Datasets:

---

kejian

/

codesearchnet-python-raw

like 1

[ "def", "request", "(", "self", ",", "action", ",", "data", "=", "{", "}", ",", "headers", "=", "{", "}", ",", "method", "=", "'GET'", ")", ":", "url", "=", "(", "'https'", "if", "self", ".", "secure", "else", "'http'", ")", "+", "'://'", "+", "self", ".", "endpoint", "url", "=", "url", "+", "'/'", "+", "action", "# Set the User-Agent", "userAgent", "=", "\"\"", ".", "join", "(", "[", "\"ClickatellPython/0.1.2\"", ",", "\" \"", ",", "\"Python/\"", ",", "platform", ".", "python_version", "(", ")", "]", ")", "headers", "=", "self", ".", "merge", "(", "{", "\"User-Agent\"", ":", "userAgent", "}", ",", "headers", ")", "try", ":", "func", "=", "getattr", "(", "requests", ",", "method", ".", "lower", "(", ")", ")", "except", "AttributeError", ":", "raise", "Exception", "(", "'HTTP method '", "+", "method", "+", "' unsupported.'", ")", "resp", "=", "func", "(", "url", ",", "params", "=", "data", ",", "data", "=", "json", ".", "dumps", "(", "data", ")", ",", "headers", "=", "headers", ")", "# Set the coding before unwrapping the text", "resp", ".", "encoding", "=", "'utf-8'", "content", "=", "resp", ".", "text", "return", "content" ]

[ "Run", "the", "HTTP", "request", "against", "the", "Clickatell", "API" ]

[ "def", "run", "(", "self", ",", "address", ",", "port", ",", "unix_path", ")", ":", "assert", "address", "or", "unix_path", "if", "unix_path", ":", "sock", "=", "bind_unix_socket", "(", "unix_path", ")", "else", ":", "sock", "=", "bind_socket", "(", "address", ",", "port", ")", "if", "sock", "is", "None", ":", "return", "False", "sock", ".", "setblocking", "(", "False", ")", "inputs", "=", "[", "sock", "]", "outputs", "=", "[", "]", "try", ":", "while", "True", ":", "readable", ",", "_", ",", "_", "=", "select", ".", "select", "(", "inputs", ",", "outputs", ",", "inputs", ",", "SCHEDULER_CHECK_PERIOD", ")", "for", "r_socket", "in", "readable", ":", "if", "unix_path", "and", "r_socket", "is", "sock", ":", "client_stream", ",", "_", "=", "sock", ".", "accept", "(", ")", "logger", ".", "debug", "(", "\"New connection from %s\"", ",", "unix_path", ")", "self", ".", "handle_client_stream", "(", "client_stream", ",", "True", ")", "else", ":", "client_stream", "=", "self", ".", "new_client_stream", "(", "sock", ")", "if", "client_stream", "is", "None", ":", "continue", "self", ".", "handle_client_stream", "(", "client_stream", ",", "False", ")", "close_client_stream", "(", "client_stream", ",", "unix_path", ")", "self", ".", "scheduler", "(", ")", "except", "KeyboardInterrupt", ":", "logger", ".", "info", "(", "\"Received Ctrl-C shutting-down ...\"", ")", "finally", ":", "sock", ".", "shutdown", "(", "socket", ".", "SHUT_RDWR", ")", "sock", ".", "close", "(", ")" ]

[ "Starts", "the", "Daemon", "handling", "commands", "until", "interrupted", "." ]

[ "def", "to_equivalent", "(", "self", ",", "unit", ",", "equivalence", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "conv_unit", "=", "Unit", "(", "unit", ",", "registry", "=", "self", ".", "units", ".", "registry", ")", "if", "self", ".", "units", ".", "same_dimensions_as", "(", "conv_unit", ")", ":", "return", "self", ".", "in_units", "(", "conv_unit", ")", "this_equiv", "=", "equivalence_registry", "[", "equivalence", "]", "(", ")", "if", "self", ".", "has_equivalent", "(", "equivalence", ")", ":", "new_arr", "=", "this_equiv", ".", "convert", "(", "self", ",", "conv_unit", ".", "dimensions", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "return", "new_arr", ".", "in_units", "(", "conv_unit", ")", "else", ":", "raise", "InvalidUnitEquivalence", "(", "equivalence", ",", "self", ".", "units", ",", "unit", ")" ]

[ "Return", "a", "copy", "of", "the", "unyt_array", "in", "the", "units", "specified", "units", "assuming", "the", "given", "equivalency", ".", "The", "dimensions", "of", "the", "specified", "units", "and", "the", "dimensions", "of", "the", "original", "array", "need", "not", "match", "so", "long", "as", "there", "is", "an", "appropriate", "conversion", "in", "the", "specified", "equivalency", "." ]

[ "def", "_region_code_for_short_number_from_region_list", "(", "numobj", ",", "region_codes", ")", ":", "if", "len", "(", "region_codes", ")", "==", "0", ":", "return", "None", "elif", "len", "(", "region_codes", ")", "==", "1", ":", "return", "region_codes", "[", "0", "]", "national_number", "=", "national_significant_number", "(", "numobj", ")", "for", "region_code", "in", "region_codes", ":", "metadata", "=", "PhoneMetadata", ".", "short_metadata_for_region", "(", "region_code", ")", "if", "metadata", "is", "not", "None", "and", "_matches_possible_number_and_national_number", "(", "national_number", ",", "metadata", ".", "short_code", ")", ":", "# The number is valid for this region.", "return", "region_code", "return", "None" ]

[ "Helper", "method", "to", "get", "the", "region", "code", "for", "a", "given", "phone", "number", "from", "a", "list", "of", "possible", "region", "codes", ".", "If", "the", "list", "contains", "more", "than", "one", "region", "the", "first", "region", "for", "which", "the", "number", "is", "valid", "is", "returned", "." ]

[ "def", "save_program", "(", "self", ",", "title", ",", "bytes", ",", "line", "=", "32768", ")", ":", "self", ".", "standard_program_header", "(", "title", ",", "len", "(", "bytes", ")", ",", "line", ")", "bytes", "=", "[", "self", ".", "BLOCK_TYPE_DATA", "]", "+", "[", "(", "int", "(", "x", ")", "&", "0xFF", ")", "for", "x", "in", "bytes", "]", "# & 0xFF truncates to bytes", "self", ".", "standard_block", "(", "bytes", ")" ]

[ "Saves", "the", "given", "bytes", "as", "a", "BASIC", "program", "." ]

[ "def", "make_root_tuple_info", "(", "stream_id", ",", "tuple_id", ")", ":", "key", "=", "random", ".", "getrandbits", "(", "TupleHelper", ".", "MAX_SFIXED64_RAND_BITS", ")", "return", "RootTupleInfo", "(", "stream_id", "=", "stream_id", ",", "tuple_id", "=", "tuple_id", ",", "insertion_time", "=", "time", ".", "time", "(", ")", ",", "key", "=", "key", ")" ]

[ "Creates", "a", "RootTupleInfo" ]

[ "def", "FindEndOfExpressionInLine", "(", "line", ",", "startpos", ",", "stack", ")", ":", "for", "i", "in", "xrange", "(", "startpos", ",", "len", "(", "line", ")", ")", ":", "char", "=", "line", "[", "i", "]", "if", "char", "in", "'([{'", ":", "# Found start of parenthesized expression, push to expression stack", "stack", ".", "append", "(", "char", ")", "elif", "char", "==", "'<'", ":", "# Found potential start of template argument list", "if", "i", ">", "0", "and", "line", "[", "i", "-", "1", "]", "==", "'<'", ":", "# Left shift operator", "if", "stack", "and", "stack", "[", "-", "1", "]", "==", "'<'", ":", "stack", ".", "pop", "(", ")", "if", "not", "stack", ":", "return", "(", "-", "1", ",", "None", ")", "elif", "i", ">", "0", "and", "Search", "(", "r'\\boperator\\s*$'", ",", "line", "[", "0", ":", "i", "]", ")", ":", "# operator<, don't add to stack", "continue", "else", ":", "# Tentative start of template argument list", "stack", ".", "append", "(", "'<'", ")", "elif", "char", "in", "')]}'", ":", "# Found end of parenthesized expression.", "#", "# If we are currently expecting a matching '>', the pending '<'", "# must have been an operator. Remove them from expression stack.", "while", "stack", "and", "stack", "[", "-", "1", "]", "==", "'<'", ":", "stack", ".", "pop", "(", ")", "if", "not", "stack", ":", "return", "(", "-", "1", ",", "None", ")", "if", "(", "(", "stack", "[", "-", "1", "]", "==", "'('", "and", "char", "==", "')'", ")", "or", "(", "stack", "[", "-", "1", "]", "==", "'['", "and", "char", "==", "']'", ")", "or", "(", "stack", "[", "-", "1", "]", "==", "'{'", "and", "char", "==", "'}'", ")", ")", ":", "stack", ".", "pop", "(", ")", "if", "not", "stack", ":", "return", "(", "i", "+", "1", ",", "None", ")", "else", ":", "# Mismatched parentheses", "return", "(", "-", "1", ",", "None", ")", "elif", "char", "==", "'>'", ":", "# Found potential end of template argument list.", "# Ignore \"->\" and operator functions", "if", "(", "i", ">", "0", "and", "(", "line", "[", "i", "-", "1", "]", "==", "'-'", "or", "Search", "(", "r'\\boperator\\s*$'", ",", "line", "[", "0", ":", "i", "-", "1", "]", ")", ")", ")", ":", "continue", "# Pop the stack if there is a matching '<'. Otherwise, ignore", "# this '>' since it must be an operator.", "if", "stack", ":", "if", "stack", "[", "-", "1", "]", "==", "'<'", ":", "stack", ".", "pop", "(", ")", "if", "not", "stack", ":", "return", "(", "i", "+", "1", ",", "None", ")", "elif", "char", "==", "';'", ":", "# Found something that look like end of statements. If we are currently", "# expecting a '>', the matching '<' must have been an operator, since", "# template argument list should not contain statements.", "while", "stack", "and", "stack", "[", "-", "1", "]", "==", "'<'", ":", "stack", ".", "pop", "(", ")", "if", "not", "stack", ":", "return", "(", "-", "1", ",", "None", ")", "# Did not find end of expression or unbalanced parentheses on this line", "return", "(", "-", "1", ",", "stack", ")" ]

[ "Find", "the", "position", "just", "after", "the", "end", "of", "current", "parenthesized", "expression", "." ]

[ "def", "activity_changed", "(", "self", ",", "selection", ",", "model", ")", ":", "(", "model", ",", "iter", ")", "=", "selection", ".", "get_selected", "(", ")", "# treat any selected case", "unsorted_selected", "=", "self", ".", "_get_selected_category", "(", ")", "==", "-", "1", "self", ".", "get_widget", "(", "'activity_edit'", ")", ".", "set_sensitive", "(", "iter", "!=", "None", ")", "self", ".", "get_widget", "(", "'activity_remove'", ")", ".", "set_sensitive", "(", "iter", "!=", "None", ")" ]

[ "enables", "and", "disables", "action", "buttons", "depending", "on", "selected", "item" ]

[ "def", "save_files", "(", "self", ",", "nodes", ")", ":", "metrics", "=", "{", "\"Opened\"", ":", "0", ",", "\"Cached\"", ":", "0", "}", "for", "node", "in", "nodes", ":", "file", "=", "node", ".", "file", "if", "self", ".", "__container", ".", "get_editor", "(", "file", ")", ":", "if", "self", ".", "__container", ".", "save_file", "(", "file", ")", ":", "metrics", "[", "\"Opened\"", "]", "+=", "1", "self", ".", "__uncache", "(", "file", ")", "else", ":", "cache_data", "=", "self", ".", "__files_cache", ".", "get_content", "(", "file", ")", "if", "cache_data", "is", "None", ":", "LOGGER", ".", "warning", "(", "\"!> {0} | '{1}' file doesn't exists in files cache!\"", ".", "format", "(", "self", ".", "__class__", ".", "__name__", ",", "file", ")", ")", "continue", "if", "cache_data", ".", "document", ":", "file_handle", "=", "File", "(", "file", ")", "file_handle", ".", "content", "=", "[", "cache_data", ".", "document", ".", "toPlainText", "(", ")", ".", "toUtf8", "(", ")", "]", "if", "file_handle", ".", "write", "(", ")", ":", "metrics", "[", "\"Cached\"", "]", "+=", "1", "self", ".", "__uncache", "(", "file", ")", "else", ":", "LOGGER", ".", "warning", "(", "\"!> {0} | '{1}' file document doesn't exists in files cache!\"", ".", "format", "(", "self", ".", "__class__", ".", "__name__", ",", "file", ")", ")", "self", ".", "__container", ".", "engine", ".", "notifications_manager", ".", "notify", "(", "\"{0} | '{1}' opened file(s) and '{2}' cached file(s) saved!\"", ".", "format", "(", "self", ".", "__class__", ".", "__name__", ",", "metrics", "[", "\"Opened\"", "]", ",", "metrics", "[", "\"Cached\"", "]", ")", ")" ]

[ "Saves", "user", "defined", "files", "using", "give", "nodes", "." ]

[ "def", "delete_affinity_group", "(", "kwargs", "=", "None", ",", "conn", "=", "None", ",", "call", "=", "None", ")", ":", "if", "call", "!=", "'function'", ":", "raise", "SaltCloudSystemExit", "(", "'The delete_affinity_group function must be called with -f or --function.'", ")", "if", "kwargs", "is", "None", ":", "kwargs", "=", "{", "}", "if", "'name'", "not", "in", "kwargs", ":", "raise", "SaltCloudSystemExit", "(", "'A name must be specified as \"name\"'", ")", "if", "not", "conn", ":", "conn", "=", "get_conn", "(", ")", "try", ":", "conn", ".", "delete_affinity_group", "(", "kwargs", "[", "'name'", "]", ")", "return", "{", "'Success'", ":", "'The affinity group was successfully deleted'", "}", "except", "AzureMissingResourceHttpError", "as", "exc", ":", "raise", "SaltCloudSystemExit", "(", "'{0}: {1}'", ".", "format", "(", "kwargs", "[", "'name'", "]", ",", "exc", ".", "message", ")", ")" ]

[ "..", "versionadded", "::", "2015", ".", "8", ".", "0" ]

[ "def", "init_base_logging", "(", "directory", "=", "\"./log\"", ",", "verbose", "=", "0", ",", "silent", "=", "False", ",", "color", "=", "False", ",", "no_file", "=", "False", ",", "truncate", "=", "True", ",", "config_location", "=", "None", ")", ":", "global", "LOGPATHDIR", "global", "STANDALONE_LOGGING", "global", "TRUNCATE_LOG", "global", "COLOR_ON", "global", "SILENT_ON", "global", "VERBOSE_LEVEL", "if", "config_location", ":", "try", ":", "_read_config", "(", "config_location", ")", "except", "IOError", "as", "error", ":", "raise", "IOError", "(", "\"Unable to read from configuration file {}: {}\"", ".", "format", "(", "config_location", ",", "error", ")", ")", "except", "jsonschema", ".", "SchemaError", "as", "error", ":", "raise", "jsonschema", ".", "SchemaError", "(", "\"Logging configuration schema \"", "\"file malformed: {}\"", ".", "format", "(", "error", ")", ")", "LOGPATHDIR", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "directory", ",", "datetime", ".", "datetime", ".", "now", "(", ")", ".", "strftime", "(", "\"%Y-%m-%d_%H%M%S.%f\"", ")", ".", "rstrip", "(", "\"0\"", ")", ")", "# Initialize the simple console logger for IceteaManager", "icetealogger", "=", "logging", ".", "getLogger", "(", "\"icetea\"", ")", "icetealogger", ".", "propagate", "=", "False", "icetealogger", ".", "setLevel", "(", "logging", ".", "DEBUG", ")", "stream_handler", "=", "logging", ".", "StreamHandler", "(", ")", "formatter", "=", "BenchFormatter", "(", "LOGGING_CONFIG", ".", "get", "(", "\"IceteaManager\"", ")", ".", "get", "(", "\"format\"", ")", ",", "LOGGING_CONFIG", ".", "get", "(", "\"IceteaManager\"", ")", ".", "get", "(", "\"dateformat\"", ")", ")", "if", "not", "color", ":", "stream_handler", ".", "setFormatter", "(", "formatter", ")", "elif", "color", "and", "not", "COLORS", ":", "raise", "ImportError", "(", "\"Missing coloredlogs module. Please install with \"", "\"pip to use colors in logging.\"", ")", "else", ":", "class", "ColoredBenchFormatter", "(", "coloredlogs", ".", "ColoredFormatter", ")", ":", "\"\"\"\n This is defined as an internal class here because coloredlogs is and optional\n dependency.\n \"\"\"", "converter", "=", "datetime", ".", "datetime", ".", "fromtimestamp", "def", "formatTime", "(", "self", ",", "record", ",", "datefmt", "=", "None", ")", ":", "date_and_time", "=", "self", ".", "converter", "(", "record", ".", "created", ",", "tz", "=", "pytz", ".", "utc", ")", "if", "\"%F\"", "in", "datefmt", ":", "msec", "=", "\"%03d\"", "%", "record", ".", "msecs", "datefmt", "=", "datefmt", ".", "replace", "(", "\"%F\"", ",", "msec", ")", "str_time", "=", "date_and_time", ".", "strftime", "(", "datefmt", ")", "return", "str_time", "COLOR_ON", "=", "color", "stream_handler", ".", "setFormatter", "(", "ColoredBenchFormatter", "(", "LOGGING_CONFIG", ".", "get", "(", "\"IceteaManager\"", ")", ".", "get", "(", "\"format\"", ")", ",", "LOGGING_CONFIG", ".", "get", "(", "\"IceteaManager\"", ")", ".", "get", "(", "\"dateformat\"", ")", ",", "LEVEL_FORMATS", ",", "FIELD_STYLES", ")", ")", "SILENT_ON", "=", "silent", "VERBOSE_LEVEL", "=", "verbose", "if", "not", "no_file", ":", "try", ":", "os", ".", "makedirs", "(", "LOGPATHDIR", ")", "except", "OSError", ":", "raise", "OSError", "(", "\"Log path %s already exists.\"", "%", "LOGPATHDIR", ")", "filename", "=", "LOGGING_CONFIG", ".", "get", "(", "\"IceteaManager\"", ")", ".", "get", "(", "\"file\"", ")", ".", "get", "(", "\"name\"", ",", "\"icetea.log\"", ")", "icetealogger", "=", "_add_filehandler", "(", "icetealogger", ",", "get_base_logfilename", "(", "filename", ")", ",", "formatter", ",", "\"IceteaManager\"", ")", "if", "verbose", "and", "not", "silent", ":", "stream_handler", ".", "setLevel", "(", "logging", ".", "DEBUG", ")", "elif", "silent", ":", "stream_handler", ".", "setLevel", "(", "logging", ".", "WARN", ")", "else", ":", "stream_handler", ".", "setLevel", "(", "getattr", "(", "logging", ",", "LOGGING_CONFIG", ".", "get", "(", "\"IceteaManager\"", ")", ".", "get", "(", "\"level\"", ")", ")", ")", "icetealogger", ".", "addHandler", "(", "stream_handler", ")", "TRUNCATE_LOG", "=", "truncate", "if", "TRUNCATE_LOG", ":", "icetealogger", ".", "addFilter", "(", "ContextFilter", "(", ")", ")", "STANDALONE_LOGGING", "=", "False" ]

[ "Initialize", "the", "Icetea", "logging", "by", "creating", "a", "directory", "to", "store", "logs", "for", "this", "run", "and", "initialize", "the", "console", "logger", "for", "Icetea", "itself", "." ]

[ "def", "pipelines", "(", "self", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "path", "=", "'%s/%s/pipelines'", "%", "(", "self", ".", "manager", ".", "path", ",", "self", ".", "get_id", "(", ")", ")", "return", "self", ".", "manager", ".", "gitlab", ".", "http_get", "(", "path", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "List", "the", "merge", "request", "pipelines", "." ]

[ "def", "minutes_played", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "_minutes_played", "[", "self", ".", "_index", "]", ":", "minutes", ",", "seconds", "=", "self", ".", "_minutes_played", "[", "self", ".", "_index", "]", ".", "split", "(", "':'", ")", "minutes", "=", "float", "(", "minutes", ")", "+", "float", "(", "seconds", ")", "/", "60", "return", "float", "(", "minutes", ")", "return", "None" ]

[ "Returns", "a", "float", "of", "the", "number", "of", "game", "minutes", "the", "player", "was", "on", "the", "court", "for", "." ]

[ "def", "get", "(", "self", ",", "name_or_tag_id", ")", ":", "hooks", "=", "self", ".", "list", "(", ")", "return", "[", "hook", "for", "hook", "in", "hooks", "if", "name_or_tag_id", "in", "hook", ".", "get", "(", "'actions'", ")", "or", "name_or_tag_id", "==", "hook", ".", "get", "(", "'name'", ")", "]" ]

[ "Get", "hooks", "by", "name", "or", "tag_id", ".", ":", "param", "name_or_tag_id", ":", "The", "hook", "s", "name", "or", "associated", "tag", "[", "id", "]", ":", "type", "name_or_tag_id", ":", "str" ]

[ "def", "create", "(", "self", ",", "request", ")", ":", "document", "=", "self", ".", "collection", "(", "request", ".", "json", ")", "document", ".", "created_at", "=", "datetime", ".", "utcnow", "(", ")", "document", ".", "updated_at", "=", "document", ".", "created_at", "created", "=", "document", ".", "insert", "(", ")", "return", "Response", "(", "response", "=", "serialize", "(", "created", ")", ",", "status", "=", "(", "201", "if", "not", "all", "(", "key", "in", "created", "for", "key", "in", "[", "'error_code'", ",", "'error_type'", ",", "'error_message'", "]", ")", "else", "400", ")", ")" ]

[ "Creates", "a", "new", "document", "based", "on", "the", "given", "data" ]

[ "def", "setup_column", "(", "self", ",", "widget", ",", "column", "=", "0", ",", "attribute", "=", "None", ",", "renderer", "=", "None", ",", "property", "=", "None", ",", "from_python", "=", "None", ",", "to_python", "=", "None", ",", "model", "=", "None", ")", ":", "# Maybe this is too overloaded.", "if", "isinstance", "(", "widget", ",", "str", ")", ":", "widget", "=", "self", ".", "view", "[", "widget", "]", "if", "not", "model", "and", "isinstance", "(", "self", ".", "model", ",", "Gtk", ".", "TreeModel", ")", ":", "model", "=", "self", ".", "model", "return", "setup_column", "(", "widget", ",", "column", "=", "column", ",", "attribute", "=", "attribute", ",", "renderer", "=", "renderer", ",", "property", "=", "property", ",", "from_python", "=", "from_python", ",", "to_python", "=", "to_python", ",", "model", "=", "model", ")" ]

[ "Set", "up", "a", ":", "class", ":", "TreeView", "to", "display", "attributes", "of", "Python", "objects", "stored", "in", "its", ":", "class", ":", "TreeModel", "." ]

[ "def", "_component_of", "(", "name", ")", ":", "# Get the registered package this model belongs to.", "segments", "=", "name", ".", "split", "(", "'.'", ")", "while", "segments", ":", "# Is this name a registered package?", "test", "=", "'.'", ".", "join", "(", "segments", ")", "if", "test", "in", "settings", ".", "get", "(", "'COMPONENTS'", ",", "[", "]", ")", ":", "# This is the component we are in.", "return", "test", "# Remove the right-most segment.", "segments", ".", "pop", "(", ")", "if", "not", "segments", "and", "'.models'", "in", "name", ":", "# No package was found to be registered; attempt to guess the", "# right package name; strip all occurrances of '.models' from the", "# pacakge name.", "return", "_component_of", "(", "name", ".", "replace", "(", "'.models'", ",", "''", ")", ")" ]

[ "Get", "the", "root", "package", "or", "module", "of", "the", "passed", "module", "." ]

[ "def", "href", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kw", ")", ":", "result", "=", "[", "(", "request", ".", "script_root", "if", "request", "else", "\"\"", ")", "+", "\"/\"", "]", "for", "idx", ",", "arg", "in", "enumerate", "(", "args", ")", ":", "result", ".", "append", "(", "(", "\"/\"", "if", "idx", "else", "\"\"", ")", "+", "url_quote", "(", "arg", ")", ")", "if", "kw", ":", "result", ".", "append", "(", "\"?\"", "+", "url_encode", "(", "kw", ")", ")", "return", "\"\"", ".", "join", "(", "result", ")" ]

[ "Simple", "function", "for", "URL", "generation", ".", "Position", "arguments", "are", "used", "for", "the", "URL", "path", "and", "keyword", "arguments", "are", "used", "for", "the", "url", "parameters", "." ]

[ "def", "gen_fields", "(", "field", ":", "Field", ")", "->", "Generator", "[", "Field", ",", "None", ",", "None", "]", ":", "yield", "field", "for", "c", "in", "field", ".", "children", ":", "for", "f", "in", "gen_fields", "(", "c", ")", ":", "yield", "f" ]

[ "Starting", "with", "a", "Deform", ":", "class", ":", "Field", "yield", "the", "field", "itself", "and", "any", "children", "." ]

[ "def", "quadratic_interpolate", "(", "x", ",", "y", ",", "precision", "=", "250", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "n", "=", "len", "(", "x", ")", "-", "1", "delta_x", "=", "[", "x2", "-", "x1", "for", "x1", ",", "x2", "in", "zip", "(", "x", ",", "x", "[", "1", ":", "]", ")", "]", "delta_y", "=", "[", "y2", "-", "y1", "for", "y1", ",", "y2", "in", "zip", "(", "y", ",", "y", "[", "1", ":", "]", ")", "]", "slope", "=", "[", "delta_y", "[", "i", "]", "/", "delta_x", "[", "i", "]", "if", "delta_x", "[", "i", "]", "else", "1", "for", "i", "in", "range", "(", "n", ")", "]", "# Quadratic spline: a + bx + cx²", "a", "=", "y", "b", "=", "[", "0", "]", "*", "(", "n", "+", "1", ")", "c", "=", "[", "0", "]", "*", "(", "n", "+", "1", ")", "for", "i", "in", "range", "(", "1", ",", "n", ")", ":", "b", "[", "i", "]", "=", "2", "*", "slope", "[", "i", "-", "1", "]", "-", "b", "[", "i", "-", "1", "]", "c", "=", "[", "(", "slope", "[", "i", "]", "-", "b", "[", "i", "]", ")", "/", "delta_x", "[", "i", "]", "if", "delta_x", "[", "i", "]", "else", "0", "for", "i", "in", "range", "(", "n", ")", "]", "for", "i", "in", "range", "(", "n", "+", "1", ")", ":", "yield", "x", "[", "i", "]", ",", "a", "[", "i", "]", "if", "i", "==", "n", "or", "delta_x", "[", "i", "]", "==", "0", ":", "continue", "for", "s", "in", "range", "(", "1", ",", "precision", ")", ":", "X", "=", "s", "*", "delta_x", "[", "i", "]", "/", "precision", "X2", "=", "X", "*", "X", "yield", "x", "[", "i", "]", "+", "X", ",", "a", "[", "i", "]", "+", "b", "[", "i", "]", "*", "X", "+", "c", "[", "i", "]", "*", "X2" ]

[ "Interpolate", "x", "y", "using", "a", "quadratic", "algorithm", "https", ":", "//", "en", ".", "wikipedia", ".", "org", "/", "wiki", "/", "Spline_", "(", "mathematics", ")" ]

[ "def", "new", "(", "self", ",", "bytes_to_skip", ")", ":", "# type: (int) -> None", "if", "self", ".", "_initialized", ":", "raise", "pycdlibexception", ".", "PyCdlibInternalError", "(", "'SP record already initialized!'", ")", "self", ".", "bytes_to_skip", "=", "bytes_to_skip", "self", ".", "_initialized", "=", "True" ]

[ "Create", "a", "new", "Rock", "Ridge", "Sharing", "Protocol", "record", "." ]

[ "def", "plan", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "options", ".", "get", "(", "'environments'", ",", "{", "}", ")", ".", "get", "(", "self", ".", "context", ".", "env_name", ")", ":", "self", ".", "setup_website_module", "(", "command", "=", "'plan'", ")", "else", ":", "LOGGER", ".", "info", "(", "\"Skipping staticsite plan of %s; no environment \"", "\"config found for this environment/region\"", ",", "self", ".", "options", "[", "'path'", "]", ")" ]

[ "Create", "website", "CFN", "module", "and", "run", "stacker", "diff", "." ]

[ "def", "drop", "(", "self", ")", ":", "api", "=", "self", ".", "_instance", ".", "_client", ".", "database_admin_api", "metadata", "=", "_metadata_with_prefix", "(", "self", ".", "name", ")", "api", ".", "drop_database", "(", "self", ".", "name", ",", "metadata", "=", "metadata", ")" ]

[ "Drop", "this", "database", "." ]

[ "def", "add", "(", "self", ",", "routeID", ",", "edges", ")", ":", "self", ".", "_connection", ".", "_beginMessage", "(", "tc", ".", "CMD_SET_ROUTE_VARIABLE", ",", "tc", ".", "ADD", ",", "routeID", ",", "1", "+", "4", "+", "sum", "(", "map", "(", "len", ",", "edges", ")", ")", "+", "4", "*", "len", "(", "edges", ")", ")", "self", ".", "_connection", ".", "_packStringList", "(", "edges", ")", "self", ".", "_connection", ".", "_sendExact", "(", ")" ]

[ "add", "(", "string", "list", "(", "string", "))", "-", ">", "None" ]

[ "def", "read", "(", "self", ",", "config_dir", "=", "None", ",", "clear", "=", "False", ",", "config_file", "=", "None", ")", ":", "if", "config_file", ":", "data_file", "=", "os", ".", "path", ".", "basename", "(", "config_file", ")", "data_path", "=", "os", ".", "path", ".", "dirname", "(", "config_file", ")", "if", "clear", ":", "self", ".", "clear", "(", ")", "config", "=", "munge", ".", "load_datafile", "(", "data_file", ",", "data_path", ",", "default", "=", "None", ")", "if", "not", "config", ":", "raise", "IOError", "(", "\"Config file not found: %s\"", "%", "config_file", ")", "munge", ".", "util", ".", "recursive_update", "(", "self", ".", "data", ",", "config", ")", "self", ".", "_meta_config_dir", "=", "data_path", "return", "else", ":", "return", "super", "(", "Config", ",", "self", ")", ".", "read", "(", "config_dir", "=", "config_dir", ",", "clear", "=", "clear", ")" ]

[ "The", "munge", "Config", "s", "read", "function", "only", "allows", "to", "read", "from", "a", "config", "directory", "but", "we", "also", "want", "to", "be", "able", "to", "read", "straight", "from", "a", "config", "file", "as", "well" ]

[ "def", "_intersection", "(", "A", ",", "B", ")", ":", "intersection", "=", "[", "]", "for", "i", "in", "A", ":", "if", "i", "in", "B", ":", "intersection", ".", "append", "(", "i", ")", "return", "intersection" ]

[ "A", "simple", "function", "to", "find", "an", "intersection", "between", "two", "arrays", "." ]

[ "def", "getResult", "(", "self", ",", "queue", ",", "uid", ",", "suid", "=", "None", ")", ":", "if", "suid", ":", "r", "=", "self", ".", "_get_client", "(", ")", ".", "get", "(", "'rhumba.dq.%s.%s.%s'", "%", "(", "suid", ",", "queue", ",", "uid", ")", ")", "else", ":", "r", "=", "self", ".", "_get_client", "(", ")", ".", "get", "(", "'rhumba.q.%s.%s'", "%", "(", "queue", ",", "uid", ")", ")", "if", "r", ":", "return", "json", ".", "loads", "(", "r", ")", "else", ":", "return", "None" ]

[ "Retrieve", "the", "result", "of", "a", "job", "from", "its", "ID" ]

[ "async", "def", "on_isupport_extban", "(", "self", ",", "value", ")", ":", "self", ".", "_extban_prefix", ",", "types", "=", "value", ".", "split", "(", "','", ")", "self", ".", "_extban_types", "=", "set", "(", "types", ")" ]

[ "Extended", "ban", "prefixes", "." ]

[ "def", "parse_html", "(", "self", ",", "attr_string", ")", ":", "splitter", "=", "re", ".", "compile", "(", "self", ".", "split_regex", "(", "separator", "=", "self", ".", "spnl", ")", ")", "attrs", "=", "splitter", ".", "split", "(", "attr_string", ")", "[", "1", ":", ":", "2", "]", "idre", "=", "re", ".", "compile", "(", "r'''id=[\"']?([\\w ]*)['\"]?'''", ")", "clsre", "=", "re", ".", "compile", "(", "r'''class=[\"']?([\\w ]*)['\"]?'''", ")", "id_matches", "=", "[", "idre", ".", "search", "(", "a", ")", "for", "a", "in", "attrs", "]", "cls_matches", "=", "[", "clsre", ".", "search", "(", "a", ")", "for", "a", "in", "attrs", "]", "try", ":", "id", "=", "[", "m", ".", "groups", "(", ")", "[", "0", "]", "for", "m", "in", "id_matches", "if", "m", "]", "[", "0", "]", "except", "IndexError", ":", "id", "=", "''", "classes", "=", "[", "m", ".", "groups", "(", ")", "[", "0", "]", "for", "m", "in", "cls_matches", "if", "m", "]", "[", "0", "]", ".", "split", "(", ")", "special", "=", "[", "'unnumbered'", "for", "a", "in", "attrs", "if", "'-'", "in", "a", "]", "classes", ".", "extend", "(", "special", ")", "kvs", "=", "[", "a", ".", "split", "(", "'='", ",", "1", ")", "for", "a", "in", "attrs", "if", "'='", "in", "a", "]", "kvs", "=", "OrderedDict", "(", "(", "k", ",", "v", ")", "for", "k", ",", "v", "in", "kvs", "if", "k", "not", "in", "(", "'id'", ",", "'class'", ")", ")", "return", "id", ",", "classes", ",", "kvs" ]

[ "Read", "a", "html", "string", "to", "attributes", "." ]

[ "def", "elapsed_time", "(", "self", ")", ":", "# Timer is running", "if", "self", ".", "_t0", "is", "not", "None", ":", "return", "self", ".", "_time", "+", "self", ".", "_get_time", "(", ")", "else", ":", "return", "self", ".", "_time" ]

[ "Get", "the", "elapsed", "time", "." ]

[ "def", "_startSchedulesNode", "(", "self", ",", "name", ",", "attrs", ")", ":", "if", "name", "==", "'schedule'", ":", "self", ".", "_programId", "=", "attrs", ".", "get", "(", "'program'", ")", "self", ".", "_stationId", "=", "attrs", ".", "get", "(", "'station'", ")", "self", ".", "_time", "=", "self", ".", "_parseDateTime", "(", "attrs", ".", "get", "(", "'time'", ")", ")", "self", ".", "_duration", "=", "self", ".", "_parseDuration", "(", "attrs", ".", "get", "(", "'duration'", ")", ")", "self", ".", "_new", "=", "attrs", ".", "has_key", "(", "'new'", ")", "self", ".", "_stereo", "=", "attrs", ".", "has_key", "(", "'stereo'", ")", "self", ".", "_subtitled", "=", "attrs", ".", "has_key", "(", "'subtitled'", ")", "self", ".", "_hdtv", "=", "attrs", ".", "has_key", "(", "'hdtv'", ")", "self", ".", "_closeCaptioned", "=", "attrs", ".", "has_key", "(", "'closeCaptioned'", ")", "self", ".", "_ei", "=", "attrs", ".", "has_key", "(", "'ei'", ")", "self", ".", "_tvRating", "=", "attrs", ".", "get", "(", "'tvRating'", ")", "self", ".", "_dolby", "=", "attrs", ".", "get", "(", "'dolby'", ")", "self", ".", "_partNumber", "=", "None", "self", ".", "_partTotal", "=", "None", "elif", "name", "==", "'part'", ":", "self", ".", "_partNumber", "=", "attrs", ".", "get", "(", "'number'", ")", "self", ".", "_partTotal", "=", "attrs", ".", "get", "(", "'total'", ")" ]

[ "Process", "the", "start", "of", "a", "node", "under", "xtvd", "/", "schedules" ]

[ "def", "connect", "(", "self", ",", "addr", ")", ":", "if", "_debug", ":", "RouterToRouterService", ".", "_debug", "(", "\"connect %r\"", ",", "addr", ")", "# make a connection", "conn", "=", "ConnectionState", "(", "addr", ")", "self", ".", "multiplexer", ".", "connections", "[", "addr", "]", "=", "conn", "# associate with this service, but it is not connected until the ack comes back", "conn", ".", "service", "=", "self", "# keep a list of pending NPDU objects until the ack comes back", "conn", ".", "pendingNPDU", "=", "[", "]", "# build a service request", "request", "=", "ServiceRequest", "(", "ROUTER_TO_ROUTER_SERVICE_ID", ")", "request", ".", "pduDestination", "=", "addr", "# send it", "self", ".", "service_request", "(", "request", ")", "# return the connection object", "return", "conn" ]

[ "Initiate", "a", "connection", "request", "to", "the", "peer", "router", "." ]

[ "def", "__output_unpaired_vals", "(", "d_vals", ",", "used_ff_keys", ",", "f_f_header", ",", "sf_d", ",", "s_f_header", ",", "missing_val", ",", "out_handler", ",", "outfh", ",", "delim", "=", "\"\\t\"", ")", ":", "if", "missing_val", "is", "None", ":", "raise", "MissingValueError", "(", "\"Need missing value to output \"", "+", "\" unpaired lines\"", ")", "for", "k", "in", "d_vals", ":", "if", "k", "not", "in", "used_ff_keys", ":", "f_f_flds", "=", "d_vals", "[", "k", "]", "if", "s_f_header", "is", "not", "None", ":", "s_f_flds", "=", "[", "dict", "(", "zip", "(", "s_f_header", ",", "[", "missing_val", "]", "*", "len", "(", "s_f_header", ")", ")", ")", "]", "else", ":", "s_f_num_cols", "=", "len", "(", "sf_d", "[", "d_vals", ".", "keys", "(", ")", "[", "0", "]", "]", "[", "0", "]", ")", "s_f_flds", "=", "[", "[", "missing_val", "]", "*", "s_f_num_cols", "]", "out_handler", ".", "write_output", "(", "outfh", ",", "delim", ",", "s_f_flds", ",", "f_f_flds", ",", "s_f_header", ",", "f_f_header", ")" ]

[ "Use", "an", "output", "handler", "to", "output", "keys", "that", "could", "not", "be", "paired", "." ]

[ "def", "Ctrl_Fn", "(", "self", ",", "n", ",", "dl", "=", "0", ")", ":", "self", ".", "Delay", "(", "dl", ")", "self", ".", "keyboard", ".", "press_key", "(", "self", ".", "keyboard", ".", "control_key", ")", "self", ".", "keyboard", ".", "tap_key", "(", "self", ".", "keyboard", ".", "function_keys", "[", "n", "]", ")", "self", ".", "keyboard", ".", "release_key", "(", "self", ".", "keyboard", ".", "control_key", ")" ]

[ "Ctrl", "+", "Fn1~12", "组合键" ]

[ "def", "firwin_bpf", "(", "N_taps", ",", "f1", ",", "f2", ",", "fs", "=", "1.0", ",", "pass_zero", "=", "False", ")", ":", "return", "signal", ".", "firwin", "(", "N_taps", ",", "2", "*", "(", "f1", ",", "f2", ")", "/", "fs", ",", "pass_zero", "=", "pass_zero", ")" ]

[ "Design", "a", "windowed", "FIR", "bandpass", "filter", "in", "terms", "of", "passband", "critical", "frequencies", "f1", "<", "f2", "in", "Hz", "relative", "to", "sampling", "rate", "fs", "in", "Hz", ".", "The", "number", "of", "taps", "must", "be", "provided", ".", "Mark", "Wickert", "October", "2016" ]

[ "def", "subscribe", "(", "self", ",", "topics", "=", "(", ")", ",", "pattern", "=", "None", ",", "listener", "=", "None", ")", ":", "if", "self", ".", "_user_assignment", "or", "(", "topics", "and", "pattern", ")", ":", "raise", "IllegalStateError", "(", "self", ".", "_SUBSCRIPTION_EXCEPTION_MESSAGE", ")", "assert", "topics", "or", "pattern", ",", "'Must provide topics or pattern'", "if", "pattern", ":", "log", ".", "info", "(", "'Subscribing to pattern: /%s/'", ",", "pattern", ")", "self", ".", "subscription", "=", "set", "(", ")", "self", ".", "subscribed_pattern", "=", "re", ".", "compile", "(", "pattern", ")", "else", ":", "self", ".", "change_subscription", "(", "topics", ")", "if", "listener", "and", "not", "isinstance", "(", "listener", ",", "ConsumerRebalanceListener", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "'listener must be a ConsumerRebalanceListener'", ")", "self", ".", "listener", "=", "listener" ]

[ "Subscribe", "to", "a", "list", "of", "topics", "or", "a", "topic", "regex", "pattern", "." ]

[ "def", "getblock", "(", "self", ",", "hash", ":", "str", ")", "->", "dict", ":", "return", "cast", "(", "dict", ",", "self", ".", "api_fetch", "(", "'getblock?hash='", "+", "hash", ")", ")" ]

[ "Returns", "information", "about", "the", "block", "with", "the", "given", "hash", "." ]

[ "def", "_render_table", "(", "data", ",", "fields", "=", "None", ")", ":", "return", "IPython", ".", "core", ".", "display", ".", "HTML", "(", "datalab", ".", "utils", ".", "commands", ".", "HtmlBuilder", ".", "render_table", "(", "data", ",", "fields", ")", ")" ]

[ "Helper", "to", "render", "a", "list", "of", "dictionaries", "as", "an", "HTML", "display", "object", "." ]

[ "def", "_load_github_hooks", "(", "github_url", "=", "'https://api.github.com'", ")", ":", "try", ":", "resp", "=", "requests", ".", "get", "(", "github_url", "+", "'/meta'", ")", "if", "resp", ".", "status_code", "==", "200", ":", "return", "resp", ".", "json", "(", ")", "[", "'hooks'", "]", "else", ":", "if", "resp", ".", "headers", ".", "get", "(", "'X-RateLimit-Remaining'", ")", "==", "'0'", ":", "reset_ts", "=", "int", "(", "resp", ".", "headers", "[", "'X-RateLimit-Reset'", "]", ")", "reset_string", "=", "time", ".", "strftime", "(", "'%a, %d %b %Y %H:%M:%S GMT'", ",", "time", ".", "gmtime", "(", "reset_ts", ")", ")", "raise", "ServiceUnavailable", "(", "'Rate limited from GitHub until '", "+", "reset_string", ")", "else", ":", "raise", "ServiceUnavailable", "(", "'Error reaching GitHub'", ")", "except", "(", "KeyError", ",", "ValueError", ",", "requests", ".", "exceptions", ".", "ConnectionError", ")", ":", "raise", "ServiceUnavailable", "(", "'Error reaching GitHub'", ")" ]

[ "Request", "GitHub", "s", "IP", "block", "from", "their", "API", "." ]

[ "def", "delete_package_version_from_recycle_bin", "(", "self", ",", "feed_id", ",", "package_name", ",", "package_version", ")", ":", "route_values", "=", "{", "}", "if", "feed_id", "is", "not", "None", ":", "route_values", "[", "'feedId'", "]", "=", "self", ".", "_serialize", ".", "url", "(", "'feed_id'", ",", "feed_id", ",", "'str'", ")", "if", "package_name", "is", "not", "None", ":", "route_values", "[", "'packageName'", "]", "=", "self", ".", "_serialize", ".", "url", "(", "'package_name'", ",", "package_name", ",", "'str'", ")", "if", "package_version", "is", "not", "None", ":", "route_values", "[", "'packageVersion'", "]", "=", "self", ".", "_serialize", ".", "url", "(", "'package_version'", ",", "package_version", ",", "'str'", ")", "self", ".", "_send", "(", "http_method", "=", "'DELETE'", ",", "location_id", "=", "'07143752-3d94-45fd-86c2-0c77ed87847b'", ",", "version", "=", "'5.0-preview.1'", ",", "route_values", "=", "route_values", ")" ]

[ "DeletePackageVersionFromRecycleBin", ".", "[", "Preview", "API", "]", "Delete", "a", "package", "version", "from", "the", "feed", "moving", "it", "to", "the", "recycle", "bin", ".", ":", "param", "str", "feed_id", ":", "Name", "or", "ID", "of", "the", "feed", ".", ":", "param", "str", "package_name", ":", "Name", "of", "the", "package", ".", ":", "param", "str", "package_version", ":", "Version", "of", "the", "package", "." ]

[ "def", "ask_unicode_16", "(", "self", ",", "next_rva_ptr", ")", ":", "if", "self", ".", "__get_word_value_at_rva", "(", "next_rva_ptr", "-", "2", ")", "==", "0", ":", "self", ".", "length", "=", "next_rva_ptr", "-", "self", ".", "rva_ptr", "return", "True", "return", "False" ]

[ "The", "next", "RVA", "is", "taken", "to", "be", "the", "one", "immediately", "following", "this", "one", "." ]

[ "def", "encipher", "(", "self", ",", "string", ")", ":", "string", "=", "self", ".", "remove_punctuation", "(", "string", ")", "#,filter='[^'+self.key+']')", "ret", "=", "''", "for", "c", "in", "range", "(", "0", ",", "len", "(", "string", ")", ")", ":", "ret", "+=", "self", ".", "encipher_char", "(", "string", "[", "c", "]", ")", "return", "ret" ]

[ "Encipher", "string", "using", "Polybius", "square", "cipher", "according", "to", "initialised", "key", "." ]

[ "def", "get_structure_property_dict", "(", "self", ",", "structure", ",", "include_base_props", "=", "True", ",", "ignore_errors", "=", "False", ")", ":", "s_props", "=", "[", "\"trans_v\"", ",", "\"long_v\"", ",", "\"snyder_ac\"", ",", "\"snyder_opt\"", ",", "\"snyder_total\"", ",", "\"clarke_thermalcond\"", ",", "\"cahill_thermalcond\"", ",", "\"debye_temperature\"", "]", "if", "ignore_errors", "and", "(", "self", ".", "k_vrh", "<", "0", "or", "self", ".", "g_vrh", "<", "0", ")", ":", "sp_dict", "=", "{", "prop", ":", "None", "for", "prop", "in", "s_props", "}", "else", ":", "sp_dict", "=", "{", "prop", ":", "getattr", "(", "self", ",", "prop", ")", "(", "structure", ")", "for", "prop", "in", "s_props", "}", "sp_dict", "[", "\"structure\"", "]", "=", "structure", "if", "include_base_props", ":", "sp_dict", ".", "update", "(", "self", ".", "property_dict", ")", "return", "sp_dict" ]

[ "returns", "a", "dictionary", "of", "properties", "derived", "from", "the", "elastic", "tensor", "and", "an", "associated", "structure" ]

[ "def", "bundle_multiple_alignments", "(", "sequence_of_alignments", ")", ":", "alignment_iter", "=", "iter", "(", "sequence_of_alignments", ")", "algnt", "=", "next", "(", "alignment_iter", ")", "ma", "=", "[", "algnt", "]", "for", "algnt", "in", "alignment_iter", ":", "if", "algnt", ".", "read", ".", "name", "!=", "ma", "[", "0", "]", ".", "read", ".", "name", ":", "yield", "ma", "ma", "=", "[", "algnt", "]", "else", ":", "ma", ".", "append", "(", "algnt", ")", "yield", "ma" ]

[ "Some", "alignment", "programs", "e", ".", "g", ".", "Bowtie", "can", "output", "multiple", "alignments", "i", ".", "e", ".", "the", "same", "read", "is", "reported", "consecutively", "with", "different", "alignments", ".", "This", "function", "takes", "an", "iterator", "over", "alignments", "and", "bundles", "consecutive", "alignments", "regarding", "the", "same", "read", "to", "a", "list", "of", "Alignment", "objects", "and", "returns", "an", "iterator", "over", "these", "." ]

[ "def", "epochs", "(", "ts", ",", "variability", "=", "None", ",", "threshold", "=", "0.0", ",", "minlength", "=", "1.0", ",", "plot", "=", "True", ")", ":", "if", "ts", ".", "ndim", "<=", "2", ":", "return", "analyses1", ".", "epochs_distributed", "(", "ts", ",", "variability", ",", "threshold", ",", "minlength", ",", "plot", ")", "else", ":", "return", "distob", ".", "vectorize", "(", "analyses1", ".", "epochs", ")", "(", "ts", ",", "variability", ",", "threshold", ",", "minlength", ",", "plot", ")" ]

[ "Identify", "stationary", "epochs", "within", "a", "time", "series", "based", "on", "a", "continuous", "measure", "of", "variability", ".", "Epochs", "are", "defined", "to", "contain", "the", "points", "of", "minimal", "variability", "and", "to", "extend", "as", "wide", "as", "possible", "with", "variability", "not", "exceeding", "the", "threshold", "." ]

[ "def", "get_net", "(", "req", ")", ":", "try", ":", "nxt", ",", "prev", "=", "map", "(", "int", ",", "(", "req", ".", "GET", ".", "get", "(", "'cal_next'", ",", "0", ")", ",", "req", ".", "GET", ".", "get", "(", "'cal_prev'", ",", "0", ")", ")", ")", "net", "=", "nxt", "-", "prev", "except", "Exception", ":", "net", "=", "0", "return", "net" ]

[ "Get", "the", "net", "of", "any", "next", "and", "prev", "querystrings", "." ]

[ "def", "add_commands_from_file", "(", "self", ",", "filename", ",", "autoprompt", "=", "True", ")", ":", "if", "autoprompt", ":", "deco", "=", "self", ".", "_create_autoprompt_handler", "else", ":", "deco", "=", "None", "self", ".", "commands", ".", "add_from_file", "(", "filename", ",", "deco", ")" ]

[ "Wrapper", "around", "add_command_handler", "that", "reads", "the", "handlers", "from", "the", "file", "with", "the", "given", "name", ".", "The", "file", "is", "a", "Python", "script", "containing", "a", "list", "named", "commands", "of", "tuples", "that", "map", "command", "names", "to", "handlers", "." ]

[ "def", "getStatusCode", "(", "self", ")", ":", "if", "'status'", "in", "self", ".", "_response", ".", "keys", "(", ")", ":", "if", "(", "self", ".", "_response", "[", "'status'", "]", "is", "not", "None", ")", "and", "(", "'code'", "in", "self", ".", "_response", "[", "'status'", "]", ".", "keys", "(", ")", ")", "and", "(", "self", ".", "_response", "[", "'status'", "]", "[", "'code'", "]", "is", "not", "None", ")", ":", "return", "self", ".", "_response", "[", "'status'", "]", "[", "'code'", "]", "else", ":", "return", "None", "else", ":", "return", "None" ]

[ "Returns", "the", "code", "of", "the", "status", "or", "None", "if", "it", "does", "not", "exist" ]

[ "def", "_assemble_association", "(", "stmt", ")", ":", "member_strs", "=", "[", "_assemble_agent_str", "(", "m", ".", "concept", ")", "for", "m", "in", "stmt", ".", "members", "]", "stmt_str", "=", "member_strs", "[", "0", "]", "+", "' is associated with '", "+", "_join_list", "(", "member_strs", "[", "1", ":", "]", ")", "return", "_make_sentence", "(", "stmt_str", ")" ]

[ "Assemble", "Association", "statements", "into", "text", "." ]

[ "def", "gen_keywords", "(", "*", "args", ":", "Union", "[", "ANSIColors", ",", "ANSIStyles", "]", ",", "*", "*", "kwargs", ":", "Union", "[", "ANSIColors", ",", "ANSIStyles", "]", ")", "->", "tuple", ":", "fields", ":", "tuple", "=", "tuple", "(", ")", "values", ":", "tuple", "=", "tuple", "(", ")", "for", "tpl", "in", "args", ":", "fields", "+=", "tpl", ".", "_fields", "values", "+=", "tpl", "for", "prefix", ",", "tpl", "in", "kwargs", ".", "items", "(", ")", ":", "fields", "+=", "tuple", "(", "map", "(", "lambda", "x", ":", "'_'", ".", "join", "(", "[", "prefix", ",", "x", "]", ")", ",", "tpl", ".", "_fields", ")", ")", "values", "+=", "tpl", "return", "namedtuple", "(", "'ANSISequences'", ",", "fields", ")", "(", "*", "values", ")" ]

[ "generate", "single", "escape", "sequence", "mapping", "." ]

[ "def", "get_dihedral_degrees", "(", "self", ",", "indices", ",", "start_row", "=", "0", ")", ":", "coords", "=", "[", "'x'", ",", "'y'", ",", "'z'", "]", "if", "isinstance", "(", "indices", ",", "pd", ".", "DataFrame", ")", ":", "i_pos", "=", "self", ".", "loc", "[", "indices", ".", "index", ",", "coords", "]", ".", "values", "b_pos", "=", "self", ".", "loc", "[", "indices", ".", "loc", "[", ":", ",", "'b'", "]", ",", "coords", "]", ".", "values", "a_pos", "=", "self", ".", "loc", "[", "indices", ".", "loc", "[", ":", ",", "'a'", "]", ",", "coords", "]", ".", "values", "d_pos", "=", "self", ".", "loc", "[", "indices", ".", "loc", "[", ":", ",", "'d'", "]", ",", "coords", "]", ".", "values", "else", ":", "indices", "=", "np", ".", "array", "(", "indices", ")", "if", "len", "(", "indices", ".", "shape", ")", "==", "1", ":", "indices", "=", "indices", "[", "None", ",", ":", "]", "i_pos", "=", "self", ".", "loc", "[", "indices", "[", ":", ",", "0", "]", ",", "coords", "]", ".", "values", "b_pos", "=", "self", ".", "loc", "[", "indices", "[", ":", ",", "1", "]", ",", "coords", "]", ".", "values", "a_pos", "=", "self", ".", "loc", "[", "indices", "[", ":", ",", "2", "]", ",", "coords", "]", ".", "values", "d_pos", "=", "self", ".", "loc", "[", "indices", "[", ":", ",", "3", "]", ",", "coords", "]", ".", "values", "IB", "=", "b_pos", "-", "i_pos", "BA", "=", "a_pos", "-", "b_pos", "AD", "=", "d_pos", "-", "a_pos", "N1", "=", "np", ".", "cross", "(", "IB", ",", "BA", ",", "axis", "=", "1", ")", "N2", "=", "np", ".", "cross", "(", "BA", ",", "AD", ",", "axis", "=", "1", ")", "n1", ",", "n2", "=", "[", "v", "/", "np", ".", "linalg", ".", "norm", "(", "v", ",", "axis", "=", "1", ")", "[", ":", ",", "None", "]", "for", "v", "in", "(", "N1", ",", "N2", ")", "]", "dot_product", "=", "np", ".", "sum", "(", "n1", "*", "n2", ",", "axis", "=", "1", ")", "dot_product", "[", "dot_product", ">", "1", "]", "=", "1", "dot_product", "[", "dot_product", "<", "-", "1", "]", "=", "-", "1", "dihedrals", "=", "np", ".", "degrees", "(", "np", ".", "arccos", "(", "dot_product", ")", ")", "# the next lines are to test the direction of rotation.", "# is a dihedral really 90 or 270 degrees?", "# Equivalent to direction of rotation of dihedral", "where_to_modify", "=", "np", ".", "sum", "(", "BA", "*", "np", ".", "cross", "(", "n1", ",", "n2", ",", "axis", "=", "1", ")", ",", "axis", "=", "1", ")", ">", "0", "where_to_modify", "=", "np", ".", "nonzero", "(", "where_to_modify", ")", "[", "0", "]", "length", "=", "indices", ".", "shape", "[", "0", "]", "-", "start_row", "sign", "=", "np", ".", "full", "(", "length", ",", "1", ",", "dtype", "=", "'float64'", ")", "to_add", "=", "np", ".", "full", "(", "length", ",", "0", ",", "dtype", "=", "'float64'", ")", "sign", "[", "where_to_modify", "]", "=", "-", "1", "to_add", "[", "where_to_modify", "]", "=", "360", "dihedrals", "=", "to_add", "+", "sign", "*", "dihedrals", "return", "dihedrals" ]

[ "Return", "the", "dihedrals", "between", "given", "atoms", "." ]

[ "def", "name", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "url", "is", "None", ":", "return", "'匿名用户'", "if", "self", ".", "soup", "is", "not", "None", ":", "return", "self", ".", "soup", ".", "find", "(", "'div'", ",", "class_", "=", "'title-section'", ")", ".", "span", ".", "text", "else", ":", "assert", "self", ".", "card", "is", "not", "None", "return", "self", ".", "card", ".", "find", "(", "'span'", ",", "class_", "=", "'name'", ")", ".", "text" ]

[ "获取用户名字", "." ]

[ "def", "storage", "(", "self", ")", ":", "annotation", "=", "get_portal_annotation", "(", ")", "if", "annotation", ".", "get", "(", "NUMBER_STORAGE", ")", "is", "None", ":", "annotation", "[", "NUMBER_STORAGE", "]", "=", "OIBTree", "(", ")", "return", "annotation", "[", "NUMBER_STORAGE", "]" ]

[ "get", "the", "counter", "storage" ]

[ "def", "get_all_firmwares", "(", "self", ",", "filter", "=", "''", ",", "start", "=", "0", ",", "count", "=", "-", "1", ",", "query", "=", "''", ",", "sort", "=", "''", ")", ":", "uri", "=", "self", ".", "URI", "+", "\"/*/firmware\"", "return", "self", ".", "_helper", ".", "get_all", "(", "start", ",", "count", ",", "filter", ",", "query", ",", "sort", ",", "''", ",", "''", ",", "uri", ")" ]

[ "Gets", "a", "list", "of", "firmware", "inventory", "across", "all", "servers", ".", "To", "filter", "the", "returned", "data", "specify", "a", "filter", "expression", "to", "select", "a", "particular", "server", "model", "component", "name", "and", "/", "or", "component", "firmware", "version", "." ]

[ "def", "set_time", "(", "self", ",", "time", ")", ":", "times", "=", "num2date", "(", "time", "[", ":", "]", ".", "squeeze", "(", ")", ",", "time", ".", "units", ")", "self", ".", "time", "=", "pd", ".", "DatetimeIndex", "(", "pd", ".", "Series", "(", "times", ")", ",", "tz", "=", "self", ".", "location", ".", "tz", ")" ]

[ "Converts", "time", "data", "into", "a", "pandas", "date", "object", "." ]

[ "def", "save_notebook", "(", "self", ",", "body", ")", ":", "directory", "=", "os", ".", "path", ".", "dirname", "(", "self", ".", "output_path", ")", "full_path", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "directory", ",", "self", ".", "notebook_name", ")", "try", ":", "with", "open", "(", "full_path", ",", "'w'", ")", "as", "fh", ":", "fh", ".", "write", "(", "json", ".", "dumps", "(", "body", ",", "indent", "=", "2", ")", ")", "except", "ValueError", ":", "print", "(", "'ERROR: Could not save executed notebook to path: '", "+", "self", ".", "output_path", "+", "' -- Please provide a valid absolute path.'", ")" ]

[ "Save", "notebook", "depending", "on", "user", "provided", "output", "path", "." ]

[ "def", "get_git_changeset", "(", "filename", "=", "None", ")", ":", "dirname", "=", "os", ".", "path", ".", "dirname", "(", "filename", "or", "__file__", ")", "git_show", "=", "sh", "(", "'git show --pretty=format:%ct --quiet HEAD'", ",", "cwd", "=", "dirname", ")", "timestamp", "=", "git_show", ".", "partition", "(", "'\\n'", ")", "[", "0", "]", "try", ":", "timestamp", "=", "datetime", ".", "datetime", ".", "utcfromtimestamp", "(", "int", "(", "timestamp", ")", ")", "except", "ValueError", ":", "return", "None", "return", "timestamp", ".", "strftime", "(", "'%Y%m%d%H%M%S'", ")" ]

[ "Returns", "a", "numeric", "identifier", "of", "the", "latest", "git", "changeset", ".", "The", "result", "is", "the", "UTC", "timestamp", "of", "the", "changeset", "in", "YYYYMMDDHHMMSS", "format", ".", "This", "value", "isn", "t", "guaranteed", "to", "be", "unique", "but", "collisions", "are", "very", "unlikely", "so", "it", "s", "sufficient", "for", "generating", "the", "development", "version", "numbers", "." ]

[ "def", "get_config_value", "(", "self", ",", "k", ",", "i", ")", ":", "if", "(", "not", "isinstance", "(", "self", ".", "store", "[", "k", "]", ",", "list", ")", ")", ":", "return", "self", ".", "store", "[", "k", "]", "else", ":", "return", "self", ".", "store", "[", "k", "]", "[", "i", "]" ]

[ "Gets", "the", "ith", "config", "value", "for", "k", ".", "e", ".", "g", ".", "get_config_value", "(", "x", "1", ")" ]

[ "def", "insert_1d_permute_layers", "(", "self", ")", ":", "idx", ",", "nb_layers", "=", "0", ",", "len", "(", "self", ".", "layer_list", ")", "in_edges", ",", "out_edges", "=", "self", ".", "_get_1d_interface_edges", "(", ")", "# Hacky Warning: (1) use a 4-D permute, which is not likely to happen in Keras,", "# to represent actual permutation needed for (seq, c, h, w) in CoreML", "# (2) Assume 2-D input shape has meaning (seq, c), and during CoreML runtime,", "# it is represented as 4D blob, (seq, c, h, w)", "for", "in_edge", "in", "in_edges", ":", "src", ",", "snk", "=", "in_edge", "if", "src", "is", "None", ":", "permute_layer", "=", "'_permute_'", "+", "snk", "else", ":", "permute_layer", "=", "src", "+", "'_permute_'", "+", "snk", "keras_permute", "=", "_keras", ".", "layers", ".", "Permute", "(", "dims", "=", "(", "3", ",", "1", ",", "2", ",", "0", ")", ")", "# assume w = 1, switch seq and w", "self", ".", "_insert_layer_between", "(", "src", ",", "snk", ",", "permute_layer", ",", "keras_permute", ")", "for", "out_edge", "in", "out_edges", ":", "src", ",", "snk", "=", "out_edge", "if", "snk", "is", "None", ":", "permute_layer", "=", "src", "+", "'_permute_'", "else", ":", "permute_layer", "=", "src", "+", "'_permute_'", "+", "snk", "keras_permute", "=", "_keras", ".", "layers", ".", "Permute", "(", "dims", "=", "(", "3", ",", "1", ",", "2", ",", "0", ")", ")", "# assume w = 1, switch seq and w back", "self", ".", "_insert_layer_between", "(", "src", ",", "snk", ",", "permute_layer", ",", "keras_permute", ")" ]

[ "Insert", "permutation", "layers", "before", "a", "1D", "start", "point", "or", "after", "1D", "end", "point" ]

[ "def", "_eval_wrapper", "(", "self", ",", "fit_key", ",", "q", ",", "chiA", ",", "chiB", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "chiA", "=", "np", ".", "array", "(", "chiA", ")", "chiB", "=", "np", ".", "array", "(", "chiB", ")", "# Warn/Exit if extrapolating", "allow_extrap", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'allow_extrap'", ",", "False", ")", "self", ".", "_check_param_limits", "(", "q", ",", "chiA", ",", "chiB", ",", "allow_extrap", ")", "omega0", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'omega0'", ",", "None", ")", "PN_approximant", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'PN_approximant'", ",", "'SpinTaylorT4'", ")", "PN_dt", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'PN_dt'", ",", "0.1", ")", "PN_spin_order", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'PN_spin_order'", ",", "7", ")", "PN_phase_order", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'PN_phase_order'", ",", "7", ")", "omega_switch", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'omega_switch'", ",", "0.018", ")", "self", ".", "_check_unused_kwargs", "(", "kwargs", ")", "if", "omega0", "is", "None", ":", "# If omega0 is given, assume chiA, chiB are the coorbital frame", "# spins at t=-100 M.", "x", "=", "np", ".", "concatenate", "(", "(", "[", "q", "]", ",", "chiA", ",", "chiB", ")", ")", "else", ":", "# If omega0 is given, evolve the spins from omega0", "# to t = -100 M from the peak.", "chiA_coorb_fitnode", ",", "chiB_coorb_fitnode", ",", "quat_fitnode", ",", "orbphase_fitnode", "=", "self", ".", "_evolve_spins", "(", "q", ",", "chiA", ",", "chiB", ",", "omega0", ",", "PN_approximant", ",", "PN_dt", ",", "PN_spin_order", ",", "PN_phase_order", ",", "omega_switch", ")", "# x should contain coorbital frame spins at t=-100M", "x", "=", "np", ".", "concatenate", "(", "(", "[", "q", "]", ",", "chiA_coorb_fitnode", ",", "chiB_coorb_fitnode", ")", ")", "def", "eval_vector_fit", "(", "x", ",", "fit_key", ")", ":", "res", "=", "self", ".", "_evaluate_fits", "(", "x", ",", "fit_key", ")", "fit_val", "=", "res", ".", "T", "[", "0", "]", "fit_err", "=", "res", ".", "T", "[", "1", "]", "if", "omega0", "is", "not", "None", ":", "# If spins were given in inertial frame at omega0,", "# transform vectors and errors back to the same frame.", "fit_val", "=", "utils", ".", "transform_vector_coorb_to_inertial", "(", "fit_val", ",", "orbphase_fitnode", ",", "quat_fitnode", ")", "fit_err", "=", "utils", ".", "transform_error_coorb_to_inertial", "(", "fit_val", ",", "fit_err", ",", "orbphase_fitnode", ",", "quat_fitnode", ")", "return", "fit_val", ",", "fit_err", "if", "fit_key", "==", "'mf'", "or", "fit_key", "==", "'all'", ":", "mf", ",", "mf_err", "=", "self", ".", "_evaluate_fits", "(", "x", ",", "'mf'", ")", "if", "fit_key", "==", "'mf'", ":", "return", "mf", ",", "mf_err", "if", "fit_key", "==", "'chif'", "or", "fit_key", "==", "'all'", ":", "chif", ",", "chif_err", "=", "eval_vector_fit", "(", "x", ",", "'chif'", ")", "if", "fit_key", "==", "'chif'", ":", "return", "chif", ",", "chif_err", "if", "fit_key", "==", "'vf'", "or", "fit_key", "==", "'all'", ":", "vf", ",", "vf_err", "=", "eval_vector_fit", "(", "x", ",", "'vf'", ")", "if", "fit_key", "==", "'vf'", ":", "return", "vf", ",", "vf_err", "if", "fit_key", "==", "'all'", ":", "return", "mf", ",", "chif", ",", "vf", ",", "mf_err", ",", "chif_err", ",", "vf_err" ]

[ "Evaluates", "the", "surfinBH7dq2", "model", "." ]

[ "def", "connection_ok", "(", ")", ":", "try", ":", "urlopen", "(", "Dataset", ".", "base_url", ",", "timeout", "=", "1", ")", "# if an index page is ever added, this will pass through", "return", "True", "except", "HTTPError", ":", "# There's no index for BASE_URL so Error 404 is expected", "return", "True", "except", "URLError", ":", "# This is raised if there is no internet connection", "return", "False" ]

[ "Check", "web", "connection", ".", "Returns", "True", "if", "web", "connection", "is", "OK", "False", "otherwise", "." ]

[ "def", "from_node", "(", "cls", ",", "task", ")", ":", "new", "=", "super", "(", ")", ".", "from_node", "(", "task", ")", "new", ".", "update", "(", "executable", "=", "task", ".", "executable", ",", "#executable_version:", "#task_events=", "pseudos", "=", "[", "p", ".", "as_dict", "(", ")", "for", "p", "in", "task", ".", "input", ".", "pseudos", "]", ",", "#input=task.input", ")", "new", ".", "register_gridfs_files", "(", "run_abi", "=", "(", "task", ".", "input_file", ".", "path", ",", "\"t\"", ")", ",", "run_abo", "=", "(", "task", ".", "output_file", ".", "path", ",", "\"t\"", ")", ",", ")", "return", "new" ]

[ "Initialize", "an", "instance", "from", "an", ":", "class", ":", "AbinitTask", "instance", "." ]

[ "def", "managed", "(", "name", ",", "roles", "=", "None", ",", "profiles", "=", "None", ",", "authorizations", "=", "None", ")", ":", "ret", "=", "{", "'name'", ":", "name", ",", "'changes'", ":", "{", "}", ",", "'result'", ":", "True", ",", "'comment'", ":", "''", "}", "## check properties", "if", "name", "not", "in", "__salt__", "[", "'user.list_users'", "]", "(", ")", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "False", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'User {0} does not exist!'", ".", "format", "(", "name", ")", "return", "ret", "if", "roles", "and", "not", "isinstance", "(", "roles", ",", "(", "list", ")", ")", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "False", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Property roles is not None or list!'", "return", "ret", "if", "profiles", "and", "not", "isinstance", "(", "profiles", ",", "(", "list", ")", ")", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "False", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Property profiles is not None or list!'", "return", "ret", "if", "authorizations", "and", "not", "isinstance", "(", "authorizations", ",", "(", "list", ")", ")", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "False", "ret", "[", "'comment'", "]", "=", "'Property authorizations is not None or list!'", "return", "ret", "log", ".", "debug", "(", "'rbac.managed - roles=%s, profiles=%s, authorizations=%s'", ",", "roles", ",", "profiles", ",", "authorizations", ")", "## update roles", "if", "isinstance", "(", "roles", ",", "(", "list", ")", ")", ":", "# compute changed", "roles_current", "=", "__salt__", "[", "'rbac.role_get'", "]", "(", "name", ")", "roles_add", "=", "[", "r", "for", "r", "in", "roles", "if", "r", "not", "in", "roles_current", "]", "roles_rm", "=", "[", "r", "for", "r", "in", "roles_current", "if", "r", "not", "in", "roles", "]", "# execute and verify changes", "if", "roles_add", ":", "res_roles_add", "=", "__salt__", "[", "'rbac.role_add'", "]", "(", "name", ",", "','", ".", "join", "(", "roles_add", ")", ".", "strip", "(", ")", ")", "roles_current", "=", "__salt__", "[", "'rbac.role_get'", "]", "(", "name", ")", "for", "role", "in", "roles_add", ":", "if", "'roles'", "not", "in", "ret", "[", "'changes'", "]", ":", "ret", "[", "'changes'", "]", "[", "'roles'", "]", "=", "{", "}", "ret", "[", "'changes'", "]", "[", "'roles'", "]", "[", "role", "]", "=", "'Added'", "if", "role", "in", "roles_current", "else", "'Failed'", "if", "ret", "[", "'changes'", "]", "[", "'roles'", "]", "[", "role", "]", "==", "'Failed'", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "False", "if", "roles_rm", ":", "res_roles_rm", "=", "__salt__", "[", "'rbac.role_rm'", "]", "(", "name", ",", "','", ".", "join", "(", "roles_rm", ")", ".", "strip", "(", ")", ")", "roles_current", "=", "__salt__", "[", "'rbac.role_get'", "]", "(", "name", ")", "for", "role", "in", "roles_rm", ":", "if", "'roles'", "not", "in", "ret", "[", "'changes'", "]", ":", "ret", "[", "'changes'", "]", "[", "'roles'", "]", "=", "{", "}", "ret", "[", "'changes'", "]", "[", "'roles'", "]", "[", "role", "]", "=", "'Removed'", "if", "role", "not", "in", "roles_current", "else", "'Failed'", "if", "ret", "[", "'changes'", "]", "[", "'roles'", "]", "[", "role", "]", "==", "'Failed'", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "False", "## update profiles", "if", "isinstance", "(", "profiles", ",", "(", "list", ")", ")", ":", "# compute changed", "profiles_current", "=", "__salt__", "[", "'rbac.profile_get'", "]", "(", "name", ")", "profiles_add", "=", "[", "r", "for", "r", "in", "profiles", "if", "r", "not", "in", "profiles_current", "]", "profiles_rm", "=", "[", "r", "for", "r", "in", "profiles_current", "if", "r", "not", "in", "profiles", "]", "# execute and verify changes", "if", "profiles_add", ":", "res_profiles_add", "=", "__salt__", "[", "'rbac.profile_add'", "]", "(", "name", ",", "','", ".", "join", "(", "profiles_add", ")", ".", "strip", "(", ")", ")", "profiles_current", "=", "__salt__", "[", "'rbac.profile_get'", "]", "(", "name", ")", "for", "profile", "in", "profiles_add", ":", "if", "'profiles'", "not", "in", "ret", "[", "'changes'", "]", ":", "ret", "[", "'changes'", "]", "[", "'profiles'", "]", "=", "{", "}", "ret", "[", "'changes'", "]", "[", "'profiles'", "]", "[", "profile", "]", "=", "'Added'", "if", "profile", "in", "profiles_current", "else", "'Failed'", "if", "ret", "[", "'changes'", "]", "[", "'profiles'", "]", "[", "profile", "]", "==", "'Failed'", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "False", "if", "profiles_rm", ":", "res_profiles_rm", "=", "__salt__", "[", "'rbac.profile_rm'", "]", "(", "name", ",", "','", ".", "join", "(", "profiles_rm", ")", ".", "strip", "(", ")", ")", "profiles_current", "=", "__salt__", "[", "'rbac.profile_get'", "]", "(", "name", ")", "for", "profile", "in", "profiles_rm", ":", "if", "'profiles'", "not", "in", "ret", "[", "'changes'", "]", ":", "ret", "[", "'changes'", "]", "[", "'profiles'", "]", "=", "{", "}", "ret", "[", "'changes'", "]", "[", "'profiles'", "]", "[", "profile", "]", "=", "'Removed'", "if", "profile", "not", "in", "profiles_current", "else", "'Failed'", "if", "ret", "[", "'changes'", "]", "[", "'profiles'", "]", "[", "profile", "]", "==", "'Failed'", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "False", "## update auths", "if", "isinstance", "(", "authorizations", ",", "(", "list", ")", ")", ":", "# compute changed", "auths_current", "=", "__salt__", "[", "'rbac.auth_get'", "]", "(", "name", ",", "False", ")", "auths_add", "=", "[", "r", "for", "r", "in", "authorizations", "if", "r", "not", "in", "auths_current", "]", "auths_rm", "=", "[", "r", "for", "r", "in", "auths_current", "if", "r", "not", "in", "authorizations", "]", "# execute and verify changes", "if", "auths_add", ":", "res_auths_add", "=", "__salt__", "[", "'rbac.auth_add'", "]", "(", "name", ",", "','", ".", "join", "(", "auths_add", ")", ".", "strip", "(", ")", ")", "auths_current", "=", "__salt__", "[", "'rbac.auth_get'", "]", "(", "name", ")", "for", "auth", "in", "auths_add", ":", "if", "'authorizations'", "not", "in", "ret", "[", "'changes'", "]", ":", "ret", "[", "'changes'", "]", "[", "'authorizations'", "]", "=", "{", "}", "ret", "[", "'changes'", "]", "[", "'authorizations'", "]", "[", "auth", "]", "=", "'Added'", "if", "auth", "in", "auths_current", "else", "'Failed'", "if", "ret", "[", "'changes'", "]", "[", "'authorizations'", "]", "[", "auth", "]", "==", "'Failed'", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "False", "if", "auths_rm", ":", "res_auths_rm", "=", "__salt__", "[", "'rbac.auth_rm'", "]", "(", "name", ",", "','", ".", "join", "(", "auths_rm", ")", ".", "strip", "(", ")", ")", "auths_current", "=", "__salt__", "[", "'rbac.auth_get'", "]", "(", "name", ")", "for", "auth", "in", "auths_rm", ":", "if", "'authorizations'", "not", "in", "ret", "[", "'changes'", "]", ":", "ret", "[", "'changes'", "]", "[", "'authorizations'", "]", "=", "{", "}", "ret", "[", "'changes'", "]", "[", "'authorizations'", "]", "[", "auth", "]", "=", "'Removed'", "if", "auth", "not", "in", "auths_current", "else", "'Failed'", "if", "ret", "[", "'changes'", "]", "[", "'authorizations'", "]", "[", "auth", "]", "==", "'Failed'", ":", "ret", "[", "'result'", "]", "=", "False", "return", "ret" ]

[ "Manage", "RBAC", "properties", "for", "user" ]

[ "def", "is_a_Builder", "(", "obj", ")", ":", "return", "(", "isinstance", "(", "obj", ",", "BuilderBase", ")", "or", "isinstance", "(", "obj", ",", "CompositeBuilder", ")", "or", "callable", "(", "obj", ")", ")" ]

[ "Returns", "True", "if", "the", "specified", "obj", "is", "one", "of", "our", "Builder", "classes", "." ]

[ "def", "get_address", "(", "self", ",", "account_id", ",", "address_id", ",", "*", "*", "params", ")", ":", "response", "=", "self", ".", "_get", "(", "'v2'", ",", "'accounts'", ",", "account_id", ",", "'addresses'", ",", "address_id", ",", "params", "=", "params", ")", "return", "self", ".", "_make_api_object", "(", "response", ",", "Address", ")" ]

[ "https", ":", "//", "developers", ".", "coinbase", ".", "com", "/", "api", "/", "v2#show", "-", "addresss" ]

[ "def", "parse_line", "(", "self", ",", "line", ",", "lineno", ")", ":", "# TaskCluster logs are a bit wonky.", "#", "# TaskCluster logs begin with output coming from TaskCluster itself,", "# before it has transitioned control of the task to the configured", "# process. These \"internal\" logs look like the following:", "#", "# [taskcluster 2016-09-09 17:41:43.544Z] Worker Group: us-west-2b", "#", "# If an error occurs during this \"setup\" phase, TaskCluster may emit", "# lines beginning with ``[taskcluster:error]``.", "#", "# Once control has transitioned from TaskCluster to the configured", "# task process, lines can be whatever the configured process emits.", "# The popular ``run-task`` wrapper prefixes output to emulate", "# TaskCluster's \"internal\" logs. e.g.", "#", "# [vcs 2016-09-09T17:45:02.842230Z] adding changesets", "#", "# This prefixing can confuse error parsing. So, we strip it.", "#", "# Because regular expression matching and string manipulation can be", "# expensive when performed on every line, we only strip the TaskCluster", "# log prefix if we know we're in a TaskCluster log.", "# First line of TaskCluster logs almost certainly has this.", "if", "line", ".", "startswith", "(", "'[taskcluster '", ")", ":", "self", ".", "is_taskcluster", "=", "True", "# For performance reasons, only do this if we have identified as", "# a TC task.", "if", "self", ".", "is_taskcluster", ":", "line", "=", "re", ".", "sub", "(", "self", ".", "RE_TASKCLUSTER_NORMAL_PREFIX", ",", "\"\"", ",", "line", ")", "if", "self", ".", "is_error_line", "(", "line", ")", ":", "self", ".", "add", "(", "line", ",", "lineno", ")" ]

[ "Check", "a", "single", "line", "for", "an", "error", ".", "Keeps", "track", "of", "the", "linenumber" ]

[ "def", "write", "(", "self", ",", "chunk", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "started_response", ":", "raise", "AssertionError", "(", "\"WSGI write called before start_response.\"", ")", "if", "not", "self", ".", "req", ".", "sent_headers", ":", "self", ".", "req", ".", "sent_headers", "=", "True", "self", ".", "req", ".", "send_headers", "(", ")", "self", ".", "req", ".", "write", "(", "chunk", ")" ]

[ "WSGI", "callable", "to", "write", "unbuffered", "data", "to", "the", "client", ".", "This", "method", "is", "also", "used", "internally", "by", "start_response", "(", "to", "write", "data", "from", "the", "iterable", "returned", "by", "the", "WSGI", "application", ")", "." ]

[ "def", "band_reorder", "(", "self", ")", ":", "eiv", "=", "self", ".", "eigendisplacements", "eig", "=", "self", ".", "bands", "nphonons", ",", "nqpoints", "=", "self", ".", "bands", ".", "shape", "order", "=", "np", ".", "zeros", "(", "[", "nqpoints", ",", "nphonons", "]", ",", "dtype", "=", "int", ")", "order", "[", "0", "]", "=", "np", ".", "array", "(", "range", "(", "nphonons", ")", ")", "#get the atomic masses", "atomic_masses", "=", "[", "site", ".", "specie", ".", "atomic_mass", "for", "site", "in", "self", ".", "structure", ".", "sites", "]", "#get order", "for", "nq", "in", "range", "(", "1", ",", "nqpoints", ")", ":", "old_eiv", "=", "eigenvectors_from_displacements", "(", "eiv", "[", ":", ",", "nq", "-", "1", "]", ",", "atomic_masses", ")", "new_eiv", "=", "eigenvectors_from_displacements", "(", "eiv", "[", ":", ",", "nq", "]", ",", "atomic_masses", ")", "order", "[", "nq", "]", "=", "estimate_band_connection", "(", "old_eiv", ".", "reshape", "(", "[", "nphonons", ",", "nphonons", "]", ")", ".", "T", ",", "new_eiv", ".", "reshape", "(", "[", "nphonons", ",", "nphonons", "]", ")", ".", "T", ",", "order", "[", "nq", "-", "1", "]", ")", "#reorder", "for", "nq", "in", "range", "(", "1", ",", "nqpoints", ")", ":", "eivq", "=", "eiv", "[", ":", ",", "nq", "]", "eigq", "=", "eig", "[", ":", ",", "nq", "]", "eiv", "[", ":", ",", "nq", "]", "=", "eivq", "[", "order", "[", "nq", "]", "]", "eig", "[", ":", ",", "nq", "]", "=", "eigq", "[", "order", "[", "nq", "]", "]" ]

[ "Re", "-", "order", "the", "eigenvalues", "according", "to", "the", "similarity", "of", "the", "eigenvectors" ]

[ "def", "_check_data_flow_id", "(", "self", ",", "data_flow", ")", ":", "data_flow_id", "=", "data_flow", ".", "data_flow_id", "if", "data_flow_id", "in", "self", ".", "data_flows", "and", "data_flow", "is", "not", "self", ".", "data_flows", "[", "data_flow_id", "]", ":", "return", "False", ",", "\"data_flow_id already existing\"", "return", "True", ",", "\"valid\"" ]

[ "Checks", "the", "validity", "of", "a", "data", "flow", "id" ]

[ "def", "get_program_by_title", "(", "self", ",", "program_title", ")", ":", "all_programs", "=", "self", ".", "_load_data", "(", "self", ".", "PROGRAMS_ENDPOINT", ",", "default", "=", "[", "]", ")", "matching_programs", "=", "[", "program", "for", "program", "in", "all_programs", "if", "program", ".", "get", "(", "'title'", ")", "==", "program_title", "]", "if", "len", "(", "matching_programs", ")", ">", "1", ":", "raise", "MultipleProgramMatchError", "(", "len", "(", "matching_programs", ")", ")", "elif", "len", "(", "matching_programs", ")", "==", "1", ":", "return", "matching_programs", "[", "0", "]", "else", ":", "return", "None" ]

[ "Return", "single", "program", "by", "name", "or", "None", "if", "not", "found", "." ]

[ "def", "__get_update_uri", "(", "self", ",", "account_id", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "params", "=", "{", "'account_id'", ":", "account_id", "}", "return", "self", ".", "make_call", "(", "self", ".", "__get_update_uri", ",", "params", ",", "kwargs", ")" ]

[ "Call", "documentation", ":", "/", "account", "/", "get_update_uri", "<https", ":", "//", "www", ".", "wepay", ".", "com", "/", "developer", "/", "reference", "/", "account#update_uri", ">", "_", "plus", "extra", "keyword", "parameters", ":", ":", "keyword", "str", "access_token", ":", "will", "be", "used", "instead", "of", "instance", "s", "access_token", "with", "batch_mode", "=", "True", "will", "set", "authorization", "param", "to", "it", "s", "value", "." ]

[ "def", "update", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "_controller", ".", "update", "(", "self", ".", "_id", ",", "wake_if_asleep", "=", "False", ")", "data", "=", "self", ".", "_controller", ".", "get_drive_params", "(", "self", ".", "_id", ")", "if", "data", ":", "self", ".", "__longitude", "=", "data", "[", "'longitude'", "]", "self", ".", "__latitude", "=", "data", "[", "'latitude'", "]", "self", ".", "__heading", "=", "data", "[", "'heading'", "]", "if", "self", ".", "__longitude", "and", "self", ".", "__latitude", "and", "self", ".", "__heading", ":", "self", ".", "__location", "=", "{", "'longitude'", ":", "self", ".", "__longitude", ",", "'latitude'", ":", "self", ".", "__latitude", ",", "'heading'", ":", "self", ".", "__heading", "}" ]

[ "Update", "the", "current", "GPS", "location", "." ]

[ "def", "format_val", "(", "val", ")", ":", "val", "=", "text_type", "(", "val", ")", "if", "val", ".", "isdigit", "(", ")", ":", "return", "int", "(", "val", ")", "else", ":", "return", "'\\'{0}\\''", ".", "format", "(", "val", ")" ]

[ "Returns", "val", "as", "integer", "or", "as", "escaped", "string", "according", "to", "its", "value", ":", "param", "val", ":", "any", "value", ":", "return", ":", "formatted", "string" ]

[ "def", "send_all_messages", "(", "self", ",", "close_on_done", "=", "True", ")", ":", "self", ".", "open", "(", ")", "running", "=", "True", "try", ":", "messages", "=", "self", ".", "_pending_messages", "[", ":", "]", "running", "=", "self", ".", "wait", "(", ")", "results", "=", "[", "m", ".", "state", "for", "m", "in", "messages", "]", "return", "results", "finally", ":", "if", "close_on_done", "or", "not", "running", ":", "self", ".", "close", "(", ")" ]

[ "Send", "all", "pending", "messages", "in", "the", "queue", ".", "This", "will", "return", "a", "list", "of", "the", "send", "result", "of", "all", "the", "pending", "messages", "so", "it", "can", "be", "determined", "if", "any", "messages", "failed", "to", "send", ".", "This", "function", "will", "open", "the", "client", "if", "it", "is", "not", "already", "open", "." ]

[ "def", "update_file_metadata", "(", "self", ",", "uri", ",", "filename", "=", "None", ",", "description", "=", "None", ",", "mtime", "=", "None", ",", "privacy", "=", "None", ")", ":", "resource", "=", "self", ".", "get_resource_by_uri", "(", "uri", ")", "if", "not", "isinstance", "(", "resource", ",", "File", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Expected File, got {}'", ".", "format", "(", "type", "(", "resource", ")", ")", ")", "result", "=", "self", ".", "api", ".", "file_update", "(", "resource", "[", "'quickkey'", "]", ",", "filename", "=", "filename", ",", "description", "=", "description", ",", "mtime", "=", "mtime", ",", "privacy", "=", "privacy", ")", "return", "result" ]

[ "Update", "file", "metadata", "." ]

[ "def", "create_customer", "(", "self", ",", "name", ",", "gender", ",", "address", ",", "phone", ",", "email", ",", "vat", "=", "None", ",", "fax", "=", "None", ",", "company_name", "=", "None", ",", "additional_data", "=", "None", ",", "extension_additional_data", "=", "None", ")", ":", "response", "=", "self", ".", "request", "(", "E", ".", "createCustomerRequest", "(", "E", ".", "companyName", "(", "company_name", ")", ",", "E", ".", "vat", "(", "vat", ")", ",", "E", ".", "name", "(", "E", ".", "initials", "(", "name", ".", "initials", ")", ",", "E", ".", "firstName", "(", "name", ".", "first_name", ")", ",", "E", ".", "prefix", "(", "name", ".", "prefix", "or", "''", ")", ",", "E", ".", "lastName", "(", "name", ".", "last_name", ")", ",", ")", ",", "E", ".", "gender", "(", "gender", ")", ",", "_get_phone_xml", "(", "'phone'", ",", "phone", ")", ",", "_get_phone_xml", "(", "'fax'", ",", "fax", ")", ",", "E", ".", "address", "(", "E", ".", "street", "(", "address", ".", "street", ")", ",", "E", ".", "number", "(", "address", ".", "number", ")", ",", "E", ".", "suffix", "(", "address", ".", "suffix", "or", "''", ")", ",", "E", ".", "zipcode", "(", "address", ".", "zipcode", ")", ",", "E", ".", "city", "(", "address", ".", "city", ")", ",", "E", ".", "state", "(", "address", ".", "state", "or", "''", ")", ",", "E", ".", "country", "(", "address", ".", "country", ")", ",", ")", ",", "E", ".", "email", "(", "email", ")", ",", "_additional_data", "(", "additional_data", ")", ",", "_extension_additional_data", "(", "extension_additional_data", ")", ",", ")", ")", "return", "str", "(", "response", ".", "data", ".", "handle", ")" ]

[ "Create", "a", "customer" ]

[ "def", "find", "(", "self", ",", "path", ")", ":", "path", "=", "path", ".", "split", "(", "'.'", ")", "node", "=", "self", "while", "node", ".", "_parent", ":", "node", "=", "node", ".", "_parent", "for", "name", "in", "path", ":", "node", "=", "node", ".", "_tree", ".", "get", "(", "name", ",", "None", ")", "if", "node", "is", "None", "or", "type", "(", "node", ")", "is", "float", ":", "return", "None", "return", "node" ]

[ "Return", "the", "node", "for", "a", "path", "or", "None", "." ]

[ "def", "private_config_content", "(", "self", ",", "private_config", ")", ":", "try", ":", "private_config_path", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "self", ".", "working_dir", ",", "\"private-config.cfg\"", ")", "if", "private_config", "is", "None", ":", "private_config", "=", "''", "# We disallow erasing the private config file", "if", "len", "(", "private_config", ")", "==", "0", "and", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "private_config_path", ")", ":", "return", "with", "open", "(", "private_config_path", ",", "'w+'", ",", "encoding", "=", "'utf-8'", ")", "as", "f", ":", "if", "len", "(", "private_config", ")", "==", "0", ":", "f", ".", "write", "(", "''", ")", "else", ":", "private_config", "=", "private_config", ".", "replace", "(", "\"%h\"", ",", "self", ".", "_name", ")", "f", ".", "write", "(", "private_config", ")", "except", "OSError", "as", "e", ":", "raise", "IOUError", "(", "\"Can't write private-config file '{}': {}\"", ".", "format", "(", "private_config_path", ",", "e", ")", ")" ]

[ "Update", "the", "private", "config" ]

[ "def", "draw", "(", "self", ",", "mesh", ",", "projection_matrix", "=", "None", ",", "view_matrix", "=", "None", ",", "camera_matrix", "=", "None", ",", "time", "=", "0", ")", ":", "self", ".", "program", "[", "\"m_proj\"", "]", ".", "write", "(", "projection_matrix", ")", "self", ".", "program", "[", "\"m_mv\"", "]", ".", "write", "(", "view_matrix", ")", "mesh", ".", "vao", ".", "render", "(", "self", ".", "program", ")" ]

[ "Draw", "code", "for", "the", "mesh", ".", "Should", "be", "overriden", "." ]

[ "def", "_islinklike", "(", "dir_path", ")", ":", "dir_path", "=", "ph", ".", "path", "(", "dir_path", ")", "if", "platform", ".", "system", "(", ")", "==", "'Windows'", ":", "if", "dir_path", ".", "isjunction", "(", ")", ":", "return", "True", "elif", "dir_path", ".", "islink", "(", ")", ":", "return", "True", "return", "False" ]

[ "Parameters", "----------", "dir_path", ":", "str", "Directory", "path", "." ]

[ "def", "signal", "(", "self", ",", "session_id", ",", "payload", ",", "connection_id", "=", "None", ")", ":", "response", "=", "requests", ".", "post", "(", "self", ".", "endpoints", ".", "signaling_url", "(", "session_id", ",", "connection_id", ")", ",", "data", "=", "json", ".", "dumps", "(", "payload", ")", ",", "headers", "=", "self", ".", "json_headers", "(", ")", ",", "proxies", "=", "self", ".", "proxies", ",", "timeout", "=", "self", ".", "timeout", ")", "if", "response", ".", "status_code", "==", "204", ":", "pass", "elif", "response", ".", "status_code", "==", "400", ":", "raise", "SignalingError", "(", "'One of the signal properties - data, type, sessionId or connectionId - is invalid.'", ")", "elif", "response", ".", "status_code", "==", "403", ":", "raise", "AuthError", "(", "'You are not authorized to send the signal. Check your authentication credentials.'", ")", "elif", "response", ".", "status_code", "==", "404", ":", "raise", "SignalingError", "(", "'The client specified by the connectionId property is not connected to the session.'", ")", "elif", "response", ".", "status_code", "==", "413", ":", "raise", "SignalingError", "(", "'The type string exceeds the maximum length (128 bytes), or the data string exceeds the maximum size (8 kB).'", ")", "else", ":", "raise", "RequestError", "(", "'An unexpected error occurred'", ",", "response", ".", "status_code", ")" ]

[ "Send", "signals", "to", "all", "participants", "in", "an", "active", "OpenTok", "session", "or", "to", "a", "specific", "client", "connected", "to", "that", "session", "." ]

[ "def", "list_remote", "(", "remote_uri", ",", "verbose", "=", "False", ")", ":", "remote_uri1", ",", "remote_dpath", "=", "remote_uri", ".", "split", "(", "':'", ")", "if", "not", "remote_dpath", ":", "remote_dpath", "=", "'.'", "import", "utool", "as", "ut", "out", "=", "ut", ".", "cmd", "(", "'ssh'", ",", "remote_uri1", ",", "'ls -l %s'", "%", "(", "remote_dpath", ",", ")", ",", "verbose", "=", "verbose", ")", "import", "re", "# Find lines that look like ls output", "split_lines", "=", "[", "re", ".", "split", "(", "r'\\s+'", ",", "t", ")", "for", "t", "in", "out", "[", "0", "]", ".", "split", "(", "'\\n'", ")", "]", "paths", "=", "[", "' '", ".", "join", "(", "t2", "[", "8", ":", "]", ")", "for", "t2", "in", "split_lines", "if", "len", "(", "t2", ")", ">", "8", "]", "return", "paths" ]

[ "remote_uri", "=", "user" ]

[ "def", "_bind_as", "(", "self", ",", "bind_dn", ",", "bind_password", ",", "sticky", "=", "False", ")", ":", "self", ".", "_get_connection", "(", ")", ".", "simple_bind_s", "(", "bind_dn", ",", "bind_password", ")", "self", ".", "_connection_bound", "=", "sticky" ]

[ "Binds", "to", "the", "LDAP", "server", "with", "the", "given", "credentials", ".", "This", "does", "not", "trap", "exceptions", "." ]

[ "def", "binned_bitsets_proximity", "(", "f", ",", "chrom_col", "=", "0", ",", "start_col", "=", "1", ",", "end_col", "=", "2", ",", "strand_col", "=", "5", ",", "upstream", "=", "0", ",", "downstream", "=", "0", ")", ":", "last_chrom", "=", "None", "last_bitset", "=", "None", "bitsets", "=", "dict", "(", ")", "for", "line", "in", "f", ":", "if", "line", ".", "startswith", "(", "\"#\"", ")", ":", "continue", "# print \"input=%s\" % ( line ),", "fields", "=", "line", ".", "split", "(", ")", "strand", "=", "\"+\"", "if", "len", "(", "fields", ")", ">=", "strand_col", "+", "1", ":", "if", "fields", "[", "strand_col", "]", "==", "\"-\"", ":", "strand", "=", "\"-\"", "chrom", "=", "fields", "[", "chrom_col", "]", "if", "chrom", "!=", "last_chrom", ":", "if", "chrom", "not", "in", "bitsets", ":", "bitsets", "[", "chrom", "]", "=", "BinnedBitSet", "(", "MAX", ")", "last_chrom", "=", "chrom", "last_bitset", "=", "bitsets", "[", "chrom", "]", "start", ",", "end", "=", "int", "(", "fields", "[", "start_col", "]", ")", ",", "int", "(", "fields", "[", "end_col", "]", ")", "if", "strand", "==", "\"+\"", ":", "if", "upstream", ":", "start", "=", "max", "(", "0", ",", "start", "-", "upstream", ")", "if", "downstream", ":", "end", "=", "min", "(", "MAX", ",", "end", "+", "downstream", ")", "if", "strand", "==", "\"-\"", ":", "if", "upstream", ":", "end", "=", "min", "(", "MAX", ",", "end", "+", "upstream", ")", "if", "downstream", ":", "start", "=", "max", "(", "0", ",", "start", "-", "downstream", ")", "# print \"set: start=%d\\tend=%d\" % ( start, end )", "if", "end", "-", "start", ">", "0", ":", "last_bitset", ".", "set_range", "(", "start", ",", "end", "-", "start", ")", "return", "bitsets" ]

[ "Read", "a", "file", "into", "a", "dictionary", "of", "bitsets" ]

[ "def", "get_user_uk", "(", "cookie", ",", "tokens", ")", ":", "url", "=", "'http://yun.baidu.com'", "req", "=", "net", ".", "urlopen", "(", "url", ",", "headers", "=", "{", "'Cookie'", ":", "cookie", ".", "header_output", "(", ")", "}", ")", "if", "req", ":", "content", "=", "req", ".", "data", ".", "decode", "(", ")", "match", "=", "re", ".", "findall", "(", "'/share/home\\?uk=(\\d+)\" target='", ",", "content", ")", "if", "len", "(", "match", ")", "==", "1", ":", "return", "match", "[", "0", "]", "else", ":", "logger", ".", "warn", "(", "'pcs.get_user_uk(), failed to parse uk, %s'", "%", "url", ")", "return", "None" ]

[ "获取用户的uk" ]

[ "def", "get_asset_notification_session_for_repository", "(", "self", ",", "asset_receiver", ",", "repository_id", ",", "proxy", ")", ":", "if", "not", "repository_id", "or", "not", "asset_receiver", ":", "raise", "NullArgument", "(", ")", "if", "not", "self", ".", "supports_asset_lookup", "(", ")", ":", "raise", "Unimplemented", "(", ")", "try", ":", "from", ".", "import", "sessions", "except", "ImportError", ":", "raise", "OperationFailed", "(", "'import error'", ")", "proxy", "=", "self", ".", "_convert_proxy", "(", "proxy", ")", "try", ":", "session", "=", "sessions", ".", "AssetAdminSession", "(", "asset_receiver", ",", "repository_id", ",", "proxy", ",", "runtime", "=", "self", ".", "_runtime", ")", "except", "AttributeError", ":", "raise", "OperationFailed", "(", "'attribute error'", ")", "return", "session" ]

[ "Gets", "the", "asset", "notification", "session", "for", "the", "given", "repository", "." ]

[ "def", "asynchronous", "(", "function", ",", "event", ")", ":", "thread", "=", "Thread", "(", "target", "=", "synchronous", ",", "args", "=", "(", "function", ",", "event", ")", ")", "thread", ".", "daemon", "=", "True", "thread", ".", "start", "(", ")" ]

[ "Runs", "the", "function", "asynchronously", "taking", "care", "of", "exceptions", "." ]

[ "def", "_kernel_versions_debian", "(", ")", ":", "kernel_get_selections", "=", "__salt__", "[", "'cmd.run'", "]", "(", "'dpkg --get-selections linux-image-*'", ")", "kernels", "=", "[", "]", "kernel_versions", "=", "[", "]", "for", "line", "in", "kernel_get_selections", ".", "splitlines", "(", ")", ":", "kernels", ".", "append", "(", "line", ")", "try", ":", "kernel", "=", "kernels", "[", "-", "2", "]", "except", "IndexError", ":", "kernel", "=", "kernels", "[", "0", "]", "kernel", "=", "kernel", ".", "rstrip", "(", "'\\t\\tinstall'", ")", "kernel_get_version", "=", "__salt__", "[", "'cmd.run'", "]", "(", "'apt-cache policy '", "+", "kernel", ")", "for", "line", "in", "kernel_get_version", ".", "splitlines", "(", ")", ":", "if", "line", ".", "startswith", "(", "' Installed: '", ")", ":", "kernel_v", "=", "line", ".", "strip", "(", "' Installed: '", ")", "kernel_versions", ".", "append", "(", "kernel_v", ")", "break", "if", "__grains__", "[", "'os'", "]", "==", "'Ubuntu'", ":", "kernel_v", "=", "kernel_versions", "[", "0", "]", ".", "rsplit", "(", "'.'", ",", "1", ")", "kernel_ubuntu_generic", "=", "kernel_v", "[", "0", "]", "+", "'-generic #'", "+", "kernel_v", "[", "1", "]", "kernel_ubuntu_lowlatency", "=", "kernel_v", "[", "0", "]", "+", "'-lowlatency #'", "+", "kernel_v", "[", "1", "]", "kernel_versions", ".", "extend", "(", "[", "kernel_ubuntu_generic", ",", "kernel_ubuntu_lowlatency", "]", ")", "return", "kernel_versions" ]

[ "Last", "installed", "kernel", "name", "for", "Debian", "based", "systems", "." ]

[ "def", "setUser", "(", "request", ")", ":", "if", "not", "settings", ".", "PIAPI_STANDALONE", "or", "settings", ".", "PIAPI_REALUSERS", ":", "raise", "Http404", "request", ".", "session", "[", "'plugit-standalone-usermode'", "]", "=", "request", ".", "GET", ".", "get", "(", "'mode'", ")", "return", "HttpResponse", "(", "''", ")" ]

[ "In", "standalone", "mode", "change", "the", "current", "user" ]

[ "def", "distort_color", "(", "image", ",", "thread_id", "=", "0", ",", "scope", "=", "None", ")", ":", "with", "tf", ".", "name_scope", "(", "values", "=", "[", "image", "]", ",", "name", "=", "scope", ",", "default_name", "=", "'distort_color'", ")", ":", "color_ordering", "=", "thread_id", "%", "2", "if", "color_ordering", "==", "0", ":", "image", "=", "tf", ".", "image", ".", "random_brightness", "(", "image", ",", "max_delta", "=", "32.", "/", "255.", ")", "image", "=", "tf", ".", "image", ".", "random_saturation", "(", "image", ",", "lower", "=", "0.5", ",", "upper", "=", "1.5", ")", "image", "=", "tf", ".", "image", ".", "random_hue", "(", "image", ",", "max_delta", "=", "0.2", ")", "image", "=", "tf", ".", "image", ".", "random_contrast", "(", "image", ",", "lower", "=", "0.5", ",", "upper", "=", "1.5", ")", "elif", "color_ordering", "==", "1", ":", "image", "=", "tf", ".", "image", ".", "random_brightness", "(", "image", ",", "max_delta", "=", "32.", "/", "255.", ")", "image", "=", "tf", ".", "image", ".", "random_contrast", "(", "image", ",", "lower", "=", "0.5", ",", "upper", "=", "1.5", ")", "image", "=", "tf", ".", "image", ".", "random_saturation", "(", "image", ",", "lower", "=", "0.5", ",", "upper", "=", "1.5", ")", "image", "=", "tf", ".", "image", ".", "random_hue", "(", "image", ",", "max_delta", "=", "0.2", ")", "# The random_* ops do not necessarily clamp.", "image", "=", "tf", ".", "clip_by_value", "(", "image", ",", "0.0", ",", "1.0", ")", "return", "image" ]

[ "Distort", "the", "color", "of", "the", "image", "." ]

[ "def", "export_users", "(", "self", ",", "format", "=", "'json'", ")", ":", "pl", "=", "self", ".", "__basepl", "(", "content", "=", "'user'", ",", "format", "=", "format", ")", "return", "self", ".", "_call_api", "(", "pl", ",", "'exp_user'", ")", "[", "0", "]" ]

[ "Export", "the", "users", "of", "the", "Project" ]

[ "def", "align", "(", "self", ",", "alignment", "=", "None", ")", ":", "if", "alignment", "is", "None", ":", "if", "self", ".", "reader", ".", "sysinfo", ".", "ProcessorArchitecture", "==", "PROCESSOR_ARCHITECTURE", ".", "AMD64", ":", "alignment", "=", "8", "else", ":", "alignment", "=", "4", "offset", "=", "self", ".", "current_position", "%", "alignment", "if", "offset", "==", "0", ":", "return", "offset_to_aligned", "=", "(", "alignment", "-", "offset", ")", "%", "alignment", "self", ".", "seek", "(", "offset_to_aligned", ",", "1", ")", "return" ]

[ "Repositions", "the", "current", "reader", "to", "match", "architecture", "alignment" ]

[ "def", "tmatrix_cov", "(", "C", ",", "row", "=", "None", ")", ":", "if", "row", "is", "None", ":", "alpha", "=", "C", "+", "1.0", "# Dirichlet parameters", "alpha0", "=", "alpha", ".", "sum", "(", "axis", "=", "1", ")", "# Sum of paramters (per row)", "norm", "=", "alpha0", "**", "2", "*", "(", "alpha0", "+", "1.0", ")", "\"\"\"Non-normalized covariance tensor\"\"\"", "Z", "=", "-", "alpha", "[", ":", ",", ":", ",", "np", ".", "newaxis", "]", "*", "alpha", "[", ":", ",", "np", ".", "newaxis", ",", ":", "]", "\"\"\"Correct-diagonal\"\"\"", "ind", "=", "np", ".", "diag_indices", "(", "C", ".", "shape", "[", "0", "]", ")", "Z", "[", ":", ",", "ind", "[", "0", "]", ",", "ind", "[", "1", "]", "]", "+=", "alpha0", "[", ":", ",", "np", ".", "newaxis", "]", "*", "alpha", "\"\"\"Covariance matrix\"\"\"", "cov", "=", "Z", "/", "norm", "[", ":", ",", "np", ".", "newaxis", ",", "np", ".", "newaxis", "]", "return", "cov", "else", ":", "alpha", "=", "C", "[", "row", ",", ":", "]", "+", "1.0", "return", "dirichlet_covariance", "(", "alpha", ")" ]

[ "r", "Covariance", "tensor", "for", "the", "non", "-", "reversible", "transition", "matrix", "ensemble" ]

[ "def", "getkeypress", "(", "self", ")", ":", "while", "1", ":", "e", "=", "self", ".", "get", "(", ")", "if", "e", ".", "type", "==", "u'KeyPress'", "and", "e", ".", "keycode", "not", "in", "key_modifiers", ":", "log", "(", "u\"console.getkeypress %s\"", "%", "e", ")", "if", "e", ".", "keyinfo", ".", "keyname", "==", "u'next'", ":", "self", ".", "scroll_window", "(", "12", ")", "elif", "e", ".", "keyinfo", ".", "keyname", "==", "u'prior'", ":", "self", ".", "scroll_window", "(", "-", "12", ")", "else", ":", "return", "e", "elif", "(", "(", "e", ".", "type", "==", "u'KeyRelease'", ")", "and", "(", "e", ".", "keyinfo", "==", "KeyPress", "(", "'S'", ",", "False", ",", "True", ",", "False", ",", "'S'", ")", ")", ")", ":", "log", "(", "u\"getKeypress:%s,%s,%s\"", "%", "(", "e", ".", "keyinfo", ",", "e", ".", "keycode", ",", "e", ".", "type", ")", ")", "return", "e" ]

[ "u", "Return", "next", "key", "press", "event", "from", "the", "queue", "ignoring", "others", "." ]

[ "def", "get_instance", "(", "self", ",", "payload", ")", ":", "return", "FeedbackSummaryInstance", "(", "self", ".", "_version", ",", "payload", ",", "account_sid", "=", "self", ".", "_solution", "[", "'account_sid'", "]", ",", ")" ]

[ "Build", "an", "instance", "of", "FeedbackSummaryInstance" ]

[ "def", "plot_ax", "(", "self", ",", "ax", "=", "None", ",", "fontsize", "=", "12", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "ax", ",", "fig", ",", "plt", "=", "get_ax_fig_plt", "(", "ax", "=", "ax", ")", "color", "=", "kwargs", ".", "get", "(", "\"color\"", ",", "\"r\"", ")", "label", "=", "kwargs", ".", "get", "(", "\"label\"", ",", "\"{} fit\"", ".", "format", "(", "self", ".", "__class__", ".", "__name__", ")", ")", "lines", "=", "[", "\"Equation of State: %s\"", "%", "self", ".", "__class__", ".", "__name__", ",", "\"Minimum energy = %1.2f eV\"", "%", "self", ".", "e0", ",", "\"Minimum or reference volume = %1.2f Ang^3\"", "%", "self", ".", "v0", ",", "\"Bulk modulus = %1.2f eV/Ang^3 = %1.2f GPa\"", "%", "(", "self", ".", "b0", ",", "self", ".", "b0_GPa", ")", ",", "\"Derivative of bulk modulus wrt pressure = %1.2f\"", "%", "self", ".", "b1", "]", "text", "=", "\"\\n\"", ".", "join", "(", "lines", ")", "text", "=", "kwargs", ".", "get", "(", "\"text\"", ",", "text", ")", "# Plot input data.", "ax", ".", "plot", "(", "self", ".", "volumes", ",", "self", ".", "energies", ",", "linestyle", "=", "\"None\"", ",", "marker", "=", "\"o\"", ",", "color", "=", "color", ")", "# Plot eos fit.", "vmin", ",", "vmax", "=", "min", "(", "self", ".", "volumes", ")", ",", "max", "(", "self", ".", "volumes", ")", "vmin", ",", "vmax", "=", "(", "vmin", "-", "0.01", "*", "abs", "(", "vmin", ")", ",", "vmax", "+", "0.01", "*", "abs", "(", "vmax", ")", ")", "vfit", "=", "np", ".", "linspace", "(", "vmin", ",", "vmax", ",", "100", ")", "ax", ".", "plot", "(", "vfit", ",", "self", ".", "func", "(", "vfit", ")", ",", "linestyle", "=", "\"dashed\"", ",", "color", "=", "color", ",", "label", "=", "label", ")", "ax", ".", "grid", "(", "True", ")", "ax", ".", "set_xlabel", "(", "\"Volume $\\\\AA^3$\"", ")", "ax", ".", "set_ylabel", "(", "\"Energy (eV)\"", ")", "ax", ".", "legend", "(", "loc", "=", "\"best\"", ",", "shadow", "=", "True", ")", "# Add text with fit parameters.", "ax", ".", "text", "(", "0.5", ",", "0.5", ",", "text", ",", "fontsize", "=", "fontsize", ",", "horizontalalignment", "=", "'center'", ",", "verticalalignment", "=", "'center'", ",", "transform", "=", "ax", ".", "transAxes", ")", "return", "fig" ]

[ "Plot", "the", "equation", "of", "state", "on", "axis", "ax" ]

[ "def", "load_omim_panel", "(", "self", ",", "api_key", ",", "institute", "=", "None", ")", ":", "existing_panel", "=", "self", ".", "gene_panel", "(", "panel_id", "=", "'OMIM-AUTO'", ")", "if", "not", "existing_panel", ":", "LOG", ".", "warning", "(", "\"OMIM-AUTO does not exists in database\"", ")", "LOG", ".", "info", "(", "'Creating a first version'", ")", "version", "=", "1.0", "if", "existing_panel", ":", "version", "=", "float", "(", "math", ".", "floor", "(", "existing_panel", "[", "'version'", "]", ")", "+", "1", ")", "LOG", ".", "info", "(", "\"Setting version to %s\"", ",", "version", ")", "try", ":", "mim_files", "=", "fetch_mim_files", "(", "api_key", "=", "api_key", ",", "genemap2", "=", "True", ",", "mim2genes", "=", "True", ")", "except", "Exception", "as", "err", ":", "raise", "err", "date_string", "=", "None", "# Get the correct date when omim files where released", "for", "line", "in", "mim_files", "[", "'genemap2'", "]", ":", "if", "'Generated'", "in", "line", ":", "date_string", "=", "line", ".", "split", "(", "':'", ")", "[", "-", "1", "]", ".", "lstrip", "(", ")", ".", "rstrip", "(", ")", "date_obj", "=", "get_date", "(", "date_string", ")", "if", "existing_panel", ":", "if", "existing_panel", "[", "'date'", "]", "==", "date_obj", ":", "LOG", ".", "warning", "(", "\"There is no new version of OMIM\"", ")", "return", "panel_data", "=", "{", "}", "panel_data", "[", "'path'", "]", "=", "None", "panel_data", "[", "'type'", "]", "=", "'clinical'", "panel_data", "[", "'date'", "]", "=", "date_obj", "panel_data", "[", "'panel_id'", "]", "=", "'OMIM-AUTO'", "panel_data", "[", "'institute'", "]", "=", "institute", "or", "'cust002'", "panel_data", "[", "'version'", "]", "=", "version", "panel_data", "[", "'display_name'", "]", "=", "'OMIM-AUTO'", "panel_data", "[", "'genes'", "]", "=", "[", "]", "alias_genes", "=", "self", ".", "genes_by_alias", "(", ")", "genes", "=", "get_omim_panel_genes", "(", "genemap2_lines", "=", "mim_files", "[", "'genemap2'", "]", ",", "mim2gene_lines", "=", "mim_files", "[", "'mim2genes'", "]", ",", "alias_genes", "=", "alias_genes", ",", ")", "for", "gene", "in", "genes", ":", "panel_data", "[", "'genes'", "]", ".", "append", "(", "gene", ")", "panel_obj", "=", "build_panel", "(", "panel_data", ",", "self", ")", "if", "existing_panel", ":", "new_genes", "=", "self", ".", "compare_mim_panels", "(", "existing_panel", ",", "panel_obj", ")", "if", "new_genes", ":", "self", ".", "update_mim_version", "(", "new_genes", ",", "panel_obj", ",", "old_version", "=", "existing_panel", "[", "'version'", "]", ")", "else", ":", "LOG", ".", "info", "(", "\"The new version of omim does not differ from the old one\"", ")", "LOG", ".", "info", "(", "\"No update is added\"", ")", "return", "self", ".", "add_gene_panel", "(", "panel_obj", ")" ]

[ "Create", "and", "load", "the", "OMIM", "-", "AUTO", "panel" ]

[ "def", "process_injections", "(", "hdffile", ")", ":", "data", "=", "{", "}", "with", "h5py", ".", "File", "(", "hdffile", ",", "'r'", ")", "as", "inp", ":", "found_index", "=", "inp", "[", "'found_after_vetoes/injection_index'", "]", "[", ":", "]", "for", "param", "in", "_save_params", ":", "data", "[", "param", "]", "=", "inp", "[", "'injections/'", "+", "param", "]", "[", ":", "]", "ifar", "=", "np", ".", "zeros_like", "(", "data", "[", "_save_params", "[", "0", "]", "]", ")", "ifar", "[", "found_index", "]", "=", "inp", "[", "'found_after_vetoes/ifar'", "]", "[", ":", "]", "data", "[", "'ifar'", "]", "=", "ifar", "stat", "=", "np", ".", "zeros_like", "(", "data", "[", "_save_params", "[", "0", "]", "]", ")", "stat", "[", "found_index", "]", "=", "inp", "[", "'found_after_vetoes/stat'", "]", "[", ":", "]", "data", "[", "'stat'", "]", "=", "stat", "return", "data" ]

[ "Function", "to", "read", "in", "the", "injection", "file", "and", "extract", "the", "found", "injections", "and", "all", "injections" ]

[ "def", "simple_tokenize", "(", "name", ")", ":", "last_names", ",", "first_names", "=", "name", ".", "split", "(", "','", ")", "last_names", "=", "_RE_NAME_TOKEN_SEPARATOR", ".", "split", "(", "last_names", ")", "first_names", "=", "_RE_NAME_TOKEN_SEPARATOR", ".", "split", "(", "first_names", ")", "first_names", "=", "[", "NameToken", "(", "n", ")", "if", "len", "(", "n", ")", ">", "1", "else", "NameInitial", "(", "n", ")", "for", "n", "in", "first_names", "if", "n", "]", "last_names", "=", "[", "NameToken", "(", "n", ")", "if", "len", "(", "n", ")", ">", "1", "else", "NameInitial", "(", "n", ")", "for", "n", "in", "last_names", "if", "n", "]", "return", "{", "'lastnames'", ":", "last_names", ",", "'nonlastnames'", ":", "first_names", "}" ]

[ "Simple", "tokenizer", "function", "to", "be", "used", "with", "the", "normalizers", "." ]

[ "def", "load_from_string", "(", "self", ",", "content", ",", "container", ",", "*", "*", "opts", ")", ":", "root", "=", "ET", ".", "fromstring", "(", "content", ")", "if", "anyconfig", ".", "compat", ".", "IS_PYTHON_3", ":", "stream", "=", "BytesIO", "(", "content", ")", "else", ":", "stream", "=", "anyconfig", ".", "compat", ".", "StringIO", "(", "content", ")", "nspaces", "=", "_namespaces_from_file", "(", "stream", ")", "return", "root_to_container", "(", "root", ",", "container", "=", "container", ",", "nspaces", "=", "nspaces", ",", "*", "*", "opts", ")" ]

[ "Load", "config", "from", "XML", "snippet", "(", "a", "string", "content", ")", "." ]