Datasets:

kejian

/

codesearchnet-python-raw

like 1

[ "def", "get_language_pairs", "(", "self", ",", "train_langs", "=", "None", ")", ":", "if", "train_langs", "is", "None", ":", "result", "=", "self", ".", "api_call", "(", "'language_pair/'", ")", "else", ":", "result", "=", "self", ".", "api_call", "(", "'language_pair/?train_langs={}'", ".", "format", "(", "train_langs", ")", ")", "try", ":", "langs_json", "=", "json", ".", "loads", "(", "result", ".", "content", ")", "if", "'error'", "in", "langs_json", ":", "return", "[", "]", "languages", "=", "[", "LangPair", "(", "Language", "(", "shortname", "=", "lang_json", "[", "\"lang_pair\"", "]", "[", "\"source_language\"", "]", "[", "\"shortname\"", "]", ",", "name", "=", "lang_json", "[", "\"lang_pair\"", "]", "[", "\"source_language\"", "]", "[", "\"name\"", "]", ")", ",", "Language", "(", "shortname", "=", "lang_json", "[", "\"lang_pair\"", "]", "[", "\"target_language\"", "]", "[", "\"shortname\"", "]", ",", "name", "=", "lang_json", "[", "\"lang_pair\"", "]", "[", "\"target_language\"", "]", "[", "\"name\"", "]", ")", ")", "for", "lang_json", "in", "langs_json", "[", "\"objects\"", "]", "]", "except", "Exception", ",", "e", ":", "log", ".", "exception", "(", "\"Error decoding get language pairs\"", ")", "raise", "e", "return", "languages" ]

[ "Returns", "the", "language", "pairs", "available", "on", "unbabel" ]

[ "def", "get", "(", "self", ",", "id", ",", "domain", "=", "'messages'", ")", ":", "assert", "isinstance", "(", "id", ",", "(", "str", ",", "unicode", ")", ")", "assert", "isinstance", "(", "domain", ",", "(", "str", ",", "unicode", ")", ")", "if", "self", ".", "defines", "(", "id", ",", "domain", ")", ":", "return", "self", ".", "messages", "[", "domain", "]", "[", "id", "]", "if", "self", ".", "fallback_catalogue", "is", "not", "None", ":", "return", "self", ".", "fallback_catalogue", ".", "get", "(", "id", ",", "domain", ")", "return", "id" ]

[ "Gets", "a", "message", "translation", "." ]

[ "def", "set_primary_heartbeat", "(", "self", ",", "interface_id", ")", ":", "self", ".", "interface", ".", "set_unset", "(", "interface_id", ",", "'primary_heartbeat'", ")", "self", ".", "_engine", ".", "update", "(", ")" ]

[ "Set", "this", "interface", "as", "the", "primary", "heartbeat", "for", "this", "engine", ".", "This", "will", "unset", "the", "current", "primary", "heartbeat", "and", "move", "to", "specified", "interface_id", ".", "Clusters", "and", "Master", "NGFW", "Engines", "only", ".", ":", "param", "str", "int", "interface_id", ":", "interface", "specified", "for", "primary", "mgmt", ":", "raises", "InterfaceNotFound", ":", "specified", "interface", "is", "not", "found", ":", "raises", "UpdateElementFailed", ":", "failed", "modifying", "interfaces", ":", "return", ":", "None" ]

[ "def", "noisy_moment", "(", "self", ",", "moment", ":", "'cirq.Moment'", ",", "system_qubits", ":", "Sequence", "[", "'cirq.Qid'", "]", ")", "->", "'cirq.OP_TREE'", ":", "if", "not", "hasattr", "(", "self", ".", "noisy_moments", ",", "'_not_overridden'", ")", ":", "return", "self", ".", "noisy_moments", "(", "[", "moment", "]", ",", "system_qubits", ")", "if", "not", "hasattr", "(", "self", ".", "noisy_operation", ",", "'_not_overridden'", ")", ":", "return", "[", "self", ".", "noisy_operation", "(", "op", ")", "for", "op", "in", "moment", "]", "assert", "False", ",", "'Should be unreachable.'" ]

[ "Adds", "noise", "to", "the", "operations", "from", "a", "moment", "." ]

[ "def", "by_id", "(", "cls", ",", "semantictag_id", ",", "autoflush", "=", "True", ")", ":", "query", "=", "meta", ".", "Session", ".", "query", "(", "SemanticTag", ")", ".", "filter", "(", "SemanticTag", ".", "id", "==", "semantictag_id", ")", "query", "=", "query", ".", "autoflush", "(", "autoflush", ")", "semantictag", "=", "query", ".", "first", "(", ")", "return", "semantictag" ]

[ "Return", "the", "semantic", "tag", "with", "the", "given", "id", "or", "None", "." ]

[ "def", "golden_pyramid", "(", "self", ",", "z", ",", "mask", "=", "False", ",", "spiral", "=", "True", ",", "fig_width", "=", "13", ")", ":", "import", "matplotlib", ".", "pyplot", "as", "plt", "opts", "=", "{", "'vmin'", ":", "0.", ",", "'vmax'", ":", "1.", ",", "'interpolation'", ":", "'nearest'", ",", "'origin'", ":", "'upper'", "}", "N_X", ",", "N_Y", "=", "z", ".", "shape", "[", "0", "]", ",", "z", ".", "shape", "[", "1", "]", "if", "spiral", ":", "phi", "=", "(", "np", ".", "sqrt", "(", "5", ")", "+", "1.", ")", "/", "2.", "# golden ratio", "fig", "=", "plt", ".", "figure", "(", "figsize", "=", "(", "fig_width", ",", "N_X", "/", "N_Y", "*", "fig_width", "/", "phi", ")", ",", "frameon", "=", "True", ")", "xmin", ",", "ymin", ",", "size", "=", "0", ",", "0", ",", "1.", "else", ":", "fig", "=", "plt", ".", "figure", "(", "figsize", "=", "(", "fig_width", ",", "N_X", "/", "N_Y", "*", "fig_width", "*", "self", ".", "n_levels", ")", ",", "frameon", "=", "True", ")", "axs", "=", "[", "]", "for", "i_sf_0", "in", "range", "(", "len", "(", "self", ".", "sf_0", ")", ")", ":", "if", "spiral", ":", "# https://matplotlib.org/api/_as_gen/matplotlib.figure.Figure.html#matplotlib.figure.Figure.add_axes says:", "# Add an axes at position rect [left, bottom, width, height] where all quantities are in fractions of figure width and height.", "ax", "=", "fig", ".", "add_axes", "(", "(", "xmin", "/", "phi", ",", "ymin", ",", "size", "/", "phi", ",", "size", ")", ",", "facecolor", "=", "'w'", ")", "else", ":", "ax", "=", "fig", ".", "add_axes", "(", "(", "0", ",", "i_sf_0", "/", "self", ".", "n_levels", ",", "1", ",", "1", "/", "self", ".", "n_levels", ")", ",", "facecolor", "=", "'w'", ")", "ax", ".", "axis", "(", "c", "=", "'r'", ",", "lw", "=", "1", ")", "plt", ".", "setp", "(", "ax", ",", "xticks", "=", "[", "]", ",", "yticks", "=", "[", "]", ")", "im_RGB", "=", "np", ".", "zeros", "(", "(", "self", ".", "pe", ".", "N_X", ",", "self", ".", "pe", ".", "N_Y", ",", "3", ")", ")", "for", "i_theta", ",", "theta_", "in", "enumerate", "(", "self", ".", "theta", ")", ":", "im_abs", "=", "np", ".", "absolute", "(", "z", "[", ":", ",", ":", ",", "i_theta", ",", "i_sf_0", "]", ")", "RGB", "=", "np", ".", "array", "(", "[", ".5", "*", "np", ".", "sin", "(", "2", "*", "theta_", "+", "2", "*", "i", "*", "np", ".", "pi", "/", "3", ")", "+", ".5", "for", "i", "in", "range", "(", "3", ")", "]", ")", "im_RGB", "+=", "im_abs", "[", ":", ",", ":", ",", "np", ".", "newaxis", "]", "*", "RGB", "[", "np", ".", "newaxis", ",", "np", ".", "newaxis", ",", ":", "]", "im_RGB", "/=", "im_RGB", ".", "max", "(", ")", "ax", ".", "imshow", "(", "1", "-", "im_RGB", ",", "*", "*", "opts", ")", "#ax.grid(b=False, which=\"both\")", "if", "mask", ":", "linewidth_mask", "=", "1", "#", "from", "matplotlib", ".", "patches", "import", "Ellipse", "circ", "=", "Ellipse", "(", "(", ".5", "*", "self", ".", "pe", ".", "N_Y", ",", ".5", "*", "self", ".", "pe", ".", "N_X", ")", ",", "self", ".", "pe", ".", "N_Y", "-", "linewidth_mask", ",", "self", ".", "pe", ".", "N_X", "-", "linewidth_mask", ",", "fill", "=", "False", ",", "facecolor", "=", "'none'", ",", "edgecolor", "=", "'black'", ",", "alpha", "=", "0.5", ",", "ls", "=", "'dashed'", ",", "lw", "=", "linewidth_mask", ")", "ax", ".", "add_patch", "(", "circ", ")", "if", "spiral", ":", "i_orientation", "=", "np", ".", "mod", "(", "i_sf_0", ",", "4", ")", "if", "i_orientation", "==", "0", ":", "xmin", "+=", "size", "ymin", "+=", "size", "/", "phi", "**", "2", "elif", "i_orientation", "==", "1", ":", "xmin", "+=", "size", "/", "phi", "**", "2", "ymin", "+=", "-", "size", "/", "phi", "elif", "i_orientation", "==", "2", ":", "xmin", "+=", "-", "size", "/", "phi", "elif", "i_orientation", "==", "3", ":", "ymin", "+=", "size", "size", "/=", "phi", "axs", ".", "append", "(", "ax", ")", "return", "fig", ",", "axs" ]

[ "The", "Golden", "Laplacian", "Pyramid", ".", "To", "represent", "the", "edges", "of", "the", "image", "at", "different", "levels", "we", "may", "use", "a", "simple", "recursive", "approach", "constructing", "progressively", "a", "set", "of", "images", "of", "decreasing", "sizes", "from", "a", "base", "to", "the", "summit", "of", "a", "pyramid", ".", "Using", "simple", "down", "-", "scaling", "and", "up", "-", "scaling", "operators", "we", "may", "approximate", "well", "a", "Laplacian", "operator", ".", "This", "is", "represented", "here", "by", "stacking", "images", "on", "a", "Golden", "Rectangle", "that", "is", "where", "the", "aspect", "ratio", "is", "the", "golden", "section", "$", "\\", "phi", "\\", "eqdef", "\\", "frac", "{", "1", "+", "\\", "sqrt", "{", "5", "}}", "{", "2", "}", "$", ".", "We", "present", "here", "the", "base", "image", "on", "the", "left", "and", "the", "successive", "levels", "of", "the", "pyramid", "in", "a", "clockwise", "fashion", "(", "for", "clarity", "we", "stopped", "at", "level", "$8$", ")", ".", "Note", "that", "here", "we", "also", "use", "$", "\\", "phi^2$", "(", "that", "is", "$", "\\", "phi", "+", "1$", ")", "as", "the", "down", "-", "scaling", "factor", "so", "that", "the", "resolution", "of", "the", "pyramid", "images", "correspond", "across", "scales", ".", "Note", "at", "last", "that", "coefficient", "are", "very", "kurtotic", ":", "most", "are", "near", "zero", "the", "distribution", "of", "coefficients", "has", "long", "tails", "." ]

[ "def", "get_vertex", "(", "self", ",", "key", ")", ":", "if", "key", "in", "self", ".", "vertex_map", ":", "return", "self", ".", "vertex_map", "[", "key", "]", "vertex", "=", "self", ".", "new_vertex", "(", ")", "self", ".", "vertex_map", "[", "key", "]", "=", "vertex", "return", "vertex" ]

[ "Returns", "or", "Creates", "a", "Vertex", "mapped", "by", "key", "." ]

[ "def", "_convert_schemas", "(", "mapping", ",", "schemas", ")", ":", "schemas", "=", "deepcopy", "(", "schemas", ")", "for", "schema", "in", "schemas", ":", "for", "fk", "in", "schema", ".", "get", "(", "'foreignKeys'", ",", "[", "]", ")", ":", "resource", "=", "fk", "[", "'reference'", "]", "[", "'resource'", "]", "if", "resource", "!=", "'self'", ":", "if", "resource", "not", "in", "mapping", ":", "message", "=", "'Not resource \"%s\" for foreign key \"%s\"'", "message", "=", "message", "%", "(", "resource", ",", "fk", ")", "raise", "ValueError", "(", "message", ")", "fk", "[", "'reference'", "]", "[", "'resource'", "]", "=", "mapping", "[", "resource", "]", "return", "schemas" ]

[ "Convert", "schemas", "to", "be", "compatible", "with", "storage", "schemas", "." ]

[ "def", "start", "(", "self", ")", ":", "with", "self", ".", "synclock", ":", "if", "self", ".", "syncthread", "is", "not", "None", ":", "logging", ".", "warn", "(", "\"Logger: Start called on a syncer that is already running\"", ")", "return", "self", ".", "sync", "(", ")", "# Attempt a sync right away", "self", ".", "__setsync", "(", ")" ]

[ "Start", "the", "logger", "background", "synchronization", "service", ".", "This", "allows", "you", "to", "not", "need", "to", "worry", "about", "syncing", "with", "ConnectorDB", "-", "you", "just", "insert", "into", "the", "Logger", "and", "the", "Logger", "will", "by", "synced", "every", "syncperiod", "." ]

[ "def", "stretch_linear", "(", "self", ",", "ch_nb", ",", "cutoffs", "=", "(", "0.005", ",", "0.005", ")", ")", ":", "logger", ".", "debug", "(", "\"Perform a linear contrast stretch.\"", ")", "if", "(", "(", "self", ".", "channels", "[", "ch_nb", "]", ".", "size", "==", "np", ".", "ma", ".", "count_masked", "(", "self", ".", "channels", "[", "ch_nb", "]", ")", ")", "or", "self", ".", "channels", "[", "ch_nb", "]", ".", "min", "(", ")", "==", "self", ".", "channels", "[", "ch_nb", "]", ".", "max", "(", ")", ")", ":", "logger", ".", "warning", "(", "\"Nothing to stretch !\"", ")", "return", "arr", "=", "self", ".", "channels", "[", "ch_nb", "]", "carr", "=", "arr", ".", "compressed", "(", ")", "logger", ".", "debug", "(", "\"Calculate the histogram percentiles: \"", ")", "logger", ".", "debug", "(", "\"Left and right percentiles: \"", "+", "str", "(", "cutoffs", "[", "0", "]", "*", "100", ")", "+", "\" \"", "+", "str", "(", "cutoffs", "[", "1", "]", "*", "100", ")", ")", "left", ",", "right", "=", "np", ".", "percentile", "(", "carr", ",", "[", "cutoffs", "[", "0", "]", "*", "100", ",", "100.", "-", "cutoffs", "[", "1", "]", "*", "100", "]", ")", "delta_x", "=", "(", "right", "-", "left", ")", "logger", ".", "debug", "(", "\"Interval: left=%f, right=%f width=%f\"", ",", "left", ",", "right", ",", "delta_x", ")", "if", "delta_x", ">", "0.0", ":", "self", ".", "channels", "[", "ch_nb", "]", "=", "np", ".", "ma", ".", "array", "(", "(", "arr", "-", "left", ")", "/", "delta_x", ",", "mask", "=", "arr", ".", "mask", ")", "else", ":", "logger", ".", "warning", "(", "\"Unable to make a contrast stretch!\"", ")" ]

[ "Stretch", "linearly", "the", "contrast", "of", "the", "current", "image", "on", "channel", "*", "ch_nb", "*", "using", "*", "cutoffs", "*", "for", "left", "and", "right", "trimming", "." ]

[ "def", "close", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "streamSock", ":", "self", ".", "watch", "(", "enable", "=", "False", ")", "self", ".", "streamSock", ".", "close", "(", ")", "self", ".", "streamSock", "=", "None" ]

[ "turn", "off", "stream", "and", "close", "socket" ]

[ "def", "createCircle", "(", "self", ",", "cx", ",", "cy", ",", "r", ",", "strokewidth", "=", "1", ",", "stroke", "=", "'black'", ",", "fill", "=", "'none'", ")", ":", "style_dict", "=", "{", "'fill'", ":", "fill", ",", "'stroke-width'", ":", "strokewidth", ",", "'stroke'", ":", "stroke", "}", "myStyle", "=", "StyleBuilder", "(", "style_dict", ")", "c", "=", "Circle", "(", "cx", ",", "cy", ",", "r", ")", "c", ".", "set_style", "(", "myStyle", ".", "getStyle", "(", ")", ")", "return", "c" ]

[ "Creates", "a", "circle" ]

[ "def", "kick", "(", "self", ",", "channel", ",", "target", ",", "reason", "=", "None", ")", ":", "if", "reason", ":", "target", "+=", "' :'", "+", "reason", "self", ".", "send_line", "(", "'KICK %s %s'", "%", "(", "channel", ",", "target", ")", ",", "nowait", "=", "True", ")" ]

[ "kick", "target", "from", "channel" ]

[ "def", "lookup", "(", "self", ",", "vtype", ",", "vname", ",", "target_id", "=", "None", ")", ":", "nullvals", "=", "{", "'strings'", ":", "''", ",", "'counters'", ":", "0", ",", "'pending'", ":", "(", "None", ",", "None", ")", "}", "nullval", "=", "nullvals", "[", "vtype", "]", "vstyle", "=", "None", "if", "vtype", "==", "'counters'", ":", "if", "len", "(", "vname", ")", ">", "1", ":", "vname", ",", "vstyle", "=", "vname", "else", ":", "vname", "=", "vname", "[", "0", "]", "if", "target_id", "is", "not", "None", ":", "try", ":", "state", "=", "self", ".", "state", "[", "vtype", "]", "[", "target_id", "]", "steps", "=", "self", ".", "state", "[", "vtype", "]", "[", "target_id", "]", ".", "keys", "(", ")", "except", "KeyError", ":", "log", "(", "WARN", ",", "u'Bad ID target lookup {}'", ".", "format", "(", "target_id", ")", ".", "encode", "(", "'utf-8'", ")", ")", "return", "nullval", "else", ":", "state", "=", "self", ".", "state", "steps", "=", "self", ".", "state", "[", "'scope'", "]", "for", "step", "in", "steps", ":", "if", "vname", "in", "state", "[", "step", "]", "[", "vtype", "]", ":", "if", "vtype", "==", "'pending'", ":", "return", "(", "state", "[", "step", "]", "[", "vtype", "]", "[", "vname", "]", ",", "step", ")", "else", ":", "val", "=", "state", "[", "step", "]", "[", "vtype", "]", "[", "vname", "]", "if", "vstyle", "is", "not", "None", ":", "return", "self", ".", "counter_style", "(", "val", ",", "vstyle", ")", "return", "val", "else", ":", "return", "nullval" ]

[ "Return", "value", "of", "vname", "from", "the", "variable", "store", "vtype", "." ]

[ "def", "search_continuous_sets", "(", "self", ",", "dataset_id", ")", ":", "request", "=", "protocol", ".", "SearchContinuousSetsRequest", "(", ")", "request", ".", "dataset_id", "=", "dataset_id", "request", ".", "page_size", "=", "pb", ".", "int", "(", "self", ".", "_page_size", ")", "return", "self", ".", "_run_search_request", "(", "request", ",", "\"continuoussets\"", ",", "protocol", ".", "SearchContinuousSetsResponse", ")" ]

[ "Returns", "an", "iterator", "over", "the", "ContinuousSets", "fulfilling", "the", "specified", "conditions", "from", "the", "specified", "Dataset", "." ]

[ "def", "add_context", "(", "self", ",", "err_context", ",", "succ_context", "=", "None", ")", ":", "self", ".", "err_context", "=", "err_context", "self", ".", "succ_context", "=", "succ_context" ]

[ "Prepend", "msg", "to", "add", "some", "context", "information" ]

[ "def", "get_thumbnail", "(", "file_", ",", "name", ")", ":", "options", "=", "settings", ".", "OPTIONS_DICT", "[", "name", "]", "opt", "=", "copy", "(", "options", ")", "geometry", "=", "opt", ".", "pop", "(", "'geometry'", ")", "return", "original_get_thumbnail", "(", "file_", ",", "geometry", ",", "*", "*", "opt", ")" ]

[ "get_thumbnail", "version", "that", "uses", "aliasses", "defined", "in", "THUMBNAIL_OPTIONS_DICT" ]

[ "def", "openSafeReplace", "(", "filepath", ",", "mode", "=", "'w+b'", ")", ":", "tempfileName", "=", "None", "#Check if the filepath can be accessed and is writable before creating the", "#tempfile", "if", "not", "_isFileAccessible", "(", "filepath", ")", ":", "raise", "IOError", "(", "'File %s is not writtable'", "%", "(", "filepath", ",", ")", ")", "with", "tempfile", ".", "NamedTemporaryFile", "(", "delete", "=", "False", ",", "mode", "=", "mode", ")", "as", "tmpf", ":", "tempfileName", "=", "tmpf", ".", "name", "yield", "tmpf", "#Check if the filepath can be accessed and is writable before moving the", "#tempfile", "if", "not", "_isFileAccessible", "(", "filepath", ")", ":", "raise", "IOError", "(", "'File %s is not writtable'", "%", "(", "filepath", ",", ")", ")", "#Note: here unhandled exceptions may still occur because of race conditions,", "#messing things up.", "shutil", ".", "move", "(", "tempfileName", ",", "filepath", ")" ]

[ "Context", "manager", "to", "open", "a", "temporary", "file", "and", "replace", "the", "original", "file", "on", "closing", "." ]

[ "def", "_modify", "(", "self", ",", "*", "*", "patch", ")", ":", "if", "'state'", "in", "patch", ":", "if", "patch", "[", "'state'", "]", "not", "in", "[", "'user-up'", ",", "'user-down'", ",", "'unchecked'", ",", "'fqdn-up'", "]", ":", "msg", "=", "\"The node resource does not support a modify with the \"", "\"value of the 'state' attribute as %s. The accepted \"", "\"values are 'user-up', 'user-down', 'unchecked', or 'fqdn-up'\"", "%", "patch", "[", "'state'", "]", "raise", "NodeStateModifyUnsupported", "(", "msg", ")", "if", "'session'", "in", "patch", ":", "if", "patch", "[", "'session'", "]", "not", "in", "[", "'user-enabled'", ",", "'user-disabled'", "]", ":", "msg", "=", "\"The node resource does not support a modify with the \"", "\"value of the 'session' attribute as %s. \"", "\"The accepted values are 'user-enabled' or \"", "\"'user-disabled'\"", "%", "patch", "[", "'session'", "]", "raise", "NodeStateModifyUnsupported", "(", "msg", ")", "super", "(", "Node", ",", "self", ")", ".", "_modify", "(", "*", "*", "patch", ")" ]

[ "Override", "modify", "to", "check", "kwargs", "before", "request", "sent", "to", "device", "." ]

[ "def", "load_trace", "(", "path", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "with", "open", "(", "path", ",", "'rb'", ")", "as", "f", ":", "magic", "=", "f", ".", "read", "(", "MAGIC_LEN", ")", "if", "magic", "not", "in", "FILE_TYPE_HANDLER", ":", "raise", "Exception", "(", "'Unknown file magic: %s'", "%", "(", "binascii", ".", "hexlify", "(", "magic", ")", ")", ")", "return", "FILE_TYPE_HANDLER", "[", "magic", "]", "(", "path", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "Read", "a", "packet", "trace", "file", "return", "a", ":", "class", ":", "wltrace", ".", "common", ".", "WlTrace", "object", "." ]

[ "def", "lrange", "(", "self", ",", "name", ",", "start", ",", "stop", ")", ":", "with", "self", ".", "pipe", "as", "pipe", ":", "f", "=", "Future", "(", ")", "res", "=", "pipe", ".", "lrange", "(", "self", ".", "redis_key", "(", "name", ")", ",", "start", ",", "stop", ")", "def", "cb", "(", ")", ":", "f", ".", "set", "(", "[", "self", ".", "valueparse", ".", "decode", "(", "v", ")", "for", "v", "in", "res", ".", "result", "]", ")", "pipe", ".", "on_execute", "(", "cb", ")", "return", "f" ]

[ "Returns", "a", "range", "of", "items", "." ]

[ "def", "rotate", "(", "self", ",", "angle", ",", "x", "=", "0", ",", "y", "=", "0", ")", ":", "self", ".", "root", ".", "set", "(", "\"transform\"", ",", "\"%s rotate(%f %f %f)\"", "%", "(", "self", ".", "root", ".", "get", "(", "\"transform\"", ")", "or", "''", ",", "angle", ",", "x", ",", "y", ")", ")" ]

[ "Rotate", "element", "by", "given", "angle", "around", "given", "pivot", "." ]

[ "def", "is_writable", "(", "filename", ")", ":", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "filename", ")", ":", "parentdir", "=", "os", ".", "path", ".", "dirname", "(", "filename", ")", "return", "os", ".", "path", ".", "isdir", "(", "parentdir", ")", "and", "os", ".", "access", "(", "parentdir", ",", "os", ".", "W_OK", ")", "return", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "filename", ")", "and", "os", ".", "access", "(", "filename", ",", "os", ".", "W_OK", ")" ]

[ "Check", "if", "-", "the", "file", "is", "a", "regular", "file", "and", "is", "writable", "or", "-", "the", "file", "does", "not", "exist", "and", "its", "parent", "directory", "exists", "and", "is", "writable" ]

[ "def", "update", "(", "self", ",", "properties", "=", "None", ")", ":", "if", "properties", "is", "None", ":", "try", ":", "self", ".", "update_view_data", "(", "properties", "=", "list", "(", "self", ".", "_cache", ".", "keys", "(", ")", ")", ")", "except", "AttributeError", ":", "# We end up here and ignore it self._cache doesn't exist", "pass", "else", ":", "self", ".", "update_view_data", "(", "properties", "=", "properties", ")" ]

[ "Updates", "the", "properties", "being", "held", "for", "this", "instance", "." ]

[ "def", "download_directory", "(", "self", ",", "remote_path", ",", "local_path", ",", "progress", "=", "None", ")", ":", "urn", "=", "Urn", "(", "remote_path", ",", "directory", "=", "True", ")", "if", "not", "self", ".", "is_dir", "(", "urn", ".", "path", "(", ")", ")", ":", "raise", "OptionNotValid", "(", "name", "=", "'remote_path'", ",", "value", "=", "remote_path", ")", "if", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "local_path", ")", ":", "shutil", ".", "rmtree", "(", "local_path", ")", "os", ".", "makedirs", "(", "local_path", ")", "for", "resource_name", "in", "self", ".", "list", "(", "urn", ".", "path", "(", ")", ")", ":", "_remote_path", "=", "f'{urn.path()}{resource_name}'", "_local_path", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "local_path", ",", "resource_name", ")", "self", ".", "download", "(", "local_path", "=", "_local_path", ",", "remote_path", "=", "_remote_path", ",", "progress", "=", "progress", ")" ]

[ "Downloads", "directory", "and", "downloads", "all", "nested", "files", "and", "directories", "from", "remote", "WebDAV", "to", "local", ".", "If", "there", "is", "something", "on", "local", "path", "it", "deletes", "directories", "and", "files", "then", "creates", "new", "." ]

[ "def", "get_selection", "(", "cls", ",", "strings", ",", "title", "=", "\"Select an option\"", ",", "subtitle", "=", "None", ",", "exit_option", "=", "True", ",", "_menu", "=", "None", ")", ":", "menu", "=", "cls", "(", "strings", ",", "title", ",", "subtitle", ",", "exit_option", ")", "if", "_menu", "is", "not", "None", ":", "_menu", ".", "append", "(", "menu", ")", "menu", ".", "show", "(", ")", "menu", ".", "join", "(", ")", "return", "menu", ".", "selected_option" ]

[ "Single", "-", "method", "way", "of", "getting", "a", "selection", "out", "of", "a", "list", "of", "strings", "." ]

[ "def", "pretokenized_tfrecord_dataset", "(", "filenames", ",", "text2self", ",", "eos_included", ",", "repeat", ",", "batch_size", ",", "sequence_length", ")", ":", "dataset", "=", "tf", ".", "data", ".", "TFRecordDataset", "(", "filenames", ",", "buffer_size", "=", "64", "*", "1024", "*", "1024", ")", "if", "repeat", ":", "dataset", "=", "dataset", ".", "repeat", "(", ")", "keys", "=", "[", "\"targets\"", "]", "if", "text2self", "else", "[", "\"inputs\"", ",", "\"targets\"", "]", "def", "decode_example", "(", "serialized_example", ")", ":", "\"\"\"Return a dict of Tensors from a serialized tensorflow.Example.\"\"\"", "data_fields", "=", "{", "}", "data_items_to_decoders", "=", "{", "}", "for", "k", "in", "keys", ":", "data_fields", "[", "k", "]", "=", "tf", ".", "VarLenFeature", "(", "tf", ".", "int64", ")", "data_items_to_decoders", "[", "k", "]", "=", "tf", ".", "contrib", ".", "slim", ".", "tfexample_decoder", ".", "Tensor", "(", "k", ")", "decoder", "=", "tf", ".", "contrib", ".", "slim", ".", "tfexample_decoder", ".", "TFExampleDecoder", "(", "data_fields", ",", "data_items_to_decoders", ")", "decode_items", "=", "list", "(", "sorted", "(", "data_items_to_decoders", ")", ")", "decoded", "=", "decoder", ".", "decode", "(", "serialized_example", ",", "items", "=", "decode_items", ")", "if", "not", "eos_included", ":", "decoded", "=", "[", "tf", ".", "concat", "(", "[", "v", ",", "[", "1", "]", "]", ",", "0", ")", "for", "v", "in", "decoded", "]", "return", "dict", "(", "zip", "(", "decode_items", ",", "decoded", ")", ")", "dataset", "=", "dataset", ".", "map", "(", "decode_example", ",", "num_parallel_calls", "=", "tf", ".", "data", ".", "experimental", ".", "AUTOTUNE", ")", "return", "pack_and_batch", "(", "dataset", ",", "batch_size", ",", "sequence_length", ")" ]

[ "Reads", "tensor2tensor", "-", "style", "data", "files", "." ]

[ "def", "find", "(", "key", ")", ":", "docs", "=", "list", "(", "collection", ".", "find", "(", "{", "KEY_FIELD", ":", "key", "}", ")", ")", "# Return None if we didn't find anything.", "if", "not", "docs", ":", "return", "None", "pickled_value", "=", "docs", "[", "0", "]", "[", "VALUE_FIELD", "]", "# Unpickle and return the value.", "return", "pickle", ".", "loads", "(", "pickled_value", ")" ]

[ "Return", "the", "value", "associated", "with", "a", "key", "." ]

[ "def", "_create_emulated_mapping", "(", "self", ",", "uc", ",", "address", ")", ":", "m", "=", "self", ".", "_cpu", ".", "memory", ".", "map_containing", "(", "address", ")", "permissions", "=", "UC_PROT_NONE", "if", "'r'", "in", "m", ".", "perms", ":", "permissions", "|=", "UC_PROT_READ", "if", "'w'", "in", "m", ".", "perms", ":", "permissions", "|=", "UC_PROT_WRITE", "if", "'x'", "in", "m", ".", "perms", ":", "permissions", "|=", "UC_PROT_EXEC", "uc", ".", "mem_map", "(", "m", ".", "start", ",", "len", "(", "m", ")", ",", "permissions", ")", "self", ".", "_should_be_mapped", "[", "m", ".", "start", "]", "=", "(", "len", "(", "m", ")", ",", "permissions", ")", "return", "m" ]

[ "Create", "a", "mapping", "in", "Unicorn", "and", "note", "that", "we", "ll", "need", "it", "if", "we", "retry", ".", ":", "param", "uc", ":", "The", "Unicorn", "instance", ".", ":", "param", "address", ":", "The", "address", "which", "is", "contained", "by", "the", "mapping", ".", ":", "rtype", "Map" ]

[ "def", "eqMutualReceptions", "(", "self", ")", ":", "mrs", "=", "self", ".", "reMutualReceptions", "(", ")", "res", "=", "[", "]", "for", "ID", ",", "receptions", "in", "mrs", ".", "items", "(", ")", ":", "for", "pair", "in", "receptions", ":", "if", "pair", "[", "0", "]", "==", "pair", "[", "1", "]", ":", "res", ".", "append", "(", "pair", "[", "0", "]", ")", "return", "res" ]

[ "Returns", "a", "list", "with", "mutual", "receptions", "with", "the", "object", "and", "other", "planets", "when", "the", "reception", "is", "the", "same", "for", "both", "(", "both", "ruler", "or", "both", "exaltation", ")", ".", "It", "basically", "return", "a", "list", "with", "every", "ruler", "-", "ruler", "and", "exalt", "-", "exalt", "mutual", "receptions" ]

[ "def", "section", "(", "self", ",", "section_title", ")", ":", "section", "=", "u\"== {} ==\"", ".", "format", "(", "section_title", ")", "try", ":", "index", "=", "self", ".", "content", ".", "index", "(", "section", ")", "+", "len", "(", "section", ")", "except", "ValueError", ":", "return", "None", "try", ":", "next_index", "=", "self", ".", "content", ".", "index", "(", "\"==\"", ",", "index", ")", "except", "ValueError", ":", "next_index", "=", "len", "(", "self", ".", "content", ")", "return", "self", ".", "content", "[", "index", ":", "next_index", "]", ".", "lstrip", "(", "\"=\"", ")", ".", "strip", "(", ")" ]

[ "Get", "the", "plain", "text", "content", "of", "a", "section", "from", "self", ".", "sections", ".", "Returns", "None", "if", "section_title", "isn", "t", "found", "otherwise", "returns", "a", "whitespace", "stripped", "string", "." ]

[ "def", "coalesce_streams", "(", "outputs", ")", ":", "if", "not", "outputs", ":", "return", "outputs", "new_outputs", "=", "[", "]", "streams", "=", "{", "}", "for", "output", "in", "outputs", ":", "if", "(", "output", ".", "output_type", "==", "'stream'", ")", ":", "if", "output", ".", "name", "in", "streams", ":", "streams", "[", "output", ".", "name", "]", ".", "text", "+=", "output", ".", "text", "else", ":", "new_outputs", ".", "append", "(", "output", ")", "streams", "[", "output", ".", "name", "]", "=", "output", "else", ":", "new_outputs", ".", "append", "(", "output", ")", "# process \\r and \\b characters", "for", "output", "in", "streams", ".", "values", "(", ")", ":", "old", "=", "output", ".", "text", "while", "len", "(", "output", ".", "text", ")", "<", "len", "(", "old", ")", ":", "old", "=", "output", ".", "text", "# Cancel out anything-but-newline followed by backspace", "output", ".", "text", "=", "backspace_pat", ".", "sub", "(", "''", ",", "output", ".", "text", ")", "# Replace all carriage returns not followed by newline", "output", ".", "text", "=", "carriagereturn_pat", ".", "sub", "(", "''", ",", "output", ".", "text", ")", "return", "new_outputs" ]

[ "Merge", "all", "stream", "outputs", "with", "shared", "names", "into", "single", "streams", "to", "ensure", "deterministic", "outputs", "." ]

[ "def", "parse_url_or_log", "(", "url", ",", "encoding", "=", "'utf-8'", ")", ":", "try", ":", "url_info", "=", "URLInfo", ".", "parse", "(", "url", ",", "encoding", "=", "encoding", ")", "except", "ValueError", "as", "error", ":", "_logger", ".", "warning", "(", "__", "(", "_", "(", "'Unable to parse URL ‘{url}’: {error}.'),", "", "", "url", "=", "wpull", ".", "string", ".", "printable_str", "(", "url", ")", ",", "error", "=", "error", ")", ")", "else", ":", "return", "url_info" ]

[ "Parse", "and", "return", "a", "URLInfo", "." ]

[ "def", "main", "(", "argv", "=", "None", ")", ":", "# pylint: disable=missing-docstring", "import", "argparse", "import", "traceback", "class", "HelpfulParser", "(", "argparse", ".", "ArgumentParser", ")", ":", "def", "error", "(", "self", ",", "message", ",", "print_help", "=", "False", ")", ":", "if", "'too few arguments'", "in", "message", ":", "sys", ".", "argv", ".", "insert", "(", "0", ",", "os", ".", "path", ".", "basename", "(", "sys", ".", "argv", ".", "pop", "(", "0", ")", ")", ")", "message", "=", "(", "\"%s. Try getting help with `%s -h`\"", "%", "(", "message", ",", "\" \"", ".", "join", "(", "sys", ".", "argv", ")", ")", ")", "if", "print_help", ":", "self", ".", "print_help", "(", ")", "sys", ".", "stderr", ".", "write", "(", "'\\nerror: %s\\n'", "%", "message", ")", "sys", ".", "exit", "(", "2", ")", "parser", "=", "HelpfulParser", "(", "prog", "=", "NAMESPACE", ",", "description", "=", "__doc__", ".", "splitlines", "(", ")", "[", "0", "]", ",", "epilog", "=", "\"\\n\"", ".", "join", "(", "__doc__", ".", "splitlines", "(", ")", "[", "1", ":", "]", ")", ",", "formatter_class", "=", "argparse", ".", "ArgumentDefaultsHelpFormatter", ",", ")", "version_string", "=", "'version %s'", "%", "fastfood", ".", "__version__", "parser", ".", "description", "=", "'%s ( %s )'", "%", "(", "parser", ".", "description", ",", "version_string", ")", "# version_group = subparsers.add_group()", "version_group", "=", "parser", ".", "add_argument_group", "(", "title", "=", "'version info'", ",", "description", "=", "'Use these arguments to get version info.'", ")", "vers_arg", "=", "version_group", ".", "add_argument", "(", "'-V'", ",", "'--version'", ",", "action", "=", "'version'", ",", "help", "=", "\"Return the current fastfood version.\"", ",", "version", "=", "'%s %s'", "%", "(", "parser", ".", "prog", ",", "version_string", ")", ")", "class", "LatestVersionAction", "(", "vers_arg", ".", "__class__", ")", ":", "def", "__call__", "(", "self", ",", "prsr", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kw", ")", ":", "info", "=", "_release_info", "(", ")", "vers", "=", "info", "[", "'info'", "]", "[", "'version'", "]", "release", "=", "info", "[", "'releases'", "]", "[", "vers", "]", "[", "0", "]", "uploaded", "=", "datetime", ".", "strptime", "(", "release", "[", "'upload_time'", "]", ",", "'%Y-%m-%dT%H:%M:%S'", ")", "sym", "=", "EXCLAIM", "if", "vers", "!=", "fastfood", ".", "__version__", "else", "CHECK", "message", "=", "u\"{} fastfood version {} uploaded {}\\n\"", "message", "=", "message", ".", "format", "(", "sym", ",", "vers", ",", "uploaded", ".", "ctime", "(", ")", ")", "prsr", ".", "exit", "(", "message", "=", "message", ")", "version_group", ".", "add_argument", "(", "'-L'", ",", "'--latest'", ",", "action", "=", "LatestVersionAction", ",", "help", "=", "\"Lookup the latest relase from PyPI.\"", ")", "verbose", "=", "parser", ".", "add_mutually_exclusive_group", "(", ")", "verbose", ".", "add_argument", "(", "'-v'", ",", "dest", "=", "'loglevel'", ",", "action", "=", "'store_const'", ",", "const", "=", "logging", ".", "INFO", ",", "help", "=", "\"Set log-level to INFO.\"", ")", "verbose", ".", "add_argument", "(", "'-vv'", ",", "dest", "=", "'loglevel'", ",", "action", "=", "'store_const'", ",", "const", "=", "logging", ".", "DEBUG", ",", "help", "=", "\"Set log-level to DEBUG.\"", ")", "parser", ".", "set_defaults", "(", "loglevel", "=", "logging", ".", "WARNING", ")", "home", "=", "os", ".", "getenv", "(", "'HOME'", ")", "or", "os", ".", "path", ".", "expanduser", "(", "'~'", ")", "or", "os", ".", "getcwd", "(", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "'--template-pack'", ",", "help", "=", "'template pack location'", ",", "default", "=", "getenv", "(", "'template_pack'", ",", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "home", ",", "'.fastfood'", ")", ")", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "'--cookbooks'", ",", "help", "=", "'cookbooks directory'", ",", "default", "=", "getenv", "(", "'cookbooks'", ",", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "home", ",", "'cookbooks'", ")", ")", ")", "subparsers", "=", "parser", ".", "add_subparsers", "(", "dest", "=", "'_subparsers'", ",", "title", "=", "'fastfood commands'", ",", "description", "=", "'operations...'", ",", "help", "=", "'...'", ")", "#", "# `fastfood list`", "#", "list_parser", "=", "subparsers", ".", "add_parser", "(", "'list'", ",", "help", "=", "'List available stencils'", ",", "formatter_class", "=", "argparse", ".", "ArgumentDefaultsHelpFormatter", ")", "list_parser", ".", "add_argument", "(", "'stencil_set'", ",", "nargs", "=", "'?'", ",", "help", "=", "\"Stencil set to list stencils from\"", ")", "list_parser", ".", "set_defaults", "(", "func", "=", "_fastfood_list", ")", "#", "# `fastfood show <stencil_set>`", "#", "show_parser", "=", "subparsers", ".", "add_parser", "(", "'show'", ",", "help", "=", "'Show stencil set information'", ",", "formatter_class", "=", "argparse", ".", "ArgumentDefaultsHelpFormatter", ")", "show_parser", ".", "add_argument", "(", "'stencil_set'", ",", "help", "=", "\"Stencil set to list stencils from\"", ")", "show_parser", ".", "set_defaults", "(", "func", "=", "_fastfood_show", ")", "#", "# `fastfood build`", "#", "build_parser", "=", "subparsers", ".", "add_parser", "(", "'build'", ",", "help", "=", "'Create or update a cookbook using a config'", ",", "formatter_class", "=", "argparse", ".", "ArgumentDefaultsHelpFormatter", ")", "build_parser", ".", "add_argument", "(", "'config_file'", ",", "help", "=", "\"JSON config file\"", ")", "build_parser", ".", "add_argument", "(", "'--force'", ",", "'-f'", ",", "action", "=", "'store_true'", ",", "default", "=", "False", ",", "help", "=", "\"Overwrite existing files.\"", ")", "build_parser", ".", "set_defaults", "(", "func", "=", "_fastfood_build", ")", "setattr", "(", "_LOCAL", ",", "'argparser'", ",", "parser", ")", "if", "not", "argv", ":", "argv", "=", "None", "args", "=", "parser", ".", "parse_args", "(", "args", "=", "argv", ")", "if", "hasattr", "(", "args", ",", "'options'", ")", ":", "args", ".", "options", "=", "{", "k", ":", "v", "for", "k", ",", "v", "in", "args", ".", "options", "}", "logging", ".", "basicConfig", "(", "level", "=", "args", ".", "loglevel", ")", "try", ":", "args", ".", "func", "(", "args", ")", "except", "exc", ".", "FastfoodError", "as", "err", ":", "title", "=", "exc", ".", "get_friendly_title", "(", "err", ")", "print", "(", "'%s %s: %s'", "%", "(", "RED_X", ",", "title", ",", "str", "(", "err", ")", ")", ",", "file", "=", "sys", ".", "stderr", ")", "sys", ".", "stderr", ".", "flush", "(", ")", "sys", ".", "exit", "(", "1", ")", "except", "Exception", "as", "err", ":", "print", "(", "'%s Unexpected error. Please report this traceback.'", "%", "INTERROBANG", ",", "file", "=", "sys", ".", "stderr", ")", "traceback", ".", "print_exc", "(", ")", "# todo: tracack in -v or -vv mode?", "sys", ".", "stderr", ".", "flush", "(", ")", "sys", ".", "exit", "(", "1", ")", "except", "KeyboardInterrupt", ":", "sys", ".", "exit", "(", "\"\\nStahp\"", ")" ]

[ "fastfood", "command", "line", "interface", "." ]

[ "def", "output", "(", "self", ")", ":", "if", "(", "(", "self", ".", "_ccore_sync_dynamic_pointer", "is", "not", "None", ")", "and", "(", "(", "self", ".", "_dynamic", "is", "None", ")", "or", "(", "len", "(", "self", ".", "_dynamic", ")", "==", "0", ")", ")", ")", ":", "self", ".", "_dynamic", "=", "wrapper", ".", "sync_dynamic_get_output", "(", "self", ".", "_ccore_sync_dynamic_pointer", ")", "return", "self", ".", "_dynamic" ]

[ "!" ]

[ "def", "get_request_setting", "(", "self", ",", "service_id", ",", "version_number", ",", "name", ")", ":", "content", "=", "self", ".", "_fetch", "(", "\"/service/%s/version/%d/request_settings/%s\"", "%", "(", "service_id", ",", "version_number", ",", "name", ")", ")", "return", "FastlyRequestSetting", "(", "self", ",", "content", ")" ]

[ "Gets", "the", "specified", "Request", "Settings", "object", "." ]

[ "def", "on_train_begin", "(", "self", ",", "*", "*", "kwargs", ":", "Any", ")", "->", "None", ":", "self", ".", "client", "=", "mlflow", ".", "tracking", ".", "MlflowClient", "(", "self", ".", "uri", ")", "exp", "=", "self", ".", "client", ".", "get_experiment_by_name", "(", "self", ".", "exp_name", ")", "self", ".", "exp_id", "=", "self", ".", "client", ".", "create_experiment", "(", "self", ".", "exp_name", ")", "if", "exp", "is", "None", "else", "exp", ".", "experiment_id", "run", "=", "self", ".", "client", ".", "create_run", "(", "experiment_id", "=", "self", ".", "exp_id", ")", "self", ".", "run", "=", "run", ".", "info", ".", "run_uuid", "for", "k", ",", "v", "in", "self", ".", "params", ".", "items", "(", ")", ":", "self", ".", "client", ".", "log_param", "(", "run_id", "=", "self", ".", "run", ",", "key", "=", "k", ",", "value", "=", "v", ")" ]

[ "Prepare", "MLflow", "experiment", "and", "log", "params" ]

[ "def", "check_config", "(", "self", ")", ":", "# sanity checks - no config access past here", "if", "not", "getattr", "(", "self", ",", "'stages'", ",", "None", ")", ":", "raise", "NotImplementedError", "(", "\"member variable 'stages' must be defined\"", ")", "# start at stage", "if", "self", ".", "__start", ":", "self", ".", "__stage_start", "=", "self", ".", "find_stage", "(", "self", ".", "__start", ")", "else", ":", "self", ".", "__stage_start", "=", "0", "# end at stage", "if", "self", ".", "__end", ":", "self", ".", "__stage_end", "=", "self", ".", "find_stage", "(", "self", ".", "__end", ")", "+", "1", "self", ".", "opt_end", "=", "self", ".", "__end", "else", ":", "self", ".", "__stage_end", "=", "len", "(", "self", ".", "stages", ")", "# only stage", "if", "self", ".", "__only", ":", "if", "self", ".", "__start", "or", "self", ".", "__end", ":", "raise", "Exception", "(", "\"stage option 'only' cannot be used with start or end\"", ")", "self", ".", "__stage_start", "=", "self", ".", "find_stage", "(", "self", ".", "__only", ")", "self", ".", "__stage_end", "=", "self", ".", "__stage_start", "+", "1", "if", "self", ".", "__devel", ":", "self", ".", "__devel", "=", "True", "# force deploy skip", "if", "self", ".", "__stage_end", ">=", "len", "(", "self", ".", "stages", ")", ":", "self", ".", "status_msg", "(", "\"removing deploy stage for development build\"", ")", "# XXX self.__stage_end = self.__stage_end - 1", "if", "self", ".", "stage_start", ">=", "self", ".", "stage_end", ":", "raise", "Exception", "(", "\"start and end produce no stages\"", ")", "if", "self", ".", "bits", "not", "in", "[", "32", ",", "64", "]", ":", "raise", "Exception", "(", "\"can't do a %d bit build: unknown build process\"", "%", "self", ".", "bits", ")", "if", "self", ".", "bits", "==", "64", "and", "not", "self", ".", "is_64b", ":", "raise", "Exception", "(", "\"this machine is not 64 bit, cannot perform 64 bit build\"", ")", "if", "self", ".", "system", "==", "'windows'", ":", "self", ".", "compilertag", "=", "'vc10'", "elif", "self", ".", "system", "==", "'linux'", ":", "self", ".", "compilertag", "=", "'gcc44'", "else", ":", "raise", "RuntimeError", "(", "\"can't decide compilertag on \"", "+", "self", ".", "system", ")", "self", ".", "build_suffix", "=", "''", "if", "not", "self", ".", "is_unixy", ":", "if", "self", ".", "__static", ":", "runtime", "=", "'MT'", "else", ":", "runtime", "=", "'MD'", "if", "self", ".", "__release", ":", "self", ".", "configuration_name", "=", "'Release'", "else", ":", "runtime", "+=", "'d'", "self", ".", "configuration_name", "=", "'Debug'", "self", ".", "build_suffix", "=", "'-'", "+", "runtime", "self", ".", "runtime", "=", "runtime", "else", ":", "self", ".", "configuration_name", "=", "'CFNAME_INVALID_ON_LINUX'", "self", ".", "runtime", "=", "'RUNTIME_INVALID_ON_LINUX'", "if", "self", ".", "test_config", "!=", "'-'", ":", "self", ".", "test_config", "=", "os", ".", "path", ".", "abspath", "(", "self", ".", "test_config", ")", "# split version", "if", "self", ".", "version", ":", "ver", "=", "self", ".", "version", ".", "split", "(", "'.'", ")", "self", ".", "version_major", "=", "int", "(", "ver", "[", "0", "]", ")", "self", ".", "version_minor", "=", "int", "(", "ver", "[", "1", "]", ")", "self", ".", "version_patch", "=", "int", "(", "ver", "[", "2", "]", ")", "if", "(", "len", "(", "ver", ")", "==", "4", ")", ":", "self", ".", "version_build", "=", "int", "(", "ver", "[", "3", "]", ")" ]

[ "called", "after", "config", "was", "modified", "to", "sanity", "check", "raises", "on", "error" ]

[ "def", "_create_L_ind", "(", "self", ",", "L", ")", ":", "# TODO: Update LabelModel to keep L variants as sparse matrices", "# throughout and remove this line.", "if", "issparse", "(", "L", ")", ":", "L", "=", "L", ".", "todense", "(", ")", "L_ind", "=", "np", ".", "zeros", "(", "(", "self", ".", "n", ",", "self", ".", "m", "*", "self", ".", "k", ")", ")", "for", "y", "in", "range", "(", "1", ",", "self", ".", "k", "+", "1", ")", ":", "# A[x::y] slices A starting at x at intervals of y", "# e.g., np.arange(9)[0::3] == np.array([0,3,6])", "L_ind", "[", ":", ",", "(", "y", "-", "1", ")", ":", ":", "self", ".", "k", "]", "=", "np", ".", "where", "(", "L", "==", "y", ",", "1", ",", "0", ")", "return", "L_ind" ]

[ "Convert", "a", "label", "matrix", "with", "labels", "in", "0", "...", "k", "to", "a", "one", "-", "hot", "format" ]

[ "def", "_service_request", "(", "self", ",", "request_type", ",", "sub_uri", ",", "params", "=", "None", ",", "callback", "=", "None", ",", "raise_for_status", "=", "True", ",", "raw", "=", "False", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "api_logger", ".", "debug", "(", "\"Sending request: {} ({})\"", ".", "format", "(", "sub_uri", ",", "request_type", ")", ")", "if", "not", "self", ".", "session", ":", "self", ".", "_start_http_session", "(", ")", "uri", "=", "urljoin", "(", "self", ".", "uri_base", ",", "sub_uri", ")", "if", "params", ":", "kwargs", ".", "update", "(", "params", "=", "params", ")", "if", "callback", ":", "def", "base_callback", "(", "_", ",", "response", ")", ":", "if", "raise_for_status", ":", "response", ".", "raise_for_status", "(", ")", "response", ".", "encoding", "=", "'utf-8'", "return", "callback", "(", "response", ")", "else", ":", "def", "base_callback", "(", "_", ",", "response", ")", ":", "if", "raise_for_status", ":", "response", ".", "raise_for_status", "(", ")", "response", ".", "encoding", "=", "'utf-8'", "return", "response", ".", "content", "if", "raw", "else", "json", ".", "loads", "(", "response", ".", "text", ")", "response_future", "=", "self", ".", "session", ".", "request", "(", "request_type", ",", "uri", ",", "background_callback", "=", "base_callback", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "return", "response_future" ]

[ "Base", "method", "for", "handling", "HTTP", "requests", "via", "the", "current", "requests", "session", ".", ":", "param", "request_type", ":", "The", "request", "type", "as", "a", "string", "(", "e", ".", "g", ".", "POST", "GET", "PUT", "etc", ".", ")", ":", "param", "sub_uri", ":", "The", "REST", "end", "point", "(", "sub", "-", "uri", ")", "to", "communicate", "with", ".", ":", "param", "params", ":", "(", "Optional", ")", "HTTP", "Request", "parameters", ".", "Default", ":", "none", ":", "param", "callback", ":", "(", "Optional", ")", "A", "callback", "function", "to", "be", "excuted", "on", "the", "resulting", "requests", "response", ".", "This", "synchronous", "implementation", "will", "return", "the", "results", "of", "the", "callback", ".", "Default", ":", "None", ".", "This", "method", "returns", "either", "the", "decoded", "JSON", "or", "the", "raw", "request", "content", ".", ":", "param", "raise_for_status", ":", "(", "Optional", ")", "When", "set", "True", "we", "raise", "requests", ".", "HTTPError", "on", "4xx", "or", "5xx", "status", ".", "When", "set", "False", "non", "-", "2xx", "/", "3xx", "status", "code", "is", "ignored", ".", "Default", ":", "True", ":", "param", "raw", ":", "(", "Optional", ")", "If", "no", "callback", "is", "set", "return", "the", "raw", "content", "from", "the", "request", "if", "this", "is", "set", "True", ".", "If", "False", "the", "method", "attempts", "to", "parse", "the", "request", "as", "JSON", "data", "and", "return", "the", "resutls", ".", "Default", ":", "False", ":", "param", "kwargs", ":", "Additional", "parameters", "to", "pass", "to", "the", "session", "request", "call", ".", ":", "return", ":", "The", "concurrent", ".", "futures", "object", "that", "holds", "the", "future", "for", "the", "API", "method", "call", "." ]

[ "def", "_unhandled_event_default", "(", "event", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "event", ",", "KeyboardEvent", ")", ":", "c", "=", "event", ".", "key_code", "if", "c", "in", "(", "ord", "(", "\"X\"", ")", ",", "ord", "(", "\"x\"", ")", ",", "ord", "(", "\"Q\"", ")", ",", "ord", "(", "\"q\"", ")", ")", ":", "raise", "StopApplication", "(", "\"User terminated app\"", ")", "if", "c", "in", "(", "ord", "(", "\" \"", ")", ",", "ord", "(", "\"\\n\"", ")", ",", "ord", "(", "\"\\r\"", ")", ")", ":", "raise", "NextScene", "(", ")" ]

[ "Default", "unhandled", "event", "handler", "for", "handling", "simple", "scene", "navigation", "." ]

[ "def", "raw_diff", "(", "self", ")", ":", "udiff_copy", "=", "self", ".", "copy_iterator", "(", ")", "if", "self", ".", "__format", "==", "'gitdiff'", ":", "udiff_copy", "=", "self", ".", "_parse_gitdiff", "(", "udiff_copy", ")", "return", "u''", ".", "join", "(", "udiff_copy", ")" ]

[ "Returns", "raw", "string", "as", "udiff" ]

[ "def", "process_literal_param", "(", "self", ",", "value", ":", "Optional", "[", "List", "[", "int", "]", "]", ",", "dialect", ":", "Dialect", ")", "->", "str", ":", "retval", "=", "self", ".", "_intlist_to_dbstr", "(", "value", ")", "return", "retval" ]

[ "Convert", "things", "on", "the", "way", "from", "Python", "to", "the", "database", "." ]

[ "def", "pxfrm2", "(", "frame_from", ",", "frame_to", ",", "etfrom", ",", "etto", ")", ":", "frame_from", "=", "stypes", ".", "stringToCharP", "(", "frame_from", ")", "frame_to", "=", "stypes", ".", "stringToCharP", "(", "frame_to", ")", "etfrom", "=", "ctypes", ".", "c_double", "(", "etfrom", ")", "etto", "=", "ctypes", ".", "c_double", "(", "etto", ")", "outmatrix", "=", "stypes", ".", "emptyDoubleMatrix", "(", ")", "libspice", ".", "pxfrm2_c", "(", "frame_from", ",", "frame_to", ",", "etfrom", ",", "etto", ",", "outmatrix", ")", "return", "stypes", ".", "cMatrixToNumpy", "(", "outmatrix", ")" ]

[ "Return", "the", "3x3", "matrix", "that", "transforms", "position", "vectors", "from", "one", "specified", "frame", "at", "a", "specified", "epoch", "to", "another", "specified", "frame", "at", "another", "specified", "epoch", "." ]

[ "def", "parse", "(", "cls", ",", "fptr", ",", "offset", ",", "length", ")", ":", "num_bytes", "=", "offset", "+", "length", "-", "fptr", ".", "tell", "(", ")", "num_components", "=", "int", "(", "num_bytes", "/", "4", ")", "read_buffer", "=", "fptr", ".", "read", "(", "num_bytes", ")", "data", "=", "struct", ".", "unpack", "(", "'>'", "+", "'HBB'", "*", "num_components", ",", "read_buffer", ")", "component_index", "=", "data", "[", "0", ":", "num_bytes", ":", "3", "]", "mapping_type", "=", "data", "[", "1", ":", "num_bytes", ":", "3", "]", "palette_index", "=", "data", "[", "2", ":", "num_bytes", ":", "3", "]", "return", "cls", "(", "component_index", ",", "mapping_type", ",", "palette_index", ",", "length", "=", "length", ",", "offset", "=", "offset", ")" ]

[ "Parse", "component", "mapping", "box", "." ]

[ "def", "generate_car_price", "(", "location", ",", "days", ",", "age", ",", "car_type", ")", ":", "car_types", "=", "[", "'economy'", ",", "'standard'", ",", "'midsize'", ",", "'full size'", ",", "'minivan'", ",", "'luxury'", "]", "base_location_cost", "=", "0", "for", "i", "in", "range", "(", "len", "(", "location", ")", ")", ":", "base_location_cost", "+=", "ord", "(", "location", ".", "lower", "(", ")", "[", "i", "]", ")", "-", "97", "age_multiplier", "=", "1.10", "if", "age", "<", "25", "else", "1", "# Select economy is car_type is not found", "if", "car_type", "not", "in", "car_types", ":", "car_type", "=", "car_types", "[", "0", "]", "return", "days", "*", "(", "(", "100", "+", "base_location_cost", ")", "+", "(", "(", "car_types", ".", "index", "(", "car_type", ")", "*", "50", ")", "*", "age_multiplier", ")", ")" ]

[ "Generates", "a", "number", "within", "a", "reasonable", "range", "that", "might", "be", "expected", "for", "a", "flight", ".", "The", "price", "is", "fixed", "for", "a", "given", "pair", "of", "locations", "." ]

[ "def", "head", "(", "self", ",", "n", "=", "10", ")", ":", "r", "=", "self", ".", "__repr__", "(", ")", ".", "split", "(", "'\\n'", ")", "print", "(", "'\\n'", ".", "join", "(", "r", "[", ":", "n", "]", ")", ",", "end", "=", "' '", ")" ]

[ "Display", "the", "top", "of", "the", "file", "." ]

[ "def", "__struct_params_s", "(", "obj", ",", "separator", "=", "', '", ",", "f", "=", "repr", ",", "fmt", "=", "'%s = %s'", ")", ":", "s", "=", "separator", ".", "join", "(", "[", "__single_param", "(", "obj", ",", "n", ",", "f", ",", "fmt", ")", "for", "n", "in", "dir", "(", "obj", ")", "if", "__inc_param", "(", "obj", ",", "n", ")", "]", ")", "return", "s" ]

[ "method", "wrapper", "for", "printing", "all", "elements", "of", "a", "struct" ]

[ "def", "read_gtf_line", "(", "cols", ",", "field", "=", "\"name\"", ")", ":", "field", "=", "field", ".", "lower", "(", ")", "try", ":", "group", "=", "cols", "[", "2", "]", "attrs", "=", "cols", "[", "8", "]", ".", "split", "(", "\";\"", ")", "name", "=", "[", "attr", ".", "strip", "(", ")", ".", "split", "(", "\" \"", ")", "[", "1", "]", "for", "attr", "in", "attrs", "if", "attr", ".", "strip", "(", ")", ".", "split", "(", "\" \"", ")", "[", "0", "]", ".", "lower", "(", ")", ".", "endswith", "(", "field", ")", "]", "if", "not", "name", ":", "name", "=", "[", "attr", ".", "strip", "(", ")", ".", "split", "(", "\" \"", ")", "[", "1", "]", "for", "attr", "in", "attrs", "if", "attr", ".", "strip", "(", ")", ".", "split", "(", "\" \"", ")", "[", "0", "]", ".", "lower", "(", ")", ".", "endswith", "(", "\"gene_id\"", ")", "]", "if", "not", "name", ":", "name", "=", "[", "\"None\"", "]", "biotype", "=", "[", "attr", ".", "strip", "(", ")", ".", "split", "(", "\" \"", ")", "[", "1", "]", "for", "attr", "in", "attrs", "if", "attr", ".", "strip", "(", ")", ".", "split", "(", "\" \"", ")", "[", "0", "]", ".", "lower", "(", ")", ".", "endswith", "(", "\"biotype\"", ")", "]", "if", "biotype", ":", "group", "=", "biotype", "[", "0", "]", "c", "=", "cols", "[", "0", "]", "s", "=", "int", "(", "cols", "[", "3", "]", ")", "e", "=", "int", "(", "cols", "[", "4", "]", ")", "st", "=", "cols", "[", "6", "]", "return", "[", "c", ",", "s", ",", "e", ",", "st", ",", "group", ",", "name", "[", "0", "]", "]", "except", "(", "Exception", ",", "e", ")", ":", "logger", ".", "error", "(", "cols", ")", "logger", ".", "error", "(", "\"File is not in correct format\"", ")", "logger", ".", "error", "(", "\"Expect chr source feature start end . strand attributes\"", ")", "logger", ".", "error", "(", "\"Attributes are 'gene_name SNCA; gene_id ENSG; '\"", ")", "logger", ".", "error", "(", "\"The 3rd column is used as type of small RNA (like miRNA)\"", ")", "logger", ".", "error", "(", "\"at least should contains '; *name NAME; '\"", ")", "logger", ".", "error", "(", "e", ")", "raise" ]

[ "parse", "gtf", "line", "to", "get", "class", "/", "name", "information" ]

[ "def", "to_bytes_safe", "(", "text", ",", "encoding", "=", "\"utf-8\"", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "text", ",", "(", "bytes", ",", "text_type", ")", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"must be string type\"", ")", "if", "isinstance", "(", "text", ",", "text_type", ")", ":", "return", "text", ".", "encode", "(", "encoding", ")", "return", "text" ]

[ "Convert", "the", "input", "value", "into", "bytes", "type", "." ]

[ "def", "run_star", "(", "job", ",", "fastqs", ",", "univ_options", ",", "star_options", ")", ":", "assert", "star_options", "[", "'type'", "]", "in", "(", "'star'", ",", "'starlong'", ")", "job", ".", "fileStore", ".", "logToMaster", "(", "'Running STAR on %s'", "%", "univ_options", "[", "'patient'", "]", ")", "work_dir", "=", "job", ".", "fileStore", ".", "getLocalTempDir", "(", ")", "input_files", "=", "{", "'rna_cutadapt_1.fastq'", ":", "fastqs", "[", "'rna_cutadapt_1.fastq'", "]", ",", "'rna_cutadapt_2.fastq'", ":", "fastqs", "[", "'rna_cutadapt_2.fastq'", "]", ",", "'star_index.tar.gz'", ":", "star_options", "[", "'index_tar'", "]", "}", "input_files", "=", "get_files_from_filestore", "(", "job", ",", "input_files", ",", "work_dir", ",", "docker", "=", "True", ")", "parameters", "=", "[", "'--runThreadN'", ",", "str", "(", "star_options", "[", "'n'", "]", ")", ",", "'--genomeDir'", ",", "input_files", "[", "'star_index'", "]", ",", "'--outFileNamePrefix'", ",", "'rna'", ",", "'--readFilesIn'", ",", "input_files", "[", "'rna_cutadapt_1.fastq'", "]", ",", "input_files", "[", "'rna_cutadapt_2.fastq'", "]", ",", "'--outSAMattributes'", ",", "'NH'", ",", "'HI'", ",", "'AS'", ",", "'NM'", ",", "'MD'", ",", "'--outSAMtype'", ",", "'BAM'", ",", "'SortedByCoordinate'", ",", "'--quantMode'", ",", "'TranscriptomeSAM'", ",", "'--outSAMunmapped'", ",", "'Within'", "]", "if", "star_options", "[", "'type'", "]", "==", "'star'", ":", "docker_call", "(", "tool", "=", "'star'", ",", "tool_parameters", "=", "parameters", ",", "work_dir", "=", "work_dir", ",", "dockerhub", "=", "univ_options", "[", "'dockerhub'", "]", ")", "else", ":", "docker_call", "(", "tool", "=", "'starlong'", ",", "tool_parameters", "=", "parameters", ",", "work_dir", "=", "work_dir", ",", "dockerhub", "=", "univ_options", "[", "'dockerhub'", "]", ")", "output_files", "=", "defaultdict", "(", ")", "for", "bam_file", "in", "[", "'rnaAligned.toTranscriptome.out.bam'", ",", "'rnaAligned.sortedByCoord.out.bam'", "]", ":", "output_files", "[", "bam_file", "]", "=", "job", ".", "fileStore", ".", "writeGlobalFile", "(", "'/'", ".", "join", "(", "[", "work_dir", ",", "bam_file", "]", ")", ")", "job", ".", "fileStore", ".", "deleteGlobalFile", "(", "fastqs", "[", "'rna_cutadapt_1.fastq'", "]", ")", "job", ".", "fileStore", ".", "deleteGlobalFile", "(", "fastqs", "[", "'rna_cutadapt_2.fastq'", "]", ")", "index_star", "=", "job", ".", "wrapJobFn", "(", "index_bamfile", ",", "output_files", "[", "'rnaAligned.sortedByCoord.out.bam'", "]", ",", "'rna'", ",", "univ_options", ",", "disk", "=", "'120G'", ")", "job", ".", "addChild", "(", "index_star", ")", "output_files", "[", "'rnaAligned.sortedByCoord.out.bam'", "]", "=", "index_star", ".", "rv", "(", ")", "return", "output_files" ]

[ "This", "module", "uses", "STAR", "to", "align", "the", "RNA", "fastqs", "to", "the", "reference" ]

[ "def", "handle_connection_change", "(", "self", ",", "state", ")", ":", "if", "state", "==", "client", ".", "KazooState", ".", "LOST", ":", "if", "not", "self", ".", "shutdown", ".", "is_set", "(", ")", ":", "logger", ".", "info", "(", "\"Zookeeper session lost!\"", ")", "self", ".", "connected", ".", "clear", "(", ")", "elif", "state", "==", "client", ".", "KazooState", ".", "SUSPENDED", ":", "logger", ".", "info", "(", "\"Zookeeper connection suspended!\"", ")", "self", ".", "connected", ".", "clear", "(", ")", "else", ":", "logger", ".", "info", "(", "\"Zookeeper connection (re)established.\"", ")", "self", ".", "connected", ".", "set", "(", ")" ]

[ "Callback", "for", "handling", "changes", "in", "the", "kazoo", "client", "s", "connection", "state", "." ]

[ "def", "geocode", "(", "self", ",", "query", ",", "lang", "=", "'en'", ",", "exactly_one", "=", "True", ",", "timeout", "=", "DEFAULT_SENTINEL", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "_check_query", "(", "query", ")", ":", "raise", "exc", ".", "GeocoderQueryError", "(", "\"Search string must be 'word.word.word'\"", ")", "params", "=", "{", "'addr'", ":", "self", ".", "format_string", "%", "query", ",", "'lang'", ":", "lang", ".", "lower", "(", ")", ",", "'key'", ":", "self", ".", "api_key", ",", "}", "url", "=", "\"?\"", ".", "join", "(", "(", "self", ".", "geocode_api", ",", "urlencode", "(", "params", ")", ")", ")", "logger", ".", "debug", "(", "\"%s.geocode: %s\"", ",", "self", ".", "__class__", ".", "__name__", ",", "url", ")", "return", "self", ".", "_parse_json", "(", "self", ".", "_call_geocoder", "(", "url", ",", "timeout", "=", "timeout", ")", ",", "exactly_one", "=", "exactly_one", ")" ]

[ "Return", "a", "location", "point", "for", "a", "3", "words", "query", ".", "If", "the", "3", "words", "address", "doesn", "t", "exist", "a", ":", "class", ":", "geopy", ".", "exc", ".", "GeocoderQueryError", "exception", "will", "be", "thrown", "." ]

[ "def", "get_activity_form_for_update", "(", "self", ",", "activity_id", "=", "None", ")", ":", "if", "activity_id", "is", "None", ":", "raise", "NullArgument", "(", ")", "try", ":", "url_path", "=", "construct_url", "(", "'activities'", ",", "bank_id", "=", "self", ".", "_catalog_idstr", ",", "act_id", "=", "activity_id", ")", "activity", "=", "objects", ".", "Activity", "(", "self", ".", "_get_request", "(", "url_path", ")", ")", "except", "Exception", ":", "raise", "activity_form", "=", "objects", ".", "ActivityForm", "(", "activity", ".", "_my_map", ")", "self", ".", "_forms", "[", "activity_form", ".", "get_id", "(", ")", ".", "get_identifier", "(", ")", "]", "=", "not", "UPDATED", "return", "activity_form" ]

[ "Gets", "the", "activity", "form", "for", "updating", "an", "existing", "activity", ".", "A", "new", "activity", "form", "should", "be", "requested", "for", "each", "update", "transaction", ".", "arg", ":", "activityId", "(", "osid", ".", "id", ".", "Id", ")", ":", "the", "Id", "of", "the", "Activity", "return", ":", "(", "osid", ".", "learning", ".", "ActivityForm", ")", "-", "the", "activity", "form", "raise", ":", "NotFound", "-", "activityId", "is", "not", "found", "raise", ":", "NullArgument", "-", "activityId", "is", "null", "raise", ":", "OperationFailed", "-", "unable", "to", "complete", "request", "raise", ":", "PermissionDenied", "-", "authorization", "failure", "compliance", ":", "mandatory", "-", "This", "method", "must", "be", "implemented", "." ]

[ "def", "_chk_docunknown", "(", "args", ",", "exp", ")", ":", "unknown", "=", "[", "]", "for", "arg", "in", "args", ":", "if", "arg", "[", ":", "2", "]", "==", "'--'", ":", "val", "=", "arg", "[", "2", ":", "]", "if", "val", "not", "in", "exp", ":", "unknown", ".", "append", "(", "arg", ")", "elif", "arg", "[", ":", "1", "]", "==", "'-'", ":", "val", "=", "arg", "[", "1", ":", "]", "if", "val", "not", "in", "exp", ":", "unknown", ".", "append", "(", "arg", ")", "if", "'-h'", "in", "unknown", "or", "'--help'", "in", "unknown", ":", "return", "[", "]", "return", "unknown" ]

[ "Return", "any", "unknown", "args", "." ]

[ "def", "braceexpand", "(", "pattern", ",", "escape", "=", "True", ")", ":", "return", "(", "_flatten", "(", "t", ",", "escape", ")", "for", "t", "in", "parse_pattern", "(", "pattern", ",", "escape", ")", ")" ]

[ "braceexpand", "(", "pattern", ")", "-", ">", "iterator", "over", "generated", "strings" ]

[ "def", "__merge_similar_clusters", "(", "self", ")", ":", "if", "(", "self", ".", "__similarity", "==", "type_link", ".", "AVERAGE_LINK", ")", ":", "self", ".", "__merge_by_average_link", "(", ")", "elif", "(", "self", ".", "__similarity", "==", "type_link", ".", "CENTROID_LINK", ")", ":", "self", ".", "__merge_by_centroid_link", "(", ")", "elif", "(", "self", ".", "__similarity", "==", "type_link", ".", "COMPLETE_LINK", ")", ":", "self", ".", "__merge_by_complete_link", "(", ")", "elif", "(", "self", ".", "__similarity", "==", "type_link", ".", "SINGLE_LINK", ")", ":", "self", ".", "__merge_by_signle_link", "(", ")", "else", ":", "raise", "NameError", "(", "'Not supported similarity is used'", ")" ]

[ "!" ]

[ "def", "training_loop", "(", "hparams", ",", "output_dir", ",", "report_fn", "=", "None", ",", "report_metric", "=", "None", ")", ":", "if", "report_fn", ":", "assert", "report_metric", "is", "not", "None", "# Directories", "subdirectories", "=", "[", "\"data\"", ",", "\"tmp\"", ",", "\"world_model\"", ",", "(", "\"world_model\"", ",", "\"debug_videos\"", ")", ",", "\"policy\"", ",", "\"eval_metrics\"", "]", "directories", "=", "setup_directories", "(", "output_dir", ",", "subdirectories", ")", "epoch", "=", "-", "1", "data_dir", "=", "directories", "[", "\"data\"", "]", "env", "=", "rl_utils", ".", "setup_env", "(", "hparams", ",", "batch_size", "=", "hparams", ".", "real_batch_size", ",", "max_num_noops", "=", "hparams", ".", "max_num_noops", ",", "rl_env_max_episode_steps", "=", "hparams", ".", "rl_env_max_episode_steps", ")", "env", ".", "start_new_epoch", "(", "epoch", ",", "data_dir", ")", "if", "hparams", ".", "wm_policy_param_sharing", ":", "policy_model_dir", "=", "directories", "[", "\"world_model\"", "]", "else", ":", "policy_model_dir", "=", "directories", "[", "\"policy\"", "]", "learner", "=", "rl_utils", ".", "LEARNERS", "[", "hparams", ".", "base_algo", "]", "(", "hparams", ".", "frame_stack_size", ",", "policy_model_dir", ",", "policy_model_dir", ",", "hparams", ".", "epochs", ")", "# Timing log function", "log_relative_time", "=", "make_relative_timing_fn", "(", ")", "# Per-epoch state", "epoch_metrics", "=", "[", "]", "metrics", "=", "{", "}", "# Collect data from the real environment.", "policy_model_dir", "=", "directories", "[", "\"policy\"", "]", "tf", ".", "logging", ".", "info", "(", "\"Initial training of the policy in real environment.\"", ")", "train_agent_real_env", "(", "env", ",", "learner", ",", "hparams", ",", "epoch", ")", "metrics", "[", "\"mean_reward/train/clipped\"", "]", "=", "rl_utils", ".", "compute_mean_reward", "(", "env", ".", "current_epoch_rollouts", "(", ")", ",", "clipped", "=", "True", ")", "tf", ".", "logging", ".", "info", "(", "\"Mean training reward (initial): {}\"", ".", "format", "(", "metrics", "[", "\"mean_reward/train/clipped\"", "]", ")", ")", "env", ".", "generate_data", "(", "data_dir", ")", "eval_metrics_writer", "=", "tf", ".", "summary", ".", "FileWriter", "(", "directories", "[", "\"eval_metrics\"", "]", ")", "world_model_steps_num", "=", "0", "for", "epoch", "in", "range", "(", "hparams", ".", "epochs", ")", ":", "log", "=", "make_log_fn", "(", "epoch", ",", "log_relative_time", ")", "# Train world model", "log", "(", "\"Training world model\"", ")", "world_model_steps_num", "=", "train_world_model", "(", "env", ",", "data_dir", ",", "directories", "[", "\"world_model\"", "]", ",", "hparams", ",", "world_model_steps_num", ",", "epoch", ")", "# Train agent", "log", "(", "\"Training policy in simulated environment.\"", ")", "train_agent", "(", "env", ",", "learner", ",", "directories", "[", "\"world_model\"", "]", ",", "hparams", ",", "epoch", ")", "env", ".", "start_new_epoch", "(", "epoch", ",", "data_dir", ")", "# Train agent on real env (short)", "log", "(", "\"Training policy in real environment.\"", ")", "train_agent_real_env", "(", "env", ",", "learner", ",", "hparams", ",", "epoch", ")", "if", "hparams", ".", "stop_loop_early", ":", "return", "0.0", "env", ".", "generate_data", "(", "data_dir", ")", "metrics", "=", "load_metrics", "(", "directories", "[", "\"eval_metrics\"", "]", ",", "epoch", ")", "if", "metrics", ":", "# Skip eval if metrics have already been written for this epoch. Otherwise", "# we'd overwrite them with wrong data.", "log", "(", "\"Metrics found for this epoch, skipping evaluation.\"", ")", "else", ":", "metrics", "[", "\"mean_reward/train/clipped\"", "]", "=", "rl_utils", ".", "compute_mean_reward", "(", "env", ".", "current_epoch_rollouts", "(", ")", ",", "clipped", "=", "True", ")", "log", "(", "\"Mean training reward: {}\"", ".", "format", "(", "metrics", "[", "\"mean_reward/train/clipped\"", "]", ")", ")", "eval_metrics", "=", "rl_utils", ".", "evaluate_all_configs", "(", "hparams", ",", "policy_model_dir", ")", "log", "(", "\"Agent eval metrics:\\n{}\"", ".", "format", "(", "pprint", ".", "pformat", "(", "eval_metrics", ")", ")", ")", "metrics", ".", "update", "(", "eval_metrics", ")", "if", "hparams", ".", "eval_world_model", ":", "debug_video_path", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "directories", "[", "\"world_model\"", ",", "\"debug_videos\"", "]", ",", "\"{}.avi\"", ".", "format", "(", "env", ".", "current_epoch", ")", ")", "wm_metrics", "=", "rl_utils", ".", "evaluate_world_model", "(", "env", ",", "hparams", ",", "directories", "[", "\"world_model\"", "]", ",", "debug_video_path", ")", "log", "(", "\"World model eval metrics:\\n{}\"", ".", "format", "(", "pprint", ".", "pformat", "(", "wm_metrics", ")", ")", ")", "metrics", ".", "update", "(", "wm_metrics", ")", "rl_utils", ".", "summarize_metrics", "(", "eval_metrics_writer", ",", "metrics", ",", "epoch", ")", "# Report metrics", "if", "report_fn", ":", "if", "report_metric", "==", "\"mean_reward\"", ":", "metric_name", "=", "rl_utils", ".", "get_metric_name", "(", "sampling_temp", "=", "hparams", ".", "eval_sampling_temps", "[", "0", "]", ",", "max_num_noops", "=", "hparams", ".", "eval_max_num_noops", ",", "clipped", "=", "False", ")", "report_fn", "(", "eval_metrics", "[", "metric_name", "]", ",", "epoch", ")", "else", ":", "report_fn", "(", "eval_metrics", "[", "report_metric", "]", ",", "epoch", ")", "epoch_metrics", ".", "append", "(", "metrics", ")", "# Return the evaluation metrics from the final epoch", "return", "epoch_metrics", "[", "-", "1", "]" ]

[ "Run", "the", "main", "training", "loop", "." ]

[ "def", "markov_blanket", "(", "y", ",", "mean", ",", "scale", ",", "shape", ",", "skewness", ")", ":", "return", "ss", ".", "poisson", ".", "logpmf", "(", "y", ",", "mean", ")" ]

[ "Markov", "blanket", "for", "the", "Poisson", "distribution" ]

[ "def", "objects_patch", "(", "self", ",", "bucket", ",", "key", ",", "info", ")", ":", "url", "=", "Api", ".", "_ENDPOINT", "+", "(", "Api", ".", "_OBJECT_PATH", "%", "(", "bucket", ",", "Api", ".", "_escape_key", "(", "key", ")", ")", ")", "return", "google", ".", "datalab", ".", "utils", ".", "Http", ".", "request", "(", "url", ",", "method", "=", "'PATCH'", ",", "data", "=", "info", ",", "credentials", "=", "self", ".", "_credentials", ")" ]

[ "Updates", "the", "metadata", "associated", "with", "an", "object", "." ]

[ "def", "packet_read", "(", "self", ")", ":", "bytes_received", "=", "0", "if", "self", ".", "sock", "==", "NC", ".", "INVALID_SOCKET", ":", "return", "NC", ".", "ERR_NO_CONN", "if", "self", ".", "in_packet", ".", "command", "==", "0", ":", "ba_data", ",", "errnum", ",", "errmsg", "=", "nyamuk_net", ".", "read", "(", "self", ".", "sock", ",", "1", ")", "if", "errnum", "==", "0", "and", "len", "(", "ba_data", ")", "==", "1", ":", "bytes_received", "+=", "1", "byte", "=", "ba_data", "[", "0", "]", "self", ".", "in_packet", ".", "command", "=", "byte", "if", "self", ".", "as_broker", ":", "if", "self", ".", "bridge", "is", "None", "and", "self", ".", "state", "==", "NC", ".", "CS_NEW", "and", "(", "byte", "&", "0xF0", ")", "!=", "NC", ".", "CMD_CONNECT", ":", "print", "\"RETURN ERR_PROTOCOL\"", "return", "NC", ".", "ERR_PROTOCOL", ",", "bytes_received", "else", ":", "if", "errnum", "==", "errno", ".", "EAGAIN", "or", "errnum", "==", "errno", ".", "EWOULDBLOCK", ":", "return", "NC", ".", "ERR_SUCCESS", ",", "bytes_received", "elif", "errnum", "==", "0", "and", "len", "(", "ba_data", ")", "==", "0", "or", "errnum", "==", "errno", ".", "ECONNRESET", ":", "return", "NC", ".", "ERR_CONN_LOST", ",", "bytes_received", "else", ":", "evt", "=", "event", ".", "EventNeterr", "(", "errnum", ",", "errmsg", ")", "self", ".", "push_event", "(", "evt", ")", "return", "NC", ".", "ERR_UNKNOWN", ",", "bytes_received", "if", "not", "self", ".", "in_packet", ".", "have_remaining", ":", "loop_flag", "=", "True", "while", "loop_flag", ":", "ba_data", ",", "errnum", ",", "errmsg", "=", "nyamuk_net", ".", "read", "(", "self", ".", "sock", ",", "1", ")", "if", "errnum", "==", "0", "and", "len", "(", "ba_data", ")", "==", "1", ":", "byte", "=", "ba_data", "[", "0", "]", "bytes_received", "+=", "1", "self", ".", "in_packet", ".", "remaining_count", "+=", "1", "if", "self", ".", "in_packet", ".", "remaining_count", ">", "4", ":", "return", "NC", ".", "ERR_PROTOCOL", ",", "bytes_received", "self", ".", "in_packet", ".", "remaining_length", "+=", "(", "byte", "&", "127", ")", "*", "self", ".", "in_packet", ".", "remaining_mult", "self", ".", "in_packet", ".", "remaining_mult", "*=", "128", "else", ":", "if", "errnum", "==", "errno", ".", "EAGAIN", "or", "errnum", "==", "errno", ".", "EWOULDBLOCK", ":", "return", "NC", ".", "ERR_SUCCESS", ",", "bytes_received", "elif", "errnum", "==", "0", "and", "len", "(", "ba_data", ")", "==", "0", "or", "errnum", "==", "errno", ".", "ECONNRESET", ":", "return", "NC", ".", "ERR_CONN_LOST", ",", "bytes_received", "else", ":", "evt", "=", "event", ".", "EventNeterr", "(", "errnum", ",", "errmsg", ")", "self", ".", "push_event", "(", "evt", ")", "return", "NC", ".", "ERR_UNKNOWN", ",", "bytes_received", "if", "(", "byte", "&", "128", ")", "==", "0", ":", "loop_flag", "=", "False", "if", "self", ".", "in_packet", ".", "remaining_length", ">", "0", ":", "self", ".", "in_packet", ".", "payload", "=", "bytearray", "(", "self", ".", "in_packet", ".", "remaining_length", ")", "if", "self", ".", "in_packet", ".", "payload", "is", "None", ":", "return", "NC", ".", "ERR_NO_MEM", ",", "bytes_received", "self", ".", "in_packet", ".", "to_process", "=", "self", ".", "in_packet", ".", "remaining_length", "self", ".", "in_packet", ".", "have_remaining", "=", "True", "if", "self", ".", "in_packet", ".", "to_process", ">", "0", ":", "ba_data", ",", "errnum", ",", "errmsg", "=", "nyamuk_net", ".", "read", "(", "self", ".", "sock", ",", "self", ".", "in_packet", ".", "to_process", ")", "if", "errnum", "==", "0", "and", "len", "(", "ba_data", ")", ">", "0", ":", "readlen", "=", "len", "(", "ba_data", ")", "bytes_received", "+=", "readlen", "for", "idx", "in", "xrange", "(", "0", ",", "readlen", ")", ":", "self", ".", "in_packet", ".", "payload", "[", "self", ".", "in_packet", ".", "pos", "]", "=", "ba_data", "[", "idx", "]", "self", ".", "in_packet", ".", "pos", "+=", "1", "self", ".", "in_packet", ".", "to_process", "-=", "1", "else", ":", "if", "errnum", "==", "errno", ".", "EAGAIN", "or", "errnum", "==", "errno", ".", "EWOULDBLOCK", ":", "return", "NC", ".", "ERR_SUCCESS", ",", "bytes_received", "elif", "errnum", "==", "0", "and", "len", "(", "ba_data", ")", "==", "0", "or", "errnum", "==", "errno", ".", "ECONNRESET", ":", "return", "NC", ".", "ERR_CONN_LOST", ",", "bytes_received", "else", ":", "evt", "=", "event", ".", "EventNeterr", "(", "errnum", ",", "errmsg", ")", "self", ".", "push_event", "(", "evt", ")", "return", "NC", ".", "ERR_UNKNOWN", ",", "bytes_received", "#all data for this packet is read", "self", ".", "in_packet", ".", "pos", "=", "0", "ret", "=", "self", ".", "packet_handle", "(", ")", "self", ".", "in_packet", ".", "packet_cleanup", "(", ")", "self", ".", "last_msg_in", "=", "time", ".", "time", "(", ")", "return", "ret", ",", "bytes_received" ]

[ "Read", "packet", "from", "network", "." ]

[ "def", "export", "(", "self", ",", "nidm_version", ",", "export_dir", ")", ":", "self", ".", "add_attributes", "(", "(", "(", "PROV", "[", "'type'", "]", ",", "self", ".", "type", ")", ",", "(", "NIDM_GROUP_NAME", ",", "self", ".", "group_name", ")", ",", "(", "NIDM_NUMBER_OF_SUBJECTS", ",", "self", ".", "num_subjects", ")", ",", "(", "PROV", "[", "'label'", "]", ",", "self", ".", "label", ")", ")", ")" ]

[ "Create", "prov", "entities", "and", "activities", "." ]

[ "def", "_start_message_fetcher", "(", "self", ")", ":", "Global", ".", "LOGGER", ".", "debug", "(", "'starting the message fetcher'", ")", "event_loop", "=", "asyncio", ".", "get_event_loop", "(", ")", "try", ":", "Global", ".", "LOGGER", ".", "debug", "(", "'entering event loop for message fetcher coroutine'", ")", "event_loop", ".", "run_until_complete", "(", "self", ".", "message_fetcher_coroutine", "(", "event_loop", ")", ")", "finally", ":", "Global", ".", "LOGGER", ".", "debug", "(", "'closing the event loop'", ")", "event_loop", ".", "close", "(", ")" ]

[ "Start", "the", "message", "fetcher", "(", "called", "from", "coroutine", ")" ]

[ "def", "chown", "(", "self", ",", "tarinfo", ",", "targetpath", ")", ":", "if", "pwd", "and", "hasattr", "(", "os", ",", "\"geteuid\"", ")", "and", "os", ".", "geteuid", "(", ")", "==", "0", ":", "# We have to be root to do so.", "try", ":", "g", "=", "grp", ".", "getgrnam", "(", "tarinfo", ".", "gname", ")", "[", "2", "]", "except", "KeyError", ":", "g", "=", "tarinfo", ".", "gid", "try", ":", "u", "=", "pwd", ".", "getpwnam", "(", "tarinfo", ".", "uname", ")", "[", "2", "]", "except", "KeyError", ":", "u", "=", "tarinfo", ".", "uid", "try", ":", "if", "tarinfo", ".", "issym", "(", ")", "and", "hasattr", "(", "os", ",", "\"lchown\"", ")", ":", "os", ".", "lchown", "(", "targetpath", ",", "u", ",", "g", ")", "else", ":", "if", "sys", ".", "platform", "!=", "\"os2emx\"", ":", "os", ".", "chown", "(", "targetpath", ",", "u", ",", "g", ")", "except", "EnvironmentError", "as", "e", ":", "raise", "ExtractError", "(", "\"could not change owner\"", ")" ]

[ "Set", "owner", "of", "targetpath", "according", "to", "tarinfo", "." ]

[ "def", "get_isa", "(", "self", ",", "oneq_type", "=", "'Xhalves'", ",", "twoq_type", "=", "'CZ'", ")", "->", "ISA", ":", "qubits", "=", "[", "Qubit", "(", "id", "=", "q", ".", "id", ",", "type", "=", "oneq_type", ",", "dead", "=", "q", ".", "dead", ")", "for", "q", "in", "self", ".", "_isa", ".", "qubits", "]", "edges", "=", "[", "Edge", "(", "targets", "=", "e", ".", "targets", ",", "type", "=", "twoq_type", ",", "dead", "=", "e", ".", "dead", ")", "for", "e", "in", "self", ".", "_isa", ".", "edges", "]", "return", "ISA", "(", "qubits", ",", "edges", ")" ]

[ "Construct", "an", "ISA", "suitable", "for", "targeting", "by", "compilation", "." ]

[ "async", "def", "send_http", "(", "session", ",", "method", ",", "url", ",", "*", ",", "retries", "=", "1", ",", "interval", "=", "1", ",", "backoff", "=", "2", ",", "http_status_codes_to_retry", "=", "HTTP_STATUS_CODES_TO_RETRY", ",", "fn", "=", "lambda", "x", ":", "x", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "backoff_interval", "=", "interval", "raised_exc", "=", "None", "attempt", "=", "0", "if", "method", "not", "in", "[", "'get'", ",", "'patch'", ",", "'post'", "]", ":", "raise", "ValueError", "if", "retries", "==", "-", "1", ":", "# -1 means retry indefinitely", "attempt", "=", "-", "1", "elif", "retries", "==", "0", ":", "# Zero means don't retry", "attempt", "=", "1", "else", ":", "# any other value means retry N times", "attempt", "=", "retries", "+", "1", "while", "attempt", "!=", "0", ":", "if", "raised_exc", ":", "logger", ".", "error", "(", "'Caught \"%s\" url:%s method:%s, remaining tries %s, '", "'sleeping %.2fsecs'", ",", "raised_exc", ",", "method", ".", "upper", "(", ")", ",", "url", ",", "attempt", ",", "backoff_interval", ")", "await", "asyncio", ".", "sleep", "(", "backoff_interval", ")", "# bump interval for the next possible attempt", "backoff_interval", "*=", "backoff", "# logger.info('sending %s %s with %s', method.upper(), url, kwargs)", "try", ":", "async", "with", "await", "getattr", "(", "session", ",", "method", ")", "(", "url", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "as", "response", ":", "if", "response", ".", "status", "==", "200", ":", "return", "await", "fn", "(", "response", ")", "elif", "response", ".", "status", "in", "http_status_codes_to_retry", ":", "logger", ".", "error", "(", "'Received invalid response code:%s error:%s'", "' response:%s url:%s'", ",", "response", ".", "status", ",", "''", ",", "response", ".", "reason", ",", "url", ")", "raise", "aiohttp", ".", "ClientResponseError", "(", "code", "=", "response", ".", "status", ",", "message", "=", "response", ".", "reason", ",", "request_info", "=", "response", ".", "request_info", ",", "history", "=", "response", ".", "history", ")", "else", ":", "raise", "FailedRequest", "(", "code", "=", "response", ".", "status", ",", "message", "=", "'Non-retryable response code'", ",", "raised", "=", "'aiohttp.ClientResponseError'", ",", "url", "=", "url", ")", "except", "aiohttp", ".", "ClientError", "as", "exc", ":", "try", ":", "code", "=", "exc", ".", "code", "except", "AttributeError", ":", "code", "=", "''", "raised_exc", "=", "FailedRequest", "(", "code", "=", "code", ",", "message", "=", "exc", ",", "raised", "=", "'%s.%s'", "%", "(", "exc", ".", "__class__", ".", "__module__", ",", "exc", ".", "__class__", ".", "__qualname__", ")", ",", "url", "=", "url", ")", "except", "asyncio", ".", "TimeoutError", "as", "exc", ":", "raised_exc", "=", "FailedRequest", "(", "code", "=", "''", ",", "message", "=", "'asyncio.TimeoutError'", ",", "raised", "=", "'%s.%s'", "%", "(", "exc", ".", "__class__", ".", "__module__", ",", "exc", ".", "__class__", ".", "__qualname__", ")", ",", "url", "=", "url", ")", "else", ":", "raised_exc", "=", "None", "break", "attempt", "-=", "1", "if", "raised_exc", ":", "raise", "raised_exc" ]

[ "Sends", "a", "HTTP", "request", "and", "implements", "a", "retry", "logic", "." ]

[ "def", "multiply", "(", "self", ",", "other", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "other", ",", "Number", ")", ":", "raise", "QiskitError", "(", "\"other is not a number\"", ")", "return", "SuperOp", "(", "other", "*", "self", ".", "_data", ",", "self", ".", "input_dims", "(", ")", ",", "self", ".", "output_dims", "(", ")", ")" ]

[ "Return", "the", "QuantumChannel", "self", "+", "other", "." ]

[ "def", "mmf", "(", "x", ",", "alpha", ",", "beta", ",", "kappa", ",", "delta", ")", ":", "return", "alpha", "-", "(", "alpha", "-", "beta", ")", "/", "(", "1.", "+", "(", "kappa", "*", "x", ")", "**", "delta", ")" ]

[ "Morgan", "-", "Mercer", "-", "Flodin", "http", ":", "//", "www", ".", "pisces", "-", "conservation", ".", "com", "/", "growthhelp", "/", "index", ".", "html?morgan_mercer_floden", ".", "htm" ]

[ "def", "visual", "(", "title", ",", "X", ",", "name", ")", ":", "assert", "len", "(", "X", ".", "shape", ")", "==", "4", "X", "=", "X", ".", "transpose", "(", "(", "0", ",", "2", ",", "3", ",", "1", ")", ")", "X", "=", "np", ".", "clip", "(", "(", "X", "-", "np", ".", "min", "(", "X", ")", ")", "*", "(", "255.0", "/", "(", "np", ".", "max", "(", "X", ")", "-", "np", ".", "min", "(", "X", ")", ")", ")", ",", "0", ",", "255", ")", ".", "astype", "(", "np", ".", "uint8", ")", "n", "=", "np", ".", "ceil", "(", "np", ".", "sqrt", "(", "X", ".", "shape", "[", "0", "]", ")", ")", "buff", "=", "np", ".", "zeros", "(", "(", "int", "(", "n", "*", "X", ".", "shape", "[", "1", "]", ")", ",", "int", "(", "n", "*", "X", ".", "shape", "[", "2", "]", ")", ",", "int", "(", "X", ".", "shape", "[", "3", "]", ")", ")", ",", "dtype", "=", "np", ".", "uint8", ")", "for", "i", ",", "img", "in", "enumerate", "(", "X", ")", ":", "fill_buf", "(", "buff", ",", "i", ",", "img", ",", "X", ".", "shape", "[", "1", ":", "3", "]", ")", "buff", "=", "buff", "[", ":", ",", ":", ",", ":", ":", "-", "1", "]", "plt", ".", "imshow", "(", "buff", ")", "plt", ".", "title", "(", "title", ")", "plt", ".", "savefig", "(", "name", ")" ]

[ "Image", "visualization", "and", "preservation", ":", "param", "title", ":", "title", ":", "param", "X", ":", "images", "to", "visualized", ":", "param", "name", ":", "saved", "picture", "s", "name", ":", "return", ":" ]

[ "def", "save_dtrajs", "(", "self", ",", "prefix", "=", "''", ",", "output_dir", "=", "'.'", ",", "output_format", "=", "'ascii'", ",", "extension", "=", "'.dtraj'", ")", ":", "clustering", "=", "self", ".", "_chain", "[", "-", "1", "]", "reader", "=", "self", ".", "_chain", "[", "0", "]", "from", "pyemma", ".", "coordinates", ".", "clustering", ".", "interface", "import", "AbstractClustering", "assert", "isinstance", "(", "clustering", ",", "AbstractClustering", ")", "trajfiles", "=", "None", "if", "isinstance", "(", "reader", ",", "FeatureReader", ")", ":", "trajfiles", "=", "reader", ".", "filenames", "clustering", ".", "save_dtrajs", "(", "trajfiles", ",", "prefix", ",", "output_dir", ",", "output_format", ",", "extension", ")" ]

[ "r", "Saves", "calculated", "discrete", "trajectories", ".", "Filenames", "are", "taken", "from", "given", "reader", ".", "If", "data", "comes", "from", "memory", "dtrajs", "are", "written", "to", "a", "default", "filename", "." ]

[ "def", "backend_monitor", "(", "backend", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "backend", ",", "IBMQBackend", ")", ":", "raise", "QiskitError", "(", "'Input variable is not of type IBMQBackend.'", ")", "config", "=", "backend", ".", "configuration", "(", ")", ".", "to_dict", "(", ")", "status", "=", "backend", ".", "status", "(", ")", ".", "to_dict", "(", ")", "config_dict", "=", "{", "*", "*", "status", ",", "*", "*", "config", "}", "if", "not", "config", "[", "'simulator'", "]", ":", "props", "=", "backend", ".", "properties", "(", ")", ".", "to_dict", "(", ")", "print", "(", "backend", ".", "name", "(", ")", ")", "print", "(", "'='", "*", "len", "(", "backend", ".", "name", "(", ")", ")", ")", "print", "(", "'Configuration'", ")", "print", "(", "'-'", "*", "13", ")", "offset", "=", "' '", "upper_list", "=", "[", "'n_qubits'", ",", "'operational'", ",", "'status_msg'", ",", "'pending_jobs'", ",", "'basis_gates'", ",", "'local'", ",", "'simulator'", "]", "lower_list", "=", "list", "(", "set", "(", "config_dict", ".", "keys", "(", ")", ")", ".", "difference", "(", "upper_list", ")", ")", "# Remove gates because they are in a different tab", "lower_list", ".", "remove", "(", "'gates'", ")", "for", "item", "in", "upper_list", "+", "lower_list", ":", "print", "(", "offset", "+", "item", "+", "':'", ",", "config_dict", "[", "item", "]", ")", "# Stop here if simulator", "if", "config", "[", "'simulator'", "]", ":", "return", "print", "(", ")", "qubit_header", "=", "'Qubits [Name / Freq / T1 / T2 / U1 err / U2 err / U3 err / Readout err]'", "print", "(", "qubit_header", ")", "print", "(", "'-'", "*", "len", "(", "qubit_header", ")", ")", "sep", "=", "' / '", "for", "qub", "in", "range", "(", "len", "(", "props", "[", "'qubits'", "]", ")", ")", ":", "name", "=", "'Q%s'", "%", "qub", "qubit_data", "=", "props", "[", "'qubits'", "]", "[", "qub", "]", "gate_data", "=", "props", "[", "'gates'", "]", "[", "3", "*", "qub", ":", "3", "*", "qub", "+", "3", "]", "t1_info", "=", "qubit_data", "[", "0", "]", "t2_info", "=", "qubit_data", "[", "1", "]", "freq_info", "=", "qubit_data", "[", "2", "]", "readout_info", "=", "qubit_data", "[", "3", "]", "freq", "=", "str", "(", "round", "(", "freq_info", "[", "'value'", "]", ",", "5", ")", ")", "+", "' '", "+", "freq_info", "[", "'unit'", "]", "T1", "=", "str", "(", "round", "(", "t1_info", "[", "'value'", "]", ",", "# pylint: disable=invalid-name", "5", ")", ")", "+", "' '", "+", "t1_info", "[", "'unit'", "]", "T2", "=", "str", "(", "round", "(", "t2_info", "[", "'value'", "]", ",", "# pylint: disable=invalid-name", "5", ")", ")", "+", "' '", "+", "t2_info", "[", "'unit'", "]", "# pylint: disable=invalid-name", "U1", "=", "str", "(", "round", "(", "gate_data", "[", "0", "]", "[", "'parameters'", "]", "[", "0", "]", "[", "'value'", "]", ",", "5", ")", ")", "# pylint: disable=invalid-name", "U2", "=", "str", "(", "round", "(", "gate_data", "[", "1", "]", "[", "'parameters'", "]", "[", "0", "]", "[", "'value'", "]", ",", "5", ")", ")", "# pylint: disable=invalid-name", "U3", "=", "str", "(", "round", "(", "gate_data", "[", "2", "]", "[", "'parameters'", "]", "[", "0", "]", "[", "'value'", "]", ",", "5", ")", ")", "readout_error", "=", "str", "(", "round", "(", "readout_info", "[", "'value'", "]", ",", "5", ")", ")", "qstr", "=", "sep", ".", "join", "(", "[", "name", ",", "freq", ",", "T1", ",", "T2", ",", "U1", ",", "U2", ",", "U3", ",", "readout_error", "]", ")", "print", "(", "offset", "+", "qstr", ")", "print", "(", ")", "multi_qubit_gates", "=", "props", "[", "'gates'", "]", "[", "3", "*", "config", "[", "'n_qubits'", "]", ":", "]", "multi_header", "=", "'Multi-Qubit Gates [Name / Type / Gate Error]'", "print", "(", "multi_header", ")", "print", "(", "'-'", "*", "len", "(", "multi_header", ")", ")", "for", "gate", "in", "multi_qubit_gates", ":", "name", "=", "gate", "[", "'name'", "]", "ttype", "=", "gate", "[", "'gate'", "]", "error", "=", "str", "(", "round", "(", "gate", "[", "'parameters'", "]", "[", "0", "]", "[", "'value'", "]", ",", "5", ")", ")", "mstr", "=", "sep", ".", "join", "(", "[", "name", ",", "ttype", ",", "error", "]", ")", "print", "(", "offset", "+", "mstr", ")" ]

[ "Monitor", "a", "single", "IBMQ", "backend", "." ]

[ "def", "fnd_unq_rws", "(", "A", ",", "return_index", "=", "False", ",", "return_inverse", "=", "False", ")", ":", "A", "=", "np", ".", "require", "(", "A", ",", "requirements", "=", "'C'", ")", "assert", "A", ".", "ndim", "==", "2", ",", "\"array must be 2-dim'l\"", "B", "=", "np", ".", "unique", "(", "A", ".", "view", "(", "[", "(", "''", ",", "A", ".", "dtype", ")", "]", "*", "A", ".", "shape", "[", "1", "]", ")", ",", "return_index", "=", "return_index", ",", "return_inverse", "=", "return_inverse", ")", "if", "return_index", "or", "return_inverse", ":", "return", "(", "B", "[", "0", "]", ".", "view", "(", "A", ".", "dtype", ")", ".", "reshape", "(", "(", "-", "1", ",", "A", ".", "shape", "[", "1", "]", ")", ",", "order", "=", "'C'", ")", ",", ")", "+", "B", "[", "1", ":", "]", "else", ":", "return", "B", ".", "view", "(", "A", ".", "dtype", ")", ".", "reshape", "(", "(", "-", "1", ",", "A", ".", "shape", "[", "1", "]", ")", ",", "order", "=", "'C'", ")" ]

[ "Find", "unique", "rows", "in", "2D", "array", "." ]

[ "async", "def", "startlisten", "(", "self", ",", "vhost", "=", "None", ")", ":", "servers", "=", "self", ".", "getservers", "(", "vhost", ")", "for", "s", "in", "servers", ":", "await", "s", ".", "startlisten", "(", ")", "return", "len", "(", "servers", ")" ]

[ "Start", "listen", "on", "current", "servers", ":", "param", "vhost", ":", "return", "only", "servers", "of", "vhost", "if", "specified", ".", "to", "return", "only", "default", "servers", ".", "None", "for", "all", "servers", "." ]

[ "def", "from_raw_message", "(", "cls", ",", "rawmessage", ")", ":", "return", "StandardReceive", "(", "rawmessage", "[", "2", ":", "5", "]", ",", "rawmessage", "[", "5", ":", "8", "]", ",", "{", "'cmd1'", ":", "rawmessage", "[", "9", "]", ",", "'cmd2'", ":", "rawmessage", "[", "10", "]", "}", ",", "flags", "=", "rawmessage", "[", "8", "]", ")" ]

[ "Create", "message", "from", "a", "raw", "byte", "stream", "." ]

[ "def", "_get_parser_call_method", "(", "func", ")", ":", "func_name", "=", "func", ".", "__name__", "parser", "=", "func", ".", "parser", "def", "inner_call", "(", "instance", "=", "None", ",", "args", "=", "None", ")", ":", "\"\"\"This is method attached to <parser>.call.\n\n Args:\n instance: the instance of the parser\n args: arguments to be parsed\n \"\"\"", "_LOG", ".", "debug", "(", "\"Calling %s.parser.call\"", ",", "func_name", ")", "# Defer this check in the method call so that __init__ can be", "# decorated in class decorated with parse_class", "if", "func_name", "==", "\"__init__\"", ":", "raise", "ParseThisError", "(", "(", "\"To use 'create_parser' on the\"", "\"'__init__' you need to decorate the \"", "\"class with '@parse_class'\"", ")", ")", "namespace", "=", "parser", ".", "parse_args", "(", "_get_args_to_parse", "(", "args", ",", "sys", ".", "argv", ")", ")", "if", "instance", "is", "None", ":", "# If instance is None we are probably decorating a function not a", "# method and don't need the instance", "args_name", "=", "_get_args_name_from_parser", "(", "parser", ")", "return", "_call", "(", "func", ",", "args_name", ",", "namespace", ")", "return", "_call_method_from_namespace", "(", "instance", ",", "func_name", ",", "namespace", ")", "return", "inner_call" ]

[ "Returns", "the", "method", "that", "is", "linked", "to", "the", "call", "method", "of", "the", "parser" ]

[ "def", "_reg_sighandlers", "(", "self", ")", ":", "# SIGCHLD, so we shutdown when any of the child processes exit", "_handler", "=", "lambda", "signo", ",", "frame", ":", "self", ".", "shutdown", "(", ")", "signal", ".", "signal", "(", "signal", ".", "SIGCHLD", ",", "_handler", ")", "signal", ".", "signal", "(", "signal", ".", "SIGTERM", ",", "_handler", ")" ]

[ "Registers", "signal", "handlers", "to", "this", "class", "." ]

[ "def", "verify", "(", "self", ",", "smessage", ",", "signature", "=", "None", ",", "encoder", "=", "encoding", ".", "RawEncoder", ")", ":", "if", "signature", "is", "not", "None", ":", "# If we were given the message and signature separately, combine", "# them.", "smessage", "=", "signature", "+", "smessage", "# Decode the signed message", "smessage", "=", "encoder", ".", "decode", "(", "smessage", ")", "return", "libnacl", ".", "crypto_sign_open", "(", "smessage", ",", "self", ".", "_key", ")" ]

[ "Verifies", "the", "signature", "of", "a", "signed", "message", "returning", "the", "message", "if", "it", "has", "not", "been", "tampered", "with", "else", "raising", ":", "class", ":", "~ValueError", "." ]

[ "def", "go_to_line", "(", "self", ",", "line", ")", ":", "cursor", "=", "self", ".", "textCursor", "(", ")", "cursor", ".", "setPosition", "(", "self", ".", "document", "(", ")", ".", "findBlockByNumber", "(", "line", "-", "1", ")", ".", "position", "(", ")", ")", "self", ".", "setTextCursor", "(", "cursor", ")", "return", "True" ]

[ "Moves", "the", "text", "cursor", "to", "given", "line", "." ]

[ "def", "encrypt_key", "(", "key_object", ",", "password", ")", ":", "# Do the arguments have the correct format?", "# Ensure the arguments have the appropriate number of objects and object", "# types, and that all dict keys are properly named.", "# Raise 'securesystemslib.exceptions.FormatError' if the check fails.", "securesystemslib", ".", "formats", ".", "ANYKEY_SCHEMA", ".", "check_match", "(", "key_object", ")", "# Does 'password' have the correct format?", "securesystemslib", ".", "formats", ".", "PASSWORD_SCHEMA", ".", "check_match", "(", "password", ")", "# Ensure the private portion of the key is included in 'key_object'.", "if", "'private'", "not", "in", "key_object", "[", "'keyval'", "]", "or", "not", "key_object", "[", "'keyval'", "]", "[", "'private'", "]", ":", "raise", "securesystemslib", ".", "exceptions", ".", "FormatError", "(", "'Key object does not contain'", "' a private part.'", ")", "# Derive a key (i.e., an appropriate encryption key and not the", "# user's password) from the given 'password'. Strengthen 'password' with", "# PBKDF2-HMAC-SHA256 (100K iterations by default, but may be overriden in", "# 'settings.PBKDF2_ITERATIONS' by the user).", "salt", ",", "iterations", ",", "derived_key", "=", "_generate_derived_key", "(", "password", ")", "# Store the derived key info in a dictionary, the object expected", "# by the non-public _encrypt() routine.", "derived_key_information", "=", "{", "'salt'", ":", "salt", ",", "'iterations'", ":", "iterations", ",", "'derived_key'", ":", "derived_key", "}", "# Convert the key object to json string format and encrypt it with the", "# derived key.", "encrypted_key", "=", "_encrypt", "(", "json", ".", "dumps", "(", "key_object", ")", ",", "derived_key_information", ")", "return", "encrypted_key" ]

[ "<Purpose", ">", "Return", "a", "string", "containing", "key_object", "in", "encrypted", "form", ".", "Encrypted", "strings", "may", "be", "safely", "saved", "to", "a", "file", ".", "The", "corresponding", "decrypt_key", "()", "function", "can", "be", "applied", "to", "the", "encrypted", "string", "to", "restore", "the", "original", "key", "object", ".", "key_object", "is", "a", "TUF", "key", "(", "e", ".", "g", ".", "RSAKEY_SCHEMA", "ED25519KEY_SCHEMA", ")", ".", "This", "function", "calls", "the", "pyca", "/", "cryptography", "library", "to", "perform", "the", "encryption", "and", "derive", "a", "suitable", "encryption", "key", "." ]

[ "def", "getfigs", "(", "*", "fig_nums", ")", ":", "from", "matplotlib", ".", "_pylab_helpers", "import", "Gcf", "if", "not", "fig_nums", ":", "fig_managers", "=", "Gcf", ".", "get_all_fig_managers", "(", ")", "return", "[", "fm", ".", "canvas", ".", "figure", "for", "fm", "in", "fig_managers", "]", "else", ":", "figs", "=", "[", "]", "for", "num", "in", "fig_nums", ":", "f", "=", "Gcf", ".", "figs", ".", "get", "(", "num", ")", "if", "f", "is", "None", ":", "print", "(", "'Warning: figure %s not available.'", "%", "num", ")", "else", ":", "figs", ".", "append", "(", "f", ".", "canvas", ".", "figure", ")", "return", "figs" ]

[ "Get", "a", "list", "of", "matplotlib", "figures", "by", "figure", "numbers", "." ]

[ "def", "render_value", "(", "self", ",", "value", ",", "*", "*", "options", ")", ":", "renderer", "=", "self", ".", "renderers", ".", "get", "(", "type", "(", "value", ")", ",", "lambda", "value", ",", "*", "*", "options", ":", "value", ")", "return", "renderer", "(", "value", ",", "*", "*", "options", ")" ]

[ "Render", "value" ]

[ "def", "create_toolbutton", "(", "parent", ",", "text", "=", "None", ",", "shortcut", "=", "None", ",", "icon", "=", "None", ",", "tip", "=", "None", ",", "toggled", "=", "None", ",", "triggered", "=", "None", ",", "autoraise", "=", "True", ",", "text_beside_icon", "=", "False", ")", ":", "button", "=", "QToolButton", "(", "parent", ")", "if", "text", "is", "not", "None", ":", "button", ".", "setText", "(", "text", ")", "if", "icon", "is", "not", "None", ":", "if", "is_text_string", "(", "icon", ")", ":", "icon", "=", "get_icon", "(", "icon", ")", "button", ".", "setIcon", "(", "icon", ")", "if", "text", "is", "not", "None", "or", "tip", "is", "not", "None", ":", "button", ".", "setToolTip", "(", "text", "if", "tip", "is", "None", "else", "tip", ")", "if", "text_beside_icon", ":", "button", ".", "setToolButtonStyle", "(", "Qt", ".", "ToolButtonTextBesideIcon", ")", "button", ".", "setAutoRaise", "(", "autoraise", ")", "if", "triggered", "is", "not", "None", ":", "button", ".", "clicked", ".", "connect", "(", "triggered", ")", "if", "toggled", "is", "not", "None", ":", "button", ".", "toggled", ".", "connect", "(", "toggled", ")", "button", ".", "setCheckable", "(", "True", ")", "if", "shortcut", "is", "not", "None", ":", "button", ".", "setShortcut", "(", "shortcut", ")", "return", "button" ]

[ "Create", "a", "QToolButton" ]

[ "def", "iter_packages", "(", "self", ",", "name", ",", "range_", "=", "None", ",", "paths", "=", "None", ")", ":", "for", "package", "in", "iter_packages", "(", "name", ",", "range_", ",", "paths", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "excludes", "(", "package", ")", ":", "yield", "package" ]

[ "Same", "as", "iter_packages", "in", "packages", ".", "py", "but", "also", "applies", "this", "filter", "." ]

[ "def", "get_application", "(", "self", ",", "id", "=", "None", ",", "name", "=", "None", ")", ":", "log", ".", "info", "(", "\"Picking application: %s (%s)\"", "%", "(", "name", ",", "id", ")", ")", "return", "self", ".", "applications", "[", "id", "or", "name", "]" ]

[ "Get", "application", "object", "by", "name", "or", "id", "." ]

[ "def", "get_job_status", "(", "self", ",", "job_id", ")", ":", "response", "=", "self", ".", "_client", ".", "describe_jobs", "(", "jobs", "=", "[", "job_id", "]", ")", "# Error checking", "status_code", "=", "response", "[", "'ResponseMetadata'", "]", "[", "'HTTPStatusCode'", "]", "if", "status_code", "!=", "200", ":", "msg", "=", "'Job status request received status code {0}:\\n{1}'", "raise", "Exception", "(", "msg", ".", "format", "(", "status_code", ",", "response", ")", ")", "return", "response", "[", "'jobs'", "]", "[", "0", "]", "[", "'status'", "]" ]

[ "Retrieve", "task", "statuses", "from", "ECS", "API" ]

[ "def", "save", "(", "name", ",", "filter", "=", "False", ")", ":", "ret", "=", "{", "'name'", ":", "name", ",", "'changes'", ":", "{", "}", ",", "'comment'", ":", "''", ",", "'result'", ":", "True", "}", "if", "name", ".", "startswith", "(", "'/'", ")", ":", "tgt_dir", "=", "os", ".", "path", ".", "dirname", "(", "name", ")", "fn_", "=", "name", "else", ":", "tgt_dir", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "__opts__", "[", "'cachedir'", "]", ",", "'thorium'", ",", "'saves'", ")", "fn_", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "tgt_dir", ",", "name", ")", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "isdir", "(", "tgt_dir", ")", ":", "os", ".", "makedirs", "(", "tgt_dir", ")", "with", "salt", ".", "utils", ".", "files", ".", "fopen", "(", "fn_", ",", "'w+'", ")", "as", "fp_", ":", "if", "filter", "is", "True", ":", "salt", ".", "utils", ".", "json", ".", "dump", "(", "salt", ".", "utils", ".", "data", ".", "simple_types_filter", "(", "__reg__", ")", ",", "fp_", ")", "else", ":", "salt", ".", "utils", ".", "json", ".", "dump", "(", "__reg__", ",", "fp_", ")", "return", "ret" ]

[ "Save", "the", "register", "to", "<salt", "cachedir", ">", "/", "thorium", "/", "saves", "/", "<name", ">", "or", "to", "an", "absolute", "path", "." ]

[ "def", "handle_lease", "(", "queue_name", ")", ":", "owner", "=", "request", ".", "form", ".", "get", "(", "'owner'", ",", "request", ".", "remote_addr", ",", "type", "=", "str", ")", "try", ":", "task_list", "=", "work_queue", ".", "lease", "(", "queue_name", ",", "owner", ",", "request", ".", "form", ".", "get", "(", "'count'", ",", "1", ",", "type", "=", "int", ")", ",", "request", ".", "form", ".", "get", "(", "'timeout'", ",", "60", ",", "type", "=", "int", ")", ")", "except", "work_queue", ".", "Error", ",", "e", ":", "return", "utils", ".", "jsonify_error", "(", "e", ")", "if", "not", "task_list", ":", "return", "flask", ".", "jsonify", "(", "tasks", "=", "[", "]", ")", "db", ".", "session", ".", "commit", "(", ")", "task_ids", "=", "[", "t", "[", "'task_id'", "]", "for", "t", "in", "task_list", "]", "logging", ".", "debug", "(", "'Task leased: queue=%r, task_ids=%r, owner=%r'", ",", "queue_name", ",", "task_ids", ",", "owner", ")", "return", "flask", ".", "jsonify", "(", "tasks", "=", "task_list", ")" ]

[ "Leases", "a", "task", "from", "a", "queue", "." ]

[ "def", "copy", "(", "self", ",", "value", ")", ":", "with", "tempfile", ".", "NamedTemporaryFile", "(", ")", "as", "temp", ":", "with", "open", "(", "temp", ".", "name", ",", "'w'", ",", "encoding", "=", "options", ".", "encoding", ")", "as", "fp", ":", "fp", ".", "write", "(", "str", "(", "value", ")", ")", "p", "=", "subprocess", ".", "Popen", "(", "self", ".", "command", ",", "stdin", "=", "open", "(", "temp", ".", "name", ",", "'r'", ",", "encoding", "=", "options", ".", "encoding", ")", ",", "stdout", "=", "subprocess", ".", "DEVNULL", ")", "p", ".", "communicate", "(", ")" ]

[ "Copy", "a", "cell", "to", "the", "system", "clipboard", "." ]

[ "def", "set_location", "(", "self", ",", "uri", ",", "size", ",", "checksum", ",", "storage_class", "=", "None", ")", ":", "self", ".", "file", "=", "FileInstance", "(", ")", "self", ".", "file", ".", "set_uri", "(", "uri", ",", "size", ",", "checksum", ",", "storage_class", "=", "storage_class", ")", "db", ".", "session", ".", "add", "(", "self", ".", "file", ")", "return", "self" ]

[ "Set", "only", "URI", "location", "of", "for", "object", "." ]

[ "def", "min_images", "(", "images", ")", ":", "images_data", "=", "np", ".", "array", "(", "[", "image", ".", "data", "for", "image", "in", "images", "]", ")", "images_data", "[", "images_data", "==", "0", "]", "=", "np", ".", "inf", "min_image_data", "=", "np", ".", "min", "(", "images_data", ",", "axis", "=", "0", ")", "min_image_data", "[", "min_image_data", "==", "np", ".", "inf", "]", "=", "0.0", "an_image", "=", "images", "[", "0", "]", "return", "type", "(", "an_image", ")", "(", "min_image_data", ".", "astype", "(", "an_image", ".", "data", ".", "dtype", ")", ",", "an_image", ".", "frame", ")" ]

[ "Create", "a", "min", "Image", "from", "a", "list", "of", "Images", "." ]

[ "def", "charge", "(", "self", ")", ":", "try", ":", "if", "not", "self", ".", "rdkitmol", ":", "return", "charge_from_formula", "(", "self", ".", "formula", ")", "else", ":", "return", "Chem", ".", "GetFormalCharge", "(", "self", ".", "rdkitmol", ")", "except", ":", "return", "charge_from_formula", "(", "self", ".", "formula", ")" ]

[ "r", "Charge", "of", "a", "chemical", "computed", "with", "RDKit", "from", "a", "chemical", "s", "SMILES", ".", "If", "RDKit", "is", "not", "available", "holds", "None", "." ]

[ "def", "tree_to_xml", "(", "self", ")", ":", "# Need to remove filter or hidden items will not be saved.", "self", ".", "filter_remove", "(", "remember", "=", "True", ")", "tree", "=", "self", ".", "treeview", "root", "=", "ET", ".", "Element", "(", "'interface'", ")", "items", "=", "tree", ".", "get_children", "(", ")", "for", "item", "in", "items", ":", "node", "=", "self", ".", "tree_node_to_xml", "(", "''", ",", "item", ")", "root", ".", "append", "(", "node", ")", "# restore filter", "self", ".", "filter_restore", "(", ")", "return", "ET", ".", "ElementTree", "(", "root", ")" ]

[ "Traverses", "treeview", "and", "generates", "a", "ElementTree", "object" ]

[ "def", "disco_loop_asm_format", "(", "opc", ",", "version", ",", "co", ",", "real_out", ",", "fn_name_map", ",", "all_fns", ")", ":", "if", "version", "<", "3.0", ":", "co", "=", "code2compat", "(", "co", ")", "else", ":", "co", "=", "code3compat", "(", "co", ")", "co_name", "=", "co", ".", "co_name", "mapped_name", "=", "fn_name_map", ".", "get", "(", "co_name", ",", "co_name", ")", "new_consts", "=", "[", "]", "for", "c", "in", "co", ".", "co_consts", ":", "if", "iscode", "(", "c", ")", ":", "if", "version", "<", "3.0", ":", "c_compat", "=", "code2compat", "(", "c", ")", "else", ":", "c_compat", "=", "code3compat", "(", "c", ")", "disco_loop_asm_format", "(", "opc", ",", "version", ",", "c_compat", ",", "real_out", ",", "fn_name_map", ",", "all_fns", ")", "m", "=", "re", ".", "match", "(", "\".* object <(.+)> at\"", ",", "str", "(", "c", ")", ")", "if", "m", ":", "basename", "=", "m", ".", "group", "(", "1", ")", "if", "basename", "!=", "'module'", ":", "mapped_name", "=", "code_uniquify", "(", "basename", ",", "c", ".", "co_code", ")", "c_compat", ".", "co_name", "=", "mapped_name", "c_compat", ".", "freeze", "(", ")", "new_consts", ".", "append", "(", "c_compat", ")", "else", ":", "new_consts", ".", "append", "(", "c", ")", "pass", "co", ".", "co_consts", "=", "new_consts", "m", "=", "re", ".", "match", "(", "\"^<(.+)>$\"", ",", "co", ".", "co_name", ")", "if", "m", "or", "co_name", "in", "all_fns", ":", "if", "co_name", "in", "all_fns", ":", "basename", "=", "co_name", "else", ":", "basename", "=", "m", ".", "group", "(", "1", ")", "if", "basename", "!=", "'module'", ":", "mapped_name", "=", "code_uniquify", "(", "basename", ",", "co", ".", "co_code", ")", "co_name", "=", "mapped_name", "assert", "mapped_name", "not", "in", "fn_name_map", "fn_name_map", "[", "mapped_name", "]", "=", "basename", "co", ".", "co_name", "=", "mapped_name", "pass", "elif", "co_name", "in", "fn_name_map", ":", "# FIXME: better would be a hash of the co_code", "mapped_name", "=", "code_uniquify", "(", "co_name", ",", "co", ".", "co_code", ")", "fn_name_map", "[", "mapped_name", "]", "=", "co_name", "co", ".", "co_name", "=", "mapped_name", "pass", "co", "=", "co", ".", "freeze", "(", ")", "all_fns", ".", "add", "(", "co_name", ")", "if", "co", ".", "co_name", "!=", "'<module>'", "or", "co", ".", "co_filename", ":", "real_out", ".", "write", "(", "\"\\n\"", "+", "format_code_info", "(", "co", ",", "version", ",", "mapped_name", ")", "+", "\"\\n\"", ")", "bytecode", "=", "Bytecode", "(", "co", ",", "opc", ",", "dup_lines", "=", "True", ")", "real_out", ".", "write", "(", "bytecode", ".", "dis", "(", "asm_format", "=", "True", ")", "+", "\"\\n\"", ")" ]

[ "Produces", "disassembly", "in", "a", "format", "more", "conducive", "to", "automatic", "assembly", "by", "producing", "inner", "modules", "before", "they", "are", "used", "by", "outer", "ones", ".", "Since", "this", "is", "recusive", "we", "ll", "use", "more", "stack", "space", "at", "runtime", "." ]

[ "def", "submit", "(", "self", ",", "code", ":", "str", ",", "results", ":", "str", "=", "\"html\"", ",", "prompt", ":", "dict", "=", "None", ")", "->", "dict", ":", "prompt", "=", "prompt", "if", "prompt", "is", "not", "None", "else", "{", "}", "odsopen", "=", "b\"ods listing close;ods \"", "+", "self", ".", "sascfg", ".", "output", ".", "encode", "(", ")", "+", "b\" (id=saspy_internal) file=stdout options(bitmap_mode='inline') device=svg style=\"", "+", "self", ".", "_sb", ".", "HTML_Style", ".", "encode", "(", ")", "+", "b\"; ods graphics on / outputfmt=png;\\n\"", "odsclose", "=", "b\"ods \"", "+", "self", ".", "sascfg", ".", "output", ".", "encode", "(", ")", "+", "b\" (id=saspy_internal) close;ods listing;\\n\"", "ods", "=", "True", "mj", "=", "b\";*\\';*\\\";*/;\"", "lstf", "=", "b''", "logf", "=", "b''", "bail", "=", "False", "eof", "=", "5", "bc", "=", "False", "done", "=", "False", "logn", "=", "self", ".", "_logcnt", "(", ")", "logcodei", "=", "\"%put E3969440A681A24088859985\"", "+", "logn", "+", "\";\"", "logcodeo", "=", "b\"\\nE3969440A681A24088859985\"", "+", "logn", ".", "encode", "(", ")", "pcodei", "=", "''", "pcodeiv", "=", "''", "pcodeo", "=", "''", "if", "self", ".", "pid", "==", "None", ":", "self", ".", "_sb", ".", "SASpid", "=", "None", "print", "(", "\"No SAS process attached. SAS process has terminated unexpectedly.\"", ")", "return", "dict", "(", "LOG", "=", "\"No SAS process attached. SAS process has terminated unexpectedly.\"", ",", "LST", "=", "''", ")", "rc", "=", "os", ".", "waitid", "(", "os", ".", "P_PID", ",", "self", ".", "pid", ",", "os", ".", "WEXITED", "|", "os", ".", "WNOHANG", ")", "if", "rc", "!=", "None", ":", "self", ".", "pid", "=", "None", "self", ".", "_sb", ".", "SASpid", "=", "None", "return", "dict", "(", "LOG", "=", "'SAS process has terminated unexpectedly. Pid State= '", "+", "str", "(", "rc", ")", ",", "LST", "=", "''", ")", "# to cover the possibility of an _asubmit w/ lst output not read; no known cases now; used to be __flushlst__()", "# removing this and adding comment in _asubmit to use _getlst[txt] so this will never be necessary; delete later", "#while(len(self.stdout.read1(4096)) > 0):", "# continue", "if", "results", ".", "upper", "(", ")", "!=", "\"HTML\"", ":", "ods", "=", "False", "if", "len", "(", "prompt", ")", ":", "pcodei", "+=", "'options nosource nonotes;\\n'", "pcodeo", "+=", "'options nosource nonotes;\\n'", "for", "key", "in", "prompt", ":", "gotit", "=", "False", "while", "not", "gotit", ":", "var", "=", "self", ".", "sascfg", ".", "_prompt", "(", "'Please enter value for macro variable '", "+", "key", "+", "' '", ",", "pw", "=", "prompt", "[", "key", "]", ")", "if", "var", "is", "None", ":", "raise", "KeyboardInterrupt", "if", "len", "(", "var", ")", ">", "0", ":", "gotit", "=", "True", "else", ":", "print", "(", "\"Sorry, didn't get a value for that variable.\"", ")", "if", "prompt", "[", "key", "]", ":", "pcodei", "+=", "'%let '", "+", "key", "+", "'='", "+", "var", "+", "';\\n'", "pcodeo", "+=", "'%symdel '", "+", "key", "+", "';\\n'", "else", ":", "pcodeiv", "+=", "'%let '", "+", "key", "+", "'='", "+", "var", "+", "';\\n'", "pcodei", "+=", "'options source notes;\\n'", "pcodeo", "+=", "'options source notes;\\n'", "if", "ods", ":", "self", ".", "stdin", ".", "write", "(", "odsopen", ")", "pgm", "=", "mj", "+", "b'\\n'", "+", "pcodei", ".", "encode", "(", "self", ".", "sascfg", ".", "encoding", ")", "+", "pcodeiv", ".", "encode", "(", "self", ".", "sascfg", ".", "encoding", ")", "pgm", "+=", "code", ".", "encode", "(", "self", ".", "sascfg", ".", "encoding", ")", "+", "b'\\n'", "+", "pcodeo", ".", "encode", "(", "self", ".", "sascfg", ".", "encoding", ")", "+", "b'\\n'", "+", "mj", "out", "=", "self", ".", "stdin", ".", "write", "(", "pgm", ")", "if", "ods", ":", "self", ".", "stdin", ".", "write", "(", "odsclose", ")", "out", "=", "self", ".", "stdin", ".", "write", "(", "b'\\n'", "+", "logcodei", ".", "encode", "(", "self", ".", "sascfg", ".", "encoding", ")", "+", "b'\\n'", ")", "self", ".", "stdin", ".", "flush", "(", ")", "while", "not", "done", ":", "try", ":", "while", "True", ":", "rc", "=", "os", ".", "waitid", "(", "os", ".", "P_PID", ",", "self", ".", "pid", ",", "os", ".", "WEXITED", "|", "os", ".", "WNOHANG", ")", "if", "rc", "is", "not", "None", ":", "log", "=", "b''", "try", ":", "log", "=", "self", ".", "stderr", ".", "read1", "(", "4096", ")", "if", "len", "(", "log", ")", ">", "0", ":", "logf", "+=", "log", "self", ".", "_log", "+=", "logf", ".", "decode", "(", "self", ".", "sascfg", ".", "encoding", ",", "errors", "=", "'replace'", ")", "except", ":", "pass", "self", ".", "pid", "=", "None", "self", ".", "_sb", ".", "SASpid", "=", "None", "return", "dict", "(", "LOG", "=", "'SAS process has terminated unexpectedly. Pid State= '", "+", "str", "(", "rc", ")", "+", "'\\n'", "+", "logf", ".", "decode", "(", "self", ".", "sascfg", ".", "encoding", ",", "errors", "=", "'replace'", ")", ",", "LST", "=", "''", ")", "if", "bail", ":", "eof", "-=", "1", "if", "eof", "<", "0", ":", "break", "if", "ods", ":", "lst", "=", "self", ".", "stdout", ".", "read1", "(", "4096", ")", "else", ":", "lst", "=", "self", ".", "stdout", ".", "read1", "(", "4096", ")", "if", "len", "(", "lst", ")", ">", "0", ":", "lstf", "+=", "lst", "else", ":", "log", "=", "self", ".", "stderr", ".", "read1", "(", "4096", ")", "if", "len", "(", "log", ")", ">", "0", ":", "logf", "+=", "log", "if", "logf", ".", "count", "(", "logcodeo", ")", ">=", "1", ":", "bail", "=", "True", "if", "not", "bail", "and", "bc", ":", "self", ".", "stdin", ".", "write", "(", "odsclose", "+", "logcodei", ".", "encode", "(", "self", ".", "sascfg", ".", "encoding", ")", "+", "b'\\n'", ")", "self", ".", "stdin", ".", "flush", "(", ")", "bc", "=", "False", "done", "=", "True", "except", "(", "ConnectionResetError", ")", ":", "log", "=", "''", "try", ":", "log", "=", "self", ".", "stderr", ".", "read1", "(", "4096", ")", "if", "len", "(", "log", ")", ">", "0", ":", "logf", "+=", "log", "self", ".", "_log", "+=", "logf", ".", "decode", "(", "self", ".", "sascfg", ".", "encoding", ",", "errors", "=", "'replace'", ")", "except", ":", "pass", "rc", "=", "0", "rc", "=", "os", ".", "waitpid", "(", "self", ".", "pid", ",", "0", ")", "self", ".", "pid", "=", "None", "self", ".", "_sb", ".", "SASpid", "=", "None", "log", "=", "logf", ".", "partition", "(", "logcodeo", ")", "[", "0", "]", "+", "b'\\nConnection Reset: SAS process has terminated unexpectedly. Pid State= '", "+", "str", "(", "rc", ")", ".", "encode", "(", ")", "+", "b'\\n'", "+", "logf", "return", "dict", "(", "LOG", "=", "log", ".", "encode", "(", ")", ",", "LST", "=", "''", ")", "except", "(", "KeyboardInterrupt", ",", "SystemExit", ")", ":", "print", "(", "'Exception caught!'", ")", "ll", "=", "self", ".", "_breakprompt", "(", "logcodeo", ")", "if", "ll", ".", "get", "(", "'ABORT'", ",", "False", ")", ":", "return", "ll", "logf", "+=", "ll", "[", "'LOG'", "]", "lstf", "+=", "ll", "[", "'LST'", "]", "bc", "=", "ll", "[", "'BC'", "]", "if", "not", "bc", ":", "print", "(", "'Exception handled :)\\n'", ")", "else", ":", "print", "(", "'Exception ignored, continuing to process...\\n'", ")", "self", ".", "stdin", ".", "write", "(", "odsclose", "+", "logcodei", ".", "encode", "(", "self", ".", "sascfg", ".", "encoding", ")", "+", "b'\\n'", ")", "self", ".", "stdin", ".", "flush", "(", ")", "if", "ods", ":", "try", ":", "lstf", "=", "lstf", ".", "decode", "(", ")", "except", "UnicodeDecodeError", ":", "try", ":", "lstf", "=", "lstf", ".", "decode", "(", "self", ".", "sascfg", ".", "encoding", ")", "except", "UnicodeDecodeError", ":", "lstf", "=", "lstf", ".", "decode", "(", "errors", "=", "'replace'", ")", "else", ":", "lstf", "=", "lstf", ".", "decode", "(", "self", ".", "sascfg", ".", "encoding", ",", "errors", "=", "'replace'", ")", "logf", "=", "logf", ".", "decode", "(", "self", ".", "sascfg", ".", "encoding", ",", "errors", "=", "'replace'", ")", "trip", "=", "lstf", ".", "rpartition", "(", "\"/*]]>*/\"", ")", "if", "len", "(", "trip", "[", "1", "]", ")", ">", "0", "and", "len", "(", "trip", "[", "2", "]", ")", "<", "100", ":", "lstf", "=", "''", "self", ".", "_log", "+=", "logf", "final", "=", "logf", ".", "partition", "(", "logcodei", ")", "z", "=", "final", "[", "0", "]", ".", "rpartition", "(", "chr", "(", "10", ")", ")", "prev", "=", "'%08d'", "%", "(", "self", ".", "_log_cnt", "-", "1", ")", "zz", "=", "z", "[", "0", "]", ".", "rpartition", "(", "\"\\nE3969440A681A24088859985\"", "+", "prev", "+", "'\\n'", ")", "logd", "=", "zz", "[", "2", "]", ".", "replace", "(", "mj", ".", "decode", "(", "self", ".", "sascfg", ".", "encoding", ")", ",", "''", ")", "lstd", "=", "lstf", ".", "replace", "(", "chr", "(", "12", ")", ",", "chr", "(", "10", ")", ")", ".", "replace", "(", "'<body class=\"c body\">'", ",", "'<body class=\"l body\">'", ")", ".", "replace", "(", "\"font-size: x-small;\"", ",", "\"font-size: normal;\"", ")", "return", "dict", "(", "LOG", "=", "logd", ",", "LST", "=", "lstd", ")" ]

[ "This", "method", "is", "used", "to", "submit", "any", "SAS", "code", ".", "It", "returns", "the", "Log", "and", "Listing", "as", "a", "python", "dictionary", ".", "code", "-", "the", "SAS", "statements", "you", "want", "to", "execute", "results", "-", "format", "of", "results", "HTML", "is", "default", "TEXT", "is", "the", "alternative", "prompt", "-", "dict", "of", "names", ":", "flags", "to", "prompt", "for", ";", "create", "macro", "variables", "(", "used", "in", "submitted", "code", ")", "then", "keep", "or", "delete", "The", "keys", "are", "the", "names", "of", "the", "macro", "variables", "and", "the", "boolean", "flag", "is", "to", "either", "hide", "what", "you", "type", "and", "delete", "the", "macros", "or", "show", "what", "you", "type", "and", "keep", "the", "macros", "(", "they", "will", "still", "be", "available", "later", ")", "for", "example", "(", "what", "you", "type", "for", "pw", "will", "not", "be", "displayed", "user", "and", "dsname", "will", ")", ":" ]

[ "def", "_unsigned_bounds", "(", "self", ")", ":", "ssplit", "=", "self", ".", "_ssplit", "(", ")", "if", "len", "(", "ssplit", ")", "==", "1", ":", "lb", "=", "ssplit", "[", "0", "]", ".", "lower_bound", "ub", "=", "ssplit", "[", "0", "]", ".", "upper_bound", "return", "[", "(", "lb", ",", "ub", ")", "]", "elif", "len", "(", "ssplit", ")", "==", "2", ":", "# ssplit[0] is on the left hemisphere, and ssplit[1] is on the right hemisphere", "lb_1", "=", "ssplit", "[", "0", "]", ".", "lower_bound", "ub_1", "=", "ssplit", "[", "0", "]", ".", "upper_bound", "lb_2", "=", "ssplit", "[", "1", "]", ".", "lower_bound", "ub_2", "=", "ssplit", "[", "1", "]", ".", "upper_bound", "return", "[", "(", "lb_1", ",", "ub_1", ")", ",", "(", "lb_2", ",", "ub_2", ")", "]", "else", ":", "raise", "Exception", "(", "'WTF'", ")" ]

[ "Get", "lower", "bound", "and", "upper", "bound", "for", "self", "in", "unsigned", "arithmetic", "." ]

[ "def", "failed_update", "(", "self", ",", "exception", ")", ":", "f", "=", "None", "with", "self", ".", "_lock", ":", "if", "self", ".", "_future", ":", "f", "=", "self", ".", "_future", "self", ".", "_future", "=", "None", "if", "f", ":", "f", ".", "failure", "(", "exception", ")", "self", ".", "_last_refresh_ms", "=", "time", ".", "time", "(", ")", "*", "1000" ]

[ "Update", "cluster", "state", "given", "a", "failed", "MetadataRequest", "." ]

[ "def", "lazy_reverse_binmap", "(", "f", ",", "xs", ")", ":", "return", "(", "f", "(", "y", ",", "x", ")", "for", "x", ",", "y", "in", "zip", "(", "xs", ",", "xs", "[", "1", ":", "]", ")", ")" ]

[ "Same", "as", "lazy_binmap", "except", "the", "parameters", "are", "flipped", "for", "the", "binary", "function" ]

[ "def", "GetOutputPluginStates", "(", "output_plugins", ",", "source", "=", "None", ",", "token", "=", "None", ")", ":", "output_plugins_states", "=", "[", "]", "for", "plugin_descriptor", "in", "output_plugins", ":", "plugin_class", "=", "plugin_descriptor", ".", "GetPluginClass", "(", ")", "try", ":", "_", ",", "plugin_state", "=", "plugin_class", ".", "CreatePluginAndDefaultState", "(", "source_urn", "=", "source", ",", "args", "=", "plugin_descriptor", ".", "plugin_args", ",", "token", "=", "token", ")", "except", "Exception", "as", "e", ":", "# pylint: disable=broad-except", "raise", "ValueError", "(", "\"Plugin %s failed to initialize (%s)\"", "%", "(", "plugin_class", ",", "e", ")", ")", "# TODO(amoser): Those do not need to be inside the state, they", "# could be part of the plugin descriptor.", "plugin_state", "[", "\"logs\"", "]", "=", "[", "]", "plugin_state", "[", "\"errors\"", "]", "=", "[", "]", "output_plugins_states", ".", "append", "(", "rdf_flow_runner", ".", "OutputPluginState", "(", "plugin_state", "=", "plugin_state", ",", "plugin_descriptor", "=", "plugin_descriptor", ")", ")", "return", "output_plugins_states" ]

[ "Initializes", "state", "for", "a", "list", "of", "output", "plugins", "." ]

[ "def", "mpd_command_provider", "(", "cls", ")", ":", "def", "collect", "(", "cls", ",", "callbacks", "=", "dict", "(", ")", ")", ":", "\"\"\"Collect MPD command callbacks from given class.\n\n Searches class __dict__ on given class and all it's bases for functions\n which have been decorated with @mpd_commands and returns a dict\n containing callback name as keys and\n (callback, callback implementing class) tuples as values.\n \"\"\"", "for", "name", ",", "ob", "in", "cls", ".", "__dict__", ".", "items", "(", ")", ":", "if", "hasattr", "(", "ob", ",", "\"mpd_commands\"", ")", "and", "name", "not", "in", "callbacks", ":", "callbacks", "[", "name", "]", "=", "(", "ob", ",", "cls", ")", "for", "base", "in", "cls", ".", "__bases__", ":", "callbacks", "=", "collect", "(", "base", ",", "callbacks", ")", "return", "callbacks", "for", "name", ",", "value", "in", "collect", "(", "cls", ")", ".", "items", "(", ")", ":", "callback", ",", "from_", "=", "value", "for", "command", "in", "callback", ".", "mpd_commands", ":", "cls", ".", "add_command", "(", "command", ",", "callback", ")", "return", "cls" ]

[ "Decorator", "hooking", "up", "registered", "MPD", "commands", "to", "concrete", "client", "implementation", "." ]

[ "def", "endpoint_update", "(", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "# validate params. Requires a get call to check the endpoint type", "client", "=", "get_client", "(", ")", "endpoint_id", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "\"endpoint_id\"", ")", "get_res", "=", "client", ".", "get_endpoint", "(", "endpoint_id", ")", "if", "get_res", "[", "\"host_endpoint_id\"", "]", ":", "endpoint_type", "=", "\"shared\"", "elif", "get_res", "[", "\"is_globus_connect\"", "]", ":", "endpoint_type", "=", "\"personal\"", "elif", "get_res", "[", "\"s3_url\"", "]", ":", "endpoint_type", "=", "\"s3\"", "else", ":", "endpoint_type", "=", "\"server\"", "validate_endpoint_create_and_update_params", "(", "endpoint_type", ",", "get_res", "[", "\"subscription_id\"", "]", ",", "kwargs", ")", "# make the update", "ep_doc", "=", "assemble_generic_doc", "(", "\"endpoint\"", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "res", "=", "client", ".", "update_endpoint", "(", "endpoint_id", ",", "ep_doc", ")", "formatted_print", "(", "res", ",", "text_format", "=", "FORMAT_TEXT_RAW", ",", "response_key", "=", "\"message\"", ")" ]

[ "Executor", "for", "globus", "endpoint", "update" ]