Datasets:

---

omniquad

/

BioNLP11ID-ggp-IOB

like 1

[ "In", "addition", ",", "Y", ".", "enterocolitica", "produces", "two", "heme", "-", "protein", "acquisition", "sytems", "(", "YE0123", "-", "126", ",", "YE2180", "-", "2182", ")", ",", "a", "second", "SfuABC", "system", ",", "the", "ferrichrome", "binding", "and", "transport", "proteins", "(", "YE0730", "-", "0732", ")", ",", "a", "putative", "siderophore", "(", "YE0704", ")", ",", "and", "a", "hemin", "storage", "system", "(", "YE2481", "-", "2484", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "None", "of", "these", "iron", "acquisition", "systems", "is", "present", "in", "P", ".", "luminescens", "which", "in", "contrast", "produces", "the", "siderophore", "photobactin", "[", "104", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Furthermore", ",", "P", ".", "luminescens", "encodes", "two", "putative", "heme", "-", "binding", "hemopexin", "-", "like", "proteins", ",", "the", "photopexins", "PpxA", "(", "Plu4242", ")", "and", "PpxB", "(", "Plu4243", ")", ",", "which", "are", "the", "first", "hemopexins", "found", "in", "bacteria", "." ]

[ "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "It", "is", "suggested", "that", "the", "photopexins", "may", "be", "used", "by", "P", ".", "luminescens", "to", "scavenge", "iron", "containing", "compounds", "from", "insects", "[", "105", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Interestingly", ",", "three", "gene", "loci", "involved", "in", "iron", "acquisition", ",", "namely", "the", "genes", "encoding", "the", "hemin", "storage", "system", ",", "the", "yersiniabactin", "and", "the", "enterobactin", "transporter", "FepG", ",", "have", "been", "demonstrated", "to", "be", "up", "-", "regulated", "upon", "temperature", "decrease", "in", "Y", ".", "pestis", "or", "Y", ".", "ruckeri", ",", "respectively", "(", "Table", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "large", "set", "of", "iron", ",", "hemin", ",", "heme", "and", "siderophore", "transporters", "underlines", "the", "importance", "of", "iron", "availability", "for", "the", "life", "cycles", "of", "P", ".", "luminescens", "and", "Y", ".", "enterocolitica", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O" ]

[ "It", "also", "indicates", "that", "iron", "acquisition", "is", "a", "prerequisite", "for", "the", "infection", "process", "of", "pathogenic", "bacteria", "not", "only", "in", "mammalian", ",", "but", "also", "in", "invertebrate", "hosts", ",", "and", "underlines", "the", "suggestion", "that", "genetic", "determinants", "of", "invertebrate", "pathogens", "such", "as", "P", ".", "luminescens", "include", "the", "progenitors", "of", "virulence", "factors", "against", "vertebrates", "[", "79", ",", "106", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Tricarboxylate", "utilization" ]

[ "O", "O" ]

[ "The", "TctE", "/", "TctD", "system", "is", "the", "only", "TCS", "of", "P", ".", "luminescens", "without", "homologue", "in", "Y", ".", "enterocolitica", "(", "see", "section", "\"", "Two", "-", "component", "signal", "transduction", "\"", ",", "Fig", ".", "2", ")", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "It", "controls", "the", "expression", "of", "the", "tctCBA", "operon", "encoding", "the", "tricarboxylic", "acid", "transport", "system", "TctCBA", "[", "107", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "transporter", "is", "supposed", "to", "facilitate", "uptake", "of", "citrate", ",", "fluorocitrate", ",", "isocitrate", "and", "cis", "-", "acconitate", "for", "aerobic", "utilization", "[", "108", ",", "109", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "Na", "+", "dependent", "citrate", "symporter", "CitS", "of", "S", ".", "enterica", ",", "which", "the", "Y", ".", "enterocolitica", "protein", "YE2507", "is", "homologous", "to", ",", "is", "induced", "by", "the", "CitA", "/", "CitB", "system", "for", "fermentation", "of", "citrate", "under", "anoxic", "conditions", "[", "110", "]", ",", "indicating", "a", "general", "difference", "of", "citrate", "utilization", "in", "P", ".", "luminescens", "and", "Y", ".", "enterocolitica", "." ]

[ "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O" ]

[ "While", "Y", ".", "enterocolitica", "explores", "citrate", "for", "anaerobic", "metabolism", ",", "it", "is", "most", "likely", "that", "the", "specific", "uptake", "of", "citrate", "and", "other", "tricarboxylic", "acids", "by", "TctCBA", "is", "used", "by", "P", ".", "luminescens", "upon", "entering", "the", "insect", "host", "where", "enough", "citrate", "is", "available", "." ]

[ "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O" ]

[ "The", "specific", "up", "-", "regulation", "of", "the", "tricarboxylic", "acid", "cycle", "(", "TCA", ")", "enzymes", "within", "a", "host", "has", "also", "been", "described", "for", "other", "microorganisms", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "example", ",", "sucA", "encoding", "a", "subunit", "of", "alpha", "-", "ketoglutarate", "synthase", "and", "acnA", "encoding", "the", "aconitase", "have", "been", "found", "to", "be", "induced", "in", "V", ".", "cholerae", "during", "host", "infection", "[", "111", ",", "112", "]", ",", "and", "a", "complete", "TCA", "cycle", "is", "also", "required", "for", "S", ".", "typhimurium", "virulence", "[", "113", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "also", "observed", "induction", "of", "sucA", "in", "P", ".", "luminescens", "in", "the", "insect", "host", "Galleria", "mellonella", "(", "R", ".", "Heermann", ",", "unpublished", "data", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "finding", "underlines", "the", "hypothesis", "that", "the", "citric", "cycle", "enzymes", "used", "under", "aerobic", "conditions", "are", "up", "-", "regulated", "as", "a", "specific", "adaptation", "of", "the", "metabolic", "activity", "in", "the", "nutrient", "rich", "insect", "host", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "guarantee", "an", "optimal", "amount", "of", "tricarboxylic", "acids", "within", "the", "cell", ",", "TctE", "might", "specifically", "sense", "the", "presence", "of", "tricarboxylic", "acids", "and", "/", "or", "signals", "of", "the", "host", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Y", ".", "enterocolitica", "and", "Y", ".", "pestis", ",", "in", "contrast", "exhibit", "upregulation", "of", "all", "TCA", "genes", "upon", "temperature", "shift", "from", "26degreesC", "to", "37degreesC", "[", "114", ",", "115", "]", "." ]

[ "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Therefore", ",", "it", "is", "obvious", "that", "Y", ".", "enterocolitica", "and", "P", ".", "luminescens", "use", "different", "sensing", "and", "utilization", "strategies", "for", "tricarboxylates", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O" ]

[ "Temperature", "-", "dependent", "genes" ]

[ "O", "O", "O", "O" ]

[ "Temperature", "is", "a", "key", "environmental", "signal", "to", "enable", "bacterial", "adaptation", "to", "diverse", "hosts", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "Yersinia", ",", "temperature", "-", "dependent", "gene", "expression", "has", "been", "described", "to", "be", "an", "important", "theme", "in", "bacterial", "mechanisms", "of", "pathogenesis", "towards", "humans", "[", "116", "]", "." ]

[ "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "the", "biological", "role", "of", "genes", "repressed", "at", "body", "temperature", ",", "but", "induced", "at", "environmental", "temperature", ",", "has", "been", "underinvestigated", "so", "far", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "By", "data", "mining", ",", "we", "identified", "32", "genes", "or", "gene", "loci", "of", "Yersinia", "spp", ".", "that", "exhibit", "stronger", "expression", "with", "temperature", "decrease", "(", "Table", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "19", "of", "them", "have", "a", "homologue", "in", "P", ".", "luminescens", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O" ]

[ "Most", "genes", "belong", "to", "the", "groups", "of", "offensive", "virulence", "factors", ",", "regulators", ",", "and", "metabolic", "enzymes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "data", "have", "derived", "from", "expression", "profiling", "in", "vitro", "and", "cannot", "directly", "be", "translated", "to", "the", "in", "vivo", "situation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Moreover", ",", "several", "genes", "induced", "at", "lower", "temperature", "such", "as", "inv", ",", "yst", "or", "yplA", "affect", "the", "virulence", "properties", "of", "Y", ".", "enterocolitica", "in", "mice", "[", "87", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "low", "temperature", "-", "dependent", "expression", "of", "the", "genes", "in", "Table", "1", "suggests", "that", "they", "also", "play", "a", "role", "during", "the", "insect", "stage", "of", "Y", ".", "enterocolitica", ",", "or", "that", "they", "have", "evolved", "from", "bacteria", "-", "insect", "interaction", "and", "then", "adapted", "to", "pathogenicity", "towards", "mammals", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Some", "of", "these", "low", "temperature", "-", "induced", "genes", "are", "restricted", "to", "a", "narrow", "spectrum", "of", "bacterial", "genera", "such", "as", "Burkholderia", ",", "Pseudomonas", ",", "Serratia", ",", "or", "Erwinia", ",", "all", "of", "which", "are", "known", "to", "be", "associated", "with", "soil", ",", "plants", "or", "insects", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Other", "genes", "of", "Table", "1", "are", "present", "in", "a", "broader", "range", "of", "bacteria", ",", "and", "their", "expression", "might", "depend", "on", "regulatory", "mechanisms", "different", "from", "that", "of", "Y", ".", "enterocolitica", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O" ]

[ "This", "pathogen", "is", "non", "-", "motile", "at", "body", "temperature", ",", "and", "a", "connection", "between", "motility", "and", "virulence", "is", "well", "-", "documented", "[", "116", ",", "117", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "example", ",", "a", "non", "-", "motile", "flhDC", "mutant", "of", "Y", ".", "enterocolitica", "secretes", "larger", "amounts", "of", "Yop", "proteins", "encoded", "by", "the", "pYV", "plasmid", "than", "the", "wild", "-", "type", "bacteria", "[", "118", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Recently", ",", "it", "was", "shown", "that", "the", "flagellar", "master", "-", "operon", "of", "X", ".", "nematophila", "regulates", "the", "expression", "of", "a", "novel", "hemolysin", "which", "is", "required", "for", "full", "virulence", "of", "X", ".", "nematophila", "against", "insects", "[", "119", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "therefore", "speculate", "that", "motility", "essentially", "contributes", "to", "the", "control", "of", "the", "Y", ".", "enterocolitica", "switch", "between", "two", "pathogenicity", "phases", "towards", "mammalians", "and", "invertebrates", "[", "120", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "evolutionary", "terms", ",", "environmental", "temperature", ",", "but", "not", "37degreesC", ",", "appears", "as", "the", "ancient", "signal", "for", "the", "expression", "of", "many", "genes", "involved", "in", "pathogenicity", ",", "confirming", "the", "idea", "that", "the", "biological", "function", "of", "many", "virulence", "factors", "has", "been", "evolved", "during", "the", "association", "of", "bacteria", "with", "poikilothermic", "organisms", "(", "see", "below", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Evolution", "of", "pathogenicity" ]

[ "O", "O", "O" ]

[ "It", "has", "been", "suggested", "that", "bacteria", "-", "invertebrate", "interactions", "do", "not", "only", "play", "a", "role", "in", "the", "transmission", "of", "human", "pathogens", "but", "have", "also", "shaped", "their", "evolution", "[", "79", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "identified", "several", "common", "loci", "representing", "ancestral", "clusters", "of", "genes", "important", "in", "Y", ".", "enterocolitica", "and", "P", ".", "luminescens", "pathogenesis", "that", "might", "have", "evolved", "during", "the", "association", "of", "bacteria", "with", "invertebrates", ",", "the", "so", "-", "called", "\"", "pre", "-", "vertebrate", "\"", "pathosphere", "[", "121", "]", "and", "then", "been", "adapted", "to", "more", "recent", "pathologies", "in", "mammalians", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Examples", "are", "yersiniabactin", ",", "quorum", "sensing", "-", "like", "regulators", ",", "or", "the", "urease", "operon", "." ]

[ "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "complexity", "of", "this", "evolutionary", "concept", "is", "also", "demonstrated", "by", "the", "fact", "that", "the", "immune", "systems", "both", "of", "invertebrates", "and", "vertebrates", "are", "based", "on", "phagocytic", "cells", "that", "are", "attacked", "by", "hemolysins", ",", "T3SS", "effector", "proteins", ",", "and", "many", "other", "toxins", "described", "above", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Thus", ",", "it", "can", "not", "be", "excluded", "that", "these", "virulence", "factors", "are", "able", "to", "act", "on", "both", "immune", "systems", "[", "121", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "fact", "that", "P", ".", "asymbiotica", "has", "been", "found", "to", "be", "pathogenic", "against", "humans", "[", "14", "]", "strengthens", "this", "hypothesis", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Thus", ",", "P", ".", "asymbiotica", "might", "be", "an", "evolutionary", "link", "that", "is", "evolving", "from", "an", "insect", "to", "a", "mammal", "-", "pathogen", "." ]

[ "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Another", "example", "that", "might", "enlighten", "the", "evolution", "of", "bacterial", "pathogenicity", "is", "the", "plasticity", "zone", "(", "PZ", ")", "of", "Y", ".", "enterocolitica", ",", "a", "199", "kb", "key", "locus", "for", "high", "pathogenicity", "that", "includes", "YAPIYe", ",", "secretion", "systems", ",", "hydrogenase", "loci", "essential", "for", "gut", "colonization", "of", "S", ".", "typhimurium", "and", "H", ".", "pylori", "[", "122", "]", ",", "and", "iron", "acquisition", "systems", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O" ]

[ "A", "second", "flagellar", "cluster", ",", "Flag", "-", "2", ",", "is", "also", "located", "within", "the", "PZ", "of", "Y", ".", "enterocolitica", "biotypes", "2", "-", "5", "[", "120", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "It", "is", "assumed", "that", "the", "PZ", "has", "not", "been", "acquired", "by", "a", "single", "event", "of", "gene", "transfer", ",", "but", "through", "a", "series", "of", "independent", "insertions", "[", "23", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "comparison", "of", "the", "PZ", "sequence", "with", "the", "genome", "of", "P", ".", "luminescens", "is", "depicted", "in", "Fig", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "5", "." ]

[ "O", "O" ]

[ "A", "region", "highly", "similar", "to", "YAPIYe", "is", "the", "genome", "island", "plu0958", "-", "1166", "carrying", "a", "hemolysin", ",", "hypothetical", "genes", ",", "the", "toxin", "/", "antitoxin", "system", "CcdA", "/", "CcdB", ",", "and", "the", "type", "IV", "pilus", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Only", "few", "other", "genes", "or", "operons", "of", "the", "PZ", "are", "also", "present", "in", "P", ".", "luminescens", ",", "namely", "a", "chitinase", ",", "two", "iron", "acquisition", "systems", ",", "and", "three", "ysa", "genes", ",", "thus", "confirming", "the", "idea", "of", "a", "patchwork", "of", "horizontally", "acquired", "genes", "within", "the", "PZ", "[", "23", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "given", "the", "extensive", "transfer", "of", "virulence", "factors", "between", "bacteria", ",", "the", "history", "of", "pathogen", "evolution", "still", "requires", "further", "investigation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Conclusion" ]

[ "O" ]

[ "The", "comparison", "of", "Y", ".", "enterocolitica", "and", "P", ".", "luminescens", "at", "the", "genomic", "level", "performed", "here", "provides", "the", "database", "for", "a", "better", "understanding", "of", "the", "genetic", "basis", "for", "their", "distinct", "behaviour", "towards", "invertebrates", "and", "mammals", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Y", ".", "enterocolitica", "is", "expected", "to", "switch", "between", "two", "pathogenicity", "phases", "against", "insects", "and", "mammalians", ",", "while", "the", "genome", "of", "P", ".", "luminescens", "must", "contain", "the", "modulators", "and", "regulators", "necessary", "to", "change", "the", "bacterium", "from", "a", "state", "of", "symbiosis", "with", "nematodes", "to", "pathogenicity", "against", "insects", ",", "and", "also", "from", "symbiosis", "-", "proficient", "primary", "variants", "to", "symbiosis", "-", "deficient", "secondary", "variants", "[", "17", "]", "." ]

[ "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Those", "adaptational", "processes", "must", "be", "precisely", "regulated", "by", "the", "bacteria", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "It", "was", "assumed", "that", "there", "are", "parallels", "in", "the", "regulation", "of", "pathogenicity", "in", "mammals", "and", "insect", "pathogens", "[", "41", ",", "123", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "molecular", "components", "of", "the", "regulatory", "networks", "controlling", "pathogenicity", "and", "mutualism", "have", "recently", "been", "demonstrated", "to", "be", "very", "different", "between", "P", ".", "luminescens", "and", "X", ".", "nematophilus", "with", "similar", "life", "cycles", "[", "124", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Dissecting", "the", "genomes", "of", "Y", ".", "enterocolitica", "and", "P", ".", "luminescens", "for", "putative", "key", "regulators", ",", "we", "identified", "factor", "groups", "(", "AI", "-", "2", ",", "PAS", "-", "4", "/", "LuxR", "like", "receptors", ")", "possibly", "involved", "in", "pathogen", "-", "insect", "association", "only", ",", "those", "with", "members", "contributing", "to", "either", "insect", "or", "mammalian", "pathogenicity", "(", "QS", ",", "TKS", ",", "Usp", ")", ",", "and", "c", "-", "di", "-", "GMP", "signalling", "probably", "not", "involved", "in", "regulation", "of", "activities", "against", "insects", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Certainly", ",", "the", "question", "whether", "fundamental", "differences", "in", "regulatory", "networks", "reflect", "how", "each", "of", "these", "two", "bacteria", "specifically", "interacts", "with", "either", "the", "insect", "or", "the", "human", "host", "remains", "to", "be", "addressed", "in", "more", "detail", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Bioconversion", "of", "its", "insect", "hosts", "is", "an", "important", "stage", "in", "the", "lifecycle", "of", "P", ".", "luminescens", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O" ]

[ "This", "fact", "might", "explain", "the", "high", "number", "of", "antibacterial", "factors", "directed", "against", "possible", "competitors", "that", "are", "going", "to", "colonize", "the", "same", "insect", "cadaver", "or", "that", "are", "already", "present", "in", "the", "insect", "gut", "flora", "[", "17", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "no", "corresponding", "determinants", "were", "identified", "in", "the", "genome", "of", "Y", ".", "enterocolitica", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O" ]

[ "Moreover", ",", "P", ".", "luminescens", "is", "pathogenic", "to", "a", "variety", "of", "insect", "larvae", ",", "and", "a", "dose", "of", "<", "5", "colony", "-", "forming", "units", "directly", "injected", "into", "the", "blood", "system", "is", "sufficient", "to", "kill", "within", "48", "-", "72", "h", "[", "124", "]", "." ]

[ "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "contrast", ",", "only", "highly", "concentrated", "protein", "extracts", "of", "Y", ".", "enterocolitica", "are", "toxic", "for", "M", ".", "sexta", "[", "7", "]", ",", "and", "a", "low", "insect", "larvae", "mortality", "has", "been", "observed", "following", "injection", "of", "approximately", "3", ".", "5", "x", "106", "Y", ".", "enterocolitica", "cells", "into", "the", "hemolymph", "(", "T", ".", "M", ".", "Fuchs", ",", "unpublished", "data", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "data", "strongly", "suggests", "that", "Y", ".", "enterocolitica", ",", "similar", "to", "Y", ".", "pestis", ",", "has", "developed", "a", "strategy", "to", "infect", "and", "proliferate", "in", "insects", ",", "and", "use", "these", "organisms", "rather", "as", "transmission", "vectors", "than", "as", "pure", "nutrient", "source", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Summarizing", ",", "Y", ".", "enterocolitica", "and", "P", ".", "luminescens", "have", "evolved", "partially", "different", "and", "partially", "similar", "and", "therefore", "probably", "conserved", "mechanisms", "to", "detect", "and", "to", "react", "on", "the", "insect", "host", "." ]

[ "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Up", "to", "the", "present", "time", ",", "we", "are", "far", "away", "from", "understanding", "the", "complexity", "of", "bacteria", "-", "invertebrate", "interactions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "With", "the", "genome", "comparison", "carried", "out", "here", ",", "however", ",", "we", "uncovered", "several", "genes", "which", "are", "promising", "candidate", "genes", "involved", "in", "insect", "association", "and", "pathogenicity", ",", "and", "therefore", "created", "a", "promising", "basis", "for", "future", "experimental", "work", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "GraRS", "regulatory", "system", "controls", "Staphylococcus", "aureus", "susceptibility", "to", "antimicrobial", "host", "defenses" ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Background", "Modification", "of", "teichoic", "acids", "with", "D", "-", "alanine", "by", "the", "products", "of", "the", "dlt", "operon", "protects", "Gram", "-", "positive", "bacteria", "against", "major", "antimicrobial", "host", "defense", "molecules", "such", "as", "defensins", ",", "cathelicidins", ",", "myeloperoxidase", "or", "phospholipase", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-REGULON-OPERON", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O" ]

[ "The", "graRS", "regulatory", "genes", "have", "recently", "been", "implicated", "in", "the", "control", "of", "D", "-", "alanylation", "in", "Staphylococcus", "aureus", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O" ]

[ "Results", "To", "determine", "the", "impact", "of", "the", "GraRS", "regulatory", "system", "on", "resistance", "to", "antimicrobial", "host", "defense", "mechanisms", "and", "virulence", "of", "S", ".", "aureus", ",", "we", "compared", "inactivation", "of", "S", ".", "aureus", "SA113", "wild", "type", "and", "its", "isogenic", "graRS", "deletion", "mutant", "by", "the", "human", "cathelicidin", "LL", "-", "37", "or", "human", "neutrophil", "granulocytes", "in", "vitro", ",", "and", "the", "ability", "to", "cause", "infection", "in", "vivo", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "show", "here", "that", "graRS", "deletion", "considerably", "alters", "bacterial", "surface", "charge", ",", "increases", "susceptibility", "to", "killing", "by", "human", "neutrophils", "or", "the", "defense", "peptide", "LL", "-", "37", ",", "and", "attenuates", "virulence", "of", "S", ".", "aureus", "in", "a", "mouse", "infection", "model", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O" ]

[ "Conclusion", "Our", "results", "indicate", "that", "S", ".", "aureus", "can", "regulate", "its", "surface", "properties", "in", "order", "to", "overcome", "innate", "host", "defenses", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Background" ]

[ "O" ]

[ "Staphylococcus", "aureus", ",", "a", "frequent", "cause", "of", "human", "infections", ",", "is", "highly", "resistant", "to", "antimicrobial", "factors", "of", "the", "innate", "immune", "system", "such", "as", "cationic", "antimicrobial", "peptides", "(", "CAMPs", ")", "[", "1", ",", "2", "]", "which", "are", "produced", "by", "epithelial", "cells", "and", "neutrophils", "[", "3", ",", "4", "]", "." ]

[ "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "peptides", "generally", "contain", "10", "-", "50", "amino", "acids", "and", "have", "positive", "net", "charges", "[", "5", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Due", "to", "their", "cationic", "properties", ",", "CAMPs", "can", "easily", "bind", "to", "the", "highly", "negatively", "charged", "bacterial", "cell", "envelope", "and", "inactivate", "bacteria", ",", "e", ".", "g", ".", "by", "forming", "pores", "in", "the", "bacterial", "membrane", "leading", "to", "bacterial", "lysis", "[", "6", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "S", ".", "aureus", "has", "evolved", "mechanisms", "to", "alter", "the", "anionic", "charge", "of", "cell", "surface", "components", "to", "gain", "resistance", "to", "a", "broad", "variety", "of", "cationic", "antimicrobial", "factors", "such", "as", "CAMPs", "[", "7", "]", ",", "phospholipase", "A2", "[", "8", "]", ",", "myeloperoxidase", "[", "9", "]", ",", "or", "lysozyme", "[", "10", "]", "." ]

[ "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "One", "such", "mechanism", "is", "based", "upon", "modification", "of", "phospholipids", "in", "the", "cytoplasmic", "membrane", "by", "introducing", "a", "positively", "charged", "lysyl", "group", "into", "anionic", "phosphatidylglycerol", "by", "the", "MprF", "protein", ",", "thereby", "neutralizing", "the", "net", "charge", "of", "the", "membrane", "surface", "[", "11", ",", "12", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "similar", "reaction", "is", "mediated", "by", "products", "of", "the", "dltABCD", "operon", ",", "which", "are", "responsible", "for", "attachment", "of", "positively", "charged", "D", "-", "alanine", "residues", "into", "negatively", "charged", "phosphate", "groups", "in", "the", "backbone", "of", "teichoic", "acids", "[", "7", ",", "9", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Mechanisms", "involved", "in", "the", "regulation", "of", "these", "resistance", "factors", "are", "not", "yet", "well", "understood", "in", "Gram", "-", "positive", "bacteria", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Herbert", "et", "al", ".", "recently", "found", "that", "the", "S", ".", "aureus", "two", "-", "component", "regulatory", "system", "graRS", "positively", "regulates", "expression", "of", "the", "dlt", "operon", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-REGULON-OPERON", "O", "O" ]

[ "In", "a", "S", ".", "aureus", "SA113", "graRS", "deletion", "mutant", ",", "the", "content", "of", "D", "-", "alanine", "in", "teichoic", "acids", "was", "reduced", "by", "47", "%", "and", "the", "mutant", "showed", "reduced", "resistance", "to", "various", "antibiotics", "including", "polymyxin", "B", ",", "gallidermin", ",", "and", "vancomycin", "[", "10", ",", "13", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Accordingly", ",", "graRS", "have", "previously", "been", "implicated", "in", "regulation", "of", "vancomycin", "intermediary", "resistance", "[", "14", "]", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "the", "dlt", "operon", "plays", "a", "key", "role", "in", "S", ".", "aureus", "resistance", "to", "cationic", "antimicrobial", "host", "molecules", ",", "the", "graRS", "system", "may", "be", "important", "in", "evasion", "of", "host", "defense", "mechanisms", "such", "as", "cationic", "antimicrobial", "peptides", "and", "neutrophil", "killing", "." ]

[ "O", "O", "B-REGULON-OPERON", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Results" ]

[ "O" ]

[ "The", "graRS", "mutant", "shows", "altered", "cell", "surface", "charge", "but", "unaltered", "lysyl", "-", "phosphatidylglycerol", "(", "LPG", ")", "content", "In", "order", "to", "study", "if", "reduced", "expression", "of", "the", "dlt", "operon", "upon", "graRS", "disruption", "results", "in", "altered", "cell", "surface", "charge", ",", "we", "compared", "binding", "of", "the", "red", "-", "coloured", ",", "cationic", "protein", "cytochrome", "c", "to", "wild", "type", "S", ".", "aureus", "SA113", "(", "WT", ")", ",", "the", "isogenic", "graRS", "mutant", ",", "and", "the", "plasmid", "-", "complemented", "mutant", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O" ]

[ "The", "graRS", "mutant", "bound", "significantly", "more", "cytochrome", "c", "than", "the", "WT", "or", "the", "complemented", "mutant", "(", "Fig", ".", "1A", ")", ",", "which", "is", "in", "accordance", "with", "the", "recently", "described", "reduced", "content", "of", "D", "-", "alanine", "residues", "in", "the", "teichoic", "acids", "of", "the", "mutant", "[", "10", "]", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "analyse", "whether", "increased", "binding", "of", "cytochrome", "c", "by", "the", "graRS", "mutant", "is", "in", "fact", "due", "to", "altered", "cell", "surface", "charge", "by", "decreased", "teichoic", "acid", "alanylation", "or", "the", "altered", "expression", "of", "other", "surface", "-", "exposed", "molecules", ",", "we", "also", "examined", "binding", "of", "cytochrome", "c", "to", "a", "dltA", "deletion", "mutant", ",", "which", "completely", "lacks", "D", "-", "alanine", "substitution", "of", "teichoic", "acids", "[", "7", "]", ",", "and", "a", "dltA", "/", "graRS", "double", "deletion", "mutant", ",", "which", "was", "generated", "by", "transducing", "the", "graRS", "mutation", "into", "the", "dltA", "mutant", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "Due", "to", "the", "high", "binding", "capacities", "of", "the", "dltA", "and", "the", "dltA", "/", "graRS", "mutant", "we", "modified", "the", "conditions", "in", "order", "to", "prevent", "limitation", "of", "applied", "cytochrome", "c", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O" ]

[ "Deletion", "of", "the", "graRS", "genes", "in", "the", "dlt", "mutant", "background", "did", "not", "lead", "to", "further", "increased", "binding", "of", "cytochrome", "c", "compared", "to", "the", "dltA", "mutant", "(", "Fig", ".", "1B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "finding", "indicates", "that", "the", "increased", "binding", "of", "cytochrome", "c", "by", "the", "graRS", "mutant", "is", "due", "to", "decreased", "alanylation", "of", "teichoic", "acids", "and", "that", "the", "resulting", "surface", "charge", "alteration", "does", "not", "result", "from", "other", "regulatory", "effects", "mediated", "by", "GraRS", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O" ]

[ "Increased", "binding", "of", "cationic", "proteins", "may", "also", "result", "from", "reduced", "mprF", "expression", "and", ",", "accordingly", ",", "reduced", "lysylphosphatidylglycerol", "(", "LPG", ")", "content", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O" ]

[ "To", "control", "for", "this", "possibility", ",", "we", "compared", "patterns", "of", "membrane", "lipids", "from", "log", "-", "phase", "bacteria", "by", "thin", "-", "layer", "chromatography", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "amounts", "of", "LPG", "from", "WT", "and", "graRS", "mutant", "were", "indistinguishable", "(", "data", "not", "shown", ")", ",", "which", "corroborates", "recent", "findings", "that", "mprF", "is", "not", "among", "the", "graRS", "-", "regulated", "genes", "in", "S", ".", "aureus", "SA113", "[", "10", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "graRS", "mutant", "is", "more", "susceptible", "to", "killing", "by", "LL", "-", "37", "and", "human", "neutrophil", "granulocytes", "in", "vitro", "In", "an", "attempt", "to", "test", "whether", "the", "increased", "affinity", "of", "the", "graRS", "mutant", "to", "cationic", "molecules", "leads", "to", "higher", "susceptibility", "to", "human", "host", "defense", "peptides", ",", "we", "compared", "inactivation", "of", "WT", "and", "graRS", "mutant", "by", "the", "human", "cathelicidin", "LL", "-", "37", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O" ]

[ "This", "antimicrobial", "peptide", "is", "active", "against", "S", ".", "aureus", "at", "high", "concentrations", "or", "long", "exposure", "[", "15", "]", "but", "in", "this", "experiment", "we", "chose", "conditions", "under", "which", "the", "LL", "-", "37", "did", "not", "affect", "viability", "of", "the", "S", ".", "aureus", "WT", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O" ]