Datasets:

---

kejian

/

codesearchnet-python-raw

like 1

[ "def", "_get_all_objs_of_type", "(", "type_", ",", "parent", ")", ":", "return", "set", "(", "[", "obj", "for", "obj", "in", "parent", ".", "__dict__", ".", "values", "(", ")", "if", "isinstance", "(", "obj", ",", "type_", ")", "]", ")" ]

[ "Get", "all", "attributes", "of", "the", "given", "type", "from", "the", "given", "object", "." ]

[ "def", "savefig", "(", "writekey", ",", "dpi", "=", "None", ",", "ext", "=", "None", ")", ":", "if", "dpi", "is", "None", ":", "# we need this as in notebooks, the internal figures are also influenced by 'savefig.dpi' this...", "if", "not", "isinstance", "(", "rcParams", "[", "'savefig.dpi'", "]", ",", "str", ")", "and", "rcParams", "[", "'savefig.dpi'", "]", "<", "150", ":", "if", "settings", ".", "_low_resolution_warning", ":", "logg", ".", "warn", "(", "'You are using a low resolution (dpi<150) for saving figures.\\n'", "'Consider running `set_figure_params(dpi_save=...)`, which will '", "'adjust `matplotlib.rcParams[\\'savefig.dpi\\']`'", ")", "settings", ".", "_low_resolution_warning", "=", "False", "else", ":", "dpi", "=", "rcParams", "[", "'savefig.dpi'", "]", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "settings", ".", "figdir", ")", ":", "os", ".", "makedirs", "(", "settings", ".", "figdir", ")", "if", "settings", ".", "figdir", "[", "-", "1", "]", "!=", "'/'", ":", "settings", ".", "figdir", "+=", "'/'", "if", "ext", "is", "None", ":", "ext", "=", "settings", ".", "file_format_figs", "filename", "=", "settings", ".", "figdir", "+", "writekey", "+", "settings", ".", "plot_suffix", "+", "'.'", "+", "ext", "# output the following msg at warning level; it's really important for the user", "logg", ".", "msg", "(", "'saving figure to file'", ",", "filename", ",", "v", "=", "1", ")", "pl", ".", "savefig", "(", "filename", ",", "dpi", "=", "dpi", ",", "bbox_inches", "=", "'tight'", ")" ]

[ "Save", "current", "figure", "to", "file", "." ]

[ "async", "def", "_make_request", "(", "self", ",", "method", ":", "str", ",", "url", ":", "str", ",", "url_vars", ":", "Dict", "[", "str", ",", "str", "]", ",", "data", ":", "Any", ",", "accept", ":", "str", ",", "jwt", ":", "Opt", "[", "str", "]", "=", "None", ",", "oauth_token", ":", "Opt", "[", "str", "]", "=", "None", ",", ")", "->", "Tuple", "[", "bytes", ",", "Opt", "[", "str", "]", "]", ":", "if", "oauth_token", "is", "not", "None", "and", "jwt", "is", "not", "None", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Cannot pass both oauth_token and jwt.\"", ")", "filled_url", "=", "sansio", ".", "format_url", "(", "url", ",", "url_vars", ")", "if", "jwt", "is", "not", "None", ":", "request_headers", "=", "sansio", ".", "create_headers", "(", "self", ".", "requester", ",", "accept", "=", "accept", ",", "jwt", "=", "jwt", ")", "elif", "oauth_token", "is", "not", "None", ":", "request_headers", "=", "sansio", ".", "create_headers", "(", "self", ".", "requester", ",", "accept", "=", "accept", ",", "oauth_token", "=", "oauth_token", ")", "else", ":", "# fallback to using oauth_token", "request_headers", "=", "sansio", ".", "create_headers", "(", "self", ".", "requester", ",", "accept", "=", "accept", ",", "oauth_token", "=", "self", ".", "oauth_token", ")", "cached", "=", "cacheable", "=", "False", "# Can't use None as a \"no body\" sentinel as it's a legitimate JSON type.", "if", "data", "==", "b\"\"", ":", "body", "=", "b\"\"", "request_headers", "[", "\"content-length\"", "]", "=", "\"0\"", "if", "method", "==", "\"GET\"", "and", "self", ".", "_cache", "is", "not", "None", ":", "cacheable", "=", "True", "try", ":", "etag", ",", "last_modified", ",", "data", ",", "more", "=", "self", ".", "_cache", "[", "filled_url", "]", "cached", "=", "True", "except", "KeyError", ":", "pass", "else", ":", "if", "etag", "is", "not", "None", ":", "request_headers", "[", "\"if-none-match\"", "]", "=", "etag", "if", "last_modified", "is", "not", "None", ":", "request_headers", "[", "\"if-modified-since\"", "]", "=", "last_modified", "else", ":", "charset", "=", "\"utf-8\"", "body", "=", "json", ".", "dumps", "(", "data", ")", ".", "encode", "(", "charset", ")", "request_headers", "[", "'content-type'", "]", "=", "f\"application/json; charset={charset}\"", "request_headers", "[", "'content-length'", "]", "=", "str", "(", "len", "(", "body", ")", ")", "if", "self", ".", "rate_limit", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "rate_limit", ".", "remaining", "-=", "1", "response", "=", "await", "self", ".", "_request", "(", "method", ",", "filled_url", ",", "request_headers", ",", "body", ")", "if", "not", "(", "response", "[", "0", "]", "==", "304", "and", "cached", ")", ":", "data", ",", "self", ".", "rate_limit", ",", "more", "=", "sansio", ".", "decipher_response", "(", "*", "response", ")", "has_cache_details", "=", "(", "\"etag\"", "in", "response", "[", "1", "]", "or", "\"last-modified\"", "in", "response", "[", "1", "]", ")", "if", "self", ".", "_cache", "is", "not", "None", "and", "cacheable", "and", "has_cache_details", ":", "etag", "=", "response", "[", "1", "]", ".", "get", "(", "\"etag\"", ")", "last_modified", "=", "response", "[", "1", "]", ".", "get", "(", "\"last-modified\"", ")", "self", ".", "_cache", "[", "filled_url", "]", "=", "etag", ",", "last_modified", ",", "data", ",", "more", "return", "data", ",", "more" ]

[ "Construct", "and", "make", "an", "HTTP", "request", "." ]

[ "def", "center_mass_exp", "(", "interval", ",", "scale", "=", "1.0", ")", ":", "assert", "isinstance", "(", "interval", ",", "tuple", ")", ",", "'interval must be a tuple'", "assert", "len", "(", "interval", ")", "==", "2", ",", "'interval must be length two'", "(", "interval_left", ",", "interval_right", ")", "=", "interval", "assert", "interval_left", ">=", "0", ",", "'interval_left must be non-negative'", "assert", "interval_right", ">", "interval_left", ",", "'interval_right must be bigger than interval_left'", "assert", "scale", ">", "0", ",", "'scale must be positive'", "if", "interval_right", "<", "np", ".", "inf", ":", "return", "(", "(", "interval_left", "+", "scale", ")", "*", "np", ".", "exp", "(", "-", "interval_left", "/", "scale", ")", "-", "(", "scale", "+", "interval_right", ")", "*", "np", ".", "exp", "(", "-", "interval_right", "/", "scale", ")", ")", "/", "(", "np", ".", "exp", "(", "-", "interval_left", "/", "scale", ")", "-", "np", ".", "exp", "(", "-", "interval_right", "/", "scale", ")", ")", "else", ":", "return", "interval_left", "+", "scale" ]

[ "Calculate", "the", "center", "of", "mass", "of", "negative", "exponential", "distribution", "p", "(", "x", ")", "=", "exp", "(", "-", "x", "/", "scale", ")", "/", "scale", "in", "the", "interval", "of", "(", "interval_left", "interval_right", ")", ".", "scale", "is", "the", "same", "scale", "parameter", "as", "scipy", ".", "stats", ".", "expon", ".", "pdf" ]

[ "def", "pick_peaks", "(", "nc", ",", "L", "=", "16", ",", "offset_denom", "=", "0.1", ")", ":", "offset", "=", "nc", ".", "mean", "(", ")", "*", "float", "(", "offset_denom", ")", "th", "=", "filters", ".", "median_filter", "(", "nc", ",", "size", "=", "L", ")", "+", "offset", "#th = filters.gaussian_filter(nc, sigma=L/2., mode=\"nearest\") + offset", "#import pylab as plt", "#plt.plot(nc)", "#plt.plot(th)", "#plt.show()", "# th = np.ones(nc.shape[0]) * nc.mean() - 0.08", "peaks", "=", "[", "]", "for", "i", "in", "range", "(", "1", ",", "nc", ".", "shape", "[", "0", "]", "-", "1", ")", ":", "# is it a peak?", "if", "nc", "[", "i", "-", "1", "]", "<", "nc", "[", "i", "]", "and", "nc", "[", "i", "]", ">", "nc", "[", "i", "+", "1", "]", ":", "# is it above the threshold?", "if", "nc", "[", "i", "]", ">", "th", "[", "i", "]", ":", "peaks", ".", "append", "(", "i", ")", "return", "peaks" ]

[ "Obtain", "peaks", "from", "a", "novelty", "curve", "using", "an", "adaptive", "threshold", "." ]

[ "def", "map_ids", "(", "queries", ",", "frm", "=", "'ACC'", ",", "to", "=", "'ENSEMBL_PRO_ID'", ",", "organism_taxid", "=", "9606", ",", "test", "=", "False", ")", ":", "url", "=", "'https://www.uniprot.org/uploadlists/'", "params", "=", "{", "'from'", ":", "frm", ",", "'to'", ":", "to", ",", "'format'", ":", "'tab'", ",", "'organism'", ":", "organism_taxid", ",", "'query'", ":", "' '", ".", "join", "(", "queries", ")", ",", "}", "response", "=", "requests", ".", "get", "(", "url", ",", "params", "=", "params", ")", "if", "test", ":", "print", "(", "response", ".", "url", ")", "if", "response", ".", "ok", ":", "df", "=", "pd", ".", "read_table", "(", "response", ".", "url", ")", "df", ".", "columns", "=", "[", "frm", ",", "to", "]", "return", "df", "else", ":", "print", "(", "'Something went wrong '", ",", "response", ".", "status_code", ")" ]

[ "https", ":", "//", "www", ".", "uniprot", ".", "org", "/", "help", "/", "api_idmapping" ]

[ "def", "get_hook_url", "(", "self", ",", "access_token", ")", ":", "# Allow overwriting hook URL in debug mode.", "if", "(", "current_app", ".", "debug", "or", "current_app", ".", "testing", ")", "and", "current_app", ".", "config", ".", "get", "(", "'WEBHOOKS_DEBUG_RECEIVER_URLS'", ",", "None", ")", ":", "url_pattern", "=", "current_app", ".", "config", "[", "'WEBHOOKS_DEBUG_RECEIVER_URLS'", "]", ".", "get", "(", "self", ".", "receiver_id", ",", "None", ")", "if", "url_pattern", ":", "return", "url_pattern", "%", "dict", "(", "token", "=", "access_token", ")", "return", "url_for", "(", "'invenio_webhooks.event_list'", ",", "receiver_id", "=", "self", ".", "receiver_id", ",", "access_token", "=", "access_token", ",", "_external", "=", "True", ")" ]

[ "Get", "URL", "for", "webhook", "." ]

[ "def", "process", "(", "self", ",", "metric", ")", ":", "for", "rule", "in", "self", ".", "rules", ":", "rule", ".", "process", "(", "metric", ",", "self", ")" ]

[ "process", "a", "single", "metric" ]

[ "def", "serialize_organization", "(", "organization", ")", ":", "return", "{", "'id'", ":", "organization", ".", "id", ",", "'name'", ":", "organization", ".", "name", ",", "'short_name'", ":", "organization", ".", "short_name", ",", "'description'", ":", "organization", ".", "description", ",", "'logo'", ":", "organization", ".", "logo", "}" ]

[ "Organization", "object", "-", "to", "-", "dict", "serialization" ]

[ "def", "property", "(", "self", ",", "key", ",", "default", "=", "None", ")", ":", "if", "key", "==", "'Name'", ":", "return", "self", ".", "name", "(", ")", "elif", "key", "==", "'Start'", ":", "return", "self", ".", "dateStart", "(", ")", "elif", "key", "==", "'End'", ":", "return", "self", ".", "dateEnd", "(", ")", "elif", "key", "==", "'Calendar Days'", ":", "return", "self", ".", "duration", "(", ")", "elif", "key", "==", "'Work Days'", ":", "return", "self", ".", "weekdays", "(", ")", "elif", "key", "==", "'Time Start'", ":", "return", "self", ".", "timeStart", "(", ")", "elif", "key", "==", "'Time End'", ":", "return", "self", ".", "timeEnd", "(", ")", "elif", "key", "==", "'All Day'", ":", "return", "self", ".", "isAllDay", "(", ")", "else", ":", "return", "self", ".", "_properties", ".", "get", "(", "nativestring", "(", "key", ")", ",", "default", ")" ]

[ "Returns", "the", "custom", "data", "that", "is", "stored", "on", "this", "object", ".", ":", "param", "key", "|", "<str", ">", "default", "|", "<variant", ">", ":", "return", "<variant", ">" ]

[ "def", "crb", "(", "self", ",", "params", "=", "None", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "fish", "=", "self", ".", "fisherinformation", "(", "params", "=", "params", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "return", "np", ".", "sqrt", "(", "np", ".", "diag", "(", "np", ".", "linalg", ".", "inv", "(", "fish", ")", ")", ")", "*", "self", ".", "sigma" ]

[ "Calculate", "the", "diagonal", "elements", "of", "the", "minimum", "covariance", "of", "the", "model", "with", "respect", "to", "parameters", "params", ".", "*", "args", "and", "**", "kwargs", "go", "to", "fisherinformation", "." ]

[ "def", "_end_consent", "(", "self", ",", "context", ",", "internal_response", ")", ":", "del", "context", ".", "state", "[", "STATE_KEY", "]", "return", "super", "(", ")", ".", "process", "(", "context", ",", "internal_response", ")" ]

[ "Clear", "the", "state", "for", "consent", "and", "end", "the", "consent", "step" ]

[ "def", "create_stream", "(", "name", ",", "*", "*", "header", ")", ":", "assert", "isinstance", "(", "name", ",", "basestring", ")", ",", "name", "return", "CreateStream", "(", "parent", "=", "None", ",", "name", "=", "name", ",", "group", "=", "False", ",", "header", "=", "header", ")" ]

[ "Create", "a", "stream", "for", "publishing", "messages", "." ]

[ "def", "prepare_child_message", "(", "self", ",", "gas", ":", "int", ",", "to", ":", "Address", ",", "value", ":", "int", ",", "data", ":", "BytesOrView", ",", "code", ":", "bytes", ",", "*", "*", "kwargs", ":", "Any", ")", "->", "Message", ":", "kwargs", ".", "setdefault", "(", "'sender'", ",", "self", ".", "msg", ".", "storage_address", ")", "child_message", "=", "Message", "(", "gas", "=", "gas", ",", "to", "=", "to", ",", "value", "=", "value", ",", "data", "=", "data", ",", "code", "=", "code", ",", "depth", "=", "self", ".", "msg", ".", "depth", "+", "1", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "return", "child_message" ]

[ "Helper", "method", "for", "creating", "a", "child", "computation", "." ]

[ "def", "_get_all_migrations", "(", ")", ":", "from", ".", "import", "migrations", "package", "=", "migrations", "prefix", "=", "package", ".", "__name__", "+", "'.'", "all_migrations", "=", "[", "]", "for", "importer", ",", "modname", ",", "ispkg", "in", "pkgutil", ".", "iter_modules", "(", "package", ".", "__path__", ",", "prefix", ")", ":", "version", "=", "int", "(", "modname", ".", "split", "(", "'.'", ")", "[", "-", "1", "]", ".", "split", "(", "'_'", ")", "[", "0", "]", ")", "all_migrations", ".", "append", "(", "(", "version", ",", "modname", ")", ")", "all_migrations", "=", "sorted", "(", "all_migrations", ",", "key", "=", "lambda", "x", ":", "x", "[", "0", "]", ")", "return", "all_migrations" ]

[ "Returns", "sorted", "list", "of", "all", "migrations", "." ]

[ "def", "i2osp", "(", "x", ",", "x_len", ")", ":", "if", "x", ">", "256", "**", "x_len", ":", "raise", "exceptions", ".", "IntegerTooLarge", "h", "=", "hex", "(", "x", ")", "[", "2", ":", "]", "if", "h", "[", "-", "1", "]", "==", "'L'", ":", "h", "=", "h", "[", ":", "-", "1", "]", "if", "len", "(", "h", ")", "&", "1", "==", "1", ":", "h", "=", "'0%s'", "%", "h", "x", "=", "binascii", ".", "unhexlify", "(", "h", ")", "return", "b'\\x00'", "*", "int", "(", "x_len", "-", "len", "(", "x", ")", ")", "+", "x" ]

[ "Converts", "the", "integer", "x", "to", "its", "big", "-", "endian", "representation", "of", "length", "x_len", "." ]

[ "def", "find", "(", "self", ")", ":", "options", "=", "self", ".", "find_options", ".", "get_options", "(", ")", "if", "options", "is", "None", ":", "return", "self", ".", "stop_and_reset_thread", "(", "ignore_results", "=", "True", ")", "self", ".", "search_thread", "=", "SearchThread", "(", "self", ")", "self", ".", "search_thread", ".", "sig_finished", ".", "connect", "(", "self", ".", "search_complete", ")", "self", ".", "search_thread", ".", "sig_current_file", ".", "connect", "(", "lambda", "x", ":", "self", ".", "status_bar", ".", "set_label_path", "(", "x", ",", "folder", "=", "False", ")", ")", "self", ".", "search_thread", ".", "sig_current_folder", ".", "connect", "(", "lambda", "x", ":", "self", ".", "status_bar", ".", "set_label_path", "(", "x", ",", "folder", "=", "True", ")", ")", "self", ".", "search_thread", ".", "sig_file_match", ".", "connect", "(", "self", ".", "result_browser", ".", "append_result", ")", "self", ".", "search_thread", ".", "sig_out_print", ".", "connect", "(", "lambda", "x", ":", "sys", ".", "stdout", ".", "write", "(", "str", "(", "x", ")", "+", "\"\\n\"", ")", ")", "self", ".", "status_bar", ".", "reset", "(", ")", "self", ".", "result_browser", ".", "clear_title", "(", "self", ".", "find_options", ".", "search_text", ".", "currentText", "(", ")", ")", "self", ".", "search_thread", ".", "initialize", "(", "*", "options", ")", "self", ".", "search_thread", ".", "start", "(", ")", "self", ".", "find_options", ".", "ok_button", ".", "setEnabled", "(", "False", ")", "self", ".", "find_options", ".", "stop_button", ".", "setEnabled", "(", "True", ")", "self", ".", "status_bar", ".", "show", "(", ")" ]

[ "Call", "the", "find", "function" ]

[ "def", "get", "(", "self", ",", "request", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "try", ":", "year", "=", "int", "(", "self", ".", "kwargs", ".", "get", "(", "'year'", ")", ")", "except", "(", "ValueError", ",", "TypeError", ")", ":", "year", "=", "getIntFromGet", "(", "request", ",", "'year'", ")", "if", "self", ".", "kwargs", ".", "get", "(", "'month'", ")", ":", "try", ":", "month", "=", "int", "(", "self", ".", "kwargs", ".", "get", "(", "'month'", ")", ")", "except", "(", "ValueError", ",", "TypeError", ")", ":", "try", ":", "month", "=", "list", "(", "month_name", ")", ".", "index", "(", "self", ".", "kwargs", ".", "get", "(", "'month'", ")", ".", "title", "(", ")", ")", "except", "(", "ValueError", ",", "TypeError", ")", ":", "month", "=", "None", "else", ":", "month", "=", "getIntFromGet", "(", "request", ",", "'month'", ")", "try", ":", "event_id", "=", "int", "(", "self", ".", "kwargs", ".", "get", "(", "'event'", ")", ")", "except", "(", "ValueError", ",", "TypeError", ")", ":", "event_id", "=", "getIntFromGet", "(", "request", ",", "'event'", ")", "event", "=", "None", "if", "event_id", ":", "try", ":", "event", "=", "Event", ".", "objects", ".", "get", "(", "id", "=", "event_id", ")", "except", "ObjectDoesNotExist", ":", "pass", "kwargs", ".", "update", "(", "{", "'year'", ":", "year", ",", "'month'", ":", "month", ",", "'startDate'", ":", "getDateTimeFromGet", "(", "request", ",", "'startDate'", ")", ",", "'endDate'", ":", "getDateTimeFromGet", "(", "request", ",", "'endDate'", ")", ",", "'basis'", ":", "request", ".", "GET", ".", "get", "(", "'basis'", ")", ",", "'event'", ":", "event", ",", "}", ")", "if", "kwargs", ".", "get", "(", "'basis'", ")", "not", "in", "EXPENSE_BASES", ".", "keys", "(", ")", ":", "kwargs", "[", "'basis'", "]", "=", "'accrualDate'", "context", "=", "self", ".", "get_context_data", "(", "*", "*", "kwargs", ")", "return", "self", ".", "render_to_response", "(", "context", ")" ]

[ "Pass", "any", "permissable", "GET", "data", ".", "URL", "parameters", "override", "GET", "parameters" ]

[ "def", "stepback", "(", "self", ",", "append", "=", "False", ")", ":", "if", "append", ":", "data", "=", "self", ".", "_buffer", "[", "self", ".", "_index", "-", "1", "]", "self", ".", "_buffer", ".", "append", "(", "data", ")", "else", ":", "self", ".", "_index", "-=", "1" ]

[ "Stepbacks", "/", "reverses", "the", "buffer", ".", "Optional", "arguments", ":", "*", "append", "=", "False", "-", "If", "True", "appends", "the", "data", "onto", "the", "buffer", ";", "else", "it", "just", "steps", "the", "index", "back", "." ]

[ "def", "read_stdout", "(", "self", ")", ":", "output", "=", "\"\"", "if", "self", ".", "_stdout_file", "and", "os", ".", "access", "(", "self", ".", "_stdout_file", ",", "os", ".", "R_OK", ")", ":", "try", ":", "with", "open", "(", "self", ".", "_stdout_file", ",", "\"rb\"", ")", "as", "file", ":", "output", "=", "file", ".", "read", "(", ")", ".", "decode", "(", "\"utf-8\"", ",", "errors", "=", "\"replace\"", ")", "except", "OSError", "as", "e", ":", "log", ".", "warn", "(", "\"could not read {}: {}\"", ".", "format", "(", "self", ".", "_stdout_file", ",", "e", ")", ")", "return", "output" ]

[ "Reads", "the", "standard", "output", "of", "the", "Dynamips", "process", ".", "Only", "use", "when", "the", "process", "has", "been", "stopped", "or", "has", "crashed", "." ]

[ "def", "qr", "(", "self", ",", "text", ")", ":", "qr_code", "=", "qrcode", ".", "QRCode", "(", "version", "=", "4", ",", "box_size", "=", "4", ",", "border", "=", "1", ")", "qr_code", ".", "add_data", "(", "text", ")", "qr_code", ".", "make", "(", "fit", "=", "True", ")", "qr_img", "=", "qr_code", ".", "make_image", "(", ")", "im", "=", "qr_img", ".", "_img", ".", "convert", "(", "\"RGB\"", ")", "# Convert the RGB image in printable image", "self", ".", "_convert_image", "(", "im", ")" ]

[ "Print", "QR", "Code", "for", "the", "provided", "string" ]

[ "def", "upload", "(", "self", ",", "params", "=", "{", "}", ")", ":", "if", "self", ".", "upload_token", "is", "not", "None", ":", "# resume upload", "status", "=", "self", ".", "check", "(", ")", "if", "status", "[", "'status'", "]", "!=", "4", ":", "return", "self", ".", "commit", "(", ")", "else", ":", "self", ".", "new_slice", "(", ")", "while", "self", ".", "slice_task_id", "!=", "0", ":", "self", ".", "upload_slice", "(", ")", "return", "self", ".", "commit", "(", ")", "else", ":", "# new upload", "self", ".", "create", "(", "self", ".", "prepare_video_params", "(", "*", "*", "params", ")", ")", "self", ".", "create_file", "(", ")", "self", ".", "new_slice", "(", ")", "while", "self", ".", "slice_task_id", "!=", "0", ":", "self", ".", "upload_slice", "(", ")", "return", "self", ".", "commit", "(", ")" ]

[ "start", "uploading", "the", "file", "until", "upload", "is", "complete", "or", "error", ".", "This", "is", "the", "main", "method", "to", "used", "If", "you", "do", "not", "care", "about", "state", "of", "process", "." ]

[ "def", "bbox", "(", "self", ")", ":", "xmin", "=", "min", "(", "self", ".", "start", ".", "real", ",", "self", ".", "end", ".", "real", ")", "xmax", "=", "max", "(", "self", ".", "start", ".", "real", ",", "self", ".", "end", ".", "real", ")", "ymin", "=", "min", "(", "self", ".", "start", ".", "imag", ",", "self", ".", "end", ".", "imag", ")", "ymax", "=", "max", "(", "self", ".", "start", ".", "imag", ",", "self", ".", "end", ".", "imag", ")", "return", "xmin", ",", "xmax", ",", "ymin", ",", "ymax" ]

[ "returns", "the", "bounding", "box", "for", "the", "segment", "in", "the", "form", "(", "xmin", "xmax", "ymin", "ymax", ")", "." ]

[ "def", "_determine_default_project", "(", "project", "=", "None", ")", ":", "if", "project", "is", "None", ":", "project", "=", "_get_gcd_project", "(", ")", "if", "project", "is", "None", ":", "project", "=", "_base_default_project", "(", "project", "=", "project", ")", "return", "project" ]

[ "Determine", "default", "project", "explicitly", "or", "implicitly", "as", "fall", "-", "back", "." ]

[ "def", "file_path", "(", "self", ")", "->", "str", ":", "user_dir", "=", "self", ".", "__get_user_path", "(", ")", "file_path", "=", "path", ".", "abspath", "(", "path", ".", "join", "(", "user_dir", ",", "self", ".", "FILENAME", ")", ")", "return", "file_path" ]

[ "Settings", "file", "absolute", "path" ]

[ "def", "delete", "(", "self", ")", ":", "query", "=", "self", ".", "_get_delete_query", "(", ")", "query", ".", "where", "(", "self", ".", "_morph_type", ",", "self", ".", "_morph_name", ")", "return", "query", ".", "delete", "(", ")" ]

[ "Delete", "the", "pivot", "model", "record", "from", "the", "database", "." ]

[ "async", "def", "version", "(", "self", ",", "tp", ",", "params", ",", "version", "=", "None", ",", "elem", "=", "None", ")", ":", "if", "self", ".", "writing", ":", "return", "await", "self", ".", "set_version", "(", "tp", ",", "params", ",", "version", ",", "elem", ")", "else", ":", "return", "await", "self", ".", "get_version", "(", "tp", ",", "params", ")" ]

[ "Symmetric", "version", "management" ]

[ "def", "flatten", "(", "d", ",", "parent_key", "=", "''", ",", "sep", "=", "'__'", ")", ":", "# http://stackoverflow.com/questions/6027558/flatten-nested-python-dictionaries-compressing-keys", "if", "type", "(", "d", ")", "==", "list", ":", "flat", "=", "[", "]", "for", "entry", "in", "d", ":", "flat", ".", "append", "(", "flatten", "(", "entry", ",", "parent_key", "=", "parent_key", ",", "sep", "=", "sep", ")", ")", "return", "flat", "else", ":", "items", "=", "[", "]", "for", "k", ",", "v", "in", "d", ".", "items", "(", ")", ":", "new_key", "=", "parent_key", "+", "sep", "+", "k", "if", "parent_key", "else", "k", "if", "isinstance", "(", "v", ",", "collectionsAbc", ".", "MutableMapping", ")", ":", "items", ".", "extend", "(", "flatten", "(", "v", ",", "new_key", ",", "sep", "=", "sep", ")", ".", "items", "(", ")", ")", "else", ":", "items", ".", "append", "(", "(", "new_key", ",", "v", ")", ")", "return", "dict", "(", "items", ")" ]

[ "flattens", "the", "dict", "into", "a", "one", "dimensional", "dictionary" ]

[ "def", "gradient", "(", "self", ")", ":", "func", "=", "self", ".", "left", "op", "=", "self", ".", "right", "class", "FunctionalCompositionGradient", "(", "Operator", ")", ":", "\"\"\"Gradient of the compositon according to the chain rule.\"\"\"", "def", "__init__", "(", "self", ")", ":", "\"\"\"Initialize a new instance.\"\"\"", "super", "(", "FunctionalCompositionGradient", ",", "self", ")", ".", "__init__", "(", "op", ".", "domain", ",", "op", ".", "domain", ",", "linear", "=", "False", ")", "def", "_call", "(", "self", ",", "x", ")", ":", "\"\"\"Apply the gradient operator to the given point.\"\"\"", "return", "op", ".", "derivative", "(", "x", ")", ".", "adjoint", "(", "func", ".", "gradient", "(", "op", "(", "x", ")", ")", ")", "def", "derivative", "(", "self", ",", "x", ")", ":", "\"\"\"The derivative in point ``x``.\n\n This is only defined\n \"\"\"", "if", "not", "op", ".", "is_linear", ":", "raise", "NotImplementedError", "(", "'derivative only implemented '", "'for linear opertors.'", ")", "else", ":", "return", "(", "op", ".", "adjoint", "*", "func", ".", "gradient", "*", "op", ")", ".", "derivative", "(", "x", ")", "return", "FunctionalCompositionGradient", "(", ")" ]

[ "Gradient", "of", "the", "compositon", "according", "to", "the", "chain", "rule", "." ]

[ "def", "fft_convolve", "(", "data", ",", "h", ",", "res_g", "=", "None", ",", "plan", "=", "None", ",", "inplace", "=", "False", ",", "kernel_is_fft", "=", "False", ",", "kernel_is_fftshifted", "=", "False", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "data", ",", "np", ".", "ndarray", ")", ":", "return", "_fft_convolve_numpy", "(", "data", ",", "h", ",", "plan", "=", "plan", ",", "kernel_is_fft", "=", "kernel_is_fft", ",", "kernel_is_fftshifted", "=", "kernel_is_fftshifted", ")", "elif", "isinstance", "(", "data", ",", "OCLArray", ")", ":", "return", "_fft_convolve_gpu", "(", "data", ",", "h", ",", "res_g", "=", "res_g", ",", "plan", "=", "plan", ",", "inplace", "=", "inplace", ",", "kernel_is_fft", "=", "kernel_is_fft", ")", "else", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"array argument (1) has bad type: %s\"", "%", "type", "(", "data", ")", ")" ]

[ "convolves", "data", "with", "kernel", "h", "via", "FFTs" ]

[ "def", "get_signed_raw_revocation_document", "(", "identity", ":", "Identity", ",", "salt", ":", "str", ",", "password", ":", "str", ")", "->", "str", ":", "revocation", "=", "Revocation", "(", "PROTOCOL_VERSION", ",", "identity", ".", "currency", ",", "identity", ",", "\"\"", ")", "key", "=", "SigningKey", ".", "from_credentials", "(", "salt", ",", "password", ")", "revocation", ".", "sign", "(", "[", "key", "]", ")", "return", "revocation", ".", "signed_raw", "(", ")" ]

[ "Generate", "account", "revocation", "document", "for", "given", "identity" ]

[ "def", "numRef_xml", "(", "self", ",", "wksht_ref", ",", "number_format", ",", "values", ")", ":", "pt_xml", "=", "self", ".", "pt_xml", "(", "values", ")", "return", "(", "' <c:numRef>\\n'", "' <c:f>{wksht_ref}</c:f>\\n'", "' <c:numCache>\\n'", "' <c:formatCode>{number_format}</c:formatCode>\\n'", "'{pt_xml}'", "' </c:numCache>\\n'", "' </c:numRef>\\n'", ")", ".", "format", "(", "*", "*", "{", "'wksht_ref'", ":", "wksht_ref", ",", "'number_format'", ":", "number_format", ",", "'pt_xml'", ":", "pt_xml", ",", "}", ")" ]

[ "Return", "the", "<c", ":", "numRef", ">", "element", "specified", "by", "the", "parameters", "as", "unicode", "text", "." ]

[ "def", "shrink", "(", "self", ",", "shrink", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "shrink", ",", "list", ")", ":", "return", "self", ".", "_shrink_list", "(", "shrink", ")", "if", "isinstance", "(", "shrink", ",", "dict", ")", ":", "return", "self", ".", "_shrink_dict", "(", "shrink", ")", "return", "shrink" ]

[ "Remove", "unnecessary", "parts" ]

[ "def", "get_output", "(", "script", ")", ":", "if", "six", ".", "PY2", ":", "logs", ".", "warn", "(", "'Experimental instant mode is Python 3+ only'", ")", "return", "None", "if", "'THEFUCK_OUTPUT_LOG'", "not", "in", "os", ".", "environ", ":", "logs", ".", "warn", "(", "\"Output log isn't specified\"", ")", "return", "None", "if", "const", ".", "USER_COMMAND_MARK", "not", "in", "os", ".", "environ", ".", "get", "(", "'PS1'", ",", "''", ")", ":", "logs", ".", "warn", "(", "\"PS1 doesn't contain user command mark, please ensure \"", "\"that PS1 is not changed after The Fuck alias initialization\"", ")", "return", "None", "try", ":", "with", "logs", ".", "debug_time", "(", "u'Read output from log'", ")", ":", "fd", "=", "os", ".", "open", "(", "os", ".", "environ", "[", "'THEFUCK_OUTPUT_LOG'", "]", ",", "os", ".", "O_RDONLY", ")", "buffer", "=", "mmap", ".", "mmap", "(", "fd", ",", "const", ".", "LOG_SIZE_IN_BYTES", ",", "mmap", ".", "MAP_SHARED", ",", "mmap", ".", "PROT_READ", ")", "_skip_old_lines", "(", "buffer", ")", "lines", "=", "_get_output_lines", "(", "script", ",", "buffer", ")", "output", "=", "'\\n'", ".", "join", "(", "lines", ")", ".", "strip", "(", ")", "logs", ".", "debug", "(", "u'Received output: {}'", ".", "format", "(", "output", ")", ")", "return", "output", "except", "OSError", ":", "logs", ".", "warn", "(", "\"Can't read output log\"", ")", "return", "None", "except", "ScriptNotInLog", ":", "logs", ".", "warn", "(", "\"Script not found in output log\"", ")", "return", "None" ]

[ "Reads", "script", "output", "from", "log", "." ]

[ "def", "checkRecursive", "(", "paths", ",", "reporter", ")", ":", "warnings", "=", "0", "for", "sourcePath", "in", "iterSourceCode", "(", "paths", ")", ":", "if", "re", ".", "search", "(", "RE_EXCLUDE", ",", "sourcePath", ")", ":", "continue", "warnings", "+=", "checkPath", "(", "sourcePath", ",", "reporter", ")", "return", "warnings" ]

[ "Recursively", "check", "all", "source", "files", "in", "C", "{", "paths", "}", "." ]

[ "def", "transform", "(", "self", ",", "img", ",", "transformation", ",", "params", ")", ":", "# Transformations MUST be idempotent.", "# The limitation is caused by implementation of", "# image upload in iktomi.cms.", "# The transformation can be applied twice:", "# on image upload after crop (when TransientFile is created)", "# and on object save (when PersistentFile is created).", "method", "=", "getattr", "(", "self", ",", "'do__'", "+", "transformation", ")", "return", "method", "(", "img", ",", "transformation", ",", "params", ")" ]

[ "Apply", "transformations", "to", "the", "image", "." ]

[ "def", "get_broadcast_transaction_hashes", "(", "coin_symbol", "=", "'btc'", ",", "api_key", "=", "None", ",", "limit", "=", "10", ")", ":", "transactions", "=", "get_broadcast_transactions", "(", "coin_symbol", "=", "coin_symbol", ",", "api_key", "=", "api_key", ",", "limit", "=", "limit", ",", ")", "return", "[", "tx", "[", "'hash'", "]", "for", "tx", "in", "transactions", "]" ]

[ "Warning", "slow!" ]

[ "def", "save", "(", "self", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "excerpt", "and", "self", ".", "status", "==", "PUBLISHED", ":", "self", ".", "excerpt", "=", "Truncator", "(", "strip_tags", "(", "getattr", "(", "self", ",", "'content'", ",", "''", ")", ")", ")", ".", "words", "(", "50", ")", "super", "(", "ExcerptEntry", ",", "self", ")", ".", "save", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "Overrides", "the", "save", "method", "to", "create", "an", "excerpt", "from", "the", "content", "field", "if", "void", "." ]

[ "def", "plot_latent", "(", "self", ",", "labels", "=", "None", ",", "which_indices", "=", "None", ",", "resolution", "=", "60", ",", "legend", "=", "True", ",", "plot_limits", "=", "None", ",", "updates", "=", "False", ",", "kern", "=", "None", ",", "marker", "=", "'<>^vsd'", ",", "num_samples", "=", "1000", ",", "projection", "=", "'2d'", ",", "scatter_kwargs", "=", "None", ",", "*", "*", "imshow_kwargs", ")", ":", "if", "projection", "!=", "'2d'", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Cannot plot latent in other then 2 dimensions, consider plot_scatter'", ")", "input_1", ",", "input_2", "=", "which_indices", "=", "self", ".", "get_most_significant_input_dimensions", "(", "which_indices", ")", "[", ":", "2", "]", "X", "=", "get_x_y_var", "(", "self", ")", "[", "0", "]", "_", ",", "_", ",", "Xgrid", ",", "_", ",", "_", ",", "xmin", ",", "xmax", ",", "resolution", "=", "helper_for_plot_data", "(", "self", ",", "X", ",", "plot_limits", ",", "which_indices", ",", "None", ",", "resolution", ")", "canvas", ",", "imshow_kwargs", "=", "pl", "(", ")", ".", "new_canvas", "(", "xlim", "=", "(", "xmin", "[", "0", "]", ",", "xmax", "[", "0", "]", ")", ",", "ylim", "=", "(", "xmin", "[", "1", "]", ",", "xmax", "[", "1", "]", ")", ",", "xlabel", "=", "'latent dimension %i'", "%", "input_1", ",", "ylabel", "=", "'latent dimension %i'", "%", "input_2", ",", "*", "*", "imshow_kwargs", ")", "if", "legend", ":", "if", "(", "labels", "is", "not", "None", ")", ":", "legend", "=", "find_best_layout_for_subplots", "(", "len", "(", "np", ".", "unique", "(", "labels", ")", ")", ")", "[", "1", "]", "else", ":", "labels", "=", "np", ".", "ones", "(", "self", ".", "num_data", ")", "legend", "=", "False", "scatters", "=", "_plot_latent_scatter", "(", "canvas", ",", "X", ",", "which_indices", ",", "labels", ",", "marker", ",", "num_samples", ",", "projection", "=", "'2d'", ",", "*", "*", "scatter_kwargs", "or", "{", "}", ")", "view", "=", "_plot_latent", "(", "self", ",", "canvas", ",", "which_indices", ",", "Xgrid", ",", "xmin", ",", "xmax", ",", "resolution", ",", "updates", ",", "kern", ",", "*", "*", "imshow_kwargs", ")", "retval", "=", "pl", "(", ")", ".", "add_to_canvas", "(", "canvas", ",", "dict", "(", "scatter", "=", "scatters", ",", "imshow", "=", "view", ")", ",", "legend", "=", "legend", ")", "_wait_for_updates", "(", "view", ",", "updates", ")", "return", "retval" ]

[ "Plot", "the", "latent", "space", "of", "the", "GP", "on", "the", "inputs", ".", "This", "is", "the", "density", "of", "the", "GP", "posterior", "as", "a", "grey", "scale", "and", "the", "scatter", "plot", "of", "the", "input", "dimemsions", "selected", "by", "which_indices", "." ]

[ "def", "enable_inheritance", "(", "path", ",", "objectType", ",", "clear", "=", "False", ")", ":", "dc", "=", "daclConstants", "(", ")", "objectType", "=", "dc", ".", "getObjectTypeBit", "(", "objectType", ")", "path", "=", "dc", ".", "processPath", "(", "path", ",", "objectType", ")", "return", "_set_dacl_inheritance", "(", "path", ",", "objectType", ",", "True", ",", "None", ",", "clear", ")" ]

[ "enable", "/", "disable", "inheritance", "on", "an", "object" ]

[ "def", "all_successors", "(", "self", ",", "node", ",", "skip_reached_fixedpoint", "=", "False", ")", ":", "successors", "=", "set", "(", ")", "stack", "=", "[", "node", "]", "while", "stack", ":", "n", "=", "stack", ".", "pop", "(", ")", "successors", ".", "add", "(", "n", ")", "stack", ".", "extend", "(", "succ", "for", "succ", "in", "self", ".", "successors", "(", "n", ")", "if", "succ", "not", "in", "successors", "and", "(", "not", "skip_reached_fixedpoint", "or", "succ", "not", "in", "self", ".", "_reached_fixedpoint", ")", ")", "return", "successors" ]

[ "Returns", "all", "successors", "to", "the", "specific", "node", "." ]

[ "def", "mouseDrag", "(", "self", ",", "x", ",", "y", ",", "step", "=", "1", ")", ":", "log", ".", "debug", "(", "'mouseDrag %d,%d'", ",", "x", ",", "y", ")", "if", "x", "<", "self", ".", "x", ":", "xsteps", "=", "[", "self", ".", "x", "-", "i", "for", "i", "in", "range", "(", "step", ",", "self", ".", "x", "-", "x", "+", "1", ",", "step", ")", "]", "else", ":", "xsteps", "=", "range", "(", "self", ".", "x", ",", "x", ",", "step", ")", "if", "y", "<", "self", ".", "y", ":", "ysteps", "=", "[", "self", ".", "y", "-", "i", "for", "i", "in", "range", "(", "step", ",", "self", ".", "y", "-", "y", "+", "1", ",", "step", ")", "]", "else", ":", "ysteps", "=", "range", "(", "self", ".", "y", ",", "y", ",", "step", ")", "for", "ypos", "in", "ysteps", ":", "time", ".", "sleep", "(", ".2", ")", "self", ".", "mouseMove", "(", "self", ".", "x", ",", "ypos", ")", "for", "xpos", "in", "xsteps", ":", "time", ".", "sleep", "(", ".2", ")", "self", ".", "mouseMove", "(", "xpos", ",", "self", ".", "y", ")", "self", ".", "mouseMove", "(", "x", ",", "y", ")", "return", "self" ]

[ "Move", "the", "mouse", "point", "to", "position", "(", "x", "y", ")", "in", "increments", "of", "step" ]

[ "def", "on_conflict", "(", "self", ",", "pair", ")", ":", "# self._log_action(\"skip\", \"conflict\", \"!\", pair.local, min_level=2)", "# print(\"on_conflict\", pair)", "any_entry", "=", "pair", ".", "any_entry", "if", "not", "self", ".", "_test_match_or_print", "(", "any_entry", ")", ":", "return", "resolve", "=", "self", ".", "_interactive_resolve", "(", "pair", ")", "if", "resolve", "==", "\"skip\"", ":", "self", ".", "_log_action", "(", "\"skip\"", ",", "\"conflict\"", ",", "\"*?*\"", ",", "any_entry", ")", "self", ".", "_inc_stat", "(", "\"conflict_files_skipped\"", ")", "return", "if", "pair", ".", "local", "and", "pair", ".", "remote", ":", "assert", "pair", ".", "local", ".", "is_file", "(", ")", "is_newer", "=", "pair", ".", "local", ">", "pair", ".", "remote", "if", "(", "resolve", "==", "\"local\"", "or", "(", "is_newer", "and", "resolve", "==", "\"new\"", ")", "or", "(", "not", "is_newer", "and", "resolve", "==", "\"old\"", ")", ")", ":", "self", ".", "_log_action", "(", "\"copy\"", ",", "\"conflict\"", ",", "\"*>*\"", ",", "pair", ".", "local", ")", "self", ".", "_copy_file", "(", "self", ".", "local", ",", "self", ".", "remote", ",", "pair", ".", "local", ")", "elif", "(", "resolve", "==", "\"remote\"", "or", "(", "is_newer", "and", "resolve", "==", "\"old\"", ")", "or", "(", "not", "is_newer", "and", "resolve", "==", "\"new\"", ")", ")", ":", "self", ".", "_log_action", "(", "\"copy\"", ",", "\"conflict\"", ",", "\"*<*\"", ",", "pair", ".", "local", ")", "self", ".", "_copy_file", "(", "self", ".", "remote", ",", "self", ".", "local", ",", "pair", ".", "remote", ")", "else", ":", "raise", "NotImplementedError", "elif", "pair", ".", "local", ":", "assert", "pair", ".", "local", ".", "is_file", "(", ")", "if", "resolve", "==", "\"local\"", ":", "self", ".", "_log_action", "(", "\"restore\"", ",", "\"conflict\"", ",", "\"*>x\"", ",", "pair", ".", "local", ")", "self", ".", "_copy_file", "(", "self", ".", "local", ",", "self", ".", "remote", ",", "pair", ".", "local", ")", "elif", "resolve", "==", "\"remote\"", ":", "self", ".", "_log_action", "(", "\"delete\"", ",", "\"conflict\"", ",", "\"*<x\"", ",", "pair", ".", "local", ")", "self", ".", "_remove_file", "(", "pair", ".", "local", ")", "else", ":", "raise", "NotImplementedError", "else", ":", "assert", "pair", ".", "remote", ".", "is_file", "(", ")", "if", "resolve", "==", "\"local\"", ":", "self", ".", "_log_action", "(", "\"delete\"", ",", "\"conflict\"", ",", "\"x>*\"", ",", "pair", ".", "remote", ")", "self", ".", "_remove_file", "(", "pair", ".", "remote", ")", "elif", "resolve", "==", "\"remote\"", ":", "self", ".", "_log_action", "(", "\"restore\"", ",", "\"conflict\"", ",", "\"x<*\"", ",", "pair", ".", "remote", ")", "self", ".", "_copy_file", "(", "self", ".", "remote", ",", "self", ".", "local", ",", "pair", ".", "remote", ")", "else", ":", "raise", "NotImplementedError", "return" ]

[ "Return", "False", "to", "prevent", "visiting", "of", "children", "." ]

[ "def", "do_use", "(", "self", ",", "region", ")", ":", "if", "self", ".", "_local_endpoint", "is", "not", "None", ":", "host", ",", "port", "=", "self", ".", "_local_endpoint", "# pylint: disable=W0633", "self", ".", "engine", ".", "connect", "(", "region", ",", "session", "=", "self", ".", "session", ",", "host", "=", "host", ",", "port", "=", "port", ",", "is_secure", "=", "False", ")", "else", ":", "self", ".", "engine", ".", "connect", "(", "region", ",", "session", "=", "self", ".", "session", ")" ]

[ "Switch", "the", "AWS", "region" ]

[ "def", "get_worker_log", "(", "self", ",", "log_id", ",", "log_type", ",", "size", "=", "0", ")", ":", "params", "=", "OrderedDict", "(", "[", "(", "'log'", ",", "''", ")", ",", "(", "'id'", ",", "log_id", ")", "]", ")", "if", "log_type", "is", "not", "None", ":", "log_type", "=", "log_type", ".", "lower", "(", ")", "if", "log_type", "not", "in", "LOG_TYPES_MAPPING", ":", "raise", "ValueError", "(", "'log_type should choose a value in '", "+", "' '", ".", "join", "(", "six", ".", "iterkeys", "(", "LOG_TYPES_MAPPING", ")", ")", ")", "params", "[", "'logtype'", "]", "=", "LOG_TYPES_MAPPING", "[", "log_type", "]", "if", "size", ">", "0", ":", "params", "[", "'size'", "]", "=", "str", "(", "size", ")", "resp", "=", "self", ".", "_client", ".", "get", "(", "self", ".", "resource", "(", ")", ",", "params", "=", "params", ")", "return", "resp", ".", "text" ]

[ "Get", "logs", "from", "worker", "." ]

[ "def", "prox_yline", "(", "y", ",", "step", ")", ":", "if", "not", "np", ".", "isscalar", "(", "y", ")", ":", "y", "=", "y", "[", "0", "]", "if", "y", ">", "-", "0.75", ":", "return", "np", ".", "array", "(", "[", "-", "0.75", "]", ")", "else", ":", "return", "np", ".", "array", "(", "[", "y", "]", ")" ]

[ "Projection", "onto", "line", "in", "y" ]

[ "def", "crypto_box_seal", "(", "message", ",", "pk", ")", ":", "ensure", "(", "isinstance", "(", "message", ",", "bytes", ")", ",", "\"input message must be bytes\"", ",", "raising", "=", "TypeError", ")", "ensure", "(", "isinstance", "(", "pk", ",", "bytes", ")", ",", "\"public key must be bytes\"", ",", "raising", "=", "TypeError", ")", "if", "len", "(", "pk", ")", "!=", "crypto_box_PUBLICKEYBYTES", ":", "raise", "exc", ".", "ValueError", "(", "\"Invalid public key\"", ")", "_mlen", "=", "len", "(", "message", ")", "_clen", "=", "crypto_box_SEALBYTES", "+", "_mlen", "ciphertext", "=", "ffi", ".", "new", "(", "\"unsigned char[]\"", ",", "_clen", ")", "rc", "=", "lib", ".", "crypto_box_seal", "(", "ciphertext", ",", "message", ",", "_mlen", ",", "pk", ")", "ensure", "(", "rc", "==", "0", ",", "'Unexpected library error'", ",", "raising", "=", "exc", ".", "RuntimeError", ")", "return", "ffi", ".", "buffer", "(", "ciphertext", ",", "_clen", ")", "[", ":", "]" ]

[ "Encrypts", "and", "returns", "a", "message", "message", "using", "an", "ephemeral", "secret", "key", "and", "the", "public", "key", "pk", ".", "The", "ephemeral", "public", "key", "which", "is", "embedded", "in", "the", "sealed", "box", "is", "also", "used", "in", "combination", "with", "pk", "to", "derive", "the", "nonce", "needed", "for", "the", "underlying", "box", "construct", "." ]

[ "def", "gather_cache", "(", "self", ")", ":", "cache", "=", "{", "'grains'", ":", "{", "}", ",", "'pillar'", ":", "{", "}", "}", "if", "self", ".", "grains", "or", "self", ".", "pillar", ":", "if", "self", ".", "opts", ".", "get", "(", "'minion_data_cache'", ")", ":", "minions", "=", "self", ".", "cache", ".", "list", "(", "'minions'", ")", "if", "not", "minions", ":", "return", "cache", "for", "minion", "in", "minions", ":", "total", "=", "self", ".", "cache", ".", "fetch", "(", "'minions/{0}'", ".", "format", "(", "minion", ")", ",", "'data'", ")", "if", "'pillar'", "in", "total", ":", "if", "self", ".", "pillar_keys", ":", "for", "key", "in", "self", ".", "pillar_keys", ":", "if", "key", "in", "total", "[", "'pillar'", "]", ":", "cache", "[", "'pillar'", "]", "[", "minion", "]", "[", "key", "]", "=", "total", "[", "'pillar'", "]", "[", "key", "]", "else", ":", "cache", "[", "'pillar'", "]", "[", "minion", "]", "=", "total", "[", "'pillar'", "]", "else", ":", "cache", "[", "'pillar'", "]", "[", "minion", "]", "=", "{", "}", "if", "'grains'", "in", "total", ":", "if", "self", ".", "grain_keys", ":", "for", "key", "in", "self", ".", "grain_keys", ":", "if", "key", "in", "total", "[", "'grains'", "]", ":", "cache", "[", "'grains'", "]", "[", "minion", "]", "[", "key", "]", "=", "total", "[", "'grains'", "]", "[", "key", "]", "else", ":", "cache", "[", "'grains'", "]", "[", "minion", "]", "=", "total", "[", "'grains'", "]", "else", ":", "cache", "[", "'grains'", "]", "[", "minion", "]", "=", "{", "}", "return", "cache" ]

[ "Gather", "the", "specified", "data", "from", "the", "minion", "data", "cache" ]

[ "def", "rebuild", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "markForRebuild", "(", "False", ")", "self", ".", "_textData", "=", "[", "]", "if", "(", "self", ".", "rebuildBlocked", "(", ")", ")", ":", "return", "scene", "=", "self", ".", "scene", "(", ")", "if", "(", "not", "scene", ")", ":", "return", "# rebuild a month look\r", "if", "(", "scene", ".", "currentMode", "(", ")", "==", "scene", ".", "Mode", ".", "Month", ")", ":", "self", ".", "rebuildMonth", "(", ")", "elif", "(", "scene", ".", "currentMode", "(", ")", "in", "(", "scene", ".", "Mode", ".", "Day", ",", "scene", ".", "Mode", ".", "Week", ")", ")", ":", "self", ".", "rebuildDay", "(", ")" ]

[ "Rebuilds", "the", "current", "item", "in", "the", "scene", "." ]

[ "def", "find_files", "(", "dir_path", ",", "extension", "=", "\"*\"", ")", ":", "if", "sys", ".", "version_info", ".", "major", "==", "3", "and", "sys", ".", "version_info", ".", "minor", ">=", "5", ":", "pattern", "=", "'/'", ".", "join", "(", "[", "dir_path", ",", "'**'", ",", "extension", "]", ")", "for", "filename", "in", "glob", ".", "iglob", "(", "pattern", ",", "recursive", "=", "True", ")", ":", "yield", "filename", "else", ":", "for", "root", ",", "dirnames", ",", "filenames", "in", "os", ".", "walk", "(", "dir_path", ")", ":", "for", "filename", "in", "fnmatch", ".", "filter", "(", "filenames", ",", "extension", ")", ":", "yield", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "root", ",", "filename", ")" ]

[ "From", "https", ":", "//", "stackoverflow", ".", "com", "/", "a", "/", "2186565", "/", "610569" ]

[ "def", "auth", "(", "username", ",", "password", ")", ":", "url", "=", "rest_auth_setup", "(", ")", "data", "=", "{", "'username'", ":", "username", ",", "'password'", ":", "password", "}", "# Post to the API endpoint. If 200 is returned then the result will be the ACLs", "# for this user", "result", "=", "salt", ".", "utils", ".", "http", ".", "query", "(", "url", ",", "method", "=", "'POST'", ",", "data", "=", "data", ",", "status", "=", "True", ",", "decode", "=", "True", ")", "if", "result", "[", "'status'", "]", "==", "200", ":", "log", ".", "debug", "(", "'eauth REST call returned 200: %s'", ",", "result", ")", "if", "result", "[", "'dict'", "]", "is", "not", "None", ":", "return", "result", "[", "'dict'", "]", "return", "True", "else", ":", "log", ".", "debug", "(", "'eauth REST call failed: %s'", ",", "result", ")", "return", "False" ]

[ "REST", "authentication" ]

[ "def", "get_albums", "(", "self", ")", ":", "return", "itunespy", ".", "lookup", "(", "id", "=", "self", ".", "artist_id", ",", "entity", "=", "itunespy", ".", "entities", "[", "'album'", "]", ")", "[", "1", ":", "]" ]

[ "Retrieves", "all", "the", "albums", "by", "the", "artist", ":", "return", ":", "List", ".", "Albums", "published", "by", "the", "artist" ]

[ "def", "_validate_pillar_roots", "(", "pillar_roots", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "pillar_roots", ",", "dict", ")", ":", "log", ".", "warning", "(", "'The pillar_roots parameter is not properly formatted,'", "' using defaults'", ")", "return", "{", "'base'", ":", "_expand_glob_path", "(", "[", "salt", ".", "syspaths", ".", "BASE_PILLAR_ROOTS_DIR", "]", ")", "}", "return", "_normalize_roots", "(", "pillar_roots", ")" ]

[ "If", "the", "pillar_roots", "option", "has", "a", "key", "that", "is", "None", "then", "we", "will", "error", "out", "just", "replace", "it", "with", "an", "empty", "list" ]

[ "def", "send_chat_message", "(", "self", ",", "peer_jid", ":", "str", ",", "message", ":", "str", ",", "bot_mention_jid", "=", "None", ")", ":", "if", "self", ".", "is_group_jid", "(", "peer_jid", ")", ":", "log", ".", "info", "(", "\"[+] Sending chat message '{}' to group '{}'...\"", ".", "format", "(", "message", ",", "peer_jid", ")", ")", "return", "self", ".", "_send_xmpp_element", "(", "chatting", ".", "OutgoingGroupChatMessage", "(", "peer_jid", ",", "message", ",", "bot_mention_jid", ")", ")", "else", ":", "log", ".", "info", "(", "\"[+] Sending chat message '{}' to user '{}'...\"", ".", "format", "(", "message", ",", "peer_jid", ")", ")", "return", "self", ".", "_send_xmpp_element", "(", "chatting", ".", "OutgoingChatMessage", "(", "peer_jid", ",", "message", ",", "False", ",", "bot_mention_jid", ")", ")" ]

[ "Sends", "a", "text", "chat", "message", "to", "another", "person", "or", "a", "group", "with", "the", "given", "JID", "/", "username", "." ]

[ "def", "read", "(", "self", ",", "input_shapefile", ",", "validate", "=", "False", ",", "simple_fault_spacing", "=", "1.0", ",", "complex_mesh_spacing", "=", "5.0", ",", "mfd_spacing", "=", "0.1", ")", ":", "reader", "=", "shapefile", ".", "Reader", "(", "input_shapefile", ")", "fields", "=", "[", "field", "[", "0", "]", "for", "field", "in", "reader", ".", "fields", "[", "1", ":", "]", "]", "shapes", "=", "reader", ".", "shapes", "(", ")", "records", "=", "reader", ".", "records", "(", ")", "sources", "=", "[", "]", "if", "validate", ":", "converter", "=", "SourceConverter", "(", "1.0", ",", "simple_fault_spacing", ",", "complex_mesh_spacing", ",", "mfd_spacing", ",", "10.0", ")", "for", "iloc", "in", "range", "(", "0", ",", "reader", ".", "numRecords", ")", ":", "# Build record dictionary", "record", "=", "record_to_dict", "(", "records", "[", "iloc", "]", ",", "fields", ")", "shape", "=", "shapes", "[", "iloc", "]", "if", "\"pointSource\"", "in", "record", "[", "\"sourcetype\"", "]", ":", "src", "=", "build_point_source_from_shp", "(", "shape", ",", "record", ")", "elif", "\"areaSource\"", "in", "record", "[", "\"sourcetype\"", "]", ":", "src", "=", "build_area_source_from_shp", "(", "shape", ",", "record", ")", "elif", "\"simpleFaultSource\"", "in", "record", "[", "\"sourcetype\"", "]", ":", "src", "=", "build_simple_fault_source_from_shp", "(", "shape", ",", "record", ")", "elif", "\"complexFaultSource\"", "in", "record", "[", "\"sourcetype\"", "]", ":", "src", "=", "build_complex_fault_source_from_shp", "(", "shape", ",", "record", ")", "elif", "\"characteristicFaultSource\"", "in", "record", "[", "\"sourcetype\"", "]", ":", "print", "(", "\"Characteristic Fault Source Not Yet Supported - Sorry!\"", ")", "src", "=", "None", "if", "src", "and", "validate", ":", "print", "(", "\"Validating Source %s\"", "%", "src", ".", "attrib", "[", "\"id\"", "]", ")", "converter", ".", "convert_node", "(", "src", ")", "if", "src", ":", "sources", ".", "append", "(", "src", ")", "return", "SourceModel", "(", "sources", ")" ]

[ "Build", "the", "source", "model", "from", "nrml", "format" ]

[ "def", "get_run_states", "(", "self", ")", "->", "List", "[", "RunState", "]", ":", "raw_states", "=", "self", ".", "get_state", "(", "'api/states.json'", ")", "if", "not", "raw_states", ":", "_LOGGER", ".", "warning", "(", "\"Could not fetch runstates from ZoneMinder\"", ")", "return", "[", "]", "run_states", "=", "[", "]", "for", "i", "in", "raw_states", "[", "'states'", "]", ":", "raw_state", "=", "i", "[", "'State'", "]", "_LOGGER", ".", "info", "(", "\"Initializing runstate %s\"", ",", "raw_state", "[", "'Id'", "]", ")", "run_states", ".", "append", "(", "RunState", "(", "self", ",", "raw_state", ")", ")", "return", "run_states" ]

[ "Get", "a", "list", "of", "RunStates", "from", "the", "ZoneMinder", "API", "." ]

[ "def", "users_autocomplete", "(", "self", ",", "name", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "api_path", "=", "\"/api/v2/users/autocomplete.json\"", "api_query", "=", "{", "}", "if", "\"query\"", "in", "kwargs", ".", "keys", "(", ")", ":", "api_query", ".", "update", "(", "kwargs", "[", "\"query\"", "]", ")", "del", "kwargs", "[", "\"query\"", "]", "if", "name", ":", "api_query", ".", "update", "(", "{", "\"name\"", ":", "name", ",", "}", ")", "return", "self", ".", "call", "(", "api_path", ",", "query", "=", "api_query", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "https", ":", "//", "developer", ".", "zendesk", ".", "com", "/", "rest_api", "/", "docs", "/", "core", "/", "users#autocomplete", "-", "users" ]

[ "def", "_qsturng", "(", "p", ",", "r", ",", "v", ")", ":", "## print 'q',p", "# r is interpolated through the q to y here we only need to", "# account for when p and/or v are not found in the table.", "global", "A", ",", "p_keys", ",", "v_keys", "if", "p", "<", ".1", "or", "p", ">", ".999", ":", "raise", "ValueError", "(", "'p must be between .1 and .999'", ")", "if", "p", "<", ".9", ":", "if", "v", "<", "2", ":", "raise", "ValueError", "(", "'v must be > 2 when p < .9'", ")", "else", ":", "if", "v", "<", "1", ":", "raise", "ValueError", "(", "'v must be > 1 when p >= .9'", ")", "# The easy case. A tabled value is requested.", "#numpy 1.4.1: TypeError: unhashable type: 'numpy.ndarray' :", "p", "=", "float", "(", "p", ")", "if", "isinstance", "(", "v", ",", "np", ".", "ndarray", ")", ":", "v", "=", "v", ".", "item", "(", ")", "if", "(", "p", ",", "v", ")", "in", "A", ":", "y", "=", "_func", "(", "A", "[", "(", "p", ",", "v", ")", "]", ",", "p", ",", "r", ",", "v", ")", "+", "1.", "elif", "p", "not", "in", "p_keys", "and", "v", "not", "in", "v_keys", "+", "(", "[", "]", ",", "[", "1", "]", ")", "[", "p", ">=", ".90", "]", ":", "# find the 3 closest v values", "v0", ",", "v1", ",", "v2", "=", "_select_vs", "(", "v", ",", "p", ")", "# find the 3 closest p values", "p0", ",", "p1", ",", "p2", "=", "_select_ps", "(", "p", ")", "# calculate r0, r1, and r2", "r0_sq", "=", "_interpolate_p", "(", "p", ",", "r", ",", "v0", ")", "**", "2", "r1_sq", "=", "_interpolate_p", "(", "p", ",", "r", ",", "v1", ")", "**", "2", "r2_sq", "=", "_interpolate_p", "(", "p", ",", "r", ",", "v2", ")", "**", "2", "# transform v", "v_", ",", "v0_", ",", "v1_", ",", "v2_", "=", "1.", "/", "v", ",", "1.", "/", "v0", ",", "1.", "/", "v1", ",", "1.", "/", "v2", "# calculate derivatives for quadratic interpolation", "d2", "=", "2.", "*", "(", "(", "r2_sq", "-", "r1_sq", ")", "/", "(", "v2_", "-", "v1_", ")", "-", "(", "r0_sq", "-", "r1_sq", ")", "/", "(", "v0_", "-", "v1_", ")", ")", "/", "(", "v2_", "-", "v0_", ")", "if", "(", "v2_", "+", "v0_", ")", ">=", "(", "v1_", "+", "v1_", ")", ":", "d1", "=", "(", "r2_sq", "-", "r1_sq", ")", "/", "(", "v2_", "-", "v1_", ")", "-", "0.5", "*", "d2", "*", "(", "v2_", "-", "v1_", ")", "else", ":", "d1", "=", "(", "r1_sq", "-", "r0_sq", ")", "/", "(", "v1_", "-", "v0_", ")", "+", "0.5", "*", "d2", "*", "(", "v1_", "-", "v0_", ")", "d0", "=", "r1_sq", "# calculate y", "y", "=", "math", ".", "sqrt", "(", "(", "d2", "/", "2.", ")", "*", "(", "v_", "-", "v1_", ")", "**", "2.", "+", "d1", "*", "(", "v_", "-", "v1_", ")", "+", "d0", ")", "elif", "v", "not", "in", "v_keys", "+", "(", "[", "]", ",", "[", "1", "]", ")", "[", "p", ">=", ".90", "]", ":", "y", "=", "_interpolate_v", "(", "p", ",", "r", ",", "v", ")", "elif", "p", "not", "in", "p_keys", ":", "y", "=", "_interpolate_p", "(", "p", ",", "r", ",", "v", ")", "return", "math", ".", "sqrt", "(", "2", ")", "*", "-", "y", "*", "scipy", ".", "stats", ".", "t", ".", "isf", "(", "(", "1.", "+", "p", ")", "/", "2.", ",", "max", "(", "v", ",", "1e38", ")", ")" ]

[ "scalar", "version", "of", "qsturng" ]

[ "async", "def", "main", "(", ")", ":", "redis", "=", "await", "create_pool", "(", "RedisSettings", "(", ")", ")", "job", "=", "await", "redis", ".", "enqueue_job", "(", "'the_task'", ")", "# get the job's id", "print", "(", "job", ".", "job_id", ")", "# get information about the job, will include results if the job has finished, but", "# doesn't await the job's result", "debug", "(", "await", "job", ".", "info", "(", ")", ")", "\"\"\"\n > docs/examples/job_results.py:23 main\n JobDef(\n function='the_task',\n args=(),\n kwargs={},\n job_try=None,\n enqueue_time=datetime.datetime(2019, 4, 23, 13, 58, 56, 781000),\n score=1556027936781\n ) (JobDef)\n \"\"\"", "# get the Job's status", "print", "(", "await", "job", ".", "status", "(", ")", ")", "\"\"\"\n > JobStatus.queued\n \"\"\"", "# poll redis for the job result, if the job raised an exception,", "# it will be raised here", "# (You'll need the worker running at the same time to get a result here)", "print", "(", "await", "job", ".", "result", "(", "timeout", "=", "5", ")", ")", "\"\"\"\n > 42\n \"\"\"" ]

[ ">", "68362958a244465b9be909db4b7b5ab4", "(", "or", "whatever", ")" ]

[ "def", "srem", "(", "self", ",", "key", ",", "*", "values", ")", ":", "redis_set", "=", "self", ".", "_get_set", "(", "key", ",", "'SREM'", ")", "if", "not", "redis_set", ":", "return", "0", "before_count", "=", "len", "(", "redis_set", ")", "for", "value", "in", "values", ":", "redis_set", ".", "discard", "(", "self", ".", "_encode", "(", "value", ")", ")", "after_count", "=", "len", "(", "redis_set", ")", "if", "before_count", ">", "0", "and", "len", "(", "redis_set", ")", "==", "0", ":", "self", ".", "delete", "(", "key", ")", "return", "before_count", "-", "after_count" ]

[ "Emulate", "srem", "." ]

[ "def", "get_clean_factor", "(", "factor", ",", "forward_returns", ",", "groupby", "=", "None", ",", "binning_by_group", "=", "False", ",", "quantiles", "=", "5", ",", "bins", "=", "None", ",", "groupby_labels", "=", "None", ",", "max_loss", "=", "0.35", ",", "zero_aware", "=", "False", ")", ":", "initial_amount", "=", "float", "(", "len", "(", "factor", ".", "index", ")", ")", "factor_copy", "=", "factor", ".", "copy", "(", ")", "factor_copy", ".", "index", "=", "factor_copy", ".", "index", ".", "rename", "(", "[", "'date'", ",", "'asset'", "]", ")", "merged_data", "=", "forward_returns", ".", "copy", "(", ")", "merged_data", "[", "'factor'", "]", "=", "factor_copy", "if", "groupby", "is", "not", "None", ":", "if", "isinstance", "(", "groupby", ",", "dict", ")", ":", "diff", "=", "set", "(", "factor_copy", ".", "index", ".", "get_level_values", "(", "'asset'", ")", ")", "-", "set", "(", "groupby", ".", "keys", "(", ")", ")", "if", "len", "(", "diff", ")", ">", "0", ":", "raise", "KeyError", "(", "\"Assets {} not in group mapping\"", ".", "format", "(", "list", "(", "diff", ")", ")", ")", "ss", "=", "pd", ".", "Series", "(", "groupby", ")", "groupby", "=", "pd", ".", "Series", "(", "index", "=", "factor_copy", ".", "index", ",", "data", "=", "ss", "[", "factor_copy", ".", "index", ".", "get_level_values", "(", "'asset'", ")", "]", ".", "values", ")", "if", "groupby_labels", "is", "not", "None", ":", "diff", "=", "set", "(", "groupby", ".", "values", ")", "-", "set", "(", "groupby_labels", ".", "keys", "(", ")", ")", "if", "len", "(", "diff", ")", ">", "0", ":", "raise", "KeyError", "(", "\"groups {} not in passed group names\"", ".", "format", "(", "list", "(", "diff", ")", ")", ")", "sn", "=", "pd", ".", "Series", "(", "groupby_labels", ")", "groupby", "=", "pd", ".", "Series", "(", "index", "=", "groupby", ".", "index", ",", "data", "=", "sn", "[", "groupby", ".", "values", "]", ".", "values", ")", "merged_data", "[", "'group'", "]", "=", "groupby", ".", "astype", "(", "'category'", ")", "merged_data", "=", "merged_data", ".", "dropna", "(", ")", "fwdret_amount", "=", "float", "(", "len", "(", "merged_data", ".", "index", ")", ")", "no_raise", "=", "False", "if", "max_loss", "==", "0", "else", "True", "quantile_data", "=", "quantize_factor", "(", "merged_data", ",", "quantiles", ",", "bins", ",", "binning_by_group", ",", "no_raise", ",", "zero_aware", ")", "merged_data", "[", "'factor_quantile'", "]", "=", "quantile_data", "merged_data", "=", "merged_data", ".", "dropna", "(", ")", "binning_amount", "=", "float", "(", "len", "(", "merged_data", ".", "index", ")", ")", "tot_loss", "=", "(", "initial_amount", "-", "binning_amount", ")", "/", "initial_amount", "fwdret_loss", "=", "(", "initial_amount", "-", "fwdret_amount", ")", "/", "initial_amount", "bin_loss", "=", "tot_loss", "-", "fwdret_loss", "print", "(", "\"Dropped %.1f%% entries from factor data: %.1f%% in forward \"", "\"returns computation and %.1f%% in binning phase \"", "\"(set max_loss=0 to see potentially suppressed Exceptions).\"", "%", "(", "tot_loss", "*", "100", ",", "fwdret_loss", "*", "100", ",", "bin_loss", "*", "100", ")", ")", "if", "tot_loss", ">", "max_loss", ":", "message", "=", "(", "\"max_loss (%.1f%%) exceeded %.1f%%, consider increasing it.\"", "%", "(", "max_loss", "*", "100", ",", "tot_loss", "*", "100", ")", ")", "raise", "MaxLossExceededError", "(", "message", ")", "else", ":", "print", "(", "\"max_loss is %.1f%%, not exceeded: OK!\"", "%", "(", "max_loss", "*", "100", ")", ")", "return", "merged_data" ]

[ "Formats", "the", "factor", "data", "forward", "return", "data", "and", "group", "mappings", "into", "a", "DataFrame", "that", "contains", "aligned", "MultiIndex", "indices", "of", "timestamp", "and", "asset", ".", "The", "returned", "data", "will", "be", "formatted", "to", "be", "suitable", "for", "Alphalens", "functions", "." ]

[ "def", "get_collection_rules_gpg", "(", "self", ",", "collection_rules", ")", ":", "sig_text", "=", "self", ".", "fetch_gpg", "(", ")", "sig_response", "=", "NamedTemporaryFile", "(", "suffix", "=", "\".asc\"", ")", "sig_response", ".", "write", "(", "sig_text", ".", "encode", "(", "'utf-8'", ")", ")", "sig_response", ".", "file", ".", "flush", "(", ")", "self", ".", "validate_gpg_sig", "(", "collection_rules", ".", "name", ",", "sig_response", ".", "name", ")", "self", ".", "write_collection_data", "(", "self", ".", "collection_rules_file", "+", "\".asc\"", ",", "sig_text", ")" ]

[ "Download", "the", "collection", "rules", "gpg", "signature" ]

[ "def", "repeal_target", "(", "self", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "category", "==", "'Repeal'", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"This resolution doesn't repeal anything\"", ")", "return", "wa", ".", "resolution", "(", "int", "(", "self", ".", "option", ")", "+", "1", ")" ]

[ "The", "resolution", "this", "resolution", "has", "repealed", "or", "is", "attempting", "to", "repeal", "." ]

[ "def", "lazy_load", "(", "name", ")", ":", "def", "wrapper", "(", "load_fn", ")", ":", "# Wrap load_fn to call it exactly once and update __dict__ afterwards to", "# make future lookups efficient (only failed lookups call __getattr__).", "@", "_memoize", "def", "load_once", "(", "self", ")", ":", "if", "load_once", ".", "loading", ":", "raise", "ImportError", "(", "\"Circular import when resolving LazyModule %r\"", "%", "name", ")", "load_once", ".", "loading", "=", "True", "try", ":", "module", "=", "load_fn", "(", ")", "finally", ":", "load_once", ".", "loading", "=", "False", "self", ".", "__dict__", ".", "update", "(", "module", ".", "__dict__", ")", "load_once", ".", "loaded", "=", "True", "return", "module", "load_once", ".", "loading", "=", "False", "load_once", ".", "loaded", "=", "False", "# Define a module that proxies getattr() and dir() to the result of calling", "# load_once() the first time it's needed. The class is nested so we can close", "# over load_once() and avoid polluting the module's attrs with our own state.", "class", "LazyModule", "(", "types", ".", "ModuleType", ")", ":", "def", "__getattr__", "(", "self", ",", "attr_name", ")", ":", "return", "getattr", "(", "load_once", "(", "self", ")", ",", "attr_name", ")", "def", "__dir__", "(", "self", ")", ":", "return", "dir", "(", "load_once", "(", "self", ")", ")", "def", "__repr__", "(", "self", ")", ":", "if", "load_once", ".", "loaded", ":", "return", "'<%r via LazyModule (loaded)>'", "%", "load_once", "(", "self", ")", "return", "'<module %r via LazyModule (not yet loaded)>'", "%", "self", ".", "__name__", "return", "LazyModule", "(", "name", ")", "return", "wrapper" ]

[ "Decorator", "to", "define", "a", "function", "that", "lazily", "loads", "the", "module", "name", "." ]

[ "def", "natural_ipv4_netmask", "(", "ip", ",", "fmt", "=", "'prefixlen'", ")", ":", "bits", "=", "_ipv4_to_bits", "(", "ip", ")", "if", "bits", ".", "startswith", "(", "'11'", ")", ":", "mask", "=", "'24'", "elif", "bits", ".", "startswith", "(", "'1'", ")", ":", "mask", "=", "'16'", "else", ":", "mask", "=", "'8'", "if", "fmt", "==", "'netmask'", ":", "return", "cidr_to_ipv4_netmask", "(", "mask", ")", "else", ":", "return", "'/'", "+", "mask" ]

[ "Returns", "the", "natural", "mask", "of", "an", "IPv4", "address" ]

[ "def", "contains_one_of", "(", "self", ",", "elements", ")", ":", "if", "sum", "(", "e", "in", "self", ".", "_subject", "for", "e", "in", "elements", ")", "!=", "1", ":", "raise", "self", ".", "_error_factory", "(", "_format", "(", "\"Expected {} to have exactly one of {}\"", ",", "self", ".", "_subject", ",", "elements", ")", ")", "return", "ChainInspector", "(", "self", ".", "_subject", ")" ]

[ "Ensures", ":", "attr", ":", "subject", "contains", "exactly", "one", "of", "*", "elements", "*", "which", "must", "be", "an", "iterable", "." ]

[ "def", "download_all", "(", "self", ",", "layers", ",", "force", "=", "False", ")", ":", "layer_dirs", "=", "[", "]", "for", "layer", "in", "layers", ":", "layer_dirs", ".", "append", "(", "self", ".", "download", "(", "layer", ",", "force", ")", ")", "return", "layer_dirs" ]

[ "Download", "a", "list", "of", "layers", "to", "the", "cache" ]

[ "def", "get_x_y", "(", "data_frame", ",", "attr_labels", ",", "pos_label", "=", "None", ",", "survival", "=", "True", ")", ":", "if", "survival", ":", "if", "len", "(", "attr_labels", ")", "!=", "2", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"expected sequence of length two for attr_labels, but got %d\"", "%", "len", "(", "attr_labels", ")", ")", "if", "pos_label", "is", "None", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"pos_label needs to be specified if survival=True\"", ")", "return", "_get_x_y_survival", "(", "data_frame", ",", "attr_labels", "[", "0", "]", ",", "attr_labels", "[", "1", "]", ",", "pos_label", ")", "return", "_get_x_y_other", "(", "data_frame", ",", "attr_labels", ")" ]

[ "Split", "data", "frame", "into", "features", "and", "labels", "." ]

[ "def", "run_azure", "(", "target", ",", "jobs", ",", "n", "=", "1", ",", "nproc", "=", "None", ",", "path", "=", "'.'", ",", "delete", "=", "True", ",", "config", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "import", "ecell4", ".", "extra", ".", "azure_batch", "as", "azure_batch", "return", "azure_batch", ".", "run_azure", "(", "target", ",", "jobs", ",", "n", ",", "path", ",", "delete", ",", "config", ")" ]

[ "Evaluate", "the", "given", "function", "with", "each", "set", "of", "arguments", "and", "return", "a", "list", "of", "results", ".", "This", "function", "does", "in", "parallel", "with", "Microsoft", "Azure", "Batch", "." ]

[ "def", "_alarms_present", "(", "name", ",", "alarms", ",", "alarms_from_pillar", ",", "write_capacity_units", ",", "read_capacity_units", ",", "region", ",", "key", ",", "keyid", ",", "profile", ")", ":", "# load data from alarms_from_pillar", "tmp", "=", "copy", ".", "deepcopy", "(", "__salt__", "[", "'config.option'", "]", "(", "alarms_from_pillar", ",", "{", "}", ")", ")", "# merge with data from alarms", "if", "alarms", ":", "tmp", "=", "dictupdate", ".", "update", "(", "tmp", ",", "alarms", ")", "# set alarms, using boto_cloudwatch_alarm.present", "merged_return_value", "=", "{", "'name'", ":", "name", ",", "'result'", ":", "True", ",", "'comment'", ":", "''", ",", "'changes'", ":", "{", "}", "}", "for", "_", ",", "info", "in", "six", ".", "iteritems", "(", "tmp", ")", ":", "# add dynamodb table to name and description", "info", "[", "\"name\"", "]", "=", "name", "+", "\" \"", "+", "info", "[", "\"name\"", "]", "info", "[", "\"attributes\"", "]", "[", "\"description\"", "]", "=", "name", "+", "\" \"", "+", "info", "[", "\"attributes\"", "]", "[", "\"description\"", "]", "# add dimension attribute", "info", "[", "\"attributes\"", "]", "[", "\"dimensions\"", "]", "=", "{", "\"TableName\"", ":", "[", "name", "]", "}", "if", "info", "[", "\"attributes\"", "]", "[", "\"metric\"", "]", "==", "\"ConsumedWriteCapacityUnits\"", "and", "\"threshold\"", "not", "in", "info", "[", "\"attributes\"", "]", ":", "info", "[", "\"attributes\"", "]", "[", "\"threshold\"", "]", "=", "math", ".", "ceil", "(", "write_capacity_units", "*", "info", "[", "\"attributes\"", "]", "[", "\"threshold_percent\"", "]", ")", "del", "info", "[", "\"attributes\"", "]", "[", "\"threshold_percent\"", "]", "# the write_capacity_units is given in unit / second. So we need", "# to multiply by the period to get the proper threshold.", "# http://docs.aws.amazon.com/amazondynamodb/latest/developerguide/MonitoringDynamoDB.html", "info", "[", "\"attributes\"", "]", "[", "\"threshold\"", "]", "*=", "info", "[", "\"attributes\"", "]", "[", "\"period\"", "]", "if", "info", "[", "\"attributes\"", "]", "[", "\"metric\"", "]", "==", "\"ConsumedReadCapacityUnits\"", "and", "\"threshold\"", "not", "in", "info", "[", "\"attributes\"", "]", ":", "info", "[", "\"attributes\"", "]", "[", "\"threshold\"", "]", "=", "math", ".", "ceil", "(", "read_capacity_units", "*", "info", "[", "\"attributes\"", "]", "[", "\"threshold_percent\"", "]", ")", "del", "info", "[", "\"attributes\"", "]", "[", "\"threshold_percent\"", "]", "# the read_capacity_units is given in unit / second. So we need", "# to multiply by the period to get the proper threshold.", "# http://docs.aws.amazon.com/amazondynamodb/latest/developerguide/MonitoringDynamoDB.html", "info", "[", "\"attributes\"", "]", "[", "\"threshold\"", "]", "*=", "info", "[", "\"attributes\"", "]", "[", "\"period\"", "]", "# set alarm", "kwargs", "=", "{", "\"name\"", ":", "info", "[", "\"name\"", "]", ",", "\"attributes\"", ":", "info", "[", "\"attributes\"", "]", ",", "\"region\"", ":", "region", ",", "\"key\"", ":", "key", ",", "\"keyid\"", ":", "keyid", ",", "\"profile\"", ":", "profile", ",", "}", "results", "=", "__states__", "[", "'boto_cloudwatch_alarm.present'", "]", "(", "*", "*", "kwargs", ")", "if", "not", "results", "[", "\"result\"", "]", ":", "merged_return_value", "[", "\"result\"", "]", "=", "results", "[", "\"result\"", "]", "if", "results", ".", "get", "(", "\"changes\"", ",", "{", "}", ")", "!=", "{", "}", ":", "merged_return_value", "[", "\"changes\"", "]", "[", "info", "[", "\"name\"", "]", "]", "=", "results", "[", "\"changes\"", "]", "if", "\"comment\"", "in", "results", ":", "merged_return_value", "[", "\"comment\"", "]", "+=", "results", "[", "\"comment\"", "]", "return", "merged_return_value" ]

[ "helper", "method", "for", "present", ".", "ensure", "that", "cloudwatch_alarms", "are", "set" ]

[ "def", "export_process_to_csv", "(", "bpmn_diagram", ",", "directory", ",", "filename", ")", ":", "nodes", "=", "copy", ".", "deepcopy", "(", "bpmn_diagram", ".", "get_nodes", "(", ")", ")", "start_nodes", "=", "[", "]", "export_elements", "=", "[", "]", "for", "node", "in", "nodes", ":", "incoming_list", "=", "node", "[", "1", "]", ".", "get", "(", "consts", ".", "Consts", ".", "incoming_flow", ")", "if", "len", "(", "incoming_list", ")", "==", "0", ":", "start_nodes", ".", "append", "(", "node", ")", "if", "len", "(", "start_nodes", ")", "!=", "1", ":", "raise", "bpmn_exception", ".", "BpmnPythonError", "(", "\"Exporting to CSV format accepts only one start event\"", ")", "nodes_classification", "=", "utils", ".", "BpmnImportUtils", ".", "generate_nodes_clasification", "(", "bpmn_diagram", ")", "start_node", "=", "start_nodes", ".", "pop", "(", ")", "BpmnDiagramGraphCsvExport", ".", "export_node", "(", "bpmn_diagram", ",", "export_elements", ",", "start_node", ",", "nodes_classification", ")", "try", ":", "os", ".", "makedirs", "(", "directory", ")", "except", "OSError", "as", "exception", ":", "if", "exception", ".", "errno", "!=", "errno", ".", "EEXIST", ":", "raise", "file_object", "=", "open", "(", "directory", "+", "filename", ",", "\"w\"", ")", "file_object", ".", "write", "(", "\"Order,Activity,Condition,Who,Subprocess,Terminated\\n\"", ")", "BpmnDiagramGraphCsvExport", ".", "write_export_node_to_file", "(", "file_object", ",", "export_elements", ")", "file_object", ".", "close", "(", ")" ]

[ "Root", "method", "of", "CSV", "export", "functionality", "." ]

[ "def", "to_array", "(", "self", ")", ":", "array", "=", "super", "(", "VoiceMessage", ",", "self", ")", ".", "to_array", "(", ")", "if", "isinstance", "(", "self", ".", "voice", ",", "InputFile", ")", ":", "array", "[", "'voice'", "]", "=", "self", ".", "voice", ".", "to_array", "(", ")", "# type InputFile", "elif", "isinstance", "(", "self", ".", "voice", ",", "str", ")", ":", "array", "[", "'voice'", "]", "=", "u", "(", "self", ".", "voice", ")", "# py2: type unicode, py3: type str", "else", ":", "raise", "TypeError", "(", "'Unknown type, must be one of InputFile, str.'", ")", "# end if", "if", "self", ".", "receiver", "is", "not", "None", ":", "if", "isinstance", "(", "self", ".", "receiver", ",", "None", ")", ":", "array", "[", "'chat_id'", "]", "=", "None", "(", "self", ".", "receiver", ")", "# type Noneelif isinstance(self.receiver, str):", "array", "[", "'chat_id'", "]", "=", "u", "(", "self", ".", "receiver", ")", "# py2: type unicode, py3: type str", "elif", "isinstance", "(", "self", ".", "receiver", ",", "int", ")", ":", "array", "[", "'chat_id'", "]", "=", "int", "(", "self", ".", "receiver", ")", "# type intelse:", "raise", "TypeError", "(", "'Unknown type, must be one of None, str, int.'", ")", "# end if", "if", "self", ".", "reply_id", "is", "not", "None", ":", "if", "isinstance", "(", "self", ".", "reply_id", ",", "DEFAULT_MESSAGE_ID", ")", ":", "array", "[", "'reply_to_message_id'", "]", "=", "DEFAULT_MESSAGE_ID", "(", "self", ".", "reply_id", ")", "# type DEFAULT_MESSAGE_IDelif isinstance(self.reply_id, int):", "array", "[", "'reply_to_message_id'", "]", "=", "int", "(", "self", ".", "reply_id", ")", "# type intelse:", "raise", "TypeError", "(", "'Unknown type, must be one of DEFAULT_MESSAGE_ID, int.'", ")", "# end if", "if", "self", ".", "caption", "is", "not", "None", ":", "array", "[", "'caption'", "]", "=", "u", "(", "self", ".", "caption", ")", "# py2: type unicode, py3: type str", "if", "self", ".", "parse_mode", "is", "not", "None", ":", "array", "[", "'parse_mode'", "]", "=", "u", "(", "self", ".", "parse_mode", ")", "# py2: type unicode, py3: type str", "if", "self", ".", "duration", "is", "not", "None", ":", "array", "[", "'duration'", "]", "=", "int", "(", "self", ".", "duration", ")", "# type int", "if", "self", ".", "disable_notification", "is", "not", "None", ":", "array", "[", "'disable_notification'", "]", "=", "bool", "(", "self", ".", "disable_notification", ")", "# type bool", "if", "self", ".", "reply_markup", "is", "not", "None", ":", "if", "isinstance", "(", "self", ".", "reply_markup", ",", "InlineKeyboardMarkup", ")", ":", "array", "[", "'reply_markup'", "]", "=", "self", ".", "reply_markup", ".", "to_array", "(", ")", "# type InlineKeyboardMarkup", "elif", "isinstance", "(", "self", ".", "reply_markup", ",", "ReplyKeyboardMarkup", ")", ":", "array", "[", "'reply_markup'", "]", "=", "self", ".", "reply_markup", ".", "to_array", "(", ")", "# type ReplyKeyboardMarkup", "elif", "isinstance", "(", "self", ".", "reply_markup", ",", "ReplyKeyboardRemove", ")", ":", "array", "[", "'reply_markup'", "]", "=", "self", ".", "reply_markup", ".", "to_array", "(", ")", "# type ReplyKeyboardRemove", "elif", "isinstance", "(", "self", ".", "reply_markup", ",", "ForceReply", ")", ":", "array", "[", "'reply_markup'", "]", "=", "self", ".", "reply_markup", ".", "to_array", "(", ")", "# type ForceReply", "else", ":", "raise", "TypeError", "(", "'Unknown type, must be one of InlineKeyboardMarkup, ReplyKeyboardMarkup, ReplyKeyboardRemove, ForceReply.'", ")", "# end if", "return", "array" ]

[ "Serializes", "this", "VoiceMessage", "to", "a", "dictionary", "." ]

[ "def", "bulkWrite", "(", "self", ",", "endpoint", ",", "buffer", ",", "timeout", "=", "100", ")", ":", "return", "self", ".", "dev", ".", "write", "(", "endpoint", ",", "buffer", ",", "timeout", ")" ]

[ "r", "Perform", "a", "bulk", "write", "request", "to", "the", "endpoint", "specified", "." ]

[ "def", "valid_qname", "(", "val", ")", ":", "try", ":", "(", "prefix", ",", "localpart", ")", "=", "val", ".", "split", "(", "\":\"", ")", "return", "valid_ncname", "(", "prefix", ")", "and", "valid_ncname", "(", "localpart", ")", "except", "ValueError", ":", "return", "valid_ncname", "(", "val", ")" ]

[ "A", "qname", "is", "either", "NCName", "or", "NCName", ":", "NCName" ]

[ "def", "apply", "(", "self", ",", "func", ",", "axis", "=", "0", ",", "broadcast", "=", "None", ",", "raw", "=", "False", ",", "reduce", "=", "None", ",", "result_type", "=", "None", ",", "convert_dtype", "=", "True", ",", "args", "=", "(", ")", ",", "*", "*", "kwds", ")", ":", "axis", "=", "self", ".", "_get_axis_number", "(", "axis", ")", "ErrorMessage", ".", "non_verified_udf", "(", ")", "if", "isinstance", "(", "func", ",", "string_types", ")", ":", "if", "axis", "==", "1", ":", "kwds", "[", "\"axis\"", "]", "=", "axis", "result", "=", "self", ".", "_string_function", "(", "func", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwds", ")", "# Sometimes we can return a scalar here\r", "if", "isinstance", "(", "result", ",", "BasePandasDataset", ")", ":", "return", "result", ".", "_query_compiler", "return", "result", "elif", "isinstance", "(", "func", ",", "dict", ")", ":", "if", "axis", "==", "1", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"(\\\"'dict' object is not callable\\\", \"", "\"'occurred at index {0}'\"", ".", "format", "(", "self", ".", "index", "[", "0", "]", ")", ")", "if", "len", "(", "self", ".", "columns", ")", "!=", "len", "(", "set", "(", "self", ".", "columns", ")", ")", ":", "warnings", ".", "warn", "(", "\"duplicate column names not supported with apply().\"", ",", "FutureWarning", ",", "stacklevel", "=", "2", ",", ")", "elif", "not", "callable", "(", "func", ")", "and", "not", "is_list_like", "(", "func", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"{} object is not callable\"", ".", "format", "(", "type", "(", "func", ")", ")", ")", "query_compiler", "=", "self", ".", "_query_compiler", ".", "apply", "(", "func", ",", "axis", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwds", ")", "return", "query_compiler" ]

[ "Apply", "a", "function", "along", "input", "axis", "of", "DataFrame", ".", "Args", ":", "func", ":", "The", "function", "to", "apply", "axis", ":", "The", "axis", "over", "which", "to", "apply", "the", "func", ".", "broadcast", ":", "Whether", "or", "not", "to", "broadcast", ".", "raw", ":", "Whether", "or", "not", "to", "convert", "to", "a", "Series", ".", "reduce", ":", "Whether", "or", "not", "to", "try", "to", "apply", "reduction", "procedures", ".", "Returns", ":", "Series", "or", "DataFrame", "depending", "on", "func", "." ]

[ "def", "process_request", "(", "self", ",", "request_object", ")", ":", "# Delete the object by its identifier", "entity", "=", "request_object", ".", "entity_cls", ".", "get", "(", "request_object", ".", "identifier", ")", "entity", ".", "delete", "(", ")", "# FIXME Check for return value of `delete()`", "# We have successfully deleted the object.", "# Sending a 204 Response code.", "return", "ResponseSuccessWithNoContent", "(", ")" ]

[ "Process", "the", "Delete", "Resource", "Request" ]

[ "def", "_get_profile", "(", "self", ",", "profile_id", ")", ":", "profile_metadata", "=", "self", ".", "_registry", ".", "get", "(", "profile_id", ")", "if", "not", "profile_metadata", ":", "return", "path", "=", "self", ".", "_get_absolute_path", "(", "profile_metadata", ".", "get", "(", "'schema_path'", ")", ")", "if", "path", "and", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "path", ")", ":", "return", "self", ".", "_load_json_file_or_url", "(", "path", ")", "url", "=", "profile_metadata", ".", "get", "(", "'schema'", ")", "if", "url", ":", "return", "self", ".", "_load_json_file_or_url", "(", "url", ")" ]

[ "Return", "the", "profile", "with", "the", "received", "ID", "as", "a", "dict" ]

[ "def", "get_info_from_service", "(", "service", ",", "zconf", ")", ":", "service_info", "=", "None", "try", ":", "service_info", "=", "zconf", ".", "get_service_info", "(", "'_googlecast._tcp.local.'", ",", "service", ")", "if", "service_info", ":", "_LOGGER", ".", "debug", "(", "\"get_info_from_service resolved service %s to service_info %s\"", ",", "service", ",", "service_info", ")", "except", "IOError", ":", "pass", "return", "service_info" ]

[ "Resolve", "service_info", "from", "service", "." ]

[ "def", "setGroups", "(", "self", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "requests", "=", "0", "groups", "=", "[", "]", "try", ":", "for", "gk", "in", "self", "[", "'groupKeys'", "]", ":", "try", ":", "g", "=", "self", ".", "mambugroupclass", "(", "entid", "=", "gk", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "except", "AttributeError", "as", "ae", ":", "from", ".", "mambugroup", "import", "MambuGroup", "self", ".", "mambugroupclass", "=", "MambuGroup", "g", "=", "self", ".", "mambugroupclass", "(", "entid", "=", "gk", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "requests", "+=", "1", "groups", ".", "append", "(", "g", ")", "except", "KeyError", ":", "pass", "self", "[", "'groups'", "]", "=", "groups", "return", "requests" ]

[ "Adds", "the", "groups", "to", "which", "this", "client", "belongs", "." ]

[ "def", "bbox_to_ybox", "(", "bbox", ")", ":", "return", "[", "(", "bbox", "[", "1", "]", "+", "bbox", "[", "3", "]", ")", "/", "2", ",", "(", "bbox", "[", "0", "]", "+", "bbox", "[", "2", "]", ")", "/", "2", ",", "(", "bbox", "[", "3", "]", "-", "bbox", "[", "1", "]", ")", ",", "(", "bbox", "[", "2", "]", "-", "bbox", "[", "0", "]", ")", ",", "]" ]

[ "Convert", "from", "corner", "bounding", "box", "to", "center", "/", "shape" ]

[ "def", "load", "(", "self", ")", ":", "for", "i", "in", "range", "(", "1", ",", "self", ".", "bands", "+", "1", ")", ":", "self", ".", "__data", "[", "i", "-", "1", "]", "=", "self", ".", "matrix", "(", "i", ")" ]

[ "load", "all", "raster", "data", "to", "internal", "memory", "arrays", ".", "This", "shortens", "the", "read", "time", "of", "other", "methods", "like", ":", "meth", ":", "matrix", "." ]

[ "def", "accept_remote_share", "(", "self", ",", "share_id", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "share_id", ",", "int", ")", ":", "return", "False", "res", "=", "self", ".", "_make_ocs_request", "(", "'POST'", ",", "self", ".", "OCS_SERVICE_SHARE", ",", "'remote_shares/pending/'", "+", "str", "(", "share_id", ")", ")", "if", "res", ".", "status_code", "==", "200", ":", "return", "res", "raise", "HTTPResponseError", "(", "res", ")" ]

[ "Accepts", "a", "remote", "share" ]

[ "def", "_process_image_files", "(", "name", ",", "filenames", ",", "texts", ",", "labels", ",", "num_shards", ")", ":", "assert", "len", "(", "filenames", ")", "==", "len", "(", "texts", ")", "assert", "len", "(", "filenames", ")", "==", "len", "(", "labels", ")", "# Break all images into batches with a [ranges[i][0], ranges[i][1]].", "spacing", "=", "np", ".", "linspace", "(", "0", ",", "len", "(", "filenames", ")", ",", "FLAGS", ".", "num_threads", "+", "1", ")", ".", "astype", "(", "np", ".", "int", ")", "ranges", "=", "[", "]", "for", "i", "in", "range", "(", "len", "(", "spacing", ")", "-", "1", ")", ":", "ranges", ".", "append", "(", "[", "spacing", "[", "i", "]", ",", "spacing", "[", "i", "+", "1", "]", "]", ")", "# Launch a thread for each batch.", "print", "(", "'Launching %d threads for spacings: %s'", "%", "(", "FLAGS", ".", "num_threads", ",", "ranges", ")", ")", "sys", ".", "stdout", ".", "flush", "(", ")", "# Create a mechanism for monitoring when all threads are finished.", "coord", "=", "tf", ".", "train", ".", "Coordinator", "(", ")", "# Create a generic TensorFlow-based utility for converting all image codings.", "coder", "=", "ImageCoder", "(", ")", "threads", "=", "[", "]", "for", "thread_index", "in", "range", "(", "len", "(", "ranges", ")", ")", ":", "args", "=", "(", "coder", ",", "thread_index", ",", "ranges", ",", "name", ",", "filenames", ",", "texts", ",", "labels", ",", "num_shards", ")", "t", "=", "threading", ".", "Thread", "(", "target", "=", "_process_image_files_batch", ",", "args", "=", "args", ")", "t", ".", "start", "(", ")", "threads", ".", "append", "(", "t", ")", "# Wait for all the threads to terminate.", "coord", ".", "join", "(", "threads", ")", "print", "(", "'%s: Finished writing all %d images in data set.'", "%", "(", "datetime", ".", "now", "(", ")", ",", "len", "(", "filenames", ")", ")", ")", "sys", ".", "stdout", ".", "flush", "(", ")" ]

[ "Process", "and", "save", "list", "of", "images", "as", "TFRecord", "of", "Example", "protos", "." ]

[ "def", "check_seq_exists", "(", "self", ",", "seq", ",", "amount_ntermwildcards", ")", ":", "cursor", "=", "self", ".", "get_cursor", "(", ")", "if", "amount_ntermwildcards", ">", "0", ":", "seq", "=", "seq", "[", ":", ":", "-", "1", "]", "sqlseq", "=", "'{}{}'", ".", "format", "(", "seq", ",", "'%'", ")", "# FIXME non-parametrized string binding because if ? binding is", "# used the INDEX is not used when looking up, apparently because", "# the query cant be optimized when using LIKE and binding.", "sql", "=", "(", "'select seqs from known_searchspace where seqs LIKE '", "'\"{}\"'", ".", "format", "(", "sqlseq", ")", ")", "for", "match", "in", "cursor", ".", "execute", "(", "sql", ")", ":", "if", "match", "[", "0", "]", "[", ":", "-", "amount_ntermwildcards", "]", "in", "seq", ":", "return", "True", "return", "False", "else", ":", "sql", "=", "(", "'select exists(select seqs from known_searchspace '", "'where seqs=? limit 1)'", ")", "return", "cursor", ".", "execute", "(", "sql", ",", "(", "seq", ",", ")", ")", ".", "fetchone", "(", ")", "[", "0", "]", "==", "1" ]

[ "Look", "up", "sequence", "in", "sqlite", "DB", ".", "Returns", "True", "or", "False", "if", "it", "exists", "(", "or", "not", ")", ".", "When", "looking", "up", "a", "reversed", "DB", "with", "ntermwildcards", ":", "we", "reverse", "the", "sequence", "of", "the", "pep", "and", "add", "a", "LIKE", "and", "%", "-", "suffix", "to", "the", "query", "." ]

[ "def", "setMaximum", "(", "self", ",", "m", ",", "update", "=", "True", ")", ":", "if", "m", "is", "not", "None", ":", "m", "=", "D", "(", "asUnicode", "(", "m", ")", ")", "self", ".", "opts", "[", "'bounds'", "]", "[", "1", "]", "=", "m", "if", "update", ":", "self", ".", "setValue", "(", ")" ]

[ "Set", "the", "maximum", "allowed", "value", "(", "or", "None", "for", "no", "limit", ")" ]

[ "def", "info", "(", "msg", ")", ":", "_flush", "(", ")", "sys", ".", "stdout", ".", "write", "(", "msg", "+", "'\\n'", ")", "sys", ".", "stdout", ".", "flush", "(", ")" ]

[ "Emit", "a", "normal", "message", "." ]

[ "def", "__set_unit_price", "(", "self", ",", "value", ")", ":", "try", ":", "if", "value", "<", "0", ":", "raise", "ValueError", "(", ")", "self", ".", "__unit_price", "=", "Decimal", "(", "str", "(", "value", ")", ")", "except", "ValueError", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Unit Price must be a positive number\"", ")" ]

[ "Sets", "the", "unit", "price" ]

[ "def", "sound_pressure_low", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "_ensure_mode", "(", "self", ".", "MODE_DBA", ")", "return", "self", ".", "value", "(", "0", ")", "*", "self", ".", "_scale", "(", "'DBA'", ")" ]

[ "A", "measurement", "of", "the", "measured", "sound", "pressure", "level", "as", "a", "percent", ".", "Uses", "A", "-", "weighting", "which", "focuses", "on", "levels", "up", "to", "55", "dB", "." ]

[ "def", "get_by_name", "(", "self", ",", "name", ")", ":", "for", "p", "in", "self", ".", "project_list", ":", "if", "p", ".", "nme", "==", "name", ":", "return", "p", "return", "None" ]

[ "returns", "an", "object", "Project", "which", "matches", "name" ]

[ "def", "apply", "(", "self", ",", "s", ",", "active", "=", "None", ")", ":", "if", "active", "is", "None", ":", "active", "=", "self", ".", "active", "return", "self", ".", "group", ".", "apply", "(", "s", ",", "active", "=", "active", ")" ]

[ "Apply", "the", "REPP", "s", "rewrite", "rules", "to", "the", "input", "string", "*", "s", "*", "." ]

[ "def", "print_table", "(", "table", ",", "name", "=", "None", ",", "fmt", "=", "None", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "table", ",", "pd", ".", "Series", ")", ":", "table", "=", "pd", ".", "DataFrame", "(", "table", ")", "if", "isinstance", "(", "table", ",", "pd", ".", "DataFrame", ")", ":", "table", ".", "columns", ".", "name", "=", "name", "prev_option", "=", "pd", ".", "get_option", "(", "'display.float_format'", ")", "if", "fmt", "is", "not", "None", ":", "pd", ".", "set_option", "(", "'display.float_format'", ",", "lambda", "x", ":", "fmt", ".", "format", "(", "x", ")", ")", "display", "(", "table", ")", "if", "fmt", "is", "not", "None", ":", "pd", ".", "set_option", "(", "'display.float_format'", ",", "prev_option", ")" ]

[ "Pretty", "print", "a", "pandas", "DataFrame", "." ]

[ "def", "inverse", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "_inverse", "is", "None", ":", "self", ".", "_inverse", "=", "InverseTransform", "(", "self", ")", "return", "self", ".", "_inverse" ]

[ "The", "inverse", "of", "this", "transform", "." ]

[ "def", "hashed", "(", "source_filename", ",", "prepared_options", ",", "thumbnail_extension", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "parts", "=", "':'", ".", "join", "(", "[", "source_filename", "]", "+", "prepared_options", ")", "short_sha", "=", "hashlib", ".", "sha1", "(", "parts", ".", "encode", "(", "'utf-8'", ")", ")", ".", "digest", "(", ")", "short_hash", "=", "base64", ".", "urlsafe_b64encode", "(", "short_sha", "[", ":", "9", "]", ")", ".", "decode", "(", "'utf-8'", ")", "return", "'.'", ".", "join", "(", "[", "short_hash", ",", "thumbnail_extension", "]", ")" ]

[ "Generate", "a", "short", "hashed", "thumbnail", "filename", "." ]

[ "def", "get_item_query_session", "(", "self", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "supports_item_query", "(", ")", ":", "raise", "errors", ".", "Unimplemented", "(", ")", "# pylint: disable=no-member", "return", "sessions", ".", "ItemQuerySession", "(", "runtime", "=", "self", ".", "_runtime", ")" ]

[ "Gets", "the", "OsidSession", "associated", "with", "the", "item", "query", "service", "." ]

[ "def", "check", "(", "self", ",", "pattern", ")", ":", "if", "self", ".", "eos", ":", "raise", "EndOfText", "(", ")", "if", "pattern", "not", "in", "self", ".", "_re_cache", ":", "self", ".", "_re_cache", "[", "pattern", "]", "=", "re", ".", "compile", "(", "pattern", ",", "self", ".", "flags", ")", "return", "self", ".", "_re_cache", "[", "pattern", "]", ".", "match", "(", "self", ".", "data", ",", "self", ".", "pos", ")" ]

[ "Apply", "pattern", "on", "the", "current", "position", "and", "return", "the", "match", "object", ".", "(", "Doesn", "t", "touch", "pos", ")", ".", "Use", "this", "for", "lookahead", "." ]

[ "def", "contactInfo", "(", "self", ",", "request", ",", "tag", ")", ":", "groupPattern", "=", "inevow", ".", "IQ", "(", "tag", ")", ".", "patternGenerator", "(", "'contact-group'", ")", "groupedViews", "=", "self", ".", "organizer", ".", "groupReadOnlyViews", "(", "self", ".", "person", ")", "for", "(", "groupName", ",", "views", ")", "in", "sorted", "(", "groupedViews", ".", "items", "(", ")", ")", ":", "if", "groupName", "is", "None", ":", "yield", "views", "else", ":", "yield", "groupPattern", "(", ")", ".", "fillSlots", "(", "'name'", ",", "groupName", ")", ".", "fillSlots", "(", "'views'", ",", "views", ")" ]

[ "Render", "the", "result", "of", "calling", "L", "{", "IContactType", ".", "getReadOnlyView", "}", "on", "the", "corresponding", "L", "{", "IContactType", "}", "for", "each", "piece", "of", "contact", "info", "associated", "with", "L", "{", "person", "}", ".", "Arrange", "the", "result", "by", "group", "using", "C", "{", "tag", "}", "s", "I", "{", "contact", "-", "group", "}", "pattern", ".", "Groupless", "contact", "items", "will", "have", "their", "views", "yielded", "directly", "." ]

[ "def", "filter_genes", "(", "data", ",", "min_counts", "=", "None", ",", "min_cells", "=", "None", ",", "max_counts", "=", "None", ",", "max_cells", "=", "None", ",", "min_counts_u", "=", "None", ",", "min_cells_u", "=", "None", ",", "max_counts_u", "=", "None", ",", "max_cells_u", "=", "None", ",", "min_shared_counts", "=", "None", ",", "min_shared_cells", "=", "None", ",", "copy", "=", "False", ")", ":", "adata", "=", "data", ".", "copy", "(", ")", "if", "copy", "else", "data", "# set initial cell sizes before filtering", "set_initial_size", "(", "adata", ")", "layers", "=", "[", "layer", "for", "layer", "in", "[", "'spliced'", ",", "'unspliced'", "]", "if", "layer", "in", "adata", ".", "layers", ".", "keys", "(", ")", "]", "if", "min_shared_counts", "is", "not", "None", "or", "min_shared_cells", "is", "not", "None", ":", "layers", ".", "extend", "(", "[", "'shared'", "]", ")", "for", "layer", "in", "layers", ":", "if", "layer", "is", "'spliced'", ":", "_min_counts", ",", "_min_cells", ",", "_max_counts", ",", "_max_cells", "=", "min_counts", ",", "min_cells", ",", "max_counts", ",", "max_cells", "elif", "layer", "is", "'unspliced'", ":", "_min_counts", ",", "_min_cells", ",", "_max_counts", ",", "_max_cells", "=", "min_counts_u", ",", "min_cells_u", ",", "max_counts_u", ",", "max_cells_u", "else", ":", "# shared counts/cells", "_min_counts", ",", "_min_cells", ",", "_max_counts", ",", "_max_cells", "=", "min_shared_counts", ",", "min_shared_cells", ",", "None", ",", "None", "if", "layer", "in", "adata", ".", "layers", ".", "keys", "(", ")", ":", "X", "=", "adata", ".", "layers", "[", "layer", "]", "else", ":", "# shared counts/cells", "Xs", ",", "Xu", "=", "adata", ".", "layers", "[", "'spliced'", "]", ",", "adata", ".", "layers", "[", "'unspliced'", "]", "nonzeros", "=", "(", "Xs", ">", "0", ")", ".", "multiply", "(", "Xu", ">", "0", ")", "if", "issparse", "(", "Xs", ")", "else", "(", "Xs", ">", "0", ")", "*", "(", "Xu", ">", "0", ")", "X", "=", "nonzeros", ".", "multiply", "(", "Xs", ")", "+", "nonzeros", ".", "multiply", "(", "Xu", ")", "if", "issparse", "(", "nonzeros", ")", "else", "nonzeros", "*", "(", "Xs", "+", "Xu", ")", "gene_subset", "=", "np", ".", "ones", "(", "adata", ".", "n_vars", ",", "dtype", "=", "bool", ")", "if", "_min_counts", "is", "not", "None", "or", "_max_counts", "is", "not", "None", ":", "gene_subset", ",", "_", "=", "filter", "(", "X", ",", "min_counts", "=", "_min_counts", ",", "max_counts", "=", "_max_counts", ")", "adata", ".", "_inplace_subset_var", "(", "gene_subset", ")", "if", "_min_cells", "is", "not", "None", "or", "_max_cells", "is", "not", "None", ":", "gene_subset", ",", "_", "=", "filter", "(", "X", ",", "min_cells", "=", "_min_cells", ",", "max_cells", "=", "_max_cells", ")", "adata", ".", "_inplace_subset_var", "(", "gene_subset", ")", "s", "=", "np", ".", "sum", "(", "~", "gene_subset", ")", "if", "s", ">", "0", ":", "logg", ".", "info", "(", "'Filtered out {} genes that are detected'", ".", "format", "(", "s", ")", ",", "end", "=", "' '", ")", "if", "_min_cells", "is", "not", "None", "or", "_min_counts", "is", "not", "None", ":", "logg", ".", "info", "(", "'in less than'", ",", "str", "(", "_min_cells", ")", "+", "' cells ('", "+", "str", "(", "layer", ")", "+", "').'", "if", "_min_counts", "is", "None", "else", "str", "(", "_min_counts", ")", "+", "' counts ('", "+", "str", "(", "layer", ")", "+", "').'", ",", "no_indent", "=", "True", ")", "if", "max_cells", "is", "not", "None", "or", "max_counts", "is", "not", "None", ":", "logg", ".", "info", "(", "'in more than '", ",", "str", "(", "_max_cells", ")", "+", "' cells('", "+", "str", "(", "layer", ")", "+", "').'", "if", "_max_counts", "is", "None", "else", "str", "(", "_max_counts", ")", "+", "' counts ('", "+", "str", "(", "layer", ")", "+", "').'", ",", "no_indent", "=", "True", ")", "return", "adata", "if", "copy", "else", "None" ]

[ "Filter", "genes", "based", "on", "number", "of", "cells", "or", "counts", ".", "Keep", "genes", "that", "have", "at", "least", "min_counts", "counts", "or", "are", "expressed", "in", "at", "least", "min_cells", "cells", "or", "have", "at", "most", "max_counts", "counts", "or", "are", "expressed", "in", "at", "most", "max_cells", "cells", ".", "Only", "provide", "one", "of", "the", "optional", "parameters", "min_counts", "min_cells", "max_counts", "max_cells", "per", "call", "." ]

[ "def", "dialog_checklist", "(", "self", ")", ":", "data", "=", "[", "]", "for", "upg", "in", "self", ".", "upgrade_all", ":", "data", ".", "append", "(", "upg", "[", ":", "-", "4", "]", ")", "text", "=", "\"Press 'spacebar' to unchoose packages from upgrade\"", "title", "=", "\" Upgrade \"", "backtitle", "=", "\"{0} {1}\"", ".", "format", "(", "self", ".", "meta", ".", "__all__", ",", "self", ".", "meta", ".", "__version__", ")", "status", "=", "True", "pkgs", "=", "DialogUtil", "(", "data", ",", "text", ",", "title", ",", "backtitle", ",", "status", ")", ".", "checklist", "(", ")", "index", "=", "0", "for", "pkg", ",", "comp", ",", "uncomp", "in", "zip", "(", "self", ".", "upgrade_all", ",", "self", ".", "comp_sum", ",", "self", ".", "uncomp_sum", ")", ":", "if", "pkg", "[", ":", "-", "4", "]", "not", "in", "pkgs", ":", "self", ".", "dwn_links", ".", "pop", "(", "index", ")", "self", ".", "upgrade_all", ".", "pop", "(", "index", ")", "self", ".", "comp_sum", ".", "pop", "(", "index", ")", "self", ".", "uncomp_sum", ".", "pop", "(", "index", ")", "self", ".", "count_upg", "-=", "1", "del", "comp", ",", "uncomp", "index", "-=", "1", "index", "+=", "1", "if", "not", "self", ".", "upgrade_all", ":", "raise", "SystemExit", "(", ")" ]

[ "Create", "checklist", "to", "choose", "packages", "for", "upgrade" ]

[ "def", "scrollleft", "(", "self", ",", "window_name", ",", "object_name", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "verifyscrollbarhorizontal", "(", "window_name", ",", "object_name", ")", ":", "raise", "LdtpServerException", "(", "'Object not horizontal scrollbar'", ")", "return", "self", ".", "setmin", "(", "window_name", ",", "object_name", ")" ]

[ "Scroll", "left" ]

[ "def", "_set_or_check_remote_id", "(", "self", ",", "remote_id", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "remote_id", ":", "assert", "self", ".", "closed_state", "==", "self", ".", "ClosedState", ".", "PENDING", ",", "'Bad ClosedState!'", "self", ".", "remote_id", "=", "remote_id", "self", ".", "closed_state", "=", "self", ".", "ClosedState", ".", "OPEN", "elif", "self", ".", "remote_id", "!=", "remote_id", ":", "raise", "usb_exceptions", ".", "AdbProtocolError", "(", "'%s remote-id change to %s'", ",", "self", ",", "remote_id", ")" ]

[ "Set", "or", "check", "the", "remote", "id", "." ]