Datasets:

---

omniquad

/

BioNLP11ID-ggp-IOB

like 1

[ "Half", "of", "the", "nasal", "wash", "samples", "from", "the", "mice", "infected", "with", "DeltavicK", "had", "similar", "levels", "of", "SeM38", "-", "260", "-", "IgA", "reactivity", "with", "those", "from", "the", "mice", "infected", "with", "the", "wild", "-", "type", "strains", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Similarly", ",", "these", "4", "mice", "with", "higher", "IgA", "levels", "also", "had", "higher", "levels", "of", "SeM", "-", "specific", "systemic", "IgG", "(", "Fig", ".", "5B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Western", "blotting", "analysis", "was", "used", "to", "confirm", "the", "presence", "of", "SeM", "-", "specific", "IgG", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O" ]

[ "The", "wild", "-", "type", "sera", "and", "5", "of", "the", "8", "DeltavicK", "samples", "had", "strong", "immunoreactions", "with", "SeM38", "-", "260", "in", "Western", "blotting", "analysis", "(", "Fig", ".", "5C", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Thus", ",", "the", "DeltavicK", "mutant", "has", "the", "ability", "to", "induce", "mucosal", "and", "systemic", "immune", "responses", ",", "though", "there", "was", "host", "variation", "in", "these", "responses", "caused", "by", "DeltavicK", "infection", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "DISCUSSION" ]

[ "O" ]

[ "VicK", "is", "essential", "in", "B", ".", "subtilis", "[", "2", "]", "and", "S", ".", "aureus", "[", "3", "]", "but", "not", "in", "S", ".", "pneumoniae", "[", "7", "]", ",", "S", ".", "mutans", "[", "8", "]", ",", "and", "S", ".", "pyogenes", "[", "6", "]", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "successfully", "deleted", "the", "vicK", "gene", "of", "S", ".", "equi", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O" ]

[ "Thus", ",", "VicK", "is", "not", "essential", "in", "S", ".", "equi", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O" ]

[ "However", ",", "the", "DeltavicK", "mutant", "is", "attenuated", "in", "virulence", "in", "both", "mouse", "models", "of", "subcutaneous", "and", "intranasal", "S", ".", "equi", "infections", ",", "indicating", "that", "VicRK", "is", "important", "to", "virulence", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "results", "provide", "the", "further", "evidence", "for", "the", "importance", "of", "VicRK", "to", "virulence", "of", "Gram", "-", "positive", "pathogens", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "S", ".", "equi", "DeltavicK", "mutant", "does", "not", "grow", "as", "well", "as", "the", "wild", "-", "type", "strain", "in", "both", "THY", "and", "blood", ",", "suggesting", "that", "the", "vicK", "deletion", "causes", "defect", "in", "growth", ",", "a", "plausible", "reason", "that", "likely", "contributes", "to", "the", "attenuation", "of", "S", ".", "equi", "virulence", "in", "the", "mouse", "infection", "models", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O" ]

[ "This", "suggestion", "is", "further", "supported", "by", "the", "observations", "that", "both", "the", "wild", "-", "type", "and", "DeltavicK", "mutant", "strains", "are", "resistant", "to", "phagocytosis", "by", "PMNs", ",", "which", "suggest", "that", "VicRK", "is", "not", "required", "for", "the", "evasion", "of", "S", ".", "equi", "to", "the", "innate", "immunity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "introduced", "earlier", ",", "the", "various", "phenotypes", "have", "been", "described", "for", "the", "vicRK", "mutants", "of", "the", "various", "pathogens", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Whether", "the", "phenotypes", "are", "specific", "to", "particular", "organisms", "is", "not", "known", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "phenotypes", "of", "the", "S", ".", "equi", "DeltavicK", "mutant", "are", "similar", "to", "those", "of", "the", "S", ".", "pyogenes", "DeltavicK", "mutant", "[", "6", "]", ",", "suggesting", "that", "the", "growth", "defect", "phenotype", "may", "be", "a", "common", "feature", "of", "the", "vicRK", "mutants", "of", "various", "Gram", "-", "positive", "pathogens", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "DeltavicK", "mutant", "appears", "to", "possess", "the", "properties", "of", "a", "potential", "live", "vaccine", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "First", ",", "it", "is", "attenuated", "in", "virulence", "in", "the", "mouse", "infection", "models", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O" ]

[ "Secondly", ",", "DeltavicK", "inoculation", "protects", "mice", "against", "subsequent", "infection", "with", "wild", "-", "type", "S", ".", "equi", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O" ]

[ "Thirdly", ",", "most", "of", "the", "mice", "with", "intranasal", "DeltavicK", "infection", "produce", "mucosal", "IgA", "and", "systemic", "IgG", "specific", "to", "protective", "antigen", "SeM", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O" ]

[ "However", ",", "whether", "DeltavicK", "can", "be", "an", "effective", "live", "vaccine", "and", "whether", "the", "DeltavicK", "mutant", "has", "any", "advantages", "over", "the", "current", "live", "S", ".", "equi", "vaccine", "require", "the", "test", "of", "the", "mutant", "in", "horses", "since", "S", ".", "equi", "does", "not", "naturally", "infect", "mice", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "We", "hope", "to", "perform", "this", "expensive", "test", "in", "future", "when", "funds", "are", "available" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Coordinated", "Regulation", "of", "Virulence", "during", "Systemic", "Infection", "of", "Salmonella", "enterica", "Serovar", "Typhimurium" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM" ]

[ "To", "cause", "a", "systemic", "infection", ",", "Salmonella", "must", "respond", "to", "many", "environmental", "cues", "during", "mouse", "infection", "and", "express", "specific", "subsets", "of", "genes", "in", "a", "temporal", "and", "spatial", "manner", ",", "but", "the", "regulatory", "pathways", "are", "poorly", "established", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "unravel", "how", "micro", "-", "environmental", "signals", "are", "processed", "and", "integrated", "into", "coordinated", "action", ",", "we", "constructed", "in", "-", "frame", "non", "-", "polar", "deletions", "of", "83", "regulators", "inferred", "to", "play", "a", "role", "in", "Salmonella", "enteriditis", "Typhimurium", "(", "STM", ")", "virulence", "and", "tested", "them", "in", "three", "virulence", "assays", "(", "intraperitoneal", "[", "i", ".", "p", ".", "]", ",", "and", "intragastric", "[", "i", ".", "g", ".", "]", "infection", "in", "BALB", "/", "c", "mice", ",", "and", "persistence", "in", "129X1", "/", "SvJ", "mice", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O" ]

[ "Overall", ",", "35", "regulators", "were", "identified", "whose", "absence", "attenuated", "virulence", "in", "at", "least", "one", "assay", ",", "and", "of", "those", ",", "14", "regulators", "were", "required", "for", "systemic", "mouse", "infection", ",", "the", "most", "stringent", "virulence", "assay", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "a", "first", "step", "towards", "understanding", "the", "interplay", "between", "a", "pathogen", "and", "its", "host", "from", "a", "systems", "biology", "standpoint", ",", "we", "focused", "on", "these", "14", "genes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Transcriptional", "profiles", "were", "obtained", "for", "deletions", "of", "each", "of", "these", "14", "regulators", "grown", "under", "four", "different", "environmental", "conditions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "results", ",", "as", "well", "as", "publicly", "available", "transcriptional", "profiles", ",", "were", "analyzed", "using", "both", "network", "inference", "and", "cluster", "analysis", "algorithms", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "analysis", "predicts", "a", "regulatory", "network", "in", "which", "all", "14", "regulators", "control", "the", "same", "set", "of", "genes", "necessary", "for", "Salmonella", "to", "cause", "systemic", "infection", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "tested", "the", "regulatory", "model", "by", "expressing", "a", "subset", "of", "the", "regulators", "in", "trans", "and", "monitoring", "transcription", "of", "7", "known", "virulence", "factors", "located", "within", "Salmonella", "pathogenicity", "island", "2", "(", "SPI", "-", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "experiments", "validated", "the", "regulatory", "model", "and", "showed", "that", "the", "response", "regulator", "SsrB", "and", "the", "MarR", "type", "regulator", ",", "SlyA", ",", "are", "the", "terminal", "regulators", "in", "a", "cascade", "that", "integrates", "multiple", "signals", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Furthermore", ",", "experiments", "to", "demonstrate", "epistatic", "relationships", "showed", "that", "SsrB", "can", "replace", "SlyA", "and", ",", "in", "some", "cases", ",", "SlyA", "can", "replace", "SsrB", "for", "expression", "of", "SPI", "-", "2", "encoded", "virulence", "factors", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Introduction" ]

[ "O" ]

[ "Gastrointestinal", "infections", "are", "the", "second", "most", "common", "cause", "of", "childhood", "mortality", "in", "the", "developing", "world", "and", "Typhoid", "alone", "(", "caused", "by", "serovar", "Typhi", ")", "is", "estimated", "to", "result", "in", "500", ",", "000", "deaths", "per", "year", "[", "1", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "addition", "to", "fluid", "and", "electrolyte", "loss", ",", "non", "-", "typhoidal", "Salmonella", "often", "results", "in", "septicemia", "in", "children", "and", "in", "HIV", "infected", "adults", "in", "developing", "countries", "with", "a", "fatality", "rate", "of", "25", "%", "or", "greater", "[", "2", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Salmonella", "enteriditis", "serotype", "Typhimurium", "(", "referred", "to", "simply", "as", "Salmonella", "or", "Typhimurium", "below", ")", "is", "a", "paradigm", "for", "understanding", "intracellular", "pathogenesis", "because", "of", "its", "established", "genetics", "and", "simple", "and", "inexpensive", "animal", "model", "-", "the", "mouse", "." ]

[ "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "All", "strains", "of", "Salmonella", "enteriditis", "share", "at", "least", "95", "%", "sequence", "identity", ";", "the", "differences", "are", "associated", "with", "growth", "in", "a", "specific", "host", "or", "survival", "in", "an", "environmental", "niche", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "More", "than", "4", "%", "of", "the", "entire", "genome", "is", "required", "for", "Typhimurium", "to", "infect", "the", "mouse", "[", "3", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "genes", "are", "widely", "distributed", "around", "the", "entire", "circular", "chromosome", "including", "many", "genes", "not", "involved", "in", "metabolic", "processes", "nor", "required", "for", "growth", "under", "laboratory", "conditions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Numerous", "studies", "have", "assigned", "a", "small", "fraction", "of", "these", "genes", "to", "specific", "steps", "in", "mouse", "infection", "but", "most", "are", "still", "a", "mystery", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Many", "virulence", "genes", "are", "attributable", "to", "horizontally", "acquired", "DNA", "sequences", "that", "are", "not", "present", "in", "nonpathogenic", "but", "related", "bacteria", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "regions", "include", "two", "40", "kb", "stretches", "of", "DNA", "termed", "Salmonella", "pathogenicity", "islands", "1", "(", "SPI", "-", "1", ")", "and", "2", "(", "SPI", "-", "2", ")", "[", "4", "]", "-", "[", "9", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "SPI", "-", "1", "and", "SPI", "-", "2", "encode", "a", "secretion", "apparatus", "resembling", "a", "needle", "and", "related", "to", "the", "bacterial", "flagella", "that", "uses", "the", "proton", "motive", "force", "to", "secrete", "proteins", "directly", "into", "the", "cytoplasm", "of", "the", "eukaryotic", "cell", "[", "10", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Secretion", "can", "take", "place", "from", "extracellular", "bacteria", "that", "are", "juxtaposed", "to", "the", "surface", "of", "the", "cell", "or", "from", "intracellular", "bacteria", "located", "in", "vacuoles", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "two", "type", "III", "secretion", "systems", "are", "expressed", "under", "different", "environmental", "conditions", "and", "play", "distinct", "roles", "in", "pathogenesis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "SPI", "-", "2", "is", "known", "to", "be", "required", "for", "systemic", "infection", "whereas", "SPI", "-", "1", "plays", "an", "essential", "role", "during", "intestinal", "infection", "and", "in", "mouse", "persistence", "[", "11", "]", "-", "[", "14", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "During", "the", "course", "of", "systemic", "infection", "in", "mice", ",", "bacteria", "are", "found", "within", "neutrophils", ",", "monocytes", ",", "dendritic", "cells", ",", "and", "B", "and", "T", "cells", "but", "are", "not", "found", "extracellularly", "until", "the", "last", "one", "or", "two", "days", "immediately", "before", "death", "of", "the", "mouse", "[", "15", "]", "-", "[", "17", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "How", "Salmonella", "survives", "and", "replicates", "within", "the", "host", "and", "how", "it", "expresses", "virulence", "genes", "at", "the", "appropriate", "time", "during", "systemic", "infection", "is", "little", "understood", "and", "the", "subject", "of", "this", "work", "." ]

[ "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Technological", "advances", "in", "the", "last", "10", "years", "such", "as", "microarrays", ",", "whole", "genome", "sequences", ",", "and", "global", "proteomics", "have", "provided", "a", "more", "complete", "picture", "of", "gene", "expression", "for", "a", "number", "of", "bacteria", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "goal", "of", "the", "current", "work", "is", "to", "develop", "a", "predictive", "model", "for", "host", "-", "pathogen", "interactions", "that", "will", "provide", "insight", "into", "how", "Salmonella", "responds", "to", "specific", "conditions", "in", "the", "host", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "approach", "was", "based", "on", "identification", "of", "regulators", "that", "were", "necessary", "for", "Salmonella", "to", "cause", "a", "systemic", "infection", "and", "transcriptional", "profiling", "of", "isogenic", "derivatives", "missing", "the", "regulator", "under", "a", "variety", "of", "growth", "conditions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "transcriptional", "profiles", "provided", "more", "than", "300", ",", "000", "data", "point", ",", "necessitating", "computer", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "have", "used", "SEBINI", "(", "Software", "Environment", "for", "Biological", "Network", "Inference", ";", "[", "18", "]", ")", "to", "directly", "compare", "multiple", "network", "algorithms", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "network", "inference", "algorithm", "that", "we", "have", "used", "is", "the", "context", "likelihood", "of", "relatedness", "(", "CLR", ")", "to", "analyze", "the", "gene", "expression", "profiles", "[", "19", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "CLR", "is", "an", "extension", "of", "the", "relevance", "network", "class", "of", "machine", "learning", "algorithms", "[", "20", "]", "and", "provides", "the", "highest", "precision", "of", "several", "algorithms", "tested", "[", "19", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "At", "a", "60", "%", "true", "positive", "rate", ",", "CLR", "identified", "1", ",", "079", "regulatory", "interactions", "in", "E", ".", "coli", ",", "of", "which", "338", "were", "in", "previously", "known", "networks", "and", "741", "were", "novel", "predictions", "(", "ibid", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "analysis", "of", "our", "data", "provided", "a", "testable", "regulatory", "hierarchy", "and", "a", "list", "of", "genes", "with", "similar", "expression", "profiles", "as", "described", "below", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Results" ]

[ "O" ]

[ "Salmonella", "regulators", "required", "for", "systemic", "mouse", "infection", "Typhimurium", "encodes", "a", "surfeit", "of", "regulators", "(", "more", "than", "330", "based", "on", "annotation", "cited", "in", "NCBI", ")", "presumably", "because", "it", "can", "survive", "and", "replicate", "in", "many", "different", "environments", ",", "cause", "infection", "in", "diverse", "hosts", ",", "and", "can", "use", "multiple", "carbon", "sources", "and", "terminal", "electron", "acceptors", "." ]

[ "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "focused", "on", "83", "regulators", "presumed", "to", "play", "roles", "in", "virulence", ",", "based", "on", "published", "data", "including", "negative", "selection", "experiments", "[", "13", "]", ",", "[", "21", "]", "-", "[", "23", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "constructed", "non", "-", "polar", "in", "-", "frame", "deletions", "in", "which", "each", "regulator", "gene", "was", "replaced", "with", "a", "\"", "scar", "\"", "sequence", "using", "bacteriophage", "lambda", "-", "mediated", "recombination", "[", "24", "]", ",", "[", "25", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "list", "of", "83", "regulator", "genes", "is", "provided", "in", "Supporting", "Information", "(", "Table", "S1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "the", "two", "-", "component", "regulator", "ssrA", "/", "ssrB", "we", "constructed", "in", "-", "frame", "deletions", "missing", "ssrA", ",", "ssrB", "or", "both", ";", "for", "the", "other", "two", "two", "-", "component", "regulators", ",", "phoP", "/", "phoQ", "and", "ompR", "/", "envZ", ",", "both", "the", "signal", "sensor", "and", "response", "regulator", "were", "deleted", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "an", "initial", "screen", "two", "4", "-", "6", "weeks", "-", "old", "BALB", "/", "c", "mice", "were", "infected", "intraperitoneally", "(", "i", ".", "p", ".", ")", "with", "200", "colony", "forming", "units", "(", "CFU", ")", "of", "each", "deleted", "strain", "(", "about", "100x", "the", "LD50", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Mutations", "that", "resulted", "in", "either", "no", "deaths", ",", "one", "death", ",", "or", "delayed", "death", "of", "infected", "mice", "were", "retested", "with", "groups", "of", "5", "mice", "at", "the", "same", "dose", "(", "Figure", "1A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Based", "on", "this", "preliminary", "screen", "we", "chose", "the", "regulators", "spvR", ",", "fruR", ",", "himD", ",", "phoP", "/", "phoQ", ",", "ssrA", "/", "ssrB", ",", "slyA", ",", "hnr", ",", "rpoE", ",", "smpB", ",", "csrA", ",", "rpoS", ",", "crp", ",", "ompR", "/", "envZ", ",", "and", "hfq", "for", "further", "investigation", "(", "see", "Figure", "1", "and", "Table", "1", "for", "references", "and", "descriptions", ";", "a", "complete", "list", "of", "virulence", "phenotypes", "is", "provided", "in", "Table", "S1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "It", "is", "possible", "that", "additional", "regulators", "would", "be", "identified", "if", "a", "larger", "group", "of", "mice", "were", "used", "in", "the", "initial", "screen", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "LD50", "for", "each", "of", "the", "mutants", "was", "computed", "as", "shown", "in", "Figure", "1B", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Compared", "to", "the", "parental", "strain", "(", "ATCC14028", ")", ",", "which", "has", "an", "LD50", "of", "1", "-", "2", "cfu", ",", "all", "of", "the", "derivatives", "were", "attenuated", "for", "virulence", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "14", "deletion", "strains", "lacking", "regulators", "reported", "in", "this", "study", "were", "selected", "from", "i", ".", "p", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "BALB", "/", "c", "mice", "infection", "to", "eliminate", "other", "regulators", "required", "only", "for", "gastrointestinal", "infection", "or", "persistence", "but", "most", "of", "these", "strains", "were", "avirulent", "in", "another", "strain", "of", "mice", "(", "129X1", "/", "SvJ", ")", "and", "by", "other", "route", "(", "intragastric", ")", "of", "infection", "(", "see", "Table", "S1", ")", "." ]

[ "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Therefore", "the", "regulators", "investigated", "in", "this", "study", "might", "be", "considered", "the", "most", "central", "regulators", "for", "virulence", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "the", "other", "virulence", "assays", ",", "the", "83", "derivatives", "were", "tested", "for", "virulence", "by", "intragastric", "(", "i", ".", "g", ".", ")", "BALB", "/", "c", "infection", "and", "by", "a", "more", "sensitive", "competitive", "index", "(", "CI", ")", "experiment", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "the", "competitive", "index", "experiment", "all", "mutants", "were", "co", "-", "administered", "to", "129X1", "/", "SvJ", "mice", "and", "the", "number", "of", "each", "surviving", "mutant", "bacteria", "was", "determined", "7", "days", "after", "i", ".", "p", ".", "inoculation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "BALB", "/", "c", "mice", "are", "missing", "natural", "resistance", "-", "associated", "macrophage", "protein", "(", "Nramp1", ")", "and", "thus", "succumb", "to", "Typhimurium", "infection", "within", "a", "week", "when", "mice", "are", "infected", "i", ".", "p", ".", "with", "less", "than", "10", "bacteria", "of", "the", "strain", "employed", "here", "(", "14028", ")", "." ]

[ "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Unlike", "BALB", "/", "c", ",", "129X1", "/", "SvJ", "mice", "have", "a", "functional", "copy", "of", "Nramp1", "and", "the", "bacteria", "persist", "for", "several", "weeks", "without", "killing", "the", "mouse", "[", "13", "]", ",", "[", "26", "]", "." ]

[ "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "CI", "test", "identified", "30", "(", "out", "of", "83", ")", "regulator", "mutants", "that", "were", "attenuated", "in", "comparison", "to", "the", "wild", "type", "control", "(", "see", "Table", "S1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "14", "derivatives", "chosen", "for", "this", "study", "were", "among", "those", "showing", "the", "poorest", "survival", "by", "comparison", "to", "the", "parent", "in", "this", "competitive", "index", "experiment", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "14", "regulators", "identified", "were", "diverse", "and", "included", "alternative", "sigma", "factors", "(", "rpoS", "and", "rpoE", ")", ",", "two", "-", "component", "regulators", "(", "ompR", "/", "envZ", ",", "phoP", "/", "phoQ", ",", "and", "ssrA", "/", "ssrB", ")", ",", "a", "response", "regulator", "for", "which", "the", "signal", "sensor", "is", "unknown", "(", "hnr", "or", "mviA", ")", ",", "post", "-", "transcriptional", "regulators", "(", "csrA", ",", "hfq", "and", "smpB", ")", ",", "a", "bending", "protein", "essential", "for", "some", "types", "of", "recombination", "(", "ihf", ")", "and", "an", "assortment", "of", "other", "DNA", "binding", "proteins", "(", "fruR", ",", "spvR", ",", "crp", ",", "and", "slyA", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "Transcription", "profiling", "was", "carried", "out", "for", "isogenic", "deletion", "mutants", "in", "each", "of", "these", "14", "genes", "under", "four", "different", "conditions", "and", "analyzed", "to", "infer", "a", "regulatory", "hierarchy", "during", "systemic", "infection", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Salmonella", "transcription", "profiles", "for", "the", "following", "regulators", "have", "already", "been", "reported", ":", "rpoE", "[", "27", "]", ";", "phoP", "/", "phoQ", "[", "28", "]", ";", "ssrA", "/", "ssrB", "[", "29", "]", ";", "csrA", "[", "30", "]", ";", "slyA", "[", "31", "]", ";", "ihf", "[", "32", "]", ";", "hfq", "[", "33", "]", "." ]

[ "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Our", "results", "closely", "match", "these", "published", "results", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "large", "degree", "of", "attenuation", "we", "observed", "for", "an", "spvR", "mutation", "following", "i", ".", "p", ".", "infection", "was", "surprising", ",", "as", "most", "studies", "had", "limited", "its", "effect", "to", "the", "i", ".", "g", ".", "route", "of", "infection", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "validate", "this", "result", "we", "complemented", "the", "spvR", "mutation", "in", "trans", "and", "found", "complete", "complementation", "in", "mouse", "virulence", "(", "Figure", "S1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "differences", "between", "our", "results", "and", "others", "are", "most", "likely", "related", "to", "the", "different", "strains", "of", "Salmonella", "used", "in", "the", "studies", "[", "34", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "the", "other", "mutations", "we", "have", "mobilized", "the", "mutation", "into", "a", "new", "genetic", "background", "by", "P22", "transduction", "to", "ensure", "that", "there", "is", "no", "secondary", "mutation", "that", "influences", "the", "results", "[", "35", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "ability", "of", "Salmonella", "to", "survive", "and", "replicate", "in", "macrophages", "is", "necessary", "but", "not", "sufficient", "for", "mouse", "virulence" ]

[ "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "Previous", "work", "demonstrated", "that", "Salmonella", "mutants", "that", "were", "unable", "to", "survive", "within", "elicited", "peritoneal", "macrophages", "were", "attenuated", "for", "virulence", "during", "systemic", "mouse", "infection", "[", "36", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "fact", ",", "fluorescence", "-", "activated", "cell", "sorting", "analysis", "of", "infected", "blood", "and", "spleen", "using", "Salmonella", "that", "expresses", "green", "fluorescent", "protein", "does", "not", "identify", "any", "extracellular", "bacteria", "[", "16", "]", ",", "[", "37", "]", ",", "[", "38", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Salmonella", "is", "within", "blood", "monocytes", "and", "in", "other", "WBC", "in", "the", "spleen", "including", "neutrophils", ",", "dendritic", "cells", ",", "and", "B", "and", "T", "cells", "in", "these", "reports", "(", "ibid", ")", "." ]

[ "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "It", "is", "possible", "that", "growth", "in", "cells", "types", "other", "than", "macrophages", "is", "necessary", "for", "Salmonella", "to", "cause", "a", "systemic", "infection", "in", "mice", "following", "i", ".", "p", ".", "administration", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Thus", ",", "some", "of", "the", "regulatory", "mutations", "described", "here", "may", "affect", "growth", "in", "cells", "types", "other", "than", "macrophages", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "therefore", "wished", "to", "determine", "if", "there", "is", "a", "direct", "relationship", "between", "growth", "in", "macrophages", "and", "mouse", "virulence", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O" ]

[ "In", "these", "studies", "we", "used", "primary", "bone", "marrow", "-", "derived", "macrophages", "(", "BMDM", ")", "from", "the", "same", "strain", "of", "mouse", "as", "used", "in", "the", "original", "identification", "of", "attenuated", "regulatory", "mutants", "(", "BALB", "/", "c", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O" ]

[ "The", "identical", "number", "of", "input", "bacteria", "and", "the", "identical", "number", "of", "macrophages", "were", "used", "in", "every", "infection", "experiment", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "observed", "by", "others", ",", "following", "phagocytosis", "there", "is", "some", "bacterial", "killing", "that", "varied", "from", "strain", "to", "strain", "followed", "by", "intracellular", "growth", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "monitored", "the", "number", "of", "intracellular", "bacteria", "at", "an", "early", "time", "(", "30", "min", ")", "to", "determine", "the", "number", "of", "bacteria", "internalized", "(", "Figure", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Even", "at", "the", "shortest", "time", "few", "intracellular", "bacteria", "were", "recovered", "from", "macrophage", "infection", "with", "an", "rpoE", "mutant", ",", "suggesting", "that", "this", "strain", "is", "very", "sensitive", "to", "microbicidal", "factors", "released", "by", "macrophages", "on", "contact", "with", "bacteria", "or", "doesn", "'", "t", "get", "internalized", "very", "well", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "At", "2", ".", "0", "hrs", "post", "infection", "there", "was", "a", "decrease", "in", "bacterial", "numbers", "that", "varied", "from", "strain", "to", "strain", "presumably", "reflecting", "variation", "in", "the", "sensitivity", "to", "bacterial", "killing", "by", "the", "oxidative", "burst", ",", "acidic", "pH", ",", "and", "antimicrobial", "peptides", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]