Datasets:

---

omniquad

/

BioNLP11ID-ggp-IOB

like 1

[ "The", "rapid", "decrease", "in", "luminescence", "corresponded", "with", "a", "loss", "of", "bacterial", "viability", ",", "as", "determined", "by", "plating", "(", "Fig", "1D", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "One", "percent", "(", "w", "/", "v", ")", "extracellular", "DNA", "in", "LB", "also", "inhibited", "the", "growth", "of", "Escherichia", "coli", ",", "Staphylococcus", "aureus", "and", "Burkholderia", "cenocepacia", "(", "data", "not", "shown", ")", ",", "suggesting", "that", "the", "antimicrobial", "activity", "of", "DNA", "is", "not", "unique", "to", "P", ".", "aeruginosa", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O" ]

[ "Extracellular", "DNA", "induces", "cell", "death", "by", "membrane", "perturbation", "and", "cell", "lysis" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "DNA", "is", "a", "highly", "anionic", "polymer", "due", "to", "the", "phosphates", "in", "the", "deoxyribose", "backbone", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "property", ",", "in", "combination", "with", "the", "fast", "-", "killing", "observed", "in", "response", "to", "extracellular", "DNA", "led", "us", "to", "hypothesize", "that", "addition", "of", "exogenous", "DNA", "resulted", "in", "the", "loss", "of", "membrane", "integrity", "through", "cation", "chelation", ",", "in", "a", "manner", "similar", "to", "that", "observed", "with", "the", "known", "cation", "chelator", "EDTA", "[", "58", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "OM", "of", "P", ".", "aeruginosa", "contains", "a", "20", ":", "1", "ratio", "of", "Mg2", "+", ":", "Ca2", "+", "cations", "[", "59", "]", ",", "which", "bind", "to", "and", "stabilize", "LPS", "in", "the", "outer", "leaflet", "of", "the", "OM", "[", "58", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "EDTA", "treatment", "of", "cells", "resulted", "in", "chelation", "and", "removal", "of", "divalent", "cations", "from", "the", "OM", ",", "leading", "to", "disruption", "of", "the", "OM", "[", "58", "]", "." ]

[ "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "determine", "the", "effect", "of", "DNA", "on", "membrane", "integrity", ",", "microscopic", "analysis", "in", "response", "to", "lethal", "concentrations", "of", "DNA", "and", "relevant", "controls", "was", "performed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Lipoproteins", "are", "lipid", "-", "modified", "proteins", "anchored", "in", "the", "outer", "leaflet", "of", "the", "IM", "or", "the", "inner", "leaflet", "of", "the", "OM", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "P", ".", "aeruginosa", "cells", "producing", "mCherry", "fluorescent", "membrane", "-", "anchored", "lipoproteins", "(", "lipoChFP", ")", "that", "are", "localized", "to", "either", "the", "OM", "or", "IM", "[", "60", "]", ",", "[", "61", "]", "were", "used", "as", "markers", "of", "OM", "and", "IM", "integrity", "." ]

[ "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "LipoChFP", "-", "labelled", "P", ".", "aeruginosa", "cells", "showed", "dramatic", "membrane", "perturbations", "when", "exposed", "to", "2", "%", "(", "w", "/", "v", ")", "DNA", ",", "but", "showed", "uniform", "membrane", "staining", "patterns", "in", "untreated", "cells", "(", "Fig", "2A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "OM", "perturbations", "in", "DNA", "-", "exposed", "cells", "included", "regions", "of", "patchy", "fluorescence", "and", "the", "release", "of", "OMVs", ",", "while", "the", "IM", "perturbations", "were", "visualized", "simply", "as", "patchy", "and", "irregular", "regions", "of", "membrane", "fluorescence", "(", "Fig", "2A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "EDTA", ",", "the", "known", "cation", "chelator", "caused", "comparable", "IM", "and", "OM", "perturbations", "as", "those", "observed", "in", "cells", "exposed", "to", "extracellular", "DNA", "." ]

[ "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Propidium", "iodide", "(", "PI", ")", "stains", "extracellular", "DNA", "and", "DNA", "in", "dead", "cells", "." ]

[ "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "PI", "staining", "was", "observed", "in", "cells", "exposed", "to", "DNA", "and", "EDTA", ",", "confirming", "that", "this", "treatment", "was", "lethal", "(", "Fig", "2B", ")", "." ]

[ "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "PI", "staining", "also", "revealed", "the", "presence", "of", "long", "strands", "of", "genomic", "DNA", ",", "presumably", "as", "a", "consequence", "of", "the", "loss", "of", "membrane", "integrity", ",", "cell", "lysis", "and", "release", "of", "cytoplasmic", "contents", ",", "including", "DNA", "(", "Fig", "2B", ")", "." ]

[ "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "DNA", "released", "by", "lysed", "cells", "formed", "a", "mesh", "-", "like", "coating", "surrounding", "and", "connecting", "individual", "bacterial", "cells", "(", "Fig", "2B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Degradation", "of", "these", "strands", "by", "DNAse", "treatment", "of", "lysed", "cells", "confirmed", "that", "these", "fibres", "were", "composed", "of", "DNA", "(", "Fig", "S1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Pseudomonas", "specific", "semi", "-", "quantitative", "PCR", "(", "qPCR", ")", "was", "also", "performed", "to", "confirm", "that", "the", "DNA", "released", "following", "DNA", "or", "EDTA", "treated", "cells", "was", "in", "fact", "genomic", "DNA", "from", "P", ".", "aeruginosa", "(", "Fig", "2C", ")", "." ]

[ "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Buffer", "treated", "control", "cells", "showed", "intense", "green", "staining", "with", "syto9", "(", "indicating", "viability", ")", "and", "a", "lack", "of", "PI", "staining", "(", "indicating", "no", "dead", "/", "dying", "cells", "or", "DNA", "release", ")", "(", "Fig", "S1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "DNA", "has", "cation", "chelating", "activity" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "observation", "that", "DNA", "disrupted", "the", "integrity", "of", "the", "cell", "envelope", "causing", "cell", "lysis", "suggested", "that", "DNA", "was", "acting", "as", "a", "cation", "chelator", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "confirm", "that", "DNA", "-", "mediated", "killing", "was", "a", "result", "of", "cation", "chelation", ",", "excess", "Mg2", "+", ",", "Ca2", "+", ",", "Mn2", "+", ",", "and", "Zn2", "+", "were", "added", "to", "P", ".", "aeruginosa", "cultures", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O" ]

[ "The", "rapidity", "of", "DNA", "-", "induced", "cell", "death", "ruled", "out", "the", "possibility", "that", "death", ",", "or", "lack", "of", "growth", ",", "was", "simply", "due", "to", "cation", "starvation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Addition", "of", "excess", "cations", "to", "planktonic", "cultures", "inhibited", "the", "fast", "-", "acting", "antimicrobial", "effects", "of", "DNA", "(", "Fig", "3A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Protection", "was", "measured", "in", "response", "to", "a", "range", "of", "cation", "concentrations", ",", "where", "the", "highest", "concentration", "tested", "was", "that", "which", "remained", "soluble", "in", "the", "presence", "of", "DNA", "(", "3", ".", "125", "-", "25", "mM", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "concentration", "at", "which", "maximal", "protection", "was", "obtained", "for", "each", "cation", "is", "represented", "in", "Fig", "3A", "(", "25", "mM", "Mg2", "+", ";", "6", ".", "25", "mM", "Ca2", "+", ";", "6", ".", "25", "Mn2", "+", ";", "3", ".", "125", "mM", "Zn2", "+", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O" ]

[ "Kill", "curve", "assays", "indicated", "that", "the", "addition", "of", "Mg2", "+", ",", "Ca2", "+", "or", "Mn2", "+", "provided", "protection", "from", "DNA", "-", "induced", "lysis", ",", "however", ",", "the", "addition", "of", "Zn2", "+", "did", "not", "protect", "from", "DNA", "-", "mediated", "killing", "(", "Fig", "3A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "a", "similar", "manner", ",", "the", "addition", "of", "excess", "Mg2", "+", ",", "Ca2", "+", "and", "Mn2", "+", "restored", "growth", "of", "P", ".", "aeruginosa", "in", "BM2", "media", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Only", "partial", "restoration", "of", "growth", "was", "observed", "in", "the", "presence", "of", "Zn2", "+", "(", "Fig", "3B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "increased", "protection", "observed", "following", "addition", "of", "Mg2", "+", "and", "Ca2", "+", "is", "likely", "due", "to", "their", "importance", "in", "membrane", "integrity", "where", "they", "function", "to", "stabilize", "the", "OM", "by", "crosslinking", "adjacent", "LPS", "molecules", "[", "58", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Cations", "play", "diverse", "physiologically", "important", "roles", "within", "a", "cell", ";", "from", "detoxification", "of", "reactive", "oxygen", "species", "and", "co", "-", "factors", "for", "enzymes", "to", "the", "stabilization", "of", "macromolecules", "within", "the", "cell", "[", "62", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Since", "Mg2", "+", "limitation", "has", "been", "shown", "to", "be", "associated", "with", "CAP", "resistance", "in", "P", ".", "aeruginosa", "[", "44", "]", ",", "[", "45", "]", ",", "[", "47", "]", ",", "we", "sought", "to", "determine", "if", "Mg2", "+", "chelation", "by", "DNA", "may", "account", ",", "at", "least", "in", "part", ",", "for", "the", "increased", "antibiotic", "resistance", "observed", "in", "biofilms", "." ]

[ "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Extracellular", "DNA", "induces", "expression", "of", "the", "PA3552", "-", "PA3559", "CAP", "resistance", "operon", "in", "planktonic", "cultures" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "P", ".", "aeruginosa", ",", "the", "PhoPQ", "and", "PmrAB", "-", "controlled", "response", "to", "magnesium", "limitation", "includes", "the", "induction", "of", "the", "PA3552", "and", "its", "neighbouring", "genes", "." ]

[ "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "genes", "PA3552", "-", "PA3559", "are", "co", "-", "regulated", "under", "low", "Mg2", "+", "conditions", "and", "are", "thought", "to", "be", "organized", "as", "an", "operon", "[", "45", "]", "-", "[", "47", "]", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "genes", "encode", "an", "LPS", "modification", "pathway", "required", "for", "the", "addition", "of", "aminoarabinose", "to", "lipid", "A", ",", "which", "reduces", "the", "OM", "permeability", "to", "CAPs", ",", "thus", "conferring", "resistance", "[", "48", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "determine", "if", "extracellular", "DNA", "imposes", "Mg2", "+", "limitation", ",", "we", "measured", "the", "gene", "expression", "of", "a", "chromosomally", "encoded", "transcriptional", "lux", "(", "bioluminescence", ")", "fusion", "to", "PA3553", ",", "as", "a", "measure", "of", "the", "CAP", "resistance", "operon", "expression", "in", "planktonic", "cultures", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "PA3553", ":", ":", "lux", "expression", "was", "strongly", "induced", "(", "up", "to", "10", "-", "fold", ")", "by", "sub", "-", "inhibitory", "concentrations", "of", "low", "molecular", "weight", "salmon", "sperm", "DNA", "(", "Fig", "4A", ")", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Induction", "of", "the", "CAP", "resistance", "operon", "was", "dose", "-", "dependent", "with", "increasing", "DNA", "concentrations", "up", "to", "0", ".", "5", "%", "(", "w", "/", "v", ")", "DNA", ",", "at", "which", "growth", "is", "inhibited", "(", "Fig", "4A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Addition", "of", "excess", "Mg2", "+", "(", "5", "mM", ")", "to", "the", "growth", "medium", "completely", "repressed", "the", "expression", "of", "PA3553", "in", "cultures", "supplemented", "with", "DNA", ",", "except", "at", "the", "highest", "DNA", "concentration", "tested", "(", "0", ".", "5", "%", "(", "w", "/", "v", ")", ")", "(", "Fig", "4B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "similar", "induction", "profile", "of", "PA3553", ":", ":", "lux", "was", "observed", "following", "exposure", "to", "high", "molecular", "weight", "P", ".", "aeruginosa", "genomic", "DNA", "(", "not", "shown", ")", "or", "P", ".", "aeruginosa", "genomic", "DNA", "that", "was", "mechanically", "sheared", "by", "sonication", "(", "Fig", "4C", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "P", ".", "aeruginosa", "genomic", "DNA", "inhibited", "growth", "at", "similar", "concentrations", "as", "salmon", "sperm", "DNA", "." ]

[ "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O" ]

[ "Thus", ",", "the", "ability", "of", "extracellular", "DNA", "to", "chelate", "magnesium", "is", "independent", "of", "origin", "and", "molecular", "weight", ",", "indicating", "that", "chelation", "is", "a", "general", "property", "of", "this", "negatively", "charged", "polymer", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "ensure", "that", "induction", "of", "PA3553", "expression", "was", "specific", "to", "the", "ability", "of", "DNA", "to", "chelate", "cations", ",", "DNAse", "treated", "DNA", "was", "assessed", "for", "its", "ability", "to", "induce", "PA3553", "gene", "expression", "(", "Fig", "4D", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "DNAse", "treated", "DNA", "failed", "to", "induce", "PA3553", "gene", "expression", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O" ]

[ "However", "the", "addition", "of", "DNAse", "buffer", "to", "cells", "in", "our", "buffer", "control", "experiment", "also", "abolished", "induction", "of", "PA3553", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O" ]

[ "This", "is", "due", "to", "the", "addition", "of", "excess", "Mg2", "+", "ions", "as", "part", "of", "the", "DNAse", "buffer", ",", "which", "is", "required", "for", "DNAse", "activity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Thus", ",", "it", "is", "impossible", "to", "determine", "conclusively", "if", "DNAse", "treatment", "of", "DNA", "abolished", "PA3553", "gene", "expression", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O" ]

[ "Expression", "of", "the", "CAP", "resistance", "operon", "PA3552", "-", "PA3559", "is", "induced", "in", "biofilms", "in", "response", "to", "extracellular", "DNA" ]

[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "determine", "the", "influence", "of", "extracellular", "DNA", "on", "PA3553", "gene", "expression", "in", "biofilms", ",", "DNA", "-", "enriched", "biofilms", "were", "cultivated", "on", "the", "surface", "of", "polystyrene", "pegs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]

[ "Consistent", "with", "previous", "reports", "that", "DNA", "is", "a", "component", "of", "biofilms", "[", "50", "]", ",", "[", "51", "]", ",", "we", "observed", "DNA", "in", "24", "h", "old", "peg", "-", "adhered", "biofilms", "(", "Fig", "5A", "and", "5B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Double", "staining", "of", "P", ".", "aeruginosa", "with", "syto9", "(", "stains", "viable", "cells", "green", ")", "and", "the", "extracellular", "DNA", "stain", "DDAO", "(", "red", ")", "[", "51", "]", "was", "used", "to", "visualize", "DNA", "as", "a", "loose", "lattice", "in", "biofilms", "formed", "on", "polystyrene", "pegs", "after", "24", "h", "(", "Fig", "5A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "DNA", "was", "also", "visualized", "(", "PI", "stained", ")", "as", "a", "mesh", "-", "like", "DNA", "matrix", "in", "1", "day", "-", "old", "peg", "-", "adhered", "biofilm", "monolayers", "(", "Fig", "5B", ")", ",", "which", "resembled", "the", "thread", "-", "like", "projections", "of", "genomic", "DNA", "observed", "in", "DNA", "or", "EDTA", "-", "lysed", "cells", "(", "Fig", "2B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "localization", "patterns", "of", "extracellular", "DNA", "are", "suggestive", "of", "DNA", "gradients", "within", "biofilms", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Biofilm", "formation", "was", "inhibited", "at", "extracellular", "DNA", "concentrations", ">", "/", "=", "0", ".", "5", "%", "(", "w", "/", "v", ")", "(", "Fig", "6A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "is", "consistent", "with", "the", "observed", "growth", "inhibition", "of", "planktonic", "cells", "at", "similar", "DNA", "concentrations", "(", "Fig", "1A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "One", "-", "day", "old", "PA3553", ":", ":", "lux", "biofilms", "were", "washed", "to", "remove", "non", "-", "adhered", "cells", "and", "gene", "expression", "was", "measured", "from", "the", "cells", "adhered", "to", "the", "polystyrene", "peg", "surface", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O" ]

[ "PA3553", "gene", "expression", "was", "strongly", "induced", ",", "up", "to", "20", "-", "fold", ",", "in", "peg", "-", "adhered", "biofilms", ",", "with", "the", "highest", "induction", "at", "0", ".", "5", "%", "(", "w", "/", "v", ")", "extracellular", "DNA", "(", "Fig", "6B", ")", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Although", "gene", "expression", "was", "measured", "in", "a", "mutant", "background", ",", "both", "PAO1", "and", "PA3553", ":", ":", "lux", "had", "similar", "biofilm", "phenotypes", "in", "each", "condition", "tested", "(", "Fig", "6A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "biofilms", "cultivated", "in", "the", "presence", "of", "extracellular", "DNA", "supplemented", "with", "excess", "Mg2", "+", "(", "5", "mM", ")", ",", "PA3553", "gene", "expression", "was", "completely", "repressed", "(", "data", "not", "shown", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "DNA", "chelation", "of", "Mg2", "+", ",", "Ca2", "+", "or", "Mn2", "+", "but", "not", "Zn2", "+", "induces", "PA3553", "expression" ]

[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-PROTEIN", "O" ]

[ "At", "lethal", "concentrations", ",", "extracellular", "DNA", "induced", "cell", "lysis", "by", "chelating", "cations", "from", "the", "OM", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "antimicrobial", "activity", "can", "be", "prevented", "if", "DNA", "is", "pre", "-", "loaded", "with", "Mg2", "+", ",", "Ca2", "+", "or", "Mn2", "+", ",", "but", "not", "Zn2", "+", ",", "prior", "to", "treatment", "of", "cells", "(", "Fig", "3A", "and", "3B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "determine", "the", "specificity", "of", "cation", "chelation", ",", "flame", "atomic", "absorption", "spectroscopy", "was", "employed", "to", "quantitate", "DNA", "-", "dependent", "removal", "of", "cations", "from", "buffer", "containing", "known", "concentrations", "of", "Mg2", "+", ",", "Ca2", "+", ",", "Mn2", "+", "or", "Zn2", "+", "and", "a", "combination", "of", "all", "four", "cations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "DNA", "was", "capable", "of", "binding", "all", "four", "cations", "at", "similar", "levels", "(", "80", "-", "88", "%", ")", ",", "whether", "alone", "(", "Fig", "7A", ")", "or", "in", "combination", "(", "data", "not", "shown", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "ensure", "binding", "was", "specific", "to", "DNA", "a", "negative", "control", "was", "included", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "concentration", "of", "Mg2", "+", "that", "bound", "to", "the", "column", "in", "the", "absence", "of", "DNA", "is", "indicated", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "At", "sub", "-", "lethal", "concentrations", ",", "extracellular", "DNA", "imposes", "a", "cation", "limitation", "that", "leads", "to", "induction", "of", "PA3553", "(", "Fig", "4A", ")", ",", "which", "can", "be", "repressed", "by", "excess", "Mg2", "+", "(", "Fig", "4B", ")", ",", "indicating", "that", "P", ".", "aeruginosa", "senses", "Mg2", "+", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O" ]

[ "The", "P", ".", "aeruginosa", "PhoQ", "sensor", "kinase", "protein", "has", "been", "shown", "to", "bind", "to", "and", "be", "repressed", "by", "Mg2", "+", "and", "Ca2", "+", "cations", "[", "63", "]", ",", "[", "64", "]", "." ]

[ "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Under", "limiting", "Mg2", "+", "conditions", ",", "the", "addition", "of", "excess", "Mg2", "+", ",", "Ca2", "+", "or", "Mn2", "+", ",", "but", "not", "Zn2", "+", ",", "repressed", "PA3553", "expression", "(", "Fig", "7B", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Taken", "together", ",", "these", "data", "indicate", "that", "P", ".", "aeruginosa", "can", "sense", "the", "presence", "of", "Mg2", "+", ",", "Ca2", "+", "or", "Mn2", "+", "and", "that", "chelation", "of", "these", "same", "cations", "by", "DNA", "results", "in", "induction", "of", "the", "PA3552", "-", "PA3559", "LPS", "modification", "operon", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O" ]

[ "DNA", "induces", "resistance", "to", "CAPs", "and", "aminoglycosides" ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL" ]

[ "To", "determine", "if", "DNA", "-", "induced", "expression", "of", "PA3552", "-", "PA3559", "resulted", "in", "increased", "resistance", "to", "antimicrobials", ",", "antibiotic", "susceptibility", "testing", "of", "P", ".", "aeruginosa", "biofilms", "grown", "in", "the", "presence", "and", "absence", "of", "extracellular", "DNA", "was", "performed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Biofilms", "were", "cultivated", "on", "96", "-", "well", "format", ",", "polystyrene", "pegs", "submerged", "in", "BM2", "defined", "media", ",", "with", "or", "without", "sub", "-", "inhibitory", "concentrations", "of", "extracellular", "DNA", "(", "0", ".", "75", "%", "(", "w", "/", "v", ")", ")", ",", "and", "challenged", "with", "antibiotics", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "After", "antibiotic", "challenge", ",", "this", "assay", "allows", "for", "determination", "of", "both", "the", "minimum", "inhibitory", "concentration", "(", "MIC", ")", "of", "planktonic", "cultures", "and", "the", "minimum", "biofilm", "eradication", "concentration", "(", "MBEC", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Consistent", "with", "previous", "results", "reporting", "on", "the", "antibiotic", "resistance", "phenotype", "of", "bacterial", "biofilms", "[", "6", "]", ",", "[", "19", "]", ",", "the", "MBEC", "values", "of", "biofilms", "cultivated", "in", "magnesium", "-", "replete", "conditions", "and", "treated", "with", "CAPs", "(", "polymyxin", "B", ",", "colistin", ")", "or", "aminoglycosides", "(", "gentamycin", ",", "tobramycin", ")", "were", "up", "to", "64", "-", "fold", "higher", "than", "the", "MIC", "values", "of", "planktonic", "cultures", "(", "Table", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "MBEC", "values", "of", "biofilms", "supplemented", "with", "extracellular", "DNA", "were", "8", "and", "64", "-", "fold", "more", "CAP", "and", "aminoglycoside", "resistant", "than", "biofilms", "without", "exogenous", "DNA", ",", "respectively", "(", "Table", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "DNA", "-", "enriched", "biofilms", "were", "dramatically", "more", "resistant", "than", "planktonic", "cultures", ",", "up", "to", "256", "-", "fold", ",", "and", "this", "resistance", "phenotype", "to", "CAPs", "and", "aminoglycosides", "was", "also", "observed", "in", "planktonic", "cultures", "supplemented", "with", "DNA", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "simple", "addition", "of", "sub", "-", "inhibitory", "DNA", "amounts", "to", "planktonic", "cultures", "closely", "simulated", "the", "resistance", "-", "inducing", "effects", "of", "DNA", "in", "a", "biofilm", "(", "Table", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "MIC", "values", "for", "polymyxin", "B", "and", "gentamicin", "are", "equal", "to", "1", "microg", "/", "ml", "and", "2", "microg", "/", "ml", ",", "respectively", ",", "using", "the", "standard", "microbroth", "dilution", "method", "for", "antimicrobial", "susceptibility", "testing", "(", "National", "Committee", "on", "Clinical", "Laboratory", "Standards", "(", "NCCLS", ")", "protocol", ")", "(", "data", "not", "shown", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Thus", ",", "depending", "on", "the", "method", "used", "to", "determine", "the", "MIC", "(", "CBD", "or", "NCCLS", "protocol", ")", ",", "DNA", "-", "enriched", "biofilms", "can", "be", "up", "to", "2560", "-", "fold", "more", "polymyxin", "B", "resistant", "and", "up", "to", "640", "-", "fold", "more", "aminoglycoside", "resistant", "than", "planktonic", "cultures", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "DNA", "-", "enriched", "biofilms", "did", "not", "show", "an", "increased", "tolerance", "to", "ceftazidime", "(", "beta", "-", "lactam", ")", "or", "ciprofloxacin", "(", "fluoroquinolone", ")", "(", "data", "not", "shown", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Since", "extracellular", "DNA", "is", "a", "natural", "matrix", "component", "of", "PAO1", "biofilms", "(", "Fig", "5A", "and", "5B", ")", ",", "DNA", "-", "induced", "antibiotic", "resistance", "is", "likely", "to", "be", "a", "phenomenon", "unique", "to", "biofilms", "or", "other", "DNA", "rich", "environments", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "presence", "of", "DNA", "in", "peg", "-", "cultivated", "biofilms", "(", "Fig", "5A", ")", ",", "grown", "in", "the", "absence", "of", "exogenous", "DNA", ",", "likely", "contributes", "to", "the", "increased", "antibiotic", "resistance", "generally", "observed", "in", "biofilms", "(", "Table", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "have", "shown", "previously", "that", "the", "PA3552", "-", "PA3559", "operon", "is", "required", "for", "resistance", "to", "cationic", "antimicrobial", "peptides", "in", "planktonic", "cultures", "grown", "in", "limiting", "magnesium", "conditions", "[", "47", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "determine", "if", "DNA", "-", "induced", "resistance", "requires", "these", "genes", "in", "biofilms", ",", "the", "resistance", "phenotype", "of", "the", "PA3553", ":", ":", "lux", "mutant", "was", "determined", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O" ]

[ "PA3553", ":", ":", "lux", "had", "no", "significant", "DNA", "-", "induced", "CAP", "resistance", "in", "biofilm", "or", "planktonic", "cultures", ",", "confirming", "that", "these", "genes", "are", "essential", "for", "CAP", "resistance", "in", "the", "presence", "of", "extracellular", "DNA", "(", "Table", "1", ")", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "PA3553", "mutant", "also", "displayed", "decreased", "DNA", "-", "induced", "resistance", "to", "aminoglycosides", "compared", "to", "PAO1", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "The", "differences", "observed", "between", "CAP", "and", "aminoglycoside", "resistance", "in", "PA3553", ":", ":", "lux", "suggests", "that", "DNA", "-", "induced", "resistance", "to", "aminoglycosides", "is", "not", "limited", "to", "PA3553", "induction", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "The", "biofilms", "formed", "by", "the", "PA3553", ":", ":", "lux", "mutant", "were", "unaltered", "compared", "to", "PAO1", "biofilms", "under", "these", "conditions", ",", "ensuring", "that", "the", "difference", "observed", "was", "not", "due", "to", "an", "altered", "biofilm", "phenotype", "(", "Fig", "6B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "CAP", "resistance", "phenotype", "of", "biofilms", "grown", "in", "limiting", "magnesium", "(", "20", "microM", ")", "was", "similar", "to", "biofilms", "grown", "in", "DNA", ",", "confirming", "that", "DNA", "imposes", "a", "magnesium", "limitation", "stress", "(", "Table", "2", ")", "." ]

[ "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Biofilms", "that", "were", "exposed", "to", "DNA", "during", "either", "the", "cultivation", "or", "challenge", "stages", "only", ",", "showed", "similar", "resistance", "profiles", "to", "biofilms", "grown", "and", "challenged", "in", "magnesium", "-", "replete", "conditions", "(", "Tables", "1", "-", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Therefore", ",", "the", "DNA", "-", "induced", "resistance", "of", "biofilms", "requires", "both", "the", "cultivation", "and", "challenge", "under", "cation", "-", "limiting", "conditions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "latter", "two", "observations", "rule", "out", "the", "possibility", "that", "negatively", "charged", "DNA", "simply", "interacts", "with", "cationic", "antimicrobial", "peptides", "and", "prevents", "their", "access", "to", "bacterial", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Discussion" ]

[ "O" ]

[ "Infections", "caused", "by", "P", ".", "aeruginosa", "continue", "to", "be", "a", "leading", "cause", "of", "mortality", "among", "immunocompromised", "patients", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "The", "ability", "of", "P", ".", "aeruginosa", "to", "form", "biofilms", "promotes", "survival", "of", "the", "bacteria", "in", "the", "presence", "of", "antimicrobials", "and", "host", "defense", "mechanisms", "and", "is", "thought", "to", "contribute", "significantly", "to", "its", "ability", "to", "survive", "long", "-", "term", "within", "the", "hostile", "environment", "of", "chronically", "-", "infected", "patients", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "Understanding", "the", "mechanisms", "underlying", "antibiotic", "resistance", "and", "especially", "biofilm", "-", "specific", "antimicrobial", "resistance", "is", "of", "significant", "importance", "in", "the", "development", "of", "new", "treatment", "options", "and", "/", "or", "strategies", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "have", "identified", "a", "novel", "mechanism", "of", "biofilm", "-", "associated", "antibiotic", "resistance", "in", "which", "the", "presence", "of", "DNA", "in", "the", "extracellular", "matrix", "of", "biofilms", "creates", "a", "localized", "cation", "-", "limited", "environment", "that", "is", "detected", "by", "P", ".", "aeruginosa", "leading", "to", "the", "induction", "of", "LPS", "modification", "genes", "and", "resistance", "to", "antimicrobials", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]