Datasets:

---

kejian

/

codesearchnet-python-raw

like 1

[ "def", "is_available", "(", "time", ",", "duration", ",", "availabilities", ")", ":", "if", "duration", "==", "30", ":", "return", "time", "in", "availabilities", "elif", "duration", "==", "60", ":", "second_half_hour_time", "=", "increment_time_by_thirty_mins", "(", "time", ")", "return", "time", "in", "availabilities", "and", "second_half_hour_time", "in", "availabilities", "# Invalid duration ; throw error. We should not have reached this branch due to earlier validation.", "raise", "Exception", "(", "'Was not able to understand duration {}'", ".", "format", "(", "duration", ")", ")" ]

[ "Helper", "function", "to", "check", "if", "the", "given", "time", "and", "duration", "fits", "within", "a", "known", "set", "of", "availability", "windows", ".", "Duration", "is", "assumed", "to", "be", "one", "of", "30", "60", "(", "meaning", "minutes", ")", ".", "Availabilities", "is", "expected", "to", "contain", "entries", "of", "the", "format", "HH", ":", "MM", "." ]

[ "def", "startServer", "(", "tikaServerJar", ",", "java_path", "=", "TikaJava", ",", "serverHost", "=", "ServerHost", ",", "port", "=", "Port", ",", "classpath", "=", "None", ",", "config_path", "=", "None", ")", ":", "if", "classpath", "is", "None", ":", "classpath", "=", "TikaServerClasspath", "host", "=", "\"localhost\"", "if", "Windows", ":", "host", "=", "\"0.0.0.0\"", "if", "classpath", ":", "classpath", "+=", "\":\"", "+", "tikaServerJar", "else", ":", "classpath", "=", "tikaServerJar", "# setup command string", "cmd_string", "=", "\"\"", "if", "not", "config_path", ":", "cmd_string", "=", "'%s -cp %s org.apache.tika.server.TikaServerCli --port %s --host %s &'", "%", "(", "java_path", ",", "classpath", ",", "port", ",", "host", ")", "else", ":", "cmd_string", "=", "'%s -cp %s org.apache.tika.server.TikaServerCli --port %s --host %s --config %s &'", "%", "(", "java_path", ",", "classpath", ",", "port", ",", "host", ",", "config_path", ")", "# Check that we can write to log path", "try", ":", "tika_log_file_path", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "TikaServerLogFilePath", ",", "'tika-server.log'", ")", "logFile", "=", "open", "(", "tika_log_file_path", ",", "'w'", ")", "except", "PermissionError", "as", "e", ":", "log", ".", "error", "(", "\"Unable to create tika-server.log at %s due to permission error.\"", "%", "(", "TikaServerLogFilePath", ")", ")", "return", "False", "# Check that specified java binary is available on path", "try", ":", "_", "=", "Popen", "(", "java_path", ",", "stdout", "=", "open", "(", "os", ".", "devnull", ",", "\"w\"", ")", ",", "stderr", "=", "open", "(", "os", ".", "devnull", ",", "\"w\"", ")", ")", "except", "FileNotFoundError", "as", "e", ":", "log", ".", "error", "(", "\"Unable to run java; is it installed?\"", ")", "return", "False", "# Run java with jar args", "cmd", "=", "Popen", "(", "cmd_string", ",", "stdout", "=", "logFile", ",", "stderr", "=", "STDOUT", ",", "shell", "=", "True", ")", "# Check logs and retry as configured", "try_count", "=", "0", "is_started", "=", "False", "while", "try_count", "<", "TikaStartupMaxRetry", ":", "with", "open", "(", "tika_log_file_path", ",", "\"r\"", ")", "as", "tika_log_file_tmp", ":", "# check for INFO string to confirm listening endpoint", "if", "\"Started Apache Tika server at\"", "in", "tika_log_file_tmp", ".", "read", "(", ")", ":", "is_started", "=", "True", "else", ":", "log", ".", "warning", "(", "\"Failed to see startup log message; retrying...\"", ")", "time", ".", "sleep", "(", "TikaStartupSleep", ")", "try_count", "+=", "1", "if", "not", "is_started", ":", "log", ".", "error", "(", "\"Tika startup log message not received after %d tries.\"", "%", "(", "TikaStartupMaxRetry", ")", ")", "return", "False", "else", ":", "return", "True" ]

[ "Starts", "Tika", "Server", ":", "param", "tikaServerJar", ":", "path", "to", "tika", "server", "jar", ":", "param", "serverHost", ":", "the", "host", "interface", "address", "to", "be", "used", "for", "binding", "the", "service", ":", "param", "port", ":", "the", "host", "port", "to", "be", "used", "for", "binding", "the", "service", ":", "param", "classpath", ":", "Class", "path", "value", "to", "pass", "to", "JVM", ":", "return", ":", "None" ]

[ "def", "registerAdminSite", "(", "appName", ",", "excludeModels", "=", "[", "]", ")", ":", "for", "model", "in", "apps", ".", "get_app_config", "(", "appName", ")", ".", "get_models", "(", ")", ":", "if", "model", "not", "in", "excludeModels", ":", "admin", ".", "site", ".", "register", "(", "model", ")" ]

[ "Registers", "the", "models", "of", "the", "app", "with", "the", "given", "appName", "for", "the", "admin", "site" ]

[ "def", "inband_solarflux", "(", "self", ",", "rsr", ",", "scale", "=", "1.0", ",", "*", "*", "options", ")", ":", "return", "self", ".", "_band_calculations", "(", "rsr", ",", "True", ",", "scale", ",", "*", "*", "options", ")" ]

[ "Derive", "the", "inband", "solar", "flux", "for", "a", "given", "instrument", "relative", "spectral", "response", "valid", "for", "an", "earth", "-", "sun", "distance", "of", "one", "AU", "." ]

[ "def", "r", "(", "self", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "thiso", "=", "self", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "onet", "=", "(", "len", "(", "thiso", ".", "shape", ")", "==", "1", ")", "if", "onet", ":", "return", "nu", ".", "sqrt", "(", "thiso", "[", "0", "]", "**", "2.", "+", "thiso", "[", "3", "]", "**", "2.", ")", "else", ":", "return", "nu", ".", "sqrt", "(", "thiso", "[", "0", ",", ":", "]", "**", "2.", "+", "thiso", "[", "3", ",", ":", "]", "**", "2.", ")" ]

[ "NAME", ":", "r", "PURPOSE", ":", "return", "spherical", "radius", "at", "time", "t", "INPUT", ":", "t", "-", "(", "optional", ")", "time", "at", "which", "to", "get", "the", "radius", "ro", "=", "(", "Object", "-", "wide", "default", ")", "physical", "scale", "for", "distances", "to", "use", "to", "convert", "use_physical", "=", "use", "to", "override", "Object", "-", "wide", "default", "for", "using", "a", "physical", "scale", "for", "output", "OUTPUT", ":", "r", "(", "t", ")", "HISTORY", ":", "2016", "-", "04", "-", "19", "-", "Written", "-", "Bovy", "(", "UofT", ")" ]

[ "def", "footprint", "(", "self", ")", ":", "# Check whether product or granule footprint needs to be calculated.", "tile_geocoding", "=", "self", ".", "_metadata", ".", "iter", "(", "\"Tile_Geocoding\"", ")", ".", "next", "(", ")", "resolution", "=", "10", "searchstring", "=", "\".//*[@resolution='%s']\"", "%", "resolution", "size", ",", "geoposition", "=", "tile_geocoding", ".", "findall", "(", "searchstring", ")", "nrows", ",", "ncols", "=", "(", "int", "(", "i", ".", "text", ")", "for", "i", "in", "size", ")", "ulx", ",", "uly", ",", "xdim", ",", "ydim", "=", "(", "int", "(", "i", ".", "text", ")", "for", "i", "in", "geoposition", ")", "lrx", "=", "ulx", "+", "nrows", "*", "resolution", "lry", "=", "uly", "-", "ncols", "*", "resolution", "utm_footprint", "=", "box", "(", "ulx", ",", "lry", ",", "lrx", ",", "uly", ")", "project", "=", "partial", "(", "pyproj", ".", "transform", ",", "pyproj", ".", "Proj", "(", "init", "=", "self", ".", "srid", ")", ",", "pyproj", ".", "Proj", "(", "init", "=", "'EPSG:4326'", ")", ")", "footprint", "=", "transform", "(", "project", ",", "utm_footprint", ")", ".", "buffer", "(", "0", ")", "return", "footprint" ]

[ "Find", "and", "return", "footprint", "as", "Shapely", "Polygon", "." ]

[ "def", "_linear_decorelate_color", "(", "t", ")", ":", "# check that inner dimension is 3?", "t_flat", "=", "tf", ".", "reshape", "(", "t", ",", "[", "-", "1", ",", "3", "]", ")", "color_correlation_normalized", "=", "color_correlation_svd_sqrt", "/", "max_norm_svd_sqrt", "t_flat", "=", "tf", ".", "matmul", "(", "t_flat", ",", "color_correlation_normalized", ".", "T", ")", "t", "=", "tf", ".", "reshape", "(", "t_flat", ",", "tf", ".", "shape", "(", "t", ")", ")", "return", "t" ]

[ "Multiply", "input", "by", "sqrt", "of", "emperical", "(", "ImageNet", ")", "color", "correlation", "matrix", ".", "If", "you", "interpret", "t", "s", "innermost", "dimension", "as", "describing", "colors", "in", "a", "decorrelated", "version", "of", "the", "color", "space", "(", "which", "is", "a", "very", "natural", "way", "to", "describe", "colors", "--", "see", "discussion", "in", "Feature", "Visualization", "article", ")", "the", "way", "to", "map", "back", "to", "normal", "colors", "is", "multiply", "the", "square", "root", "of", "your", "color", "correlations", "." ]

[ "def", "get_resource_form_for_create", "(", "self", ",", "resource_record_types", ")", ":", "# Implemented from template for", "# osid.resource.ResourceAdminSession.get_resource_form_for_create_template", "for", "arg", "in", "resource_record_types", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "arg", ",", "ABCType", ")", ":", "raise", "errors", ".", "InvalidArgument", "(", "'one or more argument array elements is not a valid OSID Type'", ")", "if", "resource_record_types", "==", "[", "]", ":", "obj_form", "=", "objects", ".", "ResourceForm", "(", "bin_id", "=", "self", ".", "_catalog_id", ",", "runtime", "=", "self", ".", "_runtime", ",", "effective_agent_id", "=", "self", ".", "get_effective_agent_id", "(", ")", ",", "proxy", "=", "self", ".", "_proxy", ")", "else", ":", "obj_form", "=", "objects", ".", "ResourceForm", "(", "bin_id", "=", "self", ".", "_catalog_id", ",", "record_types", "=", "resource_record_types", ",", "runtime", "=", "self", ".", "_runtime", ",", "effective_agent_id", "=", "self", ".", "get_effective_agent_id", "(", ")", ",", "proxy", "=", "self", ".", "_proxy", ")", "self", ".", "_forms", "[", "obj_form", ".", "get_id", "(", ")", ".", "get_identifier", "(", ")", "]", "=", "not", "CREATED", "return", "obj_form" ]

[ "Gets", "the", "resource", "form", "for", "creating", "new", "resources", "." ]

[ "def", "_cgc_package_list_identifier", "(", "self", ",", "data_addr", ",", "data_size", ")", ":", "if", "data_size", "<", "100", ":", "return", "None", ",", "None", "data", "=", "self", ".", "fast_memory_load", "(", "data_addr", ",", "data_size", ",", "str", ")", "if", "data", "[", ":", "10", "]", "!=", "'The DECREE'", ":", "return", "None", ",", "None", "if", "not", "all", "(", "i", "in", "string", ".", "printable", "for", "i", "in", "data", ")", ":", "return", "None", ",", "None", "if", "not", "re", ".", "match", "(", "r\"The DECREE packages used in the creation of this challenge binary were:\"", ",", "data", ")", ":", "return", "None", ",", "None", "return", "'cgc-package-list'", ",", "data_size" ]

[ "Identifies", "the", "CGC", "package", "list", "associated", "with", "the", "CGC", "binary", "." ]

[ "def", "interleave_keys", "(", "a", ",", "b", ")", ":", "def", "interleave", "(", "args", ")", ":", "return", "''", ".", "join", "(", "[", "x", "for", "t", "in", "zip", "(", "*", "args", ")", "for", "x", "in", "t", "]", ")", "return", "int", "(", "''", ".", "join", "(", "interleave", "(", "format", "(", "x", ",", "'016b'", ")", "for", "x", "in", "(", "a", ",", "b", ")", ")", ")", ",", "base", "=", "2", ")" ]

[ "Interleave", "bits", "from", "two", "sort", "keys", "to", "form", "a", "joint", "sort", "key", "." ]

[ "def", "namedb_state_transition", "(", "cur", ",", "opcode", ",", "op_data", ",", "block_id", ",", "vtxindex", ",", "txid", ",", "history_id", ",", "cur_record", ",", "record_table", ",", "constraints_ignored", "=", "[", "]", ")", ":", "# sanity check: must be a state-transitioning operation", "try", ":", "assert", "opcode", "in", "OPCODE_NAME_STATE_TRANSITIONS", "+", "OPCODE_NAMESPACE_STATE_TRANSITIONS", ",", "\"BUG: opcode '%s' is not a state-transition\"", "assert", "'opcode'", "not", "in", "op_data", ",", "'BUG: opcode not allowed in op_data'", "except", "Exception", ",", "e", ":", "log", ".", "exception", "(", "e", ")", "log", ".", "error", "(", "\"BUG: opcode '%s' is not a state-transition operation\"", "%", "opcode", ")", "os", ".", "abort", "(", ")", "# make sure we have a name/namespace_id and block number", "op_data_name", "=", "copy", ".", "deepcopy", "(", "op_data", ")", "if", "opcode", "in", "OPCODE_NAME_STATE_TRANSITIONS", ":", "# name state transition ", "op_data_name", "[", "'name'", "]", "=", "history_id", "elif", "opcode", "in", "OPCODE_NAMESPACE_STATE_TRANSITIONS", ":", "# namespace state transition ", "op_data_name", "[", "'namespace_id'", "]", "=", "history_id", "# sanity check make sure we got valid state transition data", "try", ":", "assert", "cur_record", ".", "has_key", "(", "'block_number'", ")", ",", "'current record does not have a block number'", "op_data_name", "[", "'block_number'", "]", "=", "cur_record", "[", "'block_number'", "]", "rc", "=", "namedb_state_transition_sanity_check", "(", "opcode", ",", "op_data_name", ",", "history_id", ",", "cur_record", ",", "record_table", ")", "if", "not", "rc", ":", "raise", "Exception", "(", "\"State transition sanity checks failed\"", ")", "rc", "=", "namedb_state_mutation_sanity_check", "(", "opcode", ",", "op_data_name", ")", "if", "not", "rc", ":", "raise", "Exception", "(", "\"State mutation sanity checks failed\"", ")", "except", "Exception", ",", "e", ":", "log", ".", "exception", "(", "e", ")", "log", ".", "error", "(", "\"FATAL: state transition sanity checks failed\"", ")", "os", ".", "abort", "(", ")", "# 1. generate the new record that will be used for consensus.", "# It will be the new data overlayed on the current record, with all quirks applied.", "new_record", "=", "{", "}", "new_record", ".", "update", "(", "cur_record", ")", "new_record", ".", "update", "(", "op_data_name", ")", "new_record", "[", "'opcode'", "]", "=", "opcode", "canonicalized_record", "=", "op_canonicalize_quirks", "(", "opcode", ",", "new_record", ",", "cur_record", ")", "canonicalized_record", "[", "'opcode'", "]", "=", "opcode", "rc", "=", "namedb_history_save", "(", "cur", ",", "opcode", ",", "history_id", ",", "None", ",", "new_record", ".", "get", "(", "'value_hash'", ",", "None", ")", ",", "block_id", ",", "vtxindex", ",", "txid", ",", "canonicalized_record", ")", "if", "not", "rc", ":", "log", ".", "error", "(", "\"FATAL: failed to save history for '%s' at (%s, %s)\"", "%", "(", "history_id", ",", "block_id", ",", "vtxindex", ")", ")", "os", ".", "abort", "(", ")", "rc", "=", "False", "merged_new_record", "=", "None", "# 2. Store the actual op_data, to be returned on name lookups", "# Don't store extra fields that don't belong in the db (i.e. that we don't have colunms for), but preserve them across the write.", "stored_op_data", "=", "{", "}", "stored_op_data", ".", "update", "(", "op_data_name", ")", "# separate out the extras", "_", ",", "op_data_extra", "=", "namedb_find_missing_and_extra", "(", "cur", ",", "stored_op_data", ",", "record_table", ")", "if", "len", "(", "op_data_extra", ")", ">", "0", ":", "log", ".", "debug", "(", "\"Remove extra fields: {}\"", ".", "format", "(", "','", ".", "join", "(", "op_data_extra", ")", ")", ")", "for", "extra", "in", "op_data_extra", ":", "del", "stored_op_data", "[", "extra", "]", "if", "opcode", "in", "OPCODE_NAME_STATE_TRANSITIONS", ":", "# name state transition ", "rc", "=", "namedb_name_update", "(", "cur", ",", "opcode", ",", "stored_op_data", ",", "constraints_ignored", "=", "constraints_ignored", ")", "if", "not", "rc", ":", "log", ".", "error", "(", "\"FATAL: opcode is not a state-transition operation on names\"", ")", "os", ".", "abort", "(", ")", "merged_new_record", "=", "namedb_get_name", "(", "cur", ",", "history_id", ",", "block_id", ",", "include_history", "=", "False", ",", "include_expired", "=", "True", ")", "elif", "opcode", "in", "OPCODE_NAMESPACE_STATE_TRANSITIONS", ":", "# namespace state transition ", "rc", "=", "namedb_namespace_update", "(", "cur", ",", "opcode", ",", "stored_op_data", ",", "constraints_ignored", "=", "constraints_ignored", ")", "if", "not", "rc", ":", "log", ".", "error", "(", "\"FATAL: opcode is not a state-transition operation on namespaces\"", ")", "os", ".", "abort", "(", ")", "merged_new_record", "=", "namedb_get_namespace", "(", "cur", ",", "history_id", ",", "block_id", ",", "include_history", "=", "False", ",", "include_expired", "=", "True", ")", "# 3. success! make sure the merged_new_record is consistent with canonicalized_record", "for", "f", "in", "merged_new_record", ":", "if", "f", "not", "in", "canonicalized_record", ":", "raise", "Exception", "(", "\"canonicalized record is missing {}\"", ".", "format", "(", "f", ")", ")", "return", "canonicalized_record" ]

[ "Given", "an", "operation", "(", "opcode", "op_data", ")", "a", "point", "in", "time", "(", "block_id", "vtxindex", "txid", ")", "and", "a", "current", "record", "(", "history_id", "cur_record", ")", "apply", "the", "operation", "to", "the", "record", "and", "save", "the", "delta", "to", "the", "record", "s", "history", ".", "Also", "insert", "or", "update", "the", "new", "record", "into", "the", "db", "." ]

[ "def", "unit_tangent", "(", "self", ",", "t", ")", ":", "dseg", "=", "self", ".", "derivative", "(", "t", ")", "return", "dseg", "/", "abs", "(", "dseg", ")" ]

[ "returns", "the", "unit", "tangent", "vector", "of", "the", "segment", "at", "t", "(", "centered", "at", "the", "origin", "and", "expressed", "as", "a", "complex", "number", ")", "." ]

[ "def", "fwdl_status_output_fwdl_state", "(", "self", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "config", "=", "ET", ".", "Element", "(", "\"config\"", ")", "fwdl_status", "=", "ET", ".", "Element", "(", "\"fwdl_status\"", ")", "config", "=", "fwdl_status", "output", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "fwdl_status", ",", "\"output\"", ")", "fwdl_state", "=", "ET", ".", "SubElement", "(", "output", ",", "\"fwdl-state\"", ")", "fwdl_state", ".", "text", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'fwdl_state'", ")", "callback", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'callback'", ",", "self", ".", "_callback", ")", "return", "callback", "(", "config", ")" ]

[ "Auto", "Generated", "Code" ]

[ "def", "random_peak_magnitudes", "(", "log", ",", "peakMagnitudeDistributions", ",", "snTypesArray", ",", "plot", "=", "True", ")", ":", "################ > IMPORTS ################", "## STANDARD LIB ##", "## THIRD PARTY ##", "import", "matplotlib", ".", "pyplot", "as", "plt", "import", "numpy", "as", "np", "## LOCAL APPLICATION ##", "################ >ACTION(S) ################", "magDistributions", "=", "{", "}", "for", "snType", ",", "peakMag", "in", "peakMagnitudeDistributions", "[", "'magnitude'", "]", ".", "iteritems", "(", ")", ":", "sigma", "=", "peakMagnitudeDistributions", "[", "'sigma'", "]", "[", "snType", "]", "magDistributions", "[", "snType", "]", "=", "[", "peakMag", ",", "sigma", "]", "peakMagList", "=", "[", "]", "for", "item", "in", "snTypesArray", ":", "thisPeak", "=", "magDistributions", "[", "item", "]", "[", "1", "]", "*", "np", ".", "random", ".", "randn", "(", ")", "+", "magDistributions", "[", "item", "]", "[", "0", "]", "peakMagList", ".", "append", "(", "thisPeak", ")", "peakMagArray", "=", "np", ".", "array", "(", "peakMagList", ")", "# log.debug('peakMagArray %s' % (peakMagArray,))", "return", "peakMagArray" ]

[ "*", "Generate", "a", "numpy", "array", "of", "random", "(", "distribution", "weighted", ")", "peak", "magnitudes", "for", "the", "given", "sn", "types", ".", "*" ]

[ "def", "unregisterWalkthrough", "(", "self", ",", "walkthrough", ")", ":", "if", "type", "(", "walkthrough", ")", "in", "(", "str", ",", "unicode", ")", ":", "walkthrough", "=", "self", ".", "findWalkthrough", "(", "walkthrough", ")", "try", ":", "self", ".", "_walkthroughs", ".", "remove", "(", "walkthrough", ")", "except", "ValueError", ":", "pass" ]

[ "Unregisters", "the", "inputed", "walkthrough", "from", "the", "application", "walkthroug", "list", ".", ":", "param", "walkthrough", "|", "<XWalkthrough", ">" ]

[ "def", "_preprocess", "(", "self", ",", "valid_features", "=", "[", "\"pcp\"", ",", "\"tonnetz\"", ",", "\"mfcc\"", ",", "\"cqt\"", ",", "\"tempogram\"", "]", ")", ":", "# Use specific feature", "if", "self", ".", "feature_str", "not", "in", "valid_features", ":", "raise", "RuntimeError", "(", "\"Feature %s in not valid for algorithm: %s \"", "\"(valid features are %s).\"", "%", "(", "self", ".", "feature_str", ",", "__name__", ",", "valid_features", ")", ")", "else", ":", "try", ":", "F", "=", "self", ".", "features", ".", "features", "except", "KeyError", ":", "raise", "RuntimeError", "(", "\"Feature %s in not supported by MSAF\"", "%", "(", "self", ".", "feature_str", ")", ")", "return", "F" ]

[ "This", "method", "obtains", "the", "actual", "features", "." ]

[ "def", "json", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "meta_type", "==", "'list'", ":", "ret", "=", "[", "]", "for", "dat", "in", "self", ".", "_list", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "dat", ",", "composite", ")", ":", "ret", ".", "append", "(", "dat", ")", "else", ":", "ret", ".", "append", "(", "dat", ".", "json", "(", ")", ")", "return", "ret", "elif", "self", ".", "meta_type", "==", "'dict'", ":", "ret", "=", "{", "}", "for", "key", "in", "self", ".", "_dict", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "self", ".", "_dict", "[", "key", "]", ",", "composite", ")", ":", "ret", "[", "key", "]", "=", "self", ".", "_dict", "[", "key", "]", "else", ":", "ret", "[", "key", "]", "=", "self", ".", "_dict", "[", "key", "]", ".", "json", "(", ")", "return", "ret" ]

[ "Return", "JSON", "representation", "of", "object", "." ]

[ "def", "on_person_update", "(", "self", ",", "people", ")", ":", "try", ":", "self", ".", "sensor_client", ".", "person_update", "(", "people", ")", "except", ":", "self", ".", "exception", "(", "\"Failed to update people\"", ")", "raise", "Exception", "(", "\"Updating people failed\"", ")" ]

[ "People", "have", "changed" ]

[ "def", "compute_sha256", "(", "path", ")", ":", "hasher", "=", "hashlib", ".", "sha256", "(", ")", "with", "open", "(", "path", ",", "'rb'", ")", "as", "f", ":", "# 10MB chunks", "for", "chunk", "in", "iter", "(", "lambda", ":", "f", ".", "read", "(", "10", "*", "1024", "*", "1024", ")", ",", "b''", ")", ":", "hasher", ".", "update", "(", "chunk", ")", "return", "hasher", ".", "hexdigest", "(", ")" ]

[ "Compute", "the", "SHA", "-", "256", "hash", "of", "the", "file", "at", "the", "given", "path" ]

[ "def", "newCDataBlock", "(", "self", ",", "content", ",", "len", ")", ":", "ret", "=", "libxml2mod", ".", "xmlNewCDataBlock", "(", "self", ".", "_o", ",", "content", ",", "len", ")", "if", "ret", "is", "None", ":", "raise", "treeError", "(", "'xmlNewCDataBlock() failed'", ")", "__tmp", "=", "xmlNode", "(", "_obj", "=", "ret", ")", "return", "__tmp" ]

[ "Creation", "of", "a", "new", "node", "containing", "a", "CDATA", "block", "." ]

[ "def", "make_paragraphs", "(", "cls", ",", "root", ")", ":", "handler", "=", "cls", "(", ")", "lxml", ".", "sax", ".", "saxify", "(", "root", ",", "handler", ")", "return", "handler", ".", "paragraphs" ]

[ "Converts", "DOM", "into", "paragraphs", "." ]

[ "def", "template_str", "(", "tem", ",", "queue", "=", "False", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "conflict", "=", "_check_queue", "(", "queue", ",", "kwargs", ")", "if", "conflict", "is", "not", "None", ":", "return", "conflict", "opts", "=", "salt", ".", "utils", ".", "state", ".", "get_sls_opts", "(", "__opts__", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "try", ":", "st_", "=", "salt", ".", "state", ".", "State", "(", "opts", ",", "proxy", "=", "__proxy__", ",", "initial_pillar", "=", "_get_initial_pillar", "(", "opts", ")", ")", "except", "NameError", ":", "st_", "=", "salt", ".", "state", ".", "State", "(", "opts", ",", "initial_pillar", "=", "_get_initial_pillar", "(", "opts", ")", ")", "ret", "=", "st_", ".", "call_template_str", "(", "tem", ")", "_set_retcode", "(", "ret", ")", "return", "ret" ]

[ "Execute", "the", "information", "stored", "in", "a", "string", "from", "an", "sls", "template" ]

[ "def", "get_last_month_range", "(", ")", ":", "today", "=", "date", ".", "today", "(", ")", "# Get the last day for the previous month.", "end_of_last_month", "=", "snap_to_beginning_of_month", "(", "today", ")", "-", "timedelta", "(", "days", "=", "1", ")", "start_of_last_month", "=", "snap_to_beginning_of_month", "(", "end_of_last_month", ")", "return", "(", "start_of_last_month", ",", "end_of_last_month", ")" ]

[ "Gets", "the", "date", "for", "the", "first", "and", "the", "last", "day", "of", "the", "previous", "complete", "month", "." ]

[ "def", "check_data_redundancy", "(", "self", ",", "file_path", "=", "''", ",", "dict_to_check", "=", "{", "}", ")", ":", "count", "=", "0", "exists", "=", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "file_path", ")", "previous_dates", "=", "{", "}", "if", "exists", ":", "with", "open", "(", "file_path", ",", "'r'", ")", "as", "input", ":", "input", ".", "readline", "(", ")", "#skip header line", "for", "row", "in", "csv", ".", "reader", "(", "input", ")", ":", "timestamp", "=", "calendar", ".", "timegm", "(", "time", ".", "strptime", "(", "row", "[", "0", "]", ",", "'%Y-%m-%d'", ")", ")", "if", "timestamp", "in", "dict_to_check", ":", "#our date is already recorded", "del", "dict_to_check", "[", "timestamp", "]", "#calc current id max", "count", "+=", "1", "input", ".", "close", "(", ")", "return", "count" ]

[ "Checks", "the", "given", "csv", "file", "against", "the", "json", "data", "scraped", "for", "the", "given", "dict", ".", "It", "will", "remove", "all", "data", "retrieved", "that", "has", "already", "been", "recorded", "so", "we", "don", "t", "write", "redundant", "data", "to", "file", ".", "Returns", "count", "of", "rows", "from", "file", "." ]

[ "def", "compile", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "otf", "=", "TTFont", "(", "sfntVersion", "=", "self", ".", "sfntVersion", ")", "# only compile vertical metrics tables if vhea metrics a defined", "vertical_metrics", "=", "[", "\"openTypeVheaVertTypoAscender\"", ",", "\"openTypeVheaVertTypoDescender\"", ",", "\"openTypeVheaVertTypoLineGap\"", ",", "\"openTypeVheaCaretSlopeRise\"", ",", "\"openTypeVheaCaretSlopeRun\"", ",", "\"openTypeVheaCaretOffset\"", ",", "]", "self", ".", "vertical", "=", "all", "(", "getAttrWithFallback", "(", "self", ".", "ufo", ".", "info", ",", "metric", ")", "is", "not", "None", "for", "metric", "in", "vertical_metrics", ")", "# write the glyph order", "self", ".", "otf", ".", "setGlyphOrder", "(", "self", ".", "glyphOrder", ")", "# populate basic tables", "self", ".", "setupTable_head", "(", ")", "self", ".", "setupTable_hmtx", "(", ")", "self", ".", "setupTable_hhea", "(", ")", "self", ".", "setupTable_name", "(", ")", "self", ".", "setupTable_maxp", "(", ")", "self", ".", "setupTable_cmap", "(", ")", "self", ".", "setupTable_OS2", "(", ")", "self", ".", "setupTable_post", "(", ")", "if", "self", ".", "vertical", ":", "self", ".", "setupTable_vmtx", "(", ")", "self", ".", "setupTable_vhea", "(", ")", "self", ".", "setupOtherTables", "(", ")", "self", ".", "importTTX", "(", ")", "return", "self", ".", "otf" ]

[ "Compile", "the", "OpenType", "binary", "." ]

[ "def", "pop", "(", "self", ")", ":", "result", "=", "self", ".", "redis", ".", "spop", "(", "self", ".", "key", ")", "if", "result", "is", "None", ":", "raise", "KeyError", "return", "self", ".", "_unpickle", "(", "result", ")" ]

[ "Remove", "and", "return", "an", "arbitrary", "element", "from", "the", "set", ".", "Raises", ":", "exc", ":", "KeyError", "if", "the", "set", "is", "empty", "." ]

[ "def", "load_configs", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "statemgr_config", ".", "set_state_locations", "(", "self", ".", "configs", "[", "STATEMGRS_KEY", "]", ")", "if", "EXTRA_LINKS_KEY", "in", "self", ".", "configs", ":", "for", "extra_link", "in", "self", ".", "configs", "[", "EXTRA_LINKS_KEY", "]", ":", "self", ".", "extra_links", ".", "append", "(", "self", ".", "validate_extra_link", "(", "extra_link", ")", ")" ]

[ "load", "config", "files" ]

[ "def", "create_session_entity_type", "(", "self", ",", "parent", ",", "session_entity_type", ",", "retry", "=", "google", ".", "api_core", ".", "gapic_v1", ".", "method", ".", "DEFAULT", ",", "timeout", "=", "google", ".", "api_core", ".", "gapic_v1", ".", "method", ".", "DEFAULT", ",", "metadata", "=", "None", ")", ":", "# Wrap the transport method to add retry and timeout logic.", "if", "'create_session_entity_type'", "not", "in", "self", ".", "_inner_api_calls", ":", "self", ".", "_inner_api_calls", "[", "'create_session_entity_type'", "]", "=", "google", ".", "api_core", ".", "gapic_v1", ".", "method", ".", "wrap_method", "(", "self", ".", "transport", ".", "create_session_entity_type", ",", "default_retry", "=", "self", ".", "_method_configs", "[", "'CreateSessionEntityType'", "]", ".", "retry", ",", "default_timeout", "=", "self", ".", "_method_configs", "[", "'CreateSessionEntityType'", "]", ".", "timeout", ",", "client_info", "=", "self", ".", "_client_info", ",", ")", "request", "=", "session_entity_type_pb2", ".", "CreateSessionEntityTypeRequest", "(", "parent", "=", "parent", ",", "session_entity_type", "=", "session_entity_type", ",", ")", "return", "self", ".", "_inner_api_calls", "[", "'create_session_entity_type'", "]", "(", "request", ",", "retry", "=", "retry", ",", "timeout", "=", "timeout", ",", "metadata", "=", "metadata", ")" ]

[ "Creates", "a", "session", "entity", "type", "." ]

[ "def", "call", "(", "self", ",", "function", ",", "args", "=", "(", ")", ",", "kwargs", "=", "{", "}", ")", ":", "return", "self", ".", "functions", "[", "function", "]", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "Call", "a", "method", "given", "some", "args", "and", "kwargs", "." ]

[ "def", "_cell_attribute_append", "(", "self", ",", "selection", ",", "tab", ",", "attributes", ")", ":", "cell_attributes", "=", "self", ".", "code_array", ".", "cell_attributes", "thick_bottom_cells", "=", "[", "]", "thick_right_cells", "=", "[", "]", "# Does any cell in selection.cells have a larger bottom border?", "if", "\"borderwidth_bottom\"", "in", "attributes", ":", "bwidth", "=", "attributes", "[", "\"borderwidth_bottom\"", "]", "for", "row", ",", "col", "in", "selection", ".", "cells", ":", "__bwidth", "=", "cell_attributes", "[", "row", ",", "col", ",", "tab", "]", "[", "\"borderwidth_bottom\"", "]", "if", "__bwidth", ">", "bwidth", ":", "thick_bottom_cells", ".", "append", "(", "(", "row", ",", "col", ")", ")", "# Does any cell in selection.cells have a larger right border?", "if", "\"borderwidth_right\"", "in", "attributes", ":", "rwidth", "=", "attributes", "[", "\"borderwidth_right\"", "]", "for", "row", ",", "col", "in", "selection", ".", "cells", ":", "__rwidth", "=", "cell_attributes", "[", "row", ",", "col", ",", "tab", "]", "[", "\"borderwidth_right\"", "]", "if", "__rwidth", ">", "rwidth", ":", "thick_right_cells", ".", "append", "(", "(", "row", ",", "col", ")", ")", "for", "thick_cell", "in", "thick_bottom_cells", "+", "thick_right_cells", ":", "try", ":", "selection", ".", "cells", ".", "remove", "(", "thick_cell", ")", "except", "ValueError", ":", "pass", "cell_attributes", ".", "append", "(", "(", "selection", ",", "tab", ",", "attributes", ")", ")", "if", "thick_bottom_cells", ":", "bsel", "=", "copy", "(", "selection", ")", "bsel", ".", "cells", "=", "thick_bottom_cells", "battrs", "=", "copy", "(", "attributes", ")", "battrs", ".", "pop", "(", "\"borderwidth_bottom\"", ")", "cell_attributes", ".", "append", "(", "(", "bsel", ",", "tab", ",", "battrs", ")", ")", "if", "thick_right_cells", ":", "rsel", "=", "copy", "(", "selection", ")", "rsel", ".", "cells", "=", "thick_right_cells", "rattrs", "=", "copy", "(", "attributes", ")", "rattrs", ".", "pop", "(", "\"borderwidth_right\"", ")", "cell_attributes", ".", "append", "(", "(", "rsel", ",", "tab", ",", "rattrs", ")", ")" ]

[ "Appends", "to", "cell_attributes", "with", "checks" ]

[ "def", "get_agent_queues", "(", "self", ",", "project", "=", "None", ",", "queue_name", "=", "None", ",", "action_filter", "=", "None", ")", ":", "route_values", "=", "{", "}", "if", "project", "is", "not", "None", ":", "route_values", "[", "'project'", "]", "=", "self", ".", "_serialize", ".", "url", "(", "'project'", ",", "project", ",", "'str'", ")", "query_parameters", "=", "{", "}", "if", "queue_name", "is", "not", "None", ":", "query_parameters", "[", "'queueName'", "]", "=", "self", ".", "_serialize", ".", "query", "(", "'queue_name'", ",", "queue_name", ",", "'str'", ")", "if", "action_filter", "is", "not", "None", ":", "query_parameters", "[", "'actionFilter'", "]", "=", "self", ".", "_serialize", ".", "query", "(", "'action_filter'", ",", "action_filter", ",", "'str'", ")", "response", "=", "self", ".", "_send", "(", "http_method", "=", "'GET'", ",", "location_id", "=", "'900fa995-c559-4923-aae7-f8424fe4fbea'", ",", "version", "=", "'5.1-preview.1'", ",", "route_values", "=", "route_values", ",", "query_parameters", "=", "query_parameters", ")", "return", "self", ".", "_deserialize", "(", "'[TaskAgentQueue]'", ",", "self", ".", "_unwrap_collection", "(", "response", ")", ")" ]

[ "GetAgentQueues", ".", "[", "Preview", "API", "]", "Get", "a", "list", "of", "agent", "queues", ".", ":", "param", "str", "project", ":", "Project", "ID", "or", "project", "name", ":", "param", "str", "queue_name", ":", "Filter", "on", "the", "agent", "queue", "name", ":", "param", "str", "action_filter", ":", "Filter", "by", "whether", "the", "calling", "user", "has", "use", "or", "manage", "permissions", ":", "rtype", ":", "[", "TaskAgentQueue", "]" ]

[ "def", "real_log_poisson_loss", "(", "top_out", ",", "targets", ",", "model_hparams", ",", "vocab_size", ",", "weights_fn", ")", ":", "del", "model_hparams", ",", "vocab_size", "# unused arg", "predictions", "=", "top_out", "if", "(", "len", "(", "common_layers", ".", "shape_list", "(", "top_out", ")", ")", "!=", "len", "(", "common_layers", ".", "shape_list", "(", "targets", ")", ")", ")", ":", "predictions", "=", "tf", ".", "squeeze", "(", "top_out", ",", "axis", "=", "[", "-", "1", "]", ")", "with", "tf", ".", "name_scope", "(", "\"log_possion\"", ")", ":", "weights", "=", "weights_fn", "(", "targets", ")", "lp_loss", "=", "tf", ".", "nn", ".", "log_poisson_loss", "(", "targets", ",", "predictions", ")", "return", "tf", ".", "reduce_sum", "(", "lp_loss", "*", "weights", ")", ",", "tf", ".", "reduce_sum", "(", "weights", ")" ]

[ "Poisson", "loss", "for", "real", "." ]

[ "def", "clear", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "_options", "=", "[", "]", "self", ".", "_combo_menu", ".", "tk", ".", "delete", "(", "0", ",", "END", ")", "self", ".", "_selected", ".", "set", "(", "\"\"", ")" ]

[ "Clears", "all", "the", "options", "in", "a", "Combo" ]

[ "def", "close", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "_S", "is", "not", "None", ":", "# after .close() self._event should never be called", "self", ".", "_S", ".", "close", "(", ")", "# wait for Cancelled to be delivered", "self", ".", "_evt", ".", "wait", "(", ")", "self", ".", "_S", "=", "None" ]

[ "Close", "subscription", "." ]

[ "def", "deprecated", "(", "func", ",", "msg", "=", "None", ")", ":", "message", "=", "msg", "or", "\"Use of deprecated function '{}`.\"", ".", "format", "(", "func", ".", "__name__", ")", "@", "functools", ".", "wraps", "(", "func", ")", "def", "wrapper_func", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "warnings", ".", "warn", "(", "message", ",", "DeprecationWarning", ",", "stacklevel", "=", "2", ")", "return", "func", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "return", "wrapper_func" ]

[ "A", "decorator", "which", "can", "be", "used", "to", "mark", "functions", "as", "deprecated", ".", "It", "will", "result", "in", "a", "deprecation", "warning", "being", "shown", "when", "the", "function", "is", "used", "." ]

[ "def", "handle_sec_error", "(", "error", ",", "exception_class", "=", "None", ")", ":", "if", "error", "==", "0", ":", "return", "if", "error", "in", "set", "(", "[", "SecurityConst", ".", "errSSLClosedNoNotify", ",", "SecurityConst", ".", "errSSLClosedAbort", "]", ")", ":", "raise", "TLSDisconnectError", "(", "'The remote end closed the connection'", ")", "if", "error", "==", "SecurityConst", ".", "errSSLClosedGraceful", ":", "raise", "TLSGracefulDisconnectError", "(", "'The remote end closed the connection'", ")", "cf_error_string", "=", "Security", ".", "SecCopyErrorMessageString", "(", "error", ",", "null", "(", ")", ")", "output", "=", "CFHelpers", ".", "cf_string_to_unicode", "(", "cf_error_string", ")", "CoreFoundation", ".", "CFRelease", "(", "cf_error_string", ")", "if", "output", "is", "None", "or", "output", "==", "''", ":", "output", "=", "'OSStatus %s'", "%", "error", "if", "exception_class", "is", "None", ":", "exception_class", "=", "OSError", "raise", "exception_class", "(", "output", ")" ]

[ "Checks", "a", "Security", "OSStatus", "error", "code", "and", "throws", "an", "exception", "if", "there", "is", "an", "error", "to", "report" ]

[ "def", "_try_coerce_args", "(", "self", ",", "values", ",", "other", ")", ":", "values", "=", "values", ".", "view", "(", "'i8'", ")", "if", "isinstance", "(", "other", ",", "bool", ")", ":", "raise", "TypeError", "elif", "is_null_datetimelike", "(", "other", ")", ":", "other", "=", "tslibs", ".", "iNaT", "elif", "isinstance", "(", "other", ",", "(", "datetime", ",", "np", ".", "datetime64", ",", "date", ")", ")", ":", "other", "=", "self", ".", "_box_func", "(", "other", ")", "if", "getattr", "(", "other", ",", "'tz'", ")", "is", "not", "None", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"cannot coerce a Timestamp with a tz on a \"", "\"naive Block\"", ")", "other", "=", "other", ".", "asm8", ".", "view", "(", "'i8'", ")", "elif", "hasattr", "(", "other", ",", "'dtype'", ")", "and", "is_datetime64_dtype", "(", "other", ")", ":", "other", "=", "other", ".", "astype", "(", "'i8'", ",", "copy", "=", "False", ")", ".", "view", "(", "'i8'", ")", "else", ":", "# coercion issues", "# let higher levels handle", "raise", "TypeError", "(", "other", ")", "return", "values", ",", "other" ]

[ "Coerce", "values", "and", "other", "to", "dtype", "i8", ".", "NaN", "and", "NaT", "convert", "to", "the", "smallest", "i8", "and", "will", "correctly", "round", "-", "trip", "to", "NaT", "if", "converted", "back", "in", "_try_coerce_result", ".", "values", "is", "always", "ndarray", "-", "like", "other", "may", "not", "be" ]

[ "def", "copy_extra_files", "(", "tile", ")", ":", "env", "=", "Environment", "(", "tools", "=", "[", "]", ")", "outputbase", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "'build'", ",", "'output'", ")", "for", "src", ",", "dest", "in", "tile", ".", "settings", ".", "get", "(", "'copy_files'", ",", "{", "}", ")", ".", "items", "(", ")", ":", "outputfile", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "outputbase", ",", "dest", ")", "env", ".", "Command", "(", "[", "outputfile", "]", ",", "[", "src", "]", ",", "Copy", "(", "\"$TARGET\"", ",", "\"$SOURCE\"", ")", ")", "resolver", "=", "ProductResolver", ".", "Create", "(", ")", "for", "src", ",", "dest", "in", "tile", ".", "settings", ".", "get", "(", "'copy_products'", ",", "{", "}", ")", ".", "items", "(", ")", ":", "prod", "=", "resolver", ".", "find_unique", "(", "None", ",", "src", ")", "outputfile", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "outputbase", ",", "dest", ")", "env", ".", "Command", "(", "[", "outputfile", "]", ",", "[", "prod", ".", "full_path", "]", ",", "Copy", "(", "\"$TARGET\"", ",", "\"$SOURCE\"", ")", ")" ]

[ "Copy", "all", "files", "listed", "in", "a", "copy_files", "and", "copy_products", "section", "." ]

[ "def", "has_mixture", "(", "val", ":", "Any", ")", "->", "bool", ":", "getter", "=", "getattr", "(", "val", ",", "'_has_mixture_'", ",", "None", ")", "result", "=", "NotImplemented", "if", "getter", "is", "None", "else", "getter", "(", ")", "if", "result", "is", "not", "NotImplemented", ":", "return", "result", "# No _has_mixture_ function, use _mixture_ instead", "return", "mixture", "(", "val", ",", "None", ")", "is", "not", "None" ]

[ "Returns", "whether", "the", "value", "has", "a", "mixture", "representation", "." ]

[ "def", "__get_search_results", "(", "self", ",", "url", ",", "limit", ",", "order_by", ",", "sort_order", ",", "filter", ")", ":", "order_by_options", "=", "[", "'search_rank'", ",", "'series_id'", ",", "'title'", ",", "'units'", ",", "'frequency'", ",", "'seasonal_adjustment'", ",", "'realtime_start'", ",", "'realtime_end'", ",", "'last_updated'", ",", "'observation_start'", ",", "'observation_end'", ",", "'popularity'", "]", "if", "order_by", "is", "not", "None", ":", "if", "order_by", "in", "order_by_options", ":", "url", "=", "url", "+", "'&order_by='", "+", "order_by", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "'%s is not in the valid list of order_by options: %s'", "%", "(", "order_by", ",", "str", "(", "order_by_options", ")", ")", ")", "if", "filter", "is", "not", "None", ":", "if", "len", "(", "filter", ")", "==", "2", ":", "url", "=", "url", "+", "'&filter_variable=%s&filter_value=%s'", "%", "(", "filter", "[", "0", "]", ",", "filter", "[", "1", "]", ")", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Filter should be a 2 item tuple like (filter_variable, filter_value)'", ")", "sort_order_options", "=", "[", "'asc'", ",", "'desc'", "]", "if", "sort_order", "is", "not", "None", ":", "if", "sort_order", "in", "sort_order_options", ":", "url", "=", "url", "+", "'&sort_order='", "+", "sort_order", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "'%s is not in the valid list of sort_order options: %s'", "%", "(", "sort_order", ",", "str", "(", "sort_order_options", ")", ")", ")", "data", ",", "num_results_total", "=", "self", ".", "__do_series_search", "(", "url", ")", "if", "data", "is", "None", ":", "return", "data", "if", "limit", "==", "0", ":", "max_results_needed", "=", "num_results_total", "else", ":", "max_results_needed", "=", "limit", "if", "max_results_needed", ">", "self", ".", "max_results_per_request", ":", "for", "i", "in", "range", "(", "1", ",", "max_results_needed", "//", "self", ".", "max_results_per_request", "+", "1", ")", ":", "offset", "=", "i", "*", "self", ".", "max_results_per_request", "next_data", ",", "_", "=", "self", ".", "__do_series_search", "(", "url", "+", "'&offset='", "+", "str", "(", "offset", ")", ")", "data", "=", "data", ".", "append", "(", "next_data", ")", "return", "data", ".", "head", "(", "max_results_needed", ")" ]

[ "helper", "function", "for", "getting", "search", "results", "up", "to", "specified", "limit", "on", "the", "number", "of", "results", ".", "The", "Fred", "HTTP", "API", "truncates", "to", "1000", "results", "per", "request", "so", "this", "may", "issue", "multiple", "HTTP", "requests", "to", "obtain", "more", "available", "data", "." ]

[ "def", "export", "(", "self", ",", "nidm_version", ",", "export_dir", ")", ":", "# Create \"Excursion set\" entity", "self", ".", "add_attributes", "(", "(", "(", "PROV", "[", "'type'", "]", ",", "self", ".", "type", ")", ",", "(", "NIDM_IN_COORDINATE_SPACE", ",", "self", ".", "coord_space", ".", "id", ")", ",", "(", "PROV", "[", "'label'", "]", ",", "self", ".", "label", ")", ",", ")", ")", "if", "self", ".", "visu", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "add_attributes", "(", "(", "(", "DC", "[", "'description'", "]", ",", "self", ".", "visu", ".", "id", ")", ",", ")", ")", "if", "self", ".", "clust_map", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "add_attributes", "(", "(", "(", "NIDM_HAS_CLUSTER_LABELS_MAP", ",", "self", ".", "clust_map", ".", "id", ")", ",", ")", ")", "if", "self", ".", "mip", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "add_attributes", "(", "(", "(", "NIDM_HAS_MAXIMUM_INTENSITY_PROJECTION", ",", "self", ".", "mip", ".", "id", ")", ",", ")", ")", "if", "self", ".", "num_clusters", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "add_attributes", "(", "(", "(", "NIDM_NUMBER_OF_CLUSTERS", ",", "self", ".", "num_clusters", ")", ",", ")", ")", "if", "self", ".", "p_value", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "add_attributes", "(", "(", "(", "NIDM_P_VALUE", ",", "self", ".", "p_value", ")", ",", ")", ")" ]

[ "Create", "prov", "entities", "and", "activities", "." ]

[ "def", "scalar_leaf_only", "(", "operator", ")", ":", "def", "decorator", "(", "f", ")", ":", "\"\"\"Decorate the supplied function with the \"scalar_leaf_only\" logic.\"\"\"", "@", "wraps", "(", "f", ")", "def", "wrapper", "(", "filter_operation_info", ",", "context", ",", "parameters", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "\"\"\"Check that the type on which the operator operates is a scalar leaf type.\"\"\"", "if", "'operator'", "in", "kwargs", ":", "current_operator", "=", "kwargs", "[", "'operator'", "]", "else", ":", "# Because \"operator\" is from an enclosing scope, it is immutable in Python 2.x.", "current_operator", "=", "operator", "if", "not", "is_leaf_type", "(", "filter_operation_info", ".", "field_type", ")", ":", "raise", "GraphQLCompilationError", "(", "u'Cannot apply \"{}\" filter to non-leaf type'", "u'{}'", ".", "format", "(", "current_operator", ",", "filter_operation_info", ")", ")", "return", "f", "(", "filter_operation_info", ",", "context", ",", "parameters", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "return", "wrapper", "return", "decorator" ]

[ "Ensure", "the", "filter", "function", "is", "only", "applied", "to", "scalar", "leaf", "types", "." ]

[ "def", "start", "(", "self", ")", ":", "oplog", "=", "self", ".", "connection", ".", "local", "[", "'oplog.rs'", "]", "if", "self", ".", "ts", "is", "None", ":", "cursor", "=", "oplog", ".", "find", "(", ")", ".", "sort", "(", "'$natural'", ",", "-", "1", ")", "obj", "=", "cursor", "[", "0", "]", "if", "obj", ":", "self", ".", "ts", "=", "obj", "[", "'ts'", "]", "else", ":", "# In case no oplogs are present.", "self", ".", "ts", "=", "None", "if", "self", ".", "ts", ":", "logging", ".", "info", "(", "'Watching oplogs with timestamp > %s'", "%", "self", ".", "ts", ")", "else", ":", "logging", ".", "info", "(", "'Watching all oplogs'", ")", "while", "self", ".", "running", ":", "query", "=", "{", "'ts'", ":", "{", "'$gt'", ":", "self", ".", "ts", "}", "}", "try", ":", "logging", ".", "debug", "(", "'Tailing over %r...'", "%", "query", ")", "cursor", "=", "oplog", ".", "find", "(", "query", ",", "tailable", "=", "True", ")", "# OplogReplay flag greatly improves scanning for ts performance.", "cursor", ".", "add_option", "(", "pymongo", ".", "cursor", ".", "_QUERY_OPTIONS", "[", "'oplog_replay'", "]", ")", "while", "self", ".", "running", ":", "for", "op", "in", "cursor", ":", "self", ".", "process_op", "(", "op", "[", "'ns'", "]", ",", "op", ")", "time", ".", "sleep", "(", "self", ".", "poll_time", ")", "if", "not", "cursor", ".", "alive", ":", "break", "except", "AutoReconnect", ",", "e", ":", "logging", ".", "warning", "(", "e", ")", "time", ".", "sleep", "(", "self", ".", "poll_time", ")", "except", "OperationFailure", ",", "e", ":", "logging", ".", "exception", "(", "e", ")", "time", ".", "sleep", "(", "self", ".", "poll_time", ")" ]

[ "Starts", "the", "OplogWatcher", "." ]

[ "def", "get_example", "(", ")", ":", "features", "=", "random", ".", "sample", "(", "string", ".", "ascii_letters", ",", "NUM_SAMPLES", ")", "num_capitalized", "=", "len", "(", "[", "letter", "for", "letter", "in", "features", "if", "letter", "in", "string", ".", "ascii_uppercase", "]", ")", "num_lowercase", "=", "len", "(", "[", "letter", "for", "letter", "in", "features", "if", "letter", "in", "string", ".", "ascii_lowercase", "]", ")", "if", "num_capitalized", ">", "num_lowercase", ":", "label", "=", "1", "else", ":", "label", "=", "-", "1", "return", "(", "label", ",", "features", ")" ]

[ "Make", "an", "example", "for", "training", "and", "testing", ".", "Outputs", "a", "tuple", "(", "label", "features", ")", "where", "label", "is", "+", "1", "if", "capital", "letters", "are", "the", "majority", "and", "-", "1", "otherwise", ";", "and", "features", "is", "a", "list", "of", "letters", "." ]

[ "def", "poll", "(", "self", ",", "verbose_model_scoring_history", "=", "False", ")", ":", "try", ":", "hidden", "=", "not", "H2OJob", ".", "__PROGRESS_BAR__", "pb", "=", "ProgressBar", "(", "title", "=", "self", ".", "_job_type", "+", "\" progress\"", ",", "hidden", "=", "hidden", ")", "if", "verbose_model_scoring_history", ":", "pb", ".", "execute", "(", "self", ".", "_refresh_job_status", ",", "print_verbose_info", "=", "lambda", "x", ":", "self", ".", "_print_verbose_info", "(", ")", "if", "int", "(", "x", "*", "10", ")", "%", "5", "==", "0", "else", "\" \"", ")", "else", ":", "pb", ".", "execute", "(", "self", ".", "_refresh_job_status", ")", "except", "StopIteration", "as", "e", ":", "if", "str", "(", "e", ")", "==", "\"cancelled\"", ":", "h2o", ".", "api", "(", "\"POST /3/Jobs/%s/cancel\"", "%", "self", ".", "job_key", ")", "self", ".", "status", "=", "\"CANCELLED\"", "# Potentially we may want to re-raise the exception here", "assert", "self", ".", "status", "in", "{", "\"DONE\"", ",", "\"CANCELLED\"", ",", "\"FAILED\"", "}", "or", "self", ".", "_poll_count", "<=", "0", ",", "\"Polling finished while the job has status %s\"", "%", "self", ".", "status", "if", "self", ".", "warnings", ":", "for", "w", "in", "self", ".", "warnings", ":", "warnings", ".", "warn", "(", "w", ")", "# check if failed... and politely print relevant message", "if", "self", ".", "status", "==", "\"CANCELLED\"", ":", "raise", "H2OJobCancelled", "(", "\"Job<%s> was cancelled by the user.\"", "%", "self", ".", "job_key", ")", "if", "self", ".", "status", "==", "\"FAILED\"", ":", "if", "(", "isinstance", "(", "self", ".", "job", ",", "dict", ")", ")", "and", "(", "\"stacktrace\"", "in", "list", "(", "self", ".", "job", ")", ")", ":", "raise", "EnvironmentError", "(", "\"Job with key {} failed with an exception: {}\\nstacktrace: \"", "\"\\n{}\"", ".", "format", "(", "self", ".", "job_key", ",", "self", ".", "exception", ",", "self", ".", "job", "[", "\"stacktrace\"", "]", ")", ")", "else", ":", "raise", "EnvironmentError", "(", "\"Job with key %s failed with an exception: %s\"", "%", "(", "self", ".", "job_key", ",", "self", ".", "exception", ")", ")", "return", "self" ]

[ "Wait", "until", "the", "job", "finishes", "." ]

[ "def", "setup_command", "(", "self", ",", "encoding", ",", "options", ",", "personal_dict", ",", "file_name", "=", "None", ")", ":", "cmd", "=", "[", "self", ".", "binary", ",", "'-l'", "]", "if", "encoding", ":", "cmd", ".", "extend", "(", "[", "'-i'", ",", "encoding", "]", ")", "if", "personal_dict", ":", "cmd", ".", "extend", "(", "[", "'-p'", ",", "personal_dict", "]", ")", "allowed", "=", "{", "'check-apostrophe'", ",", "'check-url'", ",", "'d'", ",", "'H'", ",", "'i'", ",", "'n'", ",", "'O'", ",", "'r'", ",", "'t'", ",", "'X'", "}", "for", "k", ",", "v", "in", "options", ".", "items", "(", ")", ":", "if", "k", "in", "allowed", ":", "key", "=", "(", "'-%s'", "if", "len", "(", "k", ")", "==", "1", "else", "'--%s'", ")", "%", "k", "if", "isinstance", "(", "v", ",", "bool", ")", "and", "v", "is", "True", ":", "cmd", ".", "append", "(", "key", ")", "elif", "isinstance", "(", "v", ",", "str", ")", ":", "cmd", ".", "extend", "(", "[", "key", ",", "v", "]", ")", "elif", "isinstance", "(", "v", ",", "int", ")", ":", "cmd", ".", "extend", "(", "[", "key", ",", "str", "(", "v", ")", "]", ")", "elif", "isinstance", "(", "v", ",", "list", ")", ":", "for", "value", "in", "v", ":", "cmd", ".", "extend", "(", "[", "key", ",", "str", "(", "value", ")", "]", ")", "if", "file_name", "is", "not", "None", ":", "cmd", ".", "append", "(", "file_name", ")", "return", "cmd" ]

[ "Setup", "command", "." ]

[ "def", "get_default_pandas_parsers", "(", ")", "->", "List", "[", "AnyParser", "]", ":", "return", "[", "SingleFileParserFunction", "(", "parser_function", "=", "read_dataframe_from_xls", ",", "streaming_mode", "=", "False", ",", "supported_exts", "=", "{", "'.xls'", ",", "'.xlsx'", ",", "'.xlsm'", "}", ",", "supported_types", "=", "{", "pd", ".", "DataFrame", "}", ",", "option_hints", "=", "pandas_parsers_option_hints_xls", ")", ",", "SingleFileParserFunction", "(", "parser_function", "=", "read_df_or_series_from_csv", ",", "streaming_mode", "=", "False", ",", "supported_exts", "=", "{", "'.csv'", ",", "'.txt'", "}", ",", "supported_types", "=", "{", "pd", ".", "DataFrame", ",", "pd", ".", "Series", "}", ",", "option_hints", "=", "pandas_parsers_option_hints_csv", ")", ",", "]" ]

[ "Utility", "method", "to", "return", "the", "default", "parsers", "able", "to", "parse", "a", "dictionary", "from", "a", "file", ".", ":", "return", ":" ]

[ "def", "load_transport", "(", "self", ",", "url", ")", ":", "aurl", "=", "urlparse", "(", "url", ")", "addrl", "=", "aurl", ".", "netloc", ".", "split", "(", "':'", ")", "self", ".", "addr", "=", "addrl", "[", "0", "]", ",", "addrl", "[", "1", "]", "self", ".", "transport", "=", "aurl", ".", "scheme", "self", ".", "host_url", "=", "aurl", "if", "aurl", ".", "scheme", "==", "'http'", ":", "self", ".", "launch_actor", "(", "'http'", ",", "rpcactor", ".", "RPCDispatcher", "(", "url", ",", "self", ",", "'rpc'", ")", ")", "elif", "aurl", ".", "scheme", "==", "'amqp'", ":", "self", ".", "launch_actor", "(", "'amqp'", ",", "rpcactor", ".", "RPCDispatcher", "(", "url", ",", "self", ",", "'rabbit'", ")", ")" ]

[ "For", "remote", "communication", ".", "Sets", "the", "communication", "dispatcher", "of", "the", "host", "at", "the", "address", "and", "port", "specified", "." ]

[ "def", "angular_errors", "(", "self", ",", "degrees", "=", "True", ")", ":", "hyp_axes", "=", "self", ".", "method", "(", "self", ")", "v", "=", "angular_errors", "(", "hyp_axes", ")", "if", "degrees", ":", "v", "=", "N", ".", "degrees", "(", "v", ")", "return", "tuple", "(", "v", ")" ]

[ "Minimum", "and", "maximum", "angular", "errors", "corresponding", "to", "1st", "and", "2nd", "axes", "of", "PCA", "distribution", "." ]

[ "def", "analysis_describe", "(", "object_id", ",", "input_params", "=", "{", "}", ",", "always_retry", "=", "True", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "return", "DXHTTPRequest", "(", "'/%s/describe'", "%", "object_id", ",", "input_params", ",", "always_retry", "=", "always_retry", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "Invokes", "the", "/", "analysis", "-", "xxxx", "/", "describe", "API", "method", "." ]

[ "def", "parse_proxy_line", "(", "line", ")", ":", "line", "=", "line", ".", "strip", "(", ")", "match", "=", "RE_SIMPLE_PROXY", ".", "search", "(", "line", ")", "if", "match", ":", "return", "match", ".", "group", "(", "1", ")", ",", "match", ".", "group", "(", "2", ")", ",", "None", ",", "None", "match", "=", "RE_AUTH_PROXY", ".", "search", "(", "line", ")", "if", "match", ":", "host", ",", "port", ",", "user", ",", "pwd", "=", "match", ".", "groups", "(", ")", "return", "host", ",", "port", ",", "user", ",", "pwd", "raise", "InvalidProxyLine", "(", "'Invalid proxy line: %s'", "%", "line", ")" ]

[ "Parse", "proxy", "details", "from", "the", "raw", "text", "line", "." ]

[ "def", "censor", "(", "self", ",", "input_text", ")", ":", "bad_words", "=", "self", ".", "get_profane_words", "(", ")", "res", "=", "input_text", "for", "word", "in", "bad_words", ":", "# Apply word boundaries to the bad word", "regex_string", "=", "r'{0}'", "if", "self", ".", "_no_word_boundaries", "else", "r'\\b{0}\\b'", "regex_string", "=", "regex_string", ".", "format", "(", "word", ")", "regex", "=", "re", ".", "compile", "(", "regex_string", ",", "re", ".", "IGNORECASE", ")", "res", "=", "regex", ".", "sub", "(", "self", ".", "_censor_char", "*", "len", "(", "word", ")", ",", "res", ")", "return", "res" ]

[ "Returns", "input_text", "with", "any", "profane", "words", "censored", "." ]

[ "def", "viz_live_trace", "(", "view", ")", ":", "tv", "=", "TraceVisualizer", "(", "view", ",", "None", ",", "live", "=", "True", ")", "if", "tv", ".", "workspace", "is", "None", ":", "tv", ".", "workspace", "=", "get_workspace", "(", ")", "# update due to singleton in case we are called after a clear", "tv", ".", "live_update", "=", "True", "tv", ".", "visualize", "(", ")" ]

[ "Given", "a", "Manticore", "trace", "file", "highlight", "the", "basic", "blocks", "." ]

[ "def", "setattr", "(", "self", ",", "name", ",", "value", ")", ":", "# type: (Any, Any, Any) -> Any", "try", ":", "self", ".", "_lens_setattr", "except", "AttributeError", ":", "selfcopy", "=", "copy", ".", "copy", "(", "self", ")", "builtin_setattr", "(", "selfcopy", ",", "name", ",", "value", ")", "return", "selfcopy", "else", ":", "return", "self", ".", "_lens_setattr", "(", "name", ",", "value", ")" ]

[ "Takes", "an", "object", "a", "string", "and", "a", "value", "and", "produces", "a", "new", "object", "that", "is", "a", "copy", "of", "the", "original", "but", "with", "the", "attribute", "called", "name", "set", "to", "value", "." ]

[ "def", "check_grid_aligned", "(", "vol", ",", "img", ",", "offset", ")", ":", "shape", "=", "Vec", "(", "*", "img", ".", "shape", ")", "[", ":", "3", "]", "offset", "=", "Vec", "(", "*", "offset", ")", "[", ":", "3", "]", "bounds", "=", "Bbox", "(", "offset", ",", "shape", "+", "offset", ")", "alignment_check", "=", "bounds", ".", "expand_to_chunk_size", "(", "vol", ".", "underlying", ",", "vol", ".", "voxel_offset", ")", "alignment_check", "=", "Bbox", ".", "clamp", "(", "alignment_check", ",", "vol", ".", "bounds", ")", "is_aligned", "=", "np", ".", "all", "(", "alignment_check", ".", "minpt", "==", "bounds", ".", "minpt", ")", "and", "np", ".", "all", "(", "alignment_check", ".", "maxpt", "==", "bounds", ".", "maxpt", ")", "return", "(", "is_aligned", ",", "bounds", ",", "alignment_check", ")" ]

[ "Returns", "(", "is_aligned", "img", "bounds", "Bbox", "nearest", "bbox", "inflated", "to", "grid", "aligned", ")" ]

[ "def", "folders", "(", "self", ")", ":", "for", "directory", "in", "self", ".", "directory", ":", "for", "path", "in", "os", ".", "listdir", "(", "directory", ")", ":", "full_path", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "directory", ",", "path", ")", "if", "os", ".", "path", ".", "isdir", "(", "full_path", ")", ":", "if", "not", "path", ".", "startswith", "(", "'.'", ")", ":", "self", ".", "filepaths", ".", "append", "(", "full_path", ")", "return", "self", ".", "_get_filepaths", "(", ")" ]

[ "Return", "list", "of", "folders", "in", "root", "directory" ]

[ "def", "color_intrinsics", "(", "self", ")", ":", "return", "CameraIntrinsics", "(", "self", ".", "_ir_frame", ",", "PrimesenseSensor", ".", "FOCAL_X", ",", "PrimesenseSensor", ".", "FOCAL_Y", ",", "PrimesenseSensor", ".", "CENTER_X", ",", "PrimesenseSensor", ".", "CENTER_Y", ",", "height", "=", "PrimesenseSensor", ".", "DEPTH_IM_HEIGHT", ",", "width", "=", "PrimesenseSensor", ".", "DEPTH_IM_WIDTH", ")" ]

[ ":", "obj", ":", "CameraIntrinsics", ":", "The", "camera", "intrinsics", "for", "the", "primesense", "color", "camera", "." ]

[ "def", "_append_hdu_info", "(", "self", ",", "ext", ")", ":", "# raised IOError if not found", "hdu_type", "=", "self", ".", "_FITS", ".", "movabs_hdu", "(", "ext", "+", "1", ")", "if", "hdu_type", "==", "IMAGE_HDU", ":", "hdu", "=", "ImageHDU", "(", "self", ".", "_FITS", ",", "ext", ",", "*", "*", "self", ".", "keys", ")", "elif", "hdu_type", "==", "BINARY_TBL", ":", "hdu", "=", "TableHDU", "(", "self", ".", "_FITS", ",", "ext", ",", "*", "*", "self", ".", "keys", ")", "elif", "hdu_type", "==", "ASCII_TBL", ":", "hdu", "=", "AsciiTableHDU", "(", "self", ".", "_FITS", ",", "ext", ",", "*", "*", "self", ".", "keys", ")", "else", ":", "mess", "=", "(", "\"extension %s is of unknown type %s \"", "\"this is probably a bug\"", ")", "mess", "=", "mess", "%", "(", "ext", ",", "hdu_type", ")", "raise", "IOError", "(", "mess", ")", "self", ".", "hdu_list", ".", "append", "(", "hdu", ")", "self", ".", "hdu_map", "[", "ext", "]", "=", "hdu", "extname", "=", "hdu", ".", "get_extname", "(", ")", "if", "not", "self", ".", "case_sensitive", ":", "extname", "=", "extname", ".", "lower", "(", ")", "if", "extname", "!=", "''", ":", "# this will guarantee we default to *first* version,", "# if version is not requested, using __getitem__", "if", "extname", "not", "in", "self", ".", "hdu_map", ":", "self", ".", "hdu_map", "[", "extname", "]", "=", "hdu", "ver", "=", "hdu", ".", "get_extver", "(", ")", "if", "ver", ">", "0", ":", "key", "=", "'%s-%s'", "%", "(", "extname", ",", "ver", ")", "self", ".", "hdu_map", "[", "key", "]", "=", "hdu" ]

[ "internal", "routine" ]

[ "def", "merge_requests_data_to", "(", "to", ",", "food", "=", "{", "}", ")", ":", "if", "not", "to", ":", "to", ".", "update", "(", "food", ")", "to", "[", "'requests_counter'", "]", "[", "'normal'", "]", "+=", "food", "[", "'requests_counter'", "]", "[", "'normal'", "]", "to", "[", "'requests_counter'", "]", "[", "'slow'", "]", "+=", "food", "[", "'requests_counter'", "]", "[", "'slow'", "]", "to", "[", "'total_slow_duration'", "]", "+=", "food", "[", "'total_slow_duration'", "]", "for", "group_name", ",", "urls", "in", "food", "[", "'data_details'", "]", ".", "items", "(", ")", ":", "if", "group_name", "not", "in", "to", "[", "'data_details'", "]", ":", "to", "[", "'data_details'", "]", "[", "group_name", "]", "=", "urls", "else", ":", "to_urls", "=", "to", "[", "'data_details'", "]", "[", "group_name", "]", "to_urls", "[", "'duration_agr_data'", "]", "=", "to_urls", "[", "'duration_agr_data'", "]", ".", "merge_with", "(", "urls", "[", "'duration_agr_data'", "]", ")", "# Merge urls data", "merge_urls_data_to", "(", "to_urls", "[", "'urls'", "]", ",", "urls", "[", "'urls'", "]", ")" ]

[ "Merge", "a", "small", "analyzed", "result", "to", "a", "big", "one", "this", "function", "will", "modify", "the", "original", "to" ]

[ "def", "select_icons", "(", "xmrs", ",", "left", "=", "None", ",", "relation", "=", "None", ",", "right", "=", "None", ")", ":", "icmatch", "=", "lambda", "ic", ":", "(", "(", "left", "is", "None", "or", "ic", ".", "left", "==", "left", ")", "and", "(", "relation", "is", "None", "or", "ic", ".", "relation", "==", "relation", ")", "and", "(", "right", "is", "None", "or", "ic", ".", "right", "==", "right", ")", ")", "return", "list", "(", "filter", "(", "icmatch", ",", "xmrs", ".", "icons", "(", ")", ")", ")" ]

[ "Return", "the", "list", "of", "matching", "ICONS", "for", "*", "xmrs", "*", "." ]

[ "def", "is_sequence_start_page", "(", "self", ",", "url", ")", ":", "return", "(", "len", "(", "url", ".", "path", ".", "segments", ")", "==", "6", "and", "url", ".", "path", ".", "segments", "[", "0", "]", "==", "'courses'", "and", "url", ".", "path", ".", "segments", "[", "2", "]", "==", "'courseware'", "and", "url", ".", "path", ".", "segments", "[", "5", "]", "==", "'1'", ")" ]

[ "Does", "this", "URL", "represent", "the", "first", "page", "in", "a", "section", "sequence?", "E", ".", "g", ".", "/", "courses", "/", "{", "coursename", "}", "/", "courseware", "/", "{", "block_id", "}", "/", "{", "section_id", "}", "/", "1", "This", "will", "return", "the", "same", "page", "as", "the", "pattern", "/", "courses", "/", "{", "coursename", "}", "/", "courseware", "/", "{", "block_id", "}", "/", "{", "section_id", "}", "." ]

[ "def", "publish", "(", "self", ",", "message", ",", "properties", "=", "None", ",", "mandatory", "=", "False", ")", ":", "return", "publish_message", "(", "self", ".", "channel", ",", "self", ".", "exchange_name", ",", "self", ".", "default_routing_key", ",", "message", ",", "properties", ",", "mandatory", ")" ]

[ "Publish", "a", "message", "to", "an", "AMQP", "exchange", "." ]

[ "def", "is_parameterized", "(", "val", ":", "Any", ")", "->", "bool", ":", "if", "isinstance", "(", "val", ",", "sympy", ".", "Basic", ")", ":", "return", "True", "getter", "=", "getattr", "(", "val", ",", "'_is_parameterized_'", ",", "None", ")", "result", "=", "NotImplemented", "if", "getter", "is", "None", "else", "getter", "(", ")", "if", "result", "is", "not", "NotImplemented", ":", "return", "result", "else", ":", "return", "False" ]

[ "Returns", "whether", "the", "object", "is", "parameterized", "with", "any", "Symbols", "." ]

[ "def", "add_key", "(", "self", ",", "key", ",", "first", "=", "False", ")", ":", "if", "first", ":", "self", ".", "keys", "=", "[", "key", "]", "+", "self", ".", "keys", "else", ":", "self", ".", "keys", ".", "append", "(", "key", ")", "if", "isinstance", "(", "key", ",", "VSpaceKey", ")", ":", "self", ".", "space", "=", "key" ]

[ "Adds", "the", "given", "key", "to", "this", "row", "." ]

[ "def", "_analyze_variable_attributes", "(", "self", ",", "attributes", ")", ":", "# Check for the indexed attribute", "if", "'indexed'", "in", "attributes", ":", "self", ".", "_indexed", "=", "attributes", "[", "'indexed'", "]", "super", "(", "EventVariableSolc", ",", "self", ")", ".", "_analyze_variable_attributes", "(", "attributes", ")" ]

[ "Analyze", "event", "variable", "attributes", ":", "param", "attributes", ":", "The", "event", "variable", "attributes", "to", "parse", ".", ":", "return", ":", "None" ]

[ "def", "is_alive", "(", "self", ")", ":", "running", "=", "False", "if", "not", "self", ".", "instance_id", ":", "return", "False", "try", ":", "log", ".", "debug", "(", "\"Getting information for instance %s\"", ",", "self", ".", "instance_id", ")", "running", "=", "self", ".", "_cloud_provider", ".", "is_instance_running", "(", "self", ".", "instance_id", ")", "except", "Exception", "as", "ex", ":", "log", ".", "debug", "(", "\"Ignoring error while looking for vm id %s: %s\"", ",", "self", ".", "instance_id", ",", "str", "(", "ex", ")", ")", "if", "running", ":", "log", ".", "debug", "(", "\"node `%s` (instance id %s) is up and running\"", ",", "self", ".", "name", ",", "self", ".", "instance_id", ")", "self", ".", "update_ips", "(", ")", "else", ":", "log", ".", "debug", "(", "\"node `%s` (instance id `%s`) still building...\"", ",", "self", ".", "name", ",", "self", ".", "instance_id", ")", "return", "running" ]

[ "Checks", "if", "the", "current", "node", "is", "up", "and", "running", "in", "the", "cloud", ".", "It", "only", "checks", "the", "status", "provided", "by", "the", "cloud", "interface", ".", "Therefore", "a", "node", "might", "be", "running", "but", "not", "yet", "ready", "to", "ssh", "into", "it", "." ]

[ "def", "delete_files_and_sync_sources", "(", "self", ",", "owner", ",", "id", ",", "name", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "kwargs", "[", "'_return_http_data_only'", "]", "=", "True", "if", "kwargs", ".", "get", "(", "'callback'", ")", ":", "return", "self", ".", "delete_files_and_sync_sources_with_http_info", "(", "owner", ",", "id", ",", "name", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "else", ":", "(", "data", ")", "=", "self", ".", "delete_files_and_sync_sources_with_http_info", "(", "owner", ",", "id", ",", "name", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "return", "data" ]

[ "Delete", "files", "Delete", "one", "or", "more", "files", "from", "a", "dataset", "by", "their", "name", "including", "files", "added", "via", "URL", ".", "**", "Batching", "**", "Note", "that", "the", "name", "parameter", "can", "be", "include", "multiple", "times", "in", "the", "query", "string", "once", "for", "each", "file", "that", "is", "to", "be", "deleted", "together", "in", "a", "single", "request", ".", "This", "method", "makes", "a", "synchronous", "HTTP", "request", "by", "default", ".", "To", "make", "an", "asynchronous", "HTTP", "request", "please", "define", "a", "callback", "function", "to", "be", "invoked", "when", "receiving", "the", "response", ".", ">>>", "def", "callback_function", "(", "response", ")", ":", ">>>", "pprint", "(", "response", ")", ">>>", ">>>", "thread", "=", "api", ".", "delete_files_and_sync_sources", "(", "owner", "id", "name", "callback", "=", "callback_function", ")" ]

[ "def", "pretty_print_model", "(", "devicemodel", ")", ":", "PRETTY_PRINT_MODEL", "=", "\"\"\"Device Model ID: %(deviceModelId)s\n Project ID: %(projectId)s\n Device Type: %(deviceType)s\"\"\"", "logging", ".", "info", "(", "PRETTY_PRINT_MODEL", "%", "devicemodel", ")", "if", "'traits'", "in", "devicemodel", ":", "for", "trait", "in", "devicemodel", "[", "'traits'", "]", ":", "logging", ".", "info", "(", "' Trait %s'", "%", "trait", ")", "else", ":", "logging", ".", "info", "(", "'No traits'", ")", "logging", ".", "info", "(", "''", ")" ]

[ "Prints", "out", "a", "device", "model", "in", "the", "terminal", "by", "parsing", "dict", "." ]

[ "def", "load", "(", "self", ",", "json_file", ")", ":", "cart_file", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "CART_LOCATION", ",", "json_file", ")", "try", ":", "cart_body", "=", "juicer", ".", "utils", ".", "read_json_document", "(", "cart_file", ")", "except", "IOError", "as", "e", ":", "juicer", ".", "utils", ".", "Log", ".", "log_error", "(", "'an error occured while accessing %s:'", "%", "cart_file", ")", "raise", "JuicerError", "(", "e", ".", "message", ")", "self", ".", "cart_name", "=", "cart_body", "[", "'_id'", "]", "if", "cart_body", "[", "'current_env'", "]", "==", "''", ":", "self", ".", "current_env", "=", "juicer", ".", "utils", ".", "get_login_info", "(", ")", "[", "1", "]", "[", "'start_in'", "]", "else", ":", "self", ".", "current_env", "=", "cart_body", "[", "'current_env'", "]", "for", "repo", ",", "items", "in", "cart_body", "[", "'repos_items'", "]", ".", "iteritems", "(", ")", ":", "self", ".", "add_repo", "(", "repo", ",", "items", ")" ]

[ "Build", "a", "cart", "from", "a", "json", "file" ]

[ "def", "is_generator_function", "(", "obj", ")", ":", "CO_GENERATOR", "=", "0x20", "return", "bool", "(", "(", "(", "inspect", ".", "isfunction", "(", "obj", ")", "or", "inspect", ".", "ismethod", "(", "obj", ")", ")", "and", "obj", ".", "func_code", ".", "co_flags", "&", "CO_GENERATOR", ")", ")" ]

[ "Return", "true", "if", "the", "object", "is", "a", "user", "-", "defined", "generator", "function", "." ]

[ "def", "runExperiment", "(", ")", ":", "trainSeqN", "=", "[", "5", ",", "10", ",", "20", ",", "50", ",", "100", ",", "200", "]", "rptPerCondition", "=", "20", "correctRateAll", "=", "np", ".", "zeros", "(", "(", "len", "(", "trainSeqN", ")", ",", "rptPerCondition", ")", ")", "missRateAll", "=", "np", ".", "zeros", "(", "(", "len", "(", "trainSeqN", ")", ",", "rptPerCondition", ")", ")", "fpRateAll", "=", "np", ".", "zeros", "(", "(", "len", "(", "trainSeqN", ")", ",", "rptPerCondition", ")", ")", "for", "i", "in", "xrange", "(", "len", "(", "trainSeqN", ")", ")", ":", "for", "rpt", "in", "xrange", "(", "rptPerCondition", ")", ":", "numTrainSequence", "=", "trainSeqN", "[", "i", "]", "correctRate", ",", "missRate", ",", "fpRate", "=", "runSingleExperiment", "(", "numTrainSequence", "=", "numTrainSequence", ")", "correctRateAll", "[", "i", ",", "rpt", "]", "=", "correctRate", "missRateAll", "[", "i", ",", "rpt", "]", "=", "missRate", "fpRateAll", "[", "i", ",", "rpt", "]", "=", "fpRate", "plt", ".", "figure", "(", ")", "plt", ".", "subplot", "(", "2", ",", "2", ",", "1", ")", "plt", ".", "semilogx", "(", "trainSeqN", ",", "100", "*", "np", ".", "mean", "(", "correctRateAll", ",", "1", ")", ",", "'-*'", ")", "plt", ".", "xlabel", "(", "' Training Sequence Number'", ")", "plt", ".", "ylabel", "(", "' Hit Rate - Best Match (%)'", ")", "plt", ".", "subplot", "(", "2", ",", "2", ",", "2", ")", "plt", ".", "semilogx", "(", "trainSeqN", ",", "100", "*", "np", ".", "mean", "(", "missRateAll", ",", "1", ")", ",", "'-*'", ")", "plt", ".", "xlabel", "(", "' Training Sequence Number'", ")", "plt", ".", "ylabel", "(", "' Miss Rate (%)'", ")", "plt", ".", "subplot", "(", "2", ",", "2", ",", "3", ")", "plt", ".", "semilogx", "(", "trainSeqN", ",", "100", "*", "np", ".", "mean", "(", "fpRateAll", ",", "1", ")", ",", "'-*'", ")", "plt", ".", "xlabel", "(", "' Training Sequence Number'", ")", "plt", ".", "ylabel", "(", "' False Positive Rate (%)'", ")", "plt", ".", "savefig", "(", "'result/ReberSequence_HMMperformance.pdf'", ")", "plt", ".", "show", "(", ")" ]

[ "Experiment", "1", ":", "Calculate", "error", "rate", "as", "a", "function", "of", "training", "sequence", "numbers", ":", "return", ":" ]

[ "def", "get_object", "(", "self", ",", "queryset", "=", "None", ")", ":", "object", "=", "super", "(", "LanguageChoiceMixin", ",", "self", ")", ".", "get_object", "(", "queryset", ")", "if", "isinstance", "(", "object", ",", "TranslatableModelMixin", ")", ":", "object", ".", "set_current_language", "(", "self", ".", "get_language", "(", ")", ",", "initialize", "=", "True", ")", "return", "object" ]

[ "Assign", "the", "language", "for", "the", "retrieved", "object", "." ]

[ "def", "add_module", "(", "self", ",", "module", ")", ":", "for", "key", ",", "value", "in", "module", ".", "__dict__", ".", "iteritems", "(", ")", ":", "if", "key", "[", "0", ":", "2", "]", "!=", "'__'", ":", "self", ".", "__setattr__", "(", "attr", "=", "key", ",", "value", "=", "value", ")" ]

[ "Adds", "configuration", "parameters", "from", "a", "Python", "module", "." ]

[ "def", "check", "(", "self", ",", "request", ",", "response", ",", "secret", ")", ":", "auth", "=", "request", ".", "get_header", "(", "'Authorization'", ")", "if", "auth", "==", "''", ":", "raise", "KeyError", "(", "'Authorization header is required for the request.'", ")", "ah", "=", "self", ".", "orig", ".", "parse_auth_headers", "(", "auth", ")", "act", "=", "response", ".", "headers", "[", "'X-Server-Authorization-HMAC-SHA256'", "]", "if", "act", "==", "''", ":", "raise", "KeyError", "(", "'Response is missing the signature header X-Server-Authorization-HMAC-SHA256.'", ")", "sig", "=", "self", ".", "sign", "(", "request", ",", "ah", ",", "response", ".", "text", ",", "secret", ")", "return", "sig", "==", "act" ]

[ "Checks", "the", "response", "for", "the", "appropriate", "signature", ".", "Returns", "True", "if", "the", "signature", "matches", "the", "expected", "value", "." ]

[ "def", "_eval_summary", "(", "self", ",", "context", ":", "MonitorContext", ",", "feed_dict", ":", "Optional", "[", "Dict", "]", "=", "None", ")", "->", "None", ":", "if", "self", ".", "_summary", "is", "None", ":", "raise", "RuntimeError", "(", "'TensorBoard monitor task should set the Tensorflow.Summary object'", ")", "if", "context", ".", "session", "is", "None", ":", "raise", "RuntimeError", "(", "'To run a TensorBoard monitor task the TF session object'", "' must be provided when creating an instance of the Monitor'", ")", "summary", "=", "context", ".", "session", ".", "run", "(", "self", ".", "_summary", ",", "feed_dict", "=", "feed_dict", ")", "self", ".", "_file_writer", ".", "add_summary", "(", "summary", ",", "context", ".", "global_step", ")", "if", "self", ".", "_flush_immediately", ":", "self", ".", "flush", "(", ")" ]

[ "Evaluates", "the", "summary", "tensor", "and", "writes", "the", "result", "to", "the", "event", "file", ".", ":", "param", "context", ":", "Monitor", "context", ":", "param", "feed_dict", ":", "Input", "values", "dictionary", "to", "be", "provided", "to", "the", "session", ".", "run", "when", "evaluating", "the", "summary", "tensor", "." ]

[ "def", "get_info", "(", "self", ")", ":", "info_response", "=", "self", ".", "send_command", "(", "\"show info\"", ")", "if", "not", "info_response", ":", "return", "{", "}", "def", "convert_camel_case", "(", "string", ")", ":", "return", "all_cap_re", ".", "sub", "(", "r'\\1_\\2'", ",", "first_cap_re", ".", "sub", "(", "r'\\1_\\2'", ",", "string", ")", ")", ".", "lower", "(", ")", "return", "dict", "(", "(", "convert_camel_case", "(", "label", ")", ",", "value", ")", "for", "label", ",", "value", "in", "[", "line", ".", "split", "(", "\": \"", ")", "for", "line", "in", "info_response", ".", "split", "(", "\"\\n\"", ")", "]", ")" ]

[ "Parses", "the", "output", "of", "a", "show", "info", "HAProxy", "command", "and", "returns", "a", "simple", "dictionary", "of", "the", "results", "." ]

[ "def", "create_tfs_core_client", "(", "url", ",", "token", "=", "None", ")", ":", "if", "token", "is", "None", ":", "token", "=", "os", ".", "environ", ".", "get", "(", "'TFS_API_TOKEN'", ",", "None", ")", "tfs_connection", "=", "create_tfs_connection", "(", "url", ",", "token", ")", "tfs_client", "=", "tfs_connection", ".", "get_client", "(", "'vsts.core.v4_1.core_client.CoreClient'", ")", "if", "tfs_client", "is", "None", ":", "msg", "=", "'Unable to connect to TFS Enterprise (%s) with provided token.'", "raise", "RuntimeError", "(", "msg", ",", "url", ")", "return", "tfs_client" ]

[ "Create", "a", "core_client", ".", "py", "client", "for", "a", "Team", "Foundation", "Server", "Enterprise", "connection", "instance" ]

[ "def", "_index2word", "(", "self", ")", ":", "# TODO(kelvinguu): it would be nice to just use `dict.viewkeys`, but unfortunately those are not indexable", "compute_index2word", "=", "lambda", ":", "self", ".", "keys", "(", ")", "# this works because self is an OrderedDict", "# create if it doesn't exist", "try", ":", "self", ".", "_index2word_cache", "except", "AttributeError", ":", "self", ".", "_index2word_cache", "=", "compute_index2word", "(", ")", "# update if it is out of date", "if", "len", "(", "self", ".", "_index2word_cache", ")", "!=", "len", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "_index2word_cache", "=", "compute_index2word", "(", ")", "return", "self", ".", "_index2word_cache" ]

[ "Mapping", "from", "indices", "to", "words", "." ]

[ "def", "convert_shapefile", "(", "shapefilename", ",", "srid", "=", "4674", ")", ":", "# /home/nando/Desktop/IBGE/2010/55MU2500GC_SIR.shp", "ds", "=", "DataSource", "(", "shapefilename", ")", "is_uf", "=", "shapefilename", ".", "upper", "(", ")", ".", "find", "(", "'UF'", ")", "!=", "-", "1", "transform_coord", "=", "None", "if", "srid", "!=", "SRID", ":", "transform_coord", "=", "CoordTransform", "(", "SpatialReference", "(", "srid", ")", ",", "SpatialReference", "(", "SRID", ")", ")", "if", "is_uf", ":", "model", "=", "UF", "else", ":", "model", "=", "Municipio", "ct", "=", "0", "for", "f", "in", "ds", "[", "0", "]", ":", "# 3D para 2D se necessário", "if", "f", ".", "geom", ".", "coord_dim", "!=", "2", ":", "f", ".", "geom", ".", "coord_dim", "=", "2", "# converte para MultiPolygon se necessário", "if", "isinstance", "(", "f", ".", "geom", ",", "Polygon", ")", ":", "g", "=", "OGRGeometry", "(", "OGRGeomType", "(", "'MultiPolygon'", ")", ")", "g", ".", "add", "(", "f", ".", "geom", ")", "else", ":", "g", "=", "f", ".", "geom", "# transforma coordenadas se necessário", "if", "transform_coord", ":", "g", ".", "transform", "(", "transform_coord", ")", "# força 2D", "g", ".", "coord_dim", "=", "2", "kwargs", "=", "{", "}", "if", "is_uf", ":", "kwargs", "[", "'nome'", "]", "=", "capitalize_name", "(", "unicode", "(", "f", ".", "get", "(", "CAMPO_NOME_UF", ")", ",", "'latin1'", ")", ")", "kwargs", "[", "'geom'", "]", "=", "g", ".", "ewkt", "kwargs", "[", "'id_ibge'", "]", "=", "f", ".", "get", "(", "CAMPO_GEOCODIGO_UF", ")", "kwargs", "[", "'regiao'", "]", "=", "capitalize_name", "(", "unicode", "(", "f", ".", "get", "(", "CAMPO_REGIAO_UF", ")", ",", "'latin1'", ")", ")", "kwargs", "[", "'uf'", "]", "=", "UF_SIGLAS_DICT", ".", "get", "(", "kwargs", "[", "'id_ibge'", "]", ")", "else", ":", "kwargs", "[", "'nome'", "]", "=", "capitalize_name", "(", "unicode", "(", "f", ".", "get", "(", "CAMPO_NOME_MU", ")", ",", "'latin1'", ")", ")", "kwargs", "[", "'geom'", "]", "=", "g", ".", "ewkt", "kwargs", "[", "'id_ibge'", "]", "=", "f", ".", "get", "(", "CAMPO_GEOCODIGO_MU", ")", "kwargs", "[", "'uf'", "]", "=", "UF", ".", "objects", ".", "get", "(", "pk", "=", "f", ".", "get", "(", "CAMPO_GEOCODIGO_MU", ")", "[", ":", "2", "]", ")", "kwargs", "[", "'uf_sigla'", "]", "=", "kwargs", "[", "'uf'", "]", ".", "uf", "kwargs", "[", "'nome_abreviado'", "]", "=", "slugify", "(", "kwargs", "[", "'nome'", "]", ")", "# tenta corrigir nomes duplicados, são em torno de 242 nomes repetidos", "# adicionando a sigla do estado no final", "if", "Municipio", ".", "objects", ".", "filter", "(", "nome_abreviado", "=", "kwargs", "[", "'nome_abreviado'", "]", ")", ".", "count", "(", ")", ">", "0", ":", "kwargs", "[", "'nome_abreviado'", "]", "=", "u'%s-%s'", "%", "(", "kwargs", "[", "'nome_abreviado'", "]", ",", "kwargs", "[", "'uf_sigla'", "]", ".", "lower", "(", ")", ")", "instance", "=", "model", "(", "*", "*", "kwargs", ")", "instance", ".", "save", "(", ")", "ct", "+=", "1", "print", "(", "ct", ",", "(", "is_uf", "and", "\"Unidades Federativas criadas\"", "or", "\"Municipios criados\"", ")", ")" ]

[ "shapefilename", ":", "considera", "nomenclatura", "de", "shapefile", "do", "IBGE", "para", "determinar", "se", "é", "UF", "ou", "Municípios", ".", "ex", ".", "55UF2500GC_SIR", ".", "shp", "para", "UF", "e", "55MU2500GC_SIR", ".", "shp", "para", "Municípios", "srid", ":", "4674", "(", "Projeção", "SIRGAS", "2000", ")" ]

[ "def", "load", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "_validate", "(", ")", "formatter", "=", "SqliteTableFormatter", "(", "self", ".", "source", ")", "formatter", ".", "accept", "(", "self", ")", "return", "formatter", ".", "to_table_data", "(", ")" ]

[ "Extract", "tabular", "data", "as", "|TableData|", "instances", "from", "a", "SQLite", "database", "file", ".", "|load_source_desc_file|" ]

[ "def", "smart_insert", "(", "df", ",", "table", ",", "engine", ",", "minimal_size", "=", "5", ")", ":", "from", "sqlalchemy", ".", "exc", "import", "IntegrityError", "try", ":", "table_name", "=", "table", ".", "name", "except", ":", "table_name", "=", "table", "# 首先进行尝试bulk insert", "try", ":", "df", ".", "to_sql", "(", "table_name", ",", "engine", ",", "index", "=", "False", ",", "if_exists", "=", "\"append\"", ")", "# 失败了", "except", "IntegrityError", ":", "# 分析数据量", "n", "=", "df", ".", "shape", "[", "0", "]", "# 如果数据条数多于一定数量", "if", "n", ">=", "minimal_size", "**", "2", ":", "# 则进行分包", "n_chunk", "=", "math", ".", "floor", "(", "math", ".", "sqrt", "(", "n", ")", ")", "for", "sub_df", "in", "grouper_df", "(", "df", ",", "n_chunk", ")", ":", "smart_insert", "(", "sub_df", ",", "table_name", ",", "engine", ",", "minimal_size", ")", "# 否则则一条条地逐条插入", "else", ":", "for", "sub_df", "in", "grouper_df", "(", "df", ",", "1", ")", ":", "try", ":", "sub_df", ".", "to_sql", "(", "table_name", ",", "engine", ",", "index", "=", "False", ",", "if_exists", "=", "\"append\"", ")", "except", "IntegrityError", ":", "pass" ]

[ "An", "optimized", "Insert", "strategy", "." ]

[ "def", "_compute_mean", "(", "self", ",", "C", ",", "mag", ",", "rrup", ",", "hypo_depth", ",", "delta_R", ",", "delta_S", ",", "delta_V", ",", "delta_I", ",", "vs30", ")", ":", "# mean is calculated for all the 4 classes using the same equation.", "# For DowrickRhoades2005SSlab, the coefficients which don't appear in", "# Model 3 equationare assigned to zero", "mean", "=", "(", "C", "[", "'A1'", "]", "+", "(", "C", "[", "'A2'", "]", "+", "C", "[", "'A2R'", "]", "*", "delta_R", "+", "C", "[", "'A2V'", "]", "*", "delta_V", ")", "*", "mag", "+", "(", "C", "[", "'A3'", "]", "+", "C", "[", "'A3S'", "]", "*", "delta_S", "+", "C", "[", "'A3V'", "]", "*", "delta_V", ")", "*", "np", ".", "log10", "(", "np", ".", "power", "(", "(", "rrup", "**", "3", "+", "C", "[", "'d'", "]", "**", "3", ")", ",", "1.0", "/", "3.0", ")", ")", "+", "C", "[", "'A4'", "]", "*", "hypo_depth", "+", "C", "[", "'A5'", "]", "*", "delta_I", ")", "# Get S site class term", "S", "=", "self", ".", "_get_site_class", "(", "vs30", ",", "mean", ")", "# Add S amplification term to mean value", "mean", "=", "mean", "+", "S", "return", "mean" ]

[ "Compute", "MMI", "Intensity", "Value", "as", "per", "Equation", "in", "Table", "5", "and", "Table", "7", "pag", "198", "." ]

[ "def", "path", "(", "self", ",", "filename", ",", "folder", "=", "None", ")", ":", "if", "folder", "is", "not", "None", ":", "target_folder", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "self", ".", "config", ".", "destination", ",", "folder", ")", "else", ":", "target_folder", "=", "self", ".", "config", ".", "destination", "return", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "target_folder", ",", "filename", ")" ]

[ "This", "returns", "the", "absolute", "path", "of", "a", "file", "uploaded", "to", "this", "set", ".", "It", "doesn", "t", "actually", "check", "whether", "said", "file", "exists", "." ]

[ "def", "pin_list_to_board_dict", "(", "pinlist", ")", ":", "board_dict", "=", "{", "\"digital\"", ":", "[", "]", ",", "\"analog\"", ":", "[", "]", ",", "\"pwm\"", ":", "[", "]", ",", "\"servo\"", ":", "[", "]", ",", "# 2.2 specs", "# 'i2c': [], # 2.3 specs", "\"disabled\"", ":", "[", "]", ",", "}", "for", "i", ",", "pin", "in", "enumerate", "(", "pinlist", ")", ":", "pin", ".", "pop", "(", ")", "# removes the 0x79 on end", "if", "not", "pin", ":", "board_dict", "[", "\"disabled\"", "]", "+=", "[", "i", "]", "board_dict", "[", "\"digital\"", "]", "+=", "[", "i", "]", "continue", "for", "j", ",", "_", "in", "enumerate", "(", "pin", ")", ":", "# Iterate over evens", "if", "j", "%", "2", "==", "0", ":", "# This is safe. try: range(10)[5:50]", "if", "pin", "[", "j", ":", "j", "+", "4", "]", "==", "[", "0", ",", "1", ",", "1", ",", "1", "]", ":", "board_dict", "[", "\"digital\"", "]", "+=", "[", "i", "]", "if", "pin", "[", "j", ":", "j", "+", "2", "]", "==", "[", "2", ",", "10", "]", ":", "board_dict", "[", "\"analog\"", "]", "+=", "[", "i", "]", "if", "pin", "[", "j", ":", "j", "+", "2", "]", "==", "[", "3", ",", "8", "]", ":", "board_dict", "[", "\"pwm\"", "]", "+=", "[", "i", "]", "if", "pin", "[", "j", ":", "j", "+", "2", "]", "==", "[", "4", ",", "14", "]", ":", "board_dict", "[", "\"servo\"", "]", "+=", "[", "i", "]", "# Desable I2C", "if", "pin", "[", "j", ":", "j", "+", "2", "]", "==", "[", "6", ",", "1", "]", ":", "pass", "# We have to deal with analog pins:", "# - (14, 15, 16, 17, 18, 19)", "# + (0, 1, 2, 3, 4, 5)", "diff", "=", "set", "(", "board_dict", "[", "\"digital\"", "]", ")", "-", "set", "(", "board_dict", "[", "\"analog\"", "]", ")", "board_dict", "[", "\"analog\"", "]", "=", "[", "n", "for", "n", ",", "_", "in", "enumerate", "(", "board_dict", "[", "\"analog\"", "]", ")", "]", "# Digital pin problems:", "# - (2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15)", "# + (0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13)", "board_dict", "[", "\"digital\"", "]", "=", "[", "n", "for", "n", ",", "_", "in", "enumerate", "(", "diff", ")", "]", "# Based on lib Arduino 0017", "board_dict", "[", "\"servo\"", "]", "=", "board_dict", "[", "\"digital\"", "]", "# Turn lists into tuples", "# Using dict for Python 2.6 compatibility", "board_dict", "=", "dict", "(", "[", "(", "key", ",", "tuple", "(", "value", ")", ")", "for", "key", ",", "value", "in", "board_dict", ".", "items", "(", ")", "]", ")", "return", "board_dict" ]

[ "Capability", "Response", "codes", ":", "INPUT", ":", "0", "1", "OUTPUT", ":", "1", "1", "ANALOG", ":", "2", "10", "PWM", ":", "3", "8", "SERV0", ":", "4", "14", "I2C", ":", "6", "1" ]

[ "def", "_on_disconnect", "(", "self", ",", "participant", ")", ":", "player", "=", "None", "for", "p", "in", "self", ".", "get_players", "(", ")", ":", "if", "p", ".", "participant", "==", "participant", ":", "player", "=", "p", "break", "self", ".", "when_player_disconnects", "(", "player", ")" ]

[ "Trigger", "the", ":", "meth", ":", "when_player_disconnects", "callback", "." ]

[ "def", "create_prompt", "(", "prompt", ")", ":", "if", "prompt", "is", "None", ":", "prompt", "=", "'python'", "if", "prompt", "==", "'python'", ":", "prompt", "=", "PythonPromptManager", "elif", "prompt", "==", "'ipython'", ":", "prompt", "=", "IPythonPromptManager", "# Instanciate the class.", "if", "isinstance", "(", "prompt", ",", "BasePromptManager", ")", ":", "return", "prompt", "else", ":", "return", "prompt", "(", ")" ]

[ "Create", "a", "prompt", "manager", "." ]

[ "def", "wireshark", "(", "pktlist", ",", "*", "args", ")", ":", "fname", "=", "get_temp_file", "(", ")", "wrpcap", "(", "fname", ",", "pktlist", ")", "subprocess", ".", "Popen", "(", "[", "conf", ".", "prog", ".", "wireshark", ",", "\"-r\"", ",", "fname", "]", "+", "list", "(", "args", ")", ")" ]

[ "Run", "wireshark", "on", "a", "list", "of", "packets" ]

[ "def", "create_sciobj", "(", "request", ",", "sysmeta_pyxb", ")", ":", "pid", "=", "d1_common", ".", "xml", ".", "get_req_val", "(", "sysmeta_pyxb", ".", "identifier", ")", "set_mn_controlled_values", "(", "request", ",", "sysmeta_pyxb", ",", "is_modification", "=", "False", ")", "d1_gmn", ".", "app", ".", "views", ".", "assert_db", ".", "is_valid_pid_for_create", "(", "pid", ")", "d1_gmn", ".", "app", ".", "views", ".", "assert_sysmeta", ".", "sanity", "(", "request", ",", "sysmeta_pyxb", ")", "if", "_is_proxy_sciobj", "(", "request", ")", ":", "sciobj_url", "=", "_get_sciobj_proxy_url", "(", "request", ")", "_sanity_check_proxy_url", "(", "sciobj_url", ")", "else", ":", "sciobj_url", "=", "d1_gmn", ".", "app", ".", "sciobj_store", ".", "get_rel_sciobj_file_url_by_pid", "(", "pid", ")", "if", "not", "_is_proxy_sciobj", "(", "request", ")", ":", "if", "d1_gmn", ".", "app", ".", "resource_map", ".", "is_resource_map_sysmeta_pyxb", "(", "sysmeta_pyxb", ")", ":", "_create_resource_map", "(", "pid", ",", "request", ",", "sysmeta_pyxb", ",", "sciobj_url", ")", "else", ":", "_save_sciobj_bytes_from_request", "(", "request", ",", "pid", ")", "d1_gmn", ".", "app", ".", "scimeta", ".", "assert_valid", "(", "sysmeta_pyxb", ",", "pid", ")", "d1_gmn", ".", "app", ".", "sysmeta", ".", "create_or_update", "(", "sysmeta_pyxb", ",", "sciobj_url", ")", "d1_gmn", ".", "app", ".", "event_log", ".", "create", "(", "d1_common", ".", "xml", ".", "get_req_val", "(", "sysmeta_pyxb", ".", "identifier", ")", ",", "request", ",", "timestamp", "=", "d1_common", ".", "date_time", ".", "normalize_datetime_to_utc", "(", "sysmeta_pyxb", ".", "dateUploaded", ")", ",", ")" ]

[ "Create", "object", "file", "and", "database", "entries", "for", "a", "new", "native", "locally", "stored", "(", "non", "-", "proxied", ")", "science", "object", "." ]

[ "def", "highlight_multi_regex", "(", "str_", ",", "pat_to_color", ",", "reflags", "=", "0", ")", ":", "#import colorama", "# from colorama import Fore, Style", "#color = Fore.MAGENTA", "# color = Fore.RED", "#match = re.search(pat, str_, flags=reflags)", "colored", "=", "str_", "to_replace", "=", "[", "]", "for", "pat", ",", "color", "in", "pat_to_color", ".", "items", "(", ")", ":", "matches", "=", "list", "(", "re", ".", "finditer", "(", "pat", ",", "str_", ",", "flags", "=", "reflags", ")", ")", "for", "match", "in", "matches", ":", "start", "=", "match", ".", "start", "(", ")", "end", "=", "match", ".", "end", "(", ")", "to_replace", ".", "append", "(", "(", "end", ",", "start", ",", "color", ")", ")", "for", "tup", "in", "reversed", "(", "sorted", "(", "to_replace", ")", ")", ":", "end", ",", "start", ",", "color", "=", "tup", "colored_part", "=", "color_text", "(", "colored", "[", "start", ":", "end", "]", ",", "color", ")", "colored", "=", "colored", "[", ":", "start", "]", "+", "colored_part", "+", "colored", "[", "end", ":", "]", "return", "colored" ]

[ "FIXME", "Use", "pygments", "instead", ".", "must", "be", "mututally", "exclusive" ]

[ "def", "execute_command", "(", "self", ",", "cmnd", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "options", ")", ":", "args", ",", "options", "=", "self", ".", "preprocess_command", "(", "cmnd", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "options", ")", "return", "self", ".", "client", ".", "execute_command", "(", "cmnd", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "options", ")" ]

[ "Execute", "a", "command", "and", "return", "a", "parsed", "response" ]

[ "def", "parse_pip_file", "(", "path", ")", ":", "# requirement lines sorted by importance", "# also collect other pip commands", "rdev", "=", "dict", "(", ")", "rnormal", "=", "[", "]", "stuff", "=", "[", "]", "try", ":", "with", "open", "(", "path", ")", "as", "f", ":", "for", "line", "in", "f", ":", "line", "=", "line", ".", "strip", "(", ")", "# see https://pip.readthedocs.org/en/1.1/requirements.html", "if", "line", ".", "startswith", "(", "'-e'", ")", ":", "# devel requirement", "splitted", "=", "line", ".", "split", "(", "'#egg='", ")", "rdev", "[", "splitted", "[", "1", "]", ".", "lower", "(", ")", "]", "=", "line", "elif", "line", ".", "startswith", "(", "'-r'", ")", ":", "# recursive file command", "splitted", "=", "re", ".", "split", "(", "'-r\\\\s+'", ",", "line", ")", "subrdev", ",", "subrnormal", ",", "substuff", "=", "parse_pip_file", "(", "splitted", "[", "1", "]", ")", "for", "k", ",", "v", "in", "subrdev", ".", "iteritems", "(", ")", ":", "if", "k", "not", "in", "rdev", ":", "rdev", "[", "k", "]", "=", "v", "rnormal", ".", "extend", "(", "subrnormal", ")", "result", ".", "extend", "(", "substuff", ")", "elif", "line", ".", "startswith", "(", "'-'", ")", ":", "# another special command we don't recognize", "stuff", ".", "append", "(", "line", ")", "else", ":", "# ordenary requirement, similary to them used in setup.py", "rnormal", ".", "append", "(", "line", ")", "except", "IOError", ":", "print", "(", "'Warning: could not parse requirements file \"{}\"!'", ",", "file", "=", "sys", ".", "stderr", ")", "return", "rdev", ",", "rnormal", ",", "stuff" ]

[ "Parse", "pip", "requirements", "file", "." ]

[ "def", "query_delete", "(", "cls", ",", "expression", "=", "None", ")", ":", "if", "expression", "is", "not", "None", ":", "executor", "=", "Executor", "(", "cls", ".", "__database__", ")", "result", "=", "executor", ".", "execute", "(", "expression", ")", "else", ":", "result", "=", "cls", ".", "_query", ".", "all_index", "(", ")", "for", "hash_id", "in", "result", ":", "cls", ".", "load", "(", "hash_id", ",", "convert_key", "=", "False", ")", ".", "delete", "(", ")" ]

[ "Delete", "model", "instances", "matching", "the", "given", "expression", "(", "if", "specified", ")", ".", "If", "no", "expression", "is", "provided", "then", "all", "model", "instances", "will", "be", "deleted", "." ]

[ "def", "decorate_several_with_validation", "(", "func", ",", "_out_", "=", "None", ",", "# type: ValidationFuncs", "none_policy", "=", "None", ",", "# type: int", "*", "*", "validation_funcs", "# type: ValidationFuncs", ")", ":", "# type: (...) -> Callable", "# add validation for output if provided", "if", "_out_", "is", "not", "None", ":", "func", "=", "decorate_with_validation", "(", "func", ",", "_OUT_KEY", ",", "_out_", ",", "none_policy", "=", "none_policy", ")", "# add validation for each of the listed arguments", "for", "att_name", ",", "att_validation_funcs", "in", "validation_funcs", ".", "items", "(", ")", ":", "func", "=", "decorate_with_validation", "(", "func", ",", "att_name", ",", "att_validation_funcs", ",", "none_policy", "=", "none_policy", ")", "return", "func" ]

[ "This", "method", "is", "equivalent", "to", "applying", "decorate_with_validation", "once", "for", "each", "of", "the", "provided", "arguments", "of", "the", "function", "func", "as", "well", "as", "output", "_out_", ".", "validation_funcs", "keyword", "arguments", "are", "validation", "functions", "for", "each", "arg", "name", "." ]

[ "def", "bandpass", "(", "flow", ",", "fhigh", ",", "sample_rate", ",", "fstop", "=", "None", ",", "gpass", "=", "2", ",", "gstop", "=", "30", ",", "type", "=", "'iir'", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "sample_rate", "=", "_as_float", "(", "sample_rate", ")", "flow", "=", "_as_float", "(", "flow", ")", "fhigh", "=", "_as_float", "(", "fhigh", ")", "if", "fstop", "is", "None", ":", "fstop", "=", "(", "flow", "*", "2", "/", "3.", ",", "min", "(", "fhigh", "*", "1.5", ",", "sample_rate", "/", "2.", ")", ")", "fstop", "=", "(", "_as_float", "(", "fstop", "[", "0", "]", ")", ",", "_as_float", "(", "fstop", "[", "1", "]", ")", ")", "if", "type", "==", "'iir'", ":", "return", "_design_iir", "(", "(", "flow", ",", "fhigh", ")", ",", "fstop", ",", "sample_rate", ",", "gpass", ",", "gstop", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "return", "_design_fir", "(", "(", "flow", ",", "fhigh", ")", ",", "fstop", ",", "sample_rate", ",", "gpass", ",", "gstop", ",", "pass_zero", "=", "False", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "Design", "a", "band", "-", "pass", "filter", "for", "the", "given", "cutoff", "frequencies" ]

[ "def", "options", "(", "self", ",", "parser", ",", "env", "=", "None", ")", ":", "if", "env", "is", "None", ":", "env", "=", "os", ".", "environ", "env_opt_name", "=", "'NOSE_%s'", "%", "self", ".", "__dest_opt_name", ".", "upper", "(", ")", "parser", ".", "add_option", "(", "\"--%s\"", "%", "self", ".", "__opt_name", ",", "dest", "=", "self", ".", "__dest_opt_name", ",", "type", "=", "\"string\"", ",", "default", "=", "env", ".", "get", "(", "env_opt_name", ")", ",", "help", "=", "\".ini file providing the environment for the \"", "\"test web application.\"", ")" ]

[ "Adds", "command", "-", "line", "options", "for", "this", "plugin", "." ]

[ "def", "segment_area", "(", "seg", ")", ":", "r0", "=", "seg", "[", "0", "]", "[", "COLS", ".", "R", "]", "r1", "=", "seg", "[", "1", "]", "[", "COLS", ".", "R", "]", "h2", "=", "point_dist2", "(", "seg", "[", "0", "]", ",", "seg", "[", "1", "]", ")", "return", "math", ".", "pi", "*", "(", "r0", "+", "r1", ")", "*", "math", ".", "sqrt", "(", "(", "r0", "-", "r1", ")", "**", "2", "+", "h2", ")" ]

[ "Compute", "the", "surface", "area", "of", "a", "segment", "." ]

[ "def", "decrease_writes_in_units", "(", "current_provisioning", ",", "units", ",", "min_provisioned_writes", ",", "log_tag", ")", ":", "updated_provisioning", "=", "int", "(", "current_provisioning", ")", "-", "int", "(", "units", ")", "min_provisioned_writes", "=", "__get_min_writes", "(", "current_provisioning", ",", "min_provisioned_writes", ",", "log_tag", ")", "if", "updated_provisioning", "<", "min_provisioned_writes", ":", "logger", ".", "info", "(", "'{0} - Reached provisioned writes min limit: {1:d}'", ".", "format", "(", "log_tag", ",", "int", "(", "min_provisioned_writes", ")", ")", ")", "return", "min_provisioned_writes", "logger", ".", "debug", "(", "'{0} - Write provisioning will be decreased to {1:d} units'", ".", "format", "(", "log_tag", ",", "int", "(", "updated_provisioning", ")", ")", ")", "return", "updated_provisioning" ]

[ "Decrease", "the", "current_provisioning", "with", "units", "units" ]

[ "def", "to_array", "(", "self", ")", ":", "array", "=", "super", "(", "SuccessfulPayment", ",", "self", ")", ".", "to_array", "(", ")", "array", "[", "'currency'", "]", "=", "u", "(", "self", ".", "currency", ")", "# py2: type unicode, py3: type str", "array", "[", "'total_amount'", "]", "=", "int", "(", "self", ".", "total_amount", ")", "# type int", "array", "[", "'invoice_payload'", "]", "=", "u", "(", "self", ".", "invoice_payload", ")", "# py2: type unicode, py3: type str", "array", "[", "'telegram_payment_charge_id'", "]", "=", "u", "(", "self", ".", "telegram_payment_charge_id", ")", "# py2: type unicode, py3: type str", "array", "[", "'provider_payment_charge_id'", "]", "=", "u", "(", "self", ".", "provider_payment_charge_id", ")", "# py2: type unicode, py3: type str", "if", "self", ".", "shipping_option_id", "is", "not", "None", ":", "array", "[", "'shipping_option_id'", "]", "=", "u", "(", "self", ".", "shipping_option_id", ")", "# py2: type unicode, py3: type str", "if", "self", ".", "order_info", "is", "not", "None", ":", "array", "[", "'order_info'", "]", "=", "self", ".", "order_info", ".", "to_array", "(", ")", "# type OrderInfo", "return", "array" ]

[ "Serializes", "this", "SuccessfulPayment", "to", "a", "dictionary", "." ]

[ "def", "_inning_events", "(", "self", ",", "soup", ",", "inning_number", ",", "inning_id", ",", "hit_location", ")", ":", "# at bat(batter box data) & pitching data", "out_ct", "=", "0", "for", "ab", "in", "soup", ".", "find_all", "(", "'atbat'", ")", ":", "# plate appearance data(pa)", "at_bat", "=", "AtBat", ".", "pa", "(", "ab", ",", "self", ".", "game", ",", "self", ".", "players", ".", "rosters", ",", "inning_number", ",", "inning_id", ",", "out_ct", ",", "hit_location", ")", "# pitching data", "pitching_stats", "=", "self", ".", "_get_pitch", "(", "ab", ",", "at_bat", ")", "# at bat(pa result)", "pa_result", "=", "AtBat", ".", "result", "(", "ab", ",", "at_bat", ",", "pitching_stats", ")", "at_bat", ".", "update", "(", "pa_result", ")", "self", ".", "atbats", ".", "append", "(", "at_bat", ")", "self", ".", "pitches", ".", "extend", "(", "pitching_stats", ")", "# out count", "out_ct", "=", "at_bat", "[", "'event_outs_ct'", "]" ]

[ "Inning", "Events", ".", ":", "param", "soup", ":", "Beautifulsoup", "object", ":", "param", "inning_number", ":", "Inning", "Number", ":", "param", "inning_id", ":", "Inning", "Id", "(", "0", ":", "home", "1", ":", "away", ")", ":", "param", "hit_location", ":", "Hitlocation", "data", "(", "dict", ")" ]

[ "def", "save", "(", "self", ",", "filename", ",", "incl_uniqueid", "=", "False", ")", ":", "filename", "=", "os", ".", "path", ".", "expanduser", "(", "filename", ")", "f", "=", "open", "(", "filename", ",", "'w'", ")", "json", ".", "dump", "(", "self", ".", "to_json", "(", "incl_uniqueid", "=", "incl_uniqueid", ")", ",", "f", ",", "sort_keys", "=", "True", ",", "indent", "=", "0", ",", "separators", "=", "(", "','", ",", "': '", ")", ")", "f", ".", "close", "(", ")", "return", "filename" ]

[ "Save", "the", "Parameter", "to", "a", "JSON", "-", "formatted", "ASCII", "file" ]