Datasets:

---

kejian

/

codesearchnet-python-raw

like 1

[ "def", "visitShapeNot", "(", "self", ",", "ctx", ":", "ShExDocParser", ".", "ShapeNotContext", ")", ":", "if", "ctx", ".", "negation", "(", ")", ":", "self", ".", "expr", "=", "ShapeNot", "(", "id", "=", "self", ".", "label", ")", "sn", "=", "ShexShapeExpressionParser", "(", "self", ".", "context", ")", "sn", ".", "visit", "(", "ctx", ".", "shapeAtom", "(", ")", ")", "self", ".", "expr", ".", "shapeExpr", "=", "sn", ".", "expr", "if", "sn", ".", "expr", "is", "not", "None", "else", "Shape", "(", ")", "else", ":", "self", ".", "visitChildren", "(", "ctx", ")" ]

[ "shapeNot", ":", "negation?", "shapeAtom" ]

[ "def", "BVS", "(", "self", ",", "params", ")", ":", "label", "=", "self", ".", "get_one_parameter", "(", "self", ".", "ONE_PARAMETER", ",", "params", ")", "self", ".", "check_arguments", "(", "label_exists", "=", "(", "label", ",", ")", ")", "# BVS label", "def", "BVS_func", "(", ")", ":", "if", "self", ".", "is_V_set", "(", ")", ":", "self", ".", "register", "[", "'PC'", "]", "=", "self", ".", "labels", "[", "label", "]", "return", "BVS_func" ]

[ "BVS", "label" ]

[ "def", "run", "(", "xmin", ",", "ymin", ",", "xmax", ",", "ymax", ",", "step", ",", "range_", ",", "range_x", ",", "range_y", ",", "t", ")", ":", "pt", "=", "zeros", "(", "(", "range_x", ",", "range_y", ",", "3", ")", ")", "for", "i", "in", "xrange", "(", "range_x", ")", ":", "for", "j", "in", "xrange", "(", "range_y", ")", ":", "pt", "[", "i", ",", "j", ",", "0", "]", ",", "pt", "[", "i", ",", "j", ",", "1", "]", "=", "(", "xmin", "+", "step", "*", "i", ")", "*", "180", "/", "math", ".", "pi", ",", "(", "ymin", "+", "step", "*", "j", ")", "*", "180", "/", "math", ".", "pi", "for", "k", "in", "xrange", "(", "t", ".", "shape", "[", "0", "]", ")", ":", "tmp", "=", "6368.", "*", "math", ".", "acos", "(", "math", ".", "cos", "(", "xmin", "+", "step", "*", "i", ")", "*", "math", ".", "cos", "(", "t", "[", "k", ",", "0", "]", ")", "*", "math", ".", "cos", "(", "(", "ymin", "+", "step", "*", "j", ")", "-", "t", "[", "k", ",", "1", "]", ")", "+", "math", ".", "sin", "(", "xmin", "+", "step", "*", "i", ")", "*", "math", ".", "sin", "(", "t", "[", "k", ",", "0", "]", ")", ")", "if", "tmp", "<", "range_", ":", "pt", "[", "i", ",", "j", ",", "2", "]", "+=", "t", "[", "k", ",", "2", "]", "/", "(", "1", "+", "tmp", ")", "return", "pt" ]

[ "omp", "parallel", "for", "private", "(", "i", "j", "k", "tmp", ")" ]

[ "def", "submatrix", "(", "matrix", ",", "i1", ",", "i2", ",", "j1", ",", "j2", ")", ":", "new", "=", "[", "]", "for", "i", "in", "range", "(", "i1", ",", "i2", "+", "1", ")", ":", "new", ".", "append", "(", "matrix", "[", "i", "]", "[", "j1", ":", "j2", "+", "1", "]", ")", "return", "_n", ".", "array", "(", "new", ")" ]

[ "returns", "the", "submatrix", "defined", "by", "the", "index", "bounds", "i1", "-", "i2", "and", "j1", "-", "j2" ]

[ "def", "get_property", "(", "self", ")", ":", "variable_properties", "=", "{", "}", "for", "block", "in", "self", ".", "variable_block", "(", ")", ":", "name", "=", "self", ".", "name_expr", ".", "searchString", "(", "block", ")", "[", "0", "]", "[", "0", "]", "properties", "=", "self", ".", "property_expr", ".", "searchString", "(", "block", ")", "variable_properties", "[", "name", "]", "=", "[", "y", ".", "strip", "(", ")", "for", "x", "in", "properties", "for", "y", "in", "x", "]", "return", "variable_properties" ]

[ "Returns", "the", "property", "of", "the", "variable" ]

[ "def", "add_view", "(", "self", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "try", ":", "singleton", "=", "self", ".", "model", ".", "objects", ".", "get", "(", ")", "except", "(", "self", ".", "model", ".", "DoesNotExist", ",", "self", ".", "model", ".", "MultipleObjectsReturned", ")", ":", "kwargs", ".", "setdefault", "(", "\"extra_context\"", ",", "{", "}", ")", "kwargs", "[", "\"extra_context\"", "]", "[", "\"singleton\"", "]", "=", "True", "response", "=", "super", "(", "SingletonAdmin", ",", "self", ")", ".", "add_view", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "return", "self", ".", "handle_save", "(", "args", "[", "0", "]", ",", "response", ")", "return", "redirect", "(", "admin_url", "(", "self", ".", "model", ",", "\"change\"", ",", "singleton", ".", "id", ")", ")" ]

[ "Redirect", "to", "the", "change", "view", "if", "the", "singleton", "instance", "exists", "." ]

[ "def", "encrypt", "(", "self", ",", "sa", ",", "esp", ",", "key", ")", ":", "data", "=", "esp", ".", "data_for_encryption", "(", ")", "if", "self", ".", "cipher", ":", "mode_iv", "=", "self", ".", "_format_mode_iv", "(", "algo", "=", "self", ",", "sa", "=", "sa", ",", "iv", "=", "esp", ".", "iv", ")", "cipher", "=", "self", ".", "new_cipher", "(", "key", ",", "mode_iv", ")", "encryptor", "=", "cipher", ".", "encryptor", "(", ")", "if", "self", ".", "is_aead", ":", "aad", "=", "struct", ".", "pack", "(", "'!LL'", ",", "esp", ".", "spi", ",", "esp", ".", "seq", ")", "encryptor", ".", "authenticate_additional_data", "(", "aad", ")", "data", "=", "encryptor", ".", "update", "(", "data", ")", "+", "encryptor", ".", "finalize", "(", ")", "data", "+=", "encryptor", ".", "tag", "[", ":", "self", ".", "icv_size", "]", "else", ":", "data", "=", "encryptor", ".", "update", "(", "data", ")", "+", "encryptor", ".", "finalize", "(", ")", "return", "ESP", "(", "spi", "=", "esp", ".", "spi", ",", "seq", "=", "esp", ".", "seq", ",", "data", "=", "esp", ".", "iv", "+", "data", ")" ]

[ "Encrypt", "an", "ESP", "packet" ]

[ "def", "_remove_tags", "(", "conn", ",", "load_balancer_names", ",", "tags", ")", ":", "params", "=", "{", "}", "conn", ".", "build_list_params", "(", "params", ",", "load_balancer_names", ",", "'LoadBalancerNames.member.%d'", ")", "conn", ".", "build_list_params", "(", "params", ",", "tags", ",", "'Tags.member.%d.Key'", ")", "return", "conn", ".", "get_status", "(", "'RemoveTags'", ",", "params", ",", "verb", "=", "'POST'", ")" ]

[ "Delete", "metadata", "tags", "for", "the", "specified", "resource", "ids", "." ]

[ "def", "docpie", "(", "doc", ",", "argv", "=", "None", ",", "help", "=", "True", ",", "version", "=", "None", ",", "stdopt", "=", "True", ",", "attachopt", "=", "True", ",", "attachvalue", "=", "True", ",", "helpstyle", "=", "'python'", ",", "auto2dashes", "=", "True", ",", "name", "=", "None", ",", "case_sensitive", "=", "False", ",", "optionsfirst", "=", "False", ",", "appearedonly", "=", "False", ",", "namedoptions", "=", "False", ",", "extra", "=", "None", ")", ":", "if", "case_sensitive", ":", "warnings", ".", "warn", "(", "'`case_sensitive` is deprecated, `docpie` is always '", "'case insensitive'", ")", "kwargs", "=", "locals", "(", ")", "argv", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'argv'", ")", "pie", "=", "Docpie", "(", "*", "*", "kwargs", ")", "pie", ".", "docpie", "(", "argv", ")", "return", "pie" ]

[ "Parse", "argv", "based", "on", "command", "-", "line", "interface", "described", "in", "doc", "." ]

[ "def", "inspect_decorator", "(", "lines", ":", "List", "[", "str", "]", ",", "lineno", ":", "int", ",", "filename", ":", "str", ")", "->", "DecoratorInspection", ":", "if", "lineno", "<", "0", "or", "lineno", ">=", "len", "(", "lines", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "(", "\"Given line number {} of one of the decorator lines \"", "\"is not within the range [{}, {}) of lines in {}\"", ")", ".", "format", "(", "lineno", ",", "0", ",", "len", "(", "lines", ")", ",", "filename", ")", ")", "# Go up till a line starts with a decorator", "decorator_lineno", "=", "None", "# type: Optional[int]", "for", "i", "in", "range", "(", "lineno", ",", "-", "1", ",", "-", "1", ")", ":", "if", "_DECORATOR_RE", ".", "match", "(", "lines", "[", "i", "]", ")", ":", "decorator_lineno", "=", "i", "break", "if", "decorator_lineno", "is", "None", ":", "raise", "SyntaxError", "(", "\"Decorator corresponding to the line {} could not be found in file {}: {!r}\"", ".", "format", "(", "lineno", "+", "1", ",", "filename", ",", "lines", "[", "lineno", "]", ")", ")", "# Find the decorator end -- it's either a function definition, a class definition or another decorator", "decorator_end_lineno", "=", "None", "# type: Optional[int]", "for", "i", "in", "range", "(", "lineno", "+", "1", ",", "len", "(", "lines", ")", ")", ":", "line", "=", "lines", "[", "i", "]", "if", "_DECORATOR_RE", ".", "match", "(", "line", ")", "or", "_DEF_CLASS_RE", ".", "match", "(", "line", ")", ":", "decorator_end_lineno", "=", "i", "break", "if", "decorator_end_lineno", "is", "None", ":", "raise", "SyntaxError", "(", "(", "\"The next statement following the decorator corresponding to the line {} \"", "\"could not be found in file {}: {!r}\"", ")", ".", "format", "(", "lineno", "+", "1", ",", "filename", ",", "lines", "[", "lineno", "]", ")", ")", "decorator_lines", "=", "lines", "[", "decorator_lineno", ":", "decorator_end_lineno", "]", "# We need to dedent the decorator and add a dummy decoratee so that we can parse its text as valid source code.", "decorator_text", "=", "textwrap", ".", "dedent", "(", "\"\"", ".", "join", "(", "decorator_lines", ")", ")", "+", "\"def dummy_{}(): pass\"", ".", "format", "(", "uuid", ".", "uuid4", "(", ")", ".", "hex", ")", "atok", "=", "asttokens", ".", "ASTTokens", "(", "decorator_text", ",", "parse", "=", "True", ")", "assert", "isinstance", "(", "atok", ".", "tree", ",", "ast", ".", "Module", ")", ",", "\"Expected the parsed decorator text to live in an AST module.\"", "module_node", "=", "atok", ".", "tree", "assert", "len", "(", "module_node", ".", "body", ")", "==", "1", ",", "\"Expected the module AST of the decorator text to have a single statement.\"", "assert", "isinstance", "(", "module_node", ".", "body", "[", "0", "]", ",", "ast", ".", "FunctionDef", ")", ",", "\"Expected the only statement in the AST module corresponding to the decorator text to be a function definition.\"", "func_def_node", "=", "module_node", ".", "body", "[", "0", "]", "assert", "len", "(", "func_def_node", ".", "decorator_list", ")", "==", "1", ",", "\"Expected the function AST node corresponding to the decorator text to have a single decorator.\"", "assert", "isinstance", "(", "func_def_node", ".", "decorator_list", "[", "0", "]", ",", "ast", ".", "Call", ")", ",", "\"Expected the only decorator in the function definition AST node corresponding to the decorator text \"", "\"to be a call node.\"", "call_node", "=", "func_def_node", ".", "decorator_list", "[", "0", "]", "return", "DecoratorInspection", "(", "atok", "=", "atok", ",", "node", "=", "call_node", ")" ]

[ "Parse", "the", "file", "in", "which", "the", "decorator", "is", "called", "and", "figure", "out", "the", "corresponding", "call", "AST", "node", "." ]

[ "def", "flavor_access_list", "(", "flavor_id", ",", "profile", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "conn", "=", "_auth", "(", "profile", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "return", "conn", ".", "flavor_access_list", "(", "flavor_id", "=", "flavor_id", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "Return", "a", "list", "of", "project", "IDs", "assigned", "to", "flavor", "ID" ]

[ "def", "ssh_cmdline", "(", "self", ",", "cmd", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "cmd", ",", "list", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"cmd needs to be a list\"", ")", "if", "not", "all", "(", "isinstance", "(", "item", ",", "str", ")", "for", "item", "in", "cmd", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"cmd needs to be a list of strings\"", ")", "if", "self", ".", "_port", "is", "None", ":", "raise", "ProgrammingError", "(", "\"run connect() first\"", ")", "ssh_cmd", "=", "[", "'ssh'", "]", "for", "opt", "in", "self", ".", "_get_ssh_options", "(", ")", ":", "ssh_cmd", ".", "append", "(", "'-o'", ")", "ssh_cmd", ".", "append", "(", "opt", ")", "ssh_cmd", ".", "extend", "(", "[", "'phablet@localhost'", ",", "'--'", "]", ")", "ssh_cmd", ".", "extend", "(", "cmd", ")", "_logger", ".", "debug", "(", "\"ssh_cmdline %r => %r\"", ",", "cmd", ",", "ssh_cmd", ")", "return", "ssh_cmd" ]

[ "Get", "argument", "list", "for", "meth", ":", "subprocess", ".", "Popen", "()", "to", "run", "ssh", "." ]

[ "def", "search", "(", "self", ",", "files", "=", "None", ",", "defined_fields", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "defined_fields", "is", "None", ":", "defined_fields", "=", "[", "]", "all_keys", "=", "set", "(", "defined_fields", ")", "|", "set", "(", "kwargs", ".", "keys", "(", ")", ")", "if", "not", "all_keys", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"At least one field to search on must be passed.\"", ")", "# If no list of files is passed, use all files in layout", "if", "files", "is", "None", ":", "files", "=", "set", "(", "self", ".", "layout", ".", "files", ".", "keys", "(", ")", ")", "# Index metadata for any previously unseen files", "for", "f", "in", "files", ":", "self", ".", "index_file", "(", "f", ")", "# Get file intersection of all kwargs keys--this is fast", "filesets", "=", "[", "set", "(", "self", ".", "key_index", ".", "get", "(", "k", ",", "[", "]", ")", ")", "for", "k", "in", "all_keys", "]", "matches", "=", "reduce", "(", "lambda", "x", ",", "y", ":", "x", "&", "y", ",", "filesets", ")", "if", "files", "is", "not", "None", ":", "matches", "&=", "set", "(", "files", ")", "if", "not", "matches", ":", "return", "[", "]", "def", "check_matches", "(", "f", ",", "key", ",", "val", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "val", ",", "six", ".", "string_types", ")", "and", "'*'", "in", "val", ":", "val", "=", "(", "'^%s$'", "%", "val", ")", ".", "replace", "(", "'*'", ",", "\".*\"", ")", "return", "re", ".", "search", "(", "str", "(", "self", ".", "file_index", "[", "f", "]", "[", "key", "]", ")", ",", "val", ")", "is", "not", "None", "else", ":", "return", "val", "==", "self", ".", "file_index", "[", "f", "]", "[", "key", "]", "# Serially check matches against each pattern, with early termination", "for", "k", ",", "val", "in", "kwargs", ".", "items", "(", ")", ":", "matches", "=", "list", "(", "filter", "(", "lambda", "x", ":", "check_matches", "(", "x", ",", "k", ",", "val", ")", ",", "matches", ")", ")", "if", "not", "matches", ":", "return", "[", "]", "return", "matches" ]

[ "Search", "files", "in", "the", "layout", "by", "metadata", "fields", "." ]

[ "def", "extract_ends", "(", "rec", ",", "sites", ",", "flank", ",", "fw", ",", "maxfragsize", "=", "800", ")", ":", "nsites", "=", "len", "(", "sites", ")", "size", "=", "len", "(", "rec", ")", "for", "i", ",", "s", "in", "enumerate", "(", "sites", ")", ":", "newid", "=", "\"{0}:{1}\"", ".", "format", "(", "rec", ".", "name", ",", "s", ")", "recs", "=", "[", "]", "if", "i", "==", "0", "or", "s", "-", "sites", "[", "i", "-", "1", "]", "<=", "maxfragsize", ":", "newidL", "=", "newid", "+", "\"L\"", "left", "=", "max", "(", "s", "-", "flank", ",", "0", ")", "right", "=", "s", "frag", "=", "rec", ".", "seq", "[", "left", ":", "right", "]", ".", "strip", "(", "\"Nn\"", ")", "recL", "=", "SeqRecord", "(", "frag", ",", "id", "=", "newidL", ",", "description", "=", "\"\"", ")", "if", "i", "==", "0", "and", "s", ">", "maxfragsize", ":", "# Contig L-end", "pass", "else", ":", "recs", ".", "append", "(", "recL", ")", "if", "i", "==", "nsites", "-", "1", "or", "sites", "[", "i", "+", "1", "]", "-", "s", "<=", "maxfragsize", ":", "newidR", "=", "newid", "+", "\"R\"", "left", "=", "s", "right", "=", "min", "(", "s", "+", "flank", ",", "size", ")", "frag", "=", "rec", ".", "seq", "[", "left", ":", "right", "]", ".", "strip", "(", "\"Nn\"", ")", "recR", "=", "SeqRecord", "(", "frag", ",", "id", "=", "newidR", ",", "description", "=", "\"\"", ")", "if", "i", "==", "nsites", "-", "1", "and", "size", "-", "s", ">", "maxfragsize", ":", "# Contig R-end", "pass", "else", ":", "recs", ".", "append", "(", "recR", ")", "SeqIO", ".", "write", "(", "recs", ",", "fw", ",", "\"fasta\"", ")" ]

[ "Extraction", "of", "ends", "of", "fragments", "above", "certain", "size", "." ]

[ "def", "disco_response", "(", "self", ",", "context", ")", ":", "info", "=", "context", ".", "request", "state", "=", "context", ".", "state", "try", ":", "entity_id", "=", "info", "[", "\"entityID\"", "]", "except", "KeyError", "as", "err", ":", "satosa_logging", "(", "logger", ",", "logging", ".", "DEBUG", ",", "\"No IDP chosen for state\"", ",", "state", ",", "exc_info", "=", "True", ")", "raise", "SATOSAAuthenticationError", "(", "state", ",", "\"No IDP chosen\"", ")", "from", "err", "return", "self", ".", "authn_request", "(", "context", ",", "entity_id", ")" ]

[ "Endpoint", "for", "the", "discovery", "server", "response" ]

[ "async", "def", "authenticate_request", "(", "activity", ":", "Activity", ",", "auth_header", ":", "str", ",", "credentials", ":", "CredentialProvider", ")", "->", "ClaimsIdentity", ":", "if", "not", "auth_header", ":", "# No auth header was sent. We might be on the anonymous code path.", "is_auth_disabled", "=", "await", "credentials", ".", "is_authentication_disabled", "(", ")", "if", "is_auth_disabled", ":", "# We are on the anonymous code path.", "return", "# No Auth Header. Auth is required. Request is not authorized.", "raise", "Exception", "(", "'Unauthorized Access. Request is not authorized'", ")", "claims_identity", "=", "await", "JwtTokenValidation", ".", "validate_auth_header", "(", "auth_header", ",", "credentials", ",", "activity", ".", "channel_id", ",", "activity", ".", "service_url", ")", "# On the standard Auth path, we need to trust the URL that was incoming.", "MicrosoftAppCredentials", ".", "trust_service_url", "(", "activity", ".", "service_url", ")", "return", "claims_identity" ]

[ "Authenticates", "the", "request", "and", "sets", "the", "service", "url", "in", "the", "set", "of", "trusted", "urls", ".", ":", "param", "activity", ":", "The", "incoming", "Activity", "from", "the", "Bot", "Framework", "or", "the", "Emulator", ":", "type", "activity", ":", "~botframework", ".", "connector", ".", "models", ".", "Activity", ":", "param", "auth_header", ":", "The", "Bearer", "token", "included", "as", "part", "of", "the", "request", ":", "type", "auth_header", ":", "str", ":", "param", "credentials", ":", "The", "set", "of", "valid", "credentials", "such", "as", "the", "Bot", "Application", "ID", ":", "type", "credentials", ":", "CredentialProvider" ]

[ "def", "createPlan", "(", "self", ",", "plan", ",", "thread_id", "=", "None", ")", ":", "thread_id", ",", "thread_type", "=", "self", ".", "_getThread", "(", "thread_id", ",", "None", ")", "data", "=", "{", "\"event_type\"", ":", "\"EVENT\"", ",", "\"event_time\"", ":", "plan", ".", "time", ",", "\"title\"", ":", "plan", ".", "title", ",", "\"thread_id\"", ":", "thread_id", ",", "\"location_id\"", ":", "plan", ".", "location_id", "or", "\"\"", ",", "\"location_name\"", ":", "plan", ".", "location", "or", "\"\"", ",", "\"acontext\"", ":", "ACONTEXT", ",", "}", "j", "=", "self", ".", "_post", "(", "self", ".", "req_url", ".", "PLAN_CREATE", ",", "data", ",", "fix_request", "=", "True", ",", "as_json", "=", "True", ")" ]

[ "Sets", "a", "plan" ]

[ "def", "save_images", "(", "image", ",", "directory", "=", "None", ",", "axis", "=", "'z'", ",", "channel", "=", "None", ",", "global_norm", "=", "True", ",", "image_format", "=", "'PNG'", ")", ":", "if", "directory", "is", "None", ":", "directory", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "'./saved_images'", ",", "'default'", ",", "'default'", ",", "'0'", ",", "Bbox", "(", "(", "0", ",", "0", ",", "0", ")", ",", "image", ".", "shape", "[", ":", "3", "]", ")", ".", "to_filename", "(", ")", ")", "mkdir", "(", "directory", ")", "print", "(", "\"Saving to {}\"", ".", "format", "(", "directory", ")", ")", "indexmap", "=", "{", "'x'", ":", "0", ",", "'y'", ":", "1", ",", "'z'", ":", "2", ",", "}", "index", "=", "indexmap", "[", "axis", "]", "channel", "=", "slice", "(", "None", ")", "if", "channel", "is", "None", "else", "channel", "while", "image", ".", "ndim", "<", "4", ":", "image", "=", "image", "[", "...", ",", "np", ".", "newaxis", "]", "def", "normalize_float", "(", "img", ")", ":", "img", "=", "np", ".", "copy", "(", "img", ")", "img", "[", "img", "==", "np", ".", "inf", "]", "=", "0", "img", "[", "img", "==", "-", "np", ".", "inf", "]", "=", "0", "lower", ",", "upper", "=", "img", ".", "min", "(", ")", ",", "img", ".", "max", "(", ")", "img", "=", "(", "img", "-", "lower", ")", "/", "(", "upper", "-", "lower", ")", "*", "255.0", "return", "img", ".", "astype", "(", "np", ".", "uint8", ")", "if", "global_norm", "and", "np", ".", "issubdtype", "(", "image", ".", "dtype", ",", "np", ".", "floating", ")", ":", "image", "=", "normalize_float", "(", "image", ")", "for", "level", "in", "tqdm", "(", "range", "(", "image", ".", "shape", "[", "index", "]", ")", ",", "desc", "=", "\"Saving Images\"", ")", ":", "if", "index", "==", "0", ":", "img", "=", "image", "[", "level", ",", ":", ",", ":", ",", "channel", "]", "elif", "index", "==", "1", ":", "img", "=", "image", "[", ":", ",", "level", ",", ":", ",", "channel", "]", "elif", "index", "==", "2", ":", "img", "=", "image", "[", ":", ",", ":", ",", "level", ",", "channel", "]", "else", ":", "raise", "IndexError", "(", "\"Index {} is not valid. Expected 0, 1, or 2.\"", ".", "format", "(", "index", ")", ")", "while", "img", ".", "ndim", "<", "3", ":", "img", "=", "img", "[", "...", ",", "np", ".", "newaxis", "]", "num_channels", "=", "img", ".", "shape", "[", "2", "]", "for", "channel_index", "in", "range", "(", "num_channels", ")", ":", "img2d", "=", "img", "[", ":", ",", ":", ",", "channel_index", "]", "if", "not", "global_norm", "and", "img2d", ".", "dtype", "in", "(", "np", ".", "float32", ",", "np", ".", "float64", ")", ":", "img2d", "=", "normalize_float", "(", "img2d", ")", "# discovered that downloaded cube is in a weird rotated state.", "# it requires a 90deg counterclockwise rotation on xy plane (leaving z alone)", "# followed by a flip on Y", "if", "axis", "==", "'z'", ":", "img2d", "=", "np", ".", "flipud", "(", "np", ".", "rot90", "(", "img2d", ",", "1", ")", ")", "if", "img2d", ".", "dtype", "==", "np", ".", "uint8", ":", "img2d", "=", "Image", ".", "fromarray", "(", "img2d", ",", "'L'", ")", "elif", "img2d", ".", "dtype", "==", "np", ".", "bool", ":", "img2d", "=", "img2d", ".", "astype", "(", "np", ".", "uint8", ")", "*", "255", "img2d", "=", "Image", ".", "fromarray", "(", "img2d", ",", "'L'", ")", "else", ":", "img2d", "=", "img2d", ".", "astype", "(", "'uint32'", ")", "img2d", "[", ":", ",", ":", "]", "|=", "0xff000000", "# for little endian abgr", "img2d", "=", "Image", ".", "fromarray", "(", "img2d", ",", "'RGBA'", ")", "file_index", "=", "str", "(", "level", ")", ".", "zfill", "(", "3", ")", "filename", "=", "'{}.{}'", ".", "format", "(", "file_index", ",", "image_format", ".", "lower", "(", ")", ")", "if", "num_channels", ">", "1", ":", "filename", "=", "'{}-{}'", ".", "format", "(", "channel_index", ",", "filename", ")", "path", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "directory", ",", "filename", ")", "img2d", ".", "save", "(", "path", ",", "image_format", ")" ]

[ "Serialize", "a", "3D", "or", "4D", "array", "into", "a", "series", "of", "PNGs", "for", "visualization", "." ]

[ "def", "_merge_links", "(", "self", ",", "other_trajectory", ",", "used_runs", ",", "allowed_translations", ",", "ignore_data", ")", ":", "linked_items", "=", "other_trajectory", ".", "_linked_by", "run_name_dummys", "=", "set", "(", "[", "f", "(", "-", "1", ")", "for", "f", "in", "other_trajectory", ".", "_wildcard_functions", ".", "values", "(", ")", "]", ")", "if", "len", "(", "linked_items", ")", ">", "0", ":", "self", ".", "_logger", ".", "info", "(", "'Merging potential links!'", ")", "for", "old_linked_name", "in", "other_trajectory", ".", "_linked_by", ":", "if", "old_linked_name", "in", "ignore_data", ":", "continue", "split_name", "=", "old_linked_name", ".", "split", "(", "'.'", ")", "if", "any", "(", "x", "in", "run_name_dummys", "for", "x", "in", "split_name", ")", ":", "self", ".", "_logger", ".", "warning", "(", "'Ignoring all links linking to `%s` because '", "'I don`t know how to resolve links under `%s` nodes.'", "%", "(", "old_linked_name", ",", "str", "(", "run_name_dummys", ")", ")", ")", "continue", "old_link_dict", "=", "other_trajectory", ".", "_linked_by", "[", "old_linked_name", "]", "split_name", "=", "old_linked_name", ".", "split", "(", "'.'", ")", "if", "all", "(", "x", "in", "allowed_translations", "for", "x", "in", "split_name", ")", ":", "new_linked_full_name", "=", "self", ".", "_rename_full_name", "(", "old_linked_name", ",", "other_trajectory", ",", "used_runs", "=", "used_runs", ")", "else", ":", "new_linked_full_name", "=", "old_linked_name", "for", "linking_node", ",", "link_set", "in", "old_link_dict", ".", "values", "(", ")", ":", "linking_full_name", "=", "linking_node", ".", "v_full_name", "split_name", "=", "linking_full_name", ".", "split", "(", "'.'", ")", "if", "any", "(", "x", "in", "run_name_dummys", "for", "x", "in", "split_name", ")", ":", "self", ".", "_logger", ".", "warning", "(", "'Ignoring links under `%s` because '", "'I don`t know how to resolve links '", "'under a `%s` node.'", "%", "(", "linking_full_name", ",", "str", "(", "run_name_dummys", ")", ")", ")", "split_name", "=", "linking_full_name", ".", "split", "(", "'.'", ")", "if", "any", "(", "x", "in", "allowed_translations", "for", "x", "in", "split_name", ")", ":", "new_linking_full_name", "=", "self", ".", "_rename_full_name", "(", "linking_full_name", ",", "other_trajectory", ",", "used_runs", "=", "used_runs", ")", "else", ":", "new_linking_full_name", "=", "linking_full_name", "for", "link", "in", "link_set", ":", "if", "(", "linking_full_name", "+", "'.'", "+", "link", ")", "in", "ignore_data", ":", "continue", "if", "link", "in", "run_name_dummys", ":", "self", ".", "_logger", ".", "warning", "(", "'Ignoring link `%s` under `%s` because '", "'I don`t know how to resolve '", "'links named as `%s`.'", "%", "(", "link", ",", "linking_full_name", ",", "str", "(", "run_name_dummys", ")", ")", ")", "continue", "try", ":", "new_linked_item", "=", "self", ".", "f_get", "(", "new_linked_full_name", ",", "shortcuts", "=", "False", ")", "if", "self", ".", "f_contains", "(", "new_linking_full_name", ")", ":", "new_linking_item", "=", "self", ".", "f_get", "(", "new_linking_full_name", ",", "shortcuts", "=", "False", ")", "else", ":", "new_linking_item", "=", "self", ".", "f_add_group", "(", "new_linking_full_name", ")", "if", "link", "in", "allowed_translations", ":", "run_indices", ",", "wildcards", "=", "other_trajectory", ".", "_reversed_wildcards", "[", "link", "]", "link", "=", "self", ".", "f_wildcard", "(", "wildcards", "[", "0", "]", ",", "used_runs", "[", "run_indices", "[", "0", "]", "]", ")", "if", "not", "link", "in", "new_linking_item", ".", "_links", ":", "new_linking_item", ".", "f_add_link", "(", "link", ",", "new_linked_item", ")", "else", ":", "self", ".", "_logger", ".", "debug", "(", "'Link `%s` exists already under `%s`.'", "%", "(", "link", ",", "new_linked_item", ".", "v_full_name", ")", ")", "except", "(", "AttributeError", ",", "ValueError", ")", "as", "exc", ":", "self", ".", "_logger", ".", "error", "(", "'Could not copy link `%s` under `%s` linking '", "'to `%s` due to `%s`'", "%", "(", "link", ",", "linking_full_name", ",", "old_linked_name", ",", "repr", "(", "exc", ")", ")", ")" ]

[ "Merges", "all", "links" ]

[ "def", "create_audit_student_enrollment", "(", "self", ",", "course_id", ")", ":", "audit_enrollment", "=", "{", "\"mode\"", ":", "\"audit\"", ",", "\"course_details\"", ":", "{", "\"course_id\"", ":", "course_id", "}", "}", "# the request is done in behalf of the current logged in user", "resp", "=", "self", ".", "requester", ".", "post", "(", "urljoin", "(", "self", ".", "base_url", ",", "self", ".", "enrollment_url", ")", ",", "json", "=", "audit_enrollment", ")", "resp", ".", "raise_for_status", "(", ")", "return", "Enrollment", "(", "resp", ".", "json", "(", ")", ")" ]

[ "Creates", "an", "audit", "enrollment", "for", "the", "user", "in", "a", "given", "course" ]

[ "def", "show", "(", "self", ",", "alert_condition_infra_id", ")", ":", "return", "self", ".", "_get", "(", "url", "=", "'{0}alerts/conditions/{1}'", ".", "format", "(", "self", ".", "URL", ",", "alert_condition_infra_id", ")", ",", "headers", "=", "self", ".", "headers", ",", ")" ]

[ "This", "API", "endpoint", "returns", "an", "alert", "condition", "for", "infrastucture", "identified", "by", "its", "ID", "." ]

[ "def", "remove_peer", "(", "self", ",", "peer", ")", ":", "if", "peer", ".", "index", "<", "0", "or", "peer", ".", "index", ">=", "self", ".", "size", "(", ")", ":", "raise", "IndexError", "(", "'Peer index is out of range'", ")", "assert", "peer", "is", "self", ".", "peers", "[", "peer", ".", "index", "]", ",", "\"peer is not in the heap\"", "return", "heap", ".", "remove", "(", "self", ",", "peer", ".", "index", ")" ]

[ "Remove", "the", "peer", "from", "the", "heap", "." ]

[ "def", "ramp_down_sp", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "_ramp_down_sp", ",", "value", "=", "self", ".", "get_attr_int", "(", "self", ".", "_ramp_down_sp", ",", "'ramp_down_sp'", ")", "return", "value" ]

[ "Writing", "sets", "the", "ramp", "down", "setpoint", ".", "Reading", "returns", "the", "current", "value", ".", "Units", "are", "in", "milliseconds", "and", "must", "be", "positive", ".", "When", "set", "to", "a", "non", "-", "zero", "value", "the", "motor", "speed", "will", "decrease", "from", "0", "to", "100%", "of", "max_speed", "over", "the", "span", "of", "this", "setpoint", ".", "The", "actual", "ramp", "time", "is", "the", "ratio", "of", "the", "difference", "between", "the", "speed_sp", "and", "the", "current", "speed", "and", "max_speed", "multiplied", "by", "ramp_down_sp", "." ]

[ "def", "set_home_location", "(", "self", ")", ":", "try", ":", "latlon", "=", "self", ".", "module", "(", "'map'", ")", ".", "click_position", "except", "Exception", ":", "print", "(", "\"No map available\"", ")", "return", "lat", "=", "float", "(", "latlon", "[", "0", "]", ")", "lon", "=", "float", "(", "latlon", "[", "1", "]", ")", "if", "self", ".", "wploader", ".", "count", "(", ")", "==", "0", ":", "self", ".", "wploader", ".", "add_latlonalt", "(", "lat", ",", "lon", ",", "0", ")", "w", "=", "self", ".", "wploader", ".", "wp", "(", "0", ")", "w", ".", "x", "=", "lat", "w", ".", "y", "=", "lon", "self", ".", "wploader", ".", "set", "(", "w", ",", "0", ")", "self", ".", "loading_waypoints", "=", "True", "self", ".", "loading_waypoint_lasttime", "=", "time", ".", "time", "(", ")", "self", ".", "master", ".", "mav", ".", "mission_write_partial_list_send", "(", "self", ".", "target_system", ",", "self", ".", "target_component", ",", "0", ",", "0", ")" ]

[ "set", "home", "location", "from", "last", "map", "click" ]

[ "def", "parse_inventory_category_entry", "(", "raw", ",", "fields", ")", ":", "r", "=", "raw", "obj", "=", "{", "}", "bytes_read", "=", "0", "discard", "=", "False", "for", "field", "in", "fields", ":", "value", "=", "struct", ".", "unpack_from", "(", "field", ".", "fmt", ",", "r", ")", "[", "0", "]", "read", "=", "struct", ".", "calcsize", "(", "field", ".", "fmt", ")", "bytes_read", "+=", "read", "r", "=", "r", "[", "read", ":", "]", "# If this entry is not actually present, just parse and then discard it", "if", "field", ".", "presence", "and", "not", "bool", "(", "value", ")", ":", "discard", "=", "True", "if", "not", "field", ".", "include", ":", "continue", "if", "(", "field", ".", "fmt", "[", "-", "1", "]", "==", "\"s\"", ")", ":", "value", "=", "value", ".", "rstrip", "(", "\"\\x00\"", ")", "if", "(", "field", ".", "mapper", "and", "value", "in", "field", ".", "mapper", ")", ":", "value", "=", "field", ".", "mapper", "[", "value", "]", "if", "(", "field", ".", "valuefunc", ")", ":", "value", "=", "field", ".", "valuefunc", "(", "value", ")", "if", "not", "field", ".", "multivaluefunc", ":", "obj", "[", "field", ".", "name", "]", "=", "value", "else", ":", "for", "key", "in", "value", ":", "obj", "[", "key", "]", "=", "value", "[", "key", "]", "if", "discard", ":", "obj", "=", "None", "return", "bytes_read", ",", "obj" ]

[ "Parses", "one", "entry", "in", "an", "inventory", "category", "." ]

[ "def", "update", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "action_space", "==", "'continuous'", ":", "# mouse movement only used for continuous action space", "if", "self", ".", "world_state", "and", "self", ".", "world_state", ".", "is_mission_running", ":", "if", "self", ".", "mouse_event", "and", "self", ".", "prev_mouse_event", ":", "rotation_speed", "=", "0.1", "turn_speed", "=", "(", "self", ".", "mouse_event", ".", "x", "-", "self", ".", "prev_mouse_event", ".", "x", ")", "*", "rotation_speed", "pitch_speed", "=", "(", "self", ".", "mouse_event", ".", "y", "-", "self", ".", "prev_mouse_event", ".", "y", ")", "*", "rotation_speed", "self", ".", "agent_host", ".", "sendCommand", "(", "'turn '", "+", "str", "(", "turn_speed", ")", ")", "self", ".", "agent_host", ".", "sendCommand", "(", "'pitch '", "+", "str", "(", "pitch_speed", ")", ")", "if", "self", ".", "mouse_event", ":", "if", "os", ".", "name", "==", "'nt'", ":", "# (moving the mouse cursor only seems to work on Windows)", "self", ".", "canvas", ".", "event_generate", "(", "'<Motion>'", ",", "warp", "=", "True", ",", "x", "=", "old_div", "(", "self", ".", "canvas", ".", "winfo_width", "(", ")", ",", "2", ")", ",", "y", "=", "old_div", "(", "self", ".", "canvas", ".", "winfo_height", "(", ")", ",", "2", ")", ")", "# put cursor at center", "self", ".", "mouse_event", ".", "x", "=", "old_div", "(", "self", ".", "canvas", ".", "winfo_width", "(", ")", ",", "2", ")", "self", ".", "mouse_event", ".", "y", "=", "old_div", "(", "self", ".", "canvas", ".", "winfo_height", "(", ")", ",", "2", ")", "self", ".", "prev_mouse_event", "=", "self", ".", "mouse_event", "if", "self", ".", "world_state", ".", "is_mission_running", ":", "self", ".", "root", ".", "after", "(", "50", ",", "self", ".", "update", ")" ]

[ "Called", "at", "regular", "intervals", "to", "poll", "the", "mouse", "position", "to", "send", "continuous", "commands", "." ]

[ "def", "queue", "(", "self", ",", "new_job_id", "=", "None", ",", "new_job_name", "=", "None", ",", "queue_name", "=", "None", ")", ":", "# update the job id (i.e., when the job is executed in the grid)", "if", "new_job_id", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "id", "=", "new_job_id", "if", "new_job_name", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "name", "=", "new_job_name", "if", "queue_name", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "queue_name", "=", "queue_name", "new_status", "=", "'queued'", "self", ".", "result", "=", "None", "# check if we have to wait for another job to finish", "for", "job", "in", "self", ".", "get_jobs_we_wait_for", "(", ")", ":", "if", "job", ".", "status", "not", "in", "(", "'success'", ",", "'failure'", ")", ":", "new_status", "=", "'waiting'", "elif", "self", ".", "stop_on_failure", "and", "job", ".", "status", "==", "'failure'", ":", "new_status", "=", "'failure'", "# reset the queued jobs that depend on us to waiting status", "for", "job", "in", "self", ".", "get_jobs_waiting_for_us", "(", ")", ":", "if", "job", ".", "status", "==", "'queued'", ":", "job", ".", "status", "=", "'failure'", "if", "new_status", "==", "'failure'", "else", "'waiting'", "self", ".", "status", "=", "new_status", "for", "array_job", "in", "self", ".", "array", ":", "if", "array_job", ".", "status", "not", "in", "(", "'success'", ",", "'failure'", ")", ":", "array_job", ".", "status", "=", "new_status" ]

[ "Sets", "the", "status", "of", "this", "job", "to", "queued", "or", "waiting", "." ]

[ "def", "sort_strings", "(", "strings", ",", "sort_order", "=", "None", ",", "reverse", "=", "False", ",", "case_sensitive", "=", "False", ",", "sort_order_first", "=", "True", ")", ":", "if", "not", "case_sensitive", ":", "sort_order", "=", "tuple", "(", "s", ".", "lower", "(", ")", "for", "s", "in", "sort_order", ")", "strings", "=", "tuple", "(", "s", ".", "lower", "(", ")", "for", "s", "in", "strings", ")", "prefix_len", "=", "max", "(", "len", "(", "s", ")", "for", "s", "in", "sort_order", ")", "def", "compare", "(", "a", ",", "b", ",", "prefix_len", "=", "prefix_len", ")", ":", "if", "prefix_len", ":", "if", "a", "[", ":", "prefix_len", "]", "in", "sort_order", ":", "if", "b", "[", ":", "prefix_len", "]", "in", "sort_order", ":", "comparison", "=", "sort_order", ".", "index", "(", "a", "[", ":", "prefix_len", "]", ")", "-", "sort_order", ".", "index", "(", "b", "[", ":", "prefix_len", "]", ")", "comparison", "=", "int", "(", "comparison", "/", "abs", "(", "comparison", "or", "1", ")", ")", "if", "comparison", ":", "return", "comparison", "*", "(", "-", "2", "*", "reverse", "+", "1", ")", "elif", "sort_order_first", ":", "return", "-", "1", "*", "(", "-", "2", "*", "reverse", "+", "1", ")", "# b may be in sort_order list, so it should be first", "elif", "sort_order_first", "and", "b", "[", ":", "prefix_len", "]", "in", "sort_order", ":", "return", "-", "2", "*", "reverse", "+", "1", "return", "(", "-", "1", "*", "(", "a", "<", "b", ")", "+", "1", "*", "(", "a", ">", "b", ")", ")", "*", "(", "-", "2", "*", "reverse", "+", "1", ")", "return", "sorted", "(", "strings", ",", "key", "=", "functools", ".", "cmp_to_key", "(", "compare", ")", ")" ]

[ "Sort", "a", "list", "of", "strings", "according", "to", "the", "provided", "sorted", "list", "of", "string", "prefixes" ]

[ "def", "get_properties", "(", "self", ",", "names", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "names", ",", "basestring", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"names can only be an instance of type basestring\"", ")", "(", "return_values", ",", "return_names", ")", "=", "self", ".", "_call", "(", "\"getProperties\"", ",", "in_p", "=", "[", "names", "]", ")", "return", "(", "return_values", ",", "return_names", ")" ]

[ "Returns", "values", "for", "a", "group", "of", "properties", "in", "one", "call", ".", "The", "names", "of", "the", "properties", "to", "get", "are", "specified", "using", "the", "@a", "names", "argument", "which", "is", "a", "list", "of", "comma", "-", "separated", "property", "names", "or", "an", "empty", "string", "if", "all", "properties", "are", "to", "be", "returned", ".", "Currently", "the", "value", "of", "this", "argument", "is", "ignored", "and", "the", "method", "always", "returns", "all", "existing", "properties", ".", "The", "list", "of", "all", "properties", "supported", "by", "the", "given", "medium", "format", "can", "be", "obtained", "with", ":", "py", ":", "func", ":", "IMediumFormat", ".", "describe_properties", ".", "The", "method", "returns", "two", "arrays", "the", "array", "of", "property", "names", "corresponding", "to", "the", "@a", "names", "argument", "and", "the", "current", "values", "of", "these", "properties", ".", "Both", "arrays", "have", "the", "same", "number", "of", "elements", "with", "each", "element", "at", "the", "given", "index", "in", "the", "first", "array", "corresponds", "to", "an", "element", "at", "the", "same", "index", "in", "the", "second", "array", ".", "For", "properties", "that", "do", "not", "have", "assigned", "values", "an", "empty", "string", "is", "returned", "at", "the", "appropriate", "index", "in", "the", "@a", "returnValues", "array", "." ]

[ "def", "run", "(", "pool", ",", "expName", ",", "name", ",", "args", ")", ":", "tables", "=", "pool", ".", "map", "(", "analyzeWeightPruning", ",", "args", ")", "merged", "=", "pd", ".", "concat", "(", "tables", ",", "axis", "=", "1", ")", ".", "sort_index", "(", "axis", "=", "1", ")", "filename", "=", "\"{}_{}\"", ".", "format", "(", "name", ",", "expName", ")", "plotDataframe", "(", "merged", ",", "filename", ",", "\"{}.pdf\"", ".", "format", "(", "filename", ")", ")", "print", "(", ")", "print", "(", "filename", ")", "print", "(", "tabulate", "(", "merged", ",", "headers", "=", "'keys'", ",", "tablefmt", "=", "'fancy_grid'", ",", "numalign", "=", "\"right\"", ")", ")", "merged", ".", "to_csv", "(", "\"{}.csv\"", ".", "format", "(", "filename", ")", ")", "return", "merged" ]

[ "Runs", ":", "func", ":", "analyzeWeightPruning", "in", "parallel", "and", "save", "the", "results" ]

[ "def", "set_meta", "(", "self", ",", "meta_data", ")", ":", "if", "not", "(", "isinstance", "(", "meta_data", ",", "ps", ".", "PMap", ")", "or", "isinstance", "(", "meta_data", ",", "IMap", ")", ")", ":", "meta_data", "=", "ps", ".", "pmap", "(", "meta_data", ")", "new_cnode", "=", "copy", ".", "copy", "(", "self", ")", "object", ".", "__setattr__", "(", "new_cnode", ",", "'meta_data'", ",", "meta_data", ")", "return", "new_cnode" ]

[ "node", ".", "set_meta", "(", "meta", ")", "yields", "a", "calculation", "node", "identical", "to", "the", "given", "node", "except", "that", "its", "meta_data", "attribute", "has", "been", "set", "to", "the", "given", "dictionary", "meta", ".", "If", "meta", "is", "not", "persistent", "it", "is", "cast", "to", "a", "persistent", "dictionary", "first", "." ]

[ "def", "cyvcf_add_filter", "(", "rec", ",", "name", ")", ":", "if", "rec", ".", "FILTER", ":", "filters", "=", "rec", ".", "FILTER", ".", "split", "(", "\";\"", ")", "else", ":", "filters", "=", "[", "]", "if", "name", "not", "in", "filters", ":", "filters", ".", "append", "(", "name", ")", "rec", ".", "FILTER", "=", "filters", "return", "rec" ]

[ "Add", "a", "FILTER", "value", "to", "a", "cyvcf2", "record" ]

[ "def", "delete_perf_task", "(", "task_name", ",", "auth", ",", "url", ")", ":", "task_id", "=", "get_perf_task", "(", "task_name", ",", "auth", ",", "url", ")", "if", "isinstance", "(", "task_id", ",", "str", ")", ":", "print", "(", "\"Perf task doesn't exist\"", ")", "return", "403", "task_id", "=", "task_id", "[", "'taskId'", "]", "get_perf_task_url", "=", "\"/imcrs/perf/task/delete/\"", "+", "str", "(", "task_id", ")", "f_url", "=", "url", "+", "get_perf_task_url", "response", "=", "requests", ".", "delete", "(", "f_url", ",", "auth", "=", "auth", ",", "headers", "=", "HEADERS", ")", "try", ":", "if", "response", ".", "status_code", "==", "204", ":", "print", "(", "\"Perf Task successfully delete\"", ")", "return", "response", ".", "status_code", "except", "requests", ".", "exceptions", ".", "RequestException", "as", "error", ":", "return", "\"Error:\\n\"", "+", "str", "(", "error", ")", "+", "' delete_perf_task: An Error has occured'" ]

[ "Function", "takes", "a", "str", "of", "the", "target", "task_name", "to", "be", "deleted", "and", "retrieves", "task_id", "using", "the", "get_perf_task", "function", ".", "Once", "the", "task_id", "has", "been", "successfully", "retrieved", "it", "is", "populated", "into", "the", "task_id", "variable", "and", "an", "DELETE", "call", "is", "made", "against", "the", "HPE", "IMC", "REST", "interface", "to", "delete", "the", "target", "task", ".", ":", "param", "task_name", ":", "str", "of", "task", "name", ":", "param", "auth", ":", "requests", "auth", "object", "#usually", "auth", ".", "creds", "from", "auth", "pyhpeimc", ".", "auth", ".", "class" ]

[ "def", "lpad", "(", "s", ",", "N", ",", "char", "=", "'\\0'", ")", ":", "assert", "isinstance", "(", "char", ",", "bytes", ")", "and", "len", "(", "char", ")", "==", "1", ",", "'char should be a string with length 1'", "return", "s", ".", "rjust", "(", "N", ",", "char", ")" ]

[ "pads", "a", "string", "to", "the", "left", "with", "null", "-", "bytes", "or", "any", "other", "given", "character", "." ]

[ "def", "_write_widget", "(", "self", ",", "val", ")", ":", "self", ".", "_itsme", "=", "True", "try", ":", "setter", "=", "self", ".", "_wid_info", "[", "self", ".", "_wid", "]", "[", "1", "]", "wtype", "=", "self", ".", "_wid_info", "[", "self", ".", "_wid", "]", "[", "2", "]", "if", "setter", ":", "if", "wtype", "is", "not", "None", ":", "setter", "(", "self", ".", "_wid", ",", "self", ".", "_cast_value", "(", "val", ",", "wtype", ")", ")", "else", ":", "setter", "(", "self", ".", "_wid", ",", "val", ")", "finally", ":", "self", ".", "_itsme", "=", "False" ]

[ "Writes", "value", "into", "the", "widget", ".", "If", "specified", "user", "setter", "is", "invoked", "." ]

[ "def", "create_ustar_header", "(", "self", ",", "info", ",", "encoding", ",", "errors", ")", ":", "info", "[", "\"magic\"", "]", "=", "POSIX_MAGIC", "if", "len", "(", "info", "[", "\"linkname\"", "]", ")", ">", "LENGTH_LINK", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"linkname is too long\"", ")", "if", "len", "(", "info", "[", "\"name\"", "]", ")", ">", "LENGTH_NAME", ":", "info", "[", "\"prefix\"", "]", ",", "info", "[", "\"name\"", "]", "=", "self", ".", "_posix_split_name", "(", "info", "[", "\"name\"", "]", ")", "return", "self", ".", "_create_header", "(", "info", ",", "USTAR_FORMAT", ",", "encoding", ",", "errors", ")" ]

[ "Return", "the", "object", "as", "a", "ustar", "header", "block", "." ]

[ "def", "applicationNavigation", "(", "ctx", ",", "translator", ",", "navigation", ")", ":", "setTabURLs", "(", "navigation", ",", "translator", ")", "selectedTab", "=", "getSelectedTab", "(", "navigation", ",", "url", ".", "URL", ".", "fromContext", "(", "ctx", ")", ")", "getp", "=", "IQ", "(", "ctx", ".", "tag", ")", ".", "onePattern", "tabs", "=", "[", "]", "for", "tab", "in", "navigation", ":", "if", "tab", "==", "selectedTab", "or", "selectedTab", "in", "tab", ".", "children", ":", "p", "=", "'selected-app-tab'", "contentp", "=", "'selected-tab-contents'", "else", ":", "p", "=", "'app-tab'", "contentp", "=", "'tab-contents'", "childTabs", "=", "[", "]", "for", "subtab", "in", "tab", ".", "children", ":", "try", ":", "subtabp", "=", "getp", "(", "\"subtab\"", ")", "except", "NodeNotFound", ":", "continue", "childTabs", ".", "append", "(", "dictFillSlots", "(", "subtabp", ",", "{", "'name'", ":", "subtab", ".", "name", ",", "'href'", ":", "subtab", ".", "linkURL", ",", "'tab-contents'", ":", "getp", "(", "\"subtab-contents\"", ")", "}", ")", ")", "tabs", ".", "append", "(", "dictFillSlots", "(", "getp", "(", "p", ")", ",", "{", "'name'", ":", "tab", ".", "name", ",", "'tab-contents'", ":", "getp", "(", "contentp", ")", ".", "fillSlots", "(", "'href'", ",", "tab", ".", "linkURL", ")", ",", "'subtabs'", ":", "childTabs", "}", ")", ")", "ctx", ".", "tag", ".", "fillSlots", "(", "'tabs'", ",", "tabs", ")", "return", "ctx", ".", "tag" ]

[ "Horizontal", "primary", "-", "only", "navigation", "view", "." ]

[ "def", "sendFMS_same", "(", "self", ",", "CorpNum", ",", "PlusFriendID", ",", "Sender", ",", "Content", ",", "AltContent", ",", "AltSendType", ",", "SndDT", ",", "FilePath", ",", "ImageURL", ",", "KakaoMessages", ",", "KakaoButtons", ",", "AdsYN", "=", "False", ",", "UserID", "=", "None", ",", "RequestNum", "=", "None", ")", ":", "if", "PlusFriendID", "is", "None", "or", "PlusFriendID", "==", "''", ":", "raise", "PopbillException", "(", "-", "99999999", ",", "\"플러스친구 아이디가 입력되지 않았습니다.\")", "", "if", "Sender", "is", "None", "or", "Sender", "==", "''", ":", "raise", "PopbillException", "(", "-", "99999999", ",", "\"발신번호가 입력되지 않았습니다.\")", "", "req", "=", "{", "}", "if", "PlusFriendID", "is", "not", "None", "or", "PlusFriendID", "!=", "''", ":", "req", "[", "'plusFriendID'", "]", "=", "PlusFriendID", "if", "Sender", "is", "not", "None", "or", "Sender", "!=", "''", ":", "req", "[", "'snd'", "]", "=", "Sender", "if", "Content", "is", "not", "None", "or", "Content", "!=", "''", ":", "req", "[", "'content'", "]", "=", "Content", "if", "AltContent", "is", "not", "None", "or", "AltContent", "!=", "''", ":", "req", "[", "'altContent'", "]", "=", "AltContent", "if", "AltSendType", "is", "not", "None", "or", "AltSendType", "!=", "''", ":", "req", "[", "'altSendType'", "]", "=", "AltSendType", "if", "SndDT", "is", "not", "None", "or", "SndDT", "!=", "''", ":", "req", "[", "'sndDT'", "]", "=", "SndDT", "if", "KakaoMessages", "is", "not", "None", "or", "KakaoMessages", "!=", "''", ":", "req", "[", "'msgs'", "]", "=", "KakaoMessages", "if", "ImageURL", "is", "not", "None", "or", "ImageURL", "!=", "''", ":", "req", "[", "'imageURL'", "]", "=", "ImageURL", "if", "KakaoButtons", ":", "req", "[", "'btns'", "]", "=", "KakaoButtons", "if", "AdsYN", ":", "req", "[", "'adsYN'", "]", "=", "True", "if", "RequestNum", "is", "not", "None", "or", "RequestNum", "!=", "''", ":", "req", "[", "'requestNum'", "]", "=", "RequestNum", "postData", "=", "self", ".", "_stringtify", "(", "req", ")", "files", "=", "[", "]", "try", ":", "with", "open", "(", "FilePath", ",", "\"rb\"", ")", "as", "F", ":", "files", "=", "[", "File", "(", "fieldName", "=", "'file'", ",", "fileName", "=", "F", ".", "name", ",", "fileData", "=", "F", ".", "read", "(", ")", ")", "]", "except", "IOError", ":", "raise", "PopbillException", "(", "-", "99999999", ",", "\"해당경로에 파일이 없거나 읽을 수 없습니다.\")", "", "result", "=", "self", ".", "_httppost_files", "(", "'/FMS'", ",", "postData", ",", "files", ",", "CorpNum", ",", "UserID", ")", "return", "result", ".", "receiptNum" ]

[ "친구톡", "이미지", "대량", "전송", ":", "param", "CorpNum", ":", "팝빌회원", "사업자번호", ":", "param", "PlusFriendID", ":", "플러스친구", "아이디", ":", "param", "Sender", ":", "발신번호", ":", "param", "Content", ":", "[", "동보", "]", "친구톡", "내용", ":", "param", "AltContent", ":", "[", "동보", "]", "대체문자", "내용", ":", "param", "AltSendType", ":", "대체문자", "유형", "[", "공백", "-", "미전송", "C", "-", "알림톡내용", "A", "-", "대체문자내용", "]", ":", "param", "SndDT", ":", "예약일시", "[", "작성형식", ":", "yyyyMMddHHmmss", "]", ":", "param", "FilePath", ":", "파일경로", ":", "param", "ImageURL", ":", "이미지URL", ":", "param", "KakaoMessages", ":", "친구톡", "내용", "(", "배열", ")", ":", "param", "KakaoButtons", ":", "버튼", "목록", "(", "최대", "5개", ")", ":", "param", "AdsYN", ":", "광고", "전송여부", ":", "param", "UserID", ":", "팝빌회원", "아이디", ":", "param", "RequestNum", ":", "요청번호", ":", "return", ":", "receiptNum", "(", "접수번호", ")" ]

[ "def", "write_preferences_file", "(", "self", ")", ":", "user_data_dir", "=", "find_pmag_dir", ".", "find_user_data_dir", "(", "\"thellier_gui\"", ")", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "user_data_dir", ")", ":", "find_pmag_dir", ".", "make_user_data_dir", "(", "user_data_dir", ")", "pref_file", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "user_data_dir", ",", "\"thellier_gui_preferences.json\"", ")", "with", "open", "(", "pref_file", ",", "\"w+\"", ")", "as", "pfile", ":", "print", "(", "'-I- writing preferences to {}'", ".", "format", "(", "pref_file", ")", ")", "json", ".", "dump", "(", "self", ".", "preferences", ",", "pfile", ")" ]

[ "Write", "json", "preferences", "file", "to", "(", "platform", "specific", ")", "user", "data", "directory", "or", "PmagPy", "directory", "if", "appdirs", "module", "is", "missing", "." ]

[ "def", "table_names", "(", "self", ")", ":", "query", "=", "\"SELECT name FROM sqlite_master WHERE type='table'\"", "cursor", "=", "self", ".", "connection", ".", "execute", "(", "query", ")", "results", "=", "cursor", ".", "fetchall", "(", ")", "return", "[", "result_tuple", "[", "0", "]", "for", "result_tuple", "in", "results", "]" ]

[ "Returns", "names", "of", "all", "tables", "in", "the", "database" ]

[ "def", "unlistify", "(", "n", ",", "depth", "=", "1", ",", "typ", "=", "list", ",", "get", "=", "None", ")", ":", "i", "=", "0", "if", "depth", "is", "None", ":", "depth", "=", "1", "index_desired", "=", "get", "or", "0", "while", "i", "<", "depth", "and", "isinstance", "(", "n", ",", "typ", ")", ":", "if", "len", "(", "n", ")", ":", "if", "len", "(", "n", ")", ">", "index_desired", ":", "n", "=", "n", "[", "index_desired", "]", "i", "+=", "1", "else", ":", "return", "n", "return", "n" ]

[ "Return", "the", "desired", "element", "in", "a", "list", "ignoring", "the", "rest", "." ]

[ "def", "major", "(", "self", ")", ":", "url", "=", "self", ".", "_subfeed", "(", "\"major\"", ")", "if", "\"major\"", "in", "self", ".", "url", "or", "\"minor\"", "in", "self", ".", "url", ":", "return", "self", "if", "self", ".", "_major", "is", "None", ":", "self", ".", "_major", "=", "self", ".", "__class__", "(", "url", ",", "pypump", "=", "self", ".", "_pump", ")", "return", "self", ".", "_major" ]

[ "Major", "inbox", "feed", "contains", "major", "activities", "such", "as", "notes", "and", "images", "." ]

[ "def", "clear", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "components", "=", "{", "}", "self", ".", "info", "=", "{", "}", "self", ".", "params", "=", "{", "}", "self", ".", "switches", "=", "{", "}", "self", ".", "keys", "=", "{", "}", "self", ".", "index", "=", "{", "}", "self", ".", "sets", "=", "{", "}", "self", ".", "maxset", "=", "-", "1", "self", ".", "n", "=", "0", "for", "a", "in", "self", ".", "analytes", ":", "self", ".", "switches", "[", "a", "]", "=", "{", "}", "return" ]

[ "Clear", "all", "filters", "." ]

[ "def", "_getCosimulation", "(", "self", ",", "func", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "vals", "=", "{", "}", "vals", "[", "'topname'", "]", "=", "func", ".", "func_name", "vals", "[", "'unitname'", "]", "=", "func", ".", "func_name", ".", "lower", "(", ")", "hdlsim", "=", "self", ".", "_simulator", "if", "not", "hdlsim", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"No _simulator specified\"", ")", "if", "not", "self", ".", "sim_reg", ".", "has_key", "(", "hdlsim", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Simulator {} is not registered\"", ".", "format", "(", "hdlsim", ")", ")", "hdl", ",", "analyze_cmd", ",", "elaborate_cmd", ",", "simulate_cmd", "=", "self", ".", "sim_reg", "[", "hdlsim", "]", "# Convert to HDL", "if", "hdl", "==", "\"verilog\"", ":", "toVerilog", "(", "func", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "if", "self", ".", "_trace", ":", "self", ".", "_enableTracesVerilog", "(", "\"./tb_{topname}.v\"", ".", "format", "(", "*", "*", "vals", ")", ")", "elif", "hdl", "==", "\"vhdl\"", ":", "toVHDL", "(", "func", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "# Analyze HDL", "os", ".", "system", "(", "analyze_cmd", ".", "format", "(", "*", "*", "vals", ")", ")", "# Elaborate", "if", "elaborate_cmd", ":", "os", ".", "system", "(", "elaborate_cmd", ".", "format", "(", "*", "*", "vals", ")", ")", "# Simulate", "return", "Cosimulation", "(", "simulate_cmd", ".", "format", "(", "*", "*", "vals", ")", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "Returns", "a", "co", "-", "simulation", "instance", "of", "func", ".", "Uses", "the", "_simulator", "specified", "by", "self", ".", "_simulator", ".", "Enables", "traces", "if", "self", ".", "_trace", "is", "True", "func", "-", "MyHDL", "function", "to", "be", "simulated", "kwargs", "-", "dict", "of", "func", "interface", "assignments", ":", "for", "signals", "and", "parameters" ]

[ "def", "n1ql_index_create_primary", "(", "self", ",", "defer", "=", "False", ",", "ignore_exists", "=", "False", ")", ":", "return", "self", ".", "n1ql_index_create", "(", "''", ",", "defer", "=", "defer", ",", "primary", "=", "True", ",", "ignore_exists", "=", "ignore_exists", ")" ]

[ "Create", "the", "primary", "index", "on", "the", "bucket", "." ]

[ "def", "FileEntryExistsByPathSpec", "(", "self", ",", "path_spec", ")", ":", "store_index", "=", "vshadow", ".", "VShadowPathSpecGetStoreIndex", "(", "path_spec", ")", "# The virtual root file has not corresponding store index but", "# should have a location.", "if", "store_index", "is", "None", ":", "location", "=", "getattr", "(", "path_spec", ",", "'location'", ",", "None", ")", "return", "location", "is", "not", "None", "and", "location", "==", "self", ".", "LOCATION_ROOT", "return", "0", "<=", "store_index", "<", "self", ".", "_vshadow_volume", ".", "number_of_stores" ]

[ "Determines", "if", "a", "file", "entry", "for", "a", "path", "specification", "exists", "." ]

[ "async", "def", "invite_details", "(", "self", ",", "abbreviated", ":", "bool", ")", "->", "dict", ":", "if", "not", "hasattr", "(", "Connection", ".", "invite_details", ",", "\"cb\"", ")", ":", "self", ".", "logger", ".", "debug", "(", "\"vcx_connection_invite_details: Creating callback\"", ")", "Connection", ".", "invite_details", ".", "cb", "=", "create_cb", "(", "CFUNCTYPE", "(", "None", ",", "c_uint32", ",", "c_uint32", ",", "c_char_p", ")", ")", "c_connection_handle", "=", "c_uint32", "(", "self", ".", "handle", ")", "c_abbreviated", "=", "c_bool", "(", "abbreviated", ")", "details", "=", "await", "do_call", "(", "'vcx_connection_invite_details'", ",", "c_connection_handle", ",", "c_abbreviated", ",", "Connection", ".", "invite_details", ".", "cb", ")", "return", "json", ".", "loads", "(", "details", ".", "decode", "(", ")", ")" ]

[ "Get", "the", "invite", "details", "that", "were", "sent", "or", "can", "be", "sent", "to", "the", "endpoint", "." ]

[ "def", "coerce", "(", "cls", ",", "key", ",", "value", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "value", ",", "PasswordHash", ")", ":", "return", "value", "return", "super", "(", "PasswordHash", ",", "cls", ")", ".", "coerce", "(", "key", ",", "value", ")" ]

[ "Ensure", "that", "loaded", "values", "are", "PasswordHashes", "." ]

[ "def", "on_service_arrival", "(", "self", ",", "svc_ref", ")", ":", "with", "self", ".", "_lock", ":", "if", "self", ".", "_value", "is", "None", ":", "# Inject the service", "self", ".", "reference", "=", "svc_ref", "self", ".", "_value", "=", "self", ".", "_context", ".", "get_service", "(", "svc_ref", ")", "self", ".", "_ipopo_instance", ".", "bind", "(", "self", ",", "self", ".", "_value", ",", "self", ".", "reference", ")", "return", "True", "return", "None" ]

[ "Called", "when", "a", "service", "has", "been", "registered", "in", "the", "framework" ]

[ "def", "get_cursor", "(", "self", ",", "project_name", ",", "logstore_name", ",", "shard_id", ",", "start_time", ")", ":", "headers", "=", "{", "'Content-Type'", ":", "'application/json'", "}", "params", "=", "{", "'type'", ":", "'cursor'", ",", "'from'", ":", "str", "(", "start_time", ")", "if", "start_time", "in", "(", "\"begin\"", ",", "\"end\"", ")", "else", "parse_timestamp", "(", "start_time", ")", "}", "resource", "=", "\"/logstores/\"", "+", "logstore_name", "+", "\"/shards/\"", "+", "str", "(", "shard_id", ")", "(", "resp", ",", "header", ")", "=", "self", ".", "_send", "(", "\"GET\"", ",", "project_name", ",", "None", ",", "resource", ",", "params", ",", "headers", ")", "return", "GetCursorResponse", "(", "resp", ",", "header", ")" ]

[ "Get", "cursor", "from", "log", "service", "for", "batch", "pull", "logs", "Unsuccessful", "opertaion", "will", "cause", "an", "LogException", ".", ":", "type", "project_name", ":", "string", ":", "param", "project_name", ":", "the", "Project", "name", ":", "type", "logstore_name", ":", "string", ":", "param", "logstore_name", ":", "the", "logstore", "name", ":", "type", "shard_id", ":", "int", ":", "param", "shard_id", ":", "the", "shard", "id", ":", "type", "start_time", ":", "string", "/", "int", ":", "param", "start_time", ":", "the", "start", "time", "of", "cursor", "e", ".", "g", "1441093445", "or", "begin", "/", "end", "or", "readable", "time", "like", "%Y", "-", "%m", "-", "%d", "%H", ":", "%M", ":", "%S<time_zone", ">", "e", ".", "g", ".", "2018", "-", "01", "-", "02", "12", ":", "12", ":", "10", "+", "8", ":", "00", "also", "support", "human", "readable", "string", "e", ".", "g", ".", "1", "hour", "ago", "now", "yesterday", "0", ":", "0", ":", "0", "refer", "to", "https", ":", "//", "aliyun", "-", "log", "-", "cli", ".", "readthedocs", ".", "io", "/", "en", "/", "latest", "/", "tutorials", "/", "tutorial_human_readable_datetime", ".", "html", ":", "return", ":", "GetCursorResponse", ":", "raise", ":", "LogException" ]

[ "def", "copy_s3_bucket", "(", "src_bucket_name", ",", "src_bucket_secret_key", ",", "src_bucket_access_key", ",", "dst_bucket_name", ",", "dst_bucket_secret_key", ",", "dst_bucket_access_key", ")", ":", "with", "cd", "(", "env", ".", "remote_path", ")", ":", "tmp_dir", "=", "\"s3_tmp\"", "sudo", "(", "'rm -rf %s'", "%", "tmp_dir", ",", "warn_only", "=", "True", ",", "user", "=", "env", ".", "remote_user", ")", "sudo", "(", "'mkdir %s'", "%", "tmp_dir", ",", "user", "=", "env", ".", "remote_user", ")", "sudo", "(", "'s3cmd --recursive get s3://%s/upload/ %s --secret_key=%s --access_key=%s'", "%", "(", "src_bucket_name", ",", "tmp_dir", ",", "src_bucket_secret_key", ",", "src_bucket_access_key", ")", ",", "user", "=", "env", ".", "remote_user", ")", "sudo", "(", "'s3cmd --recursive put %s/ s3://%s/upload/ --secret_key=%s --access_key=%s'", "%", "(", "tmp_dir", ",", "dst_bucket_name", ",", "dst_bucket_secret_key", ",", "dst_bucket_access_key", ")", ",", "user", "=", "env", ".", "remote_user", ")", "sudo", "(", "'s3cmd setacl s3://%s/upload --acl-public --recursive --secret_key=%s --access_key=%s'", "%", "(", "dst_bucket_name", ",", "dst_bucket_secret_key", ",", "dst_bucket_access_key", ")", ",", "user", "=", "env", ".", "remote_user", ")", "# cleanup", "sudo", "(", "'rm -rf %s'", "%", "tmp_dir", ",", "warn_only", "=", "True", ",", "user", "=", "env", ".", "remote_user", ")" ]

[ "Copy", "S3", "bucket", "directory", "with", "CMS", "data", "between", "environments", ".", "Operations", "are", "done", "on", "server", "." ]

[ "def", "set_options", "(", "self", ",", "options", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "options", ",", "integer_types", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"options must be an integer\"", ")", "return", "_lib", ".", "SSL_CTX_set_options", "(", "self", ".", "_context", ",", "options", ")" ]

[ "Add", "options", ".", "Options", "set", "before", "are", "not", "cleared!", "This", "method", "should", "be", "used", "with", "the", ":", "const", ":", "OP_", "*", "constants", "." ]

[ "def", "add_where_when", "(", "voevent", ",", "coords", ",", "obs_time", ",", "observatory_location", ",", "allow_tz_naive_datetime", "=", "False", ")", ":", "# .. todo:: Implement TimeError using datetime.timedelta", "if", "obs_time", ".", "tzinfo", "is", "not", "None", ":", "utc_naive_obs_time", "=", "obs_time", ".", "astimezone", "(", "pytz", ".", "utc", ")", ".", "replace", "(", "tzinfo", "=", "None", ")", "elif", "not", "allow_tz_naive_datetime", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Datetime passed without tzinfo, cannot be sure if it is really a \"", "\"UTC timestamp. Please verify function call and either add tzinfo \"", "\"or pass parameter 'allow_tz_naive_obstime=True', as appropriate\"", ",", ")", "else", ":", "utc_naive_obs_time", "=", "obs_time", "obs_data", "=", "etree", ".", "SubElement", "(", "voevent", ".", "WhereWhen", ",", "'ObsDataLocation'", ")", "etree", ".", "SubElement", "(", "obs_data", ",", "'ObservatoryLocation'", ",", "id", "=", "observatory_location", ")", "ol", "=", "etree", ".", "SubElement", "(", "obs_data", ",", "'ObservationLocation'", ")", "etree", ".", "SubElement", "(", "ol", ",", "'AstroCoordSystem'", ",", "id", "=", "coords", ".", "system", ")", "ac", "=", "etree", ".", "SubElement", "(", "ol", ",", "'AstroCoords'", ",", "coord_system_id", "=", "coords", ".", "system", ")", "time", "=", "etree", ".", "SubElement", "(", "ac", ",", "'Time'", ",", "unit", "=", "'s'", ")", "instant", "=", "etree", ".", "SubElement", "(", "time", ",", "'TimeInstant'", ")", "instant", ".", "ISOTime", "=", "utc_naive_obs_time", ".", "isoformat", "(", ")", "# iso_time = etree.SubElement(instant, 'ISOTime') = obs_time.isoformat()", "pos2d", "=", "etree", ".", "SubElement", "(", "ac", ",", "'Position2D'", ",", "unit", "=", "coords", ".", "units", ")", "pos2d", ".", "Name1", "=", "'RA'", "pos2d", ".", "Name2", "=", "'Dec'", "pos2d_val", "=", "etree", ".", "SubElement", "(", "pos2d", ",", "'Value2'", ")", "pos2d_val", ".", "C1", "=", "coords", ".", "ra", "pos2d_val", ".", "C2", "=", "coords", ".", "dec", "pos2d", ".", "Error2Radius", "=", "coords", ".", "err" ]

[ "Add", "details", "of", "an", "observation", "to", "the", "WhereWhen", "section", "." ]

[ "def", "source_cmd", "(", "args", ",", "stdin", "=", "None", ")", ":", "args", "=", "list", "(", "args", ")", "fpath", "=", "locate_binary", "(", "args", "[", "0", "]", ")", "args", "[", "0", "]", "=", "fpath", "if", "fpath", "else", "args", "[", "0", "]", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "args", "[", "0", "]", ")", ":", "raise", "RuntimeError", "(", "\"Command not found: %s\"", "%", "args", "[", "0", "]", ")", "prevcmd", "=", "'call '", "prevcmd", "+=", "' '", ".", "join", "(", "[", "argvquote", "(", "arg", ",", "force", "=", "True", ")", "for", "arg", "in", "args", "]", ")", "prevcmd", "=", "escape_windows_cmd_string", "(", "prevcmd", ")", "args", ".", "append", "(", "'--prevcmd={}'", ".", "format", "(", "prevcmd", ")", ")", "args", ".", "insert", "(", "0", ",", "'cmd'", ")", "args", ".", "append", "(", "'--interactive=0'", ")", "args", ".", "append", "(", "'--sourcer=call'", ")", "args", ".", "append", "(", "'--envcmd=set'", ")", "args", ".", "append", "(", "'--seterrpostcmd=if errorlevel 1 exit 1'", ")", "args", ".", "append", "(", "'--use-tmpfile=1'", ")", "return", "source_foreign", "(", "args", ",", "stdin", "=", "stdin", ")" ]

[ "Simple", "cmd", ".", "exe", "-", "specific", "wrapper", "around", "source", "-", "foreign", "." ]

[ "def", "get_proteins_for_peptide", "(", "self", ",", "psm_id", ")", ":", "protsql", "=", "self", ".", "get_sql_select", "(", "[", "'protein_acc'", "]", ",", "'protein_psm'", ")", "protsql", "=", "'{0} WHERE psm_id=?'", ".", "format", "(", "protsql", ")", "cursor", "=", "self", ".", "get_cursor", "(", ")", "proteins", "=", "cursor", ".", "execute", "(", "protsql", ",", "psm_id", ")", ".", "fetchall", "(", ")", "return", "[", "x", "[", "0", "]", "for", "x", "in", "proteins", "]" ]

[ "Returns", "list", "of", "proteins", "for", "a", "passed", "psm_id" ]

[ "def", "close", "(", "self", ",", "node_id", "=", "None", ")", ":", "with", "self", ".", "_lock", ":", "if", "node_id", "is", "None", ":", "self", ".", "_close", "(", ")", "conns", "=", "list", "(", "self", ".", "_conns", ".", "values", "(", ")", ")", "self", ".", "_conns", ".", "clear", "(", ")", "for", "conn", "in", "conns", ":", "conn", ".", "close", "(", ")", "elif", "node_id", "in", "self", ".", "_conns", ":", "self", ".", "_conns", ".", "pop", "(", "node_id", ")", ".", "close", "(", ")", "else", ":", "log", ".", "warning", "(", "\"Node %s not found in current connection list; skipping\"", ",", "node_id", ")", "return" ]

[ "Close", "one", "or", "all", "broker", "connections", "." ]

[ "def", "name", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "mako_template", ".", "filename", ":", "return", "os", ".", "path", ".", "basename", "(", "self", ".", "mako_template", ".", "filename", ")", "return", "'string'" ]

[ "Returns", "the", "name", "of", "this", "template", "(", "if", "created", "from", "a", "file", ")", "or", "string", "if", "not" ]

[ "def", "base62_decode", "(", "cls", ",", "string", ")", ":", "alphabet", "=", "\"0123456789abcdefghijklmnopqrstuvwxyzABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ\"", "base", "=", "len", "(", "alphabet", ")", "strlen", "=", "len", "(", "string", ")", "num", "=", "0", "idx", "=", "0", "for", "char", "in", "string", ":", "power", "=", "(", "strlen", "-", "(", "idx", "+", "1", ")", ")", "try", ":", "num", "+=", "alphabet", ".", "index", "(", "char", ")", "*", "(", "base", "**", "power", ")", "except", "ValueError", ":", "raise", "Base62DecodeError", "(", "\"Failed to decode char: '{}'\"", ".", "format", "(", "char", ")", ")", "idx", "+=", "1", "return", "num" ]

[ "Decode", "a", "Base", "X", "encoded", "string", "into", "the", "number", "." ]

[ "def", "compose", "(", "self", ",", "parser", ":", "Any", ",", "grammar", ":", "Any", "=", "None", ",", "attr_of", ":", "str", "=", "None", ")", ":", "return", "\"CSV({0})\"", ".", "format", "(", "self", ".", "time", ")" ]

[ "Return", "the", "CSV", "(", "time", ")", "expression", "as", "string", "format" ]

[ "def", "decode", "(", "self", ")", ":", "buflen", "=", "len", "(", "self", ".", "buffer", ")", "tftpassert", "(", "buflen", ">=", "4", ",", "\"malformed ERR packet, too short\"", ")", "log", ".", "debug", "(", "\"Decoding ERR packet, length %s bytes\"", ",", "buflen", ")", "if", "buflen", "==", "4", ":", "log", ".", "debug", "(", "\"Allowing this affront to the RFC of a 4-byte packet\"", ")", "fmt", "=", "b\"!HH\"", "log", ".", "debug", "(", "\"Decoding ERR packet with fmt: %s\"", ",", "fmt", ")", "self", ".", "opcode", ",", "self", ".", "errorcode", "=", "struct", ".", "unpack", "(", "fmt", ",", "self", ".", "buffer", ")", "else", ":", "log", ".", "debug", "(", "\"Good ERR packet > 4 bytes\"", ")", "fmt", "=", "b\"!HH%dsx\"", "%", "(", "len", "(", "self", ".", "buffer", ")", "-", "5", ")", "log", ".", "debug", "(", "\"Decoding ERR packet with fmt: %s\"", ",", "fmt", ")", "self", ".", "opcode", ",", "self", ".", "errorcode", ",", "self", ".", "errmsg", "=", "struct", ".", "unpack", "(", "fmt", ",", "self", ".", "buffer", ")", "log", ".", "error", "(", "\"ERR packet - errorcode: %d, message: %s\"", "%", "(", "self", ".", "errorcode", ",", "self", ".", "errmsg", ")", ")", "return", "self" ]

[ "Decode", "self", ".", "buffer", "populating", "instance", "variables", "and", "return", "self", "." ]

[ "def", "network_lpf", "(", "network", ",", "snapshots", "=", "None", ",", "skip_pre", "=", "False", ")", ":", "_network_prepare_and_run_pf", "(", "network", ",", "snapshots", ",", "skip_pre", ",", "linear", "=", "True", ")" ]

[ "Linear", "power", "flow", "for", "generic", "network", "." ]

[ "def", "_callback", "(", "self", ",", "mres", ")", ":", "try", ":", "rows", "=", "self", ".", "_process_payload", "(", "self", ".", "raw", ".", "rows", ")", "if", "rows", ":", "self", ".", "on_rows", "(", "rows", ")", "if", "self", ".", "raw", ".", "done", ":", "self", ".", "on_done", "(", ")", "finally", ":", "if", "self", ".", "raw", ".", "done", ":", "self", ".", "_clear", "(", ")" ]

[ "This", "is", "invoked", "as", "the", "row", "callback", ".", "If", "rows", "is", "true", "then", "we", "are", "a", "row", "callback", "otherwise", "the", "request", "has", "ended", "and", "it", "s", "time", "to", "collect", "the", "other", "data" ]

[ "def", "install_code_colorscheme", "(", "self", ",", "name", ",", "style_dict", ")", ":", "assert", "isinstance", "(", "name", ",", "six", ".", "text_type", ")", "assert", "isinstance", "(", "style_dict", ",", "dict", ")", "self", ".", "code_styles", "[", "name", "]", "=", "style_dict" ]

[ "Install", "a", "new", "code", "color", "scheme", "." ]

[ "def", "save_request_token", "(", "self", ",", "token", ",", "request", ")", ":", "log", ".", "debug", "(", "'Save request token %r'", ",", "token", ")", "self", ".", "_grantsetter", "(", "token", ",", "request", ")" ]

[ "Save", "request", "token", "to", "database", "." ]

[ "def", "_simple_action", "(", "self", ",", "action", "=", "None", ")", ":", "if", "not", "action", ":", "raise", "Exception", "(", "'No simple action defined'", ")", "path", "=", "\"/\"", ".", "join", "(", "[", "self", ".", "RESOURCE", ",", "action", "]", ")", "response", "=", "self", ".", "client", ".", "request", "(", "path", ",", "{", "self", ".", "RESOURCE_ID_ATTRIBUTE", ":", "self", ".", "object_id", "}", ")", "return", "response" ]

[ "Issue", "a", "request", "for", "an", "API", "method", "whose", "only", "param", "is", "the", "obj", "ID", "." ]

[ "def", "Substitute", "(", "self", ",", "pattern", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "pattern", ",", "bytes", ")", ":", "substs", "=", "[", "re", ".", "escape", "(", "subst", ".", "encode", "(", "\"ascii\"", ")", ")", "for", "subst", "in", "self", ".", "_substs", "]", "regex", "=", "re", ".", "compile", "(", "b\"|\"", ".", "join", "(", "substs", ")", ")", "def", "Replacement", "(", "match", ")", ":", "key", "=", "match", ".", "group", "(", "0", ")", ".", "decode", "(", "\"ascii\"", ")", "return", "self", ".", "_substs", "[", "key", "]", ".", "encode", "(", "\"utf-8\"", ")", "elif", "isinstance", "(", "pattern", ",", "Text", ")", ":", "substs", "=", "[", "re", ".", "escape", "(", "subst", ")", "for", "subst", "in", "self", ".", "_substs", "]", "regex", "=", "re", ".", "compile", "(", "\"|\"", ".", "join", "(", "substs", ")", ")", "def", "Replacement", "(", "match", ")", ":", "key", "=", "match", ".", "group", "(", "0", ")", "return", "self", ".", "_substs", "[", "key", "]", "else", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"Unexpected pattern type '{}'\"", ".", "format", "(", "type", "(", "pattern", ")", ")", ")", "if", "not", "substs", ":", "return", "pattern", "else", ":", "return", "regex", ".", "sub", "(", "Replacement", ",", "pattern", ")" ]

[ "Formats", "given", "pattern", "with", "this", "substitution", "environment", "." ]

[ "def", "set_hyperparams", "(", "self", ",", "new_params", ")", ":", "new_params", "=", "scipy", ".", "asarray", "(", "new_params", ",", "dtype", "=", "float", ")", "if", "len", "(", "new_params", ")", "==", "len", "(", "self", ".", "free_params", ")", ":", "if", "self", ".", "enforce_bounds", ":", "for", "idx", ",", "new_param", ",", "bound", "in", "zip", "(", "range", "(", "0", ",", "len", "(", "new_params", ")", ")", ",", "new_params", ",", "self", ".", "free_param_bounds", ")", ":", "if", "bound", "[", "0", "]", "is", "not", "None", "and", "new_param", "<", "bound", "[", "0", "]", ":", "new_params", "[", "idx", "]", "=", "bound", "[", "0", "]", "elif", "bound", "[", "1", "]", "is", "not", "None", "and", "new_param", ">", "bound", "[", "1", "]", ":", "new_params", "[", "idx", "]", "=", "bound", "[", "1", "]", "self", ".", "params", "[", "~", "self", ".", "fixed_params", "]", "=", "new_params", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Length of new_params must be %s!\"", "%", "(", "len", "(", "self", ".", "free_params", ")", ",", ")", ")" ]

[ "Sets", "the", "free", "hyperparameters", "to", "the", "new", "parameter", "values", "in", "new_params", ".", "Parameters", "----------", "new_params", ":", ":", "py", ":", "class", ":", "Array", "or", "other", "Array", "-", "like", "(", "len", "(", ":", "py", ":", "attr", ":", "self", ".", "free_params", ")", ")", "New", "parameter", "values", "ordered", "as", "dictated", "by", "the", "docstring", "for", "the", "class", "." ]

[ "def", "build_base_url", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "base_url", "is", "None", ":", "return", "base_url", "=", "self", ".", "base_url", "if", "not", "(", "self", ".", "parent_url", "or", "self", ".", "base_ref", "or", "base_url", ".", "startswith", "(", "\"file:\"", ")", ")", ":", "base_url", "=", "os", ".", "path", ".", "expanduser", "(", "base_url", ")", "if", "not", "is_absolute_path", "(", "base_url", ")", ":", "try", ":", "base_url", "=", "os", ".", "getcwd", "(", ")", "+", "\"/\"", "+", "base_url", "except", "OSError", "as", "msg", ":", "# occurs on stale remote filesystems (eg. NFS)", "errmsg", "=", "_", "(", "\"Could not get current working directory: %(msg)s\"", ")", "%", "dict", "(", "msg", "=", "msg", ")", "raise", "LinkCheckerError", "(", "errmsg", ")", "if", "os", ".", "path", ".", "isdir", "(", "base_url", ")", ":", "base_url", "+=", "\"/\"", "base_url", "=", "\"file://\"", "+", "base_url", "if", "os", ".", "name", "==", "\"nt\"", ":", "base_url", "=", "base_url", ".", "replace", "(", "\"\\\\\"", ",", "\"/\"", ")", "# transform c:/windows into /c|/windows", "base_url", "=", "re", ".", "sub", "(", "\"^file://(/?)([a-zA-Z]):\"", ",", "r\"file:///\\2|\"", ",", "base_url", ")", "# transform file://path into file:///path", "base_url", "=", "re", ".", "sub", "(", "\"^file://([^/])\"", ",", "r\"file:///\\1\"", ",", "base_url", ")", "self", ".", "base_url", "=", "unicode", "(", "base_url", ")" ]

[ "The", "URL", "is", "normed", "according", "to", "the", "platform", ":", "-", "the", "base", "URL", "is", "made", "an", "absolute", "file", ":", "//", "URL", "-", "under", "Windows", "platform", "the", "drive", "specifier", "is", "normed" ]

[ "def", "write_line", "(", "self", ",", "fix", "=", "True", ")", ":", "cells", "=", "[", "]", "csv_values", "=", "[", "]", "for", "m", "in", "self", ".", "values", "(", ")", ":", "cells", ".", "append", "(", "m", ".", "render_value", "(", "fix", "=", "fix", ")", ")", "if", "isinstance", "(", "m", ",", "MultiMetric", ")", ":", "for", "sub", "in", "m", ".", "values", "(", ")", ":", "csv_values", ".", "append", "(", "sub", ".", "to_csv", "(", ")", ")", "else", ":", "csv_values", ".", "append", "(", "m", ".", "to_csv", "(", ")", ")", "if", "fix", ":", "m", ".", "reset", "(", ")", "if", "fix", "and", "self", ".", "_csvfile", ":", "self", ".", "_write_csv_row", "(", "csv_values", ")", "c", "=", "_ansi", "[", "\"gray\"", "]", "+", "\"|\"", "+", "_ansi", "[", "\"reset\"", "]", "if", "self", ".", "_last_line_fixed", ":", "stdout", ".", "write", "(", "\"\\n\\r\"", ")", "else", ":", "stdout", ".", "write", "(", "\"\\r\"", ")", "if", "not", "fix", ":", "stdout", ".", "write", "(", "_ansi", "[", "\"reverse\"", "]", ")", "stdout", ".", "write", "(", "c", ".", "join", "(", "cells", ")", ")", "stdout", ".", "flush", "(", ")", "self", ".", "_last_line_fixed", "=", "fix" ]

[ "Output", "line", "containing", "values", "to", "console", "and", "csv", "file", ".", "Only", "committed", "values", "are", "written", "to", "css", "file", ".", ":", "param", "bool", "fix", ":", "to", "commit", "measurement", "values" ]

[ "def", "_add_data_attribute", "(", "self", ",", "data_attr", ")", ":", "attr_name", "=", "data_attr", ".", "header", ".", "attr_name", "stream", "=", "self", ".", "_find_datastream", "(", "attr_name", ")", "if", "stream", "is", "None", ":", "stream", "=", "Datastream", "(", "attr_name", ")", "self", ".", "data_streams", ".", "append", "(", "stream", ")", "stream", ".", "add_data_attribute", "(", "data_attr", ")" ]

[ "Add", "a", "data", "attribute", "to", "the", "datastream", "structure", "." ]

[ "def", "parse", "(", "option", ",", "urlOrPaths", ",", "serverEndpoint", "=", "ServerEndpoint", ",", "verbose", "=", "Verbose", ",", "tikaServerJar", "=", "TikaServerJar", ",", "responseMimeType", "=", "'application/json'", ",", "services", "=", "{", "'meta'", ":", "'/meta'", ",", "'text'", ":", "'/tika'", ",", "'all'", ":", "'/rmeta'", "}", ",", "rawResponse", "=", "False", ")", ":", "return", "[", "parse1", "(", "option", ",", "path", ",", "serverEndpoint", ",", "verbose", ",", "tikaServerJar", ",", "responseMimeType", ",", "services", ")", "for", "path", "in", "urlOrPaths", "]" ]

[ "Parse", "the", "objects", "and", "return", "extracted", "metadata", "and", "/", "or", "text", "in", "JSON", "format", ".", ":", "param", "option", ":", ":", "param", "urlOrPaths", ":", ":", "param", "serverEndpoint", ":", ":", "param", "verbose", ":", ":", "param", "tikaServerJar", ":", ":", "param", "responseMimeType", ":", ":", "param", "services", ":", ":", "return", ":" ]

[ "def", "_conflicted_data_points", "(", "L", ")", ":", "m", "=", "sparse", ".", "diags", "(", "np", ".", "ravel", "(", "L", ".", "max", "(", "axis", "=", "1", ")", ".", "todense", "(", ")", ")", ")", "return", "np", ".", "ravel", "(", "np", ".", "max", "(", "m", "@", "(", "L", "!=", "0", ")", "!=", "L", ",", "axis", "=", "1", ")", ".", "astype", "(", "int", ")", ".", "todense", "(", ")", ")" ]

[ "Returns", "an", "indicator", "vector", "where", "ith", "element", "=", "1", "if", "x_i", "is", "labeled", "by", "at", "least", "two", "LFs", "that", "give", "it", "disagreeing", "labels", "." ]

[ "def", "scheduleTask", "(", "self", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "return", "self", ".", "_makeApiCall", "(", "self", ".", "funcinfo", "[", "\"scheduleTask\"", "]", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "Schedule", "Defined", "Task" ]

[ "def", "expression_filters", "(", "self", ")", ":", "return", "{", "name", ":", "filter", "for", "name", ",", "filter", "in", "iter", "(", "self", ".", "filters", ".", "items", "(", ")", ")", "if", "isinstance", "(", "filter", ",", "ExpressionFilter", ")", "}" ]

[ "Dict", "[", "str", "ExpressionFilter", "]", ":", "Returns", "the", "expression", "filters", "for", "this", "selector", "." ]

[ "def", "sort", "(", "base", ",", "items", ")", ":", "return", "sorted", "(", "items", ",", "key", "=", "base", ".", "similarity", ",", "reverse", "=", "True", ")" ]

[ "Get", "a", "sorted", "list", "of", "items", "ranked", "in", "descending", "similarity", "." ]

[ "def", "brat_output", "(", "docgraph", ",", "layer", "=", "None", ",", "show_relations", "=", "True", ")", ":", "# we can't rely on the .ns attribute of a merged graph", "if", "layer", ":", "namespace", "=", "dg", ".", "layer2namespace", "(", "layer", ")", "else", ":", "namespace", "=", "docgraph", ".", "ns", "ret_str", "=", "u''", "pointing_chains", "=", "dg", ".", "get_pointing_chains", "(", "docgraph", ",", "layer", "=", "layer", ")", "# a token can be part of 1+ markable(s)", "first_token2markables", "=", "defaultdict", "(", "list", ")", "markable_dict", "=", "{", "}", "markable_index", "=", "1", "for", "pointing_chain", "in", "pointing_chains", ":", "for", "markable", "in", "sorted", "(", "pointing_chain", ",", "key", "=", "dg", ".", "util", ".", "natural_sort_key", ")", ":", "span_tokens", "=", "spanstring2tokens", "(", "docgraph", ",", "docgraph", ".", "node", "[", "markable", "]", "[", "namespace", "+", "':span'", "]", ")", "span_text", "=", "dg", ".", "tokens2text", "(", "docgraph", ",", "span_tokens", ")", "first_token2markables", "[", "span_tokens", "[", "0", "]", "]", ".", "append", "(", "markable", ")", "markable_dict", "[", "markable", "]", "=", "(", "markable_index", ",", "span_text", ",", "len", "(", "span_text", ")", ")", "markable_index", "+=", "1", "onset", "=", "0", "for", "token_id", "in", "docgraph", ".", "tokens", ":", "tok_len", "=", "len", "(", "docgraph", ".", "get_token", "(", "token_id", ")", ")", "if", "token_id", "in", "first_token2markables", ":", "for", "markable", "in", "first_token2markables", "[", "token_id", "]", ":", "mark_index", ",", "mark_text", ",", "mark_len", "=", "markable_dict", "[", "markable", "]", "ret_str", "+=", "u\"T{0}\\tMarkable {1} {2}\\t{3}\\n\"", ".", "format", "(", "mark_index", ",", "onset", ",", "onset", "+", "mark_len", ",", "mark_text", ")", "onset", "+=", "tok_len", "+", "1", "if", "show_relations", ":", "relation", "=", "1", "for", "pointing_chain", "in", "pointing_chains", ":", "last_to_first_mention", "=", "sorted", "(", "pointing_chain", ",", "key", "=", "dg", ".", "util", ".", "natural_sort_key", ",", "reverse", "=", "True", ")", "for", "i", "in", "xrange", "(", "0", ",", "len", "(", "pointing_chain", ")", "-", "1", ")", ":", "chain_element", "=", "markable_dict", "[", "last_to_first_mention", "[", "i", "]", "]", "[", "0", "]", "prev_chain_element", "=", "markable_dict", "[", "last_to_first_mention", "[", "i", "+", "1", "]", "]", "[", "0", "]", "ret_str", "+=", "u\"R{0}\\tCoreference Arg1:T{1} Arg2:T{2}\\n\"", ".", "format", "(", "relation", ",", "chain_element", ",", "prev_chain_element", ")", "relation", "+=", "1", "return", "ret_str" ]

[ "converts", "a", "document", "graph", "with", "pointing", "chains", "into", "a", "string", "representation", "of", "a", "brat", "*", ".", "ann", "file", "." ]

[ "def", "write", "(", "self", ",", "h", ",", "txt", "=", "''", ",", "link", "=", "''", ")", ":", "txt", "=", "self", ".", "normalize_text", "(", "txt", ")", "cw", "=", "self", ".", "current_font", "[", "'cw'", "]", "w", "=", "self", ".", "w", "-", "self", ".", "r_margin", "-", "self", ".", "x", "wmax", "=", "(", "w", "-", "2", "*", "self", ".", "c_margin", ")", "*", "1000.0", "/", "self", ".", "font_size", "s", "=", "txt", ".", "replace", "(", "\"\\r\"", ",", "''", ")", "nb", "=", "len", "(", "s", ")", "sep", "=", "-", "1", "i", "=", "0", "j", "=", "0", "l", "=", "0", "nl", "=", "1", "while", "(", "i", "<", "nb", ")", ":", "#Get next character", "c", "=", "s", "[", "i", "]", "if", "(", "c", "==", "\"\\n\"", ")", ":", "#Explicit line break", "self", ".", "cell", "(", "w", ",", "h", ",", "substr", "(", "s", ",", "j", ",", "i", "-", "j", ")", ",", "0", ",", "2", ",", "''", ",", "0", ",", "link", ")", "i", "+=", "1", "sep", "=", "-", "1", "j", "=", "i", "l", "=", "0", "if", "(", "nl", "==", "1", ")", ":", "self", ".", "x", "=", "self", ".", "l_margin", "w", "=", "self", ".", "w", "-", "self", ".", "r_margin", "-", "self", ".", "x", "wmax", "=", "(", "w", "-", "2", "*", "self", ".", "c_margin", ")", "*", "1000.0", "/", "self", ".", "font_size", "nl", "+=", "1", "continue", "if", "(", "c", "==", "' '", ")", ":", "sep", "=", "i", "if", "self", ".", "unifontsubset", ":", "l", "+=", "self", ".", "get_string_width", "(", "c", ")", "/", "self", ".", "font_size", "*", "1000.0", "else", ":", "l", "+=", "cw", ".", "get", "(", "c", ",", "0", ")", "if", "(", "l", ">", "wmax", ")", ":", "#Automatic line break", "if", "(", "sep", "==", "-", "1", ")", ":", "if", "(", "self", ".", "x", ">", "self", ".", "l_margin", ")", ":", "#Move to next line", "self", ".", "x", "=", "self", ".", "l_margin", "self", ".", "y", "+=", "h", "w", "=", "self", ".", "w", "-", "self", ".", "r_margin", "-", "self", ".", "x", "wmax", "=", "(", "w", "-", "2", "*", "self", ".", "c_margin", ")", "*", "1000.0", "/", "self", ".", "font_size", "i", "+=", "1", "nl", "+=", "1", "continue", "if", "(", "i", "==", "j", ")", ":", "i", "+=", "1", "self", ".", "cell", "(", "w", ",", "h", ",", "substr", "(", "s", ",", "j", ",", "i", "-", "j", ")", ",", "0", ",", "2", ",", "''", ",", "0", ",", "link", ")", "else", ":", "self", ".", "cell", "(", "w", ",", "h", ",", "substr", "(", "s", ",", "j", ",", "sep", "-", "j", ")", ",", "0", ",", "2", ",", "''", ",", "0", ",", "link", ")", "i", "=", "sep", "+", "1", "sep", "=", "-", "1", "j", "=", "i", "l", "=", "0", "if", "(", "nl", "==", "1", ")", ":", "self", ".", "x", "=", "self", ".", "l_margin", "w", "=", "self", ".", "w", "-", "self", ".", "r_margin", "-", "self", ".", "x", "wmax", "=", "(", "w", "-", "2", "*", "self", ".", "c_margin", ")", "*", "1000.0", "/", "self", ".", "font_size", "nl", "+=", "1", "else", ":", "i", "+=", "1", "#Last chunk", "if", "(", "i", "!=", "j", ")", ":", "self", ".", "cell", "(", "l", "/", "1000.0", "*", "self", ".", "font_size", ",", "h", ",", "substr", "(", "s", ",", "j", ")", ",", "0", ",", "0", ",", "''", ",", "0", ",", "link", ")" ]

[ "Output", "text", "in", "flowing", "mode" ]

[ "def", "_get_fname_len", "(", "self", ",", "bufflen", "=", "128", ")", ":", "buff", "=", "self", ".", "meta", ".", "peek", "(", "bufflen", ")", "strlen", "=", "buff", ".", "find", "(", "'\\0'", ")", "for", "i", ",", "b", "in", "enumerate", "(", "buff", "[", "strlen", ":", "]", ")", ":", "if", "b", "!=", "'\\0'", ":", "return", "strlen", "+", "i", "return", "bufflen" ]

[ "Returns", "the", "number", "of", "bytes", "designated", "for", "the", "filename", "." ]

[ "def", "getmodule", "(", "code", ")", ":", "try", ":", "md", "=", "inspect", ".", "getmodule", "(", "code", ",", "code", ".", "co_filename", ")", "except", "AttributeError", ":", "return", "inspect", ".", "getmodule", "(", "code", ")", "if", "md", "is", "None", ":", "# Jython-specific:", "# This is currently just a crutch; todo: resolve __pyclasspath__ properly!", "cfname", "=", "code", ".", "co_filename", ".", "replace", "(", "'__pyclasspath__'", ",", "os", ".", "path", ".", "realpath", "(", "''", ")", "+", "os", ".", "sep", "+", "'__pyclasspath__'", ")", "cfname", "=", "cfname", ".", "replace", "(", "'$py.class'", ",", "'.py'", ")", "md", "=", "inspect", ".", "getmodule", "(", "code", ",", "cfname", ")", "if", "md", "is", "None", ":", "md", "=", "inspect", ".", "getmodule", "(", "code", ")", "return", "md" ]

[ "More", "robust", "variant", "of", "inspect", ".", "getmodule", ".", "E", ".", "g", ".", "has", "less", "issues", "on", "Jython", "." ]

[ "def", "to_tsv", "(", ")", ":", "with", "open", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "DATA_PATH", ",", "'regexes.tsv'", ")", ",", "mode", "=", "'wt'", ")", "as", "fout", ":", "vars", "=", "copy", ".", "copy", "(", "tuple", "(", "globals", "(", ")", ".", "items", "(", ")", ")", ")", "for", "k", ",", "v", "in", "vars", ":", "if", "k", ".", "lower", "(", ")", ".", "startswith", "(", "'cre_'", ")", ":", "fout", ".", "write", "(", "k", "[", "4", ":", "]", "+", "'\\t'", "+", "v", ".", "pattern", "+", "'\\n'", ")", "elif", "k", ".", "lower", "(", ")", ".", "startswith", "(", "'re_'", ")", ":", "fout", ".", "write", "(", "k", "[", "3", ":", "]", "+", "'\\t'", "+", "v", ".", "pattern", "+", "'\\n'", ")" ]

[ "Save", "all", "regular", "expressions", "to", "a", "tsv", "file", "so", "they", "can", "be", "more", "easily", "copy", "/", "pasted", "in", "Sublime" ]

[ "def", "exec_create", "(", "self", ",", "container", ",", "cmd", ",", "stdout", "=", "True", ",", "stderr", "=", "True", ",", "stdin", "=", "False", ",", "tty", "=", "False", ",", "privileged", "=", "False", ",", "user", "=", "''", ",", "environment", "=", "None", ",", "workdir", "=", "None", ",", "detach_keys", "=", "None", ")", ":", "if", "environment", "is", "not", "None", "and", "utils", ".", "version_lt", "(", "self", ".", "_version", ",", "'1.25'", ")", ":", "raise", "errors", ".", "InvalidVersion", "(", "'Setting environment for exec is not supported in API < 1.25'", ")", "if", "isinstance", "(", "cmd", ",", "six", ".", "string_types", ")", ":", "cmd", "=", "utils", ".", "split_command", "(", "cmd", ")", "if", "isinstance", "(", "environment", ",", "dict", ")", ":", "environment", "=", "utils", ".", "utils", ".", "format_environment", "(", "environment", ")", "data", "=", "{", "'Container'", ":", "container", ",", "'User'", ":", "user", ",", "'Privileged'", ":", "privileged", ",", "'Tty'", ":", "tty", ",", "'AttachStdin'", ":", "stdin", ",", "'AttachStdout'", ":", "stdout", ",", "'AttachStderr'", ":", "stderr", ",", "'Cmd'", ":", "cmd", ",", "'Env'", ":", "environment", ",", "}", "if", "workdir", "is", "not", "None", ":", "if", "utils", ".", "version_lt", "(", "self", ".", "_version", ",", "'1.35'", ")", ":", "raise", "errors", ".", "InvalidVersion", "(", "'workdir is not supported for API version < 1.35'", ")", "data", "[", "'WorkingDir'", "]", "=", "workdir", "if", "detach_keys", ":", "data", "[", "'detachKeys'", "]", "=", "detach_keys", "elif", "'detachKeys'", "in", "self", ".", "_general_configs", ":", "data", "[", "'detachKeys'", "]", "=", "self", ".", "_general_configs", "[", "'detachKeys'", "]", "url", "=", "self", ".", "_url", "(", "'/containers/{0}/exec'", ",", "container", ")", "res", "=", "self", ".", "_post_json", "(", "url", ",", "data", "=", "data", ")", "return", "self", ".", "_result", "(", "res", ",", "True", ")" ]

[ "Sets", "up", "an", "exec", "instance", "in", "a", "running", "container", "." ]

[ "def", "InsertData", "(", "self", ",", "table_id", ",", "fd", ",", "schema", ",", "job_id", ")", ":", "configuration", "=", "{", "\"schema\"", ":", "{", "\"fields\"", ":", "schema", "}", ",", "\"destinationTable\"", ":", "{", "\"projectId\"", ":", "self", ".", "project_id", ",", "\"tableId\"", ":", "table_id", ",", "\"datasetId\"", ":", "self", ".", "dataset_id", "}", ",", "\"sourceFormat\"", ":", "\"NEWLINE_DELIMITED_JSON\"", ",", "}", "body", "=", "{", "\"configuration\"", ":", "{", "\"load\"", ":", "configuration", "}", ",", "\"jobReference\"", ":", "{", "\"projectId\"", ":", "self", ".", "project_id", ",", "\"jobId\"", ":", "job_id", "}", "}", "# File content can be gzipped for bandwidth efficiency. The server handles", "# it correctly without any changes to the request.", "mediafile", "=", "http", ".", "MediaFileUpload", "(", "fd", ".", "name", ",", "mimetype", "=", "\"application/octet-stream\"", ")", "job", "=", "self", ".", "service", ".", "jobs", "(", ")", ".", "insert", "(", "projectId", "=", "self", ".", "project_id", ",", "body", "=", "body", ",", "media_body", "=", "mediafile", ")", "try", ":", "response", "=", "job", ".", "execute", "(", ")", "return", "response", "except", "errors", ".", "HttpError", "as", "e", ":", "if", "self", ".", "GetDataset", "(", "self", ".", "dataset_id", ")", ":", "logging", ".", "exception", "(", "\"Error with job: %s\"", ",", "job_id", ")", "else", ":", "# If this is our first export ever, we need to create the dataset.", "logging", ".", "info", "(", "\"Attempting to create dataset: %s\"", ",", "self", ".", "dataset_id", ")", "self", ".", "CreateDataset", "(", ")", "return", "self", ".", "RetryUpload", "(", "job", ",", "job_id", ",", "e", ")" ]

[ "Insert", "data", "into", "a", "bigquery", "table", "." ]

[ "def", "getTopologiesForStateLocation", "(", "self", ",", "name", ")", ":", "return", "filter", "(", "lambda", "t", ":", "t", ".", "state_manager_name", "==", "name", ",", "self", ".", "topologies", ")" ]

[ "Returns", "all", "the", "topologies", "for", "a", "given", "state", "manager", "." ]

[ "def", "find_inodes_in_use", "(", "fds", ")", ":", "self_pid", "=", "os", ".", "getpid", "(", ")", "id_fd_assoc", "=", "collections", ".", "defaultdict", "(", "list", ")", "for", "fd", "in", "fds", ":", "st", "=", "os", ".", "fstat", "(", "fd", ")", "id_fd_assoc", "[", "(", "st", ".", "st_dev", ",", "st", ".", "st_ino", ")", "]", ".", "append", "(", "fd", ")", "def", "st_id_candidates", "(", "it", ")", ":", "# map proc paths to stat identifiers (devno and ino)", "for", "proc_path", "in", "it", ":", "try", ":", "st", "=", "os", ".", "stat", "(", "proc_path", ")", "except", "OSError", "as", "e", ":", "# glob opens directories during matching,", "# and other processes might close their fds in the meantime.", "# This isn't a problem for the immutable-locked use case.", "# ESTALE could happen with NFS or Docker", "if", "e", ".", "errno", "in", "(", "errno", ".", "ENOENT", ",", "errno", ".", "ESTALE", ")", ":", "continue", "raise", "st_id", "=", "(", "st", ".", "st_dev", ",", "st", ".", "st_ino", ")", "if", "st_id", "not", "in", "id_fd_assoc", ":", "continue", "yield", "proc_path", ",", "st_id", "for", "proc_path", ",", "st_id", "in", "st_id_candidates", "(", "glob", ".", "glob", "(", "'/proc/[1-9]*/fd/*'", ")", ")", ":", "other_pid", ",", "other_fd", "=", "map", "(", "int", ",", "PROC_PATH_RE", ".", "match", "(", "proc_path", ")", ".", "groups", "(", ")", ")", "original_fds", "=", "id_fd_assoc", "[", "st_id", "]", "if", "other_pid", "==", "self_pid", ":", "if", "other_fd", "in", "original_fds", ":", "continue", "use_info", "=", "proc_use_info", "(", "proc_path", ")", "if", "not", "use_info", ":", "continue", "for", "fd", "in", "original_fds", ":", "yield", "(", "fd", ",", "use_info", ")", "# Requires Linux 3.3", "for", "proc_path", ",", "st_id", "in", "st_id_candidates", "(", "glob", ".", "glob", "(", "'/proc/[1-9]*/map_files/*'", ")", ")", ":", "use_info", "=", "proc_use_info", "(", "proc_path", ")", "if", "not", "use_info", ":", "continue", "original_fds", "=", "id_fd_assoc", "[", "st_id", "]", "for", "fd", "in", "original_fds", ":", "yield", "(", "fd", ",", "use_info", ")" ]

[ "Find", "which", "of", "these", "inodes", "are", "in", "use", "and", "give", "their", "open", "modes", "." ]

[ "def", "decompose", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "extract", "(", ")", "if", "len", "(", "self", ".", "contents", ")", "==", "0", ":", "return", "current", "=", "self", ".", "contents", "[", "0", "]", "while", "current", "is", "not", "None", ":", "next", "=", "current", ".", "next", "if", "isinstance", "(", "current", ",", "Tag", ")", ":", "del", "current", ".", "contents", "[", ":", "]", "current", ".", "parent", "=", "None", "current", ".", "previous", "=", "None", "current", ".", "previousSibling", "=", "None", "current", ".", "next", "=", "None", "current", ".", "nextSibling", "=", "None", "current", "=", "next" ]

[ "Recursively", "destroys", "the", "contents", "of", "this", "tree", "." ]

[ "def", "enum_to_yaml", "(", "cls", ":", "Type", "[", "T_EnumToYAML", "]", ",", "representer", ":", "Representer", ",", "data", ":", "T_EnumToYAML", ")", "->", "ruamel", ".", "yaml", ".", "nodes", ".", "ScalarNode", ":", "return", "representer", ".", "represent_scalar", "(", "f\"!{cls.__name__}\"", ",", "f\"{str(data)}\"", ")" ]

[ "Encodes", "YAML", "representation", "." ]

[ "def", "Size", "(", "self", ")", ":", "# Items should be an array of type CoinState, not of ints!", "corrected_items", "=", "list", "(", "map", "(", "lambda", "i", ":", "CoinState", "(", "i", ")", ",", "self", ".", "Items", ")", ")", "return", "super", "(", "UnspentCoinState", ",", "self", ")", ".", "Size", "(", ")", "+", "GetVarSize", "(", "corrected_items", ")" ]

[ "Get", "the", "total", "size", "in", "bytes", "of", "the", "object", "." ]

[ "def", "n_members", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "is_finite", ":", "return", "int", "(", "self", ".", "max", "-", "self", ".", "min", "+", "1", ")", "else", ":", "return", "np", ".", "inf" ]

[ "Returns", "the", "number", "of", "members", "in", "the", "domain", "if", "it", "is_finite", "otherwise", "returns", "np", ".", "inf", "." ]

[ "def", "atlas_renderer", "(", "layout", ",", "coverage_layer", ",", "output_path", ",", "file_format", ")", ":", "# set the composer map to be atlas driven", "composer_map", "=", "layout_item", "(", "layout", ",", "'impact-map'", ",", "QgsLayoutItemMap", ")", "composer_map", ".", "setAtlasDriven", "(", "True", ")", "composer_map", ".", "setAtlasScalingMode", "(", "QgsLayoutItemMap", ".", "Auto", ")", "# setup the atlas composition and composition atlas mode", "atlas_composition", "=", "layout", ".", "atlas", "(", ")", "atlas_composition", ".", "setCoverageLayer", "(", "coverage_layer", ")", "atlas_on_single_file", "=", "layout", ".", "customProperty", "(", "'singleFile'", ",", "True", ")", "if", "file_format", "==", "QgisComposerComponentsMetadata", ".", "OutputFormat", ".", "PDF", ":", "if", "not", "atlas_composition", ".", "filenameExpression", "(", ")", ":", "atlas_composition", ".", "setFilenameExpression", "(", "\"'output_'||@atlas_featurenumber\"", ")", "output_directory", "=", "os", ".", "path", ".", "dirname", "(", "output_path", ")", "# we need to set the predefined scales for atlas", "project_scales", "=", "[", "]", "scales", "=", "QgsProject", ".", "instance", "(", ")", ".", "readListEntry", "(", "\"Scales\"", ",", "\"/ScalesList\"", ")", "[", "0", "]", "has_project_scales", "=", "QgsProject", ".", "instance", "(", ")", ".", "readBoolEntry", "(", "\"Scales\"", ",", "\"/useProjectScales\"", ")", "[", "0", "]", "if", "not", "has_project_scales", "or", "not", "scales", ":", "scales_string", "=", "str", "(", "general_setting", "(", "\"Map/scales\"", ",", "PROJECT_SCALES", ")", ")", "scales", "=", "scales_string", ".", "split", "(", "','", ")", "for", "scale", "in", "scales", ":", "parts", "=", "scale", ".", "split", "(", "':'", ")", "if", "len", "(", "parts", ")", "==", "2", ":", "project_scales", ".", "append", "(", "float", "(", "parts", "[", "1", "]", ")", ")", "layout", ".", "reportContext", "(", ")", ".", "setPredefinedScales", "(", "project_scales", ")", "settings", "=", "QgsLayoutExporter", ".", "PdfExportSettings", "(", ")", "LOGGER", ".", "info", "(", "'Exporting Atlas'", ")", "atlas_output", "=", "[", "]", "if", "atlas_on_single_file", ":", "res", ",", "error", "=", "QgsLayoutExporter", ".", "exportToPdf", "(", "atlas_composition", ",", "output_path", ",", "settings", ")", "atlas_output", ".", "append", "(", "output_path", ")", "else", ":", "res", ",", "error", "=", "QgsLayoutExporter", ".", "exportToPdfs", "(", "atlas_composition", ",", "output_directory", ",", "settings", ")", "if", "res", "!=", "QgsLayoutExporter", ".", "Success", ":", "LOGGER", ".", "error", "(", "error", ")", "return", "atlas_output" ]

[ "Extract", "composition", "using", "atlas", "generation", "." ]

[ "def", "store", "(", "self", ",", "name", ",", "value", ",", "atype", ",", "new_name", "=", "None", ",", "multiplier", "=", "None", ",", "allowed_values", "=", "None", ")", ":", "if", "value", "is", "not", "None", ":", "_bad_type", "=", "(", "not", "isinstance", "(", "value", ",", "atype", ")", ")", "if", "not", "_bad_type", ":", "# special case", "_bad_type", "=", "(", "isinstance", "(", "value", ",", "bool", ")", "and", "atype", "==", "int", ")", "if", "_bad_type", ":", "# could be a special value", "if", "allowed_values", "and", "value", "in", "allowed_values", ":", "allowed_values", "=", "None", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"%s should be value of type (%s)\"", "%", "(", "name", ",", "atype", ".", "__name__", ")", ")", "if", "allowed_values", ":", "if", "isinstance", "(", "value", ",", "str", ")", ":", "if", "value", "not", "in", "allowed_values", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"%s can be %s\"", "%", "(", "name", ",", "allowed_values", ")", ")", "elif", "isinstance", "(", "value", ",", "int", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "allowed_values", "[", "0", "]", ",", "int", ")", ":", "if", "value", "<", "allowed_values", "[", "0", "]", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"%s must be >= %d\"", "%", "(", "name", ",", "allowed_values", "[", "0", "]", ")", ")", "_val", "=", "value", "if", "not", "multiplier", "else", "(", "multiplier", "*", "value", ")", "_name", "=", "name", "if", "not", "new_name", "else", "new_name", "self", ".", "_dict", "[", "_name", "]", "=", "_val" ]

[ "store", "a", "config", "value", "in", "a", "dictionary", "these", "values", "are", "used", "to", "populate", "a", "trasnfer", "spec", "validation", "--", "check", "type", "check", "allowed", "values", "and", "rename", "if", "required" ]

[ "def", "_check_ising_quadratic_ranges", "(", "quad_ranges", ",", "graph", ")", ":", "if", "quad_ranges", "is", "None", ":", "quad_ranges", "=", "{", "}", "# first just populate the top level so we can rely on the structure", "for", "u", "in", "graph", ":", "if", "u", "not", "in", "quad_ranges", ":", "quad_ranges", "[", "u", "]", "=", "{", "}", "# next let's propgate and check what is already present", "for", "u", ",", "neighbors", "in", "iteritems", "(", "quad_ranges", ")", ":", "for", "v", ",", "rang", "in", "iteritems", "(", "neighbors", ")", ":", "# check the range", "rang", "=", "Specification", ".", "_check_range", "(", "rang", ")", "if", "u", "in", "quad_ranges", "[", "v", "]", ":", "# it's symmetric", "if", "quad_ranges", "[", "u", "]", "[", "v", "]", "!=", "quad_ranges", "[", "v", "]", "[", "u", "]", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"mismatched ranges for ising_quadratic_ranges\"", ")", "quad_ranges", "[", "v", "]", "[", "u", "]", "=", "quad_ranges", "[", "u", "]", "[", "v", "]", "=", "rang", "# finally fill in the missing stuff", "for", "u", ",", "v", "in", "graph", ".", "edges", ":", "if", "u", "not", "in", "quad_ranges", "[", "v", "]", ":", "quad_ranges", "[", "u", "]", "[", "v", "]", "=", "quad_ranges", "[", "v", "]", "[", "u", "]", "=", "[", "-", "1", ",", "1", "]", "return", "quad_ranges" ]

[ "check", "correctness", "/", "populate", "defaults", "for", "ising_quadratic_ranges", "." ]

[ "def", "find_multiplicity", "(", "knot", ",", "knot_vector", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "# Get tolerance value", "tol", "=", "kwargs", ".", "get", "(", "'tol'", ",", "10e-8", ")", "mult", "=", "0", "# initial multiplicity", "for", "kv", "in", "knot_vector", ":", "if", "abs", "(", "knot", "-", "kv", ")", "<=", "tol", ":", "mult", "+=", "1", "return", "mult" ]

[ "Finds", "knot", "multiplicity", "over", "the", "knot", "vector", "." ]

[ "def", "get_namespace_statistics", "(", "self", ",", "namespace", ",", "start_offset", ",", "end_offset", ")", ":", "cursor", "=", "self", ".", "cursor", "cursor", ".", "execute", "(", "'SELECT SUM(data_points), SUM(byte_count) '", "'FROM gauged_statistics WHERE namespace = %s '", "'AND offset BETWEEN %s AND %s'", ",", "(", "namespace", ",", "start_offset", ",", "end_offset", ")", ")", "return", "[", "long", "(", "count", "or", "0", ")", "for", "count", "in", "cursor", ".", "fetchone", "(", ")", "]" ]

[ "Get", "namespace", "statistics", "for", "the", "period", "between", "start_offset", "and", "end_offset", "(", "inclusive", ")" ]

[ "def", "explain_decision_tree", "(", "estimator", ",", "vec", "=", "None", ",", "top", "=", "_TOP", ",", "target_names", "=", "None", ",", "targets", "=", "None", ",", "# ignored", "feature_names", "=", "None", ",", "feature_re", "=", "None", ",", "feature_filter", "=", "None", ",", "*", "*", "export_graphviz_kwargs", ")", ":", "feature_names", "=", "get_feature_names", "(", "estimator", ",", "vec", ",", "feature_names", "=", "feature_names", ")", "tree_feature_names", "=", "feature_names", "feature_names", ",", "flt_indices", "=", "feature_names", ".", "handle_filter", "(", "feature_filter", ",", "feature_re", ")", "feature_importances", "=", "get_feature_importances_filtered", "(", "estimator", ".", "feature_importances_", ",", "feature_names", ",", "flt_indices", ",", "top", ")", "export_graphviz_kwargs", ".", "setdefault", "(", "\"proportion\"", ",", "True", ")", "tree_info", "=", "get_tree_info", "(", "estimator", ",", "feature_names", "=", "tree_feature_names", ",", "class_names", "=", "target_names", ",", "*", "*", "export_graphviz_kwargs", ")", "return", "Explanation", "(", "feature_importances", "=", "feature_importances", ",", "decision_tree", "=", "tree_info", ",", "description", "=", "DESCRIPTION_DECISION_TREE", ",", "estimator", "=", "repr", "(", "estimator", ")", ",", "method", "=", "'decision tree'", ",", ")" ]

[ "Return", "an", "explanation", "of", "a", "decision", "tree", "." ]

[ "def", "scheduled_sample_count", "(", "ground_truth_x", ",", "generated_x", ",", "batch_size", ",", "scheduled_sample_var", ")", ":", "num_ground_truth", "=", "scheduled_sample_var", "idx", "=", "tf", ".", "random_shuffle", "(", "tf", ".", "range", "(", "batch_size", ")", ")", "ground_truth_idx", "=", "tf", ".", "gather", "(", "idx", ",", "tf", ".", "range", "(", "num_ground_truth", ")", ")", "generated_idx", "=", "tf", ".", "gather", "(", "idx", ",", "tf", ".", "range", "(", "num_ground_truth", ",", "batch_size", ")", ")", "ground_truth_examps", "=", "tf", ".", "gather", "(", "ground_truth_x", ",", "ground_truth_idx", ")", "generated_examps", "=", "tf", ".", "gather", "(", "generated_x", ",", "generated_idx", ")", "output", "=", "tf", ".", "dynamic_stitch", "(", "[", "ground_truth_idx", ",", "generated_idx", "]", ",", "[", "ground_truth_examps", ",", "generated_examps", "]", ")", "# if batch size is known set it.", "if", "isinstance", "(", "batch_size", ",", "int", ")", ":", "output", ".", "set_shape", "(", "[", "batch_size", "]", "+", "common_layers", ".", "shape_list", "(", "output", ")", "[", "1", ":", "]", ")", "return", "output" ]

[ "Sample", "batch", "with", "specified", "mix", "of", "groundtruth", "and", "generated", "data", "points", "." ]

[ "def", "discrete", "(", "self", ")", ":", "discrete", "=", "np", ".", "array", "(", "[", "self", ".", "discretize_path", "(", "i", ")", "for", "i", "in", "self", ".", "paths", "]", ")", "return", "discrete" ]

[ "A", "sequence", "of", "connected", "vertices", "in", "space", "corresponding", "to", "self", ".", "paths", "." ]

[ "def", "set_annotation", "(", "self", ")", ":", "assert", "self", ".", "pending_symbol", "is", "not", "None", "assert", "not", "self", ".", "value", "annotations", "=", "(", "_as_symbol", "(", "self", ".", "pending_symbol", ",", "is_symbol_value", "=", "False", ")", ",", ")", "# pending_symbol becomes an annotation", "self", ".", "annotations", "=", "annotations", "if", "not", "self", ".", "annotations", "else", "self", ".", "annotations", "+", "annotations", "self", ".", "ion_type", "=", "None", "self", ".", "pending_symbol", "=", "None", "# reset pending symbol", "self", ".", "quoted_text", "=", "False", "self", ".", "line_comment", "=", "False", "self", ".", "is_self_delimiting", "=", "False", "return", "self" ]

[ "Appends", "the", "context", "s", "pending_symbol", "to", "its", "annotations", "sequence", "." ]

[ "def", "chmod", "(", "path", ",", "mode", ",", "operator", "=", "'='", ",", "recursive", "=", "False", ")", ":", "if", "mode", ">", "0o777", "and", "operator", "!=", "'='", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Special bits (i.e. >0o777) only supported when using \"=\" operator'", ")", "# first chmod path", "if", "operator", "==", "'+'", ":", "mode_", "=", "path", ".", "stat", "(", ")", ".", "st_mode", "|", "mode", "elif", "operator", "==", "'-'", ":", "mode_", "=", "path", ".", "stat", "(", ")", ".", "st_mode", "&", "~", "mode", "else", ":", "mode_", "=", "mode", "if", "path", ".", "is_symlink", "(", ")", ":", "# Do not chmod or follow symlinks", "return", "path", ".", "chmod", "(", "mode_", ")", "# then its children", "def", "chmod_children", "(", "parent", ",", "files", ",", "mode_mask", ",", "operator", ")", ":", "for", "file", "in", "files", ":", "with", "suppress", "(", "FileNotFoundError", ")", ":", "file", "=", "parent", "/", "file", "if", "not", "file", ".", "is_symlink", "(", ")", ":", "chmod", "(", "file", ",", "mode", "&", "mode_mask", ",", "operator", ")", "if", "recursive", "and", "path", ".", "is_dir", "(", ")", ":", "for", "parent", ",", "dirs", ",", "files", "in", "os", ".", "walk", "(", "str", "(", "path", ")", ")", ":", "parent", "=", "Path", "(", "parent", ")", "chmod_children", "(", "parent", ",", "dirs", ",", "0o777777", ",", "operator", ")", "chmod_children", "(", "parent", ",", "files", ",", "0o777666", ",", "operator", ")" ]

[ "Change", "file", "mode", "bits", "." ]

[ "def", "sample_t", "(", "self", ",", "n", ")", ":", "return", "numpy", ".", "random", ".", "uniform", "(", "size", "=", "n", ")", "*", "self", ".", "_tdisrupt" ]

[ "NAME", ":", "sample_t", "PURPOSE", ":", "generate", "a", "stripping", "time", "(", "time", "since", "stripping", ")", ";", "simple", "implementation", "could", "be", "replaced", "by", "more", "complicated", "distributions", "in", "sub", "-", "classes", "of", "streamdf", "INPUT", ":", "n", "-", "number", "of", "points", "to", "return", "OUTPUT", ":", "array", "of", "n", "stripping", "times", "HISTORY", ":", "2015", "-", "09", "-", "16", "-", "Written", "-", "Bovy", "(", "UofT", ")" ]

[ "def", "callers", "(", "variant_obj", ",", "category", "=", "'snv'", ")", ":", "calls", "=", "set", "(", ")", "for", "caller", "in", "CALLERS", "[", "category", "]", ":", "if", "variant_obj", ".", "get", "(", "caller", "[", "'id'", "]", ")", ":", "calls", ".", "add", "(", "(", "caller", "[", "'name'", "]", ",", "variant_obj", "[", "caller", "[", "'id'", "]", "]", ")", ")", "return", "list", "(", "calls", ")" ]

[ "Return", "info", "about", "callers", "." ]