAGTGGCAATATTTGAAGGCATCAACCTCCCAGATGACTATGAGATAGTTTCAGTGGAAGAGGGAGAGGAAGACTCAGACGCTATCTATAGCTTGTCTGAAAATGAAGAAGAACTTCAGGATGAAGTACTTCATGAAAAAGTCTTCATGATACGAGAAGGAGATCAATCCTATTGGATGGGAAAAGCAAATCACTGGACAGCTATGGTCAGAGTCAGTTATCAACAGTATCACTGTCCACATCAGTGGGAGCACAACAAAGAGATTCCAATAATGGCCCTTATCAACTGCCATTTTTGTAAGCAGCCCACAAATCTTAGAGGAAGAGTGCACTGCCCCACATGCCAGCTCACCAGCTGTTATATGTGTGCACCAATCTATTGTGATGTCCAAGTCCAACAACAGCCAAAGACCCCCATACCATTCAGCCCAAATGCATTGCTACAGCAGCAGGCCGCCTATATCCGTTGGCTCGAATCTGAAAATAAAAGACTTAATGAGCTCGTGGAATTCTACAAAAGGCTCTTGGACGGAGGATCCAGACTCCAACAGGAGTTGGAAGCTGATCAAAAAGAATTGGAGGAGTTGGAAGCTGATCGAAAAGAATTGGAGGCCCATGACAAAGGAAAAAGGGTCCAATTCACAGAAGAAGAAAAGGTCCAGCTCACCGAAGAATTAGAGGAAATCCATATGGCCTATCTTGAGGAGGACACAATCACACGTGTCGTGGGTCATACTACAGAAGGACCTTCAGAAGCCAAGAAAGTGGTGAAAAAGAGCAATATGCTATATAACCTCGAGGTTATCCTAATCATACCTGAGGTTGGAAAACCACTAAAAGTCAAAGCGATATTGGATACAGGAGCAACTACATGCTGTATCAATATCAATTCTGTTCCAAAGATGGCTATCGAACAGAATACATTCCTGGTGCAATTTCGGGGAATTAATTCTACACAATCCGTTGATAAGAAGCTCCGTTATGGACGAATGACTATTAGCGGACACCAATTCAGATTTCCCTATTGCTATGCATTCCCACTATCCCTTGGCGATGGTATCGAAATGATACTAGGTTGCAATTTTATCCGCGGAATGTACGGTGGACTTAGAATCGAAGGCTCTACAATCACATTCTACAAAAATGTCACTACGATCCAAACTAAGTTAGCCGCTGGAATGGTTGGTGGAACAACCTCTTTTTATCCGGGGGAAGGAGGAGGCAGTCACTTTGAATTCAAAGCCTCAGAAGAATCGGATGATGACGCGGAGATAGATTTCGAAATCCACCAGCAGATCATAAGCCATGCAGTAGCCCAAGCT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96,862
NC_043535.1
Cacao swollen shoot Ghana Q virus
Muller,E., Ravel,S., Agret,C., Abrokwah,F., Dzahini-Obiatey,H., Galyuon,I., Kouakou,K., Jeyaseelan,E.C., Allainguillaume,J., Wetten,A.
National Center for Biotechnology Information, NIH
USA
2019-06-28
Gha40-15
Badnavirus epsiloninflatheobromae
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,102
RefSeq
1
Ghana
Ghana
Theobroma cacao
plant leaf
2015
null
PRJNA485481
Cacao swollen shoot Ghana Q virus isolate Gha40-15, complete genome
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MF642726.1
Cacao swollen shoot Ghana Q virus
Muller,E., Ravel,S., Agret,C., Abrokwah,F., Dzahini-Obiatey,H., Galyuon,I., Kouakou,K., Jeyaseelan,E.C., Allainguillaume,J., Wetten,A.
CIRAD, UMR BGPI
France
2017-12-09
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GenBank
1
Ghana
Ghana
Theobroma cacao
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2015
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null
Cacao swollen shoot Ghana Q virus isolate Gha2-15, complete genome
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73,317
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Cacao swollen shoot Ghana Q virus
Muller,E., Ravel,S., Agret,C., Abrokwah,F., Dzahini-Obiatey,H., Galyuon,I., Kouakou,K., Jeyaseelan,E.C., Allainguillaume,J., Wetten,A.
CIRAD, UMR BGPI
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2017-12-09
Gha34Q-15
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2015
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Cacao swollen shoot Ghana Q virus
Muller,E., Ravel,S., Agret,C., Abrokwah,F., Dzahini-Obiatey,H., Galyuon,I., Kouakou,K., Jeyaseelan,E.C., Allainguillaume,J., Wetten,A.
CIRAD, UMR BGPI
France
2017-12-09
Gha40-15
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Ghana
Ghana
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2015
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Muller,E., Ravel,S., Agret,C., Abrokwah,F., Dzahini-Obiatey,H., Galyuon,I., Kouakou,K., Jeyaseelan,E.C., Allainguillaume,J., Wetten,A.
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2017-12-09
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Cacao swollen shoot Ghana Q virus isolate Gha64-99, complete genome
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73,320
MF642734.1
Cacao swollen shoot Ghana Q virus
Muller,E., Ravel,S., Agret,C., Abrokwah,F., Dzahini-Obiatey,H., Galyuon,I., Kouakou,K., Jeyaseelan,E.C., Allainguillaume,J., Wetten,A.
CIRAD, UMR BGPI
France
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GenBank
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Ghana
Ghana
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2015
null
null
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Cacao swollen shoot Ghana R virus
Muller,E., Ravel,S., Agret,C., Abrokwah,F., Dzahini-Obiatey,H., Galyuon,I., Kouakou,K., Jeyaseelan,E.C., Allainguillaume,J., Wetten,A.
National Center for Biotechnology Information, NIH
USA
2019-02-12
Gha53-15
Cacao swollen shoot Ghana R virus
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RefSeq
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2015
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PRJNA485481
Cacao swollen shoot Ghana R virus isolate Gha53-15, complete genome
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3,896
MF642730.1
Cacao swollen shoot Ghana R virus
Muller,E., Ravel,S., Agret,C., Abrokwah,F., Dzahini-Obiatey,H., Galyuon,I., Kouakou,K., Jeyaseelan,E.C., Allainguillaume,J., Wetten,A.
CIRAD, UMR BGPI
France
2017-12-09
Gha29-15
Cacao swollen shoot Ghana R virus
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
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GenBank
1
Ghana
Ghana
Theobroma cacao
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2015
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null
Cacao swollen shoot Ghana R virus isolate Gha29-15, complete genome
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73,321
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Cacao swollen shoot Ghana R virus
Muller,E., Ravel,S., Agret,C., Abrokwah,F., Dzahini-Obiatey,H., Galyuon,I., Kouakou,K., Jeyaseelan,E.C., Allainguillaume,J., Wetten,A.
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France
2017-12-09
Gha34R-15
Cacao swollen shoot Ghana R virus
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1
Ghana
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2015
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Cacao swollen shoot Ghana R virus isolate Gha34R-15, complete genome
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73,322
MF642732.1
Cacao swollen shoot Ghana R virus
Muller,E., Ravel,S., Agret,C., Abrokwah,F., Dzahini-Obiatey,H., Galyuon,I., Kouakou,K., Jeyaseelan,E.C., Allainguillaume,J., Wetten,A.
CIRAD, UMR BGPI
France
2017-12-09
Gha37-15
Cacao swollen shoot Ghana R virus
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,012
GenBank
1
Ghana
Ghana
Theobroma cacao
plant leaf
2015
null
null
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Cacao swollen shoot Ghana R virus
Muller,E., Ravel,S., Agret,C., Abrokwah,F., Dzahini-Obiatey,H., Galyuon,I., Kouakou,K., Jeyaseelan,E.C., Allainguillaume,J., Wetten,A.
CIRAD, UMR BGPI
France
2017-12-09
Gha39-15
Cacao swollen shoot Ghana R virus
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1
Ghana
Ghana
Theobroma cacao
plant leaf
2015
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null
Cacao swollen shoot Ghana R virus isolate Gha39-15, complete genome
TGGTATCAGAGCTCCTAAAATGGAGTTCATGTTCTAAATTTCTTTTCTAGCAATGGCTTGACGGGAATGAGGAGATTTTCCTAGACGACCAAAGTCTTGAAAAGATTAAGTTTATTGCAAAAGACGTACGTCGAAGTAAGACCCGGGAGGGGCAGCAGACAAGAAGGTGAGCAATAAGACTTAGTTGTATCAAGTACTAAGGGAGTAAGGGGGGATTTCTTCTCTAACCTCGAGAAGCCAAAGCTAGAATTCTTACAATTATCAACAGTCTATATTTTCATGTCCGAGAGATTTGAAGAATCAATCATCCAATTCTACGAACGAGAAAGAATAGCCAACACACAGCTCTTAAACCTTTCTGAAGAACCCAAAGTCACAAACCGTGATCTAGCCAACAACCTTGATTTCAATCTTAAACACTTAATACTCTTATCTAGAGTATCTCTGAAAAATTATCATCAAATTATTCAAAACCAAGAAGCAATTACTAAGAAACTTGACAACCTTGAATTACAGGTTCAGGAACTCTCTAAGCGCAGTTCTTTGACGAAGAAGACGGTCCAGAACATCGTCACAGAGGTTTCGAAACAACCCAAGGAGATCGAGGAGCAAGCTTTGAATCTGATCTCAAAGCTCGAGGAGAAACTGGTACGAGTTGAGCATCTGGTGGAAAAGCTCAACAACTGGGTTGGTTGATGTCAGGGAATTCATATCAGGAAGCTTTCAGAAACGCAGCCGCTTACAAACCCACTGGTTTTCTGAAATCTGAGGAAGCAGGATCTGGGAGAGAACAATTACTGAGTTGTATTTCCCAACATAATCTTATTATACAACTCTTGGTTGATCTACACGACAAGGTAGATAATCTCTCAGCGGAGTTAAAGGTCTTAAGGAAAGAAAAGACCAAGGCGCAGAATCCGGAGGAGATCGAAGGGTTGATTAGTCAACTTAAAGGGTTGTCTATCGGTCCTAAGGAGAAAGTACCGGAATAATCTCTCAGCGGAGTTAAAGGTCTTAAGGAAAGAAAAGACCAAGGCGCAGAATCCGGAGGAGATCGAAGGGTTGATTAGTCAACTTAAAGGGTTGTCTATCGGTCCTAAGGAGAAAGTACCGGAGAAGAAAGGGAATCTCTACGCATTCAAGGATCCATACGTGATCCTTGAAGAGGTTAAGAGCAAGAAATGAACACCAGAACGGAGACTATGATGGAGACACCTGTCTCAGGAAGAAGGAATGAAGAAGCATCTGGCCCTTCATTCGATGATCAGATCAGATCATACAGAAACAATCAAAGACGGCGATACAATGTCCAGAGGAGTTTTCGAAGAATGAGAGGAAGGTTGACGGGACAACCTTACGAAAGAACGTTGGAGCAGGAGATAGATCCTCAAGCTACTTTGAGGATGTCTATGAGGGAAAGGGCTAGGTTAGTACCAGCTGAGGTACTATATCACAGTCGTGAAGACTCGGCACATCACAGAGTCTACAATCACAGATCTGAGGAGGCCCTAAGTTGCAGAGAGGGAGAGCAGATTGATAGGAATTTCATACAACCACAAAGTATGGAAAGCCTAAGGAGAAGTGGGTATAACTTTATCCACGTCGGGATCTTGCAAGTTCGCATACAAATCTTGCACAGACAAAGAGAAGGAACTATGGCTCTCGTGGTCTTCCGAGACACTAGATGGGAGGGAGATCGTTCTATATTCGCTACAATGGAAGTAGATCTCACCCGAGGCAGTCAGCTGGTTTATGCTATCCCAGACACGATGATGACCATCAATGACTTTTGTCAGCATGTACAAATCTCAATCCTCACCAGAGGATATGACCAATGGCAAGCAGGAGAAGCTAACCTACTGGTAACACGAGGAATGGTTGGACGTTTGTCTAATACATCTAACGTGGGTTTTGCTTACAGTATACAGGGAGTCACAGACTACCTTGCCAGTCATGGAGTACGTGCAATACAAGGTCGGGAATATAGCACTGCGGAAGTCCAAGGGAGAAATTGGACAATCAGACCAGCAAGGCCAATTGCAACAGCGATGCAGCCTAGTTCAGTACAGACGAGGAATCTCTTGGGAGGAGCTATCTCAATGAGATTTGGAAACTATGGTGTGGCCAGAGAAGCAGAACCTCCTAGATACAATTCTAATGACGAAGAAGATGAGGATGAAGCATCAATAACATCAGAACAACAGACAGTATTCTTGCTTATCCAGCAGGAAGCGCCACAGACACAATACATTCCAGGAGTTGGTCGCAGGCCAATTCATGAAAAATGGGGACCCCTTGGAGAAGACATCGGGAGGTTCCAATACTGGGTCAGATATGACCGTGATGAGGAGGAACAGCAACCTCAAGTACCAATCGTAGCCACTGGTTGGGGTGATGATTTCGATGATAATAACCCAGATCAACCAGACAATGATGATGATACAGATGATGATGATCAACCATGGTGGGATCAATGTGAAATGCATCAAACAGAAGCGGAGCAGCAAGAGATTGTTGCTGCAGGAGCAGAGGACGAAGAGTGGAGTGATTATCCATCTCTTCAAAACTTGAAACAAAAGGTGGGAAAGACCGCAACAAAGGAGATTGTTGCCGCCGAAAGCAGCTCAGTAACAGGAGCTTACAGACCACCAGACGATGTAGCCATGACCCCAGTTGGTTACCCTCCAGCAGGAGAAAGGAGTCAGTCGGTACCTATTTTCGAAGGCTATAACAGGCGTGGAAAATTTGTACGCGACACAGGAAATGAAAACTGGCAACTTCCATCAGCGCAAGTGCAGCAGGGAGCAATCTTGGTCATTCCTCAAAATCTAGGGATGTTCCATGATGTGTATTCCAGATGGGAGTCAATAACTAAGAATGCCACTTCACAAATTAGCTTTATCTCTGGAGAAGAGAAGATAGATTTCATAGAAAATCTATTGGGCGAAAAAGAAAAGCTAACTTTCGTGGCCTGGAGAATGATGTACCAGGATGAATATCAGCAGCTGATTACATCCGCAGAAGGTAATCAAGGGATTCAGAACATCCTGTCCCAGATTCGCAGAATCTTTACATTGGAAGATCCAGCTACGGGATCAACCAAGCAGCAGGAGGATGCCTACAGAGATATTGAGAAACTAAACTGCAATGATATGAAAAATATTGTTCCATTTCTCAATGATTATTTCAGGCTTGCAGCAAAGACAGGACGGATGTACGTGAATGCAGAACTATCCGAAAAGCTATGGATGAAGCTTCCAGGCGAAGTAGGAAAGAGGATCAAAACGGCGTTTGACGCGAAATATCCGGGAGTAACCATTGGAGTGCCTCCTAGAATCCTGTTTACTTATCAGTACTTGCAGGATCAGTGCAAAGAAGCAGCGTTTGCAAGGAGCCTAAAATCTCTGGATTTCTGTAGAGATTTTCCAATACCGGGTTACTACAATGATAGGAGAGCGTCGTCCTCAAAGGGCAGAAGTTCAGTGAGGAAGAGTACGACTTACAAAGGAAAGCCGCATCAATCACATGCCAGGATTGATCGCACCAAATATCTGAGAAACAGAAAATGCAAATGCTTCCTTTGCGGAGAAGAAGGTCATTACTCACGTGAATGTCCTAATGACAAAAAGAGTACCAAACGAGTAGCAATGTGGGAGACAATTGAGCTACCTGACGGTTATGAGGTAGTCTCAGTAGATGAAGGAGACCAGCAATCTGATGGAATCTATAGCATTTCTGATGGAGACGATGAACGCCAAGATCACATCGATGAGGAATTGCTATGTGTCATAACTCATCAGAAGAAGGAGTATTGGCTGGGTAAATCTGAAGGATACTTGCCGATGGTTGCAGTCTCAAAGGAACAATACAAATGCAATCACACATGGAATGACAATCAGGAGATCCCAATTCCATATCTAAAGTGTCATTTTTGCAAGCAAGTACCGGATAGGAGAAGTAGATCACATTGTTCGCAATGTTTCCTAACAACATGTCTTATGTGTTCTCAACATTACACAGGAAGGCAGATCAAACCAGCGCCACCATTGGAGCCAAGGAAACTTCCTATACAACCTTCACTCATTCAACAGCAAGCTGATTACATATCTCAACTGGTAGCAGAAAATAAACAGCTTAAGCAGCAGATTGAGTACTGGAAGGAAAAGGCTCAGGGAAAAGCTAAGGTGCAGGAGGTTTCTACGCCTTTAACAATCAGAGAACCACAGGACGCAGCAAAAGTTGGTGGGGAAAGCTCTTCAGAACCAAGCTCTTCAGAACCGTTTCCAAAACCTTCAACACAGGAAGAAGGTGAAATCCATATTGTAGCAGCTGGAGCAAAGACAAACAATCTCTACAATATGAGGATAATACTGGAGGTCCCTGGAGAGAAACCGATAGAAGTGAAAGCTATTCTGGATACTGGAGCGACAACGTGCTGTATTGACCTAGAGACAATTCCGGAAGGACTCTTAGAAGATAACACCTTCGTGGTCCATTTCAGTGGAATCAACTCTACATCGACATCCAGAAAGAAGCTGAAGAATGGTAGGATGAGGATTGGCGAAAACTCATTCAGAATACCATACACATATGCCTTCCCAATGAAGATAGCAGATGGAATACAGATGATCGTTGGCTGTAATTTCATCAGGAATATGCAAGGGGGACTGAGGATAGAAGGTAACACAATTACATTCTATAAATTCTTAACTTCTGTCCAGACAAGTACCATTGCAGCTGTCATTGAGGAAGAGGAGGTAGAGGAGACAGACTACCTAAGGTTGACAGAGATTCTGGCAGTTGAAACCATCCAGCAGGATAATCATTTCAGCAGCAGATTCAAAGGAGTCATAGAGGAGCTGAAACAGCAAGGTTTCATCGGGGAGAATCCTCTGCAACACTGGAGCAAAAACAGAGTCACATGTTATCTGGACATCAAAAATCCGGATCTCACTGTGGAGGACAAGCCACTAGACAATGTGACGCCTACTCAAAAGGAG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73,324
MF642735.1
Cacao swollen shoot Ghana R virus
Muller,E., Ravel,S., Agret,C., Abrokwah,F., Dzahini-Obiatey,H., Galyuon,I., Kouakou,K., Jeyaseelan,E.C., Allainguillaume,J., Wetten,A.
CIRAD, UMR BGPI
France
2017-12-09
Gha54-15
Cacao swollen shoot Ghana R virus
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
6,990
GenBank
1
Ghana
Ghana
Theobroma cacao
plant leaf
2015
null
null
Cacao swollen shoot Ghana R virus isolate Gha54-15, complete genome
TTTGAGCTACAAAATCTGTAATAGCTTTGTAATACCTCTTTTGAAATATATTGTGAGAATTCCGCAATCATCTAGTTTTATCCATTTTCTAGGTGATTCTCACCGATCCTTACCTTCATTTCTTTTTGGTATCAGAGCTCCTAAAATGGAGTTCTAAATTTCTTTTCTAGCAATGGCTTGACGGGAATGAGGAGATTTTCCTAATTTTCTTTAAGAGAATCCAGACGACCAAAGTCTTGAAAAGATTAAGTTTATTGCAAAAGACGTACGTCGAAGTAAGACCCGGGAGGGGCAGCAGACAAGAAGGTGAGCAATAAGACTTAGTTGTATCAAGTACCAAGGGAATTGACGAAAAAGGGGGGGACTTCTTCTCTAACCTCGAGGAGCCAAAGCTAGAATTCTTACAATTATCAACAGTCTATATTTTCATGTCCGAGAGATTTGAGGAATCAATCATCCAATTTTACGAACGAGAAAGAATAGCCAACACACAGCTCTTAAACCTTTCTGAAGAACCCAAAGTCACAAACCGTGATCTAGCCAACAACCTTGATTTCAATCTTAAACACTTAATACTCTTATCTAGAGTATCTCTGAAAAATTATCATCAAATTATTCAAAACCAAGAAGCAATTACTAAGAAACTTGACAACCTTGAATTACAGGTTCAGGAACTCTCTAAGCGCAGTTCTTTGACGAAGAAGACGGTCCAGAACATCGTCACAGAGGTTTCGAAACAACCCAAGGAGATCGAGGAGCAAGCTTTGAATCTGATCTCAAAGCTCGAGGAGAAACTGGTACGAGTTGAGCATCTGGTGGAAAAGCTCAACAACTGGGTTGGTTGATGTCAGGGAATTCATATCAGGAAGCTTTCAGAAACGCAGCCGCTTACAAACCCACTGGTTTTCTGAAATCTGAGGAAGCAGGATCTGGGAGAGAACAATTACTGAGTTGTATTTCCCAACATAATCTTATTATACAACTCTTGGTTGATCTACACGACAAGGTAGATAATCTCTCAGCGGAGTTAAAGGTCTTAAGGAAAGAAAAGACCAAGGCGCAGAATCCGGAGGAGATCGAAGGGTTGATTAGTCAACTTAAAGGGTTGTCTATCGGTCCTAAGGAGAAAGTACCGGAGAAGAAAGGAAATCTCTACGCATTCAAGGATCCATACGTAATCCTTGAAGAGGTCAAGAGCAAGAAATGAACACCAGAACGGAGACTATGATGGAGACACCTGTCTCAGGAAGAAGGAATGAAGAAGCATCTGGCCCTTCATTCGATGATCAGATCAGATCATACAGAAACAATCAAAGACGGCGATACAATGTCCAGAGGAGTTTTCGAAGAATGAGAGGAAGGTTGACGGGACAACCTTACGAAAGAACGTTGGAGCAGGAGATAGATCCTCAAGCTACTTTGAGGATGTCTATGAGGGAAAGGGCTAGGTTAGTACCAGCTGAGGTACTATATCACAGTCGTGAAGACTCGGCACATCACAGAGTCTACAATCACAGATCTGAGGAGGCCCTAAGTTGCAGAGAGGGAGAGCAGATTGATAGGAATTTCATACAACCACAAAGTATGGAAAGCTTAAGGAGAAGTGGGTATAACTTTATCCACGTCGGGATCTTGCAAGTTCGCATACAAATCTTGCACAGACAAAGAGAAGGAACTATGGCTCTCGTGGTCTTCCGAGACACTAGATGGGAGGGAGATCGTTCTATATTCGCTACAATGGAAGTAGATCTCACCCGAGGCAGTCAGCTGGTTTATGCTATCCCAGACACAATGATGACCATCAATGACTTTTGCCAGCATGTACAAATCTCAATCCTCACCAGAGGATATGACCAATGGCAAGCAGGAGAAGCTAACCTACTGGTAACACGAGGAATGGTTGGACGTTTGTCTAATACATCTAACGTGGGTTTTGCTTACAGTATACAGGGAGTCACAGACTACCTTGCCAGTCATGGAGTACGTGCAATACAAGGTCGGGAATATAGCACTGCGGAAGTCCAAGGAAGAAATTGGACAATCAGACCAGCAAGGCCAATTGCAACAGCGATGCAGCCTAGTTCAGTACAGACGAGGAATCTCTTGGGAGGAGCTATCTCAATGAGATTTGGAAACTATGGTGTGGCCAGAGAAGCAGAACCTCCTAGATACAATTCTGATGACGAAGAAGATGAGGATGAAGCATCAATAACATCAGAACAACAGACAGTATTCTTGCTTATCCAGCAGGAAGCGCCACAGACACAATACATTCCAGGAGTTGGTCGCAGGCCAATTCATGAAAAATGGGGACCCCTTGGAGAAGACATCGGGAGGTTCCAATACTGGGTCAGATATGACCGTGATGAGGAGGAACAGCAACCTCAAGCACCAATCGTAGCCACTGGTTGGGGTGATGATTTCGATGATAATAACCCAGATCAACCAGACAATGATGATGATGCAGATGGTGATGATCAACCATGGTGGGATCAATGTGAAATGCATCAAACAGAAGCGGAGCAGCAAGAGATTGTTGCTGCAGGAGCGGAGGACGAAGAGTGGAGTGATTATCCATCTCTTCAAAACTTGAAACAAAAGGTGGGAAAGACCGCAACAAAGGAGATTGTTGCCGCCGAAAGCAGCTCAGTGACAGGAGCTTACAGACCACCAGACGATGTAGCCATGACCCCAGTTGGTTACCCTCCAGCAGGAGAAAGGAGTCAGTCGGTACCTATTTTCGAAGGCTATAACAGGCGTGGAAAATTTGTACGCGACGGAGGAAATGAAAACTGGCAACTTCCATCAGCTCAAGTGCAGCAGGGAGCAATCTTGGTCATTCCTCAAAATCTAGGGATGTTCCATGATGTGTATTCCAGATGGGAGTCAATAACTAAGAATGCCACTTCACAAATTAGCTTTATCTCTGGAGAAGAGAAGATAGATTTCATAGAAAATCTATTGGGCGAAAAGGAAAAGCTAACTTTCGTGGCCTGGAGAATGATGTACCAGGATGAATATCAGCAGCTGATTACATCCGCAGAAGGTAATCAAGGGATTCAGAACATCCTGTCCCAGATTCGCAGAATCTTTACATTGGAAGATCCAGCTACGGGATCAACCAAGCAGCAGGAGGATGCCTACAGAGACATTGAGAAACTAAACTGCAATGATATGAAAAATATTGTTCCATTTCTCAATGATTATTTTAGGCTTGCAGCAAAGACAGGACGAATGTACGTGAATGCAGAACTATCCGAGAAGCTATGGATGAAGCTTCCAGGCGAAGTAGGAAAGAGGATCAAAACGGCGTTTGACGCGAAATATCCGGGAGTAACCATTGGAGTGCCTCCTAGAATCCTGTTTACTTATCAGTACTTGCAGGATCAGTGCAAAGAAGCAGCGTTTGCAAGGAGCCTAAAATCTCTGGATTTTTGTAGAGATTTTCCAATACCGGGTTACTACAATAATAGGAGAGCGTCGTCCTCAAAGGGCAGAAGTTCAGTAAGGAGGAGTACGACTTACAAAGGAAAGCCGCATCAATCACATGCCAGGATTGATCGCACCAAATATCTGAGAAACAGAAAATGCAAATGCTTCCTTTGCGGAGAAGAAGGTCATTACTCACGTGAATGTCCTAATGACAAAAAGAGTACCAAACGGGTAGCAATGTGGGAGACAATTGAGCTACCTGACGGTTATGAGGTAGTCTCAGTAGATGAAGGAGACCAGCAATCTGATGGAATCTATAGCATTTCTGATGGAGACGATGAACGCCAAGATCACATCGATGAGGAATTGCTATGTGTCATAACTCATCAGAAGAAGGATTATTGGCTGGGTAAATCTGAAGGATACTTGCCGATGGTTGCAGTCTCAAAGGAACAATACAAATGCAATCACGCATGGAATGACAATCAGGAGATCCCAATTCCATATCTAAAGTGTCATTTTTGCAAGCAAGTACCGGATAGGAGAAGTAGATCACATTGTTCGCAATGTTTTCTAACAACATGTCTTATGTGTTCTCAACATTACACAGGAAGGCAGATCAAACCAGCGCCACCATTGGAGCCAAGGAAACTTCCTATACAACCTTCACTCATTCAACAGCAAGCTGAATACATATCTCAACTGGTAGCAGAAAATAAACAGCTTAAGCAGCAGATTGAGTACTGGAAGGAAAAGGCTCAGGGAAAAGCTAAGGTGCAGGAGGTTTCTACGCCTTTAACAATCAGAGAACCACAGGACGCAGCAAAAGTTGGTGGGGAAAGCTCTTCAGAACCAAGCTCTTCAGAACCGTTTCCAAAACCTTCAACGCAGGAAGAAGGTGAAATCCATATTGTAGCAGCTGGAGCAAAGACAAACAATCTCTACAATATGAGGATAATACTGGAGGTCCCTGGAGAGAAACCGATAGAAGTAAAAGCTATTCTGGATACTGGAGCGACAACGTGCTGTATTGACCTAGAGACAATTCCGGAAGGACTCTTAGAAGATAACACCTTCGTGGTCCATTTCAGTGGAATCAACTCTACATCGACATCCAGAAAGAAGCTGAAGAATGGTAGGATGAGAATTGGCGAAAACTCATTCAGAATACCATACACATATGCCTTCCCAATGAAGATAGCAGATGGAATACAGATGATCGTTGGCTGTAATTTCATCAGGAATATGCAAGGGGGACTGAGGATAGAAGGTAACACAATTACATTCTATAAATTCTTAACTTCTGTCCAGACAAGTACCATTGCAGCTGTCATTGAGGAAGAGGAGGTAGAGGAGACAGACTACCTAAGGTTGACAGAGATTCTGGCAGTTGAAACCATCCAGCAGGATAATCATTTCAGCAGCAGATTCAAAGGAGTCATAGAGGAGCTGAAACAGCAAGGTTTCATCGGGGAGAATCCTCTGCAACACTGGAGCAAAAACAGAGTCACATGTTATCTGGACATCAAAAATCCGGATCTCACTGTGGAGGACAAGCCACTAGACAA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73,326
NC_076048.1
Cacao swollen shoot Togo A virus
Muller,E., Sackey,S.
National Center for Biotechnology Information, NIH
USA
2023-05-04
Wobe12
Badnavirus zetainflatheobromae
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,297
RefSeq
1
Togo:Litime
Togo
Theobroma cacao
plant leaf
null
null
PRJNA485481
Cacao swollen shoot Togo A virus complete genome
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410
NC_038379.1
Cacao swollen shoot Togo A virus
Duan,X., Di,D., Yu,Q., Zhang,A., Miao,H., Yang,Z.
National Center for Biotechnology Information, NIH
USA
2018-08-24
Hebei
Badnavirus zetainflatheobromae
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
13,221
RefSeq
null
China
China
Triticum aestivum
null
2009-04
null
PRJNA485481
Cacao swollen shoot Togo A virus isolate Hebei, complete genome
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4,039
MF642716.1
Cacao swollen shoot Togo A virus
Muller,E., Ravel,S., Agret,C., Abrokwah,F., Dzahini-Obiatey,H., Galyuon,I., Kouakou,K., Jeyaseelan,E.C., Allainguillaume,J., Wetten,A.
CIRAD, UMR BGPI
France
2017-12-09
Gha25-15
Badnavirus zetainflatheobromae
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,229
GenBank
1
Ghana
Ghana
Theobroma cacao
plant leaf
2015
null
null
Cacao swollen shoot Togo A virus isolate Gha25-15, complete genome
TGGTATCAGAGCAAGGTTTTAGAATGGTCATGTCCGGCTAAACACCAGTGTTAGGTTCGGGGAAAGAGGTCCAGAGTGTGTGAAGCTAGTATTACCCTAGTTCTCCATTCAAACAATGTCTGTTCCTTTGAAATCTAAGAGTGTGGAAATCACTTTAAAAGGAATTTTTGATTATCGTATGCTCTAGACTCGCCCTGTTATAACAACAGAGGATCTTGTCTATCAGAAAATAGTCAAAATAATTCCGGTGATCACTTATCTTAGAATAATAACATCAGGTATTGAGAAGCTAGTTCTTTTGTAAAAGACGTAACCCAGATGAGAGTACCCAGAGAGGGGGAAGACTTGGGGAAAAGGTGAACAAAAGGGAGAGTTTACTGTACCTGATTTTATAGGAAGAATTGTTATGTCCAGCCGTTGGGAGAATAGTATACAAGAGTGGTACGAGAAGTCACACACAGCAAACCTCGAGTACCTTGACCTAGCATCTACCAGTAAAGTGACCAACAACCAGTTAGCACACAACCTTGCAGTAACTTTTGACAGGATAAACCTAGGAAATAGAGTTTTCATTAAAAACCTAAAGCAAATTCAGGAGTCTATTCTTGAGTTGCATACCCGTATTGATACTACAGAAGTAACTTTGAGAAGGTTAACTAAGACCTTCAAAGAAAGCAAACCACTTACTGAGAGTGAAGTCCGTAGGTTGGTTGAAGAGATAGCTCAACAACCTAAGATCGTTGAGAAGCAGGCACTGGAAATTTCTCAACAGTTGGAACAAAAGCTTGAGAAAGTTGAAAAATTTCTTCATAAGCTTGACCAGTGGGTTGGTCAATGACCAACAGCCCAGCCTATCAAGAAGCCTTGAAAGAAGCAGAGAAAGTTGATCCACCTGCAGTTGGGTTAACTACCTCCACAGGAGTGACAGCAGTCCAAGGATTCAGGACTGTCATCAAACAGAACAACGTGCAAATCTGCTTACTAGCTGCCATAGCAGACAAGCTTGACGATCTTATTCAAGATCAGAAGAAGGCACGTAAGGAGAAAGCAAAAGAGGTCTCCATCCCTGAAGACCTAATCTCTAAACTCAAAGGATTATCCCTCCAGGAGTCAGGAGAGGAGAGAGTATCCAGAAGAGAAGAACCAAAAGGGAAGTTAGTGGTTTTCAAAGATCCCTACAAAATCTTGGCAGCTGAGAAATCCAAGATAAATCCCAAGATCTCTAAGAAGGATGAGTCAAGCACGACCTCCATACACGATTCCTAGTGTAACTACCACTAGTGAACAGGGGAGAGAAGGTCCTCTCTATGAGGATCAGATCAGAGATTACAGACGCGGACAAAGGCGAATCTTCAACCTGCGAAGACGAGCCAGAAGATTAAGAAGATCCATGACGGGATCTCGATACCAGGAGACACTAGAACAAGAGATAGATCCGCAGACAACACTGAGGCTCTCAATGCAAGAGAGAGCAAGATTAGTACCAGCTGAAGTACTATACAGATCCAGACGTGACACTGTGCACCATAGGGTTTACACCCACCGATCGGAGGAATCAGTCCTTTGCGTCGGAAATCAAATTGATAGGGCGTTCATCCAGCCCGAAAGTCTGGAACAACTACAGAGGACAGGAATGTCCTTCATCCATATCGGGATTCTTCAAGTAAGAATTCAGATATTGCACCGGCAGGAGGAAGGAACAATGGCACTAGTTGTCTTTAGAGACAACCGATGGACCGGTGACCAATCTATCTTTGCCCAGATGGAGATAGATCTGACAAAAGGCAGCCAATTGGTGTTTGTCATACCAGACACCATGATGACTATTGGAGATTTCGCAAGAAATGTTCAGCTGTCTATATTGACAAGGGGATATGAGAATTGGCAGAATGGAGAGGCCAATTTACTGATTACAAGAAGCATGACAGGAAGGCTATCTAACACACCAAATGTAGCCTTCGCGTATCAAATATCCAGCGCAACAGATTATTTGGCAAGCCATGGAGTAAAGGCTATTGCAGGAAAGAAACTCAACTTGCAACATTTGCGCAATCAACAATGGATATTACGACCACCTCAGACAGATATCACACCAATGCAACCACGGTCGGTCGAAACCAGAAACCTAGTTGATGGAAGCATTTCCATCAGGTTCCATGACTATGAGGCGGCCCCTTCTACTTCCACACCCCATTACAATGAAGAAGATGAAGAAGTAGAGTCAGAATCAGAGTCAGAAATAAGGGAGCACTTAGCCGCAGTATGGATAATAGGCGAGGAAGAAATAGCAGATCAGGATGGAAGAAGAAAAGTATGGGAAGAATCTGCTAATGGAAACGGAAGGTTTTTCCGTTACTACACGCCCCCACCTATAACCAATGATCTCATAATAGCAACAGGATGGGGAGACGATAACGAATATGACAACGAAGAATACTATGAAGATGAGGAAGATTATGAAGGAGATAATCCTCCAAGATGGGATACTAGCCCGGAAGAAGAAGAAGAAAAGGAAGAAGAAAGCAATGAGGATTATGACAGCACCAGTAAAGATGAAGAGGAAGAAGAGGTGACCATTATTAGGGAAGAAAGTGAAGAAGATGAATACGACCCTAATGTCTACATGGCCTACCTTCAGAAGGAGGAAGATGACTGGACAGAAATAATCGCTAGTCTCAATAATGAACTGGAATACCCGCAGAGGAGACCACAACCAATTGAAACGGTTGTTTATTCAGAAACTGTTGATTACACTCCACCTAGCGATACAGTAATGACGCCAGTTGGATACCCACCTGCATCATCTTCAAGGTCTACAGTTACAACCCCAACTAGACCTCCACTGTACGAAGGAAGAATGCCACATACACCAAGATTCTTGAGGCGTGATGACTATACAGAATGGTGGCAATTGCCTTCATCACAAGGAACAACAGGAGCCTTGTTCGTTATGCCAAAACAAGTGGGCCTATTTCATGAAGTATTCTCGAGATGGGAGTCCATTACGAAGAACTATGTTGCGGCCCAAGGCTTTACTGACCCAGTAGAAAAGATGGAGTTTATTGAAAATCTATTGGGAGAGACTGAGAAGCTTACCTGGATTCAGTGGCGTATGAGCTACGAAAATGAATACCAGACGTTGCTGACTTTGGCTGAAGGTCGGCAAGGGACGCAAAATATACTGTCCCAAATCAAGCGAGTCTTCTCTTTAGAAGACCCCGCATCTGGCTCAACCAGAATTCAAGATGCTGCATACAGAGACCTGGAAAGGTTAACATGCAACAACATCAAAGACATAGTCCAATTCTTAAATGACTATGGAAGACTTGCAGCAAAGAGTGGAAGACTGTTCTTAGGAACAGAATTAAGTGAAAAATTATGGATGAAGATGCCTCCTGAGTTAGGCCTCAGAATGAAAGAAGCATTCCAGAAGGAGTATTCTGGAAATGAGGTGGGAGTATTCCCGCGAATTTTATTTGCCTACAGGTACTTAGAGCAAGAATGTAAGGACGCTGCATTCAGAAGAAGTCTAAAGTCCTTATCTTTCTGCAAAGATATGCCCATAACAGGGTATTATGATAAAGCTCCAAAGTACGGAATGAGGAGGTCTAAGACATACAAAGGAAAACCCCATGCCTCTCATGCAAGGGTAGAGAAGCGAAAGCATCTCATCAGAAATAAGAAATGCAAATGCTACCTATGTGGAGATGAAGGCCATTTCGCTAGAGAATGTCCAAATACAAAGCGAGATGTGAAAAGAGTAGCAATCTTTGAGGGCATCAATCTCCCAGATGATTATGATATTGTCTCTGTTGATGAGGGGGAAGAAGAATCCGATGCTATATATAGCATCTCTGAGAATGAAGAAGAACTTCAAGAAGAAGGAGTTCACGAAAAGATCTTCATGATAAAGGAGGAAGATCAATCCTATTGGTTAGGGAAACCTAATCATTGGACAGCGATGGTACGTGTGACTCAGCAACAGTATCATTGCAAGCACCAATGGGAGCACAACAAAGAGATAGTAATACTGGCCCACATCAACTGCCACTTCTGCAAGCAGACTACAAACCTTAAAGGCCGGGTCCACTGTCCCACATGTAAACTTACAAGTTGTTTCATGTGTGCACCCATTTACTGTGGAATTCAAGTTCAACAGCAGCCAAAGGCACCATTGCCATTTAACGCCAATGCACTACTTCAACAACAAGCAGCGTATATCCAATGGTTGGAAACTGAGAACAAGCGTCTGCAAGGGCTCGTAGACTTCTACAAAGATTTGCATGACAATAAAGAGCTCAAAATGCAACAGGAACTTGAGATTGATAGGCAACATCTGGAGGACCATGATAAAAGGAACGACAGGGGCAAACGGGTCCAGATCAGTACAGAAAGCCCAGAAGAATTAGCCTATCTTGAAGAAGACACAATCACACGAGTCGTAGGACATACAGTCGAAGAGCAACAGCAGAAAGTCAAGACTATAAAGAAGGGAAATATGCTCTATAACCTCGATGTGATCCTGATAATACCTGAAGTTGGGAAACCAATTAAGGTTAAAGCAATACTGGACACAGGCGCTACCACATGCTGCATCAACATCAACTCAGTGCCTAAATCTGCCATTGAGCAAAATACTTTCTTAGTCCAGTTCAGAGGAATCAATTCTACACAATCTGTTGATAAAAAGCTCCGCTACGGAAGAATGACAATCAGCGGACATCAATTTCGGATTCCTTACTGTTACGCATTTCCATTATCTCTGGGTGATGGAATTGAGATGATCCTCGGCTGCAATTTCATACGAGGAATGTACGGCGGTCTACGTATTGAAGGTCACACTATCACCTTCTACAAAAATATTACAACAATTCAGACCCGTCTAGCAGCAGGAATGGTTGGTGGTACAACCCTTTCTAATTTGGGGGAGGGAGAGGGCACCACGGTCAAATTCATCAATCCAATCCATGATGTTTTTGAAGCCACAGATGAAAAGGAAG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73,307
GU985153.1
Cacao swollen shoot Togo A virus
Duan,X., Di,D., Yu,Q., Zhang,A., Miao,H., Yang,Z.
Hebei Academy of Agricultural and Forestry Sciences, Plant Protection Institute
China
2010-04-12
Hebei
Badnavirus zetainflatheobromae
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
13,221
GenBank
null
China
China
Triticum aestivum
null
2009-04
null
null
Cacao swollen shoot Togo A virus isolate Hebei, complete genome
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101,115
AJ781003.1
Cacao swollen shoot Togo A virus
Muller,E., Sackey,S.
Muller E., UMR BGPI, Cirad, TA 41/K, Campus International de Baillarguet, 34398 Montpellier cedex 5
France
2004-11-25
Wobe12
Badnavirus zetainflatheobromae
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,297
GenBank
1
Togo:Litime
Togo
Theobroma cacao
plant leaf
null
null
null
Cacao swollen shoot Togo A virus complete genome
TGGTATCAGAGCGAGGTTAAACATGGTCATGTCAGGCTAAAAACTTAGTGTTAGGTTCGGGGAAAGAGGTCTACTGTGTGTTTCGAATATCCATTTGTTATTATCCATACAGTGTCTGTTCCTTGTGTTAGGCTGAAAACCTGAGGTTGTGAACTACGGAGTGATCATTTCAAAAGGAATTTCATTCTAACTATCGTATGCTCTAGACTTGCCCTGTTATAGCAACAGAGGATCCTGTCTATCAGAAAATAGTTTGAATAATTCCGATGATCTCTCATACTTTAGGTATAACAACGCCACGTATAAGGAGCTAATTCTTTTGTAAAAGACGTAACCCAGAAGAGAGTACCCAGAGAGGGAGAAGACTTGGGGAGAAGGTGAACAGAAGAGAGAGCTTACTGTACCTGGTACTGTTATAGGAAGATTTTGTTATGTCCAGTCGCTGGGAGAGTAGTATACAAGAGTGGTATGAGAAGTCACACACAGCAAACCTTGAGTACCTTGACCTAGCATCTACTAGTAAAGTGACCAACAACCAGTTAGCACATAACCTTGCAGTAACCTTTGATAGAGTAAATTTAGGTAACCGAGTTTTTATTAAAAACCTGAAGCAGATTCAAGAGTCTATTCTTGAATTAAACACCCGTGTTGATACTATAGAAGCAGTTTTAAGAAGGTTAACCAAGACCTTCCGAGAAAACAAACCACTTACCGAAAGTGAAGTCCGTAAGTTGGTTGAAGAAATTGCCCAACAACCTAAGATCGTCGAGAAACAAGCACTCGAGATCTCTCAACAGCTTGAGCAGAAGCTGGAGAAAGTTGAAAAACTTCTCCATAAGCTTGACCAGTGGGTTGGTCAATGACCGACAGCCCGTCTTACCAAGAAGCCTTAAAAGAAGCAGAAAAGGTTGACCCACCAGCAGTTGGATTAACTACTTCTACAGGAGTAACAGCAGTCCAAGGATTTAGGGCTGTCATCAAGCAGAATAACGTTCAGATTTGCTTACTAGCTGCCATAGCAGATAAGCTTGACGATCTTGTCCAAGATCGGAAGCAAGCAAGGAAAGAAAAGGCAAAAGAAGTCGCCATTCCCGAAGACCTAATCACCAAACTCAAGGGATTATCCCTCCAGGAGAAAGGTGAAGAAAAAGTAACCAGAAAAGAAGAACCAAAAGGAAAATTGGTGGTATTCAAAGATCCTTATAAGATCTTAGCAGCTGAAAAAGCTAAGATAACGCCAAAGATTCCCAAGGAGAAAAAGGAAGATAAGAAGGATGAGCCGGGCCAGAACTCAGCACTCAGTTCCTAGTGTCACTTCCACTAGTGAACAACAGAGGGAAGGTCCTCTCTACGAGGATCAGATCAGAGATTACAGACGCGGACAAAGGCGAATCTTCAACCTGCGAAGACAAGCCAGAAGGTTAAGAAGATCCGTGACTGGATCTAGATACCAGGAGACACTAGAACAAGAAATAGATCCGCAAACAACGTTAAGGCTCTCAATGCAAGAGAGGGCGAGATTAGTACCAGCCGAAGTACTGTACAGATCCAGACGAGACACTGTGCATCACAGAGTCTACACACACCGATCAGAGGAATCAGTCCTATGCATCGGAAACAATCAAGTTGACAGGGCATTCATTCAGCCCGAAAGTCTGGAACAACTACAGAGGACAGGGATGTCCTTCATACACATCGGTATTCTCCAAGTAAGAATTCAAATACTGCACCGGCAAGAGGAAGGAACTATGGCGTTAGTTGTCTTCAGAGACAACAGGTGGACCGGTGACCAATCTATCTTTGCTCAAATGGAGATAGATCTGACAAAGGGCAGCCAATTGGTGTTTGTCGTACCAGACACCATGATGACTATTGGAGATTTCGCAAGGAATGTCCAACTGTCCATTTTGACAAGAGGATACGAGAGTTGGCAGAACGGAGAAGCCAATTTGCTGATTACACGTGGTATGACTGGAAGGTTATCCAACACACCCAACGTAGCCTTCGCCTATCAAATAGCCAGCGCAACAGATTATCTGGCAAGCCACGGAGTAAAAGCAATCGCAGGAAAGAAACTAAACCTGCAGCATTTGCGTAACCAACAGTGGATATTACGACCGCCGCAAGCAGATGTCACACCAATGCAACCACGGTCAGTTGAAACCAGAAATCTGGTTGATGGGAGCATCTCCATCAGATTCCATGACTACGAAGCGGCCCCTTCAACTTCCAGACCTCATTATAATGAGGAAGATGAGGAAATAGAATCAGAAGCAGAATCAGAAATAAGGGACCATACAGTCGCAGTATGGATAATTGGTGAAGAAGAAATAGCAGATCAGACAGGCAGAAGAAAAGTATGGGAAGAATCTGCTAATGGAAACGGGAGATTTTTCCGTTATTATACACCCCTACCAACAACTAATGAACAGATAGTAGCAACAGGATGGGGAAGCGATGATGAAGATGACCATTCTCCTAGATGGGATACTAGCCCGGAAGAGGATGAAGATGACGAAGAAGAACCTATTTGGTCGAATGAGACCGATAGTGAAGAAGGAGATGAGGAGCCAGTATGGGATAAAGAAGAAAATGAAGAGGAAGAGGAAACCATTATTAGGGAAGAAAGCGAAGAAGATGAATATGACCCTAATATTTACATGGCCTACCTTCAAAGGGAAGAAGATGACTGGACGGAAATAATCGCCGGCATTAACAGTGAAATGGAGTACCCGCAGAGGCGACCACAACAAACAGAAACAGTTGTTTATTCAGAAACCGCTGATTACACTCCACCTGGCGATACTGTAATGACACCTGTTGGATATCCACCAGCCTCCTCTTCAAGGTCTACAGTTACAGCTCCAACTAGACCTCCACTATATGAAGGAAGAATGCCACACGCGCCCAGATTCTTGAAGCGCGATGACTACACCGAGTGGTGGCAATTGCCCTCATCACAAGGGACAACAGGAGCGTTGTTCGTTATGCCAAGACAAGTGGGCCTATTCCATGAAGTGTTCTCAAGATGGGAGTCCATTACGAAAAACTATGTTGCGGCCCAAGGCTTTACTGACCCAGTAGAAAAAATGGAATTTATAGAAAATCTATTGGGAGAAACTGAAAAACTTACCTGGATTCAGTGGCGTATGAATTACGAGACAGAATACCAGACGTTGTTGACCTTGGCAGATGGTCGACAAGGGACGCAGAACATACTGTCCCAAATCAAGAGAGTCTTCTCCTTAGAAGACCCTGCTTCTGGATCTACCAGAATTCAAGATGCTGCATACAGAGACCTGGAAAGGTTAACATGCAACAATATCAAAGACATAGTCCAATTCTTAAATGGCTATGGAAGACTTGCAGCAAAAAGCGGAAGACTGTTCTTAGGGGCAGAATTAAGTGAAAAGTTATGGATGAAAATGCCCCCTGAGTTAGGCCATAGGATGAAAGAAGCATTCCAGAAGGAATATGCTGGGAATGAAGTCGGAGTGTTCCCACGAATCCTATTTGCCTACAGATATCTGGAGCAAGAATGTAAGGACGCCGCATTCAAAAGGAGTCTAAAGTCCTTATCCTTCTGCAAAGATATGCCCTTAACTGGGTATTACGATAAAGCTCCAAGGTACGGGATGAGAAGGTCTAAGACCTACAAGGGAAAACCTCATGCTTCCCACGCAAGGGTGGAAAAGAGGAAGCATCTCATCAGGAACAAGAAATGCAAATGCTACTTGTGCGGAGATGAAGGCCATTTCGCAAGGGAATGCCCTAATACAAAGCGAGATGTAAAAAGGGTAGCAATATTTGAAGGCATCAACCTCCCAGAAGATTATGACATAGTCTCTGTGGAAGAAGGAGAAGAAGAGTCCGATGCCATATATAGCATTTCTGAAAATGAGGAGGAGCTTAAGGAAGAAGTAGTCCACCAGGAGAAGATCTTCATGATGAAGGAGGAAGATCAATCTTATTGGTTAGGGAAACCTAATCACTGGACAGCGATGGTACGAGTAAATCATCAACAGTACCATTGCGAACACCAATGGGAGCACAACAAGGAGATAACGGTATTGGCCCACATCAGCTGCCACTTCTGCAAGCAGCCTACAAACTTCAAAAGTCGGGTCCACTGCCCTATTTGCAAACTTACAAGTTGCTTCATGTGCTCACCCATATATTGCAACATTCAAGTTCAACAGCAGCCAAAGGCGCCTTTGCCATTTAATGCCAACTCATTACTCCAGCAACAGGCAGCATACATCCAATGGTTGGAAACTGAAAATAAAAGGCTGCAAGAGCTCGTGAATTTCTACAAAGATCTTTATGAGAATGAAGAGCTGAAGCTTCAACAGGAACTTGAAATTGATAGGCAAGACCTAGAAGAACATGACAGAAGAAGACGGGTTCAATTAAGCACAGAGAACCCAGAAGAATTAGCTTATCTTGAGGAAGATACAATCACGCGAGTCATAGGACATACAGTCGAAGAAAAACAAGAAGTCAGGAAGACTGTAAAAAGGGGAAATATGCTCTACAACCTCGACGTGATCCTCATAATACCTGAAGTAGGAAAACCTATCAAGGTAAAAGCTATACTGGACACAGGCGCTACAACGTGTTGTACCAATATCAACTCAGTGCCTAAAACTGCTATTGAGCAAAACACTTTCCTAGTCCAGTTCAGAGGAATCAATTCAACTCAATCCGTTGATAAGAAGCTCCGCTACGGAAGAATGACAATTAGCGGGCATCAATTCAGGATTCCTTACTGTTACGCATTTCCATTATCCCTCGGTGATGAAATTGAGATGATCCTCGGTTGTAATTTTATACGAGGAATGTATGGCGGTTTACGTATTGAAGGTCATACTATCACCTTCTACAAAAACGTAACAACAATCCAAACCCGCCTAGCCGCAGGAATGGTTGGTGGTACAACCCTTTCAAATTTGGGGGAGGAAGAGGGCCCAAGCTGCTGCTCCAGCTCCTGCTCCAGCTCA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109,352
NC_001574.1
Cacao swollen shoot virus
Hagen,L.S., Jacquemond,M., Lepingle,A., Lot,H., Tepfer,M.
National Center for Biotechnology Information, NIH
USA
1993-08-04
null
Cacao swollen shoot virus
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,161
RefSeq
1
null
null
null
null
null
null
PRJNA485481
Cacao swollen shoot virus, complete genome
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8,954
MN433933.1
Cacao swollen shoot virus
Ramos-Sobrinho,R., Chingandu,N., A Gutierrez,O., Marelli,J.P., K Brown,J., Gutierrez,O.A., Brown,J.K.
University of Arizona, School of Plant Sciences
USA
2020-04-26
Ghana6
Cacao swollen shoot virus
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,314
GenBank
1
Ghana
Ghana
Theobroma cacao
plant leaf
2013-02
null
null
Cacao swollen shoot virus isolate Ghana6, complete genome
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51,738
MN433934.1
Cacao swollen shoot virus
Ramos-Sobrinho,R., Chingandu,N., A Gutierrez,O., Marelli,J.P., K Brown,J., Gutierrez,O.A., Brown,J.K.
University of Arizona, School of Plant Sciences
USA
2020-04-26
Ghana1b
Cacao swollen shoot virus
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
6,978
GenBank
1
Ghana
Ghana
Theobroma cacao
plant leaf
2013-02
null
null
Cacao swollen shoot virus isolate Ghana1b, complete genome
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51,739
MN433938.1
Cacao swollen shoot virus
Ramos-Sobrinho,R., Chingandu,N., A Gutierrez,O., Marelli,J.P., K Brown,J., Gutierrez,O.A., Brown,J.K.
University of Arizona, School of Plant Sciences
USA
2020-04-26
Buyo15
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1
Cote d'Ivoire
Cote d'Ivoire
Theobroma cacao
plant leaf
2016-02
null
null
Cacao swollen shoot virus isolate Buyo15, complete genome
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51,743
MN433939.1
Cacao swollen shoot virus
Ramos-Sobrinho,R., Chingandu,N., A Gutierrez,O., Marelli,J.P., K Brown,J., Gutierrez,O.A., Brown,J.K.
University of Arizona, School of Plant Sciences
USA
2020-04-26
Buyo17
Cacao swollen shoot virus
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,066
GenBank
1
Cote d'Ivoire
Cote d'Ivoire
Theobroma cacao
plant leaf
2016-02
null
null
Cacao swollen shoot virus isolate Buyo17, complete genome
TGGTATCAGAGCTTGGTTTAGTAATGGTCATGTCCGGCTAAAAACCTAAGGTTAGGTAAGGGGAAAGAGTGAGGTTACCGTTAGGCTTCAAGTCCCAGTCCCAAAAATACTGTTCCCACACCAGTTAGAAGAAGACCAAACCGTTGGAAGTTTGTTGCTTCAAAAGAGAAAGGCGTAACCCAAATAGTACCTACAGAGAGGGAAGACGGGGAAAAGATGATCATTTGAAGGCAAAAATCAAGACTATTCCTATTATGCTCTACAGTTGCAGCGAAAGCTGATCTTCTGTATCAGAAAGGGAAGAAAACTTGGTTAATGTCTAGCCGTTGGGAGAATAGTATCCAAGAATGGTATGAGAAGTCTCACACAGCCAACCTCGAGTACCTAGACCTAGCCTCTACTAGCAAAGTGACCAACAACCAATTAGCTCATAACCTTGCAGTGACTTTTGATAGAATCAATTTAGGAAACAGAGTCTTCATCAAAAACCTAAAACAAATCCAAGAGTCTATCTTAGAACTACATACCAGAGTCGATACCGTAGAAGTAGCCTTGAGACGGCTAACCAAGCTATTCAAAGAAAATAAACCTTTGTCTGAGTCTGAAGTTAAGAGATTGGTAGAAGAGATAGCTCAGCAACCAAAGATCGTTGAGGAACAAGCCCTCAGGATCTCTCAGGAGCTTGAGTTAAAGCTCAAGGAAGTAGAAAAGCTTCTCCACAACCTTGGCCAAGTAATTGGTCAATGACTGATAGCCCCTGCTATCAAGAAGCACTGAAAGAAGCTGAGAAAGTTGACCCTCCTGCAGTCGGGTTAACTAACACCGGAAAAGTAACAGCACTTGACGGACTAAGGACGGTGATAAAGCAAAACAACGTCCAGATTTGCTTGCTAGCCTCTATAGCAGATAAACTTGAAGAACTGGTTCAAGACCAGAAGAAGGCAAGAAAGGAGAAGGCAAAGGAAGTTGCCATCCCAGAGGATCTCATCACAAAACTCCAAGGATTATCCATTCGGGAGAAAGGTGAATCGAAAATCACAAAGAAACCAGAGCCAAAAGGGACACTGTTTGGATACAAAGATCCATACAAGATTTTAGCAGCAGAAAAAGCTAAGATCACTCCTAAACAAAAGAGAGATGAGTCGAGCAAGGACACATCCTCCAGTTCCTAGTGTCACAGCCACCACTAGTGAGCAAAACAGAGAAGGACCTCTTTACGAGGACCAGATCAGAGACTACCGAAGGAGTCAGAGGAGGATCTTCAATCTAAGAAGAAAAGCTAGAAGATTGAGGAGATCCATGATGGGGTCAAGATACCAGGAAACCCTAGAACAAGAGATTGACCCACAAACAACACTGAGGTTGTCCATGCAAGAAAGAGCGAGACTAGTGCCAGCTGAAGTACTGTACAGATCACGACGAGACACTGTTCACCACAGAGTCTATACCCATCGCTCGGAAGAATCCGTCCTATGTGTCGGAGGAAATCAAGTAGACAGGGCCTTTATCCAGCCCGAAAGTCTAGAACAACTGCAAAGGACTGGAATGTCCTTCATCCATATAGGAATCCTGCAAGTAAGGATTCAGATCTTACATCGCCAAGAAGAAGGTACTATGGCCCTAGTAGTTTTCCGTGACAACAGATGGTCCGGAGACCAATCTATCTTCGCACAAATGGAGGTAGATTTAACTAAGGGAAGTCAGTTGGTATTTGTCATACCAGATACCATGATGACCATCGGAGATTTTGCCCGGAACGTACAGCTATCAATCCTCACAAGAGGATATGAGAATTGGCAAAACGGGGAGTCAAACCTGCTAATAACACGTGGCATGACGGGACGACTGTCTAACACACCTAATGTCGCCTTTGCCTATCAAATTGCCAGCGCAACTGATTATCTGACAAGCCATGGGGTAAAAGCAATCGCAGGGAAAAAGATGAACTTGCAACACCTGAGAAATCAACAGTGGATTCTAAAACCACCGCAAGTTAACATCATACCAATGCAACCTAGATCGGTAGAAACCAGAAATCTGGTAGATGGAAGTATTTCCATCAGATTCCATGATTATGAAGCAGCTCCTTCAACGTCCAGACGTCACTACAATGAGGAAGACGAAGAAGTAGAGTCTGAGACAGAATCGGAGATAAGGGAGCATACCATAGCAGTCTGGATTGGTGAAGAAGAAATTCCAGACCAAACAGGAAGAAAGAAGGTATGGGAAGAATCCAGCAATGGAAATGGAAGGTTCTTCCGATACTACACTCCTCCACCAACAACAGATGAACAGATTGTAGCTACTGGTTGGGGAAGTGATAATGATGAAGATGAGGATGAAAGCCCTCCAAAATGGGATGAAAATCCTGATGAAGAAGAAGCAGTGGAGCCAATCTGGGATCAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGAATATGATCCTAATGTCTATATGGCTTATTTGCAAAAGGAGGAGAATGAGTGGCAAGAAATTGCCGCCGGCTTACAAGAAAAAGTGGAAATGGAGTATCCACGGCGGAAGCCACAGACGGAGACTGTATTTTCTGAAACGGTGGACTACAACCCACCTACGGATACAATGATGACACCTGTCGGATATCCACCGGCCTCGTCATCAAGATCAACAGTCACCGCACCTGATAAGCCCCCTCTATTTGAAGGAAGGATGACACACGTGCCAAAATTCAAAAGAGATAATTACACAGAATGGTGGCAGTTACCATCATCTCAAGGCACAACTGGGGCGATGTTTGTGATGCCCAAACAAATGGGCCTATTCCATGAAGTTTTCTCACGATGGGAGTCCATCACCAAAAACTATGTTGCGGCCCAAGGTTTCACGGACCCAACAGAAAAGATGGAGTTCATGGAAAACCTGTTAGGAGAAACAGAAAAGCTGACCTGGATCCAATGGAGAATGAACTATGAGATTGAATATCAGCAGTTATTAACTCAGGCTGATGGACGTCAAGGGACCCAAAACATCTTGTCCCAGATCAAAAGAGTCTTTTCTTTAGAAGACCCAGCCACAGGATCCACGAAGATACAGGATGCTGCATACAGAGACCTTGAAAGATTAACCTGCAACAACATTAAAGATATCGTTCAGTTTCTGAATGATTATGGAAGGTTAGCAGCAAAAAGTGGGCGATTGTTCTTAGGAACTGAGCTCAGTGAGAAGTTATGGATGAAGATGCCACCAGAACTAGGGCATCGTATGAGAGAAGCATTTCAGAAAGAATACGCAGGCAATGAAGTAGGTGTCTTCCCGCGTATCTTGTTTGCATACAAGTACTTGGAACAAGAATGCAAAGACGCAGCGTTTAAACGCAGCCTGAAATCACTAAGCTTCTGCAAGGACATGCCATTAACAGGTTACTATGATCAACCACCCAAATATGGCATGAGAAAATCCAAGACTTACAAAGGAAAGCCACACGCATCACATGCGAGGGTCGAAAAGAGAAAGCACTTAATCAGGAACAAGAAGTGTAAGTGTTACCTGTGTGGAGATGAAGGGCACTTTGCCAGAGAATGCCCTAATAACAAAAGAGATGTCAAGAGAGTAGCTATTTTTGAAGGCATCAATCTTCCTGAGGGTTTTGATATTGTCTCAGTTGAAGAAGGGGAAGATGATTCAGATGCTATTTATAGCATATCTGAAAATGAAAATGGAGAAGAGCTTGACGCAGAAGTAGTCCAAGAGAAAGTCTTCATGATAAGAGAAGAGGACCAATCCTACTGGTTAGGAAAAACTAATCATTGGACAATGATGGTGCGAGTCAGCAGCCAGCAATATCATTGCTTGCACCAATGGGAGCACAATAAGGAGATCACGACGGTGGCCCACATTAACTGCCACTTCTGCAAGCAACCCACCCAACTAAGGAGTCGAATACACTGTCCTACGTGTAAACTCACAAGTTGCTTCATGTGTGCCCCAATATACTGTAATACAACGGTTCAACAACAGCCTAAACCGCCTGCGCCATTCAACACCAACACTTTGCTTCAACAGCAAGCGGCGTATATCCAATGGTTAGAAGGAGAAAACCAGCGGTTAACACAGGCCGTTGAATTTTACAAAAAGGAAGCTGCAGACCTTAGGCTCGAGAAAGAATTGGAGGAAGATAGAAGGAATCTGGAGCCAAAGACACAAAACAGGGGGAAGAAAGTTCTCACTATCAATGAATCCTCTGAAGATGAACACATAGCGTATCTTGAGGAAGATACCGTCAGCCGAATCATCGGCCATACTGTGGAAGAGCAACAGGAGATCAAAAAGCCAGTCAAAAGAGGAAACATGCTATACAACCTCGACGTGGTTTTATCTATCCCTGAAGTTGGGCGACCAATCAAGGTTAAAGCTATCCTTGATACGGGCGCAACCACCTGTTGCATCAACATTAACTCCGTTCCCAAAACGGCGATTGAACAGAACACCTTTCTGGTTCAATTTAGAGGCATTAATTCCACACAATCAGTTGACAAAAAGCTTAAATACGGGCGCATGACTATCAGTAATCATCAGTTTCGCATCCCGTACTGTTATGCCTTTCCTCTATCTTTGGGCGACGGAATAGAAATGATCCTAGGATGTAATTTCATCCGTGGGATGTACGGCGGTTTGAGGATTGAAGGTCATACTATCACCTTCTACAAGAATGTTACCACTATTCAAACCCGCCTTACTGCTGTAATGGTTGGTGGTACAACCACTTCTGAGTTGGGGGAGGATGATGAAGAACCCATTTTTGAAACCCAAGAAGAAACAGAAGAATTTGACTCAGAAGCCCATCAACAGATCATAAGTCATGCTGCAACACAAGCCCAACAGCATAAACTAAACCCAAAGCTCCAACAACTGATGGACCAACTAAAGGATCAGGGCTTTATTGGGGAGAATCCGATGCAATATTGGGCTAAAAACAAGATTCTGTGTAGGTTGGATATCAAGAATCCAGACCTTATAATAGAAGACAA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51,744
MN433940.1
Cacao swollen shoot virus
Ramos-Sobrinho,R., Chingandu,N., A Gutierrez,O., Marelli,J.P., K Brown,J., Gutierrez,O.A., Brown,J.K.
University of Arizona, School of Plant Sciences
USA
2020-04-26
Buyo7
Cacao swollen shoot virus
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,055
GenBank
1
Cote d'Ivoire
Cote d'Ivoire
Theobroma cacao
plant leaf
2016-02
null
null
Cacao swollen shoot virus isolate Buyo7, complete genome
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51,745
MN433941.1
Cacao swollen shoot virus
Ramos-Sobrinho,R., Chingandu,N., A Gutierrez,O., Marelli,J.P., K Brown,J., Gutierrez,O.A., Brown,J.K.
University of Arizona, School of Plant Sciences
USA
2020-04-26
Buyo4
Cacao swollen shoot virus
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,045
GenBank
1
Cote d'Ivoire
Cote d'Ivoire
Theobroma cacao
plant leaf
2016-02
null
null
Cacao swollen shoot virus isolate Buyo4, complete genome
TGGTATCAGAGCTTGGTTTAACAATGGTCATGTCCGGCTAAAAACTTAAGGTTAGGTAAGGGGAAAGAGTGAGGTTACTGTTAGGCTTCAAAGTCCCAGTCCAAAAATACTGTTCCCACACCAGTTAGAATAAGACCAAACTGTTGGAAGTTTGTTGCTTCAAAAGAAAAAGGCGTAACCCAAATAGTACCTACAGAGGGGGAAGATGGGGAAAAGATGATCCTTTGAAAGCAAAAATCAAGACTATTCCTATTATGCTCTACAGTTGCAGCGAAAGCTGATCTTCTGTATCAGAAAGGGAAGAAAACTTGGTTAATGTCTAGCCGTTGGGAGAATAGTATCCAAGAATGGTATGAGAAGTCTCACACAGCCAACCTCGAGTACCTAGACCTAGCCTCTACTAGCAAAGTGACCAACAACCAACTAGCTCATAACCTTGCAGTTACATTTGACAGAGTCAATTTAGGAAACCGAGTCTTCATTAAAAACCTAAAACAAATCCAAGAGTCTATTTTAGAACTACATACCAGAGTCGACACCTTAGAAGTAGCCTTAAAACGGCTAACCAAGCTATTTAAAGAAAACAAACCTTTATCTGAGATTGAGGTAAAGAGACTGGTAGAAGAGATAGCCCAGCAACCAAAGATCGTTGAGGAACAAGCCCTCAGGATTTCTCAGGAGCTTGAACTAAAGCTCAAGGAAGTAGAGAAGCTGCTCCACAATCTTGGCCAAGTAATTGGTCAATGACTGATAGCCCCAGCTATCAAGGAGCACTGAAAGAAGCTGAGAAAGTTGACCCTCCTGCAGTCGGGTTAACTAACACCGGGAAAGTAACAGCACTTGACGGACTAAGGACGGTAATAAAGCAAAACAACGTCCAGATCTGCCTGCTAGCCTCTATAGCAGATAAACTTGAAGAACTGGTACAAGACCAGAAGAAAGCAAGAAAGGATAAGGCAAAGGAGGTTGCCATCCCAGAGGATCTCATCACAAAACTCCAAGGATTGTCTATCCAGGAGAAAGGTGAAACAAAGATCACAAAGAAACCAGAGCCAAAAGGAACACTGTTTGGATACAAAGATCCTTACAAGATTTTGGCAGCAGAAAAGGCTAAGATCACGCCTAAGCCCTTAAAAGAAAAGAGAGATGAGTCGAGCAAGGACACATCCTCCAGTTCCTAGTGTCACAACTACCACTAGTGAACAGAACAGGGAAGGACCTCTTTACGAGGACCAGATCAGAGACTACCGAAGGAGTCAAAGAAGGATCTTCAATCTAAGAAGAAAAGCCAGAAGATTGAGGAGATCGATGATGGGGTCTAGATACCAGGAGACCCTAGAGCAAGAAATTGACCCACAGACAACACTAAGGTTGTCCATGCAAGAAAGAGCGAGATTAGTGCCAGCTGAGGTACTGTACAGATCACGGCGAGACACTGTTCACCACAGAGTCTACACCCATCGCTCGGAAGAATCCGTCCTGTGTGTCGGAGGAAATCAAGTAGACAGGGCCTTTATCCAGCCCGAAAGCTTAGAACAACTGCAAAGGACGGGAATGTCCTTCATCCATATAGGAATCCTGCAAGTAAGGATTCAGATCTTGCATCGCCAAGAAGAAGGCACCATGGCCTTGGTGGTTTTCCGTGACAACAGATGGTCCGGAGACCAATCTATCTTTGCACAAATGGAGGTAGATTTAACTAAGGGAAGTCAATTGGTATTTGTCATACCAGATACCATGATGACCATCGGAGATTTTGCCCGGAATGTACAGCTATCAATCCTCACAAGGGGATATGAGAATTGGCAAAATGGAGAGTCAAACCTGCTAATAACACGTGGCATGACGGGACGACTGTCTAATACACCTAATGTCGCCTTTGCCTACCAAATTGCTAGTGCGACTGACTATCTGACAAGCCACGGGGTGAAAGCAATCGCAGGAAAGAAGATGAACTTGCAACATCTGAGAAACCAACAGTGGGTTCTAAGACCACCGCAAGTTAACACCATACCGATGCAACCTAGATCGGTAGAAACCAGGAACCTGGTAGATGGTAGTATTTCCATCCGATTTCATGATTATGAAATAGCCCCTTCAACGTCCAGACCCCACTACAATGAAGAAGACGAAGAAGTAGAGTCTGAGACAGAATCGGAGATAAGGGAACATACTATAGCAGTCTGGATTGGTGAAGAAGAAATCCCAGACCAAACAGGAAGAAAGAAAGTATGGGAAGAATCCAGCAATGGAAATGGGAGGTTCTTTCGATACTACACTCCCCTACCAATATCTGATGAACAAATTATAGCTACTGGTTGGGGAAGTGATGATGATGATAGGGATGAAAGTCCCTACGAGGATGAAAATCCTGATGAAGAAGAAGCAGCTGAGCCAATTTGGGATCAAGAAGAAGAAGACGAATATGATCCTAATATCTACATGGCTTATTTGCAAAAGGAAGAAAATGAGTGGCAAGAAATCGCCGCTGGACTGCAAGAAGAAACAGAAATGGAATATCCACGGCGGAAGCCACAGATGGAGACTGTATTTTCTGAAACGGTGGACTACAACCCACCTACTGATACAATGATGACACCTGTCGGATATCCACCGGCCTCGTCATCAAGATCAACAGTCACTACACCAGATAGGCCCCCTTTATTTGAAGGAAGGATGACACACGTGCCAAAATTCAAAAGAGATAACTACACAGAATGGTGGCAGCTACCATCATCTCAAGGCACAACTGGGGCGATATTTGTTATGCCCAAACAAATGGGCTTATTCCATGAAGTTTTCTTACGATGGGAGTCCATCACCAAAAACTATGTTGCGGCCCAAGGTTTCACGGACCCAACAGAAAAGATGGAGTTCATGGAAAATCTGTTAGGAGAAACAGAAAAGCTGACCTGGATCCAATGGAGGATGAACTATGAGGCTGAATATCAGCAGTTGTTAACTCAAGCTGATGGACGTCAAGGGACCCAAAACATCTTGTCCCAGATCAAAAGAGTCTTTTCTTTAGAAGACCCAGCCACAGGATCCACAAAAATACAAGATGCTGCATACAGAGACCTGGAGAGATTAACCTGCAACAACATCAAAGATATCGTTCAGTTCTTGAATGATTATGGAAGGTTAGCAGCAAAAAGTGGGCGATTGTTCTTAGGAACTGAGCTCAGTGAAAAGCTATGGATGAAGATGCCACCAGAGCTAGGGCATCGTATGAGAGAAGCATTTCAGAAAGAATACGCAGGCAATGAAGTAGGTGTCTTCCCGCGTATCTTGTTTGCATACAAATACTTGGAACAAGAGTGCAAAGACGCAGCGTTTAAACGCAGCCTGAAATCCTTAAGCTTCTGTAAGGATATGCCATTAACAGGTTACTATGATCAACCACCCAAGTATGGCATGAGAAAGTCTAAGACCTACAAAGGAAAGCCACACGCATCACATGCGAGAGTTGAAAAAAGAAAGCACTTAATCAGGAATAAGAAGTGCAAGTGTTACCTGTGTGGAGATGAAGGGCACTTTGCCAGAGAATGCCCTAATAACAAAAGAGATGTCAAGAGAGTAGCCATTTTCGAGGGAATCAATCTTCCTGATGGTTTCGACATTGTCTCAGTTGAAGAAGGGGAAGATGATTCAGATGCTATTTATAGTATATCTGAAAATGAGAATGGAGAAGAACTTGACGCGGAAGTAGTCCAAGAGAAAGTCTTCATGATAAGAGAAGAGGACCAATCCTATTGGTTAGGAAAGACTAATCATTGGACAATGATGGTGCGAGTCAGCAGCCAGCAGTATCATTGCTTGCACCAATGGGAACACAATAAGGAGATCACAACGGTGGCCCACATTAACTGCCACTTCTGTAAGCAACCCACTCAACTAAGGAGTCGAATACACTGTCCTACGTGTAAACTCACGAGTTGCTTCATGTGTGCCCCTATTTACTGCAATACAACTGTTCAACAACAGCCTAAACCACCTGCGCCATTCAACACCAACACTTTGCTTCAACAGCAAGCGGCGTATATTCAGTGGTTAGAAGGAGAAAACCAGCGGTTAACACAGGCAGTTGAATTTTACAAGAAGGAAGCTGCAGACCTTAGGCTCGAGAAAGAATTGGAGAAAGATAGAAAGGATCTGGAGCCAAAGACACAAGACAGAGGGAAGAAAGTTCTCATTATCAATCCACAAGAACCCTCTGAGGATGAACATACAGCGTATCTTGAGGAAGATACTGTCAGCCGAATCATCGGCCATACTGTGGAAGAACAGGAAATCAAAAAGCCCGTCAAACGAGGAAACATGCTATACAACCTCGACGTGGTTTTATCTATCCCTGAAGTTGGACGACCAATCAAGGTTAAAGCCATCCTTGATACAGGCGCAACCACCTGTTGCATCAATATCAACTCCGTTCCCAAAACGGCAATTGAACAGAATACCTTTCTGGTTCAATTTCGAGGCATTAATTCCACCCAATCAGTGGATAAAAAGCTGAAATACGGGCGAATGACTATCAGTAATCATCAGTTTCGCATCCCATACTGTTATGCCTTTCCCCTATCTTTGGGCGACGGAATAGAGATGATCCTAGGATGTAACTTCATCCGTGGGATGTATGGCGGTTTGAGGATTGAAGGTCATACTATCACTTTCTACAAAAATGTCACCACTATCCAAACCCGCCTTGCCGCTGTAATGGTTGGTGGTACAACCACTTCTGAGTTGGGGGAAGATGAAGAACCCATTTTTGAAACCGAAGAAGAAGTAGAAGAATTTGACTCAGAAGCCCATCAACAAATCATAAGTCATGCTGCAACACAAGCCCAACAGCAAAAGCTAAACCCAAAGCTCCAGCAACTGATGGATCAACTTAAAGATCAGGGCTTCATTGGGGACAATCCGATGCAGCATTGGGCTAAGAACAAGATTCTGTGCAGGTTGGATATCAAGAATCCAGACCTCATCATAGAAGATAAGCCCAT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51,746
MN433942.1
Cacao swollen shoot virus
Ramos-Sobrinho,R., Chingandu,N., A Gutierrez,O., Marelli,J.P., K Brown,J., Gutierrez,O.A., Brown,J.K.
University of Arizona, School of Plant Sciences
USA
2020-04-26
Buyo5
Cacao swollen shoot virus
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,045
GenBank
1
Cote d'Ivoire
Cote d'Ivoire
Theobroma cacao
plant leaf
2016-02
null
null
Cacao swollen shoot virus isolate Buyo5, complete genome
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51,747
MN433943.1
Cacao swollen shoot virus
Ramos-Sobrinho,R., Chingandu,N., A Gutierrez,O., Marelli,J.P., K Brown,J., Gutierrez,O.A., Brown,J.K.
University of Arizona, School of Plant Sciences
USA
2020-04-26
Kipi7b
Cacao swollen shoot virus
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,080
GenBank
1
Cote d'Ivoire
Cote d'Ivoire
Theobroma cacao
plant leaf
2016-02
null
null
Cacao swollen shoot virus isolate Kipi7b, complete genome
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51,748
MN433944.1
Cacao swollen shoot virus
Ramos-Sobrinho,R., Chingandu,N., A Gutierrez,O., Marelli,J.P., K Brown,J., Gutierrez,O.A., Brown,J.K.
University of Arizona, School of Plant Sciences
USA
2020-04-26
Kipi10b
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Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,055
GenBank
1
Cote d'Ivoire
Cote d'Ivoire
Theobroma cacao
plant leaf
2016-02
null
null
Cacao swollen shoot virus isolate Kipi10b, complete genome
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51,749
MN433945.1
Cacao swollen shoot virus
Ramos-Sobrinho,R., Chingandu,N., A Gutierrez,O., Marelli,J.P., K Brown,J., Gutierrez,O.A., Brown,J.K.
University of Arizona, School of Plant Sciences
USA
2020-04-26
Kipi26
Cacao swollen shoot virus
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,064
GenBank
1
Cote d'Ivoire
Cote d'Ivoire
Theobroma cacao
plant leaf
2016-02
null
null
Cacao swollen shoot virus isolate Kipi26, complete genome
TGGTATCAGAGCTTGGTTTAGCAATGGTCATGTCCAGCTAAAAACTTAAGGTTAGGTAAGGGGAAAGAGTGAGGTTACCGTTAGTCTTCAAACGTCCCAAAATACTGTTCCCACACCAGTTAGAATAAAACCAAACTGTTGGAAGTTTGTTGCTTCAAAAGAAAAAGGCGTAACCCAAATAGTACCTACAGAGAGGGAAGACGGGGAAAAGATGATCTTTTGAGGGCAAAAATCAAGACTATTCCTATTATGCTCTACAGTTGCAGCGAAAGCTGATCTTCTGTATCAGAAAGGGAAGAAAACTTGGTTAATGTCTAGCCGTTGGGAGAATAGTATCCAGGAATGGTATGAGAAGTCTCACACAGCCAACCTCGAGTACCTAGACCTAGCCTCTACTAGCAAAGTGACCAACAACCAATTAGCTCATAACCTAGCAGTAATATTTGACAGAGTCAGCTTAGGAAACCGAGTCTTCATCAAAAACCTAAAACAAATCCAAGAGTCTATCTTAGAACTACATACCAGAGTTGACACAGTAGAAGTAGCCTTGAGACGGCTAACCAAGCTATTCAAAGAAAACAAACCTTTGTCTGAGTTTGAGGTAAAAAGACTGGTAGAAGAGATAGCCCAGCAACCAAAGATCGTTGAAGAACAAGCCCTCAGAATCTCTCAAGAGCTTGAGCTAAAGCTCAAGGAAGTAGAAAAGCTGCTCCACAACCTTGGCCAAGTGATTGGTCAATGACTGATAGCCCCAGCTATCAAGAAGCACTGAAAGAAGCTGAGAAAGTTGACCCTCCTGCAGTCGGGTTAACTAGCACCGGAAAAGTAACAGCACTTGACGGTCTAAGAACGGTAATAAAGCAAAACAACGTCCAGATCTGCCTGCTAGCCTCTATAGCAGATAAACTTGAAGAACTGGTGCAAGATCAGAAGAAAGCAAGAAAGGACAAGGCAAAGGAGGTTGCCATTCCAGAGGATCTCATCACAAAACTCCAGGGGTTATCTATCCAGGAGAAAAGTGAAACAAAGATCACAAAGAAACCAGAGCCAAAAGGAACACTGTTTGGATACAAAGATCCTTACAAGATTTTGGCAGCAGAAAAAGCTAAGATCACGCCTAAGCCCTTGAAAGAAAAGAGAGATGAGTCGAGCAAGGACACATCCTCCAGTTCCTAGTGTCACAGCTACCACTAGTGAACAGAACAGGGAAGGACCTCTTTACGAGGACCAGATCAGAGACTACCGAAGGAGTCAAAGAAGGATCTTCAATCTAAGGAGAAGAGCTAGAAGATTGAGAAGATCTATGATGGGGTCTAGATACCAGGAGACCCTAGAACAAGAAATCGACCCACAGACAACACTGAGGTTGTCCATGCAAGAAAGAGCGAGATTAGTGCCAGCTGAGGTACTATACAGATCACGGCGAGACACTGTTCACCACAGAGTCTACACCCATCGCTCGGAAGAATCCGTCCTTTGTGTCGGAGGAAATCAAGTAGACAGGGCCTTTATCCAGCCCGAAAGTTTAGAACAACTGCAAAGGACTGGAATGTCCTTCATCCATATAGGAATCCTGCAAGTAAGGATTCAGATCTTGCATCGCCAGGAGGAAGGTACCATGGCCTTAGTAGTCTTCCGTGACAACAGATGGTCCGGAGACCAATCTATCTTCGCACAAATGGAGGTAGATTTAACTAAGGGGAGTCAACTGGTATTTGTTATACCAGATACCATGATGACCATCGGAGATTTTGCCAGGAACGTACAGCTATCAATCCTCACAAGAGGATATGAGAATTGGCAAAATGGGGAGTCAAACCTGCTAATAACACGTGGCATGACGGGACGACTGTCTAATACACCTAATGTCGCCTTTGCCTATCAGATTGCTAGCGCGACTGACTATCTGACAAGTCACGGGGTAAAAGCAATCGCAGGGAAAAAGATGAACTTGCAACACCTGAGAAATCAACAGTGGATTCTAAGACCACCGCAAGTTAACATCACACCGATGCAACCTAGATCGGTAGAAACCAGGAATCTGGTAGATGGTAGCATTTCCATCCGATTCCATGATTATGAAGCAGCCCCTTCAACGTCCAGACCCCACTACAATGAAGAAGATGAAGAAGTAGAGTCTGAGACAGAATCGGAGATAAGGGAACATACTATAGCAGTCTGGATTGGTGAAGAAGAAATCCCAGACCAAACAGGAAGAAAGAAAGTATGGGAAGAATCCAGCAATGGAAATGGGAGATTCTTCCGGTACTACACTCCTCCACCAACGACTGATGAACAGATTGTAGCTACTGGTTGGGAAAGTGATGATGATGAGAAAGAGGATGAAATCCCTCCAAAATGGGATAAAAGTCCTTATGAGGATGAAAATCCTGATGAAGAAGAAGCAGCTGAGCCAATTTGGGATCAAGAAGAGGAGGAGGATGAATATGATCCTAATGTCTACATGGCTTATTTGCAAAAGGAAGAAAATGAGTGGCAAGAAATCGCCGCCGGCTTGCATGAAGAAATGGAGTACCCACGGCGGAAGCCACAAACGGAGACTGTATTTTCTGAAACGGTGGACTACAACCCACCTACTGATACAATGATGACACCTGTCGGATATCCACCGGCCTCATCATCAAGATCAACAGTCACCACACCTGATAGGCCCCCTTTATTTGAAGGAAGAATGACACACGTGCCAAAATTCAAAAGGGACAACTACACAGAATGGTGGCAATTACCATCATCTCAGGGCACAACTGGGGCGCTGTTTGTAATGCCCAAACAAATGGGCTTATTCCATGAAGTTTTCTCACGATGGGAGTCCATCACCAAAAACTATGTTGCGGCCCAAGGTTTCACGGACCCAACAGAAAAAATGGAGTTCATGGAAAATCTGTTAGGAGAAACAGAAAAGCTGACCTGGATCCAATGGAGAATGAACTATGAGGCTGAGTATCAGCAGTTATTAACTCAAGCTGATGGACGTCAAGGGACCCAAAACATCTTGTCCCAGATCAAAAGAGTCTTTTCTTTAGAAGACCCAGCCACAGGATCCACAAGAATACAAGATGCTGCATACAGAGACCTGGAAAGGTTAACCTGCAATAACATCAAAGATATCGTTCAGTTCTTGAATGATTATGGAAGGTTAGCAGCAAAAAGTGGGCGATTGTTCTTAGGAACTGAGCTCAGTGAAAAGCTATGGATGAAGATGCCACCAGAGCTAGGGCATCGTATGAGAGAAGCATTTCAAAAGGAGTACGCAGGCAATGAAGTAGGCGTTTTCCCGCGCATCTTGTTTGCATACAAATACTTGGAACAAGAATGCAAAGACGCAGCGTTTAAACGCAGCCTGAAATCATTAAGCTTCTGTAAGGATATGCCATTAACAGGTTACTATGATCAACCATCCAAGTATGGCATGAGAAAGTCCAAGACTTACAAAGGAAAGCCACACGCATCACATGCGAGGGTTGAAAAGAGAAAGCACTTAATCAGAAACAAGAAGTGTAAGTGCTACCTGTGTGGAGATGGAGGGCACTTCGCCAGAGAATGTCCTAACAACAAAAGAGATGTCAAGAGAGTAGCCATTTTCGAAGGCATCAATCTTCCTGAAGGTTTCGATATTGTCTCAGTCGAAGAAGGGGAAGAGGACTCAGATGCTATTTATAGCATATCTGAAAATGAAAATGGAGAAGAACTTGACACAGAAGTAGTCCAAGAGAAAGTCTTCATGATAAGAGAAGAAGACCAATCCTACTGGTTAGGAAAGACTAATCATTGGACGATGATGGTGCGAGTCAGCAGCCAGCAGTATCATTGCTTACACCAATGGGAGCACAATAAGGAGATCACAACGGTGGCCCACATCAACTGCCACTTCTGTAAGCAACCTACTCAACTAAGGAGTCGAATACACTGTCCTACGTGTAAACTCACAAGTTGCTTCATGTGTGCTCCTATCTACTGCAATACAACTGTTCAACAACAGCCTAAACCGCCTGCGCCATTCAACACCAACACTTTGCTTCAACAGCAAGCGGCGTATATACAGTGGTTAGAAGGAGAAAACCAGCGGTTAACACAGGCAGTTGAATTCTACAAAAAGGAAGCTGCAGACCTTAGACTCGAAAAAGAATTGGAGAAAGATAGAAAGGATCTGGAACCAAAAAAACAAGACAGAGGTAAGAAGGTTCTCATTATAGATCCACAAGAACCCTCTGAGGATGAACAGATAGCGTATCTTGAGGAAGATACCGTCAGTCGAATCATCGGCCACACTGTGGAAGAACAACAGGAAATTAAAAAGCCCGTCAAACGAGGAAACATGCTATACAACCTCGACGTGGTTTTATCTATCCCTGAAGTTGGACGACCAATCAAGGTTAAAGCTATCCTTGATACAGGCGCAACCACCTGTTGCATCAACATCAACTCCGTTCCCAAAACGGCAATTGAACAGAATACCTTTCTGGTTCAATTTCGAGGCATCAATTCCACACAATCAGTGGATAAAAAACTGAGATACGGGCGCATGACCATCAGTAATCATCAGTTTCGCATCCCGTACTGTTATGCCTTTCCATTATCTTTGGGCGACGGAATAGAGATGATCCTAGGATGTAATTTCATCCGTGGGATGTATGGCGGTTTGAGGATTGAAGGACATACCATCACCTTCTACAAAAATGTTACTACTATTCAAACCCGCCTTGCTGCTGTAATGGTTGGTGGTACAACCACTTCTGAGTTAGGGGAGGATGAAGAACCCATTTTTGAAACCCAAGAAGAAGTAGAAGAATTTGACTCAGAAGCCCATCAACAAATCATAAGTCATGCTGCAACACAAGCCCAACAGCAAAAGCTAAACCCAAAGCTCCAACAACTGATGGATCAACTAAGAGAGCAGGGCTTCATTGGGGAAAATCCGATGCAGCATTGGGTTAAGAACAAGATTCTGTGCAGGTTGGATATCAAAAATCCAGACCTCA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51,750
MN433946.1
Cacao swollen shoot virus
Ramos-Sobrinho,R., Chingandu,N., A Gutierrez,O., Marelli,J.P., K Brown,J., Gutierrez,O.A., Brown,J.K.
University of Arizona, School of Plant Sciences
USA
2020-04-26
Krag15
Cacao swollen shoot virus
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,063
GenBank
1
Cote d'Ivoire
Cote d'Ivoire
Theobroma cacao
plant leaf
2016-02
null
null
Cacao swollen shoot virus isolate Krag15, complete genome
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51,751
MN433947.1
Cacao swollen shoot virus
Ramos-Sobrinho,R., Chingandu,N., A Gutierrez,O., Marelli,J.P., K Brown,J., Gutierrez,O.A., Brown,J.K.
University of Arizona, School of Plant Sciences
USA
2020-04-26
Kipi12
Cacao swollen shoot virus
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,007
GenBank
1
Cote d'Ivoire
Cote d'Ivoire
Theobroma cacao
plant leaf
2016-02
null
null
Cacao swollen shoot virus isolate Kipi12, complete genome
TGGTATCAGAGCTTGGTTTTAGCAATGGTCATGTCCGGCTAAGTTAGTCAGTCTAGGCTCAGGGAAAGAGTGAGGTAACCGTTAGGCGTCAAAATACTGTTCCAAAATACTATTCACCAAACCACTAGGGGTATCCTGTTTATGTGAAAAAGACGTAACCCAGACGAAACCACGAGGGGGAAAACTTGGGGAAAAGGTGATCAGTAAACAGAAACCAAACTATTCCTCGTATGCTCTACGGTTGCAGCCACGGCTGATCCTCCGTATCAGAAAAGGAAAAAATTTGGCGTATGTCTAGCCGATGGGAAAATAGTATTCAGGAGTGGTATGAGAAGTCTCACACTGCCAACCTCGAGTACCTTGACCTAGCCTCTACCAGTAAAGTGACCAACAACCAACTAGCTCATAACCTCGCAGTAACCTTTGATAGAGTCAACTTAGGAAACCGAGTCTTCATTAAAAACCTTAAACAAATTCAAGAGTCTATCCTAGAACTAAATACCAGAATTGACACTGTAGAAGTAGCCTTGAGAAGGCTAACCAAGCAGTTCCGAGAAAACAAACCACTGTCTGAATCTGAAGTAAAGAGACTAGTGGAAGAGATAGCCCAGCAACCCAAAATTGTTGAGAAACAGGCACTGGAAATATCTCAACAGTTAGAACTCAAACTGGAAAAAGTGGAAAAGCTTCTACACAAGCTTGACCAGTGGGTTGGTCAATGAGTGAAAGCCCCTCTTACCAAGAAGCACTTAAGGAAGCTGAAAAGATCGACCCTCCAGCGATTGGACTAACCACATCCAGTGGAGTAACTGCGGTCCAAGGCTTCAGGACCATCATCAAACAAAACAACGTCCAGATTTGCCTACTTGCGGCTATAGCAGACAAACTTGAAGAACTGGTGCAAGACCAGAAGAAAGCAAGAAAAGACAAGGCTAAGGAGGTTGCCATTCCTGAAGATCTTATCACAAAACTCCAAGGATTATCCATCCAGGAGAAAGGTGAAGCAAAGGTCACAAGGAAACCAGAGCCAAAAGGAACACTGTTTGGATTCAAAGATCCTTACAAAATTTTGGCAGCAGAAAAGGCTAAGATCACACCAAAGCCTGTAAAAGAAAAGAAAGATGAGTCGGGCAAGACCGCAACCCCCAGTTCCTAGTGTGACATCTACCACTAGTGAACAGAACAGAGAAGGGCCTCTTTATGAGGACCAAATCAGAGACTACAGAAGGAGTCAGAGGAGGATCTTCAACCTAAGAAGGAATGCCAGAAGGTTGAGAAGATCAATGATGGGGTCTAGATACCAGGAGACCTTAGAACAAGAAATTGATCCACAGACAACACTGAGGTTGTCCATGCAAGAAAGAGCGCGATTAGTACCAGCAGAAGTACTGTACAGATCACGACGAGACACTGTTCACCACAGGGTCTACACCCATCGCTCTGAAGAATCCGTCCTATGTGTCGGCGGAAATCAAGTTGACAGGGCCTTTATTCAGCCCGAAAGTTTAGAGCAACTTCAGAGGACTGGAATGTCCTTTATTCATATAGGAATCCTGCAAGTTAGGATTCAAATCCTGCATCGTCAAGAAGAAGGTACCATGGCTTTAGTTGTCTTCCGTGACAACAGATGGTCTGGAGACCAGTCTATCTTCGCACAAATGGAGATAGATTTAACTAAAGGCAGCCAGTTGGTATTTGTCATACCGGATACCATGATGACGATCGGAGATTTTGCCCGGAACGTACAACTATCAATCCTCACACGAGGATATGAGAATTGGCAAAATGGAGAAGCCAATCTTTTAATCACACGTGGCATGACAGGACGACTATCCAACACACCTAATGTCGCCTTTGCCTACCAAATTGCCAGCGCGACAGATTATCTGGCAAGCCACGGAGTAAAAGCCATTGCAGGAAAAAAGATGAACTTACAACATCTGCGAAATCAACAGTGGATTCTACGACCACCGCGAGCTGACATCACACCGATGCAACCAAGATCGGTAGAAACCAGGAACCTGGTAGATGGCAGCATTTCCATCAGATTCCATGATTATGAGGCAGCCACCTCAACATCAAGACCCCATTACAATGAAGAAGATGAAGAAGTGGAGTCTGAAACAGAATCTGAAATGAGAGAACACACTGTAGCAGTCTGGATTGGGGAAGAAGAAGTTCCAGACCAAACAGGAAGAAAGAAAGTATGGGAAGAGTCCAGTAATGGAAATGGAAGGTTCTTCCGGTACTACACTCCTCCACCAACATCTGATGAACAAATCATAGCCACTGGTTGGGGAAGTGATGATGATTATGATGATGAAATCCCTCCAAAATGGGATGAAAGTCCTGATGAAGAAGGATCAAGTGAGCCAATTTGGGATCAGGAAGAAGAAGATGAATACGATCCCAACATCTATATGGCTTATTTACAAAAGGAAGAAGATGAGTGGCAAGAAATTGCCGCCAGTTTACAAGAAGAAATGGAAATGGAATATCCACGGCGGAGGCCACAGACGGAGACAGTATTCTCTGAAACAGTTGACTATACACCACCTGGTGACACAATGATGACACCTGTCGGATATCCACCGGCCTCGTCATCAAGATCAACAGTCACAACACCAAGTAGGCCCCCTTTATTTGAAGGAAGGGTTACACACGTGCCAAGATTCTTAAAACGGGATGACTACACAGAATGGTGGCAACTACCATCATCCCAAGGCACAACTGGGGCATTATTTGTGATGCCCAAACAAATGGGCCTATTTCATGATGTCTTCTCCAGATGGGAGTCCATCACCAAAAACTATGTTGCGGCCCAAGGTTTCACGGACCCAACAGAAAAGATGGAGTTCATGGAAAACTTACTTGGAGAAACAGAAAAACTAACCTGGATCCAATGGAGAATGAATTATGAGGCTGAGTACCAGCAACTGTTAACCCAAGCTGATGGACGGCAAGGGACCCAGAATATCTTGTCCCAAATTAAGAGAGTCTTCTCTCTAGAAGACCCTGCCTCAGGATCCACGAGGGTACAAGATGCTGCATACAGAGACCTTGAAAGATTGACCTGCCACAACATAAAAGATATCGTTCAGTTCCTGAATGATTATGGGCGGTTAGCAGCAAAAAGTGGGCGACTGTTTCTAGGAACAGAGCTCAGTGAAAAGCTATGGATGAAGATGCCACCAGAACTAGGGCATCGCATGAAGGAAGCATTTCAAAAGGAATACTCAGGCAATGAAGTAGGAGTCTTCCCGCGTATCTTGTTCGCGTACAGATACTTAGAACAAGAATGCAAAGACGCAGCGTTTAAGCGCAGCCTGAAATCGTTGAGCTTCTGTAAGGACATGCCGTTGACAGGTTACTATGATAAAACACCCAAGTACGGCATGAGAAAGTCAAAAACTTACAAGGGAAAGCCACATGCATCACATGCAAGAGTAGAAAAGAGAAAGCACTTAATCAGGAATAAAAAGTGCAAGTGCTATCTGTGTGGAGATGAAGGACATTTTGCCAGAGAATGCCCTAATAACAAAAGAGATGTCAAGAGAGTAGCCATTTTTGAAGGTATTAATCTTCCTGAGGGATTCGACATTGTCTCAGTAGAAGAAGGGGAAGATGACTCAGATGCTATTTATAGCATATCTGAGAATGAAAATGGGGAAGAACTTGATGCAGAAGTAGTCCAAGAGAAGGTCTTCATGATGCGAGAAGAGGACCAATCCTACTGGCTAGGAAAAACAAATCACTGGACAGCAATGGTGCGAGTCAGCAGCCAACAGTATTATTGCTTGCACCAATGGGAGCACAACAAGGAGATCACGGTGGTGGCCCACATCAACTGCCACTTCTGTAAGCAGCCCACTCAACTGAGGAGTCGAATACACTGTCCCACGTGTAAACTCACCAGCTGCTTCATGTGTGCCCCTATCTACTGCAATATAACGGTCCAACAGCAGCCTAAACCGCCTACGCCATTCAATACCAACACCTTGCTCCAACAACAAGCGGCGTATATCCAATGGTTAGAAGGAGAAAACCAGCGGTTAACAGAGGCAGTTGAATTCTATAAAAAGGAAGCTGCAGATCTAAGGCTCGAGAAAGAATTAGAAAAAGATAGAAAAGATTTAGAGCCAAAAATACAAGACAGAGGGAAGAAGGTTCAAATTCTTGATCCAGAAGCAGGACCCTCAGATGATGAACTAACAGCGTATCTTGAGGAAGATACCGTTAGCCGAATTATCGGTCATACTGTGGAAGAGCAACAAGAGGTCAAAAAACCAGTCAAAAGGGGGAACATGTTATACAACCTCGACGTGGTTTTACTTATCCCTGAAGTTGGAAGACCTATCAAGGTTAAAGCTATCCTTGATACCGGCGCAACTACCTGTTGCATCAACATCAACTCTGTTCCCAAGACAGCAATTGAACAGAACACTTTTCTGGTTCAATTCAGAGGCATTAATTCCACGCAATCAGTAGATAAAAAGCTAAAATACGGGCGGATGACTATTAGCAACCACCAGTTCCGGATCCCGTACTGTTATGCCTTTCCTCTATCTCTTGGAGACGGAATAGAAATGATCCTCGGGTGTAACTTCATCCGTGGGATGTATGGCGGTTTAAGGATTGAAGGTCACACAATCACCTTCTACAAAAACGTCACCACTATTCAAACCCGCCTTGCTGCTGTAATGGTTGGTGGTACAACCACTTCTGAGTTGGGGGAGGAAGGTACTGAACCCATTTTTGAAACTGAAGAAGAAACAGAAGAGTTTGACTCAGAAGTCCATCAACAAATTGTGAGTCATGTTGCAGCCCAGGCCCAACAACAAAAACTAGATCCAAAACTCCAACAACTAATGGAACGGTTAAAGGATCAGGGCTTTATTGGGGAAAATCCGATACAACATTGGGCTAAAAACAAGATCCTGTGTAGATTGGATATCAAGAATCCAGACCTTATCATAGAAGACAAGCCCATTAAACACTTA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51,752
MN433948.1
Cacao swollen shoot virus
Ramos-Sobrinho,R., Chingandu,N., A Gutierrez,O., Marelli,J.P., K Brown,J., Gutierrez,O.A., Brown,J.K.
University of Arizona, School of Plant Sciences
USA
2020-04-26
Krag1
Cacao swollen shoot virus
Badnavirus
Caulimoviridae
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7,027
GenBank
1
Cote d'Ivoire
Cote d'Ivoire
Theobroma cacao
plant leaf
2016-02
null
null
Cacao swollen shoot virus isolate Krag1, complete genome
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51,753
MN433949.1
Cacao swollen shoot virus
Ramos-Sobrinho,R., Chingandu,N., A Gutierrez,O., Marelli,J.P., K Brown,J., Gutierrez,O.A., Brown,J.K.
University of Arizona, School of Plant Sciences
USA
2020-04-26
Krag5
Cacao swollen shoot virus
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,027
GenBank
1
Cote d'Ivoire
Cote d'Ivoire
Theobroma cacao
plant leaf
2016-02
null
null
Cacao swollen shoot virus isolate Krag5, complete genome
TGGTATCAGAGCTTGGTTTTAGCAATGGTCATGACCGGCTAAGTTAGTCAGTCTAGGTTCAGGGAAAGAGTGAGGTAACCGTTAGGCGTCAAAATACTGTTCCAAAATACTATTCACCAAACCACTAGGGGTATCCTGTTTATGTGAAAAAGACGTAACCCAGACGAAAAGTACCCACGAGGGGGAAAACTTGGGGAAAAGGTGATCAGTAAACAGAAACCAAACTATTCCTCGTATGCTCTACGGTTGCAGCTACGGCTGATCCTCTGTATCAGAAAAGGAAAAATTTGGCGTATGTCTAGCCGATGGGAAAATAGTATCCAGGAATGGTATGAGAAGTCTCACACTGCCAACCTTGAGTACCTTGACCTAGCCTCTACCAGTAAAGTGACCAACAACCAACTAGCTCATAACCTCGCAGTAACCTTTGATAGAGTTAACTTGGGAAACCGAGTCTTCATTAAAAACCTTAAACAAATTCAAGAATCTATCCTAGAACTAAATACCAGAATTGACACTATAGAAGTAGCCTTGAGAAGGCTAACCAAGCAGTTCCGAGAAAACAAACCACTGTCTGAATCTGAAGTAAAGAGATTAGTGGAAGAGATAGCCCAGCAACCCAAAATTGTTGAGAAACAGGCACTGGAAATATCTCAACAGTTAGAACTCAAACTAGAAAAAGTGGAAAAGCTTCTACACAAGCTTGACCAGTGGGTTGGTCAATGAGTGAAAGCCCCTCTTACCAAGAAGCACTTAAGGAAGCTGAAAAGATCGACCCTCCAGCGATTGGACTAACCACATCCAGTGGAGTGACTGCGGTCCAAGGCTTCAGGACCGTCATCAAACAAAACAACGTCCAGATTTGCCTACTTGCGGCTATAGCAGACAAACTTGAAGAACTGGTGCAAGATCAGAAGAAAGCAAGAAAAGACAAGGCTAAGGAGGTTGCCATTCCTGAGGATCTTATCACAAAACTCCAAGGATTATCCATCCAGGAGAAAAGTGAAGCAAAGGTCACAAGGAAACCAGAGCCAAAAGGAACACTGTTTGGATTCAAAGATCCTTACAAAATTTTGGCAGCAGAAAAGGCTAAGATCACACCAAAGCCTGTAAAAGAAAAGAAAGATGAGTCGAGCAAGACCGCAACCTCCAGTTCCTAGTGTGACATCTACCACTAGTGAACAGAACAGAGAAGGGCCTCTTTATGAGGACCAAATCAGAGACTACAGAAGGAGTCAGAGGAGGATCTTCAACCTAAGAAGGAATGCCAGAAGGTTGAGAAGATCAATGATGGGGTCTAGATACCAGGAGACCCTAGAACAAGAAATTGATCCACAGACAACACTGAGGTTGTCCATGCAAGAAAGGGCGCGATTAGTACCAGCTGAAGTACTGTACAGATCACGACGAGACACTGTTCACCACAGGGTCTACACCCATCGCTCTGAAGAATCCGTCCTATGTGTCGGCGGAAATCAAGTTGACAGGGCCTTTATTCAGCCCGAAAGTTTAGAGCAACTTCAGAGGACTGGAATGTCCTTTATTCATATAGGAATCCTGCAAGTTAGGATTCAAATCCTGCATCGTCAAGAAGAAGGTACCATGGCTTTAGTTGTCTTCCGTGACAACAGATGGTCTGGAGACCAGTCTATCTTCGCACAAATGGAGATAGATTTAACTAAAGGCAGCCAGTTGGTATTTGTCATACCGGATACCATGATGACGATCGGAGATTTTGCCCGGAACGTACAACTATCAATCCTCACACGAGGATATGAGAATTGGCAAAATGGAGAAGCCAATCTTTTAATCACACGTGGCATGACGGGACGTCTATCCAACACACCTAATGTCGCCTTTGCCTACCAAATTGCCAGCGCGACAGATTATCTGGCAAGCCACGGAGTAAAAGCCATCGCAGGGAAAAAGATGAACTTACAACACCTGCGAAATCAACAGTGGATTCTACGACCACCGCAAGCTGACATCACACCGATGCAACCAAGATCGGTAGAAACCAGGAACCTGGTAGATGGCAGCATTTCCATCAGATTCCATGATTATGAGGCAGCCACCTCAACATCAAGAACCCATTACAACGAAGAAGATGAAGAAGTGGAGTCTGAAACAGAATCTGAAATAAGAGAACACACTGTAGCAGTCTGGATTGGGGAAGAAGAAGTTCCAGACCAAACAGGAAGAAAGAAAGTATGGGAAGAATCTAGTAATGGAAATGGAAGGTTCTTCCGATACTACACTCCTCCACCAACATCTGATGAACAAATCATAGCCACTGGTTGGGGAAGTGATGATGATTATGATGATGAAATCCCTCTAAAATGGGATGAAAGTCCTGATGAAGAAGGATCAAGTGAGCCAATTTGGGATCAGGAGGAAGAAGAAGAAGAAGATGAATACGATCCCAACATCTATATGGCTTATTTACAAAAGGAAGAAGATGAGTGGCAAGAAATCGCCGCCAGTTTACAAGAAGAAATGAAAATGGAATATCCACGGCGGAGGCCACAGACGGAGACAGTATTCTCTGAAACAGTTGACTATACACCACCTGGTGACACAATGATGACACCTGTCGGATATCCACCAGCCTCGTTATCAAGATCAACAGTCACAACACCAAGTAGGCCCCCTTTATTTGAAGGAAGGGTTACACACGTGCCAAGATTCTTAAAACGGGATGACTACACAGAATGGTGGCAACTACCATCATCCCAAGGCACAACTGGGGCATTATTTGTGATGCCCAAACAAATGGGCCTATTTCATGATGTCTTCTCCAGATGGGAGTCCATCACCAAAAACTATGTTGCGGCCCAAGGTTTCACGGACCCAACAGAAAAGATGGAGTTCATAGAAAACTTACTTGGAGAAACAGAAAAACTAACCTGGATCCAATGGAGAATGAATTATGAGGCTGAGTACCAGCAGCTGTTAACCCAAGCTGATGGACGGCAAGGGACCCAGAATATCTTGTCCCAAATTAAGAGAGTCTTCTCTCTAGAAGACCCCGCCTCAGGATCCACGAGGATACAAGATGCTGCATACAGAGACCTTGAAAGATTGACCTGTCACAACATAAAAGATATCGTTCAGTTCCTGAATGATTATGGGCGGTTAGCAGCAAAAAGTGGACGACTGTTTCTAGGAACAGAGCTCAGTGAAAAGCTATGGATGAAGATGCCACCAGAACTAGGGCATCGCATGAAGGAAGCATTTCAAAAGGAATACTCAGGCAATGAAGTAGGAGTCTTCCCGCGTATCTTGTTCGCGTACAGATACTTAGAACAAGAATGCAAAGACGCAGCGTTTAAGCGCAGCCTGAAATCGTTGAGCTTCTGTAAGGACATGCCGTTGACAGGTTACTATGATAAAACACCCAAGTACGGCATGAGGAAGTCAAAAACTTACAAAGGAAAGCCACACGCATCACATGCAAGAGTAGAAAAGAGAAAGCACTTAATCAGGAATAAAAAGTGCAAATGCTATCTGTGTGGAGATGAAGGACATTTTGCCAGAGAATGCCCTAATAACAAAAGAGACGTCAAGAGAGTAGCCATTTTTGAAGGCATCAATCTTCCTGAGGGTTTCGACATTGTCTCAGTAGAAGAAGGGGAAGATGACTCAGATGCTATTTATAGCATATCTGAGAATGAAAATGAGGAAGAACTTGACGCAGAAGTAGTCCAAGAGAAGGTCTTCATGATGAGAGAAGAGGACCAATCCTACTGGCTAGGAAAAACAAATCACTGGACAGCAATGGTGCGAGTCAGCAGCCAACAGTATTATTGCTTGCACCAATGGGAGCACAACAAGGAGATCACGATGGTGGCCCACATCAACTGCCACTTCTGTAAGCAGCCCACTCAACTGAGGAGTCGAATACACTGTCCCACGTGTAAACTCACCAGTTGCTTCATGTGTGCCCCTATCTACTGCAATATAACGGTCCAACAGCAGCCTAAACCGCCTACGCCATTCAACACCAACACCTTGCTCCAACAACAAGCGGCGTATATCCAATGGTTAGAAGGAGAAAACCAGCGGTTAACAGAGGCAGTTGAATTTTATAAAAAGGAAGCTGCAGATCTAAGGCTCGAGAAAGAATTGGAAAAAGATAGAAAAGATTTAGAGCCAAAAATACAAGACAGAGGGAAGAAGGTTCAAATCCTTGATCCAGAAGCAGGACCCTCTGATGATGAACAAATAGCGTATCTTGAGGAAGATACCGTTAGCCGAATTATCGGCCATACTGTGGAAGAGCAACAAGAGGTCAAAAAACCAGTCAAAAGGGGGAACATGTTATACAACCTCGACGTGGTTTTACTTATCCCTGAAGTTGGAAGGCCTATCAAGGTTAAAGCTATCCTTGATACCGGCGCAACTACCTGTTGCATCAACATCAACTCTGTTCCCAAGACAGCAATTGAACAGAACACTTTTCTGGTTCAATTCAGAGGCATTAATTCCACGCAATCAGTAGATAAAAAGCTAAAATACGGGCGGATGACTATTAGCAACCACCAGTTCCGGATCCCGTACTGTTATGCCTTTCCTCTATCTCTTGGAGACGGAATAGAAATGATCCTCGGGTGTAACTTCATCCGTGGGATGTATGGCGGTTTGAGGATTGAAGGTCACACAATCACCTTCTACAAAAACGTCACCACTATTCAAACCCGCCTTGCTGCTGTAATGGTTGGTGGTACAACCACTTCTGAGTTGGGGGAGGAAGGTACTGAACCCATTTTTGAAACTGAAGAAGAAACAGAAGAGTTTGACTCAGAAGTCCATCAACAAATTGTGAGTCATGTTGCAGCCCAAGCCCAACAACAAAAACTAGATCCAAAACTCCAACAACTAATGGAACGGTTAAAGGATCAGGGCTTTATTGGGGAAAATCCGATGCAACATTGGGCTAAAAACAAGATCCTGTGTAGGTTGGATATCAAGAATCCAGACCTTATCATAGAAGACAAGCC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51,754
MN433950.1
Cacao swollen shoot virus
Ramos-Sobrinho,R., Chingandu,N., A Gutierrez,O., Marelli,J.P., K Brown,J., Gutierrez,O.A., Brown,J.K.
University of Arizona, School of Plant Sciences
USA
2020-04-26
Pbou21
Cacao swollen shoot virus
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,031
GenBank
1
Cote d'Ivoire
Cote d'Ivoire
Theobroma cacao
plant leaf
2016-02
null
null
Cacao swollen shoot virus isolate Pbou21, complete genome
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51,755
MN433951.1
Cacao swollen shoot virus
Ramos-Sobrinho,R., Chingandu,N., A Gutierrez,O., Marelli,J.P., K Brown,J., Gutierrez,O.A., Brown,J.K.
University of Arizona, School of Plant Sciences
USA
2020-04-26
Pbou3
Cacao swollen shoot virus
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,024
GenBank
1
Cote d'Ivoire
Cote d'Ivoire
Theobroma cacao
plant leaf
2016-02
null
null
Cacao swollen shoot virus isolate Pbou3, complete genome
TGGTATCAGAGCTTGGTTTTAGCAATGGTCATGTCCGGCTAAGTTAGTCAGTCTAGGTTCAGGGAAAGAGTGAGGTAACCGTTAGGCGTCAAAATACTGTTCCAAAATACTATTCACCAAACCACTAGGGGTATCCTGTTTATATGAAATAGACGTAACCCAGACGAAAAGTACCCACGAGGGGGAAAACTTGGGGAAAAGGTGATCAGTAAACAGAAACCAAACTATTCCTCGTATGCTCTACGGTTGCAGCCACGGCTGATCCCCCGTATCAGAAAAGGAAAAATTTGGCGTATGTCTAGCCGATGGGAAAATAGTATCCAGGAATGGTATGAGAAGTCTCACACTGCCAACCTTGAGTACCTTGACCTAGCCTCTACCAGTAAAGTGACCAACAACCAACTAGCTCATAACCTCGCAGTAACCTTTGATAGAGTCAACTTAGGAAACCGAGTCTTCATTAAAAACCTTAAACAAATTCAAGAGTCTATCCTAGAACTAAATACCAGAATTGACACTGTAGAAGTAACCTTGAGAAGGCTAACCAAGCAGTTCCGAGAAAACAAACCACTGTCTGAATCTGAAGTAAAGAGACTAGTGGAAGAGATAGCCCAGCAACCCAAAATTGTTGAGAAACAGGCACTGGAAATATCTCAACAGTTAGAACTCAAACTAGAAAAAGTGGAAAAGCTTCTACACAAGCTTGACCAGTGGGTTGGTCAATGAGTGAAAGCCCCTCTTACCAAGAAGCACTTAAGGAAGCTGAAGAGATCGACCCTCCAGCGATTGGACTAACCACATCCAGTGGAGTGACTGCGGCCCAAGGCTTCAGGACCGTCATCAAACAAAACAACGTCCAGATTTGCTTACTTGCGGCTATAGCAGACAAACTTGAAGAACTGGTGCAAGATCAGAAGAAAGTAAGAAAAGACAAGGCTAAGGAGGTTGCCATTCCTGAGGATCTTATCACAAAACTCCAAGGATTATCCATCCAGGGGAAAGGTGAAGCAAAGGTCACAAGGAAACCAGAGCCAAAAGGAACACTGTTTGGATTCAAAGATCCTTACAAAATTTTGGCAGCAGAAAAGGCTAAAATCACATCAAAGCCTGTAAAAGAAAAGAAAGATGAGTCGAGCAAGACCGCAACCCCCAGTTCCTAGTGTGACATCTACCACTAGTGAACAGAACAGAGAAGGGCCTCTTTATGAGGACCAAATCAGAGACTACAGAAGGAGTCAGAGGAGGATCTTCAACCTAAGAAGGAATGCCAGAAGGTTGAGAAGATCAATGATGGGGTCTAGATACCAGGAGACCCTAGAACAAGAAATTGATCCACAGACAACACTGAGGTTGTCCATGCAAGAAAGAGCGCGATTAGTACCAGCTGAAGTACTGTACAGATCACGACGAGACACTGTTCACCACAGGGTCTACACCCATCGCTCTGAAGAATCCGTCCTATGTGTCGGCGGAAATCAAGTTGACAGGGCCTTTATTCAGCCCGAAAGTTTAGAGCAACTTCAGAGGACTGGAATGTCCTTTATTCATATAGGAATCCTGCAAGTTAGGATTCAAATCCTGCATCGTCAAGAAGAAGGTACCATGGCTTTAGTTGTCTTCCGTGACAACAGATGGTCTGGAGACCAGTCTATCTTTGCACAAATGGAGATAGATTTAACTAAAGGCAGCCAGTTGGTATTTGTCATACCGGATACCATGATGACGATCGGAGATTTTGCCCGGAACGTACAACTATCAATCCTCACACGAGGATATGAGAATTGGCAAAATGGAGAAGCCAATCTTTTAATCACACGTGGCATGACGGGACGACTATCCAACACACCTAATGTTGCCTTTGCCTACCAAATTGCCAGCGCGACAGATTATCTGGCAAGCCACGGAGTAAAAGCCATCGCAGGGAAAAAGATGAACTTACAACACCTGCGAAATCAACAGTGGATTCTACGACCACCGCGAGCTGACATCACACCGATGCAACCAAGATCGGTAGAAACCAGGAACCTGGTAGATGGCAGCATTTCCATCAGATTCCATGATTATGAGGTAGCCACCTCAACATCAAGACCCCATTACAACGAAGAAGATGAAGAAGTGGAGTCTGAAACAGAATCTGAAATAAGAGAACACACTGTAGCAGTCTGGATTGGGGAAGAAGAAGTTCCAGACCAAACAGGAAGAAAGAAAGTATGGGAAGAATCCAGTAATGGAAATGGAAGGTTCTTCCGGTACTACACTCCTCCACCAACATCTGATGAACAAATCATAGCCACTGGTTGGGGAAGTGATGATGATTATGATGATGAAATCCCTCCAAAATGGGATGAAAACCCTGATGAAGAAGGATCAAGTGAGCTAATTTGGGATCAGGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGAATACGATCCCAACATCTATATGGCTTATTTACAAAAGGAAGAAGATGAGTGGCAAGAAATCACCGCCAGTTTACAAGAAGAAAGGGAAATGGAATATCCACGGCGGAGGCCACAGACGGAGACAGTATTCTCTGAAACAGTTGACTATACACCACCTGGTGACACAATGATGACACCTGTCGGATATCCACCGGCCTCGTCATCAAGATCAACAGTCACAACACCAAGTAGGCCCCCTTTATTTGAAGGAAAGGTTACACACGTGCCAAGATTCAAACGGGATGACTACACAGAATGGTGGCAACTACCATCATCCCAAGGCACAACTGGGGCATTATTTGTGATGCCCAAACAAATAGGCCTATTTCATGATGTCTTCTCCAGATGGGAGTCCATCACCAAAAATTATGTTGCGGCCCAAGGTTTCACGGACCCAACAGAAAAGATGGAGTTCATAGAAAACTTACTTGGAGAAACAGAAAAACTAACCTGGATCCAATGGAGAATGAATTATGAGGCTGAGTACCAGCAGCTGTTAACCCAAGCTGATGGACGGCAAGGGACCCAGAATATCTTGTCCCAAATTAAGAGAGTCTTCTCTCTAGAAGACCCCGCCTCAGGATCCACGAGGATACAAGATGCTGCATACAGAGACCTTGAAAGATTGACCTGCCACAACATAAAAGATATCGTTCAGTTCCTGAATGATTATGGGCGGTTAGCAGCAAAAAGTGGACGACTGTTTCTAGGAACAGAGCTCAGTGAAAAGCTATGGATGAAGATGCCACCAGAACTAGGGCATCGCATGAAGGAAGCATTTCAAAAGGAATACTCAGGCAATGAAGTAGGAGTCTTCCCGCGTATCTTGTTCGCGTACAGATACTTAGAACAAGAATGCAAAGACGCAGCGTTTAAGCGCAGCCTGAAATCGTTGAGCTTCTGTAAGGACATGCCGTTGACAGGTTACTATGATAAAACACCCAAGTACGGCATGAGGAAGTCAAAAACTTACAAAGGAAAGCCACACGCATCACATGCAAGAATAGAAAAGAGAAAGCACTTAATCAGGAATAAAAAGTGCAAGTGCTATCTGTGTGGAGATGAAGGACATTTTGCCAGAGAATGCCCTAATAACAAAAGAGATGTCAAGAGAGTAGCCATTTTTGAAGGTATCAATCTTCCTGAGGGTTTCGACATTGTCTCAGTAGAAGAAGGGGAAGATGACTCAGATGCTATTTATAGCATATCTGAGAATGAAAATGGGGAAGAACTTGACGCAGAAGTAGTCCAAGAGAAGGTCTTCATGATGCGAGAAGAGGACCAATCCTACTGGCTAGGAAAAACAAATCACTGGACAGCAATGGTGCGAGTCAGCAGCCAACAGTATTATTGCTTGCACCAATGGGAGCACAACAAGGAGATCACGATGGTGGCCCACATCAACTGCCACTTCTGTAAGCAGCCCACTCAACTGAGGAGTCGAATACACTGTCCCACGTGTAAACTCACCAGCTGCTTCATGTGTGCCCCTATCTACTGCAATATAACGGTCCAACAGCAGCCTAAACCGCCTACGCCATTCAACACCAACACCTTGCTCCAACAACAAGCGGCGTATATCCAATGGTTAGAAGTAGAAAACCAGCGGTTAACAGAGGCAGTTGAATTTTATAAAAAGGAAGCTGCAGATCTAAGGCTCGAGAAAGAATTGGAAAAAGATAGAAAAGATTTAGAGCCAAAAATACAAGACAGAGGGAAGAAGGTTCAAATTCTTGATCCAGAAGCAGGACCCTCTGATGATGAACAAATAGCGTATCTTGAGGAAGATACCATTAGCCGAATTATCGGCCATACTGTGGAAGAGCAACAAGAGGTCAAAAAACCAGTCAAAAGGGGGAACATGTTATACAACCTCGACGTAGTTTTACTTATCCCTGAAGTTGGAAGACCTATCAAGGTTAAAGCTATCCTTGATACTGGCGCAACTACCTGTTGCATCAACATCAACTCTGTTCCCAAGACAGCAATTGAACAGAACACTTTTCTGGTTCAATTCAGAGGCATTAATTCCACGCAATCAGTAGATAAAAAGCTAAAATACGGGCGGATGACTATTAGCAACCACCAGTTCCGGATCCCGTACTGTTATGCCTTTCCTCTATCTCTTGGAGACGGAATAGAAATGATCCTCGGGTGTAACTTCATCCGTGGGATGTATGGCGGTTTGAGGATTGAAGGTCACACAATCACCTTCTACAAAAACGTCACCACTATTCAAACCCGCCTTGCTGCTGTAATGGTTGGTGGTACAACCACTTCTGAGTTGGGGGAGGAAGGTACTGAACCCATTTTTGAAACTGAAGAAGAAACAGAAGAGTTTGACTCAGAAGTCCATCAACAAATTGTGAGTCATGTTGCAGCCCAAGCCCAACAACAAAAACTAGATCCAAAACTCCAACAACTAATGGAACGGTTAAAGGATCAGGGCTTTATTGGGGAAAATCCGATGCAACATTGGGCTAAAAACAAGATCCTGTGTAGATTGGATATCAAGAATCCAGACCTTATCATAGAAGACAAGCCCAT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51,756
MN433952.1
Cacao swollen shoot virus
Ramos-Sobrinho,R., Chingandu,N., A Gutierrez,O., Marelli,J.P., K Brown,J., Gutierrez,O.A., Brown,J.K.
University of Arizona, School of Plant Sciences
USA
2020-04-26
Pbou12
Cacao swollen shoot virus
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,018
GenBank
1
Cote d'Ivoire
Cote d'Ivoire
Theobroma cacao
plant leaf
2016-02
null
null
Cacao swollen shoot virus isolate Pbou12, complete genome
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51,757
MN433953.1
Cacao swollen shoot virus
Ramos-Sobrinho,R., Chingandu,N., A Gutierrez,O., Marelli,J.P., K Brown,J., Gutierrez,O.A., Brown,J.K.
University of Arizona, School of Plant Sciences
USA
2020-04-26
Krag8
Cacao swollen shoot virus
Badnavirus
Caulimoviridae
dsDNA-RT
7,023
GenBank
1
Cote d'Ivoire
Cote d'Ivoire
Theobroma cacao
plant leaf
2016-02
null
null
Cacao swollen shoot virus isolate Krag8, complete genome
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51,758
MN433954.1
Cacao swollen shoot virus
Ramos-Sobrinho,R., Chingandu,N., A Gutierrez,O., Marelli,J.P., K Brown,J., Gutierrez,O.A., Brown,J.K.
University of Arizona, School of Plant Sciences
USA
2020-04-26
Krag9
Cacao swollen shoot virus
Badnavirus
Caulimoviridae
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7,041
GenBank
1
Cote d'Ivoire
Cote d'Ivoire
Theobroma cacao
plant leaf
2016-02
null
null
Cacao swollen shoot virus isolate Krag9, complete genome
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51,759
NC_043618.1
Cache Valley virus
null
National Center for Biotechnology Information, NIH
USA
2019-06-28
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Orthobunyavirus cacheense
Orthobunyavirus
Peribunyaviridae
ssRNA(-)
6,870
RefSeq
null
USA
USA
Culiseta inornata
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1956
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PRJNA485481
Cache Valley virus strain 6V633 segment L, complete sequence
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3,470
OK523474.1
Cache Valley virus
Lamboo,L., Ambagala,A., Lung,O., Pickering,B., Rahim,N.M., Tomczyk,M., Bryan,B., Duizer,G., Copeland,S.
Canadian Food Inspection Agency, Mammalian Diseases Unit
Canada
2022-11-02
SK/Canada/WIN-AH-2021-OTH-0002
Orthobunyavirus cacheense
Orthobunyavirus
Peribunyaviridae
ssRNA(-)
6,835
GenBank
null
Canada: Saskatoon, SK
Canada
Ovis aries
placenta
2020-12-31
null
null
Cache Valley virus isolate SK/Canada/WIN-AH-2021-OTH-0002 segment L, complete sequence
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22,406
OL555724.1
Cache Valley virus
Al-Heeti,O., Wu,E.L., Ison,M.G., Saluja,R.K., Ramsey,G., Matkovic,E., Ha,K., Hall,S., Banach,B., Wilson,M.R., Miller,S., Chiu,C.Y., McCabe,M., Bari,C., Zimler,R.A., Babiker,H., Freeman,D., Popovitch,J., Annambhotla,P., Lehman,J.A., Fitzpatrick,K., Velez,J.O., Davis,E.H., Hughes,H.R., Panella,A., Brault,A., Erin Staples,J., Gould,C.V., Tanna,S., Brault,A.C., Gould,Cv., Staples,E.
Centers for Disease Control and Prevention, Division of Vector-borne Diseases
USA
2022-08-08
R132738d
Orthobunyavirus cacheense
Orthobunyavirus
Peribunyaviridae
ssRNA(-)
6,871
GenBank
1
USA: Illinois
USA
Homo sapiens
cerebrospinal fluid
2021
null
null
Cache Valley virus isolate R132738d segment L, complete sequence
AGTAGTGTACTCCTATATAAAGAAATTACAAACCAAACCAAGAATAATATGGAGGACCAAATGCATGATCAATTCCTCAAGAGGATTCAGTCAGCTAAAACAGCCACTGTAGCAAAGGACATCAGCACTGACATCTTGGAAGCACGTCATGATTATTTTGGTCGAGAACTCTGTGCCTCAATAGGCATAGAGTTTAGAAACAACGTTCTCTTAGATGAGATCATCCTGGATGTTGCACCTGGAATTAACCTGATGAACTTTAATATACCAAATGTTACACCTGATAATTACATCTGGGACGATGATTTCCTAATTATAATGGATTACAAAGTCTCAGTAGGGAATGATAGTACAGAAATAACATACAAAAAATATACAACCCTGATACTACCAGTTATGGAGCAGATAGGTATACCAACTGAAATAGCAATCATAAGGGCAAATCCTGTGACATATCAAATCAGTATAATAGGTGAAAATTTTAAAGCTAAATATCCAAATATACCCATACAGCTAGATTTTTCAAAGTTTTTTGAGTTGAGGAAATTATTACTGGACAAGTTCGCAGATGATGAGGAGTTTCTACTTATGATTGCTCATGGTGATTTTACACTGACAGCACCATGGTGTATGGATGATACTCCAGAATTGTATGACCACCCAATTTATAAAGAATTCATAGGATCCATGCCCCCTAGATTTGTGAACTTATTTGATGAAGCCATTTCATTCAGTGCCTATTCTGCTGAACGCTGGAACAGCCTGTTGTACACTGCAAAAGCAAAGACAGAACAAGATTATCAAGAGTTCCTCTCAGAAAAGTCACATGCTATATTTAACATGAATGGTGAATATATGAAACCTACGCAATCTGAAATTGATAAAGGCTGGGAATTAATGAGCCGAAGAATTTCTGAAGAAAGGGATATCATAACAGATATAAATAAACAGAAGCCGTCCATACATTTTATATGGGCAAAAAATGCTAATAGGAAACTAAGTGGTGCAACTGCAAAGCTCATATTTTTGTCAAACTCTTTACAGTCTATCATTGAGCCTTCAACTTGGACAGACTCATTAAAAGCAATTGGCAAAAGTATGGATATAGATGGCAACGTTGGAGCATATGAGAATCTCTGCTTGGAAAGGAAGTTGATAGCCAGATCAACAGGAAAAAAGATAGACAATAAGAGGCTAGAAGCCATTAAAATAGGAAATGCATTAGTGCTTTGGGAGCAACAATTTATCTTGGCAAATGATCTTTTCAAAGGACAAGAAAGACAAAAATTCCTCAAGAATTTCTTAGGTATTGGGAAACACAAAAATTTCAAGGACAAAACTACAACCGATCTAGAACTAGATAAGCCAAAGATATTAGACTTCAACAATACCATTGTCCTGATGGCAGCAAGGTCAATGATAAACAAAAACAAAACATTCTTGGCACAAACTAATACATTGGAAAATCTACATCCAATAATGGGAGTATTCTCAGACCAGATAAAAGAGGCTTCAGAAGATACATTCAACACACTAAAAAAGATTAATAAAACATGTTTTTGGCAATGCATAACAGACATCTCAATGTTAATGAGAAATATTCTTTCAGTATCACAATATAACAGGCATAATACTTTCAGAGTAGCTATGTGTGCAAATGACTCTATGTATGCCCTCGTGTTCCCTTCTTCAGATATCAAGACAAAAAGAGCAACAGTTGTTTTCTCAGTAGTCTGTATTCATCAAGAAAAGCAATCTATTATGGATGCAGGTGCCTTATTTACAACTTTAGAATTAAAAACAAAAAACTTTATATCTATTAGTAAGGCTATTAGGCTGGATAAAGAAAGATGCCAGAGAATAGTATCATCCCCAGGCTTATTCCTTCTAAGTGCTCTATTATTGTATAATAATAACCCAAACATATCTCTTGTAGATGTTTTAAATTTTGCATTTTATACAAGTTTATCTATAACTAAAAGTATGTTATCTTTAACTGAACCATCTAGATATATGATAATGAACTCTTTAGCCATCTCCAGTCATGTAAAAGATTATATATCTGAAAAGTTCTCACCCTATACTAAGACACTTTTTAGTGTCTATATGGTAAATTTAATCAAGAGAGGTTGTAGCTCTGCCAATGAACAATCCAGCAAAATACAGTTGAGGAATATTTATCTTTCAGATTATGAAATAACACAGAAAGGTGTGAACGATGAGAGGAACTTGGAATCTATATGGTTCCCTGGTAAAGTAAACCTCAAAGAATATATCAATCAGATTTACTTACCTTTTTATTTTAACGCAAAAGGCCTTCATGAAAAGCATCATGTTATGATAGACCTAGCCAAGACAGTTCTTGAAATAGAAATGACTCAGAGGATGGATGACTTGGGCATATGGTCTAAGCATGGGAAGAAACAACATGTTAATCTACCAATATTGATTCATTCCCTAGCTAAATCATTAATTTTAGACACTTCCAGACATAATCATCTGAGAAACAGAGTGGAAAGCCGTAACAATTTCAAGAGAAGTATAACAACCATTAGTACATTTACCAGCTCGAAATCATGCATTAAGATTGGAGATTTTAGGGAGATCAAGGCAAAAAACCTAGCTACATCAGTAAAATCTCAACAGAAAGCTTGTGAGAAGTATCGCTTATCGAATCCTTTATTTTTAGTGGATGAGGAATCTACATTAGAAACCAGACATTGCAGCTATGAAGATTTAGTTGCAAAGATCCCGAATTATAAAGATTACATTTCTGTTAAAGTATTTGACAGATTATATGAGTTATTCAAATTAAAAGAATTAGATGATAGGCCATTTATAGATCAGGCTATGGAGATGATGCAAAAGCATAAGGATTTTTCATTTACATTTTTTAATAAAGGGCAAAAGACAGCAAAGGACAGAGAAATATTTGTAGGTGAGTTTGAAGCAAAAATGTGTATGTATGTTATAGAGAGAATTTCTAAAGAAAGATGTAAGTTAAATACAGATGAAATGATTAGTGAACCAGGAGATTCAAAATTGAGGATCTTAGAGAAAAAAGCAGAGGAAGAGATAAGATACATCGTGGAGAAAACGAAGGATAGTATTCAGAAAGGTGATCCTACAAAAGCATTGAAACTAGAGATTAATGCTGATATGTCGAAATGGAGTGCGCAAGACGTTTTCTATAAGTATTTTTGGCTTATAGTTTTGGATCCAATACTTTACCCAAATGAGAAAAAGAGGATGTTATTTTTCATGTGTAATTATATGCAGAAAGTGCTGATCTTACCAGATGATTTGCTATCCAACATATTGGATCAAAAAACTCCATACAACAACGATTTAATTCTAAACTCAACTAATGGTTTAAATGCCAACTTTGTAAACATAAAAAGAAATTGGTTACAAGGGAATTTTAATTATATCTCTAGCTATGTACATAGTTGTGCAATGATGGTTTACAAAGATATTTTCAAAGAAACTATGAAGTTGCTGGACGGAGATTGTCTGGTAAATTCTATGGTTCATTCGGACGACAACCAGACATCCCTTGCCATCATGCAAAATAAAGTCAAAGATGACATGGTTATACAATTTGCTGCACATACATTTGAATCTGTCTGTCTCACCTTTGGATGCCAGGCAAATATGAAAAAAACATATATAACCCATACATGTAAAGAGTTTGTGTCACTTTTTAACTTACATGGTGAGCCATTGTCTATATATGGGAGATTCTTACTACCTAGTGTAGGAGATTGTGCATATATAGGGCCATATGAAGATCTGGCAAGTAGGCTATCAGCCACACAACAAAGCATAAAGCATGGGTGCCCACCTAGCTTAGCATGGCTTGCAATAAGCTGCAGCCATTGGATAACTCATCTAACATATAACATGCTAGATGAGCAAGTGAATTGCCCAACAAATCATTTACCATTTACAAATAGAAAGGATATACCAGTTGAGCTAAATGGCTATATCAATGCGCCATTATACCTTATATCATTAGTAGGCCTTGAAGCTGGCAACCTATGGTTTCTTATAGAGATGTTGAAGAAATTGGTACCAATTGATAAGCAAAGAGAAACAATACAGACTCAATGCCAGTGGCTAGCTCACTTAGGTAATCTAACAGAATCAGAAAAATTTAGATTCAAAATTCTAAGATATCTGACACTTGACACAGAAGTAAGTACAGACTCGAACATGGGGGAGACCAGTGACATGAGAAGTAGGTCCTTGTTGACACCAAGAAAGTTCACCACTCCAGGATCATTAAATAAATTAGTTTCATATCTAGACTTCAAAAATTCTATGTCGAATGATGATTATAAAGAAACATTGAGTTATATGTTACAAAATCCAGAGCTATTAGTTACAAAAGGCGAGAATAAAGAACAATTTATGACATCAGTATTGTATCGTTACAATTCCAAGCGATTTAAAGAAAGTCTATCTATCCAGAATCCAGCTCAATTATTTATAGAGCAAGTACTTTTCTCTCATAAACCAATCATTGATTATAGCAGTATCTTTGATAAGTTGAGTTCTTTAGTGGAATCTGACATAATTGCTGATTTGCCGGAAATCATCGGTAGGGTCACATTTCCACAAGCATACCAGATGATAGTTAGGGACATCAATCATCTACCCTTAGATCTGGAAGACGTAAGTATAGTGTATAAATACTGTATATTAAATGACCCACTGATGATAACTGCAGCAAACACTTCTCTACTGTGTGTCAAAGGGACACCACAAGATAGGAATGGATTGAGTGCTAACCAGATGCCAGAATTCAGAAATATGAAATTAATACATCATTCTCCTGCATTGGTATTAAAAGCCTTCAGTAAAGGGACAACTGATCTACCCGGTGCTGAGCCAACAGAGCTTGAGAAAGACTTACACCATTTGAATGAGTTTTTAGAAACCACTGGTATCAAAGAAAAAATAGGGCAAAATATGGACAACCCACCCAAGCATTTAAC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27,291
MZ612422.1
Cache Valley virus
Lopez,K., Wilson,S.N., Coutermash-Ott,S., Tanelus,M., Stone,W.B., Porier,D.L., Auguste,D.I., Muller,J.A., Allicock,O.M., Paulson,S.L., Erasmus,J.H., Auguste,A.J.
Virginia Polytechnic Institute and State University, Entomology
USA
2021-08-16
W08491
Orthobunyavirus cacheense
Orthobunyavirus
Peribunyaviridae
ssRNA(-)
6,866
GenBank
1
USA
USA
Culex tarsalis
null
null
null
null
Cache Valley virus isolate W08491 segment L, complete sequence
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39,478
MZ612423.1
Cache Valley virus
Lopez,K., Wilson,S.N., Coutermash-Ott,S., Tanelus,M., Stone,W.B., Porier,D.L., Auguste,D.I., Muller,J.A., Allicock,O.M., Paulson,S.L., Erasmus,J.H., Auguste,A.J.
Virginia Polytechnic Institute and State University, Entomology
USA
2021-08-16
4B
Orthobunyavirus cacheense
Orthobunyavirus
Peribunyaviridae
ssRNA(-)
6,866
GenBank
1
USA
USA
Aedes japonicus
null
null
null
null
Cache Valley virus isolate 4B segment L, complete sequence
AGTAGTGTACTCCTATATAAAGAAATTACAAACTAAACCAAAAACAATATGGAGGACCAAATGTATGATCAATTCCTCAAGAGGATTCAATCAGCTAAAACAGCCACTGTAGCAAAGGACATCAGCACTGACATTTTGGAAGCACGTCATGATTATTTTGGTCGAGAACTTTGTGCTTCAATAGGCATAGAGTTTAGAAACAACGTCCTCTTGGATGAGATCGTCCTGGATGTTGCACCTGGAATTAACCTGATGAACTTCAATATACCAAATGTCACACCTGATAATTACATTTGGGATGATGATTTCCTAATTATAATAGATTACAAAGTCTCAGTAGGGAATGACAGCACCGAAATAACATACAAAAAGTATACAACTCTGATTTTACCAGTCATGGAACAAATAGGTATACCAACTGAAATAGCAATCATAAGGGCAAACCCTGTGACATATCAGATCAGTATAATAGGTGAAAATTTTAAAGCTAAATATCCAAATATACCCATACAACTAGATTTTTCAAAGTTTTTTGAGTTGAGGAAATTATTACTGGACAAATTTGCAGATGATGAGGAGTTTCTACTTATGATTGCTCATGGTGACTTTACACTGACAGCACCATGGTGTATGGGTGATACTCCAGAGTTGTATGATCATCCAATTTATAAAGAATTTATAGGATCCATGCCCCCTAGATTTGTAAACTTATTCAATGAGGCCATTTCATTCAGTGCCTATTCTGCTGAACGCTGGAACAGCCTGTTGTATACTGCAAAAGCAAAGACAGAACAAGATTATCAAGAGTTCCTCTCAGAAAAGTCACATGCTATATTTAACATGAACGGCGAATATATGAAACCTACACAATCTGAAATTGATAAAGGCTGGGAATTGATGAGTCAAAGAATCTCTGAAGAAAGGGATATCACAACAGATATAAATAAGCAGAAGCCATCCATACATTTTATATGGGCAAAAAATGCTAACAGGAAACTAAGTAGTGCAACTGCAAAGCTTATATTTTTGTCAAACTCTTTACAATCTATCATTGAGCCTTCAACTTGGACAGATTCATTAAGAGCAATTGGCAAAAGTATGGATATAGATGGCAATGTTGGAGCTTATGAGAACCTCTGTATGGAAAGGAAGTTGATAGCCAGATCAACAGGAAAAAAGATAGACAATAAGAGGCTAGAAGCCATTAAAATAGGAAATGCATTAGTGCTTTGGGAGCAACAATTTATCTTGGCAAATGATCTCTTCAAAGGACAGGAAAGACAAAAATTCTTTAAGAATTTCTTAGGTATTGGGAAACACAAAAATTTCAAAGATAAAACTACAACTGACCTAGAACTAGATAAGCCAAAGATATTAGACTTCAACAATACTATTGTTCTGATGGCAGCGAGATCAATGATAAACAAAAATAAGACATTCTTGGCACAAACTAATACATTGGAAAATCTACATCCAATAATGGGGGTATTCTCAGACCAAATAAAGGAGGCTTCAGAAGATACATTTAACACATTAAAAAAGATAAACAAAACATGTTTTTGGCAATGTATAACAGACATCTCAATGTTAATGAGGAATATTCTCTCAGTATCACAATACAACAGGCATAACACTTTCAGAGTGGCTATGTGTGCAAATGACTCTATGTATGCCCTCGTGTTCCCTTCTTCAGACATCAAGACAAAAAGAGCAACAGTTGTTTTCTCAGTAGTCTGTATTCATCAAGAAAAGCAATCTATTATGGATGCAGGTGCCTTATTTACAACCTTAGAATTAAAGACAAAAAACTTTATATCTATTAGCAAGGCTATTAGACTGGATAAAGAAAGATGCCAGAGAATAGTGTCATCTCCAGGCTTATTCCTTCTAAGTGCTCTATTACTGTATAATAACAACCCAAACATATCTCTTGTAGATGTTTTGAATTTTGCATTTTATACAAGTTTATCTATAACTAAGAGTATGTTATCTCTAACTGAACCATCTAGATATATGATAATGAACTCTTTAGCCATCTCTAGTCATGTAAAGGATTATATATCTGAAAAGTTCTCACCCTATACTAAGACACTTTTTAGCGTCTATATGGTAAATTTAATCAAGAGAGGTTGTAGCTCTGCCAATGAACAATCCAGCAAAATACAGTTGAGGAATATTTATCTTTCAGATTATGAAATAACACAGAAAGGTGTAAACGATGAGAGGAACTTGGAATCTATATGGTTTCCTGGTAGAGTAAACCTTAAAGAATATATCAATCAAATCTACTTGCCTTTTTACTTTAATGCAAAGGGCCTTCATGAAAAGCATCACGTTATGATAGATCTAGCCAAGACAGTTCTTGAAATAGAAATGACCCAAAGGATGGATGATTTGGGCATATGGTCTAAGCATGAAAAGAAGCAACATGTTAATTTGCCAATATTGATCCATTCCCTAGCTAAATCATTAATTTTAGACACTTCTAGACATAATCATTTGAGAAACAGAGTGGAGAGCCGCAACAATTTCAAGAGAAGTATAACAACCATTAGTACATTTACCAGCTCAAAATCATGCATTAAGATTGGAGATTTCAGGGAGATCAAGGCAAAAAACCTAGCCACATCAGTAAAATCTCAACAGAAAGCTTGTGAGAAGTACCGCTTATCGAATCCTTTATTTTTAGTAGATGAGGAATCTACATTAGAAACCAGACATTGCAGCTATGAAGATTTAGTTGCAAAGATCCCAAATTATAGAGATTATATCTCTGTTAAAGTATTTGATAGATTATACGAGTTATTTAAATTAAAAGAACTAGATGATAGGCCATTTATAGATCAGGCTATGGAGATGATGCAAAAGCACAAGGACTTTTCATTTACATTCTTTAATAAAGGACAAAAGACAGCAAAGGACAGGGAAATATTTGTAGGTGAGTTTGAAGCAAAAATGTGTATGTATGTTATAGAGAGAATCTCTAAAGAAAGATGTAAGTTAAATACAGATGAAATGATTAGTGAACCAGGAGATTCAAAATTGAGGATCTTGGAGAAAAAAGCAGAAGAAGAGATAAGATACATTGTAGAGAAGACGAAGGATAGTATTCAGAAAGGTGATCCCACAAAAGCATTGAAATTAGAGATTAATGCTGATATGTCGAAATGGAGTGCGCAAGATGTTTTCTATAAGTATTTTTGGCTTATAGTTTTGGATCCAATACTTTACCCGAATGAGAAAAAGAGGATGTTATTTTTCATGTGTAATTATATGCAGAAAGTGCTGATCTTGCCAGATGATTTGCTATCTAACATATTAGATCAAAAAACTCCATATAACAATGATTTAATCCTAAATTCAACTAATGGTTTAAATGCCAACTTTGTAAACATAAAAAGGAATTGGTTACAAGGGAATTTTAATTACATCTCTAGCTATGTACATAGTTGTGCAATGATGGTTTACAAAGATATTTTCAAAGAAACTATGAAGCTGCTAGATGGAGATTGTCTGGTGAATTCAATGGTTCATTCAGATGACAATCAAACATCTCTTGCCATTATGCAAAATAAAGTCAAAGATGACATGGTTATACAATTTGCTGCACATACATTTGAATCTGTCTGTCTCACTTTTGGATGCCAAGCAAATATGAAAAAAACATATATAACCCATACATGCAAAGAGTTTGTGTCACTTTTTAACTTACATGGTGAGCCATTGTCTATATATGGGAGATTCTTACTACCTAGTGTAGGAGATTGTGCATATATAGGGCCATATGAAGATCTGGCAAGTAGGCTATCAGCCACACAACAAAGCATAAAGCATGGATGCCCACCTAGCTTAGCATGGCTTGCAATAAGCTGCAGCCATTGGATAACTCATTTAACATACAACATGCTAGATGAACAAGTAAATTGCCCGACAAATCATTTACCATTTACAGATAGAAAGGATATACCAGTTGAGCTAAATGGCTACATCAATGCGCCATTATACCTTATATCATTAGTAGGCCTTGAAGCTGGCAACCTATGGTTTCTTATAGAGATGTTGAAGAAATTGGTACCAATTGATAAGCAAAGAGAAACAATACAGACTCAATGCCAGTGGCTAGCTCAATTAGGTAATCTAACAGAATCAGAAAAATTTAGATTCAAAATTCTAAGATATCTGACACTTGACACAGAAGTAAGTACAGACTCGAACATGGGGGAGACCAGTGACATGAGGAGTAGATCCTTGTTGACACCAAGAAAGTTCACCACTCCAGGATCATTAAATAAATTAGTTTCATATCTAGACTTCAAAAATTCTATGTCTAATGATGACTATAAAGAAACATTGGGTTATATGTTACAAAATCCAGAGCTATTAGTTACAAAAGGTGAGAATAAAGAACAATTTATGACATCAGTATTGTATCGTTACAATTCCAAGCGATTTAAAGAAAGTCTATCTATCCAAAATCCAGCTCAATTATTTATAGAGCAAGTACTTTTCTCGCATAAACCAATCATTGACTATAGCAGTATCTTTGATAAATTGAGTTCTTTAGTGGAATCTGACATAATTGCTGATTTGCCGGAAATCATCGGTAGGGTCACATTTCCACAAGCATACCAGATGATAGTTAGAGACATCAATCATTTACCCTTAGATCTGGAGGACATAAGCATAGTGTATAAATACTGTATATTAAATGACCCACTGATGATAACTGCAGCAAACACTTCTCTACTGTGTGTCAAAGGGACACCACAAGATAGGAATGGATTGAGTGCTAACCAGATGCCGGAATTCAGGAATATGAAATTGATACATCACTCTCCTGCATTGGTATTAAAAGCCTTCAGTAAAGGGACAACTGACTTACCTGGTGCTGAGCCCACAGAGCTTGAAAAAGACTTGCATCACTTAAATGAGTTTTTAGAAAACACTGGTATCAAGGAAAAAATAGAGCAAAACATGGACAACCCACCCAAGCACTTAAC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39,479
MK861967.1
Cache Valley virus
Hughes,H.R., Yates,K., Naqvi,S.H., Lambert,A.J., Velez,J., Kosoy,O., Turabelidze,G., Staples,J.E.
Centers for Disease Control and Prevention, Division of Vector-Borne Diseases
USA
2020-01-27
R103016b
Orthobunyavirus cacheense
Orthobunyavirus
Peribunyaviridae
ssRNA(-)
6,870
GenBank
null
USA: Missouri
USA
Homo sapiens
blood
2015-09
null
null
Cache Valley virus isolate R103016b segment L, complete sequence
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54,421
MH166879.1
Cache Valley virus
Dunlop,J.I., Szemiel,A.M., Navarro,A., Wilkie,G.S., Tong,L., Modha,S., Mair,D., Vattipally,S.B., Da Silva Filipe,A., Li,P., Vanlandingham,D.L., Higgs,S., Elliott,R.M., Kohl,A.
University of Glasgow, MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research
United Kingdom
2018-09-11
null
Orthobunyavirus cacheense
Orthobunyavirus
Peribunyaviridae
ssRNA(-)
6,870
GenBank
null
United Kingdom
United Kingdom
null
null
2018-03-09
null
null
Cache Valley virus strain 6V633 segment L, complete sequence
AGTAGTGTACTCCTATATAAAGAAATTACAAACTAAACCAAAAACAATATGGAGGACCAAATGTATGATCAATTCCTCAAGAGGATTCAATCAGCTAAAACAGCCACTGTAGCAAAGGACATCAGCACTGACATTTTGGAAGCACGTCATGATTATTTTGGTCGAGAACTTTGTGCTTCAATAGGCATAGAGTTTAGAAACAACGTTCTCTTAGATGAGATCATCCTGGATGTTGCACCTGGAATTAACCTGATGAACTTCAATATACCAAATGTTACACCTGATAATTACATCTGGGATGATGATTTCCTAATTATAATGGATTACAAAGTCTCAGTAGGGAATGATAGTACAGAAATAACATACAAAAAATATACAACCCTGATTCTACCAGTTATGGAGCAAATAGGTATACCAACTGAAATAGCAATCATAAGGGCAAACCCTGTGACATATCAGATCAGTATAATAGGTGAAAATTTTAAAGCTAAATATCCAAATATACCCATACAGCTAGATTTTTCAAAGTTTTTTGAGTTGAGGAAATTATTACTGGACAAGTTTGCAGATGATGAGGAGTTTCTACTTATGATTGCTCATGGTGACTTTACACTGACAGCACCATGGTGTATGGATGATACTCCAGAATTGTATGACCACCCAATTTATAAAGAATTCATAGGATCCATGCCCCCTAGATTTGTGAACTTATTCGATGAAGCCATTTCATTCAGTGCCTATTCTGCTGAACGCTGGAACAGCCTGTTGTATACTGCAAAAGCAAAGACAGAACAAGATTATCAAGAGTTCCTCTCAGAAAAGTCACATGCTATATTTAACATGAATGGTGAATATATGAAACCCACGCAATCTGAAATTGATAAAGGCTGGGAATTAATGAGCCGAAGAATTTCTGAAGAAAGGGATATCATAACAGATATAAATAAACAGAAGCCGTCCATACATTTTATATGGGCAAAAAATGCTAATAGGAAACTAAGTAGTGCAACTGCAAAGCTCATATTTTTGTCAAACTCTTTACAGTCTATCATTGAGCCTTCAACTTGGACAGATTCATTAAAAGCAATTGGCAAAAGTATGGATATAGATGGCAACGTTGGAGCATATGAGAATCTCTGTATGGAAAGGAAGTTGATAGCCAGATCAACAGGAAAAAAGATAGACAATAAGAGGCTAGAAGCCATTAAAATAGGAAATGCATTAGTGCTTTGGGAGCAACAATTTATCTTGGCAAATGATCTCTTCAAAGGACAGGAAAGACAAAAATTCTTTAAGAATTTCTTAGGTATTGGGAAACACAAAAATTTCAAAGACAAAACTACAACTGACCTAGAACTAGATAAGCCAAAGATATTAGACTTCAACAATACCATTGTCCTGATGGCAGCAAGGTCAATGATAAACAAAAACAAAACATTCTTGGCACAAACTAATACATTGGAAAATCTACATCCAATAATGGGGGTATTCTCAGACCAAATAAAGGAGGCTTCAGAAGATACATTTAACACATTAAAAAAGATTAATAAAACATGTTTTTGGCAATGCATAACAGACATCTCAATGTTAATGAGAAATATTCTTTCAGTATCACAATATAACAGGCATAATACTTTCAGAGTAGCTATGTGTGCAAATGACTCTATGTATGCCCTCGTGTTCCCTTCTTCAGACATCAAGACAAAAAGAGCAACAGTTGTTTTCTCAGTAGTCTGTATTCATCAAGAAAAGCAATCTATTATGGATGCAGGTGCCTTATTTACAACTTTAGAATTAAAAACAAAAAACTTTATATCTATTAGCAAGGCTATTAGGCTAGATAAAGAAAGATGCCAGAGAATAGTGTCATCCCCAGGCTTATTCCTTCTAAGTGCTCTATTATTGTATAATAATAACCCAAACATATCTCTTGTAGATGTTTTAAATTTTGCATTTTATACAAGTTTATCTATAACTAAAAGTATGTTATCTTTAACTGAACCATCTAGATATATGATAATGAACTCTTTAGCCATCTCCAGTCATGTAAAAGATTATATATCTGAAAAGTTCTCACCCTATACTAAGACACTTTTTAGCGTCTATATGGTAAATTTAATCAAGAGAGGTTGTAGCTCTGCCAATGAACAATCCAGCAAAATACAGTTGAGGAATATTTATCTTTCAGATTATGAAATAACACAGAAAGGTGTAAACGATGAGAGGAACTTGGAATCTATATGGTTCCCCGGTAGAGTAAACCTCAAAGAATATATCAATCAGATTTACTTACCTTTTTATTTTAACGCAAAAGGCCTTCATGAAAAGCATCATGTTATGATAGATCTAGCCAAGACAGTTCTTGAAATAGAAATGACTCAGAGGATGGATGACTTGGGCATATGGTCTAAGCATGGAAAGAAACAACATGTTAATCTACCAATATTGATTCATTCCCTAGCTAAATCATTAATTTTAGACACTTCTAGACATAATCATTTGAGAAACAGAGTGGAGAGCCGCAACAATTTCAAGAGAAGTATAACAACCATTAGTACATTTACCAGCTCAAAATCATGCATTAAGATTGGAGATTTCAGGGAGATCAAGGCAAAAAACCTAGCCACATCAGTAAAATCTCAACAGAAAGCTTGTGAGAAGTACCGCTTATCGAATCCTTTATTTTTAGTAGATGAGGAATCTACATTAGAAACCAGACATTGCAGCTATGAAGATTTAGTTGCAAAGATCCCGAATTATAGAGATTACATTTCTGTTAAAGTATTTGATAGATTATATGAGTTATTCAAATTAAAAGAATTAGATGATAGGCCATTTATAGATCAGGCTATGGAGATGATGCAAAAGCACAAGGACTTTTCATTTACATTCTTTAATAAAGGACAAAAGACAGCAAAGGACAGAGAAATATTTGTAGGTGAGTTTGAAGCAAAAATGTGTATGTATGTTATAGAGAGAATCTCTAAAGAAAGATGTAAGTTAAATACAGATGAAATGATTAGTGAACCAGGAGATTCAAAATTGAGGATCTTGGAGAAAAAAGCAGAGGAAGAGATAAGATACATCGTGGAGAAGACGAAGGATAGTATTCAGAAAGGTGATCCTACAAAAGCATTGAAACTAGAGATTAATGCTGATATGTCGAAATGGAGTGCGCAAGATGTTTTCTATAAGTATTTTTGGCTTATAGTTTTGGATCCAATACTTTACCCGAATGAGAAAAAGAGGATGTTATTTTTCATGTGTAATTATATGCAGAAAGTGCTGATCTTACCAGATGATTTGCTATCCAACATATTAGATCAAAAAACTCCATACAACAATGATTTAATTCTAAACTCAACTAATGGTTTAAATGCCAACTTTGTAAACATAAAAAGGAATTGGTTACAAGGGAATTTTAATTACATCTCTAGCTATGTACATAGTTGTGCAATGATGGTTTACAAAGATATTTTCAAAGAGACTATGAAGTTGCTGGACGGAGATTGTCTGGTAAATTCTATGGTTCATTCGGACGACAATCAGACATCCCTTGCCATTATGCAAAATAAAGTCAAAGATGACATGGTTATACAATTTGCTGCACATACATTTGAATCTGTCTGTCTCACTTTTGGATGCCAGGCAAATATGAAAAAAACATATATAACCCATACATGCAAAGAGTTTGTGTCACTTTTTAACTTACATGGTGAGCCATTGTCTATATATGGGAGATTCTTACTACCTAGTGTAGGAGATTGTGCATATATAGGGCCATATGAAGATCTGGCAAGTAGGCTATCAGCCACACAACAAAGCATAAAGCATGGATGCCCACCTAGCTTAGCATGGCTTGCAATAAGCTGCAGCCATTGGATAACTCATTTAACATATAACATGCTAGATGAGCAAGTGAATTGCCCAACAAATCATTTACCATTTACAAATAGAAAGGATATACCAGTTGAGCTAAATGGCTATATCAATGCGCCATTATACCTTATATCATTAGTAGGCCTTGAAGCTGGCAACCTATGGTTTCTTATAGAGATGTTGAAGAAATTGGTACCAATTGATAAGCAAAGAGAAACAATACAGACTCAATGCCAGTGGCTAGCTCAATTAGGTAATCTAACAGAATCAGAAAAATTTAGATTCAAAATTCTAAGATATCTGACACTTGACACAGAAGTAAGTACAGACTCGAACATGGGGGAGACCAGTGACATGAGAAGTAGGTCCTTGTTGACACCAAGAAAGTTCACCACTCCAGGATCATTAAATAAATTAGTTTCATATCTAGACTTCAAAAATTCTATGTCTAATGATGATTATAAAGAAACATTGAGTTATATGTTACAAAATCCAGAGCTATTAGTTACAAAAGGTGAGAATAAAGAACAATTTATGACATCAGTATTGTATCGTTACAATTCCAAGCGATTTAAAGAAAGTCTATCTATCCAAAATCCAGCTCAATTATTTATAGAGCAAGTACTTTTCTCCCATAAACCAATCATTGACTATAGCAGTATCTTTGATAAGTTGAGTTCTTTAGTGGAATCTGACATAATTGCTGATTTGCCGGAAATCATCGGTAGGGTCACATTTCCACAAGCATACCAGATGATAGTTAGGGACATCAATCATCTACCCTTAGATCTGGAGGACATAAGTATAGTGTATAAATACTGTATATTAAATGACCCACTGATGATAACTGCAGCAAACACTTCTCTACTGTGTGTCAAAGGGACACCACAAGATAGGAATGGATTGAGTGCTAACCAGATGCCGGAATTCAGAAATATGAAATTAATACATCATTCTCCTGCATTGGTATTAAAAGCCTTCAGTAAAGGGACAACTGATCTACCCGGTGCTGAGCCAACAGAGCTTGAGAAAGACTTACACCACTTGAATGAGTTTTTAGAAAGCACTGGTATCAAAGAAAAAATAGGGCAAAATATGGATAACCCACCCAAGCATTTAAC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68,688
KX100135.1
Cache Valley virus
Groseth,A., Vine,V., Weisend,C., Guevara,C., Watts,D., Russell,B., Tesh,R.B., Ebihara,H.
Friedrich-Loeffler-Institut
Germany
2017-07-27
null
Orthobunyavirus cacheense
Orthobunyavirus
Peribunyaviridae
ssRNA(-)
6,870
GenBank
1
USA
USA
Culiseta inornata
null
1956
null
null
Cache Valley virus strain 6V633 segment L, complete sequence
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75,556
KX100138.1
Cache Valley virus
Groseth,A., Vine,V., Weisend,C., Guevara,C., Watts,D., Russell,B., Tesh,R.B., Ebihara,H.
Friedrich-Loeffler-Institut
Germany
2017-07-27
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Orthobunyavirus cacheense
Orthobunyavirus
Peribunyaviridae
ssRNA(-)
6,870
GenBank
1
USA
USA
Ochlerotatus communis
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1967
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Cache Valley virus strain W728-67 segment L, complete sequence
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Cache Valley virus
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Germany
2017-07-27
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Orthobunyavirus
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GenBank
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USA
USA
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null
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Cache Valley virus strain W308-67 segment L, complete sequence
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75,558
KX100144.1
Cache Valley virus
Groseth,A., Vine,V., Weisend,C., Guevara,C., Watts,D., Russell,B., Tesh,R.B., Ebihara,H.
Friedrich-Loeffler-Institut
Germany
2017-07-27
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Orthobunyavirus cacheense
Orthobunyavirus
Peribunyaviridae
ssRNA(-)
6,870
GenBank
1
Mexico
Mexico
Psorophora confinnis
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1971
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Cache Valley virus strain MPB1-1551 segment L, complete sequence
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75,559
KX100147.1
Cache Valley virus
Groseth,A., Vine,V., Weisend,C., Guevara,C., Watts,D., Russell,B., Tesh,R.B., Ebihara,H.
Friedrich-Loeffler-Institut
Germany
2017-07-27
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Orthobunyavirus cacheense
Orthobunyavirus
Peribunyaviridae
ssRNA(-)
6,870
GenBank
1
USA
USA
Ovis aries
null
1980
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Cache Valley virus strain CK-102 segment L, complete sequence
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75,560
KX100150.1
Cache Valley virus
Groseth,A., Vine,V., Weisend,C., Guevara,C., Watts,D., Russell,B., Tesh,R.B., Ebihara,H.
Friedrich-Loeffler-Institut
Germany
2017-07-27
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Orthobunyavirus cacheense
Orthobunyavirus
Peribunyaviridae
ssRNA(-)
6,870
GenBank
1
USA
USA
Equus caballus
null
1980
null
null
Cache Valley virus strain MI80-1-450 segment L, complete sequence
AGTAGTGTACTCCTATATAAAGAAATTACAAACTAAACCAAGAACAATATGGAGGACCAAATGTATGATCAATTCCTCAAGAGGATTCAATCAGCTAAAACAGCCACTGTAGCAAAGGACATCAGCACTGACATCTTGGAAGCACGTCATGATTATTTTGGTCGAGAACTCTGTGCTTCAATAGGCATAGAGTTTAGAAACAACGTTCTCTTAGATGAGATCATCCTGGATGTTGCACCTGGAATTAACCTGATGAACTTTAATATACCAAATGTTACACCTGATAATTACATCTGGGATGATGATTTCCTAATTATAATGGATTACAAAGTCTCAGTAGGGAATGATAGTACAGAAATAACATACAAAAAATATACAACCCTAATACTACCAGTTATGGAGCAGATAGGTATACCAACTGAAATAGCAATCATAAGGGCAAATCCTGTGACATATCAGATCAGTATAATAGGTGAAAATTTTAAAGCTAAATATCCAAATATACCTATACAGCTAGATTTTTCGAAGTTTTTTGAGTTGAGGAAATTATTACTGGACAAGTTTGAAGATGATGAGGAGTTTCTACTTATGATTGCTCATGGTGATTTTACACTGACAGCACCATGGTGTATGGATGATACTCCAGAATTGTATGACCACCCAATTTATAAAGAATTCATAGGATCCATGCCCCCTAGATTTGTGAACTTATTCGATGAAGCCATTTCATTCAGTGCCTATTCTGCTGAACGCTGGAACAGCCTGTTGTATACTGCAAAAGCAAAGACAGAACAAGATTATCAAGAGTTCCTCTCAGAAAAGTCACATGCTATATTTAACATGAATGGTGAATATATGAAACCTACGCAATCTGAAATTGATAAAGGCTGGGAATTAATGAGCCGAAGAATTTCTGAAGAAAGGGATATCATAACAGATATAAATAAACAGAAGCCGTCCATACATTTTATATGGGCAAAAAATGCTAATAGGAAACTAAGTAGTGCAACTGCAAAGCTCATATTTTTGTCAAACTCTTTACAGTCTATCATTGAGCCTTCAACTTGGACAGATTCATTAAAAGCAATTGGCAAAAGTATGGATATAGATGGCAACGTTGGAGCATATGAGAATCTCTGCATGGAAAGGAAGTTGATAGCCAGATCAACAGGAAAAAAGATAGACAATAAGAGGCTAGAAGCCATTAAAATAGGAAATGCATTAGTGCTTTGGGAGCAACAATTTATCTTGGCAAATGATCTCTTCAAAGGACAGGAAAGACAAAAATTCCTTAAGAATTTCTTAGGTATTGGGAAACACAAAAATTTCAAAGACAAAACTACAACCGATCTAGAACTAGATAAGCCAAAGATATTAGACTTCAACAATACCATTGTCCTGATGGCAGCAAGGTCAATGATAAACAAAAACAAAACATTCTTGGCACAAACTAATACATTGGAAAATCTACATCCAATAATGGGGGTATTCTCAGACCAAATAAAGGAGGCTTCAGAAGATACATTCAACACACTAAAAAAGATTAATAAAACATGTTTTTGGCAATGCATAACAGACATCTCAATGTTAATGAGAAATATTCTTTCAGTATCACAATATAACAGGCATAATACTTTCAGAGTAGCTATGTGTGCAAATGACTCTATGTATGCCCTCGTGTTCCCTTCTTCAGACATCAAGACAAAAAGAGCAACAGTTGTTTTCTCAGTAGTCTGTATTCATCAAGAAAAGCAATCTATTATGGATGCAGGTGCCTTATTTACAACTTTAGAATTAAAAACAAAAAACTTTATATCTATTAGCAAGGCTATTAGGCTAGATAAAGAAAGATGCCAGAGAATAGTGTCATCCCCAGGCTTATTCCTTCTAAGTGCTCTATTATTGTATAATAATAACCCAAACATATCTCTTGTAGATGTTTTAAATTTTGCATTTTATACAAGTTTATCTATAACTAAAAGTATGTTATCTTTAACTGAACCATCTAGATATATGATAATGAACTCTTTAGCCATCTCCAGTCATGTAAAAGATTATATATCTGAAAAGTTCTCACCCTATACTAAGACACTTTTTAGTGTCTATATGGTAAATTTAATCAAGAGAGGTTGTAGCTCTGCCAATGAACAATCCAGCAAAATACAGTTAAGGAATATTTATCTTTCAGATTATGAAATAACACAGAAAGGTGTAAACGATGAGAGGAACTTGGAATCTATATGGTTCCCCGGTAGAGTAAACCTCAAAGAATATATCAATCAGATTTACTTACCTTTTTATTTTAACGCAAAAGGCCTTCATGAAAAGCATCATGTTATGATAGACCTAGCCAAGACAGTTCTTGAAATAGAAATGACTCAGAGGATGGATGACTTGGGCATATGGTCTAAGCATGGAAAGAAACAACATGTTAATCTACCAATATTGATTCATTCCCTAGCTAAATCATTAATTTTAGACACTTCTAGACATAATCATTTGAGAAACAGAGTGGAGAGCCGCAACAATTTCAAGAGAAGTATAACAACCATTAGTACATTTACCAGCTCAAAATCATGCATTAAGATTGGAGATTTTAGGGAGATCAAGGCAAAAAACCTAGCCACATCAGTAAAATCTCAACAGAAAGCTTGTGAGAAGTACCGCTTATCGAATCCTTTATTTTTAGTGGACGAGGAATCTACATTAGAAACCAGACATTGCAGCTATGAAGATTTAGTTGCAAAGATCCCGAATTATAGAGATTACATTTCTGTTAAAGTATTTGATAGATTATATGAGTTATTCAAATTAAAAGAATTAGATGATAGGCCATTTATAGATCAGGCTATGGAGATGATGCAAAAGCACAAGGACTTTTCATTTACATTTTTTAATAAAGGGCAAAAGACAGCAAAGGACAGAGAAATATTTGTAGGTGAGTTTGAAGCAAAAATGTGTATGTATGTTATAGAGAGAATTTCTAAAGAAAGATGTAAGTTAAATACAGATGAAATGATTAGTGAACCAGGAGATTCAAAATTGAGGATCTTAGAGAAAAAAGCAGAGGAAGAGATAAGATACATCGTGGAGAAGACGAAGGATAGTATTCAGAAAGGTGATCCTACAAAAGCATTGAAACTAGAGATTAATGCTGATATGTCGAAATGGAGTGCGCAAGATGTTTTCTATAAGTATTTCTGGCTTATAGTTTTGGATCCAATACTTTACCCGAATGAGAAAAAGAGGATGTTATTTTTCATGTGTAATTATATGCAGAAAGTGCTGATCTTACCAGATGATTTGCTATCCAACATATTGGATCAAAAAACTCCATACAACAATGATTTAATTCTAAACTCAACTAATGGTTTAAATGCCAACTTTGTAAACATAAAAAGGAATTGGTTACAAGGGAATTTTAATTACATCTCTAGCTATGTACATAGTTGTGCAATGATGGTTTACAAAGATATTTTCAAAGAAACTATGAAGTTGCTGGACGGAGATTGTCTGGTAAATTCTATGGTTCATTCGGACGACAACCAGACATCCCTTGCCATCATGCAAAATAAAGTCAAAGATGACATGGTTATACAATTTGCTGCACATACATTTGAATCTGTCTGTCTCACTTTTGGATGCCAGGCAAATATGAAAAAAACATATATAACCCATACATGTAAAGAGTTTGTGTCACTTTTTAACTTACATGGTGAGCCATTGTCTATATATGGGAGATTCTTACTACCTAGTGTAGGAGATTGTGCATATATAGGGCCATATGAAGATCTGGCAAGTAGGCTATCAGCCACACAACAAAGCATAAAGCATGGATGCCCACCTAGCTTAGCATGGCTTGCAATAAGTTGCAGCCATTGGATAACTCATTTAACATATAACATGCTAGATGAGCAAGTGAATTGCCCAACAAATCATTTACCATTTACAAATAGAAAGGATATACCAGTTGAGCTAAATGGCTATATCAATGCGCCATTATACCTTATATCATTAGTAGGCCTTGAAGCTGGCAACCTATGGTTTCTTATAGAGATGTTGAAGAAATTGGTACCAATTGATAAGCAAAGAGAAACAATACAGACTCAATGCCAATGGCTAGCTCAATTAGGTAATCTAACAGAATCAGAAAAATTTAGATTCAAAATTCTAAGATATCTGACACTTGACACAGAAGTAAGTACAGACTCGAACATGGGGGAGACCAGTGACATGAGAAGTAGGTCCTTGTTGACACCAAGAAAGTTCACCACTCCAGGATCATTAAATAAATTAGTTTCATATCTAGACTTCAAAAATTCTATGTCTAATGATGATTATAAAGAAACATTGAGTTATATGTTACAAAATCCAGAGCTATTAGTTACAAAAGGTGAGAATAAAGAACAATTTATGACATCAGTATTGTATCGTTACAATTCCAAGCGATTTAAAGAAAGTCTATCTATCCAAAATCCAGCTCAATTATTTATAGAGCAAGTACTTTTCTCCCATAAACCAATCATTGACTATAGCAGTATCTTTGATAAGTTGAGTTCTTTAGTGGAATCTGACATAATTGCTGATTTGCCAGAAATCATCGGTAGGGTCACATTTCCACAAGCATACCAGATGATAGTTAGGGACATCAATCATCTACCCTTAGACCTGGAGGACATAAGTATAGTGTATAAATACTGTATATTAAATGACCCACTGATGATAACTGCAGCAAACACTTCTCTACTGTGTGTCAAAGGGACACCACAAGATAGGAATGGATTGAGTGCTAACCAGATGCCGGAATTCAGAAATATGAAATTAATACATCATTCTCCTGCATTGGTATTAAAAGCCTTCAGTAAAGGGACAACTGATCTACCCGGTGCTGAGCCAACAGAGCTTGAGAAAGACTTACACCATTTGAATGAGTTTTTAGAAAGCACTGGTATCAAAGAAAAAATAGGGCAAAATATGGATAACCCACCCAAGCATTTAAC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75,561
KX100153.1
Cache Valley virus
Groseth,A., Vine,V., Weisend,C., Guevara,C., Watts,D., Russell,B., Tesh,R.B., Ebihara,H.
Friedrich-Loeffler-Institut
Germany
2017-07-27
null
Orthobunyavirus cacheense
Orthobunyavirus
Peribunyaviridae
ssRNA(-)
6,870
GenBank
1
USA
USA
Homo sapiens
null
2003
null
null
Cache Valley virus strain WI-03BS7669 segment L, complete sequence
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75,562
NC_002815.2
Cactus virus X
Liou,M.R., Chen,Y.R., Liou,R.F., Liou,M.-R., Hung,C.-L., Liou,R.-F.
National Center for Biotechnology Information, NIH
USA
2001-07-02
null
Cactus virus X
Potexvirus
Alphaflexiviridae
ssRNA(+)
6,614
RefSeq
1
null
null
Selenicereus undatus
null
null
null
PRJNA485481
Cactus virus X, complete genome
GAAAACCAACCCAACACCAAACCAACTCACTCACACCTATCCAACTCAGAAGGGAGCTACCGTTACCGGTATATATTCTGTGGGATGGCCCGTGTGCGTGAAGTTTTCTCATCGATCACTGACTCATCTCTTAAAGCCGTAATTCAGGAGGAGGCCTATAAGACCATCCAAACTCAATTACAACTCGCGGCCACAATCAACCCATACTCACAACCCACCGACGCTGCTGATGTTTTAGAGAACTTAGGAATCATCACTAACCCATTGGCCATTGAAGCCCATACCCATGGGGCGGCAAAGGCCATTGAAAATGACATGTATAACATAGTTGCTAATTATCTGCCCAAGGGGAATCCAGTCACATTCTACTACATGAAGAAAGGCAAGCTCGGAAAATTTAGGAGAGGCCCACACCAGAATGATCGTTTTGTCAACTCCCATTTTGAGCCCAAGGACATAGCCCGCTACCCAGAGGAAACGGTTGTGGAACACCTTGAGTCCACTCCCTGCACTACGAAGCTGGATTTCATGGGCGACACTCTCCACTTCTGGACGCCAAAGCAACTACTAACTCTCTTCAACTTTAGTCCCAAACTAACCACTCTCTACGCTACTATAGTCTTGCCTATAGAGGCTACACATAGACTACCCTCTCTACACCCCGCCATATATACTCTGAAGTACTTCGGGGACTTCTTTATGTACATCCCTGGTGGACACGCAGGCGCCTCCTACACCCATCACCAGAAACAACTAGCATGGCTTTTTGCCGGTCAAGTGTCTGGCCTAGGCATTAAGCTCACCATACAGATTCTGGAGAGCAAGGGTGCAAATCACCTGCTCATAATTCAAAGGGGTGATCTGCTCACTCCTCCCCTGAGGACTTTCGGCTCTGACTCCCCCTATGTGCAAATCCCACCTATCTTCCTCCCCAAAGACCATAATATGTCCCAGCCCATCCCCACGGTGTTTGCAATGAAAATGTTCATGTATACCAAGTCCCTGAAAGAGGTCACTCCGCGTGATCTTTATGCGAAAATGAGACAGCTGCTCCCGGATAAAGAACTGGCTAAATTCTCCCCAAGCCACATTGTTCACATGATGAACTATTTCTTCCTGCTCGGAAAATTAGACTCTGTTAATCACTTTGAAAACTTGCTATCAGGGTCAATCGTCCGCAGGACATTTAAGCCACTCATCGTCTGGTGGCAGCATTTTAAGGAAAAAATCAAGGGGCCTGCTGATTTTACAAAGATCTGCAAAGCGATTCAGTGGACTAATCTCGACCTCACATACAAAGTCCAATCCTTCACTCTCAGCACATGGGAGAATTTCTTCTCAAAGCAGATCATGCCAGAAGGGAAGAATGACGAGGACTTTTCGGACTTCTGGGACCCGAACTCCTACAACCCCTTAGACTCTGTGGATGATCTTAATGCTGAGCAGCTCAAAGCCTGGGACTTCCTGCAACAGCGCAACACCGGCGCTTACCCTGAGCCCAAATTCCATGACGATCCCCTTGAAAACAAGTCTAACAAGGAGAAATGCACTGCGGAACAAAGGAACTTCACTGAGGGCCCTCAGACTAGTCAGGCCTCCTGCTCCACCCCACACAATGACTCGCAGGCCCCCAATGAAGAGAAACCAGAGACGCAGCCCCACATCACCCCACCCAAGGTTTTCACCACACCCCACGGGGTGGTGGTACGCCCTTTCACCGCTGATCGCGACTGCGAGGAAACCTGGGAACATTTCATCATGGGCCATCTCAGGCTGTGCGACAAAGTTGGTCAGAGGCAGGTCACTCTCTATGCCAGAAATGGAAAGATAAAGACCTACAGTTACGGAAATGTAACCCACAAGGCTCAACCCTGGCCCGCTGAGCTCACGGCCATCGCCAAAGCCCTTGATGTGCCTGAGGAGCACGACCACTGCCTCTTCCAGGTCTTCCAACAGGGAGCTGCAATCAACTTTCATTCTGACGACGAGCCACTGATTCAACCAGGCTCACCCATCACCACTCTTAGCATTGGGCATTGTGAACTGCTCACCAGGGATAAATCCAACAAAAAAATTCACAAGCAACTCCTCTCCGGCCCCATCATCTACACCATGCCATCAGGCTTCCAGGAGACCCACCAACACTCAGTGCGTTCTCTACAAAAGAACCGACTCTCCATCACTTTCCGCACCAGTGTACACTGCAACCAAGAGGACACCCTCCCATGGCACAAGTGGCTGCCCATTCTGAGTGCAGCCGGGTTCAAAGGCAATCAGAGACAGGTCAATCCCAATGGCGGGTCGCTCATTCTCCCAATCTCCGACATCAAAAAACTGCCCACAATTGAGACTGGTGACCCAGGCTTGCTAGAAAAAATCAAGAAAATCCATAGGAGTCCCACACCCTTCACATATGACCCACTCCGAGCCAAGGCTTTTGGTTCAGATGTCAAGAATCTCAGAGTAGGCGCCCTACTCCGACACCAGTCCAAAGAATGGCTTGAGAGCTTTTCCAGAAGGACTGAGAAAGACAGCCGCTCTCTTGCTCTAACGGTCATTCATGGTGCTGGGGGTAGCGGCAAGTCTCAGGCACTGCAGGACTTCCTCCGGGCCAACCCAGACAATCGCATAACGGTGGTCCTGCCCACCAATGAGCTGAGACTCGACTGGGTACGCAAACTGCCACAAGCCCATCCTTCCTCTCTAAAGACCTTTGAGAAGAGTCTGCTCACGCCAGCCAGTTCTACTACTATCATGGACGATTACTCCAAGCTTCCCGCGGGATTCATTGAGGCCTACATCGCAAACAACCCCGGATTGGAGTGTCTGATACTCACAGGGGATTCAAAGCAAAGCCACCACCATGAGCCTAACGACGGAGCCATGACCAGCAAACTGTCGCCATTCACTGAGACCGCGTCACTCCACTGCAGATACTACCTCAATGCCACACACCGCAACAGGCAGGACCTGGCGAACATGCTCGGAGTCTACTCAGAGGTTGAGGGACGCACCAACATCACCATGGACACCACCATTCTTCCCGGCAGGCATCTGCTCGTCCCATCCATGTTCAAGAAACAAGCATACGGGGAGTTGGGACACAAGGTTTCAACCTACGCCGGGTGTCAAGGAATCACGGCGAATGAGATCCAAATACTGATTGACTCTGACACCCCAATGTGCTCCCAGCAGGTCATGTACACCGCCCTCAGTAGGGCCGTGCACGCCATTCACTTCGTCAACACAGGGATAAACAATGATGCCTTCTGGAACAAGCTGGCAGCCACGCCCTATCTCGCGGCATTTCTGAGGTTGGTCCGGGAAGAGAAGACGAAAGAGCATCAACCCACAGAAGAGGGGCCCAGTGCACCGCCCGCTCCCGAGACCCACTTCCCAGTGGAGAACGAGTCCACATTCTTTGACAAGGTCACAGACAGCATGCCGGAGGAGCATGAGAAAGAACTCTTTCACACTAGCGATGGTTTCAGCAATTGCGTTCAGACTGAAGATCCCATCATCCAAATGTTCCCCCACCAACAAGCAAAAGATGAGACTCTCTTCTGGGCAACAATTGAGGCTCGACTGAAAATAACGAGCCCCGAGAAAGACTTCACCGAGTTCATCTCCAAGGTACACATTGGGGACATTCTCTTCCAGAATTACAAGCTTGCCATGGGGCTCCCGAAAGAGCCAATCGCATTCGACGAACGTCTTTGGAACTGCTGCGCGGACGAGGTGCAGAAGACCTACCTGTCTAAGCCACTGCACATGCTTCAAAACGGACAGGCTAGGCAGTCCCCTGACTTTGACCCCAAAATGATCAGCCTCTTCCTCAAGTCACAATGGGTTAAGAAGATTGAGAAACTTGGCCAACCGCGCATTAAGGCTGGGCAGACCATCGCCTCTTTCCAACAAGAGGCGGTCATGCTTTACGGAACAATGGCCCGATACATGAGGCGTGTCCGCGAGGTTTTTCAGCCTAAGAATATCATGATCAACTGCGAGAGGACCCCTGAAGAGCTTACCAGCTGGGCAGCCGAGCACTGGAACTTCAATCGCAATTCATATGCCAACGACTACACGGCTTTTGACCAGTCTCAGGACGGTGCGATGCTCCAATTTGAAATTCTCAAAGCTAGGCACCACTCCATCCCGGAAGTGTACATTGAGGGCTACCTGGACTTGAAATGCTCATCCATGACCTTCCTTGGCATATTGAAAATCATGCGACTCACTGGAGAGGGGCCCACTTTCGACGCCAACACTGAATGCAACATCGCCTTCGCCCACACCAAGCTGAAAATACCAATCGGCACTGCTCAGCTCTACGCGGGTGACGACTGCGCTTTGGCTACTGTCCCAGAGGATAAGCCAAGCTTCAAAATGATTGAAACCGAGGTCTCCCTCAAAGCCAAACCGGTCATCAAAAGGCAGGTCCAAGGGGAATGGGCAGAATTTTGTGGGATGTTAGTTACCCCCCTTGGCGTCATCAAGGACCCCATCAAGACCTGGGCGGCACTGAAGCTTGCCGAAAAGAAGAGGCGACATGAAAGACATGAGGGACAGTTATTGAAAGAAATGCTTGGCCTTGTCTACCAACACAAGGACCCTCTCCACTCAATCTTCTCAGAAAGCAATCCATGGCCCACCAAATTAACCGTTCGAAAGATCATCAAAGCAGGTGGAGGCCGTGTTTTCTCAACTTTTGACTGATGGAGACGCTAACTGCCCTACTAATCGCTAACGGATACACTAGGACTGACTTGCCCATTTCCAAGCCCTTAGTCATCCATGCTGTGGCCGGTGCAGGAAAGACCACCCTGATTAGGCAATTTCTACACCAACACTCGGCCACGAATGCTCAGACGCTGGGCACGCCAGACAAGCCCAACCTCTCTAGGAAGATGATCCGACAATTCTCCATGCCCAAGGCCAACCATTTCAACATCCTCGATGAGTACTGTGCACAGCCTCTGAAAGGAAGTTGGGATGCGGTG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8,649
BK011045.1
Cactus virus X
Jiang,P., Shao,J., Nemchinov,L.G.
USDA-ARS Beltsville Agricultural Research Center, Molecular Plant Pathology Laboratory
USA
2021-02-20
alfalfa A
Cactus virus X
Potexvirus
Alphaflexiviridae
ssRNA(+)
6,603
GenBank
1
China
China
Medicago sativa
null
2018-01-08
null
null
TPA_asm: Cactus virus X isolate alfalfa A, complete genome
CCAACACCAAACCAACTCACTCACACCTATCCAACTCAGAAGGGAGCTACCGTTACCGGTATATATTCTGTGGGATGGCTCGTGTGCGTGAAGTTTTCTCATCGATCACCGACTCGTCGCTTAAAGCCGTAATTCAGGAGGAGGCCTATAAGACCATCCAAACTCAATTACGACTCGCGGCCACAATCAACCCATACTCACAACCCACCGACGCTGCTGATGTTTTAGAGAACTTAGGAATTATCACTAACCCATTGGCCATTGAAGCCCATACCCATGGGGCGGCAAAGGCCATTGAAAATGACATGTATAACATAGTTGCTAATTATTTGCCCAAGGAGAATCCAGTCACATTCTACTATATGAAGAAAGGCAAGCTCGGAAAATTTAGGAGAGGCCCACACCAGAATGATCGTTTTGTCAACTCCCATTTTGAGCCCAAGGACATAGCCCGATACCCAGAGGAAACGGTTGTGGAACACCTTGAGTCCACTCCCTGCACTACGAAGCTGGCTTTCATGGGCGACACTCTCCACTTCTGGACGCCAAAGCAACTACTAACTCTCTTTAACTTTAGTCCCAAACTAACCACTCTCTACGCTACTATAGTCTTACCTATAGAGGCTACACATAGACTACCCTCTCTACACCCCGCCATATATACTCTGAAGTACTTCGGGGACTTCTTTATGTACATCCCTGGTGGACATGCAGGCGCCTCCTACACTCATCACCAGAAACAACTAGCATGGCTTTTTGCCGGTCAAGTGTCTGGCCTAGGCATTAAGCTCACCATACAGATTCTGGAGAGCAAGGGTGCAAATCACCTGCTCATAATTCAAAGGGGTGATCTGCTCACTCCTCCCCTGAGGACTTTCGGCTCTGACTCCCCCTATGTACAAATCCCACCCATCTTCCTCCCCAAAGACCATAATATGTCCCAGCCCATCCCCACGGTGTTTGCAATGAAAATGTTCATGTACACCAAGTCCCTGAAAGAGGTCACTCCGCGTGATCTTTATGCGAAAATGAGACAGCTGCTCCCGGACAAGGAACTGGCTAAATTCTCCCCAAGCCACATTGTCCACATGATGAACTATTTCTTCCTGCTCGGAAAATTAGACTCTGTGAATCACTTTGAAAACTTGCTATCAGGGTCAATCGTCCGCAGGACATTTAAGCCACTCATCGTCTGGTGGCAGCATTTTAAGGAAAAAATCAAGGGGCCCGCTGACTTTACAAAGATCTGCAAAGCGATTCAGTGGACCAATCTCGACCTCACATACAAAGTCCAATCCTTCACTCTCAGCACATGGGAGAATTTCTTCTCAAAGCAGATCACGCCTGAAGGGAAGAACGACGAGGACTTTTCGGACTTCTGGGATCCGAACTCCTACAACCCCTTAGACTCTGTGGATGATTTAAATGCTGAGCAGCTTAAAGCCTGGGACTTCCTGCAGCAGCGCAACACCGGCGCCAACCCTGAGCCCAAATTCCATGACGATCCCCTTGAGAACAAGTCTAACAAGGAAAAGTGCACTGCGGAACGAAGGGACTCCACTGAGGGCCCTCAGACCAATCAGGCCTCCTGCTCCACCCCACACAATGACTCGCAGGCCCCCAATGAAGAGAAACCAGAGGCGCCGCCCTACTTCACCTCACCCAAAGTTTTCACCACACCCCACGGGGTGGTGGTACGCTCTTTCCCCGCTGATCGCGACTGCGAGGAAACCTGGGAACATTTCATTATGGGCCATCTCAGGCTGTGCGACAAAGTTGGTCAGAGGCAGGTCACTCTCTATGCCAGAAATGGAAAGATAAAGACCTACAGTTACGGAAATGTAACCCACAAGGCTCAACCCTGGCCCGCTGAGCTCACGGCCATCGCCAAAGCCCTTGATGTGCCTGAGGAGCACGACCACTGCCTCTTCCAGGTCTTCCAACAGGGAGCTGCAATCAACTTTCATTCTGACGACGAGCCACTGATTCAACCAGGCTCACCCATCACCACTCTTAGCATTGGGCATTGTGAACTGCTCACCAGGGATAAATCTACAAAAAAAATTCACAAGCAACTCCTCTCCGGCCCCATCATCTACACCATGCCATCAGGCTTCCAGGAGACCCACCAACACTCAGTGCGCTCCCTACAAAAGAACCGACTCTCCATCACTTTCCGCACCAGCGTGCACTGCAACCAAGAGGACACCCTCCCATGGCACAAGTGGCTGCCCATTCTGAATGCAGCCGGGTTCAAAGGCAATCTGAGACAGGTCAATCCCAATGACGGGTCGCTCATTCTCCCAATCTCCGACATAAGAAAACTGCCCACAATTGAAGCTGGTGACCCAGGCTTGCTAGAGGTACTCAAGAAAATCCATAGGAGTCCCACACCCTTCACATATGACCCACTCCGAGCCAAGGCTTTTGGTTCAGATGTCAAGAATCTCAGAGTAGGCGCCCTACTCCGACACCAGTCTAAAGAATGGCTTGAGAGCTTTTCCAGAAGGACGGAGAAAGACAGCCGCTCTCTTGCTCTAACGGTCATTCATGGTGCTGGGGGCAGCGGCAAGTCTCAGGCACTGCAGGACTTCCTCCGGGCCAACCCAGACAATCGCATAACGGTGGTCCTGCCCACCAATGAGCTGAGACTCGACTGGGTACGCAAACTGCCACAAGCCCATCCTTCCTCTCTCAAGACCTTTGAGAAGAGCCTGCTCGCGCCAGCCAGTTCTACTACTATCATGGACGACTACTCCAAGCTTCCCGCGGGATTCATTGAGGCCTACATCGCAAACAACCCCGGACTGGAGTGTCTGATACTCACAGGGGATTCAAAGCAAAGCCACCACCATGAGCCTAACGACGGAGCCATGACCAGCAAACTGTCGCCATTCACTGAGACCGCGTCACTCCACTGCAGATACTACCTCAATGCCACACACCGCAACAGGCAGGACCTGGCGAACATGCTCGGAGTCTACTCAGAGGTTGAGGGACGCACTAACATCACCATGGACACCACCATTCTTCCCGGCAGGCATCTGCTCGTCCCATCCATGTTCAAGAAACAAGCATACGGGGAGTTAGGACACAAGGTCTCAACCTACGCCGGGTGTCAAGGAATCACGGCGAATGAGATCCAAATACTGATTGACTCTGACACCCCAATGTGCTCCCAGCAGGTCATGTACACCGCCCTCAGTAGGGCCGTGCATGCCATTCACTTCGTCAACACAGGGATAAACAATGATGCCTTCTGGAACAAGCTGGCAGCCACGCCCTATCTCGCGGCATTTCTGAGGTTGGTCCGGGAAGAGAAGACGAAAGAGCATCAACCTACAGAAGAGGGGCCCAGTGCACCGCCCGCTCCCGAGACCCACTTCCCAGTGGAGAACGAGTCCACATTCTTTGACAAGGTCACAGACAACATGCCGGAGAAGCATGAGAGGGAACTCTTTTCCACTCGCGATGGTTTCAGCAATTGCGTCCAGACTGAAGATCCCATCATCCAAATGTTCCCCCACCAACAAGCAAAAGATGAGACTCTCTTCTGGGCAACAATTGAGGCTCGGCTGAAGATAACGAGCCCAGAGAAGAACTTCACTGAGTTCATCTCCAAGAAGCACATTGGGGACATTCTCTTCGAGAATTACAAGCTTGCCATGGGGCTCCCAAAAGAACCAATCGCCTTCGACGAACGTCTTTGGAACTGTTGCGCGGACGAGGTGCAGAAGACCTACCTGTCTAAGCCACTGCACATGCTTCAAAACGGACAGGCTCGGCAGTCCCCTGACTTCGACCCCAAAATGATCAGCCTCTTCCTCAAGTCACAATGGGTTAAGAAGATTGAGAAACTTGGCCAACCGCGCATTAAGGCTGGGCAGACCATCGCCTCTTTTCAACAAGAGGCAGTCATGCTTTACGGAACAATGGCTCGATACATGAGGCGTGTCCGCGAGGTCTTTCAGCCTAAGAATATCATGATCAACTGCGAGAAGACCCCTGAAGAGCTTACCAGCTGGGCAGCCGAGCACTGGAACTTCAATCGCAATTCATATGCCAACGACTACACGGCTTTTGACCAGTCTCAGGACGGTGCGATGCTCCAATTTGAAATTCTCAAAGCTAGGCACCACTCTATCCCGGAAGTGTACATTGAGGGCTACCTGGACTTGAAATGCTCATCCAAGACCTTCCTTGGCATACTGAAAATCATGCGACTCACTGGAGAGGGGCCTACTTTCGACGCCAACACTGAATGCAACATCGCCTTCGCCCACACCAAGCTGAAAATACCAATCGGCACTGCTCAGCTCTACGCGGGTGATGACTGCGCCTTTGACTACGCCCCAGAGGATAAGCCAAGCTTCAAAATGATCGAGACCGAGGTCTCCCTCAAAGCCAAACCGGTCATCAAAAGGCAGGTCCAAGGGGAATGGGCAGAATTTTGTGGGATGTTAGTTACCCCCCTTGGCGTCATCAAGGACCCCATCAAGACCTGGGCGGCACTGAAACTTGCCGAAAAGAGAGGCGACATGAAAGACATGAGGGATAGTTATGAAAGAGATGTCTGCCTTGCCTACCAGCACAAGGACGCTCTCCACTCAATCTTCTCAGAAGAGCAATCCATGGCCCATCAATTAACCGTTCGAAAGATCATCAAAGCAGGTGGAGGCCGTGTTTTCTCAACTTTTGACTGATGGAGACGCTAACTGCCCTACTAATTGCTAACGGATACACTAGGACTGACTTGCCCATTTCAAAACCCTTAGTCATCCATGCTGTGGCCGGTGCAGGAAAGACCACCCTGATTAGGCAATTTCTACACCAACACTCGGCCACGAATGCTCAGACGTTAGGCACGCCAGACAAGCCCAACCTCTCTAGGAAGATGATCCGACAGTTTTCAATGCCCAAGGCCAACCATTTCAACATCCTCGATGAGTACTGTGCACAGCCTCTGAAAGGAAGTTGGGATGCGGTGTTCGCCGACCCTC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44,082
LC128411.1
Cactus virus X
Park,C.Y., Kim,J.S., Lee,J.H., Lee,S.H.
College of Agriculture and Life Sciences, Kyungpook National University, Plant virus laboratory; 80 Daehakro, Bukgu, Daegu 702-701
Korea
2016-03-30
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Cactus virus X
Potexvirus
Alphaflexiviridae
ssRNA(+)
6,618
GenBank
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South Korea:Jeju
South Korea
Selenicereus undatus
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null
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Cactus virus X genomic RNA, complete genome
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83,157
JF937699.1
Cactus virus X
Lu,Y.-C., Mao,C.-H., Li,Y.-S., Chang,Y.-C.
National Taiwan University, Plant Pathology and Microbiology
Taiwan
2014-07-01
NTU
Cactus virus X
Potexvirus
Alphaflexiviridae
ssRNA(+)
6,627
GenBank
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Taiwan
Taiwan
Hylocereus
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2005
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Cactus virus X isolate NTU, complete genome
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89,641
AF308158.2
Cactus virus X
Liou,M.-R., Hung,C.-L., Liou,R.-F., Liou,M.R., Chen,Y.R., Liou,R.F.
National Taiwan University, Plant Pathology
Taiwan
2001-07-02
null
Cactus virus X
Potexvirus
Alphaflexiviridae
ssRNA(+)
6,614
GenBank
1
null
null
Selenicereus undatus
null
null
null
null
Cactus virus X, complete genome
GAAAACCAACCCAACACCAAACCAACTCACTCACACCTATCCAACTCAGAAGGGAGCTACCGTTACCGGTATATATTCTGTGGGATGGCCCGTGTGCGTGAAGTTTTCTCATCGATCACTGACTCATCTCTTAAAGCCGTAATTCAGGAGGAGGCCTATAAGACCATCCAAACTCAATTACAACTCGCGGCCACAATCAACCCATACTCACAACCCACCGACGCTGCTGATGTTTTAGAGAACTTAGGAATCATCACTAACCCATTGGCCATTGAAGCCCATACCCATGGGGCGGCAAAGGCCATTGAAAATGACATGTATAACATAGTTGCTAATTATCTGCCCAAGGGGAATCCAGTCACATTCTACTACATGAAGAAAGGCAAGCTCGGAAAATTTAGGAGAGGCCCACACCAGAATGATCGTTTTGTCAACTCCCATTTTGAGCCCAAGGACATAGCCCGCTACCCAGAGGAAACGGTTGTGGAACACCTTGAGTCCACTCCCTGCACTACGAAGCTGGATTTCATGGGCGACACTCTCCACTTCTGGACGCCAAAGCAACTACTAACTCTCTTCAACTTTAGTCCCAAACTAACCACTCTCTACGCTACTATAGTCTTGCCTATAGAGGCTACACATAGACTACCCTCTCTACACCCCGCCATATATACTCTGAAGTACTTCGGGGACTTCTTTATGTACATCCCTGGTGGACACGCAGGCGCCTCCTACACCCATCACCAGAAACAACTAGCATGGCTTTTTGCCGGTCAAGTGTCTGGCCTAGGCATTAAGCTCACCATACAGATTCTGGAGAGCAAGGGTGCAAATCACCTGCTCATAATTCAAAGGGGTGATCTGCTCACTCCTCCCCTGAGGACTTTCGGCTCTGACTCCCCCTATGTGCAAATCCCACCTATCTTCCTCCCCAAAGACCATAATATGTCCCAGCCCATCCCCACGGTGTTTGCAATGAAAATGTTCATGTATACCAAGTCCCTGAAAGAGGTCACTCCGCGTGATCTTTATGCGAAAATGAGACAGCTGCTCCCGGATAAAGAACTGGCTAAATTCTCCCCAAGCCACATTGTTCACATGATGAACTATTTCTTCCTGCTCGGAAAATTAGACTCTGTTAATCACTTTGAAAACTTGCTATCAGGGTCAATCGTCCGCAGGACATTTAAGCCACTCATCGTCTGGTGGCAGCATTTTAAGGAAAAAATCAAGGGGCCTGCTGATTTTACAAAGATCTGCAAAGCGATTCAGTGGACTAATCTCGACCTCACATACAAAGTCCAATCCTTCACTCTCAGCACATGGGAGAATTTCTTCTCAAAGCAGATCATGCCAGAAGGGAAGAATGACGAGGACTTTTCGGACTTCTGGGACCCGAACTCCTACAACCCCTTAGACTCTGTGGATGATCTTAATGCTGAGCAGCTCAAAGCCTGGGACTTCCTGCAACAGCGCAACACCGGCGCTTACCCTGAGCCCAAATTCCATGACGATCCCCTTGAAAACAAGTCTAACAAGGAGAAATGCACTGCGGAACAAAGGAACTTCACTGAGGGCCCTCAGACTAGTCAGGCCTCCTGCTCCACCCCACACAATGACTCGCAGGCCCCCAATGAAGAGAAACCAGAGACGCAGCCCCACATCACCCCACCCAAGGTTTTCACCACACCCCACGGGGTGGTGGTACGCCCTTTCACCGCTGATCGCGACTGCGAGGAAACCTGGGAACATTTCATCATGGGCCATCTCAGGCTGTGCGACAAAGTTGGTCAGAGGCAGGTCACTCTCTATGCCAGAAATGGAAAGATAAAGACCTACAGTTACGGAAATGTAACCCACAAGGCTCAACCCTGGCCCGCTGAGCTCACGGCCATCGCCAAAGCCCTTGATGTGCCTGAGGAGCACGACCACTGCCTCTTCCAGGTCTTCCAACAGGGAGCTGCAATCAACTTTCATTCTGACGACGAGCCACTGATTCAACCAGGCTCACCCATCACCACTCTTAGCATTGGGCATTGTGAACTGCTCACCAGGGATAAATCCAACAAAAAAATTCACAAGCAACTCCTCTCCGGCCCCATCATCTACACCATGCCATCAGGCTTCCAGGAGACCCACCAACACTCAGTGCGTTCTCTACAAAAGAACCGACTCTCCATCACTTTCCGCACCAGTGTACACTGCAACCAAGAGGACACCCTCCCATGGCACAAGTGGCTGCCCATTCTGAGTGCAGCCGGGTTCAAAGGCAATCAGAGACAGGTCAATCCCAATGGCGGGTCGCTCATTCTCCCAATCTCCGACATCAAAAAACTGCCCACAATTGAGACTGGTGACCCAGGCTTGCTAGAAAAAATCAAGAAAATCCATAGGAGTCCCACACCCTTCACATATGACCCACTCCGAGCCAAGGCTTTTGGTTCAGATGTCAAGAATCTCAGAGTAGGCGCCCTACTCCGACACCAGTCCAAAGAATGGCTTGAGAGCTTTTCCAGAAGGACTGAGAAAGACAGCCGCTCTCTTGCTCTAACGGTCATTCATGGTGCTGGGGGTAGCGGCAAGTCTCAGGCACTGCAGGACTTCCTCCGGGCCAACCCAGACAATCGCATAACGGTGGTCCTGCCCACCAATGAGCTGAGACTCGACTGGGTACGCAAACTGCCACAAGCCCATCCTTCCTCTCTAAAGACCTTTGAGAAGAGTCTGCTCACGCCAGCCAGTTCTACTACTATCATGGACGATTACTCCAAGCTTCCCGCGGGATTCATTGAGGCCTACATCGCAAACAACCCCGGATTGGAGTGTCTGATACTCACAGGGGATTCAAAGCAAAGCCACCACCATGAGCCTAACGACGGAGCCATGACCAGCAAACTGTCGCCATTCACTGAGACCGCGTCACTCCACTGCAGATACTACCTCAATGCCACACACCGCAACAGGCAGGACCTGGCGAACATGCTCGGAGTCTACTCAGAGGTTGAGGGACGCACCAACATCACCATGGACACCACCATTCTTCCCGGCAGGCATCTGCTCGTCCCATCCATGTTCAAGAAACAAGCATACGGGGAGTTGGGACACAAGGTTTCAACCTACGCCGGGTGTCAAGGAATCACGGCGAATGAGATCCAAATACTGATTGACTCTGACACCCCAATGTGCTCCCAGCAGGTCATGTACACCGCCCTCAGTAGGGCCGTGCACGCCATTCACTTCGTCAACACAGGGATAAACAATGATGCCTTCTGGAACAAGCTGGCAGCCACGCCCTATCTCGCGGCATTTCTGAGGTTGGTCCGGGAAGAGAAGACGAAAGAGCATCAACCCACAGAAGAGGGGCCCAGTGCACCGCCCGCTCCCGAGACCCACTTCCCAGTGGAGAACGAGTCCACATTCTTTGACAAGGTCACAGACAGCATGCCGGAGGAGCATGAGAAAGAACTCTTTCACACTAGCGATGGTTTCAGCAATTGCGTTCAGACTGAAGATCCCATCATCCAAATGTTCCCCCACCAACAAGCAAAAGATGAGACTCTCTTCTGGGCAACAATTGAGGCTCGACTGAAAATAACGAGCCCCGAGAAAGACTTCACCGAGTTCATCTCCAAGGTACACATTGGGGACATTCTCTTCCAGAATTACAAGCTTGCCATGGGGCTCCCGAAAGAGCCAATCGCATTCGACGAACGTCTTTGGAACTGCTGCGCGGACGAGGTGCAGAAGACCTACCTGTCTAAGCCACTGCACATGCTTCAAAACGGACAGGCTAGGCAGTCCCCTGACTTTGACCCCAAAATGATCAGCCTCTTCCTCAAGTCACAATGGGTTAAGAAGATTGAGAAACTTGGCCAACCGCGCATTAAGGCTGGGCAGACCATCGCCTCTTTCCAACAAGAGGCGGTCATGCTTTACGGAACAATGGCCCGATACATGAGGCGTGTCCGCGAGGTTTTTCAGCCTAAGAATATCATGATCAACTGCGAGAGGACCCCTGAAGAGCTTACCAGCTGGGCAGCCGAGCACTGGAACTTCAATCGCAATTCATATGCCAACGACTACACGGCTTTTGACCAGTCTCAGGACGGTGCGATGCTCCAATTTGAAATTCTCAAAGCTAGGCACCACTCCATCCCGGAAGTGTACATTGAGGGCTACCTGGACTTGAAATGCTCATCCATGACCTTCCTTGGCATATTGAAAATCATGCGACTCACTGGAGAGGGGCCCACTTTCGACGCCAACACTGAATGCAACATCGCCTTCGCCCACACCAAGCTGAAAATACCAATCGGCACTGCTCAGCTCTACGCGGGTGACGACTGCGCTTTGGCTACTGTCCCAGAGGATAAGCCAAGCTTCAAAATGATTGAAACCGAGGTCTCCCTCAAAGCCAAACCGGTCATCAAAAGGCAGGTCCAAGGGGAATGGGCAGAATTTTGTGGGATGTTAGTTACCCCCCTTGGCGTCATCAAGGACCCCATCAAGACCTGGGCGGCACTGAAGCTTGCCGAAAAGAAGAGGCGACATGAAAGACATGAGGGACAGTTATTGAAAGAAATGCTTGGCCTTGTCTACCAACACAAGGACCCTCTCCACTCAATCTTCTCAGAAAGCAATCCATGGCCCACCAAATTAACCGTTCGAAAGATCATCAAAGCAGGTGGAGGCCGTGTTTTCTCAACTTTTGACTGATGGAGACGCTAACTGCCCTACTAATCGCTAACGGATACACTAGGACTGACTTGCCCATTTCCAAGCCCTTAGTCATCCATGCTGTGGCCGGTGCAGGAAAGACCACCCTGATTAGGCAATTTCTACACCAACACTCGGCCACGAATGCTCAGACGCTGGGCACGCCAGACAAGCCCAACCTCTCTAGGAAGATGATCCGACAATTCTCCATGCCCAAGGCCAACCATTTCAACATCCTCGATGAGTACTGTGCACAGCCTCTGAAAGGAAGTTGGGATGCGGTG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111,082
OY979772.1
Cafeteriavirus-dependent mavirus
Hackl,T.
Groningen Institute for Evolutionary Life Sciences, University of Groningen, Eco-Evolutionary Bioinformatics, Nijenborgh 7, 9747 AG Groningen
Netherlands
2023-12-15
null
Cafeteriavirus-dependent mavirus
Mavirus
Lavidaviridae
dsDNA
19,452
GenBank
null
null
null
null
null
null
SAMEA112966047
PRJEB61642
Cafeteriavirus-dependent mavirus genome assembly, complete genome: monopartite
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10,232
OY515905.1
Cafeteriavirus-dependent mavirus
Hackl,T.
Groningen Institute for Evolutionary Life Sciences, University of Groningen, Eco-Evolutionary Bioinformatics, Nijenborgh 7, 9747 AG Groningen
Netherlands
2023-07-27
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Cafeteriavirus-dependent mavirus
Mavirus
Lavidaviridae
dsDNA
19,832
GenBank
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SAMEA112966039
PRJEB61642
Cafeteriavirus-dependent mavirus genome assembly, complete genome: monopartite
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Cafeteriavirus-dependent mavirus
Hackl,T.
Groningen Institute for Evolutionary Life Sciences, University of Groningen, Eco-Evolutionary Bioinformatics, Nijenborgh 7, 9747 AG Groningen
Netherlands
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PRJEB61642
Cafeteriavirus-dependent mavirus genome assembly, complete genome: monopartite
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Cafeteriavirus-dependent mavirus
Hackl,T.
Groningen Institute for Evolutionary Life Sciences, University of Groningen, Eco-Evolutionary Bioinformatics, Nijenborgh 7, 9747 AG Groningen
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PRJEB61642
Cafeteriavirus-dependent mavirus genome assembly, complete genome: monopartite
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Cafeteriavirus-dependent mavirus
Hackl,T.
Groningen Institute for Evolutionary Life Sciences, University of Groningen, Eco-Evolutionary Bioinformatics, Nijenborgh 7, 9747 AG Groningen
Netherlands
2023-05-04
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Cafeteriavirus-dependent mavirus
Mavirus
Lavidaviridae
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GenBank
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PRJEB61642
Cafeteriavirus-dependent mavirus genome assembly, complete genome: monopartite
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Hackl,T.
Groningen Institute for Evolutionary Life Sciences, University of Groningen, Eco-Evolutionary Bioinformatics, Nijenborgh 7, 9747 AG Groningen
Netherlands
2023-05-04
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Lavidaviridae
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SAMEA112966044
PRJEB61642
Cafeteriavirus-dependent mavirus genome assembly, complete genome: monopartite
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Cafeteriavirus-dependent mavirus
Hackl,T.
Groningen Institute for Evolutionary Life Sciences, University of Groningen, Eco-Evolutionary Bioinformatics, Nijenborgh 7, 9747 AG Groningen
Netherlands
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GenBank
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PRJEB61642
Cafeteriavirus-dependent mavirus genome assembly, complete genome: monopartite
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Cafeteriavirus-dependent mavirus
Hackl,T.
Groningen Institute for Evolutionary Life Sciences, University of Groningen, Eco-Evolutionary Bioinformatics, Nijenborgh 7, 9747 AG Groningen
Netherlands
2023-05-04
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SAMEA112966045
PRJEB61642
Cafeteriavirus-dependent mavirus genome assembly, complete genome: monopartite
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Cafeteriavirus-dependent mavirus
Hackl,T.
Groningen Institute for Evolutionary Life Sciences, University of Groningen, Eco-Evolutionary Bioinformatics, Nijenborgh 7, 9747 AG Groningen
Netherlands
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PRJEB61642
Cafeteriavirus-dependent mavirus genome assembly, complete genome: monopartite
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Cafeteriavirus-dependent mavirus
Hackl,T.
Groningen Institute for Evolutionary Life Sciences, University of Groningen, Eco-Evolutionary Bioinformatics, Nijenborgh 7, 9747 AG Groningen
Netherlands
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GenBank
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PRJEB61642
Cafeteriavirus-dependent mavirus genome assembly, complete genome: monopartite
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Cafeteriavirus-dependent mavirus
Fischer,M.G., Hackl,T.
Max Planck Institute for Medical Research, Biomolecular Mechanisms
Germany
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null
Cafeteriavirus-dependent mavirus, complete genome
GCGGCGCTGTGAAGCGGCGGGCTCGGTGGGGCGACGGGCGAGTCGGAGCTGGTCAACTGCCTCCTGCGTGTCGGGGCTGGCCAATAGCTCGCGAAGCGGCAAGTCGGCCTCATCCTTGAGCAGCGTAGAGTGGCGGTGGTCGTGGAAGCCTTCGGCGTGTCCCCTCCGACTTGCGATGGCATGCACTGCGGCTTGCAACTTCCAAGGACGCGACAACACGCGGCGGTCCCACTCATCGCGAAGGAACTCGGCCCCATTTCCTGCCCATCGAAGCAGTGAGTTGTCCGAGCCCACGACGGCAACAAAGCCGGGCGCATGGAATTGGCCCACGGCCTCCAGAAGCTGCCTCCCCTCCCTCCGGGCTGCTGCTTCCAGTCGAGCGGTGGCAGCCGCTGCAATTTTCAAGTTGATGCGTTCCCGCAGCAGCACCAGTCTGTGCGCGCGTTCTGCGGCGAACCGGGCATCTGTCCGCCTTGTGCTGTCAGCAACCACGTTGGAAACGCAGCGAGGGAGCTCGAAACCGGCGACAACGGCTGCCACTGCCGCCGTGGCCCCTCGCTGCGCGCCGTCCAGCTTCCTGCTGGCTAGGAGACGCCGCGAACCCGCTGCATCACAAAGGACTTGCGTCCTCCGCAGCTGAGCGTCGATTTGCCTGACGTATGCCTCTTCCCCGCCCGCAGCAGAGGCGCCACCTGCGAACCCGCGGTCTGGGAACTCTGCGTCATCGGGGGTGCTGAGCATCGCCCAGGCACTCGCGTCGTCACGGGCGTCGATTGTGGCTTGCAGCGCCAGCAGCTTCTGAACTGTTGCCTCCGCCTCTCGGAAAGGCAGCCTCGCCACTCGGACCCAAGCTCTTGTGCTTCCCGGACCGCCCACGGCCCTTGCCGCCACTGGAGCCTCTAGGACGAGGCGCCGACGCAGCGCCTCTGCGTCTTGCCTGATCCGCTCCGCAAGAGAGGCAGCTGCGAGGTGTCGCTTGGAACGCCCACTCCGGGAGGTCAGTTCCGGCGATCCCCGAGCGCTAGCTGGCCCAAACATCGTAGTCGCGTCCTTCCCGGTCGGGCTAGCATTCCGCGAGGGACTGGTGAGCTGACCGCAAGACGAGAGGCCTGGAGCCATGACTCGCGCCTCGAGCTCGCGATGCTCACCCCAAGTCGGGCGAAACCATGACGTGGCTCCGGTACCAACGTGCCGGAAAAACGCCTTGCTTGTGCCGTGGCCTCCAGGCTTCCCAGGCTCGTCGATTCGCACCTGCCACACTTCGGGAAACAGCTCCACTGGCATGGGATGGCGGAGTCTGTGCATCTTGTCGGCCTTTCGATCCGGCCGCAGCAGCGTGCATCCGAGTTCGTCCCGCGCTGCTATTGCGGCAAGGAGTGCCGCCTCCGAAGCACTGCGGGTGTGCGACTCGGTGTGCCCGGCACCGTCCAGGTCCGCCGAAGATGTGCCTGTGGCTTGGCCCGTCATCGGGTTGTCCGCTGCCAACTGCAAGGAGTTCGACGCTCCACTCGGCTGTGCCGTTCGGGCCGGCATCGCAGCAGCGCCTTCCAGGTGGTGTCTTCGCAGTTCCATCCACTCCCGCAGTCCGGGGCTGTCGACGAGTCGCTGTTTGAGGTTTCCATGTGCCAGTCCTGCGAGGAGGCGCTCGACTCTCGAAAGCTCGTCGCTCCTCACGAAGCCAGGCCTCACAAACTCTTCGTGGCCGAACAGTCGATCGCTCCGTGCGCCGAGCGGGAGCACCAGTGGCGGGGACGATGCCAGCCGGCGCCCGCTCCGCAGAGCGGGCGGTTGGTGCTTGCTCCCTTCCTCTTCGGCCCCCTGGGCTGCTTCAGGTTGCGGCTGGTGGCCAGGAGCTGCGTGCGAGTTGATCGACCTCACAGCGAATGAAATCGTTCCGGGCATGTCCTCTGCCAGCCCAAGCGGCGCAGGCGTGCTTGACGTTCCCCGGCGGCCATGGCGTGCCAGCAGCCCGTCGCTGCCGACAATCTGTGGTTCCAAGCCCTTGGCTGATCCTCCAACAGCCTGCAGTCGGGCCTGAAGTGCGGCGTTTGCCCGGTTTCGCCGCTCCTGCCTCACGCGCGCTCGCTTGCGGCGCTGCTTGCTTGCCTCATGCCGCGCCTGCTTGAGCTCTTCCTGCCTCTCTGCAGACATGGCTGGTACAAGCTCGAGGGCTGAGCTGGAGCCGGAGTCTGACAACGACGAATCGCTCTCTCCGGCTCTGTCTGCCTCCGAAGCCTCCGGACACTTCGCGCCGGGGACGCCATCTGCCGCTGTTCCGAATCGAATCCTGACTCCGAAGAGGCCCACGCGCTCGCCGCTGTCCGGGCCCGCGTACCAGAACGCTGCGTTGCCAATGTCTTCCCCTTGCCCAGTCGACGAATAAAAGCGACGGCTGAGCTCCGACGCGGGTGCTTCCGGTGCTCGGCTCGGCGCATCGCAAAGCTGCGCACGCGTTTGCGCCAAGGTGCGCGAAGCGACGATGACGACACGCGCGCCCCCCGGTCGGGGCTGCCCATCTGGCCTCACCTGCGCCGGGACTCCATGTAGTTTACTGATGTGGGGGCTGAGCACGACCGCTCTGTTGCGTCGAATCGATGCTGCAAGCGCGATTGTCTTCGCATTCTCGCCTATCCAGGCGAGCTTCGTCGACTCAGCCCGGCAGCTTCCCAGCTCCGCTTGAAGGCGCTCCTCCTCGTGGCAGCACCGATAGAGCTCGTTGGCAGCGGCCTCTACCTTGGCGTATGCCGAAACTGCGCGGTGGTGCACATGCTGAACGTGGGAAAGCAAGGCCCGAAGCGTGGCAGAGATGCGGGCCTGGGCACGAACCAGGTGACCGTGCTCCTGAACCAGCCAGTTCAGCTTGTGCCATCCATCACCCAGCGAGCGGCTTGCGATCAGTTCCGACCCGAGCGAGCGCTCGCTGGCGGCCGTCGCACGCGCAGCGGCTGCTTCACCGGCAGGAGACGCCGACTTGCTGCGGCGCCTGTCGTGGCGCCCGAGTTCGCCTCCCCGGCGCGATCCCGCAGCCGCTGGTCCGCCCTCGGCATCGCTGCAGCACTCGCTGTCGCTTTCGCTTCCGATGTCGCTGTTGCTGTCGCTGCCTGTGCGTCTTCGCCAGACAGTGCGGCGGACAGTCCGACGAGTGGTTGTTGTGGCAGGCGTGGTGCCGGGCGGCCAGGTCGGCTTTTCCCACTGGGTGGCCTTGGAAACCTTGTGAAAGTAGTACGGCGCCTGGCCTTCGCCATCTGGTCTGACCCTTCGCCATCCTGCTTTTCTCCAGTCAAATCGCGCAAGTTTCGTCTCTTCGACTTCTTCCTCGAGCTCCACCTTTTCCCACTCGTCTGGGTCTCTCTCCTCGCCAGGAACGCAGTTTTCGAACTCACTGTCGCCGTCCTCGGTCACATCTTTCACTTGGCATTGGTGCTCAAGGGCGGCGAGCTCCTTGCCGCGGGTTTCGCGCTTGCGCAAGCGGCCGAGCCTCACTGCTGCCGGCTCGCCGGCATCTGCTTCGTGCACAGCGTCCAGCAAAGCCCTTGCTCGCGCAACGGAGCCTGCCCCGGATGCGAAAATTACCGGAGCGACGCTTGGGCTTTCAAGCCGAGCGCTGCCGCTCGCTAGCTCCGTTGCAAGCGATTCCGAGGCTGCCCCGATTTGCCTCTCCAGCTCGACTTGCGCAGCCGCAGCGTCGTGGAGATGCTGCCGCAGCCGGGAAACTCGTCTAGCCGTTTCGCTTCGCGCTTCAGAGGCGCGACACTCCAAGTCAGCGGCCCAGTCGCCCAGGCGGCCGAGCTGGTCCGCCGCACCTTGGAACGCTGCGGAAACGACCCGCGCACGCTCGAGAGCGTCTTCCAACAGGCTGCAGCGGAGCCGAGTGCGGGCATCGGCATGCCTGTCGTCGGGGTCTGAATGCGCAACGCGTTGCGCCTGGCGACGCCTGAGCGAGTCGAGGCAACGGCCGAGCCTGGCCATGCGAGCTTCGAGTCGGGTTGCCCTGTCGGACGCTGCCGACGCAAGGTCGTCGGCCACAGCAGGGAGTCGCTGCAAAAGCAGCCGAGTGCCTGCGTCTGCCATCAACTCCGCGTCTGCCACCCGCCAAAGGTCCATATGCCCGGCATGCCGAGCCACTGCACCTCGCAGGAGCTCGACACACTGTTCCGCGTCAAGGAAGCCAGCAGCCAGCTGGTCATGGGCAGGCGTGAACACCTTGAGAGGAAGAGCAGCGGCGGATAGTGCCGTGAGTGCCATGGTAGGAACGACGTCCGACGTCGCGCGGGACATCGGCCTGGGCTCTCCTTCGGGTGGCCCCTGTGCGAAGCGCTCGCCGTGAGGCCCATAGGCAGCTTGAGAGCCATCCTTCGGTGACCGGCGACCGGTTGGCCTCAGCTGAAAGAGCGTGTCCAGCCCTGCCTGGAATCGCCCTAGTGACGCTTTCGTCGCAGCCAGATGCGACTCGCTGTCGCCAAGCTTGCTTTGGGCGTGCGGTCGTCTCCTTGCAAAGGCAATCGCACGGGCTTTCCTGCTGGCGTCGTCAAGATCTTGTAGGGCAGCGCGGCATTGACGAATGGCCGCCGAGCTCTCTGCCGCGCGCCCAGAGTGGGTGCGGCGAAACCGACGTGAGCCCCGAAGCAGCCAGCGAGTCGATGTCAGGGCGAGGTCGAGCACCCTGCGGAGCTGCAGAGTGTCGACTTGCGCGCGCAAGACGCCGGCAGCGTCGTTTGGAGCACATCCAGCCGCAATGCGGTCGGCCAGACGCGCAGCCACTGCTGCGCACCGAGCCCGGCGAACGTGAGCCGCCACCAACCTGACCCAGTGGCCTCTCCACGCACATTGGATTGACATGCAGGCGGCTATTTCCCTGGGGCGCGCCGCGCCGAACCCCCCTCCTTCCATGGCCCGGCGGGAAGTGCCCGTCGCTTCGTGAGCTGAAAACTCGCGGTCATCCCTCAGTCTTGCGGCAAGTTGCGCTGCTTTGCGGCAGCAGTGCCTGAGGTAGGCCCGCT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79,144
KJ542626.1
Calovo virus
Dufkova,L., Pachler,K., Kilian,P., Chrudimsky,T., Danielova,V., Ruzek,D., Nowotny,N.
Veterinary Research Institute, Virology
Czech Republic
2014-05-20
null
Calovo virus
Orthobunyavirus
Peribunyaviridae
ssRNA(-)
6,870
GenBank
1
Czech Republic
Czech Republic
null
null
1963
null
null
Calovo virus strain 134 segment L, complete sequence
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90,391
KJ542629.1
Calovo virus
Dufkova,L., Pachler,K., Kilian,P., Chrudimsky,T., Danielova,V., Ruzek,D., Nowotny,N.
Veterinary Research Institute, Virology
Czech Republic
2014-05-20
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Calovo virus
Orthobunyavirus
Peribunyaviridae
ssRNA(-)
6,870
GenBank
1
Croatia
Croatia
null
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1969
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Calovo virus strain JAn (MS3) segment L, complete sequence
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KJ542632.1
Calovo virus
Dufkova,L., Pachler,K., Kilian,P., Chrudimsky,T., Danielova,V., Ruzek,D., Nowotny,N.
Veterinary Research Institute, Virology
Czech Republic
2014-05-20
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Calovo virus
Orthobunyavirus
Peribunyaviridae
ssRNA(-)
6,870
GenBank
1
Slovakia
Slovakia
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1975
null
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Calovo virus strain 8020 segment L, complete sequence
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90,393
KJ542635.1
Calovo virus
Dufkova,L., Pachler,K., Kilian,P., Chrudimsky,T., Danielova,V., Ruzek,D., Nowotny,N.
Veterinary Research Institute, Virology
Czech Republic
2014-05-20
null
Calovo virus
Orthobunyavirus
Peribunyaviridae
ssRNA(-)
6,870
GenBank
1
Slovakia
Slovakia
null
null
1975
null
null
Calovo virus strain 8040 segment L, complete sequence
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TGATACAGAAATTCTTGTATACAAAATAAGGGAGATCACAAAATTGTATCAACTTTGTTATGATTATATAAAATCAACTGAGCACAAAGTCAAGGTTTTCATATTACCAATGAAATCGTATACATCTATTGATTTTTGCACTTTAATACAGGGCAATACTATTAAAGATGATAAATGGTATACAATGCATTATCTGAAACAAATTGTTAGTGGTTCAGTAAAAGGAACAATAGTCACAACTAGCACTACTGAACAATTAATAGCATCAGAATGTTTTAGAGTATTATCTCATTTTGCAGATTCTTTTGTGGAAGAAGGAAGCCGCTTAAGCTTTATCACAGAAGTCATAGATAATTTCACTTACAAAAACATAAGTGTTAATTCTTTGTATAATACAATATTAGGGAGCAATATGAGACTTGACTTCCTACCTTTATTATTCCGAATGCAATCATTGACACAATCAGATCTAAATAAATTTGATGCGTTGAAAACAAATGAGAGAGTTTCATGGAATAATTGGCAAACAAATCGGTCACTAAACTCAGGCATTATCGATCTGACAATATCCGGATATTTACGATCAATACGGATAGTAGGGGAAGACAAAATACTAAAGATTGCTGAGCTCACAGTGCCTAACTTCTATCCAAACACAGTCTTTCATGCTGGGAATAAATTACTGAATTCCAGACATGGTTTGAAATTTGAATATATGCAAGAAGTATTGTTAGATGATAAGTACAACTATTATATAACCTTTCAAAAAAAGAGAGCACATATTTATACTTATCAGGTTTCTACCATAGACCATATAATAAAAAGAAATGAAGAGGGGCTATTGACCAGGGGTATAAGATTCAATAAATTGATCCCAGTTTGCCCCGTTGTATTATCAGTTAGGGATGAACTCTTCAGAATGAATATGGATAATGTCTTCAGTTTGAACATGACAAATTTCAGTATGTCACGGTTACATGTATCACCAGATGAAATGGCAACTATAAAAAAAGCACACATGTCTAAGATGATGTTTTTCAATGGTCCTGATATAAAGGCAGGCATTATAAACCTAACAGCACTGATGAGGACCCAAGAATTATTATCATTAAGCTTTGACAACATTTGTAAATCAAGTATCATACCATTCTGCAGGATACTAGACTGTTCTGGTGGAGAACAGGGTGAACTTATTTTCCTTTCAGATGAAATCATGGATTTCACTATCTCAGAAGAAATAGAGTCTATGCCAATATTCACAATAAAATACCAAAAAAAAGGGTCAGAAAAGATGACATATAAGAATGCAGTATCAAAATTGGTAACCAGAGGTGTAGAAGAAATAAAAGAGGTGTTTGATTTCTCTAAAGATGGATTCTACTCAAAAAAGAATCTAGGGATAATTAATACAATCAGCTCTATAATAAACTTATTGGAAACAAATGAATGGTCATCTATCTTACTAAACTCATTCCATATAGCTATGCTATTAGAAGGGATGGATAGGGAATTCCACTTATTTACTCTACCAGCTGCATTTTACATCAACACAGCTGCAGGAACAATTAACTGGACCAAAATGTTAAAATTTGTAAAATCATTGCCAGAGATAAGTAGTGAACCATGGTCAACAATGATGAAAAGATTCATAGAGAAAACTATATTCCTCATTGAGAAGGAAATGAATAAAGAAGCCAACTTTGAAGACTTCTTAGAGGAATTAGAATTCTCATCAGGCAAATCCATGTTCACCTTCTTCTAAATAACAATACAAAGCTCAAACATATTTGGCCATTTCCAAAAGCCACTCTGTGGCATTACCATAGAACAGCATTTAAGATCAATTTCTTTTATATAGGAGCACACTACT
90,394